Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 848 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000159774 #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152 #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000172406 ENSGT00940000157439 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159091 #11 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ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006679.b #7 ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00940000172404 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000006679.b #7 ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159720 #12 ENSGT01100000264599 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 #22 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Glires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00990000209473 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000159720 #12 ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d.b.dc #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00990000209473 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000159720 #12 ENSGT00950000183025.a #13 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ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603 Tarsier MODERN SPECIES 4193 HOXB7 (ENSTSYG00000028173) #18 HOXB6 (ENSTSYG00000031001) #19 HOXB5 (ENSTSYG00000032912) #20 HOXB4 (ENSTSYG00000026874) #21 ENSTSYG00000029322 HOXB3 (ENSTSYG00000035231) #22 HOXB2 (ENSTSYG00000004903) #23 HOXB1 (ENSTSYG00000004656) #24 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000007843.u.a #10 ENSGT01100000264599 ENSGT00390000007843.v #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000264599 ENSGT00390000007843.v #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603.b Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000007843.u.a #10 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ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603.b Human MODERN SPECIES 8 GIP (ENSG00000159224) #9 SNF8 (ENSG00000159210) #10 UBE2Z (ENSG00000159202) #11 ATP5MC1 (ENSG00000159199) CALCOCO2 (ENSG00000136436) #13 TTLL6 (ENSG00000170703) #14 HOXB13 (ENSG00000159184) #15 PRAC2 (ENSG00000229637) PRAC1 (ENSG00000159182) HOXB9 (ENSG00000170689) #16 HOXB8 (ENSG00000120068) #17 HOXB7 (ENSG00000260027) #18 HOXB6 (ENSG00000108511) #19 HOXB5 (ENSG00000120075) #20 HOXB4 (ENSG00000182742) #21 HOXB3 (ENSG00000120093) #22 HOXB2 (ENSG00000173917) #23 HOXB1 (ENSG00000120094) #24 SKAP1 (ENSG00000141293) #25 SNX11 (ENSG00000002919) #26 CBX1 (ENSG00000108468) #27 NFE2L1 (ENSG00000082641) #29 COPZ2 (ENSG00000005243) #30 CDK5RAP3 (ENSG00000108465) #31 PRR15L (ENSG00000167183) #32 PNPO (ENSG00000108439) #33 SP2 (ENSG00000167182) #34 SP6 (ENSG00000189120) #35 SCRN2 (ENSG00000141295) #36 LRRC46 (ENSG00000141294) #37 MRPL10 (ENSG00000159111) Pan ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000007843.u.a #10 ENSGT01100000264599 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713.h.a.a.b #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603.b Chimpanzee MODERN SPECIES 8 SNF8 (ENSPTRG00000051067) #10 UBE2Z (ENSPTRG00000009365) #11 ENSPTRG00000051053 ATP5MC1 (ENSPTRG00000009364) CALCOCO2 (ENSPTRG00000009363) #13 TTLL6 (ENSPTRG00000009361) #14 HOXB13 (ENSPTRG00000009360) #15 PRAC2 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HOXB7 (ENSPPYG00000008901) #18 HOXB6 (ENSPPYG00000008899) #19 HOXB5 (ENSPPYG00000008898) #20 HOXB4 (ENSPPYG00000008897) #21 HOXB3 (ENSPPYG00000008896) #22 HOXB2 (ENSPPYG00000008895) #23 HOXB1 (ENSPPYG00000008894) #24 SKAP1 (ENSPPYG00000008893) #25 SNX11 (ENSPPYG00000008892) #26 ENSPPYG00000008891 ##27 NFE2L1 (ENSPPYG00000036998) #29 ENSPPYG00000008889 #30 CDK5RAP3 (ENSPPYG00000008888) #31 PRR15L (ENSPPYG00000008887) #32 PNPO (ENSPPYG00000040967) #33 SP2 (ENSPPYG00000008885) #34 SP6 (ENSPPYG00000008884) #35 SCRN2 (ENSPPYG00000008883) #36 LRRC46 (ENSPPYG00000032761) #37 MRPL10 (ENSPPYG00000008881) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843.u.a #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 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ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00940000154172.gb.b.b.b ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 86 SNF8 (ENSSBOG00000026186) #10 ENSSBOG00000028176 UBE2Z (ENSSBOG00000036224) #11 ENSSBOG00000028794 #12 CALCOCO2 (ENSSBOG00000035276) #13 TTLL6 (ENSSBOG00000028908) #14 HOXB13 (ENSSBOG00000029964) #15 PRAC2 (ENSSBOG00000032603) ENSSBOG00000030794 HOXB9 (ENSSBOG00000030218) #16 HOXB8 (ENSSBOG00000034884) #17 HOXB7 (ENSSBOG00000020028) #18 HOXB6 (ENSSBOG00000031900) #19 HOXB5 (ENSSBOG00000018198) #20 HOXB4 (ENSSBOG00000024432) #21 HOXB3 (ENSSBOG00000030844) #22 HOXB2 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ENSGT00940000154152.d.a.a ##27 ENSGT00940000154152.d.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 Arabian camel MODERN SPECIES 7 B4GALNT2 (ENSCDRG00005016644) #7 IGF2BP1 (ENSCDRG00005016778) #8 GIP (ENSCDRG00005016991) #9 ENSCDRG00005017040 #10 ENSCDRG00005017061 UBE2Z (ENSCDRG00005017075) #11 ENSCDRG00005017142 #12 CALCOCO2 (ENSCDRG00005017213) #13 TTLL6 (ENSCDRG00005017585) #14 HOXB13 (ENSCDRG00005017741) #15 HOXB9 (ENSCDRG00005017862) #16 HOXB7 (ENSCDRG00005018007) #18 HOXB6 (ENSCDRG00005018029) #19 HOXB5 (ENSCDRG00005018055) #20 HOXB4 (ENSCDRG00005018079) #21 HOXB3 (ENSCDRG00005018104) #22 HOXB2 (ENSCDRG00005018121) #23 HOXB1 (ENSCDRG00005018147) #24 SKAP1 (ENSCDRG00005018166) #25 SNX11 (ENSCDRG00005018232) #26 CBX1 (ENSCDRG00005018330) ##27 NFE2L1 (ENSCDRG00005018357) #29 ENSCDRG00005018515 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SPECIES 13 ENSGT00390000006679.b #7 ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000159720.f.a #12 ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000013771.p ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 leopard MODERN SPECIES 67 B4GALNT2 (ENSPPRG00000008636) #7 IGF2BP1 (ENSPPRG00000008067) #8 GIP (ENSPPRG00000007119) #9 ENSPPRG00000007008 #10 UBE2Z (ENSPPRG00000005626) #11 ENSPPRG00000005588 #12 CALCOCO2 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Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000159720.b #12 ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 13 GIP (ENSRFEG00010021740) #9 SNF8 (ENSRFEG00010021745) #10 UBE2Z (ENSRFEG00010021755) #11 ENSRFEG00010021766 #12 CALCOCO2 (ENSRFEG00010021784) #13 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CALCOCO2 (ENSMLUG00000014073) #13 TTLL6 (ENSMLUG00000014065) #14 ENSMLUG00000029480 #15 HOXB9 (ENSMLUG00000011677) #16 HOXB7 (ENSMLUG00000002609) #18 HOXB6 (ENSMLUG00000010649) #19 ENSMLUG00000014513 #20 ENSMLUG00000027291 HOXB3 (ENSMLUG00000008445) #22 HOXB1 (ENSMLUG00000008429) #24 SKAP1 (ENSMLUG00000005037) #25 SNX11 (ENSMLUG00000005033) #26 CBX1 (ENSMLUG00000005030) #27 NFE2L1 (ENSMLUG00000005024) #29 CDK5RAP3 (ENSMLUG00000005014) #31 PRR15L (ENSMLUG00000005012) #32 PNPO (ENSMLUG00000005003) #33 SP2 (ENSMLUG00000005000) #34 SCRN2 (ENSMLUG00000006417) #36 LRRC46 (ENSMLUG00000006409) #37 MRPL10 (ENSMLUG00000006405) OSBPL7 (ENSMLUG00000006392) TBX21 (ENSMLUG00000014542) TBKBP1 (ENSMLUG00000014537) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000006679.b #7 ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 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#20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.d #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 ENSGT00390000000603 Tenrec MODERN SPECIES 1998 HOXB3 (ENSETEG00000007761) #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000006679.b #7 ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 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ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000165938 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354 #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00940000154152.c.a ##27 ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.a #32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00640000092844 ENSGT00940000159590 #34 ENSGT00940000161498 #35 ENSGT00390000013474.b.a #36 ENSGT00940000161315 #37 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000160427 #8 ENSGT00390000005121 #9 ENSGT00390000007843.cb #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000165938 ENSGT00940000161434 #14 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 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csad (ENSSFOG00015007677) zgc:174906 (ENSSFOG00015007733) lima1a (ENSSFOG00015007763) ENSSFOG00015030402 igfbp6b (ENSSFOG00015007780) pip4k2ca (ENSSFOG00015007800) gpr182 (ENSSFOG00015007835) ZBTB39 (ENSSFOG00015007838) agap2 (ENSSFOG00015007865) tspan31 (ENSSFOG00015007945) MARCHF9 (ENSSFOG00015027839) Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000160144.a ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.c ENSGT00940000154957.A.a ENSGT00940000177404 ENSGT00390000007843 #10 ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00950000183025.a #13 ENSGT00940000159029.b #15 ENSGT00940000161386.a #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108.b #19 ENSGT00940000158354.c #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774.b.a #22 ENSGT00940000155029.c.b.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00390000017856.b #25 ENSGT00940000160113 #26 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000157439.a ENSGT00750000118756.a ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00390000011219 #33 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B.c Asian bonytongue MODERN SPECIES 13 wipf2b (ENSSFOG00015002721) RAPGEFL1 (ENSSFOG00015002667) casc3 (ENSSFOG00015002645) MSL1 (ENSSFOG00015002607) igf2bp1 (ENSSFOG00015002540) ENSSFOG00015002491 snf8 (ENSSFOG00015002437) #10 ube2z (ENSSFOG00015002387) #11 HOXB13 (ENSSFOG00015002353) #15 hoxb9a (ENSSFOG00015002339) #16 HOXB8 (ENSSFOG00015028715) #17 hoxb7a (ENSSFOG00015002134) #18 HOXB6 (ENSSFOG00015028231) #19 hoxb5b (ENSSFOG00015002080) #20 hoxb4a (ENSSFOG00015002053) #21 hoxb3a (ENSSFOG00015033106) #22 HOXB2 (ENSSFOG00015001984) #23 ENSSFOG00015001958 hoxb1a (ENSSFOG00015001903) skap1 (ENSSFOG00015001828) #25 snx11 (ENSSFOG00015001657) #26 NFE2L1 (ENSSFOG00015001617) ##29 COPZ2 (ENSSFOG00015001561) #30 ENSSFOG00015001531 cdk5rap3 (ENSSFOG00015001461) #31 prr15la (ENSSFOG00015001431) ##32 pnpo (ENSSFOG00015029234) #33 mrpl10 (ENSSFOG00015001414) osbpl7 (ENSSFOG00015001331) tbx21 (ENSSFOG00015028517) TBKBP1 (ENSSFOG00015000820) P. kingsleyae MODERN SPECIES 140 ENSPKIG00000023082 ENSPKIG00000023104 hoxb13a (ENSPKIG00000023111) #15 hoxb9a (ENSPKIG00000023117) #16 hoxb8a (ENSPKIG00000000388) #17 hoxb7a (ENSPKIG00000000397) #18 hoxb6a (ENSPKIG00000000403) #19 hoxb5b (ENSPKIG00000000411) #20 hoxb4a (ENSPKIG00000000416) #21 hoxb3a (ENSPKIG00000000431) #22 hoxb2a (ENSPKIG00000000447) #23 hoxb1a (ENSPKIG00000000454) skap1 (ENSPKIG00000000481) #25 NFE2L1 (ENSPKIG00000000547) ##29 copz2 (ENSPKIG00000000610) #30 ENSPKIG00000000651 cdk5rap3 (ENSPKIG00000000684) #31 prr15la (ENSPKIG00000000717) ##32 pnpo (ENSPKIG00000000733) #33 mrpl10 (ENSPKIG00000000749) osbpl7 (ENSPKIG00000000792) tbx21 (ENSPKIG00000000866) ENSPKIG00000000901 PDK2 (ENSPKIG00000000931) ENSPKIG00000000976 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 562 ENSGT00940000161108.a #19 ENSGT00940000158354.d #20 ENSGT00940000159774.b.b #22 ENSGT00940000155029.c.b.a #23 Asian bonytongue MODERN SPECIES 23 THRA (ENSSFOG00015005613) nsfa (ENSSFOG00015005423) psmd11a (ENSSFOG00015005378) cdk5r1a (ENSSFOG00015005367) RAPGEFL1 (ENSSFOG00015005308) nr1d1 (ENSSFOG00015005263) ENSSFOG00015005236 igf2bp1 (ENSSFOG00015005197) atp5mc1 (ENSSFOG00015005177) ENSSFOG00015005153 hoxb13a (ENSSFOG00015005110) #15 hoxb9a (ENSSFOG00015005102) #16 hoxb8a (ENSSFOG00015005069) #17 hoxb6a (ENSSFOG00015005084) #19 hoxb5a (ENSSFOG00015005053) #20 ENSSFOG00015004928 #22 hoxb2a (ENSSFOG00015030727) #23 cbx1a (ENSSFOG00015029174) #27 copz2 (ENSSFOG00015004826) #30 OSBPL7 (ENSSFOG00015004752) ENSSFOG00015004737 RBFOX3 (ENSSFOG00015004716) engase (ENSSFOG00015004631) ENSSFOG00015027385 ENSSFOG00015029183 PRKAR1A (ENSSFOG00015004495) zgc:86896 (ENSSFOG00015004463) SLC16A6 (ENSSFOG00015004447) ENSSFOG00015031359 rgs9a (ENSSFOG00015004379) COG1 (ENSSFOG00015004261) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00940000160548 ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 #11 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ENSGT00940000158354.c.b #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000155557.jc.a ENSGT00940000160144 ENSGT00390000006930 ENSGT00390000018292.d ENSGT00940000160548 ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b #7 ENSGT01100000263525.b.a ENSGT00940000156584.e.b ENSGT00940000158833.a.a ENSGT00390000017328.a.a Salmoninae DUPLICATION Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 703 ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000159029.c #15 ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000161386.c #16 ENSGT00940000161529.w.a #17 ENSGT00940000161230.d #18 ENSGT00940000161108.e.a #19 ENSGT00940000158354.d.e #20 ENSGT00940000162072.b #21 ENSGT00940000159774.c.a #22 ENSGT00940000155029.c.b.c #23 ENSGT00940000166856.l Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00390000018292.d.c.a ENSGT00940000160548.b ENSGT00990000204190.b ENSGT00940000154957.A.c ENSGT00940000159091.a #11 ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000159029.c #15 ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000161386.c #16 ENSGT00940000161529.w.a #17 ENSGT00940000161230.d #18 ENSGT00940000161108.e.a #19 ENSGT00940000158354.d.e #20 ENSGT00940000162072.b #21 ENSGT00940000159774.c.a #22 ENSGT00940000155029.c.b.c #23 ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000154152.b.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##29 ENSGT00390000004405.b.c #30 ENSGT00940000154534.b.a.j ##32 ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00390000006679.b.l #7 ENSGT01100000263525.b.a.l ENSGT00940000156584.e.b.d.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000175578.a.a ENSGT00940000175578.a.b.b Salmo ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00390000018292.d.d.a ENSGT00940000160548.b ENSGT00990000204190.b ENSGT00940000154957.A.c ENSGT00940000159091.a #11 ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000159029.c #15 ENSGT00940000158266.g.a ENSGT00940000161386.c #16 ENSGT00940000161529.w.a #17 ENSGT00940000161230.d #18 ENSGT00940000161108.e.a #19 ENSGT00940000158354.d.e #20 ENSGT00940000162072.b #21 ENSGT00940000159774.c.a #22 ENSGT00940000155029.c.b.c #23 ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000154152.b.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##29 ENSGT00390000004405.b.c #30 ENSGT00940000154534.b.a.j ##32 ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000153704.B.d.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00390000006679.b.l #7 ENSGT01100000263525.b.a.l ENSGT00940000156584.e.b.d.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000175578.a.a ENSGT00940000175578.a.b.b Atlantic salmon MODERN SPECIES 22 wipf2b (ENSSSAG00000008135) RAPGEFL1 (ENSSSAG00000003117) casc3 (ENSSSAG00000007853) msl1a (ENSSSAG00000007838) nr1d1 (ENSSSAG00000007825) ENSSSAG00000007818 igf2bp1 (ENSSSAG00000004886) ube2z (ENSSSAG00000004597) #11 ENSSSAG00000004542 eve1 (ENSSSAG00000004524) hoxb13aa (ENSSSAG00000004515) #15 ENSSSAG00000004507 HoxB9aa (ENSSSAG00000121194) #16 hxb7a (ENSSSAG00000004471) #17 hoxb5a (ENSSSAG00000004441) #20 hoxb3a (ENSSSAG00000004371) #22 hoxb2a (ENSSSAG00000111200) #23 hoxb1aa (ENSSSAG00000004337) cbx1a (ENSSSAG00000091490) #27 nfe2l1a (ENSSSAG00000004277) ##29 copz2 (ENSSSAG00000096429) #30 prr15la (ENSSSAG00000109719) ##32 ENSSSAG00000004103 ENSSSAG00000002431 ENSSSAG00000097020 ENSSSAG00000003916 ENSSSAG00000089054 #7 ENSSSAG00000085080 ENSSSAG00000003820 ENSSSAG00000006759 ENSSSAG00000109575 River trout MODERN SPECIES 25 msl1a (ENSSTUG00000044348) nr1d1 (ENSSTUG00000044343) ENSSTUG00000044314 igf2bp1 (ENSSTUG00000044083) ube2z (ENSSTUG00000044068) #11 atp5mc1 (ENSSTUG00000044047) eve1 (ENSSTUG00000044042) hoxb13a (ENSSTUG00000044039) #15 ENSSTUG00000044034 hoxb9a (ENSSTUG00000044028) #16 hoxb8a (ENSSTUG00000044019) #17 hoxb7a (ENSSTUG00000044016) #18 hoxb6a (ENSSTUG00000044003) #19 hoxb5a (ENSSTUG00000043999) #20 hoxb4a (ENSSTUG00000043991) #21 hoxb3a (ENSSTUG00000043976) #22 hoxb2a (ENSSTUG00000043971) #23 hoxb1a (ENSSTUG00000043969) cbx1a (ENSSTUG00000043925) #27 nfe2l1a (ENSSTUG00000043916) ##29 copz2 (ENSSTUG00000043854) #30 ENSSTUG00000043849 prr15la (ENSSTUG00000043845) ##32 OSBPL7 (ENSSTUG00000043790) pdk2b (ENSSTUG00000043683) nags (ENSSTUG00000043665) ENSSTUG00000043649 #7 ENSSTUG00000043642 col1a1a (ENSSTUG00000043409) PPP1R9B (ENSSTUG00000042964) ENSSTUG00000042925 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000018292.d.c.a ENSGT00940000160548.b ENSGT00990000204190.b ENSGT00940000154957.A.c ENSGT00940000159091.a #11 ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000159029.c #15 ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000161386.c #16 ENSGT00940000161529.w.a #17 ENSGT00940000161230.d #18 ENSGT00940000161108.e.a #19 ENSGT00940000158354.d.e #20 ENSGT00940000162072.b #21 ENSGT00940000159774.c.a #22 ENSGT00940000155029.c.b.c #23 ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000154152.b.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##29 ENSGT00390000004405.b.c #30 ENSGT00940000154534.b.a.j ##32 ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00390000006679.b.l #7 ENSGT01100000263525.b.a.l ENSGT00940000156584.e.b.d.