Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00390000012652.ab.b ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000156068 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156386 ENSGT00390000013108 ENSGT00390000003225 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000156068 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156386 ENSGT00390000013108 ENSGT00390000003225 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000156068 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156386 ENSGT00390000013108 ENSGT00390000003225 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000156068 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156386 ENSGT00390000013108 ENSGT00390000003225 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000156068 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156386 ENSGT00390000013108 ENSGT00390000003225 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000159179 ENSGT00940000156470 ENSGT00940000162150 ENSGT00390000010706 ENSGT00940000155854 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000159179 ENSGT00940000156470 ENSGT00940000162150 ENSGT00390000010706 ENSGT00940000155854 Bovidae DUPLICATION Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.b #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.b #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 1 MANEA (ENSOARG00020013232) #12 PCDH20 (ENSOARG00020013301) #13 ENSOARG00020003059 #14 TDRD3 (ENSOARG00020003168) #15 DIAPH3 (ENSOARG00020003805) #16 ENSOARG00020004829 #17 ENSOARG00020004846 #18 ENSOARG00020004852 #19 ENSOARG00020004868 #20 PCDH17 (ENSOARG00020004877) #21 VDAC1 (ENSOARG00020004891) #22 ENSOARG00020004908 #23 OLFM4 (ENSOARG00020004943) #24 PCDH8 (ENSOARG00020004982) #25 CNMD (ENSOARG00020005002) #26 SUGT1 (ENSOARG00020005060) #27 ELF1 (ENSOARG00020005153) #28 ENSOARG00020005207 #29 WBP4 (ENSOARG00020005228) #30 KBTBD6 (ENSOARG00020005273) #31 KBTBD7 (ENSOARG00020005282) #32 MTRF1 (ENSOARG00020005295) #33 NAA16 (ENSOARG00020005343) #34 RGCC (ENSOARG00020005649) #35 VWA8 (ENSOARG00020005673) #36 DGKH (ENSOARG00020005790) #37 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.b #22 American bison MODERN SPECIES 3121 CATSPER3 (ENSBBBG00000005201) PCBD2 (ENSBBBG00000008779) TXNDC15 (ENSBBBG00000005147) C5orf24 (ENSBBBG00000019397) DDX46 (ENSBBBG00000008835) CAMLG (ENSBBBG00000009173) SEC24A (ENSBBBG00000019313) SAR1B (ENSBBBG00000004990) JADE2 (ENSBBBG00000004974) CDKN2AIPNL (ENSBBBG00000019190) ENSBBBG00000019187 CDKL3 (ENSBBBG00000009163) PPP2CA (ENSBBBG00000004914) SKP1 (ENSBBBG00000019111) TCF7 (ENSBBBG00000019088) VDAC1 (ENSBBBG00000004884) #22 C5orf15 (ENSBBBG00000004870) FSTL4 (ENSBBBG00000019047) HSPA4 (ENSBBBG00000019016) ZCCHC10 (ENSBBBG00000018984) AFF4 (ENSBBBG00000007509) LEAP2 (ENSBBBG00000018954) UQCRQ (ENSBBBG00000004808) GDF9 (ENSBBBG00000018948) SHROOM1 (ENSBBBG00000004801) BTBD2 (ENSBBBG00000004795) CSNK1G2 (ENSBBBG00000018897) SCAMP4 (ENSBBBG00000018882) ADAT3 (ENSBBBG00000018851) ABHD17A (ENSBBBG00000018838) ENSBBBG00000004740 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Wild yak MODERN SPECIES 320 CATSPER3 (ENSBMUG00000001351) PCBD2 (ENSBMUG00000001362) TXNDC15 (ENSBMUG00000001379) C5orf24 (ENSBMUG00000001409) DDX46 (ENSBMUG00000001553) CAMLG (ENSBMUG00000001593) SEC24A (ENSBMUG00000001651) SAR1B (ENSBMUG00000001674) JADE2 (ENSBMUG00000001907) CDKN2AIPNL (ENSBMUG00000002007) ENSBMUG00000002018 CDKL3 (ENSBMUG00000002116) PPP2CA (ENSBMUG00000002156) ENSBMUG00000002203 TCF7 (ENSBMUG00000002245) VDAC1 (ENSBMUG00000002267) ##22 C5orf15 (ENSBMUG00000002280) FSTL4 (ENSBMUG00000002338) HSPA4 (ENSBMUG00000002377) ZCCHC10 (ENSBMUG00000002404) ENSBMUG00000002429 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182869.e.a.b.nc.a ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 CATSPER3 (ENSOARG00020009232) PCBD2 (ENSOARG00020009182) TXNDC15 (ENSOARG00020009129) C5orf24 (ENSOARG00020009076) DDX46 (ENSOARG00020008824) CAMLG (ENSOARG00020008740) SEC24A (ENSOARG00020008223) SAR1B (ENSOARG00020008125) JADE2 (ENSOARG00020007407) CDKN2AIPNL (ENSOARG00020007343) UBE2B (ENSOARG00020022616) CDKL3 (ENSOARG00020022325) ENSOARG00020022273 ENSOARG00020022204 TCF7 (ENSOARG00020021919) VDAC1 (ENSOARG00020021794) ##22 C5orf15 (ENSOARG00020021778) FSTL4 (ENSOARG00020021517) HSPA4 (ENSOARG00020021466) ZCCHC10 (ENSOARG00020021393) AFF4 (ENSOARG00020021183) LEAP2 (ENSOARG00020021152) UQCRQ (ENSOARG00020021124) GDF9 (ENSOARG00020021050) SHROOM1 (ENSOARG00020020980) ENSOARG00020020953 BTBD2 (ENSOARG00020020888) CSNK1G2 (ENSOARG00020020862) ADAT3 (ENSOARG00020020822) SCAMP4 (ENSOARG00020020721) ABHD17A (ENSOARG00020020656) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 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ENSGT00940000162150 ENSGT00940000155854 Goat MODERN SPECIES 26 PCBD2 (ENSCHIG00000023788) TXNDC15 (ENSCHIG00000010236) ENSCHIG00000016073 C5orf24 (ENSCHIG00000012125) DDX46 (ENSCHIG00000026009) CAMLG (ENSCHIG00000005820) SEC24A (ENSCHIG00000024982) SAR1B (ENSCHIG00000022509) JADE2 (ENSCHIG00000012699) CDKN2AIPNL (ENSCHIG00000027126) UBE2B (ENSCHIG00000017701) CDKL3 (ENSCHIG00000008858) PPP2CA (ENSCHIG00000023636) ENSCHIG00000015329 TCF7 (ENSCHIG00000027172) VDAC1 (ENSCHIG00000024204) ##22 C5orf15 (ENSCHIG00000020905) FSTL4 (ENSCHIG00000023121) ENSCHIG00000009256 ZCCHC10 (ENSCHIG00000021529) AFF4 (ENSCHIG00000015153) LEAP2 (ENSCHIG00000006437) UQCRQ (ENSCHIG00000017488) GDF9 (ENSCHIG00000008167) SHROOM1 (ENSCHIG00000018420) ENSCHIG00000023876 ENSCHIG00000010758 BTBD2 (ENSCHIG00000025498) CSNK1G2 (ENSCHIG00000012053) SCAMP4 (ENSCHIG00000026658) ABHD17A (ENSCHIG00000017282) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 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Dolphin MODERN SPECIES 3497 CATSPER3 (ENSTTRG00000016875) PCBD2 (ENSTTRG00000016874) TXNDC15 (ENSTTRG00000016873) C5orf24 (ENSTTRG00000016871) DDX46 (ENSTTRG00000016869) CAMLG (ENSTTRG00000016867) SEC24A (ENSTTRG00000016865) SAR1B (ENSTTRG00000016864) JADE2 (ENSTTRG00000016863) CDKN2AIPNL (ENSTTRG00000016862) UBE2B (ENSTTRG00000016861) CDKL3 (ENSTTRG00000016860) PPP2CA (ENSTTRG00000016859) SKP1 (ENSTTRG00000016858) TCF7 (ENSTTRG00000016857) VDAC1 (ENSTTRG00000016856) #22 C5orf15 (ENSTTRG00000016855) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.bb ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b 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MODERN SPECIES 17 CATSPER3 (ENSVVUG00000017514) PCBD2 (ENSVVUG00000017522) TXNDC15 (ENSVVUG00000017530) CUNH5orf24 (ENSVVUG00000017545) DDX46 (ENSVVUG00000017549) CAMLG (ENSVVUG00000017569) SEC24A (ENSVVUG00000017713) SAR1B (ENSVVUG00000021294) JADE2 (ENSVVUG00000021300) CDKN2AIPNL (ENSVVUG00000021312) UBE2B (ENSVVUG00000021319) CDKL3 (ENSVVUG00000021356) PPP2CA (ENSVVUG00000021365) SKP1 (ENSVVUG00000021377) TCF7 (ENSVVUG00000021387) VDAC1 (ENSVVUG00000021410) #22 CUNH5orf15 (ENSVVUG00000021413) ENSVVUG00000021414 FSTL4 (ENSVVUG00000021423) ENSVVUG00000021429 ENSVVUG00000021578 ENSVVUG00000024517 ZCCHC10 (ENSVVUG00000024519) AFF4 (ENSVVUG00000024524) ENSVVUG00000024534 UQCRQ (ENSVVUG00000024537) GDF9 (ENSVVUG00000024542) SHROOM1 (ENSVVUG00000024544) SEPTIN8 (ENSVVUG00000024548) KIF3A (ENSVVUG00000024559) IL4 (ENSVVUG00000024569) Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000161455 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 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(ENSPVAG00000012431) UBE2B (ENSPVAG00000012430) CDKL3 (ENSPVAG00000012429) PPP2CA (ENSPVAG00000012428) SKP1 (ENSPVAG00000012427) TCF7 (ENSPVAG00000012426) VDAC1 (ENSPVAG00000012423) #22 C5orf15 (ENSPVAG00000012421) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000007221.a.a ENSGT00390000002845 ENSGT00390000014889 ENSGT00940000157753 ENSGT00390000015996 ENSGT01090000260575 ENSGT00950000182924.B.a.b ENSGT00940000160154 ENSGT00940000158570 ENSGT00940000157177 ENSGT00940000156580 ENSGT00940000161317 ENSGT00550000074618.a.a ENSGT00390000012652.ab.b.u.b ENSGT00940000159831 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 ENSGT00940000158076 ENSGT00940000156067 ENSGT00730000111200 ENSGT00950000182974.a.a.b ENSGT00390000013467 ENSGT00390000004029 ENSGT00940000159784 ENSGT00940000160656 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000156068 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156386 ENSGT00390000013108 ENSGT00390000003225 Microbat MODERN SPECIES 965 PITX1 (ENSMLUG00000012646) CATSPER3 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(ENSRFEG00010018635) AFF4 (ENSRFEG00010018556) LEAP2 (ENSRFEG00010018515) ENSRFEG00010018482 GDF9 (ENSRFEG00010018441) SHROOM1 (ENSRFEG00010018370) SOWAHA (ENSRFEG00010018320) SEPTIN8 (ENSRFEG00010018002) KIF3A (ENSRFEG00010017681) ENSRFEG00010017322 IL13 (ENSRFEG00010017200) RAD50 (ENSRFEG00010017143) IL5 (ENSRFEG00010017063) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 2120 ENSGT00950000182869.e.a.b #22 ENSGT00440000037499 Common shrew MODERN SPECIES 1057 ENSSARG00000008221 #22 C5orf15 (ENSSARG00000008200) Hedgehog MODERN SPECIES 7267 VDAC1 (ENSEEUG00000005438) #22