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Zebra finch	MODERN SPECIES	12	ECI2 (ENSTGUG00000002230) #8	PRPF4B (ENSTGUG00000002208) #9	PXDC1 (ENSTGUG00000002202) #10	SLC22A23 (ENSTGUG00000002194) #11	PSMG4 (ENSTGUG00000023303) #12	ENSTGUG00000028536 #13	BPHL (ENSTGUG00000002178) #14	RIPK1 (ENSTGUG00000002170) #15	NQO2 (ENSTGUG00000002159)	DUSP22 (ENSTGUG00000027185) #17	IRF4 (ENSTGUG00000002144) #18	EXOC2 (ENSTGUG00000002131) #19	ENSTGUG00000022060	FOXQ1 (ENSTGUG00000018779) #20	ENSTGUG00000002129	FOXC1 (ENSTGUG00000002127) #22	GMDS (ENSTGUG00000002124) #23	MYLK4 (ENSTGUG00000019999) #24	WRNIP1 (ENSTGUG00000002117) #25	SERPINB1 (ENSTGUG00000002101) #26	ENSTGUG00000021604 #29	ENSTGUG00000027893 #28	ENSTGUG00000002079 #30	ENSTGUG00000028052 #31	ENSTGUG00000002078 #32	ENSTGUG00000025890 #33	ENSTGUG00000002067 #34	ENSTGUG00000018988	SERPINB11 (ENSTGUG00000029378) #35	SERPINB5 (ENSTGUG00000002060) #36	VPS4B (ENSTGUG00000002043) #37
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155106 #7	ENSGT00940000155105 #8	ENSGT00940000155562 #9	ENSGT00390000009209 #10	ENSGT00940000157354 #11	ENSGT00390000011804 #12	ENSGT00940000154150 #13	ENSGT00390000004746 #14	ENSGT00940000159347 #15	ENSGT00940000156563	ENSGT00940000157153 #17	ENSGT00940000159059 #18	ENSGT00390000010872 #19	ENSGT00940000162937.b #20	ENSGT00940000162527 #21	ENSGT00940000162303.b #22	ENSGT00440000033640 #23	ENSGT00940000156211.b #24	ENSGT00390000008538 #25	ENSGT00940000154573 #26	ENSGT00940000154835.C #27	ENSGT00940000165915.a #29	ENSGT00940000165915.b #28	ENSGT00940000161205 #30	ENSGT00940000154520.a.b #31	ENSGT00940000154520.a.a.b #32	ENSGT00940000154520.a.a.a #33	ENSGT00940000154520.b #34	ENSGT00940000161560 #35	ENSGT00940000160674 #36	ENSGT00940000154973 #37
Golden eagle	MODERN SPECIES	9	ENSACCG00020012468 #7	ECI2 (ENSACCG00020012393) #8	PRPF4B (ENSACCG00020012258) #9	PXDC1 (ENSACCG00020012218) #10	SLC22A23 (ENSACCG00020012173) #11	PSMG4 (ENSACCG00020012113) #12	ENSACCG00020012081 #13	BPHL (ENSACCG00020011982) #14	RIPK1 (ENSACCG00020011942) #15	NQO2 (ENSACCG00020011913)	DUSP22 (ENSACCG00020011886) #17	IRF4 (ENSACCG00020011853) #18	EXOC2 (ENSACCG00020011786) #19	FOXQ1 (ENSACCG00020011745) #20	FOXF2 (ENSACCG00020011731) #21	FOXC1 (ENSACCG00020011716) #22	GMDS (ENSACCG00020011687) #23	MYLK4 (ENSACCG00020011621) #24	WRNIP1 (ENSACCG00020011491) #25	SERPINB1 (ENSACCG00020016192) #26	SERPINB8 (ENSACCG00020016184) #27	ENSACCG00020016175 #29	ENSACCG00020016163 #28	SERPINB10 (ENSACCG00020016146) #30	ENSACCG00020016115 #31	ENSACCG00020016092 #32	ENSACCG00020016076 #33	ENSACCG00020016053 #34	SERPINB11 (ENSACCG00020016030) #35	SERPINB5 (ENSACCG00020016021) #36	VPS4B (ENSACCG00020016009) #37
