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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155809	ENSGT00940000153352.B	ENSGT00940000159529	ENSGT00580000081628	ENSGT01030000234642.a.a	ENSGT00390000015948.b	ENSGT00390000009265	ENSGT00940000156270	ENSGT00940000161451	ENSGT00520000055570.A.a #16	ENSGT00940000159064 #17	ENSGT00940000163069 #18	ENSGT00940000156651 #19	ENSGT00940000155642 #20	ENSGT00950000183192.b #21	ENSGT00940000155535 #22	ENSGT00940000157814 #23	ENSGT00940000158418 #24	ENSGT00940000153232.a.a #25	ENSGT00390000006729 #26	ENSGT00940000158766 #27	ENSGT00390000015483 #28	ENSGT00940000161953	ENSGT00720000108851 #29	ENSGT00940000158754 #30	ENSGT00940000159040 #31	ENSGT00950000183067.a.b.b #32	ENSGT00950000182850.a.a #33	ENSGT00950000182936.a.b.a #34	ENSGT00940000158962 #35	ENSGT00940000155790 #36
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155809	ENSGT00940000153352.B	ENSGT00940000159529	ENSGT00580000081628	ENSGT01030000234642.a.a	ENSGT00390000015948.b	ENSGT00390000009265	ENSGT00940000156270	ENSGT00940000161451	ENSGT00520000055570.A.a #16	ENSGT00940000159064 #17	ENSGT00940000163069 #18	ENSGT00940000156651 #19	ENSGT00940000155642 #20	ENSGT00950000183192.b #21	ENSGT00940000155535 #22	ENSGT00940000157814 #23	ENSGT00940000158418 #24	ENSGT00940000153232.a.a #25	ENSGT00390000006729 #26	ENSGT00940000158766 #27	ENSGT00390000015483 #28	ENSGT00940000161953	ENSGT00720000108851 #29	ENSGT00940000158754 #30	ENSGT00940000159040 #31	ENSGT00950000183067.a.b.b #32	ENSGT00950000182850.a.a #33	ENSGT00950000182936.a.b.a #34	ENSGT00940000158962 #35	ENSGT00940000155790 #36
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	138	TEX26 (ENSCLAG00000005302) #7	MEDAG (ENSCLAG00000005352) #8	ALOX5AP (ENSCLAG00000005620) #9	USPL1 (ENSCLAG00000003130) #10	HMGB1 (ENSCLAG00000003343) #11	KATNAL1 (ENSCLAG00000003501) #12	UBL3 (ENSCLAG00000003772) #13	SLC7A1 (ENSCLAG00000004045) #14	ENSCLAG00000004626 #15	GPAM (ENSCLAG00000012305) #16	TECTB (ENSCLAG00000014020) #17	ENSCLAG00000003782 #18	ACSL5 (ENSCLAG00000005097) #19	ZDHHC6 (ENSCLAG00000017305) #20	VTI1A (ENSCLAG00000009927) #21	TCF7L2 (ENSCLAG00000006910) #22	HABP2 (ENSCLAG00000005651) #23	NRAP (ENSCLAG00000004255) #24	CASP7 (ENSCLAG00000006895) #25	PLEKHS1 (ENSCLAG00000008396) #26	DCLRE1A (ENSCLAG00000016072) #27	NHLRC2 (ENSCLAG00000016895) #28	CCDC186 (ENSCLAG00000012382) #29	TDRD1 (ENSCLAG00000003935) #30	VWA2 (ENSCLAG00000004495) #31	AFAP1L2 (ENSCLAG00000005703) #32	ABLIM1 (ENSCLAG00000013904) #33	FHIP2A (ENSCLAG00000011040) #34	TRUB1 (ENSCLAG00000008664) #35	ATRNL1 (ENSCLAG00000011008) #36	GFRA1 (ENSCLAG00000012517) #37
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Naked mole-rat female	DUPLICATION
