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Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000155893.b #7	ENSGT00940000154509 #8	ENSGT00390000003738.a.b #9	ENSGT00940000155708 #10	ENSGT00960000189666 #11	ENSGT00940000163015 #12	ENSGT00950000183196.B #13	ENSGT00940000155015 #14	ENSGT00390000016029 #15	ENSGT00940000157005 #16	ENSGT01100000263484.C.b.a #17	ENSGT01070000253816.b #18	ENSGT00940000156699 #19	ENSGT00940000156299 #20	ENSGT00390000015332 #21	ENSGT00940000155789 #22	ENSGT01030000234598.a.b #23	ENSGT00940000153421.a.b #24	ENSGT00950000183039.B.b.a #25	ENSGT00730000111202 #26	ENSGT00940000155531.b #27	ENSGT00940000156335 #28	ENSGT00390000013727.d #29	ENSGT01000000214413.b.a.a #30	ENSGT00940000156305 #31	ENSGT00390000002837 #32	ENSGT00390000009980 #33	ENSGT00940000157401 #34	ENSGT00940000155931 #35	ENSGT00390000013701 #36	ENSGT00390000015010 #37
Duck	MODERN SPECIES	27	SLC7A14 (ENSAPLG00000009288) #7	RPL22L1 (ENSAPLG00000009626) #8	EIF5A2 (ENSAPLG00000025753) #9	SLC2A2 (ENSAPLG00000010156) #10	ENSAPLG00000019003 #11	ENSAPLG00000010480 #12	ENSAPLG00000026428 #13	PLD1 (ENSAPLG00000012211) #14	ENSAPLG00000027837	FNDC3B (ENSAPLG00000012065) #16	GHSR (ENSAPLG00000012064) #17	TNFSF10 (ENSAPLG00000022295) #18	NCEH1 (ENSAPLG00000011627) #19	ECT2 (ENSAPLG00000010339) #20	SPATA16 (ENSAPLG00000010186) #21	NLGN1 (ENSAPLG00000010082) #22	NAALADL2 (ENSAPLG00000010077) #23	TBL1XR1 (ENSAPLG00000013445) #24	KCNMB2 (ENSAPLG00000020595) #25	ZMAT3 (ENSAPLG00000013292) #26	PIK3CA (ENSAPLG00000012924) #27	ZNF639 (ENSAPLG00000012914) #28	MFN1 (ENSAPLG00000012500) #29	GNB4 (ENSAPLG00000012235) #30	ACTL6A (ENSAPLG00000011809) #31	MRPL47 (ENSAPLG00000011793) #32	USP13 (ENSAPLG00000011239) #34	PEX5L (ENSAPLG00000011193) #35	TTC14 (ENSAPLG00000010921) #36	CCDC39 (ENSAPLG00000010760) #37	FXR1 (ENSAPLG00000010032)
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Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158435	ENSGT00890000139496	ENSGT00940000155893.b #7	ENSGT00940000154509 #8	ENSGT00390000003738.a.b #9	ENSGT00940000155708 #10	ENSGT00960000189666 #11	ENSGT00950000183196.B #13	ENSGT00940000155015 #14	ENSGT00940000157005 #16	ENSGT01100000263484.C.b.a #17	ENSGT01070000253816.b #18	ENSGT00940000156699 #19	ENSGT00940000156299 #20	ENSGT00390000015332 #21	ENSGT00940000155789 #22	ENSGT01030000234598.a.b #23	ENSGT00940000153421.a.b #24	ENSGT00950000183039.B.b.a #25	ENSGT00730000111202 #26	ENSGT00940000155531.b #27	ENSGT00940000156335 #28	ENSGT00390000013727.d #29	ENSGT01000000214413.b.a.a #30	ENSGT00940000156305 #31	ENSGT00390000002837 #32	ENSGT00390000009980 #33	ENSGT00940000157401 #34	ENSGT00940000155931 #35	ENSGT00390000013701 #36	ENSGT00390000015010 #37
