Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Anura	DUPLICATION
Anura	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.nb #20
Frog	DUPLICATION
Frog	DUPLICATION
Frog	DUPLICATION
Frog	MODERN SPECIES	7	ENSXETG00000045075 #7	slc22a15.2 (ENSXETG00000020972) #8	plce1 (ENSXETG00000030514) #9	ENSXETG00000049270 #10	noc3l (ENSXETG00000020975) #11	tbc1d12 (ENSXETG00000030404) #12	drd1c (ENSXETG00000020979) #13	fgfbp3 (ENSXETG00000039895) #14	tnks2 (ENSXETG00000020983) #15	ppp1r3c (ENSXETG00000037792) #16	hectd2 (ENSXETG00000031534) #17	pcgf5 (ENSXETG00000032043) #18	ankrd1 (ENSXETG00000021783) #19	ENSXETG00000033322 #20	rpp30 (ENSXETG00000021785) #21	itln2 (ENSXETG00000038421) #22	htr7 (ENSXETG00000031961) #23	ENSXETG00000034877 #24	kif20b (ENSXETG00000026373) #25	pank1 (ENSXETG00000032625) #26	slc16a12 (ENSXETG00000021814) #27	ENSXETG00000046204 #28	ifit1b (ENSXETG00000048583) #29	ifit5 (ENSXETG00000047612) #30	ENSXETG00000042641 #31	XB959836 [provisional:ifit5] (ENSXETG00000037825) #32	ENSXETG00000045477 #33	ENSXETG00000044793 #34	ENSXETG00000042889 #35	slc35g1 (ENSXETG00000003728) #36	lgi1 (ENSXETG00000003729) #37
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Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	17															ENSLLEG00000030761 #20	ENSLLEG00000030754 #20
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	4	TRIP11 (ENSLLEG00000010193)	SLC24A4 (ENSLLEG00000010580)	CPSF2 (ENSLLEG00000010714)	ENSLLEG00000010823	ENSLLEG00000010859	FBLN5 (ENSLLEG00000010940)	ENSLLEG00000011059	TC2N (ENSLLEG00000011079)	PPP4R3A (ENSLLEG00000011256)	ENSLLEG00000011823	ASB2 (ENSLLEG00000011838)	UNC79 (ENSLLEG00000011997)	ENSLLEG00000012279	DAAM1 (ENSLLEG00000012355)	ENSLLEG00000012822	ENSLLEG00000012875 #20	ENSLLEG00000013537 #20	KCNJ10 (ENSLLEG00000013630)	KCNJ9 (ENSLLEG00000013674)	IGSF8 (ENSLLEG00000013822)	ENSLLEG00000013882	RIT1 (ENSLLEG00000013907)	ENSLLEG00000013959	SYT11 (ENSLLEG00000014291)	MSTO1 (ENSLLEG00000014423)	DAP3 (ENSLLEG00000014541)	ASH1L (ENSLLEG00000014671)	RUSC1 (ENSLLEG00000014810)	FDPS (ENSLLEG00000015089)	PKLR (ENSLLEG00000015194)	ENSLLEG00000016054
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Anura	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.ob ##20
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Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	10	SSB (ENSLLEG00000031118)	KLHL23 (ENSLLEG00000031119)	PHOSPHO2 (ENSLLEG00000031117)	ENSLLEG00000031116	PPIG (ENSLLEG00000031115)	ENSLLEG00000031114	CERS6 (ENSLLEG00000031113)	NOSTRIN (ENSLLEG00000031110)	ABCB11 (ENSLLEG00000031094)	DHRS9 (ENSLLEG00000031084)	ENSLLEG00000031063	ENSLLEG00000031049	ENSLLEG00000031028	ENSLLEG00000030938	ENSLLEG00000030913	ENSLLEG00000030909 ##20	BBS5 (ENSLLEG00000030851)	KLHL41 (ENSLLEG00000030813)	ENSLLEG00000030800	ENSLLEG00000030793	B3GALT1 (ENSLLEG00000030789)	ENSLLEG00000030783	XIRP2 (ENSLLEG00000030773)	ENSLLEG00000030767	ENSLLEG00000030762	ENSLLEG00000030758	ENSLLEG00000030753	ENSLLEG00000030546	TTC21B (ENSLLEG00000030458)	GALNT3 (ENSLLEG00000030444)	CSRNP3 (ENSLLEG00000030432)
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Mammalia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Theria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Primates	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	131															ENSOGAG00000024439 #20	ENSOGAG00000028281 #20	F11R (ENSOGAG00000027518)	TSTD1 (ENSOGAG00000034892)	ENSOGAG00000006705	ARHGAP30 (ENSOGAG00000006710)	NECTIN4 (ENSOGAG00000006717)	KLHDC9 (ENSOGAG00000006719)	PFDN2 (ENSOGAG00000006723)	NIT1 (ENSOGAG00000033471)	DEDD (ENSOGAG00000025363)	UFC1 (ENSOGAG00000026679)	USP21 (ENSOGAG00000010047)	PPOX (ENSOGAG00000010055)	B4GALT3 (ENSOGAG00000010057)	ADAMTS4 (ENSOGAG00000013712)	NDUFS2 (ENSOGAG00000013717)
Bushbaby	MODERN SPECIES	206																ENSOGAG00000028749 #20	CD244 (ENSOGAG00000001724)	SLAMF7 (ENSOGAG00000005195)	ENSOGAG00000015922	SLAMF1 (ENSOGAG00000015919)	CD84 (ENSOGAG00000002169)	SLAMF6 (ENSOGAG00000002168)	VANGL2 (ENSOGAG00000034760)	NHLH1 (ENSOGAG00000010592)	NCSTN (ENSOGAG00000001515)	COPA (ENSOGAG00000010585)	PEX19 (ENSOGAG00000024548)	DCAF8 (ENSOGAG00000011349)	PEA15 (ENSOGAG00000011348)	CASQ1 (ENSOGAG00000027222)	ATP1A2 (ENSOGAG00000011343)
Bushbaby	MODERN SPECIES	131	ADAMTS4 (ENSOGAG00000013712)	B4GALT3 (ENSOGAG00000010057)	PPOX (ENSOGAG00000010055)	USP21 (ENSOGAG00000010047)	UFC1 (ENSOGAG00000026679)	DEDD (ENSOGAG00000025363)	NIT1 (ENSOGAG00000033471)	PFDN2 (ENSOGAG00000006723)	KLHDC9 (ENSOGAG00000006719)	NECTIN4 (ENSOGAG00000006717)	ARHGAP30 (ENSOGAG00000006710)	ENSOGAG00000006705	TSTD1 (ENSOGAG00000034892)	F11R (ENSOGAG00000027518)	ENSOGAG00000028281 #20	ENSOGAG00000024439 #20
Lemuriformes	DUPLICATION
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.c #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES	11	VTCN1 (ENSMICG00000009755)	TRIM45 (ENSMICG00000009751)	ENSMICG00000009715	CD101 (ENSMICG00000009704)	PTGFRN (ENSMICG00000009691)	CD2 (ENSMICG00000011899)	IGSF3 (ENSMICG00000016709)	CD58 (ENSMICG00000042112)	ENSMICG00000042187	ATP1A1 (ENSMICG00000011083)	MAB21L3 (ENSMICG00000032799)	SLC22A15 (ENSMICG00000009801)	NHLH2 (ENSMICG00000045301)	CASQ2 (ENSMICG00000002848)	VANGL1 (ENSMICG00000002838)	ENSMICG00000030823 #20	ENSMICG00000014956	CFAP126 (ENSMICG00000045246)	SDHC (ENSMICG00000007317)	MPZ (ENSMICG00000007313)	PCP4L1 (ENSMICG00000036221)	NR1I3 (ENSMICG00000007296)	TOMM40L (ENSMICG00000007287)	ENSMICG00000035930	FCER1G (ENSMICG00000007278)	NDUFS2 (ENSMICG00000007269)	ADAMTS4 (ENSMICG00000034309)	B4GALT3 (ENSMICG00000007266)	ENSMICG00000007258	USP21 (ENSMICG00000007253)	UFC1 (ENSMICG00000038098)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	11	ENSMICG00000007258	USP21 (ENSMICG00000007253)	UFC1 (ENSMICG00000038098)	DEDD (ENSMICG00000007248)	NIT1 (ENSMICG00000007241)	PFDN2 (ENSMICG00000007235)	KLHDC9 (ENSMICG00000007231)	NECTIN4 (ENSMICG00000041538)	ARHGAP30 (ENSMICG00000007207)	USF1 (ENSMICG00000007199)	TSTD1 (ENSMICG00000037518)	F11R (ENSMICG00000007190)	ITLN2 (ENSMICG00000043466)	ENSMICG00000045598	ENSMICG00000017448	ENSMICG00000041845 #20	ENSMICG00000036222 #20	CD244 (ENSMICG00000014489)	LY9 (ENSMICG00000014474)	SLAMF7 (ENSMICG00000014465)	ENSMICG00000030341	CD48 (ENSMICG00000027704)	SLAMF1 (ENSMICG00000029784)	CD84 (ENSMICG00000012049)	SLAMF6 (ENSMICG00000038306)	VANGL2 (ENSMICG00000014019)	NHLH1 (ENSMICG00000012700)	NCSTN (ENSMICG00000014005)	COPA (ENSMICG00000013972)	PEX19 (ENSMICG00000042952)	DCAF8 (ENSMICG00000008012)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.c #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	163	NDUFS2 (ENSPCOG00000024546)	ADAMTS4 (ENSPCOG00000028059)	B4GALT3 (ENSPCOG00000026261)	PPOX (ENSPCOG00000014426)	USP21 (ENSPCOG00000001149)	UFC1 (ENSPCOG00000025126)	DEDD (ENSPCOG00000021085)	NIT1 (ENSPCOG00000014262)	PFDN2 (ENSPCOG00000016745)	KLHDC9 (ENSPCOG00000013334)	NECTIN4 (ENSPCOG00000028324)	ARHGAP30 (ENSPCOG00000027605)	USF1 (ENSPCOG00000005951)	TSTD1 (ENSPCOG00000005569)	F11R (ENSPCOG00000006555)	ITLN1 (ENSPCOG00000020157) #20	CD244 (ENSPCOG00000010629)	LY9 (ENSPCOG00000022171)	SLAMF7 (ENSPCOG00000017999)	CD48 (ENSPCOG00000005843)	SLAMF1 (ENSPCOG00000022170)	CD84 (ENSPCOG00000024817)	SLAMF6 (ENSPCOG00000019688)	VANGL2 (ENSPCOG00000022147)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.d #20
Mouse lemur	MODERN SPECIES	11	USP21 (ENSMICG00000007253)	UFC1 (ENSMICG00000038098)	DEDD (ENSMICG00000007248)	NIT1 (ENSMICG00000007241)	PFDN2 (ENSMICG00000007235)	KLHDC9 (ENSMICG00000007231)	NECTIN4 (ENSMICG00000041538)	ARHGAP30 (ENSMICG00000007207)	USF1 (ENSMICG00000007199)	TSTD1 (ENSMICG00000037518)	F11R (ENSMICG00000007190)	ITLN2 (ENSMICG00000043466)	ENSMICG00000045598	ENSMICG00000017448	ENSMICG00000041845 #20	ENSMICG00000036222 #20	CD244 (ENSMICG00000014489)	LY9 (ENSMICG00000014474)	SLAMF7 (ENSMICG00000014465)	ENSMICG00000030341	CD48 (ENSMICG00000027704)	SLAMF1 (ENSMICG00000029784)	CD84 (ENSMICG00000012049)	SLAMF6 (ENSMICG00000038306)	VANGL2 (ENSMICG00000014019)	NHLH1 (ENSMICG00000012700)	NCSTN (ENSMICG00000014005)	COPA (ENSMICG00000013972)	PEX19 (ENSMICG00000042952)	DCAF8 (ENSMICG00000008012)	PEA15 (ENSMICG00000007999)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.a.c	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.a.c	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.a.c	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Capuchin	MODERN SPECIES	540	ADAMTS4 (ENSCCAG00000034751)	B4GALT3 (ENSCCAG00000028871)	ENSCCAG00000021684	USP21 (ENSCCAG00000023909)	ENSCCAG00000035072	DEDD (ENSCCAG00000032812)	NIT1 (ENSCCAG00000033871)	PFDN2 (ENSCCAG00000021880)	KLHDC9 (ENSCCAG00000030752)	NECTIN4 (ENSCCAG00000020380)	ARHGAP30 (ENSCCAG00000017444)	USF1 (ENSCCAG00000032822)	TSTD1 (ENSCCAG00000036063)	F11R (ENSCCAG00000025176)	ITLN2 (ENSCCAG00000020274)	ITLN1 (ENSCCAG00000035838) #20	CD244 (ENSCCAG00000031221)	LY9 (ENSCCAG00000036375)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	136	B4GALT3 (ENSSBOG00000032620)	PPOX (ENSSBOG00000027117)	USP21 (ENSSBOG00000027432)	ENSSBOG00000024286	DEDD (ENSSBOG00000023259)	NIT1 (ENSSBOG00000024732)	ENSSBOG00000027060	KLHDC9 (ENSSBOG00000022953)	NECTIN4 (ENSSBOG00000030566)	ARHGAP30 (ENSSBOG00000024708)	USF1 (ENSSBOG00000029127)	TSTD1 (ENSSBOG00000026117)	F11R (ENSSBOG00000022220)	ITLN2 (ENSSBOG00000032450)	ARPC3 (ENSSBOG00000019325)	ITLN1 (ENSSBOG00000034643) #20	CD244 (ENSSBOG00000028790)	SLAMF7 (ENSSBOG00000025063)	CD48 (ENSSBOG00000023138)	SLAMF1 (ENSSBOG00000036205)	ENSSBOG00000023711	CD84 (ENSSBOG00000020634)	SLAMF6 (ENSSBOG00000019937)	VANGL2 (ENSSBOG00000025302)	NHLH1 (ENSSBOG00000019765)	NCSTN (ENSSBOG00000034466)	COPA (ENSSBOG00000033697)	PEX19 (ENSSBOG00000024569)	DCAF8 (ENSSBOG00000027086)	PEA15 (ENSSBOG00000024119)	CASQ1 (ENSSBOG00000033165)
Marmoset	MODERN SPECIES	9	NDUFS2 (ENSCJAG00000004966)	ADAMTS4 (ENSCJAG00000005115)	B4GALT3 (ENSCJAG00000005146)	PPOX (ENSCJAG00000005201)	USP21 (ENSCJAG00000005255)	ENSCJAG00000005303	DEDD (ENSCJAG00000005311)	NIT1 (ENSCJAG00000005352)	PFDN2 (ENSCJAG00000005376)	KLHDC9 (ENSCJAG00000005389)	NECTIN4 (ENSCJAG00000005452)	ARHGAP30 (ENSCJAG00000005467)	USF1 (ENSCJAG00000005396)	TSTD1 (ENSCJAG00000005513)	F11R (ENSCJAG00000005522)	ITLN1 (ENSCJAG00000005561) #20	CD244 (ENSCJAG00000005583)	LY9 (ENSCJAG00000005606)	SLAMF7 (ENSCJAG00000005659)	ENSCJAG00000005681	ENSCJAG00000080448	SLAMF1 (ENSCJAG00000005699)	ENSCJAG00000070646	CD84 (ENSCJAG00000005734)	SLAMF6 (ENSCJAG00000080867)	ENSCJAG00000069817	VANGL2 (ENSCJAG00000005758)	NCSTN (ENSCJAG00000005777)	COPA (ENSCJAG00000005837)	PEX19 (ENSCJAG00000005879)	DCAF8 (ENSCJAG00000005913)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1180	ADAMTS4 (ENSANAG00000027139)	B4GALT3 (ENSANAG00000037289)	PPOX (ENSANAG00000034048)	ENSANAG00000038215	ENSANAG00000034788	ENSANAG00000021781	NIT1 (ENSANAG00000029350)	PFDN2 (ENSANAG00000038206)	ENSANAG00000008819	NECTIN4 (ENSANAG00000024594)	ARHGAP30 (ENSANAG00000036780)	USF1 (ENSANAG00000038045)	TSTD1 (ENSANAG00000022456)	F11R (ENSANAG00000026326)	ITLN2 (ENSANAG00000032707)	ITLN1 (ENSANAG00000038196) #20	ENSANAG00000019706	CD244 (ENSANAG00000038266)	LY9 (ENSANAG00000023319)	SLAMF7 (ENSANAG00000031073)	CD48 (ENSANAG00000031915)	SLAMF1 (ENSANAG00000032037)	CD84 (ENSANAG00000027748)	SLAMF6 (ENSANAG00000030397)	VANGL2 (ENSANAG00000025927)	NHLH1 (ENSANAG00000019487)	NCSTN (ENSANAG00000035070)	COPA (ENSANAG00000023326)	ENSANAG00000010196	PEX19 (ENSANAG00000023353)	ENSANAG00000026536
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Hominoidea	DUPLICATION
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.e #20
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.e #20	ENSGT00940000154757.f #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.c	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.e #20
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.e #20
Pan	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00550000074946.f	ENSGT00940000154757.e #20	ENSGT00940000154757.f #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.c	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000154319.u.a.c.b	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a
Bonobo	MODERN SPECIES		PPOX (ENSPPAG00000035169)	USP21 (ENSPPAG00000043245)	UFC1 (ENSPPAG00000037913)	DEDD (ENSPPAG00000028161)	NIT1 (ENSPPAG00000029272)	PFDN2 (ENSPPAG00000033676)	ENSPPAG00000032836	NECTIN4 (ENSPPAG00000039929)	ENSPPAG00000043961	ARHGAP30 (ENSPPAG00000029470)	USF1 (ENSPPAG00000030640)	TSTD1 (ENSPPAG00000017175)	F11R (ENSPPAG00000023452)	ITLN2 (ENSPPAG00000030282)	ENSPPAG00000031263	ENSPPAG00000028673 #20	ITLN1 (ENSPPAG00000042008) #20	CD244 (ENSPPAG00000035376)	LY9 (ENSPPAG00000041047)	SLAMF7 (ENSPPAG00000033814)	CD48 (ENSPPAG00000038743)	ENSPPAG00000031114	CD84 (ENSPPAG00000010730)	SLAMF6 (ENSPPAG00000036502)	VANGL2 (ENSPPAG00000018476)	NHLH1 (ENSPPAG00000002987)	NCSTN (ENSPPAG00000032693)	ENSPPAG00000022285	COPA (ENSPPAG00000028679)	PEX19 (ENSPPAG00000038673)	DCAF8 (ENSPPAG00000008803)
Orangutan	MODERN SPECIES		ADAMTS4 (ENSPPYG00000000606)	B4GALT3 (ENSPPYG00000000607)	PPOX (ENSPPYG00000000608)	USP21 (ENSPPYG00000000609)	UFC1 (ENSPPYG00000000610)	DEDD (ENSPPYG00000000612)	NIT1 (ENSPPYG00000000613)	PFDN2 (ENSPPYG00000000614)	KLHDC9 (ENSPPYG00000000615)	NECTIN4 (ENSPPYG00000000616)	ARHGAP30 (ENSPPYG00000000617)	USF1 (ENSPPYG00000000619)	TSTD1 (ENSPPYG00000000620)	F11R (ENSPPYG00000000621)	ITLN2 (ENSPPYG00000000622)	ENSPPYG00000000623 #20	ENSPPYG00000034723 #20	CD244 (ENSPPYG00000000624)	ENSPPYG00000000625	ENSPPYG00000031797	SLAMF7 (ENSPPYG00000000626)	CD48 (ENSPPYG00000000627)	ENSPPYG00000000628	CD84 (ENSPPYG00000000629)	SLAMF6 (ENSPPYG00000000630)	VANGL2 (ENSPPYG00000000631)	NHLH1 (ENSPPYG00000000632)	NCSTN (ENSPPYG00000000633)	COPA (ENSPPYG00000000634)	PEX19 (ENSPPYG00000000636)	DCAF8 (ENSPPYG00000000637)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.f #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.c	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00910000147448
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.e #20	ENSGT00940000154757.f #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.c	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.f #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.c	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000154319.u.a.c.b	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781
Gorilla	MODERN SPECIES		ENSGGOG00000026955	NDUFS2 (ENSGGOG00000007729)	ADAMTS4 (ENSGGOG00000007720)	B4GALT3 (ENSGGOG00000007506)	PPOX (ENSGGOG00000028090)	USP21 (ENSGGOG00000007495)	ENSGGOG00000007486	PFDN2 (ENSGGOG00000005094)	KLHDC9 (ENSGGOG00000005089)	NECTIN4 (ENSGGOG00000022856)	ARHGAP30 (ENSGGOG00000026781)	USF1 (ENSGGOG00000003935)	TSTD1 (ENSGGOG00000003928)	F11R (ENSGGOG00000000085)	ITLN2 (ENSGGOG00000005829)	ITLN1 (ENSGGOG00000002853) #20	CD244 (ENSGGOG00000005612)	LY9 (ENSGGOG00000005605)	SLAMF7 (ENSGGOG00000026166)	CD48 (ENSGGOG00000003643)	ENSGGOG00000000291	SLAMF6 (ENSGGOG00000004070)	VANGL2 (ENSGGOG00000014006)	NHLH1 (ENSGGOG00000015736)	NCSTN (ENSGGOG00000003518)	ENSGGOG00000038132	COPA (ENSGGOG00000003503)	ENSGGOG00000037038	ENSGGOG00000041014	DCAF8 (ENSGGOG00000013028)	ENSGGOG00000036406
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.f #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.c	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000154319.u.a.c.b	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781
Human	MODERN SPECIES		ADAMTS4 (ENSG00000158859)	B4GALT3 (ENSG00000158850)	PPOX (ENSG00000143224)	USP21 (ENSG00000143258)	UFC1 (ENSG00000143222)	DEDD (ENSG00000158796)	NIT1 (ENSG00000158793)	PFDN2 (ENSG00000143256)	KLHDC9 (ENSG00000162755)	NECTIN4 (ENSG00000143217)	ARHGAP30 (ENSG00000186517)	USF1 (ENSG00000158773)	TSTD1 (ENSG00000215845)	F11R (ENSG00000158769)	ITLN2 (ENSG00000158764)	ITLN1 (ENSG00000179914) #20	CD244 (ENSG00000122223)	LY9 (ENSG00000122224)	SLAMF7 (ENSG00000026751)	CD48 (ENSG00000117091)	SLAMF1 (ENSG00000117090)	CD84 (ENSG00000066294)	SLAMF6 (ENSG00000162739)	VANGL2 (ENSG00000162738)	NHLH1 (ENSG00000171786)	NCSTN (ENSG00000162736)	COPA (ENSG00000122218)	PEX19 (ENSG00000162735)	ENSG00000258465	DCAF8 (ENSG00000132716)	PEA15 (ENSG00000162734)
Pan	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00550000074946.f	ENSGT00940000154757.e #20	ENSGT00940000154757.f #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.c	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000154319.u.a.c.b	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781
Chimpanzee	MODERN SPECIES		B4GALT3 (ENSPTRG00000001575)	PPOX (ENSPTRG00000001574)	USP21 (ENSPTRG00000001573)	UFC1 (ENSPTRG00000001572)	DEDD (ENSPTRG00000001571)	NIT1 (ENSPTRG00000001570)	PFDN2 (ENSPTRG00000001569)	KLHDC9 (ENSPTRG00000001568)	NECTIN4 (ENSPTRG00000001567)	ARHGAP30 (ENSPTRG00000001566)	USF1 (ENSPTRG00000001565)	TSTD1 (ENSPTRG00000034550)	F11R (ENSPTRG00000001564)	ITLN2 (ENSPTRG00000001563)	ENSPTRG00000052765	ITLN1 (ENSPTRG00000001561) #20	CD244 (ENSPTRG00000001560)	LY9 (ENSPTRG00000001559)	SLAMF7 (ENSPTRG00000001558)	CD48 (ENSPTRG00000001557)	SLAMF1 (ENSPTRG00000001556)	CD84 (ENSPTRG00000049432)	SLAMF6 (ENSPTRG00000001554)	VANGL2 (ENSPTRG00000001552)	NHLH1 (ENSPTRG00000045092)	NCSTN (ENSPTRG00000001550)	ENSPTRG00000049673	COPA (ENSPTRG00000001549)	PEX19 (ENSPTRG00000001548)	DCAF8 (ENSPTRG00000001546)	ENSPTRG00000047170
Bonobo	MODERN SPECIES		USP21 (ENSPPAG00000043245)	UFC1 (ENSPPAG00000037913)	DEDD (ENSPPAG00000028161)	NIT1 (ENSPPAG00000029272)	PFDN2 (ENSPPAG00000033676)	ENSPPAG00000032836	NECTIN4 (ENSPPAG00000039929)	ENSPPAG00000043961	ARHGAP30 (ENSPPAG00000029470)	USF1 (ENSPPAG00000030640)	TSTD1 (ENSPPAG00000017175)	F11R (ENSPPAG00000023452)	ITLN2 (ENSPPAG00000030282)	ENSPPAG00000031263	ENSPPAG00000028673 #20	ITLN1 (ENSPPAG00000042008) #20	CD244 (ENSPPAG00000035376)	LY9 (ENSPPAG00000041047)	SLAMF7 (ENSPPAG00000033814)	CD48 (ENSPPAG00000038743)	ENSPPAG00000031114	CD84 (ENSPPAG00000010730)	SLAMF6 (ENSPPAG00000036502)	VANGL2 (ENSPPAG00000018476)	NHLH1 (ENSPPAG00000002987)	NCSTN (ENSPPAG00000032693)	ENSPPAG00000022285	COPA (ENSPPAG00000028679)	PEX19 (ENSPPAG00000038673)	DCAF8 (ENSPPAG00000008803)	ENSPPAG00000027731
