Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000013823.a ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248 #34 ENSGT00940000157288 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858 #35 ENSGT00390000013474.b.b ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737 #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000156420 ENSGT00940000171365 ENSGT00940000158311 #21 ENSGT00940000163268 #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000161013 #24 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000164283.a ENSGT00940000156458 ENSGT00950000183025.b.b ##17 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000160794 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000157858 #35 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737 #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000178886 ENSGT00940000159498 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000156420 ENSGT00390000003635 #16 ENSGT00950000183025.b.a #17 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#27 ENSGT00940000155029.c.a.f #28 ENSGT00940000157315 #29 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT00390000003271 ENSGT01030000234992 #33 ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000157858.j #35 ENSGT00940000160267 #36 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a #7 ENSGT00940000158387 #9 ENSGT00940000159332 #10 ENSGT00390000000118 #11 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000155261.b #15 ENSGT00390000003635.g #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000165581 #18 ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000161013 #24 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000159522 #27 ENSGT00940000155029.c.a.f #28 ENSGT00940000157315 #29 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT00390000003271 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ENSGT01030000234992 #33 ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000157858.j #35 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737 #37 Orange clownfish MODERN SPECIES 8 trappc3 (ENSAPEG00000020098) #7 ENSAPEG00000020083 #8 rims3 (ENSAPEG00000020030) #10 nup42 (ENSAPEG00000020008) #11 ENSAPEG00000019986 #12 osbpl3a (ENSAPEG00000019934) #13 TRIL (ENSAPEG00000019911) #14 ENSAPEG00000019901 #15 ENSAPEG00000019890 #15 jazf1a (ENSAPEG00000019873) #16 tax1bp1a (ENSAPEG00000019804) #17 hibadha (ENSAPEG00000019757) #18 evx1 (ENSAPEG00000019743) #19 hoxa13a (ENSAPEG00000019685) #20 hoxa11a (ENSAPEG00000019676) #21 hoxa10b (ENSAPEG00000019646) #22 ENSAPEG00000019634 #23 HOXA7 (ENSAPEG00000019614) #24 hoxa5a (ENSAPEG00000019578) #25 HOXA4 (ENSAPEG00000019567) #26 hoxa3a (ENSAPEG00000019555) #27 ENSAPEG00000019539 #28 hoxa1a (ENSAPEG00000019509) #29 snx10a (ENSAPEG00000019361) #30 cbx3a (ENSAPEG00000019335) #31 nfe2l3 (ENSAPEG00000019329) #32 ENSAPEG00000019310 #33 ENSAPEG00000019301 COLQ 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ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a #7 ENSGT00940000158387 #9 ENSGT00940000159332 #10 ENSGT00390000000118 #11 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000155261.b #15 ENSGT00390000003635.g #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000165581 #18 ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000161013 #24 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000159522 #27 ENSGT00940000155029.c.a.f #28 ENSGT00940000157315 #29 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000003880.b.a #7 ENSGT00940000155884.a.d #8 ENSGT00940000158387 #9 ENSGT00940000159332 #10 ENSGT00390000000118 #11 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#37 oxnad1 (ENSATEG00000001424) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a #7 ENSGT00940000158387 #9 ENSGT00940000159332 #10 ENSGT00390000000118 #11 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000155261.b #15 ENSGT00390000003635.g #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000165581 #18 ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000161013 #24 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000159522 #27 ENSGT00940000155029.c.a.f #28 ENSGT00940000157315 #29 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT01030000234992 #33 ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000157858.j #35 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737 #37 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a #7 ENSGT00940000158387 #9 ENSGT00940000159332 #10 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ENSSMAG00000014800 #34 ENSSMAG00000014788 #35 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a #7 ENSGT00940000158387 #9 ENSGT00940000159332 #10 ENSGT00390000000118 #11 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000155261.b #15 ENSGT00390000003635.g #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000165581 #18 ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000161013 #24 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000159522 #27 ENSGT00940000155029.c.a.f #28 ENSGT00940000157315 #29 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000157858.j #35 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737 #37 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154107.b ENSGT00940000160242.b ENSGT00940000158387 #9 ENSGT00940000159332 #10 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ENSGMOG00000026246 #36 ENSGMOG00000013231 #37 KCNH8 (ENSGMOG00000006973) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000156420.a.b.d ENSGT00940000156420.a.b.c ENSGT00390000003635.g.c #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000165581 #18 ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000161013 #24 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT01030000234992 #33 ENSGT00940000157883.a.b.f.wb ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000158302.e ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a.j ENSGT00940000154383.a.i Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 136 ENSGT00940000154957.B.h ENSGT00940000157167.eb 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ENSSTUG00000019019 ENSSTUG00000019012 col9a2 (ENSSTUG00000018988) ENSSTUG00000018970 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000153470.a.a.a.b.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f.b ENSGT00940000155348.A.f ENSGT00940000155880.f.a #12 ENSGT00940000155957.b.b #13 ENSGT00940000156906.j.b ENSGT00940000161975.a #14 ENSGT00940000156420.a.b.c.b ENSGT00390000003635.g.c.a #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab.c #17 ENSGT00940000165581.c.b #18 ENSGT00940000159854.b #19 ENSGT00940000164071.b.b.b #20 ENSGT00940000158311.a.a #21 ENSGT00940000163268.d.a.d #22 ENSGT00940000166648.a #23 ENSGT00940000161013.g #24 ENSGT00940000159894.m #25 ENSGT00940000158988.a.a.e #26 ENSGT00940000159522.u.a #27 ENSGT00940000155029.c.a.f.b #28 ENSGT00940000157315.hc.b #29 ENSGT00940000156007.k.c #30 ENSGT00940000153305.k #31 ENSGT00950000182892.a.b.b.m.b #32 ENSGT01030000234992.a #33 ENSGT00940000157883.a.b.f.wb ENSGT00940000161290.c ENSGT00940000158302.d.b.a ENSGT00940000158302.e Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000157167.db ENSGT00940000153470.a.a.a.b.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f.b ENSGT00940000155348.A.f ENSGT00940000155880.f.a #12 ENSGT00940000155957.b.b #13 ENSGT00940000161975.a #14 ENSGT00940000156420.a.b.c.b ENSGT00390000003635.g.c.a #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab.c #17 ENSGT00940000165581.c.b #18 ENSGT00940000159854.b #19 ENSGT00940000164071.b.b.b #20 ENSGT00940000158311.a.a #21 ENSGT00940000163268.d.a.d #22 ENSGT00940000166648.a #23 ENSGT00940000161013.g #24 ENSGT00940000159894.m #25 ENSGT00940000159522.u.a #27 ENSGT00940000158988.a.a.e #26 ENSGT00940000155029.c.a.f.b #28 ENSGT00940000157315.hc.b #29 ENSGT00940000156007.k.c #30 ENSGT00940000153305.k #31 ENSGT00950000182892.a.b.b.m.b #32 ENSGT01030000234992.a #33 ENSGT00940000157883.a.b.f.wb ENSGT00940000161290.c ENSGT00940000158302.d.b.a ENSGT00940000160103.i.b Coho salmon MODERN SPECIES 8 fam221a (ENSOKIG00005044564) osbpl3a (ENSOKIG00005044641) #13 npy (ENSOKIG00005045569) ENSOKIG00005045592 ENSOKIG00005045644 #12 ENSOKIG00005045651 ENSOKIG00005045656 TRIL (ENSOKIG00005045677) #14 CREB5 (ENSOKIG00005045687) jazf1a (ENSOKIG00005045695) #16 tax1bp1a (ENSOKIG00005045707) #17 ENSOKIG00005045717 #18 EVX1 (ENSOKIG00005045730) #19 ENSOKIG00005045738 #20 hoxa11a (ENSOKIG00005045750) #21 ENSOKIG00005045757 #22 ENSOKIG00005045764 #23 HOXA7 (ENSOKIG00005045777) #24 hoxa5a (ENSOKIG00005045791) #25 hoxa3a (ENSOKIG00005045805) #27 HOXA4 (ENSOKIG00005045809) #26 ENSOKIG00005045814 #28 HOXA1 (ENSOKIG00005045820) #29 snx10a (ENSOKIG00005045843) #30 CBX3 (ENSOKIG00005045853) #31 nfe2l3 (ENSOKIG00005045874) #32 ENSOKIG00005045878 #33 ENSOKIG00005004272 col9a2 (ENSOKIG00005004293) ENSOKIG00005004328 ENSOKIG00005004363 Rainbow trout MODERN SPECIES 9 GPNMB (ENSOMYG00000013187) igf2bp3 (ENSOMYG00000013089) tra2a (ENSOMYG00000013042) ccdc126 (ENSOMYG00000013038) fam221a (ENSOMYG00000013027) npy (ENSOMYG00000013012) ENSOMYG00000012952 ENSOMYG00000012920 #12 TRIL (ENSOMYG00000012751) #14 CREB5 (ENSOMYG00000012745) jazf1a (ENSOMYG00000012732) #16 tax1bp1a (ENSOMYG00000012797) #17 EVX1 (ENSOMYG00000012716) #19 hoxa13a (ENSOMYG00000012707) #20 hoxa11a (ENSOMYG00000012704) #21 ENSOMYG00000012697 #22 ENSOMYG00000012685 #23 HOXA7 (ENSOMYG00000012674) #24 hoxa5a (ENSOMYG00000012670) #25 HOXA4 (ENSOMYG00000012666) #26 HOXA3 (ENSOMYG00000012659) #27 ENSOMYG00000012652 #28 ENSOMYG00000054049 snx10a (ENSOMYG00000012638) #30 ENSOMYG00000012624 #31 nfe2l3 (ENSOMYG00000012612) #32 ENSOMYG00000012602 #33 ENSOMYG00000012598 col9a2 (ENSOMYG00000005383) ENSOMYG00000005326 ENSOMYG00000074617 Huchen MODERN SPECIES 1857 EVX1 (ENSHHUG00000007534) #19 hoxa13a (ENSHHUG00000007550) #20 hoxa11a (ENSHHUG00000007563) #21 hoxa10b (ENSHHUG00000007569) #22 ENSHHUG00000007572 #23 HOXA7 (ENSHHUG00000007578) #24 hoxa3a (ENSHHUG00000007592) #27 HOXA4 (ENSHHUG00000007634) #26 ENSHHUG00000007645 #28 HOXA1 (ENSHHUG00000007677) #29 Northern pike MODERN SPECIES 9 ccdc126 (ENSELUG00000005811) fam221a (ENSELUG00000005782) ENSELUG00000031716 npy (ENSELUG00000005748) ENSELUG00000001355 GSDME (ENSELUG00000001264) #12 osbpl3a (ENSELUG00000000150) #13 TRIL (ENSELUG00000005411) #14 CREB5 (ENSELUG00000005385) jazf1a (ENSELUG00000005364) #16 tax1bp1a (ENSELUG00000005336) #17 hibadha (ENSELUG00000005263) #18 evx1 (ENSELUG00000005188) #19 hoxa13a (ENSELUG00000005145) #20 hoxa11a (ENSELUG00000005123) #21 hoxa10b (ENSELUG00000005073) #22 ENSELUG00000028773 #23 HOXA7 (ENSELUG00000028152) #24 hoxa5a (ENSELUG00000005024) #25 HOXA4 (ENSELUG00000028027) #26 hoxa3a (ENSELUG00000005012) #27 ENSELUG00000004984 #28 hoxa1a (ENSELUG00000004945) #29 snx10a (ENSELUG00000004919) #30 ENSELUG00000028209 cbx3a (ENSELUG00000004880) #31 nfe2l3 (ENSELUG00000004851) #32 ENSELUG00000004814 #33 ENSELUG00000004670 ADGRB2 (ENSELUG00000004574) ENSELUG00000033096 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00940000163281.a ENSGT00940000163428.b.