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000175578.a.a ENSGT00390000017328.a.a.l Rainbow trout MODERN SPECIES 3 msl1a (ENSOMYG00000024449) nr1d1 (ENSOMYG00000024434) ENSOMYG00000024411 igf2bp1 (ENSOMYG00000021828) ube2z (ENSOMYG00000021520) #11 atp5mc1 (ENSOMYG00000021454) eve1 (ENSOMYG00000073254) hoxb13a (ENSOMYG00000021419) #15 ENSOMYG00000021407 hoxb9a (ENSOMYG00000021396) #16 hoxb8a (ENSOMYG00000055816) #17 hoxb7a (ENSOMYG00000021367) #18 hoxb6a (ENSOMYG00000021357) #19 hoxb5a (ENSOMYG00000021351) #20 hoxb4a (ENSOMYG00000021348) #21 HOXB3 (ENSOMYG00000021314) #22 hoxb2a (ENSOMYG00000021339) #23 hoxb1a (ENSOMYG00000021300) cbx1a (ENSOMYG00000021278) #27 nfe2l1a (ENSOMYG00000021257) ##29 copz2 (ENSOMYG00000021226) #30 prr15la (ENSOMYG00000021184) ##32 ENSOMYG00000059908 ENSOMYG00000021165 ENSOMYG00000077184 ENSOMYG00000021069 ENSOMYG00000052424 #7 ENSOMYG00000055738 ENSOMYG00000021024 ENSOMYG00000055072 col1a1 (ENSOMYG00000020647) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00390000006930.c ENSGT00390000018292.d.d.a ENSGT00940000160548.b ENSGT00990000204190.b ENSGT00940000154957.A.c ENSGT00940000159091.a #11 ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000159029.c #15 ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000161386.c #16 ENSGT00940000161529.w.a #17 ENSGT00940000161230.d #18 ENSGT00940000158354.d.e #20 ENSGT00940000162072.b #21 ENSGT00940000159774.c.a #22 ENSGT00940000155029.c.b.c #23 ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000154152.b.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##29 ENSGT00390000004405.b.d.b.a.b #30 ENSGT00940000154534.b.a.j ##32 ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00390000006679.b.l #7 ENSGT01100000263525.b.a.l ENSGT00940000156584.e.b.d.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000175578.a.a ENSGT00390000017328.a.a.l Coho salmon MODERN SPECIES 26 msl1a (ENSOKIG00005005399) nr1d1 (ENSOKIG00005005390) ENSOKIG00005005377 igf2bp1 (ENSOKIG00005003295) ube2z (ENSOKIG00005003129) #11 atp5mc1 (ENSOKIG00005003106) eve1 (ENSOKIG00005003093) ENSOKIG00005003088 hoxb13a (ENSOKIG00005003079) #15 ENSOKIG00005003074 hoxb9a (ENSOKIG00005003066) #16 hoxb8a (ENSOKIG00005003059) #17 hoxb7a (ENSOKIG00005003049) #18 hoxb5a (ENSOKIG00005003039) #20 hoxb4a (ENSOKIG00005003033) #21 HOXB3 (ENSOKIG00005003027) #22 hoxb2a (ENSOKIG00005003020) #23 hoxb1a (ENSOKIG00005003017) cbx1a (ENSOKIG00005002994) #27 ENSOKIG00005002979 nfe2l1a (ENSOKIG00005002972) ##29 copz2 (ENSOKIG00005002937) #30 prr15la (ENSOKIG00005002918) ##32 ENSOKIG00005002828 pdk2b (ENSOKIG00005002702) ENSOKIG00005002598 #7 ENSOKIG00005002573 col1a1a (ENSOKIG00005002517) PPP1R9B (ENSOKIG00005002344) ENSOKIG00005002309 ENSOKIG00005002298 Chinook salmon MODERN SPECIES 19 msl1a (ENSOTSG00005016331) nr1d1 (ENSOTSG00005016330) ENSOTSG00005016329 igf2bp1 (ENSOTSG00005015631) ube2z (ENSOTSG00005015622) #11 atp5mc1 (ENSOTSG00005015620) eve1 (ENSOTSG00005015618) hoxb13a (ENSOTSG00005015615) #15 ENSOTSG00005015589 hoxb9a (ENSOTSG00005015587) #16 hoxb8a (ENSOTSG00005015581) #17 hoxb7a (ENSOTSG00005015578) #18 hoxb6a (ENSOTSG00005015571) #19 hoxb5a (ENSOTSG00005039828) #20 hoxb4a (ENSOTSG00005039826) #21 hoxb3a (ENSOTSG00005039825) #22 hoxb2a (ENSOTSG00005039823) #23 hoxb1a (ENSOTSG00005039822) cbx1a (ENSOTSG00005039820) #27 nfe2l1a (ENSOTSG00005039819) ##29 copz2 (ENSOTSG00005039812) #30 prr15la (ENSOTSG00005039810) ##32 ENSOTSG00005039805 pdk2b (ENSOTSG00005038384) nags (ENSOTSG00005038371) ENSOTSG00005038368 #7 ENSOTSG00005038366 col1a1a (ENSOTSG00005038360) PPP1R9B (ENSOTSG00005038348) ENSOTSG00005038347 psmd3 (ENSOTSG00005038327) Huchen MODERN SPECIES 894 eve1 (ENSHHUG00000029891) hoxb13a (ENSHHUG00000029885) #15 ENSHHUG00000029882 hoxb9a (ENSHHUG00000029874) #16 hoxb8a (ENSHHUG00000029869) #17 hoxb7a (ENSHHUG00000029868) #18 hoxb6a (ENSHHUG00000029857) #19 hoxb4a (ENSHHUG00000029850) #21 hoxb3a (ENSHHUG00000029848) #22 hoxb2a (ENSHHUG00000029798) #23 hoxb1a (ENSHHUG00000029792) cbx1a (ENSHHUG00000029724) #27 nfe2l1a (ENSHHUG00000029715) ##29 copz2 (ENSHHUG00000029680) #30 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 250 ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b #11 ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d #15 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386.d #16 ENSGT00940000161529.w.b #17 ENSGT00940000161230.c #18 ENSGT00940000161108.e.b #19 ENSGT00940000158354.d.f #20 ENSGT00940000162072.a #21 ENSGT00940000159774.c.b #22 ENSGT00940000155029.c.b.d #23 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29 ENSGT00390000004405.b.d.b.b #30 ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #30 ENSGT00940000154534.b.a.i ##32 ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000153704.B.d.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b.k #7 ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT00940000158833.a.a.d Huchen MODERN SPECIES 297 nr1d1 (ENSHHUG00000012933) ENSHHUG00000012921 igf2bp1 (ENSHHUG00000011829) ube2z (ENSHHUG00000011784) #11 ENSHHUG00000011692 ENSHHUG00000011684 #14 eve1 (ENSHHUG00000011682) hoxb13a (ENSHHUG00000011649) #15 hoxb10a (ENSHHUG00000011647) hoxb9a (ENSHHUG00000011642) #16 hoxb8a (ENSHHUG00000011631) #17 hoxb7a (ENSHHUG00000011624) #18 hoxb6a (ENSHHUG00000011606) #19 hoxb5a (ENSHHUG00000011602) #20 hoxb4a (ENSHHUG00000011590) #21 hoxb3a (ENSHHUG00000011566) #22 hoxb2a (ENSHHUG00000011514) #23 hoxb1a (ENSHHUG00000011502) cbx1a (ENSHHUG00000011492) #27 nfe2l1a (ENSHHUG00000011485) ##29 copz2 (ENSHHUG00000011449) #30 ENSHHUG00000011447 prr15la (ENSHHUG00000011422) ##32 ENSHHUG00000011279 TBKBP1 (ENSHHUG00000011258) pdk2b (ENSHHUG00000011222) nags (ENSHHUG00000011200) ENSHHUG00000011194 col1a1a (ENSHHUG00000011137) PPP1R9B (ENSHHUG00000011053) ENSHHUG00000011039 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b #11 ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d #15 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386.d #16 ENSGT00940000161529.w.b #17 ENSGT00940000161230.c #18 ENSGT00940000161108.e.b #19 ENSGT00940000158354.d.f #20 ENSGT00940000162072.a #21 ENSGT00940000159774.c.b #22 ENSGT00940000155029.c.b.d #23 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29 ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #30 ENSGT00940000154534.b.a.i ##32 ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000153704.B.d.