Muroidea ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159082 ENSGT00390000011262 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000002142 ENSGT00940000157600 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000161694 ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00390000018141 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00390000015366 ENSGT00940000155010 #22 ENSGT00940000157942 ENSGT01030000234618.A ENSGT00390000005351 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000006665.b ENSGT00390000017352.d ENSGT00940000157553 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000159184 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000157389 ENSGT00940000161531 ENSGT00390000011067.B ENSGT00940000159646 ENSGT00390000016908 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000159082 ENSGT00390000011262 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000002142 ENSGT00940000157600 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000161694 ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00390000018141 ENSGT00940000159189 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(ENSMUSG00000031767) Vat1l (ENSMUSG00000046844) Clec3a (ENSMUSG00000008874) Wwox (ENSMUSG00000004637) Maf (ENSMUSG00000055435) Dynlrb2 (ENSMUSG00000034467) Cdyl2 (ENSMUSG00000031758) Cmc2 (ENSMUSG00000014633) Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.bb.b.b #22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.bb.b.b #22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3296 Kcnj15 (ENSMSIG00000010646) Kcnj6 (ENSMSIG00000010556) Dyrk1a (ENSMSIG00000010496) ENSMSIG00000010486 Vps26c (ENSMSIG00000010447) Ttc3 (ENSMSIG00000010058) ENSMSIG00000009975 Ripply3 (ENSMSIG00000009954) ENSMSIG00000009933 Hlcs (ENSMSIG00000009840) Sim2 (ENSMSIG00000009813) ENSMSIG00000009798 #22 Cldn14 (ENSMSIG00000009771) Chaf1b (ENSMSIG00000009725) Morc3 (ENSMSIG00000009666) Dop1b (ENSMSIG00000009533) ##11 Cbr3 (ENSMSIG00000009504) ENSMSIG00000009477 Cbr1 (ENSMSIG00000009462) Setd4 (ENSMSIG00000009434) Runx1 (ENSMSIG00000009340) Clic6 (ENSMSIG00000009313) ENSMSIG00000009292 Rcan1 (ENSMSIG00000009254) Kcne1 (ENSMSIG00000009232) ENSMSIG00000009207 ENSMSIG00000009205 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 17 Pdpr (MGP_CAROLIEiJ_G0031571) Glg1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031572) Rfwd3 (MGP_CAROLIEiJ_G0031573) MGP_CAROLIEiJ_G0031574 Fa2h (MGP_CAROLIEiJ_G0031575) Wdr59 (MGP_CAROLIEiJ_G0031576) Znrf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031577) Ldhd (MGP_CAROLIEiJ_G0031578) Zfp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031579) Ctrb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031580) Bcar1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031581) Cfdp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031582) Tmem170 (MGP_CAROLIEiJ_G0031583) Chst5 (MGP_CAROLIEiJ_G0031584) Tmem231 (MGP_CAROLIEiJ_G0031585) Gabarapl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0031586) #22 Adat1 (MGP_CAROLIEiJ_G0031587) Kars (MGP_CAROLIEiJ_G0031588) Terf2ip (MGP_CAROLIEiJ_G0031589) Cntnap4 (MGP_CAROLIEiJ_G0031590) Mon1b (MGP_CAROLIEiJ_G0031591) Syce1l (MGP_CAROLIEiJ_G0031592) Adamts18 (MGP_CAROLIEiJ_G0031593) Nudt7 (MGP_CAROLIEiJ_G0031594) Vat1l (MGP_CAROLIEiJ_G0031595) Clec3a (MGP_CAROLIEiJ_G0031596) Wwox (MGP_CAROLIEiJ_G0031597) Maf (MGP_CAROLIEiJ_G0031598) Dynlrb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0031599) Cdyl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0031600) Cmc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0031601) Shrew mouse