Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00930000151073	ENSGT00390000015005	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000010711	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000001017	ENSGT00940000154557.c.a	ENSGT00950000182931.A #14	ENSGT00950000183117.a.b #15	ENSGT01030000234578.B.b #16	ENSGT00390000017353 #17	ENSGT00940000159669 #18	ENSGT00940000163100.b #19	ENSGT00940000160210 #21	ENSGT00940000158688 #22	ENSGT00940000159534 #23	ENSGT00940000162710 #24	ENSGT00940000161331 #25	ENSGT00390000006247.tc #26	ENSGT00940000158411 #27	ENSGT00940000158161 #28	ENSGT00940000158860 #29	ENSGT00940000156542 #30	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000160669 #31	ENSGT00400000022095.b #32	ENSGT00950000182981.b.f.b #33	ENSGT00390000015805 #34	ENSGT00940000158169 #35	ENSGT00940000157663 #36
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00930000151073	ENSGT00390000015005	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000010711	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000001017	ENSGT00940000154557.c.a	ENSGT00950000182931.A #14	ENSGT00950000183117.a.b #15	ENSGT01030000234578.B.b #16	ENSGT00390000017353 #17	ENSGT00940000159669 #18	ENSGT00940000163100.b #19	ENSGT00940000160210 #21	ENSGT00940000158688 #22	ENSGT00940000159534 #23	ENSGT00940000162710 #24	ENSGT00940000161331 #25	ENSGT00390000006247.tc #26	ENSGT00940000158411 #27	ENSGT00940000158161 #28	ENSGT00940000158860 #29	ENSGT00940000156542 #30	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000160669 #31	ENSGT00400000022095.b #32	ENSGT00950000182981.b.f.b #33	ENSGT00390000015805 #34	ENSGT00940000158169 #35	ENSGT00940000157663 #36
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	74									ENSGT00950000182931.A #14	ENSGT00950000183117.a.b #15	ENSGT01030000234578.B.b #16	ENSGT00390000017353 #17	ENSGT00940000159669 #18	ENSGT00940000163100.b #19	ENSGT00940000160210 #21	ENSGT00940000158688 #22	ENSGT00940000159534 #23	ENSGT00940000162710 #24	ENSGT01020000230624	ENSGT00940000161331 #25	ENSGT00390000006247.tc #26	ENSGT00940000158411 #27	ENSGT00940000158161 #28	ENSGT00940000158860 #29	ENSGT00940000156542 #30	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000160669 #31	ENSGT00400000022095.b #32	ENSGT00950000182981.b.f.b #33	ENSGT00390000015805 #34	ENSGT00940000158169 #35
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	107									ENSGT00950000182931.A #14	ENSGT00950000183117.a.b #15	ENSGT01030000234578.B.b #16	ENSGT00390000017353 #17	ENSGT00940000159669 #18	ENSGT00940000163100.b #19	ENSGT00940000160210 #21	ENSGT00940000158688 #22	ENSGT00940000159534 #23	ENSGT00940000162710 #24	ENSGT01020000230624	ENSGT00940000161331 #25	ENSGT00390000006247.tc #26	ENSGT00940000158411 #27	ENSGT00940000158161 #28	ENSGT00940000158860 #29	ENSGT00940000156542 #30	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000160669 #31	ENSGT00400000022095.b #32	ENSGT00950000182981.b.f.b #33	ENSGT00390000015805 #34	ENSGT00940000158169 #35
