Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162396	ENSGT00940000161652	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000156714	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155623	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155699	ENSGT00390000008069	ENSGT00940000155443	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a	ENSGT00440000033827 #21	ENSGT00940000157612 #22	ENSGT00940000155982 #23	ENSGT00390000016845 #24	ENSGT00390000013305.a.a.v #25	ENSGT00940000154645.A #26	ENSGT00950000182995.e.a.a.a #27	ENSGT00390000007900 #28	ENSGT00390000004263.b #29	ENSGT00940000155646 #30	ENSGT00940000160213 #33	ENSGT00940000154459.B #35	ENSGT00940000153916.B #36	ENSGT01030000234517.D #34	ENSGT00940000155734.q	ENSGT00390000008041.C	ENSGT01100000263518.A.a.a.b
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	64								ENSGT00940000155623	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155699	ENSGT00390000008069	ENSGT00940000155443	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b	ENSGT00440000033827 #21	ENSGT00940000157612 #22	ENSGT00940000155982 #23	ENSGT00390000013305.a.a.u.a ##25	ENSGT00390000016845 #24	ENSGT00390000013305.a.a.v #25	ENSGT00940000154645.A #26	ENSGT00950000182995.e.a.a.a #27	ENSGT00390000007900 #28	ENSGT00390000004263.b #29	ENSGT00940000155646 #30	ENSGT00940000160213 #33	ENSGT00940000154459.B #35	ENSGT00940000153916.B #36	ENSGT01030000234517.D #34	ENSGT00940000155734.q	ENSGT00390000008041.C
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	19															ENSHGLG00000001858 #21	GRHL1 (ENSHGLG00000004863) #22	KLF11 (ENSHGLG00000033218) #23	ENSHGLG00000002385 #24	RRM2 (ENSHGLG00000000884) #25	HPCAL1 (ENSHGLG00000000540) #26	ENSHGLG00000000300 #27	NOL10 (ENSHGLG00000001564) #28	ATP6V1C2 (ENSHGLG00000001064) #29	PDIA6 (ENSHGLG00000000403) #30	ENSHGLG00000047929 #31	ENSHGLG00000050301 #32	KCNF1 (ENSHGLG00000003808) #33	ENSHGLG00000000514 #34	ENSHGLG00000001946 #35	SLC66A3 (ENSHGLG00000001582) #36	ENSHGLG00000046079 #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00390000014122.i.b.a.b	ENSGT00390000003466	ENSGT00390000008195	ENSGT00390000002448	ENSGT00730000111137	ENSGT00940000155671	ENSGT00940000157666	ENSGT00940000155623	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155699	ENSGT00390000008069	ENSGT00940000155443	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b	ENSGT00440000033827 #21	ENSGT00940000157612 #22	ENSGT00940000155982 #23	ENSGT00390000013305.a.a.v #25	ENSGT00940000154645.A #26	ENSGT00950000182995.e.a.a.a #27	ENSGT00390000007900 #28	ENSGT00390000004263.b #29	ENSGT00940000155646 #30	ENSGT00940000160213 #33	ENSGT00940000154459.B #35	ENSGT00940000153916.B #36	ENSGT01030000234517.D #34	ENSGT00940000155734.q	ENSGT00390000008041.C	ENSGT00940000157219	ENSGT00950000182986.a.b.a
