Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155140 #22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155140 #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 1017 ENSGT00930000151042 ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 127 ENSGT00930000151042 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00950000182924.B.a.a ENSGT00940000157910 ENSGT00940000159823 ENSGT00730000111880 ENSGT00390000001376 ENSGT00390000008294 ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164073 ENSGT00530000069080 ENSGT00940000154950 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 156 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00950000182924.B.a.a ENSGT00730000111880 ENSGT00940000159823 ENSGT00940000157910 ENSGT00390000001376 ENSGT00390000008294 ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164073 ENSGT00530000069080 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ENSGT00940000157910 ENSGT00390000001376.ab.b.b ENSGT00390000008294.f ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164870 ENSGT00940000162188 ENSGT00530000069080 Macaca ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000182970.A.b.d.b ENSGT00940000154589.b ENSGT00390000002219 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000154185.k ENSGT00940000162789 ENSGT00940000156946 ENSGT01050000244965.b ENSGT00390000012692.e ENSGT00940000158366 ENSGT00940000156627 ENSGT01100000263524.I ENSGT00730000111223.i ENSGT00930000151042 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00950000182924.B.a.a ENSGT00940000153425.a.a.a.a.a ENSGT00940000159823 ENSGT00940000157910 ENSGT00390000001376.ab.b.b ENSGT00390000008294.f ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164870 ENSGT00940000162188 ENSGT00530000069080 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154888.i.a.b ENSGT00940000159753 ENSGT00940000154589.b ENSGT00390000002219 ENSGT00940000154340.A ENSGT00550000074801.h.c.b.b ENSGT00940000162789 ENSGT00940000156946 ENSGT01050000244965.b ENSGT00390000012692.e ENSGT00940000158366 ENSGT00940000156627 ENSGT01100000263524.I ENSGT00730000111223.i ENSGT00930000151042 ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00950000182924.B.a.a ENSGT00940000153425.a.a.a.a.a ENSGT00940000159823 ENSGT00940000166143.A.a.a.a.a ENSGT00940000157910 ENSGT00390000001376.ab.b.b ENSGT00390000008294.e.b.a.b.a.b ENSGT01030000240089 ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164870 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 15 ENSMFAG00000002220 ALPK1 (ENSMFAG00000035373) TIFA (ENSMFAG00000029908) AP1AR (ENSMFAG00000064871) FAM241A (ENSMFAG00000000675) ENSMFAG00000037821 PITX2 (ENSMFAG00000002699) ENPEP (ENSMFAG00000043564) ELOVL6 (ENSMFAG00000064437) ENSMFAG00000055935 EGF (ENSMFAG00000003730) LRIT3 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(ENSMNEG00000030586) SGMS2 (ENSMNEG00000034744) PAPSS1 (ENSMNEG00000030623) ENSMNEG00000044748 ENSMNEG00000037880 DKK2 (ENSMNEG00000034817) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182970.A.b.d.b ENSGT00940000154589.b ENSGT00390000002219 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000154185.k ENSGT00940000162789 ENSGT00940000156946 ENSGT01050000244965.b ENSGT00390000012692.e ENSGT00940000158366 ENSGT00940000156627 ENSGT01100000263524.I ENSGT00730000111223.i ENSGT00930000151042 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00950000182924.B.a.a ENSGT00940000153425.a.a.a.a.a ENSGT00940000159823 ENSGT00940000157910 ENSGT00390000001376.ab.b.b ENSGT00390000008294.f ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000162188 ENSGT00530000069080 ENSGT00940000154950 Olive baboon MODERN SPECIES 13 ALPK1 (ENSPANG00000012403) TIFA (ENSPANG00000020833) AP1AR (ENSPANG00000034888) FAM241A (ENSPANG00000024713) 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DUPLICATION Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 