Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161082 #7	ENSGT00940000160761 #8	ENSGT00940000161543 #9	ENSGT00390000003256 #10	ENSGT00940000153766.A #11	ENSGT00950000183100.B #12	ENSGT00940000153408.A #13	ENSGT00940000157048 #14	ENSGT00940000155636 #15	ENSGT00390000003812 #16	ENSGT00390000018686 #17	ENSGT00390000006493 #18	ENSGT00940000157284 #19	ENSGT00390000001121 #20	ENSGT00940000157084 #21	ENSGT00940000158672 #22	ENSGT00490000044373 #23	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #24	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #25	ENSGT00940000157927 #26	ENSGT00940000159120 #27	ENSGT00390000013762.b.a #28	ENSGT00940000159341 #29	ENSGT00940000158246 #30	ENSGT00390000006786 #31	ENSGT00550000074922 #32	ENSGT00390000010738 #33	ENSGT00940000160171 #34	ENSGT00940000156406.b #35	ENSGT00940000158831 #36	ENSGT00940000160562 #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000160761 #8	ENSGT00940000161543 #9	ENSGT00390000003256 #10	ENSGT00940000153766.A #11	ENSGT00950000183100.B #12	ENSGT00940000153408.A #13	ENSGT00940000157048 #14	ENSGT00940000155636 #15	ENSGT00390000003812.h #16	ENSGT00390000018686 #17	ENSGT00390000006493 #18	ENSGT00940000157284 #19	ENSGT00960000190714	ENSGT00390000001121 #20	ENSGT00940000157084 #21	ENSGT00940000158672 #22	ENSGT00490000044373 #23	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #24	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #25	ENSGT00940000157927 #26	ENSGT00940000159120 #27	ENSGT00390000013762.b.a #28	ENSGT00940000159341 #29	ENSGT00940000158246 #30	ENSGT00390000006786 #31	ENSGT00550000074922 #32	ENSGT00390000010738 #33	ENSGT00940000160171 #34	ENSGT00940000156406.b #35	ENSGT00940000158831 #36	ENSGT00940000160562 #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160761 #8	ENSGT00940000161543 #9	ENSGT00390000003256 #10	ENSGT00940000153766.A #11	ENSGT00950000183100.B #12	ENSGT00940000153408.A #13	ENSGT00940000157048 #14	ENSGT00940000155636 #15	ENSGT00390000003812.h #16	ENSGT00390000018686 #17	ENSGT00390000006493 #18	ENSGT00940000157284 #19	ENSGT00960000190714	ENSGT00390000001121 #20	ENSGT00940000157084 #21	ENSGT00940000158672 #22	ENSGT00490000044373 #23	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #24	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #25	ENSGT00940000157927 #26	ENSGT00940000159120 #27	ENSGT00390000013762.b.a #28	ENSGT00940000159341 #29	ENSGT00940000158246 #30	ENSGT00390000006786 #31	ENSGT00550000074922 #32	ENSGT00390000010738 #33	ENSGT00940000160171 #34	ENSGT00940000156406.b #35	ENSGT00940000158831 #36	ENSGT00940000160562 #37
Squirrel	MODERN SPECIES	76	ABCC10 (ENSSTOG00000010566) #7	DLK2 (ENSSTOG00000010600) #8	TJAP1 (ENSSTOG00000010606) #9	LRRC73 (ENSSTOG00000010618) #10	YIPF3 (ENSSTOG00000010624) #11	POLR1C (ENSSTOG00000010631) #12	XPO5 (ENSSTOG00000020172) #13	POLH (ENSSTOG00000010681) #14	GTPBP2 (ENSSTOG00000021274) #15	MAD2L1BP (ENSSTOG00000028891) #16	RSPH9 (ENSSTOG00000028063) #17	MRPS18A (ENSSTOG00000004490) #18	VEGFA (ENSSTOG00000008877) #19	MRPL14 (ENSSTOG00000004549) #20	TMEM63B (ENSSTOG00000007096) #21	CAPN11 (ENSSTOG00000003304) #22	MYMX (ENSSTOG00000030271) #23	