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Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00940000155189 #14	ENSGT00940000160900	ENSGT00390000016951	ENSGT01020000230394.e.b.a #15	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00390000014874	ENSGT00940000153973.c.a.a ##19	ENSGT00390000017740.a.b #20	ENSGT00390000017530 #21	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155615 #7	ENSGT00440000033958 #8	ENSGT00940000153655.B #9	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00940000155189 #14	ENSGT01020000230394.e.b.a #15	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00940000153973.c.a.a ##19	ENSGT00390000017740.a.b #20	ENSGT00390000017530 #21	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24	ENSGT00940000157312.h #25	ENSGT00940000157200 #26	ENSGT00390000005378 #27	ENSGT00390000006066	ENSGT00940000158804	ENSGT00390000003219	ENSGT00940000158155	ENSGT00950000182956.b.b.a.b	ENSGT00940000158225	ENSGT00940000161249	ENSGT00940000155867	ENSGT00440000033504.B	ENSGT00940000156857
Guinea pig	MODERN SPECIES	109	GRIP2 (ENSCPOG00000021047) #7	CCDC174 (ENSCPOG00000039402) #8	C3orf20 (ENSCPOG00000006783) #9	FGD5 (ENSCPOG00000013157) #10	NR2C2 (ENSCPOG00000001512) #11	MRPS25 (ENSCPOG00000020398) #12	RBSN (ENSCPOG00000003200) #13	TMCC1 (ENSCPOG00000009299) #14	PLXND1 (ENSCPOG00000004989) #15	RHO (ENSCPOG00000004984) #16	IFT122 (ENSCPOG00000004975) #17	ENSCPOG00000004970 #18	RPL32 (ENSCPOG00000019967) #19	CAND2 (ENSCPOG00000023286) #20	TMEM40 (ENSCPOG00000025632) #21	RAF1 (ENSCPOG00000001210) #22	MKRN2 (ENSCPOG00000001208) #23	MKRN2OS (ENSCPOG00000032819) #24	ENSCPOG00000009944 #25	FKBP4 (ENSCPOG00000002453) #26	ITFG2 (ENSCPOG00000021230) #27	ENSCPOG00000005850 #28	ENSCPOG00000031884 #29	ARHGAP21 (ENSCPOG00000004505) #30	ENKUR (ENSCPOG00000009590) #31	ENSCPOG00000000291 #32	GPR158 (ENSCPOG00000001565) #33	ENSCPOG00000034310 #34	ENSCPOG00000013721 #35	ENSCPOG00000039199 #36	GAD2 (ENSCPOG00000013724) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155615 #7	ENSGT00440000033958 #8	ENSGT00940000153655.B #9	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00940000155189 #14	ENSGT01020000230394.e.b.a #15	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00940000153973.c.a.a ##19	ENSGT00390000017740.a.b #20	ENSGT00390000017530 #21	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24	ENSGT00940000157312.h #25	ENSGT00940000157200 #26	ENSGT00390000005378 #27	ENSGT00390000006066	ENSGT00940000158804	ENSGT00390000003219	ENSGT00940000158155	ENSGT00950000182956.b.b.a.b	ENSGT00940000158225	ENSGT00940000161249	ENSGT00940000155867	ENSGT00440000033504.B	ENSGT00940000156857
Degu	MODERN SPECIES	274	ENSODEG00000002030	RBSN (ENSODEG00000001991) #13	MRPS25 (ENSODEG00000001966) #12	NR2C2 (ENSODEG00000001892) #11	ENSODEG00000001861	ENSODEG00000001849	ENSODEG00000001772	TMCC1 (ENSODEG00000001710) #14	PLXND1 (ENSODEG00000003347) #15	RHO (ENSODEG00000003304) #16	IFT122 (ENSODEG00000003013) #17	ENSODEG00000002902 #18	ENSODEG00000002891 ##19	CAND2 (ENSODEG00000002821) #20	TMEM40 (ENSODEG00000002755) #21	RAF1 (ENSODEG00000002734) #22	MKRN2 (ENSODEG00000002702) #23	MKRN2OS (ENSODEG00000002688) #24	ENSODEG00000002676	SLC6A11 (ENSODEG00000002665)	SLC6A1 (ENSODEG00000002644)	ATG7 (ENSODEG00000002299)	ENSODEG00000002124	ENSODEG00000018794	TAMM41 (ENSODEG00000002076)	TIMP4 (ENSODEG00000002023)	ENSODEG00000001988	PPARG (ENSODEG00000002659)	TSEN2 (ENSODEG00000002629)	ENSODEG00000002503	HMCES (ENSODEG00000002476)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	136	GRIP2 (ENSCLAG00000013538) #7	CCDC174 (ENSCLAG00000011014) #8	C3orf20 (ENSCLAG00000013841) #9	FGD5 (ENSCLAG00000011953) #10	NR2C2 (ENSCLAG00000011082) #11	MRPS25 (ENSCLAG00000008381) #12	RBSN (ENSCLAG00000011613) #13	TMCC1 (ENSCLAG00000014727) #14	PLXND1 (ENSCLAG00000012627) #15	RHO (ENSCLAG00000006233) #16	IFT122 (ENSCLAG00000006170) #17	MBD4 (ENSCLAG00000008974) #18	ENSCLAG00000007426 ##19	CAND2 (ENSCLAG00000007541) #20	TMEM40 (ENSCLAG00000009668) #21	RAF1 (ENSCLAG00000010316) #22	MKRN2 (ENSCLAG00000008755) #23	MKRN2OS (ENSCLAG00000009109) #24	ENSCLAG00000011764 #25	FKBP4 (ENSCLAG00000013510) #26	ITFG2 (ENSCLAG00000016639) #27	TEX52 (ENSCLAG00000013429)	FOXM1 (ENSCLAG00000014183)	RHNO1 (ENSCLAG00000017326)	TULP3 (ENSCLAG00000017345)	TEAD4 (ENSCLAG00000012070)	ENSCLAG00000008194	ENSCLAG00000009091	FAM171A1 (ENSCLAG00000009809)	NMT2 (ENSCLAG00000008204)	RPP38 (ENSCLAG00000010194)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	27	ENSHGLG00000000266	ENSHGLG00000000240	ENSHGLG00000040044 #14	ENSHGLG00000040416	RHO (ENSHGLG00000006668) #16	IFT122 (ENSHGLG00000009113) #17	MBD4 (ENSHGLG00000009034) #18	ENSHGLG00000015777	ENSHGLG00000040769 ##19	ENSHGLG00000015580 #20	ENSHGLG00000015498 #21	ENSHGLG00000033042	ENSHGLG00000039038	ENSHGLG00000032617	ENSHGLG00000037560	ENSHGLG00000018214 #22	ENSHGLG00000018194 #23	ENSHGLG00000017856 #24	ENSHGLG00000045316	ENSHGLG00000032284 #25	ENSHGLG00000019586 #25	ENSHGLG00000039046	ENSHGLG00000000920	GATA2 (ENSHGLG00000000985)	DNAJB8 (ENSHGLG00000046802)	ENSHGLG00000037886	ENSHGLG00000000094	ENSHGLG00000000122	ENSHGLG00000002369	HRH1 (ENSHGLG00000044045)	ENSHGLG00000045274
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00390000016951	ENSGT00940000155189 #14	ENSGT01020000230394.e.b.a #15	ENSGT00940000160900	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00390000014874	ENSGT00940000153973.c.a.a ##19	ENSGT00390000017740.a.b #20	ENSGT00390000017530 #21	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24	ENSGT00390000013266	ENSGT00940000158273	ENSGT00940000159798	ENSGT00940000156062	ENSGT00390000000616	ENSGT00390000003282.B	ENSGT00390000017509	ENSGT00940000160690	ENSGT00940000156027	ENSGT00940000157569	ENSGT00940000161461	ENSGT00940000153393.B	ENSGT00390000004064
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00390000016951	ENSGT00940000155189 #14	ENSGT01020000230394.e.b.a #15	ENSGT00940000160900	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00390000014874	ENSGT00940000153973.c.a.a ##19	ENSGT00390000017740.a.b #20	ENSGT00390000017530 #21	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24	ENSGT00390000013266	ENSGT00940000158273	ENSGT00940000159798	ENSGT00940000156062	ENSGT00390000000616	ENSGT00390000003282.B	ENSGT00390000017509	ENSGT00940000160690	ENSGT00960000190360	ENSGT00940000156027	ENSGT00940000157569	ENSGT00940000161461	ENSGT00940000153393.B
