Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000165530.a.b	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000165530.a.b	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g.c #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a.d ##35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g.c #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a.d ##35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	15	TMCC3 (ENSOJAG00000023094) #7	ndufa12 (ENSOJAG00000023100) #8	ENSOJAG00000023148 #9	vezt (ENSOJAG00000023164) #10	METAP2 (ENSOJAG00000023181) #11	usp44 (ENSOJAG00000023208) #12	ntn4 (ENSOJAG00000023221) #13	amdhd1 (ENSOJAG00000023244) #14	tspan9b (ENSOJAG00000023257) #15	elapor2b (ENSOJAG00000023275) #16	klhl42 (ENSOJAG00000023323) #17	nrip2 (ENSOJAG00000023325) #18	itfg2 (ENSOJAG00000023327) #19	ascl1a (ENSOJAG00000023335) #20	pah (ENSOJAG00000023397) #21	th2 (ENSOJAG00000023523) #22	nup37 (ENSOJAG00000023532) #23	parpbp (ENSOJAG00000023537) #24	ENSOJAG00000023539 #25	igf1 (ENSOJAG00000023545) #26	ENSOJAG00000023553 #27	btbd11a (ENSOJAG00000023574) #28	ENSOJAG00000023593 #29	ENSOJAG00000023595 #30	cry1a (ENSOJAG00000023629) #31	MTERF2 (ENSOJAG00000023694) #32	syt10 (ENSOJAG00000023697) #33	ENSOJAG00000023700 #34	syt1a (ENSOJAG00000023710) #35	pawr (ENSOJAG00000023718) #36	ppp1r12a (ENSOJAG00000023721) #37
Indian medaka	MODERN SPECIES	2	ndufa12 (ENSOMEG00000023833) #8	fgd6 (ENSOMEG00000000640)	vezt (ENSOMEG00000002973) #10	metap2b (ENSOMEG00000002985) #11	usp44 (ENSOMEG00000002993) #12	ntn4 (ENSOMEG00000003007) #13	snrpf (ENSOMEG00000003018)	amdhd1 (ENSOMEG00000003082) #14	tspan9b (ENSOMEG00000003109) #15	klhl42 (ENSOMEG00000003121) #17	nrip2 (ENSOMEG00000003128) #18	elapor2b (ENSOMEG00000003209) #16	itfg2 (ENSOMEG00000003265) #19	ascl1a (ENSOMEG00000003274) #20	pah (ENSOMEG00000003302) #21	th2 (ENSOMEG00000003320) #22	nup37 (ENSOMEG00000003353) #23	parpbp (ENSOMEG00000003398) #24	ENSOMEG00000003411 #25	igf1 (ENSOMEG00000003424) #26	ENSOMEG00000003451	btbd11a (ENSOMEG00000003530) #28	cry1a (ENSOMEG00000003568) #31	ENSOMEG00000003581 #32	tnnt2c (ENSOMEG00000003593)	syt10 (ENSOMEG00000003610) #33	ENSOMEG00000003669 #34	cyb5r3 (ENSOMEG00000003698)	syt1a (ENSOMEG00000003714) ##35	pawr (ENSOMEG00000003730) #36	ppp1r12a (ENSOMEG00000003801) #37
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000164757	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g.c #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a.d ##35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Chinese medaka	DUPLICATION
Chinese medaka	MODERN SPECIES	53										ENSOSIG00000007254 #16	klhl42 (ENSOSIG00000007247) #17	nrip2 (ENSOSIG00000007246) #18	itfg2 (ENSOSIG00000007245) #19	ascl1a (ENSOSIG00000007243) #20	pah (ENSOSIG00000007090) #21	th2 (ENSOSIG00000006727) #22	nup37 (ENSOSIG00000006723) #23	parpbp (ENSOSIG00000006718) #24	ENSOSIG00000006717 #25	igf1 (ENSOSIG00000006715) #26	ENSOSIG00000006713	ENSOSIG00000006712	btbd11a (ENSOSIG00000006349) #28	cry1a (ENSOSIG00000004452) #31	MTERF2 (ENSOSIG00000004407) #32	tnnt2c (ENSOSIG00000004405)	syt10 (ENSOSIG00000004402) #33	ENSOSIG00000004396 #34	cyb5r3 (ENSOSIG00000003779)	syt1a (ENSOSIG00000003691) ##35
