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Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a #28	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000165530.a.b	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406
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Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.b.s.b	ENSGT00400000022326.b.a.b.a.a	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a
European seabass	MODERN SPECIES	23	myf6 (ENSDLAG00005034355)	ENSDLAG00005022222	ppp1r12a (ENSDLAG00005028115)	PAWR (ENSDLAG00005022241)	ENSDLAG00005022245	ENSDLAG00005022253	ENSDLAG00005022300	ENSDLAG00005022430	ENSDLAG00005022452	ENSDLAG00005022457 #15	ENSDLAG00005022472 #16	ENSDLAG00005022693 #17	ENSDLAG00005027036 #19	ENSDLAG00005022698 #20	pah (ENSDLAG00005022732) #21	th2 (ENSDLAG00005023520) #22	NUP37 (ENSDLAG00005023603) #23	parpbp (ENSDLAG00005023617) #24	pmch (ENSDLAG00005023620)	igf1 (ENSDLAG00005023625) #26	ENSDLAG00005026892	ENSDLAG00005027813	ENSDLAG00005023668 #31	ENSDLAG00005023868 #30	ENSDLAG00005023981 #29	ENSDLAG00005028222	ENSDLAG00005024007	ENSDLAG00005024264	ENSDLAG00005024687	TMCC3 (ENSDLAG00005034671)	ndufa12 (ENSDLAG00005024691)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	491	ndufa12 (ENSLCRG00005014995)	fgd6 (ENSLCRG00005015006) #8	vezt (ENSLCRG00005015125) #9	metap2b (ENSLCRG00005015126) #10	usp44 (ENSLCRG00005015128) #11	ntn4 (ENSLCRG00005015129) #12	snrpf (ENSLCRG00005015130) #13	amdhd1 (ENSLCRG00005015131) #14	tspan9b (ENSLCRG00005015133) #15	elapor2b (ENSLCRG00005015142) #16	klhl42 (ENSLCRG00005015458) #17	itfg2 (ENSLCRG00005015463) #19	nrip2 (ENSLCRG00005015516) #18	ascl1a (ENSLCRG00005015517) #20	pah (ENSLCRG00005015533) #21	th2 (ENSLCRG00005017198) #22	nup37 (ENSLCRG00005017388) #23	parpbp (ENSLCRG00005017399) #24	ENSLCRG00005017401 #25	igf1 (ENSLCRG00005017409) #26	ENSLCRG00005017539	btbd11a (ENSLCRG00005017547) #31	cry1a (ENSLCRG00005017690) #30	MTERF2 (ENSLCRG00005017798) #29	tnnt2c (ENSLCRG00005017799)	syt10 (ENSLCRG00005017801)	ENSLCRG00005017806	cyb5r3 (ENSLCRG00005017871)	syt1a (ENSLCRG00005018056)	ENSLCRG00005018060	ENSLCRG00005018062
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	5	usp44 (ENSSAUG00010018152) #11	ntn4 (ENSSAUG00010018150) #12	snrpf (ENSSAUG00010018146) #13	amdhd1 (ENSSAUG00010018144) #14	tspan9b (ENSSAUG00010018138) #15	ENSSAUG00010018130	ENSSAUG00010018119	ENSSAUG00010018116	elapor2b (ENSSAUG00010017867) #16	klhl42 (ENSSAUG00010017856) #17	nrip2 (ENSSAUG00010017853) #18	itfg2 (ENSSAUG00010017851) #19	ascl1a (ENSSAUG00010017842) #20	ascl1a (ENSSAUG00010017839) #20	pah (ENSSAUG00010015550) #21	th2 (ENSSAUG00010015244) #22	nup37 (ENSSAUG00010015237) #23	parpbp (ENSSAUG00010015235) #24	pmch (ENSSAUG00010015234)	igf1 (ENSSAUG00010015109) #26	ENSSAUG00010015101	btbd11a (ENSSAUG00010014766) #31	cry1a (ENSSAUG00010012268) #30	ENSSAUG00010012243 #29	tnnt2c (ENSSAUG00010012240)	syt10 (ENSSAUG00010012236)	ENSSAUG00010020501	cyb5r3 (ENSSAUG00010020421)	syt1a (ENSSAUG00010020377)	pawr (ENSSAUG00010020373)	ppp1r12a (ENSSAUG00010020166)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a #28	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000156120.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a #28	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406
Lumpfish	MODERN SPECIES	15	ndufa12 (ENSCLMG00005018894)	fgd6 (ENSCLMG00005018893) #8	vezt (ENSCLMG00005018882) #9	metap2b (ENSCLMG00005018879) #10	usp44 (ENSCLMG00005018877) #11	ntn4 (ENSCLMG00005018876) #12	snrpf (ENSCLMG00005018875) #13	amdhd1 (ENSCLMG00005018874) #14	tspan9b (ENSCLMG00005018873) #15	elapor2b (ENSCLMG00005018872) #16	klhl42 (ENSCLMG00005018871) #17	nrip2 (ENSCLMG00005018870) #18	itfg2 (ENSCLMG00005018867) #19	ascl1a (ENSCLMG00005018865) #20	pah (ENSCLMG00005018810) #21	th2 (ENSCLMG00005018807) #22	nup37 (ENSCLMG00005018805) #23	parpbp (ENSCLMG00005018804) #24	ENSCLMG00005018803 #25	igf1 (ENSCLMG00005018801) #26	ENSCLMG00005018800	ENSCLMG00005018799	ENSCLMG00005018798	ABTB3 (ENSCLMG00005018797) #31	cry1a (ENSCLMG00005018166) #30	ENSCLMG00005018160	apaf1 (ENSCLMG00005016672)	anks1b (ENSCLMG00005016584)	uhrf1bp1l (ENSCLMG00005016536)	ENSCLMG00005016528	ENSCLMG00005016527
