Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Drill MODERN SPECIES 874 FGD5 (ENSMLEG00000035795) #7 C3orf20 (ENSMLEG00000028837) #8 CCDC174 (ENSMLEG00000029107) #9 ENSMLEG00000026453 #10 GRIP2 (ENSMLEG00000029206) #11 SLC6A6 (ENSMLEG00000040687) #12 LSM3 (ENSMLEG00000036162) #13 XPC (ENSMLEG00000041682) #14 TMEM43 (ENSMLEG00000035818) #15 ENSMLEG00000031201 #16 WNT7A (ENSMLEG00000042427) #17 FBLN2 (ENSMLEG00000040866) #18 HDAC11 (ENSMLEG00000038310) #19 NUP210 (ENSMLEG00000038717) #20 IQSEC1 (ENSMLEG00000035708) #21 RPL32 (ENSMLEG00000033655) #22 CAND2 (ENSMLEG00000034596) #23 TMEM40 (ENSMLEG00000039986) #24 ENSMLEG00000039626 #25 RAF1 (ENSMLEG00000029839) #26 MKRN2 (ENSMLEG00000006880) #27 MKRN2OS (ENSMLEG00000006675) #28 TSEN2 (ENSMLEG00000038210) #29 PPARG (ENSMLEG00000043422) #30 TIMP4 (ENSMLEG00000040251) #31 SYN2 (ENSMLEG00000030880) #32 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 17 AHSA1 (ENSMFAG00000039530) VIPAS39 (ENSMFAG00000004659) NOXRED1 (ENSMFAG00000045091) SAMD15 (ENSMFAG00000037857) TMED8 (ENSMFAG00000065637) GSTZ1 (ENSMFAG00000036081) POMT2 (ENSMFAG00000043819) NGB (ENSMFAG00000061162) ZDHHC22 (ENSMFAG00000061033) TMEM63C (ENSMFAG00000003447) CIPC (ENSMFAG00000035500) ENSMFAG00000059936 LRRC74A (ENSMFAG00000046151) ANGEL1 (ENSMFAG00000045195) VASH1 (ENSMFAG00000032260) ENSMFAG00000011451 #22 ESRRB (ENSMFAG00000000926) GPATCH2L (ENSMFAG00000039835) IFT43 (ENSMFAG00000033645) TGFB3 (ENSMFAG00000024879) ENSMFAG00000056633 ENSMFAG00000039878 TTLL5 (ENSMFAG00000029801) ERG28 (ENSMFAG00000000605) ENSMFAG00000053687 FLVCR2 (ENSMFAG00000039606) BATF (ENSMFAG00000031172) JDP2 (ENSMFAG00000033637) ENSMFAG00000061921 FOS (ENSMFAG00000014606) ENSMFAG00000050715 Rhesus MODERN SPECIES 19 JMJD1C (ENSMMUG00000017727) REEP3 (ENSMMUG00000016850) ENSMMUG00000030530 ENSMMUG00000055397 ENSMMUG00000062976 LRRTM3 (ENSMMUG00000018766) ENSMMUG00000053199 ENSMMUG00000056119 CTNNA3 (ENSMMUG00000016902) DNAJC12 (ENSMMUG00000055640) ENSMMUG00000061385 SIRT1 (ENSMMUG00000030531) HERC4 (ENSMMUG00000010105) MYPN (ENSMMUG00000006867) ATOH7 (ENSMMUG00000015131) ENSMMUG00000015130 #22 PBLD (ENSMMUG00000015125) HNRNPH3 (ENSMMUG00000009792) RUFY2 (ENSMMUG00000019703) DNA2 (ENSMMUG00000030532) TET1 (ENSMMUG00000023198) CCAR1 (ENSMMUG00000016652) STOX1 (ENSMMUG00000000826) DDX50 (ENSMMUG00000001006) KIFBP (ENSMMUG00000008985) SRGN (ENSMMUG00000037735) VPS26A (ENSMMUG00000004101) SUPV3L1 (ENSMMUG00000052636) HKDC1 (ENSMMUG00000003849) ENSMMUG00000054629 HK1 (ENSMMUG00000015302) Vervet Monkey MODERN SPECIES 25 HDGFL2 (ENSCSAG00000010539) PLIN4 (ENSCSAG00000010532) PLIN5 (ENSCSAG00000010517) ENSCSAG00000010501 LRG1 (ENSCSAG00000010487) TNFAIP8L1 (ENSCSAG00000018817) MYDGF (ENSCSAG00000010483) DPP9 (ENSCSAG00000010475) FEM1A (ENSCSAG00000018818) TICAM1 (ENSCSAG00000018819) PLIN3 (ENSCSAG00000010458) ARRDC5 (ENSCSAG00000010446) UHRF1 (ENSCSAG00000010437) KDM4B (ENSCSAG00000010414) PTPRS (ENSCSAG00000010283) ENSCSAG00000018820 #22 ZNRF4 (ENSCSAG00000018821) SAFB2 (ENSCSAG00000009959) SAFB (ENSCSAG00000009949) MICOS13 (ENSCSAG00000009934) HSD11B1L (ENSCSAG00000009923) LONP1 (ENSCSAG00000009918) PRR22 (ENSCSAG00000009903) DUS3L (ENSCSAG00000009883) NRTN (ENSCSAG00000009819) ENSCSAG00000009812 FUT5 (ENSCSAG00000018822) NDUFA11 (ENSCSAG00000009802) VMAC (ENSCSAG00000018823) ENSCSAG00000018824 ENSCSAG00000009786 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1264 ENSRBIG00000038605 #22 ENSRBIG00000028725 ##23 TMEM40 (ENSRBIG00000037376) #24 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1250 ENSRROG00000027033 ARAP2 (ENSRROG00000042296) DTHD1 (ENSRROG00000044272) NWD2 (ENSRROG00000045594) C4orf19 (ENSRROG00000043371) RELL1 (ENSRROG00000009556) PGM2 (ENSRROG00000042015) ENSRROG00000013571 #22 PTTG2 (ENSRROG00000042816) ENSRROG00000045267 TBC1D1 (ENSRROG00000024001) ENSRROG00000029511 KLF3 (ENSRROG00000037424) TLR10 (ENSRROG00000019917) FAM114A1 (ENSRROG00000032450) TMEM156 (ENSRROG00000042013) KLHL5 (ENSRROG00000034945) WDR19 (ENSRROG00000040047) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Gibbon MODERN SPECIES 13 FGD5 (ENSNLEG00000005177) #7 C3orf20 (ENSNLEG00000005161) #8 CCDC174 (ENSNLEG00000005142) #9 GRIP2 (ENSNLEG00000005114) #11 SLC6A6 (ENSNLEG00000005084) #12 LSM3 (ENSNLEG00000005079) #13 XPC (ENSNLEG00000005000) #14 TMEM43 (ENSNLEG00000004956) #15 CHCHD4 (ENSNLEG00000029809) #16 ENSNLEG00000004941 #17 FBLN2 (ENSNLEG00000004881) #18 HDAC11 (ENSNLEG00000004853) #19 NUP210 (ENSNLEG00000004799) #20 IQSEC1 (ENSNLEG00000004793) #21 ENSNLEG00000004798 ENSNLEG00000035616 #22 CAND2 (ENSNLEG00000004774) #23 TMEM40 (ENSNLEG00000004755) #24 RAF1 (ENSNLEG00000004732) #26 MKRN2 (ENSNLEG00000004711) #27 MKRN2OS (ENSNLEG00000030256) #28 TSEN2 (ENSNLEG00000004696) #29 PPARG (ENSNLEG00000004650) #30 ENSNLEG00000029797 ENSNLEG00000004578 #32 TIMP4 (ENSNLEG00000004638) #31 ENSNLEG00000004559 VGLL4 (ENSNLEG00000004535) ATG7 (ENSNLEG00000027005) HRH1 (ENSNLEG00000018917) ENSNLEG00000030870 #16 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Chimpanzee MODERN SPECIES 1 VTI1A (ENSPTRG00000002948) ZDHHC6 (ENSPTRG00000002947) ACSL5 (ENSPTRG00000002946) TECTB (ENSPTRG00000002944) GPAM (ENSPTRG00000002943) ADRA2A (ENSPTRG00000029720) SHOC2 (ENSPTRG00000002941) BBIP1 (ENSPTRG00000034485) PDCD4 (ENSPTRG00000002940) RBM20 (ENSPTRG00000029726) SMC3 (ENSPTRG00000002939) DUSP5 (ENSPTRG00000043212) SMNDC1 (ENSPTRG00000002937) MXI1 (ENSPTRG00000044935) ADD3 (ENSPTRG00000002935) ENSPTRG00000029733 #22 XPNPEP1 (ENSPTRG00000002934) SORCS1 (ENSPTRG00000002931) ENSPTRG00000044170 SORCS3 (ENSPTRG00000052782) CFAP58 (ENSPTRG00000002928) ITPRIP (ENSPTRG00000049544) ENSPTRG00000045459 GSTO2 (ENSPTRG00000002926) GSTO1 (ENSPTRG00000002925) CFAP43 (ENSPTRG00000002924) SFR1 (ENSPTRG00000002922) COL17A1 (ENSPTRG00000002921) SLK (ENSPTRG00000002920) STN1 (ENSPTRG00000002919) SH3PXD2A (ENSPTRG00000047766) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.p #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 ENSGT00940000158890.q ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509.e ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Mas night monkey MODERN SPECIES 321 ENSANAG00000019989 FGD5 (ENSANAG00000021931) #7 C3orf20 (ENSANAG00000020657) #8 CCDC174 (ENSANAG00000036650) #9 GRIP2 (ENSANAG00000037475) #11 SLC6A6 (ENSANAG00000025733) #12 LSM3 (ENSANAG00000034627) #13 XPC (ENSANAG00000021069) #14 TMEM43 (ENSANAG00000036418) #15 CHCHD4 (ENSANAG00000034814) #16 WNT7A (ENSANAG00000033071) #17 FBLN2 (ENSANAG00000027135) #18 HDAC11 (ENSANAG00000035737) #19 NUP210 (ENSANAG00000036448) #20 IQSEC1 (ENSANAG00000028368) #21 ENSANAG00000020589 #22 CAND2 (ENSANAG00000020366) #23 TMEM40 (ENSANAG00000036821) #24 RAF1 (ENSANAG00000031934) #26 MKRN2 (ENSANAG00000022646) #27 MKRN2OS (ENSANAG00000026143) #28 TSEN2 (ENSANAG00000026891) #29 PPARG (ENSANAG00000020115) #30 TIMP4 (ENSANAG00000032042) #31 SYN2 (ENSANAG00000021892) #32 TAMM41 (ENSANAG00000037740) VGLL4 (ENSANAG00000038129) ENSANAG00000012369 ENSANAG00000032758 HRH1 (ENSANAG00000031051) ENSANAG00000019292 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Capuchin MODERN SPECIES 478 DDX41 (ENSCCAG00000036188) DOK3 (ENSCCAG00000033574) PDLIM7 (ENSCCAG00000036603) DBN1 (ENSCCAG00000034373) ENSCCAG00000037094 PRR7 (ENSCCAG00000035156) GRK6 (ENSCCAG00000031420) F12 (ENSCCAG00000022637) SLC34A1 (ENSCCAG00000030954) RGS14 (ENSCCAG00000031951) LMAN2 (ENSCCAG00000032831) MXD3 (ENSCCAG00000026342) PRELID1 (ENSCCAG00000017920) RAB24 (ENSCCAG00000032754) ENSCCAG00000036708 ENSCCAG00000028199 #22 NSD1 (ENSCCAG00000031074) FGFR4 (ENSCCAG00000026258) ZNF346 (ENSCCAG00000025324) ENSCCAG00000023454 UIMC1 (ENSCCAG00000030824) HK3 (ENSCCAG00000027550) UNC5A (ENSCCAG00000036150) ENSCCAG00000024114 