Glires ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.u.a ENSGT00390000002732.n ENSGT01100000263475.d.b ENSGT01010000222360.G ENSGT00390000015505 ENSGT00950000183084.b.a.a ENSGT00440000037417.B ENSGT00940000160972 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000160569 #20 ENSGT00940000154318.B #21 ENSGT00940000154700 #22 ENSGT00730000114226 ENSGT01060000248595.b.a.b.b #23 ENSGT00390000002611 ENSGT00950000182838.A.a.a ENSGT01100000267133 ENSGT00390000010727 ENSGT00940000160439 ENSGT00940000161923 ENSGT00940000159302 ENSGT00390000017397 ENSGT00940000158989 ENSGT00940000162082 ENSGT00940000161737 ENSGT00530000063801.b ENSGT00940000158111 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 394 ENSGT00940000160569 #20 ENSGT00940000154318.B #21 ENSGT00940000154700 #22 ENSGT01060000248595.b.a.b.b #23 Pika MODERN SPECIES 892 IRF3 (ENSOPRG00000001971) #20 BCL2L12 (ENSOPRG00000001983) #21 PRMT1 (ENSOPRG00000002011) #22 CPT1C (ENSOPRG00000002029) #23 Rabbit MODERN SPECIES 872 ENSOCUG00000011123 PTH2 (ENSOCUG00000027010) GFY (ENSOCUG00000031284) SLC17A7 (ENSOCUG00000012799) PIH1D1 (ENSOCUG00000003821) ALDH16A1 (ENSOCUG00000026756) RPL13A (ENSOCUG00000025258) FCGRT (ENSOCUG00000024751) NOSIP (ENSOCUG00000027829) ENSOCUG00000038726 ENSOCUG00000021401 ENSOCUG00000027558 BCL2L12 (ENSOCUG00000010676) #21 PRMT1 (ENSOCUG00000022192) #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.u.a ENSGT00390000002732.n.`b ENSGT01100000263475.d.b ENSGT01010000222360.G ENSGT00390000015505 ENSGT00950000183084.b.a.a ENSGT00440000037417.B ENSGT00940000160972 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000160569 #20 ENSGT00940000154318.B #21 ENSGT00940000154700 #22 ENSGT00730000114226 ENSGT01060000248595.b.a.b.b #23 ENSGT00390000002611 ENSGT00950000182838.A.a.a ENSGT01100000267133 ENSGT00390000010727 ENSGT00940000160439 ENSGT00940000161923 ENSGT00940000159302 ENSGT00390000017397 ENSGT00940000158989 ENSGT00940000162082 ENSGT00940000161737 ENSGT00530000063801.b ENSGT00940000158111 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.v ENSGT00390000002732.n.`b ENSGT01100000263475.d.b ENSGT01010000222360.G ENSGT00390000015505 ENSGT00950000183084.b.a.a ENSGT00440000037417.B ENSGT00940000160972 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000160569 #20 ENSGT00940000154318.B #21 ENSGT00940000154700 #22 ENSGT01060000248595.b.a.b.b #23 ENSGT00390000002611 ENSGT00950000182838.A.a.a ENSGT00390000010727 ENSGT00940000160439 ENSGT00940000161923 ENSGT00940000159302 ENSGT00390000017397 ENSGT00940000158989 ENSGT00940000162082 ENSGT00940000161737 ENSGT00530000063801.b ENSGT00940000158111 ENSGT00840000130048 ENSGT00390000015068 Kangaroo rat MODERN SPECIES 424 Pth2 (ENSDORG00000013590) ENSDORG00000028515 Slc17a7 (ENSDORG00000013592) Pih1d1 (ENSDORG00000013596) Aldh16a1 (ENSDORG00000013597) Rpl13a 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ENSGT00940000154318.B #21 ENSGT00940000154700 #22 ENSGT01060000248595.b.a.b.b #23 ENSGT00390000002611 ENSGT00950000182838.A.a.a ENSGT00390000010727 ENSGT00940000160439 ENSGT00940000161923 ENSGT00940000159302 ENSGT00390000017397 ENSGT00940000158989 ENSGT00940000162082 ENSGT00940000161737 ENSGT00530000063801.b ENSGT00940000158111 ENSGT00840000130048 