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Theria	DUPLICATION
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Eutheria	DUPLICATION
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Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
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Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	111	Fam110d (ENSCGRG00001002609) #7	Gm30191 (ENSCGRG00001023133) #8	Zfp593 (ENSCGRG00001010679) #9	E130218I03Rik (ENSCGRG00001011451) #10	Cnksr1 (ENSCGRG00001024045) #11	Catsper4 (ENSCGRG00001006536) #12	Zpld2 (ENSCGRG00001023657) #13	Cep85 (ENSCGRG00001013982) #14	Sh3bgrl3 (ENSCGRG00001017433) #15	Ubxn11 (ENSCGRG00001022013) #16	ENSCGRG00001020409	Crybg2 (ENSCGRG00001023744) #18	Zfp683 (ENSCGRG00001024633) #19	Lin28a (ENSCGRG00001017186) #20	Dhdds (ENSCGRG00001014342) #21	Hmgn2 (ENSCGRG00001020969) #22	Rps6ka1 (ENSCGRG00001024951) #23	Arid1a (ENSCGRG00001022343) #24	Pigv (ENSCGRG00001013693) #25	Zdhhc18 (ENSCGRG00001024788) #26	Sfn (ENSCGRG00001008371) #27	Gpn2 (ENSCGRG00001023875) #28	Gpatch3 (ENSCGRG00001002930) #29	Nr0b2 (ENSCGRG00001020066) #30	ENSCGRG00001022208 #31	Kdf1 (ENSCGRG00001003180) #32	ENSCGRG00001022474 #33	Trnp1 (ENSCGRG00001024587)	Tent5b (ENSCGRG00001024770) #35	Slc9a1 (ENSCGRG00001002747) #36	Wdtc1 (ENSCGRG00001015126) #37
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Mus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Mouse	MODERN SPECIES	13	Fam110d (ENSMUSG00000050105) #7	Gm30191 (ENSMUSG00000108398) #8	E130218I03Rik (ENSMUSG00000086322) #10	Zfp593 (ENSMUSG00000028840) #9	Cnksr1 (ENSMUSG00000028841) #11	Catsper4 (ENSMUSG00000048003) #12	Zpld2 (ENSMUSG00000073747) #13	Cep85 (ENSMUSG00000037443) #14	Sh3bgrl3 (ENSMUSG00000028843) #15	Ubxn11 (ENSMUSG00000012126) #16	Cd52 (ENSMUSG00000000682) #17	Crybg2 (ENSMUSG00000012123) #18	Zfp683 (ENSMUSG00000049410) #19	Lin28a (ENSMUSG00000050966) #20	Dhdds (ENSMUSG00000012117) #21	Hmgn2 (ENSMUSG00000003038) #22	Rps6ka1 (ENSMUSG00000003644) #23	Arid1a (ENSMUSG00000007880) #24	Pigv (ENSMUSG00000043257) #25	Zdhhc18 (ENSMUSG00000037553) #26	Sfn (ENSMUSG00000047281) #27	Gpn2 (ENSMUSG00000028848) #28	Gpatch3 (ENSMUSG00000028850) #29	Nr0b2 (ENSMUSG00000037583) #30	Nudc (ENSMUSG00000028851) #31	Kdf1 (ENSMUSG00000037600) #32	Trnp1 (ENSMUSG00000056596)	Tent5b (ENSMUSG00000046694) #35	Slc9a1 (ENSMUSG00000028854) #36	Wdtc1 (ENSMUSG00000037622) #37	Tmem222 (ENSMUSG00000028857)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	114												Pmpcb (ENSMSIG00000023391)	Dnajc2 (ENSMSIG00000023328)	Psmc2 (ENSMSIG00000023312)	Slc26a5 (ENSMSIG00000023172)	ENSMSIG00000023109 #22	Reln (ENSMSIG00000022798)	Orc5 (ENSMSIG00000022758)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2877							ENSMSIG00000009539	ENSMSIG00000009557	Hrg (ENSMSIG00000009566)	Fetub (ENSMSIG00000009611)	Ahsg (ENSMSIG00000009633)	Dnajb11 (ENSMSIG00000009695)	Tbccd1 (ENSMSIG00000009718)	Crygs (ENSMSIG00000009778)	Dgkg (ENSMSIG00000009800)	ENSMSIG00000010017 #22	ENSMSIG00000010024	Tra2b (ENSMSIG00000010089)	Igf2bp2 (ENSMSIG00000010136)	ENSMSIG00000010168	Senp2 (ENSMSIG00000010175)	Liph (ENSMSIG00000010223)	Tmem41a (ENSMSIG00000010249)	Map3k13 (ENSMSIG00000010272)
spretus	DUPLICATION
spretus	MODERN SPECIES	4	Hapln1 (MGP_SPRETEiJ_G0019637)	Vcan (MGP_SPRETEiJ_G0019638)	Xrcc4 (MGP_SPRETEiJ_G0019639)	Tmem167 (MGP_SPRETEiJ_G0019640)	MGP_SPRETEiJ_G0019641	Atp6ap1l (MGP_SPRETEiJ_G0019642)	Rps23 (MGP_SPRETEiJ_G0019643)	Atg10 (MGP_SPRETEiJ_G0019644)	MGP_SPRETEiJ_G0019645	Ssbp2 (MGP_SPRETEiJ_G0019646)	Acot12 (MGP_SPRETEiJ_G0019647)	Zcchc9 (MGP_SPRETEiJ_G0019648)	Ckmt2 (MGP_SPRETEiJ_G0019649)	Rasgrf2 (MGP_SPRETEiJ_G0019650)	Msh3 (MGP_SPRETEiJ_G0019651)	MGP_SPRETEiJ_G0019652 #22	Dhfr (MGP_SPRETEiJ_G0019653)	Ankrd34b (MGP_SPRETEiJ_G0019654)	Fam151b (MGP_SPRETEiJ_G0019655)	Zfyve16 (MGP_SPRETEiJ_G0019656)	Spz1 (MGP_SPRETEiJ_G0019657)	Serinc5 (MGP_SPRETEiJ_G0019658)	Thbs4 (MGP_SPRETEiJ_G0019659)	Mtx3 (MGP_SPRETEiJ_G0019660)	Cmya5 (MGP_SPRETEiJ_G0019661)	Tent2 (MGP_SPRETEiJ_G0019662)	Homer1 (MGP_SPRETEiJ_G0019663)	Jmy (MGP_SPRETEiJ_G0019664)	MGP_SPRETEiJ_G0019665	Bhmt2 (MGP_SPRETEiJ_G0019666)	Dmgdh (MGP_SPRETEiJ_G0019667)
spretus	MODERN SPECIES	13	Fam110d (MGP_SPRETEiJ_G0027596) #7	Gm30191 (MGP_SPRETEiJ_G0027595) #8	E130218I03Rik (MGP_SPRETEiJ_G0027594) #10	Zfp593 (MGP_SPRETEiJ_G0027593) #9	Cnksr1 (MGP_SPRETEiJ_G0027592) #11	Catsper4 (MGP_SPRETEiJ_G0027591) #12	Zpld2 (MGP_SPRETEiJ_G0027590) #13	Cep85 (MGP_SPRETEiJ_G0027589) #14	Sh3bgrl3 (MGP_SPRETEiJ_G0027588) #15	Ubxn11 (MGP_SPRETEiJ_G0027587) #16	Cd52 (MGP_SPRETEiJ_G0027586) #17	Crybg2 (MGP_SPRETEiJ_G0027585) #18	Zfp683 (MGP_SPRETEiJ_G0027584) #19	Lin28a (MGP_SPRETEiJ_G0027583) #20	Dhdds (MGP_SPRETEiJ_G0027582) #21	Hmgn2 (MGP_SPRETEiJ_G0027581) #22	Rps6ka1 (MGP_SPRETEiJ_G0027580) #23	Arid1a (MGP_SPRETEiJ_G0027579) #24	Pigv (MGP_SPRETEiJ_G0027578) #25	Zdhhc18 (MGP_SPRETEiJ_G0027577) #26	Gpn2 (MGP_SPRETEiJ_G0027576) #28	Gpatch3 (MGP_SPRETEiJ_G0027575) #29	Nr0b2 (MGP_SPRETEiJ_G0027574) #30	Nudc (MGP_SPRETEiJ_G0027573) #31	Kdf1 (MGP_SPRETEiJ_G0027572) #32	Trnp1 (MGP_SPRETEiJ_G0027571)	Tent5b (MGP_SPRETEiJ_G0027570) #35	Slc9a1 (MGP_SPRETEiJ_G0027569) #36	Wdtc1 (MGP_SPRETEiJ_G0027568) #37	Tmem222 (MGP_SPRETEiJ_G0027567)	Sytl1 (MGP_SPRETEiJ_G0027566)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1320										Lrig3 (ENSNGAG00000017007)	ENSNGAG00000016710	Tafa2 (ENSNGAG00000016397)	Usp15 (ENSNGAG00000015079)	Mon2 (ENSNGAG00000011389)	Ppm1h (ENSNGAG00000005472)	ENSNGAG00000014384 #22	Avpr1a (ENSNGAG00000002648)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	47	Gfm1 (ENSJJAG00000016447)	Lxn (ENSJJAG00000013889)	Mlf1 (ENSJJAG00000016680)	Rsrc1 (ENSJJAG00000013815)	ENSJJAG00000013277	Shox2 (ENSJJAG00000014041)	ENSJJAG00000014616	ENSJJAG00000016473	Veph1 (ENSJJAG00000014528)	Ptx3 (ENSJJAG00000022554)	ENSJJAG00000011566	Ccnl1 (ENSJJAG00000023702)	ENSJJAG00000021019	ENSJJAG00000017620	ENSJJAG00000016465	ENSJJAG00000003128 #22	Tiparp (ENSJJAG00000014369)	Ssr3 (ENSJJAG00000017278)	Kcnab1 (ENSJJAG00000018614)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	325	Trim63 (ENSDORG00000003824)	Pdik1l (ENSDORG00000028227)	Gm30191 (ENSDORG00000026074) #8	Zfp593 (ENSDORG00000028366) #9	E130218I03Rik (ENSDORG00000026750) #10	Cnksr1 (ENSDORG00000003511) #11	Catsper4 (ENSDORG00000003510) #12	Cep85 (ENSDORG00000011337) #14	Sh3bgrl3 (ENSDORG00000028188) #15	Ubxn11 (ENSDORG00000011339) #16	ENSDORG00000008372	ENSDORG00000008373 #18	ENSDORG00000027789	Lin28a (ENSDORG00000027432) #20	Dhdds (ENSDORG00000001776) #21	Hmgn2 (ENSDORG00000001787) #22	Rps6ka1 (ENSDORG00000007099) #23	Arid1a (ENSDORG00000002442) #24	Pigv (ENSDORG00000008243) #25	Zdhhc18 (ENSDORG00000012486) #26	Sfn (ENSDORG00000012487) #27	Gpn2 (ENSDORG00000005203) #28	ENSDORG00000005205 #29	Nr0b2 (ENSDORG00000023804) #30	Nudc (ENSDORG00000026035) #31	Kdf1 (ENSDORG00000023459) #32	ENSDORG00000030030 #33	Tent5b (ENSDORG00000015648) #35	Slc9a1 (ENSDORG00000012211) #36	Wdtc1 (ENSDORG00000012982) #37	Tmem222 (ENSDORG00000009464)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	64																ENSSVLG00005021080 #22
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	13	FBXL3 (ENSSVLG00005001661)	MYCBP2 (ENSSVLG00005001417)	ENSSVLG00005001299	SCEL (ENSSVLG00005001157)	ENSSVLG00005000937	EDNRB (ENSSVLG00005000870)	POU4F1 (ENSSVLG00005000848)	OBI1 (ENSSVLG00005000825)	RBM26 (ENSSVLG00005000683)	ENSSVLG00005000577	NDFIP2 (ENSSVLG00005000536)	ENSSVLG00005000512	ENSSVLG00005000442	SLITRK1 (ENSSVLG00005000428)	ENSSVLG00005000392	ENSSVLG00005000367 #22	SLITRK6 (ENSSVLG00005000356)	ENSSVLG00005000242	ENSSVLG00005000212	ENSSVLG00005020345	ENSSVLG00005020332	ENSSVLG00005020318	ENSSVLG00005019830	ENSSVLG00005019781	ENSSVLG00005019733	ENSSVLG00005019701	ENSSVLG00005019663	WASF3 (ENSSVLG00005019562)	ENSSVLG00005019373	CDK8 (ENSSVLG00005019288)	RNF6 (ENSSVLG00005019198)
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Alpin marmot	MODERN SPECIES	11	SYN3 (ENSMMMG00000016926)	TIMP3 (ENSMMMG00000016936)	FBXO7 (ENSMMMG00000016939)	BPIFC (ENSMMMG00000016944)	RTCB (ENSMMMG00000016958)	PRDM4 (ENSMMMG00000016969)	PWP1 (ENSMMMG00000016996)	ABTB3 (ENSMMMG00000017014)	CRY1 (ENSMMMG00000017030)	MTERF2 (ENSMMMG00000017043)	TMEM263 (ENSMMMG00000017048)	RIC8B (ENSMMMG00000017060)	RFX4 (ENSMMMG00000017077)	ENSMMMG00000017101	POLR3B (ENSMMMG00000017120)	ENSMMMG00000017137 #22	TCP11L2 (ENSMMMG00000017141)	ENSMMMG00000017150	CKAP4 (ENSMMMG00000017154)	NUAK1 (ENSMMMG00000017169)	C12orf75 (ENSMMMG00000017181)	APPL2 (ENSMMMG00000017187)	WASHC4 (ENSMMMG00000017204)	ALDH1L2 (ENSMMMG00000017239)	NOPCHAP1 (ENSMMMG00000017266)	SLC41A2 (ENSMMMG00000017275)	CHST11 (ENSMMMG00000017290)	TXNRD1 (ENSMMMG00000017295)	ENSMMMG00000017345	NFYB (ENSMMMG00000017353)	HCFC2 (ENSMMMG00000017365)
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Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156072	ENSGT00940000156529	ENSGT00940000158412.j	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	15	ENSHGLG00000011488	ENSHGLG00000012382	ENSHGLG00000016465	ENSHGLG00000046414	ITPRIPL2 (ENSHGLG00000037760)	COQ7 (ENSHGLG00000018991)	ENSHGLG00000018929	ENSHGLG00000010031	ENSHGLG00000040318	CCP110 (ENSHGLG00000018807)	VPS35L (ENSHGLG00000018818)	KNOP1 (ENSHGLG00000049260)	IQCK (ENSHGLG00000014331)	ENSHGLG00000049053	GPR139 (ENSHGLG00000034334)	ENSHGLG00000050561 #22	ENSHGLG00000009974	UMOD (ENSHGLG00000006685)	PDILT (ENSHGLG00000008450)	ACSM5 (ENSHGLG00000010732)	ENSHGLG00000011441	ENSHGLG00000037112	ENSHGLG00000012971	ENSHGLG00000006014	ENSHGLG00000049216	ENSHGLG00000007282	ENSHGLG00000049148	ENSHGLG00000007912	BFAR (ENSHGLG00000008907)	PARN (ENSHGLG00000010886)	MRTFB (ENSHGLG00000019009)
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Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156072	ENSGT00940000156529	ENSGT00940000158412.j	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	159	SLC30A2 (ENSCLAG00000010472)	TRIM63 (ENSCLAG00000009429)	PDIK1L (ENSCLAG00000010649)	FAM110D (ENSCLAG00000010682) #7	C1orf232 (ENSCLAG00000011904) #8	ZNF593 (ENSCLAG00000011066) #9	ZNF593OS (ENSCLAG00000010913) #10	CNKSR1 (ENSCLAG00000006569) #11	CEP85 (ENSCLAG00000008438) #14	UBXN11 (ENSCLAG00000009843) #16	SH3BGRL3 (ENSCLAG00000007979) #15	CRYBG2 (ENSCLAG00000009319) #18	ZNF683 (ENSCLAG00000014629)	LIN28A (ENSCLAG00000013508) #20	DHDDS (ENSCLAG00000009304) #21	HMGN2 (ENSCLAG00000008674) #22	RPS6KA1 (ENSCLAG00000012043) #23	ARID1A (ENSCLAG00000008499) #24	PIGV (ENSCLAG00000011353) #25	ZDHHC18 (ENSCLAG00000015099) #26	SFN (ENSCLAG00000018088) #27	GPN2 (ENSCLAG00000015368) #28	GPATCH3 (ENSCLAG00000012064) #29	NR0B2 (ENSCLAG00000012438) #30	NUDC (ENSCLAG00000008191) #31	KDF1 (ENSCLAG00000009636) #32	TENT5B (ENSCLAG00000010180) #35	SLC9A1 (ENSCLAG00000011250) #36	WDTC1 (ENSCLAG00000012710) #37	TMEM222 (ENSCLAG00000014379)	SYTL1 (ENSCLAG00000011750)
Guinea pig	MODERN SPECIES	25	SLC30A2 (ENSCPOG00000003475)	TRIM63 (ENSCPOG00000022922)	PDIK1L (ENSCPOG00000011692)	FAM110D (ENSCPOG00000039832) #7	C1orf232 (ENSCPOG00000030787) #8	ZNF593OS (ENSCPOG00000031348) #10	ZNF593 (ENSCPOG00000035949) #9	CNKSR1 (ENSCPOG00000007056) #11	CEP85 (ENSCPOG00000007069) #14	SH3BGRL3 (ENSCPOG00000007077) #15	UBXN11 (ENSCPOG00000024029) #16	CRYBG2 (ENSCPOG00000007086) #18	ZNF683 (ENSCPOG00000030245)	ENSCPOG00000019646 #20	DHDDS (ENSCPOG00000008087) #21	HMGN2 (ENSCPOG00000039945) #22	RPS6KA1 (ENSCPOG00000003945) #23	ENSCPOG00000021806	ARID1A (ENSCPOG00000010387) #24	ENSCPOG00000033509 #25	ZDHHC18 (ENSCPOG00000010395) #26	SFN (ENSCPOG00000035257) #27	GPN2 (ENSCPOG00000002848) #28	GPATCH3 (ENSCPOG00000010404) #29	NR0B2 (ENSCPOG00000010409) #30	NUDC (ENSCPOG00000010413) #31	KDF1 (ENSCPOG00000022999) #32	TENT5B (ENSCPOG00000032542) #35	SLC9A1 (ENSCPOG00000035897) #36	WDTC1 (ENSCPOG00000012347) #37	TMEM222 (ENSCPOG00000020198)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000156529	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371	ENSGT00940000160932
Pika	MODERN SPECIES	3967	EXTL1 (ENSOPRG00000001366)	SLC30A2 (ENSOPRG00000001390)	TRIM63 (ENSOPRG00000001404)	PDIK1L (ENSOPRG00000001429)	FAM110D (ENSOPRG00000001433) #7	ZNF593 (ENSOPRG00000001439) #9	CNKSR1 (ENSOPRG00000001452) #11	ENSOPRG00000001487	CEP85 (ENSOPRG00000001515) #14	SH3BGRL3 (ENSOPRG00000001538) #15	ENSOPRG00000001544 #16	ENSOPRG00000001564 #18	ENSOPRG00000018194	LIN28A (ENSOPRG00000001591) #20	DHDDS (ENSOPRG00000001598) #21	HMGN2 (ENSOPRG00000001616) #22
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	9946																ENSTBEG00000004536 #22
Tree shrew	MODERN SPECIES	3065								DHX57 (ENSTBEG00000005067)	GEMIN6 (ENSTBEG00000005016)	SRSF7 (ENSTBEG00000004604)	GALM (ENSTBEG00000003695)	HNRNPLL (ENSTBEG00000003191)	ATL2 (ENSTBEG00000002649)	CYP1B1 (ENSTBEG00000001857)	CDC42EP3 (ENSTBEG00000001606)	ENSTBEG00000001350 #22
Tree shrew	MODERN SPECIES	5532						EXOC6 (ENSTBEG00000003706)	ENSTBEG00000004431	CYP26A1 (ENSTBEG00000004596)	MYOF (ENSTBEG00000005063)	CEP55 (ENSTBEG00000006004)	ENSTBEG00000006397	ENSTBEG00000006747	PDE6C (ENSTBEG00000006962)	FRA10AC1 (ENSTBEG00000007620)	LGI1 (ENSTBEG00000008072)	ENSTBEG00000008293 #22	SLC35G1 (ENSTBEG00000008377)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Mouse lemur	MODERN SPECIES	22	OSGEP (ENSMICG00000047093)	KLHL33 (ENSMICG00000001522)	TEP1 (ENSMICG00000001497)	PARP2 (ENSMICG00000001491)	CCNB1IP1 (ENSMICG00000041696)	TTC5 (ENSMICG00000009403)	OR11H6 (ENSMICG00000033931)	ENSMICG00000029829	OR4K2 (ENSMICG00000042868)	OR4Q2 (ENSMICG00000002537)	ENSMICG00000042522	ENSMICG00000028340	ONECUT1 (ENSMICG00000029729)	WDR72 (ENSMICG00000003702)	UNC13C (ENSMICG00000047202)	ENSMICG00000046817 #22	RSL24D1 (ENSMICG00000036329)	RAB27A (ENSMICG00000002622)	PIGB (ENSMICG00000002623)	CCPG1 (ENSMICG00000035464)	PIERCE2 (ENSMICG00000030451)	ENSMICG00000032770	PYGO1 (ENSMICG00000035806)	ENSMICG00000046687	ENSMICG00000017806	ATOSA (ENSMICG00000011870)	ENSMICG00000044868	MYO5A (ENSMICG00000013517)	MYO5C (ENSMICG00000008381)	GNB5 (ENSMICG00000001204)	BCL2L10 (ENSMICG00000016608)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Tarsier	DUPLICATION
Tarsier	MODERN SPECIES	4960															ENSTSYG00000028787	ENSTSYG00000034784 #22	ENSTSYG00000032517	HNF4G (ENSTSYG00000002851)
Tarsier	MODERN SPECIES	4522															ENSTSYG00000032115	ENSTSYG00000030496 #22	CHEK2 (ENSTSYG00000003101)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00990000203720.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Orangutan	MODERN SPECIES		C1orf232 (ENSPPYG00000031495) #8	ZNF593 (ENSPPYG00000001693) #9	ZNF593OS (ENSPPYG00000031753) #10	CNKSR1 (ENSPPYG00000001692) #11	CATSPER4 (ENSPPYG00000001691) #12	ENSPPYG00000008742	CEP85 (ENSPPYG00000001690) #14	SH3BGRL3 (ENSPPYG00000001689) #15	UBXN11 (ENSPPYG00000001688) #16	CD52 (ENSPPYG00000001687) #17	CRYBG2 (ENSPPYG00000001686) #18	ZNF683 (ENSPPYG00000001685)	LIN28A (ENSPPYG00000001684) ##20	ENSPPYG00000014748	DHDDS (ENSPPYG00000001683) #21	HMGN2 (ENSPPYG00000001682) #22	RPS6KA1 (ENSPPYG00000001681) #23	ARID1A (ENSPPYG00000001680) #24	PIGV (ENSPPYG00000001679) #25	ZDHHC18 (ENSPPYG00000001678) #26	SFN (ENSPPYG00000001677) #27	GPN2 (ENSPPYG00000001676) #28	GPATCH3 (ENSPPYG00000001675) #29	NR0B2 (ENSPPYG00000001674) #30	NUDC (ENSPPYG00000001673) #31	KDF1 (ENSPPYG00000001672) #32	TRNP1 (ENSPPYG00000036663)	TENT5B (ENSPPYG00000038825) #35	ENSPPYG00000033121	SLC9A1 (ENSPPYG00000001669) #36	ENSPPYG00000017919
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Olive baboon	MODERN SPECIES	14	ENSPANG00000046624	DBF4 (ENSPANG00000024063)	SLC25A40 (ENSPANG00000025953)	RUNDC3B (ENSPANG00000020857)	ABCB4 (ENSPANG00000017765)	CROT (ENSPANG00000017283)	TMEM243 (ENSPANG00000046663)	DMTF1 (ENSPANG00000011083)	ELAPOR2 (ENSPANG00000006018)	ENSPANG00000049327	GRM3 (ENSPANG00000020316)	ENSPANG00000030325	SEMA3D (ENSPANG00000010212)	ENSPANG00000043818	SEMA3A (ENSPANG00000010326)	ENSPANG00000034152 #22	ENSPANG00000034792	SEMA3E (ENSPANG00000014231)	PCLO (ENSPANG00000045135)	CACNA2D1 (ENSPANG00000011058)	HGF (ENSPANG00000016786)	SEMA3C (ENSPANG00000018074)	CD36 (ENSPANG00000024545)	GNAT3 (ENSPANG00000000495)	GNAI1 (ENSPANG00000018196)	ENSPANG00000048217	ENSPANG00000046036	MAGI2 (ENSPANG00000014539)	PHTF2 (ENSPANG00000008428)	TMEM60 (ENSPANG00000022872)	RSBN1L (ENSPANG00000024544)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22
Capuchin	MODERN SPECIES	215	CHST3 (ENSCCAG00000024311)	PSAP (ENSCCAG00000031808)	CDH23 (ENSCCAG00000024907)	ENSCCAG00000037741	SLC29A3 (ENSCCAG00000025265)	UNC5B (ENSCCAG00000037321)	PCBD1 (ENSCCAG00000026880)	SGPL1 (ENSCCAG00000022681)	ENSCCAG00000034244	TBATA (ENSCCAG00000022065)	ADAMTS14 (ENSCCAG00000034347)	PRF1 (ENSCCAG00000035533)	PALD1 (ENSCCAG00000030277)	NODAL (ENSCCAG00000032672)	EIF4EBP2 (ENSCCAG00000037637)	ENSCCAG00000008526 #22	LRRC20 (ENSCCAG00000023860)	NPFFR1 (ENSCCAG00000022929)	PPA1 (ENSCCAG00000032333)	SAR1A (ENSCCAG00000019722)	TYSND1 (ENSCCAG00000028714)	AIFM2 (ENSCCAG00000037129)	MACROH2A2 (ENSCCAG00000034612)	COL13A1 (ENSCCAG00000035276)	FAM241B (ENSCCAG00000032184)	TSPAN15 (ENSCCAG00000029490)	TACR2 (ENSCCAG00000022336)	ENSCCAG00000032765	HKDC1 (ENSCCAG00000027269)	SUPV3L1 (ENSCCAG00000033975)	VPS26A (ENSCCAG00000021117)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	228	CCDC103 (ENSSBOG00000030207)	GFAP (ENSSBOG00000020732)	KIF18B (ENSSBOG00000029491)	ENSSBOG00000029665	DCAKD (ENSSBOG00000027620)	ENSSBOG00000026353	PLCD3 (ENSSBOG00000026284)	ACBD4 (ENSSBOG00000029293)	HEXIM1 (ENSSBOG00000016824)	HEXIM2 (ENSSBOG00000021727)	FMNL1 (ENSSBOG00000030224)	SPATA32 (ENSSBOG00000028350)	MAP3K14 (ENSSBOG00000034027)	ARHGAP27 (ENSSBOG00000034994)	PLEKHM1 (ENSSBOG00000029615)	ENSSBOG00000029992 #22	ENSSBOG00000020588	RPRML (ENSSBOG00000009450)	GOSR2 (ENSSBOG00000026651)	WNT9B (ENSSBOG00000023584)	WNT3 (ENSSBOG00000032225)	NSF (ENSSBOG00000026872)
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	776						CROT (ENSANAG00000028065)	ABCB4 (ENSANAG00000022051)	ENSANAG00000028505	RUNDC3B (ENSANAG00000026218)	SLC25A40 (ENSANAG00000033214)	ENSANAG00000035490	ADAM22 (ENSANAG00000034950)	ENSANAG00000022466	STEAP4 (ENSANAG00000037956)	ZNF804B (ENSANAG00000035191)	ENSANAG00000019602 ##22	ENSANAG00000023207	ENSANAG00000022768	STEAP2 (ENSANAG00000029220)	CFAP69 (ENSANAG00000026248)	GTPBP10 (ENSANAG00000020267)	CLDN12 (ENSANAG00000019188)	CDK14 (ENSANAG00000034381)	MTERF1 (ENSANAG00000022640)	AKAP9 (ENSANAG00000035864)	CYP51A1 (ENSANAG00000036665)	LRRD1 (ENSANAG00000029885)	KRIT1 (ENSANAG00000034244)	ANKIB1 (ENSANAG00000038408)	GATAD1 (ENSANAG00000037321)	PEX1 (ENSANAG00000032378)
Tarsier	MODERN SPECIES	7338															NEK1 (ENSTSYG00000001460)	ENSTSYG00000025490 ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.a ##22
Degu	MODERN SPECIES	78	SGK2 (ENSODEG00000014377)	ENSODEG00000015466	L3MBTL1 (ENSODEG00000014727)	ENSODEG00000016510	PTPRT (ENSODEG00000015540)	ENSODEG00000015100	ENSODEG00000016376	ENSODEG00000015660	ENSODEG00000014457	ENSODEG00000015358	EMILIN3 (ENSODEG00000014427)	LPIN3 (ENSODEG00000014914)	ENSODEG00000014057	ZHX3 (ENSODEG00000014535)	PLCG1 (ENSODEG00000015157)	ENSODEG00000020264 ##22	TOP1 (ENSODEG00000014384)	ENSODEG00000020525	DHX35 (ENSODEG00000015255)	ENSODEG00000014469	FAM83D (ENSODEG00000014195)	PPP1R16B (ENSODEG00000016247)	ACTR5 (ENSODEG00000016055)	SLC32A1 (ENSODEG00000014651)	RALGAPB (ENSODEG00000014771)	ENSODEG00000013713	LBP (ENSODEG00000013966)	KIAA1755 (ENSODEG00000013883)	TGM2 (ENSODEG00000014522)	RPRD1B (ENSODEG00000014735)	TTI1 (ENSODEG00000013968)
Tree shrew	MODERN SPECIES	8516																ENSTBEG00000007654 ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.a.b ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	5418														HELB (ENSTBEG00000008697)	IRAK3 (ENSTBEG00000008511)	ENSTBEG00000008422 ##22	TMBIM4 (ENSTBEG00000007979)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i #22
Laurasiatheria_a	DUPLICATION
Laurasiatheria_a	DUPLICATION
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Blue whale	MODERN SPECIES	6	SSC4D (ENSBMSG00010010259)	ENSBMSG00010010240	HSPB1 (ENSBMSG00010021026)	SRRM3 (ENSBMSG00010021008)	MDH2 (ENSBMSG00010020971)	STYXL1 (ENSBMSG00010020907)	TMEM120A (ENSBMSG00010020877)	POR (ENSBMSG00010020837)	RHBDD2 (ENSBMSG00010020799)	ENSBMSG00010020785	ENSBMSG00010020780	CCL24 (ENSBMSG00010020765)	CCL26 (ENSBMSG00010020754)	HIP1 (ENSBMSG00010020694)	ENSBMSG00010020565	ENSBMSG00010020459 #22	NSUN5 (ENSBMSG00010020440)	TRIM50 (ENSBMSG00010020388)	FKBP6 (ENSBMSG00010020326)	FZD9 (ENSBMSG00010020284)	BAZ1B (ENSBMSG00010020225)	BCL7B (ENSBMSG00010020176)	TBL2 (ENSBMSG00010020136)	MLXIPL (ENSBMSG00010019822)	VPS37D (ENSBMSG00010019763)	DNAJC30 (ENSBMSG00010019751)	BUD23 (ENSBMSG00010019711)	STX1A (ENSBMSG00010019671)	ABHD11 (ENSBMSG00010019563)	CLDN3 (ENSBMSG00010019496)	CLDN4 (ENSBMSG00010019478)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Yarkand deer	MODERN SPECIES	9	ENSCHYG00000006144	ENSCHYG00000006128	NXPH1 (ENSCHYG00000006108)	ENSCHYG00000006079	ENSCHYG00000005872	ENSCHYG00000005812	ENSCHYG00000005763	RPA3 (ENSCHYG00000005704)	MIOS (ENSCHYG00000005648)	ENSCHYG00000005629	COL28A1 (ENSCHYG00000005593)	C1GALT1 (ENSCHYG00000005547)	ASNS (ENSCHYG00000005413)	ENSCHYG00000005370	TAC1 (ENSCHYG00000005255)	ENSCHYG00000005224 #22	ENSCHYG00000005190	DLX5 (ENSCHYG00000005150)	DLX6 (ENSCHYG00000005122)	SEM1 (ENSCHYG00000005072)	ENSCHYG00000004450	SLC25A13 (ENSCHYG00000022948)	DYNC1I1 (ENSCHYG00000022612)	PDK4 (ENSCHYG00000022505)	ASB4 (ENSCHYG00000022458)	ENSCHYG00000022429	PON2 (ENSCHYG00000022369)	PON3 (ENSCHYG00000022263)	PON1 (ENSCHYG00000022194)	PPP1R9A (ENSCHYG00000021788)	ENSCHYG00000021731
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	107	ENSCWAG00000021724	TASL (ENSCWAG00000021731)	NR0B1 (ENSCWAG00000021733) ##30	ENSCWAG00000021734	MAGEB3 (ENSCWAG00000021738)	IL1RAPL1 (ENSCWAG00000021743)	ENSCWAG00000021751	ENSCWAG00000021756	ENSCWAG00000021764	ENSCWAG00000021767 ##37	PPP4R3C (ENSCWAG00000021770)	ENSCWAG00000000044	ENSCWAG00000000074	ENSCWAG00000000123	MAGEB18 (ENSCWAG00000000158)	ENSCWAG00000000180 #22	ARX (ENSCWAG00000000238)	POLA1 (ENSCWAG00000000286)	PCYT1B (ENSCWAG00000000445)	PDK3 (ENSCWAG00000000550)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.a #22
Dog	MODERN SPECIES	22	SEL1L3 (ENSCAFG00845006276)	SLC34A2 (ENSCAFG00845006845)	ANAPC4 (ENSCAFG00845007014)	ZCCHC4 (ENSCAFG00845007308)	PI4K2B (ENSCAFG00845007474)	SEPSECS (ENSCAFG00845007550)	LGI2 (ENSCAFG00845007610)	CCDC149 (ENSCAFG00845007671)	SOD3 (ENSCAFG00845007800)	DHX15 (ENSCAFG00845007821)	PPARGC1A (ENSCAFG00845008311)	GBA3 (ENSCAFG00845008730)	ADGRA3 (ENSCAFG00845008840)	KCNIP4 (ENSCAFG00845009227)	PACRGL (ENSCAFG00845009809)	ENSCAFG00845010003 #22	SLIT2 (ENSCAFG00845010097)	ENSCAFG00845000335	LCORL (ENSCAFG00845000382)	NCAPG (ENSCAFG00845000445)	ENSCAFG00845000722	ENSCAFG00845000771	ENSCAFG00845000883	ENSCAFG00845000897	TMED11 (ENSCAFG00845000919)	ENSCAFG00845000939	ENSCAFG00845000968	FGFRL1 (ENSCAFG00845000982)	IDUA (ENSCAFG00845001029)	DGKQ (ENSCAFG00845001113)	TMEM175 (ENSCAFG00845001202)
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	109	RS1 (ENSCWAG00000012171)	CDKL5 (ENSCWAG00000012250)	SCML2 (ENSCWAG00000012506)	RAI2 (ENSCWAG00000012729)	NHS (ENSCWAG00000012785)	REPS2 (ENSCWAG00000013113)	RBBP7 (ENSCWAG00000013432)	TXLNG (ENSCWAG00000013662)	SYAP1 (ENSCWAG00000013836)	CTPS2 (ENSCWAG00000013931)	S100G (ENSCWAG00000014113)	GRPR (ENSCWAG00000014142)	ENSCWAG00000014173	ZRSR2 (ENSCWAG00000014331)	CA5B (ENSCWAG00000014369)	ENSCWAG00000014482 #22	ENSCWAG00000014517	ACE2 (ENSCWAG00000014551)	BMX (ENSCWAG00000014724)	VEGFD (ENSCWAG00000014866)	PIGA (ENSCWAG00000015022)	ASB11 (ENSCWAG00000015177)	ASB9 (ENSCWAG00000015344)	MOSPD2 (ENSCWAG00000015465)	FANCB (ENSCWAG00000015559)	GLRA2 (ENSCWAG00000016032)	GEMIN8 (ENSCWAG00000016220)	GPM6B (ENSCWAG00000016254)	OFD1 (ENSCWAG00000016530)	ENSCWAG00000017861	RAB9A (ENSCWAG00000017898)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Yarkand deer	MODERN SPECIES	31	PLA2G5 (ENSCHYG00000004312)	ENSCHYG00000004304	ENSCHYG00000004290	ENSCHYG00000004262	PLA2G2E (ENSCHYG00000004226)	OTUD3 (ENSCHYG00000004205)	RNF186 (ENSCHYG00000004197)	TMCO4 (ENSCHYG00000004184)	ENSCHYG00000004172	NBL1 (ENSCHYG00000004159)	ENSCHYG00000004141	CAPZB (ENSCHYG00000004106)	ENSCHYG00000004089	MRTO4 (ENSCHYG00000004076)	EMC1 (ENSCHYG00000003769)	ENSCHYG00000003744 #22	UBR4 (ENSCHYG00000003524)	IFFO2 (ENSCHYG00000003462)	TAS1R2 (ENSCHYG00000003420)	PAX7 (ENSCHYG00000003410)	KLHDC7A (ENSCHYG00000003402)	IGSF21 (ENSCHYG00000003392)	ACTL8 (ENSCHYG00000003386)	ARHGEF10L (ENSCHYG00000003223)	RCC2 (ENSCHYG00000003175)	PADI6 (ENSCHYG00000003136)	PADI4 (ENSCHYG00000003013)	ENSCHYG00000002980	PADI2 (ENSCHYG00000002957)	SDHB (ENSCHYG00000002931)	ATP13A2 (ENSCHYG00000002652)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Dolphin	MODERN SPECIES	2074													ZNF683 (ENSTTRG00000005677)	LIN28A (ENSTTRG00000005678) #20	DHDDS (ENSTTRG00000005679) #21	HMGN2 (ENSTTRG00000005681) #22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Red fox	MODERN SPECIES	8	SLC30A10 (ENSVVUG00000012860)	EPRS1 (ENSVVUG00000012841)	BPNT1 (ENSVVUG00000012834)	ENSVVUG00000012825	IARS2 (ENSVVUG00000012804)	RAB3GAP2 (ENSVVUG00000012742)	ENSVVUG00000012720	MARK1 (ENSVVUG00000010443)	ENSVVUG00000010404	ENSVVUG00000010400	MTARC2 (ENSVVUG00000010375)	ENSVVUG00000010371	ENSVVUG00000010364	HLX (ENSVVUG00000010359)	DUSP10 (ENSVVUG00000010349)	ENSVVUG00000010341 #22	ENSVVUG00000010329 #20	HHIPL2 (ENSVVUG00000010307)	TAF1A (ENSVVUG00000010281)	MIA3 (ENSVVUG00000010238)	AIDA (ENSVVUG00000010215)	BROX (ENSVVUG00000010206)	FAM177B (ENSVVUG00000010199)	ENSVVUG00000010193	FAM78B (ENSVVUG00000010186)	UCK2 (ENSVVUG00000010176)	ENSVVUG00000010169	ENSVVUG00000010155	MGST3 (ENSVVUG00000010150)	LRRC52 (ENSVVUG00000010146)	RXRG (ENSVVUG00000010121)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Dog	MODERN SPECIES	14	ENSCAFG00845026699	ENSCAFG00845026714	ITM2B (ENSCAFG00845006529)	MED4 (ENSCAFG00845006629)	NUDT15 (ENSCAFG00845006770)	SUCLA2 (ENSCAFG00845006827)	ENSCAFG00845006932	ENSCAFG00845006950	ENSCAFG00845006976	HTR2A (ENSCAFG00845007028)	ESD (ENSCAFG00845007071)	LRCH1 (ENSCAFG00845007392)	RUBCNL (ENSCAFG00845007831)	LRRC63 (ENSCAFG00845008059)	LCP1 (ENSCAFG00845008232)	ENSCAFG00845008378 #22	CPB2 (ENSCAFG00845008419)	ZC3H13 (ENSCAFG00845008518)	SIAH3 (ENSCAFG00845008706)	CBY2 (ENSCAFG00845008753)	ERICH6B (ENSCAFG00845008814)	COG3 (ENSCAFG00845008880)	ENSCAFG00845009121	TPT1 (ENSCAFG00845009258)	GTF2F2 (ENSCAFG00845009386)	KCTD4 (ENSCAFG00845009422)	ENSCAFG00845009469	NUFIP1 (ENSCAFG00845009615)	TSC22D1 (ENSCAFG00845009733)	SERP2 (ENSCAFG00845009825)	SMIM2 (ENSCAFG00845009884)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.c.b #22
Tiger	MODERN SPECIES	111	PDIK1L (ENSPTIG00000015220)	ENSPTIG00000015215 #8	ZNF593 (ENSPTIG00000015187) #9	ZNF593OS (ENSPTIG00000015167) #10	ENSPTIG00000015163 #11	ENSPTIG00000015149 #11	CATSPER4 (ENSPTIG00000015133) #12	CEP85 (ENSPTIG00000015092) #14	SH3BGRL3 (ENSPTIG00000015073) #15	UBXN11 (ENSPTIG00000015065) #16	CD52 (ENSPTIG00000015054) #17	ENSPTIG00000015043 #18	ZNF683 (ENSPTIG00000015019)	LIN28A (ENSPTIG00000015007) #20	DHDDS (ENSPTIG00000014974) #21	HMGN2 (ENSPTIG00000014958) #22	RPS6KA1 (ENSPTIG00000014844) #23	ARID1A (ENSPTIG00000014743) #24	PIGV (ENSPTIG00000014722) #25	ZDHHC18 (ENSPTIG00000014713) #26	SFN (ENSPTIG00000009275) #27	ENSPTIG00000014705 #28	GPATCH3 (ENSPTIG00000014693) #29	NR0B2 (ENSPTIG00000014689) #30	NUDC (ENSPTIG00000014669) #31	KDF1 (ENSPTIG00000014656) #32	ENSPTIG00000014652 #33	TENT5B (ENSPTIG00000014641) #35	SLC9A1 (ENSPTIG00000014613) #36	WDTC1 (ENSPTIG00000014587) #37	TMEM222 (ENSPTIG00000014570)
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
leopard	MODERN SPECIES	15	ENSPPRG00000017213	OR5AC2 (ENSPPRG00000008476)	ENSPPRG00000008103	ENSPPRG00000007292	ENSPPRG00000006993	ENSPPRG00000005494	ENSPPRG00000005088	OR5K4 (ENSPPRG00000016988)	OR5K3 (ENSPPRG00000016978)	CLDND1 (ENSPPRG00000003725)	GPR15 (ENSPPRG00000016756)	CPOX (ENSPPRG00000002075)	ENSPPRG00000001675	ST3GAL6 (ENSPPRG00000001553)	DCBLD2 (ENSPPRG00000000209)	ENSPPRG00000016601 #22	COL8A1 (ENSPPRG00000017511)	CMSS1 (ENSPPRG00000016767)	FILIP1L (ENSPPRG00000014344)	ENSPPRG00000012879	TBC1D23 (ENSPPRG00000011883)	NIT2 (ENSPPRG00000009685)	TOMM70 (ENSPPRG00000009283)	ENSPPRG00000016133	TMEM45A (ENSPPRG00000008950)	ADGRG7 (ENSPPRG00000008062)	TFG (ENSPPRG00000006943)	ABI3BP (ENSPPRG00000004230)	IMPG2 (ENSPPRG00000002457)	SENP7 (ENSPPRG00000001509)	ENSPPRG00000012526
Cat	MODERN SPECIES	252	ENSFCAG00000051042	ENSFCAG00000026303	ENSFCAG00000039628	PRR32 (ENSFCAG00000009525)	DCAF12L1 (ENSFCAG00000041282)	DCAF12L2 (ENSFCAG00000042396)	ENSFCAG00000001211	ENSFCAG00000049757	TENM1 (ENSFCAG00000008355)	SH2D1A (ENSFCAG00000008354)	STAG2 (ENSFCAG00000027633)	XIAP (ENSFCAG00000012037)	THOC2 (ENSFCAG00000008301)	GRIA3 (ENSFCAG00000008299)	ENSFCAG00000022782	ENSFCAG00000029778 #22	C1GALT1C1 (ENSFCAG00000010443)	MCTS1 (ENSFCAG00000038539)	CUL4B (ENSFCAG00000027979)	LAMP2 (ENSFCAG00000004533)	ENSFCAG00000050883	ATP1B4 (ENSFCAG00000041735)	TMEM255A (ENSFCAG00000014940)	ZBTB33 (ENSFCAG00000014939)	ENSFCAG00000049865	ENSFCAG00000049711	ENSFCAG00000053584	NKAP (ENSFCAG00000004392)	ENSFCAG00000048387	ENSFCAG00000036619	ENSFCAG00000025700
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260.f #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260.f #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.b #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Ursus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Polar bear	MODERN SPECIES	91																ENSUMAG00000021187 #22	FUNDC1 (ENSUMAG00000021185)	ENSUMAG00000021181	KDM6A (ENSUMAG00000011808)	ENSUMAG00000010469	ENSUMAG00000010460	SLC9A7 (ENSUMAG00000010328)	RP2 (ENSUMAG00000010302)	JADE3 (ENSUMAG00000010296)	RGN (ENSUMAG00000010289)	NDUFB11 (ENSUMAG00000010283)	UBA1 (ENSUMAG00000009061)	CDK16 (ENSUMAG00000008275)	ENSUMAG00000008147	ENSUMAG00000008141	ZNF157 (ENSUMAG00000008138)
American black bear	MODERN SPECIES	2211																ENSUAMG00000009387 #22	FUNDC1 (ENSUAMG00000009386)
Giant Panda	MODERN SPECIES	9	ENSAMEG00000019621	TTI2 (ENSAMEG00000002835)	MAK16 (ENSAMEG00000002852)	FUT10 (ENSAMEG00000002880)	NRG1 (ENSAMEG00000014160)	WRN (ENSAMEG00000000475)	PURG (ENSAMEG00000019352)	TEX15 (ENSAMEG00000024323)	PPP2CB (ENSAMEG00000028915)	UBXN8 (ENSAMEG00000001600)	GSR (ENSAMEG00000001554)	SMIM18 (ENSAMEG00000024577)	ENSAMEG00000031419	ENSAMEG00000001537	ENSAMEG00000001522	ENSAMEG00000019327 #22	ENSAMEG00000001497	MBOAT4 (ENSAMEG00000001495)	ENSAMEG00000024146	ENSAMEG00000001483	ENSAMEG00000006062	ENSAMEG00000005992	PPP1R3B (ENSAMEG00000019964)	ERI1 (ENSAMEG00000016002)	MFHAS1 (ENSAMEG00000000508)	ENSAMEG00000027636	ENSAMEG00000030052	ENSAMEG00000007160	ENSAMEG00000007166	ENSAMEG00000029087	C8orf48 (ENSAMEG00000019769)
Mustelinae	DUPLICATION
Mustelinae	DUPLICATION
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	36													ENSGT00940000158708.b	ENSGT00940000158487	ENSGT00940000159270	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.a.a #22	ENSGT00550000074827	ENSGT00390000011314	ENSGT00940000157796	ENSGT00940000159422	ENSGT00940000153533.a	ENSGT00940000155707	ENSGT00940000160380	ENSGT00950000182989.A	ENSGT00940000157327	ENSGT00940000160977	ENSGT00940000157737	ENSGT00940000159819	ENSGT00950000182965.a.b.b.b.h	ENSGT00940000160227	ENSGT00940000157599
Ferret	MODERN SPECIES	576													CHRNB4 (ENSMPUG00000010868)	CHRNA3 (ENSMPUG00000010873)	CHRNA5 (ENSMPUG00000010876)	ENSMPUG00000019921 #22	PSMA4 (ENSMPUG00000010971)	HYKK (ENSMPUG00000010975)	IREB2 (ENSMPUG00000010978)	ENSMPUG00000010986	CRABP1 (ENSMPUG00000010990)	SKIC8 (ENSMPUG00000011014)	ENSMPUG00000019922	DNAJA4 (ENSMPUG00000011024)	ACSBG1 (ENSMPUG00000011069)	ENSMPUG00000011142
American mink	MODERN SPECIES	199													CHRNB4 (ENSNVIG00000009721)	CHRNA3 (ENSNVIG00000009760)	CHRNA5 (ENSNVIG00000009811)	ENSNVIG00000009818 #22	PSMA4 (ENSNVIG00000009833)	HYKK (ENSNVIG00000009887)	IREB2 (ENSNVIG00000009909)	CRABP1 (ENSNVIG00000009940)	ENSNVIG00000009961	DNAJA4 (ENSNVIG00000010017)	ACSBG1 (ENSNVIG00000010039)	IDH3A (ENSNVIG00000010076)	CIB2 (ENSNVIG00000010089)	SH2D7 (ENSNVIG00000010097)	TBC1D2B (ENSNVIG00000010110)	ADAMTS7 (ENSNVIG00000010159)	MORF4L1 (ENSNVIG00000011337)	CTSH (ENSNVIG00000011460)	RASGRF1 (ENSNVIG00000011490)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260.f #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.a.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.b #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
American mink	MODERN SPECIES	9	PDK1L (ENSNVIG00000023591)	FAM110D (ENSNVIG00000023596) #7	C1orf232 (ENSNVIG00000023599) #8	ZNF593 (ENSNVIG00000023603) #9	ZNF593OS (ENSNVIG00000023604) #10	CNKSR1 (ENSNVIG00000023607) #11	CATSPER4 (ENSNVIG00000023629) #12	CEP85 (ENSNVIG00000023633) #14	SH3BGRL3 (ENSNVIG00000023641) #15	UBXN11 (ENSNVIG00000023643) #16	CD52 (ENSNVIG00000023648) #17	E9PIR9 (ENSNVIG00000023650) #18	ENSNVIG00000023659 #19	LIN28A (ENSNVIG00000023660) #20	DHDDS (ENSNVIG00000023662) #21	ENSNVIG00000023682 #22	RPS6KA1 (ENSNVIG00000023687) #23	ARID1A (ENSNVIG00000023700) #24	PIGV (ENSNVIG00000023704) #25	SFN (ENSNVIG00000023710) #27	GPN2 (ENSNVIG00000023711) #28	GPATCH3 (ENSNVIG00000023714) #29	NR0B2 (ENSNVIG00000023716) #30	NUDC (ENSNVIG00000023719) #31	CA172 (ENSNVIG00000023720) #32	ENSNVIG00000023721 #33	TRNP1 (ENSNVIG00000023723)	TENT5B (ENSNVIG00000023724) #35	SLC9A1 (ENSNVIG00000023725) #36	WDTC1 (ENSNVIG00000023727) #37	TMEM222 (ENSNVIG00000023737)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.b #22
Ferret	MODERN SPECIES	185	SOCS2 (ENSMPUG00000007443)	ENSMPUG00000018718	CRADD (ENSMPUG00000007433)	ENSMPUG00000007427	ENSMPUG00000007413	ENSMPUG00000007401	CEP83 (ENSMPUG00000007387)	TMCC3 (ENSMPUG00000007383)	NDUFA12 (ENSMPUG00000007354)	NR2C1 (ENSMPUG00000007335)	FGD6 (ENSMPUG00000007314)	VEZT (ENSMPUG00000007304)	METAP2 (ENSMPUG00000007214)	USP44 (ENSMPUG00000007203)	NTN4 (ENSMPUG00000007194)	ENSMPUG00000018714 #22	SNRPF (ENSMPUG00000007176)	CCDC38 (ENSMPUG00000007131)	AMDHD1 (ENSMPUG00000007121)	HAL (ENSMPUG00000007091)	LTA4H (ENSMPUG00000007076)	ENSMPUG00000018712	ELK3 (ENSMPUG00000007067)	CDK17 (ENSMPUG00000007057)	ENSMPUG00000007052	ENSMPUG00000006986	NEDD1 (ENSMPUG00000006970)	COL5A3 (ENSMPUG00000006933)	RDH8 (ENSMPUG00000006924)	ENSMPUG00000006889	SHFL (ENSMPUG00000006886)
American mink	DUPLICATION
American mink	MODERN SPECIES	1004																ENSNVIG00000007767 #22
American mink	MODERN SPECIES	30	LRP2BP (ENSNVIG00000005813)	ANKRD37 (ENSNVIG00000005829)	UFSP2 (ENSNVIG00000005849)	CD047 (ENSNVIG00000005884)	ENSNVIG00000005900	PDLI3 (ENSNVIG00000005921)	SORBS2 (ENSNVIG00000005995)	ENSNVIG00000006303	TLR3 (ENSNVIG00000006317)	ENSNVIG00000006344	CYP4V2 (ENSNVIG00000006460)	GTF2E2 (ENSNVIG00000006478)	SMIM18 (ENSNVIG00000006483)	RBPMS (ENSNVIG00000006491)	ENSNVIG00000006516	ENSNVIG00000006524 #22	DCTN6 (ENSNVIG00000006540)	MBOAT4 (ENSNVIG00000006563)	LEPROTL1 (ENSNVIG00000006579)	SARAF (ENSNVIG00000006647)	DUSP4 (ENSNVIG00000006667)	TNKS (ENSNVIG00000006675)	ENSNVIG00000006731	PPR3B (ENSNVIG00000006738)	ERI1 (ENSNVIG00000006752)	MFHAS1 (ENSNVIG00000006769)	PRAG1 (ENSNVIG00000006792)	LONRF1 (ENSNVIG00000006805)	ENSNVIG00000006826	TRMT9B (ENSNVIG00000006837)	DLC1 (ENSNVIG00000006868)
Canidae	DUPLICATION
Canidae	DUPLICATION
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162328	ENSGT00940000154645.B	ENSGT00940000163010	ENSGT00940000160451	ENSGT00950000183047.d	ENSGT00940000158829	ENSGT00390000009787	ENSGT00950000182888.a.a.a.j.b	ENSGT00950000182888.a.a.a.j.a	ENSGT00390000011980.b.b	ENSGT00940000161643	ENSGT00390000006784	ENSGT00390000008371.b	ENSGT00390000004321	ENSGT00900000141021.b.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.c.a.a #22	ENSGT00390000011500	ENSGT01060000248556.A.a.a.a	ENSGT00390000013112	ENSGT00390000008565.a	ENSGT00940000155841	ENSGT00390000005742	ENSGT00390000004067	ENSGT00390000006287	ENSGT00940000154043.A	ENSGT00940000158797	ENSGT00390000016537	ENSGT00940000160987	ENSGT00940000158674	ENSGT00530000063187.A	ENSGT00940000156902
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00960000189405	ENSGT00940000162328	ENSGT00940000154645.B	ENSGT00940000160451	ENSGT00950000183047.d	ENSGT00940000158829	ENSGT00390000009787	ENSGT00950000182888.a.a.a.j.b	ENSGT00950000182888.a.a.a.j.a	ENSGT00390000011980.b.b	ENSGT00940000161643	ENSGT00390000006784	ENSGT00390000008371.b	ENSGT00390000004321	ENSGT00900000141021.b.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.c.a.a #22	ENSGT00390000011500	ENSGT01060000248556.A.a.a.a	ENSGT00390000013112	ENSGT00390000008565.a	ENSGT00940000155841	ENSGT00390000005742	ENSGT00390000004067	ENSGT00390000006287	ENSGT00940000154043.A	ENSGT00940000158797	ENSGT00390000016537	ENSGT00940000160987	ENSGT00940000158674	ENSGT00530000063187.A	ENSGT00940000156902
Dingo	MODERN SPECIES	327	ENSCAFG00020023994	ENSCAFG00020023990	NCS1 (ENSCAFG00020023988)	GPR107 (ENSCAFG00020023954)	FNBP1 (ENSCAFG00020023720)	USP20 (ENSCAFG00020023699)	C9orf78 (ENSCAFG00020023693)	TOR1A (ENSCAFG00020023689)	TOR1B (ENSCAFG00020023687)	PTGES (ENSCAFG00020023680)	PRRX2 (ENSCAFG00020023669)	ASB6 (ENSCAFG00020023653)	NTMT1 (ENSCAFG00020023651)	ENSCAFG00020023649	IER5L (ENSCAFG00020023645)	ENSCAFG00020023644 #22	ENSCAFG00020023642	ENSCAFG00020023640	CRAT (ENSCAFG00020023635)	DOLPP1 (ENSCAFG00020023632)	MIGA2 (ENSCAFG00020023580)	SH3GLB2 (ENSCAFG00020023573)	NUP188 (ENSCAFG00020023102)	DOLK (ENSCAFG00020023027)	PHYHD1 (ENSCAFG00020023006)	LRRC8A (ENSCAFG00020022997)	KYAT1 (ENSCAFG00020022992)	SPOUT1 (ENSCAFG00020022980)	ENDOG (ENSCAFG00020022974)	TBC1D13 (ENSCAFG00020022951)	ZER1 (ENSCAFG00020022864)
Dog	MODERN SPECIES	37	ASS1 (ENSCAFG00845021573)	ENSCAFG00845021728	ENSCAFG00845021859	GPR107 (ENSCAFG00845021950)	FNBP1 (ENSCAFG00845022336)	USP20 (ENSCAFG00845023043)	C9orf78 (ENSCAFG00845023258)	TOR1A (ENSCAFG00845023305)	TOR1B (ENSCAFG00845023333)	PTGES (ENSCAFG00845023377)	PRRX2 (ENSCAFG00845023411)	ASB6 (ENSCAFG00845023463)	NTMT1 (ENSCAFG00845023587)	C9orf50 (ENSCAFG00845023660)	IER5L (ENSCAFG00845023709)	ENSCAFG00845023733 #22	PTPA (ENSCAFG00845023830)	CRAT (ENSCAFG00845024111)	DOLPP1 (ENSCAFG00845024281)	MIGA2 (ENSCAFG00845024378)	SH3GLB2 (ENSCAFG00845024630)	NUP188 (ENSCAFG00845025077)	DOLK (ENSCAFG00845025311)	PHYHD1 (ENSCAFG00845025344)	LRRC8A (ENSCAFG00845025448)	KYAT1 (ENSCAFG00845025617)	SPOUT1 (ENSCAFG00845025964)	ENDOG (ENSCAFG00845026038)	TBC1D13 (ENSCAFG00845026099)	ZER1 (ENSCAFG00845026245)	ZDHHC12 (ENSCAFG00845026605)
Red fox	MODERN SPECIES	77	ASS1 (ENSVVUG00000027500)	ENSVVUG00000027466	GPR107 (ENSVVUG00000027461)	ENSVVUG00000027457	FNBP1 (ENSVVUG00000027452)	USP20 (ENSVVUG00000027434)	CUNH9orf78 (ENSVVUG00000027415)	TOR1A (ENSVVUG00000027408)	TOR1B (ENSVVUG00000027404)	PTGES (ENSVVUG00000027400)	PRRX2 (ENSVVUG00000027397)	ASB6 (ENSVVUG00000027390)	NTMT1 (ENSVVUG00000027389)	ENSVVUG00000027383	ENSVVUG00000027374	ENSVVUG00000027372 #22	PTPA (ENSVVUG00000027345)	CRAT (ENSVVUG00000027026)	DOLPP1 (ENSVVUG00000027005)	MIGA2 (ENSVVUG00000026980)	SH3GLB2 (ENSVVUG00000026951)	NUP188 (ENSVVUG00000026171)	DOLK (ENSVVUG00000026142)	PHYHD1 (ENSVVUG00000026059)	LRRC8A (ENSVVUG00000026053)	KYAT1 (ENSVVUG00000026017)	SPOUT1 (ENSVVUG00000025999)	ENDOG (ENSVVUG00000025998)	TBC1D13 (ENSVVUG00000025967)	ZER1 (ENSVVUG00000025838)	ZDHHC12 (ENSVVUG00000025833)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154668	ENSGT00940000160020	ENSGT00390000006096.a.b	ENSGT00530000063923.a	ENSGT00390000003050	ENSGT00500000044987	ENSGT00940000153432.B	ENSGT00390000004624.a.a	ENSGT00940000158907	ENSGT00390000001442	ENSGT00950000182945.b.b.nb.a	ENSGT00940000158207	ENSGT00940000158944	ENSGT00930000151460	ENSGT00950000183129.b.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.c.a.b #22	ENSGT00940000153731.a.a	ENSGT00390000016326	ENSGT00940000157646	ENSGT00940000156303	ENSGT00510000047669	ENSGT00940000157072	ENSGT00390000013835	ENSGT00940000156244	ENSGT00940000161247	ENSGT00940000157724	ENSGT00940000154091.a.a	ENSGT00390000018810	ENSGT00940000161886	ENSGT00940000165308	ENSGT00400000023784
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154668	ENSGT00940000160020	ENSGT00390000006096.a.b	ENSGT00530000063923.a	ENSGT00390000003050	ENSGT00500000044987	ENSGT00940000153432.B	ENSGT00390000004624.a.a	ENSGT00940000158907	ENSGT00390000001442	ENSGT00950000182945.b.b.nb.a	ENSGT00940000158207	ENSGT00940000158944	ENSGT00930000151460	ENSGT00950000183129.b.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.c.a.b #22	ENSGT00940000153731.a.a	ENSGT00940000160677.b	ENSGT00390000016326	ENSGT00940000157646	ENSGT00390000018085.a.b.b	ENSGT00940000156303	ENSGT00510000047669	ENSGT00940000157072	ENSGT00390000013835	ENSGT00940000156244	ENSGT00940000161247	ENSGT00940000157724	ENSGT00940000154091.a.a	ENSGT00390000018810	ENSGT00940000161886
Dog	MODERN SPECIES	32	HMGCS1 (ENSCAFG00845001633)	CCL28 (ENSCAFG00845001613)	TMEM267 (ENSCAFG00845001595)	ENSCAFG00845001580	C5orf34 (ENSCAFG00845001554)	PAIP1 (ENSCAFG00845001471)	NNT (ENSCAFG00845001372)	ENSCAFG00845001341	ENSCAFG00845001327	FGF10 (ENSCAFG00845001301)	MRPS30 (ENSCAFG00845001286)	HCN1 (ENSCAFG00845001252)	EMB (ENSCAFG00845001102)	ENSCAFG00845001054	PARP8 (ENSCAFG00845000833)	ENSCAFG00845000667 #22	ISL1 (ENSCAFG00845000645)	ENSCAFG00845000617	ITGA1 (ENSCAFG00845000521)	ENSCAFG00845000486	ITGA2 (ENSCAFG00845000432)	ENSCAFG00845000390	ENSCAFG00845000374	FST (ENSCAFG00845000357)	ENSCAFG00845000328	ARL15 (ENSCAFG00845000266)	ENSCAFG00845011675	SNX18 (ENSCAFG00845011602)	ENSCAFG00845011529	ESM1 (ENSCAFG00845011480)	GZMK (ENSCAFG00845011436)
Dingo	MODERN SPECIES	324	NIM1K (ENSCAFG00020022511)	HMGCS1 (ENSCAFG00020022512)	CCL28 (ENSCAFG00020022514)	ENSCAFG00020022515	C5orf34 (ENSCAFG00020022516)	ENSCAFG00020022518	PAIP1 (ENSCAFG00020022519)	NNT (ENSCAFG00020022539)	FGF10 (ENSCAFG00020023081)	MRPS30 (ENSCAFG00020023088)	ENSCAFG00020023093	HCN1 (ENSCAFG00020023097)	EMB (ENSCAFG00020023108)	ENSCAFG00020023110	PARP8 (ENSCAFG00020023116)	ENSCAFG00020023152 #22	ISL1 (ENSCAFG00020023153)	ENSCAFG00020023158	ITGA1 (ENSCAFG00020023171)	PELO (ENSCAFG00020023234)	ENSCAFG00020023235	ITGA2 (ENSCAFG00020023241)	MOCS2 (ENSCAFG00020023291)	FST (ENSCAFG00020023298)	ENSCAFG00020023309	ARL15 (ENSCAFG00020023332)	HSPB3 (ENSCAFG00020023339)	SNX18 (ENSCAFG00020023340)	ENSCAFG00020023344	ENSCAFG00020023347	ESM1 (ENSCAFG00020023350)
Red fox	MODERN SPECIES	131	NIM1K (ENSVVUG00000025384)	HMGCS1 (ENSVVUG00000025389)	CCL28 (ENSVVUG00000025397)	TMEM267 (ENSVVUG00000025399)	CUNH5orf34 (ENSVVUG00000025400)	PAIP1 (ENSVVUG00000025408)	NNT (ENSVVUG00000025440)	ENSVVUG00000025445	FGF10 (ENSVVUG00000025452)	MRPS30 (ENSVVUG00000025454)	ENSVVUG00000025455	HCN1 (ENSVVUG00000025456)	ENSVVUG00000025461	EMB (ENSVVUG00000025462)	PARP8 (ENSVVUG00000025465)	ENSVVUG00000025487 #22	ISL1 (ENSVVUG00000025489)	ENSVVUG00000025496	PELO (ENSVVUG00000025499)	ITGA1 (ENSVVUG00000025501)	ENSVVUG00000025502	ITGA2 (ENSVVUG00000025507)	MOCS2 (ENSVVUG00000025658)	ENSVVUG00000025661	FST (ENSVVUG00000025662)	NDUFS4 (ENSVVUG00000025663)	ARL15 (ENSVVUG00000025666)	ENSVVUG00000025670
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153769.C	ENSGT00940000154708.nb.b	ENSGT00940000155008.C	ENSGT00390000016954	ENSGT00940000162903.f	ENSGT00390000011354	ENSGT00390000017590.i.a	ENSGT00940000155064	ENSGT00390000009790	ENSGT00940000157134	ENSGT00390000013639	ENSGT00940000154406.b.h	ENSGT00940000155080	ENSGT00940000164728	ENSGT00940000163741	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.c.b #22	ENSGT00940000155081.D	ENSGT00390000002581	ENSGT00940000158276	ENSGT00940000157935	ENSGT00940000157565	ENSGT00390000009155	ENSGT00940000155884	ENSGT00940000159583	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000154353.A	ENSGT00940000154353.B.`b	ENSGT00940000162601.s	ENSGT00940000162097
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155008.C	ENSGT00390000016954	ENSGT00390000011354	ENSGT00390000017590.i.a	ENSGT00940000155064	ENSGT00390000009790	ENSGT00940000157134	ENSGT00390000008281.p	ENSGT00390000013639	ENSGT00940000154406.b.h	ENSGT00940000155080	ENSGT00940000161804.c.a.b	ENSGT00940000163741	ENSGT00390000010355.l	ENSGT00940000166528.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.c.b #22	ENSGT00940000155081.D	ENSGT00390000002581	ENSGT00940000158276	ENSGT00940000157935	ENSGT00940000157565	ENSGT00390000009155	ENSGT00940000155884	ENSGT00940000159583	ENSGT00390000018730.B	ENSGT00940000155134	ENSGT00940000155933.b.a	ENSGT00940000154353.A	ENSGT00940000154353.B.`b	ENSGT00940000162601.s	ENSGT00940000162097
Dingo	MODERN SPECIES	370															ENSCAFG00020008110	ENSCAFG00020008127 #22	ENSCAFG00020008140	ENSCAFG00020008167	ENSCAFG00020008198	LMBRD1 (ENSCAFG00020008206)	ENSCAFG00020008319	FAM135A (ENSCAFG00020008381)	SDHAF4 (ENSCAFG00020009223)	ENSCAFG00020009226	SMAP1 (ENSCAFG00020009239)	ENSCAFG00020009243	ENSCAFG00020009249	OGFRL1 (ENSCAFG00020009281)	RIMS1 (ENSCAFG00020009359)	KCNQ5 (ENSCAFG00020009938)	ENSCAFG00020010018
Dog	MODERN SPECIES	3	BEND6 (ENSCAFG00845013601)	ZNF451 (ENSCAFG00845013682)	BAG2 (ENSCAFG00845013818)	RAB23 (ENSCAFG00845006719)	PRIM2 (ENSCAFG00845006773)	KHDRBS2 (ENSCAFG00845006902)	ENSCAFG00845007005	ENSCAFG00845007043	LGSN (ENSCAFG00845007217)	PTP4A1 (ENSCAFG00845007421)	PHF3 (ENSCAFG00845007530)	ENSCAFG00845007728	ENSCAFG00845007847	ENSCAFG00845007925	ENSCAFG00845007970	ENSCAFG00845007982 #22	ENSCAFG00845008005	ADGRB3 (ENSCAFG00845008060)	LMBRD1 (ENSCAFG00845008243)	COL19A1 (ENSCAFG00845008400)	COL9A1 (ENSCAFG00845008634)	FAM135A (ENSCAFG00845009022)	SDHAF4 (ENSCAFG00845009642)	SMAP1 (ENSCAFG00845009742)	B3GAT2 (ENSCAFG00845010055)	ENSCAFG00845010137	OGFRL1 (ENSCAFG00845010164)	RIMS1 (ENSCAFG00845010428)	KCNQ5 (ENSCAFG00845011313)	ENSCAFG00845011834	DPPA5 (ENSCAFG00845011867)
Red fox	MODERN SPECIES	7	RAB23 (ENSVVUG00000008535)	PRIM2 (ENSVVUG00000008584)	ENSVVUG00000008637	KHDRBS2 (ENSVVUG00000008652)	LGSN (ENSVVUG00000008700)	PTP4A1 (ENSVVUG00000008724)	PHF3 (ENSVVUG00000008751)	ENSVVUG00000008860	ENSVVUG00000008891	ENSVVUG00000008894	ENSVVUG00000008901	ENSVVUG00000008911	ENSVVUG00000008913	ENSVVUG00000008929	ENSVVUG00000008930	ENSVVUG00000008948 #22	ADGRB3 (ENSVVUG00000008980)	ENSVVUG00000009318	LMBRD1 (ENSVVUG00000009340)	COL19A1 (ENSVVUG00000009362)	ENSVVUG00000009380	FAM135A (ENSVVUG00000009408)	SDHAF4 (ENSVVUG00000009454)	SMAP1 (ENSVVUG00000009458)	ENSVVUG00000009464	B3GAT2 (ENSVVUG00000009508)	OGFRL1 (ENSVVUG00000009555)	ENSVVUG00000009573	ENSVVUG00000009586	RIMS1 (ENSVVUG00000009659)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.d #22
Canis_lupus	DUPLICATION
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156578	ENSGT00390000018542.a	ENSGT00440000039203	ENSGT00940000154464.b	ENSGT00940000153840.a.b	ENSGT00940000155497	ENSGT00940000155618	ENSGT00940000153657.A	ENSGT00390000001347.v.c.a	ENSGT00920000149129	ENSGT00940000154272.B	ENSGT00950000182979.a.b.b.a	ENSGT00940000157282	ENSGT00950000183122.C	ENSGT00940000155813	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.d.a #22	ENSGT00940000160998	ENSGT00940000157307	ENSGT00940000161730	ENSGT00940000158594	ENSGT00390000016774	ENSGT00530000063801.a	ENSGT00390000013127.a	ENSGT01030000234887	ENSGT00390000008221	ENSGT00510000048276	ENSGT00950000182935.B.b.c	ENSGT00390000017606.a.a.j.l.p	ENSGT00940000157367	ENSGT00940000158365	ENSGT00940000162772
Dog	MODERN SPECIES	1	TEF (ENSCAFG00845017239)	ZC3H7B (ENSCAFG00845017344)	RANGAP1 (ENSCAFG00845017556)	L3MBTL2 (ENSCAFG00845017974)	EP300 (ENSCAFG00845018383)	RBX1 (ENSCAFG00845019033)	XPNPEP3 (ENSCAFG00845019212)	ST13 (ENSCAFG00845019349)	SLC25A17 (ENSCAFG00845019500)	MDH2 (ENSCAFG00845019601)	MCHR1 (ENSCAFG00845019660)	MRTFA (ENSCAFG00845019751)	SGSM3 (ENSCAFG00845020097)	ADSL (ENSCAFG00845020328)	TNRC6B (ENSCAFG00845020617)	ENSCAFG00845020976 #22	FAM83F (ENSCAFG00845021004)	GRAP2 (ENSCAFG00845021051)	ENSCAFG00845021105	ENTHD1 (ENSCAFG00845021136)	CACNA1I (ENSCAFG00845021242)	ATF4 (ENSCAFG00845021497)	MIEF1 (ENSCAFG00845021530)	TAB1 (ENSCAFG00845021610)	ENSCAFG00845021674	SYNGR1 (ENSCAFG00845021779)	RPL3 (ENSCAFG00845021864)	PDGFB (ENSCAFG00845022039)	CBX7 (ENSCAFG00845022140)	APOBEC3Z3 (ENSCAFG00845022251)	APOBEC3Z1 (ENSCAFG00845022347)
Dingo	MODERN SPECIES	307	ZC3H7B (ENSCAFG00020002005)	RANGAP1 (ENSCAFG00020002019)	CHADL (ENSCAFG00020002027)	L3MBTL2 (ENSCAFG00020002034)	ENSCAFG00020002042	ENSCAFG00020002075	RBX1 (ENSCAFG00020002079)	XPNPEP3 (ENSCAFG00020002086)	ENSCAFG00020002103	SLC25A17 (ENSCAFG00020002111)	MCHR1 (ENSCAFG00020002114)	MRTFA (ENSCAFG00020002129)	SGSM3 (ENSCAFG00020002141)	ADSL (ENSCAFG00020002150)	TNRC6B (ENSCAFG00020002189)	ENSCAFG00020002329 #22	FAM83F (ENSCAFG00020002339)	GRAP2 (ENSCAFG00020002345)	ENSCAFG00020002362	ENTHD1 (ENSCAFG00020002369)	CACNA1I (ENSCAFG00020002384)	RPS19BP1 (ENSCAFG00020002454)	ATF4 (ENSCAFG00020002461)	MIEF1 (ENSCAFG00020002464)	ENSCAFG00020002487	MGAT3 (ENSCAFG00020002492)	TAB1 (ENSCAFG00020002497)	SYNGR1 (ENSCAFG00020002516)	ENSCAFG00020002524	PDGFB (ENSCAFG00020002561)	CBX7 (ENSCAFG00020002567)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.d.b #22
Dog	MODERN SPECIES		ENSCAFG00845001539	PGM5 (ENSCAFG00845001506)	TMEM252 (ENSCAFG00845001485)	PIP5K1B (ENSCAFG00845001394)	FXN (ENSCAFG00845001342)	TJP2 (ENSCAFG00845001062)	ENSCAFG00845000920	ENTREP1 (ENSCAFG00845000882)	APBA1 (ENSCAFG00845000845)	PTAR1 (ENSCAFG00845000783)	CFAP95 (ENSCAFG00845000762)	ENSCAFG00845000740	MAMDC2 (ENSCAFG00845000707)	ENSCAFG00845000666	KLF9 (ENSCAFG00845000628)	ENSCAFG00845000598 #22	TRPM3 (ENSCAFG00845000414)	CEMIP2 (ENSCAFG00845000165)	ABHD17B (ENSCAFG00845000123)	C9orf85 (ENSCAFG00845000099)	ENSCAFG00845000091	GDA (ENSCAFG00845000069)	ZFAND5 (ENSCAFG00845000056)	TMC1 (ENSCAFG00845000046)	ALDH1A1 (ENSCAFG00845000042)	ANXA1 (ENSCAFG00845000040)	ENSCAFG00845000037	ENSCAFG00845012398	RORB (ENSCAFG00845012330)	TRPM6 (ENSCAFG00845011822)	C1H9orf40 (ENSCAFG00845011724)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Microbat	MODERN SPECIES	1198											GLIPR1 (ENSMLUG00000002333)	GLIPR1L2 (ENSMLUG00000002541)	GLIPR1L1 (ENSMLUG00000002538)	KCNC2 (ENSMLUG00000010813)	ATXN7L3B (ENSMLUG00000028404)	ENSMLUG00000024302 #22	ENSMLUG00000025896
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	15	SNX5 (ENSRFEG00010008295)	MGME1 (ENSRFEG00010008379)	OVOL2 (ENSRFEG00010008405)	PET117 (ENSRFEG00010008472)	KAT14 (ENSRFEG00010008509)	ZNF133 (ENSRFEG00010008595)	ENSRFEG00010008604	DZANK1 (ENSRFEG00010008657)	POLR3F (ENSRFEG00010008934)	RBBP9 (ENSRFEG00010008976)	SEC23B (ENSRFEG00010009046)	SMIM26 (ENSRFEG00010009139)	DTD1 (ENSRFEG00010009168)	ENSRFEG00010009202	SLC24A3 (ENSRFEG00010009266)	ENSRFEG00010009294 #22	RIN2 (ENSRFEG00010009330)	NAA20 (ENSRFEG00010009410)	CRNKL1 (ENSRFEG00010009485)	CFAP61 (ENSRFEG00010009533)	INSM1 (ENSRFEG00010009617)	RALGAPA2 (ENSRFEG00010009655)	ENSRFEG00010009788	KIZ (ENSRFEG00010009832)	ENSRFEG00010010021	XRN2 (ENSRFEG00010010058)	NKX2-4 (ENSRFEG00010010146)	NKX2-2 (ENSRFEG00010010185)	PAX1 (ENSRFEG00010010205)	ENSRFEG00010010271	FOXA2 (ENSRFEG00010010354)
Equus	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00530000063168.a.a.b	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00390000012692	ENSGT00940000159438	ENSGT00940000155877	ENSGT00940000161795	ENSGT01090000260962	ENSGT00950000182835.c.c	ENSGT00530000063540.a	ENSGT00940000159912	ENSGT00940000162389	ENSGT00940000162070	ENSGT00940000163245	ENSGT00390000008621.i	ENSGT00940000160559	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22	ENSGT00940000160940	ENSGT00940000159479	ENSGT00940000162262	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000153313.C.a	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000162674	ENSGT00940000153097.A	ENSGT00390000013859	ENSGT00940000161807	ENSGT00390000003809	ENSGT00940000159855	ENSGT01030000234637.b.c	ENSGT00940000153629.a.b	ENSGT00940000158528.y.a
Horse	MODERN SPECIES	480	FGD1 (ENSECAG00000000025)	GNL3L (ENSECAG00000000035)	ENSECAG00000059470	MAGED2 (ENSECAG00000000036)	ENSECAG00000057341	ENSECAG00000052462	PFKFB1 (ENSECAG00000000039)	APEX2 (ENSECAG00000026921)	ALAS2 (ENSECAG00000000068)	MAGED1 (ENSECAG00000040088)	GSPT2 (ENSECAG00000043139)	ENSECAG00000034424	ENSECAG00000029663	ENSECAG00000037493	NUDT11 (ENSECAG00000032305)	ENSECAG00000023638 #22	BMP15 (ENSECAG00000023233)	SHROOM4 (ENSECAG00000021309)	DGKK (ENSECAG00000015609)	CCNB3 (ENSECAG00000008787)	AKAP4 (ENSECAG00000024064)	CLCN5 (ENSECAG00000010745)	USP27X (ENSECAG00000009308)	ENSECAG00000037484	PPP1R3F (ENSECAG00000007296)	FOXP3 (ENSECAG00000022667)	CCDC22 (ENSECAG00000010680)	CACNA1F (ENSECAG00000016391)	SYP (ENSECAG00000015208)	PRICKLE3 (ENSECAG00000009597)	MAGIX (ENSECAG00000023295)
Donkey	DUPLICATION
Donkey	DUPLICATION
