Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00530000063712.a.a #18	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00530000064251	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000014472	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT00950000185474 #33	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00530000063712.a.a #18	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT00950000185474 #33	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37
Aves	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00530000063712.a.a #18	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT00950000185474 #33	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00530000063712.a.a.h #18	ENSGT00530000063712.a.a.g #19	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT00950000185474 #33	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT01050000244841.A.a.b #17	ENSGT00530000063712.a.a.h #18	ENSGT00530000063712.a.a.g #19	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT00950000185474 #33	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00940000158423	ENSGT00940000164422	ENSGT00390000014273.b	ENSGT00390000005869.a	ENSGT00730000111185	ENSGT01050000244841.A.a.b #17	ENSGT00530000063712.a.a.h #18	ENSGT00530000063712.a.a.g #19	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37	ENSGT00390000008502	ENSGT01030000234623.a.b.b
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	52	EIF3J (ENSABRG00000007056) #7	CTDSPL2 (ENSABRG00000007046) #8	GOLM2 (ENSABRG00000007038) #9	FRMD5 (ENSABRG00000007028) #10	WDR76 (ENSABRG00000007002) #11	BLM (ENSABRG00000006971) #12	CTSH (ENSABRG00000006940) #13	RASGRF1 (ENSABRG00000006932) #14	ENSABRG00000006929 #15	TMED3 (ENSABRG00000006924) #16	ENSABRG00000006921 #17	ENSABRG00000006919 #18	ENSABRG00000006916 #19	ANPEP (ENSABRG00000005895) #20	AP3S2 (ENSABRG00000005881) #21	ZNF710 (ENSABRG00000005877) #22	IDH2 (ENSABRG00000005863) #23	SEMA4B (ENSABRG00000005843) #24	ENSABRG00000005836 #25	GDPGP1 (ENSABRG00000005831) #26	TTLL13 (ENSABRG00000005796) #27	VPS33B (ENSABRG00000004867) #29	PRC1 (ENSABRG00000004796) #30	ENSABRG00000004728 #31	UNC45A (ENSABRG00000004685) #32	MAN2A2 (ENSABRG00000004608) #34	FES (ENSABRG00000004539) #35	FURIN (ENSABRG00000004517) #36	MFAP1 (ENSABRG00000004507) #37	SERINC4 (ENSABRG00000004460)	ENSABRG00000004448
Duck	MODERN SPECIES	2	SPG11 (ENSAPLG00000008622)	EIF3J (ENSAPLG00000008484) #7	CTDSPL2 (ENSAPLG00000007949) #8	GOLM2 (ENSAPLG00000007781) #9	FRMD5 (ENSAPLG00000007330) #10	WDR76 (ENSAPLG00000007086) #11	BLM (ENSAPLG00000006878) #12	CTSH (ENSAPLG00000006722) #13	RASGRF1 (ENSAPLG00000006206) #14	ENSAPLG00000017978	ENSAPLG00000019685 #15	TMED3 (ENSAPLG00000006204) #16	ENSAPLG00000017865 #17	ANPEP (ENSAPLG00000005574) #20	AP3S2 (ENSAPLG00000005458) #21	ZNF710 (ENSAPLG00000026218) #22	IDH2 (ENSAPLG00000027640) #23	VPS33B (ENSAPLG00000003869) #29	SEMA4B (ENSAPLG00000010610) #24	CIB1 (ENSAPLG00000010975) #25	TTLL13 (ENSAPLG00000003844) #27	MAN2A2 (ENSAPLG00000005234) #34	UNC45A (ENSAPLG00000004720) #32	FES (ENSAPLG00000005644) #35	FURIN (ENSAPLG00000005906) #36	ELL3 (ENSAPLG00000023858)	PDIA3 (ENSAPLG00000010321)	ENSAPLG00000010625	PPIP5K1 (ENSAPLG00000010796)	MAP1A (ENSAPLG00000027744)	TP53BP1 (ENSAPLG00000010574)
