Bos	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000183170.b.b	ENSGT00940000156322	ENSGT00390000011570	ENSGT00520000055666.b	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000155682	ENSGT00940000162889	ENSGT00940000162185	ENSGT00950000183022.b	ENSGT00940000158212.B	ENSGT00390000007989 #17	ENSGT00940000155992 #18	ENSGT00390000015709 #19	ENSGT01090000259987.a.a.a #20	ENSGT00390000004977 #21	ENSGT00950000182895.a.b.j #22	ENSGT00940000158193 #23	ENSGT00940000163441.f.a.b.d	ENSGT00940000163441.f.a.b.c.a.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00390000018807	ENSGT00940000159292	ENSGT01100000265026	ENSGT00940000161104	ENSGT00940000162228	ENSGT00940000161590	ENSGT00390000003706.a.a	ENSGT00550000074981	ENSGT00390000003873
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000011514	ENSGT00950000183170.b.b	ENSGT00940000156322	ENSGT00390000011570	ENSGT00520000055666.b	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000155682	ENSGT00940000162889	ENSGT00940000162185	ENSGT00950000183022.b	ENSGT00390000007989 #17	ENSGT00940000155992 #18	ENSGT00390000015709 #19	ENSGT01090000259987.a.a.a #20	ENSGT00390000004977 #21	ENSGT00950000182895.a.b.j #22	ENSGT00940000158193 #23	ENSGT00940000163441.f.a.b.d	ENSGT00940000163441.f.a.b.c.a.b.a.a.a	ENSGT00960000187239.b	ENSGT00940000161526.b.i	ENSGT00940000161526.b.j.a	ENSGT00960000187239.a	ENSGT00940000163441.f.a.b.c.b	ENSGT00940000163441.f.a.b.c.a.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00390000018807	ENSGT00940000159292	ENSGT01100000265026
Wild yak	MODERN SPECIES	1051											POFUT2 (ENSBMUG00000002792) #17	ADARB1 (ENSBMUG00000002765) #18	SLX9 (ENSBMUG00000002589) #19	ITGB2 (ENSBMUG00000001419) #20	PTTG1IP (ENSBMUG00000000206) #21	SUMO3 (ENSBMUG00000000140) #22	ENSBMUG00000000080 #23
Domestic yak	MODERN SPECIES	4	AMPD3 (ENSBGRG00000004237)	ADM (ENSBGRG00000004160)	ENSBGRG00000004139	SBF2 (ENSBGRG00000003871)	SWAP70 (ENSBGRG00000003749)	ENSBGRG00000003714	WEE1 (ENSBGRG00000003666)	ENSBGRG00000011132	ZNF143 (ENSBGRG00000010621)	IPO7 (ENSBGRG00000010346)	ENSBGRG00000010326	TMEM41B (ENSBGRG00000010234)	DENND5A (ENSBGRG00000009763)	SCUBE2 (ENSBGRG00000008891)	NRIP3 (ENSBGRG00000008609)	ENSBGRG00000008570 #22	ASCL3 (ENSBGRG00000008558)	C11orf16 (ENSBGRG00000008516)	ENSBGRG00000008233	DENND2B (ENSBGRG00000007364)	ENSBGRG00000007115	TRIM66 (ENSBGRG00000007026)	STK33 (ENSBGRG00000006761)	ENSBGRG00000006613	RIC3 (ENSBGRG00000006512)	TUB (ENSBGRG00000006223)	EIF3F (ENSBGRG00000006058)	ENSBGRG00000006022	ENSBGRG00000005999	ENSBGRG00000005965	ENSBGRG00000005955