Kakapo	DUPLICATION
Kakapo	MODERN SPECIES	4	ENSSHBG00005000085	ENSSHBG00005000078	ENSSHBG00005000070	ENSSHBG00005000061	ENSSHBG00005000056	ENSSHBG00005000041	ENSSHBG00005000008	ENSSHBG00005000404	ENSSHBG00005000403	ENSSHBG00005000401	ENSSHBG00005000400	ENSSHBG00005000397	ENSSHBG00005000395	ENSSHBG00005000393	ENSSHBG00005000392	ENSSHBG00005000390 #22	ENSSHBG00005000389	ENSSHBG00005000387	ENSSHBG00005000386	ENSSHBG00005000384	ENSSHBG00005000380	ENSSHBG00005000377	ENSSHBG00005000375	ENSSHBG00005000373	ENSSHBG00005000372	ENSSHBG00005000370	ENSSHBG00005000369	ENSSHBG00005000360	ENSSHBG00005000347	ENSSHBG00005000344	ENSSHBG00005000343
Kakapo	MODERN SPECIES		MTCL1 (ENSSHBG00005005903)	RAB12 (ENSSHBG00005000650)	ENSSHBG00005000649	SLC22A23 (ENSSHBG00005004433) #11	PSMG4 (ENSSHBG00005004425) #12	ENSSHBG00005004422 #13	ENSSHBG00005004411 #13	BPHL (ENSSHBG00005004398) #14	RIPK1 (ENSSHBG00005004382) #15	NQO2 (ENSSHBG00005004374)	DUSP22 (ENSSHBG00005004366) #17	IRF4 (ENSSHBG00005004353) #18	EXOC2 (ENSSHBG00005004310) #19	FOXQ1 (ENSSHBG00005004279) #20	FOXF2 (ENSSHBG00005004277) #21	FOXC1 (ENSSHBG00005004271) #22	GMDS (ENSSHBG00005004265) #23	MYLK4 (ENSSHBG00005004245) #24	WRNIP1 (ENSSHBG00005004231) #25	SERPINB1 (ENSSHBG00005004225) #26	SERPINB8 (ENSSHBG00005004219) #27	ENSSHBG00005004209 #29	ENSSHBG00005004200 #28	SERPINB10 (ENSSHBG00005004190) #30	ENSSHBG00005004161 #31	ENSSHBG00005004146 #32	ENSSHBG00005004070 #33	ENSSHBG00005004047 #34	SERPINB11 (ENSSHBG00005004037) #35	SERPINB5 (ENSSHBG00005004029) #36	VPS4B (ENSSHBG00005004019) #37
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155106 #7	ENSGT00940000155105 #8	ENSGT00940000155562 #9	ENSGT00390000009209.d #10	ENSGT00940000157354 #11	ENSGT00390000011804 #12	ENSGT00940000154150 #13	ENSGT00390000004746 #14	ENSGT00940000159347 #15	ENSGT00940000156563	ENSGT00940000157153 #17	ENSGT00940000159059 #18	ENSGT00390000010872 #19	ENSGT00940000162937.b #20	ENSGT00940000162527 #21	ENSGT00940000162303.b #22	ENSGT00440000033640 #23	ENSGT00940000156211.b #24	ENSGT00390000008538 #25	ENSGT00940000154573 #26	ENSGT00940000154835.C #27	ENSGT00940000165915.a #29	ENSGT00940000165915.b #28	ENSGT00940000161205 #30	ENSGT00940000154520.a.b #31	ENSGT00940000154520.a.a.b #32	ENSGT00940000154520.a.a.a #33	ENSGT00940000154520.b #34	ENSGT00940000161560 #35	ENSGT00940000160674 #36	ENSGT00940000154973 #37