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT00760000119737.b #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287 ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b Otophysi ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000013151.a.b ENSGT01060000253044 ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT00760000119737.b #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000178869 ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT00760000119737.b #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287 ENSGT00390000010652.A.a.a ENSGT00940000160472 ENSGT00940000164559.B Channel catfish MODERN SPECIES ENSIPUG00000002675 hacl1 (ENSIPUG00000002681) colq (ENSIPUG00000002698) ##34 plekha8 (ENSIPUG00000002723) FKBP14 (ENSIPUG00000002766) ##35 ENSIPUG00000002780 #37 chn2 (ENSIPUG00000002792) CPVL (ENSIPUG00000002845) creb5 (ENSIPUG00000002879) ENSIPUG00000002901 jazf1 (ENSIPUG00000002919) ##16 tax1bp1 (ENSIPUG00000002965) ##17 hibadh (ENSIPUG00000003016) hoxa13b (ENSIPUG00000003037) ##20 hoxa11 (ENSIPUG00000003074) ##21 hoxa10 (ENSIPUG00000003081) #22 hoxa9b (ENSIPUG00000003099) hoxa2 (ENSIPUG00000003104) ##28 skap2 (ENSIPUG00000003129) snx10b (ENSIPUG00000003211) ##30 cbx3 (ENSIPUG00000003222) ENSIPUG00000003232 ENSIPUG00000003240 C7orf31 (ENSIPUG00000003249) osbpl3 (ENSIPUG00000003270) ##13 dfna5 (ENSIPUG00000003382) ##12 ENSIPUG00000003404 ENSIPUG00000003445 ENSIPUG00000003453 Dennd4b (ENSIPUG00000003493) ENSIPUG00000003541 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01060000253044 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT00760000119737.b #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287 ENSGT00390000010652.A.a.a ENSGT00940000160472 ENSGT00940000164559.B Electric eel MODERN SPECIES 39 hacl1 (ENSEEEG00000014667) COLQ (ENSEEEG00000014684) ##34 plekha8 (ENSEEEG00000014685) fkbp14 (ENSEEEG00000014686) ##35 ENSEEEG00000014687 #37 CHN2 (ENSEEEG00000014689) ENSEEEG00000014690 cpvl (ENSEEEG00000014691) CREB5 (ENSEEEG00000014694) JAZF1 (ENSEEEG00000014697) ##16 ENSEEEG00000014702 ##17 ENSEEEG00000014703 hibadhb (ENSEEEG00000014704) hoxa13b (ENSEEEG00000014718) ##20 hoxa11b (ENSEEEG00000014719) ##21 hoxa10b (ENSEEEG00000014720) #22 hoxa9b (ENSEEEG00000014722) hoxa2b (ENSEEEG00000014724) ##28 skap2 (ENSEEEG00000014726) snx10b (ENSEEEG00000014727) ##30 cbx3b (ENSEEEG00000014728) ENSEEEG00000014729 OSBPL3 (ENSEEEG00000014733) ##13 gsdmeb (ENSEEEG00000014945) ##12 pals2a (ENSEEEG00000014957) ENSEEEG00000015186 ENSEEEG00000015188 ENSEEEG00000015190 DENND4B (ENSEEEG00000015203) ENSEEEG00000015314 ENSEEEG00000015315 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT00760000119737.b #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287 ENSGT00390000010652.A.a.a ENSGT00940000160472 ENSGT00940000164559.B Red-bellied piranha MODERN SPECIES 409 hacl1 (ENSPNAG00000009314) COLQ (ENSPNAG00000009265) ##34 plekha8 (ENSPNAG00000009237) fkbp14 (ENSPNAG00000005979) ##35 ENSPNAG00000009181 #37 CHN2 (ENSPNAG00000009158) cpvl (ENSPNAG00000009130) CREB5 (ENSPNAG00000009108) JAZF1 (ENSPNAG00000009089) ##16 tax1bp1b (ENSPNAG00000009073) ##17 hibadhb (ENSPNAG00000009046) ENSPNAG00000009029 ##20 hoxa11b (ENSPNAG00000008993) ##21 hoxa10b (ENSPNAG00000008988) #22 hoxa9b (ENSPNAG00000008979) hoxa2b (ENSPNAG00000005010) ##28 skap2 (ENSPNAG00000008959) snx10b (ENSPNAG00000006507) ##30 cbx3b (ENSPNAG00000008930) ENSPNAG00000001247 ENSPNAG00000008888 OSBPL3 (ENSPNAG00000008838) ##13 gsdmeb (ENSPNAG00000005128) ##12 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000013151.a.b ENSGT01060000253044 ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT00760000119737.b #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT00950000182908.C.b.b ENSGT00940000178869 ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a.a ##34 ENSGT00940000157288.n ENSGT00940000157858.i.b ##35 ENSGT00760000119737.b.a.a #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a.a ENSGT00940000159498.a ENSGT00940000156420.a.a.g ENSGT00390000003635.h.c ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b.a ##17 ENSGT00940000155255.bb ENSGT00940000164071.b.a.a ##20 ENSGT00940000158311.b.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a.a #22 ENSGT00940000164628.s ENSGT00940000155029.c.a.e.a.a ##28 ENSGT00390000017856.a.l ENSGT00940000156007.l.h ##30 ENSGT00940000166701.b ENSGT00940000165630.c ENSGT00940000155957.a.a ##13 ENSGT00940000155880.e.c ##12 ENSGT00940000158500.g ENSGT00940000159286.a.b.d.a.b ENSGT01030000234586.B.a.b.c ENSGT00940000158808.eb ENSGT00940000165838.a ENSGT00390000012976.cb.a ENSGT01050000245031.b Goldfish MODERN SPECIES 7 ahr1a (ENSCARG00000015717) ANKRD28 (ENSCARG00000009382) hacl1 (ENSCARG00000008333) COLQ (ENSCARG00000008262) ##34 plekha8 (ENSCARG00000008198) fkbp14 (ENSCARG00000008170) ##35 ENSCARG00000008165 #37 CHN2 (ENSCARG00000008078) cpvl (ENSCARG00000007941) CREB5 (ENSCARG00000007899) JAZF1 (ENSCARG00000007879) ##16 tax1bp1b (ENSCARG00000007852) ##17 hibadhb (ENSCARG00000007813) hoxa13b (ENSCARG00000007807) ##20 hoxa11b (ENSCARG00000007800) ##21 hoxa10b (ENSCARG00000007790) #22 hoxa9b (ENSCARG00000007788) hoxa2b (ENSCARG00000007785) ##28 skap2 (ENSCARG00000007708) snx10b (ENSCARG00000007694) ##30 cbx3b (ENSCARG00000007689) ENSCARG00000007463 OSBPL3 (ENSCARG00000002717) ##13 gsdmeb (ENSCARG00000002448) ##12 pals2a (ENSCARG00000002327) ENSCARG00000002284 ENSCARG00000002281 ENSCARG00000002025 si:ch211-120k19.1 (ENSCARG00000021330) rpl18 (ENSCARG00000021291) ENSCARG00000021275 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182908.C.b.b ENSGT00940000178869 ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a.a ##34 ENSGT00940000157288.n ENSGT00940000157858.i.b ##35 ENSGT00760000119737.b.a.a #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a.a ENSGT00940000159498.a ENSGT00940000156420.a.a.g ENSGT00390000003635.h.c ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b.a ##17 ENSGT00940000155255.bb ENSGT00940000164071.b.a.a ##20 ENSGT00940000158311.b.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a.a #22 ENSGT00940000164628.s ENSGT00940000155029.c.a.e.a.b ##28 ENSGT00390000017856.a.l ENSGT00940000156007.l.h ##30 ENSGT00940000166701.b ENSGT00940000165630.c ENSGT00940000155957.a.a ##13 ENSGT00940000155880.e.c ##12 ENSGT00940000158500.g ENSGT00940000159286.a.b.d.a.b ENSGT01030000234586.B.a.b.c ENSGT00940000158808.eb ENSGT00940000165838.a ENSGT00390000012976.cb.a ENSGT01050000245031.b Common carp reference MODERN SPECIES 47 ANKRD28 (ENSCCRG00000018690) ENSCCRG00000018651 hacl1 (ENSCCRG00000018645) COLQ (ENSCCRG00000053136) ##34 plekha8 (ENSCCRG00000018609) fkbp14 (ENSCCRG00000073955) ##35 ENSCCRG00000018596 #37 CHN2 (ENSCCRG00000053278) cpvl (ENSCCRG00000008840) CREB5 (ENSCCRG00000055556) JAZF1 (ENSCCRG00000064899) ##16 tax1bp1b (ENSCCRG00000073078) ##17 hibadhb (ENSCCRG00000063298) hoxa13b (ENSCCRG00000004452) ##20 hoxa11b (ENSCCRG00000004438) ##21 hoxa10b (ENSCCRG00000042776) #22 hoxa9b (ENSCCRG00000071040) hoxa2b (ENSCCRG00000080560) ##28 skap2 (ENSCCRG00000042752) snx10b (ENSCCRG00000042739) ##30 cbx3b (ENSCCRG00000081670) ENSCCRG00000012274 OSBPL3 (ENSCCRG00000039893) ##13 ENSCCRG00000075966 ENSCCRG00000066259 gsdmeb (ENSCCRG00000039813) ##12 pals2a (ENSCCRG00000008324) ENSCCRG00000080832 ENSCCRG00000059342 ENSCCRG00000053389 ENSCCRG00000022267 Golden-line barbel MODERN SPECIES 221 hdac9b (ENSSGRG00000017162) ahr1a (ENSSGRG00000017174) ANKRD28 (ENSSGRG00000017910) hacl1 (ENSSGRG00000020067) plekha8 (ENSSGRG00000020120) fkbp14 (ENSSGRG00000020246) ##35 ENSSGRG00000020247 #37 CHN2 (ENSSGRG00000020252) cpvl (ENSSGRG00000020303) CREB5 (ENSSGRG00000020355) JAZF1 (ENSSGRG00000020357) ##16 tax1bp1b (ENSSGRG00000020360) ##17 hibadhb (ENSSGRG00000020361) hoxa13b (ENSSGRG00000020364) ##20 hoxa11b (ENSSGRG00000020365) ##21 hoxa10b (ENSSGRG00000020366) #22 hoxa9b (ENSSGRG00000020367) hoxa2b (ENSSGRG00000020369) ##28 skap2 (ENSSGRG00000020370) snx10b (ENSSGRG00000020388) ##30 cbx3b (ENSSGRG00000020389) 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407 hdac9b (ENSSGRG00000055104) ENSSGRG00000055103 ENSSGRG00000055062 ENSSGRG00000055039 plekha8 (ENSSGRG00000055038) fkbp14 (ENSSGRG00000055037) ##35 CHN2 (ENSSGRG00000055032) cpvl (ENSSGRG00000055031) CREB5 (ENSSGRG00000055030) ENSSGRG00000055028 JAZF1 (ENSSGRG00000055027) ##16 tax1bp1b (ENSSGRG00000055025) ##17 hibadhb (ENSSGRG00000055023) hoxa13b (ENSSGRG00000055021) ##20 hoxa11b (ENSSGRG00000055020) ##21 hoxa10b (ENSSGRG00000055018) #22 hoxa9b (ENSSGRG00000055017) hoxa2b (ENSSGRG00000055016) ##28 skap2 (ENSSGRG00000055015) snx10b (ENSSGRG00000055014) ##30 cbx3b (ENSSGRG00000055012) ENSSGRG00000055011 OSBPL3 (ENSSGRG00000054994) ##13 pals2a (ENSSGRG00000054982) NPY (ENSSGRG00000054981) ENSSGRG00000054980 snapc3 (ENSSGRG00000054979) ENSSGRG00000054978 ENSSGRG00000054975 ENSSGRG00000054974 si:ch211-120k19.1 (ENSSGRG00000054972) Common carp reference MODERN SPECIES 2 hdac9b (ENSCCRG00000021353) ahr1a (ENSCCRG00000041947) ENSCCRG00000019294 ENSCCRG00000030998 ENSCCRG00000018624 ##34 plekha8 (ENSCCRG00000066528) fkbp14 (ENSCCRG00000073005) ##35 CHN2 (ENSCCRG00000057495) cpvl (ENSCCRG00000008246) CREB5 (ENSCCRG00000054780) JAZF1 (ENSCCRG00000080168) ##16 tax1bp1b (ENSCCRG00000056000) ##17 hibadhb (ENSCCRG00000012416) hoxa13b (ENSCCRG00000012410) ##20 hoxa11b (ENSCCRG00000066087) ##21 hoxa10b (ENSCCRG00000007094) #22 hoxa9b (ENSCCRG00000007096) hoxa2b (ENSCCRG00000047655) ##28 skap2 (ENSCCRG00000007100) snx10b (ENSCCRG00000074325) ##30 ENSCCRG00000012400 OSBPL3 (ENSCCRG00000030504) ##13 pals2a (ENSCCRG00000081363) NPY (ENSCCRG00000058074) STK31 (ENSCCRG00000028789) ENSCCRG00000028782 ENSCCRG00000062476 ENSCCRG00000058399 ENSCCRG00000006196 rpl18 (ENSCCRG00000021874) ENSCCRG00000022062 Goldfish MODERN SPECIES 35 twist1b (ENSCARG00000048182) hdac9b (ENSCARG00000048101) ANKRD28 (ENSCARG00000039700) plekha8 (ENSCARG00000039034) fkbp14 (ENSCARG00000039016) ##35 ENSCARG00000039008 #37 CHN2 (ENSCARG00000037973) cpvl (ENSCARG00000037316) ENSCARG00000037247 CREB5 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hibadhb (ENSDARG00000007959) hoxa13b (ENSDARG00000036254) ##20 hoxa11b (ENSDARG00000007009) ##21 hoxa10b (ENSDARG00000031337) #22 hoxa9b (ENSDARG00000056819) hoxa2b (ENSDARG00000023031) ##28 skap2 (ENSDARG00000000906) ENSDARG00000116613 snx10b (ENSDARG00000040474) ##30 cbx3b (ENSDARG00000092158) ENSDARG00000091627 ENSDARG00000006151 OSBPL3 (ENSDARG00000040482) ##13 gsdmeb (ENSDARG00000040485) ##12 pals2a (ENSDARG00000056892) ENSDARG00000056339 DDR1 (ENSDARG00000078523) gnl1 (ENSDARG00000061789) znf384b (ENSDARG00000089032) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 166 ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT00760000119737.a #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e.b ##28 ENSGT00390000017856.a 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ENSCHAG00000014509 malsu1 (ENSCHAG00000014521) smpd5 (ENSCHAG00000014528) ENSCHAG00000014537 rbm24b (ENSCHAG00000002344) ENSCHAG00000002991 Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00390000003635.h.b ##16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000155255.eb ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.a.e #22 ENSGT00940000161013 #24 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000155029.c.a.c #28 ENSGT00940000157315 #29 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT01030000234992 #33 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000156475.f ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000153470.a.a.a.b P. kingsleyae MODERN SPECIES 161 ANKRD28 (ENSPKIG00000025678) btd (ENSPKIG00000025675) COLQ (ENSPKIG00000000019) #34 ENSPKIG00000000042 ENSPKIG00000000045 #36 ENSPKIG00000000055 ENSPKIG00000000065 TRIL (ENSPKIG00000000080) #14 CREB5 (ENSPKIG00000000103) JAZF1 (ENSPKIG00000000128) ##16 tax1bp1a (ENSPKIG00000000144) #17 hibadhb (ENSPKIG00000000157) evx1 (ENSPKIG00000000173) #19 hoxa13a (ENSPKIG00000000189) #20 hoxa11a (ENSPKIG00000000203) #21 hoxa10b (ENSPKIG00000000211) #22 hoxa9a (ENSPKIG00000000219) HOXA7 (ENSPKIG00000000233) #24 hoxa5a (ENSPKIG00000000291) #25 hoxa3a (ENSPKIG00000000306) #27 HOXA4 (ENSPKIG00000000314) #26 hoxa2b (ENSPKIG00000000322) #28 hoxa1a (ENSPKIG00000000337) #29 snx10a (ENSPKIG00000000346) #30 cbx3a (ENSPKIG00000000364) #31 nfe2l3 (ENSPKIG00000000374) #32 Asian bonytongue MODERN SPECIES 15 ANKRD28 (ENSSFOG00015012994) btd (ENSSFOG00015013192) COLQ (ENSSFOG00015013200) #34 ENSSFOG00015013224 ENSSFOG00015013229 #36 ENSSFOG00015013247 ENSSFOG00015013274 TRIL (ENSSFOG00015013322) #14 CREB5 (ENSSFOG00015013343) JAZF1 (ENSSFOG00015021725) ##16 tax1bp1a (ENSSFOG00015013406) #17 hibadhb (ENSSFOG00015030994) evx1 (ENSSFOG00015030473) #19 hoxa13a (ENSSFOG00015013482) #20 hoxa11a (ENSSFOG00015013545) #21 hoxa10b (ENSSFOG00015013555) #22 hoxa9a (ENSSFOG00015013564) HOXA7 (ENSSFOG00015031379) #24 hoxa5a (ENSSFOG00015029712) #25 HOXA4 (ENSSFOG00015013621) #26 hoxa3a (ENSSFOG00015013599) #27 hoxa2b (ENSSFOG00015027827) #28 hoxa1a (ENSSFOG00015013645) #29 snx10a (ENSSFOG00015024663) #30 cbx3a (ENSSFOG00015028486) #31 ENSSFOG00015013727 #31 ENSSFOG00015013760 #33 osbpl3a (ENSSFOG00015013787) #13 GSDME (ENSSFOG00015030956) #12 ENSSFOG00015013869 npy (ENSSFOG00015013942) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000154486.b.a.b.m ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00990000208316 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h.a ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255.db ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.a.f #22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.d #28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287 ENSGT00390000015035 ENSGT00390000009313 ENSGT00530000063609.b.w ENSGT00940000156439.d Asian bonytongue MODERN SPECIES 9 ahr1a (ENSSFOG00015000320) hacl1 (ENSSFOG00015000239) COLQ (ENSSFOG00015000185) ##34 plekha8 (ENSSFOG00015000156) fkbp14 (ENSSFOG00015028498) #35 ENSSFOG00015000096 #37 CHN2 (ENSSFOG00015021811) cpvl (ENSSFOG00015021768) CREB5 (ENSSFOG00015021739) ENSSFOG00015030257 JAZF1 (ENSSFOG00015026612) ##16 tax1bp1b (ENSSFOG00015021686) ##17 hibadhb (ENSSFOG00015026866) hoxa13b (ENSSFOG00015029608) ##20 hoxa11b (ENSSFOG00015021651) ##21 hoxa10b (ENSSFOG00015027620) #22 hoxa9b (ENSSFOG00015021639) hoxa2b (ENSSFOG00015021630) #28 skap2 (ENSSFOG00015021609) snx10b (ENSSFOG00015026293) ##30 cbx3b (ENSSFOG00015021577) 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##12 ENSPKIG00000009856 NPY (ENSPKIG00000009927) STK31 (ENSPKIG00000009950) malsu1 (ENSPKIG00000009997) ENSPKIG00000010013 ENSPKIG00000010052 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00950000182908.C.a ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858 #35 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737 #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000154298.b.b ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000164071.