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Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	13	SMNDC1 (ENSSVLG00005001630) #7	DUSP5 (ENSSVLG00005001612) #8	SMC3 (ENSSVLG00005001560) #9	ENSSVLG00005001542 #10	RBM20 (ENSSVLG00005001496) #11	PDCD4 (ENSSVLG00005001456) #12	BBIP1 (ENSSVLG00005001421) #13	ENSSVLG00005001373 #14	ADRA2A (ENSSVLG00005001340) #15	ENSSVLG00005001331 #16	GPAM (ENSSVLG00005001286) #17	TECTB (ENSSVLG00005001223) #18	ACSL5 (ENSSVLG00005001147) #19	ZDHHC6 (ENSSVLG00005001082) #20	VTI1A (ENSSVLG00005001064) #21	TCF7L2 (ENSSVLG00005000993) #22	HABP2 (ENSSVLG00005000851) #23	NRAP (ENSSVLG00005000504) #24	CASP7 (ENSSVLG00005000237) #25	PLEKHS1 (ENSSVLG00005005249) #26	DCLRE1A (ENSSVLG00005005198) #27	ENSSVLG00005005176 #28	NHLRC2 (ENSSVLG00005005110) #29	ADRB1 (ENSSVLG00005005075) #30	CCDC186 (ENSSVLG00005005051) #31	TDRD1 (ENSSVLG00005004802) #32	VWA2 (ENSSVLG00005004688) #33	AFAP1L2 (ENSSVLG00005004636) #34	ABLIM1 (ENSSVLG00005004425) #35	FHIP2A (ENSSVLG00005004300) #36	TRUB1 (ENSSVLG00005004262) #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00580000081628 #9	ENSGT01030000234642.a.a #11	ENSGT00390000015948.b #12	ENSGT00390000009265 #13	ENSGT00940000156270.j #14	ENSGT01030000235307	ENSGT00940000156270.i #14	ENSGT00940000161451 #15	ENSGT00520000055570.A.a #17	ENSGT00940000159064 #18	ENSGT00940000156651 #19	ENSGT00940000155642 #20	ENSGT00960000189745	ENSGT00950000183192.b #21	ENSGT00940000167867	ENSGT00940000155535 #22	ENSGT00940000157814 #23	ENSGT00940000158418 #24	ENSGT00940000153232.a.a #25	ENSGT00390000006729 #26	ENSGT00940000158766 #27	ENSGT00390000015483 #29	ENSGT00940000161953 #30	ENSGT00720000108851 #31	ENSGT00940000158754 #32	ENSGT00940000159040 #33	ENSGT00950000183067.a.b.b #34	ENSGT00950000182850.a.a #35	ENSGT00950000182936.a.b.a #36	ENSGT00940000158962 #37	ENSGT00940000155790
Alpin marmot	MODERN SPECIES	39	DUSP5 (ENSMMMG00000001986) #8	SMC3 (ENSMMMG00000002004) #9	RBM20 (ENSMMMG00000002043) #11	ENSMMMG00000002115	PDCD4 (ENSMMMG00000002133) #12	ENSMMMG00000002162 #13	ENSMMMG00000002171 #14	ADRA2A (ENSMMMG00000002204) #15	GPAM (ENSMMMG00000002212) #17	TECTB (ENSMMMG00000002252) #18	ACSL5 (ENSMMMG00000002283) #19	ZDHHC6 (ENSMMMG00000002314) #20	VTI1A (ENSMMMG00000002342) #21	ENSMMMG00000002376	ENSMMMG00000002384	ENSMMMG00000002395 #22	HABP2 (ENSMMMG00000002420) #23	NRAP (ENSMMMG00000002521) #24	CASP7 (ENSMMMG00000003335) #25	PLEKHS1 (ENSMMMG00000003358) #26	DCLRE1A (ENSMMMG00000003389) #27	NHLRC2 (ENSMMMG00000003494) #29	ADRB1 (ENSMMMG00000003558) #30	CCDC186 (ENSMMMG00000003588) #31	TDRD1 (ENSMMMG00000003668) #32	VWA2 (ENSMMMG00000003812) #33	AFAP1L2 (ENSMMMG00000003865) #34	ABLIM1 (ENSMMMG00000004038) #35	FHIP2A (ENSMMMG00000004572) #36	TRUB1 (ENSMMMG00000004622) #37	ATRNL1 (ENSMMMG00000004658)
