Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157779 #9	ENSGT00390000013550 #10	ENSGT00390000015518 #11	ENSGT00940000161184 #12	ENSGT00390000007526 #13	ENSGT00390000017837.b #14	ENSGT00950000183184.a.b #15	ENSGT00940000156737	ENSGT00940000155958	ENSGT00390000006960 #17	ENSGT00910000147477	ENSGT00940000161639 #18	ENSGT00940000158676 #19	ENSGT00940000155299.A #20	ENSGT00390000016416 #21	ENSGT00940000156146 #22	ENSGT01030000234535.B #23	ENSGT00530000062962.a.b #24	ENSGT00940000157171 #25	ENSGT00390000015525	ENSGT01050000244842.a.a.b	ENSGT00940000157914 #27	ENSGT00950000182837.a.b.a #28	ENSGT00940000155370 #30	ENSGT00940000155003.e.a #31	ENSGT00940000154801 #33	ENSGT00950000182860.a.a.b #35	ENSGT00950000183208.B #36	ENSGT00390000014526	ENSGT00940000154653 #37	ENSGT00390000015348
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156788.a.a #8	ENSGT00940000157779 #9	ENSGT00390000013550 #10	ENSGT00390000015518 #11	ENSGT00940000161184 #12	ENSGT00390000007526 #13	ENSGT00390000017837.b #14	ENSGT00950000183184.a.b #15	ENSGT00940000156737	ENSGT00940000155958	ENSGT00390000006960 #17	ENSGT00940000161639 #18	ENSGT00940000158676 #19	ENSGT00940000155299.A #20	ENSGT00390000016416 #21	ENSGT00940000156146 #22	ENSGT01030000234535.B #23	ENSGT00530000062962.a.b #24	ENSGT00940000157171 #25	ENSGT00390000015525	ENSGT01050000244842.a.a.b	ENSGT00940000157914 #27	ENSGT00950000182837.a.b.a #28	ENSGT00940000155370 #30	ENSGT00940000155003.e.a #31	ENSGT00940000154801 #33	ENSGT00950000182860.a.a.b #35	ENSGT00950000183208.B #36	ENSGT00390000014526	ENSGT00940000154653 #37	ENSGT00390000015348
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	4	HSPA14 (ENSOARG00020003953) #7	SUV39H2 (ENSOARG00020004144) #8	DCLRE1C (ENSOARG00020004240) #9	MEIG1 (ENSOARG00020004468) #10	ENSOARG00020004485 #11	ACBD7 (ENSOARG00020004504) #12	RPP38 (ENSOARG00020004529) #13	NMT2 (ENSOARG00020004548) #14	FAM171A1 (ENSOARG00020004655) #15	ENSOARG00020004767 #16	PTER (ENSOARG00020004818) #17	C1QL3 (ENSOARG00020004850) #18	RSU1 (ENSOARG00020004875) #19	CUBN (ENSOARG00020004954) #20	TRDMT1 (ENSOARG00020005317) #21	VIM (ENSOARG00020005389) #22	ST8SIA6 (ENSOARG00020005407) #23	HACD1 (ENSOARG00020005459) #24	STAM (ENSOARG00020005528) #25	ENSOARG00020005707 #26	SLC39A12 (ENSOARG00020005721) #27	CACNB2 (ENSOARG00020006219) #28	ENSOARG00020013702 #29	NSUN6 (ENSOARG00020013758) #30	EPC1 (ENSOARG00020014149) #31	ENSOARG00020014851 #32	KIF5B (ENSOARG00020014964) #33	ENSOARG00020015209 #34	ARHGAP12 (ENSOARG00020015348) #35	ZEB1 (ENSOARG00020017442) #36	SVIL (ENSOARG00020018385) #37