Phasianidae	DUPLICATION
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000161170.a #22
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000161170.a #22
Turkey	MODERN SPECIES	3	ENSMGAG00000010549	PDIA3 (ENSMGAG00000010531)	ENSMGAG00000019676	MFAP1 (ENSMGAG00000018931) #37	ENSMGAG00000010563	SERINC4 (ENSMGAG00000010567)	ENSMGAG00000010594 #36	ENSMGAG00000010444 #35	ENSMGAG00000010746 #32	ENSMGAG00000010738 #30	ENSMGAG00000010721 #29	ENSMGAG00000010652 #27	ENSMGAG00000020677 #26	ENSMGAG00000010525 #25	SEMA4B (ENSMGAG00000010484) #24	ENSMGAG00000021657 #22	ENSMGAG00000021568 #22	ENSMGAG00000004597 #23	ENSMGAG00000017294 #21	ENSMGAG00000010489 #20	ENSMGAG00000017180	ENSMGAG00000010510 #16	ENSMGAG00000010507 #17	ENSMGAG00000010523 #15	ENSMGAG00000012254 #14	ENSMGAG00000010582 #13	ENSMGAG00000010473 #12	WDR76 (ENSMGAG00000010407) #11	ENSMGAG00000022869 #10	FRMD5 (ENSMGAG00000016494) #10	CTDSPL2 (ENSMGAG00000010285) #8
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT01050000244841.A.a.b #17	ENSGT00530000063712.a.a.h #18	ENSGT00530000063712.a.a.g #19	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00940000161170.b #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT00950000185474 #33	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37
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Chicken	MODERN SPECIES	1	EIF3J (ENSGALG00010016304) #7	CTDSPL2 (ENSGALG00010016317) #8	CASC4 (ENSGALG00010016350) #9	FRMD5 (ENSGALG00010016374) #10	WDR76 (ENSGALG00010016378) #11	BLM (ENSGALG00010016393) #12	CTSH (ENSGALG00010016411) #13	RASGRF1 (ENSGALG00010016415) #14	ENSGALG00010016421 #15	TMED3 (ENSGALG00010016433) #16	GNRHR (ENSGALG00010016446) #17	MESP1 (ENSGALG00010015956) #18	ENSGALG00010015903 #19	ANPEP (ENSGALG00010015905) #20	AP3S2 (ENSGALG00010015942) #21	ZNF710 (ENSGALG00010020257) #22	IDH2 (ENSGALG00010020277) #23	SEMA4B (ENSGALG00010020293) #24	CIB1 (ENSGALG00010000050) #25	GDPGP1 (ENSGALG00010000051) #26	TTLL13 (ENSGALG00010000052) #27	HDDC3 (ENSGALG00010000053) #28	VPS33B (ENSGALG00010000054) #29	PRC1 (ENSGALG00010000055) #30	UNC45A (ENSGALG00010000056) #32	ENSGALG00010000057 #33	MAN2A2 (ENSGALG00010000048) #34	FES (ENSGALG00010000049) #35	FURIN (ENSGALG00010000058) #36	MFAP1 (ENSGALG00010000059) #37	HYPK (ENSGALG00010000060)