Chinese medaka	MODERN SPECIES	51										ENSOSIG00000010255 #16	klhl42 (ENSOSIG00000010254) #17	nrip2 (ENSOSIG00000010252) #18	itfg2 (ENSOSIG00000010251) #19	ascl1a (ENSOSIG00000010250) #20	pah (ENSOSIG00000008674) #21	th2 (ENSOSIG00000008247) #22	nup37 (ENSOSIG00000008243) #23	parpbp (ENSOSIG00000008240) #24	ENSOSIG00000008239 #25	ENSOSIG00000008238	ENSOSIG00000008237	igf1 (ENSOSIG00000008154) #26	btbd11a (ENSOSIG00000008093) #28	cry1a (ENSOSIG00000007925) ##31	MTERF2 (ENSOSIG00000007922) #32	tnnt2c (ENSOSIG00000007920)	syt10 (ENSOSIG00000007919) #33	ENSOSIG00000007916	ENSOSIG00000007911	syt1a (ENSOSIG00000007909) #35	pawr (ENSOSIG00000007906) #36
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Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT01100000264078.b	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37	ENSGT00940000158804.n.a
Eastern happy	MODERN SPECIES	8	vezt (ENSACLG00000015688) #10	ENSACLG00000015738	metap2b (ENSACLG00000015833) #11	usp44 (ENSACLG00000015861) #12	ntn4 (ENSACLG00000015962) #13	snrpf (ENSACLG00000016066)	amdhd1 (ENSACLG00000016155) #14	tspan9b (ENSACLG00000016292) #15	elapor2b (ENSACLG00000016340) #16	klhl42 (ENSACLG00000016461) #17	nrip2 (ENSACLG00000016504) #18	itfg2 (ENSACLG00000016520) #19	ascl1a (ENSACLG00000016598) #20	ENSACLG00000016643	pah (ENSACLG00000016649) #21	th2 (ENSACLG00000016695) #22	nup37 (ENSACLG00000016738) #23	parpbp (ENSACLG00000016788) #24	pmch (ENSACLG00000016802)	igf1 (ENSACLG00000016815) #26	ENSACLG00000016841	btbd11a (ENSACLG00000016936) #28	cry1a (ENSACLG00000017110) #31	MTERF2 (ENSACLG00000017181) #32	syt10 (ENSACLG00000017353) #33	ENSACLG00000017416 #34	cyb5r3 (ENSACLG00000017472)	syt1a (ENSACLG00000017513) #35	pawr (ENSACLG00000017548) #36	ppp1r12a (ENSACLG00000017614) #37	foxm1 (ENSACLG00000017856)
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Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	437	ENSHBUG00000000203	vezt (ENSHBUG00000008040) #10	metap2b (ENSHBUG00000008050) #11	usp44 (ENSHBUG00000008069) #12	ENSHBUG00000008093	ntn4 (ENSHBUG00000008139) #13	ENSHBUG00000008160	amdhd1 (ENSHBUG00000008199) #14	tspan9b (ENSHBUG00000008253) #15	elapor2b (ENSHBUG00000008321) #16	klhl42 (ENSHBUG00000008341) #17	nrip2 (ENSHBUG00000008345) #18	itfg2 (ENSHBUG00000008439) #19	ascl1a (ENSHBUG00000008452) #20	pah (ENSHBUG00000008494) #21	th2 (ENSHBUG00000008510) #22	nup37 (ENSHBUG00000008577) #23	parpbp (ENSHBUG00000008599) #24	ENSHBUG00000008609 #25	igf1 (ENSHBUG00000008635) #26	ENSHBUG00000008652	btbd11a (ENSHBUG00000008732) #28	cry1a (ENSHBUG00000008802) #31	MTERF2 (ENSHBUG00000008815) #32	tnnt2c (ENSHBUG00000008824)	syt10 (ENSHBUG00000008857) #33