MODERN SPECIES 12 MGP_PahariEiJ_G0023169 Pdpr (MGP_PahariEiJ_G0023170) Glg1 (MGP_PahariEiJ_G0023171) Rfwd3 (MGP_PahariEiJ_G0023172) Mlkl (MGP_PahariEiJ_G0023173) Fa2h (MGP_PahariEiJ_G0023174) Wdr59 (MGP_PahariEiJ_G0023175) Znrf1 (MGP_PahariEiJ_G0023176) Ldhd (MGP_PahariEiJ_G0023177) Zfp1 (MGP_PahariEiJ_G0023178) Bcar1 (MGP_PahariEiJ_G0023179) Cfdp1 (MGP_PahariEiJ_G0023180) Tmem170 (MGP_PahariEiJ_G0023181) Chst5 (MGP_PahariEiJ_G0023182) Tmem231 (MGP_PahariEiJ_G0023183) Gabarapl2 (MGP_PahariEiJ_G0023184) #22 Adat1 (MGP_PahariEiJ_G0023185) Kars (MGP_PahariEiJ_G0023186) Terf2ip (MGP_PahariEiJ_G0023187) Cntnap4 (MGP_PahariEiJ_G0023188) Mon1b (MGP_PahariEiJ_G0023189) Syce1l (MGP_PahariEiJ_G0023190) Adamts18 (MGP_PahariEiJ_G0023191) MGP_PahariEiJ_G0023192 Vat1l (MGP_PahariEiJ_G0023193) Clec3a (MGP_PahariEiJ_G0023194) Wwox (MGP_PahariEiJ_G0023195) Maf (MGP_PahariEiJ_G0023196) Dynlrb2 (MGP_PahariEiJ_G0023197) Cdyl2 (MGP_PahariEiJ_G0023198) Cmc2 (MGP_PahariEiJ_G0023199) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.bb.a ##22 Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 15 Txn1 (ENSRNOG00000012081) C5h9orf152 (ENSRNOG00000012068) Akap2 (ENSRNOG00000011504) Ptpn3 (ENSRNOG00000011425) Epb41l4b (ENSRNOG00000056550) Frrs1l (ENSRNOG00000043103) Tmem245 (ENSRNOG00000026271) Ctnnal1 (ENSRNOG00000010593) Abitram (ENSRNOG00000010532) Elp1 (ENSRNOG00000016725) Actl7a (ENSRNOG00000016641) Actl7b (ENSRNOG00000016621) AABR07048312.1 (ENSRNOG00000029600) Klf4 (ENSRNOG00000016299) Rad23b (ENSRNOG00000016137) ENSRNOG00000063835 ##22 ENSRNOG00000066746 ENSRNOG00000067901 Zfp462 (ENSRNOG00000032048) LOC120103152 (ENSRNOG00000034161) ENSRNOG00000065525 LOC685311 (ENSRNOG00000065946) RGD1564956 (ENSRNOG00000017640) Tmem38b (ENSRNOG00000028063) Tal2 (ENSRNOG00000028082) Fktn (ENSRNOG00000028129) LOC100360453 (ENSRNOG00000033177) Fsd1l (ENSRNOG00000059876) Slc44a1 (ENSRNOG00000055089) Abca1 (ENSRNOG00000018126) AABR07048271.1 (ENSRNOG00000033271) Rat MODERN SPECIES 25 ENSRNOG00000068919 ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.bb.a ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.bb.a ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.bb.a ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.bb.a ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3154 ENSMSIG00000024547 ENSMSIG00000024537 Itgb1 (ENSMSIG00000024476) Nrp1 (ENSMSIG00000024428) ENSMSIG00000024385 Pard3 (ENSMSIG00000022671) ENSMSIG00000022652 ##22 Rbm34 (ENSMSIG00000022600) Tomm20 (ENSMSIG00000022578) ENSMSIG00000022577 Irf2bp2 (ENSMSIG00000022567) Tarbp1 (ENSMSIG00000022537) Coa6 (ENSMSIG00000022527) ENSMSIG00000022518 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.cb ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.cb ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.cb ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.cb ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155010.cb ##22 spretus MODERN SPECIES 17 Pdpr (MGP_SPRETEiJ_G0032689) Glg1 (MGP_SPRETEiJ_G0032690) Rfwd3 (MGP_SPRETEiJ_G0032691) Mlkl (MGP_SPRETEiJ_G0032692) Fa2h (MGP_SPRETEiJ_G0032693) Wdr59 (MGP_SPRETEiJ_G0032694) Znrf1 (MGP_SPRETEiJ_G0032695) Ldhd (MGP_SPRETEiJ_G0032696) Zfp1 (MGP_SPRETEiJ_G0032697) Ctrb1 (MGP_SPRETEiJ_G0032698) Bcar1 (MGP_SPRETEiJ_G0032699) Cfdp1 (MGP_SPRETEiJ_G0032700) Tmem170 (MGP_SPRETEiJ_G0032701) Chst5 (MGP_SPRETEiJ_G0032702) Tmem231 (MGP_SPRETEiJ_G0032703) MGP_SPRETEiJ_G0032704 ##22 Adat1 (MGP_SPRETEiJ_G0032705) Kars (MGP_SPRETEiJ_G0032706) Terf2ip (MGP_SPRETEiJ_G0032707) Cntnap4 (MGP_SPRETEiJ_G0032708) Mon1b (MGP_SPRETEiJ_G0032709) Syce1l (MGP_SPRETEiJ_G0032710) Adamts18 (MGP_SPRETEiJ_G0032711) Nudt7 (MGP_SPRETEiJ_G0032712) Vat1l (MGP_SPRETEiJ_G0032713) Clec3a (MGP_SPRETEiJ_G0032714) Wwox (MGP_SPRETEiJ_G0032715) MGP_SPRETEiJ_G0032716 Dynlrb2 (MGP_SPRETEiJ_G0032717) Cdyl2 (MGP_SPRETEiJ_G0032718) Cmc2 (MGP_SPRETEiJ_G0032719) Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 10 LOC103690393 (ENSRNOG00000068632) Ccdc7b (ENSRNOG00000050191) Ccdc7a (ENSRNOG00000069478) ENSRNOG00000065872 Itgb1 (ENSRNOG00000010966) Nrp1 (ENSRNOG00000010744) Pard3 (ENSRNOG00000032437) LOC120098596 (ENSRNOG00000033345) ##22 Hmgb1l1 (ENSRNOG00000051482) AC125920.1 (ENSRNOG00000051278) Rbm34 (ENSRNOG00000020004) Tomm20 (ENSRNOG00000019980) Irf2bp2 (ENSRNOG00000070206) Tarbp1 (ENSRNOG00000053574) Coa6 (ENSRNOG00000062808) Slc35f3 (ENSRNOG00000049456) Kcnk1 (ENSRNOG00000019937) Map3k21 (ENSRNOG00000019931) Pcnx2 (ENSRNOG00000028580) Ntpcr (ENSRNOG00000019922) Map10 (ENSRNOG00000028652) Setsip (ENSRNOG00000062793) AABR07044111.1 (ENSRNOG00000038057) Rat MODERN SPECIES 13 ENSRNOG00000063191 Lmo2 (ENSRNOG00000009401) Fbxo3 (ENSRNOG00000009549) Cd59 (ENSRNOG00000042821) RGD1563222 (ENSRNOG00000010963) LOC100362814 (ENSRNOG00000011132) Hipk3 (ENSRNOG00000011358) Cstf3 (ENSRNOG00000012089) Tcp11l1 (ENSRNOG00000042576) Depdc7 (ENSRNOG00000012262) Qser1 (ENSRNOG00000037514) Prrg4 (ENSRNOG00000022710) RGD1560017 (ENSRNOG00000029262) Ccdc73 (ENSRNOG00000022660) Eif3m (ENSRNOG00000012738) ENSRNOG00000067112 ##22 Wt1 (ENSRNOG00000013074) LOC691083 (ENSRNOG00000013437) Rcn1 (ENSRNOG00000013452) Pax6 (ENSRNOG00000004410) AABR07053185.1 (ENSRNOG00000004787) LOC108350427 (ENSRNOG00000031694) Immp1l (ENSRNOG00000004829) Dnajc24 (ENSRNOG00000004842) Dcdc1-ps1 (ENSRNOG00000022178) Mpped2 (ENSRNOG00000004863) Arl14ep (ENSRNOG00000004891) Fshb (ENSRNOG00000004898) Kcna4 (ENSRNOG00000004918) Mettl15 (ENSRNOG00000066683) Kif18a (ENSRNOG00000005037) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159082 ENSGT00390000011262 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000002142 ENSGT00940000157600 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000161694 ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00390000018141 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00390000015366 ENSGT00940000155010 #22 ENSGT00940000157942 ENSGT01030000234618.A ENSGT00390000005351 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000006665.b ENSGT00390000017352.d ENSGT00940000157553 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000159184 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000157389 ENSGT00940000161531 ENSGT00390000011067.B ENSGT00940000159646 ENSGT00390000016908 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159082 ENSGT00390000011262 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000002142 ENSGT00940000157600 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000161694 ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00390000018141 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00390000015366 ENSGT00940000155010 #22 ENSGT00940000157942 ENSGT01030000234618.A ENSGT00390000005351 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000006665.b ENSGT00390000017352.d ENSGT00940000157553 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000159184 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000157389 ENSGT00940000161531 ENSGT00390000011067.B ENSGT00940000159646 ENSGT00390000016908 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Pdpr (ENSPEMG00000009714) Glg1 (ENSPEMG00000007698) Rfwd3 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