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Osteoglossocephalai	DUPLICATION
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Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000155884.a.d #8	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000155884.a.d #8	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000155884.a.d #8	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Orange clownfish	MODERN SPECIES	8	trappc3 (ENSAPEG00000020098) #7	ENSAPEG00000020083 #8	rims3 (ENSAPEG00000020030) #10	nup42 (ENSAPEG00000020008) #11	ENSAPEG00000019986 #12	osbpl3a (ENSAPEG00000019934) #13	TRIL (ENSAPEG00000019911) #14	ENSAPEG00000019901 #15	ENSAPEG00000019890 #15	jazf1a (ENSAPEG00000019873) #16	tax1bp1a (ENSAPEG00000019804) #17	hibadha (ENSAPEG00000019757) #18	evx1 (ENSAPEG00000019743) #19	hoxa13a (ENSAPEG00000019685) #20	hoxa11a (ENSAPEG00000019676) #21	hoxa10b (ENSAPEG00000019646) #22	ENSAPEG00000019634 #23	HOXA7 (ENSAPEG00000019614) #24	hoxa5a (ENSAPEG00000019578) #25	HOXA4 (ENSAPEG00000019567) #26	hoxa3a (ENSAPEG00000019555) #27	ENSAPEG00000019539 #28	hoxa1a (ENSAPEG00000019509) #29	snx10a (ENSAPEG00000019361) #30	cbx3a (ENSAPEG00000019335) #31	nfe2l3 (ENSAPEG00000019329) #32	ENSAPEG00000019310 #33	ENSAPEG00000019301	COLQ (ENSAPEG00000019258) #34	FKBP14 (ENSAPEG00000019236) #35	ENSAPEG00000019216 #36
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1052	ENSAOCG00000021397	ADGRB2 (ENSAOCG00000021381)	ptp4a2b (ENSAOCG00000021271)	col8a2 (ENSAOCG00000021228)	trappc3 (ENSAOCG00000021217) #7	ENSAOCG00000021189 #8	rims3 (ENSAOCG00000021180) #10	nup42 (ENSAOCG00000021141) #11	ENSAOCG00000021132 #12	osbpl3a (ENSAOCG00000021114) #13	TRIL (ENSAOCG00000021002) #14	ENSAOCG00000020977 #15	jazf1a (ENSAOCG00000002494) #16	tax1bp1a (ENSAOCG00000020906) #17	hibadha (ENSAOCG00000020824) #18	hoxa10b (ENSAOCG00000001942) #22	evx1 (ENSAOCG00000020769) #19	hoxa13a (ENSAOCG00000020728) #20	hoxa11a (ENSAOCG00000020636) #21	ENSAOCG00000020575 #23	HOXA7 (ENSAOCG00000020541) #24	hoxa5a (ENSAOCG00000020522) #25	HOXA4 (ENSAOCG00000020516) #26	hoxa3a (ENSAOCG00000020502) #27	ENSAOCG00000020489 #28	hoxa1a (ENSAOCG00000020470) #29
Spiny chromis	MODERN SPECIES	10	col8a2 (ENSAPOG00000020410)	trappc3 (ENSAPOG00000020444) #7	ENSAPOG00000020458 #8	rims3 (ENSAPOG00000020491) #10	nup42 (ENSAPOG00000020514) #11	ENSAPOG00000020527 #12	osbpl3a (ENSAPOG00000020643) #13	TRIL (ENSAPOG00000020703) #14	ENSAPOG00000020725 #15	JAZF1 (ENSAPOG00000020760) #16	tax1bp1a (ENSAPOG00000020841) #17	hibadha (ENSAPOG00000020887) #18	evx1 (ENSAPOG00000000596) #19	hoxa13a (ENSAPOG00000021038) #20	hoxa11a (ENSAPOG00000021108) #21	hoxa10b (ENSAPOG00000021132) #22	ENSAPOG00000021169 #23	HOXA7 (ENSAPOG00000021207) #24	hoxa5a (ENSAPOG00000021214) #25	HOXA4 (ENSAPOG00000021221) #26	hoxa3a (ENSAPOG00000021239) #27	ENSAPOG00000021248 #28	hoxa1a (ENSAPOG00000021294) #29
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1727											tax1bp1a (ENSSPAG00000023369) #17	hibadha (ENSSPAG00000000072) #18	evx1 (ENSSPAG00000000089) #19	hoxa13a (ENSSPAG00000000108) #20	hoxa11a (ENSSPAG00000000114) #21	hoxa10b (ENSSPAG00000000124) #22	ENSSPAG00000000136 #23	HOXA7 (ENSSPAG00000000170) #24	hoxa5a (ENSSPAG00000000186) #25	HOXA4 (ENSSPAG00000000194) #26	hoxa3a (ENSSPAG00000000203) #27	ENSSPAG00000000207 #28	hoxa1a (ENSSPAG00000000269) #29
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000155884.a.d #8	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000155884.a.d #8	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00960000188241	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36
P. nyererei	MODERN SPECIES	325	col8a2 (ENSPNYG00000021113)	trappc3 (ENSPNYG00000021098) #7	smap2 (ENSPNYG00000021078) #9	rims3 (ENSPNYG00000021062) #10	nup42 (ENSPNYG00000021054) #11	ENSPNYG00000021034 #12	osbpl3a (ENSPNYG00000021001) #13	TRIL (ENSPNYG00000020984) #14	ENSPNYG00000020970 #15	jazf1a (ENSPNYG00000020954) #16	tax1bp1a (ENSPNYG00000020912) #17	hibadha (ENSPNYG00000020895) #18	evx1 (ENSPNYG00000020879) #19	hoxa13a (ENSPNYG00000020872) #20	hoxa11a (ENSPNYG00000020865) #21	hoxa10b (ENSPNYG00000020854) #22	ENSPNYG00000020845 #23	HOXA7 (ENSPNYG00000020831) #24	hoxa5a (ENSPNYG00000020824) #25	HOXA4 (ENSPNYG00000020799) #26	hoxa3a (ENSPNYG00000020795) #27	ENSPNYG00000020762 #28	hoxa1a (ENSPNYG00000020732) #29	snx10a (ENSPNYG00000020679) #30	cbx3a (ENSPNYG00000020660) #31	nfe2l3 (ENSPNYG00000020654) #32	ENSPNYG00000020637	ENSPNYG00000020598	FKBP14 (ENSPNYG00000020583) #35	ENSPNYG00000020546 #36	ENSPNYG00000020536 #37
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000155884.a.d #8	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1104	col8a2 (ENSMZEG00005010509)	trappc3 (ENSMZEG00005010494) #7	ENSMZEG00005010474 #8	rims3 (ENSMZEG00005010454) #10	nup42 (ENSMZEG00005010447) #11	ENSMZEG00005010434 #12	osbpl3a (ENSMZEG00005010389) #13	TRIL (ENSMZEG00005010370) #14	ENSMZEG00005010360 #15	jazf1a (ENSMZEG00005010334) #16	tax1bp1a (ENSMZEG00005010312) #17	hibadha (ENSMZEG00005010300) #18	evx1 (ENSMZEG00005010281) #19	hoxa13a (ENSMZEG00005010249) #20	hoxa11a (ENSMZEG00005010243) #21	hoxa10b (ENSMZEG00005010234) #22	ENSMZEG00005010211 #23	HOXA7 (ENSMZEG00005010189) #24	hoxa5a (ENSMZEG00005010174) #25	HOXA4 (ENSMZEG00005010169) #26	hoxa3a (ENSMZEG00005010153) #27	ENSMZEG00005010136 #28	hoxa1a (ENSMZEG00005010106) #29	snx10a (ENSMZEG00005010098) #30	cbx3a (ENSMZEG00005010086) #31	nfe2l3 (ENSMZEG00005010077) #32	ENSMZEG00005010069	ENSMZEG00005009664	ENSMZEG00005009648 #34	FKBP14 (ENSMZEG00005009610) #35	ENSMZEG00005009600 #36
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	302	trappc3 (ENSNBRG00000004294) #7	smap2 (ENSNBRG00000004327) #9	rims3 (ENSNBRG00000004399) #10	nup42 (ENSNBRG00000004424) #11	ENSNBRG00000004442 #12	osbpl3a (ENSNBRG00000004455) #13	ENSNBRG00000004507	ENSNBRG00000004534 #15	jazf1a (ENSNBRG00000004558) #16	jazf1a (ENSNBRG00000004573) #16	tax1bp1a (ENSNBRG00000004586) #17	hibadha (ENSNBRG00000004647) #18	evx1 (ENSNBRG00000004662) #19	hoxa13a (ENSNBRG00000004706) #20	hoxa11a (ENSNBRG00000004716) #21	hoxa10b (ENSNBRG00000004742) #22	ENSNBRG00000004756 #23	HOXA7 (ENSNBRG00000004775) #24	hoxa5a (ENSNBRG00000004795) #25	HOXA4 (ENSNBRG00000004812) #26	hoxa3a (ENSNBRG00000004849) #27	ENSNBRG00000004855 #28	hoxa1a (ENSNBRG00000004915) #29	snx10a (ENSNBRG00000004965) #30	cbx3a (ENSNBRG00000005093) #31	nfe2l3 (ENSNBRG00000005122) #32	ENSNBRG00000005134	ENSNBRG00000005171	ENSNBRG00000005295 #34	FKBP14 (ENSNBRG00000005325) #35	FKBP14 (ENSNBRG00000005341) #35
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1618	smap2 (ENSNFUG00015006095) #9	RIMS3 (ENSNFUG00015006090) #10	NUPL2 (ENSNFUG00015006085) #11	ENSNFUG00015006081	ENSNFUG00015006076 #12	OSBPL3A (ENSNFUG00015005984) #13	TRIL (ENSNFUG00015005963) #14	ENSNFUG00015005960 #15	ENSNFUG00015005958	jazf1a (ENSNFUG00015005952) #16	tax1bp1a (ENSNFUG00015005921) #17	HIBADHA (ENSNFUG00015005906) #18	evx1 (ENSNFUG00015005899) #19	hoxa13a (ENSNFUG00015005897) #20	hoxa11a (ENSNFUG00015005895) #21	hoxa10b (ENSNFUG00015005892) #22	ENSNFUG00015005887 #23	HOXA7 (ENSNFUG00015005885) #24	HOXA5A (ENSNFUG00015005877) #25	HOXA4 (ENSNFUG00015005870) #26	hoxa3a (ENSNFUG00015005867) #27	ENSNFUG00015005862 #28	hoxa1a (ENSNFUG00015005861) #29	snx10a (ENSNFUG00015005838) #30	CBX3A (ENSNFUG00015005822) #31	NFE2L3 (ENSNFUG00015005812) #32	ENSNFUG00015005804	COLQ (ENSNFUG00015005797) #34	FKBP14 (ENSNFUG00015005790) #35	ENSNFUG00015005782 #36	ENSNFUG00015005779 #37
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000155884.a.d #8	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000155884.a.d #8	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	131	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a
Sailfin molly	MODERN SPECIES	141		trappc3 (ENSPLAG00000022436) #7	smap2 (ENSPLAG00000022418) #9	rims3 (ENSPLAG00000022389) #10	nup42 (ENSPLAG00000022371) #11	ENSPLAG00000022362 #12	osbpl3a (ENSPLAG00000022345) #13	TRIL (ENSPLAG00000022255) #14	ENSPLAG00000022243 #15	jazf1a (ENSPLAG00000022239) #16	tax1bp1a (ENSPLAG00000022213) #17	hibadha (ENSPLAG00000022107) #18	evx1 (ENSPLAG00000022075) #19	hoxa13a (ENSPLAG00000022061) #20	hoxa11a (ENSPLAG00000022048) #21	ENSPLAG00000022003 #22	ENSPLAG00000021989 #23	HOXA7 (ENSPLAG00000021952) #24	hoxa5a (ENSPLAG00000021936) #25	HOXA4 (ENSPLAG00000021895) #26	hoxa3a (ENSPLAG00000021890) #27	ENSPLAG00000021887 #28	hoxa1a (ENSPLAG00000021884) #29	snx10a (ENSPLAG00000021857) #30	cbx3a (ENSPLAG00000021841) #31	nfe2l3 (ENSPLAG00000021833) #32	ENSPLAG00000021827	ENSPLAG00000021808	ENSPLAG00000021801	ENSPLAG00000021790	FKBP14 (ENSPLAG00000021776) #35
Platyfish	MODERN SPECIES	4	col8a2 (ENSXMAG00000029783)	trappc3 (ENSXMAG00000010634) #7	ENSXMAG00000010637 #8	rims3 (ENSXMAG00000010647) #10	nup42 (ENSXMAG00000010651) #11	ENSXMAG00000010652 #12	osbpl3a (ENSXMAG00000001083) #13	ENSXMAG00000020864	ENSXMAG00000001066 #15	jazf1a (ENSXMAG00000025678) #16	tax1bp1a (ENSXMAG00000010881) #17	hibadha (ENSXMAG00000027716) #18	evx1 (ENSXMAG00000028620) #19	hoxa13a (ENSXMAG00000001062) #20	hoxa11a (ENSXMAG00000027852) #21	hoxa10b (ENSXMAG00000029054) #22	ENSXMAG00000001057 #23	HOXA7 (ENSXMAG00000026689) #24	hoxa5a (ENSXMAG00000001054) #25	HOXA4 (ENSXMAG00000023150) #26	hoxa3a (ENSXMAG00000028550) #27	ENSXMAG00000001041 #28	hoxa1a (ENSXMAG00000001039) #29	snx10a (ENSXMAG00000001035) #30	cbx3a (ENSXMAG00000001027) #31	nfe2l3 (ENSXMAG00000021020) #32	ENSXMAG00000001014	ENSXMAG00000026168 #34	ENSXMAG00000025378	ENSXMAG00000020144	FKBP14 (ENSXMAG00000026229) #35
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	107	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b	ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a
Mummichog	MODERN SPECIES	2329	col8a2 (ENSFHEG00000000321)	trappc3 (ENSFHEG00000013629) #7	smap2 (ENSFHEG00000013666) #9	rims3 (ENSFHEG00000013684) #10	nup42 (ENSFHEG00000013692) #11	ENSFHEG00000013700 #12	osbpl3a (ENSFHEG00000013709) #13	TRIL (ENSFHEG00000013715) #14	ENSFHEG00000013720 #15	jazf1a (ENSFHEG00000013733) #16	tax1bp1a (ENSFHEG00000013748) #17	hibadha (ENSFHEG00000013773) #18	evx1 (ENSFHEG00000013781) #19	hoxa13a (ENSFHEG00000013789) #20	hoxa11a (ENSFHEG00000013797) #21	hoxa10b (ENSFHEG00000013805) #22	ENSFHEG00000013809 #23	HOXA7 (ENSFHEG00000013819) #24	hoxa5a (ENSFHEG00000013822) #25	HOXA4 (ENSFHEG00000013828) #26	hoxa3a (ENSFHEG00000013849) #27	ENSFHEG00000013857 #28	hoxa1a (ENSFHEG00000013905) #29	snx10a (ENSFHEG00000014090) #30	cbx3a (ENSFHEG00000014100) #31	nfe2l3 (ENSFHEG00000014108) #32	NPVF (ENSFHEG00000014120)	ENSFHEG00000014122	ENSFHEG00000014131	COLQ (ENSFHEG00000014155) #34	FKBP14 (ENSFHEG00000014170) #35
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Indian medaka	MODERN SPECIES	3	col8a2 (ENSOMEG00000019173)	trappc3 (ENSOMEG00000019153) #7	smap2 (ENSOMEG00000019127) #9	rims3 (ENSOMEG00000019104) #10	nup42 (ENSOMEG00000019078) #11	ENSOMEG00000019056 #12	osbpl3a (ENSOMEG00000019036) #13	TRIL (ENSOMEG00000018990) #14	ENSOMEG00000018974 #15	jazf1a (ENSOMEG00000018946) #16	tax1bp1a (ENSOMEG00000018894) #17	hibadha (ENSOMEG00000018845) #18	evx1 (ENSOMEG00000018828) #19	hoxa13a (ENSOMEG00000018800) #20	hoxa11a (ENSOMEG00000018787) #21	hoxa10b (ENSOMEG00000000716) #22	ENSOMEG00000018763 #23	HOXA7 (ENSOMEG00000018749) #24	hoxa5a (ENSOMEG00000018736) #25	hoxa3a (ENSOMEG00000018727) #27	HOXA4 (ENSOMEG00000018715) #26	ENSOMEG00000000777 #28	hoxa1a (ENSOMEG00000018694) #29	snx10a (ENSOMEG00000018674) #30	cbx3a (ENSOMEG00000018650) #31	nfe2l3 (ENSOMEG00000018610) #32	ENSOMEG00000018577	ENSOMEG00000018555 #34	FKBP14 (ENSOMEG00000018518) #35	ENSOMEG00000018495 #36	ENSOMEG00000018478 #37
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	2	col8a2 (ENSOJAG00000003180)	trappc3 (ENSOJAG00000003187) #7	smap2 (ENSOJAG00000003200) #9	rims3 (ENSOJAG00000003209) #10	nup42 (ENSOJAG00000003218) #11	ENSOJAG00000003225 #12	osbpl3a (ENSOJAG00000003244) #13	TRIL (ENSOJAG00000003583) #14	ENSOJAG00000003593 #15	jazf1a (ENSOJAG00000003619) #16	tax1bp1a (ENSOJAG00000003658) #17	hibadha (ENSOJAG00000003690) #18	evx1 (ENSOJAG00000003773) #19	hoxa13a (ENSOJAG00000003786) #20	hoxa11a (ENSOJAG00000003810) #21	hoxa10b (ENSOJAG00000003838) #22	ENSOJAG00000003848 #23	HOXA7 (ENSOJAG00000003886) #24	hoxa5a (ENSOJAG00000003979) #25	HOXA4 (ENSOJAG00000004001) #26	hoxa3a (ENSOJAG00000004029) #27	ENSOJAG00000004052 #28	hoxa1a (ENSOJAG00000004073) #29	snx10a (ENSOJAG00000004089) #30	cbx3a (ENSOJAG00000004172) #31	nfe2l3 (ENSOJAG00000004247) #32	ENSOJAG00000004264	ENSOJAG00000004275 #34	FKBP14 (ENSOJAG00000004301) #35	ENSOJAG00000004313 #37	oxnad1 (ENSOJAG00000004338)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	2	trappc3 (ENSORLG00000030170) #7	smap2 (ENSORLG00000028329) #9	rims3 (ENSORLG00000005207) #10	nup42 (ENSORLG00000027168) #11	ENSORLG00000005186 #12	osbpl3a (ENSORLG00000005177) #13	TRIL (ENSORLG00000005131) #14	ENSORLG00000005125 #15	jazf1a (ENSORLG00000005107) #16	ENSORLG00000023632	tax1bp1a (ENSORLG00000005098) #17	hibadha (ENSORLG00000005067) #18	evx1 (ENSORLG00000005050) #19	hoxa13a (ENSORLG00000005043) #20	hoxa11a (ENSORLG00000005037) #21	ENSORLG00000005034 #22	hoxa9a (ENSORLG00000027463) #23	HOXA7 (ENSORLG00000023188) #24	hoxa5a (ENSORLG00000026145) #25	HOXA4 (ENSORLG00000005025) #26	hoxa3a (ENSORLG00000027867) #27	ENSORLG00000004987 #28	hoxa1a (ENSORLG00000004981) #29	snx10a (ENSORLG00000026166) #30	cbx3a (ENSORLG00000029462) #31	nfe2l3 (ENSORLG00000004962) #32	ENSORLG00000025295	ENSORLG00000004944 #34	FKBP14 (ENSORLG00000004912) #35	ENSORLG00000025388 #36	ENSORLG00000004907 #37
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1110	col8a2 (ENSOSIG00000008704)	trappc3 (ENSOSIG00000008706) #7	smap2 (ENSOSIG00000008708) #9	ENSOSIG00000008709 #9	rims3 (ENSOSIG00000008710) #10	nup42 (ENSOSIG00000008711) #11	osbpl3a (ENSOSIG00000008712) #13	TRIL (ENSOSIG00000010071) #14	ENSOSIG00000010072 #15	jazf1a (ENSOSIG00000010073) #16	tax1bp1a (ENSOSIG00000010075) #17	hibadha (ENSOSIG00000010076) #18	evx1 (ENSOSIG00000010128) #19	hoxa13a (ENSOSIG00000010129) #20	hoxa11a (ENSOSIG00000010131) #21	hoxa10b (ENSOSIG00000010133) #22	ENSOSIG00000010135 #23	HOXA7 (ENSOSIG00000010138) #24	hoxa5a (ENSOSIG00000010140) #25	HOXA4 (ENSOSIG00000010142) #26	hoxa3a (ENSOSIG00000010145) #27	hoxa1a (ENSOSIG00000010147) #29	snx10a (ENSOSIG00000010148) #30	cbx3a (ENSOSIG00000010157) #31	nfe2l3 (ENSOSIG00000010197) #32	ENSOSIG00000010198 #33	FKBP14 (ENSOSIG00000010199) #35	ENSOSIG00000010200 #36	ENSOSIG00000010214	oxnad1 (ENSOSIG00000010218)	ENSOSIG00000010221
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	2	ENSMAMG00000027164	trappc3 (ENSMAMG00000025439) #7	ENSMAMG00000007594 #9	ENSMAMG00000007605 #10	ENSMAMG00000007625 #11	ENSMAMG00000007640 #12	ENSMAMG00000007664 #13	TRIL (ENSMAMG00000007728) #14	ENSMAMG00000007742 #15	JAZF1 (ENSMAMG00000027007) #16	tax1bp1a (ENSMAMG00000007765) #17	hibadha (ENSMAMG00000007830) #18	evx1 (ENSMAMG00000007854) #19	ENSMAMG00000007871 #20	hoxa11a (ENSMAMG00000007883) #21	ENSMAMG00000007887 #22	ENSMAMG00000007899 #23	ENSMAMG00000025324	HOXA7 (ENSMAMG00000027947) #24	hoxa5a (ENSMAMG00000025732) #25	HOXA4 (ENSMAMG00000007955) #26	hoxa3a (ENSMAMG00000007941) #27	ENSMAMG00000007958 #28	HOXA1 (ENSMAMG00000007973) #29	snx10a (ENSMAMG00000007992) #30	CBX3 (ENSMAMG00000008011) #31	nfe2l3 (ENSMAMG00000008016) #32	ENSMAMG00000008025 #33	ENSMAMG00000008039 #34	ENSMAMG00000027344 #35	ENSMAMG00000008087 #36
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	2	angpt2b (ENSBSLG00000007679)	ADGRB2 (ENSBSLG00000007960)	ENSBSLG00000009376	ptp4a2b (ENSBSLG00000009712)	ENSBSLG00000009795	trappc3 (ENSBSLG00000009810) #7	smap2 (ENSBSLG00000009858) #9	rims3 (ENSBSLG00000009887) #10	nup42 (ENSBSLG00000009916) #11	ENSBSLG00000009937 #12	osbpl3a (ENSBSLG00000009971) #13	TRIL (ENSBSLG00000010166) #14	jazf1a (ENSBSLG00000010180) #16	tax1bp1a (ENSBSLG00000010674) #17	hibadha (ENSBSLG00000010856) #18	ENSBSLG00000011586 #22	evx1 (ENSBSLG00000011641) #19	hoxa13a (ENSBSLG00000011697) #20	hoxa11a (ENSBSLG00000011737) #21	HOXA7 (ENSBSLG00000011758) #24	hoxa5a (ENSBSLG00000011797) #25	HOXA4 (ENSBSLG00000011815) #26	hoxa3a (ENSBSLG00000011839) #27	ENSBSLG00000011861 #28	hoxa1a (ENSBSLG00000011877) #29	snx10a (ENSBSLG00000011898) #30	cbx3a (ENSBSLG00000011919) #31	nfe2l3 (ENSBSLG00000012036) #32	ENSBSLG00000012060	ENSBSLG00000012090 #34	FKBP14 (ENSBSLG00000012125) #35
Climbing perch	MODERN SPECIES	2	ENSATEG00000025493	trappc3 (ENSATEG00000026325) #7	ENSATEG00000029594 #8	ENSATEG00000002280 #10	ENSATEG00000002228 #11	ENSATEG00000002213 #12	ENSATEG00000002124 #13	TRIL (ENSATEG00000029886) #14	ENSATEG00000002087 #15	JAZF1 (ENSATEG00000002071) #16	tax1bp1a (ENSATEG00000002002) #17	hibadha (ENSATEG00000001998) #18	evx1 (ENSATEG00000001945) #19	ENSATEG00000026862 #20	hoxa11a (ENSATEG00000001926) #21	ENSATEG00000001918 #22	ENSATEG00000001859 #23	hoxa5a (ENSATEG00000001828) #25	HOXA4 (ENSATEG00000028592) #26	HOXA3 (ENSATEG00000001808) #27	ENSATEG00000001763 #28	HOXA1 (ENSATEG00000001717) #29	snx10a (ENSATEG00000001661) #30	CBX3 (ENSATEG00000001629) #31	nfe2l3 (ENSATEG00000001620) #32	ENSATEG00000001574	ENSATEG00000001525 #34	ENSATEG00000001514 #35	ENSATEG00000001464 #36	ENSATEG00000001434 #37	oxnad1 (ENSATEG00000001424)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
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Seriola	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab.b #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3204	col8a2 (ENSSLDG00000006572)	trappc3 (ENSSLDG00000006549) #7	smap2 (ENSSLDG00000006519) #9	rims3 (ENSSLDG00000006487) #10	nup42 (ENSSLDG00000006438) #11	ENSSLDG00000006408 #12	osbpl3a (ENSSLDG00000006313) #13	ENSSLDG00000006275	ENSSLDG00000006258 #15	jazf1a (ENSSLDG00000006230) #16	tax1bp1a (ENSSLDG00000006207) #17	hibadha (ENSSLDG00000006181) #18	evx1 (ENSSLDG00000006166) #19	hoxa13a (ENSSLDG00000006148) #20	hoxa11a (ENSSLDG00000006095) #21	hoxa10b (ENSSLDG00000006083) #22	ENSSLDG00000006063 #23	HOXA7 (ENSSLDG00000006049) #24	hoxa5a (ENSSLDG00000006039) #25	HOXA4 (ENSSLDG00000006027) #26	hoxa3a (ENSSLDG00000006013) #27	ENSSLDG00000005939 #28	hoxa1a (ENSSLDG00000005844) #29	snx10a (ENSSLDG00000005732) #30	cbx3a (ENSSLDG00000005680) #31	nfe2l3 (ENSSLDG00000005672) #32	ENSSLDG00000005659	ENSSLDG00000005643	COLQ (ENSSLDG00000005618) #34	FKBP14 (ENSSLDG00000005590) #35	ENSSLDG00000005567 #36
Greater amberjack	MODERN SPECIES	48	ptp4a2b (ENSSDUG00000004204)	col8a2 (ENSSDUG00000004214)	trappc3 (ENSSDUG00000004221) #7	smap2 (ENSSDUG00000004248) #9	rims3 (ENSSDUG00000004261) #10	nup42 (ENSSDUG00000004296) #11	ENSSDUG00000004322 #12	osbpl3a (ENSSDUG00000004357) #13	TRIL (ENSSDUG00000004429) #14	ENSSDUG00000004437 #15	jazf1a (ENSSDUG00000004450) #16	tax1bp1a (ENSSDUG00000004489) #17	hibadha (ENSSDUG00000004564) #18	evx1 (ENSSDUG00000004583) #19	hoxa13a (ENSSDUG00000004612) #20	hoxa10b (ENSSDUG00000004658) #22	hoxa11a (ENSSDUG00000004669) #21	ENSSDUG00000004714 #23	HOXA7 (ENSSDUG00000004723) #24	hoxa5a (ENSSDUG00000004737) #25	HOXA4 (ENSSDUG00000004757) #26	hoxa3a (ENSSDUG00000004765) #27	ENSSDUG00000004775 #28	hoxa1a (ENSSDUG00000004791) #29	snx10a (ENSSDUG00000004833) #30	cbx3a (ENSSDUG00000005004) #31	nfe2l3 (ENSSDUG00000005020) #32	ENSSDUG00000005032	ENSSDUG00000005049	ENSSDUG00000005062 #34	FKBP14 (ENSSDUG00000005096) #35
Barramundi perch	MODERN SPECIES	3	trappc3 (ENSLCAG00010016343) #7	smap2 (ENSLCAG00010016361) #9	rims3 (ENSLCAG00010016368) #10	nup42 (ENSLCAG00010016376) #11	ENSLCAG00010016392 #12	osbpl3a (ENSLCAG00010016439) #13	TRIL (ENSLCAG00010016586) #14	ENSLCAG00010016589 #15	jazf1a (ENSLCAG00010016593) #16	tax1bp1a (ENSLCAG00010016597) #17	ENSLCAG00010016602 #17	hibadha (ENSLCAG00010016611) #18	evx1 (ENSLCAG00010016651) #19	hoxa13a (ENSLCAG00010016654) #20	hoxa11a (ENSLCAG00010016655) #21	hoxa10b (ENSLCAG00010016658) #22	ENSLCAG00010016661 #23	HOXA7 (ENSLCAG00010016662) #24	hoxa5a (ENSLCAG00010016664) #25	HOXA4 (ENSLCAG00010016671) #26	hoxa3a (ENSLCAG00010016667) #27	ENSLCAG00010016673 #28	hoxa1a (ENSLCAG00010016677) #29	snx10a (ENSLCAG00010016683) #30	cbx3a (ENSLCAG00010016686) #31	nfe2l3 (ENSLCAG00010016699) #32	ENSLCAG00010016700	ENSLCAG00010016702	COLQ (ENSLCAG00010016703) #34	FKBP14 (ENSLCAG00010016709) #35	ENSLCAG00010016711 #36
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Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000154107.b	ENSGT00940000160242.b	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000156906.j.b	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT00390000004280
Fugu	MODERN SPECIES	3	ZNF385D (ENSTRUG00000018125)	smap2 (ENSTRUG00000018144) #9	rims3 (ENSTRUG00000018155) #10	nup42 (ENSTRUG00000023049) #11	ENSTRUG00000020598 #12	osbpl3a (ENSTRUG00000018171) #13	ENSTRUG00000018191	ENSTRUG00000027270 #15	ENSTRUG00000031997 #15	Jazf1a (ENSTRUG00000028050) #16	tax1bp1a (ENSTRUG00000027936) #17	hibadha (ENSTRUG00000023488) #18	Evx1 (ENSTRUG00000020143) #19	hoxa13a (ENSTRUG00000016010) #20	hoxa11a (ENSTRUG00000020015) #21	hoxa10b (ENSTRUG00000015981) #22	ENSTRUG00000015974 #23	hoxa5a (ENSTRUG00000018252) #25	hoxa3a (ENSTRUG00000022811) #27	HOXA4 (ENSTRUG00000023173) #26	ENSTRUG00000015941 #28	hoxa1a (ENSTRUG00000015937) #29	snx10a (ENSTRUG00000015910) #30	cbx3a (ENSTRUG00000015895) #31	nfe2l3 (ENSTRUG00000015857) #32	rfrp (ENSTRUG00000015852)	ENSTRUG00000024909	ENSTRUG00000015831 #34	FKBP14 (ENSTRUG00000021578) #35	ENSTRUG00000015805 #36	ENSTRUG00000020614 #37