Orangutan	MODERN SPECIES		B4GALT3 (ENSPPYG00000000607)	PPOX (ENSPPYG00000000608)	USP21 (ENSPPYG00000000609)	UFC1 (ENSPPYG00000000610)	DEDD (ENSPPYG00000000612)	NIT1 (ENSPPYG00000000613)	PFDN2 (ENSPPYG00000000614)	KLHDC9 (ENSPPYG00000000615)	NECTIN4 (ENSPPYG00000000616)	ARHGAP30 (ENSPPYG00000000617)	USF1 (ENSPPYG00000000619)	TSTD1 (ENSPPYG00000000620)	F11R (ENSPPYG00000000621)	ITLN2 (ENSPPYG00000000622)	ENSPPYG00000000623 #20	ENSPPYG00000034723 #20	CD244 (ENSPPYG00000000624)	ENSPPYG00000000625	ENSPPYG00000031797	SLAMF7 (ENSPPYG00000000626)	CD48 (ENSPPYG00000000627)	ENSPPYG00000000628	CD84 (ENSPPYG00000000629)	SLAMF6 (ENSPPYG00000000630)	VANGL2 (ENSPPYG00000000631)	NHLH1 (ENSPPYG00000000632)	NCSTN (ENSPPYG00000000633)	COPA (ENSPPYG00000000634)	PEX19 (ENSPPYG00000000636)	DCAF8 (ENSPPYG00000000637)	PEA15 (ENSPPYG00000000638)
Gibbon	MODERN SPECIES	2	PPOX (ENSNLEG00000014066)	USP21 (ENSNLEG00000014052)	ENSNLEG00000014049	NIT1 (ENSNLEG00000030752)	DEDD (ENSNLEG00000014017)	PFDN2 (ENSNLEG00000013995)	ENSNLEG00000029317	NECTIN4 (ENSNLEG00000035019)	ENSNLEG00000033169	ENSNLEG00000013952	USF1 (ENSNLEG00000013935)	ENSNLEG00000013930	F11R (ENSNLEG00000013881)	ENSNLEG00000036161	ENSNLEG00000013864	ITLN1 (ENSNLEG00000013826) #20	CD244 (ENSNLEG00000013786)	LY9 (ENSNLEG00000013739)	SLAMF7 (ENSNLEG00000013702)	ENSNLEG00000013683	CD84 (ENSNLEG00000013660)	SLAMF6 (ENSNLEG00000013641)	ENSNLEG00000013639	NHLH1 (ENSNLEG00000013637)	NCSTN (ENSNLEG00000013620)	COPA (ENSNLEG00000026886)	ENSNLEG00000029023	PEX19 (ENSNLEG00000026787)	DCAF8 (ENSNLEG00000013532)	PEA15 (ENSNLEG00000013504)	ENSNLEG00000030215
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	169															ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2638																ITLN1 (ENSRBIG00000043371) #20	CD244 (ENSRBIG00000029663)	LY9 (ENSRBIG00000039342)	SLAMF7 (ENSRBIG00000034755)	CD48 (ENSRBIG00000033502)	SLAMF1 (ENSRBIG00000034311)	CD84 (ENSRBIG00000042095)	SLAMF6 (ENSRBIG00000042952)	VANGL2 (ENSRBIG00000029461)	NHLH1 (ENSRBIG00000017350)	NCSTN (ENSRBIG00000031701)	COPA (ENSRBIG00000029308)	PEX19 (ENSRBIG00000043955)	DCAF8 (ENSRBIG00000042492)	PEA15 (ENSRBIG00000035032)	CASQ1 (ENSRBIG00000036913)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2077															ITLN2 (ENSRROG00000033481)	ITLN1 (ENSRROG00000038874) #20	CD244 (ENSRROG00000030220)	ENSRROG00000041487
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	12	FCER1G (ENSCSAG00000002672)	NDUFS2 (ENSCSAG00000002668)	ADAMTS4 (ENSCSAG00000002664)	B4GALT3 (ENSCSAG00000002656)	PPOX (ENSCSAG00000002653)	USP21 (ENSCSAG00000002648)	DEDD (ENSCSAG00000002645)	NIT1 (ENSCSAG00000002639)	PFDN2 (ENSCSAG00000002633)	KLHDC9 (ENSCSAG00000002631)	NECTIN4 (ENSCSAG00000002629)	ARHGAP30 (ENSCSAG00000002627)	USF1 (ENSCSAG00000002622)	TSTD1 (ENSCSAG00000002617)	F11R (ENSCSAG00000002615)	ITLN1 (ENSCSAG00000002613) #20	ENSCSAG00000002609	CD244 (ENSCSAG00000002607)	LY9 (ENSCSAG00000002601)	SLAMF7 (ENSCSAG00000002596)	CD48 (ENSCSAG00000002593)	SLAMF1 (ENSCSAG00000002591)	CD84 (ENSCSAG00000002586)	SLAMF6 (ENSCSAG00000002582)	VANGL2 (ENSCSAG00000002577)	NHLH1 (ENSCSAG00000000087)	NCSTN (ENSCSAG00000002572)	COPA (ENSCSAG00000002563)	PEX19 (ENSCSAG00000002557)	DCAF8 (ENSCSAG00000002554)	PEA15 (ENSCSAG00000002551)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Macaca	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	262	B4GALT3 (ENSMNEG00000043704)	PPOX (ENSMNEG00000045036)	USP21 (ENSMNEG00000034106)	UFC1 (ENSMNEG00000043613)	DEDD (ENSMNEG00000045188)	NIT1 (ENSMNEG00000036761)	PFDN2 (ENSMNEG00000038156)	KLHDC9 (ENSMNEG00000044438)	ENSMNEG00000040743	NECTIN4 (ENSMNEG00000043450)	ARHGAP30 (ENSMNEG00000032091)	USF1 (ENSMNEG00000033629)	TSTD1 (ENSMNEG00000037339)	F11R (ENSMNEG00000035159)	ITLN2 (ENSMNEG00000041369)	ITLN1 (ENSMNEG00000031807) #20	CD244 (ENSMNEG00000043752)	ENSMNEG00000001849	ENSMNEG00000030969	SLAMF7 (ENSMNEG00000030276)	CD48 (ENSMNEG00000043646)	SLAMF1 (ENSMNEG00000036395)	CD84 (ENSMNEG00000039625)	SLAMF6 (ENSMNEG00000043020)	VANGL2 (ENSMNEG00000030653)	NHLH1 (ENSMNEG00000014520)	NCSTN (ENSMNEG00000043103)	COPA (ENSMNEG00000028029)	PEX19 (ENSMNEG00000041680)	DCAF8 (ENSMNEG00000045420)	PEA15 (ENSMNEG00000041353)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Rhesus	MODERN SPECIES		ENSMMUG00000060555	PPOX (ENSMMUG00000022630)	B4GALT3 (ENSMMUG00000022629)	USP21 (ENSMMUG00000022631)	UFC1 (ENSMMUG00000022632)	DEDD (ENSMMUG00000002010)	NIT1 (ENSMMUG00000002009)	PFDN2 (ENSMMUG00000060871)	KLHDC9 (ENSMMUG00000002007)	NECTIN4 (ENSMMUG00000064337)	ARHGAP30 (ENSMMUG00000002005)	USF1 (ENSMMUG00000002003)	F11R (ENSMMUG00000001996)	TSTD1 (ENSMMUG00000002001)	ITLN2 (ENSMMUG00000012037)	ITLN1 (ENSMMUG00000013391) #20	CD244 (ENSMMUG00000017333)	ENSMMUG00000063750	ENSMMUG00000053012	SLAMF7 (ENSMMUG00000017327)	CD48 (ENSMMUG00000015812)	SLAMF1 (ENSMMUG00000015809)	CD84 (ENSMMUG00000015470)	SLAMF6 (ENSMMUG00000015601)	VANGL2 (ENSMMUG00000020295)	NCSTN (ENSMMUG00000021856)	NHLH1 (ENSMMUG00000021865)	COPA (ENSMMUG00000021854)	DCAF8 (ENSMMUG00000017841)	PEA15 (ENSMMUG00000017838)	ENSMMUG00000061573
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES		ADAMTS4 (ENSMFAG00000000375)	PPOX (ENSMFAG00000039953)	B4GALT3 (ENSMFAG00000043338)	USP21 (ENSMFAG00000036783)	UFC1 (ENSMFAG00000033451)	DEDD (ENSMFAG00000040064)	NIT1 (ENSMFAG00000037273)	PFDN2 (ENSMFAG00000035670)	KLHDC9 (ENSMFAG00000032354)	PVRL4 (ENSMFAG00000037387)	ARHGAP30 (ENSMFAG00000000715)	ENSMFAG00000050737	USF1 (ENSMFAG00000039980)	TSTD1 (ENSMFAG00000040041)	F11R (ENSMFAG00000046174)	ITLN1 (ENSMFAG00000034188) #20	CD244 (ENSMFAG00000045814)	ENSMFAG00000042399	ENSMFAG00000051575	SLAMF7 (ENSMFAG00000005215)	CD48 (ENSMFAG00000042043)	SLAMF1 (ENSMFAG00000035353)	ENSMFAG00000054232	CD84 (ENSMFAG00000032304)	SLAMF6 (ENSMFAG00000032557)	VANGL2 (ENSMFAG00000033897)	NHLH1 (ENSMFAG00000064079)	NCSTN (ENSMFAG00000003392)	COPA (ENSMFAG00000031873)	PEX19 (ENSMFAG00000041851)	DCAF8 (ENSMFAG00000040517)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Olive baboon	MODERN SPECIES		B4GALT3 (ENSPANG00000000679)	PPOX (ENSPANG00000007961)	USP21 (ENSPANG00000025934)	UFC1 (ENSPANG00000041377)	DEDD (ENSPANG00000014077)	NIT1 (ENSPANG00000007595)	PFDN2 (ENSPANG00000014788)	KLHDC9 (ENSPANG00000009055)	NECTIN4 (ENSPANG00000005565)	ARHGAP30 (ENSPANG00000016142)	USF1 (ENSPANG00000016141)	TSTD1 (ENSPANG00000016140)	F11R (ENSPANG00000016139)	ENSPANG00000050565	ITLN2 (ENSPANG00000029747)	ITLN1 (ENSPANG00000004958) #20	CD244 (ENSPANG00000001636)	ENSPANG00000029515	ENSPANG00000032860	SLAMF7 (ENSPANG00000005963)	CD48 (ENSPANG00000016675)	SLAMF1 (ENSPANG00000035298)	CD84 (ENSPANG00000024052)	SLAMF6 (ENSPANG00000004246)	VANGL2 (ENSPANG00000030817)	NHLH1 (ENSPANG00000011970)	NCSTN (ENSPANG00000003878)	COPA (ENSPANG00000005347)	PEX19 (ENSPANG00000010231)	DCAF8 (ENSPANG00000016333)	PEA15 (ENSPANG00000008809)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.g.b.a	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00910000147349	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a.d.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Drill	MODERN SPECIES	248															ITLN2 (ENSMLEG00000035000)	ITLN1 (ENSMLEG00000000204) #20	CD244 (ENSMLEG00000013853)	ENSMLEG00000028066	ENSMLEG00000032750	SLAMF7 (ENSMLEG00000028085)	CD48 (ENSMLEG00000034467)	SLAMF1 (ENSMLEG00000035075)	CD84 (ENSMLEG00000028872)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	144	B4GALT3 (ENSCATG00000010744)	PPOX (ENSCATG00000030808)	USP21 (ENSCATG00000035469)	UFC1 (ENSCATG00000021827)	DEDD (ENSCATG00000032914)	NIT1 (ENSCATG00000021093)	PFDN2 (ENSCATG00000034696)	KLHDC9 (ENSCATG00000026703)	NECTIN4 (ENSCATG00000044865)	ENSCATG00000031095	ARHGAP30 (ENSCATG00000040363)	USF1 (ENSCATG00000010199)	TSTD1 (ENSCATG00000034838)	F11R (ENSCATG00000030542)	ITLN2 (ENSCATG00000019938)	ITLN1 (ENSCATG00000038451) #20	CD244 (ENSCATG00000036426)	LY9 (ENSCATG00000041196)	SLAMF7 (ENSCATG00000042279)	CD48 (ENSCATG00000029588)	SLAMF1 (ENSCATG00000043147)	CD84 (ENSCATG00000045140)	SLAMF6 (ENSCATG00000029325)	VANGL2 (ENSCATG00000030524)	NHLH1 (ENSCATG00000019382)	NCSTN (ENSCATG00000036360)	COPA (ENSCATG00000015423)	PEX19 (ENSCATG00000036619)	DCAF8 (ENSCATG00000030370)	PEA15 (ENSCATG00000042517)	CASQ1 (ENSCATG00000031877)
Tarsier	MODERN SPECIES	7328																ITLN1 (ENSTSYG00000000969) #20
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	4250																ENSTBEG00000015391 #20
Tree shrew	MODERN SPECIES	5360																ENSTBEG00000010774 #20
Glires	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
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Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
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Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	DUPLICATION
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Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	2	ENSPEMG00000010800	Ncstn (ENSPEMG00000012185)	Nhlh1 (ENSPEMG00000003780)	ENSPEMG00000028575	Vangl2 (ENSPEMG00000009191)	Slamf6 (ENSPEMG00000018569)	ENSPEMG00000007943	Slamf1 (ENSPEMG00000017039)	Cd48 (ENSPEMG00000004316)	Slamf7 (ENSPEMG00000008186)	Ly9 (ENSPEMG00000007718)	Cd244a (ENSPEMG00000019280)	ENSPEMG00000030936 #20	ENSPEMG00000027099 #20	ENSPEMG00000027403 #20	ENSPEMG00000027317 #20	ENSPEMG00000002752	ENSPEMG00000029298 #20	ENSPEMG00000027761 #20	F11r (ENSPEMG00000017594)	ENSPEMG00000001933	ENSPEMG00000024746	ENSPEMG00000007903	Arhgap30 (ENSPEMG00000009723)	Nectin4 (ENSPEMG00000017008)	Klhdc9 (ENSPEMG00000009273)	ENSPEMG00000016218	Nit1 (ENSPEMG00000017011)	Dedd (ENSPEMG00000028636)	Ufc1 (ENSPEMG00000011949)	ENSPEMG00000015471
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	2	Adamts4 (ENSPEMG00000005412)	B4galt3 (ENSPEMG00000030794)	Ppox (ENSPEMG00000012068)	ENSPEMG00000015471	Ufc1 (ENSPEMG00000011949)	Dedd (ENSPEMG00000028636)	Nit1 (ENSPEMG00000017011)	ENSPEMG00000016218	Klhdc9 (ENSPEMG00000009273)	Nectin4 (ENSPEMG00000017008)	Arhgap30 (ENSPEMG00000009723)	ENSPEMG00000007903	ENSPEMG00000024746	ENSPEMG00000001933	F11r (ENSPEMG00000017594)	ENSPEMG00000027761 #20	ENSPEMG00000029298 #20	ENSPEMG00000002752	ENSPEMG00000027317 #20	ENSPEMG00000027403 #20	ENSPEMG00000027099 #20	ENSPEMG00000030936 #20	Cd244a (ENSPEMG00000019280)	Ly9 (ENSPEMG00000007718)	Slamf7 (ENSPEMG00000008186)	Cd48 (ENSPEMG00000004316)	Slamf1 (ENSPEMG00000017039)	ENSPEMG00000007943	Slamf6 (ENSPEMG00000018569)	Vangl2 (ENSPEMG00000009191)	ENSPEMG00000028575
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	2	Nhlh1 (ENSPEMG00000003780)	ENSPEMG00000028575	Vangl2 (ENSPEMG00000009191)	Slamf6 (ENSPEMG00000018569)	ENSPEMG00000007943	Slamf1 (ENSPEMG00000017039)	Cd48 (ENSPEMG00000004316)	Slamf7 (ENSPEMG00000008186)	Ly9 (ENSPEMG00000007718)	Cd244a (ENSPEMG00000019280)	ENSPEMG00000030936 #20	ENSPEMG00000027099 #20	ENSPEMG00000027403 #20	ENSPEMG00000027317 #20	ENSPEMG00000002752	ENSPEMG00000029298 #20	ENSPEMG00000027761 #20	F11r (ENSPEMG00000017594)	ENSPEMG00000001933	ENSPEMG00000024746	ENSPEMG00000007903	Arhgap30 (ENSPEMG00000009723)	Nectin4 (ENSPEMG00000017008)	Klhdc9 (ENSPEMG00000009273)	ENSPEMG00000016218	Nit1 (ENSPEMG00000017011)	Dedd (ENSPEMG00000028636)	Ufc1 (ENSPEMG00000011949)	ENSPEMG00000015471	Ppox (ENSPEMG00000012068)	B4galt3 (ENSPEMG00000030794)
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	2	Dcaf8 (ENSPEMG00000006936)	Pex19 (ENSPEMG00000011399)	ENSPEMG00000010800	Ncstn (ENSPEMG00000012185)	Nhlh1 (ENSPEMG00000003780)	ENSPEMG00000028575	Vangl2 (ENSPEMG00000009191)	Slamf6 (ENSPEMG00000018569)	ENSPEMG00000007943	Slamf1 (ENSPEMG00000017039)	Cd48 (ENSPEMG00000004316)	Slamf7 (ENSPEMG00000008186)	Ly9 (ENSPEMG00000007718)	Cd244a (ENSPEMG00000019280)	ENSPEMG00000030936 #20	ENSPEMG00000027099 #20	ENSPEMG00000027403 #20	ENSPEMG00000027317 #20	ENSPEMG00000002752	ENSPEMG00000029298 #20	ENSPEMG00000027761 #20	F11r (ENSPEMG00000017594)	ENSPEMG00000001933	ENSPEMG00000024746	ENSPEMG00000007903	Arhgap30 (ENSPEMG00000009723)	Nectin4 (ENSPEMG00000017008)	Klhdc9 (ENSPEMG00000009273)	ENSPEMG00000016218	Nit1 (ENSPEMG00000017011)	Dedd (ENSPEMG00000028636)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	2	Pea15a (ENSPEMG00000030852)	Dcaf8 (ENSPEMG00000006936)	Pex19 (ENSPEMG00000011399)	ENSPEMG00000010800	Ncstn (ENSPEMG00000012185)	Nhlh1 (ENSPEMG00000003780)	ENSPEMG00000028575	Vangl2 (ENSPEMG00000009191)	Slamf6 (ENSPEMG00000018569)	ENSPEMG00000007943	Slamf1 (ENSPEMG00000017039)	Cd48 (ENSPEMG00000004316)	Slamf7 (ENSPEMG00000008186)	Ly9 (ENSPEMG00000007718)	Cd244a (ENSPEMG00000019280)	ENSPEMG00000030936 #20	ENSPEMG00000027099 #20	ENSPEMG00000027403 #20	ENSPEMG00000027317 #20	ENSPEMG00000002752	ENSPEMG00000029298 #20	ENSPEMG00000027761 #20	F11r (ENSPEMG00000017594)	ENSPEMG00000001933	ENSPEMG00000024746	ENSPEMG00000007903	Arhgap30 (ENSPEMG00000009723)	Nectin4 (ENSPEMG00000017008)	Klhdc9 (ENSPEMG00000009273)	ENSPEMG00000016218	Nit1 (ENSPEMG00000017011)
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	118	Atp1a4 (ENSMOCG00000016552)	Casq1 (ENSMOCG00000003428)	Pea15a (ENSMOCG00000013796)	Dcaf8 (ENSMOCG00000014874)	Pex19 (ENSMOCG00000000332)	Copa (ENSMOCG00000001697)	Ncstn (ENSMOCG00000003397)	Nhlh1 (ENSMOCG00000003124)	Vangl2 (ENSMOCG00000021350)	Slamf6 (ENSMOCG00000008006)	Cd84 (ENSMOCG00000001691)	Slamf1 (ENSMOCG00000018192)	Cd48 (ENSMOCG00000014290)	Slamf7 (ENSMOCG00000019486)	Cd244a (ENSMOCG00000014102)	ENSMOCG00000000520 #20	ENSMOCG00000010576 #20	ENSMOCG00000017217 #20
Prairie vole	MODERN SPECIES	118	Pea15a (ENSMOCG00000013796)	Dcaf8 (ENSMOCG00000014874)	Pex19 (ENSMOCG00000000332)	Copa (ENSMOCG00000001697)	Ncstn (ENSMOCG00000003397)	Nhlh1 (ENSMOCG00000003124)	Vangl2 (ENSMOCG00000021350)	Slamf6 (ENSMOCG00000008006)	Cd84 (ENSMOCG00000001691)	Slamf1 (ENSMOCG00000018192)	Cd48 (ENSMOCG00000014290)	Slamf7 (ENSMOCG00000019486)	Cd244a (ENSMOCG00000014102)	ENSMOCG00000000520 #20	ENSMOCG00000010576 #20	ENSMOCG00000017217 #20
Prairie vole	MODERN SPECIES	118	Casq1 (ENSMOCG00000003428)	Pea15a (ENSMOCG00000013796)	Dcaf8 (ENSMOCG00000014874)	Pex19 (ENSMOCG00000000332)	Copa (ENSMOCG00000001697)	Ncstn (ENSMOCG00000003397)	Nhlh1 (ENSMOCG00000003124)	Vangl2 (ENSMOCG00000021350)	Slamf6 (ENSMOCG00000008006)	Cd84 (ENSMOCG00000001691)	Slamf1 (ENSMOCG00000018192)	Cd48 (ENSMOCG00000014290)	Slamf7 (ENSMOCG00000019486)	Cd244a (ENSMOCG00000014102)	ENSMOCG00000000520 #20	ENSMOCG00000010576 #20	ENSMOCG00000017217 #20
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000010993	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000012496.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00410000025615.h.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157535	ENSGT00390000011582	ENSGT00390000009272	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000158549	ENSGT00940000160966
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000010993	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000012496.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00410000025615.h.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157535	ENSGT00390000011582	ENSGT00390000009272	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000158549	ENSGT00940000160966
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2466																Itln1 (ENSMSIG00000023796) #20	Alyref2 (ENSMSIG00000024016)	F11r (ENSMSIG00000024037)	Tstd1 (ENSMSIG00000024057)	Usf1 (ENSMSIG00000024068)	Arhgap30 (ENSMSIG00000024109)	Nectin4 (ENSMSIG00000024154)	Klhdc9 (ENSMSIG00000024210)	ENSMSIG00000024227	Nit1 (ENSMSIG00000024238)	Dedd (ENSMSIG00000024285)	ENSMSIG00000024318	Usp21 (ENSMSIG00000024348)	Ppox (ENSMSIG00000024367)	B4galt3 (ENSMSIG00000024391)	Adamts4 (ENSMSIG00000024408)
Mouse	MODERN SPECIES		Casq1 (ENSMUSG00000007122)	Pea15a (ENSMUSG00000013698)	Dcaf8 (ENSMUSG00000026554)	Pex19 (ENSMUSG00000003464)	Copa (ENSMUSG00000026553)	Ncstn (ENSMUSG00000003458)	Nhlh1 (ENSMUSG00000051251)	Vangl2 (ENSMUSG00000026556)	Slamf6 (ENSMUSG00000015314)	Cd84 (ENSMUSG00000038147)	Slamf1 (ENSMUSG00000015316)	Cd48 (ENSMUSG00000015355)	Slamf7 (ENSMUSG00000038179)	Ly9 (ENSMUSG00000004707)	Cd244a (ENSMUSG00000004709)	Itln1 (ENSMUSG00000038209) #20	Alyref2 (ENSMUSG00000060244)	F11r (ENSMUSG00000038235)	Tstd1 (ENSMUSG00000103711)	Usf1 (ENSMUSG00000026641)	Arhgap30 (ENSMUSG00000048865)	Nectin4 (ENSMUSG00000006411)	Klhdc9 (ENSMUSG00000045259)	Pfdn2 (ENSMUSG00000006412)	Nit1 (ENSMUSG00000013997)	Dedd (ENSMUSG00000013973)	Ufc1 (ENSMUSG00000062963)	Usp21 (ENSMUSG00000053483)	Ppox (ENSMUSG00000062729)	B4galt3 (ENSMUSG00000052423)	Adamts4 (ENSMUSG00000006403)
Rat	MODERN SPECIES	4	Ppox (ENSRNOG00000003567)	Adamts4 (ENSRNOG00000003538)	B4galt3 (ENSRNOG00000003551)	Usp21 (ENSRNOG00000038347)	Ufc1 (ENSRNOG00000003706)	Pfdn2 (ENSRNOG00000066932)	Dedd (ENSRNOG00000003779)	Nit1 (ENSRNOG00000003881)	Klhdc9 (ENSRNOG00000004022)	Nectin4 (ENSRNOG00000004029)	Tstd1 (ENSRNOG00000004255)	Arhgap30 (ENSRNOG00000004192)	ENSRNOG00000068856	F11r (ENSRNOG00000004414)	LOC100359583 (ENSRNOG00000025731)	Itln1 (ENSRNOG00000004678) #20	Cd244 (ENSRNOG00000068754)	Cd244 (ENSRNOG00000064255)	Ly9 (ENSRNOG00000025069)	Slamf7 (ENSRNOG00000023209)	ENSRNOG00000062700	Cd48 (ENSRNOG00000004737)	Slamf1 (ENSRNOG00000059073)	Cd84 (ENSRNOG00000022884)	Slamf6 (ENSRNOG00000038286)	Vangl2 (ENSRNOG00000004889)	Nhlh1 (ENSRNOG00000005166)	Ncstn (ENSRNOG00000005355)	Copa (ENSRNOG00000006247)	LOC102548286 (ENSRNOG00000057116)	Dcaf8 (ENSRNOG00000006785)
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1413															ENSNGAG00000020258	ENSNGAG00000017195 #20	ENSNGAG00000015086 #20	F11r (ENSNGAG00000012406)	Tstd1 (ENSNGAG00000011279)	Usf1 (ENSNGAG00000003143)	Arhgap30 (ENSNGAG00000022193)	Nectin4 (ENSNGAG00000020500)	Klhdc9 (ENSNGAG00000011817)	Pfdn2 (ENSNGAG00000011233)	Nit1 (ENSNGAG00000007807)	Dedd (ENSNGAG00000015879)	Ufc1 (ENSNGAG00000012017)	Usp21 (ENSNGAG00000016303)	Ppox (ENSNGAG00000013051)	B4galt3 (ENSNGAG00000013658)	Adamts4 (ENSNGAG00000001554)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1413	Ndufs2 (ENSNGAG00000022249)	Adamts4 (ENSNGAG00000001554)	B4galt3 (ENSNGAG00000013658)	Ppox (ENSNGAG00000013051)	Usp21 (ENSNGAG00000016303)	Ufc1 (ENSNGAG00000012017)	Dedd (ENSNGAG00000015879)	Nit1 (ENSNGAG00000007807)	Pfdn2 (ENSNGAG00000011233)	Klhdc9 (ENSNGAG00000011817)	Nectin4 (ENSNGAG00000020500)	Arhgap30 (ENSNGAG00000022193)	Usf1 (ENSNGAG00000003143)	Tstd1 (ENSNGAG00000011279)	F11r (ENSNGAG00000012406)	ENSNGAG00000015086 #20	ENSNGAG00000017195 #20	ENSNGAG00000020258
