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Boreoeutheria	DUPLICATION
Boreoeutheria	DUPLICATION
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Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT01070000257287	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36
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Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00940000170238 #23	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
Polar bear	MODERN SPECIES	255	PTPN23 (ENSUMAG00000003443) #7	ENSUMAG00000003353 #8	SCAP (ENSUMAG00000003046) #9	ELP6 (ENSUMAG00000002998) #10	CSPG5 (ENSUMAG00000002992) #11	SMARCC1 (ENSUMAG00000002353) #12	DHX30 (ENSUMAG00000001274) #13	ENSUMAG00000001143 #14	ENSUMAG00000001107 #15	CDC25A (ENSUMAG00000000866) #16	ENSUMAG00000000848 #17	NME6 (ENSUMAG00000000834) #18	ENSUMAG00000000814 #19	FBXW12 (ENSUMAG00000000804) #20	CCDC51 (ENSUMAG00000000685) #21	TMA7 (ENSUMAG00000000676) #22	ENSUMAG00000000667 #23	ATRIP (ENSUMAG00000000650) #24	TREX1 (ENSUMAG00000000635) #25	SHISA5 (ENSUMAG00000000620) #26	PFKFB4 (ENSUMAG00000000607) #27	UCN2 (ENSUMAG00000000605) #28	UQCRC1 (ENSUMAG00000000583) #29	TMEM89 (ENSUMAG00000000570) #30	SLC26A6 (ENSUMAG00000000551) #31	ENSUMAG00000000521 #32	NCKIPSD (ENSUMAG00000000487) #33	IP6K2 (ENSUMAG00000000479) #34	PRKAR2A (ENSUMAG00000000109) #35	SLC25A20 (ENSUMAG00000023485) #36	ARIH2 (ENSUMAG00000023482) #37
American black bear	MODERN SPECIES	85															CNTLN (ENSUAMG00000020562)	ENSUAMG00000020564 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	14	KLHL18 (ENSAMEG00000012830)	PTPN23 (ENSAMEG00000012896) #7	SCAP (ENSAMEG00000012941) #9	ELP6 (ENSAMEG00000012996) #10	CSPG5 (ENSAMEG00000013011) #11	SMARCC1 (ENSAMEG00000013014) #12	DHX30 (ENSAMEG00000013112) #13	MAP4 (ENSAMEG00000013152)	CDC25A (ENSAMEG00000001398) #16	CAMP (ENSAMEG00000001387) #17	ENSAMEG00000001373 #18	SPINK8 (ENSAMEG00000027209) #19	FBXW12 (ENSAMEG00000001338) #20	PLXNB1 (ENSAMEG00000001203)	CCDC51 (ENSAMEG00000029640) #21	TMA7 (ENSAMEG00000001193) #22	ATRIP (ENSAMEG00000001151) #24	SHISA5 (ENSAMEG00000001145) #26	PFKFB4 (ENSAMEG00000001043) #27	UCN2 (ENSAMEG00000018892) #28	UQCRC1 (ENSAMEG00000000706) #29	TMEM89 (ENSAMEG00000000704) #30	SLC26A6 (ENSAMEG00000000655) #31	CELSR3 (ENSAMEG00000000572)	NCKIPSD (ENSAMEG00000000528) #33	IP6K2 (ENSAMEG00000000516) #34	PRKAR2A (ENSAMEG00000000490) #35	SLC25A20 (ENSAMEG00000000469) #36	ARIH2 (ENSAMEG00000013035) #37	P4HTM (ENSAMEG00000026267)	WDR6 (ENSAMEG00000013002)
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American mink	DUPLICATION
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Dingo	DUPLICATION
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Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b #17	ENSGT00390000000410.m #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000164160	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b.a #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.a #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b.a.a #17	ENSGT00390000000410.n.b.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.d #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.a #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1221	ENSMMSG00000021398	DHX30 (ENSMMSG00000021457) #13	ENSMMSG00000021669 #15	CDC25A (ENSMMSG00000021780) #16	ENSMMSG00000021869 #17	ENSMMSG00000021876 #17	ENSMMSG00000021889 #17	ENSMMSG00000021896 #17	ENSMMSG00000021916 #17	ENSMMSG00000021940 #17	NME6 (ENSMMSG00000021967) #18	SPINK8 (ENSMMSG00000022039) #19	ENSMMSG00000022058	PLXNB1 (ENSMMSG00000022078)	ENSMMSG00000022157 #21	TMA7 (ENSMMSG00000022180) #22	ATRIP (ENSMMSG00000022194) #24	SHISA5 (ENSMMSG00000022250) #26	PFKFB4 (ENSMMSG00000022275) #27	UCN2 (ENSMMSG00000022348) #28	UQCRC1 (ENSMMSG00000022808) #29	TMEM89 (ENSMMSG00000022831) #30	SLC26A6 (ENSMMSG00000022876) #31	CELSR3 (ENSMMSG00000023095)	NCKIPSD (ENSMMSG00000023115) #33	IP6K2 (ENSMMSG00000023124) #34	PRKAR2A (ENSMMSG00000023137) #35	ENSMMSG00000023156	ENSMMSG00000023160	ENSMMSG00000023164	SLC25A20 (ENSMMSG00000023168) #36
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b.a.a #17	ENSGT00390000000410.n.b.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.d #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.a #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.n.b.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.a #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b.a.a #17	ENSGT00390000000410.n.b.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.b #17	ENSGT00390000000410.m.d #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.a #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.n.b.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.a #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00940000170238 #23	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36
American bison	MODERN SPECIES	3218										ENSBBBG00000002479 #17	NME6 (ENSBBBG00000001774) #18	SPINK8 (ENSBBBG00000012829) #19	ENSBBBG00000001766	PLXNB1 (ENSBBBG00000002545)	CCDC51 (ENSBBBG00000012907) #21	TMA7 (ENSBBBG00000006840) #22	ENSBBBG00000012916 #23	TREX1 (ENSBBBG00000012921) #25	ENSBBBG00000012931 #26	ENSBBBG00000012935 #26	PFKFB4 (ENSBBBG00000012994) #27	UCN2 (ENSBBBG00000002589) #28	ENSBBBG00000002621	UQCRC1 (ENSBBBG00000001688) #29	TMEM89 (ENSBBBG00000013092) #30	SLC26A6 (ENSBBBG00000013214) #31	CELSR3 (ENSBBBG00000001641)	NCKIPSD (ENSBBBG00000013266) #33	IP6K2 (ENSBBBG00000013273) #34	PRKAR2A (ENSBBBG00000001622) #35	SLC25A20 (ENSBBBG00000013306) #36
Bos	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b.a.a #17	ENSGT00390000000410.n.b.a.b #17	ENSGT00390000000410.n.b.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.a #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.b #17	ENSGT00390000000410.m.d #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.a #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.b #17	ENSGT00390000000410.n.b.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.a #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36
Wild yak	MODERN SPECIES	2401									ENSBMUG00000011626 #17	ENSBMUG00000011649 #17	NME6 (ENSBMUG00000011691) #18	SPINK8 (ENSBMUG00000011713) #19	ENSBMUG00000011720	PLXNB1 (ENSBMUG00000011781)	CCDC51 (ENSBMUG00000011832) #21	TMA7 (ENSBMUG00000011840) #22	ATRIP (ENSBMUG00000011897) #24	TREX1 (ENSBMUG00000011950) #25	SHISA5 (ENSBMUG00000011961) #26	PFKFB4 (ENSBMUG00000011999) #27	UCN2 (ENSBMUG00000012034) #28	ENSBMUG00000012445	UQCRC1 (ENSBMUG00000012561) #29	TMEM89 (ENSBMUG00000012567) #30	SLC26A6 (ENSBMUG00000012744) #31	CELSR3 (ENSBMUG00000013264)	NCKIPSD (ENSBMUG00000013484) #33	IP6K2 (ENSBMUG00000013503) #34	PRKAR2A (ENSBMUG00000013542) #35	SLC25A20 (ENSBMUG00000013606) #36	ARIH2 (ENSBMUG00000013680) #37
Domestic yak	MODERN SPECIES	14	Cdc25A (ENSBGRG00000019593) #16	CATHL6 (ENSBGRG00000019951) #17	ENSBGRG00000020199 #17	ENSBGRG00000020261 #17	ENSBGRG00000020321 #17	ENSBGRG00000020339 #17	ENSBGRG00000020385 #17	ENSBGRG00000020459 #17	ENSBGRG00000020474 #17	NME6 (ENSBGRG00000020497) #18	SPINK8 (ENSBGRG00000020655) #19	ENSBGRG00000020686	ENSBGRG00000020703	PLXNB1 (ENSBGRG00000020715)	CCDC51 (ENSBGRG00000020803) #21	TMA7 (ENSBGRG00000020835) #22	ATRIP (ENSBGRG00000020875) #24	TREX1 (ENSBGRG00000021166) #25	ENSBGRG00000021179 #26	ENSBGRG00000021235	PFKFB4 (ENSBGRG00000021259) #27	ENSBGRG00000021394 #28	UQCRC1 (ENSBGRG00000022247) #29	TMEM89 (ENSBGRG00000022364) #30	SLC26A6 (ENSBGRG00000022432) #31	ENSBGRG00000023309	NCKIPSD (ENSBGRG00000023323) #33	IP6K2 (ENSBGRG00000023483) #34	PRKAR2A (ENSBGRG00000023547) #35	ENSBGRG00000023787	ARIH2 (ENSBGRG00000023826) #37
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b.a.a #17	ENSGT00390000000410.n.b.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.b #17	ENSGT00390000000410.m.d #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.a #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.a.a.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.a #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	14	ELP6 (ENSBIXG00005020729) #10	CSPG5 (ENSBIXG00005020692) #11	SMARCC1 (ENSBIXG00005020633) #12	DHX30 (ENSBIXG00005020547) #13	MAP4 (ENSBIXG00005006038)	CDC25A (ENSBIXG00005007298) #16	ENSBIXG00005006819 #17	ENSBIXG00005020021 #17	ENSBIXG00005019983 #17	ENSBIXG00005019850 #17	NME6 (ENSBIXG00005019696) #18	SPINK8 (ENSBIXG00005019540) #19	ENSBIXG00005019523	PLXNB1 (ENSBIXG00005019458)	CCDC51 (ENSBIXG00005019062) #21	TMA7 (ENSBIXG00005019043) #22	ATRIP (ENSBIXG00005003099) #24	TREX1 (ENSBIXG00005018879) #25	SHISA5 (ENSBIXG00005018853) #26	ENSBIXG00005006874	PFKFB4 (ENSBIXG00005018806) #27	ENSBIXG00005018733	UCN2 (ENSBIXG00005005662) #28	UQCRC1 (ENSBIXG00005007288) #29	ENSBIXG00005018217	TMEM89 (ENSBIXG00005018210) #30	SLC26A6 (ENSBIXG00005018196) #31	CELSR3 (ENSBIXG00005018136)	NCKIPSD (ENSBIXG00005002932) #33	IP6K2 (ENSBIXG00005018059) #34	PRKAR2A (ENSBIXG00005018013) #35
Cow	DUPLICATION
Cow	MODERN SPECIES	24	ENSBTAG00000054109	NAV3 (ENSBTAG00000009852)	ENSBTAG00000054695	SYT1 (ENSBTAG00000034693)	PAWR (ENSBTAG00000043949)	ENSBTAG00000048833	PPP1R12A (ENSBTAG00000014609)	OTOGL (ENSBTAG00000011336)	PTPRQ (ENSBTAG00000026977)	MYF6 (ENSBTAG00000014003)	MYF5 (ENSBTAG00000026972)	LIN7A (ENSBTAG00000011367)	ACSS3 (ENSBTAG00000018694)	PPFIA2 (ENSBTAG00000003036)	ENSBTAG00000053526	ENSBTAG00000052152 #22	CCDC59 (ENSBTAG00000036282)	METTL25 (ENSBTAG00000008382)	TMTC2 (ENSBTAG00000002888)	ENSBTAG00000014765	SLC6A15 (ENSBTAG00000018432)	LRRIQ1 (ENSBTAG00000027900)	TSPAN19 (ENSBTAG00000047203)	ALX1 (ENSBTAG00000014977)	RASSF9 (ENSBTAG00000026966)	NTS (ENSBTAG00000005305)	MGAT4C (ENSBTAG00000011153)	C5H12orf50 (ENSBTAG00000018180)	C5H12orf29 (ENSBTAG00000018743)	CEP290 (ENSBTAG00000018745)	ENSBTAG00000052837
Cow	MODERN SPECIES	14	CDC25A (ENSBTAG00000009586) #16	CATHL5 (ENSBTAG00000020076) #17	CATHL6 (ENSBTAG00000049629) #17	ENSBTAG00000031594 #17	CATHL2 (ENSBTAG00000024852) #17	ENSBTAG00000016153 #17	ENSBTAG00000039879 #17	CATHL4 (ENSBTAG00000053016) #17	ENSBTAG00000052903 #17	CATHL3 (ENSBTAG00000013356) #17	CAMP (ENSBTAG00000003022) #17	NME6 (ENSBTAG00000003025) #18	ENSBTAG00000053231	PLXNB1 (ENSBTAG00000013407)	CCDC51 (ENSBTAG00000013413) #21	TMA7 (ENSBTAG00000053755) #22	ATRIP (ENSBTAG00000008399) #24	TREX1 (ENSBTAG00000008406) #25	ENSBTAG00000048942	SHISA5 (ENSBTAG00000009183) #26	PFKFB4 (ENSBTAG00000006752) #27	UCN2 (ENSBTAG00000019078) #28	UQCRC1 (ENSBTAG00000019096) #29	TMEM89 (ENSBTAG00000021390) #30	SLC26A6 (ENSBTAG00000038381) #31	CELSR3 (ENSBTAG00000021846)	NCKIPSD (ENSBTAG00000021850) #33	IP6K2 (ENSBTAG00000021853) #34	PRKAR2A (ENSBTAG00000014205) #35	SLC25A20 (ENSBTAG00000000191) #36	ARIH2 (ENSBTAG00000005488) #37
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	27	DERPC (ENSCHYG00000019546)	HAS3 (ENSCHYG00000019692)	UTP4 (ENSCHYG00000019789)	ENSCHYG00000019942	PDF (ENSCHYG00000020295)	COG8 (ENSCHYG00000020343)	NIP7 (ENSCHYG00000020453)	TMED6 (ENSCHYG00000020585)	TERF2 (ENSCHYG00000020670)	CYB5B (ENSCHYG00000020835)	NFAT5 (ENSCHYG00000020920)	NQO1 (ENSCHYG00000021068)	NOB1 (ENSCHYG00000021372)	WWP2 (ENSCHYG00000021459)	ENSCHYG00000021904	ENSCHYG00000022021 #22	ENSCHYG00000022039	ENSCHYG00000022063	ENSCHYG00000022079	ZFHX3 (ENSCHYG00000022120)	ENSCHYG00000022250	PMFBP1 (ENSCHYG00000022319)	DHX38 (ENSCHYG00000022417)	TXNL4B (ENSCHYG00000022570)	ENSCHYG00000022592	ENSCHYG00000022629	ENSCHYG00000022830	DHODH (ENSCHYG00000022843)	PKD1L3 (ENSCHYG00000022922)	IST1 (ENSCHYG00000023422)	ZNF821 (ENSCHYG00000023487)
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Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.a.b.a #17	ENSGT00390000000410.m.a.a.a #17	ENSGT00390000000410.n.a.a #17	ENSGT00390000000410.n.a.b.b #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875 #37
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	323														PLXNB1 (ENSPCTG00005020345)	CCDC51 (ENSPCTG00005020298) #21	TMA7 (ENSPCTG00005020268) #22	ATRIP (ENSPCTG00005019996) #24
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Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158533	ENSGT00940000157026	ENSGT00730000111701	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.m.a.a.a #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158533	ENSGT00940000157026	ENSGT00730000111701	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.m.a.a.a #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
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Vaquita	DUPLICATION
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Blue whale	DUPLICATION
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Chacoan peccary	MODERN SPECIES	955	STN1 (ENSCWAG00000011621)	SH3PXD2A (ENSCWAG00000011699)	NEURL1 (ENSCWAG00000011779)	CALHM3 (ENSCWAG00000011859)	CALHM1 (ENSCWAG00000011899)	CALHM2 (ENSCWAG00000011925)	PDCD11 (ENSCWAG00000011961)	ATP5MK (ENSCWAG00000012035)	TAF5 (ENSCWAG00000012095)	PCGF6 (ENSCWAG00000012211)	INA (ENSCWAG00000012252)	NT5C2 (ENSCWAG00000012289)	CNNM2 (ENSCWAG00000012366)	AS3MT (ENSCWAG00000012429)	BORCS7 (ENSCWAG00000012528)	ENSCWAG00000012570 #22	CYP17A1 (ENSCWAG00000012610)	WBP1L (ENSCWAG00000013043)	ENSCWAG00000013109	ARL3 (ENSCWAG00000013159)	TRIM8 (ENSCWAG00000013236)	SUFU (ENSCWAG00000013266)	ACTR1A (ENSCWAG00000013459)	MFSD13A (ENSCWAG00000013539)	C10orf95 (ENSCWAG00000013611)	CUEDC2 (ENSCWAG00000013653)	FBXL15 (ENSCWAG00000013741)	PSD (ENSCWAG00000013816)	NFKB2 (ENSCWAG00000014044)	GBF1 (ENSCWAG00000014118)	PITX3 (ENSCWAG00000014269)
Pig	MODERN SPECIES	4	ENSSSCG00000011344	ENSSSCG00000033240	ENSSSCG00000052135 #17	ENSSSCG00000052645 #17	ENSSSCG00000008531	PMAP-23 (ENSSSCG00000047135) #17	ENSSSCG00000011349 #17	NPG1 (ENSSSCG00000053313) #17	PMAP-36 (ENSSSCG00000045208) #17	ENSSSCG00000052537 #17	NME6 (ENSSSCG00000011347) #18	ENSSSCG00000048408	SPINK8 (ENSSSCG00000045798) #19	PLXNB1 (ENSSSCG00000011346)	CCDC51 (ENSSSCG00000011350) #21	TMA7 (ENSSSCG00000011351) #22	ATRIP (ENSSSCG00000011359) #24	TREX1 (ENSSSCG00000011358) #25	SHISA5 (ENSSSCG00000011357) #26	PFKFB4 (ENSSSCG00000011353) #27	UCN2 (ENSSSCG00000036910) #28	ENSSSCG00000011355	UQCRC1 (ENSSSCG00000011356) #29	TMEM89 (ENSSSCG00000011362) #30	SLC26A6 (ENSSSCG00000011361) #31	CELSR3 (ENSSSCG00000011360)	NCKIPSD (ENSSSCG00000011364) #33	IP6K2 (ENSSSCG00000040922) #34	PRKAR2A (ENSSSCG00000011363) #35	ENSSSCG00000045239	SLC25A20 (ENSSSCG00000011366) #36
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Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157026	ENSGT00730000111701	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.r #37	ENSGT00390000014570
Rabbit	DUPLICATION
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Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
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Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1657									Cdc25a (ENSNGAG00000009307) #16	Camp (ENSNGAG00000005185) #17	Nme6 (ENSNGAG00000003988) #18	Spink8 (ENSNGAG00000000582) #19	ENSNGAG00000019896 #20	Plxnb1 (ENSNGAG00000019575)	Ccdc51 (ENSNGAG00000018471) #21	Tma7 (ENSNGAG00000018078) #22	ENSNGAG00000017174 #23	Trex1 (ENSNGAG00000013292) #25	ENSNGAG00000012072	Shisa5 (ENSNGAG00000000521) #26	Pfkfb4 (ENSNGAG00000018540) #27	ENSNGAG00000001944	Uqcrc1 (ENSNGAG00000018184) #29	Tmem89 (ENSNGAG00000017089) #30	ENSNGAG00000015652 #31	ENSNGAG00000017439 #31	Celsr3 (ENSNGAG00000021190)	ENSNGAG00000018381 #33	Ip6k2 (ENSNGAG00000017095) #34	Prkar2a (ENSNGAG00000015534) #35	Slc25a20 (ENSNGAG00000014160) #36
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Murinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
Mus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
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Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557.c.b.a.b #20	ENSGT00940000162557.c.a.b.a.a.a #20	ENSGT00940000162557.d #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875.m #37
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Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2942											ENSMSIG00000003365 #20	Fbxw20 (ENSMSIG00000003327) #20	Fbxw13 (ENSMSIG00000003294) #20	Fbxw21 (ENSMSIG00000003211) #20	Plxnb1 (ENSMSIG00000003056)	ENSMSIG00000003010 #22	Ccdc51 (ENSMSIG00000002972) #21	Atrip (ENSMSIG00000002828) #24	Trex1 (ENSMSIG00000002779) #25	Pfkfb4 (ENSMSIG00000002328) #27	Ucn2 (ENSMSIG00000002276) #28	Uqcrc1 (ENSMSIG00000001256) #29	Tmem89 (ENSMSIG00000001240) #30	Slc26a6 (ENSMSIG00000001152) #31	Celsr3 (ENSMSIG00000000863)	Nckipsd (ENSMSIG00000000798) #33	Ip6k2 (ENSMSIG00000000718) #34	ENSMSIG00000000689	Prkar2a (ENSMSIG00000000599) #35	Slc25a20 (ENSMSIG00000000560) #36	ENSMSIG00000000455 #37
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3259	Emilin3 (ENSMSIG00000014758)	Lpin3 (ENSMSIG00000014785)	Zhx3 (ENSMSIG00000014974)	Plcg1 (ENSMSIG00000015064)	Top1 (ENSMSIG00000015267)	Mafb (ENSMSIG00000015312)	Gm826 (ENSMSIG00000015321)	Dhx35 (ENSMSIG00000015386)	Fam83d (ENSMSIG00000015515)	Ppp1r16b (ENSMSIG00000015531)	Actr5 (ENSMSIG00000015565)	Slc32a1 (ENSMSIG00000015584)	Arhgap40 (ENSMSIG00000015598)	Adig (ENSMSIG00000015625)	Ralgapb (ENSMSIG00000015641)	ENSMSIG00000015854 #22	ENSMSIG00000015860	Lbp (ENSMSIG00000015964)	Bpi (ENSMSIG00000015995)	D630003M21Rik (ENSMSIG00000016049)	Tgm2 (ENSMSIG00000016148)
