Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000160376	ENSGT01100000263497.B #8	ENSGT00390000011639 #10	ENSGT00940000162696 #9	ENSGT00940000156457 #11	ENSGT00390000001930 #12	ENSGT00510000049875 #13	ENSGT00390000002615 #14	ENSGT00390000008374 #15	ENSGT00940000159139 #16	ENSGT00940000156954 #17	ENSGT00940000159921 #18	ENSGT00940000159589 #19	ENSGT01030000234573.B.c.b.b #20	ENSGT00940000159914 #21	ENSGT00390000007552.f #22	ENSGT00940000154902.bb.a #23	ENSGT00940000154902.bb.b ##23	ENSGT00950000183045.A.a.a #24	ENSGT00530000063866.e	ENSGT00940000161089	ENSGT00950000183151.a.a.a	ENSGT00390000015415	ENSGT00950000183197.b.a	ENSGT00390000018587	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00730000110905.a	ENSGT00390000001149	ENSGT00390000003127	ENSGT00940000155040.a	ENSGT00940000157180
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000161805	ENSGT00940000160376	ENSGT01100000263497.B #8	ENSGT00390000011639 #10	ENSGT00940000156457 #11	ENSGT00390000001930 #12	ENSGT00510000049875 #13	ENSGT00390000002615 #14	ENSGT00390000008374 #15	ENSGT00940000159139 #16	ENSGT00940000156954 #17	ENSGT00940000159921 #18	ENSGT00940000159589 #19	ENSGT01030000234573.B.c.b.b #20	ENSGT00940000159914 #21	ENSGT00390000007552.f #22	ENSGT00940000154902.bb.a #23	ENSGT00950000183045.A.a.a #24	ENSGT00390000013802.u #25	ENSGT00940000161089	ENSGT00950000183151.a.a.a	ENSGT00390000015415	ENSGT00950000183197.b.a	ENSGT00390000018587	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00730000110905.a	ENSGT00390000001149	ENSGT00390000003127	ENSGT00940000155040.a	ENSGT00940000157180	ENSGT00940000161192
Guinea pig	MODERN SPECIES	44	ENSCPOG00000000739 #7	GNG3 (ENSCPOG00000040497) #8	LRRN4CL (ENSCPOG00000036188) #9	BSCL2 (ENSCPOG00000021949) #10	UBXN1 (ENSCPOG00000004750) #11	UQCC3 (ENSCPOG00000035939) #12	CSKMT (ENSCPOG00000027504) #13	C11orf98 (ENSCPOG00000039535) #14	INTS5 (ENSCPOG00000003669) #15	GANAB (ENSCPOG00000003659) #16	B3GAT3 (ENSCPOG00000021841) #17	ROM1 (ENSCPOG00000020227) #18	EML3 (ENSCPOG00000014293) #19	MTA2 (ENSCPOG00000014290) #20	TUT1 (ENSCPOG00000014281) #21	EEF1G (ENSCPOG00000025703) #22	ENSCPOG00000032311 #23	ASRGL1 (ENSCPOG00000038025) #24	ENSCPOG00000030162 #25
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000161805	ENSGT00940000160376	ENSGT01100000263497.B #8	ENSGT00390000011639 #10	ENSGT00940000156457 #11	ENSGT00390000001930 #12	ENSGT00510000049875 #13	ENSGT00390000002615 #14	ENSGT00390000008374 #15	ENSGT00940000159139 #16	ENSGT00940000156954 #17	ENSGT00940000159921 #18	ENSGT00940000159589 #19	ENSGT01030000234573.B.c.b.b #20	ENSGT00940000159914 #21	ENSGT00390000007552.f #22	ENSGT00940000154902.bb.a #23	ENSGT00950000183045.A.a.a #24	ENSGT00940000161089	ENSGT00950000183151.a.a.a	ENSGT00390000015415	ENSGT00950000183197.b.a	ENSGT00390000018587	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00730000110905.a	ENSGT00390000001149	ENSGT00390000003127	ENSGT00940000155040.a	ENSGT00940000157180	ENSGT00940000161192	ENSGT00530000063626.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	306	HNRNPUL2 (ENSCLAG00000000417)	LRRN4CL (ENSCLAG00000000228) #9	GNG3 (ENSCLAG00000000268) #8	BSCL2 (ENSCLAG00000000105) #10	UQCC3 (ENSCLAG00000000136) #12	UBXN1 (ENSCLAG00000000144) #11	CSKMT (ENSCLAG00000000298) #13	C11orf98 (ENSCLAG00000000342) #14	INTS5 (ENSCLAG00000000384) #15	GANAB (ENSCLAG00000000345) #16	B3GAT3 (ENSCLAG00000001628) #17	ROM1 (ENSCLAG00000000479) #18	EML3 (ENSCLAG00000001662) #19	MTA2 (ENSCLAG00000000128) #20	TUT1 (ENSCLAG00000000215) #21	EEF1G (ENSCLAG00000000315) #22	ENSCLAG00000000347 #23
