Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435 #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 134 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000170114 ENSGT00950000183010 ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000266768 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.b ENSGT00940000170114 ENSGT00950000183010.a.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000266768 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 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#22 ENSGT00940000160973 ENSGT00390000001063 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000155919.b.a ENSGT00940000155292.db.a.d ENSGT01100000263502.B.a.b.b ENSGT00940000158504 ENSGT00950000182993.A.b.f ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00800000124150 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 74 ENSGT00940000167760 ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000160278 ENSGT00940000164067.C ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000156806 ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00390000001063 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000155919.b.a ENSGT00940000155292.db.a.d ENSGT01100000263502.B.a.b.b ENSGT00940000158504 ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00800000124150 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a.c ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000163530 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1077 ENSGT00940000159488.k.a #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e.b #20 ENSGT00940000154089.b.h #21 ENSGT00940000157435.a.a.b #22 ENSGT00940000178875 #23 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000183128.A.b #8 ENSGT00940000158626.l #9 ENSGT00940000158463.d #10 ENSGT00390000018226.i #11 ENSGT00970000193421.C.a.oc #12 ENSGT00390000001500.h ENSGT00940000156565.s.b #13 ENSGT00940000158343.d.b #14 ENSGT00910000144204.a.b #15 ENSGT00940000166026.b #16 ENSGT00950000183191.b.c #17 ENSGT00940000156812.e #18 ENSGT00940000159488.k.a #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e.b #20 ENSGT00940000154089.b.h #21 ENSGT00940000157435.a.a.b #22 ENSGT00940000178875 #23 ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159244.a.d ENSGT00950000182925.A.b #25 ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.b.d #26 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00940000158373.n #7 ENSGT00950000183128.A.b #8 ENSGT00940000158626.l #9 ENSGT00940000158463.d #10 ENSGT00390000018226.i #11 ENSGT00970000193421.C.a.oc #12 ENSGT00940000156565.s.b #13 ENSGT00940000158343.d.b #14 ENSGT00910000144204.a.b #15 ENSGT00940000166026.b #16 ENSGT00950000183191.b.c #17 ENSGT00940000156812.e #18 ENSGT00940000159488.k.a #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e.b #20 ENSGT00940000154089.b.h #21 ENSGT00940000157435.a.a.b #22 ENSGT00940000178875 #23 ENSGT00940000159786.a #24 ENSGT00950000182925.A.b #25 ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.b.d #26 ENSGT00940000157147.d #27 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00940000158373.n #7 ENSGT00950000183128.A.b #8 ENSGT00940000158626.l #9 ENSGT00940000158463.d #10 ENSGT00390000018226.i #11 ENSGT00970000193421.C.a.oc #12 ENSGT00940000156565.s.b #13 ENSGT00940000158343.d.b #14 ENSGT00910000144204.a.b #15 ENSGT00940000166026.b #16 ENSGT00950000183191.b.c #17 ENSGT00940000156812.e #18 ENSGT00940000159488.k.a #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e.b #20 ENSGT00940000154089.b.h #21 ENSGT00940000157435.a.a.b #22 ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159244.a.d ENSGT00940000159786.a #24 ENSGT00950000182925.A.b #25 ENSGT00950000183125.b.a.a.a.a.b.d #26 ENSGT00940000157147.d #27 Chinook salmon MODERN SPECIES 3 CCSER1 (ENSOTSG00005039800) trim36 (ENSOTSG00005039802) #7 pggt1b (ENSOTSG00005039806) #8 fem1c (ENSOTSG00005039807) #9 tmed7 (ENSOTSG00005039808) #10 cdo1 (ENSOTSG00005039811) #11 AP3S1 (ENSOTSG00005039813) #12 sema6a (ENSOTSG00005039834) #13 hsd17b4 (ENSOTSG00005040119) #14 prr16 (ENSOTSG00005040121) #15 SH2B3 (ENSOTSG00005040126) #17 atxn2 (ENSOTSG00005040129) #18 RASEF (ENSOTSG00005040132) #19 ENSOTSG00005040150 #20 mapkapk5 (ENSOTSG00005042038) #21 SMAD4 (ENSOTSG00005042083) #22 ENSOTSG00005042113 ENSOTSG00005042114 PPIC (ENSOTSG00005042115) #24 ENSOTSG00005042116 #25 ENSOTSG00005042117 #26 kif6 (ENSOTSG00005042119) kcnk5a (ENSOTSG00005042122) fam184aa (ENSOTSG00005042123) SYT14 (ENSOTSG00005042125) gnmt (ENSOTSG00005042126) manea 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(ENSOKIG00005039185) Rainbow trout MODERN SPECIES 2 PGGT1B (ENSOMYG00000003252) #8 fem1c (ENSOMYG00000003240) #9 TMED7 (ENSOMYG00000003187) #10 AP3S1 (ENSOMYG00000046925) #12 ENSOMYG00000046915 #11 ENSOMYG00000046643 #13 ENSOMYG00000076041 ENSOMYG00000046474 #14 ENSOMYG00000046466 #15 ENSOMYG00000046455 #17 ENSOMYG00000046396 #18 ENSOMYG00000046379 #19 ENSOMYG00000045443 #20 ENSOMYG00000075476 ENSOMYG00000045241 #21 ENSOMYG00000045206 #22 ENSOMYG00000045198 #23 ENSOMYG00000045186 #24 ENSOMYG00000045179 #25 ENSOMYG00000045176 #27 ENSOMYG00000045069 ENSOMYG00000049126 ENSOMYG00000070279 ENSOMYG00000045091 ENSOMYG00000045064 ENSOMYG00000050574 ENSOMYG00000045060 ENSOMYG00000048969 ENSOMYG00000044705 ENSOMYG00000044749 ENSOMYG00000021861 Salmo ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00940000154446.b.a.a.a.a.b ENSGT00940000154308.A.b.b.i.b ENSGT00440000039084.a.a ENSGT00950000182843.a.b ENSGT00940000158664.l ENSGT00940000162790.b.i.a ENSGT00990000211660 ENSGT00940000157147.d #27 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SPECIES 12 sema6a (ENSELUG00000019137) #13 DMXL1 (ENSELUG00000019280) hsd17b4 (ENSELUG00000019400) #14 prr16 (ENSELUG00000000832) #15 ENSELUG00000019436 #16 SH2B3 (ENSELUG00000026805) #17 atxn2 (ENSELUG00000019632) #18 ENSELUG00000019708 ENSELUG00000000871 #20 RASEF (ENSELUG00000019855) #19 FRMD3 (ENSELUG00000000878) idnk (ENSELUG00000020041) me2 (ENSELUG00000020081) aptx (ENSELUG00000028256) elac1 (ENSELUG00000020106) SMAD4 (ENSELUG00000020159) #22 MEX3C (ENSELUG00000020179) STPG2 (ENSELUG00000020348) ENSELUG00000034665 UNC5C (ENSELUG00000020447) ENSELUG00000029675 bmpr1ba (ENSELUG00000020490) pdlim5a (ENSELUG00000020544) opn4xb (ENSELUG00000001460) EGFLAM (ENSELUG00000020787) GDNF (ENSELUG00000020816) ndc80 (ENSELUG00000000915) nipbla (ENSELUG00000021054) slc1a3a (ENSELUG00000021115) lmbrd2a (ENSELUG00000021196) UGT3A2 (ENSELUG00000021227) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 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ENSGT00940000159850 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000172876 ENSGT00940000173441 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 134 agtpbp1 (ENSHCOG00000011343) NTRK2 (ENSHCOG00000011200) SLC28A3 (ENSHCOG00000011170) rmi1 (ENSHCOG00000011132) hnrnpk (ENSHCOG00000011097) zgc:136564 (ENSHCOG00000011087) ENSHCOG00000011079 ENSHCOG00000011072 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Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00940000169432 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000172876 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00940000169432.b ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 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ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487.t ENSGT00940000169432.b ENSGT00940000157487.s ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000172876 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 Seriola ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.a.a.b.a.b.a.b.a.d.b.a.a ENSGT00940000157487.s ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000173441 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 Greater amberjack MODERN SPECIES 98 SLC28A3 (ENSSDUG00000022144) rmi1 (ENSSDUG00000022159) hnrnpk (ENSSDUG00000022165) ENSSDUG00000022176 zgc:136564 (ENSSDUG00000022179) ENSSDUG00000022185 KIF27 (ENSSDUG00000022190) gkap1 (ENSSDUG00000022199) UBQLN1 (ENSSDUG00000022203) ENSSDUG00000022206 FRMD3 (ENSSDUG00000022212) ENSSDUG00000022222 ENSSDUG00000022225 RASEF (ENSSDUG00000022228) #19 ENSSDUG00000022233 #20 SMAD4 (ENSSDUG00000022248) #22 ENSSDUG00000022255 tmed7 (ENSSDUG00000022263) #10 fem1c (ENSSDUG00000022265) #9 tmed7 (ENSSDUG00000022269) #10 CCDC112 (ENSSDUG00000022281) pggt1b (ENSSDUG00000022293) #8 trim36 (ENSSDUG00000022305) #7 CCSER1 (ENSSDUG00000022318) ENSSDUG00000022322 grid2 (ENSSDUG00000022325) atoh1a (ENSSDUG00000022334) smarcad1a (ENSSDUG00000022338) prf1.5 (ENSSDUG00000022351) mpeg1.2 (ENSSDUG00000022363) si:ch211-103n10.5 (ENSSDUG00000022366) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3242 gstt1a (ENSSLDG00000024728) MMP11 (ENSSLDG00000024735) derl3 (ENSSLDG00000024745) SMARCB1 (ENSSLDG00000024753) ralgds (ENSSLDG00000024773) ptgesl (ENSSLDG00000024794) gle1 (ENSSLDG00000024801) ENSSLDG00000024808 si:ch211-51h9.7 (ENSSLDG00000024814) SET (ENSSLDG00000024820) ENSSLDG00000024829 zdhhc12a (ENSSLDG00000024843) slc25a25a (ENSSLDG00000024848) EEIG1 (ENSSLDG00000024859) ENSSLDG00000024880 #20 SMAD4 (ENSSLDG00000024901) #22 ENSSLDG00000024917 tmed7 (ENSSLDG00000024920) #10 fem1c (ENSSLDG00000024922) #9 CCDC112 (ENSSLDG00000024928) pggt1b (ENSSLDG00000024935) #8 trim36 (ENSSLDG00000024945) #7 CCSER1 (ENSSLDG00000024954) grid2 (ENSSLDG00000024958) ENSSLDG00000024976 atoh1a (ENSSLDG00000024982) smarcad1a (ENSSLDG00000024986) prf1.5 (ENSSLDG00000024998) mpeg1.2 (ENSSLDG00000025001) si:ch211-103n10.5 (ENSSLDG00000025005) tspan36 (ENSSLDG00000025011) Barramundi perch MODERN SPECIES 95 SLC28A3 (ENSLCAG00010028331) rmi1 (ENSLCAG00010028332) hnrnpk (ENSLCAG00010028333) zgc:136564 (ENSLCAG00010028334) ENSLCAG00010028335 ENSLCAG00010000207 ENSLCAG00010000220 gkap1 (ENSLCAG00010000243) ENSLCAG00010000262 ENSLCAG00010000271 IDNK (ENSLCAG00010000288) FRMD3 (ENSLCAG00010000347) ENSLCAG00010000406 RASEF (ENSLCAG00010000419) #19 ENSLCAG00010000663 #20 SMAD4 (ENSLCAG00010000908) #22 ENSLCAG00010000930 tmed7 (ENSLCAG00010000934) #10 fem1c (ENSLCAG00010000938) #9 CCDC112 (ENSLCAG00010000942) pggt1b (ENSLCAG00010000949) #8 trim36 (ENSLCAG00010000961) #7 CCSER1 (ENSLCAG00010000970) grid2 (ENSLCAG00010000999) atoh1a (ENSLCAG00010001044) smarcad1a (ENSLCAG00010001088) prf1.5 (ENSLCAG00010001282) mpeg1.2 (ENSLCAG00010001284) si:ch211-103n10.5 (ENSLCAG00010001288) tspan36 (ENSLCAG00010001294) mapk4 (ENSLCAG00010001302) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000002445 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000169432.b ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000172876 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000167760 ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 Turbot MODERN SPECIES 21 ENSSMAG00000019221 naa35 (ENSSMAG00000019239) agtpbp1 (ENSSMAG00000019334) NTRK2 (ENSSMAG00000019401) SLC28A3 (ENSSMAG00000019418) rmi1 (ENSSMAG00000019443) hnrnpk (ENSSMAG00000019461) zgc:136564 (ENSSMAG00000019492) gkap1 (ENSSMAG00000000816) ENSSMAG00000000826 IDNK (ENSSMAG00000000863) FRMD3 (ENSSMAG00000000874) ENSSMAG00000000898 RASEF (ENSSMAG00000000942) #19 ENSSMAG00000000964 #20 ENSSMAG00000001029 #22 ENSSMAG00000001075 TMED7 (ENSSMAG00000001106) #10 ENSSMAG00000001129 #9 ENSSMAG00000001161 TRIM36 (ENSSMAG00000001201) #7 CCSER1 (ENSSMAG00000001219) grid2 (ENSSMAG00000001237) atoh1a (ENSSMAG00000001293) smarcad1a (ENSSMAG00000001326) prf1.5 (ENSSMAG00000028860) mpeg1.3 (ENSSMAG00000001357) si:ch211-103n10.5 (ENSSMAG00000030927) tspan36 (ENSSMAG00000001361) mapk4 (ENSSMAG00000001375) ENSSMAG00000001399 Tongue sole MODERN SPECIES 398 CCNO (ENSCSEG00000007047) ENSCSEG00000007042 gpx8 (ENSCSEG00000007032) CDC20B (ENSCSEG00000007020) ENSCSEG00000007013 ENSCSEG00000007008 ENSCSEG00000006994 pmpca (ENSCSEG00000006950) inpp5e (ENSCSEG00000006938) ENSCSEG00000006928 notch1b (ENSCSEG00000006898) ubac1 (ENSCSEG00000006892) ENSCSEG00000006890 ENSCSEG00000006885 ENSCSEG00000006838 #20 SMAD4 (ENSCSEG00000006818) #22 ENSCSEG00000006809 tmed7 (ENSCSEG00000006788) #10 fem1c (ENSCSEG00000006770) #9 ENSCSEG00000006753 pggt1b (ENSCSEG00000006738) #8 trim36 (ENSCSEG00000006535) #7 ENSCSEG00000006508 KCNT1 (ENSCSEG00000006453) ENSCSEG00000006442 ENSCSEG00000006435 ENSCSEG00000006430 zgc:101858 (ENSCSEG00000006409) LRRC8A (ENSCSEG00000006406) hscb (ENSCSEG00000006402) rtn4r (ENSCSEG00000006397) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT01090000260294 ENSGT00940000169432.b ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 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ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 Fugu MODERN SPECIES 13 naa35 (ENSTRUG00000008637) agtpbp1 (ENSTRUG00000009063) NTRK2 (ENSTRUG00000009674) SLC28A3 (ENSTRUG00000010280) rmi1 (ENSTRUG00000010577) hnrnpk (ENSTRUG00000010659) zgc:136564 (ENSTRUG00000021195) ENSTRUG00000031226 ENSTRUG00000023266 gkap1 (ENSTRUG00000011213) IDNK (ENSTRUG00000029238) ENSTRUG00000027897 FRMD3 (ENSTRUG00000011338) RASEF (ENSTRUG00000011541) #19 ENSTRUG00000011681 #20 SMAD4 (ENSTRUG00000011769) #22 ENSTRUG00000011888 tmed7 (ENSTRUG00000019910) #10 fem1c (ENSTRUG00000023731) #9 CCDC112 (ENSTRUG00000027710) pggt1b (ENSTRUG00000012182) #8 trim36 (ENSTRUG00000012235) #7 CCSER1 (ENSTRUG00000012411) grid2 (ENSTRUG00000012431) atoh1a (ENSTRUG00000029412) smarcad1a 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ENSGT00390000002445 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT01090000260294 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000002445 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT01090000260294 