Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000162642 #7 ENSGT00940000162335 #8 ENSGT00940000162895 #9 ENSGT00940000159753 #10 ENSGT00940000154589.b #11 ENSGT00390000002219 #12 ENSGT00940000154340.A #13 ENSGT00940000156946 #15 ENSGT01050000244965.b #16 ENSGT00940000158366 ENSGT00940000156627 #17 ENSGT01100000263524.I #18 ENSGT00730000111223 #19 ENSGT00930000151042 #20 ENSGT00390000008798.c #21 ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00950000182924.B.a.a #24 ENSGT00940000159823 ENSGT00940000157910 #26 ENSGT00390000001376 ENSGT00390000008294.e.b.a.b ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000162188 ENSGT00530000069080 ENSGT00940000154950 ENSGT00940000158244 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000162642 #7 ENSGT00940000162335 #8 ENSGT00940000162895 #9 ENSGT00940000159753 #10 ENSGT00940000154589.b #11 ENSGT00390000002219 #12 ENSGT00940000154340.A #13 ENSGT00940000156946 #15 ENSGT01050000244965.b #16 ENSGT00940000158366 ENSGT00940000156627 #17 ENSGT01100000263524.I #18 ENSGT00730000111223 #19 ENSGT00930000151042 #20 ENSGT00390000008798.c #21 ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00950000182924.B.a.a #24 ENSGT00940000159823 ENSGT00940000157910 #26 ENSGT00390000001376 ENSGT00390000008294.f ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984.e ENSGT00940000157714.g ENSGT00940000157714.h ENSGT00940000157370 ENSGT00390000009613.b ENSGT00940000162188 ENSGT00530000069080 ENSGT00940000154950 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 164 ENSGT00940000162642 #7 ENSGT00940000162335 #8 ENSGT00940000162895 #9 ENSGT00940000159753 #10 ENSGT00940000154589.b #11 ENSGT00390000002219 #12 ENSGT00940000154340.A #13 ENSGT00940000156946 #15 ENSGT01050000244965.b #16 ENSGT00940000158366 ENSGT00940000156627 #17 ENSGT01100000263524.I #18 ENSGT00730000111223 #19 ENSGT00930000151042 #20 ENSGT00390000008798.c #21 ENSGT00940000155140 #22 ENSGT00940000158059 #23 ENSGT00950000182924.B.a.a #24 ENSGT00730000111880 #25 ENSGT00940000157910 #26 Squirrel MODERN SPECIES 163 ENSSTOG00000025752 #7 ENSSTOG00000011761 #8 NEUROG2 (ENSSTOG00000011758) #9 ALPK1 (ENSSTOG00000023490) #10 TIFA (ENSSTOG00000024540) #11 AP1AR (ENSSTOG00000011726) #12 FAM241A (ENSSTOG00000026762) #13 ENSSTOG00000025728 #14 ENPEP (ENSSTOG00000019984) #15 ELOVL6 (ENSSTOG00000013096) #16 LRIT3 (ENSSTOG00000019825) #17 RRH (ENSSTOG00000026445) #18 GAR1 (ENSSTOG00000005577) #19 CFI (ENSSTOG00000013356) #20 PLA2G12A (ENSSTOG00000007365) #21 CASP6 (ENSSTOG00000022572) #22 MCUB (ENSSTOG00000012419) #23 SEC24B (ENSSTOG00000025309) #24 ENSSTOG00000030771 #25 ETNPPL (ENSSTOG00000021812) #26 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 681 CASP6 (ENSUPAG00010023134) #22 MCUB (ENSUPAG00010000046) #23 SEC24B (ENSUPAG00010000070) #24 ENSUPAG00010000214 Alpin marmot MODERN SPECIES 14 TIFA (ENSMMMG00000011166) #11 AP1AR (ENSMMMG00000011129) #12 ENSMMMG00000011118 #13 ENSMMMG00000011114 ENSMMMG00000011061 #14 ENPEP (ENSMMMG00000011011) #15 ENSMMMG00000011001 ELOVL6 (ENSMMMG00000010968) #16 EGF (ENSMMMG00000010685) ENSMMMG00000010673 LRIT3 (ENSMMMG00000010663) #17 RRH (ENSMMMG00000010634) #18 GAR1 (ENSMMMG00000010623) #19 CFI (ENSMMMG00000010613) #20 PLA2G12A (ENSMMMG00000010605) #21 CASP6 (ENSMMMG00000010597) #22 SEC24B (ENSMMMG00000010546) #24 COL25A1 (ENSMMMG00000010402) ETNPPL (ENSMMMG00000010343) #26 OSTC (ENSMMMG00000010326) RPL34 (ENSMMMG00000010314) LEF1 (ENSMMMG00000010193) ENSMMMG00000010164 ENSMMMG00000010161 ENSMMMG00000010155 SGMS2 (ENSMMMG00000010143) PAPSS1 (ENSMMMG00000010079) DKK2 (ENSMMMG00000010025) ENSMMMG00000009991 GIMD1 (ENSMMMG00000009944) AIMP1 (ENSMMMG00000009938) Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 18 ENSSVLG00005025981 #11 ENSSVLG00005025982 #12 FAM241A (ENSSVLG00005025983) #13 ENSSVLG00005025985 ENSSVLG00005025987 #14 ENPEP (ENSSVLG00005025988) #15 ENSSVLG00005025989 ENSSVLG00005025991 ELOVL6 (ENSSVLG00005025992) #16 EGF (ENSSVLG00005025994) LRIT3 (ENSSVLG00005025995) #17 RRH (ENSSVLG00005025996) #18 GAR1 (ENSSVLG00005025997) #19 CFI (ENSSVLG00005025998) #20 PLA2G12A (ENSSVLG00005025999) #21 ENSSVLG00005026000 #22 MCUB (ENSSVLG00005026001) #23 SEC24B (ENSSVLG00005026003) #24 ENSSVLG00005026004 COL25A1 (ENSSVLG00005026005) ENSSVLG00005026006 ETNPPL (ENSSVLG00005026007) #26 OSTC (ENSSVLG00005026008) RPL34 (ENSSVLG00005026009) ENSSVLG00005026011 ENSSVLG00005026012 HADH (ENSSVLG00005026013) CYP2U1 (ENSSVLG00005026014) SGMS2 (ENSSVLG00005026015) PAPSS1 (ENSSVLG00005026017) DKK2 (ENSSVLG00005026018) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 ENSSVLG00005023476 FOXJ1 (ENSSVLG00005023500) EXOC7 (ENSSVLG00005023572) ZACN (ENSSVLG00005023709) GALR2 (ENSSVLG00005023761) ENSSVLG00005023780 SRP68 (ENSSVLG00005023814) EVPL (ENSSVLG00005023880) CDK3 (ENSSVLG00005023973) TEN1 (ENSSVLG00005023999) ACOX1 (ENSSVLG00005024030) FBF1 (ENSSVLG00005024129) MRPL38 (ENSSVLG00005024310) TRIM65 (ENSSVLG00005024357) TRIM47 (ENSSVLG00005024378) ENSSVLG00005024393 #22 ENSSVLG00005024404 WBP2 (ENSSVLG00005024432) UNC13D (ENSSVLG00005024494) UNK (ENSSVLG00005024600) ENSSVLG00005024623 GALK1 (ENSSVLG00005024646) SAP30BP (ENSSVLG00005005528) RECQL5 (ENSSVLG00005005580) ENSSVLG00005005683 SMIM5 (ENSSVLG00005005693) ENSSVLG00005005738 ENSSVLG00005005769 LLGL2 (ENSSVLG00005005886) TSEN54 (ENSSVLG00005005927) ENSSVLG00005005957 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 17 CRYBB3 (ENSSVLG00005010026) CRYBB2 (ENSSVLG00005010113) GRK3 (ENSSVLG00005010169) ENSSVLG00005010401 SEZ6L (ENSSVLG00005010713) ASPHD2 (ENSSVLG00005012225) HPS4 (ENSSVLG00005012268) SRRD (ENSSVLG00005012323) TFIP11 (ENSSVLG00005012439) TPST2 (ENSSVLG00005012485) CRYBB1 (ENSSVLG00005012526) CRYBA4 (ENSSVLG00005012608) MN1 (ENSSVLG00005012679) PITPNB (ENSSVLG00005012735) TTC28 (ENSSVLG00005012954) ENSSVLG00005013048 #22 CHEK2 (ENSSVLG00005013622) HSCB (ENSSVLG00005013889) ENSSVLG00005013977 XBP1 (ENSSVLG00005014110) ENSSVLG00005014358 ZNRF3 (ENSSVLG00005014418) C22orf31 (ENSSVLG00005014531) KREMEN1 (ENSSVLG00005014585) EMID1 (ENSSVLG00005014741) RHBDD3 (ENSSVLG00005015229) ENSSVLG00005015564 GAS2L1 (ENSSVLG00005016901) RASL10A (ENSSVLG00005016957) AP1B1 (ENSSVLG00005017064) ENSSVLG00005017183