Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.b #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00940000164697.a ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263523.G.b ##11 ENSGT01100000263523.I.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #29 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263532.A.a.b ENSGT00960000187365 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT01100000263523.G.a.a ##11 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263523.G.a.a ##11 ENSGT01100000263523.H ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.b ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Amniota ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263523.H ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.b ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Mammalia ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Theria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Eutheria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00900000143154 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00900000143154 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 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(ENSMNEG00000028323) #37 ENSMNEG00000024050 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000155611.s #8 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00440000038972 #10 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618.o.b #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000168702 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.kb #20 ENSGT00390000010116.jb ##20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00910000147200 ENSGT00940000170471.B.a.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00910000147400 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 3 SESTD1 (ENSMFAG00000013388) #9 CCDC141 (ENSMFAG00000000963) #10 ENSMFAG00000063214 #11 PLEKHA3 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MODERN SPECIES 30 ENSMICG00000030550 #11 ENSMICG00000043822 ENSMICG00000031280 ##11 ENSMICG00000009898 #12 FKBP7 (ENSMICG00000044765) #13 PJVK (ENSMICG00000028765) #14 PRKRA (ENSMICG00000009883) #15 OSBPL6 (ENSMICG00000003793) #16 RBM45 (ENSMICG00000003787) #17 ENSMICG00000047030 PDE11A (ENSMICG00000003770) #19 ENSMICG00000030225 ENSMICG00000046051 #20 ENSMICG00000003768 #20 AGPS (ENSMICG00000003750) #21 NFE2L2 (ENSMICG00000009559) #22 ENSMICG00000027841 ##23 MTX2 (ENSMICG00000004295) #24 HOXD1 (ENSMICG00000044650) #28 HOXD3 (ENSMICG00000004286) #29 HOXD4 (ENSMICG00000043209) #30 HOXD8 (ENSMICG00000004277) #31 HOXD9 (ENSMICG00000031229) #33 HOXD10 (ENSMICG00000028373) #32 HOXD11 (ENSMICG00000048033) #34 HOXD12 (ENSMICG00000002172) #35 HOXD13 (ENSMICG00000002170) #36 EVX2 (ENSMICG00000035343) #37 LNPK (ENSMICG00000027707) ATP5MC3 (ENSMICG00000006421) ATF2 (ENSMICG00000006417) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00440000038972 #10 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ##23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 315 SESTD1 (ENSPSMG00000006407) #9 CCDC141 (ENSPSMG00000006422) #10 TTN (ENSPSMG00000006740) #11 ENSPSMG00000006846 ENSPSMG00000006848 PLEKHA3 (ENSPSMG00000006866) #12 FKBP7 (ENSPSMG00000006879) #13 PJVK (ENSPSMG00000006888) #14 PRKRA (ENSPSMG00000006915) #15 OSBPL6 (ENSPSMG00000007245) #16 RBM45 (ENSPSMG00000007558) #17 ENSPSMG00000007568 PDE11A (ENSPSMG00000007629) #19 ENSPSMG00000007645 #20 AGPS (ENSPSMG00000007683) #21 NFE2L2 (ENSPSMG00000007760) #22 ENSPSMG00000007769 ##23 TRIM37 (ENSPSMG00000008046) ENSPSMG00000008167 ENSPSMG00000008202 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 478 CCDC141 (ENSPCOG00000001783) #10 ENSPCOG00000025904 #11 ENSPCOG00000024634 ENSPCOG00000021252 #11 PLEKHA3 (ENSPCOG00000020560) #12 FKBP7 (ENSPCOG00000018941) #13 PJVK (ENSPCOG00000022935) #14 PRKRA (ENSPCOG00000018812) #15 OSBPL6 (ENSPCOG00000010731) #16 ENSPCOG00000005659 RBM45 (ENSPCOG00000021526) #17 ENSPCOG00000028806 ENSPCOG00000025842 PDE11A (ENSPCOG00000025830) #19 AGPS (ENSPCOG00000018665) #21 NFE2L2 (ENSPCOG00000007362) #22 MTX2 (ENSPCOG00000025077) #24 HOXD1 (ENSPCOG00000024445) #28 HOXD3 (ENSPCOG00000017195) #29 HOXD4 (ENSPCOG00000018337) #30 HOXD8 (ENSPCOG00000024233) #31 HOXD9 (ENSPCOG00000026809) #33 HOXD10 (ENSPCOG00000023637) #32 HOXD11 (ENSPCOG00000015055) #34 HOXD12 (ENSPCOG00000022036) #35 HOXD13 (ENSPCOG00000018735) #36 EVX2 (ENSPCOG00000022416) #37 LNPK (ENSPCOG00000026983) ATP5MC3 (ENSPCOG00000016374) ATF2 (ENSPCOG00000025416) CHN1 (ENSPCOG00000018830) Bushbaby MODERN SPECIES 163 ZNF385B (ENSOGAG00000008520) #8 SESTD1 (ENSOGAG00000011106) #9 CCDC141 (ENSOGAG00000003186) #10 ENSOGAG00000025603 #11 ENSOGAG00000029563 PLEKHA3 (ENSOGAG00000002724) #12 FKBP7 (ENSOGAG00000002721) #13 PJVK (ENSOGAG00000033780) #14 PRKRA (ENSOGAG00000013971) #15 OSBPL6 (ENSOGAG00000013765) #16 RBM45 (ENSOGAG00000015195) #17 ENSOGAG00000026648 ENSOGAG00000013191 ENSOGAG00000013189 #20 AGPS (ENSOGAG00000013184) #21 NFE2L2 (ENSOGAG00000034393) #22 ENSOGAG00000028132 ##23 ENSOGAG00000032690 MTX2 (ENSOGAG00000016422) #24 HOXD1 (ENSOGAG00000015712) #28 HOXD3 (ENSOGAG00000015710) #29 HOXD4 (ENSOGAG00000029168) #30 HOXD8 (ENSOGAG00000015707) #31 HOXD9 (ENSOGAG00000015697) #33 HOXD10 (ENSOGAG00000015694) #32 HOXD11 (ENSOGAG00000029520) #34 HOXD12 (ENSOGAG00000015689) #35 HOXD13 (ENSOGAG00000027055) #36 EVX2 (ENSOGAG00000025378) #37 LNPK (ENSOGAG00000030372) ENSOGAG00000030354 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00900000143154 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Tree shrew MODERN SPECIES 650 NFE2L2 (ENSTBEG00000001588) #22 Glires ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00900000143154 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.B ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT01100000263523.K ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00940000164264 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Rabbit MODERN SPECIES 18 ENSOCUG00000035152 ENSOCUG00000033996 ##11 ENSOCUG00000016777 ##11 PLEKHA3 (ENSOCUG00000005495) #12 FKBP7 (ENSOCUG00000024679) #13 PJVK (ENSOCUG00000005493) #14 PRKRA (ENSOCUG00000005489) #15 OSBPL6 (ENSOCUG00000004078) #16 RBM45 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ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263523.B ##11 ENSGT00900000143159 ENSGT00900000143154 ENSGT00920000150542 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 110 ENSCLAG00000014023 ENSCLAG00000015797 ENSCLAG00000015650 ENSCLAG00000016023 PLEKHA3 (ENSCLAG00000014135) #12 PRKRA 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ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a ENSGT00940000154298.a.a Bos ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00900000143154 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b ENSGT00390000010116.fc.b #20 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a ENSGT00390000010116.fc.a #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.b #23 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a Bos_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00900000143154 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.fc.b #20 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a ENSGT00390000010116.fc.a #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a ENSGT00940000154298.a.a Wild yak MODERN SPECIES 1208 OSBPL6 (ENSBMUG00000024336) #16 ENSBMUG00000024374 RBM45 (ENSBMUG00000024394) #17 PDE11A 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ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153458.B #7 ENSGT00940000155611.s #8 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00440000038972 #10 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ##23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00440000038972 #10 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a ##23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 26 ZNF385B (ENSRFEG00010018087) #8 SESTD1 (ENSRFEG00010018265) #9 CCDC141 (ENSRFEG00010018317) #10 ENSRFEG00010020094 PLEKHA3 (ENSRFEG00010022147) #12 FKBP7 (ENSRFEG00010022148) #13 DFNB59 (ENSRFEG00010022149) #14 PRKRA (ENSRFEG00010022150) #15 OSBPL6 (ENSRFEG00010022151) #16 RBM45 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(ENSMLUG00000005113) #21 ENSMLUG00000025480 NFE2L2 (ENSMLUG00000003909) #22 ENSMLUG00000003906 ##23 MTX2 (ENSMLUG00000015966) #24 ENSMLUG00000029447 #28 HOXD3 (ENSMLUG00000012510) #29 HOXD4 (ENSMLUG00000012508) #30 HOXD8 (ENSMLUG00000028864) #31 HOXD10 (ENSMLUG00000007048) #32 HOXD11 (ENSMLUG00000007030) #34 HOXD12 (ENSMLUG00000007009) #35 HOXD13 (ENSMLUG00000006997) #36 EVX2 (ENSMLUG00000006989) #37 ENSMLUG00000022478 LNPK (ENSMLUG00000006972) ENSMLUG00000012822 ATF2 (ENSMLUG00000015718) Megabat MODERN SPECIES 2191 RBM45 (ENSPVAG00000010390) #17 PDE11A (ENSPVAG00000010389) #19 ENSPVAG00000010388 #20 ENSPVAG00000010387 #20 AGPS (ENSPVAG00000010384) #21 NFE2L2 (ENSPVAG00000010382) #22 ENSPVAG00000010380 ##23 Equus ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153458.B #7 ENSGT00940000155611.s #8 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00440000038972 #10 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000005569.x.a.a.b ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Donkey MODERN SPECIES 24 CCDC141 (ENSEASG00005022349) #10 TTN (ENSEASG00005024097) #11 ENSEASG00005036015 ENSEASG00005024821 PLEKHA3 (ENSEASG00005022419) #12 FKBP7 (ENSEASG00005022426) #13 PJVK (ENSEASG00005022430) #14 PRKRA (ENSEASG00005022436) #15 OSBPL6 (ENSEASG00005022455) #16 RBM45 (ENSEASG00005022475) #17 ENSEASG00005026887 PDE11A (ENSEASG00005022489) #19 ENSEASG00005028303 #20 AGPS (ENSEASG00005022514) #21 ENSEASG00005026944 #20 NFE2L2 (ENSEASG00005028739) 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#31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Felidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116.wb #20 ENSGT00390000010116.vb #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 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(ENSVVUG00000012737) ATP5MC3 (ENSVVUG00000012759) ATF2 (ENSVVUG00000012774) CHN1 (ENSVVUG00000012819) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00900000143154 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01100000263523.A #11 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ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 American mink MODERN SPECIES 222 ENSNVIG00000006216 ENSNVIG00000006230 ENSNVIG00000006244 ENSNVIG00000006252 ENSNVIG00000006264 #11 PLEKHA3 (ENSNVIG00000006265) #12 FKBP7 (ENSNVIG00000006271) #13 PJVK (ENSNVIG00000006274) #14 PRKRA (ENSNVIG00000006320) #15 OSBPL6 (ENSNVIG00000006388) #16 RBM45 (ENSNVIG00000006823) #17 ENSNVIG00000006839 PDE11A (ENSNVIG00000006854) #19 ENSNVIG00000006929 AGPS (ENSNVIG00000006950) #21 NFE2L2 (ENSNVIG00000006995) #22 HNRNPA3 (ENSNVIG00000007022) #23 MTX2 (ENSNVIG00000007075) #24 HOXD1 (ENSNVIG00000007113) #28 HOXD3 (ENSNVIG00000007128) #29 HOXD4 (ENSNVIG00000007138) #30 ENSNVIG00000007149 #31 HOXD9 (ENSNVIG00000007158) #33 HOXD10 (ENSNVIG00000007162) #32 ENSNVIG00000007170 #34 HOXD12 (ENSNVIG00000007175) #35 HOXD13 (ENSNVIG00000007186) #36 EVX2 (ENSNVIG00000007198) #37 LNPK (ENSNVIG00000007208) Ferret MODERN SPECIES 359 AGPS (ENSMPUG00000014173) #21 ENSMPUG00000014172 ENSMPUG00000014168 #22 ENSMPUG00000014103 ##23 ENSMPUG00000014101 MTX2 (ENSMPUG00000014094) #24 ENSMPUG00000014088 HOXD1 (ENSMPUG00000014084) #28 ENSMPUG00000014080 HOXD3 (ENSMPUG00000014072) #29 HOXD4 (ENSMPUG00000014070) #30 ENSMPUG00000014067 ENSMPUG00000014060 #31 HOXD9 (ENSMPUG00000014053) #33 HOXD10 (ENSMPUG00000014049) #32 HOXD11 (ENSMPUG00000014029) #34 HOXD12 (ENSMPUG00000014025) #35 HOXD13 (ENSMPUG00000014022) #36 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155611.s #8 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00440000038972 #10 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 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ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Sloth MODERN SPECIES 1509 NFE2L2 (ENSCHOG00000005792) #22 Armadillo MODERN SPECIES 3580 ENSDNOG00000019250 #8 SESTD1 (ENSDNOG00000014724) #9 CCDC141 (ENSDNOG00000031268) #10 ENSDNOG00000048097 #11 ENSDNOG00000031177 PLEKHA3 (ENSDNOG00000002717) #12 FKBP7 (ENSDNOG00000035521) #13 PJVK (ENSDNOG00000019700) #14 PRKRA (ENSDNOG00000019701) #15 OSBPL6 (ENSDNOG00000016352) #16 RBM45 (ENSDNOG00000001973) #17 ENSDNOG00000016006 ENSDNOG00000032224 #20 ENSDNOG00000044838 #20 AGPS (ENSDNOG00000032919) #21 NFE2L2 (ENSDNOG00000019020) #22 HNRNPA3 (ENSDNOG00000019022) #23 MTX2 (ENSDNOG00000034659) #24 HOXD1 (ENSDNOG00000019807) #28 HOXD3 (ENSDNOG00000035593) #29 HOXD4 (ENSDNOG00000019805) #30 HOXD8 (ENSDNOG00000036145) #31 HOXD10 (ENSDNOG00000034389) #32 HOXD11 (ENSDNOG00000044260) #34 HOXD12 (ENSDNOG00000047700) #35 HOXD13 (ENSDNOG00000019799) #36 EVX2 (ENSDNOG00000019797) #37 ENSDNOG00000045361 LNPK (ENSDNOG00000039308) ENSDNOG00000044678 ATF2 (ENSDNOG00000015229) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155611.s #8 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00440000038972 #10 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a.e ENSGT00940000156582 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00730000111148 #9 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#15 OSBPL6 (ENSLAFG00000011141) #16 RBM45 (ENSLAFG00000007464) #17 ENSLAFG00000027524 PDE11A (ENSLAFG00000005234) #19 ENSLAFG00000005704 #20 ENSLAFG00000014996 #20 AGPS (ENSLAFG00000014990) #21 NFE2L2 (ENSLAFG00000016263) #22 ENSLAFG00000027712 MTX2 (ENSLAFG00000013982) #24 HOXD3 (ENSLAFG00000005477) #29 HOXD4 (ENSLAFG00000005480) #30 HOXD8 (ENSLAFG00000004364) #31 HOXD9 (ENSLAFG00000011494) #33 HOXD10 (ENSLAFG00000013262) #32 HOXD12 (ENSLAFG00000017497) #35 HOXD13 (ENSLAFG00000027629) #36 EVX2 (ENSLAFG00000013264) #37 LNPK (ENSLAFG00000004502) ENSLAFG00000010768 ATF2 (ENSLAFG00000006463) CHN1 (ENSLAFG00000011074) CHRNA1 (ENSLAFG00000011067) Hyrax MODERN SPECIES 1360 NFE2L2 (ENSPCAG00000013845) #22 Tenrec MODERN SPECIES 14990 NFE2L2 (ENSETEG00000001387) #22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153458.B.b #7 ENSGT00940000155611.s #8 ENSGT00730000111148 #9 ENSGT00440000038972 #10 ENSGT01100000263523.A #11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 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ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C.k #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b.a ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.o.a #23 ENSGT00950000182919.C.k #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 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ENSGT00940000173501 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a.a Common wonbat MODERN SPECIES 1018 ENSVURG00010018699 #11 ENSVURG00010018702 ENSVURG00010018707 ENSVURG00010018717 ENSVURG00010018731 FKBP7 (ENSVURG00010018739) #13 PJVK (ENSVURG00010018750) #14 PRKRA (ENSVURG00010018771) #15 OSBPL6 (ENSVURG00010018808) #16 RBM45 (ENSVURG00010018862) #17 ENSVURG00010018867 PDE11A (ENSVURG00010018883) #19 ENSVURG00010018908 #20 AGPS (ENSVURG00010018947) #21 ENSVURG00010019089 NFE2L2 (ENSVURG00010019096) #22 ENSVURG00010019105 #23 ENSVURG00010019134 ENSVURG00010019141 #24 HOXD1 (ENSVURG00010019147) #28 HOXD3 (ENSVURG00010019148) #29 HOXD4 (ENSVURG00010019150) #30 HOXD8 (ENSVURG00010019156) #31 HOXD9 (ENSVURG00010019159) #33 HOXD10 (ENSVURG00010019165) #32 ENSVURG00010019168 #34 HOXD12 (ENSVURG00010019173) #35 HOXD13 (ENSVURG00010019176) #36 EVX2 (ENSVURG00010019179) #37 LNPK (ENSVURG00010019192) ENSVURG00010019213 koala MODERN SPECIES 40 ENSPCIG00000011294 ENSPCIG00000035928 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#16 PDE11A (ENSOANG00000008626) #19 ENSOANG00000008625 #20 AGPS (ENSOANG00000008624) #21 NFE2L2 (ENSOANG00000039992) #22 HNRNPA3 (ENSOANG00000008622) #23 MTX2 (ENSOANG00000008621) #24 HOXD1 (ENSOANG00000043961) #28 HOXD3 (ENSOANG00000038024) #29 HOXD4 (ENSOANG00000037495) #30 HOXD8 (ENSOANG00000036079) #31 HOXD9 (ENSOANG00000008615) #33 HOXD10 (ENSOANG00000037187) #32 HOXD11 (ENSOANG00000048827) #34 HOXD12 (ENSOANG00000004743) #35 HOXD13 (ENSOANG00000043790) #36 EVX2 (ENSOANG00000042825) #37 LNPK (ENSOANG00000008614) ATP5MC3 (ENSOANG00000046084) ATF2 (ENSOANG00000008612) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.b ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 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ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263523.G.a.a ##11 ENSGT01100000263523.H ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.b ##11 ENSGT01100000263523.E ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Aves ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263523.B ##11 ENSGT01100000263523.G.b ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT01100000263523.I.b ##11 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.E.q ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653.c.a #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01100000263523.I.b ##11 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.E.q ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000161653.c.a #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Pink-footed goose MODERN SPECIES 20 ENSABRG00000004203 ENSABRG00000004180 ENSABRG00000004141 ENSABRG00000004053 ENSABRG00000003603 ##11 ENSABRG00000003426 ##11 PLEKHA3 (ENSABRG00000003409) #12 FKBP7 (ENSABRG00000003404) #13 PJVK (ENSABRG00000003243) #14 OSBPL6 (ENSABRG00000003210) #16 RBM45 (ENSABRG00000003201) #17 ENSABRG00000003166 PDE11A (ENSABRG00000002784) #19 ENSABRG00000002659 #20 AGPS (ENSABRG00000002617) #21 NFE2L2 (ENSABRG00000002594) #22 HNRNPA3 (ENSABRG00000002552) #23 ENSABRG00000002541 MTX2 (ENSABRG00000002506) #24 HOXD1 (ENSABRG00000002496) #28 HOXD4 (ENSABRG00000002472) #30 HOXD3 (ENSABRG00000002455) #29 HOXD8 (ENSABRG00000002447) #31 HOXD9 (ENSABRG00000002443) #33 HOXD10 (ENSABRG00000002435) #32 HOXD11 (ENSABRG00000002426) #34 HOXD12 (ENSABRG00000002420) #35 HOXD13 (ENSABRG00000002397) #36 EVX2 (ENSABRG00000002357) #37 LNPK (ENSABRG00000002302) ATP5MC3 (ENSABRG00000002218) Duck MODERN SPECIES 25 ENSAPLG00000017682 ENSAPLG00000022613 #11 ENSAPLG00000026953 ##11 ENSAPLG00000026806 ##11 ENSAPLG00000022307 ##11 ENSAPLG00000021067 ##11 PLEKHA3 (ENSAPLG00000013080) #12 FKBP7 (ENSAPLG00000013044) #13 PJVK (ENSAPLG00000012766) #14 OSBPL6 (ENSAPLG00000011717) #16 RBM45 (ENSAPLG00000011049) #17 ENSAPLG00000010932 ENSAPLG00000010831 ENSAPLG00000002228 #20 AGPS (ENSAPLG00000010251) #21 NFE2L2 (ENSAPLG00000010103) #22 HNRNPA3 (ENSAPLG00000009620) #23 MTX2 (ENSAPLG00000009123) #24 HOXD4 (ENSAPLG00000008983) #30 HOXD3 (ENSAPLG00000025122) #29 HOXD8 (ENSAPLG00000008959) #31 HOXD9 (ENSAPLG00000023656) #33 HOXD10 (ENSAPLG00000008956) #32 HOXD11 (ENSAPLG00000020921) #34 HOXD12 (ENSAPLG00000008820) #35 HOXD13 (ENSAPLG00000008742) #36 ENSAPLG00000021400 LNPK (ENSAPLG00000008383) ATP5MC3 (ENSAPLG00000025020) ATF2 (ENSAPLG00000007673) CHN1 (ENSAPLG00000007680) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.I.a.b ##11 ENSGT01100000263523.H ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.E.q ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653.c.a #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.I.a.b ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.C.a.b ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653.c.a #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Turkey MODERN SPECIES 27 ENSMGAG00000021022 ENSMGAG00000022630 ##11 ENSMGAG00000020675 ##11 ENSMGAG00000021039 ##11 ENSMGAG00000021104 ##11 ENSMGAG00000018810 #11 PLEKHA3 (ENSMGAG00000009483) #12 FKBP7 (ENSMGAG00000018583) #13 PJVK (ENSMGAG00000009475) #14 OSBPL6 (ENSMGAG00000009454) #16 RBM45 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HOXD3 (ENSCJPG00005017726) #29 HOXD4 (ENSCJPG00005017727) #30 HOXD8 (ENSCJPG00005017729) #31 HOXD9 (ENSCJPG00005017730) #33 HOXD10 (ENSCJPG00005017731) #32 HOXD11 (ENSCJPG00005017732) #34 HOXD12 (ENSCJPG00005017733) #35 HOXD13 (ENSCJPG00005017734) #36 EVX2 (ENSCJPG00005017735) #37 LNPK (ENSCJPG00005017736) ATP5MC3 (ENSCJPG00005017742) ATF2 (ENSCJPG00005017743) Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Great tit MODERN SPECIES 27 ENSPMJG00000018390 ENSPMJG00000018396 ##11 ENSPMJG00000018397 ##11 ENSPMJG00000018398 ##11 ENSPMJG00000018399 PLEKHA3 (ENSPMJG00000018400) #12 FKBP7 (ENSPMJG00000018401) #13 PJVK (ENSPMJG00000018402) #14 OSBPL6 (ENSPMJG00000018403) #16 RBM45 (ENSPMJG00000018404) #17 ENSPMJG00000018405 ENSPMJG00000018406 ENSPMJG00000018407 #19 ENSPMJG00000018408 #20 