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Northern American deer mouse	DUPLICATION
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Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	20	Klhl18 (ENSPEMG00000010798)	ENSPEMG00000028354 #7	Scap (ENSPEMG00000010625) #9	Elp6 (ENSPEMG00000012717) #10	Cspg5 (ENSPEMG00000018898) #11	Smarcc1 (ENSPEMG00000018205) #12	Dhx30 (ENSPEMG00000014177) #13	ENSPEMG00000008355 #15	Cdc25a (ENSPEMG00000009672) #16	Camp (ENSPEMG00000016929) #17	Nme6 (ENSPEMG00000019226) #18	ENSPEMG00000008236	ENSPEMG00000019218 #20	Plxnb1 (ENSPEMG00000014438)	Ccdc51 (ENSPEMG00000021908) #21	Tma7 (ENSPEMG00000022569) #22	Atrip (ENSPEMG00000015592) #24	Trex1 (ENSPEMG00000012006) #25	Shisa5 (ENSPEMG00000023392) #26	Pfkfb4 (ENSPEMG00000023167) #27	Ucn2 (ENSPEMG00000029863) #28	ENSPEMG00000030097	Uqcrc1 (ENSPEMG00000009915) #29	Tmem89 (ENSPEMG00000012927) #30	Slc26a6 (ENSPEMG00000001060) #31	Celsr3 (ENSPEMG00000008073)	Nckipsd (ENSPEMG00000023944) #33	Ip6k2 (ENSPEMG00000014148) #34	ENSPEMG00000024370	Prkar2a (ENSPEMG00000011519) #35	Slc25a20 (ENSPEMG00000010197) #36
Prairie vole	DUPLICATION
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Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
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Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	33	ENSCGRG00001018810	Itgb3 (ENSCGRG00001018248)	Myl4 (ENSCGRG00001024909)	Cdc27 (ENSCGRG00001012577)	Kansl1 (ENSCGRG00001011204)	Mapt (ENSCGRG00001009464)	Sppl2c (ENSCGRG00001010666)	Crhr1 (ENSCGRG00001010727)	Arf2 (ENSCGRG00001001863)	NSF (ENSCGRG00001022331)	Wnt3 (ENSCGRG00001022365)	Wnt9b (ENSCGRG00001008298)	Gosr2 (ENSCGRG00001022602)	Rprml (ENSCGRG00001011732)	Lyzl6 (ENSCGRG00001009539)	ENSCGRG00001011075 #22	ENSCGRG00001020119	Rdm1 (ENSCGRG00001015927)	Arl4d (ENSCGRG00001011460)	Dhx8 (ENSCGRG00001021413)	Etv4 (ENSCGRG00001023226)	Meox1 (ENSCGRG00001021575)	Sost (ENSCGRG00001019868)	Dusp3 (ENSCGRG00001014521)	Cfap97d1 (ENSCGRG00001011987)	Mpp3 (ENSCGRG00001020467)	Cd300lg (ENSCGRG00001021598)	Mpp2 (ENSCGRG00001005227)	Ppy (ENSCGRG00001020365)	Pyy (ENSCGRG00001014986)	Nags (ENSCGRG00001014516)
Golden Hamster	DUPLICATION
Golden Hamster	MODERN SPECIES	734	Chst8 (ENSMAUG00000006413)	Kctd15 (ENSMAUG00000019883)	Lsm14a (ENSMAUG00000011145)	Garre1 (ENSMAUG00000016490)	Gpi1 (ENSMAUG00000014174)	Pdcd2l (ENSMAUG00000008601)	Uba2 (ENSMAUG00000006937)	Wtip (ENSMAUG00000009707)	ENSMAUG00000009920	ENSMAUG00000021853	ENSMAUG00000017020	ENSMAUG00000014474	ENSMAUG00000013091	ENSMAUG00000016376	ENSMAUG00000013656	ENSMAUG00000008100 #22	ENSMAUG00000021884	Scn1b (ENSMAUG00000000604)	Hpn (ENSMAUG00000020645)	ENSMAUG00000017667	Lgi4 (ENSMAUG00000021244)	Fxyd1 (ENSMAUG00000012271)	Fxyd7 (ENSMAUG00000006720)	ENSMAUG00000010285	ENSMAUG00000021705	Lsr (ENSMAUG00000017540)	Usf2 (ENSMAUG00000012832)	ENSMAUG00000009819	ENSMAUG00000014372	Cd22 (ENSMAUG00000020754)	Ffar1 (ENSMAUG00000008356)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	667	Klhl18 (ENSMAUG00000021899)	Ptpn23 (ENSMAUG00000020912) #7	Scap (ENSMAUG00000020598) #9	Elp6 (ENSMAUG00000019285) #10	Cspg5 (ENSMAUG00000011389) #11	Smarcc1 (ENSMAUG00000006447) #12	Dhx30 (ENSMAUG00000021404) #13	ENSMAUG00000019332 #15	ENSMAUG00000016195 #15	Camp (ENSMAUG00000014897) #17	Nme6 (ENSMAUG00000022038) #18	Spink8 (ENSMAUG00000021916) #19	ENSMAUG00000017547 #20	Plxnb1 (ENSMAUG00000012722)	Ccdc51 (ENSMAUG00000021867) #21	ENSMAUG00000019600 #22	Atrip (ENSMAUG00000019223) #24	Trex1 (ENSMAUG00000014095) #25	ENSMAUG00000016638 #26	Pfkfb4 (ENSMAUG00000015017) #27	ENSMAUG00000001258	Uqcrc1 (ENSMAUG00000010209) #29	Slc26a6 (ENSMAUG00000014243) #31	Celsr3 (ENSMAUG00000018857)	Nckipsd (ENSMAUG00000012099) #33	Ip6k2 (ENSMAUG00000008558) #34	Prkar2a (ENSMAUG00000008358) #35	Slc25a20 (ENSMAUG00000014722) #36	Arih2 (ENSMAUG00000009916) #37	P4htm (ENSMAUG00000011007)	Wdr6 (ENSMAUG00000020736)
Kangaroo rat	DUPLICATION
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	484						ENSDORG00000007048	Scn4a (ENSDORG00000010499)	Cd79b (ENSDORG00000010498)	Gh (ENSDORG00000001264)	ENSDORG00000026664	Smarcd2 (ENSDORG00000004203)	Psmc5 (ENSDORG00000004202)	Ftsj3 (ENSDORG00000004200)	Ddx42 (ENSDORG00000004199)	ENSDORG00000024262	ENSDORG00000023764 #22	ENSDORG00000026997	Limd2 (ENSDORG00000023372)	Map3k3 (ENSDORG00000007500)	Taco1 (ENSDORG00000013365)	Dcaf7 (ENSDORG00000029596)	Kcnh6 (ENSDORG00000016041)	Ace3 (ENSDORG00000024308)	Ace (ENSDORG00000008685)	Cyb561 (ENSDORG00000008684)	Tanc2 (ENSDORG00000008682)	ENSDORG00000025093	Marchf10 (ENSDORG00000010662)	Mrc2 (ENSDORG00000010661)	Tlk2 (ENSDORG00000010659)	Mettl2 (ENSDORG00000028245)
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Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT01030000234856 #8	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT01070000257287	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6														ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836.i.b #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	4														ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836.i.b #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Guinea pig	MODERN SPECIES	8	NOP56 (ENSCPOG00000015315)	TMC2 (ENSCPOG00000015312)	SNRPB (ENSCPOG00000039408)	TGM6 (ENSCPOG00000015309)	TGM3 (ENSCPOG00000015307)	STK35 (ENSCPOG00000002242)	PDYN (ENSCPOG00000024291)	ENSCPOG00000033569	ENSCPOG00000019652	ENSCPOG00000025142	ENSCPOG00000021429	ENSCPOG00000022121	ENSCPOG00000038486	PLXNB1 (ENSCPOG00000011366)	CCDC51 (ENSCPOG00000001459) #21	TMA7 (ENSCPOG00000038089) #22	ATRIP (ENSCPOG00000000452) #24	TREX1 (ENSCPOG00000022306) #25	SHISA5 (ENSCPOG00000020498) #26	PFKFB4 (ENSCPOG00000004266) #27	ENSCPOG00000023738	UQCRC1 (ENSCPOG00000004273) #29	TMEM89 (ENSCPOG00000007833) #30	SLC26A6 (ENSCPOG00000033409) #31	CELSR3 (ENSCPOG00000034949)	NCKIPSD (ENSCPOG00000020345) #33	IP6K2 (ENSCPOG00000007856) #34	PRKAR2A (ENSCPOG00000001218) #35	SLC25A20 (ENSCPOG00000009309) #36	ENSCPOG00000012248	ARIH2 (ENSCPOG00000008337) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	63														ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000153769.E	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836.i.b #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570	ENSGT00420000029923
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	239												ENSCLAG00000007776	ENSCLAG00000007828	PLXNB1 (ENSCLAG00000009647)	CCDC51 (ENSCLAG00000009171) #21	TMA7 (ENSCLAG00000009744) #22	ATRIP (ENSCLAG00000007685) #24	ENSCLAG00000008547 #26	TREX1 (ENSCLAG00000008862) #25	PFKFB4 (ENSCLAG00000009959) #27	ENSCLAG00000012526	UQCRC1 (ENSCLAG00000011523) #29	ENSCLAG00000009195	SLC26A6 (ENSCLAG00000011172) #31	CELSR3 (ENSCLAG00000015824)	NCKIPSD (ENSCLAG00000010729) #33	IP6K2 (ENSCLAG00000016270) #34	PRKAR2A (ENSCLAG00000013198) #35	SLC25A20 (ENSCLAG00000006666) #36	ARIH2 (ENSCLAG00000007056) #37	P4HTM (ENSCLAG00000012640)
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	64													ENSODEG00000019137	RNF144B (ENSODEG00000004889)	ENSODEG00000005300	ENSODEG00000019225 #22	DEK (ENSODEG00000005486)	ENSODEG00000005841	TPMT (ENSODEG00000004713)	KIF13A (ENSODEG00000005605)	NUP153 (ENSODEG00000005620)	CAP2 (ENSODEG00000006446)	ENSODEG00000005875	RBM24 (ENSODEG00000006411)	STMND1 (ENSODEG00000006530)	ENSODEG00000019346	ATXN1 (ENSODEG00000006297)	GMPR (ENSODEG00000005025)	MYLIP (ENSODEG00000005865)	ENSODEG00000019375	ENSODEG00000006305
Degu	MODERN SPECIES	64	ENSODEG00000005841	TPMT (ENSODEG00000004713)	KIF13A (ENSODEG00000005605)	NUP153 (ENSODEG00000005620)	CAP2 (ENSODEG00000006446)	ENSODEG00000005875	RBM24 (ENSODEG00000006411)	STMND1 (ENSODEG00000006530)	ENSODEG00000019346	ATXN1 (ENSODEG00000006297)	GMPR (ENSODEG00000005025)	MYLIP (ENSODEG00000005865)	ENSODEG00000019375	ENSODEG00000006305	DTNBP1 (ENSODEG00000005093)	ENSODEG00000019317 #22	ENSODEG00000005101	ENSODEG00000005170	ENSODEG00000005250	ENSODEG00000019412	ENSODEG00000007629	CD83 (ENSODEG00000005045)	RNF182 (ENSODEG00000019169)	ENSODEG00000005642	ENSODEG00000019259	MCUR1 (ENSODEG00000006182)	ENSODEG00000019114	RANBP9 (ENSODEG00000005549)	NOL7 (ENSODEG00000005771)	SIRT5 (ENSODEG00000006183)	GFOD1 (ENSODEG00000007338)
Degu	MODERN SPECIES	43	PPP1R14D (ENSODEG00000017002)	SPINT1 (ENSODEG00000017254)	RHOV (ENSODEG00000017121)	ENSODEG00000016940	VPS18 (ENSODEG00000017271)	DLL4 (ENSODEG00000017129)	CHAC1 (ENSODEG00000017045)	ENSODEG00000020409	INO80 (ENSODEG00000016734)	ENSODEG00000017132	ENSODEG00000020443	CHP1 (ENSODEG00000016900)	RTF1 (ENSODEG00000016921)	ITPKA (ENSODEG00000016760)	ENSODEG00000017041	ENSODEG00000020489 #22	ENSODEG00000020390	MGA (ENSODEG00000017016)	ENSODEG00000016967	JMJD7 (ENSODEG00000016738)	EHD4 (ENSODEG00000016665)	PLA2G4F (ENSODEG00000016568)	VPS39 (ENSODEG00000016980)	TMEM87A (ENSODEG00000016556)	GANC (ENSODEG00000016815)	ENSODEG00000017288	CAPN3 (ENSODEG00000017103)	ENSODEG00000016557	ENSODEG00000020344	ENSODEG00000016643	ENSODEG00000016623
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	188														PLXNB1 (ENSODEG00000006235)	CCDC51 (ENSODEG00000006625) #21	ENSODEG00000007257 #22	ENSODEG00000005387 #23	ENSODEG00000005802 #26	SSUH2 (ENSODEG00000005982)	LMCD1 (ENSODEG00000005248)	ENSODEG00000007487	OXSR1 (ENSODEG00000006997)	MYD88 (ENSODEG00000008295)	ENSODEG00000005516	XYLB (ENSODEG00000007248)	ACVR2B (ENSODEG00000007431)	EXOG (ENSODEG00000005422)	SCN5A (ENSODEG00000007060)	SCN10A (ENSODEG00000008864)	SCN11A (ENSODEG00000007098)	WDR48 (ENSODEG00000006712)
Degu	MODERN SPECIES	320	ENSODEG00000002275	ENSODEG00000002254	TUT1 (ENSODEG00000002204)	MTA2 (ENSODEG00000003595)	EML3 (ENSODEG00000003455)	ROM1 (ENSODEG00000003428)	B3GAT3 (ENSODEG00000003388)	GANAB (ENSODEG00000003210)	INTS5 (ENSODEG00000003038)	UQCC3 (ENSODEG00000003020)	UBXN1 (ENSODEG00000002987)	GNG3 (ENSODEG00000002315)	TTC9C (ENSODEG00000002308)	HNRNPUL2 (ENSODEG00000002142)	ENSODEG00000002048	ENSODEG00000018748 #22	TAF6L (ENSODEG00000001781)	TMEM223 (ENSODEG00000001739)	NXF1 (ENSODEG00000001620)	STX5 (ENSODEG00000003162)	WDR74 (ENSODEG00000003132)	SLC3A2 (ENSODEG00000003055)	CHRM1 (ENSODEG00000018978)	SLC22A6 (ENSODEG00000002780)	SLC22A8 (ENSODEG00000002518)	LGALS12 (ENSODEG00000002489)	ENSODEG00000002413	ENSODEG00000002375
Degu	MODERN SPECIES	128	ENSODEG00000003949	SPATA6L (ENSODEG00000004066)	PLPP6 (ENSODEG00000019026)	CDC37L1 (ENSODEG00000004185)	ENSODEG00000004121	RCL1 (ENSODEG00000004151)	JAK2 (ENSODEG00000004208)	ENSODEG00000004220	INSL6 (ENSODEG00000004231)	PLGRKT (ENSODEG00000004267)	CD274 (ENSODEG00000004298)	RIC1 (ENSODEG00000004340)	ERMP1 (ENSODEG00000005254)	MLANA (ENSODEG00000005368)	KIAA2026 (ENSODEG00000005381)	ENSODEG00000019201 #22	RANBP6 (ENSODEG00000019173)	IL33 (ENSODEG00000005417)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	27	ENSHGLG00000036014	MTHFD2L (ENSHGLG00000011885)	ENSHGLG00000047550	ENSHGLG00000045767	ENSHGLG00000042687	ENSHGLG00000012479	ENSHGLG00000042867	ENSHGLG00000034022	ENSHGLG00000013420	ENSHGLG00000013688	ENSHGLG00000043386	ENSHGLG00000042424	ENSHGLG00000044409	ENSHGLG00000041727	CCDC51 (ENSHGLG00000041738) #21	TMA7 (ENSHGLG00000049590) #22	ATRIP (ENSHGLG00000012219) #24	TREX1 (ENSHGLG00000012431) #25	SHISA5 (ENSHGLG00000043679) #26	Pfkfb4 (ENSHGLG00000012637) #27	UCN2 (ENSHGLG00000012760) #28	UQCRC1 (ENSHGLG00000017362) #29	TMEM89 (ENSHGLG00000043477) #30	SLC26A6 (ENSHGLG00000011175) #31	CELSR3 (ENSHGLG00000011545)	NCKIPSD (ENSHGLG00000010981) #33	ENSHGLG00000011439 #34	ENSHGLG00000040034	ENSHGLG00000042135 #35	ENSHGLG00000037434	ENSHGLG00000005312
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	26												ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	25											ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00960000189640.a	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Alpin marmot	MODERN SPECIES	19											NME6 (ENSMMMG00000006875) #18	ENSMMMG00000006870	ENSMMMG00000006616 #20	PLXNB1 (ENSMMMG00000006556)	CCDC51 (ENSMMMG00000006547) #21	TMA7 (ENSMMMG00000006533) #22	ATRIP (ENSMMMG00000006448) #24	TREX1 (ENSMMMG00000006436) #25	SHISA5 (ENSMMMG00000006422) #26	PFKFB4 (ENSMMMG00000006388) #27	UCN2 (ENSMMMG00000006379) #28	UQCRC1 (ENSMMMG00000006102) #29	ENSMMMG00000006098	TMEM89 (ENSMMMG00000006076) #30	SLC26A6 (ENSMMMG00000006052) #31	CELSR3 (ENSMMMG00000005898)	NCKIPSD (ENSMMMG00000005877) #33	IP6K2 (ENSMMMG00000005847) #34	PRKAR2A (ENSMMMG00000005788) #35	SLC25A20 (ENSMMMG00000005774) #36	ARIH2 (ENSMMMG00000005739) #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	32											ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00960000189640.a	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Squirrel	MODERN SPECIES	129													NME6 (ENSSTOG00000002690) #18	PLXNB1 (ENSSTOG00000012418)	CCDC51 (ENSSTOG00000012458) #21	TMA7 (ENSSTOG00000030110) #22	ATRIP (ENSSTOG00000010161) #24	TREX1 (ENSSTOG00000025551) #25	SHISA5 (ENSSTOG00000010176) #26	PFKFB4 (ENSSTOG00000010184) #27	ENSSTOG00000010204	UQCRC1 (ENSSTOG00000010311) #29	TMEM89 (ENSSTOG00000034214) #30	SLC26A6 (ENSSTOG00000027369) #31	CELSR3 (ENSSTOG00000028364)	NCKIPSD (ENSSTOG00000023487) #33	IP6K2 (ENSSTOG00000003496) #34	PRKAR2A (ENSSTOG00000003312) #35	SLC25A20 (ENSSTOG00000003327) #36	ARIH2 (ENSSTOG00000001766) #37	P4HTM (ENSSTOG00000001776)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	26												ENSUPAG00010000841	ENSUPAG00010000816 #20	PLXNB1 (ENSUPAG00010000751)	CCDC51 (ENSUPAG00010000730) #21	TMA7 (ENSUPAG00010000713) #22	ATRIP (ENSUPAG00010000625) #24	SHISA5 (ENSUPAG00010000614) #26	PFKFB4 (ENSUPAG00010000542) #27	UCN2 (ENSUPAG00010000536) #28	UQCRC1 (ENSUPAG00010000354) #29	TMEM89 (ENSUPAG00010000342) #30	SLC26A6 (ENSUPAG00010000265) #31	CELSR3 (ENSUPAG00010000011)	NCKIPSD (ENSUPAG00010022823) #33	IP6K2 (ENSUPAG00010022821) #34	ENSUPAG00010022820	PRKAR2A (ENSUPAG00010022817) #35	SLC25A20 (ENSUPAG00010022813) #36	ARIH2 (ENSUPAG00010022807) #37	P4HTM (ENSUPAG00010022803)
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	18	PDGFC (ENSSVLG00005007890)	GLRB (ENSSVLG00005007939)	GRIA2 (ENSSVLG00005008088)	GASK1B (ENSSVLG00005008435)	TMEM144 (ENSSVLG00005008504)	ENSSVLG00005008586	ENSSVLG00005008614	RXFP1 (ENSSVLG00005008709)	ENSSVLG00005008997	ETFDH (ENSSVLG00005009049)	PPID (ENSSVLG00005009170)	FNIP2 (ENSSVLG00005009211)	C4orf45 (ENSSVLG00005009309)	RAPGEF2 (ENSSVLG00005010021)	ENSSVLG00005013424	ENSSVLG00005013496 #22	FSTL5 (ENSSVLG00005013797)	ENSSVLG00005014191	NDST3 (ENSSVLG00005014258)	ENSSVLG00005014381	TRAM1L1 (ENSSVLG00005014438)	ENSSVLG00005014482	NDST4 (ENSSVLG00005014540)	UGT8 (ENSSVLG00005014683)	ENSSVLG00005014762	ARSJ (ENSSVLG00005014811)	ENSSVLG00005014849	CAMK2D (ENSSVLG00005014926)	ANK2 (ENSSVLG00005021727)	ENSSVLG00005025975	ENSSVLG00005025976
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	1	KPNA4 (ENSSVLG00005012741)	TRIM59 (ENSSVLG00005012821)	SMC4 (ENSSVLG00005012903)	IFT80 (ENSSVLG00005013304)	C3orf80 (ENSSVLG00005013399)	ENSSVLG00005013427	ENSSVLG00005013450	SEH1L (ENSSVLG00005013499)	ENSSVLG00005013589	ENSSVLG00005013700	NME6 (ENSSVLG00005013821) #18	ENSSVLG00005014033 #20	ENSSVLG00005014282	PLXNB1 (ENSSVLG00005014328)	CCDC51 (ENSSVLG00005014375) #21	ENSSVLG00005014448 #22	ATRIP (ENSSVLG00005014509) #24	TREX1 (ENSSVLG00005014697) #25	SHISA5 (ENSSVLG00005014756) #26	PFKFB4 (ENSSVLG00005014865) #27	UCN2 (ENSSVLG00005014977) #28	UQCRC1 (ENSSVLG00005016091) #29	TMEM89 (ENSSVLG00005016207) #30	ENSSVLG00005016256 #31	CELSR3 (ENSSVLG00005016334)	NCKIPSD (ENSSVLG00005016641) #33	IP6K2 (ENSSVLG00005016715) #34	PRKAR2A (ENSSVLG00005016753) #35	ENSSVLG00005016815	SLC25A20 (ENSSVLG00005016865) #36	ARIH2 (ENSSVLG00005016955) #37
Primates	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875 #37
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875 #37
Tarsier	MODERN SPECIES	4414										ENSTSYG00000026540	NME6 (ENSTSYG00000012396) #18	SPINK8 (ENSTSYG00000028418) #19	FBXW12 (ENSTSYG00000013940) #20	PLXNB1 (ENSTSYG00000003050)	CCDC51 (ENSTSYG00000001647) #21	TMA7 (ENSTSYG00000034734) #22	ATRIP (ENSTSYG00000007664) #24	TREX1 (ENSTSYG00000007709) #25	SHISA5 (ENSTSYG00000007718) #26	PFKFB4 (ENSTSYG00000008225) #27
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k #37
