Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161455	ENSGT00390000007221.a.a	ENSGT00390000002845	ENSGT00390000014889	ENSGT00940000157753	ENSGT00390000015996	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Glires	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161455	ENSGT00390000007221.a.a	ENSGT00390000002845	ENSGT00390000014889	ENSGT00940000157753	ENSGT00390000015996	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781 #37
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781 #37
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781 #37
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781 #37
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781.hb #37
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781.hb #37
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	15	Hnrnpab (ENSMOCG00000014470) #7	Nhp2 (ENSMOCG00000022171) #8	Rmnd5b (ENSMOCG00000020378) #9	N4bp3 (ENSMOCG00000020990) #10	0610009B22Rik (ENSMOCG00000020890) #11	Sec24a (ENSMOCG00000019735) #12	Sar1b (ENSMOCG00000015207) #13	Jade2 (ENSMOCG00000012448) #14	Cdkn2aipnl (ENSMOCG00000016659) #15	Ube2b (ENSMOCG00000014525) #16	ENSMOCG00000012243 #17	Ppp2ca (ENSMOCG00000015769) #18	ENSMOCG00000018605 #19	ENSMOCG00000016351 #20	Tcf7 (ENSMOCG00000010539) #21	Vdac1 (ENSMOCG00000015495) #22	9530068E07Rik (ENSMOCG00000013154) #23	Fstl4 (ENSMOCG00000020693) #24	Hspa4 (ENSMOCG00000021842) #25	Zcchc10 (ENSMOCG00000021909) #26	Aff4 (ENSMOCG00000003884) #27	Leap2 (ENSMOCG00000022263) #28	Uqcrq (ENSMOCG00000019628) #29	Gdf9 (ENSMOCG00000017121) #30	Shroom1 (ENSMOCG00000014587) #31	Sowaha (ENSMOCG00000003126) #32	Septin8 (ENSMOCG00000022633) #33	Kif3a (ENSMOCG00000006798) #34	Il4 (ENSMOCG00000012049) #35	Il13 (ENSMOCG00000011299) #36	ENSMOCG00000018737 #37
Prairie vole	MODERN SPECIES	360	ENSMOCG00000012929	Hprt (ENSMOCG00000020974)	Plac1 (ENSMOCG00000007691)	Fam122b (ENSMOCG00000012360)	Fam122c (ENSMOCG00000010809)	Mospd1 (ENSMOCG00000005632)	ENSMOCG00000000159	ENSMOCG00000003477	ENSMOCG00000014841	ENSMOCG00000021534	Ct55 (ENSMOCG00000006595)	ENSMOCG00000016141	Zfp449 (ENSMOCG00000021000)	Smim10l2a (ENSMOCG00000004382)	Ints6l (ENSMOCG00000011413)	ENSMOCG00000001487 ##22	Gm648 (ENSMOCG00000022308)	Mmgt1 (ENSMOCG00000006713)	Slc9a6 (ENSMOCG00000017739)	Fhl1 (ENSMOCG00000019051)	Map7d3 (ENSMOCG00000010703)	ENSMOCG00000013515	ENSMOCG00000020722	Brs3 (ENSMOCG00000021756)	ENSMOCG00000023007	ENSMOCG00000021293	Cd40lg (ENSMOCG00000007638)	ENSMOCG00000012399	Rbmx (ENSMOCG00000018048)	Gpr101 (ENSMOCG00000019682)	Zic3 (ENSMOCG00000020544)
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	17	Lamp5 (ENSPEMG00000024012)	Plcb4 (ENSPEMG00000021051)	Plcb1 (ENSPEMG00000023485)	Tmx4 (ENSPEMG00000013286)	Hao1 (ENSPEMG00000023039)	Bmp2 (ENSPEMG00000030188)	Fermt1 (ENSPEMG00000021814)	Lrrn4 (ENSPEMG00000022463)	Crls1 (ENSPEMG00000022545)	Mcm8 (ENSPEMG00000021929)	Trmt6 (ENSPEMG00000023268)	Chgb (ENSPEMG00000021563)	Shld1 (ENSPEMG00000026957)	Gpcpd1 (ENSPEMG00000023089)	ENSPEMG00000029643	ENSPEMG00000030370 #22	Cds2 (ENSPEMG00000028822)	Pcna (ENSPEMG00000011751)	Tmem230 (ENSPEMG00000026972)	Slc23a2 (ENSPEMG00000024117)	Rassf2 (ENSPEMG00000030284)	Prnd (ENSPEMG00000025579)	Prnp (ENSPEMG00000028335)	Erv3 (ENSPEMG00000022580)	Adra1d (ENSPEMG00000024149)	Smox (ENSPEMG00000009534)	Rnf24 (ENSPEMG00000014355)	Pank2 (ENSPEMG00000005506)	Mavs (ENSPEMG00000011582)	Ap5s1 (ENSPEMG00000016394)	Cdc25b (ENSPEMG00000012973)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	3	ENSPEMG00000029079	Filip1l (ENSPEMG00000014409)	Cmss1 (ENSPEMG00000016384)	Tmem30c (ENSPEMG00000017481)	ENSPEMG00000011118	Nit2 (ENSPEMG00000024205)	Tomm70a (ENSPEMG00000015283)	Tmem45a2 (ENSPEMG00000012966)	ENSPEMG00000024759	Lnp1 (ENSPEMG00000029284)	Tmem45a (ENSPEMG00000017975)	Adgrg7 (ENSPEMG00000015621)	Tfg (ENSPEMG00000004990)	Abi3bp (ENSPEMG00000013685)	Impg2 (ENSPEMG00000008671)	ENSPEMG00000008660 #22	Senp7 (ENSPEMG00000011146)	Trmt10c (ENSPEMG00000006986)	ENSPEMG00000017850	Zbtb11 (ENSPEMG00000013233)	ENSPEMG00000012043	ENSPEMG00000013262	Cep97 (ENSPEMG00000029940)	ENSPEMG00000030353	Nxpe3 (ENSPEMG00000011617)	Nfkbiz (ENSPEMG00000010338)	Zpld1 (ENSPEMG00000007091)	Alcam (ENSPEMG00000013478)	Cblb (ENSPEMG00000013659)	Ccdc54 (ENSPEMG00000027662)	Bbx (ENSPEMG00000007033)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Hnrnpab (ENSPEMG00000023987) #7	Nhp2 (ENSPEMG00000023567) #8	Rmnd5b (ENSPEMG00000022906) #9	N4bp3 (ENSPEMG00000022965) #10	0610009B22Rik (ENSPEMG00000021728) #11	Sec24a (ENSPEMG00000012656) #12	ENSPEMG00000027537	Sar1b (ENSPEMG00000023610) #13	Jade2 (ENSPEMG00000023008) #14	Cdkn2aipnl (ENSPEMG00000031257) #15	Ube2b (ENSPEMG00000028920) #16	Cdkl3 (ENSPEMG00000021980) #17	Ppp2ca (ENSPEMG00000012315) #18	Skp1 (ENSPEMG00000021644) ##19	Tcf7 (ENSPEMG00000013127) #21	Vdac1 (ENSPEMG00000011874) #22	9530068E07Rik (ENSPEMG00000023278) #23	Fstl4 (ENSPEMG00000001327) #24	ENSPEMG00000020405	Hspa4 (ENSPEMG00000004397) #25	ENSPEMG00000009811 #26	Aff4 (ENSPEMG00000007995) #27	Leap2 (ENSPEMG00000027955) #28	Uqcrq (ENSPEMG00000002846) #29	Gdf9 (ENSPEMG00000014428) #30	Shroom1 (ENSPEMG00000011526) #31	Sowaha (ENSPEMG00000004189) #32	Septin8 (ENSPEMG00000009781) #33	Kif3a (ENSPEMG00000004934) #34	Il4 (ENSPEMG00000011220) #35	Il13 (ENSPEMG00000003732) #36