TSPAN17 (ENSCCAG00000028954) EIF4E1B (ENSCCAG00000008488) SNCB (ENSCCAG00000021013) CDHR2 (ENSCCAG00000033098) RNF44 (ENSCCAG00000024456) FAF2 (ENSCCAG00000035052) CLTB (ENSCCAG00000036858) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 59 C3orf20 (ENSSBOG00000031678) #8 CCDC174 (ENSSBOG00000020532) #9 ENSSBOG00000024640 #10 ENSSBOG00000029285 GRIP2 (ENSSBOG00000004102) #11 SLC6A6 (ENSSBOG00000029944) #12 ENSSBOG00000024310 #13 XPC (ENSSBOG00000022446) #14 TMEM43 (ENSSBOG00000022802) #15 CHCHD4 (ENSSBOG00000023461) #16 WNT7A (ENSSBOG00000023765) #17 FBLN2 (ENSSBOG00000033203) #18 HDAC11 (ENSSBOG00000030160) #19 NUP210 (ENSSBOG00000030291) #20 IQSEC1 (ENSSBOG00000033593) #21 ENSSBOG00000020027 #22 CAND2 (ENSSBOG00000030427) #23 ENSSBOG00000007124 ENSSBOG00000031667 #24 ENSSBOG00000032203 ENSSBOG00000015311 APOD (ENSSBOG00000025056) BDH1 (ENSSBOG00000028456) DLG1 (ENSSBOG00000035963) MELTF (ENSSBOG00000033559) PIGZ (ENSSBOG00000031263) ENSSBOG00000027141 ENSSBOG00000031559 SENP5 (ENSSBOG00000024697) PAK2 (ENSSBOG00000033793) PIGX (ENSSBOG00000015817) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 130 ENSPSMG00000002470 H1-8 (ENSPSMG00000002466) RHO (ENSPSMG00000002457) IFT122 (ENSPSMG00000001543) MBD4 (ENSPSMG00000001016) EFCAB12 (ENSPSMG00000000969) ENSPSMG00000000953 #22 CAND2 (ENSPSMG00000000926) #23 ENSPSMG00000000888 TMEM40 (ENSPSMG00000000837) #24 RAF1 (ENSPSMG00000000725) #26 MKRN2 (ENSPSMG00000000636) #27 MKRN2OS (ENSPSMG00000000584) #28 TSEN2 (ENSPSMG00000000537) #29 PPARG (ENSPSMG00000000463) #30 TIMP4 (ENSPSMG00000000419) #31 SYN2 (ENSPSMG00000000398) #32 TAMM41 (ENSPSMG00000000346) VGLL4 (ENSPSMG00000000320) ATG7 (ENSPSMG00000000247) HRH1 (ENSPSMG00000000102) SLC6A1 (ENSPSMG00000025445) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 54 Cyyr1 (ENSJJAG00000000442) App (ENSJJAG00000018436) Gabpa (ENSJJAG00000018131) Atp5j (ENSJJAG00000023690) Jam2 (ENSJJAG00000016331) ENSJJAG00000015472 ENSJJAG00000011074 Ncam2 (ENSJJAG00000019435) ENSJJAG00000021805 ENSJJAG00000014972 Tmprss15 (ENSJJAG00000021931) Chodl (ENSJJAG00000007613) D16Ertd472e (ENSJJAG00000005746) Btg3 (ENSJJAG00000011923) Cxadr (ENSJJAG00000019237) ENSJJAG00000011123 #22 ENSJJAG00000023021 Nrip1 (ENSJJAG00000012720) Samsn1 (ENSJJAG00000021208) Hspa13 (ENSJJAG00000011521) Rbm11 (ENSJJAG00000019251) Lipi (ENSJJAG00000012150) ENSJJAG00000021680 Ncbp2 (ENSJJAG00000013908) Pigz (ENSJJAG00000019695) Meltf (ENSJJAG00000023841) Dlg1 (ENSJJAG00000021137) Bdh1 (ENSJJAG00000021958) Apod (ENSJJAG00000023745) Ppp1r2 (ENSJJAG00000003650) Acap2 (ENSJJAG00000023457) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Rat MODERN SPECIES 15 Cyb5rl (ENSRNOG00000009148) Mrpl37 (ENSRNOG00000009078) Ssbp3 (ENSRNOG00000007920) Acot11 (ENSRNOG00000007837) Fam151a (ENSRNOG00000007799) Mroh7 (ENSRNOG00000058870) Ttc4 (ENSRNOG00000042467) Pars2 (ENSRNOG00000007327) Ttc22 (ENSRNOG00000007189) Lexm (ENSRNOG00000030914) Dhcr24 (ENSRNOG00000006787) Tmem61 (ENSRNOG00000026594) Bsnd (ENSRNOG00000006543) Pcsk9 (ENSRNOG00000006280) Usp24 (ENSRNOG00000005802) AABR07049516.1 (ENSRNOG00000008516) #22 Plpp3 (ENSRNOG00000008116) Prkaa2 (ENSRNOG00000007706) Mt1m (ENSRNOG00000028841) Fyb2 (ENSRNOG00000030938) C8a (ENSRNOG00000007697) C8b (ENSRNOG00000007639) Dab1 (ENSRNOG00000007410) Oma1 (ENSRNOG00000007214) C5h1orf141 (ENSRNOG00000022890) Slc35d1 (ENSRNOG00000022967) Mier1 (ENSRNOG00000007175) Dnai4 (ENSRNOG00000006999) ENSRNOG00000067831 Dynlt5 (ENSRNOG00000023100) Sgip1 (ENSRNOG00000006357) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 11 SLC12A5 (ENSSVLG00005002426) NCOA5 (ENSSVLG00005002689) CD40 (ENSSVLG00005002729) CDH22 (ENSSVLG00005002817) SLC35C2 (ENSSVLG00005002864) ELMO2 (ENSSVLG00005002899) ENSSVLG00005002994 ZNF334 (ENSSVLG00005003016) OCSTAMP (ENSSVLG00005003030) SLC13A3 (ENSSVLG00005003071) TP53RK (ENSSVLG00005003190) SLC2A10 (ENSSVLG00005003214) EYA2 (ENSSVLG00005003292) ZMYND8 (ENSSVLG00005003675) ENSSVLG00005003931 ENSSVLG00005003944 #22 NCOA3 (ENSSVLG00005003963) SULF2 (ENSSVLG00005003995) PREX1 (ENSSVLG00005004040) ARFGEF2 (ENSSVLG00005004112) CSE1L (ENSSVLG00005004177) STAU1 (ENSSVLG00005004230) DDX27 (ENSSVLG00005004272) ZNFX1 (ENSSVLG00005004315) KCNB1 (ENSSVLG00005004367) PTGIS (ENSSVLG00005004394) B4GALT5 (ENSSVLG00005004427) SLC9A8 (ENSSVLG00005004467) SPATA2 (ENSSVLG00005004527) RNF114 (ENSSVLG00005004552) SNAI1 (ENSSVLG00005004568) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Degu MODERN SPECIES 156 ENSODEG00000003754 MME (ENSODEG00000003955) STRIT1 (ENSODEG00000004071) ENSODEG00000018993 #22 ENSODEG00000018991 ENSODEG00000004125 ENSODEG00000004144 ENSODEG00000019143 SLC33A1 (ENSODEG00000004913) GMPS (ENSODEG00000005062) ENSODEG00000005195 ENSODEG00000005266 ENSODEG00000006147 KCNAB1 (ENSODEG00000006185) SSR3 (ENSODEG00000006236) TIPARP (ENSODEG00000003454) ENSODEG00000003611 CCNL1 (ENSODEG00000003645) ENSODEG00000019034 Guinea pig MODERN SPECIES 109 XPC (ENSCPOG00000006655) #14 LSM3 (ENSCPOG00000034071) #13 SLC6A6 (ENSCPOG00000014967) #12 GRIP2 (ENSCPOG00000021047) #11 CCDC174 (ENSCPOG00000039402) #9 C3orf20 (ENSCPOG00000006783) #8 FGD5 (ENSCPOG00000013157) #7 NR2C2 (ENSCPOG00000001512) MRPS25 (ENSCPOG00000020398) RBSN (ENSCPOG00000003200) TMCC1 (ENSCPOG00000009299) PLXND1 (ENSCPOG00000004989) RHO (ENSCPOG00000004984) IFT122 (ENSCPOG00000004975) ENSCPOG00000004970 RPL32 (ENSCPOG00000019967) #22 CAND2 (ENSCPOG00000023286) #23 TMEM40 (ENSCPOG00000025632) #24 RAF1 (ENSCPOG00000001210) #26 MKRN2 (ENSCPOG00000001208) #27 MKRN2OS (ENSCPOG00000032819) #28 ENSCPOG00000009944 FKBP4 (ENSCPOG00000002453) ITFG2 (ENSCPOG00000021230) ENSCPOG00000005850 ENSCPOG00000031884 ARHGAP21 (ENSCPOG00000004505) ENKUR (ENSCPOG00000009590) ENSCPOG00000000291 GPR158 (ENSCPOG00000001565) ENSCPOG00000034310 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Rabbit MODERN SPECIES 6 ENSOCUG00000022549 TMPRSS11A (ENSOCUG00000012626) TMPRSS11D (ENSOCUG00000024745) ENSOCUG00000022598 GNRHR (ENSOCUG00000016998) UBA6 (ENSOCUG00000012827) STAP1 (ENSOCUG00000008157) CENPC (ENSOCUG00000008151) ENSOCUG00000033094 ENSOCUG00000031301 ENSOCUG00000038529 ENSOCUG00000017595 TECRL (ENSOCUG00000014558) ENSOCUG00000031914 ADGRL3 (ENSOCUG00000001910) ENSOCUG00000022796 #22 ENSOCUG00000036939 ENSOCUG00000036880 POLR2B (ENSOCUG00000016353) NOA1 (ENSOCUG00000016330) REST (ENSOCUG00000001776) HOPX (ENSOCUG00000005107) THEGL (ENSOCUG00000033811) ENSOCUG00000021344 SRP72 (ENSOCUG00000012226) PAICS (ENSOCUG00000012216) PPAT (ENSOCUG00000012201) ENSOCUG00000036591 AASDH (ENSOCUG00000012192) CRACD (ENSOCUG00000012185) CEP135 (ENSOCUG00000017919) Tree shrew MODERN SPECIES 2206 RPL32 (ENSTBEG00000012875) #22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Vaquita MODERN SPECIES 2 GRIP2 (ENSPSNG00000022705) #11 CCDC174 (ENSPSNG00000022707) #9 FGD5 (ENSPSNG00000022708) #7 NR2C2 (ENSPSNG00000022710) ENSPSNG00000022711 RBSN (ENSPSNG00000022712) TRH (ENSPSNG00000022713) ENSPSNG00000022714 ENSPSNG00000022717 PLXND1 (ENSPSNG00000022718) H1-8 (ENSPSNG00000022719) RHO (ENSPSNG00000022720) IFT122 (ENSPSNG00000022721) MBD4 (ENSPSNG00000022722) EFCAB12 (ENSPSNG00000022723) RPL32 (ENSPSNG00000022724) #22 CAND2 (ENSPSNG00000009832) #23 TMEM40 (ENSPSNG00000010002) #24 RAF1 (ENSPSNG00000010184) #26 MKRN2 (ENSPSNG00000010288) #27 MKRN2OS (ENSPSNG00000010409) #28 TSEN2 (ENSPSNG00000010460) #29 PPARG (ENSPSNG00000010554) #30 SYN2 (ENSPSNG00000010964) #32 TIMP4 (ENSPSNG00000011214) #31 TAMM41 (ENSPSNG00000011313) VGLL4 (ENSPSNG00000011411) ATG7 (ENSPSNG00000011678) HRH1 (ENSPSNG00000012320) SLC6A1 (ENSPSNG00000012418) SLC6A11 (ENSPSNG00000013275) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Pig MODERN SPECIES 4 CCDC174 (ENSSSCG00000040702) #9 FGD5 (ENSSSCG00000011598) #7 NR2C2 (ENSSSCG00000011594) MRPS25 (ENSSSCG00000034318) RBSN (ENSSSCG00000036643) TRH (ENSSSCG00000055507) ENSSSCG00000044894 ENSSSCG00000040441 TMCC1 (ENSSSCG00000011593) PLXND1 (ENSSSCG00000011592) H1-8 (ENSSSCG00000011591) RHO (ENSSSCG00000011590) IFT122 (ENSSSCG00000011589) MBD4 (ENSSSCG00000033303) EFCAB12 (ENSSSCG00000011587) RPL32 (ENSSSCG00000035811) #22 CAND2 (ENSSSCG00000011582) #23 TMEM40 (ENSSSCG00000011583) #24 ENSSSCG00000056163 RAF1 (ENSSSCG00000024453) #26 MKRN2 (ENSSSCG00000029877) #27 ENSSSCG00000045850 MKRN2OS (ENSSSCG00000011581) #28 TSEN2 (ENSSSCG00000011580) #29 PPARG (ENSSSCG00000011579) #30 TIMP4 (ENSSSCG00000033000) #31 SYN2 (ENSSSCG00000023225) #32 TAMM41 (ENSSSCG00000011578) VGLL4 (ENSSSCG00000030581) ATG7 (ENSSSCG00000011575) HRH1 (ENSSSCG00000011576) Chacoan peccary MODERN SPECIES 99 CRYAA (ENSCWAG00000017817) U2AF1 (ENSCWAG00000017723) CBS (ENSCWAG00000017655) PKNOX1 (ENSCWAG00000017571) ENSCWAG00000017560 ENSCWAG00000017536 WDR4 (ENSCWAG00000017511) ENSCWAG00000017489 #22 PDE9A (ENSCWAG00000014566) SLC37A1 (ENSCWAG00000014362) RSPH1 (ENSCWAG00000014210) UBASH3A (ENSCWAG00000013971) TMPRSS3 (ENSCWAG00000013680) TFF1 (ENSCWAG00000013623) TFF2 (ENSCWAG00000013597) TFF3 (ENSCWAG00000013544) ABCG1 (ENSCWAG00000013204) UMODL1 (ENSCWAG00000012980) ZBTB21 (ENSCWAG00000012917) C2CD2 (ENSCWAG00000012763) PRDM15 (ENSCWAG00000012386) RIPK4 (ENSCWAG00000012285) ENSCWAG00000012265 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 5 PDE7A (ENSRFEG00010005521) MTFR1 (ENSRFEG00010005711) ARMC1 (ENSRFEG00010005774) CYP7B1 (ENSRFEG00010005796) BHLHE22 (ENSRFEG00010005813) ENSRFEG00010005831 ENSRFEG00010005859 YTHDF3 (ENSRFEG00010005932) TTPA (ENSRFEG00010005978) GGH (ENSRFEG00010006024) NKAIN3 (ENSRFEG00010006061) ASPH (ENSRFEG00010006293) CLVS1 (ENSRFEG00010006823) ENSRFEG00010006898 CHD7 (ENSRFEG00010006927) ENSRFEG00010007072 #22 ENSRFEG00010007105 CA8 (ENSRFEG00010007240) ENSRFEG00010007288 TOX (ENSRFEG00010007308) NSMAF (ENSRFEG00010007360) SDCBP (ENSRFEG00010007422) CYP7A1 (ENSRFEG00010007643) UBXN2B (ENSRFEG00010007689) ENSRFEG00010007735 FAM110B (ENSRFEG00010007745) BPNT2 (ENSRFEG00010007765) PENK (ENSRFEG00010007792) ENSRFEG00010007826 SDR16C5 (ENSRFEG00010007843) CHCHD7 (ENSRFEG00010007883) Carnivora ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00950000186178 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT01030000235208 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000009113.a.a.q.a.a ENSGT00390000017509 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 leopard MODERN SPECIES 154 CCDC174 (ENSPPRG00000013291) #9 C3orf20 (ENSPPRG00000013356) #8 FGD5 (ENSPPRG00000013574) #7 NR2C2 (ENSPPRG00000013873) MRPS25 (ENSPPRG00000013901) RBSN (ENSPPRG00000013941) TRH (ENSPPRG00000013952) TMCC1 (ENSPPRG00000014113) PLXND1 (ENSPPRG00000014283) H1-8 (ENSPPRG00000014444) RHO (ENSPPRG00000014471) ENSPPRG00000014504 IFT122 (ENSPPRG00000015865) MBD4 (ENSPPRG00000016480) EFCAB12 (ENSPPRG00000016816) RPL32 (ENSPPRG00000016964) #22 CAND2 (ENSPPRG00000017246) #23 TMEM40 (ENSPPRG00000018566) #24 RAF1 (ENSPPRG00000021390) #26 MKRN2 (ENSPPRG00000021887) #27 MKRN2OS (ENSPPRG00000021987) #28 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 American black bear MODERN SPECIES 1143 ENSUAMG00000012559 #22 FAM83A (ENSUAMG00000012556) TBC1D31 (ENSUAMG00000011962) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 American mink MODERN SPECIES 287 ENSNVIG00000010012 #9 ENSNVIG00000009972 #9 C3orf20 (ENSNVIG00000009902) #8 FGD5 (ENSNVIG00000009850) #7 NR2C2 (ENSNVIG00000009821) MRPS25 (ENSNVIG00000009805) RBSN (ENSNVIG00000009795) TRH (ENSNVIG00000009787) TMCC1 (ENSNVIG00000009775) PLXND1 (ENSNVIG00000009720) H1-8 (ENSNVIG00000009706) RHO (ENSNVIG00000009693) IFT122 (ENSNVIG00000009217) MBD4 (ENSNVIG00000009126) EFCAB12 (ENSNVIG00000009088) ENSNVIG00000009040 #22 CAND2 (ENSNVIG00000008985) #23 TMEM40 (ENSNVIG00000008852) #24 ENSNVIG00000008812 RAF1 (ENSNVIG00000008700) #26 MKRN2 (ENSNVIG00000008629) #27 MKRN2OS (ENSNVIG00000008607) #28 TSEN2 (ENSNVIG00000008550) #29 PPARG (ENSNVIG00000008444) #30 TIMP4 (ENSNVIG00000008416) #31 ENSNVIG00000008402 SYN2 (ENSNVIG00000008362) #32 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT01030000235208 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00940000162517.e.b.b ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00950000183087.A.a.a.b.p.a.a ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00940000162517.e.b.b ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Dingo MODERN SPECIES 236 FGD5 (ENSCAFG00020006160) #7 NR2C2 (ENSCAFG00020006182) MRPS25 (ENSCAFG00020006345) RBSN (ENSCAFG00020006347) TRH (ENSCAFG00020006350) ENSCAFG00020006352 ENSCAFG00020006358 ENSCAFG00020006362 ENSCAFG00020006372 PLXND1 (ENSCAFG00020006389) H1-8 (ENSCAFG00020006486) RHO (ENSCAFG00020006492) IFT122 (ENSCAFG00020006537) MBD4 (ENSCAFG00020007082) EFCAB12 (ENSCAFG00020007096) RPL32 (ENSCAFG00020007109) #22 CAND2 (ENSCAFG00020007135) #23 TMEM40 (ENSCAFG00020007225) #24 RAF1 (ENSCAFG00020007230) #26 MKRN2 (ENSCAFG00020007243) #27 ENSCAFG00020007244 MKRN2OS (ENSCAFG00020007247) #28 TSEN2 (ENSCAFG00020007250) #29 PPARG (ENSCAFG00020007261) #30 SYN2 (ENSCAFG00020007281) #32 TIMP4 (ENSCAFG00020007541) #31 TAMM41 (ENSCAFG00020007562) ENSCAFG00020007566 VGLL4 (ENSCAFG00020007573) ATG7 (ENSCAFG00020007592) HRH1 (ENSCAFG00020007622) Dog MODERN SPECIES 12 C3orf20 (ENSCAFG00845025479) #8 FGD5 (ENSCAFG00845025740) #7 NR2C2 (ENSCAFG00845026116) MRPS25 (ENSCAFG00845026361) ENSCAFG00845026464 TRH (ENSCAFG00845026628) ENSCAFG00845026667 TMCC1 (ENSCAFG00845026698) RPL26 (ENSCAFG00845026761) PLXND1 (ENSCAFG00845026992) H1-8 (ENSCAFG00845027541) RHO (ENSCAFG00845027581) IFT122 (ENSCAFG00845027707) MBD4 (ENSCAFG00845028304) ENSCAFG00845028379 RPL32 (ENSCAFG00845028446) #22 CAND2 (ENSCAFG00845028524) #23 TMEM40 (ENSCAFG00845028589) #24 RAF1 (ENSCAFG00845028676) #26 ENSCAFG00845028720 MKRN2 (ENSCAFG00845028765) #27 ENSCAFG00845028837 MKRN2OS (ENSCAFG00845028857) #28 TSEN2 (ENSCAFG00845028923) #29 PPARG (ENSCAFG00845029007) #30 SYN2 (ENSCAFG00845029109) #32 TIMP4 (ENSCAFG00845029189) #31 TAMM41 (ENSCAFG00845005937) ENSCAFG00845005976 VGLL4 (ENSCAFG00845006044) ATG7 (ENSCAFG00845006288) Red fox MODERN SPECIES VTI1A (ENSVVUG00000008227) ENSVVUG00000008241 TCF7L2 (ENSVVUG00000008288) HABP2 (ENSVVUG00000008344) NRAP (ENSVVUG00000008430) CASP7 (ENSVVUG00000009628) PLEKHS1 (ENSVVUG00000009640) DCLRE1A (ENSVVUG00000009658) NHLRC2 (ENSVVUG00000009662) ADRB1 (ENSVVUG00000009673) CCDC186 (ENSVVUG00000009699) TDRD1 (ENSVVUG00000009750) VWA2 (ENSVVUG00000009846) AFAP1L2 (ENSVVUG00000009903) ABLIM1 (ENSVVUG00000009963) ENSVVUG00000010046 #22 FAM160B1 (ENSVVUG00000010048) TRUB1 (ENSVVUG00000010085) ENSVVUG00000010086 ATRNL1 (ENSVVUG00000010158) GFRA1 (ENSVVUG00000010419) CCDC172 (ENSVVUG00000010450) PNLIPRP3 (ENSVVUG00000010476) PNLIP (ENSVVUG00000010480) PNLIPRP1 (ENSVVUG00000010484) PNLIPRP2 (ENSVVUG00000010498) C10orf82 (ENSVVUG00000010528) HSPA12A (ENSVVUG00000010543) ENO4 (ENSVVUG00000010551) SHTN1 (ENSVVUG00000010591) KCNK18 (ENSVVUG00000010649) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 Armadillo MODERN SPECIES 1425 SNX24 (ENSDNOG00000038511) PPIC (ENSDNOG00000006330) PRDM6 (ENSDNOG00000006337) CEP120 (ENSDNOG00000012028) CSNK1G3 (ENSDNOG00000012155) ENSDNOG00000046866 #22 ENSDNOG00000031213 ZNF608 (ENSDNOG00000019392) ENSDNOG00000039495 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Polar bear MODERN SPECIES 210 GRIP2 (ENSUMAG00000016889) #11 CCDC174 (ENSUMAG00000017022) #9 C3orf20 (ENSUMAG00000017032) #8 FGD5 (ENSUMAG00000017065) #7 NR2C2 (ENSUMAG00000017295) MRPS25 (ENSUMAG00000017301) RBSN (ENSUMAG00000017308) TRH (ENSUMAG00000017316) TMCC1 (ENSUMAG00000017322) PLXND1 (ENSUMAG00000017372) RHO (ENSUMAG00000017511) IFT122 (ENSUMAG00000017522) MBD4 (ENSUMAG00000017542) ENSUMAG00000017544 EFCAB12 (ENSUMAG00000017549) RPL32 (ENSUMAG00000017557) ##22 CAND2 (ENSUMAG00000017566) #23 TMEM40 (ENSUMAG00000017596) #24 RAF1 (ENSUMAG00000017600) #26 MKRN2 (ENSUMAG00000017606) #27 MKRN2OS (ENSUMAG00000017608) #28 TSEN2 (ENSUMAG00000017610) #29 PPARG (ENSUMAG00000017617) #30 SYN2 (ENSUMAG00000017656) #32 TIMP4 (ENSUMAG00000017853) #31 TAMM41 (ENSUMAG00000017859) VGLL4 (ENSUMAG00000017868) ATG7 (ENSUMAG00000017892) HRH1 (ENSUMAG00000017957) SLC6A1 (ENSUMAG00000017999) SLC6A11 (ENSUMAG00000018214) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 American mink MODERN SPECIES 248 KLHL38 (ENSNVIG00000002107) ANXA13 (ENSNVIG00000002070) F91A1 (ENSNVIG00000001917) FER1L6 (ENSNVIG00000001848) TMEM65 (ENSNVIG00000001834) TRMT12 (ENSNVIG00000001830) RNF139 (ENSNVIG00000001824) TATDN1 (ENSNVIG00000001737) NDUFB9 (ENSNVIG00000001696) MTSS1 (ENSNVIG00000001544) ZNF572 (ENSNVIG00000001533) ERG1 (ENSNVIG00000001505) WASHC5 (ENSNVIG00000001448) NSE2 (ENSNVIG00000001384) TRIB1 (ENSNVIG00000001370) ENSNVIG00000001359 ##22 LRATD2 (ENSNVIG00000001351) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 22 CASP3 (ENSRFEG00010016238) IRF2 (ENSRFEG00010016324) ENPP6 (ENSRFEG00010016393) STOX2 (ENSRFEG00010016438) TRAPPC11 (ENSRFEG00010016462) RWDD4 (ENSRFEG00010016789) ING2 (ENSRFEG00010016836) CDKN2AIP (ENSRFEG00010016870) ENSRFEG00010016958 ENSRFEG00010016974 WWC2 (ENSRFEG00010016991) ENSRFEG00010017067 DCTD (ENSRFEG00010017093) ENSRFEG00010017163 TENM3 (ENSRFEG00010017187) ENSRFEG00010017266 ##22 AGA (ENSRFEG00010017284) NEIL3 (ENSRFEG00010017333) VEGFC (ENSRFEG00010017460) SPCS3 (ENSRFEG00010017637) ASB5 (ENSRFEG00010017669) SPATA4 (ENSRFEG00010017719) WDR17 (ENSRFEG00010017869) GPM6A (ENSRFEG00010018017) ENSRFEG00010018092 ENSRFEG00010018122 ENSRFEG00010018148 ENSRFEG00010018180 ENSRFEG00010018188 ENSRFEG00010018196 FOXO1 (ENSRFEG00010018224) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 142 TNIP2 (ENSPSMG00000021697) ENSPSMG00000021673 SH3BP2 (ENSPSMG00000021670) ADD1 (ENSPSMG00000021592) ENSPSMG00000021410 NOP14 (ENSPSMG00000021287) ENSPSMG00000021263 HTT (ENSPSMG00000021240) MSANTD1 (ENSPSMG00000021143) RGS12 (ENSPSMG00000021108) HGFAC (ENSPSMG00000021052) DOK7 (ENSPSMG00000021025) LRPAP1 (ENSPSMG00000021000) ADRA2C (ENSPSMG00000020973) HMX1 (ENSPSMG00000020966) ENSPSMG00000020959 ##22 ENSPSMG00000020953 ENSPSMG00000020935 PPIE (ENSPSMG00000020918) HPCAL4 (ENSPSMG00000020829) NT5C1A (ENSPSMG00000020805) HEYL (ENSPSMG00000020795) PABPC4 (ENSPSMG00000020620) Bushbaby MODERN SPECIES 216 CCDC174 (ENSOGAG00000013264) #9 C3orf20 (ENSOGAG00000013270) #8 FGD5 (ENSOGAG00000013279) #7 NR2C2 (ENSOGAG00000014038) MRPS25 (ENSOGAG00000014041) RBSN (ENSOGAG00000014042) TRH (ENSOGAG00000017199) ENSOGAG00000031381 TMCC1 (ENSOGAG00000010283) ENSOGAG00000032612 PLXND1 (ENSOGAG00000010266) RHO (ENSOGAG00000010259) IFT122 (ENSOGAG00000010245) MBD4 (ENSOGAG00000010236) ENSOGAG00000010234 RPL32 (ENSOGAG00000028498) ##22 CAND2 (ENSOGAG00000028928) #23 TMEM40 (ENSOGAG00000003261) #24 RAF1 (ENSOGAG00000003256) #26 MKRN2 (ENSOGAG00000003255) #27 MKRN2OS (ENSOGAG00000031425) #28 ENSOGAG00000002976 #29 PPARG (ENSOGAG00000002971) #30 SYN2 (ENSOGAG00000016700) #32 TIMP4 (ENSOGAG00000016704) #31 ENSOGAG00000006595 ENSOGAG00000031076 TAMM41 (ENSOGAG00000030657) VGLL4 (ENSOGAG00000016184) ATG7 (ENSOGAG00000016175) HRH1 (ENSOGAG00000016172) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 126 PLCG1 (ENSSBOG00000028216) ZHX3 (ENSSBOG00000015359) LPIN3 (ENSSBOG00000029382) EMILIN3 (ENSSBOG00000035273) ENSSBOG00000035558 CHD6 (ENSSBOG00000022089) PTPRT (ENSSBOG00000028466) ENSSBOG00000033708 ENSSBOG00000025682 L3MBTL1 (ENSSBOG00000033395) SGK2 (ENSSBOG00000007475) IFT52 (ENSSBOG00000023314) MYBL2 (ENSSBOG00000030823) GTSF1L (ENSSBOG00000033121) ENSSBOG00000024901 ENSSBOG00000012043 ##22 TOX2 (ENSSBOG00000024054) ENSSBOG00000019105 ENSSBOG00000023742 GDAP1L1 (ENSSBOG00000030352) FITM2 (ENSSBOG00000019193) HNF4A (ENSSBOG00000035054) ENSSBOG00000025294 ENSSBOG00000025754 TTPAL (ENSSBOG00000030193) SERINC3 (ENSSBOG00000033016) PKIG (ENSSBOG00000022071) ADA (ENSSBOG00000031670) CCN5 (ENSSBOG00000024221) RIMS4 (ENSSBOG00000032430) YWHAB (ENSSBOG00000024289) Mas night monkey MODERN SPECIES 406 CXCL11 (ENSANAG00000029442) CXCL10 (ENSANAG00000022424) CXCL9 (ENSANAG00000030120) SDAD1 (ENSANAG00000037473) ENSANAG00000020994 NAAA (ENSANAG00000032130) PPEF2 (ENSANAG00000031370) ENSANAG00000036701 USO1 (ENSANAG00000028438) ENSANAG00000032089 CDKL2 (ENSANAG00000028126) ODAPH (ENSANAG00000034490) THAP6 (ENSANAG00000023840) RCHY1 (ENSANAG00000031778) ENSANAG00000032049 ENSANAG00000019907 ##22 PARM1 (ENSANAG00000000060) BTC (ENSANAG00000024898) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3132 TM4SF18 (ENSRROG00000029519) ENSRROG00000027580 ENSRROG00000041588 TM4SF4 (ENSRROG00000010558) WWTR1 (ENSRROG00000026147) COMMD2 (ENSRROG00000042202) ANKUB1 (ENSRROG00000032182) ENSRROG00000028013 ##22 RNF13 (ENSRROG00000032587) ENSRROG00000041686 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Vervet Monkey MODERN SPECIES 2 ENSCSAG00000018928 KITLG (ENSCSAG00000003781) TMTC3 (ENSCSAG00000003785) CEP290 (ENSCSAG00000003796) C12orf29 (ENSCSAG00000003808) C12orf50 (ENSCSAG00000003820) ENSCSAG00000018926 MGAT4C (ENSCSAG00000003827) NTS (ENSCSAG00000003836) RASSF9 (ENSCSAG00000003839) ALX1 (ENSCSAG00000003845) LRRIQ1 (ENSCSAG00000003850) TSPAN19 (ENSCSAG00000003855) SLC6A15 (ENSCSAG00000003858) ENSCSAG00000018923 ENSCSAG00000018921 ##22 ENSCSAG00000018919 TMTC2 (ENSCSAG00000003860) ENSCSAG00000018917 METTL25 (ENSCSAG00000003863) CCDC59 (ENSCSAG00000003867) ENSCSAG00000003868 PPFIA2 (ENSCSAG00000003876) ACSS3 (ENSCSAG00000003882) LIN7A (ENSCSAG00000003887) MYF5 (ENSCSAG00000003889) MYF6 (ENSCSAG00000003893) PTPRQ (ENSCSAG00000003913) OTOGL (ENSCSAG00000003939) PPP1R12A (ENSCSAG00000003956) PAWR (ENSCSAG00000003962) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a.a #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084.bb #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000009405.b.c.b.b ENSGT00390000016970.h ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 546 C3orf20 (ENSMNEG00000041322) #8 CCDC174 (ENSMNEG00000042119) #9 ENSMNEG00000008483 #10 GRIP2 (ENSMNEG00000044173) #11 SLC6A6 (ENSMNEG00000040859) #12 ENSMNEG00000043632 #13 XPC (ENSMNEG00000038400) #14 TMEM43 (ENSMNEG00000032802) #15 ENSMNEG00000040402 #16 WNT7A (ENSMNEG00000037464) #17 FBLN2 (ENSMNEG00000035537) #18 HDAC11 (ENSMNEG00000040546) #19 NUP210 (ENSMNEG00000041495) #20 ENSMNEG00000029455 IQSEC1 (ENSMNEG00000042270) #21 RPL32 (ENSMNEG00000030893) ##22 CAND2 (ENSMNEG00000044168) #23 TMEM40 (ENSMNEG00000027829) #24 RAF1 (ENSMNEG00000040519) #26 MKRN2 (ENSMNEG00000031197) #27 MKRN2OS (ENSMNEG00000034066) #28 TSEN2 (ENSMNEG00000025898) #29 PPARG (ENSMNEG00000028217) #30 TIMP4 (ENSMNEG00000028992) #31 SYN2 (ENSMNEG00000033226) #32 ENSMNEG00000024024 ENSMNEG00000042157 TAMM41 (ENSMNEG00000040547) VGLL4 (ENSMNEG00000039421) ATG7 (ENSMNEG00000028392) HRH1 (ENSMNEG00000008240) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Rhesus MODERN SPECIES 11 NR2C2 (ENSMMUG00000005156) FGD5 (ENSMMUG00000018446) #7 C2H3orf20 (ENSMMUG00000014780) #8 CCDC174 (ENSMMUG00000044822) #9 ENSMMUG00000062011 GRIP2 (ENSMMUG00000006342) #11 SLC6A6 (ENSMMUG00000006340) #12 TMEM43 (ENSMMUG00000023124) #15 XPC (ENSMMUG00000023125) #14 WNT7A (ENSMMUG00000018445) #17 FBLN2 (ENSMMUG00000017659) #18 HDAC11 (ENSMMUG00000001369) #19 ENSMMUG00000056487 NUP210 (ENSMMUG00000015979) #20 IQSEC1 (ENSMMUG00000001342) #21 RPL32 (ENSMMUG00000001340) ##22 CAND2 (ENSMMUG00000001339) #23 TMEM40 (ENSMMUG00000010276) #24 RAF1 (ENSMMUG00000007450) #26 MKRN2 (ENSMMUG00000009536) #27 MKRN2OS (ENSMMUG00000031993) #28 TSEN2 (ENSMMUG00000007195) #29 PPARG (ENSMMUG00000007191) #30 TIMP4 (ENSMMUG00000001127) #31 SYN2 (ENSMMUG00000001120) #32 ENSMMUG00000055179 TAMM41 (ENSMMUG00000013372) ENSMMUG00000062782 VGLL4 (ENSMMUG00000021806) ATG7 (ENSMMUG00000021804) HRH1 (ENSMMUG00000056308) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Gibbon MODERN SPECIES 4 ENSNLEG00000000355 ENSNLEG00000000340 CHCT1 (ENSNLEG00000000357) ENSNLEG00000033351 ENSNLEG00000035218 APPBP2 (ENSNLEG00000000368) PPM1D (ENSNLEG00000000379) BCAS3 (ENSNLEG00000000387) TBX2 (ENSNLEG00000000423) ENSNLEG00000000426 TBX4 (ENSNLEG00000000427) BRIP1 (ENSNLEG00000000435) INTS2 (ENSNLEG00000000462) MED13 (ENSNLEG00000000545) ENSNLEG00000027980 ENSNLEG00000032483 ##22 RNFT1 (ENSNLEG00000000616) RPS6KB1 (ENSNLEG00000000636) TUBD1 (ENSNLEG00000000693) ENSNLEG00000033333 PTRH2 (ENSNLEG00000000792) ENSNLEG00000033579 CLTC (ENSNLEG00000000796) ENSNLEG00000029957 YPEL2 (ENSNLEG00000029005) GDPD1 (ENSNLEG00000008557) SMG8 (ENSNLEG00000008551) PRR11 (ENSNLEG00000008534) SKA2 (ENSNLEG00000008530) TRIM37 (ENSNLEG00000008462) PPM1E (ENSNLEG00000008452) Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Gorilla MODERN SPECIES 16 C3orf20 (ENSGGOG00000001361) #8 CCDC174 (ENSGGOG00000001359) #9 ENSGGOG00000038061 #10 GRIP2 (ENSGGOG00000002279) #11 SLC6A6 (ENSGGOG00000013384) #12 LSM3 (ENSGGOG00000010006) #13 XPC (ENSGGOG00000009997) #14 TMEM43 (ENSGGOG00000016577) #15 CHCHD4 (ENSGGOG00000024077) #16 WNT7A (ENSGGOG00000012654) #17 ENSGGOG00000042871 FBLN2 (ENSGGOG00000011561) #18 HDAC11 (ENSGGOG00000007735) #19 NUP210 (ENSGGOG00000015096) #20 IQSEC1 (ENSGGOG00000001008) #21 RPL32 (ENSGGOG00000043568) ##22 CAND2 (ENSGGOG00000001004) #23 ENSGGOG00000021954 TMEM40 (ENSGGOG00000028438) #24 RAF1 (ENSGGOG00000023025) #26 MKRN2 (ENSGGOG00000000429) #27 ENSGGOG00000041526 #28 TSEN2 (ENSGGOG00000012488) #29 PPARG (ENSGGOG00000013117) #30 ENSGGOG00000043543 ENSGGOG00000038928 ENSGGOG00000038254 TIMP4 (ENSGGOG00000009761) #31 SYN2 (ENSGGOG00000009751) #32 ENSGGOG00000039682 VGLL4 (ENSGGOG00000003500) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Degu MODERN SPECIES 274 ENSODEG00000002030 RBSN (ENSODEG00000001991) MRPS25 (ENSODEG00000001966) NR2C2 (ENSODEG00000001892) ENSODEG00000001861 ENSODEG00000001849 ENSODEG00000001772 TMCC1 (ENSODEG00000001710) PLXND1 (ENSODEG00000003347) RHO (ENSODEG00000003304) IFT122 (ENSODEG00000003013) ENSODEG00000002902 ENSODEG00000002891 ##22 CAND2 (ENSODEG00000002821) #23 TMEM40 (ENSODEG00000002755) #24 RAF1 (ENSODEG00000002734) #26 MKRN2 (ENSODEG00000002702) #27 MKRN2OS (ENSODEG00000002688) #28 ENSODEG00000002676 SLC6A11 (ENSODEG00000002665) SLC6A1 (ENSODEG00000002644) ATG7 (ENSODEG00000002299) ENSODEG00000002124 ENSODEG00000018794 TAMM41 (ENSODEG00000002076) TIMP4 (ENSODEG00000002023) #31 ENSODEG00000001988 #32 PPARG (ENSODEG00000002659) #30 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 15 SLC1A7 (ENSMMMG00000016047) CPT2 (ENSMMMG00000016035) CZIB (ENSMMMG00000016014) MAGOH (ENSMMMG00000016002) LRP8 (ENSMMMG00000015678) ENSMMMG00000015666 ENSMMMG00000015657 GLIS1 (ENSMMMG00000015622) NDC1 (ENSMMMG00000015596) YIPF1 (ENSMMMG00000015590) ENSMMMG00000015582 ENSMMMG00000015564 LRRC42 (ENSMMMG00000015553) TMEM59 (ENSMMMG00000015519) TCEANC2 (ENSMMMG00000015499) ENSMMMG00000015493 ##22 CDCP2 (ENSMMMG00000015484) CYB5RL (ENSMMMG00000015468) MRPL37 (ENSMMMG00000015458) SSBP3 (ENSMMMG00000015359) ACOT11 (ENSMMMG00000015338) FAM151A (ENSMMMG00000015320) MROH7 (ENSMMMG00000015298) TTC4 (ENSMMMG00000015265) PARS2 (ENSMMMG00000015260) TTC22 (ENSMMMG00000015250) LEXM (ENSMMMG00000015207) DHCR24 (ENSMMMG00000015203) TMEM61 (ENSMMMG00000015201) BSND (ENSMMMG00000015199) PCSK9 (ENSMMMG00000015192) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 10 CCDC174 (ENSSVLG00005020744) #9 C3orf20 (ENSSVLG00005020807) #8 FGD5 (ENSSVLG00005017167) #7 NR2C2 (ENSSVLG00005017625) MRPS25 (ENSSVLG00005017966) RBSN (ENSSVLG00005018031) TRH (ENSSVLG00005018181) ENSSVLG00005018231 TMCC1 (ENSSVLG00005018250) PLXND1 (ENSSVLG00005018384) ENSSVLG00005018771 RHO (ENSSVLG00005018827) IFT122 (ENSSVLG00005018941) MBD4 (ENSSVLG00005019308) EFCAB12 (ENSSVLG00005019404) ENSSVLG00005019450 ##22 CAND2 (ENSSVLG00005019570) #23 TMEM40 (ENSSVLG00005019760) #24 ENSSVLG00005019978 #26 MKRN2 (ENSSVLG00005020340) #27 MKRN2OS (ENSSVLG00005020454) #28 TSEN2 (ENSSVLG00005020543) #29 PPARG (ENSSVLG00005020780) #30 SYN2 (ENSSVLG00005021130) #32 TIMP4 (ENSSVLG00005021374) #31 TAMM41 (ENSSVLG00005021448) ENSSVLG00005021494 VGLL4 (ENSSVLG00005021566) ATG7 (ENSSVLG00005021683) HRH1 (ENSSVLG00005021749) SLC6A1 (ENSSVLG00005021844) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 ENSPEMG00000028142 ENSPEMG00000031097 ENSPEMG00000028040 Il1rapl1 (ENSPEMG00000029607) ENSPEMG00000019379 Tmem47 (ENSPEMG00000029078) ENSPEMG00000026179 Mageb16 (ENSPEMG00000023768) ENSPEMG00000028268 Cfap47 (ENSPEMG00000022325) Fam47c (ENSPEMG00000030109) Prrg1 (ENSPEMG00000030282) 4930480E11Rik (ENSPEMG00000028721) ENSPEMG00000030251 ENSPEMG00000023943 ENSPEMG00000024840 ##22 ENSPEMG00000015794 ENSPEMG00000027218 ENSPEMG00000023281 Pbsn (ENSPEMG00000012253) Prkx (ENSPEMG00000030408) ENSPEMG00000030079 Tbl1x (ENSPEMG00000017480) ENSPEMG00000029386 ENSPEMG00000025248 ENSPEMG00000025316 ENSPEMG00000026374 Cldn34b4 (ENSPEMG00000003717) ENSPEMG00000026202 ENSPEMG00000025993 Sat1 (ENSPEMG00000001319) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Rat MODERN SPECIES 13 Slc28a2 (ENSRNOG00000028668) LOC120101643 (ENSRNOG00000066870) LOC120101644 (ENSRNOG00000068036) Tra2b-ps3 (ENSRNOG00000051627) Gatm (ENSRNOG00000000168) Spata5l1 (ENSRNOG00000000169) Slc30a4 (ENSRNOG00000000170) Sqor (ENSRNOG00000000172) ENSRNOG00000062726 ENSRNOG00000063280 Sema6d (ENSRNOG00000004812) Slc24a5 (ENSRNOG00000005158) Myef2 (ENSRNOG00000005258) Ctxn2 (ENSRNOG00000037146) Slc12a1 (ENSRNOG00000005367) Rpl32-ps1 (ENSRNOG00000032605) ##22 Dut (ENSRNOG00000007221) Fbn1 (ENSRNOG00000007302) Cep152 (ENSRNOG00000065817) LOC120101650 (ENSRNOG00000031585) Shc4 (ENSRNOG00000037134) Eid1 (ENSRNOG00000008452) Secisbp2l (ENSRNOG00000008629) Cops2 (ENSRNOG00000008744) Galk2 (ENSRNOG00000009289) Fam227b (ENSRNOG00000037124) Fgf7 (ENSRNOG00000009425) Dtwd1 (ENSRNOG00000009593) Atp8b4 (ENSRNOG00000031598) Slc27a2 (ENSRNOG00000010128) Hdc (ENSRNOG00000010262) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3022 Or6d12 (ENSMSIG00000002492) Or13a1 (ENSMSIG00000002481) Alox5 (ENSMSIG00000002190) Marchf8 (ENSMSIG00000002032) Zfand4 (ENSMSIG00000001904) Washc2 (ENSMSIG00000001796) ENSMSIG00000001776 Tmcc1 (ENSMSIG00000001659) ENSMSIG00000001422 H1f8 (ENSMSIG00000001367) ENSMSIG00000001359 Rho (ENSMSIG00000001309) Ift122 (ENSMSIG00000000881) Mbd4 (ENSMSIG00000000793) Efcab12 (ENSMSIG00000000741) Rpl32 (ENSMSIG00000000692) ##22 Cand2 (ENSMSIG00000000651) #23 Tmem40 (ENSMSIG00000000359) #24 Raf1 (ENSMSIG00000000188) #26 ENSMSIG00000031938 #27 Mkrn2os (ENSMSIG00000031937) #28 Tsen2 (ENSMSIG00000031936) #29 Pparg (ENSMSIG00000031935) #30 Timp4 (ENSMSIG00000031934) #31 ENSMSIG00000031933 Syn2 (ENSMSIG00000031932) #32 ENSMSIG00000031931 ENSMSIG00000031930 ENSMSIG00000031929 Atg7 (ENSMSIG00000031927) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 1401 ZNF157 (ENSOCUG00000029541) ZNF41 (ENSOCUG00000029242) ARAF (ENSOCUG00000016449) SYN1 (ENSOCUG00000024150) TIMP1 (ENSOCUG00000010718) CFP (ENSOCUG00000015944) ELK1 (ENSOCUG00000010521) UXT (ENSOCUG00000010525) ENSOCUG00000036214 ENSOCUG00000037506 ENSOCUG00000032683 ENSOCUG00000034922 ENSOCUG00000023087 ZNF81 (ENSOCUG00000029071) ZNF182 (ENSOCUG00000017226) ENSOCUG00000022732 ##22 LYZE (ENSOCUG00000002990) ENSOCUG00000038971 ENSOCUG00000007996 SLC38A5 (ENSOCUG00000008001) ENSOCUG00000008009 PORCN (ENSOCUG00000015293) EBP (ENSOCUG00000015316) TBC1D25 (ENSOCUG00000009251) ENSOCUG00000002271 ENSOCUG00000000559 WDR13 (ENSOCUG00000014470) WAS (ENSOCUG00000015393) SUV39H1 (ENSOCUG00000003807) GLOD5 (ENSOCUG00000008902) GATA1 (ENSOCUG00000025597) Rabbit MODERN SPECIES 1401 DRP2 (ENSOCUG00000004487) CENPI (ENSOCUG00000011953) TMEM35A (ENSOCUG00000011961) TRMT2B (ENSOCUG00000011945) ENSOCUG00000023605 ENSOCUG00000005963 XKRX (ENSOCUG00000005661) NOX1 (ENSOCUG00000005652) CSTF2 (ENSOCUG00000010468) ENSOCUG00000023695 SYTL4 (ENSOCUG00000011193) SRPX2 (ENSOCUG00000011186) TSPAN6 (ENSOCUG00000011184) TNMD (ENSOCUG00000011179) PCDH19 (ENSOCUG00000015865) ENSOCUG00000003552 ##22 DIAPH2 (ENSOCUG00000007109) ENSOCUG00000038471 ENSOCUG00000030699 ENSOCUG00000033765 ENSOCUG00000025252 ENSOCUG00000013944 ENSOCUG00000029262 ZBTB33 (ENSOCUG00000004331) TMEM255A (ENSOCUG00000004334) ATP1B4 (ENSOCUG00000003951) LAMP2 (ENSOCUG00000024954) ENSOCUG00000027764 CUL4B (ENSOCUG00000015633) ENSOCUG00000014315 C1GALT1C1 (ENSOCUG00000004781) Rabbit MODERN SPECIES 12 ENSOCUG00000025758 EFCAB11 (ENSOCUG00000015498) ENSOCUG00000027074 FOXN3 (ENSOCUG00000004392) TTC8 (ENSOCUG00000015555) EML5 (ENSOCUG00000015515) ZC3H14 (ENSOCUG00000015503) PTPN21 (ENSOCUG00000002037) SPATA7 (ENSOCUG00000002033) KCNK10 (ENSOCUG00000015561) ENSOCUG00000029629 GPR65 (ENSOCUG00000008519) GALC (ENSOCUG00000009309) ENSOCUG00000035244 ENSOCUG00000037228 ENSOCUG00000026727 ##22 ENSOCUG00000038735 ENSOCUG00000034672 ENSOCUG00000033878 FLRT2 (ENSOCUG00000007881) ENSOCUG00000039446 ENSOCUG00000011291 ENSOCUG00000034230 ENSOCUG00000034842 SEL1L (ENSOCUG00000011932) STON2 (ENSOCUG00000012416) TSHR (ENSOCUG00000001374) CEP128 (ENSOCUG00000004026) ENSOCUG00000032312 ENSOCUG00000037929 NRXN3 (ENSOCUG00000029681) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.a.a ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 1963 ENSDNOG00000033015 ##22 ENSDNOG00000032618 ENSDNOG00000039144 Armadillo MODERN SPECIES 2148 ENSDNOG00000039571 ##22 DTNA (ENSDNOG00000010172) MAPRE2 (ENSDNOG00000013080) ENSDNOG00000040387 ZNF397 (ENSDNOG00000007835) ZSCAN30 (ENSDNOG00000007840) ENSDNOG00000037307 ZNF24 (ENSDNOG00000042508) ZNF396 (ENSDNOG00000041114) INO80C (ENSDNOG00000038430) GALNT1 (ENSDNOG00000012559) C18orf21 (ENSDNOG00000040725) RPRD1A (ENSDNOG00000038659) SLC39A6 (ENSDNOG00000045829) ELP2 (ENSDNOG00000009587) MOCOS (ENSDNOG00000009638) Eutheria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT01030000235208 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 868 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 3629 PLXND1 (ENSDNOG00000038684) RHO (ENSDNOG00000015133) IFT122 (ENSDNOG00000015117) MBD4 (ENSDNOG00000049619) EFCAB12 (ENSDNOG00000049183) RPL32 (ENSDNOG00000043660) ##22 Armadillo MODERN SPECIES 90 ENSDNOG00000031194 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000175447 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT01030000235208 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000175447 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 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Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00930000152979 ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT01010000229800 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.d ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Suina ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 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DUPLICATION Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES ZC4H2 (ENSRFEG00010000420) ZC3H12B (ENSRFEG00010000441) ENSRFEG00010000464 LAS1L (ENSRFEG00010000497) MSN (ENSRFEG00010000519) VSIG4 (ENSRFEG00010000543) HEPH (ENSRFEG00010000678) ENSRFEG00010000999 ENSRFEG00010001013 ENSRFEG00010001022 NBDY (ENSRFEG00010001038) ENSRFEG00010001051 UBQLN2 (ENSRFEG00010001060) KLF8 (ENSRFEG00010001110) RRAGB (ENSRFEG00010001176) ENSRFEG00010001225 ##22 MAGEH1 (ENSRFEG00010001238) USP51 (ENSRFEG00010001250) ALAS2 (ENSRFEG00010001268) APEX2 (ENSRFEG00010001302) PFKFB1 (ENSRFEG00010001373) MAGED2 (ENSRFEG00010001490) ITIH6 (ENSRFEG00010001541) ENSRFEG00010001587 GNL3L (ENSRFEG00010001603) FGD1 (ENSRFEG00010001665) TSR2 (ENSRFEG00010001704) ENSRFEG00010001718 WNK3 (ENSRFEG00010001743) ENSRFEG00010001852 ENSRFEG00010001859 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.d ENSGT00390000001016.b ENSGT00390000012138.a.a.j.s.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000009113.a.a.q.a.a ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 American black bear MODERN SPECIES 1810 ENSUAMG00000002755 H1-8 (ENSUAMG00000002750) RHO (ENSUAMG00000002736) IFT122 (ENSUAMG00000000962) ENSUAMG00000000828 MBD4 (ENSUAMG00000000814) EFCAB12 (ENSUAMG00000000773) RPL32 (ENSUAMG00000000711) ##22 CAND2 (ENSUAMG00000000579) #23 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.b ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 8 CCDC174 (ENSRFEG00010016163) #9 C3orf20 (ENSRFEG00010016242) #8 FGD5 (ENSRFEG00010016481) #7 NR2C2 (ENSRFEG00010017049) ENSRFEG00010017258 MRPS25 (ENSRFEG00010017280) RBSN (ENSRFEG00010017337) TRH (ENSRFEG00010017403) ENSRFEG00010017442 TMCC1 (ENSRFEG00010017473) PLXND1 (ENSRFEG00010017592) RHO (ENSRFEG00010017659) IFT122 (ENSRFEG00010017745) MBD4 (ENSRFEG00010018007) EFCAB12 (ENSRFEG00010018070) RPL32 (ENSRFEG00010018162) ##22 CAND2 (ENSRFEG00010018212) #23 TMEM40 (ENSRFEG00010018278) #24 RAF1 (ENSRFEG00010018423) #26 MKRN2 (ENSRFEG00010018469) #27 MKRN2OS (ENSRFEG00010018565) #28 TSEN2 (ENSRFEG00010018592) #29 PPARG (ENSRFEG00010018692) #30 SYN2 (ENSRFEG00010018840) #32 TIMP4 (ENSRFEG00010018875) #31 TAMM41 (ENSRFEG00010018912) VGLL4 (ENSRFEG00010019005) ATG7 (ENSRFEG00010019096) HRH1 (ENSRFEG00010019159) SLC6A1 (ENSRFEG00010019187) SLC6A11 (ENSRFEG00010019331) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.b ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.b ##22 Cat MODERN SPECIES 1 GRIP2 (ENSFCAG00000007655) #11 CCDC174 (ENSFCAG00000027124) #9 CA2H3orf20 (ENSFCAG00000007658) #8 FGD5 (ENSFCAG00000026112) #7 NR2C2 (ENSFCAG00000003537) MRPS25 (ENSFCAG00000027687) RBSN (ENSFCAG00000025901) TRH (ENSFCAG00000029423) TMCC1 (ENSFCAG00000027586) PLXND1 (ENSFCAG00000000095) H1-8 (ENSFCAG00000000094) RHO (ENSFCAG00000000092) IFT122 (ENSFCAG00000000086) MBD4 (ENSFCAG00000000083) EFCAB12 (ENSFCAG00000000081) RPL32 (ENSFCAG00000030450) ##22 CAND2 (ENSFCAG00000008340) #23 ENSFCAG00000052196 TMEM40 (ENSFCAG00000037003) #24 RAF1 (ENSFCAG00000026299) #26 MKRN2 (ENSFCAG00000007979) #27 ENSFCAG00000049119 MKRN2OS (ENSFCAG00000046813) #28 TSEN2 (ENSFCAG00000025500) #29 PPARG (ENSFCAG00000006231) #30 TIMP4 (ENSFCAG00000028966) #31 SYN2 (ENSFCAG00000006229) #32 TAMM41 (ENSFCAG00000030835) VGLL4 (ENSFCAG00000003266) ATG7 (ENSFCAG00000003263) HRH1 (ENSFCAG00000034897) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a 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ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 ENSGT00940000157569 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000155615 #11 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DNASE1 (ENSRFEG00010017796) TRAP1 (ENSRFEG00010017841) CREBBP (ENSRFEG00010018078) ADCY9 (ENSRFEG00010018179) ENSRFEG00010018207 ##22 SRL (ENSRFEG00010018234) TFAP4 (ENSRFEG00010018314) ENSRFEG00010018353 GLIS2 (ENSRFEG00010018393) CORO7 (ENSRFEG00010018434) VASN (ENSRFEG00010018531) DNAJA3 (ENSRFEG00010018552) NMRAL1 (ENSRFEG00010018604) ENSRFEG00010018640 HMOX2 (ENSRFEG00010018676) ENSRFEG00010018717 ENSRFEG00010018817 ENSRFEG00010018922 