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00940000155554.k.b	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347.v.a #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b.a #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931.c #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836.g.b #35	ENSGT00940000154836.h #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1216													ENSANAG00000035438 #20	PLXNB1 (ENSANAG00000032864)	CCDC51 (ENSANAG00000037005) #21	TMA7 (ENSANAG00000031756) #22	ATRIP (ENSANAG00000029134) #24	SHISA5 (ENSANAG00000025527) #26	PFKFB4 (ENSANAG00000037105) #27	COL7A1 (ENSANAG00000037898)	UQCRC1 (ENSANAG00000028020) #29	TMEM89 (ENSANAG00000010305) #30	SLC26A6 (ENSANAG00000018864) #31	CELSR3 (ENSANAG00000032574)	NCKIPSD (ENSANAG00000021174) #33	IP6K2 (ENSANAG00000027314) #34	ENSANAG00000035935 #35	SLC25A20 (ENSANAG00000031990) #36	ENSANAG00000026659	ARIH2 (ENSANAG00000037602) #37	P4HTM (ENSANAG00000029556)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00940000155554.k.b	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347.w #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b.a #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931.c #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836.g.b #35	ENSGT00940000154836.h #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00940000155554.k.b	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347.w #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b.a #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931.c #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836.g.b #35	ENSGT00940000154836.h #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k #37
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	82	ZSCAN21 (ENSCCAG00000020654)	ZKSCAN1 (ENSCCAG00000024849)	AZGP1 (ENSCCAG00000033551)	GJC3 (ENSCCAG00000024102)	TRIM4 (ENSCCAG00000029392)	CYP3A4 (ENSCCAG00000017463)	CYP3A90 (ENSCCAG00000036748)	CYP3A5 (ENSCCAG00000034158)	ZSCAN25 (ENSCCAG00000037223)	ENSCCAG00000037804	TMEM225B (ENSCCAG00000018539)	ZNF655 (ENSCCAG00000022358)	ZKSCAN5 (ENSCCAG00000030902)	ZNF789 (ENSCCAG00000025456)	ZNF394 (ENSCCAG00000027351)	ENSCCAG00000020703 #22	ENSCCAG00000017059	CPSF4 (ENSCCAG00000028291)	PTCD1 (ENSCCAG00000034025)	BUD31 (ENSCCAG00000021788)	PDAP1 (ENSCCAG00000031892)	ENSCCAG00000037322	ARPC1A (ENSCCAG00000019780)	ENSCCAG00000024944	ENSCCAG00000037962	SMURF1 (ENSCCAG00000037956)	TRRAP (ENSCCAG00000031555)	TMEM130 (ENSCCAG00000021884)	NPTX2 (ENSCCAG00000021986)	BAIAP2L1 (ENSCCAG00000022124)	BRI3 (ENSCCAG00000022002)
Capuchin	MODERN SPECIES	152								EIF4E3 (ENSCCAG00000002248)	GPR27 (ENSCCAG00000032437)	PROK2 (ENSCCAG00000020540)	RYBP (ENSCCAG00000025583)	ENSCCAG00000027080	ENSCCAG00000035805	GXYLT2 (ENSCCAG00000023840)	PPP4R2 (ENSCCAG00000023322)	ENSCCAG00000008412 #22	PDZRN3 (ENSCCAG00000028868)	ENSCCAG00000028882	CNTN3 (ENSCCAG00000032568)	CHL1 (ENSCCAG00000031503)
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	59	ELP6 (ENSSBOG00000009153) #10	ENSSBOG00000034659	CSPG5 (ENSSBOG00000030429) #11	SMARCC1 (ENSSBOG00000034716) #12	ENSSBOG00000020538	DHX30 (ENSSBOG00000035810) #13	MAP4 (ENSSBOG00000033564)	CDC25A (ENSSBOG00000025104) #16	CAMP (ENSSBOG00000034385) #17	ENSSBOG00000028662	NME6 (ENSSBOG00000021349) #18	SPINK8 (ENSSBOG00000027866) #19	FBXW12 (ENSSBOG00000023701) #20	PLXNB1 (ENSSBOG00000020914)	CCDC51 (ENSSBOG00000034836) #21	TMA7 (ENSSBOG00000025835) #22	ATRIP (ENSSBOG00000019674) #24	SHISA5 (ENSSBOG00000022263) #26	PFKFB4 (ENSSBOG00000023029) #27	ENSSBOG00000030920	UQCRC1 (ENSSBOG00000029522) #29	TMEM89 (ENSSBOG00000029968) #30	SLC26A6 (ENSSBOG00000024978) #31	CELSR3 (ENSSBOG00000024791)	NCKIPSD (ENSSBOG00000026578) #33	IP6K2 (ENSSBOG00000034935) #34	ENSSBOG00000034471 #35	FILIP1 (ENSSBOG00000027287)	TMEM30A (ENSSBOG00000029847)	ENSSBOG00000022493	COL12A1 (ENSSBOG00000029360)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	48	ENSSBOG00000036123	FOXN2 (ENSSBOG00000025167)	ENSSBOG00000032584	FBXO11 (ENSSBOG00000027980)	MSH6 (ENSSBOG00000011609)	KCNK12 (ENSSBOG00000000094)	MSH2 (ENSSBOG00000027484)	ENSSBOG00000021194	SOWAHC (ENSSBOG00000020617)	ENSSBOG00000027814	SH3RF3 (ENSSBOG00000019575)	EDAR (ENSSBOG00000029515)	CCDC138 (ENSSBOG00000023768)	RANBP2 (ENSSBOG00000035336)	ENSSBOG00000032383	ENSSBOG00000011853 #22	GCC2 (ENSSBOG00000027506)	ENSSBOG00000031576	SULT1C4 (ENSSBOG00000026082)	SULT1C2 (ENSSBOG00000033732)	SULT1C3 (ENSSBOG00000029792)	ENSSBOG00000023094	SLC5A7 (ENSSBOG00000023910)	ST6GAL2 (ENSSBOG00000022334)	ENSSBOG00000029358	ENSSBOG00000015958	UXS1 (ENSSBOG00000029339)	ECRG4 (ENSSBOG00000025478)	NCK2 (ENSSBOG00000021928)	FHL2 (ENSSBOG00000028897)	C2orf49 (ENSSBOG00000027858)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00390000005052.e	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00390000005052.e.b	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00390000005052.e.b	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	14	CRBN (ENSCSAG00000011049)	TRNT1 (ENSCSAG00000011052)	IL5RA (ENSCSAG00000011082)	CNTN4 (ENSCSAG00000011111)	CNTN6 (ENSCSAG00000011221)	CHL1 (ENSCSAG00000011267)	CNTN3 (ENSCSAG00000011366)	PDZRN3 (ENSCSAG00000011455)	PPP4R2 (ENSCSAG00000011489)	GXYLT2 (ENSCSAG00000011498)	SHQ1 (ENSCSAG00000011514)	RYBP (ENSCSAG00000011518)	GPR27 (ENSCSAG00000018804)	ENSCSAG00000011556	FOXP1 (ENSCSAG00000011581)	ENSCSAG00000018802 #22	MITF (ENSCSAG00000011595)	ENSCSAG00000011601	ENSCSAG00000018800	FRMD4B (ENSCSAG00000011618)	LMOD3 (ENSCSAG00000011626)	ARL6IP5 (ENSCSAG00000011634)	UBA3 (ENSCSAG00000011650)	TMF1 (ENSCSAG00000011667)	EOGT (ENSCSAG00000011678)	TAFA4 (ENSCSAG00000011689)	ENSCSAG00000011694	SUCLG2 (ENSCSAG00000011704)	KBTBD8 (ENSCSAG00000011713)	LRIG1 (ENSCSAG00000011724)	SLC25A26 (ENSCSAG00000011735)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000164123	ENSGT00390000005052.e.b	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000164123	ENSGT00390000005052.e.b	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37	ENSGT00910000147634
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000164123	ENSGT00390000005052.e.b	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37	ENSGT00910000147634
Drill	MODERN SPECIES	806	SMARCC1 (ENSMLEG00000002974) #12	DHX30 (ENSMLEG00000023203) #13	ENSMLEG00000004461 #14	MAP4 (ENSMLEG00000021775)	ENSMLEG00000003302	CDC25A (ENSMLEG00000041783) #16	ENSMLEG00000034080	CAMP (ENSMLEG00000037421) #17	ENSMLEG00000032415	ZNF589 (ENSMLEG00000028173)	NME6 (ENSMLEG00000032866) #18	SPINK8 (ENSMLEG00000041095) #19	FBXW12 (ENSMLEG00000043342) #20	PLXNB1 (ENSMLEG00000041769)	CCDC51 (ENSMLEG00000043149) #21	TMA7 (ENSMLEG00000013301) #22	ATRIP (ENSMLEG00000041280) #24	SHISA5 (ENSMLEG00000044205) #26	PFKFB4 (ENSMLEG00000036770) #27	ENSMLEG00000034673	UQCRC1 (ENSMLEG00000030358) #29	TMEM89 (ENSMLEG00000030848) #30	SLC26A6 (ENSMLEG00000006862) #31	CELSR3 (ENSMLEG00000034854)	NCKIPSD (ENSMLEG00000031325) #33	IP6K2 (ENSMLEG00000029359) #34	ENSMLEG00000039329 #35	SLC25A20 (ENSMLEG00000040319) #36	ENSMLEG00000036827	ARIH2 (ENSMLEG00000044349) #37	ENSMLEG00000004260
Sooty mangabey	DUPLICATION
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Sooty mangabey	MODERN SPECIES	259				THUMPD2 (ENSCATG00000012396)	TMEM178A (ENSCATG00000030693)	MAP4K3 (ENSCATG00000036380)	CDKL4 (ENSCATG00000043858)	SOS1 (ENSCATG00000014722)	ARHGEF33 (ENSCATG00000044400)	MORN2 (ENSCATG00000043045)	DHX57 (ENSCATG00000030750)	GEMIN6 (ENSCATG00000030487)	SRSF7 (ENSCATG00000031728)	GALM (ENSCATG00000033263)	HNRNPLL (ENSCATG00000023374)	ENSCATG00000022117 #22	ATL2 (ENSCATG00000030903)	CYP1B1 (ENSCATG00000015669)	ENSCATG00000036823	CDC42EP3 (ENSCATG00000019523)	QPCT (ENSCATG00000041112)	PRKD3 (ENSCATG00000033948)	NDUFAF7 (ENSCATG00000030728)	CEBPZ (ENSCATG00000030450)	CEBPZOS (ENSCATG00000042108)	SULT6B1 (ENSCATG00000040009)	EIF2AK2 (ENSCATG00000036727)	GPATCH11 (ENSCATG00000041807)	HEATR5B (ENSCATG00000037004)	STRN (ENSCATG00000040503)	ENSCATG00000034412
Olive baboon	DUPLICATION
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Olive baboon	MODERN SPECIES	11	SCAP (ENSPANG00000006873) #9	ELP6 (ENSPANG00000022729) #10	SMARCC1 (ENSPANG00000008561) #12	DHX30 (ENSPANG00000014291) #13	ENSPANG00000033985 #14	MAP4 (ENSPANG00000005974)	ENSPANG00000029694	CDC25A (ENSPANG00000013403) #16	CAMP (ENSPANG00000014733) #17	ZNF589 (ENSPANG00000034725)	NME6 (ENSPANG00000014292) #18	SPINK8 (ENSPANG00000015973) #19	FBXW12 (ENSPANG00000005491) #20	PLXNB1 (ENSPANG00000017538)	CCDC51 (ENSPANG00000032892) #21	ENSPANG00000031150 #22	ATRIP (ENSPANG00000021869) #24	SHISA5 (ENSPANG00000015974) #26	PFKFB4 (ENSPANG00000025623) #27	UCN2 (ENSPANG00000049557) #28	UQCRC1 (ENSPANG00000015008) #29	TMEM89 (ENSPANG00000018455) #30	SLC26A6 (ENSPANG00000020587) #31	CELSR3 (ENSPANG00000013159)	NCKIPSD (ENSPANG00000018329) #33	IP6K2 (ENSPANG00000015976) #34	PRKAR2A (ENSPANG00000012986) #35	ENSPANG00000051118	SLC25A20 (ENSPANG00000003132) #36	ARIH2 (ENSPANG00000016339) #37	P4HTM (ENSPANG00000022971)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00910000148747 #14	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00940000154875.k.a #37	ENSGT00390000014570
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	11	DHX30 (ENSMFAG00000033894) #13	ENSMFAG00000055827 #14	MAP4 (ENSMFAG00000031095)	ENSMFAG00000056283	ENSMFAG00000054714	ENSMFAG00000050351	CDC25A (ENSMFAG00000044959) #16	CAMP (ENSMFAG00000032837) #17	ZNF589 (ENSMFAG00000001588)	ENSMFAG00000062951	NME6 (ENSMFAG00000039246) #18	SPINK8 (ENSMFAG00000040367) #19	FBXW12 (ENSMFAG00000037485) #20	PLXNB1 (ENSMFAG00000035774)	CCDC51 (ENSMFAG00000035841) #21	TMA7 (ENSMFAG00000006665) #22	ATRIP (ENSMFAG00000040873) #24	TREX1 (ENSMFAG00000041577) #25	ENSMFAG00000033208 #26	PFKFB4 (ENSMFAG00000001535) #27	UCN2 (ENSMFAG00000054643) #28	UQCRC1 (ENSMFAG00000041533) #29	TMEM89 (ENSMFAG00000041206) #30	SLC26A6 (ENSMFAG00000034657) #31	CELSR3 (ENSMFAG00000045461)	NCKIPSD (ENSMFAG00000031042) #33	IP6K2 (ENSMFAG00000031559) #34	PRKAR2A (ENSMFAG00000045665) #35	SLC25A20 (ENSMFAG00000037674) #36	ARIH2 (ENSMFAG00000000139) #37	P4HTM (ENSMFAG00000037567)
Rhesus	MODERN SPECIES	11	SCAP (ENSMMUG00000014046) #9	ELP6 (ENSMMUG00000013385) #10	CSPG5 (ENSMMUG00000031732) #11	SMARCC1 (ENSMMUG00000009345) #12	DHX30 (ENSMMUG00000003820) #13	ENSMMUG00000055794 #14	MAP4 (ENSMMUG00000003823)	CDC25A (ENSMMUG00000020954) #16	CAMP (ENSMMUG00000010655) #17	ZNF589 (ENSMMUG00000021607)	NME6 (ENSMMUG00000003078) #18	SPINK8 (ENSMMUG00000049153) #19	FBXW12 (ENSMMUG00000003079) #20	PLXNB1 (ENSMMUG00000003074)	CCDC51 (ENSMMUG00000050584) #21	TMA7 (ENSMMUG00000062695) #22	ATRIP (ENSMMUG00000010058) #24	TREX1 (ENSMMUG00000043955) #25	SHISA5 (ENSMMUG00000010062) #26	PFKFB4 (ENSMMUG00000000591) #27	UCN2 (ENSMMUG00000059318) #28	UQCRC1 (ENSMMUG00000014705) #29	TMEM89 (ENSMMUG00000055005) #30	SLC26A6 (ENSMMUG00000031754) #31	CELSR3 (ENSMMUG00000014707)	NCKIPSD (ENSMMUG00000014720) #33	IP6K2 (ENSMMUG00000014730) #34	PRKAR2A (ENSMMUG00000000081) #35	SLC25A20 (ENSMMUG00000015418) #36	ARIH2 (ENSMMUG00000039597) #37	P4HTM (ENSMMUG00000006130)
Pig-tailed macaque	DUPLICATION
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	560	CHL1 (ENSMNEG00000028818)	CNTN3 (ENSMNEG00000035492)	ENSMNEG00000038271	PDZRN3 (ENSMNEG00000034940)	ENSMNEG00000014462	GXYLT2 (ENSMNEG00000031743)	SHQ1 (ENSMNEG00000032667)	RYBP (ENSMNEG00000010262)	PROK2 (ENSMNEG00000035459)	ENSMNEG00000006444	GPR27 (ENSMNEG00000017685)	ENSMNEG00000035212	FOXP1 (ENSMNEG00000028530)	MDFIC2 (ENSMNEG00000043959)	ENSMNEG00000029209	ENSMNEG00000013127 #22	MITF (ENSMNEG00000036173)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	106	ENSMNEG00000040386	HESX1 (ENSMNEG00000028993)	APPL1 (ENSMNEG00000033292)	ASB14 (ENSMNEG00000045323)	ENSMNEG00000024751	DNAH12 (ENSMNEG00000037293)	ENSMNEG00000005740	ENSMNEG00000044147	ENSMNEG00000041810	PDE12 (ENSMNEG00000030068)	ARF4 (ENSMNEG00000034663)	DENND6A (ENSMNEG00000004566)	SLMAP (ENSMNEG00000032830)	FLNB (ENSMNEG00000035632)	DNASE1L3 (ENSMNEG00000034780)	ENSMNEG00000001241 #22	ABHD6 (ENSMNEG00000037859)	RPP14 (ENSMNEG00000028567)	HTD2 (ENSMNEG00000035045)	PXK (ENSMNEG00000033433)	PDHB (ENSMNEG00000036075)	KCTD6 (ENSMNEG00000040452)	ACOX2 (ENSMNEG00000032610)	FAM107A (ENSMNEG00000042838)	FAM3D (ENSMNEG00000036367)	CFAP20DC (ENSMNEG00000030469)	FHIT (ENSMNEG00000040755)	ENSMNEG00000041448	PTPRG (ENSMNEG00000031869)	FEZF2 (ENSMNEG00000041706)	C3orf14 (ENSMNEG00000039569)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	563	CSPG5 (ENSMNEG00000037197) #11	SMARCC1 (ENSMNEG00000043669) #12	DHX30 (ENSMNEG00000035478) #13	MAP4 (ENSMNEG00000020005)	CDC25A (ENSMNEG00000037982) #16	ENSMNEG00000001920	ENSMNEG00000043448	CAMP (ENSMNEG00000044973) #17	ENSMNEG00000033536	ENSMNEG00000036934	NME6 (ENSMNEG00000000098) #18	SPINK8 (ENSMNEG00000030973) #19	FBXW12 (ENSMNEG00000039141) #20	PLXNB1 (ENSMNEG00000040042)	CCDC51 (ENSMNEG00000039774) #21	ENSMNEG00000043492 #22	ATRIP (ENSMNEG00000009874) #24	SHISA5 (ENSMNEG00000043236) #26	PFKFB4 (ENSMNEG00000036749) #27	ENSMNEG00000043116	UQCRC1 (ENSMNEG00000043584) #29	TMEM89 (ENSMNEG00000016776) #30	SLC26A6 (ENSMNEG00000043190) #31	CELSR3 (ENSMNEG00000045011)	NCKIPSD (ENSMNEG00000020586) #33	IP6K2 (ENSMNEG00000043825) #34	PRKAR2A (ENSMNEG00000029768) #35	SLC25A20 (ENSMNEG00000039918) #36	ENSMNEG00000037742	ARIH2 (ENSMNEG00000040123) #37	P4HTM (ENSMNEG00000036306)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	41												ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	763												ZSCAN2 (ENSRBIG00000040214)	ENSRBIG00000043087	WDR73 (ENSRBIG00000032675)	ENSRBIG00000036745	ENSRBIG00000020799 #22	ENSRBIG00000039335	ZNF592 (ENSRBIG00000038775)	ALPK3 (ENSRBIG00000024084)	SLC28A1 (ENSRBIG00000006679)	PDE8A (ENSRBIG00000043631)
Golden snub-nosed monkey	DUPLICATION
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	656												SPINK8 (ENSRROG00000043859) #19	FBXW12 (ENSRROG00000029562) #20	PLXNB1 (ENSRROG00000026331)	CCDC51 (ENSRROG00000041061) #21	TMA7 (ENSRROG00000034517) #22	ATRIP (ENSRROG00000024585) #24	SHISA5 (ENSRROG00000043225) #26	PFKFB4 (ENSRROG00000004349) #27	ENSRROG00000039900	UQCRC1 (ENSRROG00000044640) #29	TMEM89 (ENSRROG00000031764) #30	SLC26A6 (ENSRROG00000041348) #31	CELSR3 (ENSRROG00000037263)	NCKIPSD (ENSRROG00000031277) #33	IP6K2 (ENSRROG00000031159) #34	PRKAR2A (ENSRROG00000042248) #35	SLC25A20 (ENSRROG00000032888) #36	ENSRROG00000037514	ENSRROG00000035582	ARIH2 (ENSRROG00000038192) #37
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	708													ENSRROG00000029574	ENSRROG00000029560	ORC5 (ENSRROG00000033757)	ENSRROG00000014558 #22	LHFPL3 (ENSRROG00000044601)	ENSRROG00000029402	KMT2E (ENSRROG00000034898)	SRPK2 (ENSRROG00000043602)	PUS7 (ENSRROG00000042960)	RINT1 (ENSRROG00000042489)	EFCAB10 (ENSRROG00000035294)	ENSRROG00000014343	ATXN7L1 (ENSRROG00000045501)	CDHR3 (ENSRROG00000043185)	SYPL1 (ENSRROG00000045167)	NAMPT (ENSRROG00000035280)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00390000005052.e	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Gibbon	DUPLICATION
Gibbon	MODERN SPECIES	23	TRPC1 (ENSNLEG00000004868)	PLS1 (ENSNLEG00000004830)	ATR (ENSNLEG00000004792)	XRN1 (ENSNLEG00000004726)	GK5 (ENSNLEG00000004695)	TFDP2 (ENSNLEG00000031256)	ENSNLEG00000035658	ENSNLEG00000027455	ENSNLEG00000018218	GRK7 (ENSNLEG00000004658)	RNF7 (ENSNLEG00000033882)	RASA2 (ENSNLEG00000004575)	ENSNLEG00000036178	ZBTB38 (ENSNLEG00000004569)	PXYLP1 (ENSNLEG00000004544)	ENSNLEG00000034016 #22	ENSNLEG00000033738	SPSB4 (ENSNLEG00000004536)	SLC25A36 (ENSNLEG00000004520)	TRIM42 (ENSNLEG00000004507)	ENSNLEG00000034232	CLSTN2 (ENSNLEG00000004476)	NMNAT3 (ENSNLEG00000004471)	ENSNLEG00000030080	RBP1 (ENSNLEG00000004461)	RBP2 (ENSNLEG00000004446)	COPB2 (ENSNLEG00000004381)	ENSNLEG00000035567	ENSNLEG00000036042	ENSNLEG00000004379	PIK3CB (ENSNLEG00000004334)
Gibbon	MODERN SPECIES	10	RIC1 (ENSNLEG00000009045)	ERMP1 (ENSNLEG00000009085)	MLANA (ENSNLEG00000009096)	KIAA2026 (ENSNLEG00000009104)	ENSNLEG00000035508	IL33 (ENSNLEG00000009115)	UHRF2 (ENSNLEG00000009135) ##26	GLDC (ENSNLEG00000009146)	ENSNLEG00000030924	ENSNLEG00000032646	ENSNLEG00000018987	KDM4C (ENSNLEG00000017670)	ENSNLEG00000027866	ENSNLEG00000028620	PTPRD (ENSNLEG00000017664)	ENSNLEG00000034539 #22	TYRP1 (ENSNLEG00000017662)	LURAP1L (ENSNLEG00000017661)	ENSNLEG00000032253	MPDZ (ENSNLEG00000017632)	NFIB (ENSNLEG00000017626)	ZDHHC21 (ENSNLEG00000017622)	CER1 (ENSNLEG00000031098)	FREM1 (ENSNLEG00000017613)	ENSNLEG00000031209	ENSNLEG00000033891	TTC39B (ENSNLEG00000017600)	SNAPC3 (ENSNLEG00000017591)	PSIP1 (ENSNLEG00000017585)	ENSNLEG00000032210	CCDC171 (ENSNLEG00000017581)
Gibbon	DUPLICATION
Gibbon	MODERN SPECIES	19	PTPN23 (ENSNLEG00000006308) #7	SCAP (ENSNLEG00000006316) #9	ELP6 (ENSNLEG00000035239) #10	ENSNLEG00000006343 #11	SMARCC1 (ENSNLEG00000006349) #12	DHX30 (ENSNLEG00000006367) #13	ENSNLEG00000006379 #15	ENSNLEG00000031498	CDC25A (ENSNLEG00000006390) #16	CAMP (ENSNLEG00000006404) #17	ZNF589 (ENSNLEG00000006411)	NME6 (ENSNLEG00000033070) #18	FBXW12 (ENSNLEG00000006422) #20	PLXNB1 (ENSNLEG00000006433)	CCDC51 (ENSNLEG00000006454) #21	ENSNLEG00000031269 #22	ATRIP (ENSNLEG00000006456) #24	SHISA5 (ENSNLEG00000006485) #26	PFKFB4 (ENSNLEG00000006487) #27	COL7A1 (ENSNLEG00000006514)	UQCRC1 (ENSNLEG00000006581) #29	TMEM89 (ENSNLEG00000006620) #30	SLC26A6 (ENSNLEG00000006623) #31	CELSR3 (ENSNLEG00000006656)	NCKIPSD (ENSNLEG00000006672) #33	IP6K2 (ENSNLEG00000006680) #34	PRKAR2A (ENSNLEG00000030036) #35	SLC25A20 (ENSNLEG00000028002) #36	ARIH2 (ENSNLEG00000006710) #37	P4HTM (ENSNLEG00000006725)	WDR6 (ENSNLEG00000006728)