Cricetinae	DUPLICATION
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182869.e.a.b.z #22
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	352	D930020B18Rik (ENSCGRG00001017356)	Xpot (ENSCGRG00001016835)	Tbk1 (ENSCGRG00001010773)	Rassf3 (ENSCGRG00001022140)	Gns (ENSCGRG00001005812)	Tbc1d30 (ENSCGRG00001019436)	Wif1 (ENSCGRG00001017177)	Lemd3 (ENSCGRG00001000700)	Msrb3 (ENSCGRG00001023685)	Hmga2 (ENSCGRG00001000426)	Llph (ENSCGRG00001002067)	Tmbim4 (ENSCGRG00001017771)	Irak3 (ENSCGRG00001021664)	Helb (ENSCGRG00001019650)	Grip1 (ENSCGRG00001016989)	ENSCGRG00001011948 #22	Cand1 (ENSCGRG00001015650)	Dyrk2 (ENSCGRG00001024229)	Ifng (ENSCGRG00001006663)	ENSCGRG00001020398	Mdm1 (ENSCGRG00001009239)	Rap1b (ENSCGRG00001021755)	Nup107 (ENSCGRG00001022934)	Slc35e3 (ENSCGRG00001019300)	Mdm2 (ENSCGRG00001022261)	Cpm (ENSCGRG00001019527)	Cpsf6 (ENSCGRG00001018082)	ENSCGRG00001024355	ENSCGRG00001008365	ENSCGRG00001021558	ENSCGRG00001012838
Cricetinae	DUPLICATION
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182869.e.a.b.`b.a #22
Golden Hamster	MODERN SPECIES	707	Draxin (ENSMAUG00000020626)	Agtrap (ENSMAUG00000020679)	Mthfr (ENSMAUG00000009132)	Clcn6 (ENSMAUG00000018198)	Nppa (ENSMAUG00000010723)	Nppb (ENSMAUG00000020459)	2510039O18Rik (ENSMAUG00000021494)	Plod1 (ENSMAUG00000021152)	Mfn2 (ENSMAUG00000008664)	Miip (ENSMAUG00000020135)	Tnfrsf8 (ENSMAUG00000009810)	Tnfrsf1b (ENSMAUG00000009639)	Vps13d (ENSMAUG00000003081)	Dhrs3 (ENSMAUG00000014881)	ENSMAUG00000022203	ENSMAUG00000001063 #22	Aadacl4fm4 (ENSMAUG00000008456)	ENSMAUG00000011542	Aadacl4fm1 (ENSMAUG00000022135)	Aadacl3 (ENSMAUG00000008443)	Cfap107 (ENSMAUG00000002284)	Pramel13 (ENSMAUG00000006280)	Pramel15 (ENSMAUG00000011962)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	352	Plk4 (ENSCGRG00001002050)	Mfsd8 (ENSCGRG00001012257)	Fundc2b (ENSCGRG00001000870)	Abhd18 (ENSCGRG00001016317)	ENSCGRG00001004660	ENSCGRG00001022282	Pgrmc2 (ENSCGRG00001020177)	Jade1 (ENSCGRG00001001195)	Sclt1 (ENSCGRG00001013488)	D3Ertd751e (ENSCGRG00001017685)	ENSCGRG00001024232	Pcdh10 (ENSCGRG00001013755)	Pabpc4l (ENSCGRG00001002070)	Pcdh18 (ENSCGRG00001021760)	Slc7a11 (ENSCGRG00001013535)	ENSCGRG00001017707 #22	ENSCGRG00001021385	Noct (ENSCGRG00001021050)	Elf2 (ENSCGRG00001017608)	Mgarp (ENSCGRG00001021913)	Ndufc1 (ENSCGRG00001021397)	ENSCGRG00001016024	Rab33b (ENSCGRG00001016897)	Setd7 (ENSCGRG00001021541)	Mgst2 (ENSCGRG00001023658)	ENSCGRG00001015206	Maml3 (ENSCGRG00001013876)	Foxo1 (ENSCGRG00001010126)	Cog6 (ENSCGRG00001023122)	Lhfp (ENSCGRG00001014062)	ENSCGRG00001012241
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.ab.b ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b.`b.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781.hb #37
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	229	Phykpl (ENSCGRG00001023817)	Hnrnpab (ENSCGRG00001005044) #7	Nhp2 (ENSCGRG00001005326) #8	Rmnd5b (ENSCGRG00001007195) #9	N4bp3 (ENSCGRG00001013658) #10	0610009B22Rik (ENSCGRG00001006476) #11	Sec24a (ENSCGRG00001022065) #12	SAR1B (ENSCGRG00001016339) #13	Jade2 (ENSCGRG00001020286) #14	Cdkn2aipnl (ENSCGRG00001019440) #15	ENSCGRG00001021699 #16	Cdkl3 (ENSCGRG00001024159) #17	ENSCGRG00001015140 #18	Skp1 (ENSCGRG00001022352) ##19	Tcf7 (ENSCGRG00001023805) #21	ENSCGRG00001008975 #22	9530068E07Rik (ENSCGRG00001018577) #23	Fstl4 (ENSCGRG00001022572) #24	Hspa4 (ENSCGRG00001024247) #25	Zcchc10 (ENSCGRG00001000861) #26	ENSCGRG00001008805	Aff4 (ENSCGRG00001016680) #27	Leap2 (ENSCGRG00001015918) #28	Uqcrq (ENSCGRG00001017522) #29	Gdf9 (ENSCGRG00001019031) #30	Shroom1 (ENSCGRG00001022525) #31	Sowaha (ENSCGRG00001011742) #32	Septin8 (ENSCGRG00001020621) #33	Kif3a (ENSCGRG00001022016) #34	Il4 (ENSCGRG00001018451) #35	Il13 (ENSCGRG00001019822) #36
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781 #37
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00860000136323	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00860000136059	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00860000136323	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029.y #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00970000195231	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00860000136059	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00860000136161	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00860000136323	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029.y #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00970000195231	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00860000136059	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00860000136161	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00860000136323	ENSGT00940000164277 #11	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029.y #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00970000195231	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00860000136059	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00860000136161	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34
