Bilateria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000156078 #22
Chordata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000156078 #22
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000156078 #22
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	486													ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	383										ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	390											ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.b	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Theria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000171801	ENSGT00940000162741.j	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
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Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154353.B.k.a	ENSGT00940000162601.m ##7	ENSGT00940000162097.y.a	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00390000009130.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000156277
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154353.B.k.a	ENSGT00940000162601.m ##7	ENSGT00940000162097.y.a	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00390000009130.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000156277
Marmoset	MODERN SPECIES	16	KHDC3L (ENSCJAG00000009947) #7	DDX43 (ENSCJAG00000009966) #8	CGAS (ENSCJAG00000009988) #9	MTO1 (ENSCJAG00000010003) #10	ENSCJAG00000063026 #11	EEF1A1 (ENSCJAG00000083200) #12	ENSCJAG00000044132 #13	SLC17A5 (ENSCJAG00000004888) #14	CD109 (ENSCJAG00000010082) #15	ENSCJAG00000079018 #16	COL12A1 (ENSCJAG00000010171) #17	TMEM30A (ENSCJAG00000010325) #18	FILIP1 (ENSCJAG00000010350) #19	SENP6 (ENSCJAG00000010386) #20	ENSCJAG00000060163 #21	MYO6 (ENSCJAG00000010541) #22	IMPG1 (ENSCJAG00000010664) #23	ENSCJAG00000069680 #24	HTR1B (ENSCJAG00000022374) #25	ENSCJAG00000085763 #26	MEI4 (ENSCJAG00000034767) #27	ENSCJAG00000072659 #28	ENSCJAG00000083515 #29	IRAK1BP1 (ENSCJAG00000010684) #30	PHIP (ENSCJAG00000010691) #31	ENSCJAG00000080059 #32	HMGN3 (ENSCJAG00000010800) #33	LCA5 (ENSCJAG00000046658) #34	SH3BGRL2 (ENSCJAG00000010860) #35	ENSCJAG00000008265 #36	ELOVL4 (ENSCJAG00000066970) #37
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	59															ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00390000009130.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000156277
Capuchin	MODERN SPECIES	363														SENP6 (ENSCCAG00000037335) #20	ENSCCAG00000017758	MYO6 (ENSCCAG00000035287) #22	IMPG1 (ENSCCAG00000036913) #23	HTR1B (ENSCCAG00000017413) #25	MEI4 (ENSCCAG00000026600) #27
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	49															SENP6 (ENSSBOG00000024005) #20	MYO6 (ENSSBOG00000027600) #22	IMPG1 (ENSSBOG00000032314) #23	ENSSBOG00000025689	HTR1B (ENSSBOG00000004639) #25	MEI4 (ENSSBOG00000028015) #27	IRAK1BP1 (ENSSBOG00000027886) #30	ENSSBOG00000026956	PHIP (ENSSBOG00000029154) #31	HMGN3 (ENSSBOG00000013698) #33	LCA5 (ENSSBOG00000025390) #34	ENSSBOG00000011035	ENSSBOG00000032510	ENSSBOG00000005848	SH3BGRL2 (ENSSBOG00000015357) #35	ELOVL4 (ENSSBOG00000035080) #37	TTK (ENSSBOG00000003469)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	463	DDX43 (ENSANAG00000028687) #8	CGAS (ENSANAG00000021094) #9	ENSANAG00000025803	ENSANAG00000033004	MTO1 (ENSANAG00000019857) #10	ENSANAG00000025531	ENSANAG00000028383 ##12	SLC17A5 (ENSANAG00000037674) #14	CD109 (ENSANAG00000037433) #15	COL12A1 (ENSANAG00000023522) #17	COX7A2 (ENSANAG00000034774)	TMEM30A (ENSANAG00000027476) #18	FILIP1 (ENSANAG00000034974) #19	SENP6 (ENSANAG00000021321) #20	ENSANAG00000021045 ##21	MYO6 (ENSANAG00000035523) #22	IMPG1 (ENSANAG00000027456) #23	ENSANAG00000022555	HTR1B (ENSANAG00000019789) #25	MEI4 (ENSANAG00000022641) #27	IRAK1BP1 (ENSANAG00000028639) #30	PHIP (ENSANAG00000037755) #31	ENSANAG00000036577	HMGN3 (ENSANAG00000030647) #33	LCA5 (ENSANAG00000015279) #34	SH3BGRL2 (ENSANAG00000023671) #35	ELOVL4 (ENSANAG00000021308) #37	TTK (ENSANAG00000032499)	BCKDHB (ENSANAG00000030972)	TENT5A (ENSANAG00000023993)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00940000154846.b.k.b	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.g	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00940000154846.b.k.b	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.g	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00940000154846.b.k.b	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b
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Gorilla	MODERN SPECIES	19	DPPA5 (ENSGGOG00000012001)	KHDC3L (ENSGGOG00000007778) #7	OOEP (ENSGGOG00000016832)	DDX43 (ENSGGOG00000016092) #8	CGAS (ENSGGOG00000010774) #9	ENSGGOG00000038471	ENSGGOG00000041490 #10	ENSGGOG00000025675 ##12	SLC17A5 (ENSGGOG00000002667) #14	CD109 (ENSGGOG00000004082) #15	COL12A1 (ENSGGOG00000009324) #17	ENSGGOG00000005865	TMEM30A (ENSGGOG00000003491) #18	FILIP1 (ENSGGOG00000017170) #19	SENP6 (ENSGGOG00000006460) #20	MYO6 (ENSGGOG00000011400) #22	ENSGGOG00000026526	IMPG1 (ENSGGOG00000025852) #23	HTR1B (ENSGGOG00000022590) #25	MEI4 (ENSGGOG00000041152) #27	IRAK1BP1 (ENSGGOG00000015202) #30	PHIP (ENSGGOG00000001706) #31	ENSGGOG00000042737	HMGN3 (ENSGGOG00000006910) #33	ENSGGOG00000044092	LCA5 (ENSGGOG00000007629) #34	SH3BGRL2 (ENSGGOG00000027182) #35	ELOVL4 (ENSGGOG00000009359) #37	ENSGGOG00000024692	TTK (ENSGGOG00000008675)	ENSGGOG00000039332
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000002661.b.kb.a	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.g	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00940000154846.b.k.b	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b
Pan	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000163686.b.a.b	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.g	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00940000154846.b.k.b	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00900000143744
Chimpanzee	MODERN SPECIES	19	DPPA5 (ENSPTRG00000029547)	KHDC3L (ENSPTRG00000029546) #7	OOEP (ENSPTRG00000029545)	DDX43 (ENSPTRG00000018344) #8	CGAS (ENSPTRG00000018345) #9	MTO1 (ENSPTRG00000048593) #10	EEF1A1 (ENSPTRG00000018347) #12	SLC17A5 (ENSPTRG00000018348) #14	CD109 (ENSPTRG00000018349) #15	ENSPTRG00000052684	COL12A1 (ENSPTRG00000018351) #17	COX7A2 (ENSPTRG00000050864)	TMEM30A (ENSPTRG00000018355) #18	FILIP1 (ENSPTRG00000018356) #19	SENP6 (ENSPTRG00000018357) #20	MYO6 (ENSPTRG00000023525) #22	IMPG1 (ENSPTRG00000018360) #23	HTR1B (ENSPTRG00000018361) #25	MEI4 (ENSPTRG00000044078) #27	IRAK1BP1 (ENSPTRG00000018363) #30	PHIP (ENSPTRG00000018365) #31	ENSPTRG00000044309	HMGN3 (ENSPTRG00000018366) #33	ENSPTRG00000046338	LCA5 (ENSPTRG00000018367) #34	SH3BGRL2 (ENSPTRG00000050701) #35	ELOVL4 (ENSPTRG00000043548) #37	ENSPTRG00000050523	TTK (ENSPTRG00000018371)	ENSPTRG00000044375	ENSPTRG00000050076
Bonobo	MODERN SPECIES	19	DPPA5 (ENSPPAG00000035257)	KHDC3L (ENSPPAG00000043830) #7	OOEP (ENSPPAG00000037341)	DDX43 (ENSPPAG00000034199) #8	CGAS (ENSPPAG00000028648) #9	MTO1 (ENSPPAG00000028710) #10	EEF1A1 (ENSPPAG00000038736) #12	SLC17A5 (ENSPPAG00000026527) #14	CD109 (ENSPPAG00000029267) #15	ENSPPAG00000043602	COL12A1 (ENSPPAG00000044050) #17	ENSPPAG00000005585	TMEM30A (ENSPPAG00000028442) #18	FILIP1 (ENSPPAG00000032598) #19	SENP6 (ENSPPAG00000030083) #20	MYO6 (ENSPPAG00000038487) #22	IMPG1 (ENSPPAG00000029771) #23	HTR1B (ENSPPAG00000014828) #25	MEI4 (ENSPPAG00000018545) #27	IRAK1BP1 (ENSPPAG00000034306) #30	PHIP (ENSPPAG00000028075) #31	ENSPPAG00000031854	ENSPPAG00000041998	ENSPPAG00000040335	LCA5 (ENSPPAG00000022297) #34	SH3BGRL2 (ENSPPAG00000037930) #35	ELOVL4 (ENSPPAG00000041207) #37	ENSPPAG00000040295	TTK (ENSPPAG00000042970)	ENSPPAG00000035439	ENSPPAG00000032065
Human	MODERN SPECIES	18	KHDC1 (ENSG00000135314)	DPPA5 (ENSG00000203909)	KHDC3L (ENSG00000203908) #7	OOEP (ENSG00000203907)	DDX43 (ENSG00000080007) #8	CGAS (ENSG00000164430) #9	MTO1 (ENSG00000135297) #10	EEF1A1 (ENSG00000156508) #12	SLC17A5 (ENSG00000119899) #14	CD109 (ENSG00000156535) #15	COL12A1 (ENSG00000111799) #17	COX7A2 (ENSG00000112695)	TMEM30A (ENSG00000112697) #18	FILIP1 (ENSG00000118407) #19	SENP6 (ENSG00000112701) #20	MYO6 (ENSG00000196586) #22	IMPG1 (ENSG00000112706) #23	HTR1B (ENSG00000135312) #25	MEI4 (ENSG00000269964) #27	IRAK1BP1 (ENSG00000146243) #30	PHIP (ENSG00000146247) #31	HMGN3 (ENSG00000118418) #33	LCA5 (ENSG00000135338) #34	SH3BGRL2 (ENSG00000198478) #35	ELOVL4 (ENSG00000118402) #37	TTK (ENSG00000112742)	BCKDHB (ENSG00000083123)	TENT5A (ENSG00000112773)	IBTK (ENSG00000005700)	TPBG (ENSG00000146242)	UBE3D (ENSG00000118420)
Orangutan	MODERN SPECIES	19	DPPA5 (ENSPPYG00000016771)	KHDC3L (ENSPPYG00000016772) #7	OOEP (ENSPPYG00000016773)	DDX43 (ENSPPYG00000016774) #8	CGAS (ENSPPYG00000016775) #9	MTO1 (ENSPPYG00000016776) #10	EEF1A1 (ENSPPYG00000016777) ##12	SLC17A5 (ENSPPYG00000016778) #14	CD109 (ENSPPYG00000016779) #15	ENSPPYG00000032492	COL12A1 (ENSPPYG00000016780) #17	ENSPPYG00000016781	TMEM30A (ENSPPYG00000016782) #18	FILIP1 (ENSPPYG00000016783) #19	SENP6 (ENSPPYG00000016784) #20	MYO6 (ENSPPYG00000016785) #22	IMPG1 (ENSPPYG00000016786) #23	HTR1B (ENSPPYG00000016787) #25	MEI4 (ENSPPYG00000016788) #27	IRAK1BP1 (ENSPPYG00000016789) #30	PHIP (ENSPPYG00000016790) #31	ENSPPYG00000025883	HMGN3 (ENSPPYG00000016791) #33	LCA5 (ENSPPYG00000016792) #34	SH3BGRL2 (ENSPPYG00000039839) #35	ELOVL4 (ENSPPYG00000036336) #37	TTK (ENSPPYG00000016795)	BCKDHB (ENSPPYG00000016796)	TENT5A (ENSPPYG00000034862)	IBTK (ENSPPYG00000016799)	TPBG (ENSPPYG00000016800)
Gibbon	MODERN SPECIES	18	ENSNLEG00000001183	DPPA5 (ENSNLEG00000001195)	KHDC3L (ENSNLEG00000001200) #7	OOEP (ENSNLEG00000001204)	DDX43 (ENSNLEG00000001209) #8	CGAS (ENSNLEG00000001281) #9	MTO1 (ENSNLEG00000001308) #10	ENSNLEG00000035164 ##12	SLC17A5 (ENSNLEG00000004778) #14	CD109 (ENSNLEG00000004794) #15	COL12A1 (ENSNLEG00000004898) #17	ENSNLEG00000034149	ENSNLEG00000004962 #18	FILIP1 (ENSNLEG00000004988) #19	SENP6 (ENSNLEG00000004998) #20	MYO6 (ENSNLEG00000005076) #22	IMPG1 (ENSNLEG00000005102) #23	HTR1B (ENSNLEG00000018381) #25	MEI4 (ENSNLEG00000035107) #27	ZWINT (ENSNLEG00000011900)	ENSNLEG00000011914	MBL2 (ENSNLEG00000012005)	ENSNLEG00000029986	DKK1 (ENSNLEG00000012012)	CSTF2T (ENSNLEG00000012025)	PRKG1 (ENSNLEG00000012021)	A1CF (ENSNLEG00000012028)	ENSNLEG00000012056	ENSNLEG00000033693	SGMS1 (ENSNLEG00000012084)	MINPP1 (ENSNLEG00000012094)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00550000074801.h.c.a.a.b	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.j	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00940000154846.b.k.b	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00550000074801.h.c.a.a.b	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.j	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.v ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.j	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00930000150941.y	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00940000154172.gb.b.a.c.c.a	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	17									ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.j	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00390000000903.a.f.b.a	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00940000154172.gb.b.a.c.c.a	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	125										ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.j	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00390000000903.a.f.b.a	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00940000154172.gb.b.a.c.c.a	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b
Drill	MODERN SPECIES	1472									COL12A1 (ENSMLEG00000036872) #17	ENSMLEG00000040776	TMEM30A (ENSMLEG00000031901) #18	FILIP1 (ENSMLEG00000038859) #19	ENSMLEG00000034037	ENSMLEG00000040637	SENP6 (ENSMLEG00000036204) #20	MYO6 (ENSMLEG00000040645) #22	IMPG1 (ENSMLEG00000039710) #23
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	128									COL12A1 (ENSCATG00000044903) #17	ENSCATG00000004329	TMEM30A (ENSCATG00000038857) #18	FILIP1 (ENSCATG00000029962) #19	ENSCATG00000014790	ENSCATG00000029705	SENP6 (ENSCATG00000039823) #20	MYO6 (ENSCATG00000041301) #22	IMPG1 (ENSCATG00000042380) #23	HTR1B (ENSCATG00000017608) #25	MEI4 (ENSCATG00000044930) #27	ENSCATG00000043967	IRAK1BP1 (ENSCATG00000028937) #30	PHIP (ENSCATG00000027002) #31	ENSCATG00000031954	HMGN3 (ENSCATG00000032172) #33	LCA5 (ENSCATG00000023865) #34	SH3BGRL2 (ENSCATG00000002364) #35	ENSCATG00000014117	ELOVL4 (ENSCATG00000035594) #37	ENSCATG00000029983	TTK (ENSCATG00000030166)	ENSCATG00000041525
Olive baboon	MODERN SPECIES	16	ENSPANG00000041637	CD109 (ENSPANG00000025498) #15	SLC17A5 (ENSPANG00000040614) #14	ENSPANG00000021501	ENSPANG00000006932 ##12	MTO1 (ENSPANG00000024449) #10	CGAS (ENSPANG00000012327) #9	DDX43 (ENSPANG00000005686) #8	ENSPANG00000045521	COL12A1 (ENSPANG00000018518) #17	ENSPANG00000034091	TMEM30A (ENSPANG00000026151) #18	FILIP1 (ENSPANG00000018645) #19	ENSPANG00000038632	SENP6 (ENSPANG00000036022) #20	MYO6 (ENSPANG00000019225) #22	IMPG1 (ENSPANG00000019906) #23	HTR1B (ENSPANG00000015604) #25	ENSPANG00000051429	MEI4 (ENSPANG00000034147) #27	ENSPANG00000046954 ##32	ENSPANG00000038045	ENSPANG00000044429	IRAK1BP1 (ENSPANG00000022608) #30	PHIP (ENSPANG00000022800) #31	HMGN3 (ENSPANG00000015740) #33	ENSPANG00000048815 ##28	LCA5 (ENSPANG00000022607) #34	SH3BGRL2 (ENSPANG00000007514) #35	ENSPANG00000003825	ELOVL4 (ENSPANG00000018200) #37
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154353.A.n.a	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.v ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.j	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00930000150941.y	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00900000143584	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00940000154172.gb.b.a.c.c.a	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	558	DDX43 (ENSMNEG00000038522) #8	CGAS (ENSMNEG00000044904) #9	MTO1 (ENSMNEG00000038616) #10	ENSMNEG00000035651	ENSMNEG00000040657	SLC17A5 (ENSMNEG00000036675) #14	CD109 (ENSMNEG00000033808) #15	ENSMNEG00000030329	ENSMNEG00000040725	COL12A1 (ENSMNEG00000040601) #17	ENSMNEG00000028462	TMEM30A (ENSMNEG00000037367) #18	ENSMNEG00000040031	FILIP1 (ENSMNEG00000039310) #19	SENP6 (ENSMNEG00000034343) #20	MYO6 (ENSMNEG00000023339) #22	IMPG1 (ENSMNEG00000034237) #23
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154353.A.n.a	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.v ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.j	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00940000167556.b.b.a.b.a.a.a.b.b.b.b.b.b.b.b	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00940000154172.gb.b.a.c.c.a	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277
Rhesus	MODERN SPECIES	14	DPPA5 (ENSMMUG00000065289)	KHDC3L (ENSMMUG00000010084) #7	OOEP (ENSMMUG00000000416)	DDX43 (ENSMMUG00000019599) #8	CGAS (ENSMMUG00000019606) #9	MTO1 (ENSMMUG00000019270) #10	EEF1A1 (ENSMMUG00000004852) ##12	SLC17A5 (ENSMMUG00000008133) #14	CD109 (ENSMMUG00000017806) #15	ENSMMUG00000056770	COL12A1 (ENSMMUG00000019261) #17	COX7A2 (ENSMMUG00000043152)	TMEM30A (ENSMMUG00000019273) #18	FILIP1 (ENSMMUG00000019275) #19	SENP6 (ENSMMUG00000004491) #20	MYO6 (ENSMMUG00000005032) #22	IMPG1 (ENSMMUG00000054471) #23	HTR1B (ENSMMUG00000015717) #25	ENSMMUG00000057119	MEI4 (ENSMMUG00000005328) #27	ENSMMUG00000061178 ##32	IRAK1BP1 (ENSMMUG00000060268) #30	PHIP (ENSMMUG00000017186) #31	HMGN3 (ENSMMUG00000004351) #33	ENSMMUG00000064069 ##32	ENSMMUG00000065130	LCA5 (ENSMMUG00000004356) #34	SH3BGRL2 (ENSMMUG00000062749) #35	ENSMMUG00000064991	ENSMMUG00000059082 ##33	ELOVL4 (ENSMMUG00000020208) #37
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	14	MTO1 (ENSMFAG00000042481) #10	ENSMFAG00000062064	ENSMFAG00000045026 ##12	SLC17A5 (ENSMFAG00000044818) #14	CD109 (ENSMFAG00000044576) #15	ENSMFAG00000054519	ENSMFAG00000057392	ENSMFAG00000057734	ENSMFAG00000061165	ENSMFAG00000053928	COL12A1 (ENSMFAG00000034460) #17	COX7A2 (ENSMFAG00000046193)	TMEM30A (ENSMFAG00000036109) #18	FILIP1 (ENSMFAG00000001452) #19	ENSMFAG00000041950 #20	MYO6 (ENSMFAG00000038795) #22	IMPG1 (ENSMFAG00000033339) #23	HTR1B (ENSMFAG00000042700) #25	ENSMFAG00000057040	MEI4 (ENSMFAG00000009582) #27	ENSMFAG00000050638 ##32	IRAK1BP1 (ENSMFAG00000033220) #30	PHIP (ENSMFAG00000039797) #31	HMGN3 (ENSMFAG00000032893) #33	LCA5 (ENSMFAG00000000256) #34	SH3BGRL2 (ENSMFAG00000064741) #35	ENSMFAG00000029021	ELOVL4 (ENSMFAG00000036147) #37	TTK (ENSMFAG00000032875)	BCKDHB (ENSMFAG00000040052)	ENSMFAG00000055696
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	4														FILIP1 (ENSCSAG00000017456) #19	SENP6 (ENSCSAG00000017454) #20	MYO6 (ENSCSAG00000017452) #22	ENSCSAG00000000201	IMPG1 (ENSCSAG00000017450) #23	HTR1B (ENSCSAG00000000200) #25	MEI4 (ENSCSAG00000017449) #27	IRAK1BP1 (ENSCSAG00000017447) #30	PHIP (ENSCSAG00000017444) #31	ENSCSAG00000017429	HMGN3 (ENSCSAG00000017426) #33	ENSCSAG00000017423 ##33	LCA5 (ENSCSAG00000017422) #34	SH3BGRL2 (ENSCSAG00000017420) #35	ENSCSAG00000017417	ELOVL4 (ENSCSAG00000017416) #37	TTK (ENSCSAG00000017414)	BCKDHB (ENSCSAG00000017409)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	158	ENSGT00940000154353.B.o	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00550000074801.h.c.a.a.b	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.j.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b.c #23
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1655	DDX43 (ENSRROG00000031424) #8	ENSRROG00000033023	CGAS (ENSRROG00000041644) #9	MTO1 (ENSRROG00000030150) #10	ENSRROG00000044652 ##12	ENSRROG00000030804	SLC17A5 (ENSRROG00000034791) #14	CD109 (ENSRROG00000043905) #15	ENSRROG00000033815	COL12A1 (ENSRROG00000035369) #17	ENSRROG00000001816	TMEM30A (ENSRROG00000044798) #18	FILIP1 (ENSRROG00000043297) #19	ENSRROG00000043853	SENP6 (ENSRROG00000039865) #20	MYO6 (ENSRROG00000043368) #22	IMPG1 (ENSRROG00000037129) #23
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	667										ENSRBIG00000040741	COL12A1 (ENSRBIG00000027664) #17	ENSRBIG00000035770	TMEM30A (ENSRBIG00000033870) #18	FILIP1 (ENSRBIG00000027700) #19	SENP6 (ENSRBIG00000044510) #20	MYO6 (ENSRBIG00000040737) #22	ENSRBIG00000035451 #23
Tarsier	MODERN SPECIES	3081															SENP6 (ENSTSYG00000012399) #20	MYO6 (ENSTSYG00000003922) #22	IMPG1 (ENSTSYG00000003972) #23
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154353.A	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154353.A	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Mouse lemur	MODERN SPECIES	28	ENSMICG00000012236	DPPA5 (ENSMICG00000047987)	KHDC3L (ENSMICG00000045560) #7	OOEP (ENSMICG00000035829)	DDX43 (ENSMICG00000017145) #8	CGAS (ENSMICG00000046397) #9	MTO1 (ENSMICG00000032161) #10	ENSMICG00000037627 ##12	SLC17A5 (ENSMICG00000016403) #14	CD109 (ENSMICG00000009612) #15	COL12A1 (ENSMICG00000015681) #17	COX7A2 (ENSMICG00000015747)	TMEM30A (ENSMICG00000015757) #18	FILIP1 (ENSMICG00000031943) #19	SENP6 (ENSMICG00000005250) #20	MYO6 (ENSMICG00000012391) #22	IMPG1 (ENSMICG00000012422) #23	ENSMICG00000029528	HTR1B (ENSMICG00000012414) #25	MEI4 (ENSMICG00000038415) #27	IRAK1BP1 (ENSMICG00000044942) #30	PHIP (ENSMICG00000000134) #31	HMGN3 (ENSMICG00000012580) #33	SH3BGRL2 (ENSMICG00000037578) #35	ELOVL4 (ENSMICG00000026958) #37	LCA5 (ENSMICG00000014607) #34	TTK (ENSMICG00000003271)	BCKDHB (ENSMICG00000003277)	ENSMICG00000033445	TENT5A (ENSMICG00000006596)	IBTK (ENSMICG00000005321)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000162741.j	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	472	DDX43 (ENSPSMG00000004341) #8	CGAS (ENSPSMG00000004458) #9	MTO1 (ENSPSMG00000004516) #10	ENSPSMG00000004539	SLC17A5 (ENSPSMG00000004561) #14	CD109 (ENSPSMG00000004758) #15	ENSPSMG00000004837	ENSPSMG00000004841	ENSPSMG00000004853	ENSPSMG00000004858	COL12A1 (ENSPSMG00000005434) #17	COX7A2 (ENSPSMG00000006397)	TMEM30A (ENSPSMG00000006436) #18	FILIP1 (ENSPSMG00000006471) #19	SENP6 (ENSPSMG00000006651) #20	MYO6 (ENSPSMG00000007266) #22	IMPG1 (ENSPSMG00000007481) #23	HTR1B (ENSPSMG00000007498) #25	MEI4 (ENSPSMG00000007505) #27
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	345	OOEP (ENSPCOG00000000283)	DDX43 (ENSPCOG00000020123) #8	CGAS (ENSPCOG00000020974) #9	MTO1 (ENSPCOG00000019343) #10	ENSPCOG00000027789	ENSPCOG00000026320	SLC17A5 (ENSPCOG00000014513) #14	CD109 (ENSPCOG00000015200) #15	ENSPCOG00000026844	COL12A1 (ENSPCOG00000026081) #17	COX7A2 (ENSPCOG00000021379)	TMEM30A (ENSPCOG00000017026) #18	FILIP1 (ENSPCOG00000023751) #19	ENSPCOG00000008115	SENP6 (ENSPCOG00000021433) #20	MYO6 (ENSPCOG00000016731) #22	IMPG1 (ENSPCOG00000013809) #23	ENSPCOG00000007245	ENSPCOG00000021537	HTR1B (ENSPCOG00000014248) #25	MEI4 (ENSPCOG00000023963) #27	IRAK1BP1 (ENSPCOG00000018402) #30	PHIP (ENSPCOG00000025776) #31	ENSPCOG00000027594	HMGN3 (ENSPCOG00000020626) #33	LCA5 (ENSPCOG00000026990) #34	SH3BGRL2 (ENSPCOG00000010718) #35	ELOVL4 (ENSPCOG00000027157) #37	TTK (ENSPCOG00000020369)	BCKDHB (ENSPCOG00000001558)	TENT5A (ENSPCOG00000014245)
Bushbaby	MODERN SPECIES	222									SLC17A5 (ENSOGAG00000008673) #14	CD109 (ENSOGAG00000008674) #15	ENSOGAG00000033179	COL12A1 (ENSOGAG00000015700) #17	TMEM30A (ENSOGAG00000015718) #18	FILIP1 (ENSOGAG00000032192) #19	SENP6 (ENSOGAG00000000115) #20	MYO6 (ENSOGAG00000010499) #22	IMPG1 (ENSOGAG00000010505) #23	HTR1B (ENSOGAG00000015251) #25	ENSOGAG00000030489	IRAK1BP1 (ENSOGAG00000002920) #30	PHIP (ENSOGAG00000002923) #31	HMGN3 (ENSOGAG00000016487) #33	LCA5 (ENSOGAG00000014641) #34	ENSOGAG00000005194 #35	ELOVL4 (ENSOGAG00000010998) #37	TTK (ENSOGAG00000011000)	ENSOGAG00000026751	ENSOGAG00000000645	TENT5A (ENSOGAG00000003247)	IBTK (ENSOGAG00000011943)	TPBG (ENSOGAG00000029928)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Tree shrew	MODERN SPECIES	4906																MYO6 (ENSTBEG00000010182) #22	IMPG1 (ENSTBEG00000011067) #23
Glires	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000171801	ENSGT00940000162741.j	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154353.A	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00970000198265	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00390000003986	ENSGT00390000016421.b.b
Rabbit	MODERN SPECIES	3	DPPA5 (ENSOCUG00000006790)	ENSOCUG00000014488 #7	ENSOCUG00000025904	ENSOCUG00000006338	ENSOCUG00000030719	MTO1 (ENSOCUG00000008468) #10	RABEFLA2 (ENSOCUG00000008481) #12	SLC17A5 (ENSOCUG00000000030) #14	CD109 (ENSOCUG00000006444) #15	ENSOCUG00000029583	COL12A1 (ENSOCUG00000015320) #17	ENSOCUG00000035102	TMEM30A (ENSOCUG00000030135) #18	FILIP1 (ENSOCUG00000012854) #19	SENP6 (ENSOCUG00000010714) #20	MYO6 (ENSOCUG00000024606) #22	IMPG1 (ENSOCUG00000001484) #23	ENSOCUG00000024129	HTR1B (ENSOCUG00000009271) #25	ENSOCUG00000022881 ##33	ENSOCUG00000036891	MEI4 (ENSOCUG00000031651) #27	IRAK1BP1 (ENSOCUG00000001488) #30	PHIP (ENSOCUG00000016401) #31	HMGN3 (ENSOCUG00000003399) #33	LCA5 (ENSOCUG00000006007) #34	SH3BGRL2 (ENSOCUG00000006756) #35	ENSOCUG00000036258	ELOVL4 (ENSOCUG00000005334) #37	ENSOCUG00000030997	TTK (ENSOCUG00000007124)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00860000135208	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154526.h.i.a	ENSGT00860000135208	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
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Golden Hamster	MODERN SPECIES	658	ENSMAUG00000015526	Dppa5a (ENSMAUG00000021918)	Ddx43 (ENSMAUG00000001441)	ENSMAUG00000007390	Mto1 (ENSMAUG00000021565) #10	Eef1a1 (ENSMAUG00000022005) ##12	Slc17a5 (ENSMAUG00000017608) #14	Cd109 (ENSMAUG00000019038) #15	ENSMAUG00000009878	ENSMAUG00000008464	Col12a1 (ENSMAUG00000013245) #17	Cox7a2 (ENSMAUG00000008392)	Tmem30a (ENSMAUG00000019655) #18	Filip1 (ENSMAUG00000017069) #19	Senp6 (ENSMAUG00000012039) #20	Myo6 (ENSMAUG00000005286) #22	Impg1 (ENSMAUG00000001564) #23	ENSMAUG00000000782	Htr1b (ENSMAUG00000006620) #25	Mei4 (ENSMAUG00000016599) #27	Irak1bp1 (ENSMAUG00000012484) #30	Phip (ENSMAUG00000007204) #31	Hmgn3 (ENSMAUG00000021518) #33	ENSMAUG00000008379 #34	Sh3bgrl2 (ENSMAUG00000003394) #35	Elovl4 (ENSMAUG00000011373) #37	ENSMAUG00000005925	ENSMAUG00000021357	Bckdhb (ENSMAUG00000004890)	Tent5a (ENSMAUG00000021077)	Ibtk (ENSMAUG00000009881)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00860000135208	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Prairie vole	MODERN SPECIES	13	ENSMOCG00000022015	ENSMOCG00000021748	Dppa5a (ENSMOCG00000020488)	Ddx43 (ENSMOCG00000012956)	Cgas (ENSMOCG00000007340) #9	ENSMOCG00000012903	Mto1 (ENSMOCG00000018371) #10	Eef1a1 (ENSMOCG00000009629) ##12	Slc17a5 (ENSMOCG00000019625) #14	Cd109 (ENSMOCG00000004552) #15	Col12a1 (ENSMOCG00000003044) #17	ENSMOCG00000010157	Tmem30a (ENSMOCG00000018992) #18	Filip1 (ENSMOCG00000001866) #19	Senp6 (ENSMOCG00000002123) #20	Myo6 (ENSMOCG00000005996) #22	Impg1 (ENSMOCG00000006169) #23	Htr1b (ENSMOCG00000007114) #25	ENSMOCG00000013276	Mei4 (ENSMOCG00000010881) #27	Irak1bp1 (ENSMOCG00000013631) #30	Phip (ENSMOCG00000002398) #31	ENSMOCG00000002829	ENSMOCG00000015871	Hmgn3 (ENSMOCG00000003426) #33	ENSMOCG00000012285 #34	Sh3bgrl2 (ENSMOCG00000009547) #35	Elovl4 (ENSMOCG00000018869) #37	ENSMOCG00000013928	Ttk (ENSMOCG00000012815)	Bckdhb (ENSMOCG00000019888)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	20	Dppa5a (ENSPEMG00000029152)	ENSPEMG00000029820	Ddx43 (ENSPEMG00000023986)	Cgas (ENSPEMG00000022880) #9	Mto1 (ENSPEMG00000024015) #10	Eef1a1 (ENSPEMG00000024174) ##12	Slc17a5 (ENSPEMG00000022441) #14	Cd109 (ENSPEMG00000023373) #15	ENSPEMG00000019322	ENSPEMG00000025784	Col12a1 (ENSPEMG00000023006) #17	ENSPEMG00000022304	Tmem30a (ENSPEMG00000020940) #18	Filip1 (ENSPEMG00000021321) #19	Senp6 (ENSPEMG00000022303) #20	Myo6 (ENSPEMG00000021427) #22	Impg1 (ENSPEMG00000020924) #23	Htr1b (ENSPEMG00000027052) #25	Mei4 (ENSPEMG00000030383) #27	Irak1bp1 (ENSPEMG00000022100) #30	Phip (ENSPEMG00000026362) #31	ENSPEMG00000009674	Hmgn3 (ENSPEMG00000030564) #33	Lca5 (ENSPEMG00000020338) #34	Sh3bgrl2 (ENSPEMG00000024667) #35	Elovl4 (ENSPEMG00000021160) #37	Ttk (ENSPEMG00000020411)	Bckdhb (ENSPEMG00000013178)	Tent5a (ENSPEMG00000028314)	Ibtk (ENSPEMG00000024181)	Tpbg (ENSPEMG00000030416)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
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Steppe mouse	MODERN SPECIES	3207	Ooep (ENSMSIG00000004294)	Ddx43 (ENSMSIG00000004310)	ENSMSIG00000004364	Cgas (ENSMSIG00000004374) #9	Mto1 (ENSMSIG00000004404) #10	ENSMSIG00000004419	Slc17a5 (ENSMSIG00000004436) #14	Cd109 (ENSMSIG00000004490) #15	ENSMSIG00000004585	Col12a1 (ENSMSIG00000004604) #17	ENSMSIG00000004901	Tmem30a (ENSMSIG00000004933) #18	Filip1 (ENSMSIG00000004983) #19	ENSMSIG00000005019	Senp6 (ENSMSIG00000005034) #20	Myo6 (ENSMSIG00000005185) #22	Impg1 (ENSMSIG00000007831) #23
spretus	MODERN SPECIES	18	MGP_SPRETEiJ_G0033603	MGP_SPRETEiJ_G0033604	Dppa5a (MGP_SPRETEiJ_G0033605)	Ooep (MGP_SPRETEiJ_G0033606)	Ddx43 (MGP_SPRETEiJ_G0033607)	Cgas (MGP_SPRETEiJ_G0033608) #9	MGP_SPRETEiJ_G0033609	Mto1 (MGP_SPRETEiJ_G0033610) #10	Slc17a5 (MGP_SPRETEiJ_G0033611) #14	Cd109 (MGP_SPRETEiJ_G0033612) #15	Col12a1 (MGP_SPRETEiJ_G0033613) #17	Cox7a2 (MGP_SPRETEiJ_G0033614)	Tmem30a (MGP_SPRETEiJ_G0033615) #18	Filip1 (MGP_SPRETEiJ_G0033616) #19	Senp6 (MGP_SPRETEiJ_G0033617) #20	Myo6 (MGP_SPRETEiJ_G0033618) #22	Impg1 (MGP_SPRETEiJ_G0033619) #23	Htr1b (MGP_SPRETEiJ_G0033620) #25	Mei4 (MGP_SPRETEiJ_G0033621) #27	Irak1bp1 (MGP_SPRETEiJ_G0033622) #30	Phip (MGP_SPRETEiJ_G0033623) #31	Hmgn3 (MGP_SPRETEiJ_G0033624) #33	Lca5 (MGP_SPRETEiJ_G0033625) #34	Sh3bgrl2 (MGP_SPRETEiJ_G0033626) #35	Elovl4 (MGP_SPRETEiJ_G0033627) #37	Ttk (MGP_SPRETEiJ_G0033628)	Bckdhb (MGP_SPRETEiJ_G0033629)	Tent5a (MGP_SPRETEiJ_G0033630)	Ibtk (MGP_SPRETEiJ_G0033631)	Tpbg (MGP_SPRETEiJ_G0033632)	Ube2cbp (MGP_SPRETEiJ_G0033633)
Mouse	MODERN SPECIES	18	Omt2b (ENSMUSG00000038750)	Gsta2 (ENSMUSG00000057933)	Dppa5a (ENSMUSG00000060461)	Ooep (ENSMUSG00000032346)	Ddx43 (ENSMUSG00000070291)	Cgas (ENSMUSG00000032344) #9	Mto1 (ENSMUSG00000032342) #10	Eef1a1 (ENSMUSG00000037742) ##12	Slc17a5 (ENSMUSG00000049624) #14	Cd109 (ENSMUSG00000046186) #15	Col12a1 (ENSMUSG00000032332) #17	Cox7a2 (ENSMUSG00000032330)	Tmem30a (ENSMUSG00000032328) #18	Filip1 (ENSMUSG00000034898) #19	Senp6 (ENSMUSG00000034252) #20	Myo6 (ENSMUSG00000033577) #22	Impg1 (ENSMUSG00000032343) #23	Htr1b (ENSMUSG00000049511) #25	Mei4 (ENSMUSG00000043289) #27	Irak1bp1 (ENSMUSG00000032251) #30	Phip (ENSMUSG00000032253) #31	Hmgn3 (ENSMUSG00000066456) #33	Lca5 (ENSMUSG00000032258) #34	Sh3bgrl2 (ENSMUSG00000032261) #35	Elovl4 (ENSMUSG00000032262) #37	Ttk (ENSMUSG00000038379)	Bckdhb (ENSMUSG00000032263)	Tent5a (ENSMUSG00000032265)	Ibtk (ENSMUSG00000035941)	Tpbg (ENSMUSG00000035274)	Ube2cbp (ENSMUSG00000032415)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	18	Omt2b (MGP_CAROLIEiJ_G0032463)	MGP_CAROLIEiJ_G0032464	Dppa5a (MGP_CAROLIEiJ_G0032465)	Ooep (MGP_CAROLIEiJ_G0032466)	Ddx43 (MGP_CAROLIEiJ_G0032467)	Cgas (MGP_CAROLIEiJ_G0032468) #9	MGP_CAROLIEiJ_G0032469	Mto1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032470) #10	Slc17a5 (MGP_CAROLIEiJ_G0032471) #14	Cd109 (MGP_CAROLIEiJ_G0032472) #15	Col12a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032473) #17	Cox7a2 (MGP_CAROLIEiJ_G0032474)	Tmem30a (MGP_CAROLIEiJ_G0032475) #18	Filip1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032476) #19	Senp6 (MGP_CAROLIEiJ_G0032477) #20	Myo6 (MGP_CAROLIEiJ_G0032478) #22	Impg1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032479) #23	Htr1b (MGP_CAROLIEiJ_G0032481) #25	Mei4 (MGP_CAROLIEiJ_G0032482) #27	Irak1bp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032483) #30	Phip (MGP_CAROLIEiJ_G0032484) #31	Hmgn3 (MGP_CAROLIEiJ_G0032485) #33	Lca5 (MGP_CAROLIEiJ_G0032486) #34	Sh3bgrl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0032487) #35	Elovl4 (MGP_CAROLIEiJ_G0032488) #37	Ttk (MGP_CAROLIEiJ_G0032489)	MGP_CAROLIEiJ_G0032490	Tent5a (MGP_CAROLIEiJ_G0032491)	Ibtk (MGP_CAROLIEiJ_G0032492)	Tpbg (MGP_CAROLIEiJ_G0032493)	Ube2cbp (MGP_CAROLIEiJ_G0032494)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	1	MGP_PahariEiJ_G0015330	MGP_PahariEiJ_G0015331	Ooep (MGP_PahariEiJ_G0015332)	Ddx43 (MGP_PahariEiJ_G0015333)	Cgas (MGP_PahariEiJ_G0015334) #9	MGP_PahariEiJ_G0015335	Mto1 (MGP_PahariEiJ_G0015336) #10	Eef1a1 (MGP_PahariEiJ_G0015337) ##12	Slc17a5 (MGP_PahariEiJ_G0015338) #14	Cd109 (MGP_PahariEiJ_G0015339) #15	Col12a1 (MGP_PahariEiJ_G0015340) #17	Cox7a2 (MGP_PahariEiJ_G0015341)	Tmem30a (MGP_PahariEiJ_G0015342) #18	Filip1 (MGP_PahariEiJ_G0015343) #19	Senp6 (MGP_PahariEiJ_G0015344) #20	Myo6 (MGP_PahariEiJ_G0015345) #22	Impg1 (MGP_PahariEiJ_G0015346) #23	Htr1b (MGP_PahariEiJ_G0015347) #25	Mei4 (MGP_PahariEiJ_G0015348) #27	Irak1bp1 (MGP_PahariEiJ_G0015349) #30	Phip (MGP_PahariEiJ_G0015350) #31	Hmgn3 (MGP_PahariEiJ_G0015351) #33	Lca5 (MGP_PahariEiJ_G0015352) #34	Sh3bgrl2 (MGP_PahariEiJ_G0015353) #35	MGP_PahariEiJ_G0015354	Elovl4 (MGP_PahariEiJ_G0015355) #37	Ttk (MGP_PahariEiJ_G0015356)	Bckdhb (MGP_PahariEiJ_G0015357)	Tent5a (MGP_PahariEiJ_G0015358)	Ibtk (MGP_PahariEiJ_G0015359)	Tpbg (MGP_PahariEiJ_G0015360)
