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Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153835.a.b.c.a.a #7	ENSGT00940000153835.a.a #8	ENSGT00940000153835.a.b.d #9	ENSGT00470000042297 #10	ENSGT00470000042300 #11	ENSGT00390000015714 #12	ENSGT00390000006988 #13	ENSGT00940000156616 #14	ENSGT00390000012980.b #15	ENSGT00950000182815.b #16	ENSGT00940000156417 #17	ENSGT00390000016567 #18	ENSGT00940000157801 #19	ENSGT00940000157697 #20	ENSGT00940000159813 #21	ENSGT00940000156775 #22	ENSGT00390000004313 #23	ENSGT00940000161009 #24	ENSGT00940000158992 #25	ENSGT00390000009312.h #26	ENSGT00940000158298 #27	ENSGT00940000165659 #28	ENSGT00390000014679 #29	ENSGT00940000159201.b #30	ENSGT00390000010210 #31	ENSGT00940000157172 #32	ENSGT00400000022349 #33	ENSGT00940000157472 #34	ENSGT00730000111479.b #35	ENSGT00730000111479.a ##35	ENSGT00940000153394.c.a.h #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153835.a.b.c.a.a #7	ENSGT00940000153835.a.a #8	ENSGT00940000153835.a.b.d #9	ENSGT00470000042297 #10	ENSGT00470000042300 #11	ENSGT00390000015714 #12	ENSGT00390000006988 #13	ENSGT00940000156616 #14	ENSGT00390000012980.b #15	ENSGT00950000182815.b #16	ENSGT00940000156417 #17	ENSGT00390000016567 #18	ENSGT00940000157801 #19	ENSGT00940000157697 #20	ENSGT00940000159813 #21	ENSGT00940000156775 #22	ENSGT00390000004313 #23	ENSGT00940000161009 #24	ENSGT00940000158992 #25	ENSGT00390000009312.h #26	ENSGT00940000158298 #27	ENSGT00940000165659 #28	ENSGT00390000014679 #29	ENSGT00940000159201.b #30	ENSGT00390000010210 #31	ENSGT00940000157172 #32	ENSGT00400000022349 #33	ENSGT00940000157472 #34	ENSGT00730000111479.b #35	ENSGT00940000153394.c.a.h #36	ENSGT00940000161251 #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	15	RPL10A (ENSCPOG00000005577)	TEAD3 (ENSCPOG00000005578)	TULP1 (ENSCPOG00000022079)	FKBP5 (ENSCPOG00000000520)	ARMC12 (ENSCPOG00000022443)	CLPS (ENSCPOG00000014154)	LHFPL5 (ENSCPOG00000021224)	SRPK1 (ENSCPOG00000004173)	SLC26A8 (ENSCPOG00000014887)	MAPK14 (ENSCPOG00000014893)	MAPK13 (ENSCPOG00000014626)	BRPF3 (ENSCPOG00000010214)	PNPLA1 (ENSCPOG00000003920)	KCTD20 (ENSCPOG00000032447)	STK38 (ENSCPOG00000004471)	KCNK5 (ENSCPOG00000021494) #22	SAYSD1 (ENSCPOG00000015443) #23	GLP1R (ENSCPOG00000015440) #24	DNAH8 (ENSCPOG00000010058) #25	GLO1 (ENSCPOG00000030910) #26	BTBD9 (ENSCPOG00000014662) #27	ZFAND3 (ENSCPOG00000014660) #29	MDGA1 (ENSCPOG00000000671) #30	CCDC167 (ENSCPOG00000010310) #31	CMTR1 (ENSCPOG00000010298) #32	RNF8 (ENSCPOG00000040177) #33	TBC1D22B (ENSCPOG00000002663) #34	ENSCPOG00000012647 #35	PIM1 (ENSCPOG00000024842) #36	FGD2 (ENSCPOG00000001215) #37	MTCH1 (ENSCPOG00000019338)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158771	ENSGT00940000158726	ENSGT00390000003856	ENSGT00390000012644	ENSGT00990000203541.a.a.b	ENSGT00940000155264	ENSGT00940000155325	ENSGT00940000159584.f	ENSGT00940000155056	