Gibbon	MODERN SPECIES	8	LRIT3 (ENSNLEG00000016566)	EGF (ENSNLEG00000016536)	ELOVL6 (ENSNLEG00000016533)	ENSNLEG00000016531	ENPEP (ENSNLEG00000016485)	ENSNLEG00000016466	ENSNLEG00000030659	FAM241A (ENSNLEG00000016462)	AP1AR (ENSNLEG00000027136)	TIFA (ENSNLEG00000027987)	ALPK1 (ENSNLEG00000016426)	ENSNLEG00000033860	NEUROG2 (ENSNLEG00000031074)	ZGRF1 (ENSNLEG00000016387)	LARP7 (ENSNLEG00000016354)	ENSNLEG00000033262 #22	ANK2 (ENSNLEG00000016262)	CAMK2D (ENSNLEG00000016216)	ARSJ (ENSNLEG00000016215)	UGT8 (ENSNLEG00000016209)	NDST4 (ENSNLEG00000016194)	ESM1 (ENSNLEG00000001154)	GZMK (ENSNLEG00000001158)	GZMA (ENSNLEG00000001174)	CDC20B (ENSNLEG00000001187)	GPX8 (ENSNLEG00000001206)	MCIDAS (ENSNLEG00000001216)	CCNO (ENSNLEG00000001224)	DHX29 (ENSNLEG00000001232)	MTREX (ENSNLEG00000001494)	PLPP1 (ENSNLEG00000001513)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Orangutan	DUPLICATION
Orangutan	MODERN SPECIES	1	PCGF6 (ENSPPYG00000002618)	ENSPPYG00000040925	INA (ENSPPYG00000002617)	ENSPPYG00000031986	ENSPPYG00000007794	NT5C2 (ENSPPYG00000002616)	CNNM2 (ENSPPYG00000002615)	AS3MT (ENSPPYG00000002614)	BORCS7 (ENSPPYG00000002613)	CYP17A1 (ENSPPYG00000002611)	ENSPPYG00000041191	WBP1L (ENSPPYG00000002610)	SFXN2 (ENSPPYG00000002609)	ARL3 (ENSPPYG00000031083)	TRIM8 (ENSPPYG00000002607)	ENSPPYG00000033083 #22	SUFU (ENSPPYG00000002606)	ACTR1A (ENSPPYG00000002605)	MFSD13A (ENSPPYG00000002604)	C10orf95 (ENSPPYG00000002603)	CUEDC2 (ENSPPYG00000002602)	ENSPPYG00000002601	NFKB2 (ENSPPYG00000002599)	PSD (ENSPPYG00000002600)	GBF1 (ENSPPYG00000002598)	ENSPPYG00000002597	ELOVL3 (ENSPPYG00000002596)	NOLC1 (ENSPPYG00000002595)	PPRC1 (ENSPPYG00000002594)	LDB1 (ENSPPYG00000002593)	HPS6 (ENSPPYG00000030981)
Orangutan	MODERN SPECIES	16	KLHL18 (ENSPPYG00000013920)	SCAP (ENSPPYG00000013918) #9	ELP6 (ENSPPYG00000013917) #10	CSPG5 (ENSPPYG00000013916) #11	ENSPPYG00000035559	SMARCC1 (ENSPPYG00000013915) #12	DHX30 (ENSPPYG00000013914) #13	MAP4 (ENSPPYG00000013913)	CDC25A (ENSPPYG00000013912) #16	CAMP (ENSPPYG00000013910) #17	ZNF589 (ENSPPYG00000013909)	NME6 (ENSPPYG00000013908) #18	SPINK8 (ENSPPYG00000030391) #19	FBXW12 (ENSPPYG00000013907) #20	PLXNB1 (ENSPPYG00000013906)	ENSPPYG00000034501 #22	CCDC51 (ENSPPYG00000013905) #21	ATRIP (ENSPPYG00000013904) #24	TREX1 (ENSPPYG00000013903) #25	SHISA5 (ENSPPYG00000013902) #26	PFKFB4 (ENSPPYG00000013901) #27	UCN2 (ENSPPYG00000013900) #28	UQCRC1 (ENSPPYG00000013898) #29	ENSPPYG00000013897 #30	SLC26A6 (ENSPPYG00000013896) #31	CELSR3 (ENSPPYG00000036651)	NCKIPSD (ENSPPYG00000029864) #33	IP6K2 (ENSPPYG00000013895) #34	PRKAR2A (ENSPPYG00000013894) #35	SLC25A20 (ENSPPYG00000013892) #36	ARIH2 (ENSPPYG00000013890) #37
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000005052.e	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949
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Pan	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000005052.e	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000166259	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37
Chimpanzee	MODERN SPECIES	16	SMARCC1 (ENSPTRG00000014875) #12	ENSPTRG00000048090	DHX30 (ENSPTRG00000014877) #13	MAP4 (ENSPTRG00000014878)	ENSPTRG00000049574	CDC25A (ENSPTRG00000014879) #16	ENSPTRG00000050808	CAMP (ENSPTRG00000014880) #17	ZNF589 (ENSPTRG00000014881)	ENSPTRG00000044573	NME6 (ENSPTRG00000014882) #18	SPINK8 (ENSPTRG00000042337) #19	FBXW12 (ENSPTRG00000014883) #20	PLXNB1 (ENSPTRG00000014884)	CCDC51 (ENSPTRG00000014885) #21	TMA7 (ENSPTRG00000041769) #22	ATRIP (ENSPTRG00000014887) #24	TREX1 (ENSPTRG00000033737) #25	SHISA5 (ENSPTRG00000014888) #26	PFKFB4 (ENSPTRG00000014889) #27	COL7A1 (ENSPTRG00000014891)	UQCRC1 (ENSPTRG00000014892) #29	TMEM89 (ENSPTRG00000014893) #30	SLC26A6 (ENSPTRG00000038807) #31	CELSR3 (ENSPTRG00000014895)	NCKIPSD (ENSPTRG00000033842) #33	IP6K2 (ENSPTRG00000014897) #34	PRKAR2A (ENSPTRG00000014898) #35	SLC25A20 (ENSPTRG00000014900) #36	ENSPTRG00000038713	ARIH2 (ENSPTRG00000014902) #37
Bonobo	MODERN SPECIES	16	CSPG5 (ENSPPAG00000041716) #11	SMARCC1 (ENSPPAG00000031011) #12	DHX30 (ENSPPAG00000034330) #13	MAP4 (ENSPPAG00000042257)	ENSPPAG00000033774	CDC25A (ENSPPAG00000034700) #16	ENSPPAG00000017036	CAMP (ENSPPAG00000042262) #17	ENSPPAG00000027730	ENSPPAG00000027577	NME6 (ENSPPAG00000036553) #18	SPINK8 (ENSPPAG00000005562) #19	ENSPPAG00000026655 #20	PLXNB1 (ENSPPAG00000038541)	CCDC51 (ENSPPAG00000013899) #21	TMA7 (ENSPPAG00000011519) #22	ATRIP (ENSPPAG00000037275) #24	TREX1 (ENSPPAG00000022909) #25	SHISA5 (ENSPPAG00000022466) #26	PFKFB4 (ENSPPAG00000040004) #27	ENSPPAG00000030920	UQCRC1 (ENSPPAG00000034955) #29	TMEM89 (ENSPPAG00000043138) #30	SLC26A6 (ENSPPAG00000027870) #31	CELSR3 (ENSPPAG00000031153)	NCKIPSD (ENSPPAG00000011360) #33	IP6K2 (ENSPPAG00000027364) #34	PRKAR2A (ENSPPAG00000032093) #35	SLC25A20 (ENSPPAG00000032464) #36	ENSPPAG00000018979	ARIH2 (ENSPPAG00000037928) #37
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Bushbaby	MODERN SPECIES	121	ENSOGAG00000012940	RASEF (ENSOGAG00000012724)	ENSOGAG00000030912	ENSOGAG00000027042	ENSOGAG00000026418	TLE1 (ENSOGAG00000012917)	ENSOGAG00000024643	ENSOGAG00000027188	TLE4 (ENSOGAG00000009689)	ENSOGAG00000009484	ENSOGAG00000032944	PSAT1 (ENSOGAG00000003045)	CEP78 (ENSOGAG00000003043)	ENSOGAG00000025336	GNAQ (ENSOGAG00000009233)	ENSOGAG00000025570 #22	ENSOGAG00000034066	GNA14 (ENSOGAG00000009228)	VPS13A (ENSOGAG00000009206)	FOXB2 (ENSOGAG00000031210)	ENSOGAG00000028224	PRUNE2 (ENSOGAG00000029865)	GCNT1 (ENSOGAG00000002901)	RFK (ENSOGAG00000013120)	PCSK5 (ENSOGAG00000013106)	OSTF1 (ENSOGAG00000002603)	NMRK1 (ENSOGAG00000002602)	CARNMT1 (ENSOGAG00000002600)	C9orf40 (ENSOGAG00000029257)	TRPM6 (ENSOGAG00000008591)	RORB (ENSOGAG00000001523)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000162391	ENSGT00940000163080	ENSGT00550000074807.d
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157026	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000164260	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000162391	ENSGT00940000163080	ENSGT00550000074807.d	ENSGT00940000157863 #36
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	949	CDV3 (ENSPSMG00000025959)	BFSP2 (ENSPSMG00000025960)	TMEM108 (ENSPSMG00000025961)	ENSPSMG00000025962	ENSPSMG00000025963	NPHP3 (ENSPSMG00000025964)	UBA5 (ENSPSMG00000025965)	ACAD11 (ENSPSMG00000025966)	ACKR4 (ENSPSMG00000025968)	DNAJC13 (ENSPSMG00000025969)	ACP3 (ENSPSMG00000025970)	NME6 (ENSPSMG00000025971) #18	FBXW12 (ENSPSMG00000025972) #20	PLXNB1 (ENSPSMG00000025973)	CCDC51 (ENSPSMG00000025974) #21	TMA7 (ENSPSMG00000025975) #22	ATRIP (ENSPSMG00000025976) #24	SHISA5 (ENSPSMG00000025978) #26	PFKFB4 (ENSPSMG00000025979) #27	UCN2 (ENSPSMG00000025980) #28	UQCRC1 (ENSPSMG00000025981) #29	TMEM89 (ENSPSMG00000025982) #30	SLC26A6 (ENSPSMG00000025983) #31	CELSR3 (ENSPSMG00000025984)	NCKIPSD (ENSPSMG00000025986) #33	IP6K2 (ENSPSMG00000025987) #34	PRKAR2A (ENSPSMG00000025988) #35	SLC25A20 (ENSPSMG00000025989) #36	ARIH2 (ENSPSMG00000025990) #37	P4HTM (ENSPSMG00000025991)	WDR6 (ENSPSMG00000025992)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	50	KLHL18 (ENSPCOG00000022873)	PTPN23 (ENSPCOG00000028481) #7	SCAP (ENSPCOG00000027450) #9	ELP6 (ENSPCOG00000028540) #10	CSPG5 (ENSPCOG00000018951) #11	SMARCC1 (ENSPCOG00000017575) #12	DHX30 (ENSPCOG00000025552) #13	ENSPCOG00000015417 #15	CDC25A (ENSPCOG00000014303) #16	CAMP (ENSPCOG00000027933) #17	ENSPCOG00000027517	NME6 (ENSPCOG00000016972) #18	FBXW12 (ENSPCOG00000027626) #20	PLXNB1 (ENSPCOG00000016913)	CCDC51 (ENSPCOG00000021612) #21	TMA7 (ENSPCOG00000025161) #22	ATRIP (ENSPCOG00000026930) #24	SHISA5 (ENSPCOG00000021377) #26	PFKFB4 (ENSPCOG00000015729) #27	COL7A1 (ENSPCOG00000028408)	UQCRC1 (ENSPCOG00000013339) #29	TMEM89 (ENSPCOG00000024176) #30	SLC26A6 (ENSPCOG00000017202) #31	CELSR3 (ENSPCOG00000025025)	NCKIPSD (ENSPCOG00000008716) #33	IP6K2 (ENSPCOG00000021856) #34	PRKAR2A (ENSPCOG00000028683) #35	ENSPCOG00000028707	SLC25A20 (ENSPCOG00000028137) #36	ARIH2 (ENSPCOG00000019150) #37	P4HTM (ENSPCOG00000006504)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Orangutan	MODERN SPECIES	17	TLR1 (ENSPPYG00000014668)	TLR6 (ENSPPYG00000014669)	FAM114A1 (ENSPPYG00000014670)	TMEM156 (ENSPPYG00000014671)	KLHL5 (ENSPPYG00000015288)	WDR19 (ENSPPYG00000014672)	RFC1 (ENSPPYG00000014673)	KLB (ENSPPYG00000014674)	ENSPPYG00000014675	LIAS (ENSPPYG00000014676)	UGDH (ENSPPYG00000014677)	SMIM14 (ENSPPYG00000014678)	UBE2K (ENSPPYG00000030577)	ENSPPYG00000040313	PDS5A (ENSPPYG00000014682)	ENSPPYG00000014684 ##22	N4BP2 (ENSPPYG00000014686)	RHOH (ENSPPYG00000014687)	ENSPPYG00000030777	CHRNA9 (ENSPPYG00000015291)	RBM47 (ENSPPYG00000040899)	ENSPPYG00000036617	NSUN7 (ENSPPYG00000014689)	APBB2 (ENSPPYG00000014690)	ENSPPYG00000035163	ENSPPYG00000014691	LIMCH1 (ENSPPYG00000014692)	PHOX2B (ENSPPYG00000014693)	TMEM33 (ENSPPYG00000014694)	DCAF4L1 (ENSPPYG00000014695)	SLC30A9 (ENSPPYG00000014696)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162884	ENSGT00390000010054.b	ENSGT00390000017929	ENSGT00940000155358.k.a	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00940000157489	ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k	ENSGT00390000006234	ENSGT00940000154143.e.d	ENSGT00390000015355	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059	ENSGT00910000147100	ENSGT00940000155155	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000160604	ENSGT00940000160078	ENSGT00910000146901	ENSGT00940000156077	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000157352	ENSGT00390000000002.a.a.a	ENSGT00940000157306	ENSGT00950000183159.a	ENSGT00940000159958	ENSGT00390000011368	ENSGT00390000008346	ENSGT00390000014963	ENSGT00940000161360	ENSGT00940000157110
Chimpanzee	MODERN SPECIES	17	FAM114A1 (ENSPTRG00000023549)	TMEM156 (ENSPTRG00000015988)	KLHL5 (ENSPTRG00000015989)	WDR19 (ENSPTRG00000015990)	RFC1 (ENSPTRG00000015991)	KLB (ENSPTRG00000015992)	ENSPTRG00000043669	ENSPTRG00000050404	LIAS (ENSPTRG00000015994)	ENSPTRG00000048813	UGDH (ENSPTRG00000015996)	SMIM14 (ENSPTRG00000048386)	UBE2K (ENSPTRG00000050230)	ENSPTRG00000046479	PDS5A (ENSPTRG00000015999)	ENSPTRG00000052828 ##22	ENSPTRG00000047265	N4BP2 (ENSPTRG00000016001)	RHOH (ENSPTRG00000050417)	ENSPTRG00000051473	CHRNA9 (ENSPTRG00000016003)	RBM47 (ENSPTRG00000016006)	NSUN7 (ENSPTRG00000016007)	APBB2 (ENSPTRG00000016008)	UCHL1 (ENSPTRG00000016009)	LIMCH1 (ENSPTRG00000016010)	PHOX2B (ENSPTRG00000016011)	TMEM33 (ENSPTRG00000016012)	SLC30A9 (ENSPTRG00000016014)	BEND4 (ENSPTRG00000016015)	SHISA3 (ENSPTRG00000016016)
Gibbon	MODERN SPECIES	449	ENSNLEG00000000985	SYTL5 (ENSNLEG00000001002)	SRPX (ENSNLEG00000001074)	ENSNLEG00000001110	OTC (ENSNLEG00000001180)	TSPAN7 (ENSNLEG00000032727)	MID1IP1 (ENSNLEG00000034964)	ENSNLEG00000033266	BCOR (ENSNLEG00000001372)	ENSNLEG00000001433	ATP6AP2 (ENSNLEG00000001441)	MPC1L (ENSNLEG00000019041)	CXorf38 (ENSNLEG00000001550)	MED14 (ENSNLEG00000001575)	ENSNLEG00000030923	ENSNLEG00000028978 ##22	ENSNLEG00000030171	ENSNLEG00000030859	ENSNLEG00000032912	USP9X (ENSNLEG00000001837)	DDX3X (ENSNLEG00000001876)	ENSNLEG00000001923	NYX (ENSNLEG00000001945)	GPR82 (ENSNLEG00000002258)	CASK (ENSNLEG00000001954)	ENSNLEG00000028592	ENSNLEG00000027452	MAOA (ENSNLEG00000002271)	MAOB (ENSNLEG00000002389)	ENSNLEG00000036149	ENSNLEG00000036235
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	600									WDR74 (ENSRBIG00000037705)	TEX54 (ENSRBIG00000040059)	STX5 (ENSRBIG00000029164)	NXF1 (ENSRBIG00000042508)	TMEM223 (ENSRBIG00000040267)	TMEM179B (ENSRBIG00000036204)	TAF6L (ENSRBIG00000036681)	ENSRBIG00000030312 ##22	POLR2G (ENSRBIG00000009173)	ZBTB3 (ENSRBIG00000036228)	TTC9C (ENSRBIG00000044503)	HNRNPUL2 (ENSRBIG00000037820)	BSCL2 (ENSRBIG00000040625)	ENSRBIG00000036927	UBXN1 (ENSRBIG00000028404)	UQCC3 (ENSRBIG00000038515)	CSKMT (ENSRBIG00000037785)	ENSRBIG00000030851	INTS5 (ENSRBIG00000045006)	GANAB (ENSRBIG00000040636)	B3GAT3 (ENSRBIG00000012660)	ROM1 (ENSRBIG00000033282)	EML3 (ENSRBIG00000029464)
Tarsier	MODERN SPECIES	4825														MCM4 (ENSTSYG00000007923)	ENSTSYG00000002511	ENSTSYG00000037077 ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Rabbit	MODERN SPECIES	4	NUP210L (ENSOCUG00000011794)	ENSOCUG00000022459	ENSOCUG00000005113	ENSOCUG00000030717	ENSOCUG00000011792	RAB13 (ENSOCUG00000006286)	ENSOCUG00000011788	CREB3L4 (ENSOCUG00000011784)	SLC39A1 (ENSOCUG00000003045)	CRTC2 (ENSOCUG00000015733)	ENSOCUG00000033615	DENND4B (ENSOCUG00000011771)	GATAD2B (ENSOCUG00000008135)	SLC27A3 (ENSOCUG00000005457)	INTS3 (ENSOCUG00000005436)	ENSOCUG00000023068 ##22	NPR1 (ENSOCUG00000027588)	ILF2 (ENSOCUG00000005430)	SNAPIN (ENSOCUG00000005425)	ENSOCUG00000002756	S100A1 (ENSOCUG00000002752)	S100A13 (ENSOCUG00000002748)	S100A14 (ENSOCUG00000002745)	S100A3 (ENSOCUG00000008647)	S100A4 (ENSOCUG00000008645)	S100A5 (ENSOCUG00000008640)	ENSOCUG00000024096	ENSOCUG00000007512	S100A8 (ENSOCUG00000009566)	S100A12 (ENSOCUG00000022646)	S100A9 (ENSOCUG00000008632)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	45																ENSUPAG00010023436 ##22	ENSUPAG00010023435	TRHDE (ENSUPAG00010023434)	ENSUPAG00010023433	TPH2 (ENSUPAG00010023432)	TBC1D15 (ENSUPAG00010023431)	RAB21 (ENSUPAG00010023430)	TMEM19 (ENSUPAG00010023429)	THAP2 (ENSUPAG00010023428)	ZFC3H1 (ENSUPAG00010023427)	LGR5 (ENSUPAG00010023426)	TSPAN8 (ENSUPAG00010023425)	PTPRR (ENSUPAG00010023424)	ENSUPAG00010023422	PTPRB (ENSUPAG00010023420)	KCNMB4 (ENSUPAG00010023419)
Squirrel	MODERN SPECIES	224										PCYT1B (ENSSTOG00000014901)	PDK3 (ENSSTOG00000014894)	ZFX (ENSSTOG00000007158)	EIF2S3B (ENSSTOG00000007144)	KLHL15 (ENSSTOG00000002209)	CXorf58 (ENSSTOG00000002201)	ENSSTOG00000026298 ##22	ENSSTOG00000002062	SAT1 (ENSSTOG00000019590)	ACOT9 (ENSSTOG00000002034)	PRDX4 (ENSSTOG00000002028)	PTCHD1 (ENSSTOG00000024846)	ENSSTOG00000027719	PHEX (ENSSTOG00000006838)	ENSSTOG00000034135	MBTPS2 (ENSSTOG00000010473)	SMPX (ENSSTOG00000002549)	CNKSR2 (ENSSTOG00000011389)	RPS6KA3 (ENSSTOG00000010494)	EIF1AX (ENSSTOG00000026117)	MAP7D2 (ENSSTOG00000013888)	BCLAF3 (ENSSTOG00000020416)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	335	Snx6 (ENSDORG00000007000)	Cfl2 (ENSDORG00000006039)	Baz1a (ENSDORG00000008833)	ENSDORG00000005159	ENSDORG00000026400	ENSDORG00000010059	Psma6 (ENSDORG00000010060)	ENSDORG00000012862	Ralgapa1 (ENSDORG00000001812)	Brms1l (ENSDORG00000005811)	ENSDORG00000027989	ENSDORG00000024326	Mbip (ENSDORG00000000347)	Nkx2-1 (ENSDORG00000023229)	Pax9 (ENSDORG00000028039)	ENSDORG00000028679 ##22	Mipol1 (ENSDORG00000006394)	Foxa1 (ENSDORG00000026795)	ENSDORG00000024437	Sstr1 (ENSDORG00000015028)	Sec23a (ENSDORG00000012664)	Gemin2 (ENSDORG00000003814)	Trappc6b (ENSDORG00000000828)	ENSDORG00000025772	ENSDORG00000006281	ENSDORG00000007595	Fbxo33 (ENSDORG00000007596)	ENSDORG00000028420	Med21 (ENSDORG00000028361)	Lrfn5 (ENSDORG00000008786)	Gm527 (ENSDORG00000010215)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES		1810055G02Rik (ENSPEMG00000016140)	Kmt5b (ENSPEMG00000013458)	Chka (ENSPEMG00000010890)	Tcirg1 (ENSPEMG00000007012)	Ndufs8 (ENSPEMG00000014723)	Aldh3b1 (ENSPEMG00000026438)	Unc93b1 (ENSPEMG00000015773)	Aldh3b3 (ENSPEMG00000024395)	Aldh3b2 (ENSPEMG00000026919)	ENSPEMG00000014977	Tbx10 (ENSPEMG00000017754)	Nudt8 (ENSPEMG00000018440)	Doc2g (ENSPEMG00000005234)	Ndufv1 (ENSPEMG00000011587)	ENSPEMG00000005365	ENSPEMG00000029247 ##22	ENSPEMG00000016907	Gstp3 (ENSPEMG00000030796)	Cabp2 (ENSPEMG00000005235)	Cdk2ap2 (ENSPEMG00000028665)	Pitpnm1 (ENSPEMG00000001355)	Aip (ENSPEMG00000005397)	Tmem134 (ENSPEMG00000008430)	Cabp4 (ENSPEMG00000008224)	Gpr152 (ENSPEMG00000008897)	Coro1b (ENSPEMG00000011980)	Ptprcap (ENSPEMG00000029717)	Rps6kb2 (ENSPEMG00000016166)	Carns1 (ENSPEMG00000010758)	Tbc1d10c (ENSPEMG00000013534)	Ppp1ca (ENSPEMG00000009056)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES		ENSPEMG00000030863	ENSPEMG00000030721	Ube3a (ENSPEMG00000021010)	Atp10a (ENSPEMG00000020854)	Gabrb3 (ENSPEMG00000023767)	Gabra5 (ENSPEMG00000019839)	Gabrg3 (ENSPEMG00000019431)	Oca2 (ENSPEMG00000020098)	Herc2 (ENSPEMG00000019120)	Nipa1 (ENSPEMG00000011557)	Nipa2 (ENSPEMG00000028381)	Cyfip1 (ENSPEMG00000020064)	Tubgcp5 (ENSPEMG00000017749)	Siglech (ENSPEMG00000016963)	Luzp2 (ENSPEMG00000019695)	ENSPEMG00000028728 ##22	ENSPEMG00000019594	ENSPEMG00000028549	ENSPEMG00000013216	ENSPEMG00000011562	ENSPEMG00000022031	ENSPEMG00000022662	Uevld (ENSPEMG00000012328)	Misfa (ENSPEMG00000021845)	ENSPEMG00000021660	ENSPEMG00000023153	Tmem86a (ENSPEMG00000024287)	Ptpn5 (ENSPEMG00000022553)	ENSPEMG00000021299	ENSPEMG00000022426	Mrgprx1 (ENSPEMG00000007777)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000003748	ENSGT00940000157850	ENSGT00940000159282	ENSGT00390000002049.c.b	ENSGT00940000155363	ENSGT00950000182891.a.a.a	ENSGT00390000001062	ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154699	ENSGT00940000162206.o	ENSGT00940000162206.p	ENSGT00950000183083.a.d.a	ENSGT00940000157387	ENSGT00390000006883	ENSGT00940000154257.j	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000160522	ENSGT00940000158531	ENSGT00390000014572.nd	ENSGT00940000159331.b	ENSGT00390000004985.b	ENSGT00940000157461	ENSGT00940000155405	ENSGT00940000157691	ENSGT00940000156573	ENSGT00390000016607.a	ENSGT00940000160579.c	ENSGT00940000157602	ENSGT00940000160582	ENSGT00940000158898	ENSGT00950000183065.D
