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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153110.B	ENSGT00390000008645 #7	ENSGT00390000009047.b #8	ENSGT00940000156375 #9	ENSGT00940000157129 #10	ENSGT00940000155834 #11	ENSGT00940000162446 #12	ENSGT00390000001561 #13	ENSGT00940000154098.a.d ##15	ENSGT00390000008708 #16	ENSGT00500000045001 #17	ENSGT00940000157710 #18	ENSGT00940000154572.`c #19	ENSGT00600000084428.b #20	ENSGT00720000108833 #21	ENSGT00880000138031 #22	ENSGT00940000158187 #23	ENSGT00940000158037 #24	ENSGT00940000159389 #25	ENSGT00940000158600 #26	ENSGT00940000155166.A #27	ENSGT00390000016813 #28	ENSGT00940000155118 #29	ENSGT00940000155067.a #30	ENSGT00940000158254 #31	ENSGT00950000183117.a.a #32	ENSGT00390000000062.x.a #33	ENSGT00390000006747 #34	ENSGT01030000234578.B.a #35	ENSGT00390000014084 #36	ENSGT00390000010777 #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	9	AMDHD1 (ENSCPOG00000001031) #7	HAL (ENSCPOG00000013043) #8	LTA4H (ENSCPOG00000013048) #9	ELK3 (ENSCPOG00000005065) #10	CDK17 (ENSCPOG00000005070) #11	CFAP54 (ENSCPOG00000009624) #12	NEDD1 (ENSCPOG00000009631) #13	ENSCPOG00000004978 #14	TMPO (ENSCPOG00000011604) #15	SLC25A3 (ENSCPOG00000011606) #16	IKBIP (ENSCPOG00000040634) #17	APAF1 (ENSCPOG00000015196) #18	ANKS1B (ENSCPOG00000015197) #19	BLTP3B (ENSCPOG00000009379) #20	ACTR6 (ENSCPOG00000024022) #21	SCYL2 (ENSCPOG00000015459) #22	SLC17A8 (ENSCPOG00000009083) #23	NR1H4 (ENSCPOG00000002168) #24	GAS2L3 (ENSCPOG00000036868) #25	ANO4 (ENSCPOG00000008963) #26	SLC5A8 (ENSCPOG00000010055) #27	UTP20 (ENSCPOG00000003129) #28	ARL1 (ENSCPOG00000026014) #29	SPIC (ENSCPOG00000007301) #30	MYBPC1 (ENSCPOG00000011180) #31	CHPT1 (ENSCPOG00000001199) #32	SYCP3 (ENSCPOG00000001202) #33	GNPTAB (ENSCPOG00000022501) #34	ENSCPOG00000034099 #35	WASHC3 (ENSCPOG00000036997) #36	NUP37 (ENSCPOG00000011895) #37
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Degu	MODERN SPECIES	45	ENSODEG00000010263	ENSODEG00000019742	ENSODEG00000019648	ENSODEG00000013377 ##15	SLC25A3 (ENSODEG00000009995) #16	ENSODEG00000010948 #17	APAF1 (ENSODEG00000010122) #18	ENSODEG00000019813	ENSODEG00000010313 #19	ENSODEG00000010573	ENSODEG00000010991	ENSODEG00000010669 #19	ENSODEG00000011572	BLTP3B (ENSODEG00000010196) #20	ENSODEG00000010649 #21	ENSODEG00000011114 #22	SLC17A8 (ENSODEG00000010869) #23	NR1H4 (ENSODEG00000012027) #24	ENSODEG00000010407 #25	ENSODEG00000009780	ANO4 (ENSODEG00000011009) #26	ENSODEG00000010202	SLC5A8 (ENSODEG00000010696) #27	UTP20 (ENSODEG00000013411) #28	ENSODEG00000010531 #29	SPIC (ENSODEG00000010078) #30	ENSODEG00000010424	MYBPC1 (ENSODEG00000012077) #31	CHPT1 (ENSODEG00000011230) #32	SYCP3 (ENSODEG00000011961) #33	GNPTAB (ENSODEG00000012289) #34