Donkey	MODERN SPECIES	25	TRIM63 (ENSEASG00005004036)	PDIK1L (ENSEASG00005027803)	FAM110D (ENSEASG00005004033) #7	C1orf232 (ENSEASG00005031359) #8	CNKSR1 (ENSEASG00005003974) #11	ZNF593OS (ENSEASG00005004026) #10	CATSPER4 (ENSEASG00005003966) #12	CEP85 (ENSEASG00005003964) #14	ENSEASG00005038458 #15	UBXN11 (ENSEASG00005003961) #16	ENSEASG00005003958 #17	CRYBG2 (ENSEASG00005003956) #18	ZNF683 (ENSEASG00005003952)	LIN28A (ENSEASG00005026912) #20	DHDDS (ENSEASG00005003944) #21	ENSEASG00005037497 #22	RPS6KA1 (ENSEASG00005003928) #23	ARID1A (ENSEASG00005008616) #24	PIGV (ENSEASG00005008625) #25	ZDHHC18 (ENSEASG00005038436) #26	SFN (ENSEASG00005008630) #27	GPN2 (ENSEASG00005033906) #28	GPATCH3 (ENSEASG00005008636) #29	NR0B2 (ENSEASG00005008640) #30	NUDC (ENSEASG00005008644) #31	KDF1 (ENSEASG00005008678) #32	TRNP1 (ENSEASG00005008681)	TENT5B (ENSEASG00005030650) #35	SLC9A1 (ENSEASG00005008683) #36	WDTC1 (ENSEASG00005008688) #37	TMEM222 (ENSEASG00005027327)
Donkey	MODERN SPECIES	36	SLC38A5 (ENSEASG00005008319)	ENSEASG00005008327	ENSEASG00005008331	ENSEASG00005010957	ENSEASG00005027313	ZNF182 (ENSEASG00005008334)	ZNF81 (ENSEASG00005011135)	UXT (ENSEASG00005036125)	ELK1 (ENSEASG00005033281)	CFP (ENSEASG00005004762)	ENSEASG00005004759	SYN1 (ENSEASG00005004719)	ENSEASG00005004712	ENSEASG00005023981	ENSEASG00005028533	ENSEASG00005030810 #22	ZNF157 (ENSEASG00005030147)	USP11 (ENSEASG00005014306)	CDK16 (ENSEASG00005014307)	UBA1 (ENSEASG00005014308)	NDUFB11 (ENSEASG00005031508)	RGN (ENSEASG00005014313)	ENSEASG00005014316	JADE3 (ENSEASG00005014315)	RP2 (ENSEASG00005014317)	SLC9A7 (ENSEASG00005022325)	CHST7 (ENSEASG00005022338)	ENSEASG00005036877	ENSEASG00005034878	ENSEASG00005036110	ENSEASG00005033130
Donkey	MODERN SPECIES	36	ENSEASG00005013849	TSR2 (ENSEASG00005034316)	FGD1 (ENSEASG00005013013)	GNL3L (ENSEASG00005006957)	MAGED2 (ENSEASG00005018726)	ENSEASG00005034501	PFKFB1 (ENSEASG00005022726)	APEX2 (ENSEASG00005011694)	ENSEASG00005011666	ENSEASG00005027347	ENSEASG00005018677	ENSEASG00005018541	ENSEASG00005037403	ENSEASG00005030435	ENSEASG00005027341	ENSEASG00005003940 #22	ENSEASG00005026757	ENSEASG00005037978	ENSEASG00005033094	ENSEASG00005007932	ENSEASG00005031889	ENSEASG00005000354	ENSEASG00005000390	ENSEASG00005029105	ENSEASG00005000434	ENSEASG00005000466	ENSEASG00005033957	ENSEASG00005007577	ENSEASG00005036903	ENSEASG00005000437 ##30	ENSEASG00005026705
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Pig	MODERN SPECIES	14	FAM110D (ENSSSCG00000031074) #7	C1orf232 (ENSSSCG00000041671) #8	ZNF593 (ENSSSCG00000045776) #9	ZNF593OS (ENSSSCG00000059106) #10	CNKSR1 (ENSSSCG00000028387) #11	CATSPER4 (ENSSSCG00000026526) #12	ENSSSCG00000045528 #13	CEP85 (ENSSSCG00000026731) #14	UBXN11 (ENSSSCG00000033546) #16	SH3BGRL3 (ENSSSCG00000034937) #15	CD52 (ENSSSCG00000057268) #17	CRYBG2 (ENSSSCG00000033539) #18	ZNF683 (ENSSSCG00000040579)	LIN28A (ENSSSCG00000003557) #20	DHDDS (ENSSSCG00000033516) #21	HMGN2 (ENSSSCG00000003555) #22	RPS6KA1 (ENSSSCG00000003558) #23	ARID1A (ENSSSCG00000003559) #24	PIGV (ENSSSCG00000040007) #25	ZDHHC18 (ENSSSCG00000003561) #26	SFN (ENSSSCG00000062214) #27	GPN2 (ENSSSCG00000053928) #28	GPATCH3 (ENSSSCG00000003564) #29	NR0B2 (ENSSSCG00000003565) #30	NUDC (ENSSSCG00000003566) #31	KDF1 (ENSSSCG00000003567) #32	ENSSSCG00000040871 #33	TRNP1 (ENSSSCG00000027325)	TENT5B (ENSSSCG00000036755) #35	SLC9A1 (ENSSSCG00000003569) #36	WDTC1 (ENSSSCG00000003570) #37
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Alpaca	MODERN SPECIES	5713																ENSVPAG00000000776 #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159519	ENSGT00940000158261	ENSGT00990000203615.b.b	ENSGT01080000257365.b.a.b.a.b	ENSGT00940000154313.d	ENSGT00940000159663	ENSGT00940000157181	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000158740	ENSGT00530000063252.a.a	ENSGT00940000155418.b	ENSGT00940000153306.A.b	ENSGT00940000159642	ENSGT00940000155801	ENSGT00950000182856.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22	ENSGT01010000222806	ENSGT00940000158679	ENSGT00940000160304	ENSGT00390000002749	ENSGT00940000155900	ENSGT00940000156937	ENSGT00940000153566.b	ENSGT00950000183064.a.b.a	ENSGT00390000013297	ENSGT00940000157590	ENSGT00950000182942.b.b	ENSGT00940000157165
Beluga whale	MODERN SPECIES	63	FLI1 (ENSDLEG00000019461)	KCNJ1 (ENSDLEG00000019453)	KCNJ5 (ENSDLEG00000019451)	ARHGAP32 (ENSDLEG00000019440)	BARX2 (ENSDLEG00000019433)	TMEM45B (ENSDLEG00000019429)	NFRKB (ENSDLEG00000019422)	PRDM10 (ENSDLEG00000019408)	ENSDLEG00000019400	APLP2 (ENSDLEG00000019378)	ST14 (ENSDLEG00000019363)	ZBTB44 (ENSDLEG00000019358)	ADAMTS8 (ENSDLEG00000019352)	ADAMTS15 (ENSDLEG00000019344)	SNX19 (ENSDLEG00000019307)	ENSDLEG00000019286 #22	ENSDLEG00000019279	NTM (ENSDLEG00000019231)	OPCML (ENSDLEG00000019213)	ENSDLEG00000019203	ENSDLEG00000019191	IGSF9B (ENSDLEG00000019127)	JAM3 (ENSDLEG00000019108)	NCAPD3 (ENSDLEG00000017964)	VPS26B (ENSDLEG00000017816)	THYN1 (ENSDLEG00000017777)	ACAD8 (ENSDLEG00000017695)	GLB1L2 (ENSDLEG00000016273)	B3GAT1 (ENSDLEG00000016177)
Narwhal	MODERN SPECIES	314	ETS1 (ENSMMNG00015020697)	FLI1 (ENSMMNG00015020645)	KCNJ1 (ENSMMNG00015020626)	KCNJ5 (ENSMMNG00015020608)	ARHGAP32 (ENSMMNG00015020492)	BARX2 (ENSMMNG00015020437)	TMEM45B (ENSMMNG00015020413)	NFRKB (ENSMMNG00015020374)	PRDM10 (ENSMMNG00015020228)	APLP2 (ENSMMNG00015020053)	ST14 (ENSMMNG00015019969)	ZBTB44 (ENSMMNG00015019947)	ADAMTS8 (ENSMMNG00015019919)	ADAMTS15 (ENSMMNG00015019884)	SNX19 (ENSMMNG00015019823)	ENSMMNG00015019768 #22	ENSMMNG00015019754	NTM (ENSMMNG00015019609)	OPCML (ENSMMNG00015019531)	SPATA19 (ENSMMNG00015019493)	IGSF9B (ENSMMNG00015019460)	JAM3 (ENSMMNG00015019275)	NCAPD3 (ENSMMNG00015019099)	VPS26B (ENSMMNG00015019066)	THYN1 (ENSMMNG00015019021)	ACAD8 (ENSMMNG00015018956)	GLB1L2 (ENSMMNG00015018837)	B3GAT1 (ENSMMNG00015018785)
Sperm whale	MODERN SPECIES		APP (ENSPCTG00005000709)	GABPA (ENSPCTG00005000558)	ATP5PF (ENSPCTG00005000538)	JAM2 (ENSPCTG00005000503)	MRPL39 (ENSPCTG00005000471)	ENSPCTG00005000440	ENSPCTG00005000423	NCAM2 (ENSPCTG00005000381)	ENSPCTG00005000328	ENSPCTG00005000315	TMPRSS15 (ENSPCTG00005000270)	CHODL (ENSPCTG00005021207)	C21orf91 (ENSPCTG00005021184)	BTG3 (ENSPCTG00005021168)	ENSPCTG00005021160 ##22	ENSPCTG00005021142 #22	CXADR (ENSPCTG00005021100)	ENSPCTG00005021061	USP25 (ENSPCTG00005020926)	ENSPCTG00005020890	NRIP1 (ENSPCTG00005020884)	SAMSN1 (ENSPCTG00005020754)	HSPA13 (ENSPCTG00005020678)	ENSPCTG00005020352	RBM11 (ENSPCTG00005020241)	LIPI (ENSPCTG00005020089)	ENSPCTG00005019983	ROBO2 (ENSPCTG00005019510)	ROBO1 (ENSPCTG00005018380)	GBE1 (ENSPCTG00005018274)	ENSPCTG00005018235
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00530000064023.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00940000158133	ENSGT00940000154481.a.b.bc	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000165162	ENSGT00940000154481.a.b.ac.a	ENSGT00390000011642	ENSGT00950000183154.a	ENSGT00530000063692.b	ENSGT00940000155683	ENSGT00940000155393.d	ENSGT00940000158236	ENSGT00940000154428.b	ENSGT00940000154428.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22	ENSGT00530000063946.b	ENSGT00940000161394.m.a	ENSGT00940000157012	ENSGT00950000183142.a.b.a.a	ENSGT00940000161252	ENSGT00940000160501	ENSGT00940000155634	ENSGT00390000008642	ENSGT00940000156483	ENSGT00940000156557	ENSGT01030000234597.a.a.i.a.d	ENSGT00940000160715	ENSGT00390000003560	ENSGT00390000004028	ENSGT00940000155913
Bos	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00530000064023.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00940000158133	ENSGT00940000154481.a.b.bc	ENSGT00940000174968	ENSGT00940000165162	ENSGT00940000154481.a.b.ac.a	ENSGT00390000011642	ENSGT00950000183154.a	ENSGT00530000063692.b	ENSGT00940000155683	ENSGT00940000155393.d	ENSGT00940000158236	ENSGT00940000154428.b	ENSGT00940000154428.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22	ENSGT00530000063946.b	ENSGT00940000161394.m.a	ENSGT00940000157012	ENSGT00950000183142.a.b.a.a	ENSGT00940000161252	ENSGT00940000160501	ENSGT00940000155634	ENSGT00390000008642	ENSGT00940000156483	ENSGT00940000156557	ENSGT01030000234597.a.a.i.a.d	ENSGT00940000160715	ENSGT00390000003560	ENSGT00390000004028	ENSGT00940000155913
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00730000111244	ENSGT00940000158401	ENSGT00390000013337	ENSGT00530000064023.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00940000158133	ENSGT00940000154481.a.b.bc	ENSGT00390000011642	ENSGT00950000183154.a	ENSGT00530000063692.b	ENSGT00940000155683	ENSGT00940000155393.d	ENSGT00940000158236	ENSGT00940000154428.b	ENSGT00940000154428.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22	ENSGT00530000063946.b	ENSGT00940000161394.m.a	ENSGT00940000157012	ENSGT00950000183142.a.b.a.a	ENSGT00940000161252	ENSGT00940000160501	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155634	ENSGT00390000008642	ENSGT00940000156483	ENSGT01030000235099	ENSGT00940000156557	ENSGT01030000234597.a.a.i.a.d	ENSGT00940000160715	ENSGT00390000003560
Wild yak	MODERN SPECIES	414	ZBTB2 (ENSBMUG00000022889)	RMND1 (ENSBMUG00000022921)	ARMT1 (ENSBMUG00000022940)	CCDC170 (ENSBMUG00000022950)	ENSBMUG00000022966	SYNE1 (ENSBMUG00000023407)	MYCT1 (ENSBMUG00000023638)	VIP (ENSBMUG00000023648)	FBXO5 (ENSBMUG00000023656)	MTRF1L (ENSBMUG00000023676)	RGS17 (ENSBMUG00000023688)	ENSBMUG00000023702	OPRM1 (ENSBMUG00000023738)	IPCEF1 (ENSBMUG00000023775)	CNKSR3 (ENSBMUG00000023803)	ENSBMUG00000023809 #22	SCAF8 (ENSBMUG00000023827)	ENSBMUG00000023830	TIAM2 (ENSBMUG00000023891)	TFB1M (ENSBMUG00000023932)	CLDN20 (ENSBMUG00000023939)	NOX3 (ENSBMUG00000023948)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00390000013337	ENSGT00530000064023.b	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00940000158133	ENSGT00940000154481.a.b.bc	ENSGT00940000165162	ENSGT00940000154481.a.b.ac.a	ENSGT00390000011642	ENSGT00950000183154.a	ENSGT00530000063692.b	ENSGT00940000155683	ENSGT00940000155393.d	ENSGT00940000158236	ENSGT00940000154428.b	ENSGT00940000154428.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d #22	ENSGT00740000117156.b.e.a	ENSGT00530000063946.b	ENSGT00940000161394.m.a	ENSGT00940000157012	ENSGT00950000183142.a.b.a.a	ENSGT00940000161252	ENSGT00940000160501	ENSGT00940000155634	ENSGT00390000008642	ENSGT00940000156483	ENSGT00940000156557	ENSGT01030000234597.a.a.i.a.d	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000160715	ENSGT00390000003560
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	28	AKAP12 (ENSBIXG00005020718)	ZBTB2 (ENSBIXG00005020697)	RMND1 (ENSBIXG00005020664)	ARMT1 (ENSBIXG00005020618)	CCDC170 (ENSBIXG00005003477)	ENSBIXG00005020541	ESR1 (ENSBIXG00005020485)	SYNE1 (ENSBIXG00005007834)	MYCT1 (ENSBIXG00005019369)	VIP (ENSBIXG00005019364)	FBXO5 (ENSBIXG00005019333)	MTRF1L (ENSBIXG00005005667)	OPRM1 (ENSBIXG00005019182)	IPCEF1 (ENSBIXG00005019118)	CNKSR3 (ENSBIXG00005019050)	ENSBIXG00005019032 #22	ENSBIXG00005019017	SCAF8 (ENSBIXG00005005736)	ENSBIXG00005000047	TIAM2 (ENSBIXG00005018908)	TFB1M (ENSBIXG00005005435)	CLDN20 (ENSBIXG00005018824)	NOX3 (ENSBIXG00005018801)	ARID1B (ENSBIXG00005018627)	ENSBIXG00005017632	TMEM242 (ENSBIXG00005017618)	ZDHHC14 (ENSBIXG00005017525)	SNX9 (ENSBIXG00005017441)	ENSBIXG00005017357	ENSBIXG00005017343	SYNJ2 (ENSBIXG00005017312)
Cow	MODERN SPECIES	28	CCDC170 (ENSBTAG00000004099)	ESR1 (ENSBTAG00000007159)	SYNE1 (ENSBTAG00000009362)	ENSBTAG00000052949	ENSBTAG00000054309	ENSBTAG00000052173	ENSBTAG00000054597	MYCT1 (ENSBTAG00000043975)	VIP (ENSBTAG00000013400)	FBXO5 (ENSBTAG00000021193)	MTRF1L (ENSBTAG00000009275)	RGS17 (ENSBTAG00000009277)	OPRM1 (ENSBTAG00000019719)	IPCEF1 (ENSBTAG00000003489)	CNKSR3 (ENSBTAG00000012674)	ENSBTAG00000020723 #22	ENSBTAG00000049872	SCAF8 (ENSBTAG00000031917)	ENSBTAG00000048691	TIAM2 (ENSBTAG00000010047)	TFB1M (ENSBTAG00000031895)	CLDN20 (ENSBTAG00000046726)	NOX3 (ENSBTAG00000013551)	ARID1B (ENSBTAG00000002728)	ENSBTAG00000045772	TMEM242 (ENSBTAG00000007201)	ZDHHC14 (ENSBTAG00000018464)	SNX9 (ENSBTAG00000006323)	ENSBTAG00000052926	ENSBTAG00000048573	SYNJ2 (ENSBTAG00000000817)
American bison	MODERN SPECIES	3071	AKAP12 (ENSBBBG00000008737)	ZBTB2 (ENSBBBG00000012799)	RMND1 (ENSBBBG00000012797)	ARMT1 (ENSBBBG00000012777)	CCDC170 (ENSBBBG00000012772)	ENSBBBG00000008109	SYNE1 (ENSBBBG00000012707)	MYCT1 (ENSBBBG00000012062)	VIP (ENSBBBG00000012054)	FBXO5 (ENSBBBG00000012046)	MTRF1L (ENSBBBG00000012041)	RGS17 (ENSBBBG00000002257)	OPRM1 (ENSBBBG00000012004)	IPCEF1 (ENSBBBG00000011980)	CNKSR3 (ENSBBBG00000011968)	ENSBBBG00000011959 #22	SCAF8 (ENSBBBG00000002232)	ENSBBBG00000001962	TIAM2 (ENSBBBG00000002224)	TFB1M (ENSBBBG00000011905)	CLDN20 (ENSBBBG00000011901)	NOX3 (ENSBBBG00000011894)	ENSBBBG00000011886	ARID1B (ENSBBBG00000011875)	ENSBBBG00000002188	TMEM242 (ENSBBBG00000011763)	ZDHHC14 (ENSBBBG00000011752)	SNX9 (ENSBBBG00000011740)	ENSBBBG00000011725	SYNJ2 (ENSBBBG00000008492)	SERAC1 (ENSBBBG00000011692)
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	354	FAM110D (ENSMMSG00000005911) #7	C1orf232 (ENSMMSG00000005886) #8	ZNF593 (ENSMMSG00000005859) #9	ZNF593OS (ENSMMSG00000005838) #10	CNKSR1 (ENSMMSG00000005791) #11	CATSPER4 (ENSMMSG00000005745) #12	ENSMMSG00000005704 #13	CEP85 (ENSMMSG00000005638) #14	SH3BGRL3 (ENSMMSG00000005593) #15	UBXN11 (ENSMMSG00000005530) #16	ENSMMSG00000005483 #17	CRYBG2 (ENSMMSG00000005292) #18	ENSMMSG00000005241 #19	LIN28A (ENSMMSG00000005189) #20	DHDDS (ENSMMSG00000005089) #21	ENSMMSG00000005048 #22	RPS6KA1 (ENSMMSG00000004814) #23	ENSMMSG00000004735	ARID1A (ENSMMSG00000004679) #24	PIGV (ENSMMSG00000004638) #25	ZDHHC18 (ENSMMSG00000004577) #26	SFN (ENSMMSG00000019892) #27	GPN2 (ENSMMSG00000019861) #28	GPATCH3 (ENSMMSG00000019842) #29	NR0B2 (ENSMMSG00000019826) #30	NUDC (ENSMMSG00000019794) #31	KDF1 (ENSMMSG00000019780) #32	TRNP1 (ENSMMSG00000019769)	TENT5B (ENSMMSG00000019758) #35	SLC9A1 (ENSMMSG00000019705) #36	WDTC1 (ENSMMSG00000019642) #37
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	103					TSPAN17 (ENSMMSG00000016419)	EIF4E1B (ENSMMSG00000016357)	SNCB (ENSMMSG00000016299)	GPRIN1 (ENSMMSG00000016287)	CDHR2 (ENSMMSG00000016128)	RNF44 (ENSMMSG00000016055)	FAF2 (ENSMMSG00000016013)	CLTB (ENSMMSG00000015978)	ENSMMSG00000015940	ENSMMSG00000015922	ARL10 (ENSMMSG00000015885)	ENSMMSG00000015877 #22	COMMD10 (ENSMMSG00000015842)	SEMA6A (ENSMMSG00000015790)	ENSMMSG00000015762
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	354	C1QA (ENSMMSG00000009478)	EPHA8 (ENSMMSG00000009498)	ZBTB40 (ENSMMSG00000009593)	WNT4 (ENSMMSG00000009640)	CDC42 (ENSMMSG00000009676)	ENSMMSG00000009708	ENSMMSG00000009722	ENSMMSG00000009743	HSPG2 (ENSMMSG00000009773)	LDLRAD2 (ENSMMSG00000010168)	USP48 (ENSMMSG00000010237)	RAP1GAP (ENSMMSG00000010756)	ALPL (ENSMMSG00000010954)	ECE1 (ENSMMSG00000011034)	EIF4G3 (ENSMMSG00000011175)	ENSMMSG00000011489 #22	HP1BP3 (ENSMMSG00000011530)	SH2D5 (ENSMMSG00000011565)	KIF17 (ENSMMSG00000011594)	DDOST (ENSMMSG00000004561)	PINK1 (ENSMMSG00000004678)	CDA (ENSMMSG00000004851)	FAM43B (ENSMMSG00000004865)	ENSMMSG00000004879	MUL1 (ENSMMSG00000004894)	CAMK2N1 (ENSMMSG00000004914)	VWA5B1 (ENSMMSG00000004945)	UBXN10 (ENSMMSG00000005098)	PLA2G2C (ENSMMSG00000005111)	PLA2G2F (ENSMMSG00000005144)	PLA2G2D (ENSMMSG00000005192)
Boreoeutheria	DUPLICATION
Boreoeutheria	DUPLICATION
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a ##22
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a ##22
Primates	DUPLICATION
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Tarsier	MODERN SPECIES	6127	JPH4 (ENSTSYG00000005028)	AP1G2 (ENSTSYG00000006759)	THTPA (ENSTSYG00000006757)	ZFHX2 (ENSTSYG00000026013)	NGDN (ENSTSYG00000009606)	MYH7 (ENSTSYG00000004246)	MYH6 (ENSTSYG00000010605)	CMTM5 (ENSTSYG00000006244)	IL25 (ENSTSYG00000006243)	EFS (ENSTSYG00000010826)	SLC22A17 (ENSTSYG00000032744)	BCL2L2 (ENSTSYG00000033996)	PPP1R3E (ENSTSYG00000004723)	HOMEZ (ENSTSYG00000026061)	RNF212B (ENSTSYG00000004710)	ENSTSYG00000027370 ##22	SLC7A8 (ENSTSYG00000013813)	CEBPE (ENSTSYG00000035051)	CIROP (ENSTSYG00000029727)	ACIN1 (ENSTSYG00000011584)	CDH24 (ENSTSYG00000026066)	PSMB5 (ENSTSYG00000029022)	CUNH14orf93 (ENSTSYG00000001536)	AJUBA (ENSTSYG00000005841)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740.g #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879.a #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740.g #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879.a #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22	ENSGT00390000016475.e.a	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	110	ENSSBOG00000022390	FAM110D (ENSSBOG00000022708) #7	C1orf232 (ENSSBOG00000028377) #8	ZNF593 (ENSSBOG00000030845) #9	ZNF593OS (ENSSBOG00000022838) #10	CNKSR1 (ENSSBOG00000025367) #11	CATSPER4 (ENSSBOG00000032368) #12	CEP85 (ENSSBOG00000021910) #14	SH3BGRL3 (ENSSBOG00000034918) #15	UBXN11 (ENSSBOG00000001035) #16	ENSSBOG00000026730	CRYBG2 (ENSSBOG00000032216) #18	ZNF683 (ENSSBOG00000031630)	ENSSBOG00000005545 #20	DHDDS (ENSSBOG00000021729) #21	ENSSBOG00000019754 ##22	ENSSBOG00000027717	RPS6KA1 (ENSSBOG00000033390) #23
Marmoset	MODERN SPECIES	4	WDR7 (ENSCJAG00000003937)	ENSCJAG00000034961	TXNL1 (ENSCJAG00000004012)	TCF4 (ENSCJAG00000004038)	ENSCJAG00000086874	CCDC68 (ENSCJAG00000004164)	RAB27B (ENSCJAG00000004175)	DYNAP (ENSCJAG00000004179)	ENSCJAG00000086244	C18orf54 (ENSCJAG00000001841)	ENSCJAG00000034626	ENSCJAG00000070038	POLI (ENSCJAG00000001851)	MBD2 (ENSCJAG00000040234)	DCC (ENSCJAG00000001868)	ENSCJAG00000084840 ##22	MEX3C (ENSCJAG00000072158)	SMAD4 (ENSCJAG00000001910)	ELAC1 (ENSCJAG00000001925)	MRO (ENSCJAG00000041277)	ME2 (ENSCJAG00000001929)	MAPK4 (ENSCJAG00000001974)	ENSCJAG00000086150	SKA1 (ENSCJAG00000084830)	ENSCJAG00000005044	MBD1 (ENSCJAG00000004959)	CFAP53 (ENSCJAG00000004928)	MYO5B (ENSCJAG00000004857)	ACAA2 (ENSCJAG00000004820)	ENSCJAG00000073947	ENSCJAG00000078071
Mas night monkey	MODERN SPECIES	814	PIR (ENSANAG00000024366)	BMX (ENSANAG00000029150)	ACE2 (ENSANAG00000029368)	CLTRN (ENSANAG00000035573)	ENSANAG00000035146	ENSANAG00000035485	ZRSR2 (ENSANAG00000019297)	AP1S2 (ENSANAG00000026032)	GRPR (ENSANAG00000021906)	ENSANAG00000020103	S100G (ENSANAG00000021290)	CTPS2 (ENSANAG00000037349)	SYAP1 (ENSANAG00000036135)	TXLNG (ENSANAG00000021604)	RBBP7 (ENSANAG00000037598)	ENSANAG00000020204 ##22	ENSANAG00000020664	ENSANAG00000022723	REPS2 (ENSANAG00000031037)	NHS (ENSANAG00000033727)	SCML1 (ENSANAG00000021893)	ENSANAG00000019386	ENSANAG00000037962	SCML2 (ENSANAG00000020966)	CDKL5 (ENSANAG00000034696)	RS1 (ENSANAG00000029033)	PPEF1 (ENSANAG00000023404)	PHKA2 (ENSANAG00000038435)	ADGRG2 (ENSANAG00000034597)	PDHA1 (ENSANAG00000030855)	MAP3K15 (ENSANAG00000034023)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	563			TTC14 (ENSMNEG00000044800)	CCDC39 (ENSMNEG00000033311)	ENSMNEG00000041132	FXR1 (ENSMNEG00000031733)	DNAJC19 (ENSMNEG00000037111)	SOX2 (ENSMNEG00000026232)	ENSMNEG00000023089	ENSMNEG00000031959	ENSMNEG00000041253	ATP11B (ENSMNEG00000044870)	DCUN1D1 (ENSMNEG00000034646)	MCCC1 (ENSMNEG00000017163)	LAMP3 (ENSMNEG00000039831)	ENSMNEG00000023945 ##22	MCF2L2 (ENSMNEG00000028315)	B3GNT5 (ENSMNEG00000027097)	KLHL6 (ENSMNEG00000022023)	KLHL24 (ENSMNEG00000039455)	YEATS2 (ENSMNEG00000042931)	ENSMNEG00000009930	MAP6D1 (ENSMNEG00000024173)	ENSMNEG00000040541	PARL (ENSMNEG00000031329)	ABCC5 (ENSMNEG00000030465)	HTR3D (ENSMNEG00000036660)	HTR3C (ENSMNEG00000036620)	EIF2B5 (ENSMNEG00000035864)	DVL3 (ENSMNEG00000030669)	AP2M1 (ENSMNEG00000037624)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Drill	MODERN SPECIES	1077														DEPDC1B (ENSMLEG00000043040)	ELOVL7 (ENSMLEG00000035576)	ENSMLEG00000021032 ##22	ENSMLEG00000040322	ERCC8 (ENSMLEG00000032387)	ENSMLEG00000039011	NDUFAF2 (ENSMLEG00000040031)	ENSMLEG00000029892	SMIM15 (ENSMLEG00000027450)	ENSMLEG00000037256	ZSWIM6 (ENSMLEG00000039853)	KIF2A (ENSMLEG00000036610)	DIMT1 (ENSMLEG00000027706)	IPO11 (ENSMLEG00000014468)	ENSMLEG00000029954
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	563													ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2213													ZNF683 (ENSRROG00000002892)	LIN28A (ENSRROG00000013874) ##20	DHDDS (ENSRROG00000042135) #21	ENSRROG00000037867 ##22	ENSRROG00000044797	RPS6KA1 (ENSRROG00000039476) #23	ENSRROG00000043752	ARID1A (ENSRROG00000036508) #24	PIGV (ENSRROG00000045107) #25	ENSRROG00000032291	ZDHHC18 (ENSRROG00000041022) #26	SFN (ENSRROG00000003412) #27	GPN2 (ENSRROG00000021722) #28	GPATCH3 (ENSRROG00000038382) #29	NR0B2 (ENSRROG00000042749) #30	NUDC (ENSRROG00000037321) #31	KDF1 (ENSRROG00000042590) #32	ENSRROG00000045205	TENT5B (ENSRROG00000045423) #35
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000017004.a.b.m.b	ENSGT00940000157121	ENSGT00940000155660.b	ENSGT00530000063480.b.g	ENSGT00910000147226	ENSGT00530000063609.b	ENSGT00390000004280	ENSGT00390000007225	ENSGT00940000160808	ENSGT00950000182908.C	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248	ENSGT00390000017724.a.a	ENSGT00940000156679	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22	ENSGT00390000018500.b	ENSGT00940000155892	ENSGT00940000162990	ENSGT00940000155619	ENSGT00390000016225	ENSGT00940000155351.cb	ENSGT00940000156421	ENSGT00390000010145.c.b	ENSGT00940000160525	ENSGT00390000016224.j.a.e.b	ENSGT00390000016224.j.a.f	ENSGT00390000011422.l	ENSGT00940000169103	ENSGT00940000155519	ENSGT01020000230346.B.eb
Orangutan	MODERN SPECIES	16	EFHB (ENSPPYG00000014075)	KCNH8 (ENSPPYG00000014076)	SATB1 (ENSPPYG00000014077)	TBC1D5 (ENSPPYG00000014078)	PLCL2 (ENSPPYG00000014079)	DAZL (ENSPPYG00000014080)	RFTN1 (ENSPPYG00000014081)	OXNAD1 (ENSPPYG00000014082)	DPH3 (ENSPPYG00000014083)	GALNT15 (ENSPPYG00000014084)	ANKRD28 (ENSPPYG00000014085)	BTD (ENSPPYG00000014086)	HACL1 (ENSPPYG00000014087)	EAF1 (ENSPPYG00000014089)	METTL6 (ENSPPYG00000034493)	ENSPPYG00000030473 ##22	SH3BP5 (ENSPPYG00000014091)	CAPN7 (ENSPPYG00000014092)	COL6A5 (ENSPPYG00000030510)	COL6A6 (ENSPPYG00000014094)	PIK3R4 (ENSPPYG00000014096)	ATP2C1 (ENSPPYG00000014097)	ASTE1 (ENSPPYG00000014098)	NEK11 (ENSPPYG00000014099)	ENSPPYG00000014101	MRPL3 (ENSPPYG00000014102)	ENSPPYG00000040743	CPNE4 (ENSPPYG00000014103)	ACP3 (ENSPPYG00000014104)	DNAJC13 (ENSPPYG00000014105)	ACAD11 (ENSPPYG00000014106)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000017004.a.b.m.b	ENSGT00940000157121	ENSGT00940000155660.b	ENSGT00530000063480.b.g	ENSGT00910000147226	ENSGT00530000063609.b	ENSGT00390000004280	ENSGT00390000007225	ENSGT00940000160808	ENSGT00950000182908.C	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00940000156802	ENSGT00940000157248	ENSGT00390000017724.a.a	ENSGT00940000156679	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22	ENSGT00390000018500.b	ENSGT00940000155892	ENSGT00390000007159	ENSGT00640000091558	ENSGT00940000158393	ENSGT00910000148131	ENSGT00940000157922	ENSGT00940000153655.B	ENSGT00440000033958	ENSGT00910000146921	ENSGT00940000155615	ENSGT00940000154583.i	ENSGT00390000013951	ENSGT00390000005194	ENSGT00390000009671
Gorilla	MODERN SPECIES	16	ENSGGOG00000024653	TBC1D5 (ENSGGOG00000016312)	PLCL2 (ENSGGOG00000016029)	DAZL (ENSGGOG00000023632)	ENSGGOG00000040632	RFTN1 (ENSGGOG00000008885)	OXNAD1 (ENSGGOG00000006174)	DPH3 (ENSGGOG00000043523)	GALNT15 (ENSGGOG00000009285)	ANKRD28 (ENSGGOG00000009548)	BTD (ENSGGOG00000013932)	HACL1 (ENSGGOG00000010802)	COLQ (ENSGGOG00000004457)	EAF1 (ENSGGOG00000004453)	METTL6 (ENSGGOG00000024436)	ENSGGOG00000023889 ##22	SH3BP5 (ENSGGOG00000001667)	CAPN7 (ENSGGOG00000025671)	RBSN (ENSGGOG00000012784)	MRPS25 (ENSGGOG00000011005)	ENSGGOG00000044014	FGD5 (ENSGGOG00000001365)	C3orf20 (ENSGGOG00000001361)	CCDC174 (ENSGGOG00000001359)	ENSGGOG00000038061	GRIP2 (ENSGGOG00000002279)	SLC6A6 (ENSGGOG00000013384)	LSM3 (ENSGGOG00000010006)	XPC (ENSGGOG00000009997)	TMEM43 (ENSGGOG00000016577)	CHCHD4 (ENSGGOG00000024077)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b ##22
Lemuriformes	DUPLICATION
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.a ##22
Mouse lemur	MODERN SPECIES	11					PGM1 (ENSMICG00000013637)	ROR1 (ENSMICG00000013653)	UBE2U (ENSMICG00000035220)	CACHD1 (ENSMICG00000013692)	RAVER2 (ENSMICG00000029259)	JAK1 (ENSMICG00000013750)	ENSMICG00000013794	ENSMICG00000028934	DNAJC6 (ENSMICG00000006518)	LEPROT (ENSMICG00000032518)	LEPR (ENSMICG00000012143)	ENSMICG00000028091 ##22	PDE4B (ENSMICG00000008570)	ENSMICG00000044205	SGIP1 (ENSMICG00000004414)	ENSMICG00000035331	DYNLT5 (ENSMICG00000046099)	INSL5 (ENSMICG00000047927)	ENSMICG00000043215	MIER1 (ENSMICG00000004461)	SLC35D1 (ENSMICG00000004473)	C1orf141 (ENSMICG00000004483)	IL23R (ENSMICG00000000494)	ENSMICG00000046171	IL12RB2 (ENSMICG00000017732)	ENSMICG00000017733	GADD45A (ENSMICG00000037822)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.a ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	109															ZNF354A (ENSPSMG00000013548)	ENSPSMG00000013575 ##22	SH3BP5L (ENSPSMG00000013591)	ENSPSMG00000013601	ZNF692 (ENSPSMG00000013632)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.b ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	742					FLT3 (ENSPSMG00000023610)	URAD (ENSPSMG00000023629)	CDX2 (ENSPSMG00000023632)	PDX1 (ENSPSMG00000023637)	GSX1 (ENSPSMG00000023639)	ENSPSMG00000023644	LNX2 (ENSPSMG00000023653)	MTIF3 (ENSPSMG00000023658)	GTF3A (ENSPSMG00000023668)	RASL11A (ENSPSMG00000023672)	ENSPSMG00000023677	ENSPSMG00000023686 ##22	USP12 (ENSPSMG00000023737)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b ##22
Tarsier	MODERN SPECIES	7078		PDIK1L (ENSTSYG00000010625)	C1orf232 (ENSTSYG00000034461) #8	ZNF593 (ENSTSYG00000031897) #9	ZNF593OS (ENSTSYG00000036841) #10	CNKSR1 (ENSTSYG00000003205) #11	CATSPER4 (ENSTSYG00000003222) #12	CEP85 (ENSTSYG00000002552) #14	SH3BGRL3 (ENSTSYG00000002586) #15	UBXN11 (ENSTSYG00000002589) #16	ENSTSYG00000013717	CRYBG2 (ENSTSYG00000028063) #18	ZNF683 (ENSTSYG00000031856)	LIN28A (ENSTSYG00000027067) ##20	DHDDS (ENSTSYG00000011517) #21	ENSTSYG00000011519 ##22	RPS6KA1 (ENSTSYG00000003062) #23
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	72	ENSSBOG00000010586	PSAP (ENSSBOG00000029786)	CDH23 (ENSSBOG00000033058)	VSIR (ENSSBOG00000001069)	ENSSBOG00000031393	SLC29A3 (ENSSBOG00000004257)	UNC5B (ENSSBOG00000026794)	PCBD1 (ENSSBOG00000033530)	SGPL1 (ENSSBOG00000031311)	TBATA (ENSSBOG00000022979)	ADAMTS14 (ENSSBOG00000029582)	PRF1 (ENSSBOG00000023777)	PALD1 (ENSSBOG00000022369)	NODAL (ENSSBOG00000035806)	EIF4EBP2 (ENSSBOG00000021003)	ENSSBOG00000032439 ##22	LRRC20 (ENSSBOG00000004099)	NPFFR1 (ENSSBOG00000027357)	ENSSBOG00000032113	SAR1A (ENSSBOG00000036189)	TYSND1 (ENSSBOG00000031932)	AIFM2 (ENSSBOG00000021291)	MACROH2A2 (ENSSBOG00000026312)	COL13A1 (ENSSBOG00000033267)	ENSSBOG00000033865	FAM241B (ENSSBOG00000025145)	ENSSBOG00000026497	TSPAN15 (ENSSBOG00000032301)	TACR2 (ENSSBOG00000035621)	ENSSBOG00000014118	HK1 (ENSSBOG00000035611)
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.a ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000182904.a.a.a	ENSGT00390000014801	ENSGT00940000162147	ENSGT00530000063948.a	ENSGT00950000182870.a.a.b.j	ENSGT00950000182971.B.b.d.ab	ENSGT00390000007266	ENSGT00940000160219	ENSGT00940000153269.a.a	ENSGT00940000153269.a.b	ENSGT00940000159822	ENSGT00940000162071	ENSGT00940000161355	ENSGT00940000159919	ENSGT00390000007801	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000003552	ENSGT00940000158021	ENSGT00710000106874	ENSGT00940000159283.d	ENSGT00950000182919.B.a.e	ENSGT00390000009464.k.b.a	ENSGT00390000009464.k.a	ENSGT00530000063335.B.a.a	ENSGT00940000160917	ENSGT00940000154947.f.a	ENSGT00940000162023	ENSGT00390000008859.b.c	ENSGT00900000141074.f.a	ENSGT00390000012642	ENSGT00900000141033.b.b
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	262	KCNN3 (ENSMNEG00000043088)	PMVK (ENSMNEG00000020431)	PBXIP1 (ENSMNEG00000039092)	PYGO2 (ENSMNEG00000041975)	SHC1 (ENSMNEG00000040365)	CKS1B (ENSMNEG00000045330)	FLAD1 (ENSMNEG00000032046)	ZBTB7B (ENSMNEG00000042259)	DCST2 (ENSMNEG00000042445)	DCST1 (ENSMNEG00000032906)	ADAM15 (ENSMNEG00000034306)	EFNA4 (ENSMNEG00000038804)	EFNA3 (ENSMNEG00000029238)	EFNA1 (ENSMNEG00000036345)	SLC50A1 (ENSMNEG00000040415)	ENSMNEG00000045018 ##22	KRTCAP2 (ENSMNEG00000038994)	TRIM46 (ENSMNEG00000044482)	MUC1 (ENSMNEG00000028440)	THBS3 (ENSMNEG00000045432)	MTX1 (ENSMNEG00000040125)	ENSMNEG00000025026	GBA1 (ENSMNEG00000031343)	ENTREP3 (ENSMNEG00000035402)	SCAMP3 (ENSMNEG00000044530)	CLK2 (ENSMNEG00000031061)	HCN3 (ENSMNEG00000042405)	PKLR (ENSMNEG00000009109)	ENSMNEG00000041237	ENSMNEG00000034281	RUSC1 (ENSMNEG00000037791)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.a ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000014801	ENSGT00940000162147	ENSGT00530000063948.a	ENSGT00950000182870.a.a.b.j	ENSGT00950000182971.B.b.d	ENSGT00390000007266	ENSGT00390000002996	ENSGT00940000160219	ENSGT00940000153269.a.a	ENSGT00940000153269.a.b	ENSGT00940000159822	ENSGT00940000162071	ENSGT00940000161355	ENSGT00940000159919	ENSGT00390000007801	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000003552	ENSGT00940000158021	ENSGT00710000106874	ENSGT00940000159283.d	ENSGT00950000182919.B.a.e	ENSGT00390000009464.k.b.a	ENSGT00390000009464.k.b.b	ENSGT00940000167808	ENSGT00390000009464.k.a	ENSGT00530000063335.B.a.a	ENSGT00940000160917	ENSGT00940000154947.f.a	ENSGT00940000162023	ENSGT00390000008859.b.c	ENSGT00900000141074.f
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	205	KCNN3 (ENSCATG00000036490)	PMVK (ENSCATG00000043628)	PBXIP1 (ENSCATG00000038165)	PYGO2 (ENSCATG00000033654)	SHC1 (ENSCATG00000036958)	ENSCATG00000009175	FLAD1 (ENSCATG00000032667)	ZBTB7B (ENSCATG00000029756)	DCST2 (ENSCATG00000027643)	DCST1 (ENSCATG00000030637)	ADAM15 (ENSCATG00000038247)	EFNA4 (ENSCATG00000032517)	EFNA3 (ENSCATG00000030754)	EFNA1 (ENSCATG00000029922)	SLC50A1 (ENSCATG00000038509)	ENSCATG00000018813 ##22	KRTCAP2 (ENSCATG00000021860)	TRIM46 (ENSCATG00000031859)	MUC1 (ENSCATG00000032855)	THBS3 (ENSCATG00000037822)	MTX1 (ENSCATG00000036436)	ENSCATG00000034196	ENSCATG00000039308	ENTREP3 (ENSCATG00000042806)	SCAMP3 (ENSCATG00000034948)	CLK2 (ENSCATG00000032189)	HCN3 (ENSCATG00000034245)	PKLR (ENSCATG00000034447)	FDPS (ENSCATG00000040793)	ENSCATG00000042417	RUSC1 (ENSCATG00000029599)
Drill	MODERN SPECIES	832	FAM110D (ENSMLEG00000001627) #7	C1orf232 (ENSMLEG00000000238) #8	ZNF593 (ENSMLEG00000035715) #9	ZNF593OS (ENSMLEG00000031396) #10	CNKSR1 (ENSMLEG00000044411) #11	CATSPER4 (ENSMLEG00000041274) #12	CEP85 (ENSMLEG00000040503) #14	SH3BGRL3 (ENSMLEG00000029299) #15	UBXN11 (ENSMLEG00000038323) #16	CD52 (ENSMLEG00000014796) #17	CRYBG2 (ENSMLEG00000014773) #18	ZNF683 (ENSMLEG00000037471)	LIN28A (ENSMLEG00000011746) ##20	DHDDS (ENSMLEG00000034617) #21	ENSMLEG00000035869	ENSMLEG00000038780 ##22	RPS6KA1 (ENSMLEG00000043206) #23	ARID1A (ENSMLEG00000022830) #24	PIGV (ENSMLEG00000034758) #25	ZDHHC18 (ENSMLEG00000042906) #26	ENSMLEG00000003136 #27	ENSMLEG00000006437 #27	GPN2 (ENSMLEG00000025975) #28	GPATCH3 (ENSMLEG00000033364) #29	NR0B2 (ENSMLEG00000030851) #30	NUDC (ENSMLEG00000036923) #31	KDF1 (ENSMLEG00000041584) #32	ENSMLEG00000026434	TENT5B (ENSMLEG00000042465) #35	SLC9A1 (ENSMLEG00000014293) #36	WDTC1 (ENSMLEG00000028076) #37
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Drill	MODERN SPECIES	1270														ENSMLEG00000027071	WAC (ENSMLEG00000037194)	ENSMLEG00000041735 ##22	BAMBI (ENSMLEG00000030277)	ENSMLEG00000027765	ENSMLEG00000031493	ENSMLEG00000031895	ENSMLEG00000036774	ENSMLEG00000037497	ENSMLEG00000027128	ENSMLEG00000033813
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.a.b ##22
Bonobo	MODERN SPECIES	5	AHSA1 (ENSPPAG00000024406)	ISM2 (ENSPPAG00000034070)	SPTLC2 (ENSPPAG00000026234)	ALKBH1 (ENSPPAG00000041592)	ENSPPAG00000040710	ENSPPAG00000040856	ENSPPAG00000043997	ADCK1 (ENSPPAG00000044000)	NRXN3 (ENSPPAG00000032278)	ENSPPAG00000010773	ENSPPAG00000043623	ENSPPAG00000005880	ENSPPAG00000027702	ENSPPAG00000037467	CEP128 (ENSPPAG00000025927)	ENSPPAG00000031667 ##22	TSHR (ENSPPAG00000040721)	ENSPPAG00000041772	GTF2A1 (ENSPPAG00000037878)	STON2 (ENSPPAG00000032960)	SEL1L (ENSPPAG00000040267)	ENSPPAG00000037892	FLRT2 (ENSPPAG00000004423)	ENSPPAG00000042871	ENSPPAG00000006789	ENSPPAG00000043293	GALC (ENSPPAG00000031299)	ENSPPAG00000041941	GPR65 (ENSPPAG00000024242)	KCNK10 (ENSPPAG00000014296)	SPATA7 (ENSPPAG00000037824)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	283	MAP3K1 (ENSMNEG00000039290)	SETD9 (ENSMNEG00000036612)	MIER3 (ENSMNEG00000030285)	ENSMNEG00000020911	GPBP1 (ENSMNEG00000013841)	ENSMNEG00000029800	ACTBL2 (ENSMNEG00000009130)	PLK2 (ENSMNEG00000027569)	RAB3C (ENSMNEG00000029967)	ENSMNEG00000028014	PDE4D (ENSMNEG00000028858)	ENSMNEG00000036559	ENSMNEG00000036410	DEPDC1B (ENSMNEG00000043156)	ELOVL7 (ENSMNEG00000031532)	ENSMNEG00000042345 ##22	ENSMNEG00000036221	ERCC8 (ENSMNEG00000035298)	ENSMNEG00000031230	NDUFAF2 (ENSMNEG00000041130)	SMIM15 (ENSMNEG00000006002)	ZSWIM6 (ENSMNEG00000035020)	KIF2A (ENSMNEG00000030884)	DIMT1 (ENSMNEG00000013739)	IPO11 (ENSMNEG00000032061)	ENSMNEG00000029563	HTR1A (ENSMNEG00000005737)	RNF180 (ENSMNEG00000029156)	RGS7BP (ENSMNEG00000042653)	SHISAL2B (ENSMNEG00000037285)	SREK1IP1 (ENSMNEG00000040413)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	13	MAGI2 (ENSMFAG00000000960)	GNAI1 (ENSMFAG00000001117)	GNAT3 (ENSMFAG00000001103)	CD36 (ENSMFAG00000044200)	SEMA3C (ENSMFAG00000000365)	ENSMFAG00000052168	ENSMFAG00000050053	HGF (ENSMFAG00000034472)	ENSMFAG00000062371	CACNA2D1 (ENSMFAG00000045083)	ENSMFAG00000053691	ENSMFAG00000050695	PCLO (ENSMFAG00000000141)	SEMA3E (ENSMFAG00000032909)	SEMA3A (ENSMFAG00000043549)	ENSMFAG00000064791 ##22	SEMA3D (ENSMFAG00000044893)	ENSMFAG00000039146	GRM3 (ENSMFAG00000002229)	ELAPOR2 (ENSMFAG00000032184)	DMTF1 (ENSMFAG00000001957)	TMEM243 (ENSMFAG00000004736)	ENSMFAG00000061735	CROT (ENSMFAG00000036023)	ABCB4 (ENSMFAG00000038890)	RUNDC3B (ENSMFAG00000002053)	SLC25A40 (ENSMFAG00000034495)	DBF4 (ENSMFAG00000034436)	ADAM22 (ENSMFAG00000001062)	SRI (ENSMFAG00000001735)	STEAP4 (ENSMFAG00000032562)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.a.b ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	215														PCDH18 (ENSSBOG00000025541)	SLC7A11 (ENSSBOG00000024430)	ENSSBOG00000019825 ##22	NOCT (ENSSBOG00000022743)	ELF2 (ENSSBOG00000024820)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00390000000596	ENSGT00910000147587	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00860000135889	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.e.i.b.b.a	ENSGT00950000183099.v	ENSGT00550000075117	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a
Drill	MODERN SPECIES	892	ENSMLEG00000020913	HHATL (ENSMLEG00000029644)	KLHL40 (ENSMLEG00000005404)	ZBTB47 (ENSMLEG00000042601)	NKTR (ENSMLEG00000022938)	SEC22C (ENSMLEG00000028814)	SS18L2 (ENSMLEG00000038927)	VIPR1 (ENSMLEG00000020006)	LYZL4 (ENSMLEG00000039975)	CCK (ENSMLEG00000032801)	TRAK1 (ENSMLEG00000027097)	ENSMLEG00000008946	ULK4 (ENSMLEG00000040382)	ENSMLEG00000040058	CTNNB1 (ENSMLEG00000028791)	ENSMLEG00000041328 ##22	ZNF621 (ENSMLEG00000041234)	ZNF620 (ENSMLEG00000036740)	ZNF619 (ENSMLEG00000035069)	RPL14 (ENSMLEG00000037927)	ENTPD3 (ENSMLEG00000002763)	EIF1B (ENSMLEG00000033348)	MYRIP (ENSMLEG00000041615)	ENSMLEG00000036139
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	424	CCDC13 (ENSCATG00000034098)	ENSCATG00000045360	HHATL (ENSCATG00000031231)	KLHL40 (ENSCATG00000004799)	ZBTB47 (ENSCATG00000033756)	NKTR (ENSCATG00000039344)	SS18L2 (ENSCATG00000033268)	SEC22C (ENSCATG00000036538)	VIPR1 (ENSCATG00000039697)	LYZL4 (ENSCATG00000039937)	CCK (ENSCATG00000034434)	TRAK1 (ENSCATG00000020319)	ENSCATG00000031373	ULK4 (ENSCATG00000040249)	CTNNB1 (ENSCATG00000034464)	ENSCATG00000030388 ##22	ZNF621 (ENSCATG00000035141)	ZNF620 (ENSCATG00000038256)	ZNF619 (ENSCATG00000037332)	ENSCATG00000036366	ENTPD3 (ENSCATG00000033407)	EIF1B (ENSCATG00000016704)	MYRIP (ENSCATG00000044732)	ENSCATG00000045324	MOBP (ENSCATG00000043744)	ENSCATG00000038673	ENSCATG00000041148	SLC25A38 (ENSCATG00000038468)	CX3CR1 (ENSCATG00000042830)	ENSCATG00000033746	XIRP1 (ENSCATG00000037191)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.c.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	71					SLK (ENSCCAG00000000586)	STN1 (ENSCCAG00000020507)	SH3PXD2A (ENSCCAG00000028177)	NEURL1 (ENSCCAG00000029247)	CALHM3 (ENSCCAG00000034201)	CALHM1 (ENSCCAG00000011595)	CALHM2 (ENSCCAG00000023950)	PDCD11 (ENSCCAG00000018950)	ENSCCAG00000019694	TAF5 (ENSCCAG00000025917)	PCGF6 (ENSCCAG00000037838)	ENSCCAG00000026135 ##22	INA (ENSCCAG00000022073)	ENSCCAG00000032845	NT5C2 (ENSCCAG00000026539)	CNNM2 (ENSCCAG00000023803)	AS3MT (ENSCCAG00000020106)	BORCS7 (ENSCCAG00000033857)	ENSCCAG00000035022	CYP17A1 (ENSCCAG00000022170)	WBP1L (ENSCCAG00000001078)	SFXN2 (ENSCCAG00000034586)	ARL3 (ENSCCAG00000028563)	TRIM8 (ENSCCAG00000033738)	SUFU (ENSCCAG00000024592)	ENSCCAG00000035649	ACTR1A (ENSCCAG00000022008)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.d ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.d ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	914	PSAP (ENSANAG00000025217)	ENSANAG00000033011	VSIR (ENSANAG00000028142)	ENSANAG00000027248	ENSANAG00000025046	SLC29A3 (ENSANAG00000028508)	UNC5B (ENSANAG00000024842)	PCBD1 (ENSANAG00000036039)	SGPL1 (ENSANAG00000025187)	TBATA (ENSANAG00000029809)	ADAMTS14 (ENSANAG00000035447)	PRF1 (ENSANAG00000026005)	PALD1 (ENSANAG00000034270)	NODAL (ENSANAG00000023960)	ENSANAG00000024340	ENSANAG00000022049 ##22	ENSANAG00000035837	LRRC20 (ENSANAG00000027549)	ENSANAG00000021565	NPFFR1 (ENSANAG00000026811)	PPA1 (ENSANAG00000027550)	SAR1A (ENSANAG00000030371)	TYSND1 (ENSANAG00000024230)	AIFM2 (ENSANAG00000030545)	MACROH2A2 (ENSANAG00000019173)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.d ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.d ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.d ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.b.d ##22
Gorilla	MODERN SPECIES	5	GPR33 (ENSGGOG00000026905)	DTD2 (ENSGGOG00000043676)	HEATR5A (ENSGGOG00000000655)	HECTD1 (ENSGGOG00000026552)	ENSGGOG00000003198	STRN3 (ENSGGOG00000006096)	ENSGGOG00000042724	COCH (ENSGGOG00000025198)	ENSGGOG00000024446	SCFD1 (ENSGGOG00000011007)	ENSGGOG00000036427	G2E3 (ENSGGOG00000001924)	PRKD1 (ENSGGOG00000011852)	ENSGGOG00000009355	NOVA1 (ENSGGOG00000016495)	ENSGGOG00000038355 ##22	STXBP6 (ENSGGOG00000005321)	GZMB (ENSGGOG00000012986)	GZMH (ENSGGOG00000012428)	CTSG (ENSGGOG00000013780)	CMA1 (ENSGGOG00000015192)	SDR39U1 (ENSGGOG00000016196)	KHNYN (ENSGGOG00000016189)	CBLN3 (ENSGGOG00000016187)	NYNRIN (ENSGGOG00000016176)	NFATC4 (ENSGGOG00000008797)	RIPK3 (ENSGGOG00000004710)	ADCY4 (ENSGGOG00000004700)	LTB4R (ENSGGOG00000004698)	LTB4R2 (ENSGGOG00000041622)	NOP9 (ENSGGOG00000004689)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	201														Lin28a (ENSJJAG00000018806) #20	Dhdds (ENSJJAG00000020279) #21	ENSJJAG00000020754 ##22	Rps6ka1 (ENSJJAG00000000276) #23	Arid1a (ENSJJAG00000018018) #24	Pigv (ENSJJAG00000019530) #25	Zdhhc18 (ENSJJAG00000021450) #26	Sfn (ENSJJAG00000012903) #27	Gpn2 (ENSJJAG00000022134) #28	Gpatch3 (ENSJJAG00000003292) #29	Nr0b2 (ENSJJAG00000012389) #30	Nudc (ENSJJAG00000017209) #31	Kdf1 (ENSJJAG00000017615) #32	ENSJJAG00000017789 #35	Slc9a1 (ENSJJAG00000019281) #36	Wdtc1 (ENSJJAG00000021957) #37	Tmem222 (ENSJJAG00000002275)	Sytl1 (ENSJJAG00000011352)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Primates	DUPLICATION
Primates	DUPLICATION
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a ##22
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	902	ENSANAG00000033549	LRCH1 (ENSANAG00000032605)	ENSANAG00000021038	RUBCNL (ENSANAG00000025520)	LRRC63 (ENSANAG00000029208)	LCP1 (ENSANAG00000028550)	CPB2 (ENSANAG00000024089)	ZC3H13 (ENSANAG00000033079)	SIAH3 (ENSANAG00000027513)	CBY2 (ENSANAG00000028568)	ERICH6B (ENSANAG00000022961)	COG3 (ENSANAG00000023990)	SLC25A30 (ENSANAG00000027572)	ENSANAG00000031206	ENSANAG00000023331	ENSANAG00000011705 ##22	ENSANAG00000037538	GTF2F2 (ENSANAG00000029406)	KCTD4 (ENSANAG00000018346)	ENSANAG00000023959	NUFIP1 (ENSANAG00000019736)	ENSANAG00000025786
Mas night monkey	MODERN SPECIES	902											CAB39L (ENSANAG00000024473)	CDADC1 (ENSANAG00000024556)	MLNR (ENSANAG00000037292)	FNDC3A (ENSANAG00000029046)	CYSLTR2 (ENSANAG00000024658)	ENSANAG00000013536 ##22	RCBTB2 (ENSANAG00000023045)	ENSANAG00000031593	RB1 (ENSANAG00000022056)	LPAR6 (ENSANAG00000016578)	ENSANAG00000011241	ITM2B (ENSANAG00000029180)	ENSANAG00000026714	ENSANAG00000027167	NUDT15 (ENSANAG00000023666)	ENSANAG00000025311	ENSANAG00000028654	ENSANAG00000029501	HTR2A (ENSANAG00000032310)	ENSANAG00000033549	LRCH1 (ENSANAG00000032605)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a ##22
Orangutan	MODERN SPECIES	8	CLTC (ENSPPYG00000008811)	PTRH2 (ENSPPYG00000008810)	VMP1 (ENSPPYG00000008809)	TUBD1 (ENSPPYG00000008808)	RPS6KB1 (ENSPPYG00000008807)	RNFT1 (ENSPPYG00000008806)	MED13 (ENSPPYG00000008804)	INTS2 (ENSPPYG00000008803)	BRIP1 (ENSPPYG00000008802)	NACA2 (ENSPPYG00000008801)	TBX4 (ENSPPYG00000008800)	TBX2 (ENSPPYG00000008798)	BCAS3 (ENSPPYG00000008797)	PPM1D (ENSPPYG00000008517)	APPBP2 (ENSPPYG00000008516)	ENSPPYG00000037147 ##22	CHCT1 (ENSPPYG00000008515)	ENSPPYG00000008513	MYO19 (ENSPPYG00000008211)	ZNHIT3 (ENSPPYG00000008210)	ENSPPYG00000030234	DHRS11 (ENSPPYG00000008213)	MRM1 (ENSPPYG00000034525)	LHX1 (ENSPPYG00000008214)	AATF (ENSPPYG00000008215)	ENSPPYG00000008217	ACACA (ENSPPYG00000008216)	TADA2A (ENSPPYG00000008218)	DUSP14 (ENSPPYG00000008219)	SYNRG (ENSPPYG00000008220)	DDX52 (ENSPPYG00000008221)
Strepsirrhini	DUPLICATION
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a.c ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a.c ##22
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES		GPR160 (ENSMICG00000049558)	SEC62 (ENSMICG00000048942)	SAMD7 (ENSMICG00000049223)	LRRC31 (ENSMICG00000048868)	LRRIQ4 (ENSMICG00000049287)	MYNN (ENSMICG00000049524)	ACTRT3 (ENSMICG00000049217)	MECOM (ENSMICG00000049200)	GOLIM4 (ENSMICG00000048403)	ENSMICG00000048463	SERPINI1 (ENSMICG00000049293)	ENSMICG00000049445	WDR49 (ENSMICG00000048888)	SERPINI2 (ENSMICG00000049123)	ZBBX (ENSMICG00000049374)	ENSMICG00000049058 ##22	BCHE (ENSMICG00000049075)	SLITRK3 (ENSMICG00000049548)	SI (ENSMICG00000049323)	ENSMICG00000048943	ENSMICG00000048227	CCNL1 (ENSMICG00000049517)	PTX3 (ENSMICG00000049341)	VEPH1 (ENSMICG00000049487)	ENSMICG00000049190	ENSMICG00000049353	ENSMICG00000049516	SHOX2 (ENSMICG00000049132)	ENSMICG00000049450	ENSMICG00000048785	MLF1 (ENSMICG00000048928)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	11	ENSMICG00000033845	C1orf232 (ENSMICG00000034667) #8	ZNF593 (ENSMICG00000017472) #9	ZNF593OS (ENSMICG00000034234) #10	CNKSR1 (ENSMICG00000017473) #11	CATSPER4 (ENSMICG00000030540) #12	CEP85 (ENSMICG00000010799) #14	SH3BGRL3 (ENSMICG00000028911) #15	UBXN11 (ENSMICG00000028266) #16	ENSMICG00000031432	CRYBG2 (ENSMICG00000036623) #18	ZNF683 (ENSMICG00000010832)	ENSMICG00000047020	ENSMICG00000035023 ##20	DHDDS (ENSMICG00000013680) #21	ENSMICG00000032007 ##22	RPS6KA1 (ENSMICG00000007848) #23	ENSMICG00000035320	ARID1A (ENSMICG00000015610) #24	PIGV (ENSMICG00000046640) #25	ZDHHC18 (ENSMICG00000015639) #26	SFN (ENSMICG00000015648) #27	GPN2 (ENSMICG00000029529) #28	GPATCH3 (ENSMICG00000015656) #29	NR0B2 (ENSMICG00000032290) #30	NUDC (ENSMICG00000027846) #31	KDF1 (ENSMICG00000043402) #32	TENT5B (ENSMICG00000033781) #35	SLC9A1 (ENSMICG00000015698) #36	WDTC1 (ENSMICG00000015711) #37	TMEM222 (ENSMICG00000015726)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a.c ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	419	ST3GAL1 (ENSPSMG00000004993)	NDRG1 (ENSPSMG00000004920)	CCN4 (ENSPSMG00000004845)	ENSPSMG00000004795	SLA (ENSPSMG00000004784)	TG (ENSPSMG00000004733)	PHF20L1 (ENSPSMG00000004518)	TMEM71 (ENSPSMG00000004193)	DNAAF11 (ENSPSMG00000004158)	KCNQ3 (ENSPSMG00000004046)	HHLA1 (ENSPSMG00000003990)	OC90 (ENSPSMG00000003983)	EFR3A (ENSPSMG00000003799)	ENSPSMG00000003666	ADCY8 (ENSPSMG00000003629)	ENSPSMG00000003599 ##22
Bushbaby	MODERN SPECIES	116	KCTD21 (ENSOGAG00000005206)	USP35 (ENSOGAG00000013098)	GAB2 (ENSOGAG00000013101)	NARS2 (ENSOGAG00000011914)	ENSOGAG00000031293	TENM4 (ENSOGAG00000011916)	ENSOGAG00000032633	ENSOGAG00000029546	FAM181B (ENSOGAG00000026917)	PRCP (ENSOGAG00000003635)	DDIAS (ENSOGAG00000033050)	RAB30 (ENSOGAG00000033189)	PCF11 (ENSOGAG00000001905)	ANKRD42 (ENSOGAG00000001906)	CCDC90B (ENSOGAG00000006817)	ENSOGAG00000026562 ##22	DLG2 (ENSOGAG00000010597)	ENSOGAG00000029637	ENSOGAG00000027183	ENSOGAG00000005403	CREBZF (ENSOGAG00000027039)	CCDC89 (ENSOGAG00000005407)	ENSOGAG00000030902	CCDC83 (ENSOGAG00000013946)	PICALM (ENSOGAG00000013950)	ENSOGAG00000029699	EED (ENSOGAG00000025611)	HIKESHI (ENSOGAG00000013958)	CCDC81 (ENSOGAG00000013961)	ENSOGAG00000025640	ME3 (ENSOGAG00000013965)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a.d ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a.b ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a.d ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Lemuriformes_a	DUPLICATION
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a.d.a ##22
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	587																ENSPSMG00000018014 ##22	ENSPSMG00000018016	JRKL (ENSPSMG00000018018)	CCDC82 (ENSPSMG00000018043)	MAML2 (ENSPSMG00000018059)	MTMR2 (ENSPSMG00000018109)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	326																ENSPSMG00000017218 ##22	ENSPSMG00000017215	CALCOCO1 (ENSPSMG00000017179)	HOXC13 (ENSPSMG00000017107)	HOXC12 (ENSPSMG00000017098)	HOXC11 (ENSPSMG00000017076)	HOXC10 (ENSPSMG00000017068)	HOXC9 (ENSPSMG00000017055)	HOXC8 (ENSPSMG00000017050)	HOXC6 (ENSPSMG00000017043)	HOXC5 (ENSPSMG00000017033)	HOXC4 (ENSPSMG00000017025)	SMUG1 (ENSPSMG00000017015)	CBX5 (ENSPSMG00000017008)	HNRNPA1 (ENSPSMG00000016993)	NFE2 (ENSPSMG00000016977)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	153							MCFD2 (ENSPCOG00000016535)	TTC7A (ENSPCOG00000024053)	STPG4 (ENSPCOG00000025906)	CALM2 (ENSPCOG00000018612)	ENSPCOG00000017122	ENSPCOG00000014926	MSH2 (ENSPCOG00000013918)	KCNK12 (ENSPCOG00000026056)	MSH6 (ENSPCOG00000014994)	ENSPCOG00000025775 ##22	FBXO11 (ENSPCOG00000017053)	FOXN2 (ENSPCOG00000016686)	PPP1R21 (ENSPCOG00000021946)	STON1 (ENSPCOG00000018288)	GTF2A1L (ENSPCOG00000024995)	LHCGR (ENSPCOG00000022481)	FSHR (ENSPCOG00000022018)	ENSPCOG00000020487	ENSPCOG00000015113	NRXN1 (ENSPCOG00000018138)
Lemuriformes_a	DUPLICATION
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a.d.b.a ##22
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1889																ENSPSMG00000001539 ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	919	FLOT1 (ENSPSMG00000000202)	TUBB (ENSPSMG00000000399)	ENSPSMG00000000457	NRM (ENSPSMG00000000470)	PPP1R18 (ENSPSMG00000000477)	DHX16 (ENSPSMG00000000593)	C6orf136 (ENSPSMG00000000685)	ATAT1 (ENSPSMG00000000864)	MRPS18B (ENSPSMG00000001121)	PPP1R10 (ENSPSMG00000001202)	ABCF1 (ENSPSMG00000001418)	ENSPSMG00000001480	GNL1 (ENSPSMG00000001579)	ENSPSMG00000001852	ENSPSMG00000002136	ENSPSMG00000002138 ##22	ENSPSMG00000002188	ENSPSMG00000002226
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	344	TRIM63 (ENSPCOG00000014576)	PDIK1L (ENSPCOG00000023798)	C1orf232 (ENSPCOG00000023815) #8	ZNF593 (ENSPCOG00000016991) #9	ZNF593OS (ENSPCOG00000015503) #10	CNKSR1 (ENSPCOG00000017432) #11	CATSPER4 (ENSPCOG00000014567) #12	CEP85 (ENSPCOG00000024406) #14	SH3BGRL3 (ENSPCOG00000028848) #15	UBXN11 (ENSPCOG00000027060) #16	ENSPCOG00000027607	CRYBG2 (ENSPCOG00000013192) #18	ZNF683 (ENSPCOG00000020299)	ENSPCOG00000026551 ##20	DHDDS (ENSPCOG00000027819) #21	ENSPCOG00000014843 ##22	RPS6KA1 (ENSPCOG00000018267) #23	ARID1A (ENSPCOG00000025094) #24	PIGV (ENSPCOG00000027020) #25	ZDHHC18 (ENSPCOG00000019142) #26	SFN (ENSPCOG00000005323) #27	GPN2 (ENSPCOG00000016261) #28	GPATCH3 (ENSPCOG00000020145) #29	NR0B2 (ENSPCOG00000024094) #30	NUDC (ENSPCOG00000026222) #31	KDF1 (ENSPCOG00000017396) #32	ENSPCOG00000023329 #33	TENT5B (ENSPCOG00000011763) #35	SLC9A1 (ENSPCOG00000028671) #36	WDTC1 (ENSPCOG00000019286) #37	TMEM222 (ENSPCOG00000015289)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a.b ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.a.d.b.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	337															DHDDS (ENSPSMG00000005153) #21	ENSPSMG00000005192 ##22	RPS6KA1 (ENSPSMG00000005249) #23	ARID1A (ENSPSMG00000005358) #24	PIGV (ENSPSMG00000005487) #25
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1873																ENSPSMG00000001438 ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	4	GAREM2 (ENSPSMG00000005141)	RAB10 (ENSPSMG00000005159)	KIF3C (ENSPSMG00000005196)	ENSPSMG00000005229	ASXL2 (ENSPSMG00000005276)	DTNB (ENSPSMG00000005314)	DNMT3A (ENSPSMG00000005403)	POMC (ENSPSMG00000005433)	EFR3B (ENSPSMG00000005442)	DNAJC27 (ENSPSMG00000005456)	ADCY3 (ENSPSMG00000005496)	CENPO (ENSPSMG00000005515)	PTRHD1 (ENSPSMG00000005516)	NCOA1 (ENSPSMG00000005577)	ENSPSMG00000005684	ENSPSMG00000005687 ##22	ENSPSMG00000005701
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	381														TFCP2L1 (ENSPSMG00000015106)	CLASP1 (ENSPSMG00000016057)	ENSPSMG00000016453 ##22	NIFK (ENSPSMG00000016470)	TSN (ENSPSMG00000016511)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	384	EME2 (ENSPCOG00000021099)	MRPS34 (ENSPCOG00000026798)	NME3 (ENSPCOG00000019193)	MAPK8IP3 (ENSPCOG00000021523)	ENSPCOG00000028105	CRAMP1 (ENSPCOG00000004847)	TMEM204 (ENSPCOG00000027514)	IFT140 (ENSPCOG00000023133)	TELO2 (ENSPCOG00000022795)	PTX4 (ENSPCOG00000025173)	CLCN7 (ENSPCOG00000023505)	CCDC154 (ENSPCOG00000027402)	PERCC1 (ENSPCOG00000019562)	UQCC4 (ENSPCOG00000017870)	UNKL (ENSPCOG00000017889)	ENSPCOG00000005384 ##22	GNPTG (ENSPCOG00000015436)	TSR3 (ENSPCOG00000027967)	BAIAP3 (ENSPCOG00000021367)	ENSPCOG00000021941	ENSPCOG00000021989	ENSPCOG00000004340	ENSPCOG00000021145	CACNA1H (ENSPCOG00000024375)	TEKT4 (ENSPCOG00000012465)	C1QTNF8 (ENSPCOG00000014214)	SOX8 (ENSPCOG00000022917)
Bushbaby	MODERN SPECIES	271	SLC30A2 (ENSOGAG00000000578)	TRIM63 (ENSOGAG00000000579)	PDIK1L (ENSOGAG00000000581)	FAM110D (ENSOGAG00000025998) #7	ZNF593 (ENSOGAG00000016334) #9	ENSOGAG00000016335 #11	CATSPER4 (ENSOGAG00000025849) #12	ENSOGAG00000028233 #13	CEP85 (ENSOGAG00000016340) #14	ENSOGAG00000027036 #15	UBXN11 (ENSOGAG00000007736) #16	CRYBG2 (ENSOGAG00000003332) #18	ZNF683 (ENSOGAG00000003340)	LIN28A (ENSOGAG00000003971) ##20	DHDDS (ENSOGAG00000003973) #21	ENSOGAG00000032571 ##22	RPS6KA1 (ENSOGAG00000003977) #23	ARID1A (ENSOGAG00000002450) #24	PIGV (ENSOGAG00000029083) #25	ZDHHC18 (ENSOGAG00000007934) #26	SFN (ENSOGAG00000004791) #27	GPN2 (ENSOGAG00000033911) #28	GPATCH3 (ENSOGAG00000011647) #29	NR0B2 (ENSOGAG00000002078) #30	NUDC (ENSOGAG00000002080) #31	KDF1 (ENSOGAG00000002084) #32	TRNP1 (ENSOGAG00000029493)	TENT5B (ENSOGAG00000002086) #35	SLC9A1 (ENSOGAG00000002087) #36	WDTC1 (ENSOGAG00000015076) #37	TMEM222 (ENSOGAG00000015081)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	172							TMEM129 (ENSPSMG00000002100)	SLBP (ENSPSMG00000002177)	FAM53A (ENSPSMG00000002260)	ENSPSMG00000002267	NKX1-1 (ENSPSMG00000002273)	ENSPSMG00000002286	MAEA (ENSPSMG00000002411)	CTBP1 (ENSPSMG00000002685)	SPON2 (ENSPSMG00000002740)	ENSPSMG00000002744 ##22	ENSPSMG00000002762	FGFRL1 (ENSPSMG00000002798)	IDUA (ENSPSMG00000002839)	SLC26A1 (ENSPSMG00000002846)	TMEM175 (ENSPSMG00000002873)	GAK (ENSPSMG00000003100)	CPLX1 (ENSPSMG00000003571)	PCGF3 (ENSPSMG00000003577)	SLC49A3 (ENSPSMG00000003590)	PDE6B (ENSPSMG00000003606)	ENSPSMG00000003611	PIGG (ENSPSMG00000003730)	SH3TC1 (ENSPSMG00000003934)	ABLIM2 (ENSPSMG00000004485)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	155	MAD1L1 (ENSPCOG00000018184)	MRM2 (ENSPCOG00000027704)	NUDT1 (ENSPCOG00000014011)	SNX8 (ENSPCOG00000005443)	EIF3B (ENSPCOG00000025894)	CHST12 (ENSPCOG00000019737)	GRIFIN (ENSPCOG00000020021)	LFNG (ENSPCOG00000019346)	TTYH3 (ENSPCOG00000026102)	IQCE (ENSPCOG00000027473)	BRAT1 (ENSPCOG00000022993)	AMZ1 (ENSPCOG00000025686)	GNA12 (ENSPCOG00000021327)	CARD11 (ENSPCOG00000019550)	SDK1 (ENSPCOG00000012864)	ENSPCOG00000013336 ##22	FOXK1 (ENSPCOG00000028466)	AP5Z1 (ENSPCOG00000009889)	RADIL (ENSPCOG00000022184)	MMD2 (ENSPCOG00000012905)	WIPI2 (ENSPCOG00000020471)	SLC29A4 (ENSPCOG00000010272)	TNRC18 (ENSPCOG00000023756)	FBXL18 (ENSPCOG00000018422)	ACTB (ENSPCOG00000013116)	FSCN1 (ENSPCOG00000014914)	RNF216 (ENSPCOG00000013560)	RBAK (ENSPCOG00000028132)	ENSPCOG00000027965	ZNF316 (ENSPCOG00000026860)	ZNF853 (ENSPCOG00000000221)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.a.b ##22
