Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000156068 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156386 ENSGT00390000013108 ENSGT00390000003225 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000159179 ENSGT00940000156470 ENSGT00940000162150 ENSGT00390000010706 ENSGT00940000155854 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000159179 ENSGT00940000156470 ENSGT00940000162150 ENSGT00390000010706 ENSGT00940000155854 Bovidae DUPLICATION Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.b #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.b #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 1 MANEA (ENSOARG00020013232) #12 PCDH20 (ENSOARG00020013301) #13 ENSOARG00020003059 #14 TDRD3 (ENSOARG00020003168) #15 DIAPH3 (ENSOARG00020003805) #16 ENSOARG00020004829 #17 ENSOARG00020004846 #18 ENSOARG00020004852 #19 ENSOARG00020004868 #20 PCDH17 (ENSOARG00020004877) #21 VDAC1 (ENSOARG00020004891) #22 ENSOARG00020004908 #23 OLFM4 (ENSOARG00020004943) #24 PCDH8 (ENSOARG00020004982) #25 CNMD (ENSOARG00020005002) #26 SUGT1 (ENSOARG00020005060) #27 ELF1 (ENSOARG00020005153) #28 ENSOARG00020005207 #29 WBP4 (ENSOARG00020005228) #30 KBTBD6 (ENSOARG00020005273) #31 KBTBD7 (ENSOARG00020005282) #32 MTRF1 (ENSOARG00020005295) #33 NAA16 (ENSOARG00020005343) #34 RGCC (ENSOARG00020005649) #35 VWA8 (ENSOARG00020005673) #36 DGKH (ENSOARG00020005790) #37 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.b #22 American bison MODERN SPECIES 3121 CATSPER3 (ENSBBBG00000005201) PCBD2 (ENSBBBG00000008779) TXNDC15 (ENSBBBG00000005147) C5orf24 (ENSBBBG00000019397) DDX46 (ENSBBBG00000008835) CAMLG (ENSBBBG00000009173) SEC24A (ENSBBBG00000019313) SAR1B (ENSBBBG00000004990) JADE2 (ENSBBBG00000004974) CDKN2AIPNL (ENSBBBG00000019190) ENSBBBG00000019187 CDKL3 (ENSBBBG00000009163) PPP2CA (ENSBBBG00000004914) SKP1 (ENSBBBG00000019111) TCF7 (ENSBBBG00000019088) VDAC1 (ENSBBBG00000004884) #22 C5orf15 (ENSBBBG00000004870) FSTL4 (ENSBBBG00000019047) HSPA4 (ENSBBBG00000019016) ZCCHC10 (ENSBBBG00000018984) AFF4 (ENSBBBG00000007509) LEAP2 (ENSBBBG00000018954) UQCRQ (ENSBBBG00000004808) GDF9 (ENSBBBG00000018948) SHROOM1 (ENSBBBG00000004801) BTBD2 (ENSBBBG00000004795) CSNK1G2 (ENSBBBG00000018897) SCAMP4 (ENSBBBG00000018882) ADAT3 (ENSBBBG00000018851) ABHD17A (ENSBBBG00000018838) ENSBBBG00000004740 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Wild yak MODERN SPECIES 320 CATSPER3 (ENSBMUG00000001351) PCBD2 (ENSBMUG00000001362) TXNDC15 (ENSBMUG00000001379) C5orf24 (ENSBMUG00000001409) DDX46 (ENSBMUG00000001553) CAMLG (ENSBMUG00000001593) SEC24A (ENSBMUG00000001651) SAR1B (ENSBMUG00000001674) JADE2 (ENSBMUG00000001907) CDKN2AIPNL (ENSBMUG00000002007) ENSBMUG00000002018 CDKL3 (ENSBMUG00000002116) PPP2CA (ENSBMUG00000002156) ENSBMUG00000002203 TCF7 (ENSBMUG00000002245) VDAC1 (ENSBMUG00000002267) ##22 C5orf15 (ENSBMUG00000002280) FSTL4 (ENSBMUG00000002338) HSPA4 (ENSBMUG00000002377) ZCCHC10 (ENSBMUG00000002404) ENSBMUG00000002429 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 CATSPER3 (ENSOARG00020009232) PCBD2 (ENSOARG00020009182) TXNDC15 (ENSOARG00020009129) C5orf24 (ENSOARG00020009076) DDX46 (ENSOARG00020008824) CAMLG (ENSOARG00020008740) SEC24A (ENSOARG00020008223) SAR1B (ENSOARG00020008125) JADE2 (ENSOARG00020007407) CDKN2AIPNL (ENSOARG00020007343) UBE2B (ENSOARG00020022616) CDKL3 (ENSOARG00020022325) ENSOARG00020022273 ENSOARG00020022204 TCF7 (ENSOARG00020021919) VDAC1 (ENSOARG00020021794) ##22 C5orf15 (ENSOARG00020021778) FSTL4 (ENSOARG00020021517) HSPA4 (ENSOARG00020021466) ZCCHC10 (ENSOARG00020021393) AFF4 (ENSOARG00020021183) LEAP2 (ENSOARG00020021152) UQCRQ (ENSOARG00020021124) GDF9 (ENSOARG00020021050) SHROOM1 (ENSOARG00020020980) ENSOARG00020020953 BTBD2 (ENSOARG00020020888) CSNK1G2 (ENSOARG00020020862) ADAT3 (ENSOARG00020020822) SCAMP4 (ENSOARG00020020721) ABHD17A (ENSOARG00020020656) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b.oc ##22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000159179 ENSGT00940000156470 ENSGT00940000162150 ENSGT00390000010706 ENSGT00940000155854 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b.oc ##22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067.c ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00390000018299.cb ENSGT00940000159179 ENSGT00940000156470 ENSGT00390000010706 ENSGT00940000162150 ENSGT00940000155854 Goat MODERN SPECIES 26 PCBD2 (ENSCHIG00000023788) TXNDC15 (ENSCHIG00000010236) ENSCHIG00000016073 C5orf24 (ENSCHIG00000012125) DDX46 (ENSCHIG00000026009) CAMLG (ENSCHIG00000005820) SEC24A (ENSCHIG00000024982) SAR1B (ENSCHIG00000022509) JADE2 (ENSCHIG00000012699) CDKN2AIPNL (ENSCHIG00000027126) UBE2B (ENSCHIG00000017701) CDKL3 (ENSCHIG00000008858) PPP2CA (ENSCHIG00000023636) ENSCHIG00000015329 TCF7 (ENSCHIG00000027172) VDAC1 (ENSCHIG00000024204) ##22 C5orf15 (ENSCHIG00000020905) FSTL4 (ENSCHIG00000023121) ENSCHIG00000009256 ZCCHC10 (ENSCHIG00000021529) AFF4 (ENSCHIG00000015153) LEAP2 (ENSCHIG00000006437) UQCRQ (ENSCHIG00000017488) GDF9 (ENSCHIG00000008167) SHROOM1 (ENSCHIG00000018420) ENSCHIG00000023876 ENSCHIG00000010758 BTBD2 (ENSCHIG00000025498) CSNK1G2 (ENSCHIG00000012053) SCAMP4 (ENSCHIG00000026658) ABHD17A (ENSCHIG00000017282) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b.oc ##22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000159179 ENSGT00940000156470 ENSGT00940000162150 ENSGT00390000010706 ENSGT00940000155854 Bos ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 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ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000159179 ENSGT00940000156470 ENSGT00940000162150 ENSGT00940000155854 ENSGT00940000163280 Domestic yak MODERN SPECIES 27 PCBD2 (ENSBGRG00000001957) TXNDC15 (ENSBGRG00000001937) C5orf24 (ENSBGRG00000001916) DDX46 (ENSBGRG00000001771) CAMLG (ENSBGRG00000001715) SEC24A (ENSBGRG00000001631) SAR1B (ENSBGRG00000001569) JADE2 (ENSBGRG00000001448) CDKN2AIPNL (ENSBGRG00000001401) UBE2B (ENSBGRG00000001392) CDKL3 (ENSBGRG00000001365) PP2Acalpha (ENSBGRG00000001299) ENSBGRG00000001287 TCF7 (ENSBGRG00000001126) ENSBGRG00000001048 VDAC1 (ENSBGRG00000001004) ##22 C5orf15 (ENSBGRG00000000989) ENSBGRG00000000981 ENSBGRG00000000974 FSTL4 (ENSBGRG00000000909) HSPA4 (ENSBGRG00000000648) ZCCHC10 (ENSBGRG00000000580) AFF4 (ENSBGRG00000000504) ENSBGRG00000000468 GDF9 (ENSBGRG00000000431) SHROOM1 (ENSBGRG00000000396) SOWAHA (ENSBGRG00000018725) ENSBGRG00000018649 ENSBGRG00000018562 CSNK1G2 (ENSBGRG00000018491) ENSBGRG00000018385 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 2 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