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Medium ground finch	MODERN SPECIES	12	PRKCI (ENSGFOG00000012191)	SKIL (ENSGFOG00000012186)	CLDN11 (ENSGFOG00000012182)	SLC7A14 (ENSGFOG00000012176) #7	RPL22L1 (ENSGFOG00000012171) #8	EIF5A2 (ENSGFOG00000012165) #9	SLC2A2 (ENSGFOG00000012156) #10	ENSGFOG00000012152 #11	TNIK (ENSGFOG00000011417) #13	PLD1 (ENSGFOG00000008326) #14	FNDC3B (ENSGFOG00000008069) #16	GHSR (ENSGFOG00000008037) #17	TNFSF10 (ENSGFOG00000008030) #18	NCEH1 (ENSGFOG00000007873) #19	ECT2 (ENSGFOG00000007813) #20	NLGN1 (ENSGFOG00000007784) #22	NAALADL2 (ENSGFOG00000007762) #23	TBL1XR1 (ENSGFOG00000007746) #24	KCNMB2 (ENSGFOG00000007709) #25	ZMAT3 (ENSGFOG00000007697) #26	PIK3CA (ENSGFOG00000007668) #27	ZNF639 (ENSGFOG00000007659) #28	MFN1 (ENSGFOG00000007632) #29	GNB4 (ENSGFOG00000007624) #30	ACTL6A (ENSGFOG00000007543) #31	MRPL47 (ENSGFOG00000007503) #32	NDUFB5 (ENSGFOG00000007487) #33	USP13 (ENSGFOG00000007465) #34	PEX5L (ENSGFOG00000007428) #35	ENSGFOG00000007366	CCDC39 (ENSGFOG00000007337) #37
Flycatcher	MODERN SPECIES	28	GPR160 (ENSFALG00000014389)	PHC3 (ENSFALG00000008610)	PRKCI (ENSFALG00000008601)	SKIL (ENSFALG00000008592)	CLDN11 (ENSFALG00000025881)	SLC7A14 (ENSFALG00000008583) #7	EIF5A2 (ENSFALG00000008571) #9	SLC2A2 (ENSFALG00000008548) #10	TNIK (ENSFALG00000008495) #13	PLD1 (ENSFALG00000008477) #14	FNDC3B (ENSFALG00000008467) #16	GHSR (ENSFALG00000008461) #17	TNFSF10 (ENSFALG00000026290) #18	NCEH1 (ENSFALG00000008448) #19	ECT2 (ENSFALG00000008443) #20	NLGN1 (ENSFALG00000008434) #22	NAALADL2 (ENSFALG00000008425) #23	TBL1XR1 (ENSFALG00000008416) #24	KCNMB2 (ENSFALG00000008411) #25	ZMAT3 (ENSFALG00000008403) #26	PIK3CA (ENSFALG00000008395) #27	ZNF639 (ENSFALG00000027836) #28	MFN1 (ENSFALG00000008386) #29	GNB4 (ENSFALG00000008376) #30	ACTL6A (ENSFALG00000008369) #31	MRPL47 (ENSFALG00000008365) #32	NDUFB5 (ENSFALG00000025849) #33	USP13 (ENSFALG00000008348) #34	PEX5L (ENSFALG00000008333) #35	TTC14 (ENSFALG00000008319) #36	CCDC39 (ENSFALG00000008311) #37