spretus	MODERN SPECIES	2	Hnrnpab (MGP_SPRETEiJ_G0017155) #7	Nhp2 (MGP_SPRETEiJ_G0017156) #8	Rmnd5b (MGP_SPRETEiJ_G0017157) #9	N4bp3 (MGP_SPRETEiJ_G0017158) #10	MGP_SPRETEiJ_G0017159	0610009B22Rik (MGP_SPRETEiJ_G0017160) #11	Sec24a (MGP_SPRETEiJ_G0017161) #12	Sar1b (MGP_SPRETEiJ_G0017162) #13	Jade2 (MGP_SPRETEiJ_G0017163) #14	Cdkn2aipnl (MGP_SPRETEiJ_G0017164) #15	Ube2b (MGP_SPRETEiJ_G0017165) #16	Cdkl3 (MGP_SPRETEiJ_G0017166) #17	Ppp2ca (MGP_SPRETEiJ_G0017167) #18	Skp1 (MGP_SPRETEiJ_G0017168) ##19	MGP_SPRETEiJ_G0017169 #21	Vdac1 (MGP_SPRETEiJ_G0017170) #22	9530068E07Rik (MGP_SPRETEiJ_G0017171) #23	Fstl4 (MGP_SPRETEiJ_G0017172) #24	Hspa4 (MGP_SPRETEiJ_G0017173) #25	Zcchc10 (MGP_SPRETEiJ_G0017174) #26	Aff4 (MGP_SPRETEiJ_G0017175) #27	Leap2 (MGP_SPRETEiJ_G0017176) #28	Uqcrq (MGP_SPRETEiJ_G0017177) #29	Gdf9 (MGP_SPRETEiJ_G0017178) #30	MGP_SPRETEiJ_G0017179	Shroom1 (MGP_SPRETEiJ_G0017180) #31	MGP_SPRETEiJ_G0017181	Sowaha (MGP_SPRETEiJ_G0017182) #32	MGP_SPRETEiJ_G0017183	Septin8 (MGP_SPRETEiJ_G0017184) #33	Kif3a (MGP_SPRETEiJ_G0017185) #34
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2352														Skp1 (ENSMSIG00000011459) ##19	ENSMSIG00000011386 #21	Vdac1 (ENSMSIG00000011334) #22	ENSMSIG00000011325	9530068E07Rik (ENSMSIG00000011298) #23
Mouse	MODERN SPECIES	2	Nhp2 (ENSMUSG00000001056) #8	Rmnd5b (ENSMUSG00000001054) #9	N4bp3 (ENSMUSG00000001053) #10	0610009B22Rik (ENSMUSG00000007777) #11	Sec24a (ENSMUSG00000036391) #12	Sar1b (ENSMUSG00000020386) #13	Jade2 (ENSMUSG00000020387) #14	Cdkn2aipnl (ENSMUSG00000020392) #15	Ube2b (ENSMUSG00000020390) #16	Cdkl3 (ENSMUSG00000020389) #17	Ppp2ca (ENSMUSG00000020349) #18	Or2y8 (ENSMUSG00000062204)	Or2y6 (ENSMUSG00000060170)	Skp1 (ENSMUSG00000036309) ##19	Tcf7 (ENSMUSG00000000782) #21	Vdac1 (ENSMUSG00000020402) #22	9530068E07Rik (ENSMUSG00000036275) #23	Fstl4 (ENSMUSG00000036264) #24	Hspa4 (ENSMUSG00000020361) #25	Zcchc10 (ENSMUSG00000018239) #26	Aff4 (ENSMUSG00000049470) #27	Leap2 (ENSMUSG00000036216) #28	Uqcrq (ENSMUSG00000044894) #29	Gdf9 (ENSMUSG00000018238) #30	Shroom1 (ENSMUSG00000018387) #31	Sowaha (ENSMUSG00000044352) #32	Septin8 (ENSMUSG00000018398) #33	Kif3a (ENSMUSG00000018395) #34	Il4 (ENSMUSG00000000869) #35	Il13 (ENSMUSG00000020383) #36	Rad50 (ENSMUSG00000020380) #37
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	Phykpl (MGP_PahariEiJ_G0017445)	Hnrnpab (MGP_PahariEiJ_G0017446) #7	Nhp2 (MGP_PahariEiJ_G0017447) #8	Rmnd5b (MGP_PahariEiJ_G0017448) #9	N4bp3 (MGP_PahariEiJ_G0017449) #10	MGP_PahariEiJ_G0017450	0610009B22Rik (MGP_PahariEiJ_G0017451) #11	Sec24a (MGP_PahariEiJ_G0017452) #12	Sar1b (MGP_PahariEiJ_G0017453) #13	Jade2 (MGP_PahariEiJ_G0017454) #14	Ube2b (MGP_PahariEiJ_G0017456) #16	Cdkl3 (MGP_PahariEiJ_G0017457) #17	Ppp2ca (MGP_PahariEiJ_G0017458) #18	Skp1 (MGP_PahariEiJ_G0017459) ##19	MGP_PahariEiJ_G0017460 #21	Vdac1 (MGP_PahariEiJ_G0017461) #22	9530068E07Rik (MGP_PahariEiJ_G0017462) #23	Fstl4 (MGP_PahariEiJ_G0017463) #24	Hspa4 (MGP_PahariEiJ_G0017464) #25	Zcchc10 (MGP_PahariEiJ_G0017465) #26	Aff4 (MGP_PahariEiJ_G0017466) #27	Leap2 (MGP_PahariEiJ_G0017467) #28	Uqcrq (MGP_PahariEiJ_G0017468) #29	Gdf9 (MGP_PahariEiJ_G0017469) #30	Shroom1 (MGP_PahariEiJ_G0017470) #31	MGP_PahariEiJ_G0017471	Sowaha (MGP_PahariEiJ_G0017472) #32	MGP_PahariEiJ_G0017473	Septin8 (MGP_PahariEiJ_G0017474) #33	Kif3a (MGP_PahariEiJ_G0017475) #34	MGP_PahariEiJ_G0017476 #35
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	4	ENSRNOG00000069305	Cntnap5b (ENSRNOG00000064462)	RGD1561440 (ENSRNOG00000066175)	ENSRNOG00000064561	LOC304725 (ENSRNOG00000066325)	LOC679594 (ENSRNOG00000069659)	ENSRNOG00000064688	AABR07020651.1 (ENSRNOG00000053423)	ENSRNOG00000064103	Cntnap5a (ENSRNOG00000070614)	ENSRNOG00000066965	LOC100910714 (ENSRNOG00000050463)	Hsp90aa1-ps16 (ENSRNOG00000062084)	LOC304725 (ENSRNOG00000029556)	ENSRNOG00000066881	ENSRNOG00000067316 #22	ENSRNOG00000066834	ENSRNOG00000065529	Dsel (ENSRNOG00000032307)
Rat	MODERN SPECIES	46	Vma21 (ENSRNOG00000048606)	Gpr50 (ENSRNOG00000011335)	Rpsa-ps4 (ENSRNOG00000022882)	Hmgb3 (ENSRNOG00000011096)	Tmem185a (ENSRNOG00000011047)	LOC120099181 (ENSRNOG00000050915)	Eola2 (ENSRNOG00000063254)	Ids (ENSRNOG00000001465)	LOC689600 (ENSRNOG00000064273)	LOC100360413 (ENSRNOG00000051885)	Aff2 (ENSRNOG00000052572) ##27	LOC689600 (ENSRNOG00000067249)	Fmr1nb (ENSRNOG00000053397)	Fmr1 (ENSRNOG00000057464)	AABR07042418.1 (ENSRNOG00000051726)	ENSRNOG00000069396 #22	Fam9c (ENSRNOG00000069253)	LOC100912196 (ENSRNOG00000062315)	AABR07042293.1 (ENSRNOG00000037381)	ENSRNOG00000067514	LOC689396 (ENSRNOG00000032418)	Slitrk2 (ENSRNOG00000011562)	LOC120099343 (ENSRNOG00000066658)	AABR07042226.1 (ENSRNOG00000058521)	Ctag2 (ENSRNOG00000012560)	Slitrk4 (ENSRNOG00000062783)	Magea9 (ENSRNOG00000023016)	AABR07042071.1 (ENSRNOG00000046097)	ENSRNOG00000067343	ENSRNOG00000063631	AABR07041997.1 (ENSRNOG00000026227)
