Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000008508 ENSGT00950000183061.a.a.a.a.a.a.b #9 ENSGT00940000160373 #10 ENSGT00440000033329.a.a.b #11 ENSGT00940000157066 #12 ENSGT00390000006975 ENSGT00940000162544 #13 ENSGT00940000158928 #14 ENSGT00530000063205.B #15 ENSGT00940000159475 #16 ENSGT00940000156161.B #17 ENSGT00940000159066 #18 ENSGT00390000013419 #19 ENSGT00390000006503.b #20 ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890 #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 ENSGT00940000156986 ENSGT00390000018326 ENSGT00550000074618.a.b ENSGT00390000006260 ENSGT00950000183162.b ENSGT00940000159168 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000160287 ENSGT00390000012859 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000008508 ENSGT00950000183061.a.a.a.a.a.a.b #9 ENSGT00940000160373 #10 ENSGT00440000033329.a.a.b #11 ENSGT00940000157066 #12 ENSGT00390000006975 ENSGT00940000162544 #13 ENSGT00940000158928 #14 ENSGT00530000063205.B #15 ENSGT00940000159475 #16 ENSGT00940000156161.B #17 ENSGT00940000159066 #18 ENSGT00390000013419 #19 ENSGT00390000006503.b #20 ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890 #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 ENSGT00940000156986 ENSGT00390000018326 ENSGT00550000074618.a.b ENSGT00390000006260 ENSGT00950000183162.b ENSGT00940000159168 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000160287 ENSGT00390000012859 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000157146.b ENSGT00950000183061.a.a.a.a.a.a.b #9 ENSGT00940000160373 #10 ENSGT00440000033329.a.a.b #11 ENSGT00940000157066 #12 ENSGT00390000006975 ENSGT00940000162544 #13 ENSGT00940000158928 #14 ENSGT00530000063205.B #15 ENSGT00940000159475 #16 ENSGT00940000156161.B #17 ENSGT00940000159066 #18 ENSGT00390000013419 #19 ENSGT00390000006503.b #20 ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890 #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 ENSGT00940000156986 ENSGT00390000018326 ENSGT00550000074618.a.b ENSGT00390000006260 ENSGT00950000183162.b ENSGT00940000159168 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000160287 ENSGT00390000012859 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Guinea pig MODERN SPECIES 130 DLC1 (ENSCPOG00000012692) #9 TRMT9B (ENSCPOG00000032099) #10 ENSCPOG00000001023 #11 PRAG1 (ENSCPOG00000021826) #12 ENSCPOG00000024741 #13 MFHAS1 (ENSCPOG00000006116) #14 ERI1 (ENSCPOG00000030481) #15 PPP1R3B (ENSCPOG00000037520) #16 TNKS (ENSCPOG00000010040) #17 DUSP4 (ENSCPOG00000036262) #18 SARAF (ENSCPOG00000006162) #19 LEPROTL1 (ENSCPOG00000030496) #20 MBOAT4 (ENSCPOG00000010633) #21 DCTN6 (ENSCPOG00000011021) #22 RBPMS (ENSCPOG00000038597) #23 ENSCPOG00000008561 #24 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00940000157146.b ENSGT00950000183061.a.a.a.a.a.a.b #9 ENSGT00940000160373 #10 ENSGT00440000033329.a.a.b #11 ENSGT00940000157066 #12 ENSGT00390000006975 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(ENSODEG00000007870) DES (ENSODEG00000005722) ENSODEG00000005456 ENSODEG00000007610 ASIC4 (ENSODEG00000008072) CHPF (ENSODEG00000006369) TMEM198 (ENSODEG00000006314) OBSL1 (ENSODEG00000007087) INHA (ENSODEG00000006794) STK11IP (ENSODEG00000006046) SLC4A3 (ENSODEG00000008058) ENSODEG00000019432 EPHA4 (ENSODEG00000007794) ENSODEG00000007595 Degu MODERN SPECIES 94 ENSODEG00000004351 TRMT9B (ENSODEG00000004422) #10 ENSODEG00000004736 LONRF1 (ENSODEG00000004254) #11 PRAG1 (ENSODEG00000004326) #12 CLDN23 (ENSODEG00000019489) MFHAS1 (ENSODEG00000004525) #14 ERI1 (ENSODEG00000004586) #15 PPP1R3B (ENSODEG00000019115) #16 ENSODEG00000005017 TNKS (ENSODEG00000004893) #17 DUSP4 (ENSODEG00000005526) #18 SARAF (ENSODEG00000005565) #19 LEPROTL1 (ENSODEG00000005881) #20 MBOAT4 (ENSODEG00000006303) #21 ENSODEG00000006428 #22 ENSODEG00000019309 RBPMS (ENSODEG00000006700) #23 GTF2E2 (ENSODEG00000006742) #24 ENSODEG00000008593 GSR (ENSODEG00000008858) UBXN8 (ENSODEG00000004381) ENSODEG00000004425 ENSODEG00000004553 PURG (ENSODEG00000019280) WRN (ENSODEG00000004076) ENSODEG00000004757 ENSODEG00000005162 ENSODEG00000005245 ENSODEG00000018985 BOC (ENSODEG00000004266) Degu MODERN SPECIES 44 ENSODEG00000018343 CELF4 (ENSODEG00000018464) ENSODEG00000018335 ENSODEG00000018449 ENSODEG00000018350 ENSODEG00000018344 ENSODEG00000018387 FHOD3 (ENSODEG00000018487) MOCOS (ENSODEG00000018329) ELP2 (ENSODEG00000018360) SLC39A6 (ENSODEG00000018391) RPRD1A (ENSODEG00000018331) ENSODEG00000018309 GALNT1 (ENSODEG00000018395) ENSODEG00000020532 ENSODEG00000018436 #22 ENSODEG00000018453 ENSODEG00000018420 ENSODEG00000020539 ZNF24 (ENSODEG00000018328) ENSODEG00000018345 ENSODEG00000018301 ZNF397 (ENSODEG00000018455) MAPRE2 (ENSODEG00000018430) DTNA (ENSODEG00000018476) ENSODEG00000018326 NOL4 (ENSODEG00000018414) ASXL3 (ENSODEG00000018431) ENSODEG00000020529 KLHL14 (ENSODEG00000018307) ENSODEG00000018292 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 25 ENSHGLG00000002808 ENSHGLG00000002892 #14 ERI1 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ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 8 CHD9 (ENSSVLG00005025759) CHD9NB (ENSSVLG00005025793) ENSSVLG00005025795 TOX3 (ENSSVLG00005025797) SALL1 (ENSSVLG00005025799) CYLD (ENSSVLG00005025804) NOD2 (ENSSVLG00005025812) SNX20 (ENSSVLG00005025820) NKD1 (ENSSVLG00005025829) ENSSVLG00005025838 ADCY7 (ENSSVLG00005025857) TENT4B (ENSSVLG00005025875) HEATR3 (ENSSVLG00005025878) ENSSVLG00005025884 ENSSVLG00005025890 ENSSVLG00005025893 #22 ENSSVLG00005025899 ZNF423 (ENSSVLG00005016875) ENSSVLG00005016966 CBLN1 (ENSSVLG00005017023) ENSSVLG00005017072 N4BP1 (ENSSVLG00005017117) ENSSVLG00005017168 SIAH1 (ENSSVLG00005017212) LONP2 (ENSSVLG00005017285) ABCC11 (ENSSVLG00005017407) ABCC12 (ENSSVLG00005018066) ENSSVLG00005018386 ITFG1 (ENSSVLG00005018515) NETO2 (ENSSVLG00005018574) ENSSVLG00005018635 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 TMEM121B (ENSSVLG00005021991) HDHD5 (ENSSVLG00005021890) ADA2 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ENSGT00940000160287 ENSGT00390000012859 ENSGT00390000003878 ENSGT00940000159152.d ENSGT00940000158107 Marmotini_b DUPLICATION Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 235 ENSGT01030000234564.a.a.b.b #21 ENSGT00390000017890.w #22 ENSGT00940000159617 #23 ENSGT00390000011749 #24 ENSGT00410000029064 ENSGT00940000164545 ENSGT00940000156986 ENSGT00390000018326 ENSGT00550000074618.a.b ENSGT00390000006260 ENSGT00950000183162.b ENSGT00940000159168 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 606 MBOAT4 (ENSUPAG00010016741) #21 ENSUPAG00010016743 #22 RBPMS (ENSUPAG00010016759) #23 GTF2E2 (ENSUPAG00010016807) #24 SMIM18 (ENSUPAG00010016863) ENSUPAG00010016868 GSR (ENSUPAG00010016883) UBXN8 (ENSUPAG00010016902) PPP2CB (ENSUPAG00010016924) TEX15 (ENSUPAG00010016935) PURG (ENSUPAG00010016946) Squirrel MODERN SPECIES 392 MBOAT4 (ENSSTOG00000011525) #21 DCTN6 (ENSSTOG00000011527) #22 RBPMS (ENSSTOG00000026546) #23 GTF2E2 (ENSSTOG00000003714) #24 ENSSTOG00000022629 ENSSTOG00000034954 GSR (ENSSTOG00000001583) UBXN8 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