Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00550000074806 #7	ENSGT00390000007252.d #8	ENSGT00940000158143 #9	ENSGT00940000157398 #10	ENSGT00390000005844.a.a #11	ENSGT00940000153942.b #12	ENSGT00390000012913.b #13	ENSGT00940000156756 #14	ENSGT00390000012420 #15	ENSGT00390000011190 #16	ENSGT00940000157324 #17	ENSGT00510000046704.b.b #18	ENSGT00940000158441 #19	ENSGT00390000006654 #20	ENSGT00940000156817 #21	ENSGT00940000155524 #22	ENSGT00390000006548.b.k #23	ENSGT00940000156422 #24	ENSGT00390000016025.b.g #25	ENSGT00940000158534.d #26	ENSGT00940000158357 #27	ENSGT00390000015600.c.a #28	ENSGT00940000154470.b #29	ENSGT00390000015701 #30	ENSGT00940000161710 #31	ENSGT00950000183076.a.b.b.a.a #32	ENSGT00390000010652.C #33	ENSGT00940000156800 #34	ENSGT00940000157220 #35	ENSGT00940000158881 #36	ENSGT01030000234638.b.b.c.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00550000074806 #7	ENSGT00390000007252.d #8	ENSGT00940000158143 #9	ENSGT00940000157398 #10	ENSGT00390000005844.a.a #11	ENSGT00940000153942.b #12	ENSGT00390000012913.b #13	ENSGT00940000156756 #14	ENSGT00390000012420 #15	ENSGT00390000011190 #16	ENSGT00940000157324 #17	ENSGT00510000046704.b.b #18	ENSGT00940000158441 #19	ENSGT00390000006654 #20	ENSGT00940000156817 #21	ENSGT00940000155524 #22	ENSGT00390000006548.b.k #23	ENSGT00940000156422 #24	ENSGT00390000016025.b.g #25	ENSGT00940000158534.d #26	ENSGT00940000158357 #27	ENSGT00390000015600.c.a.j ##28	ENSGT00940000154470.b #29	ENSGT00390000015701 #30	ENSGT00940000161710 #31	ENSGT00950000183076.a.b.b.a.a #32	ENSGT00390000010652.C #33	ENSGT00940000156800 #34	ENSGT00940000157220 #35	ENSGT00940000158881 #36	ENSGT01030000234638.b.b.c.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	123	EFL1 (ENSCLAG00000010155) #7	SAXO2 (ENSCLAG00000009494) #8	ADAMTSL3 (ENSCLAG00000012719) #9	SH3GL3 (ENSCLAG00000008885) #10	BNC1 (ENSCLAG00000008723) #11	HDGFL3 (ENSCLAG00000007952) #12	TM6SF1 (ENSCLAG00000009743) #13	BTBD1 (ENSCLAG00000010092) #14	C15orf40 (ENSCLAG00000013649) #15	ENSCLAG00000007371 #16	HOMER2 (ENSCLAG00000010174) #17	WHAMM (ENSCLAG00000007824) #18	FSD2 (ENSCLAG00000010590) #19	ENSCLAG00000009841 #20	AP3B2 (ENSCLAG00000012129) #21	CPEB1 (ENSCLAG00000009612) #22	ENSCLAG00000007573 #23	PDE8A (ENSCLAG00000009981) #24	SLC28A1 (ENSCLAG00000007489) #25	ALPK3 (ENSCLAG00000012376) #26	ZNF592 (ENSCLAG00000008752) #27	SEC11A (ENSCLAG00000011149) #28	NMB (ENSCLAG00000009114) #29	WDR73 (ENSCLAG00000011190) #30	ZSCAN2 (ENSCLAG00000008997) #31	IQGAP1 (ENSCLAG00000013145) #32	CRTC3 (ENSCLAG00000010334) #33	BLM (ENSCLAG00000012111) #34	FURIN (ENSCLAG00000011148) #35	FES (ENSCLAG00000009402) #36	ENSCLAG00000009690 #37