Rat	MODERN SPECIES	1	Hnrnpab (ENSRNOG00000003645) #7	Nhp2 (ENSRNOG00000063470) #8	Rmnd5b (ENSRNOG00000047396) #9	N4bp3 (ENSRNOG00000021731) #10	Trappc2b (ENSRNOG00000049062) #11	Sec24a (ENSRNOG00000004563) #12	Sar1b (ENSRNOG00000004820)	Jade2 (ENSRNOG00000004956) #14	Cdkn2aipnl (ENSRNOG00000005024) #15	Ube2b (ENSRNOG00000059348) #16	Cdkl3 (ENSRNOG00000059485) #17	Ppp2ca (ENSRNOG00000005389) #18	LOC120095320 (ENSRNOG00000005821)	Skp1 (ENSRNOG00000005828) ##19	Tcf7 (ENSRNOG00000005872) #21	Vdac1 (ENSRNOG00000006375) #22	C10h5orf15 (ENSRNOG00000006148) #23	ENSRNOG00000067101	Rpl30l2 (ENSRNOG00000032825)	Fstl4 (ENSRNOG00000006565) #24	Hspa4 (ENSRNOG00000016596) #25	AABR07072108.1 (ENSRNOG00000006943) #26	Aff4 (ENSRNOG00000006965) #27	Leap2 (ENSRNOG00000007218) #28	Uqcrq (ENSRNOG00000067979) #29	Gdf9 (ENSRNOG00000007301) #30	Shroom1 (ENSRNOG00000007431) #31	ENSRNOG00000065856	Sowaha (ENSRNOG00000060061) #32	Septin8 (ENSRNOG00000007462) #33	Kif3a (ENSRNOG00000007515) #34
Rat	MODERN SPECIES	16	Pnn (ENSRNOG00000004061)	Mia2 (ENSRNOG00000005101)	Fbxo33 (ENSRNOG00000005285)	AABR07064502.1 (ENSRNOG00000051280)	ENSRNOG00000067360	Lrfn5 (ENSRNOG00000005550)	LOC108351365 (ENSRNOG00000049817)	RGD1307621 (ENSRNOG00000023230)	Klhl28 (ENSRNOG00000004218)	Togaram1 (ENSRNOG00000004415)	Prpf39 (ENSRNOG00000004521)	Fkbp3 (ENSRNOG00000004629)	Fancm (ENSRNOG00000056721)	Mis18bp1 (ENSRNOG00000023093)	Fau (ENSRNOG00000062652)	ENSRNOG00000069999 #22	ENSRNOG00000063060	LOC689408 (ENSRNOG00000038771)	Rpl10l (ENSRNOG00000067139)	Mdga2 (ENSRNOG00000000618)	ENSRNOG00000064159	Rpl11-ps10 (ENSRNOG00000004163)	RGD1559639 (ENSRNOG00000069595)	Tigar-ps1 (ENSRNOG00000046064)	Rps29 (ENSRNOG00000004196)	Lrr1 (ENSRNOG00000004216)	Mgat2 (ENSRNOG00000004234)	Dnaaf2 (ENSRNOG00000028155)	Pole2 (ENSRNOG00000004242)	Klhdc1 (ENSRNOG00000004425)	ENSRNOG00000066035
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	391		Nhp2 (ENSNGAG00000021818) #8	Rmnd5b (ENSNGAG00000009420) #9	N4bp3 (ENSNGAG00000006198) #10	ENSNGAG00000022281	Sec24a (ENSNGAG00000021238) #12	Sar1b (ENSNGAG00000016176) #13	ENSNGAG00000010128 #14	ENSNGAG00000011201 #14	Cdkn2aipnl (ENSNGAG00000009385) #15	ENSNGAG00000023363 #16	Cdkl3 (ENSNGAG00000022413) #17	Ppp2ca (ENSNGAG00000020974) #18	Skp1 (ENSNGAG00000010933) ##19	Tcf7 (ENSNGAG00000011077) #21	Vdac1 (ENSNGAG00000023655) #22	9530068E07Rik (ENSNGAG00000019257) #23
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	133	Clk4 (ENSJJAG00000014522)	Col23a1 (ENSJJAG00000020773)	Phykpl (ENSJJAG00000014498)	Hnrnpab (ENSJJAG00000022240) #7	Nhp2 (ENSJJAG00000016469) #8	Rmnd5b (ENSJJAG00000017175) #9	N4bp3 (ENSJJAG00000023037) #10	Sec24a (ENSJJAG00000021996) #12	ENSJJAG00000000251 #13	Jade2 (ENSJJAG00000014097) #14	ENSJJAG00000010594 #16	ENSJJAG00000000547 #17	ENSJJAG00000007493 #18	ENSJJAG00000024213 #19	Tcf7 (ENSJJAG00000000476) #21	Vdac1 (ENSJJAG00000018371) #22	ENSJJAG00000021209 #23	ENSJJAG00000005383	Fstl4 (ENSJJAG00000010445) #24	ENSJJAG00000013880	Hspa4 (ENSJJAG00000023896) #25	Aff4 (ENSJJAG00000000912) #27	Leap2 (ENSJJAG00000000464) #28	Uqcrq (ENSJJAG00000011956) #29	Gdf9 (ENSJJAG00000009480) #30	Shroom1 (ENSJJAG00000019891) #31	Septin8 (ENSJJAG00000022205) #33	Kif3a (ENSJJAG00000023717) #34	ENSJJAG00000012514	Il13 (ENSJJAG00000000582) #36	ENSJJAG00000019622 #37
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	48	ENSJJAG00000012290	Ccdc152 (ENSJJAG00000020346)	Ghr (ENSJJAG00000018825)	Fbxo4 (ENSJJAG00000021644)	ENSJJAG00000021693	ENSJJAG00000004330	Plcxd3 (ENSJJAG00000023898)	ENSJJAG00000020132	C6 (ENSJJAG00000008024)	Mroh2b (ENSJJAG00000024133)	Card6 (ENSJJAG00000023358)	ENSJJAG00000014290	Prkaa1 (ENSJJAG00000021671)	ENSJJAG00000007891	Ptger4 (ENSJJAG00000023417)	ENSJJAG00000011581 #22	ENSJJAG00000018434	ENSJJAG00000000928	Fyb (ENSJJAG00000016416)	Rictor (ENSJJAG00000014049)	Osmr (ENSJJAG00000011588)	Lifr (ENSJJAG00000018296)	Egflam (ENSJJAG00000017564)	Gdnf (ENSJJAG00000024134)	Wdr70 (ENSJJAG00000000410)	Nup155 (ENSJJAG00000020587)	Cplane1 (ENSJJAG00000021533)	Nipbl (ENSJJAG00000022683)	Slc1a3 (ENSJJAG00000011327)	ENSJJAG00000012664	ENSJJAG00000007978
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	454	Col23a1 (ENSDORG00000011025)	Phykpl (ENSDORG00000011023)	Hnrnpab (ENSDORG00000011015) #7	Nhp2 (ENSDORG00000003312) #8	Rmnd5b (ENSDORG00000003311) #9	N4bp3 (ENSDORG00000003310) #10	Sec24a (ENSDORG00000007130) #12	Sar1b (ENSDORG00000023516) #13	Jade2 (ENSDORG00000001777) #14	Cdkn2aipnl (ENSDORG00000023575) #15	Ube2b (ENSDORG00000002525) #16	ENSDORG00000002519 #17	Ppp2ca (ENSDORG00000027439) #18	ENSDORG00000002912 ##19	Tcf7 (ENSDORG00000005128) #21	Vdac1 (ENSDORG00000000714) #22	9530068E07Rik (ENSDORG00000000713) #23	Fstl4 (ENSDORG00000013824) #24	Hspa4 (ENSDORG00000004972) #25	Zcchc10 (ENSDORG00000008115) #26	ENSDORG00000023279 #27	Leap2 (ENSDORG00000029735) #28	Uqcrq (ENSDORG00000023927) #29	Gdf9 (ENSDORG00000007464) #30	Sowaha (ENSDORG00000028247) #32	Septin8 (ENSDORG00000005384) #33	Kif3a (ENSDORG00000005381) #34	Il13 (ENSDORG00000001196) #36