Orangutan	MODERN SPECIES	19	ARMC2 (ENSPPYG00000016899)	ENSPPYG00000016897	ENSPPYG00000016896	AFG1L (ENSPPYG00000016895)	SNX3 (ENSPPYG00000016894)	NR2E1 (ENSPPYG00000016893)	OSTM1 (ENSPPYG00000016892)	ENSPPYG00000031910	SEC63 (ENSPPYG00000016891)	SCML4 (ENSPPYG00000016890)	SOBP (ENSPPYG00000016889)	PDSS2 (ENSPPYG00000016887)	BEND3 (ENSPPYG00000016886)	MTRES1 (ENSPPYG00000016885)	CD24 (ENSPPYG00000016884)	ENSPPYG00000016334 ##22	QRSL1 (ENSPPYG00000016883)	RTN4IP1 (ENSPPYG00000016882)	CRYBG1 (ENSPPYG00000016881)	PRDM1 (ENSPPYG00000016879)	ATG5 (ENSPPYG00000016880)	PREP (ENSPPYG00000029726)	POPDC3 (ENSPPYG00000016878)	BVES (ENSPPYG00000016876)	LIN28B (ENSPPYG00000031457) ##20	HACE1 (ENSPPYG00000016873)	GRIK2 (ENSPPYG00000016870)	ASCC3 (ENSPPYG00000016869)	SIM1 (ENSPPYG00000016868)	MCHR2 (ENSPPYG00000016867)	PRDM13 (ENSPPYG00000016866)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b.b ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	506	ARFGEF3 (ENSANAG00000034514)	SMIM28 (ENSANAG00000033494)	HEBP2 (ENSANAG00000030822)	NHSL1 (ENSANAG00000034706)	ENSANAG00000035953	CCDC28A (ENSANAG00000033109)	ECT2L (ENSANAG00000037764)	REPS1 (ENSANAG00000033844)	ABRACL (ENSANAG00000024303)	HECA (ENSANAG00000033938)	TXLNB (ENSANAG00000037978)	CITED2 (ENSANAG00000036502)	ENSANAG00000019590	ENSANAG00000022981	ENSANAG00000035709	ENSANAG00000033441 ##22	NMBR (ENSANAG00000019652)	GJE1 (ENSANAG00000035169)	VTA1 (ENSANAG00000021714)	ADGRG6 (ENSANAG00000030466)	HIVEP2 (ENSANAG00000025709)	AIG1 (ENSANAG00000024974)	ENSANAG00000034237	ENSANAG00000033408	ADAT2 (ENSANAG00000026445)	PEX3 (ENSANAG00000024965)	FUCA2 (ENSANAG00000028706)	PHACTR2 (ENSANAG00000030600)	ENSANAG00000029443	LTV1 (ENSANAG00000037011)	ZC2HC1B (ENSANAG00000024773)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	551																ENSNGAG00000012299 ##22	ENSNGAG00000012100	ENSNGAG00000009944
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.b ##22
Rat	MODERN SPECIES	13	ENSRNOG00000063357	Spred1 (ENSRNOG00000070996)	Tmco5a (ENSRNOG00000005100)	Meis2 (ENSRNOG00000004730)	Cdin1 (ENSRNOG00000004571)	Dph6 (ENSRNOG00000037356)	Zfp770 (ENSRNOG00000043037)	Aqr (ENSRNOG00000008912)	Actc1 (ENSRNOG00000008536)	Gjd2 (ENSRNOG00000008337)	Arhgap11a (ENSRNOG00000008115)	Scg5 (ENSRNOG00000007542)	Grem1 (ENSRNOG00000026053)	Fmn1 (ENSRNOG00000031760)	Tmco5b (ENSRNOG00000000009)	AABR07053402.1 (ENSRNOG00000029847) ##22	ENSRNOG00000067970	Aven (ENSRNOG00000006419)	Chrm5 (ENSRNOG00000006397)	Emc7 (ENSRNOG00000005884)	Katnbl1 (ENSRNOG00000005814)	ENSRNOG00000070081	Emc4 (ENSRNOG00000005719)	Slc12a6 (ENSRNOG00000005196)	Nop10 (ENSRNOG00000005184)	Nutm1 (ENSRNOG00000005111)	Lpcat4 (ENSRNOG00000005058)	Or4f60 (ENSRNOG00000070265)	Or4f6b (ENSRNOG00000070847)	Or4f62 (ENSRNOG00000047116)	Or4f47 (ENSRNOG00000063276)
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	205				Negr1 (ENSJJAG00000023353)	ENSJJAG00000023535	ENSJJAG00000023929	Ptger3 (ENSJJAG00000024154)	ENSJJAG00000012748	ENSJJAG00000016527	Ankrd13c (ENSJJAG00000016909)	Srsf11 (ENSJJAG00000017238)	Lrrc40 (ENSJJAG00000018176)	ENSJJAG00000018985	ENSJJAG00000020945	ENSJJAG00000012643	ENSJJAG00000022639 ##22	Depdc1a (ENSJJAG00000000124)	Rpe65 (ENSJJAG00000006687)	ENSJJAG00000010529	ENSJJAG00000012707	Wls (ENSJJAG00000010758)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	49															ENSJJAG00000024028	ENSJJAG00000022913 ##22	Ccdc66 (ENSJJAG00000014869)	ENSJJAG00000014721	Erc2 (ENSJJAG00000015355)	ENSJJAG00000024169	Wnt5a (ENSJJAG00000023883)	ENSJJAG00000009759	Cacna2d3 (ENSJJAG00000018041)	Lrtm1 (ENSJJAG00000014952)	ENSJJAG00000010252	Selenok (ENSJJAG00000020617)	Actr8 (ENSJJAG00000018736)	Il17rb (ENSJJAG00000020355)	Chdh (ENSJJAG00000012964)	Cacna1d (ENSJJAG00000023410)	ENSJJAG00000015125
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a ##22
Cercopithecinae	DUPLICATION
Cercopithecinae	DUPLICATION
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.a ##22
Vervet Monkey	DUPLICATION
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	6	ERICH6 (ENSCSAG00000011610)	SELENOT (ENSCSAG00000011576)	EIF2A (ENSCSAG00000011568)	SERP1 (ENSCSAG00000011557)	TSC22D2 (ENSCSAG00000011550)	ENSCSAG00000011544	RNF13 (ENSCSAG00000011538)	ANKUB1 (ENSCSAG00000011527)	COMMD2 (ENSCSAG00000011515)	WWTR1 (ENSCSAG00000011508)	TM4SF4 (ENSCSAG00000011499)	TM4SF1 (ENSCSAG00000011494)	TM4SF18 (ENSCSAG00000011485)	CP (ENSCSAG00000011475)	HPS3 (ENSCSAG00000011461)	ENSCSAG00000018904 ##22	HLTF (ENSCSAG00000011449)	GYG1 (ENSCSAG00000011436)	CPA3 (ENSCSAG00000011433)	CPB1 (ENSCSAG00000011424)	AGTR1 (ENSCSAG00000011417)	ZIC1 (ENSCSAG00000011409)	ZIC4 (ENSCSAG00000011405)	PLSCR5 (ENSCSAG00000011398)	PLSCR1 (ENSCSAG00000011390)	PLSCR2 (ENSCSAG00000011381)	PLSCR4 (ENSCSAG00000011376)	PLOD2 (ENSCSAG00000011365)	DIPK2A (ENSCSAG00000011348)	SLC9A9 (ENSCSAG00000011341)	CHST2 (ENSCSAG00000018906)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	5	AAK1 (ENSCSAG00000015041)	ANXA4 (ENSCSAG00000015061)	GMCL1 (ENSCSAG00000015098)	SNRNP27 (ENSCSAG00000015116)	MXD1 (ENSCSAG00000015119)	ASPRV1 (ENSCSAG00000019442)	PCBP1 (ENSCSAG00000019441)	C2orf42 (ENSCSAG00000015126)	TIA1 (ENSCSAG00000015135)	PCYOX1 (ENSCSAG00000015140)	SNRPG (ENSCSAG00000015147)	FAM136A (ENSCSAG00000015151)	TGFA (ENSCSAG00000015158)	ADD2 (ENSCSAG00000015169)	FIGLA (ENSCSAG00000015178)	ENSCSAG00000019440 ##22	CD207 (ENSCSAG00000015186)	VAX2 (ENSCSAG00000015202)	ATP6V1B1 (ENSCSAG00000015215)	ANKRD53 (ENSCSAG00000015223)	TEX261 (ENSCSAG00000015229)	NAGK (ENSCSAG00000015234)	MCEE (ENSCSAG00000015239)	MPHOSPH10 (ENSCSAG00000015247)	PAIP2B (ENSCSAG00000015251)	ZNF638 (ENSCSAG00000015261)	DYSF (ENSCSAG00000015285)	CYP26B1 (ENSCSAG00000015298)	EXOC6B (ENSCSAG00000015307)	SPR (ENSCSAG00000015312)	EMX1 (ENSCSAG00000015316)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.a ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.a ##22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.a ##22
Drill	MODERN SPECIES	1495	ENSMLEG00000029435	C9orf152 (ENSMLEG00000027043)	PALM2AKAP2 (ENSMLEG00000037527)	ENSMLEG00000042703	ENSMLEG00000037721	PTPN3 (ENSMLEG00000039144)	EPB41L4B (ENSMLEG00000034040)	FRRS1L (ENSMLEG00000033941)	TMEM245 (ENSMLEG00000029371)	CTNNAL1 (ENSMLEG00000040696)	ABITRAM (ENSMLEG00000027263)	ELP1 (ENSMLEG00000033480)	ACTL7A (ENSMLEG00000027088)	ACTL7B (ENSMLEG00000008294)	ENSMLEG00000030413	ENSMLEG00000037555 ##22	RAD23B (ENSMLEG00000029024)	ZNF462 (ENSMLEG00000028635)	ENSMLEG00000021022	TMEM38B (ENSMLEG00000033819)	TAL2 (ENSMLEG00000027516)	ENSMLEG00000038552	FSD1L (ENSMLEG00000031441)	ENSMLEG00000011494	SLC44A1 (ENSMLEG00000035531)	ABCA1 (ENSMLEG00000030432)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000183124.C.b.b.b	ENSGT00950000183124.A	ENSGT00940000157261	ENSGT00940000159878	ENSGT00550000074865	ENSGT00940000159288	ENSGT00950000182937.B.a	ENSGT00910000147461	ENSGT00950000182824.a.a.b.b	ENSGT00390000005106	ENSGT01050000244882.a.a.a.b	ENSGT00390000004770	ENSGT00940000161300	ENSGT00940000161943	ENSGT01100000263544.c.a.b.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.b ##22	ENSGT00940000156659	ENSGT00950000183042.a.a	ENSGT00940000159363	ENSGT00940000153414.B	ENSGT00390000016585	ENSGT00950000182914.b	ENSGT00940000158900	ENSGT00530000063320.A	ENSGT00940000159482	ENSGT00940000154098.a.c	ENSGT00940000160742	ENSGT00940000158422.a	ENSGT00940000158314	ENSGT00910000147108	ENSGT00840000129948
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	17	IL20 (ENSCSAG00000015003)	IL19 (ENSCSAG00000014994)	IL10 (ENSCSAG00000014965)	MAPKAPK2 (ENSCSAG00000014949)	DYRK3 (ENSCSAG00000014943)	EIF2D (ENSCSAG00000014939)	RASSF5 (ENSCSAG00000014931)	IKBKE (ENSCSAG00000014917)	ENSCSAG00000014903	ENSCSAG00000014894	AVPR1B (ENSCSAG00000014889)	RHEX (ENSCSAG00000014880)	CTSE (ENSCSAG00000014873)	RAB7B (ENSCSAG00000014861)	SLC26A9 (ENSCSAG00000014826)	ENSCSAG00000000260 ##22	PM20D1 (ENSCSAG00000014747)	SLC41A1 (ENSCSAG00000014727)	RAB29 (ENSCSAG00000014712)	NUCKS1 (ENSCSAG00000014676)	SLC45A3 (ENSCSAG00000014650)	ELK4 (ENSCSAG00000014647)	MFSD4A (ENSCSAG00000014641)	CDK18 (ENSCSAG00000014635)	LEMD1 (ENSCSAG00000014629)	KLHDC8A (ENSCSAG00000014624)	NUAK2 (ENSCSAG00000014618)	TMCC2 (ENSCSAG00000014615)	DSTYK (ENSCSAG00000014610)	RBBP5 (ENSCSAG00000014601)	TMEM81 (ENSCSAG00000000259)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183124.C.b.b.b	ENSGT00950000183124.A	ENSGT00940000157261	ENSGT00940000159878	ENSGT00550000074865	ENSGT00940000159288	ENSGT00950000182937.B.a	ENSGT00910000147461	ENSGT00950000182824.a.a.b.b	ENSGT00390000005106	ENSGT01050000244882.a.a.a.b	ENSGT00390000004770	ENSGT00940000161300	ENSGT00940000161943	ENSGT01100000263544.c.a.b.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.b ##22	ENSGT00940000156659	ENSGT00950000183042.a.a	ENSGT00940000159363	ENSGT00940000153414.B	ENSGT00390000016585	ENSGT00950000182914.b	ENSGT00940000158900	ENSGT00530000063320.A	ENSGT00940000159482	ENSGT00940000154098.a.c	ENSGT00940000160742	ENSGT00940000158422.a	ENSGT00940000158314	ENSGT00910000147108	ENSGT00840000129948
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183124.C.b.b.b	ENSGT00950000183124.A	ENSGT00940000157261	ENSGT00940000159878	ENSGT00550000074865	ENSGT00940000159288	ENSGT00950000182937.B.a	ENSGT00910000147461	ENSGT00950000182824.a.a.b.b	ENSGT00390000005106	ENSGT01050000244882.a.a.a.b	ENSGT00390000004770	ENSGT00940000161300	ENSGT00940000161943	ENSGT01100000263544.c.a.b.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.b ##22	ENSGT00940000156659	ENSGT00950000183042.a.a	ENSGT00940000159363	ENSGT00940000153414.B	ENSGT00390000016585	ENSGT00950000182914.b	ENSGT00940000158900	ENSGT00530000063320.A	ENSGT00940000159482	ENSGT00940000154098.a.c	ENSGT00940000160742	ENSGT00940000158422.a	ENSGT00940000158314	ENSGT00910000147108	ENSGT00840000129948
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00950000183124.C.b.b.b	ENSGT00950000183124.A	ENSGT00940000157261	ENSGT00940000159878	ENSGT00550000074865	ENSGT00940000159288	ENSGT00950000182937.B.a	ENSGT00910000147461	ENSGT00950000182824.a.a.b.b	ENSGT00390000005106	ENSGT01050000244882.a.a.a.b	ENSGT00390000004770	ENSGT00940000161300	ENSGT00940000161943	ENSGT01100000263544.c.a.b.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.b ##22	ENSGT00940000156659	ENSGT00950000183042.a.a	ENSGT00940000159363	ENSGT00940000153414.B	ENSGT00390000016585	ENSGT00950000182914.b	ENSGT00940000158900	ENSGT00530000063320.A	ENSGT00940000159482	ENSGT00940000154098.a.c	ENSGT00940000160742	ENSGT00940000158422.a	ENSGT00940000158314	ENSGT00910000147108	ENSGT00840000129948
Drill	MODERN SPECIES	1046													CTSE (ENSMLEG00000030993)	RAB7B (ENSMLEG00000006035)	SLC26A9 (ENSMLEG00000041895)	ENSMLEG00000041812 ##22	PM20D1 (ENSMLEG00000041223)	SLC41A1 (ENSMLEG00000017414)	RAB29 (ENSMLEG00000033764)	NUCKS1 (ENSMLEG00000029812)	ENSMLEG00000036103	SLC45A3 (ENSMLEG00000031484)	ENSMLEG00000013828	ELK4 (ENSMLEG00000034383)	MFSD4A (ENSMLEG00000033237)	CDK18 (ENSMLEG00000028392)	LEMD1 (ENSMLEG00000040378)	KLHDC8A (ENSMLEG00000023720)	NUAK2 (ENSMLEG00000040864)	TMCC2 (ENSMLEG00000034505)	ENSMLEG00000029424
Macaca	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183124.C.b.b.b	ENSGT00950000183124.A	ENSGT00940000157261	ENSGT00940000159878	ENSGT00550000074865	ENSGT00940000159288	ENSGT00950000182937.B.a	ENSGT00910000147461	ENSGT00950000182824.a.a.b.b	ENSGT00390000005106	ENSGT01050000244882.a.a.a.b	ENSGT00390000004770	ENSGT00940000161300	ENSGT00940000161943	ENSGT01100000263544.c.a.b.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.a.b ##22	ENSGT00940000156659	ENSGT00950000183042.a.a	ENSGT00940000159363	ENSGT00940000153414.B	ENSGT00390000016585	ENSGT00950000182914.b	ENSGT00940000158900	ENSGT00530000063320.A	ENSGT00940000159482	ENSGT00940000154098.a.c	ENSGT00940000160742	ENSGT00940000158422.a	ENSGT00940000158314	ENSGT00840000129948	ENSGT00530000064100
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	113	IL20 (ENSMNEG00000028130)	IL19 (ENSMNEG00000035037)	IL10 (ENSMNEG00000041472)	MAPKAPK2 (ENSMNEG00000044274)	DYRK3 (ENSMNEG00000043248)	EIF2D (ENSMNEG00000028643)	RASSF5 (ENSMNEG00000034351)	IKBKE (ENSMNEG00000041701)	ENSMNEG00000033576	ENSMNEG00000042656	AVPR1B (ENSMNEG00000042568)	RHEX (ENSMNEG00000031220)	CTSE (ENSMNEG00000034509)	RAB7B (ENSMNEG00000028535)	SLC26A9 (ENSMNEG00000043757)	ENSMNEG00000025505 ##22	PM20D1 (ENSMNEG00000031447)	SLC41A1 (ENSMNEG00000043189)	RAB29 (ENSMNEG00000045485)	NUCKS1 (ENSMNEG00000012609)	ENSMNEG00000042572	SLC45A3 (ENSMNEG00000028524)	ENSMNEG00000031884	ELK4 (ENSMNEG00000042864)	MFSD4A (ENSMNEG00000033289)	CDK18 (ENSMNEG00000038415)	LEMD1 (ENSMNEG00000034289)	KLHDC8A (ENSMNEG00000039146)	NUAK2 (ENSMNEG00000035837)	ENSMNEG00000042851	TMCC2 (ENSMNEG00000042820)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a.b ##22
Olive baboon	MODERN SPECIES	19	MANSC4 (ENSPANG00000021216)	KLHL42 (ENSPANG00000003392)	PTHLH (ENSPANG00000013654)	CCDC91 (ENSPANG00000013785)	ENSPANG00000039812	FAR2 (ENSPANG00000018372)	ERGIC2 (ENSPANG00000010526)	OVCH1 (ENSPANG00000019707)	TMTC1 (ENSPANG00000013680)	ENSPANG00000049445	ENSPANG00000046734	IPO8 (ENSPANG00000013653)	CAPRIN2 (ENSPANG00000005858)	ENSPANG00000044082	ENSPANG00000038642	ENSPANG00000049670 ##22	TSPAN11 (ENSPANG00000013196)	SINHCAF (ENSPANG00000003570)	ENSPANG00000030437	ENSPANG00000049359	DENND5B (ENSPANG00000017445)	ETFBKMT (ENSPANG00000048959)	AMN1 (ENSPANG00000025713)	RESF1 (ENSPANG00000009884)	BICD1 (ENSPANG00000004473)	FGD4 (ENSPANG00000021903)	DNM1L (ENSPANG00000017980)	YARS2 (ENSPANG00000015833)	PKP2 (ENSPANG00000009883)	SYT10 (ENSPANG00000018998)	ENSPANG00000006000
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.a ##22
Gibbon	MODERN SPECIES	8	ANXA11 (ENSNLEG00000010635)	ENSNLEG00000010646	TMEM254 (ENSNLEG00000028953)	SFTPD (ENSNLEG00000010686)	ENSNLEG00000010694	ENSNLEG00000035944	MAT1A (ENSNLEG00000010703)	DYDC1 (ENSNLEG00000010716)	DYDC2 (ENSNLEG00000035375)	ENSNLEG00000010726	TSPAN14 (ENSNLEG00000029109)	ENSNLEG00000010754	ENSNLEG00000032276	NRG3 (ENSNLEG00000010762)	ENSNLEG00000033654	ENSNLEG00000033385 ##22	GHITM (ENSNLEG00000031807)	GPR15LG (ENSNLEG00000010905)	CDHR1 (ENSNLEG00000010912)	LRIT2 (ENSNLEG00000010938)	LRIT1 (ENSNLEG00000010940)	RGR (ENSNLEG00000010947)	CCSER2 (ENSNLEG00000010963)	ENSNLEG00000031627	GRID1 (ENSNLEG00000002153)	ENSNLEG00000029226	WAPL (ENSNLEG00000002188)	ENSNLEG00000029687	OPN4 (ENSNLEG00000002362)	LDB3 (ENSNLEG00000002380)	BMPR1A (ENSNLEG00000002425)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154276.hb.a	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT01090000263454	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00910000147527	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.e.i.b.a.a.b	ENSGT00950000183099.u.a.d.b	ENSGT00550000075117	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154276.hb.a.e.b.a	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407.m	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT01090000263454	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00910000147527	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT00910000146711	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154276.hb.a.e.b.a	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407.m	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT01090000263454	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00910000147527	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT00910000146711	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407.m	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00910000146860.b.a.b	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT01090000263454	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00910000147527	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT00910000146711	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407.m	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00910000146860.b.a.b	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT01090000263454	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00910000147527	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B
Pan	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407.m	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00910000146860.b.a.b	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00910000147527	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.d.b.c.a.a	ENSGT00550000075117.g	ENSGT00910000146711	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a
Chimpanzee	MODERN SPECIES	16	CCDC13 (ENSPTRG00000014801)	HHATL (ENSPTRG00000014800)	KLHL40 (ENSPTRG00000024316)	ZBTB47 (ENSPTRG00000014798)	NKTR (ENSPTRG00000014797)	SS18L2 (ENSPTRG00000052353)	SEC22C (ENSPTRG00000014795)	VIPR1 (ENSPTRG00000043801)	LYZL4 (ENSPTRG00000014792)	CCK (ENSPTRG00000014791)	TRAK1 (ENSPTRG00000014789)	ENSPTRG00000045455	ENSPTRG00000045569	ULK4 (ENSPTRG00000014788)	CTNNB1 (ENSPTRG00000023062)	ENSPTRG00000048833 ##22	ZNF621 (ENSPTRG00000044761)	ZNF620 (ENSPTRG00000014780)	ZNF619 (ENSPTRG00000014779)	RPL14 (ENSPTRG00000011963)	ENTPD3 (ENSPTRG00000014777)	EIF1B (ENSPTRG00000014776)	MYRIP (ENSPTRG00000014775)	ENSPTRG00000048405	MOBP (ENSPTRG00000034021)	ENSPTRG00000022841	SLC25A38 (ENSPTRG00000014772)	CX3CR1 (ENSPTRG00000014771)	XIRP1 (ENSPTRG00000014770)	CSRNP1 (ENSPTRG00000014768)	TTC21A (ENSPTRG00000014767)
Bonobo	MODERN SPECIES	16	HHATL (ENSPPAG00000028220)	KLHL40 (ENSPPAG00000044042)	ZBTB47 (ENSPPAG00000028513)	NKTR (ENSPPAG00000028613)	SS18L2 (ENSPPAG00000028484)	ENSPPAG00000031219	SEC22C (ENSPPAG00000031236)	VIPR1 (ENSPPAG00000015934)	LYZL4 (ENSPPAG00000041271)	CCK (ENSPPAG00000007697)	TRAK1 (ENSPPAG00000028981)	ENSPPAG00000033797	ENSPPAG00000033520	ULK4 (ENSPPAG00000035953)	CTNNB1 (ENSPPAG00000035475)	ENSPPAG00000041172 ##22	ZNF621 (ENSPPAG00000043000)	ZNF620 (ENSPPAG00000041098)	ZNF619 (ENSPPAG00000034774)	RPL14 (ENSPPAG00000029385)	ENTPD3 (ENSPPAG00000041510)	EIF1B (ENSPPAG00000028080)	MYRIP (ENSPPAG00000043257)	ENSPPAG00000040906	MOBP (ENSPPAG00000029626)	ENSPPAG00000040786	SLC25A38 (ENSPPAG00000030662)	ENSPPAG00000030080	CX3CR1 (ENSPPAG00000033528)	ENSPPAG00000030043	CSRNP1 (ENSPPAG00000040920)
Orangutan	MODERN SPECIES	16	ENSPPYG00000034648	DIPK2A (ENSPPYG00000014182)	ENSPPYG00000039260	SLC9A9 (ENSPPYG00000014180)	CHST2 (ENSPPYG00000014179)	U2SURP (ENSPPYG00000014178)	PAQR9 (ENSPPYG00000014177)	ENSPPYG00000014176	TRPC1 (ENSPPYG00000014175)	PLS1 (ENSPPYG00000014174)	ATR (ENSPPYG00000014173)	XRN1 (ENSPPYG00000014172)	GK5 (ENSPPYG00000014171)	TFDP2 (ENSPPYG00000014170)	ATP1B3 (ENSPPYG00000014169)	ENSPPYG00000033921 ##22	GRK7 (ENSPPYG00000014168)	ENSPPYG00000031196	RASA2 (ENSPPYG00000014165)	ENSPPYG00000040016	ZBTB38 (ENSPPYG00000031145)	PXYLP1 (ENSPPYG00000014163)	SPSB4 (ENSPPYG00000014162)	SLC25A36 (ENSPPYG00000040461)	TRIM42 (ENSPPYG00000014160)	CLSTN2 (ENSPPYG00000014159)	ENSPPYG00000014158	RBP1 (ENSPPYG00000014157)	RBP2 (ENSPPYG00000014156)	COPB2 (ENSPPYG00000014155)	MRPS22 (ENSPPYG00000036169)
Gibbon	MODERN SPECIES	23	DIPK2A (ENSNLEG00000005030)	SLC9A9 (ENSNLEG00000004981)	ENSNLEG00000005029	CHST2 (ENSNLEG00000004976)	U2SURP (ENSNLEG00000004915)	PCOLCE2 (ENSNLEG00000004883)	ENSNLEG00000035106	TRPC1 (ENSNLEG00000004868)	PLS1 (ENSNLEG00000004830)	ATR (ENSNLEG00000004792)	XRN1 (ENSNLEG00000004726)	GK5 (ENSNLEG00000004695)	TFDP2 (ENSNLEG00000031256)	ENSNLEG00000035658	ENSNLEG00000027455	ENSNLEG00000018218 ##22	GRK7 (ENSNLEG00000004658)	RNF7 (ENSNLEG00000033882)	RASA2 (ENSNLEG00000004575)	ENSNLEG00000036178	ZBTB38 (ENSNLEG00000004569)	PXYLP1 (ENSNLEG00000004544)	ENSNLEG00000034016	ENSNLEG00000033738	SPSB4 (ENSNLEG00000004536)	SLC25A36 (ENSNLEG00000004520)	TRIM42 (ENSNLEG00000004507)	ENSNLEG00000034232	CLSTN2 (ENSNLEG00000004476)	NMNAT3 (ENSNLEG00000004471)	ENSNLEG00000030080
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154276.hb.a	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.e.i.b.a.a.b	ENSGT00550000075117	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a	ENSGT00390000005979.a
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154276.hb.a	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.e.i.b.a.a.b	ENSGT00550000075117	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a	ENSGT00390000005979.a
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000000596	ENSGT00910000147587	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.e.i.b.a.a.b	ENSGT00550000075117	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a	ENSGT00390000005979.a
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000596	ENSGT00910000147587	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000160407	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000162293	ENSGT00390000003571	ENSGT00940000155697.A	ENSGT00390000013814.e.a	ENSGT00940000156541	ENSGT00940000155471.d.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b.b ##22	ENSGT00940000163271	ENSGT00940000163769	ENSGT00940000163750	ENSGT00390000007888.c.a.l	ENSGT01100000263542.A	ENSGT00940000160239	ENSGT00950000183138.a.a.b	ENSGT00950000183138.a.a.a	ENSGT00950000183099.u.a.e.i.b.b.a	ENSGT00950000183099.v	ENSGT00550000075117	ENSGT01020000230359.B	ENSGT01020000230359.A	ENSGT00530000063779.B	ENSGT00950000183072.a
Olive baboon	MODERN SPECIES	11	CCDC13 (ENSPANG00000018162)	ENSPANG00000038758	ENSPANG00000041601	HHATL (ENSPANG00000016563)	KLHL40 (ENSPANG00000009491)	NKTR (ENSPANG00000020017)	SS18L2 (ENSPANG00000017179)	SEC22C (ENSPANG00000007134)	VIPR1 (ENSPANG00000019185)	LYZL4 (ENSPANG00000025941)	CCK (ENSPANG00000012767)	TRAK1 (ENSPANG00000014636)	ULK4 (ENSPANG00000019567)	ENSPANG00000047760	CTNNB1 (ENSPANG00000011019)	ENSPANG00000039995 ##22	ZNF621 (ENSPANG00000005826)	ENSPANG00000034352	ENTPD3 (ENSPANG00000009668)	EIF1B (ENSPANG00000033825)	MYRIP (ENSPANG00000009062)	MOBP (ENSPANG00000015170)	ENSPANG00000016823	SLC25A38 (ENSPANG00000010067)	CCR8 (ENSPANG00000037317)	CX3CR1 (ENSPANG00000020831)	XIRP1 (ENSPANG00000011204)	CSRNP1 (ENSPANG00000020433)	TTC21A (ENSPANG00000015970)	GORASP1 (ENSPANG00000019845)	ENSPANG00000038413
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	52	TRAV8-3 (ENSSBOG00000035186)	TRAV12-1 (ENSSBOG00000019726)	TRAV10 (ENSSBOG00000004849)	TRAV9-1 (ENSSBOG00000008479)	TRAV4 (ENSSBOG00000017635)	TRAV3 (ENSSBOG00000011443)	TRAV1-2 (ENSSBOG00000007658)	SALL2 (ENSSBOG00000028539)	METTL3 (ENSSBOG00000030649)	TOX4 (ENSSBOG00000026645)	RAB2B (ENSSBOG00000034839)	CHD8 (ENSSBOG00000023442)	SUPT16H (ENSSBOG00000005521)	RPGRIP1 (ENSSBOG00000022970)	ENSSBOG00000024757	ENSSBOG00000013901 ##22	TMEM253 (ENSSBOG00000033526)	ZNF219 (ENSSBOG00000035585)	ARHGEF40 (ENSSBOG00000023831)	NDRG2 (ENSSBOG00000018409)	RNASE8 (ENSSBOG00000035350)	TPPP2 (ENSSBOG00000020635)	SLC39A2 (ENSSBOG00000031319)	METTL17 (ENSSBOG00000020679)	ENSSBOG00000007632	RNASE4 (ENSSBOG00000033190)	ENSSBOG00000034234	DAAM1 (ENSSBOG00000034447)	ENSSBOG00000020505	L3HYPDH (ENSSBOG00000032716)	GPR135 (ENSSBOG00000028057)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	66	CHAF1B (ENSSBOG00000032911)	CLDN14 (ENSSBOG00000018972)	SIM2 (ENSSBOG00000034637)	HLCS (ENSSBOG00000030015)	PIGP (ENSSBOG00000029088)	TTC3 (ENSSBOG00000023926)	ENSSBOG00000004124	DYRK1A (ENSSBOG00000031681)	KCNJ6 (ENSSBOG00000027870)	ENSSBOG00000019510	ENSSBOG00000019633	KCNJ15 (ENSSBOG00000016506)	ERG (ENSSBOG00000026628)	ETS2 (ENSSBOG00000033069)	PSMG1 (ENSSBOG00000027602)	ENSSBOG00000019150 ##22	BRWD1 (ENSSBOG00000030561)	ENSSBOG00000032422 ##22	GET1 (ENSSBOG00000020756)	LCA5L (ENSSBOG00000028818)	SH3BGR (ENSSBOG00000035842)	IGSF5 (ENSSBOG00000021300)	ENSSBOG00000016785	DSCAM (ENSSBOG00000032237)	BACE2 (ENSSBOG00000025958)	FAM3B (ENSSBOG00000035878)	MX2 (ENSSBOG00000029626)	TMPRSS2 (ENSSBOG00000020098)	RIPK4 (ENSSBOG00000029180)	PRDM15 (ENSSBOG00000013278)	C2CD2 (ENSSBOG00000031814)
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	731											ENSANAG00000003810	ZC3H6 (ENSANAG00000024229)	ZC3H8 (ENSANAG00000022151)	FBLN7 (ENSANAG00000024734)	TMEM87B (ENSANAG00000022184)	ENSANAG00000031011 ##22	ENSANAG00000031076	ENSANAG00000029067	ENSANAG00000020338	ENSANAG00000031787
Mas night monkey	MODERN SPECIES	733							ENSANAG00000026173	PAX8 (ENSANAG00000022412)	PSD4 (ENSANAG00000021945)	IL1RN (ENSANAG00000026822)	IL1F10 (ENSANAG00000025373)	IL36RN (ENSANAG00000026021)	IL36B (ENSANAG00000028702)	IL36A (ENSANAG00000027359)	IL36G (ENSANAG00000034903)	ENSANAG00000018509 ##22	IL37 (ENSANAG00000027073)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	546																ENSPSMG00000001885 ##22	PTCHD1 (ENSPSMG00000001876)	ENSPSMG00000001869
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	46	Rprm (ENSJJAG00000012518)	ENSJJAG00000023428	Arl6ip6 (ENSJJAG00000019266)	Prpf40a (ENSJJAG00000004636)	Fmnl2 (ENSJJAG00000021375)	Stam2 (ENSJJAG00000009817)	Cacnb4 (ENSJJAG00000016900)	ENSJJAG00000015512	Neb (ENSJJAG00000012568)	Rif1 (ENSJJAG00000023000)	Tnfaip6 (ENSJJAG00000020536)	Nmi (ENSJJAG00000011126)	Rbm43 (ENSJJAG00000000368)	ENSJJAG00000011149	Rnd3 (ENSJJAG00000015179)	ENSJJAG00000011930 ##22	ENSJJAG00000012494	Lypd6 (ENSJJAG00000020503)	Lypd6b (ENSJJAG00000011004)	ENSJJAG00000021666	Epc2 (ENSJJAG00000023818)	Mbd5 (ENSJJAG00000023609)	Orc4 (ENSJJAG00000011085)	Acvr2a (ENSJJAG00000014798)	ENSJJAG00000017205	ENSJJAG00000000614	ENSJJAG00000011334	Zeb2 (ENSJJAG00000015138)	ENSJJAG00000012093	Gtdc1 (ENSJJAG00000022232)	Arhgap15 (ENSJJAG00000002439)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Alpin marmot	MODERN SPECIES	72	DDHD2 (ENSMMMG00000015566)	PLPP5 (ENSMMMG00000015628)	NSD3 (ENSMMMG00000015647)	LETM2 (ENSMMMG00000015901)	FGFR1 (ENSMMMG00000015932)	ENSMMMG00000016143	TACC1 (ENSMMMG00000016159)	PLEKHA2 (ENSMMMG00000016171)	ENSMMMG00000016200	HTRA4 (ENSMMMG00000016217)	TM2D2 (ENSMMMG00000016225)	ADAM9 (ENSMMMG00000016232)	ENSMMMG00000016303	ENSMMMG00000016327	ENSMMMG00000016335	ENSMMMG00000016347 ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	9903																ENSTBEG00000016271 ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	341	ELOVL1 (ENSMMSG00000010651)	ENSMMSG00000010632	MED8 (ENSMMSG00000010487)	SZT2 (ENSMMSG00000009690)	HYI (ENSMMSG00000009552)	PTPRF (ENSMMSG00000009217)	KDM4A (ENSMMSG00000009090)	ST3GAL3 (ENSMMSG00000008070)	ARTN (ENSMMSG00000007950)	IPO13 (ENSMMSG00000007847)	DPH2 (ENSMMSG00000007796)	ATP6V0B (ENSMMSG00000007746)	B4GALT2 (ENSMMSG00000007627)	CCDC24 (ENSMMSG00000007572)	SLC6A9 (ENSMMSG00000007487)	ENSMMSG00000007465 ##22	ENSMMSG00000007450	ENSMMSG00000007427	DMAP1 (ENSMMSG00000007396)	ERI3 (ENSMMSG00000007335)	ENSMMSG00000007228	TMEM53 (ENSMMSG00000007179)	ARMH1 (ENSMMSG00000007105)	KIF2C (ENSMMSG00000006921)	RPS8 (ENSMMSG00000006836)	BEST4 (ENSMMSG00000006785)	PLK3 (ENSMMSG00000006678)	DYNLT4 (ENSMMSG00000006655)	BTBD19 (ENSMMSG00000006600)	PTCH2 (ENSMMSG00000006334)	EIF2B3 (ENSMMSG00000006272)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1216																ENSMMSG00000022752 ##22	SEC61G (ENSMMSG00000022763)	ENSMMSG00000022770	ENSMMSG00000022775	ENSMMSG00000022790	EGFR (ENSMMSG00000022810)	LANCL2 (ENSMMSG00000022852)	VOPP1 (ENSMMSG00000022874)	PGAM2 (ENSMMSG00000022938)	DBNL (ENSMMSG00000022945)	UBE2D4 (ENSMMSG00000022954)	URGCP (ENSMMSG00000022974)	MRPS24 (ENSMMSG00000022985)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	18	SMLR1 (ENSCHYG00000018712)	TMEM200A (ENSCHYG00000018697)	SAMD3 (ENSCHYG00000018523)	L3MBTL3 (ENSCHYG00000018215)	TMEM244 (ENSCHYG00000018176)	ARHGAP18 (ENSCHYG00000017830)	ENSCHYG00000017769	LAMA2 (ENSCHYG00000016217)	PTPRK (ENSCHYG00000015602)	THEMIS (ENSCHYG00000015464)	ENSCHYG00000015412	CYB5R4 (ENSCHYG00000014714)	MRAP2 (ENSCHYG00000014617)	CEP162 (ENSCHYG00000014176)	TBX18 (ENSCHYG00000013985)	ENSCHYG00000013935 ##22	ENSCHYG00000022979
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.b ##22
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		SOX3 (ENSRFEG00010000375)	ENSRFEG00010000377	ENSRFEG00010000393	ENSRFEG00010000406	ATP11C (ENSRFEG00010000515)	MCF2 (ENSRFEG00010000754)	ENSRFEG00010000918	F9 (ENSRFEG00010000937)	ENSRFEG00010001019	ENSRFEG00010001096	ENSRFEG00010001105	ENSRFEG00010001121	ENSRFEG00010001128	ENSRFEG00010001132	ENSRFEG00010001156	ENSRFEG00010001177 ##22	ZIC3 (ENSRFEG00010001203)	ENSRFEG00010001257	GPR101 (ENSRFEG00010001272)	ENSRFEG00010001291	ENSRFEG00010001316	RBMX (ENSRFEG00010001354)	ARHGEF6 (ENSRFEG00010001444)	CD40LG (ENSRFEG00010001594)	VGLL1 (ENSRFEG00010001625)	ENSRFEG00010001638	ENSRFEG00010001656	BRS3 (ENSRFEG00010001677)	ADGRG4 (ENSRFEG00010001732)	ENSRFEG00010001812	ENSRFEG00010001908
Microbat	DUPLICATION
Microbat	MODERN SPECIES	940	PAX3 (ENSMLUG00000014155)	SGPP2 (ENSMLUG00000010880)	FARSB (ENSMLUG00000010904)	MOGAT1 (ENSMLUG00000010939)	ACSL3 (ENSMLUG00000010952)	SCG2 (ENSMLUG00000007155)	AP1S3 (ENSMLUG00000024115)	WDFY1 (ENSMLUG00000015448)	MRPL44 (ENSMLUG00000002614)	SERPINE2 (ENSMLUG00000002624)	FAM124B (ENSMLUG00000009376)	CUL3 (ENSMLUG00000008092)	DOCK10 (ENSMLUG00000017096)	NYAP2 (ENSMLUG00000007779)	ENSMLUG00000024100	ENSMLUG00000026790 ##22	IRS1 (ENSMLUG00000000967)	RHBDD1 (ENSMLUG00000000972)	COL4A4 (ENSMLUG00000000981)	COL4A3 (ENSMLUG00000009175)	MFF (ENSMLUG00000010329)	TM4SF20 (ENSMLUG00000010349)	AGFG1 (ENSMLUG00000015502)	SLC19A3 (ENSMLUG00000015518)	ENSMLUG00000027156	CCL20 (ENSMLUG00000005714)	DAW1 (ENSMLUG00000002409)	SPHKAP (ENSMLUG00000002420)	PID1 (ENSMLUG00000010592)	DNER (ENSMLUG00000010635)	TRIP12 (ENSMLUG00000001342)
Microbat	MODERN SPECIES	949	ENSMLUG00000015854	ENSMLUG00000000161	BMP3 (ENSMLUG00000000163)	PRKG2 (ENSMLUG00000017311)	RASGEF1B (ENSMLUG00000017316)	ENSMLUG00000025219	ENSMLUG00000026634	HNRNPD (ENSMLUG00000010628)	HNRNPDL (ENSMLUG00000014452)	ENOPH1 (ENSMLUG00000014460)	TMEM150C (ENSMLUG00000024231)	SCD5 (ENSMLUG00000001326)	SEC31A (ENSMLUG00000004707)	THAP9 (ENSMLUG00000002988)	LIN54 (ENSMLUG00000003001)	ENSMLUG00000008504 ##22	COPS4 (ENSMLUG00000003011)	ENSMLUG00000028471	ENSMLUG00000003019	COQ2 (ENSMLUG00000015267)	HPSE (ENSMLUG00000015271)	HELQ (ENSMLUG00000017053)	MRPS18C (ENSMLUG00000017057)	ABRAXAS1 (ENSMLUG00000017061)	GPAT3 (ENSMLUG00000017070)	ENSMLUG00000023867	NKX6-1 (ENSMLUG00000012584)	CDS1 (ENSMLUG00000011596)	WDFY3 (ENSMLUG00000011620)	ARHGAP24 (ENSMLUG00000014817)	MAPK10 (ENSMLUG00000014822)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Haplorrhini	DUPLICATION
Haplorrhini	DUPLICATION
Haplorrhini	DUPLICATION
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740.g #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879.a #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	87	ENSCCAG00000026100	FAM110D (ENSCCAG00000018942) #7	C1orf232 (ENSCCAG00000025437) #8	ZNF593 (ENSCCAG00000030595) #9	ZNF593OS (ENSCCAG00000033003) #10	CNKSR1 (ENSCCAG00000020078) #11	CATSPER4 (ENSCCAG00000031230) #12	CEP85 (ENSCCAG00000017685) #14	SH3BGRL3 (ENSCCAG00000033774) #15	UBXN11 (ENSCCAG00000027516) #16	CD52 (ENSCCAG00000036481) #17	CRYBG2 (ENSCCAG00000036704) #18	ZNF683 (ENSCCAG00000016907)	LIN28A (ENSCCAG00000012963) ##20	DHDDS (ENSCCAG00000018751) #21	HMGN2 (ENSCCAG00000011522) ##22	ENSCCAG00000030722	RPS6KA1 (ENSCCAG00000036996) #23	ARID1A (ENSCCAG00000035027) #24	PIGV (ENSCCAG00000036607) #25	ENSCCAG00000033628	ZDHHC18 (ENSCCAG00000037044) #26	SFN (ENSCCAG00000018889) #27	GPN2 (ENSCCAG00000027501) #28	GPATCH3 (ENSCCAG00000030482) #29	NR0B2 (ENSCCAG00000030627) #30	NUDC (ENSCCAG00000033425) #31	KDF1 (ENSCCAG00000015434) #32	ENSCCAG00000020074	ENSCCAG00000028136	TENT5B (ENSCCAG00000036493) #35
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	MODERN SPECIES	18	TRAK2 (ENSCJAG00000004568)	FLACC1 (ENSCJAG00000004558)	CASP8 (ENSCJAG00000004551)	CASP10 (ENSCJAG00000004540)	ENSCJAG00000004505	NDUFB3 (ENSCJAG00000004496)	ORC2 (ENSCJAG00000004465)	NIF3L1 (ENSCJAG00000004400)	PPIL3 (ENSCJAG00000041811)	CLK1 (ENSCJAG00000004319)	BZW1 (ENSCJAG00000004267)	ENSCJAG00000033419	AOX1 (ENSCJAG00000004230)	SGO2 (ENSCJAG00000004216)	KCTD18 (ENSCJAG00000031173)	ENSCJAG00000085721 ##22	SPATS2L (ENSCJAG00000004173)	ENSCJAG00000083755	MAIP1 (ENSCJAG00000037075)	TYW5 (ENSCJAG00000004155)	C2orf69 (ENSCJAG00000004149)	ENSCJAG00000044172	ENSCJAG00000078875	ENSCJAG00000082819	SATB2 (ENSCJAG00000004111)	ENSCJAG00000055486	ENSCJAG00000085382	PLCL1 (ENSCJAG00000004100)	ENSCJAG00000070051	BOLL (ENSCJAG00000004092)	MARS2 (ENSCJAG00000022885)
Marmoset	MODERN SPECIES	14	ENSCJAG00000008036	ENSCJAG00000075080	ENSCJAG00000083473	ENSCJAG00000043424	ENSCJAG00000057981	ENSCJAG00000080285	ENSCJAG00000076745	ENSCJAG00000067803	ENSCJAG00000072051	ENSCJAG00000083733	ENSCJAG00000054352	ZNF681 (ENSCJAG00000011995)	ENSCJAG00000082182	ZNF254 (ENSCJAG00000015228)	ENSCJAG00000072073 ##22	ENSCJAG00000072387 ##22	ENSCJAG00000011613	ENSCJAG00000085320	ENSCJAG00000001887	VSTM2B (ENSCJAG00000001884)	POP4 (ENSCJAG00000046750)	PLEKHF1 (ENSCJAG00000001871)	C19orf12 (ENSCJAG00000086068)	CCNE1 (ENSCJAG00000001857)	URI1 (ENSCJAG00000001823)	ZNF536 (ENSCJAG00000018365)	TSHZ3 (ENSCJAG00000018374)	ZNF507 (ENSCJAG00000018378)	DPY19L3 (ENSCJAG00000018385)	ENSCJAG00000018410	ANKRD27 (ENSCJAG00000018416)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	25	PPP5C (ENSCSAG00000003061)	ENSCSAG00000019630	ENSCSAG00000019631	CCDC8 (ENSCSAG00000019632)	PNMA8A (ENSCSAG00000003053)	PNMA8B (ENSCSAG00000019633)	ENSCSAG00000019634	CALM3 (ENSCSAG00000003050)	PTGIR (ENSCSAG00000003043)	GNG8 (ENSCSAG00000003040)	DACT3 (ENSCSAG00000003035)	PRKD2 (ENSCSAG00000003028)	STRN4 (ENSCSAG00000003022)	FKRP (ENSCSAG00000019635)	ENSCSAG00000003016	ENSCSAG00000019636 ##22	ARHGAP35 (ENSCSAG00000003015)	NPAS1 (ENSCSAG00000003006)	TMEM160 (ENSCSAG00000002993)	ZC3H4 (ENSCSAG00000002989)	SAE1 (ENSCSAG00000002984)	BBC3 (ENSCSAG00000002981)	CCDC9 (ENSCSAG00000002974)	ENSCSAG00000019637	C5AR1 (ENSCSAG00000002973)	C5AR2 (ENSCSAG00000019638)	DHX34 (ENSCSAG00000002965)	MEIS3 (ENSCSAG00000002950)	SLC8A2 (ENSCSAG00000002946)	KPTN (ENSCSAG00000002944)	NAPA (ENSCSAG00000002939)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173.e #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173.e #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173.e #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	227	PDIK1L (ENSCATG00000021131)	FAM110D (ENSCATG00000004972) #7	C1orf232 (ENSCATG00000031422) #8	ZNF593OS (ENSCATG00000044572) #10	ENSCATG00000015417 #9	CNKSR1 (ENSCATG00000044641) #11	CATSPER4 (ENSCATG00000026594) #12	CEP85 (ENSCATG00000033728) #14	SH3BGRL3 (ENSCATG00000033639) #15	UBXN11 (ENSCATG00000017195) #16	CD52 (ENSCATG00000044637) #17	CRYBG2 (ENSCATG00000033963) #18	ZNF683 (ENSCATG00000044773)	LIN28A (ENSCATG00000020825) ##20	DHDDS (ENSCATG00000021205) #21	HMGN2 (ENSCATG00000044642) ##22	RPS6KA1 (ENSCATG00000032529) #23	ARID1A (ENSCATG00000035561) #24	PIGV (ENSCATG00000016281) #25	ZDHHC18 (ENSCATG00000044376) #26	SFN (ENSCATG00000006825) #27	GPN2 (ENSCATG00000033688) #28	GPATCH3 (ENSCATG00000033598) #29	NR0B2 (ENSCATG00000044469) #30	KDF1 (ENSCATG00000015571) #32	TRNP1 (ENSCATG00000004345)	TENT5B (ENSCATG00000017109) #35	SLC9A1 (ENSCATG00000033651) #36	ENSCATG00000033551	WDTC1 (ENSCATG00000044454) #37	TMEM222 (ENSCATG00000044475)
Olive baboon	MODERN SPECIES	16	ENSPANG00000019551	ENSPANG00000038982	RREB1 (ENSPANG00000019553)	SSR1 (ENSPANG00000015753)	CAGE1 (ENSPANG00000018207)	RIOK1 (ENSPANG00000016522)	DSP (ENSPANG00000017900)	SNRNP48 (ENSPANG00000000771)	BMP6 (ENSPANG00000040671)	TXNDC5 (ENSPANG00000022434)	ENSPANG00000030926	EEF1E1 (ENSPANG00000018352)	ENSPANG00000048253	ENSPANG00000038372	SLC35B3 (ENSPANG00000040288)	ENSPANG00000050520 ##22	TFAP2A (ENSPANG00000022354)	ENSPANG00000039658	GCNT2 (ENSPANG00000006820)	MAK (ENSPANG00000008443)	C6orf52 (ENSPANG00000012699)	PAK1IP1 (ENSPANG00000037093)	ENSPANG00000025050	ENSPANG00000042293	GCM2 (ENSPANG00000026314)	SYCP2L (ENSPANG00000033734)	ELOVL2 (ENSPANG00000015106)	SMIM13 (ENSPANG00000015751)	ERVFRD-1 (ENSPANG00000037549)	NEDD9 (ENSPANG00000000458)	TMEM170B (ENSPANG00000035475)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173.e #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173.e #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00940000169163	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES		PDIK1L (ENSMFAG00000056115)	FAM110D (ENSMFAG00000053623) #7	C1orf232 (ENSMFAG00000023073) #8	ZNF593OS (ENSMFAG00000036124) #10	CATSPER4 (ENSMFAG00000037726) #12	CEP85 (ENSMFAG00000045288) #14	SH3BGRL3 (ENSMFAG00000031063) #15	UBXN11 (ENSMFAG00000002490) #16	CD52 (ENSMFAG00000041646) #17	ZNF593 (ENSMFAG00000044001) #9	CRYBG2 (ENSMFAG00000039671) #18	ZNF683 (ENSMFAG00000002715)	LIN28A (ENSMFAG00000048773) ##20	DHDDS (ENSMFAG00000033901) #21	ENSMFAG00000040651	HMGN2 (ENSMFAG00000065507) ##22	RPS6KA1 (ENSMFAG00000044982) #23	ARID1A (ENSMFAG00000032392) #24	PIGV (ENSMFAG00000003929) #25	SFN (ENSMFAG00000017885) #27	GPN2 (ENSMFAG00000036999) #28	GPATCH3 (ENSMFAG00000030918) #29	NR0B2 (ENSMFAG00000042880) #30	NUDC (ENSMFAG00000035581) #31	KDF1 (ENSMFAG00000042338) #32	TENT5B (ENSMFAG00000003756) #35	ENSMFAG00000037876 #36	ENSMFAG00000047298	WDTC1 (ENSMFAG00000040733) #37	TMEM222 (ENSMFAG00000003393)	SYTL1 (ENSMFAG00000002518)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	217	FAM110D (ENSMNEG00000021863) #7	C1orf232 (ENSMNEG00000035214) #8	ZNF593 (ENSMNEG00000028267) #9	ZNF593OS (ENSMNEG00000028433) #10	CNKSR1 (ENSMNEG00000030464) #11	CATSPER4 (ENSMNEG00000031338) #12	ENSMNEG00000029896 #14	CEP85 (ENSMNEG00000029299) #14	SH3BGRL3 (ENSMNEG00000006682) #15	UBXN11 (ENSMNEG00000039628) #16	CD52 (ENSMNEG00000029211) #17	ENSMNEG00000033777 #18	ZNF683 (ENSMNEG00000028397)	LIN28A (ENSMNEG00000035868) ##20	DHDDS (ENSMNEG00000021513) #21	HMGN2 (ENSMNEG00000042182) ##22	ENSMNEG00000033223	ENSMNEG00000032926	RPS6KA1 (ENSMNEG00000043267) #23	ARID1A (ENSMNEG00000039389) #24	PIGV (ENSMNEG00000042165) #25	ZDHHC18 (ENSMNEG00000042738) #26	SFN (ENSMNEG00000027432) #27	GPN2 (ENSMNEG00000041201) #28	GPATCH3 (ENSMNEG00000033889) #29	NR0B2 (ENSMNEG00000040399) #30	NUDC (ENSMNEG00000030640) #31	KDF1 (ENSMNEG00000042498) #32	TRNP1 (ENSMNEG00000003839)	TENT5B (ENSMNEG00000042604) #35	SLC9A1 (ENSMNEG00000010902) #36
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22
Golden snub-nosed monkey	DUPLICATION
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	673			ENSRROG00000005759	ENSRROG00000039812	CRIM1 (ENSRROG00000041430)	FEZ2 (ENSRROG00000041058)	VIT (ENSRROG00000043527)	STRN (ENSRROG00000040586)	HEATR5B (ENSRROG00000006928)	GPATCH11 (ENSRROG00000039341)	EIF2AK2 (ENSRROG00000040152)	SULT6B1 (ENSRROG00000026001)	ENSRROG00000038949	CEBPZ (ENSRROG00000045300)	NDUFAF7 (ENSRROG00000043556)	ENSRROG00000008594 ##22	PRKD3 (ENSRROG00000043700)	QPCT (ENSRROG00000033906)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1770					RHOU (ENSRROG00000045420)	ENSRROG00000041141	RAB4A (ENSRROG00000043523)	CCSAP (ENSRROG00000000475)	ACTA1 (ENSRROG00000032702)	NUP133 (ENSRROG00000004938)	ABCB10 (ENSRROG00000036479)	TAF5L (ENSRROG00000044003)	URB2 (ENSRROG00000039854)	GALNT2 (ENSRROG00000040459)	PGBD5 (ENSRROG00000035909)	ENSRROG00000013637 ##22	COG2 (ENSRROG00000037474)	AGT (ENSRROG00000043839)	CAPN9 (ENSRROG00000040749)	C1orf198 (ENSRROG00000031794)	TTC13 (ENSRROG00000027549)	ARV1 (ENSRROG00000030987)	ENSRROG00000012274	ENSRROG00000000171	TRIM67 (ENSRROG00000044976)	ENSRROG00000028982	C1orf131 (ENSRROG00000033016)	GNPAT (ENSRROG00000030570)	EXOC8 (ENSRROG00000001497)	SPRTN (ENSRROG00000043645)	ENSRROG00000010467
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00990000203720.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35
Gibbon	MODERN SPECIES	16	PDIK1L (ENSNLEG00000009194)	FAM110D (ENSNLEG00000018581) #7	C1orf232 (ENSNLEG00000028850) #8	ENSNLEG00000009197 #9	ZNF593OS (ENSNLEG00000036031) #10	ENSNLEG00000009212 #11	CATSPER4 (ENSNLEG00000009219) #12	CEP85 (ENSNLEG00000009229) #14	ENSNLEG00000035804 #15	UBXN11 (ENSNLEG00000009271) #16	CD52 (ENSNLEG00000009284) #17	ENSNLEG00000009287 #18	ZNF683 (ENSNLEG00000009200)	LIN28A (ENSNLEG00000028132) ##20	DHDDS (ENSNLEG00000009298) #21	HMGN2 (ENSNLEG00000030914) ##22	ENSNLEG00000032309	RPS6KA1 (ENSNLEG00000009314) #23	ENSNLEG00000009343 #24	PIGV (ENSNLEG00000009372) #25	ENSNLEG00000033920 #26	SFN (ENSNLEG00000018582) #27	GPN2 (ENSNLEG00000009383) #28	GPATCH3 (ENSNLEG00000009387) #29	NR0B2 (ENSNLEG00000009403) #30	NUDC (ENSNLEG00000009404) #31	TENT5B (ENSNLEG00000009432) #35	SLC9A1 (ENSNLEG00000009434) #36	ENSNLEG00000035618	WDTC1 (ENSNLEG00000009495) #37	TMEM222 (ENSNLEG00000009516)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Gorilla	MODERN SPECIES		PDIK1L (ENSGGOG00000003927)	FAM110D (ENSGGOG00000006570) #7	C1orf232 (ENSGGOG00000038054) #8	ZNF593 (ENSGGOG00000006573) #9	ZNF593OS (ENSGGOG00000040551) #10	CNKSR1 (ENSGGOG00000006575) #11	CATSPER4 (ENSGGOG00000006584) #12	CEP85 (ENSGGOG00000000605) #14	ENSGGOG00000000607 #15	UBXN11 (ENSGGOG00000000609) #16	CD52 (ENSGGOG00000007697) #17	CRYBG2 (ENSGGOG00000007699) #18	ZNF683 (ENSGGOG00000007713)	LIN28A (ENSGGOG00000040223) ##20	DHDDS (ENSGGOG00000000969) #21	HMGN2 (ENSGGOG00000000971) ##22	ENSGGOG00000039754	ENSGGOG00000023479	RPS6KA1 (ENSGGOG00000002930) #23	ARID1A (ENSGGOG00000004967) #24	PIGV (ENSGGOG00000004975) #25	SFN (ENSGGOG00000011493) #27	GPN2 (ENSGGOG00000015301) #28	GPATCH3 (ENSGGOG00000015305) #29	NR0B2 (ENSGGOG00000015311) #30	NUDC (ENSGGOG00000015314) #31	KDF1 (ENSGGOG00000023640) #32	ENSGGOG00000042470	TENT5B (ENSGGOG00000008075) #35	SLC9A1 (ENSGGOG00000001596) #36	ENSGGOG00000043274
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000001376.bb.a.a	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22
Chimpanzee	MODERN SPECIES		FAM110D (ENSPTRG00000022777) #7	C1H1orf232 (ENSPTRG00000050100) #8	ZNF593 (ENSPTRG00000000375) #9	ENSPTRG00000050455	CNKSR1 (ENSPTRG00000048000) #11	CATSPER4 (ENSPTRG00000000377) #12	CEP85 (ENSPTRG00000000378) #14	SH3BGRL3 (ENSPTRG00000047319) #15	UBXN11 (ENSPTRG00000000380) #16	CD52 (ENSPTRG00000000381) #17	CRYBG2 (ENSPTRG00000000382) #18	ZNF683 (ENSPTRG00000000383)	LIN28A (ENSPTRG00000000384) ##20	DHDDS (ENSPTRG00000000385) #21	ENSPTRG00000045505	HMGN2 (ENSPTRG00000000386) ##22	ENSPTRG00000048717	RPS6KA1 (ENSPTRG00000000387) #23	ARID1A (ENSPTRG00000000388) #24	PIGV (ENSPTRG00000047988) #25	ZDHHC18 (ENSPTRG00000051743) #26	SFN (ENSPTRG00000030723) #27	GPN2 (ENSPTRG00000000392) #28	GPATCH3 (ENSPTRG00000023419) #29	NR0B2 (ENSPTRG00000000394) #30	NUDC (ENSPTRG00000000395) #31	KDF1 (ENSPTRG00000000396) #32	ENSPTRG00000044717	TRNP1 (ENSPTRG00000046384)	TENT5B (ENSPTRG00000000397) #35	SLC9A1 (ENSPTRG00000051037) #36
Human	MODERN SPECIES		PDIK1L (ENSG00000175087)	FAM110D (ENSG00000197245) #7	C1orf232 (ENSG00000282872) #8	ZNF593OS (ENSG00000236782) #10	ZNF593 (ENSG00000142684) #9	CNKSR1 (ENSG00000142675) #11	CATSPER4 (ENSG00000188782) #12	CEP85 (ENSG00000130695) #14	SH3BGRL3 (ENSG00000142669) #15	UBXN11 (ENSG00000158062) #16	CD52 (ENSG00000169442) #17	CRYBG2 (ENSG00000176092) #18	ZNF683 (ENSG00000176083)	LIN28A (ENSG00000131914) ##20	DHDDS (ENSG00000117682) #21	HMGN2 (ENSG00000198830) ##22	RPS6KA1 (ENSG00000117676) #23	ARID1A (ENSG00000117713) #24	PIGV (ENSG00000060642) #25	ZDHHC18 (ENSG00000204160) #26	SFN (ENSG00000175793) #27	GPN2 (ENSG00000142751) #28	GPATCH3 (ENSG00000198746) #29	NUDC (ENSG00000090273) #31	NR0B2 (ENSG00000131910) #30	KDF1 (ENSG00000175707) #32	TRNP1 (ENSG00000253368)	TENT5B (ENSG00000158246) #35	SLC9A1 (ENSG00000090020) #36	WDTC1 (ENSG00000142784) #37	TMEM222 (ENSG00000186501)
Tarsier	MODERN SPECIES	6709																ENSTSYG00000037135 ##22
Haplorrhini	DUPLICATION
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	17	ENSCJAG00000075412	MYH10 (ENSCJAG00000014308)	NDEL1 (ENSCJAG00000014341)	RNF222 (ENSCJAG00000023106)	ENSCJAG00000014372	KRBA2 (ENSCJAG00000014384)	ENSCJAG00000043388	ARHGEF15 (ENSCJAG00000014397)	SLC25A35 (ENSCJAG00000014416)	RANGRF (ENSCJAG00000014422)	PFAS (ENSCJAG00000014431)	CTC1 (ENSCJAG00000014494)	ENSCJAG00000084224	ENSCJAG00000082296	AURKB (ENSCJAG00000015677)	ENSCJAG00000074899 ##22	ENSCJAG00000043213	BORCS6 (ENSCJAG00000023107)	TMEM107 (ENSCJAG00000014534)	VAMP2 (ENSCJAG00000014540)	PER1 (ENSCJAG00000014556)	HES7 (ENSCJAG00000014589)	ALOXE3 (ENSCJAG00000014599)	ALOX12B (ENSCJAG00000014652)	GUCY2D (ENSCJAG00000014688)	CNTROB (ENSCJAG00000014727)	TRAPPC1 (ENSCJAG00000072023)	KCNAB3 (ENSCJAG00000014760)	RNF227 (ENSCJAG00000041018)	CHD3 (ENSCJAG00000014766)	CYB5D1 (ENSCJAG00000014841)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Gorilla	MODERN SPECIES		ZBTB48 (ENSGGOG00000006819)	KLHL21 (ENSGGOG00000006829)	ENSGGOG00000006836	THAP3 (ENSGGOG00000006842)	DNAJC11 (ENSGGOG00000006848)	CAMTA1 (ENSGGOG00000003577)	VAMP3 (ENSGGOG00000004345)	PER3 (ENSGGOG00000000580)	UTS2 (ENSGGOG00000006802)	TNFRSF9 (ENSGGOG00000016838)	PARK7 (ENSGGOG00000012105)	ERRFI1 (ENSGGOG00000006424)	SLC45A1 (ENSGGOG00000014546)	RERE (ENSGGOG00000015245)	ENO1 (ENSGGOG00000010357)	ENSGGOG00000024447 ##22	CA6 (ENSGGOG00000007520)	SLC2A7 (ENSGGOG00000012945)	SLC2A5 (ENSGGOG00000012255)	GPR157 (ENSGGOG00000042706)	H6PD (ENSGGOG00000010299)	ENSGGOG00000011575	SLC25A33 (ENSGGOG00000006766)	TMEM201 (ENSGGOG00000006772)	PIK3CD (ENSGGOG00000012386)	CLSTN1 (ENSGGOG00000012405)	ENSGGOG00000023975	CTNNBIP1 (ENSGGOG00000042065)	LZIC (ENSGGOG00000014439)	NMNAT1 (ENSGGOG00000009086)	RBP7 (ENSGGOG00000028335)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.a ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	431			TERB2 (ENSRBIG00000032763)	ENSRBIG00000040064 ##27	SORD (ENSRBIG00000032673)	DUOX2 (ENSRBIG00000008925)	DUOXA2 (ENSRBIG00000041760)	DUOXA1 (ENSRBIG00000039914)	DUOX1 (ENSRBIG00000032046)	SHF (ENSRBIG00000042047)	SLC28A2 (ENSRBIG00000009833)	GATM (ENSRBIG00000044687)	SPATA5L1 (ENSRBIG00000044670)	ENSRBIG00000044664	SLC30A4 (ENSRBIG00000037551)	ENSRBIG00000039148 ##22	BLOC1S6 (ENSRBIG00000030456)	ENSRBIG00000029531	SQOR (ENSRBIG00000027944)	ENSRBIG00000016675	ENSRBIG00000030189	SEMA6D (ENSRBIG00000044260)	SLC24A5 (ENSRBIG00000035384)	MYEF2 (ENSRBIG00000037503)	CTXN2 (ENSRBIG00000027305)	SLC12A1 (ENSRBIG00000032330)	DUT (ENSRBIG00000022908)	FBN1 (ENSRBIG00000044019)	CEP152 (ENSRBIG00000028398)	SHC4 (ENSRBIG00000031241)	SECISBP2L (ENSRBIG00000030953)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1367														CCKAR (ENSRROG00000030028)	RBPJ (ENSRROG00000008767)	ENSRROG00000024203 ##22	ENSRROG00000037997	SMIM20 (ENSRROG00000035862)	SEL1L3 (ENSRROG00000006205)
Tarsier	MODERN SPECIES	5084															B3GAT2 (ENSTSYG00000012329)	ENSTSYG00000025693 ##22	SMAP1 (ENSTSYG00000012327)	SDHAF4 (ENSTSYG00000001769)	FAM135A (ENSTSYG00000003628)	COL9A1 (ENSTSYG00000001067)	COL19A1 (ENSTSYG00000001066)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.b ##22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1786															ENSRROG00000028884	ENSRROG00000001803 ##22	ABCA13 (ENSRROG00000042466)	UPP1 (ENSRROG00000044192)	C7orf57 (ENSRROG00000043339)	SUN3 (ENSRROG00000008133)	HUS1 (ENSRROG00000035149)	PKD1L1 (ENSRROG00000038509)	ENSRROG00000032798	TNS3 (ENSRROG00000044670)	ENSRROG00000036275
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.b.b ##22
Orangutan	MODERN SPECIES		ENSPPYG00000000138	TRIM17 (ENSPPYG00000000137)	H3-4 (ENSPPYG00000000136)	H2AC25 (ENSPPYG00000030037)	H2BC26 (ENSPPYG00000039326)	ENSPPYG00000040985	RNF187 (ENSPPYG00000041257)	ENSPPYG00000000133	ENSPPYG00000000131	RHOU (ENSPPYG00000000130)	RAB4A (ENSPPYG00000000128)	CCSAP (ENSPPYG00000039997)	ACTA1 (ENSPPYG00000000127)	NUP133 (ENSPPYG00000000126)	ABCB10 (ENSPPYG00000000125)	ENSPPYG00000032422 ##22	TAF5L (ENSPPYG00000000124)	URB2 (ENSPPYG00000000123)	GALNT2 (ENSPPYG00000033917)	PGBD5 (ENSPPYG00000039158)	COG2 (ENSPPYG00000000121)	AGT (ENSPPYG00000000120)	CAPN9 (ENSPPYG00000000119)	C1orf198 (ENSPPYG00000000118)	TTC13 (ENSPPYG00000000117)	ARV1 (ENSPPYG00000000116)	FAM89A (ENSPPYG00000000115)	ENSPPYG00000032788	TRIM67 (ENSPPYG00000010668)	C1orf131 (ENSPPYG00000036159)	GNPAT (ENSPPYG00000010620)
Tarsier	MODERN SPECIES	4794														ENSTSYG00000007149	ZFYVE26 (ENSTSYG00000007142)	ENSTSYG00000027643 ##22	RDH12 (ENSTSYG00000003677)	RDH11 (ENSTSYG00000007703)	VTI1B (ENSTSYG00000007688)	ARG2 (ENSTSYG00000007653)	RBM5 (ENSTSYG00000004158)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b ##22
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	4	PPP4R1 (ENSCJAG00000004459)	RALBP1 (ENSCJAG00000004430)	ENSCJAG00000080850	TWSG1 (ENSCJAG00000040675)	ANKRD12 (ENSCJAG00000045973)	ENSCJAG00000004307	ENSCJAG00000071832	ENSCJAG00000052694	MTCL1 (ENSCJAG00000004279)	RAB12 (ENSCJAG00000015468)	PTPRM (ENSCJAG00000015472)	ENSCJAG00000077078	LRRC30 (ENSCJAG00000015552)	LAMA1 (ENSCJAG00000015553)	ARHGAP28 (ENSCJAG00000015612)	ENSCJAG00000082622 ##22	ENSCJAG00000023104	L3MBTL4 (ENSCJAG00000015716)	TMEM200C (ENSCJAG00000038374)	ENSCJAG00000085204	ENSCJAG00000081743	ENSCJAG00000015728	ZBTB14 (ENSCJAG00000048541)	AKAIN1 (ENSCJAG00000042385)	ENSCJAG00000085054	ENSCJAG00000064609	ENSCJAG00000080111	ENSCJAG00000080148	ENSCJAG00000049819	ENSCJAG00000076723	DLGAP1 (ENSCJAG00000012856)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Olive baboon	MODERN SPECIES	12	ENSPANG00000045331	ENSPANG00000048803	ENSPANG00000038357	ENSPANG00000047363	ENSPANG00000039020	ENSPANG00000042905	ENSPANG00000046702	ENSPANG00000043453	ENSPANG00000001111	ENSPANG00000042420	ENSPANG00000040847	ENSPANG00000043122	ENSPANG00000036144	ENSPANG00000039923	ENSPANG00000046934	ENSPANG00000049799 ##22	ZNF726 (ENSPANG00000010855)	ENSPANG00000002885	ENSPANG00000018392	ZNF681 (ENSPANG00000037775)	ENSPANG00000034815	ENSPANG00000044512	ENSPANG00000026433	ENSPANG00000017544	ENSPANG00000048435	UQCRFS1 (ENSPANG00000024986)	VSTM2B (ENSPANG00000013391)	POP4 (ENSPANG00000008546)	PLEKHF1 (ENSPANG00000013107)	ENSPANG00000007899	CCNE1 (ENSPANG00000017035)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.a ##22
Chimpanzee	MODERN SPECIES	6	ENSPTRG00000041761	CHRNA7 (ENSPTRG00000006865)	ENSPTRG00000048046	OTUD7A (ENSPTRG00000006863)	ENSPTRG00000051792	ENSPTRG00000048834	KLF13 (ENSPTRG00000043659)	TRPM1 (ENSPTRG00000006859)	MTMR10 (ENSPTRG00000006858)	FAN1 (ENSPTRG00000006854)	ENSPTRG00000030342	ENSPTRG00000007519	ENSPTRG00000043841	APBA2 (ENSPTRG00000006842)	ENTREP2 (ENSPTRG00000006843)	ENSPTRG00000048730 ##22	ENSPTRG00000049709	TJP1 (ENSPTRG00000006846)	ENSPTRG00000033952	ENSPTRG00000041722	ENSPTRG00000043911	ENSPTRG00000030350	ENSPTRG00000006850	ENSPTRG00000046635	ENSPTRG00000050016	OCA2 (ENSPTRG00000006834)	GABRG3 (ENSPTRG00000052476)	GABRA5 (ENSPTRG00000006832)	GABRB3 (ENSPTRG00000006831)	ENSPTRG00000047058	ATP10A (ENSPTRG00000030356)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.a.b ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	95	RFFL (ENSSBOG00000028909)	LIG3 (ENSSBOG00000030290)	CCT6B (ENSSBOG00000025684)	TMEM132E (ENSSBOG00000029140)	CCL1 (ENSSBOG00000014955)	ENSSBOG00000032338	CCL8 (ENSSBOG00000018317)	CCL11 (ENSSBOG00000028311)	CCL7 (ENSSBOG00000033930)	CCL2 (ENSSBOG00000035114)	ASIC2 (ENSSBOG00000032279)	SPACA3 (ENSSBOG00000031184)	TMEM98 (ENSSBOG00000029612)	MYO1D (ENSSBOG00000005563)	CDK5R1 (ENSSBOG00000021952)	ENSSBOG00000016899 ##22	PSMD11 (ENSSBOG00000027961)	ENSSBOG00000035683	ZNF207 (ENSSBOG00000026038)	C17orf75 (ENSSBOG00000023876)	RHBDL3 (ENSSBOG00000028127)	RHOT1 (ENSSBOG00000031085)	RNF135 (ENSSBOG00000030138)	ADAP2 (ENSSBOG00000030389)	TEFM (ENSSBOG00000019565)
Marmoset	MODERN SPECIES	2	PUS3 (ENSCJAG00000046645)	HYLS1 (ENSCJAG00000060937)	DDX25 (ENSCJAG00000008600)	VSIG10L2 (ENSCJAG00000042439)	CDON (ENSCJAG00000008669)	ENSCJAG00000044393	RPUSD4 (ENSCJAG00000079280)	FAM118B (ENSCJAG00000008701)	SRPRA (ENSCJAG00000008752)	FOXRED1 (ENSCJAG00000008850)	TIRAP (ENSCJAG00000008886)	DCPS (ENSCJAG00000008896)	ST3GAL4 (ENSCJAG00000008901)	KIRREL3 (ENSCJAG00000008996)	ETS1 (ENSCJAG00000042683)	ENSCJAG00000080255 ##22	FLI1 (ENSCJAG00000009034)	KCNJ1 (ENSCJAG00000044929)	KCNJ5 (ENSCJAG00000009078)	ARHGAP32 (ENSCJAG00000009093)	BARX2 (ENSCJAG00000009135)	ENSCJAG00000009149	ENSCJAG00000082216	NFRKB (ENSCJAG00000009163)	PRDM10 (ENSCJAG00000009235)	ENSCJAG00000022120	APLP2 (ENSCJAG00000009288)	ST14 (ENSCJAG00000009434)	ZBTB44 (ENSCJAG00000009451)	ENSCJAG00000071970	ADAMTS8 (ENSCJAG00000009481)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	5	RASGRP3 (ENSPANG00000007703)	LTBP1 (ENSPANG00000026303)	ENSPANG00000049616	ENSPANG00000044277	TTC27 (ENSPANG00000019545)	BIRC6 (ENSPANG00000015136)	YIPF4 (ENSPANG00000010880)	NLRC4 (ENSPANG00000009690)	SLC30A6 (ENSPANG00000022196)	SPAST (ENSPANG00000000597)	ENSPANG00000033053	DPY30 (ENSPANG00000002887)	MEMO1 (ENSPANG00000022798)	SRD5A2 (ENSPANG00000025184)	XDH (ENSPANG00000017640)	ENSPANG00000014107 ##22	EHD3 (ENSPANG00000023358)	CAPN14 (ENSPANG00000000711)	GALNT14 (ENSPANG00000005616)	CAPN13 (ENSPANG00000015857)	LCLAT1 (ENSPANG00000022198)	LBH (ENSPANG00000016263)	YPEL5 (ENSPANG00000038672)	ENSPANG00000038648	ENSPANG00000049496	ENSPANG00000040333	ENSPANG00000050095	ENSPANG00000046650	ENSPANG00000042279	ALK (ENSPANG00000015024)	CLIP4 (ENSPANG00000025530)