Tetraodon	MODERN SPECIES	15	ENSTNIG00000009198	ZNF385D (ENSTNIG00000009199)	smap2 (ENSTNIG00000009200) #9	rims3 (ENSTNIG00000009201) #10	nup42 (ENSTNIG00000001691) #11	ENSTNIG00000000830 #12	osbpl3a (ENSTNIG00000009202) #13	ENSTNIG00000000262	ENSTNIG00000009203 #15	jazf1a (ENSTNIG00000009204) #16	tax1bp1a (ENSTNIG00000009205) #17	hibadha (ENSTNIG00000009206) #18	evx1 (ENSTNIG00000000875) #19	hoxa13a (ENSTNIG00000009207) #20	hoxa11a (ENSTNIG00000001767) #21	hoxa10b (ENSTNIG00000001766) #22	ENSTNIG00000001582 #23	hoxa5a (ENSTNIG00000001756) #25	HOXA4 (ENSTNIG00000001755) #26	hoxa3a (ENSTNIG00000001754) #27	ENSTNIG00000001753 #28	hoxa1a (ENSTNIG00000000977) #29	snx10a (ENSTNIG00000009208) #30	cbx3a (ENSTNIG00000001200) #31	nfe2l3 (ENSTNIG00000009209) #32	ENSTNIG00000009210 #34	FKBP14 (ENSTNIG00000009211) #35	oxnad1 (ENSTNIG00000009212)	ENSTNIG00000009213	dazl (ENSTNIG00000001115)	trappc3 (ENSTNIG00000009214) #7
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	172	col8a2 (ENSLBEG00000002403)	trappc3 (ENSLBEG00000002379) #7	ENSLBEG00000002371 #8	rims3 (ENSLBEG00000002336) #10	nup42 (ENSLBEG00000002319) #11	ENSLBEG00000002291 #12	osbpl3a (ENSLBEG00000002210) #13	TRIL (ENSLBEG00000002179) #14	ENSLBEG00000002154 #15	jazf1a (ENSLBEG00000002120) #16	tax1bp1a (ENSLBEG00000002045) #17	hibadha (ENSLBEG00000002000) #18	evx1 (ENSLBEG00000001985) #19	hoxa13a (ENSLBEG00000001862) #20	hoxa11a (ENSLBEG00000001844) #21	hoxa10b (ENSLBEG00000001831) #22	ENSLBEG00000001814 #23	HOXA7 (ENSLBEG00000001798) #24	hoxa5a (ENSLBEG00000001723) #25	HOXA4 (ENSLBEG00000001673) #26	hoxa3a (ENSLBEG00000001651) #27	ENSLBEG00000001637 #28	hoxa1a (ENSLBEG00000001584) #29
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	484	col8a2 (ENSLCRG00005008388)	trappc3 (ENSLCRG00005008389) #7	ENSLCRG00005008394 #8	rims3 (ENSLCRG00005008396) #10	nup42 (ENSLCRG00005008398) #11	ENSLCRG00005008401 #12	osbpl3a (ENSLCRG00005008414) #13	TRIL (ENSLCRG00005008796) #14	ENSLCRG00005008798 #15	jazf1a (ENSLCRG00005008799) #16	tax1bp1a (ENSLCRG00005008801) #17	hibadha (ENSLCRG00005008807) #18	evx1 (ENSLCRG00005008873) #19	hoxa13a (ENSLCRG00005008874) #20	hoxa11a (ENSLCRG00005008876) #21	ENSLCRG00005008877 #22	ENSLCRG00005008882 #23	HOXA7 (ENSLCRG00005008884) #24	hoxa5a (ENSLCRG00005008888) #25	HOXA4 (ENSLCRG00005008891) #26	hoxa3a (ENSLCRG00005008893) #27	ENSLCRG00005008895 #28	hoxa1a (ENSLCRG00005008896) #29	snx10a (ENSLCRG00005008897) #30	cbx3a (ENSLCRG00005008899) #31	nfe2l3 (ENSLCRG00005008904) #32	ENSLCRG00005008906	ENSLCRG00005008907	COLQ (ENSLCRG00005008908) #34	FKBP14 (ENSLCRG00005008910) #35	ENSLCRG00005008912 #36
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Gilthead seabream	MODERN SPECIES	17	col8a2 (ENSSAUG00010023183)	trappc3 (ENSSAUG00010023182) #7	smap2 (ENSSAUG00010023179) #9	rims3 (ENSSAUG00010023178) #10	nup42 (ENSSAUG00010023177) #11	ENSSAUG00010023175 #12	osbpl3a (ENSSAUG00010023135) #13	TRIL (ENSSAUG00010023131) #14	ENSSAUG00010023129 #15	jazf1a (ENSSAUG00010023128) #16	tax1bp1a (ENSSAUG00010023127) #17	hibadha (ENSSAUG00010023125) #18	evx1 (ENSSAUG00010023124) #19	hoxa13a (ENSSAUG00010023123) #20	hoxa11a (ENSSAUG00010023122) #21	hoxa10b (ENSSAUG00010023121) #22	ENSSAUG00010023119 #23	HOXA7 (ENSSAUG00010023118) #24	hoxa5a (ENSSAUG00010023117) #25	HOXA4 (ENSSAUG00010023116) #26	hoxa3a (ENSSAUG00010023115) #27	ENSSAUG00010023114 #28	hoxa1a (ENSSAUG00010023113) #29	snx10a (ENSSAUG00010023111) #30	cbx3a (ENSSAUG00010023110) #31	nfe2l3 (ENSSAUG00010023109) #32	ENSSAUG00010023108 #33	ENSSAUG00010023107	ENSSAUG00010023106 #34	FKBP14 (ENSSAUG00010023105) #35	ENSSAUG00010023104 #36
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00960000186902	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154317.a.a	ENSGT00390000003880.b.a #7	ENSGT00940000158387 #9	ENSGT00940000159332 #10	ENSGT00390000000118 #11	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000155261.b #15	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000157858.j #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37
Stickleback	MODERN SPECIES	9	col8a2 (ENSGACG00000007251)	trappc3 (ENSGACG00000007236) #7	smap2 (ENSGACG00000007231) #9	rims3 (ENSGACG00000007223) #10	nup42 (ENSGACG00000007219) #11	ENSGACG00000007216 #12	osbpl3a (ENSGACG00000007208) #13	TRIL (ENSGACG00000007203) #14	ENSGACG00000007196 #15	jazf1a (ENSGACG00000007192) #16	tax1bp1a (ENSGACG00000007180) #17	hibadha (ENSGACG00000007155) #18	evx1 (ENSGACG00000007148) #19	hoxa13a (ENSGACG00000007134) #20	hoxa11a (ENSGACG00000007132) #21	hoxa10b (ENSGACG00000007128) #22	ENSGACG00000007123 #23	HOXA7 (ENSGACG00000007112) #24	hoxa5a (ENSGACG00000007108) #25	HOXA4 (ENSGACG00000007100) #26	hoxa3a (ENSGACG00000007094) #27	ENSGACG00000007090 #28	hoxa1a (ENSGACG00000007085) #29	snx10a (ENSGACG00000007074) #30	cbx3a (ENSGACG00000007069) #31	nfe2l3 (ENSGACG00000007066) #32	cycsb (ENSGACG00000007058)	ENSGACG00000007049 #34	FKBP14 (ENSGACG00000007031) #35	ENSGACG00000007025 #36	ENSGACG00000007024 #37
Lumpfish	MODERN SPECIES	2	col8a2 (ENSCLMG00005020362)	trappc3 (ENSCLMG00005020361) #7	smap2 (ENSCLMG00005020360) #9	rims3 (ENSCLMG00005020359) #10	nup42 (ENSCLMG00005020358) #11	ENSCLMG00005020357 #12	osbpl3a (ENSCLMG00005020227) #13	TRIL (ENSCLMG00005020211) #14	ENSCLMG00005020208 #15	jazf1a (ENSCLMG00005020199) #16	tax1bp1a (ENSCLMG00005020195) #17	hibadha (ENSCLMG00005020131) #18	evx1 (ENSCLMG00005020130) #19	hoxa13a (ENSCLMG00005020129) #20	hoxa11a (ENSCLMG00005020127) #21	ENSCLMG00005020123 #22	ENSCLMG00005020119 #23	hoxa5a (ENSCLMG00005020117) #25	HOXA4 (ENSCLMG00005020116) #26	hoxa3a (ENSCLMG00005020115) #27	ENSCLMG00005020113 #28	hoxa1a (ENSCLMG00005020112) #29	snx10a (ENSCLMG00005020105) #30	cbx3a (ENSCLMG00005020104) #31	nfe2l3 (ENSCLMG00005020103) #32	ENSCLMG00005020102	ENSCLMG00005020101	ENSCLMG00005020100 #34	FKBP14 (ENSCLMG00005020097) #35	ENSCLMG00005020096 #36	ENSCLMG00005020092 #37
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	2	ENSMMDG00005002462	trappc3 (ENSMMDG00005002444) #7	smap2 (ENSMMDG00005002437) #9	rims3 (ENSMMDG00005002432) #10	nup42 (ENSMMDG00005002426) #11	ENSMMDG00005002423 #12	osbpl3a (ENSMMDG00005001447) #13	TRIL (ENSMMDG00005001342) #14	ENSMMDG00005001324 #15	jazf1a (ENSMMDG00005001312) #16	tax1bp1a (ENSMMDG00005001294) #17	hibadha (ENSMMDG00005001180) #18	evx1 (ENSMMDG00005001159) #19	hoxa13a (ENSMMDG00005001155) #20	hoxa11a (ENSMMDG00005023116) #21	ENSMMDG00005023114 #22	ENSMMDG00005023112 #23	HOXA7 (ENSMMDG00005023109) #24	hoxa5a (ENSMMDG00005023106) #25	HOXA4 (ENSMMDG00005023105) #26	hoxa3a (ENSMMDG00005023103) #27	ENSMMDG00005023102 #28	hoxa1a (ENSMMDG00005023101) #29	snx10a (ENSMMDG00005023096) #30	cbx3a (ENSMMDG00005023091) #31	nfe2l3 (ENSMMDG00005023087) #32	ENSMMDG00005023084 #33	ENSMMDG00005023083	ENSMMDG00005023076 #34	FKBP14 (ENSMMDG00005023075) #35	ENSMMDG00005023073 #36
Cod	MODERN SPECIES	14	ENSGMOG00000023880	trappc3 (ENSGMOG00000014231) #7	ENSGMOG00000014200 #8	ENSGMOG00000014179 #10	ENSGMOG00000026304 #11	ENSGMOG00000035459 #12	ENSGMOG00000014090 #13	TRIL (ENSGMOG00000026639) #14	CREB5 (ENSGMOG00000013999)	jazf1a (ENSGMOG00000027822) #16	tax1bp1a (ENSGMOG00000013935) #17	hibadha (ENSGMOG00000013912) #18	evx1 (ENSGMOG00000013898) #19	ENSGMOG00000027233 #20	hoxa11a (ENSGMOG00000028868) #21	ENSGMOG00000024363 #22	ENSGMOG00000036842 #23	hoxa5a (ENSGMOG00000013854) #25	HOXA4 (ENSGMOG00000029383) #26	hoxa3a (ENSGMOG00000022984) #27	ENSGMOG00000013834 #28	HOXA1 (ENSGMOG00000030787) #29	snx10a (ENSGMOG00000013310) #30	CBX3 (ENSGMOG00000013305) #31	nfe2l3 (ENSGMOG00000013292) #32	ENSGMOG00000022248 #33	ENSGMOG00000013273 #34	ENSGMOG00000013265 #35	ENSGMOG00000026246 #36	ENSGMOG00000013231 #37	KCNH8 (ENSGMOG00000006973)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153470.a.a.a.b	ENSGT00770000120611.B	ENSGT00940000156475.f	ENSGT00940000155348.A	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420.a.b.d	ENSGT00940000156420.a.b.c	ENSGT00390000003635.g.c #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000157883.a.b.f.wb	ENSGT00940000161290	ENSGT00940000158302.d.b	ENSGT00940000158302.e	ENSGT00940000160103	ENSGT00940000154383.a.j	ENSGT00940000154383.a.i
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	136	ENSGT00940000154957.B.h	ENSGT00940000157167.eb	ENSGT00940000153470.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156475.f.a	ENSGT00940000155348.A.e	ENSGT00940000155880.f.b #12	ENSGT00940000155957.b.a #13	ENSGT00940000161975.b #14	ENSGT00940000156420.a.b.c.a	ENSGT00390000003635.g.c.b #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab.d #17	ENSGT00940000165581.c.a #18	ENSGT00940000159854.a #19	ENSGT00940000164071.b.b.a #20	ENSGT00940000158311.a.b #21	ENSGT00940000163268.d.a.c #22	ENSGT00940000166648.b #23	ENSGT00940000161013.h #24	ENSGT00940000159894.n #25	ENSGT00940000158988.a.a.f #26	ENSGT00940000159522.u.b #27	ENSGT00940000155029.c.a.f.a #28	ENSGT00940000157315.hc.a #29	ENSGT00940000156007.k.d #30	ENSGT00940000153305.l #31	ENSGT00950000182892.a.b.b.m.a #32	ENSGT00390000003271
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154957.B.h	ENSGT00940000157167.eb	ENSGT00940000153470.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156475.f.a	ENSGT00940000155348.A.e	ENSGT00940000155880.f.b #12	ENSGT00940000155957.b.a #13	ENSGT00940000161975.b #14	ENSGT00940000156420.a.b.c.a	ENSGT00390000003635.g.c.b #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab.d #17	ENSGT00940000165581.c.a #18	ENSGT00940000159854.a #19	ENSGT00940000164071.b.b.a #20	ENSGT00940000158311.a.b #21	ENSGT00940000163268.d.a.c #22	ENSGT00940000166648.b #23	ENSGT00940000161013.h #24	ENSGT00940000159894.n #25	ENSGT00940000158988.a.a.f #26	ENSGT00940000159522.u.b #27	ENSGT00940000155029.c.a.f.a #28	ENSGT00940000157315.hc.a #29	ENSGT00940000156007.k.d #30	ENSGT00940000153305.l #31	ENSGT00950000182892.a.b.b.m.a #32	ENSGT00390000003271	ENSGT01030000234992.b #33	ENSGT00940000161290.d	ENSGT00940000158302.d.b.b	ENSGT00940000158302.d.a.k
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154957.B.h	ENSGT00940000157167.eb	ENSGT00940000153470.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156475.f.a	ENSGT00940000155348.A.e	ENSGT00940000155880.f.b #12	ENSGT00940000155957.b.a #13	ENSGT00940000161975.b #14	ENSGT00940000156420.a.b.c.a	ENSGT00390000003635.g.c.b #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab.d #17	ENSGT00940000165581.c.a #18	ENSGT00940000159854.a #19	ENSGT00940000164071.b.b.a #20	ENSGT00940000158311.a.b #21	ENSGT00940000163268.d.a.c #22	ENSGT00940000166648.b #23	ENSGT00940000161013.h #24	ENSGT00940000159894.n #25	ENSGT00940000158988.a.a.f #26	ENSGT00940000159522.u.b #27	ENSGT00940000155029.c.a.f.a #28	ENSGT00940000157315.hc.a #29	ENSGT00940000156007.k.d #30	ENSGT00940000153305.l #31	ENSGT00950000182892.a.b.b.m.a #32	ENSGT00390000003271	ENSGT01030000234992.b #33	ENSGT00940000161290.d	ENSGT00940000158302.d.b.b	ENSGT00940000158302.d.a.k
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157167.eb	ENSGT00940000153470.a.a.a.b.a	ENSGT00990000210143	ENSGT00940000156475.f.a	ENSGT00940000155348.A.e	ENSGT00940000155880.f.b #12	ENSGT00940000155957.b.a #13	ENSGT00940000161975.b #14	ENSGT00940000156420.a.b.c.a	ENSGT00390000003635.g.c.b #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab.d #17	ENSGT00940000165581.c.a #18	ENSGT00940000159854.a #19	ENSGT00940000164071.b.b.a #20	ENSGT00940000158311.a.b #21	ENSGT00940000163268.d.a.c #22	ENSGT00940000166648.b #23	ENSGT00940000159894.n #25	ENSGT00940000158988.a.a.f #26	ENSGT00940000159522.u.b #27	ENSGT00940000155029.c.a.f.a #28	ENSGT00940000157315.hc.a #29	ENSGT00940000156007.k.d #30	ENSGT00940000153305.l #31	ENSGT00950000182892.a.b.b.m.a #32	ENSGT00390000003271	ENSGT01030000234992.b #33	ENSGT00940000161290.d	ENSGT00940000158302.d.b.b	ENSGT00940000158302.d.a.k	ENSGT00940000160103.i.a
Chinook salmon	MODERN SPECIES	65								TRIL (ENSOTSG00005031346) #14	CREB5 (ENSOTSG00005031345)	jazf1a (ENSOTSG00005031344) #16	ENSOTSG00005031343 #17	ENSOTSG00005031314 #18	EVX1 (ENSOTSG00005031312) #19	hoxa13a (ENSOTSG00005031311) #20	hoxa11a (ENSOTSG00005031310) #21	hoxa10b (ENSOTSG00005031307) #22	hoxa5a (ENSOTSG00005031306) #25	HOXA4 (ENSOTSG00005031305) #26	hoxa3a (ENSOTSG00005031301) #27	hoxa1a (ENSOTSG00005031298) #29	snx10a (ENSOTSG00005031296) #30	cbx3a (ENSOTSG00005031251) #31	nfe2l3 (ENSOTSG00005012838) #32	ENSOTSG00005012837	ENSOTSG00005012835
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Rainbow trout	MODERN SPECIES	24	npy (ENSOMYG00000006572)	ENSOMYG00000052239	ENSOMYG00000006497	GSDME (ENSOMYG00000006469) #12	ENSOMYG00000049320	osbpl3a (ENSOMYG00000006444) #13	CREB5 (ENSOMYG00000006314)	ENSOMYG00000073184	ENSOMYG00000006352 #14	tax1bp1a (ENSOMYG00000012725) #17	ENSOMYG00000059680	hibadha (ENSOMYG00000006005) #18	EVX1 (ENSOMYG00000005935) #19	ENSOMYG00000005868 #20	hoxa11a (ENSOMYG00000053299) #21	ENSOMYG00000005816 #22	ENSOMYG00000005794 #23	HOXA7 (ENSOMYG00000060173) #24	hoxa5a (ENSOMYG00000005721) #25	HOXA4 (ENSOMYG00000005706) #26	HOXA3 (ENSOMYG00000067402) #27	ENSOMYG00000005648 #28	HOXA1 (ENSOMYG00000005629) #29	ENSOMYG00000063825	ENSOMYG00000064397	snx10a (ENSOMYG00000056461) #30	ENSOMYG00000075549	snx10a (ENSOMYG00000005605) #30	ENSOMYG00000057329	CBX3 (ENSOMYG00000066476) #31	nfe2l3 (ENSOMYG00000005546) #32
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Huchen	MODERN SPECIES	1857													EVX1 (ENSHHUG00000007534) #19	hoxa13a (ENSHHUG00000007550) #20	hoxa11a (ENSHHUG00000007563) #21	hoxa10b (ENSHHUG00000007569) #22	ENSHHUG00000007572 #23	HOXA7 (ENSHHUG00000007578) #24	hoxa3a (ENSHHUG00000007592) #27	HOXA4 (ENSHHUG00000007634) #26	ENSHHUG00000007645 #28	HOXA1 (ENSHHUG00000007677) #29
Northern pike	MODERN SPECIES	9	ccdc126 (ENSELUG00000005811)	fam221a (ENSELUG00000005782)	ENSELUG00000031716	npy (ENSELUG00000005748)	ENSELUG00000001355	GSDME (ENSELUG00000001264) #12	osbpl3a (ENSELUG00000000150) #13	TRIL (ENSELUG00000005411) #14	CREB5 (ENSELUG00000005385)	jazf1a (ENSELUG00000005364) #16	tax1bp1a (ENSELUG00000005336) #17	hibadha (ENSELUG00000005263) #18	evx1 (ENSELUG00000005188) #19	hoxa13a (ENSELUG00000005145) #20	hoxa11a (ENSELUG00000005123) #21	hoxa10b (ENSELUG00000005073) #22	ENSELUG00000028773 #23	HOXA7 (ENSELUG00000028152) #24	hoxa5a (ENSELUG00000005024) #25	HOXA4 (ENSELUG00000028027) #26	hoxa3a (ENSELUG00000005012) #27	ENSELUG00000004984 #28	hoxa1a (ENSELUG00000004945) #29	snx10a (ENSELUG00000004919) #30	ENSELUG00000028209	cbx3a (ENSELUG00000004880) #31	nfe2l3 (ENSELUG00000004851) #32	ENSELUG00000004814 #33	ENSELUG00000004670	ADGRB2 (ENSELUG00000004574)	ENSELUG00000033096
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000163281.a	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT00760000119737.b #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000013151.a.b	ENSGT01060000253044	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT00760000119737.b #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287
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Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01060000253044	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT00760000119737.b #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287	ENSGT00390000010652.A.a.a	ENSGT00940000160472	ENSGT00940000164559.B
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	7			ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT00760000119737.b #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287	ENSGT00390000010652.A.a.a	ENSGT00940000160472	ENSGT00940000164559.B
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013151.a.b	ENSGT01060000253044	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT00760000119737.b #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.a #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e.a ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	106	ENSGT00950000182908.C.b.b	ENSGT00940000178869	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a.a ##34	ENSGT00940000157288.n	ENSGT00940000157858.i.b ##35	ENSGT00760000119737.b.a.a #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a.a	ENSGT00940000159498.a	ENSGT00940000156420.a.a.g	ENSGT00390000003635.h.c ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b.a ##17	ENSGT00940000155255.bb	ENSGT00940000164071.b.a.a ##20	ENSGT00940000158311.b.b ##21	ENSGT00940000163268.d.a.a #22	ENSGT00940000164628.s	ENSGT00940000155029.c.a.e.a.a ##28	ENSGT00390000017856.a.l	ENSGT00940000156007.l.h ##30	ENSGT00940000166701.b	ENSGT00940000165630.c	ENSGT00940000155957.a.a ##13	ENSGT00940000155880.e.c ##12	ENSGT00940000158500.g	ENSGT00940000159286.a.b.d.a.b	ENSGT01030000234586.B.a.b.c	ENSGT00940000158808.eb	ENSGT00940000165838.a	ENSGT00390000012976.cb.a	ENSGT01050000245031.b
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182908.C.b.b	ENSGT00940000178869	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a.a ##34	ENSGT00940000157288.n	ENSGT00940000157858.i.b ##35	ENSGT00760000119737.b.a.a #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a.a	ENSGT00940000159498.a	ENSGT00940000156420.a.a.g	ENSGT00390000003635.h.c ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b.a ##17	ENSGT00940000155255.bb	ENSGT00940000164071.b.a.a ##20	ENSGT00940000158311.b.b ##21	ENSGT00940000163268.d.a.a #22	ENSGT00940000164628.s	ENSGT00940000155029.c.a.e.a.b ##28	ENSGT00390000017856.a.l	ENSGT00940000156007.l.h ##30	ENSGT00940000166701.b	ENSGT00940000165630.c	ENSGT00940000155957.a.a ##13	ENSGT00940000155880.e.c ##12	ENSGT00940000158500.g	ENSGT00940000159286.a.b.d.a.b	ENSGT01030000234586.B.a.b.c	ENSGT00940000158808.eb	ENSGT00940000165838.a	ENSGT00390000012976.cb.a	ENSGT01050000245031.b
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Goldfish	MODERN SPECIES	35	twist1b (ENSCARG00000048182)	hdac9b (ENSCARG00000048101)	ANKRD28 (ENSCARG00000039700)	plekha8 (ENSCARG00000039034)	fkbp14 (ENSCARG00000039016) ##35	ENSCARG00000039008 #37	CHN2 (ENSCARG00000037973)	cpvl (ENSCARG00000037316)	ENSCARG00000037247	CREB5 (ENSCARG00000037074)	JAZF1 (ENSCARG00000037004) ##16	tax1bp1b (ENSCARG00000036964) ##17	hibadhb (ENSCARG00000036861)	hoxa13b (ENSCARG00000036849) ##20	hoxa11b (ENSCARG00000036840) ##21	hoxa10b (ENSCARG00000036829) #22	hoxa9b (ENSCARG00000036819)	hoxa2b (ENSCARG00000036803) ##28	skap2 (ENSCARG00000036698)	snx10b (ENSCARG00000036650) ##30	cbx3b (ENSCARG00000036637)	ENSCARG00000036597	OSBPL3 (ENSCARG00000029868) ##13	gsdmeb (ENSCARG00000029680) ##12	pals2a (ENSCARG00000029207)	NPY (ENSCARG00000029165)	STK31 (ENSCARG00000029133)	snapc3 (ENSCARG00000029093)	ENSCARG00000029086	ENSCARG00000029058	rpl18 (ENSCARG00000029007)
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Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	9								ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420.a.b	ENSGT00390000003635.h.b ##16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000155255.eb	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.a.e #22	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000155029.c.a.c #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155348.A	ENSGT00940000156475.f	ENSGT00770000120611.B	ENSGT00940000153470.a.a.a.b
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	161	ANKRD28 (ENSPKIG00000025678)	btd (ENSPKIG00000025675)	COLQ (ENSPKIG00000000019) #34	ENSPKIG00000000042	ENSPKIG00000000045 #36	ENSPKIG00000000055	ENSPKIG00000000065	TRIL (ENSPKIG00000000080) #14	CREB5 (ENSPKIG00000000103)	JAZF1 (ENSPKIG00000000128) ##16	tax1bp1a (ENSPKIG00000000144) #17	hibadhb (ENSPKIG00000000157)	evx1 (ENSPKIG00000000173) #19	hoxa13a (ENSPKIG00000000189) #20	hoxa11a (ENSPKIG00000000203) #21	hoxa10b (ENSPKIG00000000211) #22	hoxa9a (ENSPKIG00000000219)	HOXA7 (ENSPKIG00000000233) #24	hoxa5a (ENSPKIG00000000291) #25	hoxa3a (ENSPKIG00000000306) #27	HOXA4 (ENSPKIG00000000314) #26	hoxa2b (ENSPKIG00000000322) #28	hoxa1a (ENSPKIG00000000337) #29	snx10a (ENSPKIG00000000346) #30	cbx3a (ENSPKIG00000000364) #31	nfe2l3 (ENSPKIG00000000374) #32
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	9	ahr1a (ENSSFOG00015000320)	hacl1 (ENSSFOG00015000239)	COLQ (ENSSFOG00015000185) ##34	plekha8 (ENSSFOG00015000156)	fkbp14 (ENSSFOG00015028498) #35	ENSSFOG00015000096 #37	CHN2 (ENSSFOG00015021811)	cpvl (ENSSFOG00015021768)	CREB5 (ENSSFOG00015021739)	ENSSFOG00015030257	JAZF1 (ENSSFOG00015026612) ##16	tax1bp1b (ENSSFOG00015021686) ##17	hibadhb (ENSSFOG00015026866)	hoxa13b (ENSSFOG00015029608) ##20	hoxa11b (ENSSFOG00015021651) ##21	hoxa10b (ENSSFOG00015027620) #22	hoxa9b (ENSSFOG00015021639)	hoxa2b (ENSSFOG00015021630) #28	skap2 (ENSSFOG00015021609)	snx10b (ENSSFOG00015026293) ##30	cbx3b (ENSSFOG00015021577)	ENSSFOG00015021567	ENSSFOG00015021552	OSBPL3 (ENSSFOG00015021460) ##13	gsdmeb (ENSSFOG00015021418) ##12	ENSSFOG00015021387	NPY (ENSSFOG00015021370)	STK31 (ENSSFOG00015021341)	malsu1 (ENSSFOG00015027288)	VMO1 (ENSSFOG00015021325)	ENSSFOG00015021282
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Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT01000000221212	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000154298.b.b	ENSGT00390000001859.e	ENSGT00940000164071.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287	ENSGT00390000015035
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000171365	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Mummichog	MODERN SPECIES	2197	twist1b (ENSFHEG00000014722)	hdac9b (ENSFHEG00000014754)	ANKRD28 (ENSFHEG00000014860)	hacl1 (ENSFHEG00000014867)	COLQ (ENSFHEG00000000612) ##34	plekha8 (ENSFHEG00000014916)	fkbp14 (ENSFHEG00000014927) ##35	CHN2 (ENSFHEG00000014974)	cpvl (ENSFHEG00000015030)	CREB5 (ENSFHEG00000015078)	JAZF1 (ENSFHEG00000015101) ##16	tax1bp1b (ENSFHEG00000015152) ##17	hibadhb (ENSFHEG00000015184)	hoxa13b (ENSFHEG00000000840) ##20	hoxa11b (ENSFHEG00000015193) ##21	ENSFHEG00000015202 ##22	hoxa9b (ENSFHEG00000015199)	hoxa2b (ENSFHEG00000015214) ##28	skap2 (ENSFHEG00000015227)	snx10b (ENSFHEG00000015253) ##30	snx10b (ENSFHEG00000015260) ##30	cbx3b (ENSFHEG00000015277)	ENSFHEG00000015334	ENSFHEG00000015355	OSBPL3 (ENSFHEG00000015476) ##13	gsdmeb (ENSFHEG00000015490) ##12	pals2a (ENSFHEG00000015540)	NPY (ENSFHEG00000015559)	malsu1 (ENSFHEG00000015565)	smpd5 (ENSFHEG00000015589)	ENSFHEG00000015597