Kangaroo rat	DUPLICATION
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	450	Adamts4 (ENSDORG00000001696)	B4galt3 (ENSDORG00000001695)	Ppox (ENSDORG00000001694)	Usp21 (ENSDORG00000001692)	Ufc1 (ENSDORG00000001688)	Dedd (ENSDORG00000023257)	Nit1 (ENSDORG00000004590)	Pfdn2 (ENSDORG00000004588)	Klhdc9 (ENSDORG00000004587)	Nectin4 (ENSDORG00000004586)	ENSDORG00000028269	Usf1 (ENSDORG00000024795)	Tstd1 (ENSDORG00000003303)	F11r (ENSDORG00000008598)	ENSDORG00000011342 #20	ENSDORG00000015816 #20	ENSDORG00000030196	Slamf1 (ENSDORG00000007764)	ENSDORG00000013951	Vangl2 (ENSDORG00000009607)	Nhlh1 (ENSDORG00000003184)	Ncstn (ENSDORG00000003182)	Copa (ENSDORG00000003178)	Pex19 (ENSDORG00000003177)	Dcaf8 (ENSDORG00000025872)	Pea15a (ENSDORG00000025879)	Casq1 (ENSDORG00000013062)	ENSDORG00000026888	ENSDORG00000023846	Atp1a2 (ENSDORG00000025124)	Igsf8 (ENSDORG00000007975)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	450	Ndufs2 (ENSDORG00000001697)	Adamts4 (ENSDORG00000001696)	B4galt3 (ENSDORG00000001695)	Ppox (ENSDORG00000001694)	Usp21 (ENSDORG00000001692)	Ufc1 (ENSDORG00000001688)	Dedd (ENSDORG00000023257)	Nit1 (ENSDORG00000004590)	Pfdn2 (ENSDORG00000004588)	Klhdc9 (ENSDORG00000004587)	Nectin4 (ENSDORG00000004586)	ENSDORG00000028269	Usf1 (ENSDORG00000024795)	Tstd1 (ENSDORG00000003303)	F11r (ENSDORG00000008598)	ENSDORG00000011342 #20	ENSDORG00000015816 #20	ENSDORG00000030196	Slamf1 (ENSDORG00000007764)	ENSDORG00000013951	Vangl2 (ENSDORG00000009607)	Nhlh1 (ENSDORG00000003184)	Ncstn (ENSDORG00000003182)	Copa (ENSDORG00000003178)	Pex19 (ENSDORG00000003177)	Dcaf8 (ENSDORG00000025872)	Pea15a (ENSDORG00000025879)	Casq1 (ENSDORG00000013062)	ENSDORG00000026888	ENSDORG00000023846	Atp1a2 (ENSDORG00000025124)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Sciuridae	DUPLICATION
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.t #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154757.s #20	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378	ENSGT00940000159936
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a.i	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.s #20	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	29	VANGL2 (ENSMMMG00000022221)	ENSMMMG00000022219	CD84 (ENSMMMG00000022217)	SLAMF1 (ENSMMMG00000022205)	CD48 (ENSMMMG00000022204)	ENSMMMG00000022199 #20	ENSMMMG00000022197	ENSMMMG00000022183 #20	ENSMMMG00000022171 #20	ENSMMMG00000022164	SLAMF7 (ENSMMMG00000022161)	LY9 (ENSMMMG00000022154)	ENSMMMG00000022144	ENSMMMG00000022137 #20	ENSMMMG00000022135	ENSMMMG00000022126 #20	F11R (ENSMMMG00000022123)	TSTD1 (ENSMMMG00000022118)	USF1 (ENSMMMG00000022110)	ARHGAP30 (ENSMMMG00000022101)	NECTIN4 (ENSMMMG00000022085)	KLHDC9 (ENSMMMG00000022082)	PFDN2 (ENSMMMG00000022079)	NIT1 (ENSMMMG00000022075)	DEDD (ENSMMMG00000022064)	UFC1 (ENSMMMG00000022063)	ENSMMMG00000022040	PPOX (ENSMMMG00000022036)	B4GALT3 (ENSMMMG00000022031)	ADAMTS4 (ENSMMMG00000022019)	NDUFS2 (ENSMMMG00000022003)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	29	NECTIN4 (ENSMMMG00000022085)	ARHGAP30 (ENSMMMG00000022101)	USF1 (ENSMMMG00000022110)	TSTD1 (ENSMMMG00000022118)	F11R (ENSMMMG00000022123)	ENSMMMG00000022126 #20	ENSMMMG00000022135	ENSMMMG00000022137 #20	ENSMMMG00000022144	LY9 (ENSMMMG00000022154)	SLAMF7 (ENSMMMG00000022161)	ENSMMMG00000022164	ENSMMMG00000022171 #20	ENSMMMG00000022183 #20	ENSMMMG00000022197	ENSMMMG00000022199 #20	CD48 (ENSMMMG00000022204)	SLAMF1 (ENSMMMG00000022205)	CD84 (ENSMMMG00000022217)	ENSMMMG00000022219	VANGL2 (ENSMMMG00000022221)	NHLH1 (ENSMMMG00000022244)	NCSTN (ENSMMMG00000022245)	COPA (ENSMMMG00000022255)	PEX19 (ENSMMMG00000022272)	DCAF8 (ENSMMMG00000022285)	PEA15 (ENSMMMG00000022310)	CASQ1 (ENSMMMG00000022314)	ENSMMMG00000022329	ATP1A2 (ENSMMMG00000022340)	IGSF8 (ENSMMMG00000022358)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	172	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a.i	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.s #20	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a
Squirrel	MODERN SPECIES	499	USP21 (ENSSTOG00000006414)	UFC1 (ENSSTOG00000024572)	DEDD (ENSSTOG00000006392)	NIT1 (ENSSTOG00000006372)	ENSSTOG00000031195	PFDN2 (ENSSTOG00000006355)	KLHDC9 (ENSSTOG00000006344)	ENSSTOG00000024343	NECTIN4 (ENSSTOG00000022923)	ENSSTOG00000031475	ENSSTOG00000019827	USF1 (ENSSTOG00000012364)	TSTD1 (ENSSTOG00000021512)	F11R (ENSSTOG00000012355)	ENSSTOG00000023599	ENSSTOG00000001459 #20	LY9 (ENSSTOG00000000269)	ENSSTOG00000005315 #20
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		ADAMTS4 (ENSSVLG00005011573)	B4GALT3 (ENSSVLG00005011520)	PPOX (ENSSVLG00005011229)	USP21 (ENSSVLG00005011165)	UFC1 (ENSSVLG00005011088)	DEDD (ENSSVLG00005011046)	NIT1 (ENSSVLG00005010856)	PFDN2 (ENSSVLG00005010796)	KLHDC9 (ENSSVLG00005010727)	NECTIN4 (ENSSVLG00005010648)	ARHGAP30 (ENSSVLG00005010379)	USF1 (ENSSVLG00005010288)	TSTD1 (ENSSVLG00005010161)	F11R (ENSSVLG00005009895)	ENSSVLG00005009799 #20	ENSSVLG00005009744 #20	ENSSVLG00005009690	ENSSVLG00005009571	LY9 (ENSSVLG00005009428)	ENSSVLG00005009311	ENSSVLG00005009214 #20	ENSSVLG00005009158 #20	ENSSVLG00005009061 #20	CD48 (ENSSVLG00005009010)	SLAMF1 (ENSSVLG00005008954)	CD84 (ENSSVLG00005008696)	ENSSVLG00005008589	ENSSVLG00005008554	VANGL2 (ENSSVLG00005008513)	NHLH1 (ENSSVLG00005008496)	NCSTN (ENSSVLG00005008466)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		PFDN2 (ENSSVLG00005010796)	KLHDC9 (ENSSVLG00005010727)	NECTIN4 (ENSSVLG00005010648)	ARHGAP30 (ENSSVLG00005010379)	USF1 (ENSSVLG00005010288)	TSTD1 (ENSSVLG00005010161)	F11R (ENSSVLG00005009895)	ENSSVLG00005009799 #20	ENSSVLG00005009744 #20	ENSSVLG00005009690	ENSSVLG00005009571	LY9 (ENSSVLG00005009428)	ENSSVLG00005009311	ENSSVLG00005009214 #20	ENSSVLG00005009158 #20	ENSSVLG00005009061 #20	CD48 (ENSSVLG00005009010)	SLAMF1 (ENSSVLG00005008954)	CD84 (ENSSVLG00005008696)	ENSSVLG00005008589	ENSSVLG00005008554	VANGL2 (ENSSVLG00005008513)	NHLH1 (ENSSVLG00005008496)	NCSTN (ENSSVLG00005008466)	COPA (ENSSVLG00005008406)	PEX19 (ENSSVLG00005008343)	DCAF8 (ENSSVLG00005008308)	ENSSVLG00005008261	CASQ1 (ENSSVLG00005008157)	ATP1A4 (ENSSVLG00005008010)	ATP1A2 (ENSSVLG00005007734)
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Marmotini	DUPLICATION
Marmotini	DUPLICATION
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.t.a.a #20
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.t.a.a #20
Squirrel	MODERN SPECIES	499																ENSSTOG00000005315 #20	LY9 (ENSSTOG00000000269)	ENSSTOG00000001459 #20	ENSSTOG00000023599	F11R (ENSSTOG00000012355)	TSTD1 (ENSSTOG00000021512)	USF1 (ENSSTOG00000012364)	ENSSTOG00000019827	ENSSTOG00000031475	NECTIN4 (ENSSTOG00000022923)	ENSSTOG00000024343	KLHDC9 (ENSSTOG00000006344)	PFDN2 (ENSSTOG00000006355)	ENSSTOG00000031195	NIT1 (ENSSTOG00000006372)	DEDD (ENSSTOG00000006392)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	29	CASQ1 (ENSMMMG00000022314)	PEA15 (ENSMMMG00000022310)	DCAF8 (ENSMMMG00000022285)	PEX19 (ENSMMMG00000022272)	COPA (ENSMMMG00000022255)	NCSTN (ENSMMMG00000022245)	NHLH1 (ENSMMMG00000022244)	VANGL2 (ENSMMMG00000022221)	ENSMMMG00000022219	CD84 (ENSMMMG00000022217)	SLAMF1 (ENSMMMG00000022205)	CD48 (ENSMMMG00000022204)	ENSMMMG00000022199 #20	ENSMMMG00000022197	ENSMMMG00000022183 #20	ENSMMMG00000022171 #20	ENSMMMG00000022164	SLAMF7 (ENSMMMG00000022161)	LY9 (ENSMMMG00000022154)	ENSMMMG00000022144	ENSMMMG00000022137 #20	ENSMMMG00000022135	ENSMMMG00000022126 #20	F11R (ENSMMMG00000022123)	TSTD1 (ENSMMMG00000022118)	USF1 (ENSMMMG00000022110)	ARHGAP30 (ENSMMMG00000022101)	NECTIN4 (ENSMMMG00000022085)	KLHDC9 (ENSMMMG00000022082)	PFDN2 (ENSMMMG00000022079)	NIT1 (ENSMMMG00000022075)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	191																ENSGT00940000154757.t.a.b #20	ENSGT01030000234540.A.a.a
Alpin marmot	MODERN SPECIES	29	B4GALT3 (ENSMMMG00000022031)	PPOX (ENSMMMG00000022036)	ENSMMMG00000022040	UFC1 (ENSMMMG00000022063)	DEDD (ENSMMMG00000022064)	NIT1 (ENSMMMG00000022075)	PFDN2 (ENSMMMG00000022079)	KLHDC9 (ENSMMMG00000022082)	NECTIN4 (ENSMMMG00000022085)	ARHGAP30 (ENSMMMG00000022101)	USF1 (ENSMMMG00000022110)	TSTD1 (ENSMMMG00000022118)	F11R (ENSMMMG00000022123)	ENSMMMG00000022126 #20	ENSMMMG00000022135	ENSMMMG00000022137 #20	ENSMMMG00000022144	LY9 (ENSMMMG00000022154)	SLAMF7 (ENSMMMG00000022161)	ENSMMMG00000022164	ENSMMMG00000022171 #20	ENSMMMG00000022183 #20	ENSMMMG00000022197	ENSMMMG00000022199 #20	CD48 (ENSMMMG00000022204)	SLAMF1 (ENSMMMG00000022205)	CD84 (ENSMMMG00000022217)	ENSMMMG00000022219	VANGL2 (ENSMMMG00000022221)	NHLH1 (ENSMMMG00000022244)	NCSTN (ENSMMMG00000022245)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	201															ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.t.b #20
Alpin marmot	MODERN SPECIES	29	ENSMMMG00000022329	CASQ1 (ENSMMMG00000022314)	PEA15 (ENSMMMG00000022310)	DCAF8 (ENSMMMG00000022285)	PEX19 (ENSMMMG00000022272)	COPA (ENSMMMG00000022255)	NCSTN (ENSMMMG00000022245)	NHLH1 (ENSMMMG00000022244)	VANGL2 (ENSMMMG00000022221)	ENSMMMG00000022219	CD84 (ENSMMMG00000022217)	SLAMF1 (ENSMMMG00000022205)	CD48 (ENSMMMG00000022204)	ENSMMMG00000022199 #20	ENSMMMG00000022197	ENSMMMG00000022183 #20	ENSMMMG00000022171 #20	ENSMMMG00000022164	SLAMF7 (ENSMMMG00000022161)	LY9 (ENSMMMG00000022154)	ENSMMMG00000022144	ENSMMMG00000022137 #20	ENSMMMG00000022135	ENSMMMG00000022126 #20	F11R (ENSMMMG00000022123)	TSTD1 (ENSMMMG00000022118)	USF1 (ENSMMMG00000022110)	ARHGAP30 (ENSMMMG00000022101)	NECTIN4 (ENSMMMG00000022085)	KLHDC9 (ENSMMMG00000022082)	PFDN2 (ENSMMMG00000022079)
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		NDUFS2 (ENSSVLG00005011719)	ADAMTS4 (ENSSVLG00005011573)	B4GALT3 (ENSSVLG00005011520)	PPOX (ENSSVLG00005011229)	USP21 (ENSSVLG00005011165)	UFC1 (ENSSVLG00005011088)	DEDD (ENSSVLG00005011046)	NIT1 (ENSSVLG00005010856)	PFDN2 (ENSSVLG00005010796)	KLHDC9 (ENSSVLG00005010727)	NECTIN4 (ENSSVLG00005010648)	ARHGAP30 (ENSSVLG00005010379)	USF1 (ENSSVLG00005010288)	TSTD1 (ENSSVLG00005010161)	F11R (ENSSVLG00005009895)	ENSSVLG00005009799 #20	ENSSVLG00005009744 #20	ENSSVLG00005009690	ENSSVLG00005009571	LY9 (ENSSVLG00005009428)	ENSSVLG00005009311	ENSSVLG00005009214 #20	ENSSVLG00005009158 #20	ENSSVLG00005009061 #20	CD48 (ENSSVLG00005009010)	SLAMF1 (ENSSVLG00005008954)	CD84 (ENSSVLG00005008696)	ENSSVLG00005008589	ENSSVLG00005008554	VANGL2 (ENSSVLG00005008513)	NHLH1 (ENSSVLG00005008496)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		ATP1A4 (ENSSVLG00005008010)	CASQ1 (ENSSVLG00005008157)	ENSSVLG00005008261	DCAF8 (ENSSVLG00005008308)	PEX19 (ENSSVLG00005008343)	COPA (ENSSVLG00005008406)	NCSTN (ENSSVLG00005008466)	NHLH1 (ENSSVLG00005008496)	VANGL2 (ENSSVLG00005008513)	ENSSVLG00005008554	ENSSVLG00005008589	CD84 (ENSSVLG00005008696)	SLAMF1 (ENSSVLG00005008954)	CD48 (ENSSVLG00005009010)	ENSSVLG00005009061 #20	ENSSVLG00005009158 #20	ENSSVLG00005009214 #20	ENSSVLG00005009311	LY9 (ENSSVLG00005009428)	ENSSVLG00005009571	ENSSVLG00005009690	ENSSVLG00005009744 #20	ENSSVLG00005009799 #20	F11R (ENSSVLG00005009895)	TSTD1 (ENSSVLG00005010161)	USF1 (ENSSVLG00005010288)	ARHGAP30 (ENSSVLG00005010379)	NECTIN4 (ENSSVLG00005010648)	KLHDC9 (ENSSVLG00005010727)	PFDN2 (ENSSVLG00005010796)	NIT1 (ENSSVLG00005010856)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		CASQ1 (ENSSVLG00005008157)	ENSSVLG00005008261	DCAF8 (ENSSVLG00005008308)	PEX19 (ENSSVLG00005008343)	COPA (ENSSVLG00005008406)	NCSTN (ENSSVLG00005008466)	NHLH1 (ENSSVLG00005008496)	VANGL2 (ENSSVLG00005008513)	ENSSVLG00005008554	ENSSVLG00005008589	CD84 (ENSSVLG00005008696)	SLAMF1 (ENSSVLG00005008954)	CD48 (ENSSVLG00005009010)	ENSSVLG00005009061 #20	ENSSVLG00005009158 #20	ENSSVLG00005009214 #20	ENSSVLG00005009311	LY9 (ENSSVLG00005009428)	ENSSVLG00005009571	ENSSVLG00005009690	ENSSVLG00005009744 #20	ENSSVLG00005009799 #20	F11R (ENSSVLG00005009895)	TSTD1 (ENSSVLG00005010161)	USF1 (ENSSVLG00005010288)	ARHGAP30 (ENSSVLG00005010379)	NECTIN4 (ENSSVLG00005010648)	KLHDC9 (ENSSVLG00005010727)	PFDN2 (ENSSVLG00005010796)	NIT1 (ENSSVLG00005010856)	DEDD (ENSSVLG00005011046)
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Hystricomorpha_a	DUPLICATION
Hystricomorpha_a	DUPLICATION
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Guinea pig	DUPLICATION
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Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.v #20
Degu	DUPLICATION
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Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Pika	DUPLICATION
Pika	DUPLICATION
Pika	MODERN SPECIES	4951																ENSOPRG00000016042 #20	ENSOPRG00000016029
Pika	MODERN SPECIES	3806																ENSOPRG00000011235 #20
Pika	MODERN SPECIES	3950																ENSOPRG00000006384 #20
Rabbit	MODERN SPECIES	4	ADAMTS4 (ENSOCUG00000013498)	B4GALT3 (ENSOCUG00000029610)	PPOX (ENSOCUG00000002403)	USP21 (ENSOCUG00000002395)	UFC1 (ENSOCUG00000002389)	DEDD (ENSOCUG00000002387)	NIT1 (ENSOCUG00000002380)	PFDN2 (ENSOCUG00000002378)	KLHDC9 (ENSOCUG00000002373)	NECTIN4 (ENSOCUG00000002367)	ARHGAP30 (ENSOCUG00000002358)	USF1 (ENSOCUG00000002352)	TSTD1 (ENSOCUG00000022892)	F11R (ENSOCUG00000006994)	ITLN2 (ENSOCUG00000006985)	ITLN1 (ENSOCUG00000022033) #20	ENSOCUG00000013585	SLAMF7 (ENSOCUG00000013559)	ENSOCUG00000013551	ENSOCUG00000022552	SLAMF1 (ENSOCUG00000023151)	ENSOCUG00000032608	CD84 (ENSOCUG00000009311)	ENSOCUG00000026792	ENSOCUG00000038841	VANGL2 (ENSOCUG00000016671)	NHLH1 (ENSOCUG00000022024)	NCSTN (ENSOCUG00000014503)	COPA (ENSOCUG00000014479)	PEX19 (ENSOCUG00000014473)	DCAF8 (ENSOCUG00000017692)
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Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	2477															ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20
Hedgehog	DUPLICATION
Hedgehog	DUPLICATION
Hedgehog	DUPLICATION
Hedgehog	MODERN SPECIES	9509																ENSEEUG00000001242 #20
Hedgehog	MODERN SPECIES	14643																ENSEEUG00000008570 #20
Hedgehog	MODERN SPECIES	5217																ENSEEUG00000009372 #20
Hedgehog	DUPLICATION
Hedgehog	MODERN SPECIES	12108																ENSEEUG00000004760 #20
Hedgehog	MODERN SPECIES	8701																ENSEEUG00000005484 #20
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	MODERN SPECIES	9890																ENSSARG00000014039 #20
Common shrew	MODERN SPECIES	7983																ENSSARG00000006405 #20
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	MODERN SPECIES	7802																ENSSARG00000005268 #20
Common shrew	MODERN SPECIES	10655																ENSSARG00000006528 #20	ENSSARG00000006513 #20
Common shrew	MODERN SPECIES	10655																ENSSARG00000006513 #20	ENSSARG00000006528 #20
Common shrew	MODERN SPECIES	8653															ENSSARG00000012186	ENSSARG00000012206 #20
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.a	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.a	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Suina	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.a	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	139	NDUFS2 (ENSCWAG00000013763)	ADAMTS4 (ENSCWAG00000013704)	B4GALT3 (ENSCWAG00000013598)	PPOX (ENSCWAG00000013461)	USP21 (ENSCWAG00000013382)	UFC1 (ENSCWAG00000013316)	DEDD (ENSCWAG00000013254)	NIT1 (ENSCWAG00000013135)	PFDN2 (ENSCWAG00000013083)	KLHDC9 (ENSCWAG00000013031)	NECTIN4 (ENSCWAG00000012939)	ARHGAP30 (ENSCWAG00000012487)	USF1 (ENSCWAG00000012387)	TSTD1 (ENSCWAG00000012232)	F11R (ENSCWAG00000011792)	ITLN1 (ENSCWAG00000011620) #20	ENSCWAG00000011596	CD244 (ENSCWAG00000011236)	LY9 (ENSCWAG00000010831)	ENSCWAG00000010725	CD48 (ENSCWAG00000010676)	SLAMF1 (ENSCWAG00000010626)	CD84 (ENSCWAG00000010075)	ENSCWAG00000010006	VANGL2 (ENSCWAG00000009946)	NHLH1 (ENSCWAG00000009928)	NCSTN (ENSCWAG00000009817)	COPA (ENSCWAG00000009731)	PEX19 (ENSCWAG00000009664)	DCAF8 (ENSCWAG00000009541)	PEA15 (ENSCWAG00000009481)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.a	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00950000185781	ENSGT00390000000230
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Pecora	DUPLICATION
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	B4GALT3 (ENSCHYG00000007860)	PPOX (ENSCHYG00000007952)	USP21 (ENSCHYG00000008067)	UFC1 (ENSCHYG00000008238)	DEDD (ENSCHYG00000008278)	NIT1 (ENSCHYG00000008322)	PFDN2 (ENSCHYG00000008419)	KLHDC9 (ENSCHYG00000008446)	NECTIN4 (ENSCHYG00000008512)	ARHGAP30 (ENSCHYG00000008607)	USF1 (ENSCHYG00000008661)	ENSCHYG00000008751	F11R (ENSCHYG00000009012)	ENSCHYG00000009186 #20	ENSCHYG00000009583 #20	ENSCHYG00000009693 #20	ENSCHYG00000009888 #20	ENSCHYG00000010093	LY9 (ENSCHYG00000010168)	ENSCHYG00000010320	SLAMF7 (ENSCHYG00000010438)	CD48 (ENSCHYG00000010705)	SLAMF1 (ENSCHYG00000010781)	ENSCHYG00000010884	VANGL2 (ENSCHYG00000011176)	NHLH1 (ENSCHYG00000011250)	NCSTN (ENSCHYG00000011288)	COPA (ENSCHYG00000011615)	PEX19 (ENSCHYG00000012257)	DCAF8 (ENSCHYG00000012441)	PEA15 (ENSCHYG00000012533)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Bovinae	DUPLICATION
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Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.bb.a #20
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.bb.a #20	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.a.b.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451.g
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	APOA2 (ENSBIXG00005019464)	NDUFS2 (ENSBIXG00005019429)	ADAMTS4 (ENSBIXG00005019373)	B4GALT3 (ENSBIXG00005019354)	PPOX (ENSBIXG00005019263)	USP21 (ENSBIXG00005007818)	DEDD (ENSBIXG00005019003)	NIT1 (ENSBIXG00005018951)	PFDN2 (ENSBIXG00005018890)	KLHDC9 (ENSBIXG00005018876)	NECTIN4 (ENSBIXG00005018840)	ARHGAP30 (ENSBIXG00005003057)	USF1 (ENSBIXG00005006647)	ENSBIXG00005018675	F11R (ENSBIXG00005018618)	ENSBIXG00005018571 #20	ENSBIXG00005018543 #20	ENSBIXG00005018502 #20	ENSBIXG00005018395	LY9 (ENSBIXG00005018336)	ENSBIXG00005018296	SLAMF7 (ENSBIXG00005018263)	CD48 (ENSBIXG00005018181)	SLAMF1 (ENSBIXG00005018166)	ENSBIXG00005018152	CD84 (ENSBIXG00005002941)	ENSBIXG00005018113	ENSBIXG00005018088	VANGL2 (ENSBIXG00005018079)	NHLH1 (ENSBIXG00005018063)	NCSTN (ENSBIXG00005007052)
American bison	MODERN SPECIES	2910	NDUFS2 (ENSBBBG00000013581)	ADAMTS4 (ENSBBBG00000013591)	B4GALT3 (ENSBBBG00000002829)	PPOX (ENSBBBG00000013648)	USP21 (ENSBBBG00000013672)	UFC1 (ENSBBBG00000013679)	DEDD (ENSBBBG00000002875)	NIT1 (ENSBBBG00000013709)	PFDN2 (ENSBBBG00000007126)	ENSBBBG00000013720	NECTIN4 (ENSBBBG00000013739)	ARHGAP30 (ENSBBBG00000007897)	USF1 (ENSBBBG00000013779)	ENSBBBG00000013802	F11R (ENSBBBG00000013831)	ENSBBBG00000013841 #20