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	284	Usp3 (ENSCGRG00001012692)	Car12 (ENSCGRG00001005768)	ENSCGRG00001019290	ENSCGRG00001018389	Rab8b (ENSCGRG00001023679)	Rps27l (ENSCGRG00001020737)	Lactb (ENSCGRG00001017416)	Tpm1 (ENSCGRG00001021042)	Tln2 (ENSCGRG00001010300)	C2cd4b (ENSCGRG00001010530)	C2cd4a (ENSCGRG00001012662)	Vps13c (ENSCGRG00001011049)	Rora (ENSCGRG00001017588)	Ice2 (ENSCGRG00001014356)	Anxa2 (ENSCGRG00001011233)	ENSCGRG00001011336 ##22	Foxb1 (ENSCGRG00001010230)	Bnip2 (ENSCGRG00001022198)	ENSCGRG00001010848	Gcnt3 (ENSCGRG00001010296)	Fam81a (ENSCGRG00001023777)	Myo1e (ENSCGRG00001015678)	Ccnb2 (ENSCGRG00001015914)	Rnf111 (ENSCGRG00001012805)	Sltm (ENSCGRG00001022009)	ENSCGRG00001005799	Mindy2 (ENSCGRG00001009624)	Adam10 (ENSCGRG00001024542)	ENSCGRG00001006102	Lipc (ENSCGRG00001023377)	Aqp9 (ENSCGRG00001002590)
Golden Hamster	DUPLICATION
Golden Hamster	MODERN SPECIES	394																ENSMAUG00000001647 ##22
Golden Hamster	MODERN SPECIES	672	Fbxl22 (ENSMAUG00000000756)	Usp3 (ENSMAUG00000014840)	Car12 (ENSMAUG00000010842)	ENSMAUG00000020850	Rab8b (ENSMAUG00000014611)	Rps27l (ENSMAUG00000014151)	Lactb (ENSMAUG00000000691)	Tpm1 (ENSMAUG00000015731)	Tln2 (ENSMAUG00000011104)	C2cd4b (ENSMAUG00000011284)	C2cd4a (ENSMAUG00000001316)	Vps13c (ENSMAUG00000013205)	Rora (ENSMAUG00000018718)	Ice2 (ENSMAUG00000013954)	Anxa2 (ENSMAUG00000018332)	ENSMAUG00000004371 ##22	ENSMAUG00000008646	Foxb1 (ENSMAUG00000020300)	Bnip2 (ENSMAUG00000002456)	ENSMAUG00000018634	Gcnt3 (ENSMAUG00000005994)	Fam81a (ENSMAUG00000020147)	ENSMAUG00000008961	ENSMAUG00000008399	Ccnb2 (ENSMAUG00000017817)	Rnf111 (ENSMAUG00000012803)	Sltm (ENSMAUG00000014391)	Mindy2 (ENSMAUG00000022175)	Adam10 (ENSMAUG00000014886)	Lipc (ENSMAUG00000013594)	Aqp9 (ENSMAUG00000003309)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	18	Ptpn23 (ENSRNOG00000020862) #7	Scap (ENSRNOG00000020853) #9	Elp6 (ENSRNOG00000020847) #10	AABR07071482.1 (ENSRNOG00000031483)	AABR07071482.2 (ENSRNOG00000034052)	Cspg5 (ENSRNOG00000020833) #11	Smarcc1 (ENSRNOG00000020804) #12	Dhx30 (ENSRNOG00000029194) #13	Map4 (ENSRNOG00000020748) #15	Cdc25a (ENSRNOG00000020737) #16	Camp (ENSRNOG00000020733) #17	Nme6 (ENSRNOG00000020721) #18	Spink8 (ENSRNOG00000037199) #19	Fbxw12 (ENSRNOG00000020720) #20	Plxnb1 (ENSRNOG00000029510)	Tma7 (ENSRNOG00000047225) ##22	Ccdc51 (ENSRNOG00000020688) #21	Atrip (ENSRNOG00000020670) #24	Trex1 (ENSRNOG00000022540) #25	Shisa5 (ENSRNOG00000020667) #26	Pfkfb4 (ENSRNOG00000020656) #27	Ucn2 (ENSRNOG00000020655) #28	Col7a1 (ENSRNOG00000020579)	Uqcrc1 (ENSRNOG00000032134) #29	Tmem89 (ENSRNOG00000031141) #30	Slc26a6 (ENSRNOG00000020450) #31	Celsr3 (ENSRNOG00000053889)	Nckipsd (ENSRNOG00000031816) #33	Ip6k2 (ENSRNOG00000020361) #34	Prkar2a (ENSRNOG00000020284) #35	Slc25a20 (ENSRNOG00000020288) #36
Rat	MODERN SPECIES	14	Prokr1 (ENSRNOG00000009556)	Arhgap25 (ENSRNOG00000009347)	Bmp10 (ENSRNOG00000009316)	Gkn3 (ENSRNOG00000037782)	Gkn2 (ENSRNOG00000009256)	Gkn1 (ENSRNOG00000008838)	Antxr1 (ENSRNOG00000008678)	Gfpt1 (ENSRNOG00000018507)	Nfu1 (ENSRNOG00000018410)	Rpl22 (ENSRNOG00000028747)	Aak1 (ENSRNOG00000018317)	Anxa4 (ENSRNOG00000018159)	Snrnp27 (ENSRNOG00000017838)	Snrnp27 (ENSRNOG00000065135)	Mxd1 (ENSRNOG00000017720)	AC139642.2 (ENSRNOG00000021723) ##22	Pcbp1 (ENSRNOG00000017708)	RGD1306746 (ENSRNOG00000017380)	Tia1 (ENSRNOG00000016813)	Pcyox1 (ENSRNOG00000016704)	LOC687679 (ENSRNOG00000016507)	Fam136a (ENSRNOG00000016273)	Tgfa (ENSRNOG00000016182)	Add2 (ENSRNOG00000015903)	Figla (ENSRNOG00000015877)	Dusp11 (ENSRNOG00000045539)	Nat8b (ENSRNOG00000056962)	Tprkb (ENSRNOG00000050645)	Nat8f1 (ENSRNOG00000015799)	Nat8f4 (ENSRNOG00000070875)	Nat8f2 (ENSRNOG00000069710)
Rat	MODERN SPECIES	14	Cux1-ps1 (ENSRNOG00000065301)	ENSRNOG00000062862	Npvf (ENSRNOG00000010806)	LOC500124 (ENSRNOG00000010594)	Cycs-ps9 (ENSRNOG00000010452)	AC113910.1 (ENSRNOG00000033274)	Osbpl3 (ENSRNOG00000010011)	Gsdme (ENSRNOG00000009970)	Pals2 (ENSRNOG00000021579)	Npy (ENSRNOG00000046449)	RGD1564712 (ENSRNOG00000043158)	ENSRNOG00000065775	Stk31 (ENSRNOG00000057554)	RGD1563352 (ENSRNOG00000009583)	Fam221a (ENSRNOG00000009447)	LOC100910678 (ENSRNOG00000070474) ##22	Ccdc126 (ENSRNOG00000009322)	Gemin7l1 (ENSRNOG00000034168)	Tra2a (ENSRNOG00000009156)	Igf2bp3 (ENSRNOG00000009052)	Malsu1 (ENSRNOG00000009035)	Gpnmb (ENSRNOG00000008816)	Svs1 (ENSRNOG00000008714)	Doxl2 (ENSRNOG00000032432)	Doxl1 (ENSRNOG00000023612)	Aoc1 (ENSRNOG00000008575)	Tmem176a (ENSRNOG00000023708)	Tmem176b (ENSRNOG00000008465)	Gimap5 (ENSRNOG00000008416)	Gimap1 (ENSRNOG00000042229)	Gimap7 (ENSRNOG00000038740)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Tiger	MODERN SPECIES	281	KLHL18 (ENSPTIG00000015268)	SCAP (ENSPTIG00000015428) #9	ELP6 (ENSPTIG00000015449) #10	CSPG5 (ENSPTIG00000015479) #11	SMARCC1 (ENSPTIG00000015498) #12	DHX30 (ENSPTIG00000015582) #13	ENSPTIG00000015772 #15	ENSPTIG00000015786 #15	CDC25A (ENSPTIG00000015823) #16	CAMP (ENSPTIG00000015881) #17	NME6 (ENSPTIG00000015913) #18	ENSPTIG00000015985	ENSPTIG00000016021 #20	PLXNB1 (ENSPTIG00000016066)	CCDC51 (ENSPTIG00000016210) #21	ENSPTIG00000016250 ##22	ATRIP (ENSPTIG00000016280) #24	TREX1 (ENSPTIG00000006601) #25	SHISA5 (ENSPTIG00000016319) #26	PFKFB4 (ENSPTIG00000016383) #27	UCN2 (ENSPTIG00000006606) #28	UQCRC1 (ENSPTIG00000016678) #29	TMEM89 (ENSPTIG00000016694) #30	SLC26A6 (ENSPTIG00000016768) #31	CELSR3 (ENSPTIG00000017215)	NCKIPSD (ENSPTIG00000017444) #33	IP6K2 (ENSPTIG00000017531) #34	PRKAR2A (ENSPTIG00000017551) #35	SLC25A20 (ENSPTIG00000017596) #36	ARIH2 (ENSPTIG00000017747) #37	P4HTM (ENSPTIG00000017764)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
leopard	MODERN SPECIES	68	SCAP (ENSPPRG00000003522) #9	ELP6 (ENSPPRG00000002371) #10	ENSPPRG00000001869	CSPG5 (ENSPPRG00000000365) #11	SMARCC1 (ENSPPRG00000000113) #12	DHX30 (ENSPPRG00000022811) #13	ENSPPRG00000014672 #15	ENSPPRG00000013515 #15	CDC25A (ENSPPRG00000013158) #16	CAMP (ENSPPRG00000012470) #17	NME6 (ENSPPRG00000012209) #18	SPINK8 (ENSPPRG00000010293) #19	ENSPPRG00000009932 #20	PLXNB1 (ENSPPRG00000009709)	CCDC51 (ENSPPRG00000007777) #21	ENSPPRG00000007402 ##22	ATRIP (ENSPPRG00000004974) #24	TREX1 (ENSPPRG00000014884) #25	SHISA5 (ENSPPRG00000003591) #26	PFKFB4 (ENSPPRG00000003148) #27	UCN2 (ENSPPRG00000014876) #28	UQCRC1 (ENSPPRG00000024395) #29	TMEM89 (ENSPPRG00000024453) #30	SLC26A6 (ENSPPRG00000024614) #31	CELSR3 (ENSPPRG00000012846)	NCKIPSD (ENSPPRG00000011420) #33	IP6K2 (ENSPPRG00000010669) #34	PRKAR2A (ENSPPRG00000009071) #35	SLC25A20 (ENSPPRG00000008373) #36	ARIH2 (ENSPPRG00000008113) #37	P4HTM (ENSPPRG00000007613)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Equus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Donkey	MODERN SPECIES	13	ELP6 (ENSEASG00005008506) #10	CSPG5 (ENSEASG00005008511) #11	SMARCC1 (ENSEASG00005008512) #12	ENSEASG00005031652	DHX30 (ENSEASG00005008553) #13	ENSEASG00005029145 #15	ENSEASG00005033940 #15	ENSEASG00005024472	CDC25A (ENSEASG00005008828) #16	ENSEASG00005008901 #17	CATH1 (ENSEASG00005008904) #17	ENSEASG00005008913	SPINK8 (ENSEASG00005034103) #19	PLXNB1 (ENSEASG00005008996)	CCDC51 (ENSEASG00005009089) #21	ENSEASG00005029015 ##22	ATRIP (ENSEASG00005009097) #24	TREX1 (ENSEASG00005009122) #25	SHISA5 (ENSEASG00005009131) #26	PFKFB4 (ENSEASG00005009197) #27	ENSEASG00005009278	UQCRC1 (ENSEASG00005009425) #29	ENSEASG00005036657 #30	SLC26A6 (ENSEASG00005009823) #31	CELSR3 (ENSEASG00005010210)	NCKIPSD (ENSEASG00005010268) #33	IP6K2 (ENSEASG00005010284) #34	PRKAR2A (ENSEASG00005010299) #35	SLC25A20 (ENSEASG00005010354) #36	ARIH2 (ENSEASG00005010381) #37	P4HTM (ENSEASG00005010415)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Microbat	MODERN SPECIES	939	TMEM255A (ENSMLUG00000016410)	ATP1B4 (ENSMLUG00000012306)	LAMP2 (ENSMLUG00000012320)	CUL4B (ENSMLUG00000013231)	MCTS1 (ENSMLUG00000015101)	C1GALT1C1 (ENSMLUG00000012757)	GRIA3 (ENSMLUG00000007407)	ENSMLUG00000013656	ENSMLUG00000027315	XIAP (ENSMLUG00000001731)	STAG2 (ENSMLUG00000009349)	SH2D1A (ENSMLUG00000014879)	ENSMLUG00000024778	TENM1 (ENSMLUG00000014882)	ENSMLUG00000025681	ENSMLUG00000030179 ##22	ENSMLUG00000028867	ENSMLUG00000025675	DCAF12L2 (ENSMLUG00000015935)	ENSMLUG00000029909	ENSMLUG00000025391	ENSMLUG00000016470	SMARCA1 (ENSMLUG00000029614)	OCRL (ENSMLUG00000015997)	APLN (ENSMLUG00000023749)	XPNPEP2 (ENSMLUG00000001962)	SASH3 (ENSMLUG00000001974)	ZDHHC9 (ENSMLUG00000001980)	ENSMLUG00000001984	ENSMLUG00000028941	BCORL1 (ENSMLUG00000008944)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Blue whale	MODERN SPECIES		ENSBMSG00010016666	ZNF687 (ENSBMSG00010016725)	PI4KB (ENSBMSG00010016773)	RFX5 (ENSBMSG00010016931)	SELENBP1 (ENSBMSG00010016965)	ENSBMSG00010017117	PSMB4 (ENSBMSG00010017161)	POGZ (ENSBMSG00010017219)	CGN (ENSBMSG00010017607)	TUFT1 (ENSBMSG00010017718)	SNX27 (ENSBMSG00010017840)	CELF3 (ENSBMSG00010018090)	RIIAD1 (ENSBMSG00010018208)	MRPL9 (ENSBMSG00010018243)	OAZ3 (ENSBMSG00010018287)	ENSBMSG00010018451 ##22	TDRKH (ENSBMSG00010018475)	LINGO4 (ENSBMSG00010018591)	RORC (ENSBMSG00010018612)	C2CD4D (ENSBMSG00010018697)	THEM5 (ENSBMSG00010018706)	THEM4 (ENSBMSG00010018743)	S100A10 (ENSBMSG00010018778)	ENSBMSG00010018799	ENSBMSG00010018815	CRCT1 (ENSBMSG00010018835)	ENSBMSG00010018868	ENSBMSG00010018889	SPRR4 (ENSBMSG00010018919)	ENSBMSG00010018930	ENSBMSG00010018953
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Sperm whale	MODERN SPECIES	20	C9orf131 (ENSPCTG00005000462)	DNAJB5 (ENSPCTG00005000482)	ENSPCTG00005000497	PHF24 (ENSPCTG00005000516)	TLE1 (ENSPCTG00005000556)	ENSPCTG00005000593	TLE4 (ENSPCTG00005000639)	ENSPCTG00005000680	PSAT1 (ENSPCTG00005000704)	ENSPCTG00005000736	ENSPCTG00005000743	GNAQ (ENSPCTG00005000756)	ENSPCTG00005000769	GNA14 (ENSPCTG00005000786)	VPS13A (ENSPCTG00005000866)	ENSPCTG00005000922 ##22	FOXB2 (ENSPCTG00005000930)	PRUNE2 (ENSPCTG00005000981)	GCNT1 (ENSPCTG00005001079)	ENSPCTG00005001091	RFK (ENSPCTG00005001107)	PCSK5 (ENSPCTG00005001143)	OSTF1 (ENSPCTG00005001197)	NMRK1 (ENSPCTG00005001209)	ENSPCTG00005001226	CARNMT1 (ENSPCTG00005001249)	C9H9orf40 (ENSPCTG00005001272)	TRPM6 (ENSPCTG00005001419)	RORB (ENSPCTG00005001849)	ANXA1 (ENSPCTG00005001888)	ALDH1A1 (ENSPCTG00005001922)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158047	ENSGT00390000003020	ENSGT00940000154126.h	ENSGT00940000158668.c	ENSGT00940000162589	ENSGT00940000161525	ENSGT00710000106875	ENSGT00940000162641	ENSGT00390000001153	ENSGT00390000008126	ENSGT00390000016534.A	ENSGT00390000002599	ENSGT00940000153527.d	ENSGT00940000157642	ENSGT00940000163512	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000160807	ENSGT00940000163329	ENSGT00940000161098	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162869	ENSGT00940000163105	ENSGT00940000159644.n	ENSGT00940000163314.b	ENSGT00940000163016	ENSGT00940000162298	ENSGT00940000153412.C.i.b.a	ENSGT00940000163102	ENSGT00940000159644.m	ENSGT00940000163521
Vaquita	MODERN SPECIES	2	RPP21 (ENSPSNG00000016277)	ENSPSNG00000016791	ENSPSNG00000016817	TRIM26 (ENSPSNG00000016853)	TRIM15 (ENSPSNG00000016897)	TRIM10 (ENSPSNG00000016993)	TRIM40 (ENSPSNG00000017178)	RNF39 (ENSPSNG00000017214)	PPP1R11 (ENSPSNG00000017241)	POLR1H (ENSPSNG00000017324)	ENSPSNG00000017362	ZFP57 (ENSPSNG00000017378)	MOG (ENSPSNG00000017432)	GABBR1 (ENSPSNG00000017765)	ZNF311 (ENSPSNG00000018019)	ENSPSNG00000018092 ##22	ENSPSNG00000018129	TRIM27 (ENSPSNG00000018183)	ENSPSNG00000018246	SCAND3 (ENSPSNG00000018277)	ENSPSNG00000018329	GPX6 (ENSPSNG00000018394)	ENSPSNG00000018457	ENSPSNG00000018516	ZSCAN23 (ENSPSNG00000018576)	ZSCAN12 (ENSPSNG00000018613)	ZSCAN31 (ENSPSNG00000018660)	PGBD1 (ENSPSNG00000018697)	ZSCAN26 (ENSPSNG00000018742)	ENSPSNG00000018807	ENSPSNG00000018851
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000003020	ENSGT00940000154126.h	ENSGT00980000198488.m.a.a.a.a.f.a	ENSGT00940000158668.c	ENSGT00940000162589	ENSGT00940000161525	ENSGT00710000106875	ENSGT00940000162641	ENSGT00390000001153	ENSGT00390000008126	ENSGT00390000016534.A	ENSGT00390000002599	ENSGT00940000153527.d	ENSGT00940000157642	ENSGT00940000163512	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000160807	ENSGT00940000163329	ENSGT00940000161098	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162869	ENSGT00940000163105	ENSGT00940000159644.n	ENSGT00940000163314.b	ENSGT00940000163016	ENSGT00940000162298	ENSGT00940000159644.m	ENSGT00940000163521	ENSGT00940000154411.`b.i.f.vb	ENSGT00940000161576
Narwhal	MODERN SPECIES	310	RPP21 (ENSMMNG00015011139)	TRIM39 (ENSMMNG00015011112)	ENSMMNG00015011059	TRIM26 (ENSMMNG00015011016)	TRIM15 (ENSMMNG00015010995)	TRIM10 (ENSMMNG00015010964)	TRIM40 (ENSMMNG00015010928)	RNF39 (ENSMMNG00015010911)	PPP1R11 (ENSMMNG00015010897)	POLR1H (ENSMMNG00015010882)	ENSMMNG00015010871	ZFP57 (ENSMMNG00015010861)	MOG (ENSMMNG00015010757)	GABBR1 (ENSMMNG00015010624)	ZNF311 (ENSMMNG00015010570)	ENSMMNG00015010556 ##22	TRIM27 (ENSMMNG00015010478)	SCAND3 (ENSMMNG00015010414)	ENSMMNG00015010390	GPX6 (ENSMMNG00015010366)	ENSMMNG00015010351	ZSCAN23 (ENSMMNG00015010336)	ZSCAN12 (ENSMMNG00015010269)	ENSMMNG00015010251	ZSCAN31 (ENSMMNG00015010236)	PGBD1 (ENSMMNG00015010217)	ENSMMNG00015010204	ZSCAN26 (ENSMMNG00015010185)	ENSMMNG00015010164	ZSCAN9 (ENSMMNG00015010153)	ENSMMNG00015010146
Beluga whale	MODERN SPECIES	79	GNL1 (ENSDLEG00000017036)	RPP21 (ENSDLEG00000017021)	TRIM39 (ENSDLEG00000017010)	TRIM26 (ENSDLEG00000016995)	TRIM15 (ENSDLEG00000016983)	TRIM10 (ENSDLEG00000016977)	TRIM40 (ENSDLEG00000016970)	RNF39 (ENSDLEG00000016964)	PPP1R11 (ENSDLEG00000016935)	POLR1H (ENSDLEG00000016924)	ENSDLEG00000016913	ZFP57 (ENSDLEG00000016868)	MOG (ENSDLEG00000016836)	GABBR1 (ENSDLEG00000016804)	ZNF311 (ENSDLEG00000016789)	ENSDLEG00000016777 ##22	TRIM27 (ENSDLEG00000016761)	ENSDLEG00000016749	ENSDLEG00000016740	ENSDLEG00000016732	GPX6 (ENSDLEG00000016714)	ENSDLEG00000016548	ZSCAN23 (ENSDLEG00000016530)	ZSCAN12 (ENSDLEG00000016520)	ZSCAN31 (ENSDLEG00000016513)	PGBD1 (ENSDLEG00000016507)	ZSCAN26 (ENSDLEG00000016493)	ENSDLEG00000016485	ZKSCAN4 (ENSDLEG00000016460)	ENSDLEG00000016450	ENSDLEG00000016441
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162013	ENSGT00390000008820.e.a	ENSGT00940000162362	ENSGT00400000023650	ENSGT00390000016155	ENSGT00400000023306	ENSGT00900000143290	ENSGT00390000006761	ENSGT00410000029004	ENSGT00950000182848.d	ENSGT00950000182848.c.b.b.b	ENSGT00940000160697	ENSGT00940000161882	ENSGT00940000156618	ENSGT01050000244824.B	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159860	ENSGT00530000063528.A.a	ENSGT00510000046470.a.b	ENSGT00940000158206.p	ENSGT00940000154526.h.m.a	ENSGT00940000154526.h.n	ENSGT00940000161750	ENSGT00940000162778	ENSGT00940000158807	ENSGT00390000014256	ENSGT00390000006777.a	ENSGT01050000244838.C.b	ENSGT00940000154723.b.nb.c.a	ENSGT00940000161821.d.e.b.a	ENSGT00940000155371.m.a.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162013	ENSGT00390000008820.e.a	ENSGT00940000162362	ENSGT00400000023650	ENSGT00390000016155	ENSGT00400000023306	ENSGT00900000143290	ENSGT00390000006761	ENSGT00410000029004	ENSGT00950000182848.d	ENSGT00950000182848.c.b.b.b	ENSGT00940000160697	ENSGT00940000161882	ENSGT00940000156618	ENSGT01050000244824.B	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159860	ENSGT00530000063528.A.a	ENSGT00510000046470.a.b	ENSGT00940000158206.p	ENSGT00940000154526.h.m.a	ENSGT00940000154526.h.n	ENSGT00940000161750	ENSGT00940000162778	ENSGT00940000158807	ENSGT00390000014256	ENSGT00390000006777.a	ENSGT01050000244838.C.b	ENSGT00940000161821.c.b	ENSGT00940000154723.b.mb.a.a.a	ENSGT00940000161821.d.e.b.b
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162013	ENSGT00390000008820.e.a	ENSGT00940000162362	ENSGT00400000023650	ENSGT00390000016155	ENSGT00400000023306	ENSGT00900000143290	ENSGT00410000029004	ENSGT00950000182848.d	ENSGT00950000182848.c.b.b.b	ENSGT00970000198301	ENSGT00940000160697	ENSGT00940000161882	ENSGT00940000156618	ENSGT01050000244824.B	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159860	ENSGT00530000063528.A.a	ENSGT00510000046470.a.b	ENSGT00940000158206.p	ENSGT00940000154526.h.m.a	ENSGT00940000154526.h.m.b.a	ENSGT00940000162778	ENSGT00940000158807	ENSGT00390000014256	ENSGT00390000006777.a	ENSGT01050000244838.C.b	ENSGT00940000154723.b.mb.a.a.a	ENSGT00940000161821.d.e.b.a	ENSGT00940000155371.m.a.a	ENSGT00940000154723.b.nb.c.a
Wild yak	MODERN SPECIES	853												ENSBMUG00000021309	IL17A (ENSBMUG00000021282)	IL17F (ENSBMUG00000021272)	MCM3 (ENSBMUG00000021258)	ENSBMUG00000021239 ##22	PAQR8 (ENSBMUG00000021229)	EFHC1 (ENSBMUG00000021212)	TRAM2 (ENSBMUG00000021123)	TMEM14A (ENSBMUG00000021104)