Olive baboon	MODERN SPECIES	19	TMTC2 (ENSPANG00000008622)	ENSPANG00000032275	METTL25 (ENSPANG00000033969)	CCDC59 (ENSPANG00000023011)	ENSPANG00000049322	ENSPANG00000042647	ENSPANG00000035488	PPFIA2 (ENSPANG00000019704)	ACSS3 (ENSPANG00000019084)	LIN7A (ENSPANG00000005931)	MYF5 (ENSPANG00000020394)	MYF6 (ENSPANG00000044306)	ENSPANG00000005319	PTPRQ (ENSPANG00000014456)	OTOGL (ENSPANG00000012907)	ENSPANG00000047805 ##22	PPP1R12A (ENSPANG00000026354)	PAWR (ENSPANG00000009557)	SYT1 (ENSPANG00000009048)	ENSPANG00000040020	ENSPANG00000015985	ENSPANG00000043139	NAV3 (ENSPANG00000007911)	E2F7 (ENSPANG00000004929)	CSRP2 (ENSPANG00000023047)	ZDHHC17 (ENSPANG00000004050)	ENSPANG00000028903	OSBPL8 (ENSPANG00000009379)	BBS10 (ENSPANG00000026355)	NAP1L1 (ENSPANG00000009165)	PHLDA1 (ENSPANG00000013115)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Drill	MODERN SPECIES	762								FAR2 (ENSMLEG00000034174)	ERGIC2 (ENSMLEG00000039203)	OVCH1 (ENSMLEG00000041118)	ENSMLEG00000027473	TMTC1 (ENSMLEG00000031630)	ENSMLEG00000026700	IPO8 (ENSMLEG00000031593)	CAPRIN2 (ENSMLEG00000034760)	ENSMLEG00000010461 ##22	ENSMLEG00000042637	TSPAN11 (ENSMLEG00000043850)	ENSMLEG00000027404	ENSMLEG00000040787	ENSMLEG00000029038	DENND5B (ENSMLEG00000035537)	ETFBKMT (ENSMLEG00000044160)	AMN1 (ENSMLEG00000040342)	RESF1 (ENSMLEG00000031235)	BICD1 (ENSMLEG00000032630)	ENSMLEG00000001437	FGD4 (ENSMLEG00000035145)	ENSMLEG00000042108	ENSMLEG00000027558	DNM1L (ENSMLEG00000042854)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	563												ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ##22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1846													ZNF683 (ENSRBIG00000034984)	LIN28A (ENSRBIG00000032004) ##20	DHDDS (ENSRBIG00000035249) #21	ENSRBIG00000031876 ##22	RPS6KA1 (ENSRBIG00000028386) #23	ENSRBIG00000031875	ARID1A (ENSRBIG00000036777) #24	PIGV (ENSRBIG00000012346) #25	ENSRBIG00000029686	ZDHHC18 (ENSRBIG00000042271) #26	SFN (ENSRBIG00000014515) #27	GPN2 (ENSRBIG00000036062) #28	GPATCH3 (ENSRBIG00000005853) #29	NR0B2 (ENSRBIG00000037548) #30	NUDC (ENSRBIG00000018562) #31	KDF1 (ENSRBIG00000027752) #32	ENSRBIG00000014734	TRNP1 (ENSRBIG00000032398)	TENT5B (ENSRBIG00000033865) #35
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Bonobo	MODERN SPECIES	6	CHRM5 (ENSPPAG00000004646)	RYR3 (ENSPPAG00000030728)	FMN1 (ENSPPAG00000040177)	SCG5 (ENSPPAG00000041306)	ARHGAP11A (ENSPPAG00000028182)	CHRNA7 (ENSPPAG00000026369)	ENSPPAG00000041500	ENSPPAG00000003385	ENSPPAG00000029553	TRPM1 (ENSPPAG00000031509)	MTMR10 (ENSPPAG00000029044)	FAN1 (ENSPPAG00000042025)	APBA2 (ENSPPAG00000031729)	NSMCE3 (ENSPPAG00000037064)	ENTREP2 (ENSPPAG00000042380)	ENSPPAG00000035869 ##22	TJP1 (ENSPPAG00000040608)	ENSPPAG00000011211	ENSPPAG00000037540	ENSPPAG00000032441	HERC2 (ENSPPAG00000031770)	OCA2 (ENSPPAG00000036995)	GABRG3 (ENSPPAG00000036643)	GABRA5 (ENSPPAG00000037305)	GABRB3 (ENSPPAG00000039754)	ENSPPAG00000037400	ATP10A (ENSPPAG00000007479)	UBE3A (ENSPPAG00000037743)	ENSPPAG00000043325	ENSPPAG00000035186	SNURF (ENSPPAG00000030924)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	922														ENSANAG00000019579	ENSANAG00000031139	ENSANAG00000012058 ##22	ZGRF1 (ENSANAG00000025085)	NEUROG2 (ENSANAG00000011779)	ALPK1 (ENSANAG00000031430)	AP1AR (ENSANAG00000029345)	FAM241A (ENSANAG00000028321)	ENSANAG00000032606	PITX2 (ENSANAG00000034020)	ENPEP (ENSANAG00000038131)	ELOVL6 (ENSANAG00000032593)	EGF (ENSANAG00000027983)	LRIT3 (ENSANAG00000020446)	RRH (ENSANAG00000023867)	GAR1 (ENSANAG00000021608)	CFI (ENSANAG00000024666)	PLA2G12A (ENSANAG00000032035)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.a.b ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	16	KLHL31 (ENSCJAG00000011053)	GCLC (ENSCJAG00000011063)	ELOVL5 (ENSCJAG00000011119)	GCM1 (ENSCJAG00000079175)	FBXO9 (ENSCJAG00000042701)	CILK1 (ENSCJAG00000011214)	GSTA4 (ENSCJAG00000011268)	ENSCJAG00000034823	ENSCJAG00000060605	ENSCJAG00000066217	TMEM14A (ENSCJAG00000011309)	ENSCJAG00000082568	TRAM2 (ENSCJAG00000011314)	EFHC1 (ENSCJAG00000011346)	PAQR8 (ENSCJAG00000011379)	ENSCJAG00000080195 ##22	ENSCJAG00000080533	ENSCJAG00000011389	IL17F (ENSCJAG00000043579)	IL17A (ENSCJAG00000011432)	PKHD1 (ENSCJAG00000011434)	ENSCJAG00000078173	TFAP2B (ENSCJAG00000011561)	TFAP2D (ENSCJAG00000011580)	ENSCJAG00000083090	DEFB112 (ENSCJAG00000052292)	DEFB110 (ENSCJAG00000076216)	DEFB113 (ENSCJAG00000011605)	DEFB114 (ENSCJAG00000011608)	ENSCJAG00000011612	CRISP1 (ENSCJAG00000011614)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b ##22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b ##22
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	MODERN SPECIES	11	BHMT (ENSCJAG00000059013)	ENSCJAG00000080099	ENSCJAG00000084621	ENSCJAG00000079194	JMY (ENSCJAG00000019743)	ENSCJAG00000077110	HOMER1 (ENSCJAG00000019722)	ENSCJAG00000076921	CMYA5 (ENSCJAG00000019709)	MTX3 (ENSCJAG00000019700)	ENSCJAG00000075688	THBS4 (ENSCJAG00000019641)	ENSCJAG00000076770	SERINC5 (ENSCJAG00000019619)	ZFYVE16 (ENSCJAG00000019584)	ENSCJAG00000077855 ##22	FAM151B (ENSCJAG00000052350)	ANKRD34B (ENSCJAG00000019567)	ENSCJAG00000084278	ENSCJAG00000019556	MSH3 (ENSCJAG00000019548)	ENSCJAG00000083586	RASGRF2 (ENSCJAG00000019512)	CKMT2 (ENSCJAG00000019489)	ZCCHC9 (ENSCJAG00000042621)	ENSCJAG00000072298	ACOT12 (ENSCJAG00000019453)	ENSCJAG00000072994	SSBP2 (ENSCJAG00000019418)	ENSCJAG00000062963	ENSCJAG00000072035
Marmoset	MODERN SPECIES	4	ENSCJAG00000020641	ENSCJAG00000057247	TTC39C (ENSCJAG00000020629)	LAMA3 (ENSCJAG00000020598)	ANKRD29 (ENSCJAG00000020590)	NPC1 (ENSCJAG00000020581)	RMC1 (ENSCJAG00000020571)	RIOK3 (ENSCJAG00000020556)	TMEM241 (ENSCJAG00000020550)	CABLES1 (ENSCJAG00000020547)	RBBP8 (ENSCJAG00000020545)	ENSCJAG00000079834	GATA6 (ENSCJAG00000020543)	ENSCJAG00000073358	ENSCJAG00000075632	ENSCJAG00000071285 ##22	MIB1 (ENSCJAG00000020532)	ABHD3 (ENSCJAG00000020529)	SNRPD1 (ENSCJAG00000063007)	ENSCJAG00000078350	ESCO1 (ENSCJAG00000020517)	GREB1L (ENSCJAG00000020496)	ROCK1 (ENSCJAG00000020477)	USP14 (ENSCJAG00000020464)	THOC1 (ENSCJAG00000020450)	COLEC12 (ENSCJAG00000000146)	CETN1 (ENSCJAG00000081806)	CLUL1 (ENSCJAG00000000140)	TYMS (ENSCJAG00000000125)	ENOSF1 (ENSCJAG00000000111)	YES1 (ENSCJAG00000000099)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b ##22
Cercopithecinae_a	DUPLICATION
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	248																ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b.c ##22	ENSGT00990000203720.a.b.a.b.a
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	185																ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b.c ##22	ENSGT00990000203720.a.b.a.b.a
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	151	TOP2B (ENSMNEG00000031938)	RARB (ENSMNEG00000042172)	THRB (ENSMNEG00000043806)	ENSMNEG00000029504	NR1D2 (ENSMNEG00000030479)	ENSMNEG00000031512	NKIRAS1 (ENSMNEG00000032999)	UBE2E1 (ENSMNEG00000039247)	UBE2E2 (ENSMNEG00000040296)	ZNF385D (ENSMNEG00000019616)	SGO1 (ENSMNEG00000039502)	KAT2B (ENSMNEG00000027704)	PP2D1 (ENSMNEG00000042144)	ENSMNEG00000039149	EFHB (ENSMNEG00000032103)	ENSMNEG00000007485 ##22	ENSMNEG00000031642
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	252																ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b.c ##22	ENSGT00990000203720.a.b.a.b.a
Olive baboon	MODERN SPECIES	11	ENSPANG00000039164	SLC9A9 (ENSPANG00000007051)	ENSPANG00000046116	CHST2 (ENSPANG00000007426)	U2SURP (ENSPANG00000000710)	ENSPANG00000031969	PAQR9 (ENSPANG00000021399)	PCOLCE2 (ENSPANG00000005937)	TRPC1 (ENSPANG00000017825)	PLS1 (ENSPANG00000002797)	ATR (ENSPANG00000005574)	XRN1 (ENSPANG00000010638)	GK5 (ENSPANG00000016944)	TFDP2 (ENSPANG00000005825)	ATP1B3 (ENSPANG00000016869)	ENSPANG00000051223 ##22	GRK7 (ENSPANG00000026216)	RNF7 (ENSPANG00000008716)	RASA2 (ENSPANG00000010060)	ZBTB38 (ENSPANG00000018989)	PXYLP1 (ENSPANG00000018293)	SPSB4 (ENSPANG00000020402)	SLC25A36 (ENSPANG00000004802)	ENSPANG00000050186	ENSPANG00000046237	TRIM42 (ENSPANG00000007233)	CLSTN2 (ENSPANG00000017988)	NMNAT3 (ENSPANG00000005203)	RBP1 (ENSPANG00000036167)	RBP2 (ENSPANG00000010059)	COPB2 (ENSPANG00000007050)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	356																ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b.c ##22	ENSGT00990000203720.a.b.a.b.a
Drill	MODERN SPECIES	341	ENSMLEG00000033971	SELENOT (ENSMLEG00000042189)	EIF2A (ENSMLEG00000032824)	SERP1 (ENSMLEG00000044121)	ENSMLEG00000043781	ENSMLEG00000025377	RNF13 (ENSMLEG00000042049)	ANKUB1 (ENSMLEG00000042185)	COMMD2 (ENSMLEG00000043537)	WWTR1 (ENSMLEG00000036019)	TM4SF4 (ENSMLEG00000039948)	ENSMLEG00000019692	TM4SF18 (ENSMLEG00000037034)	CP (ENSMLEG00000027209)	HPS3 (ENSMLEG00000040824)	ENSMLEG00000028026 ##22	ENSMLEG00000023583	HLTF (ENSMLEG00000029059)	GYG1 (ENSMLEG00000029835)	CPA3 (ENSMLEG00000037447)	CPB1 (ENSMLEG00000021063)	AGTR1 (ENSMLEG00000036265)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b.d ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.b.b.d ##22
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	3	SLC35C1 (ENSPANG00000046643)	ENSPANG00000029497	CHST1 (ENSPANG00000005033)	SYT13 (ENSPANG00000014366)	PRDM11 (ENSPANG00000019134)	ENSPANG00000040777	ENSPANG00000044641	TP53I11 (ENSPANG00000016551)	TSPAN18 (ENSPANG00000017380)	CD82 (ENSPANG00000017077)	ALX4 (ENSPANG00000023497)	EXT2 (ENSPANG00000007186)	ALKBH3 (ENSPANG00000003104)	ACCSL (ENSPANG00000016162)	HSD17B12 (ENSPANG00000010432)	ENSPANG00000047558 ##22	TTC17 (ENSPANG00000018410)	API5 (ENSPANG00000008592)	OR4A47 (ENSPANG00000039598)	OR4A8 (ENSPANG00000008177)	OR4A5 (ENSPANG00000040615)	OR4A15 (ENSPANG00000030032)	OR4C15 (ENSPANG00000030496)	OR4C11 (ENSPANG00000040117)	OR5D3P (ENSPANG00000047909)	OR5D14 (ENSPANG00000046458)	ENSPANG00000024857	OR5W2 (ENSPANG00000019396)	OR5I1 (ENSPANG00000025509)	ENSPANG00000034504	OR8J3 (ENSPANG00000037149)
Olive baboon	MODERN SPECIES		ENSPANG00000037235	PDIK1L (ENSPANG00000038583)	FAM110D (ENSPANG00000011846) #7	C1orf232 (ENSPANG00000034733) #8	CNKSR1 (ENSPANG00000020223) #11	ZNF593OS (ENSPANG00000035590) #10	CATSPER4 (ENSPANG00000012398) #12	CEP85 (ENSPANG00000008187) #14	UBXN11 (ENSPANG00000011558) #16	SH3BGRL3 (ENSPANG00000008186) #15	CD52 (ENSPANG00000032260) #17	CRYBG2 (ENSPANG00000000188) #18	ZNF683 (ENSPANG00000022867)	LIN28A (ENSPANG00000009841) ##20	DHDDS (ENSPANG00000005607) #21	ENSPANG00000032981 ##22	RPS6KA1 (ENSPANG00000020222) #23	ARID1A (ENSPANG00000020845) #24	PIGV (ENSPANG00000002392) #25	ZDHHC18 (ENSPANG00000011011) #26	ENSPANG00000037057	GPN2 (ENSPANG00000005722) #28	GPATCH3 (ENSPANG00000007984) #29	NR0B2 (ENSPANG00000002391) #30	NUDC (ENSPANG00000019007) #31	KDF1 (ENSPANG00000023562) #32	ENSPANG00000005605	TRNP1 (ENSPANG00000018909)	TENT5B (ENSPANG00000007821) #35	ENSPANG00000042373	ENSPANG00000034989
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Golden snub-nosed monkey	DUPLICATION
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2505																ENSRROG00000011757 ##22	TEX29 (ENSRROG00000035371)	ARHGEF7 (ENSRROG00000018766)	ENSRROG00000040615	ANKRD10 (ENSRROG00000034347)	ING1 (ENSRROG00000035437)	ENSRROG00000042479	NAXD (ENSRROG00000043151)	RAB20 (ENSRROG00000037365)	COL4A2 (ENSRROG00000038448)	COL4A1 (ENSRROG00000028030)	IRS2 (ENSRROG00000032749)	MYO16 (ENSRROG00000044459)	ENSRROG00000034147	TNFSF13B (ENSRROG00000039813)	ABHD13 (ENSRROG00000038330)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1159															ENSRROG00000013015	ENSRROG00000037747 ##22	SEL1L (ENSRROG00000038676)	ENSRROG00000043481 ##22	STON2 (ENSRROG00000003039)	GTF2A1 (ENSRROG00000035850)	TSHR (ENSRROG00000029084)	ENSRROG00000024342	CEP128 (ENSRROG00000044750)	ENSRROG00000029123
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153352.A.`b	ENSGT00940000161793	ENSGT00390000012762	ENSGT01100000263509.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155949	ENSGT00390000018319.a.b.a	ENSGT00940000155897	ENSGT00390000007246	ENSGT00390000009329.b	ENSGT00940000155498	ENSGT00940000155389	ENSGT01040000240503.B.eb.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00390000017024	ENSGT00390000004161	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22	ENSGT00940000161645.a	ENSGT00940000153288.a.b.a.a	ENSGT00940000157156	ENSGT00390000004228	ENSGT00940000155831	ENSGT00950000182983.B.a.b	ENSGT00390000008107.c.a	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00950000183183.b.a.y.a.a.b	ENSGT00510000048902.a	ENSGT00940000159721	ENSGT00940000162618	ENSGT00940000155305	ENSGT00940000155123.b
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153352.A.`b	ENSGT00940000161793	ENSGT00390000012762	ENSGT01100000263509.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155949	ENSGT00390000018319.a.b.a	ENSGT00940000155897	ENSGT00390000007246	ENSGT00390000009329.b	ENSGT00940000155498	ENSGT00940000155389	ENSGT01040000240503.B.eb.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00390000017024	ENSGT00390000004161	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22	ENSGT00940000161645.a	ENSGT00940000153288.a.b.a.a	ENSGT00940000157156	ENSGT00390000004228	ENSGT00940000155831	ENSGT00950000182983.B.a.b	ENSGT00390000008107.c.a	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00950000183183.b.a.y.a.a.b	ENSGT00510000048902.a	ENSGT00940000159721	ENSGT00940000162618	ENSGT00940000155305	ENSGT00940000155123.b
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	533	NAIP (ENSMNEG00000030447)	ENSMNEG00000035094	SERF1B (ENSMNEG00000031009)	BDP1 (ENSMNEG00000037217)	MCCC2 (ENSMNEG00000028784)	CARTPT (ENSMNEG00000041443)	MAP1B (ENSMNEG00000030192)	MRPS27 (ENSMNEG00000038426)	PTCD2 (ENSMNEG00000007537)	ZNF366 (ENSMNEG00000041882)	TNPO1 (ENSMNEG00000044581)	ENSMNEG00000029785	FCHO2 (ENSMNEG00000038505)	TMEM171 (ENSMNEG00000042146)	TMEM174 (ENSMNEG00000032405)	ENSMNEG00000027924 ##22	FOXD1 (ENSMNEG00000043099)	BTF3 (ENSMNEG00000044350)	ANKRA2 (ENSMNEG00000030102)	UTP15 (ENSMNEG00000032169)	ARHGEF28 (ENSMNEG00000031568)	ENC1 (ENSMNEG00000006975)	HEXB (ENSMNEG00000036163)	GFM2 (ENSMNEG00000034666)	NSA2 (ENSMNEG00000042380)	ENSMNEG00000031805	FAM169A (ENSMNEG00000032139)	ENSMNEG00000019915	ANKRD31 (ENSMNEG00000038747)	HMGCR (ENSMNEG00000036782)	CERT1 (ENSMNEG00000034301)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153352.A.`b	ENSGT00940000161793	ENSGT00390000012762	ENSGT01100000263509.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155949	ENSGT00390000018319.a.b.a	ENSGT00940000155897	ENSGT00390000007246	ENSGT00390000009329.b	ENSGT00940000155498	ENSGT00940000155389.j	ENSGT01040000240503.B.eb.b	ENSGT00940000157105	ENSGT00390000017024	ENSGT00390000004161	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22	ENSGT00940000161645.a	ENSGT00940000153288.a.b.a.a	ENSGT00940000157156	ENSGT00390000004228	ENSGT00940000155831	ENSGT00950000182983.B.a.b	ENSGT00390000008107.c.a	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00950000183183.b.a.y.a.a.b	ENSGT00510000048902.a	ENSGT00940000159721	ENSGT00940000162618	ENSGT00940000155305	ENSGT00940000155123.b
Olive baboon	MODERN SPECIES	15	MCCC2 (ENSPANG00000011937)	CARTPT (ENSPANG00000041351)	MAP1B (ENSPANG00000013347)	MRPS27 (ENSPANG00000015368)	PTCD2 (ENSPANG00000006611)	ZNF366 (ENSPANG00000023914)	ENSPANG00000037799	TNPO1 (ENSPANG00000006074)	FCHO2 (ENSPANG00000014043)	ENSPANG00000040821	TMEM171 (ENSPANG00000017933)	TMEM174 (ENSPANG00000017251)	ENSPANG00000042783	ENSPANG00000044736	ENSPANG00000010370	ENSPANG00000048761 ##22	FOXD1 (ENSPANG00000046463)	BTF3 (ENSPANG00000011936)	ANKRA2 (ENSPANG00000044882)	UTP15 (ENSPANG00000009302)	ARHGEF28 (ENSPANG00000012020)	ENC1 (ENSPANG00000003224)	HEXB (ENSPANG00000013386)	GFM2 (ENSPANG00000013600)	NSA2 (ENSPANG00000013346)	FAM169A (ENSPANG00000014042)	ENSPANG00000050244	ENSPANG00000010937	ENSPANG00000003862	HMGCR (ENSPANG00000001531)	CERT1 (ENSPANG00000000059)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Drill	MODERN SPECIES	197											TNPO1 (ENSMLEG00000030740)	ENSMLEG00000031650	FCHO2 (ENSMLEG00000042403)	TMEM171 (ENSMLEG00000043574)	TMEM174 (ENSMLEG00000040536)	ENSMLEG00000026788 ##22	BTF3 (ENSMLEG00000037682)	ANKRA2 (ENSMLEG00000031536)	UTP15 (ENSMLEG00000038816)	ARHGEF28 (ENSMLEG00000021822)	ENC1 (ENSMLEG00000021735)	HEXB (ENSMLEG00000037337)	GFM2 (ENSMLEG00000038075)	NSA2 (ENSMLEG00000035058)	ENSMLEG00000032772	FAM169A (ENSMLEG00000034747)	ENSMLEG00000013497	ENSMLEG00000038467	GCNT4 (ENSMLEG00000027356)	ANKRD31 (ENSMLEG00000037468)	HMGCR (ENSMLEG00000030530)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	23	NAIP (ENSCSAG00000015702)	ENSCSAG00000015688	ENSCSAG00000019010	SERF1A (ENSCSAG00000015655)	BDP1 (ENSCSAG00000015649)	MCCC2 (ENSCSAG00000015635)	CARTPT (ENSCSAG00000015631)	MAP1B (ENSCSAG00000015629)	MRPS27 (ENSCSAG00000015626)	PTCD2 (ENSCSAG00000015623)	ZNF366 (ENSCSAG00000015620)	TNPO1 (ENSCSAG00000015616)	FCHO2 (ENSCSAG00000015597)	TMEM171 (ENSCSAG00000015548)	TMEM174 (ENSCSAG00000015532)	ENSCSAG00000019011 ##22	BTF3 (ENSCSAG00000015522)	ANKRA2 (ENSCSAG00000015506)	UTP15 (ENSCSAG00000015499)	ARHGEF28 (ENSCSAG00000015492)	ENC1 (ENSCSAG00000019415)	HEXB (ENSCSAG00000015476)	GFM2 (ENSCSAG00000015464)	ENSCSAG00000015450	FAM169A (ENSCSAG00000015436)	GCNT4 (ENSCSAG00000019416)	ENSCSAG00000015425	HMGCR (ENSCSAG00000015420)	CERT1 (ENSCSAG00000015407)	POLK (ENSCSAG00000015397)	POC5 (ENSCSAG00000015388)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22
Bonobo	MODERN SPECIES		PDIK1L (ENSPPAG00000019009)	C1orf232 (ENSPPAG00000031691) #8	ZNF593 (ENSPPAG00000030063) #9	ZNF593OS (ENSPPAG00000038226) #10	CNKSR1 (ENSPPAG00000042812) #11	CATSPER4 (ENSPPAG00000001651) #12	CEP85 (ENSPPAG00000035844) #14	UBXN11 (ENSPPAG00000031858) #16	ENSPPAG00000011359 #15	CD52 (ENSPPAG00000037302) #17	CRYBG2 (ENSPPAG00000021426) #18	ZNF683 (ENSPPAG00000038727)	LIN28A (ENSPPAG00000037906) ##20	DHDDS (ENSPPAG00000031128) #21	ENSPPAG00000042179	ENSPPAG00000032129 ##22	ENSPPAG00000028434	RPS6KA1 (ENSPPAG00000041102) #23	ARID1A (ENSPPAG00000035294) #24	PIGV (ENSPPAG00000033338) #25	ZDHHC18 (ENSPPAG00000031507) #26	SFN (ENSPPAG00000013397) #27	GPN2 (ENSPPAG00000039790) #28	GPATCH3 (ENSPPAG00000032902) #29	NR0B2 (ENSPPAG00000039413) #30	NUDC (ENSPPAG00000000217) #31	KDF1 (ENSPPAG00000030084) #32	ENSPPAG00000041792	TENT5B (ENSPPAG00000035934) #35	SLC9A1 (ENSPPAG00000043811) #36	ENSPPAG00000031182
Chimpanzee	MODERN SPECIES	18	LOX (ENSPTRG00000017173)	SRFBP1 (ENSPTRG00000017172)	FTMT (ENSPTRG00000017171)	PRR16 (ENSPTRG00000017170)	ENSPTRG00000047188	FAM170A (ENSPTRG00000017169)	HSD17B4 (ENSPTRG00000017168)	TNFAIP8 (ENSPTRG00000017167)	DMXL1 (ENSPTRG00000017166)	ENSPTRG00000052506	DTWD2 (ENSPTRG00000017164)	ENSPTRG00000052390	ENSPTRG00000050380	ENSPTRG00000048147	SEMA6A (ENSPTRG00000017162)	ENSPTRG00000045275 ##22	COMMD10 (ENSPTRG00000017159)	ENSPTRG00000047667	ARL14EPL (ENSPTRG00000044189)	LVRN (ENSPTRG00000017157)	AP3S1 (ENSPTRG00000017155)	ATG12 (ENSPTRG00000017154)	CDO1 (ENSPTRG00000017153)	TMED7 (ENSPTRG00000017152)	TICAM2 (ENSPTRG00000049062)	FEM1C (ENSPTRG00000017150)	CCDC112 (ENSPTRG00000017147)	PGGT1B (ENSPTRG00000017146)	TRIM36 (ENSPTRG00000017145)	KCNN2 (ENSPTRG00000017144)	YTHDC2 (ENSPTRG00000017143)
Orangutan	DUPLICATION
Orangutan	MODERN SPECIES	18	SNX24 (ENSPPYG00000015719)	SNX2 (ENSPPYG00000015718)	SNCAIP (ENSPPYG00000015717)	ENSPPYG00000039614	ZNF474 (ENSPPYG00000015716)	LOX (ENSPPYG00000015715)	SRFBP1 (ENSPPYG00000015714)	FTMT (ENSPPYG00000015713)	PRR16 (ENSPPYG00000015712)	FAM170A (ENSPPYG00000015711)	HSD17B4 (ENSPPYG00000015710)	TNFAIP8 (ENSPPYG00000015709)	DMXL1 (ENSPPYG00000015708)	DTWD2 (ENSPPYG00000015707)	SEMA6A (ENSPPYG00000015705)	ENSPPYG00000015704 ##22	COMMD10 (ENSPPYG00000015703)	ENSPPYG00000033699	ARL14EPL (ENSPPYG00000038124)	LVRN (ENSPPYG00000015702)	ENSPPYG00000036581	ATG12 (ENSPPYG00000015699)	CDO1 (ENSPPYG00000015698)	TICAM2 (ENSPPYG00000040843)	TMED7 (ENSPPYG00000015697)	FEM1C (ENSPPYG00000015696)	CCDC112 (ENSPPYG00000015695)	PGGT1B (ENSPPYG00000039438)	TRIM36 (ENSPPYG00000015693)	KCNN2 (ENSPPYG00000015692)	YTHDC2 (ENSPPYG00000015691)
Orangutan	MODERN SPECIES	16	ACKR2 (ENSPPYG00000032192)	HIGD1A (ENSPPYG00000013974)	CCDC13 (ENSPPYG00000013975)	HHATL (ENSPPYG00000013976)	KLHL40 (ENSPPYG00000013977)	ZBTB47 (ENSPPYG00000029781)	NKTR (ENSPPYG00000013978)	SS18L2 (ENSPPYG00000013979)	SEC22C (ENSPPYG00000013980)	VIPR1 (ENSPPYG00000013981)	LYZL4 (ENSPPYG00000013982)	CCK (ENSPPYG00000013983)	TRAK1 (ENSPPYG00000013984)	ULK4 (ENSPPYG00000013985)	CTNNB1 (ENSPPYG00000013986)	ENSPPYG00000038997 ##22	ZNF621 (ENSPPYG00000013987)	ZNF620 (ENSPPYG00000013988)	ZNF619 (ENSPPYG00000013989)	RPL14 (ENSPPYG00000037911)	ENTPD3 (ENSPPYG00000013990)	EIF1B (ENSPPYG00000030782)	MYRIP (ENSPPYG00000013991)	MOBP (ENSPPYG00000036004)	ENSPPYG00000013993	SLC25A38 (ENSPPYG00000013994)	ENSPPYG00000030033	CX3CR1 (ENSPPYG00000013996)	ENSPPYG00000013997	CSRNP1 (ENSPPYG00000013998)	TTC21A (ENSPPYG00000013999)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740.g #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879.a #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ##22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1281	C1orf232 (ENSANAG00000034940) #8	ZNF593 (ENSANAG00000034118) #9	ZNF593OS (ENSANAG00000020867) #10	CNKSR1 (ENSANAG00000021033) #11	CATSPER4 (ENSANAG00000037805) #12	CEP85 (ENSANAG00000028221) #14	ENSANAG00000015816	ENSANAG00000025758	ENSANAG00000032271 #15	UBXN11 (ENSANAG00000006312) #16	CD52 (ENSANAG00000037821) #17	ENSANAG00000037256 #18	ZNF683 (ENSANAG00000023008)	LIN28A (ENSANAG00000021009) ##20	DHDDS (ENSANAG00000023750) #21	ENSANAG00000015360 ##22	RPS6KA1 (ENSANAG00000003022) #23	ARID1A (ENSANAG00000025639) #24	PIGV (ENSANAG00000023038) #25	ZDHHC18 (ENSANAG00000034211) #26	SFN (ENSANAG00000016141) #27	ENSANAG00000020454	ENSANAG00000019689	ENSANAG00000026846	GPN2 (ENSANAG00000035449) #28	GPATCH3 (ENSANAG00000035944) #29	NR0B2 (ENSANAG00000021024) #30	NUDC (ENSANAG00000028557) #31	KDF1 (ENSANAG00000027498) #32	ENSANAG00000021922	TRNP1 (ENSANAG00000032266)
Tarsier	MODERN SPECIES	5134							PITHD1 (ENSTSYG00000030963)	LYPLA2 (ENSTSYG00000028185)	GALE (ENSTSYG00000005706)	HMGCL (ENSTSYG00000000974)	FUCA1 (ENSTSYG00000002869)	ENSTSYG00000034899	SRSF10 (ENSTSYG00000009439)	MYOM3 (ENSTSYG00000012229)	IL22RA1 (ENSTSYG00000012304)	ENSTSYG00000035519 ##22	IFNLR1 (ENSTSYG00000012308)	GRHL3 (ENSTSYG00000006693)	STPG1 (ENSTSYG00000006713)	NIPAL3 (ENSTSYG00000012503)	RCAN3 (ENSTSYG00000007638)	NCMAP (ENSTSYG00000011530)	SRRM1 (ENSTSYG00000006782)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	140	Il2 (ENSJJAG00000022869)	Adad1 (ENSJJAG00000022661)	Bltp1 (ENSJJAG00000022082)	ENSJJAG00000018073	ENSJJAG00000013168	Trpc3 (ENSJJAG00000017994)	Bbs7 (ENSJJAG00000018393)	Ccna2 (ENSJJAG00000014491)	Exosc9 (ENSJJAG00000008858)	Anxa5 (ENSJJAG00000021568)	Acad9 (ENSJJAG00000015247)	ENSJJAG00000004057	Fbxw17 (ENSJJAG00000021791)	ENSJJAG00000020570	Gng5c (ENSJJAG00000019410)	ENSJJAG00000012845 ##22	Naa35 (ENSJJAG00000017242)	ENSJJAG00000005663	Ntrk2 (ENSJJAG00000021752)
Tree shrew	MODERN SPECIES	5404																ENSTBEG00000002289 ##22	TXLNB (ENSTBEG00000002157)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a #22
Sloth	MODERN SPECIES	12378																ENSCHOG00000003659 #22
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	4212	NEUROG2 (ENSDNOG00000010840)	ENSDNOG00000038343	ENSDNOG00000019983	ENSDNOG00000035777	LARP7 (ENSDNOG00000013761)	ENSDNOG00000042754	ENSDNOG00000036611	ENSDNOG00000032732	ENSDNOG00000033961	ENSDNOG00000038758	ARSJ (ENSDNOG00000035175)	ENSDNOG00000047795	UGT8 (ENSDNOG00000038695)	NDST4 (ENSDNOG00000019530)	ENSDNOG00000034083	ENSDNOG00000041385 #22	ENSDNOG00000034198
Armadillo	MODERN SPECIES	2212														ZNF777 (ENSDNOG00000003957)	ZNF746 (ENSDNOG00000040375)	ENSDNOG00000032094 #22	KRBA1 (ENSDNOG00000030688)	ZNF467 (ENSDNOG00000033629)	ENSDNOG00000035013	ZNF862 (ENSDNOG00000019945)	ENSDNOG00000045411	LRRC61 (ENSDNOG00000038359)	RARRES2 (ENSDNOG00000043637)	REPIN1 (ENSDNOG00000032100)
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	1005														SPAG6 (ENSDNOG00000039057)	ENSDNOG00000044401	ENSDNOG00000039479 #22	SATB1 (ENSDNOG00000025323)	ENSDNOG00000039396	ENSDNOG00000023800
Armadillo	MODERN SPECIES	741													CDH11 (ENSDNOG00000039864)	ENSDNOG00000032179	ENSDNOG00000046125	ENSDNOG00000043234 #22
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	2950	FKBP10 (ENSDNOG00000039668)	NT5C3B (ENSDNOG00000004815)	KLHL10 (ENSDNOG00000004822)	KLHL11 (ENSDNOG00000004827)	ACLY (ENSDNOG00000004829)	ODAD4 (ENSDNOG00000046290)	CNP (ENSDNOG00000004854)	DNAJC7 (ENSDNOG00000004861)	NKIRAS2 (ENSDNOG00000042963)	ENSDNOG00000008734	ENSDNOG00000036922	DHX58 (ENSDNOG00000043127)	KAT2A (ENSDNOG00000044850)	HSPB9 (ENSDNOG00000046956)	RAB5C (ENSDNOG00000038853)	ENSDNOG00000037982 #22	KCNH4 (ENSDNOG00000009747)	HCRT (ENSDNOG00000047000)	GHDC (ENSDNOG00000032269)	STAT5B (ENSDNOG00000007398)	STAT5A (ENSDNOG00000001465)	STAT3 (ENSDNOG00000001471)	ENSDNOG00000033827	CAVIN1 (ENSDNOG00000036590)	ATP6V0A1 (ENSDNOG00000005761)	NAGLU (ENSDNOG00000039803)	HSD17B1 (ENSDNOG00000007276)	COASY (ENSDNOG00000005780)	MLX (ENSDNOG00000045315)	PSMC3IP (ENSDNOG00000037049)	RETREG3 (ENSDNOG00000007011)
Armadillo	MODERN SPECIES	1063														ENSDNOG00000046039	ENSDNOG00000047583	ENSDNOG00000033412 #22	STPG2 (ENSDNOG00000001847)	RAP1GDS1 (ENSDNOG00000043240)	TSPAN5 (ENSDNOG00000048664)	EIF4E (ENSDNOG00000013712)	ENSDNOG00000048265	ENSDNOG00000003675	ADH4 (ENSDNOG00000048640)	ENSDNOG00000046930	ENSDNOG00000048649
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	4728													ENSDNOG00000039760	ENSDNOG00000042557	ENSDNOG00000038151	ENSDNOG00000036777 #22	CUL1 (ENSDNOG00000012074)	EZH2 (ENSDNOG00000003130)	PDIA4 (ENSDNOG00000014782)	ENSDNOG00000048242	ZNF786 (ENSDNOG00000048166)	ZNF398 (ENSDNOG00000038814)	ZNF282 (ENSDNOG00000008361)	ZNF212 (ENSDNOG00000008381)	ZNF783 (ENSDNOG00000038016)	ENSDNOG00000031181
Armadillo	MODERN SPECIES	270													ENSDNOG00000044499	ENSDNOG00000033252	ENSDNOG00000033885	ENSDNOG00000041449 #22	VPS37C (ENSDNOG00000042931)	CD5 (ENSDNOG00000016143)	CD6 (ENSDNOG00000038569)	ENSDNOG00000038970	TMEM132A (ENSDNOG00000030786)	TMEM109 (ENSDNOG00000037190)	PRPF19 (ENSDNOG00000005797)	ZP1 (ENSDNOG00000005776)	PTGDR2 (ENSDNOG00000006257)	CCDC86 (ENSDNOG00000006246)	ENSDNOG00000001325
Armadillo	MODERN SPECIES	318															FOXD2 (ENSDNOG00000001494)	ENSDNOG00000042267 #22	ENSDNOG00000037718
Armadillo	MODERN SPECIES	2124	DCAF6 (ENSDNOG00000010184) ##37	GPR161 (ENSDNOG00000046510)	TIPRL (ENSDNOG00000042352)	SFT2D2 (ENSDNOG00000033210)	TBX19 (ENSDNOG00000015810)	ENSDNOG00000042103	DPT (ENSDNOG00000030723)	ATP1B1 (ENSDNOG00000002871)	NME7 (ENSDNOG00000002753)	BLZF1 (ENSDNOG00000045925)	CCDC181 (ENSDNOG00000045094)	SLC19A2 (ENSDNOG00000018260)	F5 (ENSDNOG00000018263)	SELP (ENSDNOG00000019844)	ENSDNOG00000007343	ENSDNOG00000045728 #22	SELL (ENSDNOG00000041443)	SELE (ENSDNOG00000019846)	ENSDNOG00000012231	C1orf112 (ENSDNOG00000012235)	SCYL3 (ENSDNOG00000010260)	KIFAP3 (ENSDNOG00000016340)	NTMT2 (ENSDNOG00000037672)
Armadillo	MODERN SPECIES	2761	TSPAN15 (ENSDNOG00000011926)	ENSDNOG00000040959	FAM241B (ENSDNOG00000014713)	COL13A1 (ENSDNOG00000013984)	MACROH2A2 (ENSDNOG00000011036)	AIFM2 (ENSDNOG00000011059)	TYSND1 (ENSDNOG00000047164)	ENSDNOG00000035765	PPA1 (ENSDNOG00000047169)	NPFFR1 (ENSDNOG00000014877)	LRRC20 (ENSDNOG00000041213)	EIF4EBP2 (ENSDNOG00000010090)	NODAL (ENSDNOG00000017851)	PALD1 (ENSDNOG00000044335)	ENSDNOG00000034303	ENSDNOG00000042000 #22	ENSDNOG00000003703	ADAMTS14 (ENSDNOG00000019155)	TBATA (ENSDNOG00000031360)	SGPL1 (ENSDNOG00000040289)	PCBD1 (ENSDNOG00000037939)	UNC5B (ENSDNOG00000046472)	SLC29A3 (ENSDNOG00000030931)	ENSDNOG00000038458	C10orf105 (ENSDNOG00000037764)	VSIR (ENSDNOG00000015130)	ENSDNOG00000032599	PSAP (ENSDNOG00000018459)	CHST3 (ENSDNOG00000013465)	SPOCK2 (ENSDNOG00000041677)	ASCC1 (ENSDNOG00000006561)
Eutheria	DUPLICATION
Eutheria	DUPLICATION
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Odontoceti	DUPLICATION
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.a ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.a ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000154277.a.b.b.n.k.b	ENSGT00940000162643.b	ENSGT00940000153313.C.a	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000162262	ENSGT00940000159479	ENSGT00510000048066	ENSGT00870000136506	ENSGT00940000160940	ENSGT00940000160559.f	ENSGT00390000008621	ENSGT00940000160559.e	ENSGT00940000163245	ENSGT00940000162070	ENSGT00940000162389	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.a ##22	ENSGT00890000139436.A.b	ENSGT00940000162496	ENSGT00980000198762	ENSGT00940000161236.a.a	ENSGT00940000159667	ENSGT00940000155614	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155170	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000157847	ENSGT00530000063168.a.a.b	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00390000012692	ENSGT00940000159438	ENSGT00940000155877
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000159438	ENSGT00390000012692	ENSGT00940000160145.b	ENSGT00530000063168.a.a.b	ENSGT00940000157847	ENSGT00940000156319	ENSGT00940000155170	ENSGT00390000010825.a	ENSGT00940000155614	ENSGT00940000159667	ENSGT00940000161236.a.a	ENSGT00980000198762	ENSGT00940000162496	ENSGT00890000139436.A.b	ENSGT00940000162389	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000162070	ENSGT00940000163245	ENSGT00940000160559.e	ENSGT00390000008621	ENSGT00940000160559.f	ENSGT00940000160940	ENSGT00870000136506	ENSGT00510000048066	ENSGT00940000159479	ENSGT00940000162262	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000153313.C.a	ENSGT00940000162643.b	ENSGT00940000154277.a.b.b.n.k.b	ENSGT00940000153763.a
Beluga whale	MODERN SPECIES	114								HUWE1 (ENSDLEG00000010517)	HSD17B10 (ENSDLEG00000009630)	RIBC1 (ENSDLEG00000009583)	SMC1A (ENSDLEG00000009492)	IQSEC2 (ENSDLEG00000008870)	KDM5C (ENSDLEG00000008448)	TSPYL2 (ENSDLEG00000008358)	GPR173 (ENSDLEG00000008337)	ENSDLEG00000008319 ##22	MAGED1 (ENSDLEG00000008255)	GSPT2 (ENSDLEG00000008211)
Narwhal	MODERN SPECIES	309	FGD1 (ENSMMNG00015015565)	TSR2 (ENSMMNG00015015553)	WNK3 (ENSMMNG00015015519)	FAM120C (ENSMMNG00015015477)	PHF8 (ENSMMNG00015015410)	HUWE1 (ENSMMNG00015015224)	HSD17B10 (ENSMMNG00015015147)	ENSMMNG00015015125	SMC1A (ENSMMNG00015015063)	IQSEC2 (ENSMMNG00015014978)	KDM5C (ENSMMNG00015014882)	KANTR (ENSMMNG00015014864)	TSPYL2 (ENSMMNG00015014852)	GPR173 (ENSMMNG00015014842)	ENSMMNG00015014814	ENSMMNG00015014800 ##22	MAGED1 (ENSMMNG00015014774)	GSPT2 (ENSMMNG00015014759)	ENSMMNG00015014742	BMP15 (ENSMMNG00015014720)	ENSMMNG00015014703	SHROOM4 (ENSMMNG00015014668)	DGKK (ENSMMNG00015014617)	ENSMMNG00015014590	AKAP4 (ENSMMNG00015014564)	ENSMMNG00015014557	ENSMMNG00015014545	CLCN5 (ENSMMNG00015014509)	USP27X (ENSMMNG00015014494)	PAGE4 (ENSMMNG00015014484)	PPP1R3F (ENSMMNG00015014470)
Vaquita	MODERN SPECIES	34	ENSPSNG00000013438	ENSPSNG00000013583	AKAP4 (ENSPSNG00000013674)	CCNB3 (ENSPSNG00000013841)	DGKK (ENSPSNG00000013923)	SHROOM4 (ENSPSNG00000014309)	ENSPSNG00000014387	BMP15 (ENSPSNG00000014443)	ENSPSNG00000014492	ENSPSNG00000014522	ENSPSNG00000014613	ENSPSNG00000014642	GSPT2 (ENSPSNG00000014658)	MAGED1 (ENSPSNG00000014702)	ENSPSNG00000014799	ENSPSNG00000014914 ##22	ENSPSNG00000014941	ENSPSNG00000015015	GPR173 (ENSPSNG00000015090)	TSPYL2 (ENSPSNG00000015108)	KDM5C (ENSPSNG00000015193)	IQSEC2 (ENSPSNG00000015666)	SMC1A (ENSPSNG00000016208)	ENSPSNG00000016407	HSD17B10 (ENSPSNG00000016498)	HUWE1 (ENSPSNG00000016681)	PHF8 (ENSPSNG00000016986)	FAM120C (ENSPSNG00000017250)	WNK3 (ENSPSNG00000017347)	TSR2 (ENSPSNG00000017417)	FGD1 (ENSPSNG00000017466)
Sperm whale	MODERN SPECIES	536																ENSPCTG00005010766 ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.b ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.b ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000160543	ENSGT01030000234543.B.e.b	ENSGT00940000158794	ENSGT00940000158210	ENSGT00390000000984	ENSGT00940000158394	ENSGT00390000014082.b	ENSGT00530000063713.a	ENSGT00940000157470	ENSGT00940000161078	ENSGT00390000004181	ENSGT00390000014794.b	ENSGT00940000159995	ENSGT00940000153335.a.b	ENSGT00940000154939	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.b ##22	ENSGT00390000013594	ENSGT01100000266036	ENSGT00940000156416	ENSGT00900000143228	ENSGT00950000183033.a.a.d	ENSGT00390000014563.a.b	ENSGT00940000156276	ENSGT00940000157838	ENSGT00940000153062.A.a.a.b	ENSGT00940000164892.a	ENSGT00940000160822	ENSGT01050000244968.d	ENSGT00940000158499	ENSGT00940000153195.B	ENSGT00940000161962
Vaquita	MODERN SPECIES	7	CTNNA3 (ENSPSNG00000015816)	ENSPSNG00000015753	ENSPSNG00000015687	REEP3 (ENSPSNG00000015636)	JMJD1C (ENSPSNG00000015259)	NRBF2 (ENSPSNG00000015149)	EGR2 (ENSPSNG00000015063)	ADO (ENSPSNG00000015035)	ZNF365 (ENSPSNG00000014971)	RTKN2 (ENSPSNG00000014902)	ARID5B (ENSPSNG00000014736)	CABCOCO1 (ENSPSNG00000014615)	TMEM26 (ENSPSNG00000014493)	RHOBTB1 (ENSPSNG00000014292)	CDK1 (ENSPSNG00000014155)	ENSPSNG00000014083 ##22	ANK3 (ENSPSNG00000012368)	CCDC6 (ENSPSNG00000012111)	SLC16A9 (ENSPSNG00000012014)	ENSPSNG00000011967	FAM13C (ENSPSNG00000011038)	PHYHIPL (ENSPSNG00000010830)	BICC1 (ENSPSNG00000010653)	HNRNPF (ENSPSNG00000010529)	FXYD4 (ENSPSNG00000010413)	ENSPSNG00000010387	RASGEF1A (ENSPSNG00000010125)	CSGALNACT2 (ENSPSNG00000010027)	RET (ENSPSNG00000009662)	BMS1 (ENSPSNG00000020037)	ENSPSNG00000020012
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000160543	ENSGT01030000234543.B.e.b	ENSGT00940000158794	ENSGT00940000158210	ENSGT00390000000984	ENSGT00940000158394	ENSGT00390000014082.b	ENSGT00530000063713.a	ENSGT00940000157470	ENSGT00940000161078	ENSGT00390000004181	ENSGT00390000014794.b	ENSGT00940000159995	ENSGT00940000153335.a.b	ENSGT00940000154939	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.b ##22	ENSGT00390000013594	ENSGT01100000266036	ENSGT00940000156416	ENSGT00950000183033.a.a.d	ENSGT00390000014563.a.b	ENSGT00940000156276	ENSGT00940000157251.gb.a.a	ENSGT00940000157838	ENSGT00940000164892.a	ENSGT00940000160822	ENSGT01050000244968.d	ENSGT00940000158499	ENSGT00940000153195.B	ENSGT00940000161962	ENSGT00940000153505.a.b.a.a
Narwhal	MODERN SPECIES	311	CTNNA3 (ENSMMNG00015016145)	ENSMMNG00015016066	REEP3 (ENSMMNG00015016031)	JMJD1C (ENSMMNG00015015904)	NRBF2 (ENSMMNG00015015806)	EGR2 (ENSMMNG00015015758)	ADO (ENSMMNG00015015748)	ZNF365 (ENSMMNG00015015720)	RTKN2 (ENSMMNG00015015683)	ARID5B (ENSMMNG00015015623)	CABCOCO1 (ENSMMNG00015015573)	TMEM26 (ENSMMNG00015015516)	RHOBTB1 (ENSMMNG00015015499)	CDK1 (ENSMMNG00015015475)	ENSMMNG00015015458	ENSMMNG00015015447 ##22	ANK3 (ENSMMNG00015015095)	CCDC6 (ENSMMNG00015014903)	ENSMMNG00015014890	SLC16A9 (ENSMMNG00015014872)	FAM13C (ENSMMNG00015014829)	PHYHIPL (ENSMMNG00015014782)	ENSMMNG00015019259	BICC1 (ENSMMNG00015019163)	ENSMMNG00015019131	HNRNPF (ENSMMNG00015019119)	ENSMMNG00015019105	RASGEF1A (ENSMMNG00015019069)	CSGALNACT2 (ENSMMNG00015019032)	RET (ENSMMNG00015018914)	BMS1 (ENSMMNG00015018851)
Beluga whale	MODERN SPECIES	56		REEP3 (ENSDLEG00000011032)	JMJD1C (ENSDLEG00000011059)	NRBF2 (ENSDLEG00000011181)	EGR2 (ENSDLEG00000011204)	ADO (ENSDLEG00000011209)	ZNF365 (ENSDLEG00000011279)	RTKN2 (ENSDLEG00000011317)	ARID5B (ENSDLEG00000011338)	CABCOCO1 (ENSDLEG00000011387)	TMEM26 (ENSDLEG00000011417)	ENSDLEG00000011441	RHOBTB1 (ENSDLEG00000011454)	CDK1 (ENSDLEG00000011518)	ANK3 (ENSDLEG00000011908)	ENSDLEG00000017045 ##22	CCDC6 (ENSDLEG00000017057)	SLC16A9 (ENSDLEG00000017063)	FAM13C (ENSDLEG00000006892)	PHYHIPL (ENSDLEG00000006905)	ENSDLEG00000006911	BICC1 (ENSDLEG00000006916)	ENSDLEG00000006926	HNRNPF (ENSDLEG00000006928)	SCN5A (ENSDLEG00000006948)	SCN10A (ENSDLEG00000007074)	SCN11A (ENSDLEG00000007273)	WDR48 (ENSDLEG00000007687)	GORASP1 (ENSDLEG00000007913)	TTC21A (ENSDLEG00000008333)	CSRNP1 (ENSDLEG00000009935)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
lion	MODERN SPECIES	10	EHF (ENSPLOG00000006746)	APIP (ENSPLOG00000006818)	PDHX (ENSPLOG00000006867)	CD44 (ENSPLOG00000007114)	SLC1A2 (ENSPLOG00000007683)	PAMR1 (ENSPLOG00000008067)	FJX1 (ENSPLOG00000008243)	TRIM44 (ENSPLOG00000008259)	LDLRAD3 (ENSPLOG00000008283)	COMMD9 (ENSPLOG00000008326)	PRR5L (ENSPLOG00000008389)	TRAF6 (ENSPLOG00000008425)	RAG1 (ENSPLOG00000008443)	RAG2 (ENSPLOG00000008456)	ENSPLOG00000008466	ENSPLOG00000008507 ##22	LRRC4C (ENSPLOG00000008513)	API5 (ENSPLOG00000008595)	TTC17 (ENSPLOG00000008790)	HSD17B12 (ENSPLOG00000008903)	ALKBH3 (ENSPLOG00000009033)	C11orf96 (ENSPLOG00000009053)	ACCSL (ENSPLOG00000009077)	ACCS (ENSPLOG00000009169)	EXT2 (ENSPLOG00000009265)	ALX4 (ENSPLOG00000009372)	CD82 (ENSPLOG00000009416)	TSPAN18 (ENSPLOG00000009462)	TP53I11 (ENSPLOG00000009507)	PRDM11 (ENSPLOG00000009558)	SYT13 (ENSPLOG00000009590)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
American mink	MODERN SPECIES	168								OR5K4 (ENSNVIG00000016556)	OR5K3 (ENSNVIG00000016563)	ENSNVIG00000016574	CLDND1 (ENSNVIG00000016585)	GPR15 (ENSNVIG00000016647)	CPOX (ENSNVIG00000016650)	ST3GAL6 (ENSNVIG00000016667)	DCBLD2 (ENSNVIG00000016789)	ENSNVIG00000016833 ##22	COL8A1 (ENSNVIG00000016844)	CC026 (ENSNVIG00000016879)	FILIP1L (ENSNVIG00000016962)	ENSNVIG00000017005	ENSNVIG00000017014	TBC1D23 (ENSNVIG00000017076)	ENSNVIG00000017150	TOMM70 (ENSNVIG00000017175)	LNP1 (ENSNVIG00000017190)	TMEM45A (ENSNVIG00000017210)	ENSNVIG00000017226	ADGRG7 (ENSNVIG00000017236)	TFG (ENSNVIG00000017297)	ENSNVIG00000017433	IMPG2 (ENSNVIG00000017469)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000154428.a	ENSGT00940000154428.b	ENSGT00940000158236	ENSGT00940000155393.d	ENSGT00940000155683	ENSGT00530000063692.b	ENSGT00950000183154.a	ENSGT00390000011642	ENSGT00940000154481.a.b.bc	ENSGT00940000158133	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00530000064023.b	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000158401	ENSGT00730000111244	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000157477	ENSGT00940000157723	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.a.a.d.b	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.a.a.c	ENSGT00940000161275	ENSGT00950000183032.B.b.b	ENSGT00390000004803	ENSGT00900000143690	ENSGT00940000157684	ENSGT00940000156638	ENSGT00390000008373	ENSGT00940000156283	ENSGT00940000161388
Red fox	MODERN SPECIES	26	CNKSR3 (ENSVVUG00000007515)	IPCEF1 (ENSVVUG00000007491)	OPRM1 (ENSVVUG00000007466)	RGS17 (ENSVVUG00000007424)	FBXO5 (ENSVVUG00000007414)	ENSVVUG00000007408	VIP (ENSVVUG00000007395)	MYCT1 (ENSVVUG00000007392)	ENSVVUG00000006984	ENSVVUG00000006396	ESR1 (ENSVVUG00000006190)	CCDC170 (ENSVVUG00000006168)	ARMT1 (ENSVVUG00000006134)	RMND1 (ENSVVUG00000006114)	ZBTB2 (ENSVVUG00000006110)	ENSVVUG00000006108 ##22	AKAP12 (ENSVVUG00000006099)	ENSVVUG00000005367	ENSVVUG00000005287	PLEKHG1 (ENSVVUG00000005233)	IYD (ENSVVUG00000005224)	PPP1R14C (ENSVVUG00000005202)	ENSVVUG00000005195	ENSVVUG00000005191	ENSVVUG00000005187	ENSVVUG00000005185	PCMT1 (ENSVVUG00000005178)	NUP43 (ENSVVUG00000005168)	LATS1 (ENSVVUG00000005155)	KATNA1 (ENSVVUG00000005135)	GINM1 (ENSVVUG00000005128)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154428.a	ENSGT00940000154428.b	ENSGT00940000158236	ENSGT00940000155393.d	ENSGT00940000155683	ENSGT00530000063692.b	ENSGT00950000183154.a	ENSGT00390000011642	ENSGT00940000154481.a.b.bc	ENSGT00940000158133	ENSGT00390000012924.a	ENSGT00530000064023.b	ENSGT00390000013337	ENSGT00940000158401	ENSGT00730000111244	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000157477	ENSGT00940000157723	ENSGT00390000004348	ENSGT00950000182985.b.a	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.a.a.d.b	ENSGT00390000015489.q.a.f.a	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.a.a.c	ENSGT00940000161275	ENSGT00950000183032.B.b.b	ENSGT00390000004803	ENSGT00900000143690	ENSGT00940000157684	ENSGT00940000156638	ENSGT00390000008373	ENSGT00940000156283
Dog	MODERN SPECIES	144	BMX (ENSCAFG00845029748)	PIR (ENSCAFG00845029590)	VEGFD (ENSCAFG00845029554)	ASB11 (ENSCAFG00845029445)	ASB9 (ENSCAFG00845029376)	MOSPD2 (ENSCAFG00845029311)	GLRA2 (ENSCAFG00845029193)	FANCB (ENSCAFG00845029118)	GSTP1 (ENSCAFG00845029100)	GPM6B (ENSCAFG00845029037)	ENSCAFG00845029012	OFD1 (ENSCAFG00845028661)	TRAPPC2 (ENSCAFG00845028547)	RAB9A (ENSCAFG00845028510)	TCEANC (ENSCAFG00845028494)	ENSCAFG00845028459 ##22	EGFL6 (ENSCAFG00845028422)	TLR8 (ENSCAFG00845028394)	ENSCAFG00845028351	TLR7 (ENSCAFG00845028303)	PRPS2 (ENSCAFG00845028237)	ENSCAFG00845028207	FRMPD4 (ENSCAFG00845027637)	ENSCAFG00845027491	MSL3 (ENSCAFG00845027243)	ENSCAFG00845027078	ENSCAFG00845026844	ARHGAP6 (ENSCAFG00845026713)	HCCS (ENSCAFG00845026624)	MID1 (ENSCAFG00845026369)	CLCN4 (ENSCAFG00845026001)
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	138	ANAPC4 (ENSCAFG00020027256)	ENSCAFG00020027253	ENSCAFG00020027252	PI4K2B (ENSCAFG00020027250)	SEPSECS (ENSCAFG00020027249)	LGI2 (ENSCAFG00020027248)	CCDC149 (ENSCAFG00020027247)	SOD3 (ENSCAFG00020027246)	DHX15 (ENSCAFG00020027245)	ENSCAFG00020027244	PPARGC1A (ENSCAFG00020027242)	GBA3 (ENSCAFG00020027241)	ADGRA3 (ENSCAFG00020027238)	KCNIP4 (ENSCAFG00020027237)	PACRGL (ENSCAFG00020027236)	ENSCAFG00020027235 ##22	SLIT2 (ENSCAFG00020027191)	ENSCAFG00020027105	ENSCAFG00020027097	NCAPG (ENSCAFG00020027090)	ENSCAFG00020027087	DCAF16 (ENSCAFG00020027085)	CTBP1 (ENSCAFG00020027072)	SPON2 (ENSCAFG00020027066)	ENSCAFG00020027065	ENSCAFG00020027063	ENSCAFG00020027061	FGFRL1 (ENSCAFG00020027059)	SLC26A1 (ENSCAFG00020027054)	IDUA (ENSCAFG00020027044)	DGKQ (ENSCAFG00020027034)
Dingo	MODERN SPECIES	217	ENSCAFG00020003498	ASB11 (ENSCAFG00020003486)	ASB9 (ENSCAFG00020003474)	ENSCAFG00020003473	MOSPD2 (ENSCAFG00020003148)	FANCB (ENSCAFG00020003123)	GLRA2 (ENSCAFG00020003077)	GEMIN8 (ENSCAFG00020003054)	GPM6B (ENSCAFG00020003028)	ENSCAFG00020003022	OFD1 (ENSCAFG00020002846)	ENSCAFG00020002815	RAB9A (ENSCAFG00020002812)	TCEANC (ENSCAFG00020002804)	EGFL6 (ENSCAFG00020002796)	ENSCAFG00020002790 ##22	ENSCAFG00020002783	TLR8 (ENSCAFG00020002780)	TLR7 (ENSCAFG00020002778)	PRPS2 (ENSCAFG00020002638)	ENSCAFG00020002627	FRMPD4 (ENSCAFG00020002590)	ENSCAFG00020002578	MSL3 (ENSCAFG00020002360)	ENSCAFG00020002352	AMELX (ENSCAFG00020002340)	ARHGAP6 (ENSCAFG00020002309)	HCCS (ENSCAFG00020002285)	MID1 (ENSCAFG00020002249)	CLCN4 (ENSCAFG00020002224)	WWC3 (ENSCAFG00020002166)
Dingo	MODERN SPECIES	125	ENSCAFG00020014955	RGS17 (ENSCAFG00020014939)	MTRF1L (ENSCAFG00020014937)	FBXO5 (ENSCAFG00020014935)	VIP (ENSCAFG00020014925)	MYCT1 (ENSCAFG00020014923)	ENSCAFG00020014881	ENSCAFG00020014804	ESR1 (ENSCAFG00020014707)	CCDC170 (ENSCAFG00020014704)	ENSCAFG00020014702	ENSCAFG00020014700	RMND1 (ENSCAFG00020014697)	ZBTB2 (ENSCAFG00020014696)	AKAP12 (ENSCAFG00020014695)	ENSCAFG00020014694 ##22	ENSCAFG00020014133	ENSCAFG00020014068	PLEKHG1 (ENSCAFG00020014055)	IYD (ENSCAFG00020014043)	PPP1R14C (ENSCAFG00020014021)	ENSCAFG00020014013	ENSCAFG00020014007	LRP11 (ENSCAFG00020013981)	PCMT1 (ENSCAFG00020013908)	NUP43 (ENSCAFG00020013901)	LATS1 (ENSCAFG00020013895)	KATNA1 (ENSCAFG00020013829)	GINM1 (ENSCAFG00020013825)	PPIL4 (ENSCAFG00020013550)	ENSCAFG00020013539
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	12192																ENSSARG00000010054 ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	1937															DHDDS (ENSEEUG00000008324) #21	ENSEEUG00000008466 ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Bushbaby	MODERN SPECIES	158	SMAGP (ENSOGAG00000030770)	DAZAP2 (ENSOGAG00000007977)	POU6F1 (ENSOGAG00000007973)	TFCP2 (ENSOGAG00000007969)	CSRNP2 (ENSOGAG00000007966)	LETMD1 (ENSOGAG00000007963)	SLC11A2 (ENSOGAG00000000214)	ENSOGAG00000000213	ENSOGAG00000009474	TMPRSS12 (ENSOGAG00000034766)	ENSOGAG00000000212	ATF1 (ENSOGAG00000026029)	DIP2B (ENSOGAG00000005189)	LARP4 (ENSOGAG00000001415)	ENSOGAG00000029433	ENSOGAG00000007391 ##22	LIMA1 (ENSOGAG00000004671)	CERS5 (ENSOGAG00000004668)	COX14 (ENSOGAG00000004667)	GPD1 (ENSOGAG00000004665)	ENSOGAG00000004662	ASIC1 (ENSOGAG00000004661)	ENSOGAG00000015732	LCP1 (ENSOGAG00000012043)	CPB2 (ENSOGAG00000012039)	ZC3H13 (ENSOGAG00000012032)	SIAH3 (ENSOGAG00000033062)	CBY2 (ENSOGAG00000029836)	ENSOGAG00000016040	COG3 (ENSOGAG00000016033)	SLC25A30 (ENSOGAG00000011571)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	213												ENSMNEG00000040231	ENSMNEG00000042414	ENSMNEG00000030462	ZNF91 (ENSMNEG00000012114)	ENSMNEG00000037823 ##22	ZNF681 (ENSMNEG00000030468)	ENSMNEG00000010325	ENSMNEG00000010773	ENSMNEG00000027108	ZNF254 (ENSMNEG00000034353)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1170															ENSRBIG00000034522	ENSRBIG00000034838 ##22	ZNF726 (ENSRBIG00000039359)	ENSRBIG00000037060	ENSRBIG00000035070
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1																ENSRROG00000005953 ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	4470														CCR4 (ENSTBEG00000004629)	ENSTBEG00000004866	ENSTBEG00000006455 ##22	ENSTBEG00000006940
Tree shrew	MODERN SPECIES	9542																ENSTBEG00000004358 ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Muroidea	DUPLICATION
Muroidea	DUPLICATION
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.a ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.a ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.a ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.a ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.a ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.a ##22
Steppe mouse	MODERN SPECIES	1095																ENSMSIG00000003675 ##22
Shrew mouse	MODERN SPECIES	9	Frs3 (MGP_PahariEiJ_G0020700)	MGP_PahariEiJ_G0020699	MGP_PahariEiJ_G0020698	Tomm6 (MGP_PahariEiJ_G0020697)	Usp49 (MGP_PahariEiJ_G0020696)	MGP_PahariEiJ_G0020695	Med20 (MGP_PahariEiJ_G0020694)	Bysl (MGP_PahariEiJ_G0020693)	Ccnd3 (MGP_PahariEiJ_G0020692)	Taf8 (MGP_PahariEiJ_G0020691)	AI661453 (MGP_PahariEiJ_G0020690)	MGP_PahariEiJ_G0020689	Guca1a (MGP_PahariEiJ_G0020688)	MGP_PahariEiJ_G0020687	Mrps10 (MGP_PahariEiJ_G0020686)	MGP_PahariEiJ_G0020685 ##22	Ubr2 (MGP_PahariEiJ_G0020684)	Prph2 (MGP_PahariEiJ_G0020683)	Tbcc (MGP_PahariEiJ_G0020682)	MGP_PahariEiJ_G0020681	Rpl7l1 (MGP_PahariEiJ_G0020680)	2310039H08Rik (MGP_PahariEiJ_G0020679)	Ptcra (MGP_PahariEiJ_G0020678)	Cnpy3 (MGP_PahariEiJ_G0020677)	Gnmt (MGP_PahariEiJ_G0020676)	Pex6 (MGP_PahariEiJ_G0020675)	Ppp2r5d (MGP_PahariEiJ_G0020674)	Mea1 (MGP_PahariEiJ_G0020673)	Klhdc3 (MGP_PahariEiJ_G0020672)	Rrp36 (MGP_PahariEiJ_G0020671)	Cul7 (MGP_PahariEiJ_G0020670)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.b ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.b ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.b ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.b ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.h.b ##22
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2708				Kcnd3 (ENSMSIG00000005944)	Ddx20 (ENSMSIG00000005900)	Inka2 (ENSMSIG00000005873)	Rap1a (ENSMSIG00000005828)	Adora3 (ENSMSIG00000005809)	Tmigd3 (ENSMSIG00000005765)	I830077J02Rik (ENSMSIG00000005744)	ENSMSIG00000005701	Wdr77 (ENSMSIG00000005672)	Ovgp1 (ENSMSIG00000005625)	Pifo (ENSMSIG00000005553)	Chil5 (ENSMSIG00000005504)	ENSMSIG00000005488 ##22	Chia1 (ENSMSIG00000005457)	Chil3 (ENSMSIG00000005424)	Chil4 (ENSMSIG00000005364)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	702															Ppp1r14c (ENSNGAG00000014875)	ENSNGAG00000016984 ##22	ENSNGAG00000017905	Lrp11 (ENSNGAG00000019568)	Pcmt1 (ENSNGAG00000000477)	Nup43 (ENSNGAG00000001085)	Lats1 (ENSNGAG00000002110)	ENSNGAG00000004438	Ginm1 (ENSNGAG00000006947)	Ppil4 (ENSNGAG00000008801)	Zc3h12d (ENSNGAG00000010502)	Tab2 (ENSNGAG00000011601)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i ##22
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.a.a ##22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.a.a ##22
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	Hoxc4 (ENSCGRG00001013095)	Smug1 (ENSCGRG00001016146)	Cbx5 (ENSCGRG00001019018)	Hnrnpa1 (ENSCGRG00001013129)	Nfe2 (ENSCGRG00001022465)	Copz1 (ENSCGRG00001013501)	ENSCGRG00001009425	Zfp385a (ENSCGRG00001015539)	Itga5 (ENSCGRG00001017691)	Gtsf1 (ENSCGRG00001013814)	Gtsf2 (ENSCGRG00001016136)	Nckap1l (ENSCGRG00001014386)	Pde1b (ENSCGRG00001017137)	Ppp1r1a (ENSCGRG00001013456)	Glycam1 (ENSCGRG00001016454)	ENSCGRG00001009407 ##22	Tpp2 (ENSCGRG00001014893)	Mettl21c (ENSCGRG00001014510)	Tex30 (ENSCGRG00001013834)	Poglut2 (ENSCGRG00001016741)	Bivm (ENSCGRG00001013666)	Ercc5 (ENSCGRG00001015414)	Mettl21e (ENSCGRG00001014330)	ENSCGRG00001010198	ENSCGRG00001019242	Gulp1 (ENSCGRG00001015646)	Col3a1 (ENSCGRG00001015480)	Col5a2 (ENSCGRG00001013733)	Wdr75 (ENSCGRG00001013929)	ENSCGRG00001016157	Slc40a1 (ENSCGRG00001014664)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.a.a ##22
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	17	ENSPEMG00000027805	ENSPEMG00000029460	ENSPEMG00000024866	ENSPEMG00000029053	ENSPEMG00000028491	ENSPEMG00000029100	ENSPEMG00000025935	Zc3h15 (ENSPEMG00000013093)	Itgav (ENSPEMG00000015518)	Fam171b (ENSPEMG00000026590)	Zswim2 (ENSPEMG00000014220)	ENSPEMG00000027679	Or5t5 (ENSPEMG00000025077)	Or8k3b (ENSPEMG00000024781)	Or8k40 (ENSPEMG00000025465)	ENSPEMG00000024333 ##22	Or5t7 (ENSPEMG00000029283)	Or8k39 (ENSPEMG00000025808)	Or8k38 (ENSPEMG00000031089)	ENSPEMG00000026528	Or8k32 (ENSPEMG00000027876)	ENSPEMG00000024690	ENSPEMG00000026822	ENSPEMG00000025620	ENSPEMG00000030206	ENSPEMG00000027513	ENSPEMG00000026543	Or8k23 (ENSPEMG00000028666)	Or8k53 (ENSPEMG00000028082)	Or8k22 (ENSPEMG00000028101)	ENSPEMG00000027677
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.a.b ##22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.a.b ##22
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	175	Klf8 (ENSCGRG00001019035)	Ubqln2 (ENSCGRG00001016085)	Kctd12b (ENSCGRG00001004538)	Nbdy (ENSCGRG00001003251)	ENSCGRG00001005909	Spin2c (ENSCGRG00001004592)	ENSCGRG00001018471	ENSCGRG00001000978	ENSCGRG00001023144	Mycs (ENSCGRG00001000792)	ENSCGRG00001003982	ENSCGRG00001000208	ENSCGRG00001010729	ENSCGRG00001007007	ENSCGRG00001022547	ENSCGRG00001007687 ##22	ENSCGRG00001008851	ENSCGRG00001009060	ENSCGRG00001001286	Bmp15 (ENSCGRG00001012329)	Shroom4 (ENSCGRG00001016683)	Dgkk (ENSCGRG00001005491)	Ccnb3 (ENSCGRG00001016975)	Akap4 (ENSCGRG00001022827)	ENSCGRG00001000058	Clcn5 (ENSCGRG00001017810)	ENSCGRG00001006356	Ppp1r3f (ENSCGRG00001022530)	Foxp3 (ENSCGRG00001021426)	Ccdc22 (ENSCGRG00001023162)	Cacna1f (ENSCGRG00001013804)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	188	Ehmt1 (ENSCGRG00001002035)	Cacna1b (ENSCGRG00001018788)	Pax8 (ENSCGRG00001017508)	Psd4 (ENSCGRG00001010714)	Il1rn (ENSCGRG00001005108)	Il1f10 (ENSCGRG00001003880)	Il36rn (ENSCGRG00001010036)	Il36b (ENSCGRG00001008679)	ENSCGRG00001008839	Il36a (ENSCGRG00001005772)	ENSCGRG00001015320	Tbpl2 (ENSCGRG00001015310)	ENSCGRG00001009248	ENSCGRG00001001542	ENSCGRG00001024843	ENSCGRG00001008614 ##22	Spopl (ENSCGRG00001010346)	Nxph2 (ENSCGRG00001024840)	ENSCGRG00001024491	ENSCGRG00001009004	ENSCGRG00001012428	Kynu (ENSCGRG00001005556)	Arhgap15 (ENSCGRG00001011371)	ENSCGRG00001008381	Gtdc1 (ENSCGRG00001014426)	ENSCGRG00001006690	Zeb2 (ENSCGRG00001003812)	ENSCGRG00001000890	Acvr2a (ENSCGRG00001024754)	Orc4 (ENSCGRG00001001352)	Mbd5 (ENSCGRG00001001266)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.a.b ##22
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	2	Nenf (ENSPEMG00000004190)	Ppp2r5a (ENSPEMG00000007353)	Dtl (ENSPEMG00000009566)	Ints7 (ENSPEMG00000014500)	Lpgat1 (ENSPEMG00000016230)	Nek2 (ENSPEMG00000011480)	ENSPEMG00000031137	Slc30a1 (ENSPEMG00000002874)	Rd3 (ENSPEMG00000020626)	Traf5 (ENSPEMG00000022373)	Rcor3 (ENSPEMG00000007457)	Kcnh1 (ENSPEMG00000010427)	Hhat (ENSPEMG00000001916)	Sertad4 (ENSPEMG00000010470)	Syt14 (ENSPEMG00000000255)	ENSPEMG00000029864 ##22	Utp25 (ENSPEMG00000000712)	Irf6 (ENSPEMG00000020332)	A130010J15Rik (ENSPEMG00000022277)	Traf3ip3 (ENSPEMG00000021211)	Hsd11b1 (ENSPEMG00000009872)	G0s2 (ENSPEMG00000029839)	Lamb3 (ENSPEMG00000017689)	Camk1g (ENSPEMG00000010373)	Plxna2 (ENSPEMG00000019686)	Cd34 (ENSPEMG00000020063)	Cd46 (ENSPEMG00000013673)	Cr1l (ENSPEMG00000019441)	Cr2 (ENSPEMG00000007875)
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.b.a ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.b.a ##22
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	475	Rps6ka6 (ENSPEMG00000015736)	Cylc1 (ENSPEMG00000017301)	Pou3f4 (ENSPEMG00000003663)	ENSPEMG00000025843	Gm6377 (ENSPEMG00000023246)	ENSPEMG00000024318	Sh3bgrl (ENSPEMG00000027781)	Brwd3 (ENSPEMG00000022305)	ENSPEMG00000031328	Wmp (ENSPEMG00000027638)	Tent5d (ENSPEMG00000031184)	Chmp1b2 (ENSPEMG00000022335)	Tbx22 (ENSPEMG00000023383)	Itm2a (ENSPEMG00000023946)	Gpr174 (ENSPEMG00000005742)	ENSPEMG00000004229 ##22	P2ry10b (ENSPEMG00000024642)	P2ry10 (ENSPEMG00000023462)	Lpar4 (ENSPEMG00000030102)	Cysltr1 (ENSPEMG00000023120)	ENSPEMG00000026887	ENSPEMG00000021468	Taf9b (ENSPEMG00000022582)	ENSPEMG00000012872	Atp7a (ENSPEMG00000006787)	ENSPEMG00000012083	Magt1 (ENSPEMG00000021915)	ENSPEMG00000016457	Atrx (ENSPEMG00000022358)	Fgf16 (ENSPEMG00000021916)	ENSPEMG00000030780
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	475	Fthl17a (ENSPEMG00000019530)	Tab3 (ENSPEMG00000019664)	Gk (ENSPEMG00000019899)	Tasl (ENSPEMG00000020160)	Nr0b1 (ENSPEMG00000020271) ##30	ENSPEMG00000028874	ENSPEMG00000025328	ENSPEMG00000028142	ENSPEMG00000031097	ENSPEMG00000028040	Il1rapl1 (ENSPEMG00000029607)	ENSPEMG00000019379	Tmem47 (ENSPEMG00000029078)	ENSPEMG00000026179	Mageb16 (ENSPEMG00000023768)	ENSPEMG00000028268 ##22	Cfap47 (ENSPEMG00000022325)	Fam47c (ENSPEMG00000030109)	Prrg1 (ENSPEMG00000030282)	4930480E11Rik (ENSPEMG00000028721)	ENSPEMG00000030251	ENSPEMG00000023943	ENSPEMG00000024840	ENSPEMG00000015794	ENSPEMG00000027218	ENSPEMG00000023281	Pbsn (ENSPEMG00000012253)	Prkx (ENSPEMG00000030408)	ENSPEMG00000030079	Tbl1x (ENSPEMG00000017480)	ENSPEMG00000029386