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Great tit	MODERN SPECIES	1	EIF3J (ENSPMJG00000011583) #7	CTDSPL2 (ENSPMJG00000011584) #8	GOLM2 (ENSPMJG00000011585) #9	FRMD5 (ENSPMJG00000011586) #10	WDR76 (ENSPMJG00000011587) #11	BLM (ENSPMJG00000011588) #12	CTSH (ENSPMJG00000011634) #13	RASGRF1 (ENSPMJG00000011635) #14	ENSPMJG00000011636	ENSPMJG00000011639 #15	TMED3 (ENSPMJG00000011640) #16	ENSPMJG00000011642 #17	ENSPMJG00000011643 #19	ANPEP (ENSPMJG00000011645) #20	AP3S2 (ENSPMJG00000011650) #21	ZNF710 (ENSPMJG00000011654) #22	IDH2 (ENSPMJG00000011671) #23	SEMA4B (ENSPMJG00000011998) #24	GDPGP1 (ENSPMJG00000011999) #26	CIB1 (ENSPMJG00000012000) #25	TTLL13 (ENSPMJG00000012011) #27	HDDC3 (ENSPMJG00000012013) #28	VPS33B (ENSPMJG00000012016) #29	PRC1 (ENSPMJG00000012022) #30	ENSPMJG00000012024 #31	UNC45A (ENSPMJG00000012025) #32	MAN2A2 (ENSPMJG00000012026) #34	FES (ENSPMJG00000012027) #35	FURIN (ENSPMJG00000012028) #36	MFAP1 (ENSPMJG00000012029) #37	HYPK (ENSPMJG00000012030)
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Medium ground finch	MODERN SPECIES	69	MORF4L2 (ENSGFOG00000012359)	ADAMTS7 (ENSGFOG00000012371)	CIAO2A (ENSGFOG00000012496)	SPG11 (ENSGFOG00000012502)	EIF3J (ENSGFOG00000012537) #7	CTDSPL2 (ENSGFOG00000012540) #8	GOLM2 (ENSGFOG00000012544) #9	FRMD5 (ENSGFOG00000012554) #10	WDR76 (ENSGFOG00000012567) #11	BLM (ENSGFOG00000012602) #12	CTSH (ENSGFOG00000012932) #13	RASGRF1 (ENSGFOG00000012956) #14	TMED3 (ENSGFOG00000013090) #16	ANPEP (ENSGFOG00000013096) #20	ENSGFOG00000013106	ENSGFOG00000013112 #22	IDH2 (ENSGFOG00000013114) #23	SEMA4B (ENSGFOG00000013115) #24	ENSGFOG00000013116	TTLL13 (ENSGFOG00000013119) #27	VPS33B (ENSGFOG00000013122) #29	PRC1 (ENSGFOG00000013124) #30	UNC45A (ENSGFOG00000013142) #32	MAN2A2 (ENSGFOG00000013198) #34	FES (ENSGFOG00000013212) #35	FURIN (ENSGFOG00000013221) #36	MFAP1 (ENSGFOG00000013223) #37	HYPK (ENSGFOG00000013226)	SERINC4 (ENSGFOG00000013228)	PDIA3 (ENSGFOG00000013230)	ENSGFOG00000000243
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT01050000244841.A.a.b #17	ENSGT00530000063712.a.a.g #19	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37	ENSGT00390000008502	ENSGT01030000234623.a.b.b
Zebra finch	MODERN SPECIES	1	FRMD5 (ENSTGUG00000009926) #10	WDR76 (ENSTGUG00000009939) #11	BLM (ENSTGUG00000009959) #12	CTSH (ENSTGUG00000009976) #13	RASGRF1 (ENSTGUG00000009981) #14	ENSTGUG00000024286	ENSTGUG00000028054	ENSTGUG00000021398 #16	ENSTGUG00000021476 #16	ENSTGUG00000014270 #17	ENSTGUG00000020442 #19	ANPEP (ENSTGUG00000014295) #20	AP3S2 (ENSTGUG00000014282) #21	ENSTGUG00000029649 #17	ENSTGUG00000026005 #19	ZNF710 (ENSTGUG00000026802) #22	IDH2 (ENSTGUG00000022112) #23	SEMA4B (ENSTGUG00000010009) #24	CIB1 (ENSTGUG00000010028) #25	GDPGP1 (ENSTGUG00000023394) #26	TTLL13 (ENSTGUG00000010033) #27	VPS33B (ENSTGUG00000025670) #29	PRC1 (ENSTGUG00000021109) #30	ENSTGUG00000025741 #31	UNC45A (ENSTGUG00000010052) #32	MAN2A2 (ENSTGUG00000010087) #34	FES (ENSTGUG00000010113) #35	MFAP1 (ENSTGUG00000010162) #37	FURIN (ENSTGUG00000010132) #36	HYPK (ENSTGUG00000010184)	SERINC4 (ENSTGUG00000010186)
