Vertebrata DUPLICATION Vertebrata DUPLICATION Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.b #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00730000111148 ENSGT00940000164697.a ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263523.G.b ENSGT01100000263523.I.b ENSGT01100000263523.F ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263532.A.a.b ##11 ENSGT00960000187365 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a #8 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b #9 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b #9 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT01100000263523.G.a.a ENSGT01100000263523.G.a.b.b ENSGT01100000263523.J ENSGT01100000263523.I.a.a.b ENSGT01100000263523.F ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00940000154808.a.a 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ENSGT00940000154298.a.a Amniota ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263523.H ENSGT01100000263523.J ENSGT01100000263523.I.b ENSGT01100000263523.I.a.a.b ENSGT01100000263523.F ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Mammalia ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 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#20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Eutheria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a #8 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 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Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a #8 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a #8 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 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Atp5g3 (MGP_CAROLIEiJ_G0023664) Shrew mouse MODERN SPECIES 16 Zfp385b (MGP_PahariEiJ_G0025146) Sestd1 (MGP_PahariEiJ_G0025145) Ccdc141 (MGP_PahariEiJ_G0025144) MGP_PahariEiJ_G0025143 Plekha3 (MGP_PahariEiJ_G0025142) #12 Fkbp7 (MGP_PahariEiJ_G0025141) #13 Pjvk (MGP_PahariEiJ_G0025140) #14 Prkra (MGP_PahariEiJ_G0025139) #15 Osbpl6 (MGP_PahariEiJ_G0025138) #16 Rbm45 (MGP_PahariEiJ_G0025137) #17 Cyct (MGP_PahariEiJ_G0025136) #18 Pde11a (MGP_PahariEiJ_G0025135) #19 MGP_PahariEiJ_G0025134 #20 MGP_PahariEiJ_G0025133 #20 MGP_PahariEiJ_G0025132 #21 Nfe2l2 (MGP_PahariEiJ_G0025131) #22 Hnrnpa3 (MGP_PahariEiJ_G0025130) #23 Mtx2 (MGP_PahariEiJ_G0025129) Hoxd1 (MGP_PahariEiJ_G0025128) MGP_PahariEiJ_G0025127 Hoxd4 (MGP_PahariEiJ_G0025126) Hoxd3 (MGP_PahariEiJ_G0025125) Hoxd8 (MGP_PahariEiJ_G0025124) Hoxd9 (MGP_PahariEiJ_G0025123) Hoxd10 (MGP_PahariEiJ_G0025122) Hoxd11 (MGP_PahariEiJ_G0025121) Hoxd12 (MGP_PahariEiJ_G0025120) Hoxd13 (MGP_PahariEiJ_G0025119) Evx2 (MGP_PahariEiJ_G0025118) Lnpk 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mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1735 ENSNGAG00000022834 ENSNGAG00000021249 #10 ENSNGAG00000016600 ENSNGAG00000021911 Plekha3 (ENSNGAG00000020579) #12 Fkbp7 (ENSNGAG00000022641) #13 Pjvk (ENSNGAG00000022020) #14 Prkra (ENSNGAG00000021816) #15 Osbpl6 (ENSNGAG00000014527) #16 Rbm45 (ENSNGAG00000023886) #17 ENSNGAG00000021016 Cyct (ENSNGAG00000023547) #18 Pde11a (ENSNGAG00000023493) #19 ENSNGAG00000022555 #20 Agps (ENSNGAG00000020263) #21 Nfe2l2 (ENSNGAG00000022809) #22 ENSNGAG00000021745 ##23 Mtx2 (ENSNGAG00000020555) Hoxd1 (ENSNGAG00000021714) Hoxd3 (ENSNGAG00000021055) Hoxd4 (ENSNGAG00000020270) Hoxd8 (ENSNGAG00000011799) Hoxd9 (ENSNGAG00000011105) Hoxd10 (ENSNGAG00000023868) Hoxd11 (ENSNGAG00000023438) Hoxd12 (ENSNGAG00000023455) Hoxd13 (ENSNGAG00000023727) Evx2 (ENSNGAG00000023877) Lnpk (ENSNGAG00000023466) Atp5g3 (ENSNGAG00000004748) Atf2 (ENSNGAG00000003870) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 75 ENSJJAG00000020744 ENSJJAG00000002374 ENSJJAG00000002097 ENSJJAG00000009117 #10 ENSJJAG00000015136 #11 Plekha3 (ENSJJAG00000021299) #12 Fkbp7 (ENSJJAG00000012221) #13 Pjvk (ENSJJAG00000012900) #14 Prkra (ENSJJAG00000013031) #15 Osbpl6 (ENSJJAG00000017863) #16 Rbm45 (ENSJJAG00000001312) #17 Pde11a (ENSJJAG00000018583) #19 ENSJJAG00000012087 #20 ENSJJAG00000014867 #20 Agps (ENSJJAG00000016720) #21 Nfe2l2 (ENSJJAG00000019899) #22 ENSJJAG00000000149 #23 ENSJJAG00000013228 ENSJJAG00000019952 Hoxd1 (ENSJJAG00000019059) Hoxd10 (ENSJJAG00000011932) Hoxd11 (ENSJJAG00000012344) Hoxd12 (ENSJJAG00000016261) Hoxd13 (ENSJJAG00000016388) Evx2 (ENSJJAG00000017484) Lnpk (ENSJJAG00000011710) ENSJJAG00000013766 Atp5g3 (ENSJJAG00000022403) Atf2 (ENSJJAG00000015836) Chn1 (ENSJJAG00000015001) ENSJJAG00000014124 Kangaroo rat MODERN SPECIES 324 Sestd1 (ENSDORG00000012622) ENSDORG00000027337 ENSDORG00000029701 ENSDORG00000029166 #11 Plekha3 (ENSDORG00000015344) #12 Fkbp7 (ENSDORG00000013340) #13 Pjvk (ENSDORG00000013339) #14 Prkra (ENSDORG00000013338) #15 Osbpl6 (ENSDORG00000001912) #16 Rbm45 (ENSDORG00000015831) #17 Cyct (ENSDORG00000004101) #18 ENSDORG00000023150 #20 ENSDORG00000028697 #20 ENSDORG00000028567 #20 Agps (ENSDORG00000006480) #21 Nfe2l2 (ENSDORG00000030173) #22 Hnrnpa3 (ENSDORG00000011155) #23 Mtx2 (ENSDORG00000003848) Hoxd1 (ENSDORG00000009445) Hoxd3 (ENSDORG00000029389) Hoxd4 (ENSDORG00000028681) ENSDORG00000027655 Hoxd10 (ENSDORG00000009436) ENSDORG00000029219 Hoxd12 (ENSDORG00000009434) Evx2 (ENSDORG00000009432) Lnpk (ENSDORG00000015736) Atp5g3 (ENSDORG00000012973) Atf2 (ENSDORG00000024409) Chn1 (ENSDORG00000002182) Chrna1 (ENSDORG00000001136) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.B #7 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263523.K ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00940000164264 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Rabbit MODERN SPECIES 18 ENSOCUG00000035152 #9 ENSOCUG00000033996 ENSOCUG00000016777 PLEKHA3 (ENSOCUG00000005495) #12 FKBP7 (ENSOCUG00000024679) #13 PJVK (ENSOCUG00000005493) #14 PRKRA (ENSOCUG00000005489) #15 OSBPL6 (ENSOCUG00000004078) #16 RBM45 (ENSOCUG00000001125) #17 ENSOCUG00000025342 #18 ENSOCUG00000039559 ENSOCUG00000008038 ENSOCUG00000039012 #20 ENSOCUG00000029884 #20 AGPS (ENSOCUG00000011521) #21 NFE2L2 (ENSOCUG00000001009) #22 ENSOCUG00000002743 #23 ENSOCUG00000030456 ENSOCUG00000025666 MTX2 (ENSOCUG00000008760) HOXD1 (ENSOCUG00000015582) HOXD3 (ENSOCUG00000014119) HOXD4 (ENSOCUG00000002413) ENSOCUG00000035940 HOXD9 (ENSOCUG00000023956) HOXD10 (ENSOCUG00000008964) HOXD11 (ENSOCUG00000013942) HOXD12 (ENSOCUG00000002412) HOXD13 (ENSOCUG00000029547) EVX2 (ENSOCUG00000032776) LNPK (ENSOCUG00000008962) Pika MODERN SPECIES 6647 GUCA1A (ENSOPRG00000013964) GUCA1ANB (ENSOPRG00000018852) TAF8 (ENSOPRG00000013945) NFE2L2 (ENSOPRG00000013934) #22 Tree shrew MODERN SPECIES 650 NFE2L2 (ENSTBEG00000001588) #22 Primates ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263523.F ENSGT01100000263523.L ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263523.F ENSGT01100000263523.L ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618.o.b #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00390000010991.f.b ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.kb #20 ENSGT00390000010116.jb #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00910000147200 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ##23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00910000147400 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618.o.b #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00390000010991.f.b ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.kb #20 ENSGT00390000010116.jb #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00910000147200 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ##23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00910000147400 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618.o.b #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00390000010991.f.b ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.kb #20 ENSGT00390000010116.jb #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00910000147200 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00910000147400 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 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ENSGT00390000010991.f.b ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.kb #20 ENSGT00390000010116.jb #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00910000147200 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00910000147400 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.a.b.b Olive baboon MODERN SPECIES 1 SESTD1 (ENSPANG00000020529) CCDC141 (ENSPANG00000006772) TTN (ENSPANG00000022292) PLEKHA3 (ENSPANG00000013332) #12 FKBP7 (ENSPANG00000019540) #13 PJVK (ENSPANG00000014211) #14 PRKRA (ENSPANG00000001046) #15 OSBPL6 (ENSPANG00000016378) #16 ENSPANG00000046096 RBM45 (ENSPANG00000016088) #17 ENSPANG00000029672 PDE11A (ENSPANG00000025222) #19 TTC30A (ENSPANG00000041839) #20 TTC30B (ENSPANG00000046724) #20 AGPS (ENSPANG00000004764) #21 NFE2L2 (ENSPANG00000039361) #22 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ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.a.b.b Sooty mangabey MODERN SPECIES 570 SESTD1 (ENSCATG00000024404) CCDC141 (ENSCATG00000030397) TTN (ENSCATG00000041967) PLEKHA3 (ENSCATG00000038850) #12 FKBP7 (ENSCATG00000037065) #13 PJVK (ENSCATG00000035539) #14 PRKRA (ENSCATG00000032736) #15 OSBPL6 (ENSCATG00000040355) #16 RBM45 (ENSCATG00000041082) #17 ENSCATG00000039319 #18 ENSCATG00000008317 PDE11A (ENSCATG00000042325) #19 TTC30A (ENSCATG00000000123) #20 TTC30B (ENSCATG00000004635) #20 AGPS (ENSCATG00000038387) #21 NFE2L2 (ENSCATG00000036834) #22 ENSCATG00000001855 HNRNPA3 (ENSCATG00000032162) #23 ENSCATG00000022731 MTX2 (ENSCATG00000039959) HOXD1 (ENSCATG00000032397) ENSCATG00000032250 HOXD3 (ENSCATG00000029355) HOXD4 (ENSCATG00000041719) HOXD8 (ENSCATG00000032148) HOXD9 (ENSCATG00000037190) HOXD11 (ENSCATG00000031157) HOXD10 (ENSCATG00000032256) HOXD12 (ENSCATG00000032043) 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ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Mouse lemur MODERN SPECIES 30 ENSMICG00000030550 ENSMICG00000043822 #9 ENSMICG00000031280 ENSMICG00000009898 #12 FKBP7 (ENSMICG00000044765) #13 PJVK (ENSMICG00000028765) #14 PRKRA (ENSMICG00000009883) #15 OSBPL6 (ENSMICG00000003793) #16 RBM45 (ENSMICG00000003787) #17 ENSMICG00000047030 #18 PDE11A (ENSMICG00000003770) #19 ENSMICG00000030225 ENSMICG00000046051 #20 ENSMICG00000003768 #20 AGPS (ENSMICG00000003750) #21 NFE2L2 (ENSMICG00000009559) #22 ENSMICG00000027841 ##23 MTX2 (ENSMICG00000004295) HOXD1 (ENSMICG00000044650) HOXD3 (ENSMICG00000004286) HOXD4 (ENSMICG00000043209) HOXD8 (ENSMICG00000004277) HOXD9 (ENSMICG00000031229) HOXD10 (ENSMICG00000028373) HOXD11 (ENSMICG00000048033) HOXD12 (ENSMICG00000002172) HOXD13 (ENSMICG00000002170) EVX2 (ENSMICG00000035343) LNPK (ENSMICG00000027707) ATP5MC3 (ENSMICG00000006421) ATF2 (ENSMICG00000006417) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ##23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 315 SESTD1 (ENSPSMG00000006407) CCDC141 (ENSPSMG00000006422) TTN (ENSPSMG00000006740) ENSPSMG00000006846 ##11 ENSPSMG00000006848 #9 PLEKHA3 (ENSPSMG00000006866) #12 FKBP7 (ENSPSMG00000006879) #13 PJVK (ENSPSMG00000006888) #14 PRKRA (ENSPSMG00000006915) #15 OSBPL6 (ENSPSMG00000007245) #16 RBM45 (ENSPSMG00000007558) #17 ENSPSMG00000007568 #18 PDE11A (ENSPSMG00000007629) #19 ENSPSMG00000007645 #20 AGPS (ENSPSMG00000007683) #21 NFE2L2 (ENSPSMG00000007760) #22 ENSPSMG00000007769 ##23 TRIM37 (ENSPSMG00000008046) ENSPSMG00000008167 ENSPSMG00000008202 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 478 CCDC141 (ENSPCOG00000001783) ENSPCOG00000025904 ENSPCOG00000024634 #9 ENSPCOG00000021252 PLEKHA3 (ENSPCOG00000020560) #12 FKBP7 (ENSPCOG00000018941) #13 PJVK (ENSPCOG00000022935) #14 PRKRA (ENSPCOG00000018812) #15 OSBPL6 (ENSPCOG00000010731) #16 ENSPCOG00000005659 RBM45 (ENSPCOG00000021526) #17 ENSPCOG00000028806 #18 ENSPCOG00000025842 PDE11A (ENSPCOG00000025830) #19 AGPS (ENSPCOG00000018665) #21 NFE2L2 (ENSPCOG00000007362) #22 MTX2 (ENSPCOG00000025077) HOXD1 (ENSPCOG00000024445) HOXD3 (ENSPCOG00000017195) HOXD4 (ENSPCOG00000018337) HOXD8 (ENSPCOG00000024233) HOXD9 (ENSPCOG00000026809) HOXD10 (ENSPCOG00000023637) HOXD11 (ENSPCOG00000015055) HOXD12 (ENSPCOG00000022036) HOXD13 (ENSPCOG00000018735) EVX2 (ENSPCOG00000022416) LNPK (ENSPCOG00000026983) ATP5MC3 (ENSPCOG00000016374) ATF2 (ENSPCOG00000025416) CHN1 (ENSPCOG00000018830) Bushbaby MODERN SPECIES 163 ZNF385B (ENSOGAG00000008520) SESTD1 (ENSOGAG00000011106) CCDC141 (ENSOGAG00000003186) ENSOGAG00000025603 ENSOGAG00000029563 ##11 PLEKHA3 (ENSOGAG00000002724) #12 FKBP7 (ENSOGAG00000002721) #13 PJVK (ENSOGAG00000033780) #14 PRKRA (ENSOGAG00000013971) #15 OSBPL6 (ENSOGAG00000013765) #16 RBM45 (ENSOGAG00000015195) #17 ENSOGAG00000026648 #18 ENSOGAG00000013191 ENSOGAG00000013189 #20 AGPS (ENSOGAG00000013184) #21 NFE2L2 (ENSOGAG00000034393) #22 ENSOGAG00000028132 ##23 ENSOGAG00000032690 MTX2 (ENSOGAG00000016422) HOXD1 (ENSOGAG00000015712) HOXD3 (ENSOGAG00000015710) HOXD4 (ENSOGAG00000029168) HOXD8 (ENSOGAG00000015707) HOXD9 (ENSOGAG00000015697) HOXD10 (ENSOGAG00000015694) HOXD11 (ENSOGAG00000029520) HOXD12 (ENSOGAG00000015689) HOXD13 (ENSOGAG00000027055) EVX2 (ENSOGAG00000025378) LNPK (ENSOGAG00000030372) ENSOGAG00000030354 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.b #22 Hedgehog MODERN SPECIES 11801 NFE2L2 (ENSEEUG00000011243) #22 Common shrew MODERN SPECIES 12665 NFE2L2 (ENSSARG00000010915) #22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 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(ENSPCTG00005007004) Blue whale MODERN SPECIES 18 ENSBMSG00010006553 #9 ENSBMSG00010006534 ENSBMSG00010006522 ENSBMSG00010006506 #12 FKBP7 (ENSBMSG00010006490) #13 PJVK (ENSBMSG00010006471) #14 PRKRA (ENSBMSG00010006442) #15 OSBPL6 (ENSBMSG00010006347) #16 RBM45 (ENSBMSG00010006279) #17 ENSBMSG00010006266 #18 ENSBMSG00010006255 PDE11A (ENSBMSG00010006216) #19 ENSBMSG00010006199 #20 ENSBMSG00010006193 #20 AGPS (ENSBMSG00010006175) #21 NFE2L2 (ENSBMSG00010006157) #22 ENSBMSG00010006149 ##23 MTX2 (ENSBMSG00010006100) HOXD1 (ENSBMSG00010006055) HOXD3 (ENSBMSG00010006046) HOXD4 (ENSBMSG00010006036) HOXD8 (ENSBMSG00010006022) HOXD9 (ENSBMSG00010006014) HOXD10 (ENSBMSG00010006002) HOXD11 (ENSBMSG00010005993) HOXD12 (ENSBMSG00010005987) HOXD13 (ENSBMSG00010005980) EVX2 (ENSBMSG00010005974) LNPK (ENSBMSG00010005955) ATP5MC3 (ENSBMSG00010005937) ATF2 (ENSBMSG00010005883) Pecora ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 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#23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b ENSGT00390000010116.fc.b #20 ENSGT00390000010116.fc.a #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a ENSGT00940000154298.a.a Bos ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00900000143154 #10 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b ENSGT00390000010116.fc.b #20 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a ENSGT00390000010116.fc.a #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.b #23 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a Bos_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a 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ENSGT00940000161025 ENSGT00390000010491.kb.a ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Chacoan peccary MODERN SPECIES 88 SESTD1 (ENSCWAG00000004249) ENSCWAG00000004196 ENSCWAG00000004147 #8 ENSCWAG00000004104 ##11 ENSCWAG00000004059 #9 TTN (ENSCWAG00000002022) PLEKHA3 (ENSCWAG00000001517) #12 FKBP7 (ENSCWAG00000001502) #13 PJVK (ENSCWAG00000001480) #14 PRKRA (ENSCWAG00000001459) #15 OSBPL6 (ENSCWAG00000001227) #16 RBM45 (ENSCWAG00000001104) #17 ENSCWAG00000001084 #18 PDE11A (ENSCWAG00000001000) #19 AGPS (ENSCWAG00000000957) #21 NFE2L2 (ENSCWAG00000000916) #22 HNRNPA3 (ENSCWAG00000000880) #23 MTX2 (ENSCWAG00000000848) HOXD1 (ENSCWAG00000000831) HOXD3 (ENSCWAG00000000815) HOXD4 (ENSCWAG00000000799) HOXD8 (ENSCWAG00000000766) HOXD9 (ENSCWAG00000000750) HOXD10 (ENSCWAG00000000737) HOXD11 (ENSCWAG00000000728) HOXD12 (ENSCWAG00000000716) HOXD13 (ENSCWAG00000000704) EVX2 (ENSCWAG00000000686) ENSCWAG00000000677 LNPK (ENSCWAG00000000637) ENSCWAG00000000620 Pig MODERN SPECIES 6 ENSSSCG00000061723 ENSSSCG00000042430 #8 ENSSSCG00000053021 ##11 ENSSSCG00000034677 #9 ENSSSCG00000038561 ##11 ENSSSCG00000036052 PLEKHA3 (ENSSSCG00000049025) #12 FKBP7 (ENSSSCG00000015999) #13 PJVK (ENSSSCG00000015998) #14 PRKRA (ENSSSCG00000038254) #15 OSBPL6 (ENSSSCG00000023133) #16 RBM45 (ENSSSCG00000015996) #17 ENSSSCG00000047774 PDE11A (ENSSSCG00000038903) #19 AGPS (ENSSSCG00000023983) #21 NFE2L2 (ENSSSCG00000015987) #22 ENSSSCG00000015988 ##23 MTX2 (ENSSSCG00000022222) HOXD1 (ENSSSCG00000015986) HOXD3 (ENSSSCG00000015985) HOXD4 (ENSSSCG00000015984) HOXD8 (ENSSSCG00000040349) HOXD9 (ENSSSCG00000015982) HOXD10 (ENSSSCG00000015981) HOXD11 (ENSSSCG00000034741) HOXD12 (ENSSSCG00000015980) HOXD13 (ENSSSCG00000057890) EVX2 (ENSSSCG00000023146) ENSSSCG00000053760 ENSSSCG00000039002 LNPK (ENSSSCG00000015976) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 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ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ##23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 26 ZNF385B 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(ENSMLUG00000005814) #14 ENSMLUG00000005810 #15 ENSMLUG00000022423 OSBPL6 (ENSMLUG00000005787) #16 RBM45 (ENSMLUG00000005782) #17 PDE11A (ENSMLUG00000005135) #19 ENSMLUG00000028755 ENSMLUG00000005133 #20 ENSMLUG00000005126 #20 AGPS (ENSMLUG00000005113) #21 ENSMLUG00000025480 NFE2L2 (ENSMLUG00000003909) #22 ENSMLUG00000003906 ##23 MTX2 (ENSMLUG00000015966) ENSMLUG00000029447 HOXD3 (ENSMLUG00000012510) HOXD4 (ENSMLUG00000012508) HOXD8 (ENSMLUG00000028864) HOXD10 (ENSMLUG00000007048) HOXD11 (ENSMLUG00000007030) HOXD12 (ENSMLUG00000007009) HOXD13 (ENSMLUG00000006997) EVX2 (ENSMLUG00000006989) ENSMLUG00000022478 LNPK (ENSMLUG00000006972) ENSMLUG00000012822 ATF2 (ENSMLUG00000015718) Megabat MODERN SPECIES 2191 RBM45 (ENSPVAG00000010390) #17 PDE11A (ENSPVAG00000010389) #19 ENSPVAG00000010388 #20 ENSPVAG00000010387 #20 AGPS (ENSPVAG00000010384) #21 NFE2L2 (ENSPVAG00000010382) #22 ENSPVAG00000010380 ##23 Equus ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153458.B ENSGT00940000155611.s ENSGT00730000111148 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ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a.i ENSGT00940000156582 Dingo MODERN SPECIES 339 ENSCAFG00020007149 ENSCAFG00020007141 #8 ENSCAFG00020007129 ##11 ENSCAFG00020007118 #9 ENSCAFG00020007110 PLEKHA3 (ENSCAFG00020007100) #12 FKBP7 (ENSCAFG00020007095) #13 PJVK (ENSCAFG00020007088) #14 ENSCAFG00020007071 #15 OSBPL6 (ENSCAFG00020007025) #16 RBM45 (ENSCAFG00020007013) #17 PDE11A (ENSCAFG00020006966) #19 ENSCAFG00020006963 #20 ENSCAFG00020006961 #20 AGPS (ENSCAFG00020006351) #21 NFE2L2 (ENSCAFG00020006313) #22 ENSCAFG00020006299 ##23 MTX2 (ENSCAFG00020006273) HOXD1 (ENSCAFG00020006270) HOXD3 (ENSCAFG00020006263) HOXD4 (ENSCAFG00020006256) HOXD8 (ENSCAFG00020006244) HOXD10 (ENSCAFG00020006239) HOXD11 (ENSCAFG00020006229) HOXD9 (ENSCAFG00020006227) HOXD12 (ENSCAFG00020006216) HOXD13 (ENSCAFG00020006212) EVX2 (ENSCAFG00020006206) LNPK (ENSCAFG00020006192) ENSCAFG00020006176 ENSCAFG00020006151 Dog MODERN SPECIES 29 CCDC141 (ENSCAFG00845025967) ENSCAFG00845025823 #8 ENSCAFG00845025741 ##11 ENSCAFG00845025563 #9 TTN (ENSCAFG00845023220) PLEKHA3 (ENSCAFG00845022559) #12 FKBP7 (ENSCAFG00845022485) #13 ENSCAFG00845022360 #15 PJVK (ENSCAFG00845022256) #14 OSBPL6 (ENSCAFG00845021295) #16 RBM45 (ENSCAFG00845020808) #17 ENSCAFG00845020768 #18 PDE11A (ENSCAFG00845020545) #19 TTC30A (ENSCAFG00845020493) #20 AGPS (ENSCAFG00845020190) #21 NFE2L2 (ENSCAFG00845020022) #22 HNRNPA3 (ENSCAFG00845019864) #23 MTX2 (ENSCAFG00845019381) HOXD1 (ENSCAFG00845019313) HOXD3 (ENSCAFG00845019275) HOXD4 (ENSCAFG00845019072) HOXD10 (ENSCAFG00845019028) HOXD9 (ENSCAFG00845018856) ENSCAFG00845018802 HOXD12 (ENSCAFG00845018775) HOXD13 (ENSCAFG00845018741) EVX2 (ENSCAFG00845018704) LNPK (ENSCAFG00845018510) ENSCAFG00845018368 ATP5MC3 (ENSCAFG00845018248) ATF2 (ENSCAFG00845017708) Red fox MODERN SPECIES 15 ENSVVUG00000009921 #8 ENSVVUG00000009932 ##11 ENSVVUG00000009947 #9 ENSVVUG00000010016 PLEKHA3 (ENSVVUG00000010019) #12 FKBP7 (ENSVVUG00000010027) #13 PJVK (ENSVVUG00000010029) #14 PRKRA (ENSVVUG00000010032) #15 OSBPL6 (ENSVVUG00000010039) #16 RBM45 (ENSVVUG00000010078) #17 PDE11A (ENSVVUG00000010094) #19 ENSVVUG00000010109 #20 AGPS (ENSVVUG00000010164) #21 ENSVVUG00000012634 #20 ENSVVUG00000012637 NFE2L2 (ENSVVUG00000012641) #22 ENSVVUG00000012651 ##23 ENSVVUG00000012682 ENSVVUG00000012694 HOXD3 (ENSVVUG00000012700) HOXD8 (ENSVVUG00000012714) ENSVVUG00000012717 HOXD10 (ENSVVUG00000012722) ENSVVUG00000012726 HOXD12 (ENSVVUG00000012731) HOXD13 (ENSVVUG00000012734) EVX2 (ENSVVUG00000012735) LNPK (ENSVVUG00000012737) ATP5MC3 (ENSVVUG00000012759) ATF2 (ENSVVUG00000012774) CHN1 (ENSVVUG00000012819) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00900000143154 #10 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 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ENSGT00940000154298.a.a.m.b ENSGT00940000156582 Polar bear MODERN SPECIES 142 SESTD1 (ENSUMAG00000016664) CCDC141 (ENSUMAG00000016645) ENSUMAG00000016620 ENSUMAG00000016607 ##11 ENSUMAG00000016602 #9 ENSUMAG00000016583 PLEKHA3 (ENSUMAG00000016580) #12 FKBP7 (ENSUMAG00000016577) #13 PJVK (ENSUMAG00000016572) #14 PRKRA (ENSUMAG00000016566) #15 OSBPL6 (ENSUMAG00000016519) #16 RBM45 (ENSUMAG00000016503) #17 PDE11A (ENSUMAG00000016414) #19 ENSUMAG00000016390 #20 AGPS (ENSUMAG00000015781) #21 NFE2L2 (ENSUMAG00000015689) #22 ENSUMAG00000015686 ##23 MTX2 (ENSUMAG00000015662) HOXD4 (ENSUMAG00000015658) ENSUMAG00000015653 HOXD10 (ENSUMAG00000015650) ENSUMAG00000015649 LNPK (ENSUMAG00000015613) ATP5MC3 (ENSUMAG00000015579) ATF2 (ENSUMAG00000015564) CHN1 (ENSUMAG00000015511) CHRNA1 (ENSUMAG00000015480) ENSUMAG00000015473 ENSUMAG00000015461 GPR155 (ENSUMAG00000015425) SCRN3 (ENSUMAG00000015422) American black bear MODERN SPECIES 390 NFE2L2 (ENSUAMG00000007100) #22 Giant Panda MODERN SPECIES 11 ENSAMEG00000029059 #7 ENSAMEG00000029868 #8 ENSAMEG00000028448 ##11 ENSAMEG00000026332 #9 ENSAMEG00000029399 #10 ENSAMEG00000030666 #11 PLEKHA3 (ENSAMEG00000000774) #12 FKBP7 (ENSAMEG00000027885) #13 PJVK (ENSAMEG00000000801) #14 PRKRA (ENSAMEG00000000803) #15 OSBPL6 (ENSAMEG00000000825) #16 RBM45 (ENSAMEG00000000896) #17 ENSAMEG00000023664 PDE11A (ENSAMEG00000000902) #19 AGPS (ENSAMEG00000011950) #21 NFE2L2 (ENSAMEG00000011937) #22 HNRNPA3 (ENSAMEG00000011920) #23 ENSAMEG00000019906 MTX2 (ENSAMEG00000001799) HOXD1 (ENSAMEG00000028345) HOXD3 (ENSAMEG00000026957) HOXD4 (ENSAMEG00000025663) HOXD8 (ENSAMEG00000023565) HOXD9 (ENSAMEG00000029987) HOXD10 (ENSAMEG00000001849) ENSAMEG00000025193 HOXD12 (ENSAMEG00000023609) HOXD13 (ENSAMEG00000001865) EVX2 (ENSAMEG00000001868) LNPK (ENSAMEG00000001869) ATP5MC3 (ENSAMEG00000012367) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000153458.B ENSGT00940000155611.s ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 American mink MODERN SPECIES 222 ENSNVIG00000006216 #9 ENSNVIG00000006230 #8 ENSNVIG00000006244 #9 ENSNVIG00000006252 #10 ENSNVIG00000006264 PLEKHA3 (ENSNVIG00000006265) #12 FKBP7 (ENSNVIG00000006271) #13 PJVK (ENSNVIG00000006274) #14 PRKRA (ENSNVIG00000006320) #15 OSBPL6 (ENSNVIG00000006388) #16 RBM45 (ENSNVIG00000006823) #17 ENSNVIG00000006839 #18 PDE11A (ENSNVIG00000006854) #19 ENSNVIG00000006929 AGPS (ENSNVIG00000006950) #21 NFE2L2 (ENSNVIG00000006995) #22 HNRNPA3 (ENSNVIG00000007022) #23 MTX2 (ENSNVIG00000007075) HOXD1 (ENSNVIG00000007113) HOXD3 (ENSNVIG00000007128) HOXD4 (ENSNVIG00000007138) ENSNVIG00000007149 HOXD9 (ENSNVIG00000007158) HOXD10 (ENSNVIG00000007162) ENSNVIG00000007170 HOXD12 (ENSNVIG00000007175) HOXD13 (ENSNVIG00000007186) EVX2 (ENSNVIG00000007198) LNPK (ENSNVIG00000007208) Ferret MODERN SPECIES 359 AGPS (ENSMPUG00000014173) #21 ENSMPUG00000014172 ENSMPUG00000014168 #22 ENSMPUG00000014103 ##23 ENSMPUG00000014101 MTX2 (ENSMPUG00000014094) ENSMPUG00000014088 HOXD1 (ENSMPUG00000014084) ENSMPUG00000014080 HOXD3 (ENSMPUG00000014072) HOXD4 (ENSMPUG00000014070) ENSMPUG00000014067 ENSMPUG00000014060 HOXD9 (ENSMPUG00000014053) HOXD10 (ENSMPUG00000014049) HOXD11 (ENSMPUG00000014029) HOXD12 (ENSMPUG00000014025) HOXD13 (ENSMPUG00000014022) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155611.s ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000005421 ENSGT00940000155611.s ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Sloth MODERN SPECIES 1509 NFE2L2 (ENSCHOG00000005792) #22 Armadillo MODERN SPECIES 3580 ENSDNOG00000019250 SESTD1 (ENSDNOG00000014724) CCDC141 (ENSDNOG00000031268) ENSDNOG00000048097 ENSDNOG00000031177 #9 PLEKHA3 (ENSDNOG00000002717) #12 FKBP7 (ENSDNOG00000035521) #13 PJVK (ENSDNOG00000019700) #14 PRKRA (ENSDNOG00000019701) #15 OSBPL6 (ENSDNOG00000016352) #16 RBM45 (ENSDNOG00000001973) #17 ENSDNOG00000016006 ENSDNOG00000032224 #20 ENSDNOG00000044838 #20 AGPS (ENSDNOG00000032919) #21 NFE2L2 (ENSDNOG00000019020) #22 HNRNPA3 (ENSDNOG00000019022) #23 MTX2 (ENSDNOG00000034659) HOXD1 (ENSDNOG00000019807) HOXD3 (ENSDNOG00000035593) HOXD4 (ENSDNOG00000019805) HOXD8 (ENSDNOG00000036145) HOXD10 (ENSDNOG00000034389) HOXD11 (ENSDNOG00000044260) HOXD12 (ENSDNOG00000047700) HOXD13 (ENSDNOG00000019799) EVX2 (ENSDNOG00000019797) ENSDNOG00000045361 LNPK (ENSDNOG00000039308) ENSDNOG00000044678 ATF2 (ENSDNOG00000015229) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155611.s ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a.e ENSGT00940000156582 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.p #20 ENSGT00390000010116.o #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a.e ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Elephant MODERN SPECIES 301 SESTD1 (ENSLAFG00000010863) ENSLAFG00000016368 ENSLAFG00000030749 ENSLAFG00000016250 ##11 PLEKHA3 (ENSLAFG00000006385) #12 FKBP7 (ENSLAFG00000016244) #13 PJVK (ENSLAFG00000016082) #14 PRKRA (ENSLAFG00000026940) #15 OSBPL6 (ENSLAFG00000011141) #16 RBM45 (ENSLAFG00000007464) #17 ENSLAFG00000027524 #18 PDE11A (ENSLAFG00000005234) #19 ENSLAFG00000005704 #20 ENSLAFG00000014996 #20 AGPS (ENSLAFG00000014990) #21 NFE2L2 (ENSLAFG00000016263) #22 ENSLAFG00000027712 MTX2 (ENSLAFG00000013982) HOXD3 (ENSLAFG00000005477) HOXD4 (ENSLAFG00000005480) HOXD8 (ENSLAFG00000004364) HOXD9 (ENSLAFG00000011494) HOXD10 (ENSLAFG00000013262) HOXD12 (ENSLAFG00000017497) HOXD13 (ENSLAFG00000027629) EVX2 (ENSLAFG00000013264) LNPK (ENSLAFG00000004502) ENSLAFG00000010768 ATF2 (ENSLAFG00000006463) CHN1 (ENSLAFG00000011074) CHRNA1 (ENSLAFG00000011067) Hyrax MODERN SPECIES 1360 NFE2L2 (ENSPCAG00000013845) #22 Tenrec MODERN SPECIES 14990 NFE2L2 (ENSETEG00000001387) #22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153458.B.b ENSGT00940000155611.s ENSGT00730000111148 ENSGT00440000038972 ENSGT01100000263523.A ENSGT00940000155850 #12 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ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C.k ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b.a ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.o.a #23 ENSGT00950000182919.C.k ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 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ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263523.I.b ENSGT01100000263523.G.a.b.b ENSGT01100000263523.J ENSGT01100000263523.I.a.a.b ENSGT01100000263523.E.q ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653.c.a ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01100000263523.I.b ENSGT01100000263523.G.a.b.b ENSGT01100000263523.J ENSGT01100000263523.I.a.a.b ENSGT01100000263523.E.q ENSGT00940000155850 #12 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ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ENSGT01100000263523.I.a.b ENSGT01100000263523.I.a.a.b ENSGT01100000263523.C.a.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653.c.a ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Turkey MODERN SPECIES 27 ENSMGAG00000021022 ##11 ENSMGAG00000022630 ENSMGAG00000020675 ENSMGAG00000021039 ENSMGAG00000021104 ENSMGAG00000018810 PLEKHA3 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ENSPMJG00000018399 #11 PLEKHA3 (ENSPMJG00000018400) #12 FKBP7 (ENSPMJG00000018401) #13 PJVK (ENSPMJG00000018402) #14 OSBPL6 (ENSPMJG00000018403) #16 RBM45 (ENSPMJG00000018404) #17 ENSPMJG00000018405 ENSPMJG00000018406 ENSPMJG00000018407 #19 ENSPMJG00000018408 #20 AGPS (ENSPMJG00000018409) #21 NFE2L2 (ENSPMJG00000018516) #22 HNRNPA3 (ENSPMJG00000018517) #23 MTX2 (ENSPMJG00000018521) HOXD3 (ENSPMJG00000018522) HOXD4 (ENSPMJG00000018523) HOXD8 (ENSPMJG00000018525) HOXD9 (ENSPMJG00000018527) HOXD10 (ENSPMJG00000018528) HOXD11 (ENSPMJG00000018529) HOXD12 (ENSPMJG00000018530) HOXD13 (ENSPMJG00000018531) EVX2 (ENSPMJG00000018532) LNPK (ENSPMJG00000018533) ATP5MC3 (ENSPMJG00000018536) ATF2 (ENSPMJG00000018537) CHN1 (ENSPMJG00000018538) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a #9 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ENSGT01100000263523.J ENSGT01100000263523.I.a.a.b ENSGT01100000263523.F ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 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(ENSTMTG00000016268) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a.a #9 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b.c.a ##11 ENSGT01100000263523.G.a.a ENSGT01100000263523.E ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964.c #13 ENSGT00940000159964.d #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000164264 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.a Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 2 ENSGEVG00005018884 ENSGEVG00005018991 ENSGEVG00005019129 ENSGEVG00005019169 PLEKHA3 (ENSGEVG00005019213) #12 ENSGEVG00005019223 #13 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(ENSPSIG00000003146) ATP5MC3 (ENSPSIG00000003200) ATF2 (ENSPSIG00000003225) Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01100000263523.C.a.b ENSGT01100000263523.E ENSGT01100000263523.I.b ENSGT01100000263523.F ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a #8 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b.b ##11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ##11 ENSGT01100000263523.F 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Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01100000263532.B #7 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.d ##11 ENSGT01100000263523.I.a.b.a ENSGT01100000263523.I.a.a.b ENSGT01100000263532.C.c.b #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.e.a.d #18 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.i #20 ENSGT00390000010116.j #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161653 ENSGT00940000161503 ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a.lc ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.c Eastern brown snake MODERN SPECIES 7 ENSPTXG00000003569 ##11 ENSPTXG00000003571 ENSPTXG00000003573 ENSPTXG00000003574 #11 ENSPTXG00000003575 ENSPTXG00000003576 #12 FKBP7 (ENSPTXG00000003577) #13 PJVK 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(ENSLOCG00000007146) HOXD13 (ENSLOCG00000007161) evx2 (ENSLOCG00000007179) lnpk (ENSLOCG00000007190) ENSLOCG00000007211 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156472.c ENSGT00390000016619.a ENSGT00940000165507 ENSGT00940000155558 ENSGT00390000005923 ENSGT00940000160909 ENSGT00390000015818 ENSGT00940000158361 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.a ##18 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.f ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851 ENSGT00910000144296 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000160192 ENSGT00940000157043 ENSGT00940000156472.c ENSGT00390000016619.a.d ENSGT00940000165507 ENSGT00940000155558.b ENSGT00390000005923 ENSGT00940000160909.c ENSGT00390000015818 ENSGT00940000158361.a ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f.a ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112.h.b #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.f ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ENSGT00910000144296.a ENSGT00390000004153 Asian bonytongue MODERN SPECIES 13 ENSSFOG00015002685 PDE1A (ENSSFOG00015002641) dusp19b (ENSSFOG00015031775) nckap1 (ENSSFOG00015002478) frzb (ENSSFOG00015002469) dnajc10 (ENSSFOG00015002441) nup35 (ENSSFOG00015002390) znf804a (ENSSFOG00015002338) zc3h15 (ENSSFOG00015002295) itgav (ENSSFOG00015002170) prkra (ENSSFOG00015002157) #15 OSBPL6 (ENSSFOG00015001959) #16 cycsb (ENSSFOG00015001939) ##18 ENSSFOG00015001871 agps (ENSSFOG00015028351) #21 nfe2l2a (ENSSFOG00015001827) #22 hnrnpa3 (ENSSFOG00015001814) hoxd3a (ENSSFOG00015001794) hoxd4a (ENSSFOG00015001803) hoxd9a (ENSSFOG00015001780) hoxd10a (ENSSFOG00015001740) hoxd11a (ENSSFOG00015001728) hoxd12a (ENSSFOG00015030881) evx2 (ENSSFOG00015026350) LNPK (ENSSFOG00015027388) atp5mc3a (ENSSFOG00015001666) ATF2 (ENSSFOG00015001611) ENSSFOG00015001599 chrna1 (ENSSFOG00015001557) wipf1a (ENSSFOG00015001460) GPR155 (ENSSFOG00015001445) P. kingsleyae MODERN SPECIES 66 dusp19b (ENSPKIG00000021766) NCKAP1 (ENSPKIG00000021822) frzb (ENSPKIG00000021917) ENSPKIG00000021944 ENSPKIG00000021988 nup35 (ENSPKIG00000022051) znf804a (ENSPKIG00000022091) ENSPKIG00000022111 zc3h15 (ENSPKIG00000022132) itgav (ENSPKIG00000022190) prkra (ENSPKIG00000022368) #15 OSBPL6 (ENSPKIG00000022440) #16 cycsb (ENSPKIG00000022585) ##18 ENSPKIG00000022607 agps (ENSPKIG00000022723) #21 nfe2l2a (ENSPKIG00000022873) #22 hnrnpa3 (ENSPKIG00000022916) hoxd3a (ENSPKIG00000022968) hoxd4a (ENSPKIG00000022999) ENSPKIG00000023010 hoxd10a (ENSPKIG00000023022) hoxd11a (ENSPKIG00000023029) hoxd12a (ENSPKIG00000023038) HOXD13 (ENSPKIG00000023045) evx2 (ENSPKIG00000023055) lnpk (ENSPKIG00000023083) ENSPKIG00000023124 ATF2 (ENSPKIG00000023136) chn1 (ENSPKIG00000023161) wipf1a (ENSPKIG00000023181) GPR155 (ENSPKIG00000023215) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00970000193449 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.a ##18 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.a ##18 ENSGT01030000234992 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 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ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a 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ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a 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(ENSAOCG00000004196) ENSAOCG00000004206 ATF2 (ENSAOCG00000004218) ENSAOCG00000004256 CHRNA1 (ENSAOCG00000000151) Orange clownfish MODERN SPECIES 3 DOCK9 (ENSAPEG00000023247) SLC15A1 (ENSAPEG00000022998) STK24 (ENSAPEG00000022931) INO80D (ENSAPEG00000022901) NDUFS1 (ENSAPEG00000022881) ENSAPEG00000022870 CMKLR2 (ENSAPEG00000022864) ADAM23 (ENSAPEG00000022814) FAM237A (ENSAPEG00000022800) ENSAPEG00000022793 prkra (ENSAPEG00000022769) #15 OSBPL6 (ENSAPEG00000022704) #16 cycsb (ENSAPEG00000022678) ##18 ENSAPEG00000022643 agps (ENSAPEG00000022568) #21 nfe2l2a (ENSAPEG00000022542) #22 hnrnpa3 (ENSAPEG00000022522) hoxd3a (ENSAPEG00000022493) hoxd4a (ENSAPEG00000022483) hoxd9a (ENSAPEG00000022404) hoxd10a (ENSAPEG00000022375) hoxd11a (ENSAPEG00000022361) hoxd12a (ENSAPEG00000022350) evx2 (ENSAPEG00000022340) lnpa (ENSAPEG00000022331) ENSAPEG00000022317 ATF2 (ENSAPEG00000022256) ENSAPEG00000022232 CHRNA1 (ENSAPEG00000022209) GPR155 (ENSAPEG00000022183) scrn3 (ENSAPEG00000022151) Spiny chromis MODERN SPECIES 1481 ENSAPOG00000003421 agps (ENSAPOG00000003487) #21 nfe2l2a (ENSAPOG00000003497) #22 hnrnpa3 (ENSAPOG00000003641) hnrnpa3 (ENSAPOG00000003688) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 46 OSBPL6 (ENSSPAG00000008749) #16 cycsb (ENSSPAG00000008808) ##18 ENSSPAG00000008821 agps (ENSSPAG00000008871) #21 nfe2l2a (ENSSPAG00000008945) #22 hnrnpa3 (ENSSPAG00000008969) hoxd3a (ENSSPAG00000009001) hoxd4a (ENSSPAG00000009010) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 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ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c.d ENSGT00390000004153.c.c Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 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ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Javanese ricefish MODERN SPECIES 13 HS6ST3 (ENSOJAG00000016571) MBNL2 (ENSOJAG00000016580) RAP2A (ENSOJAG00000016606) FARP1 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ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Climbing perch MODERN SPECIES 12 RAP2A (ENSATEG00000014298) FARP1 (ENSATEG00000014315) DOCK9 (ENSATEG00000014377) ENSATEG00000014517 STK24 (ENSATEG00000014774) INO80D (ENSATEG00000014792) NDUFS1 (ENSATEG00000014830) CMKLR2 (ENSATEG00000014960) ADAM23 (ENSATEG00000014971) FAM237A (ENSATEG00000015000) ENSATEG00000015020 prkra (ENSATEG00000015036) #15 ENSATEG00000015064 #16 ENSATEG00000015193 agps (ENSATEG00000015253) #21 nfe2l2a (ENSATEG00000015291) #22 hnrnpa3 (ENSATEG00000015304) hoxd3a (ENSATEG00000015328) hoxd4a (ENSATEG00000026293) hoxd9a (ENSATEG00000015352) hoxd10a (ENSATEG00000015361) hoxd11a (ENSATEG00000015366) hoxd12a (ENSATEG00000015376) evx2 (ENSATEG00000015390) lnpa (ENSATEG00000015400) ENSATEG00000029057 ATF2 (ENSATEG00000015430) ENSATEG00000026639 CHRNA1 (ENSATEG00000015509) GPR155 (ENSATEG00000015655) scrn3 (ENSATEG00000015681) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 11 RAP2A (ENSBSLG00000024472) FARP1 (ENSBSLG00000024508) DOCK9 (ENSBSLG00000024853) ENSBSLG00000025293 SLC15A1 (ENSBSLG00000025555) STK24 (ENSBSLG00000025966) INO80D (ENSBSLG00000025979) CMKLR2 (ENSBSLG00000025999) ADAM23 (ENSBSLG00000026024) FAM237A (ENSBSLG00000026070) ENSBSLG00000026074 prkra (ENSBSLG00000026075) #15 OSBPL6 (ENSBSLG00000026120) #16 ENSBSLG00000026217 agps (ENSBSLG00000026249) #21 nfe2l2a (ENSBSLG00000026266) #22 hnrnpa1b (ENSBSLG00000026269) hoxd3a (ENSBSLG00000026271) hoxd4a (ENSBSLG00000026272) hoxd9a (ENSBSLG00000026273) hoxd10a (ENSBSLG00000026275) hoxd11a (ENSBSLG00000026276) hoxd12a (ENSBSLG00000026277) evx2 (ENSBSLG00000026279) lnpa (ENSBSLG00000004925) ENSBSLG00000004975 ATF2 (ENSBSLG00000005177) ENSBSLG00000005277 GPR155 (ENSBSLG00000005380) scrn3 (ENSBSLG00000005638) CIR1 (ENSBSLG00000005674) Zig-zag eel MODERN SPECIES 13 RAP2A (ENSMAMG00000012424) FARP1 (ENSMAMG00000012245) DOCK9 (ENSMAMG00000012139) ENSMAMG00000006800 STK24 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(ENSLCAG00010015988) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000176946.a ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.b #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c Tongue sole MODERN SPECIES 7 FAM124A (ENSCSEG00000005828) tsn (ENSCSEG00000005825) si:dkey-91i10.2 (ENSCSEG00000005820) eaf2 (ENSCSEG00000005817) ENSCSEG00000005809 slc15a2 (ENSCSEG00000005799) hspbap1 (ENSCSEG00000005786) slc49a4 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ENSSMAG00000032684 ##18 ENSSMAG00000015360 agps (ENSSMAG00000015285) #21 nfe2l2a (ENSSMAG00000015270) #22 hnrnpa3 (ENSSMAG00000015218) hoxd3a (ENSSMAG00000015192) hoxd4a (ENSSMAG00000015208) hoxd9a (ENSSMAG00000015178) hoxd10a (ENSSMAG00000015175) hoxd11a (ENSSMAG00000015168) hoxd12a (ENSSMAG00000015157) evx2 (ENSSMAG00000022153) lnpa (ENSSMAG00000015112) ENSSMAG00000015084 ATF2 (ENSSMAG00000015045) ENSSMAG00000015017 CHRNA1 (ENSSMAG00000014996) GPR155 (ENSSMAG00000014982) scrn3 (ENSSMAG00000014971) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Tetraodon MODERN SPECIES 13 RAP2A (ENSTNIG00000013978) ENSTNIG00000013979 FARP1 (ENSTNIG00000013980) DOCK9 (ENSTNIG00000013981) SLC15A1 (ENSTNIG00000013982) STK24 (ENSTNIG00000013983) INO80D (ENSTNIG00000013984) NDUFS1 (ENSTNIG00000006545) ADAM23 (ENSTNIG00000003428) ENSTNIG00000016964 prkra (ENSTNIG00000016963) #15 OSBPL6 (ENSTNIG00000016962) #16 cycsb (ENSTNIG00000000282) ##18 ENSTNIG00000016961 agps (ENSTNIG00000016960) #21 nfe2l2a (ENSTNIG00000016959) #22 hnrnpa3 (ENSTNIG00000016958) hoxd3a (ENSTNIG00000001764) hoxd4a (ENSTNIG00000001765) hoxd9a (ENSTNIG00000016957) hoxd10a (ENSTNIG00000001775) hoxd11a (ENSTNIG00000001776) hoxd12a (ENSTNIG00000001777) evx2 (ENSTNIG00000001817) lnpa (ENSTNIG00000016956) ENSTNIG00000000679 ENSTNIG00000016955 ATF2 (ENSTNIG00000016954) ENSTNIG00000016953 CHRNA1 (ENSTNIG00000016952) GPR155 (ENSTNIG00000016951) Fugu MODERN SPECIES RAP2A (ENSTRUG00000026484) FARP1 (ENSTRUG00000017356) DOCK9 (ENSTRUG00000017366) ENSTRUG00000017397 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ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Ballan wrasse MODERN SPECIES 68 FARP1 (ENSLBEG00000018535) DOCK9 (ENSLBEG00000018292) SLC15A1 (ENSLBEG00000017752) STK24 (ENSLBEG00000017536) INO80D (ENSLBEG00000017499) NDUFS1 (ENSLBEG00000017451) CMKLR2 (ENSLBEG00000017433) ADAM23 (ENSLBEG00000017288) FAM237A (ENSLBEG00000017258) ENSLBEG00000017240 prkra (ENSLBEG00000017208) #15 OSBPL6 (ENSLBEG00000017090) #16 cycsb (ENSLBEG00000017009) ##18 ENSLBEG00000016933 agps (ENSLBEG00000016832) #21 nfe2l2a (ENSLBEG00000016797) #22 hnrnpa3 (ENSLBEG00000016767) hoxd3a (ENSLBEG00000016756) hoxd4a (ENSLBEG00000016739) hoxd9a (ENSLBEG00000016730) hoxd10a (ENSLBEG00000016718) hoxd11a (ENSLBEG00000016704) hoxd12a (ENSLBEG00000016682) evx2 (ENSLBEG00000016664) lnpa (ENSLBEG00000016632) ENSLBEG00000016610 ATF2 (ENSLBEG00000016549) CHN1 (ENSLBEG00000016496) CHRNA1 (ENSLBEG00000016355) GPR155 (ENSLBEG00000016274) scrn3 (ENSLBEG00000016240) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Perciformes ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Lumpfish MODERN SPECIES 13 FARP1 (ENSCLMG00005009389) DOCK9 (ENSCLMG00005010444) SLC15A1 (ENSCLMG00005018954) STK24 (ENSCLMG00005018957) INO80D (ENSCLMG00005019041) NDUFS1 (ENSCLMG00005019057) CMKLR2 (ENSCLMG00005019624) ADAM23 (ENSCLMG00005019627) FAM237A (ENSCLMG00005020300) ENSCLMG00005020302 prkra (ENSCLMG00005020304) #15 OSBPL6 (ENSCLMG00005020316) #16 ENSCLMG00005021004 ##18 ENSCLMG00005021005 agps (ENSCLMG00005021014) #21 nfe2l2a (ENSCLMG00005021034) #22 hnrnpa3 (ENSCLMG00005021035) hoxd3a (ENSCLMG00005021036) hoxd4a (ENSCLMG00005021037) hoxd9a (ENSCLMG00005021038) hoxd10a (ENSCLMG00005021039) hoxd11a (ENSCLMG00005021040) hoxd12a (ENSCLMG00005021041) evx2 (ENSCLMG00005021042) lnpa (ENSCLMG00005021044) ENSCLMG00005021047 ATF2 (ENSCLMG00005021049) ENSCLMG00005021050 CHRNA1 (ENSCLMG00005021051) GPR155 (ENSCLMG00005021053) scrn3 (ENSCLMG00005021066) Stickleback MODERN SPECIES 16 HS6ST3 (ENSGACG00000004221) MBNL2 (ENSGACG00000004222) FARP1 (ENSGACG00000004228) DOCK9 (ENSGACG00000004237) SLC15A1 (ENSGACG00000004265) STK24 (ENSGACG00000004299) INO80D (ENSGACG00000004314) NDUFS1 (ENSGACG00000004321) CMKLR2 (ENSGACG00000004337) ADAM23 (ENSGACG00000004341) casp10 (ENSGACG00000004378) prkra (ENSGACG00000004394) #15 OSBPL6 (ENSGACG00000004410) #16 ENSGACG00000004421 agps (ENSGACG00000004444) #21 nfe2l2a (ENSGACG00000004470) #22 hnrnpa3 (ENSGACG00000004477) hoxd3a (ENSGACG00000004548) hoxd4a (ENSGACG00000004551) hoxd9a (ENSGACG00000004556) hoxd10a (ENSGACG00000004564) hoxd11a (ENSGACG00000004569) hoxd12a (ENSGACG00000004574) evx2 (ENSGACG00000004579) lnpa (ENSGACG00000004584) ENSGACG00000004591 ATF2 (ENSGACG00000004600) CHN1 (ENSGACG00000004616) CHRNA1 (ENSGACG00000004638) GPR155 (ENSGACG00000004687) scrn3 (ENSGACG00000004721) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Channel bull blenny MODERN SPECIES 13 FARP1 (ENSCGOG00000003665) DOCK9 (ENSCGOG00000004936) SLC15A1 (ENSCGOG00000005836) STK24 (ENSCGOG00000005844) INO80D (ENSCGOG00000005996) NDUFS1 (ENSCGOG00000006001) CMKLR2 (ENSCGOG00000006380) ADAM23 (ENSCGOG00000006399) FAM237A (ENSCGOG00000007653) ENSCGOG00000007655 prkra (ENSCGOG00000007659) #15 OSBPL6 (ENSCGOG00000007738) #16 cycsb (ENSCGOG00000010607) ##18 ENSCGOG00000010619 agps (ENSCGOG00000010712) #21 nfe2l2a (ENSCGOG00000012505) #22 hnrnpa3 (ENSCGOG00000012510) hoxd3a (ENSCGOG00000012512) hoxd4a (ENSCGOG00000012513) hoxd9a (ENSCGOG00000012514) hoxd10a (ENSCGOG00000012515) hoxd11a (ENSCGOG00000012516) hoxd12a (ENSCGOG00000012519) evx2 (ENSCGOG00000012521) lnpa (ENSCGOG00000012525) ENSCGOG00000012529 ATF2 (ENSCGOG00000012558) CHN1 (ENSCGOG00000012562) CHRNA1 (ENSCGOG00000012576) GPR155 (ENSCGOG00000012639) scrn3 (ENSCGOG00000012751) Pike perch MODERN SPECIES 1 FARP1 (ENSSLUG00000001193) DOCK9 (ENSSLUG00000002213) SLC15A1 (ENSSLUG00000007711) STK24 (ENSSLUG00000007748) INO80D (ENSSLUG00000007824) NDUFS1 (ENSSLUG00000007838) CMKLR2 (ENSSLUG00000007906) ADAM23 (ENSSLUG00000007933) FAM237A (ENSSLUG00000008599) ENSSLUG00000008612 prkra (ENSSLUG00000008658) #15 OSBPL6 (ENSSLUG00000008720) #16 cycsb (ENSSLUG00000010048) ##18 ENSSLUG00000010056 agps (ENSSLUG00000010199) #21 nfe2l2a (ENSSLUG00000013061) #22 HNRNPA1L3 (ENSSLUG00000013067) hoxd3a (ENSSLUG00000013082) hoxd4a (ENSSLUG00000013085) hoxd9a (ENSSLUG00000013092) hoxd10a (ENSSLUG00000013095) hoxd11a (ENSSLUG00000013098) hoxd12a (ENSSLUG00000013103) evx2 (ENSSLUG00000013108) lnpa (ENSSLUG00000013118) atp5mc3a (ENSSLUG00000013135) ATF2 (ENSSLUG00000013155) CHN1 (ENSSLUG00000013159) CHRNA1 (ENSSLUG00000013170) GPR155 (ENSSLUG00000013387) scrn3 (ENSSLUG00000013574) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a European seabass MODERN SPECIES 5 MBNL2 (ENSDLAG00005024282) RAP2A (ENSDLAG00005026902) FARP1 (ENSDLAG00005023084) DOCK9 (ENSDLAG00005012371) ENSDLAG00005010823 STK24 (ENSDLAG00005010485) INO80D (ENSDLAG00005030557) NDUFS1 (ENSDLAG00005009594) ADAM23 (ENSDLAG00005008967) FAM237A (ENSDLAG00005008945) ENSDLAG00005008935 ENSDLAG00005006538 #16 ENSDLAG00005029869 ##18 ENSDLAG00005006250 agps (ENSDLAG00005004780) #21 nfe2l2a (ENSDLAG00005004683) #22 hnrnpa3 (ENSDLAG00005004602) hoxd3a (ENSDLAG00005004581) hoxd4a (ENSDLAG00005031082) hoxd9a (ENSDLAG00005034881) hoxd10a (ENSDLAG00005004554) hoxd11a (ENSDLAG00005004534) hoxd12a (ENSDLAG00005004530) evx2 (ENSDLAG00005004514) lnpa (ENSDLAG00005004438) ENSDLAG00005029965 ATF2 (ENSDLAG00005026266) ENSDLAG00005026265 CHRNA1 (ENSDLAG00005026264) GPR155 (ENSDLAG00005026260) scrn3 (ENSDLAG00005026258) Large yellow croaker MODERN SPECIES 490 FARP1 (ENSLCRG00005023407) DOCK9 (ENSLCRG00005022345) SLC15A1 (ENSLCRG00005021809) STK24 (ENSLCRG00005021776) INO80D (ENSLCRG00005021775) NDUFS1 (ENSLCRG00005021709) CMKLR2 (ENSLCRG00005021704) ADAM23 (ENSLCRG00005021108) FAM237A (ENSLCRG00005021096) ENSLCRG00005021093 prkra (ENSLCRG00005021092) #15 OSBPL6 (ENSLCRG00005020383) #16 cycsb (ENSLCRG00005020377) ##18 ENSLCRG00005020375 agps (ENSLCRG00005019201) #21 nfe2l2a (ENSLCRG00005019184) #22 hnrnpa3 (ENSLCRG00005019181) hoxd4a (ENSLCRG00005019180) hoxd9a (ENSLCRG00005019178) hoxd10a (ENSLCRG00005019177) hoxd11a (ENSLCRG00005019175) evx2 (ENSLCRG00005019172) hoxd3a (ENSLCRG00005019169) hoxd12a (ENSLCRG00005019167) lnpa (ENSLCRG00005019163) ENSLCRG00005019153 ATF2 (ENSLCRG00005019149) ENSLCRG00005019146 CHRNA1 (ENSLCRG00005018845) GPR155 (ENSLCRG00005018468) ENSLCRG00005018462 Gilthead seabream MODERN SPECIES 23 FARP1 (ENSSAUG00010013566) DOCK9 (ENSSAUG00010013677) SLC15A1 (ENSSAUG00010014675) STK24 (ENSSAUG00010021366) INO80D (ENSSAUG00010021382) NDUFS1 (ENSSAUG00010021399) CMKLR2 (ENSSAUG00010021592) ADAM23 (ENSSAUG00010021625) FAM237A (ENSSAUG00010023171) ENSSAUG00010023173 prkra (ENSSAUG00010023174) #15 OSBPL6 (ENSSAUG00010023195) #16 CYCS (ENSSAUG00010024700) ##18 ENSSAUG00010024705 agps (ENSSAUG00010024711) #21 nfe2l2a (ENSSAUG00010024752) #22 hnrnpa3 (ENSSAUG00010024754) hoxd3a (ENSSAUG00010024756) hoxd4a (ENSSAUG00010024757) hoxd9a (ENSSAUG00010024758) hoxd10a (ENSSAUG00010024759) hoxd11a (ENSSAUG00010024760) hoxd12a (ENSSAUG00010024761) evx2 (ENSSAUG00010024762) lnpa (ENSSAUG00010024764) ATP5G1 (ENSSAUG00010024766) ATF2 (ENSSAUG00010024770) ENSSAUG00010024771 CHRNA1 (ENSSAUG00010024777) GPR155 (ENSSAUG00010024911) scrn3 (ENSSAUG00010025027) Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 495 agps (ENSHCOG00000000795) #21 nfe2l2a (ENSHCOG00000009951) #22 HNRNPA3 (ENSHCOG00000000313) #23 hoxd3a (ENSHCOG00000009973) hoxd4a (ENSHCOG00000009984) hoxd9a (ENSHCOG00000009986) hoxd10a (ENSHCOG00000009994) hoxd11a (ENSHCOG00000009999) hoxd12a (ENSHCOG00000010003) evx2 (ENSHCOG00000010011) lnpa (ENSHCOG00000010016) ENSHCOG00000010035 ATF2 (ENSHCOG00000010063) CHN1 (ENSHCOG00000010081) CHRNA1 (ENSHCOG00000010102) GPR155 (ENSHCOG00000010153) scrn3 (ENSHCOG00000010226) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 13 FARP1 (ENSMMDG00005022636) DOCK9 (ENSMMDG00005022137) SLC15A1 (ENSMMDG00005021631) STK24 (ENSMMDG00005021531) INO80D (ENSMMDG00005021523) NDUFS1 (ENSMMDG00005021178) CMKLR2 (ENSMMDG00005021165) ADAM23 (ENSMMDG00005021151) FAM237A (ENSMMDG00005021148) ENSMMDG00005021141 prkra (ENSMMDG00005021138) #15 OSBPL6 (ENSMMDG00005021137) #16 cycsb (ENSMMDG00005021133) ##18 ENSMMDG00005021126 agps (ENSMMDG00005018127) #21 nfe2l2a (ENSMMDG00005018097) #22 hnrnpa3 (ENSMMDG00005018093) hoxd3a (ENSMMDG00005018092) hoxd4a (ENSMMDG00005018091) hoxd9a (ENSMMDG00005018089) hoxd10a (ENSMMDG00005018088) hoxd11a (ENSMMDG00005018087) hoxd12a (ENSMMDG00005018086) evx2 (ENSMMDG00005018084) lnpa (ENSMMDG00005018082) ENSMMDG00005018076 ATF2 (ENSMMDG00005018070) ENSMMDG00005018052 CHRNA1 (ENSMMDG00005018050) GPR155 (ENSMMDG00005018047) scrn3 (ENSMMDG00005018044) Cod MODERN SPECIES 12 casq2 (ENSGMOG00000011071) ENSGMOG00000020229 ENSGMOG00000011067 ENSGMOG00000010998 ENSGMOG00000032270 ENSGMOG00000035579 ENSGMOG00000004002 ENSGMOG00000007814 ENSGMOG00000025425 prkra (ENSGMOG00000023426) #15 ENSGMOG00000004037 #16 ENSGMOG00000025591 ##18 ENSGMOG00000004113 agps (ENSGMOG00000004161) #21 ENSGMOG00000030426 nfe2l2a (ENSGMOG00000004196) #22 HNRNPA3 (ENSGMOG00000004230) #23 hoxd3a (ENSGMOG00000037192) hoxd4a (ENSGMOG00000023531) hoxd9a (ENSGMOG00000024253) hoxd10a (ENSGMOG00000028708) hoxd11a (ENSGMOG00000004301) hoxd12a (ENSGMOG00000024373) evx2 (ENSGMOG00000036423) lnpa (ENSGMOG00000004346) atp5mc3a (ENSGMOG00000004380) ATF2 (ENSGMOG00000004396) CHN1 (ENSGMOG00000036951) CHRNA1 (ENSGMOG00000004453) GPR155 (ENSGMOG00000004473) scrn3 (ENSGMOG00000004519) Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059.j #17 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a ##18 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.c #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266.h ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e.c ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01000000221798 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.b ENSGT00940000156851.c Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 401 ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.b ENSGT00940000160594.h ENSGT00940000155318.b.a.b.d ENSGT00940000155972.B.cb ENSGT00940000153476.b.o.a.b ENSGT00940000157974.c ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642.j ENSGT00940000158781.d ENSGT00940000160994.f ENSGT00940000157618.t #15 ENSGT00940000156791.l #16 ENSGT00680000100059.j #17 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a ##18 ENSGT00940000156112.d.b #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a #22 ENSGT00940000154808.a.a.o.a ENSGT00940000157270.t ENSGT00940000160027.d ENSGT00940000160866.gb ENSGT00940000158266.h.b ENSGT00940000161308.d ENSGT00940000159938.b ENSGT00940000161025.m.b ENSGT00390000001859.e.d ENSGT00940000154298.b.a.a.a ENSGT00940000156582.n Huchen MODERN SPECIES 2325 ENSHHUG00000045348 rbm45 (ENSHHUG00000045351) #17 ENSHHUG00000045355 ##18 agps (ENSHHUG00000045428) #21 nfe2l2a (ENSHHUG00000045591) #22 hnrnpa3 (ENSHHUG00000045639) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160594.h ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.b ENSGT00940000155318.b.a.b.d ENSGT00940000155972.B.cb ENSGT00940000153476.b.o.a.b ENSGT00940000157974.c ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642.j ENSGT00940000158781.d ENSGT00940000160994.f ENSGT00940000157618.t #15 ENSGT00940000156791.l #16 ENSGT00680000100059.j #17 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a ##18 ENSGT00940000156112.d.b #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a #22 ENSGT00940000154808.a.a.o.a ENSGT00940000160027.d ENSGT00940000157270.t ENSGT00940000160866.gb ENSGT00940000158266.h.b ENSGT00940000161308.d ENSGT00940000159938.b ENSGT01000000220984 ENSGT00940000161025.m.b ENSGT00390000001859.e.d ENSGT00940000154298.b.a.a.a ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.a.b ENSGT00940000164416 ENSGT00390000003873.m ENSGT00950000182936.a.a.a.j.a Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b.b.a ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.b 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(ENSOTSG00005044576) ##18 agps (ENSOTSG00005044597) #21 nfe2l2a (ENSOTSG00005045902) #22 hnrnpa3 (ENSOTSG00005045950) ENSOTSG00005045952 ENSOTSG00005045954 ENSOTSG00005045955 ercc1 (ENSOTSG00005045956) olig1 (ENSOTSG00005045957) olig2 (ENSOTSG00005045958) nup35 (ENSOTSG00005045959) ENSOTSG00005045962 serpine3 (ENSOTSG00005045964) ENSOTSG00005045965 ihha (ENSOTSG00005045966) ptprna (ENSOTSG00005045967) ENSOTSG00005045968 ENSOTSG00005045969 Coho salmon MODERN SPECIES 18 ENSOKIG00005010152 ENSOKIG00005010181 FARP1 (ENSOKIG00005010233) DOCK9 (ENSOKIG00005011248) ENSOKIG00005030959 INO80D (ENSOKIG00005031209) CMKLR2 (ENSOKIG00005031349) ENSOKIG00005031448 ENSOKIG00005031841 prkra (ENSOKIG00005031859) #15 OSBPL6 (ENSOKIG00005032043) #16 rbm45 (ENSOKIG00005034624) #17 ENSOKIG00005034653 ##18 ENSOKIG00005034671 agps (ENSOKIG00005034721) #21 nfe2l2a (ENSOKIG00005035115) #22 hnrnpa3 (ENSOKIG00005035216) ENSOKIG00005035231 hoxd3a (ENSOKIG00005035240) hoxd4a (ENSOKIG00005035277) ENSOKIG00005035300 hoxd10a (ENSOKIG00005035320) hoxd11a (ENSOKIG00005035344) hoxd12a (ENSOKIG00005035371) evx2 (ENSOKIG00005035393) lnpa (ENSOKIG00005035424) ENSOKIG00005035539 ATF2 (ENSOKIG00005035589) ENSOKIG00005035659 ENSOKIG00005035685 ENSOKIG00005035693 Rainbow trout MODERN SPECIES 14 ENSOMYG00000019458 ENSOMYG00000019824 ENSOMYG00000073097 ENSOMYG00000022640 ENSOMYG00000022657 ENSOMYG00000022667 ENSOMYG00000074865 ENSOMYG00000070686 ENSOMYG00000022703 prkra (ENSOMYG00000022718) #15 OSBPL6 (ENSOMYG00000022745) #16 ENSOMYG00000072268 rbm45 (ENSOMYG00000022770) #17 ENSOMYG00000022793 ##18 agps (ENSOMYG00000023081) #21 nfe2l2a (ENSOMYG00000023416) #22 hnrnpa3 (ENSOMYG00000023446) ENSOMYG00000074773 hoxd3a (ENSOMYG00000049485) hoxd4a (ENSOMYG00000023496) ENSOMYG00000023519 hoxd10a (ENSOMYG00000023552) hoxd11a (ENSOMYG00000023566) evx2 (ENSOMYG00000023582) lnpa (ENSOMYG00000023662) atp5mc3a (ENSOMYG00000023768) ATF2 (ENSOMYG00000023811) ENSOMYG00000061091 ENSOMYG00000071986 ENSOMYG00000035388 ENSOMYG00000035384 Salmo ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.b.b ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.b ENSGT00940000155318.b.a.b.d ENSGT00940000155972.B.cb ENSGT00940000153476.b.o.a.b ENSGT00940000157974.c ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642.j ENSGT00940000158781.d ENSGT00940000160994.f ENSGT00940000157618.t #15 ENSGT00940000156791.l #16 ENSGT00680000100059.j #17 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a ##18 ENSGT00940000156112.d.b #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a #22 ENSGT00940000154808.a.a.o.a ENSGT00940000160027.d ENSGT00940000157270.t ENSGT00940000161503.a.c ENSGT00940000158266.h.b ENSGT00940000161308.d ENSGT00940000159938.b ENSGT01000000220984 ENSGT00940000161025.m.b ENSGT00390000001859.e.d ENSGT00940000157981.a.a.b.b ENSGT00940000156582.n ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b.a ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.a ENSGT00940000164416 Atlantic salmon MODERN SPECIES 13 ENSSSAG00000089995 FARP1 (ENSSSAG00000086641) ENSSSAG00000050282 ENSSSAG00000066871 ENSSSAG00000097932 ENSSSAG00000066879 ENSSSAG00000067506 ENSSSAG00000067509 ENSSSAG00000067511 ENSSSAG00000067526 ENSSSAG00000067744 prkra (ENSSSAG00000067754) #15 ENSSSAG00000067836 #16 ENSSSAG00000107935 rbm45 (ENSSSAG00000070764) #17 nf2l2 (ENSSSAG00000072873) #22 hnrnpa3 (ENSSSAG00000072882) hoxd3ab (ENSSSAG00000072911) hoxd4ab (ENSSSAG00000072913) hoxd9ab (ENSSSAG00000072921) hoxd10ab (ENSSSAG00000072925) hoxd12a (ENSSSAG00000072927) ENSSSAG00000099792 evx2 (ENSSSAG00000112174) LNPA (ENSSSAG00000072944) AT5G3 (ENSSSAG00000097550) ATF2 (ENSSSAG00000072981) ENSSSAG00000095079 ENSSSAG00000034870 ENSSSAG00000084917 ENSSSAG00000107467 River trout MODERN SPECIES 12 DOCK9 (ENSSTUG00000042342) ENSSTUG00000041451 INO80D (ENSSTUG00000041397) NDUFS1 (ENSSTUG00000041157) CMKLR2 (ENSSTUG00000041146) ADAM23 (ENSSTUG00000040139) ENSSTUG00000040122 ENSSTUG00000040093 prkra (ENSSTUG00000040084) #15 ENSSTUG00000040073 ENSSTUG00000040059 OSBPL6 (ENSSTUG00000034789) #16 rbm45 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.b.a ENSGT00940000156851.c.c River trout MODERN SPECIES 16 DOCK9 (ENSSTUG00000049451) SLC15A1 (ENSSTUG00000047400) STK24 (ENSSTUG00000047087) INO80D (ENSSTUG00000047067) NDUFS1 (ENSSTUG00000046938) CMKLR2 (ENSSTUG00000046936) ADAM23 (ENSSTUG00000046527) FAM237A (ENSSTUG00000046514) ENSSTUG00000046510 ENSSTUG00000046494 prkra (ENSSTUG00000046491) #15 OSBPL6 (ENSSTUG00000044669) #16 ENSSTUG00000044594 ##18 ENSSTUG00000044546 agps (ENSSTUG00000043222) #21 nfe2l2a (ENSSTUG00000043132) #22 hnrnpa3 (ENSSTUG00000043022) ENSSTUG00000043006 hoxd3a (ENSSTUG00000042989) hoxd4a (ENSSTUG00000042983) hoxd9a (ENSSTUG00000042958) hoxd10a (ENSSTUG00000042936) hoxd11a (ENSSTUG00000042899) hoxd12a (ENSSTUG00000042891) HOXD13 (ENSSTUG00000042876) evx2 (ENSSTUG00000042848) lnpa (ENSSTUG00000042723) ENSSTUG00000042498 ATF2 (ENSSTUG00000042386) ENSSTUG00000041985 ENSSTUG00000041810 Atlantic salmon MODERN SPECIES 17 STK24 (ENSSSAG00000076047) ino80d (ENSSSAG00000076036) NDUFS1 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ENSGT00390000001859.f.d ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.wb.a #12 ENSGT00940000156564.b.c.b Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000162179.e.a.a.i.b.b.b.a.b.a.a.