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	475	ENSPEMG00000027777	Usp11 (ENSPEMG00000023892)	Cdk16 (ENSPEMG00000021751)	Uba1 (ENSPEMG00000007224)	Rbm10 (ENSPEMG00000012165)	ENSPEMG00000023255	ENSPEMG00000029454	Rgn (ENSPEMG00000022597)	Jade3 (ENSPEMG00000009000)	Rp2 (ENSPEMG00000012699)	Slc9a7 (ENSPEMG00000022733)	Chst7 (ENSPEMG00000022504)	ENSPEMG00000001616	ENSPEMG00000001590	ENSPEMG00000025989	ENSPEMG00000026731 ##22	Dipk2b (ENSPEMG00000026275)	Kdm6a (ENSPEMG00000011007)	ENSPEMG00000028355	Slc38a5 (ENSPEMG00000012763)	ENSPEMG00000015698	Porcn (ENSPEMG00000018381)	Ebp (ENSPEMG00000019215)	Tbc1d25 (ENSPEMG00000000481)	Rbm3 (ENSPEMG00000012411)	Wdr13 (ENSPEMG00000030841)	Was (ENSPEMG00000017673)	Suv39h1 (ENSPEMG00000012820)	Glod5 (ENSPEMG00000014471)	Gata1 (ENSPEMG00000010138)	Hdac6 (ENSPEMG00000002814)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.b.a ##22
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	352	ENSCGRG00001018287	Tiparp (ENSCGRG00001011123)	Ssr3 (ENSCGRG00001019723)	Kcnab1 (ENSCGRG00001005457)	ENSCGRG00001005615	ENSCGRG00001017013	Vmn2r1 (ENSCGRG00001023200)	Gmps (ENSCGRG00001018772)	Slc33a1 (ENSCGRG00001018761)	E130311K13Rik (ENSCGRG00001024290)	Plch1 (ENSCGRG00001000217)	ENSCGRG00001021700	ENSCGRG00001022762	Mme (ENSCGRG00001000828)	ENSCGRG00001008438	ENSCGRG00001007190 ##22	Gpr149 (ENSCGRG00001013143)	Dhx36 (ENSCGRG00001013722)	Arhgef26 (ENSCGRG00001017827)	Rap2b (ENSCGRG00001008789)	P2ry1 (ENSCGRG00001004469)	Mbnl1 (ENSCGRG00001007139)	Sucnr1 (ENSCGRG00001017063)	Aadac (ENSCGRG00001018575)	Aadacl2 (ENSCGRG00001019320)	Aadacl2fm1 (ENSCGRG00001013390)	Aadacl2fm3 (ENSCGRG00001016631)	Igsf10 (ENSCGRG00001011835)	Med12l (ENSCGRG00001002841)	P2ry12 (ENSCGRG00001004633)	P2ry13 (ENSCGRG00001004523)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.b.b ##22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.b.b ##22
Golden Hamster	MODERN SPECIES	709	Gm30191 (ENSMAUG00000015307) #8	Zfp593 (ENSMAUG00000022183) #9	E130218I03Rik (ENSMAUG00000015371) #10	Cnksr1 (ENSMAUG00000015929) #11	Catsper4 (ENSMAUG00000022207) #12	Zpld2 (ENSMAUG00000018467) #13	ENSMAUG00000004093 #14	ENSMAUG00000009089 #14	Sh3bgrl3 (ENSMAUG00000015108) #15	Ubxn11 (ENSMAUG00000001021) #16	ENSMAUG00000020396	Crybg2 (ENSMAUG00000000813) #18	Zfp683 (ENSMAUG00000020451) #19	Lin28a (ENSMAUG00000018852) #20	Dhdds (ENSMAUG00000004047) #21	Hmgn2-ps (ENSMAUG00000017301) ##22	Rps6ka1 (ENSMAUG00000017784) #23	ENSMAUG00000004576 #24	ENSMAUG00000020343 #24	Pigv (ENSMAUG00000020277) #25	Zdhhc18 (ENSMAUG00000011253) #26	Sfn (ENSMAUG00000008489) #27	Gpn2 (ENSMAUG00000013057) #28	Gpatch3 (ENSMAUG00000002005) #29	Nr0b2 (ENSMAUG00000020860) #30	Nudc (ENSMAUG00000008166) #31	Kdf1 (ENSMAUG00000021929) #32	Trnp1 (ENSMAUG00000019939)	Tent5b (ENSMAUG00000014675) #35	ENSMAUG00000001078 #36	Wdtc1 (ENSMAUG00000004693) #37
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	76			ENSCGRG00001017566	ENSCGRG00001020873	ENSCGRG00001000908	ENSCGRG00001008846	ENSCGRG00001012210	Ugt2a3 (ENSCGRG00001006803)	Ugt2a1 (ENSCGRG00001022953)	Sult1b1 (ENSCGRG00001004112)	Sult1d1 (ENSCGRG00001015275)	Csn2 (ENSCGRG00001022086)	Prr27 (ENSCGRG00001021889)	Odam (ENSCGRG00001018569)	Csn3 (ENSCGRG00001021623)	ENSCGRG00001001669 ##22	Cabs1 (ENSCGRG00001006155)	ENSCGRG00001007525	Amtn (ENSCGRG00001013458)	Ambn (ENSCGRG00001008007)	Enam (ENSCGRG00001018697)	Jchain (ENSCGRG00001011544)	Utp3 (ENSCGRG00001001299)	ENSCGRG00001018252	Rufy3 (ENSCGRG00001021194)	ENSCGRG00001017575	Grsf1 (ENSCGRG00001019953)	Mob1b (ENSCGRG00001008674)	ENSCGRG00001015116	Slc4a4 (ENSCGRG00001024370)	ENSCGRG00001024019
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.a.b.b ##22
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES		Cep55 (ENSPEMG00000001787)	Ffar4 (ENSPEMG00000030137)	Rbp4 (ENSPEMG00000013876)	Pde6c (ENSPEMG00000015785)	Fra10ac1 (ENSPEMG00000016946)	Lgi1 (ENSPEMG00000008179)	Slc35g1 (ENSPEMG00000012559)	Plce1 (ENSPEMG00000003369)	Noc3l (ENSPEMG00000013021)	Tbc1d12 (ENSPEMG00000030136)	Hells (ENSPEMG00000017579)	ENSPEMG00000028556	ENSPEMG00000020538	ENSPEMG00000020237	ENSPEMG00000012260	ENSPEMG00000029827 ##22	Cyp2c55 (ENSPEMG00000006425)	ENSPEMG00000012928	ENSPEMG00000028014	ENSPEMG00000005692	ENSPEMG00000016479	ENSPEMG00000025938	ENSPEMG00000020518	ENSPEMG00000024568	Pdlim1 (ENSPEMG00000022321)	Sorbs1 (ENSPEMG00000002699)	Aldh18a1 (ENSPEMG00000013055)	Tctn3 (ENSPEMG00000003818)	Entpd1 (ENSPEMG00000020787)	Cc2d2b (ENSPEMG00000020898)	Ccnj (ENSPEMG00000030735)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	10				Tmx3 (ENSPEMG00000011968)	ENSPEMG00000030219	Dok6 (ENSPEMG00000019316)	Cd226 (ENSPEMG00000029583)	Rttn (ENSPEMG00000019864)	ENSPEMG00000027089	Socs6 (ENSPEMG00000009086)	ENSPEMG00000009228 ##16	ENSPEMG00000004621	ENSPEMG00000028176	Cbln2 (ENSPEMG00000024653)	Neto1 (ENSPEMG00000021247)	ENSPEMG00000026675 ##22	ENSPEMG00000030444	Fbxo15 (ENSPEMG00000003160)	Timm21 (ENSPEMG00000024475)	Cyb5a (ENSPEMG00000020270)	Gm17266 (ENSPEMG00000031219)	Dipk1c (ENSPEMG00000019790)	Cndp2 (ENSPEMG00000020038)	Cndp1 (ENSPEMG00000017304)	Zfp407 (ENSPEMG00000019754)	Zadh2 (ENSPEMG00000028418)	Tshz1 (ENSPEMG00000022838)	Zfp516 (ENSPEMG00000024000)	ENSPEMG00000024427	Zfp236 (ENSPEMG00000026320)	Mbp (ENSPEMG00000021451)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.b ##22
Prairie vole	MODERN SPECIES	1	Pdik1l (ENSMOCG00000005467)	Fam110d (ENSMOCG00000006661) #7	Gm30191 (ENSMOCG00000016150) #8	Zfp593 (ENSMOCG00000013349) #9	E130218I03Rik (ENSMOCG00000013744) #10	Cnksr1 (ENSMOCG00000021432) #11	Catsper4 (ENSMOCG00000018811) #12	Zpld2 (ENSMOCG00000010562) #13	Cep85 (ENSMOCG00000013828) #14	Sh3bgrl3 (ENSMOCG00000001157) #15	Ubxn11 (ENSMOCG00000012381) #16	Crybg2 (ENSMOCG00000012028) #18	Zfp683 (ENSMOCG00000019164) #19	Lin28a (ENSMOCG00000007819) #20	Dhdds (ENSMOCG00000018150) #21	ENSMOCG00000009477 ##22	Rps6ka1 (ENSMOCG00000005121) #23	Arid1a (ENSMOCG00000015143) #24	Zdhhc18 (ENSMOCG00000014386) #26	Pigv (ENSMOCG00000021093) #25	Sfn (ENSMOCG00000007160) #27	Gpn2 (ENSMOCG00000016502) #28	Gpatch3 (ENSMOCG00000022375) #29	Nr0b2 (ENSMOCG00000022706) #30	ENSMOCG00000009769 #31	Kdf1 (ENSMOCG00000008803) #32	Trnp1 (ENSMOCG00000004450)	Tent5b (ENSMOCG00000006029) #35	Slc9a1 (ENSMOCG00000001951) #36	Wdtc1 (ENSMOCG00000021708) #37	Tmem222 (ENSMOCG00000001826)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i.b ##22
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	2	Swt1 (ENSCGRG00001022955)	Ivns1abp (ENSCGRG00001010161)	Hmcn1 (ENSCGRG00001015387)	Prg4 (ENSCGRG00001017987)	Tpr (ENSCGRG00001022166)	Odr4 (ENSCGRG00001012334)	Pdc (ENSCGRG00001018609)	Ptgs2 (ENSCGRG00001016942)	Pla2g4a (ENSCGRG00001021132)	ENSCGRG00001016441	ENSCGRG00001017155	Brinp3 (ENSCGRG00001019247)	ENSCGRG00001020617	Rgs18 (ENSCGRG00001010249)	Rgs21 (ENSCGRG00001010657)	ENSCGRG00001004114 ##22	Rgs1 (ENSCGRG00001011664)	Rgs13 (ENSCGRG00001011756)	Rgs2 (ENSCGRG00001015999)	Uchl5 (ENSCGRG00001016538)	Ro60 (ENSCGRG00001016925)	ENSCGRG00001024711	Cdc73 (ENSCGRG00001023831)	B3galt2 (ENSCGRG00001001870)	ENSCGRG00001003032	Kcnt2 (ENSCGRG00001017430)	ENSCGRG00001018310	ENSCGRG00001008325	F13b (ENSCGRG00001002944)	Aspm (ENSCGRG00001014059)	Zbtb41 (ENSCGRG00001015855)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i ##22
Rat	DUPLICATION
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	15	LOC108351043 (ENSRNOG00000054734) #8	E130218I03Rik (ENSRNOG00000065422) #10	Zfp593 (ENSRNOG00000016392) #9	Cnksr1 (ENSRNOG00000022838) #11	Catsper4 (ENSRNOG00000016312) #12	Umodl (ENSRNOG00000037191) #13	Cep85 (ENSRNOG00000016249) #14	Sh3bgrl3 (ENSRNOG00000015967) #15	Ubxn11 (ENSRNOG00000015476) #16	LOC100360087 (ENSRNOG00000064482)	Cd52 (ENSRNOG00000015403) #17	Crybg2 (ENSRNOG00000057957) #18	Zfp683 (ENSRNOG00000065788) #19	Lin28a (ENSRNOG00000069459) ##20	Dhdds (ENSRNOG00000014665) #21	Hmgn2 (ENSRNOG00000051615) ##22	LOC683456 (ENSRNOG00000070457)	Rps6ka1 (ENSRNOG00000042411) #23	LOC120103001 (ENSRNOG00000068341)	Arid1a (ENSRNOG00000006137) #24	Pigv (ENSRNOG00000000121) #25	Zdhhc18 (ENSRNOG00000058156) #26	Sfn (ENSRNOG00000033153) #27	Gpn2 (ENSRNOG00000007083) #28	Gpatch3 (ENSRNOG00000007097) #29	ENSRNOG00000066253	Nr0b2 (ENSRNOG00000007229) #30	Nudc (ENSRNOG00000051720) #31	AC118963.1 (ENSRNOG00000049922) #33	Kdf1 (ENSRNOG00000055933) #32	ENSRNOG00000068236 #34
Rat	MODERN SPECIES	7	Spock3 (ENSRNOG00000029903)	Anxa10 (ENSRNOG00000014339)	LOC120097562 (ENSRNOG00000056947)	Palldl1 (ENSRNOG00000010107)	Ddx60 (ENSRNOG00000059097)	Cbr4 (ENSRNOG00000024411)	Sh3rf1 (ENSRNOG00000010358)	Nek1 (ENSRNOG00000010418)	Clcn3 (ENSRNOG00000010682)	Hpf1 (ENSRNOG00000011293)	LOC100360260 (ENSRNOG00000060395)	Ppia-ps13 (ENSRNOG00000062799)	Mfap3l (ENSRNOG00000011775)	Aadat (ENSRNOG00000011861)	ENSRNOG00000063109	Hmgn2-ps4 (ENSRNOG00000066721) ##22	Galntl6 (ENSRNOG00000067282)	Galnt7 (ENSRNOG00000012037)	Hmgb2 (ENSRNOG00000013167)	Sap30 (ENSRNOG00000013218)	Scrg1 (ENSRNOG00000069516)	ENSRNOG00000069425	Hand2 (ENSRNOG00000060448)	LOC103694242 (ENSRNOG00000007402)	Fbxo8 (ENSRNOG00000010502)	ENSRNOG00000062690	Cep44 (ENSRNOG00000010566)	Hpgd (ENSRNOG00000010610)	Hmgb1 (ENSRNOG00000058908)	Glra3 (ENSRNOG00000049792)	ENSRNOG00000063491
Rat	MODERN SPECIES	13	Bfsp1 (ENSRNOG00000005707)	Pcsk2 (ENSRNOG00000005438)	Otor (ENSRNOG00000028721)	Snrpb2 (ENSRNOG00000004967)	Kif16b (ENSRNOG00000004951)	ENSRNOG00000062960	Flrt3 (ENSRNOG00000004874)	Macrod2 (ENSRNOG00000050784)	Sel1l2 (ENSRNOG00000004852)	Ndufaf5 (ENSRNOG00000004784)	Esf1 (ENSRNOG00000004777)	Tasp1 (ENSRNOG00000004493)	ENSRNOG00000068011	Ism1 (ENSRNOG00000063262)	Sptlc3 (ENSRNOG00000004443)	AABR07053884.1 (ENSRNOG00000030601) ##22	ENSRNOG00000066288	ENSRNOG00000067830	Btbd3 (ENSRNOG00000008088)	Jag1 (ENSRNOG00000007443)	Slx4ip (ENSRNOG00000007430)	Gm56451 (ENSRNOG00000067094)	Mkks (ENSRNOG00000006705)	Snap25 (ENSRNOG00000006037)	Ankef1 (ENSRNOG00000005792)	AABR07053830.1 (ENSRNOG00000055829)	Pak5 (ENSRNOG00000005509)	Lamp5 (ENSRNOG00000005457)	Plcb4 (ENSRNOG00000033119)	Plcb1 (ENSRNOG00000004810)	Tmx4 (ENSRNOG00000024852)
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i ##22
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	MGP_CAROLIEiJ_G0016274	Flt4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016275)	Scgb3a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016276)	Cnot6 (MGP_CAROLIEiJ_G0016277)	Gfpt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016278)	Mapk9 (MGP_CAROLIEiJ_G0016279)	Rasgef1c (MGP_CAROLIEiJ_G0016280)	Rnf130 (MGP_CAROLIEiJ_G0016281)	Tbc1d9b (MGP_CAROLIEiJ_G0016282)	Mrnip (MGP_CAROLIEiJ_G0016283)	Sqstm1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016284)	Mgat4b (MGP_CAROLIEiJ_G0016285)	Ltc4s (MGP_CAROLIEiJ_G0016286)	Maml1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016287)	Canx (MGP_CAROLIEiJ_G0016288)	MGP_CAROLIEiJ_G0016289 ##22	MGP_CAROLIEiJ_G0016290	MGP_CAROLIEiJ_G0016291	Rufy1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016292)	Adamts2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016293)	Zfp354c (MGP_CAROLIEiJ_G0016294)	Zfp879 (MGP_CAROLIEiJ_G0016295)	Grm6 (MGP_CAROLIEiJ_G0016296)	Zfp454 (MGP_CAROLIEiJ_G0016297)	Zfp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016298)	Zfp354b (MGP_CAROLIEiJ_G0016299)	4933414I15Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0016300)	Prop1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016301)	Or1ad6 (MGP_CAROLIEiJ_G0016302)	MGP_CAROLIEiJ_G0016303	Or1ad8 (MGP_CAROLIEiJ_G0016304)
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i ##22
Mouse	MODERN SPECIES	17	Hmgxb4 (ENSMUSG00000034518)	Isx (ENSMUSG00000031621)	Large1 (ENSMUSG00000004383)	F2rl3 (ENSMUSG00000050147)	Sin3b (ENSMUSG00000031622)	Nwd1 (ENSMUSG00000048148)	Tmem38a (ENSMUSG00000031791)	Smim7 (ENSMUSG00000044600)	Med26 (ENSMUSG00000045248)	Slc35e1 (ENSMUSG00000019731)	Cherp (ENSMUSG00000052488)	1700030K09Rik (ENSMUSG00000052794)	Calr3 (ENSMUSG00000019732)	Eps15l1 (ENSMUSG00000006276)	Klf2 (ENSMUSG00000055148)	Hmgn2-ps (ENSMUSG00000070713) ##22	Ap1m1 (ENSMUSG00000003033)	Fam32a (ENSMUSG00000003039)	Cib3 (ENSMUSG00000074240)	Hsh2d (ENSMUSG00000062007)	Rab8a (ENSMUSG00000003037)	Tpm4 (ENSMUSG00000031799)	Or1ab2 (ENSMUSG00000046881)	Or2z9 (ENSMUSG00000061561)	Or2z8 (ENSMUSG00000069998)	Cyp4f18 (ENSMUSG00000003484)	Zfp961 (ENSMUSG00000052446)	Zfp617 (ENSMUSG00000066880)	Zfp882 (ENSMUSG00000089857)	Zfp709 (ENSMUSG00000056019)	Fcho1 (ENSMUSG00000070000)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a.i ##22
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3218																ENSMSIG00000027765 ##22	ENSMSIG00000027776	ENSMSIG00000027793	Tenm4 (ENSMSIG00000027807)	Nars2 (ENSMSIG00000027934)
spretus	MODERN SPECIES	8	Frs3 (MGP_SPRETEiJ_G0022622)	MGP_SPRETEiJ_G0022621	MGP_SPRETEiJ_G0022620	Tomm6 (MGP_SPRETEiJ_G0022619)	Usp49 (MGP_SPRETEiJ_G0022618)	MGP_SPRETEiJ_G0022617	Med20 (MGP_SPRETEiJ_G0022616)	Bysl (MGP_SPRETEiJ_G0022615)	Ccnd3 (MGP_SPRETEiJ_G0022614)	Taf8 (MGP_SPRETEiJ_G0022613)	MGP_SPRETEiJ_G0022612	1700001C19Rik (MGP_SPRETEiJ_G0022611)	Guca1a (MGP_SPRETEiJ_G0022610)	Guca1b (MGP_SPRETEiJ_G0022609)	Mrps10 (MGP_SPRETEiJ_G0022608)	MGP_SPRETEiJ_G0022607 ##22	Ubr2 (MGP_SPRETEiJ_G0022606)	Prph2 (MGP_SPRETEiJ_G0022605)	Tbcc (MGP_SPRETEiJ_G0022604)	MGP_SPRETEiJ_G0022603	Bicral (MGP_SPRETEiJ_G0022602)	Rpl7l1 (MGP_SPRETEiJ_G0022601)	2310039H08Rik (MGP_SPRETEiJ_G0022600)	Ptcra (MGP_SPRETEiJ_G0022599)	Cnpy3 (MGP_SPRETEiJ_G0022598)	Gnmt (MGP_SPRETEiJ_G0022597)	Pex6 (MGP_SPRETEiJ_G0022596)	Ppp2r5d (MGP_SPRETEiJ_G0022595)	Mea1 (MGP_SPRETEiJ_G0022594)	Klhdc3 (MGP_SPRETEiJ_G0022593)	Rrp36 (MGP_SPRETEiJ_G0022592)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	TXNDC17 (ENSSVLG00005013668)	ENSSVLG00005013558	KIAA0753 (ENSSVLG00005013510)	PITPNM3 (ENSSVLG00005013384)	PIMREG (ENSSVLG00005013051)	AIPL1 (ENSSVLG00005012617)	WSCD1 (ENSSVLG00005012425)	NLRP1 (ENSSVLG00005011558)	ENSSVLG00005011435	MIS12 (ENSSVLG00005011416)	DERL2 (ENSSVLG00005011333)	DHX33 (ENSSVLG00005011159)	ENSSVLG00005011043	RPAIN (ENSSVLG00005010858)	NUP88 (ENSSVLG00005010768)	ENSSVLG00005010734 ##22	RABEP1 (ENSSVLG00005013880)	ENSSVLG00005013751	ENSSVLG00005013649	SCIMP (ENSSVLG00005013585)	ENSSVLG00005013440	ENSSVLG00005013408	ZNF232 (ENSSVLG00005013374)	ZFP3 (ENSSVLG00005013333)	ENSSVLG00005013210	KIF1C (ENSSVLG00005013143)	INCA1 (ENSSVLG00005013041)	CAMTA2 (ENSSVLG00005012676)	ENSSVLG00005012585	SPAG7 (ENSSVLG00005012361)	ENO3 (ENSSVLG00005012264)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Arctic ground squirrel	DUPLICATION
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	376															ENSUPAG00010011754	ENSUPAG00010011764 ##22	KIAA1143 (ENSUPAG00010011777)	ENSUPAG00010011781	ZNF35 (ENSUPAG00010011784)	ZNF197 (ENSUPAG00010011790)	ZNF660 (ENSUPAG00010011799)	ZKSCAN7 (ENSUPAG00010011801)	ENSUPAG00010011824	ENSUPAG00010011836	TCAIM (ENSUPAG00010011866)	TOPAZ1 (ENSUPAG00010011889)	ABHD5 (ENSUPAG00010011940)	ANO10 (ENSUPAG00010011968)	SNRK (ENSUPAG00010012029)	POMGNT2 (ENSUPAG00010012035)	GASK1A (ENSUPAG00010012037)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	241							EPB41L4A (ENSUPAG00010021876)	APC (ENSUPAG00010021893)	SRP19 (ENSUPAG00010021920)	ENSUPAG00010021923	REEP5 (ENSUPAG00010021926)	PKD2L2 (ENSUPAG00010021930)	FAM13B (ENSUPAG00010021934)	WNT8A (ENSUPAG00010021939)	NME5 (ENSUPAG00010021941)	ENSUPAG00010021946 ##22	ENSUPAG00010021949	BRD8 (ENSUPAG00010021951)	KIF20A (ENSUPAG00010021970)	CDC23 (ENSUPAG00010021979)	ENSUPAG00010021987	GFRA3 (ENSUPAG00010021988)	CDC25C (ENSUPAG00010021991)	ENSUPAG00010021998	FAM53C (ENSUPAG00010022019)	KDM3B (ENSUPAG00010022021)	EGR1 (ENSUPAG00010022030)	ETF1 (ENSUPAG00010022032)	HSPA9 (ENSUPAG00010022035)	CTNNA1 (ENSUPAG00010022041)	LRRTM2 (ENSUPAG00010022043)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	10	APPBP2 (ENSOCUG00000009419)	ENSOCUG00000029614	BCAS3 (ENSOCUG00000010794)	TBX2 (ENSOCUG00000023498)	TBX4 (ENSOCUG00000010834)	BRIP1 (ENSOCUG00000006683)	INTS2 (ENSOCUG00000006693)	MED13 (ENSOCUG00000006709)	ENSOCUG00000021230	RPS6KB1 (ENSOCUG00000004600)	TUBD1 (ENSOCUG00000013772)	VMP1 (ENSOCUG00000004210)	PTRH2 (ENSOCUG00000023345)	CLTC (ENSOCUG00000016413)	DHX40 (ENSOCUG00000038496)	ENSOCUG00000031327 ##22	ENSOCUG00000035846	YPEL2 (ENSOCUG00000020978)	GDPD1 (ENSOCUG00000013113)	SMG8 (ENSOCUG00000002350)	PRR11 (ENSOCUG00000002337)	ENSOCUG00000002334	TRIM37 (ENSOCUG00000002326)	PPM1E (ENSOCUG00000026526)	ENSOCUG00000002269	ENSOCUG00000025769	TEX14 (ENSOCUG00000009775)	ENSOCUG00000009757	MTMR4 (ENSOCUG00000009743)	HSF5 (ENSOCUG00000009733)	RNF43 (ENSOCUG00000009729)
Rabbit	MODERN SPECIES	5	PFN2 (ENSOCUG00000006059)	RNF13 (ENSOCUG00000006055)	ENSOCUG00000026009	ANKUB1 (ENSOCUG00000002642)	COMMD2 (ENSOCUG00000002638)	WWTR1 (ENSOCUG00000013750)	TM4SF4 (ENSOCUG00000013741)	ENSOCUG00000022512	TM4SF1 (ENSOCUG00000027275)	ENSOCUG00000003545	TM4SF18 (ENSOCUG00000003542)	CP (ENSOCUG00000003535)	HPS3 (ENSOCUG00000003526)	HLTF (ENSOCUG00000003520)	ENSOCUG00000003516	ENSOCUG00000007320 ##22	CPA3 (ENSOCUG00000032097)	CPB1 (ENSOCUG00000003084)	AGTR1 (ENSOCUG00000025557)	ENSOCUG00000026392	ENSOCUG00000021417	ZIC4 (ENSOCUG00000010959)	ENSOCUG00000037397	PLSCR5 (ENSOCUG00000002500)	ENSOCUG00000012892	ENSOCUG00000029550	ENSOCUG00000023944	PLSCR4 (ENSOCUG00000015564)	PLOD2 (ENSOCUG00000001461)	ENSOCUG00000038414	DIPK2A (ENSOCUG00000012616)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156529	ENSGT00940000158412	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.a ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	9254																ENSETEG00000007052 ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	1830															DHDDS (ENSETEG00000013567) #21	ENSETEG00000013571 ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Microbat	DUPLICATION
Microbat	MODERN SPECIES	1256			ZDHHC3 (ENSMLUG00000000717)	ENSMLUG00000030287	KIF15 (ENSMLUG00000014202)	KIAA1143 (ENSMLUG00000014199)	ZNF35 (ENSMLUG00000011312)	ENSMLUG00000010285	ENSMLUG00000011292	ENSMLUG00000011259	TCAIM (ENSMLUG00000001192)	ENSMLUG00000001186	ABHD5 (ENSMLUG00000001034)	ANO10 (ENSMLUG00000008366)	SNRK (ENSMLUG00000001785)	ENSMLUG00000028228 ##22	ITGA9 (ENSMLUG00000004256)	ENSMLUG00000025938	CTDSPL (ENSMLUG00000010347)	VILL (ENSMLUG00000010367)	PLCD1 (ENSMLUG00000010403)
Microbat	MODERN SPECIES	1446															ENSMLUG00000012636	ENSMLUG00000030065 ##22	SHQ1 (ENSMLUG00000013539)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000005534.b.b.d	ENSGT00940000155789	ENSGT00940000158200	ENSGT01030000234598.a.b	ENSGT00860000135711	ENSGT00940000153421.a.b	ENSGT00950000183039.B.b.a	ENSGT00730000111202	ENSGT00940000155531.b	ENSGT00950000183039.B.a	ENSGT00940000156335	ENSGT00390000013727.d	ENSGT01000000214413.b.a.a	ENSGT00940000156305	ENSGT00390000002837	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00390000009980	ENSGT00940000157401	ENSGT00910000147128	ENSGT00940000155931	ENSGT00390000013701	ENSGT00390000015010	ENSGT00940000172992	ENSGT00950000183189.a.b.a	ENSGT00940000154384.h.a	ENSGT00940000160614	ENSGT00940000164959	ENSGT00940000156162.C.k	ENSGT00940000154552	ENSGT00940000156941	ENSGT00940000164015
leopard	MODERN SPECIES	41	NAALADL2 (ENSPPRG00000008765)	ENSPPRG00000008440	ENSPPRG00000008283	ENSPPRG00000014311	TBL1XR1 (ENSPPRG00000007211)	KCNMB2 (ENSPPRG00000005379)	ZMAT3 (ENSPPRG00000004407)	PIK3CA (ENSPPRG00000003667)	KCNMB3 (ENSPPRG00000003525)	ZNF639 (ENSPPRG00000002569)	MFN1 (ENSPPRG00000001517)	GNB4 (ENSPPRG00000001295)	ENSPPRG00000022425	ACTL6A (ENSPPRG00000000310)	MRPL47 (ENSPPRG00000000050)	ENSPPRG00000022339 ##22	NDUFB5 (ENSPPRG00000023717)	USP13 (ENSPPRG00000023982)	ENSPPRG00000022239	PEX5L (ENSPPRG00000012577)	ENSPPRG00000006521	TTC14 (ENSPPRG00000006127)	CCDC39 (ENSPPRG00000005599)	ENSPPRG00000005376	FXR1 (ENSPPRG00000004943)	DNAJC19 (ENSPPRG00000002612)	SOX2 (ENSPPRG00000021752)	ENSPPRG00000002170	ENSPPRG00000001643	ATP11B (ENSPPRG00000001539)	DCUN1D1 (ENSPPRG00000000834)
lion	MODERN SPECIES	9	NLGN1 (ENSPLOG00000013747)	ENSPLOG00000013820	NAALADL2 (ENSPLOG00000013868)	ENSPLOG00000014025	TBL1XR1 (ENSPLOG00000014076)	ENSPLOG00000014169	KCNMB2 (ENSPLOG00000014199)	ZMAT3 (ENSPLOG00000014350)	PIK3CA (ENSPLOG00000014416)	KCNMB3 (ENSPLOG00000014563)	ZNF639 (ENSPLOG00000014743)	MFN1 (ENSPLOG00000014785)	GNB4 (ENSPLOG00000014871)	ACTL6A (ENSPLOG00000014922)	MRPL47 (ENSPLOG00000015006)	ENSPLOG00000015221 ##22	NDUFB5 (ENSPLOG00000015246)	USP13 (ENSPLOG00000015359)	PEX5L (ENSPLOG00000015604)	TTC14 (ENSPLOG00000016608)	CCDC39 (ENSPLOG00000016889)	ENSPLOG00000017262	DNAJC19 (ENSPLOG00000017942)	SOX2 (ENSPLOG00000018057)	ENSPLOG00000018071	ATP11B (ENSPLOG00000018137)	DCUN1D1 (ENSPLOG00000018397)	MCCC1 (ENSPLOG00000018464)	LAMP3 (ENSPLOG00000018830)	MCF2L2 (ENSPLOG00000018925)	B3GNT5 (ENSPLOG00000019335)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.b.a.b.a	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.a.a.b.a.e	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.b.b	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.a.a.a.a.b	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.a.a.a.a.a	ENSGT01060000248581.A.a.a.a.k	ENSGT01060000248581.A.a.b	ENSGT01060000248581.A.a.a.a.l	ENSGT00940000162899	ENSGT01100000263494.a.b.a.a.a.b.c.e	ENSGT01100000263494.a.b.a.a.a.b.c.f	ENSGT01100000263494.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263494.a.b.a.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT01100000263498.a.a	ENSGT00940000156045	ENSGT00560000078563	ENSGT00390000003751.a	ENSGT00390000001774	ENSGT00940000156001	ENSGT00940000153668.B	ENSGT00940000161443	ENSGT00940000159681	ENSGT00940000161981	ENSGT00940000162276	ENSGT00390000003068	ENSGT00940000153576.c.a	ENSGT00940000158505	ENSGT00940000157622
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	84	MYH9 (ENSVVUG00000023567)	ENSVVUG00000023566	ENSVVUG00000023565	ENSVVUG00000023564	RBFOX2 (ENSVVUG00000023561)	APOL5 (ENSVVUG00000023558)	ENSVVUG00000023556	ENSVVUG00000023554	RASD2 (ENSVVUG00000023551)	MCM5 (ENSVVUG00000023540)	HMOX1 (ENSVVUG00000023539)	TOM1 (ENSVVUG00000023536)	HMGXB4 (ENSVVUG00000023533)	ISX (ENSVVUG00000023529)	LARGE1 (ENSVVUG00000023512)	ENSVVUG00000023507 ##22	ENSVVUG00000023500	TIMP3 (ENSVVUG00000023494)	ENSVVUG00000023491	FBXO7 (ENSVVUG00000023488)	BPIFC (ENSVVUG00000023482)	RTCB (ENSVVUG00000023408)	ENSVVUG00000023398	PRDM4 (ENSVVUG00000023397)	PWP1 (ENSVVUG00000023390)	ABTB3 (ENSVVUG00000023211)	CRY1 (ENSVVUG00000023184)	MTERF2 (ENSVVUG00000023182)	TMEM263 (ENSVVUG00000023180)	RIC8B (ENSVVUG00000023164)	RFX4 (ENSVVUG00000023150)
Red fox	MODERN SPECIES	37	PGM5 (ENSVVUG00000004340)	TMEM252 (ENSVVUG00000004338)	PIP5K1B (ENSVVUG00000004306)	FXN (ENSVVUG00000004304)	TJP2 (ENSVVUG00000004207)	ENSVVUG00000004192	FAM189A2 (ENSVVUG00000004164)	APBA1 (ENSVVUG00000004105)	ENSVVUG00000004075	PTAR1 (ENSVVUG00000004054)	CUNH9orf135 (ENSVVUG00000004036)	MAMDC2 (ENSVVUG00000004006)	SMC5 (ENSVVUG00000003940)	KLF9 (ENSVVUG00000003932)	TRPM3 (ENSVVUG00000003834)	ENSVVUG00000003804 ##22	ENSVVUG00000003791	CEMIP2 (ENSVVUG00000003729)	ABHD17B (ENSVVUG00000003713)	CUNH9orf85 (ENSVVUG00000003703)	ENSVVUG00000003697	GDA (ENSVVUG00000003650)	ZFAND5 (ENSVVUG00000003622)	TMC1 (ENSVVUG00000003266)	ALDH1A1 (ENSVVUG00000003231)	ANXA1 (ENSVVUG00000003204)	ENSVVUG00000003184	ENSVVUG00000003173	RORB (ENSVVUG00000002470)	TRPM6 (ENSVVUG00000002363)	ENSVVUG00000002351
Red fox	MODERN SPECIES	94	ENSVVUG00000017020	ENSVVUG00000017021	ENSVVUG00000017025	OR5B2 (ENSVVUG00000017032)	ENSVVUG00000017034	ENSVVUG00000017036	ENSVVUG00000017040	ENSVVUG00000017048	ENSVVUG00000017053	ENSVVUG00000017056	ENSVVUG00000017058	ENSVVUG00000017064	ENSVVUG00000017065	OR9I1 (ENSVVUG00000017067)	OR6Q1 (ENSVVUG00000017069)	ENSVVUG00000017070 ##22	CTNND1 (ENSVVUG00000017081)	BTBD18 (ENSVVUG00000017116)	TMX2 (ENSVVUG00000017121)	MED19 (ENSVVUG00000017125)	ZDHHC5 (ENSVVUG00000017130)	CLP1 (ENSVVUG00000017138)	YPEL4 (ENSVVUG00000017147)	SERPING1 (ENSVVUG00000017173)	UBE2L6 (ENSVVUG00000017178)	ENSVVUG00000017180	TIMM10 (ENSVVUG00000017184)	SLC43A1 (ENSVVUG00000017187)	ENSVVUG00000017206	SLC43A3 (ENSVVUG00000017212)	ENSVVUG00000017217
Red fox	MODERN SPECIES	99	ENSVVUG00000008711	TMEM26 (ENSVVUG00000008701)	ENSVVUG00000008693	RHOBTB1 (ENSVVUG00000008648)	CDK1 (ENSVVUG00000008619)	ENSVVUG00000008576	ENSVVUG00000008462	ENSVVUG00000008456	CCDC6 (ENSVVUG00000008431)	SLC16A9 (ENSVVUG00000008428)	FAM13C (ENSVVUG00000008424)	ENSVVUG00000008417	PHYHIPL (ENSVVUG00000008412)	ENSVVUG00000008406	ENSVVUG00000008405	ENSVVUG00000008385 ##22	BICC1 (ENSVVUG00000008341)	TFAM (ENSVVUG00000008325)	UBE2D1 (ENSVVUG00000008320)	ENSVVUG00000008280	IPMK (ENSVVUG00000008271)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.b.a.b.a	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.a.a.b.a.e	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.b.b	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.a.a.a.a.b	ENSGT01100000263498.b.a.a.d.a.a.a.a.a	ENSGT01060000248581.A.a.a.a.k	ENSGT01060000248581.A.a.b	ENSGT01060000248581.A.a.a.a.l	ENSGT00940000162899	ENSGT01100000263494.a.b.a.a.a.b.c.e	ENSGT01100000263494.a.b.a.a.a.b.c.f	ENSGT01100000263494.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263494.a.b.a.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT01100000263498.a.a	ENSGT00940000156045	ENSGT00560000078563	ENSGT00390000003751.a	ENSGT00390000001774	ENSGT00940000156001	ENSGT00940000153668.B	ENSGT00940000161443	ENSGT00940000159681	ENSGT00940000161981	ENSGT00940000162276	ENSGT00390000003068	ENSGT00940000153576.c.a	ENSGT00940000158505	ENSGT00940000157622
Dog	DUPLICATION
Dog	MODERN SPECIES	9	OR5B2B (ENSCAFG00845018583)	OR5B2 (ENSCAFG00845018642)	OR5B3 (ENSCAFG00845018668)	OR5B31 (ENSCAFG00845018698)	OR5B35 (ENSCAFG00845018730)	OR5B33 (ENSCAFG00845018762)	ENSCAFG00845018807	OR10W1 (ENSCAFG00845018824)	ENSCAFG00845018843	ENSCAFG00845018886	ENSCAFG00845018915	OR9Q4 (ENSCAFG00845018938)	ENSCAFG00845018963	OR9I1 (ENSCAFG00845018992)	OR6Q1 (ENSCAFG00845019017)	ENSCAFG00845019049 ##22	ENSCAFG00845019062	CTNND1 (ENSCAFG00845019357)	BTBD18 (ENSCAFG00845020281)	TMX2 (ENSCAFG00845020311)	MED19 (ENSCAFG00845020361)	ZDHHC5 (ENSCAFG00845020408)	CLP1 (ENSCAFG00845020482)	YPEL (ENSCAFG00845020539)	SERPING1 (ENSCAFG00845020645)	UBE2L6 (ENSCAFG00845020791)	SMTNL1 (ENSCAFG00845020817)	TIMM10 (ENSCAFG00845020870)	SLC43A1 (ENSCAFG00845020974)	RTN4RL2 (ENSCAFG00845021213)	SLC43A3 (ENSCAFG00845021319)
Dog	MODERN SPECIES	32	ZNF365 (ENSCAFG00845003326)	RTKN2 (ENSCAFG00845003274)	ARID5B (ENSCAFG00845003220)	CABCOCO1 (ENSCAFG00845003174)	TMEM26 (ENSCAFG00845003132)	ENSCAFG00845003111	RHOBTB1 (ENSCAFG00845003029)	CDK1 (ENSCAFG00845002973)	ANK3 (ENSCAFG00845002592)	CCDC6 (ENSCAFG00845002409)	ENSCAFG00845002372	SLC16A9 (ENSCAFG00845002335)	FAM13C (ENSCAFG00845002255)	PHYHIPL (ENSCAFG00845002117)	ENSCAFG00845002085	ENSCAFG00845002063 ##22	BICC1 (ENSCAFG00845002009)	TFAM (ENSCAFG00845001967)	UBE2D1 (ENSCAFG00845001917)	ENSCAFG00845001878	ENSCAFG00845001859	RHOU (ENSCAFG00845001719)	ENSCAFG00845001681	RAB4A (ENSCAFG00845001626)	CCSAP (ENSCAFG00845001564)	NUP133 (ENSCAFG00845001518)	ABCB10 (ENSCAFG00845001468)	ENSCAFG00845001416	TAF5L (ENSCAFG00845001360)	URB2 (ENSCAFG00845001297)	GALNT2 (ENSCAFG00845001196)
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	307	ENSCAFG00020004527	ENSCAFG00020004537	RBFOX2 (ENSCAFG00020004541)	ENSCAFG00020004550	ENSCAFG00020004553	ENSCAFG00020004556	MB (ENSCAFG00020004565)	RASD2 (ENSCAFG00020004566)	MCM5 (ENSCAFG00020004568)	HMOX1 (ENSCAFG00020004569)	TOM1 (ENSCAFG00020004581)	HMGXB4 (ENSCAFG00020004587)	ISX (ENSCAFG00020004651)	ENSCAFG00020004691	LARGE1 (ENSCAFG00020004723)	ENSCAFG00020004732 ##22	ENSCAFG00020004742	TIMP3 (ENSCAFG00020004747)	ENSCAFG00020004756	FBXO7 (ENSCAFG00020004763)	BPIFC (ENSCAFG00020004848)	ENSCAFG00020004890	ASCL4 (ENSCAFG00020004911)	PRDM4 (ENSCAFG00020004916)	ENSCAFG00020004919	PWP1 (ENSCAFG00020004921)	ABTB3 (ENSCAFG00020004942)	CRY1 (ENSCAFG00020004979)	MTERF2 (ENSCAFG00020004993)	TMEM263 (ENSCAFG00020004996)	RIC8B (ENSCAFG00020005022)
Dingo	MODERN SPECIES	69	LPXN (ENSCAFG00020001181)	OR5B21 (ENSCAFG00020001173)	OR5B12 (ENSCAFG00020001168)	ENSCAFG00020001126	ENSCAFG00020001114	OR5B2 (ENSCAFG00020001108)	OR5B3 (ENSCAFG00020001097)	ENSCAFG00020001082	ENSCAFG00020001064	ENSCAFG00020001051	ENSCAFG00020001045	OR9Q2 (ENSCAFG00020001033)	ENSCAFG00020001030	OR9I1 (ENSCAFG00020001023)	OR6Q1 (ENSCAFG00020001013)	ENSCAFG00020001008 ##22	CTNND1 (ENSCAFG00020000969)	BTBD18 (ENSCAFG00020000960)	TMX2 (ENSCAFG00020000934)	MED19 (ENSCAFG00020000914)	ZDHHC5 (ENSCAFG00020000906)	CLP1 (ENSCAFG00020000903)	YPEL4 (ENSCAFG00020000835)	SERPING1 (ENSCAFG00020000809)	UBE2L6 (ENSCAFG00020000807)	SMTNL1 (ENSCAFG00020000753)	TIMM10 (ENSCAFG00020000744)	SLC43A1 (ENSCAFG00020000733)	RTN4RL2 (ENSCAFG00020000714)	SLC43A3 (ENSCAFG00020000707)	ENSCAFG00020000701
Dingo	MODERN SPECIES	324	ARID5B (ENSCAFG00020026682)	CABCOCO1 (ENSCAFG00020026683)	ENSCAFG00020026685	TMEM26 (ENSCAFG00020026691)	RHOBTB1 (ENSCAFG00020026694)	CDK1 (ENSCAFG00020026698)	ENSCAFG00020026701	ENSCAFG00020026712	ENSCAFG00020026801	CCDC6 (ENSCAFG00020026872)	SLC16A9 (ENSCAFG00020026878)	FAM13C (ENSCAFG00020026881)	PHYHIPL (ENSCAFG00020026885)	ENSCAFG00020026886	BICC1 (ENSCAFG00020026888)	ENSCAFG00020026889 ##22	TFAM (ENSCAFG00020026891)	UBE2D1 (ENSCAFG00020026892)	CISD1 (ENSCAFG00020026893)	IPMK (ENSCAFG00020026894)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Ursus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Polar bear	MODERN SPECIES	342					ENSUMAG00000000867	MASTL (ENSUMAG00000000892)	ACBD5 (ENSUMAG00000000936)	ABI1 (ENSUMAG00000000981)	ENSUMAG00000001406	ENSUMAG00000001414	ENSUMAG00000001437	APBB1IP (ENSUMAG00000001466)	ENSUMAG00000001490	GAD2 (ENSUMAG00000001504)	MYO3A (ENSUMAG00000001650)	ENSUMAG00000001802 ##22	GPR158 (ENSUMAG00000001813)
American black bear	MODERN SPECIES	5225																ENSUAMG00000018692 ##22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
American mink	MODERN SPECIES	139	NOP14 (ENSNVIG00000001159)	GRK4 (ENSNVIG00000001210)	HTT (ENSNVIG00000001469)	MSANTD1 (ENSNVIG00000005202)	ENSNVIG00000005214	ENSNVIG00000005232	HGFAC (ENSNVIG00000005255)	ENSNVIG00000005312	LRPAP1 (ENSNVIG00000005321)	HMX1 (ENSNVIG00000005343)	CPZ (ENSNVIG00000005357)	TRMT44 (ENSNVIG00000005444)	ACOX3 (ENSNVIG00000005462)	HTRA3 (ENSNVIG00000005532)	SH3TC1 (ENSNVIG00000005580)	ENSNVIG00000005654 ##22	ABLIM2 (ENSNVIG00000005686)	ENSNVIG00000006127	AFAP1 (ENSNVIG00000006148)	SORCS2 (ENSNVIG00000006257)	GRPEL1 (ENSNVIG00000006297)	TADA2B (ENSNVIG00000006308)	ENSNVIG00000006315	TBC1D14 (ENSNVIG00000006343)	KIAA0232 (ENSNVIG00000006465)	BLOC1S4 (ENSNVIG00000006492)	ENSNVIG00000006498	S100P (ENSNVIG00000006501)	ENSNVIG00000006512	ENSNVIG00000006515	ENSNVIG00000006525
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT01090000260447	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371	ENSGT00940000160932	ENSGT00940000159398
Arabian camel	MODERN SPECIES	4	PDIK1L (ENSCDRG00005005581)	FAM110D (ENSCDRG00005005595) #7	C1orf232 (ENSCDRG00005005611) #8	ZNF593 (ENSCDRG00005005654) #9	ZNF593OS (ENSCDRG00005005667) #10	CNKSR1 (ENSCDRG00005005684) #11	CATSPER4 (ENSCDRG00005005716) #12	CEP85 (ENSCDRG00005005745) #14	SH3BGRL3 (ENSCDRG00005005804) #15	UBXN11 (ENSCDRG00005005817) #16	ENSCDRG00005005874	CRYBG2 (ENSCDRG00005005884) #18	ZNF683 (ENSCDRG00005005912)	LIN28A (ENSCDRG00005005930) #20	DHDDS (ENSCDRG00005005975) #21	ENSCDRG00005006053 ##22	RPS6KA1 (ENSCDRG00005006116) #23	ARID1A (ENSCDRG00005006498) #24	PIGV (ENSCDRG00005006607) #25	ZDHHC18 (ENSCDRG00005006661) #26	GPN2 (ENSCDRG00005006791) #28	GPATCH3 (ENSCDRG00005006833) #29	NR0B2 (ENSCDRG00005006876) #30	NUDC (ENSCDRG00005006914) #31	KDF1 (ENSCDRG00005007013) #32	TENT5B (ENSCDRG00005007132) #35	SLC9A1 (ENSCDRG00005007172) #36	WDTC1 (ENSCDRG00005007230) #37	ENSCDRG00005007278	SYTL1 (ENSCDRG00005007351)	MAP3K6 (ENSCDRG00005007422)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Yarkand deer	MODERN SPECIES	19	SYT4 (ENSCHYG00000023253)	PIK3C3 (ENSCHYG00000022452)	CELF4 (ENSCHYG00000022121)	ENSCHYG00000022088	ENSCHYG00000022059	KIAA1328 (ENSCHYG00000021992)	TPGS2 (ENSCHYG00000021806)	FHOD3 (ENSCHYG00000020663)	MOCOS (ENSCHYG00000020478)	ELP2 (ENSCHYG00000019094)	SLC39A6 (ENSCHYG00000018931)	RPRD1A (ENSCHYG00000018735)	ENSCHYG00000018675	C18orf21 (ENSCHYG00000018586)	ENSCHYG00000018558	ENSCHYG00000018508 ##22	GALNT1 (ENSCHYG00000018348)	INO80C (ENSCHYG00000018185)	ZNF24 (ENSCHYG00000018141)	ENSCHYG00000018124	ZNF397 (ENSCHYG00000018037)	ZSCAN30 (ENSCHYG00000017887)	ENSCHYG00000017843	MAPRE2 (ENSCHYG00000017572)	ENSCHYG00000017502	DTNA (ENSCHYG00000016221)	NOL4 (ENSCHYG00000015738)	ASXL3 (ENSCHYG00000015573)	CCDC178 (ENSCHYG00000014402)	KLHL14 (ENSCHYG00000014241)	GAREM1 (ENSCHYG00000014077)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	146			ENSMMSG00000011714	ENSMMSG00000011695	CELF4 (ENSMMSG00000011061)	KIAA1328 (ENSMMSG00000010948)	TPGS2 (ENSMMSG00000010880)	ENSMMSG00000010863	FHOD3 (ENSMMSG00000010024)	MOCOS (ENSMMSG00000009861)	ELP2 (ENSMMSG00000009636)	SLC39A6 (ENSMMSG00000009577)	RPRD1A (ENSMMSG00000009522)	C18orf21 (ENSMMSG00000009486)	ENSMMSG00000009461	ENSMMSG00000009427 ##22	ENSMMSG00000009375	INO80C (ENSMMSG00000009323)	ZNF24 (ENSMMSG00000009299)	ENSMMSG00000009283	ZSCAN30 (ENSMMSG00000009228)	ZNF397 (ENSMMSG00000009171)	ENSMMSG00000009145	MAPRE2 (ENSMMSG00000009070)	DTNA (ENSMMSG00000009262)	NOL4 (ENSMMSG00000008980)	ASXL3 (ENSMMSG00000008903)	ENSMMSG00000008871	CCDC178 (ENSMMSG00000007704)	KLHL14 (ENSMMSG00000007588)	GAREM1 (ENSMMSG00000007550)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00950000183198.c.b.b.d	ENSGT00940000159026	ENSGT00390000009168.v.a	ENSGT00940000156943	ENSGT00940000158673	ENSGT01100000263480.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b.b.b.b.a.b.a.b.b.a.b	ENSGT00390000011152	ENSGT00940000164615	ENSGT00390000018344.l	ENSGT00940000154807.b	ENSGT00940000157051	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000156387	ENSGT00950000183094.b.b	ENSGT00390000013383	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000154732	ENSGT00390000014303	ENSGT00940000161396	ENSGT00940000162162	ENSGT00940000162441	ENSGT00940000153299.c.b.a.a	ENSGT00490000043329.a.a.b	ENSGT00940000153897.a	ENSGT00940000159992	ENSGT00520000055578.a.a.d	ENSGT00390000012215	ENSGT00940000159556	ENSGT00530000063834.e.a	ENSGT00950000183111.b.a	ENSGT00950000182909.b.a.a.r.b.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	16	ENSBIXG00005021310	SYT4 (ENSBIXG00005021298)	ENSBIXG00005021256	PIK3C3 (ENSBIXG00005021196)	ENSBIXG00005003533	CELF4 (ENSBIXG00005020844)	KIAA1328 (ENSBIXG00005020555)	ENSBIXG00005020493	TPGS2 (ENSBIXG00005020487)	FHOD3 (ENSBIXG00005020362)	MOCOS (ENSBIXG00005020142)	ELP2 (ENSBIXG00005020049)	SLC39A6 (ENSBIXG00005003260)	RPRD1A (ENSBIXG00005019871)	C18orf21 (ENSBIXG00005019818)	ENSBIXG00005019757 ##22	ENSBIXG00005019700	ENSBIXG00005019666	INO80C (ENSBIXG00005003210)	ZNF24 (ENSBIXG00005019624)	ENSBIXG00005006651	ZSCAN30 (ENSBIXG00005019492)	ENSBIXG00005005522	MAPRE2 (ENSBIXG00005019431)	DTNA (ENSBIXG00005019266)	ENSBIXG00005018632	ENSBIXG00005018626	NOL4 (ENSBIXG00005018563)	ASXL3 (ENSBIXG00005018458)	CCDC178 (ENSBIXG00005018353)	KLHL14 (ENSBIXG00005017797)
Cow	MODERN SPECIES	16	ENSBTAG00000045568	PIK3C3 (ENSBTAG00000026290)	ENSBTAG00000053048	ENSBTAG00000049926	ENSBTAG00000011094	CELF4 (ENSBTAG00000004940)	ENSBTAG00000044087	ENSBTAG00000048612	TPGS2 (ENSBTAG00000021583)	FHOD3 (ENSBTAG00000021581)	MOCOS (ENSBTAG00000012252)	ELP2 (ENSBTAG00000018954)	SLC39A6 (ENSBTAG00000000998)	RPRD1A (ENSBTAG00000005497)	C24H18orf21 (ENSBTAG00000011622)	ENSBTAG00000052576 ##22	GALNT1 (ENSBTAG00000011206)	INO80C (ENSBTAG00000012426)	ZNF24 (ENSBTAG00000010255)	ZNF397 (ENSBTAG00000010252)	ZSCAN30 (ENSBTAG00000054149)	ENSBTAG00000015315	MAPRE2 (ENSBTAG00000007520)	DTNA (ENSBTAG00000012307)	NOL4 (ENSBTAG00000010299)	ASXL3 (ENSBTAG00000047003)	CCDC178 (ENSBTAG00000000138)	KLHL14 (ENSBTAG00000020003)	GAREM1 (ENSBTAG00000020286)	MEP1B (ENSBTAG00000020391)	RNF138 (ENSBTAG00000020160)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155466	ENSGT00940000154014.b.b	ENSGT00940000155282	ENSGT00940000160335	ENSGT01030000235049	ENSGT00940000156056.A	ENSGT00950000182910.a.a.a	ENSGT00940000155812	ENSGT00940000155752	ENSGT01050000244905.D	ENSGT01050000244905.E	ENSGT00390000010463.a.b	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532	ENSGT00970000198317	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153568.B	ENSGT00390000011515	ENSGT01040000241150	ENSGT00940000154817.b.b.b	ENSGT00940000159158	ENSGT00940000159213	ENSGT00940000159862	ENSGT00940000155984	ENSGT00940000163000	ENSGT00940000156332	ENSGT00940000157211	ENSGT00390000010354	ENSGT00390000006925	ENSGT00940000160618
Goat	MODERN SPECIES	11	ENSCHIG00000023149	ENSCHIG00000009122	TMEFF2 (ENSCHIG00000024847)	CAVIN2 (ENSCHIG00000019774)	NABP1 (ENSCHIG00000025573)	MYO1B (ENSCHIG00000013498)	STAT4 (ENSCHIG00000020943)	STAT1 (ENSCHIG00000009728)	GLS (ENSCHIG00000008500)	ENSCHIG00000026149	ENSCHIG00000021291	ENSCHIG00000020984	ENSCHIG00000014237	CNTNAP5 (ENSCHIG00000009353)	ENSCHIG00000026511	ENSCHIG00000012076 ##22	ENSCHIG00000020518	TSN (ENSCHIG00000010715)	NIFK (ENSCHIG00000010512)	CLASP1 (ENSCHIG00000022334)	ENSCHIG00000010032	TFCP2L1 (ENSCHIG00000014608)	GLI2 (ENSCHIG00000017600)	INHBB (ENSCHIG00000024398)	RALB (ENSCHIG00000019125)	TMEM185B (ENSCHIG00000012850)	ENSCHIG00000009337	ENSCHIG00000014138	ENSCHIG00000018796	PTPN4 (ENSCHIG00000012348)	ENSCHIG00000021745
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	HECW2 (ENSOARG00020008825)	STK17B (ENSOARG00020008783)	ENSOARG00020008748	DNAH7 (ENSOARG00020008105)	SLC39A10 (ENSOARG00020008005)	ENSOARG00020007907	ENSOARG00020007893	TMEFF2 (ENSOARG00020007844)	CAVIN2 (ENSOARG00020007809)	ENSOARG00020007703	MYO1B (ENSOARG00020007023)	ENSOARG00020006933	CNTNAP5 (ENSOARG00020006735)	ENSOARG00020006673	ENSOARG00020006612	ENSOARG00020006595 ##22	ENSOARG00020006557	ENSOARG00020006534	ENSOARG00020024099	ENSOARG00020024083	TSN (ENSOARG00020024047)	NIFK (ENSOARG00020024037)	ENSOARG00020024020	CLASP1 (ENSOARG00020023927)	ENSOARG00020023891	TFCP2L1 (ENSOARG00020023824)	GLI2 (ENSOARG00020023763)	INHBB (ENSOARG00020023725)	RALB (ENSOARG00020023701)	TMEM185B (ENSOARG00020023687)	EPB41L5 (ENSOARG00020023616)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008727.a.b	ENSGT00390000012816	ENSGT00910000144250	ENSGT00550000074912	ENSGT00940000156159	ENSGT00390000011698.c.b	ENSGT00940000160102	ENSGT00390000012397	ENSGT00950000183181.B.a	ENSGT00940000156452	ENSGT00950000182998.A	ENSGT00390000002032	ENSGT00390000018097	ENSGT00390000001277	ENSGT00940000155077.f	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000158583	ENSGT00940000156899	ENSGT00940000155226	ENSGT00940000154832	ENSGT00390000010439	ENSGT00940000160091	ENSGT00940000156487	ENSGT00940000160820	ENSGT00390000002319	ENSGT00940000153304.B	ENSGT00940000156982	ENSGT00390000004660.C.a.b	ENSGT00940000158220	ENSGT00940000156774	ENSGT00390000018691
Blue whale	MODERN SPECIES	11	SLC35F4 (ENSBMSG00010006486)	ARMH4 (ENSBMSG00010006512)	ACTR10 (ENSBMSG00010006532)	PSMA3 (ENSBMSG00010006547)	ARID4A (ENSBMSG00010006597)	TOMM20L (ENSBMSG00010006639)	TIMM9 (ENSBMSG00010006673)	KIAA0586 (ENSBMSG00010006894)	DACT1 (ENSBMSG00010007147)	DAAM1 (ENSBMSG00010007204)	GPR135 (ENSBMSG00010007228)	L3HYPDH (ENSBMSG00010007243)	JKAMP (ENSBMSG00010007274)	CCDC175 (ENSBMSG00010007322)	RTN1 (ENSBMSG00010007376)	ENSBMSG00010007407 ##22	LRRC9 (ENSBMSG00010007533)	PCNX4 (ENSBMSG00010007679)	DHRS7 (ENSBMSG00010007688)	PPM1A (ENSBMSG00010007693)	C14orf39 (ENSBMSG00010007715)	SIX6 (ENSBMSG00010007733)	SIX1 (ENSBMSG00010007741)	SIX4 (ENSBMSG00010007749)	MNAT1 (ENSBMSG00010007760)	TRMT5 (ENSBMSG00010007803)	SLC38A6 (ENSBMSG00010007835)	ENSBMSG00010007847	PRKCH (ENSBMSG00010007864)	HIF1A (ENSBMSG00010008000)	SNAPC1 (ENSBMSG00010008427)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008727.a.b	ENSGT00390000012816	ENSGT00910000144250	ENSGT00550000074912	ENSGT00940000156159	ENSGT00390000011698.c.b	ENSGT00940000160102	ENSGT00390000012397	ENSGT00950000183181.B.a	ENSGT00940000156452	ENSGT00950000182998.A	ENSGT00390000002032	ENSGT00390000018097	ENSGT00390000001277	ENSGT00940000155077.f	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000158583	ENSGT00940000156899	ENSGT00940000155226	ENSGT00940000154832	ENSGT00390000010439	ENSGT00940000160091	ENSGT00940000156487	ENSGT00940000160820	ENSGT00390000002319	ENSGT00940000153304.B	ENSGT00940000156982	ENSGT00940000162029.a	ENSGT00390000004660.C.a.b	ENSGT00940000158220	ENSGT00940000156774
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154550.a.e.b	ENSGT00990000213840	ENSGT00940000158277	ENSGT00910000144227.s.b	ENSGT00940000163344.a	ENSGT00950000182956.b.b.a.a.c.a.l.b	ENSGT00390000004417.a.c.a	ENSGT01000000216059	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000154953	ENSGT00440000037338	ENSGT00390000002565.y.a	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000157090	ENSGT00940000155541.C.db.b.a	ENSGT00390000006790.b	ENSGT00390000018549	ENSGT00940000157250.p	ENSGT00940000154521.A	ENSGT00940000157318	ENSGT00390000005589.a.a	ENSGT01030000234563.b.a.a	ENSGT00950000183067.a.a	ENSGT00950000182850.a.b.a.a	ENSGT00530000063812.A	ENSGT00940000159570	ENSGT00940000159423	ENSGT00390000000645
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000006284	ENSGT00940000154550.a.e.b	ENSGT00990000213840	ENSGT00940000158277	ENSGT00910000144227.s.b	ENSGT00940000163344.a	ENSGT00390000004417.a.c.a	ENSGT01000000216059	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000154953	ENSGT00440000037338	ENSGT00390000002565.y.a	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000157090	ENSGT00940000155541.C.db.b.a	ENSGT00390000006790.b	ENSGT00390000018549	ENSGT00940000157250.p	ENSGT00940000154521.A	ENSGT00940000157318	ENSGT00390000005589.a.a	ENSGT01030000234563.b.a.a	ENSGT00950000183067.a.a	ENSGT00950000182850.a.b.a.a	ENSGT00530000063812.A	ENSGT00940000159570	ENSGT00940000159423	ENSGT00390000000645
Beluga whale	MODERN SPECIES	77	ENSDLEG00000018927	PCDH10 (ENSDLEG00000018930)	ENSDLEG00000018933	PABPC4L (ENSDLEG00000018935)	ENSDLEG00000018941	ENSDLEG00000018951	PCDH18 (ENSDLEG00000018963)	SLC7A11 (ENSDLEG00000018967)	ENSDLEG00000018982	ENSDLEG00000018987	NOCT (ENSDLEG00000018993)	ELF2 (ENSDLEG00000019002)	MGARP (ENSDLEG00000019030)	ENSDLEG00000019031	NAA15 (ENSDLEG00000019037)	ENSDLEG00000019063 ##22	RAB33B (ENSDLEG00000019066)	ENSDLEG00000019068	BLOC1S4 (ENSDLEG00000019071)	KIAA0232 (ENSDLEG00000019074)	TBC1D14 (ENSDLEG00000019083)	CCDC96 (ENSDLEG00000019112)	TADA2B (ENSDLEG00000019117)	GRPEL1 (ENSDLEG00000019119)	SORCS2 (ENSDLEG00000019131)	AFAP1 (ENSDLEG00000019189)	ABLIM2 (ENSDLEG00000019228)	SH3TC1 (ENSDLEG00000019312)	HTRA3 (ENSDLEG00000019321)	ACOX3 (ENSDLEG00000019342)	TRMT44 (ENSDLEG00000019402)
Vaquita	MODERN SPECIES	16	PABPC4L (ENSPSNG00000002851)	ENSPSNG00000002838	ENSPSNG00000002823	ENSPSNG00000002803	PCDH18 (ENSPSNG00000002759)	ENSPSNG00000002737	ENSPSNG00000002718	ENSPSNG00000002711	ENSPSNG00000002696	SLC7A11 (ENSPSNG00000002665)	NOCT (ENSPSNG00000002626)	ELF2 (ENSPSNG00000002585)	MGARP (ENSPSNG00000002547)	ENSPSNG00000002536	NAA15 (ENSPSNG00000002515)	ENSPSNG00000002493 ##22	RAB33B (ENSPSNG00000002479)	ENSPSNG00000002467	BLOC1S4 (ENSPSNG00000002460)	KIAA0232 (ENSPSNG00000002420)	TBC1D14 (ENSPSNG00000002281)	CCDC96 (ENSPSNG00000002230)	TADA2B (ENSPSNG00000002208)	GRPEL1 (ENSPSNG00000002191)	SORCS2 (ENSPSNG00000002142)	AFAP1 (ENSPSNG00000002106)	ABLIM2 (ENSPSNG00000001662)	SH3TC1 (ENSPSNG00000001295)	HTRA3 (ENSPSNG00000001248)	ACOX3 (ENSPSNG00000001193)	TRMT44 (ENSPSNG00000001139)
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES		CYYR1 (ENSPCTG00005001364)	APP (ENSPCTG00005000709)	GABPA (ENSPCTG00005000558)	ATP5PF (ENSPCTG00005000538)	JAM2 (ENSPCTG00005000503)	MRPL39 (ENSPCTG00005000471)	ENSPCTG00005000440	ENSPCTG00005000423	NCAM2 (ENSPCTG00005000381)	ENSPCTG00005000328	ENSPCTG00005000315	TMPRSS15 (ENSPCTG00005000270)	CHODL (ENSPCTG00005021207)	C21orf91 (ENSPCTG00005021184)	BTG3 (ENSPCTG00005021168)	ENSPCTG00005021160 ##22	ENSPCTG00005021142 #22	CXADR (ENSPCTG00005021100)	ENSPCTG00005021061	USP25 (ENSPCTG00005020926)	ENSPCTG00005020890	NRIP1 (ENSPCTG00005020884)	SAMSN1 (ENSPCTG00005020754)	HSPA13 (ENSPCTG00005020678)	ENSPCTG00005020352	RBM11 (ENSPCTG00005020241)	LIPI (ENSPCTG00005020089)	ENSPCTG00005019983	ROBO2 (ENSPCTG00005019510)	ROBO1 (ENSPCTG00005018380)	GBE1 (ENSPCTG00005018274)
Sperm whale	MODERN SPECIES	2	NAA30 (ENSPCTG00005022750)	CCDC198 (ENSPCTG00005022752)	SLC35F4 (ENSPCTG00005022755)	ARMH4 (ENSPCTG00005022756)	ACTR10 (ENSPCTG00005022758)	ENSPCTG00005005585	ARID4A (ENSPCTG00005005643)	TIMM9 (ENSPCTG00005005709)	KIAA0586 (ENSPCTG00005005784)	DACT1 (ENSPCTG00005005972)	DAAM1 (ENSPCTG00005006033)	L3HYPDH (ENSPCTG00005006127)	JKAMP (ENSPCTG00005006188)	CCDC175 (ENSPCTG00005006268)	RTN1 (ENSPCTG00005006386)	ENSPCTG00005006692 ##22	LRRC9 (ENSPCTG00005006731)	PCNX4 (ENSPCTG00005006953)	DHRS7 (ENSPCTG00005007007)	PPM1A (ENSPCTG00005007048)	C14orf39 (ENSPCTG00005007109)	SIX6 (ENSPCTG00005007177)	SIX1 (ENSPCTG00005007198)	MNAT1 (ENSPCTG00005007267)	TRMT5 (ENSPCTG00005007560)	ENSPCTG00005007592	TMEM30B (ENSPCTG00005007608)	PRKCH (ENSPCTG00005007622)	HIF1A (ENSPCTG00005007669)	SNAPC1 (ENSPCTG00005007861)	SYT16 (ENSPCTG00005007917)
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	8482																ENSSARG00000013570 ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	8896																ENSEEUG00000014374 ##22	AKAP11 (ENSEEUG00000014266)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.m.a ##20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b #22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371	ENSGT00940000160932	ENSGT00940000159398
Rabbit	MODERN SPECIES	4	TRIM63 (ENSOCUG00000013564)	PDIK1L (ENSOCUG00000010956)	FAM110D (ENSOCUG00000039461) #7	ENSOCUG00000033604 #8	ZNF593 (ENSOCUG00000013999) #9	ZNF593OS (ENSOCUG00000038218) #10	CNKSR1 (ENSOCUG00000023717) #11	CATSPER4 (ENSOCUG00000002929) #12	CEP85 (ENSOCUG00000016916) #14	SH3BGRL3 (ENSOCUG00000016927) #15	UBXN11 (ENSOCUG00000016938) #16	CRYBG2 (ENSOCUG00000016959) #18	ZNF683 (ENSOCUG00000016978)	ENSOCUG00000000299 ##20	DHDDS (ENSOCUG00000016993) #21	ENSOCUG00000032486 ##22	RPS6KA1 (ENSOCUG00000010887) #23	ARID1A (ENSOCUG00000005314) #24	PIGV (ENSOCUG00000017959) #25	ZDHHC18 (ENSOCUG00000006400) #26	ENSOCUG00000006407 #28	GPATCH3 (ENSOCUG00000006411) #29	NR0B2 (ENSOCUG00000006416) #30	NUDC (ENSOCUG00000006418) #31	KDF1 (ENSOCUG00000006421) #32	ENSOCUG00000006426 #35	SLC9A1 (ENSOCUG00000023061) #36	WDTC1 (ENSOCUG00000016358) #37	TMEM222 (ENSOCUG00000007371)	SYTL1 (ENSOCUG00000002371)	MAP3K6 (ENSOCUG00000002379)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	2	ENSHGLG00000040800	ENSHGLG00000005241	BORA (ENSHGLG00000013729)	DIS3 (ENSHGLG00000013785)	PIBF1 (ENSHGLG00000007841)	ENSHGLG00000004652	KLF5 (ENSHGLG00000005790)	ENSHGLG00000004170	ENSHGLG00000005058	ENSHGLG00000006079	ENSHGLG00000003893	COMMD6 (ENSHGLG00000042434)	ENSHGLG00000005038	LMO7 (ENSHGLG00000003836)	ENSHGLG00000032347	ENSHGLG00000047148 ##22	KCTD12 (ENSHGLG00000044311)	ENSHGLG00000020812	ACOD1 (ENSHGLG00000045158)	ENSHGLG00000006432	CLN5 (ENSHGLG00000005042)	FBXL3 (ENSHGLG00000004245)	ENSHGLG00000048947	MYCBP2 (ENSHGLG00000006408)	SCEL (ENSHGLG00000010544)	ENSHGLG00000037008	SLAIN1 (ENSHGLG00000008516)	EDNRB (ENSHGLG00000010112)	POU4F1 (ENSHGLG00000007136)	OBI1 (ENSHGLG00000006081)	ENSHGLG00000003995
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	168	GNPAT (ENSODEG00000004666)	C1orf131 (ENSODEG00000005944)	TRIM67 (ENSODEG00000005770)	FAM89A (ENSODEG00000005427)	ARV1 (ENSODEG00000006367)	TTC13 (ENSODEG00000004797)	C1orf198 (ENSODEG00000004510)	CAPN9 (ENSODEG00000004920)	AGT (ENSODEG00000004670)	ENSODEG00000005060	PGBD5 (ENSODEG00000005019)	ENSODEG00000019102	GALNT2 (ENSODEG00000005632)	ENSODEG00000004795	ENSODEG00000005199	ENSODEG00000019162 ##22	ENSODEG00000005978	URB2 (ENSODEG00000005593)	TAF5L (ENSODEG00000005431)	ENSODEG00000005015	ABCB10 (ENSODEG00000004723)	NUP133 (ENSODEG00000007703)	ACTA1 (ENSODEG00000007499)	CCSAP (ENSODEG00000004790)	ENSODEG00000004796	RHOU (ENSODEG00000004343)
Degu	MODERN SPECIES	241	PDXDC1 (ENSODEG00000002216)	MPV17L (ENSODEG00000002011)	BMERB1 (ENSODEG00000001930)	MARF1 (ENSODEG00000001725)	ENSODEG00000001648	ENSODEG00000001633	MYH11 (ENSODEG00000003053)	CEP20 (ENSODEG00000002999)	ABCC1 (ENSODEG00000002850)	ABCC6 (ENSODEG00000002667)	ENSODEG00000002624	XYLT1 (ENSODEG00000002470)	ENSODEG00000018884	RPS15A (ENSODEG00000002412)	ENSODEG00000002384	ENSODEG00000018866 ##22	SMG1 (ENSODEG00000002351)	ENSODEG00000002304	ENSODEG00000002291	SYT17 (ENSODEG00000002266)	ITPRIPL2 (ENSODEG00000018844)	COQ7 (ENSODEG00000004450)	TMC7 (ENSODEG00000004388)	TMC5 (ENSODEG00000004251)	GDE1 (ENSODEG00000004207)	ENSODEG00000004188	ENSODEG00000019040	ENSODEG00000019050
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	255	CERS4 (ENSODEG00000012322)	CD320 (ENSODEG00000011308)	NDUFA7 (ENSODEG00000011906)	RPS28 (ENSODEG00000012169)	ENSODEG00000013962	ANGPTL4 (ENSODEG00000011879)	RAB11B (ENSODEG00000011371)	ENSODEG00000019849	ENSODEG00000010763	ENSODEG00000010314	ZNF414 (ENSODEG00000010741)	ENSODEG00000019782	MYO1F (ENSODEG00000010712)	ADAMTS10 (ENSODEG00000010286)	OR2Z1 (ENSODEG00000019889)	ENSODEG00000019765 ##22	ENSODEG00000010124	ZNF558 (ENSODEG00000010485)	ENSODEG00000010460
Degu	MODERN SPECIES	157	TSTD1 (ENSODEG00000010923)	ENSODEG00000008881	F11R (ENSODEG00000007564)	ENSODEG00000008250	ENSODEG00000007329	ENSODEG00000007561	ENSODEG00000007745	ENSODEG00000008083	ENSODEG00000009437	ENSODEG00000008141	ENSODEG00000009874	ENSODEG00000008491	SLAMF1 (ENSODEG00000009203)	CD84 (ENSODEG00000007652)	ENSODEG00000019654	ENSODEG00000019372 ##22	VANGL2 (ENSODEG00000007301)	NHLH1 (ENSODEG00000007624)	NCSTN (ENSODEG00000007729)	COPA (ENSODEG00000007358)	ENSODEG00000019505	PEX19 (ENSODEG00000008129)	DCAF8 (ENSODEG00000008873) ##37	ENSODEG00000008689	PEA15 (ENSODEG00000008919)	CASQ1 (ENSODEG00000007881)	ATP1A4 (ENSODEG00000009334)	ATP1A2 (ENSODEG00000009923)	IGSF8 (ENSODEG00000011607)	KCNJ9 (ENSODEG00000009424)	KCNJ10 (ENSODEG00000008231)
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	102	MYO6 (ENSODEG00000004585)	IMPG1 (ENSODEG00000004752)	ENSODEG00000019128	HTR1B (ENSODEG00000004895)	MEI4 (ENSODEG00000004184)	ENSODEG00000004202	IRAK1BP1 (ENSODEG00000004218)	ENSODEG00000004247	ENSODEG00000004261	LCA5 (ENSODEG00000004406)	ENSODEG00000019022	ENSODEG00000004441	ENSODEG00000004582	ELOVL4 (ENSODEG00000004597)	ENSODEG00000004627	ENSODEG00000019046 ##22	ENSODEG00000004648	KCNQ5 (ENSODEG00000004476)	ENSODEG00000004685	ENSODEG00000004801	ENSODEG00000019070	ENSODEG00000004821	B3GAT2 (ENSODEG00000004838)	SMAP1 (ENSODEG00000004883)	SDHAF4 (ENSODEG00000004921)	FAM135A (ENSODEG00000004939)	ENSODEG00000005617	COL19A1 (ENSODEG00000005899)	ENSODEG00000004181	LMBRD1 (ENSODEG00000004262)	ENSODEG00000004325
Degu	MODERN SPECIES	45	ENSODEG00000019965	C12orf75 (ENSODEG00000012089)	APPL2 (ENSODEG00000011483)	WASHC4 (ENSODEG00000014832)	ALDH1L2 (ENSODEG00000012884)	SLC41A2 (ENSODEG00000012658)	CHST11 (ENSODEG00000011551)	TXNRD1 (ENSODEG00000012061)	NFYB (ENSODEG00000011274)	HCFC2 (ENSODEG00000011775)	GLT8D2 (ENSODEG00000010825)	TDG (ENSODEG00000010988)	HSP90B1 (ENSODEG00000013762)	NT5DC3 (ENSODEG00000012442)	STAB2 (ENSODEG00000010415)	ENSODEG00000019788 ##22	ASCL1 (ENSODEG00000019928)	PAH (ENSODEG00000011066)	IGF1 (ENSODEG00000010967)	PMCH (ENSODEG00000012274)	PARPBP (ENSODEG00000012004)	NUP37 (ENSODEG00000011637)	WASHC3 (ENSODEG00000010588)	DRAM1 (ENSODEG00000011613)	GNPTAB (ENSODEG00000012289)	SYCP3 (ENSODEG00000011961)	CHPT1 (ENSODEG00000011230)	MYBPC1 (ENSODEG00000012077)	ENSODEG00000010424	SPIC (ENSODEG00000010078)	ENSODEG00000010531
Degu	MODERN SPECIES	78														ENSODEG00000012514	ENSODEG00000010269	ENSODEG00000019801 ##22	SCRT2 (ENSODEG00000011872)	SRXN1 (ENSODEG00000011193)	TCF15 (ENSODEG00000010643)	ENSODEG00000019802	ENSODEG00000011479	TBC1D20 (ENSODEG00000010895)	RBCK1 (ENSODEG00000010172)	TRIB3 (ENSODEG00000010963)	NRSN2 (ENSODEG00000011631)	SOX12 (ENSODEG00000020040)	ZCCHC3 (ENSODEG00000010730)	C20orf96 (ENSODEG00000011348)	ENSODEG00000019969	DEFB128 (ENSODEG00000014590)	ENSODEG00000012325
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	64	SLC35B3 (ENSODEG00000007641)	ENSODEG00000005927	BLOC1S5 (ENSODEG00000006076)	ENSODEG00000006265	BMP6 (ENSODEG00000005281)	ENSODEG00000005816	DSP (ENSODEG00000005713)	RIOK1 (ENSODEG00000005663)	CAGE1 (ENSODEG00000006091)	SSR1 (ENSODEG00000008229)	RREB1 (ENSODEG00000007124)	LY86 (ENSODEG00000005843)	F13A1 (ENSODEG00000006301)	NRN1 (ENSODEG00000006426)	FARS2 (ENSODEG00000006881)	ENSODEG00000019555 ##22	LYRM4 (ENSODEG00000005678)	ENSODEG00000006170	CDYL (ENSODEG00000006073)	ENSODEG00000019345	ECI2 (ENSODEG00000007068)	FAM217A (ENSODEG00000006489)	PRPF4B (ENSODEG00000006156)	PXDC1 (ENSODEG00000006864)	SLC22A23 (ENSODEG00000007173)	PSMG4 (ENSODEG00000006109)	ENSODEG00000006987	ENSODEG00000006037	TUBB2A (ENSODEG00000006689)	BPHL (ENSODEG00000008397)	RIPK1 (ENSODEG00000007668)
