Pecora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158113	ENSGT00390000007831	ENSGT00950000183124.B	ENSGT00510000048550	ENSGT00390000004106	ENSGT00940000154429 #7	ENSGT00390000012080 #8	ENSGT00730000111164 #9	ENSGT00530000063539.b #10	ENSGT00940000158580 #11	ENSGT00730000110905.b #13	ENSGT00940000153832.f.y.c ##14	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.b #19	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a #18	ENSGT00940000153832.f.x.b.a #21	ENSGT00940000155811 #22	ENSGT00940000157033 #24	ENSGT00550000074930 #25	ENSGT00940000155040.b #26	ENSGT00940000157777 #27	ENSGT00940000157998 #28	ENSGT00530000063626.b #29	ENSGT00390000001285 #30	ENSGT00950000183039.A #32	ENSGT00940000156088	ENSGT00940000157212.B #33	ENSGT00940000159679 #34	ENSGT00940000155323.a #35	ENSGT00950000182955.a.b.b #37	ENSGT00390000002848	ENSGT00940000155870.b
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158113	ENSGT00390000007831	ENSGT00950000183124.B	ENSGT00510000048550	ENSGT00390000004106	ENSGT00940000154429 #7	ENSGT00390000012080 #8	ENSGT00730000111164 #9	ENSGT00530000063539.b #10	ENSGT00940000158580 #11	ENSGT00730000110905.b #13	ENSGT00940000153832.f.y.c ##14	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.b #19	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a #18	ENSGT00940000153832.f.x.b.a #21	ENSGT00940000155811 #22	ENSGT00940000157033 #24	ENSGT00550000074930 #25	ENSGT00940000155040.b #26	ENSGT00940000157777 #27	ENSGT00940000157998 #28	ENSGT00530000063626.b #29	ENSGT00390000001285 #30	ENSGT00950000183039.A #32	ENSGT00940000156088	ENSGT00940000157212.B #33	ENSGT00940000159679 #34	ENSGT00940000155323.a #35	ENSGT00950000182955.a.b.b #37	ENSGT00390000002848	ENSGT00940000155870.b
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004106	ENSGT00940000154429 #7	ENSGT00390000012080 #8	ENSGT00730000111164 #9	ENSGT00530000063539.b #10	ENSGT00940000158580 #11	ENSGT00730000110905.b #13	ENSGT00940000153832.f.x.a #14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.b #15	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.a ##14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.b #19	ENSGT00940000153832.f.x.b.b #17	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a #18	ENSGT00940000153832.f.x.b.a #21	ENSGT00940000155811 #22	ENSGT00940000157033 #24	ENSGT00550000074930 #25	ENSGT00940000155040.b #26	ENSGT00940000157777 #27	ENSGT00940000157998 #28	ENSGT00530000063626.b #29	ENSGT00390000001285 #30	ENSGT00950000183039.A #32	ENSGT00940000156088	ENSGT00940000157212.B #33	ENSGT00940000159679 #34	ENSGT00940000155323.a #35	ENSGT00550000074846.`b	ENSGT00950000182955.a.b.b #37	ENSGT00390000002848