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000183170.b.b	ENSGT00940000156322	ENSGT00390000011570	ENSGT00520000055666.b	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000155682	ENSGT00940000163601	ENSGT00940000162185	ENSGT00950000183022.b	ENSGT00940000158212.B	ENSGT00390000007989 #17	ENSGT00940000155992 #18	ENSGT00390000015709 #19	ENSGT01090000259987.a.a.a #20	ENSGT00390000004977 #21	ENSGT00950000182895.a.b.j #22	ENSGT00940000158193 #23	ENSGT00940000163441.f.a.b.c.a.b.a.a.a	ENSGT00960000187239.b	ENSGT00940000161526.b.i	ENSGT00940000161526.b.j.a	ENSGT00940000163441.f.a.b.c.b	ENSGT00940000163441.f.b.b.c.b	ENSGT00940000163441.f.a.b.c.a.b.a.b.a.b.b	ENSGT00940000163441.f.b.b.c.a	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00390000018807	ENSGT00940000159292	ENSGT01100000265026
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	6	ENSBIXG00005000080	SBF2 (ENSBIXG00005016555)	ENSBIXG00005016647	SWAP70 (ENSBIXG00005016714)	WEE1 (ENSBIXG00005016783)	ENSBIXG00005016814	ZNF143 (ENSBIXG00005002751)	IPO7 (ENSBIXG00005006019)	ENSBIXG00005017064	TMEM41B (ENSBIXG00005017095)	ENSBIXG00005017135	DENND5A (ENSBIXG00005002794)	SCUBE2 (ENSBIXG00005006584)	NRIP3 (ENSBIXG00005017604)	TMEM9B (ENSBIXG00005017678)	ENSBIXG00005017708 #22	ASCL3 (ENSBIXG00005017718)	C11orf16 (ENSBIXG00005017732)	AKIP1 (ENSBIXG00005007802)	DENND2B (ENSBIXG00005018004)	ENSBIXG00005018100	TRIM66 (ENSBIXG00005007053)	STK33 (ENSBIXG00005002945)	LMO1 (ENSBIXG00005018215)	RIC3 (ENSBIXG00005018251)	TUB (ENSBIXG00005018323)	ENSBIXG00005018389	ENSBIXG00005018402	ENSBIXG00005018421	ENSBIXG00005018435	ENSBIXG00005018449
Cow	DUPLICATION
Cow	MODERN SPECIES		MCM3AP (ENSBTAG00000003148)	LSS (ENSBTAG00000018936)	SPATC1L (ENSBTAG00000020409)	FTCD (ENSBTAG00000020404)	COL6A2 (ENSBTAG00000019269)	COL6A1 (ENSBTAG00000011802)	ENSBTAG00000048318	PCBP3 (ENSBTAG00000030775)	SLC19A1 (ENSBTAG00000024162)	COL18A1 (ENSBTAG00000023907)	POFUT2 (ENSBTAG00000007818) #17	ADARB1 (ENSBTAG00000017486) #18	SLX9 (ENSBTAG00000017010) #19	ITGB2 (ENSBTAG00000017060) #20	PTTG1IP (ENSBTAG00000021771) #21	SUMO3 (ENSBTAG00000017321) #22	UBE2G2 (ENSBTAG00000048090) #23	ENSBTAG00000050038	ENSBTAG00000051778	KRTAP12-2 (ENSBTAG00000018610)	ENSBTAG00000053056	KRTAP10-8 (ENSBTAG00000040291)	ENSBTAG00000052773	ENSBTAG00000037662	ENSBTAG00000051900	TSPEAR (ENSBTAG00000018607)	LRRC3 (ENSBTAG00000017882)	TRPM2 (ENSBTAG00000021901)	CFAP410 (ENSBTAG00000019589)	PFKL (ENSBTAG00000010658)	ENSBTAG00000051579
Cow	MODERN SPECIES	6	AMPD3 (ENSBTAG00000015821)	ENSBTAG00000051340	ADM (ENSBTAG00000021048)	SBF2 (ENSBTAG00000043981)	SWAP70 (ENSBTAG00000001987)	WEE1 (ENSBTAG00000005278)	ZNF143 (ENSBTAG00000016074)	ENSBTAG00000045658	IPO7 (ENSBTAG00000027722)	ENSBTAG00000027723	TMEM41B (ENSBTAG00000001607)	DENND5A (ENSBTAG00000006322)	SCUBE2 (ENSBTAG00000020573)	NRIP3 (ENSBTAG00000013366)	TMEM9B (ENSBTAG00000008310)	ENSBTAG00000004771 #22	ASCL3 (ENSBTAG00000032339)	C15H11orf16 (ENSBTAG00000001917)	AKIP1 (ENSBTAG00000001922)	DENND2B (ENSBTAG00000005356)	RPL27A (ENSBTAG00000005349)	TRIM66 (ENSBTAG00000020890)	STK33 (ENSBTAG00000011910)	LMO1 (ENSBTAG00000016320)	RIC3 (ENSBTAG00000004863)	TUB (ENSBTAG00000004862)	EIF3F (ENSBTAG00000004861)	OR10A3F (ENSBTAG00000055217)	OR10A3HP (ENSBTAG00000050520)	OR10A3G (ENSBTAG00000053959)	OR10A3I (ENSBTAG00000049963)