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 Lumpfish MODERN SPECIES 24 agtpbp1 (ENSCLMG00005002568) NTRK2 (ENSCLMG00005002562) SLC28A3 (ENSCLMG00005002559) rmi1 (ENSCLMG00005002558) hnrnpk (ENSCLMG00005002554) zgc:136564 (ENSCLMG00005002549) ENSCLMG00005002548 ENSCLMG00005002547 gkap1 (ENSCLMG00005002546) ENSCLMG00005002545 IDNK (ENSCLMG00005002544) FRMD3 (ENSCLMG00005002542) ENSCLMG00005002541 RASEF (ENSCLMG00005002540) #19 ENSCLMG00005002485 #20 SMAD4 (ENSCLMG00005002475) #22 ENSCLMG00005002470 tmed7 (ENSCLMG00005002466) #10 fem1c (ENSCLMG00005002464) #9 CCDC112 (ENSCLMG00005002461) pggt1b (ENSCLMG00005002334) #8 trim36 (ENSCLMG00005002329) #7 CCSER1 (ENSCLMG00005002328) grid2 (ENSCLMG00005002318) atoh1a (ENSCLMG00005002307) smarcad1a (ENSCLMG00005001923) prf1.5 (ENSCLMG00005001901) mpeg1.2 (ENSCLMG00005001899) ENSCLMG00005001897 tspan36 (ENSCLMG00005001892) mapk4 (ENSCLMG00005001823) Stickleback MODERN SPECIES 12 lmbrd2a (ENSGACG00000007686) GOLM1 (ENSGACG00000007679) naa35 (ENSGACG00000007653) agtpbp1 (ENSGACG00000007638) ENSGACG00000007634 NTRK2 (ENSGACG00000007625) rmi1 (ENSGACG00000007616) hnrnpk (ENSGACG00000007581) zgc:136564 (ENSGACG00000007576) KIF27 (ENSGACG00000007564) gkap1 (ENSGACG00000007551) ENSGACG00000007544 FRMD3 (ENSGACG00000007535) RASEF (ENSGACG00000007528) #19 ENSGACG00000007510 #20 SMAD4 (ENSGACG00000007495) #22 ENSGACG00000007490 tmed7 (ENSGACG00000007420) #10 fem1c (ENSGACG00000007406) #9 ENSGACG00000007399 pggt1b (ENSGACG00000007394) #8 trim36 (ENSGACG00000007382) #7 CCSER1 (ENSGACG00000007377) ENSGACG00000007375 grid2 (ENSGACG00000007345) atoh1a (ENSGACG00000007342) ENSGACG00000007338 smarcad1a (ENSGACG00000007327) prf1.5 (ENSGACG00000007321) mpeg1.2 (ENSGACG00000007315) si:ch211-103n10.5 (ENSGACG00000007312) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000002445 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT01090000260294 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b Pike perch MODERN SPECIES 23 agtpbp1 (ENSSLUG00000017113) NTRK2 (ENSSLUG00000005234) SLC28A3 (ENSSLUG00000005308) rmi1 (ENSSLUG00000005327) hnrnpk (ENSSLUG00000005395) zgc:136564 (ENSSLUG00000005467) ENSSLUG00000005473 ENSSLUG00000005479 gkap1 (ENSSLUG00000005502) ENSSLUG00000005515 IDNK (ENSSLUG00000005521) ENSSLUG00000005529 ENSSLUG00000005540 RASEF (ENSSLUG00000005565) #19 ENSSLUG00000005691 #20 SMAD4 (ENSSLUG00000007682) #22 ENSSLUG00000007725 tmed7 (ENSSLUG00000007732) #10 fem1c (ENSSLUG00000007752) #9 ENSSLUG00000007765 pggt1b (ENSSLUG00000007780) #8 trim36 (ENSSLUG00000007809) #7 CCSER1 (ENSSLUG00000007867) grid2 (ENSSLUG00000007893) ENSSLUG00000007950 atoh1a (ENSSLUG00000007954) smarcad1a (ENSSLUG00000007968) prf1.5 (ENSSLUG00000008271) mpeg1.2 (ENSSLUG00000008277) si:ch211-103n10.5 (ENSSLUG00000008278) tspan36 (ENSSLUG00000008283) Channel bull blenny MODERN SPECIES 23 naa35 (ENSCGOG00000006460) agtpbp1 (ENSCGOG00000006909) NTRK2 (ENSCGOG00000007505) SLC28A3 (ENSCGOG00000008082) rmi1 (ENSCGOG00000008102) hnrnpk (ENSCGOG00000008108) zgc:136564 (ENSCGOG00000008131) ENSCGOG00000008135 ENSCGOG00000008139 gkap1 (ENSCGOG00000008142) ENSCGOG00000008145 IDNK (ENSCGOG00000008149) FRMD3 (ENSCGOG00000008153) RASEF (ENSCGOG00000008186) #19 ENSCGOG00000008348 #20 SMAD4 (ENSCGOG00000013431) #22 ENSCGOG00000013476 tmed7 (ENSCGOG00000013479) #10 fem1c (ENSCGOG00000013496) #9 ENSCGOG00000013497 pggt1b (ENSCGOG00000013512) #8 trim36 (ENSCGOG00000013769) #7 CCSER1 (ENSCGOG00000013972) grid2 (ENSCGOG00000013975) atoh1a (ENSCGOG00000014076) smarcad1a (ENSCGOG00000014079) prf1.5 (ENSCGOG00000014245) mpeg1.2 (ENSCGOG00000014256) si:ch211-103n10.5 (ENSCGOG00000014258) tspan36 (ENSCGOG00000014262) mapk4 (ENSCGOG00000014278) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00940000169432 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000172876 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 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(ENSSAUG00010005565) atoh1a (ENSSAUG00010005548) smarcad1a (ENSSAUG00010005507) mpeg1.2 (ENSSAUG00010005496) si:ch211-103n10.5 (ENSSAUG00010005492) tspan36 (ENSSAUG00010005487) mapk4 (ENSSAUG00010005482) me2 (ENSSAUG00010005189) elac1 (ENSSAUG00010005166) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00940000169432 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000172876 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000167760 ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 European seabass MODERN SPECIES 13 naa35 (ENSDLAG00005017812) agtpbp1 (ENSDLAG00005017854) NTRK2 (ENSDLAG00005029105) SLC28A3 (ENSDLAG00005018754) rmi1 (ENSDLAG00005033874) hnrnpk (ENSDLAG00005031182) zgc:136564 (ENSDLAG00005018800) ENSDLAG00005018809 ENSDLAG00005018812 gkap1 (ENSDLAG00005028817) IDNK (ENSDLAG00005033278) FRMD3 (ENSDLAG00005018857) ENSDLAG00005026471 RASEF (ENSDLAG00005018997) #19 ENSDLAG00005019047 #20 ENSDLAG00005020688 #22 ENSDLAG00005027349 fem1c (ENSDLAG00005030443) #9 ENSDLAG00005020736 ENSDLAG00005029293 #8 trim36 (ENSDLAG00005020766) #7 CCSER1 (ENSDLAG00005020832) grid2 (ENSDLAG00005020850) atoh1a (ENSDLAG00005021057) smarcad1a (ENSDLAG00005021071) prf1.5 (ENSDLAG00005021492) mpeg1.3 (ENSDLAG00005021495) si:ch211-103n10.5 (ENSDLAG00005021497) tspan36 (ENSDLAG00005021500) mapk4 (ENSDLAG00005034120) ENSDLAG00005026681 Large yellow croaker MODERN SPECIES 2 agtpbp1 (ENSLCRG00005011261) NTRK2 (ENSLCRG00005012194) SLC28A3 (ENSLCRG00005012195) rmi1 (ENSLCRG00005012199) hnrnpk 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SPECIES 4 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00940000169432 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000172876 ENSGT00940000173441 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048.l.b ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000172876 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mouthbrooder MODERN SPECIES 283 naa35 (ENSHBUG00000010050) agtpbp1 (ENSHBUG00000010183) NTRK2 (ENSHBUG00000010215) SLC28A3 (ENSHBUG00000010235) rmi1 (ENSHBUG00000010243) hnrnpk (ENSHBUG00000010255) ENSHBUG00000010266 zgc:136564 (ENSHBUG00000010269) ENSHBUG00000010278 gkap1 (ENSHBUG00000010291) ENSHBUG00000010312 IDNK (ENSHBUG00000000270) FRMD3 (ENSHBUG00000010332) RASEF (ENSHBUG00000010345) #19 ENSHBUG00000010435 #20 SMAD4 (ENSHBUG00000010531) #22 ENSHBUG00000010552 tmed7 (ENSHBUG00000010564) #10 fem1c (ENSHBUG00000010591) #9 ENSHBUG00000010602 pggt1b (ENSHBUG00000010629) #8 trim36 (ENSHBUG00000010912) #7 CCSER1 (ENSHBUG00000010939) grid2 (ENSHBUG00000011010) atoh1a (ENSHBUG00000011023) smarcad1a (ENSHBUG00000011042) prf1.5 (ENSHBUG00000011065) mpeg1.2 (ENSHBUG00000011073) si:ch211-103n10.5 (ENSHBUG00000011078) tspan36 (ENSHBUG00000011085) mapk4 (ENSHBUG00000011131) Lyretail cichlid MODERN SPECIES 306 agtpbp1 (ENSNBRG00000011767) NTRK2 (ENSNBRG00000011797) ENSNBRG00000011822 SLC28A3 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(ENSONIG00000029581) FRMD3 (ENSONIG00000015018) ENSONIG00000036497 RASEF (ENSONIG00000015021) #19 ENSONIG00000015027 #20 SMAD4 (ENSONIG00000041783) #22 ENSONIG00000037742 tmed7 (ENSONIG00000015039) #10 fem1c (ENSONIG00000015041) #9 ENSONIG00000015042 pggt1b (ENSONIG00000042191) #8 trim36 (ENSONIG00000015049) #7 CCSER1 (ENSONIG00000015052) grid2 (ENSONIG00000015054) atoh1a (ENSONIG00000015058) smarcad1a (ENSONIG00000015059) prf1.5 (ENSONIG00000041518) mpeg1.2 (ENSONIG00000042060) si:ch211-103n10.5 (ENSONIG00000034485) tspan36 (ENSONIG00000042291) mapk4 (ENSONIG00000015070) Midas cichlid MODERN SPECIES 630 rmi1 (ENSACIG00000005305) hnrnpk (ENSACIG00000005320) zgc:136564 (ENSACIG00000005341) ENSACIG00000005360 ENSACIG00000005370 gkap1 (ENSACIG00000005379) ENSACIG00000005399 IDNK (ENSACIG00000005410) FRMD3 (ENSACIG00000005425) ENSACIG00000005459 ENSACIG00000005532 RASEF (ENSACIG00000005549) #19 ENSACIG00000005577 #20 ENSACIG00000005602 ##20 ENSACIG00000005623 SMAD4 (ENSACIG00000005628) #22 ENSACIG00000005655 tmed7 (ENSACIG00000005681) #10 fem1c (ENSACIG00000005693) #9 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00940000169432 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000173441 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000009571.a.a.b ENSGT00390000002445 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000009571.a.a.b ENSGT00390000002445 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 Indian medaka MODERN SPECIES 11 naa35 (ENSOMEG00000023694) agtpbp1 (ENSOMEG00000023673) NTRK2 (ENSOMEG00000023654) SLC28A3 (ENSOMEG00000023640) rmi1 (ENSOMEG00000023629) hnrnpk (ENSOMEG00000023618) zgc:136564 (ENSOMEG00000023598) KIF27 (ENSOMEG00000023581) ENSOMEG00000023555 gkap1 (ENSOMEG00000023537) ENSOMEG00000023518 IDNK (ENSOMEG00000023508) FRMD3 (ENSOMEG00000023490) RASEF (ENSOMEG00000023457) #19 ENSOMEG00000023407 #20 SMAD4 (ENSOMEG00000023362) #22 mex3b (ENSOMEG00000023339) tmed7 (ENSOMEG00000023319) #10 fem1c (ENSOMEG00000023298) #9 CCDC112 (ENSOMEG00000023271) pggt1b (ENSOMEG00000023242) #8 trim36 (ENSOMEG00000023192) #7 CCSER1 (ENSOMEG00000023145) ENSOMEG00000023084 grid2 (ENSOMEG00000023067) ENSOMEG00000023049 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(ENSOJAG00000022354) tspan36 (ENSOJAG00000022330) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000009571.a.a.b ENSGT00390000002445 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000153988.B ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048.s ENSGT00390000008048.t ENSGT00950000183089.d Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 23 ENSORLG00000022249 naa35 (ENSORLG00000025189) agtpbp1 (ENSORLG00000005317) NTRK2 (ENSORLG00000005227) SLC28A3 (ENSORLG00000005199) rmi1 (ENSORLG00000005175) hnrnpk (ENSORLG00000005161) zgc:136564 (ENSORLG00000005140) KIF27 (ENSORLG00000005126) gkap1 (ENSORLG00000005111) ENSORLG00000028966 IDNK (ENSORLG00000028424) FRMD3 (ENSORLG00000005087) RASEF (ENSORLG00000005076) #19 ENSORLG00000005051 #20 SMAD4 (ENSORLG00000005020) #22 ENSORLG00000004985 tmed7 (ENSORLG00000004971) #10 fem1c (ENSORLG00000004946) #9 CCDC112 (ENSORLG00000004928) pggt1b (ENSORLG00000004917) #8 trim36 (ENSORLG00000004896) #7 CCSER1 (ENSORLG00000025234) ENSORLG00000004885 grid2 (ENSORLG00000024663) atoh1a (ENSORLG00000004876) smarcad1a (ENSORLG00000004869) prf1.5 (ENSORLG00000004857) ENSORLG00000027013 MPEG1 (ENSORLG00000022935) si:ch211-103n10.5 (ENSORLG00000027969) Chinese medaka MODERN SPECIES 2334 SMAD4 (ENSOSIG00000004354) #22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00940000169432 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000173441 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000167760 ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048 ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00530000063675.b ENSGT00390000002445 ENSGT00940000157707 ENSGT00940000155181.c.a ENSGT00390000016025.a ENSGT00940000161055 ENSGT00940000153434.c.a ENSGT00390000002374 ENSGT00940000157487 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488 #19 ENSGT01030000234519.e.a.a.a.b.e #20 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160013 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000167760 ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a Turquoise killifish MODERN SPECIES 1627 AGTPBP1 (ENSNFUG00015015782) NTRK2 (ENSNFUG00015015969) SLC28A3 (ENSNFUG00015016066) ENSNFUG00015016410 RMI1 (ENSNFUG00015016412) HNRNPK (ENSNFUG00015016420) zgc:136564 (ENSNFUG00015016452) ENSNFUG00015016489 gkap1 (ENSNFUG00015016499) ENSNFUG00015016511 IDNK (ENSNFUG00015016517) FRMD3 (ENSNFUG00015016538) ENSNFUG00015016661 RASEF (ENSNFUG00015016668) #19 ENSNFUG00015016714 #20 SMAD4 (ENSNFUG00015017545) #22 MEX3C (ENSNFUG00015017604) TMED7 (ENSNFUG00015017609) #10 FEM1C (ENSNFUG00015017616) #9 PGGT1B (ENSNFUG00015017630) #8 ENSNFUG00015017667 TRIM36 (ENSNFUG00015017700) #7 ENSNFUG00015017811 ENSNFUG00015017816 ablim3 (ENSNFUG00015017828) CCSER1 (ENSNFUG00015017848) CU138508.1 (ENSNFUG00015017857) ENSNFUG00015017866 ENSNFUG00015017872 ENSNFUG00015017877 grid2 (ENSNFUG00015017899) Mangrove rivulus MODERN SPECIES 26 naa35 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tal2 (ENSIPUG00000002366) ugt2b5 (ENSIPUG00000001375) GAK (ENSIPUG00000001211) ENSIPUG00000001183 #17 lifra (ENSIPUG00000001153) spef2 (ENSIPUG00000001003) ENSIPUG00000000979 lmbrd2a (ENSIPUG00000000959) slc1a3a (ENSIPUG00000000944) EGFLAM (ENSIPUG00000023628) pdlim5 (ENSIPUG00000023626) ostf1 (ENSIPUG00000023624) ENSIPUG00000023623 me2 (ENSIPUG00000023618) SMAD4 (ENSIPUG00000023608) #22 ENSIPUG00000023604 paip1 (ENSIPUG00000023598) mybbp1a (ENSIPUG00000023590) fgf10 (ENSIPUG00000023587) adamts12 (ENSIPUG00000023573) agpat9 (ENSIPUG00000023560) tnksb (ENSIPUG00000023527) atp5meb (ENSIPUG00000023521) idua (ENSIPUG00000023514) rchy1 (ENSIPUG00000023505) ENSIPUG00000023438 ENSIPUG00000023397 ENSIPUG00000023389 RUSC2 (ENSIPUG00000023364) ENSIPUG00000023348 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 254 ENSGT00920000149159 ENSGT00940000156901.B ENSGT00950000183134.c.b.a ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00390000001063 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.a Characoidei ANCESTRAL SPECIES 333 ENSGT00920000149159 ENSGT00940000156901.B ENSGT00950000183134.c.b.a ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00390000001063 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.a ENSGT00390000018651.b ENSGT00940000155464.a.b Mexicana tetra MODERN SPECIES 28 pias2 (ENSAMXG00000002435) MN1 (ENSAMXG00000013235) PITPNB (ENSAMXG00000030401) ENSAMXG00000034576 TTC28 (ENSAMXG00000013238) ENSAMXG00000040861 