Squirrel	MODERN SPECIES	304								DENND2D (ENSSTOG00000011074) #14	CEPT1 (ENSSTOG00000027447) #15	DRAM2 (ENSSTOG00000011062) #16	LRIF1 (ENSSTOG00000023287) #17	CD53 (ENSSTOG00000006865) #18	ENSSTOG00000025563 #19	ENSSTOG00000020374 #20	KCNA3 (ENSSTOG00000026278) #21	KCNA2 (ENSSTOG00000023527) #22	KCNA10 (ENSSTOG00000019362) #23	ENSSTOG00000020941 #24	PROK1 (ENSSTOG00000005552) #25	LAMTOR5 (ENSSTOG00000003401) #26	SLC16A4 (ENSSTOG00000025557) #27	RBM15 (ENSSTOG00000026597) #28	KCNC4 (ENSSTOG00000009645) #29	SLC6A17 (ENSSTOG00000009625) #30	ALX3 (ENSSTOG00000009606) #31	STRIP1 (ENSSTOG00000009577) #32	AHCYL1 (ENSSTOG00000015618) #33	CSF1 (ENSSTOG00000023005) #34	ENSSTOG00000007262 #35	GSTM3 (ENSSTOG00000024196) #36	ENSSTOG00000019538 #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	277								DENND2D (ENSUPAG00010016317) #14	CEPT1 (ENSUPAG00010016280) #15	DRAM2 (ENSUPAG00010016230) #16	ENSUPAG00010016216	LRIF1 (ENSUPAG00010016206) #17	CD53 (ENSUPAG00010016194) #18	ENSUPAG00010016189 #19	KCNA3 (ENSUPAG00010016187) #21	KCNA2 (ENSUPAG00010016180) #22	KCNA10 (ENSUPAG00010016174) #23	ENSUPAG00010016166 #24	ENSUPAG00010016162	PROK1 (ENSUPAG00010016152) #25	LAMTOR5 (ENSUPAG00010016147) #26	SLC16A4 (ENSUPAG00010016126) #27	RBM15 (ENSUPAG00010016124) #28	KCNC4 (ENSUPAG00010016092) #29	SLC6A17 (ENSUPAG00010016070) #30	UBL4B (ENSUPAG00010016066)	ALX3 (ENSUPAG00010016060) #31	STRIP1 (ENSUPAG00010016038) #32	AHCYL1 (ENSUPAG00010016025) #33	CSF1 (ENSUPAG00010016005) #34	EPS8L3 (ENSUPAG00010015986) #35
Alpin marmot	MODERN SPECIES	100							DENND2D (ENSMMMG00000020907) #14	CEPT1 (ENSMMMG00000020876) #15	DRAM2 (ENSMMMG00000020861) #16	ENSMMMG00000020858	ENSMMMG00000020853 #17	ENSMMMG00000020850 #17	CD53 (ENSMMMG00000020840) #18	ENSMMMG00000020835 #19	KCNA3 (ENSMMMG00000020829) #21	KCNA2 (ENSMMMG00000020828) #22	KCNA10 (ENSMMMG00000020825) #23	ENSMMMG00000020821 #24	ENSMMMG00000020814	PROK1 (ENSMMMG00000020809) #25	ENSMMMG00000020803 #26	SLC16A4 (ENSMMMG00000020793) #27	RBM15 (ENSMMMG00000020791) #28	KCNC4 (ENSMMMG00000020784) #29	SLC6A17 (ENSMMMG00000020765) #30	UBL4B (ENSMMMG00000020761)	ALX3 (ENSMMMG00000020755) #31	STRIP1 (ENSMMMG00000020741) #32	AHCYL1 (ENSMMMG00000020731) #33	CSF1 (ENSMMMG00000020723) #34	EPS8L3 (ENSMMMG00000020708) #35
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		C1orf162 (ENSSVLG00005018121)	ENSSVLG00005017977	WDR77 (ENSSVLG00005017918)	OVGP1 (ENSSVLG00005017787)	PIFO (ENSSVLG00005017626)	ENSSVLG00005017351	DENND2D (ENSSVLG00005017048) #14	CEPT1 (ENSSVLG00005016962) #15	DRAM2 (ENSSVLG00005016915) #16	ENSSVLG00005016873	LRIF1 (ENSSVLG00005016841) #17	CD53 (ENSSVLG00005016771) #18	ENSSVLG00005016749 #19	ENSSVLG00005016736	KCNA3 (ENSSVLG00005016719) #21	KCNA2 (ENSSVLG00005016685) #22	KCNA10 (ENSSVLG00005016662) #23	ENSSVLG00005016499 #24	ENSSVLG00005016446	PROK1 (ENSSVLG00005016403) #25	LAMTOR5 (ENSSVLG00005016364) #26	SLC16A4 (ENSSVLG00005015966) #27	RBM15 (ENSSVLG00005015755) #28	KCNC4 (ENSSVLG00005015639) #29	SLC6A17 (ENSSVLG00005015577) #30	UBL4B (ENSSVLG00005015517)	ALX3 (ENSSVLG00005015462) #31	STRIP1 (ENSSVLG00005015389) #32	AHCYL1 (ENSSVLG00005015290) #33	CSF1 (ENSSVLG00005015188) #34	EPS8L3 (ENSSVLG00005014646) #35