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153497.E	ENSGT00940000158435	ENSGT00890000139496	ENSGT00940000155893.b #7	ENSGT00940000154509 #8	ENSGT00390000003738.a.b #9	ENSGT00940000155708 #10	ENSGT00950000183196.B #13	ENSGT00940000155015 #14	ENSGT00940000157005 #16	ENSGT01100000263484.C.b.a #17	ENSGT01070000253816.b #18	ENSGT00940000156699 #19	ENSGT00940000156299 #20	ENSGT00390000015332 #21	ENSGT00940000155789 #22	ENSGT01030000234598.a.b #23	ENSGT00940000153421.a.b #24	ENSGT00950000183039.B.b.a #25	ENSGT00730000111202 #26	ENSGT00940000155531.b #27	ENSGT00940000156335 #28	ENSGT00390000013727.d #29	ENSGT01000000214413.b.a.a #30	ENSGT00940000156305 #31	ENSGT00390000002837 #32	ENSGT00390000009980 #33	ENSGT00940000157401 #34	ENSGT00940000155931 #35	ENSGT00390000013701 #36	ENSGT00390000015010 #37
Golden eagle	MODERN SPECIES	1	SKIL (ENSACCG00020003296)	CLDN11 (ENSACCG00020003314)	SLC7A14 (ENSACCG00020003323) #7	RPL22L1 (ENSACCG00020003347) #8	EIF5A2 (ENSACCG00020003373) #9	SLC2A2 (ENSACCG00020003447) #10	TNIK (ENSACCG00020003590) #13	PLD1 (ENSACCG00020003751) #14	FNDC3B (ENSACCG00020004229) #16	GHSR (ENSACCG00020004449) #17	TNFSF10 (ENSACCG00020004457) #18	NCEH1 (ENSACCG00020004468) #19	ENSACCG00020004485 #20	ENSACCG00020004492 #20	SPATA16 (ENSACCG00020004502) #21	NLGN1 (ENSACCG00020004515) #22	NAALADL2 (ENSACCG00020004541) #23	TBL1XR1 (ENSACCG00020004568) #24	KCNMB2 (ENSACCG00020004589) #25	ENSACCG00020004603	ZMAT3 (ENSACCG00020004611) #26	PIK3CA (ENSACCG00020004627) #27	ZNF639 (ENSACCG00020004651) #28	MFN1 (ENSACCG00020004658) #29	GNB4 (ENSACCG00020004669) #30	ACTL6A (ENSACCG00020004677) #31	MRPL47 (ENSACCG00020004710) #32	NDUFB5 (ENSACCG00020000356) #33	USP13 (ENSACCG00020000413) #34	PEX5L (ENSACCG00020000831) #35	TTC14 (ENSACCG00020000953) #36
Kakapo	MODERN SPECIES	25	SKIL (ENSSHBG00005016836)	CLDN11 (ENSSHBG00005016841)	SLC7A14 (ENSSHBG00005016849) #7	RPL22L1 (ENSSHBG00005016856) #8	EIF5A2 (ENSSHBG00005016863) #9	SLC2A2 (ENSSHBG00005016871) #10	TNIK (ENSSHBG00005016893) #13	PLD1 (ENSSHBG00005016963) #14	FNDC3B (ENSSHBG00005017778) #16	GHSR (ENSSHBG00005017789) #17	TNFSF10 (ENSSHBG00005017794) #18	NCEH1 (ENSSHBG00005017804) #19	ENSSHBG00005017809 #20	ENSSHBG00005017821 #20	SPATA16 (ENSSHBG00005017829) #21	NLGN1 (ENSSHBG00005017842) #22	NAALADL2 (ENSSHBG00005017848) #23	TBL1XR1 (ENSSHBG00005017856) #24	KCNMB2 (ENSSHBG00005017869) #25	ZMAT3 (ENSSHBG00005017878) #26	PIK3CA (ENSSHBG00005000694) #27	ZNF639 (ENSSHBG00005000719) #28	MFN1 (ENSSHBG00005010431) #29	GNB4 (ENSSHBG00005010477) #30	ACTL6A (ENSSHBG00005010515) #31	MRPL47 (ENSSHBG00005010546) #32	NDUFB5 (ENSSHBG00005010573) #33	USP13 (ENSSHBG00005010631) #34	PEX5L (ENSSHBG00005010862) #35	TTC14 (ENSSHBG00005012064) #36	CCDC39 (ENSSHBG00005012103) #37