Common canary	MODERN SPECIES	12	ADAMTS7 (ENSSCAG00000012368)	CIAO2A (ENSSCAG00000012588)	SPG11 (ENSSCAG00000012635)	EIF3J (ENSSCAG00000012816) #7	CTDSPL2 (ENSSCAG00000012831) #8	GOLM2 (ENSSCAG00000012840) #9	ENSSCAG00000012847 #10	WDR76 (ENSSCAG00000012854) #11	BLM (ENSSCAG00000012887) #12	CTSH (ENSSCAG00000013083) #13	RASGRF1 (ENSSCAG00000013440) #14	TMED3 (ENSSCAG00000014179) #16	ENSSCAG00000014184	ANPEP (ENSSCAG00000014187) #20	AP3S2 (ENSSCAG00000014192) #21	ENSSCAG00000014195 #22	IDH2 (ENSSCAG00000014199) #23	SEMA4B (ENSSCAG00000014205) #24	CIB1 (ENSSCAG00000014212) #25	TTLL13 (ENSSCAG00000014214) #27	VPS33B (ENSSCAG00000014226) #29	ENSSCAG00000014241	PRC1 (ENSSCAG00000014249) #30	UNC45A (ENSSCAG00000014259) #32	MAN2A2 (ENSSCAG00000014295) #34	FES (ENSSCAG00000014381) #35	FURIN (ENSSCAG00000014387) #36	MFAP1 (ENSSCAG00000014392) #37	ENSSCAG00000014396	SERINC4 (ENSSCAG00000014400)	PDIA3 (ENSSCAG00000014470)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00530000063712.a.a.g #19	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00970000193421.C.b #21	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813 #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT01030000234638.b.b.c.a #34	ENSGT00940000158881 #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37	ENSGT00390000008502
Kakapo	MODERN SPECIES	1	EIF3J (ENSSHBG00005008136) #7	CTDSPL2 (ENSSHBG00005008122) #8	GOLM2 (ENSSHBG00005008102) #9	FRMD5 (ENSSHBG00005008084) #10	WDR76 (ENSSHBG00005008067) #11	BLM (ENSSHBG00005008005) #12	CTSH (ENSSHBG00005007973) #13	RASGRF1 (ENSSHBG00005007956) #14	ENSSHBG00005007948 #15	TMED3 (ENSSHBG00005007939) #16	ENSSHBG00005007935 #17	ENSSHBG00005007929 #18	ENSSHBG00005007919 #19	ANPEP (ENSSHBG00005007852) #20	AP3S2 (ENSSHBG00005007818) #21	ZNF710 (ENSSHBG00005007803) #22	IDH2 (ENSSHBG00005007782) #23	SEMA4B (ENSSHBG00005007761) #24	CIB1 (ENSSHBG00005007734) #25	ENSSHBG00005007653 #27	ENSSHBG00005007645	HDDC3 (ENSSHBG00005007632) #28	VPS33B (ENSSHBG00005007592) #29	PRC1 (ENSSHBG00005007544) #30	ENSSHBG00005007513 #31	UNC45A (ENSSHBG00005007486) #32	MAN2A2 (ENSSHBG00005007460) #34	FES (ENSSHBG00005007427) #35	FURIN (ENSSHBG00005007398) #36	MFAP1 (ENSSHBG00005007378) #37	HYPK (ENSSHBG00005007369)
Golden eagle	MODERN SPECIES	21	EIF3J (ENSACCG00020002090) #7	CTDSPL2 (ENSACCG00020002110) #8	GOLM2 (ENSACCG00020002151) #9	FRMD5 (ENSACCG00020002198) #10	WDR76 (ENSACCG00020002221) #11	BLM (ENSACCG00020002368) #12	CTSH (ENSACCG00020002474) #13	RASGRF1 (ENSACCG00020002515) #14	ENSACCG00020002547 #15	TMED3 (ENSACCG00020002558) #16	ENSACCG00020002579 #17	ENSACCG00020002606 #18	ENSACCG00020002617 #19	ANPEP (ENSACCG00020002638) #20	AP3S2 (ENSACCG00020002658) #21	ZNF710 (ENSACCG00020002669) #22	IDH2 (ENSACCG00020002683) #23	SEMA4B (ENSACCG00020002698) #24	ENSACCG00020002723 #25	GDPGP1 (ENSACCG00020002735) #26	ENSACCG00020002759 #27	HDDC3 (ENSACCG00020002786) #28	VPS33B (ENSACCG00020002805) #29	PRC1 (ENSACCG00020002843) #30	ENSACCG00020002873 #31	UNC45A (ENSACCG00020002907) #32	MAN2A2 (ENSACCG00020002977) #34	FES (ENSACCG00020003018) #35	FURIN (ENSACCG00020003041) #36	MFAP1 (ENSACCG00020003062) #37	HYPK (ENSACCG00020003072)
