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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000157922 #8	ENSGT00940000158393 #9	ENSGT00640000091558 #10	ENSGT00390000007159 #11	ENSGT00390000016951 #12	ENSGT00940000155189 #13	ENSGT01020000230394.e.b.a #14	ENSGT00940000160900 #15	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00390000014874 #19	ENSGT00940000153973.c.a.a #20	ENSGT00390000017740.a.b #21	ENSGT00390000017530	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #24	ENSGT00390000003839 #25	ENSGT00390000013266 #26	ENSGT00940000158273 #28	ENSGT00940000159798 #29	ENSGT00940000156062 #30	ENSGT00390000000616 #31	ENSGT00390000003282.B #32	ENSGT00390000017509 #33	ENSGT00940000160690 #35	ENSGT00960000190360 #36	ENSGT00940000156027 #37	ENSGT00940000157569	ENSGT00940000161461	ENSGT00940000153393.B
Alpin marmot	MODERN SPECIES	40	C3orf20 (ENSMMMG00000011543) #7	FGD5 (ENSMMMG00000011473) #8	NR2C2 (ENSMMMG00000011464) #9	MRPS25 (ENSMMMG00000011452) #10	RBSN (ENSMMMG00000011435) #11	TRH (ENSMMMG00000011424) #12	TMCC1 (ENSMMMG00000011365) #13	ENSMMMG00000011319 #14	ENSMMMG00000011299 #15	RHO (ENSMMMG00000011272) #16	IFT122 (ENSMMMG00000011068) #17	MBD4 (ENSMMMG00000011043) #18	EFCAB12 (ENSMMMG00000011023) #19	ENSMMMG00000010997 #20	ENSMMMG00000010993 #21	RAF1 (ENSMMMG00000010957) #22	ENSMMMG00000010950 #23	MKRN2 (ENSMMMG00000010927) #24	MKRN2OS (ENSMMMG00000010915) #25	ENSMMMG00000010907 #26	ENSMMMG00000010899 #27	PPARG (ENSMMMG00000010840) #28	ENSMMMG00000010687 #29	SYN2 (ENSMMMG00000010440) #30	TAMM41 (ENSMMMG00000010322) #31	VGLL4 (ENSMMMG00000010304) #32	ATG7 (ENSMMMG00000009966) #33	ENSMMMG00000009925 #34	HRH1 (ENSMMMG00000009921) #35	ENSMMMG00000009895 #36	SLC6A1 (ENSMMMG00000009856) #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000157922 #8	ENSGT00940000158393 #9	ENSGT00640000091558 #10	ENSGT00390000007159 #11	ENSGT00390000016951 #12	ENSGT00940000155189 #13	ENSGT01020000230394.e.b.a #14	ENSGT00940000160900 #15	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00390000014874 #19	ENSGT00940000153973.c.a.a #20	ENSGT00390000017740.a.b #21	ENSGT00390000017530	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #24	ENSGT00390000003839 #25	ENSGT00390000013266 #26	ENSGT00940000158273 #28	ENSGT00940000159798 #29	ENSGT00940000156062 #30	ENSGT00390000000616 #31	ENSGT00390000003282.B #32	ENSGT00390000017509 #33	ENSGT00940000160690 #35	ENSGT00960000190360 #36	ENSGT00940000156027 #37	ENSGT00940000157569	ENSGT00940000161461	ENSGT00940000153393.B
Squirrel	MODERN SPECIES	202	GRIP2 (ENSSTOG00000000954)	CCDC174 (ENSSTOG00000027414)	C3orf20 (ENSSTOG00000002907) #7	FGD5 (ENSSTOG00000005202) #8	NR2C2 (ENSSTOG00000005250) #9	MRPS25 (ENSSTOG00000030962) #10	RBSN (ENSSTOG00000022986) #11	TRH (ENSSTOG00000026247) #12	TMCC1 (ENSSTOG00000019869) #13	PLXND1 (ENSSTOG00000024621) #14	RHO (ENSSTOG00000028352) #16	IFT122 (ENSSTOG00000004353) #17	MBD4 (ENSSTOG00000020663) #18	ENSSTOG00000026505 #20	CAND2 (ENSSTOG00000023136) #21	RAF1 (ENSSTOG00000025146) #22	MKRN2 (ENSSTOG00000010520) #24	MKRN2OS (ENSSTOG00000031428) #25	TSEN2 (ENSSTOG00000000538) #26	PPARG (ENSSTOG00000012778) #28	SYN2 (ENSSTOG00000011519) #30	TIMP4 (ENSSTOG00000034531) #29	ENSSTOG00000028589	VGLL4 (ENSSTOG00000025247) #32	ATG7 (ENSSTOG00000015288) #33	HRH1 (ENSSTOG00000015286) #35	SLC6A1 (ENSSTOG00000007598) #37	SLC6A11 (ENSSTOG00000028999)	ATP2B2 (ENSSTOG00000014026)	SEC13 (ENSSTOG00000014017)	GHRL (ENSSTOG00000022095)
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Eurasian red squirrel	DUPLICATION
