Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155078.a.b.b #7	ENSGT00940000161973 #8	ENSGT00950000183209.a #9	ENSGT00390000006734.a #10	ENSGT00950000182923.A #11	ENSGT00940000162437 #12	ENSGT00940000161375.b #13	ENSGT00390000018613.b.s.a #14	ENSGT00390000011180 #15	ENSGT00390000007071.d #16	ENSGT00390000008351 #17	ENSGT00390000012424.a #18	ENSGT00390000011640 #19	ENSGT00940000160034 #20	ENSGT00940000162317 #21	ENSGT00390000015815 #22	ENSGT00940000161630 #23	ENSGT00940000159437 #24	ENSGT00390000005498 #25	ENSGT00950000183000.c.a.a.i.b #26	ENSGT00940000161363 #27	ENSGT00530000064721 #28	ENSGT00390000001568 #29	ENSGT00940000162343 #30	ENSGT00940000159867 #31	ENSGT00940000160644 #32	ENSGT00940000158735 #33	ENSGT00940000161064 #34	ENSGT00940000161992 #35	ENSGT00940000161027.d #36	ENSGT00940000153370.a.a #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155078.a.b.b #7	ENSGT00940000161973 #8	ENSGT00950000183209.a #9	ENSGT00390000006734.a #10	ENSGT00950000182923.A #11	ENSGT00940000162437 #12	ENSGT00940000161375.b #13	ENSGT00390000018613.b.s.a #14	ENSGT00390000011180 #15	ENSGT00390000007071.d #16	ENSGT00390000008351 #17	ENSGT00390000012424.a #18	ENSGT00390000011640 #19	ENSGT00940000160034 #20	ENSGT00940000162317 #21	ENSGT00390000015815 #22	ENSGT00940000161630 #23	ENSGT00940000159437 #24	ENSGT00390000005498 #25	ENSGT00950000183000.c.a.a.i.b #26	ENSGT00940000161363 #27	ENSGT00530000064721 #28	ENSGT00390000001568 #29	ENSGT00940000162343 #30	ENSGT00940000159867 #31	ENSGT00940000160644 #32	ENSGT00940000158735 #33	ENSGT00940000161064 #34	ENSGT00940000161992 #35	ENSGT00940000161027.d #36	ENSGT00940000153370.a.a #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	129	RAB1B (ENSCLAG00000015776) #7	KLC2 (ENSCLAG00000016783) #8	PACS1 (ENSCLAG00000016634) #9	SF3B2 (ENSCLAG00000016852) #10	GAL3ST3 (ENSCLAG00000014663) #11	ENSCLAG00000014999 #12	CST6 (ENSCLAG00000016026) #13	BANF1 (ENSCLAG00000016123) #14	EIF1AD (ENSCLAG00000016596) #15	SART1 (ENSCLAG00000016593) #16	TSGA10IP (ENSCLAG00000017240) #17	DRAP1 (ENSCLAG00000016245) #18	C11orf68 (ENSCLAG00000018033) #19	FOSL1 (ENSCLAG00000016730) #20	CCDC85B (ENSCLAG00000018109) #21	FIBP (ENSCLAG00000017005) #22	CTSW (ENSCLAG00000016445) #23	EFEMP2 (ENSCLAG00000016031) #24	MUS81 (ENSCLAG00000016602) #25	ENSCLAG00000016067 #26	OVOL1 (ENSCLAG00000016426) #27	AP5B1 (ENSCLAG00000016777) #28	RNASEH2C (ENSCLAG00000016534) #29	KAT5 (ENSCLAG00000015794) #30	RELA (ENSCLAG00000015473) #31	SIPA1 (ENSCLAG00000015627) #32	PCNX3 (ENSCLAG00000016745) #33	MAP3K11 (ENSCLAG00000015438) #34	KCNK7 (ENSCLAG00000015744) #35	ENSCLAG00000016303 #36	FAM89B (ENSCLAG00000016262) #37
Degu	MODERN SPECIES	59	ENSODEG00000017847 #7	KLC2 (ENSODEG00000017911) #8	PACS1 (ENSODEG00000017675) #9	ENSODEG00000020456	SF3B2 (ENSODEG00000017764) #10	GAL3ST3 (ENSODEG00000017721) #11	CST6 (ENSODEG00000017735) #13	BANF1 (ENSODEG00000017733) #14	EIF1AD (ENSODEG00000018064) #15	SART1 (ENSODEG00000017777) #16	ENSODEG00000017813 #17	DRAP1 (ENSODEG00000017786) #18	C11orf68 (ENSODEG00000018029) #19	FOSL1 (ENSODEG00000017672) #20	CCDC85B (ENSODEG00000020562) #21	FIBP (ENSODEG00000017861) #22	CTSW (ENSODEG00000017838) #23	EFEMP2 (ENSODEG00000017823) #24	MUS81 (ENSODEG00000017768) #25	ENSODEG00000017910 #26	OVOL1 (ENSODEG00000017779) #27	AP5B1 (ENSODEG00000017827) #28	RNASEH2C (ENSODEG00000017806) #29	KAT5 (ENSODEG00000017848) #30	ENSODEG00000017931 #31	SIPA1 (ENSODEG00000017904) #32	PCNX3 (ENSODEG00000017982) #33	MAP3K11 (ENSODEG00000017889) #34	KCNK7 (ENSODEG00000017832) #35	ENSODEG00000017844 #36	FAM89B (ENSODEG00000017913) #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	42	ENSCPOG00000003760	CNIH2 (ENSCPOG00000034018)	RAB1B (ENSCPOG00000014868) #7	KLC2 (ENSCPOG00000014862) #8	PACS1 (ENSCPOG00000001408) #9	SF3B2 (ENSCPOG00000008294) #10	GAL3ST3 (ENSCPOG00000007117) #11	CST6 (ENSCPOG00000026407) #13	BANF1 (ENSCPOG00000035918) #14	EIF1AD (ENSCPOG00000038958) #15	SART1 (ENSCPOG00000020882) #16	ENSCPOG00000024494 #17	DRAP1 (ENSCPOG00000020640) #18	C11orf68 (ENSCPOG00000036866) #19	FOSL1 (ENSCPOG00000032387) #20	FIBP (ENSCPOG00000002977) #22	CTSW (ENSCPOG00000002974) #23	EFEMP2 (ENSCPOG00000008083) #24	MUS81 (ENSCPOG00000008072) #25	ENSCPOG00000008063 #26	OVOL1 (ENSCPOG00000030601) #27	AP5B1 (ENSCPOG00000011201) #28	RNASEH2C (ENSCPOG00000013696) #29	KAT5 (ENSCPOG00000013693) #30	RELA (ENSCPOG00000020593) #31	SIPA1 (ENSCPOG00000025071) #32	PCNX3 (ENSCPOG00000013681) #33	MAP3K11 (ENSCPOG00000034854) #34	Kcnk7 (ENSCPOG00000013676) #35	ENSCPOG00000013669 #36	FAM89B (ENSCPOG00000037500) #37