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Squirrel	MODERN SPECIES	86	MXI1 (ENSSTOG00000025776)	SMNDC1 (ENSSTOG00000006088) #7	DUSP5 (ENSSTOG00000028966) #8	ENSSTOG00000031354	SMC3 (ENSSTOG00000030449) #9	RBM20 (ENSSTOG00000007347) #11	PDCD4 (ENSSTOG00000015625) #12	ENSSTOG00000030759	ENSSTOG00000022724 #14	ADRA2A (ENSSTOG00000032191) #15	GPAM (ENSSTOG00000009550) #17	TECTB (ENSSTOG00000013815) #18	ACSL5 (ENSSTOG00000013822) #19	ZDHHC6 (ENSSTOG00000013840) #20	VTI1A (ENSSTOG00000026666) #21	TCF7L2 (ENSSTOG00000006847) #22	HABP2 (ENSSTOG00000002939) #23	NRAP (ENSSTOG00000002963) #24	CASP7 (ENSSTOG00000003011) #25	PLEKHS1 (ENSSTOG00000003017) #26	DCLRE1A (ENSSTOG00000028854) #27	NHLRC2 (ENSSTOG00000001260) #29	ADRB1 (ENSSTOG00000019369) #30	CCDC186 (ENSSTOG00000001272) #31	TDRD1 (ENSSTOG00000003221) #32	VWA2 (ENSSTOG00000014805) #33	AFAP1L2 (ENSSTOG00000020460) #34	ABLIM1 (ENSSTOG00000014814) #35	FHIP2A (ENSSTOG00000015404) #36	TRUB1 (ENSSTOG00000003641) #37	ATRNL1 (ENSSTOG00000003339)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	65	MXI1 (ENSUPAG00010023199)	SMNDC1 (ENSUPAG00010023202) #7	DUSP5 (ENSUPAG00010023204) #8	SMC3 (ENSUPAG00010023206) #9	RBM20 (ENSUPAG00010023209) #11	PDCD4 (ENSUPAG00010023211) #12	BBIP1 (ENSUPAG00010023213) #13	SHOC2 (ENSUPAG00010023214) #14	ADRA2A (ENSUPAG00010023216) #15	GPAM (ENSUPAG00010023217) #17	TECTB (ENSUPAG00010023218) #18	ACSL5 (ENSUPAG00010023219) #19	ZDHHC6 (ENSUPAG00010023220) #20	VTI1A (ENSUPAG00010023221) #21	ENSUPAG00010023222	TCF7L2 (ENSUPAG00010023224) #22	HABP2 (ENSUPAG00010023225) #23	NRAP (ENSUPAG00010023226) #24	CASP7 (ENSUPAG00010023232) #25	PLEKHS1 (ENSUPAG00010023233) #26	DCLRE1A (ENSUPAG00010023236) #27	NHLRC2 (ENSUPAG00010023242) #29	ADRB1 (ENSUPAG00010023243) #30	CCDC186 (ENSUPAG00010023244) #31	TDRD1 (ENSUPAG00010023246) #32	VWA2 (ENSUPAG00010023247) #33	AFAP1L2 (ENSUPAG00010023248) #34	ABLIM1 (ENSUPAG00010023261) #35	FHIP2A (ENSUPAG00010023463) #36	TRUB1 (ENSUPAG00010023468) #37	ATRNL1 (ENSUPAG00010023471)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155809	ENSGT00940000153352.B #7	ENSGT00940000159529 #8	ENSGT00580000081628 #9	ENSGT01030000234642.a.a #11	ENSGT00390000015948.b #12	ENSGT00390000009265 #13	ENSGT00940000156270 #14	ENSGT00940000161451 #15	ENSGT00520000055570.A.a #17	ENSGT00940000159064 #18	