Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00510000048988	ENSGT00940000157693 #10	ENSGT00940000166530 #11	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00940000155705.a.a ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00390000001254 #25	ENSGT00940000155635 #26	ENSGT00940000154614 #27	ENSGT00940000154654.a.b #28	ENSGT01030000234606.b.e.b #29	ENSGT00390000010743.a.a #30	ENSGT00940000156236.a.a #31	ENSGT00730000111014.o.b	ENSGT00530000063751.a.a
Protacanthopterygii	DUPLICATION
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000166725 #8	ENSGT01030000234931	ENSGT00510000048988	ENSGT00940000157693 #10	ENSGT00940000166530 #11	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00950000182946.lb.b.k.a #14	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a.c #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00390000001254 #25	ENSGT00940000155635 #26	ENSGT00940000154614 #27	ENSGT00940000154654.a.b #28	ENSGT01030000234606.b.e.b #29	ENSGT00390000010743.a.a #30	ENSGT00940000156236.a.a #31	ENSGT00390000012568.l	ENSGT00940000155117.f.a #32	ENSGT00940000154967.b.b.a #33	ENSGT00940000154386.d.b.a	ENSGT00940000154967.b.b.b #35	ENSGT00560000077332 #36
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000166725.j #8	ENSGT00940000173535 #9	ENSGT00940000157693.p #10	ENSGT00940000166530.d #11	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00730000111085.A.gb #13	ENSGT00950000182946.lb.b.k.a.b #14	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a.d #16	ENSGT00940000155705.b.v #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b.d ##18	ENSGT00940000159466.e.a #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a.c #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.d #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00390000001254 #25	ENSGT00940000155635.q #26	ENSGT00940000154614 #27	ENSGT00940000154654.a.b #28	ENSGT01030000234606.b.e.b.h #29	ENSGT00390000010743.a.a.f #30	ENSGT00940000156236.a.a #31	ENSGT00390000012568.l	ENSGT00940000155117.f.a.g #32	ENSGT00940000154967.b.b.a #33	ENSGT00940000154386.d.b.a	ENSGT00940000154967.b.b.b #35	ENSGT00560000077332 #36
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000003015.c.c #7	ENSGT00940000166725.j #8	ENSGT00940000173535 #9	ENSGT00940000157693.p #10	ENSGT00940000166530.d #11	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00730000111085.A.gb #13	ENSGT00950000182946.lb.b.k.a.b #14	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a.d #16	ENSGT00940000155705.b.v #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT00940000159466.e.a #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a.c #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.d #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00390000001254 #25	ENSGT00940000155635.q #26	ENSGT00940000154614.le #27	ENSGT00940000154654.a.b #28	ENSGT01030000234606.b.e.b.h #29	ENSGT00390000010743.a.a.f #30	ENSGT00940000156236.a.a #31	ENSGT00390000012568.l	ENSGT00940000155117.f.a.g #32	ENSGT00940000154967.b.b.a #33	ENSGT00940000154386.d.b.a	ENSGT00940000154967.b.b.b #35	ENSGT00560000077332 #36
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000003015.c.c #7	ENSGT00940000166725.j #8	ENSGT00940000173535 #9	ENSGT00940000157693.p #10	ENSGT00940000166530.d #11	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00730000111085.A.gb #13	ENSGT00950000182946.lb.b.k.a.b #14	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a.d #16	ENSGT00940000155705.b.v #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT00940000159466.e.a #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a.c #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.d #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00390000001254 #25	ENSGT00940000155635.q #26	ENSGT00940000154614.le #27	ENSGT00940000154654.a.b.f #28	ENSGT01030000234606.b.e.b.h #29	ENSGT00390000010743.a.a.f #30	ENSGT00940000156236.a.a #31	ENSGT00940000155117.f.a.g #32	ENSGT00940000154967.b.b.a #33	ENSGT00970000198334.C #34	ENSGT00940000154967.b.b.b #35	ENSGT00560000077332 #36	ENSGT00940000155152.f.b.g.a.a #37
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	1	orc1 (ENSSSAG00000045721) #12	prpf38a (ENSSSAG00000046270) #13	ENSSSAG00000046307 #14	ENSSSAG00000095271 #14	ENSSSAG00000108232 #14	TSN1 (ENSSSAG00000046376) #15	ENSSSAG00000117564	ENSSSAG00000079094 #16	MAST2 (ENSSSAG00000046565) #17	ENSSSAG00000099981	ENSSSAG00000084820 #18	prrx1b (ENSSSAG00000116266) #19	gorab (ENSSSAG00000047473) #20	ENSSSAG00000116366	mettl11b (ENSSSAG00000047486) #21	kifap3a (ENSSSAG00000047655) #22	niban1a (ENSSSAG00000111722) #23	TRMT1L (ENSSSAG00000052728) #24	ENSSSAG00000103801 #25	ivns1abpa (ENSSSAG00000052777) #26	ENSSSAG00000066417 #27	arpc5b (ENSSSAG00000107373) ##28	PLA2G4A (ENSSSAG00000065474) #29	ptgs2b (ENSSSAG00000076453) #30	pdcb (ENSSSAG00000054505) #31	ENSSSAG00000082185	b3galt2 (ENSSSAG00000098334) #32	ENSSSAG00000089822	ENSSSAG00000095209	ENSSSAG00000054477 #33	aspm (ENSSSAG00000053226) #36
River trout	MODERN SPECIES	14	si:ch73-185c24.2 (ENSSTUG00000045407) #9	tie1 (ENSSTUG00000045449) #10	mpl (ENSSTUG00000046009) #11	orc1 (ENSSTUG00000046018) #12	prpf38a (ENSSTUG00000016919) #13	ENSSTUG00000016930 #14	TSPAN1 (ENSSTUG00000016940) #15	ENSSTUG00000016990 #16	MAST2 (ENSSTUG00000017439) #17	ENSSTUG00000019138	ENSSTUG00000019159 #18	prrx1b (ENSSTUG00000019331) #19	gorab (ENSSTUG00000019396) #20	ntmt2 (ENSSTUG00000019418) #21	ENSSTUG00000019425	kifap3a (ENSSTUG00000019509) #22	niban1a (ENSSTUG00000019908) #23	TRMT1L (ENSSTUG00000019927) #24	ENSSTUG00000020102 #25	ivns1abpa (ENSSTUG00000020215) #26	ENSSTUG00000020388 #27	arpc5b (ENSSTUG00000020817) #28	PLA2G4A (ENSSTUG00000020934) #29	ptgs2b (ENSSTUG00000022215) #30	ENSSTUG00000022868	pdcb (ENSSTUG00000022871) #31	ENSSTUG00000022874	b3galt2 (ENSSTUG00000022880) #32	cfhl1 (ENSSTUG00000022906) #33	ENSSTUG00000023021 #34	ENSSTUG00000023029 ##34