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000011365.a	ENSGT00940000162517	ENSGT00510000046787.e.b	ENSGT00940000158507	ENSGT00940000156583	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00390000012652.ab.a.m #19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	22	ENSHGLG00000006028	ENSHGLG00000048389	STAT1 (ENSHGLG00000003617)	STAT4 (ENSHGLG00000003160)	MYO1B (ENSHGLG00000001644)	NABP1 (ENSHGLG00000039589)	ENSHGLG00000038831	TMEFF2 (ENSHGLG00000014352)	ENSHGLG00000012392	ENSHGLG00000040475	ENSHGLG00000011282	ENSHGLG00000045287	DNAH7 (ENSHGLG00000002797)	STK17B (ENSHGLG00000035702)	ENSHGLG00000036485	ENSHGLG00000033429 #22	HECW2 (ENSHGLG00000003406)	ENSHGLG00000043744	ENSHGLG00000003131	GTF3C3 (ENSHGLG00000002660)	ENSHGLG00000045797	ENSHGLG00000039301	ENSHGLG00000044287	ITGAV (ENSHGLG00000019530)	ENSHGLG00000013039	ENSHGLG00000018884	ENSHGLG00000032621	CALCRL (ENSHGLG00000037977)	TFPI (ENSHGLG00000002403)	ENSHGLG00000004085	ENSHGLG00000001839
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	23	ENSHGLG00000033423	ATOX1 (ENSHGLG00000015116)	SPARC (ENSHGLG00000016693)	ENSHGLG00000015818	ENSHGLG00000041388	ENSHGLG00000045552	ENSHGLG00000016500 #12	SAR1B (ENSHGLG00000047696) #13	ENSHGLG00000043843 #14	CDKN2AIPNL (ENSHGLG00000015833) #15	UBE2B (ENSHGLG00000015894) #16	ENSHGLG00000018175 #17	PPP2CA (ENSHGLG00000049249) #18	ENSHGLG00000046526 #19	TCF7 (ENSHGLG00000047039) #21	ENSHGLG00000016961 #22	C5orf15 (ENSHGLG00000046112) #23	FSTL4 (ENSHGLG00000013297) #24	ENSHGLG00000034279	ENSHGLG00000047311	HSPA4 (ENSHGLG00000017017) #25	ENSHGLG00000050674 #26	ENSHGLG00000001303	AFF4 (ENSHGLG00000006661) #27	LEAP2 (ENSHGLG00000039112) #28	UQCRQ (ENSHGLG00000040975) #29	GDF9 (ENSHGLG00000006174) #30	SHROOM1 (ENSHGLG00000008210) #31	SOWAHA (ENSHGLG00000049840) #32	SEPTIN8 (ENSHGLG00000007976) #33	CCNI2 (ENSHGLG00000050667)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	7	ENSHGLG00000040928	ENC1 (ENSHGLG00000000552)	Hexb (ENSHGLG00000000527)	GFM2 (ENSHGLG00000000419)	NSA2 (ENSHGLG00000000324)	ENSHGLG00000035328	ENSHGLG00000032803	ENSHGLG00000000294	ENSHGLG00000000270	ANKRD31 (ENSHGLG00000000230)	ENSHGLG00000043427	ENSHGLG00000040348	ENSHGLG00000000135	ENSHGLG00000034320	ENSHGLG00000002129	ENSHGLG00000036754 #22	ENSHGLG00000002239	ENSHGLG00000040666	ENSHGLG00000035363	ENSHGLG00000001390	ENSHGLG00000001449	ENSHGLG00000041239	ENSHGLG00000049946	ENSHGLG00000045518	ENSHGLG00000001474	ENSHGLG00000050747	ENSHGLG00000020852	ENSHGLG00000000509	ENSHGLG00000000374	MARVELD2 (ENSHGLG00000000537)	OCLN (ENSHGLG00000003299)
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000159047	ENSGT00390000011365.a	ENSGT00940000162517	ENSGT00510000046787.e.b	ENSGT00940000158507	ENSGT00940000156583	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781 #37	ENSGT00390000016991
Guinea pig	DUPLICATION
Guinea pig	MODERN SPECIES	24	KLHL5 (ENSCPOG00000004478)	WDR19 (ENSCPOG00000004240)	RFC1 (ENSCPOG00000004248)	KLB (ENSCPOG00000004539)	ENSCPOG00000004543	LIAS (ENSCPOG00000004547)	UGDH (ENSCPOG00000004550)	ENSCPOG00000039840	UBE2K (ENSCPOG00000014798)	ENSCPOG00000023886	PDS5A (ENSCPOG00000011558)	N4BP2 (ENSCPOG00000022196)	RHOH (ENSCPOG00000030419)	CHRNA9 (ENSCPOG00000008344)	RBM47 (ENSCPOG00000014100)	ENSCPOG00000022129 #22	NSUN7 (ENSCPOG00000006682)	APBB2 (ENSCPOG00000006689)	UCHL1 (ENSCPOG00000001263)	LIMCH1 (ENSCPOG00000010471)	PHOX2B (ENSCPOG00000027349)	TMEM33 (ENSCPOG00000010051)	SLC30A9 (ENSCPOG00000000374)	BEND4 (ENSCPOG00000019773)	SHISA3 (ENSCPOG00000038797)	ATP8A1 (ENSCPOG00000014331)	GRXCR1 (ENSCPOG00000022895)	KCTD8 (ENSCPOG00000012356)	YIPF7 (ENSCPOG00000034301)	GUF1 (ENSCPOG00000014267)	GNPDA2 (ENSCPOG00000005643)
Guinea pig	MODERN SPECIES	81	ATOX1 (ENSCPOG00000034767)	SPARC (ENSCPOG00000025242)	FAT2 (ENSCPOG00000014431)	SLC36A1 (ENSCPOG00000014430)	ENSCPOG00000034856	ENSCPOG00000023450	SEC24A (ENSCPOG00000014716) #12	SAR1B (ENSCPOG00000038655) #13	JADE2 (ENSCPOG00000008323) #14	CDKN2AIPNL (ENSCPOG00000015544) #15	UBE2B (ENSCPOG00000030926) #16	ENSCPOG00000007474 #17	PPP2CA (ENSCPOG00000039543) #18	SKP1 (ENSCPOG00000005164) ##19	TCF7 (ENSCPOG00000020029) #21	ENSCPOG00000023840 #22	C5orf15 (ENSCPOG00000010300) #23	FSTL4 (ENSCPOG00000007594) #24	ENSCPOG00000040616	HSPA4 (ENSCPOG00000004085) #25	ZCCHC10 (ENSCPOG00000010824) #26	AFF4 (ENSCPOG00000001814) #27	LEAP2 (ENSCPOG00000026582) #28	UQCRQ (ENSCPOG00000022324) #29	GDF9 (ENSCPOG00000023775) #30	SHROOM1 (ENSCPOG00000020425) #31	SEPTIN8 (ENSCPOG00000007247) #33	KIF3A (ENSCPOG00000011249) #34	ENSCPOG00000031420 #35	IL13 (ENSCPOG00000027078) #36	RAD50 (ENSCPOG00000002226) #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	42	NPAS4 (ENSCPOG00000000685)	MRPL11 (ENSCPOG00000000687)	PELI3 (ENSCPOG00000000688)	DPP3 (ENSCPOG00000000690)	BBS1 (ENSCPOG00000022395)	ZDHHC24 (ENSCPOG00000025311)	ACTN3 (ENSCPOG00000003032)	CTSF (ENSCPOG00000032470)	CCDC87 (ENSCPOG00000013683)	CCS (ENSCPOG00000013196)	RBM14 (ENSCPOG00000008019)	RBM4 (ENSCPOG00000013194)	RBM4B (ENSCPOG00000013689)	SPTBN2 (ENSCPOG00000013691)	ENSCPOG00000022344	ENSCPOG00000022547 #22	RCE1 (ENSCPOG00000006320)	PC (ENSCPOG00000006323)	LRFN4 (ENSCPOG00000006338)	C11orf86 (ENSCPOG00000025117)	SYT12 (ENSCPOG00000022335)	RHOD (ENSCPOG00000024684)	KDM2A (ENSCPOG00000007134)	GRK2 (ENSCPOG00000015449)	ANKRD13D (ENSCPOG00000015451)	SSH3 (ENSCPOG00000008616)	POLD4 (ENSCPOG00000039935)	CLCF1 (ENSCPOG00000031948)	RAD9A (ENSCPOG00000033699)	PPP1CA (ENSCPOG00000032835)	TBC1D10C (ENSCPOG00000011171)