Rat	MODERN SPECIES	18	Cgas (ENSRNOG00000046191) #9	Mto1 (ENSRNOG00000037659) #10	ENSRNOG00000070285	Eef1a1 (ENSRNOG00000009439) ##12	Cd109 (ENSRNOG00000025332) #15	ENSRNOG00000031132	LOC100363141 (ENSRNOG00000056662)	LOC100363141 (ENSRNOG00000063215)	Col12a1 (ENSRNOG00000058470) #17	LOC103690438 (ENSRNOG00000062056)	Cox7a2 (ENSRNOG00000042903)	ENSRNOG00000010657	Tmem30a (ENSRNOG00000010895) #18	Filip1 (ENSRNOG00000011521) #19	Senp6 (ENSRNOG00000024336) #20	Myo6 (ENSRNOG00000011852) #22	Impg1 (ENSRNOG00000012479) #23	Htr1b (ENSRNOG00000013042) #25	Mei4 (ENSRNOG00000023794) #27	Irak1bp1 (ENSRNOG00000008984) #30	Phip (ENSRNOG00000008652) #31	Hmgn3 (ENSRNOG00000031032) #33	Lca5 (ENSRNOG00000009580) #34	Sh3bgrl2 (ENSRNOG00000009613) #35	Sh3bgrl2 (ENSRNOG00000068670) #35	ENSRNOG00000066197	Elovl4 (ENSRNOG00000009773) #37	Ttk (ENSRNOG00000029055)	Bckdhb (ENSRNOG00000009928)	RGD1560917 (ENSRNOG00000034128)	Tent5a (ENSRNOG00000010240)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	543											Cox7a2 (ENSNGAG00000000479)	Tmem30a (ENSNGAG00000001347) #18	ENSNGAG00000003230 #19	Senp6 (ENSNGAG00000011560) #20	ENSNGAG00000017216	Myo6 (ENSNGAG00000008608) #22	Htr1b (ENSNGAG00000017927) #25
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	76	ENSJJAG00000023397	ENSJJAG00000019028	ENSJJAG00000020395	ENSJJAG00000009738	Cd109 (ENSJJAG00000018810) #15	ENSJJAG00000008007	ENSJJAG00000013875	ENSJJAG00000004765	Col12a1 (ENSJJAG00000021947) #17	ENSJJAG00000002895	Cox7a2 (ENSJJAG00000019442)	Tmem30a (ENSJJAG00000015851) #18	Filip1 (ENSJJAG00000014437) #19	ENSJJAG00000008502	Senp6 (ENSJJAG00000022873) #20	Myo6 (ENSJJAG00000021392) #22	Impg1 (ENSJJAG00000022816) #23	ENSJJAG00000006614	ENSJJAG00000013199	Htr1b (ENSJJAG00000018451) #25	Mei4 (ENSJJAG00000018138) #27	ENSJJAG00000005450	ENSJJAG00000014817	Irak1bp1 (ENSJJAG00000021600) #30	ENSJJAG00000007166	ENSJJAG00000005154 #31	Hmgn3 (ENSJJAG00000019940) #33	ENSJJAG00000000738 #34	Sh3bgrl2 (ENSJJAG00000023888) #35	Elovl4 (ENSJJAG00000009951) #37	ENSJJAG00000016910
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	500											Col12a1 (ENSDORG00000010155) #17	ENSDORG00000015425	Tmem30a (ENSDORG00000015416) #18	Filip1 (ENSDORG00000006350) #19	Senp6 (ENSDORG00000011733) #20	Myo6 (ENSDORG00000004222) #22	ENSDORG00000004225 #23	Htr1b (ENSDORG00000001316) #25	Mei4 (ENSDORG00000001690) #27	ENSDORG00000028872	ENSDORG00000024501	Irak1bp1 (ENSDORG00000024102) #30	Phip (ENSDORG00000012738) #31	Hmgn3 (ENSDORG00000012112) #33
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT01100000266454	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a.r ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	11										ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.bb.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	258										ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f.bb.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	429										ENSUPAG00010023032	COL12A1 (ENSUPAG00010023037) #17	ENSUPAG00010023081	TMEM30A (ENSUPAG00010023084) #18	FILIP1 (ENSUPAG00010023090) #19	SENP6 (ENSUPAG00010023098) #20	MYO6 (ENSUPAG00010023115) #22	IMPG1 (ENSUPAG00010023227) #23
Squirrel	MODERN SPECIES	388											COL12A1 (ENSSTOG00000002481) #17	ENSSTOG00000002536	TMEM30A (ENSSTOG00000002543) #18	FILIP1 (ENSSTOG00000022684) #19	SENP6 (ENSSTOG00000013337) #20	MYO6 (ENSSTOG00000025012) #22	IMPG1 (ENSSTOG00000014077) #23
Alpin marmot	MODERN SPECIES	2	TENT5A (ENSMMMG00000008000)	ENSMMMG00000007992	BCKDHB (ENSMMMG00000007961)	TTK (ENSMMMG00000007904)	ELOVL4 (ENSMMMG00000007894) #37	SH3BGRL2 (ENSMMMG00000007878) #35	ENSMMMG00000007865	ENSMMMG00000007848	ENSMMMG00000007837	COL12A1 (ENSMMMG00000007634) #17	ENSMMMG00000007621	TMEM30A (ENSMMMG00000007574) #18	FILIP1 (ENSMMMG00000007556) #19	ENSMMMG00000007547	SENP6 (ENSMMMG00000007505) #20	MYO6 (ENSMMMG00000006155) #22	IMPG1 (ENSMMMG00000006044) #23	ENSMMMG00000006020	ENSMMMG00000006015	HTR1B (ENSMMMG00000005994) #25
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	ENSSVLG00005008843 #7	ENSSVLG00005008820	DDX43 (ENSSVLG00005008735) #8	CGAS (ENSSVLG00005008686) #9	ENSSVLG00005008560 #10	ENSSVLG00005008471 ##12	SLC17A5 (ENSSVLG00005008448) #14	CD109 (ENSSVLG00005008389) #15	ENSSVLG00005008331	COL12A1 (ENSSVLG00005007966) #17	ENSSVLG00005007826	TMEM30A (ENSSVLG00005007677) #18	FILIP1 (ENSSVLG00005007573) #19	ENSSVLG00005007543	ENSSVLG00005007494 #20	MYO6 (ENSSVLG00005007369) #22	ENSSVLG00005007304	IMPG1 (ENSSVLG00005007176) #23	ENSSVLG00005007127	ENSSVLG00005007111	ENSSVLG00005007097	HTR1B (ENSSVLG00005007066) #25	ENSSVLG00005007055	MEI4 (ENSSVLG00005006998) #27	ENSSVLG00005006976	IRAK1BP1 (ENSSVLG00005006952) #30	PHIP (ENSSVLG00005006782) #31	HMGN3 (ENSSVLG00005006702) #33	LCA5 (ENSSVLG00005006608) #34	SH3BGRL2 (ENSSVLG00005006564) #35	ELOVL4 (ENSSVLG00005006524) #37
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	39														ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.b #18	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00390000018730.B
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	78														ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.b #18	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00390000018730.B
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	103												ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a.b #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00940000164915	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00940000159583
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	209	LGSN (ENSCLAG00000000757)	ENSCLAG00000000397	KHDRBS2 (ENSCLAG00000000509)	PRIM2 (ENSCLAG00000000564)	RAB23 (ENSCLAG00000000797)	ENSCLAG00000000781	ZNF451 (ENSCLAG00000000819)	ENSCLAG00000000987	BEND6 (ENSCLAG00000001119)	DST (ENSCLAG00000001478)	COX7A2 (ENSCLAG00000000425)	ENSCLAG00000000466 #18	FILIP1 (ENSCLAG00000000668) #19	ENSCLAG00000001980	SENP6 (ENSCLAG00000002196) #20	MYO6 (ENSCLAG00000001561) #22	IMPG1 (ENSCLAG00000001606) #23	HTR1B (ENSCLAG00000017665) #25	MEI4 (ENSCLAG00000003794) #27	IRAK1BP1 (ENSCLAG00000004073) #30	PHIP (ENSCLAG00000001369) #31	HMGN3 (ENSCLAG00000001928) #33	ENSCLAG00000017462	LCA5 (ENSCLAG00000002326) #34	SH3BGRL2 (ENSCLAG00000000842) #35	ELOVL4 (ENSCLAG00000000939) #37	ENSCLAG00000001161
Degu	MODERN SPECIES	102	CBR3 (ENSODEG00000003510)	DOP1B (ENSODEG00000003556)	MORC3 (ENSODEG00000003893)	CHAF1B (ENSODEG00000003979)	CLDN14 (ENSODEG00000019107)	ENSODEG00000004338	SIM2 (ENSODEG00000004360)	ENSODEG00000004414	ENSODEG00000004423	ENSODEG00000004437	ENSODEG00000019052	ENSODEG00000003926	ENSODEG00000003951 #18	FILIP1 (ENSODEG00000004023) #19	SENP6 (ENSODEG00000004215) #20	MYO6 (ENSODEG00000004585) #22	IMPG1 (ENSODEG00000004752) #23	ENSODEG00000019128	HTR1B (ENSODEG00000004895) #25	MEI4 (ENSODEG00000004184) #27	ENSODEG00000004202	IRAK1BP1 (ENSODEG00000004218) #30	ENSODEG00000004247 #31	ENSODEG00000004261	LCA5 (ENSODEG00000004406) #34	ENSODEG00000019022	ENSODEG00000004441 #35	ENSODEG00000004582	ELOVL4 (ENSODEG00000004597) #37	ENSODEG00000004627	ENSODEG00000019046 ##33
Guinea pig	MODERN SPECIES	4	ARMC5 (ENSCPOG00000010294)	TGFB1I1 (ENSCPOG00000007914)	SLC5A2 (ENSCPOG00000011533)	RUSF1 (ENSCPOG00000011538)	ENSCPOG00000003991	ENSCPOG00000010595 #9	MTO1 (ENSCPOG00000013100) #10	ENSCPOG00000004067 ##12	SLC17A5 (ENSCPOG00000004069) #14	CD109 (ENSCPOG00000007568) #15	COL12A1 (ENSCPOG00000014388) #17	COX7A2 (ENSCPOG00000040353)	ENSCPOG00000030167 #18	FILIP1 (ENSCPOG00000012736) #19	SENP6 (ENSCPOG00000033810) #20	MYO6 (ENSCPOG00000007009) #22	IMPG1 (ENSCPOG00000007022) #23	HTR1B (ENSCPOG00000000103) #25	MEI4 (ENSCPOG00000022878) #27	ENSCPOG00000026381 #30	PHIP (ENSCPOG00000006709) #31	HMGN3 (ENSCPOG00000012407) #33	LCA5 (ENSCPOG00000005542) #34	SH3BGRL2 (ENSCPOG00000036088) #35	ELOVL4 (ENSCPOG00000006067) #37	ENSCPOG00000036238	ENSCPOG00000035296 #18	KCNQ5 (ENSCPOG00000000120)	ENSCPOG00000031167	ENSCPOG00000030138	ENSCPOG00000040107
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	14	ENSHGLG00000019854	ENSHGLG00000042022	ENSHGLG00000048564	ENSHGLG00000046785	ENSHGLG00000000933 #17	ENSHGLG00000041994	COX7A2 (ENSHGLG00000001808)	ENSHGLG00000001859 #18	ENSHGLG00000000822	ENSHGLG00000044901	FILIP1 (ENSHGLG00000001478) #19	ENSHGLG00000019916	ENSHGLG00000032414	ENSHGLG00000041434	SENP6 (ENSHGLG00000001854) #20	MYO6 (ENSHGLG00000002338) #22	ENSHGLG00000037125	IMPG1 (ENSHGLG00000009293) #23	ENSHGLG00000047637	HTR1B (ENSHGLG00000045742) #25	ENSHGLG00000002589 #27	ENSHGLG00000040574	ENSHGLG00000035419	ENSHGLG00000002796 #30	ENSHGLG00000001086 #31	ENSHGLG00000001693 #33	LCA5 (ENSHGLG00000043561) #34	SH3BGRL2 (ENSHGLG00000002351) #35	ELOVL4 (ENSHGLG00000001230) #37	ENSHGLG00000048446	ENSHGLG00000045117
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.A ##12	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a ##12	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a ##12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT01050000244986.b.b.b.b #28	ENSGT00940000156277
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a ##12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT01050000244986.b.b.b.b #28	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Suina	ANCESTRAL SPECIES	18					ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Pig	MODERN SPECIES		ENSSSCG00000052345	ENSSSCG00000055610	ENSSSCG00000059924	ENSSSCG00000033160	CGAS (ENSSSCG00000021383) #9	MTO1 (ENSSSCG00000004487) #10	ENSSSCG00000004489 ##12	SLC17A5 (ENSSSCG00000004486) #14	CD109 (ENSSSCG00000004485) #15	ENSSSCG00000053516	COL12A1 (ENSSSCG00000004484) #17	COX7A2 (ENSSSCG00000004480)	TMEM30A (ENSSSCG00000033155) #18	FILIP1 (ENSSSCG00000004479) #19	SENP6 (ENSSSCG00000020702) #20	MYO6 (ENSSSCG00000004478) #22	IMPG1 (ENSSSCG00000004477) #23	HTR1B (ENSSSCG00000004475) #25	MEI4 (ENSSSCG00000034152) #27	IRAK1BP1 (ENSSSCG00000004472) #30	ENSSSCG00000049571	PHIP (ENSSSCG00000004473) #31	HMGN3 (ENSSSCG00000004470) #33	ENSSSCG00000046076	LCA5 (ENSSSCG00000004469) #34	SH3BGRL2 (ENSSSCG00000032015) #35	ELOVL4 (ENSSSCG00000028080) #37	TTK (ENSSSCG00000004466)	BCKDHB (ENSSSCG00000004465)	ENSSSCG00000046535	TENT5A (ENSSSCG00000004464)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	62		ENSCWAG00000008588	ENSCWAG00000008448	ENSCWAG00000008430	CGAS (ENSCWAG00000008377) #9	MTO1 (ENSCWAG00000008241) #10	EEF1A1 (ENSCWAG00000008166) #12	SLC17A5 (ENSCWAG00000008098) #14	CD109 (ENSCWAG00000007850) #15	ENSCWAG00000007789	COL12A1 (ENSCWAG00000016907) #17	ENSCWAG00000016813	TMEM30A (ENSCWAG00000016730) #18	FILIP1 (ENSCWAG00000016622) #19	SENP6 (ENSCWAG00000016440) #20	MYO6 (ENSCWAG00000014070) #22	IMPG1 (ENSCWAG00000013692) #23
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a ##12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT01050000244986.b.b.b.b #28	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a ##12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT01050000244986.b.b.b.b #28	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157.g.a #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT01040000241005	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157.g.a #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT01040000241005	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
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Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097.h.b.a	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157.g.a #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT01040000241005	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097.h.b.a	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00950000182909.b.b.b.e	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157.g.a #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT01040000241005	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277
Narwhal	MODERN SPECIES	301	DPPA5 (ENSMMNG00015018758)	KHDC3L (ENSMMNG00015018781) #7	ENSMMNG00015018801	ENSMMNG00015018822	CGAS (ENSMMNG00015018886) #9	MTO1 (ENSMMNG00015018939) #10	ENSMMNG00015018976 ##12	SLC17A5 (ENSMMNG00015019025) #14	CD109 (ENSMMNG00015019089) #15	ENSMMNG00015019164	COL12A1 (ENSMMNG00015020073) #17	ENSMMNG00015021598	TMEM30A (ENSMMNG00015021614) #18	FILIP1 (ENSMMNG00015021639) #19	SENP6 (ENSMMNG00015021664) #20	MYO6 (ENSMMNG00015021711) #22	IMPG1 (ENSMMNG00015021769) #23	HTR1B (ENSMMNG00015021791) #25	MEI4 (ENSMMNG00015021797) #27	ENSMMNG00015021804	IRAK1BP1 (ENSMMNG00015021809) #30	PHIP (ENSMMNG00015021816) #31	HMGN3 (ENSMMNG00015021834) #33	LCA5 (ENSMMNG00015021836) #34	ENSMMNG00015021842 #35	ELOVL4 (ENSMMNG00015021845) #37	TTK (ENSMMNG00015021853)	BCKDHB (ENSMMNG00015021866)	ENSMMNG00015021875	PIP4P2 (ENSMMNG00015021881)	TENT5A (ENSMMNG00015021884)
Beluga whale	MODERN SPECIES	1	KCNQ5 (ENSDLEG00000004241)	KHDC3L (ENSDLEG00000004220) #7	ENSDLEG00000004215	ENSDLEG00000004208	MB21D1 (ENSDLEG00000004204) #9	MTO1 (ENSDLEG00000004196) #10	EEF1A1 (ENSDLEG00000004186) ##12	SLC17A5 (ENSDLEG00000004174) #14	CD109 (ENSDLEG00000003996) #15	ENSDLEG00000003964	COL12A1 (ENSDLEG00000003318) #17	ENSDLEG00000003178	TMEM30A (ENSDLEG00000003156) #18	FILIP1 (ENSDLEG00000003138) #19	SENP6 (ENSDLEG00000002695) #20	MYO6 (ENSDLEG00000002587) #22	IMPG1 (ENSDLEG00000002533) #23	HTR1B (ENSDLEG00000002516) #25	ENSDLEG00000002506	IRAK1BP1 (ENSDLEG00000002494) #30	PHIP (ENSDLEG00000001386) #31	HMGN3 (ENSDLEG00000001251) #33	LCA5 (ENSDLEG00000001234) #34	ENSDLEG00000001213 #35	ELOVL4 (ENSDLEG00000001200) #37	TTK (ENSDLEG00000001116)	BCKDHB (ENSDLEG00000001062)	ENSDLEG00000001032	FAM46A (ENSDLEG00000001008)	ENSDLEG00000000996	IBTK (ENSDLEG00000000959)
Vaquita	MODERN SPECIES	3	ENSPSNG00000017669	DPPA5 (ENSPSNG00000017626)	ENSPSNG00000017518 #7	ENSPSNG00000017460	ENSPSNG00000017421	CGAS (ENSPSNG00000017365) #9	MTO1 (ENSPSNG00000017236) #10	ENSPSNG00000017147 ##12	SLC17A5 (ENSPSNG00000017062) #14	CD109 (ENSPSNG00000012621) #15	COL12A1 (ENSPSNG00000011498) #17	ENSPSNG00000011260	TMEM30A (ENSPSNG00000011113) #18	FILIP1 (ENSPSNG00000010913) #19	SENP6 (ENSPSNG00000010770) #20	MYO6 (ENSPSNG00000010535) #22	IMPG1 (ENSPSNG00000010066) #23	HTR1B (ENSPSNG00000010001) #25	MEI4 (ENSPSNG00000009926) #27	IRAK1BP1 (ENSPSNG00000009861) #30	PHIP (ENSPSNG00000009757) #31	HMGN3 (ENSPSNG00000009951) #33	LCA5 (ENSPSNG00000009858) #34	ELOVL4 (ENSPSNG00000009784) #37	TTK (ENSPSNG00000009607)	BCKDHB (ENSPSNG00000009418)	ENSPSNG00000009304	ENSPSNG00000009167	TENT5A (ENSPSNG00000009114)	IBTK (ENSPSNG00000008931)	TPBG (ENSPSNG00000008751)
Dolphin	MODERN SPECIES	3470															SENP6 (ENSTTRG00000015966) #20	MYO6 (ENSTTRG00000015971) #22	IMPG1 (ENSTTRG00000015972) #23
Sperm whale	MODERN SPECIES	1	ENSPCTG00005022250 #7	OOEP (ENSPCTG00005022255)	DDX43 (ENSPCTG00005022263) #8	CGAS (ENSPCTG00005022275) #9	MTO1 (ENSPCTG00005022283) #10	EEF1A1 (ENSPCTG00005022294) #12	SLC17A5 (ENSPCTG00005022302) #14	CD109 (ENSPCTG00005022320) #15	ENSPCTG00005022345	ENSPCTG00005022347	COL12A1 (ENSPCTG00005022379) #17	ENSPCTG00005022444	TMEM30A (ENSPCTG00005022447) #18	FILIP1 (ENSPCTG00005022453) #19	SENP6 (ENSPCTG00005022459) #20	MYO6 (ENSPCTG00005022482) #22	IMPG1 (ENSPCTG00005022490) #23	MEI4 (ENSPCTG00005022494) #27	ENSPCTG00005022496	IRAK1BP1 (ENSPCTG00005000488) #30
Blue whale	MODERN SPECIES	3	DDX43 (ENSBMSG00010016877) #8	ENSBMSG00010016861	CGAS (ENSBMSG00010016770) #9	MTO1 (ENSBMSG00010016724) #10	ENSBMSG00010016674 ##12	SLC17A5 (ENSBMSG00010016640) #14	CD109 (ENSBMSG00010016534) #15	ENSBMSG00010016500	ENSBMSG00010016479	ENSBMSG00010016468	COL12A1 (ENSBMSG00010016088) #17	ENSBMSG00010015938	TMEM30A (ENSBMSG00010015805) #18	FILIP1 (ENSBMSG00010015706) #19	SENP6 (ENSBMSG00010015609) #20	MYO6 (ENSBMSG00010015279) #22	IMPG1 (ENSBMSG00010015013) #23	HTR1B (ENSBMSG00010014962) #25	MEI4 (ENSBMSG00010014940) #27	ENSBMSG00010014910	IRAK1BP1 (ENSBMSG00010014893) #30	PHIP (ENSBMSG00010014858) #31	HMGN3 (ENSBMSG00010014805) #33	LCA5 (ENSBMSG00010014743) #34	ENSBMSG00010014719 #35	ELOVL4 (ENSBMSG00010014673) #37	TTK (ENSBMSG00010014603)	BCKDHB (ENSBMSG00010014540)	ENSBMSG00010014511	ENSBMSG00010014491	TENT5A (ENSBMSG00010014385)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.A ##12	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a ##12	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a.a.b.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT01050000244986.b.b.b.b.b.b #28	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a.a.b.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT01100000265064	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	33						ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a.a.b.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00390000018570.a.h	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00940000164915	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT01100000265064
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	24						ENSOARG00020020006 #9	MTO1 (ENSOARG00020020228) #10	ENSOARG00020020554 ##12	SLC17A5 (ENSOARG00020020626) #14	CD109 (ENSOARG00020020955) #15	COL12A1 (ENSOARG00020010010) #17	ENSOARG00020012134	TMEM30A (ENSOARG00020012208) #18	FILIP1 (ENSOARG00020012409) #19	SENP6 (ENSOARG00020012532) #20	MYO6 (ENSOARG00020013312) #22	IMPG1 (ENSOARG00020013908) #23	ENSOARG00020014128	HTR1B (ENSOARG00020014195) #25	IRAK1BP1 (ENSOARG00020014232) #30	PHIP (ENSOARG00020014287) #31	HMGN3 (ENSOARG00020014671) #33	SH3BGRL2 (ENSOARG00020014825) #35	ELOVL4 (ENSOARG00020014877) #37	TTK (ENSOARG00020014923)	BCKDHB (ENSOARG00020015183)	TENT5A (ENSOARG00020015278)	IBTK (ENSOARG00020015424)	TPBG (ENSOARG00020015750)	UBE3D (ENSOARG00020015817)	DOP1A (ENSOARG00020015929)
Goat	MODERN SPECIES	28					CGAS (ENSCHIG00000018397) #9	MTO1 (ENSCHIG00000014134) #10	ENSCHIG00000010087 #12	SLC17A5 (ENSCHIG00000002917) #14	CD109 (ENSCHIG00000022242) #15	ENSCHIG00000019183	COL12A1 (ENSCHIG00000019062) #17	ENSCHIG00000016010	TMEM30A (ENSCHIG00000023159) #18	FILIP1 (ENSCHIG00000019437) #19	SENP6 (ENSCHIG00000009406) #20	MYO6 (ENSCHIG00000018457) #22	IMPG1 (ENSCHIG00000008626) #23	ENSCHIG00000020561	HTR1B (ENSCHIG00000008916) #25	ENSCHIG00000009645	MEI4 (ENSCHIG00000016616) #27	IRAK1BP1 (ENSCHIG00000018136) #30	PHIP (ENSCHIG00000009356) #31	ENSCHIG00000026635	LCA5 (ENSCHIG00000023136) #34	SH3BGRL2 (ENSCHIG00000022115) #35	ELOVL4 (ENSCHIG00000017259) #37	TTK (ENSCHIG00000010109)	BCKDHB (ENSCHIG00000006319)	TENT5A (ENSCHIG00000024262)	ENSCHIG00000014025
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000154915.mb.a.b	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT01100000265064
American bison	MODERN SPECIES	3276							ENSBBBG00000023388	ENSBBBG00000023393	ENSBBBG00000006122	ENSBBBG00000006123	COL12A1 (ENSBBBG00000008642) #17	ENSBBBG00000024128	TMEM30A (ENSBBBG00000006288) #18	FILIP1 (ENSBBBG00000008820) #19	SENP6 (ENSBBBG00000024359) #20	MYO6 (ENSBBBG00000025149) #22	IMPG1 (ENSBBBG00000025343) #23	ENSBBBG00000025384	HTR1B (ENSBBBG00000006724) #25	MEI4 (ENSBBBG00000025407) #27	ENSBBBG00000006744	IRAK1BP1 (ENSBBBG00000006752) #30	PHIP (ENSBBBG00000012882) #31	HMGN3 (ENSBBBG00000002546) #33	LCA5 (ENSBBBG00000012909) #34	SH3BGRL2 (ENSBBBG00000012917) #35	ENSBBBG00000002553	ELOVL4 (ENSBBBG00000012937) #37	ENSBBBG00000002559	ENSBBBG00000002560	ENSBBBG00000012947
Bos	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724.i #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00390000005254.i.a.a.a.b	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000154915.mb.a.b	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724.i #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00390000005254.i.a.a.a.b	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000154915.mb.a.b	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191
Wild yak	MODERN SPECIES	758																MYO6 (ENSBMUG00000013403) #22	IMPG1 (ENSBMUG00000015314) #23
Domestic yak	MODERN SPECIES	1	KCNQ5 (ENSBGRG00000009774)	ENSBGRG00000009633 #7	ENSBGRG00000009579	ENSBGRG00000009400	CGAS (ENSBGRG00000009337) #9	MTO1 (ENSBGRG00000009205) #10	EEF1A1 (ENSBGRG00000009070) #12	SLC17A5 (ENSBGRG00000008882) #14	CD109 (ENSBGRG00000007902) #15	ENSBGRG00000007839	COL12A1 (ENSBGRG00000006189) #17	ENSBGRG00000006074	TMEM30A (ENSBGRG00000005958) #18	FILIP1 (ENSBGRG00000005876) #19	SENP6 (ENSBGRG00000005342) #20	MYO6 (ENSBGRG00000004931) #22	IMPG1 (ENSBGRG00000004826) #23	ENSBGRG00000004810	HTR1B (ENSBGRG00000004799) #25	MEI4 (ENSBGRG00000004738) #27	IRAK1BP1 (ENSBGRG00000004671) #30	PHIP (ENSBGRG00000004460) #31	ENSBGRG00000004306	ENSBGRG00000004232 #34	SH3BGRL2 (ENSBGRG00000004217) #35	ENSBGRG00000004196	ELOVL4 (ENSBGRG00000004114) #37	TTK (ENSBGRG00000003901)	BCKDHB (ENSBGRG00000003847)	ENSBGRG00000003829	TENT5A (ENSBGRG00000003767)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000158351.v.b.b	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a.a.b.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d	ENSGT00940000155724.i #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00390000005254.i.a.a.a.b	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000154915.mb.a.a	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277
Cow	MODERN SPECIES	28	OOEP (ENSBTAG00000019600)	ENSBTAG00000021814	CGAS (ENSBTAG00000000892) #9	MTO1 (ENSBTAG00000016839) #10	EEF1A1 (ENSBTAG00000014534) ##12	SLC17A5 (ENSBTAG00000044053) #14	CD109 (ENSBTAG00000013222) #15	ENSBTAG00000054709	ENSBTAG00000053911	COL12A1 (ENSBTAG00000020056) #17	COX7A2 (ENSBTAG00000005096)	TMEM30A (ENSBTAG00000005100) #18	FILIP1 (ENSBTAG00000000053) #19	ENSBTAG00000032382	SENP6 (ENSBTAG00000005869) #20	MYO6 (ENSBTAG00000016751) #22	IMPG1 (ENSBTAG00000021175) #23	ENSBTAG00000016391	HTR1B (ENSBTAG00000037429) #25	MEI4 (ENSBTAG00000054151) #27	ENSBTAG00000034662	IRAK1BP1 (ENSBTAG00000020825) #30	PHIP (ENSBTAG00000024688) #31	ENSBTAG00000052031	ENSBTAG00000048976	LCA5 (ENSBTAG00000043950) #34	SH3BGRL2 (ENSBTAG00000055014) #35	ELOVL4 (ENSBTAG00000015498) #37	TTK (ENSBTAG00000005456)	BCKDHB (ENSBTAG00000012096)	TENT5A (ENSBTAG00000000995)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	28	OOEP (ENSBIXG00005015674)	ENSBIXG00005015655	ENSBIXG00005015639	CGAS (ENSBIXG00005015608) #9	MTO1 (ENSBIXG00005015597) #10	EEF1A1 (ENSBIXG00005015547) #12	SLC17A5 (ENSBIXG00005015518) #14	CD109 (ENSBIXG00005002279) #15	ENSBIXG00005015368	COL12A1 (ENSBIXG00005015265) #17	TMEM30A (ENSBIXG00005014933) #18	ENSBIXG00005007540	FILIP1 (ENSBIXG00005014816) #19	ENSBIXG00005002089	ENSBIXG00005014745 #20	MYO6 (ENSBIXG00005014655) #22	ENSBIXG00005006341	IMPG1 (ENSBIXG00005014572) #23	ENSBIXG00005014555 #28	ENSBIXG00005014540	HTR1B (ENSBIXG00005005419) #25	MEI4 (ENSBIXG00005014504) #27	ENSBIXG00005014467	ENSBIXG00005001941	ENSBIXG00005014458	IRAK1BP1 (ENSBIXG00005001929) #30	PHIP (ENSBIXG00005014424) #31	HMGN3 (ENSBIXG00005014355) #33	ENSBIXG00005014277 ##12	LCA5 (ENSBIXG00005014266) #34	SH3BGRL2 (ENSBIXG00005014226) #35
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	54				CGAS (ENSMMSG00000001055) #9	ENSMMSG00000001075	MTO1 (ENSMMSG00000001090) #10	ENSMMSG00000001122 ##12	SLC17A5 (ENSMMSG00000001151) #14	CD109 (ENSMMSG00000001208) #15	ENSMMSG00000001281	COL12A1 (ENSMMSG00000001435) #17	ENSMMSG00000002619	TMEM30A (ENSMMSG00000002637) #18	FILIP1 (ENSMMSG00000002667) #19	SENP6 (ENSMMSG00000002705) #20	MYO6 (ENSMMSG00000002820) #22	IMPG1 (ENSMMSG00000002976) #23	ENSMMSG00000003024	HTR1B (ENSMMSG00000003037) #25	MEI4 (ENSMMSG00000003047) #27	IRAK1BP1 (ENSMMSG00000003065) #30	PHIP (ENSMMSG00000003088) #31	HMGN3 (ENSMMSG00000003121) #33	ENSMMSG00000003149	LCA5 (ENSMMSG00000003161) #34	SH3BGRL2 (ENSMMSG00000000083) #35	ELOVL4 (ENSMMSG00000000111) #37	TTK (ENSMMSG00000000162)	BCKDHB (ENSMMSG00000000206)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	20	OOEP (ENSCHYG00000021050)	KHDC3L (ENSCHYG00000021116) #7	ENSCHYG00000021170	KCNQ5 (ENSCHYG00000021333)	CGAS (ENSCHYG00000023472) #9	MTO1 (ENSCHYG00000023513) #10	ENSCHYG00000023575 ##12	SLC17A5 (ENSCHYG00000023670) #14	CD109 (ENSCHYG00000023895) #15	ENSCHYG00000024388	COL12A1 (ENSCHYG00000024520) #17	ENSCHYG00000025429	TMEM30A (ENSCHYG00000025455) #18	FILIP1 (ENSCHYG00000025519) #19	SENP6 (ENSCHYG00000025652) #20	MYO6 (ENSCHYG00000025820) #22	ENSCHYG00000025974	IMPG1 (ENSCHYG00000026013) #23	ENSCHYG00000026165	HTR1B (ENSCHYG00000026182) #25	ENSCHYG00000026188 #28	MEI4 (ENSCHYG00000026200) #27	ENSCHYG00000026204	IRAK1BP1 (ENSCHYG00000026223) #30	PHIP (ENSCHYG00000026244) #31	ENSCHYG00000026336 #33	LCA5 (ENSCHYG00000026364) #34	SH3BGRL2 (ENSCHYG00000026371) #35	ELOVL4 (ENSCHYG00000026383) #37	TTK (ENSCHYG00000026401)	BCKDHB (ENSCHYG00000026473)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	26											ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Arabian camel	MODERN SPECIES	34	PTP4A1 (ENSCDRG00005020789)	LGSN (ENSCDRG00005020776)	ENSCDRG00005020766	ENSCDRG00005020763	ENSCDRG00005020762	ENSCDRG00005020757	ENSCDRG00005020749	ENSCDRG00005020742	ENSCDRG00005020738	ENSCDRG00005020689	COL12A1 (ENSCDRG00005020641) #17	COX7A2 (ENSCDRG00005020619)	TMEM30A (ENSCDRG00005020603) #18	FILIP1 (ENSCDRG00005020589) #19	SENP6 (ENSCDRG00005020561) #20	MYO6 (ENSCDRG00005020355) #22	IMPG1 (ENSCDRG00005020278) #23	HTR1B (ENSCDRG00005020265) #25	MEI4 (ENSCDRG00005020254) #27	IRAK1BP1 (ENSCDRG00005020245) #30	PHIP (ENSCDRG00005007551) #31	HMGN3 (ENSCDRG00005007299) #33	LCA5 (ENSCDRG00005007255) #34	ENSCDRG00005007228 #35	ELOVL4 (ENSCDRG00005007188) #37	TTK (ENSCDRG00005006825)	BCKDHB (ENSCDRG00005006787)	TENT5A (ENSCDRG00005006725)	IBTK (ENSCDRG00005006444)	TPBG (ENSCDRG00005006420)	ENSCDRG00005006408
Alpaca	MODERN SPECIES	3575											COL12A1 (ENSVPAG00000011088) #17	COX7A2 (ENSVPAG00000011089)	TMEM30A (ENSVPAG00000011091) #18	FILIP1 (ENSVPAG00000011093) #19	SENP6 (ENSVPAG00000011094) #20	MYO6 (ENSVPAG00000011095) #22	IMPG1 (ENSVPAG00000011096) #23	MEI4 (ENSVPAG00000011098) #27
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00960000188409
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00400000024746	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00960000188409	ENSGT00940000154868.a.a
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154353.B.`b	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00940000172381	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00960000188409
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154353.B.`b	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a.x ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00940000172381	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00960000188409
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	99	ENSGT00940000158473	ENSGT00940000161388	ENSGT00940000156283	ENSGT00390000008373	ENSGT00940000156638	ENSGT00940000157684	ENSGT00390000004803	ENSGT00950000183032.B.b.b	ENSGT00940000161275	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.a.a.c.l	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.a.a.d.b.v	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00940000172381	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191
American mink	MODERN SPECIES	65	UST (ENSNVIG00000022052)	TAB2 (ENSNVIG00000022059)	ENSNVIG00000022072	PPIL4 (ENSNVIG00000022079)	GINM1 (ENSNVIG00000022101)	KTNA1 (ENSNVIG00000022114)	LATS1 (ENSNVIG00000022148)	NUP43 (ENSNVIG00000022162)	PCMT1 (ENSNVIG00000022184)	ENSNVIG00000022205	ENSNVIG00000022225	ENSNVIG00000022240	CC50A (ENSNVIG00000022263) #18	FILIP1 (ENSNVIG00000022282) #19	SENP6 (ENSNVIG00000022305) #20	MYO6 (ENSNVIG00000022385) #22	ENSNVIG00000022586	IMPG1 (ENSNVIG00000022598) #23	ENSNVIG00000022634	HTR1B (ENSNVIG00000022638) #25	MEI4 (ENSNVIG00000022645) #27	ENSNVIG00000022649	ENSNVIG00000022651	IRAK1BP1 (ENSNVIG00000022653) #30	PHIP (ENSNVIG00000022663) #31	HMGN3 (ENSNVIG00000022683) #33	LCA5 (ENSNVIG00000022698) #34	SH3L2 (ENSNVIG00000022707) #35	ELOV4 (ENSNVIG00000022709) #37	TTK (ENSNVIG00000022712)	BCKDHB (ENSNVIG00000022741)
Ferret	MODERN SPECIES	198	ENSMPUG00000018066	TAB2 (ENSMPUG00000018067)	ENSMPUG00000018072	PPIL4 (ENSMPUG00000018073)	GINM1 (ENSMPUG00000018074)	KATNA1 (ENSMPUG00000018075)	LATS1 (ENSMPUG00000018076)	NUP43 (ENSMPUG00000018077)	PCMT1 (ENSMPUG00000018078)	LRP11 (ENSMPUG00000018079)	ENSMPUG00000018080	ENSMPUG00000018081	TMEM30A (ENSMPUG00000018083) #18	FILIP1 (ENSMPUG00000018084) #19	SENP6 (ENSMPUG00000018085) #20	MYO6 (ENSMPUG00000018086) #22	IMPG1 (ENSMPUG00000018087) #23	HTR1B (ENSMPUG00000018381) #25	MEI4 (ENSMPUG00000018088) #27	IRAK1BP1 (ENSMPUG00000018089) #30	PHIP (ENSMPUG00000018090) #31	ENSMPUG00000018091	HMGN3 (ENSMPUG00000018092) #33	LCA5 (ENSMPUG00000018093) #34	SH3BGRL2 (ENSMPUG00000018094) #35	ELOVL4 (ENSMPUG00000018095) #37	TTK (ENSMPUG00000018096)	BCKDHB (ENSMPUG00000018097)	TENT5A (ENSMPUG00000018098)
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000154353.B.`b	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a.x ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00940000172381	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000176100	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	95	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000165345	ENSGT00940000168678	ENSGT00940000154353.B.`b	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.a.x ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00940000172381	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000176100	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00950000183095.a.b.a.b.a.g	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00390000016356.a.b	ENSGT00940000156533.b
American black bear	MODERN SPECIES	852															SENP6 (ENSUAMG00000028320) #20	MYO6 (ENSUAMG00000028322) #22
Polar bear	MODERN SPECIES	117	ENSUMAG00000012267	DPPA5 (ENSUMAG00000012276)	KHDC3L (ENSUMAG00000012278) #7	OOEP (ENSUMAG00000012283)	ENSUMAG00000012291	ENSUMAG00000012301	MTO1 (ENSUMAG00000012307) #10	ENSUMAG00000012312 ##12	SLC17A5 (ENSUMAG00000012317) #14	CD109 (ENSUMAG00000012341) #15	COL12A1 (ENSUMAG00000012583) #17	COX7A2 (ENSUMAG00000013642)	TMEM30A (ENSUMAG00000013645) #18	FILIP1 (ENSUMAG00000013648) #19	SENP6 (ENSUMAG00000013661) #20	MYO6 (ENSUMAG00000013807) #22	IMPG1 (ENSUMAG00000015416) #23	ENSUMAG00000015486	HTR1B (ENSUMAG00000015515) #25	MEI4 (ENSUMAG00000015560) #27	ENSUMAG00000015578	IRAK1BP1 (ENSUMAG00000015580) #30	PHIP (ENSUMAG00000015736) #31	HMGN3 (ENSUMAG00000016702) #33	LCA5 (ENSUMAG00000016709) #34	SH3BGRL2 (ENSUMAG00000016721) #35	ENSUMAG00000016722	ELOVL4 (ENSUMAG00000016728) #37	TTK (ENSUMAG00000016731)	ENSUMAG00000016735	BCKDHB (ENSUMAG00000016743)