AGPS (ENSPMJG00000018409) #21 NFE2L2 (ENSPMJG00000018516) #22 HNRNPA3 (ENSPMJG00000018517) #23 MTX2 (ENSPMJG00000018521) #24 HOXD3 (ENSPMJG00000018522) #29 HOXD4 (ENSPMJG00000018523) #30 HOXD8 (ENSPMJG00000018525) #31 HOXD9 (ENSPMJG00000018527) #33 HOXD10 (ENSPMJG00000018528) #32 HOXD11 (ENSPMJG00000018529) #34 HOXD12 (ENSPMJG00000018530) #35 HOXD13 (ENSPMJG00000018531) #36 EVX2 (ENSPMJG00000018532) #37 LNPK (ENSPMJG00000018533) ATP5MC3 (ENSPMJG00000018536) ATF2 (ENSPMJG00000018537) CHN1 (ENSPMJG00000018538) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Flycatcher MODERN SPECIES 26 ENSFALG00000023965 ENSFALG00000028245 ##11 ENSFALG00000026318 ##11 ENSFALG00000026058 ##11 ENSFALG00000025310 ##11 ENSFALG00000028946 #11 ENSFALG00000023020 PLEKHA3 (ENSFALG00000027197) #12 FKBP7 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#16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT01100000263523.E ##11 ENSGT01100000263523.B ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a Common canary MODERN SPECIES 8 ENSSCAG00000000211 ##11 ENSSCAG00000000177 ##11 ENSSCAG00000000135 ##11 ENSSCAG00000000118 ##11 ENSSCAG00000016286 ##11 PLEKHA3 (ENSSCAG00000016282) #12 ENSSCAG00000016281 #13 ENSSCAG00000016278 #13 PJVK (ENSSCAG00000016277) #14 OSBPL6 (ENSSCAG00000016275) #16 ENSSCAG00000016274 RBM45 (ENSSCAG00000016272) #17 ENSSCAG00000016248 ENSSCAG00000016236 #20 AGPS (ENSSCAG00000016170) #21 NFE2L2 (ENSSCAG00000016126) #22 HNRNPA3 (ENSSCAG00000016118) #23 MTX2 (ENSSCAG00000016113) #24 HOXD3 (ENSSCAG00000016112) #29 HOXD4 (ENSSCAG00000016111) #30 HOXD8 (ENSSCAG00000016107) #31 ENSSCAG00000016106 HOXD10 (ENSSCAG00000016104) #32 HOXD11 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##11 PLEKHA3 (ENSSHBG00005000809) #12 FKBP7 (ENSSHBG00005001990) #13 PJVK (ENSSHBG00005002010) #14 OSBPL6 (ENSSHBG00005002344) #16 RBM45 (ENSSHBG00005003026) #17 ENSSHBG00005003038 ENSSHBG00005003059 ENSSHBG00005003095 #20 AGPS (ENSSHBG00005003110) #21 NFE2L2 (ENSSHBG00005003133) #22 HNRNPA3 (ENSSHBG00005003156) #23 MTX2 (ENSSHBG00005003180) #24 HOXD3 (ENSSHBG00005003209) #29 HOXD4 (ENSSHBG00005003224) #30 HOXD8 (ENSSHBG00005003238) #31 HOXD9 (ENSSHBG00005003249) #33 HOXD10 (ENSSHBG00005003256) #32 HOXD11 (ENSSHBG00005003263) #34 HOXD12 (ENSSHBG00005003274) #35 HOXD13 (ENSSHBG00005003286) #36 EVX2 (ENSSHBG00005003303) #37 LNPK (ENSSHBG00005003318) ATP5MC3 (ENSSHBG00005003340) ATF2 (ENSSHBG00005003358) CHN1 (ENSSHBG00005003384) Golden eagle MODERN SPECIES 22 ENSACCG00020003250 ENSACCG00020003292 ##11 ENSACCG00020003357 ##11 ENSACCG00020003401 ##11 ENSACCG00020003422 ##11 ENSACCG00020003442 PLEKHA3 (ENSACCG00020003458) #12 FKBP7 (ENSACCG00020003479) #13 PJVK (ENSACCG00020003494) #14 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ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263523.G.a.b.b ##11 ENSGT01100000263523.J ##11 ENSGT01100000263523.I.a.a.b ##11 ENSGT01100000263523.E ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964.c #13 ENSGT00940000159964.d #13 ENSGT00950000183140.a.b.c #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 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(ENSTMTG00000016312) ATF2 (ENSTMTG00000016268) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b.c.a ENSGT01100000263523.G.a.a ##11 ENSGT01100000263523.E ##11 ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964.c #13 ENSGT00940000159964.d #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.a Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 2 ENSGEVG00005018884 ##11 ENSGEVG00005018991 ##11 ENSGEVG00005019129 ##11 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ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.b ENSGT01100000263523.F ##11 ENSGT01100000263532.C.c.b ENSGT00940000155850 #12 ENSGT00940000159964 #13 ENSGT00950000183140.a.b #14 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000162151 #19 ENSGT00390000010116 #20 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000153147 #23 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161653 #31 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01100000263532.A.b ENSGT01100000263532.A.a.b ENSGT01100000263532.A.a.a.b.b.a.b.b 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#17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000154298.a.a Reedfish MODERN SPECIES 16 ENSECRG00000006782 dnajc10 (ENSECRG00000006818) FRZB (ENSECRG00000006860) nckap1 (ENSECRG00000006892) dusp19a (ENSECRG00000006923) nup35 (ENSECRG00000006932) ZNF804A (ENSECRG00000006941) zc3h15 (ENSECRG00000006952) itgav (ENSECRG00000006970) prkra (ENSECRG00000006994) #15 OSBPL6 (ENSECRG00000007023) #16 rbm45 (ENSECRG00000007051) #17 cycsb (ENSECRG00000007063) ENSECRG00000007074 agps (ENSECRG00000007162) #21 nfe2l2a (ENSECRG00000007884) #22 hnrnpa3 (ENSECRG00000007907) mtx2 (ENSECRG00000007929) #24 ENSECRG00000007947 ENSECRG00000007959 hoxd3a (ENSECRG00000007970) #29 hoxd4a (ENSECRG00000007976) #30 ENSECRG00000007986 ENSECRG00000008002 ENSECRG00000008011 hoxd11a (ENSECRG00000008022) #34 lnpa (ENSECRG00000008030) atp5mc3a (ENSECRG00000008050) ATF2 (ENSECRG00000008091) ENSECRG00000008152 chrna1 (ENSECRG00000008273) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160494 ENSGT00390000016619.a ENSGT00940000156472 ENSGT00940000165507 ENSGT00940000155558 ENSGT00390000005923 ENSGT00940000160909 ENSGT00390000015818 ENSGT00940000158361 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.b.e.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00940000155029.d ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503 #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859 ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b Spotted gar MODERN SPECIES 650 PDE1A (ENSLOCG00000006602) dusp19a (ENSLOCG00000006612) nckap1 (ENSLOCG00000006648) FRZB (ENSLOCG00000006669) dnajc10 (ENSLOCG00000006697) nup35 (ENSLOCG00000006726) znf804a (ENSLOCG00000006742) zc3h15 (ENSLOCG00000006786) itgav (ENSLOCG00000006805) prkra (ENSLOCG00000006829) #15 OSBPL6 (ENSLOCG00000006831) #16 rbm45 (ENSLOCG00000006862) #17 cycsb (ENSLOCG00000006902) ENSLOCG00000006915 agps (ENSLOCG00000006956) #21 nfe2l2a (ENSLOCG00000006972) #22 hnrnpa3 (ENSLOCG00000006986) mtx2 (ENSLOCG00000007000) #24 ENSLOCG00000007019 ENSLOCG00000007028 hoxd3a (ENSLOCG00000007043) #29 hoxd4a (ENSLOCG00000007074) #30 ENSLOCG00000007085 ENSLOCG00000007106 hoxd10a (ENSLOCG00000007118) #32 hoxd11a (ENSLOCG00000007133) #34 hoxd12a (ENSLOCG00000007146) #35 HOXD13 (ENSLOCG00000007161) #36 evx2 (ENSLOCG00000007179) #37 lnpk (ENSLOCG00000007190) ENSLOCG00000007211 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156472.c ENSGT00390000016619.a ENSGT00940000165507 ENSGT00940000155558 ENSGT00390000005923 ENSGT00940000160909 ENSGT00390000015818 ENSGT00940000158361 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000157883.a.a ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.f ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851 ENSGT00910000144296 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000160192 ENSGT00940000157043 ENSGT00940000156472.c ENSGT00390000016619.a.d ENSGT00940000165507 ENSGT00940000155558.b ENSGT00390000005923 ENSGT00940000160909.c ENSGT00390000015818 ENSGT00940000158361.a ENSGT00940000157618 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ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c.d ENSGT00390000013474.a Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c.d ENSGT00390000004153.c.c Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c.d ENSGT00390000004153.c.c Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 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ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c.d ENSGT00390000004153.c.c Eastern happy MODERN SPECIES 7 DOCK9 (ENSACLG00000007989) SLC15A1 (ENSACLG00000008071) STK24 (ENSACLG00000008226) INO80D (ENSACLG00000008245) NDUFS1 (ENSACLG00000008263) CMKLR2 (ENSACLG00000008289) ADAM23 (ENSACLG00000008302) FAM237A (ENSACLG00000008359) ENSACLG00000008363 prkra (ENSACLG00000008370) #15 OSBPL6 (ENSACLG00000008382) #16 cycsb (ENSACLG00000008414) ENSACLG00000008429 ENSACLG00000008459 agps (ENSACLG00000008469) #21 nfe2l2a (ENSACLG00000008524) #22 hnrnpa3 (ENSACLG00000008532) hoxd3a (ENSACLG00000009027) #29 hoxd4a (ENSACLG00000009044) #30 hoxd9a (ENSACLG00000009056) #33 hoxd10a (ENSACLG00000009061) #32 hoxd11a 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ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a ENSGT00730000111135 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000178366 ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f.qb ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a ENSGT00730000111135 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1623 RAP2A 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#30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 13 ENSORLG00000017640 ENSORLG00000022562 STK24 (ENSORLG00000017632) INO80D (ENSORLG00000017623) ENSORLG00000030457 ENSORLG00000027518 CMKLR2 (ENSORLG00000017619) ADAM23 (ENSORLG00000017616) FAM237A (ENSORLG00000023264) prkra (ENSORLG00000017598) #15 ENSORLG00000017596 OSBPL6 (ENSORLG00000017589) #16 cycsb (ENSORLG00000027899) ENSORLG00000024999 agps (ENSORLG00000017577) #21 nfe2l2a (ENSORLG00000017568) #22 hnrnpa3 (ENSORLG00000017561) hoxd3a (ENSORLG00000017546) #29 hoxd4a (ENSORLG00000017548) #30 hoxd9a (ENSORLG00000017540) #32 hoxd11a (ENSORLG00000017538) #34 hoxd12a (ENSORLG00000017536) #35 evx2 (ENSORLG00000017534) #37 lnpa (ENSORLG00000017531) ENSORLG00000029959 ENSORLG00000022474 ATF2 (ENSORLG00000017522) CHN1 (ENSORLG00000017518) CHRNA1 (ENSORLG00000017512) GPR155 (ENSORLG00000017509) scrn3 (ENSORLG00000017501) Chinese medaka MODERN SPECIES 394 dnajc3a (ENSOSIG00000012876) UGGT2 (ENSOSIG00000006510) HS6ST3 (ENSOSIG00000006470) MBNL2 (ENSOSIG00000006463) RAP2A (ENSOSIG00000006460) FARP1 (ENSOSIG00000005988) SLC15A1 (ENSOSIG00000000908) ENSOSIG00000000798 INO80D (ENSOSIG00000000785) ENSOSIG00000000781 ENSOSIG00000000778 OSBPL6 (ENSOSIG00000000768) #16 cycsb (ENSOSIG00000000762) ENSOSIG00000000629 agps (ENSOSIG00000000574) #21 nfe2l2a (ENSOSIG00000000556) #22 hnrnpa3 (ENSOSIG00000000549) hoxd3a (ENSOSIG00000000546) #29 hoxd4a (ENSOSIG00000000543) #30 hoxd9a (ENSOSIG00000000542) #33 hoxd10a (ENSOSIG00000000541) #32 hoxd11a (ENSOSIG00000000539) #34 hoxd12a (ENSOSIG00000000537) #35 evx2 (ENSOSIG00000000535) #37 lnpa (ENSOSIG00000000282) ENSOSIG00000000219 ATF2 (ENSOSIG00000000188) CHN1 (ENSOSIG00000023518) CHRNA1 (ENSOSIG00000023517) GPR155 (ENSOSIG00000023514) scrn3 (ENSOSIG00000023512) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 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ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Climbing perch MODERN SPECIES 12 RAP2A (ENSATEG00000014298) FARP1 (ENSATEG00000014315) DOCK9 (ENSATEG00000014377) ENSATEG00000014517 STK24 (ENSATEG00000014774) INO80D (ENSATEG00000014792) NDUFS1 (ENSATEG00000014830) CMKLR2 (ENSATEG00000014960) ADAM23 (ENSATEG00000014971) FAM237A (ENSATEG00000015000) ENSATEG00000015020 prkra (ENSATEG00000015036) #15 ENSATEG00000015064 #16 ENSATEG00000015193 agps (ENSATEG00000015253) #21 nfe2l2a (ENSATEG00000015291) #22 hnrnpa3 (ENSATEG00000015304) hoxd3a (ENSATEG00000015328) #29 hoxd4a (ENSATEG00000026293) #30 hoxd9a (ENSATEG00000015352) #33 hoxd10a (ENSATEG00000015361) #32 hoxd11a (ENSATEG00000015366) #34 hoxd12a (ENSATEG00000015376) #35 evx2 (ENSATEG00000015390) #37 lnpa (ENSATEG00000015400) ENSATEG00000029057 ATF2 (ENSATEG00000015430) ENSATEG00000026639 CHRNA1 (ENSATEG00000015509) GPR155 (ENSATEG00000015655) scrn3 (ENSATEG00000015681) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 11 RAP2A (ENSBSLG00000024472) FARP1 (ENSBSLG00000024508) DOCK9 (ENSBSLG00000024853) ENSBSLG00000025293 SLC15A1 (ENSBSLG00000025555) STK24 (ENSBSLG00000025966) INO80D (ENSBSLG00000025979) CMKLR2 (ENSBSLG00000025999) ADAM23 (ENSBSLG00000026024) FAM237A (ENSBSLG00000026070) ENSBSLG00000026074 prkra (ENSBSLG00000026075) #15 OSBPL6 (ENSBSLG00000026120) #16 ENSBSLG00000026217 agps (ENSBSLG00000026249) #21 nfe2l2a (ENSBSLG00000026266) #22 hnrnpa1b (ENSBSLG00000026269) hoxd3a (ENSBSLG00000026271) #29 hoxd4a (ENSBSLG00000026272) #30 hoxd9a (ENSBSLG00000026273) #33 hoxd10a (ENSBSLG00000026275) #32 hoxd11a (ENSBSLG00000026276) #34 hoxd12a (ENSBSLG00000026277) #35 evx2 (ENSBSLG00000026279) #37 lnpa (ENSBSLG00000004925) ENSBSLG00000004975 ATF2 (ENSBSLG00000005177) ENSBSLG00000005277 GPR155 (ENSBSLG00000005380) scrn3 (ENSBSLG00000005638) CIR1 (ENSBSLG00000005674) Zig-zag eel MODERN SPECIES 13 RAP2A 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ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.b #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.b #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c Seriola ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000176946.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000153147.b #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c Greater amberjack MODERN SPECIES 21 ENSSDUG00000002054 DOCK9 (ENSSDUG00000001909) SLC15A1 (ENSSDUG00000001105) STK24 (ENSSDUG00000000992) INO80D (ENSSDUG00000000981) NDUFS1 (ENSSDUG00000000927) CMKLR2 (ENSSDUG00000000920) ADAM23 (ENSSDUG00000000744) FAM237A (ENSSDUG00000000722) ENSSDUG00000000666 prkra (ENSSDUG00000000636) #15 OSBPL6 (ENSSDUG00000000600) #16 cycsb (ENSSDUG00000000582) ENSSDUG00000000510 agps (ENSSDUG00000000434) #21 nfe2l2a (ENSSDUG00000000407) #22 hnrnpa3 (ENSSDUG00000000381) hoxd3a (ENSSDUG00000000363) #29 hoxd4a (ENSSDUG00000000306) #30 hoxd9a (ENSSDUG00000000299) #33 hoxd10a (ENSSDUG00000000236) #32 hoxd11a (ENSSDUG00000000198) #34 evx2 (ENSSDUG00000000177) #37 hoxd12a (ENSSDUG00000000155) #35 lnpa (ENSSDUG00000000147) ENSSDUG00000000095 ATF2 (ENSSDUG00000021617) ENSSDUG00000021597 CHRNA1 (ENSSDUG00000021553) GPR155 (ENSSDUG00000021535) scrn3 (ENSSDUG00000021519) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2712 agps (ENSSLDG00000019037) #21 nfe2l2a (ENSSLDG00000019015) #22 HNRNPA3 (ENSSLDG00000018999) #23 hoxd4a (ENSSLDG00000018988) #30 hoxd3a (ENSSLDG00000018953) #29 hoxd9a (ENSSLDG00000018936) #33 hoxd10a (ENSSLDG00000018926) #32 hoxd11a (ENSSLDG00000018913) #34 hoxd12a (ENSSLDG00000018902) #35 evx2 (ENSSLDG00000018892) #37 lnpa (ENSSLDG00000018850) ENSSLDG00000018828 ATF2 (ENSSLDG00000018768) ENSSLDG00000018722 CHRNA1 (ENSSLDG00000018697) GPR155 (ENSSLDG00000018668) scrn3 (ENSSLDG00000018646) Barramundi perch MODERN SPECIES 64 PCDH1 (ENSLCAG00010017223) prkra (ENSLCAG00010017218) #15 OSBPL6 (ENSLCAG00010016912) #16 cycsb (ENSLCAG00010016816) ENSLCAG00010016753 agps (ENSLCAG00010016351) #21 nfe2l2a (ENSLCAG00010016249) #22 HNRNPA3 (ENSLCAG00010016245) #23 hoxd3a (ENSLCAG00010016238) #29 hoxd4a (ENSLCAG00010016232) #30 hoxd9a (ENSLCAG00010016229) #33 hoxd10a 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ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c Tongue sole MODERN SPECIES 7 FAM124A (ENSCSEG00000005828) tsn (ENSCSEG00000005825) si:dkey-91i10.2 (ENSCSEG00000005820) eaf2 (ENSCSEG00000005817) ENSCSEG00000005809 slc15a2 (ENSCSEG00000005799) hspbap1 (ENSCSEG00000005786) slc49a4 (ENSCSEG00000005772) SEMA5B (ENSCSEG00000005720) pdia5 (ENSCSEG00000005697) sec22a (ENSCSEG00000005690) adcy5 (ENSCSEG00000005675) dnajc15 (ENSCSEG00000005668) sestd1 (ENSCSEG00000005650) #9 agps (ENSCSEG00000005635) #21 nfe2l2a (ENSCSEG00000005621) #22 HNRNPA3 (ENSCSEG00000005613) #23 hoxd4a (ENSCSEG00000005611) #30 hoxd3a (ENSCSEG00000005607) #29 hoxd9a (ENSCSEG00000005605) #33 hoxd10a (ENSCSEG00000005599) #32 hoxd11a (ENSCSEG00000005596) #34 hoxd12a (ENSCSEG00000005593) #35 evx2 (ENSCSEG00000005590) #37 lnpa (ENSCSEG00000005584) ENSCSEG00000005581 ATF2 (ENSCSEG00000005568) ENSCSEG00000005562 CHRNA1 (ENSCSEG00000005556) GPR155 (ENSCSEG00000005546) scrn3 (ENSCSEG00000005538) Turbot MODERN SPECIES 5 ENSSMAG00000016062 DOCK9 (ENSSMAG00000015986) ENSSMAG00000015951 STK24 (ENSSMAG00000015903) INO80D (ENSSMAG00000015863) NDUFS1 (ENSSMAG00000015811) CMKLR2 (ENSSMAG00000015806) ADAM23 (ENSSMAG00000015705) FAM237A (ENSSMAG00000015688) ENSSMAG00000015624 prkra (ENSSMAG00000015615) #15 ENSSMAG00000015499 #16 ENSSMAG00000032684 ENSSMAG00000015360 agps (ENSSMAG00000015285) #21 nfe2l2a (ENSSMAG00000015270) #22 hnrnpa3 (ENSSMAG00000015218) hoxd3a (ENSSMAG00000015192) #29 hoxd4a (ENSSMAG00000015208) #30 hoxd9a (ENSSMAG00000015178) #33 hoxd10a (ENSSMAG00000015175) #32 hoxd11a (ENSSMAG00000015168) #34 hoxd12a (ENSSMAG00000015157) #35 evx2 (ENSSMAG00000022153) #37 lnpa (ENSSMAG00000015112) ENSSMAG00000015084 ATF2 (ENSSMAG00000015045) ENSSMAG00000015017 CHRNA1 (ENSSMAG00000014996) GPR155 (ENSSMAG00000014982) scrn3 (ENSSMAG00000014971) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 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ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Tetraodon MODERN SPECIES 13 RAP2A (ENSTNIG00000013978) ENSTNIG00000013979 FARP1 (ENSTNIG00000013980) DOCK9 (ENSTNIG00000013981) SLC15A1 (ENSTNIG00000013982) STK24 (ENSTNIG00000013983) INO80D (ENSTNIG00000013984) NDUFS1 (ENSTNIG00000006545) ADAM23 (ENSTNIG00000003428) ENSTNIG00000016964 prkra (ENSTNIG00000016963) #15 OSBPL6 (ENSTNIG00000016962) #16 cycsb (ENSTNIG00000000282) ENSTNIG00000016961 agps (ENSTNIG00000016960) #21 nfe2l2a (ENSTNIG00000016959) #22 hnrnpa3 (ENSTNIG00000016958) hoxd3a (ENSTNIG00000001764) #29 hoxd4a (ENSTNIG00000001765) #30 hoxd9a (ENSTNIG00000016957) #33 hoxd10a (ENSTNIG00000001775) #32 hoxd11a (ENSTNIG00000001776) #34 hoxd12a (ENSTNIG00000001777) #35 evx2 (ENSTNIG00000001817) #37 lnpa (ENSTNIG00000016956) ENSTNIG00000000679 ENSTNIG00000016955 ATF2 (ENSTNIG00000016954) ENSTNIG00000016953 CHRNA1 (ENSTNIG00000016952) GPR155 (ENSTNIG00000016951) Fugu MODERN SPECIES RAP2A (ENSTRUG00000026484) FARP1 (ENSTRUG00000017356) DOCK9 (ENSTRUG00000017366) ENSTRUG00000017397 INO80D (ENSTRUG00000017409) NDUFS1 (ENSTRUG00000017410) CMKLR2 (ENSTRUG00000017415) ADAM23 (ENSTRUG00000017416) FAM237A (ENSTRUG00000017425) ENSTRUG00000017426 prkra (ENSTRUG00000021336) #15 OSBPL6 (ENSTRUG00000017442) #16 cyc-B (ENSTRUG00000032049) ENSTRUG00000017461 agps (ENSTRUG00000017479) #21 nfe2l2a (ENSTRUG00000017486) #22 ENSTRUG00000033446 hnrnpa3 (ENSTRUG00000017504) hoxd3a (ENSTRUG00000017520) #29 hoxd4a (ENSTRUG00000024818) #30 hoxd9a (ENSTRUG00000017521) #33 hoxd10a (ENSTRUG00000025243) #32 hoxd11a (ENSTRUG00000017526) #34 hoxd12a (ENSTRUG00000017534) #35 evx2 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ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Lumpfish MODERN SPECIES 13 FARP1 (ENSCLMG00005009389) DOCK9 (ENSCLMG00005010444) SLC15A1 (ENSCLMG00005018954) STK24 (ENSCLMG00005018957) INO80D (ENSCLMG00005019041) NDUFS1 (ENSCLMG00005019057) CMKLR2 (ENSCLMG00005019624) ADAM23 (ENSCLMG00005019627) FAM237A (ENSCLMG00005020300) ENSCLMG00005020302 prkra (ENSCLMG00005020304) #15 OSBPL6 (ENSCLMG00005020316) #16 ENSCLMG00005021004 ENSCLMG00005021005 agps (ENSCLMG00005021014) #21 nfe2l2a (ENSCLMG00005021034) #22 hnrnpa3 (ENSCLMG00005021035) hoxd3a (ENSCLMG00005021036) #29 hoxd4a (ENSCLMG00005021037) #30 hoxd9a (ENSCLMG00005021038) #33 hoxd10a (ENSCLMG00005021039) #32 hoxd11a (ENSCLMG00005021040) #34 hoxd12a (ENSCLMG00005021041) #35 evx2 (ENSCLMG00005021042) #37 lnpa (ENSCLMG00005021044) ENSCLMG00005021047 ATF2 (ENSCLMG00005021049) ENSCLMG00005021050 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Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a Channel bull blenny MODERN SPECIES 13 FARP1 (ENSCGOG00000003665) DOCK9 (ENSCGOG00000004936) SLC15A1 (ENSCGOG00000005836) STK24 (ENSCGOG00000005844) INO80D (ENSCGOG00000005996) NDUFS1 (ENSCGOG00000006001) CMKLR2 (ENSCGOG00000006380) 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(ENSSLUG00000008658) #15 OSBPL6 (ENSSLUG00000008720) #16 cycsb (ENSSLUG00000010048) ENSSLUG00000010056 agps (ENSSLUG00000010199) #21 nfe2l2a (ENSSLUG00000013061) #22 HNRNPA1L3 (ENSSLUG00000013067) hoxd3a (ENSSLUG00000013082) #29 hoxd4a (ENSSLUG00000013085) #30 hoxd9a (ENSSLUG00000013092) #33 hoxd10a (ENSSLUG00000013095) #32 hoxd11a (ENSSLUG00000013098) #34 hoxd12a (ENSSLUG00000013103) #35 evx2 (ENSSLUG00000013108) #37 lnpa (ENSSLUG00000013118) atp5mc3a (ENSSLUG00000013135) ATF2 (ENSSLUG00000013155) CHN1 (ENSSLUG00000013159) CHRNA1 (ENSSLUG00000013170) GPR155 (ENSSLUG00000013387) scrn3 (ENSSLUG00000013574) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000155318.b.a.b ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 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#37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000156851.c ENSGT00390000004153.c ENSGT00390000013474.a