Guinea pig	MODERN SPECIES	56	ADAMTS4 (ENSCPOG00000014372)	B4GALT3 (ENSCPOG00000038979)	PPOX (ENSCPOG00000015323)	USP21 (ENSCPOG00000015322)	UFC1 (ENSCPOG00000026930)	DEDD (ENSCPOG00000015321)	NIT1 (ENSCPOG00000015320)	PFDN2 (ENSCPOG00000035159)	KLHDC9 (ENSCPOG00000005123)	NECTIN4 (ENSCPOG00000015318)	ARHGAP30 (ENSCPOG00000022193)	USF1 (ENSCPOG00000003957)	TSTD1 (ENSCPOG00000020739)	F11R (ENSCPOG00000023572)	ENSCPOG00000021022	ENSCPOG00000023863 #22	ENSCPOG00000030350	ENSCPOG00000037419	ENSCPOG00000038232	ENSCPOG00000036074	ENSCPOG00000002224	SLAMF7 (ENSCPOG00000036736)	CD48 (ENSCPOG00000038301)	SLAMF1 (ENSCPOG00000002925)	CD84 (ENSCPOG00000008701)	ENSCPOG00000006924	VANGL2 (ENSCPOG00000010224)	NHLH1 (ENSCPOG00000021596)	NCSTN (ENSCPOG00000014923)	COPA (ENSCPOG00000014917)	PEX19 (ENSCPOG00000014916)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000159047	ENSGT00390000011365.a.dc	ENSGT00940000162517	ENSGT00510000046787.e.b	ENSGT00940000158507	ENSGT00940000156583	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781 #37	ENSGT00390000016991	ENSGT00940000156288
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	70	FAT2 (ENSODEG00000010366)	SLC36A1 (ENSODEG00000010341)	ENSODEG00000019626	SEC24A (ENSODEG00000008665) #12	SAR1B (ENSODEG00000009764) #13	JADE2 (ENSODEG00000009149) #14	ENSODEG00000019739	ENSODEG00000008488 #15	UBE2B (ENSODEG00000009143) #16	CDKL3 (ENSODEG00000009715) #17	ENSODEG00000019628	ENSODEG00000008982 #18	ENSODEG00000008861	ENSODEG00000008274 #19	TCF7 (ENSODEG00000013097) #21	ENSODEG00000008308 #22	C5orf15 (ENSODEG00000010577) #23	FSTL4 (ENSODEG00000008162) #24	ENSODEG00000019458	HSPA4 (ENSODEG00000009493) #25	ZCCHC10 (ENSODEG00000008556) #26	AFF4 (ENSODEG00000008137) #27	LEAP2 (ENSODEG00000007774) #28	ENSODEG00000008424 #29	SHROOM1 (ENSODEG00000008283) #31	SEPTIN8 (ENSODEG00000009083) #33	KIF3A (ENSODEG00000008904) #34	IL13 (ENSODEG00000010260) #36	RAD50 (ENSODEG00000007504) #37	IL5 (ENSODEG00000009022)	ENSODEG00000008045
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	186	ENKUR (ENSODEG00000003177)	ENSODEG00000004103	GPR158 (ENSODEG00000004004)	MYO3A (ENSODEG00000003447)	GAD2 (ENSODEG00000002488)	ENSODEG00000002425	ENSODEG00000002394	ENSODEG00000018879	ENSODEG00000002334	APBB1IP (ENSODEG00000002301)	PDSS1 (ENSODEG00000003307)	ABI1 (ENSODEG00000002843)	MASTL (ENSODEG00000002698)	YME1L1 (ENSODEG00000002663)	KLF6 (ENSODEG00000002443)	ENSODEG00000002426 #22	ENSODEG00000002407	ENSODEG00000002349	ENSODEG00000002322	AKR1E2 (ENSODEG00000002292)	ENSODEG00000002199	ENSODEG00000019206	ENSODEG00000005623
Degu	MODERN SPECIES	136	ENSODEG00000003423	CEP78 (ENSODEG00000003443)	GNAQ (ENSODEG00000003488)	ENSODEG00000003499	GNA14 (ENSODEG00000003528)	ENSODEG00000003546	VPS13A (ENSODEG00000003608)	FOXB2 (ENSODEG00000018997)	ENSODEG00000019009	ENSODEG00000018936	ENSODEG00000003738	ENSODEG00000003761	GCNT1 (ENSODEG00000018998)	RFK (ENSODEG00000003081)	ENSODEG00000003128	ENSODEG00000003169 #22	OSTF1 (ENSODEG00000003195)	NMRK1 (ENSODEG00000003218)	CARNMT1 (ENSODEG00000003242)	TRPM6 (ENSODEG00000003284)	RORB (ENSODEG00000003372)	ENSODEG00000003433	ALDH1A1 (ENSODEG00000003505)	ENSODEG00000003619
Degu	MODERN SPECIES	53	ATM (ENSODEG00000015667)	ENSODEG00000011472	C11orf65 (ENSODEG00000010746)	POGLUT3 (ENSODEG00000010261)	EXPH5 (ENSODEG00000012829)	ENSODEG00000012589	ENSODEG00000011294	C11orf87 (ENSODEG00000019863)	ZC3H12C (ENSODEG00000011026)	RDX (ENSODEG00000011001)	FDX1 (ENSODEG00000010396)	ARHGAP20 (ENSODEG00000011570)	ENSODEG00000010847	ENSODEG00000011527	ENSODEG00000019923	ENSODEG00000011838 #22	ENSODEG00000019857	POU2AF2 (ENSODEG00000011866)	POU2AF3 (ENSODEG00000012452)	POU2AF1 (ENSODEG00000013999)	ENSODEG00000014568	HOATZ (ENSODEG00000011858)	LAYN (ENSODEG00000010958)	ENSODEG00000010835	PPP2R1B (ENSODEG00000010197)	ALG9 (ENSODEG00000010112)	FDXACB1 (ENSODEG00000010360)	CFAP68 (ENSODEG00000011045)	ENSODEG00000014412	ENSODEG00000010416	ENSODEG00000010149
Long-tailed chinchilla	DUPLICATION