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287 ENSGT00390000015035 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858.i 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ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Mummichog MODERN SPECIES 2197 twist1b (ENSFHEG00000014722) hdac9b (ENSFHEG00000014754) ANKRD28 (ENSFHEG00000014860) hacl1 (ENSFHEG00000014867) COLQ (ENSFHEG00000000612) ##34 plekha8 (ENSFHEG00000014916) fkbp14 (ENSFHEG00000014927) ##35 CHN2 (ENSFHEG00000014974) cpvl (ENSFHEG00000015030) CREB5 (ENSFHEG00000015078) JAZF1 (ENSFHEG00000015101) ##16 tax1bp1b (ENSFHEG00000015152) ##17 hibadhb (ENSFHEG00000015184) hoxa13b (ENSFHEG00000000840) ##20 hoxa11b (ENSFHEG00000015193) ##21 ENSFHEG00000015202 ##22 hoxa9b (ENSFHEG00000015199) hoxa2b (ENSFHEG00000015214) ##28 skap2 (ENSFHEG00000015227) snx10b (ENSFHEG00000015253) ##30 snx10b (ENSFHEG00000015260) ##30 cbx3b (ENSFHEG00000015277) ENSFHEG00000015334 ENSFHEG00000015355 OSBPL3 (ENSFHEG00000015476) ##13 gsdmeb (ENSFHEG00000015490) ##12 pals2a (ENSFHEG00000015540) NPY (ENSFHEG00000015559) malsu1 (ENSFHEG00000015565) smpd5 (ENSFHEG00000015589) ENSFHEG00000015597 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 114 twist1b (ENSCVAG00000012651) hdac9b (ENSCVAG00000012568) ANKRD28 (ENSCVAG00000012490) hacl1 (ENSCVAG00000012437) COLQ (ENSCVAG00000012396) ##34 plekha8 (ENSCVAG00000012388) fkbp14 (ENSCVAG00000012339) ##35 CHN2 (ENSCVAG00000012319) cpvl (ENSCVAG00000012267) CREB5 (ENSCVAG00000012236) JAZF1 (ENSCVAG00000012204) ##16 tax1bp1b (ENSCVAG00000012188) ##17 hibadhb (ENSCVAG00000012164) hoxa13b (ENSCVAG00000012158) ##20 hoxa11b (ENSCVAG00000012150) ##21 ENSCVAG00000012147 ##22 hoxa9b (ENSCVAG00000012142) hoxa2b (ENSCVAG00000012133) ##28 skap2 (ENSCVAG00000012131) snx10b (ENSCVAG00000012117) ##30 cbx3b (ENSCVAG00000012103) ENSCVAG00000012089 ENSCVAG00000012030 OSBPL3 (ENSCVAG00000011997) ##13 gsdmeb (ENSCVAG00000011882) ##12 pals2a (ENSCVAG00000011871) NPY (ENSCVAG00000011845) malsu1 (ENSCVAG00000011829) smpd5 (ENSCVAG00000011824) grinab (ENSCVAG00000011815) rbm24b (ENSCVAG00000011805) Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a.e ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Poecilia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a.e ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b.d ENSGT00950000182908.C.b.c ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a.e ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a Sailfin molly MODERN SPECIES 381 cpvl (ENSPLAG00000015055) CREB5 (ENSPLAG00000015087) JAZF1 (ENSPLAG00000015103) ##16 tax1bp1b (ENSPLAG00000015128) ##17 hibadhb (ENSPLAG00000015198) hoxa13b (ENSPLAG00000015269) ##20 hoxa11b (ENSPLAG00000015304) ##21 ENSPLAG00000015316 ##22 hoxa9b (ENSPLAG00000015324) hoxa2b (ENSPLAG00000015333) ##28 skap2 (ENSPLAG00000015340) snx10b (ENSPLAG00000015346) ##30 cbx3b (ENSPLAG00000015511) ENSPLAG00000015595 C7orf31 (ENSPLAG00000015612) OSBPL3 (ENSPLAG00000015669) ##13 gsdmeb (ENSPLAG00000015695) ##12 pals2a (ENSPLAG00000015724) NPY (ENSPLAG00000015745) malsu1 (ENSPLAG00000015748) smpd5 (ENSPLAG00000015772) Guppy MODERN SPECIES 446 twist1b (ENSPREG00000001986) hdac9b (ENSPREG00000001897) ANKRD28 (ENSPREG00000001859) hacl1 (ENSPREG00000001764) COLQ (ENSPREG00000001751) ##34 plekha8 (ENSPREG00000001692) fkbp14 (ENSPREG00000001666) ##35 CHN2 (ENSPREG00000001605) cpvl (ENSPREG00000001566) CREB5 (ENSPREG00000001516) JAZF1 (ENSPREG00000001479) ##16 tax1bp1b (ENSPREG00000001460) ##17 hibadhb (ENSPREG00000001412) hoxa13b (ENSPREG00000001397) ##20 hoxa11b (ENSPREG00000001364) ##21 ENSPREG00000001340 ##22 hoxa9b (ENSPREG00000001346) hoxa2b (ENSPREG00000001334) ##28 skap2 (ENSPREG00000001278) snx10b (ENSPREG00000001197) ##30 cbx3b (ENSPREG00000001171) ENSPREG00000001091 ENSPREG00000001064 OSBPL3 (ENSPREG00000000987) ##13 gsdmeb (ENSPREG00000000947) ##12 pals2a (ENSPREG00000000901) NPY (ENSPREG00000000877) malsu1 (ENSPREG00000000845) smpd5 (ENSPREG00000000831) SPATC1L (ENSPREG00000000809) grinab (ENSPREG00000000785) Platyfish MODERN SPECIES 17 twist1b (ENSXMAG00000019787) hdac9b (ENSXMAG00000013839) ANKRD28 (ENSXMAG00000013843) hacl1 (ENSXMAG00000013857) COLQ (ENSXMAG00000013868) ##34 plekha8 (ENSXMAG00000013874) fkbp14 (ENSXMAG00000013879) ##35 CHN2 (ENSXMAG00000013882) cpvl (ENSXMAG00000013886) CREB5 (ENSXMAG00000013891) JAZF1 (ENSXMAG00000013895) ##16 tax1bp1b (ENSXMAG00000013896) ##17 hibadhb (ENSXMAG00000013899) hoxa13b (ENSXMAG00000026913) ##20 hoxa11b (ENSXMAG00000013903) ##21 ENSXMAG00000028422 ##22 hoxa9b (ENSXMAG00000013906) hoxa2b (ENSXMAG00000023698) ##28 skap2 (ENSXMAG00000013908) snx10b (ENSXMAG00000022732) ##30 cbx3b (ENSXMAG00000013912) ENSXMAG00000013913 ENSXMAG00000013920 OSBPL3 (ENSXMAG00000013928) ##13 gsdmeb (ENSXMAG00000027581) ##12 pals2a (ENSXMAG00000013971) NPY (ENSXMAG00000013995) malsu1 (ENSXMAG00000024134) smpd5 (ENSXMAG00000013998) grinab (ENSXMAG00000014007) rbm24b (ENSXMAG00000014017) Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h ENSGT00940000156245.a.a Mangrove rivulus MODERN SPECIES 92 twist1b (ENSKMAG00000015768) hdac9b (ENSKMAG00000015707) ANKRD28 (ENSKMAG00000015591) hacl1 (ENSKMAG00000015483) COLQ (ENSKMAG00000015426) ##34 plekha8 (ENSKMAG00000015362) fkbp14 (ENSKMAG00000015321) ##35 CHN2 (ENSKMAG00000015268) cpvl (ENSKMAG00000015213) CREB5 (ENSKMAG00000015158) JAZF1 (ENSKMAG00000015126) ##16 tax1bp1b (ENSKMAG00000015099) ##17 hibadhb (ENSKMAG00000015068) hoxa13b (ENSKMAG00000015035) ##20 hoxa11b (ENSKMAG00000015024) ##21 ENSKMAG00000015007 ##22 hoxa9b (ENSKMAG00000014986) hoxa2b (ENSKMAG00000014967) ##28 skap2 (ENSKMAG00000014915) snx10b (ENSKMAG00000014891) ##30 cbx3b (ENSKMAG00000014869) ENSKMAG00000014733 OSBPL3 (ENSKMAG00000014680) ##13 gsdmeb (ENSKMAG00000014650) ##12 pals2a (ENSKMAG00000014598) NPY (ENSKMAG00000014576) malsu1 (ENSKMAG00000014561) smpd5 (ENSKMAG00000014523) ENSKMAG00000014506 grinab (ENSKMAG00000014477) rbm24b (ENSKMAG00000014458) Oryzias ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h.g Indian medaka MODERN SPECIES 5 twist1b (ENSOMEG00000020301) hdac9b (ENSOMEG00000020371) ANKRD28 (ENSOMEG00000020476) hacl1 (ENSOMEG00000020529) COLQ (ENSOMEG00000020557) ##34 plekha8 (ENSOMEG00000020599) fkbp14 (ENSOMEG00000020616) ##35 CHN2 (ENSOMEG00000020636) cpvl (ENSOMEG00000020677) CREB5 (ENSOMEG00000020734) JAZF1 (ENSOMEG00000020759) ##16 tax1bp1b (ENSOMEG00000020843) ##17 hibadhb (ENSOMEG00000020876) hoxa13b (ENSOMEG00000020887) ##20 hoxa11b (ENSOMEG00000020907) ##21 ENSOMEG00000020917 ##22 hoxa9b (ENSOMEG00000020924) hoxa2b (ENSOMEG00000020935) ##28 skap2 (ENSOMEG00000020980) snx10b (ENSOMEG00000021014) ##30 cbx3b (ENSOMEG00000021045) ENSOMEG00000021098 ENSOMEG00000021121 OSBPL3 (ENSOMEG00000021253) ##13 gsdmeb (ENSOMEG00000021294) ##12 pals2a (ENSOMEG00000021343) NPY (ENSOMEG00000021366) malsu1 (ENSOMEG00000021384) smpd5 (ENSOMEG00000021400) ENSOMEG00000021413 grinab (ENSOMEG00000021436) Javanese ricefish MODERN SPECIES 7 twist1b (ENSOJAG00000001984) hdac9b (ENSOJAG00000002010) ANKRD28 (ENSOJAG00000002474) hacl1 (ENSOJAG00000004335) COLQ (ENSOJAG00000004426) ##34 plekha8 (ENSOJAG00000004450) fkbp14 (ENSOJAG00000004525) ##35 CHN2 (ENSOJAG00000004542) cpvl (ENSOJAG00000004653) CREB5 (ENSOJAG00000004901) JAZF1 (ENSOJAG00000004919) ##16 tax1bp1b (ENSOJAG00000004952) ##17 hibadhb (ENSOJAG00000004992) hoxa13b (ENSOJAG00000005031) ##20 hoxa11b (ENSOJAG00000005039) ##21 ENSOJAG00000005045 ##22 hoxa9b (ENSOJAG00000005049) hoxa2b (ENSOJAG00000005061) ##28 skap2 (ENSOJAG00000005085) snx10b (ENSOJAG00000005107) ##30 cbx3b (ENSOJAG00000005112) ENSOJAG00000005128 ENSOJAG00000005152 OSBPL3 (ENSOJAG00000005451) ##13 gsdmeb (ENSOJAG00000008946) ##12 pals2a (ENSOJAG00000008985) NPY (ENSOJAG00000009530) malsu1 (ENSOJAG00000009536) smpd5 (ENSOJAG00000009545) ENSOJAG00000009553 grinab (ENSOJAG00000009557) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 7 hdac9b (ENSORLG00000007268) ANKRD28 (ENSORLG00000007319) ENSORLG00000007334 hacl1 (ENSORLG00000007343) COLQ (ENSORLG00000007381) ##34 plekha8 (ENSORLG00000007400) fkbp14 (ENSORLG00000007415) ##35 CHN2 (ENSORLG00000007444) cpvl (ENSORLG00000007488) CREB5 (ENSORLG00000007509) JAZF1 (ENSORLG00000007516) ##16 tax1bp1b (ENSORLG00000007562) ##17 hibadhb (ENSORLG00000007586) hoxa13b (ENSORLG00000007597) ##20 hoxa11b (ENSORLG00000007608) ##21 ENSORLG00000007617 ##22 hoxa9b (ENSORLG00000007620) hoxa2b (ENSORLG00000007624) ##28 skap2 (ENSORLG00000007660) snx10b (ENSORLG00000007677) ##30 cbx3b (ENSORLG00000007692) ENSORLG00000027931 ENSORLG00000007734 ENSORLG00000025854 OSBPL3 (ENSORLG00000007774) ##13 gsdmeb (ENSORLG00000007783) ##12 pals2a (ENSORLG00000007872) ENSORLG00000007880 smpd5 (ENSORLG00000007890) ENSORLG00000021836 grinab (ENSORLG00000007899) Chinese medaka MODERN SPECIES 493 twist1b (ENSOSIG00000020969) hdac9b (ENSOSIG00000020970) ANKRD28 (ENSOSIG00000021208) hacl1 (ENSOSIG00000023206) COLQ (ENSOSIG00000023271) ##34 plekha8 (ENSOSIG00000023282) fkbp14 (ENSOSIG00000023284) ##35 CHN2 (ENSOSIG00000023311) cpvl (ENSOSIG00000023352) CREB5 (ENSOSIG00000023360) JAZF1 (ENSOSIG00000023362) ##16 tax1bp1b (ENSOSIG00000023368) ##17 hibadhb (ENSOSIG00000023371) hoxa13b (ENSOSIG00000023372) ##20 hoxa11b (ENSOSIG00000023374) ##21 ENSOSIG00000003721 ##22 hoxa9b (ENSOSIG00000003729) hoxa2b (ENSOSIG00000003738) ##28 skap2 (ENSOSIG00000003769) snx10b (ENSOSIG00000003931) ##30 cbx3b (ENSOSIG00000003938) ENSOSIG00000003945 OSBPL3 (ENSOSIG00000004039) ##13 gsdmeb (ENSOSIG00000005215) ##12 NPY (ENSOSIG00000005297) malsu1 (ENSOSIG00000005302) smpd5 (ENSOSIG00000005305) grinab (ENSOSIG00000005309) rbm24b (ENSOSIG00000005330) ENSOSIG00000006028 ptdss1a (ENSOSIG00000006032) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Nile tilapia MODERN SPECIES 2 twist1b (ENSONIG00000020610) hdac9b (ENSONIG00000002902) ANKRD28 (ENSONIG00000002905) hacl1 (ENSONIG00000002911) COLQ (ENSONIG00000002914) ##34 plekha8 (ENSONIG00000002916) fkbp14 (ENSONIG00000002921) ##35 CHN2 (ENSONIG00000002925) cpvl (ENSONIG00000002938) CREB5 (ENSONIG00000002945) JAZF1 (ENSONIG00000004607) ##16 tax1bp1b (ENSONIG00000002952) ##17 hibadhb (ENSONIG00000002955) hoxa13b (ENSONIG00000002962) ##20 hoxa11b (ENSONIG00000002963) ##21 ENSONIG00000002964 ##22 hoxa9b (ENSONIG00000002965) hoxa2b (ENSONIG00000002966) ##28 skap2 (ENSONIG00000002967) snx10b (ENSONIG00000002970) ##30 cbx3b (ENSONIG00000002971) ENSONIG00000002973 OSBPL3 (ENSONIG00000002976) ##13 gsdme (ENSONIG00000002987) ##12 pals2a (ENSONIG00000002990) NPY (ENSONIG00000042290) malsu1 (ENSONIG00000029934) smpd5 (ENSONIG00000003005) ENSONIG00000030921 grinab (ENSONIG00000003008) rbm24b (ENSONIG00000003010) Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 444 twist1b (ENSHBUG00000018336) hdac9b (ENSHBUG00000018280) ANKRD28 (ENSHBUG00000018150) hacl1 (ENSHBUG00000018057) COLQ (ENSHBUG00000017971) ##34 plekha8 (ENSHBUG00000017938) fkbp14 (ENSHBUG00000017848) ##35 CHN2 (ENSHBUG00000017824) cpvl (ENSHBUG00000017759) CREB5 (ENSHBUG00000001119) JAZF1 (ENSHBUG00000017624) ##16 tax1bp1b (ENSHBUG00000017598) ##17 hibadhb (ENSHBUG00000017577) hoxa13b (ENSHBUG00000017566) ##20 hoxa11b (ENSHBUG00000017560) ##21 ENSHBUG00000017556 ##22 hoxa9b (ENSHBUG00000017541) hoxa2b (ENSHBUG00000017536) ##28 skap2 (ENSHBUG00000017527) snx10b (ENSHBUG00000017519) ##30 cbx3b (ENSHBUG00000017511) ENSHBUG00000017501 ENSHBUG00000017494 OSBPL3 (ENSHBUG00000017465) ##13 gsdmeb (ENSHBUG00000017333) ##12 pals2a (ENSHBUG00000017314) NPY (ENSHBUG00000017245) malsu1 (ENSHBUG00000017223) smpd5 (ENSHBUG00000017212) ENSHBUG00000017161 grinab (ENSHBUG00000017176) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h P. nyererei MODERN SPECIES 379 twist1b (ENSPNYG00000014358) hdac9b (ENSPNYG00000014404) ANKRD28 (ENSPNYG00000014481) hacl1 (ENSPNYG00000014606) COLQ (ENSPNYG00000014683) ##34 plekha8 (ENSPNYG00000014782) fkbp14 (ENSPNYG00000014830) ##35 CHN2 (ENSPNYG00000014857) cpvl (ENSPNYG00000014875) CREB5 (ENSPNYG00000014903) JAZF1 (ENSPNYG00000014932) ##16 tax1bp1b (ENSPNYG00000014959) ##17 hibadhb (ENSPNYG00000015054) hoxa13b (ENSPNYG00000015087) ##20 hoxa11b (ENSPNYG00000015136) ##21 ENSPNYG00000015144 ##22 hoxa9b (ENSPNYG00000015171) hoxa2b (ENSPNYG00000015186) ##28 skap2 (ENSPNYG00000015241) snx10b (ENSPNYG00000015345) ##30 cbx3b (ENSPNYG00000015359) ENSPNYG00000015381 ENSPNYG00000015501 OSBPL3 (ENSPNYG00000015525) ##13 gsdmeb (ENSPNYG00000015572) ##12 pals2a (ENSPNYG00000015586) NPY (ENSPNYG00000015619) malsu1 (ENSPNYG00000015636) smpd5 (ENSPNYG00000015647) grinab (ENSPNYG00000015673) rbm24b (ENSPNYG00000015684) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Eastern happy MODERN SPECIES 2 twist1b (ENSACLG00000002756) hdac9b (ENSACLG00000002835) ANKRD28 (ENSACLG00000002928) hacl1 (ENSACLG00000003050) COLQ (ENSACLG00000003113) ##34 plekha8 (ENSACLG00000003143) fkbp14 (ENSACLG00000003212) ##35 CHN2 (ENSACLG00000003258) cpvl (ENSACLG00000003328) CREB5 (ENSACLG00000003365) JAZF1 (ENSACLG00000003411) ##16 tax1bp1b (ENSACLG00000003435) ##17 hibadhb (ENSACLG00000003518) hoxa13b (ENSACLG00000003533) ##20 hoxa11b (ENSACLG00000003540) ##21 ENSACLG00000003545 ##22 hoxa9b (ENSACLG00000003565) hoxa2b (ENSACLG00000003578) ##28 skap2 (ENSACLG00000003584) snx10b (ENSACLG00000003602) ##30 cbx3b (ENSACLG00000003614) ENSACLG00000003940 ENSACLG00000003951 OSBPL3 (ENSACLG00000003972) ##13 gsdmeb (ENSACLG00000004038) ##12 pals2a (ENSACLG00000004049) NPY (ENSACLG00000004109) malsu1 (ENSACLG00000004127) smpd5 (ENSACLG00000004150) ENSACLG00000004205 grinab (ENSACLG00000004199) Zebra mbuna MODERN SPECIES 1093 hdac9b (ENSMZEG00005013800) ENSMZEG00005013825 ANKRD28 (ENSMZEG00005013857) hacl1 (ENSMZEG00005013889) COLQ (ENSMZEG00005013922) ##34 plekha8 (ENSMZEG00005013943) fkbp14 (ENSMZEG00005013971) ##35 CHN2 (ENSMZEG00005013985) cpvl (ENSMZEG00005014001) CREB5 (ENSMZEG00005014013) JAZF1 (ENSMZEG00005014024) ##16 tax1bp1b (ENSMZEG00005014031) ##17 hibadhb (ENSMZEG00005014049) hoxa13b (ENSMZEG00005014057) ##20 hoxa11b (ENSMZEG00005014064) ##21 ENSMZEG00005014069 ##22 hoxa9b (ENSMZEG00005014077) ENSMZEG00005014086 skap2 (ENSMZEG00005014142) snx10b (ENSMZEG00005014170) ##30 cbx3b (ENSMZEG00005014176) ENSMZEG00005014188 ENSMZEG00005014226 OSBPL3 (ENSMZEG00005014261) ##13 gsdmeb (ENSMZEG00005014321) ##12 pals2a (ENSMZEG00005014339) NPY (ENSMZEG00005014357) malsu1 (ENSMZEG00005014364) smpd5 (ENSMZEG00005014373) grinab (ENSMZEG00005014384) rbm24b (ENSMZEG00005014397) Lyretail cichlid MODERN SPECIES 369 hdac9b (ENSNBRG00000016972) ANKRD28 (ENSNBRG00000016903) hacl1 (ENSNBRG00000016787) COLQ (ENSNBRG00000016728) ##34 plekha8 (ENSNBRG00000016692) fkbp14 (ENSNBRG00000016680) ##35 CHN2 (ENSNBRG00000016649) cpvl (ENSNBRG00000016620) CREB5 (ENSNBRG00000016593) ENSNBRG00000016575 JAZF1 (ENSNBRG00000016562) ##16 tax1bp1b (ENSNBRG00000016538) ##17 hibadhb (ENSNBRG00000016497) hoxa13b (ENSNBRG00000016416) ##20 hoxa11b (ENSNBRG00000016387) ##21 ENSNBRG00000016382 ##22 hoxa9b (ENSNBRG00000016323) hoxa2b (ENSNBRG00000016275) ##28 skap2 (ENSNBRG00000016244) snx10b (ENSNBRG00000016233) ##30 cbx3b (ENSNBRG00000016223) ENSNBRG00000016067 ENSNBRG00000016039 OSBPL3 (ENSNBRG00000015988) ##13 gsdmeb (ENSNBRG00000015972) ##12 pals2a (ENSNBRG00000015927) NPY (ENSNBRG00000015897) malsu1 (ENSNBRG00000015892) smpd5 (ENSNBRG00000015871) grinab (ENSNBRG00000015861) rbm24b (ENSNBRG00000015853) Midas cichlid MODERN SPECIES 303 twist1b (ENSACIG00000016767) hdac9b (ENSACIG00000016677) ANKRD28 (ENSACIG00000016624) hacl1 (ENSACIG00000016585) COLQ (ENSACIG00000016565) ##34 plekha8 (ENSACIG00000016533) fkbp14 (ENSACIG00000016522) ##35 CHN2 (ENSACIG00000016488) cpvl (ENSACIG00000016460) CREB5 (ENSACIG00000016442) JAZF1 (ENSACIG00000016428) ##16 tax1bp1b (ENSACIG00000016387) ##17 hibadhb (ENSACIG00000016255) hoxa13b (ENSACIG00000016195) ##20 hoxa11b (ENSACIG00000016183) ##21 ENSACIG00000016169 ##22 hoxa9b (ENSACIG00000016147) hoxa2b (ENSACIG00000016137) ##28 skap2 (ENSACIG00000016113) snx10b (ENSACIG00000016072) ##30 cbx3b (ENSACIG00000016058) ENSACIG00000015889 ENSACIG00000015881 OSBPL3 (ENSACIG00000015841) ##13 gsdmeb (ENSACIG00000015817) ##12 pals2a (ENSACIG00000015789) NPY (ENSACIG00000015781) malsu1 (ENSACIG00000015753) smpd5 (ENSACIG00000015732) ENSACIG00000015718 grinab (ENSACIG00000015664) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Bicolor damselfish MODERN SPECIES 945 plekha8 (ENSSPAG00000013132) fkbp14 (ENSSPAG00000013112) ##35 CHN2 (ENSSPAG00000013068) cpvl (ENSSPAG00000013027) CREB5 (ENSSPAG00000012995) JAZF1 (ENSSPAG00000012971) ##16 tax1bp1b (ENSSPAG00000012932) ##17 hibadhb (ENSSPAG00000012907) hoxa13b (ENSSPAG00000012831) ##20 hoxa11b (ENSSPAG00000012824) ##21 ENSSPAG00000012816 ##22 hoxa9b (ENSSPAG00000012814) hoxa2b (ENSSPAG00000012756) ##28 skap2 (ENSSPAG00000012740) snx10b (ENSSPAG00000012728) ##30 cbx3b (ENSSPAG00000012709) ENSSPAG00000012543 ENSSPAG00000012509 OSBPL3 (ENSSPAG00000012361) ##13 gsdmeb (ENSSPAG00000012321) ##12 pals2a (ENSSPAG00000012290) Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Clown anemonefish MODERN SPECIES 3404 sp8b (ENSAOCG00000004279) macc1 (ENSAOCG00000004274) twist1b (ENSAOCG00000004272) hdac9b (ENSAOCG00000004258) ANKRD28 (ENSAOCG00000004231) hacl1 (ENSAOCG00000004167) plekha8 (ENSAOCG00000004124) fkbp14 (ENSAOCG00000004089) ##35 CHN2 (ENSAOCG00000004058) cpvl (ENSAOCG00000003999) CREB5 (ENSAOCG00000003987) JAZF1 (ENSAOCG00000003982) ##16 tax1bp1b (ENSAOCG00000003970) ##17 hibadhb (ENSAOCG00000003953) hoxa13b (ENSAOCG00000003928) ##20 ENSAOCG00000003913 ##22 hoxa9b (ENSAOCG00000003903) hoxa2b (ENSAOCG00000003899) ##28 skap2 (ENSAOCG00000003894) snx10b (ENSAOCG00000003877) ##30 cbx3b (ENSAOCG00000003870) ENSAOCG00000003860 ENSAOCG00000003809 ENSAOCG00000003798 ##13 gsdmeb (ENSAOCG00000003778) ##12 Orange clownfish MODERN SPECIES 21 hdac9b (ENSAPEG00000011621) ANKRD28 (ENSAPEG00000011524) hacl1 (ENSAPEG00000011431) COLQ (ENSAPEG00000011370) ##34 plekha8 (ENSAPEG00000011298) fkbp14 (ENSAPEG00000011268) ##35 CHN2 (ENSAPEG00000011217) cpvl (ENSAPEG00000011142) CREB5 (ENSAPEG00000010990) ENSAPEG00000010975 JAZF1 (ENSAPEG00000010953) ##16 tax1bp1b (ENSAPEG00000010863) ##17 hibadhb (ENSAPEG00000010821) hoxa13b (ENSAPEG00000010694) ##20 hoxa11b (ENSAPEG00000010686) ##21 ENSAPEG00000010652 ##22 hoxa2b (ENSAPEG00000010631) ##28 skap2 (ENSAPEG00000010559) snx10b (ENSAPEG00000010549) ##30 cbx3b (ENSAPEG00000010544) ENSAPEG00000010467 ENSAPEG00000010406 OSBPL3 (ENSAPEG00000010289) ##13 gsdmeb (ENSAPEG00000010259) ##12 pals2a (ENSAPEG00000010209) NPY (ENSAPEG00000010164) malsu1 (ENSAPEG00000010156) smpd5 (ENSAPEG00000010110) ENSAPEG00000010088 grinab (ENSAPEG00000010079) rbm24b (ENSAPEG00000010059) Spiny chromis MODERN SPECIES 194 hdac9b (ENSAPOG00000017075) ANKRD28 (ENSAPOG00000017221) hacl1 (ENSAPOG00000017232) COLQ (ENSAPOG00000017255) ##34 plekha8 (ENSAPOG00000017273) fkbp14 (ENSAPOG00000017291) ##35 CHN2 (ENSAPOG00000017355) cpvl (ENSAPOG00000017366) cpvl (ENSAPOG00000000472) CREB5 (ENSAPOG00000017445) JAZF1 (ENSAPOG00000017474) ##16 tax1bp1b (ENSAPOG00000017500) ##17 hibadhb (ENSAPOG00000017541) hoxa13b (ENSAPOG00000017602) ##20 hoxa11b (ENSAPOG00000017683) ##21 ENSAPOG00000017706 ##22 hoxa9b (ENSAPOG00000017744) hoxa2b (ENSAPOG00000017752) ##28 skap2 (ENSAPOG00000017825) snx10b (ENSAPOG00000017871) ##30 cbx3b (ENSAPOG00000017883) ENSAPOG00000017983 ENSAPOG00000018022 ENSAPOG00000018095 ##13 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h ENSGT00940000156245.a.a Fugu MODERN SPECIES 19 macc1 (ENSTRUG00000015804) twist1 (ENSTRUG00000015797) ENSTRUG00000028716 hdac9b (ENSTRUG00000015773) ANKRD28 (ENSTRUG00000015695) hacl1 (ENSTRUG00000015648) COLQ (ENSTRUG00000015630) ##34 plekha8 (ENSTRUG00000015600) fkbp14 (ENSTRUG00000015596) ##35 CHN2 (ENSTRUG00000015557) cpvl (ENSTRUG00000015515) CREB5 (ENSTRUG00000015448) JAZF1 (ENSTRUG00000018220) ##16 tax1bp1b (ENSTRUG00000015394) ##17 hibadhb (ENSTRUG00000015370) ENSTRUG00000015364 ##22 hoxa11b (ENSTRUG00000029803) ##21 hoxa9b (ENSTRUG00000021837) hoxa2b (ENSTRUG00000015327) ##28 skap2 (ENSTRUG00000015267) snx10b (ENSTRUG00000020672) ##30 cbx3b (ENSTRUG00000015222) ENSTRUG00000015113 ENSTRUG00000028441 OSBPL3 (ENSTRUG00000014932) ##13 gsdmeb (ENSTRUG00000014926) ##12 pals2a (ENSTRUG00000014887) NPY (ENSTRUG00000014884) smpd5 (ENSTRUG00000014862) ENSTRUG00000032851 grinab (ENSTRUG00000021143) Tetraodon MODERN SPECIES 23 twist1b (ENSTNIG00000018440) hdac9b (ENSTNIG00000018439) ANKRD28 (ENSTNIG00000018438) hacl1 (ENSTNIG00000018437) COLQ (ENSTNIG00000018436) ##34 plekha8 (ENSTNIG00000018435) fkbp14 (ENSTNIG00000018434) ##35 CHN2 (ENSTNIG00000018433) cpvl (ENSTNIG00000018432) CREB5 (ENSTNIG00000018431) JAZF1 (ENSTNIG00000018430) ##16 tax1bp1b (ENSTNIG00000018429) ##17 hibadhb (ENSTNIG00000018428) hoxa13b (ENSTNIG00000001781) ##20 hoxa11b (ENSTNIG00000000494) ##21 ENSTNIG00000001780 ##22 hoxa9b (ENSTNIG00000001769) hoxa2b (ENSTNIG00000001768) ##28 skap2 (ENSTNIG00000018427) snx10b (ENSTNIG00000018426) ##30 cbx3b (ENSTNIG00000018425) ENSTNIG00000018424 OSBPL3 (ENSTNIG00000018423) ##13 gsdmeb (ENSTNIG00000002463) ##12 pals2a (ENSTNIG00000018422) NPY (ENSTNIG00000018421) ENSTNIG00000000117 smpd5 (ENSTNIG00000018420) ENSTNIG00000018419 grinab (ENSTNIG00000018418) rbm24b (ENSTNIG00000018417) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Ballan wrasse MODERN SPECIES 101 twist1b (ENSLBEG00000008337) hdac9b (ENSLBEG00000008357) ANKRD28 (ENSLBEG00000008448) hacl1 (ENSLBEG00000008593) COLQ (ENSLBEG00000008704) ##34 plekha8 (ENSLBEG00000008747) fkbp14 (ENSLBEG00000008801) ##35 CHN2 (ENSLBEG00000008860) cpvl (ENSLBEG00000008956) CREB5 (ENSLBEG00000009016) JAZF1 (ENSLBEG00000009100) ##16 tax1bp1b (ENSLBEG00000009134) ##17 hibadhb (ENSLBEG00000009177) hoxa13b (ENSLBEG00000009213) ##20 hoxa11b (ENSLBEG00000009228) ##21 ENSLBEG00000009239 ##22 hoxa9b (ENSLBEG00000009261) hoxa2b (ENSLBEG00000009277) ##28 skap2 (ENSLBEG00000009365) snx10b (ENSLBEG00000009434) ##30 cbx3b (ENSLBEG00000009482) ENSLBEG00000009627 ENSLBEG00000009699 ENSLBEG00000009796 ##13 ENSLBEG00000009992 ENSLBEG00000010032 ENSLBEG00000010109 hspb6 (ENSLBEG00000010127) proser3 (ENSLBEG00000010147) lin37 (ENSLBEG00000010185) ENSLBEG00000010238 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Gilthead seabream MODERN SPECIES 8 twist1b (ENSSAUG00010007108) hdac9b (ENSSAUG00010007109) ANKRD28 (ENSSAUG00010007114) hacl1 (ENSSAUG00010007288) COLQ (ENSSAUG00010007419) ##34 plekha8 (ENSSAUG00010007424) fkbp14 (ENSSAUG00010007466) ##35 CHN2 (ENSSAUG00010007468) cpvl (ENSSAUG00010007474) CREB5 (ENSSAUG00010007486) JAZF1 (ENSSAUG00010007488) ##16 tax1bp1b (ENSSAUG00010007490) ##17 hibadhb (ENSSAUG00010007493) hoxa13b (ENSSAUG00010007579) ##20 hoxa11b (ENSSAUG00010007580) ##21 ENSSAUG00010007581 ##22 hoxa9b (ENSSAUG00010007582) hoxa2b (ENSSAUG00010007584) ##28 skap2 (ENSSAUG00010007589) snx10b (ENSSAUG00010007601) ##30 ENSSAUG00010007605 ENSSAUG00010007607 OSBPL3 (ENSSAUG00010007627) ##13 gsdmeb (ENSSAUG00010008345) ##12 pals2a (ENSSAUG00010008352) NPY (ENSSAUG00010008736) malsu1 (ENSSAUG00010008745) smpd5 (ENSSAUG00010008746) ENSSAUG00010008747 grinab (ENSSAUG00010008748) rbm24b (ENSSAUG00010008749) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h European seabass MODERN SPECIES 6 macc1 (ENSDLAG00005019153) twist1b (ENSDLAG00005027630) hdac9b (ENSDLAG00005019085) ENSDLAG00005017437 hacl1 (ENSDLAG00005017349) plekha8 (ENSDLAG00005017284) fkbp14 (ENSDLAG00005027101) ##35 CHN2 (ENSDLAG00005016963) cpvl (ENSDLAG00005016207) CREB5 (ENSDLAG00005016181) JAZF1 (ENSDLAG00005016165) ##16 tax1bp1b (ENSDLAG00005016113) ##17 hibadhb (ENSDLAG00005016058) hoxa13b (ENSDLAG00005016052) ##20 hoxa11b (ENSDLAG00005034243) ##21 ENSDLAG00005016047 ##22 hoxa9b (ENSDLAG00005016040) skap2 (ENSDLAG00005016010) snx10b (ENSDLAG00005015985) ##30 C7orf31 (ENSDLAG00005015785) ENSDLAG00005015884 OSBPL3 (ENSDLAG00005014842) ##13 pals2a (ENSDLAG00005013839) ENSDLAG00005013794 smpd5 (ENSDLAG00005013786) rbm24b (ENSDLAG00005027279) ENSDLAG00005014793 ##12 ENSDLAG00005013447 ENSDLAG00005013435 ptdss1a (ENSDLAG00005013253) ENSDLAG00005013245 Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 twist1b (ENSLCRG00005005726) hdac9b (ENSLCRG00005005721) ANKRD28 (ENSLCRG00005004018) hacl1 (ENSLCRG00005002619) COLQ (ENSLCRG00005002579) ##34 plekha8 (ENSLCRG00005002558) fkbp14 (ENSLCRG00005002552) ##35 CHN2 (ENSLCRG00005001253) cpvl (ENSLCRG00005000690) CREB5 (ENSLCRG00005000631) JAZF1 (ENSLCRG00005009772) ##16 tax1bp1b (ENSLCRG00005009770) ##17 hibadhb (ENSLCRG00005009720) hoxa13b (ENSLCRG00005009719) ##20 hoxa11b (ENSLCRG00005009718) ##21 ENSLCRG00005009717 ##22 hoxa9b (ENSLCRG00005009716) hoxa2b (ENSLCRG00005009715) ##28 skap2 (ENSLCRG00005009710) snx10b (ENSLCRG00005009707) ##30 cbx3b (ENSLCRG00005009706) ENSLCRG00005009705 ENSLCRG00005009704 OSBPL3 (ENSLCRG00005009388) ##13 gsdmeb (ENSLCRG00005009384) ##12 pals2a (ENSLCRG00005009124) NPY (ENSLCRG00005009118) malsu1 (ENSLCRG00005009117) smpd5 (ENSLCRG00005009115) ENSLCRG00005009114 grinab (ENSLCRG00005009112) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Pike perch MODERN SPECIES 15 twist1b (ENSSLUG00000000839) hdac9b (ENSSLUG00000000844) ANKRD28 (ENSSLUG00000001010) hacl1 (ENSSLUG00000001647) COLQ (ENSSLUG00000001725) ##34 plekha8 (ENSSLUG00000001749) fkbp14 (ENSSLUG00000001771) ##35 CHN2 (ENSSLUG00000001817) cpvl (ENSSLUG00000001939) CREB5 (ENSSLUG00000002018) JAZF1 (ENSSLUG00000002021) ##16 tax1bp1b (ENSSLUG00000002026) ##17 hibadhb (ENSSLUG00000002035) hoxa13b (ENSSLUG00000002053) ##20 hoxa11b (ENSSLUG00000002066) ##21 ENSSLUG00000002079 ##22 hoxa9b (ENSSLUG00000002087) hoxa2b (ENSSLUG00000002092) ##28 skap2 (ENSSLUG00000002101) snx10b (ENSSLUG00000002107) ##30 cbx3b (ENSSLUG00000002110) ENSSLUG00000002118 ENSSLUG00000002132 OSBPL3 (ENSSLUG00000002358) ##13 gsdmeb (ENSSLUG00000005622) ##12 pals2a (ENSSLUG00000005650) NPY (ENSSLUG00000005981) malsu1 (ENSSLUG00000005984) smpd5 (ENSSLUG00000005989) ENSSLUG00000006005 grinab (ENSSLUG00000006010) Channel bull blenny MODERN SPECIES 7 hdac9b (ENSCGOG00000004836) ANKRD28 (ENSCGOG00000002342) hacl1 (ENSCGOG00000002111) COLQ (ENSCGOG00000002085) ##34 plekha8 (ENSCGOG00000002029) fkbp14 (ENSCGOG00000002025) ##35 ENSCGOG00000002023 CHN2 (ENSCGOG00000001775) cpvl (ENSCGOG00000001746) CREB5 (ENSCGOG00000001700) JAZF1 (ENSCGOG00000001692) ##16 tax1bp1b (ENSCGOG00000001686) ##17 hibadhb (ENSCGOG00000001639) hoxa13b (ENSCGOG00000001628) ##20 hoxa11b (ENSCGOG00000001607) ##21 ENSCGOG00000001598 ##22 hoxa9b (ENSCGOG00000024270) hoxa2b (ENSCGOG00000024268) ##28 skap2 (ENSCGOG00000024261) snx10b (ENSCGOG00000024257) ##30 cbx3b (ENSCGOG00000024254) ENSCGOG00000024253 ENSCGOG00000024252 ENSCGOG00000024251 OSBPL3 (ENSCGOG00000024111) ##13 gsdmeb (ENSCGOG00000024066) ##12 pals2a (ENSCGOG00000024060) NPY (ENSCGOG00000024057) malsu1 (ENSCGOG00000024055) smpd5 (ENSCGOG00000024053) ENSCGOG00000024051 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT01050000244890.a.a.a.h ENSGT00940000156245.a.a Stickleback MODERN SPECIES 19 hdac9b (ENSGACG00000008076) ANKRD28 (ENSGACG00000008084) hacl1 (ENSGACG00000008098) COLQ (ENSGACG00000008106) ##34 plekha8 (ENSGACG00000008123) fkbp14 (ENSGACG00000008133) ##35 CHN2 (ENSGACG00000008146) cpvl (ENSGACG00000008172) cpvl (ENSGACG00000008182) CREB5 (ENSGACG00000008212) JAZF1 (ENSGACG00000008216) ##16 tax1bp1b (ENSGACG00000008221) ##17 hibadhb (ENSGACG00000008229) hoxa13b (ENSGACG00000008296) ##20 hoxa11b (ENSGACG00000008297) ##21 ENSGACG00000008303 ##22 hoxa9b (ENSGACG00000008310) hoxa2b (ENSGACG00000008314) ##28 skap2 (ENSGACG00000008317) snx10b (ENSGACG00000008327) ##30 cbx3b (ENSGACG00000008334) ENSGACG00000008337 OSBPL3 (ENSGACG00000008359) ##13 gsdmeb (ENSGACG00000008400) ##12 ENSGACG00000008411 pals2a (ENSGACG00000008428) grinab (ENSGACG00000008435) rbm24b (ENSGACG00000008472) KIF13A (ENSGACG00000008481) NHLRC1 (ENSGACG00000008509) ptdss1a (ENSGACG00000008513) Lumpfish MODERN SPECIES 7 twist1b (ENSCLMG00005005024) hdac9b (ENSCLMG00005005026) ANKRD28 (ENSCLMG00005005042) hacl1 (ENSCLMG00005007962) COLQ (ENSCLMG00005008200) ##34 plekha8 (ENSCLMG00005008203) fkbp14 (ENSCLMG00005008206) ##35 CHN2 (ENSCLMG00005008207) cpvl (ENSCLMG00005008209) CREB5 (ENSCLMG00005008226) JAZF1 (ENSCLMG00005008322) ##16 tax1bp1b (ENSCLMG00005008325) ##17 hibadhb (ENSCLMG00005008326) hoxa13b (ENSCLMG00005008335) ##20 hoxa11b (ENSCLMG00005008337) ##21 ENSCLMG00005008339 ##22 hoxa2b (ENSCLMG00005008340) ##28 skap2 (ENSCLMG00005008344) snx10b (ENSCLMG00005008346) ##30 cbx3b (ENSCLMG00005008353) ENSCLMG00005008355 ENSCLMG00005008361 OSBPL3 (ENSCLMG00005008379) ##13 gsdmeb (ENSCLMG00005010079) ##12 pals2a (ENSCLMG00005010087) NPY (ENSCLMG00005010150) malsu1 (ENSCLMG00005010213) smpd5 (ENSCLMG00005010215) grinab (ENSCLMG00005010219) rbm24b (ENSCLMG00005010222) KIF13A (ENSCLMG00005010260) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Zig-zag eel MODERN SPECIES 7 twist1b (ENSMAMG00000014267) hdac9b (ENSMAMG00000014205) ANKRD28 (ENSMAMG00000014112) hacl1 (ENSMAMG00000014027) COLQ (ENSMAMG00000013993) ##34 plekha8 (ENSMAMG00000013833) fkbp14 (ENSMAMG00000024896) ##35 CHN2 (ENSMAMG00000013775) cpvl (ENSMAMG00000013747) CREB5 (ENSMAMG00000013658) JAZF1 (ENSMAMG00000013626) ##16 tax1bp1b (ENSMAMG00000013585) ##17 hibadhb (ENSMAMG00000013563) hoxa13b (ENSMAMG00000013489) ##20 hoxa11b (ENSMAMG00000013483) ##21 ENSMAMG00000013470 ##22 hoxa9b (ENSMAMG00000013458) hoxa2b (ENSMAMG00000013414) ##28 skap2 (ENSMAMG00000013360) snx10b (ENSMAMG00000013344) ##30 cbx3b (ENSMAMG00000028713) ENSMAMG00000013143 ENSMAMG00000013119 OSBPL3 (ENSMAMG00000013015) ##13 gsdmeb (ENSMAMG00000012973) ##12 pals2a (ENSMAMG00000012941) NPY (ENSMAMG00000012919) ENSMAMG00000024695 smpd5 (ENSMAMG00000012885) ENSMAMG00000027454 grinab (ENSMAMG00000012853) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Climbing perch MODERN SPECIES 7 twist1b (ENSATEG00000006779) hdac9b (ENSATEG00000006720) ANKRD28 (ENSATEG00000006576) hacl1 (ENSATEG00000006565) COLQ (ENSATEG00000025574) ##34 plekha8 (ENSATEG00000006488) fkbp14 (ENSATEG00000006455) ##35 CHN2 (ENSATEG00000006387) cpvl (ENSATEG00000006320) CREB5 (ENSATEG00000006306) JAZF1 (ENSATEG00000006282) ##16 tax1bp1b (ENSATEG00000006270) ##17 hibadhb (ENSATEG00000006226) hoxa13b (ENSATEG00000006127) ##20 hoxa11b (ENSATEG00000006040) ##21 ENSATEG00000006005 ##22 hoxa9b (ENSATEG00000005978) hoxa2b (ENSATEG00000005962) ##28 skap2 (ENSATEG00000005895) snx10b (ENSATEG00000005877) ##30 cbx3b (ENSATEG00000005871) ENSATEG00000005781 ENSATEG00000027748 OSBPL3 (ENSATEG00000005642) ##13 gsdmeb (ENSATEG00000005633) ##12 pals2a (ENSATEG00000005570) NPY (ENSATEG00000005520) ENSATEG00000026729 smpd5 (ENSATEG00000005476) ENSATEG00000005454 grinab (ENSATEG00000005446) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 7 twist1b (ENSBSLG00000024765) hdac9b (ENSBSLG00000024733) ANKRD28 (ENSBSLG00000023994) hacl1 (ENSBSLG00000023602) COLQ (ENSBSLG00000023554) ##34 plekha8 (ENSBSLG00000023540) fkbp14 (ENSBSLG00000023475) ##35 CHN2 (ENSBSLG00000023238) cpvl (ENSBSLG00000023204) CREB5 (ENSBSLG00000023199) JAZF1 (ENSBSLG00000023176) ##16 tax1bp1b (ENSBSLG00000023142) ##17 hibadhb (ENSBSLG00000023113) hoxa13b (ENSBSLG00000023107) ##20 hoxa11b (ENSBSLG00000023103) ##21 ENSBSLG00000023098 ##22 hoxa9b (ENSBSLG00000023091) hoxa2b (ENSBSLG00000023087) ##28 skap2 (ENSBSLG00000022877) snx10b (ENSBSLG00000022820) ##30 cbx3b (ENSBSLG00000022798) ENSBSLG00000022363 ENSBSLG00000022161 OSBPL3 (ENSBSLG00000021308) ##13 gsdmeb (ENSBSLG00000020945) ##12 pals2a (ENSBSLG00000019983) NPY (ENSBSLG00000019966) malsu1 (ENSBSLG00000019936) smpd5 (ENSBSLG00000019925) SPATC1L (ENSBSLG00000019910) grinab (ENSBSLG00000019818) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802.q ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Seriola ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802.q ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00940000178953 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b ENSGT01050000244890.a.a.a.h Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2583 ENSSLDG00000014484 hacl1 (ENSSLDG00000014503) COLQ (ENSSLDG00000014536) ##34 plekha8 (ENSSLDG00000014564) fkbp14 (ENSSLDG00000014589) ##35 CHN2 (ENSSLDG00000014703) cpvl (ENSSLDG00000014724) CREB5 (ENSSLDG00000014760) JAZF1 (ENSSLDG00000014789) ##16 tax1bp1b (ENSSLDG00000014804) ##17 hibadhb (ENSSLDG00000014828) hoxa13b (ENSSLDG00000014863) ##20 hoxa11b (ENSSLDG00000014872) ##21 ENSSLDG00000014879 ##22 hoxa9b (ENSSLDG00000014900) hoxa2b (ENSSLDG00000014909) ##28 skap2 (ENSSLDG00000014966) snx10b (ENSSLDG00000014993) ##30 cbx3b (ENSSLDG00000015003) ENSSLDG00000015024 ENSSLDG00000015068 OSBPL3 (ENSSLDG00000015137) ##13 gsdmeb (ENSSLDG00000015204) ##12 pals2a (ENSSLDG00000015241) NPY (ENSSLDG00000015297) malsu1 (ENSSLDG00000015308) smpd5 (ENSSLDG00000015320) ENSSLDG00000015341 grinab (ENSSLDG00000015358) Greater amberjack MODERN SPECIES 250 twist1b (ENSSDUG00000001670) hdac9b (ENSSDUG00000001605) ANKRD28 (ENSSDUG00000001509) hacl1 (ENSSDUG00000001427) COLQ (ENSSDUG00000001385) ##34 plekha8 (ENSSDUG00000001363) fkbp14 (ENSSDUG00000001345) ##35 CHN2 (ENSSDUG00000001322) cpvl (ENSSDUG00000001270) CREB5 (ENSSDUG00000001228) JAZF1 (ENSSDUG00000001189) ##16 tax1bp1b (ENSSDUG00000001177) ##17 hibadhb (ENSSDUG00000001170) hoxa13b (ENSSDUG00000001137) ##20 hoxa11b (ENSSDUG00000001124) ##21 ENSSDUG00000001112 ##22 hoxa9b (ENSSDUG00000001099) hoxa2b (ENSSDUG00000001084) ##28 skap2 (ENSSDUG00000001074) snx10b (ENSSDUG00000001069) ##30 cbx3b (ENSSDUG00000001063) ENSSDUG00000000856 ENSSDUG00000000814 ENSSDUG00000000701 ##13 Barramundi perch MODERN SPECIES 17 twist1b (ENSLCAG00010010187) hdac9b (ENSLCAG00010010199) ANKRD28 (ENSLCAG00010010440) hacl1 (ENSLCAG00010011623) COLQ (ENSLCAG00010011685) ##34 plekha8 (ENSLCAG00010011690) fkbp14 (ENSLCAG00010011697) ##35 CHN2 (ENSLCAG00010011703) cpvl (ENSLCAG00010011717) CREB5 (ENSLCAG00010011737) JAZF1 (ENSLCAG00010011748) ##16 tax1bp1b (ENSLCAG00010011753) ##17 hibadhb (ENSLCAG00010011766) hoxa13b (ENSLCAG00010011777) ##20 hoxa11b (ENSLCAG00010011784) ##21 ENSLCAG00010011786 ##22 hoxa9b (ENSLCAG00010011789) hoxa2b (ENSLCAG00010011791) ##28 skap2 (ENSLCAG00010011794) snx10b (ENSLCAG00010011798) ##30 cbx3b (ENSLCAG00010011802) ENSLCAG00010011810 ENSLCAG00010011822 OSBPL3 (ENSLCAG00010011887) ##13 gsdmeb (ENSLCAG00010011962) ##12 pals2a (ENSLCAG00010011974) NPY (ENSLCAG00010012003) malsu1 (ENSLCAG00010012008) smpd5 (ENSLCAG00010012017) ENSLCAG00010012021 grinab (ENSLCAG00010012027) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163428.b.a ENSGT00940000166341 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.h ##16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a ##13 ENSGT00940000155880.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT01050000244890.a.a.a.h ENSGT00940000156245.a.a Turbot MODERN SPECIES twist1b (ENSSMAG00000000162) hdac9b (ENSSMAG00000000130) ANKRD28 (ENSSMAG00000000101) hacl1 (ENSSMAG00000000099) COLQ (ENSSMAG00000000096) ##34 plekha8 (ENSSMAG00000000090) fkbp14 (ENSSMAG00000000089) ##35 CHN2 (ENSSMAG00000000085) cpvl (ENSSMAG00000000083) CREB5 (ENSSMAG00000000081) JAZF1 (ENSSMAG00000000079) ##16 tax1bp1b (ENSSMAG00000000076) ##17 hibadhb (ENSSMAG00000000075) hoxa13b (ENSSMAG00000000073) ##20 hoxa11b (ENSSMAG00000000072) ##21 ENSSMAG00000000071 ##22 hoxa9b (ENSSMAG00000000069) hoxa2b (ENSSMAG00000020316) ##28 snx10b (ENSSMAG00000020285) ##30 skap2 (ENSSMAG00000020291) cbx3b (ENSSMAG00000029813) ENSSMAG00000020274 ENSSMAG00000020269 OSBPL3 (ENSSMAG00000020219) ##13 gsdmeb (ENSSMAG00000020200) ##12 pals2a (ENSSMAG00000020151) NPY (ENSSMAG00000026722) ENSSMAG00000033668 smpd5 (ENSSMAG00000020132) grinab (ENSSMAG00000020122) rbm24b (ENSSMAG00000033434) Tongue sole MODERN SPECIES 4 twist1b (ENSCSEG00000004923) hdac9b (ENSCSEG00000004911) ANKRD28 (ENSCSEG00000004894) hacl1 (ENSCSEG00000004885) COLQ (ENSCSEG00000004880) ##34 plekha8 (ENSCSEG00000004876) fkbp14 (ENSCSEG00000004873) ##35 CHN2 (ENSCSEG00000004861) cpvl (ENSCSEG00000004857) CREB5 (ENSCSEG00000004842) JAZF1 (ENSCSEG00000004836) ##16 tax1bp1b (ENSCSEG00000004813) ##17 hibadhb (ENSCSEG00000004801) hoxa13b (ENSCSEG00000004792) ##20 hoxa11b (ENSCSEG00000004788) ##21 ENSCSEG00000004785 ##22 hoxa9b (ENSCSEG00000004783) hoxa2b (ENSCSEG00000004781) ##28 skap2 (ENSCSEG00000004771) snx10b (ENSCSEG00000004763) ##30 cbx3b (ENSCSEG00000004761) ENSCSEG00000004752 ENSCSEG00000004746 OSBPL3 (ENSCSEG00000004720) ##13 steap4 (ENSCSEG00000004702) ENSCSEG00000004691 mindy3 (ENSCSEG00000004684) ITGA8 (ENSCSEG00000004677) ATXN1 (ENSCSEG00000004666) fam8a1b (ENSCSEG00000004661) fabp4b (ENSCSEG00000004659) Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 347 wdtc1 (ENSHCOG00000005698) CEP85 (ENSHCOG00000005656) ENSHCOG00000005643 hacl1 (ENSHCOG00000005594) COLQ (ENSHCOG00000005569) ##34 plekha8 (ENSHCOG00000005546) fkbp14 (ENSHCOG00000005537) ##35 CHN2 (ENSHCOG00000005526) cpvl (ENSHCOG00000005489) CREB5 (ENSHCOG00000005447) JAZF1 (ENSHCOG00000005436) ##16 tax1bp1b (ENSHCOG00000005423) ##17 hibadhb (ENSHCOG00000005406) hoxa13b (ENSHCOG00000005392) ##20 hoxa11b (ENSHCOG00000005381) ##21 ENSHCOG00000005372 ##22 hoxa9b (ENSHCOG00000000165) hoxa2b (ENSHCOG00000000163) ##28 skap2 (ENSHCOG00000000161) snx10b (ENSHCOG00000005346) ##30 cbx3b (ENSHCOG00000005341) ENSHCOG00000000157 OSBPL3 (ENSHCOG00000000146) ##13 gsdmeb (ENSHCOG00000005265) ##12 pals2a (ENSHCOG00000005250) NPY (ENSHCOG00000005228) malsu1 (ENSHCOG00000000145) smpd5 (ENSHCOG00000005211) grinab (ENSHCOG00000000139) rbm24b (ENSHCOG00000000137) KIF13A (ENSHCOG00000005145) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 7 twist1b (ENSMMDG00005012221) hdac9b (ENSMMDG00005012223) ANKRD28 (ENSMMDG00005012342) hacl1 (ENSMMDG00005019372) COLQ (ENSMMDG00005019402) ##34 plekha8 (ENSMMDG00005019413) fkbp14 (ENSMMDG00005019440) ##35 CHN2 (ENSMMDG00005019442) cpvl (ENSMMDG00005019447) CREB5 (ENSMMDG00005019865) JAZF1 (ENSMMDG00005019868) ##16 tax1bp1b (ENSMMDG00005019874) ##17 hibadhb (ENSMMDG00005019882) hoxa13b (ENSMMDG00005019936) ##20 hoxa11b (ENSMMDG00005019940) ##21 ENSMMDG00005019946 ##22 hoxa9b (ENSMMDG00005019947) hoxa2b (ENSMMDG00005019951) ##28 skap2 (ENSMMDG00005019954) snx10b (ENSMMDG00005019958) ##30 cbx3b (ENSMMDG00005019960) ENSMMDG00005019965 ENSMMDG00005019971 OSBPL3 (ENSMMDG00005019983) ##13 gsdmeb (ENSMMDG00005019986) ##12 pals2a (ENSMMDG00005019994) NPY (ENSMMDG00005020218) malsu1 (ENSMMDG00005020221) smpd5 (ENSMMDG00005020224) ENSMMDG00005020230 GRINA (ENSMMDG00005020237) Cod MODERN SPECIES 2 ENSGMOG00000004325 ##34 ENSGMOG00000030105 ENSGMOG00000026655 ENSGMOG00000027655 cpvl (ENSGMOG00000014089) CREB5 (ENSGMOG00000014131) ENSGMOG00000026370 ENSGMOG00000036632 ENSGMOG00000031400 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OSBPL3 (ENSELUG00000008198) ##13 ENSELUG00000028145 gsdmeb (ENSELUG00000003122) ##12 gsdmeb (ENSELUG00000000099) ##12 pals2a (ENSELUG00000000093) NPY (ENSELUG00000003034) ENSELUG00000003021 malsu1 (ENSELUG00000003006) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182908.C.b ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858.i ##35 ENSGT00760000119737 #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00390000003635.g.d #16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a.c ##13 ENSGT00940000155880.e.f.b.a ##12 ENSGT00940000155957.a.d ##13 ENSGT00940000155880.e.f.b.b.b ##12 ENSGT00940000155880.e.