Artiodactyla_a DUPLICATION Artiodactyla_a DUPLICATION Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.b #22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.b #22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.b #22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.b #22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.b #22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000015123.b #8 ENSGT00390000018146 ENSGT00940000157152.C #10 ENSGT00940000158976 #11 ENSGT00910000147851 ENSGT00510000048674 #12 ENSGT00940000154006.b #13 ENSGT00390000018559 #14 ENSGT00950000183203.d.g #15 ENSGT00940000161343 #16 ENSGT00940000160488.a #17 ENSGT00510000047471 #18 ENSGT00940000156009.A #19 ENSGT00940000154503.a #20 ENSGT00390000000378.d.a #21 ENSGT00940000154431.f.c.b #22 ENSGT00940000155585 #23 ENSGT00940000155932 #24 ENSGT00390000006762 #25 ENSGT00390000009030 #26 ENSGT00390000014787 ENSGT00940000155420.b #27 ENSGT00390000001360 #28 ENSGT00940000156193 #29 ENSGT00390000004832 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SEPTIN4 (ENSPSNG00000017836) MTMR4 (ENSPSNG00000017089) #11 HSF5 (ENSPSNG00000016971) #12 RNF43 (ENSPSNG00000016739) #13 SUPT4H1 (ENSPSNG00000016618) #14 TSPOAP1 (ENSPSNG00000015927) #15 MPO (ENSPSNG00000015693) #16 LPO (ENSPSNG00000015320) #17 MKS1 (ENSPSNG00000015027) #18 EPX (ENSPSNG00000014828) #19 OR4D2 (ENSPSNG00000014791) #20 DYNLL2 (ENSPSNG00000014740) #21 ENSPSNG00000014715 #22 SRSF1 (ENSPSNG00000014561) #23 VEZF1 (ENSPSNG00000014426) #24 CUEDC1 (ENSPSNG00000014362) #25 MRPS23 (ENSPSNG00000014279) #26 CCDC182 (ENSPSNG00000014250) MSI2 (ENSPSNG00000013991) #27 AKAP1 (ENSPSNG00000013873) #28 SCPEP1 (ENSPSNG00000013724) #29 COIL (ENSPSNG00000013649) #30 TRIM25 (ENSPSNG00000013582) #31 DGKE (ENSPSNG00000013515) #32 C17orf67 (ENSPSNG00000013457) #33 NOG (ENSPSNG00000013424) #34 ANKFN1 (ENSPSNG00000012781) #35 ENSPSNG00000012632 #36 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.b #22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.b #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.b #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000154156.d ENSGT00390000014201 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000161477 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160243 ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159484 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000154431.f.c.b #22 ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00400000022095.a ENSGT00640000091917 ENSGT00390000006835 ENSGT00390000005102.f ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006086 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000013963 ENSGT00390000015907 ENSGT00940000161774 ENSGT00940000161666 ENSGT00940000158082.b ENSGT00390000002222 ENSGT00510000047602 Bos ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000154156.d ENSGT00390000014201 ENSGT00940000162027.b ENSGT00940000161477 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00390000013208.ob ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160243 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(ENSBBBG00000013741) GARIN1B (ENSBBBG00000013746) CALU (ENSBBBG00000002950) OPN1SW (ENSBBBG00000013791) ENSBBBG00000002958 FLNC (ENSBBBG00000003024) ATP6V1F (ENSBBBG00000013933) ATP6V1FNB (ENSBBBG00000013937) KCP (ENSBBBG00000003212) IRF5 (ENSBBBG00000003226) TNPO3 (ENSBBBG00000003272) ENSBBBG00000001413 SMO (ENSBBBG00000014370) ENSBBBG00000001412 #22 AHCYL2 (ENSBBBG00000003347) STRIP2 (ENSBBBG00000014505) SMKR1 (ENSBBBG00000014511) NRF1 (ENSBBBG00000014541) ENSBBBG00000014555 UBE2H (ENSBBBG00000008909) ZC3HC1 (ENSBBBG00000008289) KLHDC10 (ENSBBBG00000003482) TMEM209 (ENSBBBG00000014646) SSMEM1 (ENSBBBG00000014667) CPA4 (ENSBBBG00000014707) CPA5 (ENSBBBG00000014792) CPA1 (ENSBBBG00000014815) CEP41 (ENSBBBG00000014879) MEST (ENSBBBG00000001080) Camelidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159854 ENSGT00930000152153 ENSGT00940000162322 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000155029.c.a ENSGT00940000157315 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007 ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000154431.f.c.b #22 ENSGT00940000154431.e.b ##22 ENSGT00950000182892.a.b.b ENSGT00390000003271 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000009405.b.o.b ENSGT00940000155957 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475 ENSGT00390000007287 ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00940000157167 ENSGT00940000154957.B ENSGT00390000015035 Arabian camel MODERN SPECIES 33 ENSCDRG00005001177 ENSCDRG00005001165 HOXA13 (ENSCDRG00005001129) HOXA11 (ENSCDRG00005001112) HOXA10 (ENSCDRG00005001092) HOXA9 (ENSCDRG00005001067) HOXA7 (ENSCDRG00005001043) HOXA6 (ENSCDRG00005001033) HOXA5 (ENSCDRG00005001022) HOXA3 (ENSCDRG00005000976) ENSCDRG00005000963 HOXA1 (ENSCDRG00005000950) SKAP2 (ENSCDRG00005000915) SNX10 (ENSCDRG00005000870) CBX3 (ENSCDRG00005000839) HNRNPA2B1 (ENSCDRG00005000755) #22 NFE2L3 (ENSCDRG00005000723) ENSCDRG00005000704 NPVF (ENSCDRG00005000692) C7orf31 (ENSCDRG00005000664) CYCS (ENSCDRG00005000650) OSBPL3 (ENSCDRG00005000550) GSDME (ENSCDRG00005000498) PALS2 (ENSCDRG00005000457) ENSCDRG00005000443 ENSCDRG00005000392 ENSCDRG00005000362 FAM221A (ENSCDRG00005000304) CCDC126 (ENSCDRG00005000272) TRA2A (ENSCDRG00005000208) IGF2BP3 (ENSCDRG00005000158) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Cow MODERN SPECIES 23 HOXA11 (ENSBTAG00000014738) HOXA10 (ENSBTAG00000040082) ENSBTAG00000048562 HOXA9 (ENSBTAG00000053595) HOXA7 (ENSBTAG00000001455) HOXA6 (ENSBTAG00000024341) HOXA5 (ENSBTAG00000012211) HOXA3 (ENSBTAG00000008139) HOXA4 (ENSBTAG00000001063) HOXA2 (ENSBTAG00000008138) HOXA1 (ENSBTAG00000013263) ENSBTAG00000047863 SKAP2 (ENSBTAG00000005650) SNX10 (ENSBTAG00000001822) CBX3 (ENSBTAG00000049437) HNRNPA2B1 (ENSBTAG00000005726) ##22 NFE2L3 (ENSBTAG00000004136) NPVF (ENSBTAG00000019447) C4H7orf31 (ENSBTAG00000019445) CYCS (ENSBTAG00000022613) OSBPL3 (ENSBTAG00000019342) ENSBTAG00000046586 GSDME (ENSBTAG00000015326) PALS2 (ENSBTAG00000015303) NPY (ENSBTAG00000004503) STK31 (ENSBTAG00000010609) FAM221A (ENSBTAG00000018064) ADAM22 (ENSBTAG00000007136) ENSBTAG00000024334 SRI (ENSBTAG00000010390) STEAP4 (ENSBTAG00000002340) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Goat MODERN SPECIES 13 WDR20 (ENSCHIG00000006874) ENSCHIG00000012619 ENSCHIG00000014686 CINP (ENSCHIG00000021794) TECPR2 (ENSCHIG00000015446) ANKRD9 (ENSCHIG00000024878) RCOR1 (ENSCHIG00000020773) TRAF3 (ENSCHIG00000026463) AMN (ENSCHIG00000008517) CDC42BPB (ENSCHIG00000025348) LBHD2 (ENSCHIG00000016749) EXOC3L4 (ENSCHIG00000012030) ENSCHIG00000015133 ENSCHIG00000006615 ENSCHIG00000009953 ENSCHIG00000011000 ##22 EIF5 (ENSCHIG00000021283) MARK3 (ENSCHIG00000018506) CKB (ENSCHIG00000017850) TRMT61A (ENSCHIG00000021168) BAG5 (ENSCHIG00000011895) COA8 (ENSCHIG00000024142) KLC1 (ENSCHIG00000017179) XRCC3 (ENSCHIG00000021019) ZFYVE21 (ENSCHIG00000012789) PPP1R13B (ENSCHIG00000018367) ENSCHIG00000015712 TDRD9 (ENSCHIG00000011541) RD3L (ENSCHIG00000025061) ASPG (ENSCHIG00000025636) ENSCHIG00000026025 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.c.a ##22 Vaquita MODERN SPECIES 1 USP18 (ENSPSNG00000022655) TUBA8 (ENSPSNG00000022654) PEX26 (ENSPSNG00000022653) ENSPSNG00000022651 MICAL3 (ENSPSNG00000022650) ENSPSNG00000022649 ENSPSNG00000022648 ATP6V1E1 (ENSPSNG00000022647) ENSPSNG00000022646 ##22 ENSPSNG00000022645 CECR2 (ENSPSNG00000022644) ADA2 (ENSPSNG00000022643) HDHD5 (ENSPSNG00000022642) ENSPSNG00000022641 IL17RA (ENSPSNG00000022640) CACNA1C (ENSPSNG00000016230) DCP1B (ENSPSNG00000010585) ENSPSNG00000010394 LRTM2 (ENSPSNG00000010328) ENSPSNG00000010069 ADIPOR2 (ENSPSNG00000009990) ENSPSNG00000009947 WNT5B (ENSPSNG00000009862) FBXL14 (ENSPSNG00000013028) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000154431.f.d ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000158311 ENSGT00940000163268 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00390000016010 ENSGT00940000159522 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000157315 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007 ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000154431.f.d ##22 ENSGT00940000153305.c.e.a ENSGT00940000154431.e.b ##22 ENSGT00950000182892.a.b.b ENSGT01030000235330.c.a ENSGT00390000003271 ENSGT00390000009405.b.o.b ENSGT00940000155957 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475 ENSGT00390000007287 ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000156889 ENSGT00940000153979.B ENSGT00390000008042.B Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Dolphin MODERN SPECIES 468 SNX10 (ENSTTRG00000000713) CBX3 (ENSTTRG00000000711) HNRNPA2B1 (ENSTTRG00000000709) ##22 NFE2L3 (ENSTTRG00000000707) Blue whale MODERN SPECIES 14 TTC1 (ENSBMSG00010010355) ADRA1B (ENSBMSG00010010374) ENSBMSG00010010381 IL12B (ENSBMSG00010010391) ENSBMSG00010010400 RNF145 (ENSBMSG00010010449) KCNMB1 (ENSBMSG00010010631) ENSBMSG00010010657 GABRP (ENSBMSG00010010718) RANBP17 (ENSBMSG00010010778) TLX3 (ENSBMSG00010010805) ENSBMSG00010010827 FGF18 (ENSBMSG00010010843) SMIM23 (ENSBMSG00010010861) FBXW11 (ENSBMSG00010010896) ENSBMSG00010010999 ##22 STK10 (ENSBMSG00010011007) ENSBMSG00010011019 EFCAB9 (ENSBMSG00010011022) UBTD2 (ENSBMSG00010011030) ENSBMSG00010011045 SH3PXD2B (ENSBMSG00010011059) NEURL1B (ENSBMSG00010011096) DUSP1 (ENSBMSG00010011183) ERGIC1 (ENSBMSG00010011201) RPL26L1 (ENSBMSG00010011223) ENSBMSG00010011236 CREBRF (ENSBMSG00010011255) ENSBMSG00010011277 BNIP1 (ENSBMSG00010011290) ENSBMSG00010011299 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 ENSBGRG00000022825 ENSBGRG00000022817 ENSBGRG00000022771 GARIN1B (ENSBGRG00000022749) CALU (ENSBGRG00000022337) OPN1SW (ENSBGRG00000022278) CCDC136 (ENSBGRG00000022169) FLNC (ENSBGRG00000011802) ENSBGRG00000011477 ATP6V1FNB (ENSBGRG00000011423) KCP (ENSBGRG00000010458) IRF5 (ENSBGRG00000010195) TNPO3 (ENSBGRG00000009809) TSPAN33 (ENSBGRG00000009713) SMO (ENSBGRG00000009570) ENSBGRG00000009523 ##22 AHCYL2 (ENSBGRG00000008318) STRIP2 (ENSBGRG00000008162) SMKR1 (ENSBGRG00000008134) NRF1 (ENSBGRG00000008004) ENSBGRG00000007949 UBE2H (ENSBGRG00000007819) ZC3HC1 (ENSBGRG00000007498) KLHDC10 (ENSBGRG00000007183) ENSBGRG00000006705 TMEM209 (ENSBGRG00000006532) SSMEM1 (ENSBGRG00000006487) ENSBGRG00000006475 CPA4 (ENSBGRG00000006101) CPA5 (ENSBGRG00000005976) CPA1 (ENSBGRG00000005917) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154431.f.d ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 9 ENSOARG00020012559 ENSOARG00020012595 HSPCA (ENSOARG00020012664) WDR20 (ENSOARG00020012746) MOK (ENSOARG00020012890) CINP (ENSOARG00020013201) TECPR2 (ENSOARG00020013345) ANKRD9 (ENSOARG00020013669) RCOR1 (ENSOARG00020013701) TRAF3 (ENSOARG00020013868) AMN (ENSOARG00020014007) CDC42BPB (ENSOARG00020014102) LBHD2 (ENSOARG00020014332) TNFAIP2 (ENSOARG00020014380) ENSOARG00020014751 ENSOARG00020014771 ##22 EIF5 (ENSOARG00020014840) MARK3 (ENSOARG00020015010) CKB (ENSOARG00020016713) TRMT61A (ENSOARG00020016758) BAG5 (ENSOARG00020016804) COA8 (ENSOARG00020016820) KLC1 (ENSOARG00020016907) ENSOARG00020017370 ZFYVE21 (ENSOARG00020017435) PPP1R13B (ENSOARG00020017481) ENSOARG00020017719 TDRD9 (ENSOARG00020017845) RD3L (ENSOARG00020018479) ASPG (ENSOARG00020018531) KIF26A (ENSOARG00020018926) Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 274 DCAF12L1 (ENSMMSG00000007050) ACTRT1 (ENSMMSG00000007059) ENSMMSG00000007074 SMARCA1 (ENSMMSG00000007101) OCRL (ENSMMSG00000007211) ENSMMSG00000007397 ##22 APLN (ENSMMSG00000007429) XPNPEP2 (ENSMMSG00000007456) SASH3 (ENSMMSG00000007610) ZDHHC9 (ENSMMSG00000007655) ENSMMSG00000007693 ENSMMSG00000007729 BCORL1 (ENSMMSG00000007957) ELF4 (ENSMMSG00000008028) AIFM1 (ENSMMSG00000008118) RAB33A (ENSMMSG00000008485) ZNF280C (ENSMMSG00000008530) ENSMMSG00000008643 GPR119 (ENSMMSG00000008720) RBMX2 (ENSMMSG00000008730) ENSMMSG00000008761 Siberian musk deer MODERN SPECIES 87 HOXA11 (ENSMMSG00000008748) HOXA10 (ENSMMSG00000008727) HOXA9 (ENSMMSG00000008679) HOXA7 (ENSMMSG00000008650) HOXA6 (ENSMMSG00000008621) HOXA5 (ENSMMSG00000008606) HOXA4 (ENSMMSG00000008591) HOXA3 (ENSMMSG00000008574) HOXA2 (ENSMMSG00000008551) HOXA1 (ENSMMSG00000008512) SKAP2 (ENSMMSG00000008475) SNX10 (ENSMMSG00000008398) CBX3 (ENSMMSG00000008333) ENSMMSG00000008126 ##22 NFE2L3 (ENSMMSG00000008071) ENSMMSG00000008040 ##22 NPVF (ENSMMSG00000008017) C7orf31 (ENSMMSG00000007922) ENSMMSG00000007897 ENSMMSG00000007886 OSBPL3 (ENSMMSG00000007737) GSDME (ENSMMSG00000007631) PALS2 (ENSMMSG00000007548) NPY (ENSMMSG00000007524) STK31 (ENSMMSG00000007029) FAM221A (ENSMMSG00000006804) ADAM22 (ENSMMSG00000005953) SRI (ENSMMSG00000005792) STEAP4 (ENSMMSG00000013499) ENSMMSG00000013478 ENSMMSG00000013469 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 1250 RERGL (ENSMMSG00000022367) PIK3C2G (ENSMMSG00000022404) ENSMMSG00000022478 PLCZ1 (ENSMMSG00000022489) CAPZA3 (ENSMMSG00000022519) ENSMMSG00000022527 ##22 ENSMMSG00000022620 AEBP2 (ENSMMSG00000023141) ENSMMSG00000023170 ENSMMSG00000023176 PDE3A (ENSMMSG00000023193) SLCO1C1 (ENSMMSG00000023215) ENSMMSG00000023253 SLCO1A2 (ENSMMSG00000023288) IAPP (ENSMMSG00000023315) PYROXD1 (ENSMMSG00000023323) RECQL (ENSMMSG00000023332) GOLT1B (ENSMMSG00000023349) SPX (ENSMMSG00000023361) GYS2 (ENSMMSG00000023372) ENSMMSG00000023385 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1222 CHL1 (ENSMMSG00000016568) ENSMMSG00000016517 ##22 CNTN3 (ENSMMSG00000016378) PDZRN3 (ENSMMSG00000016262) PPP4R2 (ENSMMSG00000016216) GXYLT2 (ENSMMSG00000016163) SHQ1 (ENSMMSG00000016133) RYBP (ENSMMSG00000016107) PROK2 (ENSMMSG00000016060) GPR27 (ENSMMSG00000016039) EIF4E3 (ENSMMSG00000015972) FOXP1 (ENSMMSG00000014620) MDFIC2 (ENSMMSG00000014534) MITF (ENSMMSG00000013971) FRMD4B (ENSMMSG00000013878) LMOD3 (ENSMMSG00000013861) ARL6IP5 (ENSMMSG00000013836)