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154429 #7	ENSGT00390000012080 #8	ENSGT00730000111164 #9	ENSGT00530000063539.b #10	ENSGT00940000158580 #11	ENSGT00730000110905.b #13	ENSGT00940000153832.f.x.a #14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.b #15	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.a ##14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.d #20	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.c #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.b #19	ENSGT00940000153832.f.x.b.b #17	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a #18	ENSGT00940000153832.f.x.b.a #21	ENSGT00940000155811 #22	ENSGT00550000074956.x #23	ENSGT00940000157033 #24	ENSGT00550000074930 #25	ENSGT00940000155040.b #26	ENSGT00940000157777 #27	ENSGT00940000157998 #28	ENSGT00530000063626.b #29	ENSGT00390000001285 #30	ENSGT00950000183039.A #32	ENSGT00940000156088	ENSGT00940000157212.B #33	ENSGT00940000159679 #34	ENSGT00940000155323.a #35	ENSGT00550000074846.`b	ENSGT00950000182955.a.b.b #37
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	RAP1B (ENSOARG00020004962) #7	NUP107 (ENSOARG00020004416) #8	SLC35E3 (ENSOARG00020004371) #9	ENSOARG00020003436 #10	CPM (ENSOARG00020003311) #11	ENSOARG00020003292 #12	CPSF6 (ENSOARG00020003127) #13	ENSOARG00020003071 #14	ENSOARG00020003015 #15	ENSOARG00020002988 #16	ENSOARG00020002977 #17	ENSOARG00020002967 #18	ENSOARG00020002945 #19	ENSOARG00020002929 #20	ENSOARG00020002919 #21	YEATS4 (ENSOARG00020002909) #22	ENSOARG00020002901 #23	FRS2 (ENSOARG00020002887) #24	ENSOARG00020002871 #25	LRRC10 (ENSOARG00020002858) #26	BEST3 (ENSOARG00020002837) #27	RAB3IP (ENSOARG00020002771) #28	MYRFL (ENSOARG00020002696) #29	CNOT2 (ENSOARG00020002634) #30	ENSOARG00020002614 #31	KCNMB4 (ENSOARG00020002606) #32	PTPRR (ENSOARG00020002362) #33	CPNE8 (ENSOARG00020002297) #34	ENSOARG00020002235 #35	ENSOARG00020001418 #36	ABCD2 (ENSOARG00020001262) #37
Goat	MODERN SPECIES	24	RAP1B (ENSCHIG00000026537) #7	NUP107 (ENSCHIG00000026859) #8	SLC35E3 (ENSCHIG00000013311) #9	MDM2 (ENSCHIG00000019939) #10	CPM (ENSCHIG00000025514) #11	CPSF6 (ENSCHIG00000010792) #13	S-LZ (ENSCHIG00000017178) #14	ENSCHIG00000020710 #15	ENSCHIG00000022881 ##14	ENSCHIG00000004867 #20	ENSCHIG00000010988 #16	ENSCHIG00000006608 #19	ENSCHIG00000022325 #17	ENSCHIG00000024463 #18	ENSCHIG00000027096 #21	YEATS4 (ENSCHIG00000014331) #22	ENSCHIG00000020882	ENSCHIG00000020628 #23	FRS2 (ENSCHIG00000010794) #24	CCT2 (ENSCHIG00000025742) #25	LRRC10 (ENSCHIG00000004871) #26	BEST3 (ENSCHIG00000016253) #27	RAB3IP (ENSCHIG00000010199) #28	MYRFL (ENSCHIG00000011630) #29	CNOT2 (ENSCHIG00000021610) #30	ENSCHIG00000027135 #31	KCNMB4 (ENSCHIG00000008910) #32	PTPRB (ENSCHIG00000018145)	PTPRR (ENSCHIG00000022880) #33	CPNE8 (ENSCHIG00000026435) #34	KIF21A (ENSCHIG00000025333) #35
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00730000111164 #9	ENSGT00530000063539.b #10	ENSGT00940000158580 #11	ENSGT00730000110905.b #13	ENSGT00940000153832.f.x.a #14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.b #15	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.a #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.a ##14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.b #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.b #19	ENSGT00940000153832.f.x.b.b #17	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a.a.b #18	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a.a.a #18	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a.b #18	ENSGT00940000153832.f.x.b.a #21	ENSGT00940000155811 #22	ENSGT00940000157033 #24	ENSGT00550000074930 #25	ENSGT00940000155040.b #26	ENSGT00940000157777 #27	ENSGT00940000157998 #28	ENSGT00530000063626.b #29	ENSGT00390000001285 #30	ENSGT00530000063539.a.v #31	ENSGT00950000183039.A #32	ENSGT00940000156088	ENSGT00940000157212.B #33	ENSGT00940000159679 #34	ENSGT00940000153112.D.c.a	ENSGT00940000155323.a #35	ENSGT00550000074846.`b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012080 #8	ENSGT00730000111164 #9	ENSGT00530000063539.b #10	ENSGT00940000158580 #11	ENSGT00730000110905.b #13	ENSGT00940000153832.f.x.a #14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.b #15	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.a #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.a ##14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.b #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.b #19	ENSGT00940000153832.f.x.b.b #17	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a.a.a #18	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a.b #18	ENSGT00940000153832.f.x.b.a #21	ENSGT00940000155811 #22	ENSGT00940000157033 #24	ENSGT00550000074930 #25	ENSGT00940000155040.b #26	ENSGT00940000157777 #27	ENSGT00940000157998 #28	ENSGT00530000063626.b #29	ENSGT00390000001285 #30	ENSGT00530000063539.a.v #31	ENSGT00950000183039.A #32	ENSGT00940000156088	ENSGT00940000157212.B #33	ENSGT00940000159679 #34	ENSGT00940000153112.D.c.a	ENSGT00940000155323.a #35	ENSGT00550000074846.`b
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004106	ENSGT00940000154429.v #7	ENSGT00390000012080 #8	ENSGT00730000111164 #9	ENSGT00530000063539.b #10	ENSGT00940000158580 #11	ENSGT00730000110905.b #13	ENSGT00940000153832.f.x.a #14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.b #15	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.a #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.a ##14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.b #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.b #19	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a.b #18	ENSGT00940000153832.f.x.b.a #21	ENSGT00940000155811 #22	ENSGT00940000157033 #24	ENSGT00550000074930 #25	ENSGT00940000155040.b #26	ENSGT00940000157777 #27	ENSGT00940000157998 #28	ENSGT00530000063626.b #29	ENSGT00390000001285 #30	ENSGT00950000183039.A #32	ENSGT00530000063539.a.v #31	ENSGT00940000156088	ENSGT00940000157212.B #33	ENSGT00940000159679 #34	ENSGT00940000153298.m.a	ENSGT00940000155323.a #35	ENSGT00550000074846.`b
Wild yak	MODERN SPECIES	1252															ENSBMUG00000018443 #21	YEATS4 (ENSBMUG00000018483) #22	FRS2 (ENSBMUG00000018516) #24	CCT2 (ENSBMUG00000018574) #25	LRRC10 (ENSBMUG00000018608) #26	BEST3 (ENSBMUG00000018649) #27	RAB3IP (ENSBMUG00000018726) #28	MYRFL (ENSBMUG00000018768) #29