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.bb.a #20	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT00940000153432.B.l.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451.g	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.bb.a #20	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.a.b.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451.g	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Cow	MODERN SPECIES	22	PPOX (ENSBTAG00000021894)	USP21 (ENSBTAG00000021893)	UFC1 (ENSBTAG00000021705)	DEDD (ENSBTAG00000020154)	NIT1 (ENSBTAG00000020153)	PFDN2 (ENSBTAG00000020152)	KLHDC9 (ENSBTAG00000020150)	NECTIN4 (ENSBTAG00000017877)	ARHGAP30 (ENSBTAG00000017875)	USF1 (ENSBTAG00000017873)	TSTD1 (ENSBTAG00000017856)	F11R (ENSBTAG00000017846)	ENSBTAG00000050256	ITLN2 (ENSBTAG00000048662)	ITLN2 (ENSBTAG00000052308) #20	ENSBTAG00000054271 #20	ENSBTAG00000046231	CD244 (ENSBTAG00000002951)	LY9 (ENSBTAG00000002947)	ENSBTAG00000010458	SLAMF7 (ENSBTAG00000001197)	CD48 (ENSBTAG00000011238)	SLAMF1 (ENSBTAG00000007927)	ENSBTAG00000051438	CD84 (ENSBTAG00000019033)	SLAMF6 (ENSBTAG00000014368)	ENSBTAG00000015741	VANGL2 (ENSBTAG00000006560)	NCSTN (ENSBTAG00000004334)	COPA (ENSBTAG00000004333)	PEX19 (ENSBTAG00000007537)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	ADAMTS4 (ENSBIXG00005019373)	B4GALT3 (ENSBIXG00005019354)	PPOX (ENSBIXG00005019263)	USP21 (ENSBIXG00005007818)	DEDD (ENSBIXG00005019003)	NIT1 (ENSBIXG00005018951)	PFDN2 (ENSBIXG00005018890)	KLHDC9 (ENSBIXG00005018876)	NECTIN4 (ENSBIXG00005018840)	ARHGAP30 (ENSBIXG00005003057)	USF1 (ENSBIXG00005006647)	ENSBIXG00005018675	F11R (ENSBIXG00005018618)	ENSBIXG00005018571 #20	ENSBIXG00005018543 #20	ENSBIXG00005018502 #20	ENSBIXG00005018395	LY9 (ENSBIXG00005018336)	ENSBIXG00005018296	SLAMF7 (ENSBIXG00005018263)	CD48 (ENSBIXG00005018181)	SLAMF1 (ENSBIXG00005018166)	ENSBIXG00005018152	CD84 (ENSBIXG00005002941)	ENSBIXG00005018113	ENSBIXG00005018088	VANGL2 (ENSBIXG00005018079)	NHLH1 (ENSBIXG00005018063)	NCSTN (ENSBIXG00005007052)	ENSBIXG00005017997	PEX19 (ENSBIXG00005017952)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451.g	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	ADAMTS4 (ENSBGRG00000001210)	B4GALT3 (ENSBGRG00000001192)	PPOX (ENSBGRG00000001124)	USP21 (ENSBGRG00000001019)	DEDD (ENSBGRG00000000992)	NIT1 (ENSBGRG00000000965)	PFDN2 (ENSBGRG00000000941)	KLHDC9 (ENSBGRG00000000928)	NECTIN4 (ENSBGRG00000000904)	ARHGAP30 (ENSBGRG00000000881)	USF1 (ENSBGRG00000000853)	ENSBGRG00000000809	ENSBGRG00000000756	ITLN2 (ENSBGRG00000000698)	ENSBGRG00000000625 #20	ENSBGRG00000000569 #20	ENSBGRG00000000537	CD244 (ENSBGRG00000000502)	LY9 (ENSBGRG00000000475)	ENSBGRG00000000465	SLAMF7 (ENSBGRG00000000343)	CD48 (ENSBGRG00000000308)	SLAMF1 (ENSBGRG00000000274)	CD84 (ENSBGRG00000000252)	ENSBGRG00000000226	ENSBGRG00000000219	VANGL2 (ENSBGRG00000000209)	NHLH1 (ENSBGRG00000000190)	NCSTN (ENSBGRG00000017046)	ENSBGRG00000015754	PEX19 (ENSBGRG00000015679)
Wild yak	MODERN SPECIES	1577															ENSBMUG00000013898 #20	ENSBMUG00000013840 #20	CD244 (ENSBMUG00000013806)	LY9 (ENSBMUG00000013774)	ENSBMUG00000013721	SLAMF7 (ENSBMUG00000013683)	CD48 (ENSBMUG00000013628)	SLAMF1 (ENSBMUG00000013603)	CD84 (ENSBMUG00000013566)	ENSBMUG00000013514	ENSBMUG00000013492	VANGL2 (ENSBMUG00000013478)	NHLH1 (ENSBMUG00000013460)	NCSTN (ENSBMUG00000013434)	COPA (ENSBMUG00000013396)	PEX19 (ENSBMUG00000013324)	DCAF8 (ENSBMUG00000013304)
American bison	MODERN SPECIES	3013															ENSBBBG00000000318 #20	ENSBBBG00000023579 #20	ENSBBBG00000023589	ENSBBBG00000023605	LY9 (ENSBBBG00000023648)	SLAMF7 (ENSBBBG00000023703)	CD48 (ENSBBBG00000023715)	SLAMF1 (ENSBBBG00000023726)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1202															ENSMMSG00000021115 #20	ENSMMSG00000021145 #20	ENSMMSG00000021194 #20	ENSMMSG00000021230 #20	ENSMMSG00000021273	LY9 (ENSMMSG00000021292)	SLAMF7 (ENSMMSG00000021351)	CD48 (ENSMMSG00000021734)	SLAMF1 (ENSMMSG00000021747)	CD84 (ENSMMSG00000021783)	ENSMMSG00000021857	VANGL2 (ENSMMSG00000021907)	NHLH1 (ENSMMSG00000021925)	NCSTN (ENSMMSG00000021937)	COPA (ENSMMSG00000022003)	PEX19 (ENSMMSG00000022261)	DCAF8 (ENSMMSG00000022274)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.l	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272.c	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083.k	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b.c	ENSGT01030000234540.A.a.b.d	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230.d
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	22	VANGL2 (ENSCHIG00000015925)	ENSCHIG00000024954	CD84 (ENSCHIG00000020076)	SLAMF1 (ENSCHIG00000009511)	ENSCHIG00000018067	ENSCHIG00000019395	ENSCHIG00000011600	ENSCHIG00000025292	ENSCHIG00000022290	ENSCHIG00000015987	ENSCHIG00000007433	ENSCHIG00000003401	SLAMF7 (ENSCHIG00000021635)	ENSCHIG00000014904	ENSCHIG00000011711	ENSCHIG00000025678 #20	ENSCHIG00000027254 #20	ENSCHIG00000001352	ENSCHIG00000013123	F11R (ENSCHIG00000021162)	ENSCHIG00000025683	ENSCHIG00000019631	ARHGAP30 (ENSCHIG00000011200)	NECTIN4 (ENSCHIG00000025508)	KLHDC9 (ENSCHIG00000016661)	ENSCHIG00000021837	NIT1 (ENSCHIG00000007140)	ENSCHIG00000025706	UFC1 (ENSCHIG00000020452)	USP21 (ENSCHIG00000018217)	ENSCHIG00000008041
Goat	MODERN SPECIES	22	B4GALT3 (ENSCHIG00000019121)	ENSCHIG00000008041	USP21 (ENSCHIG00000018217)	UFC1 (ENSCHIG00000020452)	ENSCHIG00000025706	NIT1 (ENSCHIG00000007140)	ENSCHIG00000021837	KLHDC9 (ENSCHIG00000016661)	NECTIN4 (ENSCHIG00000025508)	ARHGAP30 (ENSCHIG00000011200)	ENSCHIG00000019631	ENSCHIG00000025683	F11R (ENSCHIG00000021162)	ENSCHIG00000013123	ENSCHIG00000001352	ENSCHIG00000027254 #20	ENSCHIG00000025678 #20	ENSCHIG00000011711	ENSCHIG00000014904	SLAMF7 (ENSCHIG00000021635)	ENSCHIG00000003401	ENSCHIG00000007433	ENSCHIG00000015987	ENSCHIG00000022290	ENSCHIG00000025292	ENSCHIG00000011600	ENSCHIG00000019395	ENSCHIG00000018067	SLAMF1 (ENSCHIG00000009511)	CD84 (ENSCHIG00000020076)	ENSCHIG00000024954
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		NDUFS2 (ENSOARG00020000146)	ADAMTS4 (ENSOARG00020000116)	B4GALT3 (ENSOARG00020000101)	PPOX (ENSOARG00020018808)	USP21 (ENSOARG00020018542)	UFC1 (ENSOARG00020018494)	ENSOARG00020018454	NIT1 (ENSOARG00020018304)	PFDN2 (ENSOARG00020018255)	KLHDC9 (ENSOARG00020018173)	NECTIN4 (ENSOARG00020018088)	ENSOARG00020017787	ENSOARG00020017637	F11R (ENSOARG00020017478)	ENSOARG00020017450	ITLN (ENSOARG00020017318) #20	ENSOARG00020017225	SLAMF7 (ENSOARG00020016923)	ENSOARG00020016869	ENSOARG00020016834	SLAMF1 (ENSOARG00020016678)	ENSOARG00020016648	ENSOARG00020016635	ENSOARG00020016590	ENSOARG00020016265	VANGL2 (ENSOARG00020016183)	NCSTN (ENSOARG00020016078)	COPA (ENSOARG00020015719)	PEX19 (ENSOARG00020015654)	DCAF8 (ENSOARG00020015535)	ENSOARG00020015426
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.bb.a #20	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
American bison	MODERN SPECIES	3013																ENSBBBG00000000318 #20	ENSBBBG00000023579 #20	ENSBBBG00000023589	ENSBBBG00000023605	LY9 (ENSBBBG00000023648)	SLAMF7 (ENSBBBG00000023703)	CD48 (ENSBBBG00000023715)	SLAMF1 (ENSBBBG00000023726)
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT00940000153432.B.l.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451.g	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451.g	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	NDUFS2 (ENSBGRG00000001256)	ADAMTS4 (ENSBGRG00000001210)	B4GALT3 (ENSBGRG00000001192)	PPOX (ENSBGRG00000001124)	USP21 (ENSBGRG00000001019)	DEDD (ENSBGRG00000000992)	NIT1 (ENSBGRG00000000965)	PFDN2 (ENSBGRG00000000941)	KLHDC9 (ENSBGRG00000000928)	NECTIN4 (ENSBGRG00000000904)	ARHGAP30 (ENSBGRG00000000881)	USF1 (ENSBGRG00000000853)	ENSBGRG00000000809	ENSBGRG00000000756	ITLN2 (ENSBGRG00000000698)	ENSBGRG00000000625 #20	ENSBGRG00000000569 #20	ENSBGRG00000000537	CD244 (ENSBGRG00000000502)	LY9 (ENSBGRG00000000475)	ENSBGRG00000000465	SLAMF7 (ENSBGRG00000000343)	CD48 (ENSBGRG00000000308)	SLAMF1 (ENSBGRG00000000274)	CD84 (ENSBGRG00000000252)	ENSBGRG00000000226	ENSBGRG00000000219	VANGL2 (ENSBGRG00000000209)	NHLH1 (ENSBGRG00000000190)	NCSTN (ENSBGRG00000017046)	ENSBGRG00000015754
Wild yak	MODERN SPECIES	1577																ENSBMUG00000013898 #20	ENSBMUG00000013840 #20	CD244 (ENSBMUG00000013806)	LY9 (ENSBMUG00000013774)	ENSBMUG00000013721	SLAMF7 (ENSBMUG00000013683)	CD48 (ENSBMUG00000013628)	SLAMF1 (ENSBMUG00000013603)	CD84 (ENSBMUG00000013566)	ENSBMUG00000013514	ENSBMUG00000013492	VANGL2 (ENSBMUG00000013478)	NHLH1 (ENSBMUG00000013460)	NCSTN (ENSBMUG00000013434)	COPA (ENSBMUG00000013396)	PEX19 (ENSBMUG00000013324)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744.k	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394.m.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757.bb.a #20	ENSGT00940000163851	ENSGT00940000154757.cb #20	ENSGT00940000154757.bb.b #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.a.b.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451.g	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a
Cow	MODERN SPECIES	22	B4GALT3 (ENSBTAG00000021897)	PPOX (ENSBTAG00000021894)	USP21 (ENSBTAG00000021893)	UFC1 (ENSBTAG00000021705)	DEDD (ENSBTAG00000020154)	NIT1 (ENSBTAG00000020153)	PFDN2 (ENSBTAG00000020152)	KLHDC9 (ENSBTAG00000020150)	NECTIN4 (ENSBTAG00000017877)	ARHGAP30 (ENSBTAG00000017875)	USF1 (ENSBTAG00000017873)	TSTD1 (ENSBTAG00000017856)	F11R (ENSBTAG00000017846)	ENSBTAG00000050256	ITLN2 (ENSBTAG00000048662)	ITLN2 (ENSBTAG00000052308) #20	ENSBTAG00000054271 #20	ENSBTAG00000046231	CD244 (ENSBTAG00000002951)	LY9 (ENSBTAG00000002947)	ENSBTAG00000010458	SLAMF7 (ENSBTAG00000001197)	CD48 (ENSBTAG00000011238)	SLAMF1 (ENSBTAG00000007927)	ENSBTAG00000051438	CD84 (ENSBTAG00000019033)	SLAMF6 (ENSBTAG00000014368)	ENSBTAG00000015741	VANGL2 (ENSBTAG00000006560)	NCSTN (ENSBTAG00000004334)	COPA (ENSBTAG00000004333)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	NDUFS2 (ENSBIXG00005019429)	ADAMTS4 (ENSBIXG00005019373)	B4GALT3 (ENSBIXG00005019354)	PPOX (ENSBIXG00005019263)	USP21 (ENSBIXG00005007818)	DEDD (ENSBIXG00005019003)	NIT1 (ENSBIXG00005018951)	PFDN2 (ENSBIXG00005018890)	KLHDC9 (ENSBIXG00005018876)	NECTIN4 (ENSBIXG00005018840)	ARHGAP30 (ENSBIXG00005003057)	USF1 (ENSBIXG00005006647)	ENSBIXG00005018675	F11R (ENSBIXG00005018618)	ENSBIXG00005018571 #20	ENSBIXG00005018543 #20	ENSBIXG00005018502 #20	ENSBIXG00005018395	LY9 (ENSBIXG00005018336)	ENSBIXG00005018296	SLAMF7 (ENSBIXG00005018263)	CD48 (ENSBIXG00005018181)	SLAMF1 (ENSBIXG00005018166)	ENSBIXG00005018152	CD84 (ENSBIXG00005002941)	ENSBIXG00005018113	ENSBIXG00005018088	VANGL2 (ENSBIXG00005018079)	NHLH1 (ENSBIXG00005018063)	NCSTN (ENSBIXG00005007052)	ENSBIXG00005017997
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1202														ENSMMSG00000021115 #20	ENSMMSG00000021145 #20	ENSMMSG00000021194 #20	ENSMMSG00000021230 #20	ENSMMSG00000021273	LY9 (ENSMMSG00000021292)	SLAMF7 (ENSMMSG00000021351)	CD48 (ENSMMSG00000021734)	SLAMF1 (ENSMMSG00000021747)	CD84 (ENSMMSG00000021783)	ENSMMSG00000021857	VANGL2 (ENSMMSG00000021907)	NHLH1 (ENSMMSG00000021925)	NCSTN (ENSMMSG00000021937)	COPA (ENSMMSG00000022003)	PEX19 (ENSMMSG00000022261)	DCAF8 (ENSMMSG00000022274)	PEA15 (ENSMMSG00000022299)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1202													ENSMMSG00000021115 #20	ENSMMSG00000021145 #20	ENSMMSG00000021194 #20	ENSMMSG00000021230 #20	ENSMMSG00000021273	LY9 (ENSMMSG00000021292)	SLAMF7 (ENSMMSG00000021351)	CD48 (ENSMMSG00000021734)	SLAMF1 (ENSMMSG00000021747)	CD84 (ENSMMSG00000021783)	ENSMMSG00000021857	VANGL2 (ENSMMSG00000021907)	NHLH1 (ENSMMSG00000021925)	NCSTN (ENSMMSG00000021937)	COPA (ENSMMSG00000022003)	PEX19 (ENSMMSG00000022261)	DCAF8 (ENSMMSG00000022274)	PEA15 (ENSMMSG00000022299)	CASQ1 (ENSMMSG00000022317)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1202																ENSMMSG00000021115 #20	ENSMMSG00000021145 #20	ENSMMSG00000021194 #20	ENSMMSG00000021230 #20	ENSMMSG00000021273	LY9 (ENSMMSG00000021292)	SLAMF7 (ENSMMSG00000021351)	CD48 (ENSMMSG00000021734)	SLAMF1 (ENSMMSG00000021747)	CD84 (ENSMMSG00000021783)	ENSMMSG00000021857	VANGL2 (ENSMMSG00000021907)	NHLH1 (ENSMMSG00000021925)	NCSTN (ENSMMSG00000021937)	COPA (ENSMMSG00000022003)	PEX19 (ENSMMSG00000022261)
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	NDUFS2 (ENSCHYG00000007638)	ADAMTS4 (ENSCHYG00000007801)	B4GALT3 (ENSCHYG00000007860)	PPOX (ENSCHYG00000007952)	USP21 (ENSCHYG00000008067)	UFC1 (ENSCHYG00000008238)	DEDD (ENSCHYG00000008278)	NIT1 (ENSCHYG00000008322)	PFDN2 (ENSCHYG00000008419)	KLHDC9 (ENSCHYG00000008446)	NECTIN4 (ENSCHYG00000008512)	ARHGAP30 (ENSCHYG00000008607)	USF1 (ENSCHYG00000008661)	ENSCHYG00000008751	F11R (ENSCHYG00000009012)	ENSCHYG00000009186 #20	ENSCHYG00000009583 #20	ENSCHYG00000009693 #20	ENSCHYG00000009888 #20	ENSCHYG00000010093	LY9 (ENSCHYG00000010168)	ENSCHYG00000010320	SLAMF7 (ENSCHYG00000010438)	CD48 (ENSCHYG00000010705)	SLAMF1 (ENSCHYG00000010781)	ENSCHYG00000010884	VANGL2 (ENSCHYG00000011176)	NHLH1 (ENSCHYG00000011250)	NCSTN (ENSCHYG00000011288)	COPA (ENSCHYG00000011615)	PEX19 (ENSCHYG00000012257)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	PPOX (ENSCHYG00000007952)	USP21 (ENSCHYG00000008067)	UFC1 (ENSCHYG00000008238)	DEDD (ENSCHYG00000008278)	NIT1 (ENSCHYG00000008322)	PFDN2 (ENSCHYG00000008419)	KLHDC9 (ENSCHYG00000008446)	NECTIN4 (ENSCHYG00000008512)	ARHGAP30 (ENSCHYG00000008607)	USF1 (ENSCHYG00000008661)	ENSCHYG00000008751	F11R (ENSCHYG00000009012)	ENSCHYG00000009186 #20	ENSCHYG00000009583 #20	ENSCHYG00000009693 #20	ENSCHYG00000009888 #20	ENSCHYG00000010093	LY9 (ENSCHYG00000010168)	ENSCHYG00000010320	SLAMF7 (ENSCHYG00000010438)	CD48 (ENSCHYG00000010705)	SLAMF1 (ENSCHYG00000010781)	ENSCHYG00000010884	VANGL2 (ENSCHYG00000011176)	NHLH1 (ENSCHYG00000011250)	NCSTN (ENSCHYG00000011288)	COPA (ENSCHYG00000011615)	PEX19 (ENSCHYG00000012257)	DCAF8 (ENSCHYG00000012441)	PEA15 (ENSCHYG00000012533)	CASQ1 (ENSCHYG00000012589)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	ADAMTS4 (ENSCHYG00000007801)	B4GALT3 (ENSCHYG00000007860)	PPOX (ENSCHYG00000007952)	USP21 (ENSCHYG00000008067)	UFC1 (ENSCHYG00000008238)	DEDD (ENSCHYG00000008278)	NIT1 (ENSCHYG00000008322)	PFDN2 (ENSCHYG00000008419)	KLHDC9 (ENSCHYG00000008446)	NECTIN4 (ENSCHYG00000008512)	ARHGAP30 (ENSCHYG00000008607)	USF1 (ENSCHYG00000008661)	ENSCHYG00000008751	F11R (ENSCHYG00000009012)	ENSCHYG00000009186 #20	ENSCHYG00000009583 #20	ENSCHYG00000009693 #20	ENSCHYG00000009888 #20	ENSCHYG00000010093	LY9 (ENSCHYG00000010168)	ENSCHYG00000010320	SLAMF7 (ENSCHYG00000010438)	CD48 (ENSCHYG00000010705)	SLAMF1 (ENSCHYG00000010781)	ENSCHYG00000010884	VANGL2 (ENSCHYG00000011176)	NHLH1 (ENSCHYG00000011250)	NCSTN (ENSCHYG00000011288)	COPA (ENSCHYG00000011615)	PEX19 (ENSCHYG00000012257)	DCAF8 (ENSCHYG00000012441)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Sperm whale	MODERN SPECIES	15	PCP4L1 (ENSPCTG00005000881)	TOMM40L (ENSPCTG00005000896)	APOA2 (ENSPCTG00005000918)	FCER1G (ENSPCTG00005000933)	NDUFS2 (ENSPCTG00005000945)	ADAMTS4 (ENSPCTG00005000975)	B4GALT3 (ENSPCTG00005000993)	PPOX (ENSPCTG00005001023)	USP21 (ENSPCTG00005001072)	UFC1 (ENSPCTG00005001110)	DEDD (ENSPCTG00005001134)	NIT1 (ENSPCTG00005001176)	USF1 (ENSPCTG00005001257)	TSTD1 (ENSPCTG00005001294)	F11R (ENSPCTG00005001349)	ITLN1 (ENSPCTG00005001405) #20	LY9 (ENSPCTG00005001530)	SLAMF7 (ENSPCTG00005001601)	CD48 (ENSPCTG00005001646)	SLAMF1 (ENSPCTG00005001667)	CD84 (ENSPCTG00005001690)	SLAMF6 (ENSPCTG00005001730)	VANGL2 (ENSPCTG00005001769)	NHLH1 (ENSPCTG00005001785)	NCSTN (ENSPCTG00005001806)	COPA (ENSPCTG00005001916)	PEX19 (ENSPCTG00005002201)	DCAF8 (ENSPCTG00005002235)	PEA15 (ENSPCTG00005002277)	ENSPCTG00005002292	ATP1A2 (ENSPCTG00005002328)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Equus	DUPLICATION
Equus	ANCESTRAL SPECIES	75	ENSGT00940000161784.f.b.a	ENSGT00390000014067	ENSGT00940000159036	ENSGT00940000157380	ENSGT00390000004199	ENSGT00940000154374.b	ENSGT00940000157774	ENSGT00940000161269	ENSGT00940000156906	ENSGT00390000008608	ENSGT00940000162687	ENSGT00390000002659	ENSGT01020000230412.A.c.b.d	ENSGT00390000018059.b	ENSGT00940000162904	ENSGT00940000154757.db #20
Horse	MODERN SPECIES	26	ENSECAG00000048731	CCDC190 (ENSECAG00000024873)	RGS4 (ENSECAG00000018261)	RGS5 (ENSECAG00000023668)	NUF2 (ENSECAG00000009163)	PBX1 (ENSECAG00000013058)	LMX1A (ENSECAG00000009132)	RXRG (ENSECAG00000024377)	LRRC52 (ENSECAG00000023465)	MGST3 (ENSECAG00000022320)	ALDH9A1 (ENSECAG00000012770)	TMCO1 (ENSECAG00000054508)	UCK2 (ENSECAG00000016577)	FAM78B (ENSECAG00000004085)	ENSECAG00000013370	ENSECAG00000000661 #20	ENSECAG00000022247	ENSECAG00000016667	ENSECAG00000012425	ENSECAG00000012244	ENSECAG00000059307	ENSECAG00000045520	ENSECAG00000014292	ENSECAG00000042600	ENSECAG00000031055	ENSECAG00000047290	ENSECAG00000009794	CD34 (ENSECAG00000024973)	PLXNA2 (ENSECAG00000001716)	CAMK1G (ENSECAG00000014588)	G0S2 (ENSECAG00000003535)
Donkey	MODERN SPECIES	17	RAB25 (ENSEASG00005019133)	LAMTOR2 (ENSEASG00005031172)	UBQLN4 (ENSEASG00005019135)	SSR2 (ENSEASG00005019136)	ARHGEF2 (ENSEASG00005019138)	KHDC4 (ENSEASG00005019143)	RIT1 (ENSEASG00005019149)	SYT11 (ENSEASG00005019151)	ENSEASG00005019154	ENSEASG00005019163	DAP3 (ENSEASG00005019165)	ENSEASG00005024932	ENSEASG00005019185	ENSEASG00005010484	ENSEASG00005010486	ENSEASG00005030134 #20	ENSEASG00005019246	ENSEASG00005019243	ENSEASG00005037616	ENSEASG00005019252	HCN3 (ENSEASG00005019261)	CLK2 (ENSEASG00005019265)	SCAMP3 (ENSEASG00005028927)	ENTREP3 (ENSEASG00005019271)	GBA1 (ENSEASG00005019288)	MTX1 (ENSEASG00005019421)	THBS3 (ENSEASG00005019424)	ENSEASG00005038069	TRIM46 (ENSEASG00005019430)	KRTCAP2 (ENSEASG00005019432)	DPM3 (ENSEASG00005019433)
Equus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.eb #20
Donkey	MODERN SPECIES	17													ENSEASG00005033819	ENSEASG00005031223	ENSEASG00005027599	ENSEASG00005027941 #20	ENSEASG00005025372	ENSEASG00005014533	ENSEASG00005029835	ENSEASG00005024673	ENSEASG00005013764	ATF6 (ENSEASG00005013757)	DUSP12 (ENSEASG00005013752)	ENSEASG00005013749	FCRLB (ENSEASG00005013747)	FCRLA (ENSEASG00005013742)	ENSEASG00005013728	ENSEASG00005013720	HSPA6 (ENSEASG00005036040)	ENSEASG00005032351	ENSEASG00005035705