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000157922 #10	ENSGT00940000158393 #11	ENSGT00640000091558 #12	ENSGT00390000007159 #13	ENSGT00390000016951	ENSGT00940000155189 #14	ENSGT01020000230394.e.b.a #15	ENSGT00940000160900	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b #16	ENSGT00390000001016.b #17	ENSGT00530000063687.a #18	ENSGT00390000014874	ENSGT00940000153973.c.a.a ##19	ENSGT00390000017740.a.b #20	ENSGT00390000017530 #21	ENSGT00940000156084 #22	ENSGT00950000183077.a.b #23	ENSGT00390000003839 #24	ENSGT00390000013266	ENSGT00940000158273	ENSGT00940000159798	ENSGT00940000156062	ENSGT00390000000616	ENSGT00390000003282.B	ENSGT00390000017509	ENSGT00940000160690	ENSGT00960000190360	ENSGT00940000156027	ENSGT00940000157569	ENSGT00940000161461	ENSGT00940000153393.B
Squirrel	MODERN SPECIES	202	GRIP2 (ENSSTOG00000000954) #7	CCDC174 (ENSSTOG00000027414) #8	C3orf20 (ENSSTOG00000002907) #9	FGD5 (ENSSTOG00000005202) #10	NR2C2 (ENSSTOG00000005250) #11	MRPS25 (ENSSTOG00000030962) #12	RBSN (ENSSTOG00000022986) #13	TRH (ENSSTOG00000026247)	TMCC1 (ENSSTOG00000019869) #14	PLXND1 (ENSSTOG00000024621) #15	RHO (ENSSTOG00000028352) #16	IFT122 (ENSSTOG00000004353) #17	MBD4 (ENSSTOG00000020663) #18	ENSSTOG00000026505 ##19	CAND2 (ENSSTOG00000023136) #20	RAF1 (ENSSTOG00000025146) #22	MKRN2 (ENSSTOG00000010520) #23	MKRN2OS (ENSSTOG00000031428) #24	TSEN2 (ENSSTOG00000000538)	PPARG (ENSSTOG00000012778)	SYN2 (ENSSTOG00000011519)	TIMP4 (ENSSTOG00000034531)	ENSSTOG00000028589	VGLL4 (ENSSTOG00000025247)	ATG7 (ENSSTOG00000015288)	HRH1 (ENSSTOG00000015286)	SLC6A1 (ENSSTOG00000007598)	SLC6A11 (ENSSTOG00000028999)	ATP2B2 (ENSSTOG00000014026)	SEC13 (ENSSTOG00000014017)	GHRL (ENSSTOG00000022095)
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Alpin marmot	MODERN SPECIES	40	C3orf20 (ENSMMMG00000011543) #9	FGD5 (ENSMMMG00000011473) #10	NR2C2 (ENSMMMG00000011464) #11	MRPS25 (ENSMMMG00000011452) #12	RBSN (ENSMMMG00000011435) #13	TRH (ENSMMMG00000011424)	TMCC1 (ENSMMMG00000011365) #14	ENSMMMG00000011319 #15	ENSMMMG00000011299	RHO (ENSMMMG00000011272) #16	IFT122 (ENSMMMG00000011068) #17	MBD4 (ENSMMMG00000011043) #18	EFCAB12 (ENSMMMG00000011023)	ENSMMMG00000010997 ##19	ENSMMMG00000010993 #20	RAF1 (ENSMMMG00000010957) #22	ENSMMMG00000010950	MKRN2 (ENSMMMG00000010927) #23	MKRN2OS (ENSMMMG00000010915) #24	ENSMMMG00000010907	ENSMMMG00000010899	PPARG (ENSMMMG00000010840)	ENSMMMG00000010687	SYN2 (ENSMMMG00000010440)	TAMM41 (ENSMMMG00000010322)	VGLL4 (ENSMMMG00000010304)	ATG7 (ENSMMMG00000009966)	ENSMMMG00000009925	HRH1 (ENSMMMG00000009921)	ENSMMMG00000009895	SLC6A1 (ENSMMMG00000009856)
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
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Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	8	BCO1 (ENSSVLG00005025719)	ENSSVLG00005025763	C16orf46 (ENSSVLG00005014992)	ENSSVLG00005015037	CENPN (ENSSVLG00005015134)	CMC2 (ENSSVLG00005015210)	CDYL2 (ENSSVLG00005015278)	DYNLRB2 (ENSSVLG00005015349)	ENSSVLG00005015446	WWOX (ENSSVLG00005015526)	ENSSVLG00005015573	CLEC3A (ENSSVLG00005015615)	VAT1L (ENSSVLG00005015671)	NUDT7 (ENSSVLG00005015783)	ADAMTS18 (ENSSVLG00005015898)	ENSSVLG00005016092 #22	SYCE1L (ENSSVLG00005016146)	MON1B (ENSSVLG00005016284)	CNTNAP4 (ENSSVLG00005016453)	ENSSVLG00005017621	DUXB (ENSSVLG00005017671)	TERF2IP (ENSSVLG00005017752)	KARS1 (ENSSVLG00005017790)	ADAT1 (ENSSVLG00005017872)	GABARAPL2 (ENSSVLG00005017970)	TMEM231 (ENSSVLG00005018059)	ENSSVLG00005018139	TMEM170A (ENSSVLG00005018166)	CFDP1 (ENSSVLG00005018315)	BCAR1 (ENSSVLG00005018450)	ENSSVLG00005018505