Domestic yak	MODERN SPECIES	16	CRISP3 (ENSBGRG00000023771)	PGK2 (ENSBGRG00000023754)	CRISP1 (ENSBGRG00000023658)	ENSBGRG00000023617	DEFB114 (ENSBGRG00000023574)	ENSBGRG00000023558	ENSBGRG00000023539	ENSBGRG00000023509	TFAP2D (ENSBGRG00000023390)	TFAP2B (ENSBGRG00000023229)	ENSBGRG00000023198	PKHD1 (ENSBGRG00000021566)	ENSBGRG00000021362	ENSBGRG00000021331	MCM3 (ENSBGRG00000020908)	ENSBGRG00000020869 ##22	PAQR8 (ENSBGRG00000020850)	ENSBGRG00000020825	EFHC1 (ENSBGRG00000020698)	TRAM2 (ENSBGRG00000020480)	TMEM14A (ENSBGRG00000020421)	ENSBGRG00000020093	GSTA4 (ENSBGRG00000019949)	CILK1 (ENSBGRG00000019840)	FBXO9 (ENSBGRG00000019692)	GCM1 (ENSBGRG00000019628)	ELOVL5 (ENSBGRG00000019509)	HLA-DQB1 (ENSBGRG00000019265)	ENSBGRG00000019169	ENSBGRG00000019125	ENSBGRG00000019110
American bison	MODERN SPECIES	3345	CRISP3 (ENSBBBG00000019958)	PGK2 (ENSBBBG00000005127)	CRISP1 (ENSBBBG00000005404)	ENSBBBG00000019989	DEFB114 (ENSBBBG00000005405)	ENSBBBG00000020001	ENSBBBG00000020004	TFAP2D (ENSBBBG00000020011)	TFAP2B (ENSBBBG00000020023)	PKHD1 (ENSBBBG00000020399)	ENSBBBG00000000695	IL17A (ENSBBBG00000000680)	ENSBBBG00000000676	IL17F (ENSBBBG00000000666)	MCM3 (ENSBBBG00000000609)	ENSBBBG00000000602 ##22	PAQR8 (ENSBBBG00000000596)	EFHC1 (ENSBBBG00000020498)	TRAM2 (ENSBBBG00000020513)	TMEM14A (ENSBBBG00000005538)	ENSBBBG00000020535	ENSBBBG00000005545
Caprinae	DUPLICATION
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160217	ENSGT00940000160763	ENSGT00940000156615	ENSGT00940000154818.a.a	ENSGT00940000153110.B	ENSGT00390000008645	ENSGT00390000009047.b	ENSGT00940000156375	ENSGT00940000157129	ENSGT00940000155834	ENSGT00940000162446	ENSGT00390000001561	ENSGT00940000154098.a.d	ENSGT00390000008708	ENSGT00500000045001	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b.h ##22	ENSGT00940000157710	ENSGT00940000161899.q.a	ENSGT00940000154572.`c	ENSGT00940000163320	ENSGT00940000170157	ENSGT00600000084428.b	ENSGT00720000108833	ENSGT00880000138031	ENSGT00940000158187	ENSGT00940000158037	ENSGT00940000159389	ENSGT00940000158600	ENSGT00940000155166.A	ENSGT00390000016813	ENSGT00940000155118.o
Goat	MODERN SPECIES	24	TESPA1 (ENSCHIG00000010350)	NTN4 (ENSCHIG00000026764)	ENSCHIG00000017139	CCDC38 (ENSCHIG00000008867)	AMDHD1 (ENSCHIG00000023934)	HAL (ENSCHIG00000018871)	LTA4H (ENSCHIG00000017470)	ELK3 (ENSCHIG00000020731)	CDK17 (ENSCHIG00000016767)	CFAP54 (ENSCHIG00000025886)	NEDD1 (ENSCHIG00000024930)	ENSCHIG00000007303	ENSCHIG00000011297	SLC25A3 (ENSCHIG00000026853)	IKBIP (ENSCHIG00000018224)	ENSCHIG00000009665 ##22	APAF1 (ENSCHIG00000026050)	ENSCHIG00000026522	ENSCHIG00000021672	ENSCHIG00000011860	ENSCHIG00000011894	ENSCHIG00000011002	GARIN6 (ENSCHIG00000026281)	ENSCHIG00000020715	ENSCHIG00000014307	BLTP3B (ENSCHIG00000002074)	ACTR6 (ENSCHIG00000026128)	SCYL2 (ENSCHIG00000022321)	SLC17A8 (ENSCHIG00000016996)	NR1H4 (ENSCHIG00000020981)	GAS2L3 (ENSCHIG00000015539)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	ENSOARG00020008288	NEUROD4 (ENSOARG00020008315)	TESPA1 (ENSOARG00020008337)	NTN4 (ENSOARG00020008405)	SNRPF (ENSOARG00020008550)	CCDC38 (ENSOARG00020008604)	AMDHD1 (ENSOARG00020008726)	HAL (ENSOARG00020008798)	LTA4H (ENSOARG00020009366)	ELK3 (ENSOARG00020009713)	CDK17 (ENSOARG00020009770)	NEDD1 (ENSOARG00020010921)	ENSOARG00020011279	SLC25A3 (ENSOARG00020011479)	IKBIP (ENSOARG00020011666)	ENSOARG00020011775 ##22	APAF1 (ENSOARG00020011843)	ENSOARG00020012977	ENSOARG00020013011	ENSOARG00020013132	ENSOARG00020013188	ENSOARG00020013303	ENSOARG00020013344	ENSOARG00020013408	ENSOARG00020013498	BLTP3B (ENSOARG00020013541)	ENSOARG00020013878	ACTR6 (ENSOARG00020013903)	SCYL2 (ENSOARG00020014106)	ENSOARG00020014449	SLC17A8 (ENSOARG00020005092)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.b.i ##22
Goat	MODERN SPECIES	3	GGACT (ENSCHIG00000020608)	TMTC4 (ENSCHIG00000014959)	ENSCHIG00000017661	NALCN (ENSCHIG00000021459)	ENSCHIG00000016842	ITGBL1 (ENSCHIG00000012736)	FGF14 (ENSCHIG00000003547)	TPP2 (ENSCHIG00000012533)	METTL21C (ENSCHIG00000005699)	TEX30 (ENSCHIG00000019469)	POGLUT2 (ENSCHIG00000024538)	BIVM (ENSCHIG00000021056)	ERCC5 (ENSCHIG00000014326)	METTL21EP (ENSCHIG00000010980)	SLC10A2 (ENSCHIG00000001735)	ENSCHIG00000019189 ##22	EFNB2 (ENSCHIG00000020325)	ARGLU1 (ENSCHIG00000011692)	ENSCHIG00000000460	NALF1 (ENSCHIG00000011524)	LIG4 (ENSCHIG00000001019)	ABHD13 (ENSCHIG00000001265)	TNFSF13B (ENSCHIG00000004013)	MYO16 (ENSCHIG00000002331)	IRS2 (ENSCHIG00000001452)	COL4A1 (ENSCHIG00000022125)	COL4A2 (ENSCHIG00000026168)	RAB20 (ENSCHIG00000011038)	NAXD (ENSCHIG00000025734)	CARS2 (ENSCHIG00000018447)	ING1 (ENSCHIG00000023777)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES		SMARCC1 (ENSCCAG00000027634) #12	ENSCCAG00000001410	ENSCCAG00000024986	DHX30 (ENSCCAG00000032718) #13	ENSCCAG00000036384	MAP4 (ENSCCAG00000026077)	ENSCCAG00000019663	CDC25A (ENSCCAG00000036181) #16	CAMP (ENSCCAG00000034299) #17	ENSCCAG00000027197	NME6 (ENSCCAG00000029679) #18	SPINK8 (ENSCCAG00000035889) #19	ENSCCAG00000031270 #20	ENSCCAG00000030599 #20	PLXNB1 (ENSCCAG00000025758)	ENSCCAG00000029786 ##22	CCDC51 (ENSCCAG00000035757) #21	ATRIP (ENSCCAG00000019157) #24	ENSCCAG00000025417 #26	PFKFB4 (ENSCCAG00000028825) #27	ENSCCAG00000032774	ENSCCAG00000020984 #29	ENSCCAG00000019719	TMEM89 (ENSCCAG00000012540) #30	SLC26A6 (ENSCCAG00000018981) #31	CELSR3 (ENSCCAG00000001849)	NCKIPSD (ENSCCAG00000025161) #33	IP6K2 (ENSCCAG00000030328) #34	ENSCCAG00000033868 #35	ENSCCAG00000019997	SLC25A20 (ENSCCAG00000022247) #36
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	6	PTPN23 (ENSCJAG00000002397) #7	SCAP (ENSCJAG00000002419) #9	ELP6 (ENSCJAG00000002465) #10	CSPG5 (ENSCJAG00000002499) #11	SMARCC1 (ENSCJAG00000002511) #12	ENSCJAG00000071780	DHX30 (ENSCJAG00000002635) #13	MAP4 (ENSCJAG00000002483)	CDC25A (ENSCJAG00000002673) #16	CAMP (ENSCJAG00000082484) #17	NME6 (ENSCJAG00000002722) #18	SPINK8 (ENSCJAG00000002737) #19	FBXW12 (ENSCJAG00000002742) #20	PLXNB1 (ENSCJAG00000002762)	CCDC51 (ENSCJAG00000070203) #21	TMA7 (ENSCJAG00000070908) ##22	ATRIP (ENSCJAG00000002874) #24	SHISA5 (ENSCJAG00000002915) #26	PFKFB4 (ENSCJAG00000002921) #27	UCN2 (ENSCJAG00000021834) #28	COL7A1 (ENSCJAG00000002978)	UQCRC1 (ENSCJAG00000003132) #29	TMEM89 (ENSCJAG00000003139) #30	SLC26A6 (ENSCJAG00000003142) #31	CELSR3 (ENSCJAG00000003177)	NCKIPSD (ENSCJAG00000003195) #33	IP6K2 (ENSCJAG00000003247) #34	PRKAR2A (ENSCJAG00000003255) #35	SLC25A20 (ENSCJAG00000003285) #36	ENSCJAG00000018377	ARIH2 (ENSCJAG00000003305) #37
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	676			ENSCCAG00000020097	ENSCCAG00000005480	ENSCCAG00000032268	ENSCCAG00000002037	OR2B2 (ENSCCAG00000032932)	OR2B6 (ENSCCAG00000023688)	ENSCCAG00000010824	ZNF165 (ENSCCAG00000029414)	ZSCAN16 (ENSCCAG00000025179)	ZKSCAN8 (ENSCCAG00000035493)	ENSCCAG00000026734	ZSCAN9 (ENSCCAG00000030777)	ZKSCAN4 (ENSCCAG00000029302)	ENSCCAG00000014766 ##22	ZSCAN26 (ENSCCAG00000021203)	PGBD1 (ENSCCAG00000033021)	ZSCAN31 (ENSCCAG00000028631)	ZKSCAN3 (ENSCCAG00000035145)	ZSCAN12 (ENSCCAG00000003675)	ZSCAN23 (ENSCCAG00000025597)	ENSCCAG00000032034	GPX6 (ENSCCAG00000032577)	GPX5 (ENSCCAG00000022962)	ZBED9 (ENSCCAG00000031609)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	41											ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a #22	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000163668	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863.g #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875.k.a #37	ENSGT00910000147634
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	238												SPINK8 (ENSRBIG00000043514) #19	FBXW12 (ENSRBIG00000038629) #20	PLXNB1 (ENSRBIG00000041405)	CCDC51 (ENSRBIG00000035427) #21	ENSRBIG00000044685 ##22	ATRIP (ENSRBIG00000043970) #24	SHISA5 (ENSRBIG00000013764) #26	ENSRBIG00000033732 #27	ENSRBIG00000027469	COL7A1 (ENSRBIG00000037632)	UQCRC1 (ENSRBIG00000009937) #29	TMEM89 (ENSRBIG00000028573) #30	SLC26A6 (ENSRBIG00000044752) #31	CELSR3 (ENSRBIG00000033717)	NCKIPSD (ENSRBIG00000030647) #33	IP6K2 (ENSRBIG00000029421) #34	PRKAR2A (ENSRBIG00000014609) #35	SLC25A20 (ENSRBIG00000040981) #36	ENSRBIG00000034860	ENSRBIG00000039456
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b.b ##22
Drill	MODERN SPECIES	1271	ARHGEF3 (ENSMLEG00000007634)	ENSMLEG00000028688	IL17RD (ENSMLEG00000034371)	HESX1 (ENSMLEG00000036898)	APPL1 (ENSMLEG00000019423)	ASB14 (ENSMLEG00000034386)	ENSMLEG00000040730	ENSMLEG00000043367	DNAH12 (ENSMLEG00000036168)	PDE12 (ENSMLEG00000036137)	ARF4 (ENSMLEG00000038341)	DENND6A (ENSMLEG00000044187)	SLMAP (ENSMLEG00000027108)	FLNB (ENSMLEG00000030068)	DNASE1L3 (ENSMLEG00000039348)	ENSMLEG00000007909 ##22	ABHD6 (ENSMLEG00000034439)	HTD2 (ENSMLEG00000032919)	RPP14 (ENSMLEG00000025255)	PXK (ENSMLEG00000035460)	PDHB (ENSMLEG00000042649)	KCTD6 (ENSMLEG00000040120)	ACOX2 (ENSMLEG00000023406)	FAM107A (ENSMLEG00000042308)	FAM3D (ENSMLEG00000037201)	ENSMLEG00000026687	CFAP20DC (ENSMLEG00000043296)	FHIT (ENSMLEG00000032123)	ENSMLEG00000031389	PTPRG (ENSMLEG00000007529)	C3orf14 (ENSMLEG00000033197)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	51	ENSPCOG00000014254	ENSPCOG00000009943	SMCO1 (ENSPCOG00000025215)	WDR53 (ENSPCOG00000013495)	FBXO45 (ENSPCOG00000009213)	NRROS (ENSPCOG00000019345)	ENSPCOG00000019454	CEP19 (ENSPCOG00000024840)	PIGX (ENSPCOG00000027255)	PAK2 (ENSPCOG00000022443)	SENP5 (ENSPCOG00000002184)	NCBP2 (ENSPCOG00000017267)	ENSPCOG00000000548	MELTF (ENSPCOG00000018674)	DLG1 (ENSPCOG00000019151)	ENSPCOG00000013549 ##22	BDH1 (ENSPCOG00000028574)	APOD (ENSPCOG00000011670)	ENSPCOG00000020235	ACAP2 (ENSPCOG00000023454)	XXYLT1 (ENSPCOG00000021428)	FAM43A (ENSPCOG00000006099)	LSG1 (ENSPCOG00000012360)	TMEM44 (ENSPCOG00000022988)	ATP13A3 (ENSPCOG00000023788)	ENSPCOG00000022989	HES1 (ENSPCOG00000015020)	OPA1 (ENSPCOG00000019450)	ATP13A4 (ENSPCOG00000026873)	ATP13A5 (ENSPCOG00000019802)	PLAAT1 (ENSPCOG00000026033)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	5	ELP6 (ENSMICG00000013709) #10	CSPG5 (ENSMICG00000013714) #11	SMARCC1 (ENSMICG00000013719) #12	ENSMICG00000026360	ENSMICG00000045835	DHX30 (ENSMICG00000008784) #13	ENSMICG00000008814 #15	ENSMICG00000036510 #15	CDC25A (ENSMICG00000000733) #16	CAMP (ENSMICG00000000736) #17	NME6 (ENSMICG00000006161) #18	SPINK8 (ENSMICG00000031612) #19	FBXW12 (ENSMICG00000041904) #20	PLXNB1 (ENSMICG00000013880)	CCDC51 (ENSMICG00000013899) #21	TMA7 (ENSMICG00000037856) ##22	ATRIP (ENSMICG00000013919) #24	TREX1 (ENSMICG00000026587) #25	SHISA5 (ENSMICG00000013926) #26	PFKFB4 (ENSMICG00000026538) #27	ENSMICG00000014238	UQCRC1 (ENSMICG00000014344) #29	TMEM89 (ENSMICG00000046701) #30	SLC26A6 (ENSMICG00000027204) #31	CELSR3 (ENSMICG00000014363)	NCKIPSD (ENSMICG00000030986) #33	IP6K2 (ENSMICG00000014451) #34	ENSMICG00000034139	PRKAR2A (ENSMICG00000001067) #35	ENSMICG00000032432	SLC25A20 (ENSMICG00000005028) #36
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Rabbit	MODERN SPECIES	606															USP42 (ENSOCUG00000004654)	ENSOCUG00000035023 ##22	ANKRD61 (ENSOCUG00000012623)	EIF2AK1 (ENSOCUG00000012606)	AIMP2 (ENSOCUG00000012599)	PMS2 (ENSOCUG00000012590)	ENSOCUG00000022342	ENSOCUG00000007103	ENSOCUG00000007419	LMTK2 (ENSOCUG00000017282)	BHLHA15 (ENSOCUG00000025058)	TECPR1 (ENSOCUG00000024513)	BAIAP2L1 (ENSOCUG00000000730)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Guinea pig	MODERN SPECIES	20	ZDHHC22 (ENSCPOG00000020412)	CIPC (ENSCPOG00000032434)	IRF2BPL (ENSCPOG00000026021)	LRRC74A (ENSCPOG00000011481)	ANGEL1 (ENSCPOG00000011475)	VASH1 (ENSCPOG00000010147)	ESRRB (ENSCPOG00000025190)	GPATCH2L (ENSCPOG00000007359)	IFT43 (ENSCPOG00000035589)	TGFB3 (ENSCPOG00000034182)	ENSCPOG00000005623	ERG28 (ENSCPOG00000005620)	FLVCR2 (ENSCPOG00000005615)	BATF (ENSCPOG00000039637)	JDP2 (ENSCPOG00000037507)	ENSCPOG00000039224 ##22	FOS (ENSCPOG00000033284)	TMED10 (ENSCPOG00000004567)	NEK9 (ENSCPOG00000003990)	ZC2HC1C (ENSCPOG00000003986)	ENSCPOG00000036680	MLH3 (ENSCPOG00000024679)	EIF2B2 (ENSCPOG00000008155)	PGF (ENSCPOG00000038491)	RPS6KL1 (ENSCPOG00000011776)	ENSCPOG00000009316	PROX2 (ENSCPOG00000009322)	YLPM1 (ENSCPOG00000027568)	ENSCPOG00000001149	AREL1 (ENSCPOG00000001146)	LTBP2 (ENSCPOG00000001143)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	300																ENSDORG00000030045 ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	88	Ptpn23 (ENSJJAG00000023111) #7	ENSJJAG00000012176 #9	ENSJJAG00000011308 #10	ENSJJAG00000018014	Cspg5 (ENSJJAG00000011976) #11	ENSJJAG00000022882 #12	ENSJJAG00000009892	ENSJJAG00000023311	ENSJJAG00000010648 #15	ENSJJAG00000013858 #15	Cdc25a (ENSJJAG00000005624) #16	Camp (ENSJJAG00000020763) #17	Nme6 (ENSJJAG00000014892) #18	Plxnb1 (ENSJJAG00000002381)	Ccdc51 (ENSJJAG00000020589) #21	ENSJJAG00000019810 ##22	ENSJJAG00000018076 #23	ENSJJAG00000019292 #26	ENSJJAG00000014117 ##27
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	179	Zfyve27 (ENSJJAG00000005638)	Sfrp5 (ENSJJAG00000022836)	Golga7b (ENSJJAG00000021511)	Crtac1 (ENSJJAG00000020645)	ENSJJAG00000020251	Loxl4 (ENSJJAG00000013296)	Pyroxd2 (ENSJJAG00000022532)	Hps1 (ENSJJAG00000017073)	Hpse2 (ENSJJAG00000015190)	Cnnm1 (ENSJJAG00000013432)	Got1 (ENSJJAG00000019106)	Nkx2-3 (ENSJJAG00000017127)	Slc25a28 (ENSJJAG00000016611)	ENSJJAG00000015832	Entpd7 (ENSJJAG00000015308)	ENSJJAG00000012745 ##22	Cox15 (ENSJJAG00000011715)	ENSJJAG00000010550	Abcc2 (ENSJJAG00000020088)	Dnmbp (ENSJJAG00000017540)	Cpn1 (ENSJJAG00000016862)	Erlin1 (ENSJJAG00000016685)	ENSJJAG00000016093	Cwf19l1 (ENSJJAG00000015368)	ENSJJAG00000015079	Pkd2l1 (ENSJJAG00000013834)	ENSJJAG00000012197	ENSJJAG00000011341	Scd4 (ENSJJAG00000010740)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	51	Fbxo28 (ENSJJAG00000010586)	Trp53bp2 (ENSJJAG00000023990)	Capn2 (ENSJJAG00000012528)	Capn8 (ENSJJAG00000017277)	ENSJJAG00000000764	Ccdc185 (ENSJJAG00000021530)	Susd4 (ENSJJAG00000017970)	Disp1 (ENSJJAG00000015868)	Brox (ENSJJAG00000007298)	Aida (ENSJJAG00000023815)	ENSJJAG00000022254	Taf1a (ENSJJAG00000006299)	Ptchd3 (ENSJJAG00000024292)	ENSJJAG00000012961	Cr1l (ENSJJAG00000022966)	ENSJJAG00000010379 ##22	ENSJJAG00000013299	Cd34 (ENSJJAG00000020811)	Plxna2 (ENSJJAG00000017523)	Camk1g (ENSJJAG00000006575)	Lamb3 (ENSJJAG00000019254)	ENSJJAG00000002823	Hsd11b1 (ENSJJAG00000012713)	ENSJJAG00000024101	ENSJJAG00000008116	A130010J15Rik (ENSJJAG00000009624)	Irf6 (ENSJJAG00000023787)	Utp25 (ENSJJAG00000024257)	Syt14 (ENSJJAG00000020007)	ENSJJAG00000015432	Hhat (ENSJJAG00000018726)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	78	Foxo3 (ENSJJAG00000002701)	ENSJJAG00000013525	ENSJJAG00000010323	Sesn1 (ENSJJAG00000017360)	ENSJJAG00000022720	Ccdc162 (ENSJJAG00000016412)	Cd164 (ENSJJAG00000016224)	Ppil6 (ENSJJAG00000017466)	Smpd2 (ENSJJAG00000019368)	Mical1 (ENSJJAG00000018146)	Zbtb24 (ENSJJAG00000019802)	ENSJJAG00000001513	Fig4 (ENSJJAG00000023144)	Gpr6 (ENSJJAG00000013529)	Wasf1 (ENSJJAG00000014335)	ENSJJAG00000000926 ##22	Cdc40 (ENSJJAG00000006723)	Mettl24 (ENSJJAG00000013726)	Ddo (ENSJJAG00000016590)	Cdk19 (ENSJJAG00000022381)	ENSJJAG00000003127	Gtf3c6 (ENSJJAG00000011569)	Rpf2 (ENSJJAG00000009092)	Slc16a10 (ENSJJAG00000020672)	ENSJJAG00000001534	ENSJJAG00000013598	ENSJJAG00000017239	ENSJJAG00000020576	ENSJJAG00000024023	Rev3l (ENSJJAG00000000424)	ENSJJAG00000003050
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Shrew mouse	MODERN SPECIES	1	Klhl18 (MGP_PahariEiJ_G0015599)	Ngp (MGP_PahariEiJ_G0015598)	Ptpn23 (MGP_PahariEiJ_G0015597) #7	Scap (MGP_PahariEiJ_G0015596) #9	Elp6 (MGP_PahariEiJ_G0015595) #10	Cspg5 (MGP_PahariEiJ_G0015594) #11	Smarcc1 (MGP_PahariEiJ_G0015593) #12	Dhx30 (MGP_PahariEiJ_G0015592) #13	MGP_PahariEiJ_G0015591 #15	Cdc25a (MGP_PahariEiJ_G0015590) #16	Camp (MGP_PahariEiJ_G0015589) #17	Nme6 (MGP_PahariEiJ_G0015588) #18	MGP_PahariEiJ_G0015587 #19	Plxnb1 (MGP_PahariEiJ_G0015586)	Ccdc51 (MGP_PahariEiJ_G0015585) #21	Tma7 (MGP_PahariEiJ_G0015584) ##22	Atrip (MGP_PahariEiJ_G0015583) #24	MGP_PahariEiJ_G0015581 #25	MGP_PahariEiJ_G0015582 #25	Shisa5 (MGP_PahariEiJ_G0015580) #26	Pfkfb4 (MGP_PahariEiJ_G0015579) #27	Ucn2 (MGP_PahariEiJ_G0015578) #28	Col7a1 (MGP_PahariEiJ_G0015577)	Uqcrc1 (MGP_PahariEiJ_G0015576) #29	Tmem89 (MGP_PahariEiJ_G0015575) #30	Slc26a6 (MGP_PahariEiJ_G0015574) #31	Celsr3 (MGP_PahariEiJ_G0015573)	Nckipsd (MGP_PahariEiJ_G0015572) #33	Ip6k2 (MGP_PahariEiJ_G0015571) #34	Prkar2a (MGP_PahariEiJ_G0015570) #35	Slc25a20 (MGP_PahariEiJ_G0015569) #36
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	358	Or5w19 (ENSMOCG00000003308)	ENSMOCG00000002609	Or5as1 (ENSMOCG00000011422)	Or5t5 (ENSMOCG00000002627)	ENSMOCG00000015158	Or5j3 (ENSMOCG00000006474)	Or8j3 (ENSMOCG00000005413)	Or8u3-ps (ENSMOCG00000005740)	Or5m5 (ENSMOCG00000021336)	ENSMOCG00000008754	ENSMOCG00000008586	ENSMOCG00000008985	ENSMOCG00000007944	Or2ah1 (ENSMOCG00000008307)	Lnpep (ENSMOCG00000017719)	ENSMOCG00000006931 ##22	Lix1 (ENSMOCG00000020554)	Riok2 (ENSMOCG00000004230)	Rgmb (ENSMOCG00000011397)	Chd1 (ENSMOCG00000019121)	ENSMOCG00000001564	ENSMOCG00000006691	Pdcd2 (ENSMOCG00000003901)	Tbp (ENSMOCG00000006234)	Psmb1 (ENSMOCG00000010751)	Fam120b (ENSMOCG00000014257)	Dll1 (ENSMOCG00000001279)	ENSMOCG00000009758	ENSMOCG00000017393	Phf10 (ENSMOCG00000000325)	1600012H06Rik (ENSMOCG00000002884)