Giant Panda	MODERN SPECIES	10	ENSAMEG00000028704 #7	OOEP (ENSAMEG00000007880)	ENSAMEG00000007851	CGAS (ENSAMEG00000023979) #9	MTO1 (ENSAMEG00000007806) #10	ENSAMEG00000026819	SLC17A5 (ENSAMEG00000007742) #14	CD109 (ENSAMEG00000007712) #15	ENSAMEG00000030122	ENSAMEG00000024225	COL12A1 (ENSAMEG00000014368) #17	COX7A2 (ENSAMEG00000014453)	TMEM30A (ENSAMEG00000014460) #18	FILIP1 (ENSAMEG00000014484) #19	SENP6 (ENSAMEG00000016720) #20	MYO6 (ENSAMEG00000016664) #22	IMPG1 (ENSAMEG00000016653) #23	ENSAMEG00000031110	ENSAMEG00000025079	HTR1B (ENSAMEG00000019602) #25	MEI4 (ENSAMEG00000009728) #27	ENSAMEG00000026473	ENSAMEG00000029235	IRAK1BP1 (ENSAMEG00000012945) #30	PHIP (ENSAMEG00000012897) #31	HMGN3 (ENSAMEG00000011031) #33	LCA5 (ENSAMEG00000024167) #34	ENSAMEG00000030465 #35	ENSAMEG00000030036	ELOVL4 (ENSAMEG00000012763) #37	TTK (ENSAMEG00000012771)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154353.B.`b	ENSGT00940000162601.s #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00960000188126	ENSGT00940000154868.a.a
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162601.s #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229.b	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.j ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00390000001319.pb	ENSGT00940000154550.a.e.a.d.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00960000189784	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00960000188126
Dog	MODERN SPECIES	3	CGAS (ENSCAFG00845012039) #9	MTO1 (ENSCAFG00845012090) #10	EEF1A1 (ENSCAFG00845012150) ##12	SLC17A5 (ENSCAFG00845012197) #14	CD109 (ENSCAFG00845012354) #15	ENSCAFG00845012785	COL12A1 (ENSCAFG00845012985) #17	ENSCAFG00845013382	ENSCAFG00845013391	ENSCAFG00845013409	ENSCAFG00845007358	ENSCAFG00845007548	TMEM30A (ENSCAFG00845007678) #18	FILIP1 (ENSCAFG00845007846) #19	ENSCAFG00845007913 #20	MYO6 (ENSCAFG00845008090) #22	ENSCAFG00845008278 #20	ENSCAFG00845008350	IMPG1 (ENSCAFG00845008408) #23	ENSCAFG00845008599	ENSCAFG00845008633	HTR1B (ENSCAFG00845008653) #25	MEI4 (ENSCAFG00845008694) #27	RPL37 (ENSCAFG00845008734)	IRAK1BP1 (ENSCAFG00845008821) #30	PHIP (ENSCAFG00845008879) #31	HMGN3 (ENSCAFG00845008994) #33	LCA5 (ENSCAFG00845009129) #34	ENSCAFG00845009189 #35	ELOVL4 (ENSCAFG00845009234) #37	TTK (ENSCAFG00845009329)
Dingo	MODERN SPECIES	370	ENSCAFG00020010018	ENSCAFG00020010020 #7	OOEP (ENSCAFG00020010023)	ENSCAFG00020010029	CGAS (ENSCAFG00020010035) #9	MTO1 (ENSCAFG00020010043) #10	SLC17A5 (ENSCAFG00020010051) #14	CD109 (ENSCAFG00020010059) #15	ENSCAFG00020010371	COL12A1 (ENSCAFG00020010384) #17	ENSCAFG00020010663	ENSCAFG00020010664	TMEM30A (ENSCAFG00020010667) #18	FILIP1 (ENSCAFG00020010672) #19	SENP6 (ENSCAFG00020010681) #20	MYO6 (ENSCAFG00020010746) #22	ENSCAFG00020012028	IMPG1 (ENSCAFG00020012039) #23	ENSCAFG00020012087	HTR1B (ENSCAFG00020012099) #25	MEI4 (ENSCAFG00020012119) #27	ENSCAFG00020012134	ENSCAFG00020012138	ENSCAFG00020012153	IRAK1BP1 (ENSCAFG00020012158) #30	PHIP (ENSCAFG00020012198) #31	ENSCAFG00020012526 #33	ENSCAFG00020012530	LCA5 (ENSCAFG00020012549) #34	ENSCAFG00020012555 #35	ELOVL4 (ENSCAFG00020012560) #37
Red fox	MODERN SPECIES	64	ENSVVUG00000013894	ENSVVUG00000013898 #7	ENSVVUG00000013901	DDX43 (ENSVVUG00000013908)	CGAS (ENSVVUG00000013922) #9	MTO1 (ENSVVUG00000013926) #10	ENSVVUG00000013930	SLC17A5 (ENSVVUG00000013934) #14	CD109 (ENSVVUG00000013948) #15	ENSVVUG00000013998	COL12A1 (ENSVVUG00000014007) #17	ENSVVUG00000014077	TMEM30A (ENSVVUG00000014078) #18	FILIP1 (ENSVVUG00000014093) #19	SENP6 (ENSVVUG00000014116) #20	MYO6 (ENSVVUG00000014229) #22	IMPG1 (ENSVVUG00000015999) #23	ENSVVUG00000016016	ENSVVUG00000016021	HTR1B (ENSVVUG00000016034) #25	MEI4 (ENSVVUG00000016043) #27	ENSVVUG00000016055	IRAK1BP1 (ENSVVUG00000016082) #30	PHIP (ENSVVUG00000016183) #31	HMGN3 (ENSVVUG00000019173) #33	LCA5 (ENSVVUG00000019184) #34	ENSVVUG00000019190 #35	ELOVL4 (ENSVVUG00000019199) #37	TTK (ENSVVUG00000019206)	BCKDHB (ENSVVUG00000019223)	TENT5A (ENSVVUG00000019239)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT01040000241919	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000163409	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000154194.u.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT01040000241919	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000163409	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000154194.u.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Tiger	MODERN SPECIES	319	DPPA5 (ENSPTIG00000016742)	KHDC3L (ENSPTIG00000017035) #7	OOEP (ENSPTIG00000017366)	ENSPTIG00000017842	CGAS (ENSPTIG00000020140) #9	MTO1 (ENSPTIG00000001836) #10	ENSPTIG00000007871 #12	SLC17A5 (ENSPTIG00000012062) #14	CD109 (ENSPTIG00000012445) #15	COL12A1 (ENSPTIG00000021337) #17	COX7A2 (ENSPTIG00000002276)	TMEM30A (ENSPTIG00000006144) #18	FILIP1 (ENSPTIG00000009205) #19	SENP6 (ENSPTIG00000011844) #20	ENSPTIG00000000742	MYO6 (ENSPTIG00000019124) #22	IMPG1 (ENSPTIG00000020524) #23	HTR1B (ENSPTIG00000001714) #25	MEI4 (ENSPTIG00000008324) #27	IRAK1BP1 (ENSPTIG00000008985) #30	PHIP (ENSPTIG00000016313) #31	HMGN3 (ENSPTIG00000020090) #33	LCA5 (ENSPTIG00000021880) #34	SH3BGRL2 (ENSPTIG00000022050) #35	ELOVL4 (ENSPTIG00000022061) #37	TTK (ENSPTIG00000022073)	BCKDHB (ENSPTIG00000005064)	ENSPTIG00000008243	TENT5A (ENSPTIG00000008656)	IBTK (ENSPTIG00000009265)	TPBG (ENSPTIG00000002979)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000164259 #8	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT01040000241919	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000163409	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000154194.u.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
leopard	MODERN SPECIES	8									ENSPPRG00000017367	COL12A1 (ENSPPRG00000010756) #17	COX7A2 (ENSPPRG00000022374)	TMEM30A (ENSPPRG00000019740) #18	FILIP1 (ENSPPRG00000016179) #19	SENP6 (ENSPPRG00000014513) #20	ENSPPRG00000016260	MYO6 (ENSPPRG00000011793) #22	IMPG1 (ENSPPRG00000000464) #23	ENSPPRG00000020940	HTR1B (ENSPPRG00000015888) #25	MEI4 (ENSPPRG00000019121) #27	ENSPPRG00000018765	IRAK1BP1 (ENSPPRG00000017467) #30	PHIP (ENSPPRG00000014536) #31	HMGN3 (ENSPPRG00000012712) #33	ENSPPRG00000011529 ##33	LCA5 (ENSPPRG00000011464) #34	SH3BGRL2 (ENSPPRG00000010472) #35	ELOVL4 (ENSPPRG00000010326) #37	TTK (ENSPPRG00000009963)	BCKDHB (ENSPPRG00000006623)	ENSPPRG00000005033
lion	MODERN SPECIES	5	KHDC3L (ENSPLOG00000015667) #7	OOEP (ENSPLOG00000015739)	DDX43 (ENSPLOG00000015808) #8	CGAS (ENSPLOG00000015938) #9	MTO1 (ENSPLOG00000016071) #10	EEF1A1 (ENSPLOG00000016117) #12	SLC17A5 (ENSPLOG00000016238) #14	CD109 (ENSPLOG00000016428) #15	ENSPLOG00000017162	COL12A1 (ENSPLOG00000017531) #17	ENSPLOG00000019787	COX7A2 (ENSPLOG00000019826)	TMEM30A (ENSPLOG00000019900) #18	FILIP1 (ENSPLOG00000019975) #19	SENP6 (ENSPLOG00000020085) #20	MYO6 (ENSPLOG00000020376) #22	IMPG1 (ENSPLOG00000020513) #23	HTR1B (ENSPLOG00000020635) #25	MEI4 (ENSPLOG00000020653) #27	IRAK1BP1 (ENSPLOG00000020709) #30	PHIP (ENSPLOG00000020760) #31	HMGN3 (ENSPLOG00000020987) #33	LCA5 (ENSPLOG00000021073) #34	ENSPLOG00000021097 #35	ELOVL4 (ENSPLOG00000021117) #37	TTK (ENSPLOG00000021164)	BCKDHB (ENSPLOG00000021261)	ENSPLOG00000021305	TENT5A (ENSPLOG00000021336)	IBTK (ENSPLOG00000021378)	TPBG (ENSPLOG00000021428)
Cat	MODERN SPECIES	236	ENSFCAG00000006770 #7	OOEP (ENSFCAG00000006772)	DDX43 (ENSFCAG00000031631)	CGAS (ENSFCAG00000021963) #9	MTO1 (ENSFCAG00000029600) #10	EEF1A1 (ENSFCAG00000030977) #12	SLC17A5 (ENSFCAG00000012651) #14	CD109 (ENSFCAG00000012653) #15	COL12A1 (ENSFCAG00000027408) #17	ENSFCAG00000049642	COX7A2 (ENSFCAG00000009787)	TMEM30A (ENSFCAG00000022485) #18	FILIP1 (ENSFCAG00000009789) #19	SENP6 (ENSFCAG00000025782) #20	ENSFCAG00000029338	MYO6 (ENSFCAG00000030371) #22	IMPG1 (ENSFCAG00000014900) #23	ENSFCAG00000047606	ENSFCAG00000047290	HTR1B (ENSFCAG00000007703) #25	MEI4 (ENSFCAG00000036772) #27	IRAK1BP1 (ENSFCAG00000027121) #30	PHIP (ENSFCAG00000009591) #31	HMGN3 (ENSFCAG00000032108) #33	LCA5 (ENSFCAG00000027762) #34	SH3BGRL2 (ENSFCAG00000046162) #35	ELOVL4 (ENSFCAG00000037848) #37	TTK (ENSFCAG00000027168)	BCKDHB (ENSFCAG00000010609)	ENSFCAG00000022496	TENT5A (ENSFCAG00000037187)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00940000172381	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277
Equus	ANCESTRAL SPECIES	29				ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT01100000263980	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00960000188409	ENSGT00940000154868.a.a
Horse	MODERN SPECIES	1	MZF1 (ENSECAG00000055496)	MZF1 (ENSECAG00000016471)	DDX43 (ENSECAG00000017971)	CGAS (ENSECAG00000019809) #9	ENSECAG00000033497	MTO1 (ENSECAG00000019823) #10	ENSECAG00000055760	EEF1A1 (ENSECAG00000020363) ##12	SLC17A5 (ENSECAG00000015945) #14	CD109 (ENSECAG00000023066) #15	COL12A1 (ENSECAG00000025065) #17	COX7A2 (ENSECAG00000012469)	TMEM30A (ENSECAG00000013904) #18	FILIP1 (ENSECAG00000018916) #19	SENP6 (ENSECAG00000021001) #20	MYO6 (ENSECAG00000024053) #22	IMPG1 (ENSECAG00000019440) #23	ENSECAG00000059682	ENSECAG00000035404	ENSECAG00000056953	MEI4 (ENSECAG00000007058) #27	ENSECAG00000051286	ENSECAG00000049697 ##28	ENSECAG00000045512	IRAK1BP1 (ENSECAG00000009253) #30	PHIP (ENSECAG00000010684) #31	HMGN3 (ENSECAG00000032694) #33	LCA5 (ENSECAG00000020987) #34	SH3BGRL2 (ENSECAG00000022926) #35	ELOVL4 (ENSECAG00000022969) #37	TTK (ENSECAG00000023776)
Donkey	MODERN SPECIES	16			ENSEASG00005025369	ENSEASG00005004346	ENSEASG00005028339 #9	ENSEASG00005004341	MTO1 (ENSEASG00005004331) #10	ENSEASG00005035561	ENSEASG00005023174 ##12	SLC17A5 (ENSEASG00005004314) #14	CD109 (ENSEASG00005004082) #15	COL12A1 (ENSEASG00005003217) #17	TMEM30A (ENSEASG00005002982) #18	FILIP1 (ENSEASG00005002972) #19	SENP6 (ENSEASG00005019562) #20	MYO6 (ENSEASG00005018621) #22	IMPG1 (ENSEASG00005018572) #23	ENSEASG00005018568	HTR1B (ENSEASG00005018567) #25	MEI4 (ENSEASG00005018566) #27	IRAK1BP1 (ENSEASG00005018565) #30	PHIP (ENSEASG00005017280) #31	HMGN3 (ENSEASG00005026064) #33	LCA5 (ENSEASG00005005428) #34	SH3BGRL2 (ENSEASG00005031703) #35	ELOVL4 (ENSEASG00005005437) #37	TTK (ENSEASG00005005460)	BCKDHB (ENSEASG00005005528)	ENSEASG00005005529	TENT5A (ENSEASG00005037555)	IBTK (ENSEASG00005005533)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00940000172381	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277
Megabat	MODERN SPECIES	4064															SENP6 (ENSPVAG00000008603) #20	MYO6 (ENSPVAG00000008607) #22	IMPG1 (ENSPVAG00000008609) #23
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT00940000172381	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00910000147771	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533.b	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	21	ENSRFEG00010014247 #7	OOEP (ENSRFEG00010014295)	DDX43 (ENSRFEG00010014367) #8	CGAS (ENSRFEG00010014633) #9	MTO1 (ENSRFEG00010014806) #10	ENSRFEG00010014869	SLC17A5 (ENSRFEG00010014929) #14	CD109 (ENSRFEG00010015120) #15	ENSRFEG00010015285	ENSRFEG00010015345	COL12A1 (ENSRFEG00010015379) #17	ENSRFEG00010015634	TMEM30A (ENSRFEG00010015749) #18	FILIP1 (ENSRFEG00010015930) #19	SENP6 (ENSRFEG00010016063) #20	MYO6 (ENSRFEG00010016225) #22	ENSRFEG00010016453	ENSRFEG00010016474	IMPG1 (ENSRFEG00010016509) #23	ENSRFEG00010016909	HTR1B (ENSRFEG00010016948) #25	MEI4 (ENSRFEG00010016966) #27	IRAK1BP1 (ENSRFEG00010016999) #30	PHIP (ENSRFEG00010017065) #31	HMGN3 (ENSRFEG00010017114) #33	LCA5 (ENSRFEG00010017203) #34	SH3BGRL2 (ENSRFEG00010017256) #35	ELOVL4 (ENSRFEG00010017306) #37	ENSRFEG00010017350	TTK (ENSRFEG00010017385)	BCKDHB (ENSRFEG00010017450)
Microbat	MODERN SPECIES	996	RIMS1 (ENSMLUG00000028614)	KCNQ5 (ENSMLUG00000016115)	DPPA5 (ENSMLUG00000004463)	ENSMLUG00000004469 #7	ENSMLUG00000017174	ENSMLUG00000017604	CGAS (ENSMLUG00000017605) #9	MTO1 (ENSMLUG00000013527) #10	ENSMLUG00000013537 ##12	SLC17A5 (ENSMLUG00000001185) #14	CD109 (ENSMLUG00000014532) #15	COL12A1 (ENSMLUG00000011832) #17	TMEM30A (ENSMLUG00000011923) #18	FILIP1 (ENSMLUG00000011941) #19	SENP6 (ENSMLUG00000013081) #20	MYO6 (ENSMLUG00000015766) #22	IMPG1 (ENSMLUG00000015799) #23	ENSMLUG00000004916
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	997																ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23
Common shrew	MODERN SPECIES	6390																MYO6 (ENSSARG00000010741) #22	ENSSARG00000010808 #23
Hedgehog	MODERN SPECIES	8110																MYO6 (ENSEEUG00000006176) #22	IMPG1 (ENSEEUG00000006460) #23
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154353.A	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.b.a #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	726											ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.e.b	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23
Sloth	MODERN SPECIES	7168																MYO6 (ENSCHOG00000001078) #22	IMPG1 (ENSCHOG00000001091) #23
Armadillo	MODERN SPECIES	2129											COL12A1 (ENSDNOG00000010395) #17	ENSDNOG00000032705	TMEM30A (ENSDNOG00000036068) #18	FILIP1 (ENSDNOG00000001733) #19	ENSDNOG00000002293 #20	MYO6 (ENSDNOG00000014711) #22	IMPG1 (ENSDNOG00000010255) #23	NEGR1 (ENSDNOG00000004975)	ENSDNOG00000038484	ENSDNOG00000033512	ENSDNOG00000035549	ENSDNOG00000006959
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000165345	ENSGT00940000154353.A	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601 #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986	ENSGT00390000016421.b.b
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000165345	ENSGT00940000154353.A	ENSGT00940000154353.B	ENSGT00940000162601.w #7	ENSGT00940000162097	ENSGT00940000163229	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a.f	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986	ENSGT00390000016421.b.b
Elephant	MODERN SPECIES	1	ENSLAFG00000010814	ENSLAFG00000022891	DPPA5 (ENSLAFG00000018513)	ENSLAFG00000012747 #7	OOEP (ENSLAFG00000012754)	ENSLAFG00000012755	CGAS (ENSLAFG00000010167) #9	MTO1 (ENSLAFG00000007793) #10	SLC17A5 (ENSLAFG00000008545) #14	CD109 (ENSLAFG00000006753) #15	COL12A1 (ENSLAFG00000010089) #17	COX7A2 (ENSLAFG00000002313)	TMEM30A (ENSLAFG00000002315) #18	FILIP1 (ENSLAFG00000004548) #19	SENP6 (ENSLAFG00000004947) #20	MYO6 (ENSLAFG00000008249) #22	ENSLAFG00000029677 #23	ENSLAFG00000008264 #23	HTR1B (ENSLAFG00000030204) #25	IRAK1BP1 (ENSLAFG00000001753) #30	PHIP (ENSLAFG00000000801) #31	HMGN3 (ENSLAFG00000029893) #33	LCA5 (ENSLAFG00000008092) #34	SH3BGRL2 (ENSLAFG00000013625) #35	ELOVL4 (ENSLAFG00000003948) #37	TTK (ENSLAFG00000029449)	BCKDHB (ENSLAFG00000010944)	TENT5A (ENSLAFG00000002223)	IBTK (ENSLAFG00000008458)	TPBG (ENSLAFG00000018246)	UBE3D (ENSLAFG00000007627)
Hyrax	MODERN SPECIES	6774																MYO6 (ENSPCAG00000015766) #22	IMPG1 (ENSPCAG00000016040) #23
Tenrec	MODERN SPECIES	8037																MYO6 (ENSETEG00000018626) #22	IMPG1 (ENSETEG00000018633) #23
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653.a	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT01050000244828.c.b.b.b.c.a.a.a.b	ENSGT01050000244828.c.b.b.b.c.a.a.a.a.a.a	ENSGT01090000260024.A.a.a.b.b.a	ENSGT01050000244828.c.b.b.b.c.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT01050000244828.c.b.b.b.c.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653.a	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT01050000244828.c.b.b.b.c.a.a.a.b	ENSGT01050000244828.c.b.b.b.c.a.a.a.a.a.a	ENSGT01090000260024.A.a.a.b.b.a	ENSGT01050000244828.c.b.b.b.c.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT01050000244828.c.b.b.b.c.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653.a	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653.a	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00970000198019	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27
koala	MODERN SPECIES	81	OGFRL1 (ENSPCIG00000006430)	RIMS1 (ENSPCIG00000008784)	KCNQ5 (ENSPCIG00000017321)	ENSPCIG00000017981	ENSPCIG00000017982 #9	ENSPCIG00000017986 ##12	SLC17A5 (ENSPCIG00000017999) #14	CD109 (ENSPCIG00000018000) #15	ENSPCIG00000032522	ENSPCIG00000024782	COL12A1 (ENSPCIG00000019655) #17	ENSPCIG00000007869	TMEM30A (ENSPCIG00000019650) #18	FILIP1 (ENSPCIG00000019648) #19	SENP6 (ENSPCIG00000025762) #20	MYO6 (ENSPCIG00000010630) #22	ENSPCIG00000020512 #23	ENSPCIG00000011572	ENSPCIG00000013794	HTR1B (ENSPCIG00000013791) #25	ENSPCIG00000035496	MEI4 (ENSPCIG00000001481) #27
Common wonbat	MODERN SPECIES	613	ENSVURG00010011765	ENSVURG00010011776	KCNQ5 (ENSVURG00010011836)	ENSVURG00010012984 #9	ENSVURG00010012990	MTO1 (ENSVURG00010012994) #10	ENSVURG00010012999 ##12	SLC17A5 (ENSVURG00010013010) #14	CD109 (ENSVURG00010013045) #15	ENSVURG00010013078	COL12A1 (ENSVURG00010013090) #17	COX7A2 (ENSVURG00010013119)	TMEM30A (ENSVURG00010013123) #18	FILIP1 (ENSVURG00010013135) #19	SENP6 (ENSVURG00010013161) #20	MYO6 (ENSVURG00010013250) #22	HTR1B (ENSVURG00010014076) #25	MEI4 (ENSVURG00010014083) #27
Wallaby	MODERN SPECIES	9643																ENSMEUG00000007486 #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	3	OGFRL1 (ENSSHAG00000016382)	RIMS1 (ENSSHAG00000008965)	KCNQ5 (ENSSHAG00000014723)	ENSSHAG00000001847	ENSSHAG00000002951 #9	MTO1 (ENSSHAG00000003944) #10	ENSSHAG00000023883	ENSSHAG00000004864 ##12	SLC17A5 (ENSSHAG00000029856) #14	CD109 (ENSSHAG00000008788) #15	COL12A1 (ENSSHAG00000005741) #17	COX7A2 (ENSSHAG00000024282)	TMEM30A (ENSSHAG00000024471) #18	FILIP1 (ENSSHAG00000008624) #19	SENP6 (ENSSHAG00000011473) #20	MYO6 (ENSSHAG00000012447) #22	ENSSHAG00000013502 #23	ENSSHAG00000023915	HTR1B (ENSSHAG00000029598) #25	ENSSHAG00000009668 #27	ENSSHAG00000026589	ENSSHAG00000025459	ENSSHAG00000002475	ENSSHAG00000025910	ENSSHAG00000021141	ENSSHAG00000024927	ENSSHAG00000020671	ENSSHAG00000025978	ENSSHAG00000007653	ENSSHAG00000008076	ENSSHAG00000008549 #30
Opossum	MODERN SPECIES	1	CGAS (ENSMODG00000018545) #9	ENSMODG00000048836	MTO1 (ENSMODG00000018543) #10	ENSMODG00000018533 ##12	SLC17A5 (ENSMODG00000018522) #14	CD109 (ENSMODG00000018520) #15	ENSMODG00000045941	ENSMODG00000043386	ENSMODG00000039889	ENSMODG00000018512	COL12A1 (ENSMODG00000018507) #17	ENSMODG00000018503	TMEM30A (ENSMODG00000018502) #18	FILIP1 (ENSMODG00000018497) #19	SENP6 (ENSMODG00000018495) #20	MYO6 (ENSMODG00000018489) #22	ENSMODG00000018487 #23	HTR1B (ENSMODG00000023470) #25	MEI4 (ENSMODG00000018477) #27	ENSMODG00000051195	ENSMODG00000041334	ENSMODG00000048473	ENSMODG00000037787	ENSMODG00000041047	ENSMODG00000018468	ENSMODG00000023466	ENSMODG00000018470	ENSMODG00000040687	ENSMODG00000041291	ENSMODG00000044618	ENSMODG00000018461
Platypus	MODERN SPECIES	10	ENSOANG00000045630	ENSOANG00000048849	ORNANAV1R3151 (ENSOANG00000037729)	ENSOANG00000037347	ENSOANG00000042878	ENSOANG00000036917	ENSOANG00000046114	ZBTB24 (ENSOANG00000041585)	AK9 (ENSOANG00000000929)	FIG4 (ENSOANG00000000932)	WASF1 (ENSOANG00000000937)	CDC40 (ENSOANG00000000939)	METTL24 (ENSOANG00000043034)	ENSOANG00000000941 #20	ENSOANG00000038139 #20	MYO6 (ENSOANG00000000943) #22	ENSOANG00000046953 #25	ENSOANG00000028680 #27	PHIP (ENSOANG00000000948) #31	ENSOANG00000048225 #34	ENSOANG00000037045 #35	UFL1 (ENSOANG00000001306)	FHL5 (ENSOANG00000001302)	GPR63 (ENSOANG00000040527)	ENSOANG00000050615	MMS22L (ENSOANG00000001301)	ENSOANG00000040274	FBXL4 (ENSOANG00000001299)	FILIP1 (ENSOANG00000001298) #19	TMEM30A (ENSOANG00000040334) #18	COX7A2 (ENSOANG00000037756)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155933.b.b	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000170566	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159583	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00940000170566	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00960000189507	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159583	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00940000170566	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00960000189507	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	4	ENSPTXG00000008793	ASRGL1 (ENSPTXG00000008790)	ENSPTXG00000008787	ENSPTXG00000008784	KCNQ5 (ENSPTXG00000008779)	ENSPTXG00000008775	ENSPTXG00000008773 ##12	SLC17A5 (ENSPTXG00000008769) #14	ENSPTXG00000008765	CD109 (ENSPTXG00000008492) #15	COL12A1 (ENSPTXG00000005498) #17	COX7A2 (ENSPTXG00000005469)	TMEM30A (ENSPTXG00000005466) #18	FILIP1 (ENSPTXG00000005465) #19	SENP6 (ENSPTXG00000005463) #20	MYO6 (ENSPTXG00000005448) #22	IMPG1 (ENSPTXG00000005446) #23	HTR1B (ENSPTXG00000005445) #25	MEI4 (ENSPTXG00000005437) #27	IRAK1BP1 (ENSPTXG00000005436) #30	PHIP (ENSPTXG00000002914) #31	LCA5 (ENSPTXG00000002898) #34	SH3BGRL2 (ENSPTXG00000002897) #35	ELOVL4 (ENSPTXG00000002894) #37	ENSPTXG00000002893	BCKDHB (ENSPTXG00000002892)	TENT5A (ENSPTXG00000002891)	IBTK (ENSPTXG00000002886)	TPBG (ENSPTXG00000002884)	UBE3D (ENSPTXG00000002882)	ENSPTXG00000002881
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	11	OGFRL1 (ENSNSUG00000006144)	ENSNSUG00000006141	ASRGL1 (ENSNSUG00000006138)	RIMS1 (ENSNSUG00000005454)	KCNQ5 (ENSNSUG00000005447)	ENSNSUG00000005425	ENSNSUG00000005422 ##12	SLC17A5 (ENSNSUG00000005418) #14	CD109 (ENSNSUG00000005383) #15	COL12A1 (ENSNSUG00000005375) #17	COX7A2 (ENSNSUG00000005370)	TMEM30A (ENSNSUG00000005365) #18	FILIP1 (ENSNSUG00000005362) #19	ENSNSUG00000005361	SENP6 (ENSNSUG00000005359) #20	MYO6 (ENSNSUG00000005074) #22	IMPG1 (ENSNSUG00000005071) #23	HTR1B (ENSNSUG00000005068) #25	MEI4 (ENSNSUG00000005066) #27	IRAK1BP1 (ENSNSUG00000005064) #30	PHIP (ENSNSUG00000005055) #31	HMGN3 (ENSNSUG00000005051) #33	LCA5 (ENSNSUG00000005044) #34	SH3BGRL2 (ENSNSUG00000005043) #35	ELOVL4 (ENSNSUG00000005027) #37	ENSNSUG00000005025	BCKDHB (ENSNSUG00000005022)	TENT5A (ENSNSUG00000005021)	IBTK (ENSNSUG00000002686)	TPBG (ENSNSUG00000002680)	ENSNSUG00000002678
Indian cobra	MODERN SPECIES		ENSNNAG00000015376	ASRGL1 (ENSNNAG00000015345)	RIMS1 (ENSNNAG00000015102)	ENSNNAG00000015075	KCNQ5 (ENSNNAG00000014971)	ENSNNAG00000014788	ENSNNAG00000014749 ##12	SLC17A5 (ENSNNAG00000014667) #14	CD109 (ENSNNAG00000014548) #15	ENSNNAG00000014537	COL12A1 (ENSNNAG00000014417) #17	COX7A2 (ENSNNAG00000014396)	TMEM30A (ENSNNAG00000014377) #18	FILIP1 (ENSNNAG00000014322) #19	SENP6 (ENSNNAG00000014172) #20	MYO6 (ENSNNAG00000013883) #22	IMPG1 (ENSNNAG00000013694) #23	HTR1B (ENSNNAG00000013668) #25	MEI4 (ENSNNAG00000013636) #27	IRAK1BP1 (ENSNNAG00000013617) #30	PHIP (ENSNNAG00000010311) #31	HMGN3 (ENSNNAG00000010069) #33	LCA5 (ENSNNAG00000009953) #34	SH3BGRL2 (ENSNNAG00000009914) #35	ELOVL4 (ENSNNAG00000009871) #37	TTK (ENSNNAG00000009789)	BCKDHB (ENSNNAG00000009730)	ENSNNAG00000009707	ENSNNAG00000009677	TENT5A (ENSNNAG00000009655)	IBTK (ENSNNAG00000009397)
Lizard	MODERN SPECIES		ADGRG6 (ENSACAG00000008206)	ENSACAG00000043031	VTA1 (ENSACAG00000008420)	GJE1 (ENSACAG00000035711)	NMBR (ENSACAG00000035363)	ENSACAG00000035728	ENSACAG00000043070	ENSACAG00000025809	ENSACAG00000044694	ENSACAG00000038008	COL12A1 (ENSACAG00000005078) #17	COX7A2 (ENSACAG00000042418)	TMEM30A (ENSACAG00000005057) #18	FILIP1 (ENSACAG00000005030) #19	SENP6 (ENSACAG00000004989) #20	MYO6 (ENSACAG00000004838) #22	IMPG1 (ENSACAG00000004815) #23	ENSACAG00000036259	HTR1B (ENSACAG00000004801) #25	MEI4 (ENSACAG00000029103) #27	ENSACAG00000040681	ENSACAG00000040713	IRAK1BP1 (ENSACAG00000004784) #30	PHIP (ENSACAG00000004587) #31	ENSACAG00000004584	LCA5 (ENSACAG00000004563) #34	SH3BGRL2 (ENSACAG00000017424) #35	ELOVL4 (ENSACAG00000017409) #37	ENSACAG00000045252	ENSACAG00000029468	TTK (ENSACAG00000017368)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Common wall lizard	MODERN SPECIES	11	KCNQ5 (ENSPMRG00000006226)	ENSPMRG00000006236	ENSPMRG00000006243	CGAS (ENSPMRG00000006256) #9	MTO1 (ENSPMRG00000006262) #10	ENSPMRG00000006270 ##12	SLC17A5 (ENSPMRG00000006281) #14	CD109 (ENSPMRG00000006306) #15	ENSPMRG00000006317	ENSPMRG00000006320	COL12A1 (ENSPMRG00000006545) #17	COX7A2 (ENSPMRG00000007746)	TMEM30A (ENSPMRG00000007751) #18	FILIP1 (ENSPMRG00000007757) #19	ENSPMRG00000007771 #20	MYO6 (ENSPMRG00000007794) #22	IMPG1 (ENSPMRG00000007835) #23	HTR1B (ENSPMRG00000007840) #25	ENSPMRG00000007843	IRAK1BP1 (ENSPMRG00000004058) #30	PHIP (ENSPMRG00000004065) #31	ENSPMRG00000004079	HMGN3 (ENSPMRG00000004081) #33	LCA5 (ENSPMRG00000004086) #34	SH3BGRL2 (ENSPMRG00000004094) #35	ENSPMRG00000004097	ELOVL4 (ENSPMRG00000004099) #37	TTK (ENSPMRG00000004111)	ENSPMRG00000004149	BCKDHB (ENSPMRG00000004157)	TENT5A (ENSPMRG00000004176)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	9	ENSSMRG00000015417	ENSSMRG00000015418	CGAS (ENSSMRG00000015424) #9	MTO1 (ENSSMRG00000015425) #10	ENSSMRG00000015426 ##12	SLC17A5 (ENSSMRG00000015428) #14	CD109 (ENSSMRG00000015429) #15	ENSSMRG00000015433	ENSSMRG00000015434	COL12A1 (ENSSMRG00000015435) #17	ENSSMRG00000015436	TMEM30A (ENSSMRG00000015437) #18	FILIP1 (ENSSMRG00000015438) #19	ENSSMRG00000015439	SENP6 (ENSSMRG00000015440) #20	MYO6 (ENSSMRG00000015441) #22	IMPG1 (ENSSMRG00000017353) #23	HTR1B (ENSSMRG00000017367) #25	MEI4 (ENSSMRG00000017372) #27	IRAK1BP1 (ENSSMRG00000017382) #30	PHIP (ENSSMRG00000017388) #31	ENSSMRG00000017396 #33	LCA5 (ENSSMRG00000017397) #34	SH3BGRL2 (ENSSMRG00000017398) #35	ELOVL4 (ENSSMRG00000017411) #37	TTK (ENSSMRG00000017415)	BCKDHB (ENSSMRG00000017421)	ENSSMRG00000017425	TENT5A (ENSSMRG00000017433)	IBTK (ENSSMRG00000017447)	TPBG (ENSSMRG00000017450)
tuatara	MODERN SPECIES	142	ENSSPUG00000018045	KCNQ5 (ENSSPUG00000018069)	ENSSPUG00000018097	CGAS (ENSSPUG00000018128) #9	MTO1 (ENSSPUG00000018137) #10	ENSSPUG00000018156 ##12	SLC17A5 (ENSSPUG00000018171) #14	ENSSPUG00000018193 #15	ENSSPUG00000018206 #15	ENSSPUG00000018213	COL12A1 (ENSSPUG00000018230) #17	COX7A2 (ENSSPUG00000018264)	TMEM30A (ENSSPUG00000018271) #18	FILIP1 (ENSSPUG00000018282) #19	SENP6 (ENSSPUG00000018294) #20	MYO6 (ENSSPUG00000018313) #22	IMPG1 (ENSSPUG00000018332) #23
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Aves	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
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Kakapo	MODERN SPECIES	23	OGFRL1 (ENSSHBG00005001742)	ASRGL1 (ENSSHBG00005000361)	RIMS1 (ENSSHBG00005000355)	KCNQ5 (ENSSHBG00005008797)	ENSSHBG00005008757	CGAS (ENSSHBG00005008750) #9	MTO1 (ENSSHBG00005008741) #10	EEF1A1 (ENSSHBG00005008734) ##12	SLC17A5 (ENSSHBG00005008721) #14	CD109 (ENSSHBG00005007760) #15	COL12A1 (ENSSHBG00005004710) #17	COX7A2 (ENSSHBG00005004450)	TMEM30A (ENSSHBG00005004441) #18	FILIP1 (ENSSHBG00005004432) #19	SENP6 (ENSSHBG00005004407) #20	MYO6 (ENSSHBG00005004296) #22	IMPG1 (ENSSHBG00005004207) #23	HTR1B (ENSSHBG00005004192) #25	MEI4 (ENSSHBG00005004176) #27	IRAK1BP1 (ENSSHBG00005004166) #30	ENSSHBG00005004156	PHIP (ENSSHBG00005003926) #31	HMGN3 (ENSSHBG00005003735) #33	LCA5 (ENSSHBG00005003712) #34	SH3BGRL2 (ENSSHBG00005003700) #35	ELOVL4 (ENSSHBG00005003690) #37	TTK (ENSSHBG00005003670)	ENSSHBG00005003644	BCKDHB (ENSSHBG00005003634)	TENT5A (ENSSHBG00005003616)	IBTK (ENSSHBG00005003559)
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Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000186266	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000186266	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Medium ground finch	MODERN SPECIES	31		OGFRL1 (ENSGFOG00000010245)	ASRGL1 (ENSGFOG00000010266)	RIMS1 (ENSGFOG00000010304)	KCNQ5 (ENSGFOG00000010567)	ENSGFOG00000010573	MTO1 (ENSGFOG00000010591) #10	EEF1A1 (ENSGFOG00000010613) ##12	SLC17A5 (ENSGFOG00000010616) #14	CD109 (ENSGFOG00000010625) #15	COL12A1 (ENSGFOG00000010690) #17	COX7A2 (ENSGFOG00000010721)	TMEM30A (ENSGFOG00000010725) #18	FILIP1 (ENSGFOG00000010729) #19	SENP6 (ENSGFOG00000010740) #20	MYO6 (ENSGFOG00000010768) #22	IMPG1 (ENSGFOG00000010812) #23	HTR1B (ENSGFOG00000010828) #25	MEI4 (ENSGFOG00000010831) #27	IRAK1BP1 (ENSGFOG00000010838) #30	PHIP (ENSGFOG00000010921) #31	HMGN3 (ENSGFOG00000012385) #33	LCA5 (ENSGFOG00000012389) #34	ENSGFOG00000012397	SH3BGRL2 (ENSGFOG00000012402) #35	ELOVL4 (ENSGFOG00000012403) #37	TTK (ENSGFOG00000012412)	ENSGFOG00000012434	BCKDHB (ENSGFOG00000012437)	TENT5A (ENSGFOG00000012442)	IBTK (ENSGFOG00000012458)
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000018730.B	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000186266	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Zebra finch	MODERN SPECIES	23	ASRGL1 (ENSTGUG00000012710)	RIMS1 (ENSTGUG00000012695)	KCNQ5 (ENSTGUG00000012688)	EEF1A1 (ENSTGUG00000012670) ##12	ENSTGUG00000012684	CGAS (ENSTGUG00000012683) #9	MTO1 (ENSTGUG00000012680) #10	SLC17A5 (ENSTGUG00000018160) #14	CD109 (ENSTGUG00000012659) #15	COL12A1 (ENSTGUG00000012648) #17	ENSTGUG00000019567	COX7A2 (ENSTGUG00000012645)	TMEM30A (ENSTGUG00000012644) #18	FILIP1 (ENSTGUG00000012640) #19	SENP6 (ENSTGUG00000012629) #20	MYO6 (ENSTGUG00000012619) #22	IMPG1 (ENSTGUG00000012614) #23	HTR1B (ENSTGUG00000012613) #25	MEI4 (ENSTGUG00000028003) #27	IRAK1BP1 (ENSTGUG00000012608) #30	ENSTGUG00000029548	PHIP (ENSTGUG00000012592) #31	HMGN3 (ENSTGUG00000012589) #33	LCA5 (ENSTGUG00000012586) #34	ENSTGUG00000025383 ##9	SH3BGRL2 (ENSTGUG00000027333) #35	ELOVL4 (ENSTGUG00000020219) #37	TTK (ENSTGUG00000012578)	BCKDHB (ENSTGUG00000012570)	TENT5A (ENSTGUG00000021070)	IBTK (ENSTGUG00000012564)
Common canary	MODERN SPECIES	1	ENSSCAG00000007926	ENSSCAG00000007769	CD109 (ENSSCAG00000007729) #15	SLC17A5 (ENSSCAG00000007700) #14	ENSSCAG00000007696	EEF1A1 (ENSSCAG00000007693) ##12	MTO1 (ENSSCAG00000007689) #10	CGAS (ENSSCAG00000007683) #9	ENSSCAG00000007663	KCNQ5 (ENSSCAG00000007615)	COL12A1 (ENSSCAG00000007543) #17	COX7A2 (ENSSCAG00000007533)	TMEM30A (ENSSCAG00000007521) #18	FILIP1 (ENSSCAG00000007503) #19	SENP6 (ENSSCAG00000007472) #20	MYO6 (ENSSCAG00000006533) #22	IMPG1 (ENSSCAG00000006384) #23	HTR1B (ENSSCAG00000006372) #25	MEI4 (ENSSCAG00000006359) #27	IRAK1BP1 (ENSSCAG00000006329) #30	PHIP (ENSSCAG00000005084) #31	HMGN3 (ENSSCAG00000004659) #33	LCA5 (ENSSCAG00000004652) #34	SH3BGRL2 (ENSSCAG00000004643) #35	ELOVL4 (ENSSCAG00000004633) #37	TTK (ENSSCAG00000004607)	ENSSCAG00000004602	BCKDHB (ENSSCAG00000004595)	TENT5A (ENSSCAG00000004576)	IBTK (ENSSCAG00000003859)	TPBG (ENSSCAG00000003736)
Flycatcher	MODERN SPECIES	21	ENSFALG00000006984	ASRGL1 (ENSFALG00000023214)	RIMS1 (ENSFALG00000007002)	KCNQ5 (ENSFALG00000028294)	ENSFALG00000007042	CGAS (ENSFALG00000028376) #9	MTO1 (ENSFALG00000007061) #10	SLC17A5 (ENSFALG00000007072) #14	CD109 (ENSFALG00000007075) #15	COL12A1 (ENSFALG00000002497) #17	COX7A2 (ENSFALG00000028269)	ENSFALG00000023016	TMEM30A (ENSFALG00000002525) #18	FILIP1 (ENSFALG00000002530) #19	SENP6 (ENSFALG00000002538) #20	MYO6 (ENSFALG00000002581) #22	IMPG1 (ENSFALG00000002633) #23	HTR1B (ENSFALG00000014659) #25	MEI4 (ENSFALG00000002644) #27	IRAK1BP1 (ENSFALG00000028203) #30	ENSFALG00000027212	PHIP (ENSFALG00000002652) #31	HMGN3 (ENSFALG00000026680) #33	LCA5 (ENSFALG00000002657) #34	SH3BGRL2 (ENSFALG00000002663) #35	ELOVL4 (ENSFALG00000024556) #37	TTK (ENSFALG00000002669)	ENSFALG00000002676	BCKDHB (ENSFALG00000002679)	TENT5A (ENSFALG00000002682)	IBTK (ENSFALG00000002685)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	393																MYO6 (ENSABRG00000020850) #22	IMPG1 (ENSABRG00000021597) #23