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Eurasian red squirrel	DUPLICATION
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Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		IFFO2 (ENSSVLG00005001755)	UBR4 (ENSSVLG00005001808)	EMC1 (ENSSVLG00005001895)	ENSSVLG00005001942	ENSSVLG00005001971	ENSSVLG00005001993	ENSSVLG00005002008	SLC66A1 (ENSSVLG00005002036)	CAPZB (ENSSVLG00005002066)	ENSSVLG00005002124	ENSSVLG00005002145	NBL1 (ENSSVLG00005002155)	HTR6 (ENSSVLG00005002183)	TMCO4 (ENSSVLG00005002227)	RNF186 (ENSSVLG00005002260)	ENSSVLG00005002272 #22	ENSSVLG00005002288	OTUD3 (ENSSVLG00005002298)	PLA2G2E (ENSSVLG00005002318)	ENSSVLG00005002333	PLA2G2A (ENSSVLG00005002419)	PLA2G5 (ENSSVLG00005002531)	PLA2G2D (ENSSVLG00005002551)	PLA2G2F (ENSSVLG00005002583)	PLA2G2C (ENSSVLG00005002602)	UBXN10 (ENSSVLG00005002615)	VWA5B1 (ENSSVLG00005002638)	CAMK2N1 (ENSSVLG00005002728)	MUL1 (ENSSVLG00005002743)	FAM43B (ENSSVLG00005002758)	ENSSVLG00005002772
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156375 #9	ENSGT00940000157129 #10	ENSGT00940000155834 #11	ENSGT00940000162970	ENSGT00940000164546	ENSGT00940000162446 #12	ENSGT00390000001561 #13	ENSGT00940000154098.a.d ##15	ENSGT00390000008708 #16	ENSGT00500000045001 #17	ENSGT00940000157710 #18	ENSGT00940000154572.`c #19	ENSGT00940000163320	ENSGT00600000084428.b #20	ENSGT00720000108833 #21	ENSGT00880000138031 #22	ENSGT00940000158187 #23	ENSGT00940000158037 #24	ENSGT00940000159389 #25	ENSGT00940000158600 #26	ENSGT00940000155166.A #27	ENSGT00390000016813 #28	ENSGT00940000155118 #29	ENSGT00940000155067.a.e #30	ENSGT00940000158254 #31	ENSGT00950000183117.a.a #32	ENSGT00390000000062.x.a #33	ENSGT00390000006747 #34	ENSGT01030000234578.B.a #35	ENSGT00390000014084 #36	ENSGT00390000010777 #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008645 #7	ENSGT00390000009047.b #8	ENSGT00940000156375 #9	ENSGT00940000157129 #10	ENSGT00940000155834 #11	ENSGT00940000162446 #12	ENSGT00390000001561 #13	ENSGT00940000154098.a.d ##15	ENSGT00390000008708 #16	ENSGT00500000045001 #17	ENSGT00940000157710 #18	ENSGT00940000154572.`c #19	ENSGT00940000163320	ENSGT00600000084428.b #20	ENSGT00720000108833 #21	ENSGT00880000138031 #22	ENSGT00940000158187 #23	ENSGT00940000158037 #24	ENSGT00940000159389 #25	ENSGT00940000158600 #26	ENSGT00940000155166.A #27	ENSGT00390000016813 #28	ENSGT00940000155118 #29	ENSGT00940000155067.a.e #30	ENSGT00940000158254 #31	ENSGT00950000183117.a.a #32	ENSGT00390000000062.x.a #33	ENSGT00390000006747 #34	ENSGT01030000234578.B.a #35	ENSGT00390000014084 #36	ENSGT00390000010777 #37