Stickleback	MODERN SPECIES	3	ENSGACG00000020067	fgd6 (ENSGACG00000020065) #8	ENSGACG00000020064	vezt (ENSGACG00000020060) #9	metap2b (ENSGACG00000020059) #10	usp44 (ENSGACG00000020058) #11	ntn4 (ENSGACG00000020056) #12	snrpf (ENSGACG00000020055) #13	amdhd1 (ENSGACG00000020054) #14	tspan9b (ENSGACG00000020053) #15	elapor2b (ENSGACG00000020052) #16	klhl42 (ENSGACG00000020051) #17	nrip2 (ENSGACG00000020050) #18	itfg2 (ENSGACG00000020049) #19	ascl1a (ENSGACG00000020048) #20	th2 (ENSGACG00000020047) #22	nup37 (ENSGACG00000020046) #23	parpbp (ENSGACG00000020045) #24	ENSGACG00000020044 #25	igf1 (ENSGACG00000020042) #26	ENSGACG00000020041 #28	btbd11a (ENSGACG00000020040) #31	cry1a (ENSGACG00000020037) #30	ENSGACG00000020036 #29	tnnt2c (ENSGACG00000020034)	syt10 (ENSGACG00000020031)	ENSGACG00000020026	cyb5r3 (ENSGACG00000020019)	syt1a (ENSGACG00000020017)	pawr (ENSGACG00000020015)	ppp1r12a (ENSGACG00000020012)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a #28	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000156120.a
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Zig-zag eel	MODERN SPECIES	15	ndufa12 (ENSMAMG00000027238)	fgd6 (ENSMAMG00000017007) #8	vezt (ENSMAMG00000016818) #9	METAP2 (ENSMAMG00000016805) #10	USP44 (ENSMAMG00000016772) #11	ntn4 (ENSMAMG00000016733) #12	SNRPF (ENSMAMG00000016593) #13	amdhd1 (ENSMAMG00000016384) #14	ENSMAMG00000026753 #15	ENSMAMG00000016348 #16	klhl42 (ENSMAMG00000016338) #17	ENSMAMG00000016311 #18	itfg2 (ENSMAMG00000016273) #19	ENSMAMG00000016256 #20	pah (ENSMAMG00000016220) #21	th2 (ENSMAMG00000016040) #22	nup37 (ENSMAMG00000016017) #23	parpbp (ENSMAMG00000016003) #24	pmch (ENSMAMG00000015727)	igf1 (ENSMAMG00000015704) #26	ENSMAMG00000015670	btbd11a (ENSMAMG00000015616) #31	ENSMAMG00000015580 #30	tnnt2c (ENSMAMG00000015546)	ENSMAMG00000015509	ENSMAMG00000024270	ENSMAMG00000015433	ENSMAMG00000015393	ENSMAMG00000015373	ENSMAMG00000015337	ppp1r12a (ENSMAMG00000015240)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406
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Turbot	MODERN SPECIES	11	ndufa12 (ENSSMAG00000005726)	fgd6 (ENSSMAG00000005702) #8	vezt (ENSSMAG00000028160) #9	METAP2 (ENSSMAG00000005667) #10	USP44 (ENSSMAG00000005649) #11	ntn4 (ENSSMAG00000005605) #12	SNRPF (ENSSMAG00000005533) #13	amdhd1 (ENSSMAG00000005484) #14	ENSSMAG00000005457 #15	ENSSMAG00000005360 #16	klhl42 (ENSSMAG00000005334) #17	ENSSMAG00000022137 #18	itfg2 (ENSSMAG00000005257) #19	ENSSMAG00000005248 #20	pah (ENSSMAG00000005207) #21	th2 (ENSSMAG00000005181) #22	nup37 (ENSSMAG00000005160) #23	parpbp (ENSSMAG00000005145) #24	pmch (ENSSMAG00000022672)	igf1 (ENSSMAG00000005115) #26	ENSSMAG00000030625	ENSSMAG00000005081	btbd11a (ENSSMAG00000005012) #31	ENSSMAG00000004964 #30	ENSSMAG00000005003 #29	tnnt2c (ENSSMAG00000004942)	ENSSMAG00000004931	ENSSMAG00000004880	ENSSMAG00000004819	ENSSMAG00000004787	ENSSMAG00000004775
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Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00390000018424	ENSGT01010000222336.b.a.b.a	ENSGT01050000244882.a.a.a.a.b	ENSGT00950000182824.a.a.a.a.b	ENSGT00390000009583	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000157998
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Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2989			vezt (ENSSLDG00000005374) #9	metap2b (ENSSLDG00000005344) #10	usp44 (ENSSLDG00000005301) #11	ntn4 (ENSSLDG00000005247) #12	snrpf (ENSSLDG00000005119) #13	amdhd1 (ENSSLDG00000005072) #14	tspan9b (ENSSLDG00000004989) #15	elapor2b (ENSSLDG00000004921) #16	klhl42 (ENSSLDG00000004894) #17	nrip2 (ENSSLDG00000004872) #18	itfg2 (ENSSLDG00000004809) #19	ascl1a (ENSSLDG00000004770) #20	pah (ENSSLDG00000004715) #21	th2 (ENSSLDG00000004650) #22	nup37 (ENSSLDG00000004590) #23	parpbp (ENSSLDG00000004566) #24	pmch (ENSSLDG00000004554)	igf1 (ENSSLDG00000004529) #26	ENSSLDG00000004485	btbd11a (ENSSLDG00000004377) #31	MTERF2 (ENSSLDG00000004358) #29	cry1a (ENSSLDG00000004294) #30	ENSSLDG00000004226	acot14 (ENSSLDG00000004148)	AVPR1A (ENSSLDG00000004134)	srgap1b (ENSSLDG00000004008)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	292	fgd6 (ENSLCAG00010026885) #8	ENSLCAG00010026889	vezt (ENSLCAG00010026891) #9	metap2b (ENSLCAG00010026892) #10	usp44 (ENSLCAG00010026893) #11	ntn4 (ENSLCAG00010026894) #12	snrpf (ENSLCAG00010026895) #13	