Duck	MODERN SPECIES	21	OGFRL1 (ENSAPLG00000011967)	ASRGL1 (ENSAPLG00000011850)	RIMS1 (ENSAPLG00000010534)	KCNQ5 (ENSAPLG00000010359)	ENSAPLG00000010182	CGAS (ENSAPLG00000010154) #9	MTO1 (ENSAPLG00000009903) #10	EEF1A1 (ENSAPLG00000009349) ##12	SLC17A5 (ENSAPLG00000008535) #14	CD109 (ENSAPLG00000007918) #15	COL12A1 (ENSAPLG00000012959) #17	COX7A2 (ENSAPLG00000013886)	TMEM30A (ENSAPLG00000013903) #18	FILIP1 (ENSAPLG00000014226) #19	SENP6 (ENSAPLG00000014331) #20	MYO6 (ENSAPLG00000002456) #22	IMPG1 (ENSAPLG00000002413) #23	ENSAPLG00000019200	HTR1B (ENSAPLG00000001665) #25	IRAK1BP1 (ENSAPLG00000004376) #30	PHIP (ENSAPLG00000003512) #31	HMGN3 (ENSAPLG00000003473) #33	LCA5 (ENSAPLG00000003360) #34	SH3BGRL2 (ENSAPLG00000025912) #35	ELOVL4 (ENSAPLG00000005828) #37	TTK (ENSAPLG00000006086)	ENSAPLG00000029659	BCKDHB (ENSAPLG00000006305)	TENT5A (ENSAPLG00000002202)	IBTK (ENSAPLG00000003222)	TPBG (ENSAPLG00000024909)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.d ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C.a #17	ENSGT00910000148442	ENSGT00940000154923.C.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Japanese quail	MODERN SPECIES	21	OGFRL1 (ENSCJPG00005007070)	ASRGL1 (ENSCJPG00005007069)	RIMS1 (ENSCJPG00005007064)	KCNQ5 (ENSCJPG00005007022)	ENSCJPG00005007018	CGAS (ENSCJPG00005007017) #9	MTO1 (ENSCJPG00005007016) #10	EEF1A1 (ENSCJPG00005007015) ##12	SLC17A5 (ENSCJPG00005007013) #14	CD109 (ENSCJPG00005007009) #15	COL12A1 (ENSCJPG00005006996) #17	COX7A2 (ENSCJPG00005006995)	TMEM30A (ENSCJPG00005006994) #18	FILIP1 (ENSCJPG00005006990) #19	SENP6 (ENSCJPG00005006979) #20	MYO6 (ENSCJPG00005005255) #22	IMPG1 (ENSCJPG00005005250) #23	HTR1B (ENSCJPG00005005243) #25	MEI4 (ENSCJPG00005005239) #27	IRAK1BP1 (ENSCJPG00005005228) #30	PHIP (ENSCJPG00005004402) #31	HMGN3 (ENSCJPG00005004401) #33	LCA5 (ENSCJPG00005004400) #34	SH3BGRL2 (ENSCJPG00005004399) #35	ELOVL4 (ENSCJPG00005004394) #37	TTK (ENSCJPG00005004389)	BCKDHB (ENSCJPG00005004386)	TENT5A (ENSCJPG00005004348)	IBTK (ENSCJPG00005004327)	TPBG (ENSCJPG00005004325)	UBE3D (ENSCJPG00005004320)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159583	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C.a #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00530000065281	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Chicken	MODERN SPECIES	22	ASRGL1 (ENSGALG00010002463)	RIMS1 (ENSGALG00010002446)	KCNQ5 (ENSGALG00010002405)	ENSGALG00010001550	CGAS (ENSGALG00010001546) #9	MTO1 (ENSGALG00010001542) #10	ENSGALG00010001532	EEF1A1 (ENSGALG00010001525) ##12	SLC17A5 (ENSGALG00010001518) #14	CD109 (ENSGALG00010001508) #15	COL12A1 (ENSGALG00010004096) #17	COX7A2 (ENSGALG00010004076)	TMEM30A (ENSGALG00010004058) #18	FILIP1 (ENSGALG00010004055) #19	SENP6 (ENSGALG00010004038) #20	MYO6 (ENSGALG00010003977) #22	IMPG1 (ENSGALG00010003935) #23	HTR1B (ENSGALG00010003863) #25	MEI4 (ENSGALG00010003846) #27	IRAK1BP1 (ENSGALG00010003831) #30	ENSGALG00010003828	PHIP (ENSGALG00010003819) #31	HMGN2P46 (ENSGALG00010003810) #33	LCA5 (ENSGALG00010003778) #34	SH3BGRL2 (ENSGALG00010002416) #35	ELOVL4 (ENSGALG00010002456) #37	TTK (ENSGALG00010002437)	BCKDHB (ENSGALG00010002431)	FAM46A (ENSGALG00010003202)	IBTK (ENSGALG00010003180)	TPBG (ENSGALG00010003132)
Turkey	DUPLICATION
Turkey	MODERN SPECIES	11	B3GAT2 (ENSMGAG00000013844)	ENSMGAG00000013842	ENSMGAG00000013841	RIMS1 (ENSMGAG00000013836)	KCNQ5 (ENSMGAG00000013833)	ENSMGAG00000013832	CGAS (ENSMGAG00000013831) #9	MTO1 (ENSMGAG00000013830) #10	SLC17A5 (ENSMGAG00000013809) #14	CD109 (ENSMGAG00000013819) #15	ENSMGAG00000013825 ##12	ENSMGAG00000011604	ENSMGAG00000020937 #23	ENSMGAG00000013775 #23	ENSMGAG00000013778 #22	ENSMGAG00000020631 #22	ENSMGAG00000022190	ENSMGAG00000013792 #20	ENSMGAG00000020895	ENSMGAG00000013794 #18	ENSMGAG00000013799 #17	ENSMGAG00000020978	ENSMGAG00000022305 #17	MEI4 (ENSMGAG00000013773) #27	IRAK1BP1 (ENSMGAG00000013771) #30	ENSMGAG00000022226	PHIP (ENSMGAG00000017022) #31	HMGN3 (ENSMGAG00000013762) #33	LCA5 (ENSMGAG00000020807) #34	SH3BGRL2 (ENSMGAG00000013761) #35	ELOVL4 (ENSMGAG00000013759) #37
Turkey	MODERN SPECIES	11	SMAP1 (ENSMGAG00000013845)	B3GAT2 (ENSMGAG00000013844)	ENSMGAG00000013842	ENSMGAG00000013841	RIMS1 (ENSMGAG00000013836)	KCNQ5 (ENSMGAG00000013833)	ENSMGAG00000013832	CGAS (ENSMGAG00000013831) #9	MTO1 (ENSMGAG00000013830) #10	SLC17A5 (ENSMGAG00000013809) #14	CD109 (ENSMGAG00000013819) #15	ENSMGAG00000013825 ##12	ENSMGAG00000011604	ENSMGAG00000020937 #23	ENSMGAG00000013775 #23	ENSMGAG00000013778 #22	ENSMGAG00000020631 #22	ENSMGAG00000022190	ENSMGAG00000013792 #20	ENSMGAG00000020895	ENSMGAG00000013794 #18	ENSMGAG00000013799 #17	ENSMGAG00000020978	ENSMGAG00000022305 #17	MEI4 (ENSMGAG00000013773) #27	IRAK1BP1 (ENSMGAG00000013771) #30	ENSMGAG00000022226	PHIP (ENSMGAG00000017022) #31	HMGN3 (ENSMGAG00000013762) #33	LCA5 (ENSMGAG00000020807) #34	SH3BGRL2 (ENSMGAG00000013761) #35
African ostrich	MODERN SPECIES	1078	OGFRL1 (ENSSCUG00000015985)	ASRGL1 (ENSSCUG00000015981)	RIMS1 (ENSSCUG00000015953)	KCNQ5 (ENSSCUG00000015927)	ENSSCUG00000015925	CGAS (ENSSCUG00000015924) #9	MTO1 (ENSSCUG00000015917) #10	EEF1A1 (ENSSCUG00000015913) ##12	SLC17A5 (ENSSCUG00000015903) #14	CD109 (ENSSCUG00000015886) #15	COL12A1 (ENSSCUG00000015725) #17	COX7A2 (ENSSCUG00000015626)	TMEM30A (ENSSCUG00000015623) #18	FILIP1 (ENSSCUG00000015616) #19	SENP6 (ENSSCUG00000015610) #20	MYO6 (ENSSCUG00000015601) #22	IMPG1 (ENSSCUG00000015595) #23
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	38	RIMS1 (ENSCPRG00005013117)	KCNQ5 (ENSCPRG00005013181)	ENSCPRG00005013243	CGAS (ENSCPRG00005013267) #9	MTO1 (ENSCPRG00005013270) #10	EEF1A1 (ENSCPRG00005013272) ##12	SLC17A5 (ENSCPRG00005013278) #14	CD109 (ENSCPRG00005013290) #15	ENSCPRG00005013303	ENSCPRG00005013310	COL12A1 (ENSCPRG00005013365) #17	COX7A2 (ENSCPRG00005013509)	TMEM30A (ENSCPRG00005013521) #18	FILIP1 (ENSCPRG00005013542) #19	SENP6 (ENSCPRG00005013554) #20	MYO6 (ENSCPRG00005013697) #22	IMPG1 (ENSCPRG00005014269) #23	HTR1B (ENSCPRG00005014275) #25	MEI4 (ENSCPRG00005014282) #27	ENSCPRG00005014290	IRAK1BP1 (ENSCPRG00005014294) #30	PHIP (ENSCPRG00005014443) #31	HMGN3 (ENSCPRG00005014824) #33	LCA5 (ENSCPRG00005014836) #34	SH3BGRL2 (ENSCPRG00005014843) #35	ELOVL4 (ENSCPRG00005014862) #37	ENSCPRG00005014866	TTK (ENSCPRG00005014873)	ENSCPRG00005014883	ENSCPRG00005014888	BCKDHB (ENSCPRG00005014905)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00940000171801	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000186266	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C.c #17	ENSGT00940000154923.C.d #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000186266	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134.s	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C.c #17	ENSGT00940000154923.C.d #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a	ENSGT00390000003986
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	15	ASRGL1 (ENSTMTG00000021888)	RIMS1 (ENSTMTG00000018948)	KCNQ5 (ENSTMTG00000018423)	ENSTMTG00000018296	CGAS (ENSTMTG00000018012) #9	MTO1 (ENSTMTG00000017967) #10	ENSTMTG00000017955 ##12	SLC17A5 (ENSTMTG00000017932) #14	CD109 (ENSTMTG00000016013) #15	ENSTMTG00000015858 #17	ENSTMTG00000015398 #17	COX7A2 (ENSTMTG00000015362)	TMEM30A (ENSTMTG00000015350) #18	FILIP1 (ENSTMTG00000015336) #19	SENP6 (ENSTMTG00000015245) #20	MYO6 (ENSTMTG00000015125) #22	IMPG1 (ENSTMTG00000015053) #23	HTR1B (ENSTMTG00000015036) #25	MEI4 (ENSTMTG00000015024) #27	ENSTMTG00000015007	IRAK1BP1 (ENSTMTG00000014997) #30	PHIP (ENSTMTG00000013279) #31	HMGN3 (ENSTMTG00000013116) #33	LCA5 (ENSTMTG00000013077) #34	SH3BGRL2 (ENSTMTG00000013064) #35	ELOVL4 (ENSTMTG00000013031) #37	ENSTMTG00000013024	ENSTMTG00000013001	BCKDHB (ENSTMTG00000012979)	TENT5A (ENSTMTG00000012963)	IBTK (ENSTMTG00000012807)
painted turtle	MODERN SPECIES	12	ADGRB3 (ENSCPBG00000024170)	LMBRD1 (ENSCPBG00000024028)	ENSCPBG00000024016	FAM135A (ENSCPBG00000023994)	SDHAF4 (ENSCPBG00000023987)	SMAP1 (ENSCPBG00000023984)	ENSCPBG00000023977	B3GAT2 (ENSCPBG00000023976)	SLC17A5 (ENSCPBG00000023971) #14	CD109 (ENSCPBG00000023961) #15	COL12A1 (ENSCPBG00000023951) #17	COX7A2 (ENSCPBG00000023949)	TMEM30A (ENSCPBG00000023947) #18	FILIP1 (ENSCPBG00000023945) #19	SENP6 (ENSCPBG00000023929) #20	MYO6 (ENSCPBG00000023190) #22	IMPG1 (ENSCPBG00000023153) #23	HTR1B (ENSCPBG00000023152) #25	ENSCPBG00000023151	MEI4 (ENSCPBG00000023150) #27	IRAK1BP1 (ENSCPBG00000023147) #30	PHIP (ENSCPBG00000023138) #31	HMGN3 (ENSCPBG00000023133) #33	LCA5 (ENSCPBG00000023127) #34	SH3BGRL2 (ENSCPBG00000023121) #35	ELOVL4 (ENSCPBG00000023113) #37	TTK (ENSCPBG00000023102)	ENSCPBG00000023098	BCKDHB (ENSCPBG00000023096)	TENT5A (ENSCPBG00000023089)	IBTK (ENSCPBG00000023084)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000171583	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00390000011297 #10	ENSGT00950000183029.B.c.a ##12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C.c #17	ENSGT00940000154923.C.d #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000186266	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277	ENSGT00940000154868.a.a
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	17	RIMS1 (ENSGEVG00005003278)	ENSGEVG00005005237	ENSGEVG00005005252	KCNQ5 (ENSGEVG00005005299)	ENSGEVG00005005394	CGAS (ENSGEVG00005005412) #9	MTO1 (ENSGEVG00005005432) #10	ENSGEVG00005005454 ##12	SLC17A5 (ENSGEVG00005005504) #14	CD109 (ENSGEVG00005005778) #15	ENSGEVG00005006602 #17	ENSGEVG00005006750 #17	COX7A2 (ENSGEVG00005006776)	TMEM30A (ENSGEVG00005006797) #18	SENP6 (ENSGEVG00005006858) #20	MYO6 (ENSGEVG00005006967) #22	IMPG1 (ENSGEVG00005006999) #23	HTR1B (ENSGEVG00005007063) #25	MEI4 (ENSGEVG00005007086) #27	IRAK1BP1 (ENSGEVG00005007115) #30	ENSGEVG00005007140	PHIP (ENSGEVG00005007162) #31	HMGN3 (ENSGEVG00005007224) #33	LCA5 (ENSGEVG00005007269) #34	SH3BGRL2 (ENSGEVG00005007341) #35	ELOVL4 (ENSGEVG00005007353) #37	TTK (ENSGEVG00005007385)	ENSGEVG00005000054	BCKDHB (ENSGEVG00005000090)	TENT5A (ENSGEVG00005000128)	IBTK (ENSGEVG00005000251)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1769														BCKDHB (ENSPSIG00000014532)	SENP6 (ENSPSIG00000013134) #20	MYO6 (ENSPSIG00000012405) #22	IMPG1 (ENSPSIG00000011947) #23	ENSPSIG00000000443	HTR1B (ENSPSIG00000000414) #25	ENSPSIG00000011761	MEI4 (ENSPSIG00000011444) #27	IRAK1BP1 (ENSPSIG00000010980) #30	HMGN3 (ENSPSIG00000010537) #33	LCA5 (ENSPSIG00000010389) #34	ENSPSIG00000000394	SH3BGRL2 (ENSPSIG00000010371) #35	ELOVL4 (ENSPSIG00000010202) #37	TTK (ENSPSIG00000009857)	ENSPSIG00000009740	FILIP1 (ENSPSIG00000009632) #19	TMEM30A (ENSPSIG00000007174) #18
Anura	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183045.A.a.a	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000159209.e	ENSGT00940000165345	ENSGT00940000163653	ENSGT01050000244827.E #9	ENSGT00950000183029.B #12	ENSGT00940000160370 #14	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724 #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00390000012588 #30	ENSGT00950000183107.a.a #31	ENSGT00950000182802.C #33	ENSGT00560000077266.a #34	ENSGT00940000159157 #35	ENSGT00940000169423.b	ENSGT01050000244838.D #37	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00390000015719.c	ENSGT00940000156533	ENSGT00940000157191	ENSGT00940000156277
Frog	MODERN SPECIES	5	ENSXETG00000044711	kcnq5 (ENSXETG00000031377)	cgas (ENSXETG00000038502) #9	eef1a1 (ENSXETG00000001182) #12	slc17a5 (ENSXETG00000002117) #14	ENSXETG00000047948 #15	ENSXETG00000034784	ENSXETG00000037232 #15	ENSXETG00000039477	cd109 (ENSXETG00000031004) #15	col12a1 (ENSXETG00000003603) #17	cox7a2 (ENSXETG00000025853)	tmem30a (ENSXETG00000003607) #18	filip1 (ENSXETG00000003608) #19	senp6 (ENSXETG00000003609) #20	myo6 (ENSXETG00000003610) #22	impg1 (ENSXETG00000003611) #23	htr1b (ENSXETG00000011743) #25	mei4 (ENSXETG00000033955) #27	phip (ENSXETG00000011747) #31	ENSXETG00000046820	hmgn3 (ENSXETG00000025850) #33	lca5 (ENSXETG00000033824) #34	sh3bgrl2 (ENSXETG00000025848) #35	ENSXETG00000042562	elovl4 (ENSXETG00000045777) #37	ENSXETG00000043889	ddx43 (ENSXETG00000011767)	tent5c (ENSXETG00000011768)	nr0b2 (ENSXETG00000040488)	bckdhb (ENSXETG00000011773)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	7	ENSLLEG00000029599	ENSLLEG00000029628 #9	ENSLLEG00000029701 #9	ENSLLEG00000029821 #12	SLC17A5 (ENSLLEG00000029906) #14	ENSLLEG00000030081	ENSLLEG00000030086	COL12A1 (ENSLLEG00000030137) #17	ENSLLEG00000030228	COX7A2 (ENSLLEG00000030235)	TMEM30A (ENSLLEG00000030247) #18	ENSLLEG00000030271	FILIP1 (ENSLLEG00000030282) #19	ENSLLEG00000030288	SENP6 (ENSLLEG00000030308) #20	MYO6 (ENSLLEG00000030400) #22	ENSLLEG00000030570 #23	ENSLLEG00000030576	ENSLLEG00000030582 #25	MEI4 (ENSLLEG00000030592) #27	IRAK1BP1 (ENSLLEG00000030603) #30	PHIP (ENSLLEG00000030637) #31	ENSLLEG00000030677	HMGN3 (ENSLLEG00000030682) #33	ENSLLEG00000030691	LCA5 (ENSLLEG00000030704) #34	SH3BGRL2 (ENSLLEG00000030727) #35	ENSLLEG00000014488	ENSLLEG00000014621	ELOVL4 (ENSLLEG00000017174) #37	TTK (ENSLLEG00000017246)
Coelacanth	MODERN SPECIES	1016															SENP6 (ENSLACG00000011308) #20	MYO6 (ENSLACG00000008205) #22	IMPG1 (ENSLACG00000006812) #23
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00670000098098	ENSGT00390000010121	ENSGT00400000024959	ENSGT00950000183139.A	ENSGT00940000162552	ENSGT00940000167996	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775	ENSGT00950000182856.a.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ##25	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00390000011674	ENSGT00940000166728	ENSGT00390000016036	ENSGT00950000182827.E
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162247	ENSGT00670000098098	ENSGT00390000010121	ENSGT00400000024959	ENSGT00950000183139.A	ENSGT00940000162552	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078 #22	ENSGT00530000063503.a.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775	ENSGT00950000182856.a.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ##25	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00390000011674	ENSGT00940000166728	ENSGT00390000016036	ENSGT00950000182827.E
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b	ENSGT00940000155443.d	ENSGT00940000155699	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000173435	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00900000143321	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00980000199126	ENSGT00390000012242
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155699.a.a	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000155734	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000156714.b	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00980000199126	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	77							ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT00390000011376	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000012242	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000156714.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000155623	ENSGT00940000155734	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000156714.b
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	148	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.b	ENSGT01030000234534.A.c.a	ENSGT01030000234534.A.c.b.b.a	ENSGT01030000234534.A.c.b.a	ENSGT00990000204015	ENSGT00700000106116.a.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT00390000011376	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000012242	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000156714.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000155623	ENSGT00390000003990	ENSGT00390000008069	ENSGT00940000155443.c
Atlantic herring	MODERN SPECIES	5	ENSCHAG00000004110	ENSCHAG00000004135	BDKRB2 (ENSCHAG00000004155)	ENSCHAG00000004168	C14orf132 (ENSCHAG00000004185)	GABRR1 (ENSCHAG00000004213)	PM20D2 (ENSCHAG00000004754)	akirin2 (ENSCHAG00000004771)	orc3 (ENSCHAG00000004930)	znf292a (ENSCHAG00000007702)	cga (ENSCHAG00000007724)	HTR1E (ENSCHAG00000007972) ##25	syncripl (ENSCHAG00000008003)	SNX14 (ENSCHAG00000008637)	ENSCHAG00000009818 #20	myo6b (ENSCHAG00000009880) #22	ENSCHAG00000010324 #23	HTR1B (ENSCHAG00000010400) #25	colec11 (ENSCHAG00000010426)	ENSCHAG00000010436	sox11a (ENSCHAG00000010481)	CMPK2 (ENSCHAG00000010493)	rsad2 (ENSCHAG00000010530)	rnf144aa (ENSCHAG00000010536)	id2a (ENSCHAG00000010550)	KIDINS220 (ENSCHAG00000010596)	MBOAT2 (ENSCHAG00000011085)	asap2a (ENSCHAG00000011321)	itgb1bp1 (ENSCHAG00000013894)	iah1 (ENSCHAG00000013918)	adam17a (ENSCHAG00000013963)
Denticle herring	MODERN SPECIES		ENSDCDG00000015066	PTPN21 (ENSDCDG00000015027)	ENSDCDG00000015010	kcnk10b (ENSDCDG00000015006)	GPR65 (ENSDCDG00000015003)	ENSDCDG00000014999	GABRR1 (ENSDCDG00000014715)	PM20D2 (ENSDCDG00000014671)	AKIRIN2 (ENSDCDG00000014665)	orc3 (ENSDCDG00000014634)	znf292a (ENSDCDG00000014623)	cga (ENSDCDG00000014603)	syncripl (ENSDCDG00000014510)	SNX14 (ENSDCDG00000013624)	ENSDCDG00000013561 #20	myo6b (ENSDCDG00000013243) #22	ENSDCDG00000013230 #23	bdkrb1 (ENSDCDG00000013229)	colec11 (ENSDCDG00000013226)	ENSDCDG00000013219	sox11a (ENSDCDG00000015657)	CMPK2 (ENSDCDG00000015655)	rsad2 (ENSDCDG00000015651)	rnf144aa (ENSDCDG00000015646)	id2a (ENSDCDG00000015640)	KIDINS220 (ENSDCDG00000015612)	MBOAT2 (ENSDCDG00000015048)	asap2a (ENSDCDG00000013621)	itgb1bp1 (ENSDCDG00000013600)	iah1 (ENSDCDG00000013594)	adam17a (ENSDCDG00000005437)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000164671	ENSGT00940000157459.b	ENSGT00940000156793	ENSGT00390000016216	ENSGT00940000156975.e.b	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000156484.b.e.a.a	ENSGT00940000178910	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000156714.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000155623	ENSGT00940000155734	ENSGT00940000155699.a.a	ENSGT00940000155443.d
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157459.b	ENSGT00940000156793	ENSGT00390000016216	ENSGT00940000156975.e.b	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT01080000259636	ENSGT00940000156484.b.e.a.a	ENSGT00940000178910	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT00940000154484.B.a.b	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701.b	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a
Channel catfish	MODERN SPECIES	28	crip1 (ENSIPUG00000023649)	elmsan1 (ENSIPUG00000023646)	ptgr2 (ENSIPUG00000023638)	tmem62 (ENSIPUG00000023636)	ENSIPUG00000023629	hadhab (ENSIPUG00000023622)	ENSIPUG00000023621	slc30a1b (ENSIPUG00000023619)	kif3cb (ENSIPUG00000023614)	asxl2 (ENSIPUG00000023610)	dtnb (ENSIPUG00000023593)	dnmt3ab (ENSIPUG00000023584)	dpysl5 (ENSIPUG00000023577)	mapre3a (ENSIPUG00000023574)	ENSIPUG00000023566 #20	myo6b (ENSIPUG00000023558) #22	HTR1B (ENSIPUG00000023556) #25	colec11 (ENSIPUG00000023552)	sox11 (ENSIPUG00000023551)	cmpk2 (ENSIPUG00000023548)	rsad2 (ENSIPUG00000023544)	rnf144aa (ENSIPUG00000023528)	adam17a (ENSIPUG00000023481)	iah1 (ENSIPUG00000023477)	ITGB1BP1 (ENSIPUG00000023464)	asap2 (ENSIPUG00000023403)	mboat2 (ENSIPUG00000021660)	KIDINS220 (ENSIPUG00000021377)	ID2 (ENSIPUG00000021368)	ENSIPUG00000021367	ENSIPUG00000021359
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157459.b	ENSGT00940000156793	ENSGT00390000016216	ENSGT00940000156975.e.b	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT01080000259636	ENSGT00940000156484.b.e.a.a	ENSGT00940000178910	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT00940000154484.B.a.b	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000161652.b.a	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00510000048137
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000157459.b	ENSGT00940000156793	ENSGT00390000016216	ENSGT00940000156975.e.b	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT01080000259636	ENSGT00940000156484.b.e.a.a	ENSGT00940000178910	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT00940000154484.B.a.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159377	ENSGT00530000063877.b.a	ENSGT00940000161470.a.b.d	ENSGT00940000155952	ENSGT00880000138038	ENSGT00950000182982.A.a	ENSGT00950000182982.C.c.a	ENSGT01050000244838.D.a.a #37	ENSGT00390000016210	ENSGT00950000182984.a	ENSGT00940000156533
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	33	crip1 (ENSPNAG00000015879)	ENSPNAG00000015910	ptgr2 (ENSPNAG00000015939)	TMEM62 (ENSPNAG00000015959)	ENSPNAG00000015996	hadhab (ENSPNAG00000016106)	ENSPNAG00000016125	slc30a1b (ENSPNAG00000016132)	kif3cb (ENSPNAG00000016169)	ASXL2 (ENSPNAG00000016179)	dtnbb (ENSPNAG00000016352)	dnmt3ab (ENSPNAG00000016534)	dpysl5a (ENSPNAG00000016614)	mapre3a (ENSPNAG00000016644)	ENSPNAG00000016660 #20	myo6b (ENSPNAG00000016938) #22	ENSPNAG00000016997 #23	htr1b (ENSPNAG00000017017)	colec11 (ENSPNAG00000017024)	ENSPNAG00000017107	ENSPNAG00000017132	ENSPNAG00000003468	CMPK2 (ENSPNAG00000017162)	rsad2 (ENSPNAG00000017210)	rnf144aa (ENSPNAG00000017242)	adam17a (ENSPNAG00000017353)	iah1 (ENSPNAG00000017402)	itgb1bp1 (ENSPNAG00000017444)	asap2a (ENSPNAG00000017729)	MBOAT2 (ENSPNAG00000017820)	KIDINS220 (ENSPNAG00000017901)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	24	ENSAMXG00000016770	ptgr2 (ENSAMXG00000016801)	TMEM62 (ENSAMXG00000016834)	ENSAMXG00000033253	hadhab (ENSAMXG00000016894)	slc30a1b (ENSAMXG00000033624)	ENSAMXG00000038010	kif3cb (ENSAMXG00000016963)	ASXL2 (ENSAMXG00000040278)	dtnbb (ENSAMXG00000039786)	ENSAMXG00000034971	dnmt3ab (ENSAMXG00000030597)	dpysl5a (ENSAMXG00000017057)	mapre3a (ENSAMXG00000035032)	ENSAMXG00000031248 #20	myo6b (ENSAMXG00000017107) #22	ENSAMXG00000038125 #23	ENSAMXG00000035833	htr1b (ENSAMXG00000025153)	colec11 (ENSAMXG00000039363)	ENSAMXG00000037587	ENSAMXG00000035898	peli2 (ENSAMXG00000031432)	ktn1 (ENSAMXG00000001465)	MSH4 (ENSAMXG00000001485)	ATG2B (ENSAMXG00000001516)	gskip (ENSAMXG00000033856)	npc2.1 (ENSAMXG00000037536)	isca2 (ENSAMXG00000041534)	EML5 (ENSAMXG00000001591)	ITPK1 (ENSAMXG00000037205)
Electric eel	MODERN SPECIES	508							hadhab (ENSEEEG00000003245)	slc30a1b (ENSEEEG00000003208)	ENSEEEG00000003207	ASXL2 (ENSEEEG00000003206)	dtnbb (ENSEEEG00000003204)	dnmt3ab (ENSEEEG00000002024)	dpysl5a (ENSEEEG00000001992)	mapre3a (ENSEEEG00000001988)	ENSEEEG00000001985 #20	myo6b (ENSEEEG00000001977) #22	HTR1B (ENSEEEG00000001967) #25	colec11 (ENSEEEG00000001964)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000158683.a.a.a.a	ENSGT00940000164671	ENSGT00940000157459.b	ENSGT00940000156793	ENSGT00390000016216	ENSGT00940000154677.b.a	ENSGT00940000156484.b.e.a.a	ENSGT00940000178910	ENSGT00940000153739.a.b.t	ENSGT00520000055578.a.b	ENSGT00940000153897.b.a.b	ENSGT00940000155459.x.b	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000155734	ENSGT00940000167539	ENSGT00940000155699.a.a	ENSGT00940000155443.d	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b	ENSGT00440000033827	ENSGT00940000155982.e.b	ENSGT00390000013305.a.a
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	200								ENSGT00940000178910	ENSGT00940000153739.a.b.t.d	ENSGT00520000055578.a.b.b	ENSGT00940000153897.b.a.b.b	ENSGT00940000155459.x.b.a	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c.a.a #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.d #25	ENSGT00940000159468.c	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000161652.b.b.b.a.a	ENSGT00390000013670.i	ENSGT00940000157701.f.b.a	ENSGT00940000155443.c.a	ENSGT00390000008069.b	ENSGT00390000003990.q.b	ENSGT00940000155623.l	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.o	ENSGT00940000156714.a.b	ENSGT00940000156464.eb.b.b	ENSGT00390000007015.w.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	186								ENSGT00940000178910	ENSGT00940000153739.a.b.t.d	ENSGT00520000055578.a.b.b	ENSGT00940000153897.b.a.b.b	ENSGT00940000155459.x.b.a	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c.a.a #22	ENSGT00940000156078.c.b #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.d #25	ENSGT00940000159468.c	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000161652.b.b.b.a.a	ENSGT00390000013670.i	ENSGT00940000157701.f.b.a	ENSGT00940000155443.c.a	ENSGT00390000008069.a	ENSGT00390000003990.q.a	ENSGT00390000003990.q.b	ENSGT00940000155623.l	ENSGT00940000163467.b.a.b.d.a.a.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.o
Common carp reference	MODERN SPECIES	30	tmem229b (ENSCCRG00000060078)	ENSCCRG00000038349	crip2 (ENSCCRG00000081724)	ENSCCRG00000026314	ENSCCRG00000082359	ptgr2 (ENSCCRG00000068954)	ENSCCRG00000026698	hadhab (ENSCCRG00000018116)	kif3cb (ENSCCRG00000080522)	ENSCCRG00000026832	dtnbb (ENSCCRG00000076932)	dnmt3ab (ENSCCRG00000026851)	dpysl5a (ENSCCRG00000026992)	mapre3a (ENSCCRG00000065137)	ENSCCRG00000027719 #20	myo6b (ENSCCRG00000027793) #22	HTR1B (ENSCCRG00000041042) #25	ENSCCRG00000016524 #23	colec11 (ENSCCRG00000082687)	ENSCCRG00000053134	ENSCCRG00000057630	sox11a (ENSCCRG00000064618)	ENSCCRG00000077898	ENSCCRG00000058522	rsad2 (ENSCCRG00000002099)	rnf144aa (ENSCCRG00000069223)	adam17a (ENSCCRG00000060377)	ENSCCRG00000009012	itgb1bp1 (ENSCCRG00000009017)	asap2a (ENSCCRG00000009059)	ENSCCRG00000077155
Goldfish	MODERN SPECIES	8	crip2 (ENSCARG00000060777)	crip1 (ENSCARG00000060728)	ENSCARG00000060693	ptgr2 (ENSCARG00000060665)	TMEM62 (ENSCARG00000060601)	hadhab (ENSCARG00000056328)	slc30a1b (ENSCARG00000056146)	ENSCARG00000056126	kif3cb (ENSCARG00000056090)	ENSCARG00000055965	dtnbb (ENSCARG00000053334)	dnmt3ab (ENSCARG00000050968)	dpysl5a (ENSCARG00000050873)	mapre3a (ENSCARG00000050854)	ENSCARG00000050835 #20	myo6b (ENSCARG00000050475) #22	ENSCARG00000050407 #23	HTR1B (ENSCARG00000050392) #25	colec11 (ENSCARG00000050371)	ENSCARG00000050358	ENSCARG00000050341	rnf144aa (ENSCARG00000050309)	adam17a (ENSCARG00000037592)	iah1 (ENSCARG00000037431)	itgb1bp1 (ENSCARG00000037420)	rsad2 (ENSCARG00000037380)	asap2a (ENSCARG00000037172)	MBOAT2 (ENSCARG00000036930)	KIDINS220 (ENSCARG00000036445)	id2a (ENSCARG00000036404)	eif2s1a (ENSCARG00000036385)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	1034																ENSGT00940000156078.c.a.b #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.c #25	ENSGT00940000159468.d
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	2557																myo6b (ENSCARG00000063493) #22	ENSCARG00000063144 #23
Goldfish	MODERN SPECIES	2568																myo6b (ENSCARG00000065256) #22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000156078.c.a.b #22
Common carp reference	MODERN SPECIES	4	ENSCCRG00000062562	ENSCCRG00000024868	ENSCCRG00000070712	ptgr2 (ENSCCRG00000067372)	ENSCCRG00000014613	hadhab (ENSCCRG00000078184)	slc30a1b (ENSCCRG00000074185)	kif3cb (ENSCCRG00000079903)	ENSCCRG00000018140	ENSCCRG00000063534	ENSCCRG00000076338	dtnbb (ENSCCRG00000029912)	dnmt3ab (ENSCCRG00000008419)	dpysl5a (ENSCCRG00000058101)	mapre3a (ENSCCRG00000026813)	myo6b (ENSCCRG00000028622) #22	ENSCCRG00000078826	ENSCCRG00000063432 #23	HTR1B (ENSCCRG00000049481) #25	colec11 (ENSCCRG00000041025)	sox11a (ENSCCRG00000060391)	ENSCCRG00000068064	CMPK2 (ENSCCRG00000055315)	rsad2 (ENSCCRG00000001864)	rnf144aa (ENSCCRG00000012999)	adam17a (ENSCCRG00000002200)	iah1 (ENSCCRG00000013979)	itgb1bp1 (ENSCCRG00000013986)	ENSCCRG00000067366	ENSCCRG00000070377	asap2a (ENSCCRG00000014017)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000156078.c.b #22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	186							ENSGT00940000178910	ENSGT00940000153739.a.b.t.d	ENSGT00520000055578.a.b.b	ENSGT00940000153897.b.a.b.b	ENSGT00940000155459.x.b.a	ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a.a	ENSGT00490000043329.a.b.g.a.a	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c.a.a #22	ENSGT00940000156078.c.b #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.d #25	ENSGT00940000159468.c	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000161652.b.b.b.a.a	ENSGT00390000013670.i	ENSGT00940000157701.f.b.a	ENSGT00940000155443.c.a	ENSGT00390000008069.a	ENSGT00390000003990.q.a	ENSGT00390000003990.q.b	ENSGT00940000155623.l	ENSGT00940000163467.b.a.b.d.a.a.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.o	ENSGT00940000156714.a.b
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	188	crip2 (ENSSGRG00000034941)	crip1 (ENSSGRG00000034938)	ENSSGRG00000034928	ptgr2 (ENSSGRG00000034756)	TMEM62 (ENSSGRG00000034754)	hadhab (ENSSGRG00000034752)	slc30a1b (ENSSGRG00000034750)	ENSSGRG00000034749	kif3cb (ENSSGRG00000034748)	kif3cb (ENSSGRG00000034747)	ASXL2 (ENSSGRG00000034746)	dtnbb (ENSSGRG00000034708)	dnmt3ab (ENSSGRG00000034588)	dpysl5a (ENSSGRG00000034222)	mapre3a (ENSSGRG00000034213)	myo6b (ENSSGRG00000031310) #22	ENSSGRG00000031282 #23	HTR1B (ENSSGRG00000031281) #25	colec11 (ENSSGRG00000031280)	sox11a (ENSSGRG00000031279)
Zebrafish	MODERN SPECIES	8	ENSDARG00000096902	ENSDARG00000053864	ptgr2 (ENSDARG00000070673)	TMEM62 (ENSDARG00000053890)	ENSDARG00000117189	hadhab (ENSDARG00000060594)	slc30a1b (ENSDARG00000053896)	kif3cb (ENSDARG00000079500)	ASXL2 (ENSDARG00000076501)	dtnbb (ENSDARG00000013020)	dnmt3ab (ENSDARG00000015566)	ENSDARG00000109649	dpysl5a (ENSDARG00000011141)	mapre3a (ENSDARG00000020231)	ENSDARG00000079992 #20	myo6b (ENSDARG00000042141) #22	ENSDARG00000074839 #23	htr1b (ENSDARG00000053987)	colec11 (ENSDARG00000013266)	ENSDARG00000103264	sox11a (ENSDARG00000077811)	ENSDARG00000111789	CMPK2 (ENSDARG00000031359)	rsad2 (ENSDARG00000004952)	rnf144aa (ENSDARG00000020600)	adam17a (ENSDARG00000043213)	iah1 (ENSDARG00000015765)	itgb1bp1 (ENSDARG00000007169)	asap2a (ENSDARG00000010181)	MBOAT2 (ENSDARG00000031845)	KIDINS220 (ENSDARG00000031240)
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Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