Prairie vole	MODERN SPECIES	12	Meak7 (ENSMOCG00000006094)	Atp2c2 (ENSMOCG00000017372)	Wfdc1 (ENSMOCG00000000788)	Kcng4 (ENSMOCG00000021900)	Adad2 (ENSMOCG00000002402)	Taf1c (ENSMOCG00000019673)	Dnaaf1 (ENSMOCG00000019064)	Hsdl1 (ENSMOCG00000017214)	Mbtps1 (ENSMOCG00000011449)	Slc38a8 (ENSMOCG00000011828)	Osgin1 (ENSMOCG00000021893)	Mlycd (ENSMOCG00000014323)	Hsbp1 (ENSMOCG00000017033)	Cdh13 (ENSMOCG00000019245)	Mphosph6 (ENSMOCG00000007125)	ENSMOCG00000005132 ##22	Hsd17b2 (ENSMOCG00000021716)	Sdr42e1 (ENSMOCG00000021183)	Plcg2 (ENSMOCG00000014818)	Cmip (ENSMOCG00000009023)	Gan (ENSMOCG00000022503)	Bco1 (ENSMOCG00000015152)	Pkd1l2 (ENSMOCG00000017193)	Gcsh (ENSMOCG00000000583)	1700030J22Rik (ENSMOCG00000021044)	Atmin (ENSMOCG00000020741)	Cenpn (ENSMOCG00000011952)	ENSMOCG00000007353	Cdyl2 (ENSMOCG00000021578)	Dynlrb2 (ENSMOCG00000016123)	Maf (ENSMOCG00000017607)
Prairie vole	MODERN SPECIES	13	Kif9 (ENSMOCG00000015001)	Klhl18 (ENSMOCG00000015127)	Ptpn23 (ENSMOCG00000011270) #7	Scap (ENSMOCG00000021844) #9	Elp6 (ENSMOCG00000005025) #10	Cspg5 (ENSMOCG00000020952) #11	Smarcc1 (ENSMOCG00000000702) #12	Dhx30 (ENSMOCG00000009984) #13	ENSMOCG00000015298 #15	ENSMOCG00000021038 #15	Cdc25a (ENSMOCG00000001981) #16	Camp (ENSMOCG00000017347) #17	ENSMOCG00000022021	Spink8 (ENSMOCG00000004226) #19	Plxnb1 (ENSMOCG00000010199)	ENSMOCG00000016314 ##22	Ccdc51 (ENSMOCG00000015041) #21	Atrip (ENSMOCG00000004088) #24	Trex1 (ENSMOCG00000011329) #25	Shisa5 (ENSMOCG00000016068) #26	Pfkfb4 (ENSMOCG00000012942) #27	ENSMOCG00000003616	Uqcrc1 (ENSMOCG00000015402) #29	TMEM89 (ENSMOCG00000012461) #30	Slc26a6 (ENSMOCG00000016922) #31	Celsr3 (ENSMOCG00000014537)	NCKIPSD (ENSMOCG00000021027) #33	IP6K2 (ENSMOCG00000007892) #34	Prkar2a (ENSMOCG00000012678) #35	Slc25a20 (ENSMOCG00000022798) #36	Arih2 (ENSMOCG00000016530) #37
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	950	ENSCWAG00000019516	SCAP (ENSCWAG00000019555) #9	ELP6 (ENSCWAG00000019667) #10	CSPG5 (ENSCWAG00000011800) #11	SMARCC1 (ENSCWAG00000012078) #12	DHX30 (ENSCWAG00000012358) #13	ENSCWAG00000012646 #15	ENSCWAG00000012860	CDC25A (ENSCWAG00000012942) #16	ENSCWAG00000013220 #17	ENSCWAG00000013301 #17	NME6 (ENSCWAG00000013552) #18	SPINK8 (ENSCWAG00000013810) #19	PLXNB1 (ENSCWAG00000013891)	CCDC51 (ENSCWAG00000013996) #21	ENSCWAG00000014043 ##22	ATRIP (ENSCWAG00000014098) #24	TREX1 (ENSCWAG00000014224) #25	SHISA5 (ENSCWAG00000014257) #26	PFKFB4 (ENSCWAG00000014392) #27	UCN2 (ENSCWAG00000014761) #28	UQCRC1 (ENSCWAG00000014870) #29	TMEM89 (ENSCWAG00000015005) #30	SLC26A6 (ENSCWAG00000015078) #31	CELSR3 (ENSCWAG00000016266)	NCKIPSD (ENSCWAG00000016529) #33	IP6K2 (ENSCWAG00000016706) #34	PRKAR2A (ENSCWAG00000016735) #35	ENSCWAG00000016877	SLC25A20 (ENSCWAG00000016889) #36	ARIH2 (ENSCWAG00000016937) #37
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157713	ENSGT00390000012446.o.b	ENSGT00940000158014	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000159215	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00940000157479	ENSGT01050000244900.a.a.a.a.b	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22	ENSGT00390000006546.i	ENSGT00530000063745.b	ENSGT00940000156144	ENSGT00940000157277	ENSGT00940000163725	ENSGT00940000162858	ENSGT00940000158251	ENSGT00950000182839.A.c	ENSGT00640000091574	ENSGT00940000155352	ENSGT00920000149095.b	ENSGT00500000044938	ENSGT00730000111039.C	ENSGT00940000157538	ENSGT00390000018272.c
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012446.o.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000159215	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000157479	ENSGT01050000244900.a.a.a.a.b	ENSGT00390000013187.b	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22	ENSGT00390000006546.i	ENSGT00530000063745.b	ENSGT00940000156144	ENSGT00940000157277	ENSGT00940000163725	ENSGT00940000162858	ENSGT00940000158251	ENSGT00950000182839.A.c	ENSGT00640000091574	ENSGT00940000155352	ENSGT00940000156793.f	ENSGT00920000149095.b	ENSGT00500000044938	ENSGT00730000111039.C	ENSGT00940000157538
Wild yak	MODERN SPECIES	1042																ENSBMUG00000020973 ##22	CCDC59 (ENSBMUG00000020984)	METTL25 (ENSBMUG00000020994)
Domestic yak	MODERN SPECIES	24	SYT1 (ENSBGRG00000007621)	ENSBGRG00000007603	PAWR (ENSBGRG00000007479)	ENSBGRG00000007448	PPP1R12A (ENSBGRG00000006560)	OTOGL (ENSBGRG00000005461)	ENSBGRG00000005290	PTPRQ (ENSBGRG00000003831)	MYF6 (ENSBGRG00000003786)	MYF5 (ENSBGRG00000003759)	ENSBGRG00000003736	LIN7A (ENSBGRG00000003708)	ENSBGRG00000003689	ACSS3 (ENSBGRG00000003619)	ENSBGRG00000003602	ENSBGRG00000003592 ##22	PPFIA2 (ENSBGRG00000003359)	CCDC59 (ENSBGRG00000003316)	ENSBGRG00000003305	METTL25 (ENSBGRG00000003283)	ENSBGRG00000003272	TMTC2 (ENSBGRG00000003210)	ENSBGRG00000003173	ENSBGRG00000003156	SLC6A15 (ENSBGRG00000003135)	TSPAN19 (ENSBGRG00000003112)	LRRIQ1 (ENSBGRG00000003099)	ALX1 (ENSBGRG00000003084)	RASSF9 (ENSBGRG00000003076)	NTS (ENSBGRG00000003064)	MGAT4C (ENSBGRG00000003047)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	ENSBIXG00005008045	NAV3 (ENSBIXG00005000135)	ENSBIXG00005008283	SYT1 (ENSBIXG00005008356)	PAWR (ENSBIXG00005000179)	ENSBIXG00005000182	PPP1R12A (ENSBIXG00005000226)	OTOGL (ENSBIXG00005008900)	PTPRQ (ENSBIXG00005009087)	MYF6 (ENSBIXG00005009131)	MYF5 (ENSBIXG00005009143)	LIN7A (ENSBIXG00005009155)	ENSBIXG00005009169	ACSS3 (ENSBIXG00005009198)	ENSBIXG00005009217	ENSBIXG00005006705 ##22	PPFIA2 (ENSBIXG00005009447)	ENSBIXG00005009547	ENSBIXG00005009553	METTL25 (ENSBIXG00005009587)	TMTC2 (ENSBIXG00005009679)	ENSBIXG00005000567	SLC6A15 (ENSBIXG00005009785)	TSPAN19 (ENSBIXG00005009801)	LRRIQ1 (ENSBIXG00005009865)	ALX1 (ENSBIXG00005009922)	ENSBIXG00005009941	RASSF9 (ENSBIXG00005009952)	NTS (ENSBIXG00005009966)	ENSBIXG00005009979	MGAT4C (ENSBIXG00005000749)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410.n.b.a.a #17	ENSGT00390000000410.n.b.b #17	ENSGT00390000000410.m.c.a.b.a #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT01080000259070	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	10	DHX30 (ENSOARG00020024964) #13	CDC25A (ENSOARG00020024843) #16	SC5 (ENSOARG00020024803) #17	BAC5 (ENSOARG00020024793) #17	CATHL3 (ENSOARG00020024775) #17	ENSOARG00020024766 #17	ENSOARG00020024743 #17	CATHL1B (ENSOARG00020024674) #17	CATHL1A (ENSOARG00020024644) #17	Map-34 (ENSOARG00020024627) #17	ENSOARG00020024532 #18	SPINK8 (ENSOARG00020024495) #19	ENSOARG00020024484	PLXNB1 (ENSOARG00020024252)	CCDC51 (ENSOARG00020024212) #21	ENSOARG00020024196 ##22	ATRIP (ENSOARG00020024059) #24	TREX1 (ENSOARG00020024038) #25	ENSOARG00020024023 #26	ENSOARG00020023999	PFKFB4 (ENSOARG00020023971) #27	UCN2 (ENSOARG00020023955) #28	ENSOARG00020023939	UQCRC1 (ENSOARG00020023908) #29	TMEM89 (ENSOARG00020023896) #30	SLC26A6 (ENSOARG00020023288) #31	CELSR3 (ENSOARG00020023126)	NCKIPSD (ENSOARG00020023097) #33	IP6K2 (ENSOARG00020023052) #34	PRKAR2A (ENSOARG00020022886) #35	SLC25A20 (ENSOARG00020022821) #36
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.b.b ##22
Sperm whale	MODERN SPECIES	9	TRIM26 (ENSPCTG00005012863)	TRIM10 (ENSPCTG00005012936)	RNF39 (ENSPCTG00005013178)	PPP1R11 (ENSPCTG00005013253)	POLR1H (ENSPCTG00005013340)	ENSPCTG00005013381	ZFP57 (ENSPCTG00005013408)	MOG (ENSPCTG00005013629)	GABBR1 (ENSPCTG00005014116)	OR2H1 (ENSPCTG00005014455)	ENSPCTG00005014815	ENSPCTG00005014966	ENSPCTG00005015027	OR5V1 (ENSPCTG00005015087)	ZNF311 (ENSPCTG00005015286)	ENSPCTG00005015392 ##22	TRIM27 (ENSPCTG00005015432)	ZBED9 (ENSPCTG00005015560)	GPX5 (ENSPCTG00005015610)	GPX6 (ENSPCTG00005015724)	ENSPCTG00005015830	ZSCAN23 (ENSPCTG00005015995)	ZSCAN12 (ENSPCTG00005016038)	ZSCAN31 (ENSPCTG00005016126)	PGBD1 (ENSPCTG00005016164)	ZSCAN26 (ENSPCTG00005016213)	ENSPCTG00005016286	ENSPCTG00005016336	ZKSCAN4 (ENSPCTG00005016356)	ZSCAN9 (ENSPCTG00005016389)	ENSPCTG00005016462
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Elephant	MODERN SPECIES	2	GABRP (ENSLAFG00000016812)	KCNIP1 (ENSLAFG00000016800)	KCNMB1 (ENSLAFG00000000860)	LCP2 (ENSLAFG00000012264)	FOXI1 (ENSLAFG00000026591)	INSYN2B (ENSLAFG00000004326)	DOCK2 (ENSLAFG00000006687)	SPDL1 (ENSLAFG00000028816)	ENSLAFG00000027741	ENSLAFG00000009754	PANK3 (ENSLAFG00000016337)	FBLL1 (ENSLAFG00000032132)	RARS1 (ENSLAFG00000003877)	WWC1 (ENSLAFG00000003870)	TENM2 (ENSLAFG00000003864)	ENSLAFG00000032531 ##22	MAT2B (ENSLAFG00000017579)	HMMR (ENSLAFG00000017569)	NUDCD2 (ENSLAFG00000002591)	CCNG1 (ENSLAFG00000014372)	GABRG2 (ENSLAFG00000006792)	GABRA1 (ENSLAFG00000007512)	GABRA6 (ENSLAFG00000016923)	GABRB2 (ENSLAFG00000018272)	ATP10B (ENSLAFG00000010994)	ENSLAFG00000011135	SLU7 (ENSLAFG00000003725)	C1QTNF2 (ENSLAFG00000002281)	CCNJL (ENSLAFG00000020892)	FABP6 (ENSLAFG00000025554)	PWWP2A (ENSLAFG00000016182)
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	15476																ENSETEG00000004499 ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	14413																ENSETEG00000009446 ##22
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	14370																ENSETEG00000015681 ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	12539																ENSETEG00000016978 ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Alpin marmot	MODERN SPECIES	58	LURAP1L (ENSMMMG00000020325)	OR8D1 (ENSMMMG00000020332)	ENSMMMG00000020334	ENSMMMG00000020338	ENSMMMG00000020343	ENSMMMG00000020346	ENSMMMG00000020349	ENSMMMG00000020351	ENSMMMG00000020353	ENSMMMG00000020354	ENSMMMG00000020363	ENSMMMG00000020370	OR8B4 (ENSMMMG00000020374)	OR8B8 (ENSMMMG00000020376)	ENSMMMG00000020382	ENSMMMG00000020387 ##22	ENSMMMG00000020389	OR8B12 (ENSMMMG00000000108)	ENSMMMG00000000136	ENSMMMG00000000144	PANX3 (ENSMMMG00000000155)	ENSMMMG00000000174	SIAE (ENSMMMG00000000184)	SPA17 (ENSMMMG00000000199)	NRGN (ENSMMMG00000000222)	VSIG2 (ENSMMMG00000000235)	ESAM (ENSMMMG00000000281)	MSANTD2 (ENSMMMG00000000305)	ROBO3 (ENSMMMG00000000349)	ROBO4 (ENSMMMG00000000453)	HEPACAM (ENSMMMG00000000758)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	75									ENSGT01010000222320.a.b.a.b.j.b	ENSGT01010000222320.a.b.a.b.i.a.b	ENSGT01010000222320.a.b.a.b.i.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.a.k	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.b.i	ENSGT01010000222320.a.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22	ENSGT00940000157325.w.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00390000013374.j	ENSGT00390000010608	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000161544	ENSGT00940000157231	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000155457	ENSGT00940000161382	ENSGT01100000263551.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	304										ENSUPAG00010023768	ENSUPAG00010023770	ENSUPAG00010023771	OR8B4 (ENSUPAG00010023772)	OR8B8 (ENSUPAG00010023773)	ENSUPAG00010023775	ENSUPAG00010023777 ##22	ENSUPAG00010023778	ENSUPAG00010023779	OR8B12 (ENSUPAG00010023781)	ENSUPAG00010023782	ENSUPAG00010023783	PANX3 (ENSUPAG00010023787)	TBRG1 (ENSUPAG00010023789)	SIAE (ENSUPAG00010023791)	SPA17 (ENSUPAG00010023792)	NRGN (ENSUPAG00010023793)	VSIG2 (ENSUPAG00010023794)	ESAM (ENSUPAG00010023795)	MSANTD2 (ENSUPAG00010023796)	ROBO3 (ENSUPAG00010023799)	ROBO4 (ENSUPAG00010023803)
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	MODERN SPECIES	71	CD276 (ENSSTOG00000021193)	NPTN (ENSSTOG00000013519)	ENSSTOG00000034860	HCN4 (ENSSTOG00000012286)	NEO1 (ENSSTOG00000012264)	ADPGK (ENSSTOG00000012259)	BBS4 (ENSSTOG00000012246)	ARIH1 (ENSSTOG00000026001)	ENSSTOG00000013434	HEXA (ENSSTOG00000033336)	CELF6 (ENSSTOG00000019540)	PARP6 (ENSSTOG00000008186)	PKM (ENSSTOG00000008167)	GRAMD2A (ENSSTOG00000009505)	SENP8 (ENSSTOG00000012663)	ENSSTOG00000032735 ##22	MYO9A (ENSSTOG00000013284)	ENSSTOG00000020463	NR2E3 (ENSSTOG00000012080)	THSD4 (ENSSTOG00000027069)	LRRC49 (ENSSTOG00000000941)	LARP6 (ENSSTOG00000024279)	UACA (ENSSTOG00000024719)	TLE3 (ENSSTOG00000000531)	RPLP1 (ENSSTOG00000027893)	KIF23 (ENSSTOG00000022809)	PAQR5 (ENSSTOG00000000507)	GLCE (ENSSTOG00000019509)	ENSSTOG00000015929	CORO2B (ENSSTOG00000015918)	ITGA11 (ENSSTOG00000015545)
Squirrel	MODERN SPECIES	343	ENSSTOG00000034372	ENSSTOG00000028781	ENSSTOG00000032335	ENSSTOG00000025665	OR8D1 (ENSSTOG00000034962)	OR8D2 (ENSSTOG00000026211)	ENSSTOG00000032561	ENSSTOG00000033595	ENSSTOG00000026482	ENSSTOG00000023628	ENSSTOG00000026535	ENSSTOG00000030230	ENSSTOG00000007876	OR8B4 (ENSSTOG00000025786)	OR8B8 (ENSSTOG00000024328)	ENSSTOG00000031116 ##22	ENSSTOG00000033656	ENSSTOG00000019664	OR8B12 (ENSSTOG00000021180)	OR8A1 (ENSSTOG00000011739)	PANX3 (ENSSTOG00000010413)	TBRG1 (ENSSTOG00000010419)	SIAE (ENSSTOG00000010428)	SPA17 (ENSSTOG00000011065)	NRGN (ENSSTOG00000016276)	VSIG2 (ENSSTOG00000016277)	ESAM (ENSSTOG00000016279)	MSANTD2 (ENSSTOG00000016280)	ROBO3 (ENSSTOG00000016281)	ROBO4 (ENSSTOG00000016291)	HEPACAM (ENSSTOG00000016297)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Kangaroo rat	DUPLICATION
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	345	Spata17 (ENSDORG00000013451)	Rrp15 (ENSDORG00000004058)	Tgfb2 (ENSDORG00000004061)	Lyplal1 (ENSDORG00000013506)	Slc30a10 (ENSDORG00000005519)	Eprs (ENSDORG00000004335)	Bpnt1 (ENSDORG00000009974)	Iars2 (ENSDORG00000009975)	Rab3gap2 (ENSDORG00000009979)	Mark1 (ENSDORG00000007847)	C130074G19Rik (ENSDORG00000028858)	Mtarc2 (ENSDORG00000014211)	Hlx (ENSDORG00000001941)	Dusp10 (ENSDORG00000010908)	ENSDORG00000003656	ENSDORG00000027102 ##22	Hhipl2 (ENSDORG00000029474)	Taf1a (ENSDORG00000016042)	ENSDORG00000000970	Aida (ENSDORG00000000982)	Brox (ENSDORG00000024726)	Disp1 (ENSDORG00000001710)	Tlr5 (ENSDORG00000027996)	Susd4 (ENSDORG00000012702)	ENSDORG00000012704	Capn8 (ENSDORG00000012143)	Capn2 (ENSDORG00000013919)	Trp53bp2 (ENSDORG00000013922)	ENSDORG00000024350	ENSDORG00000024805	ENSDORG00000004350
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	339																ENSDORG00000027045 ##22	Qpct (ENSDORG00000000572)	Prkd3 (ENSDORG00000009493)	Ndufaf7 (ENSDORG00000009492)	Cebpz (ENSDORG00000027348)	Cebpzos (ENSDORG00000009491)	Sult6b1 (ENSDORG00000009489)	Eif2ak2 (ENSDORG00000009488)	Gpatch11 (ENSDORG00000002241)	Heatr5b (ENSDORG00000002240)	Strn (ENSDORG00000002238)	Vit (ENSDORG00000002234)	ENSDORG00000006571	Crim1 (ENSDORG00000006568)	Fam98a (ENSDORG00000012253)	Rasgrp3 (ENSDORG00000008600)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Prairie vole	MODERN SPECIES	1	Tm2d1 (ENSMOCG00000007667)	ENSMOCG00000008446	Nfia (ENSMOCG00000007715)	Gm12695 (ENSMOCG00000013607)	ENSMOCG00000010318	Cyp2j6 (ENSMOCG00000018597)	ENSMOCG00000005805	Or13p8 (ENSMOCG00000008289)	ENSMOCG00000012714	ENSMOCG00000022413	ENSMOCG00000015307	Lao1 (ENSMOCG00000001605)	Slc2a1 (ENSMOCG00000021632)	Zfp691 (ENSMOCG00000009065)	Ermap (ENSMOCG00000020543)	ENSMOCG00000009079 ##22	ENSMOCG00000021602	Tmem269 (ENSMOCG00000014096)	AU022252 (ENSMOCG00000018365)	P3h1 (ENSMOCG00000016299)	Cldn19 (ENSMOCG00000011268)	ENSMOCG00000021351	ENSMOCG00000012270	Ccdc30 (ENSMOCG00000005423)	Ppcs (ENSMOCG00000009579)	Zmynd12 (ENSMOCG00000005965)	Rimkla (ENSMOCG00000020203)	Foxj3 (ENSMOCG00000021577)	Guca2a (ENSMOCG00000018839)	Guca2b (ENSMOCG00000011621)	Hivep3 (ENSMOCG00000012152)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	6	Nim1k (ENSPEMG00000024204)	Zfp131 (ENSPEMG00000025948)	ENSPEMG00000029508	ENSPEMG00000009877	Ghr (ENSPEMG00000006686)	ENSPEMG00000025781	Fbxo4 (ENSPEMG00000020075)	Rimoc1 (ENSPEMG00000010011)	Oxct1 (ENSPEMG00000011121)	Plcxd3 (ENSPEMG00000008571)	C6 (ENSPEMG00000011145)	Mroh2b (ENSPEMG00000011744)	C7 (ENSPEMG00000009708)	Card6 (ENSPEMG00000000513)	Rpl37 (ENSPEMG00000015291)	ENSPEMG00000029179 ##22	Prkaa1 (ENSPEMG00000000574)	Ttc33 (ENSPEMG00000026792)	Ptger4 (ENSPEMG00000028671)	ENSPEMG00000030159	Dab2 (ENSPEMG00000013156)	C9 (ENSPEMG00000008329)	Fyb (ENSPEMG00000001686)	ENSPEMG00000014848	Rictor (ENSPEMG00000000667)	Osmr (ENSPEMG00000008906)	ENSPEMG00000030395	Lifr (ENSPEMG00000004406)	Egflam (ENSPEMG00000017044)	Gdnf (ENSPEMG00000027275)	Wdr70 (ENSPEMG00000008794)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	1240																ENSOCUG00000021539 ##22	ENSOCUG00000036193
Rabbit	MODERN SPECIES	18	NCKAP1 (ENSOCUG00000013133)	ENSOCUG00000030787	FRZB (ENSOCUG00000010371)	DNAJC10 (ENSOCUG00000029255)	PDE1A (ENSOCUG00000016522)	PPP1R1C (ENSOCUG00000010147)	ITPRID2 (ENSOCUG00000010134)	ENSOCUG00000007548	ENSOCUG00000012914	CERKL (ENSOCUG00000003021)	ENSOCUG00000031175	ENSOCUG00000021258	ITGA4 (ENSOCUG00000003008)	ENSOCUG00000033581	ENSOCUG00000029359	ENSOCUG00000023586 ##22	CWC22 (ENSOCUG00000002363)	ENSOCUG00000032017	ZNF385B (ENSOCUG00000004877)	SESTD1 (ENSOCUG00000017837)	CCDC141 (ENSOCUG00000016954)	ENSOCUG00000021281	ENSOCUG00000024537	ENSOCUG00000035152	ENSOCUG00000033996	ENSOCUG00000016777	PLEKHA3 (ENSOCUG00000005495)	FKBP7 (ENSOCUG00000024679)	PJVK (ENSOCUG00000005493)	PRKRA (ENSOCUG00000005489)	OSBPL6 (ENSOCUG00000004078)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Tarsier	MODERN SPECIES	5097																ENSTSYG00000032854 ##22	ENSTSYG00000013455	ENSTSYG00000026787	ENSTSYG00000034770