European seabass MODERN SPECIES 5 MBNL2 (ENSDLAG00005024282) RAP2A (ENSDLAG00005026902) FARP1 (ENSDLAG00005023084) DOCK9 (ENSDLAG00005012371) ENSDLAG00005010823 STK24 (ENSDLAG00005010485) INO80D (ENSDLAG00005030557) NDUFS1 (ENSDLAG00005009594) ADAM23 (ENSDLAG00005008967) FAM237A (ENSDLAG00005008945) ENSDLAG00005008935 ENSDLAG00005006538 #16 ENSDLAG00005029869 ENSDLAG00005006250 agps (ENSDLAG00005004780) #21 nfe2l2a (ENSDLAG00005004683) #22 hnrnpa3 (ENSDLAG00005004602) hoxd3a (ENSDLAG00005004581) #29 hoxd4a (ENSDLAG00005031082) #30 hoxd9a (ENSDLAG00005034881) #33 hoxd10a (ENSDLAG00005004554) #32 hoxd11a (ENSDLAG00005004534) #34 hoxd12a (ENSDLAG00005004530) #35 evx2 (ENSDLAG00005004514) #37 lnpa (ENSDLAG00005004438) ENSDLAG00005029965 ATF2 (ENSDLAG00005026266) ENSDLAG00005026265 CHRNA1 (ENSDLAG00005026264) GPR155 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#30 hoxd9a (ENSMMDG00005018089) #33 hoxd10a (ENSMMDG00005018088) #32 hoxd11a (ENSMMDG00005018087) #34 hoxd12a (ENSMMDG00005018086) #35 evx2 (ENSMMDG00005018084) #37 lnpa (ENSMMDG00005018082) ENSMMDG00005018076 ATF2 (ENSMMDG00005018070) ENSMMDG00005018052 CHRNA1 (ENSMMDG00005018050) GPR155 (ENSMMDG00005018047) scrn3 (ENSMMDG00005018044) Cod MODERN SPECIES 12 casq2 (ENSGMOG00000011071) ENSGMOG00000020229 ENSGMOG00000011067 ENSGMOG00000010998 ENSGMOG00000032270 ENSGMOG00000035579 ENSGMOG00000004002 ENSGMOG00000007814 ENSGMOG00000025425 prkra (ENSGMOG00000023426) #15 ENSGMOG00000004037 #16 ENSGMOG00000025591 ENSGMOG00000004113 agps (ENSGMOG00000004161) #21 ENSGMOG00000030426 nfe2l2a (ENSGMOG00000004196) #22 HNRNPA3 (ENSGMOG00000004230) #23 hoxd3a (ENSGMOG00000037192) #29 hoxd4a (ENSGMOG00000023531) #30 hoxd9a (ENSGMOG00000024253) #33 hoxd10a (ENSGMOG00000028708) #32 hoxd11a (ENSGMOG00000004301) #34 hoxd12a (ENSGMOG00000024373) #35 evx2 (ENSGMOG00000036423) #37 lnpa (ENSGMOG00000004346) atp5mc3a (ENSGMOG00000004380) ATF2 (ENSGMOG00000004396) CHN1 (ENSGMOG00000036951) CHRNA1 (ENSGMOG00000004453) GPR155 (ENSGMOG00000004473) scrn3 (ENSGMOG00000004519) Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994 ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059.j #17 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.c #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266.h #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e.c ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01000000221798 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.b.e.b ENSGT00940000156851.c Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 401 ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.b ENSGT00940000160594.h ENSGT00940000155318.b.a.b.d ENSGT00940000155972.B.cb ENSGT00940000153476.b.o.a.b ENSGT00940000157974.c ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642.j ENSGT00940000158781.d ENSGT00940000160994.f ENSGT00940000157618.t #15 ENSGT00940000156791.l #16 ENSGT00680000100059.j #17 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a ENSGT00940000156112.d.b #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a #22 ENSGT00940000154808.a.a.o.a ENSGT00940000157270.t #30 ENSGT00940000160027.d #29 ENSGT00940000160866.gb ENSGT00940000158266.h.b #32 ENSGT00940000161308.d #34 ENSGT00940000159938.b #35 ENSGT00940000161025.m.b #37 ENSGT00390000001859.e.d ENSGT00940000154298.b.a.a.a ENSGT00940000156582.n Huchen MODERN SPECIES 2325 ENSHHUG00000045348 rbm45 (ENSHHUG00000045351) #17 ENSHHUG00000045355 agps (ENSHHUG00000045428) #21 nfe2l2a (ENSHHUG00000045591) #22 hnrnpa3 (ENSHHUG00000045639) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160594.h 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ENSOMYG00000071986 ENSOMYG00000035388 ENSOMYG00000035384 Salmo ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.b.b ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.b ENSGT00940000155318.b.a.b.d ENSGT00940000155972.B.cb ENSGT00940000153476.b.o.a.b ENSGT00940000157974.c ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642.j ENSGT00940000158781.d ENSGT00940000160994.f ENSGT00940000157618.t #15 ENSGT00940000156791.l #16 ENSGT00680000100059.j #17 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a ENSGT00940000156112.d.b #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a #22 ENSGT00940000154808.a.a.o.a ENSGT00940000160027.d #29 ENSGT00940000157270.t #30 ENSGT00940000161503.a.c #33 ENSGT00940000158266.h.b #32 ENSGT00940000161308.d #34 ENSGT00940000159938.b #35 ENSGT01000000220984 ENSGT00940000161025.m.b #37 ENSGT00390000001859.e.d ENSGT00940000157981.a.a.b.b ENSGT00940000156582.n ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b.a ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.a ENSGT00940000164416 Atlantic salmon MODERN SPECIES 13 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(ENSSTUG00000040084) #15 ENSSTUG00000040073 ENSSTUG00000040059 OSBPL6 (ENSSTUG00000034789) #16 rbm45 (ENSSTUG00000034593) #17 ENSSTUG00000034579 agps (ENSSTUG00000033702) #21 nfe2l2a (ENSSTUG00000033577) #22 hnrnpa3 (ENSSTUG00000033528) ENSSTUG00000033512 hoxd4a (ENSSTUG00000033499) #30 hoxd3a (ENSSTUG00000033467) #29 hoxd10a (ENSSTUG00000033441) #32 hoxd11a (ENSSTUG00000033429) #34 hoxd12a (ENSSTUG00000033416) #35 ENSSTUG00000033400 evx2 (ENSSTUG00000033394) #37 lnpa (ENSSTUG00000033382) ENSSTUG00000033289 ATF2 (ENSSTUG00000033241) ENSSTUG00000033234 ENSSTUG00000033231 ENSSTUG00000033214 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155318.b.a.b.c ENSGT00940000155972.B.bb ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a.a ENSGT00940000157974.d ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642.i ENSGT00940000158781.c ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.e ENSGT00940000157618.s #15 ENSGT00940000156791.k #16 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.b ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112.d.a #21 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ENSOMYG00000029761 ENSOMYG00000069592 ENSOMYG00000029706 agps (ENSOMYG00000025901) #21 nfe2l2a (ENSOMYG00000024868) #22 hnrnpa3 (ENSOMYG00000024811) ENSOMYG00000024731 hoxd3a (ENSOMYG00000024709) #29 hoxd4a (ENSOMYG00000024685) #30 hoxd9a (ENSOMYG00000024667) #33 hoxd10a (ENSOMYG00000058693) #32 hoxd11a (ENSOMYG00000024632) #34 hoxd12a (ENSOMYG00000024576) #35 HOXD13 (ENSOMYG00000024568) #36 evx2 (ENSOMYG00000024554) #37 lnpa (ENSOMYG00000024451) ENSOMYG00000024344 ATF2 (ENSOMYG00000024297) ENSOMYG00000023622 ENSOMYG00000060012 Salmo ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000155318.b.a.b.c ENSGT00940000155972.B.bb ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a.a ENSGT00940000157974.d ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642.i ENSGT00940000158781.c ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.e ENSGT00940000157618.s #15 ENSGT00940000156791.k #16 ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.b ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112.d.a #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.c.b #22 ENSGT00940000154808.a.a.o.b 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ENSSGRG00000028685 ENSSGRG00000028688 ENSSGRG00000028689 scn1lab (ENSSGRG00000028690) ENSSGRG00000028692 ENSSGRG00000028693 ENSSGRG00000028694 B3GALT1 (ENSSGRG00000028695) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000156186.l.a.a.a ENSGT00940000168325.b ENSGT00950000183140.a.a.a ##14 ENSGT00940000155489.a.a ENSGT00390000011514 ENSGT00730000110871.a.a.a.b.f ENSGT00390000014839.b.h ENSGT00940000164909.e.b.b ENSGT00940000168354.d.a ENSGT00950000182895.a.b.u.b ENSGT00940000165591.a.b ENSGT00390000014520.n.a ENSGT00940000165776.g ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000157883.a.b.f.c.b ENSGT00950000182892.a.a.b.e.b #22 ENSGT00950000182919.C.n #24 ENSGT00390000001859.f.b.b.a ENSGT00940000157981.a.a.a.c.a ENSGT00940000156851.d.c.a ENSGT00940000155557.kc ENSGT00390000004153.d.j ENSGT00390000000673.a.b.e.a ENSGT00940000155099.k.b.c ENSGT00940000154076.B.b.j ENSGT00940000155518.n.a ENSGT00530000063608.B.b.b ENSGT01030000235214.e ENSGT00940000163423.C.g.b.g ENSGT00530000063779.A.e.b.b ENSGT00940000156219.e.b.c Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000165235.a.a ENSGT00940000156186.l.a.a.a ENSGT00940000168325.b ENSGT00950000183140.a.a.a ##14 ENSGT00940000155489.a.a ENSGT00390000011514 ENSGT00730000110871.a.a.a.b.f ENSGT00390000014839.b.h ENSGT00940000164909.e.b.b ENSGT00940000168354.d.a ENSGT00940000165591.a.b ENSGT00390000014520.n.a ENSGT00940000165776.g ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000157883.a.b.f.c.b ENSGT00950000182892.a.a.b.e.b #22 ENSGT00950000182919.C.n #24 ENSGT00390000001859.f.b.b.a ENSGT00940000157981.a.a.a.c.a ENSGT00940000156851.d.c.a ENSGT00940000155557.kc ENSGT00390000004153.d.j ENSGT00390000000673.a.b.e.a ENSGT00940000155099.k.b.c ENSGT00940000154076.B.b.j ENSGT00940000155518.n.a ENSGT00530000063608.B.b.b ENSGT01030000235214.e ENSGT00940000163423.C.g.b.g ENSGT00530000063779.A.e.b.b ENSGT00940000156219.e.b.c Common carp reference MODERN SPECIES 10 ENSCCRG00000023287 ENSCCRG00000055344 ENSCCRG00000016478 ##14 ENSCCRG00000000163 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ENSGT00530000063779.A.e.b Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 127 ENSGT00940000155675.p.b ENSGT00940000168325 ENSGT00950000183140.a.a ##14 ENSGT00940000155489.a ENSGT00390000011514 ENSGT00730000110871.a.a.a.b ENSGT00390000014839.b ENSGT00940000164909.e.b ENSGT00390000004977.d.b ENSGT00950000182895.a.b.u.b ENSGT00940000165591.a ENSGT00390000014520.n ENSGT00940000165776 ENSGT01030000234667.a.a.a.a.b ENSGT00940000157883.a.b.f ENSGT00950000182892.a.a.b.e #22 ENSGT00950000182919.C #24 ENSGT00390000001859.f ENSGT00940000157981.a.a.a ENSGT00940000156851.d.c ENSGT00910000144296.d ENSGT00390000004153.d ENSGT00390000000673.a.b ENSGT00940000155099.k.b ENSGT00940000154076.B.b ENSGT00940000155518.n ENSGT00940000157526.b Characoidei ANCESTRAL SPECIES 124 ENSGT00940000155675.p.b ENSGT00940000168325 ENSGT00950000183140.a.a ##14 ENSGT00940000155489.a ENSGT00390000011514 ENSGT00730000110871.a.a.a.b ENSGT00390000014839.b ENSGT00940000164909.e.b ENSGT00390000004977.d.b ENSGT00950000182895.a.b.u.b 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cycsb (ENSEEEG00000021918) ENSEEEG00000021917 #22 mtx2 (ENSEEEG00000021916) #24 lnpk (ENSEEEG00000021914) atp5mc3b (ENSEEEG00000021912) chrna1 (ENSEEEG00000021911) WIPF1 (ENSEEEG00000021910) GPR155 (ENSEEEG00000021909) ola1 (ENSEEEG00000021904) ENSEEEG00000021898 ENSEEEG00000021897 ENSEEEG00000021895 ENSEEEG00000021886 ENSEEEG00000021872 ENSEEEG00000021871 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781.e ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.g ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000158354.c.a ENSGT00940000165065.b ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.p ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781.e ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.g ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ENSGT00940000156851.d.d Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000176946 ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781.e ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.g ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ENSGT00940000156851.d.d Channel catfish MODERN SPECIES 25 RAP2A (ENSIPUG00000018801) farp1 (ENSIPUG00000018812) DOCK9 (ENSIPUG00000018881) SLC15A1 (ENSIPUG00000019129) stk24 (ENSIPUG00000019188) INO80D (ENSIPUG00000019234) gpr1 (ENSIPUG00000019259) ADAM23 (ENSIPUG00000019278) FAM237A (ENSIPUG00000019343) ENSIPUG00000019355 prkra (ENSIPUG00000019396) #15 osbpl6 (ENSIPUG00000019425) #16 RBM45 (ENSIPUG00000019576) #17 pde11a (ENSIPUG00000019607) AGPS (ENSIPUG00000019647) #21 nfe2l2 (ENSIPUG00000019775) #22 RO32 (ENSIPUG00000019815) ENSIPUG00000019858 hoxd3 (ENSIPUG00000019869) #29 hoxd4 (ENSIPUG00000019877) #30 hoxd9 (ENSIPUG00000019882) #33 hoxd10a (ENSIPUG00000019897) #32 hoxd11a (ENSIPUG00000019900) #34 hoxd12a (ENSIPUG00000019903) #35 HOXD13 (ENSIPUG00000019917) #36 evx2 (ENSIPUG00000019922) #37 kiaa1715 (ENSIPUG00000019939) AT5G3 (ENSIPUG00000019955) atf2 (ENSIPUG00000019996) chn1 (ENSIPUG00000020028) CHRNA1 (ENSIPUG00000020045) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000176946 ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781.e ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.g ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a Characoidei ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000176946.d ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.n ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781.e ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.g ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f #22 ENSGT00940000153147.b #23 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 22 ENSPNAG00000022529 DOCK9 (ENSPNAG00000022518) SLC15A1 (ENSPNAG00000022342) STK24 (ENSPNAG00000022309) INO80D (ENSPNAG00000022253) NDUFS1 (ENSPNAG00000022179) CMKLR2 (ENSPNAG00000022110) ADAM23 (ENSPNAG00000022084) FAM237A (ENSPNAG00000022022) ENSPNAG00000022008 prkra (ENSPNAG00000021962) #15 OSBPL6 (ENSPNAG00000021928) #16 rbm45 (ENSPNAG00000021750) #17 ENSPNAG00000021682 agps (ENSPNAG00000021615) #21 nfe2l2a (ENSPNAG00000021429) #22 HNRNPA3 (ENSPNAG00000021384) #23 ENSPNAG00000003677 hoxd3a (ENSPNAG00000021306) #29 hoxd4a (ENSPNAG00000021286) #30 hoxd9a (ENSPNAG00000021281) #33 hoxd10a (ENSPNAG00000021276) #32 hoxd11a (ENSPNAG00000021265) #34 hoxd12a (ENSPNAG00000003676) #35 HOXD13 (ENSPNAG00000021245) #36 evx2 (ENSPNAG00000021237) #37 lnpa (ENSPNAG00000021198) ENSPNAG00000021145 ATF2 (ENSPNAG00000021135) ENSPNAG00000006188 chn1 (ENSPNAG00000021005) Mexicana tetra MODERN SPECIES 10 DOCK9 (ENSAMXG00000009010) SLC15A1 (ENSAMXG00000008443) STK24 (ENSAMXG00000008289) INO80D (ENSAMXG00000008221) NDUFS1 (ENSAMXG00000008169) ENSAMXG00000034457 CMKLR2 (ENSAMXG00000025165) ADAM23 (ENSAMXG00000007893) FAM237A (ENSAMXG00000039636) ENSAMXG00000007768 prkra (ENSAMXG00000034602) #15 OSBPL6 (ENSAMXG00000007557) #16 rbm45 (ENSAMXG00000007463) #17 ENSAMXG00000007277 agps (ENSAMXG00000007175) #21 nfe2l2a (ENSAMXG00000007122) #22 hnrnpa3 (ENSAMXG00000007065) ENSAMXG00000033411 hoxd3a (ENSAMXG00000007001) #29 hoxd4a (ENSAMXG00000007015) #30 hoxd9a (ENSAMXG00000040540) #33 hoxd10a (ENSAMXG00000006948) #32 hoxd11a (ENSAMXG00000006918) #34 hoxd12a (ENSAMXG00000006895) #35 HOXD13 (ENSAMXG00000033966) #36 evx2 (ENSAMXG00000042739) #37 lnpa (ENSAMXG00000006653) ENSAMXG00000042778 ATF2 (ENSAMXG00000034168) ENSAMXG00000032309 chn1 (ENSAMXG00000043182) Electric eel MODERN SPECIES 297 INO80D (ENSEEEG00000011260) 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(ENSDARG00000059255) #37 lnpa (ENSDARG00000115902) ENSDARG00000063646 atp5mc3a (ENSDARG00000017775) ATF2 (ENSDARG00000023903) chn1 (ENSDARG00000101735) wipf1a (ENSDARG00000104300) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155318.b.a ENSGT00940000155972.B ENSGT00940000155995.e.b ENSGT00940000153476.b.o.a ENSGT00940000157974.g ENSGT00940000153514.b.m.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781.e ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000160994.g ENSGT00940000157618 #15 ENSGT00940000156791 #16 ENSGT00680000100059 #17 ENSGT00940000164264 ENSGT00940000156112 #21 ENSGT00950000182892.a.a.b.f #22 ENSGT00940000154808.a.a ENSGT00940000157315.jc.a ENSGT00940000160027 #29 ENSGT00940000157270 #30 ENSGT00940000161503.a #33 ENSGT00940000158266 #32 ENSGT00940000161308 #34 ENSGT00940000159938 #35 ENSGT00940000161457 #36 ENSGT00940000161025 #37 ENSGT00390000001859.e ENSGT00940000157981.a.a.b ENSGT00940000156582 ENSGT01030000234635.a.b.a.b.a ENSGT00940000156851.c Denticle herring MODERN SPECIES 19 DOCK9 (ENSDCDG00000016686) SLC15A1 (ENSDCDG00000015624) STK24 (ENSDCDG00000014239) INO80D (ENSDCDG00000014074) ENSDCDG00000014052 CMKLR2 (ENSDCDG00000035150) ADAM23 (ENSDCDG00000035033) FAM237A (ENSDCDG00000035003) ENSDCDG00000035000 prkra (ENSDCDG00000034999) #15 OSBPL6 (ENSDCDG00000034715) #16 rbm45 (ENSDCDG00000034683) #17 ENSDCDG00000034677 agps (ENSDCDG00000034246) #21 ENSDCDG00000034193 nfe2l2a (ENSDCDG00000034191) #22 hnrnpa3 (ENSDCDG00000034186) hoxb1b (ENSDCDG00000034179) hoxd3a (ENSDCDG00000034175) #29 hoxd4a (ENSDCDG00000034170) #30 hoxd9a (ENSDCDG00000034167) #33 hoxd10a (ENSDCDG00000034164) #32 hoxd11a (ENSDCDG00000034163) #34 hoxd12a (ENSDCDG00000034161) #35 ENSDCDG00000034159 evx2 (ENSDCDG00000034157) #37 lnpa (ENSDCDG00000034155) ENSDCDG00000034148 ATF2 (ENSDCDG00000034143) chn1 (ENSDCDG00000034125) CHRNA1 (ENSDCDG00000034017) Atlantic herring MODERN SPECIES 11 DOCK9 (ENSCHAG00000020149) SLC15A1 (ENSCHAG00000023630) STK24 (ENSCHAG00000024093) INO80D (ENSCHAG00000024111) NDUFS1 (ENSCHAG00000024127) CMKLR2 (ENSCHAG00000024325) ADAM23 (ENSCHAG00000024337) FAM237A (ENSCHAG00000024835) ENSCHAG00000024839 prkra (ENSCHAG00000024870) #15 OSBPL6 (ENSCHAG00000024905) #16 rbm45 (ENSCHAG00000025773) #17 ENSCHAG00000025784 ENSCHAG00000025788 agps (ENSCHAG00000025841) #21 nfe2l2a (ENSCHAG00000026474) #22 hnrnpa3 (ENSCHAG00000026478) ENSCHAG00000026496 hoxd3a (ENSCHAG00000026497) #29 hoxd4a (ENSCHAG00000026499) #30 hoxd9a (ENSCHAG00000026501) #33 hoxd10a (ENSCHAG00000026503) #32 hoxd11a (ENSCHAG00000026505) #34 hoxd12a (ENSCHAG00000026507) #35 HOXD13 (ENSCHAG00000026513) #36 evx2 (ENSCHAG00000026552) #37 lnpa (ENSCHAG00000026554) atp5mc3a (ENSCHAG00000026561) ATF2 (ENSCHAG00000026576) ENSCHAG00000026584 chn1 (ENSCHAG00000026589) Elephant shark MODERN SPECIES 1499 ENSCMIG00000013848 ##11 ENSCMIG00000013846 ENSCMIG00000013844 ##11 ENSCMIG00000013841 #11 ENSCMIG00000013787 ##11 ENSCMIG00000013764 ##11 plekha3 (ENSCMIG00000013763) #12 fkbp7 (ENSCMIG00000013760) #13 PJVK (ENSCMIG00000013757) #14 ENSCMIG00000013753 #15 OSBPL6 (ENSCMIG00000013345) #16 rbm45 (ENSCMIG00000013247) #17 cycsb (ENSCMIG00000013243) ENSCMIG00000013236 agps (ENSCMIG00000013025) #21 nfe2l2a (ENSCMIG00000012953) #22 ENSCMIG00000012946 mtx2 (ENSCMIG00000012899) #24 ENSCMIG00000012894 ENSCMIG00000012893 hoxd4a (ENSCMIG00000012892) #30 hoxd3a (ENSCMIG00000012890) #29 ENSCMIG00000012888 hoxd8 (ENSCMIG00000012886) ENSCMIG00000012881 hoxd10a (ENSCMIG00000012878) #32 hoxd11a (ENSCMIG00000012876) #34 hoxd12a (ENSCMIG00000012873) #35 HOXD13 (ENSCMIG00000012869) #36 ENSCMIG00000012868 evx2 (ENSCMIG00000012866) #37 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158240 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 181 ENSGT00390000017840 ENSGT00940000158208 ENSGT00940000154770 ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956 ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a ENSGT00940000160528 ENSGT00940000158675 ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00390000017840 ENSGT00940000158208.a.b ENSGT00940000154770 ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a ENSGT00940000160528.a ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675 ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000158208.a.b ENSGT00940000154770 ENSGT00940000158956.d ENSGT00940000156890.a.a ENSGT00940000160528.a ENSGT00940000158675.b ENSGT00940000158313.a.a ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a 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(ENSIPUG00000022545) ZNF740 (ENSIPUG00000022516) copz1 (ENSIPUG00000022458) nfe2 (ENSIPUG00000022455) ##22 ENSIPUG00000022440 hnrnpa1b (ENSIPUG00000022432) Cbx5 (ENSIPUG00000022419) ENSIPUG00000022416 ENSIPUG00000022407 hoxc4 (ENSIPUG00000022399) hoxc5 (ENSIPUG00000022397) hoxc6a (ENSIPUG00000022391) hoxc9 (ENSIPUG00000022389) hoxc8a (ENSIPUG00000022387) hoxc10a (ENSIPUG00000022381) hoxc11a (ENSIPUG00000022376) hoxc12a (ENSIPUG00000022373) hoxc13a (ENSIPUG00000022371) calcoco1a (ENSIPUG00000022352) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157644.k ENSGT01100000263537.b.a.a.a.b ENSGT00940000156199.a.b.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D.d ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087.i.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.f ENSGT00940000164283.b.a Characoidei ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263537.b.a.a.a.b ENSGT00940000156199.a.b.c ENSGT00940000155356.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D.d ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315.jc.b ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087.i.