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Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336 #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00910000147158	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT00990000211939	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33	ENSGT00390000007027 #34	ENSGT00940000158038 #35
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336 #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.v.c.b #27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33	ENSGT00390000007027 #34	ENSGT00940000158038 #35	ENSGT00940000160247 #36	ENSGT00940000160126 #37	ENSGT00530000063460.A.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	4	JAK1 (ENSCDRG00005004601) #7	ENSCDRG00005004583 #8	RAVER2 (ENSCDRG00005004547) #9	CACHD1 (ENSCDRG00005004143) #10	UBE2U (ENSCDRG00005003953) #11	ROR1 (ENSCDRG00005003848) #12	PGM1 (ENSCDRG00005003722) #13	EFCAB7 (ENSCDRG00005003668) #14	ITGB3BP (ENSCDRG00005003577) #15	ALG6 (ENSCDRG00005003516) #16	FOXD3 (ENSCDRG00005003471) #17	ATG4C (ENSCDRG00005003431) #18	ANGPTL3 (ENSCDRG00005017333) #19	DOCK7 (ENSCDRG00005016867) #20	USP1 (ENSCDRG00005016803) #21	KANK4 (ENSCDRG00005016599) #22	PATJ (ENSCDRG00005015902) #23	TM2D1 (ENSCDRG00005015765) #24	NFIA (ENSCDRG00005015494) #25	C1orf87 (ENSCDRG00005015266) #26	ENSCDRG00005015188 #27	ENSCDRG00005014670 #28	HOOK1 (ENSCDRG00005014570) #29	FGGY (ENSCDRG00005014344) #30	JUN (ENSCDRG00005014307) #31	MYSM1 (ENSCDRG00005014258) #32	TACSTD2 (ENSCDRG00005014236) #33	OMA1 (ENSCDRG00005014146) #34	DAB1 (ENSCDRG00005013804) #35	C8B (ENSCDRG00005013692) #36	C8A (ENSCDRG00005013653) #37
Alpaca	MODERN SPECIES	1469																KANK4 (ENSVPAG00000004063) #22	PATJ (ENSVPAG00000004057) #23	TM2D1 (ENSVPAG00000004056) #24	NFIA (ENSVPAG00000004054) #25
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336 #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00910000147158	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT00990000211939	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33	ENSGT00390000007027 #34	ENSGT00940000158038 #35
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00940000154277.a.b.b.m.b	ENSGT00390000004336 #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a.e #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243.c.a.a #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.v #27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33	ENSGT00390000007027 #34	ENSGT00940000158038 #35	ENSGT00940000160247 #36	ENSGT00940000160126 #37
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00940000154277.a.b.b.m.b	ENSGT00390000004336 #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a.e #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243.c.a.a #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.v #27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33	ENSGT00390000007027 #34	ENSGT00940000158038 #35	ENSGT00940000160247 #36	ENSGT00940000160126 #37