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	3	PSAP (ENSCJAG00000012992)	ENSCJAG00000007248	SPOCK2 (ENSCJAG00000007252)	ENSCJAG00000075810	ANAPC16 (ENSCJAG00000086671)	ASCC1 (ENSCJAG00000007273)	DDIT4 (ENSCJAG00000069599)	ENSCJAG00000007303	ENSCJAG00000074108	MICU1 (ENSCJAG00000007320)	MCU (ENSCJAG00000007351)	OIT3 (ENSCJAG00000007405)	PLA2G12B (ENSCJAG00000007420)	ENSCJAG00000023337	P4HA1 (ENSCJAG00000007429)	ENSCJAG00000044852 ##22	NUDT13 (ENSCJAG00000007475)	ECD (ENSCJAG00000007511)	FAM149B1 (ENSCJAG00000007526)	DNAJC9 (ENSCJAG00000007535)	MRPS16 (ENSCJAG00000007538)	ENSCJAG00000072911	CFAP70 (ENSCJAG00000001756)	ENSCJAG00000082584	ENSCJAG00000001720	MSS51 (ENSCJAG00000001711)	PPP3CB (ENSCJAG00000001651)	USP54 (ENSCJAG00000001615)	MYOZ1 (ENSCJAG00000067787)	SYNPO2L (ENSCJAG00000001574)	ENSCJAG00000076088
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	533	FCHO2 (ENSMNEG00000038505)	TMEM171 (ENSMNEG00000042146)	TMEM174 (ENSMNEG00000032405)	ENSMNEG00000027924	FOXD1 (ENSMNEG00000043099)	BTF3 (ENSMNEG00000044350)	ANKRA2 (ENSMNEG00000030102)	UTP15 (ENSMNEG00000032169)	ARHGEF28 (ENSMNEG00000031568)	ENC1 (ENSMNEG00000006975)	HEXB (ENSMNEG00000036163)	GFM2 (ENSMNEG00000034666)	NSA2 (ENSMNEG00000042380)	ENSMNEG00000031805	FAM169A (ENSMNEG00000032139)	ENSMNEG00000019915 ##22	ANKRD31 (ENSMNEG00000038747)	HMGCR (ENSMNEG00000036782)	CERT1 (ENSMNEG00000034301)	ENSMNEG00000012143	POLK (ENSMNEG00000016543)	ANKDD1B (ENSMNEG00000040050)	ENSMNEG00000041053	POC5 (ENSMNEG00000028970)	ENSMNEG00000029783	ENSMNEG00000039274	ENSMNEG00000035234	SV2C (ENSMNEG00000043938)	F2RL2 (ENSMNEG00000028529)	IQGAP2 (ENSMNEG00000039584)	ENSMNEG00000036523
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155450	ENSGT00530000063186.b.a	ENSGT00390000015821	ENSGT00940000163568	ENSGT00940000165518.a	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT00390000001752.y.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a
Orangutan	MODERN SPECIES	25	ENSPPYG00000018240	ENSPPYG00000036951	NUPR2 (ENSPPYG00000035860)	CHCHD2 (ENSPPYG00000034942)	PHKG1 (ENSPPYG00000040938)	ENSPPYG00000017544	CCT6A (ENSPPYG00000025820)	PSPH (ENSPPYG00000017545)	NIPSNAP2 (ENSPPYG00000017546)	ENSPPYG00000035840	SEPTIN14 (ENSPPYG00000017548)	ENSPPYG00000029410	ENSPPYG00000034458	ENSPPYG00000039000	ENSPPYG00000039012	ENSPPYG00000036019 ##22	ZNF722 (ENSPPYG00000017541)	ZNF727 (ENSPPYG00000034750)	ENSPPYG00000040724	ZNF735 (ENSPPYG00000018271)	ZNF679 (ENSPPYG00000033769)	ZNF736 (ENSPPYG00000030569)	ENSPPYG00000038268	ENSPPYG00000031730	ENSPPYG00000033867	ZNF107 (ENSPPYG00000039638)	ENSPPYG00000033047	ZNF138 (ENSPPYG00000041455)	ENSPPYG00000038616	ENSPPYG00000017531	ENSPPYG00000031909
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00950000182980.a.a.ab	ENSGT00530000063186.b.a	ENSGT00390000015821	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b	ENSGT00940000165518.a	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.b	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00390000008072.e.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000162960.B	ENSGT00390000001752.y.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000154540.a.n.b	ENSGT00940000161033.d
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000015821	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b	ENSGT00940000165518.a	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00390000008072.e.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.b	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a.b	ENSGT00390000008072.e.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000162960.B	ENSGT00390000001752.y.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000154540.a.n.b
Human	MODERN SPECIES	14	APOBEC3G (ENSG00000239713)	APOBEC3H (ENSG00000100298)	CBX7 (ENSG00000100307)	PDGFB (ENSG00000100311)	RPL3 (ENSG00000100316)	SYNGR1 (ENSG00000100321)	TAB1 (ENSG00000100324)	MGAT3 (ENSG00000128268)	MIEF1 (ENSG00000100335)	MIURF (ENSG00000285025)	ATF4 (ENSG00000128272)	RPS19BP1 (ENSG00000187051)	CACNA1I (ENSG00000100346)	ENTHD1 (ENSG00000176177)	GRAP2 (ENSG00000100351)	TMA7B (ENSG00000225528) ##22	FAM83F (ENSG00000133477)	TNRC6B (ENSG00000100354)	ADSL (ENSG00000239900)	SGSM3 (ENSG00000100359)	MRTFA (ENSG00000196588)	MCHR1 (ENSG00000128285)	SLC25A17 (ENSG00000100372)	ST13 (ENSG00000100380)	XPNPEP3 (ENSG00000196236)	DNAJB7 (ENSG00000172404)	RBX1 (ENSG00000100387)	EP300 (ENSG00000100393)	L3MBTL2 (ENSG00000100395)	CHADL (ENSG00000100399)	RANGAP1 (ENSG00000100401)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000015821	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b	ENSGT00940000165518.a	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.b	ENSGT00390000007890.c.a	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000162960.B	ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a.b	ENSGT00390000008072.e.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a	ENSGT00940000163252.d	ENSGT00940000160467.l	ENSGT00940000164280	ENSGT01030000234556.a.b.a.z	ENSGT00910000146915	ENSGT01100000263507.E.b.b.c.a	ENSGT00940000154251.A.b.b.a.b.a.a	ENSGT00950000183122.B
Chimpanzee	DUPLICATION
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Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	MODERN SPECIES	20	ENSPTRG00000052630	ENSPTRG00000045775	ENSPTRG00000045211	ENSPTRG00000039718	ZNF716 (ENSPTRG00000033863)	ENSPTRG00000048681	ENSPTRG00000046767	ENSPTRG00000023458	ENSPTRG00000050749	ENSPTRG00000049132	ENSPTRG00000044106	ENSPTRG00000047613	ENSPTRG00000045316	ENSPTRG00000010757	ENSPTRG00000042900	ENSPTRG00000047120 ##22	ZNF722 (ENSPTRG00000019214)	ENSPTRG00000049997	ENSPTRG00000052155	ENSPTRG00000049353	ENSPTRG00000050909	ZNF679 (ENSPTRG00000023362)	ZNF736 (ENSPTRG00000033786)	ENSPTRG00000044285	ZNF680 (ENSPTRG00000019235)	ENSPTRG00000040560	ENSPTRG00000028577	ENSPTRG00000044823	ENSPTRG00000044286	ENSPTRG00000028575	ENSPTRG00000051079
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Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159634	ENSGT00390000009166	ENSGT00940000159117	ENSGT00940000159373	ENSGT00740000115564.sd	ENSGT00550000074943	ENSGT01060000248564.b.a.a.b	ENSGT00950000182962.b.b	ENSGT00530000063583.b	ENSGT00390000002881	ENSGT00390000018635.c	ENSGT00940000160723	ENSGT00940000158213	ENSGT00390000011776	ENSGT00390000000510	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22	ENSGT00390000007279	ENSGT00940000157966	ENSGT00530000063320.B	ENSGT00940000156226	ENSGT00940000161944	ENSGT00940000155462	ENSGT00940000166307	ENSGT00940000160119	ENSGT00940000155723	ENSGT00390000017996.b	ENSGT00940000159970	ENSGT01050000247848	ENSGT00730000111419	ENSGT00900000143015	ENSGT00940000155725
leopard	MODERN SPECIES	8	ENSPPRG00000012378	ENSPPRG00000011833	ENSPPRG00000011355	FIG4 (ENSPPRG00000009750)	GPR6 (ENSPPRG00000008981)	WASF1 (ENSPPRG00000008895)	CDC40 (ENSPPRG00000007523)	ENSPPRG00000005810	METTL24 (ENSPPRG00000005676)	DDO (ENSPPRG00000005274)	SLC22A16 (ENSPPRG00000004411)	ENSPPRG00000003507	CDK19 (ENSPPRG00000003314)	AMD1 (ENSPPRG00000001451)	GTF3C6 (ENSPPRG00000000921)	ENSPPRG00000017034 ##22	ENSPPRG00000000320	ENSPPRG00000017018	SLC16A10 (ENSPPRG00000022877)	MFSD4B (ENSPPRG00000023123)	REV3L (ENSPPRG00000023393)	TRAF3IP2 (ENSPPRG00000024379)	FYN (ENSPPRG00000013454)	ENSPPRG00000016675	CCN6 (ENSPPRG00000010602)	TUBE1 (ENSPPRG00000009003)	FAM229B (ENSPPRG00000008910)	LAMA4 (ENSPPRG00000008450)	MARCKS (ENSPPRG00000002079)	ENSPPRG00000016421	HDAC2 (ENSPPRG00000001858)
lion	MODERN SPECIES	5	MICAL1 (ENSPLOG00000002032)	ZBTB24 (ENSPLOG00000002062)	ENSPLOG00000002082	ENSPLOG00000002110	FIG4 (ENSPLOG00000002165)	GPR6 (ENSPLOG00000002256)	WASF1 (ENSPLOG00000002263)	ENSPLOG00000002278	CDC40 (ENSPLOG00000002294)	METTL24 (ENSPLOG00000002323)	DDO (ENSPLOG00000002350)	SLC22A16 (ENSPLOG00000002392)	CDK19 (ENSPLOG00000002489)	AMD1 (ENSPLOG00000002552)	GTF3C6 (ENSPLOG00000002572)	ENSPLOG00000002599 ##22	ENSPLOG00000002611	SLC16A10 (ENSPLOG00000002639)	MFSD4B (ENSPLOG00000002667)	REV3L (ENSPLOG00000002720)	TRAF3IP2 (ENSPLOG00000002899)	FYN (ENSPLOG00000003022)	CCN6 (ENSPLOG00000003072)	TUBE1 (ENSPLOG00000003122)	FAM229B (ENSPLOG00000003138)	LAMA4 (ENSPLOG00000003185)	ENSPLOG00000003271	MARCKS (ENSPLOG00000003280)	ENSPLOG00000003352	HDAC2 (ENSPLOG00000003360)	HS3ST5 (ENSPLOG00000003442)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000159742 #15	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00390000009949	ENSGT00940000154875 #37
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000111701	ENSGT00940000157687 #7	ENSGT00940000158130 #9	ENSGT00390000011734 #10	ENSGT00440000034270 #11	ENSGT00940000156347 #12	ENSGT00940000158279 #13	ENSGT00940000164123	ENSGT00940000160737 #16	ENSGT00390000000410 #17	ENSGT00940000160284 #18	ENSGT00520000060726.b #19	ENSGT00940000162557 #20	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000001709 #21	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22	ENSGT00390000012850 #24	ENSGT00390000012715.b #25	ENSGT00390000008296.b.a.b #26	ENSGT00950000182835.c.d #27	ENSGT00940000160568.n #28	ENSGT00940000158931 #29	ENSGT00390000005336 #30	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.b #31	ENSGT00940000160077	ENSGT00390000015725 #33	ENSGT00940000156310 #34	ENSGT00940000154836 #35	ENSGT00940000157863 #36	ENSGT00940000154875 #37	ENSGT00390000014570
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	24	LRRC9 (ENSRFEG00010003818)	RTN1 (ENSRFEG00010003928)	CCDC175 (ENSRFEG00010003982)	JKAMP (ENSRFEG00010004007)	L3HYPDH (ENSRFEG00010004031)	GPR135 (ENSRFEG00010004043)	DAAM1 (ENSRFEG00010004071)	ENSRFEG00010004127	DACT1 (ENSRFEG00010004136)	KIAA0586 (ENSRFEG00010004194)	TIMM9 (ENSRFEG00010004281)	TOMM20L (ENSRFEG00010004303)	ARID4A (ENSRFEG00010004329)	ENSRFEG00010004355	PSMA3 (ENSRFEG00010004363)	ENSRFEG00010004387 ##22	ACTR10 (ENSRFEG00010004399)	ARMH4 (ENSRFEG00010004418)	ENSRFEG00010004425	SLC35F4 (ENSRFEG00010004439)	CCDC198 (ENSRFEG00010004458)	NAA30 (ENSRFEG00010004478)	AP5M1 (ENSRFEG00010004511)	EXOC5 (ENSRFEG00010004550)	OTX2 (ENSRFEG00010000223)	ENSRFEG00010000266	TMEM260 (ENSRFEG00010000307)	PELI2 (ENSRFEG00010000362)	KTN1 (ENSRFEG00010000612)	TBPL2 (ENSRFEG00010000951)	ATG14 (ENSRFEG00010000977)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	8	PTPN23 (ENSRFEG00010010849) #7	SCAP (ENSRFEG00010010753) #9	ELP6 (ENSRFEG00010010670) #10	CSPG5 (ENSRFEG00010010552) #11	SMARCC1 (ENSRFEG00010010455) #12	DHX30 (ENSRFEG00010010331) #13	ENSRFEG00010010277	MAP4 (ENSRFEG00010010043)	CDC25A (ENSRFEG00010009931) #16	CAMP (ENSRFEG00010009904) #17	NME6 (ENSRFEG00010009736) #18	SPINK8 (ENSRFEG00010009675) #19	ENSRFEG00010009479 #20	PLXNB1 (ENSRFEG00010009393)	CCDC51 (ENSRFEG00010009343) #21	ENSRFEG00010009306 ##22	ATRIP (ENSRFEG00010009256) #24	TREX1 (ENSRFEG00010009227) #25	SHISA5 (ENSRFEG00010009140) #26	ENSRFEG00010009066	PFKFB4 (ENSRFEG00010008969) #27	UCN2 (ENSRFEG00010008931) #28	UQCRC1 (ENSRFEG00010008721) #29	TMEM89 (ENSRFEG00010008682) #30	SLC26A6 (ENSRFEG00010008546) #31	CELSR3 (ENSRFEG00010008356)	NCKIPSD (ENSRFEG00010008286) #33	IP6K2 (ENSRFEG00010008244) #34	PRKAR2A (ENSRFEG00010008201) #35	SLC25A20 (ENSRFEG00010008130) #36	ARIH2 (ENSRFEG00010008090) #37
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Sperm whale	MODERN SPECIES	2	GZMH (ENSPCTG00005005924)	ENSPCTG00005005984	GZMB (ENSPCTG00005006025)	STXBP6 (ENSPCTG00005006076)	NOVA1 (ENSPCTG00005006112)	ENSPCTG00005006193	FOXG1 (ENSPCTG00005006210)	PRKD1 (ENSPCTG00005006240)	ENSPCTG00005006324	G2E3 (ENSPCTG00005006361)	SCFD1 (ENSPCTG00005006460)	COCH (ENSPCTG00005006564)	STRN3 (ENSPCTG00005006776)	AP4S1 (ENSPCTG00005006956)	HECTD1 (ENSPCTG00005007027)	ENSPCTG00005007130 ##22	HEATR5A (ENSPCTG00005007185)	DTD2 (ENSPCTG00005007351)	GPR33 (ENSPCTG00005007371)	ENSPCTG00005007379	ENSPCTG00005007388	NUBPL (ENSPCTG00005007415)	ENSPCTG00005007465	ARHGAP5 (ENSPCTG00005007494)	AKAP6 (ENSPCTG00005007589)	NPAS3 (ENSPCTG00005007723)	EGLN3 (ENSPCTG00005008171)	SPTSSA (ENSPCTG00005008208)	ENSPCTG00005008216	EAPP (ENSPCTG00005008229)	SNX6 (ENSPCTG00005008297)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	SYAP1 (ENSCHYG00000017346)	REPS2 (ENSCHYG00000017518)	NHS (ENSCHYG00000018180)	ENSCHYG00000018572	ENSCHYG00000018619	RAI2 (ENSCHYG00000018670)	RBBP7 (ENSCHYG00000018713)	TXLNG (ENSCHYG00000019015)	CTPS2 (ENSCHYG00000019258)	S100G (ENSCHYG00000019799)	ENSCHYG00000019847	GRPR (ENSCHYG00000019874)	AP1S2 (ENSCHYG00000019973)	ENSCHYG00000020523	ENSCHYG00000020589	ENSCHYG00000020647 ##22	ENSCHYG00000020684	ACE2 (ENSCHYG00000020844)	BMX (ENSCHYG00000021205)	PIR (ENSCHYG00000021541)	ENSCHYG00000021725	PIGA (ENSCHYG00000021776)	ASB11 (ENSCHYG00000022074)	ASB9 (ENSCHYG00000022451)	MOSPD2 (ENSCHYG00000022624)	FANCB (ENSCHYG00000022845)	GLRA2 (ENSCHYG00000022919)	ENSCHYG00000023075	ENSCHYG00000023086	GEMIN8 (ENSCHYG00000023096)	GPM6B (ENSCHYG00000023125)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	32	YJU2B (ENSCHYG00000008722)	CACNA1A (ENSCHYG00000009142)	IER2 (ENSCHYG00000015316)	STX10 (ENSCHYG00000015356)	NACC1 (ENSCHYG00000015883)	TRMT1 (ENSCHYG00000016033)	LYL1 (ENSCHYG00000016421)	NFIX (ENSCHYG00000016512)	GADD45GIP1 (ENSCHYG00000017788)	ENSCHYG00000017855	FARSA (ENSCHYG00000018361)	GCDH (ENSCHYG00000018661)	KLF1 (ENSCHYG00000019002)	DNASE2 (ENSCHYG00000019086)	MAST1 (ENSCHYG00000019171)	ENSCHYG00000019426 ##22	RTBDN (ENSCHYG00000019447)	RNASEH2A (ENSCHYG00000019565)	ENSCHYG00000019679	JUNB (ENSCHYG00000019794)	HOOK2 (ENSCHYG00000019849)	BEST2 (ENSCHYG00000020079)	ENSCHYG00000020173	TRIR (ENSCHYG00000020314)	TNPO2 (ENSCHYG00000020399)	FBXW9 (ENSCHYG00000020520)	ENSCHYG00000020822	DHPS (ENSCHYG00000020871)	WDR83 (ENSCHYG00000021020)	ENSCHYG00000021159	MAN2B1 (ENSCHYG00000021233)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1219	EXOG (ENSMMSG00000023688)	ACVR2B (ENSMMSG00000023695)	XYLB (ENSMMSG00000023705)	SLC22A14 (ENSMMSG00000023718)	OXSR1 (ENSMMSG00000023728)	MYD88 (ENSMMSG00000023745)	ENSMMSG00000023769	ACAA1 (ENSMMSG00000023778)	DLEC1 (ENSMMSG00000023812)	ENSMMSG00000023846	PLCD1 (ENSMMSG00000023851)	VILL (ENSMMSG00000023874)	CTDSPL (ENSMMSG00000023890)	ITGA9 (ENSMMSG00000023912)	ENSMMSG00000023927	ENSMMSG00000023933 ##22	GOLGA4 (ENSMMSG00000023943)	DCLK3 (ENSMMSG00000023981)	TRANK1 (ENSMMSG00000023994)	EPM2AIP1 (ENSMMSG00000024012)	MLH1 (ENSMMSG00000024032)	LRRFIP2 (ENSMMSG00000024059)	STAC (ENSMMSG00000024133)	ARPP21 (ENSMMSG00000024149)	ENSMMSG00000024163	ENSMMSG00000020147	CLASP2 (ENSMMSG00000020282)	UBP1 (ENSMMSG00000020917)	FBXL2 (ENSMMSG00000021006)	SUSD5 (ENSMMSG00000021076)	CRTAP (ENSMMSG00000021099)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003710.c.a.a ##22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	21	TMEM109 (ENSBIXG00005008617)	PRPF19 (ENSBIXG00005008605)	PTGDR2 (ENSBIXG00005000222)	CCDC86 (ENSBIXG00005008590)	MS4A10 (ENSBIXG00005008571)	MS4A15 (ENSBIXG00005008562)	ENSBIXG00005008524	MS4A8 (ENSBIXG00005008510)	ENSBIXG00005008500	SNX19 (ENSBIXG00005008482)	ADAMTS15 (ENSBIXG00005000194)	ENSBIXG00005008428	ZBTB44 (ENSBIXG00005008413)	ST14 (ENSBIXG00005008405)	APLP2 (ENSBIXG00005005680)	ENSBIXG00005008284 ##22	ENSBIXG00005008278	PRDM10 (ENSBIXG00005008246)	NFRKB (ENSBIXG00005008188)	TMEM45B (ENSBIXG00005008143)	ENSBIXG00005029103	NTM (ENSBIXG00005001973)	OPCML (ENSBIXG00005002077)	ENSBIXG00005005093	SPATA19 (ENSBIXG00005028954)	IGSF9B (ENSBIXG00005005050)	JAM3 (ENSBIXG00005028793)	ENSBIXG00005028725	BARX2 (ENSBIXG00005002360)	ARHGAP32 (ENSBIXG00005002401)	ENSBIXG00005028504
Cow	MODERN SPECIES	21	TMEM109 (ENSBTAG00000018362)	PRPF19 (ENSBTAG00000014366)	PTGDR2 (ENSBTAG00000039652)	CCDC86 (ENSBTAG00000014215)	MS4A10 (ENSBTAG00000001734)	MS4A15 (ENSBTAG00000039461)	MS4A18 (ENSBTAG00000038312)	MS4A8 (ENSBTAG00000009289)	ENSBTAG00000022460	SNX19 (ENSBTAG00000013076)	ADAMTS15 (ENSBTAG00000016857)	ADAMTS8 (ENSBTAG00000010411)	ZBTB44 (ENSBTAG00000009210)	ST14 (ENSBTAG00000019712)	ENSBTAG00000033237	ENSBTAG00000050127 ##22	APLP2 (ENSBTAG00000016168)	ENSBTAG00000016502	PRDM10 (ENSBTAG00000019001)	NFRKB (ENSBTAG00000017610)	TMEM45B (ENSBTAG00000017602)	NTM (ENSBTAG00000010032)	ENSBTAG00000033030	OPCML (ENSBTAG00000020769)	SPATA19 (ENSBTAG00000014651)	IGSF9B (ENSBTAG00000014224)	JAM3 (ENSBTAG00000003176)	ENSBTAG00000055310	BARX2 (ENSBTAG00000020643)	ARHGAP32 (ENSBTAG00000015905)	ENSBTAG00000024731
American bison	MODERN SPECIES	3123						MS4A10 (ENSBBBG00000001261)	MS4A15 (ENSBBBG00000003807)	ENSBBBG00000015328	MS4A8 (ENSBBBG00000015338)	ENSBBBG00000003817	SNX19 (ENSBBBG00000015383)	ADAMTS15 (ENSBBBG00000015401)	ADAMTS8 (ENSBBBG00000002731)	ZBTB44 (ENSBBBG00000015411)	ST14 (ENSBBBG00000003844)	ENSBBBG00000003848 ##22	APLP2 (ENSBBBG00000015615)	PRDM10 (ENSBBBG00000015742)	NFRKB (ENSBBBG00000002611)	TMEM45B (ENSBBBG00000015851)	ENSBBBG00000015871	NTM (ENSBBBG00000000776)	ENSBBBG00000015905	ENSBBBG00000015940	SPATA19 (ENSBBBG00000015962)	IGSF9B (ENSBBBG00000016065)	ENSBBBG00000003995 ##22	JAM3 (ENSBBBG00000003999)	BARX2 (ENSBBBG00000016109)	ENSBBBG00000016128	ENSBBBG00000016139