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	43	SAXO2 (ENSODEG00000016229) #8	ADAMTSL3 (ENSODEG00000016051) #9	ENSODEG00000015686 #10	BNC1 (ENSODEG00000016067) #11	HDGFL3 (ENSODEG00000015530) #12	ENSODEG00000015680 #13	BTBD1 (ENSODEG00000016596) #14	C15orf40 (ENSODEG00000015621) #15	HOMER2 (ENSODEG00000016803) #17	WHAMM (ENSODEG00000016116) #18	FSD2 (ENSODEG00000016423) #19	ENSODEG00000015981 #20	ENSODEG00000020453	AP3B2 (ENSODEG00000015995) #21	ENSODEG00000015828	ENSODEG00000015788 #22	ENSODEG00000015975 #23	ENSODEG00000015692 #24	ENSODEG00000020408	SLC28A1 (ENSODEG00000015484) #25	ZNF592 (ENSODEG00000015261) #27	ENSODEG00000015702 ##28	NMB (ENSODEG00000015582) #29	WDR73 (ENSODEG00000016666) #30	ZSCAN2 (ENSODEG00000015744) #31	IQGAP1 (ENSODEG00000016078) #32	ENSODEG00000015834	CRTC3 (ENSODEG00000015599) #33	ENSODEG00000020333	BLM (ENSODEG00000015373) #34	FURIN (ENSODEG00000016005) #35
Degu	MODERN SPECIES	48	AREL1 (ENSODEG00000015900)	LTBP2 (ENSODEG00000015966)	ENSODEG00000015593	NPC2 (ENSODEG00000015454)	SYNDIG1L (ENSODEG00000015191)	VRTN (ENSODEG00000015577)	ABCD4 (ENSODEG00000015190)	VSX2 (ENSODEG00000015486)	ENSODEG00000015046	ALDH6A1 (ENSODEG00000015807)	ENSODEG00000015055	ENTPD5 (ENSODEG00000015910)	COQ6 (ENSODEG00000016014)	FAM161B (ENSODEG00000014840)	ENSODEG00000015333	ENSODEG00000015245 #22	ENSODEG00000014976	ENSODEG00000020268	MIDEAS (ENSODEG00000015501)	ACOT6 (ENSODEG00000015420)	ENSODEG00000015224	ACOT4 (ENSODEG00000015555)	HEATR4 (ENSODEG00000015841)	RIOX1 (ENSODEG00000015583)	ENSODEG00000015906	PAPLN (ENSODEG00000016332)	PSEN1 (ENSODEG00000016888)	ENSODEG00000016847	ENSODEG00000015250	ZFYVE1 (ENSODEG00000015740)	DPF3 (ENSODEG00000015669)
Degu	MODERN SPECIES	144										ENSODEG00000000697	ENSODEG00000000850	ENSODEG00000000827	ENSODEG00000000810	KLHL4 (ENSODEG00000000734)	ENSODEG00000000679	ENSODEG00000000657 #22	DACH2 (ENSODEG00000000554)	ENSODEG00000018560	CHM (ENSODEG00000001208)	ENSODEG00000001180	POF1B (ENSODEG00000001140)	ZNF711 (ENSODEG00000001046)	ENSODEG00000001004	ENSODEG00000000990	APOOL (ENSODEG00000000970)	ENSODEG00000000866	HDX (ENSODEG00000000832)	RPS6KA6 (ENSODEG00000003590)	POU3F4 (ENSODEG00000019055)	ENSODEG00000003430	ENSODEG00000003422
Guinea pig	MODERN SPECIES	10	EFL1 (ENSCPOG00000001924) #7	SAXO2 (ENSCPOG00000026864) #8	ADAMTSL3 (ENSCPOG00000003974) #9	SH3GL3 (ENSCPOG00000003970) #10	BNC1 (ENSCPOG00000009045) #11	HDGFL3 (ENSCPOG00000010982) #12	TM6SF1 (ENSCPOG00000002868) #13	BTBD1 (ENSCPOG00000001707) #14	C15orf40 (ENSCPOG00000001706) #15	ENSCPOG00000033303 #16	HOMER2 (ENSCPOG00000014688) #17	ENSCPOG00000014684 #18	FSD2 (ENSCPOG00000002729) #19	ENSCPOG00000039990 #20	AP3B2 (ENSCPOG00000011663) #21	CPEB1 (ENSCPOG00000026940) #22	ENSCPOG00000014693 #23	PDE8A (ENSCPOG00000008287) #24	SLC28A1 (ENSCPOG00000008594) #25	ALPK3 (ENSCPOG00000008577) #26	ZNF592 (ENSCPOG00000008571) #27	SEC11A (ENSCPOG00000030953) #28	NMB (ENSCPOG00000012926) #29	WDR73 (ENSCPOG00000005574) #30	ZSCAN2 (ENSCPOG00000040461) #31	IQGAP1 (ENSCPOG00000013983) #32	CRTC3 (ENSCPOG00000007878) #33	BLM (ENSCPOG00000001761) #34	FURIN (ENSCPOG00000008665) #35	ENSCPOG00000026159 #36	MAN2A2 (ENSCPOG00000001765)