amdhd1 (ENSLCAG00010026896) #14	klhl42 (ENSLCAG00010026897) #17	elapor2b (ENSLCAG00010026919) #16	tspan9b (ENSLCAG00010026930) #15	nrip2 (ENSLCAG00010026932) #18	itfg2 (ENSLCAG00010026936) #19	ascl1a (ENSLCAG00010026942) #20	pah (ENSLCAG00010026972) #21	th2 (ENSLCAG00010027029) #22	nup37 (ENSLCAG00010027047) #23	parpbp (ENSLCAG00010027051) #24	pmch (ENSLCAG00010027053)	igf1 (ENSLCAG00010027059) #26	ENSLCAG00010027073	ENSLCAG00010027076	btbd11a (ENSLCAG00010027077) #31	cry1a (ENSLCAG00010027085) #30	MTERF2 (ENSLCAG00010027093) #29	tnnt2c (ENSLCAG00010027095)	syt10 (ENSLCAG00010027097)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000165530.a.b	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406
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Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g.c #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a.d	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000156120.a
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Chinese medaka	DUPLICATION
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Chinese medaka	MODERN SPECIES	51										ENSOSIG00000010255 #16	klhl42 (ENSOSIG00000010254) #17	nrip2 (ENSOSIG00000010252) #18	itfg2 (ENSOSIG00000010251) #19	ascl1a (ENSOSIG00000010250) #20	pah (ENSOSIG00000008674) #21	th2 (ENSOSIG00000008247) #22	nup37 (ENSOSIG00000008243) #23	parpbp (ENSOSIG00000008240) #24	ENSOSIG00000008239 #25	ENSOSIG00000008238	ENSOSIG00000008237	igf1 (ENSOSIG00000008154) #26	btbd11a (ENSOSIG00000008093) #31	cry1a (ENSOSIG00000007925) #30	MTERF2 (ENSOSIG00000007922) #29	tnnt2c (ENSOSIG00000007920)	syt10 (ENSOSIG00000007919)	ENSOSIG00000007916	ENSOSIG00000007911	syt1a (ENSOSIG00000007909)	pawr (ENSOSIG00000007906)
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Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a #28	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000165530.a.b	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a
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Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406
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P. nyererei	MODERN SPECIES	487	fgd6 (ENSPNYG00000021583) #8	vezt (ENSPNYG00000021619) #9	metap2b (ENSPNYG00000021636) #10	usp44 (ENSPNYG00000021662) #11	ntn4 (ENSPNYG00000021688) #12	snrpf (ENSPNYG00000021712) #13	amdhd1 (ENSPNYG00000021749) #14	tspan9b (ENSPNYG00000021764) #15	elapor2b (ENSPNYG00000021790) #16	klhl42 (ENSPNYG00000021854) #17	nrip2 (ENSPNYG00000021862) #18	itfg2 (ENSPNYG00000021873) #19	ascl1a (ENSPNYG00000021891) #20	ENSPNYG00000021899	pah (ENSPNYG00000021907) #21	th2 (ENSPNYG00000021993) #22	nup37 (ENSPNYG00000022147) #23	parpbp (ENSPNYG00000022167) #24	ENSPNYG00000022181 #25	igf1 (ENSPNYG00000022201) #26	ENSPNYG00000022227	btbd11a (ENSPNYG00000022244) #31	cry1a (ENSPNYG00000022329) #30	MTERF2 (ENSPNYG00000022348) #29	syt10 (ENSPNYG00000022373)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	437	ENSHBUG00000000203	vezt (ENSHBUG00000008040) #9	metap2b (ENSHBUG00000008050) #10	usp44 (ENSHBUG00000008069) #11	ENSHBUG00000008093	ntn4 (ENSHBUG00000008139) #12	ENSHBUG00000008160	amdhd1 (ENSHBUG00000008199) #14	tspan9b (ENSHBUG00000008253) #15	elapor2b (ENSHBUG00000008321) #16	klhl42 (ENSHBUG00000008341) #17	nrip2 (ENSHBUG00000008345) #18	itfg2 (ENSHBUG00000008439) #19	ascl1a (ENSHBUG00000008452) #20	pah (ENSHBUG00000008494) #21	th2 (ENSHBUG00000008510) #22	nup37 (ENSHBUG00000008577) #23	parpbp (ENSHBUG00000008599) #24	ENSHBUG00000008609 #25	igf1 (ENSHBUG00000008635) #26	ENSHBUG00000008652	btbd11a (ENSHBUG00000008732) #31	cry1a (ENSHBUG00000008802) #30	MTERF2 (ENSHBUG00000008815) #29	tnnt2c (ENSHBUG00000008824)	syt10 (ENSHBUG00000008857)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	291	ENSNBRG00000011853	fgd6 (ENSNBRG00000011809) #8	vezt (ENSNBRG00000011771) #9	metap2b (ENSNBRG00000011759) #10	usp44 (ENSNBRG00000011724) #11	ntn4 (ENSNBRG00000011696) #12	snrpf (ENSNBRG00000011682) #13	amdhd1 (ENSNBRG00000011657) #14	tspan9b (ENSNBRG00000011565) #15	elapor2b (ENSNBRG00000011472) #16	klhl42 (ENSNBRG00000011450) #17	nrip2 (ENSNBRG00000011429) #18	itfg2 (ENSNBRG00000011398) #19	ascl1a (ENSNBRG00000011381) #20	pah (ENSNBRG00000011340) #21	th2 (ENSNBRG00000011203) #22	nup37 (ENSNBRG00000011131) #23	