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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157674	ENSGT00940000165693 #10	ENSGT00390000006665.b #11	ENSGT00390000017352.d	ENSGT00940000157553 #12	ENSGT00940000159631 #13	ENSGT00940000159184 #14	ENSGT00950000183186.B.a #15	ENSGT00940000157389 #16	ENSGT00940000161531 #17	ENSGT00390000011067.B #18	ENSGT00940000159646 #19	ENSGT00390000016908 #20	ENSGT00940000154420.B	ENSGT00390000004738.c #21	ENSGT00390000013091 #22	ENSGT00390000017224 #23	ENSGT00390000011666.ob.b #24	ENSGT00940000161577 #25	ENSGT00950000182913.A.b.b #26	ENSGT00940000155273 #27	ENSGT00390000018220 #28	ENSGT00940000157517 #30	ENSGT00940000158070 #31	ENSGT00940000160204 #32	ENSGT00390000009212.i.a ##33	ENSGT00940000155218.B	ENSGT00390000006293.xc	ENSGT00390000005410	ENSGT00390000006658.b	ENSGT00950000183131.b.b
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01030000234618.A	ENSGT00390000005351	ENSGT00940000157674	ENSGT00390000006665.b #11	ENSGT00390000017352.d	ENSGT00940000157553 #12	ENSGT00940000159631 #13	ENSGT00940000159184 #14	ENSGT00950000183186.B.a #15	ENSGT00940000157389 #16	ENSGT00940000161531 #17	ENSGT00390000011067.B #18	ENSGT00940000159646 #19	ENSGT00390000016908 #20	ENSGT00390000004738.c #21	ENSGT00390000013091 #22	ENSGT00390000017224 #23	ENSGT00390000011666.ob.b #24	ENSGT00940000161577 #25	ENSGT00950000182913.A.b.b #26	ENSGT00940000155273 #27	ENSGT00390000018220 #28	ENSGT00940000157517 #30	ENSGT00940000158070 #31	ENSGT00940000160204 #32	ENSGT00390000009212.i.a.b ##33
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	113				ENSUPAG00010009207 #10	MON1B (ENSUPAG00010009187) #11	ADAMTS18 (ENSUPAG00010009111) #12	NUDT7 (ENSUPAG00010009093) #13	VAT1L (ENSUPAG00010009071) #14	CLEC3A (ENSUPAG00010009058) #15	WWOX (ENSUPAG00010009031) #16	MAF (ENSUPAG00010009006) #17	DYNLRB2 (ENSUPAG00010008995) #18	CDYL2 (ENSUPAG00010008980) #19	CMC2 (ENSUPAG00010008966) #20	ENSUPAG00010008959 #21	ATMIN (ENSUPAG00010008930) #22	C16orf46 (ENSUPAG00010008921) #23	ENSUPAG00010008909 #24	PKD1L2 (ENSUPAG00010008770) #25	BCO1 (ENSUPAG00010008730) #26	GAN (ENSUPAG00010008708) #27	CMIP (ENSUPAG00010008669) #28	ENSUPAG00010008662 #29	PLCG2 (ENSUPAG00010008607) #30	SDR42E1 (ENSUPAG00010008582) #31	HSD17B2 (ENSUPAG00010008573) #32	ENSUPAG00010008571 #33
Squirrel	MODERN SPECIES	75	TERF2IP (ENSSTOG00000023669)	CNTNAP4 (ENSSTOG00000000938)	MON1B (ENSSTOG00000027070) #11	ENSSTOG00000026850	ADAMTS18 (ENSSTOG00000012392) #12	NUDT7 (ENSSTOG00000028240) #13	VAT1L (ENSSTOG00000005476) #14	CLEC3A (ENSSTOG00000005493) #15	WWOX (ENSSTOG00000028005) #16	DYNLRB2 (ENSSTOG00000023418) #18	CDYL2 (ENSSTOG00000013005) #19	CMC2 (ENSSTOG00000033130) #20	ENSSTOG00000030854 #21	ENSSTOG00000007345 #21	C16orf46 (ENSSTOG00000007385) #23	ATMIN (ENSSTOG00000007376) #22	GCSH (ENSSTOG00000016433) #24	PKD1L2 (ENSSTOG00000007401) #25	BCO1 (ENSSTOG00000007469) #26	GAN (ENSSTOG00000007492) #27	CMIP (ENSSTOG00000006702) #28	PLCG2 (ENSSTOG00000005756) #30	SDR42E1 (ENSSTOG00000027319) #31	HSD17B2 (ENSSTOG00000021305) #32	ENSSTOG00000019608 ##33