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196.d	ENSGT00390000008196.c	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a	ENSGT01030000234540.A.a.b	ENSGT01030000234540.D	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000012496.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D.d.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a
Armadillo	MODERN SPECIES	494	FCER1G (ENSDNOG00000025512)	NDUFS2 (ENSDNOG00000001632)	ADAMTS4 (ENSDNOG00000040492)	B4GALT3 (ENSDNOG00000013774)	PPOX (ENSDNOG00000013758)	USP21 (ENSDNOG00000036885)	UFC1 (ENSDNOG00000013733)	ENSDNOG00000049575	NIT1 (ENSDNOG00000039172)	PFDN2 (ENSDNOG00000012514)	KLHDC9 (ENSDNOG00000036053)	NECTIN4 (ENSDNOG00000030773)	ARHGAP30 (ENSDNOG00000005811)	TSTD1 (ENSDNOG00000023944)	F11R (ENSDNOG00000049763)	ITLN1 (ENSDNOG00000009705) #20	CD244 (ENSDNOG00000043543)	ENSDNOG00000032980	ENSDNOG00000014559	ENSDNOG00000037215	SLAMF7 (ENSDNOG00000014542)	CD48 (ENSDNOG00000042173)	SLAMF1 (ENSDNOG00000019813)	ENSDNOG00000033740	CD84 (ENSDNOG00000030743)	ENSDNOG00000016959	VANGL2 (ENSDNOG00000037928)	NHLH1 (ENSDNOG00000038600)	NCSTN (ENSDNOG00000039551)	COPA (ENSDNOG00000014960)	PEX19 (ENSDNOG00000033874)
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a
Hyrax	MODERN SPECIES	4300																ENSPCAG00000009594 #20
Elephant	MODERN SPECIES	325	FCER1G (ENSLAFG00000028877)	NDUFS2 (ENSLAFG00000006437)	ADAMTS4 (ENSLAFG00000006434)	B4GALT3 (ENSLAFG00000013506)	PPOX (ENSLAFG00000026246)	ENSLAFG00000016286	UFC1 (ENSLAFG00000026969)	DEDD (ENSLAFG00000006205)	NIT1 (ENSLAFG00000006202)	PFDN2 (ENSLAFG00000006199)	KLHDC9 (ENSLAFG00000006195)	NECTIN4 (ENSLAFG00000006190)	ARHGAP30 (ENSLAFG00000028243)	USF1 (ENSLAFG00000011338)	F11R (ENSLAFG00000022261)	ITLN1 (ENSLAFG00000001275) #20	ENSLAFG00000027791	LY9 (ENSLAFG00000023009)	ENSLAFG00000026235	SLAMF7 (ENSLAFG00000005102)	ENSLAFG00000005100	SLAMF1 (ENSLAFG00000008307)	CD84 (ENSLAFG00000031769)	VANGL2 (ENSLAFG00000022574)	NHLH1 (ENSLAFG00000011163)	NCSTN (ENSLAFG00000011160)	COPA (ENSLAFG00000011150)	PEX19 (ENSLAFG00000008556)	DCAF8 (ENSLAFG00000005658)	PEA15 (ENSLAFG00000022152)	CASQ1 (ENSLAFG00000006462)
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157680	ENSGT00940000153342.b	ENSGT00390000009258	ENSGT00940000156958	ENSGT00510000047893	ENSGT00390000012040	ENSGT00890000139531	ENSGT00940000158966	ENSGT00390000018361	ENSGT00940000158461	ENSGT00390000002675	ENSGT00940000153370.a.b	ENSGT00940000154071.B	ENSGT00390000017022	ENSGT00520000055570.B	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.b.b	ENSGT00390000012496.b.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378	ENSGT00940000159936
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157680	ENSGT00940000153342.b	ENSGT00390000009258	ENSGT00940000156958	ENSGT00510000047893	ENSGT00390000012040	ENSGT00890000139531	ENSGT00940000158966	ENSGT00390000018361	ENSGT00940000158461	ENSGT00390000002675	ENSGT00940000153370.a.b	ENSGT00940000154071.B	ENSGT00390000017022	ENSGT00520000055570.B	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.b.b	ENSGT00390000012496.b.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Diprotodontia	DUPLICATION
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.fb #20
Wallaby	DUPLICATION
Wallaby	DUPLICATION
Wallaby	MODERN SPECIES	231															ENSMEUG00000014232 #20	ENSMEUG00000014223 #20	ENSMEUG00000014207 #20
Wallaby	MODERN SPECIES	231														ENSMEUG00000014232 #20	ENSMEUG00000014223 #20	ENSMEUG00000014207 #20
Wallaby	MODERN SPECIES	8687																ENSMEUG00000008775 #20
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000010993	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000012496.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.b	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT00940000154757.gb #20	ENSGT00940000154757.fb #20
Common wonbat	MODERN SPECIES	1070	ENSVURG00010002144	ENSVURG00010002119	COPA (ENSVURG00010002074)	NCSTN (ENSVURG00010002039)	NHLH1 (ENSVURG00010002027)	VANGL2 (ENSVURG00010002013)	ENSVURG00010001994	ENSVURG00010001911	ENSVURG00010001856	ENSVURG00010001843	ENSVURG00010001833	ENSVURG00010001826	ENSVURG00010001811	ENSVURG00010001800 #20	ENSVURG00010001789	ENSVURG00010001785 #20
koala	MODERN SPECIES	447												ENSPCIG00000005841	ENSPCIG00000005838	ENSPCIG00000030726	ENSPCIG00000005779	ITLN1 (ENSPCIG00000009973) #20
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	30																ENSGT00940000154757.gb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.b.b	ENSGT00390000012496.b.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Wallaby	MODERN SPECIES	231																ENSMEUG00000014232 #20	ENSMEUG00000014223 #20	ENSMEUG00000014207 #20
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	28															ENSGT00940000154757.fb #20	ENSGT00940000154757.gb #20	ENSGT01030000234540.A.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.a	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234540.B.a.a.a.b.a.b.b	ENSGT00390000012496.b.b	ENSGT00940000162622	ENSGT00390000014633	ENSGT00940000155451	ENSGT00390000010993	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000000230	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00940000162378
Common wonbat	MODERN SPECIES	1070														ENSVURG00010001785 #20	ENSVURG00010001789	ENSVURG00010001800 #20	ENSVURG00010001811	ENSVURG00010001826	ENSVURG00010001833	ENSVURG00010001843	ENSVURG00010001856	ENSVURG00010001911	ENSVURG00010001994	VANGL2 (ENSVURG00010002013)	NHLH1 (ENSVURG00010002027)	NCSTN (ENSVURG00010002039)	COPA (ENSVURG00010002074)	ENSVURG00010002119	ENSVURG00010002144	PEA15 (ENSVURG00010002176)	ENSVURG00010002187
Opossum	DUPLICATION
Opossum	DUPLICATION
Opossum	MODERN SPECIES	1	NUP133 (ENSMODG00000008963)	ABCB10 (ENSMODG00000009056)	GALNT2 (ENSMODG00000009155)	PGBD5 (ENSMODG00000009166)	COG2 (ENSMODG00000009191)	AGT (ENSMODG00000009201)	CAPN9 (ENSMODG00000009241)	C1orf198 (ENSMODG00000051269)	TTC13 (ENSMODG00000009317)	ENSMODG00000009323	FAM89A (ENSMODG00000037411)	TRIM67 (ENSMODG00000009344)	C1orf131 (ENSMODG00000009357)	GNPAT (ENSMODG00000009375)	ENSMODG00000025665 #20	ENSMODG00000009384 #20	ENSMODG00000025666 #20	ENSMODG00000050946	ENSMODG00000049937	ENSMODG00000028202	ENSMODG00000009405	ENSMODG00000009452	ENSMODG00000028303	VANGL2 (ENSMODG00000009466)	NCSTN (ENSMODG00000009496)	COPA (ENSMODG00000009549)	PEX19 (ENSMODG00000009571)	ENSMODG00000009621	PEA15 (ENSMODG00000009629)	CASQ1 (ENSMODG00000009644)	ATP1A2 (ENSMODG00000009958)
Opossum	MODERN SPECIES	1	ABCB10 (ENSMODG00000009056)	GALNT2 (ENSMODG00000009155)	PGBD5 (ENSMODG00000009166)	COG2 (ENSMODG00000009191)	AGT (ENSMODG00000009201)	CAPN9 (ENSMODG00000009241)	C1orf198 (ENSMODG00000051269)	TTC13 (ENSMODG00000009317)	ENSMODG00000009323	FAM89A (ENSMODG00000037411)	TRIM67 (ENSMODG00000009344)	C1orf131 (ENSMODG00000009357)	GNPAT (ENSMODG00000009375)	ENSMODG00000025665 #20	ENSMODG00000009384 #20	ENSMODG00000025666 #20	ENSMODG00000050946	ENSMODG00000049937	ENSMODG00000028202	ENSMODG00000009405	ENSMODG00000009452	ENSMODG00000028303	VANGL2 (ENSMODG00000009466)	NCSTN (ENSMODG00000009496)	COPA (ENSMODG00000009549)	PEX19 (ENSMODG00000009571)	ENSMODG00000009621	PEA15 (ENSMODG00000009629)	CASQ1 (ENSMODG00000009644)	ATP1A2 (ENSMODG00000009958)	ENSMODG00000009976
Opossum	MODERN SPECIES	1	ACTA1 (ENSMODG00000008918)	NUP133 (ENSMODG00000008963)	ABCB10 (ENSMODG00000009056)	GALNT2 (ENSMODG00000009155)	PGBD5 (ENSMODG00000009166)	COG2 (ENSMODG00000009191)	AGT (ENSMODG00000009201)	CAPN9 (ENSMODG00000009241)	C1orf198 (ENSMODG00000051269)	TTC13 (ENSMODG00000009317)	ENSMODG00000009323	FAM89A (ENSMODG00000037411)	TRIM67 (ENSMODG00000009344)	C1orf131 (ENSMODG00000009357)	GNPAT (ENSMODG00000009375)	ENSMODG00000025665 #20	ENSMODG00000009384 #20	ENSMODG00000025666 #20	ENSMODG00000050946	ENSMODG00000049937	ENSMODG00000028202	ENSMODG00000009405	ENSMODG00000009452	ENSMODG00000028303	VANGL2 (ENSMODG00000009466)	NCSTN (ENSMODG00000009496)	COPA (ENSMODG00000009549)	PEX19 (ENSMODG00000009571)	ENSMODG00000009621	PEA15 (ENSMODG00000009629)	CASQ1 (ENSMODG00000009644)
Platypus	MODERN SPECIES	88	ENSOANG00000044202	CASQ1 (ENSOANG00000043988)	ATP1A2 (ENSOANG00000048435)	IGSF8 (ENSOANG00000037056)	KCNJ9 (ENSOANG00000039350)	KCNJ10 (ENSOANG00000045748)	ENSOANG00000008440	ENSOANG00000038622	ENSOANG00000041895	ENSOANG00000042932	ENSOANG00000041963	TAGLN2 (ENSOANG00000037012)	CFAP45 (ENSOANG00000015279)	VSIG8 (ENSOANG00000047790)	ENSOANG00000039159	ITLN1 (ENSOANG00000050751) #20	DUSP23 (ENSOANG00000037317)	ENSOANG00000042086	ENSOANG00000047984	CADM3 (ENSOANG00000040428)	ENSOANG00000005485	ENSOANG00000021732	ENSOANG00000005968	SPTA1 (ENSOANG00000013338)	ENSOANG00000046305	ENSOANG00000050514	ENSOANG00000005456	ENSOANG00000039037	ENSOANG00000042129	ENSOANG00000003027	ENSOANG00000007760
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000156392.b	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb	ENSGT00390000003568	ENSGT00950000182904.a.a.b	ENSGT00950000182952.E	ENSGT00990000204431	ENSGT00390000010337.A	ENSGT01020000230438.A.a.a.a	ENSGT01020000230438.A.a.a.b	ENSGT01020000230438.B.b.b.a.j	ENSGT01020000230438.B.a.b	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.a	ENSGT01080000257365.b.a.b.b	ENSGT00940000161314	ENSGT00940000159936	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000010993
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	120									ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.a	ENSGT01080000257365.b.a.b.b	ENSGT00940000161314	ENSGT00940000159936	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000010993	ENSGT00440000034367	ENSGT00950000185615	ENSGT00940000158350	ENSGT00940000162271	ENSGT00940000160963
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00520000055635.c.b	ENSGT00950000183007.a.b	ENSGT00950000183007.a.a.a.a	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000162551	ENSGT00940000159046.C	ENSGT00940000160803	ENSGT01020000230438.B.a.a	ENSGT00940000153599.B.a	ENSGT00940000153599.A	ENSGT00950000183206.a.b.a.b	ENSGT00950000183007.a.a.a.b	ENSGT00940000164395.a.a.b.b	ENSGT00950000183007.b.i.a.b	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT01030000234540.B.b.a.b	ENSGT00390000003568	ENSGT01030000235778	ENSGT00950000182904.a.a.b	ENSGT00950000182952.E	ENSGT00990000204431	ENSGT00390000010337.A.a	ENSGT01020000230438.A.a.a.a.a	ENSGT01020000230438.A.a.a.a.b	ENSGT01020000230438.B.b.b.a.j.a.b	ENSGT01020000230438.A.a.a.b	ENSGT01020000230438.B.a.b	ENSGT00950000183066.a.a.a	ENSGT01080000257333.D.a.a.a.b	ENSGT01080000257333.D.a.b
Laterata	DUPLICATION
Laterata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.jb #20
Common wall lizard	DUPLICATION
Common wall lizard	MODERN SPECIES	122																ENSPMRG00000019457 #20	ENSPMRG00000019462
Common wall lizard	MODERN SPECIES	7	SNX15 (ENSPMRG00000018184)	ARL2 (ENSPMRG00000018200)	SAC3D1 (ENSPMRG00000018206)	AHNAK (ENSPMRG00000018207)	ENSPMRG00000018212	EEF1G (ENSPMRG00000018217)	NAALADL1 (ENSPMRG00000018264)	CST6 (ENSPMRG00000018614)	SSR2 (ENSPMRG00000018621)	ENSPMRG00000018624	CCT3 (ENSPMRG00000018628)	GLMP (ENSPMRG00000018637)	TMEM79 (ENSPMRG00000017009)	SMG5 (ENSPMRG00000017013)	PAQR6 (ENSPMRG00000017021)	ENSPMRG00000017028 #20	NUDT17 (ENSPMRG00000017035)	PIAS3 (ENSPMRG00000017047)	ANKRD35 (ENSPMRG00000017060)	ENSPMRG00000017067	ARHGEF2 (ENSPMRG00000017077)	ENSPMRG00000017097	ENSPMRG00000017101	PEX11B (ENSPMRG00000017106)	LIX1L (ENSPMRG00000017117)	ENSPMRG00000017120	RBM8A (ENSPMRG00000017123)	ENSPMRG00000017125	ANKRD34A (ENSPMRG00000017128)	ENSPMRG00000017132	ENSPMRG00000017137
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	186	RBM8A (ENSSMRG00000013866)	ENSSMRG00000013782	ANKRD34A (ENSSMRG00000013779)	ENSSMRG00000013777	TXNIP (ENSSMRG00000013775)	F11R (ENSSMRG00000013772)	ENSSMRG00000013771	USF1 (ENSSMRG00000013767)	ARHGAP30 (ENSSMRG00000013762)	NECTIN4 (ENSSMRG00000013760)	ENSSMRG00000013758	TMEM79 (ENSSMRG00000013742)	SMG5 (ENSSMRG00000013737)	ENSSMRG00000013734	ENSSMRG00000013731	ITLN1 (ENSSMRG00000013729) #20	ARHGEF2 (ENSSMRG00000013715)	RXFP4 (ENSSMRG00000013714)	ENSSMRG00000013713	ANKRD35 (ENSSMRG00000013712)	PIAS3 (ENSSMRG00000013711)	NUDT17 (ENSSMRG00000013710)	SSR2 (ENSSMRG00000013706)	ENSSMRG00000013705
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00940000164681	ENSGT00390000011180	ENSGT00390000007071	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272	ENSGT00390000011582	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000156392.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00950000183007.b.i.a.b.e	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb	ENSGT00940000154757.kb #20	ENSGT00940000158522	ENSGT00940000165856	ENSGT01100000263845	ENSGT00390000012355.B.b	ENSGT00390000005869.a	ENSGT00390000014273.b	ENSGT00940000164158.A	ENSGT00940000164422	ENSGT00940000158423	ENSGT00940000157203	ENSGT00390000002799
Common wall lizard	DUPLICATION
Common wall lizard	MODERN SPECIES	7	ENSPMRG00000017818	APH1A (ENSPMRG00000017828)	ANP32E (ENSPMRG00000017839)	PLEKHO1 (ENSPMRG00000017850)	VPS45 (ENSPMRG00000017865)	OTUD7B (ENSPMRG00000017928)	MTMR11 (ENSPMRG00000017939)	SF3B4 (ENSPMRG00000017956)	SV2A (ENSPMRG00000017961)	BOLA1 (ENSPMRG00000017971)	ENSPMRG00000017977	ENSPMRG00000017980	ENSPMRG00000017983	ENSPMRG00000017989	ENSPMRG00000017994	ENSPMRG00000018014 #20	ENSPMRG00000018021	ENSPMRG00000018026	ENSPMRG00000018034	ENSPMRG00000018048	ENSPMRG00000018055	ENSPMRG00000018065	ENSPMRG00000018069	ENSPMRG00000018075	ENSPMRG00000018080	ENSPMRG00000018084	ENSPMRG00000018087	ENSPMRG00000018093	ENSPMRG00000018095	ENSPMRG00000018102	ENSPMRG00000018124
Common wall lizard	MODERN SPECIES	7	ENSPMRG00000017277	EIF1AD (ENSPMRG00000017260)	SART1 (ENSPMRG00000017252)	DEDD (ENSPMRG00000017246)	NIT1 (ENSPMRG00000017237)	ENSPMRG00000017233	KLHDC9 (ENSPMRG00000017229)	ENSPMRG00000017221	ENSPMRG00000017215	NECTIN4 (ENSPMRG00000017198)	ARHGAP30 (ENSPMRG00000017179)	USF1 (ENSPMRG00000017169)	ENSPMRG00000017165	F11R (ENSPMRG00000017163)	ENSPMRG00000017160	ENSPMRG00000017154 #20	TXNIP (ENSPMRG00000017147)	ENSPMRG00000017140	ENSPMRG00000017137	ENSPMRG00000017132	ANKRD34A (ENSPMRG00000017128)	ENSPMRG00000017125	RBM8A (ENSPMRG00000017123)	ENSPMRG00000017120	LIX1L (ENSPMRG00000017117)	PEX11B (ENSPMRG00000017106)	ENSPMRG00000017101	ENSPMRG00000017097	ARHGEF2 (ENSPMRG00000017077)	ENSPMRG00000017067	ANKRD35 (ENSPMRG00000017060)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	52						ENSGT00390000014472	ENSGT00940000161367	ENSGT00390000016718	ENSGT00940000158927	ENSGT00940000154870.D	ENSGT00390000012547.a	ENSGT00940000161170	ENSGT00940000154876.b	ENSGT00950000183007.b.i.a.b	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00940000158522	ENSGT01100000263845	ENSGT00390000012355.B.b	ENSGT01050000244841.A.a.b	ENSGT00940000157599	ENSGT00940000160227	ENSGT00940000156800	ENSGT00510000048144	ENSGT00940000156346	ENSGT00530000063675.a	ENSGT01040000240503.A.a.a	ENSGT00390000018400	ENSGT00390000016791	ENSGT00390000017697.a	ENSGT00940000159819
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	41												ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00940000158522	ENSGT00930000151054	ENSGT01030000234517.G.e	ENSGT00940000158249	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00390000011582	ENSGT00390000009272	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00390000007071	ENSGT00390000011180	ENSGT00940000164681	ENSGT00390000018613.b	ENSGT00640000091486.a	ENSGT00510000048151
Indian cobra	MODERN SPECIES	17	EEF1G (ENSNNAG00000005019)	ENSNNAG00000005002	ENSNNAG00000004831	ENSNNAG00000004777	ARL2 (ENSNNAG00000004763)	SNX15 (ENSNNAG00000004743)	ENSNNAG00000004725	ENSNNAG00000004703	GPHA2 (ENSNNAG00000004684)	PPP2R5B (ENSNNAG00000004617)	ENSNNAG00000004593	ENSNNAG00000004581	ENSNNAG00000004560	USF1 (ENSNNAG00000004502)	IRGC (ENSNNAG00000004477)	ITLN1 (ENSNNAG00000004442) #20	TXNIP (ENSNNAG00000004423)	ENSNNAG00000004397	ANKRD34A (ENSNNAG00000004391)	ENSNNAG00000004304	ENSNNAG00000004270	ENSNNAG00000004253	EHD1 (ENSNNAG00000004228)	ENSNNAG00000004198	ENSNNAG00000004159	KLHDC9 (ENSNNAG00000004132)	PFDN2 (ENSNNAG00000004112)	NIT1 (ENSNNAG00000004091)	DEDD (ENSNNAG00000004063)	SART1 (ENSNNAG00000004013)	EIF1AD (ENSNNAG00000003951)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	281																ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00940000158522
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	81																ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00940000158522	ENSGT01100000263845	ENSGT00390000012355.B.b	ENSGT01050000244841.A.a.b	ENSGT00930000151054	ENSGT01030000234517.G.e	ENSGT00940000158249	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00390000011582	ENSGT00390000009272	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00390000011180	ENSGT00940000164681	ENSGT00390000018613.b
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	96					ENSPTXG00000014990	ENSPTXG00000014991	RASGRP2 (ENSPTXG00000014992)	PYGM (ENSPTXG00000015001)	SF1 (ENSPTXG00000015149)	MAP4K2 (ENSPTXG00000015284)	MEN1 (ENSPTXG00000015285)	ENSPTXG00000015289	SIPA1 (ENSPTXG00000015294)	PCNX3 (ENSPTXG00000015297)	MAP3K11 (ENSPTXG00000015336)	ITLN1 (ENSPTXG00000015339) #20	TXNIP (ENSPTXG00000015340)	ENSPTXG00000015341	ANKRD34A (ENSPTXG00000015342)	ENSPTXG00000015344	SCYL1 (ENSPTXG00000015352)	CDC42BPG (ENSPTXG00000015353)	EHD1 (ENSPTXG00000015354)	ENSPTXG00000015355	ENSPTXG00000015356	ENSPTXG00000015360	PFDN2 (ENSPTXG00000015361)	NIT1 (ENSPTXG00000015362)	DEDD (ENSPTXG00000015394)	EIF1AD (ENSPTXG00000015395)	ENSPTXG00000015396
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	1564																ITLN1 (ENSNSUG00000002192) #20
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	2800																ITLN1 (ENSLLTG00000000172) #20	TXNIP (ENSLLTG00000011972)
Lizard	MODERN SPECIES	1516																ENSACAG00000004027 #20	ENSACAG00000029069	ENSACAG00000040564