Squirrel	MODERN SPECIES	92									TMPO (ENSSTOG00000009169) #15	SLC25A3 (ENSSTOG00000027633) #16	IKBIP (ENSSTOG00000026100) #17	APAF1 (ENSSTOG00000028539) #18	ANKS1B (ENSSTOG00000012238) #19	BLTP3B (ENSSTOG00000004850) #20	ACTR6 (ENSSTOG00000004895) #21	SCYL2 (ENSSTOG00000011753) #22	SLC17A8 (ENSSTOG00000011763) #23	NR1H4 (ENSSTOG00000011771) #24	GAS2L3 (ENSSTOG00000011780) #25	ANO4 (ENSSTOG00000016283) #26	SLC5A8 (ENSSTOG00000016289) #27	UTP20 (ENSSTOG00000015995) #28	ARL1 (ENSSTOG00000016022) #29	ENSSTOG00000015457 #30	MYBPC1 (ENSSTOG00000003034) #31	CHPT1 (ENSSTOG00000011736) #32	SYCP3 (ENSSTOG00000001853) #33	GNPTAB (ENSSTOG00000001855) #34	DRAM1 (ENSSTOG00000001865) #35	WASHC3 (ENSSTOG00000029775) #36	NUP37 (ENSSTOG00000001874) #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	6	HAL (ENSUPAG00010006474) #8	LTA4H (ENSUPAG00010006436) #9	ELK3 (ENSUPAG00010006425) #10	ENSUPAG00010006422	CDK17 (ENSUPAG00010006388) #11	CFAP54 (ENSUPAG00010006280) #12	NEDD1 (ENSUPAG00010006247) #13	ENSUPAG00010006109 ##15	SLC25A3 (ENSUPAG00010006073) #16	IKBIP (ENSUPAG00010006055) #17	APAF1 (ENSUPAG00010006002) #18	GARIN6 (ENSUPAG00010005992)	ANKS1B (ENSUPAG00010003556) #19	BLTP3B (ENSUPAG00010003512) #20	ACTR6 (ENSUPAG00010003498) #21	SCYL2 (ENSUPAG00010003458) #22	SLC17A8 (ENSUPAG00010003443) #23	NR1H4 (ENSUPAG00010003387) #24	GAS2L3 (ENSUPAG00010003356) #25	ENSUPAG00010003346	ANO4 (ENSUPAG00010003185) #26	SLC5A8 (ENSUPAG00010003154) #27	UTP20 (ENSUPAG00010003081) #28	ARL1 (ENSUPAG00010003075) #29	MYBPC1 (ENSUPAG00010002997) #31	CHPT1 (ENSUPAG00010002983) #32	SYCP3 (ENSUPAG00010002966) #33	GNPTAB (ENSUPAG00010002938) #34	DRAM1 (ENSUPAG00010002927) #35	WASHC3 (ENSUPAG00010002918) #36	NUP37 (ENSUPAG00010002890) #37
Alpin marmot	MODERN SPECIES	11	LTA4H (ENSMMMG00000020008) #9	ELK3 (ENSMMMG00000020001) #10	CDK17 (ENSMMMG00000019989) #11	ENSMMMG00000019968	ENSMMMG00000019958	NEDD1 (ENSMMMG00000019953) #13	ENSMMMG00000019863 ##15	SLC25A3 (ENSMMMG00000019846) #16	IKBIP (ENSMMMG00000019840) #17	APAF1 (ENSMMMG00000019774) #18	ENSMMMG00000019768	GARIN6 (ENSMMMG00000019762)	ANKS1B (ENSMMMG00000018366) #19	BLTP3B (ENSMMMG00000018268) #20	ACTR6 (ENSMMMG00000018236) #21	SCYL2 (ENSMMMG00000018205) #22	SLC17A8 (ENSMMMG00000018190) #23	NR1H4 (ENSMMMG00000018110) #24	GAS2L3 (ENSMMMG00000018095) #25	ANO4 (ENSMMMG00000017942) #26	SLC5A8 (ENSMMMG00000017894) #27	UTP20 (ENSMMMG00000017841) #28	ARL1 (ENSMMMG00000017821) #29	SPIC (ENSMMMG00000017812) #30	MYBPC1 (ENSMMMG00000017763) #31	CHPT1 (ENSMMMG00000017731) #32	SYCP3 (ENSMMMG00000017715) #33	GNPTAB (ENSMMMG00000017694) #34	DRAM1 (ENSMMMG00000017688) #35	WASHC3 (ENSMMMG00000017678) #36	NUP37 (ENSMMMG00000017664) #37