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	238	CADM4 (ENSODEG00000010861)	PLAUR (ENSODEG00000010245)	ENSODEG00000019696	IRGC (ENSODEG00000009791)	SMG9 (ENSODEG00000010484)	KCNN4 (ENSODEG00000008740)	LYPD5 (ENSODEG00000008374)	ENSODEG00000019532	ZNF45 (ENSODEG00000011301)	ZNF227 (ENSODEG00000008802)	ENSODEG00000008591	ENSODEG00000010507	ZNF235 (ENSODEG00000008851)	ZNF112 (ENSODEG00000009193)	ZNF180 (ENSODEG00000010071)	ENSODEG00000019539 #22	CEACAM19 (ENSODEG00000008206)	CEACAM16 (ENSODEG00000008673)	BCL3 (ENSODEG00000009380)	CBLC (ENSODEG00000008402)	BCAM (ENSODEG00000013187)	NECTIN2 (ENSODEG00000008200)	ENSODEG00000010615	APOE (ENSODEG00000008747)	ENSODEG00000010383	ENSODEG00000011088	APOC2 (ENSODEG00000008478)	CLPTM1 (ENSODEG00000008066)	RELB (ENSODEG00000008207)	CLASRP (ENSODEG00000008407)	ZNF296 (ENSODEG00000008238)
Degu	MODERN SPECIES	320	TAF6L (ENSODEG00000001781)	ENSODEG00000018748	ENSODEG00000002048	HNRNPUL2 (ENSODEG00000002142)	TTC9C (ENSODEG00000002308)	GNG3 (ENSODEG00000002315) #8	UBXN1 (ENSODEG00000002987) #11	UQCC3 (ENSODEG00000003020) #12	INTS5 (ENSODEG00000003038) #15	GANAB (ENSODEG00000003210) #16	B3GAT3 (ENSODEG00000003388) #17	ROM1 (ENSODEG00000003428) #18	EML3 (ENSODEG00000003455) #19	MTA2 (ENSODEG00000003595) #20	TUT1 (ENSODEG00000002204) #21	ENSODEG00000002254 #22	ENSODEG00000002275 #23	ENSODEG00000002297	ENSODEG00000002313 #24	ENSODEG00000002333 #24	VWCE (ENSODEG00000002356)	DDB1 (ENSODEG00000002419)	CYB561A3 (ENSODEG00000002516)	TKFC (ENSODEG00000002529)	TMEM138 (ENSODEG00000002548)	TMEM216 (ENSODEG00000002567)	CPSF7 (ENSODEG00000002610)	SDHAF2 (ENSODEG00000002638)	PPP1R32 (ENSODEG00000004127)	SYT7 (ENSODEG00000004157)	DAGLA (ENSODEG00000004222)
Degu	MODERN SPECIES	77	ENSODEG00000007521	ADAM7 (ENSODEG00000007547)	ADAMDEC1 (ENSODEG00000008034)	ADAM28 (ENSODEG00000007875)	STC1 (ENSODEG00000007382)	NKX2-6 (ENSODEG00000007413)	NKX3-1 (ENSODEG00000007004)	SLC25A37 (ENSODEG00000007363)	ENTPD4 (ENSODEG00000009788)	ENSODEG00000009404	LOXL2 (ENSODEG00000006938)	R3HCC1 (ENSODEG00000007529)	ENSODEG00000019474	ENSODEG00000007294	RHOBTB2 (ENSODEG00000007111)	ENSODEG00000008725 #22	EGR3 (ENSODEG00000007442)	BIN3 (ENSODEG00000006965)	CCAR2 (ENSODEG00000008466)	C8orf58 (ENSODEG00000006637)	PDLIM2 (ENSODEG00000006028)	SORBS3 (ENSODEG00000007179)	PPP3CC (ENSODEG00000006004)	SLC39A14 (ENSODEG00000006438)	ENSODEG00000019353	PIWIL2 (ENSODEG00000009752)	POLR3D (ENSODEG00000005884)	PHYHIP (ENSODEG00000006421)	BMP1 (ENSODEG00000007288)	SFTPC (ENSODEG00000007026)	LGI3 (ENSODEG00000006726)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	14	ENSHGLG00000038212	HNRNPUL2 (ENSHGLG00000003285)	GNG3 (ENSHGLG00000038630) #8	BSCL2 (ENSHGLG00000002887) #10	ENSHGLG00000038756 #9	UBXN1 (ENSHGLG00000002960) #11	METTL12 (ENSHGLG00000044833) #13	ENSHGLG00000002601 #14	INTS5 (ENSHGLG00000039217) #15	ENSHGLG00000045807 #16	ENSHGLG00000045092 #16	B3GAT3 (ENSHGLG00000004546) #17	ROM1 (ENSHGLG00000003990) #18	MTA2 (ENSHGLG00000002877) #20	ENSHGLG00000037053 #21	EEF1G (ENSHGLG00000046941) #22	ENSHGLG00000034389 ##23	ENSHGLG00000037481 ##23	ENSHGLG00000035437	ENSHGLG00000038948 #24	ENSHGLG00000029155	ENSHGLG00000046269	ENSHGLG00000033722	ENSHGLG00000002837	ENSHGLG00000046341	TKFC (ENSHGLG00000018883)	CYB561A3 (ENSHGLG00000013997)	ENSHGLG00000034372	ENSHGLG00000038968	ENSHGLG00000019090	ENSHGLG00000032097