Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158986	ENSGT00940000155326 #8	ENSGT00940000173505 #9	ENSGT00940000155448 #10	ENSGT00940000159708 #11	ENSGT00940000153776.a.b #12	ENSGT00390000011581 #13	ENSGT00940000156091.b #14	ENSGT00940000163226 #15	ENSGT00940000158764 #16	ENSGT00940000159411.b #17	ENSGT00390000018547 #18	ENSGT00940000160178 #19	ENSGT00530000063693.b #20	ENSGT00940000161086 #21	ENSGT00940000157965 #22	ENSGT00940000155407 #23	ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a #24	ENSGT00390000002707 #25	ENSGT00950000183113.a.b	ENSGT00940000160207	ENSGT00940000160902	ENSGT00940000158934	ENSGT01090000260040.b.a.b	ENSGT00940000157106	ENSGT00940000161058	ENSGT00940000159787	ENSGT00940000160096	ENSGT00730000111369	ENSGT00390000002529	ENSGT00730000111217
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158986	ENSGT00940000155326 #8	ENSGT00940000173505 #9	ENSGT00940000155448 #10	ENSGT00940000159708 #11	ENSGT00940000153776.a.b #12	ENSGT00390000011581 #13	ENSGT00940000156091.b #14	ENSGT00940000163226 #15	ENSGT00940000158764 #16	ENSGT00940000159411.b #17	ENSGT00390000018547 #18	ENSGT00940000160178 #19	ENSGT00530000063693.b #20	ENSGT00940000161086 #21	ENSGT00940000157965 #22	ENSGT00940000155407 #23	ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a #24	ENSGT00390000002707 #25	ENSGT00950000183113.a.b	ENSGT00950000183053.C #26	ENSGT00940000161664 #27	ENSGT00950000182810.A.a.a.gb.a.a #28	ENSGT00390000015470	ENSGT00940000159809 #29	ENSGT00940000155569.a.a #30	ENSGT00390000001799 #31	ENSGT00940000156300.d #33	ENSGT00960000189526	ENSGT01090000260114 #32	ENSGT00940000165887
Alpin marmot	MODERN SPECIES		ENSMMMG00000014391 #7	PTPRT (ENSMMMG00000013963) #8	ENSMMMG00000013940 #9	ENSMMMG00000013932 #10	L3MBTL1 (ENSMMMG00000013828) #11	SGK2 (ENSMMMG00000013793) #12	IFT52 (ENSMMMG00000013772) #13	MYBL2 (ENSMMMG00000013751) #14	GTSF1L (ENSMMMG00000013745) #15	TOX2 (ENSMMMG00000013708) #16	ENSMMMG00000013694 #17	OSER1 (ENSMMMG00000013683) #18	GDAP1L1 (ENSMMMG00000013671) #19	FITM2 (ENSMMMG00000013666) #20	R3HDML (ENSMMMG00000013658) #21	HNF4A (ENSMMMG00000013628) #22	TTPAL (ENSMMMG00000013622) #23	SERINC3 (ENSMMMG00000013611) #24	PKIG (ENSMMMG00000013597) #25	EDN3 (ENSMMMG00000013570) #26	ZNF831 (ENSMMMG00000013558) #27	ENSMMMG00000013527 #28	TUBB1 (ENSMMMG00000013513) #29	CTSZ (ENSMMMG00000013461) #30	NELFCD (ENSMMMG00000013440) #31	ENSMMMG00000013417 #32	ENSMMMG00000008996 #33	ENSMMMG00000008961 #34	ENSMMMG00000008946 #35	NPEPL1 (ENSMMMG00000008927) #36	ENSMMMG00000008912 #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT01030000234633.B.b	ENSGT00940000158986	ENSGT00940000155326 #8	ENSGT00940000155448 #10	ENSGT00940000159708 #11	ENSGT00940000153776.a.b #12	ENSGT00390000011581 #13	ENSGT00940000156091.b #14	ENSGT00940000163226 #15	ENSGT00940000158764 #16	ENSGT00940000159411.b #17	ENSGT00390000018547 #18	ENSGT00940000160178 #19	ENSGT00530000063693.b #20	ENSGT00940000161086 #21	ENSGT00940000157965 #22	ENSGT00940000155407 #23	ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a #24	ENSGT00390000002707 #25	ENSGT00950000183113.a.b	ENSGT00950000183053.C #26	ENSGT00940000161664 #27	ENSGT00950000182810.A.a.a.gb.a.a.a #28	ENSGT00390000015470	ENSGT00940000159809 #29	ENSGT00940000155569.a.a #30	ENSGT00390000001799 #31	ENSGT01090000260114 #32	ENSGT00940000156300.d #33	ENSGT00960000189526	ENSGT00940000165887
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	24	CHD6 (ENSUPAG00010002013)	PTPRT (ENSUPAG00010001533) #8	ENSUPAG00010001503	ENSUPAG00010001491 #10	L3MBTL1 (ENSUPAG00010001356) #11	SGK2 (ENSUPAG00010001287) #12	IFT52 (ENSUPAG00010001265) #13	MYBL2 (ENSUPAG00010001240) #14	GTSF1L (ENSUPAG00010001233) #15	TOX2 (ENSUPAG00010001162) #16	JPH2 (ENSUPAG00010001141) #17	OSER1 (ENSUPAG00010001120) #18	GDAP1L1 (ENSUPAG00010001085) #19	FITM2 (ENSUPAG00010001078) #20	R3HDML (ENSUPAG00010001066) #21	HNF4A (ENSUPAG00010001027) #22	TTPAL (ENSUPAG00010001019) #23	SERINC3 (ENSUPAG00010001003) #24	PKIG (ENSUPAG00010000983) #25
Squirrel	MODERN SPECIES	130	ENSSTOG00000026556	HMOX2 (ENSSTOG00000020386) #7	CDIP1 (ENSSTOG00000011973)	PTPRT (ENSSTOG00000008926) #8	SRSF6 (ENSSTOG00000010866) #10	L3MBTL1 (ENSSTOG00000011672) #11	ENSSTOG00000032451	SGK2 (ENSSTOG00000010133) #12	IFT52 (ENSSTOG00000010141) #13	MYBL2 (ENSSTOG00000010149) #14	TOX2 (ENSSTOG00000015626) #16	OSER1 (ENSSTOG00000015641) #18	GDAP1L1 (ENSSTOG00000015647) #19	FITM2 (ENSSTOG00000029143) #20	R3HDML (ENSSTOG00000015652) #21	HNF4A (ENSSTOG00000020202) #22	TTPAL (ENSSTOG00000015677) #23	SERINC3 (ENSSTOG00000015682) #24	PKIG (ENSSTOG00000015603) #25	ENSSTOG00000026859	ENSSTOG00000022041	EDN3 (ENSSTOG00000012621) #26	ZNF831 (ENSSTOG00000020220) #27	ENSSTOG00000011707 #28	ATP5F1E (ENSSTOG00000032797)	TUBB1 (ENSSTOG00000027296) #29	CTSZ (ENSSTOG00000011704) #30	NELFCD (ENSSTOG00000011692) #31	ENSSTOG00000026582 #32	ENSSTOG00000003551	ENSSTOG00000033348 #34
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	11	CHD6 (ENSSVLG00005021606)	ENSSVLG00005021845	PTPRT (ENSSVLG00005021914) #8	SRSF6 (ENSSVLG00005023274) #10	L3MBTL1 (ENSSVLG00005023315) #11	SGK2 (ENSSVLG00005023455) #12	IFT52 (ENSSVLG00005023587) #13	MYBL2 (ENSSVLG00005023638) #14	ENSSVLG00005023783	TOX2 (ENSSVLG00005023803) #16	JPH2 (ENSSVLG00005023915) #17	ENSSVLG00005023943 #18	GDAP1L1 (ENSSVLG00005000177) #19	ENSSVLG00005000194 #20	R3HDML (ENSSVLG00005000214) #21	HNF4A (ENSSVLG00005000321) #22	TTPAL (ENSSVLG00005000418) #23	SERINC3 (ENSSVLG00005000443) #24	PKIG (ENSSVLG00005000482) #25	ADA (ENSSVLG00005000518)	CCN5 (ENSSVLG00005000537)	KCNK15 (ENSSVLG00005000558)	RIMS4 (ENSSVLG00005000677)	YWHAB (ENSSVLG00005000717)	PABPC1L (ENSSVLG00005000760)	TOMM34 (ENSSVLG00005000832)	STK4 (ENSSVLG00005000873)	KCNS1 (ENSSVLG00005000907)	WFDC5 (ENSSVLG00005000929)	ENSSVLG00005000948	SLPI (ENSSVLG00005000965)