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.f Red-bellied piranha MODERN SPECIES 134 ENSPNAG00000022136 HIPK1 (ENSPNAG00000022109) MARCHF9 (ENSPNAG00000022027) tspan31 (ENSPNAG00000022011) agap2 (ENSPNAG00000021981) ENSPNAG00000021903 gpr182 (ENSPNAG00000021896) pip4k2ca (ENSPNAG00000021892) igfbp6b (ENSPNAG00000021849) spryd3 (ENSPNAG00000021834) lima1a (ENSPNAG00000021800) zgc:174906 (ENSPNAG00000021784) csad (ENSPNAG00000021775) znf740b (ENSPNAG00000021708) copz1 (ENSPNAG00000021681) nfe2 (ENSPNAG00000021647) ##22 ENSPNAG00000021630 cbx5 (ENSPNAG00000021545) ENSPNAG00000021533 hoxc3a (ENSPNAG00000021526) hoxc4a (ENSPNAG00000021502) hoxc5a (ENSPNAG00000021269) hoxc6a (ENSPNAG00000021260) hoxc8a (ENSPNAG00000021232) hoxc9a (ENSPNAG00000021209) hoxc10a (ENSPNAG00000021203) hoxc11a (ENSPNAG00000021194) hoxc12a (ENSPNAG00000021182) hoxc13a (ENSPNAG00000021147) calcoco1a (ENSPNAG00000021087) rarga (ENSPNAG00000021032) Mexicana tetra MODERN SPECIES 6 ube2j2 (ENSAMXG00000004921) HIPK1 (ENSAMXG00000004916) ENSAMXG00000004912 tspan31 (ENSAMXG00000029239) agap2 (ENSAMXG00000004903) ZBTB39 (ENSAMXG00000004898) gpr182 (ENSAMXG00000025983) pip4k2ca (ENSAMXG00000042578) igfbp6b (ENSAMXG00000042326) spryd3 (ENSAMXG00000004885) lima1a (ENSAMXG00000004876) zgc:174906 (ENSAMXG00000030434) csad (ENSAMXG00000004864) znf740b (ENSAMXG00000041199) copz1 (ENSAMXG00000035457) nfe2 (ENSAMXG00000031227) ##22 hnrnpa1a (ENSAMXG00000006296) cbx5 (ENSAMXG00000006302) ENSAMXG00000039479 #28 hoxc3a (ENSAMXG00000009415) hoxc5a (ENSAMXG00000009401) hoxc6a (ENSAMXG00000035053) hoxc8a (ENSAMXG00000036336) hoxc9a (ENSAMXG00000043087) hoxc10a (ENSAMXG00000029557) hoxc11a (ENSAMXG00000035730) hoxc12a (ENSAMXG00000035753) hoxc13a (ENSAMXG00000009345) calcoco1a (ENSAMXG00000033922) rarga (ENSAMXG00000029553) ENSAMXG00000032482 Electric eel MODERN SPECIES 30 ube2j2 (ENSEEEG00000001758) ENSEEEG00000001756 MARCHF9 (ENSEEEG00000001755) tspan31 (ENSEEEG00000001753) agap2 (ENSEEEG00000001068) ZBTB39 (ENSEEEG00000001004) ENSEEEG00000001003 pip4k2ca (ENSEEEG00000000379) 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Goldfish MODERN SPECIES 42 INTS11 (ENSCARG00000066488) cptp (ENSCARG00000066501) ubxn10 (ENSCARG00000066508) ddx19a (ENSCARG00000066542) ENSCARG00000066892 VWA5B1 (ENSCARG00000066907) CAMK2N1 (ENSCARG00000066918) mul1b (ENSCARG00000066923) ENSCARG00000066932 cdaa (ENSCARG00000038002) pink1 (ENSCARG00000038064) ENSCARG00000038072 ENSCARG00000038078 irx7 (ENSCARG00000038085) cd40 (ENSCARG00000038094) nfe2 (ENSCARG00000038098) ##22 ENSCARG00000038105 cbx5 (ENSCARG00000038125) ENSCARG00000038149 hoxc4a (ENSCARG00000038160) hoxc5a (ENSCARG00000038173) hoxc6a (ENSCARG00000038190) hoxc8a (ENSCARG00000038217) hoxc9a (ENSCARG00000038228) hoxc10a (ENSCARG00000038244) hoxc11a (ENSCARG00000038252) hoxc12a (ENSCARG00000038271) hoxc13a (ENSCARG00000038288) calcoco1a (ENSCARG00000038313) rarga (ENSCARG00000038356) nr1d4a (ENSCARG00000038484) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156173.f.b ENSGT00940000155356.c.h ENSGT00940000158208.a.a.a ENSGT00940000160351.h ENSGT00940000158956.c.e 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pip4k2ca (ENSCCRG00000042958) spryd3 (ENSCCRG00000044897) igfbp6b (ENSCCRG00000044886) lima1a (ENSCCRG00000006587) zgc:174906 (ENSCCRG00000075690) csad (ENSCCRG00000050160) znf740b (ENSCCRG00000056856) COPZ1 (ENSCCRG00000050142) nfe2 (ENSCCRG00000075971) ##22 ENSCCRG00000050096 cbx5 (ENSCCRG00000050088) hoxc1a (ENSCCRG00000077208) ENSCCRG00000016735 hoxc5a (ENSCCRG00000078343) hoxc6a (ENSCCRG00000081405) hoxc8a (ENSCCRG00000061401) hoxc9a (ENSCCRG00000059937) HOXC10 (ENSCCRG00000054036) hoxc11a (ENSCCRG00000077655) hoxc12a (ENSCCRG00000076880) hoxc13a (ENSCCRG00000023943) calcoco1a (ENSCCRG00000042250) rarga (ENSCCRG00000045170) nr1d4a (ENSCCRG00000025658) Zebrafish MODERN SPECIES 15 ENSDARG00000063594 MARCHF9 (ENSDARG00000055740) tspan31 (ENSDARG00000074554) ENSDARG00000114281 agap2 (ENSDARG00000099874) ENSDARG00000019265 gpr182 (ENSDARG00000036616) pip4k2ca (ENSDARG00000031020) igfbp6b (ENSDARG00000090833) spryd3 (ENSDARG00000101982) lima1a (ENSDARG00000101441) zgc:174906 (ENSDARG00000075314) csad (ENSDARG00000026348) znf740b (ENSDARG00000061174) copz1 (ENSDARG00000017844) nfe2 (ENSDARG00000020606) ##22 hnrnpa1b (ENSDARG00000036675) cbx5 (ENSDARG00000061187) hoxc1a (ENSDARG00000070337) hoxc4a (ENSDARG00000070338) hoxc5a (ENSDARG00000070340) hoxc6a (ENSDARG00000070343) hoxc8a (ENSDARG00000070346) hoxc9a (ENSDARG00000092809) hoxc3a (ENSDARG00000070339) hoxc11a (ENSDARG00000070351) hoxc12a (ENSDARG00000070352) hoxc13a (ENSDARG00000070353) calcoco1a (ENSDARG00000036695) hoxc10a (ENSDARG00000070348) rarga (ENSDARG00000034117) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000156199.a.b ENSGT00940000156173 ENSGT00940000155356.c ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a.s ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 Denticle herring MODERN SPECIES 1 ADCY6 (ENSDCDG00000005446) galnt6 (ENSDCDG00000005384) arhgap4a (ENSDCDG00000005373) SSR4 (ENSDCDG00000005368) AVPR2 (ENSDCDG00000005367) idh3g (ENSDCDG00000004857) fam3a (ENSDCDG00000004787) ENSDCDG00000004767 erbb3b (ENSDCDG00000004294) igfbp6b (ENSDCDG00000004262) spryd3 (ENSDCDG00000004258) ENSDCDG00000004252 zgc:174906 (ENSDCDG00000004247) csad (ENSDCDG00000004195) znf740b (ENSDCDG00000004192) nfe2 (ENSDCDG00000004189) ##22 ENSDCDG00000004186 cbx5 (ENSDCDG00000004185) ENSDCDG00000004182 hoxc4a (ENSDCDG00000004178) hoxc8a (ENSDCDG00000004176) hoxc9a (ENSDCDG00000004174) hoxc11a (ENSDCDG00000004171) hoxc10a (ENSDCDG00000004170) HOXC13 (ENSDCDG00000004169) calcoco1a (ENSDCDG00000004166) rarga (ENSDCDG00000004066) nr1d4a (ENSDCDG00000004053) mfsd5 (ENSDCDG00000004049) ENSDCDG00000003942 ENSDCDG00000003932 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351 ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.b ENSGT00940000160722 ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT01000000222029 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.a ENSGT00940000159254.a.a ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.b ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b ENSGT01000000222029 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a.d ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000155029.c.a.f ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794.c.b ENSGT00940000161023.b.b ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794.c.a ENSGT00940000160794.d ENSGT00940000161023.b.a ENSGT00940000159254.a.a ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 195 ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240.o.a.b ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00990000208196 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.e ENSGT00940000157315.ic.a ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000161194.p ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b Huchen MODERN SPECIES 861 ENSHHUG00000002342 igfbp6b (ENSHHUG00000002345) spryd3 (ENSHHUG00000002360) lima1a (ENSHHUG00000002367) zgc:174906 (ENSHHUG00000002393) csad (ENSHHUG00000002407) znf740b (ENSHHUG00000002475) copz1 (ENSHHUG00000002479) nfe2 (ENSHHUG00000002648) ##22 hnrnpa1a (ENSHHUG00000002656) CBX5 (ENSHHUG00000002675) ENSHHUG00000002753 ENSHHUG00000002784 hoxc4a (ENSHHUG00000002789) hoxc5a (ENSHHUG00000002828) hoxc6a (ENSHHUG00000002845) hoxc8a (ENSHHUG00000002876) hoxc9a (ENSHHUG00000002921) hoxc10a (ENSHHUG00000002948) hoxc11a (ENSHHUG00000002958) hoxc12a (ENSHHUG00000002999) hoxc13a (ENSHHUG00000003024) calcoco1a (ENSHHUG00000003074) RARG (ENSHHUG00000003088) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240.o.a.b ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00940000157315.ic.a ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194.p ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.b ENSGT00940000156458.e.a.b.a.b.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240.o.a.b ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194.p.b ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.b ENSGT00940000156458.e.a.b.a.b.a River trout MODERN SPECIES 23 ctdsp2 (ENSSTUG00000004233) SLC11A2 (ENSSTUG00000003441) MARCHF9 (ENSSTUG00000049369) tspan31 (ENSSTUG00000049359) agap2 (ENSSTUG00000049338) ZBTB39 (ENSSTUG00000049329) gpr182 (ENSSTUG00000049325) ENSSTUG00000049178 igfbp6b (ENSSTUG00000049149) spryd3 (ENSSTUG00000049139) lima1a (ENSSTUG00000049128) zgc:174906 (ENSSTUG00000049118) csad (ENSSTUG00000049081) znf740b (ENSSTUG00000049073) copz1 (ENSSTUG00000049050) nfe2 (ENSSTUG00000049046) ##22 hnrnpa1a (ENSSTUG00000049035) cbx5 (ENSSTUG00000049029) ENSSTUG00000049027 hoxc4a (ENSSTUG00000049025) hoxc5a (ENSSTUG00000049023) hoxc6a (ENSSTUG00000049021) ENSSTUG00000049018 hoxc8a (ENSSTUG00000049016) hoxc9a (ENSSTUG00000049014) hoxc10a (ENSSTUG00000049005) hoxc11a (ENSSTUG00000049000) hoxc12a (ENSSTUG00000048997) hoxc13a (ENSSTUG00000048995) calcoco1a (ENSSTUG00000048985) RARG (ENSSTUG00000048976) Atlantic salmon MODERN SPECIES 4 ctdsp2 (ENSSSAG00000078630) ENSSSAG00000077818 MARCHF9 (ENSSSAG00000113552) tspan31 (ENSSSAG00000077771) agap2 (ENSSSAG00000077704) ENSSSAG00000077691 GP182 (ENSSSAG00000077688) ENSSSAG00000077647 igfbp6b (ENSSSAG00000077620) spryd3 (ENSSSAG00000077591) lima1a (ENSSSAG00000077585) zgc:174906 (ENSSSAG00000094777) csad (ENSSSAG00000077542) znf740b (ENSSSAG00000107235) copz1 (ENSSSAG00000077523) nfe2 (ENSSSAG00000106810) ##22 roa1 (ENSSSAG00000112459) cbx5 (ENSSSAG00000096644) ENSSSAG00000116092 ENSSSAG00000100048 hoxc4aa (ENSSSAG00000077504) hoxc8aa (ENSSSAG00000077484) hoxc9aa (ENSSSAG00000077481) hoxc10aa (ENSSSAG00000077476) hoxc11a (ENSSSAG00000077471) hoxc12aa (ENSSSAG00000077464) HoxC13aa (ENSSSAG00000077459) calcoco1a (ENSSSAG00000077452) Rarga (ENSSSAG00000095736) nr1d4a (ENSSSAG00000077410) ENSSSAG00000077405 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01050000244940.a.a.g.b.b ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00940000157315.ic.a ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000159522.v ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000161194.p ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.b ENSGT00940000156458.e.a.b.a.a Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT01050000244940.a.a.g.b.b ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a.f ENSGT00940000160351.e ENSGT00940000158956.c.g ENSGT00940000160722.f ENSGT00940000154307.D.i.a ENSGT00940000156890.a.b.h ENSGT00940000160528.b.c ENSGT00940000158675.a ENSGT00940000158313.a.b.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000159609.n.a ENSGT00390000004405.a.d.a ENSGT00950000182892.a.a.a.c ##22 ENSGT00940000165646.A.k.b ENSGT00940000158801.f.b ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794.c.a.b ENSGT00940000159522.v ENSGT00940000161023.b.b.c ENSGT00940000159254.b.b.a ENSGT00940000161194.p ENSGT00940000160866.hb.a.a ENSGT00940000160855.g.a ENSGT00940000160009.j.b ENSGT00940000161307.q.a ENSGT00940000161087.e.b ENSGT00950000183025.b.b.e.a.b ENSGT00940000156458.e.a.b.a.a Coho salmon MODERN SPECIES 16 TMBIM6 (ENSOKIG00005013643) ctdsp2 (ENSOKIG00005013608) SLC11A2 (ENSOKIG00005012522) MARCHF9 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ENSOTSG00005041189 igfbp6b (ENSOTSG00005041184) spryd3 (ENSOTSG00005041173) lima1a (ENSOTSG00005041171) zgc:174906 (ENSOTSG00005041169) znf740b (ENSOTSG00005041167) copz1 (ENSOTSG00005041162) nfe2 (ENSOTSG00005041158) ##22 cbx5 (ENSOTSG00005041157) hnrnpa1a (ENSOTSG00005041156) hoxc4a (ENSOTSG00005041154) ENSOTSG00005041151 hoxc5a (ENSOTSG00005041152) hoxc6a (ENSOTSG00005041149) hoxc8a (ENSOTSG00005041146) hoxc9a (ENSOTSG00005041145) hoxc10a (ENSOTSG00005041143) hoxc11a (ENSOTSG00005041142) hoxc12a (ENSOTSG00005041141) hoxc13a (ENSOTSG00005041140) calcoco1a (ENSOTSG00005041139) RARG (ENSOTSG00005041136) ENSOTSG00005041134 Rainbow trout MODERN SPECIES 7 ctdsp2 (ENSOMYG00000029051) ENSOMYG00000028951 MARCHF9 (ENSOMYG00000075892) tspan31 (ENSOMYG00000028828) agap2 (ENSOMYG00000028725) ENSOMYG00000028608 gpr182 (ENSOMYG00000028600) ENSOMYG00000027613 igfbp6b (ENSOMYG00000027375) spryd3 (ENSOMYG00000027298) lima1a (ENSOMYG00000027258) zgc:174906 (ENSOMYG00000027237) znf740b (ENSOMYG00000027225) copz1 (ENSOMYG00000027170) ENSOMYG00000067248 nfe2 (ENSOMYG00000027129) ##22 ENSOMYG00000027114 cbx5 (ENSOMYG00000027071) ENSOMYG00000027047 hoxc4a (ENSOMYG00000027038) ENSOMYG00000026972 hoxc5a (ENSOMYG00000027014) hoxc6a (ENSOMYG00000027005) hoxc8a (ENSOMYG00000063789) hoxc9a (ENSOMYG00000022800) HOXC10 (ENSOMYG00000026945) hoxc11a (ENSOMYG00000026911) hoxc12a (ENSOMYG00000026890) hoxc13a (ENSOMYG00000026880) calcoco1a (ENSOMYG00000026871) ENSOMYG00000026809 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 427 ENSGT00940000158313.a.b.c ENSGT00940000167488 ENSGT00940000159609.n.b ENSGT00390000004405.a.d.b ENSGT00950000182892.a.a.a.d ##22 ENSGT00940000165646.A.k.a ENSGT00940000158801.f.a ENSGT00940000157315.ic.b ENSGT00940000160794.c.b ENSGT00940000160794.c.a.a ENSGT00940000161023.b.b.d ENSGT00940000159254.b.b.b ENSGT00940000160866.hb.a.b ENSGT00940000160855.g.b ENSGT00940000160009.j.a ENSGT00940000161307.q.b ENSGT00940000161087.e.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a.a ENSGT00940000156458.e.a.b.b ENSGT00940000164283.b.a.e Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000183188.A.a.b.c ENSGT00390000002944.d.b ENSGT00940000159544.i ENSGT00530000063607.a.m.a ENSGT01050000244940.a.a.g.b.a ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000158208.a.a.e ENSGT00940000158956.c.h ENSGT00940000160722.e ENSGT00940000154307.D.i.b ENSGT00940000156890.a.b.g ENSGT00940000160528.b.d ENSGT00940000158313.a.b.c ENSGT00940000159609.n.b ENSGT00390000004405.a.d.b ENSGT00950000182892.a.a.a.d ##22 ENSGT00940000165646.A.k.a ENSGT00940000158801.f.a ENSGT00940000157315.ic.b ENSGT00940000160794.c.b ENSGT00940000160794.c.a.a ENSGT00940000161023.b.b.d ENSGT00940000159254.b.b.b ENSGT00940000160866.hb.a.b ENSGT00940000160855.g.b ENSGT00940000160009.j.a ENSGT00940000161307.q.b ENSGT00940000161087.e.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a.a ENSGT00940000156458.e.a.b.b ENSGT00940000164283.b.a.e Salmo ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000183188.A.a.b.c ENSGT00390000002944.d.b ENSGT00940000159544.i ENSGT00530000063607.a.m.a ENSGT01050000244940.a.a.g.b.a ENSGT01040000240451.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000158208.a.a.e ENSGT00940000158956.c.h ENSGT00940000160722.e ENSGT00940000154307.D.i.b ENSGT00940000156890.a.b.g ENSGT00940000160528.b.d ENSGT00940000158313.a.b.c ENSGT00940000159609.n.b ENSGT00390000004405.a.d.b ENSGT00950000182892.a.a.a.d ##22 ENSGT00940000165646.A.k.a ENSGT00940000158801.f.a ENSGT00940000157315.ic.b ENSGT00940000160794.c.b ENSGT00940000160794.c.a.a ENSGT00940000161023.b.b.d ENSGT00940000159254.b.b.b ENSGT00940000161194.p.a ENSGT00940000160866.hb.a.b ENSGT00940000160855.g.b ENSGT00940000160009.j.a ENSGT00940000161307.q.b ENSGT00940000161087.e.a ENSGT00950000183025.b.b.e.a.a ENSGT00940000156458.e.a.b.b Atlantic salmon MODERN SPECIES 6 ENSSSAG00000054343 ENSSSAG00000054350 ENSSSAG00000113551 bi1 (ENSSSAG00000054369) CTDS2 (ENSSSAG00000054381) ENSSSAG00000087664 agap2 (ENSSSAG00000054532) ENSSSAG00000099370 gp182 (ENSSSAG00000088534) ENSSSAG00000094583 ENSSSAG00000064307 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lima1a (ENSOMYG00000022505) znf740b (ENSOMYG00000063586) ENSOMYG00000058648 copz1 (ENSOMYG00000022566) nfe2 (ENSOMYG00000060671) ##22 ENSOMYG00000022666 cbx5 (ENSOMYG00000022704) ENSOMYG00000076580 ENSOMYG00000075605 hoxc4a (ENSOMYG00000022725) ENSOMYG00000022740 hoxc5a (ENSOMYG00000050107) hoxc6a (ENSOMYG00000022752) hoxc9a (ENSOMYG00000065775) HOXC10 (ENSOMYG00000009956) hoxc11a (ENSOMYG00000009970) hoxc12a (ENSOMYG00000010007) hoxc13a (ENSOMYG00000010025) calcoco1a (ENSOMYG00000010039) ENSOMYG00000010107 Huchen MODERN SPECIES 2911 lima1a (ENSHHUG00000039560) ENSHHUG00000039563 znf740b (ENSHHUG00000039567) copz1 (ENSHHUG00000039580) nfe2 (ENSHHUG00000039765) ##22 ENSHHUG00000039771 cbx5 (ENSHHUG00000039792) Northern pike MODERN SPECIES 11 TMBIM6 (ENSELUG00000006973) SLC11A2 (ENSELUG00000007018) ENSELUG00000007038 tspan31 (ENSELUG00000007060) agap2 (ENSELUG00000007107) ZBTB39 (ENSELUG00000007121) gpr182 (ENSELUG00000007136) ENSELUG00000007155 igfbp6b (ENSELUG00000007168) spryd3 (ENSELUG00000007201) ENSELUG00000007219 ENSELUG00000027598 zgc:174906 (ENSELUG00000007228) znf740b (ENSELUG00000007241) copz1 (ENSELUG00000007301) nfe2 (ENSELUG00000007322) ##22 hnrnpa1a (ENSELUG00000007372) cbx5 (ENSELUG00000007406) ENSELUG00000007432 ENSELUG00000029411 hoxc5a (ENSELUG00000007442) hoxc6a (ENSELUG00000000266) hoxc4a (ENSELUG00000007470) hoxc8a (ENSELUG00000007488) hoxc9a (ENSELUG00000007497) hoxc10a (ENSELUG00000007508) hoxc13a (ENSELUG00000007532) ENSELUG00000026089 ENSELUG00000007574 RARG (ENSELUG00000007651) nr1d4a (ENSELUG00000007692) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00990000208196 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160794 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ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b.d ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a 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(ENSKMAG00000021047) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1624 apobec2b (ENSNFUG00015018212) Nfu_g_1_010288 (ENSNFUG00015018208) CCDC115 (ENSNFUG00015018203) EBP (ENSNFUG00015018200) ENSNFUG00015018195 ENSNFUG00015018189 MOV10 (ENSNFUG00015017875) RHOC (ENSNFUG00015017830) ENSNFUG00015017824 Nfu_g_1_010292 (ENSNFUG00015017821) ENSNFUG00015017819 zgc:174906 (ENSNFUG00015017812) csad (ENSNFUG00015017729) ZNF740 (ENSNFUG00015017714) copz1 (ENSNFUG00015017566) NFE2 (ENSNFUG00015017540) ##22 Nfu_g_1_010245 (ENSNFUG00015017528) cbx5 (ENSNFUG00015017517) HOXC1A (ENSNFUG00015017513) ENSNFUG00015017508 HOXC4A (ENSNFUG00015017504) hoxc5a (ENSNFUG00015017502) hoxc6a (ENSNFUG00015017499) hoxc8a (ENSNFUG00015017494) hoxc9a (ENSNFUG00015017487) hoxc10a (ENSNFUG00015017483) hoxc11a (ENSNFUG00015017473) hoxc12a (ENSNFUG00015017469) hoxc13a (ENSNFUG00015017464) CALCOCO1 (ENSNFUG00015017451) RARG (ENSNFUG00015017410) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a 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ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Amazon molly MODERN SPECIES 331 TAFA3 (ENSPFOG00000001266) zgc:174906 (ENSPFOG00000001280) csad (ENSPFOG00000001389) znf740b (ENSPFOG00000001571) copz1 (ENSPFOG00000001664) nfe2 (ENSPFOG00000001795) ##22 ENSPFOG00000001825 cbx5 (ENSPFOG00000001880) ENSPFOG00000020405 ENSPFOG00000023077 hoxc4a (ENSPFOG00000001927) hoxc5a (ENSPFOG00000002000) hoxc6a (ENSPFOG00000002016) hoxc8a (ENSPFOG00000024107) hoxc9a (ENSPFOG00000022354) 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ENSGT00940000164283.b.a Javanese ricefish MODERN SPECIES 21 apobec2b (ENSOJAG00000018922) ENSOJAG00000018909 ENSOJAG00000018899 ccdc115 (ENSOJAG00000018893) ebp (ENSOJAG00000018874) wnt2bb (ENSOJAG00000018835) ENSOJAG00000018819 mov10b.1 (ENSOJAG00000018636) ENSOJAG00000018604 tafa3b (ENSOJAG00000018597) zgc:174906 (ENSOJAG00000018580) ENSOJAG00000018526 ENSOJAG00000018506 znf740b (ENSOJAG00000018499) copz1 (ENSOJAG00000018310) nfe2 (ENSOJAG00000018288) ##22 ENSOJAG00000018266 cbx5 (ENSOJAG00000018252) ENSOJAG00000018244 hoxc4a (ENSOJAG00000018235) hoxc5a (ENSOJAG00000018230) hoxc6a (ENSOJAG00000018220) hoxc9a (ENSOJAG00000018210) hoxc10a (ENSOJAG00000018175) hoxc11a (ENSOJAG00000018153) hoxc12a (ENSOJAG00000018133) hoxc13a (ENSOJAG00000018119) calcoco1a (ENSOJAG00000018097) RARG (ENSOJAG00000017981) nr1d4a (ENSOJAG00000017959) FAIM2 (ENSOJAG00000017830) Indian medaka MODERN SPECIES 23 ENSOMEG00000015404 apobec2b (ENSOMEG00000015449) ENSOMEG00000015467 ccdc115 (ENSOMEG00000015493) ebp 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ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 21 NAV1 (ENSORLG00000008252) mybpha (ENSORLG00000008186) ENSORLG00000023824 apobec2b (ENSORLG00000022372) ccdc115 (ENSORLG00000008147) ebp (ENSORLG00000008139) ENSORLG00000008134 wnt2bb (ENSORLG00000008125) ENSORLG00000008101 rhocb (ENSORLG00000002742) tafa3b (ENSORLG00000008062) zgc:174906 (ENSORLG00000024306) csad (ENSORLG00000008058) znf740b (ENSORLG00000008031) copz1 (ENSORLG00000008024) nfe2 (ENSORLG00000024998) ##22 ENSORLG00000008001 cbx5 (ENSORLG00000023199) ENSORLG00000027670 hoxc4a (ENSORLG00000007955) hoxc5a (ENSORLG00000007942) hoxc6a (ENSORLG00000025750) hoxc8a (ENSORLG00000024149) hoxc9a (ENSORLG00000007935) hoxc10a (ENSORLG00000007913) hoxc11a (ENSORLG00000007909) hoxc12a (ENSORLG00000007902) hoxc13a (ENSORLG00000007896) ENSORLG00000026951 ENSORLG00000007861 nr1d4a (ENSORLG00000007837) Chinese medaka MODERN SPECIES 1092 csrp1a (ENSOSIG00000008696) NAV1 (ENSOSIG00000008702) ENSOSIG00000009886 apobec2b (ENSOSIG00000009888) ccdc115 (ENSOSIG00000009892) ebp (ENSOSIG00000009895) ENSOSIG00000009897 wnt2bb (ENSOSIG00000009898) MOV10 (ENSOSIG00000009903) ENSOSIG00000009905 tafa3b (ENSOSIG00000009907) zgc:174906 (ENSOSIG00000009909) csad (ENSOSIG00000009929) znf740b (ENSOSIG00000010656) copz1 (ENSOSIG00000010659) nfe2 (ENSOSIG00000010820) ##22 ENSOSIG00000010821 cbx5 (ENSOSIG00000010823) ENSOSIG00000010824 hoxc4a (ENSOSIG00000010826) hoxc5a (ENSOSIG00000010828) hoxc6a (ENSOSIG00000010829) hoxc8a (ENSOSIG00000010831) hoxc9a (ENSOSIG00000010833) hoxc10a (ENSOSIG00000010836) hoxc11a (ENSOSIG00000010837) hoxc12a (ENSOSIG00000010838) hoxc13a (ENSOSIG00000010840) RARG (ENSOSIG00000010846) nr1d4a (ENSOSIG00000011105) mfsd5 (ENSOSIG00000011106) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00390000013158.d ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a ENSGT00390000012629 Clown anemonefish MODERN SPECIES 2215 mrpl41 (ENSAOCG00000000215) zgc:174906 (ENSAOCG00000005182) csad (ENSAOCG00000005222) znf740b (ENSAOCG00000005241) copz1 (ENSAOCG00000005265) nfe2 (ENSAOCG00000000226) ##22 ENSAOCG00000005289 cbx5 (ENSAOCG00000005304) Orange clownfish MODERN SPECIES 22 mybpha (ENSAPEG00000004604) ENSAPEG00000004570 apobec2b (ENSAPEG00000004591) ccdc115 (ENSAPEG00000004554) ebp (ENSAPEG00000004537) ENSAPEG00000004529 WNT2B (ENSAPEG00000004514) mov10b.1 (ENSAPEG00000004492) ENSAPEG00000004482 tafa3b (ENSAPEG00000004440) mrpl41 (ENSAPEG00000004381) zgc:174906 (ENSAPEG00000004364) csad (ENSAPEG00000004314) znf740b (ENSAPEG00000004261) copz1 (ENSAPEG00000004212) nfe2 (ENSAPEG00000004195) ##22 ENSAPEG00000004179 cbx5 (ENSAPEG00000004148) ENSAPEG00000004127 ENSAPEG00000004115 hoxc4a (ENSAPEG00000004109) hoxc6a (ENSAPEG00000004077) hoxc9a (ENSAPEG00000004067) hoxc10a 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ENSSPAG00000018518 cbx5 (ENSSPAG00000018533) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 277 csrp1a (ENSHBUG00000006143) NAV1 (ENSHBUG00000006096) mybpha (ENSHBUG00000006003) apobec2b (ENSHBUG00000005993) ccdc115 (ENSHBUG00000005990) ebp (ENSHBUG00000005979) ENSHBUG00000005952 WNT2B (ENSHBUG00000005937) mov10b.1 (ENSHBUG00000005915) ENSHBUG00000005847 tafa3b (ENSHBUG00000000145) zgc:174906 (ENSHBUG00000005800) csad (ENSHBUG00000005789) znf740b (ENSHBUG00000005736) copz1 (ENSHBUG00000005700) nfe2 (ENSHBUG00000005667) ##22 hnrnpa1a (ENSHBUG00000005647) cbx5 (ENSHBUG00000005637) ENSHBUG00000005630 ENSHBUG00000005626 hoxc4a (ENSHBUG00000005600) hoxc5a (ENSHBUG00000005594) hoxc6a (ENSHBUG00000005591) hoxc8a (ENSHBUG00000005588) hoxc9a (ENSHBUG00000005581) hoxc10a (ENSHBUG00000005572) hoxc11a (ENSHBUG00000005559) hoxc12a (ENSHBUG00000005558) hoxc13a (ENSHBUG00000005552) calcoco1a (ENSHBUG00000005536) RARG (ENSHBUG00000005467) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000162700.f ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Zebra mbuna MODERN SPECIES 1103 NAV1 (ENSMZEG00005027156) mybpha (ENSMZEG00005027157) ENSMZEG00005027158 apobec2b (ENSMZEG00005027159) ccdc115 (ENSMZEG00005027160) ebp (ENSMZEG00005027161) ENSMZEG00005027162 WNT2B (ENSMZEG00005027163) ENSMZEG00005027164 ENSMZEG00005027165 tafa3b (ENSMZEG00005027166) zgc:174906 (ENSMZEG00005027168) csad (ENSMZEG00005027169) znf740b (ENSMZEG00005027170) copz1 (ENSMZEG00005027171) nfe2 (ENSMZEG00005027172) ##22 hnrnpa1a (ENSMZEG00005027173) cbx5 (ENSMZEG00005027174) ENSMZEG00005027175 ENSMZEG00005027176 hoxc4a (ENSMZEG00005027177) hoxc5a (ENSMZEG00005027179) hoxc6a (ENSMZEG00005027180) hoxc8a (ENSMZEG00005027181) hoxc9a 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(ENSACLG00000006801) RARG (ENSACLG00000006785) P. nyererei MODERN SPECIES 342 NAV1 (ENSPNYG00000016685) mybpha (ENSPNYG00000016722) ENSPNYG00000016739 apobec2b (ENSPNYG00000016747) ccdc115 (ENSPNYG00000016756) ebp (ENSPNYG00000016762) ENSPNYG00000016778 WNT2B (ENSPNYG00000016787) mov10b.1 (ENSPNYG00000016801) ENSPNYG00000016821 tafa3b (ENSPNYG00000016834) zgc:174906 (ENSPNYG00000016872) csad (ENSPNYG00000016884) znf740b (ENSPNYG00000016926) copz1 (ENSPNYG00000016962) nfe2 (ENSPNYG00000016999) ##22 hnrnpa1b (ENSPNYG00000017019) cbx5 (ENSPNYG00000017069) ENSPNYG00000017101 hoxc4a (ENSPNYG00000017144) hoxc5a (ENSPNYG00000017276) hoxc6a (ENSPNYG00000017285) hoxc8a (ENSPNYG00000017294) hoxc9a (ENSPNYG00000017303) hoxc10a (ENSPNYG00000017310) hoxc11a (ENSPNYG00000017321) hoxc12a (ENSPNYG00000017335) hoxc13a (ENSPNYG00000017370) calcoco1a (ENSPNYG00000017429) RARG (ENSPNYG00000017499) nr1d4a (ENSPNYG00000017532) Lyretail cichlid MODERN SPECIES 298 ENSNBRG00000018924 mybpha (ENSNBRG00000018859) ENSNBRG00000018827 apobec2b (ENSNBRG00000018806) ccdc115 (ENSNBRG00000018779) ebp (ENSNBRG00000018758) ENSNBRG00000018752 ENSNBRG00000018732 mov10b.1 (ENSNBRG00000018612) ENSNBRG00000018580 tafa3b (ENSNBRG00000018567) zgc:174906 (ENSNBRG00000018553) csad (ENSNBRG00000018532) znf740b (ENSNBRG00000018506) copz1 (ENSNBRG00000018483) nfe2 (ENSNBRG00000018462) ##22 ENSNBRG00000018441 cbx5 (ENSNBRG00000018423) ENSNBRG00000018407 ENSNBRG00000018397 hoxc4a (ENSNBRG00000018390) hoxc5a (ENSNBRG00000018363) hoxc6a (ENSNBRG00000018323) hoxc8a (ENSNBRG00000018309) hoxc9a (ENSNBRG00000018299) hoxc10a (ENSNBRG00000018291) hoxc11a (ENSNBRG00000018282) hoxc12a (ENSNBRG00000018241) hoxc13a (ENSNBRG00000018227) calcoco1a (ENSNBRG00000018159) RARG (ENSNBRG00000018123) Nile tilapia MODERN SPECIES 12 mybpha (ENSONIG00000012294) ENSONIG00000012291 apobec2b (ENSONIG00000012289) ENSONIG00000038500 ccdc115 (ENSONIG00000034538) ebp (ENSONIG00000012285) ENSONIG00000012284 WNT2B (ENSONIG00000003906) mov10b.1 (ENSONIG00000012274) ENSONIG00000012272 tafa3b (ENSONIG00000036941) zgc:174906 (ENSONIG00000012269) csad (ENSONIG00000012260) znf740b (ENSONIG00000012259) copz1 (ENSONIG00000012255) nfe2 (ENSONIG00000032018) ##22 hnrnpa1a (ENSONIG00000012248) cbx5 (ENSONIG00000012244) ENSONIG00000038042 ENSONIG00000012243 hoxc4a (ENSONIG00000012242) hoxc5a (ENSONIG00000012241) hoxc6a (ENSONIG00000012240) hoxc8a (ENSONIG00000012239) hoxc9a (ENSONIG00000012238) hoxc10a (ENSONIG00000012237) hoxc11a (ENSONIG00000012233) hoxc12a (ENSONIG00000033816) hoxc13a (ENSONIG00000012232) calcoco1a (ENSONIG00000012229) RARG (ENSONIG00000012223) Midas cichlid MODERN SPECIES 825 mov10b.1 (ENSACIG00000012386) ENSACIG00000012443 tafa3b (ENSACIG00000012454) zgc:174906 (ENSACIG00000012466) csad (ENSACIG00000012497) znf740b (ENSACIG00000012879) copz1 (ENSACIG00000012897) nfe2 (ENSACIG00000012918) ##22 hnrnpa1b (ENSACIG00000012946) cbx5 (ENSACIG00000012966) ENSACIG00000012981 hoxc4a 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ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00440000039564.a.a ENSGT00940000156637.a ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a ENSGT00390000012629 Fugu MODERN SPECIES 15 tnnt2a (ENSTRUG00000011858) ENSTRUG00000012124 phlda3 (ENSTRUG00000012258) NAV1 (ENSTRUG00000012261) mybpha (ENSTRUG00000012696) ENSTRUG00000021854 apobec2b (ENSTRUG00000012839) ccdc115 (ENSTRUG00000012873) ebp (ENSTRUG00000012886) ENSTRUG00000023655 ENSTRUG00000013021 TAFA3 (ENSTRUG00000030232) csad (ENSTRUG00000001632) znf740b (ENSTRUG00000023765) copz1 (ENSTRUG00000001750) nfe2 (ENSTRUG00000002120) ##22 ENSTRUG00000020491 cbx5 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SPECIES 75 mybpha (ENSLBEG00000009255) ENSLBEG00000009320 apobec2b (ENSLBEG00000009422) ENSLBEG00000009435 ccdc115 (ENSLBEG00000009450) ENSLBEG00000009469 ebp (ENSLBEG00000009483) ENSLBEG00000009500 ENSLBEG00000009539 ENSLBEG00000009630 ENSLBEG00000009704 tafa3b (ENSLBEG00000009759) zgc:174906 (ENSLBEG00000009794) znf740b (ENSLBEG00000009846) copz1 (ENSLBEG00000009915) nfe2 (ENSLBEG00000009963) ##22 hnrnpa1a (ENSLBEG00000010010) cbx5 (ENSLBEG00000010072) ENSLBEG00000010107 #28 ENSLBEG00000010138 hoxc4a (ENSLBEG00000010159) ENSLBEG00000010179 hoxc6a (ENSLBEG00000010209) hoxc8a (ENSLBEG00000010274) hoxc9a (ENSLBEG00000010288) hoxc10a (ENSLBEG00000010336) hoxc11a (ENSLBEG00000010368) hoxc12a (ENSLBEG00000010383) hoxc13a (ENSLBEG00000010407) calcoco1a (ENSLBEG00000010424) RARG (ENSLBEG00000010461) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00980000201100 ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a European seabass MODERN SPECIES 14 NAV1 (ENSDLAG00005019975) phlda3 (ENSDLAG00005019951) csrp1a (ENSDLAG00005033635) mybpha (ENSDLAG00005020002) apobec2b (ENSDLAG00005033881) ENSDLAG00005001246 ENSDLAG00005031740 ENSDLAG00005027955 ENSDLAG00005001302 ENSDLAG00005001340 ENSDLAG00005001459 ENSDLAG00005028545 tafa3b (ENSDLAG00005001591) csad (ENSDLAG00005001675) copz1 (ENSDLAG00005002197) nfe2 (ENSDLAG00005029143) ##22 ENSDLAG00005002249 ENSDLAG00005028730 ENSDLAG00005002263 hoxc4a (ENSDLAG00005032570) hoxc5a (ENSDLAG00005029096) hoxc6a (ENSDLAG00005002275) hoxc8a (ENSDLAG00005032485) hoxc9a (ENSDLAG00005033558) HOXC10 (ENSDLAG00005028759) hoxc11a (ENSDLAG00005002301) hoxc12a (ENSDLAG00005002311) hoxc13a (ENSDLAG00005002318) calcoco1a (ENSDLAG00005002328) ENSDLAG00005002350 nr1d4a (ENSDLAG00005002960) Large yellow croaker MODERN SPECIES 487 ENSLCRG00005005713 apobec2b (ENSLCRG00005005714) ENSLCRG00005005715 ccdc115 (ENSLCRG00005005716) ebp (ENSLCRG00005005731) ENSLCRG00005005733 wnt2bb (ENSLCRG00005005735) ENSLCRG00005005736 MOV10 (ENSLCRG00005005754) ENSLCRG00005007180 tafa3b (ENSLCRG00005007181) zgc:174906 (ENSLCRG00005007182) csad (ENSLCRG00005007188) znf740b (ENSLCRG00005010162) copz1 (ENSLCRG00005010175) nfe2 (ENSLCRG00005010621) ##22 ENSLCRG00005010625 cbx5 (ENSLCRG00005010628) ENSLCRG00005010629 #28 ENSLCRG00005010631 hoxc4a (ENSLCRG00005010632) hoxc5a (ENSLCRG00005010633) hoxc6a (ENSLCRG00005010635) hoxc8a (ENSLCRG00005010639) hoxc9a (ENSLCRG00005010641) hoxc10a (ENSLCRG00005010644) hoxc11a (ENSLCRG00005010645) hoxc12a (ENSLCRG00005010646) hoxc13a (ENSLCRG00005010647) calcoco1a (ENSLCRG00005010648) RARG (ENSLCRG00005010653) Gilthead seabream MODERN SPECIES 21 ENSSAUG00010014954 ccdc115 (ENSSAUG00010014955) ebp (ENSSAUG00010014956) ENSSAUG00010014958 wnt2bb (ENSSAUG00010014959) ENSSAUG00010014965 ENSSAUG00010014995 MOV10 (ENSSAUG00010018222) ENSSAUG00010018846 tafa3b (ENSSAUG00010018847) ENSSAUG00010018849 zgc:174906 (ENSSAUG00010018851) csad (ENSSAUG00010018857) znf740b (ENSSAUG00010019547) copz1 (ENSSAUG00010019553) nfe2 (ENSSAUG00010019562) ##22 hnrnpa1b (ENSSAUG00010019563) cbx5 (ENSSAUG00010019566) ENSSAUG00010019570 ENSSAUG00010019572 hoxc4a (ENSSAUG00010019579) ENSSAUG00010019575 hoxc5a (ENSSAUG00010019581) hoxc6a (ENSSAUG00010019582) hoxc8a (ENSSAUG00010019585) hoxc9a (ENSSAUG00010019587) hoxc10a (ENSSAUG00010019590) hoxc11a (ENSSAUG00010019593) hoxc12a (ENSSAUG00010019596) hoxc13a (ENSSAUG00010019599) calcoco1a (ENSSAUG00010019603) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801.h ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801.h ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Stickleback MODERN SPECIES 11 mybpha (ENSGACG00000009683) ENSGACG00000009673 apobec2b (ENSGACG00000009663) ENSGACG00000009660 ccdc115 (ENSGACG00000009654) ebp (ENSGACG00000009646) ENSGACG00000009645 WNT2B (ENSGACG00000009636) mov10b.1 (ENSGACG00000009612) ENSGACG00000009574 tafa3b (ENSGACG00000009569) zgc:174906 (ENSGACG00000009565) csad (ENSGACG00000009463) znf740b (ENSGACG00000009456) copz1 (ENSGACG00000009444) nfe2 (ENSGACG00000009442) ##22 ENSGACG00000009435 cbx5 (ENSGACG00000009433) ENSGACG00000009431 ENSGACG00000009430 ENSGACG00000009429 hoxc4a (ENSGACG00000009421) hoxc5a (ENSGACG00000009416) hoxc6a (ENSGACG00000009405) hoxc8a (ENSGACG00000009401) hoxc9a (ENSGACG00000009396) hoxc10a (ENSGACG00000009394) hoxc11a (ENSGACG00000009392) hoxc12a (ENSGACG00000009391) hoxc13a (ENSGACG00000009389) calcoco1a (ENSGACG00000009377) Lumpfish MODERN SPECIES 22 csrp1a (ENSCLMG00005013668) NAV1 (ENSCLMG00005013665) ENSCLMG00005013621 apobec2b (ENSCLMG00005013620) ccdc115 (ENSCLMG00005013619) ebp (ENSCLMG00005013618) ENSCLMG00005013616 WNT2B (ENSCLMG00005013614) mov10b.1 (ENSCLMG00005011806) ENSCLMG00005011796 tafa3b (ENSCLMG00005011793) zgc:174906 (ENSCLMG00005011792) csad (ENSCLMG00005009685) znf740b (ENSCLMG00005009670) copz1 (ENSCLMG00005009604) nfe2 (ENSCLMG00005009600) ##22 hnrnpa1a (ENSCLMG00005009597) cbx5 (ENSCLMG00005009594) ENSCLMG00005009591 ENSCLMG00005009589 hoxc4a (ENSCLMG00005009588) hoxc5a (ENSCLMG00005009587) hoxc6a (ENSCLMG00005009586) hoxc8a (ENSCLMG00005009585) hoxc9a (ENSCLMG00005009584) hoxc10a (ENSCLMG00005009583) hoxc11a (ENSCLMG00005009582) hoxc12a (ENSCLMG00005009581) hoxc13a (ENSCLMG00005009580) calcoco1a (ENSCLMG00005009578) RARG (ENSCLMG00005009563) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801.h ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Channel bull blenny MODERN SPECIES 21 ENSCGOG00000009666 apobec2b (ENSCGOG00000009696) ENSCGOG00000009700 ccdc115 (ENSCGOG00000009711) ebp (ENSCGOG00000009729) ENSCGOG00000009746 WNT2B (ENSCGOG00000009756) mov10b.1 (ENSCGOG00000009843) ENSCGOG00000011024 tafa3b (ENSCGOG00000011069) zgc:174906 (ENSCGOG00000011071) csad (ENSCGOG00000011104) znf740b (ENSCGOG00000012279) copz1 (ENSCGOG00000012310) ENSCGOG00000012875 nfe2 (ENSCGOG00000012901) ##22 cbx5 (ENSCGOG00000012911) ENSCGOG00000012918 ENSCGOG00000012931 hoxc4a (ENSCGOG00000012936) hoxc5a 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RARG (ENSSLUG00000023411) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Zig-zag eel MODERN SPECIES 21 mybpha (ENSMAMG00000008003) ENSMAMG00000007968 apobec2b (ENSMAMG00000007926) ccdc115 (ENSMAMG00000007913) ebp (ENSMAMG00000026843) ENSMAMG00000007890 ENSMAMG00000007866 ENSMAMG00000007824 ENSMAMG00000007807 ENSMAMG00000026132 tafa3b (ENSMAMG00000007786) zgc:174906 (ENSMAMG00000007756) csad (ENSMAMG00000007702) znf740b (ENSMAMG00000027286) copz1 (ENSMAMG00000007647) nfe2 (ENSMAMG00000007629) ##22 ENSMAMG00000007606 cbx5 (ENSMAMG00000007589) ENSMAMG00000024742 hoxc4a (ENSMAMG00000007567) hoxc5a (ENSMAMG00000007559) hoxc6a (ENSMAMG00000007554) hoxc8a (ENSMAMG00000025542) hoxc9a (ENSMAMG00000007513) hoxc10a (ENSMAMG00000007503) hoxc11a (ENSMAMG00000007498) hoxc13a (ENSMAMG00000007475) calcoco1a (ENSMAMG00000007418) ENSMAMG00000007394 nr1d4a (ENSMAMG00000007376) mfsd5 (ENSMAMG00000026368) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a ENSGT00940000164283.b.a Siamese fighting fish MODERN SPECIES 18 mybpha (ENSBSLG00000009365) ENSBSLG00000009413 ENSBSLG00000009438 apobec2b (ENSBSLG00000009447) ENSBSLG00000009454 ccdc115 (ENSBSLG00000009462) ebp (ENSBSLG00000009466) ENSBSLG00000009478 WNT2B (ENSBSLG00000009490) mov10b.1 (ENSBSLG00000009530) ENSBSLG00000009770 tafa3b (ENSBSLG00000009819) zgc:174906 (ENSBSLG00000009853) znf740b (ENSBSLG00000009869) copz1 (ENSBSLG00000009890) nfe2 (ENSBSLG00000010070) ##22 hnrnpa1a (ENSBSLG00000010079) cbx5 (ENSBSLG00000010110) hoxc4a (ENSBSLG00000010579) hoxc5a (ENSBSLG00000010606) hoxc6a (ENSBSLG00000010644) hoxc8a (ENSBSLG00000010671) hoxc9a (ENSBSLG00000010688) hoxc10a (ENSBSLG00000010709) hoxc11a (ENSBSLG00000010725) hoxc12a (ENSBSLG00000010765) hoxc13a (ENSBSLG00000010782) calcoco1a (ENSBSLG00000010796) RARG (ENSBSLG00000010866) nr1d4a (ENSBSLG00000011600) mfsd5 (ENSBSLG00000011650) Climbing perch MODERN SPECIES 20 ENSATEG00000023072 apobec2b (ENSATEG00000023043) ENSATEG00000029676 ccdc115 (ENSATEG00000023039) ebp (ENSATEG00000023035) ENSATEG00000023033 ENSATEG00000023028 ENSATEG00000027142 ENSATEG00000023014 ENSATEG00000025924 ENSATEG00000029432 tafa3b (ENSATEG00000027191) zgc:174906 (ENSATEG00000022991) znf740b (ENSATEG00000029541) copz1 (ENSATEG00000022959) nfe2 (ENSATEG00000026477) ##22 ENSATEG00000022918 cbx5 (ENSATEG00000030136) ENSATEG00000022897 ENSATEG00000029038 hoxc4a (ENSATEG00000022878) hoxc5a (ENSATEG00000022872) hoxc6a (ENSATEG00000022870) hoxc8a (ENSATEG00000026304) hoxc9a (ENSATEG00000022821) ENSATEG00000022805 hoxc11a (ENSATEG00000022786) hoxc12a (ENSATEG00000022770) hoxc13a (ENSATEG00000022733) calcoco1a (ENSATEG00000022704) ENSATEG00000022679 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Seriola ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000166364 ENSGT00940000159166 ENSGT00940000156024.i.a.f ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00940000165646.A ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000168241 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Greater amberjack MODERN SPECIES 23 mybpha (ENSSDUG00000014584) ENSSDUG00000014556 apobec2b (ENSSDUG00000014543) ccdc115 (ENSSDUG00000014537) ebp (ENSSDUG00000014525) ENSSDUG00000014492 WNT2B (ENSSDUG00000014473) ENSSDUG00000014418 MOV10 (ENSSDUG00000014383) ENSSDUG00000014362 tafa3b (ENSSDUG00000014351) zgc:174906 (ENSSDUG00000014344) csad (ENSSDUG00000014322) znf740b (ENSSDUG00000014302) copz1 (ENSSDUG00000014273) nfe2 (ENSSDUG00000014264) ##22 hnrnpa1a (ENSSDUG00000013908) cbx5 (ENSSDUG00000013868) ENSSDUG00000013860 #28 hoxc4a (ENSSDUG00000013856) hoxc5a (ENSSDUG00000013853) hoxc6a (ENSSDUG00000013847) ENSSDUG00000013839 hoxc8a (ENSSDUG00000013837) hoxc9a (ENSSDUG00000013832) hoxc10a (ENSSDUG00000013812) hoxc11a (ENSSDUG00000013799) hoxc12a (ENSSDUG00000013793) hoxc13a (ENSSDUG00000013789) ENSSDUG00000013783 ENSSDUG00000013774 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3093 mybpha (ENSSLDG00000003280) apobec2b (ENSSLDG00000003321) ENSSLDG00000003334 ccdc115 (ENSSLDG00000003357) ebp (ENSSLDG00000003388) ENSSLDG00000003403 WNT2B (ENSSLDG00000003413) ENSSLDG00000003441 ENSSLDG00000003521 ENSSLDG00000003562 tafa3b (ENSSLDG00000003574) zgc:174906 (ENSSLDG00000003594) csad (ENSSLDG00000003612) znf740b (ENSSLDG00000003633) copz1 (ENSSLDG00000003673) nfe2 (ENSSLDG00000003693) ##22 hnrnpa1a (ENSSLDG00000003718) cbx5 (ENSSLDG00000003859) ENSSLDG00000003881 hoxc4a (ENSSLDG00000003886) hoxc5a (ENSSLDG00000003893) hoxc6a (ENSSLDG00000003902) hoxc8a (ENSSLDG00000003935) hoxc9a (ENSSLDG00000003973) hoxc10a (ENSSLDG00000004036) hoxc11a (ENSSLDG00000004042) hoxc12a (ENSSLDG00000004056) hoxc13a (ENSSLDG00000004090) calcoco1a (ENSSLDG00000004113) RARG (ENSSLDG00000004204) nr1d4a (ENSSLDG00000004254) Barramundi perch MODERN SPECIES 102 ENSLCAG00010024248 ENSLCAG00010024220 tafa3b (ENSLCAG00010024210) zgc:174906 (ENSLCAG00010024207) csad (ENSLCAG00010024131) znf740b (ENSLCAG00010024067) copz1 (ENSLCAG00010024047) nfe2 (ENSLCAG00010024037) ##22 hnrnpa1a (ENSLCAG00010024025) cbx5 (ENSLCAG00010024014) ENSLCAG00010024012 ENSLCAG00010024009 hoxc4a (ENSLCAG00010024006) hoxc5a (ENSLCAG00010024002) hoxc6a (ENSLCAG00010024000) hoxc8a (ENSLCAG00010023995) hoxc9a (ENSLCAG00010023991) hoxc10a (ENSLCAG00010023980) hoxc12a (ENSLCAG00010023976) hoxc13a (ENSLCAG00010023968) calcoco1a (ENSLCAG00010023952) RARG (ENSLCAG00010023942) nr1d4a (ENSLCAG00010023909) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000158040.c ENSGT00940000165428.c.a ENSGT00940000156616.j ENSGT00940000158431.a.b ENSGT00390000012929 ENSGT00530000063715.a ENSGT00940000159166 ENSGT00940000166364 ENSGT00940000156024.i.a.e ENSGT00950000182945.b.