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Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00620000088018.v.b	ENSGT00390000003015.c.c #7	ENSGT00940000166725.j #8	ENSGT00940000157693.p #10	ENSGT00940000166530.d #11	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00730000111085.A.gb #13	ENSGT00950000182946.lb.b.k.a.b #14	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a.d #16	ENSGT00940000155705.b.v #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT00940000159466.e.a #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a.c #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.d #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00390000001254 #25	ENSGT00940000155635.q #26	ENSGT00940000154614.le #27	ENSGT00940000154654.a.b #28	ENSGT01030000234606.b.e.b.h #29	ENSGT00390000010743.a.a.f #30	ENSGT00940000156236.a.a #31	ENSGT00390000012568.l	ENSGT00940000155117.f.a.g #32	ENSGT00940000154967.b.b.b.d #35	ENSGT00560000077332 #36	ENSGT00940000155152.f.b.g.b ##37	ENSGT00940000156725.e.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES	29	TMEM125 (ENSOTSG00005023213) #7	si:ch73-185c24.2 (ENSOTSG00005025494) #9	ENSOTSG00005023224 #8	ENSOTSG00005025495	ENSOTSG00005025496 #11	ENSOTSG00005025497 #14	prpf38a (ENSOTSG00005025498) #13	ENSOTSG00005025499 #15	rln3b (ENSOTSG00005025500)	mrpl46 (ENSOTSG00005025501)	ENSOTSG00005025502	ENSOTSG00005025503 ##18	prrx1b (ENSOTSG00005025504) #19	gorab (ENSOTSG00005025505) #20	ntmt2 (ENSOTSG00005025507) #21	kifap3a (ENSOTSG00005025515) #22	niban1a (ENSOTSG00005025549) #23	TRMT1L (ENSOTSG00005025574) #24	ENSOTSG00005025575 #25	ivns1abpa (ENSOTSG00005025576) #26	ENSOTSG00005025791 #27	ENSOTSG00005025794 ##29	ptgs2b (ENSOTSG00005025813) #30	pdcb (ENSOTSG00005027644) #31	ODR4 (ENSOTSG00005027646)	b3galt2 (ENSOTSG00005027648) #32	ENSOTSG00005027663 #27	arpc5b (ENSOTSG00005027710) #28	PLA2G4A (ENSOTSG00005027711) #29	gtpbp3 (ENSOTSG00005027712)	plvapb (ENSOTSG00005027713)
Coho salmon	MODERN SPECIES	4	TMEM125 (ENSOKIG00005044858) #7	ENSOKIG00005044851	ap1m3 (ENSOKIG00005044616) #8	tie1 (ENSOKIG00005044563) #10	mpl (ENSOKIG00005044515) #11	orc1 (ENSOKIG00005044423) #12	prpf38a (ENSOKIG00005044396) #13	ENSOKIG00005044389 #14	TSPAN1 (ENSOKIG00005044373) #15	ENSOKIG00005044310 #16	MAST2 (ENSOKIG00005041157) #17	ENSOKIG00005040983 #18	prrx1b (ENSOKIG00005040901) #19	gorab (ENSOKIG00005040858) #20	ntmt2 (ENSOKIG00005040842) #21	kifap3a (ENSOKIG00005040351) #22	niban1a (ENSOKIG00005040279) #23	TRMT1L (ENSOKIG00005040163) #24	ENSOKIG00005040131	ENSOKIG00005040110 #25	ivns1abpa (ENSOKIG00005039893) #26	ENSOKIG00005039494 #27	arpc5b (ENSOKIG00005039322) #28	PLA2G4A (ENSOKIG00005037556) #29	ptgs2b (ENSOKIG00005035490) #30	pdcb (ENSOKIG00005035377) #31	ODR4 (ENSOKIG00005035361)	b3galt2 (ENSOKIG00005035350) #32	ENSOKIG00005035304 ##34	ENSOKIG00005035280	ENSOKIG00005035221 #35
Huchen	MODERN SPECIES	2440													prrx1b (ENSHHUG00000045823) #19	gorab (ENSHHUG00000045837) #20	ntmt2 (ENSHHUG00000045841) #21	kifap3a (ENSHHUG00000045847) #22	ENSHHUG00000045861 #23	ENSHHUG00000045867 #23
Northern pike	MODERN SPECIES	7	ENSELUG00000033065	tie1 (ENSELUG00000021380) #10	mpl (ENSELUG00000021218) #11	orc1 (ENSELUG00000021188) #12	prpf38a (ENSELUG00000025713) #13	ENSELUG00000025395 #14	ENSELUG00000034604 #14	pomgnt1 (ENSELUG00000020997)	ENSELUG00000020939 #16	MAST2 (ENSELUG00000020906) #17	ENSELUG00000020856 #18	ENSELUG00000020809 #18	prrx1b (ENSELUG00000020779) #19	gorab (ENSELUG00000020749) #20	ntmt2 (ENSELUG00000020731) #21	kifap3a (ENSELUG00000020722) #22	niban1a (ENSELUG00000020647) #23	TRMT1L (ENSELUG00000020587) #24	ENSELUG00000020565 #25	ivns1abpa (ENSELUG00000020540) #26	ENSELUG00000020034	ENSELUG00000031820	arpc5b (ENSELUG00000020292) #28	PLA2G4A (ENSELUG00000020260) #29	ptgs2b (ENSELUG00000020167) #30	pdcb (ENSELUG00000020131) #31	ENSELUG00000034633	ENSELUG00000027649	ENSELUG00000030119	ENSELUG00000002491	ENSELUG00000009886
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000003574.a.d ##22
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	385	ENSGT01030000235036	ENSGT00390000003015.c.d ##7	ENSGT00940000166725.i ##8	ENSGT01030000234931	ENSGT00510000048988	ENSGT00940000157693.o ##10	ENSGT00940000166530.c ##11	ENSGT00730000111085.A.fb ##13	ENSGT00950000182946.lb.b.k.a.a ##14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000156259.a.a.c ##16	ENSGT00940000155705.b.u ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b.c ##18	ENSGT00940000159466.e.b ##19	ENSGT00390000003574.a.d ##22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.c ##23	ENSGT00940000155635.r ##26	ENSGT01030000234606.b.e.b.g ##29	ENSGT00390000010743.a.a.e ##30	ENSGT00940000155117.f.a.h ##32
Huchen	MODERN SPECIES	755														ENSHHUG00000009317 ##18	prrx1b (ENSHHUG00000009326) ##19	kifap3a (ENSHHUG00000009409) ##22	niban1a (ENSHHUG00000009454) ##23	ivns1abpa (ENSHHUG00000009468) ##26	PLA2G4A (ENSHHUG00000009516) ##29	ptgs2b (ENSHHUG00000009695) ##30
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	103	ENSGT01030000235036	ENSGT00390000003015.c.d ##7	ENSGT00940000166725.i ##8	ENSGT01030000234931	ENSGT00510000048988	ENSGT00940000157693.o ##10	ENSGT00940000166530.c ##11	ENSGT00730000111085.A.fb ##13	ENSGT00950000182946.lb.b.k.a.a ##14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000156259.a.a.c ##16	ENSGT00940000155705.b.u ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b.c ##18	ENSGT00940000159466.e.b ##19	ENSGT00390000003574.a.d ##22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.c ##23	ENSGT00940000155635.r ##26	ENSGT01030000234606.b.e.b.g ##29	ENSGT00390000010743.a.a.e ##30	ENSGT00940000155117.f.a.h ##32	ENSGT00940000155152.f.b.h ##37	ENSGT00940000156725.e.a	ENSGT00940000158821.k	ENSGT00940000155446.g	ENSGT00390000007336.a.a.c	ENSGT00390000007029.e.a.b	ENSGT00940000157019.g.a.h	ENSGT00940000160748.a.d	ENSGT00390000000263.b	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b.f