ENSGT00390000015068 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 228 Slc17a7 (ENSJJAG00000003062) Pih1d1 (ENSJJAG00000024001) Aldh16a1 (ENSJJAG00000015970) ENSJJAG00000011073 Rpl13a (ENSJJAG00000000343) Rps11 (ENSJJAG00000021986) Fcgrt (ENSJJAG00000023789) Rcn3 (ENSJJAG00000023309) ENSJJAG00000023221 Prrg2 (ENSJJAG00000020611) Prr12 (ENSJJAG00000003240) Rras (ENSJJAG00000000707) Scaf1 (ENSJJAG00000020045) ENSJJAG00000018742 #20 Bcl2l12 (ENSJJAG00000017216) #21 Prmt1 (ENSJJAG00000018374) #22 Cpt1c (ENSJJAG00000009112) #23 Tsks (ENSJJAG00000004998) Ap2a1 (ENSJJAG00000024079) Fuz (ENSJJAG00000021197) ENSJJAG00000018751 Ptov1 (ENSJJAG00000013264) Pnkp (ENSJJAG00000010976) Akt1s1 (ENSJJAG00000007281) ENSJJAG00000004161 ENSJJAG00000023850 Nup62 (ENSJJAG00000015756) Atf5 (ENSJJAG00000015377) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.v ENSGT00390000002732.n.`b ENSGT01100000263475.d.b ENSGT01010000222360.G ENSGT00390000015505 ENSGT00950000183084.b.a.a ENSGT00440000037417.B ENSGT00940000160972 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000160569 #20 ENSGT00940000154318.B #21 ENSGT00940000154700 #22 ENSGT01060000248595.b.a.b.b #23 ENSGT00390000002611 ENSGT00950000182838.A.a.a ENSGT00390000010727 ENSGT00940000160439 ENSGT00940000161923 ENSGT00940000159302 ENSGT00390000017397 ENSGT00940000158989 ENSGT00940000162082 ENSGT00940000161737 ENSGT00530000063801.b ENSGT00940000158111 ENSGT00840000130048 ENSGT00390000015068 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1286 Slc17a7 (ENSNGAG00000021921) Pih1d1 (ENSNGAG00000021616) Aldh16a1 (ENSNGAG00000022707) Flt3l (ENSNGAG00000003724) Rpl13a (ENSNGAG00000021984) Rps11 (ENSNGAG00000021376) Fcgrt (ENSNGAG00000020635) Rcn3 (ENSNGAG00000022084) Nosip (ENSNGAG00000018058) Prrg2 (ENSNGAG00000023084) Prr12 (ENSNGAG00000023139) Rras (ENSNGAG00000015476) Scaf1 (ENSNGAG00000009448) Irf3 (ENSNGAG00000022121) #20 Bcl2l12 (ENSNGAG00000013191) #21 Prmt1 (ENSNGAG00000018656) #22 Cpt1c (ENSNGAG00000022950) #23 Tsks (ENSNGAG00000007904) Ap2a1 (ENSNGAG00000017671) Fuz (ENSNGAG00000021167) Med25 (ENSNGAG00000021950) ENSNGAG00000022507 Pnkp (ENSNGAG00000013598) Akt1s1 (ENSNGAG00000008683) ENSNGAG00000023215 Il4i1 (ENSNGAG00000008304) Nup62 (ENSNGAG00000020299) Atf5 (ENSNGAG00000023365) Vrk3 (ENSNGAG00000013641) Izumo2 (ENSNGAG00000020951) Myh14 (ENSNGAG00000014917) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.v ENSGT00390000002732.n.`b ENSGT01100000263475.d.b ENSGT01010000222360.G ENSGT00390000015505 ENSGT00950000183084.b.a.a 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Prairie vole MODERN SPECIES 97 Slc17a7 (ENSMOCG00000008964) Pih1d1 (ENSMOCG00000017144) Aldh16a1 (ENSMOCG00000005158) Flt3l (ENSMOCG00000010342) ENSMOCG00000002774 Rps11 (ENSMOCG00000014469) Fcgrt (ENSMOCG00000017574) Rcn3 (ENSMOCG00000000557) ENSMOCG00000002542 Prrg2 (ENSMOCG00000003675) Prr12 (ENSMOCG00000018369) Rras (ENSMOCG00000002251) Scaf1 (ENSMOCG00000012474) Irf3 (ENSMOCG00000013920) #20 Bcl2l12 (ENSMOCG00000022863) #21 ENSMOCG00000004064 #22 Cpt1c (ENSMOCG00000001831) #23 Tsks (ENSMOCG00000012880) Ap2a1 (ENSMOCG00000007825) Fuz (ENSMOCG00000003081) Med25 (ENSMOCG00000006863) Ptov1 (ENSMOCG00000003051) Pnkp (ENSMOCG00000006264) Akt1s1 (ENSMOCG00000014526) ENSMOCG00000020458 Il4i1 (ENSMOCG00000009373) ENSMOCG00000000871 Atf5 (ENSMOCG00000001321) ENSMOCG00000003289 Vrk3 (ENSMOCG00000004276) Izumo2 (ENSMOCG00000014130) Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 101 Wdr86 (ENSMOCG00000000597) Crygn (ENSMOCG00000015061) Rheb (ENSMOCG00000022240) Prkag2 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(ENSMOCG00000022037) Rasef (ENSMOCG00000000943) Tle1 (ENSMOCG00000017405) ENSMOCG00000019378 #22 Megf9 (ENSMOCG00000018603) E130308A19Rik (ENSMOCG00000014658) Inip (ENSMOCG00000001218) Snx30 (ENSMOCG00000000536) Slc46a2 (ENSMOCG00000013061) ENSMOCG00000004604 Zfp37 (ENSMOCG00000019734) Slc31a2 (ENSMOCG00000013063) Fkbp15 (ENSMOCG00000015155) Slc31a1 (ENSMOCG00000014099) Cdc26 (ENSMOCG00000018577) Prpf4 (ENSMOCG00000018273) Wdr31 (ENSMOCG00000022914) Bspry (ENSMOCG00000022879) Hdhd3 (ENSMOCG00000022769) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.u.a ENSGT00390000002732.n.`b ENSGT01100000263475.d.b ENSGT01010000222360.G ENSGT00390000015505 ENSGT00950000183084.b.a.a ENSGT00440000037417.B ENSGT00940000160972 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000160569 #20 ENSGT00940000154318.B #21 ENSGT00940000154700 #22 ENSGT00730000114226 ENSGT01060000248595.b.a.b.b #23 ENSGT00390000002611 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MODERN SPECIES 21 PTH2 (ENSHGLG00000009333) SLC17A7 (ENSHGLG00000011238) ALDH16A1 (ENSHGLG00000010891) FLT3LG (ENSHGLG00000007895) ENSHGLG00000010070 RPS11 (ENSHGLG00000040635) FCGRT (ENSHGLG00000040787) RCN3 (ENSHGLG00000048489) ENSHGLG00000046891 ENSHGLG00000043624 ENSHGLG00000011479 ENSHGLG00000043111 ENSHGLG00000038097 IRF3 (ENSHGLG00000009400) #20 BCL2L12 (ENSHGLG00000008378) #21 PRMT1 (ENSHGLG00000006326) #22 ENSHGLG00000041739 ENSHGLG00000032781 ENSHGLG00000047510 #23 TSKS (ENSHGLG00000005186) ENSHGLG00000050426 ENSHGLG00000040645 ENSHGLG00000038378 ENSHGLG00000038144 PTOV1 (ENSHGLG00000017957) ENSHGLG00000013804 ENSHGLG00000045780 ENSHGLG00000033639 AKT1S1 (ENSHGLG00000040304) ENSHGLG00000044259 ENSHGLG00000036978 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.u.a.f ENSGT00390000002732.n.`b ENSGT01100000263475.d.b ENSGT01010000222360.G ENSGT00390000015505 ENSGT00950000183084.b.a.a 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ENSGT00940000161737 ENSGT00530000063801.b ENSGT00940000158111 ENSGT00840000130048 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 266 SLC17A7 (ENSCLAG00000004681) PIH1D1 (ENSCLAG00000004603) ALDH16A1 (ENSCLAG00000004135) FLT3LG (ENSCLAG00000003815) ENSCLAG00000012323 RPS11 (ENSCLAG00000011518) FCGRT (ENSCLAG00000008478) RCN3 (ENSCLAG00000008137) NOSIP (ENSCLAG00000007784) PRRG2 (ENSCLAG00000007479) PRR12 (ENSCLAG00000007194) RRAS (ENSCLAG00000004920) ENSCLAG00000004727 IRF3 (ENSCLAG00000004576) #20 BCL2L12 (ENSCLAG00000004288) #21 PRMT1 (ENSCLAG00000003806) #22 ENSCLAG00000006977 #23 TSKS (ENSCLAG00000006760) AP2A1 (ENSCLAG00000010607) FUZ (ENSCLAG00000016293) MED25 (ENSCLAG00000009793) PTOV1 (ENSCLAG00000007773) ENSCLAG00000010053 AKT1S1 (ENSCLAG00000009882) TBC1D17 (ENSCLAG00000008838) IL4I1 (ENSCLAG00000007325) NUP62 (ENSCLAG00000007138) ATF5 (ENSCLAG00000008535) VRK3 (ENSCLAG00000008415) ZNF473 (ENSCLAG00000008267) MYH14 (ENSCLAG00000006607) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 44 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ENSODEG00000018384 ENSODEG00000018441 ENSODEG00000018444 ENSODEG00000018445 LIPG (ENSODEG00000018437) ENSODEG00000018376 MYO5B (ENSODEG00000018483) ENSODEG00000018463 MBD1 (ENSODEG00000018451) CXXC1 (ENSODEG00000018469) ENSODEG00000018389 ENSODEG00000018396 ENSODEG00000018450 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.u.a ENSGT00390000002732.n.`b ENSGT01100000263475.d.b ENSGT01010000222360.G ENSGT00390000015505 ENSGT00950000183084.b.a.a ENSGT00440000037417.B ENSGT00940000160972 ENSGT00950000183205.b.a.b.a.a ENSGT00940000160569 #20 ENSGT00940000154318.B #21 ENSGT00940000154700 #22 ENSGT00730000114226 ENSGT01060000248595.b.a.b.b #23 ENSGT00390000002611 ENSGT00950000182838.A.a.a ENSGT00390000010727 ENSGT00940000160439 ENSGT00940000161923 ENSGT00940000159302 ENSGT00390000017397 ENSGT00940000158989 ENSGT00940000162082 ENSGT00940000161737 ENSGT00530000063801.b ENSGT00940000158111 ENSGT00840000130048 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 8 PIH1D1 (ENSSVLG00005019780) ALDH16A1 (ENSSVLG00005019893) FLT3LG (ENSSVLG00005020373) ENSSVLG00005020410 ENSSVLG00005020539 FCGRT (ENSSVLG00005020604) RCN3 (ENSSVLG00005020707) NOSIP (ENSSVLG00005020742) PRRG2 (ENSSVLG00005020778) ENSSVLG00005020873 ENSSVLG00005020892 RRAS (ENSSVLG00005020957) SCAF1 (ENSSVLG00005020993) IRF3 (ENSSVLG00005021057) #20 ENSSVLG00005021344 #21 PRMT1 (ENSSVLG00005021460) #22 CPT1C (ENSSVLG00005021628) #23 TSKS (ENSSVLG00005021672) AP2A1 (ENSSVLG00005021771) ENSSVLG00005021820 MED25 (ENSSVLG00005021880) PNKP (ENSSVLG00005022053) AKT1S1 (ENSSVLG00005022107) TBC1D17 (ENSSVLG00005022203) IL4I1 (ENSSVLG00005022427) ATF5 (ENSSVLG00005022475) ENSSVLG00005022533 VRK3 (ENSSVLG00005022803) ZNF473 (ENSSVLG00005022988) IZUMO2 (ENSSVLG00005023039) MYH14 (ENSSVLG00005023153) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159110 ENSGT00510000048192 ENSGT00940000161135 ENSGT00530000064424 ENSGT00390000010799.u.a.d ENSGT00390000002732.n.`b 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ENSGT00940000159302 ENSGT00390000017397 ENSGT00940000158989 ENSGT00940000162082 ENSGT00940000161737 ENSGT00530000063801.b ENSGT00940000158111 ENSGT00840000130048 Squirrel MODERN SPECIES 264 SLC17A7 (ENSSTOG00000014610) PIH1D1 (ENSSTOG00000025836) ALDH16A1 (ENSSTOG00000014893) FLT3LG (ENSSTOG00000033194) ENSSTOG00000021558 RPS11 (ENSSTOG00000023443) FCGRT (ENSSTOG00000014628) RCN3 (ENSSTOG00000014632) NOSIP (ENSSTOG00000014638) PRRG2 (ENSSTOG00000014274) PRR12 (ENSSTOG00000025104) RRAS (ENSSTOG00000001860) SCAF1 (ENSSTOG00000019495) IRF3 (ENSSTOG00000022900) #20 BCL2L12 (ENSSTOG00000005394) #21 PRMT1 (ENSSTOG00000025543) #22 CPT1C (ENSSTOG00000015267) #23 TSKS (ENSSTOG00000009763) AP2A1 (ENSSTOG00000012743) FUZ (ENSSTOG00000031126) MED25 (ENSSTOG00000012769) PTOV1 (ENSSTOG00000012781) PNKP (ENSSTOG00000019487) AKT1S1 (ENSSTOG00000012784) TBC1D17 (ENSSTOG00000012787) IL4I1 (ENSSTOG00000019779) NUP62 (ENSSTOG00000022115) ATF5 (ENSSTOG00000025471) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 332 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