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00940000154277.a.b.b.m.b	ENSGT00390000004336 #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a.e #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243.c.a.a #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.v #27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d.c #33	ENSGT00390000007027 #34	ENSGT00940000158038 #35	ENSGT00940000160247 #36	ENSGT00940000160126 #37
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00940000154277.a.b.b.m.b	ENSGT00390000004336 #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a.e #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243.c.a.a #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00390000015470.m.a	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.v #27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d.c #33	ENSGT00390000007027 #34	ENSGT00940000158038 #35	ENSGT00940000160247 #36
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00940000154277.a.b.b.m.b	ENSGT00390000004336 #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a.e #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243.c.a.a #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00390000015470.m.a	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.v #27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d.c #33	ENSGT00390000007027 #34	ENSGT00940000158038 #35	ENSGT00940000160247 #36
Narwhal	MODERN SPECIES	304	JAK1 (ENSMMNG00015022067) #7	RAVER2 (ENSMMNG00015022068) #9	CACHD1 (ENSMMNG00015022069) #10	UBE2U (ENSMMNG00015022070) #11	ROR1 (ENSMMNG00015022071) #12	PGM1 (ENSMMNG00015022072) #13	EFCAB7 (ENSMMNG00015022073) #14	ITGB3BP (ENSMMNG00015022074) #15	ENSMMNG00015022076	ALG6 (ENSMMNG00015022080) #16	FOXD3 (ENSMMNG00015022081) #17	ATG4C (ENSMMNG00015022082) #18	DOCK7 (ENSMMNG00015022084) #20	ANGPTL3 (ENSMMNG00015022086) #19	ENSMMNG00015022087 #21	KANK4 (ENSMMNG00015022089) #22	ENSMMNG00015022090	PATJ (ENSMMNG00015022091) #23	TM2D1 (ENSMMNG00015022092) #24	NFIA (ENSMMNG00015022095) #25	ENSMMNG00015022096 #26	CYP2J2 (ENSMMNG00015022097) #27	HOOK1 (ENSMMNG00015022098) #29	FGGY (ENSMMNG00015022099) #30	JUN (ENSMMNG00015022101) #31	MYSM1 (ENSMMNG00015022102) #32	ENSMMNG00015022103 #33	OMA1 (ENSMMNG00015022104) #34	ENSMMNG00015022105	DAB1 (ENSMMNG00015022106) #35	ENSMMNG00015022107
Beluga whale	MODERN SPECIES	74	JAK1 (ENSDLEG00000021291) #7	RAVER2 (ENSDLEG00000021287) #9	CACHD1 (ENSDLEG00000021280) #10	UBE2U (ENSDLEG00000021278) #11	ROR1 (ENSDLEG00000021274) #12	PGM1 (ENSDLEG00000021272) #13	EFCAB7 (ENSDLEG00000021268) #14	ENSDLEG00000021263	ITGB3BP (ENSDLEG00000021262) #15	ALG6 (ENSDLEG00000021260) #16	FOXD3 (ENSDLEG00000021257) #17	ATG4C (ENSDLEG00000021255) #18	ANGPTL3 (ENSDLEG00000021249) #19	DOCK7 (ENSDLEG00000010129) #20	USP1 (ENSDLEG00000020714) #21	KANK4 (ENSDLEG00000020692) #22	ENSDLEG00000020688	ENSDLEG00000020682	PATJ (ENSDLEG00000019785) #23	TM2D1 (ENSDLEG00000019664) #24	NFIA (ENSDLEG00000019647) #25	CYP2J2 (ENSDLEG00000019634) #27	HOOK1 (ENSDLEG00000019616) #29	FGGY (ENSDLEG00000019599) #30	JUN (ENSDLEG00000019588) #31	MYSM1 (ENSDLEG00000019577) #32	TACSTD2 (ENSDLEG00000019574) #33	OMA1 (ENSDLEG00000019566) #34	ENSDLEG00000019563	DAB1 (ENSDLEG00000019550) #35	C8B (ENSDLEG00000019542) #36