18 ENSSVLG00005025981 ENSSVLG00005025982 FAM241A (ENSSVLG00005025983) ENSSVLG00005025985 ENSSVLG00005025987 ENPEP (ENSSVLG00005025988) ENSSVLG00005025989 ENSSVLG00005025991 ELOVL6 (ENSSVLG00005025992) EGF (ENSSVLG00005025994) LRIT3 (ENSSVLG00005025995) RRH (ENSSVLG00005025996) GAR1 (ENSSVLG00005025997) CFI (ENSSVLG00005025998) PLA2G12A (ENSSVLG00005025999) ENSSVLG00005026000 #22 MCUB (ENSSVLG00005026001) #23 SEC24B (ENSSVLG00005026003) ENSSVLG00005026004 COL25A1 (ENSSVLG00005026005) ENSSVLG00005026006 ETNPPL (ENSSVLG00005026007) OSTC (ENSSVLG00005026008) RPL34 (ENSSVLG00005026009) ENSSVLG00005026011 ENSSVLG00005026012 HADH (ENSSVLG00005026013) CYP2U1 (ENSSVLG00005026014) SGMS2 (ENSSVLG00005026015) PAPSS1 (ENSSVLG00005026017) DKK2 (ENSSVLG00005026018) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 ENSSVLG00005023476 FOXJ1 (ENSSVLG00005023500) EXOC7 (ENSSVLG00005023572) ZACN (ENSSVLG00005023709) GALR2 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Hadh (ENSDORG00000015829) Cyp2u1 (ENSDORG00000010109) Sgms2 (ENSDORG00000010107) Papss1 (ENSDORG00000010043) Dkk2 (ENSDORG00000025181) Gimd1 (ENSDORG00000026034) ENSDORG00000005018 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000162895 ENSGT00940000162335 ENSGT00940000159753 ENSGT00940000154589.b ENSGT00390000002219 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000162789 ENSGT00940000156946 ENSGT01050000244965.b ENSGT00940000158366 ENSGT00940000156627 ENSGT01100000263524.I ENSGT00730000111223 ENSGT00930000151042 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00940000159823 ENSGT00940000157910 ENSGT00390000001376 ENSGT00390000008294.f ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000162188 ENSGT00530000069080 ENSGT00940000154950 ENSGT00940000158244 ENSGT00930000150973.B Rabbit MODERN SPECIES 6 NEUROG2 (ENSOCUG00000007063) ENSOCUG00000010848 ALPK1 (ENSOCUG00000024991) TIFA (ENSOCUG00000017578) AP1AR 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MODERN SPECIES 16 ALPK1 (ENSPSNG00000004518) TIFA (ENSPSNG00000004555) AP1AR (ENSPSNG00000004571) FAM241A (ENSPSNG00000004608) ENSPSNG00000004627 ENSPSNG00000004644 PITX2 (ENSPSNG00000004709) ENPEP (ENSPSNG00000004770) ELOVL6 (ENSPSNG00000004817) EGF (ENSPSNG00000005048) LRIT3 (ENSPSNG00000005437) RRH (ENSPSNG00000005525) GAR1 (ENSPSNG00000005487) CFI (ENSPSNG00000005631) PLA2G12A (ENSPSNG00000005900) CASP6 (ENSPSNG00000005965) #22 MCUB (ENSPSNG00000006033) #23 ENSPSNG00000006059 SEC24B (ENSPSNG00000006099) COL25A1 (ENSPSNG00000006689) ETNPPL (ENSPSNG00000007968) ENSPSNG00000008254 ENSPSNG00000008387 LEF1 (ENSPSNG00000008457) HADH (ENSPSNG00000008706) CYP2U1 (ENSPSNG00000008786) SGMS2 (ENSPSNG00000008846) ENSPSNG00000008882 PAPSS1 (ENSPSNG00000008923) DKK2 (ENSPSNG00000008969) ENSPSNG00000009014 Dolphin MODERN SPECIES 613 GAR1 (ENSTTRG00000016318) CFI (ENSTTRG00000016317) PLA2G12A (ENSTTRG00000016316) CASP6 (ENSTTRG00000016314) #22 MCUB (ENSTTRG00000016312) #23 SEC24B 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ENSGT00940000157887 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140.t #22 ENSGT00940000156393.a.b ENSGT00520000058756 ENSGT00540000073610.A ENSGT00980000198603.B ENSGT00390000015958.c ENSGT00940000157294.c ENSGT00940000160334 ENSGT00390000001289.a ENSGT00940000158194 ENSGT00520000055589.d.a.b ENSGT00390000011766 ENSGT00940000159063.f ENSGT00940000153676.a ENSGT01030000234566.e.b.a.a.a.a ENSGT00940000156167.b Channel catfish MODERN SPECIES 22 cxxc4 (ENSIPUG00000001990) ENSIPUG00000001996 mtap (ENSIPUG00000002003) toporsa (ENSIPUG00000002021) ndufb6 (ENSIPUG00000002026) MXD4 (ENSIPUG00000002049) ENSIPUG00000002066 ENSIPUG00000002083 bnc2 (ENSIPUG00000002100) ENSIPUG00000002117 ENSIPUG00000002133 snapc3 (ENSIPUG00000002170) DNAJB14 (ENSIPUG00000002181) Pla2g12a (ENSIPUG00000002213) ENSIPUG00000002225 CASP6 (ENSIPUG00000002234) #22 ZFP91 (ENSIPUG00000002257) ENSIPUG00000002260 cntf (ENSIPUG00000002265) ENSIPUG00000002271 ENSIPUG00000002279 ENSIPUG00000002287 ENSIPUG00000002292 pdcd4a 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ENSGT00940000156393.a.b ENSGT00520000058756 ENSGT00540000073610.A ENSGT00980000198603.B ENSGT00390000015958.c ENSGT00940000157294.c ENSGT00940000160334 ENSGT00390000001289.a ENSGT00940000158194 ENSGT00940000177470 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 148 wdr17 (ENSPNAG00000013253) asb5b (ENSPNAG00000013273) spcs3 (ENSPNAG00000013292) vegfc (ENSPNAG00000013302) TENM3 (ENSPNAG00000013487) ENSPNAG00000002786 ENSPNAG00000002794 dctd (ENSPNAG00000013575) irf2a (ENSPNAG00000013591) tmem134 (ENSPNAG00000013649) STOX2 (ENSPNAG00000013674) dnajb14 (ENSPNAG00000002897) ENSPNAG00000002898 pla2g12a (ENSPNAG00000002908) CASP6 (ENSPNAG00000002925) #22 ENSPNAG00000002937 ENSPNAG00000013782 cntf (ENSPNAG00000013789) ENSPNAG00000005080 ccdc149b (ENSPNAG00000013818) Mexicana tetra MODERN SPECIES 310 sh3gl2a (ENSAMXG00000013995) snapc3 (ENSAMXG00000035154) ENSAMXG00000036632 dnajb14 (ENSAMXG00000036410) pla2g12a (ENSAMXG00000038331) CASP6 (ENSAMXG00000037238) #22 ENSAMXG00000000744 ENSAMXG00000000733 cntf 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ENSGT00940000154706.rb.b ENSGT00970000198226 ENSGT00940000153942.a.e.a ENSGT00390000005708 ENSGT00940000169573 ENSGT00950000182917.a.a.a.b ENSGT00940000157887 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059.g #23 ENSGT00940000159660.j ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370.b ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164073.a ENSGT00940000154950.y.a ENSGT00940000158244 ENSGT00940000161510 ENSGT00940000156796.c.b ENSGT00940000166257 ENSGT00940000156796.c.a ENSGT00930000150973.B.e.b ENSGT00390000004446 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000155598.a ENSGT00950000182907.a.b.b.a ENSGT00960000190222 ENSGT00390000004643 ENSGT00940000167108 ENSGT00940000165650 ENSGT00940000160529 ENSGT00440000034932 ENSGT00390000005844.a.b ENSGT00940000154706.rb.b ENSGT00390000005708 ENSGT00940000169573 ENSGT00950000182917.a.a.a.b ENSGT00940000157887 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059.g #23 ENSGT00940000159660.j ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370.b ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164073.a ENSGT00940000154950.y.a.c ENSGT00940000158244 ENSGT00940000155191.a.b ENSGT00940000166257 ENSGT00940000156796.c.b ENSGT00940000161510 ENSGT00940000156796.c.a ENSGT00930000150973.B.e.b Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 518 uso1 (ENSHCOG00000004829) coro2aa (ENSHCOG00000004682) anp32b (ENSHCOG00000004637) trmo (ENSHCOG00000004618) ENSHCOG00000004605 sh3gl2a (ENSHCOG00000004568) ENSHCOG00000004546 bnc2 (ENSHCOG00000004521) ENSHCOG00000004478 ENSHCOG00000000121 ENSHCOG00000000120 snapc3 (ENSHCOG00000004441) TTC39B (ENSHCOG00000004429) dnajb14 (ENSHCOG00000004415) pla2g12a (ENSHCOG00000004405) casp6a (ENSHCOG00000004398) #22 MCUB (ENSHCOG00000004388) #23 lef1 (ENSHCOG00000004370) hadh (ENSHCOG00000004334) cyp2u1 (ENSHCOG00000004328) sgms2a (ENSHCOG00000004321) papss1 (ENSHCOG00000004311) dkk2 (ENSHCOG00000004288) aimp1a (ENSHCOG00000004278) tbck (ENSHCOG00000004247) ENSHCOG00000004208 ENSHCOG00000004178 npnta (ENSHCOG00000004139) gstcd (ENSHCOG00000004127) ints12 (ENSHCOG00000004115) ARHGEF38 (ENSHCOG00000004074) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182907.a.b.b.a ENSGT00960000190222 ENSGT00390000004643 ENSGT00940000167108 ENSGT00940000165650 ENSGT00940000160529 ENSGT00440000034932 ENSGT00390000005844.a.b ENSGT00940000154706.rb.b ENSGT00940000153942.a.e.a ENSGT00390000005708 ENSGT00940000169573 ENSGT00950000182917.a.a.a.b