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287.`b Huchen MODERN SPECIES 2633 JAZF1 (ENSHHUG00000021350) #16 tax1bp1b (ENSHHUG00000021359) ##17 hibadhb (ENSHHUG00000021398) hoxa13b (ENSHHUG00000021488) ##20 hoxa11b (ENSHHUG00000021517) ##21 ENSHHUG00000021520 ##22 hoxa9b (ENSHHUG00000021524) hoxa2b (ENSHHUG00000021530) ##28 skap2 (ENSHHUG00000021539) snx10b (ENSHHUG00000021562) ##30 cbx3b (ENSHHUG00000021574) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i.i ##35 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858.i.j ##35 ENSGT00760000119737 #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003368 ENSGT00390000003635.g.d #16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a.c ##13 ENSGT00940000155880.e.f.b.a ##12 ENSGT00940000155880.e.f.b.b.a ##12 ENSGT00940000155957.a.d ##13 ENSGT00940000155880.e.f.b.b.b ##12 ENSGT00940000155880.e.e ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e Salmo ANCESTRAL SPECIES 87 ENSGT00940000157248.c.a.d ##34 ENSGT00940000157288.t ENSGT00940000157858.i.j ##35 ENSGT00760000119737 #37 ENSGT00940000157288.s ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a.f ENSGT00940000156420.b ENSGT00390000003368 ENSGT00390000003635.g.d #16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255.y.a ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957.a.c ##13 ENSGT00940000155957.a.d ##13 ENSGT00940000155880.e.f.b.b.b.b ##12 ENSGT00940000155880.e.e ##12 ENSGT00940000158500.q.a.a ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287.`b ENSGT00390000007287.ab River trout DUPLICATION River trout MODERN SPECIES 420 tax1bp1b (ENSSTUG00000034854) ##17 hibadhb (ENSSTUG00000034781) hoxa13b (ENSSTUG00000034766) ##20 hoxa11b (ENSSTUG00000034756) ##21 ENSSTUG00000034750 ##22 hoxa9b (ENSSTUG00000034742) hoxa2b (ENSSTUG00000034732) ##28 skap2 (ENSSTUG00000034707) ENSSTUG00000034696 ##30 cbx3b (ENSSTUG00000034690) ENSSTUG00000034643 ENSSTUG00000034616 hibadhb (ENSSTUG00000034604) hoxa13b (ENSSTUG00000034598) ##20 hoxa11b (ENSSTUG00000034586) ##21 ENSSTUG00000034572 ##22 hoxa9b (ENSSTUG00000034559) hoxa2b (ENSSTUG00000034540) ##28 skap2 (ENSSTUG00000034402) snx10b (ENSSTUG00000034383) ##30 cbx3b (ENSSTUG00000034375) ENSSTUG00000034314 ENSSTUG00000034301 plekha8 (ENSSTUG00000034291) COLQ (ENSSTUG00000034261) ##34 hacl1 (ENSSTUG00000033074) ENSSTUG00000033041 fam8a1b (ENSSTUG00000033034) ENSSTUG00000033023 HEY1 (ENSSTUG00000033016) ENSSTUG00000033005 River trout MODERN SPECIES 420 COLQ (ENSSTUG00000036110) ##34 plekha8 (ENSSTUG00000035945) fkbp14 (ENSSTUG00000035930) ##35 ENSSTUG00000035925 #37 ENSSTUG00000035921 CHN2 (ENSSTUG00000035172) cpvl (ENSSTUG00000035015) CREB5 (ENSSTUG00000035004) ENSSTUG00000034991 sycp1 (ENSSTUG00000034926) JAZF1 (ENSSTUG00000034893) #16 tax1bp1b (ENSSTUG00000034854) ##17 hibadhb (ENSSTUG00000034781) hoxa13b (ENSSTUG00000034766) ##20 hoxa11b (ENSSTUG00000034756) ##21 ENSSTUG00000034750 ##22 hoxa9b (ENSSTUG00000034742) hoxa2b (ENSSTUG00000034732) ##28 skap2 (ENSSTUG00000034707) ENSSTUG00000034696 ##30 cbx3b (ENSSTUG00000034690) ENSSTUG00000034643 ENSSTUG00000034616 hibadhb (ENSSTUG00000034604) hoxa13b (ENSSTUG00000034598) ##20 hoxa11b (ENSSTUG00000034586) ##21 ENSSTUG00000034572 ##22 hoxa9b (ENSSTUG00000034559) hoxa2b (ENSSTUG00000034540) ##28 skap2 (ENSSTUG00000034402) snx10b (ENSSTUG00000034383) ##30 Atlantic salmon MODERN SPECIES 11 ENSSSAG00000088450 ENSSSAG00000096834 hacl1 (ENSSSAG00000093636) ENSSSAG00000083007 ##34 plekha8 (ENSSSAG00000004260) ENSSSAG00000121332 CHN2 (ENSSSAG00000042862) cpvl (ENSSSAG00000061125) CREB5 (ENSSSAG00000120433) ENSSSAG00000068078 ENSSSAG00000093041 JAZF1 (ENSSSAG00000099095) #16 hibadhb (ENSSSAG00000120765) TAX1BP1 (ENSSSAG00000047203) ##17 hoxa13b (ENSSSAG00000085061) ##20 ENSSSAG00000091880 ##22 hoxa9b (ENSSSAG00000109601) hoxa2b (ENSSSAG00000002095) ##28 ENSSSAG00000085203 skap2 (ENSSSAG00000009565) ENSSSAG00000015454 ENSSSAG00000097995 ##30 cbx3b (ENSSSAG00000102957) ENSSSAG00000040040 ENSSSAG00000119441 OSBPL3 (ENSSSAG00000094326) ##13 gsdmeb (ENSSSAG00000048608) ##12 gsdmeb (ENSSSAG00000090093) ##12 ENSSSAG00000091066 ENSSSAG00000042260 ENSSSAG00000111556 ##12 Oncorhynchus DUPLICATION Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00940000156802 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858.i.i ##35 ENSGT00760000119737 #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a.c ENSGT00390000003368 ENSGT00390000003635.g.d #16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b.c ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236.o.a ENSGT00940000155957.a.c ##13 ENSGT00940000155880.e.f.b.a ##12 ENSGT00940000155880.e.f.b.b.b ##12 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287.`b ENSGT00390000007287.ab ENSGT00390000015035 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000157248.c.a.c.b ##34 ENSGT00940000157288 ENSGT00940000157858.i.i ##35 ENSGT01000000221212 ENSGT00940000157858.i.j ##35 ENSGT00760000119737 #37 ENSGT01030000234635.a.b.a.a.d ENSGT00940000159498 ENSGT00940000156420.a.a.c ENSGT00390000003368 ENSGT00390000003635.g.d #16 ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17 ENSGT00940000155255 ENSGT00940000164071.b.a ##20 ENSGT00940000158311.b ##21 ENSGT00940000163268.d.b.c ##22 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000155029.c.a.e ##28 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007.l ##30 ENSGT00940000166701 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000015236.o.a ENSGT00940000155957.a.d ##13 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475.e ENSGT00390000007287.`b ENSGT00390000007287.ab ENSGT00390000015035 ENSGT00400000022168.a ENSGT00520000055666.b.i Coho salmon MODERN SPECIES 31 ENSOKIG00005050140 fkbp14 (ENSOKIG00005050143) ##35 ENSOKIG00005050149 ENSOKIG00005050152 #37 CHN2 (ENSOKIG00005050170) cpvl (ENSOKIG00005050225) CREB5 (ENSOKIG00005050277) ENSOKIG00005050281 CREB5 (ENSOKIG00005050290) sycp1 (ENSOKIG00005050301) tax1bp1b (ENSOKIG00005050315) ##17 JAZF1 (ENSOKIG00005050330) #16 hibadhb (ENSOKIG00005050338) hoxa13b (ENSOKIG00005050354) ##20 hoxa11b (ENSOKIG00005050356) ##21 ENSOKIG00005050359 ##22 hoxa9b (ENSOKIG00005050361) hoxa2b (ENSOKIG00005050366) ##28 skap2 (ENSOKIG00005050372) ENSOKIG00005050381 ENSOKIG00005050383 snx10b (ENSOKIG00005050387) ##30 cbx3b (ENSOKIG00005050391) ENSOKIG00005050401 C7orf31 (ENSOKIG00005050414) OSBPL3 (ENSOKIG00005050518) ##13 ENSOKIG00005050662 ENSOKIG00005050665 gsdmeb (ENSOKIG00005050674) ##12 ENSOKIG00005050686 ##12 ENSOKIG00005050690 Chinook salmon MODERN SPECIES 602 ENSOTSG00005038108 ENSOTSG00005038110 ##17 hibadhb (ENSOTSG00005038111) hoxa13b (ENSOTSG00005038134) ##20 hoxa11b (ENSOTSG00005038135) ##21 ENSOTSG00005038136 ##22 hoxa9b (ENSOTSG00005038137) hoxa2b (ENSOTSG00005038139) ##28 Rainbow trout MODERN SPECIES 11 ENSOMYG00000070573 ENSOMYG00000052871 ENSOMYG00000048461 hacl1 (ENSOMYG00000056364) plekha8 (ENSOMYG00000001004) fkbp14 (ENSOMYG00000000983) ##35 ENSOMYG00000001041 #37 CHN2 (ENSOMYG00000067588) cpvl (ENSOMYG00000000789) CREB5 (ENSOMYG00000076901) JAZF1 (ENSOMYG00000053773) #16 tax1bp1b (ENSOMYG00000000420) ##17 hibadhb (ENSOMYG00000000413) hoxa13b (ENSOMYG00000029804) ##20 hoxa11b (ENSOMYG00000029852) ##21 ENSOMYG00000028157 ##22 hoxa9b (ENSOMYG00000025017) hoxa2b (ENSOMYG00000029726) ##28 skap2 (ENSOMYG00000029647) ENSOMYG00000053803 ##30 cbx3b (ENSOMYG00000071084) ENSOMYG00000029171 ENSOMYG00000056728 ENSOMYG00000066872 OSBPL3 (ENSOMYG00000049660) ##13 ENSOMYG00000002681 ##12 gsdmeb (ENSOMYG00000002499) ##12 pals2a (ENSOMYG00000051009) NPY (ENSOMYG00000001366) ENSOMYG00000002328 ENSOMYG00000001276 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163268.d.b.d ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163268.d.b.d ##22 Chinook salmon MODERN SPECIES 4 ccdc126 (ENSOTSG00005010613) fam221a (ENSOTSG00005010614) npy (ENSOTSG00005010616) ENSOTSG00005001614 ENSOTSG00005001731 ENSOTSG00005001733 #12 osbpl3a (ENSOTSG00005001739) #13 TRIL (ENSOTSG00005001743) #14 CREB5 (ENSOTSG00005001744) jazf1a (ENSOTSG00005001749) #16 tax1bp1a (ENSOTSG00005001754) #17 ENSOTSG00005001755 #18 EVX1 (ENSOTSG00005001760) #19 hoxa13a (ENSOTSG00005001763) #20 hoxa11a (ENSOTSG00005001766) #21 ENSOTSG00005001772 ##22 hoxa5a (ENSOTSG00005001781) #25 HOXA4 (ENSOTSG00005001783) #26 hoxa3a (ENSOTSG00005001788) #27 snx10a (ENSOTSG00005001794) #30 cbx3a (ENSOTSG00005001797) #31 nfe2l3 (ENSOTSG00005001828) #32 ENSOTSG00005001831 #33 ENSOTSG00005001836 ENSOTSG00005001840 col9a2 (ENSOTSG00005001841) ENSOTSG00005001846 ptp4a2b (ENSOTSG00005001864) col8a2 (ENSOTSG00005001927) si:dkeyp-120h9.1 (ENSOTSG00005001952) hey1 (ENSOTSG00005003584) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 172 ENSGT00390000010145.c.b ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737.a #37 ENSGT00990000205799 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00390000003635.g #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000165581 #18 ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00950000182892.a.a.b.e ##32 ENSGT01030000234992 #33 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000156475.f ENSGT00770000120611.B Otophysi ANCESTRAL SPECIES 152 ENSGT00940000156347.e ENSGT00530000063688.b.ob ENSGT00390000010145.c.b ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737.a #37 ENSGT00990000205799 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00390000003635.g #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000165581 #18 ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000156475.f ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00940000157167 ENSGT00940000154957.B Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 99 ENSGT00940000156347.e ENSGT00530000063688.b.ob ENSGT00390000010145.c.b ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737.a #37 ENSGT00990000205799 ENSGT00940000161975 #14 ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00390000003635.g #16 ENSGT00950000183025.b.a.ab #17 ENSGT00940000165581 #18 ENSGT00940000159854 #19 ENSGT00940000164071.b.b #20 ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000159522 #27 ENSGT00940000155029.c.a.e.b ##28 ENSGT00940000157315.kc #29 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000156475.f ENSGT00770000120611.B Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156347.e ENSGT00530000063688.b.ob ENSGT00390000010145.c.b ENSGT00940000157248.c.b #34 ENSGT00940000160267 #36 ENSGT00760000119737.a #37 ENSGT00990000205799 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ENSGT00940000158311.a #21 ENSGT00940000163268.d.b ##22 ENSGT00940000166648 #23 ENSGT00940000159894 #25 ENSGT00940000158988.a.a #26 ENSGT00940000155029.c.a.e.b ##28 ENSGT00940000157315.kc #29 ENSGT00940000156007.k #30 ENSGT00940000153305 #31 ENSGT00950000182892.a.b.b #32 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000155957.b #13 ENSGT00940000155880.f #12 ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000156475.f ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000153470.a.a.a.b Red-bellied piranha MODERN SPECIES 29 smarcc1b (ENSPNAG00000008117) ENSPNAG00000000654 ASTE1 (ENSPNAG00000008079) ENSPNAG00000008067 #34 ENSPNAG00000008045 #36 ENSPNAG00000008032 ENSPNAG00000000606 #14 CREB5 (ENSPNAG00000008023) jazf1a (ENSPNAG00000008012) #16 tax1bp1a (ENSPNAG00000000582) #17 hibadha (ENSPNAG00000007995) #18 ENSPNAG00000007989 evx1 (ENSPNAG00000007983) #19 hoxa13a (ENSPNAG00000007974) #20 hoxa11a (ENSPNAG00000000562) #21 ENSPNAG00000007968 ##22 ENSPNAG00000000559 #23 HOXA4 (ENSPNAG00000007964) #26 hoxa5a (ENSPNAG00000007959) #25 hoxa3a (ENSPNAG00000000544) #27 ENSPNAG00000007951 ##28 hoxa1a (ENSPNAG00000007947) #29 snx10a (ENSPNAG00000007934) #30 cbx3a (ENSPNAG00000007919) #31 nfe2l3 (ENSPNAG00000007908) #32 npvf (ENSPNAG00000007901) osbpl3a (ENSPNAG00000007889) #13 ENSPNAG00000000516 #12 ENSPNAG00000000507 npy (ENSPNAG00000000490) fam221a (ENSPNAG00000007821) Mexicana tetra MODERN SPECIES 49 cspg5b (ENSAMXG00000030870) smarcc1b (ENSAMXG00000016795) ASTE1 (ENSAMXG00000016856) ENSAMXG00000033022 #34 WIPF3 (ENSAMXG00000030477) #36 ENSAMXG00000043051 CREB5 (ENSAMXG00000039018) jazf1a (ENSAMXG00000043930) #16 ENSAMXG00000039695 tax1bp1a (ENSAMXG00000033050) #17 hibadha (ENSAMXG00000007828) #18 ENSAMXG00000035504 evx1 (ENSAMXG00000031807) #19 hoxa13a (ENSAMXG00000029915) #20 hoxa11a (ENSAMXG00000036161) #21 ENSAMXG00000035583 ##22 ENSAMXG00000005199 #23 hoxa5a (ENSAMXG00000037678) #25 hoxa3a (ENSAMXG00000029041) #27 HOXA4 (ENSAMXG00000036478) #26 ENSAMXG00000043544 ##28 hoxa1a (ENSAMXG00000005258) #29 ENSAMXG00000042268 fam221a (ENSAMXG00000005524) ccdc126 (ENSAMXG00000039633) tra2a (ENSAMXG00000005553) ENSAMXG00000036147 igf2bp3 (ENSAMXG00000007453) GPNMB (ENSAMXG00000007393) oxnad1 (ENSAMXG00000007345) RFTN1 (ENSAMXG00000007317) Electric eel MODERN SPECIES 231 smarcc1b (ENSEEEG00000001388) ENSEEEG00000001477 ASTE1 (ENSEEEG00000001479) ENSEEEG00000001480 #34 ENSEEEG00000001483 #36 ENSEEEG00000001486 #37 ENSEEEG00000001489 TRIL (ENSEEEG00000001491) #14 CREB5 (ENSEEEG00000001492) jazf1a (ENSEEEG00000001495) #16 tax1bp1a (ENSEEEG00000001496) #17 ENSEEEG00000001497 evx1 (ENSEEEG00000001499) #19 hoxa13a (ENSEEEG00000001502) #20 hoxa11a (ENSEEEG00000001503) #21 ENSEEEG00000001505 ##22 ENSEEEG00000001506 #23 hoxa5a (ENSEEEG00000001507) #25 HOXA4 (ENSEEEG00000001508) #26 hoxa3a (ENSEEEG00000001510) #27 ENSEEEG00000001512 ##28 hoxa1a (ENSEEEG00000001513) #29 snx10a (ENSEEEG00000001519) #30 cbx3a (ENSEEEG00000001557) #31 nfe2l3 (ENSEEEG00000001593) #32 npvf (ENSEEEG00000001595) osbpl3a (ENSEEEG00000001599) #13 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000177404 ENSGT00390000005121 ENSGT00390000007843 ENSGT00940000165499.a ENSGT00550000074898 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00950000183025.a ##17 ENSGT00940000165637 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000158354.c ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000154152.a ENSGT00940000160113 ENSGT00750000118756.a ENSGT00390000000713 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000156561.a.a ENSGT00940000159962 ENSGT01090000260051.b.a.a.a ENSGT00940000157899.a.b.b ENSGT00940000159286.b ENSGT00940000155250.q.a ENSGT00940000155489.b ENSGT01050000244890.a.b.b.c.b ENSGT00390000012629 ENSGT00940000164283.b.