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	291	ENSNBRG00000011853	fgd6 (ENSNBRG00000011809)	vezt (ENSNBRG00000011771) #10	metap2b (ENSNBRG00000011759) #11	usp44 (ENSNBRG00000011724) #12	ntn4 (ENSNBRG00000011696) #13	snrpf (ENSNBRG00000011682)	amdhd1 (ENSNBRG00000011657) #14	tspan9b (ENSNBRG00000011565) #15	elapor2b (ENSNBRG00000011472) #16	klhl42 (ENSNBRG00000011450) #17	nrip2 (ENSNBRG00000011429) #18	itfg2 (ENSNBRG00000011398) #19	ascl1a (ENSNBRG00000011381) #20	pah (ENSNBRG00000011340) #21	th2 (ENSNBRG00000011203) #22	nup37 (ENSNBRG00000011131) #23	parpbp (ENSNBRG00000011099) #24	ENSNBRG00000011057 #25	igf1 (ENSNBRG00000011029) #26	ENSNBRG00000011014	ENSNBRG00000010987	btbd11a (ENSNBRG00000010944) #28	ENSNBRG00000010937	MTERF2 (ENSNBRG00000010933) #32	cry1a (ENSNBRG00000010898) #31	tnnt2c (ENSNBRG00000010879)	syt10 (ENSNBRG00000010856) #33	ENSNBRG00000010848	ENSNBRG00000010794 #34	cyb5r3 (ENSNBRG00000010756)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	8	vezt (ENSONIG00000017844) #10	metap2b (ENSONIG00000017841) #11	usp44 (ENSONIG00000017839) #12	ntn4 (ENSONIG00000017835) #13	snrpf (ENSONIG00000031061)	ENSONIG00000034393	amdhd1 (ENSONIG00000017833) #14	tspan9b (ENSONIG00000017829) #15	elapor2b (ENSONIG00000017824) #16	klhl42 (ENSONIG00000017822) #17	nrip2 (ENSONIG00000030365) #18	itfg2 (ENSONIG00000017820) #19	ascl1a (ENSONIG00000021219) #20	ENSONIG00000038297	pah (ENSONIG00000017811) #21	th2 (ENSONIG00000017806) #22	nup37 (ENSONIG00000041645) #23	ENSONIG00000042831	parpbp (ENSONIG00000017803) #24	ENSONIG00000029183 #25	igf1 (ENSONIG00000017800) #26	ENSONIG00000017799	btbd11a (ENSONIG00000017796) #28	cry1a (ENSONIG00000000075) #31	MTERF2 (ENSONIG00000020695) #32	tnnt2c (ENSONIG00000020696)	ENSONIG00000000001 #34	syt10 (ENSONIG00000000002) #33	syt1a (ENSONIG00000000003) #35	pawr (ENSONIG00000028232) #36	ppp1r12a (ENSONIG00000000005) #37
Midas cichlid	MODERN SPECIES	737	ENSACIG00000012722	fgd6 (ENSACIG00000012759)	vezt (ENSACIG00000012829) #10	metap2b (ENSACIG00000013007) #11	usp44 (ENSACIG00000013159) #12	ntn4 (ENSACIG00000013183) #13	snrpf (ENSACIG00000013216)	amdhd1 (ENSACIG00000013318) #14	tspan9b (ENSACIG00000013346) #15	elapor2b (ENSACIG00000013411) #16	klhl42 (ENSACIG00000013451) #17	nrip2 (ENSACIG00000013461) #18	itfg2 (ENSACIG00000013478) #19	ascl1a (ENSACIG00000013500) #20	pah (ENSACIG00000013511) #21	th2 (ENSACIG00000013549) #22	nup37 (ENSACIG00000013665) #23	parpbp (ENSACIG00000013691) #24	ENSACIG00000013710 #25	igf1 (ENSACIG00000013728) #26	ENSACIG00000013740	ENSACIG00000013750	btbd11a (ENSACIG00000013768) #28	cry1a (ENSACIG00000013832) #31	MTERF2 (ENSACIG00000014189) #32	tnnt2c (ENSACIG00000014196)	syt10 (ENSACIG00000014226) #33	ENSACIG00000014242	ENSACIG00000014253 #34	cyb5r3 (ENSACIG00000014298)	syt1a (ENSACIG00000014311) #35
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Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899.cb #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3008															pah (ENSAOCG00000001591) #21	th2 (ENSAOCG00000021714) #22	nup37 (ENSAOCG00000021679) #23
Orange clownfish	MODERN SPECIES	13	vezt (ENSAPEG00000022201) #10	METAP2 (ENSAPEG00000022182) #11	usp44 (ENSAPEG00000022159) #12	ENSAPEG00000022142	ntn4 (ENSAPEG00000022097) #13	snrpf (ENSAPEG00000022022)	amdhd1 (ENSAPEG00000021994) #14	tspan9b (ENSAPEG00000021973) #15	elapor2b (ENSAPEG00000021953) #16	klhl42 (ENSAPEG00000021941) #17	ENSAPEG00000021936	nrip2 (ENSAPEG00000021926) #18	itfg2 (ENSAPEG00000021902) #19	ascl1a (ENSAPEG00000021889) #20	pah (ENSAPEG00000021861) #21	th2 (ENSAPEG00000021831) #22	nup37 (ENSAPEG00000021794) #23	parpbp (ENSAPEG00000021705) #24	ENSAPEG00000021659 #25	igf1 (ENSAPEG00000021610) #26	ENSAPEG00000021575	ENSAPEG00000021556 #32	cry1a (ENSAPEG00000021519) #31	btbd11a (ENSAPEG00000021482) #28	tnnt2c (ENSAPEG00000021437)	syt10 (ENSAPEG00000021420) #33	ENSAPEG00000021411 #34	cyb5r3 (ENSAPEG00000021367)	syt1a (ENSAPEG00000021322) #35	pawr (ENSAPEG00000021309) #36	ppp1r12a (ENSAPEG00000021244) #37