parpbp (ENSNBRG00000011099) #24	ENSNBRG00000011057 #25	igf1 (ENSNBRG00000011029) #26	ENSNBRG00000011014	ENSNBRG00000010987	btbd11a (ENSNBRG00000010944) #31	ENSNBRG00000010937	MTERF2 (ENSNBRG00000010933) #29	cry1a (ENSNBRG00000010898) #30	tnnt2c (ENSNBRG00000010879)	syt10 (ENSNBRG00000010856)	ENSNBRG00000010848	ENSNBRG00000010794	cyb5r3 (ENSNBRG00000010756)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	8	vezt (ENSONIG00000017844) #9	metap2b (ENSONIG00000017841) #10	usp44 (ENSONIG00000017839) #11	ntn4 (ENSONIG00000017835) #12	snrpf (ENSONIG00000031061) #13	ENSONIG00000034393	amdhd1 (ENSONIG00000017833) #14	tspan9b (ENSONIG00000017829) #15	elapor2b (ENSONIG00000017824) #16	klhl42 (ENSONIG00000017822) #17	nrip2 (ENSONIG00000030365) #18	itfg2 (ENSONIG00000017820) #19	ascl1a (ENSONIG00000021219) #20	ENSONIG00000038297	pah (ENSONIG00000017811) #21	th2 (ENSONIG00000017806) #22	nup37 (ENSONIG00000041645) #23	ENSONIG00000042831	parpbp (ENSONIG00000017803) #24	ENSONIG00000029183 #25	igf1 (ENSONIG00000017800) #26	ENSONIG00000017799	btbd11a (ENSONIG00000017796) #31	cry1a (ENSONIG00000000075) #30	MTERF2 (ENSONIG00000020695) #29	tnnt2c (ENSONIG00000020696)	ENSONIG00000000001	syt10 (ENSONIG00000000002)	syt1a (ENSONIG00000000003)	pawr (ENSONIG00000028232)	ppp1r12a (ENSONIG00000000005)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	737	ENSACIG00000012722	fgd6 (ENSACIG00000012759) #8	vezt (ENSACIG00000012829) #9	metap2b (ENSACIG00000013007) #10	usp44 (ENSACIG00000013159) #11	ntn4 (ENSACIG00000013183) #12	snrpf (ENSACIG00000013216) #13	amdhd1 (ENSACIG00000013318) #14	tspan9b (ENSACIG00000013346) #15	elapor2b (ENSACIG00000013411) #16	klhl42 (ENSACIG00000013451) #17	nrip2 (ENSACIG00000013461) #18	itfg2 (ENSACIG00000013478) #19	ascl1a (ENSACIG00000013500) #20	pah (ENSACIG00000013511) #21	th2 (ENSACIG00000013549) #22	nup37 (ENSACIG00000013665) #23	parpbp (ENSACIG00000013691) #24	ENSACIG00000013710 #25	igf1 (ENSACIG00000013728) #26	ENSACIG00000013740	ENSACIG00000013750 #28	btbd11a (ENSACIG00000013768) #31	cry1a (ENSACIG00000013832) #30	MTERF2 (ENSACIG00000014189) #29	tnnt2c (ENSACIG00000014196)	syt10 (ENSACIG00000014226)	ENSACIG00000014242	ENSACIG00000014253	cyb5r3 (ENSACIG00000014298)	syt1a (ENSACIG00000014311)
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Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899.cb	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000156120.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000156334.a.b #8	ENSGT00390000003290 #9	ENSGT00940000155016 #10	ENSGT00940000160526 #11	ENSGT00940000156615.a #12	ENSGT00940000154818 #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a #28	ENSGT00530000063817.b.b #29	ENSGT00940000155455.g #30	ENSGT00940000156419.b #31	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899.cb	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000156120.a
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3008															pah (ENSAOCG00000001591) #21	th2 (ENSAOCG00000021714) #22	nup37 (ENSAOCG00000021679) #23
Orange clownfish	MODERN SPECIES	13	vezt (ENSAPEG00000022201) #9	METAP2 (ENSAPEG00000022182) #10	usp44 (ENSAPEG00000022159) #11	ENSAPEG00000022142	ntn4 (ENSAPEG00000022097) #12	snrpf (ENSAPEG00000022022) #13	amdhd1 (ENSAPEG00000021994) #14	tspan9b (ENSAPEG00000021973) #15	elapor2b (ENSAPEG00000021953) #16	klhl42 (ENSAPEG00000021941) #17	ENSAPEG00000021936	nrip2 (ENSAPEG00000021926) #18	itfg2 (ENSAPEG00000021902) #19	ascl1a (ENSAPEG00000021889) #20	pah (ENSAPEG00000021861) #21	th2 (ENSAPEG00000021831) #22	nup37 (ENSAPEG00000021794) #23	parpbp (ENSAPEG00000021705) #24	ENSAPEG00000021659 #25	igf1 (ENSAPEG00000021610) #26	ENSAPEG00000021575	ENSAPEG00000021556 #29	cry1a (ENSAPEG00000021519) #30	btbd11a (ENSAPEG00000021482) #31	tnnt2c (ENSAPEG00000021437)	syt10 (ENSAPEG00000021420)	ENSAPEG00000021411	cyb5r3 (ENSAPEG00000021367)	syt1a (ENSAPEG00000021322)	pawr (ENSAPEG00000021309)	ppp1r12a (ENSAPEG00000021244)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	2043															pah (ENSAPOG00000007745) #21	th2 (ENSAPOG00000007918) #22	nup37 (ENSAPOG00000007965) #23	ENSAPOG00000007991 #24
