Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00390000016951 #14	ENSGT00940000155189 #15	ENSGT01020000230394.e.b.a #16	ENSGT00940000160900	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #17	ENSGT00390000001016.b #18	ENSGT00530000063687.a #19	ENSGT00390000014874	ENSGT00940000153973.c.a.a #20	ENSGT00390000017740.a.b #21	ENSGT00390000017530	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24	ENSGT00390000013266 #25	ENSGT00940000158273 #26	ENSGT00940000159798 #28	ENSGT00940000156062 #27	ENSGT00390000000616	ENSGT00390000003282.B #30	ENSGT00390000017509 #31	ENSGT00940000160690 #32	ENSGT00940000156027 #33	ENSGT00940000157569 #34	ENSGT00940000161461 #35	ENSGT00940000153393.B #36	ENSGT00390000004064 #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00390000016951 #14	ENSGT00940000155189 #15	ENSGT01020000230394.e.b.a #16	ENSGT00940000160900	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #17	ENSGT00390000001016.b #18	ENSGT00530000063687.a #19	ENSGT00390000014874	ENSGT00940000153973.c.a.a #20	ENSGT00390000017740.a.b #21	ENSGT00390000017530	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24	ENSGT00390000013266 #25	ENSGT00940000158273 #26	ENSGT00940000159798 #28	ENSGT00940000156062 #27	ENSGT00390000000616	ENSGT00390000003282.B #30	ENSGT00390000017509 #31	ENSGT00940000160690 #32	ENSGT00960000190360	ENSGT00940000156027 #33	ENSGT00940000157569 #34	ENSGT00940000161461 #35	ENSGT00940000153393.B #36
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00390000016951 #14	ENSGT00940000155189 #15	ENSGT01020000230394.e.b.a #16	ENSGT00940000160900	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #17	ENSGT00390000001016.b #18	ENSGT00530000063687.a #19	ENSGT00390000014874	ENSGT00940000153973.c.a.a #20	ENSGT00390000017740.a.b #21	ENSGT00390000017530	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24	ENSGT00390000013266 #25	ENSGT00940000158273 #26	ENSGT00940000159798 #28	ENSGT00940000156062 #27	ENSGT00390000000616	ENSGT00390000003282.B #30	ENSGT00390000017509 #31	ENSGT00940000160690 #32	ENSGT00960000190360	ENSGT00940000156027 #33	ENSGT00940000157569 #34	ENSGT00940000161461 #35	ENSGT00940000153393.B #36
Squirrel	MODERN SPECIES	202	GRIP2 (ENSSTOG00000000954) #7	CCDC174 (ENSSTOG00000027414) #8	C3orf20 (ENSSTOG00000002907) #9	FGD5 (ENSSTOG00000005202) #10	NR2C2 (ENSSTOG00000005250) #11	MRPS25 (ENSSTOG00000030962) #12	RBSN (ENSSTOG00000022986) #13	TRH (ENSSTOG00000026247) #14	TMCC1 (ENSSTOG00000019869) #15	PLXND1 (ENSSTOG00000024621) #16	RHO (ENSSTOG00000028352) #17	IFT122 (ENSSTOG00000004353) #18	MBD4 (ENSSTOG00000020663) #19	ENSSTOG00000026505 #20	CAND2 (ENSSTOG00000023136) #21	RAF1 (ENSSTOG00000025146) #22	MKRN2 (ENSSTOG00000010520) #23	MKRN2OS (ENSSTOG00000031428) #24	TSEN2 (ENSSTOG00000000538) #25	PPARG (ENSSTOG00000012778) #26	SYN2 (ENSSTOG00000011519) #27	TIMP4 (ENSSTOG00000034531) #28	ENSSTOG00000028589 #29	VGLL4 (ENSSTOG00000025247) #30	ATG7 (ENSSTOG00000015288) #31	HRH1 (ENSSTOG00000015286) #32	SLC6A1 (ENSSTOG00000007598) #33	SLC6A11 (ENSSTOG00000028999) #34	ATP2B2 (ENSSTOG00000014026) #35	SEC13 (ENSSTOG00000014017) #36	GHRL (ENSSTOG00000022095) #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	23	NR2C2 (ENSUPAG00010000576) #11	MRPS25 (ENSUPAG00010000567) #12	RBSN (ENSUPAG00010000555) #13	TRH (ENSUPAG00010000545) #14	TMCC1 (ENSUPAG00010000491) #15	PLXND1 (ENSUPAG00010000023) #16	H1-8 (ENSUPAG00010023069)	