ENSRFEG00010018963 MGRN1 (ENSRFEG00010019038) Microbat MODERN SPECIES 945 GRIP2 (ENSMLUG00000003868) #11 CCDC174 (ENSMLUG00000010390) #9 C3orf20 (ENSMLUG00000010404) #8 FGD5 (ENSMLUG00000010008) #7 NR2C2 (ENSMLUG00000010062) ENSMLUG00000017504 RBSN (ENSMLUG00000010088) TRH (ENSMLUG00000007249) TMCC1 (ENSMLUG00000016755) PLXND1 (ENSMLUG00000014790) ENSMLUG00000025226 RHO (ENSMLUG00000014786) IFT122 (ENSMLUG00000014771) MBD4 (ENSMLUG00000014766) ENSMLUG00000014759 RPL32 (ENSMLUG00000022528) ##22 CAND2 (ENSMLUG00000006333) #23 TMEM40 (ENSMLUG00000002835) #24 RAF1 (ENSMLUG00000017645) #26 MKRN2 (ENSMLUG00000017643) #27 MKRN2OS (ENSMLUG00000024734) #28 TSEN2 (ENSMLUG00000017641) #29 PPARG (ENSMLUG00000017638) #30 SYN2 (ENSMLUG00000006253) #32 TIMP4 (ENSMLUG00000006263) #31 TAMM41 (ENSMLUG00000015063) VGLL4 (ENSMLUG00000010597) ATG7 (ENSMLUG00000010572) HRH1 (ENSMLUG00000010552) SLC6A1 (ENSMLUG00000002027) ENSMLUG00000009590 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 ENSGT00940000153973.c.a.b.a.b #22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00950000186178 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT01030000235208 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000009113.a.a.q.a.a Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.d ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00950000186178 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000009113.a.a.q.a.a ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 14 CCDC174 (ENSAMEG00000009271) #9 C3orf20 (ENSAMEG00000009263) #8 FGD5 (ENSAMEG00000009227) #7 NR2C2 (ENSAMEG00000004318) MRPS25 (ENSAMEG00000027927) ENSAMEG00000004361 TRH (ENSAMEG00000025033) TMCC1 (ENSAMEG00000004384) PLXND1 (ENSAMEG00000004387) H1-8 (ENSAMEG00000004448) RHO (ENSAMEG00000004453) IFT122 (ENSAMEG00000004471) ENSAMEG00000030948 MBD4 (ENSAMEG00000004562) ENSAMEG00000004574 RPL32 (ENSAMEG00000004583) ##22 CAND2 (ENSAMEG00000004596) #23 TMEM40 (ENSAMEG00000004646) #24 ENSAMEG00000025362 RAF1 (ENSAMEG00000004650) #26 MKRN2 (ENSAMEG00000004720) #27 MKRN2OS (ENSAMEG00000004745) #28 TSEN2 (ENSAMEG00000004748) #29 PPARG (ENSAMEG00000004774) #30 TIMP4 (ENSAMEG00000004836) #31 SYN2 (ENSAMEG00000004794) #32 TAMM41 (ENSAMEG00000010999) VGLL4 (ENSAMEG00000011011) ATG7 (ENSAMEG00000013130) HRH1 (ENSAMEG00000019211) SLC6A1 (ENSAMEG00000028234) Giant Panda MODERN SPECIES 1072 Rpl32 (ENSAMEG00000018587) ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000009113.a.a.q.a.a ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Panthera ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000009113.a.a.q.a.a ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000009113.a.a.q.a.a ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 lion MODERN SPECIES 2 GRIP2 (ENSPLOG00000003035) #11 CCDC174 (ENSPLOG00000002974) #9 C3orf20 (ENSPLOG00000002933) #8 FGD5 (ENSPLOG00000002817) #7 NR2C2 (ENSPLOG00000002757) MRPS25 (ENSPLOG00000002725) RBSN (ENSPLOG00000002563) TRH (ENSPLOG00000002548) TMCC1 (ENSPLOG00000002518) PLXND1 (ENSPLOG00000002460) H1-8 (ENSPLOG00000002423) RHO (ENSPLOG00000002405) IFT122 (ENSPLOG00000002159) MBD4 (ENSPLOG00000002021) EFCAB12 (ENSPLOG00000001903) RPL32 (ENSPLOG00000001870) ##22 CAND2 (ENSPLOG00000001847) #23 TMEM40 (ENSPLOG00000001779) #24 RAF1 (ENSPLOG00000001743) #26 MKRN2 (ENSPLOG00000001691) #27 MKRN2OS (ENSPLOG00000001659) #28 TSEN2 (ENSPLOG00000001594) #29 PPARG (ENSPLOG00000001496) #30 TIMP4 (ENSPLOG00000001454) #31 SYN2 (ENSPLOG00000001422) #32 TAMM41 (ENSPLOG00000001396) VGLL4 (ENSPLOG00000001346) ENSPLOG00000001305 ATG7 (ENSPLOG00000001203) HRH1 (ENSPLOG00000001150) SLC6A1 (ENSPLOG00000001048) Tiger MODERN SPECIES 57 ENSPTIG00000016501 ENSPTIG00000016640 H1-8 (ENSPTIG00000016687) RHO (ENSPTIG00000016846) IFT122 (ENSPTIG00000017825) ENSPTIG00000012068 EFCAB12 (ENSPTIG00000012496) RPL32 (ENSPTIG00000013290) ##22 CAND2 (ENSPTIG00000014551) #23 TMEM40 (ENSPTIG00000016867) #24 RAF1 (ENSPTIG00000019431) #26 MKRN2 (ENSPTIG00000020261) #27 MKRN2OS (ENSPTIG00000020689) #28 TSEN2 (ENSPTIG00000021018) #29 PPARG (ENSPTIG00000021339) #30 SYN2 (ENSPTIG00000005386) #32 TIMP4 (ENSPTIG00000009274) #31 TAMM41 (ENSPTIG00000009439) VGLL4 (ENSPTIG00000011766) ATG7 (ENSPTIG00000012782) HRH1 (ENSPTIG00000005327) SLC6A1 (ENSPTIG00000015454) SLC6A11 (ENSPTIG00000016056) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000175447 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 22 PPP2R5C (ENSMICG00000016123) DYNC1H1 (ENSMICG00000016143) HSP90AA1 (ENSMICG00000004521) WDR20 (ENSMICG00000004534) MOK (ENSMICG00000004537) ZNF839 (ENSMICG00000006615) CINP (ENSMICG00000006619) TECPR2 (ENSMICG00000006623) RCOR1 (ENSMICG00000000496) TRAF3 (ENSMICG00000011793) AMN (ENSMICG00000027178) CDC42BPB (ENSMICG00000013226) LBHD2 (ENSMICG00000032097) EXOC3L4 (ENSMICG00000009101) TNFAIP2 (ENSMICG00000009107) ENSMICG00000037528 ##22 EIF5 (ENSMICG00000010046) ENSMICG00000037601 MARK3 (ENSMICG00000009748) CKB (ENSMICG00000009774) TRMT61A (ENSMICG00000047207) COA8 (ENSMICG00000042844) ENSMICG00000029228 KLC1 (ENSMICG00000014896) XRCC3 (ENSMICG00000014917) ZFYVE21 (ENSMICG00000014930) PPP1R13B (ENSMICG00000014947) ATP5MJ (ENSMICG00000047123) TDRD9 (ENSMICG00000000428) RD3L (ENSMICG00000043039) ASPG (ENSMICG00000013859) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000016951 ENSGT00940000155189 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000160900 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000175447 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000001016.b ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000014874 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Tarsier MODERN SPECIES 1622 ENSTSYG00000035139 H1-8 (ENSTSYG00000012036) RHO (ENSTSYG00000032662) IFT122 (ENSTSYG00000011151) ENSTSYG00000011147 EFCAB12 (ENSTSYG00000011145) RPL32 (ENSTSYG00000037015) ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132 #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.p #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000158890.q ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509.e ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.p #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509.e ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 ENSGT00940000157569 Capuchin MODERN SPECIES 281 IQSEC1 (ENSCCAG00000024388) #21 RPL32 (ENSCCAG00000025373) ##22 CAND2 (ENSCCAG00000032849) #23 TMEM40 (ENSCCAG00000020743) #24 RAF1 (ENSCCAG00000023070) #26 MKRN2 (ENSCCAG00000019802) #27 ENSCCAG00000022711 MKRN2OS (ENSCCAG00000031553) #28 TSEN2 (ENSCCAG00000037851) #29 PPARG (ENSCCAG00000027364) #30 SYN2 (ENSCCAG00000034848) #32 TIMP4 (ENSCCAG00000035892) #31 TAMM41 (ENSCCAG00000025773) VGLL4 (ENSCCAG00000032615) ATG7 (ENSCCAG00000035255) SLC6A1 (ENSCCAG00000026677) SLC6A11 (ENSCCAG00000030058) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00910000147988 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000016970.h ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a.a #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00910000147988 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084.bb #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00390000013132.q.b ##16 Vervet Monkey MODERN SPECIES 14 MRPS25 (ENSCSAG00000009193) NR2C2 (ENSCSAG00000009209) FGD5 (ENSCSAG00000009224) #7 C3orf20 (ENSCSAG00000009277) #8 CCDC174 (ENSCSAG00000009294) #9 GRIP2 (ENSCSAG00000009353) #11 SLC6A6 (ENSCSAG00000009391) #12 XPC (ENSCSAG00000009411) #14 TMEM43 (ENSCSAG00000009426) #15 CHCHD4 (ENSCSAG00000009431) ##16 WNT7A (ENSCSAG00000009439) #17 FBLN2 (ENSCSAG00000009449) #18 HDAC11 (ENSCSAG00000009462) #19 NUP210 (ENSCSAG00000009474) #20 IQSEC1 (ENSCSAG00000009482) #21 RPL32 (ENSCSAG00000009485) ##22 CAND2 (ENSCSAG00000009557) #23 TMEM40 (ENSCSAG00000009604) #24 RAF1 (ENSCSAG00000009721) #26 MKRN2 (ENSCSAG00000009754) #27 MKRN2OS (ENSCSAG00000009764) #28 TSEN2 (ENSCSAG00000009822) #29 PPARG (ENSCSAG00000009839) #30 TIMP4 (ENSCSAG00000009845) #31 SYN2 (ENSCSAG00000009855) #32 TAMM41 (ENSCSAG00000009866) VGLL4 (ENSCSAG00000009873) ATG7 (ENSCSAG00000009887) HRH1 (ENSCSAG00000018810) SLC6A1 (ENSCSAG00000009912) SLC6A11 (ENSCSAG00000009991) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a.a #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00910000147988 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a.e.b ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084.bb #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000009405.b.c.b.b ENSGT00390000016970.h ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a.a #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00910000147988 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a.d ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084.bb #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT01100000263509.a.a.b.b.