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153582.a.m.a.a.b.b.b.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000153582.a.m.a.a.b.b.b.b.b.a.b.a.a.a.a.b.b.a.b.b.b ENSGT00390000015818.g.a ENSGT00680000100059.i #17 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.b ##18 ENSGT00950000182892.a.a.b.d #22 ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f.c.a ENSGT00940000154298.b.a.b ENSGT00390000001859.f.d ENSGT00940000157981.a.a.a.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.a.a ENSGT00940000160909.f.b ENSGT00390000016619.a.i ENSGT00940000156472.c ENSGT00940000160192.a ENSGT00940000160478.f.a ENSGT00940000158443.n ENSGT00940000155611.k ENSGT00940000155850.wb.a #12 ENSGT00940000156564.b.c.b Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon MODERN SPECIES 36 ENSOTSG00005022576 ENSOTSG00005022575 ENSOTSG00005022572 ENSOTSG00005022570 ENSOTSG00005022569 ENSOTSG00005022568 ENSOTSG00005022567 ENSOTSG00005022565 ENSOTSG00005022564 zc3h15 (ENSOTSG00005022563) rbm45 (ENSOTSG00005022562) #17 nfe2l2a (ENSOTSG00005022553) #22 mtx2 (ENSOTSG00005022552) ENSOTSG00005022551 ENSOTSG00005022546 ENSOTSG00005022469 ENSOTSG00005022466 nckap1 (ENSOTSG00005020380) dusp19b (ENSOTSG00005020328) ppp1r1c (ENSOTSG00005020325) neurod1 (ENSOTSG00005020322) ENSOTSG00005020316 znf385b (ENSOTSG00005020315) plekha3 (ENSOTSG00005020284) #12 ankrd10a (ENSOTSG00005020281) CARS2 (ENSOTSG00005020049) rab20 (ENSOTSG00005020008) Chinook salmon MODERN SPECIES 31 ENSOTSG00005031005 ENSOTSG00005031004 ENSOTSG00005031003 ENSOTSG00005031002 ENSOTSG00005031001 ENSOTSG00005031000 ENSOTSG00005030999 ENSOTSG00005030998 ENSOTSG00005030997 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SPECIES 25 ENSOKIG00005020333 ENSOKIG00005020313 ENSOKIG00005020302 ENSOKIG00005020297 ENSOKIG00005020290 ENSOKIG00005029795 ENSOKIG00005029784 ENSOKIG00005029775 ENSOKIG00005029769 ENSOKIG00005029756 ENSOKIG00005029746 ENSOKIG00005029719 ZC3H15 (ENSOKIG00005029703) RBM45 (ENSOKIG00005029645) #17 cycsb (ENSOKIG00005029620) ##18 ENSOKIG00005029608 #22 mtx2 (ENSOKIG00005029590) lnpk (ENSOKIG00005029543) atp5mc3b (ENSOKIG00005029486) ENSOKIG00005029320 ENSOKIG00005029248 ENSOKIG00005029233 NCKAP1 (ENSOKIG00005026774) dusp19b (ENSOKIG00005026615) ppp1r1c (ENSOKIG00005026609) neurod1 (ENSOKIG00005026601) ENSOKIG00005026481 ZNF385B (ENSOKIG00005026416) plekha3 (ENSOKIG00005026400) #12 ANKRD10 (ENSOKIG00005026393) CARS2 (ENSOKIG00005025734) Rainbow trout MODERN SPECIES 28 ENSOMYG00000001395 ENSOMYG00000061220 ENSOMYG00000017626 ENSOMYG00000076783 ENSOMYG00000017607 ENSOMYG00000017602 ENSOMYG00000023150 ENSOMYG00000068547 ENSOMYG00000057021 ENSOMYG00000062338 ENSOMYG00000074321 ENSOMYG00000052912 ENSOMYG00000017583 ENSOMYG00000017556 ENSOMYG00000017526 #17 ENSOMYG00000017516 #22 ENSOMYG00000017484 ENSOMYG00000017443 ENSOMYG00000017436 ENSOMYG00000017385 ENSOMYG00000017138 ENSOMYG00000017100 ENSOMYG00000016482 ENSOMYG00000016430 ENSOMYG00000016213 ENSOMYG00000056074 NEUROD1 (ENSOMYG00000016205) ENSOMYG00000015500 ENSOMYG00000015413 ENSOMYG00000015395 #12 ENSOMYG00000015389 Huchen MODERN SPECIES 707 nfe2l2a (ENSHHUG00000051940) #22 mtx2 (ENSHHUG00000051932) lnpk (ENSHHUG00000051902) atp5mc3b (ENSHHUG00000051887) ENSHHUG00000051881 ENSHHUG00000051878 nckap1 (ENSHHUG00000051808) dusp19b (ENSHHUG00000051805) zc3h15 (ENSHHUG00000051802) Northern pike MODERN SPECIES 21 ENSELUG00000029262 ENSELUG00000002250 n6amt1 (ENSELUG00000001748) gart (ENSELUG00000001749) ENSELUG00000033526 ADAMTS5 (ENSELUG00000001677) ADAMTS1 (ENSELUG00000001676) cyyr1 (ENSELUG00000027401) APP (ENSELUG00000001674) ENSELUG00000030988 zc3h15 (ENSELUG00000000912) rbm45 (ENSELUG00000020878) #17 cyc (ENSELUG00000031437) ##18 nfe2l2a (ENSELUG00000023412) #22 ENSELUG00000031174 mtx2 (ENSELUG00000021475) ENSELUG00000028600 ENSELUG00000021531 ENSELUG00000021589 ENSELUG00000001751 nckap1 (ENSELUG00000024037) dusp19b (ENSELUG00000004223) ENSELUG00000031879 PDE1A (ENSELUG00000004269) ppp1r1c (ENSELUG00000004286) neurod1 (ENSELUG00000026028) ENSELUG00000007006 ENSELUG00000020387 znf385b (ENSELUG00000006932) Otomorpha DUPLICATION Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 172 ENSGT00390000003635.g ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00940000165581 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000166648 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000153305 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00950000182892.a.a.b.e #22 ENSGT01030000234992 ENSGT00940000155957.b ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000156475.f ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00940000157167 ENSGT00940000154957.B ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000157121 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000155675.p.b ENSGT00940000168325 ENSGT00950000183140.a.a ##14 ENSGT00940000155489.a ENSGT00390000011514 ENSGT00730000110871.a.a.a.b ENSGT00390000014839.b ENSGT00940000164909.e.b ENSGT00390000004977.d.b ENSGT00950000182895.a.b.u.b ENSGT00940000165591.a ENSGT00390000014520.n ENSGT00940000165776 ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00950000182892.a.a.b.e #22 ENSGT00950000182919.C ENSGT00390000001859.f ENSGT00940000157981.a.a.a ENSGT00940000156851.d.c ENSGT00910000144296.d ENSGT00390000004153.d ENSGT00390000000673.a.b ENSGT00940000155099.k.b ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155518.n ENSGT00940000157526.b ENSGT00530000063608.B.b ENSGT00940000163423.C.g.b ENSGT01030000235214 ENSGT00530000063779.A.e.b Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 73 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ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ENSGT00940000156851.d.d Channel catfish MODERN SPECIES 25 RAP2A (ENSIPUG00000018801) farp1 (ENSIPUG00000018812) DOCK9 (ENSIPUG00000018881) SLC15A1 (ENSIPUG00000019129) stk24 (ENSIPUG00000019188) INO80D (ENSIPUG00000019234) gpr1 (ENSIPUG00000019259) ADAM23 (ENSIPUG00000019278) FAM237A (ENSIPUG00000019343) ENSIPUG00000019355 prkra (ENSIPUG00000019396) #15 osbpl6 (ENSIPUG00000019425) #16 RBM45 (ENSIPUG00000019576) #17 pde11a (ENSIPUG00000019607) AGPS (ENSIPUG00000019647) #21 nfe2l2 (ENSIPUG00000019775) #22 RO32 (ENSIPUG00000019815) ENSIPUG00000019858 hoxd3 (ENSIPUG00000019869) hoxd4 (ENSIPUG00000019877) hoxd9 (ENSIPUG00000019882) hoxd10a (ENSIPUG00000019897) hoxd11a (ENSIPUG00000019900) hoxd12a (ENSIPUG00000019903) HOXD13 (ENSIPUG00000019917) evx2 (ENSIPUG00000019922) kiaa1715 (ENSIPUG00000019939) AT5G3 (ENSIPUG00000019955) atf2 (ENSIPUG00000019996) chn1 (ENSIPUG00000020028) CHRNA1 (ENSIPUG00000020045) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000176946 ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781.e ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.g ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a Characoidei ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000176946.d ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642 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ENSGT00940000161503.a.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308.a.a ENSGT00940000159938.d ENSGT00940000161457 ENSGT00940000164071.a.b ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e.b ENSGT00940000157981.a.a.b Common carp reference MODERN SPECIES 41 ENSCCRG00000025500 MBNL2 (ENSCCRG00000081713) ENSCCRG00000069918 FARP1 (ENSCCRG00000055774) ENSCCRG00000001851 ENSCCRG00000037470 stk24a (ENSCCRG00000041086) ENSCCRG00000038100 ENSCCRG00000066291 ENSCCRG00000080178 ENSCCRG00000015193 prkra (ENSCCRG00000015185) #15 ENSCCRG00000045287 #16 rbm45 (ENSCCRG00000024120) #17 ENSCCRG00000064769 nfe2l2a (ENSCCRG00000048803) #22 AGPS (ENSCCRG00000015291) #21 hoxd3a (ENSCCRG00000002183) hoxd9a (ENSCCRG00000044522) hoxd10a (ENSCCRG00000055507) hoxd11a (ENSCCRG00000044502) hoxd12a (ENSCCRG00000044499) hoxd13a (ENSCCRG00000044492) evx2 (ENSCCRG00000074291) lnpa (ENSCCRG00000040872) atp5mc3a (ENSCCRG00000076700) ATF2 (ENSCCRG00000074915) chn1 (ENSCCRG00000035748) wipf1a (ENSCCRG00000053670) GPR155 (ENSCCRG00000012886) scrn3 (ENSCCRG00000065357) Golden-line barbel MODERN SPECIES 4043 nfe2l2a (ENSSGRG00000005241) #22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 210 ENSGT00940000155972.B.r ENSGT00940000155995.e.b.b ENSGT00940000153476.b.p.a ENSGT00940000157974.g.a ENSGT00940000160642.z.a ENSGT00940000158781.e ENSGT00940000160994.g.a ENSGT00940000157618.v #15 ENSGT00940000156791.e.a #16 ENSGT00680000100059.k #17 ENSGT00940000164822.a.b ENSGT00940000164264.a ENSGT00940000156112.a #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f.a #22 ENSGT00940000156112.b #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a.b ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308.a.a ENSGT00940000159938.d ENSGT00940000161457 ENSGT00390000001859.e.a ENSGT00940000154298.b.b ENSGT00940000156582.o.a ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00910000144296.c.a ENSGT00390000004153.c.a ENSGT00390000013474.a.k Goldfish MODERN SPECIES 49 ENSCARG00000040649 ENSCARG00000040659 DIP2A (ENSCARG00000041000) ENSCARG00000052363 ndufb3 (ENSCARG00000052374) ybey (ENSCARG00000052393) usp37 (ENSCARG00000052424) insig2 (ENSCARG00000052545) en1a (ENSCARG00000052604) ENSCARG00000052618 C1QL2 (ENSCARG00000052630) ENSCARG00000052695 ENSCARG00000052770 ENSCARG00000052801 agps (ENSCARG00000052897) #21 nfe2l2a (ENSCARG00000053298) #22 hnrnpa3 (ENSCARG00000053330) hoxd3a (ENSCARG00000053452) hoxd4a (ENSCARG00000053463) hoxd9a (ENSCARG00000053478) hoxd10a (ENSCARG00000053495) hoxd11a (ENSCARG00000053512) hoxd12a (ENSCARG00000053524) evx2 (ENSCARG00000053531) lnpa (ENSCARG00000053555) ENSCARG00000053591 ATF2 (ENSCARG00000053707) chn1 (ENSCARG00000053986) wipf1a (ENSCARG00000054142) GPR155 (ENSCARG00000054194) scrn3 (ENSCARG00000054593) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 222 ENSGT00940000155972.B.r ENSGT00940000155995.e.b.b ENSGT00940000153476.b.p.a ENSGT00940000157974.g.a ENSGT00940000160642.z.a ENSGT00940000158781.e ENSGT00940000160994.g.a ENSGT00940000157618.v #15 ENSGT00940000156791.e.a #16 ENSGT00940000164822.a.b ENSGT00950000182996.b.a.b.c ENSGT00940000164264.a ENSGT00940000156112.a #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f.a #22 ENSGT00940000156112.b #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a.b ENSGT00940000161503.a.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308.a.a ENSGT00940000159938.d ENSGT00940000161457 ENSGT00940000164071.a.b ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e.b ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582.p ENSGT00940000156582.o.b Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 289 clpxa (ENSSGRG00000040293) spg21 (ENSSGRG00000040243) ankdd1a (ENSSGRG00000040237) ENSSGRG00000040236 arih1l (ENSSGRG00000039841) DAGLA (ENSSGRG00000039642) polr2l (ENSSGRG00000039637) ENSSGRG00000039634 ENSSGRG00000039632 syt7b (ENSSGRG00000039630) ENSSGRG00000039628 ENSSGRG00000039625 ENSSGRG00000039624 ENSSGRG00000039623 agps (ENSSGRG00000039571) #21 nfe2l2a (ENSSGRG00000039415) #22 hnrnpa3 (ENSSGRG00000039410) hoxd3a (ENSSGRG00000039408) hoxd4a (ENSSGRG00000039405) hoxd9a (ENSSGRG00000039404) ENSSGRG00000039402 hoxd11a (ENSSGRG00000039401) hoxd12a (ENSSGRG00000039400) hoxd13a (ENSSGRG00000039398) lnpa (ENSSGRG00000039397) ENSSGRG00000039396 ENSSGRG00000039395 ATF2 (ENSSGRG00000039394) chn1 (ENSSGRG00000039383) wipf1a (ENSSGRG00000039382) GPR155 (ENSSGRG00000039376) Golden-line barbel MODERN SPECIES 1630 ENSSGRG00000002097 #22 Common carp reference MODERN SPECIES 46 ENSCCRG00000058585 ENSCCRG00000058436 ENSCCRG00000074650 ENSCCRG00000025797 prkra (ENSCCRG00000025780) #15 ENSCCRG00000060246 #16 ENSCCRG00000055137 ENSCCRG00000070952 ENSCCRG00000074554 rbm45 (ENSCCRG00000007014) #17 ENSCCRG00000037767 ENSCCRG00000015043 ENSCCRG00000082895 ENSCCRG00000020753 agps (ENSCCRG00000025723) #21 nfe2l2a (ENSCCRG00000048514) #22 hnrnpa3 (ENSCCRG00000048768) hoxd3a (ENSCCRG00000056734) hoxd9a (ENSCCRG00000071928) hoxd10a (ENSCCRG00000002190) hoxd11a 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(ENSDARG00000059255) lnpa (ENSDARG00000115902) ENSDARG00000063646 atp5mc3a (ENSDARG00000017775) ATF2 (ENSDARG00000023903) chn1 (ENSDARG00000101735) wipf1a (ENSDARG00000104300) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155318.b.a ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781.e ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.g ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 ENSGT00940000157270 ENSGT00940000161503.a ENSGT00940000158266 ENSGT00940000161308 ENSGT00940000159938 ENSGT00940000161457 ENSGT00940000161025 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ENSGT00940000156851.c Denticle herring MODERN SPECIES 19 DOCK9 (ENSDCDG00000016686) SLC15A1 (ENSDCDG00000015624) STK24 (ENSDCDG00000014239) INO80D (ENSDCDG00000014074) ENSDCDG00000014052 CMKLR2 (ENSDCDG00000035150) ADAM23 (ENSDCDG00000035033) FAM237A (ENSDCDG00000035003) ENSDCDG00000035000 prkra (ENSDCDG00000034999) #15 OSBPL6 (ENSDCDG00000034715) #16 rbm45 (ENSDCDG00000034683) #17 ENSDCDG00000034677 agps (ENSDCDG00000034246) #21 ENSDCDG00000034193 nfe2l2a (ENSDCDG00000034191) #22 hnrnpa3 (ENSDCDG00000034186) hoxb1b (ENSDCDG00000034179) hoxd3a (ENSDCDG00000034175) hoxd4a (ENSDCDG00000034170) hoxd9a (ENSDCDG00000034167) hoxd10a (ENSDCDG00000034164) hoxd11a (ENSDCDG00000034163) hoxd12a (ENSDCDG00000034161) ENSDCDG00000034159 evx2 (ENSDCDG00000034157) lnpa (ENSDCDG00000034155) ENSDCDG00000034148 ATF2 (ENSDCDG00000034143) chn1 (ENSDCDG00000034125) CHRNA1 (ENSDCDG00000034017) Atlantic herring MODERN SPECIES 11 DOCK9 (ENSCHAG00000020149) SLC15A1 (ENSCHAG00000023630) STK24 (ENSCHAG00000024093) INO80D (ENSCHAG00000024111) NDUFS1 (ENSCHAG00000024127) CMKLR2 (ENSCHAG00000024325) ADAM23 (ENSCHAG00000024337) FAM237A (ENSCHAG00000024835) ENSCHAG00000024839 prkra (ENSCHAG00000024870) #15 OSBPL6 (ENSCHAG00000024905) #16 rbm45 (ENSCHAG00000025773) #17 ENSCHAG00000025784 ENSCHAG00000025788 agps (ENSCHAG00000025841) #21 nfe2l2a (ENSCHAG00000026474) #22 hnrnpa3 (ENSCHAG00000026478) ENSCHAG00000026496 hoxd3a (ENSCHAG00000026497) hoxd4a (ENSCHAG00000026499) hoxd9a (ENSCHAG00000026501) hoxd10a (ENSCHAG00000026503) hoxd11a (ENSCHAG00000026505) hoxd12a (ENSCHAG00000026507) HOXD13 (ENSCHAG00000026513) evx2 (ENSCHAG00000026552) lnpa (ENSCHAG00000026554) atp5mc3a (ENSCHAG00000026561) ATF2 (ENSCHAG00000026576) ENSCHAG00000026584 chn1 (ENSCHAG00000026589) Elephant shark MODERN SPECIES 1499 ENSCMIG00000013848 ENSCMIG00000013846 ##11 ENSCMIG00000013844 ENSCMIG00000013841 ENSCMIG00000013787 ENSCMIG00000013764 plekha3 (ENSCMIG00000013763) #12 fkbp7 (ENSCMIG00000013760) #13 PJVK (ENSCMIG00000013757) #14 ENSCMIG00000013753 #15 OSBPL6 (ENSCMIG00000013345) #16 rbm45 (ENSCMIG00000013247) #17 cycsb (ENSCMIG00000013243) #18 ENSCMIG00000013236 agps (ENSCMIG00000013025) #21 nfe2l2a (ENSCMIG00000012953) #22 ENSCMIG00000012946 mtx2 (ENSCMIG00000012899) ENSCMIG00000012894 ENSCMIG00000012893 hoxd4a (ENSCMIG00000012892) hoxd3a (ENSCMIG00000012890) ENSCMIG00000012888 hoxd8 (ENSCMIG00000012886) ENSCMIG00000012881 hoxd10a (ENSCMIG00000012878) hoxd11a (ENSCMIG00000012876) hoxd12a (ENSCMIG00000012873) HOXD13 (ENSCMIG00000012869) ENSCMIG00000012868 evx2 (ENSCMIG00000012866) Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158240 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 181 ENSGT00390000017840 ENSGT00940000158208 ENSGT00940000154770 ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956 ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a ENSGT00940000160528 ENSGT00940000158675 ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00390000017840 ENSGT00940000158208.a.b ENSGT00940000154770 ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a ENSGT00940000160528.a ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675 ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000158208.a.b ENSGT00940000154770 ENSGT00940000158956.d ENSGT00940000156890.a.a ENSGT00940000160528.a ENSGT00940000158675.b ENSGT00940000158313.a.a ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT01000000222029 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000155356.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT01000000222029 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315.jc.b ENSGT00940000157315.kc ENSGT00940000155029.c.a.e.b ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087.i.a Otophysi ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000155356.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT01000000222029 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315.jc.b ENSGT00940000157315.kc ENSGT00940000155029.c.a.e.b ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087.i.a Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01100000263537.b.a.a.a.b ENSGT00940000156199.a.b.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D.d ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT01000000222029 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087.i.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.f ENSGT00940000164283.b.a Channel catfish MODERN SPECIES 6 tspan31 (ENSIPUG00000022638) Agap1 (ENSIPUG00000022628) zbtb39 (ENSIPUG00000022627) gpr182 (ENSIPUG00000022625) gpr182 (ENSIPUG00000022623) ENSIPUG00000022621 pip4k2c (ENSIPUG00000022593) IGFBP6 (ENSIPUG00000022586) spryd3 (ENSIPUG00000022577) ENSIPUG00000022571 ENSIPUG00000022565 zgc:174906 (ENSIPUG00000022564) CSAD (ENSIPUG00000022545) ZNF740 (ENSIPUG00000022516) copz1 (ENSIPUG00000022458) nfe2 (ENSIPUG00000022455) ##22 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ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087.i.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.f ENSGT00940000164283.b.a Characoidei ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263537.b.a.a.a.b ENSGT00940000156199.a.b.c ENSGT00940000155356.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D.d ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315.jc.b ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087.i.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.f Red-bellied piranha MODERN SPECIES 134 ENSPNAG00000022136 HIPK1 (ENSPNAG00000022109) MARCHF9 (ENSPNAG00000022027) tspan31 (ENSPNAG00000022011) agap2 (ENSPNAG00000021981) ENSPNAG00000021903 gpr182 (ENSPNAG00000021896) pip4k2ca (ENSPNAG00000021892) igfbp6b (ENSPNAG00000021849) spryd3 (ENSPNAG00000021834) lima1a (ENSPNAG00000021800) zgc:174906 (ENSPNAG00000021784) csad (ENSPNAG00000021775) znf740b (ENSPNAG00000021708) copz1 (ENSPNAG00000021681) nfe2 (ENSPNAG00000021647) ##22 ENSPNAG00000021630 cbx5 (ENSPNAG00000021545) ENSPNAG00000021533 hoxc3a (ENSPNAG00000021526) hoxc4a (ENSPNAG00000021502) hoxc5a (ENSPNAG00000021269) hoxc6a (ENSPNAG00000021260) hoxc8a (ENSPNAG00000021232) hoxc9a (ENSPNAG00000021209) hoxc10a (ENSPNAG00000021203) hoxc11a (ENSPNAG00000021194) hoxc12a (ENSPNAG00000021182) hoxc13a (ENSPNAG00000021147) calcoco1a (ENSPNAG00000021087) rarga (ENSPNAG00000021032) Mexicana tetra MODERN SPECIES 6 ube2j2 (ENSAMXG00000004921) HIPK1 (ENSAMXG00000004916) ENSAMXG00000004912 tspan31 (ENSAMXG00000029239) agap2 (ENSAMXG00000004903) ZBTB39 (ENSAMXG00000004898) gpr182 (ENSAMXG00000025983) pip4k2ca 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(ENSEEEG00000020400) csad (ENSEEEG00000020397) znf740b (ENSEEEG00000020393) copz1 (ENSEEEG00000020386) nfe2 (ENSEEEG00000020380) ##22 ENSEEEG00000020377 cbx5 (ENSEEEG00000020373) ENSEEEG00000020372 hoxc3a (ENSEEEG00000020371) hoxc4a (ENSEEEG00000020368) hoxc5a (ENSEEEG00000020367) hoxc6a (ENSEEEG00000020364) hoxc8a (ENSEEEG00000020360) hoxc9a (ENSEEEG00000020358) hoxc10a (ENSEEEG00000020354) hoxc11a (ENSEEEG00000020350) hoxc12a (ENSEEEG00000020348) hoxc13a (ENSEEEG00000020346) clrn2 (ENSEEEG00000020343) PEA15 (ENSEEEG00000020337) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156173.f ENSGT00940000155356.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a.g ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A.i ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315.jc.b ENSGT00940000157315.kc ENSGT00940000155029.c.a.e.b ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087.i.a Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156173.f.a ENSGT00940000155356.c.g ENSGT00940000158208.a.a.b ENSGT00940000160351.g ENSGT00940000158956.c.f ENSGT00940000160722.c ENSGT00940000154307.D.b ENSGT00940000156890.a.a.s.c ENSGT00940000160528.b.b ENSGT00940000158675.a.b ENSGT00940000158313.a.b.b ENSGT00540000073797.f ENSGT00940000158240.g.b ENSGT00940000159609.l ENSGT00390000004405.a.h ENSGT00950000182892.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A.i.a.b ENSGT00940000158801.d ENSGT00940000157315.jc.b.a.a ENSGT00940000160794.e.a ENSGT00950000182892.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000165646.A.i.b ENSGT00940000158801.c ENSGT00940000157315.jc.b.b ENSGT00940000159522.j ENSGT00940000160794.f ENSGT00940000161023.b.b.a ENSGT00940000159254.b.k.b ENSGT00940000161194.e ENSGT00940000160866.s ENSGT00940000161194.f Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 42 ENSCARG00000038721 pmelb (ENSCARG00000038738) ccnt1 (ENSCARG00000038838) tmem18 (ENSCARG00000039102) alkal2a (ENSCARG00000039113) acp1 (ENSCARG00000039124) ENSCARG00000039136 fbxo25 (ENSCARG00000039156) ENSCARG00000039198 cmtr1 (ENSCARG00000039336) CPNE9 (ENSCARG00000041270) klf15 (ENSCARG00000041882) ENSCARG00000041918 ENSCARG00000042298 COPZ1 (ENSCARG00000042312) nfe2 (ENSCARG00000042374) ##22 ENSCARG00000042393 ENSCARG00000042442 jph2 (ENSCARG00000042619) GDAP1L1 (ENSCARG00000042640) ENSCARG00000042685 ENSCARG00000042695 ENSCARG00000042710 ccn1 (ENSCARG00000042726) DDAH1 (ENSCARG00000042746) zgc:65873 (ENSCARG00000042765) ENSCARG00000042780 abcg2a (ENSCARG00000042810) fbxl5 (ENSCARG00000042883) syap1 (ENSCARG00000043007) lmnl3 (ENSCARG00000043057) Goldfish MODERN SPECIES 42 INTS11 (ENSCARG00000066488) cptp (ENSCARG00000066501) ubxn10 (ENSCARG00000066508) ddx19a (ENSCARG00000066542) ENSCARG00000066892 VWA5B1 (ENSCARG00000066907) CAMK2N1 (ENSCARG00000066918) mul1b (ENSCARG00000066923) ENSCARG00000066932 cdaa (ENSCARG00000038002) pink1 (ENSCARG00000038064) ENSCARG00000038072 ENSCARG00000038078 irx7 (ENSCARG00000038085) cd40 (ENSCARG00000038094) nfe2 (ENSCARG00000038098) ##22 ENSCARG00000038105 cbx5 (ENSCARG00000038125) ENSCARG00000038149 hoxc4a (ENSCARG00000038160) hoxc5a (ENSCARG00000038173) hoxc6a (ENSCARG00000038190) hoxc8a (ENSCARG00000038217) hoxc9a (ENSCARG00000038228) hoxc10a (ENSCARG00000038244) hoxc11a (ENSCARG00000038252) hoxc12a (ENSCARG00000038271) hoxc13a (ENSCARG00000038288) calcoco1a (ENSCARG00000038313) rarga (ENSCARG00000038356) nr1d4a (ENSCARG00000038484) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156173.f.b ENSGT00940000155356.c.h ENSGT00940000158208.a.a.a ENSGT00940000160351.h ENSGT00940000158956.c.e ENSGT00940000160722.d ENSGT00940000154307.D.a ENSGT00940000156890.a.a.s.d ENSGT00940000160528.b.a ENSGT00940000158675.a.a ENSGT00940000158313.a.b.a ENSGT00540000073797.e ENSGT00940000158240.g.a ENSGT00940000159609.k.b ENSGT00390000004405.a.g ENSGT00950000182892.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A.i.a.b ENSGT00940000158801.d ENSGT00940000157315.jc.b.a.a ENSGT00940000160794.e.a ENSGT00940000161023.b.b.b ENSGT00940000159254.b.k.a ENSGT00940000160866.t ENSGT00940000161194.f ENSGT00940000160855.i ENSGT00940000160009.y ENSGT00940000161307.k ENSGT00940000161087.i.a.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a.d ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000156458.f.a.b Common carp reference MODERN SPECIES 11 ENSCCRG00000041818 ENSCCRG00000030994 MARCHF9 (ENSCCRG00000030987) tspan31 (ENSCCRG00000059738) agap2 (ENSCCRG00000033838) ENSCCRG00000030117 gpr182 (ENSCCRG00000081129) pip4k2ca (ENSCCRG00000030109) igfbp6b (ENSCCRG00000030106) spryd3 (ENSCCRG00000056559) zgc:174906 (ENSCCRG00000050402) ENSCCRG00000026777 csad (ENSCCRG00000060827) copz1 (ENSCCRG00000006734) ENSCCRG00000006787 nfe2 (ENSCCRG00000069498) ##22 cbx5 (ENSCCRG00000059048) ENSCCRG00000075536 hoxc4a (ENSCCRG00000053795) hoxc5a (ENSCCRG00000074436) hoxc6a (ENSCCRG00000056625) hoxc9a (ENSCCRG00000054880) hoxc8a (ENSCCRG00000021245) HOXC10 (ENSCCRG00000021249) hoxc11a (ENSCCRG00000073551) hoxc12a (ENSCCRG00000021270) hoxc13a (ENSCCRG00000058717) calcoco1a (ENSCCRG00000064695) nr1d4a (ENSCCRG00000034230) rarga (ENSCCRG00000042258) mfsd5 (ENSCCRG00000057844) Golden-line barbel MODERN SPECIES 12 ACAP3 (ENSSGRG00000024622) ube2j2 (ENSSGRG00000024588) HIPK1 (ENSSGRG00000024586) ENSSGRG00000024585 tspan31 (ENSSGRG00000024583) agap2 (ENSSGRG00000024581) gpr182 (ENSSGRG00000024579) ZBTB39 (ENSSGRG00000024578) pip4k2ca (ENSSGRG00000024535) igfbp6b (ENSSGRG00000024524) spryd3 (ENSSGRG00000024523) lima1a (ENSSGRG00000024522) csad (ENSSGRG00000024063) znf740b (ENSSGRG00000024052) COPZ1 (ENSSGRG00000023922) nfe2 (ENSSGRG00000023917) ##22 ENSSGRG00000023914 cbx5 (ENSSGRG00000023910) hoxc1a (ENSSGRG00000023907) hoxc3a (ENSSGRG00000023906) hoxc4a (ENSSGRG00000023900) hoxc5a (ENSSGRG00000023898) hoxc6a (ENSSGRG00000023897) hoxc9a (ENSSGRG00000023889) hoxc8a (ENSSGRG00000023884) hoxc10a (ENSSGRG00000023883) hoxc11a (ENSSGRG00000023881) hoxc13a (ENSSGRG00000023878) calcoco1a (ENSSGRG00000023875) ENSSGRG00000023871 nr1d4a (ENSSGRG00000023867) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000160722.c ENSGT00940000154307.D.b ENSGT00940000156890.a.a.s.c ENSGT00940000160528.b.b ENSGT00940000158675.a.b ENSGT00940000158313.a.b.b ENSGT00540000073797.f ENSGT00940000158240.g.b ENSGT00940000159609.l ENSGT00390000004405.a.h ENSGT00950000182892.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A.i.a.b ENSGT00940000158801.d ENSGT00940000157315.jc.b.a.a ENSGT00940000160794.e.a ENSGT00950000182892.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000165646.A.i.b ENSGT00940000158801.c ENSGT00940000157315.jc.b.b ENSGT00940000159522.j ENSGT00940000160794.f ENSGT00940000161023.b.b.a ENSGT00940000159254.b.k.b ENSGT00940000161194.e ENSGT00940000160866.s ENSGT00940000161194.f ENSGT00940000160866.t ENSGT00940000160855.j ENSGT00940000160009.z ENSGT00940000161307.l ENSGT00940000161087.i.a Goldfish MODERN SPECIES 15 ube2j2 (ENSCARG00000004772) HIPK1 (ENSCARG00000004742) MARCHF9 (ENSCARG00000004729) tspan31 (ENSCARG00000004699) agap2 (ENSCARG00000004652) ZBTB39 (ENSCARG00000004627) gpr182 (ENSCARG00000004623) pip4k2ca (ENSCARG00000004132) igfbp6b (ENSCARG00000004051) spryd3 (ENSCARG00000003870) lima1a (ENSCARG00000003837) zgc:174906 (ENSCARG00000003825) csad (ENSCARG00000017734) znf740b (ENSCARG00000017673) copz1 (ENSCARG00000017576) nfe2 (ENSCARG00000017560) ##22 HNRNPA3 (ENSCARG00000017554) #23 cbx5 (ENSCARG00000017539) ENSCARG00000017529 hoxc3a (ENSCARG00000017524) hoxc4a (ENSCARG00000017516) hoxc5a (ENSCARG00000017513) hoxc6a (ENSCARG00000017507) hoxc8a (ENSCARG00000017499) hoxc9a (ENSCARG00000017494) hoxc10a (ENSCARG00000017485) hoxc11a (ENSCARG00000017471) hoxc12a (ENSCARG00000017459) hoxc13a (ENSCARG00000017452) calcoco1a (ENSCARG00000017432) rarga (ENSCARG00000017130) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000156173.f.a ENSGT00940000155356.c.g ENSGT00940000158208.a.a.b ENSGT00940000160351.g ENSGT00940000158956.c.f ENSGT00940000160722.c ENSGT00940000154307.D.b ENSGT00940000156890.a.a.s.c ENSGT00940000160528.b.b ENSGT00940000158675.a.b ENSGT00940000158313.a.b.b ENSGT00540000073797.f ENSGT00940000158240.g.b ENSGT00940000159609.l ENSGT00390000004405.a.h ENSGT00950000182892.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000165646.A.i.b ENSGT00940000158801.c ENSGT00940000157315.jc.b.b ENSGT00940000159522.j ENSGT00940000160794.f ENSGT00940000161023.b.b.a ENSGT00940000159254.b.k.b ENSGT00940000161194.e ENSGT00940000160866.s ENSGT00940000160855.j ENSGT00940000160009.z ENSGT00940000161307.l ENSGT00940000161087.i.a.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.c ENSGT00940000156458.f.a.a Golden-line barbel MODERN SPECIES 177 ENSSGRG00000015700 ACAP3 (ENSSGRG00000015757) ube2j2 (ENSSGRG00000017900) ENSSGRG00000017901 ENSSGRG00000017902 tspan31 (ENSSGRG00000017903) agap2 (ENSSGRG00000017905) gpr182 (ENSSGRG00000017915) pip4k2ca (ENSSGRG00000017922) spryd3 (ENSSGRG00000018068) igfbp6b (ENSSGRG00000018182) lima1a (ENSSGRG00000018185) zgc:174906 (ENSSGRG00000018187) csad (ENSSGRG00000018188) znf740b (ENSSGRG00000018190) nfe2 (ENSSGRG00000018192) ##22 ENSSGRG00000018194 cbx5 (ENSSGRG00000018330) ENSSGRG00000018332 hoxc3a (ENSSGRG00000018334) hoxc4a (ENSSGRG00000018335) hoxc5a (ENSSGRG00000018338) hoxc6a (ENSSGRG00000018339) hoxc8a (ENSSGRG00000018340) hoxc9a (ENSSGRG00000018342) hoxc10a (ENSSGRG00000018343) hoxc11a (ENSSGRG00000018344) hoxc12a (ENSSGRG00000018345) hoxc13a (ENSSGRG00000018346) calcoco1a (ENSSGRG00000018348) rarga (ENSSGRG00000018354) Common carp reference MODERN SPECIES 49 ube2j2 (ENSCCRG00000041783) ENSCCRG00000041778 MARCHF9 (ENSCCRG00000068017) tspan31 (ENSCCRG00000072687) agap2 (ENSCCRG00000034027) ENSCCRG00000081997 gpr182 (ENSCCRG00000074891) pip4k2ca (ENSCCRG00000042958) spryd3 (ENSCCRG00000044897) igfbp6b 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copz1 (ENSDARG00000017844) nfe2 (ENSDARG00000020606) ##22 hnrnpa1b (ENSDARG00000036675) cbx5 (ENSDARG00000061187) hoxc1a (ENSDARG00000070337) hoxc4a (ENSDARG00000070338) hoxc5a (ENSDARG00000070340) hoxc6a (ENSDARG00000070343) hoxc8a (ENSDARG00000070346) hoxc9a (ENSDARG00000092809) hoxc3a (ENSDARG00000070339) hoxc11a (ENSDARG00000070351) hoxc12a (ENSDARG00000070352) hoxc13a (ENSDARG00000070353) calcoco1a (ENSDARG00000036695) hoxc10a (ENSDARG00000070348) rarga (ENSDARG00000034117) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000156199.a.b ENSGT00940000156173 ENSGT00940000155356.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 Denticle herring MODERN SPECIES 1 ADCY6 (ENSDCDG00000005446) galnt6 (ENSDCDG00000005384) arhgap4a (ENSDCDG00000005373) SSR4 (ENSDCDG00000005368) AVPR2 (ENSDCDG00000005367) idh3g (ENSDCDG00000004857) fam3a (ENSDCDG00000004787) ENSDCDG00000004767 erbb3b (ENSDCDG00000004294) igfbp6b (ENSDCDG00000004262) spryd3 (ENSDCDG00000004258) ENSDCDG00000004252 zgc:174906 (ENSDCDG00000004247) csad (ENSDCDG00000004195) znf740b (ENSDCDG00000004192) nfe2 (ENSDCDG00000004189) ##22 ENSDCDG00000004186 cbx5 (ENSDCDG00000004185) ENSDCDG00000004182 hoxc4a (ENSDCDG00000004178) hoxc8a (ENSDCDG00000004176) hoxc9a (ENSDCDG00000004174) hoxc11a (ENSDCDG00000004171) hoxc10a (ENSDCDG00000004170) HOXC13 (ENSDCDG00000004169) calcoco1a (ENSDCDG00000004166) rarga (ENSDCDG00000004066) nr1d4a (ENSDCDG00000004053) mfsd5 (ENSDCDG00000004049) ENSDCDG00000003942 ENSDCDG00000003932 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.b ENSGT00940000160722 ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT01000000222029 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.a ENSGT00940000159254.a.a ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.b ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT01000000222029 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a.d ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794.c.b ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794.c.a ENSGT00940000160794.d ENSGT00940000161023.b.a ENSGT00940000159254.a.a ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 195 ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240.o.a.b ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00990000208196 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.e ENSGT00940000157315.ic.a ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000161194.p ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b Huchen MODERN SPECIES 861 ENSHHUG00000002342 igfbp6b (ENSHHUG00000002345) spryd3 (ENSHHUG00000002360) lima1a (ENSHHUG00000002367) zgc:174906 (ENSHHUG00000002393) csad (ENSHHUG00000002407) znf740b (ENSHHUG00000002475) copz1 (ENSHHUG00000002479) nfe2 (ENSHHUG00000002648) ##22 hnrnpa1a (ENSHHUG00000002656) CBX5 (ENSHHUG00000002675) ENSHHUG00000002753 ENSHHUG00000002784 hoxc4a (ENSHHUG00000002789) hoxc5a (ENSHHUG00000002828) hoxc6a (ENSHHUG00000002845) hoxc8a (ENSHHUG00000002876) hoxc9a (ENSHHUG00000002921) hoxc10a (ENSHHUG00000002948) hoxc11a (ENSHHUG00000002958) hoxc12a (ENSHHUG00000002999) hoxc13a (ENSHHUG00000003024) calcoco1a (ENSHHUG00000003074) RARG (ENSHHUG00000003088) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240.o.a.b ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00940000157315.ic.a ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194.p ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.b ENSGT00940000156458.e.a.b.a.b.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240.o.a.b ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194.p.b ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.b ENSGT00940000156458.e.a.b.a.b.a River trout MODERN SPECIES 23 ctdsp2 (ENSSTUG00000004233) SLC11A2 (ENSSTUG00000003441) MARCHF9 (ENSSTUG00000049369) tspan31 (ENSSTUG00000049359) agap2 (ENSSTUG00000049338) ZBTB39 (ENSSTUG00000049329) gpr182 (ENSSTUG00000049325) ENSSTUG00000049178 igfbp6b (ENSSTUG00000049149) spryd3 (ENSSTUG00000049139) lima1a (ENSSTUG00000049128) zgc:174906 (ENSSTUG00000049118) csad (ENSSTUG00000049081) znf740b (ENSSTUG00000049073) copz1 (ENSSTUG00000049050) nfe2 (ENSSTUG00000049046) ##22 hnrnpa1a (ENSSTUG00000049035) cbx5 (ENSSTUG00000049029) ENSSTUG00000049027 hoxc4a (ENSSTUG00000049025) hoxc5a (ENSSTUG00000049023) hoxc6a (ENSSTUG00000049021) ENSSTUG00000049018 hoxc8a (ENSSTUG00000049016) hoxc9a (ENSSTUG00000049014) hoxc10a (ENSSTUG00000049005) hoxc11a (ENSSTUG00000049000) hoxc12a (ENSSTUG00000048997) hoxc13a (ENSSTUG00000048995) calcoco1a (ENSSTUG00000048985) RARG (ENSSTUG00000048976) Atlantic salmon MODERN SPECIES 4 ctdsp2 (ENSSSAG00000078630) ENSSSAG00000077818 MARCHF9 (ENSSSAG00000113552) tspan31 (ENSSSAG00000077771) agap2 (ENSSSAG00000077704) ENSSSAG00000077691 GP182 (ENSSSAG00000077688) ENSSSAG00000077647 igfbp6b (ENSSSAG00000077620) spryd3 (ENSSSAG00000077591) lima1a (ENSSSAG00000077585) zgc:174906 (ENSSSAG00000094777) csad (ENSSSAG00000077542) znf740b (ENSSSAG00000107235) copz1 (ENSSSAG00000077523) nfe2 (ENSSSAG00000106810) ##22 roa1 (ENSSSAG00000112459) cbx5 (ENSSSAG00000096644) ENSSSAG00000116092 ENSSSAG00000100048 hoxc4aa (ENSSSAG00000077504) hoxc8aa (ENSSSAG00000077484) hoxc9aa (ENSSSAG00000077481) hoxc10aa (ENSSSAG00000077476) hoxc11a (ENSSSAG00000077471) hoxc12aa (ENSSSAG00000077464) HoxC13aa (ENSSSAG00000077459) calcoco1a (ENSSSAG00000077452) Rarga (ENSSSAG00000095736) nr1d4a (ENSSSAG00000077410) ENSSSAG00000077405 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01050000244940.a.a.g.b.b ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00940000157315.ic.a ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000159522.v ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000161194.p ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.b ENSGT00940000156458.e.a.b.a.a Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT01050000244940.a.a.g.b.b ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000159522.v ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000161194.p ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.b ENSGT00940000156458.e.a.b.a.a Coho salmon MODERN SPECIES 16 TMBIM6 (ENSOKIG00005013643) ctdsp2 (ENSOKIG00005013608) SLC11A2 (ENSOKIG00005012522) MARCHF9 (ENSOKIG00005012450) tspan31 (ENSOKIG00005012433) agap2 (ENSOKIG00005012353) 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##22 ENSOMYG00000027114 cbx5 (ENSOMYG00000027071) ENSOMYG00000027047 hoxc4a (ENSOMYG00000027038) ENSOMYG00000026972 hoxc5a (ENSOMYG00000027014) hoxc6a (ENSOMYG00000027005) hoxc8a (ENSOMYG00000063789) hoxc9a (ENSOMYG00000022800) HOXC10 (ENSOMYG00000026945) hoxc11a (ENSOMYG00000026911) hoxc12a (ENSOMYG00000026890) hoxc13a (ENSOMYG00000026880) calcoco1a (ENSOMYG00000026871) ENSOMYG00000026809 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 427 ENSGT00940000158313.a.b.c ENSGT00940000167488 ENSGT00940000159609.n.b ENSGT00390000004405.a.d.b ENSGT00950000182892.a.a.a.d ##22 ENSGT00940000165646.A.k.a ENSGT00940000158801.f.a ENSGT00940000157315.ic.b ENSGT00940000160794.c.b ENSGT00940000160794.c.a.a ENSGT00940000161023.b.b.d ENSGT00940000159254.b.b.b ENSGT00940000160866.hb.a.b ENSGT00940000160855.g.b ENSGT00940000160009.j.a ENSGT00940000161307.q.b ENSGT00940000161087.e.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a.a ENSGT00940000156458.e.a.b.b ENSGT00940000164283.b.a.e Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000183188.A.a.b.c ENSGT00390000002944.d.b ENSGT00940000159544.i ENSGT00530000063607.a.m.a ENSGT01050000244940.a.a.g.b.a ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000158208.a.a.e ENSGT00940000158956.c.h ENSGT00940000160722.e ENSGT00940000154307.D.i.b ENSGT00940000156890.a.b.g ENSGT00940000160528.b.d ENSGT00940000158313.a.b.c ENSGT00940000159609.n.b ENSGT00390000004405.a.d.b ENSGT00950000182892.a.a.a.d ##22 ENSGT00940000165646.A.k.a ENSGT00940000158801.f.a ENSGT00940000157315.ic.b ENSGT00940000160794.c.b ENSGT00940000160794.c.a.a ENSGT00940000161023.b.b.d ENSGT00940000159254.b.b.b ENSGT00940000160866.hb.a.b ENSGT00940000160855.g.b ENSGT00940000160009.j.a ENSGT00940000161307.q.b ENSGT00940000161087.e.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a.a ENSGT00940000156458.e.a.b.b ENSGT00940000164283.b.a.e Salmo ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000183188.A.a.b.c ENSGT00390000002944.d.b ENSGT00940000159544.i ENSGT00530000063607.a.m.a ENSGT01050000244940.a.a.g.b.a ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000158208.a.a.e ENSGT00940000158956.c.h ENSGT00940000160722.e ENSGT00940000154307.D.i.b ENSGT00940000156890.a.b.g ENSGT00940000160528.b.d ENSGT00940000158313.a.b.c ENSGT00940000159609.n.b ENSGT00390000004405.a.d.b ENSGT00950000182892.a.a.a.d ##22 ENSGT00940000165646.A.k.a ENSGT00940000158801.f.a ENSGT00940000157315.ic.b ENSGT00940000160794.c.b ENSGT00940000160794.c.a.a ENSGT00940000161023.b.b.d ENSGT00940000159254.b.b.b ENSGT00940000161194.p.a ENSGT00940000160866.hb.a.b ENSGT00940000160855.g.b ENSGT00940000160009.j.a ENSGT00940000161307.q.b ENSGT00940000161087.e.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a.a ENSGT00940000156458.e.a.b.b Atlantic salmon MODERN SPECIES 6 ENSSSAG00000054343 ENSSSAG00000054350 ENSSSAG00000113551 bi1 (ENSSSAG00000054369) CTDS2 (ENSSSAG00000054381) ENSSSAG00000087664 agap2 (ENSSSAG00000054532) ENSSSAG00000099370 gp182 (ENSSSAG00000088534) ENSSSAG00000094583 ENSSSAG00000064307 igfbp6 (ENSSSAG00000117627) lima1a (ENSSSAG00000065643) znf740b (ENSSSAG00000106694) COPZ1 (ENSSSAG00000065658) 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(ENSSTUG00000033825) hoxc10a (ENSSTUG00000033784) hoxc11a (ENSSTUG00000033766) hoxc12a (ENSSTUG00000033754) hoxc13a (ENSSTUG00000033745) calcoco1a (ENSSTUG00000033704) RARG (ENSSTUG00000033686) nr1d4a (ENSSTUG00000033677) mfsd5 (ENSSTUG00000033662) FAIM2 (ENSSTUG00000033639) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00950000183188.A.a.b.c ENSGT00390000002944.d.b ENSGT00940000159544.i ENSGT00530000063607.a.m.a ENSGT01050000244940.a.a.g.b.a ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000158208.a.a.e ENSGT00940000158956.c.h ENSGT00940000160722.e ENSGT00940000154307.D.i.b ENSGT00940000156890.a.b.g ENSGT00940000160528.b.d ENSGT00940000158313.a.b.c ENSGT00940000159609.n.b ENSGT00390000004405.a.d.b ENSGT00950000182892.a.a.a.d ##22 ENSGT00940000165646.A.k.a ENSGT00940000158801.f.a ENSGT00940000157315.ic.b ENSGT00940000160794.c.a.a ENSGT00940000161023.b.b.d ENSGT00940000159254.b.b.b ENSGT00940000160866.hb.a.b ENSGT00940000160855.g.b ENSGT00940000160009.j.a ENSGT00940000161307.q.b 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(ENSOKIG00005041373) ENSOKIG00005041445 CCNT1 (ENSOKIG00005041583) ENSOKIG00005041627 TMBIM6 (ENSOKIG00005041653) ctdsp2 (ENSOKIG00005041686) MARCHF9 (ENSOKIG00005041712) agap2 (ENSOKIG00005041804) ENSOKIG00005042968 gpr182 (ENSOKIG00005042975) ENSOKIG00005043023 ENSOKIG00005031575 ENSOKIG00005031581 znf740b (ENSOKIG00005031596) COPZ1 (ENSOKIG00005031606) nfe2 (ENSOKIG00005031636) ##22 ENSOKIG00005031639 cbx5 (ENSOKIG00005031647) ENSOKIG00005031653 hoxc4a (ENSOKIG00005031667) hoxc5a (ENSOKIG00005031672) hoxc6a (ENSOKIG00005031680) hoxc9a (ENSOKIG00005031699) HOXC10 (ENSOKIG00005031727) hoxc11a (ENSOKIG00005031738) hoxc12a (ENSOKIG00005031758) hoxc13a (ENSOKIG00005031774) calcoco1a (ENSOKIG00005031783) RARG (ENSOKIG00005031812) nr1d4a (ENSOKIG00005032300) mfsd5 (ENSOKIG00005032313) Chinook salmon MODERN SPECIES 7 ENSOTSG00005005705 ccnt1 (ENSOTSG00005005714) ccnt1 (ENSOTSG00005005716) ENSOTSG00005005717 TMBIM6 (ENSOTSG00005005718) ctdsp2 (ENSOTSG00005005719) ENSOTSG00005005721 agap2 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(ENSOMYG00000060671) ##22 ENSOMYG00000022666 cbx5 (ENSOMYG00000022704) ENSOMYG00000076580 ENSOMYG00000075605 hoxc4a (ENSOMYG00000022725) ENSOMYG00000022740 hoxc5a (ENSOMYG00000050107) hoxc6a (ENSOMYG00000022752) hoxc9a (ENSOMYG00000065775) HOXC10 (ENSOMYG00000009956) hoxc11a (ENSOMYG00000009970) hoxc12a (ENSOMYG00000010007) hoxc13a (ENSOMYG00000010025) calcoco1a (ENSOMYG00000010039) ENSOMYG00000010107 Huchen MODERN SPECIES 2911 lima1a (ENSHHUG00000039560) ENSHHUG00000039563 znf740b (ENSHHUG00000039567) copz1 (ENSHHUG00000039580) nfe2 (ENSHHUG00000039765) ##22 ENSHHUG00000039771 cbx5 (ENSHHUG00000039792) Northern pike MODERN SPECIES 11 TMBIM6 (ENSELUG00000006973) SLC11A2 (ENSELUG00000007018) ENSELUG00000007038 tspan31 (ENSELUG00000007060) agap2 (ENSELUG00000007107) ZBTB39 (ENSELUG00000007121) gpr182 (ENSELUG00000007136) ENSELUG00000007155 igfbp6b (ENSELUG00000007168) spryd3 (ENSELUG00000007201) ENSELUG00000007219 ENSELUG00000027598 zgc:174906 (ENSELUG00000007228) znf740b (ENSELUG00000007241) copz1 (ENSELUG00000007301) nfe2 (ENSELUG00000007322) ##22 hnrnpa1a (ENSELUG00000007372) cbx5 (ENSELUG00000007406) ENSELUG00000007432 ENSELUG00000029411 hoxc5a (ENSELUG00000007442) hoxc6a (ENSELUG00000000266) hoxc4a (ENSELUG00000007470) hoxc8a (ENSELUG00000007488) hoxc9a (ENSELUG00000007497) hoxc10a (ENSELUG00000007508) hoxc13a (ENSELUG00000007532) ENSELUG00000026089 ENSELUG00000007574 RARG (ENSELUG00000007651) nr1d4a (ENSELUG00000007692) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00980000201100 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ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 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ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b.d ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 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ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Mangrove rivulus MODERN SPECIES 32 NAV1 (ENSKMAG00000020493) mybpha (ENSKMAG00000020591) ENSKMAG00000020605 apobec2b (ENSKMAG00000020631) ENSKMAG00000020637 ENSKMAG00000020646 ebp (ENSKMAG00000020660) WNT2B (ENSKMAG00000020684) MOV10 (ENSKMAG00000020712) ENSKMAG00000020750 tafa3b (ENSKMAG00000020773) zgc:174906 (ENSKMAG00000020786) csad (ENSKMAG00000020806) znf740b (ENSKMAG00000020829) copz1 (ENSKMAG00000020838) nfe2 (ENSKMAG00000020850) ##22 ENSKMAG00000020859 cbx5 (ENSKMAG00000020876) ENSKMAG00000020886 ENSKMAG00000020893 hoxc4a (ENSKMAG00000020900) hoxc5a (ENSKMAG00000020907) hoxc6a (ENSKMAG00000020914) hoxc8a (ENSKMAG00000020931) hoxc9a (ENSKMAG00000020941) hoxc10a (ENSKMAG00000020972) hoxc11a (ENSKMAG00000020979) hoxc12a (ENSKMAG00000020987) hoxc13a (ENSKMAG00000020999) calcoco1a (ENSKMAG00000021009) RARG (ENSKMAG00000021047) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1624 apobec2b (ENSNFUG00015018212) Nfu_g_1_010288 (ENSNFUG00015018208) CCDC115 (ENSNFUG00015018203) EBP (ENSNFUG00015018200) ENSNFUG00015018195 ENSNFUG00015018189 MOV10 (ENSNFUG00015017875) RHOC (ENSNFUG00015017830) ENSNFUG00015017824 Nfu_g_1_010292 (ENSNFUG00015017821) ENSNFUG00015017819 zgc:174906 (ENSNFUG00015017812) csad (ENSNFUG00015017729) ZNF740 (ENSNFUG00015017714) copz1 (ENSNFUG00015017566) NFE2 (ENSNFUG00015017540) ##22 Nfu_g_1_010245 (ENSNFUG00015017528) cbx5 (ENSNFUG00015017517) HOXC1A (ENSNFUG00015017513) ENSNFUG00015017508 HOXC4A (ENSNFUG00015017504) hoxc5a (ENSNFUG00015017502) hoxc6a (ENSNFUG00015017499) hoxc8a (ENSNFUG00015017494) hoxc9a (ENSNFUG00015017487) hoxc10a (ENSNFUG00015017483) hoxc11a (ENSNFUG00015017473) hoxc12a (ENSNFUG00015017469) hoxc13a (ENSNFUG00015017464) CALCOCO1 (ENSNFUG00015017451) RARG (ENSNFUG00015017410) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b.d ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 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ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Poecilia ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b.d ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 45 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calcoco1a (ENSPFOG00000002150) RARG (ENSPFOG00000002278) Sailfin molly MODERN SPECIES 249 csad (ENSPLAG00000013336) zgc:174906 (ENSPLAG00000013298) znf740b (ENSPLAG00000013293) copz1 (ENSPLAG00000013289) nfe2 (ENSPLAG00000013282) ##22 hnrnpa1b (ENSPLAG00000013254) cbx5 (ENSPLAG00000013185) ENSPLAG00000013179 hoxc4a (ENSPLAG00000013157) hoxc5a (ENSPLAG00000012960) hoxc6a (ENSPLAG00000012944) hoxc8a (ENSPLAG00000012884) hoxc9a (ENSPLAG00000012869) hoxc10a (ENSPLAG00000000295) hoxc11a (ENSPLAG00000012853) hoxc12a (ENSPLAG00000012796) hoxc13a (ENSPLAG00000012785) calcoco1a (ENSPLAG00000012700) RARG (ENSPLAG00000012692) nr1d4a (ENSPLAG00000000290) Guppy MODERN SPECIES 459 NAV1 (ENSPREG00000019950) mybpha (ENSPREG00000020009) ENSPREG00000020034 apobec2b (ENSPREG00000020060) ccdc115 (ENSPREG00000020064) ebp (ENSPREG00000020071) ENSPREG00000020087 wnt2bb (ENSPREG00000020095) mov10b.1 (ENSPREG00000020106) ENSPREG00000020122 tafa3b (ENSPREG00000020139) zgc:174906 (ENSPREG00000020167) csad 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ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a Sheepshead minnow MODERN SPECIES 128 ENSCVAG00000012291 ENSCVAG00000012330 apobec2b (ENSCVAG00000012342) ccdc115 (ENSCVAG00000012349) ebp (ENSCVAG00000012358) ENSCVAG00000012366 WNT2B (ENSCVAG00000012381) ENSCVAG00000012443 ENSCVAG00000012459 tafa3b (ENSCVAG00000012476) zgc:174906 (ENSCVAG00000012488) csad (ENSCVAG00000012522) znf740b (ENSCVAG00000012538) copz1 (ENSCVAG00000012605) nfe2 (ENSCVAG00000012645) ##22 hnrnpa1a (ENSCVAG00000012637) cbx5 (ENSCVAG00000012677) ENSCVAG00000012686 ENSCVAG00000012701 hoxc4a (ENSCVAG00000012708) hoxc5a (ENSCVAG00000012711) hoxc6a (ENSCVAG00000012714) hoxc8a (ENSCVAG00000012723) hoxc9a (ENSCVAG00000012727) hoxc10a (ENSCVAG00000012737) hoxc11a (ENSCVAG00000012746) hoxc12a (ENSCVAG00000012755) hoxc13a (ENSCVAG00000012761) calcoco1a (ENSCVAG00000000333) ENSCVAG00000000335 Mummichog MODERN SPECIES 2232 zgc:174906 (ENSFHEG00000023317) csad (ENSFHEG00000023321) znf740b (ENSFHEG00000023328) 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ENSOJAG00000018909 ENSOJAG00000018899 ccdc115 (ENSOJAG00000018893) ebp (ENSOJAG00000018874) wnt2bb (ENSOJAG00000018835) ENSOJAG00000018819 mov10b.1 (ENSOJAG00000018636) ENSOJAG00000018604 tafa3b (ENSOJAG00000018597) zgc:174906 (ENSOJAG00000018580) ENSOJAG00000018526 ENSOJAG00000018506 znf740b (ENSOJAG00000018499) copz1 (ENSOJAG00000018310) nfe2 (ENSOJAG00000018288) ##22 ENSOJAG00000018266 cbx5 (ENSOJAG00000018252) ENSOJAG00000018244 hoxc4a (ENSOJAG00000018235) hoxc5a (ENSOJAG00000018230) hoxc6a (ENSOJAG00000018220) hoxc9a (ENSOJAG00000018210) hoxc10a (ENSOJAG00000018175) hoxc11a (ENSOJAG00000018153) hoxc12a (ENSOJAG00000018133) hoxc13a (ENSOJAG00000018119) calcoco1a (ENSOJAG00000018097) RARG (ENSOJAG00000017981) nr1d4a (ENSOJAG00000017959) FAIM2 (ENSOJAG00000017830) Indian medaka MODERN SPECIES 23 ENSOMEG00000015404 apobec2b (ENSOMEG00000015449) ENSOMEG00000015467 ccdc115 (ENSOMEG00000015493) ebp (ENSOMEG00000015512) ENSOMEG00000015530 wnt2bb (ENSOMEG00000015549) mov10b.1 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ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 21 NAV1 (ENSORLG00000008252) mybpha (ENSORLG00000008186) ENSORLG00000023824 apobec2b (ENSORLG00000022372) ccdc115 (ENSORLG00000008147) ebp (ENSORLG00000008139) ENSORLG00000008134 wnt2bb (ENSORLG00000008125) ENSORLG00000008101 rhocb (ENSORLG00000002742) tafa3b (ENSORLG00000008062) zgc:174906 (ENSORLG00000024306) csad (ENSORLG00000008058) znf740b (ENSORLG00000008031) copz1 (ENSORLG00000008024) nfe2 (ENSORLG00000024998) ##22 ENSORLG00000008001 cbx5 (ENSORLG00000023199) ENSORLG00000027670 hoxc4a (ENSORLG00000007955) hoxc5a (ENSORLG00000007942) hoxc6a (ENSORLG00000025750) hoxc8a (ENSORLG00000024149) hoxc9a 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(ENSOSIG00000010846) nr1d4a (ENSOSIG00000011105) mfsd5 (ENSOSIG00000011106) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00390000013158.