African ostrich	MODERN SPECIES	1020	CIAO2A (ENSSCUG00000013067)	SPG11 (ENSSCUG00000013068)	EIF3J (ENSSCUG00000013070) #7	CTDSPL2 (ENSSCUG00000013071) #8	GOLM2 (ENSSCUG00000013072) #9	FRMD5 (ENSSCUG00000013079) #10	WDR76 (ENSSCUG00000013091) #11	BLM (ENSSCUG00000013117) #12	ENSSCUG00000013139 #13	ENSSCUG00000013142 #13	RASGRF1 (ENSSCUG00000013144) #14	ENSSCUG00000013151 #15	TMED3 (ENSSCUG00000013152) #16	ENSSCUG00000013155 #20	AP3S2 (ENSSCUG00000013156) #21	ZNF710 (ENSSCUG00000013158) #22	IDH2 (ENSSCUG00000013168) #23
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159819	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00530000064251	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000014472	ENSGT00390000011608 #28
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00530000063712.a.a #18	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00530000064251	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000014472	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813.t #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT01030000234638.b.b.c.a.o.a #34	ENSGT01030000234638.b.b.c.a.o.b #34	ENSGT00940000158881.a #35	ENSGT00940000157220 #36
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00530000063712.a.a #18	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00530000064251	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813.t #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT01030000234638.b.b.c.a.p #34	ENSGT01030000234638.b.b.c.a.o.b #34	ENSGT00940000158881.a #35	ENSGT00940000157220 #36	ENSGT00690000102225 #37
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	27	SPG11 (ENSTMTG00000009532)	EIF3J (ENSTMTG00000009982) #7	ENSTMTG00000010003	CTDSPL2 (ENSTMTG00000010013) #8	GOLM2 (ENSTMTG00000010056) #9	FRMD5 (ENSTMTG00000010115) #10	WDR76 (ENSTMTG00000010297) #11	BLM (ENSTMTG00000010382) #12	CTSH (ENSTMTG00000010493) #13	ENSTMTG00000010510 #14	ENSTMTG00000010584 #14	ENSTMTG00000010629 #15	TMED3 (ENSTMTG00000010644) #16	ANPEP (ENSTMTG00000010813) #20	ARPIN (ENSTMTG00000000048)	ZNF710 (ENSTMTG00000000073) #22	IDH2 (ENSTMTG00000000465) #23	SEMA4B (ENSTMTG00000001259) #24	CIB1 (ENSTMTG00000001269) #25	TTLL13 (ENSTMTG00000001291) #27	VPS33B (ENSTMTG00000001325) #29	PRC1 (ENSTMTG00000001377) #30	ENSTMTG00000001393 #31	UNC45A (ENSTMTG00000001455) #32	MAN2A2 (ENSTMTG00000001757) #34	FURIN (ENSTMTG00000001794) #36	MFAP1 (ENSTMTG00000001809) #37	HYPK (ENSTMTG00000001815)	SERINC4 (ENSTMTG00000001823)	ENSTMTG00000001836	ENSTMTG00000001841
painted turtle	MODERN SPECIES	742	SPG11 (ENSCPBG00000025208)	EIF3J (ENSCPBG00000025162) #7	CTDSPL2 (ENSCPBG00000025131) #8	GOLM2 (ENSCPBG00000025126) #9	FRMD5 (ENSCPBG00000025120) #10	WDR76 (ENSCPBG00000025118) #11	BLM (ENSCPBG00000025000) #12	CTSH (ENSCPBG00000024970) #13	RASGRF1 (ENSCPBG00000024963) #14	ENSCPBG00000024952 #15	TMED3 (ENSCPBG00000024949) #16	ENSCPBG00000024942 #17	ENSCPBG00000024935 #18	ANPEP (ENSCPBG00000024929) #20	ARPIN (ENSCPBG00000024924)	ZNF710 (ENSCPBG00000024916) #22	IDH2 (ENSCPBG00000024479) #23	SEMA4B (ENSCPBG00000024478) #24	CIB1 (ENSCPBG00000024477) #25	GDPGP1 (ENSCPBG00000024476) #26	TTLL13 (ENSCPBG00000024475) #27	HDDC3 (ENSCPBG00000024474) #28	VPS33B (ENSCPBG00000024473) #29	PRC1 (ENSCPBG00000024471) #30	ENSCPBG00000024470 #31	UNC45A (ENSCPBG00000024468) #32	ENSCPBG00000024463 #34	ENSCPBG00000024459 #34	FES (ENSCPBG00000024453) #35	FURIN (ENSCPBG00000024451) #36	MFAP1 (ENSCPBG00000024449) #37