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a.e	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a.e	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b.d	ENSGT00950000182908.C.b.c	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a.e	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a
Sailfin molly	MODERN SPECIES	381									cpvl (ENSPLAG00000015055)	CREB5 (ENSPLAG00000015087)	JAZF1 (ENSPLAG00000015103) ##16	tax1bp1b (ENSPLAG00000015128) ##17	hibadhb (ENSPLAG00000015198)	hoxa13b (ENSPLAG00000015269) ##20	hoxa11b (ENSPLAG00000015304) ##21	ENSPLAG00000015316 ##22	hoxa9b (ENSPLAG00000015324)	hoxa2b (ENSPLAG00000015333) ##28	skap2 (ENSPLAG00000015340)	snx10b (ENSPLAG00000015346) ##30	cbx3b (ENSPLAG00000015511)	ENSPLAG00000015595	C7orf31 (ENSPLAG00000015612)	OSBPL3 (ENSPLAG00000015669) ##13	gsdmeb (ENSPLAG00000015695) ##12	pals2a (ENSPLAG00000015724)	NPY (ENSPLAG00000015745)	malsu1 (ENSPLAG00000015748)	smpd5 (ENSPLAG00000015772)
Guppy	MODERN SPECIES	446	twist1b (ENSPREG00000001986)	hdac9b (ENSPREG00000001897)	ANKRD28 (ENSPREG00000001859)	hacl1 (ENSPREG00000001764)	COLQ (ENSPREG00000001751) ##34	plekha8 (ENSPREG00000001692)	fkbp14 (ENSPREG00000001666) ##35	CHN2 (ENSPREG00000001605)	cpvl (ENSPREG00000001566)	CREB5 (ENSPREG00000001516)	JAZF1 (ENSPREG00000001479) ##16	tax1bp1b (ENSPREG00000001460) ##17	hibadhb (ENSPREG00000001412)	hoxa13b (ENSPREG00000001397) ##20	hoxa11b (ENSPREG00000001364) ##21	ENSPREG00000001340 ##22	hoxa9b (ENSPREG00000001346)	hoxa2b (ENSPREG00000001334) ##28	skap2 (ENSPREG00000001278)	snx10b (ENSPREG00000001197) ##30	cbx3b (ENSPREG00000001171)	ENSPREG00000001091	ENSPREG00000001064	OSBPL3 (ENSPREG00000000987) ##13	gsdmeb (ENSPREG00000000947) ##12	pals2a (ENSPREG00000000901)	NPY (ENSPREG00000000877)	malsu1 (ENSPREG00000000845)	smpd5 (ENSPREG00000000831)	SPATC1L (ENSPREG00000000809)	grinab (ENSPREG00000000785)
Platyfish	MODERN SPECIES	17	twist1b (ENSXMAG00000019787)	hdac9b (ENSXMAG00000013839)	ANKRD28 (ENSXMAG00000013843)	hacl1 (ENSXMAG00000013857)	COLQ (ENSXMAG00000013868) ##34	plekha8 (ENSXMAG00000013874)	fkbp14 (ENSXMAG00000013879) ##35	CHN2 (ENSXMAG00000013882)	cpvl (ENSXMAG00000013886)	CREB5 (ENSXMAG00000013891)	JAZF1 (ENSXMAG00000013895) ##16	tax1bp1b (ENSXMAG00000013896) ##17	hibadhb (ENSXMAG00000013899)	hoxa13b (ENSXMAG00000026913) ##20	hoxa11b (ENSXMAG00000013903) ##21	ENSXMAG00000028422 ##22	hoxa9b (ENSXMAG00000013906)	hoxa2b (ENSXMAG00000023698) ##28	skap2 (ENSXMAG00000013908)	snx10b (ENSXMAG00000022732) ##30	cbx3b (ENSXMAG00000013912)	ENSXMAG00000013913	ENSXMAG00000013920	OSBPL3 (ENSXMAG00000013928) ##13	gsdmeb (ENSXMAG00000027581) ##12	pals2a (ENSXMAG00000013971)	NPY (ENSXMAG00000013995)	malsu1 (ENSXMAG00000024134)	smpd5 (ENSXMAG00000013998)	grinab (ENSXMAG00000014007)	rbm24b (ENSXMAG00000014017)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h	ENSGT00940000156245.a.a
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	92	twist1b (ENSKMAG00000015768)	hdac9b (ENSKMAG00000015707)	ANKRD28 (ENSKMAG00000015591)	hacl1 (ENSKMAG00000015483)	COLQ (ENSKMAG00000015426) ##34	plekha8 (ENSKMAG00000015362)	fkbp14 (ENSKMAG00000015321) ##35	CHN2 (ENSKMAG00000015268)	cpvl (ENSKMAG00000015213)	CREB5 (ENSKMAG00000015158)	JAZF1 (ENSKMAG00000015126) ##16	tax1bp1b (ENSKMAG00000015099) ##17	hibadhb (ENSKMAG00000015068)	hoxa13b (ENSKMAG00000015035) ##20	hoxa11b (ENSKMAG00000015024) ##21	ENSKMAG00000015007 ##22	hoxa9b (ENSKMAG00000014986)	hoxa2b (ENSKMAG00000014967) ##28	skap2 (ENSKMAG00000014915)	snx10b (ENSKMAG00000014891) ##30	cbx3b (ENSKMAG00000014869)	ENSKMAG00000014733	OSBPL3 (ENSKMAG00000014680) ##13	gsdmeb (ENSKMAG00000014650) ##12	pals2a (ENSKMAG00000014598)	NPY (ENSKMAG00000014576)	malsu1 (ENSKMAG00000014561)	smpd5 (ENSKMAG00000014523)	ENSKMAG00000014506	grinab (ENSKMAG00000014477)	rbm24b (ENSKMAG00000014458)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h.g
Indian medaka	MODERN SPECIES	5	twist1b (ENSOMEG00000020301)	hdac9b (ENSOMEG00000020371)	ANKRD28 (ENSOMEG00000020476)	hacl1 (ENSOMEG00000020529)	COLQ (ENSOMEG00000020557) ##34	plekha8 (ENSOMEG00000020599)	fkbp14 (ENSOMEG00000020616) ##35	CHN2 (ENSOMEG00000020636)	cpvl (ENSOMEG00000020677)	CREB5 (ENSOMEG00000020734)	JAZF1 (ENSOMEG00000020759) ##16	tax1bp1b (ENSOMEG00000020843) ##17	hibadhb (ENSOMEG00000020876)	hoxa13b (ENSOMEG00000020887) ##20	hoxa11b (ENSOMEG00000020907) ##21	ENSOMEG00000020917 ##22	hoxa9b (ENSOMEG00000020924)	hoxa2b (ENSOMEG00000020935) ##28	skap2 (ENSOMEG00000020980)	snx10b (ENSOMEG00000021014) ##30	cbx3b (ENSOMEG00000021045)	ENSOMEG00000021098	ENSOMEG00000021121	OSBPL3 (ENSOMEG00000021253) ##13	gsdmeb (ENSOMEG00000021294) ##12	pals2a (ENSOMEG00000021343)	NPY (ENSOMEG00000021366)	malsu1 (ENSOMEG00000021384)	smpd5 (ENSOMEG00000021400)	ENSOMEG00000021413	grinab (ENSOMEG00000021436)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	7	twist1b (ENSOJAG00000001984)	hdac9b (ENSOJAG00000002010)	ANKRD28 (ENSOJAG00000002474)	hacl1 (ENSOJAG00000004335)	COLQ (ENSOJAG00000004426) ##34	plekha8 (ENSOJAG00000004450)	fkbp14 (ENSOJAG00000004525) ##35	CHN2 (ENSOJAG00000004542)	cpvl (ENSOJAG00000004653)	CREB5 (ENSOJAG00000004901)	JAZF1 (ENSOJAG00000004919) ##16	tax1bp1b (ENSOJAG00000004952) ##17	hibadhb (ENSOJAG00000004992)	hoxa13b (ENSOJAG00000005031) ##20	hoxa11b (ENSOJAG00000005039) ##21	ENSOJAG00000005045 ##22	hoxa9b (ENSOJAG00000005049)	hoxa2b (ENSOJAG00000005061) ##28	skap2 (ENSOJAG00000005085)	snx10b (ENSOJAG00000005107) ##30	cbx3b (ENSOJAG00000005112)	ENSOJAG00000005128	ENSOJAG00000005152	OSBPL3 (ENSOJAG00000005451) ##13	gsdmeb (ENSOJAG00000008946) ##12	pals2a (ENSOJAG00000008985)	NPY (ENSOJAG00000009530)	malsu1 (ENSOJAG00000009536)	smpd5 (ENSOJAG00000009545)	ENSOJAG00000009553	grinab (ENSOJAG00000009557)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	7	hdac9b (ENSORLG00000007268)	ANKRD28 (ENSORLG00000007319)	ENSORLG00000007334	hacl1 (ENSORLG00000007343)	COLQ (ENSORLG00000007381) ##34	plekha8 (ENSORLG00000007400)	fkbp14 (ENSORLG00000007415) ##35	CHN2 (ENSORLG00000007444)	cpvl (ENSORLG00000007488)	CREB5 (ENSORLG00000007509)	JAZF1 (ENSORLG00000007516) ##16	tax1bp1b (ENSORLG00000007562) ##17	hibadhb (ENSORLG00000007586)	hoxa13b (ENSORLG00000007597) ##20	hoxa11b (ENSORLG00000007608) ##21	ENSORLG00000007617 ##22	hoxa9b (ENSORLG00000007620)	hoxa2b (ENSORLG00000007624) ##28	skap2 (ENSORLG00000007660)	snx10b (ENSORLG00000007677) ##30	cbx3b (ENSORLG00000007692)	ENSORLG00000027931	ENSORLG00000007734	ENSORLG00000025854	OSBPL3 (ENSORLG00000007774) ##13	gsdmeb (ENSORLG00000007783) ##12	pals2a (ENSORLG00000007872)	ENSORLG00000007880	smpd5 (ENSORLG00000007890)	ENSORLG00000021836	grinab (ENSORLG00000007899)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	493	twist1b (ENSOSIG00000020969)	hdac9b (ENSOSIG00000020970)	ANKRD28 (ENSOSIG00000021208)	hacl1 (ENSOSIG00000023206)	COLQ (ENSOSIG00000023271) ##34	plekha8 (ENSOSIG00000023282)	fkbp14 (ENSOSIG00000023284) ##35	CHN2 (ENSOSIG00000023311)	cpvl (ENSOSIG00000023352)	CREB5 (ENSOSIG00000023360)	JAZF1 (ENSOSIG00000023362) ##16	tax1bp1b (ENSOSIG00000023368) ##17	hibadhb (ENSOSIG00000023371)	hoxa13b (ENSOSIG00000023372) ##20	hoxa11b (ENSOSIG00000023374) ##21	ENSOSIG00000003721 ##22	hoxa9b (ENSOSIG00000003729)	hoxa2b (ENSOSIG00000003738) ##28	skap2 (ENSOSIG00000003769)	snx10b (ENSOSIG00000003931) ##30	cbx3b (ENSOSIG00000003938)	ENSOSIG00000003945	OSBPL3 (ENSOSIG00000004039) ##13	gsdmeb (ENSOSIG00000005215) ##12	NPY (ENSOSIG00000005297)	malsu1 (ENSOSIG00000005302)	smpd5 (ENSOSIG00000005305)	grinab (ENSOSIG00000005309)	rbm24b (ENSOSIG00000005330)	ENSOSIG00000006028	ptdss1a (ENSOSIG00000006032)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Nile tilapia	MODERN SPECIES	2	twist1b (ENSONIG00000020610)	hdac9b (ENSONIG00000002902)	ANKRD28 (ENSONIG00000002905)	hacl1 (ENSONIG00000002911)	COLQ (ENSONIG00000002914) ##34	plekha8 (ENSONIG00000002916)	fkbp14 (ENSONIG00000002921) ##35	CHN2 (ENSONIG00000002925)	cpvl (ENSONIG00000002938)	CREB5 (ENSONIG00000002945)	JAZF1 (ENSONIG00000004607) ##16	tax1bp1b (ENSONIG00000002952) ##17	hibadhb (ENSONIG00000002955)	hoxa13b (ENSONIG00000002962) ##20	hoxa11b (ENSONIG00000002963) ##21	ENSONIG00000002964 ##22	hoxa9b (ENSONIG00000002965)	hoxa2b (ENSONIG00000002966) ##28	skap2 (ENSONIG00000002967)	snx10b (ENSONIG00000002970) ##30	cbx3b (ENSONIG00000002971)	ENSONIG00000002973	OSBPL3 (ENSONIG00000002976) ##13	gsdme (ENSONIG00000002987) ##12	pals2a (ENSONIG00000002990)	NPY (ENSONIG00000042290)	malsu1 (ENSONIG00000029934)	smpd5 (ENSONIG00000003005)	ENSONIG00000030921	grinab (ENSONIG00000003008)	rbm24b (ENSONIG00000003010)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	444	twist1b (ENSHBUG00000018336)	hdac9b (ENSHBUG00000018280)	ANKRD28 (ENSHBUG00000018150)	hacl1 (ENSHBUG00000018057)	COLQ (ENSHBUG00000017971) ##34	plekha8 (ENSHBUG00000017938)	fkbp14 (ENSHBUG00000017848) ##35	CHN2 (ENSHBUG00000017824)	cpvl (ENSHBUG00000017759)	CREB5 (ENSHBUG00000001119)	JAZF1 (ENSHBUG00000017624) ##16	tax1bp1b (ENSHBUG00000017598) ##17	hibadhb (ENSHBUG00000017577)	hoxa13b (ENSHBUG00000017566) ##20	hoxa11b (ENSHBUG00000017560) ##21	ENSHBUG00000017556 ##22	hoxa9b (ENSHBUG00000017541)	hoxa2b (ENSHBUG00000017536) ##28	skap2 (ENSHBUG00000017527)	snx10b (ENSHBUG00000017519) ##30	cbx3b (ENSHBUG00000017511)	ENSHBUG00000017501	ENSHBUG00000017494	OSBPL3 (ENSHBUG00000017465) ##13	gsdmeb (ENSHBUG00000017333) ##12	pals2a (ENSHBUG00000017314)	NPY (ENSHBUG00000017245)	malsu1 (ENSHBUG00000017223)	smpd5 (ENSHBUG00000017212)	ENSHBUG00000017161	grinab (ENSHBUG00000017176)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
P. nyererei	MODERN SPECIES	379	twist1b (ENSPNYG00000014358)	hdac9b (ENSPNYG00000014404)	ANKRD28 (ENSPNYG00000014481)	hacl1 (ENSPNYG00000014606)	COLQ (ENSPNYG00000014683) ##34	plekha8 (ENSPNYG00000014782)	fkbp14 (ENSPNYG00000014830) ##35	CHN2 (ENSPNYG00000014857)	cpvl (ENSPNYG00000014875)	CREB5 (ENSPNYG00000014903)	JAZF1 (ENSPNYG00000014932) ##16	tax1bp1b (ENSPNYG00000014959) ##17	hibadhb (ENSPNYG00000015054)	hoxa13b (ENSPNYG00000015087) ##20	hoxa11b (ENSPNYG00000015136) ##21	ENSPNYG00000015144 ##22	hoxa9b (ENSPNYG00000015171)	hoxa2b (ENSPNYG00000015186) ##28	skap2 (ENSPNYG00000015241)	snx10b (ENSPNYG00000015345) ##30	cbx3b (ENSPNYG00000015359)	ENSPNYG00000015381	ENSPNYG00000015501	OSBPL3 (ENSPNYG00000015525) ##13	gsdmeb (ENSPNYG00000015572) ##12	pals2a (ENSPNYG00000015586)	NPY (ENSPNYG00000015619)	malsu1 (ENSPNYG00000015636)	smpd5 (ENSPNYG00000015647)	grinab (ENSPNYG00000015673)	rbm24b (ENSPNYG00000015684)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Eastern happy	MODERN SPECIES	2	twist1b (ENSACLG00000002756)	hdac9b (ENSACLG00000002835)	ANKRD28 (ENSACLG00000002928)	hacl1 (ENSACLG00000003050)	COLQ (ENSACLG00000003113) ##34	plekha8 (ENSACLG00000003143)	fkbp14 (ENSACLG00000003212) ##35	CHN2 (ENSACLG00000003258)	cpvl (ENSACLG00000003328)	CREB5 (ENSACLG00000003365)	JAZF1 (ENSACLG00000003411) ##16	tax1bp1b (ENSACLG00000003435) ##17	hibadhb (ENSACLG00000003518)	hoxa13b (ENSACLG00000003533) ##20	hoxa11b (ENSACLG00000003540) ##21	ENSACLG00000003545 ##22	hoxa9b (ENSACLG00000003565)	hoxa2b (ENSACLG00000003578) ##28	skap2 (ENSACLG00000003584)	snx10b (ENSACLG00000003602) ##30	cbx3b (ENSACLG00000003614)	ENSACLG00000003940	ENSACLG00000003951	OSBPL3 (ENSACLG00000003972) ##13	gsdmeb (ENSACLG00000004038) ##12	pals2a (ENSACLG00000004049)	NPY (ENSACLG00000004109)	malsu1 (ENSACLG00000004127)	smpd5 (ENSACLG00000004150)	ENSACLG00000004205	grinab (ENSACLG00000004199)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1093	hdac9b (ENSMZEG00005013800)	ENSMZEG00005013825	ANKRD28 (ENSMZEG00005013857)	hacl1 (ENSMZEG00005013889)	COLQ (ENSMZEG00005013922) ##34	plekha8 (ENSMZEG00005013943)	fkbp14 (ENSMZEG00005013971) ##35	CHN2 (ENSMZEG00005013985)	cpvl (ENSMZEG00005014001)	CREB5 (ENSMZEG00005014013)	JAZF1 (ENSMZEG00005014024) ##16	tax1bp1b (ENSMZEG00005014031) ##17	hibadhb (ENSMZEG00005014049)	hoxa13b (ENSMZEG00005014057) ##20	hoxa11b (ENSMZEG00005014064) ##21	ENSMZEG00005014069 ##22	hoxa9b (ENSMZEG00005014077)	ENSMZEG00005014086	skap2 (ENSMZEG00005014142)	snx10b (ENSMZEG00005014170) ##30	cbx3b (ENSMZEG00005014176)	ENSMZEG00005014188	ENSMZEG00005014226	OSBPL3 (ENSMZEG00005014261) ##13	gsdmeb (ENSMZEG00005014321) ##12	pals2a (ENSMZEG00005014339)	NPY (ENSMZEG00005014357)	malsu1 (ENSMZEG00005014364)	smpd5 (ENSMZEG00005014373)	grinab (ENSMZEG00005014384)	rbm24b (ENSMZEG00005014397)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	369	hdac9b (ENSNBRG00000016972)	ANKRD28 (ENSNBRG00000016903)	hacl1 (ENSNBRG00000016787)	COLQ (ENSNBRG00000016728) ##34	plekha8 (ENSNBRG00000016692)	fkbp14 (ENSNBRG00000016680) ##35	CHN2 (ENSNBRG00000016649)	cpvl (ENSNBRG00000016620)	CREB5 (ENSNBRG00000016593)	ENSNBRG00000016575	JAZF1 (ENSNBRG00000016562) ##16	tax1bp1b (ENSNBRG00000016538) ##17	hibadhb (ENSNBRG00000016497)	hoxa13b (ENSNBRG00000016416) ##20	hoxa11b (ENSNBRG00000016387) ##21	ENSNBRG00000016382 ##22	hoxa9b (ENSNBRG00000016323)	hoxa2b (ENSNBRG00000016275) ##28	skap2 (ENSNBRG00000016244)	snx10b (ENSNBRG00000016233) ##30	cbx3b (ENSNBRG00000016223)	ENSNBRG00000016067	ENSNBRG00000016039	OSBPL3 (ENSNBRG00000015988) ##13	gsdmeb (ENSNBRG00000015972) ##12	pals2a (ENSNBRG00000015927)	NPY (ENSNBRG00000015897)	malsu1 (ENSNBRG00000015892)	smpd5 (ENSNBRG00000015871)	grinab (ENSNBRG00000015861)	rbm24b (ENSNBRG00000015853)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	303	twist1b (ENSACIG00000016767)	hdac9b (ENSACIG00000016677)	ANKRD28 (ENSACIG00000016624)	hacl1 (ENSACIG00000016585)	COLQ (ENSACIG00000016565) ##34	plekha8 (ENSACIG00000016533)	fkbp14 (ENSACIG00000016522) ##35	CHN2 (ENSACIG00000016488)	cpvl (ENSACIG00000016460)	CREB5 (ENSACIG00000016442)	JAZF1 (ENSACIG00000016428) ##16	tax1bp1b (ENSACIG00000016387) ##17	hibadhb (ENSACIG00000016255)	hoxa13b (ENSACIG00000016195) ##20	hoxa11b (ENSACIG00000016183) ##21	ENSACIG00000016169 ##22	hoxa9b (ENSACIG00000016147)	hoxa2b (ENSACIG00000016137) ##28	skap2 (ENSACIG00000016113)	snx10b (ENSACIG00000016072) ##30	cbx3b (ENSACIG00000016058)	ENSACIG00000015889	ENSACIG00000015881	OSBPL3 (ENSACIG00000015841) ##13	gsdmeb (ENSACIG00000015817) ##12	pals2a (ENSACIG00000015789)	NPY (ENSACIG00000015781)	malsu1 (ENSACIG00000015753)	smpd5 (ENSACIG00000015732)	ENSACIG00000015718	grinab (ENSACIG00000015664)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	945						plekha8 (ENSSPAG00000013132)	fkbp14 (ENSSPAG00000013112) ##35	CHN2 (ENSSPAG00000013068)	cpvl (ENSSPAG00000013027)	CREB5 (ENSSPAG00000012995)	JAZF1 (ENSSPAG00000012971) ##16	tax1bp1b (ENSSPAG00000012932) ##17	hibadhb (ENSSPAG00000012907)	hoxa13b (ENSSPAG00000012831) ##20	hoxa11b (ENSSPAG00000012824) ##21	ENSSPAG00000012816 ##22	hoxa9b (ENSSPAG00000012814)	hoxa2b (ENSSPAG00000012756) ##28	skap2 (ENSSPAG00000012740)	snx10b (ENSSPAG00000012728) ##30	cbx3b (ENSSPAG00000012709)	ENSSPAG00000012543	ENSSPAG00000012509	OSBPL3 (ENSSPAG00000012361) ##13	gsdmeb (ENSSPAG00000012321) ##12	pals2a (ENSSPAG00000012290)
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3404	sp8b (ENSAOCG00000004279)	macc1 (ENSAOCG00000004274)	twist1b (ENSAOCG00000004272)	hdac9b (ENSAOCG00000004258)	ANKRD28 (ENSAOCG00000004231)	hacl1 (ENSAOCG00000004167)	plekha8 (ENSAOCG00000004124)	fkbp14 (ENSAOCG00000004089) ##35	CHN2 (ENSAOCG00000004058)	cpvl (ENSAOCG00000003999)	CREB5 (ENSAOCG00000003987)	JAZF1 (ENSAOCG00000003982) ##16	tax1bp1b (ENSAOCG00000003970) ##17	hibadhb (ENSAOCG00000003953)	hoxa13b (ENSAOCG00000003928) ##20	ENSAOCG00000003913 ##22	hoxa9b (ENSAOCG00000003903)	hoxa2b (ENSAOCG00000003899) ##28	skap2 (ENSAOCG00000003894)	snx10b (ENSAOCG00000003877) ##30	cbx3b (ENSAOCG00000003870)	ENSAOCG00000003860	ENSAOCG00000003809	ENSAOCG00000003798 ##13	gsdmeb (ENSAOCG00000003778) ##12
Orange clownfish	MODERN SPECIES	21	hdac9b (ENSAPEG00000011621)	ANKRD28 (ENSAPEG00000011524)	hacl1 (ENSAPEG00000011431)	COLQ (ENSAPEG00000011370) ##34	plekha8 (ENSAPEG00000011298)	fkbp14 (ENSAPEG00000011268) ##35	CHN2 (ENSAPEG00000011217)	cpvl (ENSAPEG00000011142)	CREB5 (ENSAPEG00000010990)	ENSAPEG00000010975	JAZF1 (ENSAPEG00000010953) ##16	tax1bp1b (ENSAPEG00000010863) ##17	hibadhb (ENSAPEG00000010821)	hoxa13b (ENSAPEG00000010694) ##20	hoxa11b (ENSAPEG00000010686) ##21	ENSAPEG00000010652 ##22	hoxa2b (ENSAPEG00000010631) ##28	skap2 (ENSAPEG00000010559)	snx10b (ENSAPEG00000010549) ##30	cbx3b (ENSAPEG00000010544)	ENSAPEG00000010467	ENSAPEG00000010406	OSBPL3 (ENSAPEG00000010289) ##13	gsdmeb (ENSAPEG00000010259) ##12	pals2a (ENSAPEG00000010209)	NPY (ENSAPEG00000010164)	malsu1 (ENSAPEG00000010156)	smpd5 (ENSAPEG00000010110)	ENSAPEG00000010088	grinab (ENSAPEG00000010079)	rbm24b (ENSAPEG00000010059)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	194	hdac9b (ENSAPOG00000017075)	ANKRD28 (ENSAPOG00000017221)	hacl1 (ENSAPOG00000017232)	COLQ (ENSAPOG00000017255) ##34	plekha8 (ENSAPOG00000017273)	fkbp14 (ENSAPOG00000017291) ##35	CHN2 (ENSAPOG00000017355)	cpvl (ENSAPOG00000017366)	cpvl (ENSAPOG00000000472)	CREB5 (ENSAPOG00000017445)	JAZF1 (ENSAPOG00000017474) ##16	tax1bp1b (ENSAPOG00000017500) ##17	hibadhb (ENSAPOG00000017541)	hoxa13b (ENSAPOG00000017602) ##20	hoxa11b (ENSAPOG00000017683) ##21	ENSAPOG00000017706 ##22	hoxa9b (ENSAPOG00000017744)	hoxa2b (ENSAPOG00000017752) ##28	skap2 (ENSAPOG00000017825)	snx10b (ENSAPOG00000017871) ##30	cbx3b (ENSAPOG00000017883)	ENSAPOG00000017983	ENSAPOG00000018022	ENSAPOG00000018095 ##13
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h	ENSGT00940000156245.a.a
Fugu	MODERN SPECIES	19	macc1 (ENSTRUG00000015804)	twist1 (ENSTRUG00000015797)	ENSTRUG00000028716	hdac9b (ENSTRUG00000015773)	ANKRD28 (ENSTRUG00000015695)	hacl1 (ENSTRUG00000015648)	COLQ (ENSTRUG00000015630) ##34	plekha8 (ENSTRUG00000015600)	fkbp14 (ENSTRUG00000015596) ##35	CHN2 (ENSTRUG00000015557)	cpvl (ENSTRUG00000015515)	CREB5 (ENSTRUG00000015448)	JAZF1 (ENSTRUG00000018220) ##16	tax1bp1b (ENSTRUG00000015394) ##17	hibadhb (ENSTRUG00000015370)	ENSTRUG00000015364 ##22	hoxa11b (ENSTRUG00000029803) ##21	hoxa9b (ENSTRUG00000021837)	hoxa2b (ENSTRUG00000015327) ##28	skap2 (ENSTRUG00000015267)	snx10b (ENSTRUG00000020672) ##30	cbx3b (ENSTRUG00000015222)	ENSTRUG00000015113	ENSTRUG00000028441	OSBPL3 (ENSTRUG00000014932) ##13	gsdmeb (ENSTRUG00000014926) ##12	pals2a (ENSTRUG00000014887)	NPY (ENSTRUG00000014884)	smpd5 (ENSTRUG00000014862)	ENSTRUG00000032851	grinab (ENSTRUG00000021143)
Tetraodon	MODERN SPECIES	23	twist1b (ENSTNIG00000018440)	hdac9b (ENSTNIG00000018439)	ANKRD28 (ENSTNIG00000018438)	hacl1 (ENSTNIG00000018437)	COLQ (ENSTNIG00000018436) ##34	plekha8 (ENSTNIG00000018435)	fkbp14 (ENSTNIG00000018434) ##35	CHN2 (ENSTNIG00000018433)	cpvl (ENSTNIG00000018432)	CREB5 (ENSTNIG00000018431)	JAZF1 (ENSTNIG00000018430) ##16	tax1bp1b (ENSTNIG00000018429) ##17	hibadhb (ENSTNIG00000018428)	hoxa13b (ENSTNIG00000001781) ##20	hoxa11b (ENSTNIG00000000494) ##21	ENSTNIG00000001780 ##22	hoxa9b (ENSTNIG00000001769)	hoxa2b (ENSTNIG00000001768) ##28	skap2 (ENSTNIG00000018427)	snx10b (ENSTNIG00000018426) ##30	cbx3b (ENSTNIG00000018425)	ENSTNIG00000018424	OSBPL3 (ENSTNIG00000018423) ##13	gsdmeb (ENSTNIG00000002463) ##12	pals2a (ENSTNIG00000018422)	NPY (ENSTNIG00000018421)	ENSTNIG00000000117	smpd5 (ENSTNIG00000018420)	ENSTNIG00000018419	grinab (ENSTNIG00000018418)	rbm24b (ENSTNIG00000018417)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	101	twist1b (ENSLBEG00000008337)	hdac9b (ENSLBEG00000008357)	ANKRD28 (ENSLBEG00000008448)	hacl1 (ENSLBEG00000008593)	COLQ (ENSLBEG00000008704) ##34	plekha8 (ENSLBEG00000008747)	fkbp14 (ENSLBEG00000008801) ##35	CHN2 (ENSLBEG00000008860)	cpvl (ENSLBEG00000008956)	CREB5 (ENSLBEG00000009016)	JAZF1 (ENSLBEG00000009100) ##16	tax1bp1b (ENSLBEG00000009134) ##17	hibadhb (ENSLBEG00000009177)	hoxa13b (ENSLBEG00000009213) ##20	hoxa11b (ENSLBEG00000009228) ##21	ENSLBEG00000009239 ##22	hoxa9b (ENSLBEG00000009261)	hoxa2b (ENSLBEG00000009277) ##28	skap2 (ENSLBEG00000009365)	snx10b (ENSLBEG00000009434) ##30	cbx3b (ENSLBEG00000009482)	ENSLBEG00000009627	ENSLBEG00000009699	ENSLBEG00000009796 ##13	ENSLBEG00000009992	ENSLBEG00000010032	ENSLBEG00000010109	hspb6 (ENSLBEG00000010127)	proser3 (ENSLBEG00000010147)	lin37 (ENSLBEG00000010185)	ENSLBEG00000010238
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	8	twist1b (ENSSAUG00010007108)	hdac9b (ENSSAUG00010007109)	ANKRD28 (ENSSAUG00010007114)	hacl1 (ENSSAUG00010007288)	COLQ (ENSSAUG00010007419) ##34	plekha8 (ENSSAUG00010007424)	fkbp14 (ENSSAUG00010007466) ##35	CHN2 (ENSSAUG00010007468)	cpvl (ENSSAUG00010007474)	CREB5 (ENSSAUG00010007486)	JAZF1 (ENSSAUG00010007488) ##16	tax1bp1b (ENSSAUG00010007490) ##17	hibadhb (ENSSAUG00010007493)	hoxa13b (ENSSAUG00010007579) ##20	hoxa11b (ENSSAUG00010007580) ##21	ENSSAUG00010007581 ##22	hoxa9b (ENSSAUG00010007582)	hoxa2b (ENSSAUG00010007584) ##28	skap2 (ENSSAUG00010007589)	snx10b (ENSSAUG00010007601) ##30	ENSSAUG00010007605	ENSSAUG00010007607	OSBPL3 (ENSSAUG00010007627) ##13	gsdmeb (ENSSAUG00010008345) ##12	pals2a (ENSSAUG00010008352)	NPY (ENSSAUG00010008736)	malsu1 (ENSSAUG00010008745)	smpd5 (ENSSAUG00010008746)	ENSSAUG00010008747	grinab (ENSSAUG00010008748)	rbm24b (ENSSAUG00010008749)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
European seabass	MODERN SPECIES	6	macc1 (ENSDLAG00005019153)	twist1b (ENSDLAG00005027630)	hdac9b (ENSDLAG00005019085)	ENSDLAG00005017437	hacl1 (ENSDLAG00005017349)	plekha8 (ENSDLAG00005017284)	fkbp14 (ENSDLAG00005027101) ##35	CHN2 (ENSDLAG00005016963)	cpvl (ENSDLAG00005016207)	CREB5 (ENSDLAG00005016181)	JAZF1 (ENSDLAG00005016165) ##16	tax1bp1b (ENSDLAG00005016113) ##17	hibadhb (ENSDLAG00005016058)	hoxa13b (ENSDLAG00005016052) ##20	hoxa11b (ENSDLAG00005034243) ##21	ENSDLAG00005016047 ##22	hoxa9b (ENSDLAG00005016040)	skap2 (ENSDLAG00005016010)	snx10b (ENSDLAG00005015985) ##30	C7orf31 (ENSDLAG00005015785)	ENSDLAG00005015884	OSBPL3 (ENSDLAG00005014842) ##13	pals2a (ENSDLAG00005013839)	ENSDLAG00005013794	smpd5 (ENSDLAG00005013786)	rbm24b (ENSDLAG00005027279)	ENSDLAG00005014793 ##12	ENSDLAG00005013447	ENSDLAG00005013435	ptdss1a (ENSDLAG00005013253)	ENSDLAG00005013245