tuatara	MODERN SPECIES	1242	PRDX5 (ENSSPUG00000009462)	BANF1 (ENSSPUG00000009439)	EIF1AD (ENSSPUG00000009425)	SART1 (ENSSPUG00000009399)	ENSSPUG00000009379	ENSSPUG00000009365	SF3B2 (ENSSPUG00000009198)	ENSSPUG00000009163	ENSSPUG00000009152	NECTIN4 (ENSSPUG00000009112)	ENSSPUG00000009100	ARHGAP30 (ENSSPUG00000009090)	USF1 (ENSSPUG00000009059)	TSTD1 (ENSSPUG00000009030)	F11R (ENSSPUG00000008978)	ITLN1 (ENSSPUG00000008959) #20	KCNJ10 (ENSSPUG00000008948)	KCNJ9 (ENSSPUG00000008937)	IGSF8 (ENSSPUG00000008852)	ATP1A2 (ENSSPUG00000008768)	CASQ1 (ENSSPUG00000008752)	ENSSPUG00000008738	ENSSPUG00000008724	PEX19 (ENSSPUG00000008704)	ENSSPUG00000008692	ENSSPUG00000008683	DRAP1 (ENSSPUG00000008663)	ENSSPUG00000008632	ENSSPUG00000008620	ENSSPUG00000008615	DPP3 (ENSSPUG00000008593)
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000156392.b	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb	ENSGT00390000003568	ENSGT01030000235778	ENSGT00950000182904.a.a.b	ENSGT00950000182952.E	ENSGT00990000204431	ENSGT00390000010337.A	ENSGT01020000230438.A.a.a.a	ENSGT01020000230438.A.a.a.b	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.a	ENSGT01080000257365.b.a.b.b	ENSGT00940000161314	ENSGT00940000159936	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000010993	ENSGT01090000260265	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000164842	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a
Cryptodira	DUPLICATION
Cryptodira	DUPLICATION
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	238															ENSGT00950000183007.a.a.b.eb.n.b	ENSGT00940000154757.lb.a #20
Chinese turtle	DUPLICATION
Chinese turtle	MODERN SPECIES	480	CFAP126 (ENSPSIG00000004382)	SDHC (ENSPSIG00000004408)	MPZ (ENSPSIG00000004420)	PCP4L1 (ENSPSIG00000004433)	NR1I3 (ENSPSIG00000004437)	TOMM40L (ENSPSIG00000004743)	ENSPSIG00000004930	UFC1 (ENSPSIG00000004944)	USP21 (ENSPSIG00000005034)	PPOX (ENSPSIG00000005182)	B4GALT3 (ENSPSIG00000005278)	ENSPSIG00000005561	ADAMTS4 (ENSPSIG00000005745)	NDUFS2 (ENSPSIG00000006065)	ENSPSIG00000006911	ENSPSIG00000006921 #20	ENSPSIG00000007156 #20	ENSPSIG00000007508	NECTIN4 (ENSPSIG00000007516)	USF1 (ENSPSIG00000008116)	ENSPSIG00000008677	TSTD1 (ENSPSIG00000008713)	ENSPSIG00000009202	F11R (ENSPSIG00000009531)	ENSPSIG00000010363 #20	ENSPSIG00000010442	ENSPSIG00000010450 #20	KCNJ10 (ENSPSIG00000000737)	ENSPSIG00000000747	KCNJ9 (ENSPSIG00000011233)	IGSF8 (ENSPSIG00000011401)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	480	SDHC (ENSPSIG00000004408)	MPZ (ENSPSIG00000004420)	PCP4L1 (ENSPSIG00000004433)	NR1I3 (ENSPSIG00000004437)	TOMM40L (ENSPSIG00000004743)	ENSPSIG00000004930	UFC1 (ENSPSIG00000004944)	USP21 (ENSPSIG00000005034)	PPOX (ENSPSIG00000005182)	B4GALT3 (ENSPSIG00000005278)	ENSPSIG00000005561	ADAMTS4 (ENSPSIG00000005745)	NDUFS2 (ENSPSIG00000006065)	ENSPSIG00000006911	ENSPSIG00000006921 #20	ENSPSIG00000007156 #20	ENSPSIG00000007508	NECTIN4 (ENSPSIG00000007516)	USF1 (ENSPSIG00000008116)	ENSPSIG00000008677	TSTD1 (ENSPSIG00000008713)	ENSPSIG00000009202	F11R (ENSPSIG00000009531)	ENSPSIG00000010363 #20	ENSPSIG00000010442	ENSPSIG00000010450 #20	KCNJ10 (ENSPSIG00000000737)	ENSPSIG00000000747	KCNJ9 (ENSPSIG00000011233)	IGSF8 (ENSPSIG00000011401)	ATP1A2 (ENSPSIG00000011512)
Testudinoidea	DUPLICATION
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.lb.a.c #20
Testudinidae	DUPLICATION
Testudinidae	DUPLICATION
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	62															ENSGT00940000154757.lb.a.c.b #20	ENSGT00940000154757.lb.a.c.a.a #20	ENSGT00940000154757.lb.a.d.a #20	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb.n.b	ENSGT00390000003894	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000164842	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008196	ENSGT00390000003306	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00940000160641	ENSGT00530000064299	ENSGT01100000263505.b.b.a.a.a.b.c.a
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2495															ENSCABG00000021690 #20	ENSCABG00000021688 #20	ENSCABG00000021685 #20	ENSCABG00000021684	ENSCABG00000021682	NDUFS2 (ENSCABG00000021680)	ADAMTS4 (ENSCABG00000021675)	ENSCABG00000021671	B4GALT3 (ENSCABG00000021669)	PPOX (ENSCABG00000021659)	USP21 (ENSCABG00000021655)	UFC1 (ENSCABG00000021654)	APOA2 (ENSCABG00000021652)	TOMM40L (ENSCABG00000021650)	NR1I3 (ENSCABG00000021644)	PCP4L1 (ENSCABG00000021643)	ENSCABG00000021642
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	16	ENSGEVG00005012353	ENSGEVG00005012307	ENSGEVG00005012406	ENSGEVG00005012439	KCNJ10 (ENSGEVG00005012452)	KCNJ9 (ENSGEVG00005012473)	IGSF8 (ENSGEVG00005012513)	ATP1A2 (ENSGEVG00005012712)	CASQ1 (ENSGEVG00005013090)	PEA15 (ENSGEVG00005013304)	ENSGEVG00005013345	PEX19 (ENSGEVG00005013421)	ENSGEVG00005013462	ENSGEVG00005013497	ENSGEVG00005013564 #20	ENSGEVG00005013670 #20	ENSGEVG00005014020 #20	ENSGEVG00005014086	FCER1G (ENSGEVG00005014145)	NDUFS2 (ENSGEVG00005014172)	ADAMTS4 (ENSGEVG00005014216)	ENSGEVG00005014344	B4GALT3 (ENSGEVG00005014370)	PPOX (ENSGEVG00005014413)	USP21 (ENSGEVG00005014466)	UFC1 (ENSGEVG00005014503)	APOA2 (ENSGEVG00005014530)	TOMM40L (ENSGEVG00005014591)	NR1I3 (ENSGEVG00005014694)	PCP4L1 (ENSGEVG00005015103)	ENSGEVG00005015139
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.lb.a.c.a.b #20
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	16	ENSGEVG00005015164	ENSGEVG00005015139	PCP4L1 (ENSGEVG00005015103)	NR1I3 (ENSGEVG00005014694)	TOMM40L (ENSGEVG00005014591)	APOA2 (ENSGEVG00005014530)	UFC1 (ENSGEVG00005014503)	USP21 (ENSGEVG00005014466)	PPOX (ENSGEVG00005014413)	B4GALT3 (ENSGEVG00005014370)	ENSGEVG00005014344	ADAMTS4 (ENSGEVG00005014216)	NDUFS2 (ENSGEVG00005014172)	FCER1G (ENSGEVG00005014145)	ENSGEVG00005014086	ENSGEVG00005014020 #20	ENSGEVG00005013670 #20	ENSGEVG00005013564 #20	ENSGEVG00005013497	ENSGEVG00005013462	PEX19 (ENSGEVG00005013421)	ENSGEVG00005013345	PEA15 (ENSGEVG00005013304)	CASQ1 (ENSGEVG00005013090)	ATP1A2 (ENSGEVG00005012712)	IGSF8 (ENSGEVG00005012513)	KCNJ9 (ENSGEVG00005012473)	KCNJ10 (ENSGEVG00005012452)	ENSGEVG00005012439	ENSGEVG00005012406	ENSGEVG00005012307
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00530000064299	ENSGT00940000160641	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000003306	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000155545.a	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000158549	ENSGT00940000164842	ENSGT00940000160966	ENSGT00390000009529	ENSGT00390000003894	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb.n.b	ENSGT00940000154757.lb.a.d.a #20	ENSGT00940000154757.lb.a.c.a.a #20	ENSGT00940000154757.lb.a.c.b #20
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2495	PCP4L1 (ENSCABG00000021643)	NR1I3 (ENSCABG00000021644)	TOMM40L (ENSCABG00000021650)	APOA2 (ENSCABG00000021652)	UFC1 (ENSCABG00000021654)	USP21 (ENSCABG00000021655)	PPOX (ENSCABG00000021659)	B4GALT3 (ENSCABG00000021669)	ENSCABG00000021671	ADAMTS4 (ENSCABG00000021675)	NDUFS2 (ENSCABG00000021680)	ENSCABG00000021682	ENSCABG00000021684	ENSCABG00000021685 #20	ENSCABG00000021688 #20	ENSCABG00000021690 #20
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	16	PCP4L1 (ENSGEVG00005015103)	NR1I3 (ENSGEVG00005014694)	TOMM40L (ENSGEVG00005014591)	APOA2 (ENSGEVG00005014530)	UFC1 (ENSGEVG00005014503)	USP21 (ENSGEVG00005014466)	PPOX (ENSGEVG00005014413)	B4GALT3 (ENSGEVG00005014370)	ENSGEVG00005014344	ADAMTS4 (ENSGEVG00005014216)	NDUFS2 (ENSGEVG00005014172)	FCER1G (ENSGEVG00005014145)	ENSGEVG00005014086	ENSGEVG00005014020 #20	ENSGEVG00005013670 #20	ENSGEVG00005013564 #20	ENSGEVG00005013497	ENSGEVG00005013462	PEX19 (ENSGEVG00005013421)	ENSGEVG00005013345	PEA15 (ENSGEVG00005013304)	CASQ1 (ENSGEVG00005013090)	ATP1A2 (ENSGEVG00005012712)	IGSF8 (ENSGEVG00005012513)	KCNJ9 (ENSGEVG00005012473)	KCNJ10 (ENSGEVG00005012452)	ENSGEVG00005012439	ENSGEVG00005012406	ENSGEVG00005012307	ENSGEVG00005012353	TSTD1 (ENSGEVG00005012275)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.lb.a.c #20
painted turtle	MODERN SPECIES	738	DEDD (ENSCPBG00000009088)	NIT1 (ENSCPBG00000009095)	PFDN2 (ENSCPBG00000009101)	KLHDC9 (ENSCPBG00000009108)	ENSCPBG00000009117	ENSCPBG00000009137	NECTIN4 (ENSCPBG00000009148)	ARHGAP30 (ENSCPBG00000009161)	USF1 (ENSCPBG00000009165)	ENSCPBG00000009167	ENSCPBG00000009171	ENSCPBG00000009174	F11R (ENSCPBG00000009178)	ENSCPBG00000009182	ENSCPBG00000009184	ENSCPBG00000009186 #20	KCNJ10 (ENSCPBG00000009188)	KCNJ9 (ENSCPBG00000009190)	IGSF8 (ENSCPBG00000009194)	ATP1A2 (ENSCPBG00000009198)	CASQ1 (ENSCPBG00000009200)	PEA15 (ENSCPBG00000009203)	ENSCPBG00000009206	PEX19 (ENSCPBG00000009213)	ENSCPBG00000009220	ENSCPBG00000009226 #20	ENSCPBG00000009229 #20	ENSCPBG00000009238	NDUFS2 (ENSCPBG00000009243)	ADAMTS4 (ENSCPBG00000009246)	ENSCPBG00000009250
Testudinoidea	DUPLICATION
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Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2495	ENSCABG00000021641	ENSCABG00000021642	PCP4L1 (ENSCABG00000021643)	NR1I3 (ENSCABG00000021644)	TOMM40L (ENSCABG00000021650)	APOA2 (ENSCABG00000021652)	UFC1 (ENSCABG00000021654)	USP21 (ENSCABG00000021655)	PPOX (ENSCABG00000021659)	B4GALT3 (ENSCABG00000021669)	ENSCABG00000021671	ADAMTS4 (ENSCABG00000021675)	NDUFS2 (ENSCABG00000021680)	ENSCABG00000021682	ENSCABG00000021684	ENSCABG00000021685 #20	ENSCABG00000021688 #20	ENSCABG00000021690 #20
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painted turtle	MODERN SPECIES	108																ENSCPBG00000001253 #20
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.lb.a.d.b #20
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.lb.a.d.b #20
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Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.lb.b #20
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.lb.b #20
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.lb.b #20
painted turtle	MODERN SPECIES	738	MPZ (ENSCPBG00000009300)	ENSCPBG00000009299	PCP4L1 (ENSCPBG00000009298)	NR1I3 (ENSCPBG00000009292)	TOMM40L (ENSCPBG00000009286)	ENSCPBG00000009275	UFC1 (ENSCPBG00000009272)	USP21 (ENSCPBG00000009268)	PPOX (ENSCPBG00000009259)	B4GALT3 (ENSCPBG00000009254)	ENSCPBG00000009250	ADAMTS4 (ENSCPBG00000009246)	NDUFS2 (ENSCPBG00000009243)	ENSCPBG00000009238	ENSCPBG00000009229 #20	ENSCPBG00000009226 #20	ENSCPBG00000009220	PEX19 (ENSCPBG00000009213)	ENSCPBG00000009206	PEA15 (ENSCPBG00000009203)	CASQ1 (ENSCPBG00000009200)	ATP1A2 (ENSCPBG00000009198)	IGSF8 (ENSCPBG00000009194)	KCNJ9 (ENSCPBG00000009190)	KCNJ10 (ENSCPBG00000009188)	ENSCPBG00000009186 #20	ENSCPBG00000009184	ENSCPBG00000009182	F11R (ENSCPBG00000009178)	ENSCPBG00000009174	ENSCPBG00000009171
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158641	ENSGT00940000154412.B.a	ENSGT00940000156794	ENSGT00390000008714.a	ENSGT00550000075099	ENSGT00390000009272.r	ENSGT00390000011582	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000157535	ENSGT00940000161411	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000156392.b	ENSGT00940000161394	ENSGT00940000159186	ENSGT00950000183007.a.a.b.eb.n.a	ENSGT00940000154757.mb #20	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.a	ENSGT01080000257365.b.a.b.b	ENSGT00940000161314	ENSGT00940000159936	ENSGT00390000019377.a	ENSGT00390000000230	ENSGT00950000182900.D	ENSGT00390000010993	ENSGT01090000260265	ENSGT00390000009529	ENSGT00940000160966	ENSGT00940000164842	ENSGT00940000158549	ENSGT00390000008744	ENSGT00940000155545.a
Chinese turtle	DUPLICATION
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Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	1100																ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00940000163443
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	338							ENSGT00940000159769.a.b	ENSGT00940000155279.C.a.b	ENSGT00390000014876	ENSGT00940000155475.g	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00390000016928.c	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.b	ENSGT00940000155857.e	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757 #20	ENSGT00940000165832	ENSGT00400000023727	ENSGT00390000000214.a.b.l	ENSGT00390000005197.a.bb.a
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	825															ENSGT00940000163443.m.a	ENSGT00940000154757 #20
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757 #20
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
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Characoidei	DUPLICATION
Characoidei	DUPLICATION
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.rb.a.a #20
Mexicana tetra	DUPLICATION
Mexicana tetra	DUPLICATION
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Red-bellied piranha	DUPLICATION
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Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	915																ENSPNAG00000014372 #20
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Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
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Common carp reference	DUPLICATION
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Goldfish	DUPLICATION
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Cyprininae	DUPLICATION
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Golden-line barbel	DUPLICATION
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Goldfish	MODERN SPECIES	23	ankra2 (ENSCARG00000015382)	ARHGEF28 (ENSCARG00000015340)	ENC1 (ENSCARG00000015330)	hexb (ENSCARG00000014602)	gfm2 (ENSCARG00000014394)	aif1l (ENSCARG00000014358)	ENSCARG00000014232	ENSCARG00000014217	pstpip1b (ENSCARG00000014206)	isl2b (ENSCARG00000014202)	ENSCARG00000014195	tpma (ENSCARG00000013993)	tln2a (ENSCARG00000009522)	rorab (ENSCARG00000007313)	anxa2b (ENSCARG00000007178)	ENSCARG00000007167 #20	foxb1b (ENSCARG00000007164)	GTF2A2 (ENSCARG00000007148)	trpm1a (ENSCARG00000006745)	rab8b (ENSCARG00000006687)	ENSCARG00000006677	dapk2a (ENSCARG00000006624)	HERC1 (ENSCARG00000006551)	aph1b (ENSCARG00000006525)	SLC38A8 (ENSCARG00000006491)	exosc6 (ENSCARG00000006484)	tmppe (ENSCARG00000006473)	mtbl (ENSCARG00000006464)	gnao1b (ENSCARG00000006379)	tradd (ENSCARG00000006351)	fbxl8 (ENSCARG00000006343)
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.ub.b #20
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Zebrafish	DUPLICATION
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Zebrafish	MODERN SPECIES	22	si:ch73-314g15.3 (ENSDARG00000000423)	spi1b (ENSDARG00000000767)	slc39a13 (ENSDARG00000000442)	ENSDARG00000027394	GAS2 (ENSDARG00000036152)	slc17a6b (ENSDARG00000041150)	ano5b (ENSDARG00000036147)	tssc4 (ENSDARG00000036144)	ENSDARG00000079324	PKP3 (ENSDARG00000079438)	cd81a (ENSDARG00000036080)	kcnc1a (ENSDARG00000051852)	tph1b (ENSDARG00000036082)	mns1 (ENSDARG00000060169)	zgc:153219 (ENSDARG00000054054)	ENSDARG00000105598 #20	ENSDARG00000093796	itln2 (ENSDARG00000036084)	ENSDARG00000105568	ITLN1 (ENSDARG00000095082) #20	itga11a (ENSDARG00000036086)	CORO2B (ENSDARG00000079440)	anp32a (ENSDARG00000006487)	glceb (ENSDARG00000068981)	paqr5b (ENSDARG00000052688)	tle3b (ENSDARG00000069006)	UACA (ENSDARG00000060238)	ENSDARG00000069028	PIAS1 (ENSDARG00000036094)	skor1a (ENSDARG00000069030)	map2k5 (ENSDARG00000011851)
Euteleosteomorpha	DUPLICATION
Euteleosteomorpha	DUPLICATION
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a #20
Protacanthopterygii	DUPLICATION
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a.a #20
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a.a.a #20
Huchen	MODERN SPECIES	1334											FLOT2 (ENSHHUG00000019763)	dhrs11a (ENSHHUG00000019751)	GALNT10 (ENSHHUG00000019695)	FAM114A2 (ENSHHUG00000019673)	cnot8 (ENSHHUG00000019663)	ENSHHUG00000019543 #20	ENSHHUG00000019528
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a.a.a #20
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a.a.a #20
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a.a.a #20
Coho salmon	MODERN SPECIES	20	adora2b (ENSOKIG00005038126)	ENSOKIG00005038141	NCOR1 (ENSOKIG00005038245)	p2rx5 (ENSOKIG00005039561)	emc6 (ENSOKIG00005039665)	SHPK (ENSOKIG00005039675)	trpv1 (ENSOKIG00005039741)	fam222ba (ENSOKIG00005039997)	eral1 (ENSOKIG00005040003)	FLOT2 (ENSOKIG00005040093)	dhrs11a (ENSOKIG00005040416)	GALNT10 (ENSOKIG00005040440)	FAM114A2 (ENSOKIG00005040538)	cnot8 (ENSOKIG00005040632)	GEMIN5 (ENSOKIG00005040714)	ENSOKIG00005041359 #20	ENSOKIG00005041461	sgcd (ENSOKIG00005041477)	ENSOKIG00005041610	ENSOKIG00005041617	rars1 (ENSOKIG00005041661)	ENSOKIG00005042410	WWC1 (ENSOKIG00005042470)	ENSOKIG00005043550	nop16 (ENSOKIG00005043561)	GRK6 (ENSOKIG00005043616)	ENSOKIG00005044345	DBN1 (ENSOKIG00005044350)	zgc:77151 (ENSOKIG00005044375)	ENSOKIG00005044404	znf346 (ENSOKIG00005044432)
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Atlantic salmon	MODERN SPECIES	835																ENSSSAG00000098738 #20
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a.a.b #20
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a.a.b #20
Salmo	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.a.a.b #20
River trout	MODERN SPECIES	404	ENSSTUG00000030765	ENSSTUG00000030742	ENSSTUG00000030734	ENSSTUG00000030725	ENSSTUG00000030720	ENSSTUG00000030719	ENSSTUG00000030715	ENSSTUG00000030710	ENSSTUG00000030637	ENSSTUG00000030607	ENSSTUG00000030597	ENSSTUG00000030585	ENSSTUG00000030580	ENSSTUG00000024028	ENSSTUG00000023987	ENSSTUG00000023962 #20	ENSSTUG00000023952	ENSSTUG00000023948	ENSSTUG00000023943	ENSSTUG00000023836	ENSSTUG00000023821	ENSSTUG00000023803	ENSSTUG00000023791	ENSSTUG00000023765	ENSSTUG00000023753	ENSSTUG00000023748	ENSSTUG00000023721	ENSSTUG00000023714 ##13	ENSSTUG00000023707	ENSSTUG00000023693	ENSSTUG00000023681
Huchen	MODERN SPECIES	3231													ENSHHUG00000022165	FAM114A2 (ENSHHUG00000022145)	cnot8 (ENSHHUG00000022127)	ENSHHUG00000022065 #20	mrpl22 (ENSHHUG00000022051)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	87	ENSGT00940000158197.d	ENSGT00950000183149.B	ENSGT00410000025596.a.a	ENSGT01030000234597.a.b.b.f.j	ENSGT00950000182970.A.b	ENSGT00940000162635	ENSGT00940000155167.a	ENSGT00390000000732	ENSGT00940000159329	ENSGT00940000160093.b	ENSGT00940000159925	ENSGT00700000104550.a.j.b	ENSGT00940000163259.b	ENSGT00940000153876.A	ENSGT00940000158337	ENSGT00940000154757.xb.a.b #20	ENSGT00940000157064.a.a	ENSGT00930000151037	ENSGT00940000160682.a	ENSGT00940000159584	ENSGT00940000155056.a	ENSGT01030000234558.A.a.a.b	ENSGT00390000013727.c	ENSGT00940000164692	ENSGT00390000001652.f.a	ENSGT00390000003623	ENSGT00950000183153.c.b.a.b	ENSGT00510000047137	ENSGT00940000156136	ENSGT00730000111482	ENSGT00390000017213.B.e