Spiny chromis	MODERN SPECIES	2043															pah (ENSAPOG00000007745) #21	th2 (ENSAPOG00000007918) #22	nup37 (ENSAPOG00000007965) #23	ENSAPOG00000007991 #24
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000172707.b	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000165530.a.b	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000165530.a.b	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01030000234576.D.a.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000165530.a.b	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406.d #36
Fugu	MODERN SPECIES	9	fgd6 (ENSTRUG00000022013)	vezt (ENSTRUG00000015078) #10	metap2b (ENSTRUG00000015010) #11	usp44 (ENSTRUG00000021755) #12	ntn4 (ENSTRUG00000014966) #13	ENSTRUG00000014956	amdhd1 (ENSTRUG00000014921) #14	tspan9b (ENSTRUG00000014879) #15	ENSTRUG00000027986	elapor2b (ENSTRUG00000014753) #16	klhl42 (ENSTRUG00000014743) #17	nrip2 (ENSTRUG00000023306) #18	itfg2 (ENSTRUG00000014649) #19	ascl1a (ENSTRUG00000012801) #20	pah (ENSTRUG00000014530) #21	th2 (ENSTRUG00000014467) #22	nup37 (ENSTRUG00000014428) #23	parpbp (ENSTRUG00000014361) #24	pmch (ENSTRUG00000014356)	igf1 (ENSTRUG00000022135) #26	ENSTRUG00000025881	btbd11a (ENSTRUG00000014167) #28	cry1a (ENSTRUG00000014032) #31	MTERF2 (ENSTRUG00000014030) #32	tnnt2c (ENSTRUG00000014014)	syt10 (ENSTRUG00000013939) #33	ENSTRUG00000013873 #34	cyb5r3 (ENSTRUG00000020838)	syt1a (ENSTRUG00000013727) #35	pawr (ENSTRUG00000013694) #36	ppp1r12a (ENSTRUG00000013358) #37
Tetraodon	MODERN SPECIES	11	ENSTNIG00000012681	eri1 (ENSTNIG00000012680)	TMCC3 (ENSTNIG00000012679) #7	ndufa12 (ENSTNIG00000012678) #8	fgd6 (ENSTNIG00000012677)	vezt (ENSTNIG00000012676) #10	metap2b (ENSTNIG00000012675) #11	usp44 (ENSTNIG00000012674) #12	ntn4 (ENSTNIG00000012673) #13	snrpf (ENSTNIG00000012672)	amdhd1 (ENSTNIG00000012671) #14	tspan9b (ENSTNIG00000012670) #15	elapor2b (ENSTNIG00000012669) #16	klhl42 (ENSTNIG00000012668) #17	pah (ENSTNIG00000012667) #21	th2 (ENSTNIG00000012666) #22	nup37 (ENSTNIG00000012665) #23	parpbp (ENSTNIG00000012664) #24	pmch (ENSTNIG00000001324)	igf1 (ENSTNIG00000012663) #26	ENSTNIG00000000656	btbd11a (ENSTNIG00000012662) #28	ENSTNIG00000012661	cry1a (ENSTNIG00000012660) #31	tnnt2c (ENSTNIG00000012659)	syt10 (ENSTNIG00000012658) #33	ENSTNIG00000012657 #34	cyb5r3 (ENSTNIG00000012656)	syt1a (ENSTNIG00000012655) #35	ENSTNIG00000012654 #36	pawr (ENSTNIG00000012653) #36