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00390000014984.q	ENSGT00620000088018.v.a	ENSGT00390000003015.c.d ##7	ENSGT00940000166725.i ##8	ENSGT00510000048988	ENSGT00940000157693.o ##10	ENSGT00940000166530.c ##11	ENSGT00730000111085.A.fb ##13	ENSGT00950000182946.lb.b.k.a.a ##14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000156259.a.a.c ##16	ENSGT00940000155705.b.u ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b.c ##18	ENSGT00940000159466.e.b ##19	ENSGT00390000003574.a.d ##22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.c ##23	ENSGT00940000155635.r ##26	ENSGT00940000154654.a.b.e ##28	ENSGT01030000234606.b.e.b.g ##29	ENSGT00390000010743.a.a.e ##30	ENSGT00940000155117.f.a.h ##32	ENSGT00940000155152.f.b.h ##37	ENSGT00940000156725.e.a	ENSGT00940000158821.k	ENSGT00940000155446.g	ENSGT00390000007336.a.a.c	ENSGT00390000007029.e.a.b	ENSGT00940000157019.g.a.h	ENSGT00390000000263.b	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b.f
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	15	TMEM125 (ENSSSAG00000119454) ##7	C1orf210 (ENSSSAG00000079365)	ap1m3 (ENSSSAG00000045323) ##8	tie1 (ENSSSAG00000079214) ##10	TPOR (ENSSSAG00000079193) ##11	pr38a (ENSSSAG00000079192) ##13	ENSSSAG00000079187 ##14	ENSSSAG00000079173	ENSSSAG00000110126	ENSSSAG00000097280	ENSSSAG00000120618 ##16	ENSSSAG00000090366	ENSSSAG00000078806 ##18	ENSSSAG00000078794 ##18	ENSSSAG00000113189 ##19	ENSSSAG00000077689 ##22	ENSSSAG00000111849	ivns1abpa (ENSSSAG00000077563) ##26	ENSSSAG00000076307 ##29	ptgs2b (ENSSSAG00000054742) ##30	ENSSSAG00000090467 ##32	ENSSSAG00000077019 ##37	nek7 (ENSSSAG00000077057)	LHX9 (ENSSSAG00000077539)	DENND1B (ENSSSAG00000076291)	ENSSSAG00000076289	ENSSSAG00000076064	pde6d (ENSSSAG00000076055)	PHB2 (ENSSSAG00000075693)	ENSSSAG00000075676	ENSSSAG00000082287
River trout	MODERN SPECIES	33	ebna1bp2 (ENSSTUG00000008168)	CFAP57 (ENSSTUG00000008107)	TMEM125 (ENSSTUG00000008099) ##7	ap1m3 (ENSSTUG00000006631) ##8	C1orf210 (ENSSTUG00000006574)	tie1 (ENSSTUG00000005979) ##10	mpl (ENSSTUG00000005928) ##11	prpf38a (ENSSTUG00000005917) ##13	ENSSTUG00000005913 ##14	pomgnt1 (ENSSTUG00000005824)	PIK3R3 (ENSSTUG00000004411) ##16	MAST2 (ENSSTUG00000004246) ##17	ENSSTUG00000004176 ##18	ENSSTUG00000004149 ##18	prrx1b (ENSSTUG00000004069) ##19	kifap3a (ENSSTUG00000002766) ##22	niban1a (ENSSTUG00000002614) ##23	ivns1abpa (ENSSTUG00000002544) ##26	arpc5b (ENSSTUG00000002513) ##28	PLA2G4A (ENSSTUG00000001927) ##29	ptgs2b (ENSSTUG00000001191) ##30	b3galt2 (ENSSTUG00000001121) ##32	crb1 (ENSSTUG00000001111) ##37	nek7 (ENSSTUG00000000907)	lhx9 (ENSSTUG00000000861)	ENSSTUG00000000854	DENND1B (ENSSTUG00000000837)	ABHD8 (ENSSTUG00000000828)	dda1 (ENSSTUG00000000812)	ANO8 (ENSSTUG00000000647)	pde6d (ENSSTUG00000000605)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000235036	ENSGT00390000003015.c.d ##7	ENSGT00940000166725.i ##8	ENSGT01030000234931	ENSGT00510000048988	ENSGT00940000157693.o ##10	ENSGT00940000166530.c ##11	ENSGT00730000111085.A.fb ##13	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000156259.a.a.c ##16	ENSGT00940000155705.b.u ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b.c ##18	ENSGT00940000159466.e.b ##19	ENSGT01010000229774	ENSGT00390000003574.a.d ##22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.c ##23	ENSGT00940000155635.r ##26	ENSGT01030000234606.b.e.b.g ##29	ENSGT00390000010743.a.a.e ##30	ENSGT00940000155117.f.a.h ##32	ENSGT00940000155152.f.b.h ##37	ENSGT00940000156725.e.a	ENSGT00940000158821.k	ENSGT00940000155446.g	ENSGT00390000007336.a.a.c	ENSGT00390000007029.e.a.b	ENSGT00940000157019.g.a.h	ENSGT00940000160748.a.d	ENSGT00390000000263.b	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b.f
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000014984.q	ENSGT00620000088018.v.a	ENSGT01030000235036	ENSGT00390000003015.c.d ##7	ENSGT00940000166725.i ##8	ENSGT01030000234931	ENSGT00940000157693.o ##10	ENSGT00940000166530.c ##11	ENSGT00730000111085.A.fb ##13	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000156259.a.a.c ##16	ENSGT00940000155705.b.u ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466.e.b ##19	ENSGT01010000229774	ENSGT00390000003574.a.d ##22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b.c ##23	ENSGT00940000155635.r ##26	ENSGT01030000234606.b.e.b.g ##29	ENSGT00390000010743.a.a.e ##30	ENSGT00940000155152.f.b.h ##37	ENSGT00940000156725.e.a	ENSGT00940000158821.k	ENSGT00940000155446.g	ENSGT00390000007336.a.a.c	ENSGT00390000007029.e.a.b	ENSGT00940000157019.g.a.h	ENSGT00940000160748.a.d	ENSGT00390000000263.b	ENSGT00950000183070.a.a.mb.b.f	ENSGT00980000198724
Coho salmon	MODERN SPECIES	1	ebna1bp2 (ENSOKIG00005004146)	CFAP57 (ENSOKIG00005004165)	ENSOKIG00005004187	TMEM125 (ENSOKIG00005004199) ##7	ap1m3 (ENSOKIG00005004338) ##8	ENSOKIG00005004696	tie1 (ENSOKIG00005004729) ##10	mpl (ENSOKIG00005005163) ##11	prpf38a (ENSOKIG00005005206) ##13	pomgnt1 (ENSOKIG00005005244)	ENSOKIG00005005364 ##16	MAST2 (ENSOKIG00005006912) ##17	ENSOKIG00005008304 ##18	PRRX1 (ENSOKIG00005008357) ##19	ENSOKIG00005008408	KIFAP3 (ENSOKIG00005008466) ##22	ENSOKIG00005008659	NIBAN1 (ENSOKIG00005008670) ##23	ivns1abpa (ENSOKIG00005008870) ##26	ENSOKIG00005008894	PLA2G4A (ENSOKIG00005008974) ##29	ptgs2b (ENSOKIG00005010606) ##30	ENSOKIG00005010807	ENSOKIG00005010819 ##37	LHX9 (ENSOKIG00005010851)	DENND1B (ENSOKIG00005011000)	ABHD8 (ENSOKIG00005011045)	DDA1 (ENSOKIG00005011055)	ANO8 (ENSOKIG00005011092)	nr2f6b (ENSOKIG00005011192)	ENSOKIG00005011206
Chinook salmon	MODERN SPECIES		cfap144 (ENSOTSG00005013038)	ebna1bp2 (ENSOTSG00005013039)	CFAP57 (ENSOTSG00005013041)	ENSOTSG00005013047	TMEM125 (ENSOTSG00005013048) ##7	ap1m3 (ENSOTSG00005013055) ##8	ENSOTSG00005014171	tie1 (ENSOTSG00005014172) ##10	mpl (ENSOTSG00005014182) ##11	prpf38a (ENSOTSG00005014183) ##13	pomgnt1 (ENSOTSG00005014187)	ENSOTSG00005014210	ENSOTSG00005014213 ##16	ENSOTSG00005014483 ##18	prrx1b (ENSOTSG00005014500) ##19	kifap3a (ENSOTSG00005014519) ##22	niban1a (ENSOTSG00005023747) ##23	ivns1abpa (ENSOTSG00005023749) ##26	PLA2G4A (ENSOTSG00005023754) ##29	ptgs2b (ENSOTSG00005023806) ##30	ENSOTSG00005026809	ENSOTSG00005026811	crb1 (ENSOTSG00005026812) ##37	nek7 (ENSOTSG00005026827)	lhx9 (ENSOTSG00005028017)	DENND1B (ENSOTSG00005028022)	ABHD8 (ENSOTSG00005028032)	dda1 (ENSOTSG00005028035)	ANO8 (ENSOTSG00005028038)	nr2f6b (ENSOTSG00005028040)	pde6d (ENSOTSG00005028041)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	