Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157037.a	ENSGT00940000159350 #7	ENSGT00390000012901 #8	ENSGT00390000003477 #9	ENSGT00940000158750 #10	ENSGT00390000000483.b #11	ENSGT00390000014853 #12	ENSGT00940000161623 #13	ENSGT00390000016221 #15	ENSGT00940000160490 #16	ENSGT00940000154127.A #17	ENSGT00940000154127.B #18	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.b #19	ENSGT00390000003220 #20	ENSGT00940000153713.B.c #21	ENSGT00390000016928 #22	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.b #23	ENSGT01030000234638.b.a.b #24	ENSGT00940000162871 #26	ENSGT00940000155541.C #27	ENSGT00390000006790.b #28	ENSGT00390000018549 #29	ENSGT00940000157250 #31	ENSGT00940000154521.A #32	ENSGT00940000157318 #33	ENSGT00390000005589.a.a #34	ENSGT01030000234563.b.a.a #36	ENSGT00940000164031 #37	ENSGT00950000183067.a.a	ENSGT00950000182850.a.b.a.a	ENSGT00530000063812.A
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	18	OTOP1 (ENSSVLG00005007557) #7	TMEM128 (ENSSVLG00005007596) #8	LYAR (ENSSVLG00005007623) #9	ZBTB49 (ENSSVLG00005007648) #10	NSG1 (ENSSVLG00005007685) #11	STX18 (ENSSVLG00005007739) #12	MSX1 (ENSSVLG00005007827) #13	ENSSVLG00005007871 #14	ENSSVLG00005007931 #15	STK32B (ENSSVLG00005007977) #16	EVC2 (ENSSVLG00005008072) #17	EVC (ENSSVLG00005008315) #18	CRMP1 (ENSSVLG00005008502) #19	ENSSVLG00005008731 #20	JAKMIP1 (ENSSVLG00005008863) #21	WFS1 (ENSSVLG00005009346) #22	PPP2R2C (ENSSVLG00005009372) #23	MAN2B2 (ENSSVLG00005009508) #24	ENSSVLG00005009547 #25	S100P (ENSSVLG00005009565) #26	ENSSVLG00005009589 #27	BLOC1S4 (ENSSVLG00005009606) #28	KIAA0232 (ENSSVLG00005009626) #29	ENSSVLG00005009687 #30	TBC1D14 (ENSSVLG00005009746) #31	ENSSVLG00005009953 #32	TADA2B (ENSSVLG00005009970) #33	ENSSVLG00005010011 #34	ENSSVLG00005010062 #35	SORCS2 (ENSSVLG00005010100) #36	PSAPL1 (ENSSVLG00005010373) #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000157037.a	ENSGT00940000159350 #7	ENSGT00390000012901 #8	ENSGT00390000003477 #9	ENSGT00940000158750 #10	ENSGT00390000000483.b #11	ENSGT00390000014853 #12	ENSGT00940000161623 #13	ENSGT00390000016221 #15	ENSGT00940000160490 #16	ENSGT00940000154127.A #17	ENSGT00940000154127.B #18	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.b #19	ENSGT00390000003220 #20	ENSGT00940000153713.B.c #21	ENSGT00390000016928 #22	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.b #23	ENSGT01030000234638.b.a.b #24	ENSGT00940000162871 #26	ENSGT00940000155541.C #27	ENSGT00390000006790.b #28	ENSGT00390000018549 #29	ENSGT00940000157250 #31	ENSGT00940000154521.A #32	ENSGT00940000157318 #33	ENSGT00390000005589.a.a #34	ENSGT01030000234563.b.a.a #36	ENSGT00940000164031 #37	ENSGT00950000183067.a.a	ENSGT00950000182850.a.b.a.a	ENSGT00530000063812.A