ENSAMXG00000041958 ENSAMXG00000039595 ENSAMXG00000035142 ENSAMXG00000037751 ostf1 (ENSAMXG00000035744) ENSAMXG00000029122 me2 (ENSAMXG00000041378) elac1 (ENSAMXG00000043092) ENSAMXG00000042514 SMAD4 (ENSAMXG00000003756) #22 ENSAMXG00000035146 ENSAMXG00000036076 lmbrd2a (ENSAMXG00000040844) slc1a3a (ENSAMXG00000038269) ENSAMXG00000033635 EGFLAM (ENSAMXG00000040112) ENSAMXG00000037966 opn4xb (ENSAMXG00000038102) ENSAMXG00000032455 ENSAMXG00000034374 ENSAMXG00000031969 ENSAMXG00000043079 bmpr1ba (ENSAMXG00000029340) ENSAMXG00000037387 ENSAMXG00000040657 Electric eel MODERN SPECIES 1288 ENSEEEG00000008084 elac1 (ENSEEEG00000008081) SMAD4 (ENSEEEG00000008023) #22 MEX3C (ENSEEEG00000008021) ENSEEEG00000008020 bmpr1ba (ENSEEEG00000007475) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000000642 ENSGT00390000016543.d ENSGT00390000016002.o.b.a ENSGT00390000016002.o.b.b ENSGT00940000156621.e.b ENSGT00940000155188.B.a ENSGT00940000170274 ENSGT00390000013415.b ENSGT00940000162372.b ENSGT00940000156515.b ENSGT00940000158897.e.b ENSGT00920000149159 ENSGT00940000156901.B ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000155292.db.a ENSGT01100000263502.B.a.b.b ENSGT00940000158504 ENSGT00950000182993.A.b.f ENSGT00390000010427.c ENSGT00940000155464.a.b ENSGT00390000018651.b ENSGT00390000005182.k.r.a.b.b ENSGT00390000005182.k.r.a.b.a ENSGT00390000008160 ENSGT00940000165259.b ENSGT00940000155776.b ENSGT00940000165259.a ENSGT00390000002096 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000016002.o.b.a.a ENSGT00940000156621.e.b.d ENSGT00940000155188.B.a.f ENSGT00940000170274.a.a ENSGT00390000013415.b.a ENSGT00940000162372.b.a ENSGT00940000156515.b.d ENSGT00940000156515.a.b ENSGT00940000154184.A.u ENSGT00940000158425.b ENSGT00940000158897.e.b.a ENSGT00920000149159.e ENSGT00940000156901.B.c ENSGT00950000183134.c.b.c ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435.a.a.c #22 ENSGT00940000160973.a ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.d.c.b ENSGT00940000155919.b.a.e.a ENSGT00940000155292.db.a.a.a.a ENSGT01100000263502.B.a.b.b.b ENSGT00390000010427.c.kc.a ENSGT00940000155464.a.b.d ENSGT00390000018651.b ENSGT00390000005182.k.r.a.b.b.a.b ENSGT00390000005182.k.r.a.b.a ENSGT00390000005182.k.r.a.b.b.a.a ENSGT00940000165259.b.b ENSGT00940000155776.b.a.a ENSGT00390000002096.h.b ENSGT00530000063460.A.b.f.b.b Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 44 ENSCARG00000003444 mvb12ba (ENSCARG00000003449) ENSCARG00000003452 ENSCARG00000003454 ENSCARG00000003462 MAPKAP1 (ENSCARG00000003500) 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(ENSCARG00000000717) SMAD4 (ENSCARG00000000700) #22 MEX3C (ENSCARG00000000690) ENSCARG00000000688 bmpr1ba (ENSCARG00000000659) pdlim5a (ENSCARG00000000615) opn4xb (ENSCARG00000000590) nipbla (ENSCARG00000000523) slc1a3a (ENSCARG00000000482) lmbrd2a (ENSCARG00000000384) ENSCARG00000000247 ENSCARG00000000226 ENSCARG00000000216 ENSCARG00000000200 lifra (ENSCARG00000000172) ENSCARG00000042760 RICTOR (ENSCARG00000042256) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 199 ENSGT00390000016002.o.b.a.a ENSGT00940000156621.e.b.d ENSGT00940000155188.B.a.f ENSGT00940000170274.a.a ENSGT00390000013415.b.a ENSGT00940000162372.b.a ENSGT00940000156515.b.d ENSGT00940000156515.a.b ENSGT00940000154184.A.u.b ENSGT00940000158425.b.c ENSGT00940000158897.e.b.a ENSGT00920000149159.e ENSGT00940000156901.B.c ENSGT00950000183134.c.b.c ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435.a.a.c #22 ENSGT00940000160973.a ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.d.c.b ENSGT00940000155919.b.a.e.a ENSGT00940000155292.db.a.a.a.a ENSGT01100000263502.B.a.b.b.b ENSGT00390000010427.c.kc.a ENSGT00940000155464.a.b.d ENSGT00390000018651.b ENSGT00390000005182.k.r.a.b.b.a.b ENSGT00390000005182.k.r.a.b.a ENSGT00390000005182.k.r.a.b.b.a.a ENSGT00940000165259.b.b ENSGT00940000155776.b.a.a ENSGT00390000002096.h.b ENSGT00530000063460.A.b.f.b.b Common carp reference MODERN SPECIES 7 MAPKAP1 (ENSCCRG00000024033) ENSCCRG00000064613 ENSCCRG00000075954 ENSCCRG00000020854 ENSCCRG00000029000 ENSCCRG00000074753 zgc:73226 (ENSCCRG00000057836) ENSCCRG00000053469 msi1a (ENSCCRG00000030590) ENSCCRG00000070289 crybb3 (ENSCCRG00000077404) pxna (ENSCCRG00000003089) ostf1 (ENSCCRG00000003120) ENSCCRG00000003274 me2 (ENSCCRG00000059443) ENSCCRG00000076206 #22 MEX3C (ENSCCRG00000021262) ENSCCRG00000054822 UNC5C (ENSCCRG00000021969) bmpr1ba (ENSCCRG00000071840) pdlim5a (ENSCCRG00000051309) opn4xb (ENSCCRG00000051302) ENSCCRG00000063750 nipbla (ENSCCRG00000016976) slc1a3a (ENSCCRG00000072252) lmbrd2a (ENSCCRG00000010996) ENSCCRG00000065610 ENSCCRG00000064212 ENSCCRG00000074271 lifra (ENSCCRG00000011111) ENSCCRG00000011126 Golden-line barbel MODERN SPECIES 608 AJM1 (ENSSGRG00000006446) ENSSGRG00000006447 ENSSGRG00000006448 TRAF2 (ENSSGRG00000006450) ENSSGRG00000006477 ENSSGRG00000006632 zgc:73226 (ENSSGRG00000006633) ENSSGRG00000006634 MSI1 (ENSSGRG00000006641) ENSSGRG00000006767 crybb3 (ENSSGRG00000006770) pxna (ENSSGRG00000006779) ostf1 (ENSSGRG00000006791) me2 (ENSSGRG00000006838) elac1 (ENSSGRG00000006891) SMAD4 (ENSSGRG00000006892) #22 MEX3C (ENSSGRG00000006894) ENSSGRG00000006896 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000157955.d.a.g ENSGT00940000155945.i.a.f ENSGT00940000163762.b.h.b ENSGT00390000000642.j ENSGT00390000016543.d.b ENSGT00390000016002.o.b.b ENSGT00940000156621.e.b.c ENSGT00940000155188.B.a.e ENSGT00390000013415.b.b ENSGT00940000162372.b.b ENSGT00940000156515.b.c ENSGT00940000158897.e.b.b ENSGT00920000149159.f ENSGT00940000156901.B.d ENSGT00950000183134.c.b.d ENSGT00940000157435.a.a.d #22 ENSGT00940000160973.b ENSGT00390000001063 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.d.c.a ENSGT00940000155919.b.a.e.b ENSGT00940000155292.db.a.b ENSGT01100000263502.B.a.b.b.a ENSGT00940000158504 ENSGT00950000182993.A.b.f ENSGT00390000010427.c.kc.b ENSGT00940000155464.a.b.c ENSGT00390000008160 ENSGT00940000165259.b.a ENSGT00940000155776.b.b ENSGT00390000002096.h.a ENSGT00530000063460.A.b.f.b.a Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000163762.b.h.b ENSGT00390000000642.j ENSGT00390000016543.d.b ENSGT00390000016002.o.b.b ENSGT00940000156621.e.b.c ENSGT00940000155188.B.a.e ENSGT00390000013415.b.b ENSGT00940000162372.b.b ENSGT00940000156515.b.c ENSGT00940000154184.A.u.a ENSGT00940000158425.b.d ENSGT00940000158897.e.b.b ENSGT00920000149159.f ENSGT00940000156901.B.d ENSGT00950000183134.c.b.d ENSGT00940000157435.a.a.d #22 ENSGT00940000160973.b ENSGT00390000001063 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.d.c.a ENSGT00940000155919.b.a.e.b ENSGT00940000155292.db.a.b ENSGT01100000263502.B.a.b.b.a ENSGT00940000158504 ENSGT00950000182993.A.b.f ENSGT00390000010427.c.kc.b ENSGT00940000155464.a.b.c ENSGT00390000008160 ENSGT00940000165259.b.a ENSGT00940000155776.b.b ENSGT00390000002096.h.a ENSGT00530000063460.A.b.f.b.a Common carp reference MODERN SPECIES 15 ENSCCRG00000060244 ENSCCRG00000024051 ENSCCRG00000024171 ENSCCRG00000073046 zgc:73226 (ENSCCRG00000027352) ENSCCRG00000057841 ENSCCRG00000060190 ENSCCRG00000018552 ENSCCRG00000065485 ENSCCRG00000070382 pxna (ENSCCRG00000026270) ostf1 (ENSCCRG00000081315) MEX3C (ENSCCRG00000008400) ENSCCRG00000082758 me2 (ENSCCRG00000031582) ENSCCRG00000020234 #22 STPG2 (ENSCCRG00000008402) UNC5C (ENSCCRG00000070864) bmpr1ba (ENSCCRG00000021974) pdlim5a (ENSCCRG00000051306) opn4xb (ENSCCRG00000049757) ENSCCRG00000031725 ENSCCRG00000054400 nipbla (ENSCCRG00000036463) slc1a3a (ENSCCRG00000017031) spef2 (ENSCCRG00000011607) lifra (ENSCCRG00000058318) ENSCCRG00000073320 ENSCCRG00000014850 ENSCCRG00000054002 paip1 (ENSCCRG00000041558) Golden-line barbel MODERN SPECIES 185 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ENSDARG00000076853 me2 (ENSDARG00000100718) elac1 (ENSDARG00000045095) SMAD4 (ENSDARG00000012649) #22 ENSDARG00000061060 ENSDARG00000076082 ENSDARG00000104724 UNC5C (ENSDARG00000099133) bmpr1ba (ENSDARG00000104100) ENSDARG00000116302 pdlim5a (ENSDARG00000101777) opn4xb (ENSDARG00000103259) EGFLAM (ENSDARG00000099008) GDNF (ENSDARG00000103764) nipbla (ENSDARG00000098272) slc1a3a (ENSDARG00000104431) lmbrd2a (ENSDARG00000099566) ENSDARG00000101556 ENSDARG00000101104 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000153432.B ENSGT00500000044987 ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.a ENSGT00940000164067.C ENSGT00390000008048.db ENSGT00950000183089.d ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435.a.a #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00390000001063 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000155919.b.a ENSGT00940000155292.db.a ENSGT01100000263502.B.a.b.b ENSGT00940000158504 ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00940000159368.a ENSGT00390000009869 ENSGT00390000014052 ENSGT00390000006265.b.c ENSGT00940000178065 ENSGT00940000162544.c.a Atlantic herring MODERN SPECIES 23 pggt1b (ENSCHAG00000001990) #8 trim36 (ENSCHAG00000002136) #7 CCSER1 (ENSCHAG00000002184) grid2 (ENSCHAG00000002259) ENSCHAG00000004118 ENSCHAG00000004171 atoh1a (ENSCHAG00000004209) smarcad1a (ENSCHAG00000004280) prf1.5 (ENSCHAG00000006834) mpeg1.2 (ENSCHAG00000006843) si:ch211-103n10.5 (ENSCHAG00000006861) tspan36 (ENSCHAG00000006868) mapk4 (ENSCHAG00000006890) me2 (ENSCHAG00000006953) elac1 (ENSCHAG00000008288) SMAD4 (ENSCHAG00000008303) #22 MEX3C (ENSCHAG00000008582) STPG2 (ENSCHAG00000008638) UNC5C (ENSCHAG00000008751) bmpr1ba (ENSCHAG00000012209) pdlim5a (ENSCHAG00000012627) opn4xb (ENSCHAG00000012656) EGFLAM (ENSCHAG00000012688) GDNF (ENSCHAG00000013121) nipbla (ENSCHAG00000013147) slc1a3a (ENSCHAG00000013333) lmbrd2a (ENSCHAG00000013430) UGT3A2 (ENSCHAG00000014471) spef2 (ENSCHAG00000014510) lifra (ENSCHAG00000014794) ENSCHAG00000015001 Denticle herring MODERN SPECIES 2 zgc:86811 (ENSDCDG00000014483) marveld2b (ENSDCDG00000014481) oclnb (ENSDCDG00000014477) gtf2h2 (ENSDCDG00000014446) erap1b (ENSDCDG00000014095) ENSDCDG00000014023 ENSDCDG00000013953 ENSDCDG00000013945 ENSDCDG00000013928 MPEG1 (ENSDCDG00000013915) ENSDCDG00000013908 tspan36 (ENSDCDG00000013897) mapk4 (ENSDCDG00000013888) me2 (ENSDCDG00000013695) elac1 (ENSDCDG00000013670) SMAD4 (ENSDCDG00000013528) #22 MEX3C (ENSDCDG00000013473) STPG2 (ENSDCDG00000013456) ENSDCDG00000013403 bmpr1ba (ENSDCDG00000013370) ENSDCDG00000013360 UNC5C (ENSDCDG00000013331) bmpr1ba (ENSDCDG00000013271) pdlim5a (ENSDCDG00000013256) opn4xb (ENSDCDG00000013249) EGFLAM (ENSDCDG00000013211) GDNF (ENSDCDG00000013168) nipbla (ENSDCDG00000005824) slc1a3a (ENSDCDG00000005563) lmbrd2a (ENSDCDG00000005353) spef2 (ENSDCDG00000005328) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 342 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Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 143 rab14 (ENSHCOG00000019224) ABL1 (ENSHCOG00000019180) exosc2 (ENSHCOG00000019130) RIC1 (ENSHCOG00000019095) ERMP1 (ENSHCOG00000019022) oaz1b (ENSHCOG00000019012) UHRF2 (ENSHCOG00000018996) ENSHCOG00000018984 MLANA (ENSHCOG00000018979) ENSHCOG00000018966 ENSHCOG00000018934 ENSHCOG00000018930 nup155 (ENSHCOG00000018914) ENSHCOG00000018853 ENSHCOG00000018848 smad4a (ENSHCOG00000018817) ##22 rfx3 (ENSHCOG00000018764) glis3 (ENSHCOG00000018717) UNC5C (ENSHCOG00000000496) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000155178 ENSGT00940000153838.a ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00940000175928 ENSGT00940000176177 ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b 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Clown anemonefish MODERN SPECIES 790 GORASP1 (ENSAOCG00000020500) ENSAOCG00000020564 csrnp1b (ENSAOCG00000020582) ENSAOCG00000020610 slc22a13b (ENSAOCG00000020677) slc22a13b (ENSAOCG00000002232) ENSAOCG00000020845 ARVCF (ENSAOCG00000020856) BMP10 (ENSAOCG00000020890) smad4a (ENSAOCG00000020944) ##22 rfx3 (ENSAOCG00000021007) glis3 (ENSAOCG00000021022) UNC5C (ENSAOCG00000021129) Orange clownfish MODERN SPECIES 7 rab14 (ENSAPEG00000014246) ABL1 (ENSAPEG00000014156) exosc2 (ENSAPEG00000014088) RIC1 (ENSAPEG00000013948) ERMP1 (ENSAPEG00000013820) oaz1b (ENSAPEG00000013799) UHRF2 (ENSAPEG00000013724) KIAA2026 (ENSAPEG00000013675) MLANA (ENSAPEG00000013661) ENSAPEG00000013035 nup155 (ENSAPEG00000012883) ENSAPEG00000012876 ENSAPEG00000012806 ARVCF (ENSAPEG00000012790) BMP10 (ENSAPEG00000012780) smad4a (ENSAPEG00000012744) ##22 rfx3 (ENSAPEG00000012681) glis3 (ENSAPEG00000012665) ENSAPEG00000012519 UNC5C (ENSAPEG00000012460) bmpr1bb (ENSAPEG00000012440) pdlim5b (ENSAPEG00000012414) opn4xa 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Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153838.a ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000009531 ENSGT00390000010427.c.s.b ENSGT00390000010427.c.s.a ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00800000124150 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153838.a ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000009531 ENSGT00390000010427.c.s.b 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ENSGT00390000006265.b.c ENSGT00950000182923.C.b Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000153838.a ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000009531 ENSGT00390000010427.c.s.b ENSGT00390000010427.c.s.a ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c ENSGT00950000182923.C.b Eastern happy MODERN SPECIES 19 exosc2 (ENSACLG00000013613) RIC1 (ENSACLG00000013629) ENSACLG00000013674 ERMP1 (ENSACLG00000013682) oaz1b (ENSACLG00000013736) UHRF2 (ENSACLG00000013761) 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bmpr1bb (ENSACIG00000018459) pdlim5b (ENSACIG00000018322) opn4xa (ENSACIG00000018281) Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000009531 ENSGT00970000194241 ENSGT00940000175928 ENSGT00390000010427.c.s.a ENSGT00940000176177 ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00800000124150 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00940000180190 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000153838.a ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000009531 ENSGT00390000010427.c.s.a ENSGT00940000176177 ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c.c ENSGT00950000182923.C.