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	262	ENSLBEG00000008598	fgd6 (ENSLBEG00000008633)	vezt (ENSLBEG00000008667) #10	metap2b (ENSLBEG00000008691) #11	usp44 (ENSLBEG00000008728) #12	ntn4 (ENSLBEG00000008777) #13	snrpf (ENSLBEG00000008800)	amdhd1 (ENSLBEG00000008827) #14	tspan9b (ENSLBEG00000008871) #15	elapor2b (ENSLBEG00000008923) #16	klhl42 (ENSLBEG00000008995) #17	nrip2 (ENSLBEG00000009030) #18	itfg2 (ENSLBEG00000009067) #19	ascl1a (ENSLBEG00000009122) #20	pah (ENSLBEG00000009148) #21	th2 (ENSLBEG00000009302) #22	nup37 (ENSLBEG00000009795) #23	parpbp (ENSLBEG00000009853) #24	ENSLBEG00000009881 #25	igf1 (ENSLBEG00000009904) #26	ENSLBEG00000009921	ENSLBEG00000009958	ENSLBEG00000010011 #32	cry1a (ENSLBEG00000010050) #31	btbd11a (ENSLBEG00000010130) #28	ENSLBEG00000010191	ccnd2b (ENSLBEG00000010215)	tigarb (ENSLBEG00000010244)	fgf23 (ENSLBEG00000010263)	fgf6b (ENSLBEG00000010310)	rad51ap1 (ENSLBEG00000010326)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.b.s.b	ENSGT00400000022326.b.a.b.a.a	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.b.s.b	ENSGT00400000022326.b.a.b.a.a	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35
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Large yellow croaker	MODERN SPECIES	491	ndufa12 (ENSLCRG00005014995) #8	fgd6 (ENSLCRG00005015006)	vezt (ENSLCRG00005015125) #10	metap2b (ENSLCRG00005015126) #11	usp44 (ENSLCRG00005015128) #12	ntn4 (ENSLCRG00005015129) #13	snrpf (ENSLCRG00005015130)	amdhd1 (ENSLCRG00005015131) #14	tspan9b (ENSLCRG00005015133) #15	elapor2b (ENSLCRG00005015142) #16	klhl42 (ENSLCRG00005015458) #17	itfg2 (ENSLCRG00005015463) #19	nrip2 (ENSLCRG00005015516) #18	ascl1a (ENSLCRG00005015517) #20	pah (ENSLCRG00005015533) #21	th2 (ENSLCRG00005017198) #22	nup37 (ENSLCRG00005017388) #23	parpbp (ENSLCRG00005017399) #24	ENSLCRG00005017401 #25	igf1 (ENSLCRG00005017409) #26	ENSLCRG00005017539	btbd11a (ENSLCRG00005017547) #28	cry1a (ENSLCRG00005017690) #31	MTERF2 (ENSLCRG00005017798) #32	tnnt2c (ENSLCRG00005017799)	syt10 (ENSLCRG00005017801) #33	ENSLCRG00005017806 #34	cyb5r3 (ENSLCRG00005017871)	syt1a (ENSLCRG00005018056) #35	ENSLCRG00005018060	ENSLCRG00005018062
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	5	usp44 (ENSSAUG00010018152) #12	ntn4 (ENSSAUG00010018150) #13	snrpf (ENSSAUG00010018146)	amdhd1 (ENSSAUG00010018144) #14	tspan9b (ENSSAUG00010018138) #15	ENSSAUG00010018130	ENSSAUG00010018119	ENSSAUG00010018116	elapor2b (ENSSAUG00010017867) #16	klhl42 (ENSSAUG00010017856) #17	nrip2 (ENSSAUG00010017853) #18	itfg2 (ENSSAUG00010017851) #19	ascl1a (ENSSAUG00010017842) #20	ascl1a (ENSSAUG00010017839) #20	pah (ENSSAUG00010015550) #21	th2 (ENSSAUG00010015244) #22	nup37 (ENSSAUG00010015237) #23	parpbp (ENSSAUG00010015235) #24	pmch (ENSSAUG00010015234)	igf1 (ENSSAUG00010015109) #26	ENSSAUG00010015101	btbd11a (ENSSAUG00010014766) #28	cry1a (ENSSAUG00010012268) #31	ENSSAUG00010012243 #32	tnnt2c (ENSSAUG00010012240)	syt10 (ENSSAUG00010012236) #33	ENSSAUG00010020501 #34	cyb5r3 (ENSSAUG00010020421)	syt1a (ENSSAUG00010020377) #35	pawr (ENSSAUG00010020373) #36	ppp1r12a (ENSSAUG00010020166) #37
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00940000168896 #25	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36