Guinea pig	MODERN SPECIES	125																GRHL1 (ENSCPOG00000010783) #22	KLF11 (ENSCPOG00000025767) #23	RRM2 (ENSCPOG00000008652) #25	HPCAL1 (ENSCPOG00000034185) #26	ODC1 (ENSCPOG00000008476) #27	NOL10 (ENSCPOG00000007706) #28	ATP6V1C2 (ENSCPOG00000008738) #29	PDIA6 (ENSCPOG00000010804) #30	KCNF1 (ENSCPOG00000015432) #33	C2orf50 (ENSCPOG00000034329) #35	SLC66A3 (ENSCPOG00000031555) #36	ROCK2 (ENSCPOG00000012664) #34	E2F6 (ENSCPOG00000019385)	GREB1 (ENSCPOG00000006588)	LPIN1 (ENSCPOG00000013546)	TRIB2 (ENSCPOG00000040411)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	91	ENSGT00390000014122.i.b.a.b	ENSGT00390000003466	ENSGT00390000008195	ENSGT00390000002448	ENSGT00730000111137	ENSGT00940000155671	ENSGT00940000157666	ENSGT00940000155623	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155699	ENSGT00390000008069	ENSGT00940000155443	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b	ENSGT00440000033827 #21	ENSGT00940000157612 #22	ENSGT00940000155982 #23	ENSGT00390000013305.a.a.v #25	ENSGT00390000013305.a.a.u.a ##25	ENSGT00940000154645.A #26	ENSGT00950000182995.e.a.a.a #27	ENSGT00390000007900 #28	ENSGT00390000004263.b #29	ENSGT00940000155646 #30	ENSGT00940000160213 #33	ENSGT00940000170593	ENSGT00940000153916.B #36	ENSGT01030000234517.D #34	ENSGT00940000155734.q	ENSGT00390000008041.C	ENSGT00940000157219
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	194	RPS7 (ENSCLAG00000002424)	RNASEH1 (ENSCLAG00000002440)	ADI1 (ENSCLAG00000002464)	TRAPPC12 (ENSCLAG00000002486)	EIPR1 (ENSCLAG00000002535)	ENSCLAG00000001592	MYT1L (ENSCLAG00000001644)	PXDN (ENSCLAG00000001727)	ASAP2 (ENSCLAG00000001989)	ITGB1BP1 (ENSCLAG00000002388)	CPSF3 (ENSCLAG00000002727)	IAH1 (ENSCLAG00000002879)	ADAM17 (ENSCLAG00000003055)	YWHAQ (ENSCLAG00000003576)	TAF1B (ENSCLAG00000003776) #21	GRHL1 (ENSCLAG00000004000) #22	ENSCLAG00000004146 #23	RRM2 (ENSCLAG00000001926) #25	ENSCLAG00000002025	HPCAL1 (ENSCLAG00000002037) #26	ODC1 (ENSCLAG00000002140) #27	NOL10 (ENSCLAG00000002234) #28	ATP6V1C2 (ENSCLAG00000006612) #29	PDIA6 (ENSCLAG00000006956) #30	KCNF1 (ENSCLAG00000017968) #33	ENSCLAG00000007661	SLC66A3 (ENSCLAG00000008584) #36	ROCK2 (ENSCLAG00000009471) #34	E2F6 (ENSCLAG00000004863)	GREB1 (ENSCLAG00000005662)	LPIN1 (ENSCLAG00000001810)
Degu	MODERN SPECIES	192				MYT1L (ENSODEG00000001544)	ENSODEG00000018668	PXDN (ENSODEG00000001228)	ASAP2 (ENSODEG00000001497)	ENSODEG00000018909	ENSODEG00000003101	CPSF3 (ENSODEG00000003129)	IAH1 (ENSODEG00000003362)	ADAM17 (ENSODEG00000003472)	YWHAQ (ENSODEG00000001504)	ENSODEG00000001535	TAF1B (ENSODEG00000002052) #21	GRHL1 (ENSODEG00000002151) #22	ENSODEG00000002288 #23	RRM2 (ENSODEG00000002317) ##25	ENSODEG00000002415 #26	ODC1 (ENSODEG00000000437) #27	NOL10 (ENSODEG00000000508) #28	ATP6V1C2 (ENSODEG00000000754) #29	ENSODEG00000000842 #30	ENSODEG00000000975	ENSODEG00000000987 #36	ENSODEG00000001162 #34	ENSODEG00000001198 #34	ENSODEG00000001238	GREB1 (ENSODEG00000002144)	LPIN1 (ENSODEG00000003117)	TRIB2 (ENSODEG00000003153)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162396	ENSGT00940000161652	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000156714	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155623	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155699	