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Guinea pig	MODERN SPECIES	109	GRIP2 (ENSCPOG00000021047)	CCDC174 (ENSCPOG00000039402)	C3orf20 (ENSCPOG00000006783) #7	FGD5 (ENSCPOG00000013157) #8	NR2C2 (ENSCPOG00000001512) #9	MRPS25 (ENSCPOG00000020398) #10	RBSN (ENSCPOG00000003200) #11	TMCC1 (ENSCPOG00000009299) #13	PLXND1 (ENSCPOG00000004989) #14	RHO (ENSCPOG00000004984) #16	IFT122 (ENSCPOG00000004975) #17	ENSCPOG00000004970 #18	RPL32 (ENSCPOG00000019967) ##20	CAND2 (ENSCPOG00000023286) #21	TMEM40 (ENSCPOG00000025632)	RAF1 (ENSCPOG00000001210) #22	MKRN2 (ENSCPOG00000001208) #24	MKRN2OS (ENSCPOG00000032819) #25	ENSCPOG00000009944	FKBP4 (ENSCPOG00000002453)	ITFG2 (ENSCPOG00000021230)	ENSCPOG00000005850	ENSCPOG00000031884	ARHGAP21 (ENSCPOG00000004505)	ENKUR (ENSCPOG00000009590)	ENSCPOG00000000291	GPR158 (ENSCPOG00000001565)	ENSCPOG00000034310	ENSCPOG00000013721	ENSCPOG00000039199	GAD2 (ENSCPOG00000013724)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155615	ENSGT00440000033958	ENSGT00940000153655.B #7	ENSGT00940000157922 #8	ENSGT00940000158393 #9	ENSGT00640000091558 #10	ENSGT00390000007159 #11	ENSGT00940000155189 #13	ENSGT01020000230394.e.b.a #14	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00940000153973.c.a.a #20	ENSGT00390000017740.a.b #21	ENSGT00390000017530	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #24	ENSGT00390000003839 #25	ENSGT00940000157312.h	ENSGT00940000157200	ENSGT00390000005378	ENSGT00390000006066	ENSGT00940000158804	ENSGT00390000003219	ENSGT00940000158155	ENSGT00950000182956.b.b.a.b	ENSGT00940000158225	ENSGT00940000161249	ENSGT00940000155867	ENSGT00440000033504.B	ENSGT00940000156857
Degu	MODERN SPECIES	274	ENSODEG00000002030	RBSN (ENSODEG00000001991) #11	MRPS25 (ENSODEG00000001966) #10	NR2C2 (ENSODEG00000001892) #9	ENSODEG00000001861	ENSODEG00000001849	ENSODEG00000001772	TMCC1 (ENSODEG00000001710) #13	PLXND1 (ENSODEG00000003347) #14	RHO (ENSODEG00000003304) #16	IFT122 (ENSODEG00000003013) #17	ENSODEG00000002902 #18	ENSODEG00000002891 ##20	CAND2 (ENSODEG00000002821) #21	TMEM40 (ENSODEG00000002755)	RAF1 (ENSODEG00000002734) #22	MKRN2 (ENSODEG00000002702) #24	MKRN2OS (ENSODEG00000002688) #25	ENSODEG00000002676	SLC6A11 (ENSODEG00000002665)	SLC6A1 (ENSODEG00000002644) #37	ATG7 (ENSODEG00000002299) #33	ENSODEG00000002124 #32	ENSODEG00000018794	TAMM41 (ENSODEG00000002076) #31	TIMP4 (ENSODEG00000002023) #29	ENSODEG00000001988 #30	PPARG (ENSODEG00000002659) #28	TSEN2 (ENSODEG00000002629) #26	ENSODEG00000002503	HMCES (ENSODEG00000002476)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	136	GRIP2 (ENSCLAG00000013538)	CCDC174 (ENSCLAG00000011014)	C3orf20 (ENSCLAG00000013841) #7	FGD5 (ENSCLAG00000011953) #8	NR2C2 (ENSCLAG00000011082) #9	MRPS25 (ENSCLAG00000008381) #10	RBSN (ENSCLAG00000011613) #11	TMCC1 (ENSCLAG00000014727) #13	PLXND1 (ENSCLAG00000012627) #14	RHO (ENSCLAG00000006233) #16	IFT122 (ENSCLAG00000006170) #17	MBD4 (ENSCLAG00000008974) #18	ENSCLAG00000007426 #20	CAND2 (ENSCLAG00000007541) #21	TMEM40 (ENSCLAG00000009668)	RAF1 (ENSCLAG00000010316) #22	MKRN2 (ENSCLAG00000008755) #24	MKRN2OS (ENSCLAG00000009109) #25	ENSCLAG00000011764	FKBP4 (ENSCLAG00000013510)	ITFG2 (ENSCLAG00000016639)	TEX52 (ENSCLAG00000013429)	FOXM1 (ENSCLAG00000014183)	RHNO1 (ENSCLAG00000017326)	TULP3 (ENSCLAG00000017345)	TEAD4 (ENSCLAG00000012070)	ENSCLAG00000008194	ENSCLAG00000009091	FAM171A1 (ENSCLAG00000009809)	NMT2 (ENSCLAG00000008204)	RPP38 (ENSCLAG00000010194)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	27	ENSHGLG00000000266	ENSHGLG00000000240	ENSHGLG00000040044 #13	ENSHGLG00000040416 #15	RHO (ENSHGLG00000006668) #16	IFT122 (ENSHGLG00000009113) #17	MBD4 (ENSHGLG00000009034) #18	ENSHGLG00000015777 #19	ENSHGLG00000040769 #20	ENSHGLG00000015580 #21	ENSHGLG00000015498	ENSHGLG00000033042	ENSHGLG00000039038	ENSHGLG00000032617	ENSHGLG00000037560	ENSHGLG00000018214 #22	ENSHGLG00000018194 #24	ENSHGLG00000017856 #25	ENSHGLG00000045316	ENSHGLG00000032284	ENSHGLG00000019586	ENSHGLG00000039046	ENSHGLG00000000920	GATA2 (ENSHGLG00000000985)	DNAJB8 (ENSHGLG00000046802)	ENSHGLG00000037886	ENSHGLG00000000094	ENSHGLG00000000122	ENSHGLG00000002369 #32	HRH1 (ENSHGLG00000044045) #35	ENSHGLG00000045274 #37