Vaquita	MODERN SPECIES		RAVER2 (ENSPSNG00000003159) #9	CACHD1 (ENSPSNG00000003080) #10	UBE2U (ENSPSNG00000003039) #11	ROR1 (ENSPSNG00000003007) #12	PGM1 (ENSPSNG00000002952) #13	EFCAB7 (ENSPSNG00000002909) #14	ENSPSNG00000002888	ENSPSNG00000002872	ITGB3BP (ENSPSNG00000002857) #15	ALG6 (ENSPSNG00000002827) #16	FOXD3 (ENSPSNG00000002801) #17	ATG4C (ENSPSNG00000002761) #18	ANGPTL3 (ENSPSNG00000002721) #19	DOCK7 (ENSPSNG00000002635) #20	USP1 (ENSPSNG00000002605) #21	KANK4 (ENSPSNG00000002529) #22	ENSPSNG00000002492	ENSPSNG00000002480	PATJ (ENSPSNG00000002448) #23	TM2D1 (ENSPSNG00000002408) #24	ENSPSNG00000002380	NFIA (ENSPSNG00000002205) #25	ENSPSNG00000002024 #26	CYP2J2 (ENSPSNG00000002001) #27	HOOK1 (ENSPSNG00000001959) #29	FGGY (ENSPSNG00000001878) #30	JUN (ENSPSNG00000001806) #31	MYSM1 (ENSPSNG00000001783) #32	TACSTD2 (ENSPSNG00000001769) #33	OMA1 (ENSPSNG00000001743) #34	ENSPSNG00000001727
Dolphin	MODERN SPECIES	3976																KANK4 (ENSTTRG00000009352) #22
Sperm whale	MODERN SPECIES	15	JAK1 (ENSPCTG00005022651) #7	RAVER2 (ENSPCTG00005022653) #9	CACHD1 (ENSPCTG00005022667) #10	UBE2U (ENSPCTG00005022676) #11	ROR1 (ENSPCTG00005022678) #12	EFCAB7 (ENSPCTG00005022682) #14	ITGB3BP (ENSPCTG00005022687) #15	ENSPCTG00005022689	ENSPCTG00005022690	ALG6 (ENSPCTG00005022695) #16	FOXD3 (ENSPCTG00005022700) #17	ENSPCTG00005022703 #18	DOCK7 (ENSPCTG00005022710) #20	ANGPTL3 (ENSPCTG00005022717) #19	USP1 (ENSPCTG00005022719) #21	KANK4 (ENSPCTG00005022722) #22	ENSPCTG00005022724	PATJ (ENSPCTG00005022726) #23	ENSPCTG00005022745	TM2D1 (ENSPCTG00005022746) #24	NFIA (ENSPCTG00005022749) #25	ENSPCTG00005022759 #26	CYP2J2 (ENSPCTG00005022760) #27	FGGY (ENSPCTG00005022765) #30	HOOK1 (ENSPCTG00005022771) #29	MYSM1 (ENSPCTG00005022773) #32	ENSPCTG00005022774	TACSTD2 (ENSPCTG00005022775) #33	OMA1 (ENSPCTG00005022776) #34	ENSPCTG00005022777	DAB1 (ENSPCTG00005022778) #35
Blue whale	MODERN SPECIES		CACHD1 (ENSBMSG00010002730) #10	UBE2U (ENSBMSG00010002698) #11	ROR1 (ENSBMSG00010002655) #12	PGM1 (ENSBMSG00010002593) #13	EFCAB7 (ENSBMSG00010002542) #14	ENSBMSG00010002519	ITGB3BP (ENSBMSG00010002488) #15	ALG6 (ENSBMSG00010002470) #16	FOXD3 (ENSBMSG00010002458) #17	ENSBMSG00010002428 #18	ENSBMSG00010002413	ANGPTL3 (ENSBMSG00010002379) #19	DOCK7 (ENSBMSG00010002212) #20	ENSBMSG00010002182 #21	ENSBMSG00010002165	KANK4 (ENSBMSG00010002062) #22	ENSBMSG00010002038	PATJ (ENSBMSG00010001826) #23	TM2D1 (ENSBMSG00010001753) #24	NFIA (ENSBMSG00010001455) #25	ENSBMSG00010001338 #26	CYP2J2 (ENSBMSG00010001319) #27	HOOK1 (ENSBMSG00010001303) #29	FGGY (ENSBMSG00010001218) #30	JUN (ENSBMSG00010001187) #31	MYSM1 (ENSBMSG00010001159) #32	TACSTD2 (ENSBMSG00010001148) #33	OMA1 (ENSBMSG00010001120) #34	ENSBMSG00010001090	DAB1 (ENSBMSG00010000791) #35	C8B (ENSBMSG00010000715) #36