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b.k #7 ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00390000017328.a.a.k Salmo ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000006930.d ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b #11 ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d #15 ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000161386.d #16 ENSGT00940000161529.w.b #17 ENSGT00940000161230.c #18 ENSGT00940000161108.e.b #19 ENSGT00940000162072.a #21 ENSGT00940000159774.c.b #22 ENSGT00940000155029.c.b.d #23 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29 ENSGT00390000004405.b.d.a #30 ENSGT00940000154534.b.a.i ##32 ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000153704.B.d.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b.k #7 ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00390000017328.a.a.k Atlantic salmon MODERN SPECIES 25 casc3 (ENSSSAG00000003140) msl1a (ENSSSAG00000003145) nr1d1 (ENSSSAG00000003153) ENSSSAG00000003161 igf2bp1 (ENSSSAG00000003448) ube2z (ENSSSAG00000005933) #11 atp5mc1 (ENSSSAG00000005941) eve1 (ENSSSAG00000005948) hoxb13ab (ENSSSAG00000005954) #15 ENSSSAG00000005961 hoxb9ab (ENSSSAG00000004490) #16 hoxb8ab (ENSSSAG00000005971) #17 hoxb7ab (ENSSSAG00000005981) #18 hoxb6ab (ENSSSAG00000005990) #19 hoxb4ab (ENSSSAG00000005995) #21 hoxb3a (ENSSSAG00000090720) #22 hoxb1ab (ENSSSAG00000006062) cbx1a (ENSSSAG00000004291) #27 nfe2l1a (ENSSSAG00000006129) ##29 copz2 (ENSSSAG00000004196) #30 prr15la (ENSSSAG00000109223) ##32 ENSSSAG00000006340 ENSSSAG00000006408 ENSSSAG00000006444 nags (ENSSSAG00000006619) ENSSSAG00000003876 #7 ENSSSAG00000006663 col1a1a (ENSSSAG00000006686) ENSSSAG00000003643 ENSSSAG00000109332 ENSSSAG00000006800 River trout MODERN SPECIES msl1a (ENSSTUG00000000839) nr1d1 (ENSSTUG00000000832) ENSSTUG00000000829 ENSSTUG00000000822 igf2bp1 (ENSSTUG00000000765) ube2z (ENSSTUG00000000705) #11 atp5mc1 (ENSSTUG00000000702) eve1 (ENSSTUG00000000697) hoxb13a (ENSSTUG00000000696) #15 ENSSTUG00000000695 hoxb9a (ENSSTUG00000000690) #16 hoxb8a (ENSSTUG00000000686) #17 hoxb7a (ENSSTUG00000000685) #18 hoxb6a (ENSSTUG00000000682) #19 hoxb4a (ENSSTUG00000000676) #21 hoxb3a (ENSSTUG00000000672) #22 hoxb2a (ENSSTUG00000000670) #23 hoxb1a (ENSSTUG00000000668) cbx1a (ENSSTUG00000000662) #27 nfe2l1a (ENSSTUG00000000656) ##29 copz2 (ENSSTUG00000000592) #30 ENSSTUG00000000582 prr15la (ENSSTUG00000000579) ##32 ENSSTUG00000000562 TBKBP1 (ENSSTUG00000000547) pdk2b (ENSSTUG00000000275) nags (ENSSTUG00000000237) ENSSTUG00000013948 #7 ENSSTUG00000013943 col1a1a (ENSSTUG00000013912) PPP1R9B (ENSSTUG00000013838) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b #11 ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d #15 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386.d #16 ENSGT00940000161529.w.b #17 ENSGT00940000161230.c #18 ENSGT00940000161108.e.b #19 ENSGT00940000158354.d.f #20 ENSGT00940000162072.a #21 ENSGT00940000159774.c.b #22 ENSGT00940000155029.c.b.d #23 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29 ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #30 ENSGT00940000154534.b.a.i ##32 ENSGT00940000157439.a.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b.k #7 ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00390000017328.a.a.k ENSGT00940000153653.a.a.p Rainbow trout MODERN SPECIES 4 nr1d1 (ENSOMYG00000005936) ENSOMYG00000005889 igf2bp1 (ENSOMYG00000004905) ube2z (ENSOMYG00000003985) #11 atp5mc1 (ENSOMYG00000003918) ENSOMYG00000077801 eve1 (ENSOMYG00000003885) hoxb13a (ENSOMYG00000003865) #15 hoxb10a (ENSOMYG00000003832) hoxb9a (ENSOMYG00000003826) #16 hoxb8a (ENSOMYG00000003809) #17 hoxb7a (ENSOMYG00000003792) #18 hoxb6a (ENSOMYG00000003769) #19 hoxb5a (ENSOMYG00000003711) #20 hoxb4a (ENSOMYG00000003730) #21 HOXB3 (ENSOMYG00000003686) #22 hoxb2a (ENSOMYG00000003669) #23 hoxb1a (ENSOMYG00000003653) cbx1a (ENSOMYG00000003629) #27 nfe2l1a (ENSOMYG00000003587) ##29 copz2 (ENSOMYG00000003419) #30 prr15la (ENSOMYG00000041419) ##32 ENSOMYG00000077846 ENSOMYG00000041335 ENSOMYG00000041374 nags (ENSOMYG00000041323) ENSOMYG00000041320 #7 ENSOMYG00000048632 col1a1a (ENSOMYG00000041314) ENSOMYG00000041182 csf-3 (ENSOMYG00000041149) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00390000018292.d.d.b ENSGT00940000160548.a ENSGT00990000204190.a ENSGT00940000154957.A.d ENSGT00940000159091.b #11 ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000159029.d #15 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386.d #16 ENSGT00940000161529.w.b #17 ENSGT00940000161230.c #18 ENSGT00940000161108.e.b #19 ENSGT00940000158354.d.f #20 ENSGT00940000162072.a #21 ENSGT00940000159774.c.b #22 ENSGT00940000155029.c.b.d #23 ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000154152.b.a.a #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29 ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #30 ENSGT00940000154534.b.a.i ##32 ENSGT00940000157439.a.