RHO (ENSUPAG00010023066) #17	IFT122 (ENSUPAG00010023058) #18	ENSUPAG00010023053 #19	ENSUPAG00010023052 #19	EFCAB12 (ENSUPAG00010023049)	ENSUPAG00010023046 #20	CAND2 (ENSUPAG00010023044) #21	TMEM40 (ENSUPAG00010023040)	RAF1 (ENSUPAG00010023038) #22	MKRN2 (ENSUPAG00010023036) #23	MKRN2OS (ENSUPAG00010023035) #24	TSEN2 (ENSUPAG00010023034) #25	PPARG (ENSUPAG00010023031) #26	TIMP4 (ENSUPAG00010023029) #28	SYN2 (ENSUPAG00010023028) #27	ENSUPAG00010023027	VGLL4 (ENSUPAG00010023024) #30	ATG7 (ENSUPAG00010023011) #31	HRH1 (ENSUPAG00010023010) #32	ENSUPAG00010023009	SLC6A1 (ENSUPAG00010023006) #33	SLC6A11 (ENSUPAG00010023004) #34	ATP2B2 (ENSUPAG00010022999) #35	SEC13 (ENSUPAG00010022998) #36
Alpin marmot	MODERN SPECIES	40	C3orf20 (ENSMMMG00000011543) #9	FGD5 (ENSMMMG00000011473) #10	NR2C2 (ENSMMMG00000011464) #11	MRPS25 (ENSMMMG00000011452) #12	RBSN (ENSMMMG00000011435) #13	TRH (ENSMMMG00000011424) #14	TMCC1 (ENSMMMG00000011365) #15	ENSMMMG00000011319 #16	ENSMMMG00000011299	RHO (ENSMMMG00000011272) #17	IFT122 (ENSMMMG00000011068) #18	MBD4 (ENSMMMG00000011043) #19	EFCAB12 (ENSMMMG00000011023)	ENSMMMG00000010997 #20	ENSMMMG00000010993 #21	RAF1 (ENSMMMG00000010957) #22	ENSMMMG00000010950	MKRN2 (ENSMMMG00000010927) #23	MKRN2OS (ENSMMMG00000010915) #24	ENSMMMG00000010907 #25	ENSMMMG00000010899 #25	PPARG (ENSMMMG00000010840) #26	ENSMMMG00000010687 #28	SYN2 (ENSMMMG00000010440) #27	TAMM41 (ENSMMMG00000010322)	VGLL4 (ENSMMMG00000010304) #30	ATG7 (ENSMMMG00000009966) #31	ENSMMMG00000009925	HRH1 (ENSMMMG00000009921) #32	ENSMMMG00000009895	SLC6A1 (ENSMMMG00000009856) #33
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	10	NR2C2 (ENSSVLG00005017625) #11	MRPS25 (ENSSVLG00005017966) #12	RBSN (ENSSVLG00005018031) #13	TRH (ENSSVLG00005018181) #14	ENSSVLG00005018231	TMCC1 (ENSSVLG00005018250) #15	PLXND1 (ENSSVLG00005018384) #16	ENSSVLG00005018771	RHO (ENSSVLG00005018827) #17	IFT122 (ENSSVLG00005018941) #18	MBD4 (ENSSVLG00005019308) #19	EFCAB12 (ENSSVLG00005019404)	ENSSVLG00005019450 ##20	CAND2 (ENSSVLG00005019570) #21	TMEM40 (ENSSVLG00005019760)	ENSSVLG00005019978 #22	MKRN2 (ENSSVLG00005020340) #23	MKRN2OS (ENSSVLG00005020454) #24	TSEN2 (ENSSVLG00005020543) #25	PPARG (ENSSVLG00005020780) #26	SYN2 (ENSSVLG00005021130) #27	TIMP4 (ENSSVLG00005021374) #28	TAMM41 (ENSSVLG00005021448)	ENSSVLG00005021494	VGLL4 (ENSSVLG00005021566) #30	ATG7 (ENSSVLG00005021683) #31	HRH1 (ENSSVLG00005021749) #32	SLC6A1 (ENSSVLG00005021844) #33	SLC6A11 (ENSSVLG00005022396) #34	ATP2B2 (ENSSVLG00005022802) #35	SEC13 (ENSSVLG00005023877) #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	8	BCO1 (ENSSVLG00005025719)	ENSSVLG00005025763	C16orf46 (ENSSVLG00005014992)	ENSSVLG00005015037	CENPN (ENSSVLG00005015134)	CMC2 (ENSSVLG00005015210)	CDYL2 (ENSSVLG00005015278)	DYNLRB2 (ENSSVLG00005015349)	ENSSVLG00005015446	WWOX (ENSSVLG00005015526)	ENSSVLG00005015573	CLEC3A (ENSSVLG00005015615)	VAT1L (ENSSVLG00005015671)	NUDT7 (ENSSVLG00005015783)	ADAMTS18 (ENSSVLG00005015898)	ENSSVLG00005016092 #22	SYCE1L (ENSSVLG00005016146)	MON1B (ENSSVLG00005016284)	CNTNAP4 (ENSSVLG00005016453)	ENSSVLG00005017621	DUXB (ENSSVLG00005017671)	TERF2IP (ENSSVLG00005017752)	KARS1 (ENSSVLG00005017790)	ADAT1 (ENSSVLG00005017872)	GABARAPL2 (ENSSVLG00005017970)	TMEM231 (ENSSVLG00005018059)	ENSSVLG00005018139	TMEM170A (ENSSVLG00005018166)	CFDP1 (ENSSVLG00005018315)	BCAR1 (ENSSVLG00005018450)	ENSSVLG00005018505