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a ENSGT00390000012629 Clown anemonefish MODERN SPECIES 2215 mrpl41 (ENSAOCG00000000215) zgc:174906 (ENSAOCG00000005182) csad (ENSAOCG00000005222) znf740b (ENSAOCG00000005241) copz1 (ENSAOCG00000005265) nfe2 (ENSAOCG00000000226) ##22 ENSAOCG00000005289 cbx5 (ENSAOCG00000005304) Orange clownfish MODERN SPECIES 22 mybpha (ENSAPEG00000004604) ENSAPEG00000004570 apobec2b (ENSAPEG00000004591) ccdc115 (ENSAPEG00000004554) ebp (ENSAPEG00000004537) ENSAPEG00000004529 WNT2B (ENSAPEG00000004514) mov10b.1 (ENSAPEG00000004492) ENSAPEG00000004482 tafa3b (ENSAPEG00000004440) mrpl41 (ENSAPEG00000004381) zgc:174906 (ENSAPEG00000004364) csad (ENSAPEG00000004314) znf740b (ENSAPEG00000004261) copz1 (ENSAPEG00000004212) nfe2 (ENSAPEG00000004195) ##22 ENSAPEG00000004179 cbx5 (ENSAPEG00000004148) ENSAPEG00000004127 ENSAPEG00000004115 hoxc4a (ENSAPEG00000004109) hoxc6a (ENSAPEG00000004077) hoxc9a (ENSAPEG00000004067) hoxc10a (ENSAPEG00000004031) hoxc11a (ENSAPEG00000004007) hoxc12a (ENSAPEG00000003936) hoxc13a (ENSAPEG00000003840) calcoco1a (ENSAPEG00000003811) nr1d4a (ENSAPEG00000003777) RARG (ENSAPEG00000003710) mfsd5 (ENSAPEG00000003689) Spiny chromis MODERN SPECIES 1098 ENSAPOG00000019530 znf740b (ENSAPOG00000019499) copz1 (ENSAPOG00000019451) nfe2 (ENSAPOG00000019385) ##22 ENSAPOG00000019369 cbx5 (ENSAPOG00000019361) ENSAPOG00000019322 ENSAPOG00000019282 hoxc4a (ENSAPOG00000019269) hoxc5a (ENSAPOG00000019246) hoxc6a (ENSAPOG00000019238) hoxc8a (ENSAPOG00000019231) hoxc9a (ENSAPOG00000019222) hoxc10a (ENSAPOG00000019156) hoxc11a (ENSAPOG00000019140) hoxc12a (ENSAPOG00000019071) hoxc13a (ENSAPOG00000018993) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 712 WNT2B (ENSSPAG00000018309) mov10b.1 (ENSSPAG00000018366) ENSSPAG00000018396 tafa3b (ENSSPAG00000018408) zgc:174906 (ENSSPAG00000018423) csad (ENSSPAG00000018434) znf740b (ENSSPAG00000018479) copz1 (ENSSPAG00000018487) nfe2 (ENSSPAG00000018508) ##22 ENSSPAG00000018518 cbx5 (ENSSPAG00000018533) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 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ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00440000039564.a.a ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a ENSGT00390000012629 Fugu MODERN SPECIES 15 tnnt2a (ENSTRUG00000011858) ENSTRUG00000012124 phlda3 (ENSTRUG00000012258) NAV1 (ENSTRUG00000012261) mybpha (ENSTRUG00000012696) ENSTRUG00000021854 apobec2b (ENSTRUG00000012839) ccdc115 (ENSTRUG00000012873) ebp (ENSTRUG00000012886) ENSTRUG00000023655 ENSTRUG00000013021 TAFA3 (ENSTRUG00000030232) csad (ENSTRUG00000001632) znf740b (ENSTRUG00000023765) copz1 (ENSTRUG00000001750) nfe2 (ENSTRUG00000002120) ##22 ENSTRUG00000020491 cbx5 (ENSTRUG00000003115) hoxc4a (ENSTRUG00000003444) hoxc5a (ENSTRUG00000003635) hoxc6a (ENSTRUG00000022036) hoxc9a (ENSTRUG00000003727) hoxc11a (ENSTRUG00000004120) hoxc12a (ENSTRUG00000004280) hoxc13a (ENSTRUG00000004383) calcoco1a (ENSTRUG00000004537) Rarg (ENSTRUG00000005047) nr1d4a (ENSTRUG00000005774) mfsd5 (ENSTRUG00000021121) FAIM2 (ENSTRUG00000006486) rbms2b (ENSTRUG00000006839) Tetraodon MODERN SPECIES 24 tnnt2a (ENSTNIG00000015033) lad1 (ENSTNIG00000015034) ENSTNIG00000015035 NAV1 (ENSTNIG00000015036) mybpha (ENSTNIG00000015037) ENSTNIG00000001468 APOBEC2 (ENSTNIG00000015038) ENSTNIG00000001385 ENSTNIG00000015039 wnt2bb (ENSTNIG00000015040) ENSTNIG00000015041 TAFA3 (ENSTNIG00000015042) csad (ENSTNIG00000015043) znf740b (ENSTNIG00000015044) copz1 (ENSTNIG00000015045) nfe2 (ENSTNIG00000015046) ##22 hnrnpa1b (ENSTNIG00000015047) cbx5 (ENSTNIG00000015048) hoxc4a (ENSTNIG00000001759) hoxc5a (ENSTNIG00000001760) hoxc6a (ENSTNIG00000001761) hoxc8a (ENSTNIG00000001762) hoxc9a (ENSTNIG00000001763) hoxc10a (ENSTNIG00000017168) hoxc11a (ENSTNIG00000001772) hoxc12a (ENSTNIG00000001773) hoxc13a (ENSTNIG00000001774) calcoco1a (ENSTNIG00000015050) RARG (ENSTNIG00000015051) nr1d4a (ENSTNIG00000015052) mfsd5 (ENSTNIG00000015053) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Ballan wrasse MODERN SPECIES 75 mybpha (ENSLBEG00000009255) ENSLBEG00000009320 apobec2b (ENSLBEG00000009422) ENSLBEG00000009435 ccdc115 (ENSLBEG00000009450) ENSLBEG00000009469 ebp (ENSLBEG00000009483) ENSLBEG00000009500 ENSLBEG00000009539 ENSLBEG00000009630 ENSLBEG00000009704 tafa3b (ENSLBEG00000009759) zgc:174906 (ENSLBEG00000009794) znf740b (ENSLBEG00000009846) copz1 (ENSLBEG00000009915) nfe2 (ENSLBEG00000009963) ##22 hnrnpa1a (ENSLBEG00000010010) cbx5 (ENSLBEG00000010072) ENSLBEG00000010107 ENSLBEG00000010138 hoxc4a (ENSLBEG00000010159) ENSLBEG00000010179 hoxc6a (ENSLBEG00000010209) hoxc8a (ENSLBEG00000010274) hoxc9a (ENSLBEG00000010288) hoxc10a (ENSLBEG00000010336) hoxc11a (ENSLBEG00000010368) hoxc12a (ENSLBEG00000010383) hoxc13a (ENSLBEG00000010407) calcoco1a (ENSLBEG00000010424) RARG (ENSLBEG00000010461) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a 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ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a European seabass MODERN SPECIES 14 NAV1 (ENSDLAG00005019975) phlda3 (ENSDLAG00005019951) csrp1a (ENSDLAG00005033635) mybpha (ENSDLAG00005020002) apobec2b (ENSDLAG00005033881) ENSDLAG00005001246 ENSDLAG00005031740 ENSDLAG00005027955 ENSDLAG00005001302 ENSDLAG00005001340 ENSDLAG00005001459 ENSDLAG00005028545 tafa3b (ENSDLAG00005001591) csad (ENSDLAG00005001675) copz1 (ENSDLAG00005002197) nfe2 (ENSDLAG00005029143) ##22 ENSDLAG00005002249 ENSDLAG00005028730 ENSDLAG00005002263 hoxc4a (ENSDLAG00005032570) hoxc5a (ENSDLAG00005029096) hoxc6a (ENSDLAG00005002275) hoxc8a (ENSDLAG00005032485) hoxc9a (ENSDLAG00005033558) HOXC10 (ENSDLAG00005028759) hoxc11a (ENSDLAG00005002301) hoxc12a (ENSDLAG00005002311) hoxc13a (ENSDLAG00005002318) calcoco1a (ENSDLAG00005002328) ENSDLAG00005002350 nr1d4a (ENSDLAG00005002960) Large yellow croaker MODERN SPECIES 487 ENSLCRG00005005713 apobec2b (ENSLCRG00005005714) ENSLCRG00005005715 ccdc115 (ENSLCRG00005005716) ebp (ENSLCRG00005005731) ENSLCRG00005005733 wnt2bb (ENSLCRG00005005735) ENSLCRG00005005736 MOV10 (ENSLCRG00005005754) ENSLCRG00005007180 tafa3b (ENSLCRG00005007181) zgc:174906 (ENSLCRG00005007182) csad (ENSLCRG00005007188) znf740b (ENSLCRG00005010162) copz1 (ENSLCRG00005010175) nfe2 (ENSLCRG00005010621) ##22 ENSLCRG00005010625 cbx5 (ENSLCRG00005010628) ENSLCRG00005010629 ENSLCRG00005010631 hoxc4a (ENSLCRG00005010632) hoxc5a (ENSLCRG00005010633) hoxc6a (ENSLCRG00005010635) hoxc8a (ENSLCRG00005010639) hoxc9a (ENSLCRG00005010641) hoxc10a (ENSLCRG00005010644) hoxc11a (ENSLCRG00005010645) hoxc12a (ENSLCRG00005010646) hoxc13a (ENSLCRG00005010647) calcoco1a (ENSLCRG00005010648) RARG (ENSLCRG00005010653) Gilthead seabream MODERN SPECIES 21 ENSSAUG00010014954 ccdc115 (ENSSAUG00010014955) ebp (ENSSAUG00010014956) ENSSAUG00010014958 wnt2bb (ENSSAUG00010014959) ENSSAUG00010014965 ENSSAUG00010014995 MOV10 (ENSSAUG00010018222) ENSSAUG00010018846 tafa3b (ENSSAUG00010018847) ENSSAUG00010018849 zgc:174906 (ENSSAUG00010018851) csad (ENSSAUG00010018857) znf740b (ENSSAUG00010019547) copz1 (ENSSAUG00010019553) nfe2 (ENSSAUG00010019562) ##22 hnrnpa1b (ENSSAUG00010019563) cbx5 (ENSSAUG00010019566) ENSSAUG00010019570 ENSSAUG00010019572 hoxc4a (ENSSAUG00010019579) ENSSAUG00010019575 hoxc5a (ENSSAUG00010019581) hoxc6a (ENSSAUG00010019582) hoxc8a (ENSSAUG00010019585) hoxc9a (ENSSAUG00010019587) hoxc10a (ENSSAUG00010019590) hoxc11a (ENSSAUG00010019593) hoxc12a (ENSSAUG00010019596) hoxc13a (ENSSAUG00010019599) calcoco1a (ENSSAUG00010019603) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801.h ENSGT00940000161892 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801.h ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Stickleback MODERN SPECIES 11 mybpha (ENSGACG00000009683) ENSGACG00000009673 apobec2b (ENSGACG00000009663) ENSGACG00000009660 ccdc115 (ENSGACG00000009654) ebp (ENSGACG00000009646) ENSGACG00000009645 WNT2B (ENSGACG00000009636) mov10b.1 (ENSGACG00000009612) ENSGACG00000009574 tafa3b (ENSGACG00000009569) zgc:174906 (ENSGACG00000009565) csad (ENSGACG00000009463) znf740b (ENSGACG00000009456) copz1 (ENSGACG00000009444) nfe2 (ENSGACG00000009442) ##22 ENSGACG00000009435 cbx5 (ENSGACG00000009433) ENSGACG00000009431 ENSGACG00000009430 ENSGACG00000009429 hoxc4a (ENSGACG00000009421) hoxc5a (ENSGACG00000009416) hoxc6a (ENSGACG00000009405) hoxc8a (ENSGACG00000009401) hoxc9a (ENSGACG00000009396) hoxc10a (ENSGACG00000009394) hoxc11a (ENSGACG00000009392) hoxc12a (ENSGACG00000009391) hoxc13a (ENSGACG00000009389) calcoco1a (ENSGACG00000009377) Lumpfish MODERN SPECIES 22 csrp1a (ENSCLMG00005013668) NAV1 (ENSCLMG00005013665) ENSCLMG00005013621 apobec2b (ENSCLMG00005013620) ccdc115 (ENSCLMG00005013619) ebp (ENSCLMG00005013618) ENSCLMG00005013616 WNT2B (ENSCLMG00005013614) mov10b.1 (ENSCLMG00005011806) ENSCLMG00005011796 tafa3b (ENSCLMG00005011793) zgc:174906 (ENSCLMG00005011792) csad (ENSCLMG00005009685) znf740b (ENSCLMG00005009670) copz1 (ENSCLMG00005009604) nfe2 (ENSCLMG00005009600) ##22 hnrnpa1a (ENSCLMG00005009597) cbx5 (ENSCLMG00005009594) ENSCLMG00005009591 ENSCLMG00005009589 hoxc4a (ENSCLMG00005009588) hoxc5a (ENSCLMG00005009587) hoxc6a (ENSCLMG00005009586) hoxc8a (ENSCLMG00005009585) hoxc9a (ENSCLMG00005009584) hoxc10a (ENSCLMG00005009583) hoxc11a (ENSCLMG00005009582) hoxc12a (ENSCLMG00005009581) hoxc13a (ENSCLMG00005009580) calcoco1a (ENSCLMG00005009578) RARG (ENSCLMG00005009563) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801.h ENSGT00940000161892 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Channel bull blenny MODERN SPECIES 21 ENSCGOG00000009666 apobec2b (ENSCGOG00000009696) ENSCGOG00000009700 ccdc115 (ENSCGOG00000009711) ebp (ENSCGOG00000009729) ENSCGOG00000009746 WNT2B (ENSCGOG00000009756) mov10b.1 (ENSCGOG00000009843) ENSCGOG00000011024 tafa3b (ENSCGOG00000011069) zgc:174906 (ENSCGOG00000011071) csad (ENSCGOG00000011104) znf740b (ENSCGOG00000012279) copz1 (ENSCGOG00000012310) ENSCGOG00000012875 nfe2 (ENSCGOG00000012901) ##22 cbx5 (ENSCGOG00000012911) ENSCGOG00000012918 ENSCGOG00000012931 hoxc4a (ENSCGOG00000012936) hoxc5a (ENSCGOG00000012940) hoxc6a (ENSCGOG00000012945) hoxc8a (ENSCGOG00000012949) hoxc9a (ENSCGOG00000012953) hoxc10a (ENSCGOG00000012958) hoxc11a (ENSCGOG00000012965) hoxc12a (ENSCGOG00000012982) hoxc13a (ENSCGOG00000003415) calcoco1a (ENSCGOG00000003418) RARG (ENSCGOG00000003425) nr1d4a (ENSCGOG00000003463) Pike perch MODERN SPECIES 111 ENSSLUG00000021293 MOV10 (ENSSLUG00000021323) ENSSLUG00000021751 tafa3b (ENSSLUG00000021759) ENSSLUG00000021761 ENSSLUG00000021764 zgc:174906 (ENSSLUG00000021769) csad (ENSSLUG00000021879) znf740b (ENSSLUG00000023292) copz1 (ENSSLUG00000023303) nfe2 (ENSSLUG00000023354) ##22 hnrnpa1a (ENSSLUG00000023360) cbx5 (ENSSLUG00000023364) ENSSLUG00000023368 ENSSLUG00000023372 hoxc4a (ENSSLUG00000023374) hoxc5a (ENSSLUG00000023378) hoxc6a (ENSSLUG00000023380) hoxc8a (ENSSLUG00000023383) hoxc9a (ENSSLUG00000023387) hoxc10a (ENSSLUG00000023391) hoxc11a (ENSSLUG00000023395) hoxc12a (ENSSLUG00000023398) hoxc13a (ENSSLUG00000023401) calcoco1a (ENSSLUG00000023406) RARG (ENSSLUG00000023411) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Zig-zag eel MODERN SPECIES 21 mybpha (ENSMAMG00000008003) ENSMAMG00000007968 apobec2b (ENSMAMG00000007926) ccdc115 (ENSMAMG00000007913) ebp (ENSMAMG00000026843) ENSMAMG00000007890 ENSMAMG00000007866 ENSMAMG00000007824 ENSMAMG00000007807 ENSMAMG00000026132 tafa3b (ENSMAMG00000007786) zgc:174906 (ENSMAMG00000007756) csad (ENSMAMG00000007702) znf740b (ENSMAMG00000027286) copz1 (ENSMAMG00000007647) nfe2 (ENSMAMG00000007629) ##22 ENSMAMG00000007606 cbx5 (ENSMAMG00000007589) ENSMAMG00000024742 hoxc4a (ENSMAMG00000007567) hoxc5a (ENSMAMG00000007559) hoxc6a (ENSMAMG00000007554) hoxc8a (ENSMAMG00000025542) hoxc9a (ENSMAMG00000007513) hoxc10a (ENSMAMG00000007503) hoxc11a (ENSMAMG00000007498) hoxc13a (ENSMAMG00000007475) calcoco1a (ENSMAMG00000007418) ENSMAMG00000007394 nr1d4a (ENSMAMG00000007376) mfsd5 (ENSMAMG00000026368) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Siamese fighting fish MODERN SPECIES 18 mybpha (ENSBSLG00000009365) ENSBSLG00000009413 ENSBSLG00000009438 apobec2b (ENSBSLG00000009447) ENSBSLG00000009454 ccdc115 (ENSBSLG00000009462) ebp (ENSBSLG00000009466) ENSBSLG00000009478 WNT2B (ENSBSLG00000009490) mov10b.1 (ENSBSLG00000009530) ENSBSLG00000009770 tafa3b (ENSBSLG00000009819) zgc:174906 (ENSBSLG00000009853) znf740b (ENSBSLG00000009869) copz1 (ENSBSLG00000009890) nfe2 (ENSBSLG00000010070) ##22 hnrnpa1a (ENSBSLG00000010079) cbx5 (ENSBSLG00000010110) hoxc4a (ENSBSLG00000010579) hoxc5a (ENSBSLG00000010606) hoxc6a (ENSBSLG00000010644) hoxc8a (ENSBSLG00000010671) hoxc9a (ENSBSLG00000010688) hoxc10a (ENSBSLG00000010709) hoxc11a (ENSBSLG00000010725) hoxc12a (ENSBSLG00000010765) hoxc13a (ENSBSLG00000010782) calcoco1a (ENSBSLG00000010796) RARG (ENSBSLG00000010866) nr1d4a (ENSBSLG00000011600) mfsd5 (ENSBSLG00000011650) Climbing perch MODERN SPECIES 20 ENSATEG00000023072 apobec2b (ENSATEG00000023043) ENSATEG00000029676 ccdc115 (ENSATEG00000023039) ebp (ENSATEG00000023035) ENSATEG00000023033 ENSATEG00000023028 ENSATEG00000027142 ENSATEG00000023014 ENSATEG00000025924 ENSATEG00000029432 tafa3b (ENSATEG00000027191) zgc:174906 (ENSATEG00000022991) znf740b (ENSATEG00000029541) copz1 (ENSATEG00000022959) nfe2 (ENSATEG00000026477) ##22 ENSATEG00000022918 cbx5 (ENSATEG00000030136) ENSATEG00000022897 ENSATEG00000029038 hoxc4a (ENSATEG00000022878) hoxc5a (ENSATEG00000022872) hoxc6a (ENSATEG00000022870) hoxc8a (ENSATEG00000026304) hoxc9a (ENSATEG00000022821) ENSATEG00000022805 hoxc11a (ENSATEG00000022786) hoxc12a (ENSATEG00000022770) hoxc13a (ENSATEG00000022733) calcoco1a (ENSATEG00000022704) ENSATEG00000022679 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Seriola ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Greater amberjack MODERN SPECIES 23 mybpha (ENSSDUG00000014584) ENSSDUG00000014556 apobec2b (ENSSDUG00000014543) ccdc115 (ENSSDUG00000014537) ebp (ENSSDUG00000014525) ENSSDUG00000014492 WNT2B (ENSSDUG00000014473) ENSSDUG00000014418 MOV10 (ENSSDUG00000014383) ENSSDUG00000014362 tafa3b (ENSSDUG00000014351) zgc:174906 (ENSSDUG00000014344) csad (ENSSDUG00000014322) znf740b (ENSSDUG00000014302) copz1 (ENSSDUG00000014273) nfe2 (ENSSDUG00000014264) ##22 hnrnpa1a (ENSSDUG00000013908) cbx5 (ENSSDUG00000013868) ENSSDUG00000013860 hoxc4a (ENSSDUG00000013856) hoxc5a (ENSSDUG00000013853) hoxc6a (ENSSDUG00000013847) ENSSDUG00000013839 hoxc8a (ENSSDUG00000013837) hoxc9a (ENSSDUG00000013832) hoxc10a (ENSSDUG00000013812) hoxc11a (ENSSDUG00000013799) hoxc12a (ENSSDUG00000013793) hoxc13a (ENSSDUG00000013789) ENSSDUG00000013783 ENSSDUG00000013774 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3093 mybpha (ENSSLDG00000003280) apobec2b (ENSSLDG00000003321) ENSSLDG00000003334 ccdc115 (ENSSLDG00000003357) ebp (ENSSLDG00000003388) ENSSLDG00000003403 WNT2B (ENSSLDG00000003413) ENSSLDG00000003441 ENSSLDG00000003521 ENSSLDG00000003562 tafa3b (ENSSLDG00000003574) zgc:174906 (ENSSLDG00000003594) csad (ENSSLDG00000003612) znf740b (ENSSLDG00000003633) copz1 (ENSSLDG00000003673) nfe2 (ENSSLDG00000003693) ##22 hnrnpa1a (ENSSLDG00000003718) cbx5 (ENSSLDG00000003859) ENSSLDG00000003881 hoxc4a (ENSSLDG00000003886) hoxc5a (ENSSLDG00000003893) hoxc6a (ENSSLDG00000003902) hoxc8a (ENSSLDG00000003935) hoxc9a (ENSSLDG00000003973) hoxc10a (ENSSLDG00000004036) hoxc11a (ENSSLDG00000004042) hoxc12a (ENSSLDG00000004056) hoxc13a (ENSSLDG00000004090) calcoco1a (ENSSLDG00000004113) RARG (ENSSLDG00000004204) nr1d4a (ENSSLDG00000004254) Barramundi perch MODERN SPECIES 102 ENSLCAG00010024248 ENSLCAG00010024220 tafa3b (ENSLCAG00010024210) zgc:174906 (ENSLCAG00010024207) csad (ENSLCAG00010024131) znf740b (ENSLCAG00010024067) copz1 (ENSLCAG00010024047) nfe2 (ENSLCAG00010024037) ##22 hnrnpa1a (ENSLCAG00010024025) cbx5 (ENSLCAG00010024014) ENSLCAG00010024012 ENSLCAG00010024009 hoxc4a (ENSLCAG00010024006) hoxc5a (ENSLCAG00010024002) hoxc6a (ENSLCAG00010024000) hoxc8a (ENSLCAG00010023995) hoxc9a (ENSLCAG00010023991) hoxc10a (ENSLCAG00010023980) hoxc12a (ENSLCAG00010023976) hoxc13a (ENSLCAG00010023968) calcoco1a (ENSLCAG00010023952) RARG (ENSLCAG00010023942) nr1d4a (ENSLCAG00010023909) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000159166 ENSGT00940000166364 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Tongue sole MODERN SPECIES 1 KMT2D (ENSCSEG00000007106) ikzf4 (ENSCSEG00000007155) wnt1 (ENSCSEG00000007200) wnt10b (ENSCSEG00000007206) ARF3 (ENSCSEG00000007217) erbb3b (ENSCSEG00000007230) pa2g4b (ENSCSEG00000007254) ESYT1 (ENSCSEG00000007283) fmnl3 (ENSCSEG00000007340) ENSCSEG00000007466 TAFA3 (ENSCSEG00000007480) zgc:174906 (ENSCSEG00000007489) csad (ENSCSEG00000007498) znf740b (ENSCSEG00000007519) copz1 (ENSCSEG00000007552) nfe2 (ENSCSEG00000007571) ##22 hnrnpa1a (ENSCSEG00000007589) cbx5 (ENSCSEG00000007626) ENSCSEG00000007643 ENSCSEG00000007650 hoxc4a (ENSCSEG00000007659) hoxc5a (ENSCSEG00000007661) hoxc6a (ENSCSEG00000007962) hoxc8a (ENSCSEG00000007967) hoxc9a (ENSCSEG00000007973) ENSCSEG00000007984 hoxc11a (ENSCSEG00000008000) hoxc12a (ENSCSEG00000007989) hoxc13a (ENSCSEG00000008007) calcoco1a (ENSCSEG00000008020) RARG (ENSCSEG00000008034) Turbot MODERN SPECIES 2 mybpha (ENSSMAG00000005120) ENSSMAG00000035937 apobec2b (ENSSMAG00000005110) ENSSMAG00000027541 ccdc115 (ENSSMAG00000005059) ebp (ENSSMAG00000005050) ENSSMAG00000005032 ENSSMAG00000005039 ENSSMAG00000004913 ENSSMAG00000033443 tafa3b (ENSSMAG00000004885) zgc:174906 (ENSSMAG00000023309) csad (ENSSMAG00000004800) znf740b (ENSSMAG00000004738) copz1 (ENSSMAG00000004686) nfe2 (ENSSMAG00000032096) ##22 hnrnpa1b (ENSSMAG00000004641) cbx5 (ENSSMAG00000004605) ENSSMAG00000004592 hoxc4a (ENSSMAG00000004569) hoxc5a (ENSSMAG00000004565) hoxc6a (ENSSMAG00000004528) hoxc8a (ENSSMAG00000027550) hoxc9a (ENSSMAG00000004513) HOXC10 (ENSSMAG00000004507) hoxc11a (ENSSMAG00000004500) hoxc12a (ENSSMAG00000030849) hoxc13a (ENSSMAG00000004492) calcoco1a (ENSSMAG00000004444) ENSSMAG00000004391 nr1d4a (ENSSMAG00000004344) Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 457 mov10b.1 (ENSHCOG00000019421) ENSHCOG00000019428 tafa3b (ENSHCOG00000019431) znf740b (ENSHCOG00000019444) copz1 (ENSHCOG00000019504) nfe2 (ENSHCOG00000019516) ##22 hnrnpa1b (ENSHCOG00000019526) cbx5 (ENSHCOG00000019540) hoxc4a (ENSHCOG00000019561) hoxc5a (ENSHCOG00000019567) hoxc6a (ENSHCOG00000019575) hoxc8a (ENSHCOG00000019613) hoxc9a (ENSHCOG00000019639) hoxc10a (ENSHCOG00000019646) hoxc11a (ENSHCOG00000019652) hoxc12a (ENSHCOG00000019673) hoxc13b (ENSHCOG00000019723) ENSHCOG00000019739 RARG (ENSHCOG00000019781) nr1d4a (ENSHCOG00000019834) mfsd5 (ENSHCOG00000019846) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 21 TPRG1L (ENSMMDG00005010498) ENSMMDG00005010499 ENSMMDG00005010501 ENSMMDG00005010505 ENSMMDG00005010506 ENSMMDG00005010508 ENSMMDG00005010510 wnt2bb (ENSMMDG00005010512) ENSMMDG00005010517 ENSMMDG00005010615 ENSMMDG00005011430 tafa3b (ENSMMDG00005011432) zgc:174906 (ENSMMDG00005011435) znf740b (ENSMMDG00005011438) copz1 (ENSMMDG00005011444) nfe2 (ENSMMDG00005011664) ##22 hnrnpa1a (ENSMMDG00005011666) cbx5 (ENSMMDG00005011668) ENSMMDG00005011671 ENSMMDG00005011672 hoxc4a (ENSMMDG00005011673) hoxc6a (ENSMMDG00005011675) hoxc5a (ENSMMDG00005011678) hoxc8a (ENSMMDG00005011680) hoxc9a (ENSMMDG00005011681) hoxc10a (ENSMMDG00005011683) hoxc11a (ENSMMDG00005011691) hoxc12a (ENSMMDG00005011692) hoxc13a (ENSMMDG00005011693) calcoco1a (ENSMMDG00005011695) RARG (ENSMMDG00005011700) Cod MODERN SPECIES ENSGMOG00000006857 mybpha (ENSGMOG00000006836) ENSGMOG00000027295 apobec2b (ENSGMOG00000006819) ENSGMOG00000026613 ccdc115 (ENSGMOG00000027450) ebp (ENSGMOG00000006796) ENSGMOG00000035969 ENSGMOG00000022924 ENSGMOG00000035508 ENSGMOG00000006754 ENSGMOG00000027014 zgc:174906 (ENSGMOG00000022957) ENSGMOG00000024039 znf740b (ENSGMOG00000018005) nfe2 (ENSGMOG00000031115) ##22 ENSGMOG00000017950 cbx5 (ENSGMOG00000017941) ENSGMOG00000017920 hoxc4a (ENSGMOG00000025564) hoxc5a (ENSGMOG00000027152) hoxc6a (ENSGMOG00000017893) hoxc8a (ENSGMOG00000024925) hoxc9a (ENSGMOG00000017882) HOXC10 (ENSGMOG00000017875) hoxc11a (ENSGMOG00000017869) hoxc12a (ENSGMOG00000017864) hoxc13a (ENSGMOG00000017858) ENSGMOG00000017991 ENSGMOG00000036685 calcoco1a (ENSGMOG00000017839) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00390000002944 ENSGT00940000159544 ENSGT00940000155808 ENSGT00530000063607.a ENSGT01050000244940.a.a.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000158956.c.a ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240.e ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.c ENSGT00940000164283.b.b.a P. kingsleyae MODERN SPECIES 59 kansl2 (ENSPKIG00000002317) ENSPKIG00000002369 TMBIM6 (ENSPKIG00000002418) SLC11A2 (ENSPKIG00000002469) MARCHF9 (ENSPKIG00000002517) tspan31 (ENSPKIG00000002548) agap2 (ENSPKIG00000002601) ZBTB39 (ENSPKIG00000002690) gpr182 (ENSPKIG00000002695) pip4k2ca (ENSPKIG00000002709) igfbp6b (ENSPKIG00000002747) lima1a (ENSPKIG00000002812) zgc:174906 (ENSPKIG00000002862) csad (ENSPKIG00000002900) znf740b (ENSPKIG00000002966) nfe2 (ENSPKIG00000002997) ##22 ENSPKIG00000003028 cbx5 (ENSPKIG00000003062) ENSPKIG00000003082 hoxc4a (ENSPKIG00000003102) HOXC5 (ENSPKIG00000003129) hoxc6a (ENSPKIG00000003147) hoxc8a (ENSPKIG00000003163) hoxc9a (ENSPKIG00000003179) hoxc10a (ENSPKIG00000003221) hoxc11a (ENSPKIG00000003269) hoxc12a (ENSPKIG00000003281) hoxc13a (ENSPKIG00000003291) calcoco1a (ENSPKIG00000003333) rarga (ENSPKIG00000003438) ENSPKIG00000003568 Asian bonytongue MODERN SPECIES 10 TMBIM6 (ENSSFOG00015029364) SLC11A2 (ENSSFOG00015008021) cyp27b1 (ENSSFOG00015028740) MARCHF9 (ENSSFOG00015027839) tspan31 (ENSSFOG00015007945) agap2 (ENSSFOG00015007865) ZBTB39 (ENSSFOG00015007838) gpr182 (ENSSFOG00015007835) pip4k2ca (ENSSFOG00015007800) igfbp6b (ENSSFOG00015007780) ENSSFOG00015030402 lima1a (ENSSFOG00015007763) zgc:174906 (ENSSFOG00015007733) csad (ENSSFOG00015007677) znf740b (ENSSFOG00015007637) nfe2 (ENSSFOG00015007607) ##22 ENSSFOG00015007588 CBX5 (ENSSFOG00015024435) ENSSFOG00015007511 hoxc4a (ENSSFOG00015007543) HOXC5 (ENSSFOG00015007529) 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SPECIES 142 ENSECRG00000021949 ##22 SMUG1 (ENSECRG00000021943) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 201 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Coelacanth MODERN SPECIES 490 ZNF385A (ENSLACG00000003097) ENSLACG00000008091 ENSLACG00000008910 ENSLACG00000012321 COPZ1 (ENSLACG00000012488) NFE2 (ENSLACG00000013191) ##22 ENSLACG00000013754 CBX5 (ENSLACG00000013947) SMUG1 (ENSLACG00000015958) ENSLACG00000016368 ENSLACG00000016502 HOXC4 (ENSLACG00000016556) HOXC6 (ENSLACG00000016619) HOXC8 (ENSLACG00000016658) HOXC9 (ENSLACG00000016678) HOXC10 (ENSLACG00000016699) HOXC11 (ENSLACG00000016719) HOXC12 (ENSLACG00000016761) HOXC13 (ENSLACG00000016784) Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000162831 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00940000161744 ENSGT00940000160217 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00940000159286.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Anura ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000164002.e ENSGT00940000164002.f ENSGT00940000158956 ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160351 ENSGT00940000154770 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.a.a ENSGT00940000155261 Frog MODERN SPECIES 2 birc5 (ENSXETG00000004294) neurod4 (ENSXETG00000004295) ENSXETG00000043097 endou (ENSXETG00000004296) ppp1r1a (ENSXETG00000004297) ENSXETG00000041259 pde1b (ENSXETG00000004298) nckap1l (ENSXETG00000004299) gtsf2 (ENSXETG00000021263) gtsf1 (ENSXETG00000033546) itga5 (ENSXETG00000021265) znf385a (ENSXETG00000038504) ENSXETG00000044693 gpr84 (ENSXETG00000021274) copz1 (ENSXETG00000027403) nfe2 (ENSXETG00000027400) ##22 hnrnpa1 (ENSXETG00000021277) cbx5 (ENSXETG00000021279) smug1 (ENSXETG00000045852) hoxc3 (ENSXETG00000025181) hoxc4 (ENSXETG00000038997) hoxc6 (ENSXETG00000042371) hoxc5 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(ENSLLEG00000005614) Amniota ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000161281 ENSGT00940000155473 ENSGT00940000159065 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000159891 ENSGT01090000260011.A.d ENSGT01090000260011.A.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 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ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 364 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.b ENSGT00940000158801 Common shrew MODERN SPECIES 7336 ENSSARG00000008961 NFE2 (ENSSARG00000008960) ##22 ENSSARG00000008946 ENSSARG00000008941 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Suina ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Pig MODERN SPECIES 13 ENSSSCG00000059678 ENSSSCG00000063497 ENSSSCG00000056745 NEUROD4 (ENSSSCG00000035778) TESPA1 (ENSSSCG00000000299) ENSSSCG00000060462 PPP1R1A (ENSSSCG00000000298) PDE1B (ENSSSCG00000000297) NCKAP1L (ENSSSCG00000000295) ENSSSCG00000000296 GTSF1 (ENSSSCG00000026333) ITGA5 (ENSSSCG00000000293) ZNF385A (ENSSSCG00000000292) GPR84 (ENSSSCG00000000291) COPZ1 (ENSSSCG00000000290) NFE2 (ENSSSCG00000000289) ##22 HNRNPA1 (ENSSSCG00000000288) CBX5 (ENSSSCG00000039191) SMUG1 (ENSSSCG00000024221) HOXC4 (ENSSSCG00000038993) HOXC5 (ENSSSCG00000040798) HOXC6 (ENSSSCG00000030585) HOXC8 (ENSSSCG00000038644) HOXC9 (ENSSSCG00000034474) HOXC10 (ENSSSCG00000022728) HOXC11 (ENSSSCG00000028104) HOXC12 (ENSSSCG00000000281) HOXC13 (ENSSSCG00000000279) CALCOCO1 (ENSSSCG00000028481) ATP5MC2 (ENSSSCG00000062561) ATF7 (ENSSSCG00000000278) Chacoan peccary MODERN SPECIES 900 ENSCWAG00000012000 ENSCWAG00000012018 NEUROD4 (ENSCWAG00000012031) TESPA1 (ENSCWAG00000012075) ENSCWAG00000012205 ENSCWAG00000012242 PPP1R1A (ENSCWAG00000012290) PDE1B (ENSCWAG00000012376) NCKAP1L (ENSCWAG00000012912) ENSCWAG00000013448 GTSF1 (ENSCWAG00000013502) ITGA5 (ENSCWAG00000013591) ZNF385A (ENSCWAG00000013742) GPR84 (ENSCWAG00000014028) COPZ1 (ENSCWAG00000014076) NFE2 (ENSCWAG00000014469) ##22 HNRNPA1 (ENSCWAG00000014510) CBX5 (ENSCWAG00000014634) SMUG1 (ENSCWAG00000014659) HOXC4 (ENSCWAG00000014679) HOXC5 (ENSCWAG00000014699) HOXC6 (ENSCWAG00000014747) HOXC8 (ENSCWAG00000014794) HOXC9 (ENSCWAG00000014825) HOXC10 (ENSCWAG00000014844) HOXC11 (ENSCWAG00000014873) HOXC12 (ENSCWAG00000014902) HOXC13 (ENSCWAG00000014937) CALCOCO1 (ENSCWAG00000014985) ENSCWAG00000015074 ATF7 (ENSCWAG00000015117) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784.y ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000157981.b Arabian camel MODERN SPECIES 3 ENSCDRG00005010349 ENSCDRG00005010369 ENSCDRG00005010385 NEUROD4 (ENSCDRG00005010411) TESPA1 (ENSCDRG00005010420) ENSCDRG00005010506 ENSCDRG00005010664 PPP1R1A (ENSCDRG00005010741) PDE1B (ENSCDRG00005010791) NCKAP1L (ENSCDRG00005011045) ENSCDRG00005003272 ITGA5 (ENSCDRG00005003372) ZNF385A (ENSCDRG00005003527) GPR84 (ENSCDRG00005003688) COPZ1 (ENSCDRG00005003721) NFE2 (ENSCDRG00005004200) ##22 HNRNPA1L3 (ENSCDRG00005004239) CBX5 (ENSCDRG00005004307) SMUG1 (ENSCDRG00005004335) HOXC4 (ENSCDRG00005004352) HOXC5 (ENSCDRG00005004372) HOXC6 (ENSCDRG00005004401) HOXC8 (ENSCDRG00005004419) HOXC9 (ENSCDRG00005004435) HOXC10 (ENSCDRG00005004457) HOXC11 (ENSCDRG00005004473) HOXC12 (ENSCDRG00005004486) HOXC13 (ENSCDRG00005004494) CALCOCO1 (ENSCDRG00005004535) ENSCDRG00005004636 ATF7 (ENSCDRG00005004669) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 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ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.c ENSGT00940000155001.B.h.b.b Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263561.A.k ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.b ENSGT00390000004405.a.n.b ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.c ENSGT00940000155261 Odontoceti_a 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(ENSTTRG00000004546) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159891 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263561.A.k ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.b ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.c ENSGT00940000155261 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159891 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.b ENSGT00390000004405.a.n.b ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.c ENSGT00940000155261 Beluga whale MODERN SPECIES 39 RDH5 (ENSDLEG00000006468) BLOC1S1 (ENSDLEG00000006479) ITGA7 (ENSDLEG00000006516) METTL7B (ENSDLEG00000006527) NEUROD4 (ENSDLEG00000006529) TESPA1 (ENSDLEG00000006536) PPP1R1A (ENSDLEG00000006547) PDE1B (ENSDLEG00000006557) NCKAP1L (ENSDLEG00000006570) ENSDLEG00000006617 GTSF1 (ENSDLEG00000006632) ITGA5 (ENSDLEG00000006678) ZNF385A (ENSDLEG00000006709) GPR84 (ENSDLEG00000006731) ENSDLEG00000006745 NFE2 (ENSDLEG00000006760) ##22 CBX5 (ENSDLEG00000006762) SMUG1 (ENSDLEG00000006767) HOXC4 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ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154517.hb ENSGT00940000154940 ENSGT00950000183025.b.b Siberian musk deer MODERN SPECIES 320 ENSMMSG00000009751 FGD6 (ENSMMSG00000009565) ENSMMSG00000009531 ENSMMSG00000009068 USP44 (ENSMMSG00000008995) ENSMMSG00000008970 ENSMMSG00000008952 PPP1R1A (ENSMMSG00000008915) PDE1B (ENSMMSG00000008755) NCKAP1L (ENSMMSG00000008664) GTSF1 (ENSMMSG00000008602) ITGA5 (ENSMMSG00000008546) ZNF385A (ENSMMSG00000008397) GPR84 (ENSMMSG00000008354) ENSMMSG00000008020 NFE2 (ENSMMSG00000007969) ##22 HNRNPA1 (ENSMMSG00000007466) CBX5 (ENSMMSG00000007428) SMUG1 (ENSMMSG00000007402) HOXC4 (ENSMMSG00000007376) HOXC5 (ENSMMSG00000007356) HOXC6 (ENSMMSG00000007317) HOXC8 (ENSMMSG00000007287) HOXC9 (ENSMMSG00000007268) HOXC10 (ENSMMSG00000007244) HOXC11 (ENSMMSG00000007220) HOXC12 (ENSMMSG00000007203) HOXC13 (ENSMMSG00000007187) ENSMMSG00000007150 CALCOCO1 (ENSMMSG00000007007) ENSMMSG00000006941 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156334 ENSGT00390000003290 ENSGT00940000155016.w.a ENSGT00940000155016.x ENSGT00940000160526 ENSGT00970000194877 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154517.hb ENSGT00940000154940 ENSGT00950000183025.b.b Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156334 ENSGT00390000003290 ENSGT00940000155016.w.a ENSGT00940000160526 ENSGT00970000194877 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.b ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b.i ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.cb.b.a ENSGT00940000155261 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 NDUFA12 (ENSOARG00020013894) NR2C1 (ENSOARG00020014046) FGD6 (ENSOARG00020014249) VEZT (ENSOARG00020014442) METAP2 (ENSOARG00020014635) USP44 (ENSOARG00020015356) ENSOARG00020015432 PPP1R1A (ENSOARG00020015494) PDE1B (ENSOARG00020015560) NCKAP1L (ENSOARG00020016080) GTSF1 (ENSOARG00020016299) ITGA5 (ENSOARG00020016394) ZNF385A (ENSOARG00020016620) ENSOARG00020016959 COPZ1 (ENSOARG00020017012) NFE2 (ENSOARG00020017499) ##22 ENSOARG00020017550 CBX5 (ENSOARG00020017769) 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HOXC10 (ENSCHIG00000006808) HOXC11 (ENSCHIG00000025199) HOXC12 (ENSCHIG00000007346) HOXC13 (ENSCHIG00000025201) ENSCHIG00000009554 ENSCHIG00000022160 CALCOCO1 (ENSCHIG00000016780) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156334 ENSGT00390000003290 ENSGT00940000155016.x ENSGT00940000160526 ENSGT00390000016927.i.b.a ENSGT00390000000805.c.b.b.a ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154517.hb ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.cb.a.a Bos ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156334 ENSGT00390000003290 ENSGT00940000155016.x ENSGT00940000160526 ENSGT00390000016927.i.b.a ENSGT00390000000805.c.b.b.a ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154517.hb ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.cb.a.a Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003290 ENSGT00940000155016.x ENSGT00940000160526 ENSGT00390000016927.i.b.a ENSGT00970000194877 ENSGT00390000000805.c.b.b.a ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00390000004405.a.n.b ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154517.hb ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.cb.a.a Cow MODERN SPECIES 24 ENSBTAG00000049200 METAP2 (ENSBTAG00000019944) USP44 (ENSBTAG00000019946) ENSBTAG00000010711 MUCL1 (ENSBTAG00000051641) ENSBTAG00000023670 GLYCAM1 (ENSBTAG00000013417) PPP1R1A (ENSBTAG00000010907) PDE1B (ENSBTAG00000004337) NCKAP1L (ENSBTAG00000019686) GTSF1 (ENSBTAG00000018085) ITGA5 (ENSBTAG00000013745) ZNF385A (ENSBTAG00000015604) GPR84 (ENSBTAG00000015592) COPZ1 (ENSBTAG00000005384) NFE2 (ENSBTAG00000001562) ##22 HNRNPA1 (ENSBTAG00000001553) CBX5 (ENSBTAG00000006246) SMUG1 (ENSBTAG00000021974) HOXC4 (ENSBTAG00000003304) HOXC5 (ENSBTAG00000009634) HOXC6 (ENSBTAG00000009238) HOXC8 (ENSBTAG00000012149) HOXC9 (ENSBTAG00000005606) HOXC10 (ENSBTAG00000003278) HOXC11 (ENSBTAG00000006879) HOXC12 (ENSBTAG00000000924) HOXC13 (ENSBTAG00000000923) ENSBTAG00000052958 CALCOCO1 (ENSBTAG00000015016) ATP5MC2 (ENSBTAG00000005735) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 NR2C1 (ENSBIXG00005012362) FGD6 (ENSBIXG00005012389) VEZT (ENSBIXG00005012428) METAP2 (ENSBIXG00005001385) ENSBIXG00005012602 USP44 (ENSBIXG00005012628) ENSBIXG00005012642 ENSBIXG00005012746 PPP1R1A (ENSBIXG00005001412) PDE1B (ENSBIXG00005012829) NCKAP1L (ENSBIXG00005001435) GTSF1 (ENSBIXG00005012927) ITGA5 (ENSBIXG00005012943) ZNF385A (ENSBIXG00005013048) COPZ1 (ENSBIXG00005013277) NFE2 (ENSBIXG00005013365) ##22 HNRNPA1 (ENSBIXG00005013410) CBX5 (ENSBIXG00005013447) SMUG1 (ENSBIXG00005013477) HOXC5 (ENSBIXG00005013541) HOXC4 (ENSBIXG00005001661) HOXC6 (ENSBIXG00005013579) HOXC8 (ENSBIXG00005013635) HOXC9 (ENSBIXG00005013659) HOXC10 (ENSBIXG00005013696) HOXC11 (ENSBIXG00005013716) HOXC12 (ENSBIXG00005013757) HOXC13 (ENSBIXG00005001711) ENSBIXG00005013795 CALCOCO1 (ENSBIXG00005005927) ENSBIXG00005014027 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003290 ENSGT00930000151314 ENSGT00940000155016.x ENSGT00940000160526 ENSGT00390000016927.i.b.a ENSGT00390000000805.c.b.b.a ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154517.hb ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.cb.a.a Wild yak MODERN SPECIES 1369 ENSBMUG00000020473 METAP2 (ENSBMUG00000020530) USP44 (ENSBMUG00000020566) ENSBMUG00000020576 ENSBMUG00000020585 ENSBMUG00000020602 ENSBMUG00000020621 PDE1B (ENSBMUG00000020651) NCKAP1L (ENSBMUG00000020686) GTSF1 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HOXC12 (ENSBBBG00000004755) HOXC13 (ENSBBBG00000004761) ENSBBBG00000018889 CALCOCO1 (ENSBBBG00000004810) ENSBBBG00000004822 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.j ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.j ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.j ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 1 ENSRFEG00010004164 ENSRFEG00010004155 ENSRFEG00010004121 NEUROD4 (ENSRFEG00010004100) TESPA1 (ENSRFEG00010004076) ENSRFEG00010004059 ENSRFEG00010004045 PPP1R1A (ENSRFEG00010004029) PDE1B (ENSRFEG00010003985) NCKAP1L (ENSRFEG00010003799) GTSF1 (ENSRFEG00010003655) ITGA5 (ENSRFEG00010003562) ZNF385A (ENSRFEG00010003487) ENSRFEG00010003458 COPZ1 (ENSRFEG00010003353) NFE2 (ENSRFEG00010003234) ##22 ENSRFEG00010003146 CBX5 (ENSRFEG00010003088) SMUG1 (ENSRFEG00010003070) HOXC4 (ENSRFEG00010003046) HOXC5 (ENSRFEG00010003028) HOXC6 (ENSRFEG00010003005) HOXC8 (ENSRFEG00010002977) HOXC9 (ENSRFEG00010002965) HOXC10 (ENSRFEG00010002942) HOXC11 (ENSRFEG00010002928) HOXC12 (ENSRFEG00010002916) HOXC13 (ENSRFEG00010002899) CALCOCO1 (ENSRFEG00010002780) ENSRFEG00010002728 ATF7 (ENSRFEG00010002698) Microbat MODERN SPECIES 1097 PPP1R1A (ENSMLUG00000012998) PDE1B (ENSMLUG00000012983) NCKAP1L (ENSMLUG00000012968) ENSMLUG00000024563 ENSMLUG00000002432 ENSMLUG00000012961 ITGA5 (ENSMLUG00000012946) ZNF385A (ENSMLUG00000012937) GPR84 (ENSMLUG00000012933) COPZ1 (ENSMLUG00000015971) NFE2 (ENSMLUG00000011437) ##22 ENSMLUG00000000648 CBX5 (ENSMLUG00000000652) SMUG1 (ENSMLUG00000000491) HOXC4 (ENSMLUG00000017706) HOXC5 (ENSMLUG00000000488) HOXC6 (ENSMLUG00000000485) HOXC8 (ENSMLUG00000003097) HOXC9 (ENSMLUG00000000483) HOXC10 (ENSMLUG00000000482) HOXC11 (ENSMLUG00000000470) HOXC12 (ENSMLUG00000026984) HOXC13 (ENSMLUG00000015050) CALCOCO1 (ENSMLUG00000011866) ENSMLUG00000011860 ATF7 (ENSMLUG00000007697) Megabat MODERN SPECIES 3593 PPP1R1A (ENSPVAG00000000337) PDE1B (ENSPVAG00000000336) NCKAP1L (ENSPVAG00000000335) GTSF1 (ENSPVAG00000000333) ITGA5 (ENSPVAG00000000330) ZNF385A (ENSPVAG00000000328) COPZ1 (ENSPVAG00000000324) NFE2 (ENSPVAG00000000323) ##22 HNRNPA1 (ENSPVAG00000000322) CBX5 (ENSPVAG00000000321) Equus ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.b.a.a.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Donkey MODERN SPECIES 14 ENSEASG00005027806 ENSEASG00005032061 ENSEASG00005027676 NEUROD4 (ENSEASG00005010285) TESPA1 (ENSEASG00005010282) ENSEASG00005030245 ENSEASG00005038614 PDE1B (ENSEASG00005010274) NCKAP1L (ENSEASG00005010266) ENSEASG00005010262 GTSF1 (ENSEASG00005010260) ITGA5 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ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b Caniformia ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Ursidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT01090000260006.A.c.a.b.a.j ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.y.a ENSGT00940000155261 Ursus ANCESTRAL SPECIES 208 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.b.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 American black bear MODERN SPECIES 1072 ENSUAMG00000021668 GTSF1 (ENSUAMG00000021669) ITGA5 (ENSUAMG00000021685) ZNF385A (ENSUAMG00000021970) GPR84 (ENSUAMG00000021971) COPZ1 (ENSUAMG00000021972) NFE2 (ENSUAMG00000021975) ##22 CBX5 (ENSUAMG00000021976) SMUG1 (ENSUAMG00000021978) Polar bear MODERN SPECIES 262 ENSUMAG00000011326 ENSUMAG00000011323 ENSUMAG00000011320 ENSUMAG00000011317 TESPA1 (ENSUMAG00000011308) ENSUMAG00000011298 PPP1R1A (ENSUMAG00000011296) PDE1B (ENSUMAG00000011288) NCKAP1L (ENSUMAG00000011282) ENSUMAG00000011281 GTSF1 (ENSUMAG00000011279) ITGA5 (ENSUMAG00000010654) ZNF385A (ENSUMAG00000010548) GPR84 (ENSUMAG00000010547) COPZ1 (ENSUMAG00000010544) NFE2 (ENSUMAG00000010542) ##22 ENSUMAG00000010541 CBX5 (ENSUMAG00000010538) SMUG1 (ENSUMAG00000010531) HOXC5 (ENSUMAG00000010526) HOXC6 (ENSUMAG00000010520) HOXC8 (ENSUMAG00000010514) ENSUMAG00000010512 HOXC10 (ENSUMAG00000010505) CALCOCO1 (ENSUMAG00000010484) ENSUMAG00000010480 ATF7 (ENSUMAG00000010473) NPFF (ENSUMAG00000010468) TARBP2 (ENSUMAG00000010461) MAP3K12 (ENSUMAG00000010453) PCBP2 (ENSUMAG00000010437) Giant Panda MODERN SPECIES 7 ENSAMEG00000030110 ENSAMEG00000027553 ENSAMEG00000024204 NEUROD4 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ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT01100000263512.a.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.h.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.b.e American mink MODERN SPECIES 304 PPP1R1A (ENSNVIG00000003014) PDE1B (ENSNVIG00000002928) NCKAP1L (ENSNVIG00000002850) ENSNVIG00000002839 ENSNVIG00000002815 ITGA5 (ENSNVIG00000002759) ENSNVIG00000002661 GPR84 (ENSNVIG00000002653) COPZ1 (ENSNVIG00000002494) NFE2 (ENSNVIG00000002464) ##22 CBX5 (ENSNVIG00000002437) SMUG1 (ENSNVIG00000002426) HOXC4 (ENSNVIG00000002392) HOXC5 (ENSNVIG00000002379) HOXC8 (ENSNVIG00000002365) HOXC6 (ENSNVIG00000002310) HXC10 (ENSNVIG00000002291) HOXC11 (ENSNVIG00000002270) HOXC12 (ENSNVIG00000002217) HOXC13 (ENSNVIG00000002210) CALCOCO1 (ENSNVIG00000002092) ENSNVIG00000002061 ATF7 (ENSNVIG00000001946) NPFF (ENSNVIG00000001931) TARBP2 (ENSNVIG00000001900) Ferret MODERN SPECIES 362 NEUROD4 (ENSMPUG00000018960) TESPA1 (ENSMPUG00000005511) ENSMPUG00000005529 ENSMPUG00000005533 ENSMPUG00000005545 ENSMPUG00000005557 PPP1R1A (ENSMPUG00000005566) PDE1B (ENSMPUG00000005623) NCKAP1L (ENSMPUG00000005637) ENSMPUG00000005664 ENSMPUG00000005669 ITGA5 (ENSMPUG00000005706) ZNF385A (ENSMPUG00000005716) ENSMPUG00000018969 COPZ1 (ENSMPUG00000005721) NFE2 (ENSMPUG00000005728) ##22 ENSMPUG00000005735 CBX5 (ENSMPUG00000005824) SMUG1 (ENSMPUG00000005833) HOXC4 (ENSMPUG00000005838) HOXC5 (ENSMPUG00000005841) HOXC6 (ENSMPUG00000005848) HOXC8 (ENSMPUG00000005854) HOXC9 (ENSMPUG00000005862) HOXC10 (ENSMPUG00000005868) HOXC11 (ENSMPUG00000005876) HOXC12 (ENSMPUG00000005886) HOXC13 (ENSMPUG00000005890) ENSMPUG00000005897 CALCOCO1 (ENSMPUG00000005917) ENSMPUG00000005927 Canidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.b.g.b 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ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b Dingo MODERN SPECIES 202 ENSCAFG00020018436 ENSCAFG00020018438 ENSCAFG00020018440 NEUROD4 (ENSCAFG00020018441) TESPA1 (ENSCAFG00020018443) PPP1R1A (ENSCAFG00020018449) PDE1B (ENSCAFG00020018452) NCKAP1L (ENSCAFG00020018536) ENSCAFG00020020371 GTSF1 (ENSCAFG00020020373) ITGA5 (ENSCAFG00020020389) ZNF385A (ENSCAFG00020020566) GPR84 (ENSCAFG00020020589) COPZ1 (ENSCAFG00020020592) ENSCAFG00020020600 NFE2 (ENSCAFG00020020604) ##22 CBX5 (ENSCAFG00020020609) ENSCAFG00020020614 SMUG1 (ENSCAFG00020020617) HOXC4 (ENSCAFG00020020631) HOXC5 (ENSCAFG00020020637) HOXC6 (ENSCAFG00020020642) HOXC8 (ENSCAFG00020020648) HOXC9 (ENSCAFG00020020653) HOXC10 (ENSCAFG00020020660) HOXC11 (ENSCAFG00020020666) HOXC12 (ENSCAFG00020020691) HOXC13 (ENSCAFG00020020697) ENSCAFG00020020699 CALCOCO1 (ENSCAFG00020020705) ENSCAFG00020020717 Dog MODERN SPECIES 19 OR9K2D (ENSCAFG00845015567) OR9K2 (ENSCAFG00845015593) OR9K7 (ENSCAFG00845015624) NEUROD4 (ENSCAFG00845015646) TESPA1 (ENSCAFG00845015676) PPP1R1A (ENSCAFG00845015732) PDE1B (ENSCAFG00845015903) NCKAP1L (ENSCAFG00845016220) ENSCAFG00845016576 ENSCAFG00845016667 ITGA5 (ENSCAFG00845016791) ZNF385A (ENSCAFG00845017040) GPR84 (ENSCAFG00845017349) COPZ1 (ENSCAFG00845017389) ENSCAFG00845017498 NFE2 (ENSCAFG00845017550) ##22 HNRNPA1 (ENSCAFG00845017656) CBX5 (ENSCAFG00845017851) ENSCAFG00845017961 HOXC4 (ENSCAFG00845018094) HOXC5 (ENSCAFG00845018144) HOXC6 (ENSCAFG00845018203) HOXC8 (ENSCAFG00845018237) ENSCAFG00845018282 HOXC10 (ENSCAFG00845018342) HOXC11 (ENSCAFG00845018373) HOXC12 (ENSCAFG00845018411) HOXC13 (ENSCAFG00845018448) ENSCAFG00845018482 CALCOCO1 (ENSCAFG00845018567) ENSCAFG00845018811 Red fox MODERN SPECIES 254 ENSVVUG00000023646 ENSVVUG00000023649 ENSVVUG00000023651 NEUROD4 (ENSVVUG00000023655) TESPA1 (ENSVVUG00000023659) ENSVVUG00000023665 PDE1B (ENSVVUG00000023667) NCKAP1L (ENSVVUG00000023679) ENSVVUG00000023684 ENSVVUG00000023687 ITGA5 (ENSVVUG00000023718) ZNF385A (ENSVVUG00000024384) GPR84 (ENSVVUG00000024387) COPZ1 (ENSVVUG00000024390) ENSVVUG00000024401 NFE2 (ENSVVUG00000024409) ##22 ENSVVUG00000024413 CBX5 (ENSVVUG00000024417) ENSVVUG00000024422 SMUG1 (ENSVVUG00000024425) SEMA3E (ENSVVUG00000024430) Felidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a.g.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784.o.a ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.v Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a.g.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784.o.a ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.v Tiger MODERN SPECIES 160 ENSPTIG00000005793 ENSPTIG00000005784 ENSPTIG00000007137 ENSPTIG00000005774 NEUROD4 (ENSPTIG00000005770) TESPA1 (ENSPTIG00000005862) PPP1R1A (ENSPTIG00000005620) PDE1B (ENSPTIG00000000482) NCKAP1L (ENSPTIG00000020912) ENSPTIG00000020670 ENSPTIG00000020415 ITGA5 (ENSPTIG00000019878) ZNF385A (ENSPTIG00000018804) GPR84 (ENSPTIG00000005688) COPZ1 (ENSPTIG00000016765) NFE2 (ENSPTIG00000016194) ##22 HNRNPA1 (ENSPTIG00000015170) CBX5 (ENSPTIG00000014891) SMUG1 (ENSPTIG00000014332) HOXC4 (ENSPTIG00000014254) HOXC5 (ENSPTIG00000014190) HOXC6 (ENSPTIG00000014044) HOXC8 (ENSPTIG00000013899) HOXC9 (ENSPTIG00000013688) HOXC10 (ENSPTIG00000013134) HOXC11 (ENSPTIG00000012999) ENSPTIG00000012759 CALCOCO1 (ENSPTIG00000010683) ENSPTIG00000010097 ATF7 (ENSPTIG00000009129) NPFF (ENSPTIG00000009027) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784.o.a ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.v leopard MODERN SPECIES 77 NEUROD4 (ENSPPRG00000015118) TESPA1 (ENSPPRG00000003150) PPP1R1A (ENSPPRG00000003234) PDE1B (ENSPPRG00000003378) NCKAP1L (ENSPPRG00000004044) ENSPPRG00000004157 ENSPPRG00000004344 ITGA5 (ENSPPRG00000006266) ZNF385A (ENSPPRG00000007378) GPR84 (ENSPPRG00000015240) COPZ1 (ENSPPRG00000009421) NFE2 (ENSPPRG00000010846) ##22 HNRNPA1 (ENSPPRG00000012587) CBX5 (ENSPPRG00000013006) SMUG1 (ENSPPRG00000013822) HOXC4 (ENSPPRG00000015044) HOXC5 (ENSPPRG00000015137) ENSPPRG00000015418 HOXC8 (ENSPPRG00000015585) HOXC9 (ENSPPRG00000015964) HOXC10 (ENSPPRG00000016146) HOXC11 (ENSPPRG00000016716) HOXC12 (ENSPPRG00000017257) ENSPPRG00000017468 ENSPPRG00000018754 ENSPPRG00000019762 CALCOCO1 (ENSPPRG00000024719) lion MODERN SPECIES 7 ENSPLOG00000005796 OR6C75 (ENSPLOG00000005783) ENSPLOG00000005776 NEUROD4 (ENSPLOG00000005763) TESPA1 (ENSPLOG00000005741) ENSPLOG00000005724 PPP1R1A (ENSPLOG00000005705) PDE1B (ENSPLOG00000005622) NCKAP1L (ENSPLOG00000005508) ENSPLOG00000005478 GTSF1 (ENSPLOG00000005457) ITGA5 (ENSPLOG00000005387) ZNF385A (ENSPLOG00000005319) GPR84 (ENSPLOG00000005296) COPZ1 (ENSPLOG00000005158) NFE2 (ENSPLOG00000005068) ##22 HNRNPA1 (ENSPLOG00000004985) CBX5 (ENSPLOG00000004916) SMUG1 (ENSPLOG00000004904) HOXC4 (ENSPLOG00000004898) HOXC5 (ENSPLOG00000004882) HOXC6 (ENSPLOG00000004865) HOXC8 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(ENSFCAG00000012712) ATP5MC2 (ENSFCAG00000001502) ATF7 (ENSFCAG00000012783) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 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(ENSMMMG00000003352) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 ENSSVLG00005001475 ENSSVLG00005001465 ENSSVLG00005001453 ENSSVLG00005001442 NEUROD4 (ENSSVLG00005001431) TESPA1 (ENSSVLG00005001405) PPP1R1A (ENSSVLG00005001371) PDE1B (ENSSVLG00005001330) ENSSVLG00005001287 NCKAP1L (ENSSVLG00005001199) GTSF1 (ENSSVLG00005001091) ITGA5 (ENSSVLG00005001034) ZNF385A (ENSSVLG00005000920) GPR84 (ENSSVLG00005000857) COPZ1 (ENSSVLG00005000750) NFE2 (ENSSVLG00005000622) ##22 ENSSVLG00005000496 CBX5 (ENSSVLG00005000307) SMUG1 (ENSSVLG00005000267) HOXC4 (ENSSVLG00005000207) HOXC5 (ENSSVLG00005000186) HOXC6 (ENSSVLG00005025017) HOXC8 (ENSSVLG00005024998) HOXC9 (ENSSVLG00005024979) HOXC10 (ENSSVLG00005024954) HOXC13 (ENSSVLG00005024880) CALCOCO1 (ENSSVLG00005024843) ENSSVLG00005024802 ATF7 (ENSSVLG00005024779) NPFF (ENSSVLG00005024757) TARBP2 (ENSSVLG00005024730) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159891 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263561.A.k.f ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 8 ENSHGLG00000039359 ENSHGLG00000019745 TESPA1 (ENSHGLG00000000168) ENSHGLG00000044580 ENSHGLG00000047786 ENSHGLG00000032715 PPP1R1A (ENSHGLG00000003378) ENSHGLG00000003015 NCKAP1L (ENSHGLG00000003165) ENSHGLG00000002798 ENSHGLG00000002436 ITGA5 (ENSHGLG00000002106) ZNF385A (ENSHGLG00000001612) GPR84 (ENSHGLG00000037069) COPZ1 (ENSHGLG00000004132) NFE2 (ENSHGLG00000045831) ##22 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ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Guinea pig MODERN SPECIES 9 OR9K2 (ENSCPOG00000034183) ENSCPOG00000021354 ENSCPOG00000033741 ENSCPOG00000026268 NEUROD4 (ENSCPOG00000002913) TESPA1 (ENSCPOG00000002912) PPP1R1A (ENSCPOG00000015100) PDE1B (ENSCPOG00000015102) NCKAP1L (ENSCPOG00000008748) ENSCPOG00000023851 GTSF1 (ENSCPOG00000008743) ITGA5 (ENSCPOG00000007748) ZNF385A (ENSCPOG00000023870) GPR84 (ENSCPOG00000020750) COPZ1 (ENSCPOG00000007740) NFE2 (ENSCPOG00000030518) ##22 HNRNPA1 (ENSCPOG00000020972) CBX5 (ENSCPOG00000038461) SMUG1 (ENSCPOG00000034157) HOXC4 (ENSCPOG00000035649) HOXC5 (ENSCPOG00000009447) HOXC6 (ENSCPOG00000032302) HOXC8 (ENSCPOG00000039628) HOXC10 (ENSCPOG00000009442) HOXC11 (ENSCPOG00000033525) HOXC12 (ENSCPOG00000026314) HOXC13 (ENSCPOG00000020390) CALCOCO1 (ENSCPOG00000021587) ATP5MC2 (ENSCPOG00000038171) ATF7 (ENSCPOG00000039679) ENSCPOG00000033904 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT01090000260006.B ENSGT01090000260006.D.a.b.f ENSGT01090000260011.A.d.b.a.a.h ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Degu MODERN SPECIES 134 OR9K2 (ENSODEG00000014841) ENSODEG00000013814 ENSODEG00000015024 NEUROD4 (ENSODEG00000020179) TESPA1 (ENSODEG00000014898) ENSODEG00000013533 PPP1R1A (ENSODEG00000013950) PDE1B (ENSODEG00000013509) NCKAP1L (ENSODEG00000015445) ENSODEG00000013228 GTSF1 (ENSODEG00000014220) ITGA5 (ENSODEG00000014190) ZNF385A (ENSODEG00000013971) GPR84 (ENSODEG00000020196) COPZ1 (ENSODEG00000013855) NFE2 (ENSODEG00000014004) ##22 ENSODEG00000014815 ENSODEG00000013220 SMUG1 (ENSODEG00000014942) HOXC5 (ENSODEG00000014282) HOXC6 (ENSODEG00000014430) HOXC4 (ENSODEG00000013631) HOXC8 (ENSODEG00000014014) HOXC9 (ENSODEG00000013150) HOXC10 (ENSODEG00000012845) HOXC11 (ENSODEG00000013494) HOXC12 (ENSODEG00000013405) HOXC13 (ENSODEG00000013741) ENSODEG00000020085 CALCOCO1 (ENSODEG00000013989) ENSODEG00000013371 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 165 ENSCLAG00000017794 ENSCLAG00000017840 ENSCLAG00000017887 ENSCLAG00000017693 NEUROD4 (ENSCLAG00000008846) TESPA1 (ENSCLAG00000010955) PPP1R1A (ENSCLAG00000008320) PDE1B (ENSCLAG00000012001) NCKAP1L (ENSCLAG00000012783) ENSCLAG00000008579 GTSF1 (ENSCLAG00000012811) ITGA5 (ENSCLAG00000012598) ZNF385A (ENSCLAG00000012440) ENSCLAG00000009971 COPZ1 (ENSCLAG00000009623) NFE2 (ENSCLAG00000008922) ##22 ENSCLAG00000011502 CBX5 (ENSCLAG00000014138) SMUG1 (ENSCLAG00000009996) HOXC4 (ENSCLAG00000009713) HOXC5 (ENSCLAG00000007510) HOXC6 (ENSCLAG00000009220) HOXC8 (ENSCLAG00000008936) HOXC9 (ENSCLAG00000008460) HOXC10 (ENSCLAG00000010877) HOXC11 (ENSCLAG00000010432) HOXC12 (ENSCLAG00000012849) HOXC13 (ENSCLAG00000012400) CALCOCO1 (ENSCLAG00000008505) ENSCLAG00000010492 ATF7 (ENSCLAG00000009615) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Kangaroo rat MODERN SPECIES 474 Ppp1r1a (ENSDORG00000002128) Pde1b (ENSDORG00000002126) Nckap1l (ENSDORG00000002123) Gtsf2 (ENSDORG00000026087) Gtsf1 (ENSDORG00000003228) Itga5 (ENSDORG00000008261) Zfp385a (ENSDORG00000027646) ENSDORG00000010631 Copz1 (ENSDORG00000010630) Nfe2 (ENSDORG00000010629) ##22 ENSDORG00000027821 Cbx5 (ENSDORG00000010625) Smug1 (ENSDORG00000024701) Hoxc5 (ENSDORG00000006999) Hoxc6 (ENSDORG00000027256) Hoxc4 (ENSDORG00000007001) Hoxc8 (ENSDORG00000023838) Hoxc9 (ENSDORG00000028578) Hoxc10 (ENSDORG00000006992) Hoxc11 (ENSDORG00000006990) Hoxc12 (ENSDORG00000026466) Hoxc13 (ENSDORG00000023942) Calcoco1 (ENSDORG00000002957) Atp5g2 (ENSDORG00000002955) Atf7 (ENSDORG00000001395) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 42 ENSJJAG00000024368 Or6c65 (ENSJJAG00000010883) Neurod4 (ENSJJAG00000001645) Tespa1 (ENSJJAG00000017390) Glycam1 (ENSJJAG00000016549) ENSJJAG00000022930 Pde1b (ENSJJAG00000015140) ENSJJAG00000011759 ENSJJAG00000016097 Gtsf2 (ENSJJAG00000016320) ENSJJAG00000003323 Itga5 (ENSJJAG00000013501) Zfp385a (ENSJJAG00000021761) ENSJJAG00000001613 Copz1 (ENSJJAG00000021645) Nfe2 (ENSJJAG00000011311) ##22 Hnrnpa1 (ENSJJAG00000024047) Cbx5 (ENSJJAG00000016164) Smug1 (ENSJJAG00000022700) Hoxc5 (ENSJJAG00000020509) Hoxc6 (ENSJJAG00000021603) Hoxc4 (ENSJJAG00000017548) Hoxc8 (ENSJJAG00000011647) Hoxc9 (ENSJJAG00000020953) Hoxc10 (ENSJJAG00000011018) Hoxc11 (ENSJJAG00000007017) Hoxc12 (ENSJJAG00000024305) Hoxc13 (ENSJJAG00000023584) Calcoco1 (ENSJJAG00000011789) Atp5g2 (ENSJJAG00000009417) Atf7 (ENSJJAG00000014294) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.`b.b ENSGT00940000155261 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00510000048601.a ENSGT00940000158318 ENSGT00940000162655 ENSGT00940000156596 ENSGT00390000014623 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.`b.b ENSGT00940000155261 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 Poglut2 (ENSCGRG00001016741) Tex30 (ENSCGRG00001013834) Mettl21c (ENSCGRG00001014510) Tpp2 (ENSCGRG00001014893) ENSCGRG00001009407 Glycam1 (ENSCGRG00001016454) Ppp1r1a (ENSCGRG00001013456) Pde1b (ENSCGRG00001017137) Nckap1l (ENSCGRG00001014386) Gtsf2 (ENSCGRG00001016136) Gtsf1 (ENSCGRG00001013814) Itga5 (ENSCGRG00001017691) Zfp385a (ENSCGRG00001015539) ENSCGRG00001009425 Copz1 (ENSCGRG00001013501) Nfe2 (ENSCGRG00001022465) ##22 Hnrnpa1 (ENSCGRG00001013129) Cbx5 (ENSCGRG00001019018) Smug1 (ENSCGRG00001016146) Hoxc4 (ENSCGRG00001013095) Hoxc5 (ENSCGRG00001012661) Hoxc6 (ENSCGRG00001014416) Hoxc8 (ENSCGRG00001014315) Hoxc9 (ENSCGRG00001013912) Hoxc10 (ENSCGRG00001013473) Hoxc11 (ENSCGRG00001013516) Hoxc12 (ENSCGRG00001014493) Hoxc13 (ENSCGRG00001013867) Calcoco1 (ENSCGRG00001014119) ENSCGRG00001017197 Atf7 (ENSCGRG00001016192) Golden Hamster MODERN SPECIES 626 Ercc5 (ENSMAUG00000019200) Bivm (ENSMAUG00000017423) Poglut2 (ENSMAUG00000016318) Tex30 (ENSMAUG00000016083) Mettl21c (ENSMAUG00000020274) Tpp2 (ENSMAUG00000019359) Ppp1r1a (ENSMAUG00000018584) Pde1b (ENSMAUG00000019170) Nckap1l (ENSMAUG00000018822) ENSMAUG00000017189 Gtsf1 (ENSMAUG00000018746) Itga5 (ENSMAUG00000017255) Zfp385a (ENSMAUG00000015687) ENSMAUG00000010848 ENSMAUG00000020778 Nfe2 (ENSMAUG00000020513) ##22 Hnrnpa1 (ENSMAUG00000019184) Cbx5 (ENSMAUG00000018962) Smug1 (ENSMAUG00000018792) Hoxc4 (ENSMAUG00000018883) Hoxc5 (ENSMAUG00000018873) Hoxc6 (ENSMAUG00000018788) Hoxc8 (ENSMAUG00000016196) Hoxc9 (ENSMAUG00000016070) Hoxc10 (ENSMAUG00000015971) Hoxc11 (ENSMAUG00000015214) Hoxc12 (ENSMAUG00000015132) Hoxc13 (ENSMAUG00000014990) Calcoco1 (ENSMAUG00000013934) ENSMAUG00000020460 Atf7 (ENSMAUG00000020350) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.