Lumpfish	MODERN SPECIES	15	ndufa12 (ENSCLMG00005018894) #8	fgd6 (ENSCLMG00005018893)	vezt (ENSCLMG00005018882) #10	metap2b (ENSCLMG00005018879) #11	usp44 (ENSCLMG00005018877) #12	ntn4 (ENSCLMG00005018876) #13	snrpf (ENSCLMG00005018875)	amdhd1 (ENSCLMG00005018874) #14	tspan9b (ENSCLMG00005018873) #15	elapor2b (ENSCLMG00005018872) #16	klhl42 (ENSCLMG00005018871) #17	nrip2 (ENSCLMG00005018870) #18	itfg2 (ENSCLMG00005018867) #19	ascl1a (ENSCLMG00005018865) #20	pah (ENSCLMG00005018810) #21	th2 (ENSCLMG00005018807) #22	nup37 (ENSCLMG00005018805) #23	parpbp (ENSCLMG00005018804) #24	ENSCLMG00005018803 #25	igf1 (ENSCLMG00005018801) #26	ENSCLMG00005018800	ENSCLMG00005018799	ENSCLMG00005018798	ABTB3 (ENSCLMG00005018797) #28	cry1a (ENSCLMG00005018166) #31	ENSCLMG00005018160	apaf1 (ENSCLMG00005016672)	anks1b (ENSCLMG00005016584)	uhrf1bp1l (ENSCLMG00005016536)	ENSCLMG00005016528	ENSCLMG00005016527
Stickleback	MODERN SPECIES	3	ENSGACG00000020067 #7	fgd6 (ENSGACG00000020065)	ENSGACG00000020064	vezt (ENSGACG00000020060) #10	metap2b (ENSGACG00000020059) #11	usp44 (ENSGACG00000020058) #12	ntn4 (ENSGACG00000020056) #13	snrpf (ENSGACG00000020055)	amdhd1 (ENSGACG00000020054) #14	tspan9b (ENSGACG00000020053) #15	elapor2b (ENSGACG00000020052) #16	klhl42 (ENSGACG00000020051) #17	nrip2 (ENSGACG00000020050) #18	itfg2 (ENSGACG00000020049) #19	ascl1a (ENSGACG00000020048) #20	th2 (ENSGACG00000020047) #22	nup37 (ENSGACG00000020046) #23	parpbp (ENSGACG00000020045) #24	ENSGACG00000020044 #25	igf1 (ENSGACG00000020042) #26	ENSGACG00000020041	btbd11a (ENSGACG00000020040) #28	cry1a (ENSGACG00000020037) #31	ENSGACG00000020036 #32	tnnt2c (ENSGACG00000020034)	syt10 (ENSGACG00000020031) #33	ENSGACG00000020026 #34	cyb5r3 (ENSGACG00000020019)	syt1a (ENSGACG00000020017) #35	pawr (ENSGACG00000020015) #36	ppp1r12a (ENSGACG00000020012) #37
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT01100000263533.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Pike perch	MODERN SPECIES	28	ndufa12 (ENSSLUG00000007433) #8	fgd6 (ENSSLUG00000007421)	vezt (ENSSLUG00000007416) #10	metap2b (ENSSLUG00000007275) #11	usp44 (ENSSLUG00000007245) #12	ntn4 (ENSSLUG00000007235) #13	snrpf (ENSSLUG00000007230)	amdhd1 (ENSSLUG00000007223) #14	tspan9b (ENSSLUG00000007211) #15	elapor2b (ENSSLUG00000007126) #16	klhl42 (ENSSLUG00000007097) #17	nrip2 (ENSSLUG00000007092) #18	itfg2 (ENSSLUG00000007037) #19	ascl1a (ENSSLUG00000007018) #20	pah (ENSSLUG00000005452) #21	th2 (ENSSLUG00000005335) #22	nup37 (ENSSLUG00000005270) #23	parpbp (ENSSLUG00000005238) #24	pmch (ENSSLUG00000005227)	IGF-I (ENSSLUG00000004805) #26	ENSSLUG00000004758	btbd11a (ENSSLUG00000004616) #28	cry1a (ENSSLUG00000003675) #31	MTERF2 (ENSSLUG00000003583) #32	syt10 (ENSSLUG00000003569) #33	ENSSLUG00000003558 #33	ENSSLUG00000002793 #34	cyb5r3 (ENSSLUG00000002598)	syt1a (ENSSLUG00000002503) #35	pawr (ENSSLUG00000002488) #36	ppp1r12a (ENSSLUG00000002356) #37
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Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36
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Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00940000163513	ENSGT00950000183169.A.a.a	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36