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	484	twist1b (ENSLCRG00005005726)	hdac9b (ENSLCRG00005005721)	ANKRD28 (ENSLCRG00005004018)	hacl1 (ENSLCRG00005002619)	COLQ (ENSLCRG00005002579) ##34	plekha8 (ENSLCRG00005002558)	fkbp14 (ENSLCRG00005002552) ##35	CHN2 (ENSLCRG00005001253)	cpvl (ENSLCRG00005000690)	CREB5 (ENSLCRG00005000631)	JAZF1 (ENSLCRG00005009772) ##16	tax1bp1b (ENSLCRG00005009770) ##17	hibadhb (ENSLCRG00005009720)	hoxa13b (ENSLCRG00005009719) ##20	hoxa11b (ENSLCRG00005009718) ##21	ENSLCRG00005009717 ##22	hoxa9b (ENSLCRG00005009716)	hoxa2b (ENSLCRG00005009715) ##28	skap2 (ENSLCRG00005009710)	snx10b (ENSLCRG00005009707) ##30	cbx3b (ENSLCRG00005009706)	ENSLCRG00005009705	ENSLCRG00005009704	OSBPL3 (ENSLCRG00005009388) ##13	gsdmeb (ENSLCRG00005009384) ##12	pals2a (ENSLCRG00005009124)	NPY (ENSLCRG00005009118)	malsu1 (ENSLCRG00005009117)	smpd5 (ENSLCRG00005009115)	ENSLCRG00005009114	grinab (ENSLCRG00005009112)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Pike perch	MODERN SPECIES	15	twist1b (ENSSLUG00000000839)	hdac9b (ENSSLUG00000000844)	ANKRD28 (ENSSLUG00000001010)	hacl1 (ENSSLUG00000001647)	COLQ (ENSSLUG00000001725) ##34	plekha8 (ENSSLUG00000001749)	fkbp14 (ENSSLUG00000001771) ##35	CHN2 (ENSSLUG00000001817)	cpvl (ENSSLUG00000001939)	CREB5 (ENSSLUG00000002018)	JAZF1 (ENSSLUG00000002021) ##16	tax1bp1b (ENSSLUG00000002026) ##17	hibadhb (ENSSLUG00000002035)	hoxa13b (ENSSLUG00000002053) ##20	hoxa11b (ENSSLUG00000002066) ##21	ENSSLUG00000002079 ##22	hoxa9b (ENSSLUG00000002087)	hoxa2b (ENSSLUG00000002092) ##28	skap2 (ENSSLUG00000002101)	snx10b (ENSSLUG00000002107) ##30	cbx3b (ENSSLUG00000002110)	ENSSLUG00000002118	ENSSLUG00000002132	OSBPL3 (ENSSLUG00000002358) ##13	gsdmeb (ENSSLUG00000005622) ##12	pals2a (ENSSLUG00000005650)	NPY (ENSSLUG00000005981)	malsu1 (ENSSLUG00000005984)	smpd5 (ENSSLUG00000005989)	ENSSLUG00000006005	grinab (ENSSLUG00000006010)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	7	hdac9b (ENSCGOG00000004836)	ANKRD28 (ENSCGOG00000002342)	hacl1 (ENSCGOG00000002111)	COLQ (ENSCGOG00000002085) ##34	plekha8 (ENSCGOG00000002029)	fkbp14 (ENSCGOG00000002025) ##35	ENSCGOG00000002023	CHN2 (ENSCGOG00000001775)	cpvl (ENSCGOG00000001746)	CREB5 (ENSCGOG00000001700)	JAZF1 (ENSCGOG00000001692) ##16	tax1bp1b (ENSCGOG00000001686) ##17	hibadhb (ENSCGOG00000001639)	hoxa13b (ENSCGOG00000001628) ##20	hoxa11b (ENSCGOG00000001607) ##21	ENSCGOG00000001598 ##22	hoxa9b (ENSCGOG00000024270)	hoxa2b (ENSCGOG00000024268) ##28	skap2 (ENSCGOG00000024261)	snx10b (ENSCGOG00000024257) ##30	cbx3b (ENSCGOG00000024254)	ENSCGOG00000024253	ENSCGOG00000024252	ENSCGOG00000024251	OSBPL3 (ENSCGOG00000024111) ##13	gsdmeb (ENSCGOG00000024066) ##12	pals2a (ENSCGOG00000024060)	NPY (ENSCGOG00000024057)	malsu1 (ENSCGOG00000024055)	smpd5 (ENSCGOG00000024053)	ENSCGOG00000024051
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT01050000244890.a.a.a.h	ENSGT00940000156245.a.a
Stickleback	MODERN SPECIES	19	hdac9b (ENSGACG00000008076)	ANKRD28 (ENSGACG00000008084)	hacl1 (ENSGACG00000008098)	COLQ (ENSGACG00000008106) ##34	plekha8 (ENSGACG00000008123)	fkbp14 (ENSGACG00000008133) ##35	CHN2 (ENSGACG00000008146)	cpvl (ENSGACG00000008172)	cpvl (ENSGACG00000008182)	CREB5 (ENSGACG00000008212)	JAZF1 (ENSGACG00000008216) ##16	tax1bp1b (ENSGACG00000008221) ##17	hibadhb (ENSGACG00000008229)	hoxa13b (ENSGACG00000008296) ##20	hoxa11b (ENSGACG00000008297) ##21	ENSGACG00000008303 ##22	hoxa9b (ENSGACG00000008310)	hoxa2b (ENSGACG00000008314) ##28	skap2 (ENSGACG00000008317)	snx10b (ENSGACG00000008327) ##30	cbx3b (ENSGACG00000008334)	ENSGACG00000008337	OSBPL3 (ENSGACG00000008359) ##13	gsdmeb (ENSGACG00000008400) ##12	ENSGACG00000008411	pals2a (ENSGACG00000008428)	grinab (ENSGACG00000008435)	rbm24b (ENSGACG00000008472)	KIF13A (ENSGACG00000008481)	NHLRC1 (ENSGACG00000008509)	ptdss1a (ENSGACG00000008513)
Lumpfish	MODERN SPECIES	7	twist1b (ENSCLMG00005005024)	hdac9b (ENSCLMG00005005026)	ANKRD28 (ENSCLMG00005005042)	hacl1 (ENSCLMG00005007962)	COLQ (ENSCLMG00005008200) ##34	plekha8 (ENSCLMG00005008203)	fkbp14 (ENSCLMG00005008206) ##35	CHN2 (ENSCLMG00005008207)	cpvl (ENSCLMG00005008209)	CREB5 (ENSCLMG00005008226)	JAZF1 (ENSCLMG00005008322) ##16	tax1bp1b (ENSCLMG00005008325) ##17	hibadhb (ENSCLMG00005008326)	hoxa13b (ENSCLMG00005008335) ##20	hoxa11b (ENSCLMG00005008337) ##21	ENSCLMG00005008339 ##22	hoxa2b (ENSCLMG00005008340) ##28	skap2 (ENSCLMG00005008344)	snx10b (ENSCLMG00005008346) ##30	cbx3b (ENSCLMG00005008353)	ENSCLMG00005008355	ENSCLMG00005008361	OSBPL3 (ENSCLMG00005008379) ##13	gsdmeb (ENSCLMG00005010079) ##12	pals2a (ENSCLMG00005010087)	NPY (ENSCLMG00005010150)	malsu1 (ENSCLMG00005010213)	smpd5 (ENSCLMG00005010215)	grinab (ENSCLMG00005010219)	rbm24b (ENSCLMG00005010222)	KIF13A (ENSCLMG00005010260)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	7	twist1b (ENSMAMG00000014267)	hdac9b (ENSMAMG00000014205)	ANKRD28 (ENSMAMG00000014112)	hacl1 (ENSMAMG00000014027)	COLQ (ENSMAMG00000013993) ##34	plekha8 (ENSMAMG00000013833)	fkbp14 (ENSMAMG00000024896) ##35	CHN2 (ENSMAMG00000013775)	cpvl (ENSMAMG00000013747)	CREB5 (ENSMAMG00000013658)	JAZF1 (ENSMAMG00000013626) ##16	tax1bp1b (ENSMAMG00000013585) ##17	hibadhb (ENSMAMG00000013563)	hoxa13b (ENSMAMG00000013489) ##20	hoxa11b (ENSMAMG00000013483) ##21	ENSMAMG00000013470 ##22	hoxa9b (ENSMAMG00000013458)	hoxa2b (ENSMAMG00000013414) ##28	skap2 (ENSMAMG00000013360)	snx10b (ENSMAMG00000013344) ##30	cbx3b (ENSMAMG00000028713)	ENSMAMG00000013143	ENSMAMG00000013119	OSBPL3 (ENSMAMG00000013015) ##13	gsdmeb (ENSMAMG00000012973) ##12	pals2a (ENSMAMG00000012941)	NPY (ENSMAMG00000012919)	ENSMAMG00000024695	smpd5 (ENSMAMG00000012885)	ENSMAMG00000027454	grinab (ENSMAMG00000012853)
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Climbing perch	MODERN SPECIES	7	twist1b (ENSATEG00000006779)	hdac9b (ENSATEG00000006720)	ANKRD28 (ENSATEG00000006576)	hacl1 (ENSATEG00000006565)	COLQ (ENSATEG00000025574) ##34	plekha8 (ENSATEG00000006488)	fkbp14 (ENSATEG00000006455) ##35	CHN2 (ENSATEG00000006387)	cpvl (ENSATEG00000006320)	CREB5 (ENSATEG00000006306)	JAZF1 (ENSATEG00000006282) ##16	tax1bp1b (ENSATEG00000006270) ##17	hibadhb (ENSATEG00000006226)	hoxa13b (ENSATEG00000006127) ##20	hoxa11b (ENSATEG00000006040) ##21	ENSATEG00000006005 ##22	hoxa9b (ENSATEG00000005978)	hoxa2b (ENSATEG00000005962) ##28	skap2 (ENSATEG00000005895)	snx10b (ENSATEG00000005877) ##30	cbx3b (ENSATEG00000005871)	ENSATEG00000005781	ENSATEG00000027748	OSBPL3 (ENSATEG00000005642) ##13	gsdmeb (ENSATEG00000005633) ##12	pals2a (ENSATEG00000005570)	NPY (ENSATEG00000005520)	ENSATEG00000026729	smpd5 (ENSATEG00000005476)	ENSATEG00000005454	grinab (ENSATEG00000005446)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	7	twist1b (ENSBSLG00000024765)	hdac9b (ENSBSLG00000024733)	ANKRD28 (ENSBSLG00000023994)	hacl1 (ENSBSLG00000023602)	COLQ (ENSBSLG00000023554) ##34	plekha8 (ENSBSLG00000023540)	fkbp14 (ENSBSLG00000023475) ##35	CHN2 (ENSBSLG00000023238)	cpvl (ENSBSLG00000023204)	CREB5 (ENSBSLG00000023199)	JAZF1 (ENSBSLG00000023176) ##16	tax1bp1b (ENSBSLG00000023142) ##17	hibadhb (ENSBSLG00000023113)	hoxa13b (ENSBSLG00000023107) ##20	hoxa11b (ENSBSLG00000023103) ##21	ENSBSLG00000023098 ##22	hoxa9b (ENSBSLG00000023091)	hoxa2b (ENSBSLG00000023087) ##28	skap2 (ENSBSLG00000022877)	snx10b (ENSBSLG00000022820) ##30	cbx3b (ENSBSLG00000022798)	ENSBSLG00000022363	ENSBSLG00000022161	OSBPL3 (ENSBSLG00000021308) ##13	gsdmeb (ENSBSLG00000020945) ##12	pals2a (ENSBSLG00000019983)	NPY (ENSBSLG00000019966)	malsu1 (ENSBSLG00000019936)	smpd5 (ENSBSLG00000019925)	SPATC1L (ENSBSLG00000019910)	grinab (ENSBSLG00000019818)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802.q	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802.q	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00940000178953	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT01050000244890.a.a.a.h
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2583			ENSSLDG00000014484	hacl1 (ENSSLDG00000014503)	COLQ (ENSSLDG00000014536) ##34	plekha8 (ENSSLDG00000014564)	fkbp14 (ENSSLDG00000014589) ##35	CHN2 (ENSSLDG00000014703)	cpvl (ENSSLDG00000014724)	CREB5 (ENSSLDG00000014760)	JAZF1 (ENSSLDG00000014789) ##16	tax1bp1b (ENSSLDG00000014804) ##17	hibadhb (ENSSLDG00000014828)	hoxa13b (ENSSLDG00000014863) ##20	hoxa11b (ENSSLDG00000014872) ##21	ENSSLDG00000014879 ##22	hoxa9b (ENSSLDG00000014900)	hoxa2b (ENSSLDG00000014909) ##28	skap2 (ENSSLDG00000014966)	snx10b (ENSSLDG00000014993) ##30	cbx3b (ENSSLDG00000015003)	ENSSLDG00000015024	ENSSLDG00000015068	OSBPL3 (ENSSLDG00000015137) ##13	gsdmeb (ENSSLDG00000015204) ##12	pals2a (ENSSLDG00000015241)	NPY (ENSSLDG00000015297)	malsu1 (ENSSLDG00000015308)	smpd5 (ENSSLDG00000015320)	ENSSLDG00000015341	grinab (ENSSLDG00000015358)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	250	twist1b (ENSSDUG00000001670)	hdac9b (ENSSDUG00000001605)	ANKRD28 (ENSSDUG00000001509)	hacl1 (ENSSDUG00000001427)	COLQ (ENSSDUG00000001385) ##34	plekha8 (ENSSDUG00000001363)	fkbp14 (ENSSDUG00000001345) ##35	CHN2 (ENSSDUG00000001322)	cpvl (ENSSDUG00000001270)	CREB5 (ENSSDUG00000001228)	JAZF1 (ENSSDUG00000001189) ##16	tax1bp1b (ENSSDUG00000001177) ##17	hibadhb (ENSSDUG00000001170)	hoxa13b (ENSSDUG00000001137) ##20	hoxa11b (ENSSDUG00000001124) ##21	ENSSDUG00000001112 ##22	hoxa9b (ENSSDUG00000001099)	hoxa2b (ENSSDUG00000001084) ##28	skap2 (ENSSDUG00000001074)	snx10b (ENSSDUG00000001069) ##30	cbx3b (ENSSDUG00000001063)	ENSSDUG00000000856	ENSSDUG00000000814	ENSSDUG00000000701 ##13
Barramundi perch	MODERN SPECIES	17	twist1b (ENSLCAG00010010187)	hdac9b (ENSLCAG00010010199)	ANKRD28 (ENSLCAG00010010440)	hacl1 (ENSLCAG00010011623)	COLQ (ENSLCAG00010011685) ##34	plekha8 (ENSLCAG00010011690)	fkbp14 (ENSLCAG00010011697) ##35	CHN2 (ENSLCAG00010011703)	cpvl (ENSLCAG00010011717)	CREB5 (ENSLCAG00010011737)	JAZF1 (ENSLCAG00010011748) ##16	tax1bp1b (ENSLCAG00010011753) ##17	hibadhb (ENSLCAG00010011766)	hoxa13b (ENSLCAG00010011777) ##20	hoxa11b (ENSLCAG00010011784) ##21	ENSLCAG00010011786 ##22	hoxa9b (ENSLCAG00010011789)	hoxa2b (ENSLCAG00010011791) ##28	skap2 (ENSLCAG00010011794)	snx10b (ENSLCAG00010011798) ##30	cbx3b (ENSLCAG00010011802)	ENSLCAG00010011810	ENSLCAG00010011822	OSBPL3 (ENSLCAG00010011887) ##13	gsdmeb (ENSLCAG00010011962) ##12	pals2a (ENSLCAG00010011974)	NPY (ENSLCAG00010012003)	malsu1 (ENSLCAG00010012008)	smpd5 (ENSLCAG00010012017)	ENSLCAG00010012021	grinab (ENSLCAG00010012027)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163428.b.a	ENSGT00940000166341	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h ##16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT01050000244890.a.a.a.h	ENSGT00940000156245.a.a
Turbot	MODERN SPECIES		twist1b (ENSSMAG00000000162)	hdac9b (ENSSMAG00000000130)	ANKRD28 (ENSSMAG00000000101)	hacl1 (ENSSMAG00000000099)	COLQ (ENSSMAG00000000096) ##34	plekha8 (ENSSMAG00000000090)	fkbp14 (ENSSMAG00000000089) ##35	CHN2 (ENSSMAG00000000085)	cpvl (ENSSMAG00000000083)	CREB5 (ENSSMAG00000000081)	JAZF1 (ENSSMAG00000000079) ##16	tax1bp1b (ENSSMAG00000000076) ##17	hibadhb (ENSSMAG00000000075)	hoxa13b (ENSSMAG00000000073) ##20	hoxa11b (ENSSMAG00000000072) ##21	ENSSMAG00000000071 ##22	hoxa9b (ENSSMAG00000000069)	hoxa2b (ENSSMAG00000020316) ##28	snx10b (ENSSMAG00000020285) ##30	skap2 (ENSSMAG00000020291)	cbx3b (ENSSMAG00000029813)	ENSSMAG00000020274	ENSSMAG00000020269	OSBPL3 (ENSSMAG00000020219) ##13	gsdmeb (ENSSMAG00000020200) ##12	pals2a (ENSSMAG00000020151)	NPY (ENSSMAG00000026722)	ENSSMAG00000033668	smpd5 (ENSSMAG00000020132)	grinab (ENSSMAG00000020122)	rbm24b (ENSSMAG00000033434)
Tongue sole	MODERN SPECIES	4	twist1b (ENSCSEG00000004923)	hdac9b (ENSCSEG00000004911)	ANKRD28 (ENSCSEG00000004894)	hacl1 (ENSCSEG00000004885)	COLQ (ENSCSEG00000004880) ##34	plekha8 (ENSCSEG00000004876)	fkbp14 (ENSCSEG00000004873) ##35	CHN2 (ENSCSEG00000004861)	cpvl (ENSCSEG00000004857)	CREB5 (ENSCSEG00000004842)	JAZF1 (ENSCSEG00000004836) ##16	tax1bp1b (ENSCSEG00000004813) ##17	hibadhb (ENSCSEG00000004801)	hoxa13b (ENSCSEG00000004792) ##20	hoxa11b (ENSCSEG00000004788) ##21	ENSCSEG00000004785 ##22	hoxa9b (ENSCSEG00000004783)	hoxa2b (ENSCSEG00000004781) ##28	skap2 (ENSCSEG00000004771)	snx10b (ENSCSEG00000004763) ##30	cbx3b (ENSCSEG00000004761)	ENSCSEG00000004752	ENSCSEG00000004746	OSBPL3 (ENSCSEG00000004720) ##13	steap4 (ENSCSEG00000004702)	ENSCSEG00000004691	mindy3 (ENSCSEG00000004684)	ITGA8 (ENSCSEG00000004677)	ATXN1 (ENSCSEG00000004666)	fam8a1b (ENSCSEG00000004661)	fabp4b (ENSCSEG00000004659)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	347	wdtc1 (ENSHCOG00000005698)	CEP85 (ENSHCOG00000005656)	ENSHCOG00000005643	hacl1 (ENSHCOG00000005594)	COLQ (ENSHCOG00000005569) ##34	plekha8 (ENSHCOG00000005546)	fkbp14 (ENSHCOG00000005537) ##35	CHN2 (ENSHCOG00000005526)	cpvl (ENSHCOG00000005489)	CREB5 (ENSHCOG00000005447)	JAZF1 (ENSHCOG00000005436) ##16	tax1bp1b (ENSHCOG00000005423) ##17	hibadhb (ENSHCOG00000005406)	hoxa13b (ENSHCOG00000005392) ##20	hoxa11b (ENSHCOG00000005381) ##21	ENSHCOG00000005372 ##22	hoxa9b (ENSHCOG00000000165)	hoxa2b (ENSHCOG00000000163) ##28	skap2 (ENSHCOG00000000161)	snx10b (ENSHCOG00000005346) ##30	cbx3b (ENSHCOG00000005341)	ENSHCOG00000000157	OSBPL3 (ENSHCOG00000000146) ##13	gsdmeb (ENSHCOG00000005265) ##12	pals2a (ENSHCOG00000005250)	NPY (ENSHCOG00000005228)	malsu1 (ENSHCOG00000000145)	smpd5 (ENSHCOG00000005211)	grinab (ENSHCOG00000000139)	rbm24b (ENSHCOG00000000137)	KIF13A (ENSHCOG00000005145)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	7	twist1b (ENSMMDG00005012221)	hdac9b (ENSMMDG00005012223)	ANKRD28 (ENSMMDG00005012342)	hacl1 (ENSMMDG00005019372)	COLQ (ENSMMDG00005019402) ##34	plekha8 (ENSMMDG00005019413)	fkbp14 (ENSMMDG00005019440) ##35	CHN2 (ENSMMDG00005019442)	cpvl (ENSMMDG00005019447)	CREB5 (ENSMMDG00005019865)	JAZF1 (ENSMMDG00005019868) ##16	tax1bp1b (ENSMMDG00005019874) ##17	hibadhb (ENSMMDG00005019882)	hoxa13b (ENSMMDG00005019936) ##20	hoxa11b (ENSMMDG00005019940) ##21	ENSMMDG00005019946 ##22	hoxa9b (ENSMMDG00005019947)	hoxa2b (ENSMMDG00005019951) ##28	skap2 (ENSMMDG00005019954)	snx10b (ENSMMDG00005019958) ##30	cbx3b (ENSMMDG00005019960)	ENSMMDG00005019965	ENSMMDG00005019971	OSBPL3 (ENSMMDG00005019983) ##13	gsdmeb (ENSMMDG00005019986) ##12	pals2a (ENSMMDG00005019994)	NPY (ENSMMDG00005020218)	malsu1 (ENSMMDG00005020221)	smpd5 (ENSMMDG00005020224)	ENSMMDG00005020230	GRINA (ENSMMDG00005020237)
Cod	MODERN SPECIES	2	ENSGMOG00000004325 ##34	ENSGMOG00000030105	ENSGMOG00000026655	ENSGMOG00000027655	cpvl (ENSGMOG00000014089)	CREB5 (ENSGMOG00000014131)	ENSGMOG00000026370	ENSGMOG00000036632	ENSGMOG00000031400	ENSGMOG00000028331	JAZF1 (ENSGMOG00000005642) ##16	tax1bp1b (ENSGMOG00000005665) ##17	hibadhb (ENSGMOG00000005703)	ENSGMOG00000024204	hoxa13b (ENSGMOG00000005714) ##20	ENSGMOG00000028578 ##22	hoxa9b (ENSGMOG00000012111)	ENSGMOG00000032230	ENSGMOG00000022837	ENSGMOG00000026299	skap2 (ENSGMOG00000000392)	ENSGMOG00000026982	ENSGMOG00000026954	ENSGMOG00000034507	snx10b (ENSGMOG00000028204) ##30	cbx3b (ENSGMOG00000008670)	ENSGMOG00000029850	ENSGMOG00000035403	gsdmeb (ENSGMOG00000008656) ##12	ENSGMOG00000028684	ENSGMOG00000027737
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT01000000221212	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.g.d #16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a ##13	ENSGT00940000155880.e.f.b ##12	ENSGT00940000155880.e.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a
Northern pike	MODERN SPECIES	19	ENSELUG00000027964	ANKRD28 (ENSELUG00000007253)	hacl1 (ENSELUG00000007356)	COLQ (ENSELUG00000007408) ##34	plekha8 (ENSELUG00000007445)	fkbp14 (ENSELUG00000033081) ##35	ENSELUG00000007457 #37	CHN2 (ENSELUG00000000267)	cpvl (ENSELUG00000007617)	CREB5 (ENSELUG00000007691)	jazf1a (ENSELUG00000000282) #16	tax1bp1b (ENSELUG00000007759) ##17	hibadhb (ENSELUG00000007803)	hoxa13b (ENSELUG00000007825) ##20	hoxa11b (ENSELUG00000007833) ##21	ENSELUG00000007844 ##22	hoxa2b (ENSELUG00000007865) ##28	ENSELUG00000026822	skap2 (ENSELUG00000007940)	snx10 (ENSELUG00000008041) ##30	cbx3b (ENSELUG00000008064)	ENSELUG00000000294	ENSELUG00000000299	OSBPL3 (ENSELUG00000008198) ##13	ENSELUG00000028145	gsdmeb (ENSELUG00000003122) ##12	gsdmeb (ENSELUG00000000099) ##12	pals2a (ENSELUG00000000093)	NPY (ENSELUG00000003034)	ENSELUG00000003021	malsu1 (ENSELUG00000003006)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182908.C.b	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a.c.b ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT01000000221212	ENSGT00940000157858.i ##35	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.g.d #16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a.c ##13	ENSGT00940000155880.e.f.b.a ##12	ENSGT00940000155957.a.d ##13	ENSGT00940000155880.e.f.b.b.b ##12	ENSGT00940000155880.e.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287.`b
Huchen	MODERN SPECIES	2633											JAZF1 (ENSHHUG00000021350) #16	tax1bp1b (ENSHHUG00000021359) ##17	hibadhb (ENSHHUG00000021398)	hoxa13b (ENSHHUG00000021488) ##20	hoxa11b (ENSHHUG00000021517) ##21	ENSHHUG00000021520 ##22	hoxa9b (ENSHHUG00000021524)	hoxa2b (ENSHHUG00000021530) ##28	skap2 (ENSHHUG00000021539)	snx10b (ENSHHUG00000021562) ##30	cbx3b (ENSHHUG00000021574)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i.i ##35	ENSGT01000000221212	ENSGT00940000157858.i.j ##35	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003368	ENSGT00390000003635.g.d #16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a.c ##13	ENSGT00940000155880.e.f.b.a ##12	ENSGT00940000155880.e.f.b.b.a ##12	ENSGT00940000155957.a.d ##13	ENSGT00940000155880.e.f.b.b.b ##12	ENSGT00940000155880.e.e ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	87	ENSGT00940000157248.c.a.d ##34	ENSGT00940000157288.t	ENSGT00940000157858.i.j ##35	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT00940000157288.s	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a.f	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003368	ENSGT00390000003635.g.d #16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255.y.a	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236	ENSGT00940000155957.a.c ##13	ENSGT00940000155957.a.d ##13	ENSGT00940000155880.e.f.b.b.b.b ##12	ENSGT00940000155880.e.e ##12	ENSGT00940000158500.q.a.a	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287.`b	ENSGT00390000007287.ab
River trout	DUPLICATION
River trout	MODERN SPECIES	420	tax1bp1b (ENSSTUG00000034854) ##17	hibadhb (ENSSTUG00000034781)	hoxa13b (ENSSTUG00000034766) ##20	hoxa11b (ENSSTUG00000034756) ##21	ENSSTUG00000034750 ##22	hoxa9b (ENSSTUG00000034742)	hoxa2b (ENSSTUG00000034732) ##28	skap2 (ENSSTUG00000034707)	ENSSTUG00000034696 ##30	cbx3b (ENSSTUG00000034690)	ENSSTUG00000034643	ENSSTUG00000034616	hibadhb (ENSSTUG00000034604)	hoxa13b (ENSSTUG00000034598) ##20	hoxa11b (ENSSTUG00000034586) ##21	ENSSTUG00000034572 ##22	hoxa9b (ENSSTUG00000034559)	hoxa2b (ENSSTUG00000034540) ##28	skap2 (ENSSTUG00000034402)	snx10b (ENSSTUG00000034383) ##30	cbx3b (ENSSTUG00000034375)	ENSSTUG00000034314	ENSSTUG00000034301	plekha8 (ENSSTUG00000034291)	COLQ (ENSSTUG00000034261) ##34	hacl1 (ENSSTUG00000033074)	ENSSTUG00000033041	fam8a1b (ENSSTUG00000033034)	ENSSTUG00000033023	HEY1 (ENSSTUG00000033016)	ENSSTUG00000033005
River trout	MODERN SPECIES	420	COLQ (ENSSTUG00000036110) ##34	plekha8 (ENSSTUG00000035945)	fkbp14 (ENSSTUG00000035930) ##35	ENSSTUG00000035925 #37	ENSSTUG00000035921	CHN2 (ENSSTUG00000035172)	cpvl (ENSSTUG00000035015)	CREB5 (ENSSTUG00000035004)	ENSSTUG00000034991	sycp1 (ENSSTUG00000034926)	JAZF1 (ENSSTUG00000034893) #16	tax1bp1b (ENSSTUG00000034854) ##17	hibadhb (ENSSTUG00000034781)	hoxa13b (ENSSTUG00000034766) ##20	hoxa11b (ENSSTUG00000034756) ##21	ENSSTUG00000034750 ##22	hoxa9b (ENSSTUG00000034742)	hoxa2b (ENSSTUG00000034732) ##28	skap2 (ENSSTUG00000034707)	ENSSTUG00000034696 ##30	cbx3b (ENSSTUG00000034690)	ENSSTUG00000034643	ENSSTUG00000034616	hibadhb (ENSSTUG00000034604)	hoxa13b (ENSSTUG00000034598) ##20	hoxa11b (ENSSTUG00000034586) ##21	ENSSTUG00000034572 ##22	hoxa9b (ENSSTUG00000034559)	hoxa2b (ENSSTUG00000034540) ##28	skap2 (ENSSTUG00000034402)	snx10b (ENSSTUG00000034383) ##30
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	11	ENSSSAG00000088450	ENSSSAG00000096834	hacl1 (ENSSSAG00000093636)	ENSSSAG00000083007 ##34	plekha8 (ENSSSAG00000004260)	ENSSSAG00000121332	CHN2 (ENSSSAG00000042862)	cpvl (ENSSSAG00000061125)	CREB5 (ENSSSAG00000120433)	ENSSSAG00000068078	ENSSSAG00000093041	JAZF1 (ENSSSAG00000099095) #16	hibadhb (ENSSSAG00000120765)	TAX1BP1 (ENSSSAG00000047203) ##17	hoxa13b (ENSSSAG00000085061) ##20	ENSSSAG00000091880 ##22	hoxa9b (ENSSSAG00000109601)	hoxa2b (ENSSSAG00000002095) ##28	ENSSSAG00000085203	skap2 (ENSSSAG00000009565)	ENSSSAG00000015454	ENSSSAG00000097995 ##30	cbx3b (ENSSSAG00000102957)	ENSSSAG00000040040	ENSSSAG00000119441	OSBPL3 (ENSSSAG00000094326) ##13	gsdmeb (ENSSSAG00000048608) ##12	gsdmeb (ENSSSAG00000090093) ##12	ENSSSAG00000091066	ENSSSAG00000042260	ENSSSAG00000111556 ##12
Oncorhynchus	DUPLICATION
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248.c.a.c.b ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT01000000221212	ENSGT00940000157858.i.i ##35	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a.c	ENSGT00390000003368	ENSGT00390000003635.g.d #16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b.c ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236.o.a	ENSGT00940000155957.a.c ##13	ENSGT00940000155880.e.f.b.a ##12	ENSGT00940000155880.e.f.b.b.b ##12	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287.`b	ENSGT00390000007287.ab	ENSGT00390000015035