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	163											ENSGT00940000159925.d	ENSGT00700000104550.a.j.b.c.b	ENSGT00940000163259.b.e	ENSGT00940000153876.A.f	ENSGT00940000158337.f	ENSGT00940000154757.xb.a.b #20	ENSGT00940000157064.a.a.c	ENSGT00930000151037	ENSGT00940000157064.a.a.d	ENSGT00940000160682.a.c	ENSGT00940000159584	ENSGT00940000155056.a	ENSGT01030000234558.A.a.a.b	ENSGT00390000013727.c	ENSGT00940000164692.e	ENSGT00390000001652.f.a	ENSGT00390000003623	ENSGT00950000183153.c.b.a.b	ENSGT00510000047137.x	ENSGT00940000156136.cb	ENSGT00730000111482
Huchen	MODERN SPECIES	806														agrn (ENSHHUG00000044704)	ENSHHUG00000045140	ITLN1 (ENSHHUG00000045148) #20	angptl7 (ENSHHUG00000045151)	ENSHHUG00000045158	ENSHHUG00000045163
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156186.k	ENSGT00950000182931.A.a.b.d	ENSGT00950000183117.a.b.a.f	ENSGT00940000153544.a.i.b.d	ENSGT00390000000020.a.`b	ENSGT00940000158197.d.b	ENSGT00410000025596.a.a.c	ENSGT00390000000732	ENSGT00940000155167.a.b	ENSGT00940000159925.d	ENSGT00700000104550.a.j.b.c.b	ENSGT00940000163259.b.e	ENSGT00940000153876.A.f	ENSGT00970000196788.E.b	ENSGT00940000158337.f	ENSGT00940000154757.xb.a.b #20	ENSGT00940000157064.a.a.c	ENSGT00940000160682.a.d	ENSGT00390000012265.w	ENSGT00940000164692.f	ENSGT00510000047137.w	ENSGT00390000017213.B.f	ENSGT00940000161602.h	ENSGT00940000161602.g	ENSGT00940000160408.c.b	ENSGT00940000153341.g	ENSGT01000000216541.A	ENSGT00390000009368.h	ENSGT00390000009300.a.h	ENSGT00940000154343.gb.c	ENSGT00390000011228.b.a.f
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000182931.A.a.b.d	ENSGT00950000183117.a.b.a.f	ENSGT00940000153544.a.i.b.d	ENSGT00390000000020.a.`b	ENSGT00940000158197.d.b	ENSGT01010000230211	ENSGT00410000025596.a.a.c	ENSGT00390000000732	ENSGT00940000155167.a.b	ENSGT00940000159925.d	ENSGT00700000104550.a.j.b.c.b	ENSGT00940000163259.b.e	ENSGT00940000153876.A.f	ENSGT00970000196788.E.b	ENSGT00940000158337.f	ENSGT00940000154757.xb.a.b #20	ENSGT00940000157064.a.a.c	ENSGT00940000160682.a.d	ENSGT00390000012265.w	ENSGT00940000164692.f	ENSGT00510000047137.w	ENSGT00940000161602.h	ENSGT00940000161602.g	ENSGT00940000160408.c.b	ENSGT00940000153341.g	ENSGT01000000216541.A	ENSGT00390000009368.h	ENSGT00390000009300.a.h	ENSGT00940000154343.gb.c	ENSGT00390000013740	ENSGT00940000163886.B.b.a.m.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	7	ENSOMYG00000022789	ENSOMYG00000022803	ENSOMYG00000022822	ENSOMYG00000022845	ENSOMYG00000074412	ENSOMYG00000022880	ENSOMYG00000022894	ENSOMYG00000023398	ENSOMYG00000070888	ENSOMYG00000024115	ENSOMYG00000024127	ENSOMYG00000065819	ENSOMYG00000024269	ENSOMYG00000024527	agrn (ENSOMYG00000008816)	ENSOMYG00000057899 #20	ENSOMYG00000054776	ENSOMYG00000017116	ENSOMYG00000051548	ENSOMYG00000071907	ENSOMYG00000017187	ENSOMYG00000017524	ENSOMYG00000017548	ENSOMYG00000017558	ENSOMYG00000017582	ybx1 (ENSOMYG00000017614)	ENSOMYG00000017654	ENSOMYG00000017663	ENSOMYG00000065202	ENSOMYG00000017719	ENSOMYG00000064406
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	90	ENSGT00950000182931.A.a.b.d	ENSGT00950000183117.a.b.a.f	ENSGT00940000153544.a.i.b.d	ENSGT00390000000020.a.`b	ENSGT00940000158197.d.b	ENSGT01010000230211	ENSGT00410000025596.a.a.c	ENSGT00390000000732	ENSGT00940000155167.a.b	ENSGT00940000159925.d	ENSGT00700000104550.a.j.b.c.b	ENSGT00940000163259.b.e	ENSGT00940000153876.A.f	ENSGT00970000196788.E.b	ENSGT00940000158337.f	ENSGT00940000154757.xb.a.b #20	ENSGT00940000157064.a.a.c	ENSGT00940000160682.a.d	ENSGT00390000012265.w	ENSGT00940000164692.f	ENSGT00510000047137.w	ENSGT00940000161602.h	ENSGT00940000161602.g	ENSGT00940000160408.c.b	ENSGT00940000153341.g	ENSGT01000000216541.A	ENSGT00390000009368.h	ENSGT01000000222172	ENSGT00390000009300.a.h	ENSGT00940000154343.gb.c
Chinook salmon	MODERN SPECIES	14	ENSOTSG00005002806	ENSOTSG00005002811	espn (ENSOTSG00005002825)	ybx1 (ENSOTSG00005002836)	ENSOTSG00005002844	taf10 (ENSOTSG00005002852)	ENSOTSG00005002885	ube4b (ENSOTSG00005002897)	ENSOTSG00005003011	ENSOTSG00005003022	ENSOTSG00005003038	RNF223 (ENSOTSG00005003046)	ptpn11b (ENSOTSG00005003082)	ENSOTSG00005004489	agrn (ENSOTSG00005004534)	ENSOTSG00005011273 #20	angptl7 (ENSOTSG00005011274)	ENSOTSG00005011276	sars1 (ENSOTSG00005011277)	ENSOTSG00005011278	dennd2da (ENSOTSG00005011280)	CEPT1 (ENSOTSG00005011293)	stk38a (ENSOTSG00005011529)	MTCH1 (ENSOTSG00005011530)	stk35 (ENSOTSG00005011531)	GMEB2 (ENSOTSG00005011532)	zgpat (ENSOTSG00005011533)	ENSOTSG00005011534	PREX1 (ENSOTSG00005011547)	ENSOTSG00005016958	SAMD11 (ENSOTSG00005016961)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000182931.A.a.b.d	ENSGT00950000183117.a.b.a.f	ENSGT00940000153544.a.i.b.d	ENSGT00390000000020.a.`b	ENSGT00940000158197.d.b	ENSGT00410000025596.a.a.c	ENSGT01030000234597.a.b.b.f.j.b	ENSGT00390000000732	ENSGT00940000155167.a.b	ENSGT00940000159925.d	ENSGT00700000104550.a.j.b.c.b	ENSGT00940000163259.b.e	ENSGT00940000153876.A.f	ENSGT00970000196788.E.b	ENSGT00940000158337.f	ENSGT00940000154757.xb.a.b #20	ENSGT00940000157064.a.a.c	ENSGT00940000160682.a.d	ENSGT00940000164692.f	ENSGT00510000047137.w	ENSGT00390000017213.B.f	ENSGT00940000161602.h	ENSGT00940000161602.g	ENSGT00940000160408.c.b	ENSGT00940000153341.g	ENSGT01000000216541.A	ENSGT00390000009368.h	ENSGT00390000009300.a.h	ENSGT00940000154343.gb.c	ENSGT00390000011228.b.a.f	ENSGT00390000013740
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	4	ENSSSAG00000043899	ENSSSAG00000101675 ##28	ENSSSAG00000043978	ENSSSAG00000044169	ENSSSAG00000110447	ENSSSAG00000103561	ENSSSAG00000092771	ENSSSAG00000044643	zgpat (ENSSSAG00000044761)	tnfrsf6b (ENSSSAG00000044783)	ENSSSAG00000108443	ENSSSAG00000047517	ENSSSAG00000047530	ENSSSAG00000088091	ENSSSAG00000056679	ENSSSAG00000063953 #20	ENSSSAG00000109136	ENSSSAG00000089573	ENSSSAG00000063975	ENSSSAG00000063998	ENSSSAG00000064002	HES2 (ENSSSAG00000064013)	HES2 (ENSSSAG00000064022)	espn (ENSSSAG00000064030)	ybx1 (ENSSSAG00000064058)	ENSSSAG00000102500	ENSSSAG00000064169	TAF10 (ENSSSAG00000064172)	UBE4B (ENSSSAG00000064192)	ENSSSAG00000064254	renbp (ENSSSAG00000064283)
River trout	MODERN SPECIES	23	ENSSTUG00000030755	dennd2da (ENSSTUG00000030764)	CEPT1 (ENSSTUG00000030827)	stk38a (ENSSTUG00000031520)	MTCH1 (ENSSTUG00000031597)	stk35 (ENSSTUG00000031637)	GMEB2 (ENSSTUG00000031642)	zgpat (ENSSTUG00000031665)	ENSSTUG00000031688	PREX1 (ENSSTUG00000031756)	RNF223 (ENSSTUG00000032512)	ptpn11b (ENSSTUG00000032553)	ENSSTUG00000033049 ##28	ENSSTUG00000033051	agrn (ENSSTUG00000033288)	ENSSTUG00000044304 #20	angptl7 (ENSSTUG00000044313)	ENSSTUG00000044327	ENSSTUG00000044333	ENSSTUG00000044350	ENSSTUG00000044357	ENSSTUG00000044369	rer1 (ENSSTUG00000044399)	ENSSTUG00000044412	ENSSTUG00000044419	espn (ENSSTUG00000044424)	ybx1 (ENSSTUG00000044455)	taf10 (ENSSTUG00000044537)	ube4b (ENSSTUG00000044558)	tardbpa (ENSSTUG00000044731)	renbp (ENSSTUG00000044822)
Northern pike	MODERN SPECIES	11	stk38a (ENSELUG00000003416)	MTCH1 (ENSELUG00000003458)	stk35 (ENSELUG00000003479)	pdyn (ENSELUG00000003484)	GMEB2 (ENSELUG00000003497)	rtel1 (ENSELUG00000003671)	ENSELUG00000003718	zgpat (ENSELUG00000003733)	chrna4b (ENSELUG00000003742)	kcnq2a (ENSELUG00000003819)	PREX1 (ENSELUG00000004100)	ENSELUG00000004270	RNF223 (ENSELUG00000004313)	ENSELUG00000004355	agrn (ENSELUG00000004708)	ENSELUG00000004804 #20	angptl7 (ENSELUG00000004817)	mtor (ENSELUG00000004972)	ENSELUG00000005027	ENSELUG00000005040	MAPK13 (ENSELUG00000005103)	BRPF3 (ENSELUG00000005391)	mfn2 (ENSELUG00000005449)	ENSELUG00000005506	TPRG1L (ENSELUG00000005531)	wrap73 (ENSELUG00000005581)	tp73 (ENSELUG00000005631)	RER1 (ENSELUG00000032430)	her3 (ENSELUG00000006063)	GPR153 (ENSELUG00000006079)	acot7 (ENSELUG00000006155)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	103	ENSGT00940000167725.a	ENSGT00940000165569	ENSGT00940000158826	ENSGT00940000165381	ENSGT00940000160246.c.a	ENSGT00390000018004	ENSGT00940000159769.a.b	ENSGT00940000155279.C.a.b	ENSGT00390000014876	ENSGT00940000155475.g	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00390000016928.c	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.b	ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000165832	ENSGT00400000023727	ENSGT00390000000214.a.b.l	ENSGT00390000005197.a.bb.a	ENSGT00390000001491.a	ENSGT00410000029064	ENSGT00390000011749	ENSGT00390000017890.b.a	ENSGT00940000155527.j.b	ENSGT01030000236196	ENSGT00940000153617.C.f	ENSGT00940000166168	ENSGT00940000153612.A	ENSGT00940000177384	ENSGT00550000074857
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	40									ENSGT00390000014876	ENSGT00940000155475.g	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00390000016928.c	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.b	ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000165832	ENSGT00390000000214.a.b.l	ENSGT00390000005197.a.bb.a	ENSGT00390000001491.a	ENSGT00390000017890.b.a	ENSGT00390000011749	ENSGT00410000029064	ENSGT00940000155527.j.b	ENSGT01030000236196	ENSGT00940000155804.k.b	ENSGT00940000153617.C.f	ENSGT00940000166168	ENSGT00940000153612.A	ENSGT00940000177384	ENSGT00550000074857
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158826	ENSGT00940000165381	ENSGT00940000160246.c.a	ENSGT00390000018004	ENSGT00940000175443	ENSGT00940000160757	ENSGT00940000159769.a.b	ENSGT00940000155279.C.a.b	ENSGT00390000014876	ENSGT00940000155475.g	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00390000016928.c	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.b	ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000165832	ENSGT00390000000214.a.b.l	ENSGT00390000005197.a.bb.a	ENSGT00390000001491.a	ENSGT00390000017890.b.a	ENSGT00390000011749	ENSGT00410000029064	ENSGT00940000155527.j.b	ENSGT01030000236196	ENSGT00940000155804.k.b	ENSGT00940000153617.C.f	ENSGT00940000166168	ENSGT00940000153612.A	ENSGT00940000177384	ENSGT00550000074857
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	215														ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00940000154965.B	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00940000154965.B	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00940000154965.B	ENSGT00740000116263	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000160334
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.ob.a	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336
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Sheepshead minnow	DUPLICATION
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Mummichog	MODERN SPECIES	2223	klhl5 (ENSFHEG00000009128)	WDR19 (ENSFHEG00000009068)	rfc1 (ENSFHEG00000008801)	rpl9 (ENSFHEG00000008785)	lias (ENSFHEG00000008747)	ugdh (ENSFHEG00000008709)	map9 (ENSFHEG00000008606)	smim14 (ENSFHEG00000008596)	UBE2K (ENSFHEG00000008575)	pds5a (ENSFHEG00000008520)	n4bp2 (ENSFHEG00000008495)	rhoh (ENSFHEG00000008404)	CHRNA9 (ENSFHEG00000008386)	ENSFHEG00000008265	DRD5 (ENSFHEG00000008249) ##13	ITLN1 (ENSFHEG00000008210) #20	slit2 (ENSFHEG00000008163)	ENSFHEG00000008086	ncapg (ENSFHEG00000008070)	fam184b (ENSFHEG00000008050)	ENSFHEG00000008022	ENSFHEG00000007970	ENSFHEG00000007962	ENSFHEG00000007947	rbm47 (ENSFHEG00000007938)	ENSFHEG00000007874	ENSFHEG00000007870	cntf (ENSFHEG00000007866)	ankrd49 (ENSFHEG00000007855)	GPR83 (ENSFHEG00000007844)	cdk2ap2 (ENSFHEG00000007828)
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Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443.e	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000163443.f	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155358	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000163443.e	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000163443.f	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336
Eastern happy	MODERN SPECIES	18	klhl5 (ENSACLG00000015099)	WDR19 (ENSACLG00000015137)	rfc1 (ENSACLG00000015232)	rpl9 (ENSACLG00000015446)	lias (ENSACLG00000015470)	ugdh (ENSACLG00000015547)	map9 (ENSACLG00000015598)	smim14 (ENSACLG00000015645)	UBE2K (ENSACLG00000015666)	pds5a (ENSACLG00000015772)	n4bp2 (ENSACLG00000015983)	rhoh (ENSACLG00000016021)	CHRNA9 (ENSACLG00000016039)	ENSACLG00000016095	itln3 (ENSACLG00000016136)	ENSACLG00000016264 #20	slit2 (ENSACLG00000016309)	ENSACLG00000016478	ncapg (ENSACLG00000016533)	fam184b (ENSACLG00000016570)	ENSACLG00000016600	APBB2 (ENSACLG00000016699)	ENSACLG00000016866	ENSACLG00000016873	rbm47 (ENSACLG00000016902)	ENSACLG00000016966	ENSACLG00000017011	cntf (ENSACLG00000017021)	ENSACLG00000017041	ankrd49 (ENSACLG00000017067)	GPR83 (ENSACLG00000017137)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	360															ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000154757.xb.b #20
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000160334
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000160334	ENSGT00390000001289.a
Orange clownfish	MODERN SPECIES	17	slc43a3a (ENSAPEG00000019679)	WDR19 (ENSAPEG00000019530)	rfc1 (ENSAPEG00000019448)	rpl9 (ENSAPEG00000019426)	lias (ENSAPEG00000019404)	ugdh (ENSAPEG00000019347)	map9 (ENSAPEG00000019325)	smim14 (ENSAPEG00000019306)	UBE2K (ENSAPEG00000019266)	pds5a (ENSAPEG00000019095)	n4bp2 (ENSAPEG00000019061)	rhoh (ENSAPEG00000019048)	CHRNA9 (ENSAPEG00000019011)	ENSAPEG00000019003	ENSAPEG00000018945 ##13	ITLN1 (ENSAPEG00000018922) #20	slit2 (ENSAPEG00000018808)	ENSAPEG00000018734	ncapg (ENSAPEG00000018613)	fam184b (ENSAPEG00000018574)	ENSAPEG00000018510	APBB2 (ENSAPEG00000018459)	ENSAPEG00000018373	rbm47 (ENSAPEG00000018304)	ENSAPEG00000018269	ENSAPEG00000018284	ENSAPEG00000018247	ankrd49 (ENSAPEG00000018241)	GPR83 (ENSAPEG00000018197)	cdk2ap2 (ENSAPEG00000018169)	aip (ENSAPEG00000018153)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2373			rfc1 (ENSAOCG00000013843)	rpl9 (ENSAOCG00000013751)	lias (ENSAOCG00000013711)	ugdh (ENSAOCG00000013660)	map9 (ENSAOCG00000013624)	smim14 (ENSAOCG00000013600)	UBE2K (ENSAOCG00000013568)	pds5a (ENSAOCG00000013521)	n4bp2 (ENSAOCG00000013432)	rhoh (ENSAOCG00000013376)	CHRNA9 (ENSAOCG00000013352)	ENSAOCG00000013326	ENSAOCG00000013309	ITLN1 (ENSAOCG00000013240) #20
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00940000154965.B	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00940000154965.B	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	122															ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000154757.xb.b #20
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155358	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000155857.e.a	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00940000154965.B	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00520000058756	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00980000198603.B	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336
Barramundi perch	MODERN SPECIES	108	WDR19 (ENSLCAG00010001114)	rfc1 (ENSLCAG00010001277)	rpl9 (ENSLCAG00010001341)	lias (ENSLCAG00010001365)	ugdh (ENSLCAG00010001407)	map9 (ENSLCAG00010001479)	smim14 (ENSLCAG00010001481)	UBE2K (ENSLCAG00010001482)	pds5a (ENSLCAG00010001520)	n4bp2 (ENSLCAG00010001564)	rhoh (ENSLCAG00010001566)	CHRNA9 (ENSLCAG00010001567)	ENSLCAG00010001569	ENSLCAG00010001572	ENSLCAG00010001586	ENSLCAG00010001600 #20	slit2 (ENSLCAG00010001635)	ENSLCAG00010001756	ENSLCAG00010001761	ENSLCAG00010001764	ncapg (ENSLCAG00010001774)	ENSLCAG00010001793	APBB2 (ENSLCAG00010001813)	rbm47 (ENSLCAG00010001829)	ENSLCAG00010001840	ENSLCAG00010001850	ankrd49 (ENSLCAG00010001851)	GPR83 (ENSLCAG00010001855)	cdk2ap2 (ENSLCAG00010001859)	aip (ENSLCAG00010001863)	tmem134 (ENSLCAG00010001871)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000160334	ENSGT01100000263492.b.b.b.a.b.a.a.b.b.d	ENSGT00390000001289.a
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000160334	ENSGT00390000001289.a	ENSGT00390000011766
Climbing perch	DUPLICATION
Climbing perch	DUPLICATION
Climbing perch	MODERN SPECIES		rfc1 (ENSATEG00000019749)	rpl9 (ENSATEG00000019735)	lias (ENSATEG00000019696)	ugdh (ENSATEG00000019648)	ENSATEG00000019634	smim14 (ENSATEG00000027074)	UBE2K (ENSATEG00000019593)	pds5a (ENSATEG00000019569)	n4bp2 (ENSATEG00000019552)	rhoh (ENSATEG00000019535)	CHRNA9 (ENSATEG00000019525)	ENSATEG00000019504	ENSATEG00000019477 ##13	ENSATEG00000019357	ENSATEG00000027313	ENSATEG00000029524 #20	ENSATEG00000029304 #20	ENSATEG00000028834 #20	ENSATEG00000029565 #20	slit2 (ENSATEG00000018568)	ENSATEG00000018496	ncapg (ENSATEG00000018482)	fam184b (ENSATEG00000018472)	ENSATEG00000018462	ENSATEG00000018416	ENSATEG00000018400	ENSATEG00000018384	ENSATEG00000018369	ENSATEG00000029708	ENSATEG00000018334	ENSATEG00000018317
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Climbing perch	DUPLICATION
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Siamese fighting fish	DUPLICATION
Siamese fighting fish	DUPLICATION
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Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155358	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00740000116263	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000160334	ENSGT00390000001289.a
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Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT00740000116263	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000160334	ENSGT00390000001289.a
Gilthead seabream	MODERN SPECIES		klhl5 (ENSSAUG00010000458)	WDR19 (ENSSAUG00010000347)	rfc1 (ENSSAUG00010000312)	rpl9 (ENSSAUG00010000290)	lias (ENSSAUG00010000171)	ugdh (ENSSAUG00010000105)	map9 (ENSSAUG00010000102)	smim14 (ENSSAUG00010000100)	UBE2K (ENSSAUG00010000099)	pds5a (ENSSAUG00010000074)	n4bp2 (ENSSAUG00010000043)	rhoh (ENSSAUG00010000039)	CHRNA9 (ENSSAUG00010000037)	ENSSAUG00010021021	ENSSAUG00010021018 ##13	ITLN1 (ENSSAUG00010021015) #20	slit2 (ENSSAUG00010019509)	ENSSAUG00010019434	ENSSAUG00010019433	ncapg (ENSSAUG00010019397)	fam184b (ENSSAUG00010019391)	ENSSAUG00010019388	APBB2 (ENSSAUG00010018997)	ENSSAUG00010018989	rbm47 (ENSSAUG00010018982)	ENSSAUG00010018980	ENSSAUG00010018978	ankrd49 (ENSSAUG00010018976)	GPR83 (ENSSAUG00010018974)	cdk2ap2 (ENSSAUG00010018970)	aip (ENSSAUG00010018966)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00590000083165	ENSGT00730000111066	ENSGT00390000015224.d	ENSGT00390000006234	ENSGT00390000015355	ENSGT00730000111184	ENSGT00390000018294	ENSGT00670000098059.c.b	ENSGT00940000155155	ENSGT00940000164462	ENSGT00940000160078	ENSGT00940000156077.g.b	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b	ENSGT00940000157037.a.c.b ##13	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b #20	ENSGT00940000158402	ENSGT00940000162414	ENSGT01090000261355	ENSGT00390000001577	ENSGT00530000063669.a	ENSGT00390000013015	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b	ENSGT00940000157352.a	ENSGT00940000156979	ENSGT00940000156393.a.b	ENSGT00540000073610.A	ENSGT00390000003919	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000160334	ENSGT00390000001289.a