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	433	ssbp1 (ENSHCOG00000018912)	ENSHCOG00000018888	eri1 (ENSHCOG00000018865)	ENSHCOG00000018855	TMCC3 (ENSHCOG00000018827)	ntn4 (ENSHCOG00000018712) #12	ENSHCOG00000018663 #13	amdhd1 (ENSHCOG00000018637) #14	tspan9b (ENSHCOG00000018619) #15	elapor2b (ENSHCOG00000018591) #16	ENSHCOG00000018560	itfg2 (ENSHCOG00000018527) #19	ENSHCOG00000018511	ascl1a (ENSHCOG00000018503) #20	pah (ENSHCOG00000018488) #21	th2 (ENSHCOG00000018465) #22	nup37 (ENSHCOG00000018356) #23	parpbp (ENSHCOG00000018307) #24	igf1 (ENSHCOG00000018270) #26	ENSHCOG00000018199 #28	btbd11a (ENSHCOG00000018163) #31	cry1a (ENSHCOG00000018111) #30	tnnt2c (ENSHCOG00000018063)	syt10 (ENSHCOG00000018057)	ENSHCOG00000018040	ENSHCOG00000017982	TULP3 (ENSHCOG00000017974)	ENSHCOG00000017961	foxm1 (ENSHCOG00000017947)	ENSHCOG00000017941	ppfia2 (ENSHCOG00000017898)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	15	ndufa12 (ENSMMDG00005018449)	fgd6 (ENSMMDG00005018460) #8	vezt (ENSMMDG00005018685) #9	METAP2 (ENSMMDG00005018690) #10	usp44 (ENSMMDG00005018730) #11	ntn4 (ENSMMDG00005018731) #12	snrpf (ENSMMDG00005018733) #13	amdhd1 (ENSMMDG00005018734) #14	tspan9b (ENSMMDG00005018735) #15	elapor2b (ENSMMDG00005018739) #16	klhl42 (ENSMMDG00005018749) #17	nrip2 (ENSMMDG00005018750) #18	itfg2 (ENSMMDG00005018758) #19	ascl1a (ENSMMDG00005018763) #20	pah (ENSMMDG00005018768) #21	th2 (ENSMMDG00005018778) #22	nup37 (ENSMMDG00005018813) #23	parpbp (ENSMMDG00005018818) #24	ENSMMDG00005018820 #25	igf1 (ENSMMDG00005018826) #26	ENSMMDG00005018912	btbd11a (ENSMMDG00005018917) #31	cry1a (ENSMMDG00005018951) #30	MTERF2 (ENSMMDG00005020073) #29	tnnt2c (ENSMMDG00005020074)	syt10 (ENSMMDG00005020079)	ENSMMDG00005020084	ENSMMDG00005020134	cyb5r3 (ENSMMDG00005020515)	syt1a (ENSMMDG00005020740)	pawr (ENSMMDG00005020744)
Cod	MODERN SPECIES	17	ENSGMOG00000016937	TBK1 (ENSGMOG00000016984)	gpr19 (ENSGMOG00000029230)	crebl2 (ENSGMOG00000017023)	dusp16 (ENSGMOG00000025213)	ENSGMOG00000006062	ENSGMOG00000006093	cradd (ENSGMOG00000010443)	socs2 (ENSGMOG00000025287)	ncaph2 (ENSGMOG00000003228)	sco2 (ENSGMOG00000003285)	ntn4 (ENSGMOG00000009327) #12	ENSGMOG00000007741 #13	amdhd1 (ENSGMOG00000007738) #14	pah (ENSGMOG00000001263) #21	th2 (ENSGMOG00000001233) #22	nup37 (ENSGMOG00000001219) #23	parpbp (ENSGMOG00000001191) #24	IGF1 (ENSGMOG00000030090) #26	ENSGMOG00000001151	btbd11a (ENSGMOG00000001108) #31	ENSGMOG00000001088 #30	tnnt2c (ENSGMOG00000001076)	ENSGMOG00000003257	ENSGMOG00000010347	ENSGMOG00000034372	ENSGMOG00000028775	ENSGMOG00000014279	ENSGMOG00000035632	ENSGMOG00000029906	ENSGMOG00000032127
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Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	81		ENSGT00940000160526.i #11	ENSGT00940000156615.a.f #12	ENSGT00940000154818.e.a #13	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a.c.a #15	ENSGT00940000154983.c.b.`b.a #16	ENSGT00940000160124.c #17	ENSGT00940000158225.i.a.c.b #15	ENSGT00940000154983.c.b.`b.b #16	ENSGT00940000160124.d #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611.d #20	ENSGT00950000182885.B.d #21	ENSGT00950000182885.C.b.e #22	ENSGT00390000010777.i #23	ENSGT00390000006088.j #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081.s.b.b.b #26	ENSGT00940000159081.s.b.a #26	ENSGT00390000014084.e	ENSGT01030000234578.B.a.g.a.b	ENSGT00390000006747	ENSGT00950000183117.a.a.h	ENSGT00940000158254.f	ENSGT00940000155067.a.z	ENSGT00650000094663	ENSGT00390000002730.e.b.c	ENSGT00950000183113.b.b.c.b.k	ENSGT00940000160161.e.a.m.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157275.a.a	ENSGT00390000005848.gb	ENSGT00940000156334.a.b.c #8	ENSGT00390000003290.h.a.b #9	ENSGT00940000155016.cb #10	ENSGT00940000160526.j #11	ENSGT00940000156615.a.e #12	ENSGT00940000154818.e.a.a #13	ENSGT00390000008645.h.b #14	ENSGT00940000158225.i.a.c.a #15	ENSGT00940000154983.c.b.`b.a #16	ENSGT00940000160124.c #17	ENSGT00950000182999.b.a.a.n #18	ENSGT00940000166611.c #20	ENSGT00950000182885.B.c #21	ENSGT00950000182885.C.b.e #22	ENSGT00390000010777.i #23	ENSGT00390000006088.j #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081.s.b.b.a #26	ENSGT00390000014084.f	ENSGT01030000234578.B.a.h	ENSGT01030000234578.B.a.g.b	ENSGT00390000006747.o	ENSGT00950000183117.a.a.g	ENSGT00940000158254.e	ENSGT00940000155067.b.a.c	ENSGT00940000155067.a.y	ENSGT00650000094663.a	ENSGT00390000002730.e.b.d	ENSGT00950000183113.b.b.c.b.l