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000155644.a.a ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240 ENSGT00940000159609 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00940000161892 #28 ENSGT00940000168241 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.e.a Tongue sole MODERN SPECIES 1 KMT2D (ENSCSEG00000007106) ikzf4 (ENSCSEG00000007155) wnt1 (ENSCSEG00000007200) wnt10b (ENSCSEG00000007206) ARF3 (ENSCSEG00000007217) erbb3b (ENSCSEG00000007230) pa2g4b (ENSCSEG00000007254) ESYT1 (ENSCSEG00000007283) fmnl3 (ENSCSEG00000007340) ENSCSEG00000007466 TAFA3 (ENSCSEG00000007480) zgc:174906 (ENSCSEG00000007489) csad (ENSCSEG00000007498) znf740b (ENSCSEG00000007519) copz1 (ENSCSEG00000007552) nfe2 (ENSCSEG00000007571) ##22 hnrnpa1a (ENSCSEG00000007589) cbx5 (ENSCSEG00000007626) ENSCSEG00000007643 ENSCSEG00000007650 hoxc4a (ENSCSEG00000007659) hoxc5a (ENSCSEG00000007661) hoxc6a (ENSCSEG00000007962) hoxc8a (ENSCSEG00000007967) hoxc9a (ENSCSEG00000007973) ENSCSEG00000007984 hoxc11a (ENSCSEG00000008000) hoxc12a (ENSCSEG00000007989) hoxc13a (ENSCSEG00000008007) calcoco1a (ENSCSEG00000008020) RARG (ENSCSEG00000008034) Turbot MODERN SPECIES 2 mybpha (ENSSMAG00000005120) ENSSMAG00000035937 apobec2b (ENSSMAG00000005110) ENSSMAG00000027541 ccdc115 (ENSSMAG00000005059) ebp (ENSSMAG00000005050) ENSSMAG00000005032 ENSSMAG00000005039 ENSSMAG00000004913 ENSSMAG00000033443 tafa3b (ENSSMAG00000004885) zgc:174906 (ENSSMAG00000023309) csad (ENSSMAG00000004800) znf740b (ENSSMAG00000004738) copz1 (ENSSMAG00000004686) nfe2 (ENSSMAG00000032096) ##22 hnrnpa1b (ENSSMAG00000004641) cbx5 (ENSSMAG00000004605) ENSSMAG00000004592 #28 hoxc4a (ENSSMAG00000004569) hoxc5a (ENSSMAG00000004565) hoxc6a (ENSSMAG00000004528) hoxc8a (ENSSMAG00000027550) hoxc9a (ENSSMAG00000004513) HOXC10 (ENSSMAG00000004507) hoxc11a (ENSSMAG00000004500) hoxc12a (ENSSMAG00000030849) hoxc13a (ENSSMAG00000004492) calcoco1a (ENSSMAG00000004444) ENSSMAG00000004391 nr1d4a (ENSSMAG00000004344) Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 457 mov10b.1 (ENSHCOG00000019421) ENSHCOG00000019428 tafa3b (ENSHCOG00000019431) znf740b (ENSHCOG00000019444) copz1 (ENSHCOG00000019504) nfe2 (ENSHCOG00000019516) ##22 hnrnpa1b (ENSHCOG00000019526) cbx5 (ENSHCOG00000019540) hoxc4a (ENSHCOG00000019561) hoxc5a (ENSHCOG00000019567) hoxc6a (ENSHCOG00000019575) hoxc8a (ENSHCOG00000019613) hoxc9a (ENSHCOG00000019639) hoxc10a (ENSHCOG00000019646) hoxc11a (ENSHCOG00000019652) hoxc12a (ENSHCOG00000019673) hoxc13b (ENSHCOG00000019723) ENSHCOG00000019739 RARG (ENSHCOG00000019781) nr1d4a (ENSHCOG00000019834) mfsd5 (ENSHCOG00000019846) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 21 TPRG1L (ENSMMDG00005010498) ENSMMDG00005010499 ENSMMDG00005010501 ENSMMDG00005010505 ENSMMDG00005010506 ENSMMDG00005010508 ENSMMDG00005010510 wnt2bb (ENSMMDG00005010512) ENSMMDG00005010517 ENSMMDG00005010615 ENSMMDG00005011430 tafa3b (ENSMMDG00005011432) zgc:174906 (ENSMMDG00005011435) znf740b (ENSMMDG00005011438) copz1 (ENSMMDG00005011444) nfe2 (ENSMMDG00005011664) ##22 hnrnpa1a (ENSMMDG00005011666) cbx5 (ENSMMDG00005011668) ENSMMDG00005011671 ENSMMDG00005011672 hoxc4a (ENSMMDG00005011673) hoxc6a (ENSMMDG00005011675) hoxc5a (ENSMMDG00005011678) hoxc8a (ENSMMDG00005011680) hoxc9a (ENSMMDG00005011681) hoxc10a (ENSMMDG00005011683) hoxc11a (ENSMMDG00005011691) hoxc12a (ENSMMDG00005011692) hoxc13a (ENSMMDG00005011693) calcoco1a (ENSMMDG00005011695) RARG (ENSMMDG00005011700) Cod MODERN SPECIES ENSGMOG00000006857 mybpha (ENSGMOG00000006836) ENSGMOG00000027295 apobec2b (ENSGMOG00000006819) ENSGMOG00000026613 ccdc115 (ENSGMOG00000027450) ebp (ENSGMOG00000006796) ENSGMOG00000035969 ENSGMOG00000022924 ENSGMOG00000035508 ENSGMOG00000006754 ENSGMOG00000027014 zgc:174906 (ENSGMOG00000022957) ENSGMOG00000024039 znf740b (ENSGMOG00000018005) nfe2 (ENSGMOG00000031115) ##22 ENSGMOG00000017950 cbx5 (ENSGMOG00000017941) ENSGMOG00000017920 hoxc4a (ENSGMOG00000025564) hoxc5a (ENSGMOG00000027152) hoxc6a (ENSGMOG00000017893) hoxc8a (ENSGMOG00000024925) hoxc9a (ENSGMOG00000017882) HOXC10 (ENSGMOG00000017875) hoxc11a (ENSGMOG00000017869) hoxc12a (ENSGMOG00000017864) hoxc13a (ENSGMOG00000017858) ENSGMOG00000017991 ENSGMOG00000036685 calcoco1a (ENSGMOG00000017839) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00390000002944 ENSGT00940000159544 ENSGT00940000155808 ENSGT00530000063607.a ENSGT01050000244940.a.a.a ENSGT00940000155330.b ENSGT00940000158208.a.a ENSGT00940000158956.c.a ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000156890.a.a ENSGT00940000160528.b ENSGT00940000158313.a.b ENSGT00540000073797 ENSGT00940000158240.e ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023.b.a ENSGT00940000159254.b ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b.e.a ENSGT00940000156458.c ENSGT00940000164283.b.b.a P. kingsleyae MODERN SPECIES 59 kansl2 (ENSPKIG00000002317) ENSPKIG00000002369 TMBIM6 (ENSPKIG00000002418) SLC11A2 (ENSPKIG00000002469) MARCHF9 (ENSPKIG00000002517) tspan31 (ENSPKIG00000002548) agap2 (ENSPKIG00000002601) ZBTB39 (ENSPKIG00000002690) 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zgc:174906 (ENSSFOG00015007733) csad (ENSSFOG00015007677) znf740b (ENSSFOG00015007637) nfe2 (ENSSFOG00015007607) ##22 ENSSFOG00015007588 CBX5 (ENSSFOG00015024435) ENSSFOG00015007511 hoxc4a (ENSSFOG00015007543) HOXC5 (ENSSFOG00015007529) HOXC6 (ENSSFOG00015007516) hoxc8a (ENSSFOG00015016127) hoxc9a (ENSSFOG00015007484) hoxc10a (ENSSFOG00015007361) hoxc11a (ENSSFOG00015007341) hoxc12a (ENSSFOG00015007317) hoxc13a (ENSSFOG00015007309) calcoco1a (ENSSFOG00015027349) rarga (ENSSFOG00015032563) ENSSFOG00015007219 Spotted gar MODERN SPECIES 670 fignl2 (ENSLOCG00000018208) ENSLOCG00000006747 ENSLOCG00000006738 stat6 (ENSLOCG00000006721) mipb (ENSLOCG00000006699) ENSLOCG00000006686 C1QL4 (ENSLOCG00000006670) ENSLOCG00000006655 ENSLOCG00000006640 zgc:153867 (ENSLOCG00000006627) tsfm (ENSLOCG00000006608) zgc:174906 (ENSLOCG00000006593) csad (ENSLOCG00000006576) znf740b (ENSLOCG00000006558) copz1 (ENSLOCG00000006517) nfe2 (ENSLOCG00000006498) ##22 ENSLOCG00000006476 cbx5 (ENSLOCG00000006460) SMUG1 (ENSLOCG00000006445) ENSLOCG00000006423 ENSLOCG00000006407 #29 hoxc4a (ENSLOCG00000006379) hoxc5a (ENSLOCG00000006365) hoxc6a (ENSLOCG00000006348) hoxc11a (ENSLOCG00000006316) hoxc12b (ENSLOCG00000006304) hoxc13a (ENSLOCG00000006295) calcoco1b (ENSLOCG00000006258) rarga (ENSLOCG00000006240) nr1d4b (ENSLOCG00000006223) mfsd5 (ENSLOCG00000018206) Reedfish DUPLICATION Reedfish MODERN SPECIES 11 ENSECRG00000010495 gdf11 (ENSECRG00000010489) ENSECRG00000010480 dgkaa (ENSECRG00000010457) rnf41 (ENSECRG00000010446) NABP2 (ENSECRG00000010439) SLC39A5 (ENSECRG00000010422) ankrd52a (ENSECRG00000010381) COQ10A (ENSECRG00000010363) cs (ENSECRG00000010354) cnpy2 (ENSECRG00000010340) ENSECRG00000009102 cela1.3 (ENSECRG00000008817) ENSECRG00000008789 copz1 (ENSECRG00000008611) nfe2 (ENSECRG00000008534) ##22 hnrnpa1b (ENSECRG00000008516) cbx5 (ENSECRG00000008493) hoxc4a (ENSECRG00000008487) hoxc5a (ENSECRG00000008478) hoxc6a (ENSECRG00000008470) hoxc8a (ENSECRG00000008466) hoxc9a (ENSECRG00000008462) 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ENSLACG00000016502 #29 HOXC4 (ENSLACG00000016556) HOXC6 (ENSLACG00000016619) HOXC8 (ENSLACG00000016658) HOXC9 (ENSLACG00000016678) HOXC10 (ENSLACG00000016699) HOXC11 (ENSLACG00000016719) HOXC12 (ENSLACG00000016761) HOXC13 (ENSLACG00000016784) Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000162831 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00940000161744 ENSGT00940000160217 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00940000159286.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Anura ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000164002.e ENSGT00940000164002.f ENSGT00940000158956 ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160351 ENSGT00940000154770 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.a.a ENSGT00940000155261 Frog MODERN SPECIES 2 birc5 (ENSXETG00000004294) neurod4 (ENSXETG00000004295) ENSXETG00000043097 endou (ENSXETG00000004296) ppp1r1a (ENSXETG00000004297) ENSXETG00000041259 pde1b (ENSXETG00000004298) nckap1l (ENSXETG00000004299) gtsf2 (ENSXETG00000021263) gtsf1 (ENSXETG00000033546) itga5 (ENSXETG00000021265) znf385a (ENSXETG00000038504) ENSXETG00000044693 gpr84 (ENSXETG00000021274) copz1 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ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 364 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.b ENSGT00940000158801 Common shrew MODERN SPECIES 7336 ENSSARG00000008961 NFE2 (ENSSARG00000008960) ##22 ENSSARG00000008946 ENSSARG00000008941 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 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MODERN SPECIES 13 ENSSSCG00000059678 ENSSSCG00000063497 ENSSSCG00000056745 NEUROD4 (ENSSSCG00000035778) TESPA1 (ENSSSCG00000000299) ENSSSCG00000060462 PPP1R1A (ENSSSCG00000000298) PDE1B (ENSSSCG00000000297) NCKAP1L (ENSSSCG00000000295) ENSSSCG00000000296 GTSF1 (ENSSSCG00000026333) ITGA5 (ENSSSCG00000000293) ZNF385A (ENSSSCG00000000292) GPR84 (ENSSSCG00000000291) COPZ1 (ENSSSCG00000000290) NFE2 (ENSSSCG00000000289) ##22 HNRNPA1 (ENSSSCG00000000288) CBX5 (ENSSSCG00000039191) SMUG1 (ENSSSCG00000024221) HOXC4 (ENSSSCG00000038993) HOXC5 (ENSSSCG00000040798) HOXC6 (ENSSSCG00000030585) HOXC8 (ENSSSCG00000038644) HOXC9 (ENSSSCG00000034474) HOXC10 (ENSSSCG00000022728) HOXC11 (ENSSSCG00000028104) HOXC12 (ENSSSCG00000000281) HOXC13 (ENSSSCG00000000279) CALCOCO1 (ENSSSCG00000028481) ATP5MC2 (ENSSSCG00000062561) ATF7 (ENSSSCG00000000278) Chacoan peccary MODERN SPECIES 900 ENSCWAG00000012000 ENSCWAG00000012018 NEUROD4 (ENSCWAG00000012031) TESPA1 (ENSCWAG00000012075) ENSCWAG00000012205 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ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784.y ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000157981.b Arabian camel MODERN SPECIES 3 ENSCDRG00005010349 ENSCDRG00005010369 ENSCDRG00005010385 NEUROD4 (ENSCDRG00005010411) TESPA1 (ENSCDRG00005010420) ENSCDRG00005010506 ENSCDRG00005010664 PPP1R1A (ENSCDRG00005010741) PDE1B (ENSCDRG00005010791) NCKAP1L (ENSCDRG00005011045) ENSCDRG00005003272 ITGA5 (ENSCDRG00005003372) ZNF385A (ENSCDRG00005003527) GPR84 (ENSCDRG00005003688) COPZ1 (ENSCDRG00005003721) NFE2 (ENSCDRG00005004200) ##22 HNRNPA1L3 (ENSCDRG00005004239) CBX5 (ENSCDRG00005004307) SMUG1 (ENSCDRG00005004335) HOXC4 (ENSCDRG00005004352) HOXC5 (ENSCDRG00005004372) HOXC6 (ENSCDRG00005004401) HOXC8 (ENSCDRG00005004419) HOXC9 (ENSCDRG00005004435) HOXC10 (ENSCDRG00005004457) HOXC11 (ENSCDRG00005004473) HOXC12 (ENSCDRG00005004486) HOXC13 (ENSCDRG00005004494) CALCOCO1 (ENSCDRG00005004535) ENSCDRG00005004636 ATF7 (ENSCDRG00005004669) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159891 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263561.A.k ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.b ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.c ENSGT00940000155001.B.h.b.b Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263561.A.k ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.b ENSGT00390000004405.a.n.b ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.c ENSGT00940000155261 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159891 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263561.A.k ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.b ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.c ENSGT00940000155261 Dolphin MODERN SPECIES 4097 NFE2 (ENSTTRG00000004496) ##22 ENSTTRG00000004505 CBX5 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VEZT (ENSCHYG00000001339) ENSCHYG00000001380 ENSCHYG00000001416 USP44 (ENSCHYG00000001550) ENSCHYG00000001575 ENSCHYG00000001601 ENSCHYG00000001619 PDE1B (ENSCHYG00000001668) NCKAP1L (ENSCHYG00000001786) ENSCHYG00000001877 ITGA5 (ENSCHYG00000001914) ZNF385A (ENSCHYG00000002056) GPR84 (ENSCHYG00000002110) COPZ1 (ENSCHYG00000002170) NFE2 (ENSCHYG00000002451) ##22 ENSCHYG00000002483 CBX5 (ENSCHYG00000002608) ENSCHYG00000002622 HOXC4 (ENSCHYG00000002631) HOXC5 (ENSCHYG00000002637) HOXC6 (ENSCHYG00000002655) HOXC8 (ENSCHYG00000002673) HOXC9 (ENSCHYG00000002684) HOXC10 (ENSCHYG00000002694) HOXC11 (ENSCHYG00000002704) HOXC12 (ENSCHYG00000002710) HOXC13 (ENSCHYG00000002721) ENSCHYG00000002730 ENSCHYG00000002740 CALCOCO1 (ENSCHYG00000002756) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156334 ENSGT00390000003290 ENSGT00940000155016.w.a ENSGT00940000155016.x ENSGT00940000160526 ENSGT00970000194877 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 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HOXC6 (ENSMMSG00000007317) HOXC8 (ENSMMSG00000007287) HOXC9 (ENSMMSG00000007268) HOXC10 (ENSMMSG00000007244) HOXC11 (ENSMMSG00000007220) HOXC12 (ENSMMSG00000007203) HOXC13 (ENSMMSG00000007187) ENSMMSG00000007150 CALCOCO1 (ENSMMSG00000007007) ENSMMSG00000006941 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156334 ENSGT00390000003290 ENSGT00940000155016.w.a ENSGT00940000155016.x ENSGT00940000160526 ENSGT00970000194877 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154517.hb ENSGT00940000154940 ENSGT00950000183025.b.b Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156334 ENSGT00390000003290 ENSGT00940000155016.w.a ENSGT00940000160526 ENSGT00970000194877 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.b ENSGT00390000004405.a.n.a.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b.i ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.cb.b.a ENSGT00940000155261 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 NDUFA12 (ENSOARG00020013894) NR2C1 (ENSOARG00020014046) FGD6 (ENSOARG00020014249) VEZT (ENSOARG00020014442) METAP2 (ENSOARG00020014635) USP44 (ENSOARG00020015356) ENSOARG00020015432 PPP1R1A (ENSOARG00020015494) PDE1B (ENSOARG00020015560) NCKAP1L (ENSOARG00020016080) GTSF1 (ENSOARG00020016299) ITGA5 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ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.j ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 1 ENSRFEG00010004164 ENSRFEG00010004155 ENSRFEG00010004121 NEUROD4 (ENSRFEG00010004100) TESPA1 (ENSRFEG00010004076) ENSRFEG00010004059 ENSRFEG00010004045 PPP1R1A (ENSRFEG00010004029) PDE1B (ENSRFEG00010003985) NCKAP1L (ENSRFEG00010003799) GTSF1 (ENSRFEG00010003655) ITGA5 (ENSRFEG00010003562) ZNF385A (ENSRFEG00010003487) ENSRFEG00010003458 COPZ1 (ENSRFEG00010003353) NFE2 (ENSRFEG00010003234) ##22 ENSRFEG00010003146 CBX5 (ENSRFEG00010003088) SMUG1 (ENSRFEG00010003070) HOXC4 (ENSRFEG00010003046) HOXC5 (ENSRFEG00010003028) HOXC6 (ENSRFEG00010003005) HOXC8 (ENSRFEG00010002977) HOXC9 (ENSRFEG00010002965) HOXC10 (ENSRFEG00010002942) HOXC11 (ENSRFEG00010002928) HOXC12 (ENSRFEG00010002916) HOXC13 (ENSRFEG00010002899) CALCOCO1 (ENSRFEG00010002780) ENSRFEG00010002728 ATF7 (ENSRFEG00010002698) Microbat MODERN SPECIES 1097 PPP1R1A (ENSMLUG00000012998) PDE1B (ENSMLUG00000012983) NCKAP1L (ENSMLUG00000012968) ENSMLUG00000024563 ENSMLUG00000002432 ENSMLUG00000012961 ITGA5 (ENSMLUG00000012946) ZNF385A (ENSMLUG00000012937) GPR84 (ENSMLUG00000012933) COPZ1 (ENSMLUG00000015971) NFE2 (ENSMLUG00000011437) ##22 ENSMLUG00000000648 CBX5 (ENSMLUG00000000652) SMUG1 (ENSMLUG00000000491) HOXC4 (ENSMLUG00000017706) HOXC5 (ENSMLUG00000000488) HOXC6 (ENSMLUG00000000485) HOXC8 (ENSMLUG00000003097) HOXC9 (ENSMLUG00000000483) HOXC10 (ENSMLUG00000000482) HOXC11 (ENSMLUG00000000470) HOXC12 (ENSMLUG00000026984) HOXC13 (ENSMLUG00000015050) CALCOCO1 (ENSMLUG00000011866) ENSMLUG00000011860 ATF7 (ENSMLUG00000007697) Megabat MODERN SPECIES 3593 PPP1R1A (ENSPVAG00000000337) PDE1B (ENSPVAG00000000336) NCKAP1L (ENSPVAG00000000335) GTSF1 (ENSPVAG00000000333) ITGA5 (ENSPVAG00000000330) ZNF385A (ENSPVAG00000000328) COPZ1 (ENSPVAG00000000324) NFE2 (ENSPVAG00000000323) ##22 HNRNPA1 (ENSPVAG00000000322) CBX5 (ENSPVAG00000000321) Equus ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.b.a.a.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Donkey MODERN SPECIES 14 ENSEASG00005027806 ENSEASG00005032061 ENSEASG00005027676 NEUROD4 (ENSEASG00005010285) TESPA1 (ENSEASG00005010282) ENSEASG00005030245 ENSEASG00005038614 PDE1B (ENSEASG00005010274) NCKAP1L (ENSEASG00005010266) ENSEASG00005010262 GTSF1 (ENSEASG00005010260) ITGA5 (ENSEASG00005010252) ZNF385A (ENSEASG00005010244) GPR84 (ENSEASG00005010241) COPZ1 (ENSEASG00005010233) NFE2 (ENSEASG00005036003) ##22 HNRNPA1 (ENSEASG00005010182) CBX5 (ENSEASG00005010165) SMUG1 (ENSEASG00005010163) HOXC4 (ENSEASG00005010161) HOXC5 (ENSEASG00005010157) ENSEASG00005010153 HOXC8 (ENSEASG00005024216) HOXC9 (ENSEASG00005010148) HOXC10 (ENSEASG00005010143) HOXC11 (ENSEASG00005010141) HOXC12 (ENSEASG00005010128) HOXC13 (ENSEASG00005032367) CALCOCO1 (ENSEASG00005010125) ENSEASG00005033090 ATF7 (ENSEASG00005010041) Horse MODERN SPECIES 27 OR9K1 (ENSECAG00000040309) NEUROD4 (ENSECAG00000001002) TESPA1 (ENSECAG00000007656) ENSECAG00000051815 ENSECAG00000053965 PPP1R1A (ENSECAG00000007612) PDE1B (ENSECAG00000048352) ENSECAG00000049601 GTSF1 (ENSECAG00000013618) NCKAP1L (ENSECAG00000014435) ITGA5 (ENSECAG00000024979) ZNF385A (ENSECAG00000024939) GPR84 (ENSECAG00000000949) COPZ1 (ENSECAG00000024555) HNRNPA1 (ENSECAG00000008676) NFE2 (ENSECAG00000024536) ##22 CBX5 (ENSECAG00000008101) SMUG1 (ENSECAG00000007776) HOXC5 (ENSECAG00000004151) HOXC6 (ENSECAG00000003682) HOXC8 (ENSECAG00000000932) HOXC9 (ENSECAG00000044561) HOXC10 (ENSECAG00000034365) HOXC12 (ENSECAG00000024893) HOXC11 (ENSECAG00000024900) HOXC13 (ENSECAG00000024867) CALCOCO1 (ENSECAG00000024023) ATP5MC2 (ENSECAG00000023021) ATF7 (ENSECAG00000021521) NPFF (ENSECAG00000021139) TARBP2 (ENSECAG00000011695) Carnivora ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b Caniformia ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Ursidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT01090000260006.A.c.a.b.a.j ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.y.a ENSGT00940000155261 Ursus ANCESTRAL SPECIES 208 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.b.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 American black bear MODERN SPECIES 1072 ENSUAMG00000021668 GTSF1 (ENSUAMG00000021669) ITGA5 (ENSUAMG00000021685) ZNF385A (ENSUAMG00000021970) GPR84 (ENSUAMG00000021971) COPZ1 (ENSUAMG00000021972) NFE2 (ENSUAMG00000021975) ##22 CBX5 (ENSUAMG00000021976) SMUG1 (ENSUAMG00000021978) Polar bear MODERN SPECIES 262 ENSUMAG00000011326 ENSUMAG00000011323 ENSUMAG00000011320 ENSUMAG00000011317 TESPA1 (ENSUMAG00000011308) ENSUMAG00000011298 PPP1R1A (ENSUMAG00000011296) PDE1B (ENSUMAG00000011288) NCKAP1L (ENSUMAG00000011282) ENSUMAG00000011281 GTSF1 (ENSUMAG00000011279) ITGA5 (ENSUMAG00000010654) ZNF385A (ENSUMAG00000010548) GPR84 (ENSUMAG00000010547) COPZ1 (ENSUMAG00000010544) NFE2 (ENSUMAG00000010542) ##22 ENSUMAG00000010541 CBX5 (ENSUMAG00000010538) SMUG1 (ENSUMAG00000010531) HOXC5 (ENSUMAG00000010526) HOXC6 (ENSUMAG00000010520) HOXC8 (ENSUMAG00000010514) ENSUMAG00000010512 #33 HOXC10 (ENSUMAG00000010505) CALCOCO1 (ENSUMAG00000010484) ENSUMAG00000010480 ATF7 (ENSUMAG00000010473) NPFF (ENSUMAG00000010468) TARBP2 (ENSUMAG00000010461) MAP3K12 (ENSUMAG00000010453) PCBP2 (ENSUMAG00000010437) Giant Panda MODERN SPECIES 7 ENSAMEG00000030110 ENSAMEG00000027553 ENSAMEG00000024204 NEUROD4 (ENSAMEG00000018597) TESPA1 (ENSAMEG00000003989) ENSAMEG00000001106 PPP1R1A (ENSAMEG00000001096) PDE1B (ENSAMEG00000001050) NCKAP1L (ENSAMEG00000000960) ENSAMEG00000000958 GTSF1 (ENSAMEG00000000939) ITGA5 (ENSAMEG00000000779) ZNF385A (ENSAMEG00000000767) ENSAMEG00000019330 COPZ1 (ENSAMEG00000025997) NFE2 (ENSAMEG00000000747) ##22 HNRNPA1 (ENSAMEG00000000717) CBX5 (ENSAMEG00000000707) SMUG1 (ENSAMEG00000000705) HOXC4 (ENSAMEG00000026128) HOXC5 (ENSAMEG00000000691) HOXC6 (ENSAMEG00000000686) HOXC8 (ENSAMEG00000029788) HOXC9 (ENSAMEG00000029065) HOXC10 (ENSAMEG00000000673) HOXC11 (ENSAMEG00000000668) HOXC12 (ENSAMEG00000026141) HOXC13 (ENSAMEG00000029355) CALCOCO1 (ENSAMEG00000000633) ENSAMEG00000000619 ATF7 (ENSAMEG00000012625) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784.q ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT01100000263512.a.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.h.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.b.e American mink MODERN SPECIES 304 PPP1R1A (ENSNVIG00000003014) PDE1B (ENSNVIG00000002928) NCKAP1L (ENSNVIG00000002850) ENSNVIG00000002839 ENSNVIG00000002815 ITGA5 (ENSNVIG00000002759) ENSNVIG00000002661 GPR84 (ENSNVIG00000002653) COPZ1 (ENSNVIG00000002494) NFE2 (ENSNVIG00000002464) ##22 CBX5 (ENSNVIG00000002437) SMUG1 (ENSNVIG00000002426) HOXC4 (ENSNVIG00000002392) HOXC5 (ENSNVIG00000002379) HOXC8 (ENSNVIG00000002365) HOXC6 (ENSNVIG00000002310) HXC10 (ENSNVIG00000002291) HOXC11 (ENSNVIG00000002270) HOXC12 (ENSNVIG00000002217) HOXC13 (ENSNVIG00000002210) CALCOCO1 (ENSNVIG00000002092) ENSNVIG00000002061 ATF7 (ENSNVIG00000001946) NPFF (ENSNVIG00000001931) TARBP2 (ENSNVIG00000001900) Ferret MODERN SPECIES 362 NEUROD4 (ENSMPUG00000018960) TESPA1 (ENSMPUG00000005511) ENSMPUG00000005529 ENSMPUG00000005533 ENSMPUG00000005545 ENSMPUG00000005557 PPP1R1A (ENSMPUG00000005566) PDE1B (ENSMPUG00000005623) NCKAP1L (ENSMPUG00000005637) ENSMPUG00000005664 ENSMPUG00000005669 ITGA5 (ENSMPUG00000005706) ZNF385A (ENSMPUG00000005716) ENSMPUG00000018969 COPZ1 (ENSMPUG00000005721) NFE2 (ENSMPUG00000005728) ##22 ENSMPUG00000005735 CBX5 (ENSMPUG00000005824) SMUG1 (ENSMPUG00000005833) HOXC4 (ENSMPUG00000005838) HOXC5 (ENSMPUG00000005841) HOXC6 (ENSMPUG00000005848) HOXC8 (ENSMPUG00000005854) HOXC9 (ENSMPUG00000005862) HOXC10 (ENSMPUG00000005868) HOXC11 (ENSMPUG00000005876) HOXC12 (ENSMPUG00000005886) HOXC13 (ENSMPUG00000005890) ENSMPUG00000005897 CALCOCO1 (ENSMPUG00000005917) ENSMPUG00000005927 Canidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.b.g.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.b.h ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.b.g.