Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000008508 ENSGT00950000183061.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000160373 ENSGT00440000033329.a.a.b ENSGT00940000157066 ENSGT00390000006975 ENSGT00940000162544 ENSGT00940000158928 ENSGT00530000063205.B ENSGT00940000159475 ENSGT00940000156161.B ENSGT00940000159066 ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890 #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 #25 ENSGT00940000156986 #27 ENSGT00390000018326 #28 ENSGT00550000074618.a.b #29 ENSGT00390000006260 #30 ENSGT00950000183162.b #31 ENSGT00940000159168 #32 ENSGT00940000157326 #33 ENSGT00940000160287 #34 ENSGT00390000012859 #37 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890 #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 #25 ENSGT00940000156986 #27 ENSGT00390000018326 #28 ENSGT00550000074618.a.b #29 ENSGT00390000006260 #30 ENSGT00950000183162.b #31 ENSGT00940000159168 #32 ENSGT00940000157326 #33 ENSGT00940000160287 #34 ENSGT00390000012859 #37 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 82 ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890 #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 #25 ENSGT00940000156986 #27 ENSGT00390000018326 #28 ENSGT00550000074618.a.b #29 ENSGT00390000006260 #30 ENSGT00950000183162.b #31 ENSGT00940000159168 #32 ENSGT00940000157326 #33 ENSGT00940000160287 #34 ENSGT00390000012859 #37 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES 72 MBOAT4 (ENSMMMG00000014010) #21 DCTN6 (ENSMMMG00000014013) #22 ENSMMMG00000014026 #23 GTF2E2 (ENSMMMG00000014033) #24 SMIM18 (ENSMMMG00000014049) #25 ENSMMMG00000014056 #26 GSR (ENSMMMG00000014061) #27 UBXN8 (ENSMMMG00000014183) #28 PPP2CB (ENSMMMG00000014195) #29 TEX15 (ENSMMMG00000014201) #30 PURG (ENSMMMG00000014207) #31 WRN (ENSMMMG00000014218) #32 NRG1 (ENSMMMG00000014488) #33 FUT10 (ENSMMMG00000014749) #34 ENSMMMG00000014764 #35 ENSMMMG00000014767 #36 ENSMMMG00000014771 #37 Alpin marmot MODERN SPECIES 83 MPDZ (ENSMMMG00000007606) ENSMMMG00000007595 ENSMMMG00000007584 NFIB (ENSMMMG00000007378) ZDHHC21 (ENSMMMG00000007346) CER1 (ENSMMMG00000007339) FREM1 (ENSMMMG00000007262) TTC39B (ENSMMMG00000007232) ENSMMMG00000007221 ##22 SNAPC3 (ENSMMMG00000007194) PSIP1 (ENSMMMG00000007110) CCDC171 (ENSMMMG00000007048) BNC2 (ENSMMMG00000006931) CNTLN (ENSMMMG00000006867) SH3GL2 (ENSMMMG00000006807) ENSMMMG00000006805 ADAMTSL1 (ENSMMMG00000006719) ENSMMMG00000006707 SAXO1 (ENSMMMG00000006694) RRAGA (ENSMMMG00000006689) ENSMMMG00000006686 HAUS6 (ENSMMMG00000006628) PLIN2 (ENSMMMG00000006611) DENND4C (ENSMMMG00000006441) Marmotini_b DUPLICATION Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 235 ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890.w #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 #25 ENSGT00940000164545 ENSGT00940000156986 #27 ENSGT00390000018326 #28 ENSGT00550000074618.a.b #29 ENSGT00390000006260 #30 ENSGT00950000183162.b #31 ENSGT00940000159168 #32 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 606 MBOAT4 (ENSUPAG00010016741) #21 ENSUPAG00010016743 #22 RBPMS (ENSUPAG00010016759) #23 GTF2E2 (ENSUPAG00010016807) #24 SMIM18 (ENSUPAG00010016863) #25 ENSUPAG00010016868 GSR (ENSUPAG00010016883) #27 UBXN8 (ENSUPAG00010016902) #28 PPP2CB (ENSUPAG00010016924) #29 TEX15 (ENSUPAG00010016935) #30 PURG (ENSUPAG00010016946) #31 Squirrel MODERN SPECIES 392 MBOAT4 (ENSSTOG00000011525) #21 DCTN6 (ENSSTOG00000011527) #22 RBPMS (ENSSTOG00000026546) #23 GTF2E2 (ENSSTOG00000003714) #24 ENSSTOG00000022629 ENSSTOG00000034954 GSR (ENSSTOG00000001583) #27 UBXN8 (ENSSTOG00000024934) #28 ENSSTOG00000032331 #29 TEX15 (ENSSTOG00000006145) #30 ENSSTOG00000022216 PURG (ENSSTOG00000024490) #31 WRN (ENSSTOG00000013599) #32 ENSSTOG00000022932 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000017890.x #22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 110 ENSUPAG00010004072 RNF2 (ENSUPAG00010004080) NIBAN1 (ENSUPAG00010004096) EDEM3 (ENSUPAG00010004991) C1orf21 (ENSUPAG00010005116) ENSUPAG00010005122 COLGALT2 (ENSUPAG00010005128) RGL1 (ENSUPAG00010005151) ARPC5 (ENSUPAG00010005182) NCF2 (ENSUPAG00010005185) SMG7 (ENSUPAG00010005207) NMNAT2 (ENSUPAG00010005271) ENSUPAG00010005282 LAMC2 (ENSUPAG00010005286) LAMC1 (ENSUPAG00010005318) ENSUPAG00010005331 #22 SHCBP1L (ENSUPAG00010005337) DHX9 (ENSUPAG00010005390) NPL (ENSUPAG00010005414) RGS8 (ENSUPAG00010005428) RGS16 (ENSUPAG00010005535) RNASEL (ENSUPAG00010005544) RGSL1 (ENSUPAG00010005674) ENSUPAG00010005685 ENSUPAG00010005694 ENSUPAG00010005701 ENSUPAG00010005716 ZNF648 (ENSUPAG00010005726) CACNA1E (ENSUPAG00010005734) IER5 (ENSUPAG00010005938) MR1 (ENSUPAG00010005940) Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 8 CHD9 (ENSSVLG00005025759) CHD9NB (ENSSVLG00005025793) ENSSVLG00005025795 TOX3 (ENSSVLG00005025797) SALL1 (ENSSVLG00005025799) CYLD (ENSSVLG00005025804) NOD2 (ENSSVLG00005025812) SNX20 (ENSSVLG00005025820) NKD1 (ENSSVLG00005025829) ENSSVLG00005025838 ADCY7 (ENSSVLG00005025857) TENT4B (ENSSVLG00005025875) HEATR3 (ENSSVLG00005025878) ENSSVLG00005025884 ENSSVLG00005025890 ENSSVLG00005025893 #22 ENSSVLG00005025899 ZNF423 (ENSSVLG00005016875) ENSSVLG00005016966 CBLN1 (ENSSVLG00005017023) ENSSVLG00005017072 N4BP1 (ENSSVLG00005017117) ENSSVLG00005017168 SIAH1 (ENSSVLG00005017212) LONP2 (ENSSVLG00005017285) ABCC11 (ENSSVLG00005017407) ABCC12 (ENSSVLG00005018066) ENSSVLG00005018386 ITFG1 (ENSSVLG00005018515) NETO2 (ENSSVLG00005018574) ENSSVLG00005018635 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 TMEM121B (ENSSVLG00005021991) HDHD5 (ENSSVLG00005021890) ADA2 (ENSSVLG00005021814) ENSSVLG00005021751 CECR2 (ENSSVLG00005021410) SLC25A18 (ENSSVLG00005021313) ENSSVLG00005021046 ENSSVLG00005021002 BCL2L13 (ENSSVLG00005020832) BID (ENSSVLG00005020750) ENSSVLG00005020690 PEX26 (ENSSVLG00005020583) USP18 (ENSSVLG00005020464) ENSSVLG00005020327 MBOAT4 (ENSSVLG00005020277) #21 ENSSVLG00005020253 #22 ENSSVLG00005020206 RBPMS (ENSSVLG00005020116) #23 SMIM18 (ENSSVLG00005020071) #25 ENSSVLG00005019974 #24 ENSSVLG00005019906 GSR (ENSSVLG00005019759) #27 UBXN8 (ENSSVLG00005019558) #28 PPP2CB (ENSSVLG00005019386) #29 ENSSVLG00005018607 PURG (ENSSVLG00005018535) #31 WRN (ENSSVLG00005018499) #32 NRG1 (ENSSVLG00005017132) #33 ENSSVLG00005016877 ENSSVLG00005016864 FUT10 (ENSSVLG00005016821) #34 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000008508 ENSGT00950000183061.