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000009405.b.c.b.b ENSGT00390000016970.h ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583 #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a.a #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00910000147988 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084.bb #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266 #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000009405.b.c.b.b ENSGT00390000016970.h ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Sooty mangabey MODERN SPECIES 650 FGD5 (ENSCATG00000034854) #7 C3orf20 (ENSCATG00000037971) #8 CCDC174 (ENSCATG00000029674) #9 ENSCATG00000022779 #10 GRIP2 (ENSCATG00000030249) #11 SLC6A6 (ENSCATG00000027535) #12 ENSCATG00000039421 #13 XPC (ENSCATG00000036725) #14 TMEM43 (ENSCATG00000038308) #15 WNT7A (ENSCATG00000033711) #17 ENSCATG00000033105 FBLN2 (ENSCATG00000038061) #18 HDAC11 (ENSCATG00000026123) #19 NUP210 (ENSCATG00000035260) #20 IQSEC1 (ENSCATG00000037864) #21 RPL32 (ENSCATG00000038198) ##22 CAND2 (ENSCATG00000038720) #23 TMEM40 (ENSCATG00000027847) #24 ENSCATG00000031525 #25 ENSCATG00000001547 ENSCATG00000035852 #26 MKRN2 (ENSCATG00000041591) #27 MKRN2OS (ENSCATG00000040481) #28 TSEN2 (ENSCATG00000031911) #29 PPARG (ENSCATG00000022947) #30 ENSCATG00000017268 TIMP4 (ENSCATG00000034145) #31 SYN2 (ENSCATG00000031791) #32 ENSCATG00000042881 ENSCATG00000031162 TAMM41 (ENSCATG00000033399) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Black snub-nosed monkey DUPLICATION Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 883 GPD1L (ENSRBIG00000039942) CMTM8 (ENSRBIG00000030090) ENSRBIG00000012766 ##22 CMTM7 (ENSRBIG00000041380) ENSRBIG00000038922 DYNC1LI1 (ENSRBIG00000018678) ENSRBIG00000041843 CNOT10 (ENSRBIG00000037942) ENSRBIG00000042007 Black snub-nosed monkey DUPLICATION Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2668 ENSRBIG00000015329 ##22 PARP11 (ENSRBIG00000028539) ENSRBIG00000031407 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2254 ENSRBIG00000004342 ##22 KLHL2 (ENSRBIG00000038533) MSMO1 (ENSRBIG00000039648) CPE (ENSRBIG00000032074) ENSRBIG00000042572 ENSRBIG00000039572 ENSRBIG00000011855 TLL1 (ENSRBIG00000032934) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583.i #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a.d #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00910000147988 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00940000153309.c.a.e.b ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266.a #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000016970.h ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583.i #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a.d #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00940000153309.c.a.e.b ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266.a #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000016970.h ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 Human MODERN SPECIES 15 NR2C2 (ENSG00000177463) FGD5 (ENSG00000154783) #7 C3orf20 (ENSG00000131379) #8 CCDC174 (ENSG00000154781) #9 GRIP2 (ENSG00000144596) #11 SLC6A6 (ENSG00000131389) #12 LSM3 (ENSG00000170860) #13 XPC (ENSG00000154767) #14 TMEM43 (ENSG00000170876) #15 CHCHD4 (ENSG00000163528) #16 WNT7A (ENSG00000154764) #17 FBLN2 (ENSG00000163520) #18 HDAC11 (ENSG00000163517) #19 NUP210 (ENSG00000132182) #20 IQSEC1 (ENSG00000144711) #21 RPL32 (ENSG00000144713) ##22 ENSG00000289809 CAND2 (ENSG00000144712) #23 TMEM40 (ENSG00000088726) #24 RAF1 (ENSG00000132155) #26 MKRN2 (ENSG00000075975) #27 MKRN2OS (ENSG00000225526) #28 TSEN2 (ENSG00000154743) #29 PPARG (ENSG00000132170) #30 TIMP4 (ENSG00000157150) #31 SYN2 (ENSG00000157152) #32 TAMM41 (ENSG00000144559) VGLL4 (ENSG00000144560) ATG7 (ENSG00000197548) HRH1 (ENSG00000196639) SLC6A1 (ENSG00000157103) Pan ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157922 #7 ENSGT00940000153655.B #8 ENSGT00440000033958 #9 ENSGT00910000146921 #10 ENSGT00940000155615 #11 ENSGT00940000154583.i #12 ENSGT00390000013951 #13 ENSGT00390000005194 #14 ENSGT00390000009671 #15 ENSGT00390000013132.q.a.d #16 ENSGT00940000158523 #17 ENSGT00940000156047 #18 ENSGT00940000156308 #19 ENSGT00390000009491.d #20 ENSGT00940000156915 #21 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 ENSGT00940000153973.c.a.a ##22 ENSGT00390000017740.a.b #23 ENSGT00940000153309.c.a.e.b ENSGT00390000017530 #24 ENSGT00940000156084 #26 ENSGT00950000183077.a.b #27 ENSGT00390000003839 #28 ENSGT00390000013266.a #29 ENSGT00940000158273 #30 ENSGT00910000148097 ENSGT00940000159798 #31 ENSGT00940000156062 #32 ENSGT00390000016970.h ENSGT00390000000616 ENSGT00390000003282.B Bonobo MODERN SPECIES 16 CCDC174 (ENSPPAG00000038422) #9 ENSPPAG00000033481 #10 GRIP2 (ENSPPAG00000041847) #11 SLC6A6 (ENSPPAG00000042007) #12 ENSPPAG00000036305 LSM3 (ENSPPAG00000034074) #13 XPC (ENSPPAG00000043453) #14 TMEM43 (ENSPPAG00000000804) #15 CHCHD4 (ENSPPAG00000032925) #16 WNT7A (ENSPPAG00000030187) #17 FBLN2 (ENSPPAG00000015671) #18 HDAC11 (ENSPPAG00000037567) #19 NUP210 (ENSPPAG00000037715) #20 ENSPPAG00000028546 IQSEC1 (ENSPPAG00000036448) #21 RPL32 (ENSPPAG00000008188) ##22 CAND2 (ENSPPAG00000004317) #23 ENSPPAG00000036413 TMEM40 (ENSPPAG00000019163) #24 ENSPPAG00000024005 RAF1 (ENSPPAG00000035239) #26 MKRN2 (ENSPPAG00000036523) #27 MKRN2OS (ENSPPAG00000032216) #28 TSEN2 (ENSPPAG00000035317) #29 PPARG (ENSPPAG00000029006) #30 ENSPPAG00000028973 ENSPPAG00000030837 TIMP4 (ENSPPAG00000036078) #31 SYN2 (ENSPPAG00000038622) #32 ENSPPAG00000040309 TAMM41 (ENSPPAG00000037692) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES ENSMMMG00000004956 ENSMMMG00000004964 ARRDC3 (ENSMMMG00000004971) ENSMMMG00000004998 FAM172A (ENSMMMG00000005093) ENSMMMG00000005155 KIAA0825 (ENSMMMG00000005181) SLF1 (ENSMMMG00000005222) MCTP1 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(ENSDORG00000000911) Ift122 (ENSDORG00000000906) ENSDORG00000000902 Rpl32 (ENSDORG00000008426) ##22 Cand2 (ENSDORG00000008424) #23 ENSDORG00000023579 #24 Raf1 (ENSDORG00000015622) #26 Mkrn2 (ENSDORG00000015621) #27 Mkrn2os (ENSDORG00000028573) #28 Tsen2 (ENSDORG00000003395) #29 Pparg (ENSDORG00000003445) #30 ENSDORG00000009507 #32 Timp4 (ENSDORG00000009509) #31 Tamm41 (ENSDORG00000002091) Vgll4 (ENSDORG00000004378) Atg7 (ENSDORG00000004380) Slc6a1 (ENSDORG00000016380) Slc6a11 (ENSDORG00000016390) Atp2b2 (ENSDORG00000015330) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153973.c.a.b.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT01090000260086.F.a.a.a.b.p ENSGT01090000260086.F.a.a.a.b.o 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