Alpin marmot	MODERN SPECIES	43	TERF2IP (ENSMMMG00000012629)	CNTNAP4 (ENSMMMG00000012584)	ENSMMMG00000012568 #10	MON1B (ENSMMMG00000012559) #11	ADAMTS18 (ENSMMMG00000012500) #12	NUDT7 (ENSMMMG00000012478) #13	VAT1L (ENSMMMG00000012469) #14	CLEC3A (ENSMMMG00000012467) #15	WWOX (ENSMMMG00000012447) #16	ENSMMMG00000012440 #17	DYNLRB2 (ENSMMMG00000012433) #18	CDYL2 (ENSMMMG00000012427) #19	CMC2 (ENSMMMG00000012416) #20	ENSMMMG00000012414	ENSMMMG00000012408 #21	ATMIN (ENSMMMG00000012386) #22	C16orf46 (ENSMMMG00000012372) #23	ENSMMMG00000012364 #24	PKD1L2 (ENSMMMG00000012278) #25	BCO1 (ENSMMMG00000012247) #26	GAN (ENSMMMG00000012233) #27	CMIP (ENSMMMG00000012172) #28	ENSMMMG00000012168	PLCG2 (ENSMMMG00000012131) #30	SDR42E1 (ENSMMMG00000012120) #31	HSD17B2 (ENSMMMG00000012113) #32	ENSMMMG00000012102 ##33	ENSMMMG00000012088	CDH13 (ENSMMMG00000012072)	MLYCD (ENSMMMG00000012063)	OSGIN1 (ENSMMMG00000012058)
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	8	CNTNAP4 (ENSSVLG00005016453)	MON1B (ENSSVLG00005016284) #11	SYCE1L (ENSSVLG00005016146)	ENSSVLG00005016092	ADAMTS18 (ENSSVLG00005015898) #12	NUDT7 (ENSSVLG00005015783) #13	VAT1L (ENSSVLG00005015671) #14	CLEC3A (ENSSVLG00005015615) #15	ENSSVLG00005015573	WWOX (ENSSVLG00005015526) #16	ENSSVLG00005015446 #17	DYNLRB2 (ENSSVLG00005015349) #18	CDYL2 (ENSSVLG00005015278) #19	CMC2 (ENSSVLG00005015210) #20	CENPN (ENSSVLG00005015134) #21	ENSSVLG00005015037 #22	C16orf46 (ENSSVLG00005014992) #23	ENSSVLG00005025763	BCO1 (ENSSVLG00005025719) #26	GAN (ENSSVLG00005025710) #27	ENSSVLG00005025705	PLCG2 (ENSSVLG00005025677) #30	SDR42E1 (ENSSVLG00005025668) #31	ENSSVLG00005025661	HSD17B2 (ENSSVLG00005025655) #32	MPHOSPH6 (ENSSVLG00005025646) ##33	CDH13 (ENSSVLG00005025632)	HSBP1 (ENSSVLG00005025608)	MLYCD (ENSSVLG00005025603)	OSGIN1 (ENSSVLG00005025591)	NECAB2 (ENSSVLG00005025579)
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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT01030000234618.A	ENSGT00390000005351.d	ENSGT00940000157674	ENSGT00390000006665.b #11	ENSGT00390000017352.d	ENSGT00940000157553 #12	ENSGT00940000159631 #13	ENSGT00940000159184 #14	ENSGT00950000183186.B.a #15	ENSGT00940000157389 #16	ENSGT00940000161531 #17	ENSGT00390000011067.B #18	ENSGT00940000159646 #19	ENSGT00390000016908 #20	ENSGT00390000004738 #21	ENSGT00390000013091 #22	ENSGT00390000017224 #23	ENSGT00390000011666 #24	ENSGT00940000161577 #25	ENSGT00950000182913.A.b.b #26	ENSGT00940000155273 #27	ENSGT00390000018220 #28	ENSGT00940000157517 #30
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234618.A	ENSGT00390000005351.d	ENSGT00940000157674	ENSGT00390000006665.b #11	ENSGT00390000017352.d	ENSGT00940000157553 #12	ENSGT00940000159631 #13	ENSGT00940000159184 #14	ENSGT00950000183186.B.a #15	ENSGT00940000157389 #16	ENSGT00940000161531 #17	ENSGT00390000011067.B #18	ENSGT00940000159646 #19	ENSGT00390000016908 #20	ENSGT00390000004738 #21	ENSGT00390000013091 #22	ENSGT00390000017224 #23	ENSGT00390000011666 #24	ENSGT00940000161577 #25	ENSGT00950000182913.A.b.b #26	ENSGT00940000155273 #27	ENSGT00390000018220 #28	ENSGT00940000157517 #30