22	EBNA1BP2 (ENSOMYG00000004302)	CFAP57 (ENSOMYG00000004476)	TMEM125 (ENSOMYG00000052670) ##7	ap1m3 (ENSOMYG00000004877) ##8	C1orf210 (ENSOMYG00000005222)	tie1 (ENSOMYG00000005480) ##10	mpl (ENSOMYG00000005603) ##11	prpf38a (ENSOMYG00000005627) ##13	POMGNT1 (ENSOMYG00000005992)	ENSOMYG00000007606 ##16	MAST2 (ENSOMYG00000009424) ##17	ENSOMYG00000009687 ##18	ENSOMYG00000009726 ##18	ENSOMYG00000031234 ##19	ENSOMYG00000009797	ENSOMYG00000009964 ##22	ENSOMYG00000056400	ENSOMYG00000010134 ##23	ENSOMYG00000056789	ivns1abpa (ENSOMYG00000010178) ##26	ENSOMYG00000010353 ##29	ptgs2b (ENSOMYG00000010634) ##30	ENSOMYG00000071691 ##32	ENSOMYG00000011730 ##37	nek7 (ENSOMYG00000054062)	ENSOMYG00000054799	ENSOMYG00000050036	ENSOMYG00000011779	ENSOMYG00000074033	DENND1B (ENSOMYG00000052019)	ABHD8 (ENSOMYG00000011925)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	91		ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00950000182946.lb.b #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00940000155705.a.a ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00390000001254 #25	ENSGT00940000155635 #26	ENSGT00940000154614 #27	ENSGT00940000154654.a.b #28	ENSGT01030000234606.b.e.b #29	ENSGT00390000010743.a.a #30	ENSGT00940000156236.a.a #31	ENSGT00730000111014.o.b	ENSGT00530000063751.a.a	ENSGT00940000160489	ENSGT01050000244879.a.a.a	ENSGT00940000155332.A	ENSGT00940000158800
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	59				ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00950000182946.lb.b #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00390000001254 #25	ENSGT00940000155635 #26	ENSGT00940000154614 #27	ENSGT00940000154654.a.b #28	ENSGT01030000234606.b.e.b #29	ENSGT00390000010743.a.a #30	ENSGT00940000156236.a.a #31	ENSGT00730000111014.o.b	ENSGT00530000063751.a.a	ENSGT00940000160489	ENSGT01050000244879.a.a.a	ENSGT00940000155332.A	ENSGT00940000158800
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00940000162747	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	141	psmg2 (ENSHCOG00000000861)	zgc:136493 (ENSHCOG00000003284)	ncaldb (ENSHCOG00000003277)	grhl2b (ENSHCOG00000003264)	znf706 (ENSHCOG00000003228)	ywhaz (ENSHCOG00000003217)	ENSHCOG00000003175	ENSHCOG00000003023	LIX1L (ENSHCOG00000003020)	sf3b4 (ENSHCOG00000003014)	ENSHCOG00000003007	SV2A (ENSHCOG00000003000)	ENSHCOG00000002979	tbxta (ENSHCOG00000002972)	nudc (ENSHCOG00000002958)	kifap3a (ENSHCOG00000002941) #22	ENSHCOG00000002934	zdhhc18b (ENSHCOG00000000084)	arhgef1a (ENSHCOG00000002904)	tpm3 (ENSHCOG00000002823)	ENSHCOG00000002818	ssr2 (ENSHCOG00000002806)	ENSHCOG00000002785	ENSHCOG00000002776	si:dkey-81h8.1 (ENSHCOG00000002751)	ENSHCOG00000002744	ENSHCOG00000002729	rps27.1 (ENSHCOG00000002726)	ENSHCOG00000002715	chrna11 (ENSHCOG00000002691)	snx27a (ENSHCOG00000002675)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000180612	ENSGT00940000159127	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000180612	ENSGT00940000159127	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000180612	ENSGT00940000159127	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT01050000245196	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000159571	ENSGT00390000010568	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00940000159554	ENSGT00940000157967	ENSGT00390000007310	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	7							ENSGT00950000182946.lb.b.g.w #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g.x #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00940000169015	ENSGT00940000159571	ENSGT00390000010568	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00940000159554	ENSGT00940000157967	ENSGT00390000007310	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00940000159037	ENSGT00940000160231	ENSGT00940000166036	ENSGT00940000165051	ENSGT00940000157046.D.d.d.a.a.b.b.b	ENSGT00950000182946.lb.b.g.w.b #14	ENSGT00950000182946.lb.b.g.w.a #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT01090000260029.a.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.g	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g.x #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00940000169015	ENSGT00940000159571	ENSGT00390000010568	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00940000159554	ENSGT00940000157967	ENSGT00390000007310	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.b.b.b.b.b.b	ENSGT01030000234576.D.a.a.b.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263489.a.a.b.b.f.a.a.d	ENSGT00950000182946.lb.b.g.w.b #14	ENSGT00950000182946.lb.b.g.w.a #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00940000155705.a.a ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT01090000260029.a.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.g	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g.x #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.b.a.b.a	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000155899.e.a	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000159571	ENSGT00390000010568	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00940000159554	ENSGT00940000157967	ENSGT00390000007310
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.b.b.b.b.b.b	ENSGT01030000234576.D.a.a.b.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263489.a.a.b.b.f.a.a.d	ENSGT00950000182946.lb.b.g.w.b #14	ENSGT00950000182946.lb.b.g.w.a.b #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00940000155705.a.a ##17	ENSGT00950000183190.a.a.a.a.a.a #18	ENSGT01090000260029.a.b.a	ENSGT00990000203619.A.b.b.b.b.a.a.g	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g.x #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00940000157046.D.d.d.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT01030000235075.a	ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.g.a.a.b.a.b.b.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182774.b.a.b.a.b.a.b.c.b.a.b.b	ENSGT01100000263489.a.a.b.b.f.a.b.b.d.a.a.a.a.a	ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.g.a.a.b.a.b.b.b.b.b.b.a	ENSGT01100000263520.a.a.a.a.b.b.a.a.b.b	ENSGT00950000183052.b.c.b.b.b.a.b.a	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00530000063404.b	ENSGT00940000155899.e.a
