Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	31												ENSGT00940000155227 #18	ENSGT00950000182919.B.b #19	ENSGT00940000159696 #20	ENSGT00940000156640 #21	ENSGT00940000156354 #22	ENSGT00510000046704.b.a #23	ENSGT00390000003122.c.a #24	ENSGT00390000003122.c.b #25	ENSGT00940000158176 #26	ENSGT00940000158270 #27	ENSGT00990000203589.b.b #28	ENSGT00940000157310 #29	ENSGT00940000157603 #30	ENSGT00390000009710 #31	ENSGT00940000159952 #32	ENSGT00390000017026.c #33	ENSGT00940000157817 #34	ENSGT00730000111121 #35	ENSGT00390000001362	ENSGT00940000161125
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	72												ENSGT00940000155227 #18	ENSGT00950000182919.B.b #19	ENSGT00940000159696 #20	ENSGT00940000156640 #21	ENSGT00940000156354 #22	ENSGT00510000046704.b.a #23	ENSGT00390000003122.c.a #24	ENSGT00390000003122.c.b #25	ENSGT00940000158176 #26	ENSGT00940000158270 #27	ENSGT00990000203589.b.b #28	ENSGT00940000157310 #29	ENSGT00940000157603 #30	ENSGT00390000009710 #31	ENSGT00940000159952 #32	ENSGT00390000017026.c #33	ENSGT00940000157817 #34	ENSGT00730000111121 #35	ENSGT00390000001362	ENSGT00940000161125
Guinea pig	MODERN SPECIES	83	UBXN2B (ENSCPOG00000023569) #7	CYP7A1 (ENSCPOG00000003388) #8	SDCBP (ENSCPOG00000013616) #9	NSMAF (ENSCPOG00000013618) #10	TOX (ENSCPOG00000010812) #11	CA8 (ENSCPOG00000025176) #12	RAB2A (ENSCPOG00000035393) #13	CHD7 (ENSCPOG00000013385) #14	CLVS1 (ENSCPOG00000007342) #15	ASPH (ENSCPOG00000007346) #16	PARP4 (ENSCPOG00000014672) #17	THBS4 (ENSCPOG00000004926) #18	MTX3 (ENSCPOG00000024084) #19	CMYA5 (ENSCPOG00000036038) #20	TENT2 (ENSCPOG00000005462) #21	HOMER1 (ENSCPOG00000007454) #22	JMY (ENSCPOG00000008290) #23	BHMT (ENSCPOG00000039971) #24	BHMT2 (ENSCPOG00000004265) #25	DMGDH (ENSCPOG00000001913) #26	ARSB (ENSCPOG00000040291) #27	LHFPL2 (ENSCPOG00000035182) #28	SCAMP1 (ENSCPOG00000038700) #29	AP3B1 (ENSCPOG00000000479) #30	TBCA (ENSCPOG00000035914) #31	OTP (ENSCPOG00000009888) #32	WDR41 (ENSCPOG00000001183) #33	PDE8B (ENSCPOG00000001181) #34	AGGF1 (ENSCPOG00000003545) #35
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	95												ENSGT00940000155227 #18	ENSGT00950000182919.B.b #19	ENSGT00940000159696 #20	ENSGT00940000156640 #21	ENSGT00940000156354 #22	ENSGT00510000046704.b.a #23	ENSGT00390000003122.c.a #24	ENSGT00390000003122.c.b #25	ENSGT00940000158176 #26	ENSGT00940000158270 #27	ENSGT00990000203589.b.b #28	ENSGT00940000157310 #29	ENSGT00940000157603 #30	ENSGT00390000009710 #31	ENSGT00940000159952 #32	ENSGT00390000017026.c #33	ENSGT00940000157817 #34	ENSGT00730000111121 #35	ENSGT00390000001362	ENSGT00940000161125
Degu	MODERN SPECIES	279												THBS4 (ENSODEG00000004087) #18	ENSODEG00000004025	MTX3 (ENSODEG00000004002) #19	TENT2 (ENSODEG00000003946) #21	HOMER1 (ENSODEG00000003750) #22	ENSODEG00000003653	JMY (ENSODEG00000003622) #23	BHMT (ENSODEG00000003547) #24	BHMT2 (ENSODEG00000003503) #25	DMGDH (ENSODEG00000003394) #26	ARSB (ENSODEG00000003302) #27	ENSODEG00000003273	LHFPL2 (ENSODEG00000003251) #28	SCAMP1 (ENSODEG00000001895) #29	ENSODEG00000001866	ENSODEG00000001855	AP3B1 (ENSODEG00000001757) #30	ENSODEG00000001711	ENSODEG00000018773	ENSODEG00000018710
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	132	DNAJC12 (ENSCLAG00000012847)	SIRT1 (ENSCLAG00000015502)	HERC4 (ENSCLAG00000016138)	MYPN (ENSCLAG00000011004)	ENSCLAG00000014026	PBLD (ENSCLAG00000010284)	HNRNPH3 (ENSCLAG00000010680)	RUFY2 (ENSCLAG00000012405)	DNA2 (ENSCLAG00000012086)	SLC25A16 (ENSCLAG00000015512)	CCAR1 (ENSCLAG00000011807)	THBS4 (ENSCLAG00000009452) #18	MTX3 (ENSCLAG00000011076) #19	CMYA5 (ENSCLAG00000009334) #20	TENT2 (ENSCLAG00000010023) #21	HOMER1 (ENSCLAG00000010571) #22	JMY (ENSCLAG00000009333) #23	BHMT (ENSCLAG00000010253) #24	BHMT2 (ENSCLAG00000013633) #25	DMGDH (ENSCLAG00000014854) #26	ARSB (ENSCLAG00000013316) #27	ENSCLAG00000009820	LHFPL2 (ENSCLAG00000010028) #28	SCAMP1 (ENSCLAG00000010430) #29	ENSCLAG00000017966	AP3B1 (ENSCLAG00000017374) #30	TBCA (ENSCLAG00000011463) #31	OTP (ENSCLAG00000011647) #32	WDR41 (ENSCLAG00000010095) #33	PDE8B (ENSCLAG00000011619) #34	AGGF1 (ENSCLAG00000012928) #35
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	7	ENSHGLG00000008417	ENSHGLG00000008456	ENSHGLG00000037791	ENSHGLG00000020952	ENSHGLG00000045248	ENSHGLG00000034451	ENSHGLG00000034932	ENSHGLG00000025275	ENSHGLG00000045404	ENSHGLG00000019982	ENSHGLG00000002153 #18	ENSHGLG00000041734	MTX3 (ENSHGLG00000034356) #19	CMYA5 (ENSHGLG00000011995) #20	TENT2 (ENSHGLG00000008742) #21	HOMER1 (ENSHGLG00000001109) #22	JMY (ENSHGLG00000002781) #23	ENSHGLG00000045617	BHMT (ENSHGLG00000050585) #24	BHMT2 (ENSHGLG00000036952) #25	DMGDH (ENSHGLG00000000837) #26	ARSB (ENSHGLG00000000586) #27	ENSHGLG00000000380	ENSHGLG00000040355	ENSHGLG00000035099	SCAMP1 (ENSHGLG00000048514) #29	AP3B1 (ENSHGLG00000001480) #30	ENSHGLG00000019786	ENSHGLG00000000425 #31	OTP (ENSHGLG00000003908) #32	ENSHGLG00000017808 #33