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000160251	ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00930000151073	ENSGT00390000015005	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000010711	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000001017	ENSGT00950000182931.A #14	ENSGT00950000183117.a.b #15	ENSGT01030000234578.B.b #16	ENSGT00390000017353 #17	ENSGT00940000159669 #18	ENSGT00940000163100.b #19	ENSGT00940000160210 #21	ENSGT00940000158688 #22	ENSGT00940000159534 #23	ENSGT00940000161331 #25	ENSGT00390000006247.tc #26	ENSGT00940000158411 #27	ENSGT00940000158161 #28	ENSGT00940000158860 #29	ENSGT00940000156542 #30	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000160669 #31	ENSGT00400000022095.b #32	ENSGT00950000182981.b.f.b #33	ENSGT00390000015805 #34	ENSGT00940000158169 #35	ENSGT00940000157663 #36	ENSGT00940000155416.a.b
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000160251	ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00930000151073	ENSGT00390000015005	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000010711	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000001017	ENSGT00950000182931.A #14	ENSGT00950000183117.a.b #15	ENSGT01030000234578.B.b #16	ENSGT00390000017353 #17	ENSGT00940000159669 #18	ENSGT00940000163100.b #19	ENSGT00940000160210 #21	ENSGT00940000158688 #22	ENSGT00940000159534 #23	ENSGT00940000161331 #25	ENSGT00390000006247.tc #26	ENSGT00940000158411 #27	ENSGT00940000158161 #28	ENSGT00940000158860 #29	ENSGT00940000156542 #30	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000160669 #31	ENSGT00400000022095.b #32	ENSGT00950000182981.b.f.b #33	ENSGT00390000015805 #34	ENSGT00940000158169 #35	ENSGT00940000157663 #36	ENSGT00940000155416.a.b
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063849.B	ENSGT00940000160251	ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00930000151073	ENSGT00390000015005	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000010711	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000001017	ENSGT00950000182931.A #14	ENSGT00950000183117.a.b #15	ENSGT01030000234578.B.b #16	ENSGT00390000017353 #17	ENSGT00940000159669 #18	ENSGT00940000160210 #21	ENSGT00940000158688 #22	ENSGT00940000159534 #23	ENSGT00940000161331 #25	ENSGT00390000006247.tc #26	ENSGT00940000158411 #27	ENSGT00940000158161 #28	ENSGT00940000158860 #29	ENSGT00940000156542 #30	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000160669 #31	ENSGT00400000022095.b #32	ENSGT00950000182981.b.f.b #33	ENSGT00390000015805 #34	ENSGT00940000158169 #35	ENSGT00940000157663 #36	ENSGT00940000155416.a.b