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166969.b	ENSGT00390000009802.a	ENSGT00940000155562 #9	ENSGT00390000009209.d #10	ENSGT00940000157354 #11	ENSGT00390000011804 #12	ENSGT00940000154150 #13	ENSGT00390000004746 #14	ENSGT00940000159347 #15	ENSGT00940000156563	ENSGT00940000157153 #17	ENSGT00940000159059 #18	ENSGT00390000010872 #19	ENSGT00940000163866.b	ENSGT00940000162527 #21	ENSGT00940000162303.b #22	ENSGT00440000033640 #23	ENSGT00940000156211.b #24	ENSGT00390000008538 #25	ENSGT00940000154573 #26	ENSGT00940000154835.C #27	ENSGT00940000165915.a #29	ENSGT00940000165915.b #28	ENSGT00940000161205 #30	ENSGT00940000154520.a.b #31	ENSGT00940000154520.a.a.b #32	ENSGT00940000154520.a.a.a #33	ENSGT00940000154520.b #34	ENSGT00940000161560 #35	ENSGT00940000160674 #36	ENSGT00940000154973 #37
Duck	MODERN SPECIES	10	TRIO (ENSAPLG00000008508)	ENSAPLG00000017143	OTULINL (ENSAPLG00000009753)	PRPF4B (ENSAPLG00000009869) #9	ENSAPLG00000013227 #10	SLC22A23 (ENSAPLG00000015771) #11	PSMG4 (ENSAPLG00000023970) #12	TUBB2A (ENSAPLG00000027345) #13	BPHL (ENSAPLG00000015545) #14	RIPK1 (ENSAPLG00000015420) #15	NQO2 (ENSAPLG00000015289)	DUSP22 (ENSAPLG00000015108) #17	IRF4 (ENSAPLG00000014646) #18	EXOC2 (ENSAPLG00000013910) #19	ENSAPLG00000017427	FOXC1 (ENSAPLG00000017354) #22	ENSAPLG00000026009	GMDS (ENSAPLG00000013864) #23	MYLK4 (ENSAPLG00000013701) #24	WRNIP1 (ENSAPLG00000013539) #25	SERPINB1 (ENSAPLG00000012958) #26	SERPINB8 (ENSAPLG00000012569) #27	ENSAPLG00000001572 #29	CDH10 (ENSAPLG00000007403)	ENSAPLG00000023454	CDH9 (ENSAPLG00000005927)	ENSAPLG00000018519	ENSAPLG00000017576	CDH6 (ENSAPLG00000005708)	DROSHA (ENSAPLG00000004372)	C5orf22 (ENSAPLG00000004273)
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	55	OTULINL (ENSABRG00000011720)	PRPF4B (ENSABRG00000011735) #9	PXDC1 (ENSABRG00000011748) #10	SLC22A23 (ENSABRG00000011756) #11	PSMG4 (ENSABRG00000011758) #12	ENSABRG00000011762	ENSABRG00000011765 #13	ENSABRG00000011768 #13	BPHL (ENSABRG00000011769) #14	DUSP22 (ENSABRG00000011775) #17	RIPK1 (ENSABRG00000011788) #15	NQO2 (ENSABRG00000011803)	IRF4 (ENSABRG00000011809) #18	EXOC2 (ENSABRG00000011820) #19	FOXF2 (ENSABRG00000011864) #21	FOXC1 (ENSABRG00000011867) #22	GMDS (ENSABRG00000011874) #23	MYLK4 (ENSABRG00000011911) #24	WRNIP1 (ENSABRG00000011943) #25	SERPINB1 (ENSABRG00000011958) #26	SERPINB8 (ENSABRG00000011968) #27	ENSABRG00000011978 #29	ENSABRG00000011985 #28	SERPINB10 (ENSABRG00000011997) #30	ENSABRG00000012008 #31	ENSABRG00000012019 #32	ENSABRG00000012025 #33	ENSABRG00000012034 #34	SERPINB11 (ENSABRG00000012070) #35	SERPINB5 (ENSABRG00000012078) #36	VPS4B (ENSABRG00000012085) #37