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000009531 ENSGT00970000194241 ENSGT00390000010427.c.s.a ENSGT00940000176177 ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 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ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000155178 ENSGT00940000153838.a ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000009531 ENSGT00390000010427.c.s.a ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c.c ENSGT00950000182923.C.b Chinese medaka MODERN SPECIES 489 tbx3a (ENSOSIG00000019228) tbx5a (ENSOSIG00000019232) ddx54 (ENSOSIG00000000192) rab14 (ENSOSIG00000000271) ABL1 (ENSOSIG00000000316) exosc2 (ENSOSIG00000000805) RIC1 (ENSOSIG00000000883) ERMP1 (ENSOSIG00000002812) oaz1b 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ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00800000124150 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000156506.b ENSGT00550000075100 ENSGT00940000155178 ENSGT00940000153838.a ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00800000124150 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c Zig-zag eel MODERN SPECIES 3 tbx5a (ENSMAMG00000012799) ddx54 (ENSMAMG00000012784) ENSMAMG00000012750 ENSMAMG00000012709 ENSMAMG00000012627 ENSMAMG00000012491 ENSMAMG00000012466 ENSMAMG00000012458 ENSMAMG00000012395 ENSMAMG00000012373 ENSMAMG00000012172 ENSMAMG00000012098 ENSMAMG00000028079 ENSMAMG00000012047 ENSMAMG00000012033 smad4a (ENSMAMG00000011989) ##22 rfx3 (ENSMAMG00000011935) glis3 (ENSMAMG00000011917) UNC5C (ENSMAMG00000011881) bmpr1bb (ENSMAMG00000011816) pdlim5b (ENSMAMG00000011762) opn4xa (ENSMAMG00000011749) gdnfa (ENSMAMG00000011729) ENSMAMG00000011715 ENSMAMG00000027403 ENSMAMG00000011709 ENSMAMG00000026088 ENSMAMG00000011640 ENSMAMG00000011599 ENSMAMG00000011581 ENSMAMG00000011538 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000156506.b ENSGT00550000075100 ENSGT00940000155178 ENSGT00940000153838.a ENSGT00940000153596.B ENSGT00390000002955 ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00800000124150 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c Climbing perch MODERN SPECIES 3 tbx5a (ENSATEG00000018495) ddx54 (ENSATEG00000018529) ENSATEG00000018600 ENSATEG00000018625 exosc2 (ENSATEG00000018680) ENSATEG00000018719 ENSATEG00000018816 ENSATEG00000018879 ENSATEG00000018932 ENSATEG00000018999 ENSATEG00000019067 ENSATEG00000019247 ENSATEG00000019385 ENSATEG00000019396 ENSATEG00000019411 smad4a (ENSATEG00000019422) ##22 rfx3 (ENSATEG00000019466) glis3 (ENSATEG00000019518) UNC5C (ENSATEG00000019548) bmpr1bb (ENSATEG00000019663) pdlim5b (ENSATEG00000019707) opn4xa (ENSATEG00000019730) gdnfa (ENSATEG00000025610) ENSATEG00000019788 ENSATEG00000019843 ENSATEG00000019850 ENSATEG00000019872 ENSATEG00000019936 ENSATEG00000019984 ENSATEG00000020011 ENSATEG00000020049 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 3 ddx54 (ENSBSLG00000013310) rab14 (ENSBSLG00000012526) ABL1 (ENSBSLG00000012314) exosc2 (ENSBSLG00000012167) RIC1 (ENSBSLG00000011928) ERMP1 (ENSBSLG00000011523) oaz1b (ENSBSLG00000011504) UHRF2 (ENSBSLG00000010819) ENSBSLG00000010326 ENSBSLG00000010301 nup155 (ENSBSLG00000010054) ENSBSLG00000010016 ENSBSLG00000010003 ARVCF (ENSBSLG00000009733) BMP10 (ENSBSLG00000009573) smad4a (ENSBSLG00000009477) ##22 rfx3 (ENSBSLG00000009302) glis3 (ENSBSLG00000009272) UNC5C (ENSBSLG00000007167) bmpr1bb (ENSBSLG00000006648) pdlim5b (ENSBSLG00000006360) opn4xa (ENSBSLG00000005912) gdnfa (ENSBSLG00000005905) WDR70 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ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c Tongue sole MODERN SPECIES 5 RIC1 (ENSCSEG00000016560) ERMP1 (ENSCSEG00000016609) oaz1b (ENSCSEG00000016651) oaz1b (ENSCSEG00000016656) ENSCSEG00000016668 ENSCSEG00000016706 MLANA (ENSCSEG00000016732) ENSCSEG00000016736 ENSCSEG00000016739 ENSCSEG00000016748 nup155 (ENSCSEG00000016754) ENSCSEG00000016790 ENSCSEG00000016795 ARVCF (ENSCSEG00000016810) BMP10 (ENSCSEG00000016823) smad4a (ENSCSEG00000016829) ##22 rfx3 (ENSCSEG00000016846) glis3 (ENSCSEG00000016889) UNC5C (ENSCSEG00000016909) bmpr1bb (ENSCSEG00000016981) ASTN2 (ENSCSEG00000017190) trim32 (ENSCSEG00000017205) ENSCSEG00000017207 brinp1 (ENSCSEG00000017221) ENSCSEG00000017255 ak1 (ENSCSEG00000017279) ENSCSEG00000017290 ENSCSEG00000017292 LHX3 (ENSCSEG00000017295) NACC2 (ENSCSEG00000017316) ENSCSEG00000017366 Turbot MODERN SPECIES 7 ddx54 (ENSSMAG00000003210) ENSSMAG00000003166 ENSSMAG00000003144 exosc2 (ENSSMAG00000003112) ENSSMAG00000003043 ENSSMAG00000003001 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ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c Fugu DUPLICATION Fugu MODERN SPECIES 18 ABL1 (ENSTRUG00000014808) exosc2 (ENSTRUG00000022436) RIC1 (ENSTRUG00000014728) ERMP1 (ENSTRUG00000014672) oaz1b (ENSTRUG00000014651) ENSTRUG00000032035 UHRF2 (ENSTRUG00000014575) ENSTRUG00000023033 ENSTRUG00000022114 ENSTRUG00000014488 nup155 (ENSTRUG00000014297) ENSTRUG00000020119 ENSTRUG00000021607 ARVCF (ENSTRUG00000014229) BMP10 (ENSTRUG00000014185) smad4a (ENSTRUG00000014045) ##22 glis3 (ENSTRUG00000030406) UNC5C (ENSTRUG00000013878) ENSTRUG00000029487 ENSTRUG00000028974 BMP10 (ENSTRUG00000027837) smad4a (ENSTRUG00000032526) ##22 glis3 (ENSTRUG00000019777) bmpr1bb (ENSTRUG00000013761) pdlim5b (ENSTRUG00000013562) opn4xa (ENSTRUG00000013541) gdnfa (ENSTRUG00000013519) WDR70 (ENSTRUG00000013416) ENSTRUG00000031950 git2b (ENSTRUG00000013096) ENSTRUG00000012834 Fugu MODERN SPECIES 18 UHRF2 (ENSTRUG00000014575) ENSTRUG00000023033 ENSTRUG00000022114 ENSTRUG00000014488 nup155 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ENSGT00530000063839 ENSGT00940000166601 ENSGT00390000008296.b.b ENSGT00390000011483 ENSGT00940000175928 ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a ENSGT00950000182993.A.b.e ENSGT00390000015433 ENSGT00800000124150 ENSGT00530000063811.B.b ENSGT00940000155182.a ENSGT00940000156383.b ENSGT00940000156871.p ENSGT00940000156839 ENSGT00390000006265.b.c Stickleback MODERN SPECIES 13 tbx5a (ENSGACG00000016787) ddx54 (ENSGACG00000016793) RAB14 (ENSGACG00000016799) ABL1 (ENSGACG00000016802) exosc2 (ENSGACG00000016805) RIC1 (ENSGACG00000016817) ERMP1 (ENSGACG00000016822) oaz1b (ENSGACG00000016830) ENSGACG00000016831 ENSGACG00000016833 ENSGACG00000016835 nup155 (ENSGACG00000016842) ENSGACG00000016849 ARVCF (ENSGACG00000016852) BMP10 (ENSGACG00000016855) 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(ENSCLMG00005014972) WDR70 (ENSCLMG00005014985) FAM222A (ENSCLMG00005015844) ENSCLMG00005015845 ENSCLMG00005015846 git2b (ENSCLMG00005015872) ENSCLMG00005016138 srsf9 (ENSCLMG00005016142) ENSCLMG00005016156 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT00970000193642 ENSGT00940000165259.a ENSGT00390000007918 ENSGT00390000006320 ENSGT00940000161387 ENSGT00940000155464.a.a ENSGT00390000010427.c ENSGT00390000016532 ENSGT00730000112225 ENSGT00940000158044.b ENSGT00940000157027.n.b ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a ENSGT00940000156279.f ENSGT00940000157435.a.b ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b ENSGT00940000156896 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000155919.b.b ENSGT00940000155292.db.b.b.a ENSGT00940000155292.db.b.b.b ENSGT01100000263502.B.a.b.a Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 407 ENSGT00940000161387.b ENSGT00940000155464.a.a.h ENSGT00390000010427.c.q.b ENSGT00390000016532.k ENSGT00730000112225.e ENSGT00940000158044.b.c ENSGT00940000157027.n.b.b ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a.h ENSGT00940000156279.f.e ENSGT00940000157435.a.b.k ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b.c ENSGT00940000156896.d ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.d ENSGT00940000155919.b.b.b ENSGT00940000155292.db.b.b.b ENSGT01100000263502.B.a.b.a.d ENSGT00950000182993.A.b.e.d ENSGT00390000015433.g.a.a ENSGT00390000004796.d.b ENSGT00390000016767.r.b ENSGT00530000063811.B.b.c ENSGT00940000155182.a.c ENSGT00940000156383.b.a ENSGT00940000156871.p.c ENSGT00940000163530.k.b Huchen MODERN SPECIES 1080 ENSHHUG00000019842 skp2 (ENSHHUG00000019999) ENSHHUG00000020054 RANBP3L (ENSHHUG00000020077) SLC1A3 (ENSHHUG00000020089) ENSHHUG00000020137 ENSHHUG00000020151 nup155 (ENSHHUG00000020176) ENSHHUG00000020744 ENSHHUG00000020776 ARVCF (ENSHHUG00000020789) npffr1l3 (ENSHHUG00000020821) BMP10 (ENSHHUG00000020900) smad4a (ENSHHUG00000020905) ##22 rfx3 (ENSHHUG00000021086) glis3 (ENSHHUG00000021162) ENSHHUG00000021217 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000156466.tb.a.b ENSGT01030000234908.c ENSGT00940000155402.a.b.h ENSGT00390000002096.s.b ENSGT00390000007918.d ENSGT00390000006320.r ENSGT00940000161387.b ENSGT00940000155464.a.a.h ENSGT00390000010427.c.q.b ENSGT00390000016532.k ENSGT00730000112225.e ENSGT00940000158044.b.c ENSGT00940000157027.n.b.b ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a.h ENSGT00940000156279.f.e ENSGT00940000157435.a.b.k ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b.c ENSGT00940000156896.d ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.d ENSGT00940000155919.b.b.b ENSGT00940000155292.db.b.b.b ENSGT01100000263502.B.a.b.a.d ENSGT00950000182993.A.b.e.d ENSGT00390000015433.g.a.a ENSGT00390000004796.d.b ENSGT00390000016767.r.b ENSGT00530000063811.B.b.c ENSGT00940000155182.a.c ENSGT00940000156383.b.a ENSGT00940000156871.p.c ENSGT00940000163530.k.b Salmo ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000156466.tb.a.a.a ENSGT01030000234908.c ENSGT00940000155402.a.b.h ENSGT00390000002096.s.b ENSGT00390000007918.d ENSGT00390000006320.r ENSGT00940000161387.b ENSGT00940000155464.a.a.h ENSGT00390000010427.c.q.b ENSGT00390000016532.k ENSGT00730000112225.e ENSGT00940000158044.b.c ENSGT00940000157027.n.b.b ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a.h ENSGT00940000156279.f.e ENSGT00940000157435.a.b.k ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b.c ENSGT00940000156896.d ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.d ENSGT00940000155919.b.b.b ENSGT00940000155292.db.b.b.b ENSGT01100000263502.B.a.b.a.d ENSGT00950000182993.A.b.e.d ENSGT00390000015433.g.a.a ENSGT00390000004796.d.b ENSGT00390000016767.r.b ENSGT00530000063811.B.b.c ENSGT00940000155182.a.c ENSGT00940000156383.b.a ENSGT00940000156871.p.c ENSGT00940000163530.k.b Atlantic salmon MODERN SPECIES 4 ENSSSAG00000105075 myo5b (ENSSSAG00000069046) ENSSSAG00000068795 SKP2 (ENSSSAG00000068716) NADK2 (ENSSSAG00000068701) RANBP3L (ENSSSAG00000068697) SLC1A3 (ENSSSAG00000068621) ENSSSAG00000068186 ENSSSAG00000063799 ENSSSAG00000107554 ENSSSAG00000095093 ENSSSAG00000100999 ENSSSAG00000063454 npffr1l3 (ENSSSAG00000000750) ENSSSAG00000100713 smad4a (ENSSSAG00000062684) ##22 rfx3 (ENSSSAG00000057457) glis3 (ENSSSAG00000057357) UNC5C (ENSSSAG00000055545) bmpr1bb (ENSSSAG00000054353) pdlim5b (ENSSSAG00000054329) opn4xa (ENSSSAG00000054324) gdnfa (ENSSSAG00000098062) ENSSSAG00000093882 ENSSSAG00000054318 ENSSSAG00000054309 ENSSSAG00000087649 ENSSSAG00000054301 ENSSSAG00000010075 ENSSSAG00000006783 ENSSSAG00000119571 River trout MODERN SPECIES 6 myo5b (ENSSTUG00000020444) ENSSTUG00000020351 skp2 (ENSSTUG00000020264) nadk2 (ENSSTUG00000020232) RANBP3L (ENSSTUG00000020202) SLC1A3 (ENSSTUG00000019871) nup155 (ENSSTUG00000015735) ENSSTUG00000015590 ENSSTUG00000015565 ENSSTUG00000015561 ENSSTUG00000015553 ARVCF (ENSSTUG00000015545) ENSSTUG00000015535 npffr1l3 (ENSSTUG00000015389) BMP10 (ENSSTUG00000015382) smad4a (ENSSTUG00000015304) ##22 rfx3 (ENSSTUG00000014922) glis3 (ENSSTUG00000014854) UNC5C (ENSSTUG00000012118) bmpr1bb (ENSSTUG00000011743) pdlim5b (ENSSTUG00000011721) opn4xa (ENSSTUG00000011711) gdnfa (ENSSTUG00000011702) PGAM5 (ENSSTUG00000011683) ENSSTUG00000011655 FAM222A (ENSSTUG00000011650) ENSSTUG00000011640 git2b (ENSSTUG00000007930) ENSSTUG00000005472 triap1 (ENSSTUG00000005359) srsf9 (ENSSTUG00000005329) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156466.tb.a.b ENSGT01030000234908.c ENSGT00940000155402.a.b.h ENSGT00390000002096.s.b ENSGT00390000007918.d ENSGT00390000006320.r ENSGT00940000161387.b ENSGT00940000155464.a.a.h ENSGT00390000010427.c.q.b ENSGT00390000016532.k ENSGT00730000112225.e ENSGT00940000158044.b.c ENSGT00940000157027.n.b.b ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a.h ENSGT00940000156279.f.e ENSGT00940000157435.a.b.k ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b.c ENSGT00940000156896.d ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.d ENSGT00940000155919.b.b.b ENSGT00940000155292.db.b.b.b ENSGT01100000263502.B.a.b.a.d ENSGT00950000182993.A.b.e.d ENSGT00530000063811.B.b.c ENSGT00940000155182.a.c ENSGT00940000156383.b.a ENSGT00940000156871.p.c ENSGT00940000163530.k.b ENSGT00940000156839.j.a.a.b ENSGT00950000182923.C.b ENSGT00940000160711.h.a Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000156466.tb.a.b ENSGT01030000234908.c ENSGT00940000155402.a.b.h ENSGT00390000002096.s.b ENSGT00390000007918.d ENSGT00390000006320.r ENSGT00940000161387.b ENSGT00940000155464.a.a.h ENSGT00390000010427.c.q.b ENSGT00390000016532.k ENSGT00730000112225.e ENSGT00940000158044.b.c ENSGT00940000157027.n.b.b ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a.h ENSGT00940000156279.f.e ENSGT00940000157435.a.b.k ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b.c ENSGT00940000156896.d ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.d ENSGT00940000155919.b.b.b ENSGT00940000155292.db.b.b.b ENSGT01100000263502.B.a.b.a.d ENSGT00950000182993.A.b.e.d ENSGT00530000063811.B.b.c ENSGT00940000155182.a.c ENSGT00940000156383.b.a ENSGT00940000156871.p.c ENSGT00940000163530.k.b ENSGT00940000156839.j.a.a.b ENSGT00950000182923.C.b ENSGT00940000160711.h.a Coho salmon MODERN SPECIES 26 CAPSL (ENSOKIG00005019987) ENSOKIG00005019996 myo5b (ENSOKIG00005020119) ENSOKIG00005020916 ENSOKIG00005020959 skp2 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ENSGT00390000002096.s.a ENSGT00390000007918.c ENSGT00390000006320.q ENSGT00940000161387.a ENSGT00940000155464.a.a.g ENSGT00390000010427.c.q.a ENSGT00390000016532.j ENSGT00730000112225.f ENSGT00940000158044.b.d ENSGT00940000157027.n.b.a ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a.g ENSGT00940000156279.f.f ENSGT00940000157435.a.b.l ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b.d ENSGT00940000156896.c ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.c ENSGT00940000155919.b.b.a ENSGT00940000155292.db.b.