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336.c.a #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00910000147158	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT00990000211939	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33	ENSGT00390000007027 #34
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336.c.a #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00910000147158	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT00990000211939	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336.c.a #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00910000147158	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##27	ENSGT00940000155417.u.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT00990000211939	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336.c.a #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000162456.p	ENSGT00740000117158	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##27	ENSGT00940000155417.u.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a.a ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154568.u	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336.c.a #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000162456.p	ENSGT00740000117158	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##27	ENSGT00940000155417.u.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a.b ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158755	ENSGT00940000154568.u	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336.c.a #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000162456.p	ENSGT00740000117158	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a.b ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33	ENSGT00390000007027 #34
Wild yak	MODERN SPECIES	392																KANK4 (ENSBMUG00000001446) #22	ENSBMUG00000001402	ENSBMUG00000001387	ENSBMUG00000001377	PATJ (ENSBMUG00000001186) #23	TM2D1 (ENSBMUG00000000863) #24	ENSBMUG00000000848	ENSBMUG00000000847	NFIA (ENSBMUG00000000809) #25	C1orf87 (ENSBMUG00000000659) #26	ENSBMUG00000000623 ##27	ENSBMUG00000000601 ##27
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	ENSBGRG00000014022	ENSBGRG00000014156	JAK1 (ENSBGRG00000014206) #7	RAVER2 (ENSBGRG00000014623) #9	CACHD1 (ENSBGRG00000014987) #10	UBE2U (ENSBGRG00000016440) #11	ROR1 (ENSBGRG00000016686) #12	ENSBGRG00000017009	EFCAB7 (ENSBGRG00000017077) #14	ENSBGRG00000018100 #15	ALG6 (ENSBGRG00000018183) #16	ATG4C (ENSBGRG00000018342) #18	DOCK7 (ENSBGRG00000018618) #20	ANGPTL3 (ENSBGRG00000021909) #19	USP1 (ENSBGRG00000021990) #21	ENSBGRG00000022077 #22	ENSBGRG00000022209	ENSBGRG00000022229	ENSBGRG00000022263	PATJ (ENSBGRG00000022311) #23	ENSBGRG00000022909	ENSBGRG00000022922	TM2D1 (ENSBGRG00000022969) #24	ENSBGRG00000023087	NFIA (ENSBGRG00000023142) #25	C1orf87 (ENSBGRG00000023807) #26	ENSBGRG00000023881 ##27	ENSBGRG00000024031 ##27	HOOK1 (ENSBGRG00000024297) #29	FGGY (ENSBGRG00000024465) #30	ENSBGRG00000024541