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a ##17 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000160794 ENSGT00940000159522 #27 ENSGT00940000155029.c.a.f #28 ENSGT00940000157315 #29 ENSGT00940000158801 ENSGT00950000183123 ENSGT00950000182892.a.a.a ##32 ENSGT00390000004405.a ENSGT00940000159609 ENSGT00940000158240 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 142 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000167798 ENSGT00940000162814 ENSGT00940000165499.a ENSGT00940000165670 ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.d ENSGT00940000160548 ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000165065.a 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Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 250 ENSGT00940000155557.jc.a.d ENSGT00940000160144.f ENSGT00390000006930.d ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000158354.d.f ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000155029.c.b.d ##28 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##32 ENSGT00390000004405.b.d.b.b ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00940000157439.a.d Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT01090000260030.a.b.b.b.g.b ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00390000015789.g ENSGT00940000156395.f.c.b ENSGT00940000155557.jc.a.d ENSGT00940000160144.f ENSGT00390000006930.d ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000158354.d.f ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000155029.c.b.d ##28 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##32 ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000153704.B.d.a Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT01030000235009.a ENSGT01090000260030.a.b.b.b.g.b ENSGT00390000015789.g.b ENSGT00940000156395.f.c.b ENSGT00940000155557.jc.a.d ENSGT00940000160144.f ENSGT00390000006930.d ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000158354.d.f ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000155029.c.b.d ##28 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##32 ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00940000157439.a.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f Rainbow trout MODERN SPECIES 4 ENSOMYG00000056965 ENSOMYG00000007711 wipf2b (ENSOMYG00000006553) ENSOMYG00000065152 RAPGEFL1 (ENSOMYG00000006325) casc3 (ENSOMYG00000005997) msl1a (ENSOMYG00000005976) nr1d1 (ENSOMYG00000005936) ENSOMYG00000005889 igf2bp1 (ENSOMYG00000004905) ube2z (ENSOMYG00000003985) atp5mc1 (ENSOMYG00000003918) ENSOMYG00000077801 eve1 (ENSOMYG00000003885) hoxb13a (ENSOMYG00000003865) hoxb10a (ENSOMYG00000003832) ##22 hoxb9a (ENSOMYG00000003826) hoxb8a (ENSOMYG00000003809) hoxb7a (ENSOMYG00000003792) hoxb6a (ENSOMYG00000003769) hoxb5a (ENSOMYG00000003711) hoxb4a (ENSOMYG00000003730) HOXB3 (ENSOMYG00000003686) hoxb2a (ENSOMYG00000003669) ##28 hoxb1a (ENSOMYG00000003653) cbx1a (ENSOMYG00000003629) nfe2l1a (ENSOMYG00000003587) ##32 copz2 (ENSOMYG00000003419) prr15la (ENSOMYG00000041419) ENSOMYG00000077846 ENSOMYG00000041335 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT01030000235009.a ENSGT01090000260030.a.b.b.b.g.b ENSGT00390000015789.g.b ENSGT00940000156395.f.c.b ENSGT00940000155557.jc.a.d ENSGT00940000160144.f ENSGT00390000006930.d ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000158354.d.f ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000155029.c.b.d ##28 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##32 ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00940000157439.a.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f Chinook salmon MODERN SPECIES 19 ENSOTSG00005017233 si:dkeyp-113d7.1 (ENSOTSG00005017232) eif1 (ENSOTSG00005017231) JUP (ENSOTSG00005016355) wipf2b (ENSOTSG00005016340) RAPGEFL1 (ENSOTSG00005016333) casc3 (ENSOTSG00005016332) msl1a (ENSOTSG00005016331) nr1d1 (ENSOTSG00005016330) ENSOTSG00005016329 igf2bp1 (ENSOTSG00005015631) ube2z (ENSOTSG00005015622) atp5mc1 (ENSOTSG00005015620) eve1 (ENSOTSG00005015618) hoxb13a (ENSOTSG00005015615) ENSOTSG00005015589 ##22 hoxb9a (ENSOTSG00005015587) hoxb8a (ENSOTSG00005015581) hoxb7a (ENSOTSG00005015578) hoxb6a (ENSOTSG00005015571) hoxb5a (ENSOTSG00005039828) hoxb4a (ENSOTSG00005039826) hoxb3a (ENSOTSG00005039825) hoxb2a (ENSOTSG00005039823) ##28 hoxb1a (ENSOTSG00005039822) cbx1a (ENSOTSG00005039820) nfe2l1a (ENSOTSG00005039819) ##32 copz2 (ENSOTSG00005039812) prr15la (ENSOTSG00005039810) ENSOTSG00005039805 pdk2b (ENSOTSG00005038384) Huchen MODERN SPECIES 297 wipf2b (ENSHHUG00000013038) RAPGEFL1 (ENSHHUG00000013008) ENSHHUG00000013007 casc3 (ENSHHUG00000012966) msl1a (ENSHHUG00000012945) nr1d1 (ENSHHUG00000012933) ENSHHUG00000012921 igf2bp1 (ENSHHUG00000011829) ube2z (ENSHHUG00000011784) ENSHHUG00000011692 ENSHHUG00000011684 eve1 (ENSHHUG00000011682) hoxb13a (ENSHHUG00000011649) hoxb10a (ENSHHUG00000011647) ##22 hoxb9a (ENSHHUG00000011642) hoxb8a (ENSHHUG00000011631) hoxb7a (ENSHHUG00000011624) hoxb6a (ENSHHUG00000011606) hoxb5a (ENSHHUG00000011602) hoxb4a (ENSHHUG00000011590) hoxb3a (ENSHHUG00000011566) hoxb2a (ENSHHUG00000011514) ##28 hoxb1a (ENSHHUG00000011502) cbx1a (ENSHHUG00000011492) nfe2l1a (ENSHHUG00000011485) ##32 copz2 (ENSHHUG00000011449) ENSHHUG00000011447 prr15la (ENSHHUG00000011422) ENSHHUG00000011279 Northern pike MODERN SPECIES 10 ENSELUG00000015407 ENSELUG00000015383 eif1 (ENSELUG00000015327) ENSELUG00000015298 JUP (ENSELUG00000015284) wipf2b (ENSELUG00000015246) RAPGEFL1 (ENSELUG00000015161) casc3 (ENSELUG00000015093) msl1a (ENSELUG00000015070) nr1d1 (ENSELUG00000015028) igf2bp1 (ENSELUG00000014974) ube2z (ENSELUG00000014930) atp5mc1 (ENSELUG00000014903) eve1 (ENSELUG00000014847) hoxb13a (ENSELUG00000001314) ENSELUG00000014819 ##22 hoxb9a (ENSELUG00000014813) hoxb8a (ENSELUG00000014798) hoxb7 (ENSELUG00000014783) hoxb6a (ENSELUG00000034343) hoxb5a (ENSELUG00000033971) hoxb4a (ENSELUG00000034353) hoxb3a (ENSELUG00000014755) hoxb2a (ENSELUG00000014718) ##28 hoxb1a (ENSELUG00000033826) cbx1a (ENSELUG00000014706) nfe2l1a (ENSELUG00000014683) ##32 copz2 (ENSELUG00000014620) prr15la (ENSELUG00000014511) ENSELUG00000014464 TBKBP1 (ENSELUG00000014401) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 180 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT01090000261037 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32 ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 98 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT01090000261037 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32 ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163268.e ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163268.e ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163268.e ##22 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163268.e ##22 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163268.e ##22 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163268.e ##22 Climbing perch MODERN SPECIES 20 erbb3b (ENSATEG00000022245) pa2g4b (ENSATEG00000022298) ENSATEG00000022330 fmnl3 (ENSATEG00000022415) ENSATEG00000022454 rbms2b (ENSATEG00000022569) ENSATEG00000022603 ENSATEG00000022643 mfsd5 (ENSATEG00000022657) nr1d4a (ENSATEG00000022660) ENSATEG00000022679 calcoco1a (ENSATEG00000022704) ##17 hoxc13a (ENSATEG00000022733) hoxc12a (ENSATEG00000022770) hoxc11a (ENSATEG00000022786) ENSATEG00000022805 ##22 hoxc9a (ENSATEG00000022821) hoxc8a (ENSATEG00000026304) hoxc6a (ENSATEG00000022870) hoxc5a (ENSATEG00000022872) hoxc4a (ENSATEG00000022878) ENSATEG00000029038 ENSATEG00000022897 #29 cbx5 (ENSATEG00000030136) ENSATEG00000022918 nfe2 (ENSATEG00000026477) ##32 copz1 (ENSATEG00000022959) znf740b (ENSATEG00000029541) zgc:174906 (ENSATEG00000022991) tafa3b (ENSATEG00000027191) ENSATEG00000029432 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 22 ENSMMDG00005000899 ENSMMDG00005000897 ENSMMDG00005000895 ENSMMDG00005000893 ENSMMDG00005000891 col1a1a (ENSMMDG00005000844) ENSMMDG00005000825 nags (ENSMMDG00005000823) ENSMMDG00005000818 ube2z (ENSMMDG00005000811) ENSMMDG00005000806 igf2bp1 (ENSMMDG00005000735) atp5mc1 (ENSMMDG00005000711) eve1 (ENSMMDG00005000701) hoxb13a (ENSMMDG00005000698) ENSMMDG00005000694 ##22 hoxb9a (ENSMMDG00005000689) hoxb8a (ENSMMDG00005000684) hoxb7a (ENSMMDG00005000680) ENSMMDG00005000676 HOXB5 (ENSMMDG00005000664) hoxb4a (ENSMMDG00005000657) hoxb3a (ENSMMDG00005000643) hoxb2a (ENSMMDG00005000634) ##28 hoxb1a (ENSMMDG00005000621) ENSMMDG00005000614 ENSMMDG00005000609 CBX1 (ENSMMDG00005000606) nfe2l1a (ENSMMDG00005000602) ##32 praf2 (ENSMMDG00005000597) copz2 (ENSMMDG00005000593) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b ENSGT01100000263525.b.a.o ENSGT00940000156584.e.b ENSGT00940000158833.a.a ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.d ENSGT00940000160548 ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32 ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000155311.A.a ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b.y ENSGT00940000156584.e.b ENSGT00940000158833.a.a ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.d ENSGT00940000160548 ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32 ENSGT00390000004405.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d Denticle herring MODERN SPECIES 3 zgc:77375 (ENSDCDG00000017107) rab43 (ENSDCDG00000017106) nuf2 (ENSDCDG00000017105) ENSDCDG00000017104 ENSDCDG00000017103 ENSDCDG00000017102 LRP1 (ENSDCDG00000016119) ENSDCDG00000015626 ENSDCDG00000015604 nr1d4b (ENSDCDG00000015594) rargb (ENSDCDG00000015574) calcoco1b (ENSDCDG00000015538) ##17 hoxc13b (ENSDCDG00000034613) hoxc12b (ENSDCDG00000034611) hoxc11a (ENSDCDG00000034607) ENSDCDG00000034606 ##22 hoxc9a (ENSDCDG00000034603) HOXC8 (ENSDCDG00000034602) hoxc6b (ENSDCDG00000034599) hoxc5a (ENSDCDG00000034596) HOXC4 (ENSDCDG00000034592) SMUG1 (ENSDCDG00000034591) hnrnpa1a (ENSDCDG00000034575) copz1 (ENSDCDG00000034556) ENSDCDG00000034545 LIMA1 (ENSDCDG00000034538) igfbp6a (ENSDCDG00000034536) PIP4K2C (ENSDCDG00000034518) AGAP2 (ENSDCDG00000034427) TSPAN31 (ENSDCDG00000034417) cdk4 (ENSDCDG00000034415) Atlantic herring MODERN SPECIES cyb561 (ENSCHAG00000013337) HDAC5 (ENSCHAG00000012867) nags (ENSCHAG00000012828) ENSCHAG00000012806 RAPGEFL1 (ENSCHAG00000012776) casc3 (ENSCHAG00000012759) msl1a (ENSCHAG00000012702) nr1d1 (ENSCHAG00000012664) ENSCHAG00000012653 igf2bp1 (ENSCHAG00000012263) ube2z (ENSCHAG00000012169) atp5mc1 (ENSCHAG00000012097) ttll6 (ENSCHAG00000012024) eve1 (ENSCHAG00000012005) hoxb13a (ENSCHAG00000011984) ENSCHAG00000011977 ##22 hoxb9a (ENSCHAG00000011972) hoxb8a (ENSCHAG00000011949) hoxb7a (ENSCHAG00000011939) hoxb6a (ENSCHAG00000011924) hoxb5a (ENSCHAG00000011908) hoxb4a (ENSCHAG00000011877) hoxb3a (ENSCHAG00000011846) hoxb2a (ENSCHAG00000011811) ##28 hoxb1a (ENSCHAG00000011778) cbx1a (ENSCHAG00000011737) nfe2l1a (ENSCHAG00000011681) ##32 copz2 (ENSCHAG00000011583) prr15la (ENSCHAG00000011558) OSBPL7 (ENSCHAG00000011405) TBKBP1 (ENSCHAG00000011348) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b ENSGT01100000263525.b.a.o ENSGT00940000156584.e.b ENSGT00940000158833.a.a ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.d ENSGT00940000160548 ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32 ENSGT00390000004405.b ENSGT00750000118756.