ENSGT00940000163069	ENSGT00940000156651 #19	ENSGT00940000155642 #20	ENSGT00950000183192.b #21	ENSGT00940000155535 #22	ENSGT00940000157814 #23	ENSGT00940000158418 #24	ENSGT00940000153232.a.a #25	ENSGT00390000006729 #26	ENSGT00940000158766 #27	ENSGT00390000015483 #29	ENSGT00940000161953 #30	ENSGT00720000108851 #31	ENSGT00940000158754 #32	ENSGT00940000159040 #33	ENSGT00950000183067.a.b.b #34	ENSGT00950000182850.a.a #35	ENSGT00950000182936.a.b.a #36	ENSGT00940000158962 #37	ENSGT00940000155790
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Guinea pig	MODERN SPECIES	11	ADD3 (ENSCPOG00000015382)	MXI1 (ENSCPOG00000022901)	SMNDC1 (ENSCPOG00000031666) #7	DUSP5 (ENSCPOG00000022622) #8	SMC3 (ENSCPOG00000008978) #9	RBM20 (ENSCPOG00000026039) #11	PDCD4 (ENSCPOG00000007956) #12	BBIP1 (ENSCPOG00000036146) #13	SHOC2 (ENSCPOG00000010884) #14	ENSCPOG00000022615 #15	GPAM (ENSCPOG00000015618) #17	TECTB (ENSCPOG00000006144) #18	ACSL5 (ENSCPOG00000006149) #19	ZDHHC6 (ENSCPOG00000006161) #20	VTI1A (ENSCPOG00000006164) #21	TCF7L2 (ENSCPOG00000002152) #22	HABP2 (ENSCPOG00000002198) #23	NRAP (ENSCPOG00000002201) #24	CASP7 (ENSCPOG00000005469) #25	PLEKHS1 (ENSCPOG00000040050) #26	DCLRE1A (ENSCPOG00000014212) #27	NHLRC2 (ENSCPOG00000014216) #29	ADRB1 (ENSCPOG00000014955) #30	CCDC186 (ENSCPOG00000004540) #31	TDRD1 (ENSCPOG00000004190) #32	VWA2 (ENSCPOG00000027521) #33	AFAP1L2 (ENSCPOG00000004200) #34	ABLIM1 (ENSCPOG00000011975) #35	FHIP2A (ENSCPOG00000015243) #36	ENSCPOG00000040236 #37	ENSCPOG00000014929
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155809	ENSGT00940000153352.B #7	ENSGT00940000159529 #8	ENSGT00580000081628 #9	ENSGT01030000234642.a.a #11	ENSGT00390000015948.b #12	ENSGT00390000009265 #13	ENSGT00940000156270 #14	ENSGT00940000161451 #15	ENSGT00520000055570.A.a #17	ENSGT00940000159064 #18	ENSGT00940000163069	ENSGT00940000156651 #19	ENSGT00940000155642 #20	ENSGT00950000183192.b #21	ENSGT00940000155535 #22	ENSGT00940000157814 #23	ENSGT00940000158418 #24	ENSGT00940000153232.a.a #25	ENSGT00390000006729 #26	ENSGT00940000158766 #27	ENSGT00390000015483 #29	ENSGT00940000161953 #30	ENSGT00720000108851 #31	ENSGT00940000158754 #32	ENSGT00940000159040 #33	ENSGT00950000183067.a.b.b #34	ENSGT00950000182850.a.a #35	ENSGT00950000182936.a.b.a #36	ENSGT00940000158962 #37	ENSGT00940000155790