Degu	MODERN SPECIES	204		PDIK1L (ENSODEG00000003711)	FAM110D (ENSODEG00000019104) #7	C1orf232 (ENSODEG00000003718) #8	ZNF593 (ENSODEG00000003869) #9	ZNF593OS (ENSODEG00000003889) #10	CNKSR1 (ENSODEG00000004045) #11	ENSODEG00000019012	CEP85 (ENSODEG00000004089) #14	ENSODEG00000004141 #15	UBXN11 (ENSODEG00000004163) #16	ENSODEG00000004203 #18	ENSODEG00000004272	ENSODEG00000004283 #20	DHDDS (ENSODEG00000004324) #21	ENSODEG00000004366 ##22	ENSODEG00000019074	RPS6KA1 (ENSODEG00000005545) #23	ENSODEG00000005573	ARID1A (ENSODEG00000005639) #24	PIGV (ENSODEG00000005864) #25	ZDHHC18 (ENSODEG00000003193) #26	ENSODEG00000018988 #27	GPN2 (ENSODEG00000003267) #28	GPATCH3 (ENSODEG00000003292) #29	NR0B2 (ENSODEG00000003311) #30	ENSODEG00000003339 #31	ENSODEG00000003581 #32	TRNP1 (ENSODEG00000003604)	TENT5B (ENSODEG00000003616) #35	SLC9A1 (ENSODEG00000003659) #36
Degu	MODERN SPECIES	60	CEP135 (ENSODEG00000010808)	EXOC1 (ENSODEG00000010280)	EXOC1L (ENSODEG00000011413)	NMU (ENSODEG00000010066)	PDCL2 (ENSODEG00000009736)	CLOCK (ENSODEG00000009397)	TMEM165 (ENSODEG00000009162)	SRD5A3 (ENSODEG00000009796)	ENSODEG00000012100	KDR (ENSODEG00000009430)	KIT (ENSODEG00000012738)	ENSODEG00000011811	PDGFRA (ENSODEG00000009544)	GSX2 (ENSODEG00000009015)	CHIC2 (ENSODEG00000009727)	ENSODEG00000019624 ##22	ENSODEG00000009055	ENSODEG00000008952	ENSODEG00000008823	LNX1 (ENSODEG00000010836)	ENSODEG00000009001	ENSODEG00000019669	ENSODEG00000008819	SCFD2 (ENSODEG00000010104)	RASL11B (ENSODEG00000010294)	USP46 (ENSODEG00000009787)	ENSODEG00000008705	ENSODEG00000019795	ENSODEG00000009441	ENSODEG00000009977	SGCB (ENSODEG00000009784)
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	65	HIVEP2 (ENSODEG00000007724)	ADGRG6 (ENSODEG00000008139)	VTA1 (ENSODEG00000008777)	GJE1 (ENSODEG00000008635)	NMBR (ENSODEG00000008116)	ENSODEG00000019431	ENSODEG00000008972	ENSODEG00000008225	CITED2 (ENSODEG00000008037)	TXLNB (ENSODEG00000007403)	ENSODEG00000009585	ENSODEG00000009153	ENSODEG00000008655	REPS1 (ENSODEG00000007604)	ECT2L (ENSODEG00000011163)	ENSODEG00000009856 ##22	ENSODEG00000009581	ENSODEG00000009059	ENSODEG00000007997	NHSL1 (ENSODEG00000008039)	HEBP2 (ENSODEG00000007586)	ENSODEG00000009708	ARFGEF3 (ENSODEG00000008382)	ENSODEG00000008459	TNFAIP3 (ENSODEG00000008925)	ENSODEG00000019565	OLIG3 (ENSODEG00000019534)	ENSODEG00000019506	ENSODEG00000008408	IL22RA2 (ENSODEG00000007775)	IL20RA (ENSODEG00000006756)
Degu	MODERN SPECIES	117	DDX54 (ENSODEG00000014863)	CFAP73 (ENSODEG00000012352)	RASAL1 (ENSODEG00000012525)	DTX1 (ENSODEG00000013450)	OAS2 (ENSODEG00000013276)	OAS3 (ENSODEG00000013221)	OAS1 (ENSODEG00000011899)	RPH3A (ENSODEG00000012496)	ENSODEG00000019909	ENSODEG00000011453	PTPN11 (ENSODEG00000012557)	ENSODEG00000011835	HECTD4 (ENSODEG00000012009)	NAA25 (ENSODEG00000010753)	MAPKAPK5 (ENSODEG00000011587)	ENSODEG00000019875 ##22	ALDH2 (ENSODEG00000010888)	ENSODEG00000012368	ENSODEG00000012065	BRAP (ENSODEG00000011525)	ATXN2 (ENSODEG00000010798)	SH2B3 (ENSODEG00000012542)	CUX2 (ENSODEG00000013686)	ENSODEG00000010703	MYL2 (ENSODEG00000012393)	ENSODEG00000010371	HVCN1 (ENSODEG00000010422)	PPTC7 (ENSODEG00000010585)	ENSODEG00000010285	GPN3 (ENSODEG00000011445) ##28	ENSODEG00000010625
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	66	ENSODEG00000019563	ENSODEG00000008411	ENSODEG00000008135	ENSODEG00000011138	AOX1 (ENSODEG00000012914)	ENSODEG00000009211	SPATS2L (ENSODEG00000009851)	MAIP1 (ENSODEG00000008914)	TYW5 (ENSODEG00000009836)	C2orf69 (ENSODEG00000008700)	SATB2 (ENSODEG00000008383)	PLCL1 (ENSODEG00000008918)	BOLL (ENSODEG00000008471)	RFTN2 (ENSODEG00000008704)	MOB4 (ENSODEG00000009609)	ENSODEG00000019874 ##22	ENSODEG00000011397	ENSODEG00000009026	COQ10B (ENSODEG00000008396)	ENSODEG00000011153	ENSODEG00000019820	ENSODEG00000008898	ENSODEG00000008698	ENSODEG00000009525	PGAP1 (ENSODEG00000009932)	ENSODEG00000009843	CCDC150 (ENSODEG00000009669)	ENSODEG00000009135	STK17B (ENSODEG00000009479)	ENSODEG00000010152	ENSODEG00000009266
Degu	MODERN SPECIES	66	ENSODEG00000019563	CLK1 (ENSODEG00000009021)	PPIL3 (ENSODEG00000007592)	NIF3L1 (ENSODEG00000008894)	ORC2 (ENSODEG00000008853)	ENSODEG00000007860	HYCC2 (ENSODEG00000008316)	NDUFB3 (ENSODEG00000010233)	CFLAR (ENSODEG00000009559)	CASP8 (ENSODEG00000009065)	TRAK2 (ENSODEG00000007402)	STRADB (ENSODEG00000010540)	TMEM237 (ENSODEG00000009685)	MPP4 (ENSODEG00000009252)	ALS2 (ENSODEG00000007275)	ENSODEG00000008122 ##22	ENSODEG00000019906	ENSODEG00000010587
Degu	MODERN SPECIES	132	XKR9 (ENSODEG00000003655)	LACTB2 (ENSODEG00000003774)	TRAM1 (ENSODEG00000003735)	ENSODEG00000018956	NCOA2 (ENSODEG00000003435)	PRDM14 (ENSODEG00000003245)	ENSODEG00000018928	SLCO5A1 (ENSODEG00000005815)	SULF1 (ENSODEG00000005337)	ENSODEG00000004397	ENSODEG00000004347	ENSODEG00000004297	C8orf34 (ENSODEG00000004237)	PREX2 (ENSODEG00000004186)	CPA6 (ENSODEG00000003792)	ENSODEG00000019000 ##22	ARFGEF1 (ENSODEG00000003588)	ENSODEG00000003449	ENSODEG00000003399	ENSODEG00000003385	PPP1R42 (ENSODEG00000003329)	TCF24 (ENSODEG00000003290)	MCMDC2 (ENSODEG00000003238)	SGK3 (ENSODEG00000002963)	VCPIP1 (ENSODEG00000002899)	MYBL1 (ENSODEG00000007171)	VXN (ENSODEG00000007127)	ADHFE1 (ENSODEG00000007056)	ENSODEG00000006856	TRIM55 (ENSODEG00000006849)	DNAJC5B (ENSODEG00000006782)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	134	HSPBAP1 (ENSCLAG00000010939)	PARP14 (ENSCLAG00000009862)	DTX3L (ENSCLAG00000010981)	PARP9 (ENSCLAG00000009939)	KPNA1 (ENSCLAG00000010516)	WDR5B (ENSCLAG00000017883)	FAM162A (ENSCLAG00000013224)	MIX23 (ENSCLAG00000011614)	CSTA (ENSCLAG00000012262)	ENSCLAG00000010972	CASR (ENSCLAG00000014611)	CD86 (ENSCLAG00000011396)	ILDR1 (ENSCLAG00000010123)	SLC15A2 (ENSCLAG00000014172)	ENSCLAG00000016737	ENSCLAG00000014988 ##22	EAF2 (ENSCLAG00000014487)	IQCB1 (ENSCLAG00000014748)	GOLGB1 (ENSCLAG00000011762)	HCLS1 (ENSCLAG00000013865)	FBXO40 (ENSCLAG00000012408)	POLQ (ENSCLAG00000008388)	STXBP5L (ENSCLAG00000008959)	GTF2E1 (ENSCLAG00000013201)	RABL3 (ENSCLAG00000010855)	HGD (ENSCLAG00000009244)	NDUFB4 (ENSCLAG00000015299)	FSTL1 (ENSCLAG00000009617)	ENSCLAG00000013373	LRRC58 (ENSCLAG00000013874)	GPR156 (ENSCLAG00000011487)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	11	KCNK13 (ENSSVLG00005013326)	TDP1 (ENSSVLG00005013476)	EFCAB11 (ENSSVLG00005013546)	ENSSVLG00005013662	TTC8 (ENSSVLG00005013985)	EML5 (ENSSVLG00005014344)	ZC3H14 (ENSSVLG00005015308)	ENSSVLG00005015828	SPATA7 (ENSSVLG00005016315)	KCNK10 (ENSSVLG00005016390)	ENSSVLG00005016574	GPR65 (ENSSVLG00005016587)	ENSSVLG00005016652	ENSSVLG00005017268	ENSSVLG00005017290	ENSSVLG00005017314 ##22	ENSSVLG00005017341	ENSSVLG00005017401	ENSSVLG00005017469	FLRT2 (ENSSVLG00005017482)	SEL1L (ENSSVLG00005017527)	STON2 (ENSSVLG00005017877)	ENSSVLG00005018099	TSHR (ENSSVLG00005018291)	CEP128 (ENSSVLG00005018595)	ENSSVLG00005018940	ENSSVLG00005018988	NRXN3 (ENSSVLG00005019225)	ENSSVLG00005019637	ENSSVLG00005019673	ENSSVLG00005019707
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	8	ENSSVLG00005022799	ENSSVLG00005022847	CMTR2 (ENSSVLG00005022862)	CALB2 (ENSSVLG00005022894)	TLE7 (ENSSVLG00005023018)	ENSSVLG00005023073	CHST4 (ENSSVLG00005023084)	TAT (ENSSVLG00005023106)	ENSSVLG00005023175	PHLPP2 (ENSSVLG00005023221)	AP1G1 (ENSSVLG00005023353)	ATXN1L (ENSSVLG00005023433)	ZNF821 (ENSSVLG00005023459)	IST1 (ENSSVLG00005023547)	ENSSVLG00005023582	ENSSVLG00005023609 ##22	DHODH (ENSSVLG00005023635)	ENSSVLG00005023691	TXNL4B (ENSSVLG00005023768)	DHX38 (ENSSVLG00005023788)	PMFBP1 (ENSSVLG00005023835)	ZFHX3 (ENSSVLG00005023938)	ENSSVLG00005024001	WWP2 (ENSSVLG00005024025)	NOB1 (ENSSVLG00005024070)	NQO1 (ENSSVLG00005024117)	ENSSVLG00005024219	NFAT5 (ENSSVLG00005024247)	ENSSVLG00005024409	ENSSVLG00005024430	ENSSVLG00005024443
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	13	EEF1AKMT1 (ENSSVLG00005015915)	IL17D (ENSSVLG00005015879)	ENSSVLG00005015855	IFT88 (ENSSVLG00005015641)	CRYL1 (ENSSVLG00005015539)	ENSSVLG00005015520	GJB6 (ENSSVLG00005015504)	GJB2 (ENSSVLG00005015488)	ZMYM2 (ENSSVLG00005015358)	ENSSVLG00005015259	ENSSVLG00005015231	PSPC1 (ENSSVLG00005015195)	MPHOSPH8 (ENSSVLG00005015164)	PARP4 (ENSSVLG00005014213)	CENPJ (ENSSVLG00005013981)	ENSSVLG00005013873 ##22	RNF17 (ENSSVLG00005013672)	ENSSVLG00005013196	ENSSVLG00005013113	TIMM29 (ENSSVLG00005012441)	ENSSVLG00005012415	ENSSVLG00005012358	ENSSVLG00005012315	ENSSVLG00005012267	ENSSVLG00005012242	ENSSVLG00005012223	ENSSVLG00005012165	ENSSVLG00005012090	ENSSVLG00005012043	ENSSVLG00005011984	ENSSVLG00005011941
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	27	BMP4 (ENSUPAG00010003585)	CDKN3 (ENSUPAG00010003565)	CNIH1 (ENSUPAG00010003545)	GMFB (ENSUPAG00010003533)	CGRRF1 (ENSUPAG00010003511)	SAMD4A (ENSUPAG00010003229)	GCH1 (ENSUPAG00010003221)	WDHD1 (ENSUPAG00010003149)	SOCS4 (ENSUPAG00010003145)	MAPK1IP1L (ENSUPAG00010003130)	LGALS3 (ENSUPAG00010003112)	ENSUPAG00010003095	FBXO34 (ENSUPAG00010003083)	ATG14 (ENSUPAG00010003072)	TBPL2 (ENSUPAG00010003064)	ENSUPAG00010003052 ##22	KTN1 (ENSUPAG00010001418)	ENSUPAG00010001410	PELI2 (ENSUPAG00010001379)	TMEM260 (ENSUPAG00010001276)	OTX2 (ENSUPAG00010001231)	EXOC5 (ENSUPAG00010001129)	AP5M1 (ENSUPAG00010001100)	NAA30 (ENSUPAG00010001083)	CCDC198 (ENSUPAG00010001074)	SLC35F4 (ENSUPAG00010001052)	ARMH4 (ENSUPAG00010000968)	ACTR10 (ENSUPAG00010000951)	PSMA3 (ENSUPAG00010000924)	ARID4A (ENSUPAG00010000903)	TOMM20L (ENSUPAG00010000888)
Squirrel	MODERN SPECIES	166						MCF2L2 (ENSSTOG00000010382)	ENSSTOG00000029916	B3GNT5 (ENSSTOG00000010399)	ENSSTOG00000010372	MCCC1 (ENSSTOG00000010361)	DCUN1D1 (ENSSTOG00000016465)	ATP11B (ENSSTOG00000016462)	SOX2 (ENSSTOG00000011011)	ENSSTOG00000011508	FXR1 (ENSSTOG00000010612)	ENSSTOG00000011392 ##22	ENSSTOG00000003847	TTC14 (ENSSTOG00000003827)	PEX5L (ENSSTOG00000002383)	USP13 (ENSSTOG00000002367)	NDUFB5 (ENSSTOG00000010557)	MRPL47 (ENSSTOG00000032487)	ACTL6A (ENSSTOG00000010540)	ENSSTOG00000033903	GNB4 (ENSSTOG00000005210)	MFN1 (ENSSTOG00000005167)	ZNF639 (ENSSTOG00000001442)	KCNMB3 (ENSSTOG00000013715)	PIK3CA (ENSSTOG00000012906)	ZMAT3 (ENSSTOG00000028436)	KCNMB2 (ENSSTOG00000002726)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	66	Enho (ENSJJAG00000004696)	Cntfr (ENSJJAG00000011937)	Rpp25l (ENSJJAG00000008971)	Dctn3 (ENSJJAG00000003095)	Arid3c (ENSJJAG00000022167)	Sigmar1 (ENSJJAG00000014555)	Galt (ENSJJAG00000023869)	ENSJJAG00000021304	ENSJJAG00000014932	ENSJJAG00000013492	Ccl19 (ENSJJAG00000017038)	ENSJJAG00000023174	ENSJJAG00000019575	ENSJJAG00000013137	ENSJJAG00000014996	ENSJJAG00000008982 ##22	Phf24 (ENSJJAG00000020569)	Dnajb5 (ENSJJAG00000017881)	1700022I11Rik (ENSJJAG00000017366)	Vcp (ENSJJAG00000011279)	Fancg (ENSJJAG00000001037)	Pigo (ENSJJAG00000013319)	Stoml2 (ENSJJAG00000000653)	ENSJJAG00000004248	ENSJJAG00000020741	ENSJJAG00000019777	Atp8b5 (ENSJJAG00000014837)	ENSJJAG00000002181	ENSJJAG00000020184	Tesk1 (ENSJJAG00000016533)	Cd72 (ENSJJAG00000013979)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	11	Brix1 (ENSRNOG00000018021)	Dnajc21 (ENSRNOG00000017876)	Agxt2 (ENSRNOG00000017821)	Prlr (ENSRNOG00000057557)	ENSRNOG00000065396	Spef2 (ENSRNOG00000058275)	Il7r (ENSRNOG00000065741)	Capsl (ENSRNOG00000054277)	Ugt3a2 (ENSRNOG00000059568)	Lmbrd2 (ENSRNOG00000054751)	Skp2 (ENSRNOG00000059059)	Nadk2 (ENSRNOG00000054157)	ENSRNOG00000068920	Ranbp3l (ENSRNOG00000052173)	Slc1a3 (ENSRNOG00000016163)	AABR07008421.1 (ENSRNOG00000030748) ##22	Nipbl (ENSRNOG00000056907)	Cplane1 (ENSRNOG00000042118)	Nup155 (ENSRNOG00000013411)	Wdr70 (ENSRNOG00000013336)	Gdnf (ENSRNOG00000012819)	Egflam (ENSRNOG00000012058)	Lifr (ENSRNOG00000011696)	Osmr (ENSRNOG00000033192)	Rictor (ENSRNOG00000011341)	Fyb1 (ENSRNOG00000013886)	C9 (ENSRNOG00000013736)	Dab2 (ENSRNOG00000028930)	ENSRNOG00000063101	Rps15al4 (ENSRNOG00000052207)	Ptger4 (ENSRNOG00000013240)
Rat	MODERN SPECIES	17	Deptor (ENSRNOG00000004328)	ENSRNOG00000069733	LOC100359421 (ENSRNOG00000032401)	Dscc1 (ENSRNOG00000026502)	Taf2 (ENSRNOG00000034022)	Enpp2 (ENSRNOG00000004089)	Ccn3 (ENSRNOG00000008697)	Mal2 (ENSRNOG00000008615)	Colec10 (ENSRNOG00000008591)	Tnfrsf11b (ENSRNOG00000008336)	LOC120093654 (ENSRNOG00000013191)	Samd12 (ENSRNOG00000043390)	Ext1 (ENSRNOG00000024886)	Med30 (ENSRNOG00000004844)	Slc30a8 (ENSRNOG00000004747)	AABR07057877.1 (ENSRNOG00000028988) ##22	ENSRNOG00000067469	Aard (ENSRNOG00000004708)	Rad21 (ENSRNOG00000004420)	Utp23 (ENSRNOG00000063314)	Eif3h (ENSRNOG00000004252)	Trps1 (ENSRNOG00000024998)	ENSRNOG00000069033	Csmd3 (ENSRNOG00000004937)	ENSRNOG00000065523	ENSRNOG00000063900	Kcnv1 (ENSRNOG00000004117)	Smg5l1 (ENSRNOG00000024507)	Sybu (ENSRNOG00000004200)	Ebag9 (ENSRNOG00000004220)	Pkhd1l1 (ENSRNOG00000004398)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Prairie vole	MODERN SPECIES	6	Hapln1 (ENSMOCG00000018799)	Edil3 (ENSMOCG00000001973)	ENSMOCG00000016800	Cox7c (ENSMOCG00000017709)	Rasa1 (ENSMOCG00000020205)	Ccnh (ENSMOCG00000005334)	Tmem161b (ENSMOCG00000017125)	Mef2c (ENSMOCG00000010324)	Cetn3 (ENSMOCG00000009624)	Mblac2 (ENSMOCG00000011064)	Polr3g (ENSMOCG00000014935)	Lysmd3 (ENSMOCG00000020333)	ENSMOCG00000013307	ENSMOCG00000018170	Arrdc3 (ENSMOCG00000006099)	ENSMOCG00000015077 ##22	ENSMOCG00000020099	ENSMOCG00000011944	Nr2f1 (ENSMOCG00000013379)	Fam172a (ENSMOCG00000003613)	Pou5f2 (ENSMOCG00000012326)	2210408I21Rik (ENSMOCG00000000720)	Slf1 (ENSMOCG00000022249)	Mctp1 (ENSMOCG00000015853)	ENSMOCG00000009313	Fam81b (ENSMOCG00000000570)	Skic3 (ENSMOCG00000009822)	Arsk (ENSMOCG00000019368)	ENSMOCG00000006789	Rfesd (ENSMOCG00000001203)	Spata9 (ENSMOCG00000010443)
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	18	Spin1 (ENSPEMG00000025203)	ENSPEMG00000010408	ENSPEMG00000029172	Fbxw17 (ENSPEMG00000023428)	Gm47429 (ENSPEMG00000025972)	Nutm2 (ENSPEMG00000016872)	ENSPEMG00000030685	Iars (ENSPEMG00000012867)	Nol8 (ENSPEMG00000012756)	Ogn (ENSPEMG00000024075)	Omd (ENSPEMG00000024055)	Aspn (ENSPEMG00000008598)	Ecm2 (ENSPEMG00000017291)	Cenpp (ENSPEMG00000011858)	Ippk (ENSPEMG00000011435)	ENSPEMG00000029579 ##22	Bicd2 (ENSPEMG00000014865)	Fgd3 (ENSPEMG00000001715)	Susd3 (ENSPEMG00000014029)	Card19 (ENSPEMG00000017110)	Ninj1 (ENSPEMG00000011812)	Wnk2 (ENSPEMG00000001161)	Fam120a (ENSPEMG00000014076)	Phf2 (ENSPEMG00000005796)	Barx1 (ENSPEMG00000017288)	ENSPEMG00000031327	Ptpdc1 (ENSPEMG00000013276)	Zfp169 (ENSPEMG00000000674)	Id4 (ENSPEMG00000026044)	Rnf144b (ENSPEMG00000026855)	ENSPEMG00000011094
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Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	2466															EEF1AKMT1 (ENSTBEG00000010417)	ENSTBEG00000010387 ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	10417																ENSTBEG00000013054 ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	8589																ENSTBEG00000000665 ##22
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	8300																ENSTBEG00000012869 ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	7582																ENSTBEG00000006378 ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	9302																ENSTBEG00000011419 ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	6734																ENSTBEG00000014596 ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	13	ENSCSAG00000015152	ENSCSAG00000015163	AMPH (ENSCSAG00000015175)	ENSCSAG00000019602	VPS41 (ENSCSAG00000015187)	POU6F2 (ENSCSAG00000015201)	ENSCSAG00000019601	YAE1 (ENSCSAG00000015211)	RALA (ENSCSAG00000015217)	CDK13 (ENSCSAG00000015259)	MPLKIP (ENSCSAG00000015281)	SUGCT (ENSCSAG00000015289)	ENSCSAG00000019600	INHBA (ENSCSAG00000015294)	GLI3 (ENSCSAG00000015361)	ENSCSAG00000019599 ##22	ENSCSAG00000015385	C7orf25 (ENSCSAG00000015390)	PSMA2 (ENSCSAG00000015394)	ENSCSAG00000015403	HECW1 (ENSCSAG00000015421)	STK17A (ENSCSAG00000015428)	COA1 (ENSCSAG00000015432)	BLVRA (ENSCSAG00000015441)	MRPS24 (ENSCSAG00000015447)	URGCP (ENSCSAG00000015454)	UBE2D4 (ENSCSAG00000015467)	DBNL (ENSCSAG00000015475)	PGAM2 (ENSCSAG00000015481)	POLM (ENSCSAG00000015486)	AEBP1 (ENSCSAG00000015516)
Tarsier	MODERN SPECIES	4675													ENSTSYG00000007754	CLCA4 (ENSTSYG00000013100)	ENSTSYG00000037225	ENSTSYG00000032122 ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.b ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.b ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.b ##22
Sloth	MODERN SPECIES	8771																ENSCHOG00000010119 ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT01060000248528.b.kh	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT00940000153118.db.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT01100000263575.B	ENSGT00940000156302	ENSGT01100000263559.B	ENSGT01100000263569.a.b.b	ENSGT00940000164494	ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000153092.a.a.d	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000153125.A	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263474.a.b.b.f	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	217															ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	1540															ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062
Sloth	MODERN SPECIES	10211															BTN1A1 (ENSCHOG00000013706)	HMGN4 (ENSCHOG00000013721) ##22
Armadillo	MODERN SPECIES	2330															ENSDNOG00000039664	HMGN4 (ENSDNOG00000037219) ##22	ENSDNOG00000042439	ABT1 (ENSDNOG00000043158)
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	283															ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	284															ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062
Elephant	MODERN SPECIES	397	ENSLAFG00000032527	ENSLAFG00000026367	ENSLAFG00000029722	ENSLAFG00000025599	ENSLAFG00000031659	ENSLAFG00000030849	H1-3 (ENSLAFG00000006550)	ENSLAFG00000029393	ENSLAFG00000027983	ENSLAFG00000031211	ENSLAFG00000026898	ENSLAFG00000026412	ENSLAFG00000025716	ENSLAFG00000025841	BTN1A1 (ENSLAFG00000006709)	HMGN4 (ENSLAFG00000006711) ##22	ABT1 (ENSLAFG00000007568)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT00940000153118.db.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263474.a.b.a.d	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT01100000263559.A.e.a	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.f	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.D.a.a	ENSGT01100000263506.a.f.b	ENSGT00940000153092.a.a.d	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263474.a.b.a.d	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT01100000263559.A.e.a	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b	ENSGT00940000153125.E.c.a.b.a.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	11429																ENSEEUG00000009498 ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01100000263559.A.e.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT01100000263474.a.b.a.d	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.B
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.b	ENSGT00940000160426	ENSGT00940000153118.db.a.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000153125.E.c.a.b.b	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.a
Suina	ANCESTRAL SPECIES	65														ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.b
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	782	ENSCWAG00000009606	ENSCWAG00000009586	ENSCWAG00000009572	ENSCWAG00000009554	H2AC7 (ENSCWAG00000009532)	ENSCWAG00000009511	ENSCWAG00000009462	ENSCWAG00000009426	ENSCWAG00000009386	ENSCWAG00000009353	ENSCWAG00000009315	ENSCWAG00000009284	ENSCWAG00000009256	BTN2A1 (ENSCWAG00000009117)	BTN1A1 (ENSCWAG00000009048)	HMGN4 (ENSCWAG00000009032) ##22	ABT1 (ENSCWAG00000008984)	ENSCWAG00000008933	ZNF322 (ENSCWAG00000008921)	H2BC11 (ENSCWAG00000008855)	ENSCWAG00000008847	ENSCWAG00000008832	ENSCWAG00000008821	H2AC12 (ENSCWAG00000008803)	PRSS16 (ENSCWAG00000008627)	ENSCWAG00000008569	ZNF184 (ENSCWAG00000008509)	ENSCWAG00000008488	ENSCWAG00000008464	ENSCWAG00000008451	H2AC14 (ENSCWAG00000008431)
Pig	MODERN SPECIES	15	H3C4 (ENSSSCG00000056496)	ENSSSCG00000052435	H1-3 (ENSSSCG00000001137)	ENSSSCG00000052704	ENSSSCG00000056247	ENSSSCG00000054633	ENSSSCG00000053072	ENSSSCG00000055820	ENSSSCG00000060961	ENSSSCG00000053139	ENSSSCG00000056711	ENSSSCG00000053691	ENSSSCG00000047152	ENSSSCG00000001131	BTN1A1 (ENSSSCG00000001132)	HMGN4 (ENSSSCG00000020696) ##22	ABT1 (ENSSSCG00000038191)	ENSSSCG00000061778	ENSSSCG00000061451	ENSSSCG00000056073	ZNF322 (ENSSSCG00000001156)	ENSSSCG00000039020	H2BC11 (ENSSSCG00000054132)	ENSSSCG00000033451	ENSSSCG00000056814	ENSSSCG00000056180	ENSSSCG00000047716	ENSSSCG00000056213	PRSS16 (ENSSSCG00000025410)	ENSSSCG00000042999	ZNF391 (ENSSSCG00000046879)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	19													ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153125.D.a.a	ENSGT01100000263506.a.f.b	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263575.A	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000162950
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.d.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.f.b	ENSGT00940000153125.D.a.a	ENSGT00940000153125.E.d.a	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263548.a.b.b
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT01100000263514.A.f	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.a.b.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.d.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b.h	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01060000248528.b.kh.yb	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.B	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.f	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b.h	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a	ENSGT00940000153125.B	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000153125.E.d.b	ENSGT00940000162950
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a	ENSGT00940000153125.B	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.f.b	ENSGT00940000153125.D.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160426
Narwhal	MODERN SPECIES	310	ENSMMNG00015012268	ENSMMNG00015012276	ENSMMNG00015012287	ENSMMNG00015012294	H1-3 (ENSMMNG00015012301)	ENSMMNG00015012312	ENSMMNG00015012323	ENSMMNG00015012338	ENSMMNG00015012352	ENSMMNG00015012365	ENSMMNG00015012380	ENSMMNG00015012396	BTN3A1 (ENSMMNG00015012436)	BTN2A2 (ENSMMNG00015012490)	BTN1A1 (ENSMMNG00015012520)	HMGN4 (ENSMMNG00015012528) ##22	ABT1 (ENSMMNG00015012530)	ZNF322 (ENSMMNG00015012537)	ENSMMNG00015012544	H2BC11 (ENSMMNG00015012550)	ENSMMNG00015012557	ENSMMNG00015012563	ENSMMNG00015012567	ENSMMNG00015012571	PRSS16 (ENSMMNG00015012585)	ZNF391 (ENSMMNG00015012627)	ZNF184 (ENSMMNG00015012637)	ENSMMNG00015012647	ENSMMNG00015012659	ENSMMNG00015012671	ENSMMNG00015012679
Beluga whale	MODERN SPECIES	79	ENSDLEG00000019325	ENSDLEG00000019331	ENSDLEG00000019333	ENSDLEG00000019337	ENSDLEG00000019345	H1-3 (ENSDLEG00000019348)	ENSDLEG00000019351	ENSDLEG00000019355	ENSDLEG00000019360	ENSDLEG00000019366	ENSDLEG00000019369	ENSDLEG00000019372	BTN3A1 (ENSDLEG00000019373)	BTN2A2 (ENSDLEG00000019375)	BTN1A1 (ENSDLEG00000019381)	HMGN4 (ENSDLEG00000019387) ##22	ABT1 (ENSDLEG00000019388)	ZNF322 (ENSDLEG00000019391)	H2BC11 (ENSDLEG00000019395)	ENSDLEG00000019397	ENSDLEG00000019399	ENSDLEG00000019401	ENSDLEG00000019405	PRSS16 (ENSDLEG00000019410)	ZNF391 (ENSDLEG00000019425)	ZNF184 (ENSDLEG00000019426)	ENSDLEG00000016315	ENSDLEG00000016321	ENSDLEG00000016326	H2BC15 (ENSDLEG00000016333)	ENSDLEG00000016338
Dolphin	MODERN SPECIES	6287															BTN1A1 (ENSTTRG00000002170)	HMGN4 (ENSTTRG00000002174) ##22	ABT1 (ENSTTRG00000002176)
Sperm whale	MODERN SPECIES	9	ENSPCTG00005005118	ENSPCTG00005005107	ENSPCTG00005005099	ENSPCTG00005005078	ENSPCTG00005005061	H1-3 (ENSPCTG00005005048)	ENSPCTG00005005035	ENSPCTG00005005024	ENSPCTG00005005003	ENSPCTG00005004979	ENSPCTG00005004969	ENSPCTG00005004961	BTN3A1 (ENSPCTG00005004912)	BTN2A2 (ENSPCTG00005004688)	BTN1A1 (ENSPCTG00005004603)	HMGN4 (ENSPCTG00005004513) ##22	ABT1 (ENSPCTG00005004494)	ENSPCTG00005004444	ZNF322 (ENSPCTG00005017648)	ENSPCTG00005017602	H2BC11 (ENSPCTG00005017584)	ENSPCTG00005017575	ENSPCTG00005017561	ENSPCTG00005017547	ENSPCTG00005017532	PRSS16 (ENSPCTG00005017318)	ENSPCTG00005017283	H1-5 (ENSPCTG00005017235)	ENSPCTG00005017216	ENSPCTG00005017201	ENSPCTG00005017175
Blue whale	MODERN SPECIES	16	KCTD8 (ENSBMSG00010004089)	GRXCR1 (ENSBMSG00010004112)	ATP8A1 (ENSBMSG00010004178)	ENSBMSG00010004311	SHISA3 (ENSBMSG00010004322)	BEND4 (ENSBMSG00010004338)	SLC30A9 (ENSBMSG00010004377)	TMEM33 (ENSBMSG00010004410)	PHOX2B (ENSBMSG00010004426)	ENSBMSG00010004449	LIMCH1 (ENSBMSG00010004613)	UCHL1 (ENSBMSG00010005160)	APBB2 (ENSBMSG00010005187)	NSUN7 (ENSBMSG00010005244)	RBM47 (ENSBMSG00010005312)	ENSBMSG00010005369 ##22	CHRNA9 (ENSBMSG00010005383)	N4BP2 (ENSBMSG00010005414)	ENSBMSG00010005428	PDS5A (ENSBMSG00010005463)	ENSBMSG00010005790	SMIM14 (ENSBMSG00010005888)	UGDH (ENSBMSG00010005911)	LIAS (ENSBMSG00010005961)	RPL9 (ENSBMSG00010006052)	KLB (ENSBMSG00010006078)	ENSBMSG00010006112	RFC1 (ENSBMSG00010006129)	WDR19 (ENSBMSG00010006185)	KLHL5 (ENSBMSG00010006252)	TMEM156 (ENSBMSG00010006449)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263559.B	ENSGT01100000263569.a.b.b	ENSGT00940000164494	ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.f.b	ENSGT00940000153125.D.a.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.b.a
Yarkand deer	MODERN SPECIES	30	H1-6 (ENSCHYG00000007975)	H2AC6 (ENSCHYG00000007965)	H1-4 (ENSCHYG00000007957)	ENSCHYG00000007947	H2BC4 (ENSCHYG00000007936)	H2AC7 (ENSCHYG00000007921)	ENSCHYG00000007912	ENSCHYG00000007900	ENSCHYG00000007886	ENSCHYG00000007866	ENSCHYG00000007855	ENSCHYG00000007831	ENSCHYG00000007091	BTN2A2 (ENSCHYG00000006850)	BTN1A1 (ENSCHYG00000006720)	ENSCHYG00000006673 ##22	ABT1 (ENSCHYG00000006635)	H2BC11 (ENSCHYG00000006599)	ENSCHYG00000006586	ENSCHYG00000006570	H2BC12 (ENSCHYG00000006552)	H2AC12 (ENSCHYG00000006538)	PRSS16 (ENSCHYG00000006484)	POM121L2 (ENSCHYG00000006456)	ZNF391 (ENSCHYG00000006446)	ZNF184 (ENSCHYG00000006432)	ENSCHYG00000006403	ENSCHYG00000006387	ENSCHYG00000006382	ENSCHYG00000006376	ENSCHYG00000006366
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153125.E.c.a.b.b	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263559.B	ENSGT01100000263569.a.b.b	ENSGT00940000164494	ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000162956.c	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.f.b	ENSGT00940000153125.D.a.a
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b.b.a	ENSGT01100000263575.A	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f.n.b	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.a	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000162956.c	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.wc	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b.h
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b.b.b	ENSGT01100000263575.A	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f.n.b	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00940000153147.m.a.b	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.b	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.a	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000162956.c	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.wc
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3298	PCOLCE2 (ENSBBBG00000017158)	ENSBBBG00000017165	PAQR9 (ENSBBBG00000004249)	U2SURP (ENSBBBG00000017226)	CHST2 (ENSBBBG00000017229)	SLC9A9 (ENSBBBG00000017251)	DIPK2A (ENSBBBG00000017267)	ENSBBBG00000007570	PLOD2 (ENSBBBG00000004314)	PLSCR4 (ENSBBBG00000017501)	ENSBBBG00000004337	PLSCR1 (ENSBBBG00000017546)	PLSCR5 (ENSBBBG00000017562)	ZIC4 (ENSBBBG00000007949)	ZIC1 (ENSBBBG00000017580)	ENSBBBG00000017587 ##22	ENSBBBG00000007463	AGTR1 (ENSBBBG00000007578)	CPB1 (ENSBBBG00000017637)	CPA3 (ENSBBBG00000017648)	GYG1 (ENSBBBG00000017706)	HLTF (ENSBBBG00000017803)	HPS3 (ENSBBBG00000004398)	CP (ENSBBBG00000017904)	ENSBBBG00000017945	TM4SF18 (ENSBBBG00000017957)	TM4SF1 (ENSBBBG00000017968)	TM4SF4 (ENSBBBG00000017984)	WWTR1 (ENSBBBG00000017998)	COMMD2 (ENSBBBG00000008831)	ANKUB1 (ENSBBBG00000018020)
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	2625											ENSBBBG00000005776	ENSBBBG00000008476	ENSBBBG00000021795	BTN2A2 (ENSBBBG00000021933)	BTN1A1 (ENSBBBG00000021961)	ENSBBBG00000005809 ##22	ENSBBBG00000021970	ABT1 (ENSBBBG00000021978)	ENSBBBG00000021989	ENSBBBG00000022005	ENSBBBG00000022016	ZNF322 (ENSBBBG00000022023)	H2BC11 (ENSBBBG00000022030)	ENSBBBG00000022042	H2AC12 (ENSBBBG00000022044)	PRSS16 (ENSBBBG00000022086)
American bison	MODERN SPECIES	1727																ENSBBBG00000024435 ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES	17														ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530.g	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00940000153147.m.a.b	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.b	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.a	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000162956.c.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f.n.b	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a.d	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000153118.db.b.a.b.b.a	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530.g	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00940000153147.m.a.b	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.a	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000162956.c.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.wc	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000153125.D.a.a
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	15	ENSBIXG00005011900	H2AC7 (ENSBIXG00005011908)	ENSBIXG00005001204	ENSBIXG00005011929	H1-3 (ENSBIXG00005011942)	ENSBIXG00005011951	ENSBIXG00005011962	ENSBIXG00005011971	ENSBIXG00005001222	ENSBIXG00005011991	ENSBIXG00005001246	ENSBIXG00005006720	ENSBIXG00005012094	BTN1A1 (ENSBIXG00005012143)	BTN2A2 (ENSBIXG00005012204)	HMGN4 (ENSBIXG00005012219) ##22	ENSBIXG00005001271	ABT1 (ENSBIXG00005012255)	ENSBIXG00005001281	ENSBIXG00005012275	ENSBIXG00005012309	H2BC11 (ENSBIXG00005012324)	ENSBIXG00005012338	ENSBIXG00005001306	PRSS16 (ENSBIXG00005000361)	ZNF391 (ENSBIXG00005012401)	ENSBIXG00005012417	ZNF184 (ENSBIXG00005012440)	ENSBIXG00005012474	ENSBIXG00005001344	H2AC14 (ENSBIXG00005001352)
Cow	MODERN SPECIES	15	H3C4 (ENSBTAG00000050102)	H1-12 (ENSBTAG00000031774)	H2AC7 (ENSBTAG00000053792)	H2BC7 (ENSBTAG00000049598)	H2BC8 (ENSBTAG00000031769)	H2AC8 (ENSBTAG00000048743)	H3C6 (ENSBTAG00000048478)	H4C7 (ENSBTAG00000049555)	H3C7 (ENSBTAG00000048666)	H2AC10 (ENSBTAG00000052895)	ENSBTAG00000050080	H4C8 (ENSBTAG00000049949)	ENSBTAG00000054314	ENSBTAG00000010852	BTN1A1 (ENSBTAG00000031753)	HMGN4 (ENSBTAG00000031747) ##22	ENSBTAG00000048345	ABT1 (ENSBTAG00000010784)	OR2M14 (ENSBTAG00000048661)	OR2M17 (ENSBTAG00000054898)	ZNF322 (ENSBTAG00000031741)	H2BC11 (ENSBTAG00000054812)	H2AC11 (ENSBTAG00000048599)	H4C9 (ENSBTAG00000046096)	H2BC12 (ENSBTAG00000038173)	H2AC12 (ENSBTAG00000054548)	PRSS16 (ENSBTAG00000012461)	POM121L2 (ENSBTAG00000024169)	ZNF391 (ENSBTAG00000009152)	ZNF184 (ENSBTAG00000011498)	ENSBTAG00000055174
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	11													ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530.g	ENSGT00940000161530.h	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.b	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.a	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000162956.c.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.h.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a.c.a.a.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b
Wild yak	MODERN SPECIES	1423																HMGN4 (ENSBMUG00000024343) ##22	ABT1 (ENSBMUG00000024362)	ENSBMUG00000024375	ENSBMUG00000024388	ENSBMUG00000024397	ZNF322 (ENSBMUG00000024404)	ENSBMUG00000024425	H2BC11 (ENSBMUG00000024435)	ENSBMUG00000024454	H2AC12 (ENSBMUG00000024469)	PRSS16 (ENSBMUG00000024489)
Domestic yak	MODERN SPECIES	16	ENSBGRG00000016363	ENSBGRG00000016394	ENSBGRG00000016419	ENSBGRG00000016441	ENSBGRG00000016458	ENSBGRG00000016473	ENSBGRG00000016498	ENSBGRG00000016549	ENSBGRG00000016584	ENSBGRG00000016601	ENSBGRG00000016621	ENSBGRG00000016669	BTN2A2 (ENSBGRG00000016758)	ENSBGRG00000017290	ENSBGRG00000017321	HMGN4 (ENSBGRG00000017370) ##22	ABT1 (ENSBGRG00000017465)	ENSBGRG00000017537	ZNF322 (ENSBGRG00000017605)	H2BC11 (ENSBGRG00000017627)	H2AC11 (ENSBGRG00000017645)	ENSBGRG00000017726	ENSBGRG00000017748	PRSS16 (ENSBGRG00000017772)	POM121L2 (ENSBGRG00000018030)	ZNF391 (ENSBGRG00000018080)	ZNF184 (ENSBGRG00000018095)	ENSBGRG00000018216	ENSBGRG00000018262	ENSBGRG00000018283	ENSBGRG00000018360
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	54														ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.e.a	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000162956.d.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.wc	ENSGT00940000153125.E.c.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000153125.E.c.a.b.a.b.c	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b.h
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	12	ENSOARG00020009194	ENSOARG00020009146	H1-3 (ENSOARG00020009112)	ENSOARG00020009101	ENSOARG00020009082	ENSOARG00020009069	ENSOARG00020009051	ENSOARG00020009029	ENSOARG00020009000	ENSOARG00020008987	ENSOARG00020008979	ENSOARG00020008941	BTN2A1 (ENSOARG00020008605)	BTN1A1 (ENSOARG00020008558)	ENSOARG00020008536	HMGN4 (ENSOARG00020008517) ##22	ABT1 (ENSOARG00020008475)	ENSOARG00020008443	ENSOARG00020008400	ENSOARG00020008387	ENSOARG00020008348	ENSOARG00020008332	ENSOARG00020008313	ENSOARG00020008289	ENSOARG00020008272	ENSOARG00020008257	ENSOARG00020008220	ENSOARG00020008200	ENSOARG00020008182	ENSOARG00020008159	ENSOARG00020008135
Goat	MODERN SPECIES	15	ENSCHIG00000010374	ENSCHIG00000009774	ENSCHIG00000010477	H1-3 (ENSCHIG00000010817)	ENSCHIG00000009391	ENSCHIG00000012112	ENSCHIG00000006730	ENSCHIG00000007534	ENSCHIG00000009676	ENSCHIG00000011039	ENSCHIG00000013209	ENSCHIG00000013369	ENSCHIG00000012806	BTN2A2 (ENSCHIG00000013542)	BTN1A1 (ENSCHIG00000022347)	HMGN4 (ENSCHIG00000009386) ##22	ABT1 (ENSCHIG00000012988)	ENSCHIG00000024658	ENSCHIG00000011849	ENSCHIG00000006665	H2BC11 (ENSCHIG00000011209)	ENSCHIG00000007924	ENSCHIG00000012270	ENSCHIG00000001191	ENSCHIG00000024266	ENSCHIG00000019177	ENSCHIG00000024587	ZNF391 (ENSCHIG00000007068)	ZNF184 (ENSCHIG00000016376)	ENSCHIG00000010006	ENSCHIG00000010274
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	95	ENSMMSG00000010537	ENSMMSG00000010525	ENSMMSG00000010501	H1-3 (ENSMMSG00000010490)	ENSMMSG00000010473	ENSMMSG00000010455	ENSMMSG00000010445	ENSMMSG00000010435	ENSMMSG00000010421	ENSMMSG00000010409	ENSMMSG00000010400	ENSMMSG00000010381	BTN3A1 (ENSMMSG00000010159)	BTN2A2 (ENSMMSG00000010056)	BTN1A1 (ENSMMSG00000009978)	HMGN4 (ENSMMSG00000009958) ##22	ABT1 (ENSMMSG00000009933)	ENSMMSG00000009906	ENSMMSG00000009886	ZNF322 (ENSMMSG00000009880)	H2BC11 (ENSMMSG00000009869)	ENSMMSG00000009857	ENSMMSG00000009831	ENSMMSG00000009821	PRSS16 (ENSMMSG00000009695)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	100										ENSGT00940000155501.a.b.n	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000160426	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.d	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT00940000153118.db.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b.g.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	12	ENSCDRG00005004809	ENSCDRG00005004822	ENSCDRG00005004830	H2AC7 (ENSCDRG00005004842)	ENSCDRG00005004872	ENSCDRG00005004880	ENSCDRG00005004887	ENSCDRG00005004900	ENSCDRG00005004912	ENSCDRG00005004953	ENSCDRG00005004959	ENSCDRG00005004984	BTN3A1 (ENSCDRG00005005048)	BTN2A2 (ENSCDRG00005005178)	BTN1A1 (ENSCDRG00005005224)	HMGN4 (ENSCDRG00005005238) ##22	ABT1 (ENSCDRG00005005254)	ENSCDRG00005005272	ZNF322 (ENSCDRG00005005278)	ENSCDRG00005005288	H2BC11 (ENSCDRG00005005294)	ENSCDRG00005005307	ENSCDRG00005005316	ENSCDRG00005005324	PRSS16 (ENSCDRG00005005354)	ENSCDRG00005005435	ZNF391 (ENSCDRG00005005460)	ZNF184 (ENSCDRG00005005477)	ENSCDRG00005005502	ENSCDRG00005005549	ENSCDRG00005005681
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.d	ENSGT01100000263559.B	ENSGT00940000156302	ENSGT01100000263575.B.u	ENSGT01100000263559.A.f	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.a	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.xb.a.b	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.a
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.a	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.e.a.b	ENSGT00940000153125.E.c.a.b.b	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT01100000263559.A.e.a	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153118.db.b	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a
Felidae	DUPLICATION
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a	ENSGT00940000154778	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.c ##22	ENSGT00390000018433.s.b	ENSGT00940000155694	ENSGT00940000160791.A	ENSGT00950000182980.a.a.p	ENSGT00950000182936.a.a.b	ENSGT00390000016644	ENSGT00940000154986	ENSGT00390000016183	ENSGT00940000160195.b.b	ENSGT00950000183040.A.b	ENSGT00940000155128.a.b	ENSGT00940000155905.a	ENSGT00490000043413	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a	ENSGT00940000154778	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.c ##22	ENSGT00390000018433.s.b	ENSGT00940000155694	ENSGT00940000160791.A	ENSGT00950000182980.a.a.p	ENSGT00950000182936.a.a.b	ENSGT00390000016644	ENSGT00940000154986	ENSGT00390000016183	ENSGT00940000160195.b.b	ENSGT00950000183040.A.b	ENSGT00940000155128.a.b	ENSGT00940000155905.a	ENSGT00490000043413	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323
Tiger	MODERN SPECIES	197												IQCM (ENSPTIG00000020620)	DCLK2 (ENSPTIG00000021475)	LRBA (ENSPTIG00000006996)	MAB21L2 (ENSPTIG00000005332)	ENSPTIG00000015637 ##22	RPS3A (ENSPTIG00000015777)	SH3D19 (ENSPTIG00000016330)	ENSPTIG00000020404	FHIP1A (ENSPTIG00000020718)	GATB (ENSPTIG00000021433)	FBXW7 (ENSPTIG00000007915)	TMEM154 (ENSPTIG00000011311)	TIGD4 (ENSPTIG00000005744)	ARFIP1 (ENSPTIG00000013262)	FHDC1 (ENSPTIG00000017129)	TRIM2 (ENSPTIG00000019257)	MND1 (ENSPTIG00000020282)	TMEM131L (ENSPTIG00000021150)	TLR2 (ENSPTIG00000005924)	RNF175 (ENSPTIG00000006866)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00940000163277	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b	ENSGT00940000155201	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000159559	ENSGT00940000159333	ENSGT00390000010038	ENSGT00940000154895.a.a	ENSGT01050000244827.C.c.a.a	ENSGT00940000154778	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.c ##22	ENSGT00390000018433.s.b	ENSGT00940000155694	ENSGT00940000160791.A	ENSGT00950000182980.a.a.p	ENSGT00950000182936.a.a.b	ENSGT00390000016644	ENSGT00940000154986	ENSGT00390000016183	ENSGT00940000160195.b.b	ENSGT00950000183040.A.b	ENSGT00940000155128.a.b	ENSGT00940000155905.a	ENSGT00490000043413	ENSGT00530000063614.a.b	ENSGT00940000156323
leopard	MODERN SPECIES	6								ENSPPRG00000023608	NR3C2 (ENSPPRG00000000130)	ENSPPRG00000000395	IQCM (ENSPPRG00000001385)	DCLK2 (ENSPPRG00000003879)	MAB21L2 (ENSPPRG00000017133)	ENSPPRG00000004503	LRBA (ENSPPRG00000012725)	ENSPPRG00000013249 ##22	RPS3A (ENSPPRG00000013732)	SH3D19 (ENSPPRG00000001261)	ENSPPRG00000017765	FHIP1A (ENSPPRG00000002729)	GATB (ENSPPRG00000004993)	FBXW7 (ENSPPRG00000006952)	TMEM154 (ENSPPRG00000009481)	TIGD4 (ENSPPRG00000017931)	ARFIP1 (ENSPPRG00000013285)	TRIM2 (ENSPPRG00000023428)	MND1 (ENSPPRG00000022675)	TMEM131L (ENSPPRG00000001439)	TLR2 (ENSPPRG00000018231)	RNF175 (ENSPPRG00000001999)	SFRP2 (ENSPPRG00000002110)
lion	MODERN SPECIES	4	ZNF827 (ENSPLOG00000011513)	LSM6 (ENSPLOG00000011387)	REELD1 (ENSPLOG00000011324)	SLC10A7 (ENSPLOG00000011188)	POU4F2 (ENSPLOG00000011107)	TTC29 (ENSPLOG00000010821)	EDNRA (ENSPLOG00000010653)	TMEM184C (ENSPLOG00000010571)	PRMT9 (ENSPLOG00000010474)	ARHGAP10 (ENSPLOG00000010380)	NR3C2 (ENSPLOG00000010318)	IQCM (ENSPLOG00000010221)	DCLK2 (ENSPLOG00000009806)	MAB21L2 (ENSPLOG00000009738)	LRBA (ENSPLOG00000009669)	ENSPLOG00000009622 ##22	RPS3A (ENSPLOG00000009578)	ENSPLOG00000009537	SH3D19 (ENSPLOG00000009405)	ENSPLOG00000009336	FHIP1A (ENSPLOG00000009264)	GATB (ENSPLOG00000009163)	FBXW7 (ENSPLOG00000008895)	TMEM154 (ENSPLOG00000008799)	TIGD4 (ENSPLOG00000008774)	ENSPLOG00000008744	ARFIP1 (ENSPLOG00000008654)	FHDC1 (ENSPLOG00000008607)	TRIM2 (ENSPLOG00000008469)	ENSPLOG00000008449	MND1 (ENSPLOG00000008331)
Cat	MODERN SPECIES	235	LSM6 (ENSFCAG00000003047)	REELD1 (ENSFCAG00000046759)	ENSFCAG00000028577	SLC10A7 (ENSFCAG00000003048)	POU4F2 (ENSFCAG00000003049)	TTC29 (ENSFCAG00000012370)	EDNRA (ENSFCAG00000045372)	TMEM184C (ENSFCAG00000015410)	PRMT9 (ENSFCAG00000008695)	ARHGAP10 (ENSFCAG00000001820)	NR3C2 (ENSFCAG00000027453)	IQCM (ENSFCAG00000022342)	DCLK2 (ENSFCAG00000009915)	MAB21L2 (ENSFCAG00000025743)	LRBA (ENSFCAG00000025294)	ENSFCAG00000024391 ##22	RPS3A (ENSFCAG00000031288)	ENSFCAG00000050463	SH3D19 (ENSFCAG00000011212)	ENSFCAG00000039669	FHIP1A (ENSFCAG00000025713)	GATB (ENSFCAG00000003207)	FBXW7 (ENSFCAG00000000620)	TMEM154 (ENSFCAG00000035945)	TIGD4 (ENSFCAG00000028877)	ENSFCAG00000002796	ARFIP1 (ENSFCAG00000026832)	FHDC1 (ENSFCAG00000046337)	TRIM2 (ENSFCAG00000031235)	MND1 (ENSFCAG00000022084)	TMEM131L (ENSFCAG00000003011)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162523	ENSGT00940000161926	ENSGT00940000160468	ENSGT01100000263514.A.f	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.a	ENSGT00940000163525	ENSGT00940000158017.c.b	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.d ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.F.f.a.b.b	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.b	ENSGT00940000153165.a.a.d.e.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263575.A	ENSGT00940000156302	ENSGT01100000263559.B	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.a	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT00940000163835	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.d ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.F.f.a.b.b	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.b.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000153118.db.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000155501.a.b.e.a	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.d	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b	ENSGT01100000263567.a.a	ENSGT00940000163835	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.d ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.b	ENSGT00940000163269	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.F.f.a.b.b	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.b.a
lion	DUPLICATION
lion	DUPLICATION
lion	MODERN SPECIES	416														ENSPLOG00000015849 ##22	ENSPLOG00000015866	ENSPLOG00000015882 ##22
lion	MODERN SPECIES	416														ENSPLOG00000015882 ##22	ENSPLOG00000015866	ENSPLOG00000015849 ##22
lion	MODERN SPECIES	270																ENSPLOG00000019436 ##22
leopard	MODERN SPECIES	102	ENSPPRG00000014738	ENSPPRG00000014708	ENSPPRG00000014573	ENSPPRG00000014563	ENSPPRG00000014558	ENSPPRG00000014551	ENSPPRG00000014540	ENSPPRG00000014535	ENSPPRG00000014522	ENSPPRG00000014381	ENSPPRG00000014373	ENSPPRG00000011298	ENSPPRG00000010428	ENSPPRG00000007788	BTN1A1 (ENSPPRG00000007704)	ENSPPRG00000014262 ##22	ABT1 (ENSPPRG00000005955)	ZNF322 (ENSPPRG00000014256)	ENSPPRG00000014237	ENSPPRG00000014234	H2BC11 (ENSPPRG00000014224)	ENSPPRG00000014191	ENSPPRG00000014188	ENSPPRG00000014183	ENSPPRG00000014164	PRSS16 (ENSPPRG00000004527)	ZNF184 (ENSPPRG00000004041)	ENSPPRG00000014148	ENSPPRG00000014142	ENSPPRG00000014138	ENSPPRG00000014134
Tiger	MODERN SPECIES	40	H2BC3 (ENSPTIG00000001924)	HFE (ENSPTIG00000017746)	H1-6 (ENSPTIG00000001945)	ENSPTIG00000019313	H2AC6 (ENSPTIG00000019768)	ENSPTIG00000002467	H2BC5 (ENSPTIG00000002483)	ENSPTIG00000002508	ENSPTIG00000002532	ENSPTIG00000002551	ENSPTIG00000002620	ENSPTIG00000010817	BTN2A1 (ENSPTIG00000012788)	ENSPTIG00000003008	BTN1A1 (ENSPTIG00000018774)	ENSPTIG00000003074 ##22	ABT1 (ENSPTIG00000019779)	ZNF322 (ENSPTIG00000003175)	ENSPTIG00000003210	H2BC11 (ENSPTIG00000003221)	ENSPTIG00000003241	ENSPTIG00000003251	ENSPTIG00000003271	ENSPTIG00000004760	ZNF391 (ENSPTIG00000003360)	ZNF184 (ENSPTIG00000006168)	ENSPTIG00000003417	ENSPTIG00000003428	ENSPTIG00000003436	ENSPTIG00000003448	ENSPTIG00000003545
Cat	MODERN SPECIES	236	H4C19 (ENSFCAG00000052591)	H2BC25 (ENSFCAG00000042671)	H3C6 (ENSFCAG00000043388)	H2AC9 (ENSFCAG00000052149)	H1-3 (ENSFCAG00000006768)	H4C6 (ENSFCAG00000052647)	H3C7 (ENSFCAG00000041936)	H2BC9 (ENSFCAG00000053061)	H3C8 (ENSFCAG00000041602)	H2AC10 (ENSFCAG00000044530)	H2BC10 (ENSFCAG00000046684)	H4C8 (ENSFCAG00000042515)	BTN2A2 (ENSFCAG00000001305)	ENSFCAG00000031372	BTN1A1 (ENSFCAG00000029717)	ENSFCAG00000015370 ##22	ABT1 (ENSFCAG00000042818)	ZNF322 (ENSFCAG00000003239)	FELCATV1R16 (ENSFCAG00000028999)	ENSFCAG00000022668	FELCATV1R14 (ENSFCAG00000025970)	H4C9 (ENSFCAG00000040479)	H2AC12 (ENSFCAG00000041371)	PRSS16 (ENSFCAG00000030175)	ENSFCAG00000024356	ENSFCAG00000052261	ZNF391 (ENSFCAG00000007262)	ZNF184 (ENSFCAG00000022011)	ENSFCAG00000045010	H2BC13 (ENSFCAG00000045581)	H2AC13 (ENSFCAG00000051396)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153092.a.b.e.b	ENSGT01100000263474.a.a.d	ENSGT00940000160894	ENSGT00940000162346	ENSGT00940000162523	ENSGT00940000161926	ENSGT00940000160468	ENSGT00940000163269	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000163082.d	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00990000203553.c.a.b	ENSGT01060000248528.b.jh.b
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000160894	ENSGT00940000162346	ENSGT00940000162523	ENSGT00940000161926	ENSGT00940000160468	ENSGT00940000153092.a.a.d	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT00940000163082.d	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.d	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263567.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	61												ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153118.db.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT00950000183087.A.a.b.b	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT01100000263534.b.k.a.a.b.b.j	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263567.a.a
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	258														ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a.n.b	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a.m	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a.n.a	ENSGT00950000183087.A.a.b.b
Polar bear	MODERN SPECIES	181	ENSUMAG00000020963	ENSUMAG00000020968	ENSUMAG00000020973	H1-3 (ENSUMAG00000020980)	ENSUMAG00000020985	ENSUMAG00000020988	ENSUMAG00000020991	ENSUMAG00000020993	ENSUMAG00000020999	ENSUMAG00000021005	ENSUMAG00000021017	ENSUMAG00000021028	BTN2A2 (ENSUMAG00000021036)	BTN1A1 (ENSUMAG00000021063)	ENSUMAG00000021069	HMGN4 (ENSUMAG00000000061) ##22	ABT1 (ENSUMAG00000000260)	ZNF322 (ENSUMAG00000000353)	ENSUMAG00000000367	ENSUMAG00000000414	ENSUMAG00000000457	ENSUMAG00000000571	H2BC11 (ENSUMAG00000000586)	ENSUMAG00000000662	ENSUMAG00000000787	ENSUMAG00000000836	ENSUMAG00000000886	POM121L2 (ENSUMAG00000000900)	ENSUMAG00000000956	ENSUMAG00000000964	ZNF184 (ENSUMAG00000000975)
American black bear	MODERN SPECIES	2291														BTN2A2 (ENSUAMG00000021234)	BTN1A1 (ENSUAMG00000021255)	HMGN4 (ENSUAMG00000021256) ##22	ABT1 (ENSUAMG00000021258)	ZNF322 (ENSUAMG00000021259)
Giant Panda	MODERN SPECIES	15	ENSAMEG00000029175	ENSAMEG00000030173	ENSAMEG00000026150	ENSAMEG00000030069	ENSAMEG00000031268	ENSAMEG00000028045	ENSAMEG00000031148	ENSAMEG00000019951	ENSAMEG00000030684	ENSAMEG00000027711	ENSAMEG00000025340	ENSAMEG00000028290	ENSAMEG00000026786	ENSAMEG00000015976	BTN1A1 (ENSAMEG00000015981)	HMGN4 (ENSAMEG00000031201) ##22	ABT1 (ENSAMEG00000011586)	ZNF322 (ENSAMEG00000011585)	ENSAMEG00000005204	ENSAMEG00000030935	ENSAMEG00000025243	ENSAMEG00000027292	ENSAMEG00000031284	PRSS16 (ENSAMEG00000008047)	ENSAMEG00000025654	ENSAMEG00000024196	ENSAMEG00000008045	ENSAMEG00000027412	ENSAMEG00000029357	ENSAMEG00000024800	ENSAMEG00000025562
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000161926	ENSGT00940000160468	ENSGT00940000163269	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163082.d	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.d	ENSGT00940000163525	ENSGT00940000158017	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263486.a.a	ENSGT01100000263548.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.b.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.b.c.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.b.c.a
American mink	MODERN SPECIES	285	ENSNVIG00000006178	ENSNVIG00000006169	H4 (ENSNVIG00000006163)	ENSNVIG00000006160	ENSNVIG00000006154	H1-6 (ENSNVIG00000006091)	H4 (ENSNVIG00000006079)	ENSNVIG00000006073	ENSNVIG00000006067	ENSNVIG00000006038	ENSNVIG00000006031	H4 (ENSNVIG00000006022)	BTN2A2 (ENSNVIG00000005910)	ENSNVIG00000005898	BTN1A1 (ENSNVIG00000005883)	HMGN4 (ENSNVIG00000005882) ##22	ABT1 (ENSNVIG00000005862)	ZNF322 (ENSNVIG00000005850)	ENSNVIG00000005838	ENSNVIG00000005818	ENSNVIG00000005814	ENSNVIG00000005797	ENSNVIG00000005792	ENSNVIG00000005783
Ferret	MODERN SPECIES	448	HFE (ENSMPUG00000008677)	ENSMPUG00000018618	H1-6 (ENSMPUG00000018617)	ENSMPUG00000008672	ENSMPUG00000008668	ENSMPUG00000008662	ENSMPUG00000008638	ENSMPUG00000018616	ENSMPUG00000018615	ENSMPUG00000018614	ENSMPUG00000018612	ENSMPUG00000018610	ENSMPUG00000018609	BTN1A1 (ENSMPUG00000008628)	ENSMPUG00000018607	HMGN4 (ENSMPUG00000008613) ##22	ABT1 (ENSMPUG00000008607)	ZNF322 (ENSMPUG00000018606)	PRSS16 (ENSMPUG00000008594)	POM121L2 (ENSMPUG00000018604)	ENSMPUG00000008589	ZNF184 (ENSMPUG00000018602)	ENSMPUG00000008587
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000163269	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000163082.d	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00550000074807.d.i.a.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153118.eb	ENSGT00940000153092.a.b.e.b	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000163269	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000163082.d	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00550000074807.d.i.a.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a.p	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a.o	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153118.eb	ENSGT00940000153092.a.b.e.b	ENSGT00940000160281	ENSGT00390000013048.n	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b
Dingo	MODERN SPECIES	105	ENSCAFG00020002376	ENSCAFG00020002379	ENSCAFG00020002389	ENSCAFG00020002391	ENSCAFG00020002406	ENSCAFG00020002410	ENSCAFG00020002414	ENSCAFG00020002427	ENSCAFG00020002442	ENSCAFG00020002455	ENSCAFG00020002466	BTN2A2 (ENSCAFG00020002471)	ENSCAFG00020002474	BTN1A1 (ENSCAFG00020002480)	ENSCAFG00020002485	HMGN4 (ENSCAFG00020002494) ##22	ABT1 (ENSCAFG00020002500)	ZNF322 (ENSCAFG00020002504)	ENSCAFG00020002509	ENSCAFG00020002514	ENSCAFG00020002525	ENSCAFG00020002529	ENSCAFG00020002535	H2BC11 (ENSCAFG00020002547)	ENSCAFG00020002574	ENSCAFG00020002601	ENSCAFG00020002621	ENSCAFG00020002626	ENSCAFG00020002645	ENSCAFG00020002650	ENSCAFG00020002656
Dog	MODERN SPECIES	28	H4C4 (ENSCAFG00845026120)	ENSCAFG00845026145	H3C8 (ENSCAFG00845026157)	H2AC9 (ENSCAFG00845026196)	ENSCAFG00845026211	ENSCAFG00845026235	H3C8 (ENSCAFG00845026258)	ENSCAFG00845026281	ENSCAFG00845026304	ENSCAFG00845014926	H4C4 (ENSCAFG00845014934)	ENSCAFG00845014956	ENSCAFG00845015000	ENSCAFG00845015036	ENSCAFG00845015057	HMGN4 (ENSCAFG00845015093) ##22	ABT1 (ENSCAFG00845015131)	ZNF322 (ENSCAFG00845015175)	ENSCAFG00845015238	ENSCAFG00845015277	ENSCAFG00845015300	ENSCAFG00845015324	PRSS16 (ENSCAFG00845015405)	ENSCAFG00845015465	ZNF391 (ENSCAFG00845015522)	ZNF184 (ENSCAFG00845015576)	ENSCAFG00845015635	ENSCAFG00845015653	H3C8 (ENSCAFG00845015682)	ENSCAFG00845015705	ENSCAFG00845015738
Red fox	MODERN SPECIES	228				ENSVVUG00000000968	ENSVVUG00000000960	ENSVVUG00000000948	ENSVVUG00000000877	ENSVVUG00000000866	ENSVVUG00000000767	ENSVVUG00000000763	ENSVVUG00000000679	ENSVVUG00000000318	ENSVVUG00000000256	BTN2A2 (ENSVVUG00000000242)	BTN1A1 (ENSVVUG00000000229)	HMGN4 (ENSVVUG00000000209) ##22	ABT1 (ENSVVUG00000000198)	ZNF322 (ENSVVUG00000000175)	ENSVVUG00000000145	ENSVVUG00000020342	ENSVVUG00000020332	H2BC11 (ENSVVUG00000020315)	ENSVVUG00000020312	ENSVVUG00000020311	ENSVVUG00000020291	ENSVVUG00000020282	ENSVVUG00000020267	ENSVVUG00000020266	ZNF184 (ENSVVUG00000020262)	ZNF391 (ENSVVUG00000020261)	PRSS16 (ENSVVUG00000020255)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263567.a.a	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.b	ENSGT00940000158017.b	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01090000259995.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.B.l	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	81													ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.b	ENSGT00940000158017.b	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000163388	ENSGT00940000163165	ENSGT00940000161576	ENSGT00940000159644	ENSGT00940000163102	ENSGT00940000162298	ENSGT00940000163016.d	ENSGT00940000163314.b