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a.c Atlantic salmon MODERN SPECIES myo5b (ENSSSAG00000009979) cfap53 (ENSSSAG00000068107) ENSSSAG00000068114 ENSSSAG00000068165 SKP2 (ENSSSAG00000069118) NADK2 (ENSSSAG00000069298) RANBP3L (ENSSSAG00000001289) SLC1A3 (ENSSSAG00000000163) ENSSSAG00000000423 ENSSSAG00000089647 ENSSSAG00000000715 ENSSSAG00000083173 ENSSSAG00000000743 npffr1l3 (ENSSSAG00000086335) ENSSSAG00000000757 smad4a (ENSSSAG00000000795) ##22 rfx3 (ENSSSAG00000000897) glis3 (ENSSSAG00000001096) UNC5C (ENSSSAG00000001322) bmpr1bb 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FAM222A (ENSSTUG00000047236) ENSSTUG00000047242 git2b (ENSSTUG00000047303) ENSSTUG00000048062 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00940000155402.a.b.g ENSGT00970000193642 ENSGT00940000165259.a ENSGT00390000002096.s.a ENSGT00390000007918.c ENSGT00390000006320.q ENSGT00940000161387.a ENSGT00940000155464.a.a.g ENSGT00390000010427.c.q.a ENSGT00390000016532.j ENSGT00730000112225.f ENSGT00940000158044.b.d ENSGT00940000157027.n.b.a ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a.g ENSGT00940000156279.f.f ENSGT00940000157435.a.b.l ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b.d ENSGT00940000156896.c ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.c ENSGT00940000155919.b.b.a ENSGT00940000155292.db.b.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a.c Rainbow trout MODERN SPECIES 26 cfap53 (ENSOMYG00000029500) ENSOMYG00000054485 ENSOMYG00000029474 ENSOMYG00000061263 ENSOMYG00000029426 SKP2 (ENSOMYG00000029285) ENSOMYG00000029237 ENSOMYG00000058433 SLC1A3 (ENSOMYG00000029087) ENSOMYG00000028750 ENSOMYG00000027761 ENSOMYG00000027345 ENSOMYG00000027312 npffr1l3 (ENSOMYG00000064507) ENSOMYG00000056672 smad4a (ENSOMYG00000027201) ##22 rfx3 (ENSOMYG00000025811) glis3 (ENSOMYG00000025428) UNC5C (ENSOMYG00000024830) bmpr1bb (ENSOMYG00000024378) ENSOMYG00000052908 pdlim5b (ENSOMYG00000024242) ENSOMYG00000071736 opn4xa (ENSOMYG00000024137) EGFLAM (ENSOMYG00000024067) gdnfa (ENSOMYG00000023974) ENSOMYG00000053593 WDR70 (ENSOMYG00000044352) ENSOMYG00000044341 ENSOMYG00000044335 ENSOMYG00000044332 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 74 ENSGT00940000155402.a.b.g ENSGT00970000193642 ENSGT00940000165259.a ENSGT00390000002096.s.a ENSGT00390000007918.c ENSGT00390000006320.q ENSGT00940000161387.a ENSGT00940000155464.a.a.g ENSGT00390000010427.c.q.a ENSGT00390000016532.j ENSGT00730000112225.f ENSGT00940000158044.b.d ENSGT00940000157027.n.b.a ENSGT01070000253744.b.a.a.a.a.g ENSGT00940000156279.f.f ENSGT00940000157435.a.b.l ##22 ENSGT01050000244879.a.a.b.d ENSGT00940000156896.c ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.c.c ENSGT00940000155919.b.b.a ENSGT00940000155292.db.b.b.a ENSGT01100000263502.B.a.b.a.c Chinook salmon MODERN SPECIES 12 myo5b (ENSOTSG00005043022) cfap53 (ENSOTSG00005043016) ENSOTSG00005043015 ENSOTSG00005043012 skp2 (ENSOTSG00005043011) nadk2 (ENSOTSG00005043007) RANBP3L (ENSOTSG00005043005) SLC1A3 (ENSOTSG00005042980) ENSOTSG00005042935 nup155 (ENSOTSG00005042895) ENSOTSG00005042889 ENSOTSG00005042888 ARVCF (ENSOTSG00005042886) npffr1l3 (ENSOTSG00005042744) BMP10 (ENSOTSG00005042742) smad4a (ENSOTSG00005042678) ##22 rfx3 (ENSOTSG00005042621) glis3 (ENSOTSG00005042613) UNC5C (ENSOTSG00005038352) bmpr1bb (ENSOTSG00005038334) pdlim5b (ENSOTSG00005038329) opn4xa (ENSOTSG00005038325) EGFLAM (ENSOTSG00005038318) gdnfa (ENSOTSG00005038314) WDR70 (ENSOTSG00005038161) ENSOTSG00005038158 PGAM5 (ENSOTSG00005038156) ENSOTSG00005038153 FAM222A (ENSOTSG00005038150) git2b (ENSOTSG00005037644) ENSOTSG00005037265 Coho salmon MODERN SPECIES 15 ENSOKIG00005019223 myo5b (ENSOKIG00005019261) cfap53 (ENSOKIG00005019831) ENSOKIG00005019847 ENSOKIG00005019937 NADK2 (ENSOKIG00005020080) ENSOKIG00005020130 SLC1A3 (ENSOKIG00005020166) ENSOKIG00005020398 nup155 (ENSOKIG00005020587) ENSOKIG00005020783 ENSOKIG00005020799 ARVCF (ENSOKIG00005020840) npffr1l3 (ENSOKIG00005021089) BMP10 (ENSOKIG00005021094) smad4a (ENSOKIG00005021114) ##22 rfx3 (ENSOKIG00005021336) glis3 (ENSOKIG00005022187) UNC5C (ENSOKIG00005022294) bmpr1bb (ENSOKIG00005024956) pdlim5b (ENSOKIG00005025261) ENSOKIG00005025319 opn4xa (ENSOKIG00005025331) EGFLAM (ENSOKIG00005025368) gdnfa (ENSOKIG00005025394) WDR70 (ENSOKIG00005025420) ENSOKIG00005025511 PGAM5 (ENSOKIG00005025522) ANKLE2 (ENSOKIG00005025533) FAM222A (ENSOKIG00005025590) ENSOKIG00005025600 Northern pike MODERN SPECIES 13 cfap53 (ENSELUG00000024017) ENSELUG00000023982 ENSELUG00000034220 ENSELUG00000023909 skp2 (ENSELUG00000023797) nadk2 (ENSELUG00000023791) RANBP3L (ENSELUG00000023720) SLC1A3 (ENSELUG00000023711) ENSELUG00000023664 nup155 (ENSELUG00000023540) ENSELUG00000023445 ENSELUG00000023427 ARVCF (ENSELUG00000023403) npffr1l3 (ENSELUG00000023384) BMP10 (ENSELUG00000023371) smad4a (ENSELUG00000023358) ##22 rfx3 (ENSELUG00000023330) glis3 (ENSELUG00000023233) UNC5C (ENSELUG00000023194) bmpr1bb (ENSELUG00000023104) pdlim5b (ENSELUG00000023053) opn4xa (ENSELUG00000022879) gdnfa (ENSELUG00000022651) WDR70 (ENSELUG00000022635) ENSELUG00000034272 ENSELUG00000022587 ENSELUG00000030270 PGAM5 (ENSELUG00000022185) ENSELUG00000022120 ENSELUG00000022033 FAM222A (ENSELUG00000022046) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Mummichog MODERN SPECIES 254 rmi1 (ENSFHEG00000022124) hnrnpk (ENSFHEG00000022225) zgc:136564 (ENSFHEG00000022251) ENSFHEG00000022255 ENSFHEG00000022270 ENSFHEG00000022283 gkap1 (ENSFHEG00000022319) UBQLN1 (ENSFHEG00000022332) IDNK (ENSFHEG00000022351) FRMD3 (ENSFHEG00000022410) ENSFHEG00000022420 RASEF (ENSFHEG00000022470) #19 ENSFHEG00000000557 #20 ENSFHEG00000022637 ##22 ENSFHEG00000022648 mex3b (ENSFHEG00000022740) tmed7 (ENSFHEG00000022688) #10 fem1c (ENSFHEG00000022772) #9 ENSFHEG00000022782 pggt1b (ENSFHEG00000022817) #8 trim36 (ENSFHEG00000022883) #7 CCSER1 (ENSFHEG00000022919) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Characoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435.b ##22 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 1935 me2 (ENSPNAG00000028790) elac1 (ENSPNAG00000028826) ENSPNAG00000028869 ##22 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 95 ENSGT00390000018226 #11 ENSGT00940000158463 #10 ENSGT00940000158626 #9 ENSGT00940000167760 ENSGT00950000183128.A #8 ENSGT00940000158373 #7 ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252.d.b ENSGT00940000164067.C ENSGT00940000164634 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00390000001063 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000155919.b.a ENSGT00940000155292.db.a ENSGT01100000263502.B.a.b.b ENSGT00940000158504.x ENSGT00950000182993.A.b.d ENSGT00390000010427.c.n ENSGT00940000155464.a.a ENSGT00390000008160 ENSGT00940000165259.b ENSGT00940000155776.b P. kingsleyae MODERN SPECIES 31 fem1c (ENSPKIG00000017443) #9 ENSPKIG00000017406 ENSPKIG00000017385 pggt1b (ENSPKIG00000017342) #8 trim36 (ENSPKIG00000017252) #7 CCSER1 (ENSPKIG00000017203) ENSPKIG00000017187 grid2 (ENSPKIG00000017114) atoh1a (ENSPKIG00000017085) smarcad1b (ENSPKIG00000017048) prf1.5 (ENSPKIG00000017028) tspan36 (ENSPKIG00000017013) mapk4 (ENSPKIG00000016973) me2 (ENSPKIG00000016910) elac1 (ENSPKIG00000016890) smad4a (ENSPKIG00000016848) #22 MEX3C (ENSPKIG00000016813) ENSPKIG00000016792 UNC5C (ENSPKIG00000016704) bmpr1ba (ENSPKIG00000016623) ENSPKIG00000016598 pdlim5a (ENSPKIG00000016511) ENSPKIG00000016459 EGFLAM (ENSPKIG00000016426) GDNF (ENSPKIG00000016387) nipbla (ENSPKIG00000016200) slc1a3b (ENSPKIG00000016130) spef2 (ENSPKIG00000016017) lifra (ENSPKIG00000015938) ENSPKIG00000015907 RICTOR (ENSPKIG00000015844) Asian bonytongue MODERN SPECIES 8 cdo1 (ENSSFOG00015031113) #11 tmed7 (ENSSFOG00015021056) #10 fem1c (ENSSFOG00015028315) #9 ENSSFOG00015021045 pggt1b (ENSSFOG00015030561) #8 trim36 (ENSSFOG00015021007) #7 CCSER1 (ENSSFOG00015020980) grid2 (ENSSFOG00015020956) atoh1a (ENSSFOG00015020942) SMARCAD1 (ENSSFOG00015020909) prf1.5 (ENSSFOG00015020893) tspan36 (ENSSFOG00015020874) mapk4 (ENSSFOG00015020862) me2 (ENSSFOG00015020794) elac1 (ENSSFOG00015020776) smad4a (ENSSFOG00015020724) #22 MEX3C (ENSSFOG00015025525) STPG2 (ENSSFOG00015020690) UNC5C (ENSSFOG00015020612) bmpr1ba (ENSSFOG00015020581) pdlim5a (ENSSFOG00015020504) opn4xb (ENSSFOG00015020650) EGFLAM (ENSSFOG00015020285) GDNF (ENSSFOG00015020253) nipbla (ENSSFOG00015019926) SLC1A3 (ENSSFOG00015019824) spef2 (ENSSFOG00015019714) lifra (ENSSFOG00015019675) ENSSFOG00015019630 RICTOR (ENSSFOG00015019570) ENSSFOG00015019549 Spotted gar MODERN SPECIES 658 RANBP3L (ENSLOCG00000012736) nadk2 (ENSLOCG00000012738) skp2 (ENSLOCG00000012750) lmbrd2a (ENSLOCG00000012758) UGT3A2 (ENSLOCG00000012773) capslb (ENSLOCG00000012779) ENSLOCG00000012782 spef2 (ENSLOCG00000012789) myo5b (ENSLOCG00000012796) cfap53 (ENSLOCG00000012829) tspan36 (ENSLOCG00000012836) ska1 (ENSLOCG00000012846) mapk4 (ENSLOCG00000012850) me2 (ENSLOCG00000012857) elac1 (ENSLOCG00000012870) smad4a (ENSLOCG00000012872) #22 MEX3C (ENSLOCG00000012879) CCSER1 (ENSLOCG00000012882) ENSLOCG00000012889 grid2 (ENSLOCG00000012893) atoh1a (ENSLOCG00000017552) smarcad1a (ENSLOCG00000012909) HPGDS (ENSLOCG00000012916) opn4xa (ENSLOCG00000012921) pdlim5b (ENSLOCG00000012933) bmpr1bb (ENSLOCG00000012942) UNC5C (ENSLOCG00000012954) ENSLOCG00000012957 ENSLOCG00000012961 ENSLOCG00000012963 glis3 (ENSLOCG00000012972) Reedfish MODERN SPECIES 13 slc26a1 (ENSECRG00000001008) IDUA (ENSECRG00000004353) rbp4l (ENSECRG00000004338) PDE6B (ENSECRG00000004315) atp5mea (ENSECRG00000004305) hspb9l (ENSECRG00000004300) lipg (ENSECRG00000004286) MYO5B (ENSECRG00000004269) cfap53 (ENSECRG00000004249) tspan36 (ENSECRG00000004238) ENSECRG00000004226 MAPK4 (ENSECRG00000004217) MAPK4 (ENSECRG00000004206) me2 (ENSECRG00000004188) elac1 (ENSECRG00000004177) smad4a (ENSECRG00000004156) #22 MEX3C (ENSECRG00000004141) dcc (ENSECRG00000004113) MBD2 (ENSECRG00000004098) poli (ENSECRG00000004087) STARD6 (ENSECRG00000004077) C18orf54 (ENSECRG00000004065) wdr91 (ENSECRG00000003974) RAB27B (ENSECRG00000003908) ENSECRG00000003876 TCF4 (ENSECRG00000003811) txnl1 (ENSECRG00000003762) NARS1 (ENSECRG00000003734) fech (ENSECRG00000003700) ONECUT2 (ENSECRG00000003685) st8sia3 (ENSECRG00000003676) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 68 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.b ENSGT00940000170114 ENSGT00950000183010.a.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT01050000245095 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Coelacanth MODERN SPECIES 2371 ENSLACG00000008214 #22 MEX3C (ENSLACG00000007331) ENSLACG00000006101 ENSLACG00000005101 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT01050000245095 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Anura ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170.h ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 Frog MODERN SPECIES ENSXETG00000043434 ENSXETG00000047222 ENSXETG00000045471 dcc (ENSXETG00000030451) ENSXETG00000040910 ENSXETG00000047581 ENSXETG00000046887 mex3c (ENSXETG00000022367) tspan36 (ENSXETG00000022371) baat (ENSXETG00000022374) ENSXETG00000022361 mapk4 (ENSXETG00000038723) ska1 (ENSXETG00000008946) me2 (ENSXETG00000022388) elac1 (ENSXETG00000027126) smad4 (ENSXETG00000022355) #22 lipg (ENSXETG00000022391) ENSXETG00000048479 acaa2 (ENSXETG00000020333) myo5b (ENSXETG00000020323) ENSXETG00000047825 ENSXETG00000047713 tor4a (ENSXETG00000020322) ctif (ENSXETG00000026836) smad7 (ENSXETG00000020317) dym (ENSXETG00000020310) c18orf32 (ENSXETG00000026840) rpl17 (ENSXETG00000020308) zbtb7c (ENSXETG00000035017) smad2 (ENSXETG00000020292) ENSXETG00000045677 Leishan spiny toad MODERN SPECIES C18orf25 (ENSLLEG00000004107) FDX2 (ENSLLEG00000004099) HAUS1 (ENSLLEG00000004094) ENSLLEG00000004037 ENSLLEG00000004000 ENSLLEG00000003997 ENSLLEG00000003993 ENSLLEG00000003987 ENSLLEG00000003982 ENSLLEG00000003977 ENSLLEG00000003962 ENSLLEG00000003945 ENSLLEG00000003937 ENSLLEG00000003929 ELAC1 (ENSLLEG00000003924) SMAD4 (ENSLLEG00000003914) #22 MEX3C (ENSLLEG00000003904) ENSLLEG00000003895 ENSLLEG00000003891 DCC (ENSLLEG00000003760) ENSLLEG00000003708 ENSLLEG00000003702 ENSLLEG00000003694 ENSLLEG00000003682 ENSLLEG00000003677 RAB27B (ENSLLEG00000003668) ENSLLEG00000003645 MBD2 (ENSLLEG00000003622) POLI (ENSLLEG00000003568) ENSLLEG00000003547 ENSLLEG00000003538 Amniota ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT01050000245095 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Mammalia ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 Theria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01070000254624 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b 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ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 Primates ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 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ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b.o ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170.e ENSGT00940000155301 ENSGT00940000154979.s.b.a ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Vervet Monkey MODERN SPECIES 9 DYM (ENSCSAG00000018028) C18orf32 (ENSCSAG00000018029) LIPG (ENSCSAG00000018043) ACAA2 (ENSCSAG00000018054) MYO5B (ENSCSAG00000018060) CFAP53 (ENSCSAG00000018065) MBD1 (ENSCSAG00000018070) CXXC1 (ENSCSAG00000018072) SKA1 (ENSCSAG00000018076) ENSCSAG00000018568 MAPK4 (ENSCSAG00000018078) MRO (ENSCSAG00000018082) ME2 (ENSCSAG00000018086) ELAC1 (ENSCSAG00000018090) ENSCSAG00000018091 SMAD4 (ENSCSAG00000018094) #22 MEX3C (ENSCSAG00000018097) DCC (ENSCSAG00000018101) MBD2 (ENSCSAG00000018106) POLI (ENSCSAG00000018108) STARD6 (ENSCSAG00000018111) C18orf54 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ENSGT01030000234535.E Macaca ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT01020000230346.E.s.b.