Climbing perch	MODERN SPECIES	14	ndufa12 (ENSATEG00000022496) #8	fgd6 (ENSATEG00000022513)	vezt (ENSATEG00000022542) #10	METAP2 (ENSATEG00000022567) #11	USP44 (ENSATEG00000022583) #12	ntn4 (ENSATEG00000022608) #13	SNRPF (ENSATEG00000022625)	amdhd1 (ENSATEG00000022667) #14	ENSATEG00000022678 #15	ENSATEG00000022701 #16	klhl42 (ENSATEG00000022766) #17	ENSATEG00000022782 #18	itfg2 (ENSATEG00000022806) #19	ENSATEG00000022825 #20	pah (ENSATEG00000022831) #21	th2 (ENSATEG00000022864) #22	NUP37 (ENSATEG00000022933) #23	parpbp (ENSATEG00000022956) #24	pmch (ENSATEG00000022998)	igf1 (ENSATEG00000023026) #26	ENSATEG00000023044	ENSATEG00000029039	btbd11a (ENSATEG00000023064) #28	ENSATEG00000023083 #31	tnnt2c (ENSATEG00000023096)	ENSATEG00000023107 #33	ENSATEG00000026602 #33	ENSATEG00000023121 #34	ENSATEG00000023152	ENSATEG00000023170 #35	ENSATEG00000023210 #36
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Zig-zag eel	MODERN SPECIES	15	ndufa12 (ENSMAMG00000027238) #8	fgd6 (ENSMAMG00000017007)	vezt (ENSMAMG00000016818) #10	METAP2 (ENSMAMG00000016805) #11	USP44 (ENSMAMG00000016772) #12	ntn4 (ENSMAMG00000016733) #13	SNRPF (ENSMAMG00000016593)	amdhd1 (ENSMAMG00000016384) #14	ENSMAMG00000026753 #15	ENSMAMG00000016348 #16	klhl42 (ENSMAMG00000016338) #17	ENSMAMG00000016311 #18	itfg2 (ENSMAMG00000016273) #19	ENSMAMG00000016256 #20	pah (ENSMAMG00000016220) #21	th2 (ENSMAMG00000016040) #22	nup37 (ENSMAMG00000016017) #23	parpbp (ENSMAMG00000016003) #24	pmch (ENSMAMG00000015727)	igf1 (ENSMAMG00000015704) #26	ENSMAMG00000015670	btbd11a (ENSMAMG00000015616) #28	ENSMAMG00000015580 #31	tnnt2c (ENSMAMG00000015546)	ENSMAMG00000015509 #33	ENSMAMG00000024270 #33	ENSMAMG00000015433 #34	ENSMAMG00000015393	ENSMAMG00000015373 #35	ENSMAMG00000015337 #36	ppp1r12a (ENSMAMG00000015240) #37
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36	ENSGT00940000156120.a #37
Turbot	MODERN SPECIES	11	ndufa12 (ENSSMAG00000005726) #8	fgd6 (ENSSMAG00000005702)	vezt (ENSSMAG00000028160) #10	METAP2 (ENSSMAG00000005667) #11	USP44 (ENSSMAG00000005649) #12	ntn4 (ENSSMAG00000005605) #13	SNRPF (ENSSMAG00000005533)	amdhd1 (ENSSMAG00000005484) #14	ENSSMAG00000005457 #15	ENSSMAG00000005360 #16	klhl42 (ENSSMAG00000005334) #17	ENSSMAG00000022137 #18	itfg2 (ENSSMAG00000005257) #19	ENSSMAG00000005248 #20	pah (ENSSMAG00000005207) #21	th2 (ENSSMAG00000005181) #22	nup37 (ENSSMAG00000005160) #23	parpbp (ENSSMAG00000005145) #24	pmch (ENSSMAG00000022672)	igf1 (ENSSMAG00000005115) #26	ENSSMAG00000030625	ENSSMAG00000005081	btbd11a (ENSSMAG00000005012) #28	ENSSMAG00000004964 #31	ENSSMAG00000005003 #32	tnnt2c (ENSSMAG00000004942)	ENSSMAG00000004931 #33	ENSSMAG00000004880 #34	ENSSMAG00000004819	ENSSMAG00000004787 #35	ENSSMAG00000004775 #36
Tongue sole	MODERN SPECIES	18	pawr (ENSCSEG00000004529) #36	syt1a (ENSCSEG00000004537) #35	cyb5r3 (ENSCSEG00000004558)	ENSCSEG00000004570 #34	syt10 (ENSCSEG00000004582) #33	MTERF2 (ENSCSEG00000004606) #32	cry1a (ENSCSEG00000004597) #31	amdhd1 (ENSCSEG00000004613) #14	tspan9b (ENSCSEG00000004608) #15	elapor2b (ENSCSEG00000004623) #16	klhl42 (ENSCSEG00000004627) #17	nrip2 (ENSCSEG00000004633) #18	ENSCSEG00000004636	ascl1a (ENSCSEG00000004639) #20	pah (ENSCSEG00000004644) #21	th2 (ENSCSEG00000004662) #22	nup37 (ENSCSEG00000004667) #23	parpbp (ENSCSEG00000004674) #24	ENSCSEG00000004687 #25	igf1 (ENSCSEG00000004697) #26	ENSCSEG00000004721	btbd11a (ENSCSEG00000004735) #28	snrpf (ENSCSEG00000004748)	ntn4 (ENSCSEG00000004754) #13	usp44 (ENSCSEG00000004765) #12	metap2b (ENSCSEG00000004778) #11	vezt (ENSCSEG00000004802) #10	fgd6 (ENSCSEG00000004819)	ENSCSEG00000004837	TMCC3 (ENSCSEG00000005859) #7	eri1 (ENSCSEG00000005863)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00940000178380	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000172707.