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	229					MON1B (ENSCLAG00000000195) #11	ENSCLAG00000000207	ADAMTS18 (ENSCLAG00000000225) #12	NUDT7 (ENSCLAG00000000398) #13	VAT1L (ENSCLAG00000000415) #14	CLEC3A (ENSCLAG00000000418) #15	WWOX (ENSCLAG00000000478) #16	DYNLRB2 (ENSCLAG00000000937) #18	CDYL2 (ENSCLAG00000000214) #19	CMC2 (ENSCLAG00000000295) #20	CENPN (ENSCLAG00000000300) #21	ATMIN (ENSCLAG00000000316) #22	ENSCLAG00000000329 #23	GCSH (ENSCLAG00000000355) #24	PKD1L2 (ENSCLAG00000000118) #25	BCO1 (ENSCLAG00000000277) #26	GAN (ENSCLAG00000000989) #27	CMIP (ENSCLAG00000000406) #28	PLCG2 (ENSCLAG00000000592) #30
Degu	MODERN SPECIES	52	TERF2IP (ENSODEG00000013617)	CNTNAP4 (ENSODEG00000014247)	MON1B (ENSODEG00000013202) #11	ENSODEG00000013470	ADAMTS18 (ENSODEG00000013530) #12	NUDT7 (ENSODEG00000012841) #13	VAT1L (ENSODEG00000013630) #14	CLEC3A (ENSODEG00000015370) #15	WWOX (ENSODEG00000014111) #16	MAF (ENSODEG00000014515) #17	DYNLRB2 (ENSODEG00000012819) #18	CDYL2 (ENSODEG00000012881) #19	ENSODEG00000019996	CMC2 (ENSODEG00000014155) #20	CENPN (ENSODEG00000012974) #21	ATMIN (ENSODEG00000012463) #22	GCSH (ENSODEG00000013012) #24	PKD1L2 (ENSODEG00000013047) #25	BCO1 (ENSODEG00000013835) #26	GAN (ENSODEG00000014419) #27	CMIP (ENSODEG00000013897) #28	PLCG2 (ENSODEG00000014144) #30	ENSODEG00000020092
Guinea pig	MODERN SPECIES	118					MON1B (ENSCPOG00000013894) #11	SYCE1L (ENSCPOG00000013897)	ADAMTS18 (ENSCPOG00000013899) #12	NUDT7 (ENSCPOG00000040012) #13	VAT1L (ENSCPOG00000007669) #14	CLEC3A (ENSCPOG00000033144) #15	WWOX (ENSCPOG00000001954) #16	DYNLRB2 (ENSCPOG00000021696) #18	CDYL2 (ENSCPOG00000008786) #19	CMC2 (ENSCPOG00000012364) #20	CENPN (ENSCPOG00000004015) #21	ATMIN (ENSCPOG00000020155) #22	ENSCPOG00000040141 #23	GCSH (ENSCPOG00000009983) #24
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	26	ENSHGLG00000037762	CNTNAP4 (ENSHGLG00000014557)	MON1B (ENSHGLG00000011826) #11	ENSHGLG00000042594	ADAMTS18 (ENSHGLG00000012658) #12	NUDT7 (ENSHGLG00000011902) #13	VAT1L (ENSHGLG00000010671) #14	CLEC3A (ENSHGLG00000042627) #15	WWOX (ENSHGLG00000013627) #16	MAF (ENSHGLG00000037503) #17	DYNLRB2 (ENSHGLG00000009690) #18	CDYL2 (ENSHGLG00000018737) #19	ENSHGLG00000019436	ENSHGLG00000039367	CENPN (ENSHGLG00000050859) #21	ATMIN (ENSHGLG00000014861) #22	C16orf46 (ENSHGLG00000034703) #23	GCSH (ENSHGLG00000044660) #24	ENSHGLG00000038072 #25	BCO1 (ENSHGLG00000017639) #26	GAN (ENSHGLG00000018670) #27	CMIP (ENSHGLG00000009888) #28	PLCG2 (ENSHGLG00000014242) #30	SDR42E1 (ENSHGLG00000010816) #31	ENSHGLG00000038316 #32	MPHOSPH6 (ENSHGLG00000019140) ##33	ENSHGLG00000045793	ENSHGLG00000018583	CIAO2B (ENSHGLG00000043672)	RRAD (ENSHGLG00000016885)	CDH16 (ENSHGLG00000019376)