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Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158830	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158830	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1679															colec11 (ENSAOCG00000018720)	myo6b (ENSAOCG00000018679) #22	HTR1B (ENSAOCG00000018599) #25	nt5e (ENSAOCG00000018583)	SNX14 (ENSAOCG00000018516)	syncripl (ENSAOCG00000018281)	cga (ENSAOCG00000018268)	ENSAOCG00000018261	ENSAOCG00000018237	orc3 (ENSAOCG00000002666)	akirin2 (ENSAOCG00000018165)	GABRR1 (ENSAOCG00000018122)	tonsl (ENSAOCG00000018080)	ENSAOCG00000018052	STAC (ENSAOCG00000018036)	mtfr1l (ENSAOCG00000017991)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	9	lrr1 (ENSAPEG00000021284)	ENSAPEG00000021268	ENSAPEG00000021253	CPSF3 (ENSAPEG00000021167)	itgb1bp1 (ENSAPEG00000021111)	asap2a (ENSAPEG00000021017)	MBOAT2 (ENSAPEG00000020881)	KIDINS220 (ENSAPEG00000020697)	id2a (ENSAPEG00000020671)	rnf144aa (ENSAPEG00000020647)	rsad2 (ENSAPEG00000020627)	CMPK2 (ENSAPEG00000020584)	sox11a (ENSAPEG00000020575)	ENSAPEG00000020558	colec11 (ENSAPEG00000020543)	myo6b (ENSAPEG00000020486) #22	ENSAPEG00000020461 #23	HTR1B (ENSAPEG00000020445) #25	nt5e (ENSAPEG00000020431)	SNX14 (ENSAPEG00000020310)	syncripl (ENSAPEG00000020251)	cga (ENSAPEG00000019701)	znf292a (ENSAPEG00000019624)	orc3 (ENSAPEG00000019356)	akirin2 (ENSAPEG00000019315)	CNR1 (ENSAPEG00000019293)	GABRR1 (ENSAPEG00000019277)	tonsl (ENSAPEG00000019090)	ENSAPEG00000019073	STAC (ENSAPEG00000018988)	mtfr1l (ENSAPEG00000018973)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	13				CPSF3 (ENSAPOG00000012241)	itgb1bp1 (ENSAPOG00000012283)	asap2a (ENSAPOG00000012445)	MBOAT2 (ENSAPOG00000012495)	KIDINS220 (ENSAPOG00000012604)	id2a (ENSAPOG00000012632)	rnf144aa (ENSAPOG00000012675)	CMPK2 (ENSAPOG00000012698)	rsad2 (ENSAPOG00000012740)	sox11a (ENSAPOG00000012759)	ENSAPOG00000012793	colec11 (ENSAPOG00000012840)	myo6b (ENSAPOG00000012997) #22	nt5e (ENSAPOG00000013170)	SNX14 (ENSAPOG00000013313)	syncripl (ENSAPOG00000013389)	cga (ENSAPOG00000013410)	znf292a (ENSAPOG00000013515)	orc3 (ENSAPOG00000013547)	akirin2 (ENSAPOG00000013585)	HTR1B (ENSAPOG00000013604) #25	ENSAPOG00000013616	tonsl (ENSAPOG00000013799)	ENSAPOG00000013814	STAC (ENSAPOG00000013886)	mtfr1l (ENSAPOG00000000899)	ENSAPOG00000013990	selenon (ENSAPOG00000014034)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	414											rsad2 (ENSSPAG00000019153)	CMPK2 (ENSSPAG00000019141)	sox11a (ENSSPAG00000019132)	ENSSPAG00000019117	colec11 (ENSSPAG00000019098)	myo6b (ENSSPAG00000019042) #22	ENSSPAG00000019022 #23	nt5e (ENSSPAG00000019011)	SNX14 (ENSSPAG00000018976)	syncripl (ENSSPAG00000018946)	cga (ENSSPAG00000018938)	znf292a (ENSSPAG00000018888)	orc3 (ENSSPAG00000018763)	akirin2 (ENSSPAG00000018738)	HTR1B (ENSSPAG00000018718) #25	PM20D2 (ENSSPAG00000018703)	GABRR1 (ENSSPAG00000018680)	tonsl (ENSSPAG00000018558)	nkl.4 (ENSSPAG00000018497)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.n	ENSGT00940000175159
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.m.b	ENSGT00940000175159
Nile tilapia	MODERN SPECIES	10	ENSONIG00000003699	ENSONIG00000037802	DNAJC30 (ENSONIG00000003697)	CPSF3 (ENSONIG00000003694)	itgb1bp1 (ENSONIG00000003692)	asap2a (ENSONIG00000003679)	MBOAT2 (ENSONIG00000003677)	KIDINS220 (ENSONIG00000003667)	id2a (ENSONIG00000003666)	rnf144aa (ENSONIG00000003661)	rsad2 (ENSONIG00000003658)	CMPK2 (ENSONIG00000003657)	sox11a (ENSONIG00000020631)	ENSONIG00000003654	colec11 (ENSONIG00000003648)	myo6b (ENSONIG00000003639) #22	ENSONIG00000003638 #23	HTR1B (ENSONIG00000020630) #25	nt5e (ENSONIG00000003636)	SNX14 (ENSONIG00000003627)	syncripl (ENSONIG00000003626)	cga (ENSONIG00000029454)	znf292a (ENSONIG00000036202)	orc3 (ENSONIG00000003618)	akirin2 (ENSONIG00000003613)	CNR1 (ENSONIG00000020629)	PM20D2 (ENSONIG00000003610)	GABRR1 (ENSONIG00000003600)	tonsl (ENSONIG00000003595)	ENSONIG00000003594	ENSONIG00000003593
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.m.b	ENSGT00510000050935.n
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	299	lrr1 (ENSNBRG00000010478)	ENSNBRG00000010486	DNAJC30 (ENSNBRG00000010503)	CPSF3 (ENSNBRG00000010525)	itgb1bp1 (ENSNBRG00000010578)	ENSNBRG00000010603	ENSNBRG00000010674	MBOAT2 (ENSNBRG00000010697)	KIDINS220 (ENSNBRG00000010767)	id2a (ENSNBRG00000010844)	rnf144aa (ENSNBRG00000010857)	rsad2 (ENSNBRG00000010881)	CMPK2 (ENSNBRG00000010902)	sox11a (ENSNBRG00000010925)	colec11 (ENSNBRG00000010953)	myo6b (ENSNBRG00000010983) #22	ENSNBRG00000011048 #23	HTR1B (ENSNBRG00000011065) #25
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158830	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.m.b	ENSGT00940000175159
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	341														ENSHBUG00000022378	colec11 (ENSHBUG00000022426)	myo6b (ENSHBUG00000022510) #22	HTR1B (ENSHBUG00000022532) #25	nt5e (ENSHBUG00000022566)	SNX14 (ENSHBUG00000022638)	syncripl (ENSHBUG00000022652)	cga (ENSHBUG00000022666)	znf292a (ENSHBUG00000022704)	orc3 (ENSHBUG00000000698)	akirin2 (ENSHBUG00000022735)	CNR1 (ENSHBUG00000022744)	PM20D2 (ENSHBUG00000022772)	GABRR1 (ENSHBUG00000022836)	tonsl (ENSHBUG00000022864)	ENSHBUG00000022914	ENSHBUG00000001105	ENSHBUG00000022993
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158830	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.m.b	ENSGT00510000050935.n
P. nyererei	MODERN SPECIES	305	ENSPNYG00000021095	lrr1 (ENSPNYG00000021083)	ENSPNYG00000021077	CPSF3 (ENSPNYG00000021047)	itgb1bp1 (ENSPNYG00000021027)	asap2a (ENSPNYG00000020960)	MBOAT2 (ENSPNYG00000020920)	KIDINS220 (ENSPNYG00000020827)	id2a (ENSPNYG00000020798)	rnf144aa (ENSPNYG00000020780)	rsad2 (ENSPNYG00000020767)	CMPK2 (ENSPNYG00000020756)	sox11a (ENSPNYG00000020727)	ENSPNYG00000020715	colec11 (ENSPNYG00000020689)	myo6b (ENSPNYG00000020617) #22	HTR1B (ENSPNYG00000020596) #25	nt5e (ENSPNYG00000020564)	SNX14 (ENSPNYG00000020425)	syncripl (ENSPNYG00000020378)	cga (ENSPNYG00000020359)	znf292a (ENSPNYG00000020334)	orc3 (ENSPNYG00000020295)	akirin2 (ENSPNYG00000020276)	CNR1 (ENSPNYG00000020262)	PM20D2 (ENSPNYG00000020234)	GABRR1 (ENSPNYG00000020210)	tonsl (ENSPNYG00000020153)	ENSPNYG00000020141	ENSPNYG00000020120	ENSPNYG00000020105
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158830	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.m.b	ENSGT00940000175159
Eastern happy	MODERN SPECIES	10	ENSACLG00000018896	DNAJC30 (ENSACLG00000018883)	CPSF3 (ENSACLG00000018846)	itgb1bp1 (ENSACLG00000018819)	asap2a (ENSACLG00000018689)	MBOAT2 (ENSACLG00000018621)	KIDINS220 (ENSACLG00000018395)	id2a (ENSACLG00000018370)	ENSACLG00000018346	rnf144aa (ENSACLG00000018318)	rsad2 (ENSACLG00000018305)	CMPK2 (ENSACLG00000018300)	sox11a (ENSACLG00000018253)	ENSACLG00000018201	colec11 (ENSACLG00000018173)	myo6b (ENSACLG00000018057) #22	ENSACLG00000017993 #23	HTR1B (ENSACLG00000017966) #25	nt5e (ENSACLG00000017921)	SNX14 (ENSACLG00000017437)	syncripl (ENSACLG00000017401)	cga (ENSACLG00000017361)	znf292a (ENSACLG00000017305)	orc3 (ENSACLG00000017229)	akirin2 (ENSACLG00000017276)	CNR1 (ENSACLG00000017222)	PM20D2 (ENSACLG00000017203)	GABRR1 (ENSACLG00000017149)	tonsl (ENSACLG00000017120)	ENSACLG00000017053	ENSACLG00000017024
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1101	lrr1 (ENSMZEG00005006361)	ENSMZEG00005006350	ENSMZEG00005006331	CPSF3 (ENSMZEG00005006258)	itgb1bp1 (ENSMZEG00005006230)	asap2a (ENSMZEG00005006144)	MBOAT2 (ENSMZEG00005006092)	KIDINS220 (ENSMZEG00005005897)	id2a (ENSMZEG00005005852)	ENSMZEG00005005837	rnf144aa (ENSMZEG00005005823)	rsad2 (ENSMZEG00005005804)	CMPK2 (ENSMZEG00005005795)	sox11a (ENSMZEG00005005783)	colec11 (ENSMZEG00005005759)	myo6b (ENSMZEG00005005718) #22	HTR1B (ENSMZEG00005005700) #25	nt5e (ENSMZEG00005005679)	SNX14 (ENSMZEG00005005563)	syncripl (ENSMZEG00005005512)	cga (ENSMZEG00005005501)	znf292a (ENSMZEG00005005464)	orc3 (ENSMZEG00005005445)	akirin2 (ENSMZEG00005005420)	CNR1 (ENSMZEG00005005413)	PM20D2 (ENSMZEG00005005396)	GABRR1 (ENSMZEG00005005352)	tonsl (ENSMZEG00005005304)	ENSMZEG00005005266	ENSMZEG00005005242	ENSMZEG00005005224
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00510000048466	ENSGT00940000158830	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1625	DNAJC30 (ENSNFUG00015019949)	CPSF3 (ENSNFUG00015019899)	ITGB1BP1 (ENSNFUG00015019885)	asap2a (ENSNFUG00015011782)	MBOAT2A (ENSNFUG00015010505)	KIDINS220 (ENSNFUG00015010375)	ID2 (ENSNFUG00015010343)	ENSNFUG00015010338	RNF144AA (ENSNFUG00015010324)	RSAD2 (ENSNFUG00015010312)	CMPK2 (ENSNFUG00015010303)	sox11a (ENSNFUG00015010294)	ENSNFUG00015010291	ENSNFUG00015010280	colec11 (ENSNFUG00015010183)	myo6b (ENSNFUG00015009873) #22	ENSNFUG00015009735 #23	HTR1B (ENSNFUG00015009723) #25	SNX14 (ENSNFUG00015009489)	SYNCRIPL (ENSNFUG00015008875)	cga (ENSNFUG00015008843)	znf292a (ENSNFUG00015008837)	orc3 (ENSNFUG00015008746)	akirin2 (ENSNFUG00015008723)	CNR1 (ENSNFUG00015008716)	ENSNFUG00015008715	PM20D2 (ENSNFUG00015008656)	ENSNFUG00015008594	tonsl (ENSNFUG00015008533)	nkl.4 (ENSNFUG00015008528)	STAC (ENSNFUG00015008525)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	1	dnaaf2 (ENSKMAG00000007233)	lrr1 (ENSKMAG00000007271)	ENSKMAG00000007295	CPSF3 (ENSKMAG00000007317)	itgb1bp1 (ENSKMAG00000007363)	asap2a (ENSKMAG00000007390)	MBOAT2 (ENSKMAG00000007430)	KIDINS220 (ENSKMAG00000007490)	id2a (ENSKMAG00000007700)	rnf144aa (ENSKMAG00000007711)	rsad2 (ENSKMAG00000007745)	CMPK2 (ENSKMAG00000007763)	sox11a (ENSKMAG00000007776)	ENSKMAG00000007798	colec11 (ENSKMAG00000007884)	myo6b (ENSKMAG00000007926) #22	ENSKMAG00000008023 #23	HTR1B (ENSKMAG00000008060) #25	SNX14 (ENSKMAG00000008141)	syncripl (ENSKMAG00000008428)	cga (ENSKMAG00000008463)	znf292a (ENSKMAG00000008508)	orc3 (ENSKMAG00000008522)	CNR1 (ENSKMAG00000008555)	akirin2 (ENSKMAG00000008579)	PM20D2 (ENSKMAG00000008590)	ENSKMAG00000008639	tonsl (ENSKMAG00000008692)	ENSKMAG00000008789	STAC (ENSKMAG00000008843)	mtfr1l (ENSKMAG00000008877)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00940000155699.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.o	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	105	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00940000155699.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.p	ENSGT00510000050935.o	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
Mummichog	MODERN SPECIES	2244	ENSFHEG00000012134	DNAJC30 (ENSFHEG00000012148)	CPSF3 (ENSFHEG00000012186)	ENSFHEG00000012215	itgb1bp1 (ENSFHEG00000012238)	asap2a (ENSFHEG00000012429)	MBOAT2 (ENSFHEG00000012500)	KIDINS220 (ENSFHEG00000012566)	id2a (ENSFHEG00000012574)	rnf144aa (ENSFHEG00000012596)	rsad2 (ENSFHEG00000012614)	CMPK2 (ENSFHEG00000012621)	sox11a (ENSFHEG00000012641)	ENSFHEG00000012664	colec11 (ENSFHEG00000012712)	myo6b (ENSFHEG00000012801) #22	HTR1B (ENSFHEG00000012822) #25	SNX14 (ENSFHEG00000012903)	syncripl (ENSFHEG00000012955)	cga (ENSFHEG00000013002)	znf292a (ENSFHEG00000013010)	orc3 (ENSFHEG00000013616)	akirin2 (ENSFHEG00000013676)	CNR1 (ENSFHEG00000013716)	PM20D2 (ENSFHEG00000013734)	ENSFHEG00000014095	tonsl (ENSFHEG00000014123)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	444														colec11 (ENSCVAG00000019725)	ENSCVAG00000019733	myo6b (ENSCVAG00000019840) #22	HTR1B (ENSCVAG00000019850) #25	SNX14 (ENSCVAG00000019935)	syncripl (ENSCVAG00000019995)	cga (ENSCVAG00000020214)	znf292a (ENSCVAG00000020280)	orc3 (ENSCVAG00000020297)	akirin2 (ENSCVAG00000020311)	CNR1 (ENSCVAG00000020316)	PM20D2 (ENSCVAG00000020343)	GABRR1 (ENSCVAG00000020377)	tonsl (ENSCVAG00000020498)	ENSCVAG00000020569	ENSCVAG00000020578	STAC (ENSCVAG00000020606)	mtfr1l (ENSCVAG00000020659)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00940000155699.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.o	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00940000155699.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01060000248676.b.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.o	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	192	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00940000155699.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23
Amazon molly	MODERN SPECIES	428	ENSPFOG00000019927	CPSF3 (ENSPFOG00000010418)	DNAJC30 (ENSPFOG00000019928)	itgb1bp1 (ENSPFOG00000010590)	asap2a (ENSPFOG00000010657)	MBOAT2 (ENSPFOG00000011153)	KIDINS220 (ENSPFOG00000011369)	id2a (ENSPFOG00000011911)	rnf144aa (ENSPFOG00000011914)	rsad2 (ENSPFOG00000011996)	CMPK2 (ENSPFOG00000012030)	sox11a (ENSPFOG00000012053)	sox11a (ENSPFOG00000012067)	ENSPFOG00000012080	colec11 (ENSPFOG00000012098)	MYO6 (ENSPFOG00000012146) #22	ENSPFOG00000012635 #23
Sailfin molly	MODERN SPECIES	3096																MYO6 (ENSPLAG00000022835) #22
Guppy	MODERN SPECIES	453										rnf144aa (ENSPREG00000021436)	rsad2 (ENSPREG00000021423)	CMPK2 (ENSPREG00000021415)	sox11a (ENSPREG00000021397)	ENSPREG00000021385	colec11 (ENSPREG00000021372)	MYO6 (ENSPREG00000021345) #22	ENSPREG00000021259 #23	HTR1B (ENSPREG00000021233) #25	SNX14 (ENSPREG00000021048)	syncripl (ENSPREG00000020979)	cga (ENSPREG00000020966)	ENSPREG00000020954	znf292a (ENSPREG00000020941)	orc3 (ENSPREG00000020918)	akirin2 (ENSPREG00000020752)	CNR1 (ENSPREG00000020723)	PM20D2 (ENSPREG00000020706)	GABRR1 (ENSPREG00000020682)	tonsl (ENSPREG00000020542)	nkl.4 (ENSPREG00000020508)	STAC (ENSPREG00000020457)
Platyfish	MODERN SPECIES	10	ENSXMAG00000006107 ##19	ENSXMAG00000006108	DNAJC30 (ENSXMAG00000006114)	CPSF3 (ENSXMAG00000027291)	itgb1bp1 (ENSXMAG00000008120)	asap2a (ENSXMAG00000008066)	MBOAT2 (ENSXMAG00000008038)	KIDINS220 (ENSXMAG00000011964)	rnf144aa (ENSXMAG00000028111)	rsad2 (ENSXMAG00000008017)	CMPK2 (ENSXMAG00000008016)	sox11a (ENSXMAG00000025941)	ENSXMAG00000008014	colec11 (ENSXMAG00000008006)	ENSXMAG00000027282	MYO6 (ENSXMAG00000007951) #22	ENSXMAG00000007941 #23	HTR1B (ENSXMAG00000019721) #25	SNX14 (ENSXMAG00000007897)	syncripl (ENSXMAG00000007881)	ENSXMAG00000029779	cga (ENSXMAG00000007878)	ENSXMAG00000028391	ENSXMAG00000027043	orc3 (ENSXMAG00000007863)	akirin2 (ENSXMAG00000007854)	CNR1 (ENSXMAG00000019720)	PM20D2 (ENSXMAG00000026707)	GABRR1 (ENSXMAG00000025265)	tonsl (ENSXMAG00000007828)	ENSXMAG00000007827
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155982.e.a	ENSGT00510000048466	ENSGT00940000158830	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155982.e.a	ENSGT00510000048466	ENSGT00940000158830	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Indian medaka	MODERN SPECIES		ENSOMEG00000008025	lrr1 (ENSOMEG00000008045)	ENSOMEG00000008058	ENSOMEG00000008064	itgb1bp1 (ENSOMEG00000008093)	asap2a (ENSOMEG00000008132)	MBOAT2 (ENSOMEG00000008176)	id2a (ENSOMEG00000008195)	KIDINS220 (ENSOMEG00000008505)	rnf144aa (ENSOMEG00000008683)	rsad2 (ENSOMEG00000008741)	CMPK2 (ENSOMEG00000008757)	sox11a (ENSOMEG00000008780)	ENSOMEG00000008800	colec11 (ENSOMEG00000008834)	myo6b (ENSOMEG00000009075) #22	ENSOMEG00000009169 #23	HTR1B (ENSOMEG00000009193) #25	nt5e (ENSOMEG00000009231)	SNX14 (ENSOMEG00000009486)	syncripl (ENSOMEG00000009597)	cga (ENSOMEG00000009616)	znf292a (ENSOMEG00000009670)	orc3 (ENSOMEG00000009718)	akirin2 (ENSOMEG00000009746)	CNR1 (ENSOMEG00000009755)	PM20D2 (ENSOMEG00000009778)	ENSOMEG00000009802	tonsl (ENSOMEG00000009846)	ENSOMEG00000009864	ENSOMEG00000009939
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	14	ENSOJAG00000018136	DNAAF2 (ENSOJAG00000018144)	lrr1 (ENSOJAG00000018152)	ENSOJAG00000018166	DNAJC30 (ENSOJAG00000018194)	itgb1bp1 (ENSOJAG00000018214)	asap2a (ENSOJAG00000018295)	MBOAT2 (ENSOJAG00000019109)	KIDINS220 (ENSOJAG00000019184)	id2a (ENSOJAG00000019329)	rnf144aa (ENSOJAG00000019341)	rsad2 (ENSOJAG00000019358)	CMPK2 (ENSOJAG00000019419)	sox11a (ENSOJAG00000019428)	colec11 (ENSOJAG00000019439)	myo6b (ENSOJAG00000019470) #22	HTR1B (ENSOJAG00000019625) #25	nt5e (ENSOJAG00000019656)	SNX14 (ENSOJAG00000019816)	syncripl (ENSOJAG00000020465)	cga (ENSOJAG00000020712)	znf292a (ENSOJAG00000020729)	orc3 (ENSOJAG00000020829)	akirin2 (ENSOJAG00000021234)	CNR1 (ENSOJAG00000021236)	PM20D2 (ENSOJAG00000021244)	ENSOJAG00000021258	tonsl (ENSOJAG00000021364)	ENSOJAG00000021407	ENSOJAG00000021414	mtfr1l (ENSOJAG00000021428)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155982.e.a	ENSGT00510000048466	ENSGT00940000158830	ENSGT00390000013762.b.b	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT00940000168150.a	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	14	lrr1 (ENSORLG00000015179)	ENSORLG00000015168	ENSORLG00000015167	itgb1bp1 (ENSORLG00000015163)	asap2a (ENSORLG00000015141)	ENSORLG00000023641	MBOAT2 (ENSORLG00000015073)	KIDINS220 (ENSORLG00000015049)	id2a (ENSORLG00000015015)	rnf144aa (ENSORLG00000015013)	rsad2 (ENSORLG00000020391)	CMPK2 (ENSORLG00000025821)	sox11a (ENSORLG00000014996)	ENSORLG00000026148	colec11 (ENSORLG00000014991)	myo6b (ENSORLG00000014977) #22	ENSORLG00000030609 #23	nt5e (ENSORLG00000014932)	SNX14 (ENSORLG00000014899)	syncripl (ENSORLG00000014840)	cga (ENSORLG00000022598)	znf292a (ENSORLG00000014801)	orc3 (ENSORLG00000014787)	AKIRIN2 (ENSORLG00000029748)	HTR1B (ENSORLG00000014940) #25	ENSORLG00000014750	ENSORLG00000014740	tonsl (ENSORLG00000014714)	ENSORLG00000022450	STAC (ENSORLG00000014686)	mtfr1l (ENSORLG00000014664)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Tetraodon	MODERN SPECIES	1	ywhaqb (ENSTNIG00000004120)	adam17a (ENSTNIG00000017316)	iah1 (ENSTNIG00000017315)	DNAJC30 (ENSTNIG00000017314)	CPSF3 (ENSTNIG00000017313)	itgb1bp1 (ENSTNIG00000017312)	asap2a (ENSTNIG00000017311)	MBOAT2 (ENSTNIG00000017310)	KIDINS220 (ENSTNIG00000017309)	id2a (ENSTNIG00000017308)	rnf144aa (ENSTNIG00000017307)	rsad2 (ENSTNIG00000017306)	CMPK2 (ENSTNIG00000017305)	sox11a (ENSTNIG00000017304)	colec11 (ENSTNIG00000017303)	myo6b (ENSTNIG00000017302) #22	ENSTNIG00000017301 #23	SNX14 (ENSTNIG00000017300)	syncripl (ENSTNIG00000017299)	znf292a (ENSTNIG00000017298)	orc3 (ENSTNIG00000002054)	akirin2 (ENSTNIG00000017297)	CNR1 (ENSTNIG00000017296)	PM20D2 (ENSTNIG00000017295)	GABRR1 (ENSTNIG00000017294)	tonsl (ENSTNIG00000017293)	ENSTNIG00000001275	STAC (ENSTNIG00000017292)	mtfr1l (ENSTNIG00000017291)	ENSTNIG00000017290	selenon (ENSTNIG00000017289)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Pike perch	MODERN SPECIES	5	iah1 (ENSSLUG00000012385)	ENSSLUG00000012398	CPSF3 (ENSSLUG00000012454)	itgb1bp1 (ENSSLUG00000013021)	asap2a (ENSSLUG00000013070)	MBOAT2 (ENSSLUG00000013633)	KIDINS220 (ENSSLUG00000013706)	id2a (ENSSLUG00000013806)	ENSSLUG00000013813	rnf144aa (ENSSLUG00000013822)	rsad2 (ENSSLUG00000013832)	CMPK2 (ENSSLUG00000013856)	sox11a (ENSSLUG00000013861)	ENSSLUG00000013873	colec11 (ENSSLUG00000013898)	myo6b (ENSSLUG00000014112) #22	ENSSLUG00000018750 #23	nt5e (ENSSLUG00000018779)	SNX14 (ENSSLUG00000018965)	syncripl (ENSSLUG00000020262)	cga (ENSSLUG00000020889)	ENSSLUG00000020894	ENSSLUG00000020900	ENSSLUG00000020902	orc3 (ENSSLUG00000020927)	akirin2 (ENSSLUG00000021052)	CNR1 (ENSSLUG00000021060)	PM20D2 (ENSSLUG00000021063)	GABRR1 (ENSSLUG00000021068)	tonsl (ENSSLUG00000021072)	nkl.2 (ENSSLUG00000021075)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	14	grhl1 (ENSCGOG00000004378)	ywhaqb (ENSCGOG00000004370)	adam17a (ENSCGOG00000002865)	iah1 (ENSCGOG00000002724)	DNAJC30 (ENSCGOG00000002696)	CPSF3 (ENSCGOG00000023997)	itgb1bp1 (ENSCGOG00000023982)	asap2a (ENSCGOG00000023513)	MBOAT2 (ENSCGOG00000023442)	id2a (ENSCGOG00000023437)	rnf144aa (ENSCGOG00000023424)	rsad2 (ENSCGOG00000023420)	CMPK2 (ENSCGOG00000023419)	sox11a (ENSCGOG00000023417)	colec11 (ENSCGOG00000023415)	myo6b (ENSCGOG00000022238) #22	ENSCGOG00000022186 #23	HTR1B (ENSCGOG00000022185) #25	nt5e (ENSCGOG00000022171)	SNX14 (ENSCGOG00000022079)	syncripl (ENSCGOG00000021780)	cga (ENSCGOG00000021768)	ENSCGOG00000021767	ENSCGOG00000021765	ENSCGOG00000021764	orc3 (ENSCGOG00000021416)	akirin2 (ENSCGOG00000021732)	CNR1 (ENSCGOG00000021407)	PM20D2 (ENSCGOG00000021403)	GABRR1 (ENSCGOG00000021380)	tonsl (ENSCGOG00000021291)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00940000168150.a	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	14	ywhaqb (ENSCLMG00005018194)	adam17a (ENSCLMG00005018220)	iah1 (ENSCLMG00005019093)	ENSCLMG00005019095	CPSF3 (ENSCLMG00005019097)	itgb1bp1 (ENSCLMG00005019106)	asap2a (ENSCLMG00005019112)	MBOAT2 (ENSCLMG00005019260)	KIDINS220 (ENSCLMG00005019656)	id2a (ENSCLMG00005019678)	rnf144aa (ENSCLMG00005019682)	rsad2 (ENSCLMG00005019686)	CMPK2 (ENSCLMG00005019688)	sox11a (ENSCLMG00005019689)	colec11 (ENSCLMG00005019691)	myo6b (ENSCLMG00005019728) #22	HTR1B (ENSCLMG00005021511) #25	ENSCLMG00005021512	SNX14 (ENSCLMG00005021516)	syncripl (ENSCLMG00005021544)	cga (ENSCLMG00005021590)	ENSCLMG00005021594	ENSCLMG00005021596	orc3 (ENSCLMG00005021601)	AKIRIN2 (ENSCLMG00005021622)	CNR1 (ENSCLMG00005021624)	PM20D2 (ENSCLMG00005021626)	GABRR1 (ENSCLMG00005021657)	tonsl (ENSCLMG00005010170)	nkl.4 (ENSCLMG00005010197)	STAC (ENSCLMG00005010203)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
European seabass	MODERN SPECIES	2	ENSDLAG00005029103	GRHL1 (ENSDLAG00005021618)	adam17a (ENSDLAG00005021725)	CPSF3 (ENSDLAG00005033990)	ENSDLAG00005022276	itgb1bp1 (ENSDLAG00005031190)	asap2a (ENSDLAG00005022506)	MBOAT2 (ENSDLAG00005022959)	KIDINS220 (ENSDLAG00005023139)	id2a (ENSDLAG00005023242)	rsad2 (ENSDLAG00005030006)	CMPK2 (ENSDLAG00005023255)	sox11a (ENSDLAG00005023259)	ENSDLAG00005023263	colec11 (ENSDLAG00005023271)	MYO6 (ENSDLAG00005023283) #22	ENSDLAG00005000076 #23	HTR1B (ENSDLAG00005000083) #25	NT5E (ENSDLAG00005000098)	ENSDLAG00005000220	SYNCRIP (ENSDLAG00005000325)	cga (ENSDLAG00005000366)	znf292a (ENSDLAG00005000374)	orc3 (ENSDLAG00005000399)	CNR1 (ENSDLAG00005032092)	PM20D2 (ENSDLAG00005034721)	GABRR1 (ENSDLAG00005000470)	ENSDLAG00005031600	ENSDLAG00005032399	ENSDLAG00005032849	ENSDLAG00005028699
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	495	adam17a (ENSLCRG00005013789)	iah1 (ENSLCRG00005013787)	DNAJC30 (ENSLCRG00005013786)	CPSF3 (ENSLCRG00005013210)	itgb1bp1 (ENSLCRG00005013206)	asap2a (ENSLCRG00005013183)	MBOAT2 (ENSLCRG00005012815)	KIDINS220 (ENSLCRG00005012769)	id2a (ENSLCRG00005012765)	rnf144aa (ENSLCRG00005012763)	Rsad2 (ENSLCRG00005012761)	CMPK2 (ENSLCRG00005012760)	sox11a (ENSLCRG00005012759)	ENSLCRG00005012756	colec11 (ENSLCRG00005012754)	myo6b (ENSLCRG00005012749) #22	ENSLCRG00005012741 #23	HTR1B (ENSLCRG00005012739) #25	nt5e (ENSLCRG00005012675)	SNX14 (ENSLCRG00005012664)	syncripl (ENSLCRG00005012514)	cga (ENSLCRG00005012512)	znf292a (ENSLCRG00005012511)	orc3 (ENSLCRG00005011979)	akirin2 (ENSLCRG00005011935)	CNR1 (ENSLCRG00005011929)	PM20D2 (ENSLCRG00005011927)	GABRR1 (ENSLCRG00005011886)	tonsl (ENSLCRG00005011874)	ENSLCRG00005011871	nkl.4 (ENSLCRG00005011866)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	7	adam17a (ENSSAUG00010026004)	iah1 (ENSSAUG00010026068)	DNAJC30 (ENSSAUG00010026069)	CPSF3 (ENSSAUG00010026070)	ITGB1BP1 (ENSSAUG00010026080)	asap2a (ENSSAUG00010026088)	MBOAT2 (ENSSAUG00010026126)	KIDINS220 (ENSSAUG00010026205)	ENSSAUG00010026230	ENSSAUG00010026231	rnf144aa (ENSSAUG00010026235)	rsad2 (ENSSAUG00010026238)	CMPK2 (ENSSAUG00010026241)	ENSSAUG00010026251	colec11 (ENSSAUG00010026257)	myo6b (ENSSAUG00010026268) #22	ENSSAUG00010026283 #23	HTR1B (ENSSAUG00010026290) #25	nt5e (ENSSAUG00010026291)	SNX14 (ENSSAUG00010026308)	syncripl (ENSSAUG00010026378)	fcf1 (ENSSAUG00010026394)	AREL1 (ENSSAUG00010026398)	ENSSAUG00010026409	pomt2 (ENSSAUG00010026474)	lin52 (ENSSAUG00010026479)	VSX2 (ENSSAUG00010026481)	SYNDIG1L (ENSSAUG00010026482)	RASGRP1 (ENSSAUG00010026486)	ENSSAUG00010026643	DLL4 (ENSSAUG00010026645)
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	151	ywhaqb (ENSLBEG00000013306)	adam17a (ENSLBEG00000013365)	iah1 (ENSLBEG00000013431)	DNAJC30 (ENSLBEG00000013458)	CPSF3 (ENSLBEG00000013492)	itgb1bp1 (ENSLBEG00000013544)	asap2a (ENSLBEG00000013596)	MBOAT2 (ENSLBEG00000013695)	KIDINS220 (ENSLBEG00000013849)	id2a (ENSLBEG00000014100)	rnf144aa (ENSLBEG00000014121)	rsad2 (ENSLBEG00000014151)	CMPK2 (ENSLBEG00000014178)	sox11a (ENSLBEG00000014198)	colec11 (ENSLBEG00000014219)	myo6b (ENSLBEG00000014283) #22	ENSLBEG00000014455 #23	ENSLBEG00000014470 #23	HTR1B (ENSLBEG00000014485) #25	SNX14 (ENSLBEG00000014597)	syncripl (ENSLBEG00000014984)	cga (ENSLBEG00000015050)	znf292a (ENSLBEG00000015092)	orc3 (ENSLBEG00000015166)	akirin2 (ENSLBEG00000015205)	CNR1 (ENSLBEG00000015231)	PM20D2 (ENSLBEG00000015253)	ENSLBEG00000015295	tonsl (ENSLBEG00000015342)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b
Climbing perch	MODERN SPECIES	13	adam17a (ENSATEG00000014598)	iah1 (ENSATEG00000014577)	ENSATEG00000026609	CPSF3 (ENSATEG00000014525)	itgb1bp1 (ENSATEG00000014508)	asap2a (ENSATEG00000014440)	MBOAT2 (ENSATEG00000014426)	KIDINS220 (ENSATEG00000014330)	id2a (ENSATEG00000014295)	rnf144aa (ENSATEG00000025612)	rsad2 (ENSATEG00000014261)	CMPK2 (ENSATEG00000014256)	sox11a (ENSATEG00000014241)	ENSATEG00000014222	colec11 (ENSATEG00000014201)	ENSATEG00000014143 #22	ENSATEG00000014131 #25	NT5E (ENSATEG00000014109)	ENSATEG00000013946	SYNCRIP (ENSATEG00000013885)	cga (ENSATEG00000013322)	ENSATEG00000028442	ENSATEG00000025822	ENSATEG00000030171	orc3 (ENSATEG00000013212)	ENSATEG00000013188	CNR1 (ENSATEG00000013176)	ENSATEG00000013140	ENSATEG00000013101	ENSATEG00000013035	ENSATEG00000013023
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	12	adam17a (ENSBSLG00000026081)	iah1 (ENSBSLG00000026202)	DNAJC30 (ENSBSLG00000026205)	CPSF3 (ENSBSLG00000026230)	itgb1bp1 (ENSBSLG00000026259)	asap2a (ENSBSLG00000026280)	MBOAT2 (ENSBSLG00000026337)	KIDINS220 (ENSBSLG00000026360)	id2a (ENSBSLG00000026377)	rnf144aa (ENSBSLG00000026379)	rsad2 (ENSBSLG00000026381)	CMPK2 (ENSBSLG00000026383)	sox11a (ENSBSLG00000026384)	ENSBSLG00000026388	colec11 (ENSBSLG00000026389)	myo6b (ENSBSLG00000026394) #22	ENSBSLG00000026399 #23	HTR1B (ENSBSLG00000026402) #25	NT5E (ENSBSLG00000026405)	ENSBSLG00000026428	SYNCRIP (ENSBSLG00000026517)	cga (ENSBSLG00000026518)	ENSBSLG00000026519	ENSBSLG00000026520	orc3 (ENSBSLG00000026523)	akirin2 (ENSBSLG00000026524)	CNR1 (ENSBSLG00000026525)	PM20D2 (ENSBSLG00000026526)	GABRR1 (ENSBSLG00000026528)	tonsl (ENSBSLG00000026531)	ENSBSLG00000016819
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	14	adam17a (ENSMAMG00000008896)	iah1 (ENSMAMG00000008879)	ENSMAMG00000027424	CPSF3 (ENSMAMG00000008835)	itgb1bp1 (ENSMAMG00000026643)	asap2a (ENSMAMG00000008768)	MBOAT2 (ENSMAMG00000008701)	KIDINS220 (ENSMAMG00000008395)	id2a (ENSMAMG00000008374)	rnf144aa (ENSMAMG00000008366)	rsad2 (ENSMAMG00000008344)	CMPK2 (ENSMAMG00000008329)	sox11a (ENSMAMG00000008318)	ENSMAMG00000008263	colec11 (ENSMAMG00000008241)	MYO6 (ENSMAMG00000008169) #22	ENSMAMG00000025443 #23	HTR1B (ENSMAMG00000007784) #25	ENSMAMG00000007940	SYNCRIP (ENSMAMG00000007903)	cga (ENSMAMG00000007884)	ENSMAMG00000026472	ENSMAMG00000024627	orc3 (ENSMAMG00000007798)	ENSMAMG00000007821	CNR1 (ENSMAMG00000027709)	ENSMAMG00000007708	ENSMAMG00000007668	ENSMAMG00000007619	ENSMAMG00000028279	ENSMAMG00000007577
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157612	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00950000183215.c.b
Tongue sole	MODERN SPECIES		ENSCSEG00000002291	si:dkey-221l4.10 (ENSCSEG00000002303)	tmem234 (ENSCSEG00000002305)	dcdc2b (ENSCSEG00000002306)	ENSCSEG00000002313	soul3 (ENSCSEG00000002325)	SLC25A29 (ENSCSEG00000002330)	WARS1 (ENSCSEG00000002340)	WDR25 (ENSCSEG00000002348)	ENSCSEG00000002353	ENSCSEG00000002357	rnf144aa (ENSCSEG00000002365)	sox11a (ENSCSEG00000002369)	ENSCSEG00000002371	colec11 (ENSCSEG00000002376)	myo6b (ENSCSEG00000002380) #22	ENSCSEG00000002405 #23	HTR1B (ENSCSEG00000002415) #25	SNX14 (ENSCSEG00000002420)	syncripl (ENSCSEG00000002468)	cga (ENSCSEG00000002474)	znf292a (ENSCSEG00000002480)	orc3 (ENSCSEG00000002490)	akirin2 (ENSCSEG00000002500)	CNR1 (ENSCSEG00000002506)	ENSCSEG00000002508	tonsl (ENSCSEG00000002520)	nkl.2 (ENSCSEG00000002527)	STAC (ENSCSEG00000002540)	mtfr1l (ENSCSEG00000002560)	ENSCSEG00000002568
Turbot	MODERN SPECIES	8	ENSSMAG00000020553	adam17a (ENSSMAG00000020548)	iah1 (ENSSMAG00000023064)	ENSSMAG00000020542	CPSF3 (ENSSMAG00000020534)	itgb1bp1 (ENSSMAG00000020525)	asap2a (ENSSMAG00000020510)	MBOAT2 (ENSSMAG00000020503)	KIDINS220 (ENSSMAG00000020468)	id2a (ENSSMAG00000037449)	rnf144aa (ENSSMAG00000020451)	ENSSMAG00000022504	SOX11 (ENSSMAG00000020445)	ENSSMAG00000020440	colec11 (ENSSMAG00000020438)	ENSSMAG00000020402 #22	ENSSMAG00000020391 #25	ENSSMAG00000020339	SYNCRIP (ENSSMAG00000020337)	cga (ENSSMAG00000020254)	ENSSMAG00000034135	znf292a (ENSSMAG00000020252)	orc3 (ENSSMAG00000020236)	ENSSMAG00000020247	CNR1 (ENSSMAG00000020235)	ENSSMAG00000020232	ENSSMAG00000020192	ENSSMAG00000020206	ENSSMAG00000020164	mtfr1l (ENSSMAG00000020161)	ENSSMAG00000036432
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935	ENSGT00940000175159
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155443.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00510000048685.g.b	ENSGT00940000155699.a.b	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670.e	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.i	ENSGT00950000183092.b.b
Greater amberjack	MODERN SPECIES	62	adam17a (ENSSDUG00000018573)	iah1 (ENSSDUG00000018632)	DNAJC30 (ENSSDUG00000018558)	CPSF3 (ENSSDUG00000018498)	itgb1bp1 (ENSSDUG00000018462)	asap2a (ENSSDUG00000018351)	MBOAT2 (ENSSDUG00000018300)	KIDINS220 (ENSSDUG00000018195)	id2a (ENSSDUG00000018183)	rnf144aa (ENSSDUG00000018147)	rsad2 (ENSSDUG00000018119)	CMPK2 (ENSSDUG00000018105)	sox11a (ENSSDUG00000018094)	ENSSDUG00000018077	colec11 (ENSSDUG00000018038)	MYO6 (ENSSDUG00000017969) #22	ENSSDUG00000017930 #23	HTR1B (ENSSDUG00000017921) #25	nt5e (ENSSDUG00000017875)	SNX14 (ENSSDUG00000017749)	syncripl (ENSSDUG00000017716)	cga (ENSSDUG00000017698)	znf292a (ENSSDUG00000017666)	orc3 (ENSSDUG00000017628)	akirin2 (ENSSDUG00000017605)	CNR1 (ENSSDUG00000017598)	PM20D2 (ENSSDUG00000017574)	GABRR1 (ENSSDUG00000017556)	tonsl (ENSSDUG00000017456)	ENSSDUG00000017441	ENSSDUG00000017427
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3229	adam17a (ENSSLDG00000005376)	iah1 (ENSSLDG00000005332)	DNAJC30 (ENSSLDG00000005316)	CPSF3 (ENSSLDG00000005234)	itgb1bp1 (ENSSLDG00000005184)	asap2a (ENSSLDG00000005093)	MBOAT2 (ENSSLDG00000005032)	KIDINS220 (ENSSLDG00000004570)	id2a (ENSSLDG00000004462)	rnf144aa (ENSSLDG00000004405)	rsad2 (ENSSLDG00000004353)	CMPK2 (ENSSLDG00000004335)	sox11a (ENSSLDG00000004300)	ENSSLDG00000004259	colec11 (ENSSLDG00000004216)	myo6b (ENSSLDG00000004097) #22	ENSSLDG00000004047 #23	HTR1B (ENSSLDG00000004018) #25	nt5e (ENSSLDG00000003971)	SNX14 (ENSSLDG00000003610)	syncripl (ENSSLDG00000003502)	cga (ENSSLDG00000003479)	znf292a (ENSSLDG00000003371)	orc3 (ENSSLDG00000003341)	akirin2 (ENSSLDG00000003291)	CNR1 (ENSSLDG00000003271)	PM20D2 (ENSSLDG00000003219)	GABRR1 (ENSSLDG00000003164)	tonsl (ENSSLDG00000003128)	nkl.4 (ENSSLDG00000003061)	STAC (ENSSLDG00000003023)
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	99																MYO6 (ENSLCAG00010021534) #22	ENSLCAG00010021377 #23	HTR1B (ENSLCAG00010021370) #25	nt5e (ENSLCAG00010021363)	SNX14 (ENSLCAG00010021286)	syncripl (ENSLCAG00010021236)	cga (ENSLCAG00010021214)	znf292a (ENSLCAG00010021211)	orc3 (ENSLCAG00010021136)	akirin2 (ENSLCAG00010021092)	CNR1 (ENSLCAG00010021085)	PM20D2 (ENSLCAG00010021084)	ENSLCAG00010021075	tonsl (ENSLCAG00010021056)	ENSLCAG00010021052	ENSLCAG00010021051
Barramundi perch	MODERN SPECIES	884														ENSLCAG00010009994	colec11 (ENSLCAG00010009982)	myo6b (ENSLCAG00010009950) #22
