Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00940000162648 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.b #24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000159989 ENSGT00390000016136 ENSGT00940000160806 ENSGT00940000157062 ENSGT00390000010652.B ENSGT00940000160472 ENSGT00390000004097.b ENSGT00940000161073 ENSGT00390000014184 ENSGT00940000156223 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00940000162648 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.b #24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000159989 ENSGT00390000016136 ENSGT00940000160806 ENSGT00940000157062 ENSGT00390000010652.B ENSGT00940000160472 ENSGT00390000004097.b ENSGT00940000161073 ENSGT00390000014184 ENSGT00940000156223 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182971.B.b ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.b.b 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(ENSCDRG00005017759) CREB3L4 (ENSCDRG00005017685) SLC39A1 (ENSCDRG00005017657) CRTC2 (ENSCDRG00005017593) DENND4B (ENSCDRG00005017335) ENSCDRG00005017291 SLC27A3 (ENSCDRG00005017215) INTS3 (ENSCDRG00005017050) NPR1 (ENSCDRG00005016967) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00940000162648 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.b #24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000159989 ENSGT00390000016136 ENSGT00940000160806 ENSGT00940000157062 ENSGT00390000010652.B ENSGT00940000160472 ENSGT00390000004097.b ENSGT00940000161073 ENSGT00390000014184 ENSGT00940000156223 Pecora ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00940000162648 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m ENSGT00940000159989 ENSGT00390000016136 ENSGT00940000160806 ENSGT00940000157062 ENSGT00390000010652.B ENSGT00940000160472 ENSGT00390000004097.b ENSGT00940000161073 ENSGT00390000014184 ENSGT00940000156223 ENSGT00940000154879 Yarkand deer MODERN SPECIES 12 FLAD1 (ENSCHYG00000008080) CKS1B (ENSCHYG00000008141) SHC1 (ENSCHYG00000008207) PYGO2 (ENSCHYG00000008470) PBXIP1 (ENSCHYG00000008504) PMVK (ENSCHYG00000008653) KCNN3 (ENSCHYG00000008575) ADAR (ENSCHYG00000008727) CHRNB2 (ENSCHYG00000008890) UBE2Q1 (ENSCHYG00000008978) IL6R (ENSCHYG00000009161) SHE (ENSCHYG00000009423) ATP8B2 (ENSCHYG00000009554) HAX1 (ENSCHYG00000010337) UBAP2L (ENSCHYG00000010563) #21 C1orf43 (ENSCHYG00000011169) #22 ENSCHYG00000011554 ##24 NUP210L (ENSCHYG00000013411) ENSCHYG00000014516 ENSCHYG00000014536 RAB13 (ENSCHYG00000014586) JTB (ENSCHYG00000014678) CREB3L4 (ENSCHYG00000014741) SLC39A1 (ENSCHYG00000014942) CRTC2 (ENSCHYG00000015036) DENND4B (ENSCHYG00000015567) GATAD2B (ENSCHYG00000015975) SLC27A3 (ENSCHYG00000016208) INTS3 (ENSCHYG00000016404) NPR1 (ENSCHYG00000017011) ILF2 (ENSCHYG00000017299) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00940000162648 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m ENSGT00940000159989 ENSGT00390000016136 ENSGT00940000160806 ENSGT00940000157062 ENSGT00390000010652.B ENSGT00940000160472 ENSGT00390000004097.b ENSGT00940000161073 ENSGT00390000014184 ENSGT00940000156223 ENSGT00940000154879 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1202 FLAD1 (ENSMMSG00000009964) CKS1B (ENSMMSG00000010032) SHC1 (ENSMMSG00000010085) PBXIP1 (ENSMMSG00000010216) PMVK (ENSMMSG00000010308) KCNN3 (ENSMMSG00000010353) ADAR (ENSMMSG00000010532) CHRNB2 (ENSMMSG00000010601) UBE2Q1 (ENSMMSG00000010661) TDRD10 (ENSMMSG00000010722) SHE (ENSMMSG00000010799) IL6R (ENSMMSG00000010839) ATP8B2 (ENSMMSG00000010900) AQP10 (ENSMMSG00000011185) UBAP2L (ENSMMSG00000011299) #21 C1orf43 (ENSMMSG00000011796) #22 CFAP141 (ENSMMSG00000011935) #23 ENSMMSG00000012023 ##24 NUP210L (ENSMMSG00000012518) ENSMMSG00000012901 RAB13 (ENSMMSG00000012924) JTB (ENSMMSG00000012947) CREB3L4 (ENSMMSG00000012967) SLC39A1 (ENSMMSG00000013005) ENSMMSG00000013036 DENND4B (ENSMMSG00000013175) GATAD2B (ENSMMSG00000013259) SLC27A3 (ENSMMSG00000013293) INTS3 (ENSMMSG00000013366) NPR1 (ENSMMSG00000013448) ILF2 (ENSMMSG00000013509) Bovidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00940000162648 