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155106 #7	ENSGT00940000155105 #8	ENSGT00940000155562 #9	ENSGT00390000009209.d #10	ENSGT00940000157354 #11	ENSGT00390000011804 #12	ENSGT00940000154150 #13	ENSGT00390000004746 #14	ENSGT00940000159347 #15	ENSGT00940000156563	ENSGT00940000157153 #17	ENSGT00940000159059 #18	ENSGT00390000010872 #19	ENSGT00940000162937.b #20	ENSGT00940000162527 #21	ENSGT00940000162303.b #22	ENSGT00440000033640 #23	ENSGT00940000156211.b #24	ENSGT00390000008538 #25	ENSGT00940000154573 #26	ENSGT00940000154835.C #27	ENSGT00940000165915.a #29	ENSGT00940000165915.b #28	ENSGT00940000161205 #30	ENSGT00940000154520.a.b #31	ENSGT00940000154520.a.a.b #32	ENSGT00940000154520.a.a.a #33	ENSGT00940000161560 #35	ENSGT00940000160674 #36	ENSGT00940000154973 #37	ENSGT00940000156961
Japanese quail	DUPLICATION
Japanese quail	MODERN SPECIES	12	DNMT3B (ENSCJPG00005005284)	COMMD7 (ENSCJPG00005005290)	NOL4L (ENSCJPG00005005303)	ASXL1 (ENSCJPG00005005314)	KIF3B (ENSCJPG00005005319)	POFUT1 (ENSCJPG00005005321)	PLAGL2 (ENSCJPG00005005331)	TM9SF4 (ENSCJPG00005005334)	HCK (ENSCJPG00005005344)	CCM2L (ENSCJPG00005005796)	XKR7 (ENSCJPG00005005801)	TTLL9 (ENSCJPG00005005803)	PDRG1 (ENSCJPG00005005808)	DUSP15 (ENSCJPG00005005810)	ENSCJPG00005005811	ENSCJPG00005005813 #22	MYLK2 (ENSCJPG00005005814)	TPX2 (ENSCJPG00005005815)	BCL2L1 (ENSCJPG00005005819)	ENSCJPG00005005820	HM13 (ENSCJPG00005005821)	REM1 (ENSCJPG00005005823)	SOX12 (ENSCJPG00005005825)	NRSN2 (ENSCJPG00005005826)	TBC1D20 (ENSCJPG00005005827)	ENSCJPG00005005828	TCF15 (ENSCJPG00005005829)	SRXN1 (ENSCJPG00005005830)	SCRT2 (ENSCJPG00005005831)	SLC52A3 (ENSCJPG00005005832)	FAM110A (ENSCJPG00005005833)
Japanese quail	MODERN SPECIES	11	BCL2 (ENSCJPG00005016773)	ENSCJPG00005016772	PHLPP1 (ENSCJPG00005016771)	ZCCHC2 (ENSCJPG00005016739)	TNFRSF11A (ENSCJPG00005016738)	RELCH (ENSCJPG00005016435)	PIGN (ENSCJPG00005015650)	RNF152 (ENSCJPG00005015648)	CDH20 (ENSCJPG00005015646)	NQO2 (ENSCJPG00005015634)	DUSP22 (ENSCJPG00005015632) #17	IRF4 (ENSCJPG00005015631) #18	EXOC2 (ENSCJPG00005015629) #19	FOXQ1 (ENSCJPG00005015625) #20	FOXF2 (ENSCJPG00005015624) #21	FOXC1 (ENSCJPG00005015623) #22	GMDS (ENSCJPG00005015622) #23	MYLK4 (ENSCJPG00005015619) #24	ENSCJPG00005015618	SERPINB1 (ENSCJPG00005015617) #26	SERPINB8 (ENSCJPG00005015616) #27	ENSCJPG00005015613 #29	ENSCJPG00005015612 #28	SERPINB10 (ENSCJPG00005015611) #30	ENSCJPG00005015610 #31	ENSCJPG00005015609 #32	ENSCJPG00005015608 #33	ENSCJPG00005015604	MC4R (ENSCJPG00005015602)	C5orf22 (ENSCJPG00005015600)	DROSHA (ENSCJPG00005015599)