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	65													ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.b	ENSGT00940000158017.b	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163388	ENSGT00940000163165	ENSGT00940000161576	ENSGT00940000159644	ENSGT00940000163102	ENSGT00940000162298
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	14	H2BC4 (ENSRFEG00010017071)	ENSRFEG00010017097	ENSRFEG00010017115	ENSRFEG00010017133	ENSRFEG00010017148	ENSRFEG00010017211	ENSRFEG00010017228	ENSRFEG00010017248	ENSRFEG00010017263	ENSRFEG00010017282	ENSRFEG00010017323	ENSRFEG00010017336	ENSRFEG00010017353	BTN2A2 (ENSRFEG00010017367)	BTN1A1 (ENSRFEG00010017412)	ENSRFEG00010017500 ##22	ABT1 (ENSRFEG00010017522)	ZNF322 (ENSRFEG00010017547)	ENSRFEG00010017576	ENSRFEG00010017595	ENSRFEG00010017666	PRSS16 (ENSRFEG00010017692)	ENSRFEG00010017905	ZNF184 (ENSRFEG00010017978)	ENSRFEG00010018039	ENSRFEG00010018049	ENSRFEG00010018074	ENSRFEG00010018088	ENSRFEG00010018102	H1-5 (ENSRFEG00010018113)	H2AC15 (ENSRFEG00010018132)
Megabat	MODERN SPECIES	4069														ENSPVAG00000005831	BTN1A1 (ENSPVAG00000005834)	HMGN4 (ENSPVAG00000005837) ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01060000248528.b.kh.xb.b.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.A	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263559.A.f.d.a.b	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a
Primates	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153125.A	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT01100000263567.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000161385	ENSGT01100000263474.a.a.c.b	ENSGT00940000160894	ENSGT00940000162346	ENSGT00940000162523	ENSGT00940000161926	ENSGT00940000163269	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.c.a	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.c	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT00940000162950	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	58													ENSGT00940000162723.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT00990000203553.c.b
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	116													ENSGT00940000162723.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000153125.A	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00420000029746.f	ENSGT00950000183190.a.b.a.b	ENSGT01050000244808.A.b.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b	ENSGT00940000162950	ENSGT00940000163486
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1717															BTN1A1 (ENSPSMG00000008749)	HMGN4 (ENSPSMG00000008736) ##22	ABT1 (ENSPSMG00000008726)	ZNF322 (ENSPSMG00000008716)
Bushbaby	MODERN SPECIES	144	ENSOGAG00000008008	ENSOGAG00000025868	ENSOGAG00000030972	ENSOGAG00000008011	ENSOGAG00000008012	ENSOGAG00000008014	H1-3 (ENSOGAG00000008015)	ENSOGAG00000028481	ENSOGAG00000008017	ENSOGAG00000006003	ENSOGAG00000008021	ENSOGAG00000003142	ENSOGAG00000006007	ENSOGAG00000006005	ENSOGAG00000006012	HMGN4 (ENSOGAG00000013159) ##22	ABT1 (ENSOGAG00000026316)	ENSOGAG00000029597	ENSOGAG00000034323
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263559.A.f.e	ENSGT01100000263575.B.u	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.A	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000163835	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01100000263559.A.f.e	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.b.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263575.B.u	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.A	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.b.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000163835	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00950000183098.a.f	ENSGT00940000160468	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.b.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000163835.d	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000163835.c	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.e ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263575.A	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000183098.a.f	ENSGT00940000160468	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.b.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000163835.d	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000163835.c	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.e ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT00990000203553.c.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.E.c.b.sb.a	ENSGT00940000153125.B	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b
Marmoset	MODERN SPECIES	16	ENSCJAG00000084623	ENSCJAG00000076736	ENSCJAG00000076258	ENSCJAG00000073539	ENSCJAG00000085388	ENSCJAG00000076557	H1-3 (ENSCJAG00000041597)	ENSCJAG00000075542	ENSCJAG00000080786	ENSCJAG00000077530	ENSCJAG00000087176	ENSCJAG00000081543	ENSCJAG00000011068	BTN2A1 (ENSCJAG00000011048)	BTN1A1 (ENSCJAG00000011050)	HMGN4 (ENSCJAG00000075965) ##22	ENSCJAG00000022436	ABT1 (ENSCJAG00000011174)	ZNF322 (ENSCJAG00000011175)	H2BC11 (ENSCJAG00000069935)	ENSCJAG00000083567	ENSCJAG00000086908	ENSCJAG00000085063	PRSS16 (ENSCJAG00000011186)	POM121L2 (ENSCJAG00000044785)	ENSCJAG00000023093	ZNF391 (ENSCJAG00000022439)	ZNF184 (ENSCJAG00000011235)	ENSCJAG00000077564	ENSCJAG00000077777	ENSCJAG00000086824
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	146										ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT00940000163835.d	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000163835.c	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.e ##22	ENSGT00390000002062
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	64	ENSSBOG00000019008	ENSSBOG00000031023	H2AC7 (ENSSBOG00000014343)	ENSSBOG00000019644	H2BC7 (ENSSBOG00000018973)	H2AC8 (ENSSBOG00000019996)	ENSSBOG00000018989	ENSSBOG00000018823	ENSSBOG00000012811	ENSSBOG00000019533	ENSSBOG00000015678	BTN2A2 (ENSSBOG00000033628)	ENSSBOG00000033187	BTN2A1 (ENSSBOG00000002182)	BTN1A1 (ENSSBOG00000015165)	HMGN4 (ENSSBOG00000007867) ##22	ABT1 (ENSSBOG00000021897)
Capuchin	MODERN SPECIES	776						ENSCCAG00000032236	ENSCCAG00000003998	ENSCCAG00000020298	ENSCCAG00000017244	ENSCCAG00000037412	ENSCCAG00000036909	ENSCCAG00000020887	ENSCCAG00000031888	ENSCCAG00000006579	BTN1A1 (ENSCCAG00000003499)	HMGN4 (ENSCCAG00000015325) ##22	ABT1 (ENSCCAG00000037454)	ENSCCAG00000019950
Mas night monkey	MODERN SPECIES	686		ENSANAG00000034861	VPS33A (ENSANAG00000016214)	DIABLO (ENSANAG00000022198)	B3GNT4 (ENSANAG00000029213)	LRRC43 (ENSANAG00000032265)	IL31 (ENSANAG00000029967)	MLXIP (ENSANAG00000036505)	BCL7A (ENSANAG00000028260)	CFAP251 (ENSANAG00000035288)	PSMD9 (ENSANAG00000020618)	HPD (ENSANAG00000028951)	SETD1B (ENSANAG00000027480)	RHOF (ENSANAG00000022495)	TMEM120B (ENSANAG00000020787)	ENSANAG00000031687 ##22	ENSANAG00000025757
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b.f ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1218	ENSANAG00000018898	ENSANAG00000019402	ENSANAG00000032562	ENSANAG00000032376	ENSANAG00000001722	ENSANAG00000033034	ENSANAG00000020027	ENSANAG00000019524	ENSANAG00000019761	ENSANAG00000026915	ENSANAG00000024154	BTN2A2 (ENSANAG00000032723)	ENSANAG00000019576	BTN2A1 (ENSANAG00000037121)	BTN1A1 (ENSANAG00000028539)	ENSANAG00000004875 ##22	ABT1 (ENSANAG00000012526)	ZNF322 (ENSANAG00000000880)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a.i.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.b	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000163835.a.b	ENSGT00940000162723.c.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00910000147164	ENSGT00910000147195	ENSGT00950000183105.B.a.a.a.a
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.d	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a.i.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.a.lb.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000162723.c.a.b	ENSGT00940000158017.e	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000163835.a.b	ENSGT00940000162723.c.a.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00910000148899	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00910000147164	ENSGT00910000147195	ENSGT00950000183105.B.a.a.a.a	ENSGT01100000263506.a.f.b
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.c.a	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a.i.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.a.lb.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000162723.c.a.b	ENSGT00940000158017.e	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000163835.a.b	ENSGT00940000162723.c.a.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00910000148899	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00910000147164	ENSGT00910000147195	ENSGT01100000263506.a.f.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.a.b
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	8	H1-2 (ENSCSAG00000019096)	HFE (ENSCSAG00000007897)	H1-6 (ENSCSAG00000019095)	H2BC4 (ENSCSAG00000019094)	H2AC6 (ENSCSAG00000019093)	H1-4 (ENSCSAG00000019092)	H2BC5 (ENSCSAG00000007899)	H2AC7 (ENSCSAG00000019091)	H1-3 (ENSCSAG00000019090)	ENSCSAG00000019089	BTN3A2 (ENSCSAG00000007908)	ENSCSAG00000007916	ENSCSAG00000007922	BTN2A1 (ENSCSAG00000007928)	BTN1A1 (ENSCSAG00000007935)	HMGN4 (ENSCSAG00000007939) ##22	ABT1 (ENSCSAG00000007944)	ZNF322 (ENSCSAG00000019088)	H2BC11 (ENSCSAG00000019087)	H2BC12 (ENSCSAG00000019086)	PRSS16 (ENSCSAG00000007950)	POM121L2 (ENSCSAG00000019085)	ZNF391 (ENSCSAG00000019084)	ZNF184 (ENSCSAG00000007954)	ENSCSAG00000019083	H2AC14 (ENSCSAG00000019082)	H2BC14 (ENSCSAG00000019081)	H2AC17 (ENSCSAG00000019080)	ENSCSAG00000019079	H1-5 (ENSCSAG00000019078)	ENSCSAG00000019077
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.c.a	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a.i.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.a.lb.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000162723.c.a.b.a	ENSGT00940000158017.e	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000162723.c.a.b.b	ENSGT00940000163835.a.b	ENSGT00940000162723.c.a.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00910000148899	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000164524	ENSGT00940000158222	ENSGT00940000153253.b.a.h
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a.j	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.c.a	ENSGT00940000160426	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000162723.c.a.b.a	ENSGT00940000158017.e	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000162723.c.a.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00910000148899	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000162941	ENSGT00940000153244.B.ec.b	ENSGT00910000147164	ENSGT00910000147195	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.A
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	9											ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000162723.c.a.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00910000148899	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000163505.a.a.b.a.a.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00940000153244.B.ec.b	ENSGT00910000147164	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.A
Rhesus	MODERN SPECIES	14	ENSMMUG00000041744	H2BC7 (ENSMMUG00000052621)	H4C5 (ENSMMUG00000060950)	H2BC8 (ENSMMUG00000063339)	H2AC8 (ENSMMUG00000060663)	H3C6 (ENSMMUG00000055425)	H1-3 (ENSMMUG00000022050)	H4C6 (ENSMMUG00000060751)	H3C7 (ENSMMUG00000051224)	H2BC9 (ENSMMUG00000045038)	H3C8 (ENSMMUG00000054702)	H4C8 (ENSMMUG00000059737)	BTN3A3 (ENSMMUG00000021971)	BTN2A2 (ENSMMUG00000065003)	BTN1A1 (ENSMMUG00000023008)	HMGN4 (ENSMMUG00000029909) ##22	ABT1 (ENSMMUG00000060813)	ENSMMUG00000055937	ZNF322 (ENSMMUG00000017480)	H2BC11 (ENSMMUG00000040348)	H2AC11 (ENSMMUG00000052414)	H4C9 (ENSMMUG00000057258)	H2BC12 (ENSMMUG00000058189)	H2AC12 (ENSMMUG00000061750)	PRSS16 (ENSMMUG00000017009)	ENSMMUG00000058121	ZNF391 (ENSMMUG00000061296)	ENSMMUG00000052602	ZNF184 (ENSMMUG00000008060)	ENSMMUG00000062573	H2AC13 (ENSMMUG00000055788)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	14	H2BC7 (ENSMFAG00000053830)	ENSMFAG00000051323	ENSMFAG00000058361	ENSMFAG00000063381	H1-3 (ENSMFAG00000049725)	ENSMFAG00000060595	ENSMFAG00000057666	ENSMFAG00000051455	ENSMFAG00000056246	ENSMFAG00000057892	ENSMFAG00000047801	BTN3A2 (ENSMFAG00000041509)	BTN3A3 (ENSMFAG00000002690)	BTN2A1 (ENSMFAG00000001563)	BTN1A1 (ENSMFAG00000002197)	HMGN4 (ENSMFAG00000054163) ##22	ABT1 (ENSMFAG00000038140)	ENSMFAG00000059105	ZNF322 (ENSMFAG00000017291)	H2BC11 (ENSMFAG00000064013)	ENSMFAG00000053786	ENSMFAG00000059817	ENSMFAG00000058831	H2AC12 (ENSMFAG00000058395)	PRSS16 (ENSMFAG00000004036)	ENSMFAG00000047654	POM121L2 (ENSMFAG00000060411)	ZNF391 (ENSMFAG00000063022)	ENSMFAG00000056386	ZNF184 (ENSMFAG00000045374)	ENSMFAG00000032554
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	581	ENSMNEG00000000452	ENSMNEG00000028198	ENSMNEG00000019875	ENSMNEG00000006141	ENSMNEG00000002596	ENSMNEG00000022234	ENSMNEG00000010124	ENSMNEG00000035027	BTN3A2 (ENSMNEG00000031092)	ENSMNEG00000045139	ENSMNEG00000040625	BTN3A1 (ENSMNEG00000043821)	ENSMNEG00000027677	BTN2A1 (ENSMNEG00000039892)	BTN1A1 (ENSMNEG00000045213)	HMGN4 (ENSMNEG00000005693) ##22	ABT1 (ENSMNEG00000034972)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a.i.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.a.lb.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000162723.c.a.b.a	ENSGT00940000158017.e	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000163835.a.b	ENSGT00940000162723.c.a.a	ENSGT00940000162723.c.a.b.b	ENSGT00940000163835.a.a.b	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956
Olive baboon	MODERN SPECIES	16	ENSPANG00000042291	ENSPANG00000039787	ENSPANG00000037040	ENSPANG00000041169	ENSPANG00000040160	ENSPANG00000044893	ENSPANG00000044540	ENSPANG00000051023	BTN3A2 (ENSPANG00000022806)	ENSPANG00000022808	BTN3A1 (ENSPANG00000013689)	ENSPANG00000043777	BTN3A3 (ENSPANG00000025764)	BTN2A1 (ENSPANG00000019369)	BTN1A1 (ENSPANG00000009927)	HMGN4 (ENSPANG00000047984) ##22	ABT1 (ENSPANG00000024973)	ZNF322 (ENSPANG00000016590)	H2AC12 (ENSPANG00000050563)	ENSPANG00000050467	ENSPANG00000042559	ENSPANG00000040213	H2BC11 (ENSPANG00000038407)	PRSS16 (ENSPANG00000018081)	ZNF391 (ENSPANG00000019436)	ZNF184 (ENSPANG00000024972)	ENSPANG00000040250	ENSPANG00000004330	ENSPANG00000030227	ENSPANG00000046585	ENSPANG00000041582
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000162723.c.a.b.a	ENSGT00940000158017.e	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000162723.c.a.b.b	ENSGT00940000163835.a.a.b	ENSGT00940000162723.c.a.a	ENSGT00940000163835.a.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956
Drill	MODERN SPECIES	1496	ENSMLEG00000015182	ENSMLEG00000029142	ENSMLEG00000010599	ENSMLEG00000038955	ENSMLEG00000019558	ENSMLEG00000006772	BTN3A2 (ENSMLEG00000041323)	ENSMLEG00000036845	ENSMLEG00000035469	BTN3A1 (ENSMLEG00000037434)	ENSMLEG00000031549	ENSMLEG00000042900	ENSMLEG00000039924	ENSMLEG00000032175	BTN1A1 (ENSMLEG00000034244)	HMGN4 (ENSMLEG00000002063) ##22	ABT1 (ENSMLEG00000026442)	ZNF322 (ENSMLEG00000027257)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	385	ENSCATG00000014085	ENSCATG00000013783	ENSCATG00000010647	ENSCATG00000008534	ENSCATG00000008074	ENSCATG00000011346	ENSCATG00000001924	ENSCATG00000013359	BTN3A2 (ENSCATG00000045037)	ENSCATG00000043546	BTN3A1 (ENSCATG00000003951)	ENSCATG00000042144	BTN2A1 (ENSCATG00000009561)	ENSCATG00000034551	BTN1A1 (ENSCATG00000030470)	HMGN4 (ENSCATG00000011661) ##22	ABT1 (ENSCATG00000004696)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	372					ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.a.lb.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.a.lb.a	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000162723.c.a.b	ENSGT00940000158017.e	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000162723.c.a.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062.g	ENSGT00910000148899	ENSGT00940000162956.b
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1449	H2AC8 (ENSRBIG00000020670)	ENSRBIG00000006635	ENSRBIG00000012285	ENSRBIG00000008362	ENSRBIG00000010275	ENSRBIG00000003712	ENSRBIG00000027520	ENSRBIG00000022576	BTN3A2 (ENSRBIG00000042461)	ENSRBIG00000032921	ENSRBIG00000041341	BTN3A1 (ENSRBIG00000029902)	ENSRBIG00000028897	BTN2A1 (ENSRBIG00000034391)	BTN1A1 (ENSRBIG00000036547)	HMGN4 (ENSRBIG00000011604) ##22	ENSRBIG00000034314	ENSRBIG00000044145	ENSRBIG00000041812
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	618	ENSRROG00000022545	ENSRROG00000025156	ENSRROG00000006877	ENSRROG00000012208	ENSRROG00000013814	ENSRROG00000021432	ENSRROG00000027749	ENSRROG00000010534	BTN3A2 (ENSRROG00000003017)	ENSRROG00000041996	ENSRROG00000045382	BTN3A1 (ENSRROG00000040557)	ENSRROG00000030825	BTN2A1 (ENSRROG00000039259)	BTN1A1 (ENSRROG00000032711)	HMGN4 (ENSRROG00000023931) ##22	ENSRROG00000033227	ENSRROG00000041851	ZNF322 (ENSRROG00000010424)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.b.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000163835.a.b	ENSGT00940000162723.c.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.a.a.a	ENSGT01100000263567.a.a	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00910000147164	ENSGT00910000147195	ENSGT00940000153125.A
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.d	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.a	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01060000248528.b.kh.yb.b.b.a.a	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162723.c.b	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000163036	ENSGT00940000163835.a.b	ENSGT00940000162723.c.a	ENSGT00940000163835.a.a	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000153125.C	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00960000186612.A	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153104.e.b.a.b	ENSGT00940000162941	ENSGT00910000147164	ENSGT00910000147195
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Human	MODERN SPECIES	18	H3C6 (ENSG00000274750)	H1-3 (ENSG00000124575)	H4C6 (ENSG00000274618)	H4C7 (ENSG00000275663)	H3C7 (ENSG00000277775)	H2BC9 (ENSG00000275713)	H3C8 (ENSG00000273983)	H2BC10 (ENSG00000278588)	H4C8 (ENSG00000158406)	BTN3A2 (ENSG00000186470)	BTN2A2 (ENSG00000124508)	BTN3A1 (ENSG00000026950)	BTN3A3 (ENSG00000111801)	BTN2A1 (ENSG00000112763)	BTN1A1 (ENSG00000124557)	HMGN4 (ENSG00000182952) ##22	ABT1 (ENSG00000146109)	ZNF322 (ENSG00000181315)	H2BC11 (ENSG00000124635)	H2AC11 (ENSG00000196787)	H4C9 (ENSG00000276180)	H2BC12 (ENSG00000197903)	H2AC12 (ENSG00000274997)	PRSS16 (ENSG00000112812)	POM121L2 (ENSG00000158553)	ZNF391 (ENSG00000124613)	ZNF184 (ENSG00000096654)	H2BC13 (ENSG00000185130)	H2AC13 (ENSG00000196747)	H3C10 (ENSG00000278828)	H2AC14 (ENSG00000276368)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b	ENSGT00940000153092.a.a.d	ENSGT01100000263559.A.f.d.b	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.kh.xb.b.a	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.c	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000160426	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153125.D.a.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000155501.a.b
Glires	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263474.a.b.a.d	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.kh.xb.b.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.kh.xb.b.a	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.c	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a.r.b	ENSGT00940000153125.B	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153118.db.b	ENSGT00940000153125.E.c.b	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT00940000155501.a.b	ENSGT01060000248528.b.jh.b
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a	ENSGT01060000248528.b.kh.xb.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a	ENSGT00940000153118.db.b	ENSGT01100000263559.A.f.e	ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a	ENSGT01100000263575.A	ENSGT00940000156302	ENSGT01100000263559.B	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.c	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT00940000162956	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153125.F.g	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.b	ENSGT00940000161576	ENSGT00940000163521	ENSGT00940000159644	ENSGT00940000163102	ENSGT00940000162298
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000162523	ENSGT00940000161926	ENSGT00940000160468	ENSGT00940000163269	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT00940000162723	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.c	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153125.F.g	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000164849	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.b	ENSGT00940000161576	ENSGT00940000163521	ENSGT00940000159644	ENSGT00940000163102	ENSGT00940000162298	ENSGT00940000163016	ENSGT00940000163314
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		AHCYL1 (ENSSVLG00005015290)	STRIP1 (ENSSVLG00005015389)	ALX3 (ENSSVLG00005015462)	UBL4B (ENSSVLG00005015517)	SLC6A17 (ENSSVLG00005015577)	KCNC4 (ENSSVLG00005015639)	RBM15 (ENSSVLG00005015755)	SLC16A4 (ENSSVLG00005015966)	LAMTOR5 (ENSSVLG00005016364)	PROK1 (ENSSVLG00005016403)	ENSSVLG00005016446	ENSSVLG00005016499	KCNA10 (ENSSVLG00005016662)	KCNA2 (ENSSVLG00005016685)	KCNA3 (ENSSVLG00005016719)	ENSSVLG00005016736 ##22	ENSSVLG00005016749	CD53 (ENSSVLG00005016771)	LRIF1 (ENSSVLG00005016841)	ENSSVLG00005016873	DRAM2 (ENSSVLG00005016915)	CEPT1 (ENSSVLG00005016962)	DENND2D (ENSSVLG00005017048)	ENSSVLG00005017351	PIFO (ENSSVLG00005017626)	OVGP1 (ENSSVLG00005017787)	WDR77 (ENSSVLG00005017918)	ENSSVLG00005017977	C1orf162 (ENSSVLG00005018121)	TMIGD3 (ENSSVLG00005018210)	ENSSVLG00005018277
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000162523	ENSGT00940000161926	ENSGT00940000160468.e.a.b	ENSGT00940000160468.e.b	ENSGT00940000163269	ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263559.A.f.d.b	ENSGT01100000263559.B	ENSGT00940000163082	ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000153125.F.g	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT00940000162956	ENSGT01090000260018.D.d.b	ENSGT01050000244828.c.b.b.a.a.b
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	28	FEZF2 (ENSHGLG00000011569)	ENSHGLG00000002399	SYNPR (ENSHGLG00000011002)	ENSHGLG00000049764	SNTN (ENSHGLG00000038920)	ENSHGLG00000002373	C3orf49 (ENSHGLG00000050624)	ENSHGLG00000002165	ATXN7 (ENSHGLG00000008211)	PSMD6 (ENSHGLG00000009710)	PRICKLE2 (ENSHGLG00000011112)	ADAMTS9 (ENSHGLG00000007662)	ENSHGLG00000019017	ENSHGLG00000035658	ENSHGLG00000004008	ENSHGLG00000033357 ##22	ABT1 (ENSHGLG00000003901)	ENSHGLG00000046845	ENSHGLG00000031913	ENSHGLG00000042306	ENSHGLG00000047417	ENSHGLG00000020997	ENSHGLG00000015262	ENSHGLG00000016381	ENSHGLG00000040291	RAB4A (ENSHGLG00000009760)	CCSAP (ENSHGLG00000033548)	ACTA1 (ENSHGLG00000006223)	NUP133 (ENSHGLG00000005460)	ABCB10 (ENSHGLG00000016571)	ENSHGLG00000016205
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263474.a.b.a.d	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a	ENSGT01060000248528.b.kh.xb.b.b	ENSGT00940000163525	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000155501.a.a	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.o.b	ENSGT00940000153092.a.b.f	ENSGT01100000263514.A.e.a.a.b	ENSGT00940000162950	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.o.a	ENSGT00940000158017	ENSGT00940000161530	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22	ENSGT00390000002062	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.c	ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a	ENSGT00940000162956	ENSGT00940000153125.F.g	ENSGT00940000160281	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00940000162941	ENSGT01100000263486.a.a	ENSGT01100000263548.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.b.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000163486	ENSGT00940000161576
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.b ##22
Steppe mouse	MODERN SPECIES	1016																ENSMSIG00000000633 ##22
Mouse	MODERN SPECIES	4	Cox7c (ENSMUSG00000017778)	Edil3 (ENSMUSG00000034488)	Hapln1 (ENSMUSG00000021613)	Vcan (ENSMUSG00000021614)	Xrcc4 (ENSMUSG00000021615)	Tmem167 (ENSMUSG00000012422)	Atp6ap1l (ENSMUSG00000078958)	Rps23 (ENSMUSG00000049517)	Atg10 (ENSMUSG00000021619)	Ssbp2 (ENSMUSG00000003992)	Acot12 (ENSMUSG00000021620)	Zcchc9 (ENSMUSG00000021621)	Ckmt2 (ENSMUSG00000021622)	Rasgrf2 (ENSMUSG00000021708)	Msh3 (ENSMUSG00000014850)	Gm20379 (ENSMUSG00000100622) ##22	Dhfr (ENSMUSG00000021707)	Ankrd34b (ENSMUSG00000045034)	Fam151b (ENSMUSG00000034334)	Zfyve16 (ENSMUSG00000021706)	Spz1 (ENSMUSG00000046957)	Serinc5 (ENSMUSG00000021703)	Thbs4 (ENSMUSG00000021702)	Mtx3 (ENSMUSG00000021704)	Cmya5 (ENSMUSG00000047419)	Tent2 (ENSMUSG00000042167)	Homer1 (ENSMUSG00000007617)	Jmy (ENSMUSG00000021690)	Bhmt (ENSMUSG00000074768)	Bhmt2 (ENSMUSG00000042118)	Dmgdh (ENSMUSG00000042102)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	523	ENSDORG00000027742	ENSDORG00000027130	ENSDORG00000025836	ENSDORG00000005251	ENSDORG00000025947	ENSDORG00000027998	H1f4 (ENSDORG00000005256)	ENSDORG00000024928	ENSDORG00000024715	ENSDORG00000025258	ENSDORG00000025950	ENSDORG00000023996	ENSDORG00000030035	Btn2a2 (ENSDORG00000000451)	Btn1a1 (ENSDORG00000000452)	ENSDORG00000029042 ##22	Abt1 (ENSDORG00000000454)
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599.p #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260.c #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156529	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599.p #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260.c #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Diprotodontia_a	DUPLICATION
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.a.c #22
Common wonbat	MODERN SPECIES	1012	SUMF1 (ENSVURG00010009079)	ENSVURG00010009062	LRRN1 (ENSVURG00010009042)	CRBN (ENSVURG00010009020)	TRNT1 (ENSVURG00010008997)	IL5RA (ENSVURG00010008982)	CNTN4 (ENSVURG00010008887)	ENSVURG00010008854	ENSVURG00010008843	CNTN6 (ENSVURG00010008756)	ENSVURG00010008727	CHL1 (ENSVURG00010008642)	CNTN3 (ENSVURG00010008586)	ENSVURG00010008548	PDZRN3 (ENSVURG00010008505)	ENSVURG00010008462 #22	PPP4R2 (ENSVURG00010008448)	GXYLT2 (ENSVURG00010008424)	ENSVURG00010008413	SHQ1 (ENSVURG00010008402)	RYBP (ENSVURG00010008342)	PROK2 (ENSVURG00010008305)	ENSVURG00010008299	ENSVURG00010008289	EIF4E3 (ENSVURG00010008277)	FOXP1 (ENSVURG00010008144)	MDFIC2 (ENSVURG00010008101)	MITF (ENSVURG00010007937)	FRMD4B (ENSVURG00010007860)	LMOD3 (ENSVURG00010007809)	ARL6IP5 (ENSVURG00010007801)
koala	MODERN SPECIES	250														ENSPCIG00000014987	IRX2 (ENSPCIG00000027026)	ENSPCIG00000015538 #22	IRX1 (ENSPCIG00000015540)
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156529	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599.p #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260.c #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.a.d #22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Common wonbat	MODERN SPECIES	1016	SLC30A2 (ENSVURG00010006685)	TRIM63 (ENSVURG00010006698)	PDIK1L (ENSVURG00010006701)	FAM110D (ENSVURG00010006708) #7	ENSVURG00010006717 #9	ZNF593OS (ENSVURG00010006719) #10	ENSVURG00010006726 #11	ENSVURG00010006731 #11	CEP85 (ENSVURG00010006742) #14	SH3BGRL3 (ENSVURG00010006773) #15	ENSVURG00010006779 #16	ENSVURG00010006789 #18	ENSVURG00010006808 #19	LIN28A (ENSVURG00010006813) #20	DHDDS (ENSVURG00010006827) #21	ENSVURG00010006862 #22	RPS6KA1 (ENSVURG00010006878) #23	ARID1A (ENSVURG00010006923) #24	PIGV (ENSVURG00010006946) #25	ZDHHC18 (ENSVURG00010006957) #26	SFN (ENSVURG00010006971) #27	GPN2 (ENSVURG00010006977) #28	GPATCH3 (ENSVURG00010006982) #29	NR0B2 (ENSVURG00010006991) #30	ENSVURG00010006997 #31	ENSVURG00010007001 #32	TENT5B (ENSVURG00010007003) #35	SLC9A1 (ENSVURG00010007010) #36	WDTC1 (ENSVURG00010007025) #37	TMEM222 (ENSVURG00010007064)	SYTL1 (ENSVURG00010007100)
Opossum	DUPLICATION
Opossum	MODERN SPECIES	3	ENSMODG00000040765	TRIM63 (ENSMODG00000014098)	ENSMODG00000014091	PDIK1L (ENSMODG00000050352)	ENSMODG00000031429	ENSMODG00000014135 #11	CATSPER4 (ENSMODG00000014151) #12	ENSMODG00000048616 #13	CEP85 (ENSMODG00000014186) #14	ENSMODG00000014200 #16	SH3BGRL3 (ENSMODG00000014189) #15	ENSMODG00000014231 #18	ENSMODG00000028134 #19	LIN28A (ENSMODG00000014236) #20	DHDDS (ENSMODG00000014246) #21	ENSMODG00000041565 #22	ENSMODG00000050678	RPS6KA1 (ENSMODG00000014283) #23	ARID1A (ENSMODG00000014380) #24	PIGV (ENSMODG00000014399) #25	ZDHHC18 (ENSMODG00000014406) #26	SFN (ENSMODG00000023920) #27	GPN2 (ENSMODG00000042945) #28	GPATCH3 (ENSMODG00000014417) #29	NR0B2 (ENSMODG00000014420) #30	ENSMODG00000014391 #31	KDF1 (ENSMODG00000014422) #32	TENT5B (ENSMODG00000014427) #35	ENSMODG00000014436 #36	WDTC1 (ENSMODG00000014445) #37	TMEM222 (ENSMODG00000044127)
Opossum	MODERN SPECIES	2	ENSMODG00000024488	TRHR (ENSMODG00000004935)	NUDCD1 (ENSMODG00000004926)	PKHD1L1 (ENSMODG00000004891)	ENSMODG00000004795	SYBU (ENSMODG00000004746)	ENSMODG00000037046	KCNV1 (ENSMODG00000041783)	ENSMODG00000041604	ENSMODG00000046439	ENSMODG00000041352	ENSMODG00000024482	ENSMODG00000004517	ENSMODG00000028964	CSMD3 (ENSMODG00000004489)	ENSMODG00000024476 #22	ENSMODG00000047826	TRPS1 (ENSMODG00000004181)	EIF3H (ENSMODG00000004154)	UTP23 (ENSMODG00000004140)	RAD21 (ENSMODG00000004133)	ENSMODG00000033067	MED30 (ENSMODG00000004103)	EXT1 (ENSMODG00000004092)	SAMD12 (ENSMODG00000004068)	ENSMODG00000049307	ENSMODG00000024468	TNFRSF11B (ENSMODG00000004064)	COLEC10 (ENSMODG00000049233)	ENSMODG00000004037	MAL2 (ENSMODG00000004011)
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
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Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	367														ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23
Common shrew	MODERN SPECIES	2133														ENSSARG00000013135 #20	DHDDS (ENSSARG00000013137) #21	ENSSARG00000013139 ##22	RPS6KA1 (ENSSARG00000013142) #23
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Equus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Horse	MODERN SPECIES	11	TRIM63 (ENSECAG00000024448)	PDIK1L (ENSECAG00000024441)	FAM110D (ENSECAG00000005628) #7	ZNF593 (ENSECAG00000023934) #9	CNKSR1 (ENSECAG00000019108) #11	C1orf232 (ENSECAG00000028695) #8	CATSPER4 (ENSECAG00000017214) #12	ENSECAG00000052178 #13	CEP85 (ENSECAG00000013640) #14	SH3BGRL3 (ENSECAG00000011837) #15	UBXN11 (ENSECAG00000009746) #16	CD52 (ENSECAG00000009733) #17	CRYBG2 (ENSECAG00000021813) #18	ZNF683 (ENSECAG00000056626)	LIN28A (ENSECAG00000020267) #20	ENSECAG00000037332 ##22	DHDDS (ENSECAG00000016220) #21	RPS6KA1 (ENSECAG00000016238) #23	ARID1A (ENSECAG00000017991) #24	PIGV (ENSECAG00000017119) #25	ENSECAG00000045174 #26	GPN2 (ENSECAG00000041580) #28	GPATCH3 (ENSECAG00000007653) #29	NR0B2 (ENSECAG00000050372) #30	NUDC (ENSECAG00000021311) #31	KDF1 (ENSECAG00000020561) #32	TRNP1 (ENSECAG00000049020)	TENT5B (ENSECAG00000018835) #35	SLC9A1 (ENSECAG00000011296) #36	WDTC1 (ENSECAG00000024411) #37	SYTL1 (ENSECAG00000020672)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Megabat	MODERN SPECIES	3067			FAM110D (ENSPVAG00000017252) #7	ZNF593 (ENSPVAG00000017253) #9	CNKSR1 (ENSPVAG00000017254) #11	CATSPER4 (ENSPVAG00000017256) #12	CEP85 (ENSPVAG00000017258) #14	ENSPVAG00000017259 #15	UBXN11 (ENSPVAG00000017260) #16	ENSPVAG00000017261	ENSPVAG00000017262 #18	ENSPVAG00000017264	ZNF683 (ENSPVAG00000017265)	LIN28A (ENSPVAG00000017267) #20	DHDDS (ENSPVAG00000017268) #21	ENSPVAG00000017269 ##22	RPS6KA1 (ENSPVAG00000017270) #23	ARID1A (ENSPVAG00000017274) #24	PIGV (ENSPVAG00000017277) #25	ZDHHC18 (ENSPVAG00000017278) #26	GPN2 (ENSPVAG00000017280) #28	GPATCH3 (ENSPVAG00000017282) #29
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	27	PDIK1L (ENSRFEG00010003406)	FAM110D (ENSRFEG00010003414) #7	C1orf232 (ENSRFEG00010003437) #8	ZNF593 (ENSRFEG00010003466) #9	ZNF593OS (ENSRFEG00010003482) #10	CNKSR1 (ENSRFEG00010003505) #11	CATSPER4 (ENSRFEG00010003546) #12	CEP85 (ENSRFEG00010003602) #14	SH3BGRL3 (ENSRFEG00010003689) #15	UBXN11 (ENSRFEG00010003703) #16	ENSRFEG00010003729 #17	CRYBG2 (ENSRFEG00010003756) #18	ZNF683 (ENSRFEG00010003779)	LIN28A (ENSRFEG00010003803) #20	DHDDS (ENSRFEG00010003892) #21	ENSRFEG00010003916 ##22	RPS6KA1 (ENSRFEG00010003955) #23	ARID1A (ENSRFEG00010004027) #24	PIGV (ENSRFEG00010004125) #25	ZDHHC18 (ENSRFEG00010004139) #26	SFN (ENSRFEG00010004152) #27	GPN2 (ENSRFEG00010004163) #28	GPATCH3 (ENSRFEG00010004179) #29	NR0B2 (ENSRFEG00010004192) #30	NUDC (ENSRFEG00010004201) #31	KDF1 (ENSRFEG00010004215) #32	ENSRFEG00010004229 #33	TRNP1 (ENSRFEG00010004240)	TENT5B (ENSRFEG00010004245) #35	SLC9A1 (ENSRFEG00010004258) #36	WDTC1 (ENSRFEG00010004284) #37
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
Canidae	DUPLICATION
Canidae	DUPLICATION
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000011204	ENSGT00950000183001.a.b.b	ENSGT00530000063596.A	ENSGT00390000007488	ENSGT00950000183028.a.a.a	ENSGT00940000157728.b	ENSGT00390000000145	ENSGT00940000157868	ENSGT00940000158714	ENSGT00690000101915	ENSGT00940000164653.a	ENSGT00940000160996.n	ENSGT00940000160912	ENSGT00940000157101.d	ENSGT00950000183078.a	ENSGT00950000182802.B.a.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000153518.d.b.b	ENSGT00910000144291.n	ENSGT00940000154389.a	ENSGT00390000000217	ENSGT00940000153259.a.b	ENSGT00940000160405	ENSGT00940000155238	ENSGT00950000183003.a.a.b	ENSGT00940000165197	ENSGT00940000160180	ENSGT00940000159167	ENSGT00950000183042.a.b	ENSGT00390000000376	ENSGT00940000158018	ENSGT00390000002524
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063596.A	ENSGT00390000007488	ENSGT00950000183028.a.a.a	ENSGT00940000157728.b	ENSGT00390000000145	ENSGT00940000157868	ENSGT00940000158714	ENSGT00940000153201.j.n.i.a	ENSGT00390000013811.a.b	ENSGT00690000101915	ENSGT00940000164653.a	ENSGT00940000160996.n	ENSGT00940000160912	ENSGT00940000157101.d	ENSGT00950000183078.a	ENSGT00950000182802.B.a.b.a.a.a ##22	ENSGT00940000153518.d.b.b	ENSGT00910000144291.n	ENSGT00940000154389.a	ENSGT00390000000217	ENSGT00940000153259.a.b	ENSGT00950000182901.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000160405	ENSGT00940000155238	ENSGT00950000183003.a.a.b	ENSGT00940000165197	ENSGT00940000160180	ENSGT00940000159167	ENSGT00950000183042.a.b	ENSGT00390000000376	ENSGT00940000158018
Dingo	MODERN SPECIES	307	NCK2 (ENSCAFG00020010438)	ECRG4 (ENSCAFG00020010426)	UXS1 (ENSCAFG00020010424)	ENSCAFG00020010415	ST6GAL2 (ENSCAFG00020010405)	ENSCAFG00020010398	ENSCAFG00020010395	ENSCAFG00020010379	SLC5A7 (ENSCAFG00020010363)	ENSCAFG00020010361	ENSCAFG00020010357	SULT1C3 (ENSCAFG00020010351)	SULT1C2 (ENSCAFG00020010344)	SULT1C4 (ENSCAFG00020010339)	GCC2 (ENSCAFG00020010012)	ENSCAFG00020009978 ##22	LIMS1 (ENSCAFG00020009974)	ENSCAFG00020009963	RANBP2 (ENSCAFG00020009314)	CCDC138 (ENSCAFG00020009293)	EDAR (ENSCAFG00020009241)	ENSCAFG00020009210	SH3RF3 (ENSCAFG00020009205)	SEPTIN10 (ENSCAFG00020009161)	SOWAHC (ENSCAFG00020009159)	ENSCAFG00020009137	EID3 (ENSCAFG00020009133)	TXNRD1 (ENSCAFG00020008902)	ENSCAFG00020008840	CHST11 (ENSCAFG00020008839)	SLC41A2 (ENSCAFG00020008812)
Dog	MODERN SPECIES	1	NCK2 (ENSCAFG00845009565)	ECRG4 (ENSCAFG00845009405)	UXS1 (ENSCAFG00845009273)	ENSCAFG00845009206	ENSCAFG00845009185	ENSCAFG00845009046	ENSCAFG00845009025	ENSCAFG00845008999	ENSCAFG00845008971	SLC5A7 (ENSCAFG00845008947)	ENSCAFG00845008910	SULT1C3 (ENSCAFG00845008886)	SULT1C2 (ENSCAFG00845008818)	SULT1C4 (ENSCAFG00845008747)	ENSCAFG00845008498	ENSCAFG00845008425 ##22	LIMS1 (ENSCAFG00845008233)	ENSCAFG00845008074	ENSCAFG00845008058	ENSCAFG00845007697	CCDC138 (ENSCAFG00845007316)	EDAR (ENSCAFG00845007129)	ENSCAFG00845007036	SH3RF3 (ENSCAFG00845006868)	SEPTIN10 (ENSCAFG00845006721)	ENSCAFG00845006675	TXNRD1 (ENSCAFG00845006566)	CHST11 (ENSCAFG00845006468)	SLC41A2 (ENSCAFG00845006325)	NOPCHAP1 (ENSCAFG00845006255)	ALDH1L2 (ENSCAFG00845006151)
Red fox	MODERN SPECIES	84												ENSVVUG00000013097	SULT1C2 (ENSVVUG00000013102)	SULT1C4 (ENSVVUG00000013107)	GCC2 (ENSVVUG00000013180)	ENSVVUG00000014350 ##22	LIMS1 (ENSVVUG00000014377)	RANBP2 (ENSVVUG00000014899)	ENSVVUG00000020716	ENSVVUG00000020719	EDAR (ENSVVUG00000020721)	SH3RF3 (ENSVVUG00000020732)	SEPT10 (ENSVVUG00000020735)	ENSVVUG00000020744	TXNRD1 (ENSVVUG00000020746)	EID3 (ENSVVUG00000020756)	ENSVVUG00000020758	CHST11 (ENSVVUG00000020761)	ENSVVUG00000020763	SLC41A2 (ENSVVUG00000020764)	NOPCHAP1 (ENSVVUG00000020772)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.a.a.b ##22
Red fox	MODERN SPECIES	10	SLC9A2 (ENSVVUG00000012609)	MFSD9 (ENSVVUG00000012601)	TMEM182 (ENSVVUG00000012600)	YPEL5 (ENSVVUG00000012570)	ENSVVUG00000012534	MRPS9 (ENSVVUG00000012519)	GPR45 (ENSVVUG00000012504)	TGFBRAP1 (ENSVVUG00000012480)	CUNH2orf49 (ENSVVUG00000012474)	FHL2 (ENSVVUG00000012463)	NCK2 (ENSVVUG00000012449)	CUNH2orf40 (ENSVVUG00000012431)	UXS1 (ENSVVUG00000012428)	ENSVVUG00000012417	ENSVVUG00000012397	ENSVVUG00000012373 ##22	SLC5A7 (ENSVVUG00000012346)	ENSVVUG00000012341	ENSVVUG00000012335
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.a.b ##22
Red fox	MODERN SPECIES	201	ENSVVUG00000013653	GPR174 (ENSVVUG00000013654)	P2RY10 (ENSVVUG00000013664)	LPAR4 (ENSVVUG00000013671)	CYSLTR1 (ENSVVUG00000013678)	TAF9B (ENSVVUG00000013680)	PGK1 (ENSVVUG00000013689)	ATP7A (ENSVVUG00000013707)	ENSVVUG00000013772	MAGT1 (ENSVVUG00000013773)	ATRX (ENSVVUG00000013792)	FGF16 (ENSVVUG00000013844)	ENSVVUG00000013849	ENSVVUG00000013863	ENSVVUG00000013871	ENSVVUG00000013873 ##22	ENSVVUG00000013884	PBDC1 (ENSVVUG00000013895)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.b ##22
Red fox	MODERN SPECIES	239											KLHL13 (ENSVVUG00000018564)	ENSVVUG00000018574	CT83 (ENSVVUG00000018577)	SLC6A14 (ENSVVUG00000018580)	AGTR2 (ENSVVUG00000018586)	HMGN2 (ENSVVUG00000018588) ##22
Canis_lupus	DUPLICATION
Canis_lupus	DUPLICATION
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00530000063836.a	ENSGT00390000008496.i.b	ENSGT00940000155359	ENSGT00940000157230	ENSGT00940000155655.B	ENSGT00950000185470	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00940000154574.d	ENSGT00940000155773.b	ENSGT00940000153988.A	ENSGT00940000160160	ENSGT00940000158842	ENSGT00530000063734.a	ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b	ENSGT00940000159241	ENSGT00950000182802.B.a.b.b.a.a ##22	ENSGT00390000011401.cb.b	ENSGT00390000001718	ENSGT00950000183038.a.b.b.b	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a	ENSGT00940000158904	ENSGT00390000010523.c.b
Dingo	MODERN SPECIES	46	CD302 (ENSCAFG00020006246)	MARCHF7 (ENSCAFG00020006254)	ENSCAFG00020006271	BAZ2B (ENSCAFG00020006307)	WDSUB1 (ENSCAFG00020006387)	TANC1 (ENSCAFG00020006513)	ENSCAFG00020009736	DAPL1 (ENSCAFG00020009739)	PKP4 (ENSCAFG00020009748)	CCDC148 (ENSCAFG00020009776)	ACVR1 (ENSCAFG00020009821)	ACVR1C (ENSCAFG00020009844)	CYTIP (ENSCAFG00020009880)	ERMN (ENSCAFG00020009897)	ENSCAFG00020009902	ENSCAFG00020009906 ##22	ENSCAFG00020009909	ENSCAFG00020009914	ENSCAFG00020009925	GPD2 (ENSCAFG00020009930)	NR4A2 (ENSCAFG00020010007)	KCNJ3 (ENSCAFG00020010055)	GALNT13 (ENSCAFG00020010074)	RPRM (ENSCAFG00020010171)
Dog	MODERN SPECIES	29	ENSCAFG00845028511	ENSCAFG00845028418	ENSCAFG00845028381	BAZ2B (ENSCAFG00845028154)	WDSUB1 (ENSCAFG00845027961)	ENSCAFG00845027802	ENSCAFG00845027531	DAPL1 (ENSCAFG00845027456)	PKP4 (ENSCAFG00845026973)	CCDC148 (ENSCAFG00845026619)	ACVR1 (ENSCAFG00845026311)	ACVR1C (ENSCAFG00845026018)	CYTIP (ENSCAFG00845025755)	ERMN (ENSCAFG00845025677)	GALNT5 (ENSCAFG00845025607)	ENSCAFG00845025578 ##22	ENSCAFG00845025564	GPD2 (ENSCAFG00845025352)	NR4A2 (ENSCAFG00845025175)	KCNJ3 (ENSCAFG00845025035)	GALNT13 (ENSCAFG00845024771)	ENSCAFG00845024660
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00670000098074	ENSGT00520000055591.b	ENSGT00940000155950	ENSGT00510000048363	ENSGT00940000153505.a.b.b	ENSGT00940000163051	ENSGT00940000154367.a.m.a.b	ENSGT00530000069333.a	ENSGT00390000012756	ENSGT00390000004871.b.k.a.a	ENSGT00940000155617.B	ENSGT00530000063698.a.a	ENSGT00390000012396	ENSGT00940000159800	ENSGT00940000157142	ENSGT00950000182802.B.a.b.b.a.b ##22	ENSGT00390000015278.h	ENSGT00940000155362	ENSGT00940000156249	ENSGT00530000063770.c.b	ENSGT00390000004904	ENSGT00950000182982.C	ENSGT00390000001962	ENSGT00880000138038.b	ENSGT00390000000358	ENSGT00940000157815	ENSGT00390000000411.g.a.b	ENSGT00390000001376.db.g.f.a	ENSGT00980000202621	ENSGT00390000010369	ENSGT00390000018131
Dog	MODERN SPECIES		ZNF367 (ENSCAFG00845003549)	HABP4 (ENSCAFG00845003506)	ENSCAFG00845003296	PRXL2C (ENSCAFG00845003191)	ZNF510 (ENSCAFG00845003072)	ZNF782 (ENSCAFG00845003018)	ENSCAFG00845002925	ENSCAFG00845002888	ENSCAFG00845002773	ENSCAFG00845002604	EPB41L2 (ENSCAFG00845002025)	TMEM200A (ENSCAFG00845001609)	SAMD3 (ENSCAFG00845001494)	L3MBTL3 (ENSCAFG00845001425)	ARHGAP18 (ENSCAFG00845001285)	ENSCAFG00845001247 ##22	ENSCAFG00845001239	LAMA2 (ENSCAFG00845001120)	PTPRK (ENSCAFG00845000839)	THEMIS (ENSCAFG00845000671)	ENSCAFG00845000630	C1H6orf58 (ENSCAFG00845000615)	SOGA3 (ENSCAFG00845000537)	KIAA0408 (ENSCAFG00845000596)	ECHDC1 (ENSCAFG00845000491)	RNF146 (ENSCAFG00845000458)	RSPO3 (ENSCAFG00845000408)	ENSCAFG00845000377	ENSCAFG00845000369	ENSCAFG00845000351	CENPW (ENSCAFG00845000327)
Dingo	MODERN SPECIES	125	HABP4 (ENSCAFG00020022704)	ENSCAFG00020022657	PRXL2C (ENSCAFG00020022646)	ZNF510 (ENSCAFG00020022643)	ZNF782 (ENSCAFG00020022642)	ENSCAFG00020022639	ENSCAFG00020022632	ENSCAFG00020022630	ENSCAFG00020022625	ENSCAFG00020022616	EPB41L2 (ENSCAFG00020022608)	TMEM200A (ENSCAFG00020022603)	SAMD3 (ENSCAFG00020022600)	L3MBTL3 (ENSCAFG00020022570)	ARHGAP18 (ENSCAFG00020022566)	ENSCAFG00020022564 ##22	ENSCAFG00020022561	ENSCAFG00020022553	ENSCAFG00020022552	ENSCAFG00020022550	ENSCAFG00020022548	PTPRK (ENSCAFG00020022070)	THEMIS (ENSCAFG00020021980)	ENSCAFG00020021969	C6orf58 (ENSCAFG00020021967)	SOGA3 (ENSCAFG00020021962)	KIAA0408 (ENSCAFG00020021958)	ENSCAFG00020021953	RNF146 (ENSCAFG00020021950)	RSPO3 (ENSCAFG00020021945)	ENSCAFG00020021941
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.b.b ##22
Dog	MODERN SPECIES	30	NIF3L1 (ENSCAFG00845029603)	ORC2 (ENSCAFG00845029735)	HYCC2 (ENSCAFG00845029821)	NDUFB3 (ENSCAFG00845029848)	CFLAR (ENSCAFG00845029893)	CASP10 (ENSCAFG00845029977)	MYCBP (ENSCAFG00845029987)	CASP8 (ENSCAFG00845030024)	FLACC1 (ENSCAFG00845030068)	TRAK2 (ENSCAFG00845030112)	STRADB (ENSCAFG00845030183)	C2CD6 (ENSCAFG00845030271)	TMEM237 (ENSCAFG00845030434)	MPP4 (ENSCAFG00845030583)	ALS2 (ENSCAFG00845030698)	ENSCAFG00845030734 ##22	CDK15 (ENSCAFG00845030741)	FZD7 (ENSCAFG00845030754)	ENSCAFG00845015007	KIAA2012 (ENSCAFG00845015039)	SUMO1 (ENSCAFG00845015246)	NOP58 (ENSCAFG00845015320)	BMPR2 (ENSCAFG00845015459)	FAM117B (ENSCAFG00845015582)	ICA1L (ENSCAFG00845015647)	WDR12 (ENSCAFG00845015685)	CARF (ENSCAFG00845015868)	ENSCAFG00845016161	NBEAL1 (ENSCAFG00845016248)	CYP20A1 (ENSCAFG00845016438)	ENSCAFG00845016541
Dingo	DUPLICATION
Dingo	MODERN SPECIES	88	RGS22 (ENSCAFG00020000232)	ENSCAFG00020000266	FBXO43 (ENSCAFG00020000269)	POLR2K (ENSCAFG00020000296)	ENSCAFG00020000328	ENSCAFG00020000369	RNF19A (ENSCAFG00020000406)	ANKRD46 (ENSCAFG00020000425)	SNX31 (ENSCAFG00020000435)	PABPC1 (ENSCAFG00020000440)	ENSCAFG00020000447 ##27	ENSCAFG00020000521	GRHL2 (ENSCAFG00020000549)	NCALD (ENSCAFG00020000694)	RRM2B (ENSCAFG00020000711)	ENSCAFG00020000716 ##22	UBR5 (ENSCAFG00020000901)	ENSCAFG00020002920	ENSCAFG00020002921	ODF1 (ENSCAFG00020002923)	KLF10 (ENSCAFG00020002925)	AZIN1 (ENSCAFG00020002928)	ENSCAFG00020002930	ATP6V1C1 (ENSCAFG00020002943)	ENSCAFG00020002949	ENSCAFG00020002956	ENSCAFG00020002957	ENSCAFG00020002963	FZD6 (ENSCAFG00020002971)	CTHRC1 (ENSCAFG00020002983)	SLC25A32 (ENSCAFG00020003015)
Dingo	MODERN SPECIES	125	ENSCAFG00020026606	FXN (ENSCAFG00020026605)	TJP2 (ENSCAFG00020026597)	ENSCAFG00020026595	ENSCAFG00020026593	ENTREP1 (ENSCAFG00020026587)	APBA1 (ENSCAFG00020026571)	PTAR1 (ENSCAFG00020026567)	ENSCAFG00020026564	CFAP95 (ENSCAFG00020026561)	MAMDC2 (ENSCAFG00020026557)	ENSCAFG00020026439	KLF9 (ENSCAFG00020026433)	TRPM3 (ENSCAFG00020026020)	ENSCAFG00020025882	ENSCAFG00020025877 ##22	ENSCAFG00020025875	CEMIP2 (ENSCAFG00020025690)	ABHD17B (ENSCAFG00020025678)	C9orf85 (ENSCAFG00020025674)	GDA (ENSCAFG00020025665)	ZFAND5 (ENSCAFG00020025658)	TMC1 (ENSCAFG00020025648)	ALDH1A1 (ENSCAFG00020025570)	ANXA1 (ENSCAFG00020025555)	ENSCAFG00020025552	ENSCAFG00020025551	RORB (ENSCAFG00020025502)	TRPM6 (ENSCAFG00020025496)	C9orf40 (ENSCAFG00020025493)	ENSCAFG00020025491
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
American mink	MODERN SPECIES	314	ZNF805 (ENSNVIG00000013111)	AURKC (ENSNVIG00000013100)	ZNF264 (ENSNVIG00000013075)	ENSNVIG00000013041	PEG3 (ENSNVIG00000013035)	ENSNVIG00000013015	ENSNVIG00000013001	ENSNVIG00000012993	ENSNVIG00000012989	ENSNVIG00000012978	ENSNVIG00000012969	ENSNVIG00000012958	ENSNVIG00000012949	ENSNVIG00000012946	SMIM17 (ENSNVIG00000012936)	ENSNVIG00000012917 ##22	ZNF71 (ENSNVIG00000012902)	ZNF470 (ENSNVIG00000012882)	ZFP28 (ENSNVIG00000012856)	ZNF471 (ENSNVIG00000012849)	ZNF582 (ENSNVIG00000012833)	ZNF583 (ENSNVIG00000012812)	ZNF667 (ENSNVIG00000012798)	EDDM13 (ENSNVIG00000012779)	ENSNVIG00000012772	GALP (ENSNVIG00000012760)	ENSNVIG00000012758	ZNF787 (ENSNVIG00000012745)	NLRP5 (ENSNVIG00000012702)	NLRP8 (ENSNVIG00000012682)	NLRP13 (ENSNVIG00000012631)
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	127	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899
American black bear	MODERN SPECIES	366															CNTN1 (ENSUAMG00000024251)	ENSUAMG00000024250 ##22
Polar bear	MODERN SPECIES	262	SCAF11 (ENSUMAG00000024308)	ARID2 (ENSUMAG00000024221)	ANO6 (ENSUMAG00000024213)	NELL2 (ENSUMAG00000024209)	TMEM117 (ENSUMAG00000024207)	TWF1 (ENSUMAG00000024206)	IRAK4 (ENSUMAG00000024205)	PUS7L (ENSUMAG00000024204)	ADAMTS20 (ENSUMAG00000024203)	PRICKLE1 (ENSUMAG00000024201)	PPHLN1 (ENSUMAG00000024200)	ZCRB1 (ENSUMAG00000024199)	ENSUMAG00000024198	PDZRN4 (ENSUMAG00000024193)	CNTN1 (ENSUMAG00000024186)	ENSUMAG00000024185 ##22	LRRK2 (ENSUMAG00000024170)	SLC2A13 (ENSUMAG00000024152)	ABCD2 (ENSUMAG00000024150)	KIF21A (ENSUMAG00000024138)	CPNE8 (ENSUMAG00000024135)	ENSUMAG00000024133	SYT10 (ENSUMAG00000024130)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Cat	MODERN SPECIES	239	CC1H2orf88 (ENSFCAG00000032026)	HIBCH (ENSFCAG00000003341)	INPP1 (ENSFCAG00000043215)	MFSD6 (ENSFCAG00000005191)	NEMP2 (ENSFCAG00000022595)	NAB1 (ENSFCAG00000025156)	ENSFCAG00000026014	GLS (ENSFCAG00000028164)	STAT1 (ENSFCAG00000013725)	STAT4 (ENSFCAG00000018634)	MYO1B (ENSFCAG00000013907)	NABP1 (ENSFCAG00000023452)	ENSFCAG00000040529	CAVIN2 (ENSFCAG00000045293)	TMEFF2 (ENSFCAG00000012654)	ENSFCAG00000028499 ##22	ENSFCAG00000026840	SLC39A10 (ENSFCAG00000029020)	DNAH7 (ENSFCAG00000043509)	STK17B (ENSFCAG00000024768)	HECW2 (ENSFCAG00000008617)	ENSFCAG00000035321	CCDC150 (ENSFCAG00000005215)	GTF3C3 (ENSFCAG00000027324)	PGAP1 (ENSFCAG00000027828)	ANKRD44 (ENSFCAG00000008711)	SF3B1 (ENSFCAG00000005038)	ENSFCAG00000022385	HSPD1 (ENSFCAG00000025949)	HSPE1 (ENSFCAG00000014455)	ENSFCAG00000033723
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Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT01090000260447	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00500000045882	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00950000182802.B.a.a.a.b.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371	ENSGT00940000160932
Alpaca	MODERN SPECIES	1861										ENSVPAG00000008057	ENSVPAG00000008063 #18	ENSVPAG00000008069	ENSVPAG00000008070	LIN28A (ENSVPAG00000008073) #20	DHDDS (ENSVPAG00000008075) #21	ENSVPAG00000008076 ##22	ARID1A (ENSVPAG00000008077) #24	ENSVPAG00000008078 #26	ENSVPAG00000008079 #29
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.d.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Blue whale	MODERN SPECIES		ENSBMSG00010010760	ELOVL1 (ENSBMSG00010010782)	MED8 (ENSBMSG00010010813)	SZT2 (ENSBMSG00010010918)	HYI (ENSBMSG00010011242)	PTPRF (ENSBMSG00010011313)	KDM4A (ENSBMSG00010011413)	ST3GAL3 (ENSBMSG00010011533)	ENSBMSG00010011816	ARTN (ENSBMSG00010011830)	IPO13 (ENSBMSG00010011871)	DPH2 (ENSBMSG00010011909)	B4GALT2 (ENSBMSG00010011940)	CCDC24 (ENSBMSG00010011963)	SLC6A9 (ENSBMSG00010011996)	ENSBMSG00010012021 ##22	ENSBMSG00010012028	DMAP1 (ENSBMSG00010012040)	ERI3 (ENSBMSG00010012058)	RNF220 (ENSBMSG00010012100)	TMEM53 (ENSBMSG00010012130)	ENSBMSG00010012148	ENSBMSG00010012159	KIF2C (ENSBMSG00010012203)	ENSBMSG00010012244	BEST4 (ENSBMSG00010012281)	PLK3 (ENSBMSG00010012292)	BTBD19 (ENSBMSG00010012324)	PTCH2 (ENSBMSG00010012376)	EIF2B3 (ENSBMSG00010012433)	HECTD3 (ENSBMSG00010012474)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.d.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	14	MTFR1L (ENSPCTG00005005037)	AUNIP (ENSPCTG00005005872)	PAQR7 (ENSPCTG00005005864)	EXTL1 (ENSPCTG00005005827)	SLC30A2 (ENSPCTG00005005708)	TRIM63 (ENSPCTG00005005658)	PDIK1L (ENSPCTG00005005630)	CEP85 (ENSPCTG00005005549) #14	SH3BGRL3 (ENSPCTG00005005515) #15	UBXN11 (ENSPCTG00005005263) #16	ENSPCTG00005005213 #17	CRYBG2 (ENSPCTG00005005148) #18	ZNF683 (ENSPCTG00005005094)	LIN28A (ENSPCTG00005005060) #20	DHDDS (ENSPCTG00005004941) #21	ENSPCTG00005004910 ##22	ENSPCTG00005004896	ARID1A (ENSPCTG00005004873) #24	PIGV (ENSPCTG00005004852) #25	ZDHHC18 (ENSPCTG00005004832) #26	ENSPCTG00005004819	WDTC1 (ENSPCTG00005004734) #37	TMEM222 (ENSPCTG00005004704)	IFI6 (ENSPCTG00005004689)	FAM76A (ENSPCTG00005004465)	STX12 (ENSPCTG00005004417)	PPP1R8 (ENSPCTG00005004336)	THEMIS2 (ENSPCTG00005004296)	RPA2 (ENSPCTG00005004266)	SMPDL3B (ENSPCTG00005004166)	XKR8 (ENSPCTG00005004138)
Sperm whale	MODERN SPECIES	14	CDC20 (ENSPCTG00005018276)	ELOVL1 (ENSPCTG00005018188)	MED8 (ENSPCTG00005018137)	SZT2 (ENSPCTG00005017980)	HYI (ENSPCTG00005017929)	PTPRF (ENSPCTG00005017665)	KDM4A (ENSPCTG00005017585)	ST3GAL3 (ENSPCTG00005016778)	ARTN (ENSPCTG00005016623)	IPO13 (ENSPCTG00005016490)	DPH2 (ENSPCTG00005016405)	ATP6V0B (ENSPCTG00005016319)	B4GALT2 (ENSPCTG00005016153)	CCDC24 (ENSPCTG00005016123)	SLC6A9 (ENSPCTG00005015894)	ENSPCTG00005015871 ##22	KLF17 (ENSPCTG00005015831)	ENSPCTG00005015793	DMAP1 (ENSPCTG00005015764)	ERI3 (ENSPCTG00005015509)	ENSPCTG00005015477
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.d.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.d.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Vaquita	MODERN SPECIES		CDC20 (ENSPSNG00000002393)	ELOVL1 (ENSPSNG00000002423)	MED8 (ENSPSNG00000002447)	SZT2 (ENSPSNG00000002578)	HYI (ENSPSNG00000002924)	PTPRF (ENSPSNG00000002986)	KDM4A (ENSPSNG00000003123)	ST3GAL3 (ENSPSNG00000003249)	ARTN (ENSPSNG00000003485)	IPO13 (ENSPSNG00000003509)	DPH2 (ENSPSNG00000003583)	ENSPSNG00000003618	B4GALT2 (ENSPSNG00000003648)	CCDC24 (ENSPSNG00000003675)	SLC6A9 (ENSPSNG00000003705)	ENSPSNG00000003752 ##22	KLF17 (ENSPSNG00000003767)	ENSPSNG00000003784	DMAP1 (ENSPSNG00000003801)	ERI3 (ENSPSNG00000003827)	RNF220 (ENSPSNG00000003859)	TMEM53 (ENSPSNG00000003887)	ARMH1 (ENSPSNG00000003911)	KIF2C (ENSPSNG00000003944)	RPS8 (ENSPSNG00000003980)	BEST4 (ENSPSNG00000004014)	PLK3 (ENSPSNG00000004033)	DYNLT4 (ENSPSNG00000004055)	BTBD19 (ENSPSNG00000004068)	PTCH2 (ENSPSNG00000005240)	EIF2B3 (ENSPSNG00000005273)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.d.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Narwhal	MODERN SPECIES	304	PDIK1L (ENSMMNG00015006513)	FAM110D (ENSMMNG00015006501) #7	C1orf232 (ENSMMNG00015006467) #8	ZNF593 (ENSMMNG00015006375) #9	ZNF593OS (ENSMMNG00015006362) #10	CNKSR1 (ENSMMNG00015006346) #11	CATSPER4 (ENSMMNG00015006313) #12	CEP85 (ENSMMNG00015006269) #14	SH3BGRL3 (ENSMMNG00015006237) #15	UBXN11 (ENSMMNG00015006180) #16	ENSMMNG00015006143 #17	CRYBG2 (ENSMMNG00015006102) #18	ENSMMNG00015006067 #19	ENSMMNG00015006050 #20	DHDDS (ENSMMNG00015005998) #21	ENSMMNG00015005962 ##22	RPS6KA1 (ENSMMNG00015005851) #23	ARID1A (ENSMMNG00015005767) #24	PIGV (ENSMMNG00015005733) #25	ZDHHC18 (ENSMMNG00015005715) #26	SFN (ENSMMNG00015005699) #27	GPN2 (ENSMMNG00015005683) #28	GPATCH3 (ENSMMNG00015005660) #29	NR0B2 (ENSMMNG00015005644) #30	NUDC (ENSMMNG00015005615) #31	ENSMMNG00015005598 #33	KDF1 (ENSMMNG00015005581) #32	TRNP1 (ENSMMNG00015005564)	TENT5B (ENSMMNG00015005548) #35	SLC9A1 (ENSMMNG00015005523) #36	WDTC1 (ENSMMNG00015005489) #37