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	138	TEX26 (ENSCLAG00000005302)	MEDAG (ENSCLAG00000005352)	ALOX5AP (ENSCLAG00000005620)	USPL1 (ENSCLAG00000003130)	HMGB1 (ENSCLAG00000003343)	KATNAL1 (ENSCLAG00000003501)	UBL3 (ENSCLAG00000003772)	SLC7A1 (ENSCLAG00000004045)	ENSCLAG00000004626	GPAM (ENSCLAG00000012305) #17	TECTB (ENSCLAG00000014020) #18	ENSCLAG00000003782	ACSL5 (ENSCLAG00000005097) #19	ZDHHC6 (ENSCLAG00000017305) #20	VTI1A (ENSCLAG00000009927) #21	TCF7L2 (ENSCLAG00000006910) #22	HABP2 (ENSCLAG00000005651) #23	NRAP (ENSCLAG00000004255) #24	CASP7 (ENSCLAG00000006895) #25	PLEKHS1 (ENSCLAG00000008396) #26	DCLRE1A (ENSCLAG00000016072) #27	NHLRC2 (ENSCLAG00000016895) #29	CCDC186 (ENSCLAG00000012382) #31	TDRD1 (ENSCLAG00000003935) #32	VWA2 (ENSCLAG00000004495) #33	AFAP1L2 (ENSCLAG00000005703) #34	ABLIM1 (ENSCLAG00000013904) #35	FHIP2A (ENSCLAG00000011040) #36	TRUB1 (ENSCLAG00000008664) #37	ATRNL1 (ENSCLAG00000011008)	GFRA1 (ENSCLAG00000012517)
Degu	MODERN SPECIES	83	RBM20 (ENSODEG00000009850) #11	PDCD4 (ENSODEG00000009436) #12	ENSODEG00000009748	SHOC2 (ENSODEG00000008036) #14	ENSODEG00000019656	ADRA2A (ENSODEG00000008944) #15	ENSODEG00000010283	ENSODEG00000008570	GPAM (ENSODEG00000008136) #17	TECTB (ENSODEG00000008827) #18	ENSODEG00000008751	ENSODEG00000019827	ACSL5 (ENSODEG00000008848) #19	ZDHHC6 (ENSODEG00000009909) #20	VTI1A (ENSODEG00000009989) #21	ENSODEG00000011419 #22	HABP2 (ENSODEG00000008994) #23	NRAP (ENSODEG00000011765) #24	CASP7 (ENSODEG00000011402) #25	PLEKHS1 (ENSODEG00000009557) #26	ENSODEG00000010723	NHLRC2 (ENSODEG00000009008) #29	ADRB1 (ENSODEG00000019881) #30	CCDC186 (ENSODEG00000009876) #31	ENSODEG00000010471	TDRD1 (ENSODEG00000011965) #32	ENSODEG00000011979	VWA2 (ENSODEG00000011362) #33	AFAP1L2 (ENSODEG00000009199) #34	ABLIM1 (ENSODEG00000009656) #35	ENSODEG00000019731
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	4	ENSHGLG00000045441	SMC3 (ENSHGLG00000014422) #9	ENSHGLG00000036688	RBM20 (ENSHGLG00000013206) #11	PDCD4 (ENSHGLG00000010690) #12	BBIP1 (ENSHGLG00000010067) #13	ENSHGLG00000010758 #14	ADRA2A (ENSHGLG00000043876) #15	ENSHGLG00000038445	GPAM (ENSHGLG00000011966) #17	TECTB (ENSHGLG00000012176) #18	ENSHGLG00000011463	ACSL5 (ENSHGLG00000010820) #19	ZDHHC6 (ENSHGLG00000016136) #20	VTI1A (ENSHGLG00000011937) #21	ENSHGLG00000038175 #22	ENSHGLG00000012013 #22	HABP2 (ENSHGLG00000014463) #23	NRAP (ENSHGLG00000011978) #24	CASP7 (ENSHGLG00000019081) #25	PLEKHS1 (ENSHGLG00000018715) #26	DCLRE1A (ENSHGLG00000013938) #27	NHLRC2 (ENSHGLG00000013432) #29	ADRB1 (ENSHGLG00000039436) #30	CCDC186 (ENSHGLG00000011565) #31	TDRD1 (ENSHGLG00000010877) #32	VWA2 (ENSHGLG00000012184) #33	ENSHGLG00000036183	ENSHGLG00000040430	AFAP1L2 (ENSHGLG00000012628) #34	ABLIM1 (ENSHGLG00000016437) #35
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