Glires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00950000185140	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714.fb.a	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714.fb.a	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714.fb.a	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	247															NR4A2 (ENSUPAG00010002498) #21	GPD2 (ENSUPAG00010002450) #22	GALNT5 (ENSUPAG00010002439) #23	ERMN (ENSUPAG00010002433) #24	CYTIP (ENSUPAG00010002402) #25	ACVR1C (ENSUPAG00010002309) #26	ACVR1 (ENSUPAG00010002272) #27	CCDC148 (ENSUPAG00010002234) #28	PKP4 (ENSUPAG00010001863) #29	DAPL1 (ENSUPAG00010001849) #30	TANC1 (ENSUPAG00010001635) #31	WDSUB1 (ENSUPAG00010001603) #32	BAZ2B (ENSUPAG00010001347) #33
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d.f #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d.f #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	24															ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d.f #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00530000063686.a.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a
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Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000157201	ENSGT00390000012204	ENSGT00940000154533.b.d	ENSGT00940000154714	ENSGT00950000182837.b.b	ENSGT00940000157055	ENSGT00940000155515.a.b.b	ENSGT00930000150980.a	ENSGT00950000185140	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b	ENSGT00940000158904	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00950000183038.a.b.b.b #21	ENSGT00390000001718 #22	ENSGT00940000159241 #23	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b #24	ENSGT00530000063734.a #25	ENSGT00940000158842 #26	ENSGT00940000160160 #27	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A #28	ENSGT00940000155773.b #29	ENSGT00940000154574.d #30	ENSGT00940000155655.B #31	ENSGT00940000157230 #32	ENSGT00940000155359 #33	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a