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	112	ENSGT00940000157248.c.a.c.b ##34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858.i.i ##35	ENSGT01000000221212	ENSGT00940000157858.i.j ##35	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a.d	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000156420.a.a.c	ENSGT00390000003368	ENSGT00390000003635.g.d #16	ENSGT00950000183025.b.a.`b ##17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a ##20	ENSGT00940000158311.b ##21	ENSGT00940000163268.d.b.c ##22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000155029.c.a.e ##28	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.l ##30	ENSGT00940000166701	ENSGT00940000165630	ENSGT00390000015236.o.a	ENSGT00940000155957.a.d ##13	ENSGT00940000158500	ENSGT00940000156475.e	ENSGT00390000007287.`b	ENSGT00390000007287.ab	ENSGT00390000015035	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00520000055666.b.i
Coho salmon	MODERN SPECIES	31	ENSOKIG00005050140	fkbp14 (ENSOKIG00005050143) ##35	ENSOKIG00005050149	ENSOKIG00005050152 #37	CHN2 (ENSOKIG00005050170)	cpvl (ENSOKIG00005050225)	CREB5 (ENSOKIG00005050277)	ENSOKIG00005050281	CREB5 (ENSOKIG00005050290)	sycp1 (ENSOKIG00005050301)	tax1bp1b (ENSOKIG00005050315) ##17	JAZF1 (ENSOKIG00005050330) #16	hibadhb (ENSOKIG00005050338)	hoxa13b (ENSOKIG00005050354) ##20	hoxa11b (ENSOKIG00005050356) ##21	ENSOKIG00005050359 ##22	hoxa9b (ENSOKIG00005050361)	hoxa2b (ENSOKIG00005050366) ##28	skap2 (ENSOKIG00005050372)	ENSOKIG00005050381	ENSOKIG00005050383	snx10b (ENSOKIG00005050387) ##30	cbx3b (ENSOKIG00005050391)	ENSOKIG00005050401	C7orf31 (ENSOKIG00005050414)	OSBPL3 (ENSOKIG00005050518) ##13	ENSOKIG00005050662	ENSOKIG00005050665	gsdmeb (ENSOKIG00005050674) ##12	ENSOKIG00005050686 ##12	ENSOKIG00005050690
Chinook salmon	MODERN SPECIES	602											ENSOTSG00005038108	ENSOTSG00005038110 ##17	hibadhb (ENSOTSG00005038111)	hoxa13b (ENSOTSG00005038134) ##20	hoxa11b (ENSOTSG00005038135) ##21	ENSOTSG00005038136 ##22	hoxa9b (ENSOTSG00005038137)	hoxa2b (ENSOTSG00005038139) ##28
Rainbow trout	MODERN SPECIES	11	ENSOMYG00000070573	ENSOMYG00000052871	ENSOMYG00000048461	hacl1 (ENSOMYG00000056364)	plekha8 (ENSOMYG00000001004)	fkbp14 (ENSOMYG00000000983) ##35	ENSOMYG00000001041 #37	CHN2 (ENSOMYG00000067588)	cpvl (ENSOMYG00000000789)	CREB5 (ENSOMYG00000076901)	JAZF1 (ENSOMYG00000053773) #16	tax1bp1b (ENSOMYG00000000420) ##17	hibadhb (ENSOMYG00000000413)	hoxa13b (ENSOMYG00000029804) ##20	hoxa11b (ENSOMYG00000029852) ##21	ENSOMYG00000028157 ##22	hoxa9b (ENSOMYG00000025017)	hoxa2b (ENSOMYG00000029726) ##28	skap2 (ENSOMYG00000029647)	ENSOMYG00000053803 ##30	cbx3b (ENSOMYG00000071084)	ENSOMYG00000029171	ENSOMYG00000056728	ENSOMYG00000066872	OSBPL3 (ENSOMYG00000049660) ##13	ENSOMYG00000002681 ##12	gsdmeb (ENSOMYG00000002499) ##12	pals2a (ENSOMYG00000051009)	NPY (ENSOMYG00000001366)	ENSOMYG00000002328	ENSOMYG00000001276
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268.d.b.d ##22
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268.d.b.d ##22
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	ccdc126 (ENSOTSG00005010613)	fam221a (ENSOTSG00005010614)	npy (ENSOTSG00005010616)	ENSOTSG00005001614	ENSOTSG00005001731	ENSOTSG00005001733 #12	osbpl3a (ENSOTSG00005001739) #13	TRIL (ENSOTSG00005001743) #14	CREB5 (ENSOTSG00005001744)	jazf1a (ENSOTSG00005001749) #16	tax1bp1a (ENSOTSG00005001754) #17	ENSOTSG00005001755 #18	EVX1 (ENSOTSG00005001760) #19	hoxa13a (ENSOTSG00005001763) #20	hoxa11a (ENSOTSG00005001766) #21	ENSOTSG00005001772 ##22	hoxa5a (ENSOTSG00005001781) #25	HOXA4 (ENSOTSG00005001783) #26	hoxa3a (ENSOTSG00005001788) #27	snx10a (ENSOTSG00005001794) #30	cbx3a (ENSOTSG00005001797) #31	nfe2l3 (ENSOTSG00005001828) #32	ENSOTSG00005001831 #33	ENSOTSG00005001836	ENSOTSG00005001840	col9a2 (ENSOTSG00005001841)	ENSOTSG00005001846	ptp4a2b (ENSOTSG00005001864)	col8a2 (ENSOTSG00005001927)	si:dkeyp-120h9.1 (ENSOTSG00005001952)	hey1 (ENSOTSG00005003584)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	172			ENSGT00390000010145.c.b	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737.a #37	ENSGT00990000205799	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420.a.b	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00950000182892.a.a.b.e ##32	ENSGT01030000234992 #33	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155348.A	ENSGT00940000156475.f	ENSGT00770000120611.B
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	152	ENSGT00940000156347.e	ENSGT00530000063688.b.ob	ENSGT00390000010145.c.b	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737.a #37	ENSGT00990000205799	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420.a.b	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155348.A	ENSGT00940000156475.f	ENSGT00770000120611.B	ENSGT00940000153470.a.a.a.b	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	99	ENSGT00940000156347.e	ENSGT00530000063688.b.ob	ENSGT00390000010145.c.b	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737.a #37	ENSGT00990000205799	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420.a.b	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.e.b ##28	ENSGT00940000157315.kc #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155348.A	ENSGT00940000156475.f	ENSGT00770000120611.B
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156347.e	ENSGT00530000063688.b.ob	ENSGT00390000010145.c.b	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737.a #37	ENSGT00990000205799	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420.a.b	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.e.b ##28	ENSGT00940000157315.kc #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155348.A	ENSGT00940000156475.f	ENSGT00770000120611.B
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00440000034270.a.a	ENSGT00940000156347.e	ENSGT00530000063688.b.ob	ENSGT00390000010145.c.b	ENSGT00940000157248.c.b #34	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00990000205799	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420.a.b	ENSGT00390000003635.g #16	ENSGT00950000183025.b.a.ab #17	ENSGT00940000165581 #18	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071.b.b #20	ENSGT00940000158311.a #21	ENSGT00940000163268.d.b ##22	ENSGT00940000166648 #23	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000155029.c.a.e.b ##28	ENSGT00940000157315.kc #29	ENSGT00940000156007.k #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000155957.b #13	ENSGT00940000155880.f #12	ENSGT00940000155348.A	ENSGT00940000156475.f	ENSGT00770000120611.B	ENSGT00940000153470.a.a.a.b
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	29	smarcc1b (ENSPNAG00000008117)	ENSPNAG00000000654	ASTE1 (ENSPNAG00000008079)	ENSPNAG00000008067 #34	ENSPNAG00000008045 #36	ENSPNAG00000008032	ENSPNAG00000000606 #14	CREB5 (ENSPNAG00000008023)	jazf1a (ENSPNAG00000008012) #16	tax1bp1a (ENSPNAG00000000582) #17	hibadha (ENSPNAG00000007995) #18	ENSPNAG00000007989	evx1 (ENSPNAG00000007983) #19	hoxa13a (ENSPNAG00000007974) #20	hoxa11a (ENSPNAG00000000562) #21	ENSPNAG00000007968 ##22	ENSPNAG00000000559 #23	HOXA4 (ENSPNAG00000007964) #26	hoxa5a (ENSPNAG00000007959) #25	hoxa3a (ENSPNAG00000000544) #27	ENSPNAG00000007951 ##28	hoxa1a (ENSPNAG00000007947) #29	snx10a (ENSPNAG00000007934) #30	cbx3a (ENSPNAG00000007919) #31	nfe2l3 (ENSPNAG00000007908) #32	npvf (ENSPNAG00000007901)	osbpl3a (ENSPNAG00000007889) #13	ENSPNAG00000000516 #12	ENSPNAG00000000507	npy (ENSPNAG00000000490)	fam221a (ENSPNAG00000007821)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	49	cspg5b (ENSAMXG00000030870)	smarcc1b (ENSAMXG00000016795)	ASTE1 (ENSAMXG00000016856)	ENSAMXG00000033022 #34	WIPF3 (ENSAMXG00000030477) #36	ENSAMXG00000043051	CREB5 (ENSAMXG00000039018)	jazf1a (ENSAMXG00000043930) #16	ENSAMXG00000039695	tax1bp1a (ENSAMXG00000033050) #17	hibadha (ENSAMXG00000007828) #18	ENSAMXG00000035504	evx1 (ENSAMXG00000031807) #19	hoxa13a (ENSAMXG00000029915) #20	hoxa11a (ENSAMXG00000036161) #21	ENSAMXG00000035583 ##22	ENSAMXG00000005199 #23	hoxa5a (ENSAMXG00000037678) #25	hoxa3a (ENSAMXG00000029041) #27	HOXA4 (ENSAMXG00000036478) #26	ENSAMXG00000043544 ##28	hoxa1a (ENSAMXG00000005258) #29	ENSAMXG00000042268	fam221a (ENSAMXG00000005524)	ccdc126 (ENSAMXG00000039633)	tra2a (ENSAMXG00000005553)	ENSAMXG00000036147	igf2bp3 (ENSAMXG00000007453)	GPNMB (ENSAMXG00000007393)	oxnad1 (ENSAMXG00000007345)	RFTN1 (ENSAMXG00000007317)
Electric eel	MODERN SPECIES	231	smarcc1b (ENSEEEG00000001388)	ENSEEEG00000001477	ASTE1 (ENSEEEG00000001479)	ENSEEEG00000001480 #34	ENSEEEG00000001483 #36	ENSEEEG00000001486 #37	ENSEEEG00000001489	TRIL (ENSEEEG00000001491) #14	CREB5 (ENSEEEG00000001492)	jazf1a (ENSEEEG00000001495) #16	tax1bp1a (ENSEEEG00000001496) #17	ENSEEEG00000001497	evx1 (ENSEEEG00000001499) #19	hoxa13a (ENSEEEG00000001502) #20	hoxa11a (ENSEEEG00000001503) #21	ENSEEEG00000001505 ##22	ENSEEEG00000001506 #23	hoxa5a (ENSEEEG00000001507) #25	HOXA4 (ENSEEEG00000001508) #26	hoxa3a (ENSEEEG00000001510) #27	ENSEEEG00000001512 ##28	hoxa1a (ENSEEEG00000001513) #29	snx10a (ENSEEEG00000001519) #30	cbx3a (ENSEEEG00000001557) #31	nfe2l3 (ENSEEEG00000001593) #32	npvf (ENSEEEG00000001595)	osbpl3a (ENSEEEG00000001599) #13
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000177404	ENSGT00390000005121	ENSGT00390000007843	ENSGT00940000165499.a	ENSGT00550000074898	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00950000183025.a ##17	ENSGT00940000165637	ENSGT00940000161434	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354.d	ENSGT00940000158354.c	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00390000017856.b	ENSGT00940000154152.a	ENSGT00940000160113	ENSGT00750000118756.a	ENSGT00390000000713
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000156561.a.a	ENSGT00940000159962	ENSGT01090000260051.b.a.a.a	ENSGT00940000157899.a.b.b	ENSGT00940000159286.b	ENSGT00940000155250.q.a	ENSGT00940000155489.b	ENSGT01050000244890.a.b.b.c.b	ENSGT00390000012629	ENSGT00940000164283.b.a	ENSGT00940000156458.e.a	ENSGT00950000183025.b.b.e.a ##17	ENSGT00940000161087	ENSGT00940000161307	ENSGT00940000160009	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000160866	ENSGT00940000160855	ENSGT00940000161194	ENSGT00940000159254.b	ENSGT00940000161023.a	ENSGT00940000160794	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a.f #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000158801	ENSGT00950000183123	ENSGT00950000182892.a.a.a ##32	ENSGT00390000004405.a	ENSGT00940000159609	ENSGT00940000158240
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	142	ENSGT00550000074898	ENSGT00940000167798	ENSGT00940000162814	ENSGT00940000165499.a	ENSGT00940000165670	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354.d	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00940000154534.b.a
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000015789	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156395.f	ENSGT00940000155557.jc.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000165065.b	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	250					ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386.d	ENSGT00940000161529.w.b	ENSGT00940000161230.c	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000158354.d.f	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d ##28	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##32	ENSGT00390000004405.b.d.b.b	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT01090000260030.a.b.b.b.g.b	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00390000015789.g	ENSGT00940000156395.f.c.b	ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386.d	ENSGT00940000161529.w.b	ENSGT00940000161230.c	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000158354.d.f	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d ##28	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##32	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT01030000235009.a	ENSGT01090000260030.a.b.b.b.g.b	ENSGT00390000015789.g.b	ENSGT00940000156395.f.c.b	ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386.d	ENSGT00940000161529.w.b	ENSGT00940000161230.c	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000158354.d.f	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d ##28	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##32	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f
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Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT01030000235009.a	ENSGT01090000260030.a.b.b.b.g.b	ENSGT00390000015789.g.b	ENSGT00940000156395.f.c.b	ENSGT00940000155557.jc.a.d	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386.d	ENSGT00940000161529.w.b	ENSGT00940000161230.c	ENSGT00940000161108.e.b	ENSGT00940000158354.d.f	ENSGT00940000162072.a	ENSGT00940000159774.c.b	ENSGT00940000155029.c.b.d ##28	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##32	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a	ENSGT00940000154534.b.a.i	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f
Chinook salmon	MODERN SPECIES	19	ENSOTSG00005017233	si:dkeyp-113d7.1 (ENSOTSG00005017232)	eif1 (ENSOTSG00005017231)	JUP (ENSOTSG00005016355)	wipf2b (ENSOTSG00005016340)	RAPGEFL1 (ENSOTSG00005016333)	casc3 (ENSOTSG00005016332)	msl1a (ENSOTSG00005016331)	nr1d1 (ENSOTSG00005016330)	ENSOTSG00005016329	igf2bp1 (ENSOTSG00005015631)	ube2z (ENSOTSG00005015622)	atp5mc1 (ENSOTSG00005015620)	eve1 (ENSOTSG00005015618)	hoxb13a (ENSOTSG00005015615)	ENSOTSG00005015589 ##22	hoxb9a (ENSOTSG00005015587)	hoxb8a (ENSOTSG00005015581)	hoxb7a (ENSOTSG00005015578)	hoxb6a (ENSOTSG00005015571)	hoxb5a (ENSOTSG00005039828)	hoxb4a (ENSOTSG00005039826)	hoxb3a (ENSOTSG00005039825)	hoxb2a (ENSOTSG00005039823) ##28	hoxb1a (ENSOTSG00005039822)	cbx1a (ENSOTSG00005039820)	nfe2l1a (ENSOTSG00005039819) ##32	copz2 (ENSOTSG00005039812)	prr15la (ENSOTSG00005039810)	ENSOTSG00005039805	pdk2b (ENSOTSG00005038384)
Huchen	MODERN SPECIES	297			wipf2b (ENSHHUG00000013038)	RAPGEFL1 (ENSHHUG00000013008)	ENSHHUG00000013007	casc3 (ENSHHUG00000012966)	msl1a (ENSHHUG00000012945)	nr1d1 (ENSHHUG00000012933)	ENSHHUG00000012921	igf2bp1 (ENSHHUG00000011829)	ube2z (ENSHHUG00000011784)	ENSHHUG00000011692	ENSHHUG00000011684	eve1 (ENSHHUG00000011682)	hoxb13a (ENSHHUG00000011649)	hoxb10a (ENSHHUG00000011647) ##22	hoxb9a (ENSHHUG00000011642)	hoxb8a (ENSHHUG00000011631)	hoxb7a (ENSHHUG00000011624)	hoxb6a (ENSHHUG00000011606)	hoxb5a (ENSHHUG00000011602)	hoxb4a (ENSHHUG00000011590)	hoxb3a (ENSHHUG00000011566)	hoxb2a (ENSHHUG00000011514) ##28	hoxb1a (ENSHHUG00000011502)	cbx1a (ENSHHUG00000011492)	nfe2l1a (ENSHHUG00000011485) ##32	copz2 (ENSHHUG00000011449)	ENSHHUG00000011447	prr15la (ENSHHUG00000011422)	ENSHHUG00000011279
Northern pike	MODERN SPECIES	10	ENSELUG00000015407	ENSELUG00000015383	eif1 (ENSELUG00000015327)	ENSELUG00000015298	JUP (ENSELUG00000015284)	wipf2b (ENSELUG00000015246)	RAPGEFL1 (ENSELUG00000015161)	casc3 (ENSELUG00000015093)	msl1a (ENSELUG00000015070)	nr1d1 (ENSELUG00000015028)	igf2bp1 (ENSELUG00000014974)	ube2z (ENSELUG00000014930)	atp5mc1 (ENSELUG00000014903)	eve1 (ENSELUG00000014847)	hoxb13a (ENSELUG00000001314)	ENSELUG00000014819 ##22	hoxb9a (ENSELUG00000014813)	hoxb8a (ENSELUG00000014798)	hoxb7 (ENSELUG00000014783)	hoxb6a (ENSELUG00000034343)	hoxb5a (ENSELUG00000033971)	hoxb4a (ENSELUG00000034353)	hoxb3a (ENSELUG00000014755)	hoxb2a (ENSELUG00000014718) ##28	hoxb1a (ENSELUG00000033826)	cbx1a (ENSELUG00000014706)	nfe2l1a (ENSELUG00000014683) ##32	copz2 (ENSELUG00000014620)	prr15la (ENSELUG00000014511)	ENSELUG00000014464	TBKBP1 (ENSELUG00000014401)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	180									ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	98									ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268.e ##22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268.e ##22
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268.e ##22
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268.e ##22
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268.e ##22
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268.e ##22
Climbing perch	MODERN SPECIES	20	erbb3b (ENSATEG00000022245)	pa2g4b (ENSATEG00000022298)	ENSATEG00000022330	fmnl3 (ENSATEG00000022415)	ENSATEG00000022454	rbms2b (ENSATEG00000022569)	ENSATEG00000022603	ENSATEG00000022643	mfsd5 (ENSATEG00000022657)	nr1d4a (ENSATEG00000022660)	ENSATEG00000022679	calcoco1a (ENSATEG00000022704) ##17	hoxc13a (ENSATEG00000022733)	hoxc12a (ENSATEG00000022770)	hoxc11a (ENSATEG00000022786)	ENSATEG00000022805 ##22	hoxc9a (ENSATEG00000022821)	hoxc8a (ENSATEG00000026304)	hoxc6a (ENSATEG00000022870)	hoxc5a (ENSATEG00000022872)	hoxc4a (ENSATEG00000022878)	ENSATEG00000029038	ENSATEG00000022897 #29	cbx5 (ENSATEG00000030136)	ENSATEG00000022918	nfe2 (ENSATEG00000026477) ##32	copz1 (ENSATEG00000022959)	znf740b (ENSATEG00000029541)	zgc:174906 (ENSATEG00000022991)	tafa3b (ENSATEG00000027191)	ENSATEG00000029432
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	22	ENSMMDG00005000899	ENSMMDG00005000897	ENSMMDG00005000895	ENSMMDG00005000893	ENSMMDG00005000891	col1a1a (ENSMMDG00005000844)	ENSMMDG00005000825	nags (ENSMMDG00005000823)	ENSMMDG00005000818	ube2z (ENSMMDG00005000811)	ENSMMDG00005000806	igf2bp1 (ENSMMDG00005000735)	atp5mc1 (ENSMMDG00005000711)	eve1 (ENSMMDG00005000701)	hoxb13a (ENSMMDG00005000698)	ENSMMDG00005000694 ##22	hoxb9a (ENSMMDG00005000689)	hoxb8a (ENSMMDG00005000684)	hoxb7a (ENSMMDG00005000680)	ENSMMDG00005000676	HOXB5 (ENSMMDG00005000664)	hoxb4a (ENSMMDG00005000657)	hoxb3a (ENSMMDG00005000643)	hoxb2a (ENSMMDG00005000634) ##28	hoxb1a (ENSMMDG00005000621)	ENSMMDG00005000614	ENSMMDG00005000609	CBX1 (ENSMMDG00005000606)	nfe2l1a (ENSMMDG00005000602) ##32	praf2 (ENSMMDG00005000597)	copz2 (ENSMMDG00005000593)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b	ENSGT01100000263525.b.a.o	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354.d	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.y	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354.d	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d
Denticle herring	MODERN SPECIES	3	zgc:77375 (ENSDCDG00000017107)	rab43 (ENSDCDG00000017106)	nuf2 (ENSDCDG00000017105)	ENSDCDG00000017104	ENSDCDG00000017103	ENSDCDG00000017102	LRP1 (ENSDCDG00000016119)	ENSDCDG00000015626	ENSDCDG00000015604	nr1d4b (ENSDCDG00000015594)	rargb (ENSDCDG00000015574)	calcoco1b (ENSDCDG00000015538) ##17	hoxc13b (ENSDCDG00000034613)	hoxc12b (ENSDCDG00000034611)	hoxc11a (ENSDCDG00000034607)	ENSDCDG00000034606 ##22	hoxc9a (ENSDCDG00000034603)	HOXC8 (ENSDCDG00000034602)	hoxc6b (ENSDCDG00000034599)	hoxc5a (ENSDCDG00000034596)	HOXC4 (ENSDCDG00000034592)	SMUG1 (ENSDCDG00000034591)	hnrnpa1a (ENSDCDG00000034575)	copz1 (ENSDCDG00000034556)	ENSDCDG00000034545	LIMA1 (ENSDCDG00000034538)	igfbp6a (ENSDCDG00000034536)	PIP4K2C (ENSDCDG00000034518)	AGAP2 (ENSDCDG00000034427)	TSPAN31 (ENSDCDG00000034417)	cdk4 (ENSDCDG00000034415)
Atlantic herring	MODERN SPECIES		cyb561 (ENSCHAG00000013337)	HDAC5 (ENSCHAG00000012867)	nags (ENSCHAG00000012828)	ENSCHAG00000012806	RAPGEFL1 (ENSCHAG00000012776)	casc3 (ENSCHAG00000012759)	msl1a (ENSCHAG00000012702)	nr1d1 (ENSCHAG00000012664)	ENSCHAG00000012653	igf2bp1 (ENSCHAG00000012263)	ube2z (ENSCHAG00000012169)	atp5mc1 (ENSCHAG00000012097)	ttll6 (ENSCHAG00000012024)	eve1 (ENSCHAG00000012005)	hoxb13a (ENSCHAG00000011984)	ENSCHAG00000011977 ##22	hoxb9a (ENSCHAG00000011972)	hoxb8a (ENSCHAG00000011949)	hoxb7a (ENSCHAG00000011939)	hoxb6a (ENSCHAG00000011924)	hoxb5a (ENSCHAG00000011908)	hoxb4a (ENSCHAG00000011877)	hoxb3a (ENSCHAG00000011846)	hoxb2a (ENSCHAG00000011811) ##28	hoxb1a (ENSCHAG00000011778)	cbx1a (ENSCHAG00000011737)	nfe2l1a (ENSCHAG00000011681) ##32	copz2 (ENSCHAG00000011583)	prr15la (ENSCHAG00000011558)	OSBPL7 (ENSCHAG00000011405)	TBKBP1 (ENSCHAG00000011348)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b	ENSGT01100000263525.b.a.o	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354.d	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00530000063801.a.b
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b	ENSGT01100000263525.b.a.o	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354.d	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000166816
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b	ENSGT01100000263525.b.a.o	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354.d	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00940000166816
Electric eel	MODERN SPECIES	26	nags (ENSEEEG00000004036)	ENSEEEG00000004034	col1a1a (ENSEEEG00000004027)	PPP1R9B (ENSEEEG00000004018)	RAPGEFL1 (ENSEEEG00000004015)	casc3 (ENSEEEG00000004011)	msl1a (ENSEEEG00000004008)	nr1d1 (ENSEEEG00000004006)	ENSEEEG00000004005	igf2bp1 (ENSEEEG00000004002)	ube2z (ENSEEEG00000003995)	atp5mc1 (ENSEEEG00000003992)	ENSEEEG00000003989	eve1 (ENSEEEG00000003988)	hoxb13a (ENSEEEG00000003985)	hoxb10a (ENSEEEG00000003982) ##22	hoxb9a (ENSEEEG00000003980)	hoxb8a (ENSEEEG00000003979)	hoxb7a (ENSEEEG00000003976)	hoxb6a (ENSEEEG00000003973)	hoxb5a (ENSEEEG00000003969)	hoxb4a (ENSEEEG00000003963)	hoxb3a (ENSEEEG00000003961)	hoxb2a (ENSEEEG00000003959) ##28	hoxb1a (ENSEEEG00000003958)	cbx1a (ENSEEEG00000003957)	nfe2l1a (ENSEEEG00000003956) ##32	copz2 (ENSEEEG00000003954)	prr15la (ENSEEEG00000003950)	ENSEEEG00000003947	ENSEEEG00000003946
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00390000006679.b.w.a.a	ENSGT01100000263525.b.a.o	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000158833.a.a	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029	ENSGT00940000163268.e ##22	ENSGT00940000161386	ENSGT00940000161529.u.a	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108	ENSGT00940000158354.d	ENSGT00940000162072	ENSGT00940000159774	ENSGT00940000155029.c.b ##28	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a	ENSGT00530000063801.a.b