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000156334.a.b.c #8	ENSGT00390000003290.h.a.b #9	ENSGT00940000155016.cb #10	ENSGT00940000160526.j #11	ENSGT00940000156615.a.e #12	ENSGT00940000154818.e.a.a #13	ENSGT00390000008645.h.b #14	ENSGT00940000158225.i.a.d #15	ENSGT00940000158225.i.a.c.a #15	ENSGT00940000154983.c.b.`b.a #16	ENSGT00940000160124.c #17	ENSGT00950000182999.b.a.a.m #18	ENSGT00390000005378.i #19	ENSGT00940000166611.d.a #20	ENSGT00950000182885.B.c #21	ENSGT00950000182885.C.b.e #22	ENSGT00390000010777.i #23	ENSGT00390000006088.j #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081.s.b.b.a #26	ENSGT00390000014084.f	ENSGT01030000234578.B.a.h	ENSGT01030000234578.B.a.g.b	ENSGT00390000006747.o	ENSGT00950000183117.a.a.g	ENSGT00940000158254.e	ENSGT00940000155067.b.a.c	ENSGT00940000155067.a.y	ENSGT00650000094663.a	ENSGT00390000002730.e.b.d	ENSGT00940000160161.e.a.m.b.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	8	TMCC3 (ENSSSAG00000058679)	ndufa12 (ENSSSAG00000058636)	fgd6 (ENSSSAG00000058619) #8	vezt (ENSSSAG00000048666) #9	METAP2 (ENSSSAG00000057759) #10	USP44 (ENSSSAG00000057743) #11	ENSSSAG00000057693	ENSSSAG00000057684 #14	ENSSSAG00000057672 #15	ENSSSAG00000083161 #16	klhl42 (ENSSSAG00000085425) #17	ENSSSAG00000055824 #18	itfg2 (ENSSSAG00000055802) #19	ENSSSAG00000095127 #20	pah (ENSSSAG00000097520) #21	th2 (ENSSSAG00000052064) #22	nup37 (ENSSSAG00000051940) #23	parpbp (ENSSSAG00000051930) #24	pmch (ENSSSAG00000086642)	igf1 (ENSSSAG00000108388) #26	washc3 (ENSSSAG00000051495)	dram1 (ENSSSAG00000051485)	dram1 (ENSSSAG00000051450)	gnptab (ENSSSAG00000050497)	chpt1 (ENSSSAG00000105474)	mybpc1 (ENSSSAG00000047323)	spic (ENSSSAG00000082209)	ENSSSAG00000047278	VATE1 (ENSSSAG00000047230)	GALNT8 (ENSSSAG00000104480)	GALNT8 (ENSSSAG00000002843)
River trout	MODERN SPECIES	34	ndufa12 (ENSSTUG00000028522)	fgd6 (ENSSTUG00000028540) #8	vezt (ENSSTUG00000030021) #9	METAP2 (ENSSTUG00000030056) #10	usp44 (ENSSTUG00000030162) #11	ntn4 (ENSSTUG00000030191) #12	snrpf (ENSSTUG00000030214) #13	amdhd1 (ENSSTUG00000030241) #14	tspan9b (ENSSTUG00000030251) #15	ENSSTUG00000030347 #16	klhl42 (ENSSTUG00000033104) #17	nrip2 (ENSSTUG00000033130) #18	itfg2 (ENSSTUG00000033136) #19	ascl1a (ENSSTUG00000033213) #20	pah (ENSSTUG00000033266) #21	th2 (ENSSTUG00000035615) #22	nup37 (ENSSTUG00000035950) #23	parpbp (ENSSTUG00000036036) #24	ENSSTUG00000036045 #25	igf1 (ENSSTUG00000036076) #26	washc3 (ENSSTUG00000036582)	dram1 (ENSSTUG00000036604)	dram1 (ENSSTUG00000036613)	gnptab (ENSSTUG00000036683)	chpt1 (ENSSTUG00000038494)	mybpc1 (ENSSTUG00000038581)	ENSSTUG00000042770	spic (ENSSTUG00000042777)	ENSSTUG00000042791	atp6v1e1b (ENSSTUG00000042807)	GALNT8 (ENSSTUG00000042923)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156334.a.b.c #8	ENSGT00390000003290.h.a.b #9	ENSGT00940000155016.cb #10	ENSGT00940000160526.j #11	ENSGT00940000156615.a.e #12	ENSGT00940000154818.e.a.b #13	ENSGT00940000164757.a	ENSGT00390000008645.h.b #14	ENSGT00940000158225.i.a.c.a #15	ENSGT00940000154983.c.b.`b.a #16	ENSGT00940000160124.c #17	ENSGT00950000182999.b.a.a.n #18	ENSGT00390000005378.i #19	ENSGT00940000166611.c #20	ENSGT00950000182885.B.c #21	ENSGT00950000182885.C.b.e #22	ENSGT00390000010777.i #23	ENSGT00390000006088.j #24	ENSGT00940000168896.c #25	ENSGT00940000159081.s.b.a.b #26	ENSGT00390000014084.f	ENSGT01030000234578.B.a.h	ENSGT01030000234578.B.a.g.b	ENSGT00390000006747.o	ENSGT00950000183117.a.a.g	ENSGT00940000158254.e	ENSGT00940000155067.b.a.d.a	ENSGT00940000155067.a.y	ENSGT00650000094663.a	ENSGT00390000002730.e.b.d	ENSGT00950000183113.b.b.c.b.l
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000005848.gb	ENSGT00940000156334.a.b.c #8	ENSGT00390000003290.h.a.b #9	ENSGT00940000155016.cb #10	ENSGT00940000160526.j #11	ENSGT00940000156615.a.e #12	ENSGT00940000154818.e.a.b #13	ENSGT00940000164757.a	ENSGT00390000008645.h.b #14	ENSGT00940000158225.i.a.c.a #15	ENSGT00940000154983.c.b.`b.a #16	ENSGT00940000160124.c #17	ENSGT00950000182999.b.a.a.n #18	ENSGT00940000166611.c #20	ENSGT00950000182885.B.c #21	ENSGT00950000182885.C.b.e #22	ENSGT00390000010777.i #23	ENSGT00390000006088.j #24	ENSGT00940000168896.c #25	ENSGT00940000159081.s.b.a.b #26	ENSGT00390000014084.f	ENSGT01030000234578.B.a.h	ENSGT01030000234578.B.a.g.b	ENSGT00390000006747.o	ENSGT00950000183117.a.a.g	ENSGT00940000158254.e	ENSGT00940000155067.b.a.d.a	ENSGT00940000155067.a.y	ENSGT00650000094663.a	ENSGT00390000002730.e.b.d	ENSGT00950000183113.b.b.c.b.l