ENSGT00390000008069	ENSGT00940000155443	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a	ENSGT00440000033827 #21	ENSGT00940000157612 #22	ENSGT00940000155982.b #23	ENSGT00390000016845 #24	ENSGT00390000013305.a.a.v.b #25	ENSGT00940000154645.A #26	ENSGT00950000182995.e.a.a.a #27	ENSGT00390000007900 #28	ENSGT00390000004263.b #29	ENSGT00940000155646 #30	ENSGT00940000160213 #33	ENSGT00940000154459.B #35	ENSGT00940000153916.B #36	ENSGT01030000234517.D #34	ENSGT00940000155734.q	ENSGT00390000008041.C	ENSGT01100000263518.A.a.a.b
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	5	SOX11 (ENSSVLG00005021089)	CMPK2 (ENSSVLG00005020981)	RSAD2 (ENSSVLG00005020911)	RNF144A (ENSSVLG00005020868)	ID2 (ENSSVLG00005020830)	KIDINS220 (ENSSVLG00005020790)	MBOAT2 (ENSSVLG00005020748)	ASAP2 (ENSSVLG00005020310)	ITGB1BP1 (ENSSVLG00005020179)	CPSF3 (ENSSVLG00005020098)	IAH1 (ENSSVLG00005019997)	ADAM17 (ENSSVLG00005019936)	YWHAQ (ENSSVLG00005019899)	ENSSVLG00005019881	ENSSVLG00005019695 #21	ENSSVLG00005019438 #22	KLF11 (ENSSVLG00005019337) #23	CYS1 (ENSSVLG00005019295) #24	ENSSVLG00005019233 #25	HPCAL1 (ENSSVLG00005019176) #26	ENSSVLG00005019056 #27	NOL10 (ENSSVLG00005018977) #28	ENSSVLG00005018931	ATP6V1C2 (ENSSVLG00005018543) #29	PDIA6 (ENSSVLG00005018305) #30	KCNF1 (ENSSVLG00005018274) #33	C2orf50 (ENSSVLG00005018240) #35	SLC66A3 (ENSSVLG00005018165) #36	ROCK2 (ENSSVLG00005018051) #34	ENSSVLG00005017989	ENSSVLG00005017788
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	42					ENSSVLG00005018207	ENSSVLG00005018167	ENSSVLG00005018123	ENSSVLG00005018056	ENSSVLG00005018030	ENSSVLG00005017990	ENSSVLG00005017973	ENSSVLG00005017934	ENSSVLG00005017901	ENSSVLG00005017853	ENSSVLG00005017798	ENSSVLG00005017762 #22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162396	ENSGT00940000161652	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000156714	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155623	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155699	ENSGT00390000008069.k.a	ENSGT00940000155443	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a	ENSGT00440000033827 #21	ENSGT00940000157612 #22	ENSGT00940000155982.b #23	ENSGT00390000016845 #24	ENSGT00390000013305.a.a.v.b #25	ENSGT00940000154645.A #26	ENSGT00950000182995.e.a.a.a #27	ENSGT00390000007900 #28	ENSGT00390000004263.b #29	ENSGT00940000155646 #30	ENSGT00940000160213 #33	ENSGT00940000154459.B #35	ENSGT00940000153916.B #36	ENSGT01030000234517.D #34	ENSGT00940000155734.q	ENSGT00390000008041.C	ENSGT01100000263518.A.a.a.b
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162396	ENSGT00940000161652	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000156714	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155623	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155699	ENSGT00390000008069.k.a	ENSGT00940000155443	ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b	ENSGT00440000033827 #21	ENSGT00940000157612 #22	ENSGT00940000155982.b #23	ENSGT00390000013305.a.a.v.b #25	ENSGT00940000154645.A #26	ENSGT00950000182995.e.a.a.a #27	ENSGT00390000007900 #28	ENSGT00390000004263.b #29	ENSGT00940000155646 #30	ENSGT00940000160213 #33	ENSGT00940000154459.B #35	ENSGT00940000153916.B #36	ENSGT01030000234517.D #34	ENSGT00940000155734.q	ENSGT00390000008041.C	ENSGT01100000263518.A.a.a.b	ENSGT00940000157219