Beluga whale	MODERN SPECIES	74	MPL (ENSDLEG00000021691)	CDC20 (ENSDLEG00000021699)	ELOVL1 (ENSDLEG00000021703)	MED8 (ENSDLEG00000021710)	HYI (ENSDLEG00000021752)	PTPRF (ENSDLEG00000012454)	KDM4A (ENSDLEG00000012536)	ST3GAL3 (ENSDLEG00000012552)	ARTN (ENSDLEG00000012668)	IPO13 (ENSDLEG00000012688)	DPH2 (ENSDLEG00000012740)	ATP6V0B (ENSDLEG00000012749)	B4GALT2 (ENSDLEG00000012766)	CCDC24 (ENSDLEG00000012781)	SLC6A9 (ENSDLEG00000012795)	ENSDLEG00000012817 ##22	KLF17 (ENSDLEG00000012829)	ENSDLEG00000012840	DMAP1 (ENSDLEG00000012850)	ERI3 (ENSDLEG00000012874)	RNF220 (ENSDLEG00000012906)	TMEM53 (ENSDLEG00000012983)	ARMH1 (ENSDLEG00000012995)	KIF2C (ENSDLEG00000013032)	RPS8 (ENSDLEG00000013081)	BEST4 (ENSDLEG00000013112)	PLK3 (ENSDLEG00000013157)	BTBD19 (ENSDLEG00000013203)	PTCH2 (ENSDLEG00000013226)	EIF2B3 (ENSDLEG00000013309)	ENSDLEG00000013327
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000156023	ENSGT01100000263555.a.a.b	ENSGT00940000156984	ENSGT00390000014623	ENSGT00940000156596	ENSGT00940000162655	ENSGT00940000158318	ENSGT00510000048601.a	ENSGT00940000163631.cb	ENSGT00510000048601.b	ENSGT00940000159229	ENSGT00950000182808.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155868	ENSGT00730000111249	ENSGT00940000155696	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00860000133881	ENSGT00940000158114	ENSGT00940000157536.b	ENSGT00940000158920	ENSGT00940000161407	ENSGT00940000157678	ENSGT00940000157234	ENSGT00940000161024	ENSGT00390000000917	ENSGT00390000006347.b	ENSGT00940000155401	ENSGT00940000156564	ENSGT00940000155360.B.e	ENSGT00510000049560	ENSGT00940000162479
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3363	ZNF593 (ENSBBBG00000014219) #9	ZNF593OS (ENSBBBG00000003222) #10	ENSBBBG00000003221 #11	ENSBBBG00000014206 #11	CATSPER4 (ENSBBBG00000014191) #12	ENSBBBG00000001444 #13	CEP85 (ENSBBBG00000014184) #14	SH3BGRL3 (ENSBBBG00000014155) #15	UBXN11 (ENSBBBG00000003198) #16	CD52 (ENSBBBG00000003164) #17	CRYBG2 (ENSBBBG00000003161) #18	ENSBBBG00000014068 #19	ENSBBBG00000014058 #20	DHDDS (ENSBBBG00000014041) #21	ENSBBBG00000013997	ENSBBBG00000007981 ##22	RPS6KA1 (ENSBBBG00000013977) #23	ARID1A (ENSBBBG00000013911) #24	PIGV (ENSBBBG00000002976) #25	ZDHHC18 (ENSBBBG00000002907) #26	SFN (ENSBBBG00000002970) #27	GPN2 (ENSBBBG00000002968) #28	GPATCH3 (ENSBBBG00000013829) #29	NR0B2 (ENSBBBG00000013818) #30	NUDC (ENSBBBG00000013813) #31	KDF1 (ENSBBBG00000013807) #32	TENT5B (ENSBBBG00000002954) #35	SLC9A1 (ENSBBBG00000013790) #36	WDTC1 (ENSBBBG00000013773) #37	ENSBBBG00000013753	SYTL1 (ENSBBBG00000013744)
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3372	NALCN (ENSBBBG00000004766)	ITGBL1 (ENSBBBG00000004814)	FGF14 (ENSBBBG00000018976)	TPP2 (ENSBBBG00000019062)	METTL21C (ENSBBBG00000004888)	TEX30 (ENSBBBG00000019110)	POGLUT2 (ENSBBBG00000019129)	ENSBBBG00000019132	BIVM (ENSBBBG00000004923)	ENSBBBG00000019147	ENSBBBG00000019152	METTL21EP (ENSBBBG00000019157)	SLC10A2 (ENSBBBG00000019164)	EFNB2 (ENSBBBG00000019183)	ARGLU1 (ENSBBBG00000019196)	ENSBBBG00000019202 ##22	LIG4 (ENSBBBG00000019217)	ABHD13 (ENSBBBG00000009165)	TNFSF13B (ENSBBBG00000004963)	ENSBBBG00000019248	COL4A1 (ENSBBBG00000007512)	COL4A2 (ENSBBBG00000007185)	RAB20 (ENSBBBG00000019390)	NAXD (ENSBBBG00000019410)	CARS2 (ENSBBBG00000019426)	ING1 (ENSBBBG00000019448)	ANKRD10 (ENSBBBG00000019453)	ENSBBBG00000019656	ENSBBBG00000007320	TUBGCP3 (ENSBBBG00000019707)	ATP11A (ENSBBBG00000019894)
American bison	MODERN SPECIES	647																ENSBBBG00000007309 ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000156023	ENSGT01100000263555.a.a.b	ENSGT00940000156984	ENSGT00390000014623	ENSGT00940000156596	ENSGT00940000162655	ENSGT00940000158318.l	ENSGT00510000048601.a	ENSGT00510000048601.b	ENSGT00940000159229	ENSGT00950000182808.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155868	ENSGT00730000111249	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000155696	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00860000133881	ENSGT00940000158114	ENSGT00940000157536.b	ENSGT00940000158920	ENSGT00940000161407	ENSGT00940000157678	ENSGT00940000157234	ENSGT00940000161024	ENSGT00390000000917	ENSGT00390000006347.b	ENSGT00940000155401	ENSGT00940000156564	ENSGT00940000155360.B.e	ENSGT00510000049560	ENSGT00940000162479
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000156023	ENSGT01100000263555.a.a.b	ENSGT00940000156984	ENSGT00390000014623	ENSGT00940000156596	ENSGT00940000162655	ENSGT00940000158318.l	ENSGT00510000048601.a	ENSGT00510000048601.b	ENSGT00940000159229	ENSGT00950000182808.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155868	ENSGT00730000111249	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000155696	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00860000133881	ENSGT00940000158114	ENSGT00940000157536.b	ENSGT00940000158920	ENSGT00940000161407	ENSGT00940000157678	ENSGT00940000157234	ENSGT00940000161024	ENSGT00390000000917	ENSGT00390000006347.b	ENSGT00940000155401	ENSGT00940000156564	ENSGT00940000155360.B.e	ENSGT00510000049560	ENSGT00390000018090
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	3	ENSBIXG00005024718	TPP2 (ENSBIXG00005024696)	METTL21C (ENSBIXG00005024632)	TEX30 (ENSBIXG00005024611)	POGLUT2 (ENSBIXG00005024562)	BIVM (ENSBIXG00005007238)	ENSBIXG00005024496	ERCC5 (ENSBIXG00005024476)	METTL21EP (ENSBIXG00005024450)	SLC10A2 (ENSBIXG00005024428)	ENSBIXG00005024402	EFNB2 (ENSBIXG00005024311)	ARGLU1 (ENSBIXG00005024261)	ENSBIXG00005004137	NALF1 (ENSBIXG00005024204)	ENSBIXG00005024175 ##22	LIG4 (ENSBIXG00005024128)	ABHD13 (ENSBIXG00005005598)	TNFSF13B (ENSBIXG00005006483)	MYO16 (ENSBIXG00005023974)	IRS2 (ENSBIXG00005023906)	COL4A1 (ENSBIXG00005023833)	COL4A2 (ENSBIXG00005023700)	RAB20 (ENSBIXG00005023601)	NAXD (ENSBIXG00005007733)	CARS2 (ENSBIXG00005004028)	ING1 (ENSBIXG00005004006)	ANKRD10 (ENSBIXG00005023340)	ARHGEF7 (ENSBIXG00005023213)	ENSBIXG00005022984	TUBGCP3 (ENSBIXG00005022899)
Cow	MODERN SPECIES	3	NALCN (ENSBTAG00000037786)	ITGBL1 (ENSBTAG00000044027)	FGF14 (ENSBTAG00000052496)	TPP2 (ENSBTAG00000020389)	METTL21C (ENSBTAG00000020393)	TEX30 (ENSBTAG00000025221)	POGLUT2 (ENSBTAG00000008880)	BIVM (ENSBTAG00000048674)	ENSBTAG00000049806	ERCC5 (ENSBTAG00000014043)	METTL21E (ENSBTAG00000001344)	SLC10A2 (ENSBTAG00000005925)	EFNB2 (ENSBTAG00000016991)	ARGLU1 (ENSBTAG00000015124)	NALF1 (ENSBTAG00000025220)	ENSBTAG00000039334 ##22	LIG4 (ENSBTAG00000015868)	ABHD13 (ENSBTAG00000002432)	TNFSF13B (ENSBTAG00000011563)	MYO16 (ENSBTAG00000018237)	IRS2 (ENSBTAG00000012019)	COL4A1 (ENSBTAG00000012849)	COL4A2 (ENSBTAG00000025210)	RAB20 (ENSBTAG00000049416)	NAXD (ENSBTAG00000011466)	CARS2 (ENSBTAG00000011471)	ING1 (ENSBTAG00000025211)	ANKRD10 (ENSBTAG00000004041)	ARHGEF7 (ENSBTAG00000020726)	TEX29 (ENSBTAG00000007298)	SPACA7 (ENSBTAG00000054563)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000156984	ENSGT00390000014623	ENSGT00940000156596	ENSGT00940000162655	ENSGT00940000158318.l	ENSGT00940000158318.k	ENSGT00510000048601.a	ENSGT00510000048601.b	ENSGT00940000163631.bb	ENSGT00940000159229	ENSGT00950000182808.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155868	ENSGT00730000111249	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000155696	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00860000133881	ENSGT00940000158114	ENSGT00940000157536.b	ENSGT00940000158920	ENSGT00940000161407	ENSGT00940000157678	ENSGT00940000157234	ENSGT00940000161024	ENSGT00390000000917	ENSGT00390000006347.b	ENSGT00940000155401	ENSGT00940000156564	ENSGT00940000155360.B.e	ENSGT00510000049560	ENSGT00940000162479
Domestic yak	DUPLICATION
Domestic yak	MODERN SPECIES	6	METTL21C (ENSBGRG00000025198)	TEX30 (ENSBGRG00000025210)	ENSBGRG00000025245	ENSBGRG00000025284	BIVM (ENSBGRG00000003799)	ENSBGRG00000003841	ENSBGRG00000003936	METTL21EP (ENSBGRG00000003969)	ENSBGRG00000003999	SLC10A2 (ENSBGRG00000004025)	EFNB2 (ENSBGRG00000004087)	ENSBGRG00000004145	ARGLU1 (ENSBGRG00000004158)	ENSBGRG00000004177	NALF1 (ENSBGRG00000004214)	ENSBGRG00000004246 ##22	ENSBGRG00000004266 ##22	LIG4 (ENSBGRG00000004289)	ABHD13 (ENSBGRG00000004312)	ENSBGRG00000004318	TNFSF13B (ENSBGRG00000004327)	ENSBGRG00000004354	ENSBGRG00000004387	IRS2 (ENSBGRG00000004398)	COL4A1 (ENSBGRG00000004437)	COL4A2 (ENSBGRG00000005083)	RAB20 (ENSBGRG00000008497)	NAXD (ENSBGRG00000008539)	CARS2 (ENSBGRG00000008654)	ING1 (ENSBGRG00000008746)	ANKRD10 (ENSBGRG00000008761)
Domestic yak	MODERN SPECIES	6	TEX30 (ENSBGRG00000025210)	ENSBGRG00000025245	ENSBGRG00000025284	BIVM (ENSBGRG00000003799)	ENSBGRG00000003841	ENSBGRG00000003936	METTL21EP (ENSBGRG00000003969)	ENSBGRG00000003999	SLC10A2 (ENSBGRG00000004025)	EFNB2 (ENSBGRG00000004087)	ENSBGRG00000004145	ARGLU1 (ENSBGRG00000004158)	ENSBGRG00000004177	NALF1 (ENSBGRG00000004214)	ENSBGRG00000004246 ##22	ENSBGRG00000004266 ##22	LIG4 (ENSBGRG00000004289)	ABHD13 (ENSBGRG00000004312)	ENSBGRG00000004318	TNFSF13B (ENSBGRG00000004327)	ENSBGRG00000004354	ENSBGRG00000004387	IRS2 (ENSBGRG00000004398)	COL4A1 (ENSBGRG00000004437)	COL4A2 (ENSBGRG00000005083)	RAB20 (ENSBGRG00000008497)	NAXD (ENSBGRG00000008539)	CARS2 (ENSBGRG00000008654)	ING1 (ENSBGRG00000008746)	ANKRD10 (ENSBGRG00000008761)	ARHGEF7 (ENSBGRG00000008825)
Wild yak	MODERN SPECIES	1540															ARGLU1 (ENSBMUG00000000798)	ENSBMUG00000000823 ##22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161775	ENSGT00510000049371	ENSGT00390000010922	ENSGT00390000007658	ENSGT00390000015471	ENSGT00390000008338	ENSGT00390000007464	ENSGT00390000008549	ENSGT00940000159474	ENSGT00960000190393	ENSGT00940000156450	ENSGT00940000156945	ENSGT00940000160126	ENSGT00940000160247	ENSGT00940000158038	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00390000007027	ENSGT00390000018245.d	ENSGT00940000157721	ENSGT00940000162061	ENSGT01000000214434.F	ENSGT00990000211939	ENSGT00940000159251	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b	ENSGT00940000155417.u.a.a.b	ENSGT00390000008678	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a	ENSGT00910000147158	ENSGT00940000157668	ENSGT00940000155136
Goat	MODERN SPECIES	22	MROH7 (ENSCHIG00000025272)	TTC4 (ENSCHIG00000020395)	PARS2 (ENSCHIG00000004850)	TTC22 (ENSCHIG00000018641)	LEXM (ENSCHIG00000012506)	DHCR24 (ENSCHIG00000025577)	TMEM61 (ENSCHIG00000020700)	BSND (ENSCHIG00000027205)	USP24 (ENSCHIG00000021161)	ENSCHIG00000015710	PLPP3 (ENSCHIG00000022600)	PRKAA2 (ENSCHIG00000014436)	C8A (ENSCHIG00000025838)	C8B (ENSCHIG00000012131)	DAB1 (ENSCHIG00000024663)	ENSCHIG00000025606 ##22	OMA1 (ENSCHIG00000015440)	TACSTD2 (ENSCHIG00000012887)	MYSM1 (ENSCHIG00000007198)	JUN (ENSCHIG00000004093)	FGGY (ENSCHIG00000022252)	ENSCHIG00000018971	HOOK1 (ENSCHIG00000025016)	CYP2J30 (ENSCHIG00000022554)	CYP2J29 (ENSCHIG00000009032)	CYP2J26 (ENSCHIG00000021521)	C1orf87 (ENSCHIG00000023812)	NFIA (ENSCHIG00000011380)	ENSCHIG00000012418	TM2D1 (ENSCHIG00000026504)	PATJ (ENSCHIG00000023685)
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	13	CDC42BPG (ENSOARG00020013165)	EHD1 (ENSOARG00020013704)	ATG2A (ENSOARG00020013895)	PPP2R5B (ENSOARG00020013999)	GPHA2 (ENSOARG00020014142)	ENSOARG00020014188	BATF2 (ENSOARG00020014259)	ARL2 (ENSOARG00020014314)	SNX15 (ENSOARG00020014402)	SAC3D1 (ENSOARG00020014619)	NAALADL1 (ENSOARG00020014687)	CDCA5 (ENSOARG00020015714)	ZFPL1 (ENSOARG00020015799)	TMEM262 (ENSOARG00020015845)	VPS51 (ENSOARG00020015889)	ENSOARG00020015973 ##22	TM7SF2 (ENSOARG00020016019)	ZNHIT2 (ENSOARG00020016103)	FAU (ENSOARG00020016123)	ENSOARG00020016250	SYVN1 (ENSOARG00020016284)	SPDYC (ENSOARG00020016378)	CAPN1 (ENSOARG00020016485)	ENSOARG00020016621	ENSOARG00020016716	POLA2 (ENSOARG00020016734)	CDC42EP2 (ENSOARG00020016778)	DPF2 (ENSOARG00020016810)	TIGD3 (ENSOARG00020016977)	SLC25A45 (ENSOARG00020017021)	FRMD8 (ENSOARG00020017424)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	22	FABP2 (ENSOARG00020011627)	C6H4orf3 (ENSOARG00020011681)	MYOZ2 (ENSOARG00020011801)	SYNPO2 (ENSOARG00020011882)	SEC24D (ENSOARG00020012239)	METTL14 (ENSOARG00020012676)	ENSOARG00020012744	NDST3 (ENSOARG00020013044)	ENSOARG00020013687	NDST4 (ENSOARG00020013751)	ENSOARG00020013962	UGT8 (ENSOARG00020013985)	ARSJ (ENSOARG00020014089)	CAMK2D (ENSOARG00020014242)	ANK2 (ENSOARG00020019914)	ENSOARG00020022694 ##22	ZGRF1 (ENSOARG00020022741)	NEUROG2 (ENSOARG00020022898)	ENSOARG00020022943	TIFA (ENSOARG00020022965)	ENSOARG00020022983	FAM241A (ENSOARG00020023104)	PITX2 (ENSOARG00020023123)	ENPEP (ENSOARG00020023177)	ELOVL6 (ENSOARG00020023319)	RRH (ENSOARG00020023371)	GAR1 (ENSOARG00020023399)	PLA2G12A (ENSOARG00020023478)	MCUB (ENSOARG00020024210)	SEC24B (ENSOARG00020024258)	ENSOARG00020024351
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		MROH7 (ENSOARG00020018923)	TTC4 (ENSOARG00020019340)	PARS2 (ENSOARG00020019422)	TTC22 (ENSOARG00020019444)	LEXM (ENSOARG00020019541)	DHCR24 (ENSOARG00020019762)	TMEM61 (ENSOARG00020019826)	BSND (ENSOARG00020019857)	USP24 (ENSOARG00020019969)	ENSOARG00020021058	PLPP3 (ENSOARG00020021119)	PRKAA2 (ENSOARG00020021180)	C8A (ENSOARG00020021418)	C8B (ENSOARG00020022425)	DAB1 (ENSOARG00020022515)	ENSOARG00020022675 ##22	OMA1 (ENSOARG00020022701)	TACSTD2 (ENSOARG00020022774)	MYSM1 (ENSOARG00020022826)	JUN (ENSOARG00020023038)	ENSOARG00020023058	FGGY (ENSOARG00020023091)	ENSOARG00020023217	HOOK1 (ENSOARG00020023235)	CYP2J (ENSOARG00020023337)	ENSOARG00020023639	ENSOARG00020023663	NFIA (ENSOARG00020023719)	TM2D1 (ENSOARG00020024049)	PATJ (ENSOARG00020024177)	ENSOARG00020025242
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	FAM110D (ENSOARG00020007900) #7	C1orf232 (ENSOARG00020007857) #8	ZNF593 (ENSOARG00020007802) #9	ZNF593OS (ENSOARG00020007765) #10	CATSPER4 (ENSOARG00020007573) #12	ENSOARG00020007525 #13	CEP85 (ENSOARG00020007375) #14	SH3BGRL3 (ENSOARG00020007295) #15	UBXN11 (ENSOARG00020006963) #16	CD52 (ENSOARG00020006936) #17	CRYBG2 (ENSOARG00020006560) #18	ENSOARG00020023413 #19	ENSOARG00020023402	LIN28A (ENSOARG00020023379) #20	DHDDS (ENSOARG00020023294) #21	ENSOARG00020023265 ##22	ENSOARG00020023241	RPS6KA1 (ENSOARG00020022904) #23	ARID1A (ENSOARG00020022625) #24	PIGV (ENSOARG00020022591) #25	ZDHHC18 (ENSOARG00020022509) #26	SFN (ENSOARG00020022494) #27	GPN2 (ENSOARG00020022460) #28	GPATCH3 (ENSOARG00020022411) #29	NR0B2 (ENSOARG00020022389) #30	NUDC (ENSOARG00020022358) #31	KDF1 (ENSOARG00020022342) #32	TRNP1 (ENSOARG00020022331)	TENT5B (ENSOARG00020022308) #35	SLC9A1 (ENSOARG00020022275) #36	WDTC1 (ENSOARG00020022036) #37
Suina	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Chacoan peccary	DUPLICATION
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	808	FAM110D (ENSCWAG00000006619) #7	C1orf232 (ENSCWAG00000006633) #8	ZNF593 (ENSCWAG00000006675) #9	ZNF593OS (ENSCWAG00000006702) #10	CNKSR1 (ENSCWAG00000006730) #11	CATSPER4 (ENSCWAG00000006950) #12	ENSCWAG00000007017 #13	CEP85 (ENSCWAG00000007057) #14	SH3BGRL3 (ENSCWAG00000007268) #15	UBXN11 (ENSCWAG00000007324) #16	ENSCWAG00000007579	CRYBG2 (ENSCWAG00000007606) #18	ZNF683 (ENSCWAG00000007793)	LIN28A (ENSCWAG00000007853) #20	DHDDS (ENSCWAG00000007918) #21	ENSCWAG00000008110 ##22	RPS6KA1 (ENSCWAG00000008242) #23	ARID1A (ENSCWAG00000008742) #24	PIGV (ENSCWAG00000008817) #25	ZDHHC18 (ENSCWAG00000008839) #26	SFN (ENSCWAG00000008920) #27	GPN2 (ENSCWAG00000008935) #28	GPATCH3 (ENSCWAG00000008977) #29	NR0B2 (ENSCWAG00000009057) #30	NUDC (ENSCWAG00000009088) #31	KDF1 (ENSCWAG00000009120) #32	ENSCWAG00000009142 #33	TRNP1 (ENSCWAG00000009155)	TENT5B (ENSCWAG00000009173) #35	SLC9A1 (ENSCWAG00000009212) #36	WDTC1 (ENSCWAG00000009263) #37
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	801	SLC13A3 (ENSCWAG00000008335)	TP53RK (ENSCWAG00000008266)	SLC2A10 (ENSCWAG00000008218)	EYA2 (ENSCWAG00000007492)	ZMYND8 (ENSCWAG00000006593)	NCOA3 (ENSCWAG00000006435)	SULF2 (ENSCWAG00000006310)	PREX1 (ENSCWAG00000006211)	ARFGEF2 (ENSCWAG00000006092)	CSE1L (ENSCWAG00000006022)	STAU1 (ENSCWAG00000005943)	DDX27 (ENSCWAG00000005885)	ZNFX1 (ENSCWAG00000005860)	ENSCWAG00000005812	KCNB1 (ENSCWAG00000005796)	ENSCWAG00000005781 ##22	PTGIS (ENSCWAG00000005754)	B4GALT5 (ENSCWAG00000005722)	SLC9A8 (ENSCWAG00000005649)	IFNL1 (ENSCWAG00000005638)	SPATA2 (ENSCWAG00000005620)	RNF114 (ENSCWAG00000005606)	SNAI1 (ENSCWAG00000005582)	UBE2V1 (ENSCWAG00000005538)	PEDS1 (ENSCWAG00000005495)	CEBPB (ENSCWAG00000005488)	PTPN1 (ENSCWAG00000005450)	RIPOR3 (ENSCWAG00000005298)	PARD6B (ENSCWAG00000005258)	BCAS4 (ENSCWAG00000005219)	ADNP (ENSCWAG00000005189)
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	DUPLICATION
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	15	RIMKLA (ENSMMMG00000002028)	ZMYND12 (ENSMMMG00000002011)	PPCS (ENSMMMG00000001992)	ENSMMMG00000001948	PPIH (ENSMMMG00000001881)	ENSMMMG00000001834	CLDN19 (ENSMMMG00000001817)	P3H1 (ENSMMMG00000001705)	ENSMMMG00000001687	C1orf50 (ENSMMMG00000001676)	ENSMMMG00000001646	ENSMMMG00000001632	ERMAP (ENSMMMG00000001617)	ENSMMMG00000001610	SLC2A1 (ENSMMMG00000001574)	ENSMMMG00000001535 ##22	ENSMMMG00000001503	ENSMMMG00000001489	ENSMMMG00000001478	ENSMMMG00000001460	ENSMMMG00000001451	EBNA1BP2 (ENSMMMG00000001428)	CFAP57 (ENSMMMG00000001332)	TMEM125 (ENSMMMG00000001319)	C1orf210 (ENSMMMG00000001310)	TIE1 (ENSMMMG00000001231)	MPL (ENSMMMG00000001171)	CDC20 (ENSMMMG00000001150)	ELOVL1 (ENSMMMG00000001113)	MED8 (ENSMMMG00000001069)	SZT2 (ENSMMMG00000000919)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	37								ENSMMMG00000002779	ENSMMMG00000002795	MCF2L2 (ENSMMMG00000002829)	B3GNT5 (ENSMMMG00000002941)	ENSMMMG00000002953	MCCC1 (ENSMMMG00000002969)	DCUN1D1 (ENSMMMG00000003003)	ATP11B (ENSMMMG00000003020)	ENSMMMG00000003075 ##22	SOX2 (ENSMMMG00000003111)	ENSMMMG00000003124	ENSMMMG00000003137	FXR1 (ENSMMMG00000003158)	ENSMMMG00000003471	CCDC39 (ENSMMMG00000003487)	ENSMMMG00000003512	ENSMMMG00000003524	ENSMMMG00000003599	PEX5L (ENSMMMG00000003637)	USP13 (ENSMMMG00000004025)	NDUFB5 (ENSMMMG00000004098)	ENSMMMG00000004120	MRPL47 (ENSMMMG00000004133)	ACTL6A (ENSMMMG00000004175)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3343	Fam110d (ENSMSIG00000002311) #7	Gm30191 (ENSMSIG00000002277) #8	Zfp593 (ENSMSIG00000002253) #9	E130218I03Rik (ENSMSIG00000002204) #10	Cnksr1 (ENSMSIG00000002083) #11	Catsper4 (ENSMSIG00000001922) #12	Zpld2 (ENSMSIG00000001888) #13	Cep85 (ENSMSIG00000001754) #14	ENSMSIG00000001735	Ubxn11 (ENSMSIG00000001668) #16	Cd52 (ENSMSIG00000001646) #17	Crybg2 (ENSMSIG00000001508) #18	Zfp683 (ENSMSIG00000001479) #19	Lin28a (ENSMSIG00000001471) #20	ENSMSIG00000001371 #21	ENSMSIG00000001253 ##22	Rps6ka1 (ENSMSIG00000000629) #23	Arid1a (ENSMSIG00000000334) #24	Pigv (ENSMSIG00000000284) #25	ENSMSIG00000000251 ##22	Zdhhc18 (ENSMSIG00000000232) #26	Sfn (ENSMSIG00000000216) #27	Gpn2 (ENSMSIG00000000141) #28	Gpatch3 (ENSMSIG00000026503) #29	Nr0b2 (ENSMSIG00000026492) #30	Nudc (ENSMSIG00000026485) #31	ENSMSIG00000026482 #33	Kdf1 (ENSMSIG00000026473) #32	Trnp1 (ENSMSIG00000026468)	ENSMSIG00000026463 #34	Tent5b (ENSMSIG00000026455) #35
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	13	Fam110d (MGP_CAROLIEiJ_G0026616) #7	Gm30191 (MGP_CAROLIEiJ_G0026615) #8	E130218I03Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0026614) #10	Zfp593 (MGP_CAROLIEiJ_G0026613) #9	Cnksr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026612) #11	Catsper4 (MGP_CAROLIEiJ_G0026611) #12	MGP_CAROLIEiJ_G0026610 #13	Cep85 (MGP_CAROLIEiJ_G0026609) #14	Sh3bgrl3 (MGP_CAROLIEiJ_G0026608) #15	Ubxn11 (MGP_CAROLIEiJ_G0026607) #16	Cd52 (MGP_CAROLIEiJ_G0026606) #17	MGP_CAROLIEiJ_G0026605 #18	Zfp683 (MGP_CAROLIEiJ_G0026604) #19	Lin28a (MGP_CAROLIEiJ_G0026603) #20	Dhdds (MGP_CAROLIEiJ_G0026602) #21	MGP_CAROLIEiJ_G0026601 ##22	Rps6ka1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026600) #23	Arid1a (MGP_CAROLIEiJ_G0026599) #24	Pigv (MGP_CAROLIEiJ_G0026598) #25	Zdhhc18 (MGP_CAROLIEiJ_G0026597) #26	Sfn (MGP_CAROLIEiJ_G0026596) #27	Gpn2 (MGP_CAROLIEiJ_G0026595) #28	Gpatch3 (MGP_CAROLIEiJ_G0026594) #29	Nr0b2 (MGP_CAROLIEiJ_G0026593) #30	Nudc (MGP_CAROLIEiJ_G0026592) #31	Kdf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026591) #32	Trnp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026590)	Tent5b (MGP_CAROLIEiJ_G0026589) #35	Slc9a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026588) #36	Wdtc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026587) #37	Tmem222 (MGP_CAROLIEiJ_G0026586)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.a ##22
Orangutan	MODERN SPECIES	5	SGPP1 (ENSPPYG00000005893)	WDR89 (ENSPPYG00000005892)	ENSPPYG00000035856	ENSPPYG00000031600	GPHB5 (ENSPPYG00000005888)	RHOJ (ENSPPYG00000005887)	KCNH5 (ENSPPYG00000005886)	SYT16 (ENSPPYG00000005883)	ENSPPYG00000034523	SNAPC1 (ENSPPYG00000005882)	HIF1A (ENSPPYG00000005881)	PRKCH (ENSPPYG00000005880)	TMEM30B (ENSPPYG00000005879)	SLC38A6 (ENSPPYG00000005878)	TRMT5 (ENSPPYG00000005877)	ENSPPYG00000040801 ##22	MNAT1 (ENSPPYG00000005876)	SIX4 (ENSPPYG00000005875)	SIX1 (ENSPPYG00000005874)	SIX6 (ENSPPYG00000031183)	C14orf39 (ENSPPYG00000005872)	PPM1A (ENSPPYG00000005871)	DHRS7 (ENSPPYG00000005870)	PCNX4 (ENSPPYG00000005869)	LRRC9 (ENSPPYG00000005868)	RTN1 (ENSPPYG00000005867)	CCDC175 (ENSPPYG00000005866)	JKAMP (ENSPPYG00000005865)	ENSPPYG00000040391	L3HYPDH (ENSPPYG00000005864)	DAAM1 (ENSPPYG00000005862)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.b ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.b ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.b ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.b ##22
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.b ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.b ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.r.b ##22
Alpin marmot	MODERN SPECIES	81	STEAP2 (ENSMMMG00000020585)	ENSMMMG00000020606	TEX47 (ENSMMMG00000020626)	STEAP4 (ENSMMMG00000020632)	SRI (ENSMMMG00000020637)	ADAM22 (ENSMMMG00000020682)	DBF4 (ENSMMMG00000021209)	SLC25A40 (ENSMMMG00000021226)	ENSMMMG00000021239	RUNDC3B (ENSMMMG00000021241)	ABCB1 (ENSMMMG00000021289)	ABCB4 (ENSMMMG00000024348)	CROT (ENSMMMG00000024353)	TMEM243 (ENSMMMG00000024368)	DMTF1 (ENSMMMG00000024369)	ENSMMMG00000024372 ##22	ENSMMMG00000024373	UBE3C (ENSMMMG00000024374)	ENSMMMG00000024387	ENSMMMG00000024394	ENSMMMG00000024398	ENSMMMG00000024401	NCAPG2 (ENSMMMG00000024402)	ESYT2 (ENSMMMG00000024404)	DYNC2I1 (ENSMMMG00000024406)	VIPR2 (ENSMMMG00000024407)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	4	PRSS35 (ENSCSAG00000000198)	ME1 (ENSCSAG00000017385)	RWDD2A (ENSCSAG00000017386)	PGM3 (ENSCSAG00000017390)	DOP1A (ENSCSAG00000017395)	UBE3D (ENSCSAG00000017398)	TPBG (ENSCSAG00000000199)	IBTK (ENSCSAG00000017400)	TENT5A (ENSCSAG00000017402)	BCKDHB (ENSCSAG00000017409)	TTK (ENSCSAG00000017414)	ELOVL4 (ENSCSAG00000017416)	ENSCSAG00000017417	SH3BGRL2 (ENSCSAG00000017420)	LCA5 (ENSCSAG00000017422)	ENSCSAG00000017423 ##22	HMGN3 (ENSCSAG00000017426) ##22	ENSCSAG00000017429	PHIP (ENSCSAG00000017444)	IRAK1BP1 (ENSCSAG00000017447)	MEI4 (ENSCSAG00000017449)	HTR1B (ENSCSAG00000000200)	IMPG1 (ENSCSAG00000017450)	ENSCSAG00000000201	MYO6 (ENSCSAG00000017452)	SENP6 (ENSCSAG00000017454)	FILIP1 (ENSCSAG00000017456)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	746															DHDDS (ENSTBEG00000016551) #21	ENSTBEG00000016632 ##22
Tree shrew	MODERN SPECIES	6598															ENSTBEG00000001309	ENSTBEG00000002303 ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	162	Rimbp2 (ENSJJAG00000023645)	Stx2 (ENSJJAG00000010700)	Ran (ENSJJAG00000012009)	Adgrd1 (ENSJJAG00000014453)	ENSJJAG00000024181	ENSJJAG00000000172	Sfswap (ENSJJAG00000006609)	Mmp17 (ENSJJAG00000010485)	Ulk1 (ENSJJAG00000016623)	Pus1 (ENSJJAG00000000088)	Ep400 (ENSJJAG00000016406)	ENSJJAG00000012370	ENSJJAG00000019589	Noc4l (ENSJJAG00000020377)	Galnt9 (ENSJJAG00000022977)	ENSJJAG00000019634 ##22	Fbrsl1 (ENSJJAG00000022073)	ENSJJAG00000023325	P2rx2 (ENSJJAG00000001951)	Pole (ENSJJAG00000000390)	Pxmp2 (ENSJJAG00000018159)	ENSJJAG00000018223	ENSJJAG00000018630	Ankle2 (ENSJJAG00000018869)	Golga3 (ENSJJAG00000017794)	Chfr (ENSJJAG00000021405)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	968	Pdik1l (ENSNGAG00000004860)	Fam110d (ENSNGAG00000006834) #7	Gm30191 (ENSNGAG00000009964) #8	Zfp593 (ENSNGAG00000011656) #9	ENSNGAG00000012993	Cnksr1 (ENSNGAG00000021886) #11	Catsper4 (ENSNGAG00000012725) #12	Cep85 (ENSNGAG00000022051) #14	Sh3bgrl3 (ENSNGAG00000023959) #15	Ubxn11 (ENSNGAG00000020502) #16	ENSNGAG00000018349	Crybg2 (ENSNGAG00000014333) #18	Zfp683 (ENSNGAG00000000967) #19	Lin28a (ENSNGAG00000018842) #20	Dhdds (ENSNGAG00000000601) #21	ENSNGAG00000017100 ##22	Rps6ka1 (ENSNGAG00000010597) #23	ENSNGAG00000000551	Arid1a (ENSNGAG00000001030) #24	Pigv (ENSNGAG00000015293) #25	Zdhhc18 (ENSNGAG00000015003) #26	Sfn (ENSNGAG00000018865) #27	Gpn2 (ENSNGAG00000006482) #28	Gpatch3 (ENSNGAG00000006821) #29	Nr0b2 (ENSNGAG00000009020) #30	Nudc (ENSNGAG00000011343) #31	Kdf1 (ENSNGAG00000012082) #32
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	8	Frs3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021710)	MGP_CAROLIEiJ_G0021709	MGP_CAROLIEiJ_G0021708	Tomm6 (MGP_CAROLIEiJ_G0021707)	Usp49 (MGP_CAROLIEiJ_G0021706)	MGP_CAROLIEiJ_G0021705	Med20 (MGP_CAROLIEiJ_G0021704)	Bysl (MGP_CAROLIEiJ_G0021703)	Ccnd3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021702)	Taf8 (MGP_CAROLIEiJ_G0021701)	AI661453 (MGP_CAROLIEiJ_G0021700)	1700001C19Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0021699)	Guca1a (MGP_CAROLIEiJ_G0021698)	MGP_CAROLIEiJ_G0021697	Mrps10 (MGP_CAROLIEiJ_G0021696)	MGP_CAROLIEiJ_G0021695 ##22	Ubr2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021694)	Prph2 (MGP_CAROLIEiJ_G0021693)	Tbcc (MGP_CAROLIEiJ_G0021692)	MGP_CAROLIEiJ_G0021691	Bicral (MGP_CAROLIEiJ_G0021690)	Rpl7l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021689)	2310039H08Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0021688)	Ptcra (MGP_CAROLIEiJ_G0021687)	Cnpy3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021686)	Gnmt (MGP_CAROLIEiJ_G0021685)	Pex6 (MGP_CAROLIEiJ_G0021684)	Ppp2r5d (MGP_CAROLIEiJ_G0021683)	Mea1 (MGP_CAROLIEiJ_G0021682)	Klhdc3 (MGP_CAROLIEiJ_G0021681)	Rrp36 (MGP_CAROLIEiJ_G0021680)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	19	Fam110d (MGP_PahariEiJ_G0028949) #7	Gm30191 (MGP_PahariEiJ_G0028948) #8	E130218I03Rik (MGP_PahariEiJ_G0028947) #10	Zfp593 (MGP_PahariEiJ_G0028946) #9	Cnksr1 (MGP_PahariEiJ_G0028945) #11	Catsper4 (MGP_PahariEiJ_G0028944) #12	MGP_PahariEiJ_G0028943 #13	Cep85 (MGP_PahariEiJ_G0028942) #14	Sh3bgrl3 (MGP_PahariEiJ_G0028941) #15	Ubxn11 (MGP_PahariEiJ_G0028940) #16	MGP_PahariEiJ_G0028939 #17	MGP_PahariEiJ_G0028938 #18	Zfp683 (MGP_PahariEiJ_G0028937) #19	Lin28a (MGP_PahariEiJ_G0028936) #20	Dhdds (MGP_PahariEiJ_G0028935) #21	MGP_PahariEiJ_G0028934 ##22	Rps6ka1 (MGP_PahariEiJ_G0028933) #23	Arid1a (MGP_PahariEiJ_G0028932) #24	Pigv (MGP_PahariEiJ_G0028931) #25	MGP_PahariEiJ_G0028930 #26	Sfn (MGP_PahariEiJ_G0028929) #27	Gpn2 (MGP_PahariEiJ_G0028928) #28	Gpatch3 (MGP_PahariEiJ_G0028927) #29	Nr0b2 (MGP_PahariEiJ_G0028926) #30	Nudc (MGP_PahariEiJ_G0028925) #31	Kdf1 (MGP_PahariEiJ_G0028924) #32	Trnp1 (MGP_PahariEiJ_G0028923)	Tent5b (MGP_PahariEiJ_G0028922) #35	Slc9a1 (MGP_PahariEiJ_G0028921) #36	Wdtc1 (MGP_PahariEiJ_G0028920) #37	Tmem222 (MGP_PahariEiJ_G0028919)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a.n #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b.s ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		C1orf232 (ENSSVLG00005001854) #8	ZNF593 (ENSSVLG00005001892) #9	ZNF593OS (ENSSVLG00005001931) #10	ENSSVLG00005001947 #11	ENSSVLG00005001967 #11	CATSPER4 (ENSSVLG00005002009) #12	ENSSVLG00005002078 #13	CEP85 (ENSSVLG00005002119) #14	SH3BGRL3 (ENSSVLG00005002218) #15	UBXN11 (ENSSVLG00005002269) #16	CD52 (ENSSVLG00005002300) #17	ENSSVLG00005002324 #18	ZNF683 (ENSSVLG00005002372)	LIN28A (ENSSVLG00005002407) #20	DHDDS (ENSSVLG00005002447) #21	ENSSVLG00005002494 ##22	RPS6KA1 (ENSSVLG00005002546) #23	ARID1A (ENSSVLG00005002696) #24	PIGV (ENSSVLG00005002744) #25	ZDHHC18 (ENSSVLG00005002759) #26	SFN (ENSSVLG00005002779) #27	GPN2 (ENSSVLG00005002789) #28	ENSSVLG00005002815 #28	ENSSVLG00005002838 #29	ENSSVLG00005002863 #29	NR0B2 (ENSSVLG00005002872) #30	NUDC (ENSSVLG00005002888) #31	KDF1 (ENSSVLG00005002908) #32	ENSSVLG00005002925 #33	TRNP1 (ENSSVLG00005002944)	TENT5B (ENSSVLG00005002952) #35
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	11	ENSSVLG00005010546	ENSSVLG00005010497	C14orf28 (ENSSVLG00005010455)	KLHL28 (ENSSVLG00005010413)	ENSSVLG00005010384	TOGARAM1 (ENSSVLG00005010233)	ENSSVLG00005010123	FKBP3 (ENSSVLG00005010096)	FANCM (ENSSVLG00005009709)	MIS18BP1 (ENSSVLG00005009570)	ENSSVLG00005009546	ENSSVLG00005009496	RPL10L (ENSSVLG00005009435)	ENSSVLG00005009425	MDGA2 (ENSSVLG00005009198)	ENSSVLG00005009176 ##22	ENSSVLG00005009142	ENSSVLG00005009087	LRR1 (ENSSVLG00005008998)	RPL36AL (ENSSVLG00005008979)	MGAT2 (ENSSVLG00005008964)	DNAAF2 (ENSSVLG00005008952)	POLE2 (ENSSVLG00005008639)	ENSSVLG00005008574	KLHDC1 (ENSSVLG00005008548)	KLHDC2 (ENSSVLG00005008503)	NEMF (ENSSVLG00005008455)	ARF6 (ENSSVLG00005008433)	VCPKMT (ENSSVLG00005008401)	SOS2 (ENSSVLG00005008363)	L2HGDH (ENSSVLG00005008301)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	6	ENSSVLG00005023217	ENSSVLG00005023193	ENSSVLG00005023180	ENSSVLG00005023171	ENSSVLG00005023116	ENSSVLG00005023100	ENSSVLG00005023088	ENSSVLG00005023075	KLHL9 (ENSSVLG00005023061)	ENSSVLG00005023046	ENSSVLG00005022997	ENSSVLG00005022981	HACD4 (ENSSVLG00005022946)	ENSSVLG00005022926	ENSSVLG00005022902	ENSSVLG00005022890 ##22	FOCAD (ENSSVLG00005022842)	ENSSVLG00005022732	SLC24A2 (ENSSVLG00005022584)	ACER2 (ENSSVLG00005022509)	RPS6 (ENSSVLG00005022424)	DENND4C (ENSSVLG00005022373)	PLIN2 (ENSSVLG00005022244)	HAUS6 (ENSSVLG00005022104)	RRAGA (ENSSVLG00005022081)	SAXO1 (ENSSVLG00005021951)	ADAMTSL1 (ENSSVLG00005021790)	ENSSVLG00005021741	SH3GL2 (ENSSVLG00005021671)	CNTLN (ENSSVLG00005021621)	ENSSVLG00005021593
Marmotini	DUPLICATION
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.e ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.e ##22
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	92	FAM110D (ENSUPAG00010021710) #7	ZNF593 (ENSUPAG00010021709) #9	C1orf232 (ENSUPAG00010021707) #8	ENSUPAG00010021706 #10	CNKSR1 (ENSUPAG00010021586) #11	CATSPER4 (ENSUPAG00010021560) #12	ENSUPAG00010021555 #13	ENSUPAG00010021552	CEP85 (ENSUPAG00010021539) #14	SH3BGRL3 (ENSUPAG00010021534) #15	UBXN11 (ENSUPAG00010021521) #16	ENSUPAG00010021517	ENSUPAG00010021495 #18	ZNF683 (ENSUPAG00010021486)	DHDDS (ENSUPAG00010021412) #21	ENSUPAG00010021391 ##22	RPS6KA1 (ENSUPAG00010021318) #23	ARID1A (ENSUPAG00010021300) #24	PIGV (ENSUPAG00010021291) #25	ZDHHC18 (ENSUPAG00010021282) #26	SFN (ENSUPAG00010021279) #27	GPN2 (ENSUPAG00010021274) #28	GPATCH3 (ENSUPAG00010021268) #29	NR0B2 (ENSUPAG00010021267) #30	NUDC (ENSUPAG00010021264) #31	KDF1 (ENSUPAG00010021258) #32	ENSUPAG00010021256	TRNP1 (ENSUPAG00010021254)	TENT5B (ENSUPAG00010021251) #35	ENSUPAG00010021249	SLC9A1 (ENSUPAG00010021229) #36
Marmotini	DUPLICATION
Marmotini	DUPLICATION
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.f.a.a ##22
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	16	ENSMMMG00000008536	PTDSS1 (ENSMMMG00000008511)	MTERF3 (ENSMMMG00000008506)	UQCRB (ENSMMMG00000008500)	GDF6 (ENSMMMG00000008496)	CFAP418 (ENSMMMG00000008466)	ENSMMMG00000008450	PLEKHF2 (ENSMMMG00000008447)	ENSMMMG00000008444	NDUFAF6 (ENSMMMG00000008438)	TP53INP1 (ENSMMMG00000008423)	CCNE2 (ENSMMMG00000008373)	INTS8 (ENSMMMG00000007978)	DPY19L4 (ENSMMMG00000007948)	ESRP1 (ENSMMMG00000007808)	ENSMMMG00000007791 ##22	VIRMA (ENSMMMG00000007702)	FSBP (ENSMMMG00000007694)	RAD54B (ENSMMMG00000007647)	GEM (ENSMMMG00000007618)	CDH17 (ENSMMMG00000007567)	PDP1 (ENSMMMG00000007532)	TMEM67 (ENSMMMG00000007499)	RBM12B (ENSMMMG00000007433)	CIBAR1 (ENSMMMG00000007347)	TRIQK (ENSMMMG00000007334)	RUNX1T1 (ENSMMMG00000007235)	SLC26A7 (ENSMMMG00000007202)	ENSMMMG00000007149	OTUD6B (ENSMMMG00000007134)	PIP4P2 (ENSMMMG00000007117)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	69	FOXM1 (ENSMMMG00000018691)	TEX52 (ENSMMMG00000018857)	NRIP2 (ENSMMMG00000018866)	ITFG2 (ENSMMMG00000018874)	FKBP4 (ENSMMMG00000018910)	ENSMMMG00000018938	CACNA1C (ENSMMMG00000019057)	ENSMMMG00000023677	ENSMMMG00000023679	CACNA2D4 (ENSMMMG00000023684)	LRTM2 (ENSMMMG00000023691)	ADIPOR2 (ENSMMMG00000023694)	WNT5B (ENSMMMG00000023771)	FBXL14 (ENSMMMG00000023777)	ERC1 (ENSMMMG00000023780)	ENSMMMG00000023852 ##22	RAD52 (ENSMMMG00000023853)	WNK1 (ENSMMMG00000023859)	NINJ2 (ENSMMMG00000023925)	B4GALNT3 (ENSMMMG00000023926)	CCDC77 (ENSMMMG00000023928)	KDM5A (ENSMMMG00000023930)	SLC6A13 (ENSMMMG00000023931)	SLC6A12 (ENSMMMG00000023932)	IQSEC3 (ENSMMMG00000023933)	ENSMMMG00000023934	DDX11 (ENSMMMG00000023935)	ENSMMMG00000023940	ENSMMMG00000023941	HDHD5 (ENSMMMG00000023942)	ADA2 (ENSMMMG00000023948)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.f.a.a ##22
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	MODERN SPECIES	142	BSX (ENSSTOG00000021809)	ENSSTOG00000003756	CLMP (ENSSTOG00000003773)	ENSSTOG00000027106	GRAMD1B (ENSSTOG00000016452)	SCN3B (ENSSTOG00000016456)	ZNF202 (ENSSTOG00000027536)	OR6X1 (ENSSTOG00000026454)	OR6M1 (ENSSTOG00000023615)	OR8D4 (ENSSTOG00000003953)	OR4D5 (ENSSTOG00000002119)	OR6T1 (ENSSTOG00000002123)	ENSSTOG00000021380	OR10S1 (ENSSTOG00000023623)	OR10G6 (ENSSTOG00000004838)	ENSSTOG00000031991 ##22	ENSSTOG00000023170	ENSSTOG00000028387	ENSSTOG00000029098	ENSSTOG00000024722	ENSSTOG00000028068
Squirrel	MODERN SPECIES	87	AKNA (ENSSTOG00000010093)	WHRN (ENSSTOG00000029145)	ATP6V1G1 (ENSSTOG00000015857)	TMEM268 (ENSSTOG00000014839)	TNFSF15 (ENSSTOG00000022205)	TNFSF8 (ENSSTOG00000016409)	TNC (ENSSTOG00000003382)	PAPPA (ENSSTOG00000001569)	ASTN2 (ENSSTOG00000001602)	TRIM32 (ENSSTOG00000020349)	TLR4 (ENSSTOG00000021892)	ENSSTOG00000032177	BRINP1 (ENSSTOG00000005376)	CDK5RAP2 (ENSSTOG00000013008)	ENSSTOG00000013036	ENSSTOG00000022956 ##22	FBXW2 (ENSSTOG00000027011)	PSMD5 (ENSSTOG00000013046)	ENSSTOG00000023502	PHF19 (ENSSTOG00000013056)	TRAF1 (ENSSTOG00000023272)	C5 (ENSSTOG00000013078)	CNTRL (ENSSTOG00000013101)	RAB14 (ENSSTOG00000025248)	GSN (ENSSTOG00000005409)	STOM (ENSSTOG00000005434)	ENSSTOG00000005448	DAB2IP (ENSSTOG00000027582)	ENSSTOG00000029289	ENSSTOG00000007899	NDUFA8 (ENSSTOG00000013229)
Squirrel	MODERN SPECIES	222												TENM2 (ENSSTOG00000015076)	ENSSTOG00000015095	RARS1 (ENSSTOG00000001441)	FBLL1 (ENSSTOG00000031046)	ENSSTOG00000034851 ##22	PANK3 (ENSSTOG00000016261)	SLIT3 (ENSSTOG00000013889)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	96	OSBPL6 (ENSUPAG00010005891)	PRKRA (ENSUPAG00010005881)	PJVK (ENSUPAG00010005878)	FKBP7 (ENSUPAG00010005868)	PLEKHA3 (ENSUPAG00010005864)	ENSUPAG00010005857	ENSUPAG00010005854	ENSUPAG00010005849	ENSUPAG00010005845	ENSUPAG00010005828	CCDC141 (ENSUPAG00010005807)	SESTD1 (ENSUPAG00010005786)	ZNF385B (ENSUPAG00010005756)	CWC22 (ENSUPAG00010005695)	UBE2E3 (ENSUPAG00010005683)	ENSUPAG00010005673 ##22	ITGA4 (ENSUPAG00010005643)	NEUROD1 (ENSUPAG00010005612)	ITPRID2 (ENSUPAG00010004992)	PPP1R1C (ENSUPAG00010004979)	PDE1A (ENSUPAG00010004927)	DNAJC10 (ENSUPAG00010004900)	FRZB (ENSUPAG00010004895)	NCKAP1 (ENSUPAG00010004777)	DUSP19 (ENSUPAG00010004765)	NUP35 (ENSUPAG00010004759)
Marmotini	DUPLICATION
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.f.a.b.a ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.f.a.b.a ##22
Squirrel	MODERN SPECIES	71	RCN2 (ENSSTOG00000023546)	SCAPER (ENSSTOG00000005985)	ISL2 (ENSSTOG00000005974)	ETFA (ENSSTOG00000005955)	TMEM266 (ENSSTOG00000005940)	NRG4 (ENSSTOG00000032353)	FBXO22 (ENSSTOG00000003240)	UBE2Q2 (ENSSTOG00000003216)	ENSSTOG00000023462	CHRNB4 (ENSSTOG00000028304)	CHRNA3 (ENSSTOG00000007655)	CHRNA5 (ENSSTOG00000007639)	PSMA4 (ENSSTOG00000010596)	HYKK (ENSSTOG00000010580)	IREB2 (ENSSTOG00000009273)	ENSSTOG00000027165 ##22	CRABP1 (ENSSTOG00000007805)	SKIC8 (ENSSTOG00000007784)	DNAJA4 (ENSSTOG00000007771)	ACSBG1 (ENSSTOG00000007506)	IDH3A (ENSSTOG00000022510)	CIB2 (ENSSTOG00000023741)	ENSSTOG00000019532	TBC1D2B (ENSSTOG00000003679)	ADAMTS7 (ENSSTOG00000023915)	ENSSTOG00000013294	CTSH (ENSSTOG00000013302)	RASGRF1 (ENSSTOG00000014265)	ANKRD34C (ENSSTOG00000002141)	TMED3 (ENSSTOG00000027548)	MINAR1 (ENSSTOG00000004728)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	75	POLR3A (ENSUPAG00010002781)	DLG5 (ENSUPAG00010002814)	KCNMA1 (ENSUPAG00010002959)	ENSUPAG00010009612	LRMDA (ENSUPAG00010009618)	ZNF503 (ENSUPAG00010009632)	COMTD1 (ENSUPAG00010009638)	ENSUPAG00010009651	SAMD8 (ENSUPAG00010009689)	ENSUPAG00010009693	DUSP29 (ENSUPAG00010009810)	KAT6B (ENSUPAG00010009815)	ADK (ENSUPAG00010010046)	AP3M1 (ENSUPAG00010010078)	VCL (ENSUPAG00010010108)	ENSUPAG00010010171 ##22	PLAU (ENSUPAG00010010185)	CAMK2G (ENSUPAG00010010199)	NDST2 (ENSUPAG00010010466)	ZSWIM8 (ENSUPAG00010010484)	CHCHD1 (ENSUPAG00010010547)	FUT11 (ENSUPAG00010010553)	ENSUPAG00010010560	SYNPO2L (ENSUPAG00010010630)	MYOZ1 (ENSUPAG00010010636)	USP54 (ENSUPAG00010010642)	PPP3CB (ENSUPAG00010010706)	MSS51 (ENSUPAG00010010978)	ANXA7 (ENSUPAG00010010989)	CFAP70 (ENSUPAG00010011187)	MRPS16 (ENSUPAG00010011322)
Alpin marmot	MODERN SPECIES		TMEM232 (ENSMMMG00000008697)	SLC25A46 (ENSMMMG00000008723)	ENSMMMG00000008765	WDR36 (ENSMMMG00000008773)	CAMK4 (ENSMMMG00000008822)	ENSMMMG00000008842	ENSMMMG00000008847	EPB41L4A (ENSMMMG00000008867)	APC (ENSMMMG00000008923)	SRP19 (ENSMMMG00000008991)	REEP5 (ENSMMMG00000009004)	PKD2L2 (ENSMMMG00000009035)	FAM13B (ENSMMMG00000009097)	WNT8A (ENSMMMG00000009126)	NME5 (ENSMMMG00000009141)	ENSMMMG00000009159 ##22	ENSMMMG00000009165	ENSMMMG00000009180	KIF20A (ENSMMMG00000009329)	CDC23 (ENSMMMG00000009376)	GFRA3 (ENSMMMG00000009458)	CDC25C (ENSMMMG00000009475)	ENSMMMG00000009499	ENSMMMG00000009522	KDM3B (ENSMMMG00000009533)	REEP2 (ENSMMMG00000009566)	ENSMMMG00000009581	EGR1 (ENSMMMG00000009588)	ETF1 (ENSMMMG00000009600)	HSPA9 (ENSMMMG00000009620)	CTNNA1 (ENSMMMG00000009688)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.f.a.b.b ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.f.a.b.b ##22
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	MODERN SPECIES	226	TUBB6 (ENSSTOG00000021203)	CIDEA (ENSSTOG00000033709)	IMPA2 (ENSSTOG00000012413)	MPPE1 (ENSSTOG00000011784)	GNAL (ENSSTOG00000011773)	PIEZO2 (ENSSTOG00000025402)	NAPG (ENSSTOG00000000707)	APCDD1 (ENSSTOG00000029177)	VAPA (ENSSTOG00000009735)	RAB31 (ENSSTOG00000026691)	PPP4R1 (ENSSTOG00000020650)	RALBP1 (ENSSTOG00000028360)	TWSG1 (ENSSTOG00000016477)	ENSSTOG00000032175	SPIRE1 (ENSSTOG00000002231)	ENSSTOG00000024467 ##22	CEP76 (ENSSTOG00000002252)	PSMG2 (ENSSTOG00000002261)	PTPN2 (ENSSTOG00000007563)	SEH1L (ENSSTOG00000007926)	CEP192 (ENSSTOG00000015538)	LDLRAD4 (ENSSTOG00000000193)	FAM210A (ENSSTOG00000019999)	RNMT (ENSSTOG00000005341)	MC5R (ENSSTOG00000028154)	MC2R (ENSSTOG00000009270)	ENSSTOG00000022324	FBP2 (ENSSTOG00000022478)	FBP1 (ENSSTOG00000026420)	AOPEP (ENSSTOG00000006310)	FANCC (ENSSTOG00000006342)
Squirrel	MODERN SPECIES	123						NUDT12 (ENSSTOG00000025969)	ENSSTOG00000028345	ENSSTOG00000020213	MACIR (ENSSTOG00000005686)	PPIP5K2 (ENSSTOG00000023063)	ENSSTOG00000032465	GIN1 (ENSSTOG00000014134)	PAM (ENSSTOG00000006908)	ENSSTOG00000019434	SLCO4C1 (ENSSTOG00000014718)	ENSSTOG00000020026 ##22	ST8SIA4 (ENSSTOG00000000036)	FAM174A (ENSSTOG00000027034)	ENSSTOG00000025092	CHD1 (ENSSTOG00000004336)	RGMB (ENSSTOG00000004318)	ENSSTOG00000032014	ENSSTOG00000033596	RIOK2 (ENSSTOG00000006659)	LIX1 (ENSSTOG00000021232)	LNPEP (ENSSTOG00000006607)	ERAP2 (ENSSTOG00000015281)	ERAP1 (ENSSTOG00000015275)	ENSSTOG00000032524	CAST (ENSSTOG00000015263)	PCSK1 (ENSSTOG00000010450)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	230			ISL2 (ENSUPAG00010023589)	ETFA (ENSUPAG00010023591)	TMEM266 (ENSUPAG00010023592)	NRG4 (ENSUPAG00010023594)	FBXO22 (ENSUPAG00010023595)	UBE2Q2 (ENSUPAG00010023596)	CHRNB4 (ENSUPAG00010023597)	CHRNA3 (ENSUPAG00010023598)	CHRNA5 (ENSUPAG00010023599)	PSMA4 (ENSUPAG00010023600)	HYKK (ENSUPAG00010023601)	ENSUPAG00010023602	ENSUPAG00010023605	ENSUPAG00010023606 ##22	CRABP1 (ENSUPAG00010023607)	SKIC8 (ENSUPAG00010023608)	DNAJA4 (ENSUPAG00010023610)	ACSBG1 (ENSUPAG00010023611)	IDH3A (ENSUPAG00010023612)	CIB2 (ENSUPAG00010023613)	ENSUPAG00010023614	TBC1D2B (ENSUPAG00010023615)	ENSUPAG00010023616	ADAMTS7 (ENSUPAG00010023617)	MORF4L1 (ENSUPAG00010023618)	ENSUPAG00010023620	CTSH (ENSUPAG00010023621)	RASGRF1 (ENSUPAG00010023623)	ANKRD34C (ENSUPAG00010023626)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.f.b ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b.s.f.b ##22
Arctic ground squirrel	DUPLICATION
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	47	GKN1 (ENSUPAG00010010567)	GKN2 (ENSUPAG00010010576)	ENSUPAG00010010583	BMP10 (ENSUPAG00010010590)	ARHGAP25 (ENSUPAG00010010596)	ENSUPAG00010010610	APLF (ENSUPAG00010010617)	FBXO48 (ENSUPAG00010010632)	PLEK (ENSUPAG00010010638)	CNRIP1 (ENSUPAG00010010645)	PPP3R1 (ENSUPAG00010010653)	PNO1 (ENSUPAG00010010658)	DNAAF10 (ENSUPAG00010010668)	ENSUPAG00010010674	ETAA1 (ENSUPAG00010010688)	ENSUPAG00010010694 ##22	MEIS1 (ENSUPAG00010010695)	ENSUPAG00010010713	ENSUPAG00010010722	SPRED2 (ENSUPAG00010010724)	ENSUPAG00010010742	ACTR2 (ENSUPAG00010010750)	RAB1A (ENSUPAG00010010773)	CEP68 (ENSUPAG00010010822)	SLC1A4 (ENSUPAG00010010829)	ENSUPAG00010010837	SERTAD2 (ENSUPAG00010010839)	AFTPH (ENSUPAG00010010843)	LGALSL (ENSUPAG00010010929)	PELI1 (ENSUPAG00010010945)	VPS54 (ENSUPAG00010010962)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	28	FOXI2 (ENSUPAG00010004190)	NPS (ENSUPAG00010004193)	DOCK1 (ENSUPAG00010004204)	INSYN2A (ENSUPAG00010004240)	C10orf90 (ENSUPAG00010004259)	ADAM12 (ENSUPAG00010004287)	FANK1 (ENSUPAG00010004312)	DHX32 (ENSUPAG00010004327)	BCCIP (ENSUPAG00010004344)	UROS (ENSUPAG00010004355)	MMP21 (ENSUPAG00010004374)	EDRF1 (ENSUPAG00010004494)	TEX36 (ENSUPAG00010004543)	CTBP2 (ENSUPAG00010004547)	ZRANB1 (ENSUPAG00010004606)	ENSUPAG00010004631 ##22	ABRAXAS2 (ENSUPAG00010004640)	EEF1AKMT2 (ENSUPAG00010004656)	ENSUPAG00010004677	FAM53B (ENSUPAG00010004683)	LHPP (ENSUPAG00010004693)	NKX1-2 (ENSUPAG00010004701)	OAT (ENSUPAG00010004703)	CHST15 (ENSUPAG00010004726)	CPXM2 (ENSUPAG00010004732)	GPR26 (ENSUPAG00010004746)	BUB3 (ENSUPAG00010004752)	HMX2 (ENSUPAG00010004763)	HMX3 (ENSUPAG00010004771)	ACADSB (ENSUPAG00010004778)	IKZF5 (ENSUPAG00010004809)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
Sloth	DUPLICATION
Sloth	MODERN SPECIES	11690																ENSCHOG00000007306 ##22
Sloth	MODERN SPECIES	12722																ENSCHOG00000009201 ##22
Sloth	MODERN SPECIES	7442																ENSCHOG00000001939 ##22
Sloth	MODERN SPECIES	11514																ENSCHOG00000007038 ##22
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	2281												AKR1B1 (ENSDNOG00000011358)	SLC35B4 (ENSDNOG00000012469)	LRGUK (ENSDNOG00000016224)	ENSDNOG00000032148	ENSDNOG00000044973 ##22
Armadillo	MODERN SPECIES	3260															PLPP3 (ENSDNOG00000042541)	ENSDNOG00000038021 ##22	ENSDNOG00000045917
Armadillo	MODERN SPECIES	2301			R3HDM2 (ENSDNOG00000015033)	STAC3 (ENSDNOG00000049085)	NDUFA4L2 (ENSDNOG00000013585)	SHMT2 (ENSDNOG00000034318)	LRP1 (ENSDNOG00000025390)	STAT6 (ENSDNOG00000033099)	NAB2 (ENSDNOG00000033168)	ENSDNOG00000009044	MYO1A (ENSDNOG00000006370)	ENSDNOG00000011223	ZBTB39 (ENSDNOG00000011215)	GPR182 (ENSDNOG00000011175)	ENSDNOG00000025072	ENSDNOG00000034193 ##22	HSD17B6 (ENSDNOG00000015533)	PRIM1 (ENSDNOG00000001608)	ENSDNOG00000033528	ENSDNOG00000011289	ENSDNOG00000032543	BAZ2A (ENSDNOG00000011221)	RBMS2 (ENSDNOG00000011198)	ENSDNOG00000011157	GLS2 (ENSDNOG00000011167)	MIP (ENSDNOG00000030726)	TIMELESS (ENSDNOG00000011047)	ENSDNOG00000037282	STAT2 (ENSDNOG00000011002)	IL23A (ENSDNOG00000034705)	PAN2 (ENSDNOG00000010940)
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00950000183071.a.a.a	ENSGT00390000004600.b.b.o	ENSGT00390000004600.b.b.p	ENSGT00940000159806	ENSGT00940000156862	ENSGT00940000155232	ENSGT00940000153931.b	ENSGT00940000162795	ENSGT00940000153981.A	ENSGT00940000159196	ENSGT00940000156856	ENSGT01050000244897.a.b.b.b	ENSGT01050000244955.a.a	ENSGT00940000158453.a	ENSGT00940000156178.A.db	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00940000160718
koala	DUPLICATION
koala	MODERN SPECIES	134									ENSPCIG00000029798	ENSPCIG00000029801	ENSPCIG00000016613	ENSPCIG00000027415	SLITRK5 (ENSPCIG00000013877)	ENSPCIG00000009125	ENSPCIG00000005198	ENSPCIG00000001015 ##22	SLITRK6 (ENSPCIG00000001037)	ENSPCIG00000032847
koala	MODERN SPECIES	84										ENSPCIG00000019060	ENSPCIG00000018243	ENSPCIG00000026809	ENSPCIG00000024535	ENSPCIG00000033585	LGSN (ENSPCIG00000024536)	ENSPCIG00000031189 ##22	KHDRBS2 (ENSPCIG00000019624)	PRIM2 (ENSPCIG00000007270)	RAB23 (ENSPCIG00000007267)	BAG2 (ENSPCIG00000007266)	ZNF451 (ENSPCIG00000007261)	BEND6 (ENSPCIG00000011850)	DST (ENSPCIG00000019618)	ENSPCIG00000000134	ENSPCIG00000034150	BMP5 (ENSPCIG00000024910)	HMGCLL1 (ENSPCIG00000032883)	ENSPCIG00000004005	ENSPCIG00000035951	HCRTR2 (ENSPCIG00000025100)	FAM83B (ENSPCIG00000017994)
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	MODERN SPECIES	695	DZIP1 (ENSVURG00010023850)	CLDN10 (ENSVURG00010023858)	ENSVURG00010023861	ABCC4 (ENSVURG00010023864)	SOX21 (ENSVURG00010023875)	GPR180 (ENSVURG00010023877)	DCT (ENSVURG00010023878)	GPC6 (ENSVURG00010023883)	ENSVURG00010023888	ENSVURG00010023899	ENSVURG00010023901	ENSVURG00010023902	SLITRK5 (ENSVURG00010023907)	ENSVURG00010023908	ENSVURG00010023910	ENSVURG00010023911 ##22	SLITRK6 (ENSVURG00010023913)	ENSVURG00010023917	ENSVURG00010023918	ENSVURG00010023919	SLITRK1 (ENSVURG00010023921)
Common wonbat	MODERN SPECIES	1041															EPHA3 (ENSVURG00010014542)	ENSVURG00010014582 ##22	C3orf38 (ENSVURG00010014599)	ZNF654 (ENSVURG00010014604)	CGGBP1 (ENSVURG00010014612)	HTR1F (ENSVURG00010014615)	ENSVURG00010014618	POU1F1 (ENSVURG00010014629)	CHMP2B (ENSVURG00010014647)	VGLL3 (ENSVURG00010014686)	CADM2 (ENSVURG00010014709)	ENSVURG00010014756	ENSVURG00010014772	ENSVURG00010014781	ENSVURG00010014786	ENSVURG00010014793	ENSVURG00010014797
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Wallaby	MODERN SPECIES	10437																ENSMEUG00000010966 ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.a.b ##22	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Bos	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000184988.a.a	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371	ENSGT00940000160932
Domestic yak	MODERN SPECIES	11	FAM110D (ENSBGRG00000005660) #7	C1orf232 (ENSBGRG00000005674) #8	ZNF593 (ENSBGRG00000005708) #9	ZNF593OS (ENSBGRG00000005739) #10	CNKSR1 (ENSBGRG00000005760) #11	CATSPER4 (ENSBGRG00000005907) #12	ENSBGRG00000005983 #13	CEP85 (ENSBGRG00000006005) #14	SH3BGRL3 (ENSBGRG00000006098) #15	UBXN11 (ENSBGRG00000006137) #16	CD52 (ENSBGRG00000006261) #17	ENSBGRG00000006631 #19	ENSBGRG00000006645 #20	DHDDS (ENSBGRG00000006684) #21	ENSBGRG00000006850	ENSBGRG00000006878 ##22	RPS6KA1 (ENSBGRG00000007015) #23	ENSBGRG00000008100	ARID1A (ENSBGRG00000008144) #24	PIGV (ENSBGRG00000008647) #25	ZDHHC18 (ENSBGRG00000008689) #26	GPN2 (ENSBGRG00000008777) #28	SFN (ENSBGRG00000008845) #27	GPATCH3 (ENSBGRG00000008880) #29	ENSBGRG00000008953 #30	NUDC (ENSBGRG00000008992) #31	KDF1 (ENSBGRG00000009082) #32	TENT5B (ENSBGRG00000009168) #35	SLC9A1 (ENSBGRG00000009191) #36	WDTC1 (ENSBGRG00000009375) #37	ENSBGRG00000009602
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00720000109135 #13	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260 #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000164781 #19	ENSGT00940000153295.a.e.b #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00390000017418	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	11	C1orf232 (ENSBIXG00005029279) #8	ZNF593 (ENSBIXG00005000017) #9	ZNF593OS (ENSBIXG00005007867) #10	CNKSR1 (ENSBIXG00005007881) #11	CATSPER4 (ENSBIXG00005007890) #12	ENSBIXG00005007899 #13	CEP85 (ENSBIXG00005008011) #14	SH3BGRL3 (ENSBIXG00005000104) #15	UBXN11 (ENSBIXG00005008093) #16	CD52 (ENSBIXG00005008130) #17	CRYBG2 (ENSBIXG00005008165) #18	ENSBIXG00005000133 #19	ENSBIXG00005008202 #20	ENSBIXG00005008213	DHDDS (ENSBIXG00005008276) #21	ENSBIXG00005000153 ##22	RPS6KA1 (ENSBIXG00005008415) #23	ARID1A (ENSBIXG00005008637) #24	PIGV (ENSBIXG00005008695) #25	ZDHHC18 (ENSBIXG00005008730) #26	SFN (ENSBIXG00005008749) #27	GPN2 (ENSBIXG00005008762) #28	GPATCH3 (ENSBIXG00005008799) #29	NR0B2 (ENSBIXG00005005573) #30	KDF1 (ENSBIXG00005000292) #32	NUDC (ENSBIXG00005008880) #31	TRNP1 (ENSBIXG00005008892)	TENT5B (ENSBIXG00005008901) #35	SLC9A1 (ENSBIXG00005008927) #36	ENSBIXG00005008936	WDTC1 (ENSBIXG00005000370) #37
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Felidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Panthera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Tiger	MODERN SPECIES	152	ENSPTIG00000006901	P4HA3 (ENSPTIG00000019317)	PPME1 (ENSPTIG00000019950)	C2CD3 (ENSPTIG00000006117)	UCP3 (ENSPTIG00000010500)	UCP2 (ENSPTIG00000011528)	DNAJB13 (ENSPTIG00000012650)	PAAF1 (ENSPTIG00000014005)	COA4 (ENSPTIG00000007215)	MRPL48 (ENSPTIG00000020025)	RAB6A (ENSPTIG00000007843)	PLEKHB1 (ENSPTIG00000011036)	FAM168A (ENSPTIG00000014083)	RELT (ENSPTIG00000015677)	ARHGEF17 (ENSPTIG00000016554)	ENSPTIG00000007385 ##22	FCHSD2 (ENSPTIG00000020988)	ATG16L2 (ENSPTIG00000007319)	STARD10 (ENSPTIG00000009966)	ARAP1 (ENSPTIG00000012516)	PDE2A (ENSPTIG00000015974)	CLPB (ENSPTIG00000010499)	INPPL1 (ENSPTIG00000014051)	ENSPTIG00000003296	FOLR1 (ENSPTIG00000006891)	ENSPTIG00000008701	ANAPC15 (ENSPTIG00000010352)	LRRC51 (ENSPTIG00000018565)	LAMTOR1 (ENSPTIG00000021978)	ENSPTIG00000022066	IL18BP (ENSPTIG00000017522)
Cat	MODERN SPECIES	239	FAM110D (ENSFCAG00000024467) #7	C1orf232 (ENSFCAG00000040939) #8	ZNF593 (ENSFCAG00000023239) #9	ZNF593OS (ENSFCAG00000032124) #10	CNKSR1 (ENSFCAG00000012803) #11	CATSPER4 (ENSFCAG00000012804) #12	CEP85 (ENSFCAG00000012805) #14	SH3BGRL3 (ENSFCAG00000012806) #15	UBXN11 (ENSFCAG00000012807) #16	ENSFCAG00000049194	CD52 (ENSFCAG00000023721) #17	CRYBG2 (ENSFCAG00000012808) #18	ZNF683 (ENSFCAG00000012809)	LIN28A (ENSFCAG00000012810) #20	DHDDS (ENSFCAG00000012811) #21	ENSFCAG00000041326 ##22	RPS6KA1 (ENSFCAG00000012813) #23	ARID1A (ENSFCAG00000012814) #24	PIGV (ENSFCAG00000012815) #25	ZDHHC18 (ENSFCAG00000012816) #26	SFN (ENSFCAG00000052603) #27	GPN2 (ENSFCAG00000012818) #28	GPATCH3 (ENSFCAG00000012819) #29	NR0B2 (ENSFCAG00000012821) #30	NUDC (ENSFCAG00000012822) #31	KDF1 (ENSFCAG00000023735) #32	TRNP1 (ENSFCAG00000045565)	TENT5B (ENSFCAG00000010300) #35	SLC9A1 (ENSFCAG00000010301) #36	WDTC1 (ENSFCAG00000010303) #37	TMEM222 (ENSFCAG00000027299)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182802.B.b ##22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158412	ENSGT00950000183056.A.a #7	ENSGT00530000067301 #8	ENSGT00390000004173 #9	ENSGT01070000253847 #10	ENSGT00940000159599 #11	ENSGT00940000161879 #12	ENSGT00620000087993.a.b #14	ENSGT00940000157260.f #15	ENSGT00520000055567.b #16	ENSGT00860000134004 #17	ENSGT00940000157740 #18	ENSGT00940000163172	ENSGT00940000153295.a #20	ENSGT00390000007879 #21	ENSGT00950000182802.B.b ##22	ENSGT00940000159314 #23	ENSGT00940000155194 #24	ENSGT00390000013174 #25	ENSGT00940000156585 #26	ENSGT01090000260040.b.b.b.a.b #27	ENSGT00950000183172.B #28	ENSGT00390000004191 #29	ENSGT00390000015719.c #30	ENSGT00940000155361 #31	ENSGT00390000016565 #32	ENSGT00900000143263 #33	ENSGT00940000160747 #35	ENSGT00940000156338 #36	ENSGT00950000182900.B #37	ENSGT00390000007371
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	11	PDIK1L (ENSAMEG00000010409)	FAM110D (ENSAMEG00000029607) #7	C1orf232 (ENSAMEG00000025712) #8	ZNF593 (ENSAMEG00000010410) #9	ZNF593OS (ENSAMEG00000030099) #10	CNKSR1 (ENSAMEG00000010424) #11	CATSPER4 (ENSAMEG00000010495) #12	CEP85 (ENSAMEG00000010512) #14	UBXN11 (ENSAMEG00000029443) #16	SH3BGRL3 (ENSAMEG00000010525) #15	CD52 (ENSAMEG00000010552) #17	CRYBG2 (ENSAMEG00000010553) #18	ZNF683 (ENSAMEG00000010579)	LIN28A (ENSAMEG00000010582) #20	DHDDS (ENSAMEG00000010594) #21	ENSAMEG00000010618 ##22	RPS6KA1 (ENSAMEG00000010620) #23	ARID1A (ENSAMEG00000010750) #24	PIGV (ENSAMEG00000010771) #25	GPN2 (ENSAMEG00000030549) #28	GPATCH3 (ENSAMEG00000010801) #29	NR0B2 (ENSAMEG00000010817) #30	NUDC (ENSAMEG00000010820) #31	KDF1 (ENSAMEG00000010831) #32	ENSAMEG00000026569 #33	TENT5B (ENSAMEG00000010835) #35	SLC9A1 (ENSAMEG00000010839) #36	WDTC1 (ENSAMEG00000010864) #37	TMEM222 (ENSAMEG00000010882)	SYTL1 (ENSAMEG00000010899)	MAP3K6 (ENSAMEG00000010924)
Giant Panda	MODERN SPECIES	594																ENSAMEG00000030830 ##22
Platypus	MODERN SPECIES	7	SLC30A2 (ENSOANG00000014899)	TRIM63 (ENSOANG00000014898)	ENSOANG00000037789 #7	PDIK1L (ENSOANG00000045542)	ENSOANG00000039297 #9	ZNF593OS (ENSOANG00000041281) #10	ENSOANG00000029377 #11	ENSOANG00000001696 #12	CEP85 (ENSOANG00000049594) #14	SH3BGRL3 (ENSOANG00000046176) #15	ENSOANG00000007084 #16	ENSOANG00000040174 #18	ENSOANG00000041462 #19	LIN28A (ENSOANG00000044192) #20	ENSOANG00000006912 #21	ENSOANG00000008337 #22	RPS6KA1 (ENSOANG00000015078) #23	ARID1A (ENSOANG00000041657) #24	PIGV (ENSOANG00000040532) #25	ZDHHC18 (ENSOANG00000050720) #26	SFN (ENSOANG00000006084) #27	GPN2 (ENSOANG00000048781) #28	GPATCH3 (ENSOANG00000039186) #29	NR0B2 (ENSOANG00000006533) #30	NUDC (ENSOANG00000037443) #31	KDF1 (ENSOANG00000043515) #32	SLC9A1 (ENSOANG00000002338) #36	TENT5B (ENSOANG00000036422) #35	WDTC1 (ENSOANG00000046790) #37	ENSOANG00000048882	SYTL1 (ENSOANG00000046382)