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000160373 ENSGT00440000033329.a.a.b ENSGT00940000157066 ENSGT00390000006975 ENSGT00940000162544 ENSGT00940000158928 ENSGT00530000063205.B ENSGT00940000159475 ENSGT00940000156161.B ENSGT00940000159066 ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890 #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 #25 ENSGT00940000156986 #27 ENSGT00390000018326 #28 ENSGT00550000074618.a.b #29 ENSGT00390000006260 #30 ENSGT00950000183162.b #31 ENSGT00940000159168 #32 ENSGT00940000157326 #33 ENSGT00940000160287 #34 ENSGT00390000012859 #37 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 25 ENSHGLG00000002808 ENSHGLG00000002892 ERI1 (ENSHGLG00000002928) ENSHGLG00000038493 PPP1R3B (ENSHGLG00000032439) ENSHGLG00000041340 ENSHGLG00000003279 ENSHGLG00000045110 ENSHGLG00000040893 ENSHGLG00000043902 ENSHGLG00000003828 ENSHGLG00000004030 SARAF (ENSHGLG00000004133) ENSHGLG00000004898 ENSHGLG00000005636 #21 ENSHGLG00000001627 #22 ENSHGLG00000001817 ENSHGLG00000044234 ENSHGLG00000001883 ENSHGLG00000033530 ENSHGLG00000002303 #23 ENSHGLG00000002529 #24 SMIM18 (ENSHGLG00000002636) #25 ENSHGLG00000039655 ENSHGLG00000039496 GSR (ENSHGLG00000008420) #27 ENSHGLG00000050810 ENSHGLG00000047725 UBXN8 (ENSHGLG00000037756) #28 PPP2CB (ENSHGLG00000004398) #29 TEX15 (ENSHGLG00000040015) #30 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000157146.b ENSGT00950000183061.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000160373 ENSGT00440000033329.a.a.b ENSGT00940000157066 ENSGT00390000006975 ENSGT00940000162544 ENSGT00940000158928 ENSGT00530000063205.B ENSGT00940000159475 ENSGT00940000156161.B ENSGT00940000159066 ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890 #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 #25 ENSGT00940000156986 #27 ENSGT00390000018326 #28 ENSGT00550000074618.a.b #29 ENSGT00390000006260 #30 ENSGT00950000183162.b #31 ENSGT00940000159168 #32 ENSGT00940000157326 #33 ENSGT00940000160287 #34 ENSGT00390000012859 #37 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Guinea pig MODERN SPECIES 130 DLC1 (ENSCPOG00000012692) TRMT9B (ENSCPOG00000032099) ENSCPOG00000001023 PRAG1 (ENSCPOG00000021826) ENSCPOG00000024741 MFHAS1 (ENSCPOG00000006116) ERI1 (ENSCPOG00000030481) PPP1R3B 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ENSGT00940000158107 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 170 SGCZ (ENSCLAG00000001655) DLC1 (ENSCLAG00000002202) TRMT9B (ENSCLAG00000000634) ENSCLAG00000000683 PRAG1 (ENSCLAG00000000774) CLDN23 (ENSCLAG00000017543) ENSCLAG00000001080 MFHAS1 (ENSCLAG00000000979) ERI1 (ENSCLAG00000001116) PPP1R3B (ENSCLAG00000001207) TNKS (ENSCLAG00000001619) DUSP4 (ENSCLAG00000002370) SARAF (ENSCLAG00000002432) LEPROTL1 (ENSCLAG00000002667) MBOAT4 (ENSCLAG00000001107) #21 DCTN6 (ENSCLAG00000001329) #22 RBPMS (ENSCLAG00000001518) #23 GTF2E2 (ENSCLAG00000001696) #24 SMIM18 (ENSCLAG00000000790) #25 GSR (ENSCLAG00000000785) #27 UBXN8 (ENSCLAG00000001056) #28 PPP2CB (ENSCLAG00000001213) #29 TEX15 (ENSCLAG00000000845) #30 PURG (ENSCLAG00000001059) #31 WRN (ENSCLAG00000000817) #32 NRG1 (ENSCLAG00000001108) #33 FUT10 (ENSCLAG00000001573) #34 MAK16 (ENSCLAG00000002726) #37 TTI2 (ENSCLAG00000002873) RNF122 (ENSCLAG00000003028) DUSP26 (ENSCLAG00000003277) Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 137 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