`b.b ENSGT00940000155261 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 12 Glycam1 (ENSPEMG00000007279) Ppp1r1a (ENSPEMG00000000773) Pde1b (ENSPEMG00000018802) Nckap1l (ENSPEMG00000008686) ENSPEMG00000010828 Gtsf1 (ENSPEMG00000009595) Itga5 (ENSPEMG00000000509) Zfp385a (ENSPEMG00000018499) Gpr84 (ENSPEMG00000000618) Copz1 (ENSPEMG00000009405) Nfe2 (ENSPEMG00000011564) ##22 Hnrnpa1 (ENSPEMG00000012402) Cbx5 (ENSPEMG00000015648) Smug1 (ENSPEMG00000027645) ENSPEMG00000028406 Hoxc4 (ENSPEMG00000015515) Hoxc5 (ENSPEMG00000026211) Hoxc6 (ENSPEMG00000026208) Hoxc8 (ENSPEMG00000026440) Hoxc9 (ENSPEMG00000025549) Hoxc10 (ENSPEMG00000013609) Hoxc11 (ENSPEMG00000011561) Hoxc12 (ENSPEMG00000013217) Hoxc13 (ENSPEMG00000005314) Calcoco1 (ENSPEMG00000014813) ENSPEMG00000017690 Prairie vole MODERN SPECIES 2 ENSMOCG00000021250 ENSMOCG00000000524 ENSMOCG00000009952 Glycam1 (ENSMOCG00000020429) Ppp1r1a (ENSMOCG00000002557) Pde1b (ENSMOCG00000008136) ENSMOCG00000014544 ENSMOCG00000011883 Gtsf2 (ENSMOCG00000014770) Gtsf1 (ENSMOCG00000018889) ENSMOCG00000010096 Itga5 (ENSMOCG00000021919) Zfp385a (ENSMOCG00000006959) ENSMOCG00000011736 Copz1 (ENSMOCG00000018095) Nfe2 (ENSMOCG00000019128) ##22 Hnrnpa1 (ENSMOCG00000004275) ENSMOCG00000015075 Smug1 (ENSMOCG00000017727) Hoxc4 (ENSMOCG00000014873) Hoxc5 (ENSMOCG00000013422) Hoxc6 (ENSMOCG00000018874) Hoxc8 (ENSMOCG00000016249) Hoxc9 (ENSMOCG00000019623) Hoxc10 (ENSMOCG00000009084) Hoxc11 (ENSMOCG00000010091) Hoxc12 (ENSMOCG00000016790) Hoxc13 (ENSMOCG00000001084) Calcoco1 (ENSMOCG00000010205) Atp5g2 (ENSMOCG00000012641) Atf7 (ENSMOCG00000014166) Murinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00530000067283 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Mus ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000067283 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00530000067283 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261.e.a Mus_B ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000067283.a ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261.e.a Mouse MODERN SPECIES 6 Mucl2 (ENSMUSG00000036925) Mucl1 (ENSMUSG00000060311) Glycam1 (ENSMUSG00000022491) Ppp1r1a (ENSMUSG00000022490) Pde1b (ENSMUSG00000022489) Nckap1l (ENSMUSG00000022488) Gtsf2 (ENSMUSG00000053508) Gtsf1 (ENSMUSG00000022487) Itga5 (ENSMUSG00000000555) Zfp385a (ENSMUSG00000000552) Gpr84 (ENSMUSG00000063234) Copz1 (ENSMUSG00000060992) Nfe2 (ENSMUSG00000058794) ##22 Hnrnpa1 (ENSMUSG00000046434) Cbx5 (ENSMUSG00000009575) Smug1 (ENSMUSG00000036061) Hoxc4 (ENSMUSG00000075394) Hoxc6 (ENSMUSG00000001661) Hoxc8 (ENSMUSG00000001657) Hoxc9 (ENSMUSG00000036139) Hoxc5 (ENSMUSG00000022485) Hoxc10 (ENSMUSG00000022484) Hoxc11 (ENSMUSG00000001656) Hoxc12 (ENSMUSG00000050328) Hoxc13 (ENSMUSG00000001655) Calcoco1 (ENSMUSG00000023055) Atp5g2 (ENSMUSG00000062683) Atf7 (ENSMUSG00000099083) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.y ENSGT00940000155261.e.a Steppe mouse MODERN SPECIES 2761 ENSMSIG00000011378 Glycam1 (ENSMSIG00000011340) Ppp1r1a (ENSMSIG00000011322) Pde1b (ENSMSIG00000011263) Nckap1l (ENSMSIG00000011126) Gtsf2 (ENSMSIG00000011099) Gtsf1 (ENSMSIG00000010994) Itga5 (ENSMSIG00000010915) ENSMSIG00000010850 Gpr84 (ENSMSIG00000010839) Copz1 (ENSMSIG00000010825) Nfe2 (ENSMSIG00000010777) ##22 Hnrnpa1 (ENSMSIG00000010644) Cbx5 (ENSMSIG00000010608) Smug1 (ENSMSIG00000010575) ENSMSIG00000010566 Hoxc4 (ENSMSIG00000010551) Hoxc5 (ENSMSIG00000010530) Hoxc6 (ENSMSIG00000010510) Hoxc8 (ENSMSIG00000010506) Hoxc9 (ENSMSIG00000010497) Hoxc10 (ENSMSIG00000010480) Hoxc11 (ENSMSIG00000010467) Hoxc12 (ENSMSIG00000010422) Hoxc13 (ENSMSIG00000010407) ENSMSIG00000010401 ENSMSIG00000010395 spretus MODERN SPECIES 6 Glycam1 (MGP_SPRETEiJ_G0021277) Ppp1r1a (MGP_SPRETEiJ_G0021276) Pde1b (MGP_SPRETEiJ_G0021275) Nckap1l (MGP_SPRETEiJ_G0021274) Gtsf2 (MGP_SPRETEiJ_G0021273) Gtsf1 (MGP_SPRETEiJ_G0021272) Itga5 (MGP_SPRETEiJ_G0021271) Zfp385a (MGP_SPRETEiJ_G0021270) Gpr84 (MGP_SPRETEiJ_G0021269) Copz1 (MGP_SPRETEiJ_G0021268) Nfe2 (MGP_SPRETEiJ_G0021267) ##22 Hnrnpa1 (MGP_SPRETEiJ_G0021266) MGP_SPRETEiJ_G0021265 Smug1 (MGP_SPRETEiJ_G0021264) Hoxc4 (MGP_SPRETEiJ_G0021263) Hoxc6 (MGP_SPRETEiJ_G0021262) Hoxc8 (MGP_SPRETEiJ_G0021261) Hoxc9 (MGP_SPRETEiJ_G0021260) Hoxc5 (MGP_SPRETEiJ_G0021259) Hoxc10 (MGP_SPRETEiJ_G0021258) Hoxc11 (MGP_SPRETEiJ_G0021257) Hoxc12 (MGP_SPRETEiJ_G0021256) Hoxc13 (MGP_SPRETEiJ_G0021255) Calcoco1 (MGP_SPRETEiJ_G0021254) MGP_SPRETEiJ_G0021253 MGP_SPRETEiJ_G0021252 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 6 Glycam1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020384) Ppp1r1a (MGP_CAROLIEiJ_G0020383) Pde1b (MGP_CAROLIEiJ_G0020382) Nckap1l (MGP_CAROLIEiJ_G0020381) Gtsf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020380) Gtsf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020379) Itga5 (MGP_CAROLIEiJ_G0020378) Zfp385a (MGP_CAROLIEiJ_G0020377) Gpr84 (MGP_CAROLIEiJ_G0020376) Copz1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020375) Nfe2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020374) ##22 MGP_CAROLIEiJ_G0020373 Cbx5 (MGP_CAROLIEiJ_G0020372) Smug1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020371) Hoxc4 (MGP_CAROLIEiJ_G0020370) Hoxc6 (MGP_CAROLIEiJ_G0020369) Hoxc8 (MGP_CAROLIEiJ_G0020368) Hoxc9 (MGP_CAROLIEiJ_G0020367) Hoxc5 (MGP_CAROLIEiJ_G0020366) Hoxc10 (MGP_CAROLIEiJ_G0020365) Hoxc11 (MGP_CAROLIEiJ_G0020364) Hoxc12 (MGP_CAROLIEiJ_G0020363) Hoxc13 (MGP_CAROLIEiJ_G0020362) Calcoco1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020361) Atp5g2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020360) MGP_CAROLIEiJ_G0020359 Shrew mouse MODERN SPECIES 8 Glycam1 (MGP_PahariEiJ_G0020383) Ppp1r1a (MGP_PahariEiJ_G0020382) Pde1b (MGP_PahariEiJ_G0020381) Nckap1l (MGP_PahariEiJ_G0020380) Gtsf2 (MGP_PahariEiJ_G0020379) Gtsf1 (MGP_PahariEiJ_G0020378) Itga5 (MGP_PahariEiJ_G0020377) Zfp385a (MGP_PahariEiJ_G0020376) Gpr84 (MGP_PahariEiJ_G0020375) Copz1 (MGP_PahariEiJ_G0020374) Nfe2 (MGP_PahariEiJ_G0020373) ##22 MGP_PahariEiJ_G0020372 Cbx5 (MGP_PahariEiJ_G0020371) Smug1 (MGP_PahariEiJ_G0020370) Hoxc4 (MGP_PahariEiJ_G0020369) Hoxc6 (MGP_PahariEiJ_G0020368) Hoxc8 (MGP_PahariEiJ_G0020367) Hoxc9 (MGP_PahariEiJ_G0020366) Hoxc5 (MGP_PahariEiJ_G0020365) Hoxc10 (MGP_PahariEiJ_G0020364) Hoxc11 (MGP_PahariEiJ_G0020363) Hoxc12 (MGP_PahariEiJ_G0020362) Hoxc13 (MGP_PahariEiJ_G0020361) Calcoco1 (MGP_PahariEiJ_G0020360) Atp5g2 (MGP_PahariEiJ_G0020359) MGP_PahariEiJ_G0020358 Rat MODERN SPECIES 17 Spt1 (ENSRNOG00000066132) ENSRNOG00000067257 LOC102555445 (ENSRNOG00000064464) ENSRNOG00000071048 Glycam1 (ENSRNOG00000036826) Ppp1r1a (ENSRNOG00000036827) Pde1b (ENSRNOG00000036828) Nckap1l (ENSRNOG00000036829) Gtsf2 (ENSRNOG00000036830) Gtsf1 (ENSRNOG00000036831) Itga5 (ENSRNOG00000057451) Zfp385a (ENSRNOG00000036833) Gpr84 (ENSRNOG00000036834) Copz1 (ENSRNOG00000036835) AABR07058937.1 (ENSRNOG00000036836) Nfe2 (ENSRNOG00000036837) ##22 Hnrnpa1 (ENSRNOG00000036839) Cbx5 (ENSRNOG00000036841) Smug1 (ENSRNOG00000036842) Hoxc4 (ENSRNOG00000016613) Hoxc5 (ENSRNOG00000016598) Hoxc6 (ENSRNOG00000063956) Hoxc8 (ENSRNOG00000028619) Hoxc9 (ENSRNOG00000016199) Hoxc10 (ENSRNOG00000016149) Hoxc11 (ENSRNOG00000016141) Hoxc12 (ENSRNOG00000016116) Hoxc13 (ENSRNOG00000028679) AABR07058934.1 (ENSRNOG00000016100) Calcoco1 (ENSRNOG00000015447) Atp5mc2 (ENSRNOG00000015320) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 441 Ppp1r1a (ENSNGAG00000023027) Pde1b (ENSNGAG00000020387) Nckap1l (ENSNGAG00000011702) Gtsf2 (ENSNGAG00000008752) Gtsf1 (ENSNGAG00000014213) Itga5 (ENSNGAG00000013929) Zfp385a (ENSNGAG00000007963) ENSNGAG00000004911 Copz1 (ENSNGAG00000000660) Nfe2 (ENSNGAG00000018088) ##22 Hnrnpa1 (ENSNGAG00000017304) Cbx5 (ENSNGAG00000016802) Smug1 (ENSNGAG00000019663) Hoxc4 (ENSNGAG00000016300) Hoxc5 (ENSNGAG00000015707) Hoxc6 (ENSNGAG00000013313) Hoxc8 (ENSNGAG00000012817) Hoxc9 (ENSNGAG00000012023) Hoxc10 (ENSNGAG00000022718) Hoxc11 (ENSNGAG00000022627) Hoxc12 (ENSNGAG00000022515) Hoxc13 (ENSNGAG00000022328) Calcoco1 (ENSNGAG00000022012) ENSNGAG00000020790 Atf7 (ENSNGAG00000018161) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT01090000260006.E.a ENSGT01090000260006.C ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 ENSGT00390000015021 Pika MODERN SPECIES 753 NFE2 (ENSOPRG00000006111) ##22 HNRNPA1 (ENSOPRG00000006107) CBX5 (ENSOPRG00000006101) HOXC4 (ENSOPRG00000006099) HOXC5 (ENSOPRG00000006095) HOXC6 (ENSOPRG00000006093) HOXC11 (ENSOPRG00000006088) HOXC13 (ENSOPRG00000006077) Rabbit MODERN SPECIES 15 ENSOCUG00000017778 ENSOCUG00000025348 OR9K2 (ENSOCUG00000027950) ENSOCUG00000002772 NEUROD4 (ENSOCUG00000005595) TESPA1 (ENSOCUG00000005603) ENSOCUG00000036930 ENSOCUG00000013555 PDE1B (ENSOCUG00000038415) GTSF1 (ENSOCUG00000024495) NCKAP1L (ENSOCUG00000013517) ITGA5 (ENSOCUG00000013369) ZNF385A (ENSOCUG00000010747) ENSOCUG00000010753 COPZ1 (ENSOCUG00000013364) NFE2 (ENSOCUG00000022954) ##22 ENSOCUG00000013350 CBX5 (ENSOCUG00000013345) SMUG1 (ENSOCUG00000021131) HOXC4 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ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 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ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00940000163391.A 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CALCOCO1 (ENSNLEG00000017685) ENSNLEG00000017686 ENSNLEG00000017688 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000155906.t ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155906.t ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 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HOXC8 (ENSMNEG00000039027) HOXC9 (ENSMNEG00000036510) HOXC10 (ENSMNEG00000039805) HOXC11 (ENSMNEG00000041343) HOXC12 (ENSMNEG00000028886) HOXC13 (ENSMNEG00000044057) ENSMNEG00000028594 CALCOCO1 (ENSMNEG00000044215) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000155906.t ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.i.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b.s ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Olive baboon MODERN SPECIES 19 OR10A7 (ENSPANG00000004025) NEUROD4 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ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.i.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b.s ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Drill MODERN SPECIES 1092 DCD (ENSMLEG00000037679) LACRT (ENSMLEG00000034565) PPP1R1A (ENSMLEG00000042421) PDE1B (ENSMLEG00000043512) NCKAP1L (ENSMLEG00000043743) GTSF1 (ENSMLEG00000028375) ITGA5 (ENSMLEG00000036758) ZNF385A (ENSMLEG00000026475) ENSMLEG00000021484 ENSMLEG00000027572 ENSMLEG00000003651 NFE2 (ENSMLEG00000034045) ##22 HNRNPA1 (ENSMLEG00000044414) CBX5 (ENSMLEG00000036741) ENSMLEG00000027378 SMUG1 (ENSMLEG00000009954) HOXC5 (ENSMLEG00000038763) HOXC4 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(ENSRBIG00000044979) CALCOCO1 (ENSRBIG00000028128) ATP5MC2 (ENSRBIG00000027608) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01090000260006.C ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a.y.b.a.b.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897.k ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.i.d ENSGT00940000155261 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01090000260011.A.c.a.a.b ENSGT01090000260011.A.d.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a.z ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897.k ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.i.d ENSGT00940000155261 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159891 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a.z ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897.k ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.i.d.b ENSGT00940000155261 Capuchin MODERN SPECIES 285 ENSCCAG00000029232 NEUROD4 (ENSCCAG00000015070) TESPA1 (ENSCCAG00000023429) ENSCCAG00000025420 ENSCCAG00000021932 DCD (ENSCCAG00000009193) LACRT (ENSCCAG00000020335) PPP1R1A (ENSCCAG00000027579) PDE1B (ENSCCAG00000034020) NCKAP1L (ENSCCAG00000032586) GTSF1 (ENSCCAG00000032808) ITGA5 (ENSCCAG00000021214) ZNF385A (ENSCCAG00000033332) ENSCCAG00000019051 COPZ1 (ENSCCAG00000013641) NFE2 (ENSCCAG00000027905) ##22 ENSCCAG00000033451 CBX5 (ENSCCAG00000024410) ENSCCAG00000035935 HOXC4 (ENSCCAG00000030761) HOXC5 (ENSCCAG00000035017) HOXC6 (ENSCCAG00000028505) HOXC8 (ENSCCAG00000035957) HOXC9 (ENSCCAG00000004390) HOXC10 (ENSCCAG00000037870) HOXC11 (ENSCCAG00000020099) HOXC12 (ENSCCAG00000035755) HOXC13 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ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Mouse lemur MODERN SPECIES 29 OR6C75 (ENSMICG00000047731) ENSMICG00000031233 ENSMICG00000010469 ENSMICG00000042889 ENSMICG00000026575 ENSMICG00000017826 ENSMICG00000008320 TESPA1 (ENSMICG00000038700) PPP1R1A (ENSMICG00000008492) PDE1B (ENSMICG00000043971) NCKAP1L (ENSMICG00000008453) GTSF1 (ENSMICG00000008444) ITGA5 (ENSMICG00000008420) ZNF385A (ENSMICG00000037401) COPZ1 (ENSMICG00000008401) NFE2 (ENSMICG00000031522) ##22 HNRNPA1 (ENSMICG00000032477) CBX5 (ENSMICG00000041561) ENSMICG00000026511 ENSMICG00000034005 HOXC4 (ENSMICG00000041983) HOXC5 (ENSMICG00000042167) HOXC6 (ENSMICG00000046781) HOXC8 (ENSMICG00000046543) HOXC9 (ENSMICG00000011714) HOXC10 (ENSMICG00000027410) HOXC11 (ENSMICG00000011710) HOXC12 (ENSMICG00000011709) HOXC13 (ENSMICG00000042545) CALCOCO1 (ENSMICG00000011694) ENSMICG00000011686 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 326 ENSPSMG00000016621 PPP1R1A (ENSPSMG00000016640) PDE1B (ENSPSMG00000016736) NCKAP1L (ENSPSMG00000016777) GTSF1 (ENSPSMG00000016801) ITGA5 (ENSPSMG00000016873) ZNF385A (ENSPSMG00000016918) GPR84 (ENSPSMG00000016926) COPZ1 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(ENSOGAG00000025383) HOXC13 (ENSOGAG00000030391) CALCOCO1 (ENSOGAG00000003612) ENSOGAG00000003611 ATF7 (ENSOGAG00000001748) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00940000167802 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 222 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000167802 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.h.b ENSGT00940000158801 Armadillo MODERN SPECIES 1955 ENSDNOG00000038881 NEUROD4 (ENSDNOG00000009650) TESPA1 (ENSDNOG00000016743) ENSDNOG00000041936 PPP1R1A (ENSDNOG00000025312) PDE1B (ENSDNOG00000037254) NCKAP1L (ENSDNOG00000001443) ENSDNOG00000001438 ITGA5 (ENSDNOG00000019000) ZNF385A (ENSDNOG00000048978) ENSDNOG00000046327 COPZ1 (ENSDNOG00000044309) NFE2 (ENSDNOG00000012506) ##22 ENSDNOG00000033989 CBX5 (ENSDNOG00000009216) Sloth MODERN SPECIES 2016 NFE2 (ENSCHOG00000008469) ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT01090000260006.E.b ENSGT01090000260011.A.c.b ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 Tenrec MODERN SPECIES 2228 COPZ1 (ENSETEG00000013499) NFE2 (ENSETEG00000013497) ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT01090000260006.E.b ENSGT01090000260011.A.c.b ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.b ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 Elephant MODERN SPECIES 196 ENSLAFG00000026481 ENSLAFG00000030626 ENSLAFG00000027718 ENSLAFG00000031632 ENSLAFG00000030613 NEUROD4 (ENSLAFG00000029446) TESPA1 (ENSLAFG00000014383) PPP1R1A (ENSLAFG00000009233) PDE1B (ENSLAFG00000027709) NCKAP1L (ENSLAFG00000011071) GTSF1 (ENSLAFG00000016318) ITGA5 (ENSLAFG00000013847) ZNF385A (ENSLAFG00000001583) GPR84 (ENSLAFG00000027132) COPZ1 (ENSLAFG00000001582) NFE2 (ENSLAFG00000001581) ##22 ENSLAFG00000029587 CBX5 (ENSLAFG00000001576) SMUG1 (ENSLAFG00000002187) HOXC4 (ENSLAFG00000030151) HOXC5 (ENSLAFG00000002367) HOXC6 (ENSLAFG00000001117) HOXC8 (ENSLAFG00000018140) HOXC9 (ENSLAFG00000002366) HOXC10 (ENSLAFG00000018137) HOXC11 (ENSLAFG00000018133) HOXC12 (ENSLAFG00000024750) HOXC13 (ENSLAFG00000030195) CALCOCO1 (ENSLAFG00000015535) ATP5MC2 (ENSLAFG00000015528) ATF7 (ENSLAFG00000002626) Hyrax MODERN SPECIES 8603 NFE2 (ENSPCAG00000001854) ##22 ENSPCAG00000001867 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.b ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a ENSGT00940000158801 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 ENSGT00390000015021 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.b ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a ENSGT00940000158801 ENSGT00940000166417 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.b ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a ENSGT00940000158801 ENSGT00940000166417 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.f ENSGT00940000155261 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.b ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a ENSGT00940000158801 ENSGT00940000166417 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.f ENSGT00940000155261 koala MODERN SPECIES 165 PPP1R1A (ENSPCIG00000007144) PDE1B (ENSPCIG00000006745) NCKAP1L (ENSPCIG00000006736) ENSPCIG00000006734 GTSF1 (ENSPCIG00000006731) ITGA5 (ENSPCIG00000006725) ZNF385A (ENSPCIG00000006724) GPR84 (ENSPCIG00000006723) ENSPCIG00000006721 NFE2 (ENSPCIG00000035589) ##22 ENSPCIG00000006715 CBX5 (ENSPCIG00000006714) ENSPCIG00000006713 HOXC4 (ENSPCIG00000006707) HOXC5 (ENSPCIG00000006705) HOXC6 (ENSPCIG00000034086) HOXC8 (ENSPCIG00000035099) HOXC9 (ENSPCIG00000037360) HOXC10 (ENSPCIG00000006695) HOXC11 (ENSPCIG00000006693) HOXC12 (ENSPCIG00000006689) HOXC13 (ENSPCIG00000006688) CALCOCO1 (ENSPCIG00000006685) ENSPCIG00000006683 ATF7 (ENSPCIG00000006677) Common wonbat MODERN SPECIES 780 ENSVURG00010008386 ENSVURG00010008384 ENSVURG00010008381 ENSVURG00010008368 NEUROD4 (ENSVURG00010008359) ENSVURG00010008346 PPP1R1A (ENSVURG00010008328) PDE1B (ENSVURG00010008318) NCKAP1L (ENSVURG00010008265) ENSVURG00010008256 GTSF1 (ENSVURG00010008247) ITGA5 (ENSVURG00010008210) ZNF385A (ENSVURG00010008127) ENSVURG00010008113 COPZ1 (ENSVURG00010008020) NFE2 (ENSVURG00010008000) ##22 ENSVURG00010007972 CBX5 (ENSVURG00010007960) ENSVURG00010007951 HOXC4 (ENSVURG00010007946) HOXC5 (ENSVURG00010007940) HOXC6 (ENSVURG00010007933) HOXC8 (ENSVURG00010007922) Wallaby MODERN SPECIES 11483 NFE2 (ENSMEUG00000010528) ##22 Tasmanian devil MODERN SPECIES 4 ENSSHAG00000030183 ENSSHAG00000032252 ENSSHAG00000023769 NEUROD4 (ENSSHAG00000008330) ENSSHAG00000007020 PPP1R1A (ENSSHAG00000026531) PDE1B (ENSSHAG00000012340) NCKAP1L (ENSSHAG00000012023) GTSF1 (ENSSHAG00000026276) ITGA5 (ENSSHAG00000011104) ZNF385A (ENSSHAG00000010898) GPR84 (ENSSHAG00000010857) COPZ1 (ENSSHAG00000025692) ENSSHAG00000023257 ENSSHAG00000009954 NFE2 (ENSSHAG00000010023) ##22 CBX5 (ENSSHAG00000028489) ENSSHAG00000009596 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(ENSOANG00000015091) HOXC13 (ENSOANG00000015090) CALCOCO1 (ENSOANG00000043577) ENSOANG00000011230 ATF7 (ENSOANG00000037869) ENSOANG00000036045 Sauria ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 73 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000159522.e ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Episquamata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000008783 ENSGT00390000004990 ENSGT00390000014753.r ENSGT00390000012629 ENSGT00940000164283.a ENSGT00940000156458 ENSGT01090000259987.a.a.b ENSGT00940000159609 ENSGT00940000158240 ENSGT00950000183081.a.a.b ENSGT00940000160660 ENSGT00940000154118.a.b ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000159522.e ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Laterata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000004990 ENSGT00390000014753.r ENSGT00390000012629 ENSGT00940000164283.a ENSGT00940000156458 ENSGT01090000259987.a.a.b ENSGT00940000159609 ENSGT00940000158240 ENSGT00950000183081.a.a.b ENSGT00940000160660 ENSGT00940000154118.a.b ENSGT00940000160876 ENSGT00390000009609 ENSGT00940000156511 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000159522.e ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Common wall lizard MODERN SPECIES 10 ESPL1 (ENSPMRG00000001725) MFSD5 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(ENSSMRG00000002201) MYO1A (ENSSMRG00000002216) ENSSMRG00000002302 ZNF385A (ENSSMRG00000002394) ENSSMRG00000002400 COPZ1 (ENSSMRG00000002416) ENSSMRG00000002423 NFE2 (ENSSMRG00000002430) ##22 ENSSMRG00000002434 CBX5 (ENSSMRG00000002444) SMUG1 (ENSSMRG00000002499) ENSSMRG00000002515 ENSSMRG00000002520 ENSSMRG00000002523 HOXC4 (ENSSMRG00000002562) HOXC5 (ENSSMRG00000002564) HOXC6 (ENSSMRG00000002575) HOXC8 (ENSSMRG00000002576) HOXC9 (ENSSMRG00000002581) HOXC10 (ENSSMRG00000002587) HOXC11 (ENSSMRG00000002589) HOXC12 (ENSSMRG00000002593) HOXC13 (ENSSMRG00000002595) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000008783 ENSGT00390000004990 ENSGT00390000014753.r ENSGT00390000012629 ENSGT00940000164283.a ENSGT00940000156458 ENSGT01090000259987.a.a.b ENSGT00940000159609 ENSGT00940000158240 ENSGT00950000183081.a.a.b ENSGT00940000160660 ENSGT00940000154118.a.b ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 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ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156784.ib.b ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000163154.B.e.b.d.b ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794.n ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Emydidae ANCESTRAL SPECIES 135 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000163154.B.e.b.d.b ENSGT00390000004897 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 383 ITGA5 (ENSTMTG00000004428) ZNF385A (ENSTMTG00000004508) ENSTMTG00000004609 COPZ1 (ENSTMTG00000004619) NFE2 (ENSTMTG00000004642) ##22 ENSTMTG00000004663 CBX5 (ENSTMTG00000004711) SMUG1 (ENSTMTG00000004728) ENSTMTG00000004737 HOXC4 (ENSTMTG00000004746) HOXC5 (ENSTMTG00000004765) HOXC6 (ENSTMTG00000004783) HOXC8 (ENSTMTG00000004809) HOXC9 (ENSTMTG00000004828) HOXC10 (ENSTMTG00000004853) HOXC11 (ENSTMTG00000004871) HOXC12 (ENSTMTG00000004887) HOXC13 (ENSTMTG00000004896) CALCOCO1 (ENSTMTG00000004927) ENSTMTG00000004989 painted turtle MODERN SPECIES 845 ITGA5 (ENSCPBG00000022309) ZNF385A (ENSCPBG00000022312) ENSCPBG00000022316 COPZ1 (ENSCPBG00000022318) ENSCPBG00000022321 NFE2 (ENSCPBG00000022324) ##22 ENSCPBG00000022326 CBX5 (ENSCPBG00000022329) ENSCPBG00000022330 SMUG1 (ENSCPBG00000022333) ENSCPBG00000022335 HOXC4 (ENSCPBG00000022338) HOXC5 (ENSCPBG00000022342) HOXC6 (ENSCPBG00000022347) HOXC8 (ENSCPBG00000022351) HOXC9 (ENSCPBG00000022354) HOXC10 (ENSCPBG00000000340) HOXC11 (ENSCPBG00000000408) HOXC12 (ENSCPBG00000000425) HOXC13 (ENSCPBG00000000447) CALCOCO1 (ENSCPBG00000000511) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000156784.ib.b.b ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000163154.B.e.b.d.b ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794.n ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 17 ENSGEVG00005002952 GTSF1 (ENSGEVG00005002973) ITGA5 (ENSGEVG00005003183) ZNF385A (ENSGEVG00005003460) ENSGEVG00005003713 COPZ1 (ENSGEVG00005003721) ENSGEVG00005003738 NFE2 (ENSGEVG00005003785) ##22 ENSGEVG00005003805 CBX5 (ENSGEVG00005003826) ENSGEVG00005003836 SMUG1 (ENSGEVG00005003848) ENSGEVG00005003863 HOXC4 (ENSGEVG00005003868) HOXC5 (ENSGEVG00005003884) HOXC6 (ENSGEVG00005003893) HOXC8 (ENSGEVG00005003904) HOXC9 (ENSGEVG00005003914) HOXC10 (ENSGEVG00005003926) HOXC11 (ENSGEVG00005003936) HOXC12 (ENSGEVG00005003948) HOXC13 (ENSGEVG00005003958) CALCOCO1 (ENSGEVG00005003995) Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1188 ENSCABG00000004233 ENSCABG00000004237 ENSCABG00000004240 ITGA5 (ENSCABG00000004246) ZNF385A (ENSCABG00000004280) ENSCABG00000004642 COPZ1 (ENSCABG00000004645) ENSCABG00000004646 NFE2 (ENSCABG00000004649) ##22 ENSCABG00000004651 ENSCABG00000004656 CBX5 (ENSCABG00000004657) SMUG1 (ENSCABG00000004659) ENSCABG00000004660 HOXC4 (ENSCABG00000004661) HOXC5 (ENSCABG00000004663) HOXC6 (ENSCABG00000004665) HOXC8 (ENSCABG00000004666) HOXC9 (ENSCABG00000004668) HOXC10 (ENSCABG00000004674) HOXC11 (ENSCABG00000004678) HOXC12 (ENSCABG00000004687) HOXC13 (ENSCABG00000004688) CALCOCO1 (ENSCABG00000004690) Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 Lamprey MODERN SPECIES 2351 ENSPMAG00000004449 ENSPMAG00000004452 ENSPMAG00000004467 ##22 Hagfish MODERN SPECIES 1466 ENSEBUG00000002959 ENSEBUG00000001964 chrna1 (ENSEBUG00000013820) ENSEBUG00000002639 chrna1 (ENSEBUG00000004044) CHN2 (ENSEBUG00000008560) ENSEBUG00000009180 ENSEBUG00000010342 ENSEBUG00000003124 cycsb (ENSEBUG00000008634) #18 ENSEBUG00000010908 ##22 ENSEBUG00000007989 ENSEBUG00000007114 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b ##22 Gnathostomata DUPLICATION Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534 ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152 ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000160776 ENSGT00950000184771 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000172406 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152 ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT01100000263518.A.a.b ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152 ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00640000092844 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152 ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Amniota ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00640000092844 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Mammalia ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00640000092844 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000172404 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Theria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00640000092844 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 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ENSGT00390000017856.b Armadillo MODERN SPECIES 825 ENSDNOG00000045438 OSBPL7 (ENSDNOG00000033308) MRPL10 (ENSDNOG00000024176) LRRC46 (ENSDNOG00000047964) SCRN2 (ENSDNOG00000034719) SP6 (ENSDNOG00000042665) SP2 (ENSDNOG00000013944) PNPO (ENSDNOG00000032160) PRR15L (ENSDNOG00000008323) CDK5RAP3 (ENSDNOG00000030779) COPZ2 (ENSDNOG00000037475) NFE2L1 (ENSDNOG00000047006) ##22 CBX1 (ENSDNOG00000040249) SNX11 (ENSDNOG00000032877) SKAP1 (ENSDNOG00000039133) Sloth MODERN SPECIES 8031 ENSCHOG00000011948 ##22 CBX1 (ENSCHOG00000011957) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Elephant MODERN SPECIES 310 NPEPPS (ENSLAFG00000001325) KPNB1 (ENSLAFG00000001328) TBKBP1 (ENSLAFG00000001330) TBX21 (ENSLAFG00000028463) OSBPL7 (ENSLAFG00000006819) MRPL10 (ENSLAFG00000028127) LRRC46 (ENSLAFG00000006826) SCRN2 (ENSLAFG00000025964) SP6 (ENSLAFG00000010701) SP2 (ENSLAFG00000021817) PNPO (ENSLAFG00000015550) PRR15L (ENSLAFG00000015553) CDK5RAP3 (ENSLAFG00000000339) ENSLAFG00000030284 ENSLAFG00000015209 NFE2L1 (ENSLAFG00000018523) ##22 CBX1 (ENSLAFG00000018526) SNX11 (ENSLAFG00000018529) SKAP1 (ENSLAFG00000018530) ENSLAFG00000031610 HOXB2 (ENSLAFG00000030161) ENSLAFG00000030505 HOXB3 (ENSLAFG00000030335) HOXB4 (ENSLAFG00000013588) HOXB5 (ENSLAFG00000013590) HOXB6 (ENSLAFG00000013593) HOXB7 (ENSLAFG00000030637) HOXB8 (ENSLAFG00000030682) HOXB9 (ENSLAFG00000013600) HOXB13 (ENSLAFG00000011262) ENSLAFG00000026602 Tenrec MODERN SPECIES 9033 ENSETEG00000014472 NFE2L1 (ENSETEG00000014473) ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 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ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 13 MRPL45 (ENSRFEG00010008623) NPEPPS (ENSRFEG00010008553) KPNB1 (ENSRFEG00010008460) TBKBP1 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MRPL10 (ENSMLUG00000006405) LRRC46 (ENSMLUG00000006409) SCRN2 (ENSMLUG00000006417) SP2 (ENSMLUG00000005000) PNPO (ENSMLUG00000005003) PRR15L (ENSMLUG00000005012) CDK5RAP3 (ENSMLUG00000005014) NFE2L1 (ENSMLUG00000005024) ##22 CBX1 (ENSMLUG00000005030) SNX11 (ENSMLUG00000005033) SKAP1 (ENSMLUG00000005037) HOXB1 (ENSMLUG00000008429) HOXB3 (ENSMLUG00000008445) ENSMLUG00000027291 ENSMLUG00000014513 HOXB6 (ENSMLUG00000010649) HOXB7 (ENSMLUG00000002609) HOXB9 (ENSMLUG00000011677) ENSMLUG00000029480 TTLL6 (ENSMLUG00000014065) CALCOCO2 (ENSMLUG00000014073) ENSMLUG00000011738 UBE2Z (ENSMLUG00000011750) Megabat MODERN SPECIES 4334 NFE2L1 (ENSPVAG00000002566) ##22 CBX1 (ENSPVAG00000002567) Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 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(ENSECAG00000028576) HOXB5 (ENSECAG00000012439) HOXB8 (ENSECAG00000034473) HOXB9 (ENSECAG00000036001) HOXB13 (ENSECAG00000013619) TTLL6 (ENSECAG00000014417) ENSECAG00000059603 CALCOCO2 (ENSECAG00000015498) ATP5MC1 (ENSECAG00000019908) Donkey MODERN SPECIES 4 ENSEASG00005001461 ENSEASG00005000896 KPNB1 (ENSEASG00005000805) TBKBP1 (ENSEASG00005000756) TBX21 (ENSEASG00005000739) OSBPL7 (ENSEASG00005000733) MRPL10 (ENSEASG00005027403) LRRC46 (ENSEASG00005000676) SCRN2 (ENSEASG00005000671) SP6 (ENSEASG00005036407) SP2 (ENSEASG00005000667) PNPO (ENSEASG00005028794) PRR15L (ENSEASG00005000660) CDK5RAP3 (ENSEASG00005000658) COPZ2 (ENSEASG00005000641) NFE2L1 (ENSEASG00005000634) ##22 CBX1 (ENSEASG00005000607) SNX11 (ENSEASG00005000605) SKAP1 (ENSEASG00005000601) HOXB1 (ENSEASG00005000594) HOXB2 (ENSEASG00005000585) HOXB3 (ENSEASG00005000581) HOXB6 (ENSEASG00005000560) HOXB5 (ENSEASG00005000563) HOXB7 (ENSEASG00005000556) HOXB8 (ENSEASG00005024978) HOXB9 (ENSEASG00005000527) HOXB13 (ENSEASG00005025083) ENSEASG00005000438 ENSEASG00005037375 CALCOCO2 (ENSEASG00005000430) Carnivora ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Felidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00390000013771.p ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Panthera ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000713 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000185410 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00390000013771.p ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 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ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a American black bear MODERN SPECIES 1414 MRPL10 (ENSUAMG00000017142) LRRC46 (ENSUAMG00000017138) SCRN2 (ENSUAMG00000017135) SP6 (ENSUAMG00000017132) SP2 (ENSUAMG00000017127) PNPO (ENSUAMG00000017122) PRR15L (ENSUAMG00000017119) CDK5RAP3 (ENSUAMG00000017117) COPZ2 (ENSUAMG00000017115) ENSUAMG00000017113 NFE2L1 (ENSUAMG00000017111) ##22 CBX1 (ENSUAMG00000017105) SNX11 (ENSUAMG00000017102) Polar bear MODERN SPECIES 94 NPEPPS (ENSUMAG00000016765) ENSUMAG00000016745 KPNB1 (ENSUMAG00000016471) ENSUMAG00000016425 ENSUMAG00000016418 OSBPL7 (ENSUMAG00000016080) MRPL10 (ENSUMAG00000016024) LRRC46 (ENSUMAG00000016015) SCRN2 (ENSUMAG00000016006) SP2 (ENSUMAG00000015996) PNPO (ENSUMAG00000015992) PRR15L (ENSUMAG00000015982) ENSUMAG00000015972 ENSUMAG00000015965 ENSUMAG00000015942 NFE2L1 (ENSUMAG00000015890) ##22 CBX1 (ENSUMAG00000015878) SNX11 (ENSUMAG00000015873) SKAP1 (ENSUMAG00000015835) HOXB1 (ENSUMAG00000015821) HOXB5 (ENSUMAG00000015806) HOXB7 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ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Arabian camel MODERN SPECIES 7 MRPL45 (ENSCDRG00005019287) NPEPPS (ENSCDRG00005019119) KPNB1 (ENSCDRG00005019017) TBKBP1 (ENSCDRG00005018994) TBX21 (ENSCDRG00005018980) OSBPL7 (ENSCDRG00005018943) MRPL10 (ENSCDRG00005018906) LRRC46 (ENSCDRG00005018865) SCRN2 (ENSCDRG00005018805) SP6 (ENSCDRG00005018791) SP2 (ENSCDRG00005018756) PRR15L (ENSCDRG00005018636) CDK5RAP3 (ENSCDRG00005018564) COPZ2 (ENSCDRG00005018538) ENSCDRG00005018515 NFE2L1 (ENSCDRG00005018357) ##22 CBX1 (ENSCDRG00005018330) SNX11 (ENSCDRG00005018232) SKAP1 (ENSCDRG00005018166) HOXB1 (ENSCDRG00005018147) HOXB2 (ENSCDRG00005018121) HOXB3 (ENSCDRG00005018104) HOXB4 (ENSCDRG00005018079) HOXB5 (ENSCDRG00005018055) HOXB6 (ENSCDRG00005018029) HOXB7 (ENSCDRG00005018007) HOXB9 (ENSCDRG00005017862) HOXB13 (ENSCDRG00005017741) TTLL6 (ENSCDRG00005017585) CALCOCO2 (ENSCDRG00005017213) ENSCDRG00005017142 Alpaca MODERN SPECIES 3027 NFE2L1 (ENSVPAG00000010116) ##22 CBX1 (ENSVPAG00000010117) SKAP1 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2 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00960000190232 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b 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ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590.e.b ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.i ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000154688.b.k.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Cow MODERN SPECIES 10 MRPL45 (ENSBTAG00000025001) NPEPPS (ENSBTAG00000011435) KPNB1 (ENSBTAG00000006586) TBKBP1 (ENSBTAG00000011280) TBX21 (ENSBTAG00000014199) OSBPL7 (ENSBTAG00000013523) MRPL10 (ENSBTAG00000001832) LRRC46 (ENSBTAG00000001830) SCRN2 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(ENSBMSG00010017547) TTLL6 (ENSBMSG00010017444) CALCOCO2 (ENSBMSG00010017255) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00980000199681 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Primates ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 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ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590.h ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00950000185410 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 107 KPNB1 (ENSPSMG00000007848) TBKBP1 (ENSPSMG00000007810) TBX21 (ENSPSMG00000007791) OSBPL7 (ENSPSMG00000007730) MRPL10 (ENSPSMG00000007514) LRRC46 (ENSPSMG00000007500) SCRN2 (ENSPSMG00000007491) SP6 (ENSPSMG00000007463) ENSPSMG00000007462 SP2 (ENSPSMG00000007456) PNPO (ENSPSMG00000007445) PRR15L (ENSPSMG00000007406) ENSPSMG00000007395 ENSPSMG00000007342 ENSPSMG00000007339 NFE2L1 (ENSPSMG00000007285) ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 120 MRPL45 (ENSPCOG00000014660) ENSPCOG00000027158 ENSPCOG00000014331 KPNB1 (ENSPCOG00000026259) TBKBP1 (ENSPCOG00000026427) TBX21 (ENSPCOG00000014387) OSBPL7 (ENSPCOG00000019714) MRPL10 (ENSPCOG00000025492) LRRC46 (ENSPCOG00000015829) SCRN2 (ENSPCOG00000014438) SP6 (ENSPCOG00000008529) SP2 (ENSPCOG00000017198) PNPO (ENSPCOG00000017906) CDK5RAP3 (ENSPCOG00000016598) COPZ2 (ENSPCOG00000018359) NFE2L1 (ENSPCOG00000021740) ##22 ENSPCOG00000010902 SNX11 (ENSPCOG00000011015) SKAP1 (ENSPCOG00000022221) HOXB1 (ENSPCOG00000025930) HOXB2 (ENSPCOG00000017380) HOXB3 (ENSPCOG00000020113) HOXB4 (ENSPCOG00000022963) HOXB5 (ENSPCOG00000015692) HOXB6 (ENSPCOG00000019931) HOXB7 (ENSPCOG00000028248) HOXB8 (ENSPCOG00000024853) HOXB9 (ENSPCOG00000027130) HOXB13 (ENSPCOG00000018182) TTLL6 (ENSPCOG00000021391) CALCOCO2 (ENSPCOG00000021998) Mouse lemur MODERN SPECIES 7 MRPL45 (ENSMICG00000000626) NPEPPS (ENSMICG00000012034) KPNB1 (ENSMICG00000012059) TBKBP1 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ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Cebidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898.b ENSGT00550000074898.a ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000154172.gb.b.b.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898.b ENSGT00550000074898.a ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a 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ENSGT00940000159029 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000012679.n ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603.b ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000165611 ENSGT00860000135909 ENSGT00940000159029 Macaca ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000012679.n ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603.b ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 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ENSGT00940000161434 Rhesus MODERN SPECIES 7 MRPL45 (ENSMMUG00000030213) NPEPPS (ENSMMUG00000005869) KPNB1 (ENSMMUG00000019760) TBKBP1 (ENSMMUG00000019762) TBX21 (ENSMMUG00000057231) OSBPL7 (ENSMMUG00000019039) LRRC46 (ENSMMUG00000061605) MRPL10 (ENSMMUG00000021486) SP6 (ENSMMUG00000061952) ENSMMUG00000053935 SP2 (ENSMMUG00000004765) PNPO (ENSMMUG00000003325) PRR15L (ENSMMUG00000050551) CDK5RAP3 (ENSMMUG00000004760) COPZ2 (ENSMMUG00000021934) NFE2L1 (ENSMMUG00000021935) ##22 CBX1 (ENSMMUG00000019882) SNX11 (ENSMMUG00000020658) SKAP1 (ENSMMUG00000050742) HOXB1 (ENSMMUG00000022212) HOXB2 (ENSMMUG00000057001) HOXB4 (ENSMMUG00000052130) ENSMMUG00000045203 HOXB5 (ENSMMUG00000051420) HOXB6 (ENSMMUG00000062283) HOXB7 (ENSMMUG00000055324) HOXB8 (ENSMMUG00000020868) HOXB9 (ENSMMUG00000052505) PRAC1 (ENSMMUG00000053394) HOXB13 (ENSMMUG00000060879) TTLL6 (ENSMMUG00000003436) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 7 MRPL45 (ENSMFAG00000043718) NPEPPS (ENSMFAG00000003608) KPNB1 (ENSMFAG00000030197) 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ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000165611 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Olive baboon MODERN SPECIES 8 GPR179 (ENSPANG00000022074) MRPL45 (ENSPANG00000022083) NPEPPS (ENSPANG00000022080) KPNB1 (ENSPANG00000022099) TBKBP1 (ENSPANG00000022108) TBX21 (ENSPANG00000022107) OSBPL7 (ENSPANG00000022928) MRPL10 (ENSPANG00000022926) LRRC46 (ENSPANG00000022918) SCRN2 (ENSPANG00000022920) SP6 (ENSPANG00000017158) SP2 (ENSPANG00000022922) PNPO (ENSPANG00000022924) CDK5RAP3 (ENSPANG00000022902) COPZ2 (ENSPANG00000022903) NFE2L1 (ENSPANG00000022904) ##22 CBX1 (ENSPANG00000022906) SNX11 (ENSPANG00000022898) ENSPANG00000026200 SKAP1 (ENSPANG00000022897) 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SPECIES 1297 OSBPL7 (ENSMLEG00000040663) MRPL10 (ENSMLEG00000042780) LRRC46 (ENSMLEG00000031583) SCRN2 (ENSMLEG00000041491) SP6 (ENSMLEG00000027177) SP2 (ENSMLEG00000032228) PNPO (ENSMLEG00000040872) PRR15L (ENSMLEG00000020212) CDK5RAP3 (ENSMLEG00000033869) COPZ2 (ENSMLEG00000039090) NFE2L1 (ENSMLEG00000039330) ##22 CBX1 (ENSMLEG00000038745) SNX11 (ENSMLEG00000039008) SKAP1 (ENSMLEG00000029308) HOXB1 (ENSMLEG00000037557) HOXB2 (ENSMLEG00000031955) HOXB4 (ENSMLEG00000029897) HOXB3 (ENSMLEG00000026268) HOXB5 (ENSMLEG00000009970) HOXB6 (ENSMLEG00000029580) HOXB7 (ENSMLEG00000042331) HOXB8 (ENSMLEG00000007179) HOXB9 (ENSMLEG00000030602) PRAC1 (ENSMLEG00000033309) HOXB13 (ENSMLEG00000043860) TTLL6 (ENSMLEG00000023683) Sooty mangabey MODERN SPECIES 564 ENSCATG00000005112 NPEPPS (ENSCATG00000011160) KPNB1 (ENSCATG00000037124) TBKBP1 (ENSCATG00000040564) TBX21 (ENSCATG00000010529) OSBPL7 (ENSCATG00000033623) MRPL10 (ENSCATG00000035686) LRRC46 (ENSCATG00000031406) SCRN2 (ENSCATG00000038846) SP6 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(ENSNLEG00000002594) TTLL6 (ENSNLEG00000002601) CALCOCO2 (ENSNLEG00000002619) ATP5MC1 (ENSNLEG00000002718) ENSNLEG00000002739 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Tree shrew MODERN SPECIES 8954 NFE2L1 (ENSTBEG00000009449) ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000154298.a.b ENSGT00940000159091 Rabbit MODERN SPECIES 10 MRPL45 (ENSOCUG00000015690) NPEPPS (ENSOCUG00000015748) KPNB1 (ENSOCUG00000015425) TBKBP1 (ENSOCUG00000014771) TBX21 (ENSOCUG00000012907) OSBPL7 (ENSOCUG00000009447) MRPL10 (ENSOCUG00000009452) LRRC46 (ENSOCUG00000009453) SCRN2 (ENSOCUG00000009457) SP6 (ENSOCUG00000023482) SP2 (ENSOCUG00000027415) PNPO (ENSOCUG00000017484) PRR15L (ENSOCUG00000017489) CDK5RAP3 (ENSOCUG00000012325) COPZ2 (ENSOCUG00000001802) NFE2L1 (ENSOCUG00000022298) ##22 CBX1 (ENSOCUG00000008021) SNX11 (ENSOCUG00000002309) SKAP1 (ENSOCUG00000001717) HOXB1 (ENSOCUG00000001720) HOXB2 (ENSOCUG00000024951) HOXB3 (ENSOCUG00000023337) HOXB6 (ENSOCUG00000011560) HOXB5 (ENSOCUG00000023093) HOXB8 (ENSOCUG00000029186) HOXB9 (ENSOCUG00000027316) HOXB13 (ENSOCUG00000012816) TTLL6 (ENSOCUG00000006289) ENSOCUG00000038154 CALCOCO2 (ENSOCUG00000016209) ATP5MC1 (ENSOCUG00000016225) Pika MODERN SPECIES 4733 ENSOPRG00000003683 ##22 CBX1 (ENSOPRG00000003699) SNX11 (ENSOPRG00000003718) ENSOPRG00000003732 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 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Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 33 Mrpl45 (ENSCGRG00001000066) Npepps (ENSCGRG00001005930) Kpnb1 (ENSCGRG00001016042) Tbkbp1 (ENSCGRG00001018526) Tbx21 (ENSCGRG00001008276) Osbpl7 (ENSCGRG00001013737) Mrpl10 (ENSCGRG00001024199) Lrrc46 (ENSCGRG00001019758) Scrn2 (ENSCGRG00001022143) Sp6 (ENSCGRG00001002797) Sp2 (ENSCGRG00001010976) Pnpo (ENSCGRG00001018189) Prr15l (ENSCGRG00001008926) Cdk5rap3 (ENSCGRG00001006966) Copz2 (ENSCGRG00001014767) Nfe2l1 (ENSCGRG00001015287) ##22 Cbx1 (ENSCGRG00001014799) Snx11 (ENSCGRG00001022221) ENSCGRG00001020759 ENSCGRG00001023355 Hoxb1 (ENSCGRG00001024619) Hoxb2 (ENSCGRG00001017587) Hoxb3 (ENSCGRG00001016667) Hoxb4 (ENSCGRG00001022431) Hoxb5 (ENSCGRG00001016167) Hoxb6 (ENSCGRG00001015674) Hoxb7 (ENSCGRG00001021590) Hoxb8 (ENSCGRG00001020235) Hoxb9 (ENSCGRG00001015314) Hoxb13 (ENSCGRG00001015060) Ttll6 (ENSCGRG00001018398) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B 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MGP_PahariEiJ_G0018166 Cbx1 (MGP_PahariEiJ_G0018165) Snx11 (MGP_PahariEiJ_G0018164) Skap1 (MGP_PahariEiJ_G0018163) Hoxb1 (MGP_PahariEiJ_G0018162) Hoxb2 (MGP_PahariEiJ_G0018161) Hoxb3 (MGP_PahariEiJ_G0018160) Hoxb4 (MGP_PahariEiJ_G0018159) Hoxb5 (MGP_PahariEiJ_G0018158) Hoxb6 (MGP_PahariEiJ_G0018157) Hoxb7 (MGP_PahariEiJ_G0018156) Hoxb8 (MGP_PahariEiJ_G0018155) Hoxb9 (MGP_PahariEiJ_G0018154) Hoxb13 (MGP_PahariEiJ_G0018153) Ttll6 (MGP_PahariEiJ_G0018152) Rat MODERN SPECIES 1 Npepps (ENSRNOG00000023095) AABR07030425.1 (ENSRNOG00000056057) Kpnb1 (ENSRNOG00000009275) Tbkbp1 (ENSRNOG00000009370) Tbx21 (ENSRNOG00000009427) Osbpl7 (ENSRNOG00000009473) Mrpl10 (ENSRNOG00000009567) Lrrc46 (ENSRNOG00000009902) Scrn2 (ENSRNOG00000010214) Sp6 (ENSRNOG00000023551) Sp2 (ENSRNOG00000010492) Pnpo (ENSRNOG00000046493) Prr15l (ENSRNOG00000049162) Cdk5rap3 (ENSRNOG00000048747) Copz2 (ENSRNOG00000009225) Nfe2l1 (ENSRNOG00000008830) ##22 Cbx1 (ENSRNOG00000008689) Snx11 (ENSRNOG00000008642) Skap1 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ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Naked mole-rat female MODERN SPECIES 12 ENSHGLG00000010863 ENSHGLG00000012466 KPNB1 (ENSHGLG00000014138) TBKBP1 (ENSHGLG00000049817) TBX21 (ENSHGLG00000012216) OSBPL7 (ENSHGLG00000012525) MRPL10 (ENSHGLG00000048399) LRRC46 (ENSHGLG00000035931) SCRN2 (ENSHGLG00000041375) SP6 (ENSHGLG00000021113) SP2 (ENSHGLG00000009902) PNPO (ENSHGLG00000013159) PRR15L (ENSHGLG00000014696) CDK5RAP3 (ENSHGLG00000019464) COPZ2 (ENSHGLG00000018543) NFE2L1 (ENSHGLG00000012592) ##22 CBX1 (ENSHGLG00000013574) SNX11 (ENSHGLG00000016837) SKAP1 (ENSHGLG00000014563) HOXB1 (ENSHGLG00000009781) HOXB2 (ENSHGLG00000010090) HOXB3 (ENSHGLG00000010686) HOXB4 (ENSHGLG00000034075) HOXB5 (ENSHGLG00000039265) HOXB6 (ENSHGLG00000012400) HOXB7 (ENSHGLG00000045318) HOXB8 (ENSHGLG00000038380) HOXB9 (ENSHGLG00000014731) ENSHGLG00000048296 HOXB13 (ENSHGLG00000014634) TTLL6 (ENSHGLG00000019187) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00390000000603 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Guinea pig MODERN SPECIES 53 MRPL45 (ENSCPOG00000001574) NPEPPS (ENSCPOG00000006559) KPNB1 (ENSCPOG00000006566) TBKBP1 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ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.a ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d.b.dc.b ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a Degu MODERN SPECIES 97 SOCS7 (ENSODEG00000017559) NPEPPS (ENSODEG00000017337) KPNB1 (ENSODEG00000017287) ENSODEG00000017455 TBX21 (ENSODEG00000017610) OSBPL7 (ENSODEG00000017364) MRPL10 (ENSODEG00000017536) LRRC46 (ENSODEG00000017367) SCRN2 (ENSODEG00000017395) SP6 (ENSODEG00000017625) SP2 (ENSODEG00000017126) PNPO (ENSODEG00000017424) ENSODEG00000017229 COPZ2 (ENSODEG00000017565) ENSODEG00000020421 NFE2L1 (ENSODEG00000017348) ##22 CBX1 (ENSODEG00000017272) SNX11 (ENSODEG00000017458) SKAP1 (ENSODEG00000017533) HOXB1 (ENSODEG00000017050) HOXB2 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ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000159720 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000156314 ENSGT00940000160776 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000172406 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000158988.a.b ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 Great tit MODERN SPECIES 345 NFE2L1 (ENSPMJG00000015656) ##22 CBX1 (ENSPMJG00000015658) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000156314 ENSGT00940000160776 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000172406 ENSGT00940000161315 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000158988.a.b ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 Flycatcher MODERN SPECIES 19 SPOP (ENSFALG00000007146) NGFR (ENSFALG00000006987) ENSFALG00000026685 ENSFALG00000028717 ENSFALG00000025180 PHB1 (ENSFALG00000006992) ZNF652 (ENSFALG00000007003) PHOSPHO1 (ENSFALG00000014803) ENSFALG00000011344 ENSFALG00000025055 ENSFALG00000011366 ENSFALG00000025620 ENSFALG00000011385 ENSFALG00000011396 ENSFALG00000024750 ENSFALG00000011429 ##22 CBX1 (ENSFALG00000011444) ENSFALG00000007898 ENSFALG00000028803 ENSFALG00000025142 ENSFALG00000000558 FBXL20 (ENSFALG00000000557) MED1 (ENSFALG00000000555) CDK12 (ENSFALG00000000553) PPP1R1B (ENSFALG00000024719) STARD3 (ENSFALG00000000541) ENSFALG00000023757 PNMT (ENSFALG00000000536) ENSFALG00000000535 ERBB2 (ENSFALG00000000513) GRB7 (ENSFALG00000000495) Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00940000157982.b.c ENSGT00940000156314 ENSGT00940000160776 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000172406 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000158988.a.b ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000157982.b.d ENSGT00940000156314 ENSGT00940000160776 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000155246 ENSGT00550000074898 ENSGT00940000153704.B ENSGT00940000160397 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000172406 ENSGT00390000013474.b.a ENSGT00940000161498 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000154152.d ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000158988.a.b ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 Common canary MODERN SPECIES 315 NFE2L1 (ENSSCAG00000007617) ##22 CBX1 (ENSSCAG00000007621) Zebra finch MODERN SPECIES 20 SOCS7 (ENSTGUG00000003337) GPR179 (ENSTGUG00000020188) MRPL45 (ENSTGUG00000003330) NPEPPS (ENSTGUG00000003339) KPNB1 (ENSTGUG00000003387) TBKBP1 (ENSTGUG00000026971) ENSTGUG00000021058 ENSTGUG00000021758 ENSTGUG00000028791 ENSTGUG00000029748 SCRN2 (ENSTGUG00000021900) 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ENSGT00940000161434 ENSGT00940000165637 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152 ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 ENSGT00940000165637 Spotted gar MODERN SPECIES 653 slc25a39 (ENSLOCG00000013283) ENSLOCG00000013294 kat7b (ENSLOCG00000013296) ENSLOCG00000013301 dlx4b (ENSLOCG00000013307) dlx3b (ENSLOCG00000013312) itga3b (ENSLOCG00000013315) tbx21 (ENSLOCG00000013335) TBKBP1 (ENSLOCG00000013343) pdk2b (ENSLOCG00000013349) osbpl7 (ENSLOCG00000013354) mrpl10 (ENSLOCG00000013385) pnpo (ENSLOCG00000013387) cdk5rap3 (ENSLOCG00000013394) copz2 (ENSLOCG00000013403) NFE2L1 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ENSGT00950000182844.b.b.b.b ENSGT00940000165637 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00750000118756.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00390000005121 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 ENSGT01030000234627.a.b.b Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 Cod MODERN SPECIES 9 ENSGMOG00000026756 ENSGMOG00000027135 ENSGMOG00000027386 ENSGMOG00000004534 ENSGMOG00000004560 ENSGMOG00000028175 ENSGMOG00000032746 ENSGMOG00000028389 ENSGMOG00000025608 ENSGMOG00000002812 ENSGMOG00000002841 mrpl10 (ENSGMOG00000003023) pnpo (ENSGMOG00000003037) ENSGMOG00000020150 cdk5rap3 (ENSGMOG00000003054) NFE2L1 (ENSGMOG00000022643) ##22 CBX1 (ENSGMOG00000003101) ENSGMOG00000024709 skap1 (ENSGMOG00000003134) hoxb1b (ENSGMOG00000025533) ENSGMOG00000027605 hoxb5b (ENSGMOG00000026296) hoxb6b (ENSGMOG00000025558) ENSGMOG00000003213 ENSGMOG00000003246 ENSGMOG00000003261 chmp2a (ENSGMOG00000003295) ENSGMOG00000003314 ENSGMOG00000034695 ENSGMOG00000003499 ENSGMOG00000007709 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 10 ormdl3 (ENSMMDG00005013793) wnt3 (ENSMMDG00005013783) nsfb (ENSMMDG00005010010) psmd11b (ENSMMDG00005009924) cdk5r1b (ENSMMDG00005009918) MYO1D (ENSMMDG00005006560) ENSMMDG00005006517 PDK2 (ENSMMDG00005005899) ENSMMDG00005005852 tbx21 (ENSMMDG00005005843) osbpl7 (ENSMMDG00005005835) mrpl10 (ENSMMDG00005005826) pnpo (ENSMMDG00005005812) prr15lb (ENSMMDG00005005803) cdk5rap3 (ENSMMDG00005005179) NFE2L1 (ENSMMDG00005005166) ##22 CBX1 (ENSMMDG00005005163) ENSMMDG00005005159 skap1 (ENSMMDG00005005155) hoxb1b (ENSMMDG00005005153) ENSMMDG00005005152 hoxb6b (ENSMMDG00005005148) ttll6 (ENSMMDG00005005139) calcoco2 (ENSMMDG00005005132) snf8 (ENSMMDG00005005122) ENSMMDG00005005117 ENSMMDG00005005101 chmp2a (ENSMMDG00005005093) ENSMMDG00005005087 ENSMMDG00005005026 SRCAP (ENSMMDG00005004957) Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b.j ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b.j ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000178941 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b.j ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000178941 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b.j ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000178941 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b.j ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000159774 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 Fugu MODERN SPECIES ormdl3 (ENSTRUG00000033478) nsfb (ENSTRUG00000002989) wnt3 (ENSTRUG00000003564) psmd11b (ENSTRUG00000002031) cdk5r1b (ENSTRUG00000001984) MYO1D (ENSTRUG00000013296) ENSTRUG00000013295 PDK2 (ENSTRUG00000013086) TBKBP1 (ENSTRUG00000013045) tbx21 (ENSTRUG00000012995) osbpl7 (ENSTRUG00000012593) Mrpl10 (ENSTRUG00000020176) pnpo (ENSTRUG00000012477) prr15lb (ENSTRUG00000012473) cdk5rap3 (ENSTRUG00000012311) NFE2L1 (ENSTRUG00000012259) ##22 ENSTRUG00000012171 CBX1 (ENSTRUG00000012203) skap1 (ENSTRUG00000026027) ENSTRUG00000012061 ENSTRUG00000030786 hoxb5b (ENSTRUG00000025198) hoxb6b (ENSTRUG00000011945) ttll6 (ENSTRUG00000011934) ENSTRUG00000011902 snf8 (ENSTRUG00000011822) MSL1 (ENSTRUG00000024472) chmp2a (ENSTRUG00000011739) ENSTRUG00000011737 ENSTRUG00000023096 SRCAP (ENSTRUG00000011632) Tetraodon MODERN SPECIES 13 ENSTNIG00000006979 ENSTNIG00000003353 wnt3 (ENSTNIG00000006063) nsfb (ENSTNIG00000006062) psmd11b (ENSTNIG00000006061) MYO1D (ENSTNIG00000019513) ENSTNIG00000019512 ENSTNIG00000016967 PDK2 (ENSTNIG00000016966) TBKBP1 (ENSTNIG00000016965) tbx21 (ENSTNIG00000010103) osbpl7 (ENSTNIG00000010102) mrpl10 (ENSTNIG00000010101) pnpo (ENSTNIG00000010100) cdk5rap3 (ENSTNIG00000010099) NFE2L1 (ENSTNIG00000010098) ##22 CBX1 (ENSTNIG00000010097) ENSTNIG00000010096 skap1 (ENSTNIG00000010095) hoxb1b (ENSTNIG00000010094) ENSTNIG00000010093 hoxb5b (ENSTNIG00000001770) hoxb6b (ENSTNIG00000001771) ttll6 (ENSTNIG00000010092) snf8 (ENSTNIG00000010091) MSL1 (ENSTNIG00000010090) chmp2a (ENSTNIG00000010089) ENSTNIG00000010088 ENSTNIG00000010087 ENSTNIG00000010086 stx4 (ENSTNIG00000010085) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000157917.b ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000178941 Ballan wrasse MODERN SPECIES 344 ENSLBEG00000010776 PDK2 (ENSLBEG00000010710) 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ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157917.b ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157917.b ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT01030000234627.a.b.b Pike perch MODERN SPECIES 3 ENSSLUG00000010297 ormdl3 (ENSSLUG00000010244) wnt3 (ENSSLUG00000010232) nsfb (ENSSLUG00000008134) psmd11b (ENSSLUG00000007981) 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ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 Climbing perch MODERN SPECIES 10 ENSATEG00000007751 ormdl3 (ENSATEG00000026887) ENSATEG00000007808 nsfb (ENSATEG00000007835) psmd11b (ENSATEG00000007920) cdk5r1b (ENSATEG00000007987) ENSATEG00000008024 ENSATEG00000008138 TBKBP1 (ENSATEG00000008182) tbx21 (ENSATEG00000026567) osbpl7 (ENSATEG00000008218) mrpl10 (ENSATEG00000008279) pnpo (ENSATEG00000008296) prr15lb (ENSATEG00000008355) cdk5rap3 (ENSATEG00000008382) NFE2L1 (ENSATEG00000008441) ##22 CBX1 (ENSATEG00000027720) ENSATEG00000028495 skap1 (ENSATEG00000008510) hoxb1b (ENSATEG00000008518) hoxb5b (ENSATEG00000008526) hoxb6b (ENSATEG00000008539) ttll6 (ENSATEG00000008546) ENSATEG00000008617 ENSATEG00000008631 ENSATEG00000026521 ENSATEG00000008682 chmp2a (ENSATEG00000028237) ENSATEG00000027721 ENSATEG00000008776 ENSATEG00000030105 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 9 etv4 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ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b.j ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00940000177404 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 Eastern happy MODERN SPECIES 20 ormdl3 (ENSACLG00000024712) wnt3 (ENSACLG00000024697) nsfb (ENSACLG00000024545) psmd11b (ENSACLG00000024496) cdk5r1b (ENSACLG00000024490) MYO1D (ENSACLG00000024433) ENSACLG00000024421 PDK2 (ENSACLG00000024391) TBKBP1 (ENSACLG00000024327) 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(ENSNBRG00000023528) MRM1 (ENSNBRG00000023533) ENSNBRG00000023539 Nile tilapia MODERN SPECIES 20 ENSONIG00000018247 ormdl3 (ENSONIG00000041840) wnt3 (ENSONIG00000027851) nsfb (ENSONIG00000018240) psmd11b (ENSONIG00000018238) cdk5r1b (ENSONIG00000018237) ENSONIG00000032662 MYO1D (ENSONIG00000018232) PDK2 (ENSONIG00000018225) tbx21 (ENSONIG00000018223) osbpl7 (ENSONIG00000018222) mrpl10 (ENSONIG00000038469) pnpo (ENSONIG00000018219) prr15lb (ENSONIG00000021237) cdk5rap3 (ENSONIG00000018216) NFE2L1 (ENSONIG00000018214) ##22 cbx1 (ENSONIG00000032457) ENSONIG00000027588 skap1 (ENSONIG00000018210) hoxb1b (ENSONIG00000018209) ENSONIG00000032613 hoxb5b (ENSONIG00000034578) hoxb6b (ENSONIG00000036813) ttll6 (ENSONIG00000018205) ENSONIG00000018204 snf8 (ENSONIG00000018202) ENSONIG00000031164 ENSONIG00000028875 chmp2a (ENSONIG00000018198) MRM1 (ENSONIG00000021236) SRCAP (ENSONIG00000018197) Midas cichlid MODERN SPECIES 113 ENSACIG00000013155 ormdl3 (ENSACIG00000013146) wnt3 (ENSACIG00000013133) 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ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000178941 ENSGT00940000157457 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157917.b ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 ENSGT01030000234627.a.b.b Mangrove rivulus MODERN SPECIES 312 TBKBP1 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(ENSNFUG00015011613) cdk5rap3 (ENSNFUG00015011585) NFE2L1 (ENSNFUG00015011571) ##22 CBX1 (ENSNFUG00015011548) ENSNFUG00015011541 SNX11 (ENSNFUG00015011535) skap1 (ENSNFUG00015011524) hoxb1b (ENSNFUG00015011511) HOXB5 (ENSNFUG00015011504) hoxb6b (ENSNFUG00015011489) ttll6 (ENSNFUG00015011481) ENSNFUG00015011466 ENSNFUG00015011457 SNF8 (ENSNFUG00015011426) MSL1 (ENSNFUG00015011399) BC2 (ENSNFUG00015011383) MRM1 (ENSNFUG00015011377) ENSNFUG00015011370 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000157917.b ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000178941 ENSGT00940000157457 ENSGT01030000234627.a.b.b NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000157917.b ENSGT00950000183178.b.b.b ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.a.a ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a ENSGT00390000007843 ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00390000018761 ENSGT00940000161032 ENSGT00940000178941 ENSGT00940000157457 ENSGT01030000234627.a.b.b Mummichog MODERN SPECIES 2379 ormdl3 (ENSFHEG00000006451) 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ENSGT00390000018292.c ENSGT00950000182832.A ENSGT00940000161032 ENSGT00940000157457 ENSGT01030000234627.a.b.b Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 299 ENSGT00530000063301.a.a.c.a.e ENSGT00390000008812.b.b.a.a.a ENSGT00940000157411.i ENSGT00940000153704.B.c.d ENSGT00940000166447.d ENSGT00940000157439.b.c ENSGT00940000172406 ENSGT00390000011219.m.