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154568.u	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336.c.a #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00740000117158	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a.a.a ##27	ENSGT00940000155417.u.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a.a ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	ENSBIXG00005006461	CACHD1 (ENSBIXG00005021823) #10	UBE2U (ENSBIXG00005021577) #11	ENSBIXG00005000011	ROR1 (ENSBIXG00005021527) #12	ENSBIXG00005021452	PGM1 (ENSBIXG00005021422) #13	EFCAB7 (ENSBIXG00005003600) #14	ENSBIXG00005021312 #15	ALG6 (ENSBIXG00005021259) #16	ENSBIXG00005021222	ATG4C (ENSBIXG00005003580) #18	DOCK7 (ENSBIXG00005020995) #20	ANGPTL3 (ENSBIXG00005020614) #19	USP1 (ENSBIXG00005020600) #21	KANK4 (ENSBIXG00005020554) #22	ENSBIXG00005020474	ENSBIXG00005020451	PATJ (ENSBIXG00005003424) #23	ENSBIXG00005020179	TM2D1 (ENSBIXG00005020166) #24	ENSBIXG00005020134	NFIA (ENSBIXG00005020048) #25	ENSBIXG00005019575	C1orf87 (ENSBIXG00005019556) #26	ENSBIXG00005019472 ##27	ENSBIXG00005019340 ##27	HOOK1 (ENSBIXG00005003139) #29	FGGY (ENSBIXG00005019237) #30	ENSBIXG00005019169	ENSBIXG00005019148
Cow	MODERN SPECIES	22	AK4 (ENSBTAG00000030674)	JAK1 (ENSBTAG00000003147) #7	RAVER2 (ENSBTAG00000030686) #9	CACHD1 (ENSBTAG00000016455) #10	UBE2U (ENSBTAG00000040268) #11	ROR1 (ENSBTAG00000012312) #12	PGM1 (ENSBTAG00000019011) #13	EFCAB7 (ENSBTAG00000002600) #14	ITGB3BP (ENSBTAG00000030710) #15	ALG6 (ENSBTAG00000030706) #16	FOXD3 (ENSBTAG00000008501) #17	ATG4C (ENSBTAG00000010124) #18	DOCK7 (ENSBTAG00000019877) #20	ANGPTL3 (ENSBTAG00000021386) #19	USP1 (ENSBTAG00000020451) #21	KANK4 (ENSBTAG00000014382) #22	ENSBTAG00000047830	PATJ (ENSBTAG00000021975) #23	ENSBTAG00000046720	TM2D1 (ENSBTAG00000017161) #24	ENSBTAG00000009769	NFIA (ENSBTAG00000000074) #25	C3H1orf87 (ENSBTAG00000009481) #26	ENSBTAG00000051542 ##27	ENSBTAG00000051904 ##27	ENSBTAG00000053766 ##27	CYP2J30 (ENSBTAG00000051030) ##27	HOOK1 (ENSBTAG00000030671) #29	FGGY (ENSBTAG00000030669) #30	JUN (ENSBTAG00000004037) #31	MYSM1 (ENSBTAG00000013961) #32
American bison	MODERN SPECIES	2943								PGM1 (ENSBBBG00000021191) #13	EFCAB7 (ENSBBBG00000021157) #14	ENSBBBG00000021141 #15	ALG6 (ENSBBBG00000021124) #16	ATG4C (ENSBBBG00000021066) #18	DOCK7 (ENSBBBG00000020989) #20	ANGPTL3 (ENSBBBG00000000578) #19	USP1 (ENSBBBG00000000583) #21	KANK4 (ENSBBBG00000000615) #22	ENSBBBG00000000661	ENSBBBG00000000675	ENSBBBG00000000683	PATJ (ENSBBBG00000020417) #23	TM2D1 (ENSBBBG00000020219) #24	ENSBBBG00000005451	NFIA (ENSBBBG00000020188) #25