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	491															colec11 (ENSHCOG00000014675)	myo6b (ENSHCOG00000014658) #22	HTR1B (ENSHCOG00000014607) #25	nt5e (ENSHCOG00000014602)	SNX14 (ENSHCOG00000014595)	syncripl (ENSHCOG00000014547)	cga (ENSHCOG00000014540)	znf292a (ENSHCOG00000014534)	orc3 (ENSHCOG00000014510)	akirin2 (ENSHCOG00000014385)	CNR1 (ENSHCOG00000014365)	GABRR1 (ENSHCOG00000014356)	tonsl (ENSHCOG00000014336)	ENSHCOG00000014170	ENSHCOG00000014166	ENSHCOG00000014149	RPS6KL1 (ENSHCOG00000014148)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	14	iah1 (ENSMMDG00005010004)	DNAJC30 (ENSMMDG00005009999)	CPSF3 (ENSMMDG00005009911)	itgb1bp1 (ENSMMDG00005009894)	asap2a (ENSMMDG00005009659)	MBOAT2 (ENSMMDG00005009539)	KIDINS220 (ENSMMDG00005008339)	id2a (ENSMMDG00005008308)	ENSMMDG00005008305	rnf144aa (ENSMMDG00005008304)	rsad2 (ENSMMDG00005008298)	CMPK2 (ENSMMDG00005008293)	sox11a (ENSMMDG00005008290)	ENSMMDG00005008280	colec11 (ENSMMDG00005008276)	myo6b (ENSMMDG00005006304) #22	ENSMMDG00005006216 #23	HTR1B (ENSMMDG00005006213) #25	nt5e (ENSMMDG00005005658)	SNX14 (ENSMMDG00005005631)	syncripl (ENSMMDG00005003899)	cga (ENSMMDG00005003860)	znf292a (ENSMMDG00005003844)	orc3 (ENSMMDG00005003076)	akirin2 (ENSMMDG00005003018)	CNR1 (ENSMMDG00005003007)	PM20D2 (ENSMMDG00005002999)	ENSMMDG00005002991	tonsl (ENSMMDG00005002892)	nkl.4 (ENSMMDG00005002839)	ENSMMDG00005002825
Cod	MODERN SPECIES	18	iah1 (ENSGMOG00000011208)	ENSGMOG00000035887	CPSF3 (ENSGMOG00000011222)	itgb1bp1 (ENSGMOG00000011241)	asap2a (ENSGMOG00000011249)	MBOAT2 (ENSGMOG00000010222)	KIDINS220 (ENSGMOG00000010191)	id2a (ENSGMOG00000010271)	ENSGMOG00000024861	rnf144aa (ENSGMOG00000010275)	rsad2 (ENSGMOG00000010291)	CMPK2 (ENSGMOG00000010299)	sox11a (ENSGMOG00000025561)	ENSGMOG00000023197	colec11 (ENSGMOG00000016181)	MYO6 (ENSGMOG00000010314) #22	ENSGMOG00000010359 #23	HTR1B (ENSGMOG00000020373) #25	NT5E (ENSGMOG00000010380)	ENSGMOG00000010401	SYNCRIP (ENSGMOG00000010432)	cga (ENSGMOG00000010447)	znf292a (ENSGMOG00000035404)	orc3 (ENSGMOG00000010505)	ENSGMOG00000010589	ENSGMOG00000010595	ENSGMOG00000013969	ENSGMOG00000010613	ENSGMOG00000030741	mtfr1l (ENSGMOG00000010661)	ENSGMOG00000027134
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	72	ENSGT00940000155623	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000156714.a	ENSGT00940000155734	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000156714.b	ENSGT00940000156464	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b.o.b	ENSGT00940000161652.b.b.p	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00530000063775.a.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b ##25	ENSGT00390000012242	ENSGT00950000183034.C.a.b	ENSGT00390000011376	ENSGT00940000156096.e.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.b	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	333											ENSGT00940000157701.l.b.b	ENSGT00390000013670.g	ENSGT00940000161652.b.b.p.a.a	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468.g	ENSGT00940000156078.c.e #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.a #25	ENSGT00530000063775.a.a.a	ENSGT00940000153511.b.q.d	ENSGT00390000012242.a.b	ENSGT00950000183034.C.a.b.e	ENSGT00390000011376.c	ENSGT00940000156096.e.a.d	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.b	ENSGT00940000158591.g.b.e	ENSGT00510000050935.q.b	ENSGT00510000050935.q.a	ENSGT00950000183092.b.b.f	ENSGT00950000183215.c.b.g	ENSGT00940000181185.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01030000235230	ENSGT01090000260226.d.b	ENSGT00940000162556.G.d.g.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.d	ENSGT00940000155443.c.d	ENSGT00940000155623.ib.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000156714.a.d	ENSGT00940000156464.mb.b.b	ENSGT00940000157701.l.b.a.a	ENSGT00940000157701.l.b.b	ENSGT00390000013670.g	ENSGT00940000161652.b.b.p.a.a	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468.g	ENSGT00940000156078.c.e #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.a #25	ENSGT00530000063775.a.a.a	ENSGT00940000153511.b.q.d	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b.a ##25	ENSGT00390000012242.a.b	ENSGT00950000183034.C.a.b.e	ENSGT00390000011376.c	ENSGT00940000156096.e.a.d	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.b	ENSGT00940000158591.g.b.e	ENSGT00510000050935.q.b	ENSGT00510000050935.q.a	ENSGT00950000183092.b.b.f	ENSGT00950000183215.c.b.g
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162556.G.d.g.a.b.a	ENSGT01090000260226.d.b	ENSGT00940000162556.G.d.g.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.d	ENSGT00940000155443.c.d	ENSGT00940000155623.ib.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000156714.a.d	ENSGT00940000156464.mb.b.b	ENSGT00940000157701.l.b.b	ENSGT00390000013670.g	ENSGT00940000161652.b.b.p.a.a	ENSGT00940000161652.b.b.o.a	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468.g	ENSGT00940000156078.c.e #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.a #25	ENSGT00530000063775.a.a.a	ENSGT00940000153511.b.q.d	ENSGT00940000165278.e	ENSGT00390000012242.a.b	ENSGT00950000183034.C.a.b.e	ENSGT00390000011376.c	ENSGT00940000156096.e.a.d	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.b	ENSGT00940000158591.g.b.e	ENSGT00510000050935.q.a	ENSGT00950000183092.b.b.f	ENSGT00950000183215.c.b.g	ENSGT00940000181185.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES		ENSSSAG00000063122	ENSSSAG00000063098	ADAM17 (ENSSSAG00000057740)	asap2a (ENSSSAG00000056052)	ENSSSAG00000095688	ENSSSAG00000090250	MBOAT2 (ENSSSAG00000055885)	KIDINS220 (ENSSSAG00000048356)	rnf144aa (ENSSSAG00000048071)	rsad2 (ENSSSAG00000048046)	sox11a (ENSSSAG00000088730)	ENSSSAG00000108184	ENSSSAG00000115192	ENSSSAG00000048018	colec11 (ENSSSAG00000047979)	MYO6 (ENSSSAG00000019460) #22	ENSSSAG00000016007 #23	HTR1B (ENSSSAG00000115270) #25	ENSSSAG00000015918	SYNCRIP (ENSSSAG00000015684)	ENSSSAG00000015656	glha1 (ENSSSAG00000015644)	ENSSSAG00000114790	orc3 (ENSSSAG00000009614)	ENSSSAG00000009525	CNR1 (ENSSSAG00000091836)	ENSSSAG00000102689	ENSSSAG00000009375	ENSSSAG00000085565	ENSSSAG00000009411	ENSSSAG00000009327
River trout	MODERN SPECIES	26	ENSSTUG00000049834	ENSSTUG00000049839	ENSSTUG00000049843	ywhaqb (ENSSTUG00000049851)	ADAM17 (ENSSTUG00000049899)	asap2a (ENSSTUG00000050299)	MBOAT2 (ENSSTUG00000050617)	KIDINS220 (ENSSTUG00000050628)	id2a (ENSSTUG00000050831)	ENSSTUG00000050833	rnf144aa (ENSSTUG00000050835)	rsad2 (ENSSTUG00000050838)	sox11a (ENSSTUG00000050842)	ENSSTUG00000050843	colec11 (ENSSTUG00000050845)	MYO6 (ENSSTUG00000050868) #22	HTR1B (ENSSTUG00000051026) #25	nt5e (ENSSTUG00000051027)	syncripl (ENSSTUG00000051028)	ENSSTUG00000051031	CGA (ENSSTUG00000051032)	ENSSTUG00000051036	znf292a (ENSSTUG00000051039)	orc3 (ENSSTUG00000051046)	akirin2 (ENSSTUG00000051052)	CNR1 (ENSSTUG00000051053)	ENSSTUG00000051054	ENSSTUG00000051055	ENSSTUG00000051057	STAC (ENSSTUG00000014792)	mtfr1l (ENSSTUG00000014799)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155982.e.a.c	ENSGT00940000157612.a.b	ENSGT01090000260226.c	ENSGT00940000162556.G.d.g.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.d	ENSGT00940000155443.c.d	ENSGT00940000155623.ib.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000156714.a.d	ENSGT00940000156464.mb.b.b	ENSGT00940000157701.l.b.a.a	ENSGT00390000013670.g	ENSGT00940000161652.b.b.p.a.a	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468.g	ENSGT00940000156078.c.e #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.a #25	ENSGT00530000063775.a.a.a	ENSGT00940000153511.b.q.d	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b.a ##25	ENSGT00390000012242.a.b	ENSGT00950000183034.C.a.b.e	ENSGT00390000011376.c	ENSGT00940000156096.e.a.d	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.b	ENSGT00940000158591.g.b.e	ENSGT00510000050935.q.b	ENSGT00510000050935.q.a	ENSGT00940000175159	ENSGT00950000183092.b.b.f
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157612.a.b	ENSGT01090000260226.c	ENSGT00940000162556.G.d.g.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.d	ENSGT00940000155443.c.d	ENSGT00940000155623.ib.a.b	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT01100000264750	ENSGT00940000156714.a.d	ENSGT00940000156464.mb.b.b	ENSGT00940000157701.l.b.a.a	ENSGT00390000013670.g	ENSGT00940000161652.b.b.p.a.a	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468.g	ENSGT00940000156078.c.e #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.a #25	ENSGT00530000063775.a.a.a	ENSGT00940000153511.b.q.d	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b.a ##25	ENSGT00390000012242.a.b	ENSGT00950000183034.C.a.b.e	ENSGT00390000011376.c	ENSGT00940000156096.e.a.d	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.b	ENSGT00940000158591.g.b.e	ENSGT00510000050935.q.b	ENSGT00510000050935.q.a	ENSGT00940000175159	ENSGT00950000183092.b.b.f
Coho salmon	MODERN SPECIES	27	ywhaqb (ENSOKIG00005023149)	ADAM17 (ENSOKIG00005023340)	asap2a (ENSOKIG00005025976)	ENSOKIG00005026449	MBOAT2 (ENSOKIG00005026470)	ENSOKIG00005026591	KIDINS220 (ENSOKIG00005026749)	ENSOKIG00005028871	id2a (ENSOKIG00005028876)	RNF144A (ENSOKIG00005028893)	RSAD2 (ENSOKIG00005028917)	ENSOKIG00005028936	ENSOKIG00005028945	ENSOKIG00005028959	colec11 (ENSOKIG00005029007)	MYO6 (ENSOKIG00005029234) #22	ENSOKIG00005001747 #23	HTR1B (ENSOKIG00005001759) #25	NT5E (ENSOKIG00005001821)	syncripl (ENSOKIG00005002093)	ENSOKIG00005002211	CGA (ENSOKIG00005002246)	ENSOKIG00005002323	AKIRIN2 (ENSOKIG00005002446)	CNR1 (ENSOKIG00005002462)	ENSOKIG00005002525	ENSOKIG00005002734	ENSOKIG00005002746	STAC (ENSOKIG00005002787)	mtfr1l (ENSOKIG00005002806)	ENSOKIG00005002822
Chinook salmon	MODERN SPECIES	2	grhl1 (ENSOTSG00005013839)	ENSOTSG00005013846	ENSOTSG00005013848	ywhaqb (ENSOTSG00005013852)	ADAM17 (ENSOTSG00005013854)	asap2a (ENSOTSG00005017234)	MBOAT2 (ENSOTSG00005017577)	ENSOTSG00005020010	KIDINS220 (ENSOTSG00005020089)	id2a (ENSOTSG00005025516)	rnf144aa (ENSOTSG00005025518)	rsad2 (ENSOTSG00005025521)	sox11a (ENSOTSG00005025523)	ENSOTSG00005025525	colec11 (ENSOTSG00005025527)	MYO6 (ENSOTSG00005025552) #22	ENSOTSG00005034674 #23	HTR1B (ENSOTSG00005034675) #25	nt5e (ENSOTSG00005034677)	syncripl (ENSOTSG00005034680)	HTR1E (ENSOTSG00005034726) ##25	CGA (ENSOTSG00005034727)	orc3 (ENSOTSG00005034740)	akirin2 (ENSOTSG00005035058)	CNR1 (ENSOTSG00005035060)	ENSOTSG00005035067	ENSOTSG00005035073	ENSOTSG00005035075	ENSOTSG00005035078	STAC (ENSOTSG00005035086)	mtfr1l (ENSOTSG00005035102)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	10	ENSOMYG00000023286	asap2a (ENSOMYG00000026896)	ENSOMYG00000053686	MBOAT2 (ENSOMYG00000027631)	ENSOMYG00000076932	KIDINS220 (ENSOMYG00000029576)	ENSOMYG00000065196	id2 (ENSOMYG00000032530)	rnf144aa (ENSOMYG00000032544)	rsad2 (ENSOMYG00000032554)	ENSOMYG00000032558	ENSOMYG00000030521	sox11a (ENSOMYG00000032561)	ENSOMYG00000032610	colec11 (ENSOMYG00000067691)	MYO6 (ENSOMYG00000032933) #22	ENSOMYG00000070379 #23	HTR1B (ENSOMYG00000033979) #25	ENSOMYG00000034004	ENSOMYG00000034048	ENSOMYG00000064246	ENSOMYG00000005820	ENSOMYG00000006075	ENSOMYG00000006103	ENSOMYG00000006183	ENSOMYG00000056737	ENSOMYG00000006443	ENSOMYG00000006492	ENSOMYG00000065990	ENSOMYG00000006518	mtfr1l (ENSOMYG00000006562)
Huchen	MODERN SPECIES	363														ENSHHUG00000019491	colec11 (ENSHHUG00000019489)	myo6b (ENSHHUG00000019239) #22	ENSHHUG00000019232 #23	ENSHHUG00000019229 #23	nt5e (ENSHHUG00000019190)	syncripl (ENSHHUG00000019034)	CGA (ENSHHUG00000019032)	ENSHHUG00000019028	orc3 (ENSHHUG00000018991)	akirin2 (ENSHHUG00000018910)	ENSHHUG00000018888	ENSHHUG00000018885	ENSHHUG00000018874	ENSHHUG00000018870	ENSHHUG00000018868	ENSHHUG00000018867	ENSHHUG00000018865
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	234	ENSGT00940000157612.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.c	ENSGT00940000155443.c.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623.ib.a.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000156714.a.c	ENSGT00940000156464.mb.b.a	ENSGT00940000157701.l.b.a.b	ENSGT00390000013670.h.b.a	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b.o.b	ENSGT00940000159468.h	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c.f #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q.c	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b ##25	ENSGT00390000012242.b.b	ENSGT00390000012242.a.a	ENSGT00950000183034.C.a.b.f.b	ENSGT00390000011376.d	ENSGT00940000156096.e.a.c	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.a	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b.f	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.r
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000155443.c.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623.ib.a.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000156714.a.c	ENSGT00940000156464.mb.b.a	ENSGT00940000157701.l.b.a.b	ENSGT00940000157701.l.a	ENSGT00390000013670.h.a	ENSGT00390000013670.h.b.a	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b.o.b	ENSGT00940000159468.h	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c.f #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q.c	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b.b ##25	ENSGT00390000012242.b.b	ENSGT00990000212836	ENSGT00390000012242.a.a	ENSGT00950000183034.C.a.b.f.b	ENSGT00390000011376.d	ENSGT00940000156096.e.a.c	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.a	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b.f	ENSGT00940000160188
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157612.a.a	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.c	ENSGT00940000155443.c.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623.ib.a.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000156714.a.c	ENSGT00940000156464.mb.b.a	ENSGT00940000157701.l.a	ENSGT00390000013670.h.a	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b.o.b	ENSGT00940000159468.h	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c.f #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q.c	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.b.f.a.b	ENSGT00390000011376.d	ENSGT00940000156096.e.a.c	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.a	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b.f	ENSGT00940000160188	ENSGT00510000050935.r	ENSGT00950000183092.b.b.e	ENSGT00950000183215.c.b.h
River trout	MODERN SPECIES	17	grhl1 (ENSSTUG00000024466)	ENSSTUG00000025080	adam17a (ENSSTUG00000025308)	iah1 (ENSSTUG00000029379)	itgb1bp1 (ENSSTUG00000029391)	asap2a (ENSSTUG00000029463)	MBOAT2 (ENSSTUG00000031347)	KIDINS220 (ENSSTUG00000032081)	id2a (ENSSTUG00000032529)	rnf144aa (ENSSTUG00000032541)	rsad2 (ENSSTUG00000032593)	CMPK2 (ENSSTUG00000032649)	sox11a (ENSSTUG00000032660)	colec11 (ENSSTUG00000032668)	ENSSTUG00000032683 #20	myo6b (ENSSTUG00000032699) #22	ENSSTUG00000032863 #23	HTR1B (ENSSTUG00000032879) #25	SNX14 (ENSSTUG00000032907)	syncripl (ENSSTUG00000033173)	ENSSTUG00000033269	ENSSTUG00000033278	CGA (ENSSTUG00000033285)	znf292a (ENSSTUG00000033295)	orc3 (ENSSTUG00000033312)	akirin2 (ENSSTUG00000033368)	CNR1 (ENSSTUG00000033385)	PM20D2 (ENSSTUG00000033389)	ENSSTUG00000033402	tonsl (ENSSTUG00000033630)	ENSSTUG00000033757
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	MBOAT2 (ENSSSAG00000118144)	ENSSSAG00000093491	KIDINS220 (ENSSSAG00000008076)	ID2 (ENSSSAG00000121872)	ENSSSAG00000089206	ENSSSAG00000018542	rnf144aa (ENSSSAG00000007924)	rsad2 (ENSSSAG00000108840)	rsad2 (ENSSSAG00000106505)	rsad2 (ENSSSAG00000108937)	cmpk2 (ENSSSAG00000007886)	sox11a (ENSSSAG00000085815)	ENSSSAG00000113597	colec11 (ENSSSAG00000112987)	ENSSSAG00000110757 #20	ENSSSAG00000004024 #22	ENSSSAG00000003809 #23	SNX14 (ENSSSAG00000003719)	SYNCRIP (ENSSSAG00000003635)	HTR1E (ENSSSAG00000003618) ##25	ENSSSAG00000003598	ENSSSAG00000114215	ENSSSAG00000003561	ENSSSAG00000098934	ENSSSAG00000003538	ENSSSAG00000003457	ENSSSAG00000003380	ENSSSAG00000003357	ENSSSAG00000003338	ENSSSAG00000003327	ENSSSAG00000083010
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.c	ENSGT00940000155443.c.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623.ib.a.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000156714.a.c	ENSGT00940000156464.mb.b.a	ENSGT00940000157701.l.b.a.b	ENSGT00390000013670.h.a	ENSGT00390000013670.h.b.a	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b.o.b	ENSGT00940000159468.h	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c.f #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q.c	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b.b ##25	ENSGT00390000012242.b.b	ENSGT00990000212836	ENSGT00390000012242.a.a	ENSGT00950000183034.C.a.b.f.b	ENSGT00390000011376.d	ENSGT00940000156096.e.a.c	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.a	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b.f	ENSGT00940000160188
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.c	ENSGT00940000155443.c.c	ENSGT00390000008069	ENSGT00390000003990	ENSGT00940000155623.ib.a.a	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000156714.a.c	ENSGT00940000156464.mb.b.a	ENSGT00940000157701.l.b.a.b	ENSGT00390000013670.h.a	ENSGT00390000013670.h.b.a	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b.o.b	ENSGT00940000159468.h	ENSGT00940000155724.q #20	ENSGT00940000156078.c.f #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q.c	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.b.b ##25	ENSGT00390000012242.b.b	ENSGT00990000212836	ENSGT00390000012242.a.a	ENSGT00950000183034.C.a.b.f.b	ENSGT00390000011376.d	ENSGT00940000156096.e.a.c	ENSGT01060000248564.a.a.a.b.a	ENSGT00390000003365.b	ENSGT00940000158591.g.b.f	ENSGT00940000160188
Coho salmon	MODERN SPECIES	5	ywhaqb (ENSOKIG00005049092)	adam17a (ENSOKIG00005049208)	iah1 (ENSOKIG00005049874)	itgb1bp1 (ENSOKIG00005049877)	asap2a (ENSOKIG00005004401)	MBOAT2 (ENSOKIG00005004613)	KIDINS220 (ENSOKIG00005005405)	id2a (ENSOKIG00005005464)	rnf144aa (ENSOKIG00005005477)	rsad2 (ENSOKIG00005005503)	rsad2 (ENSOKIG00005005585)	CMPK2 (ENSOKIG00005005614)	sox11a (ENSOKIG00005005621)	COLEC11 (ENSOKIG00005005626)	ENSOKIG00005005633 #20	MYO6 (ENSOKIG00005005665) #22	ENSOKIG00005005792 #23	HTR1B (ENSOKIG00005005804) #25	SNX14 (ENSOKIG00005005997)	SYNCRIP (ENSOKIG00005008379)	HTR1E (ENSOKIG00005008494) ##25	CGA (ENSOKIG00005008502)	CGA (ENSOKIG00005008528)	ZNF292 (ENSOKIG00005008557)	ENSOKIG00005008582	AKIRIN2 (ENSOKIG00005008683)	CNR1 (ENSOKIG00005008725)	PM20D2 (ENSOKIG00005008733)	ENSOKIG00005008785	tonsl (ENSOKIG00005008844)	ENSOKIG00005008986
Chinook salmon	MODERN SPECIES	32	adam17a (ENSOTSG00005023608)	iah1 (ENSOTSG00005023586)	itgb1bp1 (ENSOTSG00005023578)	asap2a (ENSOTSG00005023061)	MBOAT2 (ENSOTSG00005023056)	KIDINS220 (ENSOTSG00005022924)	id2a (ENSOTSG00005022922)	rnf144aa (ENSOTSG00005022916)	rsad2 (ENSOTSG00005022915)	rsad2 (ENSOTSG00005022914)	CMPK2 (ENSOTSG00005022913)	sox11a (ENSOTSG00005022911)	ENSOTSG00005022910	colec11 (ENSOTSG00005022909)	ENSOTSG00005022908 #20	myo6b (ENSOTSG00005022780) #22	ENSOTSG00005022776 #23	HTR1B (ENSOTSG00005022775) #25	SNX14 (ENSOTSG00005022646)	syncripl (ENSOTSG00005022633)	HTR1E (ENSOTSG00005022632) ##25	ENSOTSG00005022631	CGA (ENSOTSG00005022630)	znf292a (ENSOTSG00005022629)	orc3 (ENSOTSG00005022627)	akirin2 (ENSOTSG00005022626)	CNR1 (ENSOTSG00005022625)	PM20D2 (ENSOTSG00005022624)	ENSOTSG00005022610	tonsl (ENSOTSG00005022522)	ENSOTSG00005022514
Rainbow trout	MODERN SPECIES	17	ENSOMYG00000039364	asap2a (ENSOMYG00000025517)	MBOAT2 (ENSOMYG00000024831)	ENSOMYG00000061104	KIDINS220 (ENSOMYG00000024757)	id2a (ENSOMYG00000024697)	ENSOMYG00000056773	ENSOMYG00000060253	rnf144aa (ENSOMYG00000024671)	vig1 (ENSOMYG00000024630)	rsad2 (ENSOMYG00000024217)	CMPK2 (ENSOMYG00000024141)	sox11a (ENSOMYG00000024126)	colec11 (ENSOMYG00000024107)	ENSOMYG00000024095 #20	MYO6 (ENSOMYG00000023956) #22	ENSOMYG00000023849 #23	HTR1B (ENSOMYG00000023837) #25	SNX14 (ENSOMYG00000023296)	ENSOMYG00000022962	HTR1E (ENSOMYG00000022881) ##25	ENSOMYG00000053573	ENSOMYG00000022874	ENSOMYG00000022786	cf166 (ENSOMYG00000022497)	ENSOMYG00000022478	ENSOMYG00000022452	ENSOMYG00000022291	ENSOMYG00000076691	ENSOMYG00000022156	ENSOMYG00000022090
Northern pike	MODERN SPECIES	14	itgb1bp1 (ENSELUG00000024673)	asap2a (ENSELUG00000012839)	ENSELUG00000032565	ENSELUG00000032775	MBOAT2 (ENSELUG00000012971)	KIDINS220 (ENSELUG00000013043)	id2 (ENSELUG00000013072)	ENSELUG00000024674	rnf144aa (ENSELUG00000013127)	rsad2 (ENSELUG00000013184)	CMPK2 (ENSELUG00000013201)	sox11a (ENSELUG00000013220)	ENSELUG00000013259	colec11 (ENSELUG00000013277)	ENSELUG00000013298 #20	myo6b (ENSELUG00000013359) #22	ENSELUG00000013418 #23	HTR1B (ENSELUG00000013987) #25	SNX14 (ENSELUG00000013475)	syncripl (ENSELUG00000013519)	HTR1E (ENSELUG00000013534) ##25	cga (ENSELUG00000013829)	ENSELUG00000013900	orc3 (ENSELUG00000013930)	akirin2 (ENSELUG00000013964)	CNR1 (ENSELUG00000029484)	PM20D2 (ENSELUG00000014005)	ENSELUG00000014055	ENSELUG00000001586	tonsl (ENSELUG00000014221)	nkl.4 (ENSELUG00000014259)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000013305.a.a	ENSGT00940000155982.e.b	ENSGT00440000033827	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n	ENSGT00940000155699	ENSGT00940000155734	ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000156714.b	ENSGT00940000156464.r	ENSGT00940000157701	ENSGT00390000013670	ENSGT00940000154030.a.b	ENSGT00940000161652.b.b	ENSGT00940000164359.b	ENSGT00940000159468	ENSGT00940000156078.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.b #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b #25	ENSGT00950000182856.a.b.a	ENSGT00940000153511.b.q	ENSGT00390000012242
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	34		iah1 (ENSPKIG00000020955)	itgb1bp1 (ENSPKIG00000020930)	asap2a (ENSPKIG00000020857)	ENSPKIG00000020807	ENSPKIG00000020786	KIDINS220 (ENSPKIG00000020621)	id2a (ENSPKIG00000020522)	rnf144aa (ENSPKIG00000020505)	rsad2 (ENSPKIG00000020478)	CMPK2 (ENSPKIG00000020457)	sox11a (ENSPKIG00000020439)	ENSPKIG00000020425	ENSPKIG00000020407	colec11 (ENSPKIG00000020364)	myo6b (ENSPKIG00000020283) #22	ENSPKIG00000020228 #23	HTR1B (ENSPKIG00000020198) #25	SNX14 (ENSPKIG00000020125)	SYNCRIP (ENSPKIG00000020066)	ezra (ENSPKIG00000020002)	tagapa (ENSPKIG00000019949)	nenf (ENSPKIG00000019926)	pacc1 (ENSPKIG00000019895)	hadhab (ENSPKIG00000019822)	RAB10 (ENSPKIG00000019774)	dnmt3ab (ENSPKIG00000019638)	mapre3a (ENSPKIG00000019457)	OTOF (ENSPKIG00000019389)	ahi1 (ENSPKIG00000019324)	myb (ENSPKIG00000019287)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00390000006395	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.h #23	ENSGT00390000004660.C.a.a.c #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.b #19	ENSGT00390000008195	ENSGT00390000002448	ENSGT00730000111137	ENSGT00940000155671.y.a	ENSGT00940000157666	ENSGT00940000164908
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.h #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000011674	ENSGT00940000166728	ENSGT00390000016036	ENSGT00950000182827.E	ENSGT00530000063407.a	ENSGT00940000156096.e.b
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00940000159137.b.b	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00980000199126	ENSGT00390000011674	ENSGT00940000166728
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	125	ENSGT00940000159137.b.b	ENSGT00940000159727.h.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00390000011674	ENSGT00940000166728
Atlantic herring	MODERN SPECIES	6	PAX1 (ENSCHAG00000012216)	nkx2.2b (ENSCHAG00000012230)	nkx2.4b (ENSCHAG00000012238)	xrn2 (ENSCHAG00000012251)	ENSCHAG00000012454	insm1a (ENSCHAG00000012459)	CFAP61 (ENSCHAG00000012466)	crnkl1 (ENSCHAG00000012480)	naa20 (ENSCHAG00000012539)	CD109 (ENSCHAG00000012626) #15	COL12A1 (ENSCHAG00000013541) #17	COX7A2 (ENSCHAG00000016006)	tmem30ab (ENSCHAG00000016020) #18	FILIP1 (ENSCHAG00000016062) #19	SENP6 (ENSCHAG00000016080) #20	myo6a (ENSCHAG00000016112) #22	IMPG1 (ENSCHAG00000016231) #23	HTR1B (ENSCHAG00000016315) #25	mei4 (ENSCHAG00000016335) #27	nt5e (ENSCHAG00000016354)	snx14 (ENSCHAG00000016654)	ENSCHAG00000002665	CDK19 (ENSCHAG00000002745)	tab2 (ENSCHAG00000003522)	ENSCHAG00000003595	scara5 (ENSCHAG00000004053)	ENSCHAG00000004191	ENSCHAG00000004443	AFDN (ENSCHAG00000004971)	ENSCHAG00000007947	unc93a (ENSCHAG00000007984)
Denticle herring	MODERN SPECIES	5	FOXA2 (ENSDCDG00000004272)	PAX1 (ENSDCDG00000004276)	nkx2.2b (ENSDCDG00000004279)	xrn2 (ENSDCDG00000004296)	ENSDCDG00000004325	insm1a (ENSDCDG00000004327)	CFAP61 (ENSDCDG00000004335)	crnkl1 (ENSDCDG00000004346)	naa20 (ENSDCDG00000004354)	CD109 (ENSDCDG00000004366) #15	COL12A1 (ENSDCDG00000004422) #17	COX7A2 (ENSDCDG00000004956)	tmem30ab (ENSDCDG00000004958) #18	FILIP1 (ENSDCDG00000004960) #19	SENP6 (ENSDCDG00000004962) #20	myo6a (ENSDCDG00000004969) #22	ENSDCDG00000004977 #23	HTR1B (ENSDCDG00000004982) #25	mei4 (ENSDCDG00000004983) #27	nt5e (ENSDCDG00000004985)	snx14 (ENSDCDG00000005090)	syncrip (ENSDCDG00000016212)	ENSDCDG00000016248	HTR1E (ENSDCDG00000016254) ##25	znf292b (ENSDCDG00000016259)	gjb7 (ENSDCDG00000016264)	smim8 (ENSDCDG00000016267)	si:ch211-241j12.3 (ENSDCDG00000016274)	ppil4 (ENSDCDG00000016285)	amd1 (ENSDCDG00000016292)	CDK19 (ENSDCDG00000016306)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	144															ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT01060000248564.a.a.a.a	ENSGT00940000156953	ENSGT00530000063881.a.a	ENSGT00390000003365.a	ENSGT00940000158591.g.a	ENSGT00940000156864.d	ENSGT00940000156652	ENSGT00940000155887.b	ENSGT00940000165360	ENSGT00940000157684
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	102											ENSGT00940000157990.a.b	ENSGT00940000166379	ENSGT00940000160062.b	ENSGT00940000156614.b.i.a	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT01060000248564.a.a.a.a	ENSGT00940000156953.f	ENSGT00530000063881.a.a	ENSGT00390000003365.a	ENSGT00940000158591.g.a	ENSGT00940000156864.d	ENSGT00940000156652	ENSGT00940000155887.b	ENSGT00390000002957	ENSGT00940000157684
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	136											ENSGT00940000157990.a.b	ENSGT00940000166379	ENSGT00940000160062.b	ENSGT00940000156614.b.i.a	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT01060000248564.a.a.a.a	ENSGT00940000156953.f	ENSGT00530000063881.a.a	ENSGT00390000003365.a	ENSGT00940000158591.g.a	ENSGT00940000156864.d	ENSGT00940000156652	ENSGT00940000155887.b	ENSGT00390000002957	ENSGT00940000157684
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	136									ENSGT00940000158460	ENSGT00940000157990.a.b	ENSGT00940000166379	ENSGT00940000160062.b	ENSGT00940000156614.b.i.a	ENSGT00940000156614.b.i.b	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT01060000248564.a.a.a.a	ENSGT00940000156953.f	ENSGT00530000063881.a.a	ENSGT00390000003365.a	ENSGT00940000158591.g.a	ENSGT00940000156864.d	ENSGT00940000156652	ENSGT00940000155887.b	ENSGT00940000165360	ENSGT00940000157684
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	52		ENSPNAG00000003157	sh3rf1 (ENSPNAG00000003131)	ENSPNAG00000014429	ENSPNAG00000014413	nrl (ENSPNAG00000014391)	ENSPNAG00000003098	ENSPNAG00000014362	ENSPNAG00000014332	ENSPNAG00000014323	ENSPNAG00000014301	ENSPNAG00000014290	ENSPNAG00000014228	ENSPNAG00000014219	SENP6 (ENSPNAG00000014186) #20	myo6a (ENSPNAG00000014142) #22	ENSPNAG00000014058 #23	HTR1B (ENSPNAG00000013992) #25	mei4 (ENSPNAG00000013973) #27	nt5e (ENSPNAG00000013959)	snx14 (ENSPNAG00000013925)	cnr1 (ENSPNAG00000013717)	rngtt (ENSPNAG00000004948)	pnrc1 (ENSPNAG00000013629)	PM20D2 (ENSPNAG00000002848)	gabrr1 (ENSPNAG00000013467)	GABRR2 (ENSPNAG00000013442)	ube2j1 (ENSPNAG00000013411)	ankrd6b (ENSPNAG00000013399)	lyrm2 (ENSPNAG00000013339)	lats1 (ENSPNAG00000005715)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	18	ENSAMXG00000042963	ivns1abpa (ENSAMXG00000016979)	ENSAMXG00000010971	ENSAMXG00000010956	ENSAMXG00000029063	ENSAMXG00000010924	sh3rf1 (ENSAMXG00000010891)	ENSAMXG00000010850	ENSAMXG00000024967	nrl (ENSAMXG00000010826)	ENSAMXG00000032324	ENSAMXG00000024965	ENSAMXG00000039688	ENSAMXG00000024963	SENP6 (ENSAMXG00000010790) #20	myo6a (ENSAMXG00000010684) #22	ENSAMXG00000033197	ENSAMXG00000010672 #23	HTR1B (ENSAMXG00000024961) #25	ENSAMXG00000035588	mei4 (ENSAMXG00000010668) #27	nt5e (ENSAMXG00000042752)	snx14 (ENSAMXG00000010654)	rngtt (ENSAMXG00000043201)	dnm3a (ENSAMXG00000012779)	mettl13 (ENSAMXG00000012760)	itpa (ENSAMXG00000031004)	vamp4 (ENSAMXG00000037983)	myoc (ENSAMXG00000040521)	PRRC2C (ENSAMXG00000005045)	si:dkey-239i20.2 (ENSAMXG00000005048)
Electric eel	MODERN SPECIES	566											ENSEEEG00000012252	nrl (ENSEEEG00000012250)	ENSEEEG00000012233	ENSEEEG00000012228	ENSEEEG00000012225 #20	myo6a (ENSEEEG00000012183) #22	HTR1B (ENSEEEG00000012175) #25	mei4 (ENSEEEG00000012174) #27	nt5e (ENSEEEG00000012171)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	149										ENSGT00940000164115.C.a.a.a	ENSGT00940000166832	ENSGT00940000156560.h	ENSGT00940000165510	ENSGT00940000166379	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT01060000248564.a.a.a.a.h	ENSGT00940000156953	ENSGT00940000171286	ENSGT00530000063881.a.a	ENSGT00940000158591.g.a	ENSGT00940000156864.d	ENSGT00940000156652	ENSGT00940000155887.b	ENSGT00940000165360	ENSGT00940000157684	ENSGT00390000004803
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	542														ENSGT00940000166379.c	ENSGT00940000155724.r.d #20	ENSGT00940000156078.d.a #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.a #23	ENSGT00530000063775.a.a.c	ENSGT00950000182856.a.b.b.d	ENSGT01060000248564.a.a.a.a.h.a.b	ENSGT00940000156953.c	ENSGT00940000171286.a	ENSGT00940000158591.g.a.f	ENSGT00940000156864.d	ENSGT00940000156652.j	ENSGT00940000155887.b.b	ENSGT00940000157684.b	ENSGT00390000004803.q	ENSGT00950000183032.B.b.b.m.b	ENSGT00940000165711.e	ENSGT00940000159155.c
Goldfish	MODERN SPECIES	12	ccn6 (ENSCARG00000036922)	si:dkey-119m7.4 (ENSCARG00000036956)	fynb (ENSCARG00000036984)	NDUFAF4 (ENSCARG00000037313)	GPR63 (ENSCARG00000037322)	ufl1 (ENSCARG00000037382)	dse (ENSCARG00000039511)	nt5dc1 (ENSCARG00000039529)	COL10A1 (ENSCARG00000040127)	FRK (ENSCARG00000040135)	HS3ST5 (ENSCARG00000040172)	ENSCARG00000040180	kcnk2b (ENSCARG00000040189)	nrl (ENSCARG00000040209)	SENP6 (ENSCARG00000040225) #20	myo6a (ENSCARG00000003683) #22	ENSCARG00000003728 #23	nt5e (ENSCARG00000003735)	snx14 (ENSCARG00000003771)	cnr1 (ENSCARG00000003897)	rngtt (ENSCARG00000003928)	ENSCARG00000003998	gabrr1 (ENSCARG00000004032)	GABRR2 (ENSCARG00000004128)	ube2j1 (ENSCARG00000004210)	ENSCARG00000004236	ENSCARG00000004240	lats1 (ENSCARG00000004256)	pcmt (ENSCARG00000004290)	ENSCARG00000004324	lrp11 (ENSCARG00000004332)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	447														ENSGT00940000166379.c	ENSGT00940000155724.r.d #20	ENSGT00940000156078.d.a #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.a #23	ENSGT00530000063775.a.a.c	ENSGT00950000182856.a.b.b.d	ENSGT01060000248564.a.a.a.a.h.a.b	ENSGT00940000156953.c	ENSGT00940000158591.g.a.f	ENSGT00940000156864.d	ENSGT00940000156652.j	ENSGT00940000155887.b.b	ENSGT00940000157684.b	ENSGT00390000004803.q	ENSGT00950000183032.B.b.b.m.b	ENSGT00940000165711.e	ENSGT00940000159155.c	ENSGT00390000011776.tc