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000159192	ENSGT00940000157037.a	ENSGT00940000159350 #7	ENSGT00390000012901 #8	ENSGT00390000003477 #9	ENSGT00940000158750 #10	ENSGT00390000000483.b #11	ENSGT00390000014853 #12	ENSGT00940000161623 #13	ENSGT00390000016221 #15	ENSGT00940000160490 #16	ENSGT00940000154127.A #17	ENSGT00940000154127.B #18	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.b #19	ENSGT00940000153713.B.c #21	ENSGT00390000016928 #22	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.b #23	ENSGT01030000234638.b.a.b #24	ENSGT00940000162871 #26	ENSGT00940000155541.C #27	ENSGT00390000006790.b #28	ENSGT00390000018549 #29	ENSGT00940000157250 #31	ENSGT00940000154521.A #32	ENSGT00940000157318 #33	ENSGT00390000005589.a.a #34	ENSGT01030000234563.b.a.a #36	ENSGT00940000164031 #37	ENSGT00950000183067.a.a	ENSGT00950000182850.a.b.a.a	ENSGT00530000063812.A
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	154								MSX1 (ENSUPAG00010003547) #13	CYTL1 (ENSUPAG00010003553) #15	STK32B (ENSUPAG00010003559) #16	EVC2 (ENSUPAG00010003571) #17	EVC (ENSUPAG00010003589) #18	CRMP1 (ENSUPAG00010004062) #19	JAKMIP1 (ENSUPAG00010004172) #21	ENSUPAG00010004337	WFS1 (ENSUPAG00010004345) #22	PPP2R2C (ENSUPAG00010004357) #23	MAN2B2 (ENSUPAG00010004375) #24	S100P (ENSUPAG00010004392) #26	BLOC1S4 (ENSUPAG00010004395) #28	KIAA0232 (ENSUPAG00010004399) #29	TBC1D14 (ENSUPAG00010004452) #31	ENSUPAG00010004558	ENSUPAG00010004564 #32	TADA2B (ENSUPAG00010004566) #33	GRPEL1 (ENSUPAG00010004575) #34	SORCS2 (ENSUPAG00010004579) #36	PSAPL1 (ENSUPAG00010004619) #37	AFAP1 (ENSUPAG00010004645)	ABLIM2 (ENSUPAG00010004675)	SH3TC1 (ENSUPAG00010005003)
Squirrel	MODERN SPECIES	77	DRD5 (ENSSTOG00000024357)	OTOP1 (ENSSTOG00000025465) #7	TMEM128 (ENSSTOG00000000546) #8	ENSSTOG00000000548 #9	ZBTB49 (ENSSTOG00000000550) #10	NSG1 (ENSSTOG00000014987) #11	STX18 (ENSSTOG00000014992) #12	MSX1 (ENSSTOG00000020201) #13	CYTL1 (ENSSTOG00000000183) #15	STK32B (ENSSTOG00000004994) #16	EVC2 (ENSSTOG00000008460) #17	EVC (ENSSTOG00000022307) #18	CRMP1 (ENSSTOG00000008899) #19	JAKMIP1 (ENSSTOG00000009209) #21	ENSSTOG00000029807	WFS1 (ENSSTOG00000021858) #22	PPP2R2C (ENSSTOG00000011959) #23	MAN2B2 (ENSSTOG00000003905) #24	S100P (ENSSTOG00000003753) #26	ENSSTOG00000024126 #27	BLOC1S4 (ENSSTOG00000015106) #28	KIAA0232 (ENSSTOG00000015114) #29	TBC1D14 (ENSSTOG00000028274) #31	ENSSTOG00000027035 #33	GRPEL1 (ENSSTOG00000009782) #34	SORCS2 (ENSSTOG00000021488) #36	AFAP1 (ENSSTOG00000023755)	ABLIM2 (ENSSTOG00000024265)	SH3TC1 (ENSSTOG00000020377)	HTRA3 (ENSSTOG00000021150)	ACOX3 (ENSSTOG00000016342)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	9	SLC2A9 (ENSMMMG00000015685)	DRD5 (ENSMMMG00000015673)	TMEM128 (ENSMMMG00000015670) #8	LYAR (ENSMMMG00000015661) #9	ZBTB49 (ENSMMMG00000015640) #10	NSG1 (ENSMMMG00000015615) #11	STX18 (ENSMMMG00000015577) #12	MSX1 (ENSMMMG00000015570) #13	CYTL1 (ENSMMMG00000015556) #15	STK32B (ENSMMMG00000015543) #16	EVC2 (ENSMMMG00000015516) #17	EVC (ENSMMMG00000015313) #18	CRMP1 (ENSMMMG00000015284) #19	ENSMMMG00000015267 #20	JAKMIP1 (ENSMMMG00000015150) #21	WFS1 (ENSMMMG00000015123) #22	PPP2R2C (ENSMMMG00000015117) #23	MAN2B2 (ENSMMMG00000015106) #24	S100P (ENSMMMG00000015105) #26	ENSMMMG00000015103 #27	BLOC1S4 (ENSMMMG00000015101) #28	KIAA0232 (ENSMMMG00000015088) #29	TBC1D14 (ENSMMMG00000015012) #31	ENSMMMG00000015006 #32	TADA2B (ENSMMMG00000015003) #33	GRPEL1 (ENSMMMG00000014999) #34	SORCS2 (ENSMMMG00000014836) #36	AFAP1 (ENSMMMG00000014805)	ABLIM2 (ENSMMMG00000014483)	SH3TC1 (ENSMMMG00000014397)	HTRA3 (ENSMMMG00000014366)