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Guppy	MODERN SPECIES	456	ENSPREG00000003193	ENSPREG00000003187	ENSPREG00000003177	ENSPREG00000003149	ENSPREG00000003134 #14	ENSPREG00000003121 #14	pomgnt1 (ENSPREG00000003100)	PIK3R3 (ENSPREG00000003065) ##16	ENSPREG00000003054 #17	ENSPREG00000003045	ENSPREG00000003019	ENSPREG00000003007	prrx1b (ENSPREG00000003001) #19	gorab (ENSPREG00000002992) #20	ntmt2 (ENSPREG00000002977) #21	kifap3a (ENSPREG00000002932) #22	niban1a (ENSPREG00000002912) #23	TRMT1L (ENSPREG00000002866) #24	ENSPREG00000002852 #14	prpf38a (ENSPREG00000002835) #13	ENSPREG00000002715	ENSPREG00000002696	ENSPREG00000002664	ENSPREG00000002642	ENSPREG00000002637	ENSPREG00000002627	ENSPREG00000002548	ENSPREG00000002181	ENSPREG00000002121	ENSPREG00000002108	ENSPREG00000002083
Platyfish	MODERN SPECIES	23	ENSXMAG00000027015 #14	ENSXMAG00000021979 #14	ENSXMAG00000028305 #14	pomgnt1 (ENSXMAG00000005621)	TSPAN1 (ENSXMAG00000005620) #15	PIK3R3 (ENSXMAG00000005376) ##16	MAST2 (ENSXMAG00000005398) #17	ENSXMAG00000005419 ##18	ENSXMAG00000025454	ENSXMAG00000020975	ENSXMAG00000025566	ENSXMAG00000019870	prrx1b (ENSXMAG00000005444) #19	gorab (ENSXMAG00000005448) #20	ntmt2 (ENSXMAG00000028054) #21	kifap3a (ENSXMAG00000005452) #22	niban1a (ENSXMAG00000005465) #23	TRMT1L (ENSXMAG00000003575) #24	ENSXMAG00000012288 #14	ENSXMAG00000027867	ENSXMAG00000026571	ENSXMAG00000025535	prpf38a (ENSXMAG00000026143) #13	ENSXMAG00000027916	ENSXMAG00000024641	ENSXMAG00000026680	ENSXMAG00000022803	ENSXMAG00000027988	ENSXMAG00000020039	ENSXMAG00000020042	ENSXMAG00000022711
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Mummichog	MODERN SPECIES	898															ntmt2 (ENSFHEG00000014418) #21	kifap3a (ENSFHEG00000014398) #22	niban1a (ENSFHEG00000000343) #23	TRMT1L (ENSFHEG00000014328) #24	prpf38a (ENSFHEG00000014317) #13	ENSFHEG00000014298 #14	ENSFHEG00000014290
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	660													prrx1b (ENSCVAG00000011872) #19	gorab (ENSCVAG00000011881) #20	ntmt2 (ENSCVAG00000011905) #21	kifap3a (ENSCVAG00000012048) #22	niban1a (ENSCVAG00000012141) #23	TRMT1L (ENSCVAG00000012274) #24	ENSCVAG00000012280 #14	prpf38a (ENSCVAG00000012305) #13	ENSCVAG00000012316	ENSCVAG00000012322	ENSCVAG00000012335	midn (ENSCVAG00000012372)	atp5f1d (ENSCVAG00000012385)	CBARP (ENSCVAG00000012431)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	184					ENSGT00950000182946.lb.b.g.w #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT01050000245196	ENSGT00940000175770	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	280	sgta (ENSKMAG00000010962)	ENSKMAG00000010923	zgc:113223 (ENSKMAG00000010909)	ENSKMAG00000010903	ENSKMAG00000010888 #14	pomgnt1 (ENSKMAG00000010794)	TSPAN1 (ENSKMAG00000010749) #15	PIK3R3 (ENSKMAG00000010703) ##16	MAST2 (ENSKMAG00000010659) #17	ENSKMAG00000010625	ENSKMAG00000010569 ##18	ENSKMAG00000010538	prrx1b (ENSKMAG00000010521) #19	gorab (ENSKMAG00000010496) #20	ntmt2 (ENSKMAG00000010477) #21	kifap3a (ENSKMAG00000010433) #22	niban1a (ENSKMAG00000010363) #23	TRMT1L (ENSKMAG00000010310) #24	ENSKMAG00000010296	ENSKMAG00000010287 #14
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	67					ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	90						ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000155265.b.b.b	ENSGT00940000155265.b.b.a	ENSGT00940000164676	ENSGT00940000153456.a	ENSGT00390000011521	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000155899.e.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155265.b.b.a	ENSGT00940000164676	ENSGT00940000153456.a	ENSGT00390000011521	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000155899.e.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155265.b.b.b	ENSGT00940000155265.b.b.a	ENSGT00940000164676	ENSGT00940000153456.a	ENSGT00390000011521	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT01030000234624.b.b.c.a.a	ENSGT00940000158019	ENSGT01050000244924.a.a.b.a.a	ENSGT00390000007310	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000159554	ENSGT01050000244887.A.a.b	ENSGT00390000010568	ENSGT00940000159571	ENSGT00940000156511.b.db	ENSGT00940000155899.e.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	493								PIK3R3 (ENSHBUG00000020098) #16	ENSHBUG00000020193 #17	ENSHBUG00000020235 #17	ENSHBUG00000020249 ##18	ENSHBUG00000020264	prrx1b (ENSHBUG00000020291) #19	gorab (ENSHBUG00000020307) #20	ntmt2 (ENSHBUG00000020336) #21	kifap3a (ENSHBUG00000020394) #22	niban1a (ENSHBUG00000020416) #23	ENSHBUG00000020432	TRMT1L (ENSHBUG00000000622) #24	prpf38a (ENSHBUG00000020572) #13	orc1 (ENSHBUG00000020582) #12	arl13b (ENSHBUG00000020619)	GGACT (ENSHBUG00000020632)	ENSHBUG00000020644	GGACT (ENSHBUG00000020671)	GGACT (ENSHBUG00000000819)	FARP1 (ENSHBUG00000020744)	chn1 (ENSHBUG00000020827)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	395	ENSNBRG00000005173	ENSNBRG00000005036	ENSNBRG00000004922	naprt (ENSNBRG00000004897)	C8orf82 (ENSNBRG00000004885)	ifit14 (ENSNBRG00000004880) #14	pomgnt1 (ENSNBRG00000004816)	TSPAN1 (ENSNBRG00000004720) #15	PIK3R3 (ENSNBRG00000004658) #16	MAST2 (ENSNBRG00000004570) #17	ENSNBRG00000004539 ##18	ENSNBRG00000004532 ##18	prrx1b (ENSNBRG00000004459) #19	gorab (ENSNBRG00000004446) #20	ntmt2 (ENSNBRG00000004426) #21	kifap3a (ENSNBRG00000004237) #22	niban1a (ENSNBRG00000004158) #23	TRMT1L (ENSNBRG00000004053) #24	prpf38a (ENSNBRG00000004013) #13	orc1 (ENSNBRG00000003807) #12	ENSNBRG00000003752	b4galt6 (ENSNBRG00000003712)	PTBP1 (ENSNBRG00000003676)	stil (ENSNBRG00000003594)	serpinc1 (ENSNBRG00000003451)	ENSNBRG00000003414	zbtb37 (ENSNBRG00000003403)	s1pr1 (ENSNBRG00000003385)	dph5 (ENSNBRG00000003361)	slc30a7 (ENSNBRG00000003233)	vcam1b (ENSNBRG00000003191)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	8	ENSONIG00000019474	ENSONIG00000019475	ENSONIG00000019477	naprt (ENSONIG00000019479)	C8orf82 (ENSONIG00000019480)	ENSONIG00000020776 #14	pomgnt1 (ENSONIG00000007857)	TSPAN1 (ENSONIG00000007856) #15	