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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00580000081628	ENSGT01030000234642.a.a	ENSGT00390000015948.b	ENSGT00390000009265	ENSGT00940000156270.j	ENSGT01030000235307	ENSGT00940000156270.i	ENSGT00940000161451	ENSGT00520000055570.A.a #16	ENSGT00940000159064 #17	ENSGT00940000156651 #19	ENSGT00940000155642 #20	ENSGT00960000189745	ENSGT00950000183192.b #21	ENSGT00940000167867	ENSGT00940000155535 #22	ENSGT00940000157814 #23	ENSGT00940000158418 #24	ENSGT00940000153232.a.a #25	ENSGT00390000006729 #26	ENSGT00940000158766 #27	ENSGT00390000015483 #28	ENSGT00940000161953	ENSGT00720000108851 #29	ENSGT00940000158754 #30	ENSGT00940000159040 #31	ENSGT00950000183067.a.b.b #32	ENSGT00950000182850.a.a #33	ENSGT00950000182936.a.b.a #34	ENSGT00940000158962 #35	ENSGT00940000155790 #36
Alpin marmot	MODERN SPECIES	39	DUSP5 (ENSMMMG00000001986)	SMC3 (ENSMMMG00000002004)	RBM20 (ENSMMMG00000002043)	ENSMMMG00000002115	PDCD4 (ENSMMMG00000002133)	ENSMMMG00000002162	ENSMMMG00000002171	ADRA2A (ENSMMMG00000002204)	GPAM (ENSMMMG00000002212) #16	TECTB (ENSMMMG00000002252) #17	ACSL5 (ENSMMMG00000002283) #19	ZDHHC6 (ENSMMMG00000002314) #20	VTI1A (ENSMMMG00000002342) #21	ENSMMMG00000002376	ENSMMMG00000002384	ENSMMMG00000002395 #22	HABP2 (ENSMMMG00000002420) #23	NRAP (ENSMMMG00000002521) #24	CASP7 (ENSMMMG00000003335) #25	PLEKHS1 (ENSMMMG00000003358) #26	DCLRE1A (ENSMMMG00000003389) #27	NHLRC2 (ENSMMMG00000003494) #28	ADRB1 (ENSMMMG00000003558)	CCDC186 (ENSMMMG00000003588) #29	TDRD1 (ENSMMMG00000003668) #30	VWA2 (ENSMMMG00000003812) #31	AFAP1L2 (ENSMMMG00000003865) #32	ABLIM1 (ENSMMMG00000004038) #33	FHIP2A (ENSMMMG00000004572) #34	TRUB1 (ENSMMMG00000004622) #35	ATRNL1 (ENSMMMG00000004658) #36
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000159529	ENSGT00580000081628	ENSGT01030000234642.a.a	ENSGT00390000015948.b	ENSGT00390000009265	ENSGT00940000156270.j	ENSGT01030000235307	ENSGT00940000156270.i	ENSGT00940000161451	ENSGT00520000055570.A.a #16	ENSGT00940000159064 #17	ENSGT00940000156651 #19	ENSGT00940000155642 #20	ENSGT00950000183192.b #21	ENSGT00940000167867	ENSGT00940000155535 #22	ENSGT00940000157814 #23	ENSGT00940000158418 #24	ENSGT00940000153232.a.a #25	ENSGT00390000006729 #26	ENSGT00940000158766 #27	ENSGT00390000015483 #28	ENSGT00940000161953	ENSGT00720000108851 #29	ENSGT00940000158754 #30	ENSGT00940000159040 #31	ENSGT00950000183067.a.b.b #32	ENSGT00950000182850.a.a #33	ENSGT00950000182936.a.b.a #34	ENSGT00940000158962 #35	ENSGT00940000155790 #36