SLC29A1 (ENSSTOG00000003337) #24	HSP90AB1 (ENSSTOG00000024614) #25	SLC35B2 (ENSSTOG00000026446) #26	NFKBIE (ENSSTOG00000013475) #27	TMEM151B (ENSSTOG00000013488) #28	TCTE1 (ENSSTOG00000033904) #29	AARS2 (ENSSTOG00000013499) #30	SPATS1 (ENSSTOG00000025344) #31	CDC5L (ENSSTOG00000016173) #32	SUPT3H (ENSSTOG00000015411) #33	RUNX2 (ENSSTOG00000010163) #34	CLIC5 (ENSSTOG00000028761) #35	ENPP4 (ENSSTOG00000011891) #36	ENPP5 (ENSSTOG00000011895) #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	138										RSPH9 (ENSUPAG00010003487) #17	MRPS18A (ENSUPAG00010003493) #18	VEGFA (ENSUPAG00010003509) #19	ENSUPAG00010003659	MRPL14 (ENSUPAG00010003668) #20	TMEM63B (ENSUPAG00010003679) #21	CAPN11 (ENSUPAG00010003744) #22	MYMX (ENSUPAG00010003794) #23	SLC29A1 (ENSUPAG00010003804) #24	ENSUPAG00010004079 ##25	ENSUPAG00010004086 ##25	SLC35B2 (ENSUPAG00010004089) #26	NFKBIE (ENSUPAG00010004104) #27	TMEM151B (ENSUPAG00010004120) #28	ENSUPAG00010004124 #29	AARS2 (ENSUPAG00010004131) #30	SPATS1 (ENSUPAG00010004153) #31	CDC5L (ENSUPAG00010004167) #32	SUPT3H (ENSUPAG00010004183) #33	RUNX2 (ENSUPAG00010004197) #34	CLIC5 (ENSUPAG00010004493) #35	ENPP4 (ENSUPAG00010004511) #36
Alpin marmot	MODERN SPECIES	20	DLK2 (ENSMMMG00000024553) #8	TJAP1 (ENSMMMG00000024555) #9	LRRC73 (ENSMMMG00000024556) #10	YIPF3 (ENSMMMG00000024557) #11	POLR1C (ENSMMMG00000024558) #12	XPO5 (ENSMMMG00000024559) #13	POLH (ENSMMMG00000024560) #14	GTPBP2 (ENSMMMG00000024561) #15	ENSMMMG00000024562 ##16	RSPH9 (ENSMMMG00000024563) #17	MRPS18A (ENSMMMG00000024564) #18	VEGFA (ENSMMMG00000024565) #19	ENSMMMG00000024566	MRPL14 (ENSMMMG00000024567) #20	TMEM63B (ENSMMMG00000024568) #21	CAPN11 (ENSMMMG00000024569) #22	MYMX (ENSMMMG00000024570) #23	SLC29A1 (ENSMMMG00000024571) #24	HSP90AB1 (ENSMMMG00000024577) #25	SLC35B2 (ENSMMMG00000024578) #26	NFKBIE (ENSMMMG00000024579) #27	TMEM151B (ENSMMMG00000024580) #28	TCTE1 (ENSMMMG00000024581) #29	AARS2 (ENSMMMG00000024582) #30	CDC5L (ENSMMMG00000024584) #32	SUPT3H (ENSMMMG00000024585) #33	ENSMMMG00000024586	CLIC5 (ENSMMMG00000024588) #35	ENPP4 (ENSMMMG00000024589) #36	ENPP5 (ENSMMMG00000024590) #37	RCAN2 (ENSMMMG00000024592)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	DLK2 (ENSSVLG00005006024) #8	TJAP1 (ENSSVLG00005005960) #9	LRRC73 (ENSSVLG00005005929) #10	YIPF3 (ENSSVLG00005005873) #11	POLR1C (ENSSVLG00005005820) #12	XPO5 (ENSSVLG00005005755) #13	ENSSVLG00005005709	POLH (ENSSVLG00005005606) #14	ENSSVLG00005005500 #15	MAD2L1BP (ENSSVLG00005005455) #16	RSPH9 (ENSSVLG00005005429) #17	MRPS18A (ENSSVLG00005005389) #18	VEGFA (ENSSVLG00005005248) #19	MRPL14 (ENSSVLG00005005175) #20	TMEM63B (ENSSVLG00005005124) #21	CAPN11 (ENSSVLG00005005041) #22	MYMX (ENSSVLG00005005017) #23	SLC29A1 (ENSSVLG00005004999) #24	HSP90AB1 (ENSSVLG00005004982) #25	SLC35B2 (ENSSVLG00005004954) #26	NFKBIE (ENSSVLG00005004924) #27	TMEM151B (ENSSVLG00005004904) #28	TCTE1 (ENSSVLG00005004874) #29	AARS2 (ENSSVLG00005004851) #30	CDC5L (ENSSVLG00005004771) #32	ENSSVLG00005004758	ENSSVLG00005004703 #33	RUNX2 (ENSSVLG00005004619) #34	CLIC5 (ENSSVLG00005004461) #35	ENPP4 (ENSSVLG00005004390) #36	ENPP5 (ENSSVLG00005004369) #37