Common carp reference	MODERN SPECIES	34	GPR63 (ENSCCRG00000015550)	ufl1 (ENSCCRG00000079835)	ENSCCRG00000027697	ENSCCRG00000073500	COL10A1 (ENSCCRG00000074688)	ENSCCRG00000040581	ENSCCRG00000070369	ENSCCRG00000059646	ENSCCRG00000056967	ENSCCRG00000080108	ENSCCRG00000053911	kcnk2b (ENSCCRG00000057872)	ENSCCRG00000054712	nrl (ENSCCRG00000002835)	SENP6 (ENSCCRG00000065270) #20	myo6a (ENSCCRG00000022500) #22	ENSCCRG00000033059 #23	nt5e (ENSCCRG00000022848)	snx14 (ENSCCRG00000009292)	cnr1 (ENSCCRG00000081020)	rngtt (ENSCCRG00000018127)	gabrr1 (ENSCCRG00000062871)	GABRR2 (ENSCCRG00000073993)	ube2j1 (ENSCCRG00000046792)	ANKRD6 (ENSCCRG00000033927)	LATS1 (ENSCCRG00000012397)	nup43 (ENSCCRG00000054553)	PCMT1 (ENSCCRG00000030226)	lrp11 (ENSCCRG00000030241)	ENSCCRG00000011091	ENSCCRG00000055759
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	518										kcnk2b (ENSSGRG00000025243)	ENSSGRG00000025239	nrl (ENSSGRG00000025237)	ENSSGRG00000025235 #20	ENSSGRG00000025234 #20	ENSSGRG00000025233	myo6a (ENSSGRG00000024384) #22	ENSSGRG00000024355 #23	mei4 (ENSSGRG00000024354) #27	nt5e (ENSSGRG00000024353)	snx14 (ENSSGRG00000024269)	cnr1 (ENSSGRG00000024255)	rngtt (ENSSGRG00000024229)	gabrr1 (ENSSGRG00000024224)	ENSSGRG00000024222	GABRR2 (ENSSGRG00000024221)	ube2j1 (ENSSGRG00000024218)	ankrd6b (ENSSGRG00000023783)	lats1 (ENSSGRG00000023769)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	259	ENSGT00940000164843.b.g.b	ENSGT00940000155462.`b.b.a	ENSGT00390000001627	ENSGT00950000183001.a.b.a.a	ENSGT00390000002112.a	ENSGT00390000006522.b.j	ENSGT00940000154317.a.b.b.b	ENSGT00940000155676.g	ENSGT00940000156987.c	ENSGT00940000158991	ENSGT00940000154790.a.a.b.g.a	ENSGT00940000156560.h	ENSGT00940000165510	ENSGT00940000166379.d	ENSGT00940000155724.r.c #20	ENSGT00940000156078.d.b #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.b #23	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a.d	ENSGT00950000182856.a.b.b.c	ENSGT01060000248564.a.a.a.a.h.a.a	ENSGT00940000156953.d	ENSGT00940000158591.g.a.e	ENSGT00940000156652.i	ENSGT00940000155887.b.a	ENSGT00940000165360	ENSGT00940000157684.a	ENSGT00390000004803.r	ENSGT00950000183032.B.b.b.m.a	ENSGT00940000165711.f
Goldfish	MODERN SPECIES	39	znf292b (ENSCARG00000069975)	gjb7 (ENSCARG00000069979)	smim8 (ENSCARG00000069980)	slc16a10 (ENSCARG00000069984)	ENSCARG00000054388	ENSCARG00000054394	ENSCARG00000054400	BTBD9 (ENSCARG00000054418)	ENSCARG00000054534	olfcb1 (ENSCARG00000054539)	zgc:112001 (ENSCARG00000054553)	LRFN2 (ENSCARG00000054566)	ENSCARG00000054576	ENSCARG00000054584	tab2 (ENSCARG00000054600)	myo6a (ENSCARG00000054658) #22	ENSCARG00000054754	ENSCARG00000054766 #23	ENSCARG00000054801	mei4 (ENSCARG00000054806) #27	ENSCARG00000054810	nt5e (ENSCARG00000054820)	snx14 (ENSCARG00000055225)	ENSCARG00000055692	cnr1 (ENSCARG00000055697)	rngtt (ENSCARG00000055726)	gabrr1 (ENSCARG00000055949)	ube2j1 (ENSCARG00000056025)	ENSCARG00000056136 #20	ENSCARG00000056191	ENSCARG00000056195
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	345	ENSGT00940000155462.`b.b.a	ENSGT00390000001627.o	ENSGT00950000183001.a.b.a.a	ENSGT00390000002112.a	ENSGT00390000006522.b.j	ENSGT00940000155676.h	ENSGT00940000154317.a.b.b.b	ENSGT00940000155676.g	ENSGT00940000156987.c	ENSGT00940000158991	ENSGT00940000154790.a.a.b.g.a	ENSGT00940000156560.h.a	ENSGT00940000165510	ENSGT00940000166379.d	ENSGT00940000155724.r.c #20	ENSGT00940000156078.d.b #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.b #23	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a.d	ENSGT00950000182856.a.b.b.c	ENSGT01060000248564.a.a.a.a.h.a.a	ENSGT00940000156953.d	ENSGT00940000158591.g.a.e	ENSGT00940000156652.i	ENSGT00940000155887.b.a	ENSGT00940000157684.a	ENSGT00390000004803.r	ENSGT00950000183032.B.b.b.m.a	ENSGT00940000165711.f
Common carp reference	MODERN SPECIES	28	ENSCCRG00000009697	ENSCCRG00000004191	fynb (ENSCCRG00000056134)	ENSCCRG00000056471	ENSCCRG00000004150	ufl1 (ENSCCRG00000024687)	dse (ENSCCRG00000049243)	COL10A1 (ENSCCRG00000076105)	nt5dc1 (ENSCCRG00000069029)	FRK (ENSCCRG00000045923)	ENSCCRG00000067843	smyd2b (ENSCCRG00000023358)	ENSCCRG00000027304	nrl (ENSCCRG00000049561)	SENP6 (ENSCCRG00000041251) #20	myo6a (ENSCCRG00000016059) #22	ENSCCRG00000022435 #23	mei4 (ENSCCRG00000005422) #27	nt5e (ENSCCRG00000008343)	snx14 (ENSCCRG00000018146)	cnr1 (ENSCCRG00000064308)	rngtt (ENSCCRG00000034785)	gabrr1 (ENSCCRG00000080660)	GABRR2 (ENSCCRG00000038448)	ube2j1 (ENSCCRG00000038444)	ANKRD6 (ENSCCRG00000012384)	LATS1 (ENSCCRG00000030369)	nup43 (ENSCCRG00000042732)	PCMT1 (ENSCCRG00000078227)	lrp11 (ENSCCRG00000030185)	ENSCCRG00000076265
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Zebrafish	MODERN SPECIES	12	fynb (ENSDARG00000025319)	NDUFAF4 (ENSDARG00000077859)	GPR63 (ENSDARG00000074540)	ufl1 (ENSDARG00000007496)	FRK (ENSDARG00000027807)	nt5dc1 (ENSDARG00000006797)	COL10A1 (ENSDARG00000101535)	ENSDARG00000111552	dse (ENSDARG00000017988)	ENSDARG00000069661	smyd2b (ENSDARG00000005629)	kcnk2b (ENSDARG00000007151)	ENSDARG00000014232	nrl (ENSDARG00000100466)	ENSDARG00000102923 #20	myo6a (ENSDARG00000044016) #22	ENSDARG00000077187 #23	mei4 (ENSDARG00000043912) #27	nt5e (ENSDARG00000071017)	snx14 (ENSDARG00000006332)	cnr1 (ENSDARG00000009020)	rngtt (ENSDARG00000032261)	ENSDARG00000100202	pnrc1 (ENSDARG00000043904)	gabrr1 (ENSDARG00000043902)	GABRR2 (ENSDARG00000014057)	ube2j1 (ENSDARG00000033489)	lyrm2 (ENSDARG00000033138)	ankrd6b (ENSDARG00000029370)	lats1 (ENSDARG00000003751)	hsd3b2 (ENSDARG00000019747)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.h #23	ENSGT00940000168150.b	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00980000199126
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT00530000063624.A	ENSGT01100000263512.b.a
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Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.h #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a
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Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	340	CEP170B (ENSHCOG00000008298)	ENSHCOG00000008311	ckbb (ENSHCOG00000008329)	cdc42bpb (ENSHCOG00000008423)	vipas39 (ENSHCOG00000008444)	ENSHCOG00000008466	ENSHCOG00000008481	ENSHCOG00000008514	ENSHCOG00000008527	xrcc3 (ENSHCOG00000008533)	ENSHCOG00000008540	ENSHCOG00000008551	ENSHCOG00000008559	FILIP1 (ENSHCOG00000008600) #19	ENSHCOG00000008643 #20	myo6a (ENSHCOG00000008698) #22	ENSHCOG00000008713 #23	ENSHCOG00000008725 #23	snx14 (ENSHCOG00000008740)	syncrip (ENSHCOG00000008764)	ENSHCOG00000008773	ENSHCOG00000008784	pex7 (ENSHCOG00000009016)	SLC35D3 (ENSHCOG00000009052)	TXLNB (ENSHCOG00000009066)	NMBR (ENSHCOG00000009080)	gje1a (ENSHCOG00000009097)	vta1 (ENSHCOG00000000597)	adgrg6 (ENSHCOG00000009160)
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Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	19															ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00550000075046	ENSGT00550000074931	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00400000024959	ENSGT00670000098098	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00500000045333	ENSGT00390000006395
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000002032	ENSGT00940000156540.b	ENSGT00940000158836.a.b	ENSGT00950000182955.a.a.b	ENSGT00940000165253	ENSGT00940000157776.c.a	ENSGT00550000074908	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00940000155693.a.a	ENSGT00940000164930.b	ENSGT00940000159276	ENSGT00550000074954	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00550000075046	ENSGT00550000074931	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00400000024959	ENSGT00670000098098	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00500000045333	ENSGT00390000006395
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	16	L3HYPDH (ENSOJAG00000010931)	kcnh5a (ENSOJAG00000010939)	SGPP1 (ENSOJAG00000010992)	abcd4 (ENSOJAG00000011060)	ENSOJAG00000011695	vsx2 (ENSOJAG00000012286)	eif2b2 (ENSOJAG00000012403)	FILIP1 (ENSOJAG00000012428) #19	COX7A2 (ENSOJAG00000012433)	NT5E (ENSOJAG00000012499)	jdp2b (ENSOJAG00000013063)	ENSOJAG00000013078	fosab (ENSOJAG00000013093)	tmed10 (ENSOJAG00000013126)	SENP6 (ENSOJAG00000013200) #20	myo6a (ENSOJAG00000013278) #22	ENSOJAG00000013566 #23	HTR1B (ENSOJAG00000013616) #25	mei4 (ENSOJAG00000013636) #27	COL12A1 (ENSOJAG00000013844) #17	ENSOJAG00000016389	ENSOJAG00000016436 #15	naa20 (ENSOJAG00000016456)	crnkl1 (ENSOJAG00000016515)	CFAP61 (ENSOJAG00000016601)	insm1a (ENSOJAG00000016620)	ENSOJAG00000016640	xrn2 (ENSOJAG00000016674)	NKX2-4 (ENSOJAG00000016916)	nkx2.2b (ENSOJAG00000016925)	FOXA2 (ENSOJAG00000016933)
Indian medaka	MODERN SPECIES	22	ENSOMEG00000021030	ENSOMEG00000021020	ENSOMEG00000021005	gata4 (ENSOMEG00000020993)	fdft1 (ENSOMEG00000020947)	ctsbb (ENSOMEG00000020921)	ABHD1 (ENSOMEG00000020885)	ENSOMEG00000020852	ENSOMEG00000020847	KCNK2 (ENSOMEG00000020822)	jdp2b (ENSOMEG00000020762)	ENSOMEG00000020753	fosab (ENSOMEG00000020744)	tmed10 (ENSOMEG00000020712)	SENP6 (ENSOMEG00000020664) #20	myo6a (ENSOMEG00000020564) #22	HTR1B (ENSOMEG00000020510) #25	mei4 (ENSOMEG00000020504) #27	COL12A1 (ENSOMEG00000020394) #17	ENSOMEG00000020110 #15	naa20 (ENSOMEG00000019922)	crnkl1 (ENSOMEG00000019895)	ENSOMEG00000019855	insm1a (ENSOMEG00000019839)	xrn2 (ENSOMEG00000019820)	NKX2-4 (ENSOMEG00000019726)	nkx2.2b (ENSOMEG00000019717)	FOXA2 (ENSOMEG00000019706)	CEBPZOS (ENSOMEG00000019698)	cebpz (ENSOMEG00000019691)	tmem200a (ENSOMEG00000019668)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00390000002032	ENSGT00940000156452.a.a	ENSGT00940000153463.a.c.b	ENSGT00510000047616.a.b	ENSGT00940000155141.w.a	ENSGT00940000158349	ENSGT00390000016034	ENSGT00940000166128	ENSGT00940000165510	ENSGT00940000156560.h	ENSGT00940000164041.b.a	ENSGT00940000156557.h	ENSGT00950000182902.a.d	ENSGT01000000221402	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00940000168150.b	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00550000075046	ENSGT00550000074931	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00400000024959	ENSGT00670000098098	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00500000045333
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	16	ENSORLG00000017447	daam1b (ENSORLG00000017437)	ppp1r13bb (ENSORLG00000017405)	ENSORLG00000027447	ENSORLG00000017384	gata4 (ENSORLG00000017374)	fdft1 (ENSORLG00000017362)	ctsbb (ENSORLG00000017347)	ENSORLG00000017340	ENSORLG00000017331	ENSORLG00000017323	SNX9 (ENSORLG00000017321)	ABHD1 (ENSORLG00000017314)	ENSORLG00000027607	ENSORLG00000017309 #20	myo6a (ENSORLG00000017306) #22	IMPG1 (ENSORLG00000017297) #23	ENSORLG00000024567	HTR1B (ENSORLG00000017292) #25	ENSORLG00000017291 #27	ENSORLG00000017285 #17	ENSORLG00000017259 #15	naa20 (ENSORLG00000017247)	crnkl1 (ENSORLG00000017240)	CFAP61 (ENSORLG00000017228)	insm1a (ENSORLG00000023368)	ENSORLG00000017225	xrn2 (ENSORLG00000017213)	ENSORLG00000017185	nkx2.2b (ENSORLG00000017180)	ENSORLG00000030134
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00500000045333	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000006395	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	204	ENSGT00390000006395	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23
Mummichog	MODERN SPECIES	2330	xrn2 (ENSFHEG00000013039)	ENSFHEG00000013046	insm1a (ENSFHEG00000013057)	CFAP61 (ENSFHEG00000013085)	crnkl1 (ENSFHEG00000013163)	naa20 (ENSFHEG00000000893)	CD109 (ENSFHEG00000013324) #15	ENSFHEG00000013372 #17	ENSFHEG00000013400 #17	ENSFHEG00000013424 #17	COX7A2 (ENSFHEG00000013448)	tmem30ab (ENSFHEG00000000306) #18	FILIP1 (ENSFHEG00000013476) #19	ENSFHEG00000013481 #20	ENSFHEG00000013490	myo6a (ENSFHEG00000013555) #22	ENSFHEG00000013561 #23	ENSFHEG00000013570 #23	ENSFHEG00000013581
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	1205													tmem30ab (ENSCVAG00000006449) #18	FILIP1 (ENSCVAG00000006455) #19	ENSCVAG00000006481 #20	myo6a (ENSCVAG00000006521) #22	ENSCVAG00000006530	ENSCVAG00000006547 #23
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00390000014122	ENSGT00390000003466	ENSGT00940000155671.y.b	ENSGT00940000155734.mb.b	ENSGT00940000155720.c.a	ENSGT00390000010349.a.a	ENSGT00930000151053	ENSGT00940000159462.a.b	ENSGT00510000047895	ENSGT00940000155490.a.c.b	ENSGT00940000155490.a.c.a	ENSGT00390000017610.b	ENSGT00390000007473	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00390000003466	ENSGT00940000155671.y.b	ENSGT00940000155734.mb.b	ENSGT00940000155720.c.a	ENSGT00390000010349.a.a	ENSGT00930000151053	ENSGT00940000159462.a.b	ENSGT00510000047895	ENSGT00940000155490.a.c.b	ENSGT00940000155490.a.c.a	ENSGT00390000017610.b	ENSGT00390000007473	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27
Guppy	MODERN SPECIES	452	rps7 (ENSPREG00000012210)	rnaseh1 (ENSPREG00000012197)	myt1la (ENSPREG00000012138)	ENSPREG00000012111	btbd6b (ENSPREG00000012104)	brf1b (ENSPREG00000012091)	xrcc3 (ENSPREG00000012063)	ENSPREG00000012017	ENSPREG00000011971	ENSPREG00000011931	ASB2 (ENSPREG00000011881)	ubr7 (ENSPREG00000011862)	tmem251 (ENSPREG00000011842)	NT5E (ENSPREG00000011829)	ENSPREG00000011819	myo6a (ENSPREG00000011785) #22	ENSPREG00000011775	ENSPREG00000011746 #23	ENSPREG00000011722 #23	HTR1B (ENSPREG00000011712) #25	mei4 (ENSPREG00000011702) #27
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	149	ENSGT00390000014122	ENSGT00390000003466	ENSGT00940000155671.y.b	ENSGT00940000155734.mb.b	ENSGT00940000155720.c.a	ENSGT00390000010349.a.a	ENSGT00930000151053	ENSGT00940000159462.a.b	ENSGT00510000047895	ENSGT00940000155490.a.c.b	ENSGT00940000155490.a.c.a	ENSGT00390000017610.b	ENSGT00390000007473	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1231											ubr7 (ENSPLAG00000011434)	tmem251 (ENSPLAG00000011425)	NT5E (ENSPLAG00000011412)	ENSPLAG00000011375	snx14 (ENSPLAG00000011342)	myo6a (ENSPLAG00000011330) #22	ENSPLAG00000011301 #23	ENSPLAG00000000245 #23	HTR1B (ENSPLAG00000011256) #25	mei4 (ENSPLAG00000011238) #27
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Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	95																ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a	ENSGT01090000260098.A	ENSGT00390000011342	ENSGT00940000155621.vc	ENSGT00940000168667	ENSGT00940000155734.mb.a
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1613	ENSNFUG00015011010	ENSNFUG00015011018	ENSNFUG00015011032	MGAT2 (ENSNFUG00015011041)	ENSNFUG00015011060	WDR20 (ENSNFUG00015011077)	hsp90aa1.1 (ENSNFUG00015011193)	HSP90AA1.2 (ENSNFUG00015011529)	ppp2r5cb (ENSNFUG00015011890)	ENSNFUG00015012108	DIO3 (ENSNFUG00015012111)	slc25a47a (ENSNFUG00015012119)	SLC25A29 (ENSNFUG00015012133)	vrtn (ENSNFUG00015012141)	syndig1l (ENSNFUG00015012145)	myo6a (ENSNFUG00015012160) #22	ENSNFUG00015012189	ENSNFUG00015012197	ENSNFUG00015012206	HTR1B (ENSNFUG00015012210) #25	NT5E (ENSNFUG00015012217)	ENSNFUG00015012240	snx14 (ENSNFUG00015012287)	NDUFAF7 (ENSNFUG00015013501)	rps7 (ENSNFUG00015013584)	RNASEH1 (ENSNFUG00015013611)	MYT1LA (ENSNFUG00015013625)	ENSNFUG00015013658	SLC35D3 (ENSNFUG00015013676)	pex7 (ENSNFUG00015013683)	ENSNFUG00015013694
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	32												ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	104	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1504															ENSSPAG00000001696 #20	myo6a (ENSSPAG00000001905) #22
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	102	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1067											COL12A1 (ENSAPOG00000002551) #17	COX7A2 (ENSAPOG00000002579)	tmem30ab (ENSAPOG00000002596) #18	FILIP1 (ENSAPOG00000002624) #19	ENSAPOG00000002644 #20	myo6a (ENSAPOG00000002672) #22
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000164930.b	ENSGT00940000159276	ENSGT00550000074954	ENSGT00550000074908	ENSGT00940000157776.c.a	ENSGT00940000165253.e	ENSGT00950000182955.a.a.b	ENSGT00940000158836.a.b	ENSGT00940000156540.b	ENSGT00390000002032	ENSGT00940000156452.a.a	ENSGT00940000153463.a.c.b	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1429																myo6a (ENSAOCG00000014132) #22	ENSAOCG00000014145 #23	ENSAOCG00000000922 #23	HTR1B (ENSAOCG00000014169) #25	mei4 (ENSAOCG00000014205) #27	NT5E (ENSAOCG00000014242)	snx14 (ENSAOCG00000014382)	syncrip (ENSAOCG00000014435)	ENSAOCG00000000949	glo1 (ENSAOCG00000014509)	hey2 (ENSAOCG00000014536)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	2	tmed10 (ENSAPEG00000001388)	eif2b2 (ENSAPEG00000001351)	vsx2 (ENSAPEG00000001332)	ENSAPEG00000001297	ENSAPEG00000001198	abcd4 (ENSAPEG00000001064)	SGPP1 (ENSAPEG00000001044)	kcnh5a (ENSAPEG00000001002)	L3HYPDH (ENSAPEG00000000958)	daam1b (ENSAPEG00000000913)	ppp1r13bb (ENSAPEG00000000846)	ercc4 (ENSAPEG00000000628)	tmem30ab (ENSAPEG00000000604) #18	FILIP1 (ENSAPEG00000000574) #19	SENP6 (ENSAPEG00000000551) #20	myo6a (ENSAPEG00000000388) #22	ENSAPEG00000000371 #23	ENSAPEG00000000362 #23	HTR1B (ENSAPEG00000000304) #25	mei4 (ENSAPEG00000021444) #27	NT5E (ENSAPEG00000021409)	snx14 (ENSAPEG00000021243)	syncrip (ENSAPEG00000021185)	ENSAPEG00000021166	ENSAPEG00000021146	glo1 (ENSAPEG00000021119)	hey2 (ENSAPEG00000021089)	ENSAPEG00000021074	si:dkey-261m9.17 (ENSAPEG00000021066)	ENSAPEG00000021022	ENSAPEG00000020840
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.x #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.x.a.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.x.a.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.x.a.b #17	ENSGT01000000216907	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	469										ENSHBUG00000000015 #15	ENSHBUG00000000016	tmem30ab (ENSHBUG00000001778) #18	FILIP1 (ENSHBUG00000001785) #19	ENSHBUG00000001797	ENSHBUG00000001806 #20	myo6a (ENSHBUG00000001822) #22	ENSHBUG00000001832 #23	ENSHBUG00000001842 #23	HTR1B (ENSHBUG00000001851) #25	ENSHBUG00000001858	NT5E (ENSHBUG00000001869)	snx14 (ENSHBUG00000001918)	syncrip (ENSHBUG00000001944)	ENSHBUG00000001974	glo1 (ENSHBUG00000001991)	hey2 (ENSHBUG00000002004)	pex7 (ENSHBUG00000002015)	SLC35D3 (ENSHBUG00000002027)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.x.a.b #17	ENSGT01000000216907	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	343	nkx2.2b (ENSPNYG00000001616)	nkx2.4b (ENSPNYG00000001669)	xrn2 (ENSPNYG00000001765)	ENSPNYG00000001923	ENSPNYG00000001931	ENSPNYG00000001963	crnkl1 (ENSPNYG00000001977)	naa20 (ENSPNYG00000002034)	COL12A1 (ENSPNYG00000002128) #17	ENSPNYG00000002715 #15	COX7A2 (ENSPNYG00000002783)	tmem30ab (ENSPNYG00000002796) #18	FILIP1 (ENSPNYG00000002825) #19	ENSPNYG00000002830	ENSPNYG00000002844 #20	myo6a (ENSPNYG00000002894) #22	IMPG1 (ENSPNYG00000002998) #23	ENSPNYG00000003088	HTR1B (ENSPNYG00000003100) #25	mei4 (ENSPNYG00000003126) #27	NT5E (ENSPNYG00000003145)	snx14 (ENSPNYG00000003182)	syncrip (ENSPNYG00000003240)	ENSPNYG00000003277	ENSPNYG00000003293	glo1 (ENSPNYG00000003326)	hey2 (ENSPNYG00000003425)	ENSPNYG00000003455	pex7 (ENSPNYG00000003473)	SLC35D3 (ENSPNYG00000003503)	TXLNB (ENSPNYG00000003527)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00950000183173.S.ab.d.b.o.a.b	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.x.a.b #17	ENSGT00940000154923.C.x.a.a #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b.c	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a	ENSGT01090000260098.A
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	3	xrn2 (ENSMZEG00005022362)	ENSMZEG00005022358	insm1a (ENSMZEG00005022355)	CFAP61 (ENSMZEG00005022350)	crnkl1 (ENSMZEG00005022345)	naa20 (ENSMZEG00005022344)	ENSMZEG00005022304 #17	ENSMZEG00005022288	ENSMZEG00005022283 #15	ENSMZEG00005022280 #17	ENSMZEG00005022277 #17	ENSMZEG00005022274	tmem30ab (ENSMZEG00005022269) #18	FILIP1 (ENSMZEG00005022266) #19	SENP6 (ENSMZEG00005022261) #20	myo6a (ENSMZEG00005022248) #22	ENSMZEG00005022245	IMPG1 (ENSMZEG00005022242) #23	HTR1B (ENSMZEG00005022240) #25	mei4 (ENSMZEG00005022239) #27	ENSMZEG00005022236	NT5E (ENSMZEG00005022234)
Eastern happy	MODERN SPECIES	6	ENSACLG00000010669	insm1a (ENSACLG00000010686)	CFAP61 (ENSACLG00000010755)	crnkl1 (ENSACLG00000010813)	naa20 (ENSACLG00000010918)	COL12A1 (ENSACLG00000010948) #17	ENSACLG00000011356	ENSACLG00000011511	ENSACLG00000011520 #15	ENSACLG00000011551 #17	ENSACLG00000011612 #17	COX7A2 (ENSACLG00000011633)	tmem30ab (ENSACLG00000011641) #18	FILIP1 (ENSACLG00000011663) #19	SENP6 (ENSACLG00000011853) #20	myo6a (ENSACLG00000011938) #22	ENSACLG00000012091 #23	HTR1B (ENSACLG00000012125) #25	mei4 (ENSACLG00000012141) #27	NT5E (ENSACLG00000012197)	snx14 (ENSACLG00000012214)	syncrip (ENSACLG00000012281)	ENSACLG00000012347	ENSACLG00000012366	glo1 (ENSACLG00000012395)	hey2 (ENSACLG00000012873)	pex7 (ENSACLG00000012893)	SLC35D3 (ENSACLG00000012917)	TXLNB (ENSACLG00000013102)	ENSACLG00000013123	NMBR (ENSACLG00000013507)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	318	nkx2.2b (ENSNBRG00000008315)	NKX2-4 (ENSNBRG00000008244)	xrn2 (ENSNBRG00000008062)	ENSNBRG00000008008	insm1a (ENSNBRG00000007998)	CFAP61 (ENSNBRG00000007937)	crnkl1 (ENSNBRG00000007867)	naa20 (ENSNBRG00000007829)	COL12A1 (ENSNBRG00000007056) #17	ENSNBRG00000006887 #15	ENSNBRG00000006868 #17	COX7A2 (ENSNBRG00000006857)	tmem30ab (ENSNBRG00000006845) #18	FILIP1 (ENSNBRG00000006832) #19	ENSNBRG00000006801 #20	myo6a (ENSNBRG00000006708) #22	IMPG1 (ENSNBRG00000006641) #23	HTR1B (ENSNBRG00000006610) #25	mei4 (ENSNBRG00000006587) #27	NT5E (ENSNBRG00000006409)	snx14 (ENSNBRG00000006312)	syncrip (ENSNBRG00000006270)	ENSNBRG00000006259	ENSNBRG00000006235	glo1 (ENSNBRG00000006060)	hey2 (ENSNBRG00000006009)	pex7 (ENSNBRG00000005997)	SLC35D3 (ENSNBRG00000005984)	TXLNB (ENSNBRG00000005969)	ENSNBRG00000005959	ENSNBRG00000005900
Midas cichlid	MODERN SPECIES	173											COX7A2 (ENSACIG00000002651)	TMEM30A (ENSACIG00000002568) #18	FILIP1 (ENSACIG00000002550) #19	ENSACIG00000002524	ENSACIG00000002475 #20	myo6a (ENSACIG00000002409) #22	ENSACIG00000002399 #23	HTR1B (ENSACIG00000002377) #25	mei4 (ENSACIG00000002363) #27	NT5E (ENSACIG00000002342)	snx14 (ENSACIG00000002293)	syncrip (ENSACIG00000002117)	ENSACIG00000002096
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	226																myo6a (ENSLBEG00000004538) #22	ENSLBEG00000003895 #23	ENSLBEG00000003809	ENSLBEG00000003792	zgc:113279 (ENSLBEG00000003773)	ENSLBEG00000003752	ENSLBEG00000003728	ENSLBEG00000003701	zbtb44 (ENSLBEG00000003673)	ADAMTS8 (ENSLBEG00000003641)	ENSLBEG00000003586	SNX19 (ENSLBEG00000003418)	ENSLBEG00000003365	timm8b (ENSLBEG00000003344)	sdhdb (ENSLBEG00000003328)	ENSLBEG00000003309
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a	ENSGT01090000260098.A
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00940000154484.B.a.b	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000164311
Lumpfish	MODERN SPECIES	16	COX7A2 (ENSCLMG00005010276)	TMEM30A (ENSCLMG00005010280) #18	FILIP1 (ENSCLMG00005010284) #19	ENSCLMG00005010288	FILIP1 (ENSCLMG00005011194) #19	ENSCLMG00005011199	ENSCLMG00005011202	FILIP1 (ENSCLMG00005011204) #19	ENSCLMG00005011205	ENSCLMG00005011207	ENSCLMG00005011208	FILIP1 (ENSCLMG00005011212) #19	ENSCLMG00005011214	ENSCLMG00005011217	ENSCLMG00005011221 #20	myo6a (ENSCLMG00005011243) #22	IMPG1 (ENSCLMG00005011265) #23	HTR1B (ENSCLMG00005011266) #25	NT5E (ENSCLMG00005011268)	snx14 (ENSCLMG00005011301)	syncrip (ENSCLMG00005011706)	SYNCRIP (ENSCLMG00005011749)	NDUFAF7 (ENSCLMG00005011750)	CEBPZ (ENSCLMG00005011751)	CEBPZOS (ENSCLMG00005011752)	FOXA2 (ENSCLMG00005011753)	ENSCLMG00005011754	nkx2.2b (ENSCLMG00005011755)	NKX2-4 (ENSCLMG00005011760)	xrn2 (ENSCLMG00005011775)	ENSCLMG00005011779
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000001588	ENSGT00390000006395	ENSGT00940000177839	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	16	ENSCGOG00000017906	ENSCGOG00000017905	ENSCGOG00000017901	crnkl1 (ENSCGOG00000017743)	naa20 (ENSCGOG00000017899)	ENSCGOG00000017741	COX7A2 (ENSCGOG00000017642)	tmem30aa (ENSCGOG00000017598) #18	FILIP1 (ENSCGOG00000017596) #19	ENSCGOG00000017594	SENP6 (ENSCGOG00000017588) #20	ENSCGOG00000017582	ENSCGOG00000017569	ENSCGOG00000017566	ENSCGOG00000017527	myo6a (ENSCGOG00000014321) #22	ENSCGOG00000014219	IMPG1 (ENSCGOG00000014194) #23	ENSCGOG00000014190	mei4 (ENSCGOG00000016401) #27	ENSCGOG00000016396	NT5E (ENSCGOG00000016201)	ENSCGOG00000016189	syncrip (ENSCGOG00000015025)	ENSCGOG00000014994	hey2 (ENSCGOG00000014979)	pex7 (ENSCGOG00000014968)	SLC35D3 (ENSCGOG00000014959)	ENSCGOG00000014954
Pike perch	MODERN SPECIES	95	nkx2.2b (ENSSLUG00000015864)	NKX2-4 (ENSSLUG00000015878)	xrn2 (ENSSLUG00000015942)	ENSSLUG00000016070	insm1a (ENSSLUG00000016074)	CFAP61 (ENSSLUG00000016082)	crnkl1 (ENSSLUG00000016133)	naa20 (ENSSLUG00000016662)	ENSSLUG00000016671	COL12A1 (ENSSLUG00000016822) #17	COX7A2 (ENSSLUG00000019375)	ENSSLUG00000019377	TMEM30A (ENSSLUG00000019380) #18	FILIP1 (ENSSLUG00000019387) #19	SENP6 (ENSSLUG00000019389) #20	myo6a (ENSSLUG00000019495) #22	ENSSLUG00000021773 #23	HTR1B (ENSSLUG00000021787) #25	mei4 (ENSSLUG00000021793) #27	ENSSLUG00000021804	ENSSLUG00000021815	NT5E (ENSSLUG00000021826)	snx14 (ENSSLUG00000021981)	syncrip (ENSSLUG00000023685)	ENSSLUG00000023834	ENSSLUG00000023838	glo1 (ENSSLUG00000023851)	hey2 (ENSSLUG00000023897)	ENSSLUG00000023902	SLC35D3 (ENSSLUG00000023905)	TXLNB (ENSSLUG00000023909)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00500000045333	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a	ENSGT01090000260098.A
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	54										ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a	ENSGT01090000260098.A
European seabass	MODERN SPECIES	7	ENSDLAG00005000200	ENSDLAG00005000190	CLDN20 (ENSDLAG00005029173)	ENSDLAG00005024299	ENSDLAG00005033043	NMBR (ENSDLAG00005029527)	gje1a (ENSDLAG00005029465)	vta1 (ENSDLAG00005024283)	adgrg6 (ENSDLAG00005024254)	ENSDLAG00005029516	COL12A1 (ENSDLAG00005022864) #17	COX7A2 (ENSDLAG00005022694)	TMEM30A (ENSDLAG00005031954) #18	FILIP1 (ENSDLAG00005002841) #19	SENP6 (ENSDLAG00005022774) #20	myo6a (ENSDLAG00005021692) #22	ENSDLAG00005031357 #23	HTR1B (ENSDLAG00005021540) #25	mei4 (ENSDLAG00005021523) #27	NT5E (ENSDLAG00005021439)	ENSDLAG00005020623	SYNCRIP (ENSDLAG00005020436)	ENSDLAG00005019144	ENSDLAG00005031955	ENSDLAG00005030376	ENSDLAG00005018198	ENSDLAG00005018190	ENSDLAG00005032950	ENSDLAG00005029840	ENSDLAG00005002953	ENSDLAG00005002922
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	478	ENSLCRG00005023920	ccndbp1 (ENSLCRG00005023921)	ENSLCRG00005023931	pmepa1 (ENSLCRG00005023938)	pck1 (ENSLCRG00005023939)	ENSLCRG00005023940	ENSLCRG00005023941	CHMP4B (ENSLCRG00005023942)	ahcy (ENSLCRG00005023943)	CD109 (ENSLCRG00005023947) #15	COL12A1 (ENSLCRG00005023949) #17	COX7A2 (ENSLCRG00005023955)	tmem30ab (ENSLCRG00005023956) #18	FILIP1 (ENSLCRG00005023957) #19	SENP6 (ENSLCRG00005023958) #20	myo6a (ENSLCRG00005023959) #22	ENSLCRG00005002253	ENSLCRG00005002259	ENSLCRG00005002262	HTR1B (ENSLCRG00005002264) #25	ENSLCRG00005002267 #27	NT5E (ENSLCRG00005002270)	snx14 (ENSLCRG00005002286)	syncrip (ENSLCRG00005002395)	ENSLCRG00005002452	glo1 (ENSLCRG00005002475)	hey2 (ENSLCRG00005002486)	ENSLCRG00005002494	ENSLCRG00005002507	SLC35D3 (ENSLCRG00005002530)	ENSLCRG00005002535
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	14	nkx2.2b (ENSSAUG00010018492)	NKX2-4 (ENSSAUG00010018491)	xrn2 (ENSSAUG00010014494)	ENSSAUG00010014388	insm1a (ENSSAUG00010014387)	CFAP61 (ENSSAUG00010014384)	crnkl1 (ENSSAUG00010014041)	naa20 (ENSSAUG00010014017)	CD109 (ENSSAUG00010014007) #15	COL12A1 (ENSSAUG00010007916) #17	COX7a2 (ENSSAUG00010007755)	ENSSAUG00010007752	tmem30ab (ENSSAUG00010007746) #18	FILIP1 (ENSSAUG00010007738) #19	SENP6 (ENSSAUG00010007718) #20	myo6a (ENSSAUG00010007667) #22	ENSSAUG00010007655 #23	HTR1B (ENSSAUG00010007652) #25	mei4 (ENSSAUG00010007650) #27	NT5E (ENSSAUG00010007022)	snx14 (ENSSAUG00010003879)	syncrip (ENSSAUG00010003340)	ENSSAUG00010003281	glo1 (ENSSAUG00010003276)	hey2 (ENSSAUG00010003272)	ENSSAUG00010003270	pex7 (ENSSAUG00010003196)	SLC35D3 (ENSSAUG00010003173)	ENSSAUG00010003168	ENSSAUG00010003161	ENSSAUG00010003160
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00400000024959	ENSGT00670000098098	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00500000045333	ENSGT00390000006395	ENSGT00390000001588	ENSGT00950000183024.a.a.b.r	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a	ENSGT01090000260098.A
Climbing perch	MODERN SPECIES	15	INSM1 (ENSATEG00000001248)	ENSATEG00000028183	xrn2 (ENSATEG00000001273)	ENSATEG00000001285	nkx2.2b (ENSATEG00000001390)	ENSATEG00000001430	ENSATEG00000029894	CEBPZOS (ENSATEG00000029501)	CEBPZ (ENSATEG00000001538)	NDUFAF7 (ENSATEG00000001621)	PRKD3 (ENSATEG00000001636)	COX7A2 (ENSATEG00000027276)	TMEM30A (ENSATEG00000029827) #18	FILIP1 (ENSATEG00000028309) #19	SENP6 (ENSATEG00000001795) #20	myo6a (ENSATEG00000001824) #22	IMPG1 (ENSATEG00000001973) #23	HTR1B (ENSATEG00000002109) #25	mei4 (ENSATEG00000002126) #27	NT5E (ENSATEG00000002145)	ENSATEG00000002189	SYNCRIP (ENSATEG00000002312)	ENSATEG00000002351	ENSATEG00000002363	ENSATEG00000002385	ENSATEG00000028741	ENSATEG00000002416	ENSATEG00000002456	TXLNB (ENSATEG00000002477)	NMBR (ENSATEG00000002485)	ENSATEG00000027377
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	16	xrn2 (ENSMAMG00000008633)	ENSMAMG00000008675	ENSMAMG00000008678	INSM1 (ENSMAMG00000008707)	ENSMAMG00000008717	ENSMAMG00000008745	crnkl1 (ENSMAMG00000008757)	naa20 (ENSMAMG00000008766)	CD109 (ENSMAMG00000008795) #15	ENSMAMG00000026336	COL12A1 (ENSMAMG00000008858) #17	COX7A2 (ENSMAMG00000026109)	TMEM30A (ENSMAMG00000009381) #18	FILIP1 (ENSMAMG00000009424) #19	SENP6 (ENSMAMG00000009438) #20	MYO6 (ENSMAMG00000009463) #22	ENSMAMG00000009543 #23	HTR1B (ENSMAMG00000009703) #25
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263512.b.a
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865	ENSGT00390000009312.a	ENSGT00940000160636	ENSGT00600000084860.A.b	ENSGT00940000157264	ENSGT00940000160083	ENSGT00940000157418.a	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.a.a.b.a.b.a.b.a
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159137.a	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.f #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865	ENSGT01030000234534.A.c.b.b.b	ENSGT00940000156638	ENSGT00390000008373	ENSGT00940000156283	ENSGT00940000155107.a.b	ENSGT00940000158473	ENSGT00940000158213