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a.c ##22 ENSGT00940000154152.a.a.a ENSGT00940000160113.k ENSGT00390000017856.b.c ENSGT01000000220463 ENSGT00940000158354.c.a.c ENSGT00940000165065.b.c ENSGT00940000161434 ENSGT00950000183025.a.db ENSGT00390000007843.d ENSGT00390000005121 ENSGT00390000018292.c.c ENSGT00950000182832.A.c ENSGT00940000161032.h ENSGT00940000157457.f ENSGT01030000234627.a.b.b.e Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000158142.f ENSGT00940000155510.u.a.b ENSGT00940000155510.u.a.a ENSGT00940000157917.a.a.a.b ENSGT00950000183178.b.b.b.c.b ENSGT00940000157854.w.a ENSGT00530000064085.c.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a.e 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##22 ENSGT00940000154152.a.a.a ENSGT00940000160113.k ENSGT00390000017856.b.c ENSGT01000000221647 ENSGT00940000158354.c.a.c ENSGT00940000165065.b.c ENSGT00950000183025.a.db ENSGT00390000007843.d ENSGT00390000005121.e ENSGT00390000018292.c.c ENSGT00950000182832.A.c ENSGT00940000161032.h ENSGT00940000157457.f ENSGT01030000234627.a.b.b.e ENSGT00940000157296.o.a.h River trout MODERN SPECIES 1 DHX8 (ENSSTUG00000006798) THRA (ENSSTUG00000005628) ormdl3 (ENSSTUG00000005562) wnt3 (ENSSTUG00000005517) nsfb (ENSSTUG00000001411) psmd11b (ENSSTUG00000000973) cdk5r1b (ENSSTUG00000013467) MYO1D (ENSSTUG00000013020) TBKBP1 (ENSSTUG00000012972) tbx21 (ENSSTUG00000012960) osbpl7 (ENSSTUG00000012941) ENSSTUG00000012884 pnpo (ENSSTUG00000012768) ENSSTUG00000012752 ENSSTUG00000012748 NFE2L1 (ENSSTUG00000012743) ##22 ENSSTUG00000012731 ENSSTUG00000012696 skap1 (ENSSTUG00000012671) ENSSTUG00000012597 HOXB5 (ENSSTUG00000012584) hoxb6b (ENSSTUG00000012576) ENSSTUG00000012562 calcoco2 (ENSSTUG00000012356) snf8 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(ENSOTSG00005035812) hoxb1b (ENSOTSG00005035813) ENSOTSG00005035814 hoxb5b (ENSOTSG00005035815) hoxb6b (ENSOTSG00005035816) hoxb8b (ENSOTSG00005035817) ttll6 (ENSOTSG00005035818) calcoco2 (ENSOTSG00005035821) snf8 (ENSOTSG00005035823) ENSOTSG00005035824 MSL1 (ENSOTSG00005035826) chmp2a (ENSOTSG00005035827) ENSOTSG00005035828 Coho salmon MODERN SPECIES 12 ENSOKIG00005008540 ormdl3 (ENSOKIG00005008553) wnt3 (ENSOKIG00005008567) nsfb (ENSOKIG00005008716) psmd11b (ENSOKIG00005010937) cdk5r1b (ENSOKIG00005011007) ENSOKIG00005011062 PDK2 (ENSOKIG00005012119) TBKBP1 (ENSOKIG00005012307) tbx21 (ENSOKIG00005012316) osbpl7 (ENSOKIG00005012334) mrpl10 (ENSOKIG00005012380) pnpo (ENSOKIG00005012392) prr15lb (ENSOKIG00005012462) cdk5rap3 (ENSOKIG00005012472) NFE2L1 (ENSOKIG00005012519) ##22 ENSOKIG00005012530 SNX11 (ENSOKIG00005012548) skap1 (ENSOKIG00005012565) hoxb1b (ENSOKIG00005012579) ENSOKIG00005012606 hoxb5b (ENSOKIG00005012615) hoxb6b (ENSOKIG00005012621) hoxb8b (ENSOKIG00005012631) ttll6 (ENSOKIG00005012645) calcoco2 (ENSOKIG00005012687) snf8 (ENSOKIG00005012719) ENSOKIG00005012753 gip (ENSOKIG00005012759) MSL1 (ENSOKIG00005012768) chmp2a (ENSOKIG00005012799) Salmo ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183178.b.b.b.c.a ENSGT00940000157854.w.b ENSGT00530000064085.c.d ENSGT00530000063301.a.a.c.a.f ENSGT00390000008812.b.b.a.a.b ENSGT00940000157411.j ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c.c ENSGT00940000166447.c ENSGT00940000157439.b.d ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219.m.a ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a.d ##22 ENSGT00940000154152.a.a.b ENSGT00940000160113.l ENSGT00390000017856.b.d ENSGT00940000159503 ENSGT00940000159774.d.a ENSGT00940000158354.c.a.d ENSGT00940000161108.f ENSGT00940000161529.x ENSGT00940000165637 ENSGT00950000183025.a.eb ENSGT00390000007843.c ENSGT00390000005121.f ENSGT00390000018292.c.d ENSGT00950000182832.A.d ENSGT00940000161032.g River trout MODERN SPECIES 11 ormdl3 (ENSSTUG00000035643) wnt3 (ENSSTUG00000035650) nsfb (ENSSTUG00000035705) psmd11b (ENSSTUG00000035992) cdk5r1b (ENSSTUG00000036065) ENSSTUG00000036115 ENSSTUG00000037229 PDK2 (ENSSTUG00000037271) TBKBP1 (ENSSTUG00000037653) tbx21 (ENSSTUG00000037670) osbpl7 (ENSSTUG00000037693) mrpl10 (ENSSTUG00000037910) pnpo (ENSSTUG00000037917) prr15lb (ENSSTUG00000037963) cdk5rap3 (ENSSTUG00000037968) NFE2L1 (ENSSTUG00000038035) ##22 ENSSTUG00000038049 SNX11 (ENSSTUG00000038070) skap1 (ENSSTUG00000038088) hoxb1b (ENSSTUG00000038136) ENSSTUG00000038149 hoxb5b (ENSSTUG00000038154) HOXB6 (ENSSTUG00000038160) hoxb8b (ENSSTUG00000038168) ttll6 (ENSSTUG00000038182) calcoco2 (ENSSTUG00000038298) snf8 (ENSSTUG00000038331) gip (ENSSTUG00000038402) MSL1 (ENSSTUG00000038414) chmp2a (ENSSTUG00000038508) ENSSTUG00000038515 Atlantic salmon MODERN SPECIES 10 ormdl3 (ENSSSAG00000105314) wnt3 (ENSSSAG00000077501) nsfb (ENSSSAG00000077571) psmd11b (ENSSSAG00000078688) cdk5r1b (ENSSSAG00000101629) ENSSSAG00000006495 ENSSSAG00000100824 ENSSSAG00000083346 TBKBP1 (ENSSSAG00000096340) tbx21 (ENSSSAG00000015324) osbpl7 (ENSSSAG00000015453) pnpo (ENSSSAG00000029666) mrpl10 (ENSSSAG00000104339) prr15lb (ENSSSAG00000106114) cdk5rap3 (ENSSSAG00000030149) NFE2L1 (ENSSSAG00000114824) ##22 ENSSSAG00000030773 snx11 (ENSSSAG00000031221) skap1 (ENSSSAG00000031353) HoxB1ba (ENSSSAG00000109797) hoxb5b (ENSSSAG00000112500) hoxb8ba (ENSSSAG00000031831) ttll6 (ENSSSAG00000032126) ENSSSAG00000032869 snf8 (ENSSSAG00000033130) ENSSSAG00000033744 chmp2a (ENSSSAG00000036161) ENSSSAG00000101134 ENSSSAG00000039094 ENSSSAG00000066437 ENSSSAG00000041530 Huchen MODERN SPECIES 15 ENSHHUG00000038269 psmd11b (ENSHHUG00000038586) cdk5r1b (ENSHHUG00000038736) ENSHHUG00000038746 ENSHHUG00000038905 PDK2 (ENSHHUG00000038929) TBKBP1 (ENSHHUG00000039100) tbx21 (ENSHHUG00000039104) osbpl7 (ENSHHUG00000039118) mrpl10 (ENSHHUG00000039277) pnpo (ENSHHUG00000039280) prr15lb (ENSHHUG00000039309) cdk5rap3 (ENSHHUG00000039313) NFE2L1 (ENSHHUG00000039332) ##22 ENSHHUG00000039337 SNX11 (ENSHHUG00000039351) skap1 (ENSHHUG00000039362) hoxb1b (ENSHHUG00000039377) ENSHHUG00000039378 hoxb5b (ENSHHUG00000039381) hoxb6b (ENSHHUG00000039384) hoxb8b (ENSHHUG00000039387) ttll6 (ENSHHUG00000039397) calcoco2 (ENSHHUG00000039430) snf8 (ENSHHUG00000039450) ENSHHUG00000039469 MSL1 (ENSHHUG00000039473) chmp2a (ENSHHUG00000039506) ENSHHUG00000039522 Northern pike MODERN SPECIES 4 ormdl3 (ENSELUG00000008099) wnt3 (ENSELUG00000008126) nsfb (ENSELUG00000008162) psmd11b (ENSELUG00000008204) cdk5r1b (ENSELUG00000008224) MYO1D (ENSELUG00000008245) ENSELUG00000008271 PDK2 (ENSELUG00000008326) TBKBP1 (ENSELUG00000008379) ENSELUG00000027949 tbx21 (ENSELUG00000001384) osbpl7 (ENSELUG00000008527) pnpo (ENSELUG00000008568) mrpl10 (ENSELUG00000008599) cdk5rap3 (ENSELUG00000008635) NFE2L1 (ENSELUG00000008672) ##22 ENSELUG00000000330 ENSELUG00000008701 skap1 (ENSELUG00000001494) ENSELUG00000008758 ENSELUG00000008764 hoxb6b (ENSELUG00000025410) hoxb5b (ENSELUG00000008806) ttll6 (ENSELUG00000008833) ENSELUG00000008892 snf8 (ENSELUG00000008940) ENSELUG00000008959 MSL1 (ENSELUG00000008996) chmp2a (ENSELUG00000009057) ENSELUG00000009092 stx4 (ENSELUG00000009200) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157854 ENSGT00530000064085.c ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00750000118756.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.b.b ENSGT00940000160435 ENSGT00940000154323.a ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b ENSGT00940000177683 ENSGT00940000165156 ENSGT00600000085580 ENSGT00940000161485 ENSGT00990000204711 ENSGT00940000160175.a ENSGT00940000160595.a.b ENSGT00940000154537.kb ENSGT00940000153195.B ENSGT00940000159732.a Otophysi ANCESTRAL SPECIES 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ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00750000118756.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.b.b ENSGT00940000160435 ENSGT00940000154323.a ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b ENSGT00530000067530 ENSGT00940000165156 ENSGT00600000085580 ENSGT00940000178773 ENSGT00940000161485 ENSGT00990000204711 ENSGT00940000160175.a ENSGT00940000160595.a.b ENSGT00940000154537.kb ENSGT00940000153195.B Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00750000118756.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.b.b ENSGT00940000160435 ENSGT00940000154323.a ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b 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ENSEEEG00000005903 znf668 (ENSEEEG00000005902) ENSEEEG00000005901 cd37 (ENSEEEG00000005899) gall (ENSEEEG00000005897) valopb (ENSEEEG00000005578) gabrz (ENSEEEG00000005560) ENSEEEG00000005557 mxtx2 (ENSEEEG00000005556) bms1 (ENSEEEG00000005542) Channel catfish MODERN SPECIES 4 ogfod3 (ENSIPUG00000018706) psmd11b (ENSIPUG00000018634) cdk5r1b (ENSIPUG00000018623) MYO1D (ENSIPUG00000018549) ENSIPUG00000018539 ENSIPUG00000018536 PDK2 (ENSIPUG00000018521) tbkbp1 (ENSIPUG00000018504) tbx21 (ENSIPUG00000018470) osbpl7 (ENSIPUG00000018363) mrpl10 (ENSIPUG00000018330) pnpo (ENSIPUG00000018311) prr15lb (ENSIPUG00000018303) cdk5rap3 (ENSIPUG00000018270) ENSIPUG00000018255 NFE2L1 (ENSIPUG00000018201) ##22 cbx1 (ENSIPUG00000018189) ccdc189 (ENSIPUG00000018176) PHKG2 (ENSIPUG00000018153) RNF40 (ENSIPUG00000018115) ENSIPUG00000018102 znf668 (ENSIPUG00000018095) ENSIPUG00000018093 ENSIPUG00000018087 ENSIPUG00000018080 CD82 (ENSIPUG00000018027) gal (ENSIPUG00000018006) valopb (ENSIPUG00000017998) gabrz (ENSIPUG00000017975) ENSIPUG00000017968 ENSIPUG00000017958 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00530000063301.a.a.c.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT00940000156038.a.b.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00750000118756.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152.b.b ENSGT00940000160435 ENSGT00940000154323.a ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b ENSGT00940000165156 ENSGT00600000085580 ENSGT00940000178773 ENSGT00940000161485 ENSGT00990000204711 ENSGT00940000160175.a ENSGT00940000160595.a.b ENSGT00940000154537.kb ENSGT00940000153195.B ENSGT00940000159732.a Zebrafish MODERN SPECIES 3 ENSDARG00000115189 ogfod3 (ENSDARG00000078481) psmd11b (ENSDARG00000005134) cdk5r1b (ENSDARG00000045087) MYO1D (ENSDARG00000036863) ENSDARG00000088794 PDK2 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bms1 (ENSCARG00000001993) mxtx2 (ENSCARG00000001942) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000159664.d ENSGT00940000156819.a.b.d.a ENSGT00940000156819.a.b.c.b ENSGT00390000005895.a ENSGT00530000063301.a.a.c.a.j ENSGT00390000008812.b.b.a.g ENSGT00940000157411.a ENSGT00940000156038.a.b.b.c ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.c.a ENSGT00940000166447.b ENSGT00940000157439.b.a ENSGT00390000011219.e.b ENSGT00940000154534.b.b.f ENSGT00390000000713 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a.f ##22 ENSGT00940000154152.b.b.b ENSGT00940000160435.c ENSGT00390000002866.a.b ENSGT00940000164729.a.b.h ENSGT00940000165156.f ENSGT00600000085580 ENSGT00940000161485 ENSGT00990000204711.b ENSGT01030000234549.a.b.t.b ENSGT00940000164278.d.b ENSGT00940000160175.a.a ENSGT00940000160595.a.b.b ENSGT00940000154537.kb.a ENSGT00940000153195.B.n ENSGT00940000159732.a.a Common carp reference MODERN SPECIES 25 ENSCCRG00000023174 ENSCCRG00000078541 ENSCCRG00000053281 ENSCCRG00000026002 ogfod3 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ENSGT00530000063301.a.a ENSGT00390000008812.b.b.a ENSGT00940000157411 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a ENSGT00940000153704.B.c ENSGT00940000166447 ENSGT00940000157439.b ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000000713 ENSGT00750000118756.a ENSGT00940000157439.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b.b ENSGT00940000159774.b.a ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c ENSGT00940000161108.b ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386.a ENSGT00940000159029.b ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000159091 ENSGT00390000007843 P. kingsleyae MODERN SPECIES 140 nsfb (ENSPKIG00000001091) psmd11b (ENSPKIG00000001035) cdk5r1b (ENSPKIG00000001019) MYO1D (ENSPKIG00000000999) ENSPKIG00000000976 PDK2 (ENSPKIG00000000931) ENSPKIG00000000901 tbx21 (ENSPKIG00000000866) osbpl7 (ENSPKIG00000000792) mrpl10 (ENSPKIG00000000749) pnpo (ENSPKIG00000000733) prr15la 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(ENSECRG00000022297) hoxb6a (ENSECRG00000022304) hoxb7a (ENSECRG00000022310) hoxb8a (ENSECRG00000022316) hoxb9a (ENSECRG00000022323) hoxb10a (ENSECRG00000022327) hoxb13a (ENSECRG00000022331) ENSECRG00000022338 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162297 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00740000117159 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162684 ENSGT00940000162370 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00740000117159 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156840.b ENSGT00940000162297 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00740000117159 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 895 ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b Common shrew MODERN SPECIES 1635 EPHX4 (ENSSARG00000000578) ENSSARG00000000582 ##22 ENSSARG00000000586 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000164661 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00740000117159 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162297 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156840.b ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156840.b ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00390000003248.a.b.a.a ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00940000164497 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00390000003248.a.b.a.a ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00940000164497 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Sperm whale MODERN SPECIES 15 GBP1 (ENSPCTG00005008720) GBP6 (ENSPCTG00005008669) LRRC8B (ENSPCTG00005008618) LRRC8C (ENSPCTG00005008565) LRRC8D (ENSPCTG00005008517) ZNF326 (ENSPCTG00005003683) ENSPCTG00005003676 ENSPCTG00005003669 BARHL2 (ENSPCTG00005003661) ZNF644 (ENSPCTG00005003632) HFM1 (ENSPCTG00005003555) CDC7 (ENSPCTG00005003524) TGFBR3 (ENSPCTG00005003508) BRDT (ENSPCTG00005003337) EPHX4 (ENSPCTG00005003314) ENSPCTG00005003303 ##22 BTBD8 (ENSPCTG00005003293) C1orf146 (ENSPCTG00005003267) GLMN (ENSPCTG00005003228) RPAP2 (ENSPCTG00005003192) GFI1 (ENSPCTG00005003172) EVI5 (ENSPCTG00005003071) ENSPCTG00005003033 DIPK1A (ENSPCTG00005003008) MTF2 (ENSPCTG00005002966) TMED5 (ENSPCTG00005002942) CCDC18 (ENSPCTG00005002918) DR1 (ENSPCTG00005002905) FNBP1L (ENSPCTG00005002834) DNTTIP2 (ENSPCTG00005002811) GCLM (ENSPCTG00005002786) Blue whale MODERN SPECIES ENSBMSG00010012151 GBP5 (ENSBMSG00010012161) GBP6 (ENSBMSG00010012181) LRRC8B (ENSBMSG00010012202) LRRC8C (ENSBMSG00010012215) LRRC8D (ENSBMSG00010012225) ZNF326 (ENSBMSG00010012246) ENSBMSG00010012272 BARHL2 (ENSBMSG00010000010) ENSBMSG00010000017 HFM1 (ENSBMSG00010000076) CDC7 (ENSBMSG00010000261) TGFBR3 (ENSBMSG00010000292) BRDT (ENSBMSG00010000373) EPHX4 (ENSBMSG00010000481) ENSBMSG00010000502 ##22 BTBD8 (ENSBMSG00010000521) C1orf146 (ENSBMSG00010000562) GLMN (ENSBMSG00010000586) ENSBMSG00010000612 GFI1 (ENSBMSG00010000632) EVI5 (ENSBMSG00010000675) ENSBMSG00010000785 DIPK1A (ENSBMSG00010000829) MTF2 (ENSBMSG00010000876) TMED5 (ENSBMSG00010000894) CCDC18 (ENSBMSG00010000915) DR1 (ENSBMSG00010000938) ENSBMSG00010000952 FNBP1L (ENSBMSG00010000979) BCAR3 (ENSBMSG00010001032) Pecora ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265.gb ENSGT00940000154265.fb.a ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265.gb ENSGT00940000154265.fb.a ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Siberian musk deer MODERN SPECIES 339 ENSMMSG00000021595 GBP6 (ENSMMSG00000021568) LRRC8B (ENSMMSG00000021546) LRRC8C (ENSMMSG00000021530) LRRC8D (ENSMMSG00000021519) ZNF326 (ENSMMSG00000021471) BARHL2 (ENSMMSG00000021437) ZNF644 (ENSMMSG00000021384) ENSMMSG00000021360 HFM1 (ENSMMSG00000021206) CDC7 (ENSMMSG00000021156) TGFBR3 (ENSMMSG00000021111) BRDT (ENSMMSG00000021008) EPHX4 (ENSMMSG00000020965) ENSMMSG00000020851 ENSMMSG00000020824 ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156840.b.g.a ENSGT00940000154265.fb.b ENSGT00940000154265.fb.a 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ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Goat MODERN SPECIES 22 LRRC8C (ENSCHIG00000009462) LRRC8D (ENSCHIG00000009625) ZNF326 (ENSCHIG00000017408) BARHL2 (ENSCHIG00000011831) ZNF644 (ENSCHIG00000018160) ENSCHIG00000025906 ENSCHIG00000018623 ENSCHIG00000019689 ENSCHIG00000009537 ENSCHIG00000019124 CDC7 (ENSCHIG00000026844) TGFBR3 (ENSCHIG00000015521) BRDT (ENSCHIG00000020014) EPHX4 (ENSCHIG00000017302) ENSCHIG00000009487 ENSCHIG00000022105 ##22 BTBD8 (ENSCHIG00000015692) C1orf146 (ENSCHIG00000008745) GLMN (ENSCHIG00000023340) RPAP2 (ENSCHIG00000019522) GFI1 (ENSCHIG00000016135) EVI5 (ENSCHIG00000026426) ENSCHIG00000015380 DIPK1A (ENSCHIG00000020350) 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ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00740000117159 Felidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000164799 ENSGT00940000162370.g ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 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ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Tiger MODERN SPECIES 19 CDC7 (ENSPTIG00000006650) TGFBR3 (ENSPTIG00000007409) BRDT (ENSPTIG00000013997) EPHX4 (ENSPTIG00000020004) ENSPTIG00000020187 ##22 BTBD8 (ENSPTIG00000020578) C1orf146 (ENSPTIG00000021257) GLMN (ENSPTIG00000021463) RPAP2 (ENSPTIG00000021761) ENSPTIG00000002680 EVI5 (ENSPTIG00000005019) ENSPTIG00000007991 DIPK1A (ENSPTIG00000008277) MTF2 (ENSPTIG00000010490) TMED5 (ENSPTIG00000013456) CCDC18 (ENSPTIG00000014221) DR1 (ENSPTIG00000018611) FNBP1L (ENSPTIG00000019290) BCAR3 (ENSPTIG00000007755) ENSPTIG00000014954 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000162370.g ENSGT00940000156840.b ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00940000154259.l.q.b.a.a ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b 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ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Megabat MODERN SPECIES 825 BRDT (ENSPVAG00000005740) EPHX4 (ENSPVAG00000005741) ENSPVAG00000005743 ##22 BTBD8 (ENSPVAG00000005745) Equus ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000162370 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703.l ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b.i ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00940000154802.fb ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b Donkey MODERN SPECIES 7 ENSEASG00005025472 ENSEASG00005022760 ENSEASG00005013975 LRRC8B (ENSEASG00005037662) LRRC8C (ENSEASG00005015412) LRRC8D (ENSEASG00005015415) ZNF326 (ENSEASG00005015418) BARHL2 (ENSEASG00005015421) ZNF644 (ENSEASG00005015423) HFM1 (ENSEASG00005015424) CDC7 (ENSEASG00005015434) TGFBR3 (ENSEASG00005015486) BRDT (ENSEASG00005026111) EPHX4 (ENSEASG00005015495) ENSEASG00005015497 ENSEASG00005015501 ##22 ENSEASG00005037362 ENSEASG00005032361 C1orf146 (ENSEASG00005037463) GLMN (ENSEASG00005015506) RPAP2 (ENSEASG00005015507) GFI1 (ENSEASG00005015509) EVI5 (ENSEASG00005015514) ENSEASG00005015515 DIPK1A (ENSEASG00005030243) MTF2 (ENSEASG00005015530) TMED5 (ENSEASG00005034283) CCDC18 (ENSEASG00005015570) ENSEASG00005015583 DR1 (ENSEASG00005025520) ENSEASG00005015589 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154265 ENSGT00940000162370 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Primates ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000164365 ENSGT00940000164661 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000164799 ENSGT00940000156840.b ENSGT00940000162297 ENSGT00940000164365 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000164365 ENSGT00940000164661 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.j Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156840.b.r ENSGT00940000160703 ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.j Hominidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156840.b.r ENSGT00940000160703 ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.j Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00940000155807.a.b ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.j Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000156840.b.r ENSGT00940000160703 ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00940000155807.a.b ENSGT00550000075011 ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.j Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154265 ENSGT00940000156840.b.r ENSGT00940000160703 ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00940000155807.a.b ENSGT00550000075011 ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.j Chimpanzee MODERN SPECIES ENSPTRG00000048580 LRRC8B (ENSPTRG00000022980) ENSPTRG00000047787 LRRC8C (ENSPTRG00000000942) ZNF326 (ENSPTRG00000000945) BARHL2 (ENSPTRG00000000946) ZNF644 (ENSPTRG00000000947) HFM1 (ENSPTRG00000000948) ENSPTRG00000046089 CDC7 (ENSPTRG00000043247) ENSPTRG00000046708 TGFBR3 (ENSPTRG00000000952) BRDT (ENSPTRG00000000954) EPHX4 (ENSPTRG00000000955) SETSIP (ENSPTRG00000052188) BTBD8 (ENSPTRG00000000956) ##22 KIAA1107 (ENSPTRG00000000958) C1H1orf146 (ENSPTRG00000030530) GLMN (ENSPTRG00000000959) RPAP2 (ENSPTRG00000000960) GFI1 (ENSPTRG00000043053) EVI5 (ENSPTRG00000000962) RPL5 (ENSPTRG00000000963) DIPK1A (ENSPTRG00000000964) MTF2 (ENSPTRG00000000965) TMED5 (ENSPTRG00000000966) CCDC18 (ENSPTRG00000000967) DR1 (ENSPTRG00000000969) FNBP1L (ENSPTRG00000000970) BCAR3 (ENSPTRG00000000971) DNTTIP2 (ENSPTRG00000000972) Bonobo MODERN SPECIES GBP6 (ENSPPAG00000034509) ENSPPAG00000041602 LRRC8B (ENSPPAG00000027112) ENSPPAG00000043397 LRRC8C (ENSPPAG00000034868) ZNF326 (ENSPPAG00000014161) BARHL2 (ENSPPAG00000034283) ZNF644 (ENSPPAG00000039400) HFM1 (ENSPPAG00000024582) ENSPPAG00000042415 CDC7 (ENSPPAG00000024798) ENSPPAG00000035448 TGFBR3 (ENSPPAG00000027020) BRDT (ENSPPAG00000033868) EPHX4 (ENSPPAG00000040443) ENSPPAG00000025213 ##22 ENSPPAG00000004959 C1orf146 (ENSPPAG00000034258) GLMN (ENSPPAG00000039704) RPAP2 (ENSPPAG00000035306) GFI1 (ENSPPAG00000042186) EVI5 (ENSPPAG00000034071) RPL5 (ENSPPAG00000027174) DIPK1A (ENSPPAG00000043970) MTF2 (ENSPPAG00000030002) TMED5 (ENSPPAG00000027553) CCDC18 (ENSPPAG00000029331) DR1 (ENSPPAG00000027265) FNBP1L (ENSPPAG00000029809) BCAR3 (ENSPPAG00000029140) DNTTIP2 (ENSPPAG00000044098) Gorilla MODERN SPECIES LRRC8B (ENSGGOG00000006067) ENSGGOG00000038190 LRRC8C (ENSGGOG00000023228) LRRC8D (ENSGGOG00000025079) ZNF326 (ENSGGOG00000015528) ENSGGOG00000008873 ZNF644 (ENSGGOG00000004186) HFM1 (ENSGGOG00000038524) FEN1 (ENSGGOG00000022237) CDC7 (ENSGGOG00000007545) ENSGGOG00000041760 ENSGGOG00000003216 TGFBR3 (ENSGGOG00000000922) BRDT (ENSGGOG00000022996) EPHX4 (ENSGGOG00000000116) ENSGGOG00000013288 ##22 ENSGGOG00000000596 C1orf146 (ENSGGOG00000006653) GLMN (ENSGGOG00000006658) RPAP2 (ENSGGOG00000006674) GFI1 (ENSGGOG00000005320) EVI5 (ENSGGOG00000024347) RPL5 (ENSGGOG00000002699) DIPK1A (ENSGGOG00000000881) ENSGGOG00000043223 MTF2 (ENSGGOG00000001308) TMED5 (ENSGGOG00000016111) CCDC18 (ENSGGOG00000016744) DR1 (ENSGGOG00000028511) FNBP1L (ENSGGOG00000015943) BCAR3 (ENSGGOG00000001635) Gibbon MODERN SPECIES 2 LRRC8C (ENSNLEG00000031779) ENSNLEG00000030297 ZNF326 (ENSNLEG00000010263) BARHL2 (ENSNLEG00000010276) ZNF644 (ENSNLEG00000010279) ENSNLEG00000034677 HFM1 (ENSNLEG00000010285) CDC7 (ENSNLEG00000010319) ENSNLEG00000033782 ENSNLEG00000029575 ENSNLEG00000030279 TGFBR3 (ENSNLEG00000010335) BRDT (ENSNLEG00000010376) EPHX4 (ENSNLEG00000010405) ENSNLEG00000028497 ENSNLEG00000010412 ##22 ENSNLEG00000010418 C1orf146 (ENSNLEG00000010426) GLMN (ENSNLEG00000010431) RPAP2 (ENSNLEG00000010446) GFI1 (ENSNLEG00000010470) EVI5 (ENSNLEG00000010486) RPL5 (ENSNLEG00000010500) DIPK1A (ENSNLEG00000010507) ENSNLEG00000032162 MTF2 (ENSNLEG00000010513) TMED5 (ENSNLEG00000010590) CCDC18 (ENSNLEG00000010606) DR1 (ENSNLEG00000010667) FNBP1L (ENSNLEG00000010681) BCAR3 (ENSNLEG00000010748) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011.c ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00940000164497 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.i Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182989.A.j ENSGT00940000160703.g ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011.c ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.i Vervet Monkey MODERN SPECIES 12 GBP7 (ENSCSAG00000001450) ENSCSAG00000001451 ENSCSAG00000001452 LRRC8B (ENSCSAG00000001453) LRRC8C (ENSCSAG00000001455) LRRC8D (ENSCSAG00000000154) ZNF326 (ENSCSAG00000001456) BARHL2 (ENSCSAG00000001457) ZNF644 (ENSCSAG00000001458) HFM1 (ENSCSAG00000001459) CDC7 (ENSCSAG00000001460) TGFBR3 (ENSCSAG00000001461) BRDT (ENSCSAG00000001462) EPHX4 (ENSCSAG00000001463) ENSCSAG00000000155 ENSCSAG00000001464 ##22 BTBD8 (ENSCSAG00000001465) C1orf146 (ENSCSAG00000001466) GLMN (ENSCSAG00000001467) RPAP2 (ENSCSAG00000001468) GFI1 (ENSCSAG00000001469) ENSCSAG00000000156 EVI5 (ENSCSAG00000001470) ENSCSAG00000001471 DIPK1A (ENSCSAG00000001472) MTF2 (ENSCSAG00000001474) TMED5 (ENSCSAG00000001475) CCDC18 (ENSCSAG00000001476) DR1 (ENSCSAG00000001477) FNBP1L (ENSCSAG00000001478) BCAR3 (ENSCSAG00000001479) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160703.g ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00910000147262 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011.c ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.i.a Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160703.g ENSGT00940000154268.e.a ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00910000147262 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011.c ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154891.g.a.a ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Drill MODERN SPECIES 69 SPATA18 (ENSMLEG00000038985) SGCB (ENSMLEG00000034884) LRRC66 (ENSMLEG00000004735) ENSMLEG00000014980 ENSMLEG00000036223 ENSMLEG00000032071 ENSMLEG00000032451 TGFBR3 (ENSMLEG00000042792) BRDT (ENSMLEG00000020992) EPHX4 (ENSMLEG00000040616) ENSMLEG00000032788 ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156840.b ENSGT00940000160703.g ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00910000147262 ENSGT00940000158258 ENSGT00420000029746.e.a.b.a.b ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011.c ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142.i.a Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 119 ENSMNEG00000043710 ENSMNEG00000039833 ENSMNEG00000026624 ENSMNEG00000009729 TGFBR3 (ENSMNEG00000035095) BRDT (ENSMNEG00000036582) EPHX4 (ENSMNEG00000034540) ENSMNEG00000034427 ##22 BTBD8 (ENSMNEG00000038289) C1orf146 (ENSMNEG00000045551) GLMN (ENSMNEG00000037105) RPAP2 (ENSMNEG00000037979) GFI1 (ENSMNEG00000036338) EVI5 (ENSMNEG00000015327) DIPK1A (ENSMNEG00000030760) ENSMNEG00000044138 ENSMNEG00000030641 MTF2 (ENSMNEG00000007161) TMED5 (ENSMNEG00000035141) CCDC18 (ENSMNEG00000038359) DR1 (ENSMNEG00000028696) FNBP1L (ENSMNEG00000043720) BCAR3 (ENSMNEG00000039069) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 378 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011.c ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00940000164497 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1498 HFM1 (ENSRROG00000045569) ENSRROG00000030730 ENSRROG00000039213 ENSRROG00000031213 TGFBR3 (ENSRROG00000031848) BRDT (ENSRROG00000030428) EPHX4 (ENSRROG00000025534) ENSRROG00000040787 ##22 BTBD8 (ENSRROG00000036848) C1orf146 (ENSRROG00000018970) GLMN (ENSRROG00000031905) RPAP2 (ENSRROG00000033026) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 174 ENSGT00940000154174.s.a.a.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 365 BRDT (ENSANAG00000024036) EPHX4 (ENSANAG00000011814) ENSANAG00000022260 ENSANAG00000019327 ##22 ENSANAG00000024749 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 165 ENSGT00940000154174.s.a.a.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 234 ENSGT00940000154174.s.a.a.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Capuchin MODERN SPECIES 166 ENSCCAG00000023172 ZNF326 (ENSCCAG00000029464) ENSCCAG00000027777 BARHL2 (ENSCCAG00000032703) ZNF644 (ENSCCAG00000028733) HFM1 (ENSCCAG00000033206) CDC7 (ENSCCAG00000035924) ENSCCAG00000023085 TGFBR3 (ENSCCAG00000029516) ENSCCAG00000022756 BRDT (ENSCCAG00000031906) ENSCCAG00000025258 EPHX4 (ENSCCAG00000029678) ENSCCAG00000038015 ENSCCAG00000027791 ENSCCAG00000033925 ##22 ENSCCAG00000036616 ENSCCAG00000029619 BTBD8 (ENSCCAG00000031364) C1orf146 (ENSCCAG00000032973) GLMN (ENSCCAG00000038123) RPAP2 (ENSCCAG00000024859) GFI1 (ENSCCAG00000036072) EVI5 (ENSCCAG00000034070) ENSCCAG00000021472 RPL5 (ENSCCAG00000024885) DIPK1A (ENSCCAG00000033496) ENSCCAG00000031400 ENSCCAG00000026616 MTF2 (ENSCCAG00000037974) TMED5 (ENSCCAG00000036284) Tarsier MODERN SPECIES 6175 HFM1 (ENSTSYG00000014250) CDC7 (ENSTSYG00000005397) TGFBR3 (ENSTSYG00000006861) BRDT (ENSTSYG00000011717) EPHX4 (ENSTSYG00000007766) BTBD8 (ENSTSYG00000010149) ##22 BTBD8 (ENSTSYG00000037445) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000164365 ENSGT00940000164661 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162297 ENSGT00940000164365 ENSGT00940000164661 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 846 ENSPCOG00000024088 GBP5 (ENSPCOG00000025061) ENSPCOG00000000054 LRRC8B (ENSPCOG00000000469) LRRC8C (ENSPCOG00000028483) LRRC8D (ENSPCOG00000013095) ZNF326 (ENSPCOG00000023736) BARHL2 (ENSPCOG00000021096) ZNF644 (ENSPCOG00000021784) ENSPCOG00000026252 CDC7 (ENSPCOG00000022992) TGFBR3 (ENSPCOG00000020128) BRDT (ENSPCOG00000009857) EPHX4 (ENSPCOG00000015391) ENSPCOG00000025445 ENSPCOG00000020190 ##22 BTBD8 (ENSPCOG00000012403) C1orf146 (ENSPCOG00000014518) GLMN (ENSPCOG00000026708) RPAP2 (ENSPCOG00000021860) GFI1 (ENSPCOG00000020540) ENSPCOG00000023529 EVI5 (ENSPCOG00000013584) ENSPCOG00000012924 DIPK1A (ENSPCOG00000022059) MTF2 (ENSPCOG00000021106) TMED5 (ENSPCOG00000024672) CCDC18 (ENSPCOG00000021464) DR1 (ENSPCOG00000025924) FNBP1L (ENSPCOG00000027233) BCAR3 (ENSPCOG00000022810) Mouse lemur MODERN SPECIES 11 ENSMICG00000029892 GBP4 (ENSMICG00000035538) GBP5 (ENSMICG00000034820) LRRC8B (ENSMICG00000006686) LRRC8C (ENSMICG00000029202) ENSMICG00000048113 ZNF326 (ENSMICG00000016516) BARHL2 (ENSMICG00000037198) ZNF644 (ENSMICG00000015207) HFM1 (ENSMICG00000037935) CDC7 (ENSMICG00000011588) ENSMICG00000031496 TGFBR3 (ENSMICG00000044508) BRDT (ENSMICG00000014306) EPHX4 (ENSMICG00000030659) ENSMICG00000031257 ##22 BTBD8 (ENSMICG00000033675) C1orf146 (ENSMICG00000008888) GLMN (ENSMICG00000008891) ENSMICG00000044808 GFI1 (ENSMICG00000047208) EVI5 (ENSMICG00000011788) ENSMICG00000011805 DIPK1A (ENSMICG00000011814) ENSMICG00000003126 TMED5 (ENSMICG00000000964) ENSMICG00000043917 ENSMICG00000014932 ENSMICG00000032766 DR1 (ENSMICG00000028249) FNBP1L (ENSMICG00000035486) Bushbaby MODERN SPECIES 125 LRRC8C (ENSOGAG00000005172) LRRC8D (ENSOGAG00000033080) ZNF326 (ENSOGAG00000013770) ENSOGAG00000032000 BARHL2 (ENSOGAG00000011079) ZNF644 (ENSOGAG00000000665) HFM1 (ENSOGAG00000032369) ENSOGAG00000034533 CDC7 (ENSOGAG00000029298) TGFBR3 (ENSOGAG00000016364) ENSOGAG00000029718 BRDT (ENSOGAG00000001001) EPHX4 (ENSOGAG00000001002) ENSOGAG00000034632 ENSOGAG00000029908 ENSOGAG00000001005 ##22 BTBD8 (ENSOGAG00000028985) C1orf146 (ENSOGAG00000001007) ENSOGAG00000001008 ENSOGAG00000001009 GFI1 (ENSOGAG00000027913) EVI5 (ENSOGAG00000013240) RPL5 (ENSOGAG00000013246) DIPK1A (ENSOGAG00000013249) ENSOGAG00000030106 MTF2 (ENSOGAG00000002432) TMED5 (ENSOGAG00000015057) CCDC18 (ENSOGAG00000006059) DR1 (ENSOGAG00000005967) FNBP1L (ENSOGAG00000011225) BCAR3 (ENSOGAG00000011230) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Tree shrew MODERN SPECIES 1818 BRDT (ENSTBEG00000010690) EPHX4 (ENSTBEG00000011260) ENSTBEG00000011437 ##22 BTBD8 (ENSTBEG00000011719) Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 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ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.b ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b Muroidea ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00710000106792.h ENSGT00940000163522.A.g.b ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00710000106792.h ENSGT00940000163522.A.g.b ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010.i.b ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00710000106792.h ENSGT00940000163522.A.g.b ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010.i.b ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 1 Lrrc8b (ENSPEMG00000005562) Lrrc8c (ENSPEMG00000013757) Lrrc8d (ENSPEMG00000021996) Zfp326 (ENSPEMG00000018327) Barhl2 (ENSPEMG00000026467) Zfp644 (ENSPEMG00000014688) ENSPEMG00000024502 ENSPEMG00000030938 Hfm1 (ENSPEMG00000022852) Cdc7 (ENSPEMG00000022245) Tgfbr3 (ENSPEMG00000022511) Brdt (ENSPEMG00000022451) ENSPEMG00000029986 Ephx4 (ENSPEMG00000022572) Lpcat2b (ENSPEMG00000015365) ENSPEMG00000021654 ##22 Btbd8 (ENSPEMG00000014093) 1700028K03Rik (ENSPEMG00000021512) Glmn (ENSPEMG00000023068) Rpap2 (ENSPEMG00000022421) Gfi1 (ENSPEMG00000024396) Evi5 (ENSPEMG00000016471) Ube2d2b (ENSPEMG00000028655) ENSPEMG00000026172 Rpl5 (ENSPEMG00000023054) Dipk1a (ENSPEMG00000000699) Mtf2 (ENSPEMG00000021201) Tmed5 (ENSPEMG00000021997) Ccdc18 (ENSPEMG00000024210) Dr1 (ENSPEMG00000030546) Pigg (ENSPEMG00000022476) Prairie vole MODERN SPECIES 349 ENSMOCG00000000462 Lrrc8b (ENSMOCG00000015261) Lrrc8c (ENSMOCG00000017993) Lrrc8d (ENSMOCG00000022324) Zfp326 (ENSMOCG00000002827) ENSMOCG00000012017 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ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 Mus ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00710000106792.h ENSGT00940000162658.a.b ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285.l ENSGT00390000008285.k ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00910000144269 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000162658.a.b ENSGT00940000154265.n.b.a.a.a ENSGT00940000154265.m ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285.l ENSGT00390000008285.k ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00910000144269 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000162658.a.b ENSGT00940000154265.n.b.a.a.a ENSGT00940000154265.m ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b 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ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00910000144269 spretus MODERN SPECIES 14 MGP_SPRETEiJ_G0028485 MGP_SPRETEiJ_G0028487 Lrrc8b (MGP_SPRETEiJ_G0028488) Lrrc8c (MGP_SPRETEiJ_G0028489) Lrrc8d (MGP_SPRETEiJ_G0028490) Zfp326 (MGP_SPRETEiJ_G0028491) Barhl2 (MGP_SPRETEiJ_G0028492) MGP_SPRETEiJ_G0028493 Zfp644 (MGP_SPRETEiJ_G0028494) Hfm1 (MGP_SPRETEiJ_G0028495) Cdc7 (MGP_SPRETEiJ_G0028496) Tgfbr3 (MGP_SPRETEiJ_G0028497) Brdt (MGP_SPRETEiJ_G0028498) Ephx4 (MGP_SPRETEiJ_G0028499) Lpcat2b (MGP_SPRETEiJ_G0028500) MGP_SPRETEiJ_G0028501 ##22 MGP_SPRETEiJ_G0028502 MGP_SPRETEiJ_G0028503 1700028K03Rik (MGP_SPRETEiJ_G0028504) Glmn (MGP_SPRETEiJ_G0028505) Rpap2 (MGP_SPRETEiJ_G0028506) Gfi1 (MGP_SPRETEiJ_G0028507) Evi5 (MGP_SPRETEiJ_G0028508) Ube2d2b (MGP_SPRETEiJ_G0028509) Rpl5 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ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468.l.b.a.a ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000163522.A ENSGT00940000162370 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468.l.b.b ENSGT00940000155468.l.b.a.a ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b Guinea pig MODERN SPECIES 2 ENSCPOG00000039361 GBP1 (ENSCPOG00000015020) ENSCPOG00000036175 ENSCPOG00000002143 LRRC8B (ENSCPOG00000006377) LRRC8C (ENSCPOG00000033092) LRRC8D (ENSCPOG00000008295) ZNF326 (ENSCPOG00000007332) BARHL2 (ENSCPOG00000019619) ZNF644 (ENSCPOG00000035010) HFM1 (ENSCPOG00000007421) CDC7 (ENSCPOG00000012756) TGFBR3 (ENSCPOG00000007217) ENSCPOG00000003841 EPHX4 (ENSCPOG00000001758) ENSCPOG00000012159 ##22 BTBD8 (ENSCPOG00000008296) C1orf146 (ENSCPOG00000007147) GLMN (ENSCPOG00000007152) RPAP2 (ENSCPOG00000007163) GFI1 (ENSCPOG00000011727) EVI5 (ENSCPOG00000006917) ENSCPOG00000032453 DIPK1A (ENSCPOG00000000700) MTF2 (ENSCPOG00000012184) ENSCPOG00000032129 CCDC18 (ENSCPOG00000037069) DR1 (ENSCPOG00000033199) FNBP1L (ENSCPOG00000005155) BCAR3 (ENSCPOG00000005604) ENSCPOG00000031630 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000163522.A ENSGT00940000162370 ENSGT00940000162684 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468.l.b.b ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Degu MODERN SPECIES 115 ENSODEG00000006466 BARHL2 (ENSODEG00000006385) ENSODEG00000005537 ENSODEG00000019117 ZNF644 (ENSODEG00000007732) ENSODEG00000007680 ENSODEG00000007491 ENSODEG00000006243 CDC7 (ENSODEG00000007352) TGFBR3 (ENSODEG00000005656) ENSODEG00000019153 ENSODEG00000005197 BRDT (ENSODEG00000006335) EPHX4 (ENSODEG00000005661) ENSODEG00000005277 ENSODEG00000007844 ##22 BTBD8 (ENSODEG00000006488) ENSODEG00000019394 C1orf146 (ENSODEG00000005893) GLMN (ENSODEG00000005188) ENSODEG00000004891 ENSODEG00000004664 ENSODEG00000006410 ENSODEG00000006057 ENSODEG00000005413 DIPK1A (ENSODEG00000006544) ENSODEG00000019282 MTF2 (ENSODEG00000005685) TMED5 (ENSODEG00000005461) ENSODEG00000004565 CCDC18 (ENSODEG00000005096) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468.l.a ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00390000016988.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468.l.a ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b Alpin marmot MODERN SPECIES 70 ENSMMMG00000024052 GBP6 (ENSMMMG00000024051) LRRC8B (ENSMMMG00000024050) LRRC8C (ENSMMMG00000024049) LRRC8D (ENSMMMG00000024047) ZNF326 (ENSMMMG00000024046) BARHL2 (ENSMMMG00000024045) ZNF644 (ENSMMMG00000024044) HFM1 (ENSMMMG00000024043) CDC7 (ENSMMMG00000024042) TGFBR3 (ENSMMMG00000024040) ENSMMMG00000024037 ENSMMMG00000024036 ENSMMMG00000024035 EPHX4 (ENSMMMG00000024034) ENSMMMG00000024033 ##22 BTBD8 (ENSMMMG00000024032) C1orf146 (ENSMMMG00000024030) GLMN (ENSMMMG00000024029) RPAP2 (ENSMMMG00000024024) GFI1 (ENSMMMG00000024023) EVI5 (ENSMMMG00000024020) ENSMMMG00000024016 DIPK1A (ENSMMMG00000024014) ENSMMMG00000024013 ENSMMMG00000024011 TMED5 (ENSMMMG00000024010) CCDC18 (ENSMMMG00000024006) ENSMMMG00000024004 DR1 (ENSMMMG00000024003) FNBP1L (ENSMMMG00000024001) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00390000016988.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468.l.a ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b Squirrel MODERN SPECIES 137 LRRC8C (ENSSTOG00000010193) LRRC8D (ENSSTOG00000005165) ZNF326 (ENSSTOG00000005176) BARHL2 (ENSSTOG00000025888) ZNF644 (ENSSTOG00000027631) ENSSTOG00000008477 CDC7 (ENSSTOG00000002130) TGFBR3 (ENSSTOG00000011061) ENSSTOG00000003060 EPHX4 (ENSSTOG00000022582) ENSSTOG00000012470 ##22 BTBD8 (ENSSTOG00000027118) C1orf146 (ENSSTOG00000012506) GLMN (ENSSTOG00000022944) ENSSTOG00000030075 GFI1 (ENSSTOG00000014583) EVI5 (ENSSTOG00000015190) ENSSTOG00000010256 DIPK1A (ENSSTOG00000023846) MTF2 (ENSSTOG00000000231) TMED5 (ENSSTOG00000028196) CCDC18 (ENSSTOG00000000234) DR1 (ENSSTOG00000014720) FNBP1L (ENSSTOG00000014723) ENSSTOG00000014735 DNTTIP2 (ENSSTOG00000027499) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00740000117159 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 114 ENSGT00940000154265 ENSGT00940000160703 ENSGT00940000159250 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a ENSGT00940000156233 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154382.a.b ENSGT00390000008285 ENSGT00390000018446 ENSGT00390000017965 ENSGT00940000156166.a ENSGT00940000153846.a.a ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ENSGT00390000006452.b.b ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000155468 ENSGT00940000153190.A ENSGT00550000075010 ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00510000048142 Elephant MODERN SPECIES 473 LRRC8C (ENSLAFG00000008397) LRRC8D (ENSLAFG00000006918) ZNF326 (ENSLAFG00000007871) BARHL2 (ENSLAFG00000004480) ZNF644 (ENSLAFG00000002148) ENSLAFG00000015903 ENSLAFG00000026572 CDC7 (ENSLAFG00000010296) ENSLAFG00000029473 ENSLAFG00000026439 ENSLAFG00000032517 TGFBR3 (ENSLAFG00000010015) ENSLAFG00000013971 EPHX4 (ENSLAFG00000008858) ENSLAFG00000029279 ENSLAFG00000008859 ##22 BTBD8 (ENSLAFG00000028932) GLMN (ENSLAFG00000007781) RPAP2 (ENSLAFG00000007789) GFI1 (ENSLAFG00000018346) EVI5 (ENSLAFG00000018348) ENSLAFG00000011916 DIPK1A (ENSLAFG00000001048) MTF2 (ENSLAFG00000015037) TMED5 (ENSLAFG00000009076) CCDC18 (ENSLAFG00000009687) DR1 (ENSLAFG00000017540) FNBP1L (ENSLAFG00000016688) BCAR3 (ENSLAFG00000005936) DNTTIP2 (ENSLAFG00000004636) GCLM (ENSLAFG00000013541) Tenrec MODERN SPECIES 3400 ENSETEG00000017845 ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00940000161315 ENSGT00940000172406 ENSGT00940000157439 ENSGT00940000166447 ENSGT00940000153704.B ENSGT00550000074898 ENSGT00940000155246 ENSGT00390000012679 ENSGT00940000160776 ENSGT00940000156314 ENSGT00940000159590 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152 ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT00390000000603 ENSGT00390000011219 ENSGT00940000154534.b.b ENSGT00390000000713 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000154152 ENSGT00940000160113 ENSGT00390000017856.b ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000161434 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 686 ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00940000164729.b ENSGT00940000164729.a.a ENSGT00940000153840.a.a.a.b ENSGT00940000162213 ENSGT00440000033919 ENSGT00940000165499.a ENSGT00550000074898 ENSGT00940000156314.a ENSGT00940000160279 ENSGT00940000175578 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000164729.b ENSGT01030000234627.a.a.d.b ENSGT00940000164067.A ENSGT01030000235009 ENSGT01090000260030.a.b.b.b ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.x ENSGT00390000015789 ENSGT00940000156395.f ENSGT00940000155557.jc.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT01030000234627.a.a.d.b ENSGT00940000164067.A ENSGT01030000235009 ENSGT01090000260030.a.b.b.b ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.w ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.x ENSGT00390000015789 ENSGT00940000156395.f ENSGT00940000155557.jc.a ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Atlantic herring MODERN SPECIES ENSCHAG00000009745 eps8l1a (ENSCHAG00000009860) ENSCHAG00000009982 ENSCHAG00000010033 ENSCHAG00000010106 ENSCHAG00000010475 ENSCHAG00000010718 ENSCHAG00000010960 ENSCHAG00000010973 ENSCHAG00000011156 pdk2b (ENSCHAG00000011260) TBKBP1 (ENSCHAG00000011348) OSBPL7 (ENSCHAG00000011405) prr15la (ENSCHAG00000011558) copz2 (ENSCHAG00000011583) nfe2l1a (ENSCHAG00000011681) ##22 cbx1a (ENSCHAG00000011737) hoxb1a (ENSCHAG00000011778) hoxb2a (ENSCHAG00000011811) hoxb3a (ENSCHAG00000011846) hoxb4a (ENSCHAG00000011877) hoxb5a (ENSCHAG00000011908) hoxb6a (ENSCHAG00000011924) hoxb7a (ENSCHAG00000011939) hoxb8a (ENSCHAG00000011949) hoxb9a (ENSCHAG00000011972) ENSCHAG00000011977 hoxb13a (ENSCHAG00000011984) eve1 (ENSCHAG00000012005) ttll6 (ENSCHAG00000012024) atp5mc1 (ENSCHAG00000012097) Denticle herring MODERN SPECIES 17 ENSDCDG00000019296 stx1b (ENSDCDG00000019314) ENSDCDG00000019910 si:dkeyp-113d7.1 (ENSDCDG00000019912) krtt1c19e (ENSDCDG00000019925) ENSDCDG00000020275 krt91 (ENSDCDG00000020639) eif1 (ENSDCDG00000020640) JUP (ENSDCDG00000020697) wipf2b (ENSDCDG00000022755) pdk2b (ENSDCDG00000022777) TBKBP1 (ENSDCDG00000023381) ENSDCDG00000023398 prr15la (ENSDCDG00000023656) copz2 (ENSDCDG00000023665) nfe2l1a (ENSDCDG00000023673) ##22 cbx1a (ENSDCDG00000023683) hoxb1a (ENSDCDG00000023691) hoxb2a (ENSDCDG00000023696) hoxb3a (ENSDCDG00000023705) hoxb4a (ENSDCDG00000023723) hoxb5a (ENSDCDG00000023726) hoxb6a (ENSDCDG00000023730) hoxb7a (ENSDCDG00000023736) hoxb8a (ENSDCDG00000023738) hoxb9a (ENSDCDG00000023741) hoxb13a (ENSDCDG00000023744) eve1 (ENSDCDG00000023747) atp5mc1 (ENSDCDG00000023750) ube2z (ENSDCDG00000023849) igf2bp1 (ENSDCDG00000023853) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000153560.b.b.b.g ENSGT00940000159653.g.a ENSGT00940000178227.a ENSGT00940000157367.a.a ENSGT01030000234578.A.b.b ENSGT00950000183122.C ENSGT00940000162556.D.a ENSGT00940000166816 ENSGT00530000063801.a.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00750000118756.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161103.a ENSGT00390000008969 ENSGT00940000161265.e.a.a ENSGT01060000248591.a.a.a.b.a ENSGT00940000153560.b.b.b.g ENSGT00940000159653.g.a ENSGT00940000178227.a ENSGT00940000157367.a.a ENSGT01030000234578.A.b.b ENSGT00950000183122.C ENSGT00940000162556.D.a ENSGT00940000166816 ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00750000118756.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Channel catfish MODERN SPECIES 11 ENSIPUG00000002029 ENSIPUG00000002035 mvp (ENSIPUG00000002045) dnal4a (ENSIPUG00000002099) ENSIPUG00000002107 ENSIPUG00000002113 ENSIPUG00000002119 pvalb7 (ENSIPUG00000002145) ENSIPUG00000002159 PDGFB (ENSIPUG00000002192) tmem150b (ENSIPUG00000002228) ADSL (ENSIPUG00000002270) ENSIPUG00000002327 prr15la (ENSIPUG00000002338) COPZ1 (ENSIPUG00000002355) nfe2l1a (ENSIPUG00000002401) ##22 cbx1a (ENSIPUG00000002405) hoxb1a (ENSIPUG00000002421) hoxb2 (ENSIPUG00000002425) hoxb3a (ENSIPUG00000002427) hoxb4 (ENSIPUG00000002433) hoxb5a (ENSIPUG00000002437) hoxb6a (ENSIPUG00000002440) hoxb7-a (ENSIPUG00000002446) hoxb8a (ENSIPUG00000002469) hoxb9 (ENSIPUG00000002484) hoxb13a (ENSIPUG00000002487) eve1 (ENSIPUG00000002492) ATP5G2 (ENSIPUG00000002509) ube2z (ENSIPUG00000002542) igf2bp1 (ENSIPUG00000002561) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000008969 ENSGT00940000161265.e.a.a ENSGT01060000248591.a.a.a.b.a ENSGT00940000154405.a.a ENSGT00940000153560.b.b.b.g ENSGT00940000159653.g.a ENSGT00940000178227.a ENSGT00940000157367.a.a ENSGT01030000234578.A.b.b ENSGT00950000183122.C ENSGT00940000162556.D.a ENSGT00940000166816 ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00750000118756.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Electric eel MODERN SPECIES 26 ENSEEEG00000002879 mvp (ENSEEEG00000002941) ENSEEEG00000003807 dnal4a (ENSEEEG00000003810) ENSEEEG00000003812 CBX6 (ENSEEEG00000003814) pvalb6 (ENSEEEG00000003816) csf2rb (ENSEEEG00000003819) ENSEEEG00000003824 tmem150b (ENSEEEG00000003830) adsl (ENSEEEG00000003851) ENSEEEG00000003946 ENSEEEG00000003947 prr15la (ENSEEEG00000003950) copz2 (ENSEEEG00000003954) nfe2l1a (ENSEEEG00000003956) ##22 cbx1a (ENSEEEG00000003957) hoxb1a (ENSEEEG00000003958) hoxb2a (ENSEEEG00000003959) hoxb3a (ENSEEEG00000003961) hoxb4a (ENSEEEG00000003963) hoxb5a (ENSEEEG00000003969) hoxb6a (ENSEEEG00000003973) hoxb7a (ENSEEEG00000003976) hoxb8a (ENSEEEG00000003979) hoxb9a (ENSEEEG00000003980) hoxb10a (ENSEEEG00000003982) hoxb13a (ENSEEEG00000003985) eve1 (ENSEEEG00000003988) ENSEEEG00000003989 atp5mc1 (ENSEEEG00000003992) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000174861 ENSGT00940000161103.a ENSGT00390000008969 ENSGT00940000161265.e.a.a ENSGT01060000248591.a.a.a.b.a ENSGT00940000153560.b.b.b.g ENSGT00940000159653.g.a ENSGT00940000178227.a ENSGT00940000157367.a.a ENSGT01030000234578.A.b.b ENSGT00950000183122.C ENSGT00940000166816 ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00750000118756.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000154957.A Red-bellied piranha MODERN SPECIES 12 ENSPNAG00000003259 mvp (ENSPNAG00000004713) dnal4a (ENSPNAG00000014898) ENSPNAG00000014911 CBX6 (ENSPNAG00000014919) ENSPNAG00000014949 pvalb6 (ENSPNAG00000014970) ENSPNAG00000015012 ENSPNAG00000015029 tmem150b (ENSPNAG00000015100) adsl (ENSPNAG00000015193) ENSPNAG00000007053 prr15la (ENSPNAG00000015234) ENSPNAG00000015260 copz2 (ENSPNAG00000015344) nfe2l1a (ENSPNAG00000015355) ##22 cbx1a (ENSPNAG00000015386) hoxb1a (ENSPNAG00000015431) hoxb2a (ENSPNAG00000015444) hoxb3a (ENSPNAG00000015463) hoxb4a (ENSPNAG00000015473) hoxb5a (ENSPNAG00000015488) hoxb6a (ENSPNAG00000015499) hoxb7a (ENSPNAG00000015508) hoxb8a (ENSPNAG00000015517) hoxb9a (ENSPNAG00000015522) ENSPNAG00000015531 hoxb13a (ENSPNAG00000015539) eve1 (ENSPNAG00000015546) ATP5MC1 (ENSPNAG00000015689) ube2z (ENSPNAG00000015749) Mexicana tetra MODERN SPECIES 143 ENSAMXG00000029031 mvp (ENSAMXG00000039149) dnal4a (ENSAMXG00000039111) ENSAMXG00000033964 ENSAMXG00000031801 ENSAMXG00000032398 pvalb6 (ENSAMXG00000040987) ENSAMXG00000044079 ENSAMXG00000041936 tmem150b (ENSAMXG00000040509) adsl (ENSAMXG00000041444) ENSAMXG00000002620 ENSAMXG00000035669 prr15la (ENSAMXG00000025774) copz2 (ENSAMXG00000042171) nfe2l1a (ENSAMXG00000030680) ##22 cbx1a (ENSAMXG00000037761) eve1 (ENSAMXG00000033002) hoxb1a (ENSAMXG00000042720) hoxb2a (ENSAMXG00000016026) hoxb3a (ENSAMXG00000041474) hoxb4a (ENSAMXG00000015999) hoxb5a (ENSAMXG00000030695) hoxb6a (ENSAMXG00000029976) hoxb7a (ENSAMXG00000043718) hoxb8a (ENSAMXG00000037495) hoxb9a (ENSAMXG00000029493) hoxb13a (ENSAMXG00000015950) atp5mc1 (ENSAMXG00000015927) ube2z (ENSAMXG00000040778) igf2bp1 (ENSAMXG00000015877) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT00940000153560.b.b.b.g ENSGT00940000159653.g.a ENSGT00510000049239.b.a ENSGT00940000157367.a.a ENSGT01030000234578.A.b.b ENSGT00950000183122.C ENSGT00940000166816 ENSGT00530000063801.a.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00750000118756.b ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529.u.a ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000166816.e ENSGT00530000063801.a.b.a ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00750000118756.b ENSGT00390000004405.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856.b ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774.mc ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108.d ENSGT00940000161230.b ENSGT00940000161529.u.a.a.a ENSGT00940000161386.h ENSGT00940000163268.e.b.b ENSGT00940000159029.i ENSGT00940000167564.g ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091.c Goldfish MODERN SPECIES 20 ENSCARG00000020914 ENSCARG00000020861 dnal4a (ENSCARG00000020846) ENSCARG00000020843 CBX6 (ENSCARG00000020839) ENSCARG00000020833 pvalb6 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ENSGT00940000166816.f ENSGT00530000063801.a.b.b ENSGT00940000154534.b.a.d ENSGT00750000118756.b ENSGT00390000004405.b.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000154152.b.a.c ENSGT00940000166856.b ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774.mc ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108.d ENSGT00940000161230.b ENSGT00940000161529.u.a.a.a ENSGT00940000161386.h ENSGT00940000163268.e.b.b ENSGT00940000159029.i ENSGT00940000167564.g ENSGT00940000157981.a.b.a ENSGT00940000159091.c Common carp reference MODERN SPECIES 1 ENSCCRG00000014112 ENSCCRG00000063988 ENSCCRG00000053941 ENSCCRG00000068136 ENSCCRG00000063010 pvalb6 (ENSCCRG00000038877) ENSCCRG00000053833 ENSCCRG00000038855 tmem150b (ENSCCRG00000025891) adsl (ENSCCRG00000061486) ENSCCRG00000072081 atf4b (ENSCCRG00000038832) prr15la (ENSCCRG00000077573) ENSCCRG00000074161 copz2 (ENSCCRG00000038644) nfe2l1a (ENSCCRG00000038632) ##22 cbx1a (ENSCCRG00000073491) hoxb1a (ENSCCRG00000062567) hoxb2a (ENSCCRG00000075376) 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ENSGT00390000004405.b.