ENSGT00940000160828	ENSGT00390000001176	ENSGT01000000217497	ENSGT00390000007975.b	ENSGT00940000153544.a.h	ENSGT00940000159813 #21	ENSGT00940000156775 #22	ENSGT00390000004313 #23	ENSGT00940000161009 #24	ENSGT00940000158992 #25	ENSGT00390000009312.h #26	ENSGT00940000158298 #27	ENSGT00940000165659 #28	ENSGT00390000014679 #29	ENSGT00940000159201.b #30	ENSGT00390000010210 #31	ENSGT00940000157172 #32	ENSGT00400000022349 #33	ENSGT00940000157472 #34	ENSGT00940000153394.c.a.h #36	ENSGT00940000161251 #37	ENSGT00390000000020.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	144	ENSCLAG00000007729	FKBP5 (ENSCLAG00000008953)	ARMC12 (ENSCLAG00000012362)	ENSCLAG00000013482	LHFPL5 (ENSCLAG00000010444)	ENSCLAG00000010564	MAPK14 (ENSCLAG00000009182)	MAPK13 (ENSCLAG00000012645)	BRPF3 (ENSCLAG00000014650)	PNPLA1 (ENSCLAG00000014322)	BNIP5 (ENSCLAG00000011215)	ENSCLAG00000010806	KCTD20 (ENSCLAG00000011525)	STK38 (ENSCLAG00000008152)	KCNK16 (ENSCLAG00000010814) #21	KCNK5 (ENSCLAG00000015932) #22	SAYSD1 (ENSCLAG00000008142) #23	GLP1R (ENSCLAG00000010274) #24	DNAH8 (ENSCLAG00000010447) #25	GLO1 (ENSCLAG00000012717) #26	BTBD9 (ENSCLAG00000014696) #27	ENSCLAG00000010007 #28	ZFAND3 (ENSCLAG00000009447) #29	MDGA1 (ENSCLAG00000010997) #30	CCDC167 (ENSCLAG00000013340) #31	CMTR1 (ENSCLAG00000012181) #32	RNF8 (ENSCLAG00000013628) #33	TBC1D22B (ENSCLAG00000013681) #34	PIM1 (ENSCLAG00000008817) #36	FGD2 (ENSCLAG00000011231) #37	MTCH1 (ENSCLAG00000014424)
Degu	MODERN SPECIES	46	RPL10A (ENSODEG00000016699)	TEAD3 (ENSODEG00000016731)	FKBP5 (ENSODEG00000017317)	ENSODEG00000016851	ARMC12 (ENSODEG00000016906)	CLPS (ENSODEG00000016885)	LHFPL5 (ENSODEG00000016672)	SRPK1 (ENSODEG00000016786)	MAPK14 (ENSODEG00000016354)	MAPK13 (ENSODEG00000017060)	BRPF3 (ENSODEG00000016708)	ENSODEG00000016514	KCTD20 (ENSODEG00000017286)	STK38 (ENSODEG00000016941)	ENSODEG00000016778	KCNK5 (ENSODEG00000017022) #22	ENSODEG00000020422	GLP1R (ENSODEG00000016982) #24	DNAH8 (ENSODEG00000016773) #25	GLO1 (ENSODEG00000016507) #26	BTBD9 (ENSODEG00000016311) #27	ENSODEG00000016428 #28	MDGA1 (ENSODEG00000016824) #30	CMTR1 (ENSODEG00000017441) #32	TBC1D22B (ENSODEG00000016816) #34	PIM1 (ENSODEG00000016613) #36	MTCH1 (ENSODEG00000016821)	ENSODEG00000016828	ENSODEG00000016774	CPNE5 (ENSODEG00000016928)	CDKN1A (ENSODEG00000016501)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	4	TREML2 (ENSHGLG00000043090) #8	ENSHGLG00000050475 #9	ENSHGLG00000013285 #10	TREML1 (ENSHGLG00000050484) #11	NFYA (ENSHGLG00000047559) #12	OARD1 (ENSHGLG00000038691) #13	APOBEC2 (ENSHGLG00000017169) #14	TSPO2 (ENSHGLG00000043944) #15	UNC5CL (ENSHGLG00000017127) #16	LRFN2 (ENSHGLG00000032699) #17	MOCS1 (ENSHGLG00000017153) #18	DAAM2 (ENSHGLG00000017172) #19	KIF6 (ENSHGLG00000017182) #20	ENSHGLG00000011685	ENSHGLG00000016993 #21	KCNK5 (ENSHGLG00000033812) #22	SAYSD1 (ENSHGLG00000017010) #23	GLP1R (ENSHGLG00000017023) #24	ENSHGLG00000039915	ENSHGLG00000017306	DNAH8 (ENSHGLG00000019200) #25	Glo1 (ENSHGLG00000049823) #26	ENSHGLG00000041323	BTBD9 (ENSHGLG00000017336) #27	ENSHGLG00000012443	ENSHGLG00000012947	ENSHGLG00000046458	ENSHGLG00000045275 #29	MDGA1 (ENSHGLG00000013546) #30	ENSHGLG00000014009	CMTR1 (ENSHGLG00000019562) #32