Zebrafish	MODERN SPECIES	18	ENSDARG00000094579	gngt2a (ENSDARG00000010680)	col1a1a (ENSDARG00000012405)	PPP1R9B (ENSDARG00000079366)	RAPGEFL1 (ENSDARG00000079912)	casc3 (ENSDARG00000029911)	msl1a (ENSDARG00000074734)	ENSDARG00000055813	nr1d1 (ENSDARG00000033160)	ENSDARG00000101975	igf2bp1 (ENSDARG00000061478)	ube2z (ENSDARG00000029215)	atp5mc1 (ENSDARG00000056008)	eve1 (ENSDARG00000056012)	hoxb13a (ENSDARG00000056015)	hoxb10a (ENSDARG00000011579) ##22	hoxb9a (ENSDARG00000056023)	hoxb8a (ENSDARG00000056027)	hoxb7a (ENSDARG00000056030)	hoxb3a (ENSDARG00000029263)	hoxb6a (ENSDARG00000010630)	hoxb5a (ENSDARG00000013057)	hoxb4a (ENSDARG00000013533)	hoxb2a (ENSDARG00000000175) ##28	hoxb1a (ENSDARG00000008174)	cbx1a (ENSDARG00000004189)	nfe2l1a (ENSDARG00000030616) ##32	copz2 (ENSDARG00000006786)	ENSDARG00000097637	prr15la (ENSDARG00000025615)	atf4b (ENSDARG00000038141)
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	499	ENSGT00940000155436.v	ENSGT00940000155099.k.a	ENSGT00940000162304.c	ENSGT00730000111135.m	ENSGT00390000013474.a.l	ENSGT00390000004153.c.b	ENSGT00910000144296.c.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000156582.o.b	ENSGT00940000157981.a.a.b	ENSGT00390000001859.e.b	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000164071.a ##20	ENSGT00940000159938.c	ENSGT00940000161308.a.b	ENSGT00940000163268.e.a ##22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	782													ENSGT00940000164071.a.a ##20	ENSGT00940000159938.c	ENSGT00940000161308.a.b	ENSGT00940000163268.e.a ##22
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	289	cdca7a (ENSSGRG00000039321)	sp3a (ENSSGRG00000039325)	sp9 (ENSSGRG00000039353)	CIR1 (ENSSGRG00000039355)	scrn3 (ENSSGRG00000039363)	GPR155 (ENSSGRG00000039376)	wipf1a (ENSSGRG00000039382)	chn1 (ENSSGRG00000039383)	ATF2 (ENSSGRG00000039394)	ENSSGRG00000039395	ENSSGRG00000039396	lnpa (ENSSGRG00000039397)	hoxd13a (ENSSGRG00000039398) ##20	hoxd12a (ENSSGRG00000039400)	hoxd11a (ENSSGRG00000039401)	ENSSGRG00000039402 ##22	hoxd9a (ENSSGRG00000039404)	hoxd4a (ENSSGRG00000039405)	hoxd3a (ENSSGRG00000039408)	hnrnpa3 (ENSSGRG00000039410)	nfe2l2a (ENSSGRG00000039415) ##32	agps (ENSSGRG00000039571)	ENSSGRG00000039623	ENSSGRG00000039624	ENSSGRG00000039625	ENSSGRG00000039628	syt7b (ENSSGRG00000039630)	ENSSGRG00000039632	ENSSGRG00000039634	polr2l (ENSSGRG00000039637)	DAGLA (ENSSGRG00000039642)
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	686									ENSGT00390000006930.a	ENSGT00390000018292.d.b	ENSGT00940000160548.g	ENSGT00940000154957.A.g	ENSGT00940000159091.d	ENSGT00940000167564.h	ENSGT00940000159029.j	ENSGT00940000163268.e.b.a ##22	ENSGT00940000161386.g	ENSGT00940000161529.u.a.a.b	ENSGT00940000161230.a	ENSGT00940000161108.c	ENSGT00940000159774.lc
Goldfish	MODERN SPECIES	22	HDAC5 (ENSCARG00000000629)	lsm12a (ENSCARG00000000913)	ENSCARG00000000924	ENSCARG00000000931	ENSCARG00000000938	col1a1a (ENSCARG00000001155)	PPP1R9B (ENSCARG00000002312)	casc3 (ENSCARG00000002400)	nr1d1 (ENSCARG00000002466)	ENSCARG00000002477	igf2bp1 (ENSCARG00000002510)	ube2z (ENSCARG00000002616)	atp5mc1 (ENSCARG00000002630)	eve1 (ENSCARG00000002639)	hoxb13a (ENSCARG00000002645)	hoxb10a (ENSCARG00000002649) ##22	hoxb9a (ENSCARG00000002658)	hoxb8a (ENSCARG00000002663)	hoxb7a (ENSCARG00000002667)	hoxb6a (ENSCARG00000002672)	hoxb5a (ENSCARG00000002674)	ENSCARG00000002676	hoxb3a (ENSCARG00000002682)	hoxb2a (ENSCARG00000002688) ##28	hoxb1a (ENSCARG00000002693)	copz2 (ENSCARG00000002719)	nfe2l1a (ENSCARG00000002796) ##32	prr15la (ENSCARG00000002805)	atf4b (ENSCARG00000002809)	ENSCARG00000002813	CASKIN1 (ENSCARG00000002904)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	195	ENSGT00950000183197.a.d	ENSGT00940000160534.l	ENSGT00390000006956.b.a.a	ENSGT00940000155311.A.a.f	ENSGT00390000006679.b.x	ENSGT00940000158833.a.a.a	ENSGT00940000160144.d	ENSGT00390000006930.a	ENSGT00390000018292.d.b	ENSGT00940000160548.g	ENSGT00940000154957.A.g	ENSGT00940000159091.d	ENSGT00940000157981.a.b.b	ENSGT00940000167564.h	ENSGT00940000159029.j	ENSGT00940000163268.e.b.a ##22	ENSGT00940000161386.g	ENSGT00940000161529.u.a.a.b	ENSGT00940000161529.u.a.b	ENSGT00940000161230.a	ENSGT00940000161108.c	ENSGT00940000159774.lc	ENSGT00940000166856.a	ENSGT00940000154152.b.a.d	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.b ##32	ENSGT00390000004405.b.b	ENSGT00940000154534.b.a.c	ENSGT00530000063801.a.b.a	ENSGT00940000166816.e	ENSGT01030000234578.A.b.b.j	ENSGT00950000183122.C.k.b
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	47	ENSSGRG00000048111	ENSSGRG00000048114	ENSSGRG00000048116	ENSSGRG00000048141	PPP1R9B (ENSSGRG00000049480)	RAPGEFL1 (ENSSGRG00000049485)	casc3 (ENSSGRG00000049486)	msl1a (ENSSGRG00000049487)	msl1a (ENSSGRG00000049488)	nr1d1 (ENSSGRG00000049489)	igf2bp1 (ENSSGRG00000049513)	ube2z (ENSSGRG00000049690)	atp5mc1 (ENSSGRG00000049691)	eve1 (ENSSGRG00000049695)	hoxb13a (ENSSGRG00000049696)	hoxb10a (ENSSGRG00000049697) ##22	hoxb9a (ENSSGRG00000049699)	hoxb8a (ENSSGRG00000049701)	hoxb7a (ENSSGRG00000049702)	hoxb6a (ENSSGRG00000049703)	hoxb3a (ENSSGRG00000049705)	hoxb2a (ENSSGRG00000049708) ##28	hoxb1a (ENSSGRG00000049711)	cbx1a (ENSSGRG00000049715)	nfe2l1a (ENSSGRG00000049738) ##32	copz2 (ENSSGRG00000049742)	ENSSGRG00000049772	prr15la (ENSSGRG00000049774)	atf4b (ENSSGRG00000049777)	adsl (ENSSGRG00000049786)	ENSSGRG00000049947
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Spotted gar	DUPLICATION
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Reedfish	MODERN SPECIES	5	CDC6 (ENSECRG00000022545)	wipf2b (ENSECRG00000022534)	RAPGEFL1 (ENSECRG00000022524)	casc3 (ENSECRG00000022510)	msl1a (ENSECRG00000022499)	nr1d1 (ENSECRG00000022487)	igf2bp1 (ENSECRG00000022470)	ENSECRG00000022445	snf8 (ENSECRG00000022423)	ube2z (ENSECRG00000022386)	atp5mc1 (ENSECRG00000022366)	ENSECRG00000022355 ##17	ttll6 (ENSECRG00000022344)	ENSECRG00000022338 #19	hoxb13a (ENSECRG00000022331)	hoxb10a (ENSECRG00000022327) #22	hoxb9a (ENSECRG00000022323)	hoxb8a (ENSECRG00000022316)	hoxb7a (ENSECRG00000022310)	hoxb6a (ENSECRG00000022304)	hoxb5b (ENSECRG00000022297)	hoxb4a (ENSECRG00000022286)	hoxb3a (ENSECRG00000022280)	hoxb2a (ENSECRG00000022274) ##28	hoxb1b (ENSECRG00000022268)	skap1 (ENSECRG00000022254)	SNX11 (ENSECRG00000022243)	cbx1b (ENSECRG00000022234)	NFE2L1 (ENSECRG00000022225) ##32	copz2 (ENSECRG00000022208)	ENSECRG00000022194
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00760000119737 #37	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00940000171365	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Coelacanth	MODERN SPECIES	278	KPNB1 (ENSLACG00000017620)	TBKBP1 (ENSLACG00000017427)	ENSLACG00000017287	TBX21 (ENSLACG00000016985)	OSBPL7 (ENSLACG00000016893)	MRPL10 (ENSLACG00000016860)	LRRC46 (ENSLACG00000022295)	igf2bp1 (ENSLACG00000016755)	SNF8 (ENSLACG00000016411)	UBE2Z (ENSLACG00000016325)	ATP5MC1 (ENSLACG00000016305)	ENSLACG00000016150 ##17	TTLL6 (ENSLACG00000015912)	ENSLACG00000015759	HOXB13 (ENSLACG00000015543)	hoxb10a (ENSLACG00000015207) #22	HOXB9 (ENSLACG00000015129)	HOXB8 (ENSLACG00000015099)	HOXB7 (ENSLACG00000015078)	HOXB6 (ENSLACG00000014999)	ENSLACG00000014942	HOXB3 (ENSLACG00000014824)	HOXB2 (ENSLACG00000014790) ##28	HOXB1 (ENSLACG00000014698)	SNX11 (ENSLACG00000011068)	CBX1 (ENSLACG00000010753)	NFE2L1 (ENSLACG00000009960) ##32	COPZ2 (ENSLACG00000009416)	CDK5RAP3 (ENSLACG00000007698)	ENSLACG00000007611	ENSLACG00000007610
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01000000221212	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Theria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	1052													ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864
Armadillo	MODERN SPECIES	434													EVX1 (ENSDNOG00000005246) #19	HOXA13 (ENSDNOG00000047528)	HOXA11 (ENSDNOG00000044503) #21	ENSDNOG00000039533 #22	HOXA9 (ENSDNOG00000043901)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00570000080653	ENSGT00390000009854	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00570000080653	ENSGT00390000009854	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00570000080653	ENSGT00390000009854	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
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Bos	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT00970000197801	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00960000190781	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT00970000197801	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00960000190781	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Cow	MODERN SPECIES	23	FKBP14 (ENSBTAG00000007870) #35	SCRN1 (ENSBTAG00000016223)	WIPF3 (ENSBTAG00000016220) #36	PRR15 (ENSBTAG00000045567)	CHN2 (ENSBTAG00000020931)	ENSBTAG00000054573	CPVL (ENSBTAG00000007146)	TRIL (ENSBTAG00000024340) #14	CREB5 (ENSBTAG00000018909)	JAZF1 (ENSBTAG00000019024) #16	TAX1BP1 (ENSBTAG00000019020) #17	HIBADH (ENSBTAG00000001036)	EVX1 (ENSBTAG00000020919) #19	HOXA13 (ENSBTAG00000014735)	HOXA11 (ENSBTAG00000014738) #21	HOXA10 (ENSBTAG00000040082) #22	ENSBTAG00000048562	HOXA9 (ENSBTAG00000053595)	HOXA7 (ENSBTAG00000001455) #24	HOXA6 (ENSBTAG00000024341)	HOXA5 (ENSBTAG00000012211) #25	HOXA3 (ENSBTAG00000008139) #27	HOXA4 (ENSBTAG00000001063) #26	HOXA2 (ENSBTAG00000008138)	HOXA1 (ENSBTAG00000013263) #29	ENSBTAG00000047863	SKAP2 (ENSBTAG00000005650)	SNX10 (ENSBTAG00000001822) #30	CBX3 (ENSBTAG00000049437) #31	HNRNPA2B1 (ENSBTAG00000005726)	NFE2L3 (ENSBTAG00000004136) #32
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT00970000197801	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00960000190781	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Wild yak	MODERN SPECIES	1550											HIBADH (ENSBMUG00000002352)	EVX1 (ENSBMUG00000002374) #19	ENSBMUG00000002431	ENSBMUG00000002455	ENSBMUG00000002522 #21	ENSBMUG00000002543 #22	HOXA9 (ENSBMUG00000002568)	HOXA7 (ENSBMUG00000002587) #24	HOXA6 (ENSBMUG00000002606)	HOXA5 (ENSBMUG00000002631) #25	ENSBMUG00000002645 #26	HOXA3 (ENSBMUG00000002664) #27	HOXA2 (ENSBMUG00000002681)	HOXA1 (ENSBMUG00000002735) #29	ENSBMUG00000002753	SKAP2 (ENSBMUG00000002819)	SNX10 (ENSBMUG00000002905) #30	CBX3 (ENSBMUG00000002936) #31	ENSBMUG00000003049	NFE2L3 (ENSBMUG00000003080) #32
Domestic yak	MODERN SPECIES	23	PLEKHA8 (ENSBGRG00000003061)	FKBP14 (ENSBGRG00000002988) #35	SCRN1 (ENSBGRG00000002924)	WIPF3 (ENSBGRG00000002882) #36	ENSBGRG00000002866	CHN2 (ENSBGRG00000002806)	CPVL (ENSBGRG00000002765)	ENSBGRG00000002725	CREB5 (ENSBGRG00000002665)	JAZF1 (ENSBGRG00000002602) #16	TAX1BP1 (ENSBGRG00000002260) #17	HIBADH (ENSBGRG00000002143)	EVX1 (ENSBGRG00000002117) #19	HOXA13 (ENSBGRG00000002092)	HOXA11 (ENSBGRG00000002077) #21	hoxA10 (ENSBGRG00000002072) #22	HOXA9 (ENSBGRG00000002058)	HOXA7 (ENSBGRG00000002048) #24	HOXA6 (ENSBGRG00000002039)	HOXA5 (ENSBGRG00000002031) #25	HOXA4 (ENSBGRG00000002016) #26	HOXA3 (ENSBGRG00000001999) #27	HOXA2 (ENSBGRG00000001989)	HOXA1 (ENSBGRG00000001963) #29	ENSBGRG00000001956	SKAP2 (ENSBGRG00000001745)	SNX10 (ENSBGRG00000001644) #30	ENSBGRG00000001597 #31	ENSBGRG00000001515	NFE2L3 (ENSBGRG00000001498) #32	NPVF (ENSBGRG00000001474)
American bison	MODERN SPECIES	3278							CPVL (ENSBBBG00000005509)	TRIL (ENSBBBG00000020390) #14	CREB5 (ENSBBBG00000000655)	JAZF1 (ENSBBBG00000000585) #16	TAX1BP1 (ENSBBBG00000005530) #17	ENSBBBG00000020460	ENSBBBG00000020467	ENSBBBG00000020482	HOXA11 (ENSBBBG00000020500) #21	ENSBBBG00000020506 #22	ENSBBBG00000005537	HOXA7 (ENSBBBG00000020511) #24	HOXA6 (ENSBBBG00000020515)	HOXA5 (ENSBBBG00000020518) #25	ENSBBBG00000020521 #26	HOXA3 (ENSBBBG00000005541) #27	HOXA2 (ENSBBBG00000020536)	HOXA1 (ENSBBBG00000020558) #29	ENSBBBG00000005551	SKAP2 (ENSBBBG00000020584)	SNX10 (ENSBBBG00000006863) #30	ENSBBBG00000020651 #31	ENSBBBG00000007053	NFE2L3 (ENSBBBG00000020743) #32	NPVF (ENSBBBG00000020751)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.q.e	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	20	WIPF3 (ENSOARG00020012033) #36	PRR15 (ENSOARG00020012169)	ENSOARG00020012214	CHN2 (ENSOARG00020012268)	CPVL (ENSOARG00020013107)	TRIL (ENSOARG00020013245) #14	CREB5 (ENSOARG00020013276)	JAZF1 (ENSOARG00020013785) #16	TAX1BP1 (ENSOARG00020013883) #17	ENSOARG00020014245	ENSOARG00020014324	EVX1 (ENSOARG00020014391) #19	HOXA13 (ENSOARG00020000130)	ENSOARG00020000154	HOXA11 (ENSOARG00020000170) #21	ENSOARG00020000180 #22	HOXA9 (ENSOARG00020000214)	HOXA7 (ENSOARG00020000223) #24	HOXA6 (ENSOARG00020000238)	HOXA5 (ENSOARG00020000251) #25	HOXA4 (ENSOARG00020000267) #26	HOXA3 (ENSOARG00020000280) #27	HOXA2 (ENSOARG00020000291)	HOXA1 (ENSOARG00020000312) #29	SKAP2 (ENSOARG00020000333)	SNX10 (ENSOARG00020000354) #30	ENSOARG00020000374 #31	HNRNPA2B1 (ENSOARG00020000397)	NFE2L3 (ENSOARG00020000455) #32	ENSOARG00020000488	NPVF (ENSOARG00020000502)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	9	ENSCHYG00000006007	FKBP14 (ENSCHYG00000006015) #35	SCRN1 (ENSCHYG00000006060)	WIPF3 (ENSCHYG00000006126) #36	CHN2 (ENSCHYG00000006232)	CPVL (ENSCHYG00000006755)	TRIL (ENSCHYG00000006856) #14	CREB5 (ENSCHYG00000006881)	JAZF1 (ENSCHYG00000007125) #16	TAX1BP1 (ENSCHYG00000007239) #17	ENSCHYG00000007648	ENSCHYG00000007675	EVX1 (ENSCHYG00000007735) #19	HOXA13 (ENSCHYG00000007767)	HOXA11 (ENSCHYG00000007789) #21	ENSCHYG00000007809 #22	HOXA9 (ENSCHYG00000007842)	HOXA7 (ENSCHYG00000007865) #24	HOXA6 (ENSCHYG00000007892)	HOXA5 (ENSCHYG00000007908) #25	HOXA4 (ENSCHYG00000007930) #26	HOXA3 (ENSCHYG00000007949) #27	HOXA2 (ENSCHYG00000007974)	HOXA1 (ENSCHYG00000007989) #29	SKAP2 (ENSCHYG00000008025)	SNX10 (ENSCHYG00000008200) #30	ENSCHYG00000008298 #31	ENSCHYG00000008354	NFE2L3 (ENSCHYG00000008565) #32	NPVF (ENSCHYG00000008663)	C7orf31 (ENSCHYG00000008694)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.h #17	ENSGT01000000219565	ENSGT00940000155255.q.a	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.a #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.h #17	ENSGT01000000219565	ENSGT00940000155255.q.a	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.f.d	ENSGT00940000153305.c.e.a #31
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.h #17	ENSGT01000000219565	ENSGT00940000155255.q.a	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000001447.pb.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.h #17	ENSGT01000000219565	ENSGT00940000155255.q.a	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000001447.pb.a
Narwhal	MODERN SPECIES	306	PLEKHA8 (ENSMMNG00015006919)	FKBP14 (ENSMMNG00015006893) #35	SCRN1 (ENSMMNG00015006859)	WIPF3 (ENSMMNG00015006818) #36	PRR15 (ENSMMNG00015006804)	CHN2 (ENSMMNG00015006621)	CPVL (ENSMMNG00015006550)	TRIL (ENSMMNG00015006537) #14	CREB5 (ENSMMNG00015006474)	JAZF1 (ENSMMNG00015006424) #16	TAX1BP1 (ENSMMNG00015006389) #17	ENSMMNG00015006356	EVX1 (ENSMMNG00015006342) #19	HOXA13 (ENSMMNG00015006328)	HOXA11 (ENSMMNG00015006318) #21	ENSMMNG00015006310 #22	HOXA9 (ENSMMNG00015006287)	HOXA7 (ENSMMNG00015006271) #24	HOXA6 (ENSMMNG00015006261)	HOXA5 (ENSMMNG00015006249) #25	HOXA4 (ENSMMNG00015006236) #26	HOXA3 (ENSMMNG00015006227) #27	HOXA2 (ENSMMNG00015006212)	HOXA1 (ENSMMNG00015006195) #29	SKAP2 (ENSMMNG00015006170)	SNX10 (ENSMMNG00015006146) #30	CBX3 (ENSMMNG00015006116) #31	ENSMMNG00015006029	NFE2L3 (ENSMMNG00015005990) #32	ENSMMNG00015005975	ENSMMNG00015005956
Sperm whale	MODERN SPECIES	16	SCRN1 (ENSPCTG00005005255)	WIPF3 (ENSPCTG00005005378) #36	PRR15 (ENSPCTG00005005430)	CHN2 (ENSPCTG00005005501)	CPVL (ENSPCTG00005005992)	TRIL (ENSPCTG00005006053) #14	CREB5 (ENSPCTG00005006108)	JAZF1 (ENSPCTG00005006349) #16	ENSPCTG00005006433 #17	ENSPCTG00005006916	ENSPCTG00005006930	HIBADH (ENSPCTG00005006944)	EVX1 (ENSPCTG00005006960) #19	HOXA13 (ENSPCTG00005006985)	HOXA11 (ENSPCTG00005000283) #21	ENSPCTG00005000317 #22	ENSPCTG00005000324	HOXA9 (ENSPCTG00005000359)	HOXA7 (ENSPCTG00005000380) #24	HOXA6 (ENSPCTG00005000391)	HOXA5 (ENSPCTG00005000400) #25	HOXA4 (ENSPCTG00005000409) #26	HOXA2 (ENSPCTG00005000420)	HOXA1 (ENSPCTG00005000429) #29	SKAP2 (ENSPCTG00005000453)	SNX10 (ENSPCTG00005000481) #30	ENSPCTG00005000501 #31	HNRNPA2B1 (ENSPCTG00005000537)	NFE2L3 (ENSPCTG00005000589) #32	ENSPCTG00005000600	NPVF (ENSPCTG00005000613)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00570000080653	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00950000186003	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00570000080653	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.l #17	ENSGT00950000186003	ENSGT00950000183025.b.a.k #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00930000152153	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.a #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.l #17	ENSGT00950000186003	ENSGT00940000155255	ENSGT00930000152153	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000153305.c.e.a #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000159017.a.a	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.l #17	ENSGT00950000186003	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000154191.i.a	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000153305.c.e.a #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Polar bear	MODERN SPECIES	133	ENSUMAG00000002092	PLEKHA8 (ENSUMAG00000002071)	FKBP14 (ENSUMAG00000002067) #35	SCRN1 (ENSUMAG00000002056)	WIPF3 (ENSUMAG00000001992) #36	PRR15 (ENSUMAG00000001973)	CHN2 (ENSUMAG00000001969)	CPVL (ENSUMAG00000001960)	CREB5 (ENSUMAG00000001930)	JAZF1 (ENSUMAG00000001899) #16	ENSUMAG00000001876 #17	ENSUMAG00000001866	HIBADH (ENSUMAG00000001860)	ENSUMAG00000001853	ENSUMAG00000001814 #21	ENSUMAG00000001810 #22	HOXA9 (ENSUMAG00000001801)	HOXA6 (ENSUMAG00000001790)	ENSUMAG00000001784 #26	HOXA1 (ENSUMAG00000001758) #29	ENSUMAG00000001750	SKAP2 (ENSUMAG00000001740)	SNX10 (ENSUMAG00000001732) #30	CBX3 (ENSUMAG00000001725) #31	HNRNPA2B1 (ENSUMAG00000001699)	ENSUMAG00000001694 #32	NPVF (ENSUMAG00000001665)	C7orf31 (ENSUMAG00000001572)	CYCS (ENSUMAG00000001559)	OSBPL3 (ENSUMAG00000001527) #13	GSDME (ENSUMAG00000001516) #12
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.k #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.a #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
American mink	MODERN SPECIES	24	FKBP14 (ENSNVIG00000011355) #35	SCRN1 (ENSNVIG00000011369)	WIPF3 (ENSNVIG00000011443) #36	ENSNVIG00000011507	ENSNVIG00000011513	CHN2 (ENSNVIG00000011534)	CPVL (ENSNVIG00000011645)	TRIL (ENSNVIG00000011660) #14	CREB5 (ENSNVIG00000011671)	JAZF1 (ENSNVIG00000011775) #16	TAX1BP1 (ENSNVIG00000011815) #17	HIBADH (ENSNVIG00000012020)	EVX1 (ENSNVIG00000012041) #19	HOXA13 (ENSNVIG00000012062)	HOXA11 (ENSNVIG00000012100) #21	ENSNVIG00000012110 #22	HOXA9 (ENSNVIG00000012124)	HOXA7 (ENSNVIG00000012126) #24	HOXA6 (ENSNVIG00000012136)	HOXA5 (ENSNVIG00000012142) #25	HOXA4 (ENSNVIG00000012149) #26	HOXA3 (ENSNVIG00000012162) #27	HOXA2 (ENSNVIG00000012184)	HOXA1 (ENSNVIG00000012214) #29	SKAP2 (ENSNVIG00000012244)	SNX10 (ENSNVIG00000012303) #30	ENSNVIG00000012362 #31	HNRNPA2B1 (ENSNVIG00000012375)	NFE2L3 (ENSNVIG00000012449) #32	NPVF (ENSNVIG00000012461)	C7orf31 (ENSNVIG00000012476)
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Panthera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.i.a #17	ENSGT00950000186003	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Tiger	MODERN SPECIES	97							CPVL (ENSPTIG00000018446)	TRIL (ENSPTIG00000005460) #14	CREB5 (ENSPTIG00000019238)	JAZF1 (ENSPTIG00000020924) #16	TAX1BP1 (ENSPTIG00000021227) #17	HIBADH (ENSPTIG00000010859)	ENSPTIG00000011221	ENSPTIG00000011682	HOXA11 (ENSPTIG00000011979) #21	ENSPTIG00000012506 #22	HOXA9 (ENSPTIG00000013356)	HOXA7 (ENSPTIG00000013517) #24	HOXA6 (ENSPTIG00000014100)	ENSPTIG00000014314 #26	HOXA2 (ENSPTIG00000014716)	HOXA1 (ENSPTIG00000015859) #29	SKAP2 (ENSPTIG00000016077)	SNX10 (ENSPTIG00000017994) #30	CBX3 (ENSPTIG00000019324) #31	ENSPTIG00000019833	NFE2L3 (ENSPTIG00000000753) #32
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a.i.a #17	ENSGT00950000186003	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
lion	MODERN SPECIES	2	FKBP14 (ENSPLOG00000008899) #35	SCRN1 (ENSPLOG00000008823)	WIPF3 (ENSPLOG00000008722) #36	PRR15 (ENSPLOG00000008701)	CHN2 (ENSPLOG00000008386)	CPVL (ENSPLOG00000008266)	TRIL (ENSPLOG00000008245) #14	CREB5 (ENSPLOG00000008070)	JAZF1 (ENSPLOG00000008017) #16	ENSPLOG00000007719 #17	ENSPLOG00000007659	HIBADH (ENSPLOG00000007638)	EVX1 (ENSPLOG00000007612) #19	HOXA13 (ENSPLOG00000007596)	HOXA11 (ENSPLOG00000007576) #21	ENSPLOG00000007559 #22	HOXA9 (ENSPLOG00000007540)	HOXA7 (ENSPLOG00000007529) #24	HOXA6 (ENSPLOG00000007517)	HOXA5 (ENSPLOG00000007500) #25	HOXA4 (ENSPLOG00000007478) #26	HOXA3 (ENSPLOG00000007461) #27	HOXA2 (ENSPLOG00000007449)	HOXA1 (ENSPLOG00000007430) #29	SKAP2 (ENSPLOG00000007389)	SNX10 (ENSPLOG00000007289) #30	CBX3 (ENSPLOG00000007256) #31	ENSPLOG00000007132	NFE2L3 (ENSPLOG00000007066) #32	NPVF (ENSPLOG00000007044)	C7orf31 (ENSPLOG00000007012)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	12	FKBP14 (ENSRFEG00010021084) #35	SCRN1 (ENSRFEG00010021103)	WIPF3 (ENSRFEG00010021120) #36	ENSRFEG00010021129	CHN2 (ENSRFEG00010021162)	CPVL (ENSRFEG00010021218)	TRIL (ENSRFEG00010021231) #14	CREB5 (ENSRFEG00010021242)	JAZF1 (ENSRFEG00010021278) #16	TAX1BP1 (ENSRFEG00010021292) #17	HIBADH (ENSRFEG00010021310)	ENSRFEG00010021318	EVX1 (ENSRFEG00010021329) #19	HOXA13 (ENSRFEG00010007129)	HOXA11 (ENSRFEG00010007153) #21	ENSRFEG00010007175 #22	HOXA9 (ENSRFEG00010007211)	HOXA7 (ENSRFEG00010007246) #24	HOXA6 (ENSRFEG00010007277)	HOXA5 (ENSRFEG00010007299) #25	HOXA4 (ENSRFEG00010007327) #26	HOXA3 (ENSRFEG00010007370) #27	HOXA2 (ENSRFEG00010007382)	HOXA1 (ENSRFEG00010007395) #29	SKAP2 (ENSRFEG00010007437)	ENSRFEG00010007479	SNX10 (ENSRFEG00010007496) #30	CBX3 (ENSRFEG00010007556) #31	HNRNPA2B1 (ENSRFEG00010007611)	NFE2L3 (ENSRFEG00010007944) #32	ENSRFEG00010007962