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00940000154709.a.a	ENSGT00940000158899 #33	ENSGT01050000244951.a.b.a.b.b #34	ENSGT00940000153962.b	ENSGT00940000155394.i.a #35	ENSGT00390000000406 #36
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005848 #8	ENSGT00940000156334.a.b	ENSGT00390000003290 #10	ENSGT00940000155016 #11	ENSGT00940000160526 #12	ENSGT00940000156615.a #13	ENSGT00940000154818	ENSGT00390000008645 #14	ENSGT00940000158225.i.a #15	ENSGT00940000154983.c.b #16	ENSGT00940000160124 #17	ENSGT00950000182999.b.a.a #18	ENSGT00390000005378 #19	ENSGT00940000166611 #20	ENSGT00950000182885.B #21	ENSGT00950000182885.C.b #22	ENSGT00390000010777 #23	ENSGT00390000006088 #24	ENSGT00390000004984.b	ENSGT00940000159081 #26	ENSGT00840000130048.b	ENSGT00940000156419.b #28	ENSGT00940000155455.g #31	ENSGT00530000063817.b.b #32	ENSGT00390000018424	ENSGT01010000222336.b.a.b.a	ENSGT01050000244882.a.a.a.a.b	ENSGT00950000182824.a.a.a.a.b	ENSGT00390000009583	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000157998
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Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2989			vezt (ENSSLDG00000005374) #10	metap2b (ENSSLDG00000005344) #11	usp44 (ENSSLDG00000005301) #12	ntn4 (ENSSLDG00000005247) #13	snrpf (ENSSLDG00000005119)	amdhd1 (ENSSLDG00000005072) #14	tspan9b (ENSSLDG00000004989) #15	elapor2b (ENSSLDG00000004921) #16	klhl42 (ENSSLDG00000004894) #17	nrip2 (ENSSLDG00000004872) #18	itfg2 (ENSSLDG00000004809) #19	ascl1a (ENSSLDG00000004770) #20	pah (ENSSLDG00000004715) #21	th2 (ENSSLDG00000004650) #22	nup37 (ENSSLDG00000004590) #23	parpbp (ENSSLDG00000004566) #24	pmch (ENSSLDG00000004554)	igf1 (ENSSLDG00000004529) #26	ENSSLDG00000004485	btbd11a (ENSSLDG00000004377) #28	MTERF2 (ENSSLDG00000004358) #32	cry1a (ENSSLDG00000004294) #31	ENSSLDG00000004226	acot14 (ENSSLDG00000004148)	AVPR1A (ENSSLDG00000004134)	srgap1b (ENSSLDG00000004008)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	292	fgd6 (ENSLCAG00010026885)	ENSLCAG00010026889	vezt (ENSLCAG00010026891) #10	metap2b (ENSLCAG00010026892) #11	usp44 (ENSLCAG00010026893) #12	ntn4 (ENSLCAG00010026894) #13	snrpf (ENSLCAG00010026895)	amdhd1 (ENSLCAG00010026896) #14	klhl42 (ENSLCAG00010026897) #17	elapor2b (ENSLCAG00010026919) #16	tspan9b (ENSLCAG00010026930) #15	nrip2 (ENSLCAG00010026932) #18	itfg2 (ENSLCAG00010026936) #19	ascl1a (ENSLCAG00010026942) #20	pah (ENSLCAG00010026972) #21	th2 (ENSLCAG00010027029) #22	nup37 (ENSLCAG00010027047) #23	parpbp (ENSLCAG00010027051) #24	pmch (ENSLCAG00010027053)	igf1 (ENSLCAG00010027059) #26	ENSLCAG00010027073	ENSLCAG00010027076	btbd11a (ENSLCAG00010027077) #28	cry1a (ENSLCAG00010027085) #31	MTERF2 (ENSLCAG00010027093) #32	tnnt2c (ENSLCAG00010027095)	syt10 (ENSLCAG00010027097) #33