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000018400 #7	ENSGT01040000240503.A.a.a #8	ENSGT00530000063675.a #9	ENSGT00940000156346 #10	ENSGT00510000048144 #11	ENSGT00940000156800 #12	ENSGT00940000160227 #13	ENSGT00940000157599 #14	ENSGT00390000012355.B.a #15	ENSGT00940000159833 #16	ENSGT00530000063712.a.a.e #18	ENSGT00940000154876.b #20	ENSGT00530000064251	ENSGT00940000161170 #22	ENSGT00390000012547.a #23	ENSGT00940000154870.D #24	ENSGT00940000158927 #25	ENSGT00390000016718 #26	ENSGT00940000161367 #27	ENSGT00390000014472	ENSGT00390000011608 #28	ENSGT00940000156813.t #29	ENSGT00390000009453 #30	ENSGT00940000164520 #31	ENSGT00940000159320 #32	ENSGT01030000234638.b.b.c.a.o.a #34	ENSGT01030000234638.b.b.c.a.o.b #34	ENSGT00940000158881.a #35	ENSGT00940000157220 #36
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	1	EIF3J (ENSGEVG00005011284) #7	CTDSPL2 (ENSGEVG00005011247) #8	GOLM2 (ENSGEVG00005011188) #9	FRMD5 (ENSGEVG00005010982) #10	WDR76 (ENSGEVG00005010927) #11	BLM (ENSGEVG00005010102) #12	CTSH (ENSGEVG00005009965) #13	ENSGEVG00005009916 #14	ENSGEVG00005009769 #14	ENSGEVG00005009735 #15	TMED3 (ENSGEVG00005009691) #16	ENSGEVG00005009462 #17	ENSGEVG00005009382 #18	ANPEP (ENSGEVG00005009325) #20	ARPIN (ENSGEVG00005009224)	ZNF710 (ENSGEVG00005009201) #22	IDH2 (ENSGEVG00005009069) #23	SEMA4B (ENSGEVG00005009000) #24	CIB1 (ENSGEVG00005008971) #25	GDPGP1 (ENSGEVG00005008952) #26	PRC1 (ENSGEVG00005008866) #30	ENSGEVG00005008729 #31	UNC45A (ENSGEVG00005008660) #32	MAN2A2 (ENSGEVG00005008562) #34	FES (ENSGEVG00005008384) #35	FURIN (ENSGEVG00005008313) #36	MFAP1 (ENSGEVG00005008283) #37	HYPK (ENSGEVG00005008270)	SERINC4 (ENSGEVG00005008230)	SERF2 (ENSGEVG00005008200)	ENSGEVG00005008164
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1798	GSTCD (ENSCABG00000011709)	NPNT (ENSCABG00000011588)	TBCK (ENSCABG00000010394)	AIMP1 (ENSCABG00000010364)	GIMD1 (ENSCABG00000010363)	CTSH (ENSCABG00000010198) #13	RASGRF1 (ENSCABG00000010185) #14	ENSCABG00000010178	ENSCABG00000010175 #15	TMED3 (ENSCABG00000010171) #16	ENSCABG00000010161 #17	ENSCABG00000010160 #18	ENSCABG00000010159 #18	ANPEP (ENSCABG00000010155) #20	ARPIN (ENSCABG00000010154)	ZNF710 (ENSCABG00000010153) #22	IDH2 (ENSCABG00000010150) #23	ENSCABG00000010149	SEMA4B (ENSCABG00000010148) #24	CIB1 (ENSCABG00000010147) #25	GDPGP1 (ENSCABG00000010133) #26	TTLL13 (ENSCABG00000010130) #27	NGRN (ENSCABG00000010129)	HDDC3 (ENSCABG00000010127) #28	VPS33B (ENSCABG00000010124) #29	PRC1 (ENSCABG00000010123) #30	ENSCABG00000010119 #31	UNC45A (ENSCABG00000009005) #32	ENSCABG00000008973 #34	ENSCABG00000008965 #34	ENSCABG00000008955 #35