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00390000005602 ENSGT00390000006679.b.k #7 ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00390000017328.a.a.k ENSGT00940000153653.a.a.p Coho salmon MODERN SPECIES 1 msl1a (ENSOKIG00005009623) nr1d1 (ENSOKIG00005009612) ENSOKIG00005009603 igf2bp1 (ENSOKIG00005009099) ube2z (ENSOKIG00005009047) #11 atp5mc1 (ENSOKIG00005009030) eve1 (ENSOKIG00005009021) hoxb13a (ENSOKIG00005009014) #15 ENSOKIG00005009013 hoxb9a (ENSOKIG00005009004) #16 hoxb8a (ENSOKIG00005008994) #17 hoxb7a (ENSOKIG00005008982) #18 hoxb6a (ENSOKIG00005008972) #19 hoxb5a (ENSOKIG00005008959) #20 hoxb4a (ENSOKIG00005008942) #21 hoxb3a (ENSOKIG00005008933) #22 hoxb2a (ENSOKIG00005008923) #23 hoxb1a (ENSOKIG00005008918) cbx1a (ENSOKIG00005008868) #27 nfe2l1a (ENSOKIG00005008857) ##29 copz2 (ENSOKIG00005008689) #30 prr15la (ENSOKIG00005008658) ##32 ENSOKIG00005008464 PDK2 (ENSOKIG00005008185) nags (ENSOKIG00005008137) ENSOKIG00005008125 #7 ENSOKIG00005008117 col1a1a (ENSOKIG00005007949) PPP1R9B (ENSOKIG00005007824) ENSOKIG00005007804 psmd3 (ENSOKIG00005007721) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000000111.a.n.f ENSGT00390000005565 ENSGT00940000157296.o.a.g ENSGT01030000234627.a.b.b.f ENSGT00940000157457.e ENSGT00940000161032.g ENSGT00950000182832.A.d ENSGT00390000018292.c.d ENSGT00940000177404.a ENSGT00390000007843.c #10 ENSGT00950000183025.a.eb #13 ENSGT00940000165637 ENSGT00940000161529.x #17 ENSGT00940000165065.b.d ENSGT00940000158354.c.a.d #20 ENSGT00940000159774.d #22 ENSGT00940000159503 #24 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#31 prr15lb (ENSHHUG00000039309) ##32 pnpo (ENSHHUG00000039280) #33 mrpl10 (ENSHHUG00000039277) osbpl7 (ENSHHUG00000039118) tbx21 (ENSHHUG00000039104) TBKBP1 (ENSHHUG00000039100) PDK2 (ENSHHUG00000038929) ENSHHUG00000038905 ENSHHUG00000038746 Salmoninae_a DUPLICATION Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000005565 ENSGT00940000157296.o.a.g ENSGT01030000234627.a.b.b.f ENSGT00940000157457.e ENSGT00940000161032.g ENSGT00950000182832.A.d ENSGT00390000018292.c.d ENSGT00940000177404.a ENSGT00390000005121.f #9 ENSGT00390000007843.c #10 ENSGT00950000183025.a.eb #13 ENSGT00940000165637 ENSGT00940000161529.x #17 ENSGT00940000165065.b.d ENSGT00940000158354.c.a.d #20 ENSGT00940000159774.d.a #22 ENSGT00940000159503 #24 ENSGT00390000017856.b.d #25 ENSGT00940000160113.l #26 ENSGT00940000154152.a.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a.d ##29 ENSGT00750000118756.a ENSGT00390000000713 #31 ENSGT00940000154534.b.b ##32 ENSGT00390000011219.m.a #33 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b.d 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##32 ENSGT00390000011219.m.a #33 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000157439.b.d ENSGT00940000166447.c ENSGT00940000153704.B.c.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT00940000157411.j River trout MODERN SPECIES 11 ndel1a (ENSSTUG00000039994) ENSSTUG00000039978 ARHGAP44 (ENSSTUG00000039032) stx4 (ENSSTUG00000038982) SRCAP (ENSSTUG00000038679) ENSSTUG00000038515 chmp2a (ENSSTUG00000038508) MSL1 (ENSSTUG00000038414) gip (ENSSTUG00000038402) #9 snf8 (ENSSTUG00000038331) #10 calcoco2 (ENSSTUG00000038298) #13 ttll6 (ENSSTUG00000038182) hoxb8b (ENSSTUG00000038168) #17 HOXB6 (ENSSTUG00000038160) #19 hoxb5b (ENSSTUG00000038154) #20 ENSSTUG00000038149 #22 hoxb1b (ENSSTUG00000038136) #24 skap1 (ENSSTUG00000038088) #25 SNX11 (ENSSTUG00000038070) #26 ENSSTUG00000038049 #27 NFE2L1 (ENSSTUG00000038035) ##29 cdk5rap3 (ENSSTUG00000037968) #31 prr15lb (ENSSTUG00000037963) ##32 pnpo (ENSSTUG00000037917) #33 mrpl10 (ENSSTUG00000037910) osbpl7 (ENSSTUG00000037693) tbx21 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#22 Rainbow trout MODERN SPECIES 12 ENSOMYG00000030703 ENSOMYG00000030690 ENSOMYG00000057879 ENSOMYG00000029999 ENSOMYG00000029652 ENSOMYG00000029632 ENSOMYG00000029600 ENSOMYG00000055178 chmp2a (ENSOMYG00000029588) ENSOMYG00000029554 ENSOMYG00000029464 #10 ENSOMYG00000029410 ENSOMYG00000029307 hoxb6b (ENSOMYG00000029292) ENSOMYG00000029279 #20 ENSOMYG00000029271 #22 ENSOMYG00000029235 skap1 (ENSOMYG00000029211) #25 ENSOMYG00000029187 #26 ENSOMYG00000029159 #27 NFE2L1 (ENSOMYG00000029147) ##29 ENSOMYG00000029122 pnpo (ENSOMYG00000029098) #33 ENSOMYG00000028974 osbpl7 (ENSOMYG00000031874) tbx21 (ENSOMYG00000031836) ENSOMYG00000031829 ENSOMYG00000027153 ENSOMYG00000026236 psmd11b (ENSOMYG00000026111) nsfb (ENSOMYG00000023007) Northern pike DUPLICATION Northern pike MODERN SPECIES 10 casc3 (ENSELUG00000015093) msl1a (ENSELUG00000015070) nr1d1 (ENSELUG00000015028) igf2bp1 (ENSELUG00000014974) ube2z (ENSELUG00000014930) #11 atp5mc1 (ENSELUG00000014903) eve1 (ENSELUG00000014847) hoxb13a 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ENSELUG00000008892 #13 ttll6 (ENSELUG00000008833) hoxb5b (ENSELUG00000008806) #20 hoxb6b (ENSELUG00000025410) ENSELUG00000008764 #22 ENSELUG00000008758 skap1 (ENSELUG00000001494) #25 ENSELUG00000008701 #26 ENSELUG00000000330 #27 NFE2L1 (ENSELUG00000008672) ##29 cdk5rap3 (ENSELUG00000008635) #31 mrpl10 (ENSELUG00000008599) pnpo (ENSELUG00000008568) #33 osbpl7 (ENSELUG00000008527) tbx21 (ENSELUG00000001384) ENSELUG00000027949 TBKBP1 (ENSELUG00000008379) PDK2 (ENSELUG00000008326) ENSELUG00000008271 MYO1D (ENSELUG00000008245) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 180 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT01090000261037 ENSGT00940000154152.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00940000154957.A Cod DUPLICATION Cod MODERN SPECIES 11 ENSGMOG00000023777 ENSGMOG00000001726 #7 ENSGMOG00000033297 #7 ube2z (ENSGMOG00000015368) #11 atp5mc1 (ENSGMOG00000015354) ENSGMOG00000015328 eve1 (ENSGMOG00000034875) ENSGMOG00000035317 hoxb13a (ENSGMOG00000015284) #15 hoxb9a (ENSGMOG00000033079) #16 hoxb8a (ENSGMOG00000035281) #17 hoxb7a (ENSGMOG00000024089) #18 ENSGMOG00000027090 HOXB5 (ENSGMOG00000031372) #20 hoxb4a (ENSGMOG00000009880) #21 hoxb3a (ENSGMOG00000024004) #22 hoxb2a (ENSGMOG00000024154) #23 hoxb1a (ENSGMOG00000030229) ENSGMOG00000027442 ENSGMOG00000027289 ENSGMOG00000030519 ENSGMOG00000032198 ENSGMOG00000035523 CBX1 (ENSGMOG00000009322) #27 nfe2l1a (ENSGMOG00000027608) ##29 ENSGMOG00000035621 copz2 (ENSGMOG00000004484) #30 prr15la (ENSGMOG00000028853) ##32 ENSGMOG00000019381 ENSGMOG00000034869 ENSGMOG00000025703 Cod MODERN SPECIES 9 ENSGMOG00000013613 ENSGMOG00000033947 ENSGMOG00000007674 ENSGMOG00000007732 ENSGMOG00000007726 ENSGMOG00000007709 ENSGMOG00000003499 ENSGMOG00000034695 ENSGMOG00000003314 chmp2a (ENSGMOG00000003295) ENSGMOG00000003261 ENSGMOG00000003246 #10 ENSGMOG00000003213 #13 hoxb6b (ENSGMOG00000025558) hoxb5b (ENSGMOG00000026296) #20 ENSGMOG00000027605 #22 hoxb1b (ENSGMOG00000025533) #24 skap1 (ENSGMOG00000003134) #25 ENSGMOG00000024709 #26 CBX1 (ENSGMOG00000003101) #27 NFE2L1 (ENSGMOG00000022643) ##29 cdk5rap3 (ENSGMOG00000003054) #31 ENSGMOG00000020150 ##32 pnpo (ENSGMOG00000003037) #33 mrpl10 (ENSGMOG00000003023) ENSGMOG00000002841 ENSGMOG00000002812 ENSGMOG00000025608 ENSGMOG00000028389 ENSGMOG00000032746 ENSGMOG00000028175 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 98 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000163268.e 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rab11fip4a (ENSSAUG00010003756) Gilthead seabream MODERN SPECIES 12 ndel1a (ENSSAUG00010016658) ENSSAUG00010016665 ARHGAP44 (ENSSAUG00010016673) stx4 (ENSSAUG00010016763) ENSSAUG00010016770 ENSSAUG00010016844 ENSSAUG00010016845 chmp2a (ENSSAUG00010016846) ENSSAUG00010016849 ENSSAUG00010016852 snf8 (ENSSAUG00010016854) #10 ENSSAUG00010016858 #13 ttll6 (ENSSAUG00010016862) hoxb6b (ENSSAUG00010016881) hoxb5b (ENSSAUG00010016882) #20 ENSSAUG00010016884 #22 hoxb1b (ENSSAUG00010016886) #24 skap1 (ENSSAUG00010016888) #25 ENSSAUG00010016891 #26 CBX1 (ENSSAUG00010016894) #27 NFE2L1 (ENSSAUG00010016897) ##29 cdk5rap3 (ENSSAUG00010016901) #31 prr15lb (ENSSAUG00010017220) ##32 pnpo (ENSSAUG00010017223) #33 mrpl10 (ENSSAUG00010017224) osbpl7 (ENSSAUG00010017241) tbx21 (ENSSAUG00010017639) TBKBP1 (ENSSAUG00010017641) PDK2 (ENSSAUG00010017649) MYO1D (ENSSAUG00010018393) psmd11b (ENSSAUG00010021008) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000164903.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b 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ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b.b.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00940000154957.A ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 Pike perch MODERN SPECIES 107 ENSSLUG00000025731 kcnc3a (ENSSLUG00000025735) PDK2 (ENSSLUG00000025753) ENSSLUG00000025772 ENSSLUG00000025782 ube2z (ENSSLUG00000025783) #11 atp5mc1 (ENSSLUG00000025787) eve1 (ENSSLUG00000025790) hoxb13a (ENSSLUG00000025791) #15 hoxb9a (ENSSLUG00000025792) #16 hoxb8a (ENSSLUG00000025797) #17 hoxb7a (ENSSLUG00000025801) #18 ENSSLUG00000025803 HOXB5 (ENSSLUG00000025807) #20 hoxb4a (ENSSLUG00000014165) #21 hoxb3a (ENSSLUG00000014170) #22 hoxb2a 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ENSMAMG00000006436 cdk5r1b (ENSMAMG00000006430) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263693 ENSGT00940000164903.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b ENSGT00940000164903.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a 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ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a Yellowtail amberjack DUPLICATION Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3120 ube2z (ENSSLDG00000012333) #11 atp5mc1 (ENSSLDG00000012315) eve1 (ENSSLDG00000012289) hoxb13a (ENSSLDG00000012270) #15 hoxb9a (ENSSLDG00000012259) #16 hoxb8a (ENSSLDG00000012246) #17 hoxb7a (ENSSLDG00000012232) #18 ENSSLDG00000012217 HOXB5 (ENSSLDG00000012209) #20 hoxb4a (ENSSLDG00000012189) #21 hoxb3a (ENSSLDG00000012163) #22 hoxb2a (ENSSLDG00000012140) #23 hoxb1a (ENSSLDG00000012098) CBX1 (ENSSLDG00000012082) #27 nfe2l1a (ENSSLDG00000012067) ##29 praf2 (ENSSLDG00000012050) copz2 (ENSSLDG00000011983) #30 prr15la (ENSSLDG00000011950) ##32 igf2bp1 (ENSSLDG00000011912) ENSSLDG00000011885 rab11fip4a (ENSSLDG00000011859) coil (ENSSLDG00000011775) scpep1 (ENSSLDG00000011722) engase (ENSSLDG00000011662) CSNK1D (ENSSLDG00000011610) slc16a3b (ENSSLDG00000011588) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2745 ndel1a (ENSSLDG00000000369) ENSSLDG00000000348 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#26 CBX1 (ENSAOCG00000006769) #27 NFE2L1 (ENSAOCG00000006758) ##29 cdk5rap3 (ENSAOCG00000000335) #31 prr15lb (ENSAOCG00000000326) ##32 pnpo (ENSAOCG00000006678) #33 mrpl10 (ENSAOCG00000006653) osbpl7 (ENSAOCG00000006640) tbx21 (ENSAOCG00000006562) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000009628 ENSGT00940000159428.e.b ENSGT00510000046608.A ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000158354.c.b #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a Midas cichlid MODERN SPECIES 955 ENSACIG00000012733 PDK2 (ENSACIG00000012780) ube2z (ENSACIG00000012810) #11 eve1 (ENSACIG00000012824) hoxb13a (ENSACIG00000012834) #15 hoxb9a (ENSACIG00000012882) #16 hoxb8a (ENSACIG00000012892) #17 ENSACIG00000012901 ENSACIG00000012907 HOXB5 (ENSACIG00000012950) #20 hoxb4a (ENSACIG00000012965) #21 hoxb3a (ENSACIG00000013009) #22 hoxb2a (ENSACIG00000013020) #23 hoxb1a (ENSACIG00000013039) CBX1 (ENSACIG00000013092) #27 nfe2l1a (ENSACIG00000013108) ##29 praf2 (ENSACIG00000013143) copz2 (ENSACIG00000013177) #30 prr15la (ENSACIG00000013193) ##32 igf2bp1 (ENSACIG00000013204) rab11fip4a (ENSACIG00000013240) ENSACIG00000013292 ENSACIG00000013311 scpep1 (ENSACIG00000013321) engase (ENSACIG00000013352) CSNK1D (ENSACIG00000013396) slc16a3b (ENSACIG00000013420) Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154700 ENSGT00950000182838.A.a.a ENSGT00940000167194 ENSGT00940000160972 ENSGT00940000158268.b 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ENSONIG00000028701 HOXB5 (ENSONIG00000034525) #20 hoxb4a (ENSONIG00000027136) #21 hoxb3a (ENSONIG00000006188) #22 hoxb2a (ENSONIG00000036634) #23 hoxb1a (ENSONIG00000042799) CBX1 (ENSONIG00000037054) #27 nfe2l1a (ENSONIG00000041551) ##29 praf2 (ENSONIG00000028525) copz2 (ENSONIG00000006198) #30 ENSONIG00000043223 ENSONIG00000040502 prr15la (ENSONIG00000020473) ##32 igf2bp1 (ENSONIG00000006205) scpep1 (ENSONIG00000006223) rab11fip4a (ENSONIG00000006210) coil (ENSONIG00000006214) engase (ENSONIG00000006224) CSNK1D (ENSONIG00000006227) Nile tilapia MODERN SPECIES 20 ndel1a (ENSONIG00000018181) ENSONIG00000018186 ARHGAP44 (ENSONIG00000018187) ENSONIG00000042359 stx4 (ENSONIG00000018193) SRCAP (ENSONIG00000018197) MRM1 (ENSONIG00000021236) chmp2a (ENSONIG00000018198) ENSONIG00000028875 ENSONIG00000031164 snf8 (ENSONIG00000018202) #10 ENSONIG00000018204 #13 ttll6 (ENSONIG00000018205) hoxb6b (ENSONIG00000036813) hoxb5b (ENSONIG00000034578) #20 ENSONIG00000032613 #22 hoxb1b (ENSONIG00000018209) #24 skap1 (ENSONIG00000018210) #25 ENSONIG00000027588 #26 cbx1 (ENSONIG00000032457) #27 NFE2L1 (ENSONIG00000018214) ##29 cdk5rap3 (ENSONIG00000018216) #31 prr15lb (ENSONIG00000021237) ##32 pnpo (ENSONIG00000018219) #33 mrpl10 (ENSONIG00000038469) osbpl7 (ENSONIG00000018222) tbx21 (ENSONIG00000018223) PDK2 (ENSONIG00000018225) MYO1D (ENSONIG00000018232) ENSONIG00000032662 cdk5r1b (ENSONIG00000018237) Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000158354.c.b #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 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DUPLICATION Zebra mbuna MODERN SPECIES 1107 pih1d1 (ENSMZEG00005023024) ENSMZEG00005023029 ENSMZEG00005023030 ENSMZEG00005023032 ENSMZEG00005023033 ENSMZEG00005023034 ENSMZEG00005023035 eve1 (ENSMZEG00005023036) hoxb13a (ENSMZEG00005023039) #15 hoxb9a (ENSMZEG00005023042) #16 hoxb8a (ENSMZEG00005023045) #17 hoxb7a (ENSMZEG00005023050) #18 ENSMZEG00005023053 HOXB5 (ENSMZEG00005023055) #20 hoxb4a (ENSMZEG00005023060) #21 hoxb3a (ENSMZEG00005023064) #22 hoxb2a (ENSMZEG00005023068) #23 hoxb1a (ENSMZEG00005023072) ENSMZEG00005023088 CBX1 (ENSMZEG00005023093) #27 nfe2l1a (ENSMZEG00005023096) ##29 praf2 (ENSMZEG00005023100) copz2 (ENSMZEG00005023106) #30 prr15la (ENSMZEG00005023123) ##32 igf2bp1 (ENSMZEG00005023128) ENSMZEG00005023131 rab11fip4a (ENSMZEG00005023135) coil (ENSMZEG00005023140) scpep1 (ENSMZEG00005023142) engase (ENSMZEG00005023147) CSNK1D (ENSMZEG00005023154) Zebra mbuna MODERN SPECIES 1111 armc7 (ENSMZEG00005008569) ndel1a (ENSMZEG00005008543) ARHGAP44 (ENSMZEG00005008519) 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ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.a.b #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000008631.b ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00390000004832 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00940000158181.a ENSGT00550000075089 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 298 ENSGT00940000164903.b ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000161386.e #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.c.b #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 Mummichog DUPLICATION Mummichog MODERN SPECIES 697 hoxb9a (ENSFHEG00000013492) #16 hoxb8a (ENSFHEG00000013496) #17 ENSFHEG00000013503 HOXB5 (ENSFHEG00000013506) #20 hoxb4a (ENSFHEG00000013512) #21 hoxb3a (ENSFHEG00000013540) #22 hoxb2a (ENSFHEG00000000790) #23 hoxb1a (ENSFHEG00000013582) Mummichog MODERN SPECIES 2379 acsf2 (ENSFHEG00000005099) armc7 (ENSFHEG00000005114) ndel1a (ENSFHEG00000005153) ARHGAP44 (ENSFHEG00000005207) stx4 (ENSFHEG00000005242) ENSFHEG00000005432 ENSFHEG00000005498 ENSFHEG00000005529 chmp2a (ENSFHEG00000005558) ENSFHEG00000005579 snf8 (ENSFHEG00000005620) #10 ENSFHEG00000005636 #13 ttll6 (ENSFHEG00000005696) HOXB6 (ENSFHEG00000000652) #19 hoxb5b (ENSFHEG00000005723) #20 ENSFHEG00000005735 #22 hoxb1b (ENSFHEG00000005746) #24 skap1 (ENSFHEG00000005784) #25 ENSFHEG00000005801 #26 CBX1 (ENSFHEG00000005820) #27 NFE2L1 (ENSFHEG00000005838) ##29 cdk5rap3 (ENSFHEG00000005854) #31 prr15lb (ENSFHEG00000005875) ##32 pnpo (ENSFHEG00000005883) #33 mrpl10 (ENSFHEG00000005890) osbpl7 (ENSFHEG00000006051) tbx21 (ENSFHEG00000006090) ENSFHEG00000006109 ENSFHEG00000006116 PDK2 (ENSFHEG00000006204) MYO1D (ENSFHEG00000006274) Sheepshead minnow DUPLICATION Sheepshead minnow MODERN SPECIES 526 glyr1 (ENSCVAG00000001116) kcnc3a (ENSCVAG00000001115) ube2z 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(ENSORLG00000012150) Tiger tail seahorse DUPLICATION Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 507 aoc2 (ENSHCOG00000008509) ENSHCOG00000008504 ENSHCOG00000008498 kcnc3a (ENSHCOG00000008490) pdk2b (ENSHCOG00000008469) ENSHCOG00000008443 ENSHCOG00000008433 ube2z (ENSHCOG00000008393) #11 atp5mc1 (ENSHCOG00000008380) hoxb13a (ENSHCOG00000008373) #15 hoxb9a (ENSHCOG00000008300) #16 hoxb8a (ENSHCOG00000008293) #17 ENSHCOG00000008289 HOXB5 (ENSHCOG00000008284) #20 hoxb4a (ENSHCOG00000008282) #21 hoxb3a (ENSHCOG00000008278) #22 hoxb2a (ENSHCOG00000008273) #23 hoxb1a (ENSHCOG00000008252) ENSHCOG00000008185 #27 copz2 (ENSHCOG00000008155) #30 ENSHCOG00000008135 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 360 ndel1a (ENSHCOG00000003480) ARHGAP44 (ENSHCOG00000003588) stx4 (ENSHCOG00000003605) ENSHCOG00000003632 ENSHCOG00000003660 ENSHCOG00000003665 chmp2a (ENSHCOG00000003680) ENSHCOG00000003694 snf8 (ENSHCOG00000003713) #10 ENSHCOG00000003750 #13 ENSHCOG00000003764 hoxb6b (ENSHCOG00000003774) hoxb5b 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ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000155557.jc.a ENSGT00940000156395.f ENSGT00390000015789 ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.x ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a ENSGT01090000260030.a.b.b.b Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000018292.d ENSGT00940000160548 ENSGT00990000204190 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000159091 #11 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159029 #15 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000161386 #16 ENSGT00940000161529 #17 ENSGT00940000161230 #18 ENSGT00940000161108 #19 ENSGT00940000158354.d #20 ENSGT00940000162072 #21 ENSGT00940000159774 #22 ENSGT00940000155029.c.b #23 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000154152.b.a #27 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29 ENSGT00390000004405.b #30 ENSGT00940000154534.b.a ##32 ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000155557.jc.a 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