Microbat	MODERN SPECIES	989	PLEKHA8 (ENSMLUG00000007725)	FKBP14 (ENSMLUG00000007705) #35	SCRN1 (ENSMLUG00000007693)	WIPF3 (ENSMLUG00000022962) #36	PRR15 (ENSMLUG00000007234)	ENSMLUG00000013813	CPVL (ENSMLUG00000013805)	TRIL (ENSMLUG00000026172) #14	CREB5 (ENSMLUG00000013799)	JAZF1 (ENSMLUG00000013130) #16	TAX1BP1 (ENSMLUG00000013116) #17	HIBADH (ENSMLUG00000008346)	EVX1 (ENSMLUG00000007499) #19	HOXA13 (ENSMLUG00000008332)	HOXA11 (ENSMLUG00000008300) #21	ENSMLUG00000027272 #22	HOXA7 (ENSMLUG00000008289) #24	HOXA6 (ENSMLUG00000014517)	HOXA5 (ENSMLUG00000028593) #25	ENSMLUG00000022220 ##26	HOXA3 (ENSMLUG00000014502) #27	HOXA2 (ENSMLUG00000014499)	HOXA1 (ENSMLUG00000014496) #29	ENSMLUG00000023915	ENSMLUG00000014485	SNX10 (ENSMLUG00000000285) #30	CBX3 (ENSMLUG00000007591) #31	ENSMLUG00000007578	NFE2L3 (ENSMLUG00000007549) #32	ENSMLUG00000023699	C7orf31 (ENSMLUG00000016521)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00570000080653	ENSGT00390000009854	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Gibbon	MODERN SPECIES	7	CHN2 (ENSNLEG00000015081)	ENSNLEG00000005359	CPVL (ENSNLEG00000015062)	TRIL (ENSNLEG00000031765) #14	CREB5 (ENSNLEG00000015057)	ENSNLEG00000031446	ENSNLEG00000033766	JAZF1 (ENSNLEG00000015052) #16	TAX1BP1 (ENSNLEG00000015015) #17	ENSNLEG00000031715	HIBADH (ENSNLEG00000015003)	EVX1 (ENSNLEG00000015000) #19	ENSNLEG00000035447	ENSNLEG00000014997	HOXA11 (ENSNLEG00000014994) #21	ENSNLEG00000018316 #22	HOXA9 (ENSNLEG00000014992)	ENSNLEG00000032135 #24	HOXA6 (ENSNLEG00000014990)	HOXA4 (ENSNLEG00000014988) #26	HOXA3 (ENSNLEG00000014980) #27	HOXA2 (ENSNLEG00000014978)	HOXA1 (ENSNLEG00000014975) #29	ENSNLEG00000035199	SKAP2 (ENSNLEG00000014950)	ENSNLEG00000035004	ENSNLEG00000031144	SNX10 (ENSNLEG00000014938) #30	ENSNLEG00000014931 #31	HNRNPA2B1 (ENSNLEG00000014918)	NFE2L3 (ENSNLEG00000027718) #32
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Orangutan	MODERN SPECIES	20	SCRN1 (ENSPPYG00000017684)	WIPF3 (ENSPPYG00000038632) #36	ENSPPYG00000032931	PRR15 (ENSPPYG00000017685)	CHN2 (ENSPPYG00000017686)	CPVL (ENSPPYG00000017687)	TRIL (ENSPPYG00000032123) #14	CREB5 (ENSPPYG00000017688)	JAZF1 (ENSPPYG00000017691) #16	ENSPPYG00000034672 #16	TAX1BP1 (ENSPPYG00000017692) #17	HIBADH (ENSPPYG00000017693)	EVX1 (ENSPPYG00000017696) #19	HOXA13 (ENSPPYG00000017697)	HOXA11 (ENSPPYG00000017698) #21	ENSPPYG00000039324 #22	HOXA9 (ENSPPYG00000032755)	HOXA7 (ENSPPYG00000017701) #24	HOXA6 (ENSPPYG00000017702)	HOXA5 (ENSPPYG00000017703) #25	HOXA4 (ENSPPYG00000017704) #26	ENSPPYG00000017705	HOXA3 (ENSPPYG00000017706) #27	HOXA2 (ENSPPYG00000017707)	HOXA1 (ENSPPYG00000029903) #29	SKAP2 (ENSPPYG00000017710)	ENSPPYG00000017711	SNX10 (ENSPPYG00000017713) #30	CBX3 (ENSPPYG00000017714) #31	HNRNPA2B1 (ENSPPYG00000017715)	NFE2L3 (ENSPPYG00000017716) #32
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	13	PLEKHA8 (ENSCSAG00000014494)	FKBP14 (ENSCSAG00000014478) #35	SCRN1 (ENSCSAG00000014463)	WIPF3 (ENSCSAG00000014442) #36	PRR15 (ENSCSAG00000019606)	CHN2 (ENSCSAG00000014413)	CPVL (ENSCSAG00000014372)	CREB5 (ENSCSAG00000014360)	JAZF1 (ENSCSAG00000014355) #16	TAX1BP1 (ENSCSAG00000014348) #17	HIBADH (ENSCSAG00000014337)	ENSCSAG00000019607	EVX1 (ENSCSAG00000014325) #19	HOXA13 (ENSCSAG00000014315)	HOXA11 (ENSCSAG00000014310) #21	ENSCSAG00000014302 #22	HOXA9 (ENSCSAG00000014297)	HOXA7 (ENSCSAG00000014292) #24	HOXA6 (ENSCSAG00000014287)	HOXA5 (ENSCSAG00000014278) #25	HOXA4 (ENSCSAG00000014273) #26	HOXA3 (ENSCSAG00000014267) #27	HOXA2 (ENSCSAG00000014262)	HOXA1 (ENSCSAG00000014256) #29	SKAP2 (ENSCSAG00000014230)	ENSCSAG00000014193	SNX10 (ENSCSAG00000014190) #30	CBX3 (ENSCSAG00000014185) #31	ENSCSAG00000014175	NFE2L3 (ENSCSAG00000014168) #32	NPVF (ENSCSAG00000014160)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00910000147051	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a.o	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000163122	ENSGT00940000155255	ENSGT00420000029792.r	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00940000153395.a.rb.b.b.a	ENSGT00940000167156	ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.b.c.a	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.a	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00570000080653
Olive baboon	MODERN SPECIES	14	ENSPANG00000045790	CHN2 (ENSPANG00000023717)	CPVL (ENSPANG00000006146)	TRIL (ENSPANG00000034493) #14	CREB5 (ENSPANG00000025914)	ENSPANG00000045027	ENSPANG00000044199	JAZF1 (ENSPANG00000006254) #16	TAX1BP1 (ENSPANG00000025183) #17	HIBADH (ENSPANG00000007147)	ENSPANG00000037608	SNX6 (ENSPANG00000045776)	EVX1 (ENSPANG00000010753) #19	HOXA13 (ENSPANG00000030952)	HOXA11 (ENSPANG00000026298) #21	HOXA10 (ENSPANG00000021024) #22	HOXA9 (ENSPANG00000025913)	HOXA7 (ENSPANG00000029246) #24	HOXA6 (ENSPANG00000013799)	HOXA5 (ENSPANG00000009594) #25	HOXA4 (ENSPANG00000045376) #26	HOXA3 (ENSPANG00000025912) #27	HOXA2 (ENSPANG00000015067)	HOXA1 (ENSPANG00000003403) #29	MAD2L1 (ENSPANG00000004063)	SKAP2 (ENSPANG00000006185)	SNX10 (ENSPANG00000006089) #30	ENSPANG00000031037 #31	HNRNPA2B1 (ENSPANG00000021598)	NFE2L3 (ENSPANG00000013687) #32	NPVF (ENSPANG00000008672)
Tarsier	MODERN SPECIES	5454												HIBADH (ENSTSYG00000037556)	ENSTSYG00000034876 #19	HOXA13 (ENSTSYG00000036597)	HOXA11 (ENSTSYG00000006241) #21	ENSTSYG00000037137 #22	HOXA9 (ENSTSYG00000031784)	HOXA6 (ENSTSYG00000007233)	HOXA5 (ENSTSYG00000036293) #25	ENSTSYG00000035948 #26	HOXA3 (ENSTSYG00000036893) #27	HOXA2 (ENSTSYG00000008311)	HOXA1 (ENSTSYG00000036930) #29
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.c #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007.c #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	586	MTURN (ENSPSMG00000015941)	PLEKHA8 (ENSPSMG00000015863)	FKBP14 (ENSPSMG00000015651) #35	SCRN1 (ENSPSMG00000015640)	PRR15 (ENSPSMG00000015605)	CHN2 (ENSPSMG00000015549)	CPVL (ENSPSMG00000015408)	TRIL (ENSPSMG00000015395) #14	CREB5 (ENSPSMG00000015364)	TAX1BP1 (ENSPSMG00000015046) #17	HIBADH (ENSPSMG00000014819)	EVX1 (ENSPSMG00000014785) #19	HOXA13 (ENSPSMG00000014769)	HOXA11 (ENSPSMG00000014731) #21	ENSPSMG00000014718 #22	ENSPSMG00000014712 #22	HOXA9 (ENSPSMG00000014704)	HOXA7 (ENSPSMG00000014695) #24	HOXA6 (ENSPSMG00000014685)	HOXA5 (ENSPSMG00000014678) #25	HOXA3 (ENSPSMG00000014673) #27	HOXA2 (ENSPSMG00000014668)	HOXA1 (ENSPSMG00000014634) #29	SKAP2 (ENSPSMG00000014602)	SNX10 (ENSPSMG00000014541) #30	ENSPSMG00000014512 #31	HNRNPA2B1 (ENSPSMG00000014452)	NFE2L3 (ENSPSMG00000014366) #32	NPVF (ENSPSMG00000014349)	C7orf31 (ENSPSMG00000014334)	ENSPSMG00000014288
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	2206																ENSPSMG00000002965 #22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	586	ZNRF2 (ENSPSMG00000015951)	MTURN (ENSPSMG00000015941)	PLEKHA8 (ENSPSMG00000015863)	FKBP14 (ENSPSMG00000015651) #35	SCRN1 (ENSPSMG00000015640)	PRR15 (ENSPSMG00000015605)	CHN2 (ENSPSMG00000015549)	CPVL (ENSPSMG00000015408)	TRIL (ENSPSMG00000015395) #14	CREB5 (ENSPSMG00000015364)	TAX1BP1 (ENSPSMG00000015046) #17	HIBADH (ENSPSMG00000014819)	EVX1 (ENSPSMG00000014785) #19	HOXA13 (ENSPSMG00000014769)	HOXA11 (ENSPSMG00000014731) #21	ENSPSMG00000014718 #22	ENSPSMG00000014712 #22	HOXA9 (ENSPSMG00000014704)	HOXA7 (ENSPSMG00000014695) #24	HOXA6 (ENSPSMG00000014685)	HOXA5 (ENSPSMG00000014678) #25	HOXA3 (ENSPSMG00000014673) #27	HOXA2 (ENSPSMG00000014668)	HOXA1 (ENSPSMG00000014634) #29	SKAP2 (ENSPSMG00000014602)	SNX10 (ENSPSMG00000014541) #30	ENSPSMG00000014512 #31	HNRNPA2B1 (ENSPSMG00000014452)	NFE2L3 (ENSPSMG00000014366) #32	NPVF (ENSPSMG00000014349)	C7orf31 (ENSPSMG00000014334)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00390000016010	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Glires	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
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Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.m	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Alpin marmot	MODERN SPECIES	26	ENSMMMG00000007508	FKBP14 (ENSMMMG00000007497) #35	SCRN1 (ENSMMMG00000007428)	WIPF3 (ENSMMMG00000007380) #36	PRR15 (ENSMMMG00000007372)	CHN2 (ENSMMMG00000006900)	CPVL (ENSMMMG00000006841)	TRIL (ENSMMMG00000006835) #14	CREB5 (ENSMMMG00000006736)	JAZF1 (ENSMMMG00000006695) #16	TAX1BP1 (ENSMMMG00000006653) #17	HIBADH (ENSMMMG00000006642)	EVX1 (ENSMMMG00000006623) #19	HOXA13 (ENSMMMG00000006593)	HOXA11 (ENSMMMG00000006566) #21	ENSMMMG00000006561 #22	HOXA9 (ENSMMMG00000006550)	HOXA7 (ENSMMMG00000006545) #24	HOXA6 (ENSMMMG00000006535)	HOXA5 (ENSMMMG00000006523) #25	ENSMMMG00000006511 #26	HOXA3 (ENSMMMG00000006503) #27	HOXA2 (ENSMMMG00000006490)	HOXA1 (ENSMMMG00000006456) #29	ENSMMMG00000006435	ENSMMMG00000006429	SNX10 (ENSMMMG00000006398) #30	ENSMMMG00000006360 #31	ENSMMMG00000006197	ENSMMMG00000006190 #32	NPVF (ENSMMMG00000006151)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255.m	ENSGT00940000155255.n	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	223													EVX1 (ENSUPAG00010017335) #19	HOXA13 (ENSUPAG00010017357)	HOXA11 (ENSUPAG00010017374) #21	ENSUPAG00010017375 #22	HOXA9 (ENSUPAG00010017383)	HOXA7 (ENSUPAG00010017387) #24	HOXA6 (ENSUPAG00010017390)	HOXA5 (ENSUPAG00010017397) #25	HOXA4 (ENSUPAG00010017400) #26	HOXA3 (ENSUPAG00010017403) #27	HOXA2 (ENSUPAG00010017405)	HOXA1 (ENSUPAG00010017428) #29	SKAP2 (ENSUPAG00010017432)	SNX10 (ENSUPAG00010017455) #30	ENSUPAG00010017469 #31	ENSUPAG00010017471	ENSUPAG00010017632 #32	ENSUPAG00010017638 #32	ENSUPAG00010017645
Squirrel	MODERN SPECIES	78	MTURN (ENSSTOG00000021099)	PLEKHA8 (ENSSTOG00000009052)	FKBP14 (ENSSTOG00000005235) #35	SCRN1 (ENSSTOG00000009029)	WIPF3 (ENSSTOG00000009012) #36	PRR15 (ENSSTOG00000020339)	CHN2 (ENSSTOG00000002346)	CPVL (ENSSTOG00000010505)	CREB5 (ENSSTOG00000013279)	JAZF1 (ENSSTOG00000005946) #16	TAX1BP1 (ENSSTOG00000003056) #17	ENSSTOG00000004108	EVX1 (ENSSTOG00000025642) #19	HOXA13 (ENSSTOG00000029157)	HOXA11 (ENSSTOG00000022674) #21	ENSSTOG00000021212 #22	HOXA9 (ENSSTOG00000028613)	HOXA7 (ENSSTOG00000011208) #24	HOXA6 (ENSSTOG00000022675)	HOXA5 (ENSSTOG00000011206) #25	ENSSTOG00000024606 #26	HOXA3 (ENSSTOG00000021230) #27	HOXA2 (ENSSTOG00000016362)	HOXA1 (ENSSTOG00000024209) #29	SKAP2 (ENSSTOG00000021247)	SNX10 (ENSSTOG00000024131) #30	CBX3 (ENSSTOG00000006223) #31	ENSSTOG00000006202	NFE2L3 (ENSSTOG00000014758) #32	NPVF (ENSSTOG00000008873)	C7orf31 (ENSSTOG00000008859)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Guinea pig	MODERN SPECIES	44	MTURN (ENSCPOG00000031591)	PLEKHA8 (ENSCPOG00000005025)	FKBP14 (ENSCPOG00000040393) #35	SCRN1 (ENSCPOG00000006943)	WIPF3 (ENSCPOG00000006935) #36	CHN2 (ENSCPOG00000013533)	CPVL (ENSCPOG00000013406)	TRIL (ENSCPOG00000024604) #14	CREB5 (ENSCPOG00000013545)	JAZF1 (ENSCPOG00000034687) #16	TAX1BP1 (ENSCPOG00000000826) #17	HIBADH (ENSCPOG00000020159)	EVX1 (ENSCPOG00000011370) #19	HOXA13 (ENSCPOG00000033640)	HOXA11 (ENSCPOG00000039723) #21	ENSCPOG00000031122 #22	HOXA9 (ENSCPOG00000011365)	HOXA6 (ENSCPOG00000032757)	HOXA5 (ENSCPOG00000035800) #25	ENSCPOG00000032985 #26	HOXA3 (ENSCPOG00000030159) #27	HOXA2 (ENSCPOG00000034959)	HOXA1 (ENSCPOG00000037658) #29	SKAP2 (ENSCPOG00000000258)	ENSCPOG00000037875	SNX10 (ENSCPOG00000006831) #30	CBX3 (ENSCPOG00000015168) #31	HNRNPA2B1 (ENSCPOG00000036630)	NFE2L3 (ENSCPOG00000037483) #32	NPVF (ENSCPOG00000013784)	C7orf31 (ENSCPOG00000013779)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Degu	MODERN SPECIES	56	CHN2 (ENSODEG00000008637)	ENSODEG00000008241	ENSODEG00000009470	TRIL (ENSODEG00000019862) #14	CREB5 (ENSODEG00000008640)	JAZF1 (ENSODEG00000009398) #16	ENSODEG00000011321 #17	ENSODEG00000011639	ENSODEG00000019519	ENSODEG00000007935	HIBADH (ENSODEG00000010442)	EVX1 (ENSODEG00000007853) #19	HOXA13 (ENSODEG00000007693)	HOXA11 (ENSODEG00000010282) #21	ENSODEG00000009794	ENSODEG00000009545 #22	HOXA9 (ENSODEG00000009347)	HOXA7 (ENSODEG00000008762) #24	HOXA6 (ENSODEG00000007928)	HOXA5 (ENSODEG00000007850) #25	ENSODEG00000007568	HOXA3 (ENSODEG00000009161) #27	HOXA2 (ENSODEG00000009002)	HOXA1 (ENSODEG00000008589) #29	ENSODEG00000009507	SKAP2 (ENSODEG00000008150)	ENSODEG00000019395	SNX10 (ENSODEG00000007480) #30	ENSODEG00000008405 #31	ENSODEG00000008757	NFE2L3 (ENSODEG00000007181) #32
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	395	Fkbp14 (ENSDORG00000013417) #35	Scrn1 (ENSDORG00000004083)	ENSDORG00000028313	Wipf3 (ENSDORG00000004081) #36	Prr15 (ENSDORG00000028597)	Chn2 (ENSDORG00000003980)	Cpvl (ENSDORG00000012786)	Tril (ENSDORG00000025363) #14	Creb5 (ENSDORG00000010434)	Jazf1 (ENSDORG00000029172) #16	ENSDORG00000030184 #17	Hibadh (ENSDORG00000002792)	Evx1 (ENSDORG00000024747) #19	Hoxa13 (ENSDORG00000006328)	Hoxa11 (ENSDORG00000006326) #21	ENSDORG00000028643 #22	ENSDORG00000029112	Hoxa9 (ENSDORG00000006323)	Hoxa7 (ENSDORG00000006321) #24	Hoxa6 (ENSDORG00000006319)	Hoxa5 (ENSDORG00000025053) #25	Hoxa3 (ENSDORG00000027678) #27	Hoxa4 (ENSDORG00000006316) #26	Hoxa2 (ENSDORG00000006312)	Hoxa1 (ENSDORG00000006311) #29	Skap2 (ENSDORG00000009682)	Snx10 (ENSDORG00000028812) #30	ENSDORG00000005487 #31	Hnrnpa2b1 (ENSDORG00000005482)	Nfe2l3 (ENSDORG00000027950) #32	Npvf (ENSDORG00000027438)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1152	Fkbp14 (ENSNGAG00000004013) #35	Scrn1 (ENSNGAG00000023616)	Wipf3 (ENSNGAG00000018374) #36	Prr15 (ENSNGAG00000019885)	Chn2 (ENSNGAG00000023838)	Cpvl (ENSNGAG00000024201)	Tril (ENSNGAG00000012621) #14	Creb5 (ENSNGAG00000024347)	Jazf1 (ENSNGAG00000015532) #16	Tax1bp1 (ENSNGAG00000023119) #17	Hibadh (ENSNGAG00000011196)	Evx1 (ENSNGAG00000001633) #19	Hoxa13 (ENSNGAG00000024186)	Hoxa11 (ENSNGAG00000023780) #21	ENSNGAG00000013764	ENSNGAG00000017228 #22	Hoxa9 (ENSNGAG00000016754)	Hoxa7 (ENSNGAG00000021697) #24	Hoxa6 (ENSNGAG00000012897)	Hoxa5 (ENSNGAG00000023140) #25	Hoxa4 (ENSNGAG00000022510) #26	Hoxa3 (ENSNGAG00000016765) #27	Hoxa2 (ENSNGAG00000014874)	Hoxa1 (ENSNGAG00000021363) #29	Skap2 (ENSNGAG00000016991)	ENSNGAG00000010519	Snx10 (ENSNGAG00000006392) #30	ENSNGAG00000024194 #31	Hnrnpa2b1 (ENSNGAG00000015156)	Nfe2l3 (ENSNGAG00000023028) #32	Npvf (ENSNGAG00000023484)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000168920	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00700000106050	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000168920	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3410							ENSMSIG00000009588	Jazf1 (ENSMSIG00000009609) #16	Tax1bp1 (ENSMSIG00000009618) #17	Hibadh (ENSMSIG00000009672)	ENSMSIG00000009698	Evx1 (ENSMSIG00000009707) #19	ENSMSIG00000009733	ENSMSIG00000009764	Hoxa11 (ENSMSIG00000009809) #21	ENSMSIG00000009817 #22	Hoxa9 (ENSMSIG00000009832)	Hoxa7 (ENSMSIG00000009836) #24	Hoxa6 (ENSMSIG00000009850)	ENSMSIG00000009856 #25	Hoxa4 (ENSMSIG00000009874) #26	Hoxa3 (ENSMSIG00000009863) #27	ENSMSIG00000009893	ENSMSIG00000009910	Hoxa2 (ENSMSIG00000009914)	Hoxa1 (ENSMSIG00000009971) #29	Skap2 (ENSMSIG00000009994)	Snx10 (ENSMSIG00000010059) #30	Cbx3 (ENSMSIG00000010130) #31	Hnrnpa2b1 (ENSMSIG00000010191)	Nfe2l3 (ENSMSIG00000010307) #32
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.e.b #31	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	16	Plekha8 (ENSPEMG00000010696)	Fkbp14 (ENSPEMG00000024960) #35	Scrn1 (ENSPEMG00000029796)	Wipf3 (ENSPEMG00000024262) #36	Prr15 (ENSPEMG00000022428)	Chn2 (ENSPEMG00000021269)	Cpvl (ENSPEMG00000018828)	Tril (ENSPEMG00000014631) #14	Creb5 (ENSPEMG00000008456)	Jazf1 (ENSPEMG00000013422) #16	Tax1bp1 (ENSPEMG00000030323) #17	Hibadh (ENSPEMG00000004771)	Evx1 (ENSPEMG00000000503) #19	Hoxa13 (ENSPEMG00000024341)	Hoxa11 (ENSPEMG00000019890) #21	ENSPEMG00000025887 #22	ENSPEMG00000020209	ENSPEMG00000025086	Hoxa6 (ENSPEMG00000030268)	Hoxa5 (ENSPEMG00000029029) #25	ENSPEMG00000019740 #26	Hoxa3 (ENSPEMG00000028539) #27	Hoxa2 (ENSPEMG00000019520)	Hoxa1 (ENSPEMG00000020130) #29	ENSPEMG00000027861	Skap2 (ENSPEMG00000019639)	Snx10 (ENSPEMG00000005121) #30	Cbx3 (ENSPEMG00000020155) #31	Hnrnpa2b1 (ENSPEMG00000014384)	Nfe2l3 (ENSPEMG00000030696) #32	Npvf (ENSPEMG00000004324)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	49	Plekha8 (ENSJJAG00000013522)	Fkbp14 (ENSJJAG00000019945) #35	Scrn1 (ENSJJAG00000017248)	Wipf3 (ENSJJAG00000014772) #36	Prr15 (ENSJJAG00000010733)	Chn2 (ENSJJAG00000023189)	Cpvl (ENSJJAG00000008362)	Tril (ENSJJAG00000019712) #14	Creb5 (ENSJJAG00000015436)	Jazf1 (ENSJJAG00000023495) #16	ENSJJAG00000023777 #17	Hibadh (ENSJJAG00000008176)	Evx1 (ENSJJAG00000022445) #19	ENSJJAG00000016730	Hoxa11 (ENSJJAG00000018070) #21	ENSJJAG00000013637 #22	ENSJJAG00000020521	Hoxa9 (ENSJJAG00000003182)	Hoxa7 (ENSJJAG00000001940) #24	Hoxa3 (ENSJJAG00000014001) #27	Hoxa6 (ENSJJAG00000017936)	Hoxa5 (ENSJJAG00000011757) #25	ENSJJAG00000021517 #26	Hoxa2 (ENSJJAG00000021712)	Hoxa1 (ENSJJAG00000023032) #29	Skap2 (ENSJJAG00000009704)	Snx10 (ENSJJAG00000010400) #30	ENSJJAG00000014919	ENSJJAG00000018731 #31	Nfe2l3 (ENSJJAG00000013672) #32	Npvf (ENSJJAG00000023289)
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431.f	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431.f	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431.f	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000162322	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585.a	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431.f	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
koala	MODERN SPECIES	50	ZNRF2 (ENSPCIG00000022316)	MTURN (ENSPCIG00000022309)	PLEKHA8 (ENSPCIG00000022307)	FKBP14 (ENSPCIG00000006908) #35	SCRN1 (ENSPCIG00000019775)	WIPF3 (ENSPCIG00000034566) #36	CHN2 (ENSPCIG00000032230)	CPVL (ENSPCIG00000008535)	CREB5 (ENSPCIG00000005994)	JAZF1 (ENSPCIG00000002897) #16	TAX1BP1 (ENSPCIG00000002923) #17	HIBADH (ENSPCIG00000002993)	EVX1 (ENSPCIG00000013640) #19	HOXA13 (ENSPCIG00000013657)	HOXA11 (ENSPCIG00000013678) #21	ENSPCIG00000033721 #22	HOXA9 (ENSPCIG00000013689)	HOXA7 (ENSPCIG00000013692) #24	HOXA6 (ENSPCIG00000037246)	HOXA5 (ENSPCIG00000013698) #25	ENSPCIG00000013701 #26	HOXA3 (ENSPCIG00000013705) #27	ENSPCIG00000013706 #28	HOXA1 (ENSPCIG00000013712) #29	ENSPCIG00000032652	SKAP2 (ENSPCIG00000013715)	SNX10 (ENSPCIG00000013721) #30	ENSPCIG00000013724 #31	HNRNPA2B1 (ENSPCIG00000013729)	ENSPCIG00000022663	ENSPCIG00000003201
Common wonbat	MODERN SPECIES	1036	ENSVURG00010023031	ENSVURG00010023036 #35	ENSVURG00010023039	ENSVURG00010023046 #36	ENSVURG00010023054	ENSVURG00010023062	ENSVURG00010023103	ENSVURG00010023105 #14	ENSVURG00010023109	ENSVURG00010000094 #16	ENSVURG00010000109 #17	ENSVURG00010000176	ENSVURG00010000187 #19	ENSVURG00010000199	ENSVURG00010000215 #21	ENSVURG00010000225 #22	ENSVURG00010000241	ENSVURG00010000250 #24	ENSVURG00010000256	ENSVURG00010000263 #25	ENSVURG00010000272 #26	ENSVURG00010000285 #27	ENSVURG00010000296 #28	ENSVURG00010000303 #29	ENSVURG00010000328	ENSVURG00010000381 #30	ENSVURG00010000437 #31	ENSVURG00010000471	ENSVURG00010000522 #32	ENSVURG00010000563	ENSVURG00010000574
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES		FKBP14 (ENSCPRG00005000846) #35	SCRN1 (ENSCPRG00005000841)	ENSCPRG00005000834	ENSCPRG00005000780	CHN2 (ENSCPRG00005000773)	CPVL (ENSCPRG00005000643)	ENSCPRG00005000637 #14	ENSCPRG00005000571	CREB5 (ENSCPRG00005000565)	JAZF1 (ENSCPRG00005000395) #16	TAX1BP1 (ENSCPRG00005000237) #17	HIBADH (ENSCPRG00005016123)	ENSCPRG00005016118	ENSCPRG00005016115 #20	HOXA11 (ENSCPRG00005016107) #21	ENSCPRG00005016104 #22	HOXA10 (ENSCPRG00005016102)	ENSCPRG00005016101	HOXA7 (ENSCPRG00005016099) #24	HOXA6 (ENSCPRG00005016098)	HOXA5 (ENSCPRG00005016097) #25	HOXA4 (ENSCPRG00005016095) #26	HOXA3 (ENSCPRG00005016093) #27	ENSCPRG00005016091 #28	HOXA1 (ENSCPRG00005016088) #29	SKAP2 (ENSCPRG00005016086)	ENSCPRG00005016077	SNX10 (ENSCPRG00005016075) #30	CBX3 (ENSCPRG00005016073) #31	HNRNPA2B1 (ENSCPRG00005016066)	NFE2L3 (ENSCPRG00005016059) #32
Aves	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
African ostrich	MODERN SPECIES	661	PLEKHA8 (ENSSCUG00000006858)	ENSSCUG00000006864	FKBP14 (ENSSCUG00000006867) #35	ENSSCUG00000006869	SCRN1 (ENSSCUG00000006872)	WIPF3 (ENSSCUG00000006876) #36	CHN2 (ENSSCUG00000006879)	ENSSCUG00000006886 #14	CREB5 (ENSSCUG00000006888)	JAZF1 (ENSSCUG00000006893) #16	TAX1BP1 (ENSSCUG00000006898) #17	HIBADH (ENSSCUG00000006903)	EVX1 (ENSSCUG00000006910) #19	HOXA11 (ENSSCUG00000006913) #21	ENSSCUG00000006915	ENSSCUG00000006918 #22	HOXA9 (ENSSCUG00000006924)	HOXA7 (ENSSCUG00000006927) #24	HOXA6 (ENSSCUG00000006930)	HOXA5 (ENSSCUG00000006934) #25	HOXA4 (ENSSCUG00000006938) #26	HOXA3 (ENSSCUG00000006941) #27	ENSSCUG00000006943 #28	HOXA1 (ENSSCUG00000006948) #29	SKAP2 (ENSSCUG00000006952)	SNX10 (ENSSCUG00000006957) #30	CBX3 (ENSSCUG00000006959) #31	HNRNPA2B1 (ENSSCUG00000006963)	C7orf31 (ENSSCUG00000006968)	CYCS (ENSSCUG00000006971)	OSBPL3 (ENSSCUG00000006977) #13
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	147																ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000163268 #22
Turkey	DUPLICATION
Turkey	MODERN SPECIES	26	ENSMGAG00000011114	LRRC3B (ENSMGAG00000011112)	OXSM (ENSMGAG00000011111)	NGLY1 (ENSMGAG00000011100)	TOP2B (ENSMGAG00000011069)	RARB (ENSMGAG00000011041)	THRB (ENSMGAG00000011036)	NR1D2 (ENSMGAG00000011018)	RPL15 (ENSMGAG00000011013)	NKIRAS1 (ENSMGAG00000011005)	UBE2E2 (ENSMGAG00000010994)	ENSMGAG00000021315	ENSMGAG00000022722 #25	ENSMGAG00000017923 #24	ENSMGAG00000017085	ENSMGAG00000016085 #22	ENSMGAG00000020364 #21	ENSMGAG00000010703 #19	ENSMGAG00000010706	ENSMGAG00000019096 #17	ENSMGAG00000010713 #17	ENSMGAG00000020612 #16	ENSMGAG00000017596	ENSMGAG00000010729	ENSMGAG00000010740 #14	ENSMGAG00000019537	CHN2 (ENSMGAG00000010748)	ENSMGAG00000010774	ENSMGAG00000010766 #36	FKBP14 (ENSMGAG00000010782) #35	ENSMGAG00000010801 #34
Turkey	MODERN SPECIES	27	ENSMGAG00000021039	ENSMGAG00000021104	ENSMGAG00000018810	PLEKHA3 (ENSMGAG00000009483)	FKBP7 (ENSMGAG00000018583)	PJVK (ENSMGAG00000009475)	OSBPL6 (ENSMGAG00000009454)	RBM45 (ENSMGAG00000009496)	ENSMGAG00000009612	ENSMGAG00000009509	ENSMGAG00000021341	AGPS (ENSMGAG00000009510)	NFE2L2 (ENSMGAG00000009534) ##32	HNRNPA3 (ENSMGAG00000009565)	MTX2 (ENSMGAG00000009647)	ENSMGAG00000016851 #22	ENSMGAG00000018655	HOXD4 (ENSMGAG00000015896)	ENSMGAG00000018628	ENSMGAG00000017873	ENSMGAG00000018245	ENSMGAG00000011730	ENSMGAG00000011716	ENSMGAG00000011706	ENSMGAG00000011696	ENSMGAG00000011685	ENSMGAG00000011667	ENSMGAG00000011684	SMARCAL1 (ENSMGAG00000011658)	ENSMGAG00000011655	ENSMGAG00000011630