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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153835.a.a #8	ENSGT00940000153835.a.b.d #9	ENSGT00470000042297 #10	ENSGT00470000042300 #11	ENSGT00940000164212	ENSGT00390000015714.s #12	ENSGT00390000006988 #13	ENSGT00940000156616 #14	ENSGT00950000182815.b #16	ENSGT00940000156417 #17	ENSGT00390000016567 #18	ENSGT00940000157801 #19	ENSGT00940000157697 #20	ENSGT00940000159813 #21	ENSGT00940000162681	ENSGT00940000156775 #22	ENSGT00390000004313 #23	ENSGT00940000161009 #24	ENSGT00940000158992 #25	ENSGT00390000009312 #26	ENSGT00940000158298 #27	ENSGT00390000014679 #29	ENSGT00940000159201 #30	ENSGT00390000010210 #31	ENSGT00940000157172 #32	ENSGT00400000022349.e #33	ENSGT00940000157472 #34	ENSGT00730000111479.b #35	ENSGT00730000111479.a ##35	ENSGT00940000153394.c.a.h #36	ENSGT00940000161251 #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153835.a.b.d #9	ENSGT00470000042297 #10	ENSGT00470000042300 #11	ENSGT00940000164212	ENSGT00390000015714.s #12	ENSGT00390000006988 #13	ENSGT00940000156616 #14	ENSGT00950000182815.b #16	ENSGT00940000182368	ENSGT00940000156417 #17	ENSGT00390000016567 #18	ENSGT00940000157801 #19	ENSGT00940000157697 #20	ENSGT00940000159813 #21	ENSGT00940000162681	ENSGT00940000156775 #22	ENSGT00390000004313 #23	ENSGT00940000161009 #24	ENSGT00940000158992 #25	ENSGT00390000009312 #26	ENSGT00940000158298 #27	ENSGT00390000014679 #29	ENSGT00940000159201 #30	ENSGT00390000010210 #31	ENSGT00940000157172 #32	ENSGT00400000022349.e #33	ENSGT00940000157472 #34	ENSGT00730000111479.b #35	ENSGT00730000111479.a ##35	ENSGT00940000153394.c.a.h #36	ENSGT00940000161251 #37
Squirrel	MODERN SPECIES	76	ENSSTOG00000019791	TREML2 (ENSSTOG00000025947) #8	TREM2 (ENSSTOG00000010211) #10	TREML1 (ENSSTOG00000013307) #11	ENSSTOG00000031176	ENSSTOG00000023405 #12	OARD1 (ENSSTOG00000013301) #13	UNC5CL (ENSSTOG00000013292) #16	APOBEC2 (ENSSTOG00000023643) #14	LRFN2 (ENSSTOG00000006950) #17	MOCS1 (ENSSTOG00000001928) #18	DAAM2 (ENSSTOG00000001903) #19	KIF6 (ENSSTOG00000009994) #20	KCNK16 (ENSSTOG00000005992) #21	KCNK17 (ENSSTOG00000027190)	KCNK5 (ENSSTOG00000022013) #22	SAYSD1 (ENSSTOG00000026699) #23	GLP1R (ENSSTOG00000006609) #24	DNAH8 (ENSSTOG00000005829) #25	GLO1 (ENSSTOG00000005821) #26	BTBD9 (ENSSTOG00000005795) #27	ZFAND3 (ENSSTOG00000005782) #29	MDGA1 (ENSSTOG00000009721) #30	CCDC167 (ENSSTOG00000016548) #31	CMTR1 (ENSSTOG00000016546) #32	ENSSTOG00000013893 #33	TBC1D22B (ENSSTOG00000013887) #34	PIM1 (ENSSTOG00000026125) #36	FGD2 (ENSSTOG00000015932) #37	MTCH1 (ENSSTOG00000005058)	PI16 (ENSSTOG00000002382)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	25	ENSUPAG00010017104	TREML2 (ENSUPAG00010017100) #8	ENSUPAG00010017098 #9	TREM2 (ENSUPAG00010017095) #10	TREML1 (ENSUPAG00010017090) #11	NFYA (ENSUPAG00010017028) #12	OARD1 (ENSUPAG00010017009) #13	APOBEC2 (ENSUPAG00010017000) #14	UNC5CL (ENSUPAG00010016985) #16	ENSUPAG00010016970	MOCS1 (ENSUPAG00010016933) #18	DAAM2 (ENSUPAG00010016906) #19	KIF6 (ENSUPAG00010016881) #20	KCNK16 (ENSUPAG00010016871) #21	KCNK17 (ENSUPAG00010016856)	KCNK5 (ENSUPAG00010016848) #22	SAYSD1 (ENSUPAG00010016843) #23	GLP1R (ENSUPAG00010016830) #24	DNAH8 (ENSUPAG00010016449) #25	GLO1 (ENSUPAG00010016426) #26	BTBD9 (ENSUPAG00010016398) #27	ZFAND3 (ENSUPAG00010016367) #29	MDGA1 (ENSUPAG00010016292) #30	CCDC167 (ENSUPAG00010016246) #31	CMTR1 (ENSUPAG00010016197) #32	ENSUPAG00010016190	RNF8 (ENSUPAG00010016181) #33	TBC1D22B (ENSUPAG00010016168) #34	ENSUPAG00010016160 #35	ENSUPAG00010016154 ##35	PIM1 (ENSUPAG00010016150) #36
Alpin marmot	MODERN SPECIES	20	ENSMMMG00000024468 #7	TREML2 (ENSMMMG00000024467) #8	ENSMMMG00000024466 #9	TREM2 (ENSMMMG00000024465) #10	TREML1 (ENSMMMG00000024464) #11	NFYA (ENSMMMG00000024463) #12	ENSMMMG00000024462 #13	APOBEC2 (ENSMMMG00000024461) #14	UNC5CL (ENSMMMG00000024460) #16	LRFN2 (ENSMMMG00000024458) #17	MOCS1 (ENSMMMG00000024456) #18	ENSMMMG00000024454 #19	KIF6 (ENSMMMG00000024452) #20	KCNK16 (ENSMMMG00000024451) #21	KCNK17 (ENSMMMG00000024450)	KCNK5 (ENSMMMG00000024449) #22	SAYSD1 (ENSMMMG00000024448) #23	GLP1R (ENSMMMG00000024447) #24	DNAH8 (ENSMMMG00000024433) #25	GLO1 (ENSMMMG00000024428) #26	BTBD9 (ENSMMMG00000024425) #27	ZFAND3 (ENSMMMG00000024424) #29	MDGA1 (ENSMMMG00000024419) #30	CCDC167 (ENSMMMG00000024416) #31	CMTR1 (ENSMMMG00000024403) #32	RNF8 (ENSMMMG00000024396) #33	TBC1D22B (ENSMMMG00000024393) #34	TMEM217 (ENSMMMG00000024391) #35	PIM1 (ENSMMMG00000024390) #36	ENSMMMG00000024389 #37	ENSMMMG00000024388 #37
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	16	TREM2 (ENSSVLG00005012059) #10	TREML1 (ENSSVLG00005012295) #11	ENSSVLG00005012496	NFYA (ENSSVLG00005012623) #12	OARD1 (ENSSVLG00005012803) #13	APOBEC2 (ENSSVLG00005012947) #14	ENSSVLG00005012983	UNC5CL (ENSSVLG00005013061) #16	LRFN2 (ENSSVLG00005004197) #17	ENSSVLG00005004226	MOCS1 (ENSSVLG00005004277) #18	DAAM2 (ENSSVLG00005004331) #19	KIF6 (ENSSVLG00005004420) #20	KCNK16 (ENSSVLG00005004550) #21	KCNK17 (ENSSVLG00005004609)	KCNK5 (ENSSVLG00005004634) #22	ENSSVLG00005004649	SAYSD1 (ENSSVLG00005004663) #23	GLP1R (ENSSVLG00005004680) #24	DNAH8 (ENSSVLG00005004765) #25	GLO1 (ENSSVLG00005005083) #26	BTBD9 (ENSSVLG00005005131) #27	ZFAND3 (ENSSVLG00005005216) #29	MDGA1 (ENSSVLG00005005288) #30	CCDC167 (ENSSVLG00005005310) #31	CMTR1 (ENSSVLG00005005343) #32	RNF8 (ENSSVLG00005005392) #33	ENSSVLG00005005466	TBC1D22B (ENSSVLG00005005483) #34	TMEM217 (ENSSVLG00005005514) #35	ENSSVLG00005005535 ##35