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b.o ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183541 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170.e ENSGT00940000155301 ENSGT00940000154979.s.b.a ENSGT01030000234535.E Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.a.b.a.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000155478.r ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00390000004856.w.a.a.b.b.a.b.b.a.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b.o ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183541 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170.e ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Rhesus MODERN SPECIES 9 LIPG (ENSMMUG00000019054) ACAA2 (ENSMMUG00000003040) ENSMMUG00000064909 MYO5B (ENSMMUG00000003041) ENSMMUG00000052620 ENSMMUG00000064957 MBD1 (ENSMMUG00000009050) CXXC1 (ENSMMUG00000009051) ENSMMUG00000049659 SKA1 (ENSMMUG00000000719) ENSMMUG00000063161 MAPK4 (ENSMMUG00000017290) MRO (ENSMMUG00000022472) ME2 (ENSMMUG00000022001) ELAC1 (ENSMMUG00000003127) SMAD4 (ENSMMUG00000018334) #22 MEX3C (ENSMMUG00000023652) ENSMMUG00000055836 ENSMMUG00000050881 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C18orf54 (ENSMFAG00000038588) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 155 DYM (ENSMNEG00000030545) C18orf32 (ENSMNEG00000037414) ENSMNEG00000035945 LIPG (ENSMNEG00000043610) ACAA2 (ENSMNEG00000037789) MYO5B (ENSMNEG00000033529) CFAP53 (ENSMNEG00000015915) MBD1 (ENSMNEG00000038822) CXXC1 (ENSMNEG00000028715) SKA1 (ENSMNEG00000029687) MAPK4 (ENSMNEG00000038618) ENSMNEG00000000269 MRO (ENSMNEG00000033026) ME2 (ENSMNEG00000034912) ELAC1 (ENSMNEG00000034310) SMAD4 (ENSMNEG00000030827) #22 MEX3C (ENSMNEG00000037450) DCC (ENSMNEG00000044541) MBD2 (ENSMNEG00000028536) POLI (ENSMNEG00000041620) STARD6 (ENSMNEG00000034811) C18orf54 (ENSMNEG00000004827) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b.o ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183541 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170.e ENSGT00940000155301 ENSGT00940000154979.s.b.a ENSGT01030000234535.E Olive baboon MODERN SPECIES 10 SMAD7 (ENSPANG00000025519) ENSPANG00000046129 ENSPANG00000037588 C18orf32 (ENSPANG00000040941) ENSPANG00000031295 LIPG (ENSPANG00000024235) ACAA2 (ENSPANG00000002878) MYO5B (ENSPANG00000022089) MBD1 (ENSPANG00000010867) CXXC1 (ENSPANG00000009435) SKA1 (ENSPANG00000030336) MAPK4 (ENSPANG00000009483) MRO (ENSPANG00000011894) ME2 (ENSPANG00000016868) ELAC1 (ENSPANG00000026392) SMAD4 (ENSPANG00000024703) #22 MEX3C (ENSPANG00000006226) DCC (ENSPANG00000006451) ENSPANG00000037100 ENSPANG00000045144 ENSPANG00000043603 MBD2 (ENSPANG00000021858) ENSPANG00000051300 POLI (ENSPANG00000006450) STARD6 (ENSPANG00000032987) C18orf54 (ENSPANG00000007505) DYNAP (ENSPANG00000017680) RAB27B (ENSPANG00000003498) CCDC68 (ENSPANG00000007435) TCF4 (ENSPANG00000009840) TXNL1 (ENSPANG00000005885) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT01020000230346.E.s.b.b ENSGT00390000004856.w.a.a.b.b.a.b.b.a.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b.o ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 Sooty mangabey MODERN SPECIES 190 ENSCATG00000037257 ENSCATG00000043658 LIPG (ENSCATG00000033603) ACAA2 (ENSCATG00000031450) MYO5B (ENSCATG00000038137) CFAP53 (ENSCATG00000026928) MBD1 (ENSCATG00000029959) CXXC1 (ENSCATG00000035708) SKA1 (ENSCATG00000039979) ENSCATG00000033940 ENSCATG00000017689 MAPK4 (ENSCATG00000016401) MRO (ENSCATG00000041212) ME2 (ENSCATG00000034688) ELAC1 (ENSCATG00000036385) SMAD4 (ENSCATG00000041132) #22 MEX3C (ENSCATG00000031557) DCC (ENSCATG00000021673) MBD2 (ENSCATG00000040536) POLI (ENSCATG00000033055) STARD6 (ENSCATG00000031540) C18orf54 (ENSCATG00000032627) Drill MODERN SPECIES 1607 C18orf32 (ENSMLEG00000042407) RPL17 (ENSMLEG00000041470) LIPG (ENSMLEG00000028146) ACAA2 (ENSMLEG00000035935) MYO5B (ENSMLEG00000030497) CFAP53 (ENSMLEG00000010151) MBD1 (ENSMLEG00000043121) CXXC1 (ENSMLEG00000032181) SKA1 (ENSMLEG00000030498) ENSMLEG00000026616 ENSMLEG00000039079 MAPK4 (ENSMLEG00000031017) MRO (ENSMLEG00000038700) ME2 (ENSMLEG00000041492) ELAC1 (ENSMLEG00000042560) SMAD4 (ENSMLEG00000027611) #22 MEX3C (ENSMLEG00000040189) ENSMLEG00000012613 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 609 ENSGT01020000230346.E.s.b.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b.o ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1992 ENSRROG00000036967 MAPK4 (ENSRROG00000031312) MRO (ENSRROG00000040125) ME2 (ENSRROG00000029659) ELAC1 (ENSRROG00000037616) SMAD4 (ENSRROG00000044703) #22 MEX3C (ENSRROG00000035366) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 582 MAPK4 (ENSRBIG00000009096) ENSRBIG00000040428 MRO (ENSRBIG00000028169) ME2 (ENSRBIG00000027785) ELAC1 (ENSRBIG00000042639) SMAD4 (ENSRBIG00000033412) #22 MEX3C (ENSRBIG00000034716) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654.c ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000154430.e.a ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301.t ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Cebidae ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000018741.`b.a ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT00390000018741.ab ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654.c ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000154430.e.a ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301.t ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Marmoset MODERN SPECIES 4 ENSCJAG00000004779 LIPG (ENSCJAG00000004803) ENSCJAG00000078071 ENSCJAG00000073947 ACAA2 (ENSCJAG00000004820) MYO5B (ENSCJAG00000004857) CFAP53 (ENSCJAG00000004928) MBD1 (ENSCJAG00000004959) ENSCJAG00000005044 SKA1 (ENSCJAG00000084830) ENSCJAG00000086150 MAPK4 (ENSCJAG00000001974) ME2 (ENSCJAG00000001929) MRO (ENSCJAG00000041277) ELAC1 (ENSCJAG00000001925) SMAD4 (ENSCJAG00000001910) #22 MEX3C (ENSCJAG00000072158) ENSCJAG00000084840 DCC (ENSCJAG00000001868) MBD2 (ENSCJAG00000040234) POLI (ENSCJAG00000001851) ENSCJAG00000070038 ENSCJAG00000034626 C18orf54 (ENSCJAG00000001841) ENSCJAG00000086244 DYNAP (ENSCJAG00000004179) RAB27B (ENSCJAG00000004175) CCDC68 (ENSCJAG00000004164) ENSCJAG00000086874 TCF4 (ENSCJAG00000004038) TXNL1 (ENSCJAG00000004012) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000018741.`b.a ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT00390000018741.ab ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654.c ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000154430.e.a ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301.t ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Capuchin MODERN SPECIES 60 DYM (ENSCCAG00000032314) ENSCCAG00000023815 RPL17 (ENSCCAG00000024026) LIPG (ENSCCAG00000023643) ENSCCAG00000001466 ACAA2 (ENSCCAG00000026857) MYO5B (ENSCCAG00000027793) CFAP53 (ENSCCAG00000037510) MBD1 (ENSCCAG00000034600) CXXC1 (ENSCCAG00000013415) SKA1 (ENSCCAG00000011220) MAPK4 (ENSCCAG00000030009) MRO (ENSCCAG00000035093) ME2 (ENSCCAG00000033776) ELAC1 (ENSCCAG00000035586) SMAD4 (ENSCCAG00000033380) #22 MEX3C (ENSCCAG00000034228) ENSCCAG00000015175 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 58 DYM (ENSSBOG00000031374) C18orf32 (ENSSBOG00000027273) ENSSBOG00000026485 LIPG (ENSSBOG00000017170) ENSSBOG00000034832 ACAA2 (ENSSBOG00000029056) MYO5B (ENSSBOG00000024887) MBD1 (ENSSBOG00000027169) CXXC1 (ENSSBOG00000020380) ENSSBOG00000029260 MAPK4 (ENSSBOG00000034699) MRO (ENSSBOG00000029231) ENSSBOG00000032219 ME2 (ENSSBOG00000021989) ELAC1 (ENSSBOG00000019881) SMAD4 (ENSSBOG00000029676) #22 MEX3C (ENSSBOG00000024094) ENSSBOG00000025727 ENSSBOG00000017363 ENSSBOG00000032319 DCC (ENSSBOG00000032419) MBD2 (ENSSBOG00000011611) POLI (ENSSBOG00000025500) ENSSBOG00000025779 STARD6 (ENSSBOG00000020117) C18orf54 (ENSSBOG00000026155) DYNAP (ENSSBOG00000032272) RAB27B (ENSSBOG00000032536) CCDC68 (ENSSBOG00000036015) TCF4 (ENSSBOG00000021853) TXNL1 (ENSSBOG00000028008) Mas night monkey MODERN SPECIES 714 ENSANAG00000031776 MRO (ENSANAG00000033105) ME2 (ENSANAG00000024499) ELAC1 (ENSANAG00000035626) SMAD4 (ENSANAG00000025293) #22 MEX3C (ENSANAG00000031189) ENSANAG00000020330 DCC (ENSANAG00000025332) MBD2 (ENSANAG00000030070) POLI (ENSANAG00000024794) STARD6 (ENSANAG00000025071) C18orf54 (ENSANAG00000027978) DYNAP (ENSANAG00000027647) ENSANAG00000019712 RAB27B (ENSANAG00000025096) CCDC68 (ENSANAG00000025839) TCF4 (ENSANAG00000031962) Tarsier MODERN SPECIES 3872 MAP4K4 (ENSTSYG00000005595) ELAC1 (ENSTSYG00000005985) SMAD4 (ENSTSYG00000009792) #22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741.s ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E Bushbaby MODERN SPECIES 127 CTIF (ENSOGAG00000013927) SMAD7 (ENSOGAG00000013932) DYM (ENSOGAG00000013935) ENSOGAG00000029213 LIPG (ENSOGAG00000016524) ACAA2 (ENSOGAG00000016527) MYO5B (ENSOGAG00000016529) ENSOGAG00000003781 MBD1 (ENSOGAG00000003784) CXXC1 (ENSOGAG00000033715) SKA1 (ENSOGAG00000016657) MAPK4 (ENSOGAG00000016663) MRO (ENSOGAG00000016668) ME2 (ENSOGAG00000010482) ELAC1 (ENSOGAG00000012076) SMAD4 (ENSOGAG00000012081) #22 MEX3C (ENSOGAG00000030858) DCC (ENSOGAG00000010546) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741.s ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654.e ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 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SPECIES 512 CFAP53 (ENSPCOG00000018350) MBD1 (ENSPCOG00000012450) CXXC1 (ENSPCOG00000019730) ENSPCOG00000014158 MAPK4 (ENSPCOG00000023971) MRO (ENSPCOG00000027267) ME2 (ENSPCOG00000021599) ELAC1 (ENSPCOG00000026213) SMAD4 (ENSPCOG00000024716) #22 MEX3C (ENSPCOG00000027054) ENSPCOG00000026622 MBD2 (ENSPCOG00000013359) POLI (ENSPCOG00000022543) STARD6 (ENSPCOG00000014244) C18orf54 (ENSPCOG00000020877) DYNAP (ENSPCOG00000026854) RAB27B (ENSPCOG00000011474) CCDC68 (ENSPCOG00000014000) TCF4 (ENSPCOG00000019229) ENSPCOG00000015466 TXNL1 (ENSPCOG00000014144) WDR7 (ENSPCOG00000024980) ST8SIA3 (ENSPCOG00000016338) ONECUT2 (ENSPCOG00000022214) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 606 SMAD7 (ENSPSMG00000018729) DYM (ENSPSMG00000018799) ENSPSMG00000018846 ENSPSMG00000018857 LIPG (ENSPSMG00000018901) ACAA2 (ENSPSMG00000018945) MYO5B (ENSPSMG00000019098) CFAP53 (ENSPSMG00000019120) MBD1 (ENSPSMG00000019377) CXXC1 (ENSPSMG00000019839) SKA1 (ENSPSMG00000019864) MAPK4 (ENSPSMG00000019888) MRO 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ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000263809 ENSGT00950000183005.a.a 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SPECIES 10 SMAD7 (ENSMMMG00000006202) DYM (ENSMMMG00000006170) C18orf32 (ENSMMMG00000006157) ENSMMMG00000006135 LIPG (ENSMMMG00000006111) ACAA2 (ENSMMMG00000006091) MYO5B (ENSMMMG00000005915) CFAP53 (ENSMMMG00000005890) MBD1 (ENSMMMG00000005802) CXXC1 (ENSMMMG00000005766) SKA1 (ENSMMMG00000005747) MAPK4 (ENSMMMG00000005718) MRO (ENSMMMG00000005705) ME2 (ENSMMMG00000005680) ELAC1 (ENSMMMG00000005660) SMAD4 (ENSMMMG00000005628) #22 MEX3C (ENSMMMG00000005613) DCC (ENSMMMG00000005526) ENSMMMG00000005475 MBD2 (ENSMMMG00000005285) POLI (ENSMMMG00000005242) STARD6 (ENSMMMG00000005217) C18orf54 (ENSMMMG00000005170) ENSMMMG00000005165 RAB27B (ENSMMMG00000005138) CCDC68 (ENSMMMG00000005084) TCF4 (ENSMMMG00000004681) ENSMMMG00000004624 TXNL1 (ENSMMMG00000004568) WDR7 (ENSMMMG00000004539) ST8SIA3 (ENSMMMG00000004494) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788.c ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 126 DYM (ENSUPAG00010015792) C18orf32 (ENSUPAG00010015774) ENSUPAG00010015756 LIPG (ENSUPAG00010015731) ACAA2 (ENSUPAG00010015705) MYO5B (ENSUPAG00010015539) CFAP53 (ENSUPAG00010015532) MBD1 (ENSUPAG00010015449) CXXC1 (ENSUPAG00010015403) SKA1 (ENSUPAG00010015379) MAPK4 (ENSUPAG00010015372) ENSUPAG00010015363 MRO (ENSUPAG00010015355) ME2 (ENSUPAG00010015322) ELAC1 (ENSUPAG00010015318) SMAD4 (ENSUPAG00010015300) #22 MEX3C (ENSUPAG00010015295) Squirrel MODERN SPECIES 97 SMAD7 (ENSSTOG00000020985) DYM (ENSSTOG00000021838) C18orf32 (ENSSTOG00000024071) ENSSTOG00000005193 LIPG (ENSSTOG00000016012) ACAA2 (ENSSTOG00000020792) MYO5B (ENSSTOG00000019663) CFAP53 (ENSSTOG00000007769) MBD1 (ENSSTOG00000007780) CXXC1 (ENSSTOG00000029092) SKA1 (ENSSTOG00000003367) MAPK4 (ENSSTOG00000022822) MRO (ENSSTOG00000009940) ME2 (ENSSTOG00000027218) ELAC1 (ENSSTOG00000010591) SMAD4 (ENSSTOG00000028580) #22 MEX3C (ENSSTOG00000022325) DCC (ENSSTOG00000003557) MBD2 (ENSSTOG00000011253) POLI (ENSSTOG00000004392) STARD6 (ENSSTOG00000004409) C18orf54 (ENSSTOG00000010907) ENSSTOG00000032190 RAB27B (ENSSTOG00000003409) CCDC68 (ENSSTOG00000003417) TCF4 (ENSSTOG00000005134) TXNL1 (ENSSTOG00000000075) WDR7 (ENSSTOG00000012129) ST8SIA3 (ENSSTOG00000012260) ONECUT2 (ENSSTOG00000020775) FECH (ENSSTOG00000002138) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 4 SMAD7 (ENSSVLG00005019787) DYM (ENSSVLG00005019977) ENSSVLG00005020326 ENSSVLG00005020364 LIPG (ENSSVLG00005020493) ACAA2 (ENSSVLG00005020577) MYO5B (ENSSVLG00005020740) CFAP53 (ENSSVLG00005021141) ENSSVLG00005021347 CXXC1 (ENSSVLG00005021998) SKA1 (ENSSVLG00005022508) MAPK4 (ENSSVLG00005022625) MRO (ENSSVLG00005022669) ENSSVLG00005022892 ELAC1 (ENSSVLG00005023532) SMAD4 (ENSSVLG00005023577) #22 ENSSVLG00005023623 DCC (ENSSVLG00005023748) ENSSVLG00005024226 MBD2 (ENSSVLG00005024263) POLI (ENSSVLG00005024347) STARD6 (ENSSVLG00005024449) ENSSVLG00005024483 ENSSVLG00005024579 RAB27B (ENSSVLG00005024625) CCDC68 (ENSSVLG00005024659) TCF4 (ENSSVLG00005024848) ENSSVLG00005024898 TXNL1 (ENSSVLG00005024925) WDR7 (ENSSVLG00005025038) ST8SIA3 (ENSSVLG00005025139) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000263809 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Muroidea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000263809 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000263809 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000263809 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 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POLI (ENSCHYG00000025478) STARD6 (ENSCHYG00000025439) C18orf54 (ENSCHYG00000025339) ENSCHYG00000025310 ENSCHYG00000025287 RAB27B (ENSCHYG00000025256) CCDC68 (ENSCHYG00000025233) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E Bovidae ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E Caprinae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642.b ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E Goat MODERN SPECIES 16 ENSCHIG00000004940 C18orf32 (ENSCHIG00000021354) ENSCHIG00000011677 LIPG (ENSCHIG00000015994) ENSCHIG00000003894 ACAA2 (ENSCHIG00000024466) MYO5B (ENSCHIG00000016585) CFAP53 (ENSCHIG00000001175) MBD1 (ENSCHIG00000021134) CXXC1 (ENSCHIG00000014305) SKA1 (ENSCHIG00000014694) MAPK4 (ENSCHIG00000013396) ENSCHIG00000016460 ME2 (ENSCHIG00000001144) ELAC1 (ENSCHIG00000014278) SMAD4 (ENSCHIG00000019181) #22 MEX3C (ENSCHIG00000017962) DCC (ENSCHIG00000025162) ENSCHIG00000019871 MBD2 (ENSCHIG00000011602) POLI (ENSCHIG00000020002) STARD6 (ENSCHIG00000015688) C18orf54 (ENSCHIG00000022200) ENSCHIG00000015134 ENSCHIG00000009672 RAB27B (ENSCHIG00000016115) CCDC68 (ENSCHIG00000011317) TCF4 (ENSCHIG00000019406) ENSCHIG00000012821 TXNL1 (ENSCHIG00000021510) WDR7 (ENSCHIG00000002769) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 15 CTIF (ENSOARG00020010822) SMAD7 (ENSOARG00020010974) DYM (ENSOARG00020011069) ENSOARG00020011257 C18orf32 (ENSOARG00020011289) RPL17 (ENSOARG00020011339) LIPG (ENSOARG00020011622) ACAA2 (ENSOARG00020011796) MYO5B (ENSOARG00020012171) ENSOARG00020013652 SKA1 (ENSOARG00020015277) MAPK4 (ENSOARG00020015369) MRO (ENSOARG00020015446) ME2 (ENSOARG00020015563) ELAC1 (ENSOARG00020015975) SMAD4 (ENSOARG00020016034) #22 MEX3C (ENSOARG00020016147) ENSOARG00020016162 #12 DCC (ENSOARG00020016246) ENSOARG00020016832 MBD2 (ENSOARG00020016893) POLI (ENSOARG00020017236) STARD6 (ENSOARG00020017708) ENSOARG00020017825 RAB27B (ENSOARG00020017852) CCDC68 (ENSOARG00020017914) TCF4 (ENSOARG00020018136) ENSOARG00020023628 TXNL1 (ENSOARG00020023636) ENSOARG00020023680 WDR7 (ENSOARG00020023720) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741.i.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00960000190719 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 Bos ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741.i.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ENSGT00390000018741.j ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 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MODERN SPECIES 132 DYM (ENSMMSG00000006548) C18orf32 (ENSMMSG00000006526) ENSMMSG00000006453 LIPG (ENSMMSG00000006397) ACAA2 (ENSMMSG00000006348) ENSMMSG00000006303 ##25 MYO5B (ENSMMSG00000006238) CFAP53 (ENSMMSG00000006206) MBD1 (ENSMMSG00000006100) CXXC1 (ENSMMSG00000006036) SKA1 (ENSMMSG00000005964) ENSMMSG00000005937 MRO (ENSMMSG00000005884) ME2 (ENSMMSG00000005689) ELAC1 (ENSMMSG00000005643) SMAD4 (ENSMMSG00000005591) #22 MEX3C (ENSMMSG00000004775) Camelidae ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 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#22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E American mink MODERN SPECIES 1 DYM (ENSNVIG00000001500) CR032 (ENSNVIG00000001568) RPL17 (ENSNVIG00000001575) LIPG (ENSNVIG00000001676) ACAA2 (ENSNVIG00000001712) MYO5B (ENSNVIG00000001798) CFAP53 (ENSNVIG00000001864) ENSNVIG00000001883 MBD1 (ENSNVIG00000001896) CXXC1 (ENSNVIG00000002380) SKA1 (ENSNVIG00000002493) MAPK4 (ENSNVIG00000002506) MSTRO (ENSNVIG00000002520) ME2 (ENSNVIG00000002617) RNZ1 (ENSNVIG00000002709) SMAD4 (ENSNVIG00000002745) #22 MEX3C (ENSNVIG00000002828) DCC (ENSNVIG00000002859) MBD2 (ENSNVIG00000002943) POLI (ENSNVIG00000002960) ENSNVIG00000003016 C18orf54 (ENSNVIG00000003027) Ferret MODERN SPECIES 416 CFAP53 (ENSMPUG00000008985) MBD1 (ENSMPUG00000008843) 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ENSGT00400000022381 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b lion MODERN SPECIES 12 ENSPLOG00000014599 DYM (ENSPLOG00000014488) ENSPLOG00000014438 ENSPLOG00000014279 LIPG (ENSPLOG00000014024) ACAA2 (ENSPLOG00000013846) MYO5B (ENSPLOG00000013501) CFAP53 (ENSPLOG00000013386) MBD1 (ENSPLOG00000013232) CXXC1 (ENSPLOG00000013121) SKA1 (ENSPLOG00000013016) ENSPLOG00000012947 MRO (ENSPLOG00000012819) ME2 (ENSPLOG00000012643) ELAC1 (ENSPLOG00000012525) SMAD4 (ENSPLOG00000012428) #22 MEX3C (ENSPLOG00000012379) ENSPLOG00000012345 ENSPLOG00000012308 DCC (ENSPLOG00000011680) MBD2 (ENSPLOG00000011506) POLI (ENSPLOG00000011432) STARD6 (ENSPLOG00000011360) C18orf54 (ENSPLOG00000011291) DYNAP (ENSPLOG00000011216) RAB27B (ENSPLOG00000011162) CCDC68 (ENSPLOG00000011056) TCF4 (ENSPLOG00000010490) TXNL1 (ENSPLOG00000010244) WDR7 (ENSPLOG00000010168) ST8SIA3 (ENSPLOG00000010116) leopard MODERN SPECIES 43 ENSPPRG00000003458 DYM (ENSPPRG00000004872) ENSPPRG00000004942 ENSPPRG00000006166 LIPG (ENSPPRG00000009382) ACAA2 (ENSPPRG00000009885) MYO5B (ENSPPRG00000012444) CFAP53 (ENSPPRG00000012971) MBD1 (ENSPPRG00000021387) CXXC1 (ENSPPRG00000001170) SKA1 (ENSPPRG00000002324) MAPK4 (ENSPPRG00000003118) MRO (ENSPPRG00000004466) ME2 (ENSPPRG00000008913) ELAC1 (ENSPPRG00000009439) SMAD4 (ENSPPRG00000010397) #22 MEX3C (ENSPPRG00000012151) ENSPPRG00000013111 #12 ENSPPRG00000015809 DCC (ENSPPRG00000000462) MBD2 (ENSPPRG00000001698) POLI (ENSPPRG00000003673) STARD6 (ENSPPRG00000004011) C18orf54 (ENSPPRG00000004732) RAB27B (ENSPPRG00000004858) CCDC68 (ENSPPRG00000005242) TCF4 (ENSPPRG00000006150) ENSPPRG00000017776 TXNL1 (ENSPPRG00000007810) WDR7 (ENSPPRG00000011801) ST8SIA3 (ENSPPRG00000012927) Cat MODERN SPECIES 243 ZBTB7C (ENSFCAG00000030658) CTIF (ENSFCAG00000000664) SMAD7 (ENSFCAG00000042475) DYM (ENSFCAG00000012954) ENSFCAG00000022684 RPL17 (ENSFCAG00000011342) LIPG (ENSFCAG00000012354) MYO5B (ENSFCAG00000009880) MBD1 (ENSFCAG00000015730) CXXC1 (ENSFCAG00000006135) SKA1 (ENSFCAG00000023341) MAPK4 (ENSFCAG00000012154) MRO (ENSFCAG00000030720) ME2 (ENSFCAG00000005659) ELAC1 (ENSFCAG00000039876) SMAD4 (ENSFCAG00000005257) #22 MEX3C (ENSFCAG00000027546) ENSFCAG00000022420 DCC (ENSFCAG00000012953) MBD2 (ENSFCAG00000022047) POLI (ENSFCAG00000039381) STARD6 (ENSFCAG00000028138) CD3H18orf54 (ENSFCAG00000009985) ENSFCAG00000048015 ENSFCAG00000050208 RAB27B (ENSFCAG00000022264) CCDC68 (ENSFCAG00000012086) TCF4 (ENSFCAG00000014682) TXNL1 (ENSFCAG00000022537) WDR7 (ENSFCAG00000011414) ST8SIA3 (ENSFCAG00000041173) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E Equus ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT01090000263349 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00900000143822 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 Donkey MODERN SPECIES 27 CTIF (ENSEASG00005016094) SMAD7 (ENSEASG00005016092) DYM (ENSEASG00005015845) ENSEASG00005031152 ENSEASG00005025626 LIPG (ENSEASG00005005399) ACAA2 (ENSEASG00005005395) MYO5B (ENSEASG00005004025) ENSEASG00005003857 CXXC1 (ENSEASG00005003826) SKA1 (ENSEASG00005033486) MAPK4 (ENSEASG00005003821) MRO (ENSEASG00005003818) ME2 (ENSEASG00005003813) ELAC1 (ENSEASG00005003810) SMAD4 (ENSEASG00005003805) #22 MEX3C (ENSEASG00005032865) DCC (ENSEASG00005003571) ENSEASG00005003504 POLI (ENSEASG00005003488) STARD6 (ENSEASG00005033368) C18orf54 (ENSEASG00005003480) ENSEASG00005003475 RAB27B (ENSEASG00005003468) CCDC68 (ENSEASG00005003465) TCF4 (ENSEASG00005003461) ENSEASG00005037138 TXNL1 (ENSEASG00005003437) WDR7 (ENSEASG00005003421) ST8SIA3 (ENSEASG00005003406) ONECUT2 (ENSEASG00005027472) Horse MODERN SPECIES 29 DYM (ENSECAG00000001651) C18orf32 (ENSECAG00000046374) ENSECAG00000011547 LIPG (ENSECAG00000015140) ENSECAG00000059774 ACAA2 (ENSECAG00000019394) MYO5B (ENSECAG00000022515) CFAP53 (ENSECAG00000053670) MBD1 (ENSECAG00000011497) CXXC1 (ENSECAG00000017698) SKA1 (ENSECAG00000023484) MAPK4 (ENSECAG00000023749) MRO (ENSECAG00000002610) ME2 (ENSECAG00000005517) ELAC1 (ENSECAG00000016230) SMAD4 (ENSECAG00000017857) #22 MEX3C (ENSECAG00000021727) ENSECAG00000055237 DCC (ENSECAG00000021760) MBD2 (ENSECAG00000022368) POLI (ENSECAG00000004436) STARD6 (ENSECAG00000011476) C8H18orf54 (ENSECAG00000043788) ENSECAG00000048982 DYNAP (ENSECAG00000039178) ENSECAG00000037347 RAB27B (ENSECAG00000013138) CCDC68 (ENSECAG00000015950) TCF4 (ENSECAG00000017265) TXNL1 (ENSECAG00000021822) WDR7 (ENSECAG00000007050) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Megabat MODERN SPECIES 994 SMAD4 (ENSPVAG00000004261) #22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00400000022381 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 10 CTIF (ENSRFEG00010014128) SMAD7 (ENSRFEG00010014226) DYM (ENSRFEG00010014390) C18orf32 (ENSRFEG00010014487) LIPG (ENSRFEG00010014542) ACAA2 (ENSRFEG00010014660) MYO5B (ENSRFEG00010014892) CFAP53 (ENSRFEG00010015022) MBD1 (ENSRFEG00010015077) CXXC1 (ENSRFEG00010015320) SKA1 (ENSRFEG00010015982) MAPK4 (ENSRFEG00010016193) MRO (ENSRFEG00010016266) ME2 (ENSRFEG00010016375) ELAC1 (ENSRFEG00010016582) SMAD4 (ENSRFEG00010016623) #22 MEX3C (ENSRFEG00010016751) DCC (ENSRFEG00010016811) MBD2 (ENSRFEG00010017760) POLI (ENSRFEG00010017875) STARD6 (ENSRFEG00010017932) C18orf54 (ENSRFEG00010017994) RAB27B (ENSRFEG00010018080) CCDC68 (ENSRFEG00010018112) TCF4 (ENSRFEG00010018296) TXNL1 (ENSRFEG00010019852) WDR7 (ENSRFEG00010019915) ST8SIA3 (ENSRFEG00010020110) ONECUT2 (ENSRFEG00010020129) FECH (ENSRFEG00010020141) NARS1 (ENSRFEG00010020203) Microbat MODERN SPECIES 953 SMAD7 (ENSMLUG00000016080) DYM (ENSMLUG00000003419) ENSMLUG00000029264 LIPG (ENSMLUG00000004113) ACAA2 (ENSMLUG00000022960) MYO5B (ENSMLUG00000016701) ENSMLUG00000016723 MBD1 (ENSMLUG00000008286) CXXC1 (ENSMLUG00000025328) SKA1 (ENSMLUG00000013388) MAPK4 (ENSMLUG00000014569) MRO (ENSMLUG00000014572) ME2 (ENSMLUG00000013932) ELAC1 (ENSMLUG00000013941) ENSMLUG00000022522 SMAD4 (ENSMLUG00000013944) #22 MEX3C (ENSMLUG00000012585) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157435 #22 Common shrew MODERN SPECIES 2962 SMAD4 (ENSSARG00000013883) #22 Hedgehog MODERN SPECIES 3909 SMAD4 (ENSEEUG00000001575) #22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000263809 ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 329 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01050000244995 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 Armadillo MODERN SPECIES 1817 RPL17 (ENSDNOG00000037762) LIPG (ENSDNOG00000011829) ACAA2 (ENSDNOG00000011968) ENSDNOG00000030882 ENSDNOG00000043862 CFAP53 (ENSDNOG00000040321) MBD1 (ENSDNOG00000015998) CXXC1 (ENSDNOG00000032991) ENSDNOG00000046915 SKA1 (ENSDNOG00000046917) MAPK4 (ENSDNOG00000017046) MRO (ENSDNOG00000033380) ME2 (ENSDNOG00000012199) SMAD4 (ENSDNOG00000005063) #22 MEX3C (ENSDNOG00000006544) ENSDNOG00000043279 Sloth MODERN SPECIES 3462 SMAD4 (ENSCHOG00000000860) #22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000263809 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Tenrec MODERN SPECIES 17308 SMAD4 (ENSETEG00000007750) #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01100000263809 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000161642 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00730000111785 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Elephant MODERN SPECIES 375 DYM (ENSLAFG00000017747) C18orf32 (ENSLAFG00000021351) RPL17 (ENSLAFG00000005569) LIPG (ENSLAFG00000003595) ACAA2 (ENSLAFG00000022796) MYO5B (ENSLAFG00000015591) ENSLAFG00000015611 MBD1 (ENSLAFG00000031328) CXXC1 (ENSLAFG00000030706) SKA1 (ENSLAFG00000005238) ENSLAFG00000026060 MAPK4 (ENSLAFG00000013022) MRO (ENSLAFG00000013029) ME2 (ENSLAFG00000001536) ELAC1 (ENSLAFG00000001538) SMAD4 (ENSLAFG00000012595) #22 MEX3C (ENSLAFG00000027818) DCC (ENSLAFG00000001980) MBD2 (ENSLAFG00000014135) POLI (ENSLAFG00000014138) STARD6 (ENSLAFG00000014148) C18orf54 (ENSLAFG00000014151) ENSLAFG00000028483 ENSLAFG00000029901 RAB27B (ENSLAFG00000001220) CCDC68 (ENSLAFG00000001222) TCF4 (ENSLAFG00000013449) TXNL1 (ENSLAFG00000009689) WDR7 (ENSLAFG00000015260) ST8SIA3 (ENSLAFG00000017954) ONECUT2 (ENSLAFG00000032649) Hyrax MODERN SPECIES 3101 SMAD4 (ENSPCAG00000009142) #22 MEX3C (ENSPCAG00000009258) Platypus MODERN SPECIES 14 ZBTB7C (ENSOANG00000005929) CTIF (ENSOANG00000001337) ENSOANG00000007611 DYM (ENSOANG00000007612) ENSOANG00000002910 LIPG (ENSOANG00000001131) ACAA2 (ENSOANG00000002559) MYO5B (ENSOANG00000008127) ENSOANG00000008126 ENSOANG00000008125 ENSOANG00000008124 ENSOANG00000045887 ENSOANG00000008122 ME2 (ENSOANG00000008119) ELAC1 (ENSOANG00000008118) SMAD4 (ENSOANG00000008117) #22 ENSOANG00000008116 DCC (ENSOANG00000008115) MBD2 (ENSOANG00000001797) POLI (ENSOANG00000001796) STARD6 (ENSOANG00000041469) C3H18orf54 (ENSOANG00000001795) ENSOANG00000044861 RAB27B (ENSOANG00000051201) ENSOANG00000031527 ENSOANG00000036676 TCF4 (ENSOANG00000003082) TXNL1 (ENSOANG00000001710) WDR7 (ENSOANG00000001712) ST8SIA3 (ENSOANG00000001713) ONECUT2 (ENSOANG00000001715) Sauria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT01050000245095 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT01050000245095 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Episquamata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT01050000245095 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Laterata ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 Common wall lizard MODERN SPECIES 2 CTIF (ENSPMRG00000009496) SMAD7 (ENSPMRG00000009512) DYM (ENSPMRG00000009531) C18orf32 (ENSPMRG00000009571) ENSPMRG00000009575 LIPG (ENSPMRG00000009592) ACAA2 (ENSPMRG00000009605) MYO5B (ENSPMRG00000009756) ENSPMRG00000010121 ENSPMRG00000010128 ENSPMRG00000010134 ENSPMRG00000010136 MAPK4 (ENSPMRG00000010141) ME2 (ENSPMRG00000010147) ELAC1 (ENSPMRG00000010152) SMAD4 (ENSPMRG00000010161) #22 MEX3C (ENSPMRG00000010170) DCC (ENSPMRG00000010220) ENSPMRG00000010553 MBD2 (ENSPMRG00000010558) POLI (ENSPMRG00000010577) STARD6 (ENSPMRG00000010581) C18orf54 (ENSPMRG00000010588) ENSPMRG00000010597 RAB27B (ENSPMRG00000010608) CCDC68 (ENSPMRG00000010618) TCF4 (ENSPMRG00000010643) TXNL1 (ENSPMRG00000010692) WDR7 (ENSPMRG00000010716) ST8SIA3 (ENSPMRG00000010766) ONECUT2 (ENSPMRG00000010772) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 34 ENSSMRG00000016592 CTIF (ENSSMRG00000016591) SMAD7 (ENSSMRG00000016590) DYM (ENSSMRG00000016587) C18orf32 (ENSSMRG00000016584) RPL17 (ENSSMRG00000016581) LIPG (ENSSMRG00000016580) ACAA2 (ENSSMRG00000016578) MYO5B (ENSSMRG00000016569) ENSSMRG00000016557 ENSSMRG00000016555 ENSSMRG00000016552 MAPK4 (ENSSMRG00000016550) ME2 (ENSSMRG00000016542) ELAC1 (ENSSMRG00000016541) SMAD4 (ENSSMRG00000016533) #22 MEX3C (ENSSMRG00000016531) ENSSMRG00000016529 DCC (ENSSMRG00000016526) MBD2 (ENSSMRG00000016511) POLI (ENSSMRG00000016509) ENSSMRG00000016508 STARD6 (ENSSMRG00000016506) C18orf54 (ENSSMRG00000016505) RAB27B (ENSSMRG00000016503) CCDC68 (ENSSMRG00000016500) ENSSMRG00000016495 TCF4 (ENSSMRG00000016480) ENSSMRG00000016478 TXNL1 (ENSSMRG00000016477) WDR7 (ENSSMRG00000016474) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 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C18orf54 (ENSSPUG00000017917) ENSSPUG00000017944 RAB27B (ENSSPUG00000017954) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 ENSGT01030000234618.E Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 ENSGT01030000234618.E Emydidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 ENSGT01030000234618.E Three-toed box turtle MODERN SPECIES 29 SMAD7 (ENSTMTG00000001490) ENSTMTG00000001494 DYM (ENSTMTG00000001505) C18orf32 (ENSTMTG00000001516) ENSTMTG00000001521 LIPG (ENSTMTG00000001568) ACAA2 (ENSTMTG00000001632) MYO5B (ENSTMTG00000001656) ENSTMTG00000001691 ENSTMTG00000001700 ENSTMTG00000001712 ENSTMTG00000001717 MAPK4 (ENSTMTG00000001722) ME2 (ENSTMTG00000001747) ELAC1 (ENSTMTG00000000045) SMAD4 (ENSTMTG00000000068) #22 MEX3C (ENSTMTG00000000104) DCC (ENSTMTG00000000292) MBD2 (ENSTMTG00000000580) POLI (ENSTMTG00000000593) C18orf54 (ENSTMTG00000000605) RAB27B (ENSTMTG00000000618) CCDC68 (ENSTMTG00000000639) TCF4 (ENSTMTG00000000670) TXNL1 (ENSTMTG00000000698) ENSTMTG00000000713 ENSTMTG00000000724 ST8SIA3 (ENSTMTG00000000736) ONECUT2 (ENSTMTG00000000742) FECH (ENSTMTG00000000750) NARS1 (ENSTMTG00000000755) painted turtle MODERN SPECIES 15 ZBTB7C (ENSCPBG00000025669) CTIF (ENSCPBG00000025654) SMAD7 (ENSCPBG00000025649) DYM (ENSCPBG00000025646) C18orf32 (ENSCPBG00000025643) ENSCPBG00000025638 LIPG (ENSCPBG00000025633) ACAA2 (ENSCPBG00000025630) MYO5B (ENSCPBG00000025623) ENSCPBG00000025621 ENSCPBG00000025620 ENSCPBG00000025618 MAPK4 (ENSCPBG00000025615) ME2 (ENSCPBG00000025614) ELAC1 (ENSCPBG00000025613) SMAD4 (ENSCPBG00000025612) #22 MEX3C (ENSCPBG00000025611) DCC (ENSCPBG00000025608) MBD2 (ENSCPBG00000025606) ENSCPBG00000025604 POLI (ENSCPBG00000025603) C18orf54 (ENSCPBG00000025602) ENSCPBG00000025600 RAB27B (ENSCPBG00000025596) CCDC68 (ENSCPBG00000025595) TCF4 (ENSCPBG00000025587) TXNL1 (ENSCPBG00000025577) WDR7 (ENSCPBG00000025566) ST8SIA3 (ENSCPBG00000025559) ONECUT2 (ENSCPBG00000025558) FECH (ENSCPBG00000025557) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000157449 ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 ENSGT01030000234618.E ENSGT00940000158002 ENSGT00940000156873 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 20 ENSGEVG00005019871 CTIF (ENSGEVG00005019849) SMAD7 (ENSGEVG00005019841) DYM (ENSGEVG00005019836) C18orf32 (ENSGEVG00005019829) ENSGEVG00005019793 LIPG (ENSGEVG00005019740) ACAA2 (ENSGEVG00005019715) MYO5B (ENSGEVG00005019665) ENSGEVG00005019638 ENSGEVG00005019631 ENSGEVG00005019617 MAPK4 (ENSGEVG00005019610) ME2 (ENSGEVG00005019582) ELAC1 (ENSGEVG00005019575) SMAD4 (ENSGEVG00005019562) #22 MEX3C (ENSGEVG00005019557) DCC (ENSGEVG00005019491) ENSGEVG00005019471 MBD2 (ENSGEVG00005019458) POLI (ENSGEVG00005019445) C18orf54 (ENSGEVG00005019438) RAB27B (ENSGEVG00005019432) TCF4 (ENSGEVG00005017791) TXNL1 (ENSGEVG00005017445) WDR7 (ENSGEVG00005017398) ST8SIA3 (ENSGEVG00005017359) ONECUT2 (ENSGEVG00005017340) FECH (ENSGEVG00005017318) NARS1 (ENSGEVG00005017281) ATP8B1 (ENSGEVG00005017024) Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 569 ENSCABG00000012913 MAPK4 (ENSCABG00000012911) ME2 (ENSCABG00000012875) ELAC1 (ENSCABG00000012868) SMAD4 (ENSCABG00000012865) #22 Chinese turtle MODERN SPECIES 2138 SMAD7 (ENSPSIG00000006254) DYM (ENSPSIG00000005625) C18orf32 (ENSPSIG00000005560) ENSPSIG00000005516 LIPG (ENSPSIG00000005431) ACAA2 (ENSPSIG00000005335) MYO5B (ENSPSIG00000005153) ENSPSIG00000017286 ENSPSIG00000017234 ENSPSIG00000016894 ENSPSIG00000015886 MAPK4 (ENSPSIG00000015783) ENSPSIG00000015770 ENSPSIG00000015649 ELAC1 (ENSPSIG00000015619) SMAD4 (ENSPSIG00000014614) #22 MEX3C (ENSPSIG00000014521) ENSPSIG00000014508 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 Aves ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000158867 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000159487 ENSGT00940000161788 ENSGT00390000008823 ENSGT00390000003755 ENSGT00940000157449 ENSGT00950000183065.C 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ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b Pink-footed goose MODERN SPECIES 124 DYM (ENSABRG00000018382) C18orf32 (ENSABRG00000018400) ENSABRG00000018405 LIPG (ENSABRG00000018414) ACAA2 (ENSABRG00000018424) MYO5B (ENSABRG00000018754) ENSABRG00000020857 ENSABRG00000020860 ENSABRG00000020863 MAPK4 (ENSABRG00000020865) ME2 (ENSABRG00000020867) ELAC1 (ENSABRG00000020869) SMAD4 (ENSABRG00000020871) #22 MEX3C (ENSABRG00000020874) DCC (ENSABRG00000020894) MBD2 (ENSABRG00000020912) POLI (ENSABRG00000020917) STARD6 (ENSABRG00000020923) ENSABRG00000020928 ENSABRG00000020934 RAB27B (ENSABRG00000020939) CCDC68 (ENSABRG00000020946) TCF4 (ENSABRG00000020955) TXNL1 (ENSABRG00000020980) WDR7 (ENSABRG00000020984) ST8SIA3 (ENSABRG00000020992) ONECUT2 (ENSABRG00000020995) FECH (ENSABRG00000020998) Duck MODERN SPECIES 4281 CTIF (ENSAPLG00000014486) SMAD7 (ENSAPLG00000001268) ENSAPLG00000022343 DYM (ENSAPLG00000007759) C18orf32 (ENSAPLG00000017090) ENSAPLG00000008451 LIPG (ENSAPLG00000008809) ACAA2 (ENSAPLG00000006058) MYO5B (ENSAPLG00000005427) ENSAPLG00000005297 ENSAPLG00000004971 ENSAPLG00000004736 MAPK4 (ENSAPLG00000004651) ME2 (ENSAPLG00000004164) ELAC1 (ENSAPLG00000007218) SMAD4 (ENSAPLG00000003924) #22 MEX3C (ENSAPLG00000003916) DCC (ENSAPLG00000009368) MBD2 (ENSAPLG00000010058) POLI (ENSAPLG00000010510) STARD6 (ENSAPLG00000021618) C18orf54 (ENSAPLG00000010526) ENSAPLG00000030416 RAB27B (ENSAPLG00000023455) CCDC68 (ENSAPLG00000010764) TCF4 (ENSAPLG00000011135) ENSAPLG00000017851 TXNL1 (ENSAPLG00000015099) WDR7 (ENSAPLG00000014993) FECH (ENSAPLG00000015242) ATP8B1 (ENSAPLG00000002575) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000166139 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000159129.p ENSGT00940000158002 ENSGT01030000234618.E ENSGT00390000016258 ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT01030000234535.E.a ENSGT00940000155301 ENSGT00940000156170.b ENSGT00940000156873.f ENSGT00940000160524 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437.ad.b ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154470.a Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000166139 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000157435 #22 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000158002 ENSGT01030000234618.E ENSGT00390000016258 ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT01030000234535.E.a ENSGT00940000155301 ENSGT00940000156170.b ENSGT00940000156873.f ENSGT00940000160524 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437.ad.b ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154470.a ENSGT00940000162144 Chicken DUPLICATION Chicken MODERN SPECIES 130 ENSGALG00010012044 ENSGALG00010013889 ENSGALG00010012057 ENSGALG00010012056 ENSGALG00010013577 ENSGALG00010013871 ENSGALG00010012073 ENSGALG00010012076 ENSGALG00010012079 ENSGALG00010012091 ENSGALG00010012103 #22 MBD2 (ENSGALG00010012112) ENSGALG00010012118 ENSGALG00010011360 UBAP2L2 (ENSGALG00010011436) ENSGALG00010011442 ENSGALG00010011443 ENSGALG00010011467 ENSGALG00010011493 ENSGALG00010011510 ENSGALG00010011518 ENSGALG00010011527 ENSGALG00010013535 ENSGALG00010011555 ENSGALG00010011307 ENSGALG00010011584 Chicken MODERN SPECIES 131 ENSGALG00010011107 ENSGALG00010011119 ENSGALG00010011148 ENSGALG00010011173 ENSGALG00010009370 #22 MBD2 (ENSGALG00010012260) ENSGALG00010012283 ENSGALG00010010124 ENSGALG00010010165 ATP8B1 (ENSGALG00010010975) NARS (ENSGALG00010010986) FECH (ENSGALG00010011003) ONECUT2 (ENSGALG00010011008) ST8SIA3 (ENSGALG00010010548) WDR7 (ENSGALG00010010252) TXNL1 (ENSGALG00010010288) NEDD4L (ENSGALG00010010322) ALPK2 (ENSGALG00010010330) PCASP1 (ENSGALG00010010352) ENSGALG00010010368 Turkey MODERN SPECIES 1076 ENSMGAG00000021664 #22 Japanese quail MODERN SPECIES 47 ENSCJPG00005001048 ENSCJPG00005001155 #22 ENSCJPG00005001157 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 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ENSGT00940000159129 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000155301 ENSGT01030000234535.E ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT00390000016258 Kakapo DUPLICATION Kakapo MODERN SPECIES 4 ENSSHBG00005019095 ENSSHBG00005019101 ENSSHBG00005019162 ENSSHBG00005019695 ENSSHBG00005019698 ENSSHBG00005019703 ENSSHBG00005019712 ENSSHBG00005019719 ENSSHBG00005019731 ENSSHBG00005019748 ENSSHBG00005000016 #22 ENSSHBG00005000034 ENSSHBG00005000042 ENSSHBG00005000057 ENSSHBG00005000059 ##25 ENSSHBG00005000067 ENSSHBG00005000077 ENSSHBG00005000080 ENSSHBG00005000083 ENSSHBG00005000087 ENSSHBG00005000089 ENSSHBG00005000095 ENSSHBG00005000122 ENSSHBG00005000141 ENSSHBG00005000164 ENSSHBG00005000175 Kakapo MODERN SPECIES 19 ENSSHBG00005010919 ZBTB7C (ENSSHBG00005010973) ENSSHBG00005011002 SMAD7 (ENSSHBG00005011025) DYM (ENSSHBG00005011046) C18orf32 (ENSSHBG00005011080) ENSSHBG00005011099 LIPG (ENSSHBG00005011192) ACAA2 (ENSSHBG00005011224) MYO5B (ENSSHBG00005011309) ENSSHBG00005011586 ENSSHBG00005011601 MAPK4 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ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159394 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000235140 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000159850 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00730000111224 ENSGT00940000157435 #22 Great tit MODERN SPECIES 642 ZBTB7C (ENSPMJG00000002973) CTIF (ENSPMJG00000002914) SMAD7 (ENSPMJG00000002909) DYM (ENSPMJG00000002819) C18orf32 (ENSPMJG00000002712) ENSPMJG00000002708 LIPG (ENSPMJG00000002703) ACAA2 (ENSPMJG00000002693) MYO5B (ENSPMJG00000002662) ENSPMJG00000002582 ENSPMJG00000002577 ENSPMJG00000002575 MAPK4 (ENSPMJG00000002569) ME2 (ENSPMJG00000002100) ELAC1 (ENSPMJG00000002077) SMAD4 (ENSPMJG00000002065) #22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000160474 ENSGT00940000153499.a.d ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159872.j ENSGT00390000008772 ENSGT00390000018741 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