Domestic yak	MODERN SPECIES	24	RAP1B (ENSBGRG00000021221) #7	NUP107 (ENSBGRG00000021761) #8	ENSBGRG00000022075	MDM2 (ENSBGRG00000022145) #10	CPM (ENSBGRG00000022902) #11	ENSBGRG00000022992	CPSF6 (ENSBGRG00000023026) #13	ENSBGRG00000023194 #14	ENSBGRG00000023254 #15	ENSBGRG00000023317 #16	ENSBGRG00000023368 ##14	ENSBGRG00000023386 #16	ENSBGRG00000023408 #19	ENSBGRG00000023471 #18	ENSBGRG00000007422 #21	YEATS4 (ENSBGRG00000007500) #22	FRS2 (ENSBGRG00000007705) #24	CCT2 (ENSBGRG00000007901) #25	LRRC10 (ENSBGRG00000008156) #26	ENSBGRG00000008385 #27	RAB3IP (ENSBGRG00000008446) #28	MYRFL (ENSBGRG00000008765) #29	CNOT2 (ENSBGRG00000009161) #30	KCNMB4 (ENSBGRG00000009357) #32	PTPRB (ENSBGRG00000009450)	PTPRR (ENSBGRG00000011534) #33	CPNE8 (ENSBGRG00000012044) #34	ENSBGRG00000012374	KIF21A (ENSBGRG00000012509) #35	ABCD2 (ENSBGRG00000014998) #37	C12orf40 (ENSBGRG00000015186)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012080 #8	ENSGT00730000111164 #9	ENSGT00530000063539.b.mb #10	ENSGT00940000158580 #11	ENSGT00730000110905.b #13	ENSGT00940000153832.f.x.a #14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.b #15	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.a #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.a ##14	ENSGT00940000153832.f.y.d.b.a.b.b #16	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.b #19	ENSGT00940000153832.f.x.b.b #17	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a.a.a.a #18	ENSGT00940000153832.f.y.d.a.a.b #18	ENSGT00940000153832.f.x.b.a #21	ENSGT00940000155811 #22	ENSGT00940000157033 #24	ENSGT00550000074930 #25	ENSGT00940000155040.b #26	ENSGT00940000157777 #27	ENSGT00940000157998 #28	ENSGT00530000063626.b #29	ENSGT00390000001285 #30	ENSGT00530000063539.a.v #31	ENSGT00950000183039.A #32	ENSGT00940000156088	ENSGT00940000157212.B #33	ENSGT00940000159679 #34	ENSGT00940000153112.D.c.a	ENSGT00940000155323.a #35	ENSGT00950000182955.a.b.b #37
Cow	MODERN SPECIES	24	ENSBTAG00000002741	CPSF6 (ENSBTAG00000007323) #13	LYZ (ENSBTAG00000026779) #14	ENSBTAG00000026322 #15	LYZ3 (ENSBTAG00000046628) #16	LYZ1 (ENSBTAG00000046511) ##14	LYZ2 (ENSBTAG00000026088) #16	LYSB (ENSBTAG00000026323) #19	ENSBTAG00000039170 #17	ENSBTAG00000000198 #18	ENSBTAG00000054492 #17	ENSBTAG00000020564 #18	ENSBTAG00000049929 #18	ENSBTAG00000022971 #18	LYZ1 (ENSBTAG00000011941) #21	YEATS4 (ENSBTAG00000002256) #22	FRS2 (ENSBTAG00000019155) #24	CCT2 (ENSBTAG00000019156) #25	LRRC10 (ENSBTAG00000019157) #26	BEST3 (ENSBTAG00000002931) #27	RAB3IP (ENSBTAG00000031950) #28	MYRFL (ENSBTAG00000014829) #29	CNOT2 (ENSBTAG00000003748) #30	ENSBTAG00000054094 #31	KCNMB4 (ENSBTAG00000003749) #32	PTPRB (ENSBTAG00000015296)	PTPRR (ENSBTAG00000015311) #33	CPNE8 (ENSBTAG00000020914) #34	ENSBTAG00000048924	KIF21A (ENSBTAG00000004832) #35	ABCD2 (ENSBTAG00000038043) #37