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	115	G3BP1 (ENSCLAG00000012636)	ATOX1 (ENSCLAG00000011704)	SPARC (ENSCLAG00000012628)	FAT2 (ENSCLAG00000015326)	SLC36A1 (ENSCLAG00000013787)	ENSCLAG00000017958	SEC24A (ENSCLAG00000013518) #12	ENSCLAG00000015791 #13	JADE2 (ENSCLAG00000014619) #14	CDKN2AIPNL (ENSCLAG00000015651) #15	UBE2B (ENSCLAG00000015390) #16	CDKL3 (ENSCLAG00000013562) #17	PPP2CA (ENSCLAG00000015668) #18	ENSCLAG00000012399 ##19	TCF7 (ENSCLAG00000015886) #21	ENSCLAG00000011602 #22	C5orf15 (ENSCLAG00000015163) #23	FSTL4 (ENSCLAG00000013940) #24	HSPA4 (ENSCLAG00000013757) #25	ZCCHC10 (ENSCLAG00000012644) #26	AFF4 (ENSCLAG00000013850) #27	LEAP2 (ENSCLAG00000012483) #28	UQCRQ (ENSCLAG00000015359) #29	SEPTIN8 (ENSCLAG00000013502) #33	KIF3A (ENSCLAG00000015898) #34	ENSCLAG00000014960 #35	ENSCLAG00000016355 #36	RAD50 (ENSCLAG00000014508) #37	IL5 (ENSCLAG00000016772)	IRF1 (ENSCLAG00000011280)	SLC22A5 (ENSCLAG00000012924)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	114											GABRR3 (ENSCLAG00000006076)	RIOX2 (ENSCLAG00000006223)	CRYBG3 (ENSCLAG00000007113)	ARL6 (ENSCLAG00000011788)	EPHA6 (ENSCLAG00000012297)	ENSCLAG00000007975 #22	NSUN3 (ENSCLAG00000004168)	STX19 (ENSCLAG00000005443)	ARL13B (ENSCLAG00000006379)	PROS1 (ENSCLAG00000006656)	ENSCLAG00000007467	EPHA3 (ENSCLAG00000008216)	C3orf38 (ENSCLAG00000008911)	ZNF654 (ENSCLAG00000009137)	ENSCLAG00000010225	HTR1F (ENSCLAG00000008847)	POU1F1 (ENSCLAG00000008895)	CHMP2B (ENSCLAG00000004251)	VGLL3 (ENSCLAG00000004309)	CADM2 (ENSCLAG00000004950)	GBE1 (ENSCLAG00000005860)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939 #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	15	HNRNPAB (ENSSVLG00005003613) #7	NHP2 (ENSSVLG00005024567) #8	RMND5B (ENSSVLG00005024538) #9	N4BP3 (ENSSVLG00005024511) #10	SEC24A (ENSSVLG00005024458) #12	SAR1B (ENSSVLG00005024394) #13	JADE2 (ENSSVLG00005024244) #14	CDKN2AIPNL (ENSSVLG00005024197) #15	ENSSVLG00005024167 #16	ENSSVLG00005024156	CDKL3 (ENSSVLG00005023993) #17	ENSSVLG00005023964 #18	ENSSVLG00005023900 ##19	TCF7 (ENSSVLG00005023805) #21	ENSSVLG00005023773	VDAC1 (ENSSVLG00005023719) #22	C5orf15 (ENSSVLG00005023679) #23	FSTL4 (ENSSVLG00005023553) #24	ENSSVLG00005023364 #25	ENSSVLG00005023332	ENSSVLG00005023263 #26	AFF4 (ENSSVLG00005023168) #27	LEAP2 (ENSSVLG00005023101) #28	UQCRQ (ENSSVLG00005023071) #29	GDF9 (ENSSVLG00005023040) #30	SHROOM1 (ENSSVLG00005022874) #31	SOWAHA (ENSSVLG00005022829) #32	SEPTIN8 (ENSSVLG00005022761) #33	KIF3A (ENSSVLG00005022459) #34	ENSSVLG00005022296 #35	IL13 (ENSSVLG00005022239) #36
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939.o #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154.i #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.ab.b ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	106	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735 #7	ENSGT00550000074939.o #8	ENSGT00940000153203.A.a #9	ENSGT00940000158603 #10	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154.i #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.bb ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b #32	ENSGT00940000156068 #33	ENSGT00940000162679	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	222													PPP2CA (ENSUPAG00010015575) #18	SKP1 (ENSUPAG00010015583) ##19	TCF7 (ENSUPAG00010015597) #21	VDAC1 (ENSUPAG00010015618) #22	ENSUPAG00010015646	C5orf15 (ENSUPAG00010015652) #23	FSTL4 (ENSUPAG00010015657) #24	HSPA4 (ENSUPAG00010015698) #25	ZCCHC10 (ENSUPAG00010015736) #26	AFF4 (ENSUPAG00010015741) #27	LEAP2 (ENSUPAG00010015797) #28	UQCRQ (ENSUPAG00010015802) #29	GDF9 (ENSUPAG00010015820) #30	SHROOM1 (ENSUPAG00010015829) #31	SEPTIN8 (ENSUPAG00010015852) #33	KIF3A (ENSUPAG00010015879) #34	IL4 (ENSUPAG00010016022) #35	IL13 (ENSUPAG00010016041) #36	RAD50 (ENSUPAG00010016063) #37
Squirrel	MODERN SPECIES	247	PHYKPL (ENSSTOG00000004904)	HNRNPAB (ENSSTOG00000024394) #7	NHP2 (ENSSTOG00000003235) #8	RMND5B (ENSSTOG00000003208) #9	N4BP3 (ENSSTOG00000020851) #10	SEC24A (ENSSTOG00000011330) #12	ENSSTOG00000011326 #13	JADE2 (ENSSTOG00000011323) #14	ENSSTOG00000023113	CDKN2AIPNL (ENSSTOG00000007822) #15	UBE2B (ENSSTOG00000007815) #16	CDKL3 (ENSSTOG00000007777) #17	PPP2CA (ENSSTOG00000010560) #18	SKP1 (ENSSTOG00000030878) ##19	TCF7 (ENSSTOG00000010550) #21	VDAC1 (ENSSTOG00000007764) #22	C5orf15 (ENSSTOG00000025060) #23	FSTL4 (ENSSTOG00000025824) #24	HSPA4 (ENSSTOG00000009217) #25	ZCCHC10 (ENSSTOG00000026648) #26	AFF4 (ENSSTOG00000026695) #27	LEAP2 (ENSSTOG00000028867) #28	UQCRQ (ENSSTOG00000020757) #29	GDF9 (ENSSTOG00000024725) #30	SHROOM1 (ENSSTOG00000028841) #31	SOWAHA (ENSSTOG00000014947) #32	SEPTIN8 (ENSSTOG00000025813) #33	CCNI2 (ENSSTOG00000001327)	KIF3A (ENSSTOG00000010159) #34	IL13 (ENSSTOG00000007967) #36	RAD50 (ENSSTOG00000009876) #37