Large yellow croaker	DUPLICATION
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	131						ugdh (ENSLCRG00005016538)	map9 (ENSLCRG00005016677)	smim14 (ENSLCRG00005016678)	UBE2K (ENSLCRG00005016680)	pds5a (ENSLCRG00005016686)	n4bp2 (ENSLCRG00005016689)	rhoh (ENSLCRG00005016690)	CHRNA9 (ENSLCRG00005016691)	ENSLCRG00005016692	DRD5 (ENSLCRG00005016693) ##13	ENSLCRG00005016694 #20	ENSLCRG00005016696	ENSLCRG00005016702	slit2 (ENSLCRG00005017071)	ENSLCRG00005017219
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	9																ENSLCRG00005015147 #20
European seabass	DUPLICATION
European seabass	MODERN SPECIES	20	WDR19 (ENSDLAG00005026124)	RFC1 (ENSDLAG00005026132)	lias (ENSDLAG00005026148)	rpl9 (ENSDLAG00005034639)	ugdh (ENSDLAG00005026154)	ENSDLAG00005028075	UBE2K (ENSDLAG00005029852)	pds5a (ENSDLAG00005026173)	n4bp2 (ENSDLAG00005026187)	rhoh (ENSDLAG00005027705)	CHRNA9 (ENSDLAG00005026190)	ENSDLAG00005026191	ENSDLAG00005026193	ENSDLAG00005027874 ##13	ENSDLAG00005026201 #20	ENSDLAG00005026202 #20	slit2 (ENSDLAG00005026214)	ENSDLAG00005026228	ncapg (ENSDLAG00005026238)	fam184b (ENSDLAG00005026245)	ENSDLAG00005026249	APBB2 (ENSDLAG00005026256)	ENSDLAG00005026267	RBM47 (ENSDLAG00005026268)	ENSDLAG00005029357	ENSDLAG00005031545	ENSDLAG00005029200	ENSDLAG00005026273	ENSDLAG00005034414	ENSDLAG00005026276	ENSDLAG00005026277
European seabass	MODERN SPECIES	20	klhl5 (ENSDLAG00005026098)	WDR19 (ENSDLAG00005026124)	RFC1 (ENSDLAG00005026132)	lias (ENSDLAG00005026148)	rpl9 (ENSDLAG00005034639)	ugdh (ENSDLAG00005026154)	ENSDLAG00005028075	UBE2K (ENSDLAG00005029852)	pds5a (ENSDLAG00005026173)	n4bp2 (ENSDLAG00005026187)	rhoh (ENSDLAG00005027705)	CHRNA9 (ENSDLAG00005026190)	ENSDLAG00005026191	ENSDLAG00005026193	ENSDLAG00005027874 ##13	ENSDLAG00005026201 #20	ENSDLAG00005026202 #20	slit2 (ENSDLAG00005026214)	ENSDLAG00005026228	ncapg (ENSDLAG00005026238)	fam184b (ENSDLAG00005026245)	ENSDLAG00005026249	APBB2 (ENSDLAG00005026256)	ENSDLAG00005026267	RBM47 (ENSDLAG00005026268)	ENSDLAG00005029357	ENSDLAG00005031545	ENSDLAG00005029200	ENSDLAG00005026273	ENSDLAG00005034414	ENSDLAG00005026276
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES		hadh (ENSMMDG00005008710)	lef1 (ENSMMDG00005008705)	ENSMMDG00005008700	casp6a (ENSMMDG00005008699)	ENSMMDG00005008698	ENSMMDG00005008695	ENSMMDG00005008691	ENSMMDG00005008531	hpf1 (ENSMMDG00005008525)	ENSMMDG00005008519	ppp2r2ca (ENSMMDG00005008515)	WFS1 (ENSMMDG00005008511)	crmp1 (ENSMMDG00005008507)	ITLN1 (ENSMMDG00005008500) #20	ENSMMDG00005008494 #20	ENSMMDG00005008483 #20	ENSMMDG00005008476 #20	ENSMMDG00005008446 #20	ENSMMDG00005008437	ENSMMDG00005008425	STIM2 (ENSMMDG00005008421)	rbpja (ENSMMDG00005008348)	ENSMMDG00005008335	ENSMMDG00005008328	smim18 (ENSMMDG00005008323)	gtf2e2 (ENSMMDG00005008318)	ENSMMDG00005008314	ADGRL3 (ENSMMDG00005008289)	ENSMMDG00005008262	TYRP1 (ENSMMDG00005008254)	ENSMMDG00005008242
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Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES		ENSMMDG00005008700	casp6a (ENSMMDG00005008699)	ENSMMDG00005008698	ENSMMDG00005008695	ENSMMDG00005008691	ENSMMDG00005008531	hpf1 (ENSMMDG00005008525)	ENSMMDG00005008519	ppp2r2ca (ENSMMDG00005008515)	WFS1 (ENSMMDG00005008511)	crmp1 (ENSMMDG00005008507)	ITLN1 (ENSMMDG00005008500) #20	ENSMMDG00005008494 #20	ENSMMDG00005008483 #20	ENSMMDG00005008476 #20	ENSMMDG00005008446 #20	ENSMMDG00005008437	ENSMMDG00005008425	STIM2 (ENSMMDG00005008421)	rbpja (ENSMMDG00005008348)	ENSMMDG00005008335	ENSMMDG00005008328	smim18 (ENSMMDG00005008323)	gtf2e2 (ENSMMDG00005008318)	ENSMMDG00005008314	ADGRL3 (ENSMMDG00005008289)	ENSMMDG00005008262	TYRP1 (ENSMMDG00005008254)	ENSMMDG00005008242	kdm4c (ENSMMDG00005008177)	ecpas (ENSMMDG00005006181)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES		sgms2a (ENSMMDG00005008725)	cyp2u1 (ENSMMDG00005008716)	hadh (ENSMMDG00005008710)	lef1 (ENSMMDG00005008705)	ENSMMDG00005008700	casp6a (ENSMMDG00005008699)	ENSMMDG00005008698	ENSMMDG00005008695	ENSMMDG00005008691	ENSMMDG00005008531	hpf1 (ENSMMDG00005008525)	ENSMMDG00005008519	ppp2r2ca (ENSMMDG00005008515)	WFS1 (ENSMMDG00005008511)	crmp1 (ENSMMDG00005008507)	ITLN1 (ENSMMDG00005008500) #20	ENSMMDG00005008494 #20	ENSMMDG00005008483 #20	ENSMMDG00005008476 #20	ENSMMDG00005008446 #20	ENSMMDG00005008437	ENSMMDG00005008425	STIM2 (ENSMMDG00005008421)	rbpja (ENSMMDG00005008348)	ENSMMDG00005008335	ENSMMDG00005008328	smim18 (ENSMMDG00005008323)	gtf2e2 (ENSMMDG00005008318)	ENSMMDG00005008314	ADGRL3 (ENSMMDG00005008289)	ENSMMDG00005008262
Protacanthopterygii	DUPLICATION
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.b.m #20
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	232	ENSGT00950000182767.b.a.b.a	ENSGT00950000182767.b.a.a.e	ENSGT00390000017718.i	ENSGT00390000016736.a.i.d	ENSGT00940000155583	ENSGT00390000002201.d	ENSGT00390000002201.c	ENSGT00550000074807.d.b	ENSGT00940000163080.b.d	ENSGT00940000162391.c.a	ENSGT00950000183139.B.p.a	ENSGT00940000164711.b.a.a.d	ENSGT00940000158474.g	ENSGT00950000182980.a.b.a.b.a.a.f.b.b	ENSGT00940000171001	ENSGT00940000154757.xb.b.m #20	ENSGT01020000230346.C.p.a.a
Huchen	MODERN SPECIES	598									INSM2 (ENSHHUG00000000823)	ENSHHUG00000000786	brms1la (ENSHHUG00000000751)	ttc7b (ENSHHUG00000000668)	ENSHHUG00000000131	ENSHHUG00000000125	ENSHHUG00000000020	ENSHHUG00000036631 #20	ENSHHUG00000036617	ENSHHUG00000036611	ENSHHUG00000036558
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.b.m #20
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.b.m #20
Rainbow trout	MODERN SPECIES	10	ENSOMYG00000039413	ENSOMYG00000039476	fam177a1 (ENSOMYG00000039486)	PRORP (ENSOMYG00000039492)	ENSOMYG00000049551	ENSOMYG00000039553	nfkbiab (ENSOMYG00000039584)	ENSOMYG00000076840	INSM2 (ENSOMYG00000039590)	RALGAPA1 (ENSOMYG00000039759)	ENSOMYG00000039994	ENSOMYG00000068726	ENSOMYG00000040233	ENSOMYG00000040269	ENSOMYG00000040336	ENSOMYG00000040464 #20	ENSOMYG00000048621	zgc:174356 (ENSOMYG00000040467)	ENSOMYG00000040576	slc24a4a (ENSOMYG00000040722)	ENSOMYG00000066704	ENSOMYG00000040738	ccdc88c (ENSOMYG00000040872)	gpn1 (ENSOMYG00000041572)	ENSOMYG00000041582	il17a/f1 (ENSOMYG00000041590)	il-17a (ENSOMYG00000041594)	ENSOMYG00000059132	C14orf132 (ENSOMYG00000056706)	ENSOMYG00000055274	ENSOMYG00000069983
Northern pike	MODERN SPECIES	14	ENSELUG00000000148	FBXO33 (ENSELUG00000005562)	fam177a1 (ENSELUG00000005577)	ppp2r3c (ENSELUG00000005598)	PRORP (ENSELUG00000005618)	PSMA6 (ENSELUG00000005656)	nfkbia (ENSELUG00000000176)	INSM2 (ENSELUG00000005778)	RALGAPA1 (ENSELUG00000005844)	ENSELUG00000033444	brms1la (ENSELUG00000005877)	ttc7b (ENSELUG00000005909)	calm1 (ENSELUG00000000187)	NRDE2 (ENSELUG00000005973)	PSMC1 (ENSELUG00000005996)	ENSELUG00000005982 #20	ENSELUG00000028319	ENSELUG00000034358	zgc:174356 (ENSELUG00000006008)	ENSELUG00000006045	slc24a4a (ENSELUG00000006092)	DGLUCY (ENSELUG00000000192)	GPR68 (ENSELUG00000006210)	ccdc88c (ENSELUG00000006259)	gpn1 (ENSELUG00000006293)	stmn4l (ENSELUG00000006335)	il17a/f1 (ENSELUG00000006358)	ENSELUG00000006368	PAQR8 (ENSELUG00000006382)	C14orf132 (ENSELUG00000034477)	BDKRB2 (ENSELUG00000006413)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	459															ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b.n #20
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	215	ENSGT00390000016565.h.e	ENSGT00390000015719.c.d.b	ENSGT00940000155361.ab	ENSGT00940000166269.a	ENSGT00940000155194.v.a.e.a	ENSGT00940000156585.c.b.i	ENSGT00940000165028.b.j	ENSGT00940000157669.a.a.d	ENSGT00940000157582.h.m	ENSGT00950000183053.A.a.a.c	ENSGT00940000157218.B.d	ENSGT01030000234623.a.a.b.b.e	ENSGT00990000206773.b	ENSGT00940000157151.d.a.b	ENSGT00940000163443	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.a #20	ENSGT00410000025596.a.b.b.g	ENSGT00940000159933.s	ENSGT00910000144179.b.b.o.b.e	ENSGT00530000063624.C.a.a	ENSGT00940000165224.a.a.i	ENSGT00940000156115.c.b	ENSGT00390000010045.t
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000155361.ab	ENSGT00940000166269.a	ENSGT00940000155194.v.a.e.a	ENSGT00940000156585.c.b.i	ENSGT00940000165028.b.j	ENSGT00940000157669.a.a.d	ENSGT00940000157582.h.m	ENSGT00950000183053.A.a.a.c.a	ENSGT00940000157218.B.d	ENSGT01030000234623.a.a.b.b.e	ENSGT01030000234567.B.a.b.a.b.a.j	ENSGT00990000206773.b	ENSGT01030000234597.b.b.b.b	ENSGT00940000157151.d.a.b	ENSGT00940000163443.k.a	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.a #20	ENSGT00410000025596.a.b.b.g	ENSGT00940000159933.s	ENSGT00910000144179.b.b.o.b.e	ENSGT00530000063624.C.a.a	ENSGT00940000165224.a.a.i	ENSGT00940000156115.c.b	ENSGT00390000010045.t	ENSGT00940000158412.a	ENSGT00940000153295.a.b.h	ENSGT00390000016054.b.j.e	ENSGT00940000157291.i.b	ENSGT00530000063402.a.u	ENSGT00940000165550.a.a.a.b	ENSGT00940000165550.a.b.a.b.f	ENSGT00940000159705.a.b
Salmo	DUPLICATION
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155361.ab	ENSGT00940000166269.a	ENSGT00940000155194.v.a.e.a	ENSGT00940000156585.c.b.i	ENSGT00940000165028.b.j	ENSGT00940000157669.a.a.d	ENSGT00940000157582.h.m	ENSGT00950000183053.A.a.a.c.a	ENSGT00940000157218.B.d	ENSGT01030000234623.a.a.b.b.e	ENSGT01030000234567.B.a.b.a.b.a.j	ENSGT00990000206773.b	ENSGT01030000234597.b.b.b.b	ENSGT00940000157151.d.a.b	ENSGT00940000163443.k.a	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.a.a #20	ENSGT00410000025596.a.b.b.g	ENSGT00940000159933.s	ENSGT00910000144179.b.b.o.b.e	ENSGT00530000063624.C.a.a	ENSGT00940000165224.a.a.i	ENSGT00940000156115.c.b	ENSGT00390000010045.t	ENSGT00940000158412.a	ENSGT00940000153295.a.b.h	ENSGT00390000016054.b.j.e	ENSGT00940000157291.i.b	ENSGT00530000063402.a.u	ENSGT00940000165550.a.a.a.b	ENSGT00940000165550.a.b.a.b.f	ENSGT00940000159705.a.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	19	ENSSSAG00000044714	ENSSSAG00000044790	ENSSSAG00000117803	ENSSSAG00000103552	ENSSSAG00000045282	ENSSSAG00000045295	ENSSSAG00000089966	ENSSSAG00000099368	edn2 (ENSSSAG00000096203)	ENSSSAG00000046064	serinc2 (ENSSSAG00000106053)	ENSSSAG00000046232	ENSSSAG00000046375	ENSSSAG00000046680	ENSSSAG00000055275	ENSSSAG00000089470 #20	gmeb1 (ENSSSAG00000055287)	rb39b (ENSSSAG00000055291)	PYRG1 (ENSSSAG00000055319)	cited4a (ENSSSAG00000111679)	foxo6b (ENSSSAG00000055440)	ppp1r8a (ENSSSAG00000055442)	pdik1l (ENSSSAG00000055455)	lin28ab (ENSSSAG00000101780)	maneal (ENSSSAG00000087602)	ENSSSAG00000055498	sf3a3 (ENSSSAG00000055572)	ENSSSAG00000055618	ENSSSAG00000095923	nkiras1 (ENSSSAG00000119518)	rpl15 (ENSSSAG00000055680)
River trout	MODERN SPECIES	27	ZDHHC18 (ENSSTUG00000039477)	tent5bb (ENSSTUG00000039480)	oprd1b (ENSSTUG00000039487)	gpd2 (ENSSTUG00000039497)	ENSSTUG00000039525	edn2 (ENSSTUG00000039566)	ENSSTUG00000039572	serinc2 (ENSSTUG00000039590)	ENSSTUG00000039884	ENSSTUG00000039895	ENSSTUG00000039907	ENSSTUG00000039960	PTPRU (ENSSTUG00000039969)	ENSSTUG00000039991	ITLN1 (ENSSTUG00000040002) #20	ENSSTUG00000040010 #20	gmeb1 (ENSSTUG00000040018)	rab42a (ENSSTUG00000040045)	ctps1a (ENSSTUG00000040104)	cited4a (ENSSTUG00000040361)	foxo6b (ENSSTUG00000040368)	ppp1r8a (ENSSTUG00000040372)	ENSSTUG00000040378	pdik1l (ENSSTUG00000040387)	lin28ab (ENSSTUG00000040399)	maneal (ENSSTUG00000040451)	ENSSTUG00000040461	sf3a3 (ENSSTUG00000040489)	ENSSTUG00000040585	ube2e1 (ENSSTUG00000040714)	nkiras1 (ENSSTUG00000040729)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.a.b #20
River trout	MODERN SPECIES	27	ARID1A (ENSSTUG00000038000)	ZDHHC18 (ENSSTUG00000039477)	tent5bb (ENSSTUG00000039480)	oprd1b (ENSSTUG00000039487)	gpd2 (ENSSTUG00000039497)	ENSSTUG00000039525	edn2 (ENSSTUG00000039566)	ENSSTUG00000039572	serinc2 (ENSSTUG00000039590)	ENSSTUG00000039884	ENSSTUG00000039895	ENSSTUG00000039907	ENSSTUG00000039960	PTPRU (ENSSTUG00000039969)	ENSSTUG00000039991	ITLN1 (ENSSTUG00000040002) #20	ENSSTUG00000040010 #20	gmeb1 (ENSSTUG00000040018)	rab42a (ENSSTUG00000040045)	ctps1a (ENSSTUG00000040104)	cited4a (ENSSTUG00000040361)	foxo6b (ENSSTUG00000040368)	ppp1r8a (ENSSTUG00000040372)	ENSSTUG00000040378	pdik1l (ENSSTUG00000040387)	lin28ab (ENSSTUG00000040399)	maneal (ENSSTUG00000040451)	ENSSTUG00000040461	sf3a3 (ENSSTUG00000040489)	ENSSTUG00000040585	ube2e1 (ENSSTUG00000040714)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000015719.c.d.b	ENSGT00940000155361.ab	ENSGT00940000166269.a	ENSGT00940000155194.v.a.e.a	ENSGT00940000156585.c.b.i	ENSGT00940000165028.b.j	ENSGT00940000157669.a.a.d	ENSGT00940000157582.h.m	ENSGT00950000183053.A.a.a.c.a	ENSGT00940000157218.B.d	ENSGT01030000234623.a.a.b.b.e	ENSGT01030000234567.B.a.b.a.b.a.j	ENSGT00990000206773.b	ENSGT01030000234597.b.b.b.b	ENSGT00940000157151.d.a.b	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.a #20	ENSGT00410000025596.a.b.b.g	ENSGT00940000159933.s	ENSGT00910000144179.b.b.o.b.e	ENSGT00530000063624.C.a.a	ENSGT00940000165224.a.a.i	ENSGT00940000156115.c.b	ENSGT00390000010045.t	ENSGT00940000158412.a	ENSGT00940000153295.a.b.h	ENSGT00390000016054.b.j.e	ENSGT00940000157291.i.b	ENSGT00530000063402.a.u	ENSGT00940000165550.a.a.a.b	ENSGT00940000165550.a.b.a.b.f	ENSGT00940000159705.a.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000015719.c.d.b	ENSGT00940000155361.ab	ENSGT00940000166269.a	ENSGT00940000155194.v.a.e.a	ENSGT00940000156585.c.b.i	ENSGT00940000165028.b.j	ENSGT00940000157669.a.a.d	ENSGT00940000157582.h.m	ENSGT00950000183053.A.a.a.c.a	ENSGT00940000157218.B.d	ENSGT01030000234623.a.a.b.b.e	ENSGT01030000234567.B.a.b.a.b.a.j	ENSGT00990000206773.b	ENSGT01030000234597.b.b.b.b	ENSGT00940000157151.d.a.b	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.a #20	ENSGT00410000025596.a.b.b.g	ENSGT00940000159933.s	ENSGT00910000144179.b.b.o.b.e	ENSGT00530000063624.C.a.a	ENSGT00940000165224.a.a.i	ENSGT00940000156115.c.b	ENSGT00390000010045.t	ENSGT00940000158412.a	ENSGT00940000153295.a.b.h	ENSGT00390000016054.b.j.e	ENSGT00940000157291.i.b	ENSGT00530000063402.a.u	ENSGT00940000165550.a.a.a.b	ENSGT00940000165550.a.b.a.b.f	ENSGT00940000159705.a.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	tpbga (ENSOTSG00005036475)	ARID1A (ENSOTSG00005036470)	ZDHHC18 (ENSOTSG00005036462)	tent5bb (ENSOTSG00005036459)	OPRD1 (ENSOTSG00005036345)	ENSOTSG00005036344	ENSOTSG00005036343	edn2 (ENSOTSG00005036342)	ENSOTSG00005036341	serinc2 (ENSOTSG00005036340)	ENSOTSG00005036338	ENSOTSG00005036335	ENSOTSG00005036334	ENSOTSG00005036333 #20	PTPRU (ENSOTSG00005035779)	ITLN1 (ENSOTSG00005035771) #20	gmeb1 (ENSOTSG00005035770)	ctps1a (ENSOTSG00005035683)	cited4a (ENSOTSG00005035682)	foxo6b (ENSOTSG00005035681)	ppp1r8a (ENSOTSG00005035680)	ENSOTSG00005035678	pdik1l (ENSOTSG00005035676)	lin28ab (ENSOTSG00005035673)	maneal (ENSOTSG00005035671)	ENSOTSG00005035575	sf3a3 (ENSOTSG00005035568)	ENSOTSG00005035566	ENSOTSG00005035564	nkiras1 (ENSOTSG00005035563)	rpl15 (ENSOTSG00005035561)
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Rainbow trout	MODERN SPECIES	9	ENSOMYG00000006137	nudc (ENSOMYG00000006223)	ENSOMYG00000006261	ENSOMYG00000006633	ENSOMYG00000006872	ENSOMYG00000006916	ENSOMYG00000006933	ENSOMYG00000006986	edn2 (ENSOMYG00000007008)	ENSOMYG00000007036	serinc2 (ENSOMYG00000007064)	ENSOMYG00000063078	ENSOMYG00000007150	ENSOMYG00000051913	ENSOMYG00000008230	ENSOMYG00000008928 #20	gmeb1 (ENSOMYG00000008934)	rab42a (ENSOMYG00000008993)	ctps1a (ENSOMYG00000009217)	ENSOMYG00000077077	cited4a (ENSOMYG00000009327)	foxo6b (ENSOMYG00000009336)	ppp1r8a (ENSOMYG00000005622)	ENSOMYG00000009378	pdik1l (ENSOMYG00000068142)	ENSOMYG00000066394	lin28ab (ENSOMYG00000009440)	maneal (ENSOMYG00000009478)	ENSOMYG00000009686	sf3a3 (ENSOMYG00000009729)	ENSOMYG00000009959
Huchen	MODERN SPECIES	1747															PTPRU (ENSHHUG00000044921)	ENSHHUG00000044908 #20
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.b #20
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000015719.c.d.a	ENSGT00940000155361.`b	ENSGT00940000166269.b	ENSGT00940000155194.v.a.e.b	ENSGT00940000156585.c.b.j	ENSGT00940000165028.b.i	ENSGT00940000157669.a.a.c	ENSGT00940000157582.h.n	ENSGT00950000183053.A.a.a.c.b	ENSGT00940000157218.B.c	ENSGT01030000234623.a.a.b.b.f	ENSGT01030000234567.B.a.b.a.b.a.i.a.a	ENSGT00990000206773.a	ENSGT01030000234597.b.b.a	ENSGT00940000157151.d.a.a	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.b #20	ENSGT00410000025596.a.b.b.h	ENSGT00940000159933.t	ENSGT00910000144179.b.b.o.b.f	ENSGT00530000063624.C.a.b	ENSGT00410000025651.B	ENSGT00940000165224.a.a.j	ENSGT00940000156115.c.a	ENSGT00940000158412.b	ENSGT00940000153295.a.b.g	ENSGT00390000016054.b.j.f	ENSGT00940000157291.i.a	ENSGT00530000063402.a.v	ENSGT00940000165550.a.a.a.a	ENSGT00940000159705.b	ENSGT00910000144184.h.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000015719.c.d.a	ENSGT00940000155361.`b	ENSGT00940000166269.b	ENSGT00940000155194.v.a.e.b	ENSGT00940000156585.c.b.j	ENSGT00940000165028.b.i	ENSGT00940000157669.a.a.c	ENSGT00940000157582.h.n	ENSGT00950000183053.A.a.a.c.b	ENSGT00940000157218.B.c	ENSGT01030000234623.a.a.b.b.f	ENSGT01030000234567.B.a.b.a.b.a.i.a.a	ENSGT00990000206773.a	ENSGT01030000234597.b.b.a	ENSGT00940000157151.d.a.a	ENSGT00940000154757.xb.b.n.a.b #20	ENSGT00410000025596.a.b.b.h	ENSGT00940000159933.t	ENSGT00910000144179.b.b.o.b.f	ENSGT00530000063624.C.a.b	ENSGT00410000025651.B	ENSGT00940000165224.a.a.j	ENSGT00940000156115.c.a	ENSGT00940000158412.b	ENSGT00940000153295.a.b.g	ENSGT00390000016054.b.j.f	ENSGT00940000157291.i.a	ENSGT00530000063402.a.v	ENSGT00940000165550.a.a.a.a	ENSGT00940000159705.b	ENSGT00910000144184.h.b
Chinook salmon	DUPLICATION
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River trout	DUPLICATION
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River trout	MODERN SPECIES	236															ITLN1 (ENSSTUG00000043001) #20	ENSSTUG00000042951 #20
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Huchen	DUPLICATION
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Reedfish	DUPLICATION
Reedfish	DUPLICATION
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