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00390000004336.c.a #15	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00910000147158	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.u.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.b ##27	ENSGT00940000155417.u.a.b.a.a.a ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT00990000211939	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		LEPROT (ENSOARG00020026025)	DNAJC6 (ENSOARG00020025984)	ENSOARG00020025972	JAK1 (ENSOARG00020025959) #7	RAVER2 (ENSOARG00020025947) #9	CACHD1 (ENSOARG00020025918) #10	UBE2U (ENSOARG00020025900) #11	ROR1 (ENSOARG00020025892) #12	ITGB3BP (ENSOARG00020025849) #15	ALG6 (ENSOARG00020025843) #16	FOXD3 (ENSOARG00020025839) #17	ATG4C (ENSOARG00020025832) #18	ANGPTL3 (ENSOARG00020025829) #19	DOCK7 (ENSOARG00020025422) #20	USP1 (ENSOARG00020025306) #21	KANK4 (ENSOARG00020025276) #22	ENSOARG00020025257	ENSOARG00020025248	ENSOARG00020025242	PATJ (ENSOARG00020024177) #23	TM2D1 (ENSOARG00020024049) #24	NFIA (ENSOARG00020023719) #25	ENSOARG00020023663 ##27	ENSOARG00020023639 #26	CYP2J (ENSOARG00020023337) ##27	HOOK1 (ENSOARG00020023235) #29	ENSOARG00020023217	FGGY (ENSOARG00020023091) #30	ENSOARG00020023058	JUN (ENSOARG00020023038) #31	MYSM1 (ENSOARG00020022826) #32
Goat	MODERN SPECIES	22	ENSCHIG00000022704	RAVER2 (ENSCHIG00000005514) #9	CACHD1 (ENSCHIG00000012365) #10	UBE2U (ENSCHIG00000018663) #11	ROR1 (ENSCHIG00000027140) #12	PGM1 (ENSCHIG00000018654) #13	EFCAB7 (ENSCHIG00000020023) #14	ITGB3BP (ENSCHIG00000015244) #15	ALG6 (ENSCHIG00000019050) #16	ATG4C (ENSCHIG00000024580) #18	ENSCHIG00000022527	ENSCHIG00000013344	ANGPTL3 (ENSCHIG00000018304) #19	DOCK7 (ENSCHIG00000022741) #20	USP1 (ENSCHIG00000015997) #21	KANK4 (ENSCHIG00000026610) #22	ENSCHIG00000012571	PATJ (ENSCHIG00000023685) #23	TM2D1 (ENSCHIG00000026504) #24	ENSCHIG00000012418	NFIA (ENSCHIG00000011380) #25	C1orf87 (ENSCHIG00000023812) #26	CYP2J26 (ENSCHIG00000021521) ##27	CYP2J29 (ENSCHIG00000009032) ##27	CYP2J30 (ENSCHIG00000022554) ##27	HOOK1 (ENSCHIG00000025016) #29	ENSCHIG00000018971	FGGY (ENSCHIG00000022252) #30	JUN (ENSCHIG00000004093) #31	MYSM1 (ENSCHIG00000007198) #32	TACSTD2 (ENSCHIG00000012887) #33
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	339	ENSMMSG00000008256	JAK1 (ENSMMSG00000008290) #7	RAVER2 (ENSMMSG00000008514) #9	CACHD1 (ENSMMSG00000008645) #10	UBE2U (ENSMMSG00000008852) #11	ROR1 (ENSMMSG00000008912) #12	PGM1 (ENSMMSG00000009049) #13	EFCAB7 (ENSMMSG00000009202) #14	ITGB3BP (ENSMMSG00000009277) #15	ALG6 (ENSMMSG00000009336) #16	FOXD3 (ENSMMSG00000009398) #17	ATG4C (ENSMMSG00000009422) #18	DOCK7 (ENSMMSG00000009564) #20	ANGPTL3 (ENSMMSG00000009744) #19	ENSMMSG00000009774 #21	KANK4 (ENSMMSG00000009822) #22	ENSMMSG00000009926	ENSMMSG00000009951	PATJ (ENSMMSG00000010039) #23	ENSMMSG00000010512	TM2D1 (ENSMMSG00000010559) #24	ENSMMSG00000010635 #25
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	ENSCHYG00000008363 #7	ENSCHYG00000008481 #9	ENSCHYG00000008642 #10	ENSCHYG00000009027	UBE2U (ENSCHYG00000009046) #11	ROR1 (ENSCHYG00000009213) #12	PGM1 (ENSCHYG00000009453) #13	EFCAB7 (ENSCHYG00000009641) #14	ITGB3BP (ENSCHYG00000009805) #15	ALG6 (ENSCHYG00000010031) #16	FOXD3 (ENSCHYG00000010241) #17	ATG4C (ENSCHYG00000010279) #18	DOCK7 (ENSCHYG00000010521) #20	ANGPTL3 (ENSCHYG00000010829) #19	USP1 (ENSCHYG00000010926) #21	KANK4 (ENSCHYG00000011035) #22	ENSCHYG00000011307	ENSCHYG00000011320	ENSCHYG00000011355	ENSCHYG00000011365	PATJ (ENSCHYG00000011502) #23	TM2D1 (ENSCHYG00000012921) #24	NFIA (ENSCHYG00000013049) #25	ENSCHYG00000013294	C1orf87 (ENSCHYG00000013337) #26	ENSCHYG00000013601 ##27	HOOK1 (ENSCHYG00000014199) #29	FGGY (ENSCHYG00000014481) #30	JUN (ENSCHYG00000015724) #31	MYSM1 (ENSCHYG00000015752) #32	TACSTD2 (ENSCHYG00000015924) #33