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Rainbow trout	MODERN SPECIES	6	fgd6 (ENSOMYG00000005679) #8	vezt (ENSOMYG00000005518) #9	METAP2 (ENSOMYG00000005237) #10	ENSOMYG00000005172	USP44 (ENSOMYG00000005148) #11	NTN4 (ENSOMYG00000005059) #12	ENSOMYG00000042368 #13	tsn9 (ENSOMYG00000042359) #15	ENSOMYG00000040026 #16	klhl42 (ENSOMYG00000039478) #17	ENSOMYG00000039459 #18	ENSOMYG00000066274	itfg2 (ENSOMYG00000039401) #19	ENSOMYG00000051961 #20	pah (ENSOMYG00000039070) #21	th2 (ENSOMYG00000038993) #22	nup37 (ENSOMYG00000038812) #23	parpbp (ENSOMYG00000038733) #24	ENSOMYG00000038696 #25	IGF1 (ENSOMYG00000038605) #26	washc3 (ENSOMYG00000038443)	ENSOMYG00000052568	dram1 (ENSOMYG00000038520)	gnptab (ENSOMYG00000037960)	chpt1 (ENSOMYG00000037683)	mybpc1 (ENSOMYG00000037520)	ENSOMYG00000037425	spic (ENSOMYG00000037414)	atp6v1e1b (ENSOMYG00000037393)	ENSOMYG00000037379	ENSOMYG00000065117
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River trout	MODERN SPECIES	38	ndufa12 (ENSSTUG00000027092)	fgd6 (ENSSTUG00000027008) #8	vezt (ENSSTUG00000026912) #9	metap2b (ENSSTUG00000026865) #10	usp44 (ENSSTUG00000026836) #11	ntn4 (ENSSTUG00000026832) #12	snrpf (ENSSTUG00000026820) #13	amdhd1 (ENSSTUG00000026807) #14	tspan9b (ENSSTUG00000026783) #15	ELAPOR2 (ENSSTUG00000023331) #16	klhl42 (ENSSTUG00000023234) #17	ENSSTUG00000023224	nrip2 (ENSSTUG00000023213) #18	itfg2 (ENSSTUG00000023113) #19	ascl1a (ENSSTUG00000023105) #20	th2 (ENSSTUG00000021251) #22	nup37 (ENSSTUG00000020911) #23	parpbp (ENSSTUG00000020858) #24	ENSSTUG00000020854 #25	igf1 (ENSSTUG00000020604) #26	washc3 (ENSSTUG00000020568)	dram1 (ENSSTUG00000020559)	gnptab (ENSSTUG00000019408)	chpt1 (ENSSTUG00000019195)	mybpc1 (ENSSTUG00000018454)	ENSSTUG00000018414	spic (ENSSTUG00000018410)	ENSSTUG00000018398	atp6v1e1b (ENSSTUG00000018380)	ADA2 (ENSSTUG00000018295)	GALNT8 (ENSSTUG00000018260)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	26	ENSSSAG00000048798	TMCC3 (ENSSSAG00000106228)	nduac (ENSSSAG00000048771)	fgd6 (ENSSSAG00000048712) #8	vezt (ENSSSAG00000058593) #9	METAP2 (ENSSSAG00000048649) #10	USP44 (ENSSSAG00000048637) #11	SNRPF (ENSSSAG00000105295) #13	ENSSSAG00000048610 #14	ENSSSAG00000107602 #15	ENSSSAG00000111243 #16	ENSSSAG00000096376 #17	ENSSSAG00000046203 #18	ENSSSAG00000119071 #20	pah (ENSSSAG00000045956) #21	th2 (ENSSSAG00000045042) #22	nup37 (ENSSSAG00000044831) #23	parpbp (ENSSSAG00000044750) #24	ENSSSAG00000107811 #25	ENSSSAG00000081749	ENSSSAG00000120885	IGF1 (ENSSSAG00000044375) #26	washc3 (ENSSSAG00000044345)	dram1 (ENSSSAG00000044327)	gnptab (ENSSSAG00000043341)	chpt1 (ENSSSAG00000089632)	mybpc1 (ENSSSAG00000003533)	ENSSSAG00000002961	spic (ENSSSAG00000002954)	ENSSSAG00000002945	atp6v1e1b (ENSSSAG00000116109)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005848.fb	ENSGT00940000156334.a.b.d #8	ENSGT00390000003290.h.a.a #9	ENSGT00940000155016.bb #10	ENSGT00940000160526.i #11	ENSGT00940000156615.a.f #12	ENSGT00940000154818.e.a.a #13	ENSGT00390000008645.h.a #14	ENSGT00940000158225.i.a.c.b #15	ENSGT00940000154983.c.b.`b.b #16	ENSGT00940000160124.d #17	ENSGT00950000182999.b.a.a.m #18	ENSGT00390000005378.j #19	ENSGT00940000166611.d.b #20	ENSGT00950000182885.B.d.b #21	ENSGT00950000182885.C.b.f #22	ENSGT00390000010777.j #23	ENSGT00390000006088.i #24	ENSGT00940000168896.d #25	ENSGT00940000159081.s.b.a.a #26	ENSGT00390000014084.e	ENSGT01030000234578.B.a.g.a.b	ENSGT00390000006747.p	ENSGT00950000183117.a.a.h	ENSGT00940000158254.f	ENSGT00940000155067.b.a.d.b	ENSGT00940000155067.a.z	ENSGT00650000094663.b	ENSGT00390000002730.e.b.c	ENSGT00950000183113.b.b.c.b.k	ENSGT00940000160161.e.a.m.a.a