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157248 #34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00390000003271
Duck	DUPLICATION
Duck	MODERN SPECIES	10	COLQ (ENSAPLG00000004158) #34	PLEKHA8 (ENSAPLG00000004301)	FKBP14 (ENSAPLG00000004374) #35	SCRN1 (ENSAPLG00000004515)	WIPF3 (ENSAPLG00000028949) #36	ENSAPLG00000021266	CHN2 (ENSAPLG00000004770)	TRIL (ENSAPLG00000027101) #14	CREB5 (ENSAPLG00000004960)	JAZF1 (ENSAPLG00000014482) #16	TAX1BP1 (ENSAPLG00000010659) #17	HIBADH (ENSAPLG00000010878)	EVX1 (ENSAPLG00000020631) #19	HOXA11 (ENSAPLG00000011282) #21	ENSAPLG00000026443 #22	ENSAPLG00000011292 #22	ENSAPLG00000027301	HOXA7 (ENSAPLG00000011313) #24	HOXA6 (ENSAPLG00000011384)	HOXA5 (ENSAPLG00000022394) #25	HOXA4 (ENSAPLG00000011410) #26	HOXA3 (ENSAPLG00000022676) #27	ENSAPLG00000011540 #28	SKAP2 (ENSAPLG00000020344)	SNX10 (ENSAPLG00000011904) #30	CBX3 (ENSAPLG00000011969) #31	HNRNPA2B1 (ENSAPLG00000012019)	NPVF (ENSAPLG00000011937)	C7orf31 (ENSAPLG00000012025)	CYCS (ENSAPLG00000017045)	OSBPL3 (ENSAPLG00000015336) #13
Duck	MODERN SPECIES	10	HACL1 (ENSAPLG00000003680)	COLQ (ENSAPLG00000004158) #34	PLEKHA8 (ENSAPLG00000004301)	FKBP14 (ENSAPLG00000004374) #35	SCRN1 (ENSAPLG00000004515)	WIPF3 (ENSAPLG00000028949) #36	ENSAPLG00000021266	CHN2 (ENSAPLG00000004770)	TRIL (ENSAPLG00000027101) #14	CREB5 (ENSAPLG00000004960)	JAZF1 (ENSAPLG00000014482) #16	TAX1BP1 (ENSAPLG00000010659) #17	HIBADH (ENSAPLG00000010878)	EVX1 (ENSAPLG00000020631) #19	HOXA11 (ENSAPLG00000011282) #21	ENSAPLG00000026443 #22	ENSAPLG00000011292 #22	ENSAPLG00000027301	HOXA7 (ENSAPLG00000011313) #24	HOXA6 (ENSAPLG00000011384)	HOXA5 (ENSAPLG00000022394) #25	HOXA4 (ENSAPLG00000011410) #26	HOXA3 (ENSAPLG00000022676) #27	ENSAPLG00000011540 #28	SKAP2 (ENSAPLG00000020344)	SNX10 (ENSAPLG00000011904) #30	CBX3 (ENSAPLG00000011969) #31	HNRNPA2B1 (ENSAPLG00000012019)	NPVF (ENSAPLG00000011937)	C7orf31 (ENSAPLG00000012025)	CYCS (ENSAPLG00000017045)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000009405
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.b #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000009405
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c.b #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000009405
Medium ground finch	MODERN SPECIES	36	BTD (ENSGFOG00000009184)	HACL1 (ENSGFOG00000009191)	PLEKHA8 (ENSGFOG00000009202)	FKBP14 (ENSGFOG00000009209) #35	SCRN1 (ENSGFOG00000009219)	CHN2 (ENSGFOG00000009230)	ENSGFOG00000009247	CREB5 (ENSGFOG00000009281)	JAZF1 (ENSGFOG00000009394) #16	TAX1BP1 (ENSGFOG00000009405) #17	HIBADH (ENSGFOG00000009445)	ENSGFOG00000009454	EVX1 (ENSGFOG00000009462) #19	HOXA11 (ENSGFOG00000009470) #21	ENSGFOG00000009475	ENSGFOG00000009481 #22	ENSGFOG00000009491	HOXA7 (ENSGFOG00000009495) #24	HOXA6 (ENSGFOG00000009499)	HOXA5 (ENSGFOG00000009501) #25	HOXA4 (ENSGFOG00000009507) #26	HOXA3 (ENSGFOG00000009514) #27	ENSGFOG00000009518 #28	HOXA1 (ENSGFOG00000009525) #29	SKAP2 (ENSGFOG00000009533)	SNX10 (ENSGFOG00000009547) #30	ENSGFOG00000009557 #31	HNRNPA2B1 (ENSGFOG00000009569)	NFE2L3 (ENSGFOG00000009589) #32	ENSGFOG00000009592	NPVF (ENSGFOG00000009598)
Great tit	MODERN SPECIES	404																ENSPMJG00000003117 #22	ENSPMJG00000003118
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000155029.c.a #28
painted turtle	MODERN SPECIES	7	FKBP14 (ENSCPBG00000022528) #35	PLEKHA8 (ENSCPBG00000022526)	SCRN1 (ENSCPBG00000022525)	WIPF3 (ENSCPBG00000022524) #36	ENSCPBG00000022523	CHN2 (ENSCPBG00000022522)	CPVL (ENSCPBG00000022520)	TRIL (ENSCPBG00000022519) #14	CREB5 (ENSCPBG00000022518)	JAZF1 (ENSCPBG00000022514) #16	TAX1BP1 (ENSCPBG00000022513) #17	HIBADH (ENSCPBG00000022512)	EVX1 (ENSCPBG00000022511) #19	ENSCPBG00000022510 #20	HOXA11 (ENSCPBG00000022506) #21	ENSCPBG00000022505 #22	HOXA10 (ENSCPBG00000022503)	ENSCPBG00000022501	HOXA7 (ENSCPBG00000022500) #24	HOXA6 (ENSCPBG00000022499)	HOXA5 (ENSCPBG00000022498) #25	HOXA4 (ENSCPBG00000022497) #26	HOXA3 (ENSCPBG00000022496) #27	ENSCPBG00000022495 #28	HOXA1 (ENSCPBG00000022493) #29	SKAP2 (ENSCPBG00000022490)	SNX10 (ENSCPBG00000022488) #30	CBX3 (ENSCPBG00000022487) #31	HNRNPA2B1 (ENSCPBG00000022485)	NFE2L3 (ENSCPBG00000022484) #32	NPVF (ENSCPBG00000022481)
Three-toed box turtle	DUPLICATION
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	30	SCRN1 (ENSTMTG00000002898)	WIPF3 (ENSTMTG00000002904) #36	ENSTMTG00000002909	CHN2 (ENSTMTG00000002915)	CPVL (ENSTMTG00000002952)	TRIL (ENSTMTG00000002957) #14	CREB5 (ENSTMTG00000002964)	ENSTMTG00000003001	JAZF1 (ENSTMTG00000003004) #16	TAX1BP1 (ENSTMTG00000003013) #17	HIBADH (ENSTMTG00000003026)	EVX1 (ENSTMTG00000003036) #19	ENSTMTG00000003045 #20	HOXA11 (ENSTMTG00000003050) #21	ENSTMTG00000003062 #22	ENSTMTG00000003069 #22	HOXA9 (ENSTMTG00000003072)	HOXA7 (ENSTMTG00000003084) #24	HOXA6 (ENSTMTG00000003094)	HOXA5 (ENSTMTG00000003104) #25	HOXA4 (ENSTMTG00000003107) #26	HOXA3 (ENSTMTG00000003112) #27	ENSTMTG00000003122 #28	HOXA1 (ENSTMTG00000003132) #29	SKAP2 (ENSTMTG00000003145)	SNX10 (ENSTMTG00000003161) #30	CBX3 (ENSTMTG00000003179) #31	HNRNPA2B1 (ENSTMTG00000003199)	NFE2L3 (ENSTMTG00000003209) #32	NPVF (ENSTMTG00000003221)	C7orf31 (ENSTMTG00000003235)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	30	FKBP14 (ENSTMTG00000002892) #35	SCRN1 (ENSTMTG00000002898)	WIPF3 (ENSTMTG00000002904) #36	ENSTMTG00000002909	CHN2 (ENSTMTG00000002915)	CPVL (ENSTMTG00000002952)	TRIL (ENSTMTG00000002957) #14	CREB5 (ENSTMTG00000002964)	ENSTMTG00000003001	JAZF1 (ENSTMTG00000003004) #16	TAX1BP1 (ENSTMTG00000003013) #17	HIBADH (ENSTMTG00000003026)	EVX1 (ENSTMTG00000003036) #19	ENSTMTG00000003045 #20	HOXA11 (ENSTMTG00000003050) #21	ENSTMTG00000003062 #22	ENSTMTG00000003069 #22	HOXA9 (ENSTMTG00000003072)	HOXA7 (ENSTMTG00000003084) #24	HOXA6 (ENSTMTG00000003094)	HOXA5 (ENSTMTG00000003104) #25	HOXA4 (ENSTMTG00000003107) #26	HOXA3 (ENSTMTG00000003112) #27	ENSTMTG00000003122 #28	HOXA1 (ENSTMTG00000003132) #29	SKAP2 (ENSTMTG00000003145)	SNX10 (ENSTMTG00000003161) #30	CBX3 (ENSTMTG00000003179) #31	HNRNPA2B1 (ENSTMTG00000003199)	NFE2L3 (ENSTMTG00000003209) #32	NPVF (ENSTMTG00000003221)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000012195.ib	ENSGT00390000003271
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	331								CREB5 (ENSCABG00000019465)	ENSCABG00000019502	JAZF1 (ENSCABG00000019505) #16	TAX1BP1 (ENSCABG00000019507) #17	HIBADH (ENSCABG00000019511)	EVX1 (ENSCABG00000019516) #19	ENSCABG00000019521 #20	HOXA11 (ENSCABG00000019527) #21	ENSCABG00000019529 #22	ENSCABG00000019531	HOXA7 (ENSCABG00000019533) #24	HOXA6 (ENSCABG00000019534)	HOXA5 (ENSCABG00000019535) #25	HOXA4 (ENSCABG00000019537) #26	HOXA3 (ENSCABG00000019539) #27	ENSCABG00000000006 #28	HOXA1 (ENSCABG00000000045) #29	SKAP2 (ENSCABG00000000106)	SNX10 (ENSCABG00000000122) #30	ENSCABG00000000131	CBX3 (ENSCABG00000000136) #31	HNRNPA2B1 (ENSCABG00000000155)	ENSCABG00000000172	NPVF (ENSCABG00000000177)
Goode s thornscrub tortoise	DUPLICATION
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	11	ENSGEVG00005007021	CHN2 (ENSGEVG00005006883)	ENSGEVG00005006833	ENSGEVG00005006804	CPVL (ENSGEVG00005006761)	TRIL (ENSGEVG00005006732) #14	ENSGEVG00005006725	CREB5 (ENSGEVG00005019423)	JAZF1 (ENSGEVG00005019395) #16	TAX1BP1 (ENSGEVG00005019322) #17	HIBADH (ENSGEVG00005019295)	EVX1 (ENSGEVG00005019282) #19	ENSGEVG00005019278 #20	HOXA11 (ENSGEVG00005019271) #21	ENSGEVG00005019266 #22	ENSGEVG00005019258 #22	HOXA9 (ENSGEVG00005019248)	HOXA6 (ENSGEVG00005019245)	HOXA7 (ENSGEVG00005019234) #24	HOXA5 (ENSGEVG00005019226) #25	HOXA4 (ENSGEVG00005019219) #26	HOXA3 (ENSGEVG00005019211) #27	HOXA2 (ENSGEVG00005019207)	HOXA1 (ENSGEVG00005019200) #29	SKAP2 (ENSGEVG00005019183)	SNX10 (ENSGEVG00005019170) #30	CBX3 (ENSGEVG00005019156) #31	HNRNPA2B1 (ENSGEVG00005019139)	NFE2L3 (ENSGEVG00005019114) #32	ENSGEVG00005019085	NPVF (ENSGEVG00005019080)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	11	WIPF3 (ENSGEVG00005007035) #36	ENSGEVG00005007021	CHN2 (ENSGEVG00005006883)	ENSGEVG00005006833	ENSGEVG00005006804	CPVL (ENSGEVG00005006761)	TRIL (ENSGEVG00005006732) #14	ENSGEVG00005006725	CREB5 (ENSGEVG00005019423)	JAZF1 (ENSGEVG00005019395) #16	TAX1BP1 (ENSGEVG00005019322) #17	HIBADH (ENSGEVG00005019295)	EVX1 (ENSGEVG00005019282) #19	ENSGEVG00005019278 #20	HOXA11 (ENSGEVG00005019271) #21	ENSGEVG00005019266 #22	ENSGEVG00005019258 #22	HOXA9 (ENSGEVG00005019248)	HOXA6 (ENSGEVG00005019245)	HOXA7 (ENSGEVG00005019234) #24	HOXA5 (ENSGEVG00005019226) #25	HOXA4 (ENSGEVG00005019219) #26	HOXA3 (ENSGEVG00005019211) #27	HOXA2 (ENSGEVG00005019207)	HOXA1 (ENSGEVG00005019200) #29	SKAP2 (ENSGEVG00005019183)	SNX10 (ENSGEVG00005019170) #30	CBX3 (ENSGEVG00005019156) #31	HNRNPA2B1 (ENSGEVG00005019139)	NFE2L3 (ENSGEVG00005019114) #32	ENSGEVG00005019085
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00940000171365	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
tuatara	MODERN SPECIES	1419			SLC1A1 (ENSSPUG00000016346)	CDC37L1 (ENSSPUG00000016341)	AK3 (ENSSPUG00000016335)	RCL1 (ENSSPUG00000016330)	JAK2 (ENSSPUG00000016313)	PLGRKT (ENSSPUG00000016305)	CD274 (ENSSPUG00000016298)	PDCD1LG2 (ENSSPUG00000016280)	RIC1 (ENSSPUG00000016199)	ERMP1 (ENSSPUG00000016138)	HIBADH (ENSSPUG00000016127)	ENSSPUG00000016102 #20	HOXA11 (ENSSPUG00000016087) #21	ENSSPUG00000016084 #22	HOXA9 (ENSSPUG00000016079)	HOXA7 (ENSSPUG00000016072) #24	HOXA6 (ENSSPUG00000016069)	HOXA5 (ENSSPUG00000016064) #25	HOXA4 (ENSSPUG00000016059) #26	HOXA3 (ENSSPUG00000016056) #27	HOXA2 (ENSSPUG00000016047)	HOXA1 (ENSSPUG00000016023) #29	SKAP2 (ENSSPUG00000016009)	SNX10 (ENSSPUG00000016000) #30	CBX3 (ENSSPUG00000015990) #31	HNRNPA2B1 (ENSSPUG00000015955)	ENSSPUG00000015947	NPVF (ENSSPUG00000015924)	C7orf31 (ENSSPUG00000015902)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000235471	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000162440	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431.c.a	ENSGT00950000182892.a.b.b #32
Common wall lizard	MODERN SPECIES	3	PLEKHA8 (ENSPMRG00000020103)	FKBP14 (ENSPMRG00000020096) #35	SCRN1 (ENSPMRG00000020090)	WIPF3 (ENSPMRG00000020080) #36	ENSPMRG00000020074	CHN2 (ENSPMRG00000017735)	CPVL (ENSPMRG00000017701)	TRIL (ENSPMRG00000017695) #14	CREB5 (ENSPMRG00000017685)	JAZF1 (ENSPMRG00000017671) #16	TAX1BP1 (ENSPMRG00000017652) #17	HIBADH (ENSPMRG00000017641)	EVX1 (ENSPMRG00000017634) #19	ENSPMRG00000017625 #20	HOXA11 (ENSPMRG00000017623) #21	ENSPMRG00000017621 #22	ENSPMRG00000017615	HOXA7 (ENSPMRG00000017611) #24	HOXA6 (ENSPMRG00000017607)	HOXA5 (ENSPMRG00000017598) #25	HOXA4 (ENSPMRG00000017592) #26	HOXA3 (ENSPMRG00000017585) #27	HOXA2 (ENSPMRG00000017583)	HOXA1 (ENSPMRG00000017575) #29	SKAP2 (ENSPMRG00000017570)	SNX10 (ENSPMRG00000017558) #30	ENSPMRG00000017549 #31	ENSPMRG00000017543 #31	HNRNPA2B1 (ENSPMRG00000017534)	ENSPMRG00000017526 #32	ENSPMRG00000017520
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157248 #34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Lizard	MODERN SPECIES	889					CHN2 (ENSACAG00000007001)	ENSACAG00000044555	CPVL (ENSACAG00000007086)	TRIL (ENSACAG00000007137) #14	CREB5 (ENSACAG00000007144)	JAZF1 (ENSACAG00000036341) #16	TAX1BP1 (ENSACAG00000007204) #17	HIBADH (ENSACAG00000007238)	EVX1 (ENSACAG00000045517) #19	ENSACAG00000010302 #20	HOXA11 (ENSACAG00000010304) #21	ENSACAG00000010315 #22	ENSACAG00000007286	HOXA7 (ENSACAG00000010322) #24	HOXA6 (ENSACAG00000010349)	HOXA5 (ENSACAG00000010364) #25	HOXA4 (ENSACAG00000010390) #26	HOXA3 (ENSACAG00000041421) #27	HOXA2 (ENSACAG00000010430)	HOXA1 (ENSACAG00000010967) #29	ENSACAG00000037914	SKAP2 (ENSACAG00000010455)
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157248 #34	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894.a #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000156802.v	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894.a #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000156802.v	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628.cb	ENSGT00940000161864	ENSGT00940000161013.e #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894.a #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522.f #27	ENSGT00940000162533	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305.c #31	ENSGT00940000154431	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271
Mainland tiger snake	DUPLICATION
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	55	SCRN1 (ENSNSUG00000011662)	WIPF3 (ENSNSUG00000011665) #36	CHN2 (ENSNSUG00000011669)	ENSNSUG00000011671	CPVL (ENSNSUG00000011672)	TRIL (ENSNSUG00000011812) #14	CREB5 (ENSNSUG00000011813)	ENSNSUG00000011815	ENSNSUG00000011816 #17	ENSNSUG00000011817 #17	HIBADH (ENSNSUG00000011818)	EVX1 (ENSNSUG00000011819) #19	ENSNSUG00000011820 #20	HOXA11 (ENSNSUG00000011822) #21	ENSNSUG00000011823 #22	ENSNSUG00000011824 #22	ENSNSUG00000011828	ENSNSUG00000011829 #24	HOXA6 (ENSNSUG00000011830)	ENSNSUG00000011832 #25	HOXA4 (ENSNSUG00000011833) #26	HOXA3 (ENSNSUG00000011834) #27	ENSNSUG00000011835 #28	HOXA1 (ENSNSUG00000011837) #29	SKAP2 (ENSNSUG00000011838)	SNX10 (ENSNSUG00000011839) #30	CBX3 (ENSNSUG00000011840) #31	HNRNPA2B1 (ENSNSUG00000011841)	ENSNSUG00000011842 #32	NPVF (ENSNSUG00000011844)	ENSNSUG00000011845
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	55	FKBP14 (ENSNSUG00000011656) #35	SCRN1 (ENSNSUG00000011662)	WIPF3 (ENSNSUG00000011665) #36	CHN2 (ENSNSUG00000011669)	ENSNSUG00000011671	CPVL (ENSNSUG00000011672)	TRIL (ENSNSUG00000011812) #14	CREB5 (ENSNSUG00000011813)	ENSNSUG00000011815	ENSNSUG00000011816 #17	ENSNSUG00000011817 #17	HIBADH (ENSNSUG00000011818)	EVX1 (ENSNSUG00000011819) #19	ENSNSUG00000011820 #20	HOXA11 (ENSNSUG00000011822) #21	ENSNSUG00000011823 #22	ENSNSUG00000011824 #22	ENSNSUG00000011828	ENSNSUG00000011829 #24	HOXA6 (ENSNSUG00000011830)	ENSNSUG00000011832 #25	HOXA4 (ENSNSUG00000011833) #26	HOXA3 (ENSNSUG00000011834) #27	ENSNSUG00000011835 #28	HOXA1 (ENSNSUG00000011837) #29	SKAP2 (ENSNSUG00000011838)	SNX10 (ENSNSUG00000011839) #30	CBX3 (ENSNSUG00000011840) #31	HNRNPA2B1 (ENSNSUG00000011841)	ENSNSUG00000011842 #32	NPVF (ENSNSUG00000011844)
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	90	AAAS (ENSNSUG00000003042)	SP7 (ENSNSUG00000003038)	SP1 (ENSNSUG00000003037)	PCBP2 (ENSNSUG00000003025)	MAP3K12 (ENSNSUG00000003022)	ENSNSUG00000003019	TARBP2 (ENSNSUG00000003015)	ATF7 (ENSNSUG00000002987) #15	ENSNSUG00000002985	ENSNSUG00000002984 ##17	ENSNSUG00000002983 ##17	HOXC13 (ENSNSUG00000002982)	HOXC12 (ENSNSUG00000002981)	HOXC11 (ENSNSUG00000002980)	HOXC10 (ENSNSUG00000002979)	ENSNSUG00000002978 #22	HOXC9 (ENSNSUG00000002976)	HOXC8 (ENSNSUG00000002975)	HOXC6 (ENSNSUG00000002974)	HOXC5 (ENSNSUG00000002973)	HOXC4 (ENSNSUG00000002971)	ENSNSUG00000002970 #27	SMUG1 (ENSNSUG00000002968)	CBX5 (ENSNSUG00000002967)	ENSNSUG00000002960	NFE2 (ENSNSUG00000002958) ##32	COPZ1 (ENSNSUG00000002954)	GPR84 (ENSNSUG00000002951)	ZNF385A (ENSNSUG00000002748)
Eastern brown snake	DUPLICATION
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	38	PLEKHA8 (ENSPTXG00000015974)	FKBP14 (ENSPTXG00000015975) #35	SCRN1 (ENSPTXG00000015976)	WIPF3 (ENSPTXG00000004460) #36	CHN2 (ENSPTXG00000004466)	CPVL (ENSPTXG00000004473)	TRIL (ENSPTXG00000004476) #14	CREB5 (ENSPTXG00000004478)	JAZF1 (ENSPTXG00000004479) #16	TAX1BP1 (ENSPTXG00000004481) #17	HIBADH (ENSPTXG00000004483)	EVX1 (ENSPTXG00000004485) #19	ENSPTXG00000004487 #20	HOXA11 (ENSPTXG00000004488) #21	ENSPTXG00000004489 #22	ENSPTXG00000004491 #22	HOXA9 (ENSPTXG00000004493)	ENSPTXG00000004494 #24	HOXA6 (ENSPTXG00000004495)	HOXA5 (ENSPTXG00000004496) #25	HOXA4 (ENSPTXG00000004497) #26	HOXA3 (ENSPTXG00000004498) #27	HOXA2 (ENSPTXG00000004499)	HOXA1 (ENSPTXG00000004500) #29	SKAP2 (ENSPTXG00000004501)	SNX10 (ENSPTXG00000004502) #30	CBX3 (ENSPTXG00000004503) #31	HNRNPA2B1 (ENSPTXG00000004504)	ENSPTXG00000004505 #32
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	38	HACL1 (ENSPTXG00000015973)	PLEKHA8 (ENSPTXG00000015974)	FKBP14 (ENSPTXG00000015975) #35	SCRN1 (ENSPTXG00000015976)	WIPF3 (ENSPTXG00000004460) #36	CHN2 (ENSPTXG00000004466)	CPVL (ENSPTXG00000004473)	TRIL (ENSPTXG00000004476) #14	CREB5 (ENSPTXG00000004478)	JAZF1 (ENSPTXG00000004479) #16	TAX1BP1 (ENSPTXG00000004481) #17	HIBADH (ENSPTXG00000004483)	EVX1 (ENSPTXG00000004485) #19	ENSPTXG00000004487 #20	HOXA11 (ENSPTXG00000004488) #21	ENSPTXG00000004489 #22	ENSPTXG00000004491 #22	HOXA9 (ENSPTXG00000004493)	ENSPTXG00000004494 #24	HOXA6 (ENSPTXG00000004495)	HOXA5 (ENSPTXG00000004496) #25	HOXA4 (ENSPTXG00000004497) #26	HOXA3 (ENSPTXG00000004498) #27	HOXA2 (ENSPTXG00000004499)	HOXA1 (ENSPTXG00000004500) #29	SKAP2 (ENSPTXG00000004501)	SNX10 (ENSPTXG00000004502) #30	CBX3 (ENSPTXG00000004503) #31	HNRNPA2B1 (ENSPTXG00000004504)	ENSPTXG00000004505 #32
Blue-lipped sea krait	DUPLICATION
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	2437													ENSLLTG00000005579 #20	HOXA11 (ENSLLTG00000005576) #21	ENSLLTG00000005573 #22	ENSLLTG00000005570 #22	HOXA9 (ENSLLTG00000005561)	HOXA7 (ENSLLTG00000005559) #24	HOXA6 (ENSLLTG00000005554)	HOXA5 (ENSLLTG00000005542) #25
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	2437														ENSLLTG00000005579 #20	HOXA11 (ENSLLTG00000005576) #21	ENSLLTG00000005573 #22	ENSLLTG00000005570 #22	HOXA9 (ENSLLTG00000005561)	HOXA7 (ENSLLTG00000005559) #24	HOXA6 (ENSLLTG00000005554)	HOXA5 (ENSLLTG00000005542) #25
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	3112																ENSLLTG00000006536 #22	HOXD9 (ENSLLTG00000006509)	HOXD8 (ENSLLTG00000006484)	HOXD4 (ENSLLTG00000010444)	HOXD1 (ENSLLTG00000010428)
Indian cobra	DUPLICATION
Indian cobra	MODERN SPECIES	337	SCRN1 (ENSNNAG00000014772)	WIPF3 (ENSNNAG00000014763) #36	ENSNNAG00000014741	ENSNNAG00000014734	ENSNNAG00000014715	CPVL (ENSNNAG00000014691)	TRIL (ENSNNAG00000014682) #14	CREB5 (ENSNNAG00000014560)	ENSNNAG00000014538	TAX1BP1 (ENSNNAG00000014466) #17	HIBADH (ENSNNAG00000014431)	EVX1 (ENSNNAG00000014415) #19	ENSNNAG00000014406 #20	HOXA11 (ENSNNAG00000014398) #21	ENSNNAG00000014386 #22	ENSNNAG00000014380 #22	HOXA9 (ENSNNAG00000014351)	HOXA7 (ENSNNAG00000014339) #24	HOXA6 (ENSNNAG00000014321)	HOXA5 (ENSNNAG00000014305) #25	HOXA4 (ENSNNAG00000014295) #26	HOXA3 (ENSNNAG00000014285) #27	HOXA2 (ENSNNAG00000014269)	HOXA1 (ENSNNAG00000014242) #29	SKAP2 (ENSNNAG00000014205)	SNX10 (ENSNNAG00000014179) #30	ENSNNAG00000014145 #31	HNRNPA2B1 (ENSNNAG00000014096)	ENSNNAG00000014084 #32	NPVF (ENSNNAG00000014051)	ENSNNAG00000014041
Indian cobra	MODERN SPECIES	337	FKBP14 (ENSNNAG00000014798) #35	SCRN1 (ENSNNAG00000014772)	WIPF3 (ENSNNAG00000014763) #36	ENSNNAG00000014741	ENSNNAG00000014734	ENSNNAG00000014715	CPVL (ENSNNAG00000014691)	TRIL (ENSNNAG00000014682) #14	CREB5 (ENSNNAG00000014560)	ENSNNAG00000014538	TAX1BP1 (ENSNNAG00000014466) #17	HIBADH (ENSNNAG00000014431)	EVX1 (ENSNNAG00000014415) #19	ENSNNAG00000014406 #20	HOXA11 (ENSNNAG00000014398) #21	ENSNNAG00000014386 #22	ENSNNAG00000014380 #22	HOXA9 (ENSNNAG00000014351)	HOXA7 (ENSNNAG00000014339) #24	HOXA6 (ENSNNAG00000014321)	HOXA5 (ENSNNAG00000014305) #25	HOXA4 (ENSNNAG00000014295) #26	HOXA3 (ENSNNAG00000014285) #27	HOXA2 (ENSNNAG00000014269)	HOXA1 (ENSNNAG00000014242) #29	SKAP2 (ENSNNAG00000014205)	SNX10 (ENSNNAG00000014179) #30	ENSNNAG00000014145 #31	HNRNPA2B1 (ENSNNAG00000014096)	ENSNNAG00000014084 #32	NPVF (ENSNNAG00000014051)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000157288	ENSGT00940000157858 #35	ENSGT00390000013474.b.b	ENSGT00940000160267 #36	ENSGT00940000154534.b.b	ENSGT01030000234635.a.b.a.a	ENSGT00940000159498	ENSGT00940000161975 #14	ENSGT00940000156420	ENSGT00390000003635 #16	ENSGT00950000183025.b.a #17	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000159854 #19	ENSGT00940000164071 #20	ENSGT00940000158311 #21	ENSGT00940000163268 #22	ENSGT00940000164628	ENSGT00940000161013 #24	ENSGT00940000161585	ENSGT00940000159894 #25	ENSGT00940000158988.a.a #26	ENSGT00940000159522 #27	ENSGT00940000155029.c.a #28	ENSGT00940000157315 #29	ENSGT00390000017856.a	ENSGT00940000156007 #30	ENSGT00940000153305 #31	ENSGT00940000154431.b	ENSGT00950000182892.a.b.b #32	ENSGT00390000003271	ENSGT00390000015236
Frog	MODERN SPECIES	6	wipf3 (ENSXETG00000012051) #36	chn2 (ENSXETG00000012047)	cpvl (ENSXETG00000012046)	ENSXETG00000042712	tril (ENSXETG00000040671) #14	creb5 (ENSXETG00000012041)	ENSXETG00000046618	ENSXETG00000037596	vill (ENSXETG00000000754) #16	tax1bp1 (ENSXETG00000000752) #17	ENSXETG00000046497	ENSXETG00000042891	hibadh (ENSXETG00000000750)	evx1 (ENSXETG00000000736) #19	hoxa13 (ENSXETG00000044962) #20	ENSXETG00000000728 #22	ENSXETG00000000724	hoxa7 (ENSXETG00000000722) #24	hoxa6 (ENSXETG00000036073)	hoxa4 (ENSXETG00000027534) #26	hoxa3 (ENSXETG00000000717) #27	hoxa2 (ENSXETG00000000716) #28	hoxa1 (ENSXETG00000000715) #29	skap2 (ENSXETG00000012181)	ENSXETG00000048932	snx10 (ENSXETG00000012180) #30	cbx3 (ENSXETG00000012175) #31	hnrnpa2b1 (ENSXETG00000012170)	atp6v1e1 (ENSXETG00000012174) #32	NPVF (ENSXETG00000031334)	ENSXETG00000012168
Leishan spiny toad	DUPLICATION
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Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	8	ENSLLEG00000010320	CPVL (ENSLLEG00000009838)	TRIL (ENSLLEG00000009710) #14	CREB5 (ENSLLEG00000009663)	ENSLLEG00000009644	ENSLLEG00000009632	ENSLLEG00000009612	ENSLLEG00000009572	JAZF1 (ENSLLEG00000009536) #16	ENSLLEG00000009342 #17	HIBADH (ENSLLEG00000009078)	EVX1 (ENSLLEG00000009012) #19	ENSLLEG00000008964	ENSLLEG00000008907 #20	HOXA11 (ENSLLEG00000008872) #21	ENSLLEG00000008821 #22	ENSLLEG00000008787 #22	ENSLLEG00000008773	HOXA7 (ENSLLEG00000008742) #24	HOXA6 (ENSLLEG00000008707)	HOXA5 (ENSLLEG00000008676) #25	HOXA4 (ENSLLEG00000008646) #26	HOXA3 (ENSLLEG00000008614) #27	ENSLLEG00000008599 #28	HOXA1 (ENSLLEG00000008580) #29	SKAP2 (ENSLLEG00000008266)	SNX10 (ENSLLEG00000008176) #30	ENSLLEG00000008077 #31	ENSLLEG00000008053	ENSLLEG00000007327	NFE2L3 (ENSLLEG00000007191) #32