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00530000063801.a.b Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b ENSGT01100000263525.b.a.o ENSGT00940000156584.e.b ENSGT00940000158833.a.a ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.d ENSGT00940000160548.j ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32 ENSGT00390000004405.b ENSGT00750000118756.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000166816 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b ENSGT01100000263525.b.a.o ENSGT00940000156584.e.b ENSGT00940000158833.a.a ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.d ENSGT00940000160548.j ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32 ENSGT00390000004405.b ENSGT00750000118756.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00940000166816 Electric eel MODERN SPECIES 26 nags (ENSEEEG00000004036) ENSEEEG00000004034 col1a1a (ENSEEEG00000004027) PPP1R9B (ENSEEEG00000004018) RAPGEFL1 (ENSEEEG00000004015) casc3 (ENSEEEG00000004011) msl1a (ENSEEEG00000004008) nr1d1 (ENSEEEG00000004006) ENSEEEG00000004005 igf2bp1 (ENSEEEG00000004002) ube2z (ENSEEEG00000003995) atp5mc1 (ENSEEEG00000003992) ENSEEEG00000003989 eve1 (ENSEEEG00000003988) hoxb13a (ENSEEEG00000003985) hoxb10a (ENSEEEG00000003982) ##22 hoxb9a (ENSEEEG00000003980) hoxb8a (ENSEEEG00000003979) hoxb7a (ENSEEEG00000003976) hoxb6a (ENSEEEG00000003973) hoxb5a (ENSEEEG00000003969) hoxb4a (ENSEEEG00000003963) hoxb3a (ENSEEEG00000003961) hoxb2a (ENSEEEG00000003959) ##28 hoxb1a (ENSEEEG00000003958) cbx1a (ENSEEEG00000003957) nfe2l1a (ENSEEEG00000003956) ##32 copz2 (ENSEEEG00000003954) prr15la (ENSEEEG00000003950) ENSEEEG00000003947 ENSEEEG00000003946 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT00390000006679.b.w.a.a ENSGT01100000263525.b.a.o ENSGT00940000156584.e.b ENSGT00940000158833.a.a ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.d ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a ENSGT00940000160548 ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000163268.e ##22 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000161529.u.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32 ENSGT00390000004405.b ENSGT00750000118756.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00530000063801.a.b Zebrafish MODERN SPECIES 18 ENSDARG00000094579 gngt2a (ENSDARG00000010680) col1a1a (ENSDARG00000012405) PPP1R9B (ENSDARG00000079366) RAPGEFL1 (ENSDARG00000079912) casc3 (ENSDARG00000029911) msl1a (ENSDARG00000074734) ENSDARG00000055813 nr1d1 (ENSDARG00000033160) ENSDARG00000101975 igf2bp1 (ENSDARG00000061478) ube2z (ENSDARG00000029215) atp5mc1 (ENSDARG00000056008) eve1 (ENSDARG00000056012) hoxb13a (ENSDARG00000056015) hoxb10a (ENSDARG00000011579) ##22 hoxb9a (ENSDARG00000056023) hoxb8a (ENSDARG00000056027) hoxb7a (ENSDARG00000056030) hoxb3a (ENSDARG00000029263) hoxb6a (ENSDARG00000010630) hoxb5a (ENSDARG00000013057) hoxb4a (ENSDARG00000013533) hoxb2a (ENSDARG00000000175) ##28 hoxb1a (ENSDARG00000008174) cbx1a (ENSDARG00000004189) nfe2l1a (ENSDARG00000030616) ##32 copz2 (ENSDARG00000006786) ENSDARG00000097637 prr15la (ENSDARG00000025615) atf4b (ENSDARG00000038141) Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 499 ENSGT00940000155436.v ENSGT00940000155099.k.a ENSGT00940000162304.c ENSGT00730000111135.m ENSGT00390000013474.a.l ENSGT00390000004153.c.b ENSGT00910000144296.c.b ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000156582.o.b ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00390000001859.e.b ENSGT00940000161025 ENSGT00940000164071.a ##20 ENSGT00940000159938.c ENSGT00940000161308.a.b ENSGT00940000163268.e.a ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 782 ENSGT00940000164071.a.a ##20 ENSGT00940000159938.c ENSGT00940000161308.a.b ENSGT00940000163268.e.a ##22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 289 cdca7a (ENSSGRG00000039321) sp3a (ENSSGRG00000039325) sp9 (ENSSGRG00000039353) CIR1 (ENSSGRG00000039355) scrn3 (ENSSGRG00000039363) GPR155 (ENSSGRG00000039376) wipf1a (ENSSGRG00000039382) chn1 (ENSSGRG00000039383) ATF2 (ENSSGRG00000039394) ENSSGRG00000039395 ENSSGRG00000039396 lnpa (ENSSGRG00000039397) hoxd13a (ENSSGRG00000039398) ##20 hoxd12a (ENSSGRG00000039400) hoxd11a (ENSSGRG00000039401) ENSSGRG00000039402 ##22 hoxd9a (ENSSGRG00000039404) hoxd4a (ENSSGRG00000039405) hoxd3a (ENSSGRG00000039408) hnrnpa3 (ENSSGRG00000039410) nfe2l2a (ENSSGRG00000039415) ##32 agps (ENSSGRG00000039571) ENSSGRG00000039623 ENSSGRG00000039624 ENSSGRG00000039625 ENSSGRG00000039628 syt7b (ENSSGRG00000039630) ENSSGRG00000039632 ENSSGRG00000039634 polr2l (ENSSGRG00000039637) DAGLA (ENSSGRG00000039642) Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 686 ENSGT00390000006930.a ENSGT00390000018292.d.b ENSGT00940000160548.g ENSGT00940000154957.A.g ENSGT00940000159091.d ENSGT00940000167564.h ENSGT00940000159029.j ENSGT00940000163268.e.b.a ##22 ENSGT00940000161386.g ENSGT00940000161529.u.a.a.b ENSGT00940000161230.a ENSGT00940000161108.c ENSGT00940000159774.lc Goldfish MODERN SPECIES 22 HDAC5 (ENSCARG00000000629) lsm12a (ENSCARG00000000913) ENSCARG00000000924 ENSCARG00000000931 ENSCARG00000000938 col1a1a (ENSCARG00000001155) PPP1R9B (ENSCARG00000002312) casc3 (ENSCARG00000002400) nr1d1 (ENSCARG00000002466) ENSCARG00000002477 igf2bp1 (ENSCARG00000002510) ube2z (ENSCARG00000002616) atp5mc1 (ENSCARG00000002630) eve1 (ENSCARG00000002639) hoxb13a (ENSCARG00000002645) hoxb10a (ENSCARG00000002649) ##22 hoxb9a (ENSCARG00000002658) hoxb8a (ENSCARG00000002663) hoxb7a (ENSCARG00000002667) hoxb6a (ENSCARG00000002672) hoxb5a (ENSCARG00000002674) ENSCARG00000002676 hoxb3a (ENSCARG00000002682) hoxb2a (ENSCARG00000002688) ##28 hoxb1a (ENSCARG00000002693) copz2 (ENSCARG00000002719) nfe2l1a (ENSCARG00000002796) ##32 prr15la (ENSCARG00000002805) atf4b (ENSCARG00000002809) ENSCARG00000002813 CASKIN1 (ENSCARG00000002904) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 195 ENSGT00950000183197.a.d ENSGT00940000160534.l ENSGT00390000006956.b.a.a ENSGT00940000155311.A.a.f ENSGT00390000006679.b.x ENSGT00940000158833.a.a.a ENSGT00940000160144.d ENSGT00390000006930.a ENSGT00390000018292.d.b ENSGT00940000160548.g ENSGT00940000154957.A.g ENSGT00940000159091.d ENSGT00940000157981.a.b.b ENSGT00940000167564.h ENSGT00940000159029.j ENSGT00940000163268.e.b.a ##22 ENSGT00940000161386.g ENSGT00940000161529.u.a.a.b ENSGT00940000161529.u.a.b ENSGT00940000161230.a ENSGT00940000161108.c ENSGT00940000159774.lc ENSGT00940000166856.a ENSGT00940000154152.b.a.d ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.b ##32 ENSGT00390000004405.b.b ENSGT00940000154534.b.a.c ENSGT00530000063801.a.b.a ENSGT00940000166816.e ENSGT01030000234578.A.b.b.j ENSGT00950000183122.C.k.b Common carp reference MODERN SPECIES 3 ENSCCRG00000029375 lsm12a (ENSCCRG00000030099) ENSCCRG00000069026 ENSCCRG00000060397 gngt2a (ENSCCRG00000014233) col1a1a (ENSCCRG00000009806) RAPGEFL1 (ENSCCRG00000006218) casc3 (ENSCCRG00000005666) msl1a (ENSCCRG00000006194) nr1d1 (ENSCCRG00000006204) igf2bp1 (ENSCCRG00000055861) ube2z (ENSCCRG00000045808) atp5mc1 (ENSCCRG00000062850) eve1 (ENSCCRG00000074310) hoxb13a (ENSCCRG00000066654) hoxb10a (ENSCCRG00000031188) ##22 hoxb9a (ENSCCRG00000056274) hoxb8a (ENSCCRG00000060406) hoxb6a (ENSCCRG00000014689) hoxb5a (ENSCCRG00000014717) hoxb1a (ENSCCRG00000074754) cbx1a (ENSCCRG00000055885) nfe2l1a (ENSCCRG00000065851) ##32 copz2 (ENSCCRG00000023103) prr15la (ENSCCRG00000072432) atf4b (ENSCCRG00000038852) ENSCCRG00000038834 tmem150b (ENSCCRG00000028470) ENSCCRG00000064343 ENSCCRG00000055397 csf2rb (ENSCCRG00000038862) Golden-line barbel MODERN SPECIES 47 ENSSGRG00000048111 ENSSGRG00000048114 ENSSGRG00000048116 ENSSGRG00000048141 PPP1R9B (ENSSGRG00000049480) RAPGEFL1 (ENSSGRG00000049485) casc3 (ENSSGRG00000049486) msl1a (ENSSGRG00000049487) msl1a (ENSSGRG00000049488) nr1d1 (ENSSGRG00000049489) igf2bp1 (ENSSGRG00000049513) ube2z (ENSSGRG00000049690) atp5mc1 (ENSSGRG00000049691) eve1 (ENSSGRG00000049695) hoxb13a (ENSSGRG00000049696) hoxb10a (ENSSGRG00000049697) ##22 hoxb9a (ENSSGRG00000049699) hoxb8a (ENSSGRG00000049701) hoxb7a (ENSSGRG00000049702) hoxb6a (ENSSGRG00000049703) hoxb3a (ENSSGRG00000049705) hoxb2a (ENSSGRG00000049708) ##28 hoxb1a (ENSSGRG00000049711) cbx1a (ENSSGRG00000049715) nfe2l1a (ENSSGRG00000049738) ##32 copz2 (ENSSGRG00000049742) ENSSGRG00000049772 prr15la (ENSSGRG00000049774) atf4b (ENSSGRG00000049777) adsl (ENSSGRG00000049786) ENSSGRG00000049947 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00390000006679.b.w.a.a.a.a.a ENSGT01100000263525.b.a.o ENSGT00940000156584.e.b.b ENSGT00940000158833.a.a.b ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930.b ENSGT00390000018292.d.a ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a ENSGT00940000160548.h ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A.h ENSGT00940000159091.c ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564.g ENSGT00940000159029.i ENSGT00940000163268.e.b.b ##22 ENSGT00940000161386.h ENSGT00940000161529.u.a.a.a ENSGT00940000161230.b ENSGT00940000161108.d ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774.mc ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856.b ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.a ##32 ENSGT00390000004405.b.a ENSGT00750000118756.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.b ##32 ENSGT00390000004405.b.b Goldfish MODERN SPECIES 20 nags (ENSCARG00000023267) ENSCARG00000023300 ENSCARG00000023329 gngt2a (ENSCARG00000023348) col1a1a (ENSCARG00000023493) PPP1R9B (ENSCARG00000026395) RAPGEFL1 (ENSCARG00000026419) casc3 (ENSCARG00000026462) msl1a (ENSCARG00000026514) nr1d1 (ENSCARG00000026524) igf2bp1 (ENSCARG00000026600) ube2z (ENSCARG00000028039) atp5mc1 (ENSCARG00000028091) eve1 (ENSCARG00000028104) hoxb13a (ENSCARG00000028109) hoxb10a (ENSCARG00000028115) ##22 hoxb9a (ENSCARG00000028120) hoxb8a (ENSCARG00000028123) hoxb7a (ENSCARG00000028132) hoxb6a (ENSCARG00000028135) hoxb5a (ENSCARG00000028144) hoxb4a (ENSCARG00000028152) hoxb3a (ENSCARG00000028156) hoxb2a (ENSCARG00000028169) ##28 hoxb1a (ENSCARG00000028172) cbx1a (ENSCARG00000019197) nfe2l1a (ENSCARG00000019208) ##32 copz2 (ENSCARG00000019212) prr15la (ENSCARG00000019228) atf4b (ENSCARG00000019233) ENSCARG00000019239 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000005602 ENSGT01100000263525.b.a.o ENSGT00940000156584.e.b.b ENSGT00940000158833.a.a.b ENSGT00940000160144.c ENSGT00390000006930.b ENSGT00390000018292.d.a ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a ENSGT00940000160548.h ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A.h ENSGT00940000159091.c ENSGT00940000157981.a.b.a ENSGT00940000167564.g ENSGT00940000159029.i ENSGT00940000163268.e.b.b ##22 ENSGT00940000161386.h ENSGT00940000161529.u.a.a.a ENSGT00940000161230.b ENSGT00940000161108.d ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000162072 ENSGT00940000159774.mc ENSGT00940000155029.c.b ##28 ENSGT00940000166856.b ENSGT00940000154152.b.a.c ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.a ##32 ENSGT00390000004405.b.a ENSGT00750000118756.b ENSGT00940000154534.b.a.d ENSGT00530000063801.a.b.b Common carp reference MODERN SPECIES 1 ENSCCRG00000059049 ENSCCRG00000077290 col1a1a (ENSCCRG00000023476) gngt2a (ENSCCRG00000007885) ENSCCRG00000075204 RAPGEFL1 (ENSCCRG00000028033) casc3 (ENSCCRG00000015302) msl1a (ENSCCRG00000073808) ENSCCRG00000045981 nr1d1 (ENSCCRG00000045975) igf2bp1 (ENSCCRG00000054444) ube2z (ENSCCRG00000072098) atp5mc1 (ENSCCRG00000071132) eve1 (ENSCCRG00000079003) hoxb13a (ENSCCRG00000031187) hoxb10a (ENSCCRG00000049356) ##22 hoxb9a (ENSCCRG00000059216) hoxb8a (ENSCCRG00000063349) hoxb7a (ENSCCRG00000077126) hoxb6a (ENSCCRG00000070113) hoxb5a (ENSCCRG00000080254) ENSCCRG00000014686 hoxb3a (ENSCCRG00000045556) hoxb2a (ENSCCRG00000075376) ##28 hoxb1a (ENSCCRG00000062567) cbx1a (ENSCCRG00000073491) nfe2l1a (ENSCCRG00000038632) ##32 copz2 (ENSCCRG00000038644) ENSCCRG00000074161 prr15la (ENSCCRG00000077573) atf4b (ENSCCRG00000038832) Golden-line barbel MODERN SPECIES 65 nags (ENSSGRG00000049507) gngt2a (ENSSGRG00000049504) col1a1a (ENSSGRG00000047538) PPP1R9B (ENSSGRG00000047415) RAPGEFL1 (ENSSGRG00000047414) casc3 (ENSSGRG00000047412) msl1a (ENSSGRG00000047411) ENSSGRG00000047410 nr1d1 (ENSSGRG00000047409) ENSSGRG00000047408 igf2bp1 (ENSSGRG00000047043) ube2z (ENSSGRG00000047006) atp5mc1 (ENSSGRG00000047005) eve1 (ENSSGRG00000047004) hoxb13a (ENSSGRG00000047003) hoxb10a (ENSSGRG00000047002) ##22 hoxb9a (ENSSGRG00000047001) HOXB8 (ENSSGRG00000046999) hoxb7a (ENSSGRG00000046998) hoxb6a (ENSSGRG00000046997) hoxb5a (ENSSGRG00000046996) hoxb4a (ENSSGRG00000046993) hoxb3a (ENSSGRG00000046991) hoxb2a (ENSSGRG00000046989) ##28 hoxb1a (ENSSGRG00000046988) 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