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	IL22 (ENSBIXG00005008694)	MDM1 (ENSBIXG00005005356)	ENSBIXG00005008561 #7	NUP107 (ENSBIXG00005008410) #8	MDM2 (ENSBIXG00005000171) #10	CPM (ENSBIXG00005008267) #11	ENSBIXG00005008249	CPSF6 (ENSBIXG00005029224) #13	ENSBIXG00005029168 #14	ENSBIXG00005001810 #15	ENSBIXG00005005135 ##14	ENSBIXG00005028990 #18	ENSBIXG00005028947 #19	ENSBIXG00005028942 #17	ENSBIXG00005002226 #21	YEATS4 (ENSBIXG00005028893) #22	FRS2 (ENSBIXG00005028857) #24	CCT2 (ENSBIXG00005028786) #25	LRRC10 (ENSBIXG00005028716) #26	BEST3 (ENSBIXG00005028702) #27	RAB3IP (ENSBIXG00005028623) #28	MYRFL (ENSBIXG00005028334) #29	CNOT2 (ENSBIXG00005028198) #30	KCNMB4 (ENSBIXG00005028115) #32	ENSBIXG00005028096 #31	PTPRB (ENSBIXG00005027925)	PTPRR (ENSBIXG00005004557) #33	CPNE8 (ENSBIXG00005026517) #34	ENSBIXG00005026479	ENSBIXG00005026468	KIF21A (ENSBIXG00005004515) #35
American bison	MODERN SPECIES	3085	NUP107 (ENSBBBG00000013059) #8	SLC35E3 (ENSBBBG00000013071) #9	MDM2 (ENSBBBG00000013192) #10	CPM (ENSBBBG00000013229) #11	CPSF6 (ENSBBBG00000013241) #13	ENSBBBG00000013249 ##14	ENSBBBG00000013299 #15	ENSBBBG00000013358 #16	ENSBBBG00000013406 ##14	ENSBBBG00000002764 #16	ENSBBBG00000013485 #19	ENSBBBG00000013496 #17	ENSBBBG00000002831 #18	ENSBBBG00000009098 #18	ENSBBBG00000009101 #21	YEATS4 (ENSBBBG00000002926) #22	FRS2 (ENSBBBG00000013749) #24	CCT2 (ENSBBBG00000013777) #25	LRRC10 (ENSBBBG00000013788) #26	BEST3 (ENSBBBG00000007980) #27	RAB3IP (ENSBBBG00000003020) #28	MYRFL (ENSBBBG00000013947) #29	CNOT2 (ENSBBBG00000013982) #30	ENSBBBG00000013991 #31	KCNMB4 (ENSBBBG00000013994) #32	PTPRB (ENSBBBG00000003197)	PTPRR (ENSBBBG00000014214) #33	CPNE8 (ENSBBBG00000014248) #34	ENSBBBG00000014256	KIF21A (ENSBBBG00000014508) #35	ABCD2 (ENSBBBG00000014543) #37
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1243											ENSMMSG00000020455 #16	ENSMMSG00000020485 #17	ENSMMSG00000020597 #19	ENSMMSG00000020612 #18	ENSMMSG00000020304 #21	YEATS4 (ENSMMSG00000020324) #22	FRS2 (ENSMMSG00000020358) #24	CCT2 (ENSMMSG00000020398) #25	LRRC10 (ENSMMSG00000020422) #26	BEST3 (ENSMMSG00000020449) #27	RAB3IP (ENSMMSG00000020870) #28	MYRFL (ENSMMSG00000021224) #29	ENSMMSG00000021405	CNOT2 (ENSMMSG00000021430) #30	KCNMB4 (ENSMMSG00000021522) #32	ENSMMSG00000021535	PTPRB (ENSMMSG00000021623)	PTPRR (ENSMMSG00000022063) #33	ENSMMSG00000022228 #34
Yarkand deer	MODERN SPECIES	22	DYRK2 (ENSCHYG00000002782)	IFNG (ENSCHYG00000002762)	IL26 (ENSCHYG00000002748)	IL22 (ENSCHYG00000002734)	MDM1 (ENSCHYG00000002669)	ENSCHYG00000002648	RAP1B (ENSCHYG00000002556) #7	NUP107 (ENSCHYG00000002314) #8	MDM2 (ENSCHYG00000002030) #10	CPM (ENSCHYG00000001921) #11	CPSF6 (ENSCHYG00000001808) #13	ENSCHYG00000001761 #14	ENSCHYG00000001751 #19	ENSCHYG00000001663 #18	ENSCHYG00000001489 #21	YEATS4 (ENSCHYG00000001446) #22	FRS2 (ENSCHYG00000001414) #24	CCT2 (ENSCHYG00000001369) #25	LRRC10 (ENSCHYG00000001349) #26	BEST3 (ENSCHYG00000001316) #27	RAB3IP (ENSCHYG00000001137) #28	MYRFL (ENSCHYG00000000962) #29	CNOT2 (ENSCHYG00000000903) #30	KCNMB4 (ENSCHYG00000000883) #32	PTPRB (ENSCHYG00000000385)	PTPRR (ENSCHYG00000000166) #33	CPNE8 (ENSCHYG00000000063) #34	KIF21A (ENSCHYG00000019430) #35	ABCD2 (ENSCHYG00000019036) #37	C12orf40 (ENSCHYG00000018928)	ENSCHYG00000018841