Goat	MODERN SPECIES	4	ENSCHIG00000020944	ENSCHIG00000013453 #8	DCLRE1C (ENSCHIG00000015648) #9	MEIG1 (ENSCHIG00000021538) #10	ACBD7 (ENSCHIG00000023426) #12	RPP38 (ENSCHIG00000012484) #13	NMT2 (ENSCHIG00000017557) #14	FAM171A1 (ENSCHIG00000008876) #15	ITGA8 (ENSCHIG00000017512)	MINDY3 (ENSCHIG00000011745)	PTER (ENSCHIG00000002557) #17	C1QL3 (ENSCHIG00000018119) #18	RSU1 (ENSCHIG00000015471) #19	CUBN (ENSCHIG00000019577) #20	TRDMT1 (ENSCHIG00000017788) #21	VIM (ENSCHIG00000020459) #22	ST8SIA6 (ENSCHIG00000026819) #23	HACD1 (ENSCHIG00000026086) #24	STAM (ENSCHIG00000004568) #25	TMEM236 (ENSCHIG00000002738)	MRC1 (ENSCHIG00000023775)	SLC39A12 (ENSCHIG00000024612) #27	CACNB2 (ENSCHIG00000001734) #28	NSUN6 (ENSCHIG00000012618) #30	EPC1 (ENSCHIG00000005911) #31	KIF5B (ENSCHIG00000019020) #33	ARHGAP12 (ENSCHIG00000024718) #35	ZEB1 (ENSCHIG00000016385) #36	ZNF438 (ENSCHIG00000013980)	SVIL (ENSCHIG00000016403) #37	ENSCHIG00000023018
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157779 #9	ENSGT00390000013550 #10	ENSGT00390000015518 #11	ENSGT00940000161184 #12	ENSGT00390000007526 #13	ENSGT00390000017837.b #14	ENSGT00950000183184.a.b #15	ENSGT00940000156737	ENSGT00940000155958	ENSGT00390000006960 #17	ENSGT00910000147477	ENSGT00940000161639 #18	ENSGT00940000158676 #19	ENSGT00940000155299.A #20	ENSGT00390000016416 #21	ENSGT00940000156146 #22	ENSGT01030000234535.B #23	ENSGT00530000062962.a.b #24	ENSGT00940000157171 #25	ENSGT00390000015525	ENSGT01050000244842.a.a.b	ENSGT00940000157914 #27	ENSGT00950000182837.a.b.a #28	ENSGT00940000155370 #30	ENSGT00940000155003.e.a #31	ENSGT00940000154801 #33	ENSGT00950000182860.a.a.b #35	ENSGT00950000183208.B #36	ENSGT00390000014526	ENSGT00940000154653 #37	ENSGT00390000015348
American bison	MODERN SPECIES	3321	DCLRE1C (ENSBBBG00000002956) #9	MEIG1 (ENSBBBG00000013734) #10	ENSBBBG00000002919 #11	ACBD7 (ENSBBBG00000002916) #12	RPP38 (ENSBBBG00000002914) #13	NMT2 (ENSBBBG00000002912) #14	FAM171A1 (ENSBBBG00000001531) #15	ITGA8 (ENSBBBG00000013651)	MINDY3 (ENSBBBG00000013617)	PTER (ENSBBBG00000007598) #17	ENSBBBG00000002823	C1QL3 (ENSBBBG00000013594) #18	RSU1 (ENSBBBG00000013588) #19	CUBN (ENSBBBG00000013554) #20	TRDMT1 (ENSBBBG00000001568) #21	VIM (ENSBBBG00000001580) #22	ST8SIA6 (ENSBBBG00000013364) #23	HACD1 (ENSBBBG00000013342) #24	STAM (ENSBBBG00000013330) #25	TMEM236 (ENSBBBG00000001611)	MRC1 (ENSBBBG00000013312)	SLC39A12 (ENSBBBG00000001627) #27	CACNB2 (ENSBBBG00000013199) #28	NSUN6 (ENSBBBG00000012847) #30	EPC1 (ENSBBBG00000012832) #31	KIF5B (ENSBBBG00000012809) #33	ARHGAP12 (ENSBBBG00000012781) #35	ZEB1 (ENSBBBG00000012628) #36	ENSBBBG00000012576	SVIL (ENSBBBG00000012559) #37	JCAD (ENSBBBG00000002349)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000157779 #9	ENSGT00390000013550 #10	ENSGT00390000015518 #11	ENSGT00940000161184 #12	ENSGT00390000007526 #13	ENSGT00390000017837.b #14	ENSGT00950000183184.a.b #15	ENSGT00940000156737	ENSGT00940000155958	ENSGT00390000006960 #17	ENSGT00910000147477	ENSGT00940000161639 #18	ENSGT00940000158676 #19	ENSGT00940000155299.A #20	ENSGT00390000016416 #21	ENSGT00940000156146 #22	ENSGT01030000234535.B #23	ENSGT00530000062962.a.b #24	ENSGT00940000157171 #25	ENSGT00390000015525	ENSGT01050000244842.a.a.b	ENSGT00940000157914 #27	ENSGT00950000182837.a.b.a #28	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155370 #30	ENSGT00940000155003.e.a #31	ENSGT00940000154801 #33	ENSGT00950000182860.a.a.b #35	ENSGT00950000183208.B #36	ENSGT00390000014526	ENSGT00940000154653 #37
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157779 #9	ENSGT00390000013550 #10	ENSGT00390000015518 #11	ENSGT00940000161184 #12	ENSGT00390000007526 #13	ENSGT00390000017837.b #14	ENSGT00950000183184.a.b #15	ENSGT00940000156737	ENSGT00940000155958	ENSGT00390000006960 #17	ENSGT00910000147477	ENSGT00940000161639 #18	ENSGT00940000158676 #19	ENSGT00940000155299.A #20	ENSGT00390000016416 #21	ENSGT00940000156146 #22	ENSGT01030000234535.B #23	ENSGT00530000062962.a.b #24	ENSGT00940000157171 #25	ENSGT00390000015525	ENSGT01050000244842.a.a.b	ENSGT00940000157914 #27	ENSGT00950000182837.a.b.a #28	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155370 #30	ENSGT00940000155003.e.a #31	ENSGT00940000154801 #33	ENSGT00950000182860.a.a.b #35	ENSGT00950000183208.B #36	ENSGT00390000014526	ENSGT00940000154653 #37
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	4	OLAH (ENSBIXG00005025877) #11	ACBD7 (ENSBIXG00005025917) #12	RPP38 (ENSBIXG00005006695) #13	NMT2 (ENSBIXG00005025974) #14	FAM171A1 (ENSBIXG00005007634) #15	ITGA8 (ENSBIXG00005026053)	MINDY3 (ENSBIXG00005004454)	ENSBIXG00005026124	ENSBIXG00005026133	PTER (ENSBIXG00005026166) #17	C1QL3 (ENSBIXG00005026191) #18	RSU1 (ENSBIXG00005026245) #19	CUBN (ENSBIXG00005026292) #20	ENSBIXG00005004488	TRDMT1 (ENSBIXG00005026377) #21	VIM (ENSBIXG00005026430) #22	ST8SIA6 (ENSBIXG00005004520) #23	HACD1 (ENSBIXG00005004526) #24	STAM (ENSBIXG00005004538) #25	MRC1 (ENSBIXG00005026627)	SLC39A12 (ENSBIXG00005026797) #27	ENSBIXG00005004587	ENSBIXG00005026875	CACNB2 (ENSBIXG00005005335) #28	NSUN6 (ENSBIXG00005028312) #30	ENSBIXG00005028328	EPC1 (ENSBIXG00005028386) #31	KIF5B (ENSBIXG00005028451) #33	ARHGAP12 (ENSBIXG00005028591) #35	ZEB1 (ENSBIXG00005004971) #36	ENSBIXG00005028781