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m ENSGT00940000159989 ENSGT00390000016136 ENSGT00940000160806 ENSGT00940000157062 ENSGT00390000010652.B ENSGT00940000160472 ENSGT00390000004097.b ENSGT00940000161073 ENSGT00390000014184 ENSGT00940000156223 ENSGT00940000154879 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 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(ENSBTAG00000007517) UBE2Q1 (ENSBTAG00000007515) TDRD10 (ENSBTAG00000011881) SHE (ENSBTAG00000020542) IL6R (ENSBTAG00000018474) ATP8B2 (ENSBTAG00000005161) AQP10 (ENSBTAG00000005149) HAX1 (ENSBTAG00000013025) UBAP2L (ENSBTAG00000004271) #21 C3H1orf43 (ENSBTAG00000020026) #22 CFAP141 (ENSBTAG00000033220) #23 TPM3 (ENSBTAG00000033217) #24 NUP210L (ENSBTAG00000004987) ENSBTAG00000024487 RPS27 (ENSBTAG00000013866) ENSBTAG00000018987 RAB13 (ENSBTAG00000017604) JTB (ENSBTAG00000014694) CREB3L4 (ENSBTAG00000014692) SLC39A1 (ENSBTAG00000011284) CRTC2 (ENSBTAG00000017942) DENND4B (ENSBTAG00000018711) GATAD2B (ENSBTAG00000006678) SLC27A3 (ENSBTAG00000021862) INTS3 (ENSBTAG00000006235) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00940000162648 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.b ENSGT00940000159989 ENSGT00390000016136 ENSGT00940000160806 ENSGT00940000157062 ENSGT00390000010652.B ENSGT00940000160472 ENSGT00390000004097.b ENSGT00940000161073 ENSGT00390000014184 ENSGT00940000156223 ENSGT00940000154879.r Domestic yak MODERN SPECIES 22 PYGO2 (ENSBGRG00000009080) PBXIP1 (ENSBGRG00000008978) PMVK (ENSBGRG00000008918) KCNN3 (ENSBGRG00000008715) ENSBGRG00000008692 ADAR (ENSBGRG00000008643) CHRNB2 (ENSBGRG00000008531) UBE2Q1 (ENSBGRG00000008434) TDRD10 (ENSBGRG00000008282) SHE (ENSBGRG00000008191) IL6R (ENSBGRG00000008129) ATP8B2 (ENSBGRG00000007652) ENSBGRG00000007543 HAX1 (ENSBGRG00000007345) UBAP2L (ENSBGRG00000011700) #21 C1orf43 (ENSBGRG00000010897) #22 CFAP141 (ENSBGRG00000010793) #23 ENSBGRG00000009632 ##24 NUP210L (ENSBGRG00000008635) ENSBGRG00000008529 RAB13 (ENSBGRG00000008324) CREB3L4 (ENSBGRG00000008099) JTB (ENSBGRG00000008039) SLC39A1 (ENSBGRG00000008027) CRTC2 (ENSBGRG00000007800) DENND4B (ENSBGRG00000007443) GATAD2B (ENSBGRG00000007224) SLC27A3 (ENSBGRG00000007095) INTS3 (ENSBGRG00000006876) NPR1 (ENSBGRG00000006669) ILF2 (ENSBGRG00000006500) Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1060 ENSBMUG00000011422 ZFHX4 (ENSBMUG00000011394) PEX2 (ENSBMUG00000011354) ENSBMUG00000011337 ENSBMUG00000011330 #22 ENSBMUG00000011309 Wild yak MODERN SPECIES 3125 UBAP2L (ENSBMUG00000009662) #21 C1orf43 (ENSBMUG00000009598) #22 CFAP141 (ENSBMUG00000009584) #23 ENSBMUG00000009573 ##24 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182870.a.a.b ENSGT00530000063948.a ENSGT00940000162147 ENSGT00390000014801 ENSGT00950000182904.a.a.a ENSGT00940000157243 ENSGT00940000158417.b ENSGT00940000160166 ENSGT00390000006620 ENSGT00940000159107 ENSGT00940000161919 ENSGT00940000160804 ENSGT00940000162648 ENSGT00390000018324 ENSGT00390000003453.b.b #21 ENSGT00510000047366 #22 ENSGT00510000048901 #23 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ##24 ENSGT00390000009491.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m ENSGT00940000159989 ENSGT00390000016136 ENSGT00940000160806 ENSGT00940000157062 ENSGT00390000010652.B ENSGT00940000160472 ENSGT00390000004097.b ENSGT00940000161073 ENSGT00390000014184 ENSGT00940000156223 ENSGT00940000154879 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES CKS1B (ENSOARG00020002417) SHC1 (ENSOARG00020002360) PYGO2 (ENSOARG00020002329) PBXIP1 (ENSOARG00020002298) PMVK (ENSOARG00020002284) KCNN3 (ENSOARG00020002194) ADAR (ENSOARG00020002136) CHRNB2 (ENSOARG00020002109) UBE2Q1 (ENSOARG00020002036) TDRD10 (ENSOARG00020002015) SHE (ENSOARG00020001998) IL6R (ENSOARG00020001913) ATP8B2 (ENSOARG00020001800) HAX1 (ENSOARG00020001735) UBAP2L (ENSOARG00020001679) #21 C1orf43 (ENSOARG00020001551) #22 C1orf189 (ENSOARG00020001521) #23 ENSOARG00020001415 ##24 ENSOARG00020001381 ENSOARG00020001344 ENSOARG00020001330 RAB13 (ENSOARG00020001322) JTB 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