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	31	PHYKPL (ENSMMMG00000000618)	HNRNPAB (ENSMMMG00000000589) #7	ENSMMMG00000000579 #8	RMND5B (ENSMMMG00000000556) #9	N4BP3 (ENSMMMG00000000546) #10	SEC24A (ENSMMMG00000000446) #12	SAR1B (ENSMMMG00000000407) #13	JADE2 (ENSMMMG00000000350) #14	CDKN2AIPNL (ENSMMMG00000000328) #15	UBE2B (ENSMMMG00000000290) #16	CDKL3 (ENSMMMG00000000077) #17	ENSMMMG00000000059	PPP2CA (ENSMMMG00000000010) #18	ENSMMMG00000016436 ##19	TCF7 (ENSMMMG00000016427) #21	ENSMMMG00000016423 #22	C5orf15 (ENSMMMG00000016422) #23	FSTL4 (ENSMMMG00000016390) #24	ENSMMMG00000016381	HSPA4 (ENSMMMG00000016373) #25	ZCCHC10 (ENSMMMG00000016370) #26	ENSMMMG00000016368 #27	LEAP2 (ENSMMMG00000016357) #28	UQCRQ (ENSMMMG00000016345) #29	GDF9 (ENSMMMG00000016341) #30	SHROOM1 (ENSMMMG00000016317) #31	SOWAHA (ENSMMMG00000016312) #32	SEPTIN8 (ENSMMMG00000016128) #33	KIF3A (ENSMMMG00000015943) #34	IL4 (ENSMMMG00000015914) #35	IL13 (ENSMMMG00000015896) #36
Alpin marmot	MODERN SPECIES	12	SVIL (ENSMMMG00000018193)	ZNF438 (ENSMMMG00000018126)	ZEB1 (ENSMMMG00000018103)	ENSMMMG00000018069	ENSMMMG00000017828	KIF5B (ENSMMMG00000017793)	ENSMMMG00000017789	EPC1 (ENSMMMG00000017762)	ENSMMMG00000017719	ENSMMMG00000017700	ITGB1 (ENSMMMG00000017667)	NRP1 (ENSMMMG00000017644)	PARD3 (ENSMMMG00000016563)	CUL2 (ENSMMMG00000016521)	ENSMMMG00000016517	ENSMMMG00000016516 #22	CREM (ENSMMMG00000015477)	CCNY (ENSMMMG00000015447)	GJD4 (ENSMMMG00000015438)	ENSMMMG00000015430	ENSMMMG00000015411	ENSMMMG00000015385	ACBD7 (ENSMMMG00000015380)	ENSMMMG00000015376	ENSMMMG00000015374	NMT2 (ENSMMMG00000015331)	FAM171A1 (ENSMMMG00000015323)	ITGA8 (ENSMMMG00000015293)	MINDY3 (ENSMMMG00000015272)	PTER (ENSMMMG00000015254)	C1QL3 (ENSMMMG00000015248)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	28	HIRIP3 (ENSMMMG00000023737)	INO80E (ENSMMMG00000023736)	DOC2A (ENSMMMG00000023735)	C16orf92 (ENSMMMG00000023734)	TLCD3B (ENSMMMG00000023732)	ENSMMMG00000023731	ALDOA (ENSMMMG00000023729)	PPP4C (ENSMMMG00000023728)	TBX6 (ENSMMMG00000023727)	YPEL3 (ENSMMMG00000023726)	GDPD3 (ENSMMMG00000023725)	MAPK3 (ENSMMMG00000023724)	CORO1A (ENSMMMG00000023723)	ENSMMMG00000023722	ENSMMMG00000023720	ENSMMMG00000023719 #22	ENSMMMG00000023645	ENSMMMG00000023642	ENSMMMG00000023639	SGF29 (ENSMMMG00000023637)	NUPR1 (ENSMMMG00000023635)	IL27 (ENSMMMG00000023634)	APOBR (ENSMMMG00000023633)	CLN3 (ENSMMMG00000023629)	ENSMMMG00000023627	ATXN2L (ENSMMMG00000023618)	TUFM (ENSMMMG00000023617)	SH2B1 (ENSMMMG00000023615)	ATP2A1 (ENSMMMG00000023612)	RABEP2 (ENSMMMG00000023605)	CD19 (ENSMMMG00000023599)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161455	ENSGT00390000007221.a.a	ENSGT00390000002845	ENSGT00390000014889	ENSGT00940000157753	ENSGT00390000015996	ENSGT00950000182924.B.a.b #12	ENSGT00940000160154 #13	ENSGT00940000158570 #14	ENSGT00940000157177 #15	ENSGT00940000156580 #16	ENSGT00940000161317 #17	ENSGT00550000074618.a.a #18	ENSGT00390000012652.ab.b ##19	ENSGT00940000159831 #21	ENSGT00950000182869.e.a.b #22	ENSGT00440000037499 #23	ENSGT00940000158076 #24	ENSGT00940000156067 #25	ENSGT00730000111200 #26	ENSGT00950000182974.a.a.b #27	ENSGT00390000013467 #28	ENSGT00390000004029 #29	ENSGT00940000160656 #31	ENSGT00940000159784 #30	ENSGT00940000156386 #34	ENSGT00390000013108 #35	ENSGT00390000003225 #36	ENSGT00390000018781 #37	ENSGT00390000016991	ENSGT00940000156288
Pika	MODERN SPECIES	4693										ENSOPRG00000006676 #15	UBE2B (ENSOPRG00000006668) #16	CDKL3 (ENSOPRG00000006658) #17	PPP2CA (ENSOPRG00000006645) #18	SKP1 (ENSOPRG00000006637) ##19	TCF7 (ENSOPRG00000006619) #21	ENSOPRG00000006605 #22
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	14	CATSPER3 (ENSOCUG00000001703)	ENSOCUG00000012230	TXNDC15 (ENSOCUG00000012223)	C5orf24 (ENSOCUG00000012220)	DDX46 (ENSOCUG00000012206)	CAMLG (ENSOCUG00000008284)	SEC24A (ENSOCUG00000008254) #12	SAR1B (ENSOCUG00000008250) #13	JADE2 (ENSOCUG00000009800) #14	CDKN2AIPNL (ENSOCUG00000015783) #15	UBE2B (ENSOCUG00000015774) #16	CDKL3 (ENSOCUG00000015764) #17	ENSOCUG00000015961 #18	SKP1 (ENSOCUG00000022505) ##19	TCF7 (ENSOCUG00000015935) #21	ENSOCUG00000009369 #22	C5orf15 (ENSOCUG00000013705) #23	LDHAL6B (ENSOCUG00000023018)	FSTL4 (ENSOCUG00000008452) #24	HSPA4 (ENSOCUG00000008361) #25	ENSOCUG00000030883 #26	AFF4 (ENSOCUG00000013635) #27	LEAP2 (ENSOCUG00000013632) #28	UQCRQ (ENSOCUG00000013627) #29	GDF9 (ENSOCUG00000013621) #30	ENSOCUG00000028133	CCNI2 (ENSOCUG00000011946)	KIF3A (ENSOCUG00000011761) #34	IL-4 (ENSOCUG00000011943) #35	IL13 (ENSOCUG00000000154) #36	ENSOCUG00000033511
Rabbit	MODERN SPECIES	19	SLAIN1 (ENSOCUG00000010325)	EDNRB (ENSOCUG00000017780)	ENSOCUG00000031143	POU4F1 (ENSOCUG00000006718)	OBI1 (ENSOCUG00000028116)	ENSOCUG00000036462	RBM26 (ENSOCUG00000008843)	NDFIP2 (ENSOCUG00000013470)	ENSOCUG00000016212	SPRY2 (ENSOCUG00000009608)	SLITRK1 (ENSOCUG00000013009)	ENSOCUG00000032923	ENSOCUG00000022273	SLITRK6 (ENSOCUG00000000670)	SLITRK5 (ENSOCUG00000009898)	ENSOCUG00000027015 #22	ENSOCUG00000037741	ENSOCUG00000022423	GPC5 (ENSOCUG00000012280)	PUDP (ENSOCUG00000022845)	ENSOCUG00000024687	ENSOCUG00000035476	GPC6 (ENSOCUG00000037248)	DCT (ENSOCUG00000000407)	TGDS (ENSOCUG00000010258)	GPR180 (ENSOCUG00000016276)	ABCC4 (ENSOCUG00000014610)	CLDN10 (ENSOCUG00000009438)	DZIP1 (ENSOCUG00000009441)	DNAJC3 (ENSOCUG00000017619)	UGGT2 (ENSOCUG00000017627)
Tree shrew	MODERN SPECIES	7192																VDAC1 (ENSTBEG00000003852) #22	C5orf15 (ENSTBEG00000002997) #23