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00390000005848.fb	ENSGT00940000156334.a.b.d #8	ENSGT00390000003290.h.a.a #9	ENSGT00940000155016.bb #10	ENSGT00940000160526.i #11	ENSGT00940000156615.a.f #12	ENSGT00940000164757.b	ENSGT00390000008645.h.a #14	ENSGT00940000158225.i.a.c.b #15	ENSGT00940000154983.c.b.`b.b #16	ENSGT00940000160124.d #17	ENSGT00950000182999.b.a.a.m #18	ENSGT00390000005378.j #19	ENSGT00940000166611.d.b #20	ENSGT00950000182885.B.d.b #21	ENSGT00950000182885.C.b.f #22	ENSGT00390000010777.j #23	ENSGT00390000006088.i #24	ENSGT00940000168896.d #25	ENSGT00940000159081.s.b.a.a #26	ENSGT00390000014084.e	ENSGT01030000234578.B.a.g.a.b	ENSGT00390000006747.p	ENSGT00950000183117.a.a.h	ENSGT00940000158254.f	ENSGT00940000155067.b.a.d.b	ENSGT00940000155067.a.z	ENSGT00650000094663.b	ENSGT00390000002730.e.b.c	ENSGT00950000183113.b.b.c.b.k	ENSGT00940000160161.e.a.m.a.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	29	ndufa12 (ENSOKIG00005021416)	fgd6 (ENSOKIG00005021469) #8	vezt (ENSOKIG00005022027) #9	METAP2 (ENSOKIG00005022135) #10	usp44 (ENSOKIG00005022428) #11	NTN4 (ENSOKIG00005022451) #12	ENSOKIG00005022464	amdhd1 (ENSOKIG00005022484) #14	tspan9b (ENSOKIG00005022504) #15	ELAPOR2 (ENSOKIG00005022714) #16	klhl42 (ENSOKIG00005023710) #17	ENSOKIG00005023729 #18	itfg2 (ENSOKIG00005023741) #19	ENSOKIG00005023760 #20	pah (ENSOKIG00005023911) #21	th2 (ENSOKIG00005025899) #22	nup37 (ENSOKIG00005026624) #23	parpbp (ENSOKIG00005026715) #24	ENSOKIG00005026748 #25	igf1 (ENSOKIG00005026794) #26	washc3 (ENSOKIG00005027115)	dram1 (ENSOKIG00005027146)	gnptab (ENSOKIG00005027296)	chpt1 (ENSOKIG00005029016)	mybpc1 (ENSOKIG00005029297)	ENSOKIG00005030650	spic (ENSOKIG00005030681)	ENSOKIG00005030692	atp6v1e1b (ENSOKIG00005030717)	ADA2 (ENSOKIG00005030751)	GALNT8 (ENSOKIG00005030969)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	6	syt1a (ENSOTSG00005002082)	ndufa12 (ENSOTSG00005002087)	vezt (ENSOTSG00005002095) #9	METAP2 (ENSOTSG00005002179) #10	usp44 (ENSOTSG00005002893) #11	ntn4 (ENSOTSG00005002894) #12	ENSOTSG00005002904	amdhd1 (ENSOTSG00005002912) #14	tspan9b (ENSOTSG00005002932) #15	ELAPOR2 (ENSOTSG00005002955) #16	klhl42 (ENSOTSG00005003230) #17	nrip2 (ENSOTSG00005003233) #18	itfg2 (ENSOTSG00005003235) #19	ascl1a (ENSOTSG00005003242) #20	pah (ENSOTSG00005003250) #21	th2 (ENSOTSG00005003334) #22	nup37 (ENSOTSG00005005743) #23	ENSOTSG00005005772 #25	igf1 (ENSOTSG00005005780) #26	washc3 (ENSOTSG00005006733)	dram1 (ENSOTSG00005006735)	gnptab (ENSOTSG00005006744)	ENSOTSG00005007558	chpt1 (ENSOTSG00005007562)	mybpc1 (ENSOTSG00005007586)	ENSOTSG00005007587	spic (ENSOTSG00005007588)	ENSOTSG00005007590	atp6v1e1b (ENSOTSG00005007592)	ADA2 (ENSOTSG00005007597)	GALNT8 (ENSOTSG00005007620)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	13	USP44 (ENSOMYG00000016335) #11	ENSOMYG00000066266	ENSOMYG00000051830	ENSOMYG00000061312	ntn4 (ENSOMYG00000016346) #12	ruxf (ENSOMYG00000016386) #13	amdhd1 (ENSOMYG00000016400) #14	ENSOMYG00000068698	ENSOMYG00000016413 #15	ENSOMYG00000016472 #16	klhl42 (ENSOMYG00000017202) #17	ENSOMYG00000017211 #18	itfg2 (ENSOMYG00000017221) #19	ENSOMYG00000017228 #20	pah (ENSOMYG00000017392) #21	th2 (ENSOMYG00000022464) #22	nup37 (ENSOMYG00000023359) #23	ENSOMYG00000023418 #25	igf1 (ENSOMYG00000023593) #26	ENSOMYG00000023901	dram1 (ENSOMYG00000023912)	gnptab (ENSOMYG00000024139)	chpt1 (ENSOMYG00000024956)	mybpc1 (ENSOMYG00000025349)	spic (ENSOMYG00000026260)	ENSOMYG00000026269	atp6v1e1b (ENSOMYG00000026302)	ENSOMYG00000026324	GALNT8 (ENSOMYG00000026382)	GALNT8 (ENSOMYG00000026443)	DYRK4 (ENSOMYG00000005829)
Huchen	MODERN SPECIES	4923															pah (ENSHHUG00000039234) #21	th2 (ENSHHUG00000039203) #22	nup37 (ENSHHUG00000039186) #23	parpbp (ENSHHUG00000039174) #24	ENSHHUG00000039154 #25
Northern pike	MODERN SPECIES	22	fgd6 (ENSELUG00000003018) #8	vezt (ENSELUG00000000094) #9	metap2b (ENSELUG00000003080) #10	usp44 (ENSELUG00000003098) #11	ntn4 (ENSELUG00000003115) #12	ENSELUG00000026262	snrpf (ENSELUG00000003121) #13	amdhd1 (ENSELUG00000001354) #14	tspan9b (ENSELUG00000003152) #15	elapor2b (ENSELUG00000003204) #16	klhl42 (ENSELUG00000003220) #17	nrip2 (ENSELUG00000003231) #18	itfg2 (ENSELUG00000003251) #19	ascl1a (ENSELUG00000003258) #20	pah (ENSELUG00000003301) #21	th2 (ENSELUG00000003327) #22	nup37 (ENSELUG00000003359) #23	parpbp (ENSELUG00000003382) #24	ENSELUG00000003396 #25	igf1 (ENSELUG00000003410) #26	washc3 (ENSELUG00000001180)	dram1 (ENSELUG00000003450)	gnptab (ENSELUG00000003506)	chpt1 (ENSELUG00000003556)	mybpc1 (ENSELUG00000003611)	ENSELUG00000003623	spic (ENSELUG00000003655)	atp6v1e1b (ENSELUG00000003707)	ADA2 (ENSELUG00000001244)	GALNT8 (ENSELUG00000003855)	DYRK4 (ENSELUG00000003899)