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.b.h ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b Dingo MODERN SPECIES 202 ENSCAFG00020018436 ENSCAFG00020018438 ENSCAFG00020018440 NEUROD4 (ENSCAFG00020018441) TESPA1 (ENSCAFG00020018443) PPP1R1A (ENSCAFG00020018449) PDE1B (ENSCAFG00020018452) NCKAP1L (ENSCAFG00020018536) ENSCAFG00020020371 GTSF1 (ENSCAFG00020020373) ITGA5 (ENSCAFG00020020389) ZNF385A (ENSCAFG00020020566) GPR84 (ENSCAFG00020020589) COPZ1 (ENSCAFG00020020592) ENSCAFG00020020600 NFE2 (ENSCAFG00020020604) ##22 CBX5 (ENSCAFG00020020609) ENSCAFG00020020614 SMUG1 (ENSCAFG00020020617) HOXC4 (ENSCAFG00020020631) HOXC5 (ENSCAFG00020020637) HOXC6 (ENSCAFG00020020642) HOXC8 (ENSCAFG00020020648) HOXC9 (ENSCAFG00020020653) HOXC10 (ENSCAFG00020020660) HOXC11 (ENSCAFG00020020666) HOXC12 (ENSCAFG00020020691) HOXC13 (ENSCAFG00020020697) ENSCAFG00020020699 CALCOCO1 (ENSCAFG00020020705) ENSCAFG00020020717 Dog MODERN SPECIES 19 OR9K2D (ENSCAFG00845015567) OR9K2 (ENSCAFG00845015593) OR9K7 (ENSCAFG00845015624) NEUROD4 (ENSCAFG00845015646) TESPA1 (ENSCAFG00845015676) PPP1R1A (ENSCAFG00845015732) PDE1B (ENSCAFG00845015903) NCKAP1L (ENSCAFG00845016220) ENSCAFG00845016576 ENSCAFG00845016667 ITGA5 (ENSCAFG00845016791) ZNF385A (ENSCAFG00845017040) GPR84 (ENSCAFG00845017349) COPZ1 (ENSCAFG00845017389) ENSCAFG00845017498 NFE2 (ENSCAFG00845017550) ##22 HNRNPA1 (ENSCAFG00845017656) CBX5 (ENSCAFG00845017851) ENSCAFG00845017961 HOXC4 (ENSCAFG00845018094) HOXC5 (ENSCAFG00845018144) HOXC6 (ENSCAFG00845018203) HOXC8 (ENSCAFG00845018237) ENSCAFG00845018282 HOXC10 (ENSCAFG00845018342) HOXC11 (ENSCAFG00845018373) HOXC12 (ENSCAFG00845018411) HOXC13 (ENSCAFG00845018448) ENSCAFG00845018482 CALCOCO1 (ENSCAFG00845018567) ENSCAFG00845018811 Red fox MODERN SPECIES 254 ENSVVUG00000023646 ENSVVUG00000023649 ENSVVUG00000023651 NEUROD4 (ENSVVUG00000023655) TESPA1 (ENSVVUG00000023659) ENSVVUG00000023665 PDE1B (ENSVVUG00000023667) NCKAP1L (ENSVVUG00000023679) ENSVVUG00000023684 ENSVVUG00000023687 ITGA5 (ENSVVUG00000023718) ZNF385A (ENSVVUG00000024384) GPR84 (ENSVVUG00000024387) COPZ1 (ENSVVUG00000024390) ENSVVUG00000024401 NFE2 (ENSVVUG00000024409) ##22 ENSVVUG00000024413 CBX5 (ENSVVUG00000024417) ENSVVUG00000024422 SMUG1 (ENSVVUG00000024425) SEMA3E (ENSVVUG00000024430) Felidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a.g.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784.o.a ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.v Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.i.a.g.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784.o.a ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.v Tiger MODERN SPECIES 160 ENSPTIG00000005793 ENSPTIG00000005784 ENSPTIG00000007137 ENSPTIG00000005774 NEUROD4 (ENSPTIG00000005770) TESPA1 (ENSPTIG00000005862) PPP1R1A (ENSPTIG00000005620) PDE1B (ENSPTIG00000000482) NCKAP1L (ENSPTIG00000020912) ENSPTIG00000020670 ENSPTIG00000020415 ITGA5 (ENSPTIG00000019878) ZNF385A (ENSPTIG00000018804) GPR84 (ENSPTIG00000005688) COPZ1 (ENSPTIG00000016765) NFE2 (ENSPTIG00000016194) ##22 HNRNPA1 (ENSPTIG00000015170) CBX5 (ENSPTIG00000014891) SMUG1 (ENSPTIG00000014332) HOXC4 (ENSPTIG00000014254) HOXC5 (ENSPTIG00000014190) HOXC6 (ENSPTIG00000014044) HOXC8 (ENSPTIG00000013899) HOXC9 (ENSPTIG00000013688) HOXC10 (ENSPTIG00000013134) HOXC11 (ENSPTIG00000012999) ENSPTIG00000012759 CALCOCO1 (ENSPTIG00000010683) ENSPTIG00000010097 ATF7 (ENSPTIG00000009129) NPFF (ENSPTIG00000009027) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784.o.a ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.v leopard MODERN SPECIES 77 NEUROD4 (ENSPPRG00000015118) TESPA1 (ENSPPRG00000003150) PPP1R1A (ENSPPRG00000003234) PDE1B (ENSPPRG00000003378) NCKAP1L (ENSPPRG00000004044) ENSPPRG00000004157 ENSPPRG00000004344 ITGA5 (ENSPPRG00000006266) ZNF385A (ENSPPRG00000007378) GPR84 (ENSPPRG00000015240) COPZ1 (ENSPPRG00000009421) NFE2 (ENSPPRG00000010846) ##22 HNRNPA1 (ENSPPRG00000012587) CBX5 (ENSPPRG00000013006) SMUG1 (ENSPPRG00000013822) HOXC4 (ENSPPRG00000015044) HOXC5 (ENSPPRG00000015137) ENSPPRG00000015418 HOXC8 (ENSPPRG00000015585) HOXC9 (ENSPPRG00000015964) HOXC10 (ENSPPRG00000016146) HOXC11 (ENSPPRG00000016716) HOXC12 (ENSPPRG00000017257) ENSPPRG00000017468 ENSPPRG00000018754 ENSPPRG00000019762 CALCOCO1 (ENSPPRG00000024719) lion MODERN SPECIES 7 ENSPLOG00000005796 OR6C75 (ENSPLOG00000005783) ENSPLOG00000005776 NEUROD4 (ENSPLOG00000005763) TESPA1 (ENSPLOG00000005741) ENSPLOG00000005724 PPP1R1A (ENSPLOG00000005705) PDE1B (ENSPLOG00000005622) NCKAP1L (ENSPLOG00000005508) ENSPLOG00000005478 GTSF1 (ENSPLOG00000005457) ITGA5 (ENSPLOG00000005387) ZNF385A (ENSPLOG00000005319) GPR84 (ENSPLOG00000005296) COPZ1 (ENSPLOG00000005158) NFE2 (ENSPLOG00000005068) ##22 HNRNPA1 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HOXC9 (ENSFCAG00000031037) HOXC10 (ENSFCAG00000011202) HOXC11 (ENSFCAG00000038352) HOXC12 (ENSFCAG00000023389) HOXC13 (ENSFCAG00000044858) CALCOCO1 (ENSFCAG00000012712) ATP5MC2 (ENSFCAG00000001502) ATF7 (ENSFCAG00000012783) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 5 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ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 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ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a.z ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.u.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763.c.b ENSGT00940000160763.c.a ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816.f ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 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(ENSSVLG00005024730) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159891 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263561.A.k.f ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 8 ENSHGLG00000039359 ENSHGLG00000019745 TESPA1 (ENSHGLG00000000168) ENSHGLG00000044580 ENSHGLG00000047786 ENSHGLG00000032715 PPP1R1A (ENSHGLG00000003378) ENSHGLG00000003015 NCKAP1L (ENSHGLG00000003165) ENSHGLG00000002798 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ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Guinea pig MODERN SPECIES 9 OR9K2 (ENSCPOG00000034183) ENSCPOG00000021354 ENSCPOG00000033741 ENSCPOG00000026268 NEUROD4 (ENSCPOG00000002913) TESPA1 (ENSCPOG00000002912) PPP1R1A (ENSCPOG00000015100) PDE1B (ENSCPOG00000015102) NCKAP1L (ENSCPOG00000008748) ENSCPOG00000023851 GTSF1 (ENSCPOG00000008743) ITGA5 (ENSCPOG00000007748) ZNF385A (ENSCPOG00000023870) GPR84 (ENSCPOG00000020750) COPZ1 (ENSCPOG00000007740) NFE2 (ENSCPOG00000030518) ##22 HNRNPA1 (ENSCPOG00000020972) CBX5 (ENSCPOG00000038461) SMUG1 (ENSCPOG00000034157) HOXC4 (ENSCPOG00000035649) HOXC5 (ENSCPOG00000009447) HOXC6 (ENSCPOG00000032302) HOXC8 (ENSCPOG00000039628) HOXC10 (ENSCPOG00000009442) HOXC11 (ENSCPOG00000033525) HOXC12 (ENSCPOG00000026314) HOXC13 (ENSCPOG00000020390) CALCOCO1 (ENSCPOG00000021587) ATP5MC2 (ENSCPOG00000038171) ATF7 (ENSCPOG00000039679) ENSCPOG00000033904 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT01090000260006.B ENSGT01090000260006.D.a.b.f ENSGT01090000260011.A.d.b.a.a.h ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Degu MODERN SPECIES 134 OR9K2 (ENSODEG00000014841) ENSODEG00000013814 ENSODEG00000015024 NEUROD4 (ENSODEG00000020179) TESPA1 (ENSODEG00000014898) ENSODEG00000013533 PPP1R1A (ENSODEG00000013950) PDE1B (ENSODEG00000013509) NCKAP1L (ENSODEG00000015445) ENSODEG00000013228 GTSF1 (ENSODEG00000014220) ITGA5 (ENSODEG00000014190) ZNF385A (ENSODEG00000013971) GPR84 (ENSODEG00000020196) COPZ1 (ENSODEG00000013855) NFE2 (ENSODEG00000014004) ##22 ENSODEG00000014815 ENSODEG00000013220 SMUG1 (ENSODEG00000014942) HOXC5 (ENSODEG00000014282) HOXC6 (ENSODEG00000014430) HOXC4 (ENSODEG00000013631) HOXC8 (ENSODEG00000014014) HOXC9 (ENSODEG00000013150) HOXC10 (ENSODEG00000012845) HOXC11 (ENSODEG00000013494) HOXC12 (ENSODEG00000013405) HOXC13 (ENSODEG00000013741) ENSODEG00000020085 CALCOCO1 (ENSODEG00000013989) ENSODEG00000013371 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 165 ENSCLAG00000017794 ENSCLAG00000017840 ENSCLAG00000017887 ENSCLAG00000017693 NEUROD4 (ENSCLAG00000008846) TESPA1 (ENSCLAG00000010955) PPP1R1A (ENSCLAG00000008320) PDE1B (ENSCLAG00000012001) NCKAP1L (ENSCLAG00000012783) ENSCLAG00000008579 GTSF1 (ENSCLAG00000012811) ITGA5 (ENSCLAG00000012598) ZNF385A (ENSCLAG00000012440) ENSCLAG00000009971 COPZ1 (ENSCLAG00000009623) NFE2 (ENSCLAG00000008922) ##22 ENSCLAG00000011502 CBX5 (ENSCLAG00000014138) SMUG1 (ENSCLAG00000009996) HOXC4 (ENSCLAG00000009713) HOXC5 (ENSCLAG00000007510) HOXC6 (ENSCLAG00000009220) HOXC8 (ENSCLAG00000008936) HOXC9 (ENSCLAG00000008460) HOXC10 (ENSCLAG00000010877) HOXC11 (ENSCLAG00000010432) HOXC12 (ENSCLAG00000012849) HOXC13 (ENSCLAG00000012400) CALCOCO1 (ENSCLAG00000008505) ENSCLAG00000010492 ATF7 (ENSCLAG00000009615) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Kangaroo rat MODERN SPECIES 474 Ppp1r1a (ENSDORG00000002128) Pde1b (ENSDORG00000002126) Nckap1l (ENSDORG00000002123) Gtsf2 (ENSDORG00000026087) Gtsf1 (ENSDORG00000003228) Itga5 (ENSDORG00000008261) Zfp385a (ENSDORG00000027646) ENSDORG00000010631 Copz1 (ENSDORG00000010630) Nfe2 (ENSDORG00000010629) ##22 ENSDORG00000027821 Cbx5 (ENSDORG00000010625) Smug1 (ENSDORG00000024701) Hoxc5 (ENSDORG00000006999) Hoxc6 (ENSDORG00000027256) Hoxc4 (ENSDORG00000007001) Hoxc8 (ENSDORG00000023838) Hoxc9 (ENSDORG00000028578) Hoxc10 (ENSDORG00000006992) Hoxc11 (ENSDORG00000006990) Hoxc12 (ENSDORG00000026466) Hoxc13 (ENSDORG00000023942) Calcoco1 (ENSDORG00000002957) Atp5g2 (ENSDORG00000002955) Atf7 (ENSDORG00000001395) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 42 ENSJJAG00000024368 Or6c65 (ENSJJAG00000010883) Neurod4 (ENSJJAG00000001645) Tespa1 (ENSJJAG00000017390) Glycam1 (ENSJJAG00000016549) ENSJJAG00000022930 Pde1b (ENSJJAG00000015140) ENSJJAG00000011759 ENSJJAG00000016097 Gtsf2 (ENSJJAG00000016320) ENSJJAG00000003323 Itga5 (ENSJJAG00000013501) Zfp385a (ENSJJAG00000021761) ENSJJAG00000001613 Copz1 (ENSJJAG00000021645) Nfe2 (ENSJJAG00000011311) ##22 Hnrnpa1 (ENSJJAG00000024047) Cbx5 (ENSJJAG00000016164) Smug1 (ENSJJAG00000022700) Hoxc5 (ENSJJAG00000020509) Hoxc6 (ENSJJAG00000021603) Hoxc4 (ENSJJAG00000017548) Hoxc8 (ENSJJAG00000011647) Hoxc9 (ENSJJAG00000020953) Hoxc10 (ENSJJAG00000011018) Hoxc11 (ENSJJAG00000007017) Hoxc12 (ENSJJAG00000024305) Hoxc13 (ENSJJAG00000023584) Calcoco1 (ENSJJAG00000011789) Atp5g2 (ENSJJAG00000009417) Atf7 (ENSJJAG00000014294) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.`b.b ENSGT00940000155261 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00510000048601.a ENSGT00940000158318 ENSGT00940000162655 ENSGT00940000156596 ENSGT00390000014623 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.`b.b ENSGT00940000155261 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 Poglut2 (ENSCGRG00001016741) Tex30 (ENSCGRG00001013834) Mettl21c (ENSCGRG00001014510) Tpp2 (ENSCGRG00001014893) ENSCGRG00001009407 Glycam1 (ENSCGRG00001016454) Ppp1r1a (ENSCGRG00001013456) Pde1b (ENSCGRG00001017137) Nckap1l (ENSCGRG00001014386) Gtsf2 (ENSCGRG00001016136) Gtsf1 (ENSCGRG00001013814) Itga5 (ENSCGRG00001017691) Zfp385a (ENSCGRG00001015539) ENSCGRG00001009425 Copz1 (ENSCGRG00001013501) Nfe2 (ENSCGRG00001022465) ##22 Hnrnpa1 (ENSCGRG00001013129) Cbx5 (ENSCGRG00001019018) Smug1 (ENSCGRG00001016146) Hoxc4 (ENSCGRG00001013095) Hoxc5 (ENSCGRG00001012661) Hoxc6 (ENSCGRG00001014416) Hoxc8 (ENSCGRG00001014315) Hoxc9 (ENSCGRG00001013912) Hoxc10 (ENSCGRG00001013473) Hoxc11 (ENSCGRG00001013516) Hoxc12 (ENSCGRG00001014493) Hoxc13 (ENSCGRG00001013867) Calcoco1 (ENSCGRG00001014119) ENSCGRG00001017197 Atf7 (ENSCGRG00001016192) Golden Hamster MODERN SPECIES 626 Ercc5 (ENSMAUG00000019200) Bivm (ENSMAUG00000017423) Poglut2 (ENSMAUG00000016318) Tex30 (ENSMAUG00000016083) Mettl21c (ENSMAUG00000020274) Tpp2 (ENSMAUG00000019359) Ppp1r1a (ENSMAUG00000018584) Pde1b (ENSMAUG00000019170) Nckap1l (ENSMAUG00000018822) ENSMAUG00000017189 Gtsf1 (ENSMAUG00000018746) Itga5 (ENSMAUG00000017255) Zfp385a (ENSMAUG00000015687) ENSMAUG00000010848 ENSMAUG00000020778 Nfe2 (ENSMAUG00000020513) ##22 Hnrnpa1 (ENSMAUG00000019184) Cbx5 (ENSMAUG00000018962) Smug1 (ENSMAUG00000018792) Hoxc4 (ENSMAUG00000018883) Hoxc5 (ENSMAUG00000018873) Hoxc6 (ENSMAUG00000018788) Hoxc8 (ENSMAUG00000016196) Hoxc9 (ENSMAUG00000016070) Hoxc10 (ENSMAUG00000015971) Hoxc11 (ENSMAUG00000015214) Hoxc12 (ENSMAUG00000015132) Hoxc13 (ENSMAUG00000014990) Calcoco1 (ENSMAUG00000013934) ENSMAUG00000020460 Atf7 (ENSMAUG00000020350) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.`b.b ENSGT00940000155261 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 12 Glycam1 (ENSPEMG00000007279) Ppp1r1a (ENSPEMG00000000773) Pde1b (ENSPEMG00000018802) Nckap1l (ENSPEMG00000008686) ENSPEMG00000010828 Gtsf1 (ENSPEMG00000009595) Itga5 (ENSPEMG00000000509) Zfp385a (ENSPEMG00000018499) Gpr84 (ENSPEMG00000000618) Copz1 (ENSPEMG00000009405) Nfe2 (ENSPEMG00000011564) ##22 Hnrnpa1 (ENSPEMG00000012402) Cbx5 (ENSPEMG00000015648) Smug1 (ENSPEMG00000027645) ENSPEMG00000028406 Hoxc4 (ENSPEMG00000015515) Hoxc5 (ENSPEMG00000026211) Hoxc6 (ENSPEMG00000026208) Hoxc8 (ENSPEMG00000026440) Hoxc9 (ENSPEMG00000025549) Hoxc10 (ENSPEMG00000013609) Hoxc11 (ENSPEMG00000011561) Hoxc12 (ENSPEMG00000013217) Hoxc13 (ENSPEMG00000005314) Calcoco1 (ENSPEMG00000014813) ENSPEMG00000017690 Prairie vole MODERN SPECIES 2 ENSMOCG00000021250 ENSMOCG00000000524 ENSMOCG00000009952 Glycam1 (ENSMOCG00000020429) Ppp1r1a (ENSMOCG00000002557) Pde1b (ENSMOCG00000008136) ENSMOCG00000014544 ENSMOCG00000011883 Gtsf2 (ENSMOCG00000014770) Gtsf1 (ENSMOCG00000018889) ENSMOCG00000010096 Itga5 (ENSMOCG00000021919) Zfp385a (ENSMOCG00000006959) ENSMOCG00000011736 Copz1 (ENSMOCG00000018095) Nfe2 (ENSMOCG00000019128) ##22 Hnrnpa1 (ENSMOCG00000004275) ENSMOCG00000015075 Smug1 (ENSMOCG00000017727) Hoxc4 (ENSMOCG00000014873) Hoxc5 (ENSMOCG00000013422) Hoxc6 (ENSMOCG00000018874) Hoxc8 (ENSMOCG00000016249) Hoxc9 (ENSMOCG00000019623) Hoxc10 (ENSMOCG00000009084) Hoxc11 (ENSMOCG00000010091) Hoxc12 (ENSMOCG00000016790) Hoxc13 (ENSMOCG00000001084) Calcoco1 (ENSMOCG00000010205) Atp5g2 (ENSMOCG00000012641) Atf7 (ENSMOCG00000014166) Murinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00530000067283 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Mus ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000067283 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00530000067283 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261.e.a Mus_B ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000067283.a ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 ENSGT00940000155261.e.a Mouse MODERN SPECIES 6 Mucl2 (ENSMUSG00000036925) Mucl1 (ENSMUSG00000060311) Glycam1 (ENSMUSG00000022491) Ppp1r1a (ENSMUSG00000022490) Pde1b (ENSMUSG00000022489) Nckap1l (ENSMUSG00000022488) Gtsf2 (ENSMUSG00000053508) Gtsf1 (ENSMUSG00000022487) Itga5 (ENSMUSG00000000555) Zfp385a (ENSMUSG00000000552) Gpr84 (ENSMUSG00000063234) Copz1 (ENSMUSG00000060992) Nfe2 (ENSMUSG00000058794) ##22 Hnrnpa1 (ENSMUSG00000046434) Cbx5 (ENSMUSG00000009575) Smug1 (ENSMUSG00000036061) Hoxc4 (ENSMUSG00000075394) Hoxc6 (ENSMUSG00000001661) Hoxc8 (ENSMUSG00000001657) Hoxc9 (ENSMUSG00000036139) Hoxc5 (ENSMUSG00000022485) Hoxc10 (ENSMUSG00000022484) Hoxc11 (ENSMUSG00000001656) Hoxc12 (ENSMUSG00000050328) Hoxc13 (ENSMUSG00000001655) Calcoco1 (ENSMUSG00000023055) Atp5g2 (ENSMUSG00000062683) Atf7 (ENSMUSG00000099083) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.y ENSGT00940000155261.e.a Steppe mouse MODERN SPECIES 2761 ENSMSIG00000011378 Glycam1 (ENSMSIG00000011340) Ppp1r1a (ENSMSIG00000011322) Pde1b (ENSMSIG00000011263) Nckap1l (ENSMSIG00000011126) Gtsf2 (ENSMSIG00000011099) Gtsf1 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(MGP_SPRETEiJ_G0021263) Hoxc6 (MGP_SPRETEiJ_G0021262) Hoxc8 (MGP_SPRETEiJ_G0021261) Hoxc9 (MGP_SPRETEiJ_G0021260) Hoxc5 (MGP_SPRETEiJ_G0021259) Hoxc10 (MGP_SPRETEiJ_G0021258) Hoxc11 (MGP_SPRETEiJ_G0021257) Hoxc12 (MGP_SPRETEiJ_G0021256) Hoxc13 (MGP_SPRETEiJ_G0021255) Calcoco1 (MGP_SPRETEiJ_G0021254) MGP_SPRETEiJ_G0021253 MGP_SPRETEiJ_G0021252 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 6 Glycam1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020384) Ppp1r1a (MGP_CAROLIEiJ_G0020383) Pde1b (MGP_CAROLIEiJ_G0020382) Nckap1l (MGP_CAROLIEiJ_G0020381) Gtsf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020380) Gtsf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020379) Itga5 (MGP_CAROLIEiJ_G0020378) Zfp385a (MGP_CAROLIEiJ_G0020377) Gpr84 (MGP_CAROLIEiJ_G0020376) Copz1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020375) Nfe2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020374) ##22 MGP_CAROLIEiJ_G0020373 Cbx5 (MGP_CAROLIEiJ_G0020372) Smug1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020371) Hoxc4 (MGP_CAROLIEiJ_G0020370) Hoxc6 (MGP_CAROLIEiJ_G0020369) Hoxc8 (MGP_CAROLIEiJ_G0020368) Hoxc9 (MGP_CAROLIEiJ_G0020367) Hoxc5 (MGP_CAROLIEiJ_G0020366) Hoxc10 (MGP_CAROLIEiJ_G0020365) Hoxc11 (MGP_CAROLIEiJ_G0020364) Hoxc12 (MGP_CAROLIEiJ_G0020363) Hoxc13 (MGP_CAROLIEiJ_G0020362) Calcoco1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020361) Atp5g2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020360) MGP_CAROLIEiJ_G0020359 Shrew mouse MODERN SPECIES 8 Glycam1 (MGP_PahariEiJ_G0020383) Ppp1r1a (MGP_PahariEiJ_G0020382) Pde1b (MGP_PahariEiJ_G0020381) Nckap1l (MGP_PahariEiJ_G0020380) Gtsf2 (MGP_PahariEiJ_G0020379) Gtsf1 (MGP_PahariEiJ_G0020378) Itga5 (MGP_PahariEiJ_G0020377) Zfp385a (MGP_PahariEiJ_G0020376) Gpr84 (MGP_PahariEiJ_G0020375) Copz1 (MGP_PahariEiJ_G0020374) Nfe2 (MGP_PahariEiJ_G0020373) ##22 MGP_PahariEiJ_G0020372 Cbx5 (MGP_PahariEiJ_G0020371) Smug1 (MGP_PahariEiJ_G0020370) Hoxc4 (MGP_PahariEiJ_G0020369) Hoxc6 (MGP_PahariEiJ_G0020368) Hoxc8 (MGP_PahariEiJ_G0020367) Hoxc9 (MGP_PahariEiJ_G0020366) Hoxc5 (MGP_PahariEiJ_G0020365) Hoxc10 (MGP_PahariEiJ_G0020364) Hoxc11 (MGP_PahariEiJ_G0020363) Hoxc12 (MGP_PahariEiJ_G0020362) Hoxc13 (MGP_PahariEiJ_G0020361) Calcoco1 (MGP_PahariEiJ_G0020360) Atp5g2 (MGP_PahariEiJ_G0020359) MGP_PahariEiJ_G0020358 Rat MODERN SPECIES 17 Spt1 (ENSRNOG00000066132) ENSRNOG00000067257 LOC102555445 (ENSRNOG00000064464) ENSRNOG00000071048 Glycam1 (ENSRNOG00000036826) Ppp1r1a (ENSRNOG00000036827) Pde1b (ENSRNOG00000036828) Nckap1l (ENSRNOG00000036829) Gtsf2 (ENSRNOG00000036830) Gtsf1 (ENSRNOG00000036831) Itga5 (ENSRNOG00000057451) Zfp385a (ENSRNOG00000036833) Gpr84 (ENSRNOG00000036834) Copz1 (ENSRNOG00000036835) AABR07058937.1 (ENSRNOG00000036836) Nfe2 (ENSRNOG00000036837) ##22 Hnrnpa1 (ENSRNOG00000036839) Cbx5 (ENSRNOG00000036841) Smug1 (ENSRNOG00000036842) Hoxc4 (ENSRNOG00000016613) Hoxc5 (ENSRNOG00000016598) Hoxc6 (ENSRNOG00000063956) Hoxc8 (ENSRNOG00000028619) Hoxc9 (ENSRNOG00000016199) Hoxc10 (ENSRNOG00000016149) Hoxc11 (ENSRNOG00000016141) Hoxc12 (ENSRNOG00000016116) Hoxc13 (ENSRNOG00000028679) AABR07058934.1 (ENSRNOG00000016100) Calcoco1 (ENSRNOG00000015447) Atp5mc2 (ENSRNOG00000015320) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 441 Ppp1r1a (ENSNGAG00000023027) Pde1b (ENSNGAG00000020387) Nckap1l (ENSNGAG00000011702) Gtsf2 (ENSNGAG00000008752) Gtsf1 (ENSNGAG00000014213) Itga5 (ENSNGAG00000013929) Zfp385a (ENSNGAG00000007963) ENSNGAG00000004911 Copz1 (ENSNGAG00000000660) Nfe2 (ENSNGAG00000018088) ##22 Hnrnpa1 (ENSNGAG00000017304) Cbx5 (ENSNGAG00000016802) Smug1 (ENSNGAG00000019663) Hoxc4 (ENSNGAG00000016300) Hoxc5 (ENSNGAG00000015707) Hoxc6 (ENSNGAG00000013313) Hoxc8 (ENSNGAG00000012817) Hoxc9 (ENSNGAG00000012023) Hoxc10 (ENSNGAG00000022718) Hoxc11 (ENSNGAG00000022627) Hoxc12 (ENSNGAG00000022515) Hoxc13 (ENSNGAG00000022328) Calcoco1 (ENSNGAG00000022012) ENSNGAG00000020790 Atf7 (ENSNGAG00000018161) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT01090000260006.E.a ENSGT01090000260006.C ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 ENSGT00390000015021 Pika MODERN SPECIES 753 NFE2 (ENSOPRG00000006111) ##22 HNRNPA1 (ENSOPRG00000006107) CBX5 (ENSOPRG00000006101) HOXC4 (ENSOPRG00000006099) HOXC5 (ENSOPRG00000006095) HOXC6 (ENSOPRG00000006093) HOXC11 (ENSOPRG00000006088) HOXC13 (ENSOPRG00000006077) Rabbit MODERN SPECIES 15 ENSOCUG00000017778 ENSOCUG00000025348 OR9K2 (ENSOCUG00000027950) ENSOCUG00000002772 NEUROD4 (ENSOCUG00000005595) TESPA1 (ENSOCUG00000005603) ENSOCUG00000036930 ENSOCUG00000013555 PDE1B (ENSOCUG00000038415) GTSF1 (ENSOCUG00000024495) NCKAP1L (ENSOCUG00000013517) ITGA5 (ENSOCUG00000013369) ZNF385A (ENSOCUG00000010747) ENSOCUG00000010753 COPZ1 (ENSOCUG00000013364) NFE2 (ENSOCUG00000022954) ##22 ENSOCUG00000013350 CBX5 (ENSOCUG00000013345) SMUG1 (ENSOCUG00000021131) HOXC4 (ENSOCUG00000015516) HOXC6 (ENSOCUG00000004743) HOXC8 (ENSOCUG00000004741) HOXC9 (ENSOCUG00000001160) HOXC10 (ENSOCUG00000015176) HOXC11 (ENSOCUG00000001159) HOXC12 (ENSOCUG00000001157) CALCOCO1 (ENSOCUG00000008943) ENSOCUG00000008933 ENSOCUG00000022568 ATF7 (ENSOCUG00000005707) NPFF (ENSOCUG00000026663) Tree shrew MODERN SPECIES 1016 COPZ1 (ENSTBEG00000008730) NFE2 (ENSTBEG00000008704) ##22 HNRNPA1 (ENSTBEG00000008238) CBX5 (ENSTBEG00000008094) SMUG1 (ENSTBEG00000007917) Primates ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01090000260006.E.a ENSGT01090000260006.C ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Pan ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Bonobo MODERN SPECIES 3 OR10A7 (ENSPPAG00000021764) OR9K2 (ENSPPAG00000008469) ENSPPAG00000022461 TESPA1 (ENSPPAG00000038042) ENSPPAG00000035518 DCD (ENSPPAG00000040901) LACRT (ENSPPAG00000043495) PPP1R1A (ENSPPAG00000030568) ENSPPAG00000000426 NCKAP1L (ENSPPAG00000038716) GTSF1 (ENSPPAG00000028506) ITGA5 (ENSPPAG00000041089) ZNF385A (ENSPPAG00000035416) GPR84 (ENSPPAG00000007711) COPZ1 (ENSPPAG00000034633) NFE2 (ENSPPAG00000025801) ##22 ENSPPAG00000018027 CBX5 (ENSPPAG00000028337) SMUG1 (ENSPPAG00000033677) HOXC4 (ENSPPAG00000038534) HOXC5 (ENSPPAG00000033038) HOXC6 (ENSPPAG00000036938) HOXC8 (ENSPPAG00000033394) HOXC9 (ENSPPAG00000035907) HOXC10 (ENSPPAG00000035276) HOXC11 (ENSPPAG00000043277) HOXC12 (ENSPPAG00000029866) HOXC13 (ENSPPAG00000035078) CALCOCO1 (ENSPPAG00000029982) ENSPPAG00000037762 ATF7 (ENSPPAG00000036335) Chimpanzee MODERN SPECIES 3 OR10A7 (ENSPTRG00000029743) OR9K2 (ENSPTRG00000005051) NEUROD4 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ENSGT00950000183123.g.a.b.b.s ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Macaca ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245407 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.i.