Cow	MODERN SPECIES	4	DCLRE1C (ENSBTAG00000010220) #9	MEIG1 (ENSBTAG00000002856) #10	OLAH (ENSBTAG00000047454) #11	ACBD7 (ENSBTAG00000002858) #12	RPP38 (ENSBTAG00000007702) #13	NMT2 (ENSBTAG00000007703) #14	FAM171A1 (ENSBTAG00000008787) #15	ITGA8 (ENSBTAG00000007602)	MINDY3 (ENSBTAG00000010387)	PTER (ENSBTAG00000016676) #17	ENSBTAG00000048616	C1QL3 (ENSBTAG00000016677) #18	RSU1 (ENSBTAG00000027446) #19	CUBN (ENSBTAG00000005072) #20	TRDMT1 (ENSBTAG00000020546) #21	VIM (ENSBTAG00000018463) #22	ST8SIA6 (ENSBTAG00000011366) #23	HACD1 (ENSBTAG00000033089) #24	STAM (ENSBTAG00000002658) #25	TMEM236 (ENSBTAG00000053135)	MRC1 (ENSBTAG00000038048)	SLC39A12 (ENSBTAG00000015525) #27	CACNB2 (ENSBTAG00000022000) #28	ENSBTAG00000055031	NSUN6 (ENSBTAG00000022003) #30	EPC1 (ENSBTAG00000001552) #31	KIF5B (ENSBTAG00000002280) #33	ARHGAP12 (ENSBTAG00000012677) #35	ZEB1 (ENSBTAG00000020053) #36	ZNF438 (ENSBTAG00000016294)	SVIL (ENSBTAG00000027444) #37
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00390000007160.a.b	ENSGT00940000156380 #7	ENSGT00940000156788.a.b ##8	ENSGT00940000157779 #9	ENSGT00390000013550 #10	ENSGT00390000015518 #11	ENSGT00940000161184 #12	ENSGT00390000007526 #13	ENSGT00390000017837.b #14	ENSGT00950000183184.a.b #15	ENSGT00940000156737	ENSGT00940000155958	ENSGT00960000189936	ENSGT00940000155299.A #20	ENSGT00390000016416 #21	ENSGT00940000156146 #22	ENSGT01030000234535.B #23	ENSGT00530000062962.a.b #24	ENSGT00940000157171 #25	ENSGT00390000015525	ENSGT01050000244842.a.a.b	ENSGT00940000157914 #27	ENSGT00950000182837.a.b.a #28	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155370 #30	ENSGT00940000155003.e.a #31	ENSGT00940000154801 #33	ENSGT00950000182860.a.a.b #35
Wild yak	MODERN SPECIES	445													ENSBMUG00000008450	CUBN (ENSBMUG00000008555) #20	TRDMT1 (ENSBMUG00000008615) #21	VIM (ENSBMUG00000008628) #22	ST8SIA6 (ENSBMUG00000008637) #23	HACD1 (ENSBMUG00000008648) #24	STAM (ENSBMUG00000008658) #25	TMEM236 (ENSBMUG00000008675)	MRC1 (ENSBMUG00000008715)	SLC39A12 (ENSBMUG00000008793) #27	CACNB2 (ENSBMUG00000008982) #28	ENSBMUG00000009101	NSUN6 (ENSBMUG00000009106) #30	EPC1 (ENSBMUG00000009137) #31	KIF5B (ENSBMUG00000009174) #33	ARHGAP12 (ENSBMUG00000009341) #35
Domestic yak	MODERN SPECIES	3	ENSBGRG00000025471	ENSBGRG00000025641	ENSBGRG00000025653	FZD8 (ENSBGRG00000010581)	ENSBGRG00000011835	ENSBGRG00000012765	PRPF18 (ENSBGRG00000012792)	ENSBGRG00000013679	ENSBGRG00000013757	MEIG1 (ENSBGRG00000015055) #10	ACBD7 (ENSBGRG00000015230) #12	ENSBGRG00000016221	ENSBGRG00000016312	ENSBGRG00000016342	ENSBGRG00000018950	VIM (ENSBGRG00000018970) #22	ENSBGRG00000022775	ENSBGRG00000023140 #31	KIF5B (ENSBGRG00000023175) #33	ENSBGRG00000024108	ENSBGRG00000024132 #36	ENSBGRG00000024783	ENSBGRG00000024792	ENSBGRG00000024878	BFSP1 (ENSBGRG00000004415)	DSTN (ENSBGRG00000004466)	RRBP1 (ENSBGRG00000004547)	BANF2 (ENSBGRG00000005004)	SNX5 (ENSBGRG00000005032)	MGME1 (ENSBGRG00000005078)	ENSBGRG00000005155