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a.d ENSGT00940000166856.a ENSGT00940000159774.lc ENSGT00940000161108.c ENSGT00940000161230.a ENSGT00940000161529.u.a.b ENSGT00940000161529.u.a.a.b ENSGT00940000161386.g ENSGT00940000163268.e.b.a ENSGT00940000159029.j ENSGT00940000167564.h ENSGT00940000157981.a.b.b ENSGT00940000159091.d ENSGT00940000154957.A.g ENSGT00940000160548.g Common carp reference MODERN SPECIES 3 ENSCCRG00000000373 ENSCCRG00000000363 ENSCCRG00000037000 ENSCCRG00000063554 pvalb6 (ENSCCRG00000012986) csf2rb (ENSCCRG00000024018) ENSCCRG00000078838 csf2rb (ENSCCRG00000038862) ENSCCRG00000055397 ENSCCRG00000064343 tmem150b (ENSCCRG00000028470) ENSCCRG00000038834 atf4b (ENSCCRG00000038852) prr15la (ENSCCRG00000072432) copz2 (ENSCCRG00000023103) nfe2l1a (ENSCCRG00000065851) ##22 cbx1a (ENSCCRG00000055885) hoxb1a (ENSCCRG00000074754) hoxb5a (ENSCCRG00000014717) hoxb6a (ENSCCRG00000014689) hoxb8a (ENSCCRG00000060406) hoxb9a 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(ENSDARG00000029215) Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 142 ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000158354.d ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000165576.a.b ENSGT00950000183145.A.b.a ENSGT00940000154360.B ENSGT00940000153653.a.a ENSGT00390000017328.a.a ENSGT00940000158833.a.a ENSGT00940000156584.e.b ENSGT01100000263525.b.a ENSGT00390000006679.b ENSGT00390000005602 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000153704.B.d ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000154957.A ENSGT00990000204190 ENSGT00940000160548 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 250 ENSGT00950000183145.A.b.a ENSGT00940000154360.B.a ENSGT00940000153653.a.a.p ENSGT00390000017328.a.a ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00390000006679.b.k ENSGT00390000005602 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00940000153704.B.d.a ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a ENSGT00390000004405.b.d.b.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##22 ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000155029.c.b.d ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000158354.d.f ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000159091.b Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT00940000165576.a.b.e.b ENSGT00950000183145.A.b.a ENSGT00940000154360.B.a ENSGT00940000153653.a.a.p ENSGT00390000017328.a.a.k ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00390000006679.b.k ENSGT00390000005602 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00940000153704.B.d.a ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##22 ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000155029.c.b.d ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000158354.d.f ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000159091.b Salmo ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000165576.a.b.e.b ENSGT00950000183145.A.b.a ENSGT00940000154360.B.a ENSGT00940000153653.a.a.p ENSGT00390000017328.a.a.k ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00390000006679.b.k ENSGT00390000005602 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00940000153704.B.d.a ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00390000004405.b.d.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##22 ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000155029.c.b.d ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000159091.b ENSGT00940000154957.A.d Atlantic salmon MODERN SPECIES 25 rarab (ENSSSAG00000006917) ENSSSAG00000006868 ENSSSAG00000106413 ENSSSAG00000006800 ENSSSAG00000109332 ENSSSAG00000003643 col1a1a (ENSSSAG00000006686) ENSSSAG00000006663 ENSSSAG00000003876 nags (ENSSSAG00000006619) ENSSSAG00000006444 ENSSSAG00000006408 ENSSSAG00000006340 prr15la (ENSSSAG00000109223) copz2 (ENSSSAG00000004196) nfe2l1a (ENSSSAG00000006129) ##22 cbx1a (ENSSSAG00000004291) hoxb1ab (ENSSSAG00000006062) hoxb3a (ENSSSAG00000090720) hoxb4ab (ENSSSAG00000005995) hoxb6ab (ENSSSAG00000005990) hoxb7ab (ENSSSAG00000005981) hoxb8ab (ENSSSAG00000005971) hoxb9ab (ENSSSAG00000004490) ENSSSAG00000005961 hoxb13ab (ENSSSAG00000005954) eve1 (ENSSSAG00000005948) atp5mc1 (ENSSSAG00000005941) ube2z (ENSSSAG00000005933) igf2bp1 (ENSSSAG00000003448) ENSSSAG00000003161 River trout MODERN SPECIES ENSSTUG00000013756 ENSSTUG00000013769 psmd3 (ENSSTUG00000013778) ENSSTUG00000013831 PPP1R9B (ENSSTUG00000013838) col1a1a (ENSSTUG00000013912) ENSSTUG00000013943 ENSSTUG00000013948 nags (ENSSTUG00000000237) pdk2b (ENSSTUG00000000275) TBKBP1 (ENSSTUG00000000547) ENSSTUG00000000562 prr15la (ENSSTUG00000000579) ENSSTUG00000000582 copz2 (ENSSTUG00000000592) nfe2l1a (ENSSTUG00000000656) ##22 cbx1a (ENSSTUG00000000662) hoxb1a (ENSSTUG00000000668) hoxb2a (ENSSTUG00000000670) hoxb3a (ENSSTUG00000000672) hoxb4a (ENSSTUG00000000676) hoxb6a (ENSSTUG00000000682) hoxb7a (ENSSTUG00000000685) hoxb8a (ENSSTUG00000000686) hoxb9a (ENSSTUG00000000690) ENSSTUG00000000695 hoxb13a (ENSSTUG00000000696) eve1 (ENSSTUG00000000697) atp5mc1 (ENSSTUG00000000702) ube2z (ENSSTUG00000000705) igf2bp1 (ENSSTUG00000000765) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT01050000245366.b ENSGT00940000165576.a.b.e.b ENSGT00950000183145.A.b.a ENSGT00940000154360.B.a ENSGT00940000153653.a.a.p ENSGT00390000017328.a.a.k ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00390000006679.b.k ENSGT00390000005602 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##22 ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000155029.c.b.d ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000158354.d.f ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000159091.b Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT01050000245366.b ENSGT00940000165576.a.b.e.b ENSGT00950000183145.A.b.a ENSGT00940000154360.B.a ENSGT00940000153653.a.a.p ENSGT00390000017328.a.a.k ENSGT00940000158833.a.a.d ENSGT00940000156584.e.b.d.b ENSGT01100000263525.b.a.k ENSGT00390000006679.b.k ENSGT00390000005602 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f ENSGT00940000157439.a.d ENSGT00940000154534.b.a.i ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##22 ENSGT00940000154152.b.a.a ENSGT00940000166856.k ENSGT00940000155029.c.b.d ENSGT00940000159774.c.b ENSGT00940000162072.a ENSGT00940000158354.d.f ENSGT00940000161108.e.b ENSGT00940000161230.c ENSGT00940000161529.w.b ENSGT00940000161386.d ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029.d ENSGT00940000167564.b ENSGT00940000157981.a.b.f ENSGT00940000159091.b Coho salmon MODERN SPECIES 1 ENSOKIG00005007283 rarab (ENSOKIG00005007304) ENSOKIG00005007652 ENSOKIG00005007707 psmd3 (ENSOKIG00005007721) ENSOKIG00005007804 PPP1R9B (ENSOKIG00005007824) col1a1a (ENSOKIG00005007949) ENSOKIG00005008117 ENSOKIG00005008125 nags (ENSOKIG00005008137) PDK2 (ENSOKIG00005008185) ENSOKIG00005008464 prr15la (ENSOKIG00005008658) copz2 (ENSOKIG00005008689) nfe2l1a (ENSOKIG00005008857) ##22 cbx1a (ENSOKIG00005008868) hoxb1a (ENSOKIG00005008918) hoxb2a (ENSOKIG00005008923) hoxb3a (ENSOKIG00005008933) hoxb4a (ENSOKIG00005008942) hoxb5a (ENSOKIG00005008959) hoxb6a (ENSOKIG00005008972) hoxb7a (ENSOKIG00005008982) hoxb8a (ENSOKIG00005008994) hoxb9a (ENSOKIG00005009004) ENSOKIG00005009013 hoxb13a (ENSOKIG00005009014) eve1 (ENSOKIG00005009021) atp5mc1 (ENSOKIG00005009030) ube2z (ENSOKIG00005009047) Chinook salmon MODERN SPECIES 19 ENSOTSG00005038289 rarab (ENSOTSG00005038295) ENSOTSG00005038323 ENSOTSG00005038324 psmd3 (ENSOTSG00005038327) ENSOTSG00005038347 PPP1R9B (ENSOTSG00005038348) col1a1a (ENSOTSG00005038360) ENSOTSG00005038366 ENSOTSG00005038368 nags (ENSOTSG00005038371) pdk2b (ENSOTSG00005038384) ENSOTSG00005039805 prr15la (ENSOTSG00005039810) copz2 (ENSOTSG00005039812) nfe2l1a (ENSOTSG00005039819) ##22 cbx1a (ENSOTSG00005039820) hoxb1a (ENSOTSG00005039822) hoxb2a (ENSOTSG00005039823) hoxb3a (ENSOTSG00005039825) hoxb4a (ENSOTSG00005039826) hoxb5a (ENSOTSG00005039828) hoxb6a (ENSOTSG00005015571) hoxb7a (ENSOTSG00005015578) hoxb8a (ENSOTSG00005015581) hoxb9a (ENSOTSG00005015587) ENSOTSG00005015589 hoxb13a (ENSOTSG00005015615) eve1 (ENSOTSG00005015618) atp5mc1 (ENSOTSG00005015620) ube2z (ENSOTSG00005015622) Rainbow trout MODERN SPECIES 4 ENSOMYG00000076957 ENSOMYG00000041126 ENSOMYG00000041133 ENSOMYG00000041141 csf-3 (ENSOMYG00000041149) ENSOMYG00000041182 col1a1a (ENSOMYG00000041314) ENSOMYG00000048632 ENSOMYG00000041320 nags (ENSOMYG00000041323) ENSOMYG00000041374 ENSOMYG00000041335 ENSOMYG00000077846 prr15la (ENSOMYG00000041419) copz2 (ENSOMYG00000003419) nfe2l1a (ENSOMYG00000003587) ##22 cbx1a (ENSOMYG00000003629) hoxb1a (ENSOMYG00000003653) hoxb2a (ENSOMYG00000003669) HOXB3 (ENSOMYG00000003686) hoxb4a (ENSOMYG00000003730) hoxb5a (ENSOMYG00000003711) hoxb6a (ENSOMYG00000003769) hoxb7a (ENSOMYG00000003792) hoxb8a (ENSOMYG00000003809) hoxb9a (ENSOMYG00000003826) hoxb10a (ENSOMYG00000003832) hoxb13a (ENSOMYG00000003865) eve1 (ENSOMYG00000003885) ENSOMYG00000077801 atp5mc1 (ENSOMYG00000003918) Huchen MODERN SPECIES 297 MYLK (ENSHHUG00000010728) ENSHHUG00000010977 ENSHHUG00000010984 psmd3 (ENSHHUG00000010997) ENSHHUG00000011039 PPP1R9B (ENSHHUG00000011053) col1a1a (ENSHHUG00000011137) ENSHHUG00000011194 nags (ENSHHUG00000011200) pdk2b (ENSHHUG00000011222) TBKBP1 (ENSHHUG00000011258) ENSHHUG00000011279 prr15la (ENSHHUG00000011422) ENSHHUG00000011447 copz2 (ENSHHUG00000011449) nfe2l1a (ENSHHUG00000011485) ##22 cbx1a (ENSHHUG00000011492) hoxb1a (ENSHHUG00000011502) hoxb2a (ENSHHUG00000011514) hoxb3a (ENSHHUG00000011566) hoxb4a (ENSHHUG00000011590) hoxb5a (ENSHHUG00000011602) hoxb6a (ENSHHUG00000011606) hoxb7a (ENSHHUG00000011624) hoxb8a (ENSHHUG00000011631) hoxb9a (ENSHHUG00000011642) hoxb10a (ENSHHUG00000011647) hoxb13a (ENSHHUG00000011649) eve1 (ENSHHUG00000011682) ENSHHUG00000011684 ENSHHUG00000011692 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 917 ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000154534.b.a.j ENSGT00390000004405.b.c ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##22 ENSGT00940000154152.b.a.b Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00950000183145.A.a.n ENSGT00940000154360.B.b ENSGT00940000153653.a.a.o ENSGT00390000017328.a.a.l ENSGT00940000175578.a.b.b ENSGT00940000175578.a.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000156584.e.b.d.a ENSGT01100000263525.b.a.l ENSGT00390000006679.b.l ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000154534.b.a.j ENSGT00390000004405.b.c ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##22 ENSGT00940000154152.b.a.b ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000155029.c.b.c ENSGT00940000159774.c.a ENSGT00940000162072.b ENSGT00940000158354.d.e ENSGT00940000161108.e.a ENSGT00940000161230.d ENSGT00940000161529.w.a ENSGT00940000161386.c ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000159029.c ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000159091.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000165576.a.b.e.a ENSGT00950000183145.A.a.n ENSGT00940000154360.B.b ENSGT00940000153653.a.a.o ENSGT00940000175578.a.b.b ENSGT00940000175578.a.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000156584.e.b.d.a ENSGT01100000263525.b.a.l ENSGT00390000006679.b.l ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e ENSGT00940000153704.B.d.b.b ENSGT00940000157439.a.c ENSGT00940000154534.b.a.j ENSGT00390000004405.b.c ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##22 ENSGT00940000154152.b.a.b ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000155029.c.b.c ENSGT00940000159774.c.a ENSGT00940000162072.b ENSGT00940000158354.d.e ENSGT00940000161108.e.a ENSGT00940000161230.d ENSGT00940000161529.w.a ENSGT00940000161386.c ENSGT00940000158266.g.a ENSGT00940000159029.c ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000159091.a Atlantic salmon MODERN SPECIES 22 ENSSSAG00000115730 psd3 (ENSSSAG00000003553) ENSSSAG00000096416 ENSSSAG00000003600 ENSSSAG00000109575 ENSSSAG00000006759 ENSSSAG00000003820 ENSSSAG00000085080 ENSSSAG00000089054 ENSSSAG00000003916 ENSSSAG00000097020 ENSSSAG00000002431 ENSSSAG00000004103 prr15la (ENSSSAG00000109719) copz2 (ENSSSAG00000096429) nfe2l1a (ENSSSAG00000004277) ##22 cbx1a (ENSSSAG00000091490) hoxb1aa (ENSSSAG00000004337) hoxb2a (ENSSSAG00000111200) hoxb3a (ENSSSAG00000004371) hoxb5a (ENSSSAG00000004441) hxb7a (ENSSSAG00000004471) HoxB9aa (ENSSSAG00000121194) ENSSSAG00000004507 hoxb13aa (ENSSSAG00000004515) eve1 (ENSSSAG00000004524) ENSSSAG00000004542 ube2z (ENSSSAG00000004597) igf2bp1 (ENSSSAG00000004886) ENSSSAG00000007818 nr1d1 (ENSSSAG00000007825) River trout MODERN SPECIES 25 ENSSTUG00000042628 ENSSTUG00000042670 psmd3 (ENSSTUG00000042696) ENSSTUG00000042917 ENSSTUG00000042925 PPP1R9B (ENSSTUG00000042964) col1a1a (ENSSTUG00000043409) ENSSTUG00000043642 ENSSTUG00000043649 nags (ENSSTUG00000043665) pdk2b (ENSSTUG00000043683) OSBPL7 (ENSSTUG00000043790) prr15la (ENSSTUG00000043845) ENSSTUG00000043849 copz2 (ENSSTUG00000043854) nfe2l1a (ENSSTUG00000043916) ##22 cbx1a (ENSSTUG00000043925) hoxb1a (ENSSTUG00000043969) hoxb2a (ENSSTUG00000043971) hoxb3a (ENSSTUG00000043976) hoxb4a (ENSSTUG00000043991) hoxb5a (ENSSTUG00000043999) hoxb6a (ENSSTUG00000044003) hoxb7a (ENSSTUG00000044016) hoxb8a (ENSSTUG00000044019) hoxb9a (ENSSTUG00000044028) ENSSTUG00000044034 hoxb13a (ENSSTUG00000044039) eve1 (ENSSTUG00000044042) atp5mc1 (ENSSTUG00000044047) ube2z (ENSSTUG00000044068) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000165576.a.b.e.a ENSGT00950000183145.A.a.m.b ENSGT00940000154360.B.b ENSGT00940000153653.a.a.o ENSGT00390000017328.a.a.l ENSGT00940000175578.a.a ENSGT00940000158833.a.a.c ENSGT00940000156584.e.b.d.a 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ENSGT00390000004405.b.d.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##22 ENSGT00940000154152.b.a.b ENSGT00940000166856.l ENSGT00940000155029.c.b.c ENSGT00940000159774.c.a ENSGT00940000162072.b ENSGT00940000158354.d.e ENSGT00940000161230.d ENSGT00940000161529.w.a ENSGT00940000161386.c ENSGT00940000158266.g.b ENSGT00940000159029.c ENSGT00940000167564.a ENSGT00940000157981.a.b.e ENSGT00940000159091.a ENSGT00940000154957.A.c Coho salmon MODERN SPECIES 26 rarab (ENSOKIG00005001924) ENSOKIG00005002125 ENSOKIG00005002162 ENSOKIG00005002185 ENSOKIG00005002224 ENSOKIG00005002298 ENSOKIG00005002309 PPP1R9B (ENSOKIG00005002344) col1a1a (ENSOKIG00005002517) ENSOKIG00005002573 ENSOKIG00005002598 pdk2b (ENSOKIG00005002702) ENSOKIG00005002828 prr15la (ENSOKIG00005002918) copz2 (ENSOKIG00005002937) nfe2l1a (ENSOKIG00005002972) ##22 ENSOKIG00005002979 cbx1a (ENSOKIG00005002994) hoxb1a (ENSOKIG00005003017) hoxb2a (ENSOKIG00005003020) HOXB3 (ENSOKIG00005003027) hoxb4a (ENSOKIG00005003033) hoxb5a 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(ENSOTSG00005011388) igf2bp1 (ENSOTSG00005011396) ENSOTSG00005011821 Rainbow trout MODERN SPECIES 3 ENSOMYG00000020492 ENSOMYG00000020511 ENSOMYG00000020541 ENSOMYG00000020551 col1a1 (ENSOMYG00000020647) ENSOMYG00000055072 ENSOMYG00000021024 ENSOMYG00000055738 ENSOMYG00000052424 ENSOMYG00000021069 ENSOMYG00000077184 ENSOMYG00000021165 ENSOMYG00000059908 prr15la (ENSOMYG00000021184) copz2 (ENSOMYG00000021226) nfe2l1a (ENSOMYG00000021257) ##22 cbx1a (ENSOMYG00000021278) hoxb1a (ENSOMYG00000021300) hoxb2a (ENSOMYG00000021339) HOXB3 (ENSOMYG00000021314) hoxb4a (ENSOMYG00000021348) hoxb5a (ENSOMYG00000021351) hoxb6a (ENSOMYG00000021357) hoxb7a (ENSOMYG00000021367) hoxb8a (ENSOMYG00000055816) hoxb9a (ENSOMYG00000021396) ENSOMYG00000021407 hoxb13a (ENSOMYG00000021419) eve1 (ENSOMYG00000073254) atp5mc1 (ENSOMYG00000021454) ube2z (ENSOMYG00000021520) Huchen MODERN SPECIES 894 copz2 (ENSHHUG00000029680) nfe2l1a (ENSHHUG00000029715) ##22 cbx1a (ENSHHUG00000029724) hoxb1a (ENSHHUG00000029792) hoxb2a (ENSHHUG00000029798) hoxb3a (ENSHHUG00000029848) hoxb4a (ENSHHUG00000029850) hoxb6a (ENSHHUG00000029857) hoxb7a (ENSHHUG00000029868) hoxb8a (ENSHHUG00000029869) hoxb9a (ENSHHUG00000029874) ENSHHUG00000029882 hoxb13a (ENSHHUG00000029885) eve1 (ENSHHUG00000029891) Northern pike MODERN SPECIES 10 ENSELUG00000014026 ENSELUG00000031826 psmd3 (ENSELUG00000014100) ENSELUG00000032826 ENSELUG00000014127 PPP1R9B (ENSELUG00000014166) col1a1a (ENSELUG00000014218) ENSELUG00000014247 ENSELUG00000014268 nags (ENSELUG00000014289) pdk2b (ENSELUG00000014339) TBKBP1 (ENSELUG00000014401) ENSELUG00000014464 prr15la (ENSELUG00000014511) copz2 (ENSELUG00000014620) nfe2l1a (ENSELUG00000014683) ##22 cbx1a (ENSELUG00000014706) hoxb1a (ENSELUG00000033826) hoxb2a (ENSELUG00000014718) hoxb3a (ENSELUG00000014755) hoxb4a (ENSELUG00000034353) hoxb5a (ENSELUG00000033971) hoxb6a (ENSELUG00000034343) hoxb7 (ENSELUG00000014783) hoxb8a (ENSELUG00000014798) hoxb9a (ENSELUG00000014813) ENSELUG00000014819 hoxb13a (ENSELUG00000001314) eve1 (ENSELUG00000014847) atp5mc1 (ENSELUG00000014903) ube2z (ENSELUG00000014930) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 180 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 98 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000163268.e ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163009.a ENSGT01020000230389.a.a.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00910000147748 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00910000147748 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a Carangaria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d 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ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d Turbot MODERN SPECIES 10 ENSSMAG00000016651 ENSSMAG00000022627 ENSSMAG00000016598 ENSSMAG00000016576 dus1l (ENSSMAG00000016562) ENSSMAG00000016526 ENSSMAG00000016518 engase (ENSSMAG00000016499) scpep1 (ENSSMAG00000016480) coil (ENSSMAG00000016462) rab11fip4a (ENSSMAG00000016438) ENSSMAG00000016421 prr15la (ENSSMAG00000016414) copz2 (ENSSMAG00000016368) ENSSMAG00000016346 nfe2l1a (ENSSMAG00000016270) ##22 CBX1 (ENSSMAG00000016205) hoxb1a (ENSSMAG00000025836) hoxb2a (ENSSMAG00000016195) hoxb4a (ENSSMAG00000016160) hoxb3a (ENSSMAG00000016177) HOXB5 (ENSSMAG00000028467) ENSSMAG00000023799 hoxb8a (ENSSMAG00000016133) hoxb9a (ENSSMAG00000033679) hoxb13a (ENSSMAG00000016117) eve1 (ENSSMAG00000016101) ube2z (ENSSMAG00000015917) ENSSMAG00000015802 ENSSMAG00000029714 ENSSMAG00000015690 Tongue sole MODERN SPECIES 8 ENSCSEG00000012343 aoc2 (ENSCSEG00000012374) ENSCSEG00000012404 ENSCSEG00000012407 ENSCSEG00000012411 ENSCSEG00000012414 ENSCSEG00000012418 kcnc3a (ENSCSEG00000012442) PDK2 (ENSCSEG00000012542) ENSCSEG00000012560 OSBPL7 (ENSCSEG00000012572) ube2z (ENSCSEG00000012583) atp5mc1 (ENSCSEG00000012587) copz2 (ENSCSEG00000012630) praf2 (ENSCSEG00000012654) nfe2l1a (ENSCSEG00000012657) ##22 CBX1 (ENSCSEG00000012663) ENSCSEG00000012670 hoxb1a (ENSCSEG00000012675) hoxb2a (ENSCSEG00000012699) hoxb3a (ENSCSEG00000012710) hoxb4a (ENSCSEG00000012720) ENSCSEG00000012724 hoxb8a (ENSCSEG00000012733) hoxb9a (ENSCSEG00000012735) eve1 (ENSCSEG00000012743) hoxb13a (ENSCSEG00000012749) ENSCSEG00000012766 zgc:158403 (ENSCSEG00000012776) tspan35 (ENSCSEG00000012782) ZNF653 (ENSCSEG00000012787) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a Barramundi perch MODERN SPECIES 247 rab11fip4a (ENSLCAG00010003575) igf2bp1 (ENSLCAG00010003597) prr15la (ENSLCAG00010003720) copz2 (ENSLCAG00010003729) praf2 (ENSLCAG00010003746) nfe2l1a (ENSLCAG00010003748) ##22 CBX1 (ENSLCAG00010003749) hoxb1a (ENSLCAG00010003751) hoxb2a (ENSLCAG00010003756) hoxb3a (ENSLCAG00010003753) hoxb4a (ENSLCAG00010003757) HOXB5 (ENSLCAG00010003760) ENSLCAG00010003761 hoxb7a (ENSLCAG00010003762) hoxb8a (ENSLCAG00010003765) hoxb9a (ENSLCAG00010003766) hoxb13a (ENSLCAG00010003768) eve1 (ENSLCAG00010003771) atp5mc1 (ENSLCAG00010003778) ube2z (ENSLCAG00010003789) ENSLCAG00010003797 Seriola ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Greater amberjack MODERN SPECIES 76 copz2 (ENSSDUG00000017241) praf2 (ENSSDUG00000017261) nfe2l1a (ENSSDUG00000017272) ##22 CBX1 (ENSSDUG00000017288) hoxb1a (ENSSDUG00000017299) hoxb2a (ENSSDUG00000017308) hoxb3a (ENSSDUG00000017326) hoxb4a (ENSSDUG00000017342) HOXB5 (ENSSDUG00000017363) ENSSDUG00000017386 hoxb7a (ENSSDUG00000017450) hoxb8a (ENSSDUG00000017453) hoxb9a (ENSSDUG00000017464) hoxb13a (ENSSDUG00000017483) eve1 (ENSSDUG00000017491) atp5mc1 (ENSSDUG00000017504) ube2z (ENSSDUG00000017511) ENSSDUG00000017552 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3120 ppp4cb (ENSSLDG00000011446) cln3 (ENSSLDG00000011485) ENSSLDG00000011525 dus1l (ENSSLDG00000011548) slc16a3b (ENSSLDG00000011588) CSNK1D (ENSSLDG00000011610) engase (ENSSLDG00000011662) scpep1 (ENSSLDG00000011722) coil (ENSSLDG00000011775) rab11fip4a (ENSSLDG00000011859) ENSSLDG00000011885 igf2bp1 (ENSSLDG00000011912) prr15la (ENSSLDG00000011950) copz2 (ENSSLDG00000011983) praf2 (ENSSLDG00000012050) nfe2l1a (ENSSLDG00000012067) ##22 CBX1 (ENSSLDG00000012082) hoxb1a (ENSSLDG00000012098) hoxb2a (ENSSLDG00000012140) hoxb3a (ENSSLDG00000012163) hoxb4a 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SPECIES 22 ENSMAMG00000001843 ENSMAMG00000001805 ENSMAMG00000001790 ENSMAMG00000001703 ENSMAMG00000024264 ENSMAMG00000001650 engase (ENSMAMG00000001590) scpep1 (ENSMAMG00000001609) coil (ENSMAMG00000001579) ENSMAMG00000001567 rab11fip4a (ENSMAMG00000001528) ENSMAMG00000001461 prr15la (ENSMAMG00000001444) copz2 (ENSMAMG00000001392) ENSMAMG00000001365 nfe2l1a (ENSMAMG00000001353) ##22 CBX1 (ENSMAMG00000024877) hoxb1a (ENSMAMG00000001283) hoxb2a (ENSMAMG00000001273) hoxb3a (ENSMAMG00000001254) hoxb4a (ENSMAMG00000025071) HOXB5 (ENSMAMG00000001208) ENSMAMG00000001180 hoxb8a (ENSMAMG00000001168) hoxb9a (ENSMAMG00000024808) hoxb13a (ENSMAMG00000001067) eve1 (ENSMAMG00000001056) atp5mc1 (ENSMAMG00000001045) ENSMAMG00000025952 ube2z (ENSMAMG00000026553) ENSMAMG00000000963 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT01020000230389.a.a.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a Climbing perch MODERN SPECIES 21 ENSATEG00000009102 ENSATEG00000009113 ENSATEG00000009121 ENSATEG00000009130 ENSATEG00000009144 ENSATEG00000009161 ENSATEG00000009179 engase (ENSATEG00000009211) scpep1 (ENSATEG00000009222) ENSATEG00000009248 rab11fip4a (ENSATEG00000009255) ENSATEG00000009316 prr15la (ENSATEG00000009361) copz2 (ENSATEG00000009370) ENSATEG00000029521 nfe2l1a (ENSATEG00000009395) ##22 CBX1 (ENSATEG00000009423) hoxb1a (ENSATEG00000009452) hoxb2a (ENSATEG00000009523) hoxb3a 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ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a ENSGT00940000153704.B.d Fugu MODERN SPECIES 17 ppp4cb (ENSTRUG00000011506) cln3 (ENSTRUG00000020567) ENSTRUG00000011393 dus1l (ENSTRUG00000011243) slc16a3b (ENSTRUG00000011141) csnk1db (ENSTRUG00000011074) engase (ENSTRUG00000010987) scpep1 (ENSTRUG00000010828) coil (ENSTRUG00000027855) rab11fip4a (ENSTRUG00000010508) ENSTRUG00000021403 igf2bp1 (ENSTRUG00000033287) prr15la 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(ENSTNIG00000003341) hoxb2a (ENSTNIG00000000338) hoxb3a (ENSTNIG00000010821) ENSTNIG00000001758 hoxb4a (ENSTNIG00000001757) HOXB5 (ENSTNIG00000000158) hoxb9a (ENSTNIG00000010822) hoxb13a (ENSTNIG00000000761) eve1 (ENSTNIG00000000716) atp5mc1 (ENSTNIG00000010823) ube2z (ENSTNIG00000010824) ENSTNIG00000010825 TBKBP1 (ENSTNIG00000010826) polr2f (ENSTNIG00000010827) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00910000147748 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b Ballan wrasse MODERN SPECIES 405 ENSLBEG00000021572 xylt2 (ENSLBEG00000021613) ENSLBEG00000021663 dus1l (ENSLBEG00000021685) slc16a3b (ENSLBEG00000021741) CSNK1D (ENSLBEG00000021767) engase (ENSLBEG00000021813) scpep1 (ENSLBEG00000021863) ENSLBEG00000021904 rab11fip4a (ENSLBEG00000021923) ENSLBEG00000021968 igf2bp1 (ENSLBEG00000022004) prr15la (ENSLBEG00000022066) copz2 (ENSLBEG00000022087) praf2 (ENSLBEG00000022119) nfe2l1a (ENSLBEG00000022139) ##22 CBX1 (ENSLBEG00000022167) ENSLBEG00000022207 ENSLBEG00000022228 hoxb1a (ENSLBEG00000022250) hoxb2a (ENSLBEG00000022320) hoxb3a (ENSLBEG00000022332) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00910000147748 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b Perciformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b.b.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155904 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT01020000230389.a.a.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b.b.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a Pike perch MODERN SPECIES 107 cln3 (ENSSLUG00000015043) ENSSLUG00000015032 dus1l (ENSSLUG00000014953) slc16a3b (ENSSLUG00000014935) csnk1db (ENSSLUG00000014906) engase (ENSSLUG00000014748) scpep1 (ENSSLUG00000014434) coil (ENSSLUG00000014372) rab11fip4a (ENSSLUG00000014326) ENSSLUG00000014292 igf2bp1 (ENSSLUG00000014270) ENSSLUG00000014263 prr15la (ENSSLUG00000014255) copz2 (ENSSLUG00000014240) praf2 (ENSSLUG00000014235) nfe2l1a (ENSSLUG00000014230) ##22 CBX1 (ENSSLUG00000014227) hoxb1a (ENSSLUG00000014182) hoxb2a (ENSSLUG00000014173) hoxb3a (ENSSLUG00000014170) hoxb4a (ENSSLUG00000014165) HOXB5 (ENSSLUG00000025807) ENSSLUG00000025803 hoxb7a (ENSSLUG00000025801) hoxb8a (ENSSLUG00000025797) hoxb9a (ENSSLUG00000025792) hoxb13a (ENSSLUG00000025791) eve1 (ENSSLUG00000025790) atp5mc1 (ENSSLUG00000025787) ube2z (ENSSLUG00000025783) ENSSLUG00000025782 Channel bull blenny MODERN SPECIES 22 CA10 (ENSCGOG00000021567) ENSCGOG00000021577 cln3 (ENSCGOG00000021587) ENSCGOG00000021607 dus1l (ENSCGOG00000021611) slc16a3b (ENSCGOG00000000465) ENSCGOG00000000521 engase (ENSCGOG00000000633) scpep1 (ENSCGOG00000000661) coil (ENSCGOG00000000688) rab11fip4a (ENSCGOG00000000701) igf2bp1 (ENSCGOG00000000719) prr15la (ENSCGOG00000000732) copz2 (ENSCGOG00000000733) praf2 (ENSCGOG00000000740) nfe2l1a (ENSCGOG00000000742) ##22 hoxb1a (ENSCGOG00000000745) hoxb2a (ENSCGOG00000000750) hoxb3a (ENSCGOG00000000749) hoxb4a (ENSCGOG00000000751) HOXB5 (ENSCGOG00000000752) ENSCGOG00000000754 hoxb7a (ENSCGOG00000000755) hoxb8a (ENSCGOG00000000757) hoxb9a (ENSCGOG00000000760) hoxb13a (ENSCGOG00000000761) eve1 (ENSCGOG00000000762) atp5mc1 (ENSCGOG00000000767) ube2z (ENSCGOG00000000775) ENSCGOG00000000829 ENSCGOG00000000864 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000183207.b ENSGT00950000183098.a.a ENSGT00940000164903.b ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b.b.a ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Lumpfish MODERN SPECIES 23 ENSCLMG00005019976 prmt1 (ENSCLMG00005019982) AP2A1 (ENSCLMG00005020070) ENSCLMG00005020219 rras (ENSCLMG00005020220) prrg2 (ENSCLMG00005020221) PRR12 (ENSCLMG00005020223) tspan4b (ENSCLMG00005020224) kcnc3a (ENSCLMG00005020226) pdk2b (ENSCLMG00005020254) ENSCLMG00005020411 ENSCLMG00005020412 prr15la (ENSCLMG00005020414) copz2 (ENSCLMG00005020417) praf2 (ENSCLMG00005020419) nfe2l1a (ENSCLMG00005020425) ##22 CBX1 (ENSCLMG00005020426) hoxb1a (ENSCLMG00005020435) hoxb2a (ENSCLMG00005020438) hoxb3a (ENSCLMG00005020439) hoxb6a (ENSCLMG00005004237) hoxb7a (ENSCLMG00005004242) hoxb8a (ENSCLMG00005004245) hoxb9a (ENSCLMG00005004249) hoxb13a (ENSCLMG00005004250) eve1 (ENSCLMG00005004254) atp5mc1 (ENSCLMG00005004257) ube2z (ENSCLMG00005004286) ENSCLMG00005004333 carm1 (ENSCLMG00005004546) si:ch211-286b5.5 (ENSCLMG00005005007) Stickleback MODERN SPECIES 10 nat15 (ENSGACG00000005871) carhsp1 (ENSGACG00000005857) PPP1R9B (ENSGACG00000005844) prpsap2 (ENSGACG00000005830) CASKIN1 (ENSGACG00000005822) traf7 (ENSGACG00000005811) rad23aa (ENSGACG00000005805) ENSGACG00000005803 aoc2 (ENSGACG00000005784) PSME3 (ENSGACG00000005761) kcnc3a (ENSGACG00000005755) PDK2 (ENSGACG00000005722) prr15la (ENSGACG00000005720) copz2 (ENSGACG00000005661) praf2 (ENSGACG00000005654) nfe2l1a (ENSGACG00000005644) ##22 CBX1 (ENSGACG00000005637) hoxb1a (ENSGACG00000005635) hoxb2a (ENSGACG00000005633) hoxb3a (ENSGACG00000005631) hoxb4a (ENSGACG00000005628) HOXB5 (ENSGACG00000005626) ENSGACG00000005623 ENSGACG00000005622 hoxb13a (ENSGACG00000005617) atp5mc1 (ENSGACG00000005605) ube2z (ENSGACG00000005589) ENSGACG00000005576 ENSGACG00000005568 carm1 (ENSGACG00000005531) si:ch211-286b5.5 (ENSGACG00000005522) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00910000147748 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000155904 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT01090000261037 ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 European seabass MODERN SPECIES 21 ENSDLAG00005025305 ENSDLAG00005025300 ENSDLAG00005025294 ENSDLAG00005025292 ENSDLAG00005025237 ENSDLAG00005025223 coil (ENSDLAG00005025126) scpep1 (ENSDLAG00005025129) ENSDLAG00005025089 ENSDLAG00005025081 ENSDLAG00005024705 ENSDLAG00005032726 ENSDLAG00005033002 ENSDLAG00005031095 copz2 (ENSDLAG00005024679) nfe2l1a (ENSDLAG00005024673) ##22 CBX1 (ENSDLAG00005030727) ENSDLAG00005033551 ENSDLAG00005024662 hoxb1a (ENSDLAG00005024658) hoxb2a (ENSDLAG00005027794) hoxb4a (ENSDLAG00005024639) HOXB5 (ENSDLAG00005024633) ENSDLAG00005029789 hoxb3a (ENSDLAG00005024643) hoxb7a (ENSDLAG00005030569) hoxb8a (ENSDLAG00005031830) hoxb13a (ENSDLAG00005029232) eve1 (ENSDLAG00005032886) atp5mc1 (ENSDLAG00005033252) ube2z (ENSDLAG00005024583) Large yellow croaker MODERN SPECIES 483 ENSLCRG00005005890 dus1l (ENSLCRG00005005896) slc16a3b (ENSLCRG00005005903) CSNK1D (ENSLCRG00005005907) engase (ENSLCRG00005006022) scpep1 (ENSLCRG00005006029) ENSLCRG00005006039 coil (ENSLCRG00005006040) rab11fip4a (ENSLCRG00005006046) ENSLCRG00005006069 igf2bp1 (ENSLCRG00005006089) ENSLCRG00005009385 prr15la (ENSLCRG00005009387) copz2 (ENSLCRG00005009391) praf2 (ENSLCRG00005009395) nfe2l1a (ENSLCRG00005009396) ##22 CBX1 (ENSLCRG00005009397) ENSLCRG00005009400 hoxb1a (ENSLCRG00005009402) hoxb2a (ENSLCRG00005009404) hoxb3a (ENSLCRG00005009406) hoxb4a (ENSLCRG00005009408) HOXB5 (ENSLCRG00005009410) ENSLCRG00005009412 hoxb7a (ENSLCRG00005009413) hoxb8a (ENSLCRG00005009416) hoxb9a (ENSLCRG00005009434) hoxb13a (ENSLCRG00005009437) eve1 (ENSLCRG00005009438) atp5mc1 (ENSLCRG00005009440) ube2z (ENSLCRG00005009442) Gilthead seabream MODERN SPECIES 15 engase (ENSSAUG00010005503) ENSSAUG00010005499 CSNK1D (ENSSAUG00010004970) slc16a3b (ENSSAUG00010004957) dus1l (ENSSAUG00010004941) ENSSAUG00010004930 cln3 (ENSSAUG00010004924) ppp4cb (ENSSAUG00010004908) aldh3b1 (ENSSAUG00010004557) rab11fip4a (ENSSAUG00010003756) ENSSAUG00010003727 igf2bp1 (ENSSAUG00010003494) prr15la (ENSSAUG00010003469) copz2 (ENSSAUG00010003464) praf2 (ENSSAUG00010003458) nfe2l1a (ENSSAUG00010003455) ##22 CBX1 (ENSSAUG00010003449) ENSSAUG00010003443 ENSSAUG00010003441 ENSSAUG00010003437 ENSSAUG00010003436 ENSSAUG00010003433 hoxb1a (ENSSAUG00010003422) hoxb2a (ENSSAUG00010003420) hoxb3a (ENSSAUG00010003419) hoxb4a (ENSSAUG00010003417) HOXB5 (ENSSAUG00010003414) ENSSAUG00010003413 hoxb8a (ENSSAUG00010003412) ENSSAUG00010003410 hoxb9a (ENSSAUG00010003409) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155138 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00910000147748 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163009.a ENSGT01020000230389.a.a.a ENSGT00940000155138 ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 63 ENSGT00390000003249 ENSGT01020000230389.a.a.a ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089.i ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00400000024810.f ENSGT00940000167564 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ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072.c ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00400000024810.f ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 Clown anemonefish MODERN SPECIES 947 ENSAOCG00000020719 ##22 CBX1 (ENSAOCG00000020763) ENSAOCG00000020855 Orange clownfish MODERN SPECIES 5 ENSAPEG00000021344 ENSAPEG00000021357 dus1l (ENSAPEG00000021394) slc16a3b (ENSAPEG00000021449) CSNK1D (ENSAPEG00000021466) engase (ENSAPEG00000021483) scpep1 (ENSAPEG00000021527) ENSAPEG00000021555 rab11fip4a (ENSAPEG00000021574) ENSAPEG00000021598 igf2bp1 (ENSAPEG00000021612) ENSAPEG00000021645 prr15la 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ENSAPOG00000007450 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1013 ENSSPAG00000021173 smurf1 (ENSSPAG00000021197) prr15la (ENSSPAG00000021260) copz2 (ENSSPAG00000021283) praf2 (ENSSPAG00000021332) nfe2l1a (ENSSPAG00000021340) ##22 CBX1 (ENSSPAG00000021360) ENSSPAG00000021404 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249.j ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000157439.a Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249.j ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a ENSGT00440000037417.B.a ENSGT00940000158268.b Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249.j ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00390000003249.j ENSGT00940000163009.a.l ENSGT00940000163009.a.k ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 976 prr15la (ENSHBUG00000018611) copz2 (ENSHBUG00000018595) praf2 (ENSHBUG00000018542) nfe2l1a (ENSHBUG00000018520) ##22 CBX1 (ENSHBUG00000018500) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT01020000230389.a.a.a ENSGT00390000003249.i ENSGT00940000163009.a.k ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00940000154534.b.a ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a.b ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 P. nyererei MODERN 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ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000164903.b ENSGT00950000183207.b Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000155904 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000164903.b ENSGT00950000183207.b ENSGT00390000014595.a.b Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 180 ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 232 copz2 (ENSKMAG00000000212) praf2 (ENSKMAG00000000153) nfe2l1a (ENSKMAG00000020289) ##22 CBX1 (ENSKMAG00000020265) ENSKMAG00000020252 hoxb1a (ENSKMAG00000020236) hoxb2a (ENSKMAG00000020219) hoxb3a (ENSKMAG00000020193) hoxb4a (ENSKMAG00000020174) HOXB5 (ENSKMAG00000020163) ENSKMAG00000020153 hoxb8a (ENSKMAG00000020145) hoxb9a (ENSKMAG00000020136) hoxb13a (ENSKMAG00000020130) eve1 (ENSKMAG00000020125) Turquoise killifish MODERN SPECIES 72 copz2 (ENSNFUG00015016319) ENSNFUG00015016314 ##22 CBX1 (ENSNFUG00015016306) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000155904 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000164903.b ENSGT00950000183207.b.ab ENSGT00390000014595.a.b Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00930000151040.b ENSGT00390000003249 ENSGT00940000163009.a.h ENSGT00940000163009.a.g ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 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ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000159091 ENSGT00940000164903.b ENSGT00950000183207.b.ab ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 522 ENSGT00390000004405.b ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b Amazon molly MODERN SPECIES 1019 copz2 (ENSPFOG00000008028) praf2 (ENSPFOG00000008153) nfe2l1a (ENSPFOG00000008177) ##22 CBX1 (ENSPFOG00000008219) Sailfin molly MODERN SPECIES 3226 ENSPLAG00000007202 ##22 CBX1 (ENSPLAG00000007189) Guppy MODERN SPECIES 460 aldh3b1 (ENSPREG00000007401) ppp4cb (ENSPREG00000007370) cln3 (ENSPREG00000007334) ENSPREG00000007321 ENSPREG00000007308 dus1l (ENSPREG00000007263) slc16a3b (ENSPREG00000007241) csnk1db (ENSPREG00000007219) engase (ENSPREG00000007188) ENSPREG00000007173 scpep1 (ENSPREG00000007119) rab11fip4a (ENSPREG00000007093) igf2bp1 (ENSPREG00000007009) copz2 (ENSPREG00000006966) praf2 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ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000164903.b ENSGT00940000156584.e.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000158693.A ENSGT00390000003249.g ENSGT01020000230389.a.a.a ENSGT00550000075089 ENSGT00940000158181.a ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b ENSGT00910000147748 ENSGT00390000018512 ENSGT00940000156193 ENSGT00390000004832 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000164729.a.a.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00390000004405.b.f ENSGT00390000008631.b.c ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000164903.b ENSGT00940000156584.e.b Javanese ricefish DUPLICATION Javanese ricefish MODERN SPECIES 97 ENSOJAG00000008395 ##22 ENSOJAG00000008365 ##22 Javanese ricefish MODERN SPECIES 97 ENSOJAG00000008395 ##22 ENSOJAG00000008365 ##22 Indian medaka MODERN SPECIES 9 trpm4a (ENSOMEG00000012778) ENSOMEG00000012659 ENSOMEG00000012632 dus1l (ENSOMEG00000012607) slc16a3b (ENSOMEG00000012546) csnk1db (ENSOMEG00000012505) ENSOMEG00000012463 engase (ENSOMEG00000000315) scpep1 (ENSOMEG00000012417) ENSOMEG00000012365 rab11fip4a (ENSOMEG00000012355) ENSOMEG00000012319 igf2bp1 (ENSOMEG00000012285) copz2 (ENSOMEG00000000304) praf2 (ENSOMEG00000012171) ENSOMEG00000012155 ##22 CBX1 (ENSOMEG00000012142) hoxb1a (ENSOMEG00000012109) hoxb2a (ENSOMEG00000011894) hoxb3a (ENSOMEG00000012003) hoxb4a (ENSOMEG00000011889) HOXB5 (ENSOMEG00000011882) ENSOMEG00000011874 hoxb8a (ENSOMEG00000011855) hoxb9a (ENSOMEG00000011785) hoxb13a (ENSOMEG00000011777) eve1 (ENSOMEG00000011771) ENSOMEG00000011759 pex12 (ENSOMEG00000011719) HDAC5 (ENSOMEG00000011665) cyb561 (ENSOMEG00000011454) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00440000033742.a.b.d ENSGT00940000154957.A ENSGT00390000004405.b.f ENSGT00390000008631.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000154152.a.b ENSGT00940000166856 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354.c.b ENSGT00940000165065.a ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00940000159029 ENSGT00940000167564 ENSGT00940000157981.a.b ENSGT00940000159091 ENSGT00940000164903.b ENSGT00940000156584.e.b Chinese medaka DUPLICATION Chinese medaka MODERN SPECIES 598 ENSOSIG00000009041 ##22 ENSOSIG00000009044 Chinese medaka MODERN SPECIES 4601 ENSOSIG00000014377 ##22 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 22 snrnp70 (ENSORLG00000017158) ENSORLG00000024601 ENSORLG00000023192 orla-uha (ENSORLG00000017153) ENSORLG00000023681 ENSORLG00000029325 ENSORLG00000023603 ABCC1 (ENSORLG00000017141) AP2A1 (ENSORLG00000017087) ENSORLG00000027484 rab11fip4a (ENSORLG00000017070) ENSORLG00000027524 igf2bp1 (ENSORLG00000025629) copz2 (ENSORLG00000021861) praf2 (ENSORLG00000023469) nfe2l1a (ENSORLG00000017060) ##22 CBX1 (ENSORLG00000017056) hoxb1a (ENSORLG00000017053) hoxb2a (ENSORLG00000017051) hoxb4a (ENSORLG00000017046) HOXB5 (ENSORLG00000017041) hoxb3a (ENSORLG00000017048) ENSORLG00000017036 hoxb8a (ENSORLG00000026759) hoxb9a (ENSORLG00000017035) hoxb13a (ENSORLG00000017031) eve1 (ENSORLG00000017026) atp5mc1 (ENSORLG00000023333) ube2z (ENSORLG00000027387) ENSORLG00000030144 ENSORLG00000022724 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 22 ENSMMDG00005004944 pdk2b (ENSMMDG00005000434) ENSMMDG00005000479 ENSMMDG00005000503 ENSMMDG00005000532 ENSMMDG00005000535 ENSMMDG00005000539 ENSMMDG00005000543 ENSMMDG00005000551 ENSMMDG00005000579 ENSMMDG00005000582 ENSMMDG00005000585 prr15la (ENSMMDG00005000591) copz2 (ENSMMDG00005000593) praf2 (ENSMMDG00005000597) nfe2l1a (ENSMMDG00005000602) ##22 CBX1 (ENSMMDG00005000606) 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(ENSGMOG00000031372) ENSGMOG00000027090 hoxb7a (ENSGMOG00000024089) hoxb8a (ENSGMOG00000035281) hoxb9a (ENSGMOG00000033079) Elephant shark MODERN SPECIES 1607 ENSCMIG00000015961 ENSCMIG00000015957 KLHL10 (ENSCMIG00000015954) klhl11 (ENSCMIG00000015952) aclya (ENSCMIG00000015922) odad4 (ENSCMIG00000015895) SP2 (ENSCMIG00000015886) pnpo (ENSCMIG00000015879) prr15l (ENSCMIG00000015876) cdk5rap3 (ENSCMIG00000015866) copz2 (ENSCMIG00000015857) nfe2l1a (ENSCMIG00000015855) ##22 cbx1b (ENSCMIG00000015851) ENSCMIG00000015847 ENSCMIG00000015845 ENSCMIG00000015839 hoxb1b (ENSCMIG00000015833) ENSCMIG00000015831 hoxb3a (ENSCMIG00000015830) ENSCMIG00000015823 ENSCMIG00000015821 hoxb5b (ENSCMIG00000015819) hoxb6a (ENSCMIG00000015818) hoxb8 (ENSCMIG00000015816) hoxb9a (ENSCMIG00000015815) ENSCMIG00000015814 hoxb13a (ENSCMIG00000015806) Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00940000157883.a.b.e.b ##18 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 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ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00940000157883.a.b.e.b ##18 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 Coelacanth MODERN SPECIES 372 ENSLACG00000003254 ENSLACG00000010967 NFE2L3 (ENSLACG00000013393) ##22 HNRNPA2B1 (ENSLACG00000013590) CBX3 (ENSLACG00000014131) SNX10 (ENSLACG00000014654) ENSLACG00000015520 SKAP2 (ENSLACG00000016050) ENSLACG00000017044 ENSLACG00000017077 HOXA1 (ENSLACG00000017232) hoxa2b (ENSLACG00000017242) HOXA3 (ENSLACG00000017247) HOXA4 (ENSLACG00000017299) HOXA5 (ENSLACG00000017330) HOXA6 (ENSLACG00000017339) hoxa9a (ENSLACG00000017369) HOXA10 (ENSLACG00000017380) Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00940000157883.a.b.e.b ##18 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 Anura ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00940000157883.a.b.e.b ##18 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.b ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 Frog MODERN SPECIES 6 ccdc126 (ENSXETG00000007398) fam221a (ENSXETG00000017961) ENSXETG00000034948 stk31 (ENSXETG00000007400) ENSXETG00000047868 npy (ENSXETG00000030650) pals2 (ENSXETG00000007404) ENSXETG00000047346 gsdme (ENSXETG00000007405) osbpl3 (ENSXETG00000007406) ENSXETG00000047025 cycs (ENSXETG00000027531) ##18 c7orf31 (ENSXETG00000039041) ENSXETG00000012168 NPVF (ENSXETG00000031334) atp6v1e1 (ENSXETG00000012174) ##22 hnrnpa2b1 (ENSXETG00000012170) cbx3 (ENSXETG00000012175) snx10 (ENSXETG00000012180) ENSXETG00000048932 skap2 (ENSXETG00000012181) hoxa1 (ENSXETG00000000715) hoxa2 (ENSXETG00000000716) hoxa3 (ENSXETG00000000717) hoxa4 (ENSXETG00000027534) hoxa6 (ENSXETG00000036073) hoxa7 (ENSXETG00000000722) ENSXETG00000000724 ENSXETG00000000728 hoxa13 (ENSXETG00000044962) evx1 (ENSXETG00000000736) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 8 IGF2BP3 (ENSLLEG00000006045) MALSU1 (ENSLLEG00000006289) CCDC126 (ENSLLEG00000006307) FAM221A (ENSLLEG00000006325) STK31 (ENSLLEG00000006363) ENSLLEG00000006489 NPY (ENSLLEG00000006522) PALS2 (ENSLLEG00000006683) GSDME (ENSLLEG00000006817) OSBPL3 (ENSLLEG00000006867) ENSLLEG00000006989 ENSLLEG00000007011 ##18 C7orf31 (ENSLLEG00000007054) NPVF (ENSLLEG00000007148) ENSLLEG00000007168 NFE2L3 (ENSLLEG00000007191) ##22 ENSLLEG00000007327 ENSLLEG00000008053 ENSLLEG00000008077 SNX10 (ENSLLEG00000008176) SKAP2 (ENSLLEG00000008266) HOXA1 (ENSLLEG00000008580) ENSLLEG00000008599 HOXA3 (ENSLLEG00000008614) HOXA4 (ENSLLEG00000008646) HOXA5 (ENSLLEG00000008676) HOXA6 (ENSLLEG00000008707) HOXA7 (ENSLLEG00000008742) ENSLLEG00000008773 ENSLLEG00000008787 ENSLLEG00000008821 Amniota ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00910000147494 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000009854 ENSGT00570000080653 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00910000147494 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000009854 ENSGT00570000080653 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 Primates ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00910000147494 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000009854 ENSGT00570000080653 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.a.a.a.b.a.b.a.a ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007.c ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00390000004428.a.h.d.a.b ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.a.a.a.b.a.b.a.a ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007.c ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00390000004428.a.h.d.a.b ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.a.a.a.b.a.b.a.a ENSGT00390000009405.a.a.a.b.a.b.a.b.a ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007.c ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 205 ENSPCOG00000016922 TRA2A (ENSPCOG00000020465) ENSPCOG00000016971 CCDC126 (ENSPCOG00000014771) ENSPCOG00000022640 STK31 (ENSPCOG00000014445) ENSPCOG00000026803 NPY (ENSPCOG00000016739) PALS2 (ENSPCOG00000028606) GSDME (ENSPCOG00000018584) OSBPL3 (ENSPCOG00000028107) ENSPCOG00000026330 C7orf31 (ENSPCOG00000018021) NPVF (ENSPCOG00000023274) ENSPCOG00000024982 ##22 HNRNPA2B1 (ENSPCOG00000026324) ENSPCOG00000006764 SNX10 (ENSPCOG00000023211) SKAP2 (ENSPCOG00000000688) ENSPCOG00000023631 HOXA1 (ENSPCOG00000025369) HOXA2 (ENSPCOG00000008813) HOXA3 (ENSPCOG00000025444) HOXA4 (ENSPCOG00000008248) HOXA5 (ENSPCOG00000020367) HOXA6 (ENSPCOG00000019088) HOXA7 (ENSPCOG00000018610) HOXA9 (ENSPCOG00000019455) HOXA10 (ENSPCOG00000015186) HOXA11 (ENSPCOG00000019148) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 560 NKX2-2 (ENSPCOG00000016151) PAX1 (ENSPCOG00000027636) FOXA2 (ENSPCOG00000001633) CD93 (ENSPCOG00000022300) NXT1 (ENSPCOG00000025624) GZF1 (ENSPCOG00000024180) NAPB (ENSPCOG00000022495) CSTL1 (ENSPCOG00000016553) CST11 (ENSPCOG00000025724) CST8 (ENSPCOG00000017881) CST9L (ENSPCOG00000008034) CST3 (ENSPCOG00000027602) ENSPCOG00000001285 ##22 ENSPCOG00000018222 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 586 ENSPSMG00000013507 TRA2A (ENSPSMG00000013516) CCDC126 (ENSPSMG00000013520) FAM221A (ENSPSMG00000013578) STK31 (ENSPSMG00000013704) ENSPSMG00000013730 NPY (ENSPSMG00000013748) PALS2 (ENSPSMG00000013808) GSDME (ENSPSMG00000013865) OSBPL3 (ENSPSMG00000014087) ENSPSMG00000014277 ENSPSMG00000014288 C7orf31 (ENSPSMG00000014334) NPVF (ENSPSMG00000014349) NFE2L3 (ENSPSMG00000014366) ##22 HNRNPA2B1 (ENSPSMG00000014452) ENSPSMG00000014512 SNX10 (ENSPSMG00000014541) SKAP2 (ENSPSMG00000014602) HOXA1 (ENSPSMG00000014634) HOXA2 (ENSPSMG00000014668) HOXA3 (ENSPSMG00000014673) HOXA5 (ENSPSMG00000014678) HOXA6 (ENSPSMG00000014685) HOXA7 (ENSPSMG00000014695) HOXA9 (ENSPSMG00000014704) ENSPSMG00000014712 ENSPSMG00000014718 HOXA11 (ENSPSMG00000014731) HOXA13 (ENSPSMG00000014769) Mouse lemur MODERN SPECIES 2 ENSMICG00000043639 ENSMICG00000044121 ENSMICG00000046270 CCDC126 (ENSMICG00000044703) FAM221A (ENSMICG00000038246) STK31 (ENSMICG00000012021) ENSMICG00000042222 NPY (ENSMICG00000000511) ENSMICG00000046424 PALS2 (ENSMICG00000004206) GSDME (ENSMICG00000000755) OSBPL3 (ENSMICG00000000756) ENSMICG00000045862 C7orf31 (ENSMICG00000000758) NPVF (ENSMICG00000000759) NFE2L3 (ENSMICG00000032091) ##22 ENSMICG00000030570 CBX3 (ENSMICG00000033535) SNX10 (ENSMICG00000036618) SKAP2 (ENSMICG00000000466) ENSMICG00000030368 HOXA1 (ENSMICG00000041792) HOXA2 (ENSMICG00000047950) HOXA3 (ENSMICG00000030351) ENSMICG00000046352 HOXA5 (ENSMICG00000046770) HOXA7 (ENSMICG00000028330) HOXA9 (ENSMICG00000045382) HOXA10 (ENSMICG00000027113) HOXA11 (ENSMICG00000033824) HOXA13 (ENSMICG00000043155) Bushbaby MODERN SPECIES 143 HYCC1 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(ENSG00000005073) Gorilla MODERN SPECIES 20 MALSU1 (ENSGGOG00000010277) IGF2BP3 (ENSGGOG00000010286) ENSGGOG00000039579 TRA2A (ENSGGOG00000009053) CCDC126 (ENSGGOG00000026042) ENSGGOG00000039812 FAM221A (ENSGGOG00000001295) ENSGGOG00000034995 NPY (ENSGGOG00000028114) PALS2 (ENSGGOG00000005158) GSDME (ENSGGOG00000005163) OSBPL3 (ENSGGOG00000010510) CYCS (ENSGGOG00000024588) C7orf31 (ENSGGOG00000016477) NPVF (ENSGGOG00000011997) NFE2L3 (ENSGGOG00000025881) ##22 HNRNPA2B1 (ENSGGOG00000017072) CBX3 (ENSGGOG00000025853) SNX10 (ENSGGOG00000003419) ENSGGOG00000011876 ENSGGOG00000027200 SKAP2 (ENSGGOG00000002146) ENSGGOG00000027139 ENSGGOG00000012668 ENSGGOG00000027198 HOXA1 (ENSGGOG00000002209) HOXA2 (ENSGGOG00000002211) HOXA3 (ENSGGOG00000002213) ENSGGOG00000002215 HOXA5 (ENSGGOG00000002217) HOXA6 (ENSGGOG00000002218) Orangutan MODERN SPECIES 20 MALSU1 (ENSPPYG00000017731) IGF2BP3 (ENSPPYG00000017730) ENSPPYG00000038254 ENSPPYG00000017728 ENSPPYG00000036051 CCDC126 (ENSPPYG00000017726) FAM221A (ENSPPYG00000017725) STK31 (ENSPPYG00000017724) NPY (ENSPPYG00000017723) PALS2 (ENSPPYG00000017722) GSDME (ENSPPYG00000017721) OSBPL3 (ENSPPYG00000017720) CYCS (ENSPPYG00000039115) C7orf31 (ENSPPYG00000017718) NPVF (ENSPPYG00000017717) NFE2L3 (ENSPPYG00000017716) ##22 HNRNPA2B1 (ENSPPYG00000017715) CBX3 (ENSPPYG00000017714) SNX10 (ENSPPYG00000017713) ENSPPYG00000017711 SKAP2 (ENSPPYG00000017710) HOXA1 (ENSPPYG00000029903) HOXA2 (ENSPPYG00000017707) HOXA3 (ENSPPYG00000017706) ENSPPYG00000017705 HOXA4 (ENSPPYG00000017704) HOXA5 (ENSPPYG00000017703) HOXA6 (ENSPPYG00000017702) HOXA7 (ENSPPYG00000017701) HOXA9 (ENSPPYG00000032755) ENSPPYG00000039324 Gibbon MODERN SPECIES 7 NUP42 (ENSNLEG00000028157) GPNMB (ENSNLEG00000014758) MALSU1 (ENSNLEG00000033575) IGF2BP3 (ENSNLEG00000014780) TRA2A (ENSNLEG00000014794) ENSNLEG00000031039 CCDC126 (ENSNLEG00000014797) FAM221A (ENSNLEG00000014799) STK31 (ENSNLEG00000014801) NPY (ENSNLEG00000014826) PALS2 (ENSNLEG00000014829) GSDME (ENSNLEG00000014837) OSBPL3 (ENSNLEG00000014856) CYCS (ENSNLEG00000014901) NPVF (ENSNLEG00000014908) NFE2L3 (ENSNLEG00000027718) ##22 HNRNPA2B1 (ENSNLEG00000014918) ENSNLEG00000014931 SNX10 (ENSNLEG00000014938) ENSNLEG00000031144 ENSNLEG00000035004 SKAP2 (ENSNLEG00000014950) ENSNLEG00000035199 HOXA1 (ENSNLEG00000014975) HOXA2 (ENSNLEG00000014978) HOXA3 (ENSNLEG00000014980) HOXA4 (ENSNLEG00000014988) HOXA6 (ENSNLEG00000014990) ENSNLEG00000032135 HOXA9 (ENSNLEG00000014992) ENSNLEG00000018316 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00400000022679 ENSGT00950000182892.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000018433.t ENSGT00390000015066.d Hominidae ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00400000022679 ENSGT00950000182892.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000018433.t ENSGT00390000015066.d Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00400000022679 ENSGT00950000182892.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000000560.s.d ENSGT00390000018433.t ENSGT00390000015066.d Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00400000022679 ENSGT00950000182892.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000000560.s.d ENSGT00390000018433.t ENSGT00390000015066.d Pan ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00530000064130.c.b ENSGT00950000183105.B.a.b.a ENSGT00910000147364 ENSGT00940000156873 ENSGT00940000160524 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437.mc.b ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000164261.a ENSGT00940000154470.a ENSGT00940000162144 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000159146 ENSGT00390000014907.B ENSGT00400000022679 ENSGT00950000182892.a.b.b.d ##22 ENSGT00390000000560.s.d ENSGT00390000015066.d ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000158167 ENSGT00900000143675 ENSGT00730000111317.c ENSGT00390000017600 ENSGT00390000004385 ENSGT00940000161211 ENSGT00520000055637.A.a ENSGT00940000158137.c.a ENSGT00520000059830 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00940000156961 ENSGT00940000154973 Chimpanzee MODERN SPECIES 9 ENSPTRG00000049698 ENSPTRG00000047571 NEDD4L (ENSPTRG00000010051) ENSPTRG00000049672 ALPK2 (ENSPTRG00000010052) MALT1 (ENSPTRG00000010053) ENSPTRG00000048286 SEC11C (ENSPTRG00000010056) ENSPTRG00000045571 GRP (ENSPTRG00000010057) RAX (ENSPTRG00000010058) CPLX4 (ENSPTRG00000010059) LMAN1 (ENSPTRG00000010060) CCBE1 (ENSPTRG00000010062) ENSPTRG00000010064 ENSPTRG00000044644 ##22 ENSPTRG00000049722 ENSPTRG00000043997 ENSPTRG00000048934 MC4R (ENSPTRG00000010067) ENSPTRG00000044311 CDH20 (ENSPTRG00000010069) ENSPTRG00000044860 RNF152 (ENSPTRG00000047926) PIGN (ENSPTRG00000010072) RELCH (ENSPTRG00000010074) TNFRSF11A (ENSPTRG00000010075) ZCCHC2 (ENSPTRG00000010076) PHLPP1 (ENSPTRG00000010077) ENSPTRG00000043714 BCL2 (ENSPTRG00000042753) Bonobo MODERN SPECIES 9 ENSPPAG00000038238 ENSPPAG00000040741 ENSPPAG00000042494 NEDD4L (ENSPPAG00000028088) ENSPPAG00000026846 MALT1 (ENSPPAG00000037274) ZNF532 (ENSPPAG00000030764) SEC11C (ENSPPAG00000036516) ENSPPAG00000040638 GRP (ENSPPAG00000043111) RAX (ENSPPAG00000035734) CPLX4 (ENSPPAG00000029872) LMAN1 (ENSPPAG00000027366) CCBE1 (ENSPPAG00000031234) ENSPPAG00000031874 ENSPPAG00000031967 ##22 ENSPPAG00000032356 ENSPPAG00000032548 MC4R (ENSPPAG00000032218) CDH20 (ENSPPAG00000033146) ENSPPAG00000034157 ENSPPAG00000032446 RNF152 (ENSPPAG00000032380) PIGN (ENSPPAG00000039389) RELCH (ENSPPAG00000015474) TNFRSF11A (ENSPPAG00000022623) ZCCHC2 (ENSPPAG00000029037) ENSPPAG00000030188 ENSPPAG00000032208 BCL2 (ENSPPAG00000032001) KDSR (ENSPPAG00000032046) Gorilla MODERN SPECIES 9 NARS1 (ENSGGOG00000009419) ATP8B1 (ENSGGOG00000013553) ENSGGOG00000044141 ENSGGOG00000013730 ALPK2 (ENSGGOG00000013746) MALT1 (ENSGGOG00000023405) ZNF532 (ENSGGOG00000026498) SEC11C (ENSGGOG00000007358) ENSGGOG00000038737 GRP (ENSGGOG00000002670) RAX (ENSGGOG00000006747) CPLX4 (ENSGGOG00000006750) LMAN1 (ENSGGOG00000006753) CCBE1 (ENSGGOG00000016394) ENSGGOG00000005394 ENSGGOG00000007170 ##22 ENSGGOG00000023935 ENSGGOG00000040955 RPS3A (ENSGGOG00000027455) MC4R (ENSGGOG00000015011) CDH20 (ENSGGOG00000006915) ENSGGOG00000041434 ENSGGOG00000026693 PIGN (ENSGGOG00000005051) RELCH (ENSGGOG00000015020) TNFRSF11A (ENSGGOG00000004309) ZCCHC2 (ENSGGOG00000002966) PHLPP1 (ENSGGOG00000005176) ENSGGOG00000024193 BCL2 (ENSGGOG00000037403) KDSR (ENSGGOG00000013317) Gibbon MODERN SPECIES 19 ATP8B1 (ENSNLEG00000008100) ENSNLEG00000031673 ENSNLEG00000030394 ENSNLEG00000008123 ALPK2 (ENSNLEG00000008284) MALT1 (ENSNLEG00000008289) ENSNLEG00000032064 SEC11C (ENSNLEG00000032068) ENSNLEG00000035364 GRP (ENSNLEG00000008356) ENSNLEG00000028740 CPLX4 (ENSNLEG00000008370) LMAN1 (ENSNLEG00000008377) CCBE1 (ENSNLEG00000008450) ENSNLEG00000031514 ENSNLEG00000033152 ##22 ENSNLEG00000035401 ENSNLEG00000034761 ENSNLEG00000029313 MC4R (ENSNLEG00000018455) CDH20 (ENSNLEG00000008475) ENSNLEG00000027988 RNF152 (ENSNLEG00000029429) PIGN (ENSNLEG00000008507) RELCH (ENSNLEG00000008586) TNFRSF11A (ENSNLEG00000008614) ENSNLEG00000008618 ENSNLEG00000032069 ENSNLEG00000033457 ENSNLEG00000008641 BCL2 (ENSNLEG00000035984) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B 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ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000009854 ENSGT00570000080653 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000015089.d ENSGT00940000154947.f.b ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00910000146860.b.