Greater amberjack	MODERN SPECIES	10	ENSSDUG00000012999	nkx2.2b (ENSSDUG00000012989)	NKX2-4 (ENSSDUG00000012986)	xrn2 (ENSSDUG00000012802)	ENSSDUG00000012767	insm1a (ENSSDUG00000012757)	CFAP61 (ENSSDUG00000012661)	crnkl1 (ENSSDUG00000012625)	naa20 (ENSSDUG00000012606)	CD109 (ENSSDUG00000011943) #15	COL12A1 (ENSSDUG00000011338) #17	COX7A2 (ENSSDUG00000011255)	tmem30ab (ENSSDUG00000011227) #18	FILIP1 (ENSSDUG00000011210) #19	SENP6 (ENSSDUG00000011187) #20	myo6a (ENSSDUG00000011138) #22	ENSSDUG00000011115 #23	ENSSDUG00000011101 #23	HTR1B (ENSSDUG00000011090) #25	NT5E (ENSSDUG00000011024)	snx14 (ENSSDUG00000010870)	ENSSDUG00000010849	syncrip (ENSSDUG00000010798)	ENSSDUG00000010778	ENSSDUG00000010763	BDKRB2 (ENSSDUG00000010755)	katna1 (ENSSDUG00000010725)	ginm1 (ENSSDUG00000010696)	ppil4 (ENSSDUG00000010647)	ENSSDUG00000010581	tab2 (ENSSDUG00000010542)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3234	nkx2.2b (ENSSLDG00000021256)	NKX2-4 (ENSSLDG00000021261)	xrn2 (ENSSLDG00000021273)	ENSSLDG00000021355	insm1a (ENSSLDG00000021365)	ENSSLDG00000021373	ENSSLDG00000021401	crnkl1 (ENSSLDG00000021413)	naa20 (ENSSLDG00000021480)	CD109 (ENSSLDG00000021491) #15	COL12A1 (ENSSLDG00000021536) #17	COX7A2 (ENSSLDG00000021623)	tmem30ab (ENSSLDG00000021631) #18	FILIP1 (ENSSLDG00000021653) #19	SENP6 (ENSSLDG00000021665) #20	myo6a (ENSSLDG00000021704) #22	ENSSLDG00000021743	ENSSLDG00000021748 #23	HTR1B (ENSSLDG00000021754) #25	mei4 (ENSSLDG00000021760) #27	NT5E (ENSSLDG00000021780)	snx14 (ENSSLDG00000021816)	syncrip (ENSSLDG00000021848)	ENSSLDG00000021876	BDKRB2 (ENSSLDG00000021904)	ENSSLDG00000021908	katna1 (ENSSLDG00000021919)	ginm1 (ENSSLDG00000021953)	ppil4 (ENSSLDG00000021975)	ENSSLDG00000022022	tab2 (ENSSLDG00000022044)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	55											COL12A1 (ENSLCAG00010019739) #17	COX7A2 (ENSLCAG00010019668)	tmem30ab (ENSLCAG00010019661) #18	FILIP1 (ENSLCAG00010019654) #19	SENP6 (ENSLCAG00010019642) #20	myo6a (ENSLCAG00010019237) #22	ENSLCAG00010019051 #23	ENSLCAG00010019045 #23	HTR1B (ENSLCAG00010019037) #25	ENSLCAG00010019026 #27	NT5E (ENSLCAG00010019008)	snx14 (ENSLCAG00010018549)	syncrip (ENSLCAG00010018447)	ENSLCAG00010018432	glo1 (ENSLCAG00010018427)	hey2 (ENSLCAG00010018424)	ENSLCAG00010018416	pex7 (ENSLCAG00010018408)	SLC35D3 (ENSLCAG00010018404)	ENSLCAG00010018401	ENSLCAG00010018397
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00940000166323	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.e #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000173663	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000157865
Turbot	MODERN SPECIES	12	ENSSMAG00000007736	CEBPZ (ENSSMAG00000007770)	ENSSMAG00000007814	xrn2 (ENSSMAG00000007834)	ENSSMAG00000030883	nkx2.4b (ENSSMAG00000007829)	ENSSMAG00000030870	CFAP61 (ENSSMAG00000007892)	crnkl1 (ENSSMAG00000007933)	naa20 (ENSSMAG00000007953)	CD109 (ENSSMAG00000007989) #15	COL12A1 (ENSSMAG00000008027) #17	COX7A2 (ENSSMAG00000029953)	TMEM30A (ENSSMAG00000008297) #18	FILIP1 (ENSSMAG00000008318) #19	myo6a (ENSSMAG00000008405) #22	IMPG1 (ENSSMAG00000009003) #23	HTR1B (ENSSMAG00000009051) #25	mei4 (ENSSMAG00000009063) #27	NT5E (ENSSMAG00000009079)	snx14 (ENSSMAG00000009094)	ENSSMAG00000037559	SYNCRIP (ENSSMAG00000009154)	ENSSMAG00000009179	ENSSMAG00000027099	ENSSMAG00000028534	ENSSMAG00000009249	ENSSMAG00000009266	ENSSMAG00000009302	ENSSMAG00000033011	ENSSMAG00000031973
Tongue sole	MODERN SPECIES	17	PRKD3 (ENSCSEG00000005685)	cnksr3 (ENSCSEG00000005699)	rps7 (ENSCSEG00000005714)	rnaseh1 (ENSCSEG00000005741)	ENSCSEG00000005774	ENSCSEG00000005778	hivep2a (ENSCSEG00000005780)	AIG1 (ENSCSEG00000005791)	adat2 (ENSCSEG00000005795)	pex3 (ENSCSEG00000005804)	atf3 (ENSCSEG00000005819)	ENSCSEG00000005822	nsl1 (ENSCSEG00000005827)	flvcr1 (ENSCSEG00000005830)	SENP6 (ENSCSEG00000005835) #20	myo6a (ENSCSEG00000005843) #22	IMPG1 (ENSCSEG00000005860) #23	mei4 (ENSCSEG00000005867) #27	NT5E (ENSCSEG00000005869)	snx14 (ENSCSEG00000005873)	ENSCSEG00000005884	syncrip (ENSCSEG00000005893)	ENSCSEG00000005920	FILIP1 (ENSCSEG00000005924) #19	NMBR (ENSCSEG00000005946)	vta1 (ENSCSEG00000005950)	adgrg6 (ENSCSEG00000005958)	ENSCSEG00000005970	ENSCSEG00000005976	CLDN20 (ENSCSEG00000005980)	tmem242 (ENSCSEG00000005984)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000177839	ENSGT00940000162247.f	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.c #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a.b	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00390000011674	ENSGT00940000166728	ENSGT00390000016036
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	152	ENSGT00940000162247.f.f	ENSGT00670000098098.g	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b.c	ENSGT00390000004987.kb	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931.e	ENSGT00550000075046.h	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b.c #17	ENSGT00940000154550.a.wb	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.b #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.e #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r.i #20	ENSGT00940000156078.d.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.d #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a.b.a	ENSGT00950000182856.a.b.b.a	ENSGT00940000153511.b.r.h	ENSGT00940000157865.k	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a.m	ENSGT00390000011674.w.a	ENSGT00940000166728.h	ENSGT00390000016036.t	ENSGT00950000182827.E.c	ENSGT00530000063407.a	ENSGT00940000156096.e.b.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000162247.f.f	ENSGT00670000098098.g	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b.c	ENSGT00390000004987.kb	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931.e	ENSGT00550000075046.h	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b.c #17	ENSGT00940000154550.a.wb	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.b #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.e #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r.i #20	ENSGT00940000156078.d.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.d #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a.b.a	ENSGT00950000182856.a.b.b.a	ENSGT00940000153511.b.r.h	ENSGT00940000157865.k	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a.m	ENSGT01030000234513.A.a.b.h	ENSGT00390000011674.w.a	ENSGT00940000166728.h	ENSGT00390000016036.t	ENSGT00950000182827.E.c	ENSGT00530000063407.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000162247.f.f	ENSGT00670000098098.g	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b.c	ENSGT00390000004987.kb	ENSGT00940000177607	ENSGT00550000074931.e	ENSGT00550000075046.h	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b.c #17	ENSGT00940000154550.a.wb	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.b #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.e #19	ENSGT00940000178265	ENSGT00940000155724.r.i #20	ENSGT00940000156078.d.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.d #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a.b.a	ENSGT00950000182856.a.b.b.a	ENSGT00940000153511.b.r.h	ENSGT00940000157865.k	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a.m	ENSGT01030000234513.A.a.b.h	ENSGT00390000011674.w.a	ENSGT00940000166728.h	ENSGT00950000182827.E.c	ENSGT00530000063407.a	ENSGT00940000156096.e.b.b
River trout	MODERN SPECIES		nkx2.2b (ENSSTUG00000026165)	nkx2.4b (ENSSTUG00000026147)	xrn2 (ENSSTUG00000025997)	ENSSTUG00000049264	insm1a (ENSSTUG00000049262)	ENSSTUG00000049255	ENSSTUG00000049252	crnkl1 (ENSSTUG00000049237)	naa20 (ENSSTUG00000049230)	CD109 (ENSSTUG00000049218) #15	COL12A1 (ENSSTUG00000047877) #17	COX7A2 (ENSSTUG00000047757)	TMEM30A (ENSSTUG00000047747) #18	FILIP1 (ENSSTUG00000047741) #19	SENP6 (ENSSTUG00000047702) #20	myo6a (ENSSTUG00000047119) #22	IMPG1 (ENSSTUG00000047071) #23	HTR1B (ENSSTUG00000047061) #25	mei4 (ENSSTUG00000047045) #27	nt5e (ENSSTUG00000046973)	snx14 (ENSSTUG00000046601)	syncrip (ENSSTUG00000046443)	ENSSTUG00000046387	HTR1E (ENSSTUG00000046384) ##25	znf292b (ENSSTUG00000046362)	gjb7 (ENSSTUG00000046353)	smim8 (ENSSTUG00000046341)	si:ch211-241j12.3 (ENSSTUG00000046326)	slc35a1 (ENSSTUG00000046306)	rars2 (ENSSTUG00000045866)	akirin2 (ENSSTUG00000045830)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	25	PAX1 (ENSSSAG00000109984)	nkx2.2b (ENSSSAG00000116039)	nkx2.4b (ENSSSAG00000089853)	xrn2 (ENSSSAG00000076213)	ENSSSAG00000116873	INSM1 (ENSSSAG00000111736)	ENSSSAG00000076257	crnkl1 (ENSSSAG00000070218)	naa20 (ENSSSAG00000076414)	CD109 (ENSSSAG00000100303) #15	COL12A1 (ENSSSAG00000076478) #17	TMEM30A (ENSSSAG00000077188) #18	FILIP1 (ENSSSAG00000077198) #19	ENSSSAG00000114688	ENSSSAG00000077203 #20	myo6a (ENSSSAG00000077285) #22	ENSSSAG00000078745 #23	HTR1B (ENSSSAG00000078752) #25	mei4 (ENSSSAG00000078756) #27	nt5e (ENSSSAG00000078771)	snx14 (ENSSSAG00000078939)	SYNCRIP (ENSSSAG00000079138)	ENSSSAG00000079189	HTR1E (ENSSSAG00000079194) ##25	ENSSSAG00000094588	znf292b (ENSSSAG00000079198)	gjb7 (ENSSSAG00000082489)	ENSSSAG00000103424	si:ch211-241j12.3 (ENSSSAG00000107896)	ENSSSAG00000079211	ENSSSAG00000079229
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000159137.b.b.c	ENSGT00940000159727.k.a	ENSGT00940000162247.f.f	ENSGT00670000098098.g	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b.c	ENSGT00390000004987.kb	ENSGT00550000074931.e	ENSGT00550000075046.h	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b.c #17	ENSGT00940000154550.a.wb	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.b #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.e #19	ENSGT00940000155724.r.i #20	ENSGT00940000156078.d.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.d #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a.b.a	ENSGT00950000182856.a.b.b.a	ENSGT00940000153511.b.r.h	ENSGT00940000157865.k	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a.m	ENSGT01030000234513.A.a.b.h	ENSGT00390000011674.w.a	ENSGT01060000253592	ENSGT00950000182827.E.c	ENSGT00530000063407.a	ENSGT00940000156096.e.b.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000159137.b.b.c	ENSGT00940000159727.k.a	ENSGT00940000162247.f.f	ENSGT00670000098098.g	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b.c	ENSGT00390000004987.kb	ENSGT00550000074931.e	ENSGT00550000075046.h	ENSGT00940000155926.e #15	ENSGT00940000154923.C.w.b.c #17	ENSGT00940000154550.a.wb	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.b #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.e #19	ENSGT00940000155724.r.i #20	ENSGT00940000156078.d.c #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.c #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.d #25	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775.a.a.b.a	ENSGT00950000182856.a.b.b.a	ENSGT00940000153511.b.r.h	ENSGT00940000157865.k	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a.m.a	ENSGT01030000234513.A.a.b.h	ENSGT00390000011674.w.a	ENSGT01060000253592	ENSGT00950000182827.E.c	ENSGT00530000063407.a	ENSGT00940000156096.e.b.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES	9	FOXA2 (ENSOTSG00005016930)	PAX1 (ENSOTSG00005016931)	nkx2.2b (ENSOTSG00005016932)	nkx2.4b (ENSOTSG00005016933)	xrn2 (ENSOTSG00005016934)	ENSOTSG00005020267	insm1a (ENSOTSG00005020268)	CFAP61 (ENSOTSG00005020273)	crnkl1 (ENSOTSG00005020282)	naa20 (ENSOTSG00005020290)	COL12A1 (ENSOTSG00005020304) #17	COX7A2 (ENSOTSG00005020377)	tmem30ab (ENSOTSG00005020382) #18	FILIP1 (ENSOTSG00005020383) #19	SENP6 (ENSOTSG00005020386) #20	myo6a (ENSOTSG00005020408) #22	ENSOTSG00005021736 #23	HTR1B (ENSOTSG00005021737) #25	mei4 (ENSOTSG00005021738) #27	nt5e (ENSOTSG00005021739)	snx14 (ENSOTSG00005021762)	syncrip (ENSOTSG00005021976)	ENSOTSG00005021987	HTR1E (ENSOTSG00005021988) ##25	znf292b (ENSOTSG00005021989)	smim8 (ENSOTSG00005021992)	ENSOTSG00005021995	ENSOTSG00005021996	slc35a1 (ENSOTSG00005021997)	rars2 (ENSOTSG00005021999)	akirin2 (ENSOTSG00005022005)
Coho salmon	MODERN SPECIES	13	nkx2.4b (ENSOKIG00005042296)	xrn2 (ENSOKIG00005042333)	ENSOKIG00005042487	INSM1 (ENSOKIG00005042493)	ENSOKIG00005042500	ENSOKIG00005042540	ENSOKIG00005042544	crnkl1 (ENSOKIG00005042567)	naa20 (ENSOKIG00005043041)	CD109 (ENSOKIG00005043093) #15	COL12A1 (ENSOKIG00005043212) #17	COX7A2 (ENSOKIG00005044237)	TMEM30A (ENSOKIG00005044249) #18	FILIP1 (ENSOKIG00005044317) #19	SENP6 (ENSOKIG00005044928) #20	myo6a (ENSOKIG00005044362) #22	ENSOKIG00005044947 #23	HTR1B (ENSOKIG00005044972) #25	mei4 (ENSOKIG00005044984) #27	nt5e (ENSOKIG00005045013)	snx14 (ENSOKIG00005045297)	SYNCRIP (ENSOKIG00005045826)	ENSOKIG00005046159	HTR1E (ENSOKIG00005046214) ##25	ENSOKIG00005046241	znf292b (ENSOKIG00005046255)	GJB7 (ENSOKIG00005046262)	smim8 (ENSOKIG00005046270)	ENSOKIG00005046279	slc35a1 (ENSOKIG00005046292)	rars2 (ENSOKIG00005046367)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	25	nkx2.1c (ENSOMYG00000058417)	xrn2 (ENSOMYG00000011437)	ENSOMYG00000074024	ENSOMYG00000056393	ENSOMYG00000010658	crnkl1 (ENSOMYG00000013953)	naa20 (ENSOMYG00000013992)	CD109 (ENSOMYG00000049290) #15	ENSOMYG00000059119	COL12A1 (ENSOMYG00000014563) #17	COX7A2 (ENSOMYG00000018957)	TMEM30A (ENSOMYG00000048151) #18	FILIP1 (ENSOMYG00000018971) #19	ENSOMYG00000065950	SENP6 (ENSOMYG00000000105) #20	myo6a (ENSOMYG00000000404) #22	IMPG1 (ENSOMYG00000000477) #23	HTR1B (ENSOMYG00000000488) #25	mei4 (ENSOMYG00000000501) #27	nt5e (ENSOMYG00000000596)	snx14 (ENSOMYG00000000777)	SYNCRIP (ENSOMYG00000060075)	ENSOMYG00000000868	HTR1E (ENSOMYG00000000882) ##25	znf292b (ENSOMYG00000000890)	GJB7 (ENSOMYG00000000897)	smim8 (ENSOMYG00000000903)	ENSOMYG00000068873	ENSOMYG00000068455	slc35a1 (ENSOMYG00000000927)	RARS2 (ENSOMYG00000001014)
Huchen	MODERN SPECIES	50	ENSHHUG00000024877	insm1a (ENSHHUG00000024879)	CFAP61 (ENSHHUG00000024881)	crnkl1 (ENSHHUG00000024888)	naa20 (ENSHHUG00000024897)	ENSHHUG00000024901 #15	CD109 (ENSHHUG00000024911) #15	ENSHHUG00000024935 #17	ENSHHUG00000025342	ENSHHUG00000025349	ENSHHUG00000025355	COX7A2 (ENSHHUG00000025358)	TMEM30A (ENSHHUG00000025361) #18	FILIP1 (ENSHHUG00000025437) #19	SENP6 (ENSHHUG00000025453) #20	myo6a (ENSHHUG00000025503) #22	ENSHHUG00000025696 #23	HTR1B (ENSHHUG00000025729) #25	mei4 (ENSHHUG00000025736) #27	nt5e (ENSHHUG00000025743)	snx14 (ENSHHUG00000025803)	ENSHHUG00000026020	syncrip (ENSHHUG00000026022)	ENSHHUG00000026098	HTR1E (ENSHHUG00000026109) ##25	znf292b (ENSHHUG00000026111)	smim8 (ENSHHUG00000026117)	ENSHHUG00000026119	cfap206 (ENSHHUG00000026121)	slc35a1 (ENSHHUG00000026128)	rars2 (ENSHHUG00000026163)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	123											ENSGT00940000154923.C.w.b.d #17	ENSGT01000000217321	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.f #19	ENSGT00940000155724.r.j #20	ENSGT00940000156078.d.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.c #25	ENSGT00530000063775.a.a.b.b	ENSGT00950000182856.a.b.b.b	ENSGT00940000153511.b.r.g	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865.l	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.a ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a.n	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00390000011674.w.b	ENSGT00940000166728.g	ENSGT00390000016036.s	ENSGT00950000182827.E.d	ENSGT00940000156096.e.b.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00500000045333	ENSGT00940000155999.e.b.a	ENSGT00940000159137.b.b.d	ENSGT00940000159727.k.b	ENSGT00940000162247.f.e	ENSGT00670000098098.h	ENSGT00940000162552.a.b.d	ENSGT00390000004987.jb	ENSGT00550000074931.f	ENSGT00550000075046.g	ENSGT00940000154923.C.w.b.d #17	ENSGT01000000217321	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.f #19	ENSGT00940000155724.r.j #20	ENSGT00940000156078.d.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.c #25	ENSGT00530000063775.a.a.b.b	ENSGT00950000182856.a.b.b.b	ENSGT00940000153511.b.r.g	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865.l	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.a ##25	ENSGT01060000252229	ENSGT00950000183034.C.a.a.n	ENSGT01030000234513.A.a.b.g	ENSGT00390000011674.w.b	ENSGT00940000166728.g	ENSGT00390000016036.s	ENSGT00950000182827.E.d
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000177839	ENSGT00940000155999.e.b.a	ENSGT00940000159137.b.b.d	ENSGT00940000159727.k.b	ENSGT00940000162247.f.e	ENSGT00670000098098.h	ENSGT00940000162552.a.b.d	ENSGT00390000004987.jb	ENSGT00550000074931.f	ENSGT00550000075046.g	ENSGT00940000154923.C.w.b.d #17	ENSGT01000000217321	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.f #19	ENSGT00940000155724.r.j #20	ENSGT00940000156078.d.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.c #25	ENSGT00530000063775.a.a.b.b	ENSGT00950000182856.a.b.b.b	ENSGT00940000153511.b.r.g	ENSGT00940000177253	ENSGT00940000157865.l	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.a ##25	ENSGT01060000252229	ENSGT00950000183034.C.a.a.n	ENSGT01030000234513.A.a.b.g	ENSGT00390000011674.x	ENSGT00940000166728.g	ENSGT00390000016036.s	ENSGT00950000182827.E.d
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	6	ENSSSAG00000120483	ENSSSAG00000070069	PAX1 (ENSSSAG00000101257)	nkx2.2b (ENSSSAG00000089576)	xrn2 (ENSSSAG00000070113)	nkx2.4b (ENSSSAG00000070080)	CFAP61 (ENSSSAG00000070165)	crnkl1 (ENSSSAG00000076271)	NAA20 (ENSSSAG00000070794)	COL12A1 (ENSSSAG00000070858) #17	ENSSSAG00000071564	ENSSSAG00000088113	TMEM30A (ENSSSAG00000071571) #18	FILIP1 (ENSSSAG00000071574) #19	SENP6 (ENSSSAG00000071578) #20	MYO6 (ENSSSAG00000071614) #22	ENSSSAG00000098377 #23	ENSSSAG00000072052	ENSSSAG00000083181	HTR1B (ENSSSAG00000072056) #25	nt5e (ENSSSAG00000072076)	SNX14 (ENSSSAG00000072626)	SYNCRIP (ENSSSAG00000074958)	HTR1E (ENSSSAG00000107368) ##25	ENSSSAG00000039452	znf292b (ENSSSAG00000039488)	gjb7 (ENSSSAG00000115801)	smim8 (ENSSSAG00000102442)	si:ch211-241j12.3 (ENSSSAG00000039763)	CFAP206 (ENSSSAG00000039803)	SLC35A1 (ENSSSAG00000040719)
River trout	MODERN SPECIES	28	ENSSTUG00000034094	ENSSTUG00000034089	FOXA2 (ENSSTUG00000034068)	PAX1 (ENSSTUG00000034048)	nkx2.2b (ENSSTUG00000034037)	xrn2 (ENSSTUG00000033801)	insm1a (ENSSTUG00000033751)	CFAP61 (ENSSTUG00000033582)	crnkl1 (ENSSTUG00000033330)	naa20 (ENSSTUG00000033293)	COL12A1 (ENSSTUG00000031564) #17	ENSSTUG00000031426	tmem30ab (ENSSTUG00000031410) #18	FILIP1 (ENSSTUG00000031371) #19	SENP6 (ENSSTUG00000031322) #20	myo6a (ENSSTUG00000047396) #22	HTR1B (ENSSTUG00000047370) #25	ENSSTUG00000047366	nt5e (ENSSTUG00000047319)	snx14 (ENSSTUG00000046427)	syncrip (ENSSTUG00000046015)	ENSSTUG00000045831	ENSSTUG00000045825	HTR1E (ENSSTUG00000045818) ##25	znf292b (ENSSTUG00000045813)	gjb7 (ENSSTUG00000045807)	ENSSTUG00000045799	ENSSTUG00000045794	si:ch211-241j12.3 (ENSSTUG00000045780)	cfap206 (ENSSTUG00000045756)	slc35a1 (ENSSTUG00000045713)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00500000045333	ENSGT00940000155999.e.b.a	ENSGT00940000159137.b.b.d	ENSGT00940000159727.k.b	ENSGT00940000162247.f.e	ENSGT00670000098098.h	ENSGT00940000162552.a.b.d	ENSGT00390000004987.jb	ENSGT00550000074931.f	ENSGT00550000075046.g	ENSGT00940000154923.C.w.b.d #17	ENSGT01000000217321	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.f #19	ENSGT00940000155724.r.j #20	ENSGT00940000156078.d.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.c #25	ENSGT00530000063775.a.a.b.b	ENSGT00950000182856.a.b.b.b	ENSGT00940000153511.b.r.g	ENSGT00940000157865.l	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.a ##25	ENSGT01060000252229	ENSGT00950000183034.C.a.a.n	ENSGT01030000234513.A.a.b.g	ENSGT00390000011674.w.b	ENSGT00940000166728.g	ENSGT00390000016036.s	ENSGT00950000182827.E.d	ENSGT00940000156096.e.b.a
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00940000155999.e.b.a	ENSGT00940000159137.b.b.d	ENSGT00940000159727.k.b	ENSGT00940000162247.f.e	ENSGT00670000098098.h	ENSGT01010000229567	ENSGT00940000162552.a.b.d	ENSGT00390000004987.jb	ENSGT00550000074931.f	ENSGT00550000075046.g	ENSGT00940000154923.C.w.b.d #17	ENSGT01000000217321	ENSGT00390000004660.C.a.a.d.a #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a.f #19	ENSGT00940000155724.r.j #20	ENSGT00940000156078.d.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.g.a.d #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a.c #25	ENSGT00530000063775.a.a.b.b	ENSGT00950000182856.a.b.b.b	ENSGT00940000153511.b.r.g	ENSGT00940000157865.l	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b.a.a ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a.n	ENSGT01030000234513.A.a.b.g	ENSGT00390000011674.w.b	ENSGT00940000166728.g	ENSGT00390000016036.s	ENSGT00950000182827.E.d	ENSGT00940000156096.e.b.a	ENSGT01060000248564.a.a.a.a.b
Coho salmon	MODERN SPECIES	3	FOXA2 (ENSOKIG00005003446)	PAX1 (ENSOKIG00005003462)	nkx2.2b (ENSOKIG00005003473)	nkx2.4b (ENSOKIG00005003479)	xrn2 (ENSOKIG00005003563)	ENSOKIG00005003675	insm1a (ENSOKIG00005003682)	CFAP61 (ENSOKIG00005003690)	crnkl1 (ENSOKIG00005003763)	naa20 (ENSOKIG00005004022)	COL12A1 (ENSOKIG00005004623) #17	ENSOKIG00005006597	tmem30ab (ENSOKIG00005006608) #18	FILIP1 (ENSOKIG00005006624) #19	SENP6 (ENSOKIG00005006642) #20	myo6a (ENSOKIG00005006753) #22	ENSOKIG00005007188 #23	HTR1B (ENSOKIG00005007222) #25	nt5e (ENSOKIG00005007263)	snx14 (ENSOKIG00005007437)	syncrip (ENSOKIG00005007769)	ENSOKIG00005002111	HTR1E (ENSOKIG00005002158) ##25	znf292b (ENSOKIG00005002168)	gjb7 (ENSOKIG00005002187)	ENSOKIG00005002195	si:ch211-241j12.3 (ENSOKIG00005002216)	cfap206 (ENSOKIG00005002288)	ENSOKIG00005002444	SLC35A1 (ENSOKIG00005002448)	akirin2 (ENSOKIG00005002464)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	29	FOXA2 (ENSOTSG00005040307)	PAX1 (ENSOTSG00005040309)	nkx2.2b (ENSOTSG00005040312)	nkx2.4b (ENSOTSG00005040313)	xrn2 (ENSOTSG00005040315)	ENSOTSG00005040427	insm1a (ENSOTSG00005040428)	CFAP61 (ENSOTSG00005040429)	crnkl1 (ENSOTSG00005040432)	naa20 (ENSOTSG00005040544)	COL12A1 (ENSOTSG00005040589) #17	ENSOTSG00005040710	tmem30ab (ENSOTSG00005040712) #18	FILIP1 (ENSOTSG00005040713) #19	SENP6 (ENSOTSG00005040715) #20	myo6a (ENSOTSG00005040720) #22	ENSOTSG00005041263	ENSOTSG00005041266 #23	HTR1B (ENSOTSG00005041271) #25	ENSOTSG00005041272	nt5e (ENSOTSG00005041274)	snx14 (ENSOTSG00005000459)	syncrip (ENSOTSG00005009733)	ENSOTSG00005009759	HTR1E (ENSOTSG00005009760) ##25	znf292b (ENSOTSG00005009761)	gjb7 (ENSOTSG00005009762)	smim8 (ENSOTSG00005009763)	si:ch211-241j12.3 (ENSOTSG00005009764)	cfap206 (ENSOTSG00005009765)	slc35a1 (ENSOTSG00005009782)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	29	PAX1 (ENSOMYG00000043833)	nkx2.2b (ENSOMYG00000043836)	nkx2.1b (ENSOMYG00000043840)	xrn2 (ENSOMYG00000044000)	INSM1 (ENSOMYG00000044800)	CFAP61 (ENSOMYG00000044804)	crnkl1 (ENSOMYG00000044816)	NAA20 (ENSOMYG00000044832)	COL12A1 (ENSOMYG00000044935) #17	ENSOMYG00000054017	ENSOMYG00000045200	TMEM30A (ENSOMYG00000045203) #18	ENSOMYG00000045207	FILIP1 (ENSOMYG00000045212) #19	SENP6 (ENSOMYG00000045216) #20	myo6a (ENSOMYG00000045257) #22	ENSOMYG00000045318 #23	HTR1B (ENSOMYG00000030129) #25	nt5e (ENSOMYG00000030334)	snx14 (ENSOMYG00000031225)	ENSOMYG00000068088	SYNCRIP (ENSOMYG00000033166)	ENSOMYG00000033332	HTR1E (ENSOMYG00000033352) ##25	ENSOMYG00000033357	znf292b (ENSOMYG00000033363)	SMIM8 (ENSOMYG00000051515)	ENSOMYG00000033383	si:ch211-241j12.3 (ENSOMYG00000033390)	CFAP206 (ENSOMYG00000033417)	SLC35A1 (ENSOMYG00000033567)
Huchen	MODERN SPECIES	461									ENSHHUG00000043096	ENSHHUG00000043055 ##17	ENSHHUG00000042743 #17	ENSHHUG00000042735	tmem30ab (ENSHHUG00000042716) #18	FILIP1 (ENSHHUG00000042696) #19	SENP6 (ENSHHUG00000042675) #20	myo6a (ENSHHUG00000042495) #22	IMPG1 (ENSHHUG00000042474) #23	HTR1B (ENSHHUG00000042465) #25	nt5e (ENSHHUG00000042052)	snx14 (ENSHHUG00000041842)	syncrip (ENSHHUG00000041778)	ENSHHUG00000041741	HTR1E (ENSHHUG00000041730) ##25
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00500000045333	ENSGT00940000155999.e.b	ENSGT00390000006395	ENSGT00940000162247.f.a	ENSGT00670000098098	ENSGT00400000024959	ENSGT00940000162552.a.b	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00940000155926 #15	ENSGT00940000154923.C.w.b #17	ENSGT00940000154550.a.`c	ENSGT00390000004660.C.a.a.d #18	ENSGT00950000182852.A.a.a.a #19	ENSGT00940000155724.r #20	ENSGT00940000156078.d #22	ENSGT00530000063503.a.b.h #23	ENSGT00530000063503.a.b.g.a #23	ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.a #25	ENSGT00940000154484.B.a.b	ENSGT00390000013856 #27	ENSGT00530000063775	ENSGT00950000182856.a.b.b	ENSGT00940000153511.b.r	ENSGT01010000222287.B.b.a.a.b ##25	ENSGT00950000183034.C.a.a	ENSGT01030000234513.A.a.b	ENSGT00980000199126	ENSGT00390000011674	ENSGT00940000166728	ENSGT00390000016036
Asian bonytongue	MODERN SPECIES		nkx2.2b (ENSSFOG00015025712)	nkx2.4b (ENSSFOG00015001209)	xrn2 (ENSSFOG00015001091)	ENSSFOG00015031237	insm1a (ENSSFOG00015001057)	CFAP61 (ENSSFOG00015000956)	crnkl1 (ENSSFOG00015000946)	ENSSFOG00015000869 #15	ENSSFOG00015000851 #15	COL12A1 (ENSSFOG00015000556) #17	ENSSFOG00015000838	COX7A2 (ENSSFOG00015000544)	TMEM30A (ENSSFOG00015000538) #18	FILIP1 (ENSSFOG00015000493) #19	SENP6 (ENSSFOG00015000468) #20	myo6a (ENSSFOG00015000308) #22	ENSSFOG00015026734 #23	ENSSFOG00015028183	mei4 (ENSSFOG00015000204) #27	nt5e (ENSSFOG00015000128)	snx14 (ENSSFOG00015022100)	syncrip (ENSSFOG00015022078)	HTR1E (ENSSFOG00015022072) ##25	znf292b (ENSSFOG00015022066)	gjb7 (ENSSFOG00015022061)	ENSSFOG00015001200	smim8 (ENSSFOG00015022051)	si:ch211-241j12.3 (ENSSFOG00015030045)	cfap206 (ENSSFOG00015022024)	slc35a1 (ENSSFOG00015022007)	rars2 (ENSSFOG00015021960)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	97															ENSPKIG00000017352 #20	myo6a (ENSPKIG00000017391) #22	ENSPKIG00000017434 #23	ENSPKIG00000017447 #23	HTR1B (ENSPKIG00000017458) #25	ENSPKIG00000017465	nt5e (ENSPKIG00000017479)	snx14 (ENSPKIG00000017524)	syncrip (ENSPKIG00000017610)	ENSPKIG00000017632	ENSPKIG00000017635	znf292b (ENSPKIG00000017643)	gjb7 (ENSPKIG00000017656)	smim8 (ENSPKIG00000017672)	si:ch211-241j12.3 (ENSPKIG00000017702)	cfap206 (ENSPKIG00000017762)	slc35a1 (ENSPKIG00000017861)
Spotted gar	MODERN SPECIES	647	nkx2.4a (ENSLOCG00000016873)	xrn2 (ENSLOCG00000016874)	kiz (ENSLOCG00000016881)	ENSLOCG00000016882	RALGAPA2 (ENSLOCG00000016884)	insm1b (ENSLOCG00000018009)	CFAP61 (ENSLOCG00000016887)	crnkl1 (ENSLOCG00000016889)	naa20 (ENSLOCG00000016890)	CD109 (ENSLOCG00000016893) #15	COL12A1 (ENSLOCG00000016895) #17	cox7a2a (ENSLOCG00000016899)	tmem30ab (ENSLOCG00000016901) #18	FILIP1 (ENSLOCG00000016903) #19	SENP6 (ENSLOCG00000016904) #20	myo6a (ENSLOCG00000016906) #22	ENSLOCG00000016912 #23	ENSLOCG00000016913	HTR1B (ENSLOCG00000018010) #25	mei4 (ENSLOCG00000016914) #27	nt5e (ENSLOCG00000016916)	snx14 (ENSLOCG00000016917)	syncripl (ENSLOCG00000016919)	HTR1E (ENSLOCG00000018011) ##25	cga (ENSLOCG00000016920)	znf292a (ENSLOCG00000016921)	gjb7 (ENSLOCG00000018012)	smim8 (ENSLOCG00000016923)	ENSLOCG00000016924	ENSLOCG00000016925	cfap206 (ENSLOCG00000016926)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1486	psmb1 (ENSCMIG00000003637)	fam120b (ENSCMIG00000003644)	DLL4 (ENSCMIG00000003651)	ERMARD (ENSCMIG00000003660)	ENSCMIG00000003667	phf10 (ENSCMIG00000003681)	WDR27 (ENSCMIG00000003692)	ENSCMIG00000003698	ENSCMIG00000003700	THBS2 (ENSCMIG00000003789)	CEP43 (ENSCMIG00000004181)	tmem30ab (ENSCMIG00000004191) #18	FILIP1 (ENSCMIG00000004228) #19	ENSCMIG00000004255 #20	ENSCMIG00000004304	myo6a (ENSCMIG00000004379) #22	ENSCMIG00000004509 #23	HTR1B (ENSCMIG00000004578) #25	ENSCMIG00000004581 #27	ENSCMIG00000004585	ENSCMIG00000004599	QKI (ENSCMIG00000004620)	pacrg (ENSCMIG00000004628)	ENSCMIG00000004638	ENSCMIG00000004644	ENSCMIG00000004649	agpat4 (ENSCMIG00000004652)	MAP3K4 (ENSCMIG00000004797)	ENSCMIG00000005096	ENSCMIG00000005172	ENSCMIG00000005330
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000156078 #22
Hagfish	MODERN SPECIES	763																myo6b (ENSEBUG00000011816) #22	ENSEBUG00000007888 #23	ENSEBUG00000006534
Ciona	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000156078 #22
Ciona intestinalis	MODERN SPECIES	3	ENSCING00000002027	ENSCING00000003587	ENSCING00000003569	ENSCING00000011301	ENSCING00000003581	ENSCING00000022281	ENSCING00000003563	ENSCING00000003556	ENSCING00000011300	ENSCING00000020992	ENSCING00000023507	ENSCING00000023448	ENSCING00000018419	ENSCING00000024723	ENSCING00000023422	ENSCING00000003599 #22	ENSCING00000003627	ENSCING00000003612	ENSCING00000003610	ENSCING00000017900	foxk (ENSCING00000006184)	ENSCING00000021186	ENSCING00000021668	ENSCING00000006188	ENSCING00000006186	ENSCING00000018080	ENSCING00000016355	ENSCING00000025079	ENSCING00000018242	ENSCING00000006204	ENSCING00000006206
Ciona savignyi	MODERN SPECIES	253	ENSCSAVG00000005875	ENSCSAVG00000005872	ENSCSAVG00000005861	ENSCSAVG00000005853	ENSCSAVG00000005845	ENSCSAVG00000005837	ENSCSAVG00000005836	ENSCSAVG00000005831	ENSCSAVG00000005824	ENSCSAVG00000005818	ENSCSAVG00000005815	ENSCSAVG00000005791	ENSCSAVG00000005607	ENSCSAVG00000005600	ENSCSAVG00000005435	ENSCSAVG00000004941 #22	ENSCSAVG00000004938	ENSCSAVG00000004749	ENSCSAVG00000004744	ENSCSAVG00000004742	ENSCSAVG00000004739	ENSCSAVG00000004737	ENSCSAVG00000004732	ENSCSAVG00000004729	ENSCSAVG00000004725	ENSCSAVG00000004695	ENSCSAVG00000004681	ENSCSAVG00000004640	ENSCSAVG00000004185
Ecdysozoa	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000156078 #22
Fruitfly	MODERN SPECIES	19	CG5746 (FBgn0039186)	Ms (FBgn0011581)	CG6432 (FBgn0039184)	Dis3 (FBgn0039183)	CG5728 (FBgn0039182)	BRWD3 (FBgn0011785) #31	Nab2 (FBgn0028471)	crb (FBgn0259685)	CG5715 (FBgn0039180)	Uck (FBgn0263398)	CG34290 (FBgn0085319)	CG6356 (FBgn0039178)	shps (FBgn0286199)	Orct (FBgn0019952)	Orct2 (FBgn0086365)	jar (FBgn0011225) #22	beta-PheRS (FBgn0039175)	mask (FBgn0043884)	Acp95EF (FBgn0002863)	Spase22-23 (FBgn0039172)	CG13609 (FBgn0039170)	Spps (FBgn0039169)	cav (FBgn0026257)	CG17786 (FBgn0039167)	twin (FBgn0011725)	CG6204 (FBgn0039165)	jnj (FBgn0266282)	CG5515 (FBgn0039163)	mora (FBgn0029503)	CG13606 (FBgn0039161)	CG5510 (FBgn0039160)
Caenorhabditis elegans	MODERN SPECIES		K12C11.7 (WBGene00045053)	smo-1 (WBGene00004888)	K12C11.1 (WBGene00019673)	Y92H12BL.1 (WBGene00022363)	Y92H12BL.5 (WBGene00022366)	Y92H12BL.6 (WBGene00303097)	Y92H12BL.7 (WBGene00305050)	Y92H12BL.4 (WBGene00022365)	Y92H12BM.1 (WBGene00022367)	Y92H12BR.7 (WBGene00022372)	set-29 (WBGene00022371)	Y92H12BR.2 (WBGene00022368)	Y92H12BR.3 (WBGene00022369)	mrpl-15 (WBGene00022373)	F37F2.2 (WBGene00018159)	spe-15 (WBGene00004969) #22	gst-25 (WBGene00001773)	F47G6.3 (WBGene00018580)	acs-16 (WBGene00018579)	dyb-1 (WBGene00001115)	Y92H12A.5 (WBGene00022361)	ints-3 (WBGene00022360)	Y92H12A.2 (WBGene00022358)	src-1 (WBGene00005077)	Y73E7A.3 (WBGene00022270)	cpx-1 (WBGene00022271)	aatf-1 (WBGene00022269)	Y73E7A.6 (WBGene00022273)	adpr-1 (WBGene00044440)	bre-4 (WBGene00000269)	Y73E7A.1 (WBGene00022268)