PIK3R3 (ENSONIG00000007853) #16	MAST2 (ENSONIG00000007847) #17	ENSONIG00000007844 ##18	ENSONIG00000039886 ##18	prrx1b (ENSONIG00000007843) #19	gorab (ENSONIG00000007842) #20	ntmt2 (ENSONIG00000007840) #21	kifap3a (ENSONIG00000007836) #22	fam129a (ENSONIG00000007826) #23	TRMT1L (ENSONIG00000007823) #24	prpf38a (ENSONIG00000007816) #13	ENSONIG00000007813	orc1 (ENSONIG00000007807) #12	ENSONIG00000007798	b4galt6 (ENSONIG00000007793)	PTBP1 (ENSONIG00000007784)	serpinc1 (ENSONIG00000007781)	zbtb37 (ENSONIG00000007779)	s1pr1 (ENSONIG00000020775)	dph5 (ENSONIG00000007778)	slc30a7 (ENSONIG00000007772)	ENSONIG00000035983	cdc14ab (ENSONIG00000007763)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000180612	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00940000177981	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT01030000237075	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00940000177981	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT01030000237075	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00940000177981	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT01030000237075	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	595														gorab (ENSLBEG00000003750) #20	ntmt2 (ENSLBEG00000003726) #21	kifap3a (ENSLBEG00000003653) #22	niban1a (ENSLBEG00000003555) #23	TRMT1L (ENSLBEG00000003487) #24	ENSLBEG00000003466 #14	ENSLBEG00000003450 #14	orc1 (ENSLBEG00000003383) #12	ENSLBEG00000003362 #14	ENSLBEG00000003351 #14
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000177981	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT01030000237075	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162747	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00940000177981	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT01030000237075	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161068	ENSGT00940000162747	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00940000153421.a.a.a.b	ENSGT00950000183039.B.b.c	ENSGT00950000183111.b.a.b	ENSGT00940000157769	ENSGT00940000156539	ENSGT00390000002505	ENSGT00940000161304.a.a	ENSGT00940000156073.c.b
Stickleback	MODERN SPECIES	8	mafaa (ENSGACG00000005347)	atpaf1 (ENSGACG00000005332)	RHPN1 (ENSGACG00000005320)	ENSGACG00000005282	gpx7 (ENSGACG00000005246)	ENSGACG00000005243 #14	pomgnt1 (ENSGACG00000005215)	TSPAN1 (ENSGACG00000005195) #15	PIK3R3 (ENSGACG00000005180) #16	ENSGACG00000005179	MAST2 (ENSGACG00000005151) #17	ENSGACG00000005129 ##18	prrx1b (ENSGACG00000005111) #19	gorab (ENSGACG00000005104) #20	ntmt2 (ENSGACG00000005100) #21	kifap3a (ENSGACG00000005088) #22	niban1a (ENSGACG00000005076) #23	TRMT1L (ENSGACG00000005050) #24	ENSGACG00000005049 #14	MYLK4 (ENSGACG00000005039)	ENSGACG00000005035	gmds (ENSGACG00000005020)	foxc1b (ENSGACG00000005016)	ENSGACG00000005011	foxq1b (ENSGACG00000005009)	exoc2 (ENSGACG00000004977)	ENSGACG00000004966	ENSGACG00000004962	BPHL (ENSGACG00000004957)	ENSGACG00000004955	SLC22A23 (ENSGACG00000004947)
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Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162747	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00940000177981	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.b	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837	ENSGT00940000154660.b
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	18	atpaf1 (ENSCGOG00000001729)	RHPN1 (ENSCGOG00000001518)	TUT4 (ENSCGOG00000001260)	gpx7 (ENSCGOG00000001250)	ENSCGOG00000001245 #14	TSPAN1 (ENSCGOG00000001243) #15	pomgnt1 (ENSCGOG00000001217)	ENSCGOG00000001155 #16	MAST2 (ENSCGOG00000000759) #17	ENSCGOG00000000631	ENSCGOG00000000618 ##18	ENSCGOG00000000611 ##18	prrx1b (ENSCGOG00000000597) #19	gorab (ENSCGOG00000000591) #20	ntmt2 (ENSCGOG00000000587) #21	kifap3a (ENSCGOG00000000499) #22	niban1a (ENSCGOG00000000421) #23	TRMT1L (ENSCGOG00000000402) #24	prpf38a (ENSCGOG00000000397) #13	ENSCGOG00000000391 #14	ENSCGOG00000000390 #14	ENSCGOG00000000387	ENSCGOG00000000386 #14	ENSCGOG00000000385 #14	ENSCGOG00000000381 #14	ENSCGOG00000000376 #14	ENSCGOG00000000369 #14	ENSCGOG00000000364 #14	prpf38a (ENSCGOG00000000361) #13	ENSCGOG00000000355 #14	ENSCGOG00000000352 #14
Pike perch	MODERN SPECIES	203										MAST2 (ENSSLUG00000019061) #17	ENSSLUG00000018904 ##18	ENSSLUG00000018882 ##18	prrx1b (ENSSLUG00000018855) #19	gorab (ENSSLUG00000018848) #20	ntmt2 (ENSSLUG00000018843) #21	kifap3a (ENSSLUG00000016487) #22	niban1a (ENSSLUG00000016372) #23	TRMT1L (ENSSLUG00000016365) #24	zgc:103559 (ENSSLUG00000016348)	ENSSLUG00000016342 #14	ENSSLUG00000016340 #14	ENSSLUG00000016339 #14	ENSSLUG00000016336 #14	ENSSLUG00000016334 #14	ENSSLUG00000016332 #14	ENSSLUG00000016330 #14	ENSSLUG00000016328 #14	ENSSLUG00000016326 #14
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.b	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837	ENSGT00940000154660.b
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	2	ENSSAUG00010012544	orc1 (ENSSAUG00010012555) #12	ENSSAUG00010012577	prpf38a (ENSSAUG00010012580) #13	ENSSAUG00010012588 #14	ENSSAUG00010012593 #14	ENSSAUG00010012596 #14	pomgnt1 (ENSSAUG00010012601)	TSPAN1 (ENSSAUG00010012652) #15	PIK3R3 (ENSSAUG00010012678) #16	MAST2 (ENSSAUG00010013481) #17	ENSSAUG00010007557 ##18	prrx1b (ENSSAUG00010007560) #19	gorab (ENSSAUG00010007575) #20	ntmt2 (ENSSAUG00010007576) #21	kifap3a (ENSSAUG00010007590) #22	niban1a (ENSSAUG00010007614) #23	TRMT1L (ENSSAUG00010007735) #24	ENSSAUG00010007843 #14	ENSSAUG00010007846 #14	ENSSAUG00010007848	TUT4 (ENSSAUG00010007861)	gpx7 (ENSSAUG00010007871)	TUT4 (ENSSAUG00010007879)	ENSSAUG00010007893	ENSSAUG00010007898	ttr (ENSSAUG00010007903)	b4galt6 (ENSSAUG00010007906)	rfc4 (ENSSAUG00010007946)	ENSSAUG00010007959	b3gnt5a (ENSSAUG00010007972)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837	ENSGT00940000166794	ENSGT00950000183171.A.b.a.b