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.b.b.a.a.b.a ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.b.b.a.a.a ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000153593.c.b.d.b ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000009854 ENSGT00570000080653 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.a ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.b.c.a ENSGT00940000167156 ENSGT00940000153395.a.rb.b.b.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153095.g.b.a.b.n.a ENSGT00940000157167 ENSGT00390000015089.d ENSGT00940000154947.f.b ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00910000146860.b.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000153593.c.b.d.b ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000009854 ENSGT00570000080653 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.a ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.b.c.a ENSGT00940000167156 ENSGT00940000153395.a.rb.b.b.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153095.g.b.a.b.n.a ENSGT00940000157167 ENSGT00390000015089.d ENSGT00940000154947.f.b ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00910000146860.b.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000153593.c.b.d.b ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000009854 ENSGT00570000080653 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.a ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.b.c.a ENSGT00940000167156 ENSGT00940000153395.a.rb.b.b.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 Drill MODERN SPECIES 322 NFE2L3 (ENSMLEG00000030644) ##22 HNRNPA2B1 (ENSMLEG00000040848) CBX3 (ENSMLEG00000043394) SNX10 (ENSMLEG00000017869) ENSMLEG00000044195 ENSMLEG00000041406 SKAP2 (ENSMLEG00000044388) ENSMLEG00000044382 ENSMLEG00000029093 HOXA1 (ENSMLEG00000035357) HOXA2 (ENSMLEG00000028127) ENSMLEG00000033218 HOXA3 (ENSMLEG00000039968) HOXA5 (ENSMLEG00000032881) HOXA6 (ENSMLEG00000043981) HOXA7 (ENSMLEG00000043725) Sooty mangabey MODERN SPECIES 98 ENSCATG00000036717 TRA2A (ENSCATG00000041219) ENSCATG00000043573 ENSCATG00000040046 CCDC126 (ENSCATG00000033060) ENSCATG00000040316 FAM221A (ENSCATG00000044412) STK31 (ENSCATG00000021541) NPY (ENSCATG00000041237) PALS2 (ENSCATG00000036634) GSDME (ENSCATG00000037274) OSBPL3 (ENSCATG00000043751) C7orf31 (ENSCATG00000010408) NPVF (ENSCATG00000042042) ENSCATG00000022058 NFE2L3 (ENSCATG00000040425) ##22 HNRNPA2B1 (ENSCATG00000033325) ENSCATG00000007882 SNX10 (ENSCATG00000044201) ENSCATG00000044832 ENSCATG00000044879 SKAP2 (ENSCATG00000015604) ENSCATG00000012253 ENSCATG00000033949 ENSCATG00000036904 HOXA1 (ENSCATG00000034436) HOXA2 (ENSCATG00000033672) HOXA3 (ENSCATG00000035121) HOXA4 (ENSCATG00000029977) HOXA7 (ENSCATG00000032186) HOXA5 (ENSCATG00000043876) Olive baboon MODERN SPECIES 14 FAM221A (ENSPANG00000006253) STK31 (ENSPANG00000024764) ENSPANG00000042645 ENSPANG00000041561 NPY (ENSPANG00000049695) ENSPANG00000037890 PALS2 (ENSPANG00000014542) GSDME (ENSPANG00000008671) OSBPL3 (ENSPANG00000019047) ENSPANG00000045545 ENSPANG00000047289 ENSPANG00000041877 ENSPANG00000050044 C7orf31 (ENSPANG00000045080) NPVF (ENSPANG00000008672) NFE2L3 (ENSPANG00000013687) ##22 HNRNPA2B1 (ENSPANG00000021598) ENSPANG00000031037 SNX10 (ENSPANG00000006089) SKAP2 (ENSPANG00000006185) MAD2L1 (ENSPANG00000004063) HOXA1 (ENSPANG00000003403) HOXA2 (ENSPANG00000015067) HOXA3 (ENSPANG00000025912) HOXA4 (ENSPANG00000045376) HOXA5 (ENSPANG00000009594) HOXA6 (ENSPANG00000013799) HOXA7 (ENSPANG00000029246) HOXA9 (ENSPANG00000025913) HOXA10 (ENSPANG00000021024) HOXA11 (ENSPANG00000026298) Macaca ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157167 ENSGT00390000015089.d ENSGT00940000154947.f.b ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.b.b.a.a.b.a ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.b.b.a.a.a ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00940000153593.c.b.d.b ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000009854 ENSGT00570000080653 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.a ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.b.c.a ENSGT00940000167156 ENSGT00940000153395.a.rb.b.b.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 534 IGF2BP3 (ENSMNEG00000029494) TRA2A (ENSMNEG00000040670) ENSMNEG00000035994 ENSMNEG00000043436 CCDC126 (ENSMNEG00000041538) FAM221A (ENSMNEG00000040337) STK31 (ENSMNEG00000030763) NPY (ENSMNEG00000037164) PALS2 (ENSMNEG00000017368) GSDME (ENSMNEG00000038751) OSBPL3 (ENSMNEG00000037365) ENSMNEG00000040882 C7orf31 (ENSMNEG00000040993) NPVF (ENSMNEG00000044212) ENSMNEG00000011490 NFE2L3 (ENSMNEG00000040959) ##22 HNRNPA2B1 (ENSMNEG00000029148) ENSMNEG00000039531 SNX10 (ENSMNEG00000032503) ENSMNEG00000027968 ENSMNEG00000001360 SKAP2 (ENSMNEG00000029161) ENSMNEG00000045177 ENSMNEG00000040022 ENSMNEG00000027963 HOXA1 (ENSMNEG00000043463) HOXA2 (ENSMNEG00000028148) HOXA3 (ENSMNEG00000045278) HOXA4 (ENSMNEG00000038108) HOXA5 (ENSMNEG00000041820) HOXA6 (ENSMNEG00000013443) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000153095.g.b.a.b.n.a ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00980000199842.C.a.b ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.b.b.a.a.a ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000153395.a.rb.b.b.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 13 ENSMFAG00000060857 TRA2A (ENSMFAG00000043211) ENSMFAG00000058711 CCDC126 (ENSMFAG00000032312) ENSMFAG00000048363 ENSMFAG00000056826 STK31 (ENSMFAG00000002623) NPY (ENSMFAG00000043708) PALS2 (ENSMFAG00000024129) GSDME (ENSMFAG00000045660) OSBPL3 (ENSMFAG00000045859) ENSMFAG00000047292 ENSMFAG00000050012 C7orf31 (ENSMFAG00000043369) NPVF (ENSMFAG00000033164) NFE2L3 (ENSMFAG00000031568) ##22 HNRNPA2B1 (ENSMFAG00000002536) CBX3 (ENSMFAG00000000399) SNX10 (ENSMFAG00000000672) SKAP2 (ENSMFAG00000041066) ENSMFAG00000025170 HOXA1 (ENSMFAG00000034381) HOXA2 (ENSMFAG00000040635) HOXA3 (ENSMFAG00000053957) HOXA4 (ENSMFAG00000038265) HOXA5 (ENSMFAG00000061184) HOXA6 (ENSMFAG00000030075) HOXA7 (ENSMFAG00000058004) HOXA9 (ENSMFAG00000041407) HOXA10 (ENSMFAG00000000953) HOXA11 (ENSMFAG00000044467) Rhesus MODERN SPECIES 13 IGF2BP3 (ENSMMUG00000004839) 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CCDC126 (ENSCSAG00000014057) FAM221A (ENSCSAG00000014066) STK31 (ENSCSAG00000014075) NPY (ENSCSAG00000014088) PALS2 (ENSCSAG00000014108) GSDME (ENSCSAG00000014114) OSBPL3 (ENSCSAG00000014122) C7orf31 (ENSCSAG00000014149) NPVF (ENSCSAG00000014160) NFE2L3 (ENSCSAG00000014168) ##22 ENSCSAG00000014175 CBX3 (ENSCSAG00000014185) SNX10 (ENSCSAG00000014190) ENSCSAG00000014193 SKAP2 (ENSCSAG00000014230) HOXA1 (ENSCSAG00000014256) HOXA2 (ENSCSAG00000014262) HOXA3 (ENSCSAG00000014267) HOXA4 (ENSCSAG00000014273) HOXA5 (ENSCSAG00000014278) HOXA6 (ENSCSAG00000014287) HOXA7 (ENSCSAG00000014292) HOXA9 (ENSCSAG00000014297) ENSCSAG00000014302 HOXA11 (ENSCSAG00000014310) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 122 ENSGT00910000146925 ENSGT00390000018559.t ENSGT00950000183203.d.g ENSGT00940000161343 ENSGT00940000160488 ENSGT00510000047471 ENSGT00940000156009.A ENSGT00390000000378.d.a ENSGT00940000155585 ENSGT00940000155932 ENSGT00390000006762 ENSGT00390000009030 ENSGT00390000014787 ENSGT00940000155420.b 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ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000153566.a.h ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00910000146860.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.a ENSGT00390000015236 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Capuchin MODERN SPECIES 45 TRA2A (ENSCCAG00000019576) ENSCCAG00000023919 CCDC126 (ENSCCAG00000034455) ENSCCAG00000026868 FAM221A (ENSCCAG00000037127) STK31 (ENSCCAG00000027635) NPY (ENSCCAG00000031249) PALS2 (ENSCCAG00000037294) 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4921507P07Rik (ENSNGAG00000022528) Npvf (ENSNGAG00000023484) Nfe2l3 (ENSNGAG00000023028) ##22 Hnrnpa2b1 (ENSNGAG00000015156) ENSNGAG00000024194 Snx10 (ENSNGAG00000006392) ENSNGAG00000010519 Skap2 (ENSNGAG00000016991) Hoxa1 (ENSNGAG00000021363) Hoxa2 (ENSNGAG00000014874) Hoxa3 (ENSNGAG00000016765) Hoxa4 (ENSNGAG00000022510) Hoxa5 (ENSNGAG00000023140) Hoxa6 (ENSNGAG00000012897) Hoxa7 (ENSNGAG00000021697) Hoxa9 (ENSNGAG00000016754) ENSNGAG00000017228 ENSNGAG00000013764 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 49 ENSJJAG00000007586 Tra2a (ENSJJAG00000022787) ENSJJAG00000010858 Ccdc126 (ENSJJAG00000011314) Fam221a (ENSJJAG00000023814) Stk31 (ENSJJAG00000010464) Npy (ENSJJAG00000002520) ENSJJAG00000013890 Pals2 (ENSJJAG00000001765) ENSJJAG00000023312 Osbpl3 (ENSJJAG00000017704) ENSJJAG00000016917 ENSJJAG00000004363 4921507P07Rik (ENSJJAG00000011772) Npvf (ENSJJAG00000023289) Nfe2l3 (ENSJJAG00000013672) ##22 ENSJJAG00000018731 ENSJJAG00000014919 Snx10 (ENSJJAG00000010400) Skap2 (ENSJJAG00000009704) Hoxa1 (ENSJJAG00000023032) Hoxa2 (ENSJJAG00000021712) ENSJJAG00000021517 Hoxa5 (ENSJJAG00000011757) Hoxa6 (ENSJJAG00000017936) Hoxa3 (ENSJJAG00000014001) Hoxa7 (ENSJJAG00000001940) Hoxa9 (ENSJJAG00000003182) ENSJJAG00000020521 ENSJJAG00000013637 Hoxa11 (ENSJJAG00000018070) Kangaroo rat MODERN SPECIES 395 Igf2bp3 (ENSDORG00000014185) ENSDORG00000024592 Tra2a (ENSDORG00000009361) ENSDORG00000028485 Ccdc126 (ENSDORG00000029920) Fam221a (ENSDORG00000028229) Stk31 (ENSDORG00000016315) Npy (ENSDORG00000002630) Pals2 (ENSDORG00000004129) Gsdme (ENSDORG00000004130) ENSDORG00000027677 Osbpl3 (ENSDORG00000011217) Cycs (ENSDORG00000029787) 4921507P07Rik (ENSDORG00000004102) Npvf (ENSDORG00000027438) Nfe2l3 (ENSDORG00000027950) ##22 Hnrnpa2b1 (ENSDORG00000005482) ENSDORG00000005487 Snx10 (ENSDORG00000028812) Skap2 (ENSDORG00000009682) Hoxa1 (ENSDORG00000006311) Hoxa2 (ENSDORG00000006312) Hoxa4 (ENSDORG00000006316) Hoxa3 (ENSDORG00000027678) Hoxa5 (ENSDORG00000025053) Hoxa6 (ENSDORG00000006319) Hoxa7 (ENSDORG00000006321) Hoxa9 (ENSDORG00000006323) ENSDORG00000029112 ENSDORG00000028643 Hoxa11 (ENSDORG00000006326) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.a.a.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 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ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.a.a.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 117 KLHL7 (ENSCLAG00000007077) NUP42 (ENSCLAG00000007547) GPNMB (ENSCLAG00000004706) MALSU1 (ENSCLAG00000008469) IGF2BP3 (ENSCLAG00000009835) TRA2A (ENSCLAG00000007917) CCDC126 (ENSCLAG00000006880) FAM221A (ENSCLAG00000007737) STK31 (ENSCLAG00000006727) NPY (ENSCLAG00000004780) PALS2 (ENSCLAG00000006677) GSDME (ENSCLAG00000013195) OSBPL3 (ENSCLAG00000008517) ENSCLAG00000004661 C7orf31 (ENSCLAG00000005045) NFE2L3 (ENSCLAG00000005908) ##22 ENSCLAG00000014058 ENSCLAG00000012267 ENSCLAG00000005337 SKAP2 (ENSCLAG00000006785) HOXA1 (ENSCLAG00000014364) HOXA2 (ENSCLAG00000016180) HOXA3 (ENSCLAG00000006878) ENSCLAG00000008251 HOXA5 (ENSCLAG00000004908) HOXA6 (ENSCLAG00000006012) HOXA7 (ENSCLAG00000008671) HOXA9 (ENSCLAG00000010294) HOXA10 (ENSCLAG00000015066) HOXA11 (ENSCLAG00000009905) HOXA13 (ENSCLAG00000010361) Degu MODERN SPECIES 56 STK31 (ENSODEG00000008172) ENSODEG00000009491 ENSODEG00000019686 ENSODEG00000019512 ENSODEG00000007836 NPY (ENSODEG00000008296) PALS2 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ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 Suina ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000015821 ENSGT00530000063186.b.a ENSGT00390000000706 ENSGT00940000161393 ENSGT00390000014376 ENSGT00940000157781 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.q.a ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.f ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Pig MODERN SPECIES 9 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ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.o.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000154431.f.c.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Arabian camel MODERN SPECIES 33 MALSU1 (ENSCDRG00005000140) IGF2BP3 (ENSCDRG00005000158) TRA2A (ENSCDRG00005000208) CCDC126 (ENSCDRG00005000272) FAM221A (ENSCDRG00005000304) ENSCDRG00005000362 ENSCDRG00005000392 ENSCDRG00005000443 PALS2 (ENSCDRG00005000457) GSDME (ENSCDRG00005000498) OSBPL3 (ENSCDRG00005000550) CYCS (ENSCDRG00005000650) C7orf31 (ENSCDRG00005000664) NPVF (ENSCDRG00005000692) ENSCDRG00005000704 NFE2L3 (ENSCDRG00005000723) ##22 HNRNPA2B1 (ENSCDRG00005000755) CBX3 (ENSCDRG00005000839) SNX10 (ENSCDRG00005000870) SKAP2 (ENSCDRG00005000915) HOXA1 (ENSCDRG00005000950) ENSCDRG00005000963 HOXA3 (ENSCDRG00005000976) HOXA5 (ENSCDRG00005001022) HOXA6 (ENSCDRG00005001033) HOXA7 (ENSCDRG00005001043) HOXA9 (ENSCDRG00005001067) HOXA10 (ENSCDRG00005001092) HOXA11 (ENSCDRG00005001112) HOXA13 (ENSCDRG00005001129) ENSCDRG00005001165 Alpaca MODERN SPECIES 1205 C7orf31 (ENSVPAG00000010414) NPVF (ENSVPAG00000010415) NFE2L3 (ENSVPAG00000010416) ##22 HNRNPA2B1 (ENSVPAG00000010417) CBX3 (ENSVPAG00000010418) SNX10 (ENSVPAG00000010419) ENSVPAG00000010420 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000008042.A.a.b ENSGT00940000160479 ENSGT00390000005565 ENSGT00390000008042.B ENSGT00940000153979.B ENSGT00940000156889 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.p ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000160479 ENSGT00390000005565 ENSGT00390000008042.B ENSGT00940000153979.B ENSGT00940000156889 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ENSGT00940000154431.f.d ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000008042.A.a.a ENSGT00390000008042.A.a.b ENSGT00940000160479 ENSGT00390000005565 ENSGT00390000008042.B ENSGT00940000153979.B ENSGT00940000156889 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.o.b.a ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000160479 ENSGT00390000005565 ENSGT00390000008042.B ENSGT00940000153979.B ENSGT00940000156889 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155196.n.a ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.o.b.a ENSGT00390000003271 ENSGT00390000001447.pb.a ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000160479 ENSGT00390000005565 ENSGT00390000008042.B ENSGT00940000153979.B ENSGT00940000156889 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155196.n.a ENSGT00940000155957 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ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000008042.A.a.b ENSGT00940000160479 ENSGT00390000005565 ENSGT00390000008042.B ENSGT00940000153979.B ENSGT00940000156889 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b.p.a ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000160479 ENSGT00390000005565 ENSGT00390000008042.B ENSGT00940000153979.B ENSGT00940000156889 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 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American bison MODERN SPECIES 3278 SRI (ENSBBBG00000021602) ADAM22 (ENSBBBG00000021555) ENSBBBG00000021325 FAM221A (ENSBBBG00000021312) STK31 (ENSBBBG00000005696) NPY (ENSBBBG00000021182) PALS2 (ENSBBBG00000021173) GSDME (ENSBBBG00000021137) ENSBBBG00000021036 OSBPL3 (ENSBBBG00000021014) ENSBBBG00000020786 C7orf31 (ENSBBBG00000005601) NPVF (ENSBBBG00000020751) NFE2L3 (ENSBBBG00000020743) ##22 ENSBBBG00000007053 ENSBBBG00000020651 SNX10 (ENSBBBG00000006863) SKAP2 (ENSBBBG00000020584) ENSBBBG00000005551 HOXA1 (ENSBBBG00000020558) HOXA2 (ENSBBBG00000020536) HOXA3 (ENSBBBG00000005541) ENSBBBG00000020521 HOXA5 (ENSBBBG00000020518) HOXA6 (ENSBBBG00000020515) HOXA7 (ENSBBBG00000020511) ENSBBBG00000005537 ENSBBBG00000020506 HOXA11 (ENSBBBG00000020500) Siberian musk deer MODERN SPECIES 87 ENSMMSG00000013478 STEAP4 (ENSMMSG00000013499) SRI (ENSMMSG00000005792) ADAM22 (ENSMMSG00000005953) FAM221A (ENSMMSG00000006804) STK31 (ENSMMSG00000007029) NPY (ENSMMSG00000007524) PALS2 (ENSMMSG00000007548) 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SPECIES 251 C7orf31 (ENSMPUG00000004447) NPVF (ENSMPUG00000004494) ENSMPUG00000004517 NFE2L3 (ENSMPUG00000004526) ##22 ENSMPUG00000004554 SNX10 (ENSMPUG00000004686) SKAP2 (ENSMPUG00000004697) HOXA1 (ENSMPUG00000004711) HOXA2 (ENSMPUG00000004721) HOXA3 (ENSMPUG00000004727) HOXA4 (ENSMPUG00000004732) HOXA5 (ENSMPUG00000004770) HOXA6 (ENSMPUG00000004779) HOXA7 (ENSMPUG00000004789) HOXA9 (ENSMPUG00000004809) HOXA10 (ENSMPUG00000004815) HOXA11 (ENSMPUG00000004822) HOXA13 (ENSMPUG00000004851) EVX1 (ENSMPUG00000004859) Canidae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00940000172584.c.a ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00570000080653 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ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 lion MODERN SPECIES 2 NUP42 (ENSPLOG00000006139) GPNMB (ENSPLOG00000006176) MALSU1 (ENSPLOG00000006242) IGF2BP3 (ENSPLOG00000006261) TRA2A (ENSPLOG00000006313) CCDC126 (ENSPLOG00000006333) FAM221A (ENSPLOG00000006376) STK31 (ENSPLOG00000006529) NPY (ENSPLOG00000006774) PALS2 (ENSPLOG00000006803) GSDME (ENSPLOG00000006850) OSBPL3 (ENSPLOG00000006925) ENSPLOG00000006975 C7orf31 (ENSPLOG00000007012) NPVF (ENSPLOG00000007044) NFE2L3 (ENSPLOG00000007066) ##22 ENSPLOG00000007132 CBX3 (ENSPLOG00000007256) SNX10 (ENSPLOG00000007289) SKAP2 (ENSPLOG00000007389) HOXA1 (ENSPLOG00000007430) HOXA2 (ENSPLOG00000007449) HOXA3 (ENSPLOG00000007461) HOXA4 (ENSPLOG00000007478) HOXA5 (ENSPLOG00000007500) HOXA6 (ENSPLOG00000007517) HOXA7 (ENSPLOG00000007529) HOXA9 (ENSPLOG00000007540) ENSPLOG00000007559 HOXA11 (ENSPLOG00000007576) HOXA13 (ENSPLOG00000007596) leopard MODERN SPECIES 9 IGF2BP3 (ENSPPRG00000018062) ENSPPRG00000020147 TRA2A (ENSPPRG00000015216) CCDC126 (ENSPPRG00000014486) FAM221A (ENSPPRG00000013560) STK31 (ENSPPRG00000012594) ENSPPRG00000009566 NPY (ENSPPRG00000009455) PALS2 (ENSPPRG00000008805) GSDME (ENSPPRG00000008422) OSBPL3 (ENSPPRG00000006524) ENSPPRG00000000193 C7orf31 (ENSPPRG00000023165) NPVF (ENSPPRG00000023448) ENSPPRG00000022533 NFE2L3 (ENSPPRG00000021279) ##22 HNRNPA2B1 (ENSPPRG00000019212) CBX3 (ENSPPRG00000016142) SNX10 (ENSPPRG00000014532) SKAP2 (ENSPPRG00000012204) HOXA1 (ENSPPRG00000011916) HOXA2 (ENSPPRG00000011302) HOXA3 (ENSPPRG00000010844) HOXA4 (ENSPPRG00000010242) HOXA5 (ENSPPRG00000009947) HOXA6 (ENSPPRG00000009699) HOXA7 (ENSPPRG00000009429) HOXA9 (ENSPPRG00000009245) HOXA10 (ENSPPRG00000009005) HOXA11 (ENSPPRG00000008199) HOXA13 (ENSPPRG00000007567) Cat MODERN SPECIES 1 MALSU1 (ENSFCAG00000029829) IGF2BP3 (ENSFCAG00000030786) TRA2A (ENSFCAG00000005361) ENSFCAG00000049378 CCDC126 (ENSFCAG00000032411) FAM221A (ENSFCAG00000028026) STK31 (ENSFCAG00000028451) NPY (ENSFCAG00000010966) PALS2 (ENSFCAG00000014869) GSDME (ENSFCAG00000014873) OSBPL3 (ENSFCAG00000010032) ENSFCAG00000034184 ENSFCAG00000036552 CA2H7orf31 (ENSFCAG00000023175) NPVF (ENSFCAG00000008467) NFE2L3 (ENSFCAG00000031293) ##22 HNRNPA2B1 (ENSFCAG00000027765) ENSFCAG00000034520 SNX10 (ENSFCAG00000041224) SKAP2 (ENSFCAG00000025910) HOXA1 (ENSFCAG00000007937) HOXA2 (ENSFCAG00000007939) HOXA3 (ENSFCAG00000028952) HOXA4 (ENSFCAG00000035258) HOXA5 (ENSFCAG00000045684) HOXA6 (ENSFCAG00000034134) HOXA7 (ENSFCAG00000022150) HOXA9 (ENSFCAG00000036304) HOXA10 (ENSFCAG00000025359) HOXA11 (ENSFCAG00000007945) HOXA13 (ENSFCAG00000041347) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 Equus ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00940000157883.a.b.e.b ##18 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT01000000214669 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000159854 Donkey MODERN SPECIES GPNMB (ENSEASG00005021992) MALSU1 (ENSEASG00005021994) IGF2BP3 (ENSEASG00005021998) TRA2A (ENSEASG00005022002) CCDC126 (ENSEASG00005022005) FAM221A (ENSEASG00005022011) STK31 (ENSEASG00005022020) NPY (ENSEASG00005025389) PALS2 (ENSEASG00005022041) GSDME (ENSEASG00005022048) OSBPL3 (ENSEASG00005022065) CYCS (ENSEASG00005038171) ##18 C7orf31 (ENSEASG00005022075) NPVF (ENSEASG00005022093) ENSEASG00005022095 NFE2L3 (ENSEASG00005022104) ##22 HNRNPA2B1 (ENSEASG00005022108) CBX3 (ENSEASG00005022119) SNX10 (ENSEASG00005022123) SKAP2 (ENSEASG00005022133) HOXA1 (ENSEASG00005030120) HOXA2 (ENSEASG00005033684) HOXA3 (ENSEASG00005035791) HOXA5 (ENSEASG00005034554) ENSEASG00005028567 ENSEASG00005022172 HOXA10 (ENSEASG00005022176) HOXA11 (ENSEASG00005022180) HOXA13 (ENSEASG00005022194) EVX1 (ENSEASG00005000033) HIBADH (ENSEASG00005000063) Horse MODERN SPECIES 25 IGF2BP3 (ENSECAG00000016797) ENSECAG00000060279 TRA2A (ENSECAG00000011508) CCDC126 (ENSECAG00000019742) ENSECAG00000055994 FAM221A (ENSECAG00000021316) STK31 (ENSECAG00000021842) NPY (ENSECAG00000008726) PALS2 (ENSECAG00000009638) GSDME (ENSECAG00000021145) OSBPL3 (ENSECAG00000023989) CYCS (ENSECAG00000014330) ##18 C4H7orf31 (ENSECAG00000016478) NPVF (ENSECAG00000021063) ENSECAG00000058694 NFE2L3 (ENSECAG00000021973) ##22 HNRNPA2B1 (ENSECAG00000000782) SNX10 (ENSECAG00000013745) SKAP2 (ENSECAG00000020343) HOXA1 (ENSECAG00000021767) HOXA2 (ENSECAG00000000451) HOXA3 (ENSECAG00000022055) HOXA5 (ENSECAG00000000461) HOXA6 (ENSECAG00000000575) HOXA7 (ENSECAG00000054772) HOXA9 (ENSECAG00000054482) HOXA10 (ENSECAG00000012577) HOXA11 (ENSECAG00000058817) HOXA13 (ENSECAG00000038185) EVX1 (ENSECAG00000014337) HIBADH (ENSECAG00000016863) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00390000016010 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 Megabat MODERN SPECIES 1056 NFE2L3 (ENSPVAG00000006295) ##22 HNRNPA2B1 (ENSPVAG00000006296) CBX3 (ENSPVAG00000006297) SNX10 (ENSPVAG00000006298) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Microbat MODERN SPECIES 989 NUP42 (ENSMLUG00000008395) GPNMB (ENSMLUG00000008423) MALSU1 (ENSMLUG00000027691) IGF2BP3 (ENSMLUG00000008451) TRA2A (ENSMLUG00000013972) CCDC126 (ENSMLUG00000010591) FAM221A (ENSMLUG00000013979) STK31 (ENSMLUG00000010598) NPY (ENSMLUG00000004126) PALS2 (ENSMLUG00000006787) GSDME (ENSMLUG00000011133) OSBPL3 (ENSMLUG00000011152) ENSMLUG00000009521 C7orf31 (ENSMLUG00000016521) ENSMLUG00000023699 NFE2L3 (ENSMLUG00000007549) ##22 ENSMLUG00000007578 CBX3 (ENSMLUG00000007591) SNX10 (ENSMLUG00000000285) ENSMLUG00000014485 ENSMLUG00000023915 HOXA1 (ENSMLUG00000014496) HOXA2 (ENSMLUG00000014499) HOXA3 (ENSMLUG00000014502) ENSMLUG00000022220 HOXA5 (ENSMLUG00000028593) HOXA6 (ENSMLUG00000014517) HOXA7 (ENSMLUG00000008289) ENSMLUG00000027272 HOXA11 (ENSMLUG00000008300) HOXA13 (ENSMLUG00000008332) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 12 IGF2BP3 (ENSRFEG00010009439) TRA2A (ENSRFEG00010009374) CCDC126 (ENSRFEG00010009346) FAM221A (ENSRFEG00010009279) STK31 (ENSRFEG00010008639) NPY (ENSRFEG00010008575) ENSRFEG00010008531 ENSRFEG00010008487 PALS2 (ENSRFEG00010008380) GSDME (ENSRFEG00010008316) OSBPL3 (ENSRFEG00010008157) ENSRFEG00010008111 C7orf31 (ENSRFEG00010008020) NPVF (ENSRFEG00010007973) ENSRFEG00010007962 NFE2L3 (ENSRFEG00010007944) ##22 HNRNPA2B1 (ENSRFEG00010007611) CBX3 (ENSRFEG00010007556) SNX10 (ENSRFEG00010007496) ENSRFEG00010007479 SKAP2 (ENSRFEG00010007437) HOXA1 (ENSRFEG00010007395) HOXA2 (ENSRFEG00010007382) HOXA3 (ENSRFEG00010007370) HOXA4 (ENSRFEG00010007327) HOXA5 (ENSRFEG00010007299) HOXA6 (ENSRFEG00010007277) HOXA7 (ENSRFEG00010007246) HOXA9 (ENSRFEG00010007211) ENSRFEG00010007175 HOXA11 (ENSRFEG00010007153) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.f ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 Tenrec MODERN SPECIES 3012 NFE2L3 (ENSETEG00000018575) ##22 HNRNPA2B1 (ENSETEG00000018577) CBX3 (ENSETEG00000018579) Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.f ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Elephant MODERN SPECIES 428 NUP42 (ENSLAFG00000007523) GPNMB (ENSLAFG00000022142) MALSU1 (ENSLAFG00000011921) IGF2BP3 (ENSLAFG00000011924) TRA2A (ENSLAFG00000006598) CCDC126 (ENSLAFG00000008792) FAM221A (ENSLAFG00000016907) STK31 (ENSLAFG00000009258) NPY (ENSLAFG00000031995) PALS2 (ENSLAFG00000009793) GSDME (ENSLAFG00000009797) OSBPL3 (ENSLAFG00000016197) CYCS (ENSLAFG00000006894) ENSLAFG00000023244 NPVF (ENSLAFG00000008838) NFE2L3 (ENSLAFG00000006898) ##22 HNRNPA2B1 (ENSLAFG00000006902) ENSLAFG00000006907 SNX10 (ENSLAFG00000008687) SKAP2 (ENSLAFG00000021410) HOXA1 (ENSLAFG00000001615) HOXA2 (ENSLAFG00000001565) HOXA3 (ENSLAFG00000023253) HOXA4 (ENSLAFG00000008965) HOXA5 (ENSLAFG00000026981) HOXA6 (ENSLAFG00000006281) HOXA7 (ENSLAFG00000002101) HOXA9 (ENSLAFG00000008970) HOXA10 (ENSLAFG00000030920) HOXA11 (ENSLAFG00000005482) HOXA13 (ENSLAFG00000000738) Hyrax MODERN SPECIES 2889 NFE2L3 (ENSPCAG00000006292) ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 1290 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000156007 Sloth MODERN SPECIES 3167 NFE2L3 (ENSCHOG00000001811) ##22 Armadillo MODERN SPECIES 1682 NFE2L3 (ENSDNOG00000012919) ##22 ENSDNOG00000012928 ENSDNOG00000006250 SNX10 (ENSDNOG00000045458) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.f ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167.v ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500.d ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.f ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167.v ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500.d ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.f ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167.v ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500.d ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405.e.b ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431.f ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585.a ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162322 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1036 ENSVURG00010020134 ENSVURG00010020126 ENSVURG00010020118 ENSVURG00010020101 ENSVURG00010020085 ENSVURG00010020080 ENSVURG00010020074 ENSVURG00010019972 ENSVURG00010019940 ENSVURG00010019917 ENSVURG00010019898 ENSVURG00010019854 ENSVURG00010019836 ##18 ENSVURG00010019827 ENSVURG00010019822 ENSVURG00010019805 ##22 ENSVURG00010019785 ENSVURG00010019765 ENSVURG00010019757 ENSVURG00010019737 ENSVURG00010019727 ENSVURG00010019721 ENSVURG00010019713 ENSVURG00010019706 ENSVURG00010019698 ENSVURG00010019692 ENSVURG00010019687 ENSVURG00010019686 HOXA10 (ENSVURG00010019671) ENSVURG00010019662 ENSVURG00010019656 Common wonbat MODERN SPECIES 1036 ENSVURG00010001853 ENSVURG00010001822 ENSVURG00010001806 ENSVURG00010001736 ENSVURG00010001682 ENSVURG00010001674 ENSVURG00010001662 ENSVURG00010001026 ENSVURG00010000925 ENSVURG00010000860 ENSVURG00010000775 ENSVURG00010000673 ENSVURG00010000608 ##18 ENSVURG00010000574 ENSVURG00010000563 ENSVURG00010000522 ##22 ENSVURG00010000471 ENSVURG00010000437 ENSVURG00010000381 ENSVURG00010000328 ENSVURG00010000303 ENSVURG00010000296 ENSVURG00010000285 ENSVURG00010000272 ENSVURG00010000263 ENSVURG00010000256 ENSVURG00010000250 ENSVURG00010000241 ENSVURG00010000225 ENSVURG00010000215 ENSVURG00010000199 Wallaby MODERN SPECIES 4503 ENSMEUG00000001067 ##22 HNRNPA2B1 (ENSMEUG00000001084) Tasmanian devil MODERN SPECIES 4 MALSU1 (ENSSHAG00000032001) IGF2BP3 (ENSSHAG00000007163) TRA2A (ENSSHAG00000005727) CCDC126 (ENSSHAG00000030738) ENSSHAG00000003842 STK31 (ENSSHAG00000000643) NPY (ENSSHAG00000009192) PALS2 (ENSSHAG00000006179) GSDME (ENSSHAG00000029746) OSBPL3 (ENSSHAG00000002636) ENSSHAG00000022103 ENSSHAG00000027562 ##18 ENSSHAG00000024521 ENSSHAG00000018628 ENSSHAG00000024177 ENSSHAG00000017945 ##22 HNRNPA2B1 (ENSSHAG00000028707) CBX3 (ENSSHAG00000017913) SNX10 (ENSSHAG00000028084) SKAP2 (ENSSHAG00000022128) HOXA1 (ENSSHAG00000016818) HOXA2 (ENSSHAG00000016805) HOXA4 (ENSSHAG00000029999) HOXA3 (ENSSHAG00000016786) ENSSHAG00000026258 HOXA10 (ENSSHAG00000021817) HOXA11 (ENSSHAG00000016623) HOXA13 (ENSSHAG00000016581) EVX1 (ENSSHAG00000016439) HIBADH (ENSSHAG00000015501) TAX1BP1 (ENSSHAG00000015121) Opossum MODERN SPECIES 7 ENSMODG00000001030 IGF2BP3 (ENSMODG00000001014) ENSMODG00000048020 ENSMODG00000000807 CCDC126 (ENSMODG00000000787) ENSMODG00000028155 STK31 (ENSMODG00000000777) NPY (ENSMODG00000000745) ENSMODG00000000740 GSDME (ENSMODG00000000728) OSBPL3 (ENSMODG00000000723) CYCS (ENSMODG00000013402) ENSMODG00000000640 ENSMODG00000000610 ENSMODG00000023944 ENSMODG00000045075 ##22 HNRNPA2B1 (ENSMODG00000000603) ENSMODG00000000572 SNX10 (ENSMODG00000040432) SKAP2 (ENSMODG00000000521) HOXA1 (ENSMODG00000000507) HOXA2 (ENSMODG00000000502) HOXA3 (ENSMODG00000000494) ENSMODG00000049221 HOXA5 (ENSMODG00000000483) HOXA6 (ENSMODG00000000472) HOXA7 (ENSMODG00000038697) ENSMODG00000051224 HOXA10 (ENSMODG00000000463) HOXA11 (ENSMODG00000000453) HOXA13 (ENSMODG00000000449) Platypus MODERN SPECIES 19 KLHL7 (ENSOANG00000014207) NUP42 (ENSOANG00000014206) GPNMB (ENSOANG00000014205) MALSU1 (ENSOANG00000037543) IGF2BP3 (ENSOANG00000014203) TRA2A (ENSOANG00000014202) CCDC126 (ENSOANG00000014201) FAM221A (ENSOANG00000050001) STK31 (ENSOANG00000014200) NPY (ENSOANG00000013383) PALS2 (ENSOANG00000008427) GSDME (ENSOANG00000008431) OSBPL3 (ENSOANG00000008434) ENSOANG00000036736 ##18 ENSOANG00000031573 ENSOANG00000009158 ##22 HNRNPA2B1 (ENSOANG00000009159) CBX3 (ENSOANG00000009160) SNX10 (ENSOANG00000040490) SKAP2 (ENSOANG00000009162) HOXA1 (ENSOANG00000050092) ENSOANG00000009164 HOXA3 (ENSOANG00000009165) ENSOANG00000048692 HOXA5 (ENSOANG00000009167) HOXA6 (ENSOANG00000009168) HOXA7 (ENSOANG00000046422) ENSOANG00000046469 HOXA10 (ENSOANG00000045760) HOXA11 (ENSOANG00000045981) HOXA13 (ENSOANG00000040975) Sauria ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 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ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167.y ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00390000005623 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287.g ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894.a ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167.y ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00390000005623 ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287.g ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 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ENSGT00940000164628.cb ENSGT00940000163268 ENSGT00940000158311 Eastern brown snake MODERN SPECIES 38 ENSPTXG00000004505 ##22 HNRNPA2B1 (ENSPTXG00000004504) CBX3 (ENSPTXG00000004503) SNX10 (ENSPTXG00000004502) SKAP2 (ENSPTXG00000004501) HOXA1 (ENSPTXG00000004500) HOXA2 (ENSPTXG00000004499) HOXA3 (ENSPTXG00000004498) HOXA4 (ENSPTXG00000004497) HOXA5 (ENSPTXG00000004496) HOXA6 (ENSPTXG00000004495) ENSPTXG00000004494 HOXA9 (ENSPTXG00000004493) ENSPTXG00000004491 ENSPTXG00000004489 HOXA11 (ENSPTXG00000004488) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 55 PALS2 (ENSNSUG00000011849) GSDME (ENSNSUG00000011848) OSBPL3 (ENSNSUG00000011847) CYCS (ENSNSUG00000011846) ENSNSUG00000011845 NPVF (ENSNSUG00000011844) ENSNSUG00000011842 ##22 HNRNPA2B1 (ENSNSUG00000011841) CBX3 (ENSNSUG00000011840) SNX10 (ENSNSUG00000011839) SKAP2 (ENSNSUG00000011838) HOXA1 (ENSNSUG00000011837) ENSNSUG00000011835 HOXA3 (ENSNSUG00000011834) HOXA4 (ENSNSUG00000011833) ENSNSUG00000011832 HOXA6 (ENSNSUG00000011830) ENSNSUG00000011829 ENSNSUG00000011828 ENSNSUG00000011824 ENSNSUG00000011823 HOXA11 (ENSNSUG00000011822) Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 10732 ENSLLTG00000011394 ##22 HNRNPA2B1 (ENSLLTG00000011377) CBX3 (ENSLLTG00000011361) Indian cobra MODERN SPECIES 337 IGF2BP3 (ENSNNAG00000013753) ENSNNAG00000013824 CCDC126 (ENSNNAG00000013838) ENSNNAG00000013848 FAM221A (ENSNNAG00000013858) ENSNNAG00000013865 ENSNNAG00000013892 NPY (ENSNNAG00000013918) ENSNNAG00000013931 PALS2 (ENSNNAG00000013940) GSDME (ENSNNAG00000013970) OSBPL3 (ENSNNAG00000013989) CYCS (ENSNNAG00000014033) ENSNNAG00000014041 NPVF (ENSNNAG00000014051) ENSNNAG00000014084 ##22 HNRNPA2B1 (ENSNNAG00000014096) ENSNNAG00000014145 SNX10 (ENSNNAG00000014179) SKAP2 (ENSNNAG00000014205) HOXA1 (ENSNNAG00000014242) HOXA2 (ENSNNAG00000014269) HOXA3 (ENSNNAG00000014285) HOXA4 (ENSNNAG00000014295) HOXA5 (ENSNNAG00000014305) HOXA6 (ENSNNAG00000014321) HOXA7 (ENSNNAG00000014339) HOXA9 (ENSNNAG00000014351) ENSNNAG00000014380 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ENSGT00940000162440 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00940000157883.a.b.e.b ##18 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 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HOXA11 (ENSTMTG00000003050) painted turtle MODERN SPECIES 7 NUP42 (ENSCPBG00000022460) GPNMB (ENSCPBG00000022462) MALSU1 (ENSCPBG00000022463) IGF2BP3 (ENSCPBG00000022464) TRA2A (ENSCPBG00000022466) ENSCPBG00000022467 CCDC126 (ENSCPBG00000022468) STK31 (ENSCPBG00000022469) NPY (ENSCPBG00000022471) PALS2 (ENSCPBG00000022473) GSDME (ENSCPBG00000022474) OSBPL3 (ENSCPBG00000022476) ENSCPBG00000022479 ##18 C7orf31 (ENSCPBG00000022480) NPVF (ENSCPBG00000022481) NFE2L3 (ENSCPBG00000022484) ##22 HNRNPA2B1 (ENSCPBG00000022485) CBX3 (ENSCPBG00000022487) SNX10 (ENSCPBG00000022488) SKAP2 (ENSCPBG00000022490) HOXA1 (ENSCPBG00000022493) ENSCPBG00000022495 HOXA3 (ENSCPBG00000022496) HOXA4 (ENSCPBG00000022497) HOXA5 (ENSCPBG00000022498) HOXA6 (ENSCPBG00000022499) HOXA7 (ENSCPBG00000022500) ENSCPBG00000022501 HOXA10 (ENSCPBG00000022503) ENSCPBG00000022505 HOXA11 (ENSCPBG00000022506) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b 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Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES NUP42 (ENSCPRG00005015964) GPNMB (ENSCPRG00005015967) MALSU1 (ENSCPRG00005015969) ENSCPRG00005015973 ENSCPRG00005015974 CCDC126 (ENSCPRG00005015975) FAM221A (ENSCPRG00005015977) STK31 (ENSCPRG00005015984) NPY (ENSCPRG00005015989) PALS2 (ENSCPRG00005015996) GSDME (ENSCPRG00005016004) OSBPL3 (ENSCPRG00005016013) ENSCPRG00005016039 ##18 C7orf31 (ENSCPRG00005016048) NPVF (ENSCPRG00005016052) NFE2L3 (ENSCPRG00005016059) ##22 HNRNPA2B1 (ENSCPRG00005016066) CBX3 (ENSCPRG00005016073) SNX10 (ENSCPRG00005016075) ENSCPRG00005016077 SKAP2 (ENSCPRG00005016086) HOXA1 (ENSCPRG00005016088) ENSCPRG00005016091 HOXA3 (ENSCPRG00005016093) HOXA4 (ENSCPRG00005016095) HOXA5 (ENSCPRG00005016097) HOXA6 (ENSCPRG00005016098) HOXA7 (ENSCPRG00005016099) ENSCPRG00005016101 HOXA10 (ENSCPRG00005016102) ENSCPRG00005016104 Aves ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 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ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155602 ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT01030000235027 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000009405 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305.c.b ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 Medium ground finch MODERN SPECIES 36 KLHL7 (ENSGFOG00000006962) NUP42 (ENSGFOG00000006947) GPNMB 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(ENSSCAG00000015045) HOXA5 (ENSSCAG00000015048) HOXA6 (ENSSCAG00000015051) ENSSCAG00000015054 HOXA10 (ENSSCAG00000015059) HOXA11 (ENSSCAG00000015063) HOXA13 (ENSSCAG00000015071) Flycatcher MODERN SPECIES 11 KLHL7 (ENSFALG00000009689) NUP42 (ENSFALG00000009653) GPNMB (ENSFALG00000009646) MALSU1 (ENSFALG00000027606) IGF2BP3 (ENSFALG00000009615) TRA2A (ENSFALG00000009605) ENSFALG00000028399 CCDC126 (ENSFALG00000009598) FAM221A (ENSFALG00000009588) NPY (ENSFALG00000014449) PALS2 (ENSFALG00000009571) GSDME (ENSFALG00000009568) OSBPL3 (ENSFALG00000009555) ENSFALG00000027395 ##18 NPVF (ENSFALG00000026729) NFE2L3 (ENSFALG00000009537) ##22 HNRNPA2B1 (ENSFALG00000009527) CBX3 (ENSFALG00000025544) SNX10 (ENSFALG00000027903) SKAP2 (ENSFALG00000009503) HOXA1 (ENSFALG00000009490) ENSFALG00000009483 HOXA3 (ENSFALG00000009475) HOXA4 (ENSFALG00000028918) HOXA5 (ENSFALG00000023279) HOXA6 (ENSFALG00000009450) HOXA7 (ENSFALG00000028847) ENSFALG00000026888 HOXA10 (ENSFALG00000009427) HOXA11 (ENSFALG00000027023) ENSFALG00000009407 Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT01030000235027 ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00940000157883.a.b.e.b ##18 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000154431 ENSGT00940000153305.c ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000159522.f ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000164071 Kakapo DUPLICATION Kakapo MODERN SPECIES 12 MRPL45 (ENSSHBG00005009448) NPEPPS (ENSSHBG00005009482) KPNB1 (ENSSHBG00005009532) ENSSHBG00005009552 ENSSHBG00005009566 TBX21 (ENSSHBG00005009578) OSBPL7 (ENSSHBG00005009643) MRPL10 (ENSSHBG00005009737) ENSSHBG00005009744 SCRN2 (ENSSHBG00005009758) SP6 (ENSSHBG00005009774) SP2 (ENSSHBG00005009786) PNPO (ENSSHBG00005009805) PRR15L (ENSSHBG00005009820) CDK5RAP3 (ENSSHBG00005009863) ENSSHBG00005009936 ##22 ENSSHBG00005009950 ENSSHBG00005009969 ENSSHBG00005009990 ENSSHBG00005010020 DLX3 (ENSSHBG00005010048) ENSSHBG00005010082 ENSSHBG00005010109 FTSJ3 (ENSSHBG00005010153) PSMC5 (ENSSHBG00005010198) SMARCD2 (ENSSHBG00005010280) ASIC2 (ENSSHBG00005010612) ENSSHBG00005010657 CRHR1 (ENSSHBG00005010679) ITGB3 (ENSSHBG00005010742) ENSSHBG00005010805 Kakapo MODERN SPECIES KLHL7 (ENSSHBG00005005988) NUP42 (ENSSHBG00005005997) GPNMB (ENSSHBG00005006015) MALSU1 (ENSSHBG00005006036) IGF2BP3 (ENSSHBG00005006060) TRA2A (ENSSHBG00005006071) CCDC126 (ENSSHBG00005006086) FAM221A (ENSSHBG00005006100) STK31 (ENSSHBG00005006119) NPY (ENSSHBG00005006199) PALS2 (ENSSHBG00005006231) GSDME (ENSSHBG00005006258) OSBPL3 (ENSSHBG00005006418) ENSSHBG00005007969 ##18 NPVF (ENSSHBG00005007977) NFE2L3 (ENSSHBG00005007997) ##22 HNRNPA2B1 (ENSSHBG00005008006) CBX3 (ENSSHBG00005008027) SNX10 (ENSSHBG00005008053) SKAP2 (ENSSHBG00005008089) HOXA1 (ENSSHBG00005008162) ENSSHBG00005008197 HOXA3 (ENSSHBG00005008202) HOXA4 (ENSSHBG00005008209) HOXA5 (ENSSHBG00005008219) HOXA7 (ENSSHBG00005008228) ENSSHBG00005008236 HOXA10 (ENSSHBG00005008247) HOXA11 (ENSSHBG00005008263) ENSSHBG00005008269 EVX1 (ENSSHBG00005008278) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000164071 ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255 ENSGT00950000183025.b.a ENSGT00390000003635 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00390000007287 ENSGT00940000156475 ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000158500 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000155957 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000165630 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00940000160808 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT01030000234992 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000164628 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155660.b.c ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00940000160808 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.c ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000163268.d.a.e ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000155255.eb ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.h.b ENSGT00940000156420.a.b P. kingsleyae MODERN SPECIES 161 nfe2l3 (ENSPKIG00000000374) ##22 cbx3a (ENSPKIG00000000364) snx10a (ENSPKIG00000000346) hoxa1a (ENSPKIG00000000337) hoxa2b (ENSPKIG00000000322) HOXA4 (ENSPKIG00000000314) hoxa3a (ENSPKIG00000000306) hoxa5a (ENSPKIG00000000291) HOXA7 (ENSPKIG00000000233) hoxa9a (ENSPKIG00000000219) hoxa10b (ENSPKIG00000000211) hoxa11a (ENSPKIG00000000203) hoxa13a (ENSPKIG00000000189) evx1 (ENSPKIG00000000173) hibadhb (ENSPKIG00000000157) tax1bp1a (ENSPKIG00000000144) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 190 ENSGT00940000155660.a ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00940000160808 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00940000161975 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 172 ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.a.b.e #22 ENSGT00940000157883.a.b.f ##18 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00940000161975 ENSGT00990000205799 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 152 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00940000161975 ENSGT00990000205799 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 99 ENSGT00940000156869 ENSGT00940000157121 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315.kc ENSGT00940000155029.c.a.e.b ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156869 ENSGT00940000157121 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315.kc ENSGT00940000155029.c.a.e.b ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g Characoidei ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00940000157121 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315.kc ENSGT00940000155029.c.a.e.b ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.b ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g ENSGT00940000156420.a.b Red-bellied piranha MODERN SPECIES 29 GPNMB (ENSPNAG00000000461) igf2bp3 (ENSPNAG00000000470) tra2a (ENSPNAG00000000482) ccdc126 (ENSPNAG00000000485) fam221a (ENSPNAG00000007821) npy (ENSPNAG00000000490) ENSPNAG00000000507 ENSPNAG00000000516 osbpl3a (ENSPNAG00000007889) npvf (ENSPNAG00000007901) nfe2l3 (ENSPNAG00000007908) ##22 cbx3a (ENSPNAG00000007919) snx10a (ENSPNAG00000007934) hoxa1a (ENSPNAG00000007947) ENSPNAG00000007951 hoxa3a (ENSPNAG00000000544) hoxa5a (ENSPNAG00000007959) HOXA4 (ENSPNAG00000007964) ENSPNAG00000000559 ENSPNAG00000007968 hoxa11a (ENSPNAG00000000562) hoxa13a (ENSPNAG00000007974) evx1 (ENSPNAG00000007983) ENSPNAG00000007989 hibadha (ENSPNAG00000007995) tax1bp1a (ENSPNAG00000000582) Mexicana tetra MODERN SPECIES 515 npy (ENSAMXG00000036630) ENSAMXG00000035509 ENSAMXG00000033506 osbpl3a (ENSAMXG00000000651) npvf (ENSAMXG00000016285) nfe2l3 (ENSAMXG00000035735) ##22 cbx3a (ENSAMXG00000043340) snx10a (ENSAMXG00000042065) Electric eel MODERN SPECIES 231 osbpl3a (ENSEEEG00000001599) npvf (ENSEEEG00000001595) nfe2l3 (ENSEEEG00000001593) ##22 cbx3a (ENSEEEG00000001557) snx10a (ENSEEEG00000001519) hoxa1a (ENSEEEG00000001513) ENSEEEG00000001512 hoxa3a (ENSEEEG00000001510) HOXA4 (ENSEEEG00000001508) hoxa5a (ENSEEEG00000001507) ENSEEEG00000001506 ENSEEEG00000001505 hoxa11a (ENSEEEG00000001503) hoxa13a (ENSEEEG00000001502) evx1 (ENSEEEG00000001499) ENSEEEG00000001497 tax1bp1a (ENSEEEG00000001496) jazf1a (ENSEEEG00000001495) Channel catfish MODERN SPECIES 16 ENSIPUG00000013434 ENSIPUG00000013418 zdhhc4 (ENSIPUG00000013325) pgp (ENSIPUG00000013314) ENSIPUG00000013303 ENSIPUG00000013289 tyk2 (ENSIPUG00000013222) raver1 (ENSIPUG00000013153) ENSIPUG00000013140 PDE4A (ENSIPUG00000013114) prkcsh (ENSIPUG00000013025) elavl3 (ENSIPUG00000013002) ENSIPUG00000012977 ENSIPUG00000012960 ENSIPUG00000012944 nfe2l3 (ENSIPUG00000012932) ##22 ENSIPUG00000012923 cbx3a (ENSIPUG00000012872) zgc:86598 (ENSIPUG00000012631) ENSIPUG00000012567 ENSIPUG00000012536 hsf1 (ENSIPUG00000012482) ENSIPUG00000012441 exosc7 (ENSIPUG00000012381) fam203a (ENSIPUG00000012316) scx (ENSIPUG00000012296) bop1 (ENSIPUG00000012277) ENSIPUG00000012259 nanos3 (ENSIPUG00000012246) ENSIPUG00000012240 edn1 (ENSIPUG00000012227) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156475.f ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581.g.a ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g ENSGT00940000156420.a.b.a ENSGT00940000161975 ENSGT00990000205799 ENSGT00760000119737.a Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT00530000063609.b.x.r ENSGT00530000063609.b.x.q.b ENSGT00390000004280.b ENSGT00950000183188.B.i ENSGT00940000154957.B.b ENSGT00940000157167.ab ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B.h ENSGT00770000120611.B.g ENSGT00940000156475.f.c ENSGT00940000155348.A.i ENSGT00940000155880.f.f ENSGT00940000155957.b.c ENSGT00940000157883.a.b.f.d ##18 ENSGT00390000003271.d ENSGT00950000182892.a.b.b.k ##22 ENSGT00940000153305.j ENSGT00940000156007.k.b ENSGT00940000157315.kc.d ENSGT00940000159522.i.a ENSGT00940000158988.a.a.g ENSGT00940000159894.p ENSGT00940000166648.c.b ENSGT00940000158311.a.c ENSGT00940000164071.b.b.c ENSGT00940000159854.d ENSGT00940000165581.g.a.b ENSGT00950000183025.b.a.ab.e.a ENSGT00390000003635.g.a ENSGT00940000156420.a.b.a.a ENSGT00940000161975.d Goldfish MODERN SPECIES 10 KCNH8 (ENSCARG00000020573) satb1a (ENSCARG00000020567) tbc1d5 (ENSCARG00000020443) dazl (ENSCARG00000020409) ENSCARG00000020405 oxnad1 (ENSCARG00000020398) GPNMB (ENSCARG00000020368) igf2bp3 (ENSCARG00000019683) tra2a (ENSCARG00000019610) fam221a (ENSCARG00000019601) npy (ENSCARG00000019590) ENSCARG00000019221 ENSCARG00000019190 osbpl3a (ENSCARG00000019140) npvf (ENSCARG00000019116) nfe2l3 (ENSCARG00000019112) ##22 cbx3a (ENSCARG00000019073) snx10a (ENSCARG00000019061) hoxa1a (ENSCARG00000019054) ENSCARG00000019051 HOXA4 (ENSCARG00000019044) hoxa3a (ENSCARG00000019037) hoxa5a (ENSCARG00000019033) ENSCARG00000019031 hoxa11a (ENSCARG00000019022) hoxa13a (ENSCARG00000019014) EVX1 (ENSCARG00000019009) hibadha (ENSCARG00000018994) tax1bp1a (ENSCARG00000018982) jazf1a (ENSCARG00000018973) CREB5 (ENSCARG00000018969) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063609.b.x.r ENSGT00530000063609.b.x.q.b ENSGT00390000004280.b ENSGT00950000183188.B.i ENSGT00940000154957.B.b ENSGT00940000157167.ab ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00770000120611.B.h ENSGT00770000120611.B.g ENSGT00940000156475.f.c ENSGT00940000155348.A.i ENSGT00940000155880.f.f ENSGT00940000155957.b.c ENSGT00940000157883.a.b.f.d ##18 ENSGT00390000003271.d ENSGT00950000182892.a.b.b.k ##22 ENSGT00940000153305.j ENSGT00940000156007.k.b ENSGT00940000157315.kc.d ENSGT00940000159522.i.a ENSGT00940000158988.a.a.g ENSGT00940000159894.p ENSGT00940000166648.c.b ENSGT00940000158311.a.c ENSGT00940000164071.b.b.c ENSGT00940000159854.d ENSGT00940000165581.g.a.b ENSGT00950000183025.b.a.ab.e.a ENSGT00390000003635.g.a ENSGT00940000156420.a.b.a.a ENSGT00940000161975.d Common carp reference MODERN SPECIES 12 KCNH8 (ENSCCRG00000023886) satb1a (ENSCCRG00000024007) tbc1d5 (ENSCCRG00000023940) dazl (ENSCCRG00000023883) RFTN1 (ENSCCRG00000023881) oxnad1 (ENSCCRG00000023876) GPNMB (ENSCCRG00000023873) igf2bp3 (ENSCCRG00000030227) tra2a (ENSCCRG00000062498) fam221a (ENSCCRG00000037999) ENSCCRG00000038004 ENSCCRG00000038010 OSBPL3 (ENSCCRG00000010797) ENSCCRG00000037612 ##18 npvf (ENSCCRG00000074653) nfe2l3 (ENSCCRG00000071197) ##22 CBX3 (ENSCCRG00000080967) snx10a (ENSCCRG00000063489) hoxa1a 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(ENSSGRG00000050446) EVX1 (ENSSGRG00000050444) hibadha (ENSSGRG00000050438) tax1bp1a (ENSSGRG00000050437) jazf1a (ENSSGRG00000050436) CREB5 (ENSSGRG00000050433) TRIL (ENSSGRG00000050432) ENSSGRG00000050430 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 190 ENSGT00940000156475.f.d ENSGT00940000155348.A.j ENSGT00940000155880.f.e ENSGT00940000155957.b.d ENSGT00390000003271.c ENSGT00950000182892.a.b.b.l ##22 ENSGT00940000153305.i ENSGT00940000156007.k.a ENSGT00940000157315.kc.c ENSGT00940000155029.c.a.e.b.a ENSGT00940000159522.i.b ENSGT00940000158988.a.a.h ENSGT00940000159894.o ENSGT00940000166648.d ENSGT00940000158311.a.d ENSGT00940000164071.b.b.d ENSGT00940000159854.c ENSGT00940000165581.g.a.a ENSGT00950000183025.b.a.ab.f ENSGT00390000003635.g.b ENSGT00940000156420.a.b.a.b Goldfish MODERN SPECIES 38 ABRA (ENSCARG00000036355) SAMD12 (ENSCARG00000036347) ext1b (ENSCARG00000036324) med30 (ENSCARG00000036316) SLC30A8 (ENSCARG00000036309) RPRD1A (ENSCARG00000036295) ENSCARG00000036288 grinaa 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ENSGT00940000159854.c ENSGT00940000165581.g.a.a ENSGT00950000183025.b.a.ab.f ENSGT00390000003635.g.b ENSGT00940000156420.a.b.a.b Common carp reference MODERN SPECIES 31 tbc1d5 (ENSCCRG00000032372) dazl (ENSCCRG00000064421) ENSCCRG00000023882 ENSCCRG00000032267 oxnad1 (ENSCCRG00000032264) GPNMB (ENSCCRG00000041852) igf2bp3 (ENSCCRG00000054552) tra2a (ENSCCRG00000030052) ccdc126 (ENSCCRG00000073389) fam221a (ENSCCRG00000057810) npy (ENSCCRG00000013855) ENSCCRG00000026632 ENSCCRG00000082773 osbpl3a (ENSCCRG00000037850) npvf (ENSCCRG00000066501) nfe2l3 (ENSCCRG00000082240) ##22 CBX3 (ENSCCRG00000019533) snx10a (ENSCCRG00000059432) HOXA1 (ENSCCRG00000019554) ENSCCRG00000065947 hoxa3a (ENSCCRG00000055555) ENSCCRG00000019572 hoxa5a (ENSCCRG00000082248) hoxa11a (ENSCCRG00000001646) hoxa13a (ENSCCRG00000001656) EVX1 (ENSCCRG00000001663) ENSCCRG00000058704 tax1bp1a (ENSCCRG00000019584) jazf1a (ENSCCRG00000054496) CREB5 (ENSCCRG00000019620) ENSCCRG00000075077 Golden-line barbel MODERN SPECIES 324 osbpl3a (ENSSGRG00000009007) ENSSGRG00000009004 ##18 npvf (ENSSGRG00000009003) nfe2l3 (ENSSGRG00000009002) ##22 cbx3a (ENSSGRG00000009001) snx10a (ENSSGRG00000008990) hoxa1a (ENSSGRG00000008986) ENSSGRG00000008980 hoxa3a (ENSSGRG00000008979) ENSSGRG00000008978 HOXA4 (ENSSGRG00000008977) hoxa5a (ENSSGRG00000008976) ENSSGRG00000008975 hoxa11a (ENSSGRG00000008974) hoxa13a (ENSSGRG00000008973) EVX1 (ENSSGRG00000008971) hibadha (ENSSGRG00000008938) tax1bp1a (ENSSGRG00000008936) jazf1a (ENSSGRG00000008933) Zebrafish MODERN SPECIES 10 dync1li1 (ENSDARG00000098317) ENSDARG00000102973 slc39a7 (ENSDARG00000104451) ppt2b (ENSDARG00000104542) cratb (ENSDARG00000098782) ddah2 (ENSDARG00000105009) clic1 (ENSDARG00000103340) ENSDARG00000116617 ENSDARG00000099289 VPS52 (ENSDARG00000099258) rps18 (ENSDARG00000100392) FKBP10 (ENSDARG00000099183) p3h4 (ENSDARG00000104089) ENSDARG00000101612 42sp43 (ENSDARG00000104170) nfe2l3 (ENSDARG00000019810) ##22 cbx3a (ENSDARG00000003860) snx10a (ENSDARG00000004405) ints8 (ENSDARG00000057986) top2b (ENSDARG00000034195) ENSDARG00000107952 thrb (ENSDARG00000021163) nr1d2b (ENSDARG00000009594) rpl15 (ENSDARG00000009285) nkiras1 (ENSDARG00000099527) ube2e1 (ENSDARG00000116649) sf3a3 (ENSDARG00000100114) maneal (ENSDARG00000056450) stmn1a (ENSDARG00000004169) PTPRU (ENSDARG00000092638) gmeb1 (ENSDARG00000062060) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 217 ENSGT00940000154995 ENSGT00940000154337.b ENSGT00940000156869 ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00530000063480.b ENSGT00390000004280 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00940000155348.A ENSGT00940000155880.f ENSGT00940000155957.