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b.s ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897.j ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b 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ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Olive baboon MODERN SPECIES 19 OR10A7 (ENSPANG00000004025) NEUROD4 (ENSPANG00000024988) TESPA1 (ENSPANG00000007982) ENSPANG00000043810 DCD (ENSPANG00000031454) LACRT (ENSPANG00000040904) PPP1R1A (ENSPANG00000002382) PDE1B (ENSPANG00000014884) NCKAP1L (ENSPANG00000006651) GTSF1 (ENSPANG00000020579) ENSPANG00000038858 ITGA5 (ENSPANG00000016195) ZNF385A (ENSPANG00000020165) GPR84 (ENSPANG00000015365) ENSPANG00000008970 NFE2 (ENSPANG00000013192) ##22 HNRNPA1 (ENSPANG00000010434) CBX5 (ENSPANG00000029866) SMUG1 (ENSPANG00000013482) HOXC4 (ENSPANG00000051288) HOXC5 (ENSPANG00000037550) HOXC6 (ENSPANG00000018054) HOXC8 (ENSPANG00000044907) HOXC9 (ENSPANG00000046239) HOXC10 (ENSPANG00000004242) HOXC11 (ENSPANG00000016365) HOXC12 (ENSPANG00000010379) HOXC13 (ENSPANG00000002383) CALCOCO1 (ENSPANG00000011373) ENSPANG00000014072 ATF7 (ENSPANG00000013986) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000155906.t ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT01050000245583 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n.i.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b.s ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Drill MODERN SPECIES 1092 DCD (ENSMLEG00000037679) LACRT (ENSMLEG00000034565) PPP1R1A (ENSMLEG00000042421) PDE1B (ENSMLEG00000043512) NCKAP1L (ENSMLEG00000043743) GTSF1 (ENSMLEG00000028375) ITGA5 (ENSMLEG00000036758) ZNF385A (ENSMLEG00000026475) ENSMLEG00000021484 ENSMLEG00000027572 ENSMLEG00000003651 NFE2 (ENSMLEG00000034045) ##22 HNRNPA1 (ENSMLEG00000044414) CBX5 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(ENSCSAG00000005461) CALCOCO1 (ENSCSAG00000005466) ENSCSAG00000005468 ATF7 (ENSCSAG00000005473) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1766 DCD (ENSRROG00000032994) LACRT (ENSRROG00000030592) PPP1R1A (ENSRROG00000039028) PDE1B (ENSRROG00000041120) NCKAP1L (ENSRROG00000023820) GTSF1 (ENSRROG00000008137) ITGA5 (ENSRROG00000045615) ZNF385A (ENSRROG00000027319) GPR84 (ENSRROG00000025298) COPZ1 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ENSGT01090000260011.A.d.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a.z ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897.k ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.i.d ENSGT00940000155261 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159891 ENSGT00940000162340 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000163391.A ENSGT00940000163391.B ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000159286.b.b ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a.z ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897.k ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455.i.d.b ENSGT00940000155261 Capuchin MODERN SPECIES 285 ENSCCAG00000029232 NEUROD4 (ENSCCAG00000015070) TESPA1 (ENSCCAG00000023429) ENSCCAG00000025420 ENSCCAG00000021932 DCD (ENSCCAG00000009193) LACRT (ENSCCAG00000020335) PPP1R1A (ENSCCAG00000027579) PDE1B (ENSCCAG00000034020) NCKAP1L (ENSCCAG00000032586) GTSF1 (ENSCCAG00000032808) ITGA5 (ENSCCAG00000021214) ZNF385A (ENSCCAG00000033332) ENSCCAG00000019051 COPZ1 (ENSCCAG00000013641) NFE2 (ENSCCAG00000027905) ##22 ENSCCAG00000033451 CBX5 (ENSCCAG00000024410) ENSCCAG00000035935 HOXC4 (ENSCCAG00000030761) HOXC5 (ENSCCAG00000035017) HOXC6 (ENSCCAG00000028505) HOXC8 (ENSCCAG00000035957) HOXC9 (ENSCCAG00000004390) HOXC10 (ENSCCAG00000037870) HOXC11 (ENSCCAG00000020099) HOXC12 (ENSCCAG00000035755) HOXC13 (ENSCCAG00000023554) CALCOCO1 (ENSCCAG00000035008) ENSCCAG00000036221 ATF7 (ENSCCAG00000034241) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 153 METTL7B (ENSSBOG00000013267) ENSSBOG00000027069 ENSSBOG00000024863 NEUROD4 (ENSSBOG00000009117) TESPA1 (ENSSBOG00000029292) ENSSBOG00000021049 DCD (ENSSBOG00000022167) LACRT (ENSSBOG00000030289) PPP1R1A (ENSSBOG00000031688) PDE1B (ENSSBOG00000023835) NCKAP1L (ENSSBOG00000021954) GTSF1 (ENSSBOG00000029460) ITGA5 (ENSSBOG00000019449) ZNF385A (ENSSBOG00000030395) COPZ1 (ENSSBOG00000027656) NFE2 (ENSSBOG00000031941) ##22 ENSSBOG00000020034 CBX5 (ENSSBOG00000026151) ENSSBOG00000011270 HOXC5 (ENSSBOG00000032933) HOXC6 (ENSSBOG00000030381) HOXC4 (ENSSBOG00000029739) HOXC8 (ENSSBOG00000023828) HOXC9 (ENSSBOG00000027042) HOXC10 (ENSSBOG00000034914) HOXC11 (ENSSBOG00000031215) HOXC12 (ENSSBOG00000028822) CALCOCO1 (ENSSBOG00000033966) ENSSBOG00000012565 ATF7 (ENSSBOG00000025454) NPFF (ENSSBOG00000028463) Marmoset MODERN SPECIES 21 ENSCJAG00000074199 OR9K2 (ENSCJAG00000022576) NEUROD4 (ENSCJAG00000019123) TESPA1 (ENSCJAG00000019103) ENSCJAG00000085842 DCD (ENSCJAG00000019092) LACRT (ENSCJAG00000019085) ENSCJAG00000040329 PDE1B (ENSCJAG00000019038) NCKAP1L (ENSCJAG00000018974) GTSF1 (ENSCJAG00000018968) ITGA5 (ENSCJAG00000018921) ZNF385A (ENSCJAG00000018897) GPR84 (ENSCJAG00000018894) COPZ1 (ENSCJAG00000018887) NFE2 (ENSCJAG00000018880) ##22 ENSCJAG00000018864 CBX5 (ENSCJAG00000018847) ENSCJAG00000078029 ENSCJAG00000044092 HOXC4 (ENSCJAG00000078505) HOXC5 (ENSCJAG00000044096) HOXC6 (ENSCJAG00000043282) HOXC10 (ENSCJAG00000018811) HOXC9 (ENSCJAG00000018819) HOXC11 (ENSCJAG00000018808) HOXC12 (ENSCJAG00000018806) HOXC13 (ENSCJAG00000044250) CALCOCO1 (ENSCJAG00000018726) ENSCJAG00000086022 ATP5MC2 (ENSCJAG00000039433) Mas night monkey MODERN SPECIES 1031 TESPA1 (ENSANAG00000037498) MUCL1 (ENSANAG00000026232) ENSANAG00000030917 DCD (ENSANAG00000035073) LACRT (ENSANAG00000021062) PPP1R1A (ENSANAG00000036632) PDE1B (ENSANAG00000034831) NCKAP1L (ENSANAG00000025148) ENSANAG00000023191 GTSF1 (ENSANAG00000024529) ITGA5 (ENSANAG00000036479) ZNF385A (ENSANAG00000001893) GPR84 (ENSANAG00000004247) ENSANAG00000025073 COPZ1 (ENSANAG00000031944) NFE2 (ENSANAG00000025350) ##22 ENSANAG00000023645 CBX5 (ENSANAG00000023641) SMUG1 (ENSANAG00000024467) HOXC5 (ENSANAG00000034479) HOXC6 (ENSANAG00000022530) HOXC8 (ENSANAG00000020854) HOXC9 (ENSANAG00000036543) HOXC4 (ENSANAG00000033194) HOXC10 (ENSANAG00000033259) HOXC11 (ENSANAG00000032883) HOXC12 (ENSANAG00000032833) HOXC13 (ENSANAG00000032093) CALCOCO1 (ENSANAG00000022801) ENSANAG00000035655 ATF7 (ENSANAG00000032521) Tarsier MODERN SPECIES 4866 ZNF385A (ENSTSYG00000029148) COPZ1 (ENSTSYG00000014350) NFE2 (ENSTSYG00000011307) ##22 HNRNPA1 (ENSTSYG00000012949) CBX5 (ENSTSYG00000003344) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a.n ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00860000136117 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Mouse lemur MODERN SPECIES 29 OR6C75 (ENSMICG00000047731) ENSMICG00000031233 ENSMICG00000010469 ENSMICG00000042889 ENSMICG00000026575 ENSMICG00000017826 ENSMICG00000008320 TESPA1 (ENSMICG00000038700) PPP1R1A (ENSMICG00000008492) PDE1B (ENSMICG00000043971) NCKAP1L (ENSMICG00000008453) GTSF1 (ENSMICG00000008444) ITGA5 (ENSMICG00000008420) ZNF385A (ENSMICG00000037401) COPZ1 (ENSMICG00000008401) NFE2 (ENSMICG00000031522) ##22 HNRNPA1 (ENSMICG00000032477) CBX5 (ENSMICG00000041561) ENSMICG00000026511 ENSMICG00000034005 HOXC4 (ENSMICG00000041983) HOXC5 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(ENSPCOG00000018360) ##22 ENSPCOG00000015986 CBX5 (ENSPCOG00000023520) ENSPCOG00000016093 HOXC5 (ENSPCOG00000016116) HOXC4 (ENSPCOG00000027216) HOXC6 (ENSPCOG00000025765) HOXC8 (ENSPCOG00000014957) HOXC9 (ENSPCOG00000027236) HOXC10 (ENSPCOG00000017406) HOXC11 (ENSPCOG00000015117) HOXC12 (ENSPCOG00000024756) HOXC13 (ENSPCOG00000027689) CALCOCO1 (ENSPCOG00000028080) ENSPCOG00000016053 ATF7 (ENSPCOG00000018139) Bushbaby MODERN SPECIES 158 OR10A7 (ENSOGAG00000008342) ENSOGAG00000025988 ENSOGAG00000033046 OR9K2 (ENSOGAG00000009673) ENSOGAG00000030477 NEUROD4 (ENSOGAG00000009685) TESPA1 (ENSOGAG00000009688) PPP1R1A (ENSOGAG00000017231) PDE1B (ENSOGAG00000017229) NCKAP1L (ENSOGAG00000017228) GTSF1 (ENSOGAG00000017227) ITGA5 (ENSOGAG00000017225) ZNF385A (ENSOGAG00000009483) GPR84 (ENSOGAG00000017224) COPZ1 (ENSOGAG00000013468) NFE2 (ENSOGAG00000006523) ##22 ENSOGAG00000029707 CBX5 (ENSOGAG00000013464) ENSOGAG00000003623 HOXC4 (ENSOGAG00000033004) HOXC5 (ENSOGAG00000003622) HOXC6 (ENSOGAG00000003621) HOXC8 (ENSOGAG00000003619) HOXC9 (ENSOGAG00000003616) HOXC10 (ENSOGAG00000003615) HOXC11 (ENSOGAG00000029804) HOXC12 (ENSOGAG00000025383) HOXC13 (ENSOGAG00000030391) CALCOCO1 (ENSOGAG00000003612) ENSOGAG00000003611 ATF7 (ENSOGAG00000001748) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00940000167802 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 222 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.c ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00520000060242 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000167802 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.h.b ENSGT00940000158801 Armadillo MODERN SPECIES 1955 ENSDNOG00000038881 NEUROD4 (ENSDNOG00000009650) TESPA1 (ENSDNOG00000016743) ENSDNOG00000041936 PPP1R1A (ENSDNOG00000025312) PDE1B (ENSDNOG00000037254) NCKAP1L (ENSDNOG00000001443) ENSDNOG00000001438 ITGA5 (ENSDNOG00000019000) ZNF385A (ENSDNOG00000048978) ENSDNOG00000046327 COPZ1 (ENSDNOG00000044309) NFE2 (ENSDNOG00000012506) ##22 ENSDNOG00000033989 CBX5 (ENSDNOG00000009216) Sloth MODERN SPECIES 2016 NFE2 (ENSCHOG00000008469) ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT01090000260006.E.b ENSGT01090000260011.A.c.b ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00950000183123.g.a.b.b ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 Tenrec MODERN SPECIES 2228 COPZ1 (ENSETEG00000013499) NFE2 (ENSETEG00000013497) ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT01090000260006.E.b ENSGT01090000260011.A.c.b ENSGT01040000240406.B ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.c.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.d ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a.a.b ENSGT00950000183123.g.a.a.a ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157455 Elephant MODERN SPECIES 196 ENSLAFG00000026481 ENSLAFG00000030626 ENSLAFG00000027718 ENSLAFG00000031632 ENSLAFG00000030613 NEUROD4 (ENSLAFG00000029446) TESPA1 (ENSLAFG00000014383) PPP1R1A (ENSLAFG00000009233) PDE1B (ENSLAFG00000027709) NCKAP1L (ENSLAFG00000011071) GTSF1 (ENSLAFG00000016318) ITGA5 (ENSLAFG00000013847) ZNF385A (ENSLAFG00000001583) GPR84 (ENSLAFG00000027132) COPZ1 (ENSLAFG00000001582) NFE2 (ENSLAFG00000001581) ##22 ENSLAFG00000029587 CBX5 (ENSLAFG00000001576) SMUG1 (ENSLAFG00000002187) HOXC4 (ENSLAFG00000030151) HOXC5 (ENSLAFG00000002367) HOXC6 (ENSLAFG00000001117) HOXC8 (ENSLAFG00000018140) HOXC9 (ENSLAFG00000002366) HOXC10 (ENSLAFG00000018137) HOXC11 (ENSLAFG00000018133) HOXC12 (ENSLAFG00000024750) HOXC13 (ENSLAFG00000030195) CALCOCO1 (ENSLAFG00000015535) ATP5MC2 (ENSLAFG00000015528) ATF7 (ENSLAFG00000002626) Hyrax MODERN SPECIES 8603 NFE2 (ENSPCAG00000001854) ##22 ENSPCAG00000001867 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.b ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a ENSGT00940000158801 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 ENSGT00390000015021 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.b ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a ENSGT00940000158801 ENSGT00940000166417 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT01050000244815.A.c.b.a.a.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.b ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a ENSGT00940000158801 ENSGT00940000166417 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.f ENSGT00940000155261 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.b ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.a.a ENSGT01100000263494.a.a.a.a.a.d.b.b ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000163816 ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123.g.a ENSGT00940000158801 ENSGT00940000166417 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b.f ENSGT00940000155261 koala MODERN SPECIES 165 PPP1R1A (ENSPCIG00000007144) PDE1B (ENSPCIG00000006745) NCKAP1L (ENSPCIG00000006736) ENSPCIG00000006734 GTSF1 (ENSPCIG00000006731) ITGA5 (ENSPCIG00000006725) ZNF385A (ENSPCIG00000006724) GPR84 (ENSPCIG00000006723) ENSPCIG00000006721 NFE2 (ENSPCIG00000035589) ##22 ENSPCIG00000006715 CBX5 (ENSPCIG00000006714) ENSPCIG00000006713 HOXC4 (ENSPCIG00000006707) HOXC5 (ENSPCIG00000006705) HOXC6 (ENSPCIG00000034086) HOXC8 (ENSPCIG00000035099) HOXC9 (ENSPCIG00000037360) HOXC10 (ENSPCIG00000006695) HOXC11 (ENSPCIG00000006693) HOXC12 (ENSPCIG00000006689) HOXC13 (ENSPCIG00000006688) CALCOCO1 (ENSPCIG00000006685) ENSPCIG00000006683 ATF7 (ENSPCIG00000006677) Common wonbat MODERN SPECIES 780 ENSVURG00010008386 ENSVURG00010008384 ENSVURG00010008381 ENSVURG00010008368 NEUROD4 (ENSVURG00010008359) ENSVURG00010008346 PPP1R1A (ENSVURG00010008328) PDE1B (ENSVURG00010008318) NCKAP1L (ENSVURG00010008265) ENSVURG00010008256 GTSF1 (ENSVURG00010008247) ITGA5 (ENSVURG00010008210) ZNF385A (ENSVURG00010008127) ENSVURG00010008113 COPZ1 (ENSVURG00010008020) NFE2 (ENSVURG00010008000) ##22 ENSVURG00010007972 CBX5 (ENSVURG00010007960) ENSVURG00010007951 HOXC4 (ENSVURG00010007946) HOXC5 (ENSVURG00010007940) HOXC6 (ENSVURG00010007933) HOXC8 (ENSVURG00010007922) Wallaby MODERN SPECIES 11483 NFE2 (ENSMEUG00000010528) ##22 Tasmanian devil MODERN SPECIES 4 ENSSHAG00000030183 ENSSHAG00000032252 ENSSHAG00000023769 NEUROD4 (ENSSHAG00000008330) ENSSHAG00000007020 PPP1R1A (ENSSHAG00000026531) PDE1B (ENSSHAG00000012340) NCKAP1L (ENSSHAG00000012023) GTSF1 (ENSSHAG00000026276) ITGA5 (ENSSHAG00000011104) ZNF385A 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ENSGT00940000155261 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 73 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.c.a ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00940000161671.b ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000159522.e ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Episquamata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000008783 ENSGT00390000004990 ENSGT00390000014753.r ENSGT00390000012629 ENSGT00940000164283.a ENSGT00940000156458 ENSGT01090000259987.a.a.b ENSGT00940000159609 ENSGT00940000158240 ENSGT00950000183081.a.a.b ENSGT00940000160660 ENSGT00940000154118.a.b 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ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b Common wall lizard MODERN SPECIES 10 ESPL1 (ENSPMRG00000001725) MFSD5 (ENSPMRG00000001700) ENSPMRG00000001690 RARG (ENSPMRG00000001677) ITGB7 (ENSPMRG00000001666) ZNF740 (ENSPMRG00000001660) CSAD (ENSPMRG00000001649) SOAT2 (ENSPMRG00000001637) MYO1A (ENSPMRG00000001621) ENSPMRG00000001609 ZNF385A (ENSPMRG00000001598) ENSPMRG00000001587 ENSPMRG00000001575 COPZ1 (ENSPMRG00000001561) ENSPMRG00000001546 NFE2 (ENSPMRG00000001541) ##22 ENSPMRG00000001529 CBX5 (ENSPMRG00000001523) SMUG1 (ENSPMRG00000001513) ENSPMRG00000001507 ENSPMRG00000001501 ENSPMRG00000001492 ENSPMRG00000001485 HOXC4 (ENSPMRG00000001476) HOXC5 (ENSPMRG00000001470) HOXC6 (ENSPMRG00000001468) HOXC8 (ENSPMRG00000001461) HOXC9 (ENSPMRG00000001457) HOXC10 (ENSPMRG00000001453) HOXC11 (ENSPMRG00000001445) HOXC12 (ENSPMRG00000001444) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 18 PFDN5 (ENSSMRG00000001953) ESPL1 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Lizard MODERN SPECIES 1 ENSACAG00000044779 ENSACAG00000006765 ENSACAG00000006796 RARG (ENSACAG00000006832) ITGB7 (ENSACAG00000006931) ZNF740 (ENSACAG00000006993) CSAD (ENSACAG00000007021) ENSACAG00000007128 ENSACAG00000024787 ENSACAG00000007259 ENSACAG00000007510 ENSACAG00000040918 ZNF385A (ENSACAG00000007594) GPR84 (ENSACAG00000007635) COPZ1 (ENSACAG00000007123) NFE2 (ENSACAG00000028193) ##22 ENSACAG00000007169 CBX5 (ENSACAG00000013390) ENSACAG00000044996 SMUG1 (ENSACAG00000044199) ENSACAG00000044425 ENSACAG00000044278 ENSACAG00000022360 HOXC4 (ENSACAG00000010955) HOXC5 (ENSACAG00000010927) HOXC6 (ENSACAG00000010917) HOXC10 (ENSACAG00000010855) HOXC9 (ENSACAG00000010895) HOXC11 (ENSACAG00000010848) HOXC12 (ENSACAG00000010840) HOXC13 (ENSACAG00000010829) tuatara MODERN SPECIES 509 ENDOU (ENSSPUG00000009886) NEUROD4 (ENSSPUG00000009903) ENSSPUG00000009908 PPP1R1A (ENSSPUG00000009916) PDE1B (ENSSPUG00000009935) ENSSPUG00000009997 ENSSPUG00000010012 ENSSPUG00000010021 GTSF1 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ENSGT00940000155261 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000159065 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 Aves ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000159065 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 ENSGT00940000157748 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000158414 ENSGT00940000154610.e.b ENSGT00940000159065 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000156784 ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 ENSGT00940000157748 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000156629 ENSGT00940000158414 ENSGT00940000154610.e.b ENSGT00940000159065 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000158061 ENSGT00940000160876 ENSGT00390000004405.a ENSGT00950000182892.a.a.a ##22 ENSGT00950000183123 ENSGT00940000158801 ENSGT00390000004897 ENSGT00940000160794 ENSGT00940000161023 ENSGT00940000159254 ENSGT00940000161194 ENSGT00940000160866 ENSGT00940000160855 ENSGT00940000160009 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 ENSGT00940000157748 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000154610.e.b ENSGT00940000159065 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159931 ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000160217 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000161232 ENSGT01000000221715 ENSGT00940000160712 ENSGT00390000016619.b ENSGT00940000164745.d ENSGT00940000158061 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tortoise MODERN SPECIES 17 ENSGEVG00005002952 GTSF1 (ENSGEVG00005002973) ITGA5 (ENSGEVG00005003183) ZNF385A (ENSGEVG00005003460) ENSGEVG00005003713 COPZ1 (ENSGEVG00005003721) ENSGEVG00005003738 NFE2 (ENSGEVG00005003785) ##22 ENSGEVG00005003805 CBX5 (ENSGEVG00005003826) ENSGEVG00005003836 SMUG1 (ENSGEVG00005003848) ENSGEVG00005003863 HOXC4 (ENSGEVG00005003868) HOXC5 (ENSGEVG00005003884) HOXC6 (ENSGEVG00005003893) HOXC8 (ENSGEVG00005003904) HOXC9 (ENSGEVG00005003914) HOXC10 (ENSGEVG00005003926) HOXC11 (ENSGEVG00005003936) HOXC12 (ENSGEVG00005003948) HOXC13 (ENSGEVG00005003958) CALCOCO1 (ENSGEVG00005003995) Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1188 ENSCABG00000004233 ENSCABG00000004237 ENSCABG00000004240 ITGA5 (ENSCABG00000004246) ZNF385A (ENSCABG00000004280) ENSCABG00000004642 COPZ1 (ENSCABG00000004645) ENSCABG00000004646 NFE2 (ENSCABG00000004649) ##22 ENSCABG00000004651 ENSCABG00000004656 CBX5 (ENSCABG00000004657) SMUG1 (ENSCABG00000004659) ENSCABG00000004660 HOXC4 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