European seabass	MODERN SPECIES	17	RHPN1 (ENSDLAG00005010260)	ENSDLAG00005010201	ENSDLAG00005010194	ENSDLAG00005031434	ENSDLAG00005010180 #14	pomgnt1 (ENSDLAG00005010107)	TSPAN1 (ENSDLAG00005010091) #15	PIK3R3 (ENSDLAG00005009702) #16	MAST2 (ENSDLAG00005007444) #17	ENSDLAG00005007220 ##18	ENSDLAG00005030898 ##18	prrx1b (ENSDLAG00005026578) #19	ENSDLAG00005029644	gorab (ENSDLAG00005034105) #20	ntmt2 (ENSDLAG00005007122) #21	kifap3a (ENSDLAG00005006960) #22	niban1a (ENSDLAG00005030465) #23	ENSDLAG00005006371 #24	ENSDLAG00005006336 #14	ENSDLAG00005021756 #14	ENSDLAG00005027689 #14	ENSDLAG00005031368 #14	ENSDLAG00005006324 #14	ENSDLAG00005021292	ENSDLAG00005030797 #13	ARHGAP8 (ENSDLAG00005026790)	ENSDLAG00005028210	ENSDLAG00005028448	KIAA0930 (ENSDLAG00005005061)	fbxo7 (ENSDLAG00005005176)	ENSDLAG00005028562
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	489	si:ch211-262h13.5 (ENSLCRG00005007588)	ENSLCRG00005006443	gpc1a (ENSLCRG00005006437)	ENSLCRG00005006435	ENSLCRG00005006433 #14	pomgnt1 (ENSLCRG00005006376)	TSPAN1 (ENSLCRG00005006351) #15	PIK3R3 (ENSLCRG00005006158) #16	MAST2 (ENSLCRG00005006105) #17	ENSLCRG00005006101 ##18	ENSLCRG00005006100	ENSLCRG00005006099 ##18	prrx1b (ENSLCRG00005006097) #19	gorab (ENSLCRG00005006096) #20	ntmt2 (ENSLCRG00005006095) #21	kifap3a (ENSLCRG00005005844) #22	niban1a (ENSLCRG00005005824) #23	TRMT1L (ENSLCRG00005005814) #24	ENSLCRG00005005813 #14	ENSLCRG00005005811 #14	prpf38a (ENSLCRG00005005809) #13	ENSLCRG00005005808 #14	orc1 (ENSLCRG00005005729) #12	ENSLCRG00005005722	nrd1b (ENSLCRG00005001392)	ENSLCRG00005001356	frem1b (ENSLCRG00005000876)	nfia (ENSLCRG00005011783)	tm2d1 (ENSLCRG00005011776)	PATJ (ENSLCRG00005011765)	ENSLCRG00005011753
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000180612	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000177981	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837	ENSGT00940000166794
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00940000177981	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837	ENSGT00940000166794
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00940000177981	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000159037	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00940000166794	ENSGT01030000234837	ENSGT00940000155136	ENSGT00940000157668	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a
Climbing perch	MODERN SPECIES	17	RHPN1 (ENSATEG00000003810)	ENSATEG00000003823	ENSATEG00000003849	ENSATEG00000028259	ENSATEG00000003890	ENSATEG00000030160	ENSATEG00000003903 #14	POMGNT1 (ENSATEG00000003917)	ENSATEG00000004022 #15	PIK3R3 (ENSATEG00000004078) #16	ENSATEG00000004325 ##18	ENSATEG00000004346 ##18	prrx1b (ENSATEG00000004399) #19	gorab (ENSATEG00000004422) #20	ntmt2 (ENSATEG00000029904) #21	kifap3a (ENSATEG00000004457) #22	niban1a (ENSATEG00000004540) #23	ENSATEG00000004573 #24	ENSATEG00000004608 #13	ENSATEG00000004619 #12	ENSATEG00000013279	ENSATEG00000004658	ENSATEG00000004678	ENSATEG00000004698	ENSATEG00000004709	ENSATEG00000004759	ENSATEG00000004827	ENSATEG00000026072	PATJ (ENSATEG00000004917)	tm2d1 (ENSATEG00000004946)	nfia (ENSATEG00000004979)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	15	ENSBSLG00000013834	ENSBSLG00000013818	ENSBSLG00000013811 #14	pomgnt1 (ENSBSLG00000013715)	TSPAN1 (ENSBSLG00000013694) #15	ENSBSLG00000013679	PIK3R3 (ENSBSLG00000013563) #16	ENSBSLG00000013282 #17	ENSBSLG00000013235	ENSBSLG00000013139 ##18	ENSBSLG00000013051 ##18	prrx1b (ENSBSLG00000012451) #19	gorab (ENSBSLG00000012442) #20	ENSBSLG00000012437	ntmt2 (ENSBSLG00000012402) #21	kifap3a (ENSBSLG00000011776) #22	niban1a (ENSBSLG00000011377) #23	TRMT1L (ENSBSLG00000011357) #24	prpf38a (ENSBSLG00000011340) #13	orc1 (ENSBSLG00000011328) #12	ENSBSLG00000011312	nrd1b (ENSBSLG00000009863)	sgta (ENSBSLG00000009554)	thop1 (ENSBSLG00000008008)	ENSBSLG00000007757	PATJ (ENSBSLG00000007730)	tm2d1 (ENSBSLG00000007293)	ENSBSLG00000007289	nfia (ENSBSLG00000006813)	ENSBSLG00000015664	SLC39A3 (ENSBSLG00000015655)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	18	RHPN1 (ENSMAMG00000014859)	ENSMAMG00000014890	ENSMAMG00000014948	ENSMAMG00000015400	ENSMAMG00000014977 #14	pomgnt1 (ENSMAMG00000014990)	TSPAN1 (ENSMAMG00000015037) #15	PIK3R3 (ENSMAMG00000015060) #16	MAST2 (ENSMAMG00000015099) #17	ENSMAMG00000015160 ##18	ENSMAMG00000015165 ##18	ENSMAMG00000015173 ##18	prrx1b (ENSMAMG00000015198) #19	gorab (ENSMAMG00000024412) #20	ntmt2 (ENSMAMG00000015231) #21	kifap3a (ENSMAMG00000015251) #22	niban1a (ENSMAMG00000015296) #23	ENSMAMG00000015305 #24	ENSMAMG00000027044	ENSMAMG00000026330 #14	ENSMAMG00000015431 #13	ENSMAMG00000015463 #12	ENSMAMG00000015518	ENSMAMG00000015485	ENSMAMG00000015528	reep6 (ENSMAMG00000015545)	zgc:113223 (ENSMAMG00000015567)	ENSMAMG00000015587	SLC39A3 (ENSMAMG00000015606)	ENSMAMG00000015621	THOP1 (ENSMAMG00000015663)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000180612	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136	ENSGT01030000234837	ENSGT00940000166794	ENSGT00950000183171.A.b.a.b
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	73										ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT00950000183190.a.a.a.b ##18	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136.mc	ENSGT00940000177900	ENSGT00950000183171.A.b.a.b	ENSGT00940000159037
Seriola	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159036	ENSGT00950000182930.A.b.k.a	ENSGT00950000182930.A.b.k.b	ENSGT00510000046975.b	ENSGT01090000260029.a.a.b.a.b	ENSGT00950000183014.f.b.b.a.a	ENSGT00950000183044.a.b	ENSGT00740000115898	ENSGT00390000004681.a.a	ENSGT00940000154573	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00940000155265.b.b.b	ENSGT01030000234528.B.b.b.bb.a	ENSGT00940000157362.d	ENSGT00940000166873	ENSGT00940000164912	ENSGT00940000161068	ENSGT00940000162747	ENSGT00390000012765	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000159127	ENSGT00940000155265.b.b.a	ENSGT00940000164676