Suina	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000158755	ENSGT00940000154568	ENSGT00940000157092 #7	ENSGT00940000158648 #9	ENSGT00940000157568 #10	ENSGT00940000162256 #11	ENSGT00940000153947.B #12	ENSGT00940000155542.b #13	ENSGT00390000015466 #14	ENSGT00940000153733.B #16	ENSGT00940000161645.b #17	ENSGT00530000063000.a.a.a #18	ENSGT00940000155661 #20	ENSGT00940000156746 #19	ENSGT00910000144243 #21	ENSGT00940000158468 #22	ENSGT00940000164101.b	ENSGT00940000155136 #23	ENSGT00940000157668 #24	ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a #25	ENSGT00390000008678 #26	ENSGT00940000155417.v.b #27	ENSGT00940000155417.v.a.a.b #27	ENSGT00940000155417.v.a.b #27	ENSGT00940000155417.u.b.a ##27	ENSGT00940000159251 #29	ENSGT01000000214434.F #30	ENSGT00940000162061 #31	ENSGT00940000157721 #32	ENSGT00390000018245.d #33	ENSGT00390000007027 #34
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	54	ENSCWAG00000010175	JAK1 (ENSCWAG00000010234) #7	RAVER2 (ENSCWAG00000010298) #9	CACHD1 (ENSCWAG00000010433) #10	ENSCWAG00000010798 #11	ROR1 (ENSCWAG00000010877) #12	PGM1 (ENSCWAG00000011042) #13	EFCAB7 (ENSCWAG00000011246) #14	ALG6 (ENSCWAG00000011295) #16	FOXD3 (ENSCWAG00000011349) #17	ATG4C (ENSCWAG00000011374) #18	ENSCWAG00000011429	DOCK7 (ENSCWAG00000011480) #20	ANGPTL3 (ENSCWAG00000011690) #19	USP1 (ENSCWAG00000011770) #21	KANK4 (ENSCWAG00000011865) #22	ENSCWAG00000012174	PATJ (ENSCWAG00000012251) #23	TM2D1 (ENSCWAG00000013044) #24	NFIA (ENSCWAG00000013155) #25	ENSCWAG00000013519	ENSCWAG00000013573	C1orf87 (ENSCWAG00000013603) #26	ENSCWAG00000013698 #27	ENSCWAG00000013744 ##27	ENSCWAG00000013782 #27	ENSCWAG00000013842 #27	ENSCWAG00000014136 ##27	HOOK1 (ENSCWAG00000014277) #29	FGGY (ENSCWAG00000014503) #30	ENSCWAG00000014785
Pig	MODERN SPECIES	14	LEPROT (ENSSSCG00000003806)	DNAJC6 (ENSSSCG00000003807)	ENSSSCG00000040337	JAK1 (ENSSSCG00000003809) #7	RAVER2 (ENSSSCG00000025672) #9	CACHD1 (ENSSSCG00000004829) #10	ROR1 (ENSSSCG00000003811) #12	EFCAB7 (ENSSSCG00000003812) #14	ENSSSCG00000042211	ALG6 (ENSSSCG00000003815) #16	FOXD3 (ENSSSCG00000032215) #17	ATG4C (ENSSSCG00000003816) #18	DOCK7 (ENSSSCG00000003818) #20	ANGPTL3 (ENSSSCG00000003819) #19	USP1 (ENSSSCG00000003820) #21	KANK4 (ENSSSCG00000003821) #22	ENSSSCG00000031640	PATJ (ENSSSCG00000039793) #23	TM2D1 (ENSSSCG00000038861) #24	NFIA (ENSSSCG00000023243) #25	ENSSSCG00000059647	ENSSSCG00000044064	ENSSSCG00000057014	ENSSSCG00000033042	C1orf87 (ENSSSCG00000003823) #26	ENSSSCG00000061116 #27	ENSSSCG00000055127 #27	ENSSSCG00000003825 #27	CYP2J34 (ENSSSCG00000056323) #27	ENSSSCG00000058502 #27	ENSSSCG00000061676 ##27