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315.kc ENSGT00940000159854 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00940000161975 ENSGT00990000205799 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000010145.c.b ENSGT00390000007888 ENSGT00940000154107.b Denticle herring MODERN SPECIES 19 dazl (ENSDCDG00000020453) oxnad1 (ENSDCDG00000020449) ENSDCDG00000020447 igf2bp3 (ENSDCDG00000020441) ENSDCDG00000020438 ENSDCDG00000020437 cbx3a (ENSDCDG00000020424) ENSDCDG00000020341 oxnad1 (ENSDCDG00000020334) ENSDCDG00000020333 ccdc126 (ENSDCDG00000020327) ENSDCDG00000020324 ENSDCDG00000020266 ENSDCDG00000020249 ENSDCDG00000020247 nfe2l3 (ENSDCDG00000020246) ##22 cbx3a (ENSDCDG00000020241) snx10a (ENSDCDG00000020066) hoxa1a (ENSDCDG00000020061) ENSDCDG00000020059 hoxa1a (ENSDCDG00000020057) ENSDCDG00000020055 evx1 (ENSDCDG00000020054) tax1bp1a (ENSDCDG00000020050) ENSDCDG00000020049 TRIL (ENSDCDG00000020047) ENSDCDG00000020046 ENSDCDG00000020044 ENSDCDG00000020039 ASTE1 (ENSDCDG00000020036) rpl14 (ENSDCDG00000020033) Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g ENSGT00940000156420.a.b ENSGT00940000161975 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000157121 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000156869 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000004280 ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00530000063480.b ENSGT00940000154959 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000157121 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000180587 ENSGT00940000156869 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156869 ENSGT00940000180587 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 294 ENSHCOG00000016627 dazl (ENSHCOG00000016622) ENSHCOG00000016619 oxnad1 (ENSHCOG00000016605) ENSHCOG00000016602 ENSHCOG00000016597 FKBP14 (ENSHCOG00000016583) FKBP14 (ENSHCOG00000000465) ENSHCOG00000000463 ENSHCOG00000016504 ##18 ENSHCOG00000016495 nfe2l3 (ENSHCOG00000016480) ##22 cbx3a (ENSHCOG00000016474) snx10a (ENSHCOG00000016464) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00940000180587 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Zig-zag eel MODERN SPECIES 2 satb1a (ENSMAMG00000027316) tbc1d5 (ENSMAMG00000008426) ENSMAMG00000008399 ENSMAMG00000024303 ENSMAMG00000028009 ENSMAMG00000025888 dazl (ENSMAMG00000008203) ENSMAMG00000024330 ENSMAMG00000028333 oxnad1 (ENSMAMG00000026716) ENSMAMG00000008108 ENSMAMG00000008087 ENSMAMG00000027344 ENSMAMG00000008039 ENSMAMG00000008025 nfe2l3 (ENSMAMG00000008016) ##22 CBX3 (ENSMAMG00000008011) snx10a (ENSMAMG00000007992) HOXA1 (ENSMAMG00000007973) ENSMAMG00000007958 hoxa3a (ENSMAMG00000007941) HOXA4 (ENSMAMG00000007955) hoxa5a (ENSMAMG00000025732) HOXA7 (ENSMAMG00000027947) ENSMAMG00000025324 ENSMAMG00000007899 ENSMAMG00000007887 hoxa11a (ENSMAMG00000007883) ENSMAMG00000007871 evx1 (ENSMAMG00000007854) hibadha (ENSMAMG00000007830) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Climbing perch MODERN SPECIES 2 ENSATEG00000000830 ENSATEG00000000940 satb1a (ENSATEG00000000974) tbc1d5 (ENSATEG00000001109) ENSATEG00000001204 ENSATEG00000027399 dazl (ENSATEG00000001349) ENSATEG00000001386 ENSATEG00000001396 oxnad1 (ENSATEG00000001424) ENSATEG00000001434 ENSATEG00000001464 ENSATEG00000001514 ENSATEG00000001525 ENSATEG00000001574 nfe2l3 (ENSATEG00000001620) ##22 CBX3 (ENSATEG00000001629) snx10a (ENSATEG00000001661) HOXA1 (ENSATEG00000001717) ENSATEG00000001763 HOXA3 (ENSATEG00000001808) HOXA4 (ENSATEG00000028592) hoxa5a (ENSATEG00000001828) ENSATEG00000001859 ENSATEG00000001918 hoxa11a (ENSATEG00000001926) ENSATEG00000026862 evx1 (ENSATEG00000001945) hibadha (ENSATEG00000001998) tax1bp1a (ENSATEG00000002002) JAZF1 (ENSATEG00000002071) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 2 GPNMB (ENSBSLG00000014590) ENSBSLG00000014584 ENSBSLG00000014563 satb1a (ENSBSLG00000014540) tbc1d5 (ENSBSLG00000012727) ENSBSLG00000012668 DNAH3 (ENSBSLG00000012261) dazl (ENSBSLG00000012205) ENSBSLG00000012189 oxnad1 (ENSBSLG00000012170) ENSBSLG00000012157 ENSBSLG00000012133 FKBP14 (ENSBSLG00000012125) ENSBSLG00000012090 ENSBSLG00000012060 nfe2l3 (ENSBSLG00000012036) ##22 cbx3a (ENSBSLG00000011919) snx10a (ENSBSLG00000011898) hoxa1a (ENSBSLG00000011877) ENSBSLG00000011861 hoxa3a (ENSBSLG00000011839) HOXA4 (ENSBSLG00000011815) hoxa5a (ENSBSLG00000011797) HOXA7 (ENSBSLG00000011758) hoxa11a (ENSBSLG00000011737) hoxa13a (ENSBSLG00000011697) evx1 (ENSBSLG00000011641) ENSBSLG00000011586 hibadha (ENSBSLG00000010856) tax1bp1a (ENSBSLG00000010674) jazf1a (ENSBSLG00000010180) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab.b Barramundi perch MODERN SPECIES 3 ENSLCAG00010017049 ENSLCAG00010017042 satb1a (ENSLCAG00010017040) tbc1d5 (ENSLCAG00010016938) ENSLCAG00010016925 DNAH3 (ENSLCAG00010016780) dazl (ENSLCAG00010016730) ENSLCAG00010016725 oxnad1 (ENSLCAG00010016722) ENSLCAG00010016719 ENSLCAG00010016711 FKBP14 (ENSLCAG00010016709) COLQ (ENSLCAG00010016703) ENSLCAG00010016702 ##18 ENSLCAG00010016700 nfe2l3 (ENSLCAG00010016699) ##22 cbx3a (ENSLCAG00010016686) snx10a (ENSLCAG00010016683) hoxa1a (ENSLCAG00010016677) ENSLCAG00010016673 hoxa3a (ENSLCAG00010016667) HOXA4 (ENSLCAG00010016671) hoxa5a (ENSLCAG00010016664) HOXA7 (ENSLCAG00010016662) ENSLCAG00010016661 hoxa10b (ENSLCAG00010016658) hoxa11a (ENSLCAG00010016655) hoxa13a (ENSLCAG00010016654) evx1 (ENSLCAG00010016651) hibadha (ENSLCAG00010016611) ENSLCAG00010016602 Seriola ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab.b Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3204 ENSSLDG00000005024 DNAH3 (ENSSLDG00000005261) dazl (ENSSLDG00000005485) ENSSLDG00000005518 oxnad1 (ENSSLDG00000005533) ENSSLDG00000005548 ENSSLDG00000005567 FKBP14 (ENSSLDG00000005590) COLQ (ENSSLDG00000005618) ENSSLDG00000005643 ##18 ENSSLDG00000005659 nfe2l3 (ENSSLDG00000005672) ##22 cbx3a (ENSSLDG00000005680) snx10a (ENSSLDG00000005732) hoxa1a (ENSSLDG00000005844) ENSSLDG00000005939 hoxa3a (ENSSLDG00000006013) HOXA4 (ENSSLDG00000006027) hoxa5a (ENSSLDG00000006039) HOXA7 (ENSSLDG00000006049) ENSSLDG00000006063 hoxa10b (ENSSLDG00000006083) hoxa11a (ENSSLDG00000006095) hoxa13a (ENSSLDG00000006148) evx1 (ENSSLDG00000006166) hibadha (ENSSLDG00000006181) tax1bp1a (ENSSLDG00000006207) Greater amberjack MODERN SPECIES 48 ENSSDUG00000005269 ENSSDUG00000005261 ENSSDUG00000005250 ENSSDUG00000005235 ENSSDUG00000005221 ENSSDUG00000005200 dazl (ENSSDUG00000005172) ENSSDUG00000005158 oxnad1 (ENSSDUG00000005142) ENSSDUG00000005132 ENSSDUG00000005117 FKBP14 (ENSSDUG00000005096) ENSSDUG00000005062 ENSSDUG00000005049 ##18 ENSSDUG00000005032 nfe2l3 (ENSSDUG00000005020) ##22 cbx3a (ENSSDUG00000005004) snx10a (ENSSDUG00000004833) hoxa1a (ENSSDUG00000004791) ENSSDUG00000004775 hoxa3a (ENSSDUG00000004765) HOXA4 (ENSSDUG00000004757) hoxa5a (ENSSDUG00000004737) HOXA7 (ENSSDUG00000004723) ENSSDUG00000004714 hoxa11a (ENSSDUG00000004669) hoxa10b (ENSSDUG00000004658) hoxa13a (ENSSDUG00000004612) evx1 (ENSSDUG00000004583) hibadha (ENSSDUG00000004564) tax1bp1a (ENSSDUG00000004489) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Tongue sole MODERN SPECIES 9 ENSCSEG00000014616 ENSCSEG00000014606 ENSCSEG00000014591 ENSCSEG00000014583 ENSCSEG00000014563 ENSCSEG00000014555 dazl (ENSCSEG00000014529) ENSCSEG00000014523 oxnad1 (ENSCSEG00000014519) ENSCSEG00000014515 ENSCSEG00000014506 FKBP14 (ENSCSEG00000014491) ENSCSEG00000014447 ENSCSEG00000014427 ##18 ENSCSEG00000014403 nfe2l3 (ENSCSEG00000014383) ##22 snx10a (ENSCSEG00000014353) hoxa1a (ENSCSEG00000014346) ENSCSEG00000014339 hoxa3a (ENSCSEG00000014335) HOXA4 (ENSCSEG00000014321) hoxa5a (ENSCSEG00000014317) HOXA7 (ENSCSEG00000014312) ENSCSEG00000014310 hoxa10b (ENSCSEG00000014301) hoxa11a (ENSCSEG00000014288) hoxa13a (ENSCSEG00000014281) evx1 (ENSCSEG00000014267) hibadha (ENSCSEG00000014257) tax1bp1a (ENSCSEG00000014240) jazf1a (ENSCSEG00000014225) Turbot MODERN SPECIES 14 ENSSMAG00000014358 ENSSMAG00000014391 satb1a (ENSSMAG00000014406) tbc1d5 (ENSSMAG00000014510) ENSSMAG00000014560 ENSSMAG00000036740 dazl (ENSSMAG00000014694) ENSSMAG00000014721 oxnad1 (ENSSMAG00000014752) ENSSMAG00000014767 ENSSMAG00000014778 ENSSMAG00000014788 ENSSMAG00000014800 ENSSMAG00000014822 ##18 ENSSMAG00000014833 nfe2l3 (ENSSMAG00000014852) ##22 CBX3 (ENSSMAG00000014860) snx10a (ENSSMAG00000014876) ENSSMAG00000015127 HOXA1 (ENSSMAG00000015134) ENSSMAG00000015164 HOXA3 (ENSSMAG00000015176) HOXA4 (ENSSMAG00000021678) hoxa5a (ENSSMAG00000015188) HOXA7 (ENSSMAG00000015198) ENSSMAG00000015202 ENSSMAG00000015206 hoxa11a (ENSSMAG00000015215) hoxa13a (ENSSMAG00000015259) ENSSMAG00000034628 hibadha (ENSSMAG00000015307) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT01030000234973 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab ENSGT00390000003635.g Fugu MODERN SPECIES 3 angpt2b (ENSTRUG00000015237) col9a2 (ENSTRUG00000015261) ENSTRUG00000019764 ADGRB2 (ENSTRUG00000028305) ptp4a2b (ENSTRUG00000015716) col8a2 (ENSTRUG00000024438) trappc3 (ENSTRUG00000015734) dazl (ENSTRUG00000015745) oxnad1 (ENSTRUG00000015784) ENSTRUG00000020614 ENSTRUG00000015805 FKBP14 (ENSTRUG00000021578) ENSTRUG00000015831 ENSTRUG00000024909 ##18 rfrp (ENSTRUG00000015852) nfe2l3 (ENSTRUG00000015857) ##22 cbx3a (ENSTRUG00000015895) snx10a (ENSTRUG00000015910) hoxa1a (ENSTRUG00000015937) ENSTRUG00000015941 HOXA4 (ENSTRUG00000023173) hoxa3a (ENSTRUG00000022811) hoxa5a (ENSTRUG00000018252) ENSTRUG00000015974 hoxa10b (ENSTRUG00000015981) hoxa11a (ENSTRUG00000020015) hoxa13a (ENSTRUG00000016010) Evx1 (ENSTRUG00000020143) hibadha (ENSTRUG00000023488) tax1bp1a (ENSTRUG00000027936) Jazf1a (ENSTRUG00000028050) Tetraodon MODERN SPECIES 15 ENSTNIG00000009220 angpt2b (ENSTNIG00000009219) col9a2 (ENSTNIG00000009218) ENSTNIG00000009217 ENSTNIG00000000175 ENSTNIG00000009216 ENSTNIG00000001705 ptp4a2b (ENSTNIG00000001611) col8a2 (ENSTNIG00000009215) trappc3 (ENSTNIG00000009214) dazl (ENSTNIG00000001115) ENSTNIG00000009213 oxnad1 (ENSTNIG00000009212) FKBP14 (ENSTNIG00000009211) ENSTNIG00000009210 nfe2l3 (ENSTNIG00000009209) ##22 cbx3a (ENSTNIG00000001200) snx10a (ENSTNIG00000009208) hoxa1a (ENSTNIG00000000977) ENSTNIG00000001753 hoxa3a (ENSTNIG00000001754) HOXA4 (ENSTNIG00000001755) hoxa5a (ENSTNIG00000001756) ENSTNIG00000001582 hoxa10b (ENSTNIG00000001766) hoxa11a (ENSTNIG00000001767) hoxa13a (ENSTNIG00000009207) evx1 (ENSTNIG00000000875) hibadha (ENSTNIG00000009206) tax1bp1a (ENSTNIG00000009205) jazf1a (ENSTNIG00000009204) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Ballan wrasse MODERN SPECIES 297 ENSLBEG00000005479 ENSLBEG00000005497 satb1a (ENSLBEG00000005545) tbc1d5 (ENSLBEG00000005629) ENSLBEG00000005694 DNAH3 (ENSLBEG00000005767) dazl (ENSLBEG00000006023) ENSLBEG00000006086 oxnad1 (ENSLBEG00000006128) ENSLBEG00000006164 ENSLBEG00000006184 FKBP14 (ENSLBEG00000006207) ENSLBEG00000006241 ENSLBEG00000006274 ##18 ENSLBEG00000006286 nfe2l3 (ENSLBEG00000006302) ##22 cbx3a (ENSLBEG00000006320) snx10a (ENSLBEG00000006336) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Perciformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Lumpfish MODERN SPECIES 2 ENSCLMG00005019314 ENSCLMG00005019330 tbc1d5 (ENSCLMG00005019337) ENSCLMG00005020074 ENSCLMG00005020080 ENSCLMG00005020085 dazl (ENSCLMG00005020089) ENSCLMG00005020090 oxnad1 (ENSCLMG00005020091) ENSCLMG00005020092 ENSCLMG00005020096 FKBP14 (ENSCLMG00005020097) ENSCLMG00005020100 ENSCLMG00005020101 ##18 ENSCLMG00005020102 nfe2l3 (ENSCLMG00005020103) ##22 cbx3a (ENSCLMG00005020104) snx10a (ENSCLMG00005020105) hoxa1a (ENSCLMG00005020112) ENSCLMG00005020113 hoxa3a (ENSCLMG00005020115) HOXA4 (ENSCLMG00005020116) hoxa5a (ENSCLMG00005020117) ENSCLMG00005020119 ENSCLMG00005020123 hoxa11a (ENSCLMG00005020127) hoxa13a (ENSCLMG00005020129) evx1 (ENSCLMG00005020130) hibadha (ENSCLMG00005020131) tax1bp1a (ENSCLMG00005020195) jazf1a (ENSCLMG00005020199) Stickleback MODERN SPECIES 9 igf2bp3 (ENSGACG00000006894) GPNMB (ENSGACG00000006942) ENSGACG00000006954 satb1a (ENSGACG00000006960) tbc1d5 (ENSGACG00000006967) ENSGACG00000006988 ENSGACG00000006993 dazl (ENSGACG00000007001) ENSGACG00000007006 oxnad1 (ENSGACG00000007010) ENSGACG00000007024 ENSGACG00000007025 FKBP14 (ENSGACG00000007031) ENSGACG00000007049 cycsb (ENSGACG00000007058) ##18 nfe2l3 (ENSGACG00000007066) ##22 cbx3a (ENSGACG00000007069) snx10a (ENSGACG00000007074) hoxa1a (ENSGACG00000007085) ENSGACG00000007090 hoxa3a (ENSGACG00000007094) HOXA4 (ENSGACG00000007100) hoxa5a (ENSGACG00000007108) HOXA7 (ENSGACG00000007112) ENSGACG00000007123 hoxa10b (ENSGACG00000007128) hoxa11a (ENSGACG00000007132) hoxa13a (ENSGACG00000007134) evx1 (ENSGACG00000007148) hibadha (ENSGACG00000007155) tax1bp1a (ENSGACG00000007180) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Pike perch MODERN SPECIES 41 ENSSLUG00000001516 KCNH8 (ENSSLUG00000001500) satb1a (ENSSLUG00000014957) tbc1d5 (ENSSLUG00000014419) ENSSLUG00000014304 DNAH3 (ENSSLUG00000011601) dazl (ENSSLUG00000011304) ENSSLUG00000011298 oxnad1 (ENSSLUG00000011292) ENSSLUG00000011290 ENSSLUG00000011287 FKBP14 (ENSSLUG00000011283) COLQ (ENSSLUG00000011276) ENSSLUG00000011273 ENSSLUG00000011269 nfe2l3 (ENSSLUG00000011266) ##22 cbx3a (ENSSLUG00000011259) snx10a (ENSSLUG00000011232) hoxa1a (ENSSLUG00000011224) ENSSLUG00000011223 hoxa3a (ENSSLUG00000011219) HOXA4 (ENSSLUG00000011218) hoxa5a (ENSSLUG00000011216) HOXA7 (ENSSLUG00000011211) ENSSLUG00000011207 ENSSLUG00000011201 hoxa11a (ENSSLUG00000011196) hoxa13a (ENSSLUG00000011191) evx1 (ENSSLUG00000011184) hibadha (ENSSLUG00000011037) tax1bp1a (ENSSLUG00000011017) Channel bull blenny MODERN SPECIES 2 ENSCGOG00000002550 ENSCGOG00000002526 ENSCGOG00000002521 ENSCGOG00000002519 ENSCGOG00000002511 dazl (ENSCGOG00000002506) ENSCGOG00000002503 ENSCGOG00000002501 oxnad1 (ENSCGOG00000002500) ENSCGOG00000002497 ENSCGOG00000002489 FKBP14 (ENSCGOG00000002494) COLQ (ENSCGOG00000002481) ENSCGOG00000002478 ##18 ENSCGOG00000002473 nfe2l3 (ENSCGOG00000002472) ##22 cbx3a (ENSCGOG00000002431) snx10a (ENSCGOG00000002413) hoxa1a (ENSCGOG00000002411) ENSCGOG00000002408 hoxa3a (ENSCGOG00000002407) HOXA4 (ENSCGOG00000002403) hoxa5a (ENSCGOG00000002402) HOXA7 (ENSCGOG00000002396) ENSCGOG00000002392 hoxa10b (ENSCGOG00000002380) hoxa11a (ENSCGOG00000002371) hoxa13a (ENSCGOG00000002368) evx1 (ENSCGOG00000002366) hibadha (ENSCGOG00000002339) tax1bp1a (ENSCGOG00000002329) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 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ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 ENSLCRG00005014856 ENSLCRG00005014559 satb1a (ENSLCRG00005014537) tbc1d5 (ENSLCRG00005011243) ENSLCRG00005011199 DNAH3 (ENSLCRG00005008939) dazl (ENSLCRG00005008918) ENSLCRG00005008917 oxnad1 (ENSLCRG00005008916) ENSLCRG00005008913 ENSLCRG00005008912 FKBP14 (ENSLCRG00005008910) COLQ (ENSLCRG00005008908) ENSLCRG00005008907 ##18 ENSLCRG00005008906 nfe2l3 (ENSLCRG00005008904) ##22 cbx3a (ENSLCRG00005008899) snx10a (ENSLCRG00005008897) hoxa1a (ENSLCRG00005008896) ENSLCRG00005008895 hoxa3a (ENSLCRG00005008893) HOXA4 (ENSLCRG00005008891) hoxa5a (ENSLCRG00005008888) HOXA7 (ENSLCRG00005008884) ENSLCRG00005008882 ENSLCRG00005008877 hoxa11a (ENSLCRG00005008876) hoxa13a (ENSLCRG00005008874) evx1 (ENSLCRG00005008873) hibadha (ENSLCRG00005008807) tax1bp1a (ENSLCRG00005008801) European seabass MODERN SPECIES 22 GPNMB (ENSDLAG00005007926) ENSDLAG00005007909 ENSDLAG00005007626 satb1a (ENSDLAG00005031860) tbc1d5 (ENSDLAG00005006722) ENSDLAG00005005956 ENSDLAG00005003054 dazl (ENSDLAG00005002759) ENSDLAG00005002699 oxnad1 (ENSDLAG00005002662) ENSDLAG00005002604 ENSDLAG00005002367 ENSDLAG00005030672 ENSDLAG00005002300 ENSDLAG00005019969 NFE2L3 (ENSDLAG00005028211) ##22 SNX10 (ENSDLAG00005019932) hoxa1a (ENSDLAG00005019926) hoxa3a (ENSDLAG00005026758) HOXA4 (ENSDLAG00005027508) HOXA7 (ENSDLAG00005032717) ENSDLAG00005033816 ENSDLAG00005019887 hoxa11a (ENSDLAG00005019880) hoxa13a (ENSDLAG00005019876) evx1 (ENSDLAG00005032633) hibadha (ENSDLAG00005019778) tax1bp1a (ENSDLAG00005019739) jazf1a (ENSDLAG00005032768) ENSDLAG00005019707 TRIL (ENSDLAG00005033461) Gilthead seabream MODERN SPECIES 17 ENSSAUG00010022259 ENSSAUG00010022260 satb1a (ENSSAUG00010022261) tbc1d5 (ENSSAUG00010022263) ENSSAUG00010022956 DNAH3 (ENSSAUG00010023021) dazl (ENSSAUG00010023098) ENSSAUG00010023101 oxnad1 (ENSSAUG00010023102) ENSSAUG00010023103 ENSSAUG00010023104 FKBP14 (ENSSAUG00010023105) ENSSAUG00010023106 ENSSAUG00010023107 ##18 ENSSAUG00010023108 nfe2l3 (ENSSAUG00010023109) ##22 cbx3a (ENSSAUG00010023110) snx10a (ENSSAUG00010023111) hoxa1a (ENSSAUG00010023113) ENSSAUG00010023114 hoxa3a (ENSSAUG00010023115) HOXA4 (ENSSAUG00010023116) hoxa5a (ENSSAUG00010023117) HOXA7 (ENSSAUG00010023118) ENSSAUG00010023119 hoxa10b (ENSSAUG00010023121) hoxa11a (ENSSAUG00010023122) hoxa13a (ENSSAUG00010023123) evx1 (ENSSAUG00010023124) hibadha (ENSSAUG00010023125) tax1bp1a (ENSSAUG00010023127) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00940000180587 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959.x.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959.x.b ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959.x.b ENSGT00940000154959.w ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959.w ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00960000188241 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 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ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT01030000234992 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Orange clownfish MODERN SPECIES 8 ENSAPEG00000018980 ENSAPEG00000018987 ENSAPEG00000018991 ENSAPEG00000019029 ENSAPEG00000019059 dazl (ENSAPEG00000019114) ENSAPEG00000019138 ENSAPEG00000019149 oxnad1 (ENSAPEG00000019163) ENSAPEG00000019182 ENSAPEG00000019216 FKBP14 (ENSAPEG00000019236) COLQ (ENSAPEG00000019258) ENSAPEG00000019301 ##18 ENSAPEG00000019310 nfe2l3 (ENSAPEG00000019329) ##22 cbx3a (ENSAPEG00000019335) snx10a (ENSAPEG00000019361) hoxa1a (ENSAPEG00000019509) ENSAPEG00000019539 hoxa3a (ENSAPEG00000019555) HOXA4 (ENSAPEG00000019567) hoxa5a (ENSAPEG00000019578) HOXA7 (ENSAPEG00000019614) ENSAPEG00000019634 hoxa10b (ENSAPEG00000019646) hoxa11a (ENSAPEG00000019676) hoxa13a (ENSAPEG00000019685) evx1 (ENSAPEG00000019743) hibadha (ENSAPEG00000019757) tax1bp1a (ENSAPEG00000019804) Clown anemonefish MODERN SPECIES 1854 ENSAOCG00000019353 ENSAOCG00000019370 satb1a (ENSAOCG00000019435) tbc1d5 (ENSAOCG00000001411) ENSAOCG00000019496 DNAH3 (ENSAOCG00000001983) dazl (ENSAOCG00000019742) ENSAOCG00000002490 oxnad1 (ENSAOCG00000019771) ENSAOCG00000002340 ENSAOCG00000001440 FKBP14 (ENSAOCG00000019796) COLQ (ENSAOCG00000001460) ENSAOCG00000001463 ##18 ENSAOCG00000019842 nfe2l3 (ENSAOCG00000001467) ##22 cbx3a (ENSAOCG00000019896) snx10a (ENSAOCG00000019909) NTNG1 (ENSAOCG00000019963) Spiny chromis MODERN SPECIES 424 dusp12 (ENSAPOG00000010352) TPR (ENSAPOG00000010288) odr4 (ENSAPOG00000009518) dpydb (ENSAPOG00000009496) ptbp2b (ENSAPOG00000000265) CHD7 (ENSAPOG00000009351) rab2a (ENSAPOG00000009138) ca8 (ENSAPOG00000009089) ENSAPOG00000009069 COLQ (ENSAPOG00000009049) ENSAPOG00000008966 ##18 ENSAPOG00000008948 nfe2l3 (ENSAPOG00000008937) ##22 cbx3a (ENSAPOG00000008918) snx10a (ENSAPOG00000008888) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 996 ENSSPAG00000013601 DNAH3 (ENSSPAG00000013626) dazl (ENSSPAG00000013741) ENSSPAG00000013764 oxnad1 (ENSSPAG00000013778) ENSSPAG00000013795 ENSSPAG00000013810 FKBP14 (ENSSPAG00000013868) ENSSPAG00000013885 ENSSPAG00000013919 ##18 ENSSPAG00000013927 nfe2l3 (ENSSPAG00000013936) ##22 cbx3a (ENSSPAG00000013950) snx10a (ENSSPAG00000013977) Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00940000180587 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Oryzias ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000154957.B ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x.f ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000154957.B ENSGT00950000183188.B ENSGT00940000160808 ENSGT00940000156869 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x.f ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Indian medaka MODERN SPECIES 3 igf2bp3 (ENSOMEG00000017916) GPNMB (ENSOMEG00000017953) ENSOMEG00000017971 KCNH8 (ENSOMEG00000018013) satb1a (ENSOMEG00000018126) tbc1d5 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(ENSOSIG00000010075) jazf1a (ENSOSIG00000010073) Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 2 igf2bp3 (ENSORLG00000004712) GPNMB (ENSORLG00000004727) ENSORLG00000004737 KCNH8 (ENSORLG00000004750) ENSORLG00000004761 tbc1d5 (ENSORLG00000004796) ENSORLG00000004834 dazl (ENSORLG00000004848) RFTN1 (ENSORLG00000004886) oxnad1 (ENSORLG00000004904) ENSORLG00000004907 ENSORLG00000025388 FKBP14 (ENSORLG00000004912) ENSORLG00000004944 ENSORLG00000025295 nfe2l3 (ENSORLG00000004962) ##22 cbx3a (ENSORLG00000029462) snx10a (ENSORLG00000026166) hoxa1a (ENSORLG00000004981) ENSORLG00000004987 hoxa3a (ENSORLG00000027867) HOXA4 (ENSORLG00000005025) hoxa5a (ENSORLG00000026145) HOXA7 (ENSORLG00000023188) hoxa9a (ENSORLG00000027463) ENSORLG00000005034 hoxa11a (ENSORLG00000005037) hoxa13a (ENSORLG00000005043) evx1 (ENSORLG00000005050) hibadha (ENSORLG00000005067) tax1bp1a (ENSORLG00000005098) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000180587 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a 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ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Mangrove rivulus MODERN SPECIES 2 ENSKMAG00000019757 ENSKMAG00000019741 tbc1d5 (ENSKMAG00000019660) ENSKMAG00000019608 DNAH3 (ENSKMAG00000019500) dazl (ENSKMAG00000019443) ENSKMAG00000019415 ENSKMAG00000019406 oxnad1 (ENSKMAG00000019375) ENSKMAG00000019364 ENSKMAG00000019351 FKBP14 (ENSKMAG00000019327) COLQ (ENSKMAG00000019299) ENSKMAG00000019288 ##18 ENSKMAG00000019264 nfe2l3 (ENSKMAG00000019254) ##22 cbx3a (ENSKMAG00000019244) snx10a (ENSKMAG00000019100) hoxa1a (ENSKMAG00000019048) ENSKMAG00000019031 hoxa3a (ENSKMAG00000019016) HOXA4 (ENSKMAG00000019005) hoxa5a (ENSKMAG00000018990) HOXA7 (ENSKMAG00000018979) ENSKMAG00000018970 hoxa10b (ENSKMAG00000018961) hoxa11a (ENSKMAG00000018955) hoxa13a (ENSKMAG00000018947) evx1 (ENSKMAG00000018913) hibadha (ENSKMAG00000018892) tax1bp1a (ENSKMAG00000018833) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1618 ENSNFUG00015005194 TOMM7 (ENSNFUG00015005215) hycc1 (ENSNFUG00015005237) KLHL7 (ENSNFUG00015005266) CABZ01002626.1 (ENSNFUG00015005337) SMARCC1B (ENSNFUG00015005404) ENSNFUG00015005762 dazl (ENSNFUG00015005767) ENSNFUG00015005769 oxnad1 (ENSNFUG00015005772) ENSNFUG00015005779 ENSNFUG00015005782 FKBP14 (ENSNFUG00015005790) COLQ (ENSNFUG00015005797) ENSNFUG00015005804 NFE2L3 (ENSNFUG00015005812) ##22 CBX3A (ENSNFUG00015005822) snx10a (ENSNFUG00015005838) hoxa1a (ENSNFUG00015005861) ENSNFUG00015005862 hoxa3a (ENSNFUG00015005867) HOXA4 (ENSNFUG00015005870) HOXA5A (ENSNFUG00015005877) HOXA7 (ENSNFUG00015005885) ENSNFUG00015005887 hoxa10b (ENSNFUG00015005892) hoxa11a (ENSNFUG00015005895) hoxa13a (ENSNFUG00015005897) evx1 (ENSNFUG00015005899) HIBADHA (ENSNFUG00015005906) tax1bp1a (ENSNFUG00015005921) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a ##18 ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b ##18 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a ##18 ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b ##18 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 ENSGT00940000156007.k ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159894 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000166648 ENSGT00940000163268.d.a ENSGT00940000158311.a ENSGT00940000164071.b.b ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Poecilia ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000008096.C.b ENSGT00940000157121 ENSGT00940000155660.a ENSGT00940000154959 ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 ENSGT00760000119737 ENSGT00940000160267 ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000162818.c.b.e.a.a ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.a ##18 ENSGT00940000157883.a.b.f.pb.b ##18 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b ##22 ENSGT00940000153305 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ENSGT00940000159854 ENSGT00940000165581 ENSGT00950000183025.b.a.ab Amazon molly MODERN SPECIES 389 tbc1d5 (ENSPFOG00000004071) ENSPFOG00000003495 ENSPFOG00000003548 DNAH3 (ENSPFOG00000003449) dazl (ENSPFOG00000003357) ENSPFOG00000003182 oxnad1 (ENSPFOG00000003073) ENSPFOG00000020429 ENSPFOG00000002982 FKBP14 (ENSPFOG00000003022) ENSPFOG00000002970 ENSPFOG00000002807 ENSPFOG00000002764 ##18 ENSPFOG00000002759 ##18 ENSPFOG00000002750 nfe2l3 (ENSPFOG00000002719) ##22 cbx3a (ENSPFOG00000002688) snx10a (ENSPFOG00000002685) hoxa1a (ENSPFOG00000002670) ENSPFOG00000022132 hoxa3a (ENSPFOG00000002649) HOXA4 (ENSPFOG00000021687) hoxa5a (ENSPFOG00000002629) HOXA7 (ENSPFOG00000002599) ENSPFOG00000002585 hoxa10b (ENSPFOG00000002523) hoxa11a (ENSPFOG00000024708) hoxa13a (ENSPFOG00000002494) evx1 (ENSPFOG00000002469) hibadha (ENSPFOG00000002325) tax1bp1a (ENSPFOG00000002209) Sailfin molly MODERN SPECIES 141 ENSPLAG00000021626 ENSPLAG00000021632 ENSPLAG00000021650 ENSPLAG00000021663 ENSPLAG00000021687 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MODERN SPECIES 9 zbtb10 (ENSELUG00000004027) hey1 (ENSELUG00000004051) stmn2b (ENSELUG00000004065) si:dkeyp-120h9.1 (ENSELUG00000004101) ripor2 (ENSELUG00000004232) ENSELUG00000004285 gmnn (ENSELUG00000004309) ENSELUG00000028082 trappc3 (ENSELUG00000004334) col8a2 (ENSELUG00000030174) ptp4a2b (ENSELUG00000004419) ENSELUG00000033096 ADGRB2 (ENSELUG00000004574) ENSELUG00000004670 ENSELUG00000004814 nfe2l3 (ENSELUG00000004851) ##22 cbx3a (ENSELUG00000004880) ENSELUG00000028209 snx10a (ENSELUG00000004919) hoxa1a (ENSELUG00000004945) ENSELUG00000004984 hoxa3a (ENSELUG00000005012) HOXA4 (ENSELUG00000028027) hoxa5a (ENSELUG00000005024) HOXA7 (ENSELUG00000028152) ENSELUG00000028773 hoxa10b (ENSELUG00000005073) hoxa11a (ENSELUG00000005123) hoxa13a (ENSELUG00000005145) evx1 (ENSELUG00000005188) hibadha (ENSELUG00000005263) Salmoninae DUPLICATION Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 136 ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b.m.a ##22 ENSGT00940000153305.l 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ENSGT00940000155029.c.a.f.a ENSGT00940000159522.u.b ENSGT00940000158988.a.a.f ENSGT00940000159894.n ENSGT00940000161013.h ENSGT00940000166648.b ENSGT00940000163268.d.a.c ENSGT00940000158311.a.b ENSGT00940000164071.b.b.a ENSGT00940000159854.a ENSGT00940000165581.c.a ENSGT00950000183025.b.a.ab.d Salmo ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157988.m ENSGT00940000157068.c.g ENSGT01030000234597.a.b.b.e.b.g.a.a ENSGT00940000165898.c ENSGT01000000222038.a ENSGT00940000153717.a.a.q ENSGT00940000153270.a.r ENSGT00950000182774.a.a.b.a.a ENSGT00390000003880.b.a.d ENSGT00940000154317.a.a.g.b ENSGT00940000154383.a.i.a ENSGT00940000160103.i.a ENSGT00940000158302.d.b.b ENSGT00940000161290.d ENSGT01030000234992.b ENSGT00950000182892.a.b.b.m.a ##22 ENSGT00940000153305.l ENSGT00940000156007.k.d ENSGT00940000157315.hc.a ENSGT00940000155029.c.a.f.a ENSGT00940000159522.u.b ENSGT00940000158988.a.a.f ENSGT00940000159894.n ENSGT00940000166648.b ENSGT00940000163268.d.a.c ENSGT00940000158311.a.b ENSGT00940000164071.b.b.a ENSGT00940000159854.a ENSGT00940000165581.c.a ENSGT00950000183025.b.a.ab.d ENSGT00390000003635.g.c.b River trout MODERN SPECIES 29 si:dkeyp-120h9.1 (ENSSTUG00000046074) ENSSTUG00000046089 ripor2 (ENSSTUG00000046125) gmnn (ENSSTUG00000046402) ENSSTUG00000046417 ENSSTUG00000046425 trappc3 (ENSSTUG00000046432) ENSSTUG00000046466 col8a2 (ENSSTUG00000046470) ptp4a2b (ENSSTUG00000046474) ENSSTUG00000046500 ENSSTUG00000046503 ENSSTUG00000046508 ENSSTUG00000046517 ENSSTUG00000046547 nfe2l3 (ENSSTUG00000046551) ##22 cbx3a (ENSSTUG00000046557) snx10a (ENSSTUG00000046585) hoxa1a (ENSSTUG00000046591) ENSSTUG00000046602 hoxa3a (ENSSTUG00000046619) HOXA4 (ENSSTUG00000046643) hoxa5a (ENSSTUG00000046646) hoxa11a (ENSSTUG00000046652) hoxa13a (ENSSTUG00000046658) EVX1 (ENSSTUG00000046662) ENSSTUG00000046667 tax1bp1a (ENSSTUG00000046720) jazf1a (ENSSTUG00000046732) CREB5 (ENSSTUG00000046744) TRIL (ENSSTUG00000046754) Atlantic salmon MODERN SPECIES 5 stmn2b (ENSSSAG00000042602) ENSSSAG00000107152 si:dkeyp-120h9.1 (ENSSSAG00000046688) ripor2 (ENSSSAG00000052301) ENSSSAG00000046285 ENSSSAG00000092861 trappc3 (ENSSSAG00000046390) ENSSSAG00000101004 tp4a2 (ENSSSAG00000046480) ENSSSAG00000046244 ENSSSAG00000027483 ENSSSAG00000090253 ENSSSAG00000097270 col9a2 (ENSSSAG00000064768) ENSSSAG00000104433 nfe2l3 (ENSSSAG00000095537) ##22 cbx3 (ENSSSAG00000064790) snx10a (ENSSSAG00000117399) hoxa1a (ENSSSAG00000082638) hoxa2aa (ENSSSAG00000065006) hoxa3a (ENSSSAG00000065011) hoxa4a (ENSSSAG00000065018) hoxa5a (ENSSSAG00000065028) hoxa9ab (ENSSSAG00000065038) ENSSSAG00000118319 hoxa11aa (ENSSSAG00000065063) hoxa13aa (ENSSSAG00000065068) EVX1 (ENSSSAG00000065073) ENSSSAG00000065080 tax1bp1a (ENSSSAG00000065188) ENSSSAG00000103120 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01030000234597.a.b.b.e.b.g.a.a ENSGT00940000165898.c ENSGT00940000153717.a.a.q ENSGT00940000153270.a.r ENSGT00950000183052.b.c.a.b.c.a ENSGT00390000003880.b.a.d ENSGT00940000154317.a.a.g.b ENSGT00940000154383.a.j.a ENSGT00940000154383.a.j.b ENSGT00940000160103.i.a ENSGT00940000158302.d.a.k ENSGT00940000158302.d.b.b ENSGT00940000161290.d ENSGT01030000234992.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b.m.a ##22 ENSGT00940000153305.l ENSGT00940000156007.k.d ENSGT00940000157315.hc.a ENSGT00940000155029.c.a.f.a ENSGT00940000159522.u.b ENSGT00940000158988.a.a.f ENSGT00940000159894.n ENSGT00940000161013.h ENSGT00940000166648.b ENSGT00940000163268.d.a.c ENSGT00940000158311.a.b ENSGT00940000164071.b.b.a ENSGT00940000159854.a ENSGT00940000165581.c.a ENSGT00950000183025.b.a.ab.d Rainbow trout MODERN SPECIES 24 ENSOMYG00000055365 si:dkeyp-120h9.1 (ENSOMYG00000004757) ripor2 (ENSOMYG00000003873) ENSOMYG00000003932 ENSOMYG00000003948 trappc3 (ENSOMYG00000004039) ENSOMYG00000005039 ENSOMYG00000005217 ENSOMYG00000072985 ENSOMYG00000049062 ENSOMYG00000056808 ENSOMYG00000077735 ENSOMYG00000012584 ENSOMYG00000005433 ENSOMYG00000058163 nfe2l3 (ENSOMYG00000005546) ##22 CBX3 (ENSOMYG00000066476) ENSOMYG00000057329 snx10a (ENSOMYG00000005605) ENSOMYG00000075549 snx10a (ENSOMYG00000056461) ENSOMYG00000064397 ENSOMYG00000063825 HOXA1 (ENSOMYG00000005629) ENSOMYG00000005648 HOXA3 (ENSOMYG00000067402) HOXA4 (ENSOMYG00000005706) hoxa5a (ENSOMYG00000005721) HOXA7 (ENSOMYG00000060173) ENSOMYG00000005794 ENSOMYG00000005816 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157068.c.g ENSGT01030000234597.a.b.b.e.b.g.a.a ENSGT00940000165898.c ENSGT00940000153717.a.a.q ENSGT00940000153270.a.r ENSGT00950000183052.b.c.a.b.c.a ENSGT00390000003880.b.a.d ENSGT00940000154317.a.a.g.b ENSGT00940000154383.a.j.a ENSGT00940000160103.i.a ENSGT00940000158302.d.a.k ENSGT00940000158302.d.b.b ENSGT00940000161290.d ENSGT01030000234992.b ENSGT00390000003271 ENSGT00950000182892.a.b.b.m.a ##22 ENSGT00940000153305.l ENSGT00940000156007.k.d ENSGT00940000157315.hc.a ENSGT00940000155029.c.a.f.a ENSGT00940000159522.u.b ENSGT00940000158988.a.a.f ENSGT00940000159894.n ENSGT00940000166648.b ENSGT00940000163268.d.a.c ENSGT00940000158311.a.b ENSGT00940000164071.b.b.a ENSGT00940000159854.a ENSGT00940000165581.c.a ENSGT00950000183025.b.a.ab.d ENSGT00390000003635.g.c.b Chinook salmon MODERN SPECIES 65 ENSOTSG00005012835 ENSOTSG00005012837 nfe2l3 (ENSOTSG00005012838) ##22 cbx3a (ENSOTSG00005031251) snx10a (ENSOTSG00005031296) hoxa1a (ENSOTSG00005031298) hoxa3a (ENSOTSG00005031301) HOXA4 (ENSOTSG00005031305) hoxa5a (ENSOTSG00005031306) hoxa10b (ENSOTSG00005031307) hoxa11a (ENSOTSG00005031310) hoxa13a (ENSOTSG00005031311) EVX1 (ENSOTSG00005031312) ENSOTSG00005031314 ENSOTSG00005031343 jazf1a (ENSOTSG00005031344) CREB5 (ENSOTSG00005031345) TRIL (ENSOTSG00005031346) Coho salmon MODERN SPECIES 5 stmn2b (ENSOKIG00005010209) si:dkeyp-120h9.1 (ENSOKIG00005010122) ripor2 (ENSOKIG00005010070) gmnn (ENSOKIG00005010054) ENSOKIG00005010046 trappc3 (ENSOKIG00005010010) COL8A2 (ENSOKIG00005009988) ptp4a2b (ENSOKIG00005009965) ENSOKIG00005009959 ADGRB2 (ENSOKIG00005009529) ENSOKIG00005009494 ENSOKIG00005009486 ENSOKIG00005009461 col9a2 (ENSOKIG00005009453) ENSOKIG00005009442 nfe2l3 (ENSOKIG00005009311) ##22 SNX10 (ENSOKIG00005009287) hoxa1a (ENSOKIG00005009277) ENSOKIG00005009258 hoxa3a (ENSOKIG00005009246) HOXA4 (ENSOKIG00005009230) hoxa5a (ENSOKIG00005009216) ENSOKIG00005009193 ENSOKIG00005009180 hoxa11a (ENSOKIG00005009170) hoxa13a (ENSOKIG00005009160) EVX1 (ENSOKIG00005009149) ENSOKIG00005009061 tax1bp1a (ENSOKIG00005009040) jazf1a (ENSOKIG00005009022) ENSOKIG00005009015 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 158 ENSGT00940000157068.c.h ENSGT01030000234597.a.b.b.e.b.g.b ENSGT00940000165898.d ENSGT00940000153717.a.a.r ENSGT00530000068834 ENSGT00940000153270.a.q ENSGT00390000003880.b.a.c ENSGT00940000154317.a.a.g.a ENSGT00940000154383.a.i.b ENSGT00940000160103.i.b ENSGT00940000158302.e ENSGT00940000158302.d.b.a ENSGT00940000161290.c ENSGT00940000157883.a.b.f.wb ##18 ENSGT01030000234992.a ENSGT00950000182892.a.b.b.m.b ##22 ENSGT00940000153305.k ENSGT00940000156007.k.c ENSGT00940000157315.hc.b ENSGT00940000155029.c.a.f.b ENSGT00940000159522.u.a ENSGT00940000158988.a.a.e ENSGT00940000159894.m ENSGT00940000161013.g ENSGT00940000166648.a ENSGT00940000163268.d.a.d ENSGT00940000158311.a.a ENSGT00940000164071.b.b.b ENSGT00940000159854.b ENSGT00940000165581.c.b Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000157068.c.h ENSGT01030000234597.a.b.b.e.b.g.a.b ENSGT00940000165898.d ENSGT00940000153717.a.a.r ENSGT00530000068834 ENSGT00940000153270.a.q ENSGT00390000003880.b.a.c ENSGT00940000154317.a.a.g.a ENSGT00940000154383.a.i.b ENSGT00940000160103.i.b ENSGT00940000158302.e ENSGT00940000158302.d.b.a ENSGT00940000161290.c ENSGT00940000157883.a.b.f.wb ##18 ENSGT01030000234992.a ENSGT00950000182892.a.b.b.m.b ##22 ENSGT00940000153305.k ENSGT00940000156007.k.c ENSGT00940000157315.hc.b ENSGT00940000155029.c.a.f.b ENSGT00940000159522.u.a ENSGT00940000158988.a.a.e ENSGT00940000159894.m ENSGT00940000161013.g ENSGT00940000166648.a ENSGT00940000163268.d.a.d ENSGT00940000158311.a.a ENSGT00940000164071.b.b.b ENSGT00940000159854.b ENSGT00940000165581.c.b ENSGT00950000183025.b.a.ab.c Salmo ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157988.n ENSGT00940000157068.c.h.b ENSGT01030000234597.a.b.b.e.b.g.a.b ENSGT00940000165898.d ENSGT00940000153717.a.a.r ENSGT00940000153270.a.q ENSGT00940000164868.A.d ENSGT00390000003880.b.a.c ENSGT00940000154317.a.a.g.a ENSGT00940000154383.a.i.b ENSGT00940000160103.i.b ENSGT00940000158302.d.b.a ENSGT00940000161290.c ENSGT00940000157883.a.b.f.wb ##18 ENSGT01030000234992.a ENSGT00950000182892.a.b.b.m.b ##22 ENSGT00940000153305.k ENSGT00940000156007.k.c ENSGT00940000157315.hc.b ENSGT00940000155029.c.a.f.b ENSGT00940000159522.u.a ENSGT00940000158988.a.a.e ENSGT00940000159894.m ENSGT00940000161013.g ENSGT00940000166648.a ENSGT00940000163268.d.a.d ENSGT00940000158311.a.a ENSGT00940000164071.b.b.b ENSGT00940000159854.b ENSGT00940000165581.c.b ENSGT00950000183025.b.a.ab.c Atlantic salmon MODERN SPECIES 19 hey1 (ENSSSAG00000112880) stmn2b (ENSSSAG00000116793) si:dkeyp-120h9.1 (ENSSSAG00000048856) ripor2 (ENSSSAG00000052730) ENSSSAG00000052769 gmnn (ENSSSAG00000052775) trappc3 (ENSSSAG00000052785) ENSSSAG00000052814 tp4a2 (ENSSSAG00000052823) ENSSSAG00000114374 ENSSSAG00000116732 ENSSSAG00000106578 ENSSSAG00000103162 ENSSSAG00000111371 ENSSSAG00000052895 nfe2l3 (ENSSSAG00000052910) ##22 CBX3 (ENSSSAG00000052931) snx10a (ENSSSAG00000114556) ENSSSAG00000118316 ENSSSAG00000111158 HOXA1 (ENSSSAG00000083647) hoxa2ab (ENSSSAG00000053040) hoxa3ab (ENSSSAG00000053050) hoxa4aa (ENSSSAG00000053060) hoxa5aa (ENSSSAG00000053069) ENSSSAG00000095697 hoxa10ab (ENSSSAG00000053094) hoxa11ab (ENSSSAG00000053097) hoxa13 (ENSSSAG00000053102) EVX1 (ENSSSAG00000053107) ENSSSAG00000053109 River trout MODERN SPECIES 27 hey1 (ENSSTUG00000017921) stmn2b (ENSSTUG00000017936) si:dkeyp-120h9.1 (ENSSTUG00000017960) ripor2 (ENSSTUG00000018036) gmnn (ENSSTUG00000018208) ENSSTUG00000018213 trappc3 (ENSSTUG00000018222) col8a2 (ENSSTUG00000018231) ptp4a2b (ENSSTUG00000018246) ADGRB2 (ENSSTUG00000018312) ENSSTUG00000018970 col9a2 (ENSSTUG00000018988) ENSSTUG00000019012 ENSSTUG00000019019 ##18 ENSSTUG00000019034 nfe2l3 (ENSSTUG00000019045) ##22 cbx3a (ENSSTUG00000019056) snx10a (ENSSTUG00000019085) hoxa1a (ENSSTUG00000019096) ENSSTUG00000019141 hoxa3a (ENSSTUG00000019151) HOXA4 (ENSSTUG00000019162) hoxa5a (ENSSTUG00000019174) HOXA7 (ENSSTUG00000019182) ENSSTUG00000019197 hoxa10b (ENSSTUG00000019212) hoxa11a (ENSSTUG00000019219) hoxa13a (ENSSTUG00000019226) EVX1 (ENSSTUG00000019239) ENSSTUG00000019249 tax1bp1a (ENSSTUG00000019255) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000157068.c.h ENSGT01030000234597.a.b.b.e.b.g.a.b ENSGT00940000165898.d ENSGT00940000153717.a.a.r ENSGT00530000068834 ENSGT00940000153270.a.q ENSGT00390000003880.b.a.c ENSGT00940000154317.a.a.g.a ENSGT00940000154383.a.i.b ENSGT00940000160103.i.b ENSGT00940000158302.e ENSGT00940000158302.d.b.a ENSGT00940000161290.c ENSGT00940000157883.a.b.f.wb ##18 ENSGT01030000234992.a ENSGT00950000182892.a.b.b.m.b ##22 ENSGT00940000153305.k ENSGT00940000156007.k.c ENSGT00940000157315.hc.b ENSGT00940000155029.c.a.f.b ENSGT00940000159522.u.a ENSGT00940000158988.a.a.e ENSGT00940000159894.m ENSGT00940000161013.g ENSGT00940000166648.a ENSGT00940000163268.d.a.d ENSGT00940000158311.a.a ENSGT00940000164071.b.b.b ENSGT00940000159854.b ENSGT00940000165581.c.b ENSGT00950000183025.b.a.ab.c Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000157988.n ENSGT00940000157068.c.h ENSGT01030000234597.a.b.b.e.b.g.a.b ENSGT00940000165898.d ENSGT00940000153717.a.a.r ENSGT00530000068834 ENSGT00940000153270.a.q ENSGT00390000003880.b.a.c ENSGT00940000154317.a.a.g.a ENSGT00940000154383.a.i.b ENSGT00940000160103.i.b ENSGT00940000158302.d.b.a ENSGT00940000161290.c ENSGT00940000157883.a.b.f.wb ##18 ENSGT01030000234992.a ENSGT00950000182892.a.b.b.m.b ##22 ENSGT00940000153305.k ENSGT00940000156007.k.c ENSGT00940000157315.hc.b ENSGT00940000155029.c.a.f.b ENSGT00940000158988.a.a.e ENSGT00940000159522.u.a ENSGT00940000159894.m ENSGT00940000161013.g ENSGT00940000166648.a ENSGT00940000163268.d.a.d ENSGT00940000158311.a.a ENSGT00940000164071.b.b.b ENSGT00940000159854.b ENSGT00940000165581.c.b ENSGT00950000183025.b.a.ab.c Coho salmon MODERN SPECIES 8 ENSOKIG00005004952 ripor2 (ENSOKIG00005004872) ENSOKIG00005004844 GMNN (ENSOKIG00005004827) trappc3 (ENSOKIG00005004797) col8a2 (ENSOKIG00005004787) ptp4a2b (ENSOKIG00005004748) ENSOKIG00005004734 ENSOKIG00005004724 ADGRB2 (ENSOKIG00005004444) ENSOKIG00005004363 ENSOKIG00005004328 col9a2 (ENSOKIG00005004293) ENSOKIG00005004272 ##18 ENSOKIG00005045878 nfe2l3 (ENSOKIG00005045874) ##22 CBX3 (ENSOKIG00005045853) snx10a (ENSOKIG00005045843) HOXA1 (ENSOKIG00005045820) ENSOKIG00005045814 HOXA4 (ENSOKIG00005045809) hoxa3a (ENSOKIG00005045805) hoxa5a (ENSOKIG00005045791) HOXA7 (ENSOKIG00005045777) ENSOKIG00005045764 ENSOKIG00005045757 hoxa11a (ENSOKIG00005045750) ENSOKIG00005045738 EVX1 (ENSOKIG00005045730) ENSOKIG00005045717 tax1bp1a (ENSOKIG00005045707) Chinook salmon MODERN SPECIES 4 fabp4a (ENSOTSG00005003780) mrpl53 (ENSOTSG00005003779) ENSOTSG00005003775 znf704 (ENSOTSG00005003766) tpd52 (ENSOTSG00005003756) zbtb10 (ENSOTSG00005003750) hey1 (ENSOTSG00005003584) si:dkeyp-120h9.1 (ENSOTSG00005001952) col8a2 (ENSOTSG00005001927) ptp4a2b (ENSOTSG00005001864) ENSOTSG00005001846 col9a2 (ENSOTSG00005001841) ENSOTSG00005001840 ENSOTSG00005001836 ##18 ENSOTSG00005001831 nfe2l3 (ENSOTSG00005001828) ##22 cbx3a (ENSOTSG00005001797) snx10a (ENSOTSG00005001794) hoxa3a (ENSOTSG00005001788) HOXA4 (ENSOTSG00005001783) hoxa5a (ENSOTSG00005001781) ENSOTSG00005001772 hoxa11a (ENSOTSG00005001766) hoxa13a (ENSOTSG00005001763) EVX1 (ENSOTSG00005001760) ENSOTSG00005001755 tax1bp1a (ENSOTSG00005001754) jazf1a (ENSOTSG00005001749) CREB5 (ENSOTSG00005001744) TRIL (ENSOTSG00005001743) osbpl3a (ENSOTSG00005001739) Rainbow trout MODERN SPECIES 9 si:dkeyp-120h9.1 (ENSOMYG00000012236) ripor2 (ENSOMYG00000012246) ENSOMYG00000012304 GMNN (ENSOMYG00000012315) trappc3 (ENSOMYG00000012324) ENSOMYG00000049858 ENSOMYG00000012348 ptp4a2b (ENSOMYG00000012355) ENSOMYG00000040750 ENSOMYG00000012420 ENSOMYG00000074617 ENSOMYG00000005326 col9a2 (ENSOMYG00000005383) ENSOMYG00000012598 ##18 ENSOMYG00000012602 nfe2l3 (ENSOMYG00000012612) ##22 ENSOMYG00000012624 snx10a (ENSOMYG00000012638) ENSOMYG00000054049 ENSOMYG00000012652 HOXA3 (ENSOMYG00000012659) HOXA4 (ENSOMYG00000012666) hoxa5a (ENSOMYG00000012670) HOXA7 (ENSOMYG00000012674) ENSOMYG00000012685 ENSOMYG00000012697 hoxa11a (ENSOMYG00000012704) hoxa13a (ENSOMYG00000012707) EVX1 (ENSOMYG00000012716) tax1bp1a (ENSOMYG00000012797) jazf1a (ENSOMYG00000012732) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b.b.n ##22 Huchen MODERN SPECIES 1687 ENSHHUG00000051752 ENSHHUG00000051760 ENSHHUG00000051774 col9a2 (ENSHHUG00000051776) ENSHHUG00000051778 ##18 ENSHHUG00000051783 ENSHHUG00000051785 ENSHHUG00000051786 ##22 Spotted gar MODERN SPECIES 649 hycc1 (ENSLOCG00000011562) klhl7 (ENSLOCG00000011576) GPNMB (ENSLOCG00000011583) malsu1 (ENSLOCG00000011592) igf2bp3 (ENSLOCG00000011599) tra2a (ENSLOCG00000011615) ccdc126 (ENSLOCG00000011624) fam221a (ENSLOCG00000011634) STK31 (ENSLOCG00000011643) npy (ENSLOCG00000011653) ENSLOCG00000011661 ENSLOCG00000011677 osbpl3a (ENSLOCG00000011683) C7orf31 (ENSLOCG00000011709) ENSLOCG00000011716 nfe2l3 (ENSLOCG00000011733) ##22 cbx3a (ENSLOCG00000011747) CBX3 (ENSLOCG00000011762) snx10b (ENSLOCG00000011778) skap2 (ENSLOCG00000011789) hoxa1a (ENSLOCG00000011798) hoxa3a (ENSLOCG00000011801) hoxa5a (ENSLOCG00000011819) ENSLOCG00000011824 hoxa10b (ENSLOCG00000011830) hoxa11a (ENSLOCG00000011836) hoxa13b (ENSLOCG00000011842) evx1 (ENSLOCG00000011857) hibadhb (ENSLOCG00000011866) tax1bp1b (ENSLOCG00000011874) jazf1a (ENSLOCG00000011888) Reedfish DUPLICATION Reedfish MODERN SPECIES 4 evx1 (ENSECRG00000021649) hoxa13b (ENSECRG00000021658) hoxa11a (ENSECRG00000021670) ENSECRG00000021680 hoxa9a (ENSECRG00000021687) hoxa5a (ENSECRG00000021709) HOXA4 (ENSECRG00000021734) hoxa3a (ENSECRG00000021756) hoxa2b (ENSECRG00000021769) hoxa1a (ENSECRG00000021786) skap2 (ENSECRG00000021805) snx10b (ENSECRG00000021839) CBX3 (ENSECRG00000021859) cbx3a (ENSECRG00000021891) ENSECRG00000021926 ##22 ENSECRG00000021933 ##22 ENSECRG00000021937 C7orf31 (ENSECRG00000021970) osbpl3a (ENSECRG00000022016) GSDME (ENSECRG00000022034) pals2a (ENSECRG00000022043) ENSECRG00000022070 npy (ENSECRG00000022082) fam221a (ENSECRG00000022092) ccdc126 (ENSECRG00000022108) tra2a (ENSECRG00000022122) igf2bp3 (ENSECRG00000011278) MALSU1 (ENSECRG00000011359) GPNMB (ENSECRG00000011377) NUP42 (ENSECRG00000011402) klhl7 (ENSECRG00000011424) Reedfish MODERN SPECIES 4 hibadhb (ENSECRG00000021631) evx1 (ENSECRG00000021649) hoxa13b (ENSECRG00000021658) hoxa11a (ENSECRG00000021670) ENSECRG00000021680 hoxa9a (ENSECRG00000021687) hoxa5a (ENSECRG00000021709) HOXA4 (ENSECRG00000021734) hoxa3a (ENSECRG00000021756) hoxa2b (ENSECRG00000021769) hoxa1a (ENSECRG00000021786) skap2 (ENSECRG00000021805) snx10b (ENSECRG00000021839) CBX3 (ENSECRG00000021859) cbx3a (ENSECRG00000021891) ENSECRG00000021926 ##22 ENSECRG00000021933 ##22 ENSECRG00000021937 C7orf31 (ENSECRG00000021970) osbpl3a (ENSECRG00000022016) GSDME (ENSECRG00000022034) pals2a (ENSECRG00000022043) ENSECRG00000022070 npy (ENSECRG00000022082) fam221a (ENSECRG00000022092) ccdc126 (ENSECRG00000022108) tra2a (ENSECRG00000022122) igf2bp3 (ENSECRG00000011278) MALSU1 (ENSECRG00000011359) GPNMB (ENSECRG00000011377) NUP42 (ENSECRG00000011402) Elephant shark MODERN SPECIES 1564 nsun2 (ENSCMIG00000007868) srd5a1 (ENSCMIG00000007840) TENT4A (ENSCMIG00000007824) adcy2b (ENSCMIG00000007660) CFAP90 (ENSCMIG00000007612) ENSCMIG00000007590 ENSCMIG00000007470 VPS4B (ENSCMIG00000007311) kdsr (ENSCMIG00000007261) BCL2 (ENSCMIG00000007255) gsdme (ENSCMIG00000007253) OSBPL3 (ENSCMIG00000007003) cycsb (ENSCMIG00000006898) ##18 ENSCMIG00000006893 ENSCMIG00000006867 ENSCMIG00000006861 ##22 ENSCMIG00000006852 cbx3a (ENSCMIG00000006848) snx10a (ENSCMIG00000006847) skap2 (ENSCMIG00000006845) hoxa1a (ENSCMIG00000006844) hoxa2b (ENSCMIG00000006841) hoxa3a (ENSCMIG00000006840) ENSCMIG00000006839 hoxa5a (ENSCMIG00000006838) HOXA6 (ENSCMIG00000006837) HOXA7 (ENSCMIG00000006836) ENSCMIG00000006832 hoxa10b (ENSCMIG00000006830) hoxa13b (ENSCMIG00000006824) evx1 (ENSCMIG00000006819) Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 1352 ENSPMAG00000002714 ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Cod MODERN SPECIES 18 slc18b1 (ENSGMOG00000028735) ahi1 (ENSGMOG00000019402) ENSGMOG00000033270 ENSGMOG00000029632 ENSGMOG00000019382 ENSGMOG00000029480 ENSGMOG00000027382 ENSGMOG00000019348 ENSGMOG00000030873 ENSGMOG00000028769 ENSGMOG00000029140 ENSGMOG00000031697 ENSGMOG00000001776 ENSGMOG00000036440 ENSGMOG00000030418 ENSGMOG00000029715 ##22 gja10a (ENSGMOG00000002098) ENSGMOG00000027948 ENSGMOG00000025618 ENSGMOG00000030463 rragd (ENSGMOG00000035902) gabrr2a (ENSGMOG00000010800) syne3 (ENSGMOG00000010778) CLMN (ENSGMOG00000032338) dicer1 (ENSGMOG00000006057) ENSGMOG00000026433 gsc (ENSGMOG00000006101) ENSGMOG00000030686 ENSGMOG00000035140 ENSGMOG00000024298 galcb (ENSGMOG00000006126) Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Ovalentaria DUPLICATION Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b.a ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b.a ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b.a ##22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b.a ##22 Chinese medaka MODERN SPECIES 303 synj1 (ENSOSIG00000006220) cfap298 (ENSOSIG00000008302) EVA1C (ENSOSIG00000008304) haus1 (ENSOSIG00000008306) MIS18A (ENSOSIG00000008310) ENSOSIG00000008313 SCAF4 (ENSOSIG00000008319) sod1 (ENSOSIG00000008321) TIAM1 (ENSOSIG00000008329) ENSOSIG00000008363 ENSOSIG00000011589 ENSOSIG00000011594 ENSOSIG00000011591 ##22 RAB38 (ENSOSIG00000011595) ENSOSIG00000011598 FAT3 (ENSOSIG00000011626) mtnr1bb (ENSOSIG00000011870) ENSOSIG00000011871 ILK (ENSOSIG00000011872) smpd1 (ENSOSIG00000011876) tpte (ENSOSIG00000011882) fgl1b (ENSOSIG00000011892) ENSOSIG00000011896 vps36 (ENSOSIG00000011914) ENSOSIG00000012902 stoml3b (ENSOSIG00000012904) ENSOSIG00000012906 ENSOSIG00000012910 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b.b ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000013159 ENSGT00910000144274 ENSGT00940000156728 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00950000182892.b.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00440000039367 ENSGT00940000159056.h ENSGT00940000156287 ENSGT00940000160635 ENSGT00940000158937.a ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00940000155554 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000153577.B Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT00950000182998.A ENSGT00950000182892.b.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000158135 ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000156728 ENSGT00910000144274 ENSGT00390000013159 ENSGT00940000158993 ENSGT00940000162083 ENSGT00950000182998.A ENSGT00950000182892.b.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00440000039367 ENSGT00940000159056.h ENSGT00940000156287 ENSGT00940000160635 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00390000003303 Nile tilapia MODERN SPECIES 10 setd3 (ENSONIG00000011057) BCL11B (ENSONIG00000011060) ENSONIG00000036909 vrk1 (ENSONIG00000011064) ENSONIG00000032954 ENSONIG00000033467 ENSONIG00000031039 ENSONIG00000001733 dhrs13a.2 (ENSONIG00000001743) ENSONIG00000042069 ENSONIG00000041356 dicer1 (ENSONIG00000010424) ENSONIG00000010421 galcb (ENSONIG00000010413) galcb (ENSONIG00000010407) ENSONIG00000029718 ##22 gja10a (ENSONIG00000013621) ENSONIG00000035112 ENSONIG00000032531 rragd (ENSONIG00000009049) ENSONIG00000037196 ENSONIG00000036854 gabrr2a (ENSONIG00000009052) ENSONIG00000042313 syne3 (ENSONIG00000009055) ENSONIG00000030385 ENSONIG00000037287 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b.b ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b.b ##22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00940000155723 ENSGT00940000165424.b ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00390000006522.b ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000002112 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00950000182892.b.b ##22 ENSGT00940000158228.a ENSGT01090000260070.D.a ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000158591.g.a Chinese medaka MODERN SPECIES 1105 epha7 (ENSOSIG00000013222) ENSOSIG00000013910 map3k7 (ENSOSIG00000013927) ENSOSIG00000014436 ##22 GJA10 (ENSOSIG00000014437) casp8ap2 (ENSOSIG00000014438) LYRM2 (ENSOSIG00000014519) ankrd6b (ENSOSIG00000014520) ENSOSIG00000014521 ENSOSIG00000014522 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000156452.b ENSGT00940000169464 ENSGT00940000158228.b ENSGT00950000182892.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00940000155887.a ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00440000039367 ENSGT00940000159056.h ENSGT00940000178787 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000160635 ENSGT00940000158937.a ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00940000155554 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000156452.b ENSGT00940000161352.e ENSGT00940000169464 ENSGT00940000158228.b ENSGT00950000182892.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00940000155887.a ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00440000039367 ENSGT00940000159056.h ENSGT00940000178787 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000160635 ENSGT00940000158937.a ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00940000155554 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000156452.b ENSGT00940000169464 ENSGT00940000158228.b ENSGT00950000182892.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00940000155887.a ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c 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ENSGT00390000018121 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000156452.b ENSGT00940000169464 ENSGT00940000158228.b ENSGT00950000182892.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00940000155887.a ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00440000039367 ENSGT00940000159056.h ENSGT00940000178787 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000160635 ENSGT00940000158937.a ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00940000155554 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000156728 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000156452.b ENSGT00940000169464 ENSGT00940000158228.b ENSGT00950000182892.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b Pike perch MODERN SPECIES 39 atp10d (ENSSLUG00000019829) commd8 (ENSSLUG00000019840) ENSSLUG00000019850 ENSSLUG00000019864 GABRG1 (ENSSLUG00000019882) ENSSLUG00000020092 ENSSLUG00000020100 rrh (ENSSLUG00000020103) enpep (ENSSLUG00000020114) fam241a (ENSSLUG00000020138) jkamp (ENSSLUG00000020140) GPR135 (ENSSLUG00000020142) ENSSLUG00000020187 ENSSLUG00000021440 ENSSLUG00000021476 ENSSLUG00000021480 ##22 gja10a (ENSSLUG00000021482) ENSSLUG00000021485 rragd (ENSSLUG00000021487) gabrr2a (ENSSLUG00000021493) syne3 (ENSSLUG00000021504) CLMN (ENSSLUG00000021513) dicer1 (ENSSLUG00000021548) gsc (ENSSLUG00000021670) FLRT2 (ENSSLUG00000021673) nubpl (ENSSLUG00000005625) ARHGAP5 (ENSSLUG00000005743) ENSSLUG00000005747 ENSSLUG00000005752 ENSSLUG00000005768 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000156452.b ENSGT00940000169464 ENSGT00940000158228.b ENSGT00950000182892.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00940000155887.a ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00440000039367 ENSGT00940000159056.h ENSGT00940000178787 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000160635 ENSGT00940000158937.a ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00940000155554 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000156452.b ENSGT00940000169464 ENSGT00940000161352.e ENSGT00940000158228.b ENSGT00950000182892.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00440000039367 ENSGT00940000159056.h ENSGT00940000178787 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000160635 ENSGT00940000158937.a ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00940000155554 ENSGT00940000161060 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00910000144274 ENSGT00940000156728 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000156452.b ENSGT00940000169464 ENSGT00940000158228.b ENSGT00950000182892.b ##22 ENSGT01090000260070.D.b ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000156864.c ENSGT00440000039367 ENSGT00940000159056.h ENSGT00940000156287 ENSGT00940000160635 ENSGT00940000158937.a ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00940000155554 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000153577.B Siamese fighting fish MODERN SPECIES 12 commd8 (ENSBSLG00000023453) atp10d (ENSBSLG00000023312) dapp1 (ENSBSLG00000023299) lamtor3 (ENSBSLG00000023277) osr1 (ENSBSLG00000023265) ENSBSLG00000023240 ENSBSLG00000023235 rrh (ENSBSLG00000023225) enpep (ENSBSLG00000023147) fam241a (ENSBSLG00000023132) jkamp (ENSBSLG00000023069) GPR135 (ENSBSLG00000023062) ENSBSLG00000022948 ENSBSLG00000022841 ENSBSLG00000022813 ENSBSLG00000022794 ##22 gja10a (ENSBSLG00000022504) rragd (ENSBSLG00000022474) gabrr2a (ENSBSLG00000022429) syne3 (ENSBSLG00000022381) CLMN (ENSBSLG00000022329) dicer1 (ENSBSLG00000021344) gsc (ENSBSLG00000021209) FLRT2 (ENSBSLG00000021201) ENSBSLG00000021106 ENSBSLG00000020931 ENSBSLG00000020240 galcb (ENSBSLG00000019867) ak7b (ENSBSLG00000019595) ENSBSLG00000019587 zgc:136872 (ENSBSLG00000019533) Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Barramundi perch MODERN SPECIES 210 FRK (ENSLCAG00010012485) COL10A1 (ENSLCAG00010012480) nt5dc1 (ENSLCAG00010012469) dse (ENSLCAG00010012458) NDUFAF4 (ENSLCAG00010012451) GPR63 (ENSLCAG00010012447) ufl1 (ENSLCAG00010012434) epha7 (ENSLCAG00010011456) MAP3K7 (ENSLCAG00010011225) ENSLCAG00010011210 ##22 GJA10 (ENSLCAG00010011206) ENSLCAG00010011201 ENSLCAG00010011100 ENSLCAG00010011096 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Chinese turtle MODERN SPECIES 1269 LTN1 (ENSPSIG00000017363) RWDD2B (ENSPSIG00000017176) USP16 (ENSPSIG00000017125) CCT8 (ENSPSIG00000016718) ENSPSIG00000016491 ENSPSIG00000016485 ##22 GRIK1 (ENSPSIG00000015431) CLDN8 (ENSPSIG00000001990) TIAM1 (ENSPSIG00000014519) SOD1 (ENSPSIG00000014318) SCAF4 (ENSPSIG00000014242) HUNK (ENSPSIG00000014236) ENSPSIG00000014098 URB1 (ENSPSIG00000013889) ENSPSIG00000013637 CFAP298 (ENSPSIG00000013627) PAXBP1 (ENSPSIG00000013608) C21orf62 (ENSPSIG00000001989) OLIG2 (ENSPSIG00000001988) ENSPSIG00000013150 IL10RB (ENSPSIG00000012993) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.b ##22 Alpaca MODERN SPECIES 1278 N6AMT1 (ENSVPAG00000012406) LTN1 (ENSVPAG00000012408) RWDD2B (ENSVPAG00000012412) USP16 (ENSVPAG00000012413) CCT8 (ENSVPAG00000012415) MAP3K7CL (ENSVPAG00000012416) ENSVPAG00000012418 ENSVPAG00000012419 ##22 GRIK1 (ENSVPAG00000012421) CLDN17 (ENSVPAG00000012424) CLDN8 (ENSVPAG00000012425) KRTAP24-1 (ENSVPAG00000012426) KRTAP26-1 (ENSVPAG00000012427) ENSVPAG00000012429 KRTAP13-3 (ENSVPAG00000012432) ENSVPAG00000015493 ENSVPAG00000012434 ENSVPAG00000012435 ENSVPAG00000012437 ENSVPAG00000012438 ENSVPAG00000012439 ENSVPAG00000012440 ENSVPAG00000012441 Coelacanth MODERN SPECIES 448 ENSLACG00000001994 ##22 ENSLACG00000003131 GRAMD1C (ENSLACG00000004958) ENSLACG00000005632 ZDHHC23 (ENSLACG00000006836) CCDC191 (ENSLACG00000007613) QTRT2 (ENSLACG00000008339) ATP6V1A (ENSLACG00000008629) NAA50 (ENSLACG00000009446) NR1I2 (ENSLACG00000010334) GSK3B (ENSLACG00000011303) GPR156 (ENSLACG00000013479) LRRC58 (ENSLACG00000014141) FSTL1 (ENSLACG00000014450) NDUFB4 (ENSLACG00000015014) HGD (ENSLACG00000015038)