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	142	INKA2 (ENSCLAG00000007395)	RAP1A (ENSCLAG00000006589)	ADORA3 (ENSCLAG00000006054)	ENSCLAG00000009052	C1orf162 (ENSCLAG00000009693)	ATP5PB (ENSCLAG00000006182)	WDR77 (ENSCLAG00000005791)	OVGP1 (ENSCLAG00000005245)	PIFO (ENSCLAG00000007375)	DENND2D (ENSCLAG00000005887) #14	CEPT1 (ENSCLAG00000006226) #15	DRAM2 (ENSCLAG00000007313) #16	LRIF1 (ENSCLAG00000006529) #17	CD53 (ENSCLAG00000008592) #18	KCNA3 (ENSCLAG00000017746) #21	KCNA2 (ENSCLAG00000006952) #22	KCNA10 (ENSCLAG00000017689) #23	PROK1 (ENSCLAG00000006175) #25	LAMTOR5 (ENSCLAG00000005554) #26	SLC16A4 (ENSCLAG00000004685) #27	RBM15 (ENSCLAG00000008406) #28	KCNC4 (ENSCLAG00000008289) #29	SLC6A17 (ENSCLAG00000011786) #30	UBL4B (ENSCLAG00000009392)	ALX3 (ENSCLAG00000009014) #31	STRIP1 (ENSCLAG00000008340) #32	AHCYL1 (ENSCLAG00000005190) #33	CSF1 (ENSCLAG00000007673) #34	EPS8L3 (ENSCLAG00000009538) #35	GSTM3 (ENSCLAG00000007701) #36	GSTM2 (ENSCLAG00000011395)
Degu	MODERN SPECIES	125										COPG2 (ENSODEG00000004971)	TSGA13 (ENSODEG00000005295)	ENSODEG00000019319	LRIF1 (ENSODEG00000006876) #17	CD53 (ENSODEG00000007107) #18	KCNA3 (ENSODEG00000004643) #21	KCNA2 (ENSODEG00000019179) #22	KCNA10 (ENSODEG00000019298) #23	PROK1 (ENSODEG00000005529) #25	ENSODEG00000005563 #26	SLC16A4 (ENSODEG00000005794) #27	RBM15 (ENSODEG00000019343) #28	KCNC4 (ENSODEG00000004321) #29	SLC6A17 (ENSODEG00000004456) #30	ALX3 (ENSODEG00000004536) #31	STRIP1 (ENSODEG00000004829) #32	AHCYL1 (ENSODEG00000007560) #33	CSF1 (ENSODEG00000007919) #34	ENSODEG00000004287 #35	ENSODEG00000004609 #36	GSTM2 (ENSODEG00000005236)	ENSODEG00000005640 #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	2	INKA2 (ENSCPOG00000001816)	RAP1A (ENSCPOG00000032437)	ADORA3 (ENSCPOG00000032151)	C1orf162 (ENSCPOG00000025561)	ATP5PB (ENSCPOG00000014070)	WDR77 (ENSCPOG00000025009)	OVGP1 (ENSCPOG00000000902)	PIFO (ENSCPOG00000033762)	DENND2D (ENSCPOG00000003677) #14	CEPT1 (ENSCPOG00000011067) #15	DRAM2 (ENSCPOG00000003496) #16	ENSCPOG00000039442 #17	CD53 (ENSCPOG00000010280) #18	ENSCPOG00000023753 #19	KCNA3 (ENSCPOG00000012373) #21	KCNA2 (ENSCPOG00000039886) #22	KCNA10 (ENSCPOG00000001971) #23	PROK1 (ENSCPOG00000039143) #25	LAMTOR5 (ENSCPOG00000033012) #26	SLC16A4 (ENSCPOG00000007529) #27	RBM15 (ENSCPOG00000007520) #28	KCNC4 (ENSCPOG00000012779) #29	SLC6A17 (ENSCPOG00000012775) #30	UBL4B (ENSCPOG00000036064)	ALX3 (ENSCPOG00000025705) #31	STRIP1 (ENSCPOG00000012774) #32	AHCYL1 (ENSCPOG00000011603) #33	ENSCPOG00000032571 #34	ENSCPOG00000013848 #35	GSTM3 (ENSCPOG00000009422) #36	GSTM1 (ENSCPOG00000007803) #37
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	10	FAM212B (ENSHGLG00000032533)	RAP1A (ENSHGLG00000008139)	ADORA3 (ENSHGLG00000006832)	ENSHGLG00000004637	ENSHGLG00000041308	ENSHGLG00000004364	WDR77 (ENSHGLG00000008077)	ENSHGLG00000036915	PIFO (ENSHGLG00000048487)	DENND2D (ENSHGLG00000007550) #14	CEPT1 (ENSHGLG00000004650) #15	DRAM2 (ENSHGLG00000007043) #16	ENSHGLG00000036901 #17	CD53 (ENSHGLG00000007172) #18	KCNA3 (ENSHGLG00000004518) #21	KCNA2 (ENSHGLG00000040655) #22	KCNA10 (ENSHGLG00000020688) #23	PROK1 (ENSHGLG00000039661) #25	ENSHGLG00000045622 #26	Slc16a4 (ENSHGLG00000014623) #27	RBM15 (ENSHGLG00000038057) #28	ENSHGLG00000040075	KCNC4 (ENSHGLG00000015572) #29	SLC6A17 (ENSHGLG00000014129) #30	UBL4B (ENSHGLG00000041047)	ALX3 (ENSHGLG00000014566) #31	STRIP1 (ENSHGLG00000014558) #32	ENSHGLG00000040649 #33	ENSHGLG00000044952	CSF1 (ENSHGLG00000018247) #34	EPS8L3 (ENSHGLG00000012509) #35