Squirrel	MODERN SPECIES	132	ALLC (ENSSTOG00000002136)	DCDC2C (ENSSTOG00000020234)	CMPK2 (ENSSTOG00000019402)	RSAD2 (ENSSTOG00000006147)	RNF144A (ENSSTOG00000027570)	ID2 (ENSSTOG00000019401)	KIDINS220 (ENSSTOG00000013232)	MBOAT2 (ENSSTOG00000020147)	ASAP2 (ENSSTOG00000004398)	ITGB1BP1 (ENSSTOG00000004464)	CPSF3 (ENSSTOG00000004476)	ENSSTOG00000004500	ADAM17 (ENSSTOG00000004510)	ENSSTOG00000024378	TAF1B (ENSSTOG00000002419) #21	GRHL1 (ENSSTOG00000019842) #22	ENSSTOG00000030936 #23	ENSSTOG00000033669 #25	HPCAL1 (ENSSTOG00000001514) #26	ENSSTOG00000000386 #27	NOL10 (ENSSTOG00000005485) #28	ATP6V1C2 (ENSSTOG00000005527) #29	PDIA6 (ENSSTOG00000005550) #30	C2orf50 (ENSSTOG00000002600) #35	SLC66A3 (ENSSTOG00000027023) #36	ROCK2 (ENSSTOG00000002624) #34	E2F6 (ENSSTOG00000003316)	GREB1 (ENSSTOG00000026032)	NTSR2 (ENSSTOG00000010000)	LPIN1 (ENSSTOG00000010854)	ENSSTOG00000002702
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES			SOX11 (ENSUPAG00010012315)	CMPK2 (ENSUPAG00010012310)	RSAD2 (ENSUPAG00010012305)	RNF144A (ENSUPAG00010012263)	ID2 (ENSUPAG00010012253)	KIDINS220 (ENSUPAG00010012028)	MBOAT2 (ENSUPAG00010011957)	ASAP2 (ENSUPAG00010011650)	ITGB1BP1 (ENSUPAG00010011629)	CPSF3 (ENSUPAG00010011610)	ENSUPAG00010011577	ADAM17 (ENSUPAG00010011539)	YWHAQ (ENSUPAG00010011534)	TAF1B (ENSUPAG00010011508) #21	GRHL1 (ENSUPAG00010011483) #22	KLF11 (ENSUPAG00010011457) #23	CYS1 (ENSUPAG00010011444) #24	HPCAL1 (ENSUPAG00010011428) #26	ODC1 (ENSUPAG00010011416) #27	NOL10 (ENSUPAG00010011386) #28	ATP6V1C2 (ENSUPAG00010011265) #29	PDIA6 (ENSUPAG00010011237) #30	KCNF1 (ENSUPAG00010011227) #33	C2orf50 (ENSUPAG00010011218) #35	SLC66A3 (ENSUPAG00010011204) #36	ROCK2 (ENSUPAG00010011170) #34	ENSUPAG00010011160	E2F6 (ENSUPAG00010011151)	GREB1 (ENSUPAG00010011107)	NTSR2 (ENSUPAG00010011106)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	6	ENSMMMG00000022822	SOX11 (ENSMMMG00000022819)	CMPK2 (ENSMMMG00000022812)	RSAD2 (ENSMMMG00000022810)	RNF144A (ENSMMMG00000022809)	ID2 (ENSMMMG00000022803)	KIDINS220 (ENSMMMG00000022748)	MBOAT2 (ENSMMMG00000022735)	ASAP2 (ENSMMMG00000022671)	ITGB1BP1 (ENSMMMG00000022669)	CPSF3 (ENSMMMG00000022663)	IAH1 (ENSMMMG00000022658)	ADAM17 (ENSMMMG00000022654)	YWHAQ (ENSMMMG00000022652)	TAF1B (ENSMMMG00000022638) #21	GRHL1 (ENSMMMG00000022631) #22	KLF11 (ENSMMMG00000022629) #23	ENSMMMG00000022625 #24	ENSMMMG00000022624 #25	HPCAL1 (ENSMMMG00000022618) #26	ODC1 (ENSMMMG00000022615) #27	NOL10 (ENSMMMG00000022607) #28	ATP6V1C2 (ENSMMMG00000022583) #29	PDIA6 (ENSMMMG00000022575) #30	KCNF1 (ENSMMMG00000022573) #33	C2orf50 (ENSMMMG00000022565) #35	SLC66A3 (ENSMMMG00000022562) #36	ROCK2 (ENSMMMG00000022550) #34	E2F6 (ENSMMMG00000022544)	GREB1 (ENSMMMG00000022514)	LPIN1 (ENSMMMG00000022468)