Squirrel	MODERN SPECIES	86	MXI1 (ENSSTOG00000025776)	SMNDC1 (ENSSTOG00000006088)	DUSP5 (ENSSTOG00000028966)	ENSSTOG00000031354	SMC3 (ENSSTOG00000030449)	RBM20 (ENSSTOG00000007347)	PDCD4 (ENSSTOG00000015625)	ENSSTOG00000030759	ENSSTOG00000022724	ADRA2A (ENSSTOG00000032191)	GPAM (ENSSTOG00000009550) #16	TECTB (ENSSTOG00000013815) #17	ACSL5 (ENSSTOG00000013822) #19	ZDHHC6 (ENSSTOG00000013840) #20	VTI1A (ENSSTOG00000026666) #21	TCF7L2 (ENSSTOG00000006847) #22	HABP2 (ENSSTOG00000002939) #23	NRAP (ENSSTOG00000002963) #24	CASP7 (ENSSTOG00000003011) #25	PLEKHS1 (ENSSTOG00000003017) #26	DCLRE1A (ENSSTOG00000028854) #27	NHLRC2 (ENSSTOG00000001260) #28	ADRB1 (ENSSTOG00000019369)	CCDC186 (ENSSTOG00000001272) #29	TDRD1 (ENSSTOG00000003221) #30	VWA2 (ENSSTOG00000014805) #31	AFAP1L2 (ENSSTOG00000020460) #32	ABLIM1 (ENSSTOG00000014814) #33	FHIP2A (ENSSTOG00000015404) #34	TRUB1 (ENSSTOG00000003641) #35	ATRNL1 (ENSSTOG00000003339) #36
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	65	MXI1 (ENSUPAG00010023199)	SMNDC1 (ENSUPAG00010023202)	DUSP5 (ENSUPAG00010023204)	SMC3 (ENSUPAG00010023206)	RBM20 (ENSUPAG00010023209)	PDCD4 (ENSUPAG00010023211)	BBIP1 (ENSUPAG00010023213)	SHOC2 (ENSUPAG00010023214)	ADRA2A (ENSUPAG00010023216)	GPAM (ENSUPAG00010023217) #16	TECTB (ENSUPAG00010023218) #17	ACSL5 (ENSUPAG00010023219) #19	ZDHHC6 (ENSUPAG00010023220) #20	VTI1A (ENSUPAG00010023221) #21	ENSUPAG00010023222	TCF7L2 (ENSUPAG00010023224) #22	HABP2 (ENSUPAG00010023225) #23	NRAP (ENSUPAG00010023226) #24	CASP7 (ENSUPAG00010023232) #25	PLEKHS1 (ENSUPAG00010023233) #26	DCLRE1A (ENSUPAG00010023236) #27	NHLRC2 (ENSUPAG00010023242) #28	ADRB1 (ENSUPAG00010023243)	CCDC186 (ENSUPAG00010023244) #29	TDRD1 (ENSUPAG00010023246) #30	VWA2 (ENSUPAG00010023247) #31	AFAP1L2 (ENSUPAG00010023248) #32	ABLIM1 (ENSUPAG00010023261) #33	FHIP2A (ENSUPAG00010023463) #34	TRUB1 (ENSUPAG00010023468) #35	ATRNL1 (ENSUPAG00010023471) #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	13	SMNDC1 (ENSSVLG00005001630)	DUSP5 (ENSSVLG00005001612)	SMC3 (ENSSVLG00005001560)	ENSSVLG00005001542	RBM20 (ENSSVLG00005001496)	PDCD4 (ENSSVLG00005001456)	BBIP1 (ENSSVLG00005001421)	ENSSVLG00005001373	ADRA2A (ENSSVLG00005001340)	ENSSVLG00005001331	GPAM (ENSSVLG00005001286) #16	TECTB (ENSSVLG00005001223) #17	ACSL5 (ENSSVLG00005001147) #19	ZDHHC6 (ENSSVLG00005001082) #20	VTI1A (ENSSVLG00005001064) #21	TCF7L2 (ENSSVLG00005000993) #22	HABP2 (ENSSVLG00005000851) #23	NRAP (ENSSVLG00005000504) #24	CASP7 (ENSSVLG00005000237) #25	PLEKHS1 (ENSSVLG00005005249) #26	DCLRE1A (ENSSVLG00005005198) #27	ENSSVLG00005005176	NHLRC2 (ENSSVLG00005005110) #28	ADRB1 (ENSSVLG00005005075)	CCDC186 (ENSSVLG00005005051) #29	TDRD1 (ENSSVLG00005004802) #30	VWA2 (ENSSVLG00005004688) #31	AFAP1L2 (ENSSVLG00005004636) #32	ABLIM1 (ENSSVLG00005004425) #33	FHIP2A (ENSSVLG00005004300) #34	TRUB1 (ENSSVLG00005004262) #35