Greater amberjack	MODERN SPECIES	73	ENSSDUG00000021572	ENSSDUG00000021580	pycr3 (ENSSDUG00000021591)	bmb (ENSSDUG00000021603)	GFUS (ENSSDUG00000021654)	GFUS (ENSSDUG00000021667)	SERPINB1 (ENSSDUG00000021682)	ENSSDUG00000021696	ENSSDUG00000021705	ENSSDUG00000021712 ##18	ENSSDUG00000021725 ##18	ENSSDUG00000021730	prrx1b (ENSSDUG00000021734) #19	gorab (ENSSDUG00000021741) #20	ntmt2 (ENSSDUG00000021747) #21	kifap3a (ENSSDUG00000021766) #22	niban1a (ENSSDUG00000021794) #23	TRMT1L (ENSSDUG00000021807) #24	ENSSDUG00000021831	ENSSDUG00000021837	ADCYAP1R1 (ENSSDUG00000021845)	ENSSDUG00000021851	ENSSDUG00000021862	ZC3H3 (ENSSDUG00000021871)	mafaa (ENSSDUG00000021887)	atpaf1 (ENSSDUG00000021892)	RHPN1 (ENSSDUG00000021905)	TUT4 (ENSSDUG00000021923)	ENSSDUG00000021936	ENSSDUG00000021945	gpx7 (ENSSDUG00000021949)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3176	ENSSLDG00000017469	ENSSLDG00000017453	NOS1AP (ENSSLDG00000017424)	ENSSLDG00000017410	ENSSLDG00000017392	pycr3 (ENSSLDG00000017378)	bmb (ENSSLDG00000017363)	SERPINB1 (ENSSLDG00000017322)	GFUS (ENSSLDG00000016998)	SERPINB1 (ENSSLDG00000016912)	ENSSLDG00000016881 ##18	ENSSLDG00000016872	prrx1b (ENSSLDG00000016851) #19	gorab (ENSSLDG00000016829) #20	ntmt2 (ENSSLDG00000016809) #21	kifap3a (ENSSLDG00000016743) #22	niban1a (ENSSLDG00000016719) #23	TRMT1L (ENSSLDG00000016579) #24	ENSSLDG00000016388	ENSSLDG00000016313	ENSSLDG00000016289	ADCYAP1R1 (ENSSLDG00000016253)	ENSSLDG00000016216	ENSSLDG00000016189	ZC3H3 (ENSSLDG00000016166)	mafaa (ENSSLDG00000016154)	atpaf1 (ENSSLDG00000016141)	RHPN1 (ENSSLDG00000016111)	TUT4 (ENSSLDG00000016071)	gpx7 (ENSSLDG00000016054)	ENSSLDG00000016038
Barramundi perch	MODERN SPECIES	12										MAST2 (ENSLCAG00010009380) #17	ENSLCAG00010009351 ##18	ENSLCAG00010009348 ##18	prrx1b (ENSLCAG00010009338) #19	gorab (ENSLCAG00010009330) #20	ntmt2 (ENSLCAG00010009328) #21	kifap3a (ENSLCAG00010009279) #22	niban1a (ENSLCAG00010009219) #23	TRMT1L (ENSLCAG00010009200) #24	ENSLCAG00010009197 #14	prpf38a (ENSLCAG00010009186) #13	ENSLCAG00010009176	ENSLCAG00010009173	ENSLCAG00010009169	ENSLCAG00010009157	ENSLCAG00010009145	nrd1b (ENSLCAG00010008718)	ENSLCAG00010008609	ENSLCAG00010008606	orc1 (ENSLCAG00010008509) #12	ENSLCAG00010008482	ENSLCAG00010008469
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153837.a.a	ENSGT00940000156988	ENSGT00940000180612	ENSGT00940000159127	ENSGT00730000114327	ENSGT00950000182946.lb.b.h #14	ENSGT00530000063632.A	ENSGT00940000158851 #15	ENSGT00940000156259.a.a #16	ENSGT00940000155705.b #17	ENSGT00950000183190.a.a.b.c.b ##18	ENSGT01100000263594.b	ENSGT00940000159466 #19	ENSGT00390000014886 #20	ENSGT00390000008371.a #21	ENSGT00390000003574.a #22	ENSGT00940000154149.b.a.g.b #23	ENSGT00530000063646.a #24	ENSGT00950000182946.lb.b.g #14	ENSGT00730000111085.A #13	ENSGT00530000063498.B #12	ENSGT00940000159943	ENSGT00940000155026.d	ENSGT00390000013973.A.a.c.b.b	ENSGT00940000165098	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136	ENSGT00940000166794	ENSGT00940000177900	ENSGT00950000183171.A.b.a.b
Turbot	MODERN SPECIES	3	ENSSMAG00000034624	RHPN1 (ENSSMAG00000016240)	ENSSMAG00000016072	ENSSMAG00000026133	ENSSMAG00000016012	ENSSMAG00000015980	ENSSMAG00000015944 #14	TSPAN1 (ENSSMAG00000015857) #15	ENSSMAG00000015873	ENSSMAG00000015713 #17	ENSSMAG00000015681 ##18	ENSSMAG00000022440	prrx1b (ENSSMAG00000015646) #19	gorab (ENSSMAG00000015639) #20	ntmt2 (ENSSMAG00000015625) #21	kifap3a (ENSSMAG00000015597) #22	niban1a (ENSSMAG00000015548) #23	ENSSMAG00000015425 #24	ENSSMAG00000025993 #14	ENSSMAG00000036494 #14	ENSSMAG00000034311 #14	ENSSMAG00000024407 #14	ENSSMAG00000015379 #13	ENSSMAG00000015352 #12	ENSSMAG00000037635	ENSSMAG00000015337	ENSSMAG00000015223	ENSSMAG00000015125	ENSSMAG00000022039	ENSSMAG00000037770	ENSSMAG00000014281
Tongue sole	MODERN SPECIES	11	fbxl5 (ENSCSEG00000000935)	CC2D2A (ENSCSEG00000000953)	C1QTNF7 (ENSCSEG00000001054)	ENSCSEG00000001059	ENSCSEG00000001066 #14	pomgnt1 (ENSCSEG00000001071)	TSPAN1 (ENSCSEG00000001092) #15	ENSCSEG00000001097	PIK3R3 (ENSCSEG00000001100) #16	MAST2 (ENSCSEG00000001119) #17	ENSCSEG00000001139 ##18	ENSCSEG00000001183	prrx1b (ENSCSEG00000001187) #19	gorab (ENSCSEG00000001201) #20	ntmt2 (ENSCSEG00000001207) #21	kifap3a (ENSCSEG00000001211) #22	niban1a (ENSCSEG00000001233) #23	TRMT1L (ENSCSEG00000001248) #24	ENSCSEG00000001267 #14	prpf38a (ENSCSEG00000001269) #13	orc1 (ENSCSEG00000001275) #12	ENSCSEG00000001281	ENSCSEG00000001287	RAB3B (ENSCSEG00000001290)	nrd1b (ENSCSEG00000001310)	ttll9 (ENSCSEG00000001500)	SAMD9 (ENSCSEG00000001506)	frem1b (ENSCSEG00000001512)	nfia (ENSCSEG00000001541)	tm2d1 (ENSCSEG00000001546)	PATJ (ENSCSEG00000001551)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	18	bmb (ENSMMDG00005014575)	pycr3 (ENSMMDG00005014576)	ENSMMDG00005014580	ENSMMDG00005014656	orc1 (ENSMMDG00005014662) #12	prpf38a (ENSMMDG00005014677) #13	ifit15 (ENSMMDG00005014678) #14	pomgnt1 (ENSMMDG00005014683)	TSPAN1 (ENSMMDG00005014716) #15	PIK3R3 (ENSMMDG00005014769) #16	MAST2 (ENSMMDG00005015365) #17	ENSMMDG00005015432 ##18	prrx1b (ENSMMDG00005015436) #19	gorab (ENSMMDG00005015441) #20	ntmt2 (ENSMMDG00005015445) #21	kifap3a (ENSMMDG00005015465) #22	niban1a (ENSMMDG00005015756) #23	TRMT1L (ENSMMDG00005000167) #24	ENSMMDG00005000317 #25	ivns1abpa (ENSMMDG00005000333) #26	arpc5b (ENSMMDG00005000422) #28	PLA2G4A (ENSMMDG00005000444) #29	ptgs2b (ENSMMDG00005000495) #30	pdcb (ENSMMDG00005000506) #31	tprb (ENSMMDG00005000569)	prg4b (ENSMMDG00005000699)	FCHO1 (ENSMMDG00005000756)	rfx2 (ENSMMDG00005001128)	acsbg2 (ENSMMDG00005001835)	mllt1b (ENSMMDG00005004422)	acer1 (ENSMMDG00005004436)
Cod	MODERN SPECIES	3	ENSGMOG00000030815	ENSGMOG00000014103	ENSGMOG00000008558	ENSGMOG00000008540	ENSGMOG00000032839	ENSGMOG00000008521	ATP11B (ENSGMOG00000008504)	ENSGMOG00000019777	dnajc19 (ENSGMOG00000000473)	ENSGMOG00000000446	pomgnt1 (ENSGMOG00000003207)	TSPAN1 (ENSGMOG00000003195) #15	PIK3R3 (ENSGMOG00000000803) #16	MAST2 (ENSGMOG00000015409) #17	ntmt2 (ENSGMOG00000031238) #21	kifap3a (ENSGMOG00000009568) #22	niban1a (ENSGMOG00000009550) #23	TRMT1L (ENSGMOG00000009535) #24	ENSGMOG00000036754 #25	ivns1abpa (ENSGMOG00000004931) #26	HMCN1 (ENSGMOG00000010733) #27	arpc5b (ENSGMOG00000010856) #28	PLA2G4A (ENSGMOG00000010862) #29	ptgs2b (ENSGMOG00000010880) #30	pdcb (ENSGMOG00000034832) #31	tprb (ENSGMOG00000010899)	prg4b (ENSGMOG00000035920)	ENSGMOG00000010966	rfx2 (ENSGMOG00000010985)	acsbg2 (ENSGMOG00000011004)	MLLT1 (ENSGMOG00000011021)