ENSGT00940000157887 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059.g #23 ENSGT00940000159660.j ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370.b ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164073.a ENSGT00940000154950.y.a.c ENSGT00940000158244 ENSGT00940000155191.a.b ENSGT00940000166257 ENSGT00940000161510 ENSGT00940000156796.c.a.e.b ENSGT00930000150973.B.e.b ENSGT00390000004446 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01010000228726 ENSGT00950000182907.a.b.b.a ENSGT00960000190222 ENSGT00390000004643 ENSGT00940000167108 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ENSGT00940000155140.eb.b #22 ENSGT00940000155140.eb.a #22 ENSGT00940000155140.db #22 ENSGT00940000158059.g #23 ENSGT00940000159660.j ENSGT00940000166803 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370.b ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000164073.a ENSGT00940000154950.y.a.c ENSGT00940000158244 ENSGT00940000156796.c.a.e.b.b ENSGT00940000156796.c.a.e.b.a.b ENSGT00940000156796.c.a.e.b.a.a ENSGT00930000150973.B.e.b P. nyererei MODERN SPECIES 317 pkd2 (ENSPNYG00000010864) g3bp2a (ENSPNYG00000010813) uso1 (ENSPNYG00000010717) coro2aa (ENSPNYG00000010586) anp32b (ENSPNYG00000010543) trmo (ENSPNYG00000010524) ENSPNYG00000010483 sh3gl2a (ENSPNYG00000010441) ENSPNYG00000010397 bnc2 (ENSPNYG00000010353) ENSPNYG00000010337 snapc3 (ENSPNYG00000010319) TTC39B (ENSPNYG00000010287) dnajb14 (ENSPNYG00000010257) pla2g12a (ENSPNYG00000010243) CASP6 (ENSPNYG00000010228) #22 CASP6 (ENSPNYG00000010206) #22 CASP6 (ENSPNYG00000010178) #22 MCUB (ENSPNYG00000010162) #23 lef1 (ENSPNYG00000010128) ENSPNYG00000010101 cyp2u1 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ENSGT00930000150973.B.e.b Zebra mbuna MODERN SPECIES 1109 uso1 (ENSMZEG00005019428) coro2aa (ENSMZEG00005019481) anp32b (ENSMZEG00005019491) trmo (ENSMZEG00005019493) ENSMZEG00005019501 sh3gl2a (ENSMZEG00005019518) CNTLN (ENSMZEG00005019524) bnc2 (ENSMZEG00005019538) ENSMZEG00005019541 ENSMZEG00005019544 ENSMZEG00005019547 ENSMZEG00005019549 TTC39B (ENSMZEG00005019551) dnajb14 (ENSMZEG00005019556) pla2g12a (ENSMZEG00005019560) CASP6 (ENSMZEG00005019561) #22 CASP6 (ENSMZEG00005019564) #22 CASP6 (ENSMZEG00005019570) #22 MCUB (ENSMZEG00005019577) #23 lef1 (ENSMZEG00005019602) ENSMZEG00005019612 cyp2u1 (ENSMZEG00005019621) sgms2a (ENSMZEG00005019624) papss1 (ENSMZEG00005019630) dkk2 (ENSMZEG00005019637) aimp1a (ENSMZEG00005019638) tbck (ENSMZEG00005019651) ENSMZEG00005019669 ENSMZEG00005019673 ENSMZEG00005019686 ENSMZEG00005019690 Eastern happy MODERN SPECIES 18 coro2aa (ENSACLG00000022716) anp32b (ENSACLG00000022703) trmo (ENSACLG00000022684) ENSACLG00000022641 ENSACLG00000022633 sh3gl2a 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Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 142 ENSGT00940000156801.g ENSGT00390000013722 ENSGT00940000159922.a.b ENSGT00940000156063.l ENSGT00390000011932 ENSGT00390000008611 ENSGT01100000263512.a.a.b.a ENSGT00940000154895.a.a ENSGT00940000155694.h.c ENSGT00940000180552 ENSGT01060000248726 ENSGT01030000235123 ENSGT00940000154706.rb.a ENSGT00950000182917.a.a.a.a ENSGT00930000151042 ENSGT00940000155140.ib #22 ENSGT00940000158059.h #23 ENSGT00940000157370.a ENSGT00940000154950.y.b ENSGT00940000164073.b ENSGT00940000154108.b.a.b.g ENSGT00940000153173.a ENSGT00940000163785.a.a.a ENSGT00940000160184.c.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT00940000154895.a.a ENSGT00940000155694.h.c ENSGT01090000260514.b ENSGT00940000154986.a.e.b ENSGT00940000155128.a.b.a.a.a ENSGT00950000183040.A.b.h ENSGT01100000263568.b.a.c.b.a.b.e.b.b ENSGT00940000161814.g.b.f.a.a ENSGT00390000005844.